ペンネームは文学活動を開始するにあたり、“親の七光り”と陰口を叩かれることを嫌い、茂吉の息子であることを隠す意図で用い始めた。旧制松本高校時代は斎藤憂行と名乗っていた。杜夫の由来は仙台（杜の都）在住時、心酔するトーマス・マンの『トニオ・クレーゲル』に因んで、漢字で「杜仁夫」とつけようとした。本人の談では、まず北の都に住んだので、「北」とつけ、「杜仁夫」ではあまりに日本人離れしているので、「杜夫」にしたということである。その後順次「東」、「南」、「西」と、ペンネームを変更するつもりだったが、「北杜夫」で原稿が売れ始め、ペンネームを変更すると、出版社との契約等で支障があると判明し、そのままになった。
1996年には日本芸術院会員となった。2006年、新聞に自伝、『私の履歴書』（日本経済新聞）を連載。2008年にはテレビのトーク番組  『徹子の部屋』（テレビ朝日）に28年ぶりに出演し、長女の斎藤由香も同席した。2008年からの4年間は、マンボウ昆虫展の全国巡回も開催された。また、2010年には「週刊文春」連載の「新・家の履歴書」に登場し、斎藤茂吉家を回想した。2011年10月24日朝、東京都目黒区の国立病院機構東京医療センターで死去。10月21日にインフルエンザの予防接種を受け、翌日から体調を崩し念のため入院した結果である。84歳没。死去後に日本政府より従四位に追叙され、旭日中綬章が追贈された。死因については当初、腸閉塞と診断され報道もされたが、のちに嘔吐物を気道に詰まらせ窒息死した可能性も報じられている。娘の斎藤由香は遺作『マンボウ最後の家族旅行』のあとがきで、解剖を避ける方向へ誘導したことを含め、病院の対応に強い不信を表明している。
壮年期より躁うつ病（双極I型障害）を発症した。自らの病状をエッセイなどでユーモラスに記し、世間の躁うつ病に対するマイナスイメージを和らげるのに一役買うこととなった。1976年には躁状態で「チャップリンのような大喜劇映画を作りたい」と夢想し、映画の製作資金を作るために株に入れ上げて巨額の損失を蒙り、穴埋めのために東京都世田谷区の自宅を抵当に入れて新潮社や銀行の他、佐藤愛子個人からも1000万円を借金し、自己破産と準禁治産宣告に追い込まれた。「3億円も使って、全然儲からなかった人なんていませんよ」と担当編集者にあきれられた。この頃山口瞳に電話をしてサントリーのCMへの出演を斡旋してもらおうとしたが断られた。吉行淳之介に800万円の借金を申し込んだこともある。当時の負債は1億円以上、1976年11月の税金の滞納額は1000万円以上に上った。この経験が戯曲風小説『悪魔のくる家』の執筆のヒントになったとされる。当時、生活費を稼ぐ手段として女性週刊誌で芸能人を相手にたびたび対談を行った。そして、毎朝妻宛の手紙をキッチンに残したという。内容と文はいつも一緒で、「今日からおとなしくなります。」であった。本人もエッセイなどで述べているように、実父である茂吉の激し易い性情を引き継いでいる。そのため、家族は長年にわたり大変な心労と大迷惑を受けた。この時の体験から娘の斎藤由香は作家などと違う「安定している」サラリーマンを目指したと記している。
大依羅神社の社名・神名の「依羅」は地名を指す。『和名抄』では摂津国住吉郡に大羅郷（おおよさみごう：大依羅神社付近）・河内国丹比郡に依羅郷（現在の松原市北西部）が見え、その一帯を範囲とする地名であったとされる。そして「大依羅神」とは、元来はこの依網（依羅）の地域神として祀られたものと推測される。この依網地域に関して、古く『日本書紀』崇神天皇紀・推古天皇紀には「依網池」を造ると見える。この依網池は、王権により農地開拓のため築造された大規模なため池であったが、現在までに消滅している。また、『日本書紀』仁徳天皇紀・皇極天皇紀には「依網屯倉」の記載が、『和名抄』には河内国丹比郡に三宅郷（現在の松原市北部）の記載があり、一帯は依網池の築造に伴って屯倉（古代の王権直轄地）も設置されるような重要地であった。その地に鎮座する大依羅神もまた朝廷から重要視され、後述のように文献には朝廷から幾度も奉幣を受けたことが記されている。また依網地域では、古代氏族として依羅氏（よさみうじ、依網氏/依網我孫<よさみのあびこ>）が居住したことが知られる。依網屯倉の経営にはこの依羅氏一族が関与したと見られ、同氏は大依羅神社の奉斎氏族であったとも推測される。現在の大依羅神の人格神とされる建豊波豆羅和気王は、『古事記』に「依網之阿毘古等之祖」と見え、依羅氏の始祖に位置づけられる人物である。ただし『新撰姓氏録』では、依羅宿禰（摂津国皇別）について建豊波豆羅和気王ではなく彦坐命（開化天皇皇子）の後裔としており、文献により異同が見られる。同録では、そのほかにも神別の依羅連（左京神別・右京神別）・物部依羅連（河内国神別）や、百済国人の素禰志夜麻美乃君後裔の依羅連（河内国諸蕃）らの記載が見え、「依羅」を称する氏族には複数系統があったとされる。建豊波豆羅和気王以外の住吉三神（底筒男命・中筒男命・上筒男命）に関しては、『日本書紀』神功皇后摂政前紀において、皇后の筑紫出征の折に依網男垂見が筒男三神を祭る神主に任じられたとする伝承が見え、これに関連づけられている。なお近世の『摂津名所図会』等によれば、かつて祭神は大己貴命・月読命・垂仁天皇・五十師宮（五十猛命）の4神とされていた。現在に見る主祭神4神が定められたのちも、以前の4神は引き続き本殿に配祀されている。