県立日本海病院は開院したものの、救急医療特化型ではなく、総合病院として設置された。このため急性期医療を中心とする市立酒田病院と機能と診察が重複していたほか、国の指導方針等によって、救命救急センターは人口100万人に1箇所とされていたことから救急医療レベルが2.5次に留まり鶴岡市を中心とする南庄内地域の三次救急まで十分にカバーできずにいた。また病院建設等に伴う減価償却費や起債償還もあり、開院以来赤字がかさみ、2006年度末には累積欠損金を約109億円抱え、さらに約24億5千万円の不良債務も発生するような状況に追い込まれていた。他方、市立酒田病院は県立日本海病院の開院によって患者数が激減し、経営難に追い込まれたが、当時の院長に拠る経営改革が功を奏し、2001年度以降、経営は黒字に復した。しかし、建築後40年が経過し老朽化が目立っていた病院の改築が俎上に載っていた。酒田市は市民から市立酒田病院の改築を望む声が多数寄せられていたことに沿って、新病院建設プランを盛り込んだ「市立酒田病院第二次マスタープラン」を策定した。だが、地元医師会や県の救急医療体制等に関する検討会（庄内部会）では、第二次マスタープラン通り病院が改築されれば医師不足や県立日本海病院との共倒れとなるとの指摘が出された。指摘を受け酒田市は、外部有識者による「市立酒田病院改築委員会」を設置。委員会は重複する診療科を持つ2つの病院が競合しているため、統合再編が望ましい。との見解を主眼とする報告書を酒田市に提出した。2005年12月、委員会報告を受け酒田市は県に対して県立日本海病院と市立酒田病院の統合再編を申し入れ、協議が開始された。その後、酒田市長と県知事をトップとする山形県・酒田市病院統合統合再編協議会が設置され、再編される病院には庄内二次保険医療圏および最上二次保険医療圏の一部をカバーする救命救急センターを新たに整備するなどの方針を盛り込んだ「山形県・酒田市病院統合再編整備基本構想」を策定した。また2007年7月、同協議会において経営の自立性と責任体制の明確化が不可欠であることから経営形態を「一般地方独立行政法人」とすることが決定された。山形県議会や酒田市議会の議決のほか、総務大臣の認可等の手続を経て、2008年4月1日、「地方独立行政法人山形県・酒田市病院機構」が発足。山形県立日本海病院は「日本海総合病院」、市立酒田病院は「日本海総合病院酒田医療センター」となった。なお、これらの新名称は一般公募によって選ばれた。2011年4月、日本海総合病院敷地内に増築した地上4階建ての建物において救命救急センターは稼働を開始した。また新しい診察体制のスタートにあわせコンビニエンスストアやコーヒーショップも導入したほか、24時間対応の院内保育所や駐車場も拡張するなどした。
<<ラン>>の実験成功から物語は始まる。高千穂バイオテックがフランスの会社のオーベルに買収されてしまい、<<ラン>>の海外流失を阻止したかった滝沢智則は<<ラン>>とその研究データを持ち出した。それが発覚するとオベールは、傭兵派遣も行っているセキュリティ会社のトライデントに、回収を依頼した。本社からクリス・アリオー、トーチ、ガブリエル・ダンドリー、ジョルジュ・吉田の４名のエージェントが派遣される。滝沢の妻である滝沢考子の動向をトライデントの日本支社のスタッフは監視し、留守の時に部屋に忍び込むが考子が帰ってきてしまうという想定外のことがありつつも手がかりを掴む。滝沢は考子の姉で自衛隊員の神谷公子に接触をとっていた。神谷は私立東都防衛学院 中等部 三年二組の夏季総合演習の教官を担当していて、国防ロボット研究について講義してもらうという約束で会うことになっていた。トライデントのエージェント達はそれを盗聴で知り、先回りする。二〇二六年八月一日、三年二組の夏季総合演習、最後の日。滝沢は演習場に訪れた。しかし、先回りしていたトライデントのエージェント達が目的の物を手に入れようと銃を発泡し、滝沢や神谷だけではなく生徒たちも含む居合わせた者たちが死傷する。滝沢と過去に面識を持っていた名取トウコは、死の淵にいる滝沢から最後となる頼みを聞き、自分たちが誰に、なぜ襲われたのかもわからないまま、ひとまず逃亡した。滝沢が持ってきたクーラーボックスは、黒部カズキが持つことになる。だが、カズキは気づいていなかったが中身はない。それを知らずカズキは、狩野ナナミを連れて別行動を取る。トウコは、瀬波ヒカリ、高津ヨウジ、松浦アン、鶴見タロウと一緒だった。すぐ合流地点で、吉野サトシがやってきた。カズキが持っていったクーラーボックスの中身と共にである。当初、滝沢からの預かり物を運んでいたサトシが転んだ際に、飛び出てきたのがきっかけで中身は取り出されていたのだった。神谷の容態を確かめるために、病院にトウコだけで向かうが、「敵」がいたため捕まえられそうになる。そこを学院の生徒を保護するように依頼されていたセキュリティ会社のケイコム御殿場支店の社員に助けられる。ケイコム御殿場支店には夫の会社の社長から本人に知らされず警護を依頼され、危機を救われた考子もいた。ケイコムの御殿場支店にもエージェントが覆面をして現れ戦闘となる。死傷者がここでも出る。一方、残った５人も狙われた。その場に居合わせた副担当教官が犠牲となり、逃げ出すことはできたが、<<ラン>>のサンプルは向こうに渡る。けれどもサンプルには寿命があったのと、研究データは無事だったこともあり事なきを得る。考子とトウコ、ヒカリ、ヨウジ、サトシ、アン、タロウは合流したことで、<<ラン>>の用途と価値、追ってくるのがオベールの手先であることを知る。一同は身を潜めるために、東京へ向かった。その途中、トライデントのエージェントから逃げる際にトウコが銃を撃った場面が、彼女が犯人一味であるかのように加工された動画が出回っているのを知った。また、カージャックをして移動したカズキ達の姿を被害者が写したものも拡散され、中学生によるテロ犯行が起きているかのように情報操作されはじめる。だが、今だに演習場での事件は報道されていなかった。さらに学院や、生徒の関係各所に警視庁警備局という捜査員たちが、上司の指示の元に退路を塞ぐように訪れていた。