PC-9801シリーズの内蔵ハードディスクはノート型を除きSASIもしくはSCSI接続だが、後のPC-9821ではIDEが標準となり、さらにその後は540MB以上を認識可能なE-IDE仕様となった。なお、初期のタワー型をはじめとするハイエンド機の大半はAdaptec製SCSIコントローラをオンボードで搭載しており、制限は「32Gの壁」くらいであった。PC-9821シリーズの内蔵IDEコントローラは例外なくPIOモードのみのサポートであり、Ultra DMAを使うには後に発売されたサードパーティー製の拡張IDEボードに頼る必要があった。また、Socket 5を搭載するMATE Xの一部機種に変換ソケットを使用してMMX Pentiumを搭載した場合、内蔵IDE-I/Fが有効であるとITFのコーディングの関係で起動に失敗するものがあり、この対策としてオンボードのIDEは使用せず全ドライブをSCSIで統一するユーザーも少なからずいた。これは、NECもIntelもCPU乗せ替えを保証しない機種に対して無理矢理搭載した場合に限って起こる不具合であり、IntelからPC-9821版として販売されたODPには専用のITF書き替えプログラムが添付されており、それを対象機種に使用する限りにおいては全く問題なく動作した。ただし、対象機種はIntel製チップセット搭載機に限られたため、VLSI製チップセット搭載機の場合はその恩恵にあずかる事は出来ず、前述の全SCSI化以外の選択肢が無かった。
PC-9801は長らく1.25MBフォーマットを採用していたが、PC-9821の頃から、PC/AT互換機と同じ1.44MBのフォーマットも扱えるようになった。ただし、MS-DOSがそれに対応しているバージョン（Ver.5.00A-H以降）である必要がある。現在のPC/AT互換機では、1.25MBを読み書き（一部はフォーマットが出来ないなどの制限あり）するには、3-MODEに対応したBIOSと3モードフロッピーディスクドライブを用意し、ドライバを組み込む必要がある。メーカー製PCでは大抵扱うことが出来る。98シリーズは、PC/AT互換機と違い、ドライブの質が一定だったため、フロッピーディスクの特定のトラックに特殊なフォーマットを施し、それをチェックすることで正規品か否かの判断をするコピープロテクトが主にゲームソフトで使われていた。これはMS-DOSによるコピーでは同一のフォーマットを再現することが出来ないため（特殊なフォーマットが施されたトラック）、コピーしたディスクでは正規品ではないとみなして動作しないようになっていた。なお、特殊フォーマットのチェックを外す「コピーツール」（ファイラー）と称するソフト本体とソフトごとに施された特殊フォーマットに対応するデータディスクが売られていた（詳細は割愛）。PC-9801シリーズが全盛だった時代には高額だったこともあり、なかなかHDDの普及が進まなかったが、Windowsの利用を前提としたPC-9821シリーズの登場は転機となり、MATE・FELLOW以降ではHDDモデルを中心にデスクトップでもFDDが1台しかないモデルが登場するようになった。これらの機種では当初はHDD上に構築した専用ファイルを98ノートのRAMドライブのように扱う仮想FDDツールが添付され、FDD2台を前提としたソフトを動作させる配慮が見られた。しかしPCIアーキテクチャ搭載機ではそのようなツールもサポートされなくなり、ノート機でも物理的なRAMドライブが省略されるようになるなど、PC-9821の時代にはFDD2台という構成は次第にオプション扱いとなっていった。
地元の口伝として「大友時代の豊後大神一族は豊後武士団として、豊後攻めの島津の大軍を迎え討ち局地戦（大分県竹田市久住大字仏原字山口）にて谷間に誘い込み壊滅させたが、その時主に活躍したのが稙田の光吉氏であり、報奨すら求めなかった」ともいわれている。しかし、戸次川の戦いを見ても大友軍は劣勢であり、戦法も島津のやり方に近いため史実かどうかは定かではない。ただし、光吉氏と戸次氏は深い関係にあると推測されるため、島津との戦で大友氏善戦での武勲が伝承された可能性はある。また、家紋が橘氏の丸に橘になっているが、この時代の大友氏との距離により大友氏家紋とは別の家紋が大神一族でも使われたようである。元々大神氏からの出自である戸次鑑連が立花氏を継ぎ、その後福岡の藩主にまでなった名門立花氏と光吉氏の出自である田尻氏との関係から大友氏系では禁じられた立花を橘とし、その後光吉氏の橘紋として使われた可能性がある。確かに、当時の大友氏は没落に差し掛かり、大友家紋を持つ大神一族とそれ以外の家紋を掲げる大神一族でも争いがあった。理由は、戦場で常に先陣をきる別家紋系大神氏には恩賞や領地報酬もなかったが、後ろで安穏としている大友家紋系大神氏は領地や恩賞を貰えたことが原因と『大友家』の資料にあった。また、キリスト国家を夢想し暴走気味の大友宗麟に反逆した立花氏が滅ぼされたことから、大友時代は立花姓は禁じられたが、立花氏を攻め滅ぼした戸次鑑連が禁止されていた立花姓なのに立花道雪と名乗っていた。これらを考えると古代大神の意地と大友宗麟のキリスト国家建設への反発心から、そのレジスタンスの象徴である「立花」は大神武将や領民に依然として人気があり、「橘紋」の光吉氏をテーマにした口伝が後世できた背景は辻褄があう。現在は光吉姓の末裔は地名のみで誰もこの光吉地区に残っていない。この時期から田尻氏の領地であった東稙田（現光吉地区）は、光吉となり、地名が今でも現存していることから、当時領地を近接する大友氏と強いつながりを作った田尻実綱の子が境界にあるこの地に新しい氏族・光吉氏を名乗り大友軍として支配していたが、{大友氏没落後も福岡の立花氏の影響から、現代まで地名が残った可能性がある。『大友家』家系の「田尻家綱実綱子高綱孫季綱曾孫遠綱玄孫稙田有綱来孫光吉満吉」の記述から稙田氏有綱の子である田尻氏遠綱-季綱-高綱-実綱(綱実綱?)-光吉満吉とわかる。また、(木村 1982, p. 38)では遠綱が光吉名とされている。