現役引退後の2004年はJFA公認B級コーチライセンスを取得し、古巣・鹿島のジュニアユースコーチに就任。また、ブラジルに遠征するU-15日本代表のコーチも務めた。2005年からは鹿島ユースのコーチを務め、2006年にはJFA公認S級コーチライセンスを取得した。2007年より、同じく古巣であるアルビレックス新潟トップチームのコーチに就任。2009年にはヘッドコーチに昇格し、2010年より監督に就任。就任当初は開幕から8試合未勝利と低迷したが、第9節でヴィッセル神戸に2-1で勝利すると、そこから2004年以来のリーグ戦4連勝を果たし、11試合無敗記録を樹立。最終的に9位でリーグ戦を終えた。2011年は開幕から5試合無敗となった一方で、5-6月は9試合勝利無しと苦戦が続き、残り7試合となった第27節終了時点でJ2降格圏の16位のヴァンフォーレ甲府と勝ち点2差まで迫られたが、ここからの3連勝で持ち直し、第32節でガンバ大阪と引き分けてJ1残留を決定した。しかし、11月には公式戦5試合で1分4敗に終わり、最終的には前年を下回る14位となった。2012年も新潟の監督を続投したが、開幕からのリーグ戦3連敗、第12節でジュビロ磐田に1-6で大敗するなど不調が続き、12節終了時点で2勝3分7敗の17位と低迷。この結果を受け、5月21日に新潟の監督を辞任した。シーズン途中での監督交代はクラブ史上初となった。
2000年以降は、ダンガンレーサーやラジ四駆への新製品の投入がメインだったため、ミニ四駆の新製品は従来車種のリメイク仕様が中心だった。大きな話題を呼ぶ新商品の登場が皆無だった状態の中、当時小中学生だった子供達が大人になったため、オークションサイトでは昔の生産停止品が高値で取引されていた。当時、非常に人気の高かったアバンテJr・アバンテ2001Jrを始めとして、『ダッシュ四駆郎』にて登場した各マシンのほか、ごく少量のみ生産された車種は数万円単位で取引されることもしばしばだった。しかし、バンダイからミニ四駆を参考にした類似品であるバクシードシリーズが発売され人気を博するに及び、対抗する形で2005年から人気のあった旧車種の再発売を開始。その一環として「メモリアルボックス」というマシンのセットも販売され、その中には生産停止されていたグレードアップパーツ（主にボディ系パーツ）も付属されていた。そして、対抗商品の本命として6年ぶりとなる本格的な新製品「ミニ四駆PRO」シリーズを2005年11月に投入する。このミニ四駆PROには、新開発のシャーシ「MSシャーシ」が採用されたことが大きな特徴であった。モーターと電池をシャーシ中央の低い位置に集中配置して前後の重量バランスを最適化するとともに低重心化を図った。今までのプロペラシャフトを使用した駆動方式から一変して、ダブルシャフトタイプのモーターを伝わって前後輪をダイレクトに駆動する、駆動抵抗の少ない構造となっている。また、前述のバクシードシリーズに対抗する必要から構造も意識したものとなり、シャーシを3分割としてカスタマイズの自由度がこれまで以上に高まった上に、従来のシャーシを上回る剛性を実現した。主催の公式レース大会、いわゆるミニ四駆公認競技会の改革も行われ、今まで公式レース大会に参加できなかった高校生以上でも参加できる「エキスパートクラス」を新設。従来の中学生以下のレースは「ジュニアクラス」として、年齢によるクラス分けを行った（なお、この「大人が出場できない」という問題は特に第二次ブーム当時には「大人が作ったマシンを子供が走らせる」という歪な状況まで発生させており、「ミニ四ファイターV」においてもこの「代走問題」を指摘するエピソードが存在した）。このエキスパートクラスにより、過去2回のブームを収束させてしまう一因となっていた年齢上限を撤廃したことは画期的なことであった。エキスパートクラスの創設とミニ四駆PROの投入もあってバクシードからのユーザーの呼び戻しに成功し、後に第三次ブーム拡大へ発展する素地が作られた。エキスパートクラスでは、2007年まではミニ四駆PROのみ使用可能だったが、2008年よりすべてのミニ四駆が使用可能となり、「オープンクラス」と名称も改められた。オープンクラス・ジュニアクラスとは別に、独自レギュレーションによるクラス分けの試みも行われた。直径26mm以下のタイヤの使用が義務付けられている「小径タイヤ限定クラス」、一部シャーシを除くレーサーミニ四駆のみの「クラシック部門」、2007年より初心者向けに、車検場に設置されているスピードチェッカーで時速を計測し、計測結果が25km/h以下でなければ出走できない「ルーキー部門」が主なものであった。2006年2月1日には、主にミニ四駆を題材にしたビジネスを展開する企業「ミニ四駆ネットワークス株式会社」をケイブとタミヤの共同で設立。メディアミックスなどライツビジネスの展開、ショップの経営やイベントの企画運営に加え、ミニ四駆に関する世界観の創作などを行うと発表。第一弾の企画として、ミニ四駆を題材にしたフリーペーパー『少年アクセル』を全国のイベント会場や模型店にて無料配布した。2006年に行われた文化庁メディア芸術祭の10周年記念アンケート「日本のメディア芸術100選」・エンターテインメント部門では20位にランクインし、その根強い人気を再確認するに至り、タミヤ側もミニ四駆のさらなる展開を企画するようになっていく。2006年6月からオンラインコミック『吉祥寺フェニックス』の配信を開始したのを皮切りに、同年7月からはソーシャル・ネットワーキング・サービス「ミニヨンクラブ」もサービス開始。主にインターネットを通じたプロモーションが積極的に行われた。2007年はミニ四駆が発売されて25周年となり、その記念イベント「ミニ四駆まつり」を同年3月に開催。25周年記念セレモニー、歴史展示、ヒストリックカーミーティングなどが行われた。また、25周年記念企画としてデザインコンテストの開催し最優秀作品は「サバンナレオ」として商品化、年間チャンピオン戦の開催、静岡県の静岡県コンベンションアーツセンター（グランシップ）にて海外からの招待選手を交えて「ワールドグランプリ」を開催、『爆走兄弟レッツ&ゴー!!』の作者・こしたてつひろがデザインを手掛ける25周年記念モデル「バイソンマグナム」と「ロデオソニック」の発売などの様々な企画が立て続けに行われた。ニュースサイトや雑誌社などメディア関係者を対象としたレース「プレスカップ」も開催され、レースの模様が各メディアにて取り上げられた。いずれも年齢は無制限で、「クラシック部門」以外は全てのミニ四駆が使用可能であった。プレスカップは後述する発展期には一時的に消滅するが、盛況期になりメディアレースや企業対抗レースという形で発展的復活がなされることになる。