この確約が締結されたことにより、現棟の補修は大きく進展すると期待された。ところが同年3月9日の団体交渉を最後に交渉はもたれなかった。さらに7月には吉田寮自治会および現棟の居住者に対して、現棟の耐震性に不安があることを理由に、新規入寮者募集を停止することと、順次新棟に転居していくことを要求し、同様の内容をホームページ上で公開した。これに対して吉田寮自治会は、確約に反する行為であること、新規入寮者募集の停止は学生の福利厚生の縮小につながること、入寮募集の停止措置が大学が学生寮を廃寮に追い込むときの常套手段であること、吉田寮は数十年前から現棟の補修を要求してきたにもかかわらず大学は補修を行わず老朽化問題をさらに深刻化させたこと、などを理由に抗議した。同月29日、30日、吉田寮自治会は杉万副学長と交渉し、杉万副学長は「吉田寮自治会と一切の合意なく決定したことは確約違反であったことを認める」「入寮募集停止の通告は決定ではなく提案にすぎない」「今後は入寮募集停止提案の撤回を目指した団体交渉を行う」等の確約を結んだが、以後も団体交渉は行われず、杉万副学長は10月1日付で体調不良を理由に辞任した。杉万副学長の後任の川添信介副学長は吉田寮自治会との団体交渉を拒否し、「少人数の寮生代表者とのみ話し合う」という新たな方針を打ち出した。吉田寮自治会は話し合いに一方的な条件を付けるのは確約に違反すると抗議したが、川添副学長の姿勢は変わらなかった。その後も京都大学は入寮募集の停止を繰り返し要求し、吉田寮は抗議しつつ入寮募集を続けた。この状態が2017年末まで続いた。
食堂補修とA棟新築を達成した吉田寮自治会は、現棟の補修を目指した。2013年11月、吉田寮自治会は大学当局に対して現棟の補修方法についての交渉を要求した。3カ月後、大学当局は交渉に応じ、吉田寮は「京都市歴史的建築物の保存及び活用に関する条例」を利用した現棟の補修案（京都市の条例を適用しできる限り現在の姿で補修する案）を主張した。同年10月、松本総長、赤松副学長が退任し、山極総長、杉万俊夫副学長が就任した。吉田寮自治会は杉万副学長と交渉し、2月、副学長とおおむね以下の確約を交わした。「大学当局は吉田寮の運営について一方的な決定を行わず、吉田寮自治会と話し合い、合意の上決定する」「学生などに関わることについては学生など当事者と話し合うことなく一方的な決定を行わない」「学生など当事者からの要求があれば、団体交渉などを行う。なお、話し合い・団体交渉は公開の場で行い、一方的な条件をつけない」「大学当局は吉田寮現棟にとって老朽化対策が早急に必要であることを認め、老朽化対策のための処置が完了するまでには（中略）吉田寮の補修を継続して行う。また、処置完了後も、必要に応じて補修を行う」「吉田寮新棟の建設及び吉田寮現棟の老朽化対策を2016年3月までに早急に決定し、工事を着工するよう協議していく」「吉田寮現棟の耐震強度を十分なものとし、寮生の生命・財産を速やかに守るために、吉田寮現棟を補修することが有効な手段であることを認める」
2012年9月18日、赤松副学長と吉田寮自治会は「現棟の処遇は補修の意義を踏まえた上で継続協議していくこと」「A棟を木造と鉄筋コンクリートの混構造で建設すること」「寮食堂を補修すること」の三点を主に盛り込んだ確約を締結した。その後、2013年6月、A棟と食堂の構造について合意し、実際に工事が始まった。食堂補修に際しては代替施設のプレハプも設置された。2015年3月には食堂の補修が、同年4月にはA棟の新築が完了した。吉田寮自治会はA棟を旧吉田西寮に因んで「西寮」と命名した。非留学生が入寮可能な京都大学の学生寮が増棟されたのは熊野寮以来約50年ぶりのことだった。
秀吉の正室・北ノ政所は少壮の頃から夫と苦楽を共にし、内助の功で秀吉の立身を見事に支えた。その聡明さは秀吉からも一目置かれ、人事をはじめとする政治問題の最良の相談相手ともなり、豊臣家の創建を大いに助けた。その温和で闊達な人柄は多くの者達を惹きつけ豊臣家中の誰よりも慕われたものの、いささか郷里の尾張出身者を贔屓にする向きがあったため、自然その周囲には尾張出身者の閥ができるようになった。その一方で、新しく秀吉の側室になった淀殿の周囲には近江出身者の閥が形成され、秀吉の淀殿への寵愛が深くなるに連れて近江閥の権勢が目立って強くなっていった。北ノ政所には尾張者に多い武辺者を好み近江者に多い吏僚達を好まないという癖もあり、尾張閥と近江閥の対立は、同時に武断派と吏僚派の対立といった面持ちになった。そして豊臣政権が安定するに連れて軍人よりも官僚的能力を持った人材が重用されるようになり、近江閥の権勢はいよいよ強大なものとなる。北ノ政所の下には、政権中枢から排された尾張者の憂壊が毎日のように持ち込まれるようになるが、彼女自身も殿中重視の豊臣政権の傾斜に密かな憤りを抱いていた。両派は事あるごとに衝突するが、秀吉の死によってその対立にはいよいよ歯止めがきかなくなり小戦の噂が立つほど事態は緊迫化する。しかし、ここで大老首座である家康が動いた。家康は両派の仲裁を買って出るが、その本意は豊臣家の内紛に乗じてその天下を簒奪することにあった。北ノ政所はそのような魂胆など見抜いていたが、淀殿と近江閥への反感があり、またこのまま彼らをのさばらせておけば彼女の保護してきた尾張者たちが滅びざるを得ない。政情は関ヶ原へと動き始めるが、北ノ政所は膝下の者達に家康に従うよう言い含めて影から家康を支え、天下の実権は徳川家に移ることとなる。その後大坂の陣を経て豊臣家は滅亡するが、家康は自身に天下をもたらしてくれた北ノ政所を終生手篤く保護した。彼女は秀吉とともに豊臣家という作品を作り、夫の死を期に自らその根を断ち切った。その行動には他人には渡さぬといった胆気が匂い出、自身の行為に対しての悔恨のようなものがどうにも見られない。