「カニェテ耕地」とは、ペルーのカニェテ郡にあったいくつかの初期の日系移民が働いていたプランテーションの総称である。「カニェテ耕地は日本人のペルー移住史を濃縮している場所」とも言われている。八木は自著で、カニェテ耕地に入植した日系移民について「その惨状を実見して一生忘れられない、カニェテ移民の歴史は本当に悲劇であつた」と書いている。カニェテでの移民の労働は「監督の命令が厳重、仕事は強く賃金が安い」とし、栄養失調や風土病で多くの移民が死んだとしている。八木がリマで綿花を扱う商売をしていたときに、カニェテから逃亡してきた移民たちの世話をしたと自著に記している。カニェテ移住地を八木が視察したときの逸話を以下のように記述している。移民の部屋を一巡した。戸のあいておる所は病人がいた、14戸位あいておる所があつた。2ヶ所には死人もいたので筆者は仕事をしている人に「なぜあの死人の葬式をしないのか」と聞いたら、曰く「大抵2、3人一緒に葬式をします。1人の死人に10人位休んだら文句をいわれて大変ですよ」と。《原文ママ》 — 八木 宣貞、八木 (1963, pp. 56)八木は、またカニェテに葬られた日系移民の墓は牛や馬に掘り返されて、骸骨が野ざらしになっている状態であったと記し、「大昔の若い移民の人々の霊魂を慰めることは後世へ伝える現代の一世達の責任」とした。
1930年代よりペルー国内では日系移民が経済を圧迫しているとして、ペルーの対日感情は悪かった。1940年には、日系人の経営する商店などが襲撃されるリマ排日暴動事件が発生するに至った。太平洋戦争が始まると、1942年1月24日、ペルー政府は日本国との国交断絶を通告した。4月から外交官、商社員、日系移民のアメリカに向けての強制送還が始まり、1945年までに1,771名の日系人がアメリカに向けて強制送還された。八木とその家族もアメリカに移送され、強制収容所に収監された。八木は「ゴム林で生死の境をさまよい『天は自ら助くるものを助く』の金言で一命を拾つた覚えがある。第2次世界大戦の終末の際に又繰り返し同じ金言を実行する宿命的境遇になつた《原文ママ》」と自著に記している。
ペルーでの日系移民の互恵団体である「日本人同志会」の設立に尽力し、同会の副会長に就任する。1917年に創立した「ペルー中央日本人会」の立ち上げに尽力した。
再びペルーに戻り、約50haの農場を借りて、綿花の栽培や養豚などに従事した。その後、綿花の暴落を受けて別の農場でコーヒー栽培を行ったが、経済的な成功には恵まれなかった。
江戸時代から続く地主網野家の当主・勝丸の末男として山梨県東八代郡御坂町（現在の笛吹市御坂町）に生まれる。曾祖父の網野善右衛門は実業家で、山梨中央銀行の前身のひとつである網野銀行の創業者である。実父の勝丸は甲州市塩山の旧家出身で代議士も務めていた広瀬久政の次男として生まれ、網野家へ養子に入った人物。久政長男の広瀬久忠は善彦の叔父にあたり、久政も右派政治家で戦前には山梨県初の大臣（厚生大臣）を務め、戦後には参議院議員となった。久政三男の名取忠彦も戦前は山梨県翼賛会壮士団長で、戦後は山梨中央銀行の頭取として山梨県政財界で影響力を持っていた人物で、善彦の幼少期にはこうした右派的政治環境があったことが指摘されている。幼少期に東京市麻布区桜田町（東京都港区西麻布）へ移住。白金小学校卒業後、1940年（昭和15年）、旧制東京高等学校尋常科入学。このころの友人に氏家齊一郎や城塚登や増田義郎がいる。旧制東京高等学校高等科文科卒業後、1947年（昭和22年）、東京大学文学部国史学科入学。学生時代は石母田正に私淑（網野善彦著作集より）。またこのころ日本共産党に入党し、山村工作隊の指揮や階級闘争による国民的歴史学運動に携わる。民主主義学生同盟副委員長兼組織部長となったが、のち運動から脱落する。1950年（昭和25年）3月に東京大学文学部国史学科を卒業。同年4月から渋沢敬三が主宰する財団法人日本常民文化研究所の月島分室に勤務した。1954年（昭和29年）に水産庁からの予算打ち切りが決まると同研究所を辞し、翌年4月から永原慶二の世話で東京都立北園高等学校の非常勤講師（日本史）として勤務。同年5月には日本常民文化研究所の同僚だった中沢真知子と結婚する。エンゲージリングが買えないほど貧しかったため、代わりにカーテンリングを贈ったという。1956年（昭和31年）6月、正式な教諭となり、日本史の授業以外にも社会科学研究会や部落解放研究会などの顧問を務める。勤務の傍ら東京大学史料編纂所に通って古文書を筆写、1966年に『中世荘園の様相』を著す。1967年（昭和42年）1月に同校を退職し、同年2月に名古屋大学文学部助教授に就任し、名古屋に転居。1973年（昭和48年）には中世史研究会発足に参加している。1978年（昭和53年）に『無縁・公界・楽――日本中世の自由と平和』が学術書としては異例のヒットを記録。1979年（昭和54年）、神奈川大学が日本常民文化研究所を招致することが決まり、名古屋大学を辞任し、1980年（昭和55年）10月に神奈川大学短期大学部教授に就任。1993年（平成5年）4月に神奈川大学大学院歴史民俗資料学研究科を開設し、1995年から同大学経済学部特任教授となり、1998年（平成10年）3月に定年退職。2000年（平成12年）2月に宮田登の葬儀委員長を務めるが、その翌月に自身が肺癌だと分かり闘病生活に入る。2004年（平成16年）、東京都内の病院にて死去。享年76。死去時には、ル・モンド紙にも記事が掲載された。遺骸は本人の遺志によって献体された。