この地域は青山高原、室生火山群の地質とは異なり、伊勢、大和を一直線に結ぶ中央構造線といわれているもので、主として花崗岩類よりなる。三峰山はじめ、白髪山（920m）等1,000m級の山々がつらなり、これが三重、奈良両県の境界となっている。南側は数百mに及ぶ断崖をなしているが、これに反して西側は緩かで室生火山群の山麓につながっている。高見山の南側の鞍部が高見峠で、これは櫛田川（三重県）、吉野川（奈良県）の分水嶺で、地形、行政の境界ともなっている。飯高町月出の月出の中央構造線は、日本国の天然記念物に指定された大規模な中央構造線の露頭である。
室生火山群に属する大洞山より南に連なる三重、奈良の県境の山地で、標高1,235.6mの三峰山を主峰とし、南東に台高山脈に連なっている。三峰山西南に八丁平といわれる平坦なススキの高原地帯があり、一面にシロヤシオの群生が見られる。眼下に室生火山群、西には山容が最もすばらしいといわれる高見山（1,249.2m）、南は台高山脈を通し、吉野熊野国立公園大台山系の日出ヶ岳を見ることができる。また東方には伊勢湾を一望し、晴れた日には遠く富士山を望見できる。
古代文化の発生の地である奈良盆地に接し伊勢に到る交通の要所にあったため、山地にもかかわらず文化景観は多様。奈良県側では、宇陀市の室生寺で、国宝指定の平安建築を見ることができる。他に、東吉野村大字小の丹生川上神社（中社）、宇陀市の墨坂神社、宗祐寺、仏隆寺など。三重県側では、赤目四十八滝の行法道場・延寿院の石造灯籠が文化財指定されている。他に、津市上多気の北畠神社、三多気の真福院などがある。
ある夜、ヴィントブルーム王国の風華宮に賊が侵入。国王と王妃が殺害され、国王に仕えていた元乙HiME（オトメ）も行方不明となる事件が起こる。それから14年…。徒歩で砂漠を越える少女アリカ・ユメミヤ。彼女は、生まれてすぐに生き別れた母親を捜すため、「かつて母が乙HiME（オトメ）であった」という情報のみを頼りに、母の持ち物であった「蒼天の青玉」と共に、世界唯一のオトメ養成専門学校「ガルデローベ」を目指し、ヴィントブルーム王国へやって来たのだった。入国直後、アリカは偶然出会ったガルデローベの予科生ニナ・ウォンと、即位式を控えた我儘な王女マシロ・ブラン・ド・ヴィントブルームと共に、謎の秘密結社「シュバルツ」の操る巨大な化け物スレイブに襲われてしまう。危機迫るその時、颯爽と現れ圧倒的な力を持って事態を収めたマイスターオトメ、シズル・ヴィオーラに憧れを抱いたアリカは、その場でオトメになることを決意、ガルデローベへと中途入学する。入学後、アリカは学園のハイレベルな指導や、特別入学に対する周囲の嫉妬に悪戦苦闘しながらも、学費の援助をしてくれる匿名の支援者を得る等多忙な日々を過ごす。その最中、即位したばかりのマシロ女王と共に迷い込んだヴィントブルーム城の地下空間でアリカは、古代の超破壊兵器「ハルモニウム」を発見する。直後、シュヴァルツのスレイブに襲われた二人は、止むを得ず「蒼天の青玉」を用いて主従の契約を交わす。これにより、マシロ女王のマイスターオトメとなったアリカは、圧倒的な力でスレイブを撃破する。学園に内緒での主従契約（違反行為であり、学園長ナツキ・クルーガーやシズルらは感づいていたものの、ノーヒントでふたりがハルモニウムを見つけ出したことを重く見て、敢えて咎めずに「流れに任せる」ことにした）を解除する手がかりを求め、学園内、真祖の霊廟に忍び込んだアリカは思いも掛けず、華麗なオトメの歴史の裏に隠された闇 「戦争兵器として敵味方に分かれて戦わされたオトメ」の話を知り心乱れる。さらにニナの養父セルゲイ・ウォンに惹かれていることに気付き自分の気持ちに戸惑い始めるアリカだったが、同じく養父に惹かれるニナとの関係はエルスティン・ホーという仲介役もあり、対立関係から良き友人、ライバルとして共に切磋琢磨する関係へと昇華していった。一方マシロは、ジパングの若君鴇羽巧海頭忠頼と出会い、自身の至らなさを指摘された事にショックを受け、女王としての責務を一時放棄してしまうが、アリカとどちらが早く「立派なオトメ」・「みんなを幸せにする女王」になるか、というそれぞれの夢を競争する約束を交わしたことで立ち直る。そんな中、密かに手を組んでいたアルタイ公国、及びシュヴァルツの策略により、ルーテシアのレムスとロムルス国境付近において、双方のマイスターオトメによる戦闘が50年ぶりに引き起こされる。これを皮切りとして、世界情勢は一気に険悪な方向へと進み、ついに風華宮落成式の日、良き王として生まれ変わる決意を決めたマシロ達の目の前で、シュバルツの総攻撃が行われる。抵抗するガルデローベのオトメ達だったが、シュヴァルツの策略によりその力を封じられ、結果、ヴィントブルーム王国、及びガルデローベはハルモニウム共々、アルタイ・シュヴァルツの手に落ち、更にシズルは捕虜に、ナツキは国外逃亡を余儀なくされる。この騒動の中、マシロを連れて逃げていたアリカだったが、彼女に対しシュバルツの放った刺客はあろう事か親友のエルスであった。その混乱の中、さらに、アリカを陰ながら支援していたパトロンがセルゲイであることを知ったニナは嫉妬と憎しみに苛まれ、アルタイの大公たるナギ・ダイ・アルタイが持つマイスターGEM漆黒の金剛石で契約を交す。ニナの嫉妬はアリカに向けられ、自らのスレイブを盾にしてアリカを庇ったエルスはスレイブと共に消滅する。結果的にエルスを殺してしまったニナをアリカは許せなかった。互いに憎みあい、エルスの示した引き返せない宿命の中で、怒りに身を任せ激突した…。