北カフカース山岳共和国を赤軍が占領した後、同地に再びソビエトの自治共和国が置かれることとなり1921年1月20日にダゲスタン自治社会主義ソビエト共和国が誕生した。領域はテレク川南岸のコーカサス東部であった。国名は1936年12月5日付けでダゲスタン自治ソビエト社会主義共和国に改称された。1938年2月22日にオルジョニキーゼ地方にキズリャル地区を設置された。チェチェン・イングーシASSRが廃止された後にはその領土の一部を編入し、残りの部分はグロズヌイ地方となった。その後、チェチェン・イングーシが再設されると再び領土が戻され、キズリャルを含む廃止になったグロズヌイ地方の北部を与えられて現在の形になった。都市人口は782,000、農村人口は986,000人だった。1965年にレーニン勲章を1971年に十月革命勲章を、1972年に民族友好勲章をそれぞれ受賞している。1991年5月、ダゲスタンASSRはソビエト・ロシアの中のダゲスタンSSRに一時的に格上げされ、その後現在のダゲスタン共和国に変化した。
1939年9月1日から始まったポーランド侵攻に参加した。フォン・シュタウフェンベルクの所属する第1軽師団は9日間で200キロ以上進撃し、ヴィスワ川に一番乗りして数千人を捕虜にした。10月12日に師団は平時の基地へ帰還し、第6装甲師団に再編成された。フォン・シュタウフェンベルクは困難な状況の中でも補給を確保した事や数千のポーランド人捕虜に対しても模範的なまでに給養を出した事に対して何度も表彰された。1939年11月1日付けで参謀大尉（Hauptmann i.G）となり、正式に参謀本部に転任し、あらためて第6装甲師団の補給係将校となる。1940年5月10日から開始された対仏戦にも参加。彼の所属する第6装甲師団は5月12日にベルギーの国境を越えた後、9日間で270キロ以上の進撃をしたが、その中でも彼は補給をしっかりと確保した。1940年5月31日に一級鉄十字章を授与されるとともに陸軍総司令部（OKH）の参謀本部編成課2グループ（平時組織と命令系統）長に任じられた。フォン・シュタウフェンベルクは、対仏戦についてイギリス軍にダンケルクの撤退を許してしまったことについてヒトラーの批判を口にしているが、戦争は全体的には成功したため、ヒトラーを評価するようになった。特にヒトラーの側近くの参謀本部に行ってからはヒトラーを称える事が多くなった。「ヒトラーには軍事的な勘がある。彼はすべてを大きな関連性でとらえ、ドイツの将来のために努力しているのだろう。彼の近くにいると創造的思考を刺激される。彼に協力して勝利させよう」などと述べている。1941年1月1日には参謀少佐（Major i.G.）に昇進した。1941年6月に独ソ戦が開始されると頻繁に前線の軍の補給状態の視察を行った。1941年冬にドイツ軍は厳寒でほとんど進軍できず、その間ソ連が態勢を立て直してしまった。フォン・シュタウフェンベルクは1942年春にはドイツが単独でソ連軍を撃破するのはもはや不可能であり、ソ連住民の協力が必要だと確信するようになった。独裁者ヨシフ・スターリンの暴政に虐げられるソ連支配下の住民の多くはドイツ軍を解放軍として歓迎していた。そのため占領地域の住民の感情を損なうような行動を彼はよしとしなかった。1942年4月に彼は他の参謀本部の将校との会話の中でソ連捕虜や占領地域一般市民に対する残忍な行為、アインザッツグルッペンによるユダヤ人殺戮などに怒りを述べている。また編成課2グループ長として占領地域からの志願兵をスラブ人への差別意識の強い親衛隊（SS）ではなく、国防軍の管理下に置くよう努力した。戦況が泥沼化した1942年夏以降には「総統の排除」を本格的に口にするようになった。またヒトラーの「犯罪性」を告発する発言も再び増えた。1942年8月には編成課の別の将校に「奴らはユダヤ人を集団で撃ち殺しているんだ。こんな罪が許され続けてはならない」と口にした。1942年9月26日の編成課の会議の席上では彼は突然に立ちあがって「責任はヒトラーにある。奴が排除されなければ抜本的改革は無理だ。私にはその用意がある」と叫び出した。前線視察の際にB軍集団（de:Heeresgruppe B）参謀長ゲオルク・フォン・ゾーデンシュテルン（Georg von Sodenstern）大将やドン軍集団司令官エーリヒ・フォン・マンシュタイン元帥に対してヒトラー抵抗運動の指導者になってもらえないかと要請しているが、断られている。陸軍はもともと反ヒトラーの機運が強く、彼のこのような発言も聞き流されていたが、ゲシュタポの耳に入れば危険だった。次第に彼は参謀本部内でも身に危険を感じるようになり、1942年秋頃から参謀本部を離れたがるようになった。しかし1942年中は許可が下りなかった。1943年1月1日に参謀中佐（Oberstleutnant i.G.）に昇進した。1943年2月3日、ベルリンで短期休暇を過ごしていた際に北アフリカ戦線のチュニジアの第10装甲師団に主席参謀将校（Ia）として配属する旨の人事異動が通達された。同師団は1942年11月にアルジェリアとモロッコに上陸した米英軍と戦っていた。念願の前線勤務となったが、2ヶ月後の4月7日には乗っていた車がイギリス軍機に機銃掃射されて重傷を負ってしまった。スファックス近くの野戦病院へ移送され、ここで右手の手首から上、また左手の薬指と小指を切断した。また左目も摘出せねばならなかった。この後、フォン・シュタウフェンベルクは船でリヴォルノへ移送され、そこから病院列車でミュンヘンの陸軍病院へ送られた。そこで3ヶ月間の入院生活を送った。