上述のように、聚楽第は徹底的に破却されたので、明確な遺構は残っていない。現在 『聚楽第址』の石碑が 中立売通大宮西北角（聚楽第本丸東堀跡【写真：右】）と中立売通裏門南西角（聚楽第本丸西堀跡）の2箇所に建てられている。1992年（平成4年）、西陣公共職業安定所（ハローワーク西陣・大宮通中立売下ル）の建て替え工事の際に、本丸東堀跡が検出され、金箔瓦約600点が出土した。本丸側から投棄されたように層状に堆積していたため、本丸の建物に葺かれていた瓦と考えられる。2002年（平成14年）国の重要文化財に指定された。1997年（平成9年）には、一条通松屋町西入ル北側のマンション建築工事の際に、東西に延びる底石列が二列検出された。この石列は京都図屏風などから北之丸北堀南側の石垣のものと考えられる。2012年（平成24年）には、京都府警西陣待機宿舎（智恵光通上長者町下ル東側）の建て替え工事の際に、本丸南堀北側の石垣の基部（東西間の約32メートル）が検出された。聚楽第の破却に際し、建物の多くは伏見城内へ移築されたとされる。西本願寺の飛雲閣、妙覚寺の大門、妙心寺播桃院玄関、山口県萩市常念寺の山門なども、聚楽第から移築されたという伝承があるが、いずれも伝承の域を出ず、今のところ聚楽第の遺構と認められている建造物は大徳寺の唐門だけである。また「梅雨の井」（松屋町通下長者町上ル東入ル）は聚楽第の遺構であると伝承されてきたが、近年の研究ではこの地点は東堀の中に当たるので、遺構ではない可能性が指摘されている。また松林寺（智恵光院通出水下ル）付近一帯は周辺より3mほど低くなっており、古くから聚楽第の堀跡とされてきた。1997年に試掘調査が行われ、報告者は外堀の一部としている。一方で、桃山期から江戸初期にかけての文献史料・絵画等に、聚楽第に外堀のあったことが見えないところから、江戸時代以降、壁土として盛んに利用された「聚楽土」の採掘跡の可能性を指摘する声もある。1997年の試掘調査でも深さ3mほどで地山に当たっており現況からは深さ3間・幅20間あったという聚楽第の堀を想定することは難しい。また、平成27年（2015年）の京都大学防災研究所らによる「表面波探査」では、堀は確認できなかった。このように、松林寺付近の窪地を「聚楽第外堀跡」とすることは、文献資料の面からも考古学的成果からも、現時点では学術的根拠に乏しいとせざるを得ない。京都市出水老人デイサービスセンターの北向かい（智恵光院通出水下ル）には加藤清正寄贈と伝えられている庭石が残る。江戸時代の間は「聚楽村」と呼ばれる農村であったが、近代以降に市街地化された。町名には、「須浜町」「須浜池町」「天秤丸町」「山里町」「北之御門町」「高台院（旧みだい）町」「東堀町」など、当時の名残が色濃く残っている。「黒門通」は聚楽第の東門（「くろがねの門」）にちなむとされ、また「藤五郎町」「如水町」「小寺町」「浮田町」「中村町」「飛弾殿町」「福島町」「中書町」「直家（旧なおゑ）町」など秀吉麾下の武将の名を冠した町名も多く残る。廃却後、聚楽第縁辺にあった聚楽町に住んでいた住民は町ごと伏見城下に移転させられ、現在も京都市伏見区には聚楽町の地名が残っている。同区内にはこのほか聚楽第ゆかりの「（東・西）朱雀町」「（上・下）神泉苑町」の地名も残る。
かつてのクルーゼ隊長と同じ白服へ昇格した姿で登場し、ボルテールを旗艦とするジュール隊の指揮官として旧知のディアッカやシホなどを率いた。ユニウスセブン落下テロ事件の際は、自らも専用のザクファントムに搭乗し出撃する。その戦場で偶然再会したアスランに食って掛かりながらも、ディアッカも加えた連携でテロリストやファントムペインのMSを退ける。その暫く後、アスランの護衛としてニコル達の墓参りに同行。そこで自分が今でもザフトに属して地球軍と戦う理由を語り、アスランのザフトへの復隊を強く勧めた。プラントと地球連合との開戦後は、プラント本国の防衛のため地球には降下せず、宇宙で地球連合軍との戦闘を続けていた。しかし、デュランダル議長によってロゴス打倒宣言が成されると、ただ連合と戦っていたこれまでよりも遥かに難しい局面の到来を感じつつ、その一方的な流れ（暗黙の誘導）自体に疑問も感じるようになり、「明かされたロゴスの企業製品の不買運動でもするんじゃないのか」等と今後議長が取るかもしれない策を茶化した会話をする年上の副官級らを「少しは自分でも考えろ！」と怒鳴り付けるほどの苛立ちも抱え始める。その後、専用のグフイグナイテッドに搭乗し、月面ダイダロス基地に逃亡したロード・ジブリールが展開している部隊の追撃にあたるが、レクイエムの攻撃でヤヌアリウスやディッセンベルなど数基のプラントが破壊される惨害を目の当たりにし(事前情報によるジュール隊の迎撃によりロゴス側の攻撃目標であった首都アプリリウス直撃だけは戦闘によりステーションがずれたことにより避けられている。)、2度目の発射だけは防ごうとミネルバとともにザフト軍は全力を挙げて猛攻を仕掛け中継ステーションの破壊に成功する。しかし、デュランダルは事後に制圧した物も含めた計5基を「処分を検討するので月軌道に集めよ」としながら裏ではローラン隊を専任させ、ルナマリア・ホークのインパルスに砲撃されたダイダロス基地内の司令室も合わせて修理を進め、デスティニープラン宣言と共に月面の連合残存兵力掃討に利用するのだった。この大量破壊兵器レクイエムを奪取後に破壊ではなく将棋の駒のように奪って自軍の戦力にしたことは、その後の事態を生むことになる。イザークはこの時点では反旗を示すような事はせず慎重に事態を見つめていたが、明確に反デュランダルを唱えたアークエンジェルとエターナルが進攻してくると、母艦のボルテールを戦線の後方で待機しておくよう厳命し、ディアッカと共に出撃する。そこで再会したアスランを問い詰めようとするも、ディアッカが取り成し、エターナルが元ザフト艦であるのを理由にしてザフトの立場を保持しながら協力するという知略で間接的に各ステーションの排除戦闘を援護。最終的には前作のような過ちを繰り返さないため、他にも反旗を翻した者達と共にオーブ軍・クライン派同盟に加勢した。特にネオジェネシスをデュランダルの命令でザフト軍が発射した際はザフト軍全軍に退避勧告が出たため、エターナルに射線上の連中を下がらせろと密告しアークエンジェルとクサナギなど含むオーブ軍側の艦艇の回避に寄与した。「FINAL PLUS 選ばれた未来」と「スペシャルエディション完結編 自由の代償」で追加されたエピローグでは、ラクスの隣に立ち、議会へと向かっている。「機動戦士ガンダムSEED DESTINY HDリマスター Blu-ray BOX1」初回限定版に、特典として封入された両澤千晶書き下ろしの新作ドラマCD「OMAKE quarters Vol.1」では、ユニウス戦役の停戦後にザフトも階級制を導入することになったため、イザーク・ジュールは少佐となっており、参謀本部に配属されている。