IBDの治療においてよくアザチオプリン・メルカプトプリンといったチオプリン系の免疫抑制剤、TNF-α拮抗剤（インフリキシマブ・アダリムマブ）が用いられるが、これはEBVによる日和見リンパ腫のリスク因子となることが分かっている
IBD患者における悪性リンパ腫発症のスペクトルを調べた研究もあり、腸粘膜において異型性浸潤が見つかった場合、EBVの検査をするべきと結論づけている研究もある
また、小児のIBDに先天的EBV特異的免疫不全症を引き起こすX連鎖リンパ増殖症候群（X-linked lymphoproliferative syndrome；XLP、ダンカン病）の原因遺伝子のうちの一つXIAPに変異があることがよくある(4%)

多発性硬化症（multiple sclerosis；MS）は、血清中のEBV抗体価と発症リスクが強く相関しているとの報告が多い。しかし、多発性硬化症患者の脳ないしは脳脊髄液（cerebrospinal fluid；CSF）といった中枢神経系（central nervous system；CNS）における直接のEBVの感染は稀であるという報告もあり、2011年時点では多発性硬化症とEBVの直接の関連については議論の的となっていた。しかし上述のように、大阪大学微生物病研究所/免疫学フロンティア研究センター・ハーバード大学の研究グループは2015年、EBVによる多発性硬化症を含めた自己免疫疾患発症のメカニズムを突き止めている。また上述のペンダーの仮説は2018年現在でも検証段階であるが、実際に多発性硬化症の患者においてはEBVに対するT細胞応答の疲弊が起こっていること、またこの仮説により先ほどの様な中枢神経系における直接のEBVの感染は稀である、という様な現象を説明しうるということまで判明してきている。
2012年に鶴見大学歯学部の研究グループは、ダイオキシンの一種であるTCDDがEBVを活性化することでシェーグレン症候群（Sjögren's syndrome）の発症に関与することを発表している。
関節リウマチ（rheumatoid arthritis；RA）に特異的な自己抗体である抗 cyclic citrullinated peptide（CCP）抗体が、EBNA-1のグリシン-アルギニンの繰り返し構造のアルギニンをシトルリンに変換し viral citrullinated peptides となり交叉反応（クロスリアクション）することが報告されている。RA滑膜にはEBNA-1と構造が似ている蛋白が報告されており分子相同性（molecular mimicry）の機序が病因として重要な働きをしている可能性が報告されている。また、EBVがRA滑膜そのものから検出されている。
EBVの潜伏感染遺伝子抗原のEBNA-1と全身性エリテマトーデス（systemic lupus erythematosus；SLE）の自己抗原とされているSmとの分子相同性（molecular mimicry）が明らかになっており、EBNA-1に対して作られた抗体が自己抗原のSmに交叉反応（クロスリアクション）し、SLEの自己抗体の抗Sm抗体となっていることも示唆されている。さらに上述のように、大阪大学微生物病研究所/免疫学フロンティア研究センター・ハーバード大学の研究グループは2015年、EBVによる全身性エリテマトーデス含めた自己免疫疾患発症のメカニズムを突き止めている。
VMAsが終わると、報道各社はドレスの持つ意義の分析を試み始めた。BBC Newsではアンチ・ファッションからフェミニズム、老いと衰え、肉に対する社会的態度まで幅広いテーマで論じられたが、例えば料理人であるファーガス・ヘンダーソンはこの生肉ドレスの持つメッセージについてこう語る。「人はしばしば肉を肉としてみようとしない。スーパーマーケットで買う時の、きちんとトレーに包装された肉であってほしいと思っている」ということだ。PETAは声明を発表してこのドレスを非難した。「死んだ牛の肉片で出来たドレスを着ることは耳目を集めて当然の挑発的な行動だ。だがドレスに感動して、というより肉屋にまごつかされているのだと誰かが彼女の耳もとでささやいてやるべきだ」。ベジタリアン協会も批判的な立場で「出来上がったものがどれだけ美しくとも、拷問された動物の肉は拷問された動物の肉でしかない。食事のため多すぎるほどの動物が死ぬなかで、このようなパフォーマンスのためにこれ以上彼らは殺されるべきではない」。このドレスを巡ってはオリジナリティというもう一つの問題も議論の対象となった。アートやファッション関係の評論において、ある作品（「Vanitas: Flesh Dress for an Albino Anorectic」）との類似を指摘する声が多く挙がったのである。これはカナダの立体芸術家であるヤナ・スターバックが1987年に製作した肉のドレスで、1991年にカナダ国立美術館で展示され、大変な論争を招いた作品だった。数年前にはコメディ番組「MADtv」のラストシーズン中でも、ハイディ・クルムの「プロジェクト・ランウェイ」のパロディ・コント中でこのドレスに言及があった。いくつかの情報源によれば、このドレスのテーマにアンチ・ヴィーガンをみることも可能である。ヴェジタリアンである歌手のモリッシーは、このドレスが政治的、社会的なメッセージであれば許容範囲にあるもので単に「頭のおかしいアイデア」とは全く思えないと語っている。つまり1982年にリンダー・スターリングも肉のドレスを身につけたが、それは男の目に映るままの女でいることに抵抗するためだった、というのだ。ヴィーガンである司会者のエレン・デジェネレスもガガが自分の番組に出演するときに野菜でできたビキニをプレゼントするということをしている。ガガは演説台に立ちドレスを巡る論争に応えた。「…解釈ならいくらでもできます。私が今夜しているように、いますぐに私たちが信じているもののために立ち上がらず、権利のために立ち上がらなければ、私たちが持てる権利は自分たちの骨についた肉と同じだけになるでしょう。そして、私はひとかけらの肉ではありません」。さらに彼女はアメリカ軍の政策である「聞くな、言うな」に対する嫌悪感を強調するためにドレスをまとったのだと語った。ニューヨーク・タイムズのカレン・ロゼンバーグはこのドレスを、身体に羽のように牛肉の半身を足したフランシス・ベーコンの写真シリーズ(1952年)と比較し、デイリー・テレグラフ紙はビートルズのアルバム「イエスタデイ・アンド・トゥディ#ブッチャー・カバー」(1966年)のオリジナルのカバーと比較し、さらにアンダートーンズのアルバム「All Wrapped Up」(1983年11月)との類似を指摘している。このアルバムでは、女性モデルが肉の切り身（ほとんどがベーコン）を胴体と腕にラップされ、ソーセージのネックレスを下げている。