次に、小保方らは、生きた細胞を長時間培養しながら顕微鏡で観察するライブイメージング法で7日間にわたって解析を行った。その結果、得られる未分化の細胞は、分化したリンパ球が初期化されたものであり、試料に含まれていた未分化の細胞が酸処理を経て選択されたものではないことを示唆した。遺伝子解析を実施してOct4陽性細胞を検証した結果、Oct4陽性細胞のT細胞受容体遺伝子に、リンパ球T細胞が分化した時に生じる特徴的な遺伝子再構成であるTCR再構成が検出された。このことから、Oct4陽性細胞は、T細胞に一度分化したリンパ球由来の細胞を酸性溶液処理で初期化して得られたものであり、Muse細胞のような既存の多能性幹細胞が酸性溶液処理によって選択されたものではないことを検証した。また、このOct4陽性細胞は、Oct4以外にも多能性細胞に特有のSox2、 SSEA1、Nanogといった遺伝子マーカーを発現していた。さらにOct4陽性細胞は3胚葉組織への分化能を持っていた。その後、小保方らは、脳・皮膚・骨格筋・脂肪組織・骨髄・肺・肝臓・心筋などの組織の細胞についても同様に処理し、いずれの組織の細胞からもSTAP細胞が産生されることを確認した。
小保方らは、まず未分化細胞で特異的に発現するOct4遺伝子の挙動を観察した。Oct4プロモーターの下流にGFP遺伝子配列を繋いだコンストラクトをマウスに導入し、Oct4の挙動（正しくはOct4プロモーターが活性化されたかどうか）がGFPの蛍光によって可視化出来るシステムを構築した（いわゆるレポーターアッセイである）。このOct4::GFPマウスのリンパ球を使用し、細胞外環境を変えることによる細胞の初期化の状況を解析した。細いガラス管に通すという物理刺激を与えたり、毒素（細胞毒素ストレプトリジンO）で細胞膜に穴をあけたり、飢餓状態にしたり、熱刺激を与えたりなどさまざまな方法を試した結果、酸性溶液による細胞刺激が最も有効であることを発見した。小保方らの試行では、生後1週のマウス脾臓のリンパ球をpH 5.7、37℃の酸性溶液に25分浸して刺激を与え、B27と多能性細胞の維持・増殖に必要な増殖因子である白血病阻止因子（LIF）を含むDMEM/F12培地に移して培養する方法が、最も効率的にSTAP細胞を作製できた。
STAP細胞は胎児にも胎盤にもなれることから、多能性細胞を越える「全能性細胞」であるかもしれないと言われていた。もし人間でも作成できることができ、それが全能性を持っていた場合、子宮に移植することにより人間そのものができてしまう可能性があり、それに伴う倫理的問題が指摘された。チャールズ・バカンティはマウスの胎盤にSTAP細胞と主張する細胞の細胞塊を注入する実験を行い、胎児に育つことを期待したと言われている。現在はマウスでの研究段階であるが、もし人でも全能性を持つSTAP細胞が作れるとすれば完全なクローン人間を作れることになり、中絶反対派などとの論争が懸念された。また、生存中の人間と同じ遺伝子情報を持つ別の人間が存在してしまうことになるが、これは体細胞由来のiPS細胞やクローンES細胞でも同様に起こり得る問題である。このような問題はイギリスの科学雑誌「NewScientist」を中心に取り上げられた。
マッドリブ（Madlib）として初めて仕事をしたのは1993年（20歳のとき）、ロサンゼルスにおいてザ・アルカホリクス（The Alkaholiks）の『21 & Over』という作品中の曲をプロデュースしたときのことであった。プロデューサーとして有名になり始めたのは、ロサンゼルスを拠点に活動するヒップホップのインディーレーベル「ストーンズ・スロウ・レコーズ（Stones Throw Records）」との契約後の1999年、ルートパック（Lootpack）の『Soundpieces: Da Antidote』をプロデュースしてからのことであった。翌2000年、同じく「ストーンズ・スロウ・レコーズ」からカジモト（Quasimoto）という名義でリリースした『The Unseen』は、異彩を放った作品であった。ヘリウムガスで変調をかけられたラップは、強烈な個性を際立たせることに成功し、定型のフォームからは逸脱したものであった。以来マッドリブ（Madlib）をはじめ、カジモト（Quasimoto）、イエスタデイズ・ニュー・クインテット（Yesterdays New Quintet）、DJレルズ（DJ Rels）、ヤング・ジャズ・レベルズ（Young Jazz Rebels）等、プロジェクトごとに名称を使い分けている。「ジャズの若き反逆者たち（Young Jazz Rebels）」というグループ名が物語っているように、ジャズもまたテーマのひとつとして設定されている。2003年、マッドリブは「ブルーノート・レコード」から全音源を預けられ、新たな視点からブルーノートを構築し直すことを試みた。それが『ブルーノート帝国への侵略（Shades Of Blue）』という作品である。マッドリブは、膨大な音源から主にアンドリュー・ヒル、ボビー・ハッチャーソン、ホレス・シルヴァー、ウェイン・ショーター、ハービー・ハンコック、ジーン・ハリス、ドナルド・バード、ロニー・フォスター、ルーベン・ウィルソン、ボビ・ハンフリー等、新旧ミュージシャンの音源を抽出し、場合によっては生演奏を全面的に重ねることによってまったく新しいヴァージョンへと転化させ、また時にはオリジナル音源を抽出し、それらを組み合わせることで新たなブルーノート・サウンドを再構築している。同2003年、マッドリブは、ふたつの共同プロジェクトを発表した。ひとつめ、J・ディラとの共同プロジェクトにおいて彼らはジェイリブ（Jaylib）と名乗って『Champion Sound』というアルバムを制作した。ふたつめ、ラッパーのMFドゥーム（MF Doom）との共同プロジェクトにおいて彼らはマッドヴィリアン（Madvillain）と名乗った。以降も断続的に共同プロジェクトを手掛けている。2010年、マッドリブは〈Madlib Medicine Show〉というシリーズのアルバム集を制作するために「Madlib Invazion」というレーベルを発足させた。〈Madlib Medicine Show〉が完結した後も、同レーベルからアルバムが発行され続けている。