食堂は木造平屋建ての構造である。1889年（明治22年）7月に山口半六と久留正道の設計により、山本治兵衛の現場管理の下、第三高等中学校寄宿舎の食堂として建設された。1894年（明治27年）からは第三高等学校寄宿舎の食堂として、1897年（明治30年）からは旧・京都帝国大学寄宿舎の食堂として使用され、1913年（大正2年）には吉田寮現棟の竣工に合わせて山本治兵衛により現在の場所に移築された。七灯社建築研究所の山根芳洋は、食堂が第三高等中学校の数少ない遺構であり、京都大学最古の大学建築物であることを発見した。1986年以来、営業停止している。1996年10月、防火壁を隔てて隣接していた「賄所」が火災で全焼した。今では吉田寮自治会の寮生大会や、寮内外のサークルのライブや演劇の会場、作業場などに供されており、吉田寮自治会および食堂使用者会議、厨房使用者会議が管理と運営を行っている。食堂使用者会議・厨房使用者会議に参加し、誠実に話し合うことを条件に、誰でも（寮籍や学籍が無くても）食堂を利用できる。京大の文化的、芸術的活動の拠点の一つである。現棟と同様、老朽化や耐震性の不足が懸念されていたが、先述の山根の発見のおかげもあって、2015年に補修が実現した。
現棟は木造2階建ての3棟の寮舎（南寮・中寮・北寮）が並列し、平屋の管理棟（本館）につながる構造である。収容定員147名。居室は1人部屋または2人部屋。1913年（大正2年）に、山本治兵衛と永瀬狂三の設計により、京都帝国大学寄宿舎として建設された。その際には、現在の吉田キャンパス本部構内にあった、旧・京都帝国大学寄宿舎の部材が転用された。旧・京都帝国大学寄宿舎は木造3階建ての構造であった。外からは大きな屋根のある木造2階建てに見えたが、実際は広い屋根裏部屋があった。収容定員約60名。1889年（明治22年）に、山口半六と久留正道の設計により、第三高等中学校寄宿舎として建設された。この建物は1894年（明治27年）からは第三高等学校寄宿舎として、1897年（明治30年）からは旧・京都帝国大学寄宿舎として使用された。1912年に一度解体され、吉田寮現棟に再構成された。現棟の階段室などには旧寄宿舎の面影がある。建築の専門家は現棟を明治・大正時代の歴史的建築資産と評価し、補修を度々訴えている。2009年、京都府教育庁指導部文化財保護課は現棟を「京都府の近代和風建築」にリストアップした。2015年5月、日本建築学会近畿支部は京大の山極壽一総長宛に「京都大学吉田寮の保存活用に関する要望書」を提出した。また同年11月には建築史学会が山極総長宛に「京都大学学生寄宿舎吉田寮の保存活用に関する要望書」を送付した。吉田寮自治会も以前より現棟の補修を求めてきたが、京都大学は応じず、2017年12月、耐震性の不足を理由に現棟と新棟に居住する全寮生に2018年9月末日までに退寮するよう命令した。吉田寮自治会は確約（京大が吉田寮自治会に対して約束した事柄）に違反しているとして退寮に応じず、2018年10月以降も100人以上の寮生が居住を続けている。
戦闘はランダムエンカウントではなく、シンボルエンカウントを採用。ダンジョン内に敵キャラクターの姿が見えていて、それに触れることによって戦闘に入る。『ロマンシング サ・ガ』シリーズに似ているが、敵シンボルは一切移動せず、出現地点は固定されている。また、ジャンプによって敵シンボルを通りぬけることはできない。なお、一部のダンジョンでは敵シンボルが透明で見えなくなっている場合もあり、この場合は特定のアイテムを入手することで見えるようになる。一度倒した敵シンボルは、そのダンジョンを出入りするまで復活しない。FCやSFCで発売された他のFFシリーズと異なり、戦闘画面はドラゴンクエストシリーズやゲームボーイのサガシリーズのようなフロントビュー（敵が正面に表示される形式）の戦闘となっている。戦闘画面の手前には、画面に背を向けた姿でプレイヤーキャラクターも表示される。戦闘システムはFC版のFFシリーズのようにターン制が取り入れられており、アクティブタイムバトルシステムではない。ただし、ダメージや回復の際、キャラクターグラフィックに重なって数字が飛び出すのは他のFFシリーズと同じである。初期設定では、画面下に表示されるプレイヤーキャラクターのヒットポイント (HP) がバー型のゲージで表示され、HPの残量が見た目で判別できるようになっているが、設定により従来と同様の数字表示への変更も可能である。敵にはそれぞれ弱点や耐性（水に弱い、火に強い、斧の攻撃に弱い、など）が設定されており、弱点となる属性や武器などで攻撃すればより大きなダメージを与えられ、逆に耐性のある攻撃は効果が弱くなる。この際に「（モンスター名）は（属性名）の攻撃に弱い」「-に強い」などのメッセージが表示され、敵のHPが減ってくるとグラフィックが弱った姿に変化していくため、視覚的にも敵の状況が分かりやすい。前列・後列などの概念は存在しないが、「かわす」コマンドを味方に対して使用することで、その味方が受けるはずだった攻撃を代わりに受け止めることができる。また、自分にこのコマンドを使った場合は防御となり、身を守って受けるダメージを半減できる。仲間のレベルや装備品は新規加入時ごとにそれなりに強い能力で固定されており、経験値を得てレベルアップが行われるのも主人公のみのため、場合によっては常に仲間キャラクターの方が強いという事態も起こり得る。また、仲間のみ「オート戦闘」というシステムもあり、これを選択していると仲間が自動で状況を判断して戦ってくれる。これは戦闘中も含め、ゲーム中にYボタンを押すか「そうさきりかえ」を選ぶことでいつでもマニュアルとオートを切り替え出来るので、自動で戦わせて仲間におまかせという戦法も取れる。