単行本：44巻～45巻前半万華鏡写輪眼を手に入れたサスケは水月、香燐、重吾と合流し、小隊の名を「蛇」より「鷹」と改め、暁と手を組み、イタチや一族の真の敵だった故郷、木ノ葉への復讐を決意する。その頃、木ノ葉では自来也の戦死がフカサクから伝えられ、ナルトはフカサクのいる妙木山で修行を開始する。「鷹」は雲隠れの里へ向かい、八尾の人柱力であるキラービーと戦う。水月、香燐、重吾に助けられながらもサスケは天照でキラービーを生け捕りにし、マダラに引き渡した。このことは雲隠れにも知られ、「鷹」は雲隠れに追われる身となった。暁は八尾の封印を行うが、サスケが生け捕りにしたキラービーは変わり身だったため、失敗に終わった。
単行本：39巻～43巻木ノ葉と小隊「蛇」はそれぞれイタチの捜索を開始する。ヤマトの小隊はカブトとの戦闘に陥り、取り逃がしてしまう。水月、香燐、重吾と別行動をしている間、サスケはデイダラとトビの襲撃に遭うも、デイダラを自爆に追い込む。「蛇」は木の葉の追跡から逃れ、サスケは（分身の）イタチと遭遇したことでうちはのアジトへ向かうも、水月、香燐、重吾は四尾を一人で仕留めた鬼鮫に足止めを食らう。自来也は暁のリーダー格の情報を得るため、単独で雨隠れの里へ侵入する。ペインと小南に発見されると、ガマケンさんや師匠のフカサクを口寄せし、仙人モードとなって孤軍奮闘する。激しい戦闘の末、自来也は戦死するが、死に際にペインの正体の情報をフカサクに託す。ナルトは「蛇」を見つけるも、イタチの分身に遭遇する。その後、木ノ葉の小隊はトビに足止めを食らう。サスケはイタチと戦闘を始め、苦戦するも勝利する。しかし直後にマダラから、うちは一族とイタチの真実を知らされることになった。
単行本：38巻後半飛段と角都との交戦が終わった頃、サスケは大蛇丸の下で修行を重ねていた。しかし、自身が「大蛇丸を越えた」と確信したサスケはついに大蛇丸に凶刃を晒すのであった。大蛇丸を倒しその力を取り込んだサスケは囚われていた水月を引き連れ、更に香燐、重吾を仲間に加え、小隊の名を「蛇」とした。（後に「鷹」と改める。）
単行本：35巻～38巻前半ナルト達が木ノ葉の里に帰還してまもなく、雲隠れの里に新たな暁のメンバーの飛段と角都が現れ、尾獣の二尾を宿した人柱力・二位ユギトを倒し、拘束する。そのまま、彼らは次なるノルマの達成のため、火の国に侵入し、高名な忍寺である火の寺を襲撃し、守護忍十二士の一人、地陸を倒す。また、他国においてはデイダラと新たに暁のメンバーとなったトビがコンビを組み、尾獣の三尾の捕獲にも成功する。暁が着実にその目的を達成していく中、飛段と角都が火の国に侵入したことを知った五代目火影は、新編成した二十小隊の精鋭達に彼らの抹殺を命じる。しかし、交戦した猿飛アスマは、彼らの術の前に敗れ還らぬ人となる。師の敵を討つべく、元第十班のメンバーは、アスマの代役のはたけカカシと共に再戦。彼らの連携に苦戦を強いられるが、シカマルは命がけの策で飛段をバラバラにして生き埋めにし、ヤマトを筆頭とする仮の第七班として参戦したナルトは、修行で習得した螺旋丸に風の性質変化を組み合わせた風遁・螺旋手裏剣を使用し角都を戦闘不能に追い込み、カカシが雷切でとどめを刺す。
番組タイトルの『SMAP×SMAP』は、アメリカ映画『ニューヨーク・ニューヨーク』から由来し、ジャニーズ事務所社長のジャニー喜多川が同映画から命名した。当番組は1996年3月25日までテレビ東京系列で放送されていた『愛ラブSMAP!』の後継番組である。番組前半は料理コーナー「BISTRO SMAP」、番組後半はコントや音楽コーナー「S-Live」などから構成されていた。前述のように、この番組は音楽番組以外でメンバー全員が揃って出演する数少ない場であるが、2016年1月のSMAP解散騒動が発生してからは、メンバー全員が出演しない特別編が増え、通常放送が減少した 上、「BISTRO SMAP」等の5人揃ったコーナーの観覧が行われないという状態が続いてきた。年数回、メンバーの特別企画や特別編（関西テレビ制作）、生放送スペシャルなどが放送されていた。番組初期は、生放送を新春・春・夏と3回程度行ってきたが、2000年代後半頃からは新春のみ行われていた。また年末では、1997年12月31日に放送された年越しのスペシャルと、2000年12月の2週に渡っての『20世紀のスマスマベスト30』、2005年（平成17年）12月26日に『もう一度見たい名場面リクエストスペシャル』が放送された。2010年代に入ってからは月に1 - 3回程度、15分拡大版が放送された。2010年頃までは祝日や振替休日にあたる日に主に行っていたが、2011年頃からは平日でも拡大版が増えた。そのため、2012年以降は祝日また振替休日は通常回になることが多かった。春・秋の改編期・冬（年末年始）・夏の改編期（6月下旬又は7月上旬）には、21:00 - 23:18（23:24）の2時間半の拡大版が放送される傾向が多かった。