シチリア及びイタリア南部は、1194年にオートヴィル家の男子が絶えると、神聖ローマ皇帝ハインリヒ6世の支配下に入り、以後ホーエンシュタウフェン家が統治していた。特にハインリヒ6世の息子であるフリードリヒ2世の治世下では繁栄を極めた。フリードリヒ2世はたびたびローマ教皇と対立し、それは息子達の代になっても続いた。そこでローマ教皇は自己の政策に合う者をシチリア国王にしようと画策し、フランス国王ルイ9世の弟であるシャルル・ダンジューがその地位に封じられた。野心家のシャルルはこれを承諾し、1266年にフリードリヒ2世の庶子であるシチリア王マンフレーディをベネヴェントの戦いで敗死させてカルロ1世として即位する。これがアンジュー朝の始まりである。そして1268年、マンフレーディの甥で神聖ローマ皇帝コンラート4世の息子であるコッラディーノをタリアコッツォの戦いで捕らえ処刑することにより、ホーエンシュタウフェン家を完全に滅亡させた。シャルルはナポリに宮廷を置き、フランス人を官僚に登用して支配体制を固めた。シャルルの野望は地中海に一大帝国を築くことであった。そのために、アカイア公国やパレオロゴス家に追われたラテン皇帝家と縁組を行うことでその継承権を、更にはエルサレム王国の王位も手に入れた。シャルルは野望実現への第一歩として東ローマ帝国への遠征準備を着々と進めていた。
シチリア王ルッジェーロ2世統治下のノルマン人のシチリア王国はその多民族的性質と宗教的寛容によって特徴付けられる。ノルマン人、ユダヤ人、ムスリム・アラブ人、ビザンツ・ギリシア人、「ランゴバルド人」（ロンバルディア人）、そして古くからのシチリア人が調和的な関係の中で生活していた。アラビア語は政府と行政の言語としてノルマン人の支配が始まった後も少なくとも1世紀は使用され続けていた。その痕跡はシチリアの言語に残されており、また今日のマルタの言語にはよりはっきりと残されている。ムスリムたちは小売業や製造業といった産業における支配的地位を維持しており、同時にムスリムの芸術と専門的知識は政府と行政において強く求められていた。しかしながら、シチリア島のムスリムは自発的な退去かキリスト教徒支配への服従という選択を迫られた。多くのムスリムが、可能ならば島を去ることを選択した。アブラフィアによれば、「シチリア島のキリスト教化は、逆説的にではあるが、その文化が脅威に晒されていた人々によって〔つまりムスリム自身がそこを去ることによって〕為されたものでもあった」。そしてまた、ムスリムたちは徐々にキリスト教に改宗していった。ノルマン人たちは正教会の聖職者をカトリックの聖職者に置き換えた。アラビア語を話すキリスト教徒たちが存在するにもかかわらず、ムスリムの農民たちはギリシアの教会に惹きつけられ、洗礼を受けギリシア語のキリスト教徒名を採用しさえした。モンレアーレで登録されていたギリシア語名を持つキリスト教徒の農奴が、ムスリムの両親と暮らしていた例が複数ある。ノルマン人の支配者たちはシチリアに、北西部および南部イタリアから、そして一部はフランス南東部から、数千人のイタリア人入植者を連れてくることによって、この地で着実なラテン化を継続した。今日に至るまで、シチリア中央部にはガロ・イタリック方言を話すコミュニティが存在している。ムスリムに対するポグロムは1169年代に始まった。シチリア島のムスリムとキリスト教徒のコミュニティはますます地理的に分離していた。島内のムスリムコミュニティはキリスト教徒地域である北部および東半部から、南部と西半部を分ける内部の境界線によって概ね孤立していた。臣民であるシチリアのムスリムは、キリスト教徒の主人、つまるところは王室の慈悲に依存していた。グリエルモ2世が1189年に死亡した後、この王室の庇護は失われ、島内のムスリムに対する広範な攻撃が開始された。これは長きにわたるあらゆる共存への希望を破壊したが、両者それぞれの人口は不均衡であったかもしれない。ハインリヒ6世とその妻コンスタンツァの死と、1年後のペストの流行は政治的混乱を引き起こした。王室の庇護を失ったのに加え、未だ幼児でローマ教皇庇護下のシチリア王となったフリードリヒ2世（フェデリーコ2世）の下で、シチリアは対立するドイツ諸侯と教皇の軍勢の戦場となった。島内のムスリム反乱者はマークワード・フォン・アンヴァイラーのようなドイツの諸侯の側にたった。これに対し、教皇インノケンティウス3世はマークワードがシチリア島のサラセン人と軽蔑すべき同盟を結んだと主張し、彼に対する十字軍を宣言した。しかしその一方で、1206年にはインノケンティウス3世はムスリムの指導者たちにシチリア王室への忠誠を維持させることを試みた。この時までにムスリムの反乱は本格的なものとなっていた。彼らはイアート（Jato）、エンテッラ（Entella）、プラターニ（Platani）、チェルソ（Celso）、カラトラージ（Calatrasi）、コルリオーネ（Corleone、1208年占領）、グアスタネッラ（Guastanella）、そしてチーニジ（Cinisi）を支配下に置き、反乱はシチリア西部全域に拡大した。この反乱はムハンマド・ブン・アッバード（Muhammad Ibn Abbād）に率いられていた。彼は自身を信徒たちの長（アミールル・ムーミニーン、amir al-mu'minin）と称し、コインに打刻していた。そしてイスラーム世界の他の地域のムスリムの支援を得ようと試みた。だが、フリードリヒ2世はもはや子供ではなく、1221年にムスリムの反徒たちに対する一連の遠征を開始した。ホーエンシュタウフェン朝の軍隊はイアート、エンテッラ、そしてその他の要塞の防衛軍を根絶やしにした。1223年、フリードリヒ2世とキリスト教徒たちはアプーリアのルチェラへの最初のムスリム追放を開始した。1年後、マルタ島とジェルバ島に出兵が行われた。これは王の支配を及ぼし、その地のムスリムが反徒たちを支援するのを防ぐためのものであった。逆説的ではあるが、サラセン人の射手はこの当時からのキリスト教徒軍隊の一般的な構成要素の1つであった。ホーエンシュタウフェン家とその後継者たち（アンジュー＝シチリア家とアラゴンのバルセロナ家）は2世紀の間、徐々にシチリアを「ラテン化」した。そしてその社会的プロセスは（ビザンツとは対照的に）ラテン・カトリック導入のための下地を築いた。ラテン化プロセスは主にローマ教会とその典礼によって推し進められた。シチリアにおけるイスラーム消滅は1240年代にルチェラへの最後の追放が行われ、完了した。1282年のシチリアの晩祷の時までに、シチリア島にはムスリムはいなくなっており、その社会は完全にラテン化されていた。