1942年8月7日に保釈されると、亀岡の農場に戻って家族と共に暮らした。1944年（昭和19年）12月、京都府清水の窯元佐々木松楽の亀岡疎開を知って尋ね、陶芸をはじめた。祝詞を唱えながら体調を損ねるほど没頭するなど、宗教的情熱に満ちた芸術活動だった。王仁三郎は松楽が京都から持ち込んだ10-15年分の陶芸材料を1年で使い果たしている。この楽焼は後に「耀盌（ようわん）」と称され、現在もなおその美術的価値は国内外で高く評価されている。控訴審には「今度が天王台の審神で、神の仕組みは成就した。善悪は立て別けられた」として関心を持たなかったという。相談する信者には、反戦平和と日本の敗戦を予言している。和歌では「天地に神あることをつゆ知らぬ　醜のしれもの世を乱すなり」「荒れ果てし神の御苑に停ずみて　偲ぶは神国の前途なりけり」と権力者達を批判した。敗戦後には、朝日新聞の記者に「日本の上層部はわれよしで、自分達が一番正しく、えらいと思うから戦争がおきた。諸外国もわれよしを改めぬ限り戦争は絶えない」と述べている。天皇の神格化や国家神道については「殊に日本の官国幣社が神様でなく、唯の人間を祀っていることが間違ひの根本だった」と厳しく批判した。1946年（昭和21年）2月、教団活動を「愛善苑」として新発足させた。教団経営や各地への巡教、返還された綾部・亀岡の再建に尽力したが、8月に脳出血で倒れた。以後健康を取り戻すことなく、1948年（昭和23年）1月19日午前7時55分に逝去した。満76歳没。綾部の天王平に歴代教主と共に埋葬されている。
出口王仁三郎の前半生は自伝や大本の伝記によるところが大きく、空海や役行者のような聖人伝説の影響が見られる。一般には1871年（明治4年）8月27日（旧暦7月12日）、現在の京都府亀岡市穴太（あなお）に、農業を営む上田家五男三女の長男上田 喜三郎（うえだ きさぶろう）として生まれた。（以下、改名まで『喜三郎』と表記。）祖母・上田宇能は、『日本言霊学』で有名だった中村孝道の妹にあたり、伝承や言霊学を始めとした知恵を持っていた。喜三郎は幼少時は登校さえ出来なかった虚弱体質児であったため、家で祖母にあれこれと教わり、同年代の子供より老人達と交わることを好んだ。また、近所ではその聡明さから「八つ耳」（直感力や理解力に優れた人間の意）、神童と言われていた。少年時代、明智光秀が築いた亀山城に登って天下に勇躍することを願ったという。1883年（明治16年）、13歳の時に通学する小学校教師と喧嘩沙汰となり退学、校長に見込まれ、その教師の代用教員として採用される。2年後、正式な小学校教員が赴任してきた為に辞職（僧侶出身の教員と神道について口論になったとも）、農業をはじめ様々な職種を体験する。豪農の家に奉公したことで、小作人や小農の格差を自覚した。1893年（明治26年）（23歳）のころから園部の牧場で働きながら獣医を目指すが不合格となり、京都府巡査試験に合格するも拒否。明治時代の若者として立身出世を目指す喜三郎は、マンガン鉱の探鉱やラムネ製造など幾つかの事業を始めるが失敗した。結局1896年（明治29年）（26歳）で独立し「穴太精乳館　上田牧牛場」を開業、搾乳・牛乳販売業を始めて成功を収めた。当時、園部の南陽寺に滞在していた岡田惟平から古事記・日本書紀の国学的解釈と和歌を学んでいるが、喜三郎と宗教との接点は少なかった。歯痛を癒やしてくれた事を機会に、以前より上田家と関係があった妙霊教会（兵庫県の山岳信仰）に出入りするが、熱心な信者ではなかった。
排煙中の亜硫酸ガス濃度を低下させるためには排煙を空気で薄めて排出すれば良いと考えた日立鉱山当局者は、1911年（明治44年）5月に神峰煙道という新たな排煙施設を完成させた。これは大雄院製錬所から神峰山の尾根沿いに中腹まで延びる、総延長約1630メートルに及ぶ、高さ約7尺（約2.1メートル）、幅12尺（約3.6メートル）の鉄筋コンクリート製の煙道であった。神峰煙道は煙道中に200馬力の送風機を設けて排煙を送り込み、煙道に開けられた十数か所の穴から排出する仕組みであった。排煙が長大な煙道を流れる中で分散して排出されることによって、排煙中の亜硫酸ガスを中心とした有害物質の濃度を下げようと考えたのであった。神峰煙道はその形状と煙道の十数か所から煙を排出する様子が、巨大なムカデが山を這い上がりながら煙の手足をうごめかしている様子に例えられ、百足煙道との別称が付けられた。神峰煙道は建設に至る経緯などについての記録が残っていない。そのため建設期間や建設費用については不明である。しかしこのような長大な煙道の建設には多額の費用と時間を要したものであると推察されている。ところが排煙が空気よりも重いためか、分散して排出された排煙は風によって峠を越えた後、山の斜面に沿って流れ、谷間で再び集められてしまった上で人里まで降りてきたのである。特に入四間では神峰煙道は八角煙突よりも距離が近いこともあって、煙害が激甚を極める結果となった。当時、庶務課長として煙害対策など鉱害問題に対応していた角弥太郎によれば、神峰煙道は遠距離の煙害には相応の効果があったと見られるが、近隣の煙害についてはあまり効果が見られなかったとしており、結局神峰煙道は煙害防止にはほとんど役立たなかった。そのような中で神峰煙道はむじな燻しという有り難くないニックネームを付けられてしまった。結局、神峰煙道は1915年（大正4年）3月1日の大煙突の使用開始後に煙突としての使用を中止した。その後、第一次世界大戦に伴う好況によって鉄の価格が暴騰した1917年（大正6年）から翌1918年（大正7年）にかけて大部分が取り壊され、鉄筋は回収された。但し敷地内の部分については、第3煙突や大煙突の煙路として使用されていたため、撤去されずに残された。残存部分のうち大煙突より先は、常磐自動車道の建設に際して撤去された。大煙突に至る密閉煙路部分は、現在も使用されている。