常磐快速線と阪和線で問題になった。これは103系単独の問題ではなく、運用上、阪和線では113系、常磐快速線では401・403・415系と並行ダイヤを組むことになったためである。加減速度が高く中間加速度で劣る103系と各近郊型電車とで並行ダイヤを組んだため、どちらの特性もスポイルした。更に常磐快速線では485系（後に651系も加わる）特急もそのダイヤの中に入りこんだため、ダイヤカットに苦労することになる。このため、東京鉄道管理局では1972年（昭和47年）の中央・総武緩行線分離後に首都圏の101系を常磐線に集結させ、上野～取手間の快速電車と取手以北へ行く中距離列車の加減速特性を近づけ、同時に松戸電車区の103系0番代を常磐快速線より平均駅間の狭い線区に転出させることが検討された。しかし、この計画は実現しなかった。常磐線快速電車と中距離列車の特性を揃えるという対策は、JR化後に前者をE231系、後者をE531系に置き換えることで実現した。
技術の発達に伴い、電車の主電動機や台車等の走行機器から走行中に発生する車外への騒音は年々低減される傾向にあるが、基本構造が1960年代の技術水準に留まる103系は、その面でも改善がほとんど図られてこなかった。同時代に開発された旧型車両の置き換えが進行する中、103系は周辺環境対策でも不利な状況に陥った。奈良線では2015年（平成27年）時点で他系列と並ぶ主力車として運用されているが、環境省が2015年（平成27年）に国土交通大臣に提出した、奈良線の複線化事業に係る環境影響評価における、沿線環境対策についての指摘項目では、「適切な環境保全措置を講じ、転動音、車両機器音及び構造物音の低減を図ること」として、ロングレール化や、鉄橋におけるコンクリート床版化の極力導入と並び、「103系車両からの代替による低騒音型機器搭載車両の導入推進」が挙げられている。
山手線の103系が40km/hから50km/hの間で電気ブレーキを掛けた場合に前後衝動が激しく、乗客にけが人が出ることもあった。そこで運転士が2段ブレーキを用いて対策を講じたが、ブレーキ距離などの問題があった。原因究明の結果、103系のMT55は電気ブレーキの立ち上がり時に急激に電流が流れることで大きなブレーキが発生していたことがわかった。よって、ブレーキ時の衝動は少なくなった。
103系は様々な線区で使用されたことにより、線区特性などに合致しないケースなども多く見られた。経営判断としての投入なのであるが、それ自体に疑問を投げかけられた。故障などの頻度を他形式と比べた場合、103系は他形式より件数が多くなることに留意する必要はある。なお、原因を解明したとしても、それが展開されずに他線区でも同様な問題点が発生する。
国鉄では1960年（昭和35年）頃から日本国有鉄道規格、いわゆるJRS (Japanese National Railways Standards) が整備されはじめる。標準化の効果は費用が低減すること、品質が安定すること、作業能率が上がること、安全性が高まることなどメリットが多く、大量の資材調達を行う国鉄が導入することは当然のことであった。標準化による技術の阻害については、標準品を継続して使いつつ技術の進歩を蓄積し、一定のタイミングでモデルチェンジを行うことで技術開発との調和ができると考えられていたが、結果的には単純化の考えにより特定メーカーごとの特徴が出にくくなったこと、特定会社に有利にならないように配慮したことが逆にメーカーの競争力を奪ったことなど、技術革新テンポに合致せず技術の停滞を招く原因にもなり、JR後に廃止された。
通常の大量生産される輸送機器では同一の製品を20年以上もそのまま作り続けることは、日本では例がない。例えばスーパーカブのように基本設計の完成度が高く、登場時点で既に21世紀の製品にも劣らない信頼性を有していたものであっても、オイルショック以降の環境・安全面での要請の高まりに対応して大幅な改良が加えられた。しかし、103系電車は試作車落成後20年以上も製造が続けられ、目立った改良は1974年以降の生産分の先頭車両がATCに対応した高運転台タイプに改められた程度で、1980年代に205系が登場するまで新世代の通勤車両は103系を置き換えなかった。これらは下記のような理由によるものである。
初来日は1996年。NHKの『芸術劇場』で初めて日本のテレビで紹介された。2006年10月6日には、ツアーの合間を縫って、テレビ東京『たけしの誰でもピカソ』に出演。北野武はその鬼才ぶりと類まれな演奏テクニックを絶賛した。2006年のツアーは、9月30日東京・パルテノン多摩、10月4日神戸・神戸新聞松方ホール、10月5日東京・王子ホール、10月7日東京・紀尾井ホール、10月8日白石・白石ホワイトCUBE、10月9日鹿児島・宝山ホール（鹿児島県文化センター）で行われた。2007年のコンサートは、7月9、10日に紀尾井ホールで行われた。「シャコンヌ」〜サイ・プレイズ・クラシック〜と銘打たれた初日はクラシック音楽とジャズが、「ブラック・アース」〜サイ・プレイズ・サイ〜と名付けられた最終日はオリジナル曲と即興演奏が中心のプログラム構成であった。2008年のコンサートは11月から12月にかけて北海道、茨城、東京、滋賀、大阪などで行われた。東京ではジャン・レイサム＝ケーニック指揮、新日本フィルハーモニー交響楽団と日本初演を含むオールコンチェルト・プログラムを組んだ。