丸山のゼミナールからは多くの政治学者・社会思想史家を輩出した。彼らは総じて「丸山学派」と言われ、日本の政治学を飛躍させた。日本政治思想史専攻以外にも、篠原一、福田歓一、坂本義和、京極純一、三谷太一郎といった東大系の政治学者は、多かれ少なかれ影響を受けており、かつそれをさまざまな形で公言している。狭義の政治学界の外でも、社会科学者の小室直樹などは丸山眞男から政治学を学び、作家庄司薫、異色官僚の天谷直弘、社会民主連合創設者で、参議院議長となった江田五月、教育学者の堀尾輝久なども丸山ゼミ出身。亡き後の政治学界や言論界にはなお崇拝者、信奉者が多く、戦後日本を象徴する進歩的知識人の一人であった。
前記の時論的な論述のほか、日本政治思想史における業績も重要である。第二次世界大戦中に執筆した『日本政治思想史研究』は、ヘーゲルやフランツ・ボルケナウらの研究を日本近世に応用し、「自然」-「作為」のカテゴリー を用いて儒教思想（朱子学）から荻生徂徠・本居宣長らの「近代的思惟」が育ってきた過程を描いたものである。また、明治時代の思想はデモクラシー（民権）とナショナリズム（国権）が健全な形でバランスを保っていたと評価し、特に日本近代を代表する思想家として福澤諭吉を高く評価し、「福澤惚れ」を自認した。日本学士院ではもっぱら諭吉の研究を行い、日本思想史研究における生涯の大半を福沢の研究に費やした。丸山の『福沢諭吉論』はそれ以降の思想史研究家にとって、現在まで見過ごすことのできない金字塔的な存在となっている。『日本の思想』（岩波新書、1961）の発行部数は2005年（平成17年）5月現在、累計102万部。大学教員達から“学生必読の書”と評される他、この中に収められている『「である」ことと「する」こと』は高校の現代文の教科書にも採用されている。1985年（昭和60年）にはフランスにおける最初の日本語のアグレガシオン（教授資格試験）の和仏訳、テキスト分析の試験問題にも選ばれている。早くから海外に翻訳され、現在も再版されていることは特筆に値する。まず、1963年（昭和38年）に『現代政治の思想と行動』Thought and Behavior in Modern Japanese Politics が英訳出版された。続いて1974年（昭和49年）には『日本政治思想史研究』Studies in the Intellectual History of Tokugawa Japan が英訳され、1996年（平成8年）にその仏訳 Essais sur l'histoire de la pensée politique au Japon が刊行された。1988年（昭和63年）には『近代日本の知識人』Denken in Japan が、2007年（平成19年）には「超国家主義の論理と心理」、「近代的思惟」などを収めた Freiheit und Nation in Japan がそれぞれドイツ語訳されている。また「丸山論」は、没する前後から年数冊のペースで、刊行され続けている。
渡朝した際の空き時間にたまたま中国語の聖書を読み、これをきっかけにキリスト教徒となる。上述の建白書を提出した翌年の1875年（明治8年）、吉岡はプロテスタントの一派である長老派の新栄橋教会でディビッド・タムソンから夫婦で洗礼を受ける。キリスト教に改宗し、位階勲等を返上する。また、デイビッド・タムソンとG・H・F・フルベッキに師事し、聖書を学ぶ。ついで1878年（明治11年）9月、本郷日本基督一致教会（長老派）の創立に参加して長老に選出された。この時期の彼の言論としては、1879年（明治12年）10月、海外伝道委員会で朝鮮布教に消極的意見を述べている。また、福澤諭吉が三田演説会でキリスト教批判をおこなった演説「宗教ノ説」が『名家演説集誌』第2号に掲載されると、1882年（明治15年）8月30日発行の『六合雑誌』第3巻第26号に「駁福澤氏耶蘇教論」を発表し、「我日本帝國ヲシテ強盗國二變ゼシメント謀ル者」であり、「徒ラニ怨ヲ四隣ニ結ビ憎ヲ萬國ニ受ケ不可救（すくうべからざる）ノ災禍ヲ将來ニ遺サンコト必セリ」と批判している。1883年（明治16年）5月、東京で開催された第三回全国基督教信徒大親睦会に主催者の幹部として参加し、講演を行う。 その後の吉岡は、東京基督教徒青年会（東京YMCA）創設に関与する。長老をしながら、信徒伝道と神学研究を行い、伝道師に合格し、1884年（明治17年）に一致教会大阪北教会に赴任する。大阪北教会では教会建設、また高知高知県特別伝道応援を行う。1888年（明治21年）には高知教会に赴任し、高知教会の基礎を築く。1889年（明治22年）に按手礼を受け、正式に牧師になる。1892年（明治25年）には京都室町教会に赴任し、建設と会堂建築を行う。1898年（明治31年）に再び大阪北教会牧師になる。1909年（大正8年）に大阪北教会を退任し、伊賀上野教会を牧会する。1914年に牧師を引退して東京に移る。東京では、富士見町教会で聖書を教え、東京神学社で陽明学を教えた。1927年（昭和2年）より、神奈川県三浦郡葉山町（湘南葉山）に転居して晩年を送り、1932年（昭和7年）に死去（数え年で86）している。