人間とポケモンの強い信頼関係による「キズナ現象」によって、先述のXY&Z7話以降変化が可能となった強化形態。変化が発生するとゲッコウガが水のベールに包まれた状態となり、サトシに似た姿に変化、スピードとパワーが増して並みのポケモンならばほぼ一撃の下に倒すほどの力を発揮し、カルネのメガサーナイトとも拮抗する程になる。完全に変化すると水のベールが消え、背中に大きな「みずしゅりけん」を背負った姿になり、メガサーナイトにダメージを与えられる程に力が増す。キズナ現象自体の詳細はメガシンカと違い明言されておらず、カロス地方で数百年前に一度発生したことがあり、忍者村のほこらの掛け軸やプラターヌ博士が発見した文献などから、「トレーナーとポケモンの信頼関係」「ポケモン自身の潜在能力」「極めて稀に発生」といった断片的な情報が語られている。ほかシトロンの発明品による調査から、サトシとゲッコウガの心の波長がシンクロした際に発生することが実証されており、アランのキーストーンの変化への反応や、バトル中に変化が発生し戦闘終了・不能に伴い元に戻るなど、メガシンカとの共通点が示唆されている。変化発生当初はサトシ達は異変には気付いていたが、カロス地方でも深くを知り得る者がいない現象ということもあり、何が起きているのかはわかっていなかった。変化中はサトシが「ゲッコウガになったみたいだった」と語るなど、両者の感覚が完全にシンクロしている状態となり、ゲッコウガの視覚情報や受けたダメージがサトシに伝わり、技等を繰り出す時にサトシの動きと連動している描写がある。完全に変化を使いこなせないうちはゲッコウガとサトシ両者にバトル中の被ダメージ以外でもかなりの負担がかかり、バトル直後は強い疲労感を示したり、バトル中に両者が失神することがある。やがてお互いの気持ちを通じ合わせたことでバトル以外の状況にも関わらずシンクロを経て変化した。以降はサトシゲッコウガへの変化を確実なものにし、メガシンカポケモンに匹敵するサトシの主戦力として活躍する。他にもテレパシーで通じあっているシーンもある。さらにフレア団事件以降は巨石の中心部でのマノンのハリマロンがとらわれている場所や巨大植物の根本である「負のエネルギー」を見つけ出す能力に目覚め、サトシはキズナ現象を「カロスを守るためにあるのかもしれない」と語った。
プレイヤーには「ちから」（ライフゲージ）が設定されており、町をうろつく悪人に触れたり、悪人が投げてくる飛び道具を喰らうと「ちから」が減る。「ちから」が全て無くなるとゲームオーバーとなる。また、堀や水に落ちると「ちから」の残りに関わらず、即ゲームオーバーとなる（格さん・助さんで落下した場合のみ。八兵衛・又平や弥七・お銀で落下した場合は格さん・助さんに戻る）。町には様々な施設があり、「万屋」で金を払ってアイテムを買うことにより、ゲームを有利に進める事が出来るようになる。八兵衛・又平を呼び出すには「お椀」「ふんどし」、弥七・お銀を呼び出すには「風車」「三味線」が必要である。これらのアイテムは、助さん・格さんで悪人を倒すと出現することがある（弥七・お銀でしか行けない地形の中に隠されている場合もある）。なお、弥七・お銀の飛び道具で悪人を倒してもアイテムは出現しない。また、格さん・助さん以外に変身中は町中で人に話しかけることはできない。八兵衛・又平や、弥七・お銀に変身できる時間には制限があり、変身中は「ちから」が時間経過ともに減少する（さけを飲んで無敵になっている間は「ちから」は減少しない）。勿論、変身中に悪人から攻撃を受けることによっても「ちから」は減少する。「ちから」が全て無くなると助さん・格さんに戻り、変身した場所からのリスタートとなる。なお、あまり多くの悪人を倒す（おおよそ5～6人程度）と、同社作品『いっき』にも登場した妨害キャラである幽霊のお石（奇数面に出現）や、同じく同社の作品である『東海道五十三次』にも登場したブサイクな町娘のお民（偶数面に出現）が出現し、プレイヤーをしつこく追ってくる（建物に入っても消えない。建物から出た瞬間にまた追ってくる）。触れてしまった場合、万屋で買える「お札」「かんざし」を持っていれば引き替えに去っていってくれるのだが、これらのアイテムを持っていない場合は取り付かれ、一定時間身動きが出来なくなる上「ちから」も一定量奪われる。悪人を倒すごとに点数が加算され、1万点、5万点で「ちから」の上限が上がる。助さん・格さんで善人を間違って攻撃してしまうと、所持金が5両減ってしまう（弥七、お銀は攻撃が当たってもペナルティ無し）。制限時間はゲーム中の時間で7時間である。各ステージ0時00分に出発して、夜の7時00分までに事件を解決しなくてはならない。時間が経つと背景も夜に近づいていく。アイテムの「ちょうちん」があれば一個につき1時間延長ができるが、最大延長は10時まで。ちょうちんを持たないまま夜を迎えたり、延長を重ねて10時になると、その町の事件調査は中止・未解決ということで次の町へ強制的に進まされる。この場合ゲームオーバーにはならずにストーリーは進むが、クリアしていないステージがあると、最後の水戸のステージでフラグ成立が発生しなくなり、結局はクリア不可能になるように作られている。「旅日記」を持っていると、力切れや水中転落でやられたとき、「コンテニューする」か「日記を書く（パスワードを聞く）」かが選べる。コンテニューを選べば、やられたときの状態でもう一度0時00分からやり直せる。日記を書くを選んだら、パスワードを聞くことができる。パスワードを打てば、次回そのパスワードを控えた町から再開できる。ただしパスワードを取ると、スコア・手がかり・アイテム・お金のセーブまでは出来ず、すべてゼロ（お金は200両）からの再開となる。このため、敵が強力でアイテムも高価になる難易度が高い後半のステージで再開すると、立て直しが難しく、かえってクリアの難易度が高くなることもある。お金とアイテムはパスワードを取らない限りステージをクリアしても持越しができるため、全面クリアのためにはアイテムやお金を貯蓄しておくなどの戦略性も必要になってくる。