志賀海神社の例大祭は、「国土祭（くにちさい）」と称される。その前日には、隔年（西暦奇数年）に志賀海神社最大の祭の御神幸祭（ごしんこうさい）が執り行われる。古くは旧暦9月8日（御神幸祭）・9月9日（国土祭）に行われたが、現在は体育の日とその前日（10月第2月曜とその前日）に行われる。祭に先立ち、まず旧暦9月1日（10月1日）には「男山祭」として、くじにより神幸を行うかが決められる（現在では御神幸は隔年に執行される）。御神幸祭では、旧暦9月8日（体育の日前日）の夜9時から3基の神輿（一の戸・ニの戸・三の戸）が出輿し、頓宮まで遷幸する。頓宮では、「龍の舞」「八乙女の舞」「羯鼓の舞」といった志賀海神社の縁起に基づく芸能が奉納される。その後神輿は神社に戻り、神霊は本殿に遷されて御神幸祭は終了する。翌旧暦9月9日（体育の日）の国土祭では、流鏑馬が奉納される。御神幸祭は、夜間に神霊の移動を行う点、志賀海神社の縁起に基づく芸能により人々への再確認を意図する点から、古式を留めた様態とされる。祭は「志賀海神社神幸行事」として福岡県指定無形民俗文化財に指定されている。
摂末社は、摂社5社と末社19社の計24社。『筑前国続風土記』によれば、古くは末社375社があったというが戦国の乱世で損傷し、永享11年（1439年）の大内持世による再興時には120社余、その後江戸時代には5社ばかりであったという。
境内は志賀島の南側に位置する。かつて志賀海神社は志賀島の北側において、表津宮（うわつぐう）・仲津宮（なかつぐう）・沖津宮（おきつぐう）の3宮から成っていたという。うち表津宮が当地に遷って現在の本社となり、仲津宮・沖津宮は現在は摂社となっている。その表津宮跡は福岡市東区勝馬に伝えられている（位置）。境内の鹿角堂（ろっかくどう）では、1万本以上ともいわれる多くの鹿の角が奉納されている。また「亀石（かめいし）」として、神功皇后による三韓征伐の際、阿曇磯良が亀に乗って皇后らの前に現れたという伝承に因んで後世奉納された霊石がある。参道には石造の宝篋印塔（ほうきょういんとう）が立つ。宝篋印塔とは仏典（宝篋印陀羅尼経）を納めた塔で、当塔は南北朝時代の貞和3年（1347年）の銘を持ち、完存では福岡県内最古である。花崗岩製で、基礎・塔身・笠部・相輪から成り、総高は334.5センチメートル。この塔は福岡県指定有形文化財に指定されている。一の鳥居は、寛文10年（1670年）の福岡藩3代藩主・黒田光之による造営。次の鳥居は元禄13年（1700年）、海浜の鳥居は安永3年（1774年）の造営。
建久9年（1198年）正月、通親は先例や幕府の反対を押し切り、土御門天皇の践祚を強行した。親王宣下がなかったのは光仁天皇の例によるとされたが、藤原定家は「光仁の例によるなら弓削法皇（道鏡）は誰なのか」（兼実を道鏡になぞらえるつもりか）と憤慨している。これ以降、通親は「外祖の号を借りて天下を独歩するの体なり」と権勢を極め、「源博陸」と称されることになる。正治元年（1199年）正月、通親は自らの右近衛大将就任にあたり、頼朝の嫡子・源頼家を左近衛中将に昇進させることで幕府の反発を和らげようとしたが、18日になって頼朝の重病危急の報が舞い込んできた。頼朝の死去が公表された後では頼家昇進は延引せざるを得なくなるため、通親は臨時除目を急遽行い、自らの右大将就任と頼家の昇進の手続きを取った。定家は、頼朝の死を知りながら見存の由を称して除目を強行し、その翌日に弔意を表して閉門したことを「奇謀の至り」と非難している。頼朝の死は政局の動揺を巻き起こし、京都では一条能保の郎等が通親の襲撃を企て、通親が院御所に立て籠もるという事件が発生した（三左衛門事件）。大江広元を中心とする幕府首脳部は通親支持を決定し、通親排斥の動きは抑えられて京都は平静に帰した。通親は土御門邸において、寝殿を造り直し四足門を立てるなど準備を整え、6月22日に内大臣に任じられた。一方で成人した後鳥羽上皇の意向にも配慮して、九条良経を左大臣、近衛家実を右大臣に据えることで近衛・九条両家の融和を図っている。良経と家実は共に若年であり、通親が実質的に太政官を取りまとめる形となった。この頃に、通親は松殿基房の娘・伊子を妻としている。正治2年（1200年）4月、後鳥羽上皇の第三皇子・守成親王（後の順徳天皇）が立太子すると通親は東宮傅となり、義弟の藤原範光を春宮亮、嫡子の源通光を春宮権亮に任じて、春宮坊を村上源氏と高倉家で固めた。建仁2年（1202年）になっても通親は、養女・在子の院号宣下（承明門院）の上卿を務め、盟友の葉室宗頼が造営した院御所・京極殿に参入して上皇を迎えるなど精力的に活動していたが、10月21日に54歳で急死した。突然の訃報を聞いた近衛家実は「院中諸事を申し行うの人なり」と日記に記し（『猪隈関白記』）、朝廷は土御門天皇の外祖父として従一位を追贈した。後鳥羽上皇も御歌合を止めて哀悼の意を表したという。通親の死後、後鳥羽上皇を諫止できる者はいなくなり、後鳥羽院政が本格的に始まることになる。通親は和歌の才能にも優れ、和歌所寄人にも任じられて後の『新古今和歌集』編纂に通じる新しい勅撰和歌集の計画を主導した。しかし、新古今集の完成を見ることなく死去。享年54。『新古今和歌集』など多くの和歌集に通親の和歌が採用されている。