海岸と内陸の三角江の大半はマングローブ林でできているので、海岸沼地とベイの間に境はなく。フロリダ湾の生態系はエバーグレーズの一部だと考えられる。フロリダ湾の800平方マイル (2,100 km²) がエバーグレーズ国立公園の中で最大の水域として保護されている。フロリダ湾には約100のキー (島) があり、その多くはマングローブ林である。大きな島は硬木叢林に変わっている可能性がある。テンサウザンド諸島とケープ・セイブルは海水の湾と淡水の沼が縒り合わさるという性格を共有している。エバーグレーズからフロリダ湾に入る淡水は海草や藻の広大な床を形成するための理想的な条件を作り出しており、それが湾内の動物の命を支えている。ウミガメやマナティが海草を食べ、フナクイムシ、二枚貝、軟体動物など無脊椎動物が藻の塊や微小プランクトンを消化している。メスのウミガメは毎年岸に上がって巣を作り、マナティは冬の間を湾内の温かい海域で過ごす。カルーサ族インディアンは道具を作るための密度の高い岩石が無かったので、海洋無脊椎動物の殻を様々な用途に用いた。ダイオウイトマキボラ、ヒダリマキウェルク、クラウンボラを飲み物の容器、ピック、ナイフ、キリに使った。海草は海底を安定させ、波のエネルギーを吸収して海岸線を浸食から守る。エビ、イセエビ、ウニが海草の中で生活し、植物プランクトンを餌にしている。それらはより大きなサメ、エイ、カマス、キングマッケレルなどの餌になる。フロリダ湾は水深が浅く、日光が豊富に届くので、サンゴ礁や海綿動物もいるが、州内のサンゴ礁の大半はフロリダキーズに近い方にある。エバーグレーズのキーはマングローブ林を育むが、1935年のレイバーデイ・ハリケーンでほとんど居なくなったオオアオサギのような水禽の営巣地でもある（ハリケーンの後は僅か146羽が数えられただけだった）。その後2,000羽以上まで戻っていたが、1960年のハリケーン・ドナでも危険な状態となり、35ないし40%を減らした。フロリダ湾の海底は海流と風で形成されている。しかし1932年以後、海面が100年につき1フィート (30 cm) のペースで上昇している。マングローブ林が海岸線を築き、安定化させているが、樹木が築き上げる以上のペースで海面が上昇している。
1914年（大正3年）3月22日、ジャーナリスト・丸山幹治の次男として、大阪府東成郡天王寺村（現・大阪市阿倍野区）に生まれた。郷里は長野県で旧松代藩士族の家系。兄に芸能プロデューサー・音楽評論家の丸山鉄雄、弟に評論家の丸山邦男がいる。1921年（大正10年）には東京四谷に転居。父の友人・長谷川如是閑らの影響を受け、大正デモクラシーの潮流のなかで思想形成をおこなう。四谷第一尋常小学校、東京府立第一中学校（現・都立日比谷高校）を経て、1931年（昭和6年）4月、旧制一高に進学。1933年（昭和8年）4月10日、本郷仏教青年館で開催された唯物論研究会の講演会に参加。同講演会は警察の命令により、長谷川如是閑が挨拶を始めるや否や解散。聴衆の一人であった丸山は本富士警察署に勾留され、特高の取り調べを受ける。1934年（昭和9年）に一高を卒業後、東京帝国大学法学部政治学科に入学。「講座派」の思想に影響を受ける。1936年（昭和11年）、懸賞論文のために執筆した「政治学に於ける国家の概念」が、第2席A（第一席該当なし）に入選。『緑会雑誌』8月号に掲載される。これが認められて助手採用に内定する。1937年（昭和12年）、大学を卒業し、南原繁の研究室の助手となる。本来はヨーロッパ政治思想史を研究したかったが、日本政治思想史の研究を開始した。1940年（昭和15年）、「近世儒教の発展における徂徠学の特質並びにその国学との関連」を『国家学会雑誌』（54巻2-5号）に発表。6月、東京帝国大学法学部助教授となる。1941年、「近世日本思想史における「自然」と「作為」－制度観の対立としての」を『国家学会雑誌』に発表。1944年（昭和19年）3月、小山ゆか里と結婚。7月、「国民主義理論の形成」を『国家学会雑誌』に発表（後に「国民主義の「前期的」形成」と改題）。同年7月、大学助教授でありながら、陸軍二等兵として教育召集を受けた。大卒者は召集後でも幹部候補生に志願すれば将校になる道が開かれていたが、「軍隊に加わったのは自己の意思ではない」と二等兵のまま朝鮮半島の平壌へ送られた。9月、脚気のため除隊決定。11月、応召より帰還。1945年（昭和20年）3月、再び召集される。広島市の船舶通信連隊で暗号教育を受けた後、宇品の陸軍船舶司令部へ二等兵として配属された。4月、参謀部情報班に転属。丸山は連合通信のウィークリーをもとに国際情報を毎週報告。入手した情報を「備忘録」と題するメモに残す。8月6日、司令部から5キロメートルの地点に原子爆弾が投下され、被爆。1945年（昭和20年）8月15日に終戦を迎え、9月に復員した。「上官の意向をうかがう軍隊生活は（大奥の）『御殿女中』のようだった」と座談会で述べたことがある。この経験が、戦後、「自立した個人」を目指す丸山の思想を生んだという指摘がある。