中松駅 - 高森駅間で、日中のみの運行となっている。2016年7月31日の運行再開当初から同年8月31日までは平日・日祝日ともに普通列車1往復・トロッコ列車3往復の運行であった。2016年9月1日からのダイヤでは、平日は普通列車3往復が運行される。土日祝日は4往復の運行で、始発1往復が普通列車、そのあとの3往復がトロッコ列車「ゆうすげ号」で運行された。2016年12月1日からのダイヤでは、全日普通列車1日3往復となっていた。2017年4月16日改正ダイヤでは、平日は普通列車3往復、土日祝日は普通列車2往復・トロッコ列車2往復となっている。トロッコ列車は南阿蘇村・高森町の住民に限り、住所を示す公的証明を提示すれば運賃のみで乗車できる。2017年4月15日からは、復興支援として漫画家117人が参加して「ドラえもん」・「名探偵コナン」等のキャラクターを描き寄せた「がんばれクマモト！マンガよせがきトレイン」を運行開始した。
観光客向けとして、3月から11月までの土日祝日に（春休み・夏休み期間およびゴールデンウィークは毎日）トロッコ列車「ゆうすげ号」が2往復運行されている。DB16形ディーゼル機関車2両の間にトラ700形2両、TORA200形1両を組み入れた編成である。2往復のうち1往復は普通列車との併結で、前述の編成に普通列車用の気動車が連結される。全席指定席で、運賃のほかにトロッコ料金が必要となる。JR九州が発売している「旅名人の九州満喫きっぷ」では乗車できない。
定期運行の普通列車はすべて立野駅 - 高森駅間の線内折り返し運転でワンマン運転を実施しており、1時間あたり1本程度運行されている。土曜日・日曜日・祝日・休校日は朝の始発1往復が運休しその後の列車が始発列車となる。ほとんどが各駅停車であるが、昼間の上り1本は見晴台駅を通過する。昼間の1往復は後述のトロッコ列車「ゆうすげ号」の運転日にトロッコ車両を連結する。車両はMT-2000形・MT-3000形が使用される。
以下は熊本地震前の運行形態である。2016年4月に発生した熊本地震により被災し、2016年7月31日より、中松駅 - 高森駅間で運転が再開されているが、被災前とはダイヤが異なる。
高森線は、2016年4月に発生した熊本地震で被害を受け、全線で不通となった。2016年7月31日に中松駅〜高森駅間が復旧し、運転を再開しているが、立野駅〜中松駅間は2018年10月時点でも不通のままとなっている。熊本地震による不通区間については国土交通省の復旧調査によると、立野駅〜長陽駅間の第一白川橋梁・犀角山トンネル・戸下トンネル・立野橋梁・崩壊箇所復旧および全線の軌道修復を中心として5年の期間と、65〜70億円の予算が掛かる見込みとなっている。
Unixの歴史は、1960年代中ごろに、マサチューセッツ工科大学(MIT)、ベル研究所、General Electric(GE)がGEのメインフレームコンピュータGE-645用にMulticsと呼ばれるタイムシェアリングオペレーティングシステムを共同開発していたことにさかのぼる。Multicsは多くの革新的技術を導入したが、同時に、多くの問題を抱えてもいた。Multics の目指すものに賛同しても、巨大で複雑なものになっていくことに嫌気がさしたベル研究所は、プロジェクトから徐々に距離をおくようになった。最後までMulticsに関与して いたケン・トンプソン等はプロジェクトをより小規模な形に再構成してとりあえず動作する形で完成させることを決めた。開発は、当時ベル研究所内に使われない状態でおいてあったPDP-7を借りて行われた。この時点では、OSの開発にはベル研究所からの資金提供はなく、OSには名前も付けられていなかった。できあがったOSは、MulticsのようなマルチタスクOSではなく、後のMS-DOSのような、一度に一つのプログラムしか動かせないシングルタスクのOSであった。この特徴から、新しいOSは、ブライアン・カーニハンによって、MulticsのMulti(多数の)をUni(単一の)に変えてUnicsと名付けられた 。後につづりがUnixと変更された。このつづりの変更の経緯について、カーニハンは「思い出せない」と言っているが、当時の開発グループ内では比較的年長者であったピーター・ノイマンは「法務上の理由であろう」と語っている。PDP-7は古いマシンであり問題が多かった。このため、開発グループでは、当時の最新機種であったPDP-11を購入し、その上でUnixが動作するようになった。1971年のUnixバージョン1はPDP-11/20上で動作した。バージョン3までのUnixはアセンブリ言語で開発された。1973年に公開されたバージョン4において、UnixはC言語で書き直された。この時点でのUnixはPDP-11に依存したコードが多く含まれており、移植性は低かった。UnixがPDP-11以外のコンピュータに移植されるまでには5年間を要し、1978年に、Interdata 8/32上で動作するようになった。ベル研究所ではその後もUnixの改良が続けられ、パイプやマルチタスクなどの機能が追加されていった。これらの、ベル研究所で開発された初期のUnixは、現在ではResearch Unixと呼ばれている。1970年代末から1980年代初頭にかけて、Unixは学術分野だけではなく産業分野でも使われるようになっていき、HP-UX, Solaris, AIX, Xenix等のOSが作られた。1980年代の末には、AT&T Unixシステムズ・ラボラトリーズとサン・マイクロシステムズが共同でUNIX System V Release 4 (SVR4)を開発した。これは、後の多くの商用Unixの母体となった。1990年代には、BSDやLinuxといったUnixあるいはUnix系OSが、コンピュータ・ネットワークを通じて世界中の開発者の協力を得て開発され、人気を得ることになった。2000年には、アップル社がUnixに基づいてDarwinというコアに基づくMac OS Xを開発した。今日、Unixはサーバー、ワークステーション、モバイル機器などで広く使われている。