賢島大橋はサミット会場である志摩観光ホテルに近く、4月6日までに本州側に検問所が設置され、通行車両の監視を行った。5月21日午前6時に機動隊員らによって可動式の柵が閉じられ、要人専用の通路となった。封鎖以降、警察官は通行不可であることを知らずに橋の前に来た車両に対し、賢島橋を利用するよう誘導した。サミット当日は約20人態勢で橋の警備に当たった。警察官だけでなく、警視庁や大阪府警の警察犬も投入して厳戒態勢を執った。5月28日午前7時に「規制解除」の号令に合わせて警視庁の機動隊が柵を開放し、入島規制が解除された。
賢島橋は、外務省発行の識別証（IDカード）を保有する島民、島内への通勤者や出入り業者のみが通行可能とされた。賢島大橋と同様に、5月21日午前6時に可動式の柵が閉じられた。橋の手前約450mの地点に保安検査場が設けられ、通過には厳重な検査が行われた。自家用自動車で入島する場合は保安検査場で警備員により車内やトランクの入念な確認が行われ、IDカードと車両証の提示が求められた。保安検査を通過した後は、島内の目的地までオートバイに誘導されながら走行する必要があった。近鉄志摩線および三重交通路線バスの運休に伴う代行バス利用者は保安検査場で一旦バスを降りて金属探知機による検査と手荷物検査を受けた。検査終了後は、一般の人は待機している別のバスに乗り換えて賢島駅へ、サミット関係者はワゴン車で志摩マリンランドへ向かった。陸上交通は運休し、賢島港に発着するあご湾定期船は志摩地中海村に発着港を変更したため、保安検査場を通らなければ賢島へ入れないようになっていた。係員の不慣れから運用初日に保安検査が30分待ちの行列になることや、伊勢志摩サミット当日の5月26日午前3時頃には右翼団体の車10台が詰めかけるなどトラブルもあった。5月28日に保安検査場は運用を終了し、関係者が備品を搬出した。
ジェフユナイテッド市原のジュニアユース、ユースを経て、1999年にトップチームに昇格。市原では主にカップ戦で出場機会を得ていたものの、4年間の在籍でリーグ戦4試合、ナビスコカップ6試合、天皇杯1試合の計11試合の出場にとどまった。2002シーズン限りで契約満了に伴い退団。2003年にヴァンフォーレ甲府に加入。当時の甲府は、前年の2002年にチーム史上初の最下位脱出を達成したものの未だに弱小クラブのイメージは強かった。そのような状況の甲府に加入した初年度は、5月5日の第10節モンテディオ山形戦でプロ初ゴールを記録すると、第11節のアビスパ福岡戦、第12節のサガン鳥栖戦と3試合連続でゴールを記録する。しかしシーズン通して34試合に出場するも、先発出場は6試合にとどまり、レギュラーを奪うことは出来なかった。2004年も開幕直後は途中出場が多くなったが、シーズン中盤以降先発出場の機会を得る。しかし8月1日の大宮アルディージャ戦で骨折し途中交代すると、その後は戦列に戻ることなくシーズン終了。結局18試合の出場にとどまった。2005年は前年の負傷の影響もあり出遅れ、6月18日のザスパ草津戦でようやく初出場。以降も途中出場が中心となりなかなか出場機会が訪れなかったが、第38節のサガン鳥栖戦で先発出場すると最終節まで7試合連続で先発出場。入れ替え戦も2試合ともフル出場を果たし、J1昇格に向けた終盤の躍進に貢献した。そのように要所で出場機会を得ながらもなかなか定位置を奪えずにいた山本であったが、チームがJ1に昇格した2006年は大きく存在感を高めた1年となった。山本とほぼ同時期に加入し、ディフェンスを支えていた青葉幸洋が東京ヴェルディ1969に移籍、津田琢磨も前年終盤の負傷の影響で出遅れるといった状況の中、前年終盤に信頼を得た山本は左サイドバックのレギュラーに定着。出場停止の2試合を除く全32試合に先発出場し、チーム史上初のJ1残留に貢献した。なお、このころから無回転のフリーキックも習得し、セットプレーのキッカーも務めるようになった。この2006年のレギュラー奪取を境に山本の存在感は際立っていく。2年目のJ1となった2007年、杉山新の負傷離脱により序盤は右サイドバック、杉山の復帰後は左サイドバックで出場し、チームは降格するも自身は26試合に先発出場。J2に降格した2008年もチームに残留し、以降は出場停止、怪我を除いたほぼ全試合に出場。2010年はダニエルとのセンターバックコンビで守備を支え、2006年以来となるJ1昇格に貢献。2012年に城福浩監督が就任すると、センターバックやボランチをチーム状況に応じて務め、J2優勝の中心選手として活躍した。2013年は開幕直前に負傷したが、第4節の川崎戦で途中出場し戦線復帰。第5節の大分トリニータ戦では先発復帰し、決勝点に繋がるインターセプトを見せ勝利に貢献。それまで勝利のなかった甲府にシーズン初勝利をもたらした。以降はボランチで出場し、シーズン中盤のシステム変更以降は3バックの中央で起用され、J1残留に貢献した。2014年は出場停止の1試合を除いた全33試合に出場。前年から引き続き3バックの中央で甲府の守備を統率し、2年連続の残留に貢献した。また第21節のガンバ大阪戦でJ1初ゴールを記録するとその後もPK2得点を含む3得点を挙げた。2014年までに甲府で記録した出場試合数380試合は、石原克哉に次ぐ2位の記録となっている。また、2009年から2018年現在まで10年連続でキャプテンを務めている。