藤巻三太夫と音羽の源蔵が殺された。それは公儀隠密に対抗意識を燃やす「影法師」達からの挑戦だった。「影法師」を含めた影の一族達は薩摩藩にやとわれており、半蔵に、公儀隠密と7対7で勝負をさせるよう挑んできたのだ。半蔵は幕府の威信を守るため、影丸ら7人の精鋭を選抜し、影法師の挑戦を受ける。影丸は6人の仲間を失いつつも影法師を全員倒したが、公儀隠密と互角の勝負をしたことに気をよくした薩摩藩は隠密組織を本格的に作る。以降、薩摩へ忍び込んだ幕府の隠密が生きて帰れることはなかったという。全ての巻の中で最も後味の悪い結末であり、影丸たちは敗北の一歩手前まで追い込まれている。
山城の国で起こった一揆は謎の忍者集団によって引き起こされた（正確には、一揆が起こったかのように偽装された）ものだった。忍者集団の正体は、かつて北条氏に仕えた闇一族。その暗躍を阻止するため、半蔵は影丸と村雨五兄弟に山城の国に向かうよう命令する。影丸たちは毒物の扱いに長け、奇怪な術を使う闇一族に苦戦するが、ついに闇一族の本拠を潰し、首領にも重傷を負わせる。そして影丸は闇一族を操る黒幕の正体を知るのだが…。
慶安事件で由比正雪は自害し、門弟も一網打尽となった筈だった。しかし正雪は生きており、直ちに松平信綱は半蔵に討伐隊を差し向けさせるも、数日と経たずに全滅の報が入る。半蔵は影丸等６人を第二波として派遣し、追跡を開始させた。正雪は新たなる決起の場所として大阪を選び、東海道を西へ急いでいた。大阪へ着くまでに正雪を討たねばと先を急ぐ影丸達だが、彼は陰流の忍者に守られており苦戦を強いられる。その途上、若葉の里で影丸との戦いに敗れ、影丸に雪辱戦を挑もうとする邪鬼が再度出現し、公儀隠密と影流忍者双方を翻弄し始めた。激しい戦いの中、影丸、正雪共々次々と仲間を失っていく。そして最後に影丸が知った真実とは……シリーズ中最長で、主要登場人物は最も多い。
若葉城に将軍が御成りになることが決まるが、藩内に事前に潜入していた隠密が次々と討ち取られる。半蔵は若葉城の不穏な動きに気付き、影丸を派遣。若葉藩が抱える「甲賀七人衆」はこれまでの忍びにはない特殊な能力を持っており、影丸も苦戦を強いられる。知らせを受けた半蔵は大八と右京を応援に向かわせた。だが七人衆のうち五人を倒すも、応援は全滅。将軍の御成の日が迫る中、半蔵はさらなる応援として甚作、兵衛、彦三を派遣。しかしその途中で七人衆の生き残りの一人・半助の妨害を受け、若葉に辿り着いたのは彦三のみに。影丸は彦三に若葉城付近を任せ、甲賀七人衆の頭である阿魔野邪鬼等の秘密を探るべく、彼らの出身地である甲賀の里・姫宮村（初出時は姫宮部落）へ向かう。邪鬼等の秘密を知った影丸は若葉に戻り、彦三との共同作戦で半助を倒すも、彦三が邪鬼に討たれてしまう。彼の死を乗り越え、影丸はついに若葉城に作られた仕掛けを突き止めた。半蔵の報告から事態を重く見た幕府は、若葉城に使者を派遣して将軍御成の取り止めを告知。野望が露見したと悟った城主・若葉右近は、全ての処置を邪鬼に一任し切腹する。邪鬼は使者を江戸に返すまいと、仕掛けを作動させるが……。
技術が発展し、サイボーグやロボットが一部ではあるが一般に出回り始めた未来。漫画版『攻殻機動隊』の10数年前の世界。脳以外の全てを機械化した「全身義体」の少女が最高級リゾート島でテロに遭遇し、偶然知り合った謎の女性2人組とともに事件に立ち向かう。副題の"URN"は「ギリシャの壺（瓶）」すなわち「パンドラの箱」を指している。原案は『アップルシード』『攻殻機動隊』などで知られる漫画家・士郎正宗、漫画は『エクセル・サーガ』などで知られる漫画家・六道神士が担当している。2012年10月、月刊漫画雑誌『ニュータイプエース』にて掲載が開始され、翌2013年3月、単行本化された。なお、『ニュータイプエース』の休刊に伴い『ニュータイプエース』Vol.23号をもって実体雑誌媒体の連載を終了。2013年Vol.98号（2013年9月17日配信）から2016年6月27日まで『ニコニコエース』で、2016年8月1日からは『コミックニュータイプ』で連載中。なお、『ニコニコエース』については、引き続き『コミックニュータイプ』配信分を掲載している。士郎によると、本作は2008年7月にアニメ製作会社の発注に準じて作られた企画をベースにしているという。その後、この企画は諸事情により休眠状態になっていたが、六道の手を借りてコミック化する運びとなった。士郎によれば、自身は「大雑把な物語の流れ」や「ベースとなるキャラ設定」のみを提示するスタンスで、ほかは六道に任せているという。また、士郎が漫画を執筆しない理由としては、自分の絵柄が古いこと、自分の過去作品の印象を引きずって明るく楽しい作品にならないおそれがあること、自身の理屈を並べる傾向から作品が鈍重になるおそれがあることを挙げている。なお、六道は体調面の都合により単行本第8巻をもって作画担当を降板し、構成・シナリオに専念することとなった。単行本第9巻以降の作画は春夏秋冬鈴が担当するが版権の関係でタイトルに名前は書かれていない。2015年10月24日にテレビアニメ化が発表され、翌2016年1月から3月までTOKYO MXなどで放送された。ただしアニメ版は漫画版と設定が大幅に変更されており『アップルシード』『攻殻機動隊』との繋がりはない。