遥か昔、この宇宙は一人の天使によって創造されたという。天使は星と空と海を創り、そして最後に多くの命を産み出した。しかし天使は女神と魔神の2つの力に分裂してしまい、互いに対立する。宇宙を暗黒で支配しようとする魔神を封じるため、女神は正義の戦士「セブンエレメンタルナイツ」を集めた。女神と7人の戦士は戦いに勝利し、魔神を7つの聖石で封印し宇宙に平穏を取り戻した。時は流れ、宇宙に再び不穏な影が忍び寄っていた。ルキフェルスと名乗る男が、惑星カオスの神殿より、宇宙に存在する8つのエレメンタルの内の1つ「聖邪のエレメンタル」を手に入れる。それを機に「秘密結社B.H.B団」を結成し、宇宙征服に乗り出した。更にかつての「セブンエレメンタルナイツ」を洗脳し、自分の部下として「時空の七騎士」と名乗らせ幹部に仕立て上げる。そして残る7つのエレメンタルを集めるために巨大戦艦ノアでブラックホールを作り出し、いくつもの惑星を侵略、支配、捕獲し宇宙を駆け巡り始めた。そして今、ルキフェルスは次の標的である「ボンバー星」へと進んでいた。その頃、ボンバーマンは故郷のボンバー星を侵略しようとしたアルタイル一味との戦いの疲れを癒すために温泉惑星Ksa2（クサツー）を訪れていた。しかしその帰り道、ルキフェルスの作り出したブラックホールに宇宙船ごと飲み込まれてしまう。気がつけばそこは牢屋の中。爆弾で牢屋を壊して脱出しようとするが、爆弾を生み出す源である「炎のエレメンタル」が盗まれている事に気づく。それこそが、ルキフェルスの捜し求めたエレメンタルの、最後の1つだった。途方に暮れるボンバーマンだったが、温泉で見つけた珍しそうな卵から出てきた宇宙軟体生物「ポミュ」に助けられ、エレメンタルを取り戻して窮地を脱する。こうして、ブラックホールから脱出するための戦いが始まった。
前作と本作のみで使える特殊な移動手段。ボンバーマンはジャンプすることは出来ないが、飛び降りた着地地点が爆弾だった場合、進行方向に弾かれる。これを足場として利用することが出来る。基本的な使い方は、窪みに爆弾を落とし、その上に飛び乗る。応用的なモノとしては、気絶時は跳ねるのを利用して、壁に投げて意図的に気絶を起こし、段差を乗り越える。サイズの大きい溜めボムを置いたり、既に設置した爆弾の真上にさらに爆弾を積み上げることで、複雑な足場を作れるようになっている。前作より挙動がやや自由であり、ジャンプ中の方向転換などが可能になった。
Bボタンで爆弾を持ち上げてからそのままBボタンを離さずにいると爆弾を巨大化させることができ、破壊力が飛躍的に大きい「溜めボム」を作ることができる。爆風は水ボム・土ボムは円柱状、それ以外は球形で、どの属性のボムも爆風は障害物を貫通し、普通のボムより範囲は大きく、爆発時間は長くなる。但し溜めボムの爆風は火力が何段階であっても同じ大きさ・時間である。ちなみにBボタンを押している最中に十字キー／3Dスティックを円を描くよう回すと早く溜めボムが作れる。大きく重いために一度投げると持ち上げたり蹴ったりできず、爆発させるしかない。前作で使用できた「敵キャラクターに溜めボムを直接ぶつけると即死させる」システムは廃止された。
この事件の犯人となった少年の父親はさまざまな職を渡り歩いていたが、酒癖が悪くしばしば妻や少年に対し暴力を振るっていた。1995年1月に父親が肝硬変で死亡し、その後は少年は母親と2人暮らしであった。少年は学校では目立たない存在で、友人も少なかった。小学生時代は、家庭科の教材費を支払うことが出来ず、それを理由に教師からは調理実習で作った料理を食べる資格がないと決め付けられ、作った料理をゴミ箱に捨てさせられたこともあった。中学校時代は少年は「悪魔」と呼ばれたこともあった。中学2年のころから不登校気味となり、中学3年には3分の2近くを欠席し、修学旅行などの行事にも参加しなかった。卒業後は高校へは進学せず（中卒）、しばらく就職先が見つからなかったが、知人の紹介で新聞販売店で働き始めた。だが母親には借金があり、取り立てに迫られたり、家賃や水道料金を滞納したりしていた。生活保護も申し込んだが認可されなかった。6月になって少年は借金のことを知ったが、そのときにはすでにどうしようもないところまで来ていた。事件直前の7月27日と7月28日には仕事を初めて無断欠勤している。その際は同僚が迎えに行き28日の途中から出勤したが、夕方には「母親が借金している」と悩みながら同僚に話しかけていた。また母親には再婚話があり、同僚に対し「僕は邪魔者だから家を出る」とも話していた。そんな中、2000年7月29日午後9時ごろ、少年と母親は口論となる。きっかけは少年が交際したいと考えていた女性の携帯電話に、母親が無言電話をかけたためであった。そのことを母親に少年は問いただしたが認めず、母親が少年に対し「出て行け」などと言ったことに腹を立て、借金のことも絡んで口論となり暴行を加えた。そして、頭に血が上った少年は金属バットで母親の頭と顔と胸などを殴り倒し母親を滅多打ちにし殺害した。大阪姉妹殺害事件では検事に対し母親殺害の際に射精したことを述べたが、これは「返り血を流すためシャワーを浴びたら、射精していたことに気づいた」ということであった。また、このことは母親殺害の際は調べに対し述べていない。7月31日午前1時ごろ、少年は「母親を殺した」と110番通報をする。山口署は少年を殺人容疑で緊急逮捕した。少年は自暴自棄で投げやりな態度が目立っていた。当初、少年は弁護士の選任を行うことを拒否していた。8月2日に県弁護士会から派遣された弁護士と接見した際にも「（弁護士は）必要ない。自分はどうなってもいい」という話をして接見室から出て行った。少年は8月21日に山口地検に「刑事処分相当」の意見書をつけて山口家庭裁判所に送致され、山口少年鑑別所で調査を受けた。9月14日、山口家庭裁判所は動機に酌量の余地があり、計画的な非行ではなく、家庭環境に大きく起因していることなどを考慮すべきだ」とし、「長期間の矯正教育を受けさせるのが適当であり、年齢的に見ても矯正は充分可能」として、中等少年院送致としたが、実際には充分な「長期間の矯正教育」は行われたとはいえず、わずか3年2か月で出所している。少年は9月14日の審判で「客観的に見て許されないことをしてしまった。母が抱えていたものをもっと説明してくれていれば、違う展開になったかもしれない」と語った。2000年当時は西鉄バスジャック事件や大分一家6人殺傷事件など凶悪な少年事件がキレる17歳として話題になっており、その一環のなかで騒がれた。また、加害者・被害者の顔写真が流出しコミックマーケットでもばら撒かれた。だが、他の事件に比べ理由が「母親の借金で口論になった」というものであったため、当時はそれほど凶悪犯罪扱いはされなかった。