多くは毎時54分または55分など、短い時間帯に数分間放送される。天気予報やスポットニュース、暮らしの情報が中心。2つの1時間程度の番組の間に挿入されるケースが多いことから、隙間番組（すきまばんぐみ）とも呼ばれる。ラジオ全盛期の1950年代には15分・30分単位で番組が編成されることが多かったことから、放送時間15分以下のものがミニ番組と呼ばれている。またこの名残からラジオではいまだにミニ番組が多数放送されており、放送時間が流動的なフロート番組や、ワイド番組の一コーナーのような番組も存在する。ビデオリサーチ社の週刊視聴率ランキング や「テレビ視聴率季報」は15分以上の番組に限られるため、このような番組はその掲載対象外となる。民間放送では一社提供となる番組が多く、タイムCMが適用されるため放送局側には貴重な収入源となる側面もある。スポンサーにとっても、長時間の番組に提供するよりも割安で、番組内容も企業イメージに直接結び付けやすい。CM枠（ステーションブレイク）を増やす目的もあり、一定数の枠が確保されてきたが、近年はゴールデンタイムを中心に、視聴率確保の目的でフライングスタートや、ステーションブレイクを放送しないケースも増えており、その余波でミニ番組もゆるやかに減少の傾向にある。大きな事件や災害などが発生した場合は、番組を休止しニュースに切り替えることがある。また、普段の編成と異なり長時間の特番が放送される場合は、基本的に放送時間を数時間単位で変更するか、放送枠が確保できずに休止となるかのどちらかとなる。全国ネットとなるケースは少数派で、多くはローカル編成となっている。なおNHKは広告放送がないので、かえって手間がかかり増やす意義はあまりないが、長時間番組のPR番組を中心に、インターミッションとして挿入されている。
2011年より2013年まで雑誌『Cocohana』（集英社）にて小沢真理の作画で連載された。単行本は2014年3月25日発売。ISBN 978-4087827767
番組内では概ね、岡村がフリートークの主導とネタハガキ読み、矢部は聞き役及びリアルタイムで届くメールや提供クレジット・各種告知文の読み上げといったように、役割分担がある。放送開始から現在に至るまでこれらの分担に関しては様々な試行錯誤され現在のような形が出来上がった。矢部が告知や提供クレジットの読み上げなどを上手くまとめることに嫉妬した岡村が何度か挑戦を試みるも、緊張して上手く喋れないまたは大事な部分で失敗するなどから、結局矢部の方が向いていると納得して現在の形に収まっている。これに対して、ネタハガキに関しては、矢部も過去に読んでいたこともあったが、岡村の面白おかしくネタハガキを読むテクニックや、必ずしも似てはいないが秀逸にデフォルメされた物まねキャラクターを作るセンスを矢部自身が認め、それを面白いと納得して楽しんでいることから、岡村にこれらを任せている。ネタハガキを投稿してくるハガキ職人はこういう部分も考慮してネタに盛り込んでくる場合があり、また、細かい音楽の指示や、「この人の物まねでお願いします」と指示を出してくることも多い。岡村は、このような面白くしようと努力する職人の気持ちに応え、事前に物まねの練習をしたり、ネタのシチュエーションや構成が適切でない場合に訂正・脚色を行ったりしている。これらの作業を番組放送開始前の限られた時間の中でこなし結果を出す岡村の笑いにストイックな部分を、矢部も信頼している。役割分担に関しては岡村の方の仕事量が多いため、一時期ケンカになることもあった。番組初期からこの役割は変化せず、1997年に出版された「オールナイトニッポン大百科」で番組の取材した記事が掲載されており、机の上に岡村を囲むようにつまれたハガキとは別に写真週刊誌やスポーツ新聞に目を通す矢部と両極端な写真が掲載されている。2010年に発売された「小栗旬のオールナイトニッポン」のムック本の「旬刊小栗」の付録に収録された岡村と小栗旬との対談が納められたCDでは、ナインティナインのANN開始前の打ち合わせをしている場所にプライベートで仲のいい岡村へ挨拶訪れた小栗が、会議室のピリピリした空気に驚き、「自分のやっていたオールナイトでは時間が来るまで雑談でだらだらとしていたが、この2人の出す何とも言えない空気に耐え切れずすぐに帰ってしまった」と語っている。岡村いわく、ハガキ選びに集中しているため小栗にかまっていられない状態で申し訳なかったと謝罪している。小栗は普段、岡村とよく酒を一緒に飲みに行く間柄で自分には見せない仕事中の岡村を見た感想を「昼間のパパの仕事をしている場所を見ちゃった、みたいな」と裏側を目撃した感想を述べている。小栗以外にも番組開始前の2人に挨拶にいった人たちは、小栗と同様にナインティナインの番組では見せない部分に驚くという。これらの作業をこなしハガキを書いてくる職人の苦労と労力を2人はありがたく感じ、感謝しており、番組に来たゲストが出演時間をオーバーした場合にたとえ先輩であろうとも「ハガキ読まなアカンから早く帰って」と言ったり話の腰を折ったりして、ネタハガキの時間を優先させる努力をしている。それでも消化できなかったネタハガキが出てしまうこともあり、スペシャルウイークで、あえてゲストを呼ばずに「ハガキ倍増スペシャル」と題して年に数回、感謝の意味をこめてハガキを読みまくるという枠を設けている。これらに関して2人は照れくさい部分もあり、あまりこのことをくどくど説明をせず職人いじりでおちゃらけるイメージが定着していたが、16年という長期にわたる放送で新しく聞き始めるリスナーには説明不十分であったため、ネタハガキを数枚読まれたことのあるリスナーから「ハガキ職人に対するねぎらいの言葉もなく、矢部さんの宛先読みも機械的だ」と言われ、破門騒ぎに発展してしまうハプニングもあった。矢部の不調などの理由で岡村がそれらを代読するというイレギュラーな事態も稀に起こる。2007年8月16日放送では矢部が喉（声）に不調を来たしたために実際にそのような事態となったが、岡村はここぞとばかりにこれをいじり、笑いに転じた。変則的な雰囲気とそのしゃがれ声を面白がったリスナーによる矢部への物真似リクエストのメールが殺到した結果、岡村によってメールが通常よりも多く読まれるという珍事も起きた。このような矢部にアクシデントが起こった場合や、矢部が珍発言をした場合には、岡村とリスナーとが一緒になって「矢部いじり」をすることがお約束となっている。