1906年4月に坂田チヱと結婚し坂田姓となる。さらに勉学を続けたいとの思いが強く1907年（明治40年）6月に依願免官、同年9月に高等学校受験資格を得るため東京学院中等科4年に編入学し1909年（明治42年）3月に卒業した。その後、1912年（明治45年）7月1日第一高等学校第一部文科を卒業、1915年（大正4年）7月東京帝国大学文科大学を卒業した。1911年（明治44年）10月に私淑していた内村鑑三の弟子となることを許され、翌年1月に南原繁ら9名で白雨会を結成した。以後、内村から教えを受けると共に、その学んだことをもって母教会のために尽くせとの勧めがあり、終生バプテスト教会員であった。
東京学院に入学して間もなく、1904年6月に日露戦争による召集を受け弘前市の第8師団騎兵第8連隊に入隊、第1中隊分隊長として黒溝台会戦、奉天会戦に参加した。従軍中に騎兵曹長、さらに騎兵特務曹長に昇進。夜営中に持参した分冊新約聖書『ヨハネ伝』を部下に配って聖書講義を行い、また友人が送ってくれる内村鑑三発刊の『聖書之研究』などを熟読した。戦争終結後の1905年（明治38年）10月には、戦死した所属部隊将兵の遺体発掘と火葬、遺骨収集を命ぜられ、部下と共に2週間ほど従事した。戦争の悲惨さを体験し非戦主義者となった。1906年（明治39年）3月に弘前市の原隊に帰還し、同年8月に陸軍技手に任じられ陸軍省軍馬補充部大山支部（現在の鳥取県西伯郡大山町に所在）に赴任した。
1902年（明治35年）4月、近衛騎兵連隊時代に軍服を着て神田美土代町の東京基督教青年会（YMCA）会館の前を通りかかったところ、たまたま木村清松によるキリスト教説教会があり誘われて参加し、東京YMCAの会員となった。士官学校に転任してから、1903年2月に近くの東京学院内宣教師館で東京YMCA会員懇談会があり、アメリカ北部バプテストの宣教師ヘンリー・タッピング（1857-1942）と知り合い、彼の主催するバイブル・クラスに参加し四谷バプテスト教会に出席するようになり、同年5月3日にバプテスマ（洗礼）を受けた。伝道者となる思いが与えられ、同年10月に霊南坂教会（現・日本基督教団霊南坂教会）内に開校した東京伝道学校（校長・小崎弘道、1908年（明治41年）閉校）に入学した。除隊後に東京学院寄宿舎に入り、1904年（明治37年）4月東京学院高等科に入学し東京伝道学校を退学した。
1898年に徴兵年齢となり、陸軍教導団を受験し騎兵科生徒となった。1899年（明治32年）11月に卒業し陸軍騎兵軍曹に任ぜられ、近衛騎兵連隊付となった。1900年（明治33年）秋に選抜され陸軍騎兵実施学校に入学する。1901年（明治34年）10月28日の卒業時には首席となり恩賜の銀時計を受けた。陸軍士官学校に入学する望みを持ち国民英学会の夜学部で学んでいたが、入学規則が改正され年齢の関係で下士官からの受験ができなくなった。1902年（明治35年）12月に士官学校へ転任し馬術教官となり、1903年（明治36年）11月に現役満期で予備役に編入された。
脇坂安治の移封から3ヶ月後の8月、大和郡山城から羽柴の姓を賜った筒井定次が伊賀へ移り住んだ。定次は天正伊賀の乱で焼け落ちた平楽寺、仁木古館跡に築城することにした。｢迅ニ上野之駅ニ入来シ仁木友梅ノ舗地ヲ囲、仮ニ草館ヲ造立シ屢比ニ幽栖ス。而後数千ノ役夫ヲ催、平楽寺・薬師寺ニケ場ノ荒地ヲ点シ、文禄年中ニ一城ヲ造畢ヌ。三層ノ高楼ヨリ内外ノ曲輪要害太厳重也｣(『伊水温故』)とあり、城は高丘の頂上を本丸とし、三層の天守を建て、本丸の西に二ノ丸、北の山下を三の丸を配し、大手を三の丸の北谷口とした。城代屋敷の北東隅に筒井時代の天守があったと考えられている。慶長5年（1600年）、関ヶ原の戦いが起こると定次は東軍の徳川家康方につき会津征伐に参戦し、上野城は筒井玄蕃が留守居役としたが、上野城を西軍の摂津高槻城主新庄直頼・直定父子に攻撃された際、筒井玄蕃は戦わず城を明け渡し高野山に逃亡した。定次は家康の許しを得て直ちに軍を引き返し、城を再奪取し事なきを得た（上野城の戦い）。関ヶ原の戦い後、新庄直頼父子は改易され定次は本領安堵、伊賀上野藩を立藩した。しかし、家康は大坂城を包囲する必要に迫られ、近江彦根城同様重要な地点である上野城を強固にすべく、家康は定次をかねてから不行状で島清興などの重臣に多く出奔され失策の多いのを理由に、慶長13年（1608年）6月に領地没収、磐城平城主鳥居忠政のもとに預けた（筒井騒動）。一説には、定次がキリシタン大名で棄教を聞き入れなかったためとも言われている。