モモは夢を持つ人々の象徴でもあったとされている。ミンキーモモは、どこかの地球のどこかの国のどこかの町の子どものお話でした。もしかしたらあなたの隣にモモが…いいえ、あなた自身がモモなのかもしれませんね。 — 第46話 次回予告（声：ママ）より、『ロマンアルバム 魔法のプリンセス ミンキーモモ』（1983年）68頁
生活感の描写に大きなウェイトを置いていた東映動画系の魔法少女アニメに対し、舞台設定が無国籍に近い。首藤は舞台設定を「どこかの国のどこかの町ということにしましょう」と提案し、それを押し通したという。内容的にも、学校に通う場面がほとんどない反面、単なる少女アニメという枠にとらわれず「おもしろければ、何をやってもいい」という基本方針のもと、いろいろなアイデアを満載していた。物語は時にラブロマンスであり、スパイアクションであり、メルヘンでありと何でもありで、第31話「よみがえった伝説」では合体ロボ・ミンキナーサが登場し、少年向けロボットアニメ『戦国魔神ゴーショーグン』（1981年）のパロディが展開された。看護婦にファッションモデル、ビキニの水着姿の女ダイバーなど、その回の事件に合わせて大人プロフェッショナルに変身したモモの活躍も毎回の見所となった。
この物語はどこかの国のどこかの町に住む夫婦が、子供のいないことを切々と語る場面から始まる。そこに夢の国フェナリナーサのプリンセス、ミンキーモモ（以下、モモ）が3匹のお供を連れて空から降りてくる。そして夫婦はモモを、始めから自分たちの本当の子供であったかのように受け入れてしまう。第1話の主要部のプロットの概略は次のようなものである。モモのパパとなった人物は腕の立つ獣医でもあり、噂を聞きつけたある牧場から往診を求められる。海外出張中のパパに代わりモモが牧場に向かうが、モモが子供だからという理由で牧場主に相手にされなかった。そこでモモは大人に変身する魔法で獣医の看護婦に変身して牧場の馬を治療し、さらに、牧場を悪者から救うために騎手に変身し競馬レースで活躍する。第2話以降もモモは事件に遭遇し、魔法で大人に変身するが、プロットそのものには決まったパターンがなく多様な展開を見せる。各回ごとにエピソードの主要人物となるゲストが登場し、モモはゲストの夢を叶えようと奔走する。モモが何かいいことをすると各回の最後にモモのペンダントが光り、その4回ごとに夢の国の王冠にハッピーティアと呼ばれる宝石（誕生石）が出現する。宝石が12個そろうと、夢の国が再び地球に降りてくると言われている（第4話）。物語は第43話から第46話にかけて終盤を迎える。モモは、魔法で他人の夢をかなえることはできないことを知り、その後魔法の力を失い、ついには交通事故に遭い命を落としてしまう。そして、モモは人間に生まれ変わり、地球でのパパとママの本当の子供となる。モモが大人になり自分の夢を叶えた時、最後のハッピーティアが出現し夢の国が降りてくるだろうと語られ、『ミンキーモモ』の物語はここで一旦、幕となる。このあとも物語は続き、物語の大筋は人々の夢と希望を奪うためモモを付け狙う悪夢との戦いが中心となる。最終的には、後期のエピソード全てが人間の赤ちゃんとなったモモの見る夢だったことが判明する。夢の中での戦いはモモの勝利に終わり前期最終話に帰結する形で物語は完結する。
マンハッタン島に住むマンハッタン族は暑くなると女や子どもたちが涼しいところに出かけ、男は島に残るという。500年後の話。ニューヨークの三文小説の出版社に勤める中年のリチャードは、妻と息子がバカンスに出かけ、一人でアパートに戻る。偶然にも上階に部屋主カウフマンの避暑旅行の留守期間だけ住みこんだ若いブロンド美女が間借りしているのを知る。上から植木鉢が落ちてきて相手が美女だと知り、家に招待する。暑すぎて冷蔵庫に下着を冷やしているという。ムード音楽はストラヴィンスキーは前衛的すぎ、ラフマニノフのピアノ協奏曲第2番に決まり!テレビCM「ピカピカ歯磨きアワー」に出演しているという女性に浮気心がうずく。もともと色んな女性との恋愛に対する想像力がたくましすぎるリチャードは、ひたすら彼女との関係を妄想する。砂糖の入っていないマティーニはダメというが、誕生日に一人で買った高級シャンペンとポテトチップスを持ってきて、シャンペンに浸すとおいしいという。USカメラに載ったという写真も家にあった。クラシックは分からないけど、「チョプスティック」（Chopsticks）を連弾して、キスをしようとして正気に戻る。翌朝、出社したシャーマンに社長は「若い男の欲望と破滅の物語」『ドリアン・グレイの肖像』を25セントで出そうという。ブルベイカー博士の原稿を読むと、結婚7年目の男の浮気心を「7年越しのうずき（itch）」と説明している。自分も結婚7年目なのでいたく良心を責められるシャーマンはブルベイカー博士の所に行き、本の打合せをするが妄想が加速していることが指の痙攣から知れる。たまりかねて妻に電話をかけると、作家のマッケンジーとドライヴに出かけたという。アパートに戻ったシャーマンは、階上の娘をさそって冷房完備の映画館に『大アマゾンの半魚人』（1954年）を観に行く。娘の感想は「あの怪物がかわいそう」「愛に飢えているのよ」という。娘は地下鉄の風でスカートがまくれるが、Delicious!と叫んで涼しさを楽しむ。明日はテレビがあるというが、「"彼は気づかない キスしたってオーケー" よせよ」というと証明するといってキス。さらにカウフマンの部屋はクーラーがないので暑くて3日も眠れない、という。管理人が絨毯を取替えに来たので、誤解されると思い、一緒に追い返す。ところが、2階との使っていない階段から娘が降りてくる。娘を寝室に寝かせ、シャーマンは居間で一夜を明かす。翌朝、再びノイローゼ的妄想に教われたシャーマンに、娘は昨夜のお礼のキスをする。そこへマッケンジーが突然訪ねてくる。妄想が肥大になって殴ってしまい、管理人に運ばせ、自分は息子のためにパドルを持って避暑地へ急ぐ。