1990年代と2000年代は幾つかの国内テロもあった。多くの場合、連邦政府や大企業の動き、あるいはアメリカ社会の他の側面に不満を抱いた者による犯行だった。1970年代と1980年代はメディアから「ユナボマー」（The Unabomber）と呼ばれた正体不明の者から、学者や航空産業の人物に郵便爆弾が送られてきていた。一時期は無くなっていたが、1993年からまた熱心に郵便爆弾を送るようになった。その標的は製材業や石油産業の代表者など大企業に拡大された。1990年代半ばに2人が殺害され、FBIによる骨の折れるまた金を使った捜査に、全国的メディアの協力もあって、セオドア・カジンスキーという実行犯を突き止めて逮捕した。カジンスキーは終身刑を宣告された。1995年4月19日、オクラホマ州オクラホマシティのアルフレッド・P・ミュラー連邦政府ビルの外で、トラック爆弾が爆発し、168人を殺害し、600人以上を負傷させた。この爆破事件はアメリカ国内テロとしては最大のものとなり、連邦政府ビルの安全性を徹底的に改良させることになった。この事件の実行犯ティモシー・マクベイは反政府過激派であり、ウェーコ包囲事件やルビー・リッジ事件をその連邦政府に対する報復の正当化理由にしていた。マクベイは特に連邦政府役人を標的にしようとしたが、多くの無辜の市民が巻き添えになり、その中には19人の子供も含まれていた。マクベイは2001年に死刑が執行され、共犯者のテリー・ニコルズは終身刑を宣告された。1996年7月、ジョージア州アトランタの100年記念オリンピック公園で開催されていた夏季オリンピック期間に、自家製の爆弾が爆発し、2人が殺害され、100人以上が負傷した。この事件の後には2つの妊娠中絶医院と1つのレズビアン・ナイトクラブに同様な攻撃があった。2003年、容疑者エリック・ロバート・ルドルフが逮捕され、2005年に終身刑を宣告された。2001年、9.11同時多発テロ事件から数日後、著名なニュースパーソナリティや政府役人など数人に炭疽菌を入れた郵便が配達された（アメリカ炭疽菌事件）。この郵便で5人が死に、17人が感染した。このバイオテロは当初国際テロ組織アルカーイダによるものとされていたが、2008年にブルース・エドワード・アイビンスというメリーランド州の科学者が実行したとされた。アイビンスは告発される前に自殺した。
2001年9月11日朝、4機の民間航空機がハイジャックされた。そのうちの2機はニューヨーク市のワールド・トレードセンターに衝突し、双子ビルを倒壊させて3,000人弱の人命を奪った。3機目はバージニア州アーリントンのペンタゴンに突っ込んだ。4機目は乗客が反乱を起こした後にペンシルベニア州南部に墜落しており、操縦していたハイジャック犯人に墜落させたものと考えられている。このテロ事件でもたらされた大きな衝撃、悲しみそして怒りはアメリカ国内のムードを変えた。ウサーマ・ビン＝ラーディンとそのアルカーイダのテロリスト・ネットワークがこのテロを仕組んだことがわかり、ブッシュ大統領は「テロへの戦い」を宣言した。アメリカ合衆国議会は今後のテロ攻撃に対する幾つかの防衛策を承認した。例えば国土安全保障省の創設であり、米国愛国者法の成立だったが、この米国愛国者法はアメリカ自由人権協会のような団体から批判を受けた。アメリカの軍事的対応としては2001年10月7日のアフガニスタン侵攻があった。その標的はアルカーイダであり、彼等を支援し匿っているターリバーン政権だった。アメリカ軍は十数か国からの軍隊の支援を受け、ターリバーンを政権の座から追うことに成功したが、連合軍とアフガニスタンの様々な党派との間に今でも戦闘が続いている。2002年、アメリカ合衆国の国内総生産は2.8％成長した。2002年の上半期における主要な短期的問題は証券市場の急落であり、これは一部大企業の不明瞭な会計方法が暴露されたことが原因の一つだった。もう一つの問題は失業率であり、世界恐慌以来となる長期間の増加を続けていた。市場の安定性に失業率の問題が組み合わされ、経済学者や政治家の中ではこの状況を「雇用なき景気回復」と言う者もいた。それでも2003年から2005年のアメリカ合衆国は9.11不況からの着実な経済回復を成し遂げていた。
ペンシルベニア州交通省は州内121,770マイル (195,970 km) の道路の内、39,861マイル (64,150 km) を所有しており、その長さは国内第5位となっている。ペンシルベニア・ターンパイク体系は全長535マイル (861 km) あり、本線はオハイオ州からフィラデルフィア市やニュージャージー州に伸びている。ペンシルベニア・ターンパイク委員会が管轄している。もうひとつ東西に伸びる幹線道が州間高速道路80号線であり、州の北部をオハイオ州からニュージャージー州を繋ぎ、デラウェア・ウォーターギャップで終わっている。州間高速道路90号線はオハイオ州からニューヨーク州を繋ぎ、州内の最北西部エリー郡の比較的短区間のみが入っている。南北方向の幹線道は州間高速道路79号線であり、エリー市に始まり、ピッツバーグ市を抜けてウェストバージニア州に入る。同81号線はニューヨーク州から入ってラッカワナ郡スクラントン市とハリスバーグ市を通り、メリーランド州に抜ける。同476号線はチェスター郡のデラウェア州境北7マイル (11 km) に始まり、132マイル (212 km) 走ってラッカワナ郡のクラークスサミットに至り、州間高速道路81号線に合流する。この道路は20マイル (32 km) の区間を除き、ペンシルベニア・ターンパイクの北延伸部であり、ペンシルベニア・ターンパイクの南側本線は公式には「退役兵記念ハイウェイ」と呼ばれるが、地元では「ブルールート」と呼ばれるのが普通である。南東ペンシルベニア交通局 (SEPTA)は国内第6位の交通機関であり、フィラデルフィア大都市圏で通勤鉄道、通常の鉄道、ライトレール、バス体系を運行している。アレゲニー郡港湾公社(PATransit)は国内第25位の交通機関であり、ピッツバーグ市内と周辺のバス体系およびライトレールを運行している。都市間旅客鉄道はアムトラックが運行し、高速運転が行われるキーストーン回廊には「キーストーン号」を走らせている。これはハリスバーグとフィラデルフィアの30番通り駅を繋ぎ、その後はニューヨーク市に向かう。また1日1往復運転の「ペンシルベニアン号」（Pennsylvanian）も同様にニューヨーク市からハリスバーグを走るが、ピッツバーグ市まで伸びている。これらの列車が通る路線はかつてのペンシルバニア鉄道の本線にあたり、アルトゥーナには著名な鉄道史跡である「ホースシューカーブ」がある。「キャピトル・リミテッド」はシカゴとワシントンD.C.を結び、途中でピッツバーグ市、コネルズビル市を通る。シカゴとニューヨーク市を結ぶのが「レイクショア・リミテッド」であり、エリー市を通っている。「キャピトル・リミテッド」も「レイクショア・リミテッド」も1日1往復運転である。州内で運行される短線貨物鉄道は67線あり、国内最大数である。主要空港は7つある。フィラデルフィア国際空港 (PHL)、ピッツバーグ国際空港 (PIT)、リーハイバレー国際空港、ハリスバーグ国際空港、エリー国際空港、ユニバーシティパーク空港、ウィルクスバリ・スクラントン国際空港である。公共用途空港は全部で134ある。ピッツバーグ港は国内内陸港では第2位、全体でも第18位の港である。フィラデルフィア港は国内第24位である。エリー湖すなわち五大湖には唯一の港、エリー港がある。アリゲイニー川閘門とダム第2号は、アメリカ陸軍工兵司令部が運営する国内255か所の閘門の中でも使用頻度が高いものである。このダムがピッツバーグ市中心街近くでアリゲイニー川の水を溜めている。