ハードモードのみでプレイできる本作オリジナルミッション。劇場版では何も出来なかった（しなかった）シンジが光の翼の生えたエヴァ初号機でエヴァ量産機を殲滅する。ミッション1などと同様の2D風アクションだが、空を飛んでいるのでやや移動範囲が広い。初号機の武器は青白く光るロンギヌスの槍となっている。量産機を全滅させるといきなりスタッフロール（BGMは映画『Air/まごころを、君に』終盤で流れた挿入歌『Komm, süsser Tod』）となり、劇場版と同様のシンジとアスカ以外の全人類がLCL化する結末となる。なお、最後のシンジとアスカのシーンは劇場版とは展開が少し異なっている。
劇場版を元にしたミッション。エヴァ弐号機を操り、エヴァ量産機9機を殲滅することが目的。操作法はミッション1などと同じ。最初からケーブルが外れており、3分30秒以内にクリアしなければならない。エヴァ量産機は弱く、つかみ攻撃1回で撃破可能。また、倒した敵から剣を奪って攻撃することもできる。原作では量産機は赤い血を流していたが、ここでは紫色になっている。なお、ノーマルモードの場合、ここでスタッフロール（BGMは映画『Air/まごころを、君に』中盤スタッフロールで流れる主題歌『THANATOS -IF I CAN'T BE YOURS-』）が流れ、EVA初号機が出現するシーンでゲーム終了となる。
劇場版を元にしたミッション。エヴァ弐号機を操り、戦略自衛隊を殲滅することが目的。操作法はミッション1などと同じであるが、弐号機は無敵になっている。1分30秒ほどで強制終了する。コマンド入力によって戦車を踏み潰したり、かかと落しで戦闘機を落としたり、A.T.フィールドを投げたりできる。なお、イージーモードの場合、ここでスタッフロール（BGMは映画『シト新生』のラストで流れる主題歌『魂のルフラン』）が流れ、上空でエヴァ量産機9機が旋回してるシーンでゲーム終了となる。
原作第弐拾四話を元にしたミッション。エヴァ初号機を操り、渚カヲル（第17使徒タブリス）の操るエヴァ弐号機を殲滅することが目的。ゲームスタイルはミッション1などと同じタイプの2D風アクションだが、操作方法がやや異なる。攻撃方法はナイフでの縦、横の斬撃とつかみ攻撃のみ。それぞれ敵に防御されることがあり、その場合はボタン連打による押し合いになる。敵の攻撃をこちらが防御してつかんだ場合も同様に押し合う。難易度が上がるにしたがってボタン連打が尋常でなくなるため、防御されないように敵の行動を読むことが主体になる。なお、隠し要素でプレイヤー側が零号機・弐号機・参号機になったり、敵側が初号機・零号機・参号機にする事が可能。また、対戦も可能だが、敵側が勝利しても敗北（ミッション失敗）扱いになる。
原作第弐拾弐話を元にしたミッション。エヴァ零号機の投げたロンギヌスの槍を操り、第15使徒アラエルを殲滅することが目的。前半はスティックで槍の誘導、後半はボタン連打でA.T.フィールドを突き破る。ロンギヌスの槍が強力なこともあり、ボタン連打は軽めになっている。
原作第拾九話を元にしたミッション。エヴァ初号機を操り、第14使徒ゼルエルをネルフ本部外に追い出すことが目的。ムービーに合わせて表示される方向にスティックを入れ、ボタンを押すことで操作する。二撃目に失敗すると、原作通り左腕を吹き飛ばされ、クリア後のムービーで使徒の腕を使って左腕を再生するシーンが見られる。
原作第拾八話を元にしたミッション。ダミープラグの制御下にあるエヴァ初号機を操り、第13使徒バルディエルに乗っ取られたエヴァ参号機を殲滅することが目的。原作の様に初号機による残虐な破壊行為はゲーム上再現されていないが、その後のデモで破壊された事を示している。ゲームスタイルはミッション1、2と同じ2D風アクションである。バルディエルはサキエルとシャムシエルより攻撃的になっているので、若干難易度が高くなっている。
原作第拾弐話を元にしたミッション。エヴァ3機を操り、第10使徒サハクィエルを殲滅することが目的。前半は使徒落下地点までにある障害物を乗り越えるためにコマンド入力でエヴァをジャンプさせる。後半はエヴァ初号機のA.T.フィールドで使徒を支える。落ちてくる使徒との押し合いであり、競り負けるとミッション失敗になる。画面下のゲージを使徒側に押し切るとクリアになる。
中三の沼田茂之の高校受験を控え、父の孝助、母の千賀子、兄の慎一たちまで家中がピリピリ。出来のいい兄と違って、茂之は成績も悪く、何人もの家庭教師がすぐに辞めていた。そこへ、三流大学の七年生という吉本が家庭教師としてくる。孝助は吉本を車の中に連れて行き、「茂之の成績を上げれば特別金を払おう」と約束する。暴力的な吉本は勉強ばかりか、喧嘩の仕方も教え、成績が徐々に上がり始める。茂之は幼馴染みで同級生の土屋にいつもいじめられていたが、殴り方を習っていた甲斐があり、ついにやっつける。茂之の成績はどんどん上がり、兄と同じＡクラスの西武高校の合格ラインを超える。ところが、茂之はＢクラスの神宮高校を志望校として届け出、両親が怒り、志望校の変更を吉本に依頼する。吉本は学校に駆けつけると、茂之を担任の前に連れて行って強引に変更させる。西武高校に行きたくない理由を慎一に尋ねると、秘密といって茂之が土屋と同じ高校に行きたくないのは小学生の頃、授業中に茂之が大便をもらしてしまったことを土屋が知っているからだという。あまりのバカバカしさに吉本と慎一は大笑い。結局、土屋は私立高校に行くことになり、茂之は西武高校にみごと合格し、吉本の役目は終わり、祝いをすることになった。孝助は最近ヤル気を失くしている慎一の大学受験のための家庭教師になって欲しいと依頼する。しかし、一流大学の受験生に三流大学の学生が教えられるわけはないと吉本は断わる。茂之の合格祝いの最中であるにもかかわらず勉強の話ばかりする孝助に腹を立てた吉本は、バラバラの家族が横に並んだ食事中に暴れて大混乱を起こす。しかも、茂之は高校に入った後、吉本が来る前同様のやる気のない生活に戻ってしまう。家族をよく理解していない母が部屋でまどろんでいると、ヘリコプターの音が聞こえてきた。