2000年10月、『ザ・ビートルズ・アンソロジー』の書籍版が出版。同年11月、米ビルボードと英ミュージック・ウィークで1位になった曲27曲を集めたベスト・アルバム『ザ・ビートルズ1』が発売。世界34ヵ国で1位を獲得した。 2001年11月29日、ジョージ・ハリスンが肺癌のため死去する。2003年11月、アルバム『レット・イット・ビー...ネイキッド』が発売。ゲット・バック・セッションで録音した音源をリミックスし、『レット・イット・ビー』でポールが不満を表明していたフィル・スペクターによる追加部分を削除している。2006年11月、シルク・ドゥ・ソレイユのミュージカルのサウンドトラックとして、リミックス・アルバム『ラヴ』がリリース。2007年1月、イギリスでビートルズのアルバム・ジャケット画を使用した切手が発売。2009年9月9日、オリジナルアルバム、米編集『マジカル・ミステリー・ツアー』、『パスト・マスターズ』のCDがデジタルリマスターされたステレオ音源で世界同時発売。CD化以降、モノラルが公式な音源とされていた『ビートルズ・フォー・セール』までの4作が、オリジナルステレオミックスとして初めてCDとしてリリースされた。同日『ザ・ビートルズ』までのオリジナルアルバムのモノ音源と2枚組の『モノ・マスターズ』（ステレオ盤の『パスト・マスターズ』に対応したアルバム未収録曲集）を収録したCD BOX『ザ・ビートルズ MONO BOX』も発売され、『ヘルプ！』、『ラバー・ソウル』には発売当時のステレオミックス音源も追加収録された。ステレオ・アルバム・ボックスをUSBメモリに収録した『THE BEATLES STEREO USB』も発売された。このボックスにはオーディオCDのスペックをしのぐFLAC 44.1Khz 24 bitで収録された音源の他、CDブックレット、ボーナスDVDをデータ化したものも収録されている。
2006年6月26日の北海道日本ハムファイターズ戦（札幌ドーム）に「8番・二塁手」で初出場、初安打となる二塁打を放った。その後は同じく新人の西村弥のほか、塩川達也と遊撃手のレギュラーを争うものの、出場選手登録・抹消を繰り返して定着できず、一軍では43試合に出場して打率.210に終わった。イースタン・リーグでは41試合で打率.348・4本塁打・6盗塁と成績を残した。2007年開幕戦の西武ライオンズ戦（グッドウィルドーム）で、「2番・三塁手」として先発出場し、西口文也からプロ初本塁打を放つなど幸先の良いスタートとなった。前半戦は「落ちるとこまで落ちた」と自身も語るほどの打撃不振に陥り、その間に渡辺直人の台頭もあって先発を外れ、代打に回る機会が多くなる。しかし、その代打で結果を残すようになり、ホセ・フェルナンデスの不振から交流戦終了後より三塁手でのスタメン出場が増えてきた（ただし、相手先発が左投手の時は先発を外れることが多かった）。7月には池山隆寛からアドバイスを受け、腰を低く落とした打撃練習に取り組む。 この練習が功を奏し、チェンジアップなど縦に変化するボールに対応できるようになった8月ごろから打率が上がり始め、8月10日の千葉ロッテマリーンズ戦（クリネックススタジアム宮城）でプロ初のサヨナラ安打を放ち、8月21日のロッテ戦（千葉マリンスタジアム）でソロ本塁打を放った。この試合後、監督の野村克也は「（草野は）勝負強いし、（打撃に関しては）天才的なところがある。草野を3番に」とコメントし、これ以降は先発投手の左右に関係なく「3番・三塁手」で先発出場が定着する。9月には15日・21日・24日・27日・29日・30日と続けざまに猛打賞を記録してチームの勝利に貢献する殊勲打を度々叩き出し、楽天の最下位脱出（単独4位）の立役者の一人となった。最終的には規定打席不足ながら、打率.320を記録する一方、守備面ではリーグ5位の14失策を記録した。2008年のオープン戦で打率.333（チームトップ）と好成績を残し、「3番・三塁手」として2年連続の開幕スタメン出場を果たしたが、開幕後は打率が1割台と不振に陥り、二軍落ちした。夏場頃には調子を戻し始めたが、それでも成績は乏しかったため先発を外れることが多々あった。また、8月からはフェルナンド・セギノールが入団した影響でホセ・フェルナンデスが三塁に回り、自身は代打・守備要員になったが、代打で連続打席安打を記録するなどここ一番での勝負強さを見せた。2009年のオープン戦時に右ふくらはぎの肉離れによって登録抹消、開幕一軍入りはならなかった。4月12日の西武戦で一軍復帰し、「6番・三塁手」で先発出場するといきなり4安打を放つ活躍を見せた。その後も中村紀洋の加入で空いた守備位置がなくなったため、野村の苦肉の策として19日にプロ入り後、全く経験のないレフトの守備に就かせ、4月22日には初めて左翼手でのスタメン出場を果たした。4・5月は5割弱の高打率を維持、球団新記録となる21試合連続安打を記録した（後に鉄平が更新）。シーズン途中に外野手のトッド・リンデンを獲得してからは攻撃的なオーダーを組むためにセカンドに回るものの、5月25日に不足打席分が解消され規定打席に到達。打率.402で首位打者に躍り出た。7月にはオールスターゲームファン投票で外野手部門3位に輝き、初のオールスター出場を果たす。川井雄太から初安打を放ち、1戦目でレフト、2戦目でセカンド・サードを守ってユーティリティーぶりを発揮した。8月4日、サードゴロを捌く際に右足のスパイクで自らの左足のズボンの裾を踏んで転倒してしまい、ぎっくり腰で一軍登録を外れたが、半月で再登録された。中村紀の二軍落ち後は三塁手のレギュラーに固定され、自身初の規定打席に到達し打率.305、54打点（自己最高）の成績を残した。一方、前半の活躍の警戒からか両リーグ最多の17死球を記録した。2010年、広島東洋カープからアンディ・フィリップスの加入や、中村の復調によって準レギュラーとして開幕を迎える。その後、フィリップスの不調によってレギュラーに戻るが、ランディー・ルイーズの加入によって再び代打要員に戻った。この年は内村賢介や牧田明久など、それまで控えに甘んじていた選手が先発に名を連ねてきたこともあり、シーズン後半は内外野ほぼ全員を巻き込んだレギュラー争いとなった。このため草野は毎日のように違った守備位置についた。2011年、新入団の岩村明憲がサードに固定され、一塁手のレギュラー候補であるルイーズの守備難という事情も踏まえ、選手起用のバリエーションを増やしたい監督の星野仙一の方針によってキャンプからは一塁の守備練習を開始した。それでもシーズンを通じて調子が上がらず、2007年以降では自己最低の成績に終わった。2012年、9月13日の対福岡ソフトバンクホークス戦で、一軍公式戦初の満塁本塁打を放った。しかし、一軍公式戦には24試合に出場しただけで、打率も.241にとどまった。シーズン終了後の11月4日に戦力外通告を受けたことから、同月22日に現役引退を発表。球団では、この発表を受けて、11月24日のファン感謝祭で草野の引退セレモニーを開催した。11月29日付で、NPBから任意引退選手として公示。