再興令では、株数の固定化も幕府による株札の下付もされず、独占団体として参入の制限はされなかった。株仲間が解散されてから10年間に進行した市場の実態をふまえ、事実上形成され機能している問屋と仲間・組合の設立を認めることで幕藩制的な市場統制の再編成をはかった。再興された仲間組織は、問屋仲間の枠を拡大することで、新興の中小問屋の加入を承認して仲間外商人を取り込み、生産地の在郷商人を在株化して都市問屋とリンクさせようとするものであった。そして町奉行の配下に諸問屋組合再興御用掛を置き、町年寄や世話掛・諸色掛の名主に命じて、各問屋の沿革や現状、再興の可否や情況について調査し、再興された諸問屋の掌握をはかった。解散令の後、それまでどおり家業を継続していた者、新規に開業した者、休業者や捨株もあり、文化期以前には組合・株仲間でなかったのが今回新たに仲間結成を願い出た者もあり、調査は容易ではなかった。解散令以前から継続して営業している業者の集まりを本組または古組、発令後に開業した業者を仮組と呼んで一括し、名前帳面もべつにしたものが多かった。主に大名や旗本などに武家奉公人を供給する人宿（口入屋）の組合は、再興時には新規業者136軒を加えて482軒となった。大坂では株仲間解散で解体された二十四組問屋に代わって綿・油・紙・木綿・薬種・砂糖・鉄・蝋・鰹節の9業種が中心となり、ほかの問屋仲間も差配して九店廻船の運営に従事したが、株仲間再興令によってこの仲間は公認された。
株仲間解散令によって、仲間は解散され、仲間株も廃止、「問屋」の名称の使用も禁止となった。しかし、江戸幕府への御用に差し支えがある、または日用への供給にも支障が出たこと、また不正が横行したことから、仲間解散前と同様の仕法が行なわれ続けた業種がいくつもあった。また、地方市場の発展や、仲間解散による流通の混乱などから、商品を潤沢にすることで物価を下げようとした目的はなかなか果たせなかった。この当時、庶民の所得が増えて需要が拡大したことから江戸や大坂以外の各地で地域市場が成長したことで、江戸・大坂への大市場への商品流通量が減少したことも物価が下がらなかった原因の1つだった。株仲間の株には担保価値があり、仲間商人たちはそれぞれの株式の評価額に応じて融資を受けていた。たとえば札差の株は宝暦の末ごろまでは20両から30両、天明年間には300両借りられるだけの価値があった。問屋商人は店舗を含めて家屋敷を所有していない、地借（借地人）・店借（借家人）と呼ばれる階層の者が多く、彼らにとって担保となるものが仲間株しか無かったが、株仲間解散によって株が無くなり、融資を受けられなくなって営業に支障をきたす商人たちも出てきた。仲間組織は、取引をチェックすることで禁制品や盗品の売買を摘発し、盗賊の捕縛にも役立っていたのだが、仲間解散によってそうした機能も失われ、盗難事件などの解決も滞るようになった。
伊賀国で国司の北畠具教が隠居城として1575年（天正3年）に築城を決め、同地域の土豪を説得、翌1576年（天正4年）正月より人夫衆を動員し作事を行ったが、織田信長と不和になり三瀬館に引き上げた。北畠氏の養子となっていた織田信長の次男・北畠信意（織田信雄）は、伊勢国を掌握すると伊賀国の領国化を狙っていたが、1578年（天正6年）2月、伊賀国の郷士下山甲斐が北畠信雄を訪れ、伊賀国への手引きを申し出た。北畠信雄は同年3月家臣滝川雄利に丸山城の修築を命じた。これを知った伊賀国郷士衆は驚き、丸山城の西にある天童山に密偵を送り、築城の様子をうかがった。この時の様子が、｢丸山城指図 山城也、此山根置周取廻六百九十六間、山下地形よ里山までの高サ三十間有南方を正面とす 麓より二の丸へ越登道九折にして六十九間 山下整地広さ南北四十四間 東西二十五間 右整地之内に三層の殿主あり天守台六間四方台の高さ三間四方石垣なり｣(『伊賀旧考』)とあり、3層の天守や天守台は石垣で固められ、また二の丸への登城道は9回折れているなど、規模壮大な城であったと記されている。これに驚いた伊賀郷士11名が集まり、完成までに攻撃することを決めた。丸山城周辺の神戸、上林、比土、才良、郡村、沖、市部、猪田、依那具、四十九、比自岐衆が集結し、同年10月25日に攻撃を開始した。不意を突かれた滝川雄利軍や人夫衆は混乱し、昼過ぎには伊勢国に敗走した。翌天正7年（1579年）9月16日、北畠信意は8000兵を率いて伊賀国に3方から侵攻したが、伊賀郷士衆は各地で抗戦し北畠信雄軍を伊勢国に敗走させた。第一次天正伊賀の乱と呼ばれている。敗戦の報を知った織田信長は激怒した。天正9年（1581年）9月3日、再び北畠信意を総大将に5万兵で伊賀国に侵攻、同月6日より戦闘が開始され、各地で進撃し同月11日にはほぼ伊賀国を制圧した。同年10月9日には織田信長自身が伊賀国に視察に訪れている。第二次天正伊賀の乱と呼ばれている。織田信長は阿拝郡、伊賀郡、名張郡を滝川雄利に、山田郡を織田信兼にそれぞれ与えた。