テオパンテクアニトランには、 Lomeríos地区と呼ばれる居住に供された地区がある。II期に「拡大家族」の単位で暮らしていたと考えられ、複数の家屋が中庭を囲む形で構成されている。S5住居と呼ばれる石の壁の基礎を持つ長方形の建物とS6住居と呼ばれる岩と丸石で基礎を築き、アドベの壁を持つ建物の調査が行われて、成果があがっている。Lomeríos地区ではさまざまな生活用品が発見されている。例えば、漁労用のおもりと思われる切りこみの入った石や、紡錘車と推察される土製円盤、長方形のすり皿（メタテ）とすり棒（マノ）が発見された。土器については単色で調理用に用いられた大皿、甕、鉢がみられた。一方で土器類には生活に限定しえないと思われるものも出土している。刻線でオルメカの独特な「裂けた手」のモチーフを施文した平底で口縁部がおおきく外反する皿、そのほか彩色されて刻線で文様が刻まれたもの、表面を白っぽくするためにスリップがかけられたもののほかに、オルメカに特徴的な人間とネコ科動物と爬虫類をかけあわせた信仰の対象の形になるよう型を用いてつくった円筒形で明るい茶色の色調の土器も見られる。またぽっちゃりした赤ん坊の形をした中空の土偶がおびただしい量出土している。中空でない土偶は、彩色されてターバン状のものを頭につけていたり、前に垂れさがるかぶりものをしているものがみられる。赤ん坊の顔をした土偶のなかには、頭蓋変形を施し、後ろに巻いた髪以外をすべて剃りおとしているものもみられる。また装飾品としてシマメノウやゲレロ州産の蛇紋岩を用いた薄い糸巻き状の耳環、おびただしい金雲母製の小円盤、鉄鉱石製の鏡がS5住居跡から発見されている。住居跡の周囲には、屋外炉や作業空間、貯蔵、埋葬、ゴミ穴などに用いられるフラスコ状土坑が設けられていた。ゴミ穴として使用されたS5住居跡のフラスコ状土坑の内部には、イヌの遺骸が半分以上で、バルサス川産のナマズや淡水性の生き物、カニ、ウサギ、若いアカシカ、オジロジカなどが確認され、これらの動物が食糧とされていたことがわかった。また花粉分析でトウモロコシが食用とされていたことが推定された。
クートは1697年遅くにニューヨークに向けて旅立った。妻とその従弟であるジョン・ナンファンを同行した。ナンファンはニューヨーク植民地副総督に指名されていた。その航海は異常な嵐に見舞われ、クートの船は南に吹き流されてバルバドス諸島に到着した後で、ニューヨークへの航海を続けた。ニューヨークに到着したのは1698年4月2日だった。クートの洗練された服装、見かけの良さ、さらに国王との良好な関係があったので、前もってニューヨーク市民に好まれるようにしていたが、直ぐに問題点に突き当たり、敵を作り始めた。航海法を強制させようとしたことで、予想通り商人や貿易業者を敵に回した。この動きについて、植民地の役人のやり方がお粗末でもあり、役人達は商人達との関係よりも王室との関係を重んじていた。クートはイングランドで成立に貢献した議会法を執行し、ライスラーの資産を復権させることを監視することで、ライスラーの敵対者の怒りを買った。総督評議会の中でこの件に反対する者が多かったので、彼らを排除するのを諦めた。またライスラーとその義理の息子であるジェイコブ・ミルボーンの遺骸の発掘も承認した。それらは彼らが処刑された処刑台の下にそのまま埋められていた。クートは適切な埋葬を手配し、衛兵100人の栄誉の礼で葬らせた。クートがライスラー一派を支持したことは、単にニューヨークの政界のみならず、インディアンとの外交にも災いすることが分かった。クートの前任者であるベンジャミン・フレッチャーは、クートの任命から到着まで長い時間を要したことを利用し、通常ならば総督が利用するために割り当てられる土地のリースを延長したことや、このときもイロコイ族が領有を主張する領土での払下げなど、問題のある土地の扱いを行っていた。植民地議会がこれら異常な払下げ全てを取り下げる法を成立させると、案の定多くの土地所有者を怒らせることになった。オールバニのオランダ改革派教会の有力な牧師であるゴッドフリディアス・デリウスなどに払い下げられたイロコイ族の領土は、特にイロコイ族が苦情を挙げている所だった。クートの法が成立したとしても、払下げを受けた者が貿易省に控訴したので、その法案は王室の同意を得られなかった。クートはデリウスなどライスラーに反対した者達がイロコイ族と対応する重要な地位に就くことを否定したので、経験ある交渉者が居なくなった。このことで、イロコイ族のイングランド人との交渉を支持していた者達が、イングランド人の相手が横にやられたときに影響力を失ったので、イロコイ族の内政に影響した。フレッチャーが無視していた盟約のチェーンをクートが強化しようと動いていた時だけに、特に微妙なタイミングにあった。1697年、レイスウェイク条約によってフランスとイングランドの戦争が終わった後、フランスは主に五大湖地方に居るアルゴンキン語族同盟インディアンを通じてイロコイ族との戦争を続け、イロコイ族にかなりの被害を出させた。イロコイ族はこれに対応するためにイングランドの援助を求め、援助が得られないならばフランスと和平を結ぶと脅した。クートとヌーベルフランスの総督ルイ＝エクトール・ド・カリエレはどちらもイロコイ族に対する支配力を主張し、それぞれが相手のために干渉する相手の権利を認めることを拒否した。1699年、カリエレが交渉のためにイロコイ族をモントリオールに招集したとき、クートは警告を受けて、モントリオールに特使を派遣し、オールバニにはナンファン副総督の指揮下に軍隊を送ることで、イロコイ族がモントリオールに行かないように操作することに成功した。イングランド人の特使はフランスが所定の行動を行わないようにしようとしたが成功せず、1700年にはフランスと同盟するアルゴンキン語族がイロコイ族の領土深く侵略した。クートはイロコイ族との交渉で、イロコイ族の慣習で必要としている社会的な要素の幾つかを見逃しており、その会議が如何にうまく行ったかについて双方が異なる見解を持ったまま終わることになった。イロコイ族の交渉人が如何に議論が進んだかについて不満であることがはっきりしているとしても、クートはうまくいったものと信じた。クートはイロコイ族にオノンダガに砦を建設することを約束し、議会にはその建設のために1,000ポンドを用意させることを説得までしたが、イロコイ族はこの「贈り物」を受けるのを避けようとしており、イングランド人土木技師に砦のための適当な場所を示すことはなかった。クートはイロコイ族がフランスと取引することが無いようにしていたが、1700年のフランスの軍事的成功でそれが否定され、それによってイロコイ族を和平会議に引き出し、1701年のモントリオールの大平和に繋がることとなった。