1966年10月25日、日本政府はシンガポールとの間で、2,500万シンガポール・ドル相当の日本の生産物と役務を無償で供与する、という内容の戦後賠償協定を締結し、その協定を1967年9月21日にシンガポールにおいて両国外相が「第二次世界大戦の間のシンガポールにおける不幸な事件に関する問題の早期のかつ完全な解決」のためであるとして調印した 。1976年2月15日の追悼式（日本占領時期死難人民記念碑にて毎年開催）には、高橋・シンガポール日本人会会長と林・日本商工会議所会頭が参列、供花した。1994年8月28日に、村山富市首相が日本の首相として初めて慰霊塔（日本占領時期死難人民記念碑）を訪れ、献花した。2017年2月15日の75周年の追悼式では、日本大使の篠田研次が初めて、追悼式に日本国代表として公式参加し、慰霊塔（日本占領時期死難人民記念碑）に献花した。篠田大使は「深い悲しみと哀悼の意」を「日本人の圧倒的多数とともに共有」と慰霊の言葉を述べた。日本大使の参加は、日本を「敵ではなく平和のパートナー」として参加することを現地の追悼委員会の委員長が提案し、声かけしたもので、現地でも広く報道された。また、当日は、現地のシンガポール日本人学校からも、代表として参加した現地在住日本人の子弟である生徒2名が、慰霊のために折った折鶴を持参して追悼した。
事件の裁判に関する資料のうち、起訴状や宣誓供述書（日本語訳）は、弁護側の弁護士が日本に持ち帰った記録が刊行された中に含まれているが、裁判の速記録や証拠書類などはイギリス国立公文書館にしか現存しない。また河村少将の日記はその「抜粋」のみが東京裁判に提出され、現物の存在は不明となっていたが、1941年10月6日から1943年4月10日までの日記がイギリス国立公文書館に保管されていた。東京裁判には内容が少し異なる2種類の河村日記からの「抜粋」が証拠として提出されているが、日記原本と照合すると両者とも内容が原本と大きく異なっている。これは戦後、戦犯問題に対処するために日本陸軍が設置した俘虜関係調査中央委員会が「抜粋」を作成する際に被告人の弁護に有利になるよう、意図的に内容を改竄したものとみられている。
シンガポール粛清事件による犠牲者の総数は、裁判の起訴状に記載がなく、公判の中でも明らかにされなかった。確認文書の中で確認官は「数千人」と記載している。戦後東京で陸軍大臣の下につくられた俘虜関係調査中央委員会第4班（責任者・杉田一次元第25軍参謀）の報告書では「3月末までに厳重処断を受けたるもの約5千名なり」とされているが、これは河村少将の日記に拠るものとみられている。シンガポール裁判に提出された証拠書類の中で、同盟通信の記者で第25軍のマレー作戦に従軍していた菱刈隆文は、1942年2月16日にシンガポール入りしてから2,3日後に、杉田参謀が、第25軍参謀作戦部（辻中佐、林少佐）の計画で抗日分子の容疑で5万人の中国人が殺されることになっていると話し、後に5万人を殺害することは不可能だと分かったが約半数は処刑したと話したこと、その約1ヵ月後に林参謀からも5万人を殺害する計画だったが約半数を殺害したときに作戦停止命令が出されたとの話を聞いたことを陳述している。シンガポールの許雲樵元南洋大学教授が作成した名簿では、犠牲者数は8,600人余りとなっている。
1964年東京オリンピックでは、その招致の前哨戦となる1958年の東京アジア大会の聖火台を再利用した。大会組織委員会から、「納期3カ月で製作費は20万円」という条件だった。これは、同様の物を造るとなると最低でも8カ月かかるとされ、費用も相場の20分の1の価格であったため、大手企業から軒並み断られてしまった。組織委員会は、当時の川口市長大野元美に対し、アジア大会に間に合わせるため、聖火台の製作を依頼してきた。大野は、鋳物づくりの名工とうたわれた鈴木萬之助を指名した。だが、萬之助は第一線を退いたこともあり、萬之助の長男である鈴木幸一が「割に合わない」とこの依頼を断ったが、萬之助が「俺がやる。こういう仕事は損得を考えるな」と言って依頼を請け負った。聖火台の製作に入った萬之助は、三男である鈴木文吾を誘い二ヶ月後に鋳型を完成させたが、湯入れ作業で爆発事故が起き、このショックと過労で8日後に萬之助は亡くなった。しかし、納期までは一ヶ月を切っていたため、文吾は兄弟と萬之助の教えを受けた周囲の職人たちの協力のもと、不眠不休で第二の聖火台を製作して2週間の作業の後、何とか納期に間に合わせ、国立競技場の南側スタンド上部へ設置された。文吾は、「もし自分まで失敗したら腹を切って死ぬつもりだった」という。この聖火台は東京アジア大会の物であるため、東京オリンピックでは新しい聖火台を製作する構想が持ち上がった。だが、鈴木父子の話を聞いた河野一郎オリンピック担当大臣の英断により、オリンピック聖火台として正式採用されることとなり、オリンピックに向けて行われた拡張工事の際に増築されたバックスタンド上部へと移設された。聖火台は高さ2.1m、最大直径も2.1mで重さは約4トン。設計・デザインは国立競技場の設計者でもある角田栄ほか4名によって行われ、20の横線は、東京アジア大会での参加国・地域の数、波模様は太平洋を表している。この聖火台は、文吾の手により製作者名として父・萬之助の名を指す「鈴萬」の文字が彫り込まれ、国立競技場が解体されるまで置かれた。解体後、新国立競技場建て替えの間は東日本大震災の被災地等に貸し出される事になった。2015年に宮城県石巻市に貸与され、石巻市総合運動公園に設置された。聖火台は2019年3月まで石巻市に展示され、その後は岩手県と福島県へ貸し出しが行われ、両県内を巡回した。2019年10月から、製造地である川口市に戻り、2020年3月まで川口駅東口の川口駅東口公共広場（キュポ・ラ広場）で展示される。展示終了後は、新国立競技場の東側ゲート正面に移される予定である。また、萬之助の聖火台も修繕を経て、2004年に川口市の青木町公園に置かれている。