これらの相次ぐ売却により、創業当時の本拠地であったフロリダ州のマイアミ国際空港を本拠地とし、わずかに残ったボーイング747でマイアミ発のロンドン（ガトウィック空港）とパリ線を飛ばす他は、カリブ海周辺および南アメリカ路線、東部を中心とした国内線の運航を行う中規模航空会社として、デルタ航空の支援のもとでラッセル・L・レイ・ジュニアが新たなCEOに就任し、経営再生を行うこととなった。しかし、同年に勃発した湾岸戦争による国際線乗客激減と同時に起きた燃料高騰、そして最後の頼みの綱であったデルタ航空による支援策が、同社の大株主の反対を受け白紙撤回したことがとどめを刺す結果となり、ついに1991年12月4日の朝9時に破産し運航停止し、かつて世界中にその路線網を広げた名門航空会社は終焉を迎えた。なお、最後の運航はバルバドスのブリッジタウンからマイアミへ向かう436便（ボーイング727-221ADV、機体記号N368PA、愛称：Clipper Goodwill 機長はMark Pyle）だった。運航停止により7,500人に及ぶ従業員が路頭に迷うことになり、アメリカの航空会社としてはイースタン航空が破綻したのに続く惨事であった。パンアメリカン航空は、アメリカを代表する航空会社としてのみならず、まさに20世紀におけるアメリカの繁栄とその先進性を象徴する企業と見なされ、スタンリー・キューブリック監督の映画「2001年宇宙の旅」においてスペースシャトルの運行主体として想定されていたほどで、その終焉はアメリカ国民のみならず、全世界を驚嘆させる出来事となった。破産と同時に、「パンナム・エクスプレス」のトランスワールド航空への売却（と同社のベルリンとマイアミハブの閉鎖）を行なった。さらに1992年にはマイアミ国際空港のターミナルをアメリカン航空とユナイテッド航空へ譲渡し、同年に「パンアメリカン航空」の商標権や残存資産が管財人により競売にかけられたことで、パンアメリカン航空は消滅した。
運転のためのつなぎ資金を得るために、事件の翌年の1989年には西ドイツ国内と西ベルリン間の路線をルフトハンザ航空に売却し、1990年10月には、日本路線と並ぶ高収益路線であったロンドンのヒースロー国際空港への路線を、イタリアやスイスなどへの以遠権を含む路線の権利やヒースロー国際空港のターミナル、機材とともにユナイテッド航空に売却した。高収益路線の相次ぐ売却と資産売却を行い運転資金をひねり出したものの、労働組合の反対により給与削減を柱にした経営効率化計画がとん挫するなど経営状況はほとんど改善せず、さらに1990年8月に勃発したイラクによるクウェート侵攻による航空業界に対するダメージが拍車をかけ、ついに1991年1月には経営破綻と連邦倒産法の適用を宣言し、プラスケットCEOは責任を取って辞任した。同時に運転のためのつなぎ資金を得るために、マイアミ発を除くすべてのヨーロッパ路線とフランクフルト国際空港のハブとヨーロッパ路線、ケネディ国際空港のパンアメリカン航空専用ターミナル「ワールドポート」、ラガーディア空港からボストンとワシントンD.C.へのシャトル便をデルタ航空へ売却することになった。さらにマイアミ国際空港発着を除く中南米路線のユナイテッド航空への売却を行った。
その後も賃金形態や雇用体質の健全化による赤字体質の改善は組合の反対で思ったように進まず、1988年にこれらの経営効率化を先導したアッカーCEOは辞任し、トーマス・G・プラスケットが新たにCEOに就任した。その後、かつての高収益路線であり、バブル景気に沸く日本人観光客の旺盛な需要が予想されたホノルルからの日本路線復帰の計画が持ち上がったが、同年12月にリビアの秘密工作員によって起こされた、いわゆる「パンナム機爆破事件」の影響で全て白紙になった。アジア太平洋路線の売却で、一時的な運転資金のみならず将来のための投資資金ができ、アメリカ国内線やカリブ海、南アメリカ路線の増強を行った上に、日本路線復活を検討するなど経営状況に余裕ができてきたにもかかわらず、この爆破テロ事件で乗客の激減と多額の補償金の支払いという致命的なダメージを受けてしまう。
室町時代中頃までは、手取川上流の西谷（大日川沿い）・東谷（手取川：昔の牛首川沿い）・尾添川沿いは山内庄と総称され「白山権現の御庭所」とされ、武家領主の統治しない地であった。文明3年、本願寺8世蓮如上人によって、吉崎に道場が開かれ北陸に浄土真宗を広められた。この加賀一向一揆本願寺支配で、上記「白山権現の御庭所」は加賀国能美郡224村に組み入れられた。白山信仰は、真宗の教えに取って代わられ、本願寺教団一向一揆門徒衆の加賀国内での急進化（ものとり信心・他宗誹謗）で、白山本宮は神給田からの年貢米収入を失い困窮した。文明12年（1480年）10月に大火で白山本宮は全焼し三宮の地に避難し100年以上再建されなかった。加賀一向一揆は、先ず武士・農民の門徒集団が、長享2年（1488年）加賀の守護富樫政親を金沢の高尾城に攻め滅ぼした。剱村の金剱宮が残っていたが、金剱宮の南隣の高台に加賀一向一揆の主要寺の一つ、清沢願得寺が新しく建立されていて、享禄4年（1531年）に発生した享禄の錯乱（大小一揆）は大一揆の門主本願寺と小一揆の門徒加州三ヵ寺の加賀国支配権争奪の内部抗争で、本願寺門主軍が清沢願得寺を攻め落した折、隣接していた金剱宮の社寺堂塔は延焼で焼け落ち、この戦乱で白山七社の白山衆徒は滅亡した、と云う。加賀一向一揆の本願寺支配が定まった頃、天文23年（1554年）は白山山頂に大きな火山活動があり剣峰が大きく崩れ消失、白山三峰だった昔の山容が一変、山麓の農作物が被災した。領民の一向一揆を恐れる領主には、加賀の白山が噴火した災害原因は明かに加賀一向一揆のせいだと領民の本願寺一向宗（浄土真宗）禁止理由に使う者も出た。白山の火山活動は以後、時折り小規模に江戸時代前期の万治2年（1659年）まで続いた。