第1シーズン最終話では、ダーク・アーチャーことマルコム・マーリンをオリバーが倒す。マルコムはグレイズ地区を人工地震によって壊滅させる「事業」("The Undertaking") の首謀者であり、オリバーの母モイラも不本意ながら加担させられていた。土壇場で”フードの男”を信じることにしたランス刑事がフェリシティの導きによって人工地震装置を解除することに成功する。だが、マルコムが予備として用意しておいたもう1つの装置が起動し、大地震がグレイズ地区を襲う。グレイズ地区の法律事務所に居残っていたローレルは燃えるビルの中で身動きが取れなくなってしまうが、トミー・マーリンが駆けつけて救ってくれる。しかし、トミー自身は逃げ遅れ、オリバーに看取られながらヒーローとしての最期を迎える。トミーの死は多くの視聴者を驚かせた。マルコムの息子であるトミーは、第1シーズン中盤から親友のオリバーと仲違いしており、第2シーズンではサム・ライミ版『スパイダーマン』シリーズのように、父の継を次いでダーク・アーチャーになると予想されていたのである。トミー役を演じていたコリン・ドネルが自分のキャラクターの死について知らされたのは2013年2月のことで、マーク・グッゲンハイムとアンドリュー・クライスバーグとの”ミーティング”で直接伝えられた。ドネルの次に知らされたスティーヴン・アメルと2人でコーヒーを飲みに行ったが、その時、アメルは言葉に詰まったという。しかし、ドネル自身はドラマの展開上必要な措置だったと割り切り、2013年夏以降はニューヨークで舞台を中心に活動している。この件について、グッゲンハイムは「今のインターネットの時代に観客を驚かせることはなかなか出来ないので、反響に満足している」としつつ、トミーを死なせることにした基本的な理由は「オリバーが挫折と敗北を味わう形で第1シーズンを終わらせたかった」「死ぬことによって一番大きなインパクトを与えるキャラクターは誰かと考えた時、トミーがトップ候補に挙がった」と語った。トミーの死は、ローレルはもちろんのこと、テアやモイラら他のキャラクターたちにとっても第2シーズンのドラマ展開において大きな意味を持つことになる。グッゲンハイムは「キャラクターを殺すのは簡単なことではない。そうすることによって、生かしておくよりも大きな利が得られなければならない」と強調する。そして、グッゲンハイムは、トミーやマルコムが第2シーズン以降もフラッシュバックに登場する可能性をほのめかしている。
早坂はWake Up,Girls!を基礎から鍛えあげるべく、1日10時間の徹底的な基礎体力づくりを含めたレッスンや、場馴れするため週末に1日数回のライブを月2回行うように指示する。この過酷なレッスンに、I-1club脱退以降も鍛え続けていた真夢以外のメンバーは体力を使い果たし、疲労困憊で帰宅するほどだった。そんな中藍里は皆を励まそうと鼓舞したが、一方で家族や早坂から、藍里の視点が創る側ではなくファン側のものであることを指摘される。早坂からの脱退勧告に藍里はショックを受け、待っていた真夢を置いて一人で帰るほどに落ち込んだ。その後、藍里はライブでの失態を機にレッスンに姿を見せなくなり他のメンバーは戸惑う中、早坂が藍里はWake Up,Girls!に必要なく、もはや切り捨てようと述べ、藍里をメンバーが切ろうとしないなら全員クビだと宣言した。そんな中残されたメンバーたちは戸惑い喧嘩になったが、真夢の言葉によってみな我に返り、真夢と佳乃は藍里を説得しに、夏夜、未夕、実波、菜々美は丹下のところに相談に向かう。丹下は全権委任した早坂を説得しろと突き放したため、夏夜たちは早坂の居場所へ向かう。夏夜たちは藍里以外のメンバー全員で出した「藍里をメンバーのままで早坂のプロデュースを受けたい」という結論を早坂に告げ、早坂は別の条件を提示することで受け入れ、その条件も夏夜たちは協力しあいながらクリアした。その頃藍里は、父親に家業の菓子作りの手伝いを願い出るが、父親は藍里がアイドル活動を投げ出した事情を薄々感づいており、突き放した態度を見せつつも黙って手伝いをさせた。藍里の家を訪れた真夢と佳乃は藍里の説得を開始、藍里の思いは親友の真夢の説得も受け入れないほど頑なだったが、リーダーとして苦労している佳乃の涙ながらの説得により、藍里も泣いて折れ戻ることを決める。藍里は父親に手伝えなくなったことを告げ、父親からは「継続は力なり」とエールを送られた。藍里が戻ってきた後の事務所で、早坂は年末に開かれるアイドルの祭典にWake Up,Girls!も参加することを発表。この祭典用に早坂自身が書いた新曲「極上スマイル」を提供するが、裏ではI-1Clubにも同じ楽曲を提供し、I-1Clubのプロデューサー・白木徹に試聴させていた。同時期、光塚歌劇団の入学準備のため、菜々美がアイドルの祭典の前にWake Up,Girls!を脱退することを松田だけに告げた。アイドルの祭典のネット上における他ユニットの情報や下馬評を見て、メンバーの間でどことなく緩んだムードが漂う中、早坂からは練習時間が他のグループより著しく少なくこのままでは予選落ちだと活を入れられる。I-1clubでもWake Up,Girls!は早坂がプロデュースするということで認知度は上がっており、仙台に仕事で訪れた志保は行きつけの喫茶店で休んでいたWake Up,Girls!のメンバーとたまたま会った。仙台の触れ愛プロジェクト以来の真夢と志保の再会となったが、志保はアイドルの祭典に参加する以上I-1clubのOGとしてでも本気で来て欲しいと強い口調で告げられる。そのこともあり真夢はメンバーに練習量を増やすことを提案したが、佳乃は真夢の自分のことを何も話さないまま勝手に提案を行う姿勢に反発し、二人は一触即発の状態になってしまう。仲直りの意味も含め夏夜の提案により、夏夜の実家である気仙沼の旅館で合宿を行うことになった。更地になった市内を見て哀しい表情を浮かべる一行は旅館へ荷物を早々に預けると、ランニングやストレッチなどトレーニングに全員で取り組む。早朝、真夢がいないことに気づいた夏夜は表に出ると、真夢が日課のランニングをしていたという。そして夏夜は真夢に自身がもらった手紙から自身の秘密を打ち明ける。そして真夢にも思っていることを打ち明けるように促し、真夢もそれに応えI-1clubに参加した過去を少しずつ語り始める。夏夜と真夢がいないことに気づいた他のメンバー5人は、そっと二人が語っている話をそばだてて聞いており、話を聴いた佳乃とそれを受けて真夢ともに謝罪し和解した。それを見て感極まった菜々美は光塚歌劇団の応募用紙を破り捨て、もう1年Wake Up,Girls!の活動に専念することを宣言した。破り捨てた紙を拾っているうちに海に飛び込んでなし崩しでメンバー同士全員による水遊びとなっていまい本当に打ち解け合った姿となった。