緊張激化とザイール政府が東部の統制を失ったことから、「虐殺者」が逃亡したザイール東部に対してルワンダが行動を開始した。ルワンダ政府はザイールでの活動のために1995年に民兵組織を編成、バニャムレンゲの反乱の口火となった1996年8月31日のルワンダのツチとザイールの特殊部隊の交戦に続いて行動を開始した。ザイール東部の不安定な社会情勢は存在していたものの、この反乱は一般的な反乱とは異なり、ルワンダ国防軍がザイールのツチを雇って扇動したものであった。バニャムレンゲの反乱の初期目標は、キヴ州（英語: Kivu Province、1969年にマニエマ州、北キヴ州、南キヴ州に三分割された）の奪取と虐殺を続けるフツ過激派との戦闘であった。だが、反乱軍がツチの支配下にある期間は長いものでは無かった。これはモブツの苛酷で独善的な政権がザイールのあらゆるところで敵を作っていたことによるものであった。その結果、反乱軍は広範な民衆の支援を得てバニャムレンゲの反乱から全国的な革命運動へと変質したのである。バニャムレンゲの部隊はツチ以外の民兵と合流し、コンゴ・ザイール解放民主勢力連合（AFDL：フランス語: Alliances des Forces Democratiques pour la Liberation du Congo-Zaire）がローラン・カビラを指導者として誕生した。ローラン・カビラは、長年反政府運動を行ってきた人物であり、AFDLの元となった3組織の一つの長であった。表向きはザイールの反乱であったが、ルワンダはその編成に主要な役割を果たしていた。戦争オブザーバーはルワンダ国防相と副大統領であり、ポール・カガメはAFDLはキガリから指揮・編成し、ルワンダで訓練した部隊ばかりかルワンダ国防軍の軍人も加わっていたと主張している。
第一次コンゴ戦争の引き金となったのは1994年のルワンダ虐殺である。これにより、大量の難民が発生した（大湖地方の難民危機）。100日に及ぶ虐殺により、数十万のツチとフツ穏健派がフツ過激派により虐殺された。この虐殺は、キガリのフツ政権がルワンダ愛国戦線によって打倒されるまで続いた。ルワンダからの難民150万人が、ザイール東部に流入した。この難民の中にはフツによる虐殺を逃れたものも、ルワンダ愛国戦線による報復を恐れたものもいた。特に後者は「虐殺者」であり元ルワンダ軍（Forces Armées Rwandaises）の部隊や、インテラハムウェとして知られるフツ系過激派民兵組織であった。ザイール東部にキャンプを設け、ルワンダから流入してきたツチ難民、バニャムレンゲ、バニャルワンダの区別無く襲撃した。これにより1996年前半で約100人の死者が出ている。さらに、ルワンダの新政府を打倒し帰還することを目標とした新たな民兵が加わった。これは、誕生したばかりのルワンダ新政府にとって深刻な危機を意味していた。前出の理由によりモブツ政権が「元虐殺者」を制御できなかったどころか、ルワンダ侵攻のための訓練や物的支援まで行っていたことが、ルワンダによる介入を招くことになった。
政治的な排除と民族間の暴力により、1991年初頭にバニャムレンゲはウガンダを拠点とするツチを中心とした反政府組織ルワンダ愛国戦線との連携を構築した。1993年から1996年にかけては、フンデ、ナンデ、ニャンガの若者がバニャムレンゲを襲撃することが常態となり、14,000人が死亡していた。1995年ザイール国会は、バニャムレンゲを含むルワンダ及びブルンジにルーツを持つ全ての人々の送還を決定した。
東部の民族間の緊張は、数世紀にわたって続いていた（特に、土着の農耕民族とルワンダから度々移住する半遊牧のツチとの間のものが知られている）。加えて、ツチの一部は東部の原住民でもあり、コンゴ自由国設立以前の1880年代には既に移住していたが、さらにベルギーの植民地となった1908年以降、労働者として強制移住の対象ともなっていた。これに加えて、1959年に万聖節の騒乱（ルワンダ革命）によってフツがルワンダで優勢となって以降に新たに流入していた。コンゴ共和国として独立を果たす1960年までに流入したツチは、バニャムレンゲとされ市民権を与えられた。独立後の流入者はバニャルワンダとして知られたが、ザイールにおいて両者はしばしば区別されず、バニャルワンダと同様にバニャムレンゲもまた外国人として考えられていた。1965年のモブツ政権樹立後、少数民族であるバニャムレンゲを優遇することでより多数派の民族による反政府活動を抑え、東部支配の礎とすることをもくろんだ。これは民族間の緊張を悪化させるものであり、様々な機会にそれは露呈していた。1963年から1966年にかけて、北キヴ州でフンデ語及びナンデ語を使用する複数の民族がルワンダから流入したフツ・ツチの双方と戦ったルワンダ人戦争（英語: Kanyarwandan war）でいくつかの虐殺が発生した。1981年には市民権の制限が行われ、バニャムレンゲ及びバニャルワンダの市民権と全ての参政権が抹消された。
月刊誌『Vジャンプ』（集英社）にて1993年2月21日号から1996年9月号まで連載され、1994年7月には単行本化した。直井正博が作画した「めちゃんこバスケットボール」は単行本には未収録。アラレたちの年齢は『Dr.スランプ』連載終了時の高校3年生のままである。『Dr.スランプ』では死んでネジとバネになったはずのマシリトも、この作品では人間の姿で登場してる。オリジナルキャラクターも多数登場している。連載当時は、本作が『Vジャンプ』の表紙を飾ることも多かった。『ドラゴンボール』、『ドラゴンボールGT』、『GO!GO!ACKMAN』、『タブ&ピーター1』などの鳥山作品や、鳥山がデザインを手掛ける『ドラゴンクエストシリーズ』、『ファイナルファンタジーVIII』、『ソニック・ザ・ヘッジホッグ』などもキャラクターがゲスト出演したり扉絵やストーリー上でコラボレーションしており、『ストリートファイターII』とコラボレーションした扉絵もある。単行本1巻には、本作の制作過程が説明されており、小山が書いた脚本を、原作者で監修の鳥山と、当時プロデューサーだった森下孝三がチェックして3人の話し合いで決定。改良された脚本を元に中鶴が設定画とコマ割りなどの原画を描き、中鶴と相談して浅井聡子が色指定したものに、スタッフが彩色などを行った。12話から登場するカルテの一家は、本作の監修を務めた鳥山が描いたラフスケッチを元に、中鶴が作画を仕上げた。本作は原作同様、他国でも翻訳されている。セル画を使ったオリジナル漫画としては世界初で、日本唯一であるとされる。Dr.スランプ アラレちゃん んちゃ!ペンギン村より愛をこめて『Dr.スランプ アラレちゃん んちゃ!!わくわくハートの夏休み』（1994年）は本作の設定・舞台を元にしており、『Dr.スランプ アラレちゃん ほよよ!!助けたサメに連れられて…』（1994年）は本作の4話「ほよよ!!助けたサメに連れられて…」のストーリーを原案に制作している。2015年現在で、映像化された回は、「ほよよ!!助けたサメに連れられて…」のみである。1995年には、「ちょっとだけかえってきたDr.スランプ 1995年度卓上カレンダー」が発売された。