『銀河鉄道999』のエターナル編で、ヤマトやアルカディア号、クイーン・エメラルダス号と共にまほろばが登場している。また、『ザ・コクピット』の中には第二次大戦中のまほろばが登場するエピソードが数個存在する。1942年6月を舞台とした「黒の軍艦旗」では『まほろば』本編同様に黒い旭日旗を掲げ、漆黒に塗られた巡洋艦や駆逐艦からなる艦隊を率いて登場。1945年8月を舞台とした「レニングラードの椰子の実」では、大和に代わる連合艦隊旗艦として登場している。
怒国海軍が保有する最新鋭の原子力ミサイル戦艦。まほろばを上回る巨体を持つ双胴艦であり、第4太平洋艦隊の旗艦を務める。艦長はホワイタリオン中将、副長はジュラ大佐。二つの艦橋を有しており、外見から確認できる限りでは、大型のVLSを14基、8連装ミサイルランチャーを23基、5連装ミサイルランチャー1基を装備している他、二つの船体の間は空洞になっており、そこに潜水艇の吊り下げ式発進機構と思しき物も確認できる。劇中ではまほろばを追撃し、機関出力を非常出力まで上げ、艦尾ミサイルの噴射までも推進力の足しにして180ノットを叩きだすも、余りの加速に船体が耐えきれず自壊した。
ある日、しがない貧乏カメラマンの大山歳郎（おおやま としろう。公的には「土田司朗」と名乗っていた）は、1件のアパートの火災に遭遇、1人の老人を救出する。その際、歳郎は炎上する部屋の中で見たことも無い戦艦の写真をフィルムに収める。老人は全身大火傷を負い、病床の中で歳郎に、写真の戦艦は大和型戦艦の幻の4番艦「まほろば」であること、そしてまほろばは戦没することなく、降伏することもなく今も人知れず戦い続けていることを告げ、持っていた短刀を歳郎に託し死亡。そんな歳郎の前に謎の美女・羽黒妖（はぐろ よう）が現れる。それは歳郎がまほろばと遭遇するきっかけとなる。
『超時空戦艦まほろば』（ちょうじくうせんかん - ）は、1993年から1998年にかけて小学館の月刊誌『ビッグゴールド』に断続的に連載されていた松本零士の漫画作品。短編連作『ケースハード』の1編として発表され、後に一部のエピソードを除き単独作品として単行本化。
フルーティーがYahoo! JAPANと連携し、毎週様々な芸人を特別講師に迎え、アプリを始めとするネットの楽しさを、時には体を張りながら体感していくバラエティ番組。また番組には、フルーティーとは同じ事務所の先輩である男性アイドルグループ「EverZOne」も講師役として出演。
前作から5か月後の2013年2月、入院中の瀬文は、青池里子が娘の潤と共に病院を抜け出し行方不明だと当麻から伝えられ、現場に復帰する。その頃、ある国際会議の席上では、シンプルプラン、すなわちSPECホルダー全滅作戦を進めているが、日本代表者「卑弥呼」が突然計画中止を訴え、拒絶するメンバーをSPECで消滅させる。一方、潤は子供から大人の姿に変化し里子の傷を癒すなどSPECを発揮し、里子を監禁する。そしてセカイとともに自分たちを「先人類の末裔」「ラプラスの悪魔」、この世界を「バブル」と呼んで現人類の愚かさを見下し、彼らに審判が下ることを語る。当麻たちが里子の行方をつかめない中、野々村は雅とハワイで結婚式を挙げると称し、部下たちに引継書を渡して休暇を取る。ある夜、当麻の亡き父・天（そら）の親友の湯田（とうだ）が当麻の自宅を訪れ、天がパラレルワールドの研究をしその存在を確認していたこと、それを知ったニノマエのクローン開発者・プロフェッサーJからの誘いを断ったために殺されたこと、SPECの存在がガイアの意志によるものという説を主張していたことを当麻に語る。しかしその話の最中、当麻の祖母・葉子が何者かに憑依され、湯田を「裏切り者」と罵り手榴弾をばらまき爆発させる。同席していた瀬文に救われ当麻は無事だったが、葉子は死亡、湯田は意識不明となる。さらに当麻たちは、引継書によって野々村がシンプルプランを阻止すべく単独で行動していることを知る。当麻は密かに自分のSPECを使おうとして、能力が暴走する恐怖に怯える。当麻は瀬文に、SPEC暴走への恐れや、使わなければ刑事としてベストを尽くせない葛藤、自分がSPECホルダーであるために野々村ら仲間を危険に晒すことなどに混乱する気持をぶつける。瀬文は当麻がSPECホルダーであることを気にせず仲間として大事に思うと伝え、彼女を落ち着かせる。当麻は瀬文に、自分が道を踏み外した時には撃ち殺してほしいと頼み、瀬文はそれに応じる。一方、野々村はSPECホルダーだけに感染するというウイルスを入手するが、彼の前に里子のバディ・宮野が現れ、ワクチン開発のためにそれを渡すよう迫る。野々村は宮野がワクチンを独占しようとする他国のスパイであることを見抜いて銃撃されるが、すでにウイルスを偽物にすりかえ本物は未詳宛てに送付していた。当麻たちが知人の研究員・福田にこれを元にしたワクチン開発を頼んでいたところ、野々村が、次いでミイラ状態から蘇生した吉川と仲間たちが現れる。しかし実は野々村はすでに射殺された遺体で、死体に憑依する敵に操られていた。敵は当麻を人質に取るが、野々村の意思が復活して当麻を助け、瀬文たちに自分もろとも敵を撃たせて倒す。だが、一同を城旭斎浄海が水芸のSPECで襲い、混乱の中、当麻の手の中でウイルスの瓶が割れてしまう。当麻に反撃され自らもウイルスに感染した浄海は突然第三者に狙撃されて死に、黒幕は不明となる。警視庁屋上のアンテナの上で、潤たちは野々村の死を嘲笑い、その場にはプロフェッサーJと呼ばれる人物がいる。野々村の遺体の前で嘆く雅を前に、当麻は敵への殺意を募らせる。