クリストファー・コロンブスの「インディアス」発見当時、フランシスコ会はドミニコ会とならんで多くの会員を擁し、活動的な修道会であった。その一部には一種の終末論的傾向もあって新大陸への福音活動に対する熱意には強いものがあった。フランシスコ会はコロンブスの計画の良き理解者として知られており、一貫して熱心な支持者でもあった。コロンブスの1492年の航海の帰還報告はフランシスコ会士のあいだで大反響をよび、その2回目の航海に際しては少なくとも2名の会士が航海に同行し、サント・ドミンゴ島（イスパニョーラ島）での宣教の草分けとなった。1503年、最初の修道院がサントドミンゴに創設され、1505年にはサンタ・クルス管区が設けられてフランシスコ会士による宣教の恒久的な組織化に道をひらいた。今日のアメリカ合衆国のカリフォルニア州、アリゾナ州、ニューメキシコ州などの宣教もまた、メキシコ（ヌエバ・エスパーニャ）より北上するフランシスコ会士によって始められた。このように、インディアスの中心から地方に、さらに辺境へと向けて宣教していくことに関しては、フランシスコ会は先駆的役割を担い、また、宣教活動の範囲も数ある修道会のなかでも最も広かったものと推定される。なお、ワシントンD.C.には、アメリカ・フランシスコ会史学会という学術機関があり、その歴史的研究をすすめている。
フランシスコ会の成立した13世紀は、イベリア半島ではレコンキスタ、中東・地中海地域では十字軍のさなかにあったが、ユーラシア大陸ではモンゴル帝国が広大な版図を築いた世紀でもあった。ローマ・カトリック教会は、イスラーム勢力を挟撃するためにもモンゴルと和親を結ぼうとして、プラノ・カルピニ、ウィリアム・ルブルック、ジョヴァンニ・ダ・モンテコルヴィーノ、ジョヴァンニ・デ・マリニョーリを相次いでモンゴルに派遣したが、かれらはいずれもフランシスコ会の会員であった。特にモンテコルヴィーノは約30年間中国（元朝）に滞在し、大都（いまの北京）に教会を営み、『新約聖書』のモンゴル語訳・中国語訳を著述するなど、単に外交使節としてではなく宗教者としての活動が顕著であった。
フランシスコ会は設立間もない頃から、東方宣教に力をいれ、すでにフランチェスコ在世時に当時イスラームの勢力下にあったイベリア半島やエジプトなどで活動する修道士がいたことが知られる。フランチェスコ自身も十字軍に同道し、中東で宣教をおこなっている。東方教会の根拠地である旧オスマン帝国領内などにあるカトリック教会は、現在でも、その多くがフランシスコ会によってその運営が支えられている。エルサレムの聖墳墓教会、ベツレヘムの生誕教会やミルク・グロットなどはその好例である。また、対抗改革の時期には、イエズス会やドミニコ会とならび、「新大陸」と称された北アメリカ大陸・南アメリカ大陸やアジアなどの海外宣教に積極的にたずさわった。
宗教改革の際にもフランシスコ会の会員は5万人の会員を擁し、18世紀中葉にはその数は13万人以上に増加している。上記のように、フランシスコ会では、会自体の刷新をめざして多数の改革派が生まれた。1897年、教皇レオ13世は会則派（オブセルヴァンティス派）の再統一をおこなっている。フランシスコ会は現在、「小さき兄弟会」「コンベンツァル会」「カプチン会」に大別される。なお、「アウシュヴィッツの聖者」といわれたマキシミリアノ・コルベはコンベンツァル会の出身であった。20世紀後半（1986年）現在の会員数は、第一会の場合「小さき兄弟会」約2万人、「コンベンツァル会」約4,000人、「カプチン会」約1万1,900人、第二会「クララ会」が約1万7,000人、第三会の「律修会」約1,000人、「同修道女会」約17万7,000人、「在世会」約220万人となっている。
前年に続き中央のG1挑戦を続ける本馬であったが、出走条件が緩和されたわけではなかった。2005年当時、地方馬が特定のGI/JpnI競走に出走するためには、2着以内に入る必要があるステップ競走の出走が必須であった。天皇賞（春）出走を目指すには、日経賞の出走が必要だったため、五十嵐に代わり、新たに同じホッカイドウ競馬の千葉津代士が起用され、単勝1番人気で挑んだ。しかしここでも前述の掛かり癖が出てしまい、先頭で直線を迎えたものの、坂を上り切ったところで力尽きユキノサンロイヤルの6着に敗れ、天皇賞への道は閉ざされた。その後は国内に適当なレースがないため海外に活路を求め、この年から国際レースに指定された香港のチャンピオンズマイルに出走した。地方所属馬による海外G1競走への出走は、同年ドバイワールドカップのアジュディミツオーに続いて2頭目にあたった。レースでは直線で失速し、翌年も同競走を制し連覇することとなるBullish Luckから1.7秒差の10着と大敗を喫した。続く宝塚記念では、馬体重16キロ減で臨んだ上、パドックで右前脚を落鉄するトラブルに見舞われる。レースでは逃げるも、タップダンスシチーに4コーナーで外から並びかけられると差し返す力は残っておらず、スイープトウショウの12着に終わる。天皇賞（秋）出走のためには2着以内に入らなければならない毎日王冠では、安藤勝己を初めて鞍上に迎えた。レースでは掛かり気味に3コーナー手前で先頭に立つが、直線で伸びず11着に敗れる。その後は天皇賞（秋）と異なり、JRAが別に定める基準で選定されれば出走可能なジャパンカップへ直行した。同競走ではミルコ・デムーロとの新コンビで出走する予定だったが、デムーロの落馬負傷でダヴィ・ボニヤに乗り替わる。タップダンスシチーの作るハイペースを4番手で追走するが、見せ場は作れず、勝利したアルカセットから1.4秒差の14着に敗れた。ただ前年より速いタイムで走っていたことから、田部は「バルクの復活の手ごたえを感じた」とのちに語っている。この年は5戦して一度も掲示板（5着以内）に載れずに第50回有馬記念を迎えることになった。1年ぶりに五十嵐が騎乗するが、単勝85.3倍の10番人気という低評価であった。だがスタートから折り合いを付けて3番手を追走すると、宝塚記念とは逆に、逃げたタップダンスシチーを4コーナーで捕らえる。その後も最後まで見せ場を作り、勝利したハーツクライから0.5秒差の4着と健闘した。