上記のように、1939年9月にドイツがポーランドへの侵攻を開始したことで、ヨーロッパにおいて第二次世界大戦が勃発したものの、アメリカは参戦せず、同盟関係にあるイギリスへの武器供与を行う程度であった。しかしアメリカ国内は準戦時下とも言える状態に置かれ、今や戦禍に覆われたヨーロッパや、日本と中華民国の間で勃発した日中戦争やそれに続く日本軍の仏印進駐により緊張下に置かれたアジア太平洋地域への路線を持つパンアメリカン航空の国際線の多くは、軍の管理下に置かれることとなった。そしてアメリカが1941年12月に日本との間に開戦し、続いてドイツやイタリアなどの枢軸国から宣戦布告を受けたことで、前年に就航したばかりの、世界初の与圧キャビンを持つ旅客機であるボーイング307をはじめとするパンアメリカン航空の所有機と、その乗務員のほとんどが軍に徴用されることとなった。さらに、太平洋からオセアニア、東南アジアの多くの寄港地が、瞬く間に日本軍によって占領されてしまう。アメリカの参戦によって、パンアメリカン航空のみならずすべての航空会社による国際線の運航は停止したものの、パンアメリカン航空は、大戦中を通じて太平洋地域や大西洋地域を含むアメリカ軍の戦闘地域における国際線運航における様々なノウハウ、そして経験豊富な人材を軍に提供し、政府および軍と強力な協力関係を保ち続けた。また、1943年1月に、フランスの植民地のモロッコのカサブランカで開催された、今後のヨーロッパ戦線についてアメリカとイギリス、フランスの首脳が話し合う「カサブランカ会談」に出席するフランクリン・ルーズベルト大統領の移動用に、パンアメリカン航空から徴用されたボーイング314「ディキシー・クリッパー」が使用された。これはアメリカ大統領にとって最初の飛行機での移動であった。
なお、太平洋横断路線の開設に続く1937年には、ノルウェーのDNL航空と協力する形で、ニューヨークからアイスランドのレイキャヴィク経由までをパンアメリカン航空が運航し、レイキャヴィクからノルウェーのベルゲンまでをDNL航空がシコルスキーS-43飛行艇で運航する、共同運航という形により初の大西洋横断路線を開設した。続いて同年6月には、アメリカとイギリス、カナダとアイルランド自由国の各政府からの承認を取りつけて、アメリカとイギリスを結ぶ路線の運航権を獲得した。「デュケインのスパイ網」事件では、ドイツのスパイで客室乗務員が逮捕されている。その後、イギリスのインペリアル・エアウェイズと協力する形で、ヴァージニア州ノーフォークからバミューダ諸島、アゾレス諸島経由の大西洋横断路線をシコルスキーS-42飛行艇によって開設する。その後1939年6月には、より高性能で大型なボーイング314飛行艇によって、ニューヨーク港からイギリスのサウザンプトン港へのより短時間で飛行する路線を開設するなど、大西洋においてもその路線網の拡張を続けた。しかし太平洋横断路線と同じく、大西洋横断路線は1939年9月の第二次世界大戦の勃発により同年10月をもってその運航が停止され、就航したばかりのボーイング314飛行艇を含む多くの航空機と運航乗務員はアメリカ軍の管理下に置かれ、大西洋の対岸で行われている戦争に備えることとなる。
1920年代後半から1930年代にかけては、チャールズ・リンドバーグを顧問に迎え、フロリダ州からのカリブ海路線以外にも当時アメリカがその影響力を増していた中南米路線を積極的に拡大するとともに、アルゼンチンやチリ、メキシコやブラジルなどの長距離国際線の路線権を獲得する。さらに、キューバのクバーナ航空や、ブラジルのパンエア、メキシコのメヒカーナ航空など、それらの国々の航空会社を次々と買収しその路線網を拡充していく。また、1929年には当時アメリカとカリブ海沿岸諸国、南アメリカ諸国を結ぶ客船ルートを多数運航していたアメリカのグレース・シッピングと合弁会社のパンアメリカン・グレース・エアウェイズ（「パナグラ（Panagra）」として知られた）を設立し、客船との接続ルートを運航した。なおパナグラは1968年まで経営された。なお陸上機による路線網もあったものの、当時は短距離から中長距離路線に至るまで飛行艇による運航が中心であり、マイアミ港に設けられた専用空港を中心に路線網を構築していた。
太陽フレアの異常活動により、電子機器や電磁波の使用に大きな制限が加わっていると言う設定のため、この世界では航空機や長距離誘導兵器がほとんど役に立たず、地上車両による目視直接射撃の近距離戦闘が中心となっている。そんな戦場に特化して開発されたのがハウンド(HOUND)である。主力兵器であるハウンドは非常に高い自由度を持った機体構築が可能な一種の機動兵器である。脚部とコックピットを備え、縦横高低が一定範囲内に収まった上で脚部の積載重量制限をクリアすれば、どの様な形状の構築であっても出撃が可能となる。ただし、想定した性能を十分に引き出すには消費電力以上の電力を確保する必要があるため大抵の場合ジェネレータが必須パーツとされている。あまり実用的ではないが、コクピットからも僅かながら出力は得られるため、省エネルギー性に優れた構築の場合はジェネレータを必要としない例もある。 また、ハウンドは脚部以外のパーツに部位という概念がそもそも無いため、脚はあっても頭や手は無い。ロボットのような外見だが、車輌である。この点がプレイヤー自身の機体の構築と戦闘という、同じテーマを持つアーマード・コアシリーズとの大きな違いである。ハウンドは構築の自由度は高いが、あらゆる距離に対応できる武装や戦場全域をカバーできる速度といった全ての要求を満たす事は現実的ではなく、ロボットものに多い機敏な動作、短時間の速力増加（いわゆるダッシュ）やジャンプも出来ないため、ある程度特化した性格の機体構築でなければ結果的に全てにおいて中途半端な性能に陥りやすい。特にオンラインでは単機で一方的に撃破していく事は困難であるため、単機で総合的な高性能を目指すよりもチーム内での役割に特化した構築が必要とされる。ちなみに、人型や通常の戦車を模したような構築も可能だが、デザインを優先しつつ実戦で通用する性能のハウンドを組み上げる事は非常に困難である。 また、多くの戦闘を経る事により自ずと実戦向きな姿になっていったハウンドは、兵器特有の機能美と受け取ることもできる。オンラインで出会う敵味方のハウンドの試行錯誤に満ち溢れた“作品”を見ていくのも楽しみといえ、珍しい外観や特定の何かを模した秀逸なデザインを持つハウンドと遭遇した場合、敵味方にも関わらず戦闘を止め機体を鑑賞する等の光景も見られた。