財団法人ドナルド・マクドナルド・ハウス・チャリティーズ・ジャパンへ出資している。この財団は、難病児およびその家族などを支援する福祉、医療分野などにおけるボランティアへの助成並びにその家族などに対し必要な施設の設置などの措置を講じ、その有効適切な運営を行うことなどにより、地域社会における支援体制の確立に寄与するために設立された。2015年（平成27年）5月時点で日本国内の10箇所にドナルド・マクドナルド・ハウスを開設している。この施設は子供が病院に長期入院している保護者に安価で宿泊スペースを提供するもので、世界38カ国347箇所で同様の施設が運営されている。個室のベッドルームのほか、共用のキッチン、リビング、ダイニング、ランドリー、付き添いの子供を遊ばせるプレイルームが備えられている。ハウスの利用料は保護者の負担を考え、1人1泊1,000円（およびリネン料等数百円の実費）となっている。マクドナルドからの支援や企業・個人の募金で運営され、施設の維持管理には地域のボランティアが従事している。全国のマクドナルド店舗では「はやく元気にな〜れ募金」を行っている他、顧客がハッピーセットを1つ購入するごとに同財団に1円寄付する取り組みを行っている（1億1500万円上限）。
宅配サービスは「マックデリバリー」 (McDelivery) と称し、店舗に勤務するクルー がバイクで自宅や職場など店舗以外の場所に商品を届けるものである。2012年より開始され、2015年4月末時点で東京都や大阪府、愛知県など15都府県の店舗で実施しているほか、将来的には全国展開を目指すとしている。利用はインターネットか電話で申し込む必要があり、1,500円（朝マックは1,000円）を超える注文金額より受け付けるほか、配達料（308円）が別途必要である。また、各種クーポン券や無料券、株主優待券などは使用不可（マックカードのみ使用可）である。
かつて、一部店舗（スーパーやショッピングセンター内のテナントの一部等）を除き、店舗内で飲食する場合はホットコーヒーはおかわりが自由（無料） であった。この情報は公式サイトには記載されていなかったが、同社広報が見解を示し、一部店舗の店内には掲示している場合もあった。しかし、同社広報はコーヒーについて「価値あるコーヒーサービス」をキャッチフレーズにした新展開の2012年4月20日開始とおかわり無料サービスの終了を認め、2012年4月19日をもってコーヒーのおかわり無料サービスを終了した。これについて、同社の広報とトップの原田泳幸では認識が異なり、2012年4月20日に行われた記者発表会で原田は「もともとおかわり無料というサービスはありませんでした。特定の店でほんの一部のお客様の特別な要求に対応していたサービスです」「おかわり無料廃止と今回の価格改定とは一切関係はありません」とコメントした。
2017年（平成29年）11月20日から全国の2,900店舗（一部店舗除く）でクレジットカード決済が可能となった。合わせてJCB系の電子マネーであるQUICPayでの支払いも可能になった。成田空港第1ターミナル店・第2ターミナル店（成田国際空港の空港ターミナルビルテナント扱い）など、ごく一部の店舗ではINFOX端末を設置してそれ以前から取扱を行っていた。INFOX端末で対応していた店舗は銀聯の取扱も可能であったが、空港内店舗を除き全国展開時に取り扱い中止となっている。2018年（平成30年）の3月13日からは、INFOX端末を設置していた店舗で先行的に利用可能であったNFC決済にも対応した。日本国外では、アメリカ合衆国・カナダなど、クレジットカードが利用可能な地域の店舗も存在する。
「日本のマクドナルドが、世界で最もサービスが良い」と、ウォール・ストリート・ジャーナルが評価している。その理由は「仕事中に、ため息を吐くスタッフはいないし、従業員同士の長々としたおしゃべりもない」と報じている。世界から来日する顧客に配慮して、英語や中国語など5か国語に対応したメニュー表を用意している店舗もある。
アメリカ国内店舗は全面禁煙だが、日本でも2014年8月より、全店禁煙となった。それ以前には日本では禁煙と分煙の店舗が存在した。喫煙可能な店舗の形態はガラスの壁で分煙する店舗、フロアによって喫煙席と禁煙席を分けている店舗など様々であった。神奈川県内の全店舗は、2010年（平成22年）4月1日から受動喫煙防止条例により、同日から全面禁煙となっていた。
特殊立地の店舗をこのように呼称して出店している。2018年（平成30年）8月時点で大学には5店舗、サービスエリアに5店舗、基地に3店舗、テーマパークに2店舗出店している。テーマパーク内ではないものの大阪のユニバーサルスタジオジャパンのユニバーサルシティ内や通天閣のメイン通りにある通天閣前店など近年の外国人観光客の増加に伴い観光客をターゲットにした店舗展開も行なっている。
都市部を中心に多くの24時間営業店舗が営業されている。ただし近年では営業時間を短縮して24時間営業をやめる店舗やグランドオープンにおいては旧来の7時オープン23時クローズに近い営業時間でオープンすることが多くなっている。
創業地、本店は滋賀県近江八幡市。元々は和菓子店であるが、洋菓子の製造・販売にも力を入れており、バームクーヘンの「クラブハリエ」が有名であるほか、イタリア菓子専門店「ソルレヴァンテ」、フランス菓子専門店「オクシタニアル」、洋菓子道具専門店「ボンヌ シャンス」を展開している。2000年8月からの滋賀大学・滋賀県立大学との産学協同研究（滋賀大とは近江商人史の協同研究、県立大とは病人・高齢者向け和菓子の共同研究）やNPO法人「たねや近江文庫」の設立（滋賀大との協同研究の発展。2004年11月から）、和菓子業界初のグリーン購入ネットワークへの加入（1998年）、加工ロスとなったバームクーヘンなどの養豚用飼料化（2001年から）、グループ本社での太陽発電導入（2007年3月）など、文化活動や環境保全活動にも積極的で、1995年に日本経済新聞社主催国土庁後援の「地域活性化貢献企業賞」、2006年には「第1回滋賀CSR経営大賞」、2007年に「第5回渋沢栄一賞」を受賞している。また1999年からネット通販を開始するなどIT社会への対応も早く、2001年に経済産業省「平成13年度情報化促進貢献情報処理システム表彰」「情報化月間推進会議議長表彰」と「関西IT活用企業百撰」最優秀賞を受賞している。