社伝では、大永の大乱（16世紀前半）や天正の兵火（豊臣秀吉の紀州攻め）に罹ってから衰微したという。『紀伊続風土記』所引「寛文記」によると、近世には神田2町（約2ヘクタール）を有していた。この神田は戦後まで存続したものの、昭和21年（1946年）の農地改革により消失したとされる。また同記では、当社を始めとする近辺の石高500石程の地を「神の木」と呼び往古の広大な社叢の名残であろうとするが、詳細は明らかでない。『紀伊続風土記』では、当時の当社は宇田森・北野2村の産土神であるが本来はこの2村の属す平田荘全体の産土神であったと見て、荘内の相論による弘西・西田井・北の村々の分離により2村のみが産子となったと推測する。明治6年（1873年）4月に近代社格制度において村社に列し、明治13年（1880年）には県社に昇格した。また明治44年（1911年）には、和歌山市北字宮ノ後にあった総社神社（旧村社）を合祀した（後述）。戦後は神社本庁に属している。
神社としての国史の初見は前述の『続日本紀』大宝2年（702年）の記事で、伊太祁曽・大屋都比売・都麻都比売3社を分遷したとする。『新抄格勅符抄』大同元年（806年）牒では、紀伊国の「大屋津比売神」に対して7戸の神戸（神社付属の民戸）が給されている。関連して、承平年間（931年-938年）頃の『和名類聚抄』では紀伊国名草郡に「大屋郷」が重複して掲載されるが、この一方は「大屋神戸」すなわち当社の神戸の意味であるとして、この神戸は宇田森周辺に分布したと考えられている。神階としては、貞観元年（859年）に伊太祁曽神・都麻都比売神とともに従四位下に昇った。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳では紀伊国名草郡に「大屋都比売神社 名神大 月次新嘗」として、名神大社に列するとともに月次祭・新嘗祭で幣帛に預かった旨が記載されている。『紀伊国神名帳』では天神として「従四位上 大屋大神」と記載されるが、正一位に昇った伊太祁曽大神とは神階が開いた。社伝によれば、寛治2年（1088年）4月には堀河天皇の熊野行幸に際して奉幣があったといい、長治元年（1104年）には18町歩（約22ヘクタール）の神田と5町四面（約30ヘクタール）の社地の寄進も受けて繁栄したという。
近年ようやく、日本の貿易政策はWTOを主体とした多国間貿易自由化策からFTAによる地域貿易協定に重点を置いた政策へと転換しつつあり、2002年にシンガポールとの間では日本で初めてのFTAとなる新時代経済連携協定（EPA）を締結した
これを皮切りに、2003年には韓国とのFTA交渉を開始、2005年にはメキシコとの経済連携協定を発効し、同時にASEANとの協定締結に向けて本交渉開始を予定するなど、日本はFTA締結への取り組みを加速させた
2002年には小泉純一郎首相がシンガポールでの政策演説において、ASEAN+3にオーストラリアとニュージーランドを加え「共同体」をより漠然とさせた地域協力を目指し、東アジアを「共に歩み共に進むコミュニティ」とする構想（東アジア・コミュニティ構想）を打ち出した
またそのために、1.教育・人材育成分野における協力、2.2003年「日本・ASEAN交流年」、3.日本・ASEAN包括的連携構想、4.東アジア開発イニシアティブ（IDEA）、5.国境を越える問題（海賊、テロ、SARSやHIVといった感染症、津波等の大規模災害、ほか）を含め安全保障面での日本とASEAN間での協力強化、という「5つの構想」を示し、それに向け、日本はASEAN重視政策の一環として様々な協力を打ち出している
2003年12月の日本・ASEAN特別首脳会議では、ASEANの首脳がASEAN域外で初めて一堂に会する機会となっただけでなく、前述の「5つの構想」の1つである日本・ASEAN交流年の記念的イベントともなった
また、この会議において日本・ASEAN東京宣言と、その実現に向けた日本・ASEAN行動計画が採択され、幅広い分野での協力が約束された
これら一連の動きは、日本のASEAN重視政策を象徴する形となった
以上のように、現在、東アジアの地域化への動きは日本・ASEAN、韓国・ASEAN、中国・ASEANの三本柱で進められており、日中韓とASEANが一体化した形での包括的な政策検討はEAVGの報告の検討作業を行う東アジア・スタディ・グループ（EASG）に委ねられている
2003年11月、EASGでは17の短期的措置と9の中期的措置を提言しており、加えてASEAN+3という枠組みによる、長期的目標としての東アジアサミット（EAS）を指摘した
2005年にはマレーシアが、ASEANの議長国を務める事を機に、同国クアラルンプールにおける第1回EASを提案した
続いて中国も2007年の第2回EASの北京での開催を示唆した
これを受けて、EASを2年に1度ASEAN域内とASEAN域外の国が交互に開催するという議論がなされ始めたのである
同年の第1回EASでは、結局ASEAN+3に加えインド、豪州、ニュージーランドも参加し、計16カ国による開催となった
ASEANとの関係の深さや東南アジア友好協力条約（TAC）加盟国という条件で選ばれたインド、豪州、ニュージーランドについては、中国台頭の影響でASEANの影響力の低下を恐れたインドネシアとシンガポールがその参加を支持した事により実現した
EASについては、参加国の枠組みやASEAN首脳会議との関連性、共有するべき理念の方向性について、未だに議論を要する争点が多く残されている
形式論先行の動きに対し、根本となる東アジア協力の意義について再度議論を求める声もあるが、それでも東アジアが自らの主体性を発揮しサミットを開催した事自体について「東アジアの地域化に向けた第一歩」として一定の評価をする有識者もいる