武器や魔法には熟練度が存在する。熟練度は0から始まり、99を超えると武器もしくは魔法のレベルが1つ上がって0に戻る(最大8:99)。武器の熟練度は敵を倒すことで上げることができる。強い敵を倒すと大きく熟練度が上昇する。武器レベルが上昇すると、技の範囲が拡張したり時間が長くなるなど、より強力な技を使用できるようになる。現在の武器ランクより武器レベルを上げることはできない。具体的には、現在所持している武器のランクが5の場合、武器レベルも5までしか上げることができない。魔法の熟練度は1回使用するたびに上昇する。魔法レベルが上がると威力がより大きくなり、グラフィックもより派手なものになる。入手したマナエネルギーの数より魔法レベルを上げることはできない。プリムの魔法のほとんどは町中で使えるが、敵の出ない所では熟練度の上昇は半減する。マナエネルギーは、各地の神殿にあるマナの種子と聖剣を共鳴させることで入手できる。なお、シナリオの進行によって、入手マナエネルギーの表示が0になる期間があるが、その間もレベル7までは魔法レベルを上げることが可能である。レベルが8になった魔法を使うと、たまにクリティカルヒットが発生するようになる。クリティカルヒット発生時は威力が上がる他演出も派手になり、さらに通常の魔法と異なり発動中は全てのキャラの動きが停止する。発生率はレベル8になった後の熟練度が高いほど上昇する。
戦闘に関してはモーションバトルに加え、魔法やアイテム・環境設定などを簡易かつ迅速に使用できるようにするため、リングコマンドが今作より搭載された。これは、コントローラの特定ボタンを押すことによって、操作キャラクターの周囲をリング状に取り囲む形でアイコン化された各種コマンドが出現し、それを選択・実行することで様々な行動ができるシステムである。
本作の基本となる戦闘システムは、『ファイナルファンタジー』シリーズや『ドラゴンクエスト』シリーズなど、多くのRPGに見られる、いわゆる「コマンド式」ではない。本作は「アクション・ロールプレイング（A・RPG）」と呼ばれ、プレイヤーはキャラクターを操作してフィールドを自由に動き回りながら攻撃・回避など、数々の行動のタイミングをアクションゲームのように計る必要がある。コンセプトとしては、従来のRPGのバトルをシームレスにフィールドで再現することを目的としていた。この戦闘方式を本作では「モーションバトル」と呼ぶ。本作品で操作できるキャラクターは3名で、操作されていないキャラクターはNPCとして行動し、プレイヤーの方で大まかな行動をあらかじめ設定することができる。また、マルチタップを使用することで最大3人がそれぞれのキャラクターを操作することが可能である。攻撃回避時には体術で回避したり、武器で受け止めるといったアクションを見せる。続編の『聖剣伝説3』ではさらなるコマンドRPG感覚の方向性に進化したが、『聖剣伝説 LEGEND OF MANA』以降はアクション重視へ変わっていった。
トマス・ウィールクスが洗礼を受けたのはサセックスのエルステッドの小さな村の教会だった。父親はエルステッドの教会主管者ジョン・ウィークだったと思われるが、その証拠となる文献は存在していない。ウィールクスの最初のマドリガル集が出版されたのは1597年のことで、序文には、これが書かれた時、作者はとても若かったと記されている。このことから、彼が生まれたのはどうやら1570年代の中頃だったと推定できる。廷臣エドワード・ダーシーの家に仕えていたが、1598年の終わり頃、おそらくウィールクス22歳の時、ウィンチェスター・カレッジのオルガニストに任命された。そこで彼は2、3年勤めた。給料は3か月で13シリング4ペンスで、食費と家賃も報酬に含まれていた。ウィンチェスターにいた間、ウィールクスはさらに2冊のマドリガル集を出版した（1598年、1600年）。1602年には、オックスフォード・ニュー・カレッジからB. Mus.学士号を得た。1601年10月から1602年10月の間のどこかで、大聖堂のオルガニスト兼informator choristarum（合唱指導者）の職に就くために、チチェスターに移った。さらに教区書記も兼ね、食費、家賃、生活費と年15ポンド2シリング4ペンスの報酬だった。その翌年、地元の裕福な家の娘だったエリザベス・サンダムと結婚し、3人の子供を得た。結婚の時、エリザベスは既に妊娠していたとの噂だった。ウィールクスの4冊目にして最後のマドリガル集が出版されたのは1608年で、彼は表紙に自分のことを王家礼拝堂のジェントルマンだと書いた。しかし、王家礼拝堂の記録には彼のことはいっさい書かれていない。彼は最高でもGentleman Extraordinary（臨時のジェントルマン）、つまり、ジェントルマンになることを乞い求めていた一人でしかなかった。ウィールクスは、自分の深酒と節度のないふるまいが、チチェスター大聖堂の権威を傷つけていることになかなか気付かなかった。彼が飲酒をしていたという記述は1613年まで無いが、1609年に休職を命じられたことから、その頃から彼の生活は荒んでいたのだろうとウィールクスの研究家のJ・シェパードは推理している。1616年には、彼がそのことで注意を受け、粗野な大酒飲みとして悪名高いばかりか、その毒舌で神を冒涜しているという悪評まで立っているという報告が主教の元に届けられた。参事会長と管区は、彼が酒を飲んでオルガンを弾き、礼拝の最中に悪言を吐いたという理由で彼を解雇した。しかし、後に彼は復職し、死ぬまでその地位にいた。もっとも彼のふるまいが向上したわけではなかった。1619年、再び主教に次のような報告がなされた。何度も、それもかなり頻繁に、居酒屋かエール・ハウスから戻って来たのを隠して合唱に加わるのです。後悔することも大きいでしょうに。そして何をやらかすかと申しますと、ひどい悪態をつく、あるいは神の儀式を冒涜する。そうした悪ふざけをやめ、生活を改善するよう何度も注意したのですが、相変わらず同じことを続けています。良くなるどころかますます悪くなっています。1622年に妻エリザベスが亡くなった。この時には、既にウィールクスはチチェスター大聖堂に復職していたはずだが、かなりの時間をロンドンで潰していたようだ。1623年、ロンドンの友人宅で、彼は死に、12月1日にフリート街のセント・ブライド教会に埋葬された。亡くなる前にセント・ブライド行政区にあった友人のヘンリー・ドリンクウォーター宅で作られたウィールクスの遺言状により、彼の遺産は、50シリングを飲食費・家賃としてドリンクウォーターに遺贈、残りは3人の子供たちに分配された。チチェスター大聖堂の石碑には、以下のような銘が刻まれている。思い出せ主のうちに偉大なるエリザベス朝時代人トマス・ウィールクスを1598年ウィンチェスター・カレッジの1602年からその死の時まで大聖堂教会の作曲家にしてオルガニスト1623年11月30日、彼は死にロンドンはフリート街のセント・ブリッジ教会に埋葬された