セルフピックアップ方式とは、過去実施されていた「ダイレクトオペレーション」（ストック方式、前述参照）と違い、客がハンバーガーやポテトなどを棚から取り出してトレーに乗せて動き、最後に会計を行う、学生食堂や社員食堂などで見られる方法である。なお、ドリンクは、紙コップをトレーに乗せ、会計を行い、その後、ドリンクバーで自ら注ぐ方式であることにも特色がある。日本においては、実験的に1998年（平成10年）の長野オリンピック選手村で試行された後、同年6月には東京工科大学内へ「片柳学園店」を出店、1999年（平成11年）1月には「日比谷シティ店」、他にも「越谷サンシティ店」を改造し、通常店舗での実験を開始した。以後、中央大学、大阪学院大学、関西外国語大学、など、主に大学内の店舗を中心にいくつか設置された。この方式では、繁忙時の待ち時間を短縮でき、同時にレジスタッフを減らすことができるなどのメリットがあった。デメリットとしては、新しい商品から持っていくことが多くなり、商品の鮮度を保ちにくいこと、商品の包装が外れやすいこと、万引きの対象となることなどがあった。なお、方針の変更などにより、片柳学園店・中央大学店は2005年（平成17年）に通常型店舗へと改装された（なお、ドリンクはスペースの関係上、従来のセルフ方式が残された）。
2003年（平成15年）4月から、既存の店舗のイメージを打ち破るため、内装・メニューともに高級感を強めた戦略店舗「マクドナルドダイニング」を渋谷、赤坂、池袋、目白の4店舗で展開し、好調であったが、米国本部からの世界統一キャンペーン戦略のあおりを食らい、同年9月7日で終了し、同年度中に通常の店舗に戻された。
一部店舗では公式のデザインをアレンジした独自デザインの看板を用いており、事例として2001年10月 - 2011年10月31日に存在した五反田西口店では、全国でも極めて珍しい「斜めM」サインの看板を掲げていた。
郊外に十分な敷地を有し、周辺人口構成における子供人口の割合の多い店舗でしばしば見られる。客の滞在時間が長くなり回転率は落ちる反面、リピート率は高くなる特徴を持つ。近年ではデジタル化が進み、デジタルプレイランドという特徴を持った店舗も登場している。
マクドナルドの小型店舗のことで、独立した店舗ではなくデパートや量販店に小型スタンドの形式で設置されている。独立した店舗と比較すると、座席数が少なかったりメニューに一部制限があったりする。公式にミニマックと呼ばれ、実際にそのような看板を掲げた店舗も存在していた。
米国産牛肉を多用していたために販売休止を余儀なくされた牛丼と異なり、同社のハンバーガーは豪州産・NZ産牛肉を使用しており安全面で問題は無かったが、フランクバーガー用のソーセージはアメリカ産牛肉を15%含んでいたことから「フランクバーガー」の販売は中止した。アメリカ産牛由来原材料を使用していた一部のマックフライポテト・ハッシュポテト・チキンマックナゲットは販売を中止し、同社のフライドポテトは豪州産・NZ産牛肉を使用しており安全面で問題は無かったが、フライドポテトを揚げる食用油にアメリカ産の牛脂が含まれていたことから、100%の植物油に変更した。このために、フライドポテトの味や風味が変更以前よりもかなり変わったため「若干軽くヘルシーになった」、「風味が無くなってしまっている」と様々な意見があった。BSE騒動の影響を払拭するため、2004年（平成16年）1月18日にバーガー類1個購入につき、ハンバーガーの無料引換券（同年1月19日から25日まで有効）を配布した。同様のサービスを、同年7月19日（東京銀座に開店した日を記念して「マクドナルドの誕生日」と称した）に行った（バーガー類1個購入につき、ハンバーガーの無料引換券（同年7月20日から25日まで有効）を配布）。
「グリルオーダー」といわれる、顧客の希望で通常のレシピから一部の具材や調味料（代表例としてピクルスやマスタード）を抜いて調理された商品を提供するサービスを行っている。「足す」・「多め」などの増やす方向へのオーダーは、基本的に不可能だったが、ソースや調味料、オニオン、ピクルス等一部のみ可能となっている。価格については、増減した材料分価格が変わるわけではなく、通常品と同価格である。
『朝マック』は、開店から（24時間営業店舗では午前5時から）午前10時30分まで販売されているメニューの総称。マフィンやグリドル、ホットケーキを中心とした朝でも比較的（短い時間で）食べやすいメニューとなっている。早朝帯に営業している単独店舗での実施がほとんどで、スーパーマーケットやショッピングセンター内に併設されている店舗や、おもに午前9時以降に開店する店舗などでは朝マックを扱わないことが多い。なお、これらの店舗は開店時から通常メニューの販売となる。
Yoshiは、以前からの夢であった『Deep Love アユの物語』の映画化の企画を進めていた。まず、2002年5月にYoshi自身が監督・脚本を務めるzavn企画・センターフィールド株式会社制作によるビデオ版が公開された。主役とエキストラはZavnメルマガを通じて公募し、1,300名の応募の中からオーディションを行った。主人公のアユ役には相川みさおが抜擢された。VHS化された作品はZavnサイトとZavnショップで直接販売され、2004年9月までに2万本を売り上げた。ビデオ版の経験を基に、スターツ出版とオリコンの製作協力を得て、映画版の制作も行われた。今回もYoshiが総監督・脚本・演出を務め、出演者もオーディションで選ばれた。アユ役は、1,600名の応募の中からファッションモデルの重泉充香が抜擢された。また、音楽プロデューサーとして川嶋あいを迎え入れた。Yoshiは映画公開に先立って、zavnに映画公開の「応援メール」を携帯電話から送信してもらい、そのメールアドレスのリストをもって全国の映画館への映画公開の交渉を行う「100万人応援メールプロジェクト」を行った。映画は2004年4月3日に公開された。2004年10月から12月にかけてテレビ東京系全国6局ネットを通じてテレビドラマ版『Deep Love アユの物語』が放送された。主役には当時現役女子高校生だった岩佐真悠子が起用された。Yoshiは、ドラマの総監修とナレーターを務めた。