EBVに対して有効な抗ウイルス剤は存在するが、以下に述べる理由で日本においては使用できない状況にある。ゆえに、伝染性単核球症などのEBV感染症の治療法は対症療法となっており、重症例には主に副腎皮質ステロイド投与やガンマグロブリン大量投与が用いられる。過去にはEBVに有効な抗ウイルス剤であるソリブジンがあったが、抗がん剤5-FUとの併用で薬害事故が起き、現在販売は自主的に停止されている状態にある。ソリブジンの代謝産物であるブロモビニルウラシル（BVU）は、5-FUの代謝酵素であるDPD（dihydropyrimidine dehydrogenase）と結合して、不可逆的に阻害し、5-FUの血中濃度を上げ、5-FUの副作用である白血球減少、血小板減少などの血液障害や重篤な消化管障害を引き起こす。これがソリブジン薬害事故の原因である。しかし、ソリブジンは安全情報や5-FUとの併用禁忌などの情報周知を徹底すれば、存続可能な薬であった。ソリブジンに類似した抗ウイルス剤のブリブジンもまたEBVに有効であるが、ソリブジン薬害事故があった日本においては、ブリブジンの代謝産物はソリブジンと同じBVUであるがゆえに、使用できない状況にある。また、現行の抗ヘルペスウイルス剤のアシクロビルのEBVに対する効果は限定的である。慢性活動性EBウイルス感染症の治療の一つとしてアシクロビルの大量投与があるが、これも効果は限定的である。
EBVに対するワクチンは今の所できていない。2006年から2008年にかけて何回かの臨床試験が行われていた。EBVのgp350などがワクチンの標的として支持されてきた。また、EBVのウイルス様粒子（virus-like particle；VLP）を用いたEBVワクチンの開発が活発に行われている。EBVに対するワクチンを開発する際に障害となっているのは、EBVが潜伏感染と溶解感染で全く違ったウイルス蛋白を発現するというところである。EBVの溶解感染遺伝子の転写産物（gp350など）を標的としたワクチンを作ったとしても、EBVの潜伏感染時には発現されない。特にEBVが感染したB細胞内で潜伏感染のI型をとっている時にはEBNA-1とEBERsのみの発現となっているので、CD8+細胞傷害性T細胞がそのEBV感染B細胞を排除することは困難を極める。
不思議の国のアリス症候群(Alice in Wonderland syndrome;AIWS)とは、知覚された外界のものの大きさや自分の体の大きさが通常とは異なって感じられることを主症状とし、様々な主観的なイメージの変容を引き起こす症候群である。この症状はEBVの初感染によって引き起こされた中枢神経系での報告が多い。EBウイルスに罹患した患者において、限定された画像法でのみ短期間で一過性の大脳皮質の広範囲の変異が認められたという報告があるが、限局した病巣を認めるような報告はなく、脳の広い範囲が関わっているものと示唆される。
パーキンソン病・レビー小体型認知症・多系統萎縮症といったα-シヌクレイン凝集が関与する神経変性疾患とEBVの関わりが指摘されている。EBVの潜伏感染遺伝子産物のLMP-1に対する抗体が、α-シヌクレインに対して交叉反応（クロスリアクション）することが示されている。
東部標準時11月12日8時51分に定期通報されたJFK空港の気象情報によると、風は310度の方角から風速11ノット（秒速5.7メートル）、視程は10マイル（約16キロメートル）で高度4,300フィート（約1,300メートル）に僅かな雲があった。9時1分33秒、地上管制はAA587便に滑走路31Lまでの地上走行を許可した。続けて地上管制はAA587便に対し、日本航空47便（以下JL47便）の後ろにつき、飛行場管制（local controller）に通信設定するよう指示した。JL47便は、ボーイング社製の747-400型機だった。9時11分8秒に飛行場管制はJL47便に離陸許可を与え、同便は離陸した。およそ30秒後、飛行場管制はAA587便に対して「後方乱気流（ウェイク・タービュランス）への注意を促した上で、滑走路31Lで待機するよう指示した。9時13分21秒、機長は操縦を担当するよう副操縦士に伝えた。フライト・データ・レコーダー（Flight Data Recorder; FDR）によると、この便では墜落まで自動操縦装置は使用されなかった。9時13分28秒、飛行場管制はAA587便に離陸を許可した。9時13分35秒、副操縦士は機長に先行機との距離が充分か尋ねた。それに対して機長は「滑走するから大丈夫、我々が浮揚するまでに5マイル（約8キロメートル）離れるさ」と答えた。後方乱気流とは、飛行機の後方に発生する乱気流である。後方乱気流の1種である翼端渦は、翼の両端から発生する螺旋状の渦流であり、周囲の空気を巻き込みながら成長して数分間持続する。飛行するためにより大きな揚力を必要とする飛行機、すなわち重量の大きい飛行機ほど、より強い翼端渦が発生する。軽量機が低空を飛行中に翼端渦に巻き込まれると墜落の危険もある。翼端渦を避けるため、飛行機の最大離陸重量に応じた間隔をあけて飛行することが規則に定められていた。JL47便（ボーイング747）とAA587便（エアバスA300）の場合、2分または7.4キロメートルあけることになっていた。AA587便は9時13分51秒に離陸滑走を開始し、9時14分29秒に浮揚した。先行するJL47便との時間差は1分40秒で、事故後の調査によると両機間の距離は常に水平で8キロメートル、垂直で1,160メートル以上離れていた。9時14分43秒、飛行場管制はAA587便に左旋回してJL47便と同じ経路を取り、ニューヨーク・ターミナルレーダー進入管制（Terminal Radar Approach Control ; TRACON）に通信設定するよう指示した。9時15分5秒、TRACONの管制官はAA587便に対し高度13,000フィート（約4,000メートル）へ上昇するよう指示した。9時15分29秒、機長は「クリーン・マシーン（clean ｍachine）」 を宣言した。これは、降着装置と高揚力装置が全て収納されたことを意味する。