1686年、エドマンド・アンドロス卿がニューイングランド自治領の総督になった。アンドロスはその任務が1662年の勅許に優先されるものと主張した。まずコネチカットがこれを無視した。しかし、1687年10月遅くアンドロスは陸軍と海軍の支援を得てコネチカットに到着した。コネチカットの知事ロバート・トリートは選択の余地が無いように思ったが議会を招集した。アンドロスは知事に会い、10月31日夕には議会に出席した。アンドロスは議会の勤勉さとその政治を誉めたが、そこで彼に与えられた命令書を読み上げ、コネチカットの勅許を取り上げるとした。議員たちは勅許状をテーブルの上に置くと一斉にローソクを吹き消した。灯りが戻ったとき勅許状は無くなっていた。この伝説によれば、勅許状は「勅許のオーク」に隠されたと言われている。アンドロスはニューイングランドの新しい議会の委員会に4名の委員を指名し、その首都をボストンに定めた。アンドロスはニューヨークとマサチューセッツを自治領の重要な地域と見ていたので、コネチカットはほとんど無視していた。コネチカットも要求された税金をボストンに送ること以外、ほとんど新しい政府を無視していた。名誉革命が起こりウィリアム3世とメアリー2世が王位に就いたという報せが来ると、ボストン市民はアンドロスを追放した。コネチカット議会が招集され、1689年5月9日に投票を行って勅許を再確認した。その後ロバート・トリートを知事に再選し、その任期は毎年更新されながら1698年まで続いた。
渓谷沿いの町々は戦争に臨んで共通の政府を創った。1639年、政府の資源と形態を文書で定めるときに前例のないような方法を採った。個人の権利を列挙し、自由人が政府の権威のための唯一の資源であるとした。この新しい体制で植民地は急速に人口を増やし拡張した。1662年4月22日、コネチカット植民地は王室からの勅許取得に成功し、基本条例で創設された自治政府を認められた。大きな変化と言えば、その領域を南はロングアイランド・サウンド、西は太平洋と定められたことであり、この勅許はニューネーデルラントと競合することになった。1638年以降、ニューヘイブン植民地は川沿いの独立した開拓地であったが、これについても勅許で別の問題が生じた。忌み嫌われたカトリック教徒のヨーク公が管轄するニューヨーク植民地の政府がすでにロングアイランドの植民地を確保していた。1665年1月までに、ニューヨークが折れて出て、ニューヘイブンから議会に代議員を送ってきた。厳しく残酷なピクォート戦争以後、インディアンの脅威はしばらく無かった。フィリップ王戦争 (1675-1676)はコネチカットにとってまた新しい戦いであった。この戦争は主にマサチューセッツで起こったが、コネチカットは兵士と物資を送った。この結果コネチカットでは先住民の恐れがほとんど無くなってしまった。
ピクォート戦争はニューイングランドで初めての先住民族と開拓者の本格的武装闘争になった。ピクォート族は疫病で打撃をうけ、交易に関しても圧力が掛かっていたので、渓谷を支配する民族として立場を守ろうとした。この地域の開拓者を巻き込む事件が始まった。1635年とその次の春にピクォート族がウェザーズフィールドを襲ったことをきっかけに、3つの開拓地が団結した。300名のピクォート族男女、子供が家を焼き払われ、追撃され虐殺された。1637年5月1日、各開拓地の者たちはハートフォードの集会所で開催された最初の議会に代表者を送った。これがコネチカットにおける自治の始まりであった。ウィンザーのジョン・メイソンの下に新たに民兵隊を組織しピクォート族に対する宣戦を布告した。戦争が終わったとき、ピクォート族はほとんど壊滅した。1638年のハートフォード条約で他のインディアン種族と合意してピクォート族の土地は植民地のものになった。
チャールズ・バーン（Charles Byrne, 1761年 - 1783年6月1日）は、1780年代のロンドンで大衆の注目を集めたアイルランド出身の巨人症の人物である。チャールズ・オブライエンや「アイルランドの巨人」という別名でも知られていた。彼の正確な身長は推測の域を出ないが、大多数の記述が8フィート2インチ（2.48メートル）から8フィート4インチ（2.54メートル）の身長であったと言及している。21歳のとき故郷のアイルランドを離れ、成功を夢見てロンドンへ旅立った。バーンはコックスズ・ミュージアムという見世物小屋に職を見つけた。この見世物小屋はP・T・バーナムのバーナムズ・アメリカン・ミュージアム(en:Barnum's American Museum)とよく似た形式ものであった。彼は、スプリング・ガーデンの入り口にある特別あつらえの家具を備えつけた瀟洒なアパートへと引っ越した。ロンドンに到着するやいなや、彼はすぐさま街の人気者となった。1782年5月6日の新聞記事には次のように書かれている。「どんなにすごく珍しかろうが、ほとんどの場合大衆の興味をひきつけることはなかなか困難である。しかし、この現代の生ける彫刻、驚くべきアイルランドの巨人の場合は違う」ロンドン市民の興味が他に移ると、富と名声はすぐにバーンから去っていった。そして、彼は過度の飲酒を行うようになった。当時の新聞によると、ポケットに全財産の700ポンドをいれ、飲み歩いていたという。悲嘆にくれた彼は酒で悲しみを紛らわそうとし、1783年6月、22歳の若さでチャリング・クロスのコックスパーストリートにある安アパートで死んだ。解剖学者でもあった外科医たちに自分の死体を切り刻まれてしまうのではないかと恐れたバーンは、死の床で友人たちに彼の亡骸を海に葬るように依頼したと噂されていた。バーンの希望に反して、彼の亡骸は500ポンドでジョン・ハンターが入手し、7フィート7インチの骨格標本としてロンドンにある王立外科医師会のハンテリアン博物館に現在収蔵されている。彼の死についてある雑誌の伝えるところによれば、「ロンドン中の外科医が貧しい死んだアイルランド人を要求して、さながら漁師が巨大な鯨を狙うようにバーンのアパートの周りを取り囲んだ」とされる。作家のヒラリー・マンテルは、"The Giant, O'Brian"でバーンの生涯を小説に著した。小説のプロットは、科学における革命的な発展と迷信的な旧来の方法との間の抗争に焦点を置いている。オブライエン（バーン）は伝説の王様や妖精の物語を信じているような人物として書かれ、その対極にジョン・ハンターは科学時代の夜明けであり、旧来の伝統をすべて破壊する人物として書かれている。この本の中で、オブライエン（バーン）がもう一人のアイルランドの巨人、身長8フィート7インチと称されたコークのパトリック・コッター・オブライエンと親戚関係にあったことが指摘されている。ただし、1972年に行われた彼の遺体の発掘によって、実際は8フィート1インチであったことがわかっている。また、ナイプ・ブラザーズとして知られていた身長7フィート2インチの別の2人のアイルランドの巨人との親戚関係についても言及している。この兄弟は歴史上もっとも背の高い双子としてギネスブックに認定されている。