判決後にジャーナリストの江川紹子が鑑定人らに申し入れたインタビューに対し、内藤は「誤った法医学鑑定のために無実の人を罰することを防げて、私もホッとしています」と語った。一方の石山は「判決は誤っているが、だからといって法医学には何の影響もない」「控訴断念は、法医学の問題とは無関係」として、なおも自信を崩さなかった。インタビューを快諾した内藤と石山とは対照的に、稲村は「今のマスコミは左に偏向している。どこの社も同じだ。そういうマスコミの人間には、私は一生会うつもりはありません」として、これを拒絶した。しかし、判決から6日後の11月16日にテレビ朝日系列のワイドショー『こんにちは2時』で放送されたインタビューでは、稲村は「私の鑑定には間違いはないと思っております。今でも100%」「日本でナンバーワンの、一番権威ある東大の先生がああいう判断をしてくれたのに、裁判所が取り入れてくれなかったのは、非常に遺憾です」と述べている。
3年以上継続した審理も終結し、1987年7月に検察側は論告求刑でAに懲役8年を求刑した。しかし、この論告は25分で終了するなど、弁護側の印象によれば検察側は戦意喪失に近い状態であり、対する弁護側には、山田洋次や田村高廣といった映画人など200人が裁判所に対して慎重審理を求める署名を送るなど、支援の声が集まっていた。事件から3年8か月後の1987年11月10日、横浜地裁刑事第二部はAに対して無罪判決を言い渡した。争点とされた扼痕の有無については「頸部外表所見からみて、その頸部に何らかの外力が加わったと認められる、明らかな痕跡は存在しない」としてこれを否定し、Aの自白についても任意性は認めたものの、内容と現場の状況が食い違い、動機も薄弱であるとして信用性は否定された。判決は概ね内藤鑑定に依拠したが、鑑定人の間で意見の割れた筋肉内出血については、稲村鑑定には信が置けず、木村鑑定にも無理があり、石山鑑定は不自然であり、内藤鑑定にも疑問の余地があり、つまりは結局よく分からない、との結論に終わった。最終的には、被害者の死因を他殺と認めるには合理的な疑いがあることが無罪の理由とされた。同月18日に検察側は控訴を断念し、Aの無罪は確定した。判決後、Aは解雇されていた会社に復職し、1日当たり6800円の刑事補償を3年8か月分受け取った。
鑑定人らによってその有無が激しく争われた遺体の扼痕については、裁判長が法廷にルーペを持ち込んで遺体写真を観察するほどに不鮮明なものであった。そのため弁護側は写真の専門家に扼痕の有無の鑑定を依頼することにし、東京工芸大学工学部写真工学科助手の石川和夫に画像解析を依頼した。弁護側は、遺体の頸部写真に石山が発見したとする扼痕を彼自身の手で書き込ませ、写真上のその3点が本当に扼痕であるかどうかの鑑定を石川に依頼した。石川はその写真における光の三原色の割合と明度をコンピュータで解析した結果、石山が指摘した3点の他にも、それらと三原色の割合と明度がほぼ同じ部分が4か所、写真上には存在する、と1987年3月に鑑定した。そして石川は、それらの点が扼痕でなく単なる色素の沈着であるとは積極的には言えないものの、扼痕であるとすれば写真のようにそれらが一直線上に7か所も存在することは考えにくい、と結論した。
大正初期の囲碁界は、本因坊門、方円社及び裨聖会（雁金準一、鈴木為次郎、瀬越憲作ら）との三派鼎立状態であった。しかし各派合同機運が生まれ、1923年1月には本因坊家と方円社が合同して中央棋院を設立するものの、4月にはふたたび分裂する。しかし同年9月の関東大震災で各派は大きな打撃を受け、分裂抗争の余裕すら失われた。このため翌年に各派や関西の棋士などが集結し、日本棋院を設立。秀哉は棋院最上位者として定式手合（大手合）に出場する。しかし雁金準一らは日本棋院を脱退し、棋正社を設立する。両者は読売新聞の正力松太郎社長仲介のもと、「大正大争棋」と銘打った大規模な対抗戦を開始する。1926年に行われたその初戦で、秀哉は雁金準一との主将決戦に臨む。石取りの名局と謳われた激しいねじり合いの末に勝利し、不敗の名人の名を高めることとなった。1933～34年、読売新聞主催の「日本囲碁選手権手合」に優勝した呉清源五段と向先で対戦する。読売新聞の大宣伝と、呉の斬新な布石によって大いに注目を集めたが、秀哉は2目勝ちを収める（後述）。1936年、秀哉は日本棋院に本因坊の名跡を譲渡。世襲制ではなく選手権戦によって本因坊を決める本因坊戦が誕生する。秀哉は後継者として愛弟子の小岸壮二を考えていたといわれるが、意に反し小岸は夭折した。秀哉には自身の経験から実力第一位のものに本因坊の名を継がせたいという強い思いがあり、本因坊位の世襲制廃止に踏み切ったものといわれる。1938年、木谷実との引退碁を打ち、1940年1月18日、実力制初代本因坊の決定を見ることなく熱海の旅館で死去。日本棋院葬が執り行われ、歴代本因坊が眠る本妙寺に葬られた。その後毎年1月18日は秀哉忌として、時々の本因坊位保持者や関係者による法要が行われている。またその名は、日本棋院最優秀棋士に贈られる秀哉賞（1963年創設）に残されている。門下に鹿間千代治、宮坂寀二、蒲原繁治、村田整弘、小岸壮二、林有太郎、福田正義、増淵辰子、村島誼紀、前田陳爾、苅部栄三郎、宮下秀洋、武田博愛らがいる。また藤沢朋斎、安永一も秀哉に薫陶を受けた。