人間の上位階級「神人類」が支配する「神国トラストリム」と呼ばれる唯一の巨大国家が文明の中心となり支配する世界。地上を覆う不浄が具現化した存在・ゴーマの脅威におびえながら人々は生活をしていた。アスラら八神将率いる神国軍は最凶の「ゴーマ・ヴリトラ」を「ブラフマーストラ」とアスラの娘である巫女ミスラの力を借りて辛うじて退ける。家に帰り、妻と娘に歓待されるアスラ。しかし、アスラは八神将デウスらの陰謀に嵌まり神皇殺しの濡れ衣を着せられた上、妻を殺され、娘を攫われ、自らもデウスによって殺される。アスラが目を覚ましたのは柱のような塔が林立する「間（はざま）の世界」だった。死のショックにより記憶を失い、自らが何者だったか思い出せないアスラはそこで出会った黄金の蜘蛛の言うとおりに柱を登り、現世に甦る。そこはアスラが殺されてから1万2千年後の世界で、相変わらず人々を苦しめるゴーマが闊歩し、そのゴーマとの最終決戦という大義のために民の魂を狩る「七星天」を名乗るかつての八神将たちだった。「怒り」の赴くままに、アスラは戦いを始める。
本作には体力ゲージの他にバーストゲージとアンリミテッドゲージが存在する。両方とも敵にダメージを与えるとゲージが溜まり、アンリミテッドゲージは被ダメージでも溜まる。アンリミテッドゲージが満タンになるとアンリミテッドモードを発動させることができる（イージーモードでは自動発動）。アンリミテッドモードは一定時間、敵の攻撃を受けても怯まなくなり、オーバーヒートを無効化する効果がある。バーストゲージが溜まるとバーストボタンを押すように指示され、ボタンを入力するとQTEを使った非常に強力な攻撃「バースト攻撃」が発動する。ボスを始めとした一部の敵は体力と言う概念が存在しないため、バースト攻撃を発動させない限り倒すことができず、話が進まない。本作には「エクストラゲージ」というシステムがあり、さまざまな効果を持ったゲージが複数用意されている。これらのゲージは決められた条件を満たすとアンロックされる。ゲージを変えることによってゲームの進行を有利に進めたり、逆に縛りプレイを行うことができる。
本作はガードの概念が存在しない。その代わり、特定の攻撃に対するQTEによるカウンター攻撃やクイックムーブによる回避、リカバリーによるダメージの軽減がある。リカバリーは敵の攻撃を受けた直後にジャンプボタンを入力することによって踏み止まりと若干の体力回復を得られるシステムになっている。通常攻撃ボタンを連続して押すと自動でコンボ攻撃になる。本作にはロックオン機能が存在し、敵に照準を合わせるとロックオン状態になって自動で攻撃をその対象に向ける。ロックオンはある程度任意で外すこともできる。通常攻撃ボタンを長押しするとダッシュアタック、ジャンプ中に通常攻撃を入力するとダイブアタックを行う。ヘビーアタックボタンを押すと自キャラを中心とした強力な攻撃が発生する。ただし、1度ヘビーアタックを使うとオーバーヒート状態になり、自キャラクターの頭上に赤い円で表示されるオーバーヒートゲージが消えるまでヘビーアタックとスペシャルアタックが使えなくなる。ダウン中の敵に近づくとボタンのアイコンが表示され、その指示されたボタンを押すとスペシャルアタックが発動し、迫力の演出と共に複数の敵を巻き込める攻撃が発動する。シュートボタンを押すと遠距離攻撃を行う。長押しするとラピットシュートとなり飛び道具を連射する。シューティングシーンではロックオン状態でシュートボタンを押すとロックオンした的に飛び道具が追尾する。
また、アレクサンドロスは内にも外にも過酷で独裁制な圧政を布き、紀元前369年テッサリア諸国は彼に対抗するためにマケドニア王アレクサンドロス2世に救援を依頼した。しかし、この時マケドニア軍はラリサやクランノンなどの主要都市を占領したためにテッサリア諸国と対立し、テバイの介入によってマケドニアは占領地からの撤退を余儀なくされた。アレクサンドロス2世が去った後、僭主の復讐を恐れた諸国はテバイに助けを求めた。テバイはアレクサンドロスの伸張を警戒し、ペロピダスを派遣した。ペロピダスはラリサに到着するとそこに配置されていたマケドニアの守備隊を追い払った。アレクサンドロスは自ら出向いてテバイへの服従を申し出たが、彼の苛政を知ったペロピダスの怒りを恐れて逃げ去った。紀元前368年の初め、アレクサンドロスに対する訴えの結果、再びペロピダスがテッサリアに送られたが、迂闊にもペロピダスは一人の交渉者と自分だけでアレクサンドロスの許へ行き、捕えられた。これを知ったテバイはペロピダス救出のためにボイオタルケスのクレオメネスとヒュパトス率いる軍をテッサリアに送った。そこでアレクサンドロスはテルモピュライ近くで、ボイオティア軍を待ち伏せしてボイオティア軍を苦しめたが、臨時に指揮を執ったエパメイノンダスのおかげでボイオティア軍は助かった。アレクサンドロスは紀元前367年にスコトゥサを襲い、男は殺し女子供は奴隷に売った。同年に前年と同じ目的でテバイは兵を起こした。この時アレクサンドロスはあえて抵抗せず、ペロピダスを引き渡した。この次の三年間アレクサンドロスは再びテッサリア諸国、特にマグネシアとフティオティスに対する拡大を再開し、紀元前364年に彼らはテバイに庇護を求めた。その結果ペロピダス率いる軍が派遣されたが、同年6月13日に起こったとされる日食によって彼の兵士たちは狼狽し、ペロピダスは彼らを後方に残して騎兵の義勇軍300騎と傭兵部隊などを率いてテッサリアに侵入した。アレクサンドロスとペロピダスはキュノスケファライで戦い、アレクサンドロスは敗れたものの、ペロピダスを戦死させた。この勝利の後もマルキテスとディオギトン指揮下のテバイ軍は戦いを続行し、アレクサンドロスに征服地の返還とボイオティア同盟への加盟、つまりテバイの従属的な同盟国になることを強いた。紀元前362年のエパメイノンダスの死はテバイへの恐怖からアテナイを開放したが、代わりにアレクサンドロスの侵略に晒した。彼はティノス他キュクラデス諸島の諸都市を海賊に略奪し、住民を奴隷にして回らせた。また、彼はペパレトスを包囲し、アッティカにすら上陸し、ソウニオンの少し東のパルノモスを奪取した。それに対し、アテナイの提督レオステネスはペパレトスを救出したが、パルノモス封鎖から自軍を救い出したアレクサンドロスはピレウスを略奪した。