別項の漫画版（週刊少年チャンピオン版）以外にも『電撃G's magazine』（メディアワークス発行）において、橘セブン著『舞-乙HiME列伝 竜と乙女の涙』が掲載された。
TVシリーズから1年後のストーリーが描かれている。全4巻。後に全4話を再編集し、最後に4分間の追加カットを収録したDVD『舞-乙HiME Zwei 総集編「夢のツヅキ」』が発売されている。
本項では、漫画版とアニメ版における設定の相違を箇条書きの形で述べていく。なお、各項目ごとにふってある番号は同一項目内の同じ番号と対になっているので参考にしてもらいたい。
舞台は惑星エアル。遥か昔地球から移民してきた人々の住まう惑星。しかし、当時の高い技術は戦争等様々な要因から櫛の歯が欠けるように失われており、ホログラフやナノマシンのような高い技術の残る地域もあれば、電話のような技術すら失った地域もある等、場所によりその格差は大きい。また残っている高い技術の大部分が、ヴィントブルーム王国やガルデローベのような一部の国家に独占されており、その事から古の技術復興を求める者達や、技術を独占する国家に対する怨みを持つ者等、行動原理や争いの種にもなっている。西方諸国と東方諸国とでは、古の技術に対する考え方など、認識を異とする部分がある。西方諸国の一部については、100年前にはロサージュ連邦という連邦国家を形成していた。
「乙Type Highly-advanced Materialising Equipment」（乙式高次物質化能力）乙HiME（オトメ）とは、王侯貴族や大統領等特定の人物一人に付き、職務の相談役や身の回りの世話、護衛に至るまで、様々な局面において全面的にサポートする全世界の少女憧れの女性限定エリート職。その育成が行えるのは、世界唯一の乙HiME（オトメ）専門学校「ガルデローベ」のみであるため、各国は奨学金をつける等、競って自国のオトメ候補生を学園へ送りこんでいる。ただし、乙HiME（オトメ）は、容姿、作法から頭脳、武術に至るまで、全てにおいて完璧を求められる為、卒業後プロである「マイスター」の資格を得る事ができる者はほんの一握り。学園入学とともに体内にナノマシンを埋め込まれるため、常人を遥かに超えた超人的行動が可能で、マイスターともなるとたった一人で一国と戦争出来る程の力を持つ。ゆえに各国の主要軍事兵力としての一面も持つ（竜王戦争）。また、オトメが各国にいるため、下手に他国への侵攻が出来ないよう抑止力となっており、現代の核による安全保障にも似ているが、通常は貴族同士の決闘に近い形で全面戦争を防ぎ世界の秩序を保つシステムでもある。なお、ナノマシンとの兼ね合いから乙HiME（オトメ）である間は異性恋愛を禁止されており（後述ナノマシン項参照）、常に恋か夢かの選択を迫られるが、中にはマイスターとしての責務を全うした後、結婚引退する者も存在する。ただし、ガルデローベを中心として乙HiME（オトメ）に失われた科学力が独占されている事に反感を抱いている者（特に軍関係者）も多い。ヴィント事変後はガルデローベに秘匿されていた科学技術も各国に段階的に開放され、オトメの役割も大きく変わることとなった。
アリカの母にして伝説の乙HiME、レナ・セイヤーズの現役時代の物語。ヴィントブルーム王族の落胤・シフルを巡って、ヴィントブルーム王家、ガルデローベ五柱、シュヴァルツ+アスワドがそれぞれの思惑から衝突し、シフルを奪い合う。自らの強すぎる力に悩むレナは、運命に翻弄されるシフルを救うことができるか。
老朽化した在来車両の取替えを目的として、南海電気鉄道高野線で使用していた22000系を1998年に譲り受けたものである。熊電では1995年から翌1996年にかけて東京都交通局の6000形を2編成譲り受け、1998年度にも1編成を譲受する予定であったが、1998年度に6000形の廃車はないという情報がもたらされたことから追加譲受が暫くの間困難な状況になった。しかし、熊本電鉄で使用していた500形（元静岡鉄道クモハ100形）は軽量車体に加え、電装品及び台車は昭和初期のものを流用していたため老朽化が著しく、早急な代替車両の導入が求められたため、2両固定編成の南海22000系22003-22004の1編成を購入した。6000形と同様、入線前に西日本鉄道（西鉄）筑紫車両基地内にある西鉄産業筑紫工場で改造工事が実施されている。ワンマン運転対応化改造のほか、側面中央部に扉を新設して3扉に改造され、運転席側の扉が移設されている。また前面窓下両側には西鉄5000形と同形状の一体のケースに収められた前照灯と尾灯が新設され、元々前照灯のあった部分には方向幕を設置し、元の方向幕はワンマン表示器に変更されている。シートモケットは西鉄と同じものが使用されている。但し吊革は南海時代のものが使われており「なんばCITY」の広告が入っている。1998年12月25日付で入籍、車番は南海22003→熊電201、南海22004→熊電202に改められた。201が御代志側、202が上熊本/藤崎宮前側となっている。塗装は在来の500形・5000形と同様の青色濃淡に赤帯の塗色とされたが、500形の全廃と5000形の塗り替えにより、この塗色の車両は本形式のみとなった。後日、ATS取り付けにより、車号にAが追加され、番号が201A・202Aに改番されている。また前面下部にスカートが追加された。