不審な申請と疑われる事案がある。2010年（平成22年）4月22日に兵庫県尼崎市の市役所窓口で、韓国人男性が妻の母国であるタイ王国に養子縁組した子供が554人居るとして、554人分の子ども手当（年間換算で 8642万4000円）の支給を申請しに来ている。この韓国人男性はタイ政府が発行したという証明書を持参しており、市窓口の担当者が「養子はどの子か」と聞くと「全員だ」と答えた。男性は「タイに定期的に渡航し、現地で子どもたちと寝起きしている」と主張した。このケースは、「書類上は条件を満たしている」が、判断を仰がれた厚生労働省は「554人の子供と生計を同じくしているとは判断できず、社会通念上も認められない」として支給対象にならないと判断した為、尼崎市側は申請を受理しなかった。厚生労働省は4月6日、同省のホームページで「母国で50人の孤児と養子縁組を行った外国人」については支給されないとしたが、人数制限がないことへの指摘や、「母国で50人の子どもと養子縁組をした外国人には支給しない」と記載したことの根拠が曖昧だとの疑問の声が上がっている。
一方で、日本人であり、子ども本人が日本に居住していても、保護者が（単身赴任などにより）海外に居住しており、生計を維持する者が日本国内にいない場合は支給対象にはならないが、実際父親が海外駐在となり、家族そろって日本に居住していないものの、母親・子供のみ日本に住民票を残し、子供を母親の扶養家族との形にし、子ども手当を受給している例は多い。
2009年11月22日、菅直人副総理は所得制限について「費用倒れになりかねない」として当初導入に否定的な見解を示した上で、納税者番号制度があれば技術的な事務作業は簡単であり、制度導入と合わせた将来課題とする考えを表明した。『産経新聞』がおこなった世論調査によれば、回答者の6割以上が「所得制限を行うべき」と回答した。12月16日、小沢一郎民主党幹事長は所得制限を設けるよう鳩山由紀夫首相に申し入れた。2011年8月4日、民主・自民・公明3党は翌2012年3月をもって子ども手当を廃止し、児童手当法に所得制限などを盛り込む形で改正することで合意した。
2009年10月20日に平野博文官房長官が財源の地方公共団体による一部負担を示唆したことに対して、福岡・佐賀両県知事が国の全額負担を求めた他、全国市長会も国費負担を求める決議を採択し、松沢成文神奈川県知事ら7知事が連名で地方負担に反対する要請書を厚生労働省に提出した。2010年度の子ども手当の財源確保にあたっては、自民党政権時において作られた2009年度補正予算の削減を行い、それを子ども手当の財源に回すとされており、子育て応援特別手当も支給停止となり、地方では混乱が見られた。なお補正予算の削減の中には、緊急の景気・雇用対策、新型インフルエンザ対策などの削減分もある。12月23日、政府は2010年度の暫定措置として子ども手当の一部を児童手当とし、現行の児童手当の費用を出している地方自治体などに拠出させることを決定した。
子ども手当は、手当を受けようとする者が、自分の住む市区町村に請求することによって支給が開始される。子どもが別の市区町村に居住していても良い。出生届や転入届といった住民票や戸籍上の手続きだけでは支給されず、別に子ども手当に関する手続きを行なう必要がある。また、公務員の場合、所属する官庁に請求する。2010年度に限り、児童手当を受給していた者は、再度の手続きが不要であった。請求の結果、支給が決定されると、前述の方法によって計算された額が、毎年2月・6月・10月に4ヶ月分ずつまとめて支給される。支給は一般的には受給者が指定する金融機関の口座に振り込まれるが、市区町村によっては窓口において直接手渡す。また、児童の数が増減したときには届け出る必要がある。
開発者のSteven Howseによれば、当時財政難に悩まされていた彼はミネアポリスからミシガンへと移らなければならなかった。彼はかねてよりオンラインのマルチプレイヤーゲームを作りたいと願っていたが、当時の開発の唯一の選択肢はAdobe Flashであり、Howseはこの方法を使いたくなかったためしばらくアイデアを封印していた。しかし後に彼は、ほとんどの主要なブラウザでサポートされている待ち時間の短いプロトコルであるWebSocketが、Agar.ioなどの他のゲームに似たHTMLゲームを実行するのに十分で安定していることに気付いた。それをきっかけにしてHowseはゲームの制作に取り掛かったが、開発の最大の難関は、一度に600人ものプレーヤーを処理するのに十分なほど安定したサーバーを作ることだった。Howseはより多くの需要がある地域で十分なスペースを持つサーバ上のスペースを見つけることに苦労し、使用帯域の幅の大きさに基づくコストの増大を避けるために、Amazon Web Services等のクラウドサービスを使用することは避けていた。6ヶ月後の2016年3月25日、正式にブラウザとiOS向けにSlither.ioがリリースされ、サーバーは最大500人のプレイヤーをサポートしていた。ブラウザ版とiOS版のリリースの2日後には、Lowtech Studiosによって同ゲームのAndroid版が公開された。Howseは課金システムを導入することを選ばなかったので、プレーヤーのアバターが死んだ後にアプリで表示される広告のみでしか彼が収益を上げる手段はなかった。また広告を行うための費用も無かったため、唯一の宣伝手段はYouTubeにおける実況プレーだけだった。リリース後の数週間で、Howseはゲームを安定させ、プレイヤーにとってより良い経験を提供するためのアップデートに取り組んだ。さらに彼は人々がチームを立ち上げることを可能にする「フレンドリーモード」や、プレイするサーバーを選ぶ方法など、新しい機能を追加することなども予定している。またHowseは、Slither.ioを買収するために2つの大手ゲーム会社からコンタクトがあったことを話しており、彼はゲームを維持するのがストレスであると感じていることから提案の受諾も検討していると語った。