コミック版に登場する日本武尊の最終形態。上記への改装後、カリブ海の米気象兵器防衛戦において魚雷数発を被雷したため、日本武尊は外殻を放棄し「蝉モード」となって内殻船のみで戦域を離脱。その後に行われた第三次改装によって生まれたのが、このネオ日本武尊である。船核部分はそのままで、外部パーツを取り付けた形ではあるが、艦影にはもはや水上艦時代の面影はなく、艦首は大幅に延長された。また、従来の整流シャッターでは電気的、速度的にR砲の性能を活かしきることができなかったため、砲のみを包む形状のリニアレール駆動の整流カバーに改められている。さらに、延長された艦首部分にはR砲の延長砲身や小型噴進弾発射機などを内蔵しており、この延長砲身と誘導砲弾を組み合わせることで「独フェルゼン級超戦艦の列車砲」に次ぐ超長射程での視程外誘導砲撃が可能となった（ただし、構造上艦首方向にしか撃てない）。
続編『新・旭日の艦隊』において、日本武尊は「Φ（ファイ）計画」により室蘭の秘密ドックで大改装され、海中戦艦 新日本武尊となった（公式にはカムチャッカ半島沖で戦没）。核融合機関による電磁推進方式で、完全な潜航能力を持つ。莫大な発電容量を生かし電子戦能力も上がっており、省力化も進んだため艦を動かすのに必要な人員も減った（それでも乗員は3,500人と大所帯である）。
OVAでは、一見するとコミック版と形状が同じに見えるが、注意して見ると成層圏高角砲の位置に口径不明の連装砲が装備され、両舷の連装高角砲は前世大和型と同じ防盾付12.7cm高角砲の外観となり、艦載機も気球機は登場せず、艦尾の高角砲群の合間にカタパルトが設置され、零式水上観測機を搭載していた。OVA12巻からは大幅なサイズ、デザインの変更が行われた。
2010年1月12日、ハイチ共和国にてマグニチュード7.0の地震が発生した。この地震によって150万人以上のハイチの人々がテントや屋外での生活を余儀なくされ、また地震によって22万人以上の人々が死亡した。ハイチにとってこの地震は200年以上ぶりの大規模地震となった。また地震は首都ポルトープランス近くを震源とする直下型地震で、首都は特に大きな被害に見舞われた。こういった地震の背景を受け、2010年2月2日、日本のヒップホップDJDJ YUTAKAがTwitterの自身のアカウントにて「ハイチの為に何かやらない?」と問いかけ、Zeebraが同意し、呼びかけを開始した。『Bmr』によると、このZeebraの呼びかけに対し、いとうせいこう、高木完、RYO the SKYWALKER、TARO SOUL、KEN THE 390、DJ KEN-BO、DJ CELORY、DJ TAMA、DJ SOULJAHらが賛同したという。
みめぐみゆたけき(He leadeth me! O blessed thought.「御恵み豊けき」)は米国及び日本で歌われるな賛美歌の一つである。アメリカ合衆国フィラデルフィアのバプテスト教会の牧師ジョセフ・H・ギルモア(1834-1918)が1862年に作詞した歌詞に、ウィリアム・ブラッドベリーが曲をつけたものが1864年にAughtonという曲名で発表した。この曲は翌年、ニューヨークのロチェスターにある第2バプテスト教会で1000人の少年少女合唱団によって歌われた。この演奏により公立学校(Public School)で音楽教育の必要性が認識され始めたと言われる。日本では1954年版の讃美歌では294番として収録されている。
1966年、東京大学大学院理学系研究科博士課程修了（理学博士）。論文の題は「Photoproduction of positive pions from carbon nuclei(炭素原子核からのπ[+]中間子の光生成)」。東京大学理学部、工学部を経て、1971年から高エネルギー物理学研究所（後の高エネルギー加速器研究機構の一部）で研究を行う。1990年から総合研究大学院大学数物科学研究科長。1994年から高エネルギー物理学研究所副所長。1997年から高エネルギー加速器研究機構物質構造科学研究所長。2003年から高エネルギー加速器科学研究奨励会理事長。2004年から高エネルギー加速器研究機構監事を兼務。2016年11月、瑞宝中綬章を受章。
座右の銘は「無理しない、楽しない」。尊敬する人物はディートリヒ・ボンヘッファー。SEALDs創設メンバーの奥田愛基は息子である。民主党の蓮舫の質問中に「そんなこと、どうでもいいじゃん」とやじを飛ばした自民党の安倍首相に対して、愛基が反安保関連法案集会の演説で「どうでもいいなら首相をやめろ。バカか、お前は」と言った時は、「それはいけない」とたしなめるメールをした。週刊新潮によれば、即位の礼の反対学習会に参加し「人間を超えた権威づくりによって、再び戦争の道を歩むことがないよう……」と、靖国信仰について「戦前の天皇への極端な信仰と同じ」とそれぞれ発言したとされる。ほか、日本バプテスト連盟の牧師らと共同執筆した『光は闇の中に輝いている』では、「天皇が『絶対的存在』から『象徴』へと表現を変えたとしても、天皇制が依然として民衆統合機能そのものであることが問題なのである」と批判したほか、2001年8月13日に小泉純一郎首相（当時）が靖国神社を参拝したことに対する全国集団訴訟では福岡山口原告団の一人に名を連ねたと書かれている。2015年9月28日、息子の愛基共々殺害予告を受けていたことを明らかにした。送られてきた手紙にはなぜ殺されるのか理由が書かれておらず、その一切の対話や言葉を拒絶する問答無用の姿勢に怖さを感じたのと同時に「ああこれが『特定秘密保護法』の時代なのか」とも思ったという。