プレイヤーはそれぞれ15から1の数字が書かれた15枚のカードを手札として持ち、それとは別に10から-5の点数が書かれた15枚の得点カードをシャッフルした後に山札として裏向きに場に置いた状態からスタートする。まず山札から得点カードを1枚オープンし、プレイヤーは手札から任意のカードを1枚選んで伏せて場に出す。全員が出したら同時にオープンして場に出たカードを比べて、得点カードを獲得するプレイヤーを決める。場の得点カードの数字がプラスの場合は最も数字が大きいカードを出したプレイヤー、マイナスの場合は最も数字が小さいカードを出したプレイヤーが得点カードを獲得する事になる。ただし、複数のプレイヤーが同じ数字を出した場合は、その数字は無効とされ、次点のプレイヤーが獲得する。また、全員のカードが無効の場合は得点カードは誰も得られずに持ち越され、次のラウンドの勝者がそのラウンドの得点カードと共に獲得する事になる。使った手札は捨てられ、再利用は不可。15ラウンド行い、合計得点が最も高いプレイヤーが勝ちとなる。
慶長3年（1598年）8月に秀吉が死去した後、吉継は五大老の徳川家康に次第に接近した。慶長4年（1599年）、家康と前田利家の仲が険悪となり徳川邸襲撃の風聞が立った際には、福島正則ら豊臣氏の武断派諸将らと共に徳川邸に参じ家康を警護している。その後、前田利長らによる「家康暗殺計画」の噂による混乱の際は、家康の命令で失脚していた石田三成の内衆と共に越前表に出兵している。また宇喜多家中の紛争の調停をしている。慶長5年（1600年）、家康は会津の上杉景勝に謀反の嫌疑があると主張して上方の兵を率い上杉討伐軍を起こした。家康とも懇意であった吉継は、所領地である敦賀・自らが代官を務める蔵入地から兵を募り、3,000の兵を率いて討伐軍に参加するべく領国を立ち、途中で石田三成の居城である佐和山城へと立ち寄る。吉継は三成と家康を仲直りさせるために三成の嫡男・石田重家を自らの軍中に従軍させようとしたが、そこで親友の三成から家康に対しての挙兵を持ちかけられる。これに対して吉継は、3度にわたって「無謀であり、三成に勝機なし」と説得するが、三成の固い決意を知り熱意にうたれると、敗戦を予測しながらも息子達と共に三成の下に馳せ参じ西軍に与した（※異説有り、後述）。8月5日付の三成の書状「備えの人数書」によると、この後北国口の兵3万100の大将とされた。また大坂にいた真田昌幸の正室を預かるなど、西軍の一員としての行動を開始する。大谷氏は一族挙げて西軍につき、吉継の母・東殿は高台院の代理として宇喜多秀家が行った出陣式に出席している。こうして西軍首脳の1人となった吉継は敦賀城へ一旦帰還し、東軍の前田利長を牽制するため越前国・加賀国における諸大名の調略を行った。その結果、丹羽長重や山口宗永、上田重安らの諸大名を味方として取り込むことに成功した。さらに吉継は偽情報を流して利長を動揺させ、8月に前田軍と戦った（浅井畷の戦い。）。9月、吉継は三成の要請を受けて脇坂安治・朽木元綱・小川祐忠・戸田勝成・赤座直保らの諸将を率いて美濃国に進出する。そして9月15日（10月21日）、東西両軍による関ヶ原の戦いに至った。この時、吉継は関ヶ原の西南にある山中村の藤川台に大谷一族や戸田勝成・平塚為広の諸隊、合わせて5,700人で布陣する。陣中にはこの他、織田信長の子・織田信吉と長次の兄弟、蜂須賀家政の重臣・高木法斎らが加わっていた。吉継は病の影響で後方にあって軍を指揮し、午前中は東軍の藤堂高虎・京極高知両隊を相手に奮戦した。正午頃、松尾山に布陣していた小早川秀秋隊1万5,000人が東軍に寝返り大谷隊を攻撃するが、初めから小早川隊の謀叛に備えていた直属の兵600で迎撃し、更に前線から引き返した戸田勝成・平塚為広と合力し、兵力で圧倒する小早川隊を一時は500メートル押し戻し2、3回と繰り返し山へ追い返したという。その激戦ぶりは東軍から小早川の「監視役」として派遣されていた奥平貞治が重傷を負った（後に死亡）ことからも伺える。しかし吉継が追撃を仕掛けたところへ、秀秋の裏切りに備えて配置していた脇坂・朽木・小川・赤座の4隊4200人が東軍に寝返り突如反転、大谷隊に横槍を仕掛けた。これにより大谷隊は前から東軍、側面から脇坂らの内応諸隊、背後から小早川隊の包囲・猛攻を受け防御の限界を超えて壊滅、吉継は自害した。享年42もしくは36。吉継率いる大谷軍の敗北は戦場の趨勢を一変させ、西軍の諸隊に動揺を与え、西軍潰走の端緒となった。西軍の諸将の多くが戦場を離脱したにもかかわらず自害をしたのは、高台院の甥である秀秋に討たれることで、高台院への恩義に報いようとした結果の討死にではないかといわれている｡自害した吉継の首は側近である湯浅隆貞の手により関ヶ原に埋められ（『常山紀談』）、東軍側に発見されることはなかった。異説では切腹した吉継の首を家臣・三浦喜太夫が袋に包んで吉継の甥の従軍僧・祐玄に持たせて戦場から落とし、祐玄が米原の地に埋めたとも言われる。現地には首塚も建てられている。吉継の自害後、喜太夫は追腹を切り、隆貞は藤堂隊に駆け行って討ち死にした。居城敦賀城は家臣・蜂谷将監が東軍に引き渡しを行った。また、関ヶ原の戦い直後に勅勘が許されて京都に帰還を許された山科言経と冷泉為満に与える屋敷地が公家町の中に用意できなかった徳川家康は没収していた原勝胤と吉継の母の屋敷地（公家町の北隣にあった）を両者に宛がっていることが知られる。辞世は「契りとも 六の巷に まてしばし おくれ先立つ 事はありとも」で、これは戦闘中に訣別の挨拶として送られてきた平塚為広の辞世「名のために（君がため） 棄つる命は 惜しからじ 終にとまらぬ浮世と思へば」への返句となっている。墓所は、居城のあった福井県敦賀町永賞寺に九輪の石塔、岐阜県関ケ原町にも湯浅隆貞の墓と隣接して石塔が設けられ、少なくとも2ヵ所に供養塔があり、また前述のように祐玄が首を持ちかえったとされる伝承に基づく首塚が滋賀県米原市下多良に残っている。