1942年10月15日、中寮の舎生中尾勁三が日誌に以下の文章を書いた。（戦中戦後の中寮には寮生がローテーションで日誌を書く文化があった）「最近頻（しき）りにアメリカの天文学的数字の生産計画が報ぜられ、現に十月十三日の大朝にはその計画が着々と実行にうつされつつあることを大々的に報じている。諸君は之を如何に感ぜられましたか。（中略）事実それほどアメリカの生産力は大きいのです。『我に精神力有り』と口先だけで空元気を出してみても心の奥底では何かしら寂しさを覚えます。精神力は自ずから限度がある。同一の精密さの同一の武器を持って立った場合には一人の大和魂を持った兵士は三人の米兵に対することはできるだろうが、然らざる場合には如何に大和魂といへども打ち勝つことは出来ない。（後略）」中尾の予想通り、日本は物量に勝るアメリカに歯が立たず転進と玉砕を繰り返した。戦況はますます悪化し、学徒出陣が本格化した。法学部、文学部、経済学部の舎生はほぼ全員が出征し、何人かは戦死した。召集令状がまだ来ていない舎生も食料難に苦しみ、栄養失調で病気になる者が少なくなかった。1944年6月に炊事部が分析したところ、舎生の一日の摂取カロリーは約1600 kcal（キロカロリー）だった。食料を確保するため、舎生一同「寄宿舎農園」の拡張に取り組み、1944年10月までに160貫 (600 kg（キログラム）) の収穫物を得た。学徒出陣や生活レベルの低下は「寮内空気の無味乾燥」や「舎生の質の低下」をもたらした。とりわけ頻発する盗難は深刻な問題だった。総務委員は「非常に寄宿舎の内容に通じてゐる人」が犯人だと思ったが、「舎生が犯人であるとは絶対に考えられざる所である」と潔白を信じた。
1941年3月8日午後6時50分頃。中寮2階27号室の住人が電気ストーブをつけっぱなしにして外出したところ、火災が発生した。火災に気づいた舎生は中寮2階に集合し、総務（北寮・中寮・南寮の代表者）指揮の下、寮内設備の消火栓で消火を試みた。しかし水圧が不足していたのか放水の威力ははなはだ弱かった。消火に手間取っているうちに炎は天井から屋根裏部屋に燃え移り、西に延焼していった。火災は午後7時50分頃に下火となり、午後9時50分頃までに完全に鎮火した。中寮40室のうち5室が全焼し、17室が半焼、14室が水浸し、残る4室も破壊された。備品や私物も数多く失われた。中寮全体が居住不能になり、中寮寮生は南寮と北寮に移住した。死者はなく、寮生2名と健康相談所の用務員が消火作業中に軽傷を負った。中寮は翌1942年に再建された。その際には部屋の間取りが変更され、中寮は以前よりやや短くなった。
1935年、京大寄宿舎の敷地の管轄が旧制三高に移ったことをきっかけに、寄宿舎の廃止が大学内で議論されるようになった。一部の学生にお金を費やすべきではないこと、昨今の寄宿舎は風紀の乱れが著しいことが主張の根拠であった。危機感を持った寄宿舎は寮歌を制定してイメージアップを図るとともに、OB会の「舎友会」を結成して寄宿舎の支持基盤を強化した。1937年、日中戦争勃発の影響で廃止論は有耶無耶になった。
開舎以来、京大寄宿舎は寮食堂の運営を外部の賄業者に委託していたが、トラブルが少なくなく、何度か業者の変更を余儀なくされていた。1930年、寄宿舎は業者への委託を中止し、自ら炊フを雇用して食堂を経営する「自炊制度」の導入を決定した。炊フによる食料の横流し（1954年）や集団食中毒（1958年）など自炊制度もトラブルと無縁ではなかったが、自治精神の涵養には大いに役立った。自炊制度が導入された1930年には「自炊制度記念祭」が開かれた。総長、学生監、教授らも招いて、舎生による仮装や演劇が披露された。自炊制度記念祭は「吉田寮祭」に名前を変え、現在まで続いている。1930年以前の京都帝国大学には祭と名のつく行事は無かったことから「吉田寮祭は京大最古の祭りである」と主張する者がいる。
モンゴル侵入の報告が伝えられると、ベーラは貴族とクマン人に号令をかけ、軍隊の招集を試みた。モンゴル軍の通過した地域は略奪と虐殺に晒され、ペシュトの城壁の外ではモンゴル騎兵がハンガリー軍を誘い出すために連日挑発を行っていた。ペシュトの市民はクマン人がモンゴルの侵入を招いたとみなし、クタンと部下たちを殺害した。クタン殺害の報告が地方に伝わると、農民たちはベーラの元に向かおうとするクマン人たちを殺害する。合流したクマン人たちは報復として平原部と国境地帯で収奪を行い、略奪品を携えてブルガリアに移動した。ベーラが実施した王権の回復に不満を持つ大貴族は協力を拒み、ハンガリー軍は減少した兵力でモンゴルと戦わなければならなかった。1241年4月11日のモヒ（ムヒ）平原の戦いでハンガリー軍は大敗、エステルゴムとカロチャの大司教を初めとする聖職者と貴族が戦死し、ベーラの弟カールマーンも戦闘の負傷によって落命した。ベーラはプレスブルグ（現在のブラチスラヴァ）に逃れて、同地を訪れていたオーストリア公フリードリヒ2世の保護を受ける。しかし、フリードリヒは以前ベーラに支払った賠償金の返済を求め、ベーラは多くの財貨を引き渡し、オーストリアに隣接する3つの州の割譲を余儀なくされた。オーストリアからザグレブに移動し、神聖ローマ皇帝フリードリヒ2世と教皇グレゴリウス9世のもとに援助を求める使節を送った。フリードリヒ2世に対してはハンガリーに軍隊を送る見返りとして神聖ローマ帝国の宗主権を認めることさえ提案したが、いずれの勢力もハンガリーに援助を行わなかった。その頃モンゴル軍はドナウ川西部の領土を略奪し、翌1242年に凍結したドナウ川を渡ってより深く進軍した。ベーラはモンゴルの王族カダンの追跡から逃れるため、ダルマチアの海岸部に避難した。ダルマチア海岸の都市にはハンガリーからの亡命者が多く押し寄せ、ベーラは貴族と聖職者を伴ってスプリト、トラオに移動し、トラオからアドリア海沖の島に渡った。一方カダンはクリス城（クリッサ）にベーラが立て籠もっていると考えて包囲を行うが失敗し、ベーラがクリッサにいないことを聞き知ると包囲を解き、トラオとスプリトに軍を分けて進軍した。トラオに到着したカダンはベーラが籠る島の向かいに陣を敷くが、1242年3月にオゴデイ・ハーンの訃報が届けられると東方に帰還した。ベーラはモンゴル軍が完全に退却したことを確認して島から出、島に自分の名を冠した「ベーラ島」という名を付けた。