2008年開幕前にモック（moc）のリーグスポンサー撤退が発表された。3年契約の予定を、スポンサーの都合により2年で撤退したことから「なでしこスーパーカップ」が中止になる等、一時的に「メインスポンサー無し」による影響がでたが、開幕直前に株式会社プレナス（plenus）と3年間のトップ・パートナー契約を結び、リーグ名称を「plenusなでしこリーグ」とすることになり、オールスターも開催が決定した。また、鹿児島県鹿児島市を本拠地とする鹿児島鴨池フットボールクラブアサヒナがディビジョン2に準加盟し、全17チームで運営されることになった。2009年はTASAKIペルーレFCの休部による退会とジュ ブリーレ 鹿児島（鹿児島鴨池フットボールクラブアサヒナ改め）の正式加盟により全16チームで運営されることになった。浦和レッドダイヤモンズ・レディースが日テレ・ベレーザに勝ち点11の差をつけて移管後では初、さいたまレイナスFC時代を含めると2回目の優勝を遂げた。リーグ戦終了後に行われた入れ替え戦で福岡J・アンクラスがスペランツァF.C.高槻を破り、2010年から再編される新たな「なでしこリーグ」に参加する10チームが決定した。
2006年、日本女子サッカーリーグはブライダル産業やレストランなどを展開するモック（moc）を協賛スポンサーに迎え、「mocなでしこリーグ」としてスタートすることになった。また福岡県春日市を本拠地とする福岡女学院フットボールクラブのトップチームが福岡J・アンクラスとしてディビジョン2に加盟し、宝塚バニーズは本拠地を京都府に移して「バニーズ京都サッカークラブ」となった。ディビジョン1の優勝チームにはモック（moc）のグループ会社であるアイプリモから1億円のティアラが贈呈されることとなり、なでしこリーグオールスターで初披露ののち、公募により「アイプリモ なでしこクイーンズ ティアラ」と名づけられ、日テレ・ベレーザが初代授与チームとなった。2007年は序盤にTASAKIペルーレFCが無敗で独走しかけたが、後半にベレーザの追い上げにあい、勝ち点8差を逆転されてベレーザが3連覇を達成した。
2004年からは上位と下位の各8チームずつの二部制に移行。L1の最下位とL2の1位チームが自動入れ替えとなった。ただしL2リーグについては2004年は6チーム、2005年は7チームの参加だった。6月に開幕したこのシーズンは日本サッカー協会の掲げる「キャプテンズ・ミッション」に「女子サッカーの活性化」が盛り込まれたことなどにより、すべてスタンドのある会場で実施された。経費節減の関係から電光掲示板を使用しなかったり選手名の表示がなかったりではあったが、4月に行われたアテネオリンピック・アジア予選により女子サッカーに注目が集まったこともあって、以前に比べて多くの観客が訪れるようになった。とくにオリンピック中断前では最後の試合となる7月25日の日テレ・ベレーザ対TASAKIペルーレFC戦（稲城中央公園総合グラウンド）では女子サッカーでは異例の2500人もの観客を集めた。オリンピック本戦では「なでしこジャパン」という愛称を与えられたサッカー日本女子代表がベスト8の成績を収めて女子サッカーへの注目が集まったため、9月には新たに「なでしこリーグ」という愛称が採用された。これは、これからの世界規模の大会でのなでしこジャパンの躍進をL・リーグから作ろうという趣旨が込められ、これはまた「なでしこ」を日本女子サッカーのブランドとすることによりリーグへの注目を高めるという狙いもあるといわれている。この年のリーグ戦はさいたまレイナスFCが初優勝を飾った。翌2005年は兵庫県神戸市を本拠地とするINACレオネッサが4月からL2に加盟。L1・L2ともに3回戦での総当たり（リーグ）戦を行った。リーグ開幕の直前には男子の富士ゼロックス・スーパーカップに相当するなでしこスーパーカップが新設され、L・リーグチャンピオンが全日本女子サッカー選手権大会の優勝チームと対戦。日テレ・ベレーザが浦和レッズ・レディースを破って初代女王となった。また6月26日には日テレ・ベレーザ対浦和レッズレディース戦（ひたちなか市総合運動公園陸上競技場）が試験的に「有料試合」（小学生以上・前売り700円、当日800円）で行われ観客1095人が訪れた。
この冷却方式では磁気光学トラップに閉じ込められた原子から始める。そこで、原子群の重要な部分がトラップされるように光格子を傾斜させる。光格子を形成するレーザーが十分に強力なら、各サイトは調和トラップと見做すことができる。原子群は基底状態にはないため、調和振動子の励起準位にトラップされている。ラマンサイドバンド冷却の目的は、原子に格子サイト内の調和ポテンシャルの基底状態をとらせることである。量子数 F=1 の基底状態が3重縮退 m=-1, 0, 1 しているような2準位原子を考える。磁場を印加すると、ゼーマン効果により m の縮退が解ける。その値を、 m=-1 と m=0 との間および m=0 と m=1 とのゼーマン分裂が格子により形成された調和ポテンシャルの準位間の間隔に厳密に一致するよう調整する。ラマン過程を用いることにより、原子を磁気モーメントが1つ小さく、振動準位も1つ下の状態に移すことができる（図中赤矢印）。その後、格子ポテンシャルの最低振動状態の原子（ただし ）を m=1 状態に光ポンピングする（ ビームと  ビームの役割）。原子の温度はビーム周波数に比べて十分に低いため、このポンピング過程中に原子の振動状態が変化する確率は低い。したがって、原子はより低い振動準位になり、冷却が行われる。この、低い振動準位への移送を各ステップで効率的に行うためには、強度やタイミングなどのレーザーのパラメータを注意深く調整する必要がある。一般的に、カップリング強度（ラビ周波数）は振動準位に依存するため、これらのパラメータは振動準位が違えば異なる。このナイーブな描写は、この遷移を起こす光子の反跳の存在によりさらに複雑化する。この複雑さはラム–ディッケ領域と呼ばれる領域で冷却を行うことにより一般的には避けることができる。この領域では、原子が強固にトラップされているためその運動量は光子の反跳によって実効上変化しない。この状況はメスバウアー効果に似ている。この冷却方式により、光学的技術のみを用いるよりも高密度の原子群を低温にすることができる。例えば、ボース＝アインシュタイン凝縮を実現するにはまだ不十分であるが、その種の実験の出発点とすることはできる。例えば、セシウムのボース＝アインシュタイン凝縮を初めて実現した実験ではラマンサイドバンド冷却が最初のステップとして用いられている。