1506年にバイエルンは再び統合され、ミュンヘンはその首都になった。宮廷による芸術や政治の影響力が増した。（オルランド・ディ・ラッソやハインリヒ・シュッツ。後にモーツァルトやワーグナー）16世紀、ミュンヘンはドイツの対抗宗教改革やルネサンス芸術の中心であった。バイエルン大公ヴィルヘルム5世はイエズス会士に指示し、聖ミヒャエル教会を対抗宗教改革の中心とした。また、ホフブロイハウスが建てられ1589年より茶色のビール（エール）の醸造が始まった。カトリック同盟 (ドイツ)が1609年にミュンヘンで形成された。1623年の三十年戦争時、マクシミリアン1世が選定候に選ばれその居城となったが、1632年にスウェーデン王グスタフ2世に街は占領される。1634年と1635年にはペストが大流行し、当時の人口の3分の1が死亡した。ミュンヘンはバイエルン選帝侯の統治下、バロック様式の生活の中心としてだけでなく1704-1742年にはハプスブルク家の占領下にもあった。1806年、ミュンヘンは新たなバイエルン王国の首都となり王国議会ラントタックや新しいカトリック教会のミュンヘン・フライジング大司教区が置かれた。その20年後にはルートヴィヒ・マクシミリアン大学ミュンヘン（ミュンヘン大学）がミュンヘンに移された。多くのミュンヘンの最上の建物はこの時期に建てられたか、最初の3人のバイエルン王の下で建設が進められた。ルイトポルト・フォン・バイエルンがバイエルン王国の摂政の時代、ミュンヘンでは大きな文化的、芸術活動が見られた。（フランツ・フォン・シュトゥックや青騎士など）
ミュンヘンの創建は1158年とされるが、これは日付が言及された最も古い唯一の文書からである。文書はアウクスブルクで署名されたものである。当時、ヴェルフ家ハインリヒ3世 (ザクセン公)兼バイエルン大公（獅子公）がイーザル川にベネディクト会の僧の集落とを結ぶ橋を架けた。塩の交易路に面し関所と貨幣鋳造、市場の町として創建されている。1175年、ミュンヘンは公式に都市としての地位を得て城壁が備えられている。1180年、ハインリヒ3世の裁判からオットー1世がバイエルン大公となりカトリック教会のフライジング大司教区を得ている。これによりバイエルンは1918年までヴィッテルスバッハ家が統治することになる。1240年にはオットー2世に移り、1255年にバイエルン公国は2つに分けられミュンヘンは上バイエルン公の居城になった。ルートヴィヒ4世は1314年に神聖ローマ帝国皇帝に選ばれ1328年に戴冠している。ルートヴィヒ4世によりミュンヘンは塩の専売地位が与えられ、都市として強化され収入が保証された。15世紀後半、ミュンヘンはゴシック芸術が復活し旧市庁舎が拡張され、ミュンヘン最大のゴシック建築で現在の大聖堂であるミュンヘン聖母教会は1468年の着工から僅か20年で完成した。
ミュンヘンはアルプス山脈北縁から50km離れたオーバーバイエルンの高い平野に位置し海抜520mである。市内をイーザル川とヴュルム川 (Würm) が流れる。ミュンヘンはアルピネフォアラント (Alpine Foreland) の北部に位置し、北側の砂質の高原地帯はアルプスによる褶曲の影響を受けていない非常に肥沃な燧石（すいせき）地帯が含まれ、南側はモレーンの丘の一部で覆われている。ミュンヘン周辺など、北側と南側の間には洗い落とされた融氷地帯が広がる。融氷地帯は薄いが、地下水は砂礫層を透過しあふれ出ておりミュンヘン北部のような沼に至っている。
ミュンヘンはベルリン、ハンブルクに次いでドイツでは3番目に大きな都市で、市域人口は140万人近くに達する。1972年にミュンヘンオリンピックが開催された。ミュンヘンの標語は「ミュンヘンはあなたを愛している。」 "München mag Dich" だが、2006年以前は "Weltstadt mit Herz" 「心を持つ国際都市」であった。ミュンヘンの市章には地名の由来となった僧が表現され、黒と金の配色の市旗は神聖ローマ帝国の色で市の公式の色としてルートヴィヒ4世の時代以来使われている。今日のミュンヘンは金融、出版の中心都市でたびたび、移住者などが住むのに適した場所として上位に位置付けられる。2011年のマーサー・ヒューマン・リソース・コンサルティングによる世界で最も居住に適した都市では4位を獲得した。2010年のライフスタイルマガジンMonocleの調査では5位に付けており、未だにドイツの都市の中では高い位置にある。経済的、社会的革新に関する162の指標の分析を基にした調査では2thinknowイノベーション都市指数で289都市中、世界では15位、ドイツ国内では5位に付けた。
1865年、とある港町の貿易商会の一人息子として生まれる。実家のトワイライト商会は市に強い影響力を持ち、その跡取り息子として誰からもちやほやされる環境で育った。また、幼少期からローザことロゼッティ・エンライトと婚約しており、アラン自身もローザに好意を持っていた。しかし1873年、港で起こった事故で父とローザを同時に失う。その後は商会の実権目当てで家に住み着いた伯父一家を嫌っていた。1879年、エドガーとメリーベルの兄妹に出会う。当初は自分に従わないエドガーを嫌っていたが、やがて対等の相手として心を開くようになる。また、亡きローザにそっくりのメリーベルと引き会わされ、彼女に恋心を抱くようになる。その後、無理やり伯父の娘のマーゴットと結婚させられそうになり、追い詰められてメリーベルにプロポーズする。1度は断られたものの、彼女に「わたしたちといっしょに、ときをこえて遠くへいく？」と誘いかけられ、思い悩む。しかし、信頼し大切にしていた母親が伯父と親密にしているところを偶然目撃してショックを受け、そのことで伯父と揉み合いになった末に、はずみで階段から突き落としてしまった（実際には気を失っただけ）。それを見たマーゴットに「人殺し!!」と罵られたことで自暴自棄になり自室へ逃げ込み、直後窓辺に現れたエドガーから、メリーベルが消滅したことを聞かされる。それでもエドガーと共に行くことを選び、エドガーからバンパネラ（吸血鬼）の血を体内に注がれ一族に加わった。以後100年近くの時を2人で駆け巡る（「ポーの一族」）。1966年、クエントン館の火災で逃げ遅れたシャーロッテ・エヴァンズを助けようとしたが、彼女がロザリオを身に着けていたために手を伸ばすことができなかった。以後、そのことに負い目を持つようになる（「ランプトンは語る」）。10年後の1976年、シャーロッテの妹で、エドガーにそっくりなエディスに惹かれ付き合い始める。しかしエヴァンズ家で火災が起こり、気絶して1人で家に取り残されたエディスを助けようとした際、誤って階下に落下して消滅する（「エディス」）。