2006年1月27日にシアトル・マリナーズと契約した。スプリングトレーニングでは19試合に出場し、打率.219だった。マイナーへ合流したのち、3月30日にヒューストン・アストロズへ金銭トレードで移籍した。このシーズンはAAA級ラウンドロック・エクスプレスでプレーした。2007年、3年ぶりにメジャー昇格を果たし、9月16日のピッツバーグ・パイレーツ戦ではポール・マホームからメジャー復帰後初の本塁打を放った。
2005年1月20日にシカゴ・カブスとマイナー契約を結んだ。3月30日、金銭トレードでテキサス・レンジャーズへ移籍した。AAA級オクラホマ・レッドホークスでプレーするも、5月25日に放出された。2日後の27日にカブスと再契約を結び、シーズンの残りをアイオワ・カブスでプレーした。10月15日にFAとなった。
1998年ドラフト9巡目（全体278位）でサンフランシスコ・ジャイアンツに指名され契約を結びプロ入りを果たした。2001年9月5日のアリゾナ・ダイヤモンドバックス戦でメジャーデビューを果たした。ジャイアンツ時代は主に守備固めで起用され、マイナーとメジャーの往復が続いた。2002年9月29日のシーズン最終ヒューストン・アストロズ戦でメジャー初スタメン出場を果たし、第1打席にロイ・オズワルトからメジャー初安打を記録する。第3打席にはブランドン・パッファーから安打してメジャー初打点を記録。この際、二塁から生還した同僚・新庄剛志の走塁に感謝し、同じく同試合でメジャー初打点を挙げた際の新庄の一塁から生還する走塁に感謝した若手の同僚・トレイ・ランスフォードと共に、試合後の新庄へ礼を述べた。2003年8月8日のフィラデルフィア・フィリーズ戦でビセンテ・パディーヤからメジャー初本塁打を放った。2004年12月21日にFAとなった。
チャンドラー高校を卒業した1995年に43巡目でクリーブランド・インディアンスに指名されるが拒否し、サウス・マウンテン短大に進学。在学中に2人の死者を出す交通事故に巻き込まれるが、助かった。1998年からはグランド・キャニオン大学に移り、大学野球で.330、8本塁打、48打点の活躍をする。
ヴァッサーブルク総統大本営（ヴァッサーブルクそうとうだいほんえい、ドイツ語: Führerhauptquartier Wasserburg）は、アドルフ・ヒトラーが前線付近に設置した総統大本営の一つ。ソビエト連邦・プスコフ（ドイツ語名プレスコウ）から北西4km地点のヴェリーカヤ川の湾曲部に位置した。建設はトート機関による。1942年11月1日に建設開始。施設の中心は古城のような大邸宅だった。完成後は北方軍集団司令部として短期間使用されたが、ヒトラーが使うことはなかった。
2001年よりノーザンファームで繁殖入りし、2002年にフレンチデピュティとの間に牝馬（ライラプス）を産む。同馬は3歳時クイーンカップを制した。そして2003年、クロフネとの間に牡馬（フサイチリシャール）が生まれた。同馬は初戦こそ敗れたが以後4連勝で2歳GI（朝日杯フューチュリティステークス）を奪取した。2004年に再びフレンチデピュティとの間にアステリオンを産んでいる。2006年に出産したサイオン（牡、父クロフネ）と2007年に出産したフサイチエアデールの2007（牡、父クロフネ）は、2007年7月10日、11日に行われたセレクトセールにおいて、1日目に兄が1億4000万円で、2日目に弟が1億3500万円で両馬共に有限会社ローズヒルが落札した。
2003年1月、10年ぶりにドラマ『高校教師』の新作が放送され、再び『ぼくたちの失敗』が主題歌として使用された。これにともない発売された2003年版のベスト盤『ぼくたちの失敗 森田童子ベストコレクション』に、「海が死んでもいいョって鳴いている」（アルバム『ラスト・ワルツ』収録）の歌詞を一部変更して、新規に歌唱・録音された「ひとり遊び」が収録され、それが最後の作品となった。「ひとり遊び」は森田の自宅で、自らのギター、ハーモニカの演奏で20年ぶりに録音された。2010年5月に記事が掲載された朝日新聞の取材によれば、近しい人物の死去による精神的ショックと、自身の持病により活動が困難な状況であるとしている。夫の前田亜土は2010年に没している。2015年9月に公開された映画『GONIN サーガ』で、『ラスト・ワルツ』が挿入歌として使用された。『高校教師』のリバイバルヒットで再発されたCDアルバムもその後廃盤になり、長らく入手困難な状況が続いていたが、2016年7月20日に23年ぶりにCDが再発売された。オリジナルアルバム7作、ベストアルバム2作（うち『友への手紙 森田童子自選集』は初CD化）の計9タイトルが発売。小澤賢太郎（音楽出版ジュンアンドケイ）の企画・監修で、レーベルはユニバーサルミュージック／USMジャパン。オリジナルマスターテープからデジタルリマスタリングされたSHM-CD仕様となっている。また現在までに、様々なアーティストによって楽曲がカバーされている。リバイバルヒットで代表曲となった「ぼくたちの失敗」は、YMCK、cheeなどによるカバーがあり、mondialitoによるフランス語カバー曲（曲名は「notre echec」）も存在する。「たとえばぼくが死んだら」はeastern youth、山中さわお、中村中によってカバーされている。変わったところではJOJO広重（非常階段）の「スラップ・ハッピー・ハンフリー」によるノイズ系カバーなどもあり、幅広いジャンルのミュージシャンにカバーされている。2018年4月24日、心不全のため自宅で死去。65歳没。同年6月1日発行の日本音楽著作権協会（JASRAC）会報に訃報が掲載されたことで死去が明らかになった。音楽活動休止後は主婦として暮らしていたが、音楽関係者の話として体調を崩して2017年から入退院を繰り返し、退院後間もなくして逝去したという。