記紀伝承にはヤマトヒメとヤマトヒコすなわち日本の女性統治者と男性統治者を意味する名前も崇神天皇期前後に見つけることができる。ヤマトヒメでは、ヤマトトトヒモモソヒメ（倭迹迹日百襲姫）を始め、その母、ヤマトカグアレヒメ（意富夜麻登久邇阿礼比売）や叔母のヤマトトトワカヤヒメ（倭飛羽矢若屋比売）、崇神天皇の子でチチツクヤマトヒメ（千千衝倭姫命）、垂仁天皇の子でヤマトヒメ（倭姫命）などの例がある。ヤマトヒコでは、崇神天皇の子にヤマトヒコ（倭日子）、景行天皇の子にヤマトネコ（倭根子）やヤマトタケル（倭武）といった例がある。このヤマトヒメ・ヤマトヒコの伝承はこの時期の日本で男女の共立的統治の志向があったことを示唆すると言える。しかし、記紀伝承は男子の天皇の単立的統治を正当として、女王やヒメヒコの共立的統治を記していない。垂仁天皇が皇女のヤマトヒメを伊勢神宮に斎宮として送ったとの伝承は、日本におけるヒメヒコ制の終わりを意味している。　ただし男女の共同統治の伝統はその後も消えず、直系の天皇後継者が絶えた継体天皇期には再びヤマトヒメ（倭比売）やヤマトヒコオウ（倭彦王）をその傍証だとする説もある。推古天皇期においても推古天皇がヒメ（兄）を聖徳太子がヒコ（弟）を担い共同統治をしたと見ることが可能である 。
ヒメ・ヒコの一対的命名は、ヤマト王権の確立当初の崇神天皇期前後の諸文献の上に最も著しく見える。孝元天皇期のハニヤスヒメ・ヒコ、開化天皇期のオケツヒメ・ヒコ、崇神天皇期のトヨキイリヒメ・ヒコ、ヤサカイリヒメ・ヒコ、垂仁天皇期のサホヒメ・ヒコ、景行天皇期のイオキヒリヒメ・ヒコなどが挙げられる。これらの伝承はこの頃がヒメヒコ制の最盛期ではなく、すでにその実質を失い、命名上の遺習としてのみ残され、守られているものと考えられる。ただし多数の兄弟姉妹の中から、特に一対の人物を選んで命名するという習慣は、かつて臨時的あるいは世襲的にヒメヒコを選びだし統治者と仰いだことの反映であるという説もある。
魏志倭人伝における邪馬台国では女性のヒミコ（卑弥呼）が王に共立されて呪術的（祭祀的）支配を行い、男弟が卑弥呼を補佐して政治を執行していた。　また、邪馬台国に属する対馬国や壱岐国では大官にヒコ（卑狗）、副官にヒナモリ（卑奴母離）という主副のペア制による統治の記録がある。　これらをひとまとめにして「ヒメヒコ制」だとする研究者もいるが、卑弥呼の名を「ヒメ・ミコ」と解釈したとしても、男弟の名を魏志倭人伝が書き留めていない（重要視していない）ため、「ヒコ」とは断定できない。　また、近年では姉弟であるから「エオト制」であるとの指摘もされている。　ヒコ・ヒナモリは前述の兄夷守と弟夷守の例があるように「エオト制」である可能性が高い。　また呪術（祭祀）的首長を意味する「ミミ（彌彌）」は投馬国の「タマ（多模）」は不弥国それぞれの大官であり、副官はそれぞれヒナモリとミミナリ（彌彌那利）であり、これをヒメヒコ制だと唱えることも不可能ではないが、やはり性別不明である以上は一般的なペア制と捉えるべきである。　しかしながら、こういった邪馬台国にペア統治体制が数多く見られることから、ヒメヒコ制の起源を卑弥呼と男弟のペア統治に求めようとする研究者は少なくはない。
早くから大学に入り、承安2年（1172年）に学問料を賜り、承安4年（1174年）に秀才に補されている。承安5年（1175年）越後大掾に初任。左衛門少尉や六位蔵人を歴任し、治承3年（1179年）に従五位下に叙爵。寿永元年（1182年）に皇后宮少進に任ぜられ、昇殿を許される。その後皇后宮大進に転じ、元暦元年（1184年）従五位上、文治4年（1188年）正五位下と進み、五位蔵人、宮内大輔、左衛門権佐、防鴨川使、右少弁を歴任した後、職を一度辞す。建久2年（1191年）宣陽門院判官代として復帰。同年山本荘（場所などは不明）を賜る。建久5年（1194年）には左中弁となり、建久6年12月（1196年1月）従四位下・右中弁に叙任され、右宮城使、近江権介などを兼ねる。建久9年（1198年）には正四位下・右大弁に叙任され、造東寺長官、遠江権守、蔵人頭などを歴任。建仁元年（1201年）参議に任ぜられ公卿に列す。左大弁に転じ、建仁2年（1202年）には従三位・勘解由長官に叙任された。同年12月8日の行幸では上卿を務める。建仁3年（1203年）正三位・丹波権守に叙任され、元久元年（1204年）権中納言に進む。元久3年（1206年）には従二位に叙され、承元3年（1206年）に春宮権大夫を兼任。翌年正二位に叙された。建暦元年（1211年）大宰権帥に遷る。承久2年（1220年）に出家した。貞応2年（1223年）2月20日に薨去。享年62。歌人としても活躍し、建久6年（1195年）の「民部卿家歌合」、正治2年（1200年）の「石清水若宮歌合」などに詠出。『新古今和歌集』以下の勅撰和歌集に9首が入集している。また、秀才に補されるなど学問にも明るく、土御門・順徳両天皇の侍読や、文章博士・東宮学士なども務めた。