『聖剣伝説シリーズ』（1991年 - ）の第2作目にあたる。日本国外でのタイトル名は『Secret of Mana』。「聖剣」を引き抜いた少年・ランディを中心に、古の「マナの要塞」の力を狙う軍事国家「ヴァンドール帝国」と、それに対抗する反帝国勢力「タスマニカ共和国」「パンドーラ王国」「レジスタンス」との争いに巻き込まれながら、暴走したマナの力を封印するために世界を巡る冒険の物語である。『聖剣伝説』シリーズは、第1作目である前作は『聖剣伝説 〜ファイナルファンタジー外伝〜』というタイトルであり、『ファイナルファンタジーシリーズ』（1987年 - ）と関連したコンピュータゲームであったが、本作から『ファイナルファンタジー』シリーズとは独立した世界観によるものとなる。フラミーやニキータ・モティなど、本シリーズの定番キャラクターも今作から登場している。本作は最初から『聖剣伝説』として開発されたものではなく、1990年から1991年にかけて開発され、最終的には開発中止になったもう1つの『ファイナルファンタジーIV』（1991年）の原案であり、スーパーファミコン専用CD-ROMシステム用ソフトとして改めて開発し直して『クロノ・トリガー（仮題）』として発売される予定だった作品である（詳しくは『ファイナルファンタジーIV』の該当項目参照）。2008年9月9日、Wiiのバーチャルコンソール用ソフトとして配信が開始され、2013年6月26日にはWii Uのバーチャルコンソール用ソフトとして配信が開始された。2009年10月26日にはFOMA 903i以降向けのiアプリとして、2010年6月24日にはWIN BREW対応端末のEZアプリ (BREW)として配信が開始された。2010年12月21日にはiPhone/iPod touch用アプリとして配信が開始された。Android版が、2014年10月30日に配信開始。2017年6月1日にはNintendo Switch用ソフト『聖剣伝説コレクション』が発売され、スーパーファミコン版が『聖剣伝説 〜ファイナルファンタジー外伝〜』（1991年）、『聖剣伝説3』（1995年）と共に収録された。2018年2月15日にはフル3Dリメイクの『聖剣伝説2 SECRET of MANA』がPC/PS4/PS Vitaで発売された。また、ボス戦終了後に特定のボタン操作をするとゲームが進行しなくなるなど、いくつかのバグが存在する。バーチャルコンソール版では進行不能バグが修正され、『聖剣伝説コレクション』に収録されているものではさらに（2017年時点での）倫理規定の対応が施されている。
2007年4月、林は東京大学社会科学研究所図書館所蔵の東京裁判尋問調書を根拠として、日本軍が組織的に現地女性を強制的に慰安婦にする行為があったとする主張を行なった。オランダやフランス、中国など各国の検察団が裁判に提出した尋問調書や陳述書は「インドネシア・ジャワ島やベトナム・ランソン、中国・桂林などで日本軍が現地女性らを強制的に慰安婦にしようとした」と証言している内容であった。これらは新資料として発表されたが、実際には林が確認した裁判資料は既に、共同研究パル判決書（東京裁判研究会編／講談社学術文庫／1984年2月10日初版発行）下巻第六部「厳密なる意味における戦争犯罪」においてパル判事に批判された「偽証罪の適用と反対尋問を受けない伝聞」にすぎない。2007年4月17日、吉見義明との共同記者会見で、「先月公開された国会図書館の靖国神社の資料で、慰安所を経営していた人物が靖国神社に合祀されていることが明らかになった。また、戦犯裁判所で有罪判決を受けて処刑された軍幹部もまた靖国神社に合祀された」と述べ、「女性たちを誘拐した人や戦犯で処刑された人物が靖国に祀られているのは深刻な問題だ。日本政府は反省すべきだ」と要求した。2008年6月にはイギリス国立公文書館で、日本軍が敗戦直後に日本人慰安婦を補助看護婦として雇用していたことを、初めて文書で確認した。林はこの史料を軍が慰安婦管理に深く関わっていたという見方を補強する史料であるとし、また、看護婦とすることで軍が慰安婦の存在を連合国側から隠蔽しようとしたのではないかと主張している。ただし、「帝国軍隊従軍記　現代史の証言４--千田夏光 (1975年)」には「親切な軍医さんが私たちを看護婦だと英国兵にウソを言って一緒に復員船へのせ連れて帰ってくれました。」という記述があり、以前から知られていた事実だと言える。2009年3月、林は吉見義明らと共同で戦争と女性の人権博物館の呼びかけ人となる。2009年5月21日、VAWW-NETジャパンの公開ワークショップ2009で、太平洋戦争の沖縄戦における日本軍慰安所・性暴力の展開について報告した。2014年2月25日、石原信雄元官房副長官の証言により、事実関係の裏付け調査を一切行っていなかったことが明らかとなった「河野談話」について、談話を検証しようとする動きを、「元慰安婦の証言の信ぴょう性を検証しようという主張は、慰安婦の存在自体を否定するためのものだ」と主張した。2014年10月9日に、朝日新聞社と「朝日新聞の慰安婦報道について検証する第三者委員会」に対して、この委員会には慰安婦問題で学術的な業績を上げた研究者や人権問題の専門家が居ないだけでなく女性の人権問題であるのに委員に女性が少ない点が問題であるとして、これらを改善するよう求める『「朝日新聞の慰安婦報道について検証する第三者委員会」についての研究者・弁護士の要望書』を提出した。2016年12月27日、安倍晋三首相はアメリカのオバマ大統領と共に日米開戦の発端地となったハワイの真珠湾を訪問し、真珠湾攻撃の犠牲者を慰霊を行った。安倍は真珠湾で演説を行い、日米関係を「希望の同盟」「和解の力（the power of reconciliation）」とし、国際紛争の解決には寛容さが必要であると訴えると、林は山口智美、アレクシス・ダデン、金富子、ガヴァン・マコーマックらと共に、安倍の歴史認識と中国・朝鮮の戦争犠牲者に対する慰霊を行う意思があるかを問いただす公開質問を行った。この公開質問に対して、米国ダートマス大学のジェニファー・リンド教授は「日米間は信頼関係があるから和解は成立するが、中国や韓国は日本と信頼関係はないため、慰霊は逆効果になる。」と解説している。2019年公開の慰安婦問題を扱ったドキュメンタリー映画『主戦場』に出演した。