ニューメキシコ準州で勤務していた1861年6月、ウィルコックスはテネシー州がアメリカ合衆国から脱退したことを知った。アメリカ陸軍からの退役を申し出た（6月8日に承認）後、バージニア州リッチモンドに赴き、そこで3月16日付けで南軍砲兵隊の大尉に任官された。後に大佐に昇進し、7月9日には第9アラバマ歩兵連隊の指揮官を任された。ウィルコックスはその連隊と共に7月16日にジョセフ・ジョンストン准将のシェナンドー軍に合流し、P・G・T・ボーリガード准将のポトマック軍を支援するために、マナサスに行軍した。これは7月21日に第一次ブルランの戦いが行われる直前だった。10月21日に准将に昇進し、第3アラバマ、第1ミシシッピおよび第1バージニア各歩兵連隊と砲兵1個大隊からなる1個旅団の指揮官となった。この旅団は北バージニア軍第1軍団のジェイムズ・ロングストリート少将が指揮する師団に割り付けられた。1862年の半島方面作戦では5月5日のウィリアムズバーグの戦いで目立った働きをした。セブンパインズの戦いでは、ウィルコックスが2個旅団を指揮し、6月27日、七日間の戦いでのゲインズミルの戦いでは3個旅団、彼自身の旅団にフェザーストンとプライアーの旅団を合わせて指揮した。6月30日のグレンデイルの戦いではウィルコックス指揮下の連隊指揮官が全て戦死し、ウィルコックス自身もその衣服を貫通する銃弾を6発も受けたが何とか負傷は免れた。七日間の戦いにおけるウィルコックス旅団の損失はロングストリート師団の他のどの旅団よりも大きかった。その後北バージニア方面作戦、メリーランド方面作戦さらには12月のフレデリックスバーグの戦いでウィルコックスの旅団は重要な戦闘に参加することは無かった。1863年5月のチャンセラーズヴィルの戦いではリチャード・H・アンダーソン少将師団の一部として、北軍第6軍団がフレデリックスバーグから西に進軍するのを遅延させ、さらにセーラム教会の戦いで遅らせた。この戦闘直後の5月30日、ウィルコック旅団はアンダーソン師団共々、新しく結成されたA・P・ヒル中将の第3軍団に組み入れられた。
バイオダイナミック農法（独：Biologisch-dynamische Landwirtschaft。ビオダイナミック、ビオディナミ、バイオロジカルダイナミック農業、BD農法、生命力動農法、シュタイナー農法とも）とは、人智学のルドルフ・シュタイナーによって提唱された有機農法・自然農法の一種で、循環型農業である。ドイツやスイスで普及しており、人智学運動の一角を担っている。通常の有機農業と異なり、生産物が有機的であることだけでなく、生産システムそのものが生命体（organic）であることが意識される。「理想的な農場はそれ自身で完成した個体である」というシュタイナーの思想に基づき、外部から肥料を施すことを良しとせず、理想的には農場が生態系として閉鎖系であることを目指す。これは、当時成立しつつあった生態学や社会学の有機体論との関係が指摘されている。神智主義の有機栽培実践家に有機栽培の神智学的な基礎付けを求められたルドルフ・シュタイナーが、亡くなる前年の1924年ドイツのコーバーヴィッツで行った8回に及ぶ講演、通称「コーバーヴィッツ農業講座」に基づいており、神智学または人智学を根拠にするとされる。元来ドイツで伝統的に行われていた農法を神智学的に再解釈して作られたと理解されているが、その際に、伝統的には効率や有効性を根拠に理解されてきた事柄が、シュタイナーの農業への幻想により希釈されたり、場合によってはそれは機械化の否定として現れているという。シュタイナー自身がバイオダイナミック農法を実践していた証拠はない。農業経済学者の藤原辰史は、バイオダイナミック農法の名付け親の一人エルンスト・シュテーゲマンが1922年から化学肥料を用いない農法を試していることから、シュタイナーが農法を発明したと言うより、シュテーゲマンらが行なっていた農法に対して理論を構築したのではないかと考察している。バイオダイナミック農法は、鉱物製肥料の使用を中心としたそれまでの農法を否定し、土壌と植物、動物の相互作用だけでなく、宇宙の力を土壌に呼び込み、様々な天体の作用を農作物の生育に生かすことを目指す。太陰暦・占星術に基づいた「農業暦」にしたがって種まきや収穫、調合剤の攪拌などを行い、また牛の角や水晶粉などの特殊な物質を利用する。ホメオパシー療法のような物質を、満月など定められた時刻に土壌へ加えることで、土壌の改良を目指す。そのため限界があり、微量元素の少ない土壌、またはpHが高いなどの理由で植物が利用可能な微量元素に乏しい土壌には適さない。シュタイナーの農法では効率はほとんど重視されず、経済効率を超越しており（この点が経営を成り立たせる側にとって大きな欠陥となっている）、「手作業」の優越性や娯楽の問題として判断がなされ、超自然的作用だけでなく、農民の具体的な「手触り」が重視されている。シュタイナーは「動物は人間より賢い」と断言し、現在も動物との共生が重視される。農地という空間、有機体において人間を一つの構成要素に過ぎないものと考え、作物以外の植物の有効性を認め、家畜以外の動物の有効性を認め、農地を再構成しようとした。それは、農地の空間と人間に対する制限を前提とするものであった。シュタイナーの農法には、既存の自然と人間の関係、農業における「人間中心主義」を変革する可能性があり、同時に閉鎖性と排他性を抱えていた。ナチス時代、生産量の低さからバイオダイナミック農法は公的には禁止されたが、ハインリヒ・ヒムラーやリヒャルト・ヴァルター・ダレなどナチスの支持者によって実質的に研究や実践が続けられ、それは強制収容所にも及んだ。バイオダイナミック農法は、欧米の提携運動の一種で、特定の範囲の地域の中で農業生産者と消費者が会を作り長期間にわたって食料品の供給・購入を直接行う「コミュニティー・サポーテッド・アグリカルチャー」（CSA、地域が支える農業）として、スイスやドイツで行われ、近年アメリカやイギリスにも広まった。実践には非常な大きな労力が必要であるが、困難さの度合いは、ドイツの伝統に由来するこの農法が、実践される気候風土に適しているかどうかによっても大きく異なる。日本は農法の実践はほとんどないが、超自然的世界観や魔術的側面が肯定的にとらえられたり、ロハスな商品と認識され、一部で商品が流行している。一方、ドイツの最大手週刊誌「デア・シュピーゲル」が2006年に「シュタイナーの突飛な思いつきの一つ」と紹介し「疑似科学信仰システム」と呼んでいるなど、魔術的思考に基づく疑似科学であるという批判もある。この農法が通常の有機農法に比べてより有効であることは証明されていないが、生産物の一部は品質について一定の評価を得ている。