2012年6月19日から7月18日にかけて実施の「オリンピック応援　コークグラスキャンペーン」で配布したグラスのうち、一部について縁や内側に小さな突起が生じていて、このグラスを使用した78人から、擦り傷を負ったとの申し出があった。このため同社は、8月10日からこの景品の回収や交換を行なった。製造元である台湾のメーカーにおける、金型の不備が原因とされる。
日本マクドナルドは、2012年（平成24年）10月1日から「待ち時間の短縮」という目的から、「メニュー表」についてレジカウンター上に置くものを廃止し、カウンターの上のメニューボードや店内の掲示などに限るよう変更した。本来、注文に悩む客には店員が素早くメニューを差し出すことになっているが、対応が不十分な店舗もあり、カウンターのメニュー表を指さしする態様での注文ができなくなったことや、メニューボードには全メニューや単品の価格が書かれていないことなどから、不便を指摘する報道がある。この変更について、インターネットメディアのJ-CASTニュースは「ネット上で物議を醸している」として報じており、「レジに立たずともメニューを吟味できる」という肯定的な意見の一方で、「セット商品を買わせるため」、「話すのが苦手な人や耳や目が悪いお年寄りや障害者にとって不便になる」との否定的な意見があるとしている。なお、同メディアでは社長のコメントとして「レジが30秒短縮されれば、売り上げが5%伸びる」をあわせて採りあげている。
2007年（平成19年）7月18日、明治乳業と日本マクドナルドは18日、明治乳業の子会社が製造し、日本マクドナルド店舗で販売した牛乳「MILK」（220ミリリットル）に大腸菌群が混入した恐れがあるとして、販売済みの146本を自主回収すると発表した。出荷時検査で「一部陽性」の反応が出たため。明治乳業は「お客様と日本マクドナルドに多大なご迷惑をお掛けしおわびしたい」（広報室）としている。
2007年（平成19年）11月、日本マクドナルドとフランチャイズ契約をしていた企業が運営する4店舗にて、商品に表記される調理日時の改竄、賞味期限切れ原材料の使用、賞味期限切れ商品の販売、といった不祥事が発覚した。日本マクドナルドは該当する4店舗を直営店に移行させ、社長の原田泳幸が記者会見で謝罪した。その後、別の直営店の元店長代理の証言に基づき、フランチャイズ店だけでなく他の直営店でも調理日時の改竄が行われていたと報道された。その際、元店長代理が手許に保管していたマクドナルドの名札・制服を着用し『報道ステーション』内のVTRで証言したため「店長がアルバイトの制服を着ているのはおかしい」、「辞めた人が制服を着ているのはおかしい」 などの指摘が相次ぎ、テレビ朝日広報部は「女性の証言内容に間違いはないが、映像表現として適切さを欠いた」 とし番組内でキャスターの古舘伊知郎が謝罪している。また週刊現代2007年（平成19年）12月22・29日号では元従業員、2008年1月12日号では現役店長による「衛生管理の問題点がある」といった内容の記事が掲載された。
2014年7月、中国・上海市のテレビ局「東方衛視」が、上海福喜食品で「使用期限切れの食肉」を混ぜていた事、素手で肉を扱ったり、床に落ちた肉を機械に入れて、そのまま製造して出荷された事が報じられ、これを受けて日本マクドナルドは「チキンマックナゲット」の全体の約2割が上海福喜食品製であることを発表し、同社製のチキンナゲットの販売を7月21日から順次停止した。特に約500の店舗では上海福喜食品製であるため、一時チキンナゲットが欠品となった。更に7月25日からは上海福喜食品製以外の中国産鶏肉を使用した8種の商品についても販売を中止した。なお、中国からの調達は再開せずに、全ての鶏肉をタイ王国から調達する事となった。また、床に落ちたパティ、チキンナゲットなどを、そのまま製造ラインに戻すスクープ映像が上海のテレビ局、上海衛視により放映された。これらの商品は日本マクドナルドの「チキンマックナゲット」やファミリーマートの「ガーリックナゲット」として使用されていた。
2014年8月、実店舗の調理場で仕事体験をさせる子供向けツアーで、名古屋市の店舗が衛生上の理由で着用を定めた社内規定に違反し、子供や親に衛生指導を徹底せず私服のまま調理場に立ち入らせていたことが店内にいた客からの苦情で発覚した。
ジュラ県のサン＝ローラン＝アン＝グランヴォーで生まれた。ロン＝ル＝ソーニエの師範学校を卒業し、各地で教師をした。1882年からパリ国立自然史博物館で、研究員(boursier)として、アルフォンス・ミルヌ＝エドワールやエドモン・ペリエのもとで研究した。ミルヌ＝エドワールとフランスの深海調査船、トラヴァイエ号とタリスマン号が集めた海洋生物の研究を行った。1887年に甲殻類、軟体動物の分野の分類学的研究で、博士号を取得し、1889年からパリ薬学高等学院（Ecole supérieure de pharmacie de Paris）の准教授となり、1895年から自然史博物館の博物学の教授職となり、1917年から昆虫学の教授を務めた。1931年まで昆虫学の教授を務めて、その職をルネ・ジャネル(René Jeannel)に譲った。初期の研究は甲殻類と軟体動物の進化の問題を研究し、アリなどの社会性昆虫の行動学や、感覚器官の研究も行った。1902年にフランス科学アカデミーの会員に選ばれ、1925年にはアカデミーの会長を務めた。1922年にはレジオンドヌール勲章を受勲した。1894年にはフランス動物学会の会長、1897年にフランス昆虫学会の会長を務めた。南極大陸のブーヴィエ山(標高2070m)はブーヴィエに因んで名づけられた。