その後1943年8月には「日本海軍船艇との連絡をさせないこと」を目的に、日本人移民および日系人ブラジル人はサントスなどの全ての大西洋沿岸都市から退去させられた上に、その多くはサンパウロ州の内陸部に設けられた強制収容所に一時的に収容された。このため、サントスに住む多くの日系人が職業を奪われた上に資産の凍結も行われ、自宅などの不動産を二束三文で手放すことを余儀なくされた。彼らはサンパウロ州内陸部の未開拓地に強制的に移住された。内陸部への強制移住は大戦が終結した間もなく後に解除されたものの、資産の没収、凍結の解除は、日本とブラジル間の国交が回復した後の1950年代まで続けて行なわれ、その際に解除を忘れられたままとなった没収資産の一部は、2000年代に至るまで返還されなかった。
国交断絶後にブラジル政府や日本人人口が多いサンパウロ州政府は、日本人に対して公共の場所での日本語の会話の禁止や移動の自由の制限、財産処分の禁止、日本人が多く集まる地域からの立ち退きなどを命じたほか、事実無根のスパイ容疑で多くの日本人を逮捕した。なお、日系ブラジル人及び日本人移民人数が多いこともあり、アメリカに強制連行させるような要求こそなかったが、一部の日本人移民は1942年7月に運行された戦時交換船で帰国させられた。
親米派で、しかも戦前から日本人学校の閉鎖や全ての日本語新聞の発行停止処分などの、日系ブラジル人及び日本人移民に対する同化政策を進めていたジェトゥリオ・ドルネレス・ヴァルガス大統領の政権下にあったブラジルは、日英米間の開戦後も中立を保っていた。しかし1942年1月28日に、アメリカの圧力により日本を含む枢軸諸国と国交断絶させられた。なお、国交こそ断絶したものの、ブラジルによる日本への宣戦布告は長く行われず、1945年6月6日になりようやく宣戦布告した。
なお、在留日本人および日系人に対する戦争時の強制収容は他の連合国でも行われたが、直接日本と交戦状態に置かれるか置かれないか、または日本人および日系人の数が多いか少ないか、または日本との間に開戦した時期によってその対応はまちまちであった。
写真家アンセル・アダムスが1943年にマンザナー収容所で日系人の収容所生活の様子などを撮影した写真と随筆集「Born Free and Equal」が、アメリカ議会図書館に収容されている。
2006年に、アメリカ上下両院はマイク・ホンダ議員等の日系議員が中心になって提案した、カリフォルニア州やアリゾナ州、ユタ州の砂漠の中などに点在する日系人の強制収容所を国立公園局によって「アメリカの歴史にとって重要な史跡」として保存する法案を可決した。
またアメリカ政府は、日系ペルー人に対しては戦争終結後はアメリカから強制退去させたが、ペルー政府による入国拒否により、多くの日系ペルー人が含まれるにもかかわらず900人が日本に送還させられた。それ以外の者はアメリカ国内で仮釈放され、その後アメリカ政府に対して強制退去に対する異議申し立てを行ってアメリカに残留し、1952年にアメリカの市民権を獲得した。その後、1999年にアメリカのビル・クリントン大統領は、正式にアメリカ国内の強制収容所に収容されていた日系ペルー人に対して謝罪し、原告一人当たり5,000ドルの賠償金と謝罪の手紙を出した。また、2011年にペルーのアラン・ガルシア大統領は、日系ペルー人が拘束、財産を没収しアメリカの強制収容所に送り込まれた事を会見で正式に謝罪した。
しかし上記のように仕事や家、その他の財産のほとんどを放棄させられ長年に亘って強制収容された日系アメリカ人及び日本人移民が、元通りの社会的立場に社会復帰することは容易ではなかった。その後も日系アメリカ人は、アメリカ国民であるにもかかわらず、旧敵国である日本にルーツを持つということだけを根拠に1952年6月に行われたマッカラン・ウォルター移民帰化法の施行までの長きの間、母国であるアメリカの市民権さえも剥奪された（なおドイツ系アメリカ人やイタリア系アメリカ人はこの様な仕打ちを受けることはなかった）。その上に、日本との戦争によって、今までにも増して酷い人種差別にさらされることとなった日系アメリカ人及び日本人移民の多くは、その後長い間「二級市民」としての立場に耐え忍ぶことを余儀なくされ、その結果多くの日本人移民が生まれ故郷の日本に戻ることとなった。
暴力団・川田組組長の川田大造が、札幌・定山渓温泉での殺人事件の容疑者として逮捕された。しかし、十分な証拠が揃わないまま、勾留期限が余すところ24時間となってしまう。おまけに札幌地方裁判所長は勾留期限の延長を却下した。有罪の決め手となる証人は、川田の舎弟である三浦功だが、殺人事件の直後に失踪してしまった。折りしもその後、十津川警部の元に、三浦から保護してほしいと連絡が入る。組長を助けるべく、川田組の組員達が三浦を殺害しようと企んでいたのだ。十津川は三浦を警視庁に連行する途中で、尾行する影に気づく。このままでは川田は釈放され、高飛びしてしまう。事件の証人である三浦は、遊ばせておけば間違いなく殺害されるだろう。十津川は三浦を札幌へ行かせる決断をしたが、その日は航空ストで、空の便は一本も飛んでいなかった! 航空自衛隊に協力を依頼する事は極力避けたい。捜査一課・十津川班は、東北新幹線・L特急・青函連絡船を使った大掛かりな護送ルートを、ダミーの経路を含めて何本か計画した。札幌への最終到着予定時刻は23時25分。一方、川田組の幹部らは、顧問弁護士の佐伯雄一郎を中心として、三浦の札幌行きを阻止すべく行動を開始した。追う側と追われる側が逆転した、緊迫の追跡劇が始まる。