多くの場合、揚陸艦の搭載機には対潜哨戒機が含まれず、対潜戦を展開するのは、護衛艦およびその搭載機、そして潜水艦となる。ただし、強襲揚陸艦は、必要に応じてLAMPSを搭載するほか、強襲揚陸艦艦上のTFCC (群司令部指揮所) は、対潜戦闘においても指揮統制を担当する。現在、遠征打撃群に加わっている全ての護衛艦が統合対潜システム（水上艦はAN/SQQ-89、潜水艦はAN/BQQ-5）を備え、また、DDG-51級の後期建造艦（Flight IIA）を除く全ての艦が曳航ソナー（TACTASS, STASS）を備えることにより、遠距離で潜水艦脅威を邀撃することができる。このうち、水上艦装備のSQQ-89はLAMPS Mk IIIと連携しているほか、これらの統合対潜システムは、対空戦システムと同様にJOTS (GCCS-M)に連接されており、より円滑に打撃群全体で対潜作戦を展開できるようになっている。一方、ESGが有する対水上火力としては、AV-8B攻撃機、水上戦闘艦、潜水艦から運用されるハープーン対艦ミサイルがある。これは最大で200km程度と比較的短射程であるので、水上艦装備のものについては、基本的には自衛火力として使用される。一方、潜水艦と攻撃機装備のものについては、プラットフォームそのものが秘匿性と機動性を有することから、十分に攻撃的火力としての運用が可能である。また、攻撃機は誘導/非誘導の爆弾や対地ミサイル、潜水艦は誘導/非誘導魚雷をも装備しており、対空・対潜戦闘力に欠ける敵に対しては、これらも十分に対水上火力として期待しうるものである。また、海上治安活動時においては、ESGは、各護衛艦のLAMPSヘリコプターおよび各艦の立ち入り検査隊（VBSSチーム）に加え、揚陸艦に乗艦する海兵隊員および輸送ヘリコプターを使用することができる。これにより、ESGは、より効率的に海上治安活動を実施することができる。
地球企業チグサ商事が所有する植民惑星リュシには、食肉用家畜「リンス」を飼育するための農場「プロスペリティー・ウェルズ」が作られていた。新責任者として派遣された日系女性マチコは、植民者との人間関係で悩みを抱えていた。前責任者であるヒロキはマチコにアドバイスを与え、マチコはそれを元に彼らとの関係を改善しようとする。そんな折、宇宙から謎の物体が飛来する。それはプレデターが、狩りの獲物とするためのエイリアンを放すために送った宇宙船だった。宇宙船から現れたロボットは人知れずエイリアンのエッグチェンバーを配置していき、エッグチェンバーから生まれたフェイスハガーは家畜達に寄生を開始した。農場主の一人、エイクランドはフェイスハガーの死骸と、それに接触したと思われるリンスの様子がおかしいのを発見するが、トラブルになるのを恐れ、ドクター・レヴナにフェイスハガーの発見場所について嘘の報告をする。レヴナは他に何か無いか探すため、本来フェイスハガーが発見された場所とは違うアイワ峡谷へと赴いてしまう。そこにはプレデターの宇宙船が着陸しており、レヴナはプレデターたちの攻撃を受ける。レヴナはバイクで逃走を図るが、一体のプレデターに衝突し、バランスを崩してプレデターの宇宙船に激突、宇宙船は爆発してしまった。一方、成長したエイリアン達は、貨物宇宙船レクター号に進入し、エイリアン・クイーンを中心にそこを巣にする。それを知らずにレクターに乗り込んだパイロットのトムとコノーヴァーはエイリアンに捕まってしまう。植民者たちは行方不明になったレヴナを探すが、アイワ峡谷で宇宙船の残骸と、バイクの衝突で傷を負って倒れているプレデターを発見する。ひとまずプレデターを医務室へと運び込み拘束するが、その間に他のプレデターたちは植民者の一家を襲撃する。その事件から、プロスペリティー・ウェルズに侵略者が現れたことが明らかになり、植民者達は防御のために結束する。しかし、エイリアンもプレデターも既にプロスペリティー・ウェルズに入り込んでおり、レクターへ様子を見に行ったマチコはエイリアンの群れに襲われる。絶体絶命となったとき、一人のプレデターがその場に介入してエイリアンと戦い始める。プレデターはエイリアンを数体しとめたものの、やがて敗北し、その間にマチコは逃げおおせる。別のプレデター達はプロスペリティー・ウェルズを襲撃し、ヒロキが犠牲となる。マチコは復讐のために銃を取り、自ら戦いへと赴く。医務室をプレデターが襲撃し、医師のミリアムを殺そうとするが、傷を負って運び込まれていたプレデターが助けに入り、彼女を救う。マチコはプレデターを危険視するが、命を救われたミリアムはそのプレデターが味方だと信じる。そのプレデターと襲撃してきたプレデターが戦っている間に、マチコはヘリに乗り、リンスの群れを追い立てて暴走させる。暴走したリンスの群れは、戦うエイリアンとプレデター達すべてを蹴散らしていく。そんな中、ミリアムは自分の命を救ったプレデターがエイリアン達に追い詰められているのを発見する。マチコはミリアムの願いを聞き入れてそのプレデターをヘリで救うが、エイリアンの攻撃によりヘリは墜落してしまう。ヘリから脱出したマチコとプレデターは、レクターから何とか脱出したトムとコノーヴァーと出会う。そこにリンスの暴走でも全滅していなかったエイリアン達が現れるが、仲間となったプレデターは熟練の腕前であり、エイリアン達を難なく撃退する。一向はエイリアン達を一掃するためのプランを考えるが、トムもコノーヴァーも既にエイリアンに寄生されており、トムはチェストバスターの出現により死亡してしまう。コノーヴァーはエイリアンを一掃するためのプランをマチコに伝えると、チェストバスターが出る前にマチコの手によって命を絶った。マチコとプレデターはプランを実行するため、エイリアンの巣となったレクターへと突撃する。