545年5月、陳霸先と新たに交州刺史に任じられた楊瞟、定州刺史蕭勃らが朱䳒県と蘇瀝江の河口において李賁を破り、彼が立て籠もった嘉寧城を包囲した。546年1月梁軍が嘉寧城を攻略したが、李賁は屈獠の洞蛮族の地に逃げおおせた。546年9月、李賁は2万人の兵を率いて典澈湖一帯に拠り、軍船を建造した。陳霸先は一軍を指揮して、夜陰に紛れて川の水を湖に流し込んだうえで攻め込んだ。李賁はたちまち敗れ、ふたたび屈獠洞に逃亡した。548年に李賁が死去した後、その兄の李天宝は九真郡に逃れて梁への抵抗を続けた。彼は2万人の兵を集めて徳州に侵攻し、そこから北上して愛州を攻めたが、陳霸先に撃破された。李天宝は愛州の上游に撤退し、自ら「桃郎王」を称し、国号を「野能」と改めた。また李賁の部下だった趙光復は辺境の沼地に拠り、「趙越王」（もしくは「夜沢王」）と名乗った。梁で侯景の乱が起き国が乱れると、陳霸先は軍を率いて北へ帰り、侯景を破った。彼は後に陳を建国することになるが、彼が南方を離れたことで、交州近辺に南朝の勢力が及ばなくなり、前李朝が龍編県を取り戻した。555年に李天宝が病死すると、趙光復と、李賁の部下だった李仏子が遺領を分割した。その後、二人は敵対関係となり、557年に李仏子が趙光復を破った。最終的に両者は、君臣洲を境として、以北を李仏子が、以南を趙光復が治めることで合意した。571年に趙光復が没したので、李仏子はその遺領を併呑し、全李朝を再統一した。彼は峰州を根拠地とした。
社伝によれば第9代の開化天皇の御宇勧請により、弥生時代中期にあたる紀元93年に、五穀豊穣・国土開発を祈る目的で祀られたのが始まりである。当時は樫井川水域上流の大井堰神社（日根神社）と「日の神」と「根の神」の対の神社として日根郷と呼びならわされており、現在も旧日根荘の住人に二社の二重氏子が存在する。蟻通の名の初出は紀貫之集、第十、雑部に紀貫之が馬の急病に際して「これは、ここにいましつる神のし給ふならん、祈り申し給へよと。」と考えて神の名を問うと恐らく地元の住人が「ありどほうし神」と答えている。しかし、中世以前の資料の表記は「有通神」が主であり、「蟻通」の字は後の時代に一般的になった。「蟻」と「ありどほうし神」に縁が生まれるのは、時代がやや下り清少納言が枕草子の中で孝子説話として、唐土より「七曲りの玉に糸を通す手段」の難題を吹きかけられた帝に、老父の知恵を借りた中将が「蟻に糸を結び玉の中を通らせる」方法を奏上した物語を紹介しており、これが「ありどほうしの神」の由来としている。また、平安末には「蟻の熊野詣」と揶揄されるほど熊野詣が盛んとなり、道中で九十九王子参拝の為必ず蟻通神社の門前を通ることから「蟻」の字の印象が強くなったという説もある。蟻通神社の在所である長滝荘は平安期を通じて藤原氏の管理する所領であったが、天福年間に九条道家が和泉に下って以来、佐野湊を管理し長滝荘の下司職を兼ねた藤原家支流の日根家と隣接の日根荘を管理する藤原氏支流の九条家との長滝荘を巡る争いが勃発した。正和5年（1316年）に荘園の区域を定めるため作成された「日根野村絵図」には「穴神社（蟻通明神）」が長滝荘の中心として明記されている。延徳元年（1489年）に鎌倉幕府の認可を得て山内房顕が長滝荘の押領となり実質の支配者となった。永正6年（1509年）には長滝荘を管轄する根来寺から山内信貞が長滝荘惣分代官および蟻通明神・大井堰明神の目代を正式に任命されるにいたった。蟻通神社は十四村からなる豊かで広大な長滝荘の要として12819.5坪に及ぶ広大な社域を誇った。しかし、天正4年（1576年）に織田信長が石山本願寺を攻撃すると、本願寺と提携していた根来寺の勢力下にある領地も天正5年（1577年）の二月から三月までおよそ一月に及ぶ猛攻を受け蟻通神社も本殿を焼かれた。康知2年（1143年）に和泉の根来寺勢力は織田軍により壊滅した。その後秀吉政権のもと地域住民の手によって再興、境内に寄進された石灯籠には慶長12年（1607年）に豊臣秀頼が施主となった慶長石灯籠が残る。しかし元和元年（1615年）大坂夏の陣樫井の戦いで佐野川での決戦が不利とみて蟻通社域の森まで後退、豊臣方の騎馬を封じ火を放った浅野方により再び社殿が焼失する。豊臣氏は滅亡。万治3年（1660年）岸和田藩主岡部宣勝が社殿・玉垣・鳥居・能舞台・額歌仙の造営を命令、宮寺の建立、六反歩の社領寄進、山内信貞の二男である当時の神主木戸喜助に「末代まで蟻通明神の祭祀を行うように」と御墨印を授与し、神社に隣接した神主宅の造成を藩の援助のもと行わせた。木戸喜助は以降、岡部宣勝の与えた木戸貞春を名乗り、現代まで木戸氏が蟻通神社の神主を務めている。明治2年（1866年）に神仏分離の布告により宮寺の宗福院が取り壊される。