冷戦下ながら米ソのデタント期に入っていた1964年、ソビエト連邦の極東と日本の日本海沿岸諸都市との間の貿易（日ソ沿岸貿易）の発展のため全ソ輸出入事務所「ダリイントルグ」が設置されると、新潟市は翌1965年（昭和40年）4月にソ連極東の中心都市・ハバロフスクと姉妹都市を締結し、7月には新潟港 - ナホトカ港間の定期貨物船航路開設に漕ぎ着けた。滑走路延長とターミナルビル改築が終わると1973年（昭和48年）6月に、当空港の年間乗降客数が10万人台だったにも関わらずに、日本航空およびアエロフロート・ソ連航空（当時）によりハバロフスク空港線が開設された。2011年（平成23年）夏まで運航されていたウラジオストク空港線、ハバロフスク空港線の極東ロシア方面2路線は開設当初、日本国内では新潟からしか運航していなかった。この極東ロシア路線は運休以前、ウラジオストク航空が運航していた。しかし2010年（平成22年）春、両空港と成田国際空港を結ぶプログラムチャーター便（のちに定期化）の運航が開始されると、新潟便は週各2便から各1便に減便され、搭乗率も低下。加えて2010年（平成22年）10月末から3月末までの間、路線開設以来初の冬季休航が決定するなど路線の規模縮小が相次いだことから、新潟県・市は経済・文化交流などの面から懸念を示していた。その後11月下旬、ウラジオストク航空に対して県が最大7000万円、市が最大3000万円を支援する旨を申し出たことから、両路線とも冬季休航を中断して12月下旬から順次運航を再開。だが2011年3月11日に発生した東日本大震災の影響で搭乗者数が大幅減となったため、両路線とも同月下旬から休航となり、ウラジオストク線のみ同年夏に一時再開したものの再び休航となるなど、近年の極東ロシア路線の運航体制は紆余曲折をたどっており、両路線とも運航再開の目途は立っていない。県と市ではプログラムチャーター便による運航再開を探るなどしたものの、この間にロシア政府が国内の航空会社のグループ再編を指示したことから、ウラジオストク航空がアエロフロートグループへ再編入されるなどした影響もあって、両路線とも再開の目途が立たない状況が長らく続いた。県と市は極東ロシア内陸部のヤクーツクを拠点とするヤクーツク航空と交渉を進め、2012年6月8日、同社がヤクーツク空港 - ハバロフスク空港 - 当空港間の路線新設に向けて検討を進めている旨を公表し、さらに同年8月のロシア国内向けの報道では、同社がウラジオストク - 当空港間の空路を同年冬、ハバロフスク - 当空港間の空路についても2013年夏を目途に、それぞれ開設を目指している旨が伝えられた。2012年冬季間の運航は実現に至らなかったものの、2013年夏季は新潟 - ウラジオストク間は同年7月30日から8月20日まで毎週火曜日に1往復を、新潟 - ハバロフスク間は8月3日と8月10日に各1往復運航した。また2014年も7月15日から9月16日まで2か月間にわたり、ウラジオストク発着とハバロフスク発着のプログラムチャーター便をそれぞれ週1便運航するなど、以降2018年までチャーター便の運航が続いており、2019年度も運航予定だが、定期便としての運航再開の目途は依然立っていない。2018年2月現在、韓国の仁川国際空港、中華民国の台湾桃園国際空港、中華人民共和国のハルビン太平国際空港と上海浦東国際空港の、計4つの定期路線が運航されている。
1900年（明治33年）1月1日、29歳の喜三郎は出口すみ（澄）（出口なおの五女）と結婚して入り婿となり、名前を出口 王仁三郎に改める。以下『王仁三郎』と表記する。ただし入籍の手続きが煩雑となり、正式な養子縁組は1910年（明治43年）12月、婚姻届提出は翌年1月である。二人は六女二男をもうけたが、男子は早世した。当時、教団は筆先による終末論（社会批判）と王仁三郎が持ち込んだ知識体系や鎮魂帰神法により、天理教や金光教とも違う独自の教派へ発展しようとしていた。その一方、公認宗教の傘下に入って布教を合法化しようとする王仁三郎と、原理主義に陥っていた旧幹部は激しく対立する。大本ではなおを「女子の肉体に男子の霊が宿った変性男子」、王仁三郎を「男子の肉体に女子の霊が宿った変性女子」と定義し、なおには天照大神（火）・王仁三郎にはスサノオ（水）が宿って「火水の戦い」という宗教的な論争を展開した。さらに教団の主導権争いや、新参の王仁三郎がすみと結婚した事に対する反発も加わる。この時期の王仁三郎は旧幹部から夜討ちをかけられたり、監禁されて原稿を燃やされるなど、数々の忍耐を強いられている。なお（直）と王仁三郎は幾度も衝突を繰り返しながら互いの「神」を審神し、大本の教義を形成していった。同時期、日露戦争が日本の勝利に終わる。立替え熱が冷めたことで離脱する信者が急増し、教団は衰退の一途を辿った。1906年（明治39年）9月、王仁三郎は妻子を残して教団を離れ、京都に向かった。教団合法化の道を探るべく遊学した時期は高天原を追放されたスサノオに例えられる。「皇典講究所」（現：「國學院大學」）教育部本科2年に入学。翌年3月卒業して建勲神社の主典となるが半年で退職。12月には伏見稲荷山御嶽教西部教庁主事、1908年（明治41年）3月同教大阪大教会長に抜擢、生玉御嶽大教会詰として奉職する。さらに神道大成教（教派神道）、キリスト教、大石凝真素美など様々な交流により見識を高める。その後は御嶽教西部本庁に勤務しつつ、困窮していた教団の活性化に手腕を尽くす。教団合法化の布石として6月8日に神道大成教直轄直霊教会を、6月21日に御嶽教大本教会を設立、8月1日に金明霊学会を「大日本修斎会」に改めた。12月末に御嶽教を辞職して綾部の教団発展に専念する。そして「神道の研究」を団体の目的とし、内務省に管理された公認教派神道に不満を持つ人々の人気を得た。1916年（大正5年）4月、大日本修斎会は「皇道大本」と改称する。10月、なおに「王仁三郎こそみろく神」という啓示があり、なおは王仁三郎の神格を認めた。教団における王仁三郎の権威が確定し、これにより筆先を加筆・編集して『大本神諭』として発表することが可能になる。なおの土着性と王仁三郎の普遍性が上手くかみあったことで、大本は世界宗教への萌芽を持つに至る。また天皇制を軸とした中央集権化と、資本主義を軸とした都市化・大衆化（村共同体の崩壊）も大本拡大の一因となった。12月、なおと王仁三郎に心酔した英文学者浅野和三郎が入信して機関誌「神霊会」の主筆兼編集長になる。浅野の大本入信は日本の知識階層に衝撃を与えた。