2016年（平成28年）10月25日「全国都道府県議会議長会第１５５回定例総会」が水戸市で開催。小川議員は開催地の議長として議長を務めた。
第105話 - 第156話。十代は進級し3年生となった。特待生としてデュエル・アカデミアの他校のチャンピオンである、アモン・ガラム、オースチン・オブライエン、ジム・クロコダイル・クック、ヨハン・アンデルセンらが編入した。新入生として早乙女レイ、加納マルタンが入学した。ジェネックス終了後、鮫島は生徒たちの更なる向上を目指して、デュエル・アカデミア・ウエスト校からプロフェッサー・コブラ教師を特別教師として招いた。十代は、自分と同じく精霊が見えるヨハン・アンデルセンと出会い友人となる。コブラの方針により「デスクロージャーデュエル」、通称「デスデュエル」が学園で行われるようになる。デスデュエルとは、生徒に「デスベルト」と呼ばれる機器を装着させることで心の動きを測定し、1年間を戦い抜く実戦専従のプログラムであった。しかし、デュエルを行った者はデスベルトによってデュエルエナジーを吸い上げられ、衰弱するという危険性が明るみに出る。どうやってもデスベルトは外れなかったため、十代達はコブラを捜索する。かつて精霊の研究を行っていたSAL研究所にてコブラと対峙した十代は、壮絶なデュエルの末にコブラを倒した。コブラは亡くなった息子を蘇らせるためにユベルというカードの精霊と取引をしていたが、最後にはユベルに見捨てられてしまう。ユベルは腕だけでしか活動できないほど弱っており、デスデュエルで集めたエナジーを吸収して力を蓄えていた。ユベルは十代達をデュエル・アカデミアごとデュエルモンスターが実体化する異世界へと転移させれた。人知れずユベルに接触していたアモンは、コブラに代わる新たな宿主になることを望むが、ユベルはラー・イエロー1年のマルタンに取り憑いた。彼はナポレオン教諭の息子であり、両親が離婚したことで孤独感を感じていたため、ユベルに付け込まれてしまった。異世界には量子力学の実験によって転移してしまった三沢の姿もあった。操られたマルタンは学園の生徒をデュエルゾンビに変貌させ、混乱に乗じて三幻魔のカードを手に入れた。一方、元の世界から通信を送るツバインシュタイン博士とペガサスから、学園を元に戻すためには強力なデュエルエナジーが必要であり、そのために「レインボードラゴン」のカードが必要だと告げられる。亮とヨハンのデュエルによって蓄えられたエナジーによって、「レインボードラゴン」は転送されヨハンの切り札となる。十代はマルタンと決着を付けるため、デュエルを開始する。デュエルの途中からヨハンも加わり十代に助太刀した。真の姿を現したユベルは三幻魔の融合体「混沌幻魔 アーミタイル」を召喚し、十代を攻撃する。そのとき、ヨハンは十代に後を託し「レインボードラゴン」と相殺させ、十代たちを異世界から元の世界へ帰還させた。ゾンビ達も正気に戻り、無事学園に戻ってきた十代たちだが、ヨハンはユベルと共に消え戻ってくることはなかった。そしてアモンも戻っていなかった。十代は全ての元凶であるユベルがかつての自分のカードだったことを知り、自分の責任だと思い詰めるが、仲間たちに励まされ、ヨハンを助けるために再び異世界へと向かった。その場に居合わせた亮、エド、クロノス、アモンの同僚のエコーもそれぞれの思惑を秘め異世界へ飛んだ。十代達が飛ばされた世界は、以前の異世界とは違っていた。その世界は「暗黒界」のモンスターが支配しており、デュエルの敗北は死に繋がる生死を賭けた戦いそのものであった。十代はヨハンを早く助け出そうとして、一人で先走るようになり、その結果、仲間達から不信感を抱かれるようになる。 暗黒界の狂王ブロンと戦う十代だったが、ブロンは魔法カード「邪心教典」により明日香、万丈目、吹雪、剣山の魂を次々に奪い去ってしまう。仲間を奪われた十代は怒りと憎しみに身を震わせ、ブロンを倒すが、生き残った仲間達との不和は決定的なものとなり、見捨てられてしまう。頼るものを全て失い消沈する十代の手に、ブロンが生贄を捧げて完成させようとしたカード「超融合」から異世界の支配者「覇王」の声が不気味に囁くようになる。単身、異世界を放浪していた翔は、おジャマイエロー、亮と再会し、十代の全てを見届ける決意をする。一方、ジムとオブライエンは行方不明の十代を探し、各地でデュエリスト狩りを繰り返す覇王軍の根城に乗り込むが、そこに待ち受けていたのは覇王と化した十代であった。ジムとオブライエンは己の命をかけて覇王にデュエルを挑み、彼らの犠牲によって十代は元の人格を呼び覚ます。アモンはエグゾディアのさらなる力を求めて、自分を慕うエコーを犠牲にし、それを止めようとしたエドをデュエルで負かし消し去ってしまう。十代は自分のせいで沢山の仲間を失ったことに苦悩し、融合のカードが使えなくなるほど憔悴しきっていた。だが、ユベルに取り憑かれたヨハンと亮の命懸けの決闘を看取ると、全ての元凶たるユベルを倒すためにユベル城へと乗り込む決意を固めた。亮との戦いで酷く消耗したユベルに、異世界の王とならんとするアモンが立ち向かうが、返り討ちにあい生命力を吸収され消滅する。十代はユベルと戦い、「超融合」によってレインボードラゴンとネオスを融合させ、ヨハンの救出に成功する。己の姿を現したユベルは十代との再戦の中で、幼少の十代に見放されたことは全て十代の愛情の裏返しだと悟ったことを告げ、全ては自らが受けた苦しみを分け与えようとしたための行いだったと打ち明ける。ユベルが歪みきってしまったと感じた十代は、ユベルを倒すためにさらなる力を求め、覇王の人格をその身に宿して戦う。終盤、ユベルとの前世から連なる因果が呼び覚まされた十代は、ユベルと自らの魂を超融合により調和させ、和解を得ることに成功する。これにより、全ての怪奇現象が元通りとなり、消滅したと思われた仲間達（実はユベルに囚われていた）も元の世界へ無事に生還を果たした。「大人になる」と言い残し姿を消した十代も、後日流星となってアカデミアに戻った。