屋内退避を要する状況下では、周囲の状況を注意深く見守り、火の元の管理と戸締りによる防犯を確実に実施すること。集客施設やインフラ系の事業者は、挙動不審者および不審物について特段の注意を要する。自身が屋内退避を実施している建物等が火災を起こした場合は、出火した火が延焼しないよう、自ら進んで行動し水や消火器による初期消火に努めること。初期消火の機会は、出火した炎が屋根や天井に燃え広がるまでの数分間しかない。また、壊れた建物や車に閉じ込められた人を自主的に救出する際に、重量物を持ち上げる必要がある場合は、バール等の工具を活用して救助するが、たいていの車が標準装備しているジャッキ（パンタグラフジャッキ等）も重宝する。爆風・風水害により窓ガラスが割れて飛散することで発生する被害を抑制するため、窓ガラスのそばを離れるか、雨戸を占めて窓のない部屋に移動すること、次に、ゆとりがあればガムテープやカーテン等を窓に貼り付けたり、家具や重量物を窓の前に積み上げることで窓を封印し、飛散物防御と気密性確保の措置をとることである。割れたガラスで負傷した場合、けがの程度は重大でも生命には別状無いのが一般的だが、それでも美容上、重大な後遺障害を受けるおそれがある。
屋内退避中の情報収集は、事態の性格上、公共放送を活用することが望ましいが、避難中も、サイバーテロや電磁パルス等のインフラ事故がない限り、インターネットで新聞社や公共機関から配信されるニュースによる情報収集が可能である。ただし、インターネットの活用に際しては、ソーシャル・ネットワーキング・サービスで流布される出所不明の情報を、決してうのみにしてはならない。インターネットには、サイバー攻撃として意図的にデマが流布される危険性もある。
屋内退避の際の主な注意点としては、銃撃戦の流れ弾、爆発の破片効果、飛散物や放射線を防ぐため可能な限り堅牢な建物や地下街等への避難に努め、公共放送を通じて情報収集をすること。日本を離れて国外に居る場合は、外務省がインターネットや在外公館において掲出している情報を平素からタイムリーに取得して、安全な生活を送ることに努める。けがの応急処置や防災に関することや、万一の際に家族が離れ離れになって行動する場合の方針（サバイバル）は、平素に家庭と職場において予め了知し、決定済みとしておくことが重要である。
当初、アメリカ軍が北方に配備してた潜水艦は旧式のＳ型潜水艦6隻だけであった。同年8月までに北方方面に計8隻（グロウラー、トライトン、フィンバック、トリガー、グラニオン、ガトー、コーヴィナ、ハリバット）の大型潜水艦を揃えた。これらのアメリカ軍潜水艦はアッツ島やキスカ島に出動し、日本軍の脅威となった。たとえば、アメリカのガトー級潜水艦グラニオンがキスカ島近海で行動中の7月15日、キスカ港外を哨戒中の第13駆潜隊（駆潜艇25号、26号、27号）を発見し、魚雷攻撃で駆潜艇25号と27号を撃沈した。第13駆潜隊は春山淳司令が戦死、駆潜艇26号を残すのみになった。グラニオンは7月31日にも、キスカ港外で鹿野丸（国際汽船、8,572トン）を襲撃した。鹿野丸は海防艦石垣（アッツ島まで）と駆潜艇26号（キスカ島まで）に護衛され、7月29日に到着したばかりだった。当時のキスカには鹿野丸、駆潜艇26号、敷設艇2隻（浮島、石埼）が在泊していた。このグラニオンの雷撃で鹿野丸は航行不能に陥った（ただし、鹿野丸の反撃でグラニオンも沈没）。潜水艦に対処する「駆潜艇」の沈没は、先の第18駆逐隊の損害と相まって、日本海軍に衝撃を与えた。危機感を覚えた北方部隊（第五艦隊）は、アメリカ軍機動部隊が出現しないこともあり、日本軍空母機動部隊をふくめ増援部隊各艦を内地へ帰投させている。これより前の7月10日、第一水雷戦隊司令官大森仙太郎少将を指揮官とする北方部隊護衛隊（軽巡洋艦〈阿武隈〉、第6駆逐隊〈暁、雷、電、響〉、第21駆逐隊〈若葉、初春、初霜〉）が編成され、キスカ周辺の敵潜掃討と艦船の護衛警戒を行うことになった。護衛隊各艦はキスカ湾に集結、まず第二次輸送部隊のうち「あるぜんちな丸」が阿武隈と電に護衛されてキスカを離れた（あるぜんちな丸・電は7月15日横須賀帰着）。次に千代田は初春に護衛され、7月12日にキスカを出発した（千代田は19日に内海西部へ到着した。）。キスカ島に配備された甲標的は、基地設備不十分と米軍の爆撃等により、遂に作戦には使用されなかった。キスカ島に残された不知火と霞は、前月に撃沈された日産丸の残骸に隠れて応急修理を行った。7月17日、大本営は大海指第114号により横須賀鎮守府に対し、夕雲型駆逐艦長波をして不知火・霞救難用資材人員の輸送を命じた（長波は20日、横須賀発。27日、キスカ到着）。派遣されたのは横廠の村田章造（操船大尉）や小林勝二（造船中尉）を中心とする救難隊であり、甲標的関連でキスカ現地にいた桜井清彦（造船大尉）も作業に協力したという。7月19日、陽炎は菊川丸を護衛してキスカに到着した。7月20日、陽炎は第18駆逐隊から除かれ、第15駆逐隊に編入された（黒潮、親潮、早潮、陽炎）。また第18駆逐隊は第五艦隊に編入された。