慶長7年（1602年）、秋田郡を領有していた秋田実季（安東氏から改姓）などと入れ替わりで、関ヶ原の戦いで西軍に内通していた佐竹氏が常陸国から転封され、久保田藩を立藩する。初代藩主は佐竹義宣。義宣ははじめ秋田氏の居城であった湊城（現在の秋田市土崎港）に本拠を置いたが、まもなく神明山（秋田市千秋公園）に久保田城を築いて居を移した。また、一国一城令の例外として、横手城・大館城が支城として存続した（檜山城・角館城などは破却）。組織としては、領内統治を担当する家老の下に財政担当の勘定奉行、城下支配の久保田奉行、そのほか能代奉行、各郡の郡奉行、鉱山支配の銅方奉行、山林支配の木山奉行などを配した。このような藩の組織機構の下、直接生産を営む農民と、その中間の商人・職人が位置づけられ、新たな時代の生活が始まった。常陸時代には54万石の大大名であった佐竹氏は、明治まで表高20万石の久保田藩を治めることになった。実高は新田開発などで田地が増し、40万石くらいであったとされる。領内に存在した院内銀山や阿仁銅山などの諸鉱山、および全国的に著名な秋田杉なども久保田藩の収入源となったが、常陸時代以来の過大な家臣団が財政を圧迫し、幾度も財政改革を行う必要に迫られた。久保田藩からは思想家の佐藤信淵・平田篤胤・安藤昌益や、秋田蘭画を切り開いた佐竹義敦・小田野直武らが出ている。「エレキテル」で知られる博物学者平賀源内は久保田藩の依頼で阿仁銀山をおとずれ、途中立ち寄った角館で小田野直武に遠近法を伝えたといわれる。享保年間には鈴木定行と加藤政貞の2名が古来の観音信仰にもとづき、秋田六郡三十三観音霊場の古跡をたずね、巡礼歌を添えた巡礼記をのこした。
慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いで西軍を破った徳川家康は征夷大将軍に任ぜられ、幕府を江戸に開いて天下の実権を握った。秋田県下の諸大名は西軍についた小野寺氏以外は所領安堵されたが、慶長7年から慶長8年の期間にかけてほとんどの大名が常陸国に転封され、鎌倉以来となる長年の領主と住民のつながりは切れた。
近代以前の日本では、中国経由で伝わった仏教に関わる形で、インドが知られた（当時はインドのことを天竺と呼んでいた）。東大寺の大仏の開眼供養を行った菩提僊那が中国を経由して渡来したり、高岳親王のように、日本からインドへ渡航することを試みたりした者もいたが、数は少なく、情報は非常に限られていた。日本・震旦（中国）・天竺（インド）をあわせて三国と呼ぶこともあった。第二次世界大戦では、インド国民会議から分派した独立運動家のチャンドラ・ボースが日本軍の援助の下でインド国民軍を結成し、日本軍とともにインパール作戦を行ったが、失敗に終わった。チャンドラ・ボース以前に、日本を基盤として独立運動を行った人物にラース・ビハーリー・ボース（中村屋のボース）やA.M.ナイルらがいる。ラース・ビハーリー・ボースとA.M.ナイルの名前は、現在ではむしろ、日本に本格的なインド式カレーを伝えたことでもよく知られている。1948年、極東国際軍事裁判（東京裁判）において、インド代表判事パール判事（ラダ・ビノード・パール、1885年1月27日 - 1957年1月10日）は、「イギリスやアメリカが無罪なら、日本も無罪である」と主張した。またインドは1951年のサンフランシスコで開かれた講和会議に欠席。1952年4月に2国間の国交が回復し、同年6月9日に平和条約が締結された。インドは親日国であり、日本人の親印感情も高いと考えられているのは、こうした歴史によるものがある。広島の原爆記念日である毎年8月6日に国会が会期中の際は黙祷を捧げているほか、昭和天皇崩御の際には3日間喪に服したほどである。また、1970年代ごろからは、日本プロレス界でインド出身のタイガー・ジェット・シンが活躍し、当時人気があったプロレスを大いに賑わせた。しかし、インド人の日本への留学者は毎年1,000人以下と、ほかのアジアの国の留学生の数に比べて極端に少ないが、近年ではITを中心とした知的労働者の受け入れが急速に増加している。2001年のインド西部地震では日本は自衛隊インド派遣を行い支援活動を行った。日本政府は「価値観外交」を進め、2008年10月22日には、麻生太郎、シン両首相により日印安全保障宣言が締結された。日本の閣僚としては、2000年に森喜朗総理大臣（8月18日 - 26日の東南アジア訪問の一貫）、2005年に小泉純一郎総理大臣（デリー）、2006年1月に麻生太郎外務大臣（デリー）、2006年アジア開発銀行年次総会の際に谷垣禎一財務大臣（ハイデラバード）、2007年1月に菅義偉総務大臣（デリーとチェンナイ）、2007年8月に安倍晋三総理大臣（ニューデリーとコルカタ）、2009年12月に鳩山由紀夫総理大臣（ムンバイとデリー）がそれぞれ訪問している。2011年8月1日に日本・インド経済連携協定が発効した。2012年4月に日印国交樹立60周年を迎え、日本とインドでさまざまな記念行事が実施された。2014年8月30日、モディが首相として初来日し、安倍首相主催による非公式の夕食会が京都市の京都迎賓館で開かれた。日印首脳会談は9月1日に東京で行われ、共同声明の「日印特別戦略的グローバル・パートナーシップに関する東京宣言」では「特別な関係」が明記され、安全保障面では、外務・防衛閣僚協議（2プラス2）の設置検討で合意、シーレーンの安全確保に向けた海上自衛隊とインド海軍の共同訓練の定期化と、経済分野では日印投資促進パートナーシップを立ち上げ、対印の直接投資額と日本企業数を5年間で倍増させる目標を決定した。