敗戦後の1945年（昭和20年）11月19日に、真崎はA級戦犯として逮捕命令を受け、巣鴨プリズンに入所させられた。他の被告人は、単に被疑者として呼ばれてもみな弁護士を頼んだが、真崎は弁護士をつけなかったという。真崎への第一回の尋問は巣鴨への収監に先立つ12月2日に第一ホテルで行われた。以降、3回に亘って尋問が行われたが、供述内容は責任転嫁と自己弁明に終始した。特に、敵対していた東條英機らの統制派軍人や木戸幸一に対する敵意に満ちた発言と、自身は親米派であったとの主張を繰り返した。真崎の手紙や遺稿によると、尋問中に自身の欠点として「他に威張ることと、威張られることが、極度に嫌いであった」ことであると述べたところ、アメリカ人の検事から「ア、其はリンカーンと同じ思想じゃ」、「貴下は即ち日本的デモクラシーである」と喜ばれたと記されている。巣鴨在監日記の12月23日（1945年）には、「今日は皇太子殿下の誕生日である。将来の天長節である。万歳を祈ると共に、殿下が大王学を修められ、父君陛下の如く奸臣に欺かれ、国家を亡ぼすことなく力強き新日本を建設せられんことを祈る」と記している。極東国際軍事裁判で不起訴処分を受け、梨本宮守正王を除いて軍人では一番先に釈放された。同裁判の真崎担当係であったロビンソン検事は満洲事変、二・二六事件などとの関わりを詳細に調査し、「真崎は軍国主義者ではなく、戦争犯罪はない」「二・二六事件では真崎は被害者であり、無関係」という結論を下し、そのメモランダムには、「証拠の明白に示すところは真崎が二・二六事件の被害者であり、或はスケープゴートされたるものにして、該事件の関係者には非ざりしなり」とある。公職追放を経て、1956年（昭和31年）8月31日、心臓麻痺のため死去。79歳没。遺言書では、第一に「日本の滅亡は主として重臣、特に最近の湯浅倉平、斎藤実、木戸幸一の三代の内大臣の無智、私欲と、政党、財閥の腐敗に因る」としている。葬儀は9月3日午後1時から世田谷の自宅において行われ、葬儀委員長は荒木貞夫が務めた。昭和天皇からは祭粢料が届けられた。
統制派である東條英機首相が国家社会主義体制を構築していく中、反主流派の面々は真崎の元に集まってきた。その代表例が吉田茂で、吉田は対米開戦直後から「英米ト和平ノ手ヲ打ツベキ方針」を真崎に伝達している。真崎本人も、日中戦争と並行して対米戦を遂行することとなった現実を危ぶんでいた。吉田は真崎・宇垣連立内閣を構想しており、これには真崎も積極的な態度を示していた。しかし宇垣が消極姿勢であったため、構想は立ち消えとなった。やがて、吉田の仲介で同じく早期終戦を目指していた公爵近衛文麿元首相と接近した。近衛は自らを首班とした内閣を考えており、真崎はこれに不満であった。鈴木貫太郎内閣の成立にも落胆したが、終戦後も政権入りを目指していた。
バイオマスエタノールを内燃機関の燃料として利用する場合、エタノールのみで利用することもガソリンなど他の燃料と混合して利用することもできる。一般的に、ガソリンと混合した場合、エタノールの混合比率によって「Exx」（xxは百分比で表したエタノールの混合量）と表記される。例えば、E10とはエタノールを容積比で10%含む混合燃料である。このほか、エタノール混合燃料ではないが、バイオマスエタノールから生成されたエチルターシャリーブチルエーテル (ETBE) という添加剤をガソリンに混合したものも広い意味ではバイオマスエタノールの燃料利用の一形態とされている。バイオマスエタノールを燃料とする内燃機関は、構造的には純粋なガソリンを燃料とするものと同じで差し支えない。とくにエタノールを低濃度で混合した燃料の場合、純粋なガソリンを燃料として利用することを前提とした内燃機関で燃焼させても問題が生じないとされる。とくに対策を講じることなしにどの程度のエタノール混合まで許容できるかは社会にどのような内燃機関が存在しているかに左右されるため、一概に線を引くことはできない。例えば、米国で現在走行しているガソリンエンジン自動車についてみるとE10までは許容できるとされており、米国の一部の州ではE10の販売が義務付けられている。また、現在ブラジルで販売されている標準的な自動車用エタノール・ガソリン混合燃料は、E20である。これに対し、日本では総合資源エネルギー調査会燃料政策小委員会が、2003年6月25日にエタノールは混合率3%まで (E3) なら自動車に使っても安全という結論を出している。エタノールの混合比率が高くなると、内燃機関の圧縮比や燃料への点火システムなどを調整しないと十分な性能が得られない。これは、エタノールはガソリンと比べノッキングを起こしにくい反面、容量1単位あたりの熱量が低いことに起因する。また、エタノールの腐食性への対策も必要である。ブラジルではこのような対策を施し、純粋エタノールから純粋ガソリンまでどのような混合比の燃料を利用しても十分な性能が得られる自動車（「flexible-fuel vehicles」と呼ばれている）が販売されており、近年では国内自動車販売のほとんどを占めている。なお、バイオマスエタノールをガソリンと混合して内燃機関の燃料とする際には、エタノールとガソリンが相分離することを防ぐため、水分が混入しないようにしなければならない。これに対し、エタノールのみを内燃機関の燃料として利用する場合 (E100) にはある程度の水分が残存していても差し支えなく、実際、ブラジルで販売されている純粋エタノール燃料はエタノール蒸留後の脱水工程を省いたもので、5 %程度の水分が含まれている。秋田県が実証実験に用いているバイオエタノールも含水（バイオエタノール水：99.5vol%）である。走行実証実験にはダイハツが開発した「2燃料自動車」(DFV)を用いている。バイオエタノール水とガソリンの2系統を備え、起動時はガソリンのみ、定常運転時にバイオエタノール水を使用することで、ガソリンタンク内での相分離を回避している。