フィリッポ・ストロッツィの礼拝堂は主礼拝堂の右隣に位置し、≪使徒聖ピリポの生涯≫と≪福音記者ヨハネの生涯≫を主題とする画家フィリッピーノ・リッピの手になる素晴らしいフレスコ画連作に飾られている。右壁面には≪ヒエラポリスの神殿からドラゴンを追い出す聖ピリポ≫、半月型装飾には≪聖ピリポの十字架磔刑≫が表されている。左壁面には≪ドルシアナを蘇生される福音記者ヨハネ≫と≪福音記者ヨハネの殉教≫、半月型装飾には≪アダム≫、≪ノエ≫、≪アブラハム≫、≪ヤコブ≫が描かれている。祭壇の後ろには、ベネデット・ダ・マイアーノによるフィリッポ・ストロッツィの墓廟が置かれている。
トルナブォーニ家の礼拝堂とも呼ばれる主礼拝堂は、サンタ・マリア・ノヴェッラ聖堂の中央、大祭壇の背後に位置している。中央の≪十字架磔刑≫はジャンボローニャによるブロンズ彫刻である。内陣にはドメニコ・ギルランダイオによるきわめて貴重なフレスコ画連作が残されており、ギルランダイオの工房にいた若きミケランジェロ・ブォナッローティも制作に携わったと考えられている。左右の壁面には≪聖母マリアの生涯≫と≪聖ヨハネの生涯≫が、15世紀当時のフィレンツェの身だしなみをした実在の人物像（注文主やその家族）で表されている。後方壁面には≪異教の本を葬る聖ドメニコ≫、≪聖ピエロの殉教≫、≪受胎告知≫、≪砂漠の聖ヨハネ≫が表されている。穹窿天井には四人の福音記者の姿がある。多色ステンドグラスはギルランダイオの意匠に基づいてアレッサンドロ・アゴランティにより1492年に制作された。
翼廊には、中央身廊の幅とほぼ同寸の幅をもつ大きな主礼拝堂が中央に配され、左右にはその半分ほどの大きさの二つの礼拝堂が各々配されている。さらに、左右側面には二つの礼拝堂があり、左の礼拝堂は聖具室に、右の礼拝堂はデッラ・プーラ礼拝堂に接続している。
1816年、スローターは再度副知事に選出された。ジョージ・マディソンが無投票で知事に当選した。マディソンが1816年10月14日に死亡し、スローターは知事に昇格した。これはケンタッキー州知事として初めて在任中に死亡した例であり、スローターが知事を継承することについての正当性を問題にする者が出てきた。マディソン知事の死後、州務長官チャールズ・ステュワート・トッドは、スローターが他の者を州務長官に指名するなら辞任すると申し出た。その手紙は明白な辞表ではなく、スローターが知事としてトッドを使うつもりならその地位に留まる事をきっぱりと宣言したものだった。しかしスローターはトッドに代えて、政治的に好ましい元アメリカ合衆国上院議員ジョン・ポープを州務長官に据えた。この人事がスローターの政歴にとっては逆効果になった。トッドは2期州知事を務めたシェルビーの義理の息子であり、その人徳で大変人気があった。対照的にポープは、米英戦争への宣戦布告に反対票を投じた上院議員として極めて不人気だった。この人事が州内の新聞で酷評され、さらに後の州知事ジェイムズ・ターナー・モアヘッドなど著名人も問題にした。さらに州選出上院議員ウィリアム・T・バリーの代わりに、憎まれている連邦党員のマーティン・D・ハーディンを指名することで、さらに評判を悪くした。それにもかかわらず、1816年12月に招集された議会はそれらの指名を確認した。しかし、合衆国上院議員の6年任期を全うする者の候補として指名したジョン・アデアは州議会で否定され、ジョン・C・クリッテンデンが選ばれた。1817年1月27日、ジョセフ・ケイベル・ブレッキンリッジの率いるケンタッキー州下院の1会派が、マディソン知事の「死去によって生じた空席を埋めるための」選挙を要求する法案を提出した。この法案は却下されたが、1817年の議会議員選挙で特別知事選挙を民衆が望んでいることが示された。ケンタッキー州下院は賛成56票対反対30票で特別選挙を要求する法案を可決したが、上院では否決された。それでもスローターは公式の知事という肩書が与えられず、その任期を通じて「副知事」あるいは「知事代行」と呼ばれ続けた。議会はスローターとポープが州財務官について適切な安全保障を要求せず、就任宣誓もしなかったことを非難した。スローターの不人気のために、その提案したことの多くはたとえ利点があったとしても成立しなかった。公立学校の包括的体系を提案し、しかもその考えは前任知事が提案したことであり、スローターはその資金手当ての方法を考案した。しかし議会の敵対派がその計画を拒否し、それぞれの学校は宝くじによって支援されることを認める法案にスローターが拒否権を使ったときも、これを覆した。スローターは懲罰体系の改革を提案し、州立図書館の創設など内国改良を推奨した。これらの提案も拒否された。スローターの知事任期は1819年恐慌によってさらに複雑になり、その任期の大半を通じて州経済の安定化のために時間を費やした。当時の政治家は2つの派に分かれていた。1つは債務者に有利な手段を好む者であり、救済党あるいは救済派と呼ばれた。もう1つは政府の干渉無しに債務が期限通り履行されることを求めていた反救済党あるいは反救済派と呼ばれた集団だった。1819年12月16日、議会は債務の返済を6か月間保留する法を通した。反救済派だったスローターはこの法案に拒否権を使ったが、その年秋の選挙で議会の大多数を占めるようになっていた救済派がその拒否を覆した。翌年2月、議会はさらにリベラルな保留法を通し、債権者が価値の下がったケンタッキー州銀行券での返済を受け入れる場合に1年間、債権者が正金あるいは兌換紙幣での返済を要求する場合に2年間の返済猶予を決めた。これらの議論は新裁判所・旧裁判所論争に繋がっていった。スローターは州のレベルで危機への対策案について議会と対立した中で、国政レベルでは州の権限政策を強く主張した。第二合衆国銀行の合憲性について異議申し立てを行い、また各州は銀行の支店に課税できないとしたアメリカ合衆国最高裁判所の判断にも異議をはさんだ。