急激な膨張はとどまるところを知らず、ついには晴海の全館2日使用でさえ収容能力の限界を露呈するほどに巨大化したコミックマーケットは、1989年冬のC37より当時日本国内屈指の巨大イベント会場だった千葉県の幕張メッセへと会場を移した。ところが、有害コミック騒動などの影響で、1991年夏のC40開催直前に幕張メッセ側から会場の使用を拒否され、急遽、場所を晴海に戻さざるを得なくなった。後に「コミケ幕張メッセ追放事件」などと呼ばれる出来事であり、コミケットの歴史の中では最大の存続の危機と見ている者は多い。当時この出来事を体験した参加者の多くがいまだに幕張メッセに対して極めてネガティブなイメージと強烈な不信感を抱いており、これについては現在もほとんど払拭されていない。とはいえ、準備会としては幕張メッセへの公式な批判は避けている。また、事件後20年以上経過し実際に追放事件を体験していない参加者が増えたことや、現在多くのアニメ・ゲーム関連の大規模イベントが幕張メッセで開催されていることもあり、幕張メッセに対してネガティブなイメージを抱く人は相対的に少なくなってきている。
東京流通センターでの2日開催でも人員・サークルを収容しきれなくなったコミックマーケットは、翌1988年夏のC34より会場を晴海に戻すことになった。この時期に至って事務管理のコンピュータ化が確立し、倍以上の9,200サークルの参加を実現させた。とはいえ、この間も会場の確保に困難を極める状況に変わりはなく、1988年冬に開催予定としていたC35開催に至ってはついに会場を確保できず、翌1989年3月まで開催延期を余儀なくされる。これが、通常開催では最後の「春コミ」である。また1989年夏のC36ではサークル数1万、参加者数は10万人の大台に乗った。
商業イベントとの競合により晴海会場の確保が不可能になったため、1986年冬のC31から1987年冬のC33まで平和島にある東京流通センター（TRC）を使用した。会場面積の減少を補うため2日間開催を実施。この間4,400サークル、4〜6万の参加者を獲得した。また、ジャンル別にサークルを割り振るジャンルコードが導入された。
1980年春のC14から1981年春のC17にかけて川崎市民プラザで開催されたコミックマーケットは参加サークル350〜400、参加者約7,000人規模で推移するがすぐに会場が手狭になった。横浜産貿ホールを2日間使用した1981年夏のC18ではついに参加サークルが500、参加者が1万人を上回った。換言すればこの時期まではコミックマーケットといえば女性参加者が主体だったがこの時期『うる星やつら』のサークルが激増し、当時のロリコンブームと相まって男性参加者が本格的に進出。現在の男性向創作分野の基礎が作られ、わいせつな内容の同人誌が増えた。漫画家・吾妻ひでおらの「シベール」の行列が館外に作られ、今の壁サークルの走りとなったのもこの時期である。
サークル・ドット・エムエスは東京都千代田区の企業。2006年にコミックマーケットのサークルオンライン申し込みサービスの開発を委託する流れで設立された。オンライン申し込みサービスはコミックマーケット以外の同人誌即売会でも利用できるようになったほか、これを核として同人作家・サークル向けポータルサイトの運営業務を行い、その中で印刷所検索サイト「印刷Navi」や電子書籍サービス「emes-えむえす-」（2012年終了）の運営も行っている。また、コミックマーケット関連では公式ウェブサイトの管理運営や2012年開始のコミケWebカタログの開発運営を手がけている。
共信印刷は、東京都千代田区の印刷会社。コミックマーケットのカタログやコミケットアピール（申し込みサークル向けの案内書）・サークル参加申込書・コミケットプレスなど多くの準備会発行物印刷を請け負っており、カタログについては創刊からC95までの印刷を担当していたが、C96からは大陽出版の担当に変更された。また、CD-ROM版カタログについては販売とサポートも請け負っている。一般の印刷も受注しているため、同人誌印刷の受注は少ない方である（が、コミックマーケットのカタログそのものも「同人誌」という扱いであるため、そういう意味では大手とも言える）。2009年現在、コミックマーケット準備会との資本関係は一切無い。
通称CPS。過去にはコミックマーケットカタログやカタログCD-ROM・次回申込書の通販業務を行うほか、コミックマーケットにて同人誌委託コーナーの運営もしていた。しかし同人誌委託はC71を最後にコーナー自体が中止され（参加者の区分を参照）、通販もC72を最後にカタログ通常版は準備会の直販、CD-ROM版は株式会社クリエイション、次回申込書は有限会社サークル・ドット・エムエスの業務にそれぞれ変更され、3代目代表の体制になってからCPSの排除が行われた。この間の事情についてコミケット準備会とCPS、双方の公式見解が出されている。また「運営組織の変遷」も参照のこと。2008年4月に株式会社シーピーエスへの社名変更が発表された。2010年1月からはIT事業を業務に変更し、現在のコミックマーケットとは関係無くなっている。
大正時代末期から昭和初期にかけての僅かの間、志木に存在していた薬局「村山快哉堂（むらやまかいさいどう）」の店主だった村山彌七なる人物は、薬局以外に路線バスを経営していた。その路線で特に関係が深いのが志木 - 清瀬 - 東村山線で、村山のバスは後に武蔵野鉄道（西武池袋線の前身）へ引き継がれ、新座・清瀬周辺の西武バスの基礎となった。戦後はかつて清瀬駅北口脇にあった「西武バス清瀬営業所」として、村山が経営していた志木 - 清瀬 - 東村山線を起源にした志木 - 清瀬 - 武蔵小金井線を幹線とし、清瀬・東久留米をターミナルに周辺地域における路線拡充が進められた。1962年には両駅から朝霞駅経由で朝霞市北部の積水化学工場へ向かう路線が開業したほか、1960年代後半までには東久留米団地・旭ヶ丘団地へ向けての団地輸送が開始された。しかし、1973年4月1日の国鉄武蔵野線旅客開業によって、事態は一変する。