現在の秋田県は、令制国での出羽国と陸奥国の各一部（明治初年にそれぞれ分割されたうちの羽後国と陸中国の各一部）からなる。「秋田」の名前の由来は、飛鳥時代の斉明天皇4年（658年）に阿倍比羅夫の日本海遠征において、この地を訪れ地名を「齶田（あぎた）」と報告したことから始まる。「齶田（あぎた）」はアゴに似た地形から付けられたものだともいわれており、雄物川河口部の古地形のことを示している可能性がある。その後、天平5年12月26日（734年2月4日）に庄内地方にあったとされる出羽柵が高清水の岡に移し置かれ、後に天平宝字年間頃には、「秋田城」と呼ばれるようになり、「秋田」の表記で定着した。中世後期には日本最古の海洋法規集「廻船式目（廻船大法）」には三津七湊の一つとして「秋田湊」と呼ばれ重要な湊の一つに数えられた。
称徳天皇はこの地の出身の僧・道鏡を寵愛し、太政大臣禅師さらに法王に任じ、天皇に準じた待遇を与えた。765年（天平神護元年）の紀伊行幸に際し、行宮を設けて立ち寄ると、弓削寺に参詣した。769年（神護景雲3年）、和気清麻呂の宇佐八幡宮神託事件直後、離宮を建て由義宮とした。離宮は道鏡の郷里である若江郡を中心に、高安郡、大県郡の広範囲にまたがって設営された。河内国を河内職と改め、特別な行政地域とし、長官に藤原雄田麻呂（後の百川）を河内大夫に任じた。称徳天皇は770年（神護景雲4年）2月から4月にかけてに由義宮に行幸し、その時に船連浄足ら帰化人の男女230名余が歌垣を催したと『続日本紀』に記されている。しかし、8月に天皇は崩御。道鏡が下野国へ下向した直後に河内職は河内国に戻されている。
東京都目黒区鷹番で小学校生活を送る。小児喘息で病弱な少年時代を過ごす。少年期から、アウトサイダー的で下品な人々に惹かれる性格であった。漫画マニアであったが、なかでも古本屋で購入した水木しげるの『墓場の鬼太郎』に衝撃を受ける。15歳から漫画雑誌『ガロ』を読むようになり、「この雑誌になんらかの形で参加したい。それには漫画家になるしかない」と思いつめる。大学時代、半自伝的な著書『因果鉄道の旅』にある通り、友人の中で、非常に自分勝手で下品な人物を発見。そのあまりの悪行ぶりに、のちに「幻の名盤解放同盟」を結成する船橋英雄らと、その友人宅に勝手に入り込むなどして、その悪行ぶりを「研究」してミニコミにまとめる。以後、「因果者」「電波人間」などの異常な人物や物件を「取材」することをライフ・ワークとするようになる。糸井重里と湯村輝彦が共作した漫画「ペンギンごはん」シリーズに刺激され、『ガロ』に漫画を持ち込み一作目で一発入選、この入選作は『月刊漫画ガロ』1981年9月号に「青春むせび泣き」として掲載され、デビューを果たす。当時のヘタウマブームに乗り『平凡パンチ』や『月刊現代』に連載を持つ。80年代での活動の場は、進研ゼミの学習誌からエロ本まで非常に幅広かった。他にも、過去に売れなかった歌謡曲の発掘（アクの強い楽曲が多い）を湯浅学（音楽評論家）、船橋英雄と「幻の名盤解放同盟」と称して共同でおこない、P-VINEレーベルから復刻版が多数発売された。一方で、湯村輝彦の影響を受けた、ソウル・ミュージックのコレクターでもある。1990年代以降は漫画の執筆が減り、嫌悪や憐憫を誘う、敬遠されがちな事柄を根本独自の観点で描くエッセイを執筆している。1990年代前半に「電波系」という用語を案出し、奇妙な行動をとる人々のレポートを雑誌などに執筆、実際に「電波」を受信するという鬼畜系ライターの村崎百郎と対談を行い、『電波系』（太田出版）の共同執筆も行なった。韓国や北朝鮮の文化にも造詣が深く、韓国では「下世話な音楽」と敬遠されているポンチャックを日本に紹介し、一時的なブームを呼んだ。結婚後、パリ人肉事件の佐川一政の近所に引越し、友人として交流している。また、3子（下の2人は双子）の父でもある。近年は、渋谷の「UPLINK・FACTORY」にて「根本敬の映像夜間中学」という、みずから撮影した特殊な映像を上映、解説するイベントを、毎月おこなっている。根本は、著書『因果鉄道の旅』の中で「でも、やるんだよ！」という言葉を広めた。これは周囲から無駄な事と思われようとも、無理だと分かっていて挫けそうになろうとも、その対象に人生を掛けて俄然と立ち向かう際の意気込みを込めたフレーズであり、1993年の『週刊SPA!』誌上にて流行語大賞を獲得した。映画評論家の町山智浩はこの言葉に影響を受け、自身の活動時に度々引用することがある。ある意味さ、負け戦を承知で何かその大きなものに挑んでるっているようなさ、ものは感じていたわけね　カウンターカルチャーでもサブカルでも何でも良いんだけれども自分たち周辺の人間たちが、それこそナリワイにしている悪趣味の連中にしても何にしても、どっか世間的な意味での成功者には成りにくいと思う　将来はもしかしたら本当に食えなくなったりとか、野垂れ死にするかもしれないけれども、でも、生きてる限りはやっぱりね、自分にはそれをやり続けるしかないんだっていうで、挫けそうになる時に「でもやるんだよ！」って言葉に支えられるんですよ、みんなそういう人達によって、日本のね、それこそサブカルチャーは成り立ってるわけですから — 『ニッポン戦後サブカルチャー史Ⅲ』 サブカルチャーが迎えた「世紀末」より根本敬談