代謝・排泄に関してクリアランスとしてまとめて述べる。低分子医薬品のクリアランスは主に代謝酵素による物質交換と薬物トランスポーターによって制御されるのに対し、高分子医薬品はこれらの基質とはならず全く異なった機構により体内より消失する。高分子医薬品の主なクリアランス機構としては、血漿中や組織表面に存在する分解酵素による代謝、エンドサイトーシスによる細胞内への取り込みとそれに続くリソソームへのソーティング・分解酵素による代謝、さらに腎臓による排泄が関与する。さらに抗体医薬品についてはnepnatal Fc受容体（FcRn）との細胞内結合を介した分解抑制・リサイクリング促進効果なども体内動態を考える上で考慮すべき要因となっている。
高分子医薬品は従来の低分子医薬品と比較して体内動態を支配する要因が大きく異なっており吸収・分布・代謝・排泄など体内動態特性も極めて特徴的である。
低分子薬物に高分子を結合することで、その体内動態が制御可能である。こうした結合体を高分子化医薬品とよび中でも薬物が高分子から遊離して初めて効果を発揮する場合に高分子化プロドラックという。微粒子キャリアを用いることが多い。
核酸医薬品とは天然型ヌクレオチドまたは化学修飾型ヌクレオチドを基本骨格とする薬物である。遺伝子発現を介さずに直接生体に作用し、化学合成により製造されることを特徴とする。代表的な核酸医薬品にはアンチセンス法、RNAi、アプタマー、デコイなどがあげられる。核酸医薬品は化学合成により製造された核酸が遺伝子発現を介さずに直接生体に作用するのに対して、遺伝子治療薬は特定のDNA遺伝子から遺伝子発現させ、何らかの機能をもつ蛋白質を産出させる点が異なる。核酸医薬品は高い特異性に加えてmRNAやnon-coding RNAなど従来の医薬品では狙えない細胞内の標的分子を創薬ターゲットにすることが可能であり、一度プラットフォームが完成すれば比較的短時間で規格化しやすいという特徴がある。そのため核酸医薬品は低分子医薬品、抗体医薬品に次ぐ次世代医薬であり癌や遺伝性疾患に対する革新的医薬品としての発展が期待されている。
高分子医薬品の中でバイオ医薬品ではアミノ酸配列が同一でも分子レベルで完全に同一かどうかは証明が困難である。そこで特許期間、再審査期間が終了した医薬品と同等/同質の品質、有効性、安全性が確認され、先行バイオ医薬品と類似のものであるとして承認された医薬品をバイオ後続品（biosimilar、バイオシミラー）と総称する。アミノ酸配列やジスルフィド結合は同一だが、高次構造、糖鎖プロファイル、凝集体の割合、C末端リシン欠損変異体の割合を含めて物理化学的な特性や生物学的な特性は同一ではない。日本ではインスリン、成長ホルモン、顆粒球コロニー刺激因子、エリスロポエチン、抗TNF-α抗体などでバイオ後続品が承認されている。
遺伝子組み換えの技術を利用してタンパク質を構成するドメインやモチーフ、ペプチドなどのうち独立して機能する部位を選択し、適当なものを適宜融合することで理論的には膨大な種類の新規融合タンパク質が設計できる。ヒト腫瘍壊死因子Ⅱ型レセプターの細胞外ドメインのサブユニット二量体とヒト免疫グロブリンGのFc領域の融合タンパク質がエタネルセプト（商品名エンブレル）である。
タンパク質などの高分子医薬品を生物学的に不活性な別の高分子を修飾することで糸球体濾過の抑制、肝臓の取り込み、酵素分解、抗体による認識などの回避が可能である。これにより生物学的な半減期の延長が可能である。種々の高分子が利用可能であるがポリエチレングリコール（PEG）が最も汎用され効果も高い。インターフェロンアルファ（商品名ペガシス、ペグイントロン）、アデノシンデアミナーゼ（アダジェン）、アスパラギナーゼ（商品名oncaspar）、顆粒球コロニー刺激因子（商品名ジーラスタ）などではPEG修飾体が医薬品として開発されている。抗TNF-αヒト化モノクローナル抗体のFab’部分にPEG修飾を施したセルトリズマブペゴル（商品名シムジア）も知られている。
紀州熊野の生まれで摂津の船乗りであったが、乗っていた船が遭難し、アメリカ船に救助され、サンフランシスコに渡る。その後、日本に送り届けられることとなり、他の船員と共にアメリカ海軍の軍艦で清国へ向かった。清国に滞在中、広州領事として勤務していたオールコックに通訳として雇われ、イギリス国籍を取得し、ボーイ・ディアスと名乗った。オールコックが駐日総領事に任命されると、安政6年5月（1859年6月）、オールコックと共に長崎を経て、江戸高輪の東禅寺に入り、通訳としてイギリス公使館で勤務する。洋装の日本人として有名で、短気で傲慢な人物であったという。乗馬で外出しては市中でトラブルを起こしたため、恨みを買うことも多く、幕府では外国奉行を通じてイギリス側に伝吉を解雇するよう勧めた。安政7年1月7日（1860年1月29日）、東禅寺に置かれていたイギリス公使館の門前に立っているところを、2人の侍の襲撃を受け背後から短刀で刺されて殺害された。イギリス側は犯人の逮捕と処罰を幕府に対して求めたが、結局犯人は捕まらず、殺害の動機も分かっていない。私怨によるものとも、イギリス人に日本の娘を紹介していたことから攘夷派に狙われたとも言われる。葬儀は麻布の光林寺でイギリス公使館員によって行われ、同寺の墓地に埋葬された。近くにはヒュースケンの墓所もある。