樟脳の需要が増すに連れて、樟脳採取用のクスノキの良木が高山でしか手に入らなくなり、日本資本の製脳業者からは原木採取の要求が高まっていた。そこで、第5代台湾総督の佐久間左馬太は、山地に住む先住民族の軍事的制圧を行うことにした。当時先住民族は「蕃人」と呼ばれ、「隘勇線」の外側にあるものを「熟蕃」、「隘勇線」の内側にあるものを「生蕃」と呼んだ。「隘勇線」とは、先住民族の住む山地を砦と柵で包囲して閉じ込めるものであり、電話線を架設し、必要な地点には砲台の設備があり、高電圧鉄条網、地雷なども使用されていた。総督府は、「隘勇線」を圧縮して先住民族の生活圏を狭め、その武装抵抗を誘発した。「熟蕃」側も採脳により生活圏を荒らされていたので、反乱を起こした。1900年（明治33年）のタイヤル族の反乱、1902年（明治35年）のサイシャット族パアガサン社の反乱、1905年（明治38年）の大豹社の反乱である。 とりわけ1904年（明治37年）の鳳紗山方面の隘勇線圧縮作戦はクスノキを確保するために「生蕃」を高山に追い上げて食料を断ち、餓死を迫る残酷な作戦だった。1909年（明治42年）には、5カ年計画で軍隊を投入して総攻撃を行い、全島の隘勇線を圧縮して包囲網を狭めて「生蕃」を標高3000メートル級の高山が連なる台湾脊梁山系に追いあげ、かつ追いつめ、餓死か降伏かの択一を迫るという作戦を展開した。5年目の1914年（大正3年）には、脊梁山系の西側から台湾守備隊の兵力の大部分（3,108名）を投入し、東側から警察隊を投入し（3,127名）、最後の包囲圧縮を行い（太魯閣番の役）、5カ年計画を終了させた（同年8月19日）。
当初、一条天皇は内覧の宣旨のみを道長に与えたが、これは伊周への配慮であると同時に、道長が未だに権大納言でしかなく、大臣の地位に無かったために関白の資格に欠けていた事情もある。だが、直後に右大臣・藤原氏長者に補されたにも関わらず、道長は依然として関白に就任せず、内覧と一上の資格を有した右大臣（後に左大臣）の地位に留まり続けている。関白の職権そのものには決裁権がなく、あくまでも最高決裁権者である天皇の後見的存在であった。このため、天皇との関係次第によってその権限は左右される性質のものであった（現に道長と三条天皇とは疎遠であった）。また公式な政府の最高機関である太政官には摂政・関白は大臣兼任であったとしても関与出来ない決まりであった（道長の息子はまだ若く、大臣に就任して道長の立場を代理することはできなかった）。そこで道長は自らの孫が天皇に即位して外祖父となるまでは摂政・関白には就かず、太政官の事実上の首席である左大臣（一上）として公事の執行にあたると同時に関白に近い権限を持つ内覧を兼任することによって最高権力を行使しようとしたのである。長徳4年（998年）、道長は大病に陥り、出家を天皇に願い出る程に深刻だった。天皇がこれを再三慰留し、やがて平癒して政務に復帰している。長保元年（999年）11月、一条天皇のもとへ長女彰子を女御として入内させる。その入内は盛大なもので豪華な調度品が用意され、その中には参議源俊賢を介して公卿たちの和歌を募り能書家の藤原行成が筆を入れた四尺の屏風歌もあり、花山法皇までもが彰子の入内のために和歌を贈った。その中で唯ひとり中納言藤原実資だけは歌を献じるのは拒んだ。実資は小野宮流（実頼の家系）の継承者で当時では有職故実に通じた一流の学識者で、権勢におもねず筋を通す態度を貫いた。翌長保2年（1000年）2月になって道長は彰子を皇后（号は中宮）とした。先立の后に定子がおり、既に第一皇子敦康親王らを生み帝寵も非常に深かったが、道長は定子を皇后宮と号する事で一帝二后を強行した。これは先例がないことであったが道長は権勢で押し通し、また東三条院の後援と蔵人頭・藤原行成の論理武装が説得の大きな手助けとなった。寛弘5年（1008年）9月、入内後10年目にして彰子は道長の土御門殿において皇子・敦成親王を出産し、翌年にはさらに年子の敦良親王も生まれた。待望の孫皇子が誕生した時の道長の狂喜ぶりは『紫式部日記』に詳しい。寛弘8年（1011年）6月、病床に臥した一条天皇は東宮居貞親王（冷泉天皇の皇子）に譲位し、剃髪出家した後に崩御した。一条天皇と道長・彰子は信頼関係にあったとされるが、その一方で後世の記録ではあるが『古事談』や『愚管抄』には、道長・彰子が天皇の遺品を整理している際、「王が正しい政を欲するのに、讒臣一族が国を乱してしまう」という天皇の手書を見つけ、道長が怒って破り捨てたという逸話が記載されている。一方、同時代の記録である藤原行成の日記『権記』には、一条天皇が死の直前に側近の行成に定子が生んだ敦康親王の次期東宮擁立の相談を行ったが、既に道長・彰子と深く結んでいた行成は却って天皇に迫って、道長の外孫である彰子が生んだ敦成親王の次期東宮擁立を認めさせたという経緯や、その一方で彰子自身も一条天皇の意を尊重して、定子亡き後、我が子同然に養育した敦康親王の次期東宮擁立を望んでいたが、父道長がそれを差し置いて敦成親王の立太子を後押しした事を怨んだと言う経緯等が記述されている。少なくとも一条天皇と道長・彰子の間に敦康・敦成両親王の将来を巡る対立があった可能性は、極めて濃厚である。