1989年にソ連軍がアフガニスタンから撤退しても、ムハンマド・ナジーブッラーが率いるカーブルの共産党政権はなんとか持ちこたえていた。共産党政権はムジャーヒディーンに対抗するために、民兵を組織して幹線道路を守らせた。民兵の中心はアフガニスタン北部や北西部出身のウズベク人で、ジョウズジャーン州のラシッド・ドスタムやファーリヤーブ州のアブドゥル・マリクなどが率いていた。しかし1991年にソビエト連邦が崩壊すると民兵に動揺が走った。1992年、ドスタムは共産党政権を見限ってアフガニスタン北部最大の都市マザーリシャリーフで自立し、カーブルの共産党政権を倒したがすぐに内戦が始まった。ドスタムは総兵力5万人を擁し、ジョウズジャーン州やバルフ州を中心に支配地域を作り上げた。ドスタムの支配地域は宗教的に寛容で、対外的にも一種の独立国のようになっていた。アフガニスタンではその後ターリバーンが誕生し、内戦は三つ巴の戦いとなった。1998年6月、ドスタムはターリバーンに占領されていたバードギース州の州都を奪還しヘラートに向かったが、逆襲されてファーリヤーブ州やジョウズジャーン州を失った。
第二次世界大戦後、アフガニスタン首相のモハマド・ダーウド・ハーンはソビエト連邦やアメリカ合衆国の力を借りて、国内の開発を行おうとした。当初は乗り気ではなかった両国だったが、冷戦対立の下で1950年代後半から本格的な支援を始めた。アメリカはクンドゥーズ空港やマザーリシャリーフ空港、ヘルマンド州のカジャキ・ダムの建設などを支援し、ソビエト連邦はカンダハール・ヘラート間の道路やバグラーン州のプレフムリー・マザーリシャリーフ間の道路、シバルガン・ガスパイプラインの建設などを支援した。1965年に工事が始まったシバルガン・ガスパイプラインは1968年に完成し、1970年には25億立方メートルの天然ガスの輸出が決まった。なおジョウズジャーン州は1950年頃はマザーリシャリーフ州（現在のバルフ州）の一部だったが、1958年頃に分割されて独立した州になった。その頃の名称はシェベルガーン州だったが、1964年4月に改名されて現在の名前になった。1988年4月、一部をサーレポル州に割譲した。
1646年、ムガル帝国がアフガニスタン北部に侵攻し、シェベルガーンでジャーン朝に勝利しバルフを支配下に置いたが、ゲリラ戦により撤退した。1845年、ドースト・ムハンマド・ハーンはアフガニスタン北部に軍を進めた。その頃のアフガニスタン北部の街はウズベク人のアミール達が支配しており、州都シェベルガーンもその1つだった。
1218年、チンギス・カンがホラズム・シャー朝を攻撃し、シェベルガーンはチャガタイ・ハン国の領地になった。マルコ・ポーロによると、当時のシェベルガーンはサプルガンと呼ばれており、乾燥メロンが名物だったと言う。乾燥メロンはメロンの皮をはいで革ひも状にしてから天日に干したもので、ハチミツよりも甘く近隣にも販売されていた。14世紀にチャガタイ・ハン国が滅亡した後も、モンゴル人達はチャガタイ・ウルスとして存続し、アフガニスタン北部はアパルディー族が支配していた。しかし1369年のシェベルガーンの戦いでティムールがチャガタイ・ウルスのアミールであるフサインを破り、新しいアミールになった。
この時期の終わりが近づくにつれ、独立派の軍勢が進軍してきた。まずコーノ・スールでは半島戦争に従軍した経験豊富なホセ・デ・サン＝マルティンがクヨ県の知事になった。彼はこの地位を利用して、1814年よりチリ侵攻のための軍勢を編成しはじめた。これは第一次アルト・ペルー攻略、第二次アルト・ペルー攻略、第三次アルト・ペルー攻略と連敗した後の方針転換であった。サン＝マルティンの軍勢はアンデス軍の中核になり、特に1816年にフアン・マルティン・デ・プエイレドンがリオ・デ・ラ・プラタ連合州の最高執政官に就任した以降は政治的にも物質的にも不可欠な支援を受けた。1817年1月にようやくチリ進軍の準備が完了すると、サン＝マルティンはベルナルド・オイギンス将軍（後にチリ最高執政官）とともにリオ・デ・ラ・プラタ議会からのチリ進軍禁止令を無視して、アンデス山脈を越えた。この行動は情勢を覆し、2月10日にはチリ北部と中部がサン＝マルティンの支配下に置かれ、1年後にはゲーラ・ア・ムエルテと呼ばれる戦役を経て南部も支配された。元イギリス海軍士官トマス・コクラン率いる艦隊の支援もあり、チリは王党派の支配から解放され、同年に独立を宣言した。サン＝マルティンらは2年をかけてペルー侵攻を計画、1820年に実行した。南米北部ではカラカスなどベネズエラの都市部を奪取する戦役が数度失敗した後、シモン・ボリバルが1819年にサン＝マルティンのそれと似たような計画を立て、アンデス山脈を越えてヌエバ・グラナダを王党派から解放しようとした。サン＝マルティンと同じく、ボリバルも侵攻のための軍勢を編成、同地域から逃亡してきた独立派と連携したが、ベネズエラ議会の許可を得られずにいた。しかし、ボリバルはサン＝マルティンと違い、訓練の整った兵隊を有さず、ヤネロ、フランシスコ・デ・パウラ・サンタンデル率いる逃亡ヌエバ・グラナダ人、そしてイギリス軍団で構成される混成軍しかなかった。1819年6月から7月にかけて、ボリバルは雨季を掩護にして、浸水した平原を越え、寒いアンデス山脈の山道を通った。これにより、ボリバルはイギリス軍団の4分の1を失い、標高4,000メートル近くの山道を行軍する準備の整っていないヤネロの多くも失ったが、この賭けは成功した。ボリバルは8月にはボヤカの戦いでボゴタとその国庫を支配下に置き、モリーヨの厳しい再占領に不満を持っていたヌエバ・グラナダ人の多くからの支持も得た。いずれにしても、サンタンデルは「ゲーラ・ア・ムエルテ」継続の必要性を信じて、王党派士官38人を降伏したにもかかわらず処刑した。ボリバルはヌエバ・グラナダの資源をもってベネズエラの愛国派の指導者になり、両地域を統合して大コロンビアを建国した。