このゲームではシナリオモードの途中で体力が無くなる、既定の条件を達成できないなどするとペナルティを負ってメインメニューに戻るか、敵に投獄され仲間（他のプレーヤー）に助けを求めることが出来る。助けを求められたプレーヤーの携帯電話には、ゲームを起動していなくともEメールが届き、救出に赴く事が出来る。また、メインメニューから自ら能動的に助けに行くこともできる。受け取った要請は断ることができ、オプションにより要請メールの受け取りを拒むこと（送受信拒否）もできる。なお、救出任務ではマテリア援護の要請は行えない。仲間が捕まっている収容所には各シナリオ毎に「第一収容所」と「第二収容所」の二種類があり、後者はある程度のキャリアが要求され難度も高い。また、自分が選択できない章の収容所に捕らえられている仲間を助けに行くことはできない。HPとMPが減った状態で自ら脱出することもできる。救出任務とは別ルートを通ることになる。脱出は第一収容所のみ可能で、失敗すると収容所に戻される。また、第二収容所に収容されることもある。
神羅カンパニーの精鋭部隊「タークス」の新人エージェントであるプレーヤー（複数のキャラクターから選択可）は、与えられる様々なミッションをこなしていく。一つのシナリオは4～5つのミッションで構成され、全てクリアすると次のミッションが選択できるようになる。エピソードをクリア、また後述の救出任務に成功すると「ランクポイント」が手に入り、様々なアイテムや他のキャラクターと交換できる。なお、ミッション中のシナリオでキャラクターたちは相互の連絡を携帯電話で行うことがある。
ゲームを進める上でより深い協力関係にある仲間のリスト。仲間は「メンバー」と呼ばれる。手持ちのマテリアはメンバー間により共有され、一部のミッションはメンバーとともに遂行することになる。登録できるメンバーは最大3人までであり、援護要請に応じる、または応じられると自動的にメンバーに加わる。また、プレイヤーには「社員ID」が割り振られており、他のプレイヤーのIDを入力することで、その者をメンバーに加えることができる。なお、メンバーと遂行するミッションは、メンバーがいなくてもNPCが参加することになるので、メンバーが1人も登録されていなくとも前に進めないという事態は生じない。
金銭を入手することのない本作で、その代わりとなるもの。略称はRP.「ポイント交換」によってRPと景品を交換することができる。RPはエピソードミッションや救出任務を攻略することで入手でき、総額が一定の量に達すると「ランク(RANK)」があがる。これに応じ、景品のラインナップが増える。「トレーニー」など、ランクごとに名前を持つ。
通常攻撃の種類や能力は、プレイヤーキャラクターによって異なる。相手が攻撃モーションに入ったときに、携帯電話のカーソルキーをタイミングよく押すことで、攻撃を回避することができる。魔法は後述する「マテリア」をもって使用する。また、アイテムは3つまで所持することができる。「オートアタック」に設定することで、相手を自動的に追尾することができる。
チベット仏教ニンマ派では、マハーヨーガの「タントラ部」として幻化網の『十八部大タントラ』（tantra chen po bcu brgyad）というタントラ経典群が伝承されている。この十八大部の中心となるのが、ヴィマラミトラとマ・リンチェン・チョクの翻訳と伝えられる『秘密蔵タントラ』（Guhyagarbhatantra ［グヒヤガルバ・タントラ］、蔵名: gsang ba'i snying po ［サンウェー・ニンポ］）である。サンウェー・ニンポは内容的に幻化網タントラと密接な関係にある。ニンマ派のマハーヨーガで最も重んじられるタントラであり、幻化網（ギュントゥルタワ sgyu 'phrul drwa ba）タントラ群の中心に位置づけられる。秘密蔵タントラはニンマ派のタントラの分類でいうとマハーヨーガに属するが、アティヨーガ（ゾクチェン）にも関連している。一部のチベット学者は、幻網タントラ群の本尊瑜伽や究竟次第系の瞑想技法がゾクチェンの初期の源泉のひとつであった可能性について検討している。また、このタントラに関する外国人への伝授も多数行なわれていて、1959年4月〜7月にかけて行われた、当時、チベット本土からインドへ亡命していたニンマ派の総帥ドゥジョム・リンポチェ2世（1904-1987）による『秘密蔵タントラ』の大灌頂と伝授（全伝）は有名である。この内容は、弟子の劉鋭之（リュウ・ロェチ）によって記録され、1962年に『大幻化網導引法』として出版された。同時期にイギリスでも弟子の John Driver による英訳が出版されたが、こちらは抄訳である。11世紀以来の新訳派（サキャ派、カギュ派）では、このタントラの原典に当たるものがインドに見られないとして、偽経である疑いが呈されてきた。ただし、チベット仏教と敦煌文献の研究者であるサム・ヴァン・シャイクによれば、サキャ派の伝えるシャーキャシュリーバドラの伝記に、当時サムイェー寺に秘密蔵タントラのサンスクリット写本があったという証言が記録されている。また、新訳派以前の10世紀頃の敦煌出土写本の中から、このタントラに関連するものが見つかっている。ペリオ蔵849はチベット語とサンスクリット語でタントラの題名を列挙しているが、その中に「rgyud gsang ba'i snying po / gu yya kar rba tan tra」の名が見える。スタイン蔵540と同332には、秘密蔵タントラの抜書きと見られる部分や、「シ・ト」(zhi khro)、すなわち「寂静尊と憤怒尊たち」に関する儀軌がある。この儀軌は、ニンマ派の伝統的な解釈では秘密蔵タントラの第六章の要約であるとされており、この説に基づくとされるカルマ・リンパのテルマである独立したテキストは『チベット死者の書』として日本でも知られている。