しかしNECの主力機がPC98-NXに移行した後も、P2P専用機やファイルサーバなどとして、PC-9821シリーズを「現役」に留まらせる事が、ディープなファンの間で行われるようになる。信頼性が高く運用の容易なWindows 2000がギリギリで発売された事が、その支えとなった。また一部のサードパーティーからはこれを支援するように「SCSIなどの複合PCIボード」「PCIをAGPに変換するボード」「PC-98用BIOSを搭載したBigDrive対応ATAインターフェースボード」などのマニアックなアイテムが「使用は自己責任で」という断りつきで発売された。ただし、本体サポートが満了した2010年秋頃にはHDD製品の容量が最大3TBに達しており、2TiBまでしか使えない旧来のシステムはファイルサーバとして充分とは言えなくなりはじめている。またWindows 2000はいくつかのセキュリティソフトが対応を継続してはいるものの、現実問題としてWindows XP以降で追加されたファンクションが使えない（一部を除く）。さらにPentium III以前のシステムではSSE2やx64以降の命令も使うことができない。これらはドライバやアプリケーションで実際に使われるようになってきており、実際にXPであれば使用できるUSB 3.0、IPv6、exFATといった、その後の基盤となる機能に2000は対応していない。たとえマシンパワーに目を瞑ったとしても、今後PC-98を「現役」として現実的に使うことは当時より難しくなってきている。一方、主にソフトウェア資産活用を目的としての新規ハード需要も僅かに残っていたことから、数社からPC-9800互換機が発売された。NECの規模とマーケティングからは既に「終了した」規格であるため、かつてのエプソン互換機との競合のような状態には至らなかったが、これらはいずれも16色時代のPC-9801シリーズの相当品であり、NECオリジナルのPC-9800シリーズを凌駕する性能の機種はいまだ発売されていない。小・中規模の製品業者の中には、PC-98シリーズ用に当時数千万円掛けて開発したソフトウェアの為にPC-98を使い続けるユーザーがいる。「PC-98から移行する為には新規にソフトウェア開発が必要だが、今やそこまでの投資しても回収できない」ユーザーが少なからず居り、中古の本体やパーツを保守用として買い集めている者もいる。製造機械の制御をPC-98と独自開発したソフトウェアを用いている現場では、「高額な投資をして導入した機械本体の減価償却が済んでいない」関係からPC-98を使い続けなければならないという事情もある。（例、JR北海道倶知安駅の運行管理システム）
1992年（平成4年）10月に発売された日本IBMのPS/Vシリーズや旧AXメーカーのDOS/Vパソコンなど、日本に製造拠点を置くパソコンメーカー各社は海外からの部品調達率を引き上げてきた。1993年（平成5年）10月に発売された富士通のFMVシリーズは台湾のエイサーからマザーボードをOEM調達した。これによって価格競争力と製品化サイクルを向上させることができた。NECも1993年（平成5年）の円高を契機と見て、PC-9800シリーズの一部ロットでマザーボードのOEM調達を始めた。98FELLOWと98MATE XはECSやWEC (Wong's Electronics)、98MATE Aと98MULTiは致福（GVC、後にLite-Onに吸収）でマザーボードの生産が開始された。NECは品質への懸念に対して次のように触れている。品質も1つのコスト・パフォーマンスだ。台湾ほど過剰品質にならないようにするのにたけているところはない。そうした点で学んだところもある。NEC自身もその時々で設計基準を見直してきた。例えば電源のリップル（変動）の基準。汎用コンピューターの場合に大きなシステムの隅々まで同じ電圧を保つために必要な基準は厳しいものだが、筐体が机の上に乗るようなパソコンで必ずしも同じレベルの基準は必要ない。—戸坂馨（当時、NEC取締役支配人第一パーソナルC&C事業本部長）。『日経パソコン』1995年3月13日号、186頁。
1985年5月1日、ユーゴスラビア社会主義連邦共和国・セルビア社会主義共和国のコソボ社会主義自治州の町・グニラネ / ジランにて、セルビア人の農家であるジョルジェ・マルティノヴィッチが病院に来た。このときのマルティノヴィッチの肛門にはガラス瓶が挿入され、瓶は割れていた。マルティノヴィッチは、畑で作業していたところアルバニア語を話す2人組の男らによって攻撃されたと主張した。しかしその後ユーゴスラビア人民軍の大佐から事情聴取を受けた時には、マスターベーション目的で自ら瓶を挿入したことを認めたと伝えられている。公式の調査では、「検察官は書面にて結論をまとめ、それによると本件負傷者は自身の畑にて『自己満足』のための行為を行ったとみられ、木製の棒の上にビール瓶を乗せたものを地面に設置し、瓶の上に座り、楽しんだ」と報告された。これに続いてグニラネ / ジランの自治体首脳部からも声明が出され、その中でこの事件は「自らおこなった（性的）行為での偶発的な結果」であるとされた。マルティノヴィッチは更なる調査のためにベオグラードの軍医アカデミーに送られた。しかし、このときの医療チームは、問題の傷が自らつけられたものだとは説明できないとした。医療チームはベオグラードから2人、リュブリャナ、ザグレブ、スコピエからそれぞれ1人ずつの（それぞれ、ユーゴスラビアを構成する6つの共和国のうち4つの共和国の首都である）医師により構成されていた。チームは、負傷は「500ミリリットル瓶の強力で乱暴な突然差し込まれたか押し込まれたもので、瓶の太い側が末端まで直腸に入っており」、これはマルティノヴィッチ自身が行うことは物理的に不可能と考えられるとした。チームでは、瓶の挿入は「すくなくとも2人ないしそれ以上の人物が関与しなければなし得ない」とされた。さらに、1箇月後にスロベニアの高名な内科医であるヤネス・ミルチンスキの下に設けられた委員会によるセカンド・オピニオンが実施された。ミルチンスキのチームは、マルティノヴィッチが木製の棒の上の瓶を動かし、その上で地面に座り込むようにして挿入していたが、マスターベーションの最中に滑って転び、体重によって生ずる圧力によって直腸内で瓶が破損したと結論づけた。ユーゴスラビアの秘密警察や軍の情報機関も、マルティノヴィッチの負傷は自ら行われた可能性が高いと結論づけたといわれている。マルティノヴィッチは後に自身の供述を撤回し、供述は3時間におよぶ尋問の中で強いられたものだとし、供述と引き換えに自分の子供たちの雇用を保障すると約束されたと述べた。マルティノヴィッチの息子は新聞社に対して、父は単にセルビア人であるが故に攻撃されたのだとして、「アルバニア人の民族統一主義者が報復目的にやったことだと友人たちは話している。…連中は、犠牲者がセルビア人なら誰でも良かったのだ。」と述べた。最終的に、セルビア社会主義共和国の当局は立件を見送り、1989年にセルビアにおけるコソボの自治権が停止された後でさえこの事件の「加害者」を特定しようとする本格的な動きはなかった。