御庭番が幕臣としての身分を隠し、遠国に実情を調査に出かける旅行のことを「遠国御用」という。前述したように、彼らは一般に言われるような華々しい間諜行動はとらなかったようだが、それでもしばしば命ぜられる遠国御用は重要な任務だった。御庭番に関しては、台命を受けてすぐに幕府御用達呉服店におもむき、秘密の部屋で変装して家族にも告げず、ただちに出立するといった記述をよく見かけるが、御庭番自身の談話や彼らの書き残した記録、幕府に残る公的記録からは、これが伝説に過ぎないことが見て取れる。実際には、情報収集の命令を受けた御庭番は、出発前に一度自宅に戻って綿密に準備していた。彼らは、幕臣として出世後に御庭番の職務を離れた長老までも含めた、御庭番家筋の間で相互に親密に連絡を取り合っており、台命を受けた御庭番は家筋の長老をはじめとする先輩御庭番たちに、調査内容について相談していた。それでも表向きには、御庭番たちは「他人はもとより親兄弟と雖も職務上の秘密を漏らさない」旨の誓紙を就任時に提出していた。また、江戸で事前の調査を行い、予備知識を蓄えてから出発した。調査報告にあたっても報告は書面で認め、先輩御庭番たちの校閲を経てから報告が行われた。隠密調査中は、公式には病欠扱いとされていたようである。報告書上の旅程は、下命直後に出発して帰着直後に復命した、という形式をとったが、実際には事前の準備と事後の報告書作成のため、前後数日間の在宅期間が存在していた。これは、脇目もふらず職務に邁進したという建前をとる必要があったことと、日割で出張手当が支給されたことによると考えられる。遠国御用のたびに立ち寄ることになる京都・大坂には、毎回御用を命ぜられた御庭番が立ち寄る御用達町人が、御庭番の隠密調査を支援するための一種の現地スタッフとして配置されており、御庭番は初めての御用でも彼らの助けを得て無事に任務を果たすことができた。
御庭番は、吉宗のとき紀州藩で薬込役と呼ばれていた隠密任務に就いていたものを幕府に編入され、最終的に17名が初代の御庭番に任命された。以後の御庭番はこの子孫17家の世襲からなり、さらに分家9家が生まれて合計26家となり、歴史の中で4家が解任され、幕末には22家が残った。彼らは、世襲によってまかなわれる御庭番の家筋としての団結を保ち、御庭番の職務を協同して行っていた。御庭番の家筋の諸家は、当初はすべてが下級の御家人だったが、幕末までに大半の家が下級の旗本にまで上昇した。御庭番出身の者が出世すれば、当然に軽輩の職務である御庭番からは離れることになるが、その子が新たに幕府に出仕するときは御庭番となるのが定めで、旗本に出世した御庭番の子は旗本格の御庭番になった。彼らは当時の武鑑に御庭番として収録されており、間諜でありながら氏名、住居はもとより収入や経歴に至るまで公開されていた。
御庭番は、江戸幕府の職制では大奥に属する男性の職員・広敷役人のひとつで、若年寄の支配だった。彼らは江戸城本丸に位置する庭に設けられた御庭番所に詰め、奥向きの警備を表向きの職務としていた。時に将軍の側近である御側御用取次から命令を受け、情報収集活動を行って将軍直通の貴重な情報源となった。また、日常的に大名・幕臣や江戸市中を観察し、異常があれば報告するよう定められていたといわれる。庭の番の名目で御殿に近づくことができたので、報告にあたっては御目見以下の御家人身分であっても将軍に直接目通りすることもあり、身分は低くても将軍自身の意思を受けて行動する特殊な立場にあった。その特殊な任務のために功績を挙げて出世する機会に恵まれ、中には幕末に初代新潟奉行・長崎奉行を歴任した川村修就、勘定奉行・外国奉行を歴任し、日米修好通商条約批准のため使節副使としてアメリカに渡った村垣範正のような人物もいる。
輝宗の子・伊達政宗の代に、片平親綱の娘婿である中野丹後時綱の名が見える。時綱は舅の親綱と共に政宗に仕えた。『伊達世臣家譜』の一家・瀬上氏（伊達氏庶流）の項では、時綱を宗時の長子としているが、宗時の長男は親時で、その妻は桑折景長の娘であり、さらに元亀年間までに親時の娘が新田義直に嫁いでいるところから見ても、宗時の長子とする記述は年代的に整合性がとれず、宗時の末子か親時の子と考えられる。時綱には三人の男子があり、長男・八蔵は外祖父親綱の跡取りとなって片平重綱と称し、二男の次郎は一家・瀬上景康の娘婿となって瀬上景純と称し、三男の又兵衛（延貞）は次兄に倣って瀬上氏を名乗って瀬上義明と称した。また、牧野久仲の子・為仲（宗時の孫）も政宗の代になって帰参を許されており、宗時の血統は牧野氏を通じて仙台藩士として存続している（詳細は牧野久仲の項を参照のこと）。〔系図Ⅱ：中野時綱関連〕　　　　  　 ┏大内定綱大内義綱━┫　　　　　　　　　　     　 ┏片平重綱（一族・1091石）　　　　   　┗片平親綱━━女子　　 　┃　　　　　　　　　　　　      　 ┣━━━╋瀬上景純（一家・2000石）　　　　　　　　　　 　  　 中野時綱　   ┃　　　　　　　　　　　　　 　　　        　┗瀬上義明（平士・70石）