本機はアニメ第2話において、ディアナ・カウンターの砲撃に反応して神像「ホワイトドール」の中から出現。もっぱらこの機体を発見したロラン・セアックによって使用されることとなった。当初はどのような武装があるのかさえ分からない謎だらけの機体であり、またロランの穏和な性格もあって敵を叩きのめすような活躍は少なかった。むしろその一方、橋代わりになったり、胸部サイロで牛を運んだり、手首を回転させ洗濯機のように使ったりするなど、モビルスーツの原点回帰ともいうべき作業機械としての働きを見せ、作品を特徴付けることにも成功している。物語が進むにつれて機能が回復、武装が発掘され、またその性能が少しずつ明らかになり、物語後半では驚異的な活躍を見せることとなった。一度はターンXの攻撃を受けロランがコア・ファイターで脱出、ギンガナム側に本体が渡りスモーのコクピットを付けて運用された。その際にギンガナム側の技術者によりフルメンテナンスが行われる。その後、紆余曲折を経て奪還され、ターンXとの最終決戦時には両機共に月光蝶を展開、壮絶な戦闘を繰り広げた。死闘の末に両機とも相打ちとなった末に、暴走した月光蝶が共にナノマシンの繭を生成、繭に包まれた。他にソシエ、ジョゼフ、メリーベルが搭乗した。曽我篤士版のコミカライズでは、大気圏上でのターンXとの戦闘の末、ターンタイプ故の相互干渉で機能不全に陥ったまま、大気圏に突入するが、まるで意思があるがの如くコアファイターを離脱させた後、ターンXと共に大気による空力加熱に耐え切れず、その際の摩擦熱で燃え尽きている。福井晴敏版のノベライズでは、月面砲カイラス・ギリの2射目を受け止めた後、黄金に輝くナノマシンを地球に撒き散らしながらコア・ファイターを除いて崩壊している。このナノマシンがカイラス・ギリによって壊滅的被害を受けた地球の環境を回復させた。曽我篤士の漫画版・福井晴敏の小説版共に∀ガンダムが腕や脚等、機体の末端部分を戦闘で喪失するシーンがあるが、アニメ本編では、頭部を取り外したりヒゲを折られる描写を除き、その様な描写は無い。
「システム∀」と呼ばれる∀ガンダム専用の支援設備がサンライズの堀口大明神によって描かれているものの、全体像は作中未登場となる。アニメ第6話においてはこの設備の一部がマウンテンサイクルから発掘され、ガンダムハンマー(ハイパーハンマー)を拾得している。
本機は劇中では、ミリシャからは「ホワイトドール」、ディアナ・カウンターからは「ヒゲ」「白ヒゲ」などと呼ばれた。第9話で初めて、コレン・ナンダーが「ガンダム」と呼び、第14話ではパイロットであるロラン・セアックも「ガンダム」と呼んだ。「∀ガンダム」という名前は、第23話でテテス・ハレが、第24話でロラン・セアックが一度ずつ使ったのみ。アデスカでは同地の神話になぞらえて「白い悪魔」と呼ばれた。第43話以降はほとんどのキャラクターが「ターンエー」と呼んだ。
葉山藩に潜入した公儀隠密・栗林伝蔵からの連絡が途絶えたことを不審に思った半蔵は、影丸に事情を探らせんと葉山に向かわせるが、藩内では阿片の密売が行われていた…。
城主が原因不明の病気に見舞われた秋月藩では、辻斬りが横行し、主席家老まで殺害される。この現場に居合わせた隠密の藤次は阿魔野邪鬼を含む4人の辻斬りに捕まり命を落とす。半蔵は、藤次からの連絡が途絶えたのを不信に思い、影丸と弥兵衛を秋月藩に向わせる。
服部半蔵はある夜、辻斬りの場面に遭遇する。忍者に襲われていた男は、「隠し金山がある」と言い残して息を引き取った。幕府の直轄ではない隠し金山の存在は、謀反のための軍資金を蓄えている可能性のある一大事である。命を受けた半蔵は、男の死体の特徴から甲府に目をつけ（初出でははっきりと「甲府病」という記述があったが、後の文庫では修正されていることが多い）、影丸ら5人の隠密を派遣する。
幕府隠密首領・服部半蔵の屋敷からとある巻物が奪われた。半蔵は半分のみの奪回に成功するも、その巻物は公開されればそれ一つで天下が覆されるほどの効果を持つという。相手が持つ巻物の残り半分をめぐり、伊賀忍群と寒月斎率いる飛騨忍群の総力戦が幕を開ける。公儀隠密側の精鋭の登場が物語後半になってからとはいえ、本作としては最多の4人（影丸含む）が最後まで生き残っている回である。
2000年にヒマラヤ山脈を越えて、チベット自治区からインドに逃亡し、難民認定を経てそのままインドに亡命した。もともと、8歳でカルマパ17世と認定されてから、中国政府側の厚遇を受けており、比較的自由を与えられていたとされる。中国政府と中国共産党はカルマパ17世を、亡命中のダライ・ラマ14世に代わる親中国共産党派のチベット仏教指導者に育てあげようと考えていた。しかし、カルマパ17世は仏教修行のためにインドへの旅行を希望し、それを中国政府に度々打診したが断られ続けた。その後は当局からの監視がいっそう強くなった上に、1998年にはツルプ寺で中国人2人によるカルマパ17世の暗殺未遂事件がおこった。カルマパ14歳の1999年12月28日の夜、中国政府の番人たちの目をそらせた隙にツルプ寺の寝室から、用意された車に飛び乗った。一般人の姿をして、カルマパの姉を含む侍従5人と2人の運転手と共にネパール国境へと進む。僧院ではカルマパが自室にいるように見せかけるため監視の番人には、カルマパは長期の瞑想修行に入っていると説明し、僧侶らが毎日部屋に訪れていたという。中華人民共和国は、カルマパ17世は歴代のカルマパ（カギュー派黒帽活仏）の法器・黒帽を探索しにいく旨を書き記した置手紙を残したと発表し、カルマパ17世がすぐに中国に帰国することを示唆した。しかし、インドに姿を現したカルマパ17世本人はこの話を否定し、自分の行動が中国の束縛を逃れての亡命であることを明言した。ネパールの首都カトマンドゥを経てインド国内に入る。そこまでの交通手段は徒歩や馬、列車、バス、レンタカーを乗り継いだとされる。ムスタン南部を抜ける際には僧侶がチャーターしたヘリコプターを利用し、逃亡中の資金や食料は信者が支援（供養）した。8日間に及ぶ逃亡によってカルマパの足は凍傷し、顔の皮膚もひび割れていた。2000年1月5日早朝にチベット亡命政府のあるダラムサラ近郊のゲストハウスに到着。同日、ダライラマ14世と面会を果たしてその祝福を受けた。ダライラマ14世とカルマパ17世が一緒に移っている写真は日本や世界各国でも報道された。