三重県一志郡豊地村（現・松阪市）の地主の家に生まれた。東畑吉之助の三男。1923年に第三高等学校理科乙類、1926年に京都帝国大学工学部建築学科を卒業。1932年に東畑謙三建築事務所を設立。以後、武田五一の弟子として関西の建築業界を牽引した。日本建築家協会名誉会長。日本建築学会名誉会員。1961年、1970年、1976年、1980年の4度にわたって建築業協会賞を受賞。1969年、1981年の2度にわたって日本建築学会賞を受賞。また、藍綬褒章・紺綬褒章・勲三等瑞宝章（1972年）を受章している。妻博子は岩井商店岩井勝次郎の四女。兄に農業経済学者の東畑精一、哲学者の速水敬二、弟に農林事務次官を務めた東畑四郎がいる。
珪藻類は一般に貯蔵物質としてトリアシルグリセロール（TAG）を生成し、細胞内に油滴として包含する。フェオダクチラムは TAG とともにエイコサペンタエン酸（EPA）を多く産生する事が知られており、脂肪酸合成を促進するような培養条件の検討や有望株のスクリーニング、脂肪酸代謝経路の解析、効率の良い抽出方法の検討などが進められている。
2012年までに全ゲノムが解読された珪藻は2種あり、その一つが P. tricornutum である（もう1種は中心目の Thalassiosira pseudonana）。フェオダクチラムのゲノムには原核生物由来と予想される配列が10％程度含まれており、この割合は他の既知の真核生物のそれと比較してかなり高い。ゲノムが解読される以前より、本種は EST 解析が進められてきた生物でもある既に 30,000 以上の EST がデータベースにまとめられ、公開されている。
一般に珪藻は無性生殖（二分裂）を繰り返すと、細胞の大きさが減少して生育不能となり、それ以上の継代のためには有性生殖（増大胞子の形成）によるサイズの回復を経なければならない。しかしフェオダクチラムの無性生殖はサイズの低下を伴わないとされ、有性生殖無しで培養株を維持することができる。一方、有性生殖を行うのかどうかは確認されていない。
この頃、京都へ尊王攘夷派の志士が集い、「天誅」と称して反対派を暗殺するなど、治安が極端に悪化。逆に尊攘派の代表と見られた姉小路公知が暗殺される事件（朔平門外の変）も起き、犯行に関与したとみられた薩摩藩など公武合体派の勢力が一時低下した。長州藩は8000名と言われる駐在兵を京都に置き、シンパを含めれば三万を動員できるとされた。尊攘派の擡頭により朝廷・幕府政治の混乱が起きていることを憂えた孝明天皇の意をくみ、中川宮朝彦親王は極秘に会津藩・薩摩藩に長州藩の追放を命ずる。1863年9月30日（文久3年8月18日）に、宮廷の御門を制圧した会津・薩摩は、長州藩兵および三条ら7人の公卿を長州へ撤退させるクーデタを決行し（八月十八日の政変、七卿落ち）、長州藩系の尊攘勢力の一掃に成功した。いっぽう1864年2月7日（文久3年12月30日）には徳川慶喜・松平春嶽・松平容保・伊達宗城（宇和島藩主）・島津久光による初の諸侯会議となる参預会議が開催され、神奈川鎖港談判、長州藩の処置、大坂港の防備強化などの議題が話し合われた。幕府を代表する慶喜は神奈川鎖港を主張。この時期に至って条約の破棄はできないとする春嶽・久光は帰国して翌年3月には崩壊。参預会議体制はわずか数ヶ月しか持たなかった。この後、朝廷から禁裏御守衛総督・摂海防禦指揮に任ぜられた慶喜は、京都守護職松平容保（会津藩主）・京都所司代松平定敬（桑名藩主）兄弟らとともに、江戸の幕閣から半ば独立した動きをみせることとなる（一会桑体制）。この頃、各地で尊攘過激派による実力行使の動きが見られたが、いずれも失敗に終わっている。1863年9月29日（文久3年8月17日）、大和では公卿中山忠光、吉村寅太郎・池内蔵太（土佐藩士）、松本奎堂（三河刈谷藩士）、藤本鉄石（岡山藩士）、さらには河内の大地主水郡善之祐らも加わった天誅組の変が勃発し、続いて但馬では澤宣嘉（前年京都から追放された七卿の一人）・平野国臣（福岡藩士）らによる生野の変が連鎖的に発生した。また土佐藩では一藩勤皇を唱えた武市瑞山が率いる土佐勤王党（前年に藩執政吉田東洋を暗殺）が公武合体に戻った元藩主の山内豊信により弾圧され尊攘勢力は後退した。さらに水戸藩では1864年5月2日（元治元年3月27日）、藤田小四郎・武田耕雲斎ら天狗党が筑波山で挙兵。水戸藩の要請を受けた幕府軍の追撃により壊滅させられる事件も発生した（→天狗党の乱）。このような状況下、前年の八月十八日の政変以降影響力を減退していた尊王攘夷派の中心・長州藩では、京都への進発論が沸騰。折から京都治安維持に当たっていた会津藩預かりの新撰組が、池田屋事件で長州藩など尊攘派の志士数人を殺害したため、火に油を注ぐこととなり、ついに長州藩兵は上京。1864年8月20日（元治元年7月19日）、京都守備に当たっていた幕府や会津・薩摩軍と激突し、御所周辺を巻き込んだ合戦が行われた（→禁門の変）。この戦で、一敗地にまみれた長州藩は逆賊となり京から追放され、幕府から征伐軍が派遣されることとなる。さらに9月5日（元治元年8月5日）には、前年の下関における外国船砲撃の報復として、イギリス・フランス・アメリカ・オランダ4国の極東艦隊が連合して下関を攻撃。装備に劣る長州はここでも敗れ、長州藩は窮地に陥った（四国艦隊下関砲撃事件）。