乃木の死去を受け、読売新聞のコラム「銀座より」では、乃木神社建立、乃木邸の保存、「新坂」の「乃木坂」への改称などを希望するとの意見が示された。その後、京都府、山口県、栃木県、東京都、北海道など、日本の各地に乃木を祀った乃木神社が建立された。
乃木の訃報が報道されると、多くの日本国民が悲しみ、号外を手にして道端で涙にむせぶ者もあった。乃木を慕っていた裕仁親王は、乃木が自刃したことを聞くと、涙を浮かべ、「ああ、残念なことである」と述べて大きくため息をついた。乃木の訃報は、日本国内にとどまらず、欧米の新聞においても多数報道された。特に、ニューヨーク・タイムズには、日露戦争の従軍記者リチャード・バリーによる長文の伝記と乃木が詠んだ漢詩が2面にわたって掲載された。一方で上記の乃木の教育方針に批判的だった白樺派の志賀直哉や芥川龍之介などの一部の新世代の若者たちは、乃木の死を「前近代的行為」として冷笑的で批判的な態度をとった。これに対し夏目漱石は小説『こゝろ』、森鴎外は小説『興津弥五右衛門の遺書』をそれぞれ書き、白樺派などによってぶつけられるであろう非難や嘲笑を抑えようとした（評価の詳細については後述）。乃木夫妻の葬儀は、大正元年（1912年）9月18日に行われた。葬儀には十数万の民衆が自発的に参列した。その様子は、「権威の命令なくして行われたる国民葬」と表現され、また、外国人も多数参列したことから、「世界葬」とも表現された。日露戦争の時に第3軍に従軍していた記者スタンレー・ウォシュバンは乃木の殉死の報を聞いて、『乃木大将と日本人』（原題『Nogi』）を著し故人を讃えた。
乃木は、大正元年（1912年）9月10日、裕仁親王、淳宮雍仁親王（後の秩父宮雍仁親王）および光宮宣仁親王（後の高松宮宣仁親王）に対し、山鹿素行の『中朝事実』と三宅観瀾の『中興鑑言』を渡し、熟読するよう述べた。当時11歳の裕仁親王は、乃木の様子がいつもとは異なることに気付き、「院長(学習院)閣下はどこかへ行かれるのですか」と聞いたという。
1908年（明治41年）4月、迪宮裕仁親王（後の昭和天皇）が学習院に入学すると、乃木は、勤勉と質素を旨としてその教育に努力した。当時、裕仁親王は、赤坂の東宮御所から車で目白の学習院まで通っていたが、乃木は徒歩で通学するようにと指導した。裕仁親王もこれに従い、それ以降どんな天候でも歩いて登校するようになったという。後に中曽根康弘が運輸大臣であった時に昭和天皇への内奏で、司馬遼太郎の小説『殉死』に書かれている逸話は本当かと尋ねたところ、おおむねその通りであると答えられたという。明治45年（1912年）7月に明治天皇が崩御してから、乃木が殉死するまで3ヶ月ほどの間、裕仁親王は、乃木を「院長閣下」と呼んだ。これは、明治天皇の遺言によるものである。昭和天皇は後に、自身の人格形成に最も影響があった人物として乃木の名を挙げるほどに親しんだ。
講道館でも指折りの酒豪として知られる小田はいわゆる“斗酒なお辞せず”の類で、三船の一件以来すっかりウマが合うようになった中野正三と痛飲しては柔道界の変貌を嘆いていたという
やがて胃を患って2/3を切除する大手術を行って以来しばらくは酒を控えていたが、半年もすると「少しぐらいなら…」と杯を取るようになり、次第にその量も増えていった
1954年7月に柔道の視察・指導にヨーロッパへ招聘された小田だったが、現地で洋酒を飲み過ぎたらしく危篤のまま飛行機で帰国して東京医科大学病院へ運び込まれ、家族による看護の甲斐もなく自宅へ帰らぬまま1955年2月11日午前11時16分に他界した
62歳没
法名は「勝道院法常日胤居士」
小田は晩年、レスリングのように柔道競技をその攻撃スタイルによって、立ち技のみ・寝技のみ・立ち技寝技混用の3つに分類して競技を実施してはどうか、と真剣に研究していたという
実際に寝技だけの試合をやるための準備をしていた事もあったが、前述の通り小田は思わぬ形で他界しこの案が日の目を見る事無かった
それでも、立ち技に傾倒していた当時の講道館柔道に一石を投じ、時に嘉納治五郎や桜庭武といった講道館の重鎮を相手に論争を繰り広げながらも寝技主体の高専柔道の礎を成すのに大いに貢献し、今日でも寝技の大家としてその勇名は色褪せていない
また、寝技で名を成す柔道家は往々にして由緒ある古流柔術の出身者が多い中にあって、小田は古流柔術の出ではなく、飽くなき猛稽古と創意工夫によって一代で自らの技術体系を築き上げ、その芸術的な寝技を以って世に“常胤流”と称されるまでに至った点は特筆される
著書『柔道大観』の中で小田は、「一部柔道家の脳裡には、柔術と聞けば憎悪の念を以って迎え、柔術家と聞けば蛇蝎の如く忌み嫌う傾向がある」と前置きした上で、「（柔術は）急激な時代の変化に遭遇しその真義が没却されたにしても、なお多少とるべきものがあり、今日の柔道の勃興を見る一大資料となり、一つの道程となり、動機となった事は事実である」「柔術そのものを無価値なものとして排斥し、しからずんば破壊し去らんとする事は、いささか考慮を要する」と述べて、当時飛ぶ鳥を落とす勢いで排他色の濃かった講道館の柔道家達に警鐘を鳴らしていた