上述のとおり、指定都市は各分野につき、完全に独立した行政を担当できるまでの事務移譲を受けるわけではなく、農林行政、防災行政については、ほとんど授権がない。一方で、都道府県と指定都市との間では、一部につき共通する行政を担当することから、両者の間での二重規制、二重行政に陥る可能性が指摘されることがある。法令上、指定都市は、一部の特例措置を除いては、一般の市町村と同列の制度の適用を受けるため、都道府県が市町村の行政を審査する行政不服審査制度に関する事項など、両者の関係についてあいまいな部分もある。新たな法令を制定することを通じ、都道府県に指定都市に対する勧告権を付与し、指定都市内の行政に関する関与権限を弱める案などが提唱される。
移行に起因する事務移譲により、指定都市に新たに発生する財政需要額は、概ね5,600億円程度とされる。これに対し、税制上の措置として指定都市に図られる増収対策の半分以上は、道路の管理に関する予算（道路特定財源の一部を増額交付するもの）で、それ以外の特例事務との純計で、おおむね3,000億円程度、税制上の措置が不十分であるとされる。指定都市制度には、都道府県側から指定都市側に対して交付金を交付する制度があるものの、行政上の負担割合の変更に伴い、逆に減収となる項目も存在する。このため、負担事務の増加に見合った増収を十分担保する措置が、必ずしも確保されるわけではない。こうした経緯から、新規に指定都市へ移行する市の場合、移行と行政改革がセットで語られることがある。とくに平成の大合併期に、スケールメリットを期待した合併を経て誕生した指定都市では、移行に併せて地方債の繰上償還、これまで一般市町村として担当した行政分野での職員定員削減などが行われる。
地方教育行政の組織及び運営に関する法律には、指定都市に関する特例が定められている。指定都市の県費負担教職員の任免、給与の決定、休職及び懲戒に関する事務、並びに研修は、当該指定都市の教育委員会が行う。
指定都市は、“市長の権限に属する事務を分掌させるため、条例で、その区域を分けて区を設け、区の事務所又は必要があると認めるときはその出張所を置く”ものとされている（第252条の20第1項）。この区は「行政区」と通称される。区の事務所、通称「区役所」の長は、当該指定都市の職員の中から市長が任命するのが通例である（各市の行政組織によるが、一般的に局長クラスまたは部長クラスの役職）。指定都市は、必要と認めるときは、条例で、区ごとに区地域協議会を置くことができ、その場合、その区域内に地域自治区が設けられる区には、区地域協議会を設けないことができる（第252条の20第6項）。区役所にどの程度の業務を担わせるかは、指定都市によって幅がある。戸籍、住民基本台帳、租税の賦課、国民健康保険、国民年金、福祉などの日常的・定型的な窓口業務のみを担当させる「小区役所制」（大阪市、名古屋市、京都市など）もあれば、保健、土木、建築などの業務を幅広く行う「大区役所制」（川崎市、広島市、仙台市など）もある。
地方自治法第2編「普通地方公共団体」第12章「大都市等に関する特例」では、政令指定都市、中核市、特例市それぞれに関する特例制度が規定されている。特例により持ちうる権能は、指定都市が最も広い。三者いずれに関しても、権能の範囲など特例の具体的な定めは、ほぼ政令に委ねられており、対応する規定が地方自治法施行令第2編第8章にある。
大阪・日本橋にあるでんでんタウンの老舗電気店「中川無線電機」（通称：中川ムセン、現在はでんでんタウンから撤退、三重県にある有限会社中川無線とは無関係）が、経営悪化からキョウデン傘下となったことを受け、2001年11月に中川ムセン日本橋本店を新たな店舗ブランド「ナカヌキヤ」に変更。従来の家電量販店の枠を超え、粗利の低い家電製品からより粗利率の高い化粧品や雑貨・衣料品などに主軸を置いた店舗としてリニューアルした。同店の一階には中川ムセン時代の末期より同じくSHOP99が入居し、家電を買ったポイントで食品が買える店ということで一部マスコミにも取り上げられた。名前は中（中間マージン）を抜いて安く商品を販売することに由来している。以降順次、他店舗の中川ムセンもナカヌキヤに変更していった。2002年には、当時同じくキョウデン傘下だった長崎屋とFC契約を結び、渋谷店と平塚店を出店し関東に進出（のちに撤退）。また中国・四国地方にも出店した。しかし経営状態は好転せず創業地のでんでんタウンから撤退、最盛期に30店舗以上合った店舗を9店舗にまで削減など大規模な事業縮小を行うがそれでも改善が見られないため、2005年7月に中川無線電機株式会社はキャラクター商品の企画・製造・販売を行うエスケイジャパンにナカヌキヤ8店舗を売却し、新会社「株式会社ナカヌキヤ」を設立。売却されなかったワンダーグー1店舗は閉鎖。エスケイジャパングループ傘下以降はしばらく「ナカヌキヤ」のストアブランドで店舗を拡大したが失敗。2008年2月末をもって、業績の悪化を理由に家電販売から撤退。家電製品を扱っていた店舗のほとんどを同年2月中に閉鎖した。また、エスケイジャパンの小売り部門としてSALAD BOWLやMELTING POTといった別ブランドによる店舗も運営していた。店舗部門を手放した中川無線電機株式会社は2005年8月に社名をシグマ・ゲイン株式会社に改称。東北の地方スーパーサンマリを買収する（後に売却）し、投資・不動産会社に生まれ変わった。その後も業績は低迷し、2009年に4月に上場を廃止した。2010年9月にユートピアキャピタルに商号変更し、以後の動向は不明である。その後、数店舗で経営を続けていたが、2012年10月に会社を清算する旨を発表。2013年2月末をもって株式会社ナカヌキヤは清算した。清算決定時点で営業していたのは、大阪・広島・愛媛の3店舗であり、松山の店舗を除き全て閉店している。なお同社が運営していた通信販売サイトは親会社のエスケイジャパンに引き継がれ、運営が継続されている。