小さなカトリックの礼拝堂は、聖マリア湾奥にあり、『エジプトから帰還した聖家族』に献堂されている。 1618年に建てられ、1667年と1716年に増築された。元来は童貞の聖母マリアへのお告げへ捧げられていた。コミノに定住者がいなくなった時代、礼拝堂の長い歴史の中で少なくとも1度は冒涜され、再び聖別された。この場所での礼拝堂の最古の記録は12世紀に遡り、この時代の航海地図（グリニッジの国立海事博物館とグリニッジ天文台所蔵）に見ることができる。住民、ホテル従業員、観光客が出席して、土曜の夜と日曜の朝に礼拝堂内でミサが開かれる。聖マリア砲台は1716に南コミノ海峡へ向けて建てられた。同じ時代に多種の砲台がマルタ島の海岸線沿いに建てられている。海に面した銃眼のある半円の構造をしている。砲弾にはいまだ2つの24ポンドの鉄製大砲が設置されている。隔離された位置にあるために保存状態が非常に良いまま残されている。砲台の装備には、元々あった4つの6ポンドの重さがある鉄製大砲がある。砲台は1996年に修繕された。聖マリア要塞も1716年にコミノ北岸に建設された、付属する防御施設である。しかしあとで荒廃してしまった。騎士団はコミノ島に軍の兵舎も建設していた。20世紀初頭に、兵舎は定期的に隔離病院として使用されていた。2つのプライヴェート・ビーチを備えるコミノ・ホテルは1960年代に成長した。聖ニクラウ湾奥にある。休暇用バンガロー風別荘もある。また、休暇用バンガローと礼拝堂の間には警察署がある。その他コミノの商業事業として養豚場が、島の南東の端という他から離れた場所にかつてあった。マルタでブタに口蹄疫の流行が起こったため、閉鎖されてしまった。
1908年（明治41年）、田島錦治に請われ、京都帝大の講師となって以後は研究生活を送る。1912年には、これまでの自己の研究を総括した論文集『経済学研究』を執筆する。1913年（大正2年）から1915年（大正4年）にかけて2年間のヨーロッパ留学に赴く。1914年には法学博士の学位を授与される。帰国後、教授。1916年（大正5年）から新聞に『貧乏物語』を連載し、翌年出版。大正デモクラシーの風潮の中、貧困というテーマに経済学的に取り組んだ書はベストセラーになった。中にはマルクス経済学の紹介もあるが、結論は、貧乏をなくすには金持ちが奢侈をやめることだというものだった。河上は『貧乏物語』の中で「ワーキングプアが生まれるのは、富裕層が贅沢をして、社会が貧者の生活必需品を作らないからである」という批判を行い、社会全体が贅沢を止め、質素倹約をすれば貧困の問題は解消されると論じた。しかし、その結論に対し、福田徳三や社会主義者の堺利彦は「現実的ではない」と痛烈に批判している。1920年（大正9年）9月に京大で経済学部長になる。その後、マルクス経済学に傾倒し、研究を進める。1921年（大正10年）河上が執筆した論文「断片」のため、雑誌『改造』は発売禁止となるが、この論文はのちに虎の門事件を起こす難波大助に影響を与えたという。1924年、労農派の櫛田民蔵が河上のマルクス主義解釈は間違っていると痛烈に批判した。河上は批判が的を射ていることを認め、マルクス主義の真髄を極めようと発奮する。『資本論』などマルクス主義文献の翻訳を進め、河上の講義は学生にも大きな影響を与えた。1928年（昭和3年）、京都帝大を辞職し、大山郁夫のもと労働農民党の結成に参加。1930年（昭和5年）、京都から東京に移るが、やがて労働農民党は誤っていると批判し、大山と決別。雑誌『改造』に『第二貧乏物語』を連載し、マルクス主義の入門書として広く読まれた。昭和恐慌のときには、河上はデフレを放置しても問題ではなく、デフレを脱却しても資本主義経済の限界は解消されないと主張した。京都大学を退官して、『資本論』の翻訳に没頭していた河上肇は、昭和初期から地下の共産党へのカンパを開始した。はじめは組織の末端にいた活動家に対する寄付だけだったが、1931年（昭和6年）夏の頃、日大の民法学者杉ノ原舜一を介して、党中央と連絡が付き、資金を党中央に直接入れるようになった。当初は、月々百円単位（2千倍で換算して、百円は現在の20万円くらいと思ってよい）だったが、やがて、千円単位の臨時の寄付を度々頼まれるようになった。そして1932年、河上自身が日本共産党に入党して、その地下運動に参加する。入党後の仕事は、機関紙「赤旗」の編集を助け、政治パンフレット作りに参加し、その執筆にあたることだった。この間にした仕事で最も知られているのは、コミンテルンが発表した32年テーゼ（日本共産党の基本的活動方針）をいちはやく入手して翻訳し、それを党名の本田弘藤名義で「赤旗」特別号に発表したことである。1933年8月1日、新生共産党事件といわれる政府による第4次検挙により、大塚金之助東京商科大学教授、風早八十二元九州帝国大学教授らとともに検挙され、治安維持法違反で豊多摩刑務所に収監される（のち市ヶ谷刑務所）。収監中に自らの共産党活動に対する敗北声明と転向を発し、大きな衝撃を与えた。また獄中で漢詩に親しみ、自ら漢詩を作るとともに、曹操や陸游の詩に親しんだ。この成果は出獄後にさらにまとめた『陸放翁鑑賞』（放翁は陸游の号）などで見ることができる。1937年（昭和12年）出獄後は、自叙伝などの執筆をする。1941年京都に転居。終戦後、活動への復帰を予定したが、1946年に老衰と栄養失調に肺炎を併発し、京都市左京区の自宅で逝去。戒名は天心院精進日肇居士。1947年、『自叙伝』が刊行される。