PC-98x1はキーボードも異なる。PC/AT互換機と異なるのは、STOP、COPY、XFER、NFER、HOME CLRで、それぞれPC/AT互換機のBreak、PrtScr、変換、無変換、Homeに相当する。漢字の入力はCTRLキーと、XFERキーを押すことで可能になる。また、FEPやIMEによらず、カナキーをロック状態にすることで半角カタカナが入力できた。PC-98x1固有のキーとしてHELP、カナ、GRPHがある。Windows 95発売以降の機種は、PC/AT互換機との操作性の共通化のため、HELPキーの側面にはEnd、GRPHキーの側面にはAltと刻印されていた。つまり、メニューバーのファイル(F)を開くには、GRPHキーとFキーを押すことになる。GRPHキーと文字キーを押すと、半角の年、月、日、時、分、秒などの記号を入力することができた。Roll-Up、Roll-Downは、それぞれPageDown、PageUpに相当し、upとdownの表現がPC/AT互換機とは逆である。ファンクションキーは、PC/AT互換機はF・1 - F・12であるのに対し、PC-9821ではF・1 - F・10で、これらとは別にVF・1 - VF・5がある。CAPSキーとカナキーは押すとLEDが点灯する方式になっている。これは、OS/2などの出現で、画面上の各ウィンドウごとにCAPSキーとカナキーのステータスが異なるケースが発生しうるようになり、機械的なロック機構による状態表示では正しく対応できなくなったことへの対策として実施されたものである。PC/AT互換機と同じ配列の106キーボード(PC-9801-116) や、特定のNEC製ソフトウェアに対応した専用キーボードも、NEC純正オプションとして発売されていた。
PC-98x1はマイクロソフト仕様のバスマウスを標準採用している。また、初期にはマイクロソフト仕様のシリアルマウスも使用されていた。PC/ATにおいては、標準仕様が存在せず、初期にはバスマウスも使われ、以後はマイクロソフト仕様のシリアルマウスが主に使用されていた。IBM PS/2以降ではPS/2マウスが主流となった。Windows 98か2000であればUSBボードを用いてスクロールマウスを実装することも可能である。PC-98x1のバスマウスでホイールに対応したものは無く、ハード的にもホイールの実装が困難である。ホイールマウスを使用するにはUSBマウスやシリアルマウスを使うか、PS/2マウスを市販の変換機を介してシリアルポート・バスマウスコネクタ併用で使用する。なお、起動時にのみ初期化が実行されるPS/2マウスと異なり、98用バスマウスは動作中に抜き差ししても問題なく動作する仕様である。Windows 3.x/95のPC-9800版にはシリアルマウスのドライバが含まれていなかったが、Windows 98/NT以降に限ってOS標準ドライバが使用できた。特に2nd CCU搭載機種においてはPC/AT用に販売されたシリアルマウスがそのまま接続できた。
PC-9801はプリンタの接続のみを考慮し、セントロニクス標準コネクタから不要な信号線を省いたフルピッチベローズ型コネクタを採用していた。PC-H98やPC-9821の中期モデル（As2やAp2など）からはハーフピッチ化したフル仕様のコネクタを採用し、特に後者はセントロニクス準拠の双方向通信が可能となっている。PC/ATは信号線や電気的な仕様こそセントロニクスに準拠しているものの、何故かRS-232Cのコネクタと全く同じD-Subタイプのコネクタを採用している。
PC-98x1はD-Sub25ピンコネクタでRS-232C準拠であり同期転送モードもサポートするが、PC/ATはサブセットのEIA-574であり、主にD-Sub9ピンコネクタで非同期転送のみサポートする。ちなみに、PCIベース（一部PCIがないものも）の9821の2ポート目のD-Sub 9ピンコネクタ（通称2nd CCU）は非同期モードのみサポートする。
前回の放送後から一週間の内で、岡村が関心を持ったことや印象深かった出来事、身の回りで起こった出来事などを話題としてトークをしていく（矢部は概ね聞き役となる）。岡村の根拠のないネタで進行することも多々あり、提供クレジットを読まなければならない時間を大幅に遅らせることもある。内容によっては思わぬ方向に話が流れるため、担当ディレクターや矢部が岡村の話の腰を折り強引に進行される場合もある。ただし、思わぬ盛り上がりをみせたトークは後半のネタコーナーにさえ影響を与え、トークで盛り上がった人物が後日ハガキ職人によりネタやトークのネタフリとして登場することもある。また、前回の放送から一週間の間におきたニュース（社会政治、芸能、スポーツ、気象現象 下ネタ とりあげる話題の範囲は広いが、広く浅くの場合が多い）など放送直前におきた出来事を語る場合もある。二人にとってどうでもいいニュースはあえて軽く触れスルーする場合もある。ナインティナインの二人が出演した番組や映画、舞台、イベントなどの裏話や見所やこれらを楽しむためのポイントが語られる事も多く、番組初期の頃に自分たちが仕事の現場でおきた失敗や体験談を他ではしゃべらずにラジオ用に温存していることも語られた。番組の裏側でおきていることをリスナーも楽しみにしており、その人気のバロメーターは番組に届く反響のメールやハガキの数で判断されている。このフリートークは、会話のテンポやトークの流れから当日の二人の体調・ご機嫌がどのようなものなのかをリスナーに伝える役割も果たす。岡村、矢部の仕事や社会情勢での不満を吐き出すいわば「毒吐き、ガス抜き」としても使われる。深夜の深い時間とあって番組がはじまった初期のころはリスナーを意識しない内容のトークも多くリスナーからの苦情やクレームまでもネタにしてしまう怖いもの知らずの内容が多かった。ラジオでは言いたいことを言いたいという姿勢は初期のころから続けているのだが、インターネットの普及やラジオがネット配信で手軽聴くことができるようになり、個人の意見が出回るスピードが変化したため最近では岡村が番組内で発言したことが、インターネットのニュースなど話題になることがある。加齢と世間の変化と共に過激さは減ったものの悪ふざけは相変わらずで岡村のフリと矢部のトークへの焚きつけへの間はこの番組ならではである。また、仕事以外でプライベートは一切関わらない二人の意志の疎通の場所としても使われており、ナインティナインが今後どうなるかなどの深い話もこのフリートークの場を使い行われる。2人にとってオールナイトニッポンはテレビでのナインティナインとは違い、素顔の自分たちを出すことが出来る唯一の場でありライフワークとしてラジオを大切にしていると語ることもある。このためラジオのギャランティは低く設定されていることや、遠回しの言い方で芸能界の裏事情などテレビ番組では触れないぶっちゃけトークなども飛び出すこともある。毎回スペシャルウィークのゲスト告知をする時は矢部「それでは、岡村さん…ゲストの方をお願いします!」岡村「○○（ハリウッドスターや当時話題になった人物等到底呼べそうにない人物）です。」矢部「そうなんです。」岡村「そうなんです。」とボケる。