2007年に監督就任したテリー・コリンズは常々「足を使った機動力野球をやりたい」と語っていたが、コリンズ在任中にフロントが獲得したのはアレックス・カブレラ、古木克明、濱中治など、機動力野球とはほど遠い長距離打者ばかりであった。しかしタフィ・ローズ、カブレラは3番、4番で結果を残し、2008年に9年ぶりのAクラス入り（2位）に貢献した。2007年オフに福岡ソフトバンクホークスと二重契約が報じられたジェレミー・パウエルの問題について、中村はパシフィック・リーグ会長の小池唯夫と会談し、「事実上の出場停止処分を3か月から1年間に延長すれば、ソフトバンクとの契約を優先する」という勧告を受け入れる妥協案を受け入れる事を表明した。球団本部長在任中は、背番号を決める権限を持っており、清原が着けていた「5」とイチローが着けていた「51」を功績を讃えて欠番にする等のこだわりを持っていた。2009年はローズ、カブレラ、後藤、グレッグ・ラロッカといった主力選手の怪我の多発や、投手陣では前年に新人王を獲得した小松聖や加藤大輔などの不振が原因で再びチームが低迷し、最終的に最下位に沈んだため、その責任を負う形でシーズンの終了を待たずに、同年9月30日をもって球団本部長を退任した（事実上の解任）。なお、この時期は、濱中、吉野誠、金澤健人、ライアン・ボーグルソンなど元阪神の選手を獲得することが多かった。また、阪神監督時代同様に放出選手の移籍先での活躍が目立った。2006年オフにトレードで巨人に放出した谷はセ・リーグ3位の高打率を残し、5年ぶりの巨人優勝に大きく貢献した（2014年に復帰）ほか、ロッテに放出した早川大輔は自身初の規定打席に到達し、不動の2番打者として大活躍した。2007年オフには濱中獲得のためにトレードで平野を阪神へ放出したが、平野は翌年カムバック賞を受賞、2010年にはリーグ2位の高打率.350を記録し、ベストナインとゴールデングラブ賞を受賞するなど大活躍した（のちに復帰）。この期間にオリックスはドラフト会議で四国・九州アイランドリーグから梶本達哉（2007年育成1位）と西川雅人（2008年5位）を指名し、いずれも入団している。
中村は村松有人、菊地原毅らチームの中心となる選手の補強に成功し、成果を上げた。また、「夢や憧れだけでプロに入団させるわけにはいかない。本人のためにも、チームのためにもならない」として、2000年から続いていたいわゆる「契約金ゼロ枠」を廃止した（オリックス・バファローズ#契約金ゼロの新人選手参照）。ドラフト会議では、金子千尋、平野佳寿、岸田護、岡田貴弘等、指名した選手が数年後にチームの軸となった。
1997年1月に当時一軍の本拠地だった東京ドームとほぼ同じ面積のグラウンドを有する専用球場「ファイターズスタジアム」、室内練習場、そして合宿所（名称は同じく「勇翔寮」）の三施設がからなる「日本ハムファイターズタウン鎌ケ谷」が竣工。こけら落としとして同年3月8日に千葉ロッテマリーンズとのオープン戦が開催された。以来、オープン戦がほぼ隔年で1試合ないし2試合行われているが、本球場が一軍の試合として使用されるのはこのオープン戦のみである。日本ハムの一軍は2004年、保護地域を東京都から北海道に移し札幌ドームを本拠地としたが、二軍はその後も引き続き鎌ケ谷市を本拠地としている。これは当時イ・リーグ6球団がいずれも首都圏1都3県に本拠地を置いており、仮に日本ハムが一軍だけでなく二軍も北海道に移転してしまうと、公式戦などを行う場合は移動が長距離に及ぶ上、選手やコーチ、スタッフの移動手段も事実上空路だけに限られてしまうため、日本ハムのみならず他球団にも経済面や肉体面での負担が大幅に増加する懸念があることや、札幌ドーム以外に屋内球場がない北海道ではシーズンの早春や晩秋に屋外球場での試合開催が寒冷な気候上困難であることもある。また、営業面のメリットとして既存の首都圏のファンを維持しつつ二軍に振り向けることがあるという。だが、一軍と二軍の本拠地が離れたことによって一軍と二軍がともに同じ地域に滞在する機会が減ったため、昼間の二軍公式戦とその日の夜の一軍公式戦に出場する「はしご出場」を行わせるのが困難になってしまった。この点では一軍と二軍の本拠地が共に徒歩圏内にある阪神タイガース、中日ドラゴンズおよび埼玉西武ライオンズとは全く対照的で、一軍での監督の采配や戦略面でこれらの球団と比べて大きなビハインドになっているとの指摘もある。ただし、この3球団にしても常に同じ日に一軍と二軍がともに本拠地で試合を行うわけではないため年間を通してビハインドになるとまではいえず、日本ハムも一軍が東京ドームなど首都圏で試合を行う場合ははしご出場が可能である。日本ハムは球団内に鎌ケ谷事業部を設け、このファイターズタウンを中心としてファイターズと地元市民との結びつきを更に強めようと様々なイベントを企画、実施している。若手選手はこれらを通じて技術や体作りだけではなく、一軍昇格後の北海道民ないし全国でのファンに対する姿勢やファンサービスのあり方を学んでいる。また、長期的にはメジャーリーグのように二軍を独立採算化し、地域密着型の運営を行うことを本格的に検討している。併せて球団名の変更も検討しており、本拠地名を冠した「鎌ケ谷日本ハムファイターズ」もしくは「鎌ケ谷ファイターズ」とする方向で検討を進めている。他にもスタジアムの集客策として、温泉やショッピングモールなど複合施設を併設するといった案も浮上しているが、千葉県を保護地域としているロッテとの兼ね合いから球団の主立った活動は全て鎌ケ谷市内のみで行われている。ただし例外としてファイターズスタジアムに向かう京成バスの停留所には鎌ケ谷市以外でもファイターズのロゴが描かれており、そのバスのうちいくつかの停留所ではバスの車内アナウンスを日本ハムの選手の音声で行っている。2008年度には、入場者数がそれまで1位だった湘南シーレックスを抜きイ・リーグ1位となった。さらに2009年には9月22日と翌23日の2日間だけで約10,000人の入場者数を記録したこともあり、過去最大となる入場者数年間70,000人を突破した。合宿所と室内練習場がスタジアムの左翼場外にあるため、施設間の移動距離を考慮して日本ハムは札幌ドームで試合をする時と同様に三塁側ダッグアウトを使用し、ビジターチームは一塁側を使用する。