戦後、テリーは軍隊に留まった。1866年から1867年に掛けてワイオミング準州とモンタナ準州で米軍が行ったスー族インディアンに対する一連の攻撃（レッドクラウド戦争）では、「ララミー砦条約」の交渉に貢献して和平を結んだ。1869年12月22日からジョージア州アトランタに本拠を置く第3軍事地区の最後の軍政府長官になった後で、クー・クラックス・クランに対する強力な反対者となった。1876年から1877年に掛けて、現在は100周年キャンペーンと汎く呼ばれている、インディアンに対する民族浄化作戦で、モンタナ準州を西方に行軍するアメリカ軍部隊の指揮官となった。他にもジョージ・クルックが南から、ジョン・ギボンが西からそれぞれ部隊を率いて同じ目的地に向かった。テリーの部隊は「リトルビッグホーンの戦い」の直後に戦場に到着し、ジョージ・アームストロング・カスター部隊の遺骸を発見した。1877年10月、保留地政策を拒否してカナダに逃れたスー族の一団を追い、名高い戦士シッティング・ブルと交渉した。ネ・ペルセ戦争ではまだモンタナの指揮官であり、保留地政策を拒否してカナダへの逃亡を図ったジョセフ酋長たちネ・ペルセ族の一団の亡命を武力阻止するために援軍を送った。1878年、テリーは大統領特別委員会でジョン・マカリスター・スコフィールド少将と合流し、フィッツ・ジョン・ポーターの軍法会議による判決の再調査を求めた。委員会はポーターが命令不服従と違法行為の廉で有罪とされたのは不公正であると結論を出した。1886年、テリーは少将に昇進し、イリノイ州シカゴに本部を置くミズーリ川師団長を任された。テリーはその4年後にニューヘイブンで死に、そこのグラブストリート墓地に埋葬されている。1967年、ABSテレビのシリーズもの『カスター』に登場し、ロバート・F・サイモンが演じた。このシリーズでは、ウェイン・マウンダーが演じる無作法なカスターとテリーはしばしば衝突する。
この戦争でテリーが成し遂げた最大の功績はフィッシャー砦遠征軍団の指揮官となったときのことだった。ベンジャミン・バトラーが1864年末にフィッシャー砦に対する遠征隊を率いて失敗していた。テリーはユリシーズ・グラント中将の信頼を得て、砦に対する2回目の遠征でその陸軍指揮官となった。バトラーと違い、テリーは海軍少将デイビッド・ディクソン・ポーターの率いる戦隊とうまく協業した。1865年1月15日、チャールズ・J・ペイン准将指揮下の黒人兵1個師団を派遣して、フィッシャー砦北のブラクストン・ブラッグ将軍が率いる南軍が近づけないようにした。もう一つの師団であるアデルバート・エイムズ准将の部隊は砦の北側に向かわせた。ポーターの戦隊からの艦砲射撃に続いて、陸軍による激しい白兵戦がおこり、北軍は砦の占領に成功した（第二次フィッシャー砦の戦い）。テリーはフィッシャー砦での功績で志願兵の少将と正規軍の准将に昇進した。2月には援軍が到着し、ジョン・マカリスター・スコフィールド少将がウィルミントンに対する作戦の全体指揮を執った。ウィルミントンの陥落後、フィッシャー砦遠征軍団は第10軍団と改名し、テリーが軍団長に留任して、カロライナ方面作戦の最終段階に参戦した。テリーはこの戦争の中で現れた軍歴の無い将軍の中では最も有能な者の一人と考えられている。
テリーのモリス島師団は第10軍団第1師団と呼ばれるようになり、リッチモンド周辺のバミューダ・ハンドレッド方面作戦でプロクターズ・クリークの戦いに参戦した。ピーターズバーグ包囲戦が始まると、テリーはチャフィン農園の戦いなどジェームズ川より北での戦闘を続けた。10月に第10軍団長デイビッド・B・バーニー准将が病死した時、テリーは短期間軍団長を引き継ぎ、その後取り消された。その指導力は問題とされなかったが、南北戦争のこの時点までに同僚の多くが成し遂げていたような戦場での功績が無かったためだった。
1922年（大正11年）3月の東京高師卒業後は直ちに教師となり、水戸高等学校（現・茨城大学）助教授を務めた。茂木は学生スポーツの強化に乗り出し、特に対外試合を重視する方針を取り、選手の育成に努めた。茨城県では1931年（昭和6年）から1938年（昭和13年）まで体育主事を務めている。その後、満州国へ渡った茂木は満洲国体育協会理事を務め、1933年（昭和8年）には監督として満州国の陸上競技選手14人を率いて日本に渡り、各地で大会に参戦し、明治神宮体育大会を観覧した。同年11月7日、大日本体育協会（現・日本スポーツ協会）の専務理事会に満洲国体育協会理事として出席し、極東選手権競技大会に正式参加でなくとも招待形式の参加で満足することと、満州国参加問題で日本が極東選手権不参加または脱退することを望まないと発言した。この発言は中国の反対で極東選手権に満州国が参加できない情勢で、大日本体育協会が招待形式の参加を検討していたことへの追認を示したものであったが、翌1934年（昭和8年）2月10日に満洲国体育協会はこの発言を取り消して正式参加を求め、3月12日には日本側に満州国の正式参加を実現するか、脱退して新しい大会を開くように求めるという波乱の種となった。一方の本業では旅順工科大学助教授の後、1934年（昭和9年）に吉林師道大学教授に就任した後、1943年（昭和18年）に承徳師道学校の校長となった。1946年（昭和21年）に満州から引き揚げ、故郷の本楯に戻り、農業にいそしむ傍ら、日本体育協会（現・日本スポーツ協会）役員や山形県縦断駅伝競走審判長を務め、山形県のスポーツ振興に寄与した。しかし1950年（昭和25年）に脳梗塞で倒れ、その後は長い闘病生活を強いられ、娘（六女）と同居した。この間、1964年東京オリンピックのために上京した金栗四三が茂木の家まで訪れ、談笑した。またアントワープオリンピックに一緒に出場した斎藤兼吉は何度か茂木に会いに来ている。1974年（昭和49年）12月24日午前9時、心不全のため酒田市内の六女の家で逝去、81歳であった。告別式は12月26日に酒田市の常福寺で営まれ、墓も常福寺にある。