1000年前の戦いでは、英雄オラキオとライアが決戦の後「邪悪な力」に戦いを挑んだ。オラキオとライアは対立するさなかに、その背後に邪神ダークファルスの存在があることに気づく。二人はともに命を失いながらもダークファルスを海底の神殿に封じた。それから千年後、オラキオの子孫であるケインは、マーリナを探して旅を続け、封じられていた二つの月をアリサ3世に接近させてしまう。二つの月には互いの民族に恨みを持つルーンとサイレンが眠っており、二世代目の主人公は彼らと争い、戦火を拡大させてしまう。そして、三世代目の主人公は、その戦いを終結させるために、ダークファルスを封印していた「オラキオの剣」を引き抜いてしまう。すべては、封じられたダークファルスが再び復活を遂げるために用意した罠だった。主人公たちがドーム型宇宙船「アリサ3世」に住んでいるということが二世代目のシナリオで判明。三世代目でその宇宙船が『ファンタシースターII 還らざる時の終わりに』で起こったパルマ星消滅直前に作られたものの一つであり、大勢のパルマ人が同様の宇宙船に乗って逃げ延びていたことがわかる。このことに関しては『ファンタシースター 千年紀の終りに』でも少し語られている。当初400隻程あった同型の宇宙船は1000年前の時点で既に二隻のみ残して全滅していた。残された二隻の宇宙船「アリサ3世」「ネオパルマ」の運命も三世代目のシナリオごとに変化し、それぞれエンディングで明かされる。
1000年前、人々は、今は失われた科学技術文明の中で生きていた。しかし、ある日ライアという不思議な力を持つ少女が現れる。彼女は超能力によってモンスター軍団を創造し、それらを率いて世界を席捲する。それまでの科学技術文明はライアの不思議な力の前に敗れ去り、世界中がライア軍に征服されかけていた。敗北する科学技術文明の諸国の中で、オラキオ・サ＝リークが反旗を翻す。彼は科学技術文明の最高傑作であるロボット軍団で軍勢を再編し、ライア軍に反撃する。ライア軍は突然の反撃の前に後退し、オラキオ軍とライア軍で互角の戦況となった。そしてこの戦争はオラキオ軍とライア軍の双方が総力を上げての決戦で終わる。この最終決戦の中でオラキオはサイレンとミューン（共に行方不明）、ライアはエシル家の公子ルーン・ケイ・エシル（追放）と、それぞれ最も信頼する腹心を手元から失う。この戦いの戦禍により科学技術文明はその後も衰退し、人々の生活は中世レベルにまで後退した。オラキオとライアは伝承となり、この戦いでオラキオに組した陣営の人々の子孫はオラキオの民、ライア側に組した側の子孫はライアの民、とそれぞれ名乗るようになり、1000年の月日が経った。かつてオラキオが育った国で、今もオラキオの直系の子孫を王と仰ぐリーク王国の海岸に、一人の少女が打ち上げられる。彼女は記憶を全て失っていたが、その少女を拾ったリークの王子ケイン・サ＝リークは彼女と結婚しようとする。その結婚式の最中に突然現れたドラゴンによって彼女は連れ去られてしまう。ケインは騎士団を率いて連れ戻そうとするが、私憤で軍を動かそうとした彼にリーク王サイキ・サ＝リークは激怒し、ケインを牢屋に閉じ込める。しかしケインはある協力者によって牢を脱出し、連れ去られた少女を探しだすために一人で旅立つ。
他RPGで魔法に相当するテクニックは、最初からすべてを習得しており、レベルの上昇に応じて各々の効果が上がる仕組みとなっている。また、その強さの配分を変更する事で、効果を増減させられる。配分は街の「マスターの店」で変更が可能。以下はその紹介。なお、敵も主人公たちと全く同じテクニックを使用する。
日本側の被害は甚大であった一方、アメリカ軍は21機の航空機を失っただけの勝利を収めた。撃墜されたアメリカ軍機搭乗員のうち6人は、洋上で待機中の潜水艦「スターレット」により救助された。日本側の軍関係で最も大きな損害を受けたのは在泊中の艦船で、ほとんど全滅状態となった。海軍艦艇の損失は、潜水母艦「迅鯨」・満州国艦「海威」・敷設艇「鷹島」・第158号輸送艦・曳船「立神」・魚雷艇13隻・甲標的4隻の正規艦船22隻が沈没したほか、特設艦艇や徴用武装漁船も多数沈没、第58号駆潜艇が炎上。陸軍船舶兵の装備舟艇も、カロ艇6隻や高速輸送第1大隊の伊号高速艇8隻が全滅、その他大発動艇など18隻沈没。第32軍の記録によれば汽船の沈没は10隻で、船舶運営会の資料では「南陽丸」（岡田商店：2218総トン）も撃沈されているほか、アメリカ側によると商船「豊栄丸」・「第七高島丸」も古仁屋沖で損傷した。小型船の損失は膨大で、軍徴用の機帆船と漁船が第32軍徴用分だけで60隻（4477総トン）沈没・大破4隻・小破28隻、他の陸軍部隊徴用の21隻沈没、海軍徴用護衛漁船多数などとなっている。民間小型船の被害も本島だけで77隻沈没（うち漁船26隻）・11隻損傷（うち漁船4隻）である。艦船以外では、各島の陸海軍機合わせて航空機47機が中破以上の損害を受け、4機が小破した。なお、アメリカ軍は日本機111機を破壊したと判定していた。人的損害も沖縄連隊区司令官の井口駿三大佐をはじめ陸海軍合わせて軍人・軍属218人が戦死し、243人が負傷したほか、陸軍関係の民間作業員約120人が死亡、約70人が負傷している。航空関係の燃料弾薬だけは分散が間に合ったため、ドラム缶入りのガソリン113本が燃えた程度で済んだ。民間人の被害も各地で生じた。最も被害の大きかったのは那覇市で、11日まで続いた火災により当時の市内市街地のうち9割が焼失し、死者は255名にのぼった。本島全体では330人が死亡し、455人が負傷している。本島で全損となった家屋は11451戸（うち那覇11010戸）、半壊62戸であった。宮古島でも民家13軒が半焼している。沖縄県の鉄道は機関車4両・ガソリンカー4両・客車6両などが中破以上の損害を受けた。民間自動車は7割の94両が破壊された。この民間被害によって、住民の県外疎開が促進されることとなった。日本政府は、同年12月、非軍事目標である市街地を攻撃したことが戦争犯罪に該当するとして、中立国のスペイン政府を通じた外交ルートでアメリカ政府に正式抗議した。しかし、アメリカ側は、従来の自国の解釈からすれば戦争犯罪に該当するとしつつ、それを認めると捕虜になったパイロットが訴追される危険があることや、被害実態が日本側主張通りか明らかでないことを考慮し、この抗議を黙殺した。