前述のように第1編成と第2編成では歯車比ならびに客室設備が異なっていたが、国鉄特急型車両と同一の加速特性では起動加速性能に問題が生じたことや、デッドスペースの存在がラッシュ時の運用において難を来たしたことから、1996年（平成8年）7月に第1編成について歯車比の4.82への変更ならびにデッドスペースの立席化といった再改造が行われた。以降、両編成ともに同一仕様となった。
第1編成は1995年（平成7年）7月に、第2編成は翌1996年（平成8年）4月にそれぞれ竣功し、「アルペン特急」「うなづき」運用など、主に優等列車運用に充当されたほか、普通列車運用にも充当された。以下、導入後に施工された主な改造項目ならびに変遷について述べる。
電動空気圧縮機 (CP) はC-1000M（容量1,000l/min）で、東京都交通局（都営地下鉄）5000形電車の廃車発生品である。モハ16012形ならびにクハ110形に1基ずつ搭載する。なお、モハ16012形に搭載されるHG-584-I電動発電機 (MG) および全車の屋根上に搭載されるFTUR-375-203C集中式冷房装置は西武在籍当時からの装備品であり、主抵抗器ならびにパンタグラフについては新製された。その他、暖房機能の強化や各車妻面に設置の換気扇ダクトにカバーを設置するなどの寒冷地対策改造が施工された。
東洋電機製造製PT-43系菱形パンタグラフを採用し、モハ16011形の連結面寄りに1基搭載した。種車である旧クハ5500形奇数車は西武在籍当時はパンタグラフを搭載しておらず、搭載に際して各種配線のほかパンタグラフ台座ならびにランボードが新設された。
発電制動併用電磁直通ブレーキ (HSC-D) で、床下に搭載される制動装置本体は帝都高速度交通営団（現・東京地下鉄）3000系電車の廃車発生品を、運転台ブレーキ弁は京急1000形電車の廃車発生品をそれぞれ流用している。
国鉄制式機種である直巻電動機MT54（一時間定格出力120kW）と、DT32・TR69空気ばね台車を使用している。こちらも485系電車の廃車発生品であり、第1編成では大小歯車（ギヤボックス）もそのまま流用したことから歯車比は国鉄特急型車両と同一の3.50 (77:22) であったが、第2編成では国鉄近郊型車両と同一の4.82 (82:17) に変更された。
日本国有鉄道（国鉄）制式機種の主電動機8基（電動車2両分）を制御する1C8M方式の電動カム軸式制御器CS15Fを採用し、モハ16011形へ搭載する。これは九州旅客鉄道（JR九州）の485系電車からの廃車発生品を流用したものである。CS15Fは停止用発電制動のほか抑速発電制動機能を有するが、地鉄線内では不要であることに加え、組み合わされる主幹制御器（マスコン）が京浜急行電鉄（京急）1000形電車の廃車発生品であり、抑速発電制動を動作させることが不可能であることから同機能はカットされた。
以前から中央通りと呼ばれ、出雲市を代表する目抜き通りである。かつては道路をまたぐ広告アーチがかかっていたこともあったが、現在は拡幅工事等の影響により撤去されている。
2013年に着工し、2015年5月に落成。杮落しはリーグ・アン2014-15最終節、ジロンダン・ボルドー対モンペリエHSCであった。翌2015-16シーズンより、ジロンダン・ボルドーはシャバンデルマス競技場から当スタジアムに本拠地を移転している。
建物の敷地内には井戸があり、実際に水を汲む事も出来る（飲めるかは不明）。『千と千尋の神隠し』の海原電車のシーンで、「豚屋」の看板が一瞬（2コマ）登場する。
共同機関の自衛隊病院には自衛隊中央病院と陸・海・空それぞれの幕僚長を通じて指揮監督を受ける自衛隊地区病院（15病院）がある。基本的に利用対象者を防衛省職員とその家族、つまり防衛省共済組合の被保険者に限定している。ただし、中央、札幌、福岡の3自衛隊病院では、2006年10月から、前述の防衛省職員・家族以外の一般外来受診を開始し、防衛医科大学校病院、自衛隊横須賀・富士・阪神病院も一般外来受診を行っている。陸海空の管轄に関わりなく最寄の病院で受診できる。各基地や駐屯地からは職員送迎のための車両が定期運行されている。また、防衛省（旧防衛庁・防衛施設庁を含む）及び自衛隊を退官した者も診察券を所持していれば受診が可能である。ただし、一般外来受診を行っている自衛隊病院以外では、退官後も継続して防衛医官を主治医とする治療が必要と判断された場合に限定され、それ以外の場合は原則として受診できない。院内で診察・治療・看護・研究等にあたる者も同様に防衛省職員である。すなわち、自衛隊病院の医師・歯科医師のほとんどが自衛官（防衛医官）であり、看護師も多くが隊内で養成した自衛官である。病院長は将または将補、もしくは1佐の階級にある自衛官並びに医療職技官をもって充てられる。具体的には、自衛隊中央病院では将から防衛技官に転換した医官が、別府病院では医官たる一等陸佐が充てられる。自衛隊中央病院では、防衛医科大学校と連携して医師臨床研修を受け入れており、中央病院、横須賀病院、岐阜病院では歯科医師臨床研修の受け入れも行っている。ただし、臨床研修の対象を自衛官（防衛医官）採用者に限っている。これらの病院は総合病院として運営されているが、別府病院のみリハビリテーション病院として運営しており、隊員のリハビリ目的での入院を受け入れている。