XOF（えっくすおーえふ）は、CIAはおろかザ・ボスでさえ関知しないFOXの裏打ちとなる非正規特殊部隊。表向きはCIA直属の対テロ特殊部隊だが、実際はサイファーの部隊である。スカルフェイスがゼロ少佐と合流し設立した。「XOF」はゼロ少佐の副官（eXecutive OFficer）の略。
「スネークイーター作戦」から6年後の1970年、コロンビア中部沿岸サンヒエロニモ半島にてビッグ・ボス除隊後のFOXが武装蜂起。部隊の中心人物となっていたジーンは、CIAから核兵器を盗み出し、大陸間弾道メタルギアを使用してソ連を核攻撃すると脅迫した。また、戦略的価値の無くなった半島を放棄され、祖国に見捨てられた形となった現地のソ連兵達も大勢協力していた。ビッグ・ボスと現地に派遣されたグリーンベレーの生き残りロイ・キャンベルらによって、ジーンに従う優秀なFOX隊員や戦士達が倒され、メタルギアの試験機「RAXA」も破壊されるなど数々の妨害を受けるが、核を搭載した大陸間弾道メタルギアの打ち上げに成功する。しかし、ジーンはビッグ・ボスとの決闘に敗れ、海上でメタルギアは破壊された。なお、ジーンは死の間際、ビッグ・ボスに兵士達の楽園「アーミーズヘブン」を作るための遺産を受け渡し、これが後のビッグ・ボスによる「アウターヘブン」設立のための資金となり、さらにはジーンが語った数々の言葉が「アウターヘブン」設立の動機に繋がった可能性がある。この事件によって、FOXは事実上の部隊指揮官が戦死、パイソンやカニンガムといった主要隊員も戦死ないしは行方不明、ほか隊員らもそのほとんどが戦死ないしは降伏（ゲーム中での「説得」）した。また、クーデターに協力した現地ソ連兵も大勢が「RAXA」起動時の同士討ちで死亡し、残った兵士達も降伏したと考えられる（ゲーム中に事後の描写あり）。
ゼロ少佐が人種に関係なく優秀な人材を集め、CIAに設立を提案したが当時は人種差別が激しかったため、ゼロの考えが受け入れられず部隊の創設ができなかった。そこで、ゼロはSASで同期であったザ・ボスに口添えをしてもらい、1964年に部隊の有効性を実証する機会が与えられる。それが「バーチャスミッション（貞淑なる任務）」と呼ばれる、ソ連領内への潜入・人質救出作戦であった。彼はこの任務の成功と部隊の結成を祈り、ネイキッド・スネーク（後のビッグ・ボス）を送り込むが、ザ・ボスの裏切りによりスネークはこの任務に失敗。彼らはザ・ボスの亡命に協力したとして、反逆罪で起訴された。この疑いを晴らすため、彼らは政府から与えられた「スネーク・イーター作戦」を遂行し、スネークはゼロと数名のサポート要員の指示の元、任務を成功させる。そして功労者であるスネークは、ジョンソン大統領により、BIG BOSSの称号を与えられるが、程なくして除隊している。なお、優秀な人材が集った部隊ではあるが、責任者かつ隊長であるゼロを初めとしたメンバーがCIA内でも個性が強い者揃いであったため、メンバー内で互いに変わり者と評している。
FOX部隊（フォックスぶたい）は、ゼロ少佐の考案で設立されたCIAの特殊部隊。後に設立されるFOXHOUNDの前身といえる部隊だが、FOXがCIAの特殊部隊であるのに対して、FOXHOUNDは米軍の特殊部隊である為、母体組織はそれぞれ異なる。「FOX」はフォース・オペレーションX（Force Operation X）の略。
1922年11月8日、立憲国民党を解党した犬養毅、尾崎行雄、島田三郎、古島一雄らを中心に46名で結成された。立憲国民党・無所属倶楽部や憲政会脱退派などの非政友会系を合同して絶対多数であった立憲政友会に対抗した。政治的主張として、普通選挙に基づく政党内閣制、軍部大臣現役武官制廃止、師団半減などの軍縮、知事公選、行財政整理、金解禁、義務教育の延長、両税委譲、労働および小作問題の立法的解決、ソビエト連邦承認などを掲げていた。第二次護憲運動では、立憲政友会、憲政会と護憲三派を組んで、清浦奎吾内閣を打倒した。第15回衆議院議員総選挙後、成立した加藤高明を首班とする護憲三派内閣（加藤高明内閣）では与党の一角となり、犬養毅は逓信大臣として入閣、同政務次官に古島一雄が就任した。だが、この時の総選挙で立憲政友会と憲政会の間で埋没した形となった革新倶楽部は議席を43から30に大幅に減らした事から、両党への不信感や党の将来に対する不安を抱く議員も現れるようになる。資金面についても調達にあたっていた鈴木梅四郎が病に倒れて党財政は困窮していった。犬養系とされていた中野正剛の憲政会への移籍もこの時期の事である。1925年、治安維持法の是非を巡って閣僚としてこれを推進しようとする犬養毅を中心とした右派とこれに反対する尾崎行雄・清瀬一郎・大竹貫一ら左派がこれに強く反対する。このため、犬養は直系の星島二郎・植原悦二郎ら右派議員を連れて立憲政友会への合同を模索する。5月10日の協議会で政友会との合同動議が出されるが、左派はこれに反対して同党は分裂、右派は既に政党の体を失ったとして解党を決議した。5月14日犬養ら右派18名は立憲政友会に合流、左派9名は同じく政友会との合同を巡って分裂した中正倶楽部との連合（新正倶楽部）を模索するが、その後左派は再び分裂して昭和に入ってからその一部は新たに革新党を結成する。