1942年年末のレーゲンボーゲン作戦の失敗により、ドイツ海軍の水上部隊には外洋での艦隊決戦はおろか、局地的な襲撃作戦にも十分な戦力を有していないことが明らかとなった。この事態にアドルフ・ヒトラーは海軍主力をUボートへ全面的に切り替え、大型艦を全て解体させる命令をだした。海軍司令長官エーリヒ・レーダー元帥はそれに反対して辞任を表明した。新司令長官にはUボート部隊を指揮していたカール・デーニッツ元帥が補されたが、デーニッツは潜水艦出身者でありながら、残存艦艇にはいまだ戦略価値があると見ていた。まず1943年2月8日、主力艦を浮き砲台として扱うことを提案し即時解体を押しとどめることに成功、次いで2月26日、ヴォルフスシャンツェでヒトラーに直訴することによって主力艦の廃艦計画を全面的に撤回させた。オスカー・クメッツ大将指揮する戦艦ティルピッツ、戦艦シャルンホルストを主力とした戦闘群は北ノルウェーに配置され、イギリスからソ連へ向かう護送船団を襲撃する任務を課せられた。その後襲撃に適した船団が北極海を通過することはなかったが、9月6日にティルピッツ、シャルンホルスト、駆逐艦9隻と陸軍第345擲弾兵連隊を基幹とした戦闘団（一個大隊規模）がスピッツベルゲン島にある連合軍の基地を攻撃して砲台、物資集積所や各種施設の破壊に成功し貴重な勝利を飾った。しかし喜びもつかの間9月22日に英海軍は特殊潜航艇X艇を投入、船底に2000kgもの爆薬を仕掛けられ、ティルピッツは航行不能となった。残る北ノルウェーの行動可能な主力艦はシャルンホルスト1隻となった。11月に入りクメッツ大将は病気療養で艦を去った。戦闘群の指揮はエーリヒ・バイ少将が引き継いだ。唯一生き残った大型艦であるシャルンホルストをいかに投入するかについてはドイツ海軍内でも検討が行われていたが積極的な戦場投入を望む声はなかった。なぜなら冬が近づくにつれ短くなる一方の日照時間と悪天候を考え合わせると、海戦は薄明または暗闇の状況下行われる可能性が高く戦艦の巨砲は特に遠距離では命中率が激減し、逆に数にまさるイギリス海軍の軽艦艇は闇を活かし中近距離まで接近して雷撃を行うことができたからである。さらに他方面での戦局悪化から偵察任務を担いかつ協同して攻撃にもあたる航空機、Uボート部隊が相次いで引き抜かれ、11月17日にはそれまで戦闘群に配属されていた駆逐艦9隻のうち4隻が南へ移動させられてしまった。12月19日にデーニッツはヒトラーへの報告の中で、成功の見込みあればシャルンホルストを中心とした艦隊で船団攻撃を行う旨を述べている。しかし実際のところは自艦隊の戦力も敵情把握も援護兵力も何もかも不十分なまま海戦を始めようとしていたのである。
この航海によって、南米からポリネシアへの移住が技術的に不可能ではなかったことが実証されたと一般には思われているが、南米大陸の太平洋側にはフンボルト海流という強力な海流が流れており、風上への航走能力を持たないいかだではフンボルト海流を越えてポリネシアへの貿易風に乗ることは困難である。実際、コンティキ号は軍艦に曳航されてフンボルト海流を越えた海域（陸地からおよそ80キロメートル）から漂流実験を開始しており、この点をもって実験航海としての価値はさほど高くないと指摘されている。現在、人類学者・考古学者・歴史学者・遺伝学者などほとんどの研究者は、考古学・言語学・自然人類学・文化人類学的知見、および遺伝子分析の結果を根拠に、南米からの殖民は無かったとしている。ポリネシアへの植民はポリネシア人が考案した風上への航走能力を持つ航海カヌーを用いて、台湾から東南アジア島嶼部、メラネシア、西ポリネシア、東ポリネシアという順序で行われたと考えており、風上への航走技術を持たなかった南米の人々が自力でポリネシアに渡った証拠は無いと考えている。その一方で、本当にフンボルト海流を筏で乗り越えられないかどうかは不明だとしてヘイエルダール説を擁護する意見も存在している。特にコロンブス以前から既に、オセアニア一帯で中南米原産のサツマイモが栽培されていたことから、南米からポリネシア方面への文化的影響は皆無ではなかったとする意見である。だが、この点についても南米先住民がポリネシアに航海したと考えるよりは、ポリネシア人が南米大陸に来航してサツマイモを持ち帰ったと考える方が自然であり、現在のところ研究者の大半はそちらの仮説を支持している。また最近になって、カリフォルニア大学バークレー校の言語学者キャサリン・クラーらは、北米先住民チュマッシュ族とポリネシア系言語の語彙比較および出土物の放射性炭素年代測定から、ポリネシア人と北米先住民の文化接触の可能性を指摘した論文をCurrent Anthropology誌とAmerican Antiquity誌に投稿し、いずれの雑誌でも査読者の意見は割れたが、最終的にAmerican Antiquity誌に受領されて2005年7月号に掲載された。ただし、この論文ではポリネシア側からの文化接触の可能性は示唆できても、南米側からの能動的な接触の証拠にはならない。また、「アステカ文明とエジプト文明との類似」についても、それぞれの文明が発生した年代が離れすぎており、「類似は偶然にすぎない」という説がほぼ主流である。特にピラミッドに関しては、技術が未発達な段階において、そこまで巨大な石造建造物を建設するには、どうしてもこの形にならざるを得ない（垂直に切り立った石壁とするには、ピラミッドよりも高い建築技術が必要である）ための類似であると考えられる。ただし、ミトコンドリアDNAハプログループXおよびY染色体ハプログループR1の不可解な分布は、エジプト・ヨーロッパからアメリカへの移住が存在したとする、彼の説を支持する可能性がある。このようにヘイエルダールの学説には否定的見解が優勢であるが、自説を実証するために冒険を行ったヘイエルダールの業績自体は高く評価されている。ポリネシア人の東南アジア起源説を主張する学者たちからも尊敬の対象となっており、例えばこれまで唯一、オリジナルの古代ポリネシアの航海カヌーを発掘するなどの業績を持つ篠遠喜彦も彼への敬意を明言している。