湾岸戦争から帰投後の1991年6月にフィリピン・ピナツボ火山が噴火し、同国クラーク空軍基地に在留する米国人救出のための作戦「オペレーション・ファイアリー・ヴィジル」が行われた。当時横須賀に停泊中だったミッドウェイはインド洋でオペレーションを行っていた空母エイブラハム・リンカーンと共に参加した。同年8月10日、ミッドウェイは横須賀を離れ、真珠湾で後任のインディペンデンスとの引き継ぎを行った。9月4日にシアトルに到着した後、3日間の艦内一般公開を実施している。翌1992年4月11日、カリフォルニア州ノースアイランド海軍航空基地においてディック・チェイニー国防長官（当時）臨席のもと退役式典が行われた。1997年3月17日除籍。2003年9月30日にワシントン州ブレマートンの海軍不活性艦艇保管施設(Naval Inactive Ship Maintenance Facility)からオークランドでのドック入りを経てサンディエゴに回航、2004年1月10日サンディエゴ港の海軍埠頭に係留、同年6月7日にミッドウェイ博物館として開館した。
1990年8月にイラクがクウェートに侵攻し、湾岸危機が発生すると、アメリカ軍はデザート・シールド作戦の名称で、サウジアラビアおよびその周辺に兵力を展開した。ミッドウェイもその一環として、11月1日より北アラビア海に展開した。そこで、海兵隊の上陸演習支援などを行った。12月20日にはアメリカ海軍空母として始めてペルシャ湾に入った。湾岸戦争が開戦すると空母レンジャーとともに24時間体制で艦載機による航空攻撃を行った。戦争中は同地に留まり、母港の横須賀に帰港したのは戦争終了後の3月11日のことである。
1980年代は、横須賀を母港として他の空母の支援に当たった。1986年に、アメリカ海軍空母として最後のF-4Sの発艦ミッションが行われた。その後横須賀のドライ・ドックで半年間をかけた大規模な近代化改装が施された。ミッドウェイはこのとき就役から41年が経過し老朽化が進んでいたが、当時アメリカ海軍が掲げていた600隻艦隊構想に伴う空母15隻体制実現のため延命が図られることとなったのである。当時のミッドウェイは度重なる改造によって重量が増え、船体のバランスも悪化しており、より重い新型航空機の運用に備えて船体の浮力を増す必要があった。そこで、改装では軽量化を行うとともに船体側面に浮力を増すためのバルジ（ブリスター）が追加され、F/A-18の運用に備えてカタパルトの強化も行われている。しかし、バルジの設計が不適切だったようで、改装直後のミッドウェイは航行時、舷側から不自然な白波を発生させている姿を目撃されている。船体の動揺も大きくなり、艦齢が進んでいたこともあって、この後しばしば、早期退役説が流れることとなった。しかし、実際の退役は湾岸戦争後のこととなる。また、整備や改装工事の際に大量のアスベストを用いた事により、横須賀基地の日本人工員がアスベスト被害を受けて問題ともなった。改装に合わせてF-4SとA-7E、両者の任務を兼ねるF/A-18が搭載され、戦力の向上が図られた。1988年のソウルオリンピック開催時には韓国近海で原子力空母ニミッツと共に警戒の任にあたっている。
北ベトナム軍が南ベトナム国土の3分の2に侵攻するに及んで、ミッドウェイおよびコーラル・シー (CV-43)、ハンコック (CV-19)、エンタープライズ (CVN-65)、強襲揚陸艦オキナワ (LPH-3) は1975年4月19日に南ベトナムの沖合に展開した。10日後、第七艦隊によってフリークエント・ウィンド作戦が実行された。サイゴン陥落後、何百名ものアメリカ人及びベトナム人が沖合に待つ艦艇に収容された。ある南ベトナム軍のパイロットは、自らの家族とともに小型機でミッドウェイに着艦した。このオペレーション中に、ミッドウェイは搭載していた航空団の戦闘機を母港の横須賀に待機させ、サイゴンからの避難民を南シナ海で巡航する艦隊に送り届けるための空軍のCH-53 シースタリオンヘリコプター10機を運搬した。ミッドウェイは作戦終了の 1ヶ月後に本来の航空団を再び乗艦させた。
主人公として登場。テラとアクアのマスター承認試験を見届けた後、ヴァニタスよりテラに関する不吉な予言を聞かされ、独断で『旅立ちの地』を出発し、各世界を回るようになった。実はマスター・ゼアノートのかつての弟子。師であるマスター・ゼアノートは当初はヴェントゥスを自らの器にしようと企んでおり、ハートレスに追い詰めさせ、ヴェントゥスの闇の部分を引き出そうとしていた。しかし、優しすぎたヴェントゥスは最後まで心の闇を解放しなかった為、業を煮やしたマスター・ゼアノートがχブレードを作るために純粋な光と闇の心を均等な力でぶつけさせる目的で、ヴェントゥスの心の闇を強制的に抜き取った。その結果ヴェントゥスの純粋な闇の存在としてヴァニタスが生まれるが、心の闇を抜き取られた際に心に大きなダメージを負わされる。それにより心は消滅寸前だったが、半ば偶発的に他者の心（ソラの心）と結ばれたことでなんとか取り留められる。その後、ヴェントゥスを純粋な光の心として育てるという目的で、マスター・ゼアノートによって『旅立ちの地』のマスター・エラクゥスの元へ預けられる。一時は昏睡状態になるが、テラやアクアの献身的な介護により正常な状態に復活、キーブレードマスターになるための修行を開始する。ただしこの際、記憶を失っており、自分の出自などは全て忘れていた。当初は感情が乏しかったが、テラやアクアとの交流の中で徐々に明るくなっていった。物語終盤、『キーブレード墓場』にてヴァニタスと交戦し、彼に勝つが、それと同時にヴァニタスと融合を果たしてχブレードとなってしまう。しかしそれは不完全な融合だった為、目覚めの園にて完全な融合を目論むヴァニタスと再度交戦。見事勝利したと同時にχブレードを破壊するも、自身の心から作られたχブレードが壊れたことでヴェントゥスの心も消滅しかけ、身体は眠りについてしまった。壊れかけたヴェントゥスの心は光と闇の狭間をさ迷い、当時4,5歳のソラと心の中で再会した後、彼の心と一つになった。眠りについた身体はアクアによって『忘却の城』となった『旅立ちの地』に運ばれており、今も城の中の「目覚めの部屋」で眠り続けている。心の中でソラと再会した時には、心が傷ついていたことで普段のような明るさは失われていた。