宗教はプロテスタント系キリスト教徒で「ボーンアゲイン」を自認する。1994年に結婚し、妻と息子2人がいる。兄弟はほとんどが内戦で死亡したが、姉妹1人が生存している。
首都ブジュンブラ生まれ。父ユスタシュ・ンガビシャ (Eustache Ngabisha) はフツの政治家で、1965年にブルンジ国会の議員となる。のちに2州の知事を歴任するが、フツの虐殺が起きた1972年に殺害された。母はツチである。ピエール・ンクルンジザはンゴジ県で初等教育、ギテガで中等教育を受け、ブジュンブラ大学で教育とスポーツを専攻、1990年に卒業。卒業前は、初等学校および中等学校の教師を勤めた。メルシオール・ンダダエの暗殺による1993年のブルンジ内戦勃発時には、ブジュンブラ大学の講師。1995年から反政府闘争に参加。フツ系の反政府武装集団民主防衛国民会議/民主防衛軍 (CNDD/FDD) の兵士となった。後に IRIN のインタビューに応じて反政府闘争に入ったいきさつをこう語っている。「キャンパスがツチに襲われ200人の学生が殺された。ツチは私も殺そうとした。彼らは私の車を撃ったが、私は逃げた。彼らは私の車にかすった。それからCNDD-FDDの兵士になった。我々は戦争を強いられたのであり、我々が戦争を始めたわけではないのだ」1998年にCNDDとFDDは分裂し、2001年にンクルンジザはFDD司令官ジャン＝ボスコ・ンダイケグルキエ (Jean-Bosco Ndayikengurukiye) を倒して主流派となり、CNDD-FDDの指導者となる。CNDD-FDDが和平合意に応じた後、2003年末から暫定政府に閣僚として参加。2005年7月に行われた国政選挙で、上院・下院とも政党となったCNDD-FDDが勝利し、8月19日、上下院議員による選挙で、圧倒的な大差により大統領に選出され、2005年8月26日、正式に大統領に就任した。2010年6月28日の大統領選挙では対立6候補が全員選挙をボイコットし、再選された。2015年4月、3期連続の大統領職を目指すと宣言したことにより抗議デモが発生している。7月21日、野党がボイコットする中で行われた大統領選挙で当選し、3期目に入った。反大統領派は3選を禁止する憲法に違反するとして批判しており、アメリカ合衆国のジョン・ケリー国務長官は選挙を非民主的と批判した。大統領3選後は、反対勢力を弾圧するなど強権的な政策を進め人権団体などに批判されたが、地方部を中心とした強い支持を維持し続けた。2018年には、憲法の大統領多選制限規定を問う国民投票を実施。70%を上回る支持を獲得して最長2034年までの在職を可能とした。
重耳の家系は元は晋の分家筋であったが、武公の代に本家を滅ぼして自ら晋公となった。重耳は武公の子献公と北方遊牧民族である狄（白狄）の娘である狐姫の間に生まれた。献公には重耳の他に、太子とされていた異母兄・申生、異母弟（ただし母同士が姉妹）・夷吾（後の恵公）などがいた。若い頃より人材を好み、17の時に趙衰・狐偃・賈佗・先軫・魏犨らを傍に抱えていた。この者たちは後に重耳の覇業を大きく助けることになる。また大柄であり、父が太子であった頃から既に大人の体格をしていた。申生、重耳、夷吾とも名声高かったが、献公の寵姫である驪姫は自らの息子・奚斉を跡継ぎにしようと陰謀を巡らす。その一環として重耳も辺境である蒲の守備へと回され、首都から遠ざけられた。更に驪姫は申生を罠に嵌めて父毒殺未遂の汚名を着せ、申生を自殺させた。重耳に対しても宦官の勃鞮を派遣して自殺を迫った。重耳はこれを良しとせず逃亡を図り、これに勃鞮は切り付けたが袴のみしか掠らず、母の出身地である白狄への亡命に成功。夷吾もまた側近と共に国外へ亡命した。白狄に亡命してきたときに、既に重耳は43歳であった。この亡命のときに、白狄族と敵対して破れた赤狄族の姉妹が重耳たちに差し出され、妹の季隗を重耳が娶り、姉の叔隗を趙衰が娶った。重耳は季隗との間に伯鯈、叔劉を儲けた。白狄での亡命五年目の年に献公が薨去。驪姫らによって奚斉とその弟悼子が晋公に建てられるが、その直後に里克らのクーデターにより驪姫らは皆殺しとなった。里克は重耳を晋公として迎え入れようと使者を出したが、重耳は殺されることを恐れて断った。次いで要請された夷吾は受け入れて帰国し、晋公の座に迎えられ恵公となる。恵公は、未だ人気が高く、自らの位を脅かしえる重耳を後々の禍根と見た。里克ら重耳派と見られるものを粛清し、更に勃鞮を刺客として送った。しかしこれは、刺客が送られたことを知らせる者が居て、重耳の知ることになる。これを聞いた重耳は「晋に近い小国に身を寄せたままでは危ないので、東方の大国である斉へ行こう。名宰相と称えられた管仲も死んだそうであるから、きっと人材を求めているだろう」と東へと旅立った。