2015年1月26日、日本国内外の8749人は、朝日新聞が掲載した計13本の慰安婦記事について吉田清治の創作証言がそのまま採用され続けてきたことなどを「虚報」とした上で、「多くの海外メディアに紹介され、ねじ曲げられた歴史を国際社会に拡散させた」、「日本国と国民の国際的評価は著しく低下し、原告らを含む国民の人格や名誉が傷つけられた」とし、1人あたり1万円の慰謝料と謝罪広告の掲載を求める訴訟を東京地裁に起こした。訴状は山岸勝榮が執筆。同年、2月23日、2月中にも2次訴訟に踏み切り、原告数が2万3000人に達する見込みだと発表した。朝日新聞の慰安婦報道に対する集団訴訟は本市民組織以外にもアメリカ・カリフォルニア州グレンデール市近隣に住む在米日本人3人と国内の大学教授ら計約2千人が、『史実を世界に発信する会』を称し「慰安婦問題に関する誤った事実と見解が真実として世界に広まり、慰安婦像の設置などで定着した」、「日本人の尊厳を傷つけて国際社会における客観的評価を下げた。世界に対し謝罪を発信することが必要だ」として、同社に慰謝料と主要米紙などへの謝罪広告の掲載を求める訴訟を東京地裁に起こしている。10月14日、第1回口頭弁論が東京地方裁判所（脇博人裁判長）で開かれ、原告団長の渡部昇一は意見陳述で、「朝日新聞社長が慰安婦の実態について誤って認識している国連などを訪れ、訂正と謝罪をすることを望んでいるが、朝日新聞がそれをしないため、提訴した」と述べた。朝日新聞側は「吉田清治氏の証言に基づく記事を取り消したとしても、慰安婦に強制の要素があったことは否定されない。報道で原告や国民の名誉が毀損された事実はない」とし、争う姿勢を示した。2016年7月28日、東京地裁は「旧日本軍についての誤った報道で、日本政府への批判的な評価が生まれたとしても、個人の人格権が侵害されたと解するには飛躍がある」との判決趣旨で請求棄却。原告側は控訴したが原告団参加者も56人に減り、2017年9月、一審支持で棄却された。グループは期限までに上告しなかったため朝日新聞側の勝訴となった。
朝日新聞が、朝鮮人女性を「強制連行」し、「従軍慰安婦」にしたとの吉田清治の虚偽証言報道を2014年まで30年以上にわたって放置、訂正することがなかったことに関し、国際世論における日本人の名誉を毀損したとして、朝日新聞を糺すことにより日本人の名誉を回復することを目的として結成された。集団訴訟や新聞全段意見広告、朝日新聞社長と河野談話を発表した元国会議員の河野洋平の国会証人喚問を訴えるなど、「あらゆる手段と方法で朝日新聞と戦い、勝利し、朝日新聞を打倒し、日本人の名誉と誇りを取り戻します」としている。
当麻が感染したシンプルプランのウイルスはありふれたインフルエンザウイルスであると分かる。一同は安堵するが、疑問を抱いた当麻は推理の末、湯田の本名が「ユダ（Judah）」でありその正体がプロフェッサーJであると気付く。同じ頃、本性を現した湯田は警察病院で厳重に保護されているSPECホルダーたちのうち大人を虐殺、子供にウイルスを感染させる。子供たちには治療薬が効かず次々に死んでゆく。当麻はありふれたものに見せかけて、普通の人間とわずかにDNAの違うSPECホルダーだけに致死性を持つウイルスを作成したと見抜き残酷な手口に憤る。当麻は瀬文の見守る中、ついにSPECを使い、先人類たちの霊体である八咫烏の群れとともに空を駆け、ファティマ第三の予言に現れる「左手に火の剣を持つ天使」となって厚木基地内での国際会議に乱入する。八咫烏の起こす停電と事故で世界中が混乱に陥る中、警視庁屋上のアンテナに登った瀬文と吉川は、人類を滅ぼそうとするセカイと潤に遭遇する。彼ら先人類はガイアと調和して生きるSPECホルダーであり、その目的は、地球外より飛来したアミノ酸から変異して増殖し先人類を滅ぼして発展した、欲望にまみれた現人類からこの世界を取り戻すことだった。吉川は彼らと口論し屋上から転落させられる。瀬文は潤に銃を向けるが、そこへ里子が現れ、母として潤をかばい瀬文は銃撃を諦める。セカイたちは時を止めて屋上から瀬文を追い払い、湯田とともに先人類復活のための「ソロモンの鍵」として当麻を操り屋上に呼び寄せるが、当麻は彼らの操作を拒絶し、呼び出したSPECホルダーたちとともに対戦する。当麻たちは卑弥呼の協力でセカイらの目を欺き、彼らの予定通りに起きた基地の爆発や核ミサイルの発射をホルダーたちの協力で停止していた。セカイは怒りにかられ、そのSPECで卑弥呼、里子とその愛に心打たれ娘として寄り添った潤、そしてSPECホルダーたちを次々に消し、地上をマグマの噴出する火の海と化す。当麻はセカイのSPECを餃子ロボを鏡にして反射し彼らを冥界に堕とし、冷泉に貰った予言と卑弥呼の助言どおり、右手に宿るパラレルワールドを繋ぐ力で先人類の霊体を冥界に閉じ込めたうえ、死ぬことで人類を守ろうとするが、その肉体を通して外に飛び出そうとする先人類たちに抵抗され苦しむ。当麻は瀬文の名を叫び、現れた彼に自分を撃ち殺すよう頼む。瀬文は来世で当麻に待つよう約束し、放たれた銃弾が彼女を撃ち抜いた瞬間、世界は何ごともなかったかのように元通りになる。当麻の亡骸を前にした瀬文は、警官殺しの犯罪者として他の刑事たちに確保され、殴られる中で、空に浮かぶ当麻の姿を見る。エピローグ、謎の男女の声が、この世界の時間が巻き戻されたこと、当麻が時間の無間地獄の中にいることを語る。これまでの物語から当麻の姿が消え、少し変質した世界を彼女は浮遊して彷徨い、瀬文のいる牢獄の中に辿り着く。瀬文は漂う当麻に気付き、その腕を捉え、当麻はその腕を握り返し、互いの存在を認識した二人は微笑み合う。繰り返される歴史が語られ、エンドロールのあと、赤いキャリーバッグを引いた女と坊主頭の男の後姿が雑踏の中に消えてゆく。