親元を離れ寄宿舎で暮らす少女、アリッサ・ハミルトンの元に、母からの手紙が届いた。久しぶりとなる母親からの連絡に心を弾ませるアリッサ。だがその内容は余りにも不可解だった。アリッサに身の危険が迫っていること、15歳の誕生日が過ぎるまで隠れているようにと諭す内容のその手紙に不安を覚えたアリッサは、言いつけを守らずに実家に帰ってしまう。それがこれから待ち受ける恐怖の引き金になるとも知らずに…。
ヒューマンから発売されていた『クロックタワー』シリーズのナンバリング作品。ただし本作は、カプコンと制作会社の倒産後に権利を引き継いだサンソフトとの共同制作で開発が進められたため、河野一二三などの旧作スタッフは一切関わっておらず、過去の作品とはシステムも世界観も全くの別物となっており、「バロウズ」「シザーマン」といった一部の用語以外の繋がりは一切無い（これらの用語も過去作品から借用されただけであり過去作品との繋がりはない）。カプコンのシナリオ集団「フラグシップ」が制作の中心となり、イベントCGムービーの監督として深作欣二を起用。従来のようなポインタでオブジェクトをクリックして進める形式ではなく、直接操作ボタンを入力して主人公を操作する。「主人公には戦う力は無く、敵から逃げ隠れしながら進まなくてはならない」というコンセプトこそ受け継いでいるものの、アクション寄りのシステムとファンタジー寄りの世界観により、作風は従来とは全く異なる。主人公も特殊な力が発動する事で戦えるようになるので、ほぼ別作品と言っても過言ではない内容である。外国が舞台だが、劇中の音声は日本語であり、字幕も無い（海外版には字幕がある）。また、前作まではシナリオの分岐により複数のエンディングに分岐するマルチエンディング等が盛り込まれていたが、本作は完全に一本道のストーリーであり、エンディングも一種類のみである。深作は2002年、数ヶ月東映東京撮影所のスタジオで撮影（モーションキャプチャー収録）に携わり、これを撮り終えた。これが彼の最期の作品である（『クロックタワー3』の公式サイトにその撮影風景がムービーとして置かれている）。説明書の半分は深作を始めとしたスタッフのインタビュー的な内容となっている。また、ゲーム中のムービーやイベントシーンはメモリーカード内のセーブデータで一度でも見た事のあるもの以外はスキップする事が出来ない。主人公であるアリッサ・ハミルトンは、ファッションモデルの美波がCGモデルとなっている。
ロンドン生まれ。16歳の時にハンク・ウィリアムスの歌を聴いて音楽に関心を持ち、ギターを始める。当初は安価な中古のスパニッシュギターを使っていたが、後にギブソンSGを購入、それとほぼ同時にプロに転向し、1960年にマーティー・ワイルド(Marty Wilde)のバックを務めるなど、数々のセッションを手がけて実績を重ね、1969年にはトム・ジョーンズのパックを務める。それ以降もスタジオ・ミュージシャンとして活動した。2012年10月2日、病気のために死去。71歳没。
クハ733形は車体長21,200mm・全長は21,670mm、モハ733形は車体長20,800mm・全長21,300mmで、いずれも構体をステンレス製とし、731系より側面強度を向上させているほか、外板と骨組みはレーザー溶接を使用することで外板のゆがみを少なくしたため、ビードを省略しており、川崎重工業のefACEと呼ばれる車体構造を採用している。車体幅・は、731系・735系の2,800mmより拡大した2,892mmとし、車体断面も車体傾斜装置を搭載した201系気動車との共通設計である731系とは異なり、上半部の内傾のない形状とした。また、客室部分の床面高さは731系の1,150mmより100mm低い1,050mmとしており、札幌都市圏での標準的な駅ホーム（高さ920mm）との段差を130mmに抑えた。先頭部の形状は、731系・735系と同様の形状とした高運転台構造で、この箇所は鋼鉄製としているのは他のJR北海道のステンレス車両と同様である。踏切事故の際に運転士の安全を確保するため、先頭部幌柱・後退角・運転席周囲の骨組み・運転席後部クラッシャブルゾーンについては731系・735系を踏襲した上で、さらに強化を図った。既存の車両と連結できるように貫通路部分の床面高さは731系などと同一の1,200mmとなったため、運転台通路部分にスロープを設けている。側面客用扉は各車両とも3か所で、冬期の使用環境を考慮して片引き式とし、有効開口幅は731系と同様の1,150mmとしている。高さは731系より20mm高くした1,870mmとしている。客室側面窓は、外側に厚さ8mmのポリカーボネート、内側に4mmの強化ガラスを使用し、その間に完全に密閉された8mmの空気層を設けた複層構造窓としており、すべて固定窓である。先頭車前面の貫通幌（小樽・北海道医療大学側）は、731系のような自動幌装置は採用せず、721系の幌枠をベースにアルミニウム合金製とした幌枠を採用した。また、中間部の幌枠についても、731系が鋼鉄製であったのに対して、軽量化のため733系ではアルミニウム合金製とした。床下には着雪量減少のため床下機器カバーを設けており、機器や配管は露出しないようにしている。このカバーは機器箱間をステンレス製のふさぎ板で覆う構造で、床下機器そのものは車体に艤装されている。外装デザインは、車体側面を無塗装とし、正面と側面にJR北海道のコーポレートカラーであるライトグリーンの帯を入れたほか、側面窓の間は連続窓に見えるように黒色に塗装した。前面・側面とも種別・行先表示器は3色LED式で、日本語のほか英語表示も可能である。なお、2013年度に増備されたB-113編成からは、フルカラーLED式に変更されている。前照灯はHIDランプとシールドビームを併設、後部標識灯はLED式である。