日本国政府は、1991年（平成3年）に2機の-400を日本国政府専用機として調達した。この機体は導入当初は総理府に所属し、JA8091(製造番号24703)とJA8092（製造番号24731）の機体記号で登録されていたが、翌1992年（平成4年）4月1日には航空自衛隊に移管され、防衛庁の軍用機扱いとなったため、民間機での登録は抹消されている。総理府所属時から航空自衛隊により運用・管理されている。英語の正式名は「Japanese Air Force One」である。エンジンは、JALやANAと同一のCF6-80C2B1Fを装備する。また、機体の仕様そのものはJAL所属機と共通である上、同社の運航や整備のノウハウが高い評価を受けたことから、重整備や運航支援、乗務員の教育は、他に契約を希望する企業が無かったためにJALが随意契約で請け負っている。2014年（平成26年）には、日本国政府専用機の後継機としてボーイング777-300ER型機が選定された。アメリカ空軍は弾道ミサイル防衛（BMD）計画があり、ブースト段階の弾道ミサイルを破壊するため、-400Fを改修して機首に大出力レーザーを搭載したAL-1Aの試験を続けている。また、C-33の名称で、輸送機型の提案が行なわれたが、採用に至らなかった。大韓民国空軍は2010年、大韓航空所有の-400を1機リースし、政府専用機として運用を開始した。通常運用しているボーイング737-300の老朽化および航続距離の問題により、後継機導入までの繋ぎとして使用している。しかし翌年の2011年に空気吸入口が故障したため、今でもボーイング737を併用している。民間からのリース機材であるため、軍用の機体記号ではなく、大韓航空時代の機体記号のまま塗装を変更して運用されている。
1846年7月19日（弘化3年閏5月26日）国務長官ジョン・カルフーンの命を受けたジェームズ・ビドルが、通商を求めて浦賀に来航した。ビドルの来航は感触を確認する程度のものであり、幕府がこれを拒否すると直ちに退去した。しかし米墨戦争の結果カリフォルニアがアメリカ領土となると、太平洋航路を用いての中国との交易はアメリカにとって重要な課題となった。この場合、途中の補給拠点として日本の港を利用することが望まれた。したがって、ペリーの来航目的は補給港としての日本の開港が第一であり、通商交渉は二義的なものとなった。結果として、1854年 3月31日（嘉永7年3月3日）に調印された日米和親条約には通商条項は含まれなかった。日米和親条約に基づき、1856年8月21日（安政3年 7月21日）に初代米国領事タウンゼント・ハリスが来日した。ハリスはまず日米和親条約の追加条項の交渉を行い、それが下田協約として締結されると、1858年1月25日（安政4年 12月11日）から日米修好通商条約の交渉を開始し、同年7月29日（安政5年6月19日）に調印にいたった（この時点でハリスは公使に昇進し、公使館を江戸 善福寺に開いた）。この交渉において、岩瀬忠震は批准書の交換を米国で行うことを提案し、受け入れられた（万延元年遣米使節）。使節は1860年5月17日（万延元年閏3月25日）にワシントンでブキャナン大統領に謁見・批准書を渡した。また途中多くの近代的施設を見学し、西洋文明の一端に触れた。このように開国初期における日本の対外関係は米国が中心であった。ハリスは欧州特に英国とは異なる外交路線を採用しており、英国公使ラザフォード・オールコックからは「幕府寄り過ぎる」とみなされることもあった。日米修好通商条約の交渉中、ハリスは「調印が遅れれば英国が軍事力を背景により厳しい条件での条約を押し付けてくるので、米国と日本にとって有利な条件で条約を結ぶべき」と幕閣に述べており、実際幕府が一般品の関税として12.5%を提示したのに対し、ハリスはより高い20%を提案・合意した。これは同年に清が押し付けられた天津条約の7.5%に比べるとずっと有利であった（安政五カ国条約はいわゆる「不平等条約」であるが、調印時点で幕府にとって特に不利な条約だった訳ではない。関税は妥当であり、領事裁判権を認めることを、幕府はむしろ歓迎した。また、天津条約と異なり外国人の国内旅行が制限されるなど外国人にとって不平等な条項も含まれていた）。攘夷運動が盛んになり、各国の公使館が江戸から横浜に引き上げた後も、ハリスは江戸に留まった。幕府の内情にも通じており、新潟・兵庫・江戸・大坂の開港・開市の延期を幕府が求めた際も、これに同意している。しかし、1861年4月に南北戦争が始まった後は、米国の日本に対する影響力は小さくなった。例えば、幕府は1861年8月14日（文久元年7月9日）にハリスに対して軍艦2隻（フリゲートおよびコルベット）の発注を依頼したが、米国政府はこれを受けることができなかった。健康上の理由で辞任したハリスに代わり、1862年5月17日（文久2年4月19日）に新公使 ロバート・プルインが着任した。プルインも当初はハリスの独自外交を踏襲した。しかし、米国商船が長州藩から砲撃を受けた後は（下関事件）、英仏との協調路線に変更した。プルインは富士山丸発注に関して問題を起こし、幕府の信頼を失ってしまったため、1865年4月28日（慶応元年3月23日）アントン・ポートマンを代理公使として、任期半ばで帰国した。1866年1月18日（慶応元年12月2日）に3代公使としてロバート・ヴァン・ヴォールクンバーグが着任したが、英仏との協調は変わらず戊辰戦争では局外中立を維持した。なお、幕府は装甲艦甲鉄を購入していたが、アメリカが中立を宣言したために受け取ることができず、また中立解除後に明治政府に引き渡されたため、箱館戦争の推移に少なからぬ影響を与えた。