『パーマン』はこれまでに映画ドラえもんの並作として5度映画化されている。※ 以下の『バードマンがやって来た!!』から『忍者怪獣ジッポウVSミラクル卵』までは未だDVD化されていない。
『ドラえもん』では前出の2002年、2003年の大晦日特番以外にも幾度かゲスト出演している。原作漫画では、「ムードもりあげ楽団登場!」（てんとう虫コミックス第14巻に収録）、「イメージガム」（てんとう虫コミックス『ドラえもんプラス』第4巻に収録）で、劇中に連載・放送されているマンガ・アニメの主人公としてたびたび登場している1989年3月3日放送「なんでも空港」においてパーマン1号、パーマン2号、パーマン3号が、1993年9月8日放送「ドラえもん ボクの感謝の90分 ! 夢の四次元バラエティー」では1号が、1998年10月11日放送「秋だ一番 ! ドラえもん TV&映画20周年 !! スーパースペシャル !」では1号、2号、3号が、2003年2月21日放送「どんなモンだい ドラえもん 春一番 ! 雪ん子突風スペシャル !!」では1号、3号が、2003年3月7日放映「ドラえもん 映画 前夜祭 2003」では1号がそれぞれ登場している。2008年7月18日放映「ぼくよりダメなやつがきた」ではのび太やしずかと同じクラスに小学生のミツ夫とスミレが隣の席同士で一瞬モブキャラクターとして登場する場面がある。藤子・F・不二雄生誕80周年記念として2013年9月13日放送「ドラえもん 誕生日1時間スペシャル」エピソード「真夜中の巨大ドラたぬき」でパーマン1号がゲスト出演した。ミチ子、パーマン2号、魔土災炎も劇中劇の人物として登場している。2014年8月1日放送「なんでも空港」では、1989年に放送された時と同様にパーマン1号、パーマン2号、パーマン3号が、第2作1期のアニメには登場しなかったパーマン4号、バードマンと共に出演している。
1993年（平成5年）から振り子を固定した状態で臨時「あずさ」に導入され、1994年（平成6年）12月3日から振り子機構を作動させ、「スーパーあずさ」に導入された。量産先行車の落成当初、大糸線には付属編成が乗り入れていたが、その後基本編成が乗り入れるように改められた。落成当初は南小谷方が付属編成であったが、1994年夏に東京方が付属編成に変更されている。1997年（平成9年）10月12日、S3+S23編成による「スーパーあずさ」の大月駅通過中に、信号を無視して本線に進入した入換車両に衝突されて脱線転覆し、S3編成のうち損傷の酷かった5両が解体された（→大月駅列車衝突事故も参照）。本件事故後の処理は、廃車手続きをせず代替の車体を日立製作所で新造し、この車体に使用可能な部品を整備のうえ取り付け、原番号で復旧した。事故発生から代替編成新造までの期間は、編成不足を補うために北陸新幹線一部先行開業に伴い余剰となっていた「あさま」用の189系11両編成を車体塗装を変更せずに投入した。2008年（平成20年）3月14日までは間合い運用として東海道本線の「おはようライナー新宿」・「ホームライナー小田原」にも充当されていた。藤沢・茅ケ崎の両駅では貨物線のライナー専用ホームに停車していたが、有効長は10両編成分であるため、1 - 3号車の客用ドアは締切扱いとなっていた。そして、同年3月17日からは「中央ライナー」に充当されるようになった。2008年（平成20年）8月15日に初めて夜行快速の「ムーンライト信州」92号に充当され、2009年も同列車に使用されている。2010年3月まで朝の「スーパーあずさ」6号が信濃大町駅始発として設定されていたが、同月のダイヤ改正で松本駅始発に変更されたため、大糸線での定期列車の運行は消滅した。JR東日本では2014年2月に機器の老朽化した本形式の置き換えを目的として、E353系を新造することを発表した。2017年12月23日から営業運転を開始し、スーパーあずさ8往復のうち4往復がE353系に置き換えられた。2018年3月17日のダイヤ改正で「スーパーあずさ」全列車がE353系に統一され、本形式は「スーパーあずさ」の運用を終了した。また、「中央ライナー」の運用も終了し、E257系に統一された。そして同年4月7日に行われた「ありがとうE351系 松本〜新宿ラストランの旅」をもって全ての運用を終了した。2017年12月24日付で23両が、2018年3月18日付で1両が廃車された。残る36両も2018年4月4日と同月8日に廃車され、本来置き換え予定であった189系より先に形式消滅となった。本系列はE257系とは異なり、制御付き振り子車両という特殊設計であり、維持・管理に莫大な費用が掛かることから、E653系などでみられる他の定期特急列車への転用はおろか、臨時列車への転用すら行われなかった。その後、60両全車が解体され、現存する車両は存在しない。JR東日本が鉄道会社の顔と言える特急用車輌を部分保存することすらなく、全車解体するのは本形式が初めてのことであり、国鉄時代を含めても157系一般車に先例があるのみである。