ヴィクトリアの子孫の男子は血友病を発症して苦しむ者が多かった。血友病はX染色体上の遺伝子の欠陥による劣性遺伝であり、かつ、アルバート自体は血友病でなかったこと、及びヴィクトリアの息子で血友病である者がいる（息子は父親からはX染色体を受け継がないため、父親が血友病であっても息子は血友病にならない）ことからヴィクトリアが血友病の因子を持っていたと考えられるが、ヴィクトリアの家系には血友病になった者の記録はないため、突然変異で血友病の因子を持ったのだと思われる。ヴィクトリアが血友病の因子を持っていた場合、父ケント公が51歳という高齢でヴィクトリアを儲けたのがその原因ではないかといわれる（父親が高齢だと子のX染色体に突然変異が発生する可能性が高まるという）。ヴィクトリアの四男レオポルドは血友病で苦しんだ。二女アリスと五女ベアトリスも血友病の因子を持っており、アリスを通じてロシア皇室ロマノフ家、ベアトリスを通じてスペイン王室ブルボン家にも血友病がもたらされた。また長女ヴィッキーの三男ジギスムント皇子と四男ヴァルデマール皇子は感染症で幼くして薨去しているが、彼らには血友病の疑いもあり、そのせいで死期が早まったのではないかともいわれる。アリスの娘アレクサンドラはロシア皇帝ニコライ2世の皇后となったが、血友病の因子を持っており、そのため皇太子アレクセイが血友病をもっていた。このことはニコライ2世とアレクサンドラがグリゴリー・ラスプーチンに入れ込む原因となった。
かつて師事したロイヤル監督率いるマンチェスター・シティFCへ2000年10月16日に移籍金300万ポンドで加入する。マンチェスター・シティでは、当初、期限付き移籍に出された右サイドバックのリチャード・エドグヒルの後釜として、ローラン・シャルヴェと共に加入すると、初出場を飾った24日のサウサンプトンFC戦 (2-0) を始め、序盤は右サイドバックを任されていたが、最終的にスペンサー・プライヤーからセンターバックの定位置を奪取し、スティーヴ・ハウィーとコンビを組み、頭角を現した。2000-01シーズン終了後にチャンピオンシップ (2部)へと降格するが、降格に伴い就任したケビン・キーガン監督の下で1季でのプレミアリーグ昇格に貢献する。ピッチ内で活躍する一方で、ピッチ外では深夜にナイトクラブで飲酒をする問題行動を起こしており、昇格した2002-03シーズンには乱れた状態で練習場に現れたことで規律面での重大な違反により、2002年9月に2万ポンドの罰金と2週間に渡る練習への参加を禁止され、そのことから、マンチェスター・シティでのキャリアは終焉に向かっていると思われ、実際に試合に出場できない日々が続いていた。その後、食事療法によって体を絞って生活習慣を改善させた末、10月下旬のバーミンガム・シティFC戦において復帰を果たすと、センターバックの定位置を奪回しつつ、時折サイドバックでも起用された。続く2003-04シーズンは、序盤戦においてセンターバックの定位置争いでシルヴァン・ディスタンとダヴィド・ソメイユのフランス人コンビの後塵を拝しており、また、2003年9月上旬にUEFAカップ2003-04のスポルティング・ロケレン戦での足首の負傷から、出場機会を得るのに苦戦していたが、10月下旬のリーグカップのクイーンズ・パーク・レンジャーズFC戦において初先発での出場機会を掴むと、程なくしてソメイユからセンターバックの定位置を奪回し、最終的にディスタンとコンビを組んでチームを支えた。その後、2004-05シーズンから2005-06シーズン、2006-07シーズン、2007-08シーズンと4季連続チームのサポーターによる最優秀選手に選出される程のパフォーマンスを見せており、そのパフォーマンスは2007-08シーズンからコンビを組むマイカ・リチャーズに「自分はイングランド代表でリオ・ファーディナンド、ジョン・テリーと共にプレーしてきたが、ダンは彼らと同等であり、一緒にプレーした中で最高の選手の1人だ」と称賛されている。2006年には、契約を3年半延長し、更に相棒ディスタンの後を継いで主将を務めることになった。主将となった2006-07シーズンは、チームが得点力不足に喘ぎ、特にホームでの得点数がイングランドのトップリーグ史上最低となる10得点を記録する一方で自身を中心とする鉄壁の守備網で降格圏転落を回避する。続く2007-08シーズンは、センターバックの相棒がポーツマスFCに移籍したディスタンからリチャーズとなったが、リチャーズの抜群の身体能力を持って相手をチェックし、ダンのカバーリングでボールを奪うというシーンが多々見られたように抜群の連携を見せて、前半戦の快進撃の原動力となる。後半戦は負けこそ少なかったが、勝ちを落とすことが多く、さらにシーズン終盤にリチャーズが故障で戦列を離れた影響から失点数が増加していき、順位を下げる結果となり、最終節のミドルズブラFC戦では、自身が15分にレッドカードでの一発処分となったこともあって8失点での大敗となった。それにもかかわらず、クラブ史上プレミアリーグで最多勝ち点を獲得したシーズンとなり、また、自身は4季連続でチームのサポーターによる最優秀選手に輝くと共に、フットボール・アソシエーション・オブ・アイルランドによるFAIインターナショナル・フットボール・アワーズ年間最優秀選手賞も受賞する等の一定の成功を収め、その活躍にスヴェン・ゴラン・エリクソン監督から「我々にとって特別な、本当に特別な選手」と形容された。しかし、同シーズン終了後にタクシン・チナワット会長がエリクソン監督を解任すると囁かれ、クラブの先行きは不透明なものとなると、これに不信感を抱いたダンはクラブの契約延長交渉を渋り、暗礁に乗り上げることとなった。これに対し、ポーツマスとトッテナム・ホットスパーFCがダン獲得の意思を公にし、退団は確実かと思われたが、最終的にブラックバーン・ローヴァーズFCから引き抜かれたマーク・ヒューズ新監督との会談の末、2008年7月4日にマンチェスター・シティと契約を4年間延長することで決着した。2008-09シーズンは、3度もレッドカードを提示されながらも公式戦で47試合に出場する中、自身29歳の誕生日となる2008年9月21日のポーツマス戦 (6-0) において得点し、2009年1月のウィガン・アスレティックFC戦でパトリック・ヴィエラ、ダンカン・ファーガソンと並びプレミアリーグ史上最多記録となる8度目のレッドカードを提示された。