PC-98x1の方が分解能が低く、Windowsのタイマ関数呼び出しの際、APIに記述されている注意書き（注:ハードウェア依存のため、指定値通りに動作するとは限らない）を無視して実装されたアプリケーションには問題が発生した。後年、Win32とPentium機の組み合わせでは、CPUの超高分解能タイマを使用するようWindows側の実装が変更された。
これは全くと言って良いほど互換性が無い。PC-98x1の場合、基本グラフィックは各機種完全上位互換でそれにグラフィックアクセラレータを追加する形式となっている。コネクタ形状は、モノクロ、デジタルRGB、H98、アナログRGB、VGA互換と計5種存在するが、最後の3つについては映像信号線においては互換性がある。PC/AT、PS/2の場合、CGA/MDA/Hercules/EGA/VGA/XGA/XGA2全てにおいてハード的な互換性が低くディスプレイコネクタも統一されていなかった。Windows 3.x普及期において、PC/AT互換機で用いられたVESA仕様のBIOSを持つグラフィックアクセラレータが登場するに至って、ようやくコネクタ形状の統一や下位互換性が保証されたという有り様である。Windows 3.1の頃からWindowsアクセラレーターボードなるものが使われるようになった。内蔵の機種もあったが、一部の機種は、アクセラレーターボードを増設しないとWindowsが640×400×16色でしか使用できなかった。また、アクセラレータを増設した場合はMS-DOSでの描画にグラフィックビデオRAMと、テキストビデオRAMを使用した画面出力とし、Windows上ではアクセラレータからの画面出力を用いたため、アクセラレータボードから出た信号を一旦、RGB-IN端子でPC内部に引き込み、RGB-OUT端子から出力するか、またはRGB-IN端子のあるアクセラレータボードを増設して本体のRGB-OUTからアクセラレータのRGB-IN、アクセラレータのRGB-OUTから出力した。こうすることによって本体またはアクセラレータ上の自動切り替え機能によってWindowsが起動すると画面がアクセラレータ出力の画面に自動的に切り替わり、2種類のまったく互換性のない描画機能を両立していた。一部機種にはRGB-IN端子がない機種があり、その機種にはRGB-IN端子のないアクセラレーターボードを増設することは出来ないとされていた。（ただし、これはそれぞれのRGB-OUT端子を切り替え器につなぎ、Windowsの起動・終了をするたびに手動で切り替える事によって対応可能）また、一部機種では、アクセラレーターボードに98独自の基本グラフィックが統合されたものがあり、この場合アクセラレータボードの（増設）交換は不可能であった。（PCIボードは可能である。表示切替はソフトで行っている。）
PC-9800シリーズには、Windows 1.0から移植が行われていた。WindowsはGUIを実現する環境というほかに、MS-DOSでは実現できなかった、異機種間でのグラフィック描画などの共通化を念頭に置いて設計されていた。本節では、PC/AT互換機との相違と一般にWindowsという存在が知られはじめたWindows3.x以降のバージョンについて記述する。
1949年（昭和24年）6月、GHQより建設命令が下って事業は着手された。ダム・発電所建設に当たっては高山市や朝日村からは歓迎の声があったが、秋神ダム建設によって朝日村小瀬ヶ洞地区の24戸が水没する。秋神地域の中心である小瀬ヶ洞地区が水没することは同地域の死活問題であるとして、秋神地域の全集落が一丸となって秋神ダムの建設に反対を表明した。さらに1951年、当初の予測を上回る電力需要の伸びに対応するため中部電力は計画を大幅に改定。朝日ダムと秋神ダムの高さを一律12.0メートル高くすることを表明したが、これに伴い今までの小瀬ヶ洞地区に加え黍生谷地区9戸が新たに水没することが判明。秋神地域だけに留まらず当初は協力的だった朝日村や新たに水没地域となる高根村、さらにダム下流の久々野町当局からも反発の声が強くなった。膠着状態が続く中翌1952年1月、秋神地域全地区の住民は中部電力を呼んで部落総会を開き、中部電力に対し事業変更についての説明を求めた。折衝は深夜に及び険悪な雰囲気に陥ることもあった。村当局も工事立入を拒絶するなど強硬な姿勢を取り、中部電力側も土地収用法の適用も検討した。しかし事態を憂慮した地元選出の岐阜県議会議員・前田義雄や高山市長の日下部禮一、高山商工会議所が仲介や斡旋に入り、小瀬ヶ洞地区の移転代替先に大野郡清見村の土地を提供するなど補償に関する条件を呈示。その結果、地元も最終的には補償案を了承し、1952年8月には補償交渉が妥結した。また、秋神ダムの貯水を朝日ダムに導水することで秋神川の水量が少なくなり、下流で取水している朝日村第一用水と中島用水に多大な影響を及ぼすことが判明した。しかしダム・発電所の建設に先立ち秋神川を管理する岐阜県は水利使用許可の条件として、「秋神川下流に取水口を有する朝日村第一用水・中島用水に対して、取水に必要な流量を確保しなければならない」ことを挙げていた。このため中部電力は両用水路の取水元になる頭首工と用水路改修のための費用を支出、さらに秋神ダムにも不特定利水に相当する放流を行い、朝日村第一用水・中島用水が持つ慣行水利権分の用水補給を行った。漁業補償については魚道の設置を要求する益田川漁業協同組合・益田川上流漁業協同組合との間で交渉は難航したが、最終的に補償額1,288万円（当時）の支払いとマス養殖施設の建設を行うことで解決を見た。こうした難しい補償交渉を経て、秋神・朝日両ダムは1955年（昭和30年）5月7日に完成することができた。しかし秋神ダム建設によって33戸の住民が日本の戦後復興のために父祖伝来の土地を離れるという苦渋の決断を行っている。