廃車された車両は基本的に行徳検車区（現・深川検車区行徳分室）にて解体処分され、産業廃棄物処理業者を経て金属屑として売却されている。ただし、ステンレス車に組み込まれて1993年（平成5年）に廃車となったアルミ車5453号車は、営団地下鉄と社団法人日本軽金属協会（当時）と共同でアルミ合金別に選別、回収、溶解の上、元のアルミ合金に蘇らせた。そして、05系第24編成の車体構体部品や車内の荷棚受け、つり手棒受け等にリサイクルされた。鉄道車両構体のリサイクルは当時日本で初めての試みだった。この時に営団はアルミ車体が熱や荷重によって、どの程度痛んでいるのかを測定したところ、25年程度の使用では補修の必要はないとの結果が出た。
2005年（平成17年）末から東京地下鉄では優先席付近のつり革を白色からオレンジ色に交換を進めていたが、東西線用では全編成が交換されなかった。2006年（平成18年）10月に公開された映画『地下鉄（メトロ）に乗って』の撮影のため、当時東西線に残っていたアルミ車編成が300形をイメージしたラッピングに変更された。撮影終了後は元に戻されている。2007年（平成19年）1月27日に深川車両基地で開催された「さようなら東西線5000系車両撮影会&工場見学会」では、同日時点で在籍していた第59編成（ステンレス車）・第90編成（アルミ車）が05系第02・43編成や東西線転入直後の07系第03編成とともに展示された。第59編成については途中から「さよなら東西線5000系」と表記された特製ヘッドマークを先頭車前面に装着し、前述の通り同月29日から3月17日の最終営業日まで営業運転に使われた。また、イベント終了後に廃車が決定していた第90編成は車内に開通式や車両の思い出を中心に東西線の昔の写真を展示した後、予定通りに廃車された。このほか、このイベントを記念して特製の一日乗車券も発売された。2007年（平成19年）12月15日に綾瀬車両基地で開催された「綾瀬車両基地見学会&車両撮影会」では、5952Fが地下鉄開業80周年記念ステッカーを先頭車前面の車両番号プレートの下部に貼り付けし、自動洗浄機体験に使用された。
冷房化工事など事実上の延命工事を実施していた車両も、予定通り改造から10年程度を経た1999年（平成11年）度から廃車が開始された。この時に投入された05系は8次車として大幅なマイナーチェンジが行われたものとなった。同時期には東西線用のアルミ車6両が千代田線北綾瀬支線へと転属されたが、詳細は後述する。その後、2003年（平成15年）度までに10両編成15本（150両）が廃車された。そして2004年（平成16年）4月1日の帝都高速度交通営団（営団地下鉄）民営化による東京地下鉄（東京メトロ）発足時における東西線用の車両数は10両編成8本（80両）となった。この時点で在籍していた車両は、車体前面・側面に設置していた営団団章「Sマーク」（シンボルマーク）は東京メトロ「ハートM」マークへと交換された。ただし、本形式の側面窓上部のマークは小形であること、また東西線用車両では乗務員室扉直後へのコミュニケーションマークの貼り付けは見送られた（後述の千代田線用車両はコミュニケーションマークは設置済み）。その後は05系13次車の投入や有楽町線への10000系投入によって同線から転属した07系によって全車両が置き換えられた。これは2007年（平成19年）3月に東西線の保安装置は、開業以来のWS-ATCから新CS-ATCへの切り換えが予定されていたことから、切り換えを前にした2007年（平成19年）3月17日が東西線における最終運行日となった。
スキンステンレス車両については車体の老朽化等もあることから、6000系以降の車両に施工した大掛かりな更新工事は施工せず、置き換え時期を迎えた車両から順次廃車を実施した。
弁才船の名の由来は複数の説があり、確たるものは存在しない。中世に運漕（海運）の従事者は弁済使と呼ばれており、これに因むという節や、へさきがある船を意味する舳在船（へざいせん）が転じたという節などがある。なお、弁才船の船乗りは弁財衆または弁財者と呼ばれた。元々は瀬戸内海で使用された中小船舶だった。近世前期の弁才船の積石数は110石から960石で、主力は250石前後であった。18世紀（元禄末期）より船型も逐次大型化し、350石積が主力となり1000石を超える大型船も登場し、江戸時代後期には1000石積が主流となった。この頃には弁才船が広く普及し他の船型を駆逐した結果、廻船といえば弁才船を指すようになった。千石船（せんごくぶね）は、船型に関わらず積石数（つみこくすう）を意味していたが、千石積みの弁才船が広く普及したため弁才船の俗称として千石船と呼ばれるようになった。当初の弁才船のみに見られる特徴と言うものはあまりない。船体構造は航（かわら）・かじき・中棚・上棚の外板と多数の梁によって構成され、伊勢船や二形船と変わらず、船尾構造にも違いはない。ただ、船首のみが関船と同じ太い一本水押となっており、特徴と位置付けられる。これは他の船首形状に比べて速力や凌波性に優れており、この点が弁才船に改良が行われ他の船種を圧倒した要因と言える。ちなみに北前船・菱垣廻船・樽廻船は弁才船であり（北前船は他の船と多少の違いはある）、五大力船などの小廻船も基本的には弁才船と同じ構造をしていた。