番組開始15周年を記念した番組本が制作されることが2009年2月5日の放送で発表され、同年7月30日の放送ではタイトルが『ナインティナインのオールナイトニッ本（ニッポン）』に決定したことが発表された。当初15冊出版する方針であったが、全5冊出版に変更され、さらにナインティナインのオールナイトニッ本 スペシャルで番組本として初の2冊同時発売されたことから合計7冊出版することになった。この本を出版するにあたり、本の構成するための資料として2部時代の音源が行方不明になっていることが番組で明かされた。このためvol.1は欠落している回が数本ある。この本のためのハガキコーナーとして番組では期間限定で「リスナー広場ビーンとこけし」というネタ募集のコーナーが立ち上がる。また、同じくこの本独自のコーナーとして矢部によるサッカーレッスン、歴代マネージャーが語るナインティナインとの思い出、歴代ディレクターの珍エピソード、ハガキ職人へのインタビューなどが掲載されている。この本のネット販売の告知をする度に岡村が「ア〜マ〜ゾ〜ン！」と仮面ライダーアマゾンの掛け声と引っかけてAmazonで先行発売されることを告知するのが恒例になっている。ただし岡村が叫んだ後に本物のアマゾンの掛け声が流れるため「僕が叫ぶ意味があるのか」と語っている。
オールナイトニッポンではレイティング期間になるとスペシャルウィークと称して各番組にゲストが出演するが、この番組は通常放送時（岡村曰く「平場（ひらば）」）でもゲストが出演することがある。ゲスト登場時に鳴るファンファーレは、コーナー終了時やハガキ職人大賞の1位発表時に鳴るものと同様のファンファーレを使用している。告知や宣伝を目的として来たゲストに対しては岡村が「この番組で告知（宣伝）しても効果ありませんよ」という主旨の断りを必ずといっていいほど入れる。ほっしゃん。が自身の単独ライブのチケットを番組内で電話予約した際（受付先が本人の自宅であった為、自宅の電話番号が公開された上に多数のいたずら電話が寄せられた）、新たに9枚しか売れなかったというエピソード（1999年12月23日OA）を具体例として挙げて説明することが多い。ゲスト出演時のCM明けには、Hi-STANDARDの『NEW LIFE』のイントロにのせて、ゲストが何らかのコメントとタイトルコールをしているジングルが事前に作られ使用されている。このジングルは保存されており、後日そのゲストの話題で盛り上がった時などに（そのゲストが来ていなくても）再利用されることがある。ゲストとして来訪していないがジングルが作成された事もある。岡村の父親や妹や親友、矢部の兄（矢部美幸）や母などの一般人もゲスト出演している。2010年7月15日から11月25日の岡村の休養期間は9月9日放送分（「ナイナイの日記念 ハガキ倍増スペシャル」と称して矢部が一人で放送を担当）以外は「ゲストパーソナリティー」として毎週ゲストが出演していた。
1994年の年末より開始。原則として3か月に1回（番組初期の頃は次の回まで4ヶ月〜半年空くもあったが、現在はこの期間に定着している）期間中にネタコーナーで読まれた回数を競うハガキ職人大賞を開催している。放送では1位から5位、また、入賞しなかった数名（頑張り屋さん）が発表される。入賞者には順位に応じて賞品として「ナインティナインのオールナイトニッポン」の判子が押してあるハガキが送られ、それぞれの枚数は1位は50枚、2位は30枚、3位は20枚となっている。このランキングにカウントされる枚数はネタハガキだけではなく、普通のお便り、FAX投稿やメールでの意見なども含まれている。これはハイレベルなネタを投稿してくる職人が多く投稿枚数の多い激戦の番組でハガキ職人大賞に参加しやすくするための配慮である。大賞で獲得した賞品のハガキを使って他の番組に送ったことが発覚するとハガキ職人を破門になる。後継番組の「ナインティナイン岡村隆史のオールナイトニッポン」でも、第１回にリセットされたが、3ヶ月に1回実施されている。
3時の放送終了と同様に、「ニッポン放送、ナインティナインのオールナイトニッポン」（.com時代は「ニッポン放送LF+R、ナインティナインの@llnightnippon.com」）とBGM中かあるいは前に入る。かつては岡村あるいは、矢部の声で「“ニッポン"はカタカナで」というSEが入っていたが、2005年のライブドアによる株式大量取得事件で一躍有名となって以降は廃止された。
5歳から「野崎少年野球」で軟式野球を始めると、和歌山市立貴志南小学校時代には、捕手として貴志南野球団でプレー。小学6年時には、スポーツ少年団の全国大会で準優勝を経験した。和歌山市立貴志中学校への進学を機に和歌山シニアへ入団したが、1年時に右肘を痛めた。手術を経て復帰した後は「4番・三塁手」としてレギュラーに定着していたが、2年時の冬に退団。「遊びたくなった」という理由での退団だったことから、一時は野球と距離を置いていた。しかし、3年時（2014年）の7月に、全国高等学校野球選手権和歌山大会の決勝（智弁和歌山高校対和歌山市立和歌山高等学校）を観戦。この試合で智弁和歌山が延長12回の末にサヨナラ勝利で全国大会出場を決めたシーンに遭遇したことから、野球熱が再燃したという。実母の従兄弟に和歌山県立箕島高等学校OBの木村竹志（「石井毅」として在学中の1979年にエースとして甲子園球場の全国大会で春夏連覇を達成）がいる縁で、3年時の秋から木村が理事長を務めるNPO法人の野球教室に参加。中学校からの卒業を機に、同校へ進学した。入学の直後に自身の希望で投手に転向すると、2年時の秋から主将を務めるとともに、エースの座を確保。さらに、2年時のトレーニングによってストレートの球速が短期間で149km/hにまで達したため、NPB球団のスカウトから注目されるようになった。もっとも、投球の安定感に課題があったことから、3年夏の選手権和歌山大会には背番号10の救援投手として登板。在学中には全国大会と無縁であったが、3年時の秋には、プロ志望届を日本学生野球協会に提出した 。2017年のNPB育成ドラフト会議で、横浜DeNAベイスターズから1巡目で指名。支度金300万円、年俸360万円（金額は推定）という条件で、育成選手として入団した。入団当初の背番号は104。