2002年（漫画版では2050年）、人類最先端の海底超特急「マリンエクスプレス」の開業を前に、招待客を乗せて試運転が行われようとしていた。日本へ向けロサンゼルスを発車した超特急に乗り込んだのは、日米の計画責任者と関係者たち。その中には列車に忍び込んだ殺人犯を追ってきた私立探偵、計画を成功させることに情熱をもった若い運転士、密かにマリンエクスプレスの破壊を計画する関係者、それに試運転を利用し武器の密輸を企む一団などがいた。様々な思惑を乗せて走る列車は数々のアクシデントに遭遇し、やがては太古の世界のムー帝国とインベーダーとの争いにも巻き込まれて行く。
2015年に手塚治虫デビュー70周年企画として、手塚のアシスタント経験のある池原しげとによる漫画化が発表され特設サイトが開設された。YouTubeでモーションコミックによるプロモーション映像が公開された。当初、2015年秋より刊行開始予定と発表されたが、後に2016年春に延期と発表、最終的に更に延期され同年9月23日に第1巻、2017年1月19日に第2巻が発売されている。最終巻となる第3巻は2018年1月19日に発売された。マリンエクスプレスの運転士をロックからマサト（『火の鳥未来編』の山之辺マサト）とし、ロックは別の役で出演するなど、配役の変更が行われている。
1979年8月26日の『24時間テレビ 「愛は地球を救う」』内で放送された。24時間テレビアニメスペシャルの第2弾。スター・システムがとられており、アトムやブラック・ジャック、サファイアやシャラクといった手塚作品のオールスターキャストが登場することで話題となった作品である。ただし、アトムや御茶ノ水博士など、一部のキャラクターは名前が変更されている。舞台である海底の透明感を出すために、通常はポスターカラーで描かれる背景を海の透明感を出したいという手塚の希望で水彩画で描いているが制作に携わった清水義裕によると手塚の要請で漫画部のスタッフが駆り出され漫画制作の傍に背景を制作した為、仕事量の増加からスタッフからの不満の声が多かったとのこと。手塚治虫のイースター島への旅行から持ち上がった企画であり、当初はマリンエクスプレスよりも後半のムー帝国での冒険が中心の作品になるはずだった。しかし、手塚の手がけた絵コンテは放送時間を大幅に上回る2時間10分の分量となってしまい、後半のシーンを中心に大幅なカットがなされたため、海底列車内でのサスペンスを前面に押し出した内容となった。そうした経緯もあり、手塚は前作の『100万年地球の旅 バンダーブック』共々、本作を劇場用アニメとしてリメイクすることを明言していたが、実現はしていない。2008年開催の東京国際映画祭アニメ部門『animecsTIFF』でも上映された。エンディングクレジットは、「下から上に流れる」のではなく「上から下に流れていく」タイプとなっている。
週刊金曜日の野中大樹編集長は、ラインを通じてHPVワクチン被害を訴える少女にラインで取材を申し込んだことについて、プライバシーの侵害などと批判した。ジョン・マドックス賞受賞に関連して、コンピュータ科学者の坂村健東洋大学情報連携学部長は、「批判した相手から訴訟を起こされながらも、このワクチンは危険だという『常識』に疑問を呈する発信を続けた村中氏の受賞は大きい」と評価した。国際政治学者の三浦瑠麗は、メディアの副反応関連報道を批判しつつ「科学者として名誉ある賞の一つを受賞した村中氏の活動とそこに与えられた国際的評価を、新聞やテレビはきちんと取り上げてしかるべきだろう」と論評した。生化学者でJapan Skeptics監査委員の平岡厚元杏林大学保健学部准教授は、村中は「査読を通過した反対派の論文を無視して「所定の科学的基準で検出されなかった副反応は実際にない」と負けずに主張するだけ」で、裁判でも何が捏造だったのか具体的に言えていないと批判し、村中のジョン・マドックス賞受賞に伴うNatureの権威が副反応否定・軽視の根拠として利用されることに懸念を示した。なお、平岡はHPVワクチン東京訴訟支援ネットワークの一員であることを公表している。小説家で政治家の田中康夫は、水俣病患者が認定されたのに東大医学部は因果関係がないと言い続けた50年以上前の話と村中は同じになっていると指摘し、評論家の浅田彰京都造形芸術大学大学院芸術研究科教授も、村中のように苦痛を訴えている人を心身症だとか非科学的と言っているのが非科学的で人々の気持ちを無視してはいけないと指摘した。BuzzFeed Japanの岩永直子記者は、村中のジョン・マドックス賞受賞をいち早く報じる一方、名誉毀損訴訟の東京地裁判決を詳報する記事で、村中の取材方法に関して「結果的に回答を拒否されるとしても、疑惑を追及する相手に疑惑の内容をぶつけて本人の見解を質す努力をするのは取材者として基本的な手続きだ」と批判した。ロンドン・スクール・オブ・ハイジーン・アンド・トロピカル・メディスン（ロンドン大学衛生学熱帯医学大学院）でワクチン・コンフィデンス・プロジェクトのディレクターを務める人類学者のハイジ・ラーソン教授は、東京地裁判決を報じる記事の中でコメントし「大切なことは、メディア報道が判決の要点を捻じ曲げず、池田博士の科学が勝利したという意味を持たせないことであり、負けたのは村中博士のやり方や言葉である」と述べた。弁護士かつ医師の田邉昇は、裁判について、信州大の調査が捏造ではないことを明らかにしているため、「捏造」というだけの裏付けがとれるような取材を村中らは尽くしたかということが争点となって、村中らの裏付けが足りないということで名誉毀損が成立したと解説している。