1997年4月12日、東京ドームで開催された「'97 BATTLE FORMATION」（新日本プロレス主催、観衆60,500人）において小川は柔道着姿で新日本の橋本真也と異種格闘技戦で対戦して裸絞めで破りプロ格闘家としてデビュー。猪木も、この大会に参加してタイガーキング（佐山聡）をコブラツイストで破り勝利後の小川を激励している。5月3日、大阪ドームにおける再戦では入場テーマ曲を「闘魂伝承」から「爆勝宣言」に変更（猪木との決別を示唆）して試合に臨んだ橋本の顔面蹴りで失神KO（佐山がタオル投入）に追い込まれ敗退したが存在のアピールには成功。猪木は高田延彦が設立したキングダムやUFC王者のドン・フライらと接触し勢力拡大を匂わせ順道会館館長の格闘家として活動していた村上一成（現：村上和成）を参戦選手として招くと（正式に所属選手となったのは翌年の4月）、プロレスラーを引退した1998年4月に「世界格闘技連合」から「U.F.O.（世界格闘技連盟）」へ名称を変更。正道会館館長の石井和義と接触して小川のK-1参戦を取り付けたり猪木がかつて異種格闘技戦で対戦したモハメド・アリを名誉会長に就任させるなど格闘技統一路線を具体化させたかに思えたがアメリカから帰国した猪木がテンガロンハットをかぶりサングラスに付け髭姿で正体不明のミスター・ウォーリーを名乗ったり（記者団には小川のスパーリングパートナーの大物外国人を自称していたが変装の甲斐もなく猪木本人であることは誰の目にも明らかだった。理解困難の奇行であったがU.F.O.の人材不足や旗揚げ戦の参加選手を集めるのに苦労した末の話題作りであったとする見方が一般的である）新日本との舌戦による泥仕合が話題となる等、格闘技なのかプロレスなのか方向性が一貫しない混迷振りが垣間見られるようになる。10月24日、両国国技館で旗揚げ戦「TAKE OFF」を開催。小川の新日本参戦のアピールや様々な話題が功を奏して観衆10,000人（主催者発表）の動員に成功。12月30日、大阪城ホールで第2戦を開催。
1990年から阪神監督に就任。長期政権となることを前提とした起用であり、堅実性を見込まれてのチームの立て直しを期待されていた。同年は2年ぶりの最下位に終わり、オフに実行したトレードで獲得した選手たち（ダイエーから西川佳明、藤本修二ら、ロッテから高橋慶彦）は翌1991年に期待に応える成績を残せず、2年連続の最下位に終わる。なお、ダイエーに移籍した大野久は盗塁王に輝き、池田親興も中継ぎで活躍した。1992年には外野守備走塁コーチ三塁担当兼作戦コーチとして島野育夫が就任。同年から甲子園のラッキーゾーンが撤去されたため、従来の打撃重視の戦術から、投手を中心とする守備重視の戦術に転換する。中村は新庄剛志の素質を早くから見抜き、この年の初スタメンで初本塁打を放って以降ほぼレギュラーとして起用した。この年は仲田幸司、湯舟敏郎、中込伸、野田浩司ら投手陣の活躍と、新庄、亀山努の台頭で優勝争いの輪に入り、9月上旬にそれまで首位を走っていたヤクルトの9連敗、阪神の7連勝で一気に首位に躍り出た。しかし前半戦で活躍したストッパーの田村勤が酷使により故障で離脱した上、これまで快進撃を支えた若手が重圧で不振に陥ったため優勝を逃す。また、10月7日にヤクルトとの直接対決（対ヤクルト25回戦）で立ち上がりの悪い湯舟を2点リードの9回1死一・二塁という場面で登板させて、逆転サヨナラ負けを喫した采配に非難が集まった。この年のオフに放出した藤本と金森栄治は、それぞれ西武、ヤクルトで復活を果たした。また、若手を積極的に起用する采配に対しても、ベテランの岡田彰布は自身の代打に亀山を起用したことに不満を抱いた。自身の大学の後輩であり、球団幹部候補生であった岡田に代打を送ることは当時は禁じ手とされていた。また、2位という順位にもかかわらず、後年に「チーム作りの方向性が見えていなかった」という指摘が出されている。V逸に関しては「リーグ防御率1位の投手力と、リーグ得点最下位の打撃力」という極端なチーム構成、残り15試合を4勝11敗、うちビジター13試合で3勝10敗（うち5試合が神宮球場でのヤクルト戦）という日程の影響が大きく、1990年代の阪神は得点力不足と投手力とのバランスに苦慮することとなった。1993年は貯金と借金が逆転し、63勝67敗の4位に終わる。得点力不足を解消するため、野田とのトレードでオリックスから松永浩美を獲得。トレード当初の評価は「前年の4番手の投手で、走攻守に定評があるものの、言動からチーム内で評価が低下していた名三塁手を獲得できた」といったものだったが、野田は新天地で覚醒、最多勝（17勝5敗、防御率リーグ3位）を獲得、以後数年オリックスのエースとして活躍。対して松永は80試合の出場に終わり、さらに阪神ファンのバッシングもあり1年限りでFA宣言しダイエーに移籍した。トレードの成果や打撃力重視の選手起用もあり得点力は相対的に4位に上昇したものの、前年の投手陣が揃って不調、チーム防御率は1点以上悪化（リーグ5位）した。1994年は前半独走していた巨人が失速したこともあり、8月終了時点で全チームに優勝の可能性があった。阪神は9月14日終了時点で60勝58敗で3位につけていたが、翌日から残り12試合を7連敗を含んで2勝10敗と転げ落ち、最終的にヤクルトと同率の4位に甘んじる。藪恵壹の台頭や、オリックスから移籍した古溝克之のストッパー定着などもありチーム防御率はリーグ2位に盛り返したが、打線はトーマス・オマリーとFA移籍した石嶺和彦以外に得点源がなく、オフにはオマリーが打点の少なさを理由に解雇される。1995年もFAで山沖之彦を獲得したが、一軍で登板することなく同年限りで引退した。一方、放出したオマリーはヤクルトで大活躍してリーグ優勝、さらには日本一にも大きく貢献し、同年のセ・リーグ、日本シリーズのMVPに輝いた。阪神は開幕から5連敗を喫するなどして、中日と5位を争う形になる。7月の球宴前のヤクルト・巨人・広島を迎えての甲子園9連戦が0勝8敗1中止、うち完封負けが6度という惨状の中、中村は7月23日にシーズン途中での休養を宣言した。休養に先立って、自力優勝の可能性が消えた同年7月17日に、球団社長・三好一彦と緊急会談したオーナー・久万俊二郎が、記者団に対して「彼の采配はスカタンですな」と発言し、これが中村の辞意につながったとされる。監督時代の中村に対するファンの反応は決してよいものとはいえず、負けが込むと試合中に「暗黒の使者 不要」というプラカードを掲げるファンが現れたりするなどした。それでも、2015年シーズンまでの阪神において、中途の休養や他の役職への変更を含まずに6シーズン連続で一軍を指揮した監督は中村しかいない。