1944年4月11日、海上護衛総司令部第一海上護衛隊に編入。4月13日から22日まで呉海軍工廠で入渠し、船体と機関の整備を行う。出渠後は門司へ回航し、ヒ61船団の編成待ちとなる。5月3日、ヒ61船団（11隻）を護衛して門司発。7日からは第7号海防艦とともに対潜制圧を行いつつ経由地のマニラへ向かい、10日マニラ着。12日、引き続きヒ61船団を護衛してシンガポールへ向けマニラ発。17日、シンガポール着。23日、復航のヒ62船団（8隻）を護衛してシンガポール発。28日、本艦は機械故障をおこした特設運送船神鳳丸に付き添うこととなり、第7号海防艦、第13号海防艦とともに船団から分離し、船団本隊より1日遅れの30日にマニラへ入港した。6月1日、引き続きヒ62船団を護衛して門司へ向けマニラ発。8日、門司に到着して佐世保へ回航。10日から18日まで佐世保海軍工廠で入渠し、電波探信儀の設置工事を行う。19日、六連へ回航し、ヒ67船団の編成を待つ。22日、ヒ67船団（12隻）を護衛してシンガポールへ向かう。29日、対潜戦闘を行った際に推進器とプロペラシャフトを破損する。そのまま護衛を続行し、30日経由地のマニラに入港。その後キャビテへ回航される。7月7日から8月2日までキャビテの第百三海軍工作部で入渠し、推進器とプロペラシャフトの修理を行う。8月8日から9日にかけて、マニラ湾口で対潜掃蕩に従事。9日、マタ26船団（24隻）を護衛して基隆へ向けマニラ発。16日、陸軍徴傭船あさか丸を救難。17日、同船を伴い基隆着。20日、タモ23船団（14隻）を護衛して門司へ向け基隆発。26日、六連沖で同船団から分離し佐世保へ回航し整備を行う。31日、モタ25船団（3隻）を護衛して高雄へ向け寺島水道発。
マル戦計画の海防艦丙、第2401号艦型の3番艦、仮称艦名第2403号艦として計画。1943年10月23日、日本鋼管株式会社鶴見造船所で仮称艦名第2404号艦と同日に起工。12月22日、第五号海防艦と命名されて第一号型海防艦の3番艦に定められ、本籍を呉鎮守府と仮定。1944年1月15日、進水。本艦は国民からの建艦献金の一部を建造費に充てたため、非公式に報國第二号海防艦と称された。2月1日、艤装員事務所が鶴見造船所内で事務を開始。3月12日、呉防備戦隊に編入。3月19日竣工し、艤装員事務所を撤去。本籍を呉鎮守府に、役務を呉鎮守府警備海防艦にそれぞれ定められ、基礎術力練成教育に従事。
荻原は大学時代に早大児童文学研究会（児文研）に参加しており、一部のメンバーと影の創作活動をしていた。その活動を通して初めて完成させた小説『西の善き魔女』が、本作の基になっている。とはいえ、引き継いだのは一部の設定のみである。「秘められた活動ゆえに楽しいという感覚」は、2巻のトーラス女学校での女生徒たちの秘密の同人活動に生かされている。フランク・ハーバートの『デューン/砂の惑星』に大きく影響を受けており、その作中に登場する女性だけの秘密結社「ベネ・ゲセリットの魔女」が『西の善き魔女』につながっている。また女王候補のレアンドラの名は、ケルト・ファンタジーの名手フィオナ・マクラウドの「ウスナの家」で壮絶な最期を遂げるデヤドラ（ディアドラ）が参考にされている。何よりタイトルは、Robert Scholesの記事が由来である、アーシュラ・K・ル=グィンの異名の1つ“The Good Witch of the West”からの借用である（あとがき参照）し、元々の第5巻で『闇の左手』とアーシュラ作品そのものズバリのサブタイトルも使っている。
1644年7月2日、マーストン・ムーアの戦いでカンバーランド公ルパートの騎兵と直面し、潰走させて武名をあげた。しかし議会軍全体はまだ弱く、全面攻勢をかけるほどの力はなかった。はかばかしくない戦況を見て、議会派は軍の再編を急いで進めた。東部の諸州が連合してつくられた東部連合軍をはじめ、西部連合軍なども編成され、議会軍の組織化が進んだ。これらの再編によってただちに議会軍が精強になったわけではなく、軍の内外で様々な問題をかかえていた。議会内の見解の一致がとれていないことや、革命の目指す方向がないことなどがその主な理由であった。クロムウェルは当時、東部連合軍の騎兵隊長であった。1645年頃には、議会軍は辞退条例制定など軍隊の編成改革を行い、優柔不断な行動で戦略に悪影響を与え続けたマンチェスター伯とエセックス伯ロバート・デヴァルーなどの指揮官は排除され、東部連合軍・西部連合軍などを統合し、議会の統制下で一元的に再編成された新しい軍をニューモデル・アーミーとした。司令官はフェアファクスが就任、クロムウェルはニューモデル軍結成にあたって副司令官となった。1645年6月14日のネイズビーの戦いでは、議会軍は左翼にヘンリー・アイアトン少将、右翼にクロムウェル中将が布陣した。鉄騎隊は激しい攻撃によってじりじりと国王軍を押し返し、国王本隊に迫りつつある時、チャールズ1世は親衛隊を割いて鉄騎隊を追い払おうとした。ところがこの命令が誤って伝わり、親衛隊は後退してしまった。クロムウェルはこの隙を見逃さず、チャールズ1世の歩兵連隊を壊滅させた。いっぽう左翼でもアイアトンの部隊が攻め、国王軍は左右から挟撃され、国王軍は総崩れとなった。この戦いによって、国王軍は壊滅的な損害を被った。議会派はこの勝利をイングランド中に宣伝し、勝利を印象づけた。兵糧や大砲は議会軍に接収され、国王軍の再建は事実上不可能となった。内戦はさらに1年続いたが、国王軍は劣勢を逆転することはできず、チャールズ1世はスコットランドに亡命を余儀なくされた。だがスコットランドにも見捨てられ、議会の監視下でハンプトン・コート宮殿で軟禁状態に置かれた。