水はエバーグレーズにおける代表的な要素であり、それが南フロリダの土地、植生、動物の命を形成している。南フロリダの気候はかつて砂漠気候あるいはステップ気候であり、雨季の間に入っていた。1万年ないし2万年前、海面が上昇し、フロリダ半島の一部は水没して、地下水面を上昇させていた。淡水が石灰岩に浸透し、それを浸食して泉とシンクホール（陥没穴）を形成した。淡水が豊富にあることで、新しい植生が根付き、また蒸発によって雷雨を形成した。石灰岩は弱い酸性雨によって溶解した。石灰岩が溶けてしまうと地下水が表面に触れるようになり、大量の湿地生態系を作った。この地域は平坦であるが、ある地域で石灰岩が浸食された結果、小さな谷と台地を形成した。標高差数インチで水の流れに影響しただけでなく、植生の種類にも影響した。エバーグレーズは特異である。世界の他の湿地で、主に大気から栄養を得ているものはない。1882年にエバーグレーズから排水する試みが初めて行われる前に、全流域はオーランドからフロリダ湾まで広がり、キシミー川、オキーチョビー湖、エバーグレーズ流域で構成されていた。キシミー川は海抜18フィート (5.5 m) にあるオキーチョビー湖に流れ入っている。エバーグレーズには季節が2つしかない。すなわち5月から11月の雨季と12月から4月の乾季である。年間平均降水量は約62インチ (1,600 mm) であるが、降水量が年によって変化するのはよくあることである。旱魃、洪水、熱帯性の暴風が頻繁に起こっている。雨季にオキーチョビー湖の貯水能力を超えると、緩りと南側の縁を超え、100マイル (160 km) 南のフロリダ湾まで流れる。その勾配は僅かであり、流速は1分間2フィート (0.61 m/m) である。この川ではソーグラスが繁茂して清水の湿地や沼地を支配し、地域の大きな特徴となっている。熱帯低気圧やハリケーンという形態の厳しい気象もエバーグレーズの構造に影響している。1871年から2003年、合計40個の熱帯低気圧がエバーグレーズを襲っており、3年に1回の比率となる。これらの嵐で海岸線を変え、三角江の植生を枯らして洗い流し、木の弱っている枝を折り、植物のタネ、花粉、草本を撒き散らす。1960年に襲ってきたハリケーン・ドナは、120平方マイル (310 km²) あったマングローブ林の根の上に泥灰土を堆積して木に酸素が行かないようにすることで、大きな影響を与えた。このときはかつてマングローブ林で繁茂していたオーキッド、パイナップル、その他着生植物も絶滅させた。それらの植生が戻って来るには1世紀以上かかるかもしれない。ドナは、アメリカスズカケノキ、塩性植物、アッケシソウを大きく広がらせ、また着生植物は新しい地域で育つようにもした。その永続する効果が見られていたが、1992年のハリケーン・アンドリューもマングローブ林を破壊し、スラッシュ・パインを半数にした。しかし、急速に再生が起き、高潮で堆積された砂がアメリカワニやウミガメの巣作り環境を改善した。
エバーグレーズは形成されてから僅か5,000年ほどであり、地質学の基準でいけば若い地域である。その生態系は3つの要素が相互に干渉した結果として常に流動的である。3つの要素とは、そのときある水の種類と量、地域の地質、および野火の頻度と程度である。
エイリアンクラフト説ともいう。現在ではUFOという語から想像される一般的なイメージとなっている。この説の派生として、UFOは異星人が地球探索をするために送り込んだ探査機ではないかとする「惑星探査機説」などがある。アメリカ軍人のダグラス・マッカーサーや研究家のジョン・A・キールは、ヨーロッパ戦線や日本上空で目撃された飛行物体（→#フー・ファイター）を検討した結果、この説に傾いていた。ドイツのロケット工学者であるヘルマン・オーベルトは、1952年にアメリカで起きたUFO大量目撃現象の調査グループの機関長に任命されていた。1954年の記者会見で彼はこう述べている。「これらの物体はある種の惑星間航空機だ。私の確認するところでは、それらは太陽系に起源するものではないが、途中のステーションとして火星などの天体を利用しているかもしれない。」そうしたUFOの「発進星」を飛行経路から推測した結果、オーベルトはくじら座τ星やエリダヌス座ε星を候補に挙げている。オーベルトはその後、心霊説に転向した。ドイツのヴァルター・リーデルや日本の糸川英夫など、ロケット工学者がこのエイリアンクラフト説を支持することがしばしばある。地球外起源説が一般に普及する際に大きな影響力を与えたものは、米国の「ライフ」誌に1952年に「我々は宇宙からの訪問を受けているのか？」と題して掲載された記事である。著者はロバート・ジナとH.B.ダラッチの2名であり、この記事のために未公表の10のUFO目撃の事例が機密解除されたと言われる。当記事では「UFOの挙動は地球上の材質によるものでは考えられない」とUFOの気球説、他国の秘密兵器説が批判された。また、民間研究者であるドナルド・キーホーの著作やSF雑誌編集者であるレイモンド・A・パーマーの影響も大きい。「トゥルー誌」にキーホーが寄せた「空飛ぶ円盤は実在する」という記事は1950年代のアメリカのUFO観に大きな影響を与えた。UFOの地球外仮説を強く指示した研究者の1人にアリゾナ大学の上級気象物理学者ジェームズ・E・マクドナルドが挙げられる。彼は全米中のUFO目撃例を詳細に研究し、「現在得られている事実をもっともうまく説明できているのは地球外仮説だけである」と結論した。1966年当時、膨大なデータに裏打ちされたマクドナルドの研究のレベルは他の研究者を大きく上回っており強い説得力があった。UFOの搭乗者が目撃されたケースでは、搭乗者は正体不明であるが、地球上の生物の特徴を有していないことから異星人であると解釈する目撃者もいる。またUFOを目撃したパイロットや技術者たちが「地球上の技術ではない」と感想をもらす例も多い。アメリカ航空宇宙局の研究所で指導的立場に就いていたPaul.R.Hillは長年に渡って、UFOの飛行原理を解明すべく研究をしていたが、その技術はいまだ全く未解明であるという。一方で、UFO搭乗者が自ら異星人であると名乗ったと証言されたケースも極稀に存在する。エイリアンクラフト説の問題点は、UFOが彼らの星から地球までの大きな距離をどうやって大挙してやってくるのか説明できない点である。光速よりも遅い速度であれば時間がかかりすぎるし、何らかの方法でUFOが光速に近づけば船体が溶けるほどの高温になるという問題が発生する。星間ガスとの摩擦も減速要因になる。カール・セーガンは、UFOが遥か彼方の異星から来ていると想定すると、あまりにも頻繁に出現しすぎている、と指摘している。