2度目のハンブルク巡業が終わった時点でスチュアートが脱退。アストリットと婚約してハンブルクに残る事になる。ポールがギターからベースに担当を替え、4人組のビートルズが誕生する。帰国後の8月、ジョンの級友だったビル・ハリーが音楽新聞「マージー・ビート」を発刊。ジョンの書いた文章が載るようになる。12月10日、リヴァプールでレコード店「NEMS」を営んでいたブライアン・エプスタインがマネージャーになることが決まる。このブライアンの売り込みにより、1962年1月1日にデッカ・レコードのオーディションを受けるが、不合格となる。その後もライブ活動を続ける傍ら、ブライアンが各レコード会社に売り込みを続ける。4月から3度目のハンブルク巡業を開始し、11日からスター・クラブで演奏。その前日の4月10日、スチュアート・サトクリフが脳内出血により死去する。6月、EMI傘下のパーロフォン・レーベルから、プロデューサーのジョージ・マーティンによるオーディションが打診される。6月6日に行われたオーディションを受けてデビューが決まった後の8月15日、ピート・ベストが解雇される。直後にリンゴ・スターが加入し、9月からEMIでレコーディング・セッションが行われる。この時はリンゴの他に、マーティンがオファーしたドラマーのアンディ・ホワイトが参加している。また、エンジニアとして参加したノーマン・スミスは、この後『ラバー・ソウル』までチーフ・エンジニアを務める事になる。
太平洋戦争が1941年12月8日に始まったが、その前の12月10日に16年後期総務は次の掲示を出した。「檄！今や帝国の存亡を賭する一大決戦の秋は来れり。吾等の万世不易大日本帝国に生を享く光栄之に過ぐるものなし。顧るに英米諸国、東亜を目して植民地と做し、黄色民族を搾取して奴隷化せんとすること久し。帝国今や同胞の蝕まるるを黙認する能はず。敢然矛を取りて之に報ゆ。力なき正義は無能なり。正義なき力は暴逆なり。而して我が力は正義の力なり。吾等深く恩を肇国（ちょうこく）の国是に到し、帝国の使命の広く世界史的且つ人類的なるを稽（かんが）へ、刻苦勉励、不撓（ふとう）不屈、愈々（いよいよ）結束を固むると共に、帝国大学寄宿舎学生たるの本文を全くせんことを期す。総務。」この頃、大学当局の要請で、舎生が京大生を代表して戦意高揚のための行事に出席することがしばしばあった。1941年12月16日、京都御所で開かれた米英撃滅国民大会には舎生多数が「本学代表」として出席した。また、1942年4月19日の「学生銃剣道大会」にも舎生数名が「本学代表」として参加した。1942年4月18日。その日は土曜日で天気も良かったので、舎生の多くはハイキングに出かけていた。午後一時、警戒警報が発令され、午後二時半には空襲警報に更新された。寄宿舎に残っていた舎生は廊下と庭の消火栓にホースをつないで焼夷弾の落下に備えたが、内心では「今般もさして近くはあるまい」と誤報を疑っていた。しかしこのときアメリカ軍機による史上初の日本本土空襲（ドーリットル空襲）が進行中であった。真相を知った総務委員は驚いたが、「一機二機では問題にならない」「敵も大分無理をするなと感心する」などど強がった。空襲警報は中々解除されず、舎生は半数ずつ交代で食事をとり、日没とともに灯火管制を実施した。午後七時半、空襲警報は解除され、舎生は胸をなでおろした。5月1日、16年後期総務が退任し、17年前期総務が就任した。前期総務は寄宿舎を「戦時下学生団体」と定義し、総務就任の決意表明では「全体の動向、即ち国家の要請に対しては何処迄も応じなくてはならぬ」「吾々は誠心誠意を以って舎の為に、否、国家の為に盡（つく）す覚悟である」「吾々は單（たん）なる個人ではない。国家の個人であり臣民である」と述べ、個を捨てて全体のために奉仕することを舎生に要求した。彼らは新入舎生の選考や舎友会（OB会）の発会、中寮の再建など困難な仕事に精力的に取り組んだものの、その反面、大学当局の言いなりになったり、他の舎生に監視者の如く高圧的に接する側面もあった。また、一部の舎生を「駆除」すべき「癌的存在たる不良分子」呼ばわりし、舎生規約の条文を利用して「相応に処理」できないか検討していたようだ。だが何らかの事情により就任二ヶ月後に全員辞任し、後任の中期総務（岩猿敏生他2名）は前期総務を批判した。「（前略）総務の権限云々が大きな問題になってゐる。実際、何かを上に立ってやらんと思へば、何等かの力なくしては何もなし得ない事は当然である。しかし此の力は唯舎生に対する重圧のみであってはならない。本寄宿舎は唯一の帝大寄宿舎なりと言ふ真の自覚に全寮生が到達する時、そして寮に対して責任ある行動をとる時、寮の進展力として総務の権限、力が生ずるのである。総務の権限は唯条文で決めただけでは舎生に対する重圧のみなるおそれあり。総務の仕事が本当によく履行されて行く為には全舎生の協力が必要であり、此の協力ある時、総務の権限も真に生かされてくる。総務と舎生との間が監視者と被監視者と言ふが如き対立的なものであってはならない。総務の権限は舎生が盛り立ててくれなければならない。大学生の寄宿舎の運営は政府と国民との間の如き関係では直に考へられないであらう（後略）」17年中期総務以降、総務は舎生の意志を尊重し、抑制的に権力を行使する傾向が強まった。「（前略）寮そのもののあり方を上に立つ総務たるものがよくよく考え反省を致し、寮生の絶えざる全体への努力、愛寮心によって、益々寄宿舎を発展さすことに務めなければならない。然し、大学寄宿舎の総務は高等学校の総務と同じではない。相手は大学生である。決して自己の理想、意欲通りに皆を引っ張っていくといふことは出来ない。総務は緩衝地帯であると云ってもよい。要は盛り上がる寮生の力を如何に指導統制して行くかに重要な点が存すると思う。（後略）」（17年後期総務）「人を統率する事に関し、統率者が一個の意志で指導する事は難儀の様で、いとも易しい。下より盛り上る力を巧みに誘導し、且つ利用して行く事は易しい様で難なる事と思ふ。まして総務は三人、此の三人間の意気投合が先ず第一に必要である。而して一般舎生との意思疎通が大切である。之にももっと班委員を動かして、寮に対する舎生の熱をたかめて欲しいのである。上よりする力は強いようで弱く、反対に下よりする力は強大なるものと思ふ（後略）」（18年後期総務）