2002年（平成14年）3月、下請業者から起こされた民事訴訟の過程で、SSKが下請業者から出向者を受け入れたように見せかけて国の「中高年労働移動支援特別助成金」を不正に受給していたとの疑惑が浮上。当時の姫野有文社長はすぐに疑惑を全面否定したが、新たな疑惑が次々と報道されたため、否定会見から10日後の3月12日に一転して「会社ぐるみの不正だった」と認めた。4月には経営陣が一新された。その後もSSKが様々な補助金を不正受給していた疑惑が浮上し、長崎県警も強制捜査に着手。6月、訓練給付金をだまし取ったとして姫野前社長ら7人が詐欺容疑で逮捕された。一審では、姫野前社長らが99～00年度に512人分、計約3億7700万円を不正に受給したと認定され、有罪判決を受けた。一方、疑惑の発端となった中高年労働移動支援特別助成金の不正受給問題では、手続き上、給付申請したのが下請け業者であったため、被害者にあたる独立行政法人雇用・能力開発機構は2005年（平成17年）2月、下請け11社に総額約6億7000円の返還を求めて提訴した。下請け業者側は「姫野前社長の指示にやむなく従っただけ」としてSSKに補償を求めているが、2006年（平成18年）末段階で問題は解決していない。
佐世保市は基幹産業として佐世保重工業に大きく依存してきた。佐世保重工業の収益は佐世保市の歳入に大きく関わることから、後述する来島どっくによる再建策や原子力船「むつ」受け入れなどを行政主導で推進している。1959年（昭和34年）、佐世保市は初めて名誉市民表彰を行ったが、香港の海運会社「東方海外貨櫃航運公司」の董浩雲社長であった。長らく市制を執行した中田正輔や、佐世保市に縁がある代議士の北村徳太郎・山口喜久一郎を差し置いての授与である。昭和30年代序盤、倒産の危機にあった佐世保重工業に、董は大型貨物船「オリエンタル・ジャイアント」を発注した。オリエンタル・ジャイアントの受注によって、佐世保重工業は約束手形の発行を回避し、会社存続に成功した。この貢献により、佐世保市は董を最優先して名誉市民を授与したのである。佐世保市初の共学私立高校である西海学園高等学校は、1925年（大正14年）の創立以来、「造船科」を設置していた。創立者の菅沼周次郎海軍退役少将は、佐世保海軍工廠の工員を養成することも建学の目的としていた。西海学園造船科が歴史を終えるのは、来島どっく傘下となった1980年（昭和55年）である。佐世保重工業の雇用力は大きく、最盛期には通勤ルートのSSKバイパスが通勤者の車列で渋滞することもあった。近郊の人口も佐世保重工業の経営状態に大きく左右される。1958年（昭和33年）には市立琴平小学校の収容力が限界に達したため、市立御船小学校の新設が行われた。しかし、佐世保重工業の経営は悪化し、近郊の人口も減少に転じた。1994年（平成6年）、琴平小学校は閉校となり、御船小学校に統合されたうえ金比良小学校へと改名した。
交通事情を改善するため、交通インフラの整備を推進し、スムーズな流れによる交通渋滞の解消を提案した。さらに高速道路の建設を進め、主要都市間や港湾部との交通利便性の向上に寄与した。また、政府主導で植林活動を進め、2009年には市の森林被覆率は35%に達した。
インスタレーションアーティストの金知鉉が2009年に「BULLET MAN（弾丸マン）」として発表した作品である。2013年の平昌ビエンナーレに選出され、第1回江原道国際美術展覧会の後江原道文化財団が購入し、江原道平昌郡のアルペンシアリゾートに設置された。作者のキム・ジヒョン（金知鉉）は作品について「かっこいい体、富、名誉などへの人間の欲望を具体的なイメージ」「男性のたくましい体の頭を覆うヘルメットの形は見ての通り、滑らかな弾丸のイメージと男性器を二重にイメージ化したもの」と述べており、この作品の表すところは「『美化された暴力と欲望』に武装された『弱い人間の本性』」という「自分自身への批判」であり、人が自分の欲望を理解しないで生きているという現代の状況を考えれば、2018年平昌オリンピック時に日本で話題になった「モルゲッソヨ（知らない・判らない）」は、ある一面においては皮肉にも適切な作品名とも言えなくもないとしている。この像は2004年にアブグレイブ刑務所で発覚した捕虜虐待問題を題材とした作品が元となっていると推測する者もいるが、金知鉉は2001年の米国留学中に現場近くでアメリカ同時多発テロに遭遇してしまったときから、「なぜここにいるのか？人間とは何なのか？平和とは？」という問いかけが始まり、その経験が自作品の原点になっていると語っている。アルペンシアリゾートがメインプレスセンターとして使用された2018年平昌オリンピック開幕前、2018年2月7日の東京スポーツで「謎のオブジェ」として紹介され、男性器のように見えたことから注目を浴びた。東京スポーツの記者が、現地のボランティアスタッフに像のことを尋ねても「モルゲッソヨ（모르겠어요: 知らないです）」と答えたことが報道された。像の特徴として、三人の男性・全身銀色・全裸・男性器と弾丸をイメージしたヘルメットを被っていることが挙げられている。ユニークな特徴を持った姿に注目が集まり、SNSを中心にインターネットで拡散・共有されて、像自体がモルゲッソヨと呼ばれ話題になっている。TwitterやInstagramには像のCGやイラストが投稿されており、インターネット掲示板ではAAが作成されている。