反日を招いた数々の主張がもともと日本の朝総連系の知識人、いわゆる韓国批判北朝鮮支持だった日本の左派たちによって1960年代から始められた金日成の考案した冠のひも戦術によるものだと指摘し、「歴史問題に関する嘘や無知、誤解に基づく韓国の『反日』は、未発達な精神文化の表れであり、これを克服しなければ韓国社会の発展はない」「この国は嘘つきの天国です。偽証罪と誣告罪が日本の数百倍」などの主張を著した李栄薫の『反日種族主義』について、曹は「反民族的売国親日派」と批判した。理論や根拠に基づかない批判だとして、李栄薫たち著者は、2019年8月20日、ソウル地検に曹国を侮辱の疑いで告訴した。韓国の保守勢力支持者から「江南左派」（シャンパン社会主義者）だと批判されている。だが、本人は「江南左派」であることを自認しながら進歩的な政策を主張することで大衆から一定の支持を集め、2019年8月に疑惑を追及されるまで「江南左派」に対する否定的イメージを逆に変えることに成功していた。
2019年9月韓国元野党議員のカン・ヨンソク弁護士がYouTubeで、曹国は（自らが主張している1965年ではなく）1963年生まれと、「1963年4月6日」生れと記された軍隊所属時代の名簿（写真）を証拠として告発した。これが事実であれば「ソウル大学に16歳で飛び級入学した」という逸話も（1963年生まれならば入学は18歳で普通であるため）虚偽であった事になる。
2019年9月4日には曹が大学教授になるのに決定的な役割を果たしたソウル大法学修士論文が、実は複数の日本人学者の先行論文をそのまま出典もつけずに韓国語訳されてる部分が33ヶ所もあり、それが論文の30％も占めることが発覚した。曹が1989年に書いた「ソビエト社会主義法・刑法理論の形成と展開に関する研究」は明らかに藤田勇、上田寬、 織田博、福島正夫、中山研一を始めとする日本人らの論文などをただ韓国語訳してコピーした後、脚注などの出典や引用のための引用符使用、自分の言葉で言い換えるパラフレージングも全く行わず、そのまま剽窃していたことが確認された。単独で書いたことになっていたが、共著者レベルの剽窃を受けた日本人らから著作権違反での提訴も可能だと指摘されている。朝鮮日報は、反日を扇動していた曹が日本に依存していた実態に驚愕したと伝えている。
第1話 - 第52話。十代は入学試験で実技の最高顧問のクロノスを倒すが、筆記試験の成績は芳しくなかったため、オシリスレッドに籍を置くことになった。デュエルアカデミアは生徒の成績によって3つのクラスに分かれているが、オシリスレッドはその中でも最も待遇が悪く、落ちこぼれが集まるクラスだった。クロノスから問題児（ドロップアウトボーイ）として目を付けられた十代は、学園で腕が立つデュエリストを次々に差し向けられるが、E・HERO（エレメンタルヒーロー）デッキを駆使して勝利を重ねていく。また、学園のトップに君臨しカイザーの異名を取る亮をはじめ、明日香、三沢などの実力者と戦い、交友を深めていった。十代と相部屋の丸藤翔は彼を慕い、舎弟となった。十代をライバル視していたオベリスクブルーの万丈目は、十代と三沢を相手に連敗したことで、信用を失い学園を去った。万丈目は偶然漂着したノース校で腕を磨くと、同校のトップとなるまでに成長を遂げた。アカデミア本校とノース校の対抗戦で、万丈目はノース校の代表として本校代表の十代と戦った後、本校に復帰することになった。世界を滅ぼす程の力を秘めた故に学園に封印されていた「幻魔皇ラビエル」「降雷皇ハモン」「神炎皇ウリア」の三幻魔のカードをめぐって、セブンスターズと名乗る集団が襲来する。三幻魔のカードの封印の鍵を守るべく、十代、亮、明日香、三沢、万丈目、クロノス、大徳寺が鍵の守護者として選抜され、セブンスターズと戦うことになった。セブンスターズとの戦いは闇のデュエルと呼ばれ、敗者の魂が奪われる命がけの戦いとなった。刺客のうちの一人、仮面のデュエリスト・ダークネスは明日香が探していた行方不明の兄、天上院吹雪だった。十代に敗れたことでダークネスの力から解放された吹雪は正気を取り戻し、アカデミアに復学する。吸血鬼カミーラとのデュエルでは、これまで十代を敵視し生徒に辛くあたっていたクロノスが生徒のために自ら危険なデュエルを買って出て、命がけで生徒にデュエルの理を説いた。これ以降、クロノスの態度は軟化していき、生徒たちの良き理解者としての側面を覗かせるようになっていく。セブンスターズの最後の一人として錬金術師のアムナエルが十代に立ちはだかる。アムナエルの正体は、オシリスレッドの寮長の大徳寺であり、彼は黒幕を倒すための後継者を育成するために学園で活動をしていた。十代との戦いに敗れた大徳寺は、自らが研究を費やした錬金術の秘伝書「エメラルド・タブレット」を十代に託し、消滅する。彼の魂はレッド寮に住む猫ファラオに飲み込まれたために、天に召されず、この後も十代の協力者として力を貸すことになる。セブンスターズが全滅した後、セブンスターズを裏で操っていた学園の理事長・影丸が本性を現す。影丸は三幻魔のカードを使用して、デュエルモンスターズの精霊から力を吸い上げ、若返った。十代は世界を征服せんとする影丸と戦う。影丸の操る三幻魔に苦戦を強いられるが、大徳寺の残した秘伝書から生まれたカード「サバティエル」の力を借りて勝利する。三幻魔は校長の鮫島の手によって、二度と悪用されないように再び封印された。