天正12年（1584年）、最上義光は、羽州探題家としての実力再興を目指し、域内の大江氏、白鳥氏、天童氏を破り、村山・最上両郡を勢力下に治めた。置賜地方は血縁関係のある伊達氏の支配下にあり、進出できないことから北進し、庄内地方の制圧を目指した。庄内一円は武藤氏庶流の大宝寺氏が有力な国人を支配していたが、義光は積極的に介入し制圧を目指した。また、早くから豊臣秀吉と同盟関係にあった上杉景勝は、天正14年（1586年）人質を出して臣従し、出羽国切り取りの裁可を得た。これらの動きに対し、大宝寺義興は越後の本庄繁長を頼り、繁長の子義勝を自らの養子として迎える。しかし、庄内の国人たちがこれに反発し、天正15年（1587年）反乱が起こる。最上義光はこの謀反に介入し、大宝寺義興を自害に追い込み庄内を制圧する。しかし、落ち延びた大宝寺義勝（本庄繁長の子）は、翌天正16年（1588年）8月、繁長と共に庄内奪回を目指して進攻、大崎合戦出陣中の不意を衝かれた最上勢は十五里ヶ原の戦いで大敗し、庄内地方は上杉氏配下である本庄繁長の支配下に置かれた。天正18年（1590年）の奥州仕置により、庄内地方は大宝寺義勝の領地として公認され、藤島一揆による大宝寺氏の改易を経て、上杉氏の所領となった。十五里ヶ原の戦いは豊臣秀吉による関東・東北の惣無事令（天正15年12月）の後だったため、最上氏・上杉氏の間に禍根を残すこととなった。慶長3年（1598年）、上杉景勝は越後・佐渡2国などから蒲生氏郷の旧領、すなわち会津・置賜・信夫・伊達・安達などに移封され、加えて庄内の支配も引き続き認められ、計120万石を領した。これにより、最上義光は仇敵上杉氏に南と西から挟まれることとなり、逆に上杉景勝にとっても最上氏に新領地と庄内地方を遮断され、ここに両氏の激突は避けられない状況になった。この後、直江兼続は、米沢と庄内を結ぶ軍道の建設を秘密裏に進め、約1年で完成する（朝日軍道）。
しかし、清は財政が苦しく、コーカンド・ハン国への懲罰行動はできなかった。そのため、サームサークの子孫らは1860年代まで、新疆への侵入を繰り返した。また、1830年にはコーカンドはカシュガルを占領するが、このときも清軍は鎮圧できず、禁輸令を緩和した。
その後1828年にジャハーンギール・ホージャは捕えられて北京に護送された。その後道光帝による尋問の後、処刑された。死体は切り刻まれ、犬に与えられたという。
1820年から3度にわたって東トルキスタン南部に潜入して蜂起を行った。清とコーカンド・ハン国は秘密に協定を結んで、ジャハーンギール・ホージャを幽閉した。しかし1826年5月にフェルガナ盆地で起こった地震をきっかけに脱出し、カシュガルに入った。カシュガルに現れた時には数百人の支持者しかいなかったが、コーカンド・ハン国のムハンマド・アリー・ハーンも、ジャハーンギールを支持し、軍事支援を行い、数ヶ月の間に20万人に膨れ上がり、カシュガル、ヤルカンド、イェンギサール、ホータンを占領した。清はイリ将軍の長齢（チャンリン）、陝甘総督の楊遇春、山東巡撫ウルンガ（武隆阿）、拡粛提督の斉慎に命じて吉林省・黒竜江省・陝西省・甘肅省・四川省から兵を集めさせた。1827年のアクスでの戦いでジャハーンギール・ホージャは敗北し、カシュガルなどを失った。
サームサークの子であるジャハーンギールはカーブルで学問を修めた後、清への抵抗運動を開始する。清の支配から東トルキスタンを回復してホージャの統治を復活させようとした。
少年時代にルーアンにあるルーアン大聖堂の聖歌隊員を務め、聖堂の附属学校でピアノとオルガン演奏を学ぶ。17歳でパリに行き、シャルル・トゥルヌミールにオルガンを学ぶ。18歳でパリ音楽院に入学し、作曲をシャルル＝マリー・ヴィドールとポール・デュカスに、オルガンをウジェーヌ・ジグーに師事した。1922年と1928年の間に、作曲科、ピアノ伴奏、和声法、オルガン科で表彰される。1927年にノートルダム大聖堂でルイ・ヴィエルヌの助手となる。ヴィエルヌはデュリュフレを後任演奏家にしたがったが、大聖堂の当局者はヴィエルヌを快く思っておらず、別人を任命した。しかし、ヴィエルヌが1750回目の演奏の最中に息を引き取った際、ヴィエルヌのそばで演奏台にいたのは、デュリュフレであった。1929年にオルガン演奏と即興演奏に対して、「パリ・オルガンの友」賞を授与され、サンテティエンヌ＝デュ＝モン教会のオルガニストの地位を得た。また、フルートとヴィオラ、ピアノのための《前奏曲、レチタティーヴォと変奏曲Prélude, Recitatif et Variations 》作品3は、マルセル・モイーズやジャン・ドワイアンらによって初演された。1939年に、ロジェ・デゾルミエールの指揮により、パリでプーランクの《オルガン協奏曲》の初演が行なわれた際、オルガン独奏者を務める。それに先立ち、オルガンのレジストレーションについてプーランクに助言を与えたのもデュリュフレであった。1942年にパリ音楽院で、マルセル・デュプレの作曲科の助手を務めた。1940年に、戦死したジャン・アランを追悼して《アランの名による前奏曲とフーガ "Prélude et Fugue sur le nom d'Alain" 》を作曲した。1947年に、代表作となる《レクイエム》作品9を作曲、ポール・パレーの指揮により初演が行なわれた。フォーレの前例と類似点が見られるが、グレゴリオ聖歌やルネサンス音楽の影響がより強固である。全曲の導入部分を含む多くの楽章（例えばサンクトゥスやアニュス・デイなど）で、グレゴリオ聖歌の『レクイエム』からのメロディの引用が見られ、それらの引用がデュリュフレ流の高度に洗練されたフランス和声や対位法により彩られている。現在この作品には3つの版が存在している（オーケストラ伴奏版、小オーケストラ伴奏版、オブリガート・チェロ独奏つきオルガン伴奏版）。ミサ曲《クム・ユビロMesse "Cum Jubilo" 》も、同様に3つの版が存在する。1947年に女性オルガニストのマリー＝マドレーヌ・シュヴァリエが、サンテティエンヌ＝デュ＝モン教会におけるデュリュフレの助手となる。1953年に二人は結婚し、その後に教会オルガニスト職を分かち合うようになった。1975年にマリー＝マドレーヌ夫人と共に自動車事故に遭い、二人とも一命は取り留めたが演奏活動が続けられなくなる。1977年に出版された混声合唱のための《主の祈り》が、最後の公開された作品となった。1986年にパリ郊外ルーヴシエンヌで他界した。デュリュフレがオルガニストを務めたサンテティエンヌ・デュ・モン教会の目の前に当たるパリ5区のパンテオン広場6番地にある住居の入口に、モーリス・デュリュフレと妻のマリー＝マドレーヌ・デュリュフレの記念碑が掲げられている。