「怒鳴り」→「タイトルコール」→「オープニングトーク」→「提供クレジット読み」と、他曜日の同番組に比べやや変則的。 なおかつ、オープニングトークが10分前後なされるため、タイトルコール後に流れる『BITTERSWEET SAMBA』が全て聴ける。（途中の部分を5回繰り返しの4分15秒バージョン）
時報直後にナインティナイン二人が声を揃えてひとこと叫んで（通称「怒鳴り」）すぐタイトルコールがあり、間髪を容れずに「BITTERSWEET SAMBA」が流れる。怒鳴りは時事問題やナインティナイン周辺の近況などに関連して何かしらの意味を持つキーワードになっており、主にオープニングトークへのネタ振りとなっている（稀にそのパターンを裏切って特に触れないこともある）。2010年6月10日の放送では岡村の体調不良によって自身の主演する公演が延期となったことに対する謝罪から始まり、謝罪が終わってから二人で「せーの!」と言ってタイトルコールをした。芸能人の結婚報道がその週にあると「おめでとう」と叫ぶ確率が高い。2008年7月3日の放送では岡村の誕生日当日だったため合間に竹内まりやの「今夜はHearty Party」が流れ、テーマ曲がフルで流れなかった（後述を参照）。テーマ曲のイントロの後、岡村「どうもこんばんは」矢部「こんばんは」岡村「ナインティナインです」矢部「はい」というように始まる。時報からここまでは怒鳴りを除いて毎回ほぼ同じトーン、同じリズムである（矢部単独時でも同様のスタンスで「こんばんは、ナインティナイン矢部です」と言っている）。
2014年9月25日、深夜近くながらもニッポン放送の前に集まった、500人以上の「入り待ち」のリスナーが出迎えたなかで、ナインティナインの2人は最終回に臨んだ。「オッケ〜イ！」の怒鳴り（後述）と共に定刻どおりに始まった生放送で、さっそく2人は、それだけのリスナーが集まってくれたことに感謝を述べ、その後は多少の脱線はありながらも、番組にまつわる思い出話を中心にフリートークを行った。番組中盤からは、特別企画「ありがとうやべっち!ナイナイオールナイト20年!矢部浩之流行語大賞」、今回で一区切りとなる「第75回ハガキ職人大賞」、やはりこの日で最終回となった「矢部浩之のどりちんクラブ」へと進み、ラスト10数分前からは、矢部がサプライズとして「お手紙書いてきたんですよ」と、最終回に寄せての手紙という体で、リスナー・歴代のスタッフやマネージャー・岡村への謝辞を述べていった。加えて矢部はエンディングでも「番組が終わるだけで、（ナインティナインは）何も変わらないので」と語り、これと前後して岡村からも「（新番組は最低でも）僕が休んだ半年はやらせていただきます」「（矢部が）しゃべりたいことがあれば（新番組に）遊びに来てください」と述べ、互いにエールを送りあう形で、「ほんとに皆さん、長い間ありがとうございました」の挨拶の後、番組は普段どおりに「わーわー言うております」「お時間です」「さようなら」というフレーズで締められた。エンディングのBGMは、番組全体のテーマ曲である「BITTERSWEET SAMBA」であった。引き続き放送された『ウーマンラッシュアワーのオールナイトニッポン0(ZERO)』内では、集まった大勢のリスナーから歓声や感謝の言葉を受け、それに応えながらニッポン放送を去る二人の様子が中継された。
2002年10月1日放送分にて番組の大幅なリニューアルを実施。まず、収録は「MBSスタジオ in USJ」で行われ、出演者も陣内智則・シャンプーハット・サバンナ・$10・チュートリアル・フットボールアワー・キングコング・ケンドーコバヤシの8組14人に絞られた。そして、毎週レギュラーメンバーがロケをしてくる（※審査やレギュラー落ちは無し）という内容に変更された。2003年3月18日に放送終了した。
ウィーンに生まれ、ウィーン国立音楽大学にてカール・エスターライヒャーとレオポルト・ハーガーに指揮を学ぶ。94年に本格的に指揮活動を開始、ベルリン・ドイツ交響楽団、フランクフルト放送交響楽団、ウィーン交響楽団、ウィーン放送交響楽団、ザルツブルク・モーツァルテウム管弦楽団、スイス・ロマンド管弦楽団、ストラスブール・フィルハーモニー管弦楽団、ベルギー国立管弦楽団、シンシナティ交響楽団などに次々と客演する。1997年、1999年にはザルツブルク音楽祭にも出演する。1996年、24歳のとき、チェコのヤナーチェク・フィルハーモニー管弦楽団を初めて指揮し、すぐに首席指揮者として迎えられる（2001/02年シーズンまで）。その後、スイスのルツェルン歌劇場音楽監督およびルツェルン交響楽団首席指揮者を経て、2003年9月より新日本フィルハーモニー交響楽団音楽監督に就任する(2013年8月まで)。また、2011年からベルギー国立リエージュ・フィルハーモニー管弦楽団音楽監督。新日本フィルハーモニー交響楽団における意欲的なプログラミングは、定期会員の強い支持を集め、2006年の「火刑台上のジャンヌ・ダルク」では第3回三菱信託音楽賞奨励賞を受賞した。オペラ指揮者としても欧米各地で活躍している。1999年にシンシナティで『ねじの回転』、トリエステのリリコ劇場で『ばらの騎士』を指揮した。その後も、ルツェルンの『ラ・ボエーム』、『カルメン』、『魔笛』、ヴェローナでの『サロメ』、『エレクトラ』、ストラスブール歌劇場での『イーゴリ公』、フランクフルト歌劇場の『さまよえるオランダ人』などで好評を得る。2003年にはプラハの春音楽祭オープニング・コンサートで『わが祖国』を指揮した（ラファエル・クーベリックに次いで、史上2番目に若い指揮者）。近年ではミュンヘン・フィルハーモニー管弦楽団、シュターツカペレ・ドレスデン、シュターツカペレ・ヴァイマル、ウィーン交響楽団、カメラータ・ザルツブルク、シュトゥットガルト放送交響楽団、トゥールーズ・キャピトル国立管弦楽団、ヴァンクーヴァー交響楽団などに客演した。2008年5月には再びプラハの春音楽祭に招かれ、好評を博した。