釧路管内となる当該区間は、全線直通列車のほかに川湯温泉駅 - 釧路駅間に下り1本、摩周駅 - 釧路駅間に下り1本、上り2本の区間列車が設定されている。この区間の車両滞泊駅は摩周駅で、朝6時台の川湯温泉発の列車は摩周駅から回送されて運行される。なお、摩周駅では釧網本線の運行管理を行っている。臨時列車がほぼ通年に渡って設定されており、「くしろ湿原ノロッコ号」が（川湯温泉駅 - ）塘路駅 - 釧路駅間で、「SL冬の湿原号」が（川湯温泉駅 - ）標茶駅 - 釧路駅間で運転されている。
オホーツク・釧路両管内の境界で野上峠越えとなる当該区間は全線直通の5往復のみとなる。急勾配 (25 ‰)・急曲線（最急曲線は半径300 m）・多雪区間であるため、基本的にキハ54形が単行で限定運用され、ダイヤもキハ54形の性能に沿って設定されている。4月下旬から10月31日までと12月1日から3月31日までは、緑駅 - 摩周駅間に臨時列車が設定され、網走駅 - 緑駅間と摩周駅 - 釧路駅間の両区間列車をつなぐ形で網走駅 - 釧路駅間全線を運行していた。この列車には摩周（釧路）発は2010年（平成22年）の運行より、緑（網走）発は2011年（平成23年）7月1日より「摩周&川湯温泉足湯めぐり号」の愛称が命名された。摩周駅と川湯温泉駅の停車時間に足湯が利用できるほか、周辺施設で利用できる割引クーポンが配布される。冬期の運行は2011年より開始されており、摩周（釧路）発の一部期間は運行時刻を変更の上で愛称が付されない。この網走駅 - 緑駅間と摩周駅 - 釧路駅間の区間列車は緑駅 - 摩周駅間の臨時運転区間を含め、2016年（平成28年）3月26日のダイヤ改正で網走駅 - 釧路駅間を通年で直通する列車となった。
1944年10月5日、マニラ着。6日、タマ29船団と合同のためサンフェルナンドへ向かう。8日、サンフェルナンド着。10日、船団とともにサンフェルナンド発。11日、タマ29船団から分離してタマ28船団の護衛に向かう。12日、マニラ着。17日、マシ03船団を護衛してシンガポールへ向けマニラ発。その後船団は楡林へ退避することとなり、21日に楡林に入港。楡林へ向け航行中の20日、第十二海防隊に編入。22日、本艦はヒ76船団と合同のため楡林発。25日、日本近海に達したところで第十二海防隊の僚艦と合同するためにヒ76船団から離れて馬公へ回航。27日、馬公着。本艦の馬公入港により、第十二海防隊の所属艦が揃った。29日、第十二海防隊はミ23船団を護衛してサンジャックへ向け馬公を出港。11月4日、サンジャック着。11月9日、シンガポールへ向けサンジャック発。12日、シンガポール着。ミ23船団はミリへ向かわずシンガポールで解散となった。本艦は13日から15日まで、シンガポールの第百一海軍工作部で主砲と探信儀の修理を行う。16日、第十二海防隊はサンジャックへ回航。18日、サンジャック着。20日、第十二海防隊はサマ14船団（特務艦間宮）を護衛してマニラへ向けサンジャック発。マニラヘ向け航行中の25日、コレヒドール島西方で僚艦の第38号海防艦が被雷沈没。本艦は第46号海防艦とともに対潜掃蕩と第38号海防艦の救難にあたる。27日、マニラ着。28日、高雄で編成中のタマ33船団と合同のため、第十二海防隊はマニラを出港。30日、高雄に入港し即日タマ33船団（2隻）を護衛して高雄発。12月2日、サンフェルナンド着。12月4日、第十二海防隊は高雄へ回航のためサンフェルナンド発。6日、本艦は春風と雑役船長島の救難のため分離。7日、春風の救難を干珠に引継ぎ、高雄へ回航。9日、高雄着。同日、第十二海防隊はタサ18船団（5隻）を護衛してサイゴンへ向け高雄発。18日、サイゴン着。20日サタ04船団（6隻）を護衛してサイゴン発。30日、目的地の高雄に対する空襲が予想されたため、船団は高雄入港を取りやめて基隆へ向かう。31日、基隆着。1945年1月3日、第十二海防隊はタモ34船団（元サタ04船団）を護衛して内地へ向け基隆発。9日、門司着。同日第十二海防隊は全艦呉へ回航し、本艦は1月10日から18日まで、呉海軍工廠第三船渠に入渠し修理を行う。その際、水中探信儀を仮称三式に換装。19日、門司へ回航し、モタ33船団の編成を待つ。20日、第十二海防隊に第132号海防艦が編入。21日、皆元海防艦長が肺浸潤のため入院。22日、第十二海防隊はモタ33船団（8隻）を護衛して門司発。29日、陸軍徴傭船くらいど丸が被雷沈没したため、本艦と第14号海防艦は現場に残り乗員の救助と対潜掃蕩にあたる。30日、基隆着。31日、第十二海防隊はタモ39船団（5隻）を護衛して内地へ向け基隆発。2月8日六連着。2月8日から11日まで、門司で探信儀の整備を行う。13日、第十二海防隊はモタ36船団（第一分団2隻）を護衛して六連発。18日、基隆着。22日、タモ44船団（3隻）を護衛して基隆発。28日、六連着。