開発はアルファ・システムで、ナムコ・テイルズスタジオが制作協力として参加。登場キャラクターは前作発売後のWebアンケートを元に決めている。キャラクターの秘奥義のカットインイラストは『テイルズ オブ シンフォニア -ラタトスクの騎士-』と『テイルズ オブ グレイセス』はオリジナルの作画監督が描き下ろし、それ以外は松竹徳幸が担当。また松竹は作中アニメーションムービーの作画監督も務める。『テイルズ オブ レジェンディア』のキャラクターが多数登場しているが、これは統括プロデューサーの吉積信曰く「もっとスポットを当てよう」ということや、プロジェクトに『テイルズ オブ レジェンディア』のスタッフが数名いたため。BGMは前作に引き続き中村和宏、桜庭統、椎名豪が担当している。曲の内訳は中村が不明、桜庭がデフォルトの戦闘曲5曲、椎名がラストダンジョンの曲1曲となっている。主題歌はBACK-ONの「with you feat.Me」（オープニングテーマ）、「流れ星」（エンディングテーマ）。
ルミナシアとジルディアは互いに対をなす兄弟のような世界である。ジルディアは誕生しないまま消えるだけの世界のはずだったが、共存を望んだルミナシアの世界樹が自らに取り込んだ。ルミナシアとは根本的に理が違うためそのままでは共存できず、「環境が整うまでの間は」と星晶で包まれ封印された。生物・無機物も含めてすべての物質には設計図「ドクメント」が存在し、これを視覚化することでそのものの気質や資質などの情報を調べることができる。さらに細かく調べることもできるが、物質には大きな負荷がかかるため危険。魔術発動の基盤となる事象でもある。食事などで物質を取り込むとドクメントも同化し、これを見たカノンノはドクメントを命と表現した。ドクメントを利用してあらゆるものを生み出すことができる創世の力「ソウルアルケミー」という技術があり、現在は失われているが「光気丹術（こうきたんじゅつ）」という名称で一部に伝わっている。
中心に巨大な樹「世界樹」が聳え、生命エネルギー「マナ」を発する鉱物「星晶（ホスチア）」によって繁栄している世界「ルミナシア」。しかし大国による星晶を巡っての紛争が相次ぎ、さらに星晶の枯渇や大国による村々の支配が問題となっている。紛争から人々を救おうと思い立った人物たちによるギルド「アドリビトム」に所属する少女カノンノの前に、ある日記憶喪失の主人公が現れる。アドリビトムに迎えられた主人公は、記憶が戻るまでアドリビトムで働くこととなる。主人公がアドリビトムで働く中、星晶の枯渇した地域で赤い煙が発生し、周囲の環境が変化するという現象が起こる。調査の結果、赤い煙が生物・無機物などあらゆる物質の「設計図」であるドクメントを侵食し、ある物質を全く別の物質に変化させているということが判明する。ドクメントを侵食することでヒトの情報を得た赤い煙はヒトの形を取り、自らを生まれるはずだった世界ジルディアの一部「ラザリス」と名乗る。そして、主人公は世界が危機に陥った時に世界樹が生み出す分身「ディセンダー」であることが明らかとなる。ルミナシアの創世に立ち会った異世界の賢人ニアタは、ジルディアは星晶により封印されていたが星晶が枯渇してきたためにラザリスが現れたこと、星晶の代用品を見つければラザリスを封印できることを主人公たちに伝える。一方、ラザリスはルミナシアをジルディアに塗り替えようとしていた。世界が変化すると全てのヒトが赤い煙に侵された生物のようになるか、変化に適応できず死ぬこととなる。この危機に争い合っていた世界中の人々が協力し、星晶の代用品となるドクメントが完成する。主人公はラザリスを説得するが、「創造は罪であり欲である」とするラザリスと、「創造から喜びが生まれる」とする主人公は相容れず戦闘となる。戦いの末に主人公はラザリスを倒し、共に世界樹へと帰っていく。
帰国後、豊富な知見と語学力を買われて後発局のニッポン放送にプロデューサーとして入社。外国人タレント招聘を含む渉外業務、ニュース翻訳、番組総括まで幅広く手掛けるかたわら、当時の社会主義諸国以外の多くの国を取材して回った。高聴取率番組『ベスト・ヒット・パレード』ではみずからディスクジョッキーを買って出たが、「DJ」という概念が日本の聴取者に馴染みの薄かった初期には本職のアナウンサーを中心に風当たりが強かったという。しかし、知己のNHKアナウンサーと音楽評論家にモニターを依頼し、つねに批評を受けながらみずからの語り口を確立した。スポンサーとリスナーからも支持されて、裏方出身の高崎は黎明期のラジオパーソナリティーに転身した。深夜ラジオ番組の草分け『オールナイトニッポン』には企画立案段階から関与し、進んで初代パーソナリティも務めた。「奥様、お嬢様が泣いて喜ぶ、あ・な・た・の高崎一郎です」などの文句と、ソウルチューンをノンストップで掛けるディスコスタイル等が特徴的であった。ミュージシャンの大滝詠一は、高崎のことを「自身の少年時代のアイドル」として挙げている。同番組のテーマソングとして有名な"BITTERSWEET SAMBA"は高崎担当の放送初日にスタッフが当初予定されていたA面の曲（『ティファナ・タクシー』）を間違えてB面の曲を掛けてしまったという説があるが、当時発売されていたシングル(EP版)で両曲のカップリングはなく俗説である。また、亀渕昭信によると、高崎自身にこの曲を選んだのか間違えたのかを質問したところ、はぐらかされてしまったそうである。この間、引き続きライナーノーツ執筆や訳詞、海外タレントとの交渉契約業務から通訳、音楽評論まで幅広く手掛けた。覆面作詞家『ジョニー・ウッドマン』としても、同じく覆面作曲家の『ハリー・ウィリアムス』（鈴木邦彦）らと組み、いくつかの流行曲を手掛けている。また、1966年にニッポン放送によるパシフィック音楽出版、ニッポン放送サービス（現ポニーキャニオン）の設立に携わる。パシフィック音楽出版では後に社長に就任している。1967年1月、アメリカのフォークソング歌手、ジョーン・バエズ来日公演の際、司会通訳だった高崎はバエズの語ったベトナム反戦メッセージや広島への原爆投下に関するコメントを正しく翻訳せず、舞台上の高崎は英語のわかる聴衆、バエズのファンからブーイングを浴びた。1968年、ザ・フォーク・クルセダーズの新曲の作詞をサトウハチローに東芝の担当ディレクターとともに依頼。目の前で『悲しくてやりきれない』の作詞を高崎らの目の前で30分で書いた。