1918年から1920年にかけて強毒性インフルエンザのスペインかぜが大流行し（パンデミック）、この影響を受けて京大寄宿舎（吉田寮）は来客の寮内宿泊の禁止や寮内消毒、衛生学者戸田正三を招いて公衆衛生の勉強会を行うなどして寮内での流行を食い止めようとしたが、1918年11月に寮内で患者が発生し、間もなく寮生の半数の62名が発症する集団感染に発展した。衛生部は臨時委員を増員して事態に対処した。高い死亡率にもかかわらず、寮生に死者はなかったようである。旧制三高初代校長・折田彦市はこの病気で命を落とした。
自彊会は最初の数年間、旧寄宿舎の「自治」を主導していた。しかし時間が経つにつれて現役舎生の自彊会会員は減少し、その影響力も必然的に弱まっていった。自彊会自体もやがて活動を停止した。ただ、自彊会は舎外でも活発に活動しており、そこではかなり多くのことを達成した。たとえば、（それまではほとんどなかった）全学規模の講演会や遠足、茶話会、運動大会などの行事を積極的に開催し、学内の文化的活動の振興に一役かった。医科大学の親睦組織「芝蘭会」（現存）や、理工科大学の親睦組織「同帰会」の設立にも関与した。また、舎生で自彊会会員の土谷厳は1909年の「以文会」の設立を主導した。以文会は、分科大学横断的な知識の交換を目的とした京大初の全学的・文化的学生組織だった。以文会は数年後に「体育会」と合併して「学友会」になり、1940年代には「同学会」に改組された。同学会は戦後、全学学生自治会として機能し、1951年に綜合原爆展を主催した。京大天皇事件や荒神橋事件にも関わった。なお、この同学会は、現在活動している「同学会中執」とは関係のない組織である。
木下総長は以前から旧寄宿舎の腐敗を憂慮し、色々と矯正の道を講じていたらしいが、直接的な介入は避けていた。しかし木下は、この総会で舎生が自治を実質的に拒否する姿勢を明らかにしたのを目の当たりにし、旧寄宿舎に自浄能力なしと判断したとみられる。同年12月15日、木下は旧寄宿舎の一時閉鎖を宣言し、12月29日までに退去するよう全舎生に命令した。一部の舎生はこれに反発し、閉鎖の不合理を訴えたり、木下と学生監を攻撃する演説をしたりした。そしてついには木下と石川一学生監（現在の学生担当副学長に当たる）の辞職勧告書を作成し、舎生数十名が連名し、木下らに手渡しに行った。舎生たちはこの期に及んでも組織だっておらず、まるで烏合の衆であり、強固な団結も覚悟もなく、一部の強硬な反対派に付和雷同していただけだった。辞職勧告書を突き付けられた木下らはこう答えたとされる。「（前略）学生いやしくも長上を弾劾する以上は必ずや真剣の覚悟ありて来りしなる可きにより当方に於ても同じく真剣を以て深く自ら省み考ふる処ある可きも万一自ら省みて不都合なしと信ずる場合には当方にも相当の決心あり。いやしくも勧告書を提出する以上は我去るか諸君去るかの何れかあるのみ。（後略）」木下らの剣幕に怯んだ舎生たちは辞職勧告書を叩き付けることができず、返答の猶予を乞うて早々に退散してしまった。「退学を賭けてまでやる馬鹿はいない」と、舎生たちはそれ以上の抵抗を諦め、期日までに旧寄宿舎を退去した。
1943年（昭和18年）12月28日、東武鉄道の臨時株主総会にて東武鉄道と総武鉄道との合併が承認され、翌1944年（昭和19年）3月1日東武鉄道と合併した。元々総武鉄道は京成電気軌道の傍系企業であったが、本多貞次郎が取締役社長を辞任したころから徐々に京成との関係が薄くなっていき、キッコーマンの傍系企業としての結び付きが強くなったようである。そして陸上交通事業調整法が遠因となって東武鉄道に合併された。当初は大宮 - 柏間が野田線、柏 - 船橋間が船橋線の呼称であったが、のちに大宮 - 船橋間の全線が野田線と改称されている。なお、乗合自動車事業（路線バス）も鉄道事業と同様に東武鉄道に合併された。戦後は1957年（昭和32年）に北大宮 - 大宮公園間が複線化されたのを皮切りに、大宮・柏・船橋を起点に複線化が進められた。また旧型車両から3000系列→8000系→5000系列→2080系→8000系へと車両の近代化や、駅舎の改築も順次進められてきた。1992年（平成4年）には2080系と3000系列が8000系に置き換えられたことにより、全車両が20m車両となった。2004年（平成16年）に5000系列が当路線での運用を終了した後も、当路線にはしばらく新型車両は導入されなかったが、2013年（平成25年）になって10030系と野田線初の新型車両60000系が導入された。2007年（平成19年）3月には、柏駅と船橋駅に発車メロディ（発車案内放送装置）を導入、その後も各駅に順次導入され、2009年（平成21年）3月に全駅への導入を完了した。2014年（平成26年）3月22日には、船橋駅に東武鉄道初のホームドアが導入されたのを皮切りに、2015年（平成27年）には柏駅でも2月7日および3月14日に段階的にホームドアが導入された。2016年（平成28年）3月26日のダイヤ改正では急行が、2017年（平成29年）4月21日のダイヤ改正では、特急が設定された。