当時『月刊コロコロコミック』にて連載されていた漫画『機獣新世紀ZOIDS』の作者である上山道郎による書き下ろしパイロットカードが複数存在する。その他、幡池裕行、緒方剛志など多数の作家がイラストに参加している。
1999年のゾイド新シリーズの展開を受けて、メディアミックスの一環として2000年に販売開始。第二次大陸間戦争を時代背景としており、ヘリック共和国とガイロス帝国の二陣営で基本セット（スターターパック）および拡張パック（ブースターパック）が発売された。また、「エキサイティングブースター」というアニメ『ゾイド』および『ゾイド新世紀スラッシュゼロ』のセル画を使用した外伝シリーズも発売されている。駒やマップを必要としない新ルールを導入しており、カードデザインも一新されているが、基本仕様は未変更の為、本編シリーズのカードと混同してのプレイも可能となっている。本TCGの魅力の一つに「未復刻の旧ゾイドの収録」が挙げられる。旧シリーズにて発売されていた1/72スケール組み立てキットで当時未復刻だったものが「ゾイドカード」として数多く収録されていた。ただし実際は本TCGへの収録＝キットの復刻の前兆という訳では無く、多くの旧キットが復刻された今なお、TCGには収録されたがキットの復刻は成されないままというゾイドは多い（ゴッドカイザーやデス・キャットなど）。カード写真やその中の機体カラーは様々で、旧シリーズ時代の写真を加工流用したもの（セイバータイガーAT、旧時代のグレートサーベルの写真の所属マークと目の色を差し替え）、旧時代のキットを流用や再塗装したと思われるもの（オルディオス等。機体に張られたシールのみ新シリーズ準拠に）、旧時代ともその後の再版とも異なるカラーになったもの（サラマンダーやアロザウラー等）も存在する。他のゾイド関連の商品やイベントとの連動が多く、1/72スケール組み立てキットへの同梱や『月刊コロコロコミック』の付録が目立った。また、『別冊コロコロコミック』にて紹介記事が掲載される事が多く、同誌で連載されていた溝渕誠による漫画「ZOIDSバトルカード戦士コマンダーTERU」とのタイアップも行われていた。ゾイド新シリーズの低迷と共に取り扱い店舗も減少し、ケーニッヒウルフやライガーゼロイクス等が収録された第6弾にてシリーズ終了。キットへのカード同梱も同時期に終了した。
ウッドベリーの町では、ミショーンによる復讐を辛うじて生き延びたガバナーが、刑務所を見つけ、侵攻のタイミングを計りながら、着々と準備を進めていた。町の住民たちには、平和な話し合いを望んだのにもかかわらず刑務所からやってきた一行は自らを拷問したのみならず、人質として連れ去ったマルティネスをも殺害し、首をはねたのだと説明する。生活を守るためには、もはや襲撃しかない、と。そこへ、州兵駐屯地でブルースらが殺害されたという報せが届く。走り去った車両の轍を追って、とうとう刑務所が発見される。だがガバナーは、刑務所内が油断によって完全に弛緩するのを待つために、三〜四週間待った後に侵攻を開始すると部下たちに告げる。やがて開始される侵攻。ひとしきり攻撃を加えた上で銃撃を止め、ゲートを開き武器を捨てて投降すれば命は奪わない、とガバナーは呼びかける。すかさずアンドレアが狙撃するが、からくもガバナーを外す。それをきっかけとして激しい銃撃が再開される。戦車を用いてフェンス周辺のゾンビをなぎ倒し、さらに攻撃を続けるウッドベリー軍団。だが、態勢を立て直したアンドレアによる狙撃によって、ひとりまたひとりと撃ち倒される状況を見て、ガバナーは一時退却を命ずる。刑務所側の被害は、軽傷のアンドレアとアクセルだけであるかに見えたが、リックが腹に銃弾を受け、重篤な状態にあることが判明する。意識を失ったままのリックを抱えて、刑務所内の思いは散り散りにほどけはじめる。ミショーンはタイリースを誘い、ふたりだけで追撃を開始し、デールはアンドレアとグレン、マギーの三人と共に刑務所を脱出する。自らの意志で残った者たちは、ハーシェルを中心として防御の体制を組み始める。ミショーンとタイリースは、森の中で数名のウッドベリー住民を始末するが、タイリースだけが捕えられてしまう。その頃刑務所内ではリックが目を覚まし、仲間がバラバラになってしまったことを知る。どうしても拭い去れないイヤな予感を抱えながら、それでもリックは可能な限りの準備を進める。他の人々もそれぞれに悲壮な思いを胸に、次の襲撃に備えている。そこへ姿を現すガバナーのトラック。荷台にはタイリースの姿があり、降伏しなければ彼の命はないと告げる。どうすることもできず、斬首されるタイリースの最期を見届ける一同。ミショーンは生きていて、軍勢に合流したガバナーに襲いかかるが果たせず、再び茂みの中に消える。最後の大攻勢が始まる。アクセルが額を撃ち抜かれるが、備えてあったものを活用しながらなんとか持ちこたえようとするリックたち。そこへアンドレアが戻ってくる。ガバナーの腹心ゲイブをはじめとする部下たちを次々と撃ち倒し始める。形勢が逆転するかに見えるが、ガバナーは戦車でフェンスに突っ込み、一挙に敵味方入り混じった混乱状態に陥る。リックは、ローリとジュディス、カールを伴い、脱出用のトラックへと向かう。銃撃によって釘付けにされていたハーシェルたちのグループでは、まずパトリシアが撃ち殺され、次いでビリーも死ぬ。ハーシェルは、戦闘意欲を失くす。そんなハーシェルに声をかけ、駆け抜けようとするリックたち。だがたちまちのうちに見つかってしまい、アリスが撃たれ、ローリもまたジュディスと共に命を失う。ただカールとリックだけが刑務所を脱出し、ひたすら走り続ける。ひとり残ったハーシェルはとどめを刺されるが、ローリを撃ち殺したウッドベリー住民の女がひとり、ガバナーに詰め寄る。「あんたのせいで、赤ん坊を殺しちまった！」と。いつの間にかゾンビたちに囲まれていたウッドベリー軍勢。女はガバナーの頭を撃ち抜き、撤退を図るが、やがて銃声は途切れる。