真崎は事件後の3月10日に、荒木貞夫、川島義之、阿部信行、林銑十郎と共に予備役となった。本庄繁、南次郎も4月22日に予備役入りしている。この内、真崎、荒木、本庄の三名が皇道派であった。これにより現役陸軍大将は寺内寿一、西義一、植田謙吉のみとなった。陸相官邸における行動、伏見官邸における工作、軍事参議官会議における大詔渙発、戒厳令施行の促進などが反乱者に対する利敵行為とみなされ、4月21日から東京憲兵隊本部の大谷敬二郎大尉らによる取調べを受けた。その後予審を経て陸軍軍法会議法ではなく緊急勅令（21号）によって設けられた東京陸軍軍法会議により1937年1月25日に起訴された。裁判は第一師団軍法会議庁舎において6月1日から行われた。裁判官は、上級判士が磯村年予備役大将、判士が松木直亮予備役大将、小川関治郎陸軍法務官（少将相当）が務めた。7月15日の論告では、反乱者を利す罪で禁固13年が求刑された。真崎は9月25日の判決で無罪となった。反乱部隊を利した行為は明らかであるが、これが反乱部隊を利せんとする意思に基づくものであるかは認定できなかった、というのが無罪の理由であった。荒木が近衛文麿首相に無罪とするよう頼み込み、近衛は厳罰論に傾いていた杉山元陸相を説得し、これ以上の混乱を引き起こさぬように無罪とするように圧力をかけた。磯村の証言によると、最終的には大山文雄陸軍省法務局長が強硬派の小川を呼び円満解決を図るよう説得した。杉山陸相から判決文を奏呈された天皇はこれをその場で熟読し、手元に留め置いた。小川関治郎陸軍法務官は、「判決理由書は有罪論を展開し、主文では無罪とした。誰が判決文を読んでも真崎が有罪であることがわかるようにした」と証言している。荒木貞夫も、「判決理由は、ひとつひとつ、真崎の罪状をあげている。そして、とってつけたように主文は"無罪"。あんなおかしな判決文はない」と述べている。証人として出廷した磯部は真崎の態度に幻滅し、『獄中日記』において真崎を呼び捨てにして激しく非難した。
事件前に磯部浅一は荒木、真崎、杉山元などを訪問し、上層部の動向を確認している。1936年（昭和11年）1月28日に磯部は真崎のもとを訪れ借金を申し込んだ。真崎は「何事か起こるなら、何も言ってくれるな」と答えている。皇道派の若手将校は2月26日に、自派による指導体制を確立しようと政府首脳を殺害し二・二六事件が発生した。将校たちは、蹶起趣意書の上奏、昭和維新の大詔渙発、真崎への大命降下という計画を立てていた。軍事参議官となっていた真崎は、反乱部隊が出発する前の午前4時半頃に亀川哲也から決起の知らせを受け取っている。亀川の証言では真崎は「これまで努力したことが無駄になってしまう」と驚いていたとされている。真崎は加藤寛治などと連絡を取り、午前8時半に反乱軍が占拠する陸軍大臣官邸に到着した。胸には勲一等旭日大綬章を佩していたが、これは自身への大命降下を期待していたものと見られている。磯部浅一が獄中で記した『行動記』および供述調書によると、真崎は出迎えた磯部、香田清貞らに対して「とうとうやったか、お前たちの心はヨオックわかっとる、ヨォッークわかっとる」と答えたと言われている。一方、当時真崎の護衛憲兵で陸相官邸へ同乗していた金子桂伍長はこれを否定しており、「なんということをやったのだ」と叱責したとしている。真崎はうろたえる川島義之陸相と密談して、反乱部隊を解散させるのは難しいから「蹶起趣意書」、「陸軍大臣要望事項」にそって天皇から詔勅を渙発してもらい事態の解決を図るべきだと主張した。さらに真崎は伏見宮邸に向かい、ここで加藤と会談した。大詔渙発を目論んで伏見宮博恭王、加藤とともに参内したが、伏見宮を引見した天皇は全く取り合わなかった。軍事参議官会議において参議官の一人から、「今回の問題は我々の責任でもあるから全員揃って辞職しよう」との意見が出て、それに決まりかけていたのを荒木と真崎は強く反対しとりやめになり反乱部隊に和する「大臣告示」が出されることになった。寺内寿一が自分よりも早く宮中に参内していることを知った真崎は寺内を怒鳴りつけている。
1929年2月17日、チリのボリビア国境近くの町トコピジャでロシア系ユダヤ人の子として生まれた。12歳の時にサンティアゴへ移住。サンティアゴ大学で心理学と哲学を学んでいたが、マルセル・カルネの『天井桟敷の人々』（1945年）に感銘を受け、パントマイムにのめり込んで大学を中退した。その後は単身パリに渡り、放浪生活を送るようになった。その後、同地で知り合ったマルセル・マルソーとメキシコシティへ渡り、100本以上の芝居を演出した。1957年、トーマス・マン原作の短編『LA CRAVATE』を製作し、映画監督としてデビュー。同作はジャン・コクトーに絶賛された。その後、1960年代中頃にパリで作家・映画監督のフェルナンド・アラバールと知り合い、1967年に彼の小説を映画化した長編『ファンド・アンド・リス』を発表した。1970年、代表作となった『エル・トポ』を発表。しかし、初上映の際にコロムビアやユナイトといったメジャー系の配給会社から断られ、音楽プロデューサーのアラン・ダグラスによりエル・ジンというスペイン語圏の映画を扱うミニシアター系の劇場での深夜上映が決定した。翌1971年1月1日に封切られた同作は大ヒットし、ジョン・レノンやアンディ・ウォーホル、ミック・ジャガーなどから絶賛された。現在ではカルト映画の一つとして位置づけられている。1973年の『ホーリー・マウンテン』は同年11月から翌1975年4月まで続くロングランを達成した。1975年にはSF大作『デューン』の製作に着手。メカデザインにSF画家のクリス・フォス、クリーチャーとキャラクターのデザインと絵コンテにバンド・デシネのカリスマ作家メビウス、特撮担当にダン・オバノン、悪役ハルコンネン男爵の城のデザインにH・R・ギーガーを起用。キャストもハルコンネン役にオーソン・ウェルズ、皇帝役にはサルバドール・ダリ、他にもミック・ジャガーやデビッド・キャラダインなどがキャスティングされた。また、音楽をピンク・フロイドやマグマが製作するなど、各界から一流のメンバーが集められた。しかし、一年間の作業の後、配給元が決まらず、企画は中止された。なお、同小説の映画化としてデヴィッド・リンチが1984年に『デューン/砂の惑星』を発表した。その後も『O嬢の物語』の映画化やジョン・レノンとオノヨーコを主演にした『指輪物語』などが企画されたが、いずれも製作には至らなかった。1989年には初めて商業映画を意識して製作した『サンタ・サングレ/聖なる血』を発表した。2013年、ホドロフスキーの息子で『エル・トポ』にも出演したブロンティス・ホドロフスキーを主演に、23年ぶりの作品となった『リアリティのダンス』を発表した。また、同年には前述の未完成の作品『デューン』の製作を題材としたフランク・パヴィッチによるドキュメンタリー『ホドロフスキーのDUNE』が製作された。