食事以外にも、宿題の時間、自炊の力をつけるために子どもも調理に参加するなどの活動、地域住民との交流の場を組合せていることもある。遊び場として提供されていることもある。大人たちが遊びを提供しなくても、子どもたちが自然に遊び始めるところもある。また、無料学習塾を兼ねている所もある。孤食など家庭の事情を抱えている子どもも来店する中、そうした子どもたちに助力したいという気持ちを抱きつつも、敢えて事情を詮索せず、当事者たちから助けを求められるまで待つという姿勢を守る店が多い。中にはそれと対照的に、子どもたちの問題を丸ごと抱えようと、キリスト教の修道施設の一部を場所に選び、中高生向けの施設の相談員や民生委員の経験者が代表を務め、調理や学習支援のスタッフに加え、自閉症スペクトラム支援士などの専門資格の所持者が揃っている店もある。
提供する食事の内容は、農業が盛んな地域のために野菜中心の料理、バランスのとれた料理、プロの料理人にこだわった料理、バイキング料理やビュッフェ、店によってさまざまである。健康と食の安全性などの考慮から、有機農業による野菜など、化学調味料不使用、動物性食材不使用、食物アレルギー対策を謳った食堂もある。栄養バランスだけでなく店によっては、胃を満足させるために月1回は肉料理の日を設けたり、多世代が集う店では定期的にカレーライスなどの多世代に好まれるメニューを、正月には餅、雑煮、おせちを振る舞ったりといった工夫もある。日本国外の住民が多い地域では、宗教上の理由で食べることを禁じられている食材に配慮している場合もある。中には、より深刻な状況下にある子どものために、1週間分の食事を冷凍して自宅に届けたり、自宅まで食事を作りに行ったりしているところもある。
参加費（料金）は、子どもについては「お手伝い」などの条件付きを含めて無料としているところが半数以上であり、有料の場合は50円から500円、次いで100円から300円のところが多い。保護者など大人については子どもより割高に設定されている場合が多い。子ども・大人共に完全無料の店もある。また店によっては、金銭苦の人が無理しないよう、大人は所持額に応じて自分で支払額を決めることができ、所持額に余裕のある人は寄付を兼ねて多めに支払うことのできる仕組みを取り入れている場所もある。なお、多くの子ども食堂は、営利目的でなくボランティア活動であることを明確にするため、「料金」ではなく「参加費」と呼んでいる。
開催頻度は月1回、または月2回が多く、運営側からも「月1回のペースなら、気負わず無理なく、長く続けられる」との声がある。次いで月に2回から3回、週1回と続き、週5日以上開催する食堂も多い。時間帯は平日夜が多いが、登校前の朝食の時間帯や、給食のない週末の昼食時、長期休暇期間を中心として取り組む食堂、夏季休暇や冬季休暇に限定して営業している食堂もある。
名称として「子ども食堂」の名が用いられ始めたのは2012年（平成24年）とされ、前述の「気まぐれ八百屋だんだん」の一角に「こども食堂」が設置されたことが最初と考えられている。同店の店主である近藤博子は、歯科衛生士であると共に地域の居場所作りにも携わっており、仕事を通じて食事の偏りがちな子どもたちの存在を知り、子ども食堂を開店したという、「子どもが1人でも入れると同時に、大人も入っていい場所」との意味で「こども食堂」と名付けたのだという。当時はまだ地道な活動ではあったが、口コミで徐々に活動が周囲に伝わり始めていた。近藤が無農薬野菜を中心に扱う八百屋を開業したのが2008年（平成20年）、学習塾講師を招いて子供の勉強を支援する「ワンコイン寺子屋」を併設したのが2009年（平成21年）。翌2010年（平成22年）、近隣小学校の副校長から「一人親で、給食以外の食事はバナナ一本という子供がいる」と聞いて心を傷め、ボランティア活動の仲間らと検討・準備を経て、2011年（平成23年）8月に現在の「子ども食堂」を開いた。
マルゲは1950年代、イギリスからの独立を目標に掲げたマウマウ団の戦士だった。2003年、ケニア政府が小学校教育の無料化を実施したため、マルゲはケニア西部のエルドレットにあるKapkenduiywo小学校に入学した。2005年には優秀な生徒だとして、首席に選ばれている。2005年9月には、マルゲは国連ミレニアム・サミットで初等教育無料化の重要性を訴えるためにニューヨークに行っている。2007-2008年の選挙暴動の煽りを受けてマルゲは資産を失ったため、小学校を退学することを考えていた。2008年前半には小学校から4キロメートル離れた難民キャンプに住んでいたが、毎日出席した。2008年6月には強制退学となり、首都ナイロビの高齢者施設に移された。しかし2008年6月10日にナイロビのカリオバンギ地区 (Kariobangi) にあるマルラ小学校6学年に編入した。2009年5月には映画化の話が進められ、南アフリカ共和国で撮影された。2009年5月24日日曜日にはカリオバンギの聖三位一体カトリック教会（Holy Trinity Catholic Church）で洗礼を受け、洗礼名ステファン（Stephen）を授けられた。このときマルゲはすでに妻を亡くしていたが、孫は30人おり、そのうちの2人と同じ小学校に通っていた。マルゲは2009年8月14日にナイロビの高齢者施設で胃癌で死去した.