1898年(明治31年)4月1日付けで、押川が「帝国全域で伝道を展開するため」二年間の休暇を願い出た時、少しも驚きを持って受け止められなかった。押川は院長の職に留まるが給料は半減するということで合意が成立する。東京へ移る前に押川は「十分な給料を払って自分の代わりに任命することを願っていますが、学院憲法は宣教師の一員たる副院長が、院長不在の場合には院長の代理をするように定めています」と語る。ホーイの解釈では、押川にとって東北学院は活動の場として余りに狭すぎた。「もはや彼(押川)から多くの奉仕を期待しませんが、これが彼を満足させる最善の途と考えます」Ibid,Nov.6,1897.Mission Proceedings,Nov.16,1897
1886年から1890年にかけては、日本基督一致教会と日本組合基督教会との合同運動とそれに伴う合同問題が生じた。組合教会の新島襄は、日本基督一致教会牧師で、後に明治学院総理となった井深梶之助にあてた1881年11月12日の手紙で、組合教会と一致教会が十分、合同の意味をよく理解し、納得の上で合同するならば、これに反対しないとした。新島は当初、反対していた。しかし、そこには新島なりの見解が存在していた。それは会衆主義的自由がないがしろにされ、その独自性が喪失することを考慮したゆえであるということであった。長老主義は組合教会の主義と対立するものであり、合同は各教会の独立と自治を失うことになりかねないとして、これに反対し、合同するならば、自らは組合教会から脱会することさえ考えているとしていた。それゆえに、この頃、新島は合同草案を修正するに際して、東北学院創設者の押川方義と意見交換を行なってもいる。それによって新島は合同草案修正について押川の提案を新島の母教会である群馬の牧師たちに伝え、組合教会側の修正案は一致教会側にも受け入れられた。合同は実現しなかったが 日本基督一致教会の長老(押川)と協議においての一致が意味するものは組合基督教会にとっての喪失と新島には思われた。
1886年(明治19年)には、山形県上山市で伝道を開始して、上山教会を設立、1887年(明治20年)には山形教会(日本基督教団山形六日町教会)、1888年(明治21年)には鶴岡教会(日本基督教団荘内教会)1990年には米沢教会(日本基督教団米沢中央教会)を設立した。
1878年に景気は回復し始めた。鉄道の敷設距離は1878年の2,665マイル(4289km)から1882年の11,568マイルへと伸びた。1879年までに建設業の景気も回復し、1878年から1883年の間に、建築許可数は2.5倍に増え、入国する移民数が多かったにも関わらず、失業率は2.5%も低下した。全米経済分析局によれば、米国では1879年3月まで不況が続いたとしている。1879年の1月、米国は南北戦争の時に一旦離脱していた金本位制に復帰した。エコノミストのレンディグス・フェルスによると、金本位制によってデフレーションは底打ちし、また1879年の農作物の生産高が特に好調だったことも受けて、景気が回復し始めた。現代になって行われた再調査では、単一の不況が1873年から1896年（もしくは1897年）まで続いたという見方は大方支持されていない。実際、1869年から1879年にかけて、米国経済は実質国民総生産（NNP）で6.8%、一人当たりの実質国移民総生産で4.5%の成長を遂げていた。実質賃金は1869年から1879年にかけて上昇しなかったが、名目賃金は23%上昇し、物価は4.2%低下した。しかし、この景気回復は長くは続かなかった。企業の利益は1882年から1884年の間に急激に低下した（英国百万ポンド単位投資額推移北米向け28.6・16.6・15.1）。鉄道建設事業の景気は再び悪くなり、一年あたりの鉄道敷設距離は1882年の11,569マイル(18,619km)から、1885年の2,866マイル(4,612km)まで減少した。鉄道線路の価格は1880年の1トンあたり71ドルが、1884年には1トンあたり20ドルまで下落した。製造業は再び停滞した--耐久消費財の生産は再び25%減少した。1884年の別のの経済危機（これは複数のニューヨーク銀行が倒産したことによるもの）により、さらなる価格下落が生じた。それと同時に、1883年から1884年にかけて、米国が金本位制を廃止しようと準備しているとの恐れを抱いた海外投資家が、所有する数千万ドル相当の米国証券を売り払った。この経済危機は11行ものニューヨーク銀行、100行以上の州立銀行を破綻に追い込み、少なくとも3,200万ドルの借金が債務不履行に陥った。失業率は、二つの不況の間のつかの間の好景気の時には2.5%程度だったが、1884年から1885年にかけて7.5%まで急上昇した。労働市場が悪化したことで移民の数が減少したにもかかわらず、米国北東部では失業率は13%にも上った。2番目の不況によって、農産物価格はさらに低下した。カンザス州の農家は、1885年には自らトウモロコシを燃やしてしまった。というのも、当時はトウモロコシの方が石炭や木材などの他の燃料よりも価値が低かったからである。1885年に経済は再び回復し始めた。この節は今のところ、合衆国に着目した場合に最も重要な1900年前後の説明を欠いている。合衆国の大不況は世界恐慌へ続いている。