文政6年（1823年）2月一橋徳川家用人河原隼人の推挙により同家領遠江国波津陣屋代官に任じられた。赴任直後は医者としての評判から病人や医者等の対応に追われた。7月7日田沼意正が旧領相良藩に復帰し、一橋領内30ヶ村が相良藩に移管されたため、12月28日当該30ヶ村分の2,000両を村民に還付し、更に公平性を図るため、残りの村に対しても半額3,000両を還付した。役人の不正を防ぐため、検見法から定免法に変更し、年貢米の品質改良に務め、また金谷原の牛馬市設置を江戸に提案した。代官所では終業時間を未の刻から午の刻に早め、午後は役人に勉強をさせた。𪽶を患い食事が喉を通らなくなり、文政9年（1826年）1月1日下吉田村沖に中国船得泰号が漂着した際には中泉代官竹垣直清を代理に立てて対応した。1月19日辰の刻死去し、平田寺境内到遠峰に葬られた。墓地は後に善能寺境内となり、現在牧之原市文化財に指定されている。
一町田中村磯野弘道かその父鶴堂に医業を学んでいた蕉園は、総髪のため医者稼業を認められ、本郷竹町で売薬を営んだ。文化13年（1816年）10月頃通油町酒屋隣に移り、文政元年（1818年）春頃鉄砲町に移った。伝馬町の豪商紺屋の子の火傷を治したところ、回診の際に駕籠を手配してくれるようになったという。江戸での生活は苦しく、文政元年（1818年）4月佐藤祥三から金20両を借金している。文政元年（1818年）夏、旧領民が100両を集め、狐新居村荒井甚五左衛門、一町田中村佐藤祥三、荒巻村今泉綱右衛門の3名が江戸に持参したが、蕉園は受け取らなかったため、帰国後これを資金として一町田中村白山神社に生祠が創建された。文政2年（1819年）小火に類焼したところ、母が火事を恐れて江戸を離れたがったため、7月29日養子修三に家督を譲り、川越に移った。程なく母の気が変わると江戸に戻り、浅草の借家に住んだ。
父は兵部卿宮（後に式部卿宮、藤壺中宮の兄）、母は、宮の正妻ではない按察使大納言の娘。藤壺の姪にあたる。「若紫」の帖に初めて登場し、以後「御法」まで登場する。正妻による圧力のために父兵部卿宮の訪問は間遠で、生まれてすぐ母は亡くなり、その後は母方の祖母である北山の尼君に育てられた。大伯父僧都によると母親が亡くなって10余年たち、北山に病気療養に来ていた光源氏に垣間見られる。このとき源氏は、幼いながらもその藤壺と生き写しの容姿に一目で惹かれ、さらに藤壺の姪であることを知り執着をもつようになる。祖母の死後、父に引き取られるはずであった若紫を略取した源氏は、自邸の二条院において、周囲には彼女の素性を隠しながら理想の女性に育てる（「若紫」）。源氏の最初の正妻である葵の上の没後に、源氏と初床となり、以後公に正妻同様に扱われる（「葵」）。以後は光源氏の須磨退隠時期を除き、常に源氏の傍らにあった。紫の上が妻として扱われるようになって初めて、父兵部卿宮にも、行方不明であった娘が源氏のもとにいることが知らされた。兵部卿宮は始めこれを歓迎したが、源氏が須磨に隠棲したときには右大臣の権勢を恐れて紫の上を支援しなかった。このため源氏は帰京後は兵部卿宮を冷遇することになる。紫の上には子供がなかったため、源氏は明石の君が生んだ女の子（のちの明石中宮）を紫の上の養女とし、将来の后候補として育てさせた（「薄雲」）。また明石中宮の入内後には、中宮の産んだ女一宮と三の宮（匂宮）を養育しており、特に愛した匂宮には遺言で二条院を遺した。源氏の最愛の妻である一方、源氏の子を産んだ明石の御方にはたびたび嫉妬し、また朝顔斎院と源氏の結婚の噂が立った時には動揺もしたが、六条院の春の町に移って以降は名実ともに源氏の正夫人として「春の上」「北の方」等と呼ばれ、容貌も心ばせも完璧な女性と謳われて本人もそれを誇りに思っていた。しかし実子を持たず確かな後見ある正妻でもなかったため、朱雀院の女三宮の降嫁が決まった時には衝撃を受け、自分の身の不安定さに改めて気付かされ、苦しんだ。紫の上の悩みに気づかぬ源氏と次第にすれ違いを重ね、その心労から37歳の厄年に（以下の年齢の項も参照）重病にかかり、療養のために二条院に移り（「若菜」）、その後数年生きるも完全な回復を見る事はなかった。しかし結局は女三宮の至らなさなどもあり、他の妻たちよりのはるかな優位を失う事は無く、だんだん明石を始め他の妻たちとの関係も穏やかになる。晩年はさかんに出家したい心境を訴えたが、最後までそれを許されぬまま、源氏に先立って病没した（「御法」）。彼女の完璧さを頼りに安堵しきっていた源氏は、悲嘆の中で改めて彼女が隠してきた苦悩と孤独を痛感し、その後の一年あまり紫の上を偲び続けたことが「幻」巻で綴られ、源氏物語の第一部は閉じる。