一部の著作を除き世界観が時系列で繋がっており、『S&Mシリーズ、Vシリーズ、四季シリーズ、百年シリーズ』が一連のサーガとなっている。また、『Gシリーズ、Xシリーズ、Wシリーズ』や短編集等とも世界観を共有している。『S&Mシリーズ、Vシリーズ、百年シリーズ』は予備知識がなくても読むことができ、『四季シリーズ、Gシリーズ、Xシリーズ、Wシリーズ』等は他シリーズで設定をあらかじめ把握した上で読んだ方がより良いとされる。（もっとも、作者である森自身はどのような順番で読んでも良いと繰り返し述べている）
デビュー前から一貫してMacユーザであり、ワープロソフトはクラリスワークス、インプットメソッドはATOKが気に入らなかったため、ことえりを使っていたが、後にATOKへ移行した。京極夏彦とともに手書きやワープロ専用機ではなく、デビュー当初からパソコンで執筆を完結させる作家の先駆けとされている。
デビュー後から非常にハイペースで刊行を続けている。特に文庫化され始めたデビュー3年目以降は年に10作品以上が刊行される状態であり、2004年には毎月1冊以上刊行して合計27冊、2006年にも合計26冊を記録した（文庫落ちを含む）。かなりのハイペースであったが、出版業界で常態化していた締め切りに多少遅れるのが普通、という姿勢を知らなかったため、遅れないように一部の依頼を断っていた。このため事前に確約した締め切りに遅れることはなかった。デビューから10年ほど過ぎた頃から、趣味に使う時間を増やすため刊行ペースを落としたが、文庫を含むと年に10冊を超えることが多い。
作者が工学部の助教授であったことに加え、デビュー当時は一般的でなかったコンピュータや電子メールを駆使する人物、科学や工学分野に関する専門的な会話が説明なしに交わされたり、作中で難解な数学問題が提示されるという展開から「理系ミステリ」と評された。理系と称される要因の1つとして、「外来語のカタカナ表記において音引きを省略する」という原則を徹底していることが挙げられる。これは理系分野においては一般的に外国語の単語をカタカナに直す際に長音を省くことが多いためであるが、森の場合、日常語においても音引きを略すのが特徴的である。かつて日本工業規格（JIS Z 8301）において「その言葉が3音以上の場合には、語尾に長音符号をつけない」という規定があった。「コンピュータ」など一部の語のみ長音記号を省略する小説家はいたが、これを徹底して小説に持ち込んだ。また、独自のルールとして子音+yで終わる言葉には「ィ」を用いている（例：mystery → 「ミステリィ」）。
同時期にデビューした京極夏彦、森の影響を公言し「神」とまで評価する西尾維新、哲学者の土屋賢二らとは複数回対談を行っている。特に京極や土屋とは一緒に旅行へ行くほどの仲だという。また森に続いてメフィスト賞でデビューした清涼院流水の作品にゲストとして参加したり、清涼院が立ち上げた作家の英語圏進出プロジェクト・The BBBに参加するなどしている（2016年３月に英語版短編集『Seven Stories』を刊行。『スカイ・クロラ』の英訳も予告されている）。他にもよしもとばななとは家族ぐるみの交流がある。その一方で小説家の知り合いは少ないとも発言しており、文庫版の解説に起用されるのも、落語家や学術関係者など出版業界とは関係の薄い人物や、同人作家時代に知り合った漫画家であることが多い。
学生時代から多趣味であり、鉄道模型・飛行機模型・音響装置・自動車などに関する記述がホームページ上で多く見られる。特に小学生の頃にHOゲージから始めた鉄道模型は、デビュー後に購入した敷地に5インチゲージの庭園鉄道「欠伸軽便鉄道弁天ヶ丘線」（2010年5月で廃線）や「梵天坂線」を「開業」し、車両制作のために大型の工作機械を導入するなど、本格的なレベルで活動している。鉄道には招かれた作家や編集者以外にも、ファンの集いなどで乗車会を行っている。愛犬の森都馬はこの庭園鉄道の「駅長」を長く務めた。都馬の死後は、パスカルが「駅長」、ヘクトが「助役」を務めている。自動車好きを公言しており、愛車は予約して購入したホンダ・ビートと、印税を元に購入したポルシェ・911。他にミニや、光岡のキットカー「K-2」なども所有している。
妻は同人活動で知り合ったイラストレーターのささきすばるで、小説家としてデビュー後は小説の挿絵や絵本で共著がある。かつて飼っていたシェットランド・シープドッグの「森都馬（もり とうま）」が、2005年3月24日に死んだ後は、同じくシェットランド・シープドッグの「パスカル」および「ヘクト」を飼っている（両方とも雄）。
チームは2004年5月に名称をレイホール・レターマン・レーシング (Rahal Letterman Racing) に変更した。2005年シーズンは2004年のインディ500勝者であるバディ・ライスに加えてヴィットール・メイラ、ダニカ・パトリックの3名が起用された。2009年にフル参戦から撤退しインディ500に専念していた。2011年には実業家のマイク・ラニガンが経営に参画し、チーム名もレイホール・レターマン・ラニガン・レーシングに改称された。2012年に再びフル参戦を表明、KVレーシングに所属していた佐藤琢磨を起用した。インディ500以降、佐藤のチームメイトになるドライバーには当初ルカ・フィリッピが挙げられていたが、ミシェル・ジョルダインJr.に決定した。2013年以降はチームオーナーであるボビー・レイホールの息子であるグレアム・レイホールのワンドライバーで制インディカー・シリーズに参戦中。2018年シーズンは再び佐藤琢磨がアンドレッティ・オートスポーツから移籍、グレアムとの2ドライバー制で参戦する。2019年もレイホールと佐藤が残留し、2台体制で参戦する。