戦前の天津教不敬事件（竹内文書の偽作）が有名。ただし当事件においては裁判所が真偽論争に立ち入ることを避けたため、和田家文書偽作説を前提としての当該論文からの剽窃とみられた部分における著作権侵害等の容疑を裁判所が認めず、結果として和田喜八郎が偽作行為によって裁かれることはなかった。東北地方が主な舞台であること、専門家とされる人々がアマチュアのトリックに騙されたこと、捏造された遺跡・遺物が所在地の自治体から支持されていたことなどから、安本美典や斉藤光政は旧石器捏造事件との類似を指摘している。
現在も真作説を主張する論者および真作説に好意的な論者としては古田武彦、北村泰一、笠谷和比古、平野貞夫、吉原賢二、古賀達也、水野孝夫、棟上寅七、竹下義朗、福永伸三、大下隆司、前田準、上岡龍太郎、飛鳥昭雄、高橋良典、内倉武久、松重楊江、久慈力、竹田侑子、西村俊一、佐治芳彦、上城誠などがあげられる。この中には大学に職を得ている者や著名人、政治家などもいるが、偽書であるという定説をくつがえすに至っていない。
1999年に日本SF作家クラブ主催の日本SF新人賞が、2000年には角川春樹事務所主催で小松左京が最終選考を務める小松左京賞が設けられ、本格的に新人の発掘が再開された。2001年には徳間書店が季刊雑誌〈SF Japan〉を創刊し、若手のSF作家やクリエイターにとっての作品発表の場となった。2000年代前半には、新作の発表が途絶えていた飛浩隆が『グラン・ヴァカンス』を書き始め、『猫の地球儀』や『イリヤの空、UFOの夏』（共に電撃文庫）の秋山瑞人、『マルドゥック・スクランブル』で日本SF大賞最年少受賞を果たした冲方丁、『第六大陸』と『老ヴォールの惑星』で星雲賞を受賞した小川一水らとともに活躍した。早川書房による2つのレーベル「ハヤカワSFシリーズ Jコレクション」（2002年-）と「次世代型作家のリアル・フィクション」（2003年-2007年）が、彼らに活躍の場を提供した。同時期には、有川浩が《自衛隊三部作》（2003年-2005年）・《図書館戦争》シリーズ（2006年-2007年）でSFをあまり読まない層からも注目を集めた。桜坂洋『All You Need Is Kill』（2004年）や、近未来のウィーンを舞台にした冲方丁のライトノベル引退作である《シュピーゲル・シリーズ》（2007年-）、アルフレッド・ベスターやグレッグ・イーガンなどのオマージュ作であるうえお久光『紫色のクオリア』（2009年）のように、ライトノベル系レーベルにも本格的なSF作品が出現した。2006年には日本SF作家クラブ主催で、SFに関する評論を対象とする日本SF評論賞が始まった。2007年には早川書房の「リアル・フィクション」が刊行終了したが、その後も第7回小松左京賞最終候補の円城塔や伊藤計劃が相次いで早川書房からデビューし、SFジャンルの内外を問わず活躍した。2009年になると、新人発掘の場であった日本SF新人賞と小松左京賞が共に休止（事実上の終了）となったが、同年には創元SF短編賞が始まり、ここからはデビュー作『盤上の夜』で第147回直木賞候補となった宮内悠介らが輩出している。2013年にはハヤカワSFコンテストが長編新人賞として復活する。また、《年刊日本SF傑作選》（2008年-）、《NOVA 書き下ろし日本SFコレクション》（2009年-、全10巻）といった短編アンソロジーの刊行も始まり、若手・新人作家に発表の場を提供している。2000年代後半にはアヴァン・ポップの潮流も開花し、円城塔・樺山三英（2007年デビュー）といった前衛的SF作家がデビューしたほか、シオドア・スタージョンの小説に代表される翻訳SFの〈奇想コレクション〉（2003年-）や〈未来の文学〉（2004年-）が刊行されるなかで、日本作家による新たな文学叢書〈想像力の文学〉（2009年-）も生まれた。また評論家の東浩紀のSF小説『クォンタム・ファミリーズ』（2009年）が三島由紀夫賞を受賞、円城塔が「道化師の蝶」（2012年）で芥川賞を受賞するなどした。また、2009年には、日本SFの英訳シリーズ「Haikasoru」の刊行がアメリカで開始され、ここから刊行された伊藤計劃『ハーモニー』英訳版は2011年のフィリップ・K・ディック賞特別賞を受賞した。また、福岡を本拠とする黒田藩プレスからも日本SFの英訳が刊行されるなど、英語圏における日本SF紹介活動が続いている。雑誌媒体では、2011年には〈SF Japan〉が休刊となり、SF専門誌はふたたび〈S-Fマガジン〉1誌のみとなった。その一方で2010年代からは、黒田藩プレスのホラー専門誌〈ナイトランド〉や電子雑誌〈月刊アレ！〉（2011-2013）のように、SF専門誌ではない文芸誌で国内外のSF作品・作家を積極的に取り上げたり、特集が組まれるケースも見られるようになっている。小説以外の分野に目を向けると、SF的な要素を設定に取り込んだアニメはひきつづき多数製作され、2000年代後半には拡張現実を取り扱った『電脳コイル』（2007）や、夢枕獏のSFをリスペクトした『天元突破グレンラガン』（2007)、『時をかける少女』の細田守による『サマーウォーズ』(2009)といったSFアニメが登場した。