1861年にはバージニア州はアメリカ連合国に加入した。連合国に造船所を接収されるのを恐れた造船所指揮官は、施設と残存艦船の破壊、焼却を命じた。そして連合国軍は実際に造船所を接収しに現れ、ウィリアム・マホーン（ノーフォーク・アンド・ピーターズバーグ鉄道の社長。後に連合国軍の士官として有名になる）の巧妙な策略により武力衝突無しで造船所は確保された。合衆国軍はハンプトンローズを越えてモンロー砦へ後退した。モンロー砦は同地域で唯一残された合衆国の領土であった。1862年初めに連合国は装甲艦バージニア (CSS Virginia) を、合衆国軍艦メリマック (USS Merrimack) の焼損した船体を補修再利用して建造した。造船所が合衆国軍に放棄された際、メリマックは水線上部分が焼損されて取り残されていたため、バージニアは革新的な上部構造が取り付けられて完成した。バージニアは合衆国軍のハンプトンローズ封鎖におけるハンプトンローズ海戦でモニター (USS Monitor) と歴史的な装甲艦同士の海戦を行った。1862年5月に連合国軍が撤退する際には、彼らは再び造船所を炎上させた。ノーフォークおよびポーツマスが合衆国軍に奪還されると、ゴスポート造船所はノーフォーク造船所に改称された。造船所は実際にはバージニア州ポーツマスに所在したが、同地域で最大の都市であるノーフォークの名が冠せられることとなった。合衆国海軍のこの決定は、ニューハンプシャー州ポーツマスに隣接のメイン州キタリーに所在する「ポーツマス海軍造船所」と混同されるのを避けるためであったと考えられる。
1794年に連邦議会は「海軍軍備提供法 An Act to Provide a Naval Armament」を可決し、合衆国連邦政府がバージニア州政府からゴスポート造船所を借用することとなった。1799年にはチェサピーク (USS Chesapeake) （コンスティテューションの姉妹艦）が本造船所で起工し、ゴスポートで建造された初の合衆国海軍艦艇となった。連邦政府は1801年に12,000ドルでバージニア州政府から本造船所を購入した。購入した土地の広さは16エーカー (65,000m²) で、これは現在の造船所の北東の角の部分にあたる。1827年には2つの乾ドックの建造が始まる。これらのドックはアメリカで最初のドックの一つであった。エリザベス川東の拡張地は1845年に購入された。
ゴスポート造船所はアンドルー・スプロールによって1767年11月1日に、バージニア植民地ノーフォーク郡のエリザベス川西岸に開設された。造船所の経営はイギリス海軍艦船および一般商船の建造、補修で成功したが、1775年のアメリカ独立戦争の勃発に際し、スプロールはイギリス王室に忠誠を誓って戦争初期にバージニア植民地を逃れた。彼の所有していた財産は独立派勢力にすべて没収され、造船所もその例外ではなかった。その後新たに成立したバージニア州政府が造船所を運営したが、1779年にイギリス軍の攻撃で造船所は炎上した。
明治12年（1879年）12月20日に正六位に叙され、翌年4月29日に大佐へと昇進し、6月8日には従五位に叙された。明治16年（1883年）2月5日に東京鎮台参謀長に任じられ、明治17年（1885年）5月21日には最年少で少将に昇進し、歩兵第11旅団長に任じられた。また、7月25日には正五位に叙された。この間、長男・勝典（明治12年（1879年）8月28日生）および次男・保典（明治14年（1881年）12月16日生）がそれぞれ誕生している。明治20年（1887年）1月から明治21年（1888年）6月10日まで、乃木は政府の命令によって、同じく陸軍少将の川上操六とともにドイツ帝国へ留学した。乃木は、ドイツ軍参謀総長モルトケから紹介された参謀大尉デュフェーについて、『野外要務令』に基づく講義を受けた。次いで乃木は、ベルリン近郊の近衛軍に属して、ドイツ陸軍の全貌について学んだ。ドイツ留学中、乃木は軍医として同じく留学中の森林太郎とも親交を深め、その交友関係は以後、長く続いた。帰国後、乃木は復命書を陸軍大臣・大山巌に提出した。この復命書は、形式上、川上と乃木の連名であったが、川上は帰国後に病に伏したため筆を執れず、そのほとんどを乃木が単独で書いた。その内容は、軍紀の確保と厳正な軍紀を維持するための綱紀粛正・軍人教育の重要性を説き、軍人は徳義を本分とすべきであることや、軍服着用の重要性についても記述されていた。その後の乃木は、復命書の記述を体現するかのように振る舞うようになった。留学前には足繁く通っていた料理茶屋・料亭には赴かないようになり、芸妓が出る宴会には絶対に出席せず、生活をとことん質素に徹した。平素は稗を食し、来客時には蕎麦を「御馳走」と言って振る舞った。また、いついかなる時も乱れなく軍服を着用するようになった。こうした乃木の変化について、文芸評論家の福田和也は、西南戦争で軍旗を喪失して以来厭世家となった乃木が、空論とも言うべき理想の軍人像を体現することに生きる意味を見いだしたと分析している。一方、乃木に関する著書もある作家の松田十刻は、上記の「復命書」で軍紀の綱紀粛正を諫言した以上、自らが模範となるべく振舞わねばならないと考えての結果という分析をしている。乃木は第11旅団（熊本）に帰任した後、近衛歩兵第2旅団長（東京）を経て、歩兵第5旅団長（名古屋）となった。しかし、上司である第3師団長・桂太郎とそりが合わず、明治25年（1892年）、病気を理由に2度目の休職に入った。休職中の乃木は、栃木県の那須野に購入した土地（現・同県那須塩原市石林、後の那須乃木神社）で農業に勤しんだ。これより後、乃木は休職するたびに那須野で農業に従事したが、その姿は「農人乃木」と言われた。