比較発生学は発生学の主流からは離れた格好であるが、進化系統論がなかなか決着のつきにくい分野であり、また個々の記載はそもそもの基本である。その後も多くの努力がその方向に向けられ、それが絶えたことはなかった。他方で、比較しているものが本当に比較可能なものであるか、というのはやっかいな問題である。動物の各群の体制を比較する場合、相同関係を調べることは重要だが、比較解剖学においては仮定された相同性が妥当であるかの判断には根拠が乏しかった。比較発生学はそれらに対して発生の経過によってその根拠を与えたが、改めて考えると、それが与えた根拠とは何か、はやはり不明確であり、それが系統関係に由来するとの判断は全くの推察にすぎない。しかし、20世紀後半の遺伝学の発達により、ホメオティック遺伝子といった直接に形態に関わる遺伝子が発見されたことは重要である。これによって、比較発生学は新たな武器を手に入れたことになる。系統論については分子系統がより直接的に系統関係に関する情報を与えてくれるが、それは単なる分岐図を与えてくれるにすぎない面があり、特に各個の器官の相同性などに関しては比較発生学は現在も大きな役割を持っている。
胚葉説は、発生の初期に、まず大まかな細胞層に区分されるとするもので、まずクリスティアン・パンダー(Christian Heinrich Pander 1794-1865)がニワトリの胚発生の研究からこれを想定した。ベールはこれを発展させ、発生の初期に胚にいくつかの細胞層が生じ、そこから各器官が作られること、また、分類群が異なっていても、胚葉の区分のされ方およびそれぞれの胚葉からどんな器官が出来るかは一定であるとした。彼はこれを脊椎動物の各綱について認めたが、ただし彼は胚葉の区分を現在の外・中・内の三つではなく、四つに区分していた。その後ラトケ(Martin Heinrich Rathke 1793-1860)はこれを無脊椎動物の各群にまで広げた。その後に細胞説の確立を受け、ローベルト・レーマク(Robert Remak 1815-1865)はこれらを組織学的に見直して、改めて三胚葉の区分を行った。
発生学においても比較解剖学と同様に比較的方法が重要であると説いたのは、カール・フォン・ベールである。彼は「発生学の父」とも言われ、19世紀前半における最大の発生学者と言ってよい。彼はその主著『動物発生学』においてこのことを強く主張し、それによって動物の発生に関する一般原則が導き出せるとした。ここで言う比較解剖学的な方法とは、その分野の中でも、特に純形態学、あるいは観念論的形態学といわれた流れを指す。そこでは、形態から機能を完全に切り離し、様々な動物の構造から基本的な原型を見いだし、多様な形態をそこからの変化と見なすことが行われ、相同性など重要な概念が提出された。ただし、成体の器官の相同性が、そもそもその根拠が明白でないことは大きな問題で、時に恣意的な判断になりやすくもあった。しかし発生的にこれをたどると意外にわかりやすい場合がある。ある意味では発生が相同性に裏付けを与えたともいえる。彼は主として脊椎動物の発生を対象に研究を行った。その重要な業績としては胚葉説とベールの法則がある。これについては以下に個別にまとめるが、このような流れの中で、発生の過程を比較する研究は広く行われるようになり、1860年代にはすでに当時知られていたほぼすべての動物門において発生の研究に手がつけられている。
タイテエムが優勝した天皇賞（春）において、杉本は「無冠の貴公子に春が訪れます」という名実況を残しているが、この裏で大変肝を冷やす体験をしていた。当時の競馬実況は、双眼鏡で馬群を追いながら実況するスタイルが主流であった。とは言え、このころになるとテレビ撮影用のカメラも進化しており、杉本もたびたび競馬番組のプロデューサーからカメラで撮影された映像を利用した実況を指示されていたが、この時点では半信半疑だったこともありモニターでの実況はテスト扱いレベルであった。このような状況で始まった杉本の天皇賞実況であるが、この天皇賞でとくにタイテエムに重きを置いて実況していた杉本は、実況中にタイテエムの居場所を見失ってしまった。レース映像を見ると、タイテエムは第3コーナーから第4コーナーにかけては馬群の一番外側を回っているが、タイテエムを含む各馬は泥でメンコも勝負服も真っ黒になり、実況席から遠い位置であったこともあり、双眼鏡で各馬を見分けるには難しい状況だった。杉本はここで「タイテエムもこの集団の中か」と、微妙な言い回しの実況をしているが、その瞬間、テレビの画面には馬群の外側を捲ってきたタイテエム（ゼッケン番号5番）が大写しになっていた。そのような事情を露知らない杉本は、直線に入るといったんは「タイテエム来た」と言ったものの、そのすぐあとでは「一番外を通ってタイテエムか」「外を通ってタイテエムか、タイテエムか」と実況している。残り100メートルほどで、ようやく先頭がタイテエムであると確信し、「四白流星、タイテエム、タイテエムだ！タイテエム先頭だ！タイテエム先頭、タイテエム、無冠の貴公子に春が訪れます。タイテエム1着！タイテエム1着！」と実況した。杉本自身は、この時点ではタイテエムを一時見失ったという自覚はなかったらしいが、レース翌日の通勤途中で見知らぬ競馬ファンと思しき人間に、「タイテエムを見失ったでしょう？」といきなり訊ねられた。杉本はその場はとりあえず取り繕ったものの、関西テレビに出社してレース映像を改めて確認。しどろもどろな実況の裏で大写しになっているタイテエムを見て、ようやく自分が実況中にタイテエムを見失っていたことに気付いたのであった。このアクシデントでカメラの高性能を認識させられて以降、杉本の実況スタイルは従来の双眼鏡重視の実況スタイルからモニター重視の実況スタイルに移っていき、以後それが競馬実況の主流として定着していった。