2006年9月、「100円マック」が拡充され8品目となった。単価の高い高価格化路線を同業他社が取っていることで、この追加した100円マックは、従来のセットメニューを利用するユーザーに「ついで買い」しやすい100円メニューの拡大・品目の豊富さをアピールして、販売カウンターのメニュー表には、セットメニューの近くで目立つお薦め表示がされている。この試みは着実な成果を上げ、2006年の既存店の売上高は前年同月比8月10%増、9月の12%増、来店客数も前年同月比と比べて9月は5.4%増と、高価格メニューと低価格メニューを両立した戦略で回復基調を堅持している。2008年（平成20年）7月18日より新レギュラー商品として「マックベーカリー」（菓子パン）を設け、「メロンパン」「チョコデニッシュ」「シュガークロワッサン」を全国発売 していたが、同年9月18日から発売の「シナモンメルツ」などの影響もあり売り上げが低迷、同年10月上旬に販売終了した。また、2019年10月1日からの消費税増税に伴いハンバーガー、チキンクリスプが値上げ。よって100円で購入出来るサンドイッチが無くなった。
2001年から2002年にかけて平成不況が長引いて株価が低迷、為替も一時期 $1=140円台をつけるなど逆に円安に振れたことや客単価が下がったことから、収益が悪化。2002年創業以来初の赤字決算となってしまう。加えて、それまで行われたことがなかった不採算店舗の閉鎖をこの時期初めて実施するようになる。経営収支を立て直すため、「平日半額キャンペーン」を2002年2月14日をもって終了。ハンバーガーの通常価格を値下げするが、平日半額からは値上げとなり、消費者が大きく反発して客離れを引き起こしてしまう。再度客を呼び戻そうと、同年8月にハンバーガーをさらに値下げするが、値下げに慣れてしまった消費者にはインパクトがなく、期待したようには客足が戻らなかった。価格破壊戦争を引き起こした結果、経営悪化と「ハンバーガーは安物食品である」というイメージを消費者に与えてしまい、ブランドイメージが大きく損なわれた。藤田は戦略失敗による経営責任をとり、引退する。その後日本マクドナルドは米国マクドナルドの直轄体制となり、現在に至る。2002年2月、会社分割による持株会社体制へ移行。商号を「日本マクドナルドホールディングス株式会社」に変更した。2003年、ハンバーガー事業の立て直しを図る為、希望退職者募集、藤田商店との関係清算、他事業からの撤退等、組織と経営資源の再編成を行った。
1977年以降は、アメリカに似たドライブイン型店舗、ドライブスルー併設店舗も展開するようになった。1982年8月、日本マクドナルドの開発によるPOSシステムをマクドナルド米国法人が採用。1985年頃、商品購入時に2問の設問が付いたくじが配布される。全問正解でハンバーガー、ポテト、ドリンクのいずれかがもらえるというものだった。これは数年間継続され、後年は設問を一般公募した（採用者の一部は宣伝にも出演）。くじの配布は手を変え品を変え、現在でも何らかの宣伝で使用されている。1987年、ハンバーガーと飲料とポテトを組み合わせると、価格が安くなる「サンキューセット」を発売しヒットする。これはこの年の流行語ともなった。このセットは同業他社にも影響を与え、ロッテリアがサンパチトリオを登場させたが、同社もそれに対抗し1988年には更に値下げをした「サブロクセット」として新展開した。1990年12月20日、山形県第1号店「山形やよい町店」開店、これで全都道府県進出を達成。また、1990年代には厨房が狭く、品揃えも限定した「ミニマック」（この名称は現在は廃止）という形態の店舗を数多く出店した。
日本向けの名称・表記・発音は『マクドナルド』である。日本において設立準備時、"McDonald's" の英語圏における発音は『マクダーナルズ』と表現されていた（発音に関する詳細はマクドナルド#英語圏を参照）。しかし、日本マクドナルド初代社長の藤田田が、「『マクダーナルズ』では日本人には発音し辛く馴染まないから、日本語的に3・3の韻になるように」という理由と、看板にした時の字面とバランスを考慮した上で決定された。
アメリカ・マクドナルドのフランチャイズ企業。日本国内のマクドナルドは2018年時点において約2,900店舗で展開している。日本のハンバーガー市場における市場占有率（シェア）は1990年代後半から2000年代において60%台〜70%台を獲得している。米国マクドナルドの直轄体制となっており、日本マクドナルドホールディングス（持株会社、旧：日本マクドナルド）の連結子会社である。現在のCEOはサラ・カサノバ(代表取締役社長)。
デビュー・アルバムではメアリーは楽曲制作に関わらなかったが、『マイ・ライフ』から歌手のメアリー本人も作詞などで13曲参加している。デビュー・アルバムの成功で「クイーン・オブ・ヒップホップ・ソウル」という称号を受けてはいても、「私は普通の、歌が好きなホーム・ガール」と言うメアリー自身が、現実に経験している恋愛の悩みや様々な悲しみを歌に込め、真実の愛や心の安らぎを求め探して本当の自分を見つけようとするホーム・ガールの繊細な揺れる心（エモーショナル）をテーマにしたものとなっている。サウンド的には、1970年代ソウルの愛好家であるチャッキー・トンプソンが多くを制作に関わり、70年代のR&Bクラシックを意識した楽曲作り（サンプリングも含め）となっている。エグゼクティブ・プロデューサーのショーン・パフィ・コムズ曰く、「クワイエット・ストームが生まれ、生演奏の楽器がファンクを生んだ」70年代であり、「（7歳だった）メアリー・J. ブライジが、歌こそ自分の人生と確信した」70年代は「何もかもが良き時代だった」と語っている。メアリー自身も「このアルバムには70年代の音楽に対する思い出がいっぱい詰まっている」として、子供時代に母親の影響でよく聴いていたスティーヴィー・ワンダー、アレサ・フランクリン、チャカ・カーン、グラディス・ナイト、メイヴィス・ステイプルズ、ロイ・エアーズなどの曲などを挙げながらアルバムのコンセプトを語っている。なお、日本盤の帯コピーは「ザ・クイーン・オブ・ヒップホップ・ソウル第2弾。」である。