セラヤ失脚後は様々な政権が入れ替わり立ち替わりし、ブライアン・チャモロ協定が結ばれるとようやく建国当時からパナマ案と並んでの候補だった、中米地峡運河建設のニカラグア案が正式に放棄されることになった。1927年、自由党のホセ・マリア・モンカーダらが保守党のアドルフォ・ディアス政権に対しての内戦を始めた。この内戦はすぐに停戦してしまったが、停戦後再びアメリカ海兵隊が上陸してくると自由党軍のアウグスト・セサル・サンディーノ将軍だけは停戦に応じず、選挙監視を行うために駐留していたアメリカ海兵隊（占領軍）をニカラグア国民主権防衛軍で攻撃した（サンディーノ戦争）。サンディーノ戦争はラテンアメリカ諸国の支援を受けての、世界初の近代的なゲリラ戦争となった。アメリカ海兵隊は被害を恐れ、国家警備隊を養成し、海兵隊と共に国家警備隊がサンディーノ軍とジャングルの中でゲリラ戦を行うことになった。しかし、お互い決め手に欠けたまま時間だけが経ち、遂に選挙監視の任務が終わったこと、世界恐慌の影響でニカラグアに駐留する費用も惜しくなったことなどを原因に1933年、アメリカ海兵隊が撤退してサンディーノ戦争は終結した。しかし翌1934年、サンディーノは国家警備隊隊長アナスタシオ・ソモサ・ガルシアに暗殺され、1936年にソモサはクーデターを起こして大統領となった。こうして以降のニカラグアは1936年から1979年まで43年に及ぶソモサ王朝の支配が続くことになった。なお、日本とは、1935年に堀義貴初代駐ニカラグア日本公使が着任し、正式に外交関係が成立した。
1893年、自由党のホセ・サントス・セラヤが政権を握り進出を始めたアメリカ合衆国資本の援助を受けて鉄道建設などを実行した。1894年、セラヤはイギリス領だった大西洋側のモスキート海岸を合衆国の支持の下に併合し、ニカラグアは太平洋と大西洋の両方に面した国家となった。またセラヤはニカラグアをグアテマラに代わって中央アメリカの指導的な国家にするために手を尽くし、エル・サルバドル、ホンジュラスと共に1896年には中央アメリカ大共和国を樹立するが、1898年にはこの国家は崩壊してしまった。セラヤはその後独裁者として長期政権を維持するが1909年、アメリカ政府を激怒させてしまい失脚することになった。
ハワードは第3メイン歩兵連隊の大佐に指名され、第一次ブルランの戦いでは一時的に旅団指揮を執った。1861年9月3日には准将に昇進し、その旅団の指揮を任された。半島方面作戦ではジョージ・マクレラン少将のポトマック軍に加わった。1862年6月1日、フェアオークス（セブンパインズの戦い）で旅団指揮を執っているときに、右腕を2回負傷し、その後切断された（フェアオークスでの英雄的行動に対し1893年に名誉勲章を受けた）。左腕を失っていたフィリップ・カーニー准将がハワードのもとを訪れ、一緒に手袋を買いに行けると冗談を言った。ハワードは直ぐに快復できてアンティータムの戦いに参戦し、このときは第2軍団の師団指揮官に昇格した。1862年11月には少将に昇進し、翌年4月には第11軍団の指揮官となった。この任務はフランツ・シーゲル少将と交代するものだった。この軍団は大部分がドイツ人移民で構成されていたので、兵士の多くは英語を話さず、新しい指揮官に不満で、公然とシーゲルの復職を求めた。ハワードの軍歴では2回大きな挫折を味わったが、その1回目がチャンセラーズヴィルの戦いだった。1863年5月2日、その軍団はチャンセラーズヴィルの交差点の北西、北軍前線の右翼にあった。南軍ロバート・E・リー将軍とストーンウォール・ジャクソン中将が大胆な作戦を立てて、ジャクソンの全軍が密かに北軍側面に回り込み攻撃した。このときポトマック軍を指揮していたジョセフ・フッカー少将からは、ハワード軍団の側面が川のような自然の障害物に接していないために「無防備」であり、南軍がその方向に動いて来るかも知れないと警告を受けていた。ハワードはその警告への対応を怠り、ジャクソン軍が日暮れ前に攻撃を掛け、第11軍団は潰走し、北軍の作戦に大きな混乱を来してしまった。ゲティスバーグの戦いの時は、第11軍団が5月の屈辱からまだ立ち直っていないままで、1863年7月1日午後に戦場に到着した。ハワード指揮下の師団指揮官フランシス・C・バーロー准将の防御線の配置がまずかったために、そこを南軍リチャード・イーウェル中将に付け込まれ、この時も第11軍団は潰走してゲティスバーグの町を通って撤退させられ、多くの兵士が捕虜になった。町の南、セメタリーヒルで、ハワードは誰が防御軍の指揮を執るかでウィンフィールド・スコット・ハンコック少将と喧嘩になった。ハンコックはジョージ・ミード少将から指揮を執れと書かれた命令書を受け取って派遣されてきていたが、ハワードはその場では自分の方が階級が上だと主張した。最後はハワードが折れた。ハワードは自分の軍団の失敗はすぐ西にいたアブナー・ダブルデイ少将の第1軍団が崩壊したことが引き金になったという話を広め始めたが、この言い訳は当時も歴史によっても受け入れられることは無かった。真実は逆であった。第11軍団の評判は失墜した。ハワードは賢明にも配下の1個師団（アドルフ・フォン・シュタインベーア少将）を予備隊かつ防御線の重大な支援隊としてセメタリーヒルに駐屯させていたので、ゲティスバーグでの最終的な成功のためにいくらかでも功績を挙げておくべきだった。ゲティスバーグの3日間の戦いで残りの期間、その軍団はセメタリーヒル周辺の防御に留まり、7月2日の南軍ジュバル・アーリー少将の攻撃に耐え、7月3日のジョージ・ピケットの突撃に対しては防御線の端っこで参戦した。ハワードとその軍団は西部戦線に転属となり、テネシー州でカンバーランド軍の一部となった。第三次チャタヌーガの戦いでは、この軍団がミッショナリーリッジを占領する衝撃的な攻撃に加わり、ブラクストン・ブラッグ将軍の南軍を撤退させた。1864年7月、ジェイムズ・マクファーソン少将の戦死の後で、テネシー軍指揮官となり、アトランタ方面作戦で戦い、ウィリアム・シャーマン少将の有名な海への進軍ではその右翼を率い、ジョージア州から両カロライナ州まで進軍した。