2000年に行われたシドニーオリンピック決勝でのPK戦で5人目のキッカーとして成功し、金メダル獲得に貢献した。2006 FIFAワールドカップ・アフリカ予選の最終節・エジプト戦は、この試合に勝利しなければ2006 FIFAワールドカップ出場を逃すという重要な試合だったが、1-1で迎えたロスタイムにPKを得るもポストに当てて外してしまった。これにサポーターが憤怒し、ヤウンデにあるウォメの自宅が襲われ、愛車ベンツが破壊された。たった1回のPK失敗が大騒動を引き起こした。（詳細についてはヤウンデの悲劇を参照）それから数日後の記者会見で、"あの場面で会話はなかったが、サミュエル・エトオや主将のリゴベール・ソングですら、あのPKを蹴りたがらなかった。だが、自分はPKキッカーのリストに名を連ねていたから、あそこに向かった"と語り、またサポーターから身の危険を感じていることも明かした。2007年3月19日に代表引退を表明したが、2009年7月の2010 FIFAワールドカップ・アフリカ予選で復帰。それを最後に暫く遠ざかっていたが、2012年10月に久しぶりに招集された。
1940年（昭和15年）10月1日に、海軍航空本部長に補される。戦後の井上は「自分は支那方面艦隊参謀長のとき、航空が最も重要だと思い、嶋田繁太郎司令長官に、航空関係への転勤希望を申し出ていたところ、これが容れられた」と希望通りの人事であったことを語っている。12月16日、丸田家に嫁いだ娘の靚子が長男の研一を産んだ。1941年（昭和16年）1月の会議において井上は「第五次海軍軍備充実計画案」（マル5計画）を「明治・大正時代のようなアメリカの軍備に追従した杜撰な計画」と批判し「日本独自の特長ある、創意豊かな軍備を持つべき」と主張した。軍令部二部長・高木武雄少将が「では、どうすればいいか」と聞くと井上は「海軍の空軍化」と答えた。井上はその後一週間で海軍大臣・及川古志郎に戦艦無用論と海軍の空軍化を説いた「新軍備計画論」を提出した（具体案は「戦略」の項を参照）当初、井上はこのような内容の意見書を個人の意見として提出するつもりだった。ところが、井上が「新軍備計画論」を起草して航空本部総務部長の山縣正郷少将に見せた所、山縣が「ぜひ航空本部長の名で出して下さい」と言ったため、1月30日付で、海軍航空本部長から海軍大臣宛に正式に提出された井上は「本省の機務に関する書類は外局たる航本（航空本部）には回って来ないので、（時局の）真相はなかなか分らなかった」と回想する。しかし海軍次官が豊田貞次郎中将から沢本頼雄中将に交代した4月4日から約2週間、井上は海軍次官代理を兼務し、機務に触れることができた。この時に、駐米大使・野村吉三郎 が、悪化の一途を辿る日米関係の改善への必死の努力の結果、「日米了解案」を東京へ打電して来た。これに対し、日米開戦派である海軍省軍務局第二課主務局員の柴勝男中佐は、駐米海軍武官の横山一郎大佐に対し、「日米了解案について、野村大使を『慎重に補佐』すべし」という訓電を起案し、軍務局長の岡敬純少将に提示した。岡は、当初は野村の「日米了解案」に乗り気だったものの、結局は柴の意見に同意した。しかし、井上は「日米了解案」に非常に乗り気であったため、岡から上がってきた訓電案を良しとせず、海相・及川に直談判した。井上の記憶では、その日は土曜日（1941年（昭和16年）4月19日と思われる）で及川はもう帰宅していたので、井上は及川の私宅を訪れた。井上は「（柴が起案し、岡が承認した訓電案を）自分が加筆修正して軍務局につき返しますからご承知下さい」と及川に言った。井上は、加筆修正して、岡を通じて柴に電文を返した。井上は、自分が修正した訓電がそのまま発電されたものと死ぬまで考えていたようである。しかし、柴が「それでは訓電の意味をなさないので、岡軍務局長の了解を得て発電を中止してしまった」と戦後に語っている。次官代理兼任というわずかな機会を捉えて、反米・開戦への空気にブレーキをかけようと必死だった井上は、新次官の沢本頼雄が上京して着任する前日に熱海に一泊すると聞き、及川に願い出て熱海に行き、兵学校の1期上である沢本に井上が次官代理をした2週間の出来事と自分の考えを説いた。7月28日、日本が南部仏印進駐を行ったことで、在米英の日本資産凍結、日英通商条約廃棄、アメリカの対日石油禁輸などの強力な経済制裁がなされ、日米関係は一気に悪化した。南部仏印進駐が7月1日の閣議・翌2日の御前会議で決まった後の7月3日に省部臨時局部長会報（決定事項を知らせるための会議）で、沢本次官から「南部仏印進駐が閣議で決定した」と知らされた井上は「航空戦備は全く出来ていない。なぜ、事前に我々の意見を聞かないのか」と非を鳴らし、艦政本部長の豊田副武中将も井上に同調した。弁解する及川や沢本に対して、井上は「そんなことで大臣が務まりますか。南部仏印進駐に文句を言ったのは、手続き上の問題ではなく、事柄が重大すぎるからだ」と、まるで一兵卒に対するかのように怒鳴りつけた。ここまで来ても井上は諦めず、『海軍航空戦備の現状』というかなり長文の意見書を2週間で書き上げ、7月22日に、及川古志郎、沢本頼雄、永野修身、近藤信竹ら、海軍省・軍令部の首脳に説明し、航空戦備の各項目（飛行機、機銃、弾薬、魚雷など）について、充足率が著しく立ち遅れていることを示し、「戦争をしてはならない」と強く警告したが、彼らは聞く耳を持たなかった。