左側面に位置しルチェッライ家の礼拝堂と対を成すのはマントヴァのストロッツィ家（15世紀にマントヴァに追放されたストロッツィ家の傍系）の礼拝堂である。フレスコ画装飾は1350年～1357年に遡る。
続く礼拝堂は、ミケランジェロの弟子、建築家ジョヴァンニ・アントニオ・ドシオ（1533－1611年）の設計によるガッディ家礼拝堂である(1570－1577年）。当時ローマで用いられていた建築様式である、大理石と準貴石を組み合わせたフィレンツェで最初の礼拝堂として同時代人から称賛された。ここにはブロンズィーノとその弟子アレッサンドロ・アッローリによる絵画作品とフレスコ画が見られる。
主礼拝堂の左隣に位置するのは、建築家ジュリアーノ・ダ・サンガッロの意匠になるゴンディ家礼拝堂である（1503年）。ここには、大聖堂の丸屋根を建設したことで名高い建築家フィリッポ・ブルネッレスキによる唯一現存する木彫作品である≪キリスト磔刑≫が設置されている。ヴァザーリの伝えるところでは、ブルネッレスキは、ドナテッロの≪キリスト磔刑≫（サンタ・クローチェ教会蔵）に対抗してこの作品を制作したのだという。
右側面に位置する礼拝堂は、ルチェッライ家の礼拝堂であり、造営は14世紀に遡る。かつてこの場所には、現在ウフィッツィ美術館に展示されているドゥッチョ・ディ・ブオニンセーニャの≪ルチェッライ家の聖母≫が設置されていた。
続く礼拝堂はバルディ家の礼拝堂であり、大聖グレゴリウスに捧げられている。祭壇画はジョルジョ・ヴァザーリ作≪ロザリオの聖母≫（1568年）である。
1933年、日本共産党中央委員会は特高警察による捜査によって壊滅的打撃を受けていたが、検挙をまぬがれた幹部で党中央を再建した。当時、共産党はスパイを摘発する目的で、波多然・大沢武男といった党員に対して「査問」と称するリンチを行っていた。宮本によると、スパイを行った場合には、共産党規約により査問を受けることが予め承諾されていたという。印刷局副主任であった荻野増治も査問にかけられ監禁されていたが、このままでは殺されると考え、逃走した。12月20日の深夜、荻野増治は警視庁特別高等警察課に出頭、保護された。荻野の供述により、宮本らのアジトが割り出されることとなる。12月23日、宮本らは小畑・大泉の両名を会合を開くと称して呼び出し、そのまま「査問」にはいった。翌12月24日付の『赤旗』（現『しんぶん赤旗』）には「中央委員小畑達夫、大泉兼蔵の両名は、党撹乱者として除名し、党規に基づき極刑をもって断罪する。」との党中央の声明が掲載された。警視庁は、この「極刑」という表現に注目、荻野と同様のリンチが両名に加えられ、場合によっては殺害されている可能性があるということで、捜査を開始した。逸見重雄の供述によると、彼らに加えられた暴力行為は以下のようなものであったとされる。まず最初に大泉に対して棍棒で殴打するなどのリンチを加え気絶させた。その後小畑を引きずり出し、キリで股を突き刺したり、濃硫酸をかけるなどの凄惨な拷問を加えた。最後に薪割で小畑の頭部に一撃を加えた。そして大泉を引き出して小畑同様のリンチを加えた。大泉はこの拷問に耐え切れず気絶したが、宮本らは死亡したものと早合点しそのまま引き上げた。大泉はまもなく蘇生した。この頃小畑が死亡する。裁判では小畑の死因は外傷性ショックであるとされた。小畑の死体はアジトの床下に隠された。一方、宮本らは大泉のハウスキーパーであった熊沢光子に対しても「査問」を行った。熊沢が「本当に大泉がスパイなら一緒に殺してくれ」と言ったところ、宮本らも良心が咎めたのか、直接手を下そうとはしなかった。以後大泉と彼女とは20日間にわたって監禁されることになった。その間、12月26日に宮本は逮捕された。宮本は黙秘し、査問に関する供述は行わなかった。大泉と熊沢の二人は“自殺”を強要され、1934年1月14日が「執行日」となった。前日の13日は最後の晩餐ということで、特別に和菓子が振舞われ、「思想的に行き詰まったので自殺する」旨の“遺書”を書かされた。ところが、翌1月15日になって警察の気配を感じたため「執行」は延期され、彼らは目黒区にある別のアジトに移された。そのアジトで、大泉は監視人に対して最後の抵抗を試みた。監視人は思わぬ反撃に逆上し大泉に拳銃を突きつけた。ちょうどその頃、警視庁麻布鳥居坂警察署（現麻布警察署）の巡査が勤務を終え、目黒区の自宅に戻ったところ、近所の住人から「助けてくれえ!」という叫び声を聞いたとの話を聞き、現地に直行したところ、大泉が射殺されようとしている現場を目撃した。巡査は直ちに現場に踏み込み、拳銃を持っていた共産党員の女を逮捕した。大泉の供述により、小畑達夫の遺体が発見された。事件後、1月17日の『赤旗』には「鉄拳で奴等を戦慄せしめよ」という表題の記事が掲載された。「日本プロレタリアート党の前衛我が日本共産党の破壊を企む支配階級の手先、最も憎むべき、党内に巣喰ふスパイが摘発された。我々一同は、スパイ大泉、小畑両名を、死刑に價することを認め、彼等を大衆的に断罪することを要求する。」という内容であった。1935年（昭和10年）3月4日、この頃、袴田は、宮本などの幹部が次々逮捕される中で、唯一獄外にいた共産党最後の中央委員であったが、本郷での全協との街頭連絡の最中、逮捕される。この逮捕を報道した新聞は最後の大物と称した。