1人プレイ専用モード。規定の問題数（6問×最大5セット）をプレイする。規定の点数をクリアできれば継続プレイが可能（最高プレイ回数は階級に従い増える）。プレイ終了後に解答までにかかった時間が表示される。5セットをクリアするまでのタイムを競うタイムアタックランキングがあり、上位者のタイムがセンターモニターで発表される（不正解の問題は20秒扱い）。このモードで一定の条件を満たす（メーターを満杯にする）と、該当ジャンルの教員を進行役に選択できる。ノンジャンル問題の場合、ミランダが進行役として選べる。QMA4以降はこのモードがなくなり、1科目において予習の出題ジャンル（ジャンルの数は不問）の難易度を示す★の合計が特定個数に達した時に、該当科目の教員を選択可能になる。ミランダは全ジャンルで★の合計が特定個数になると選べる。
2004年2月のバージョン更新で追加された、全国のプレイヤーとオンラインで対戦するモード。マジックエッグ（後述）を既に孵化させているプレイヤーが参加でき、階級に関係なく4人のプレイヤーが集められ、足りない場合はCOMが入る。1-3回戦まであり、トーナメントの出題ジャンル・形式（出題される形式の組み合わせはホストプレイヤーの階級に依存）とメンバー発表後にオッズが表示され、プレイヤーは自分の持っている勲章から任意の数（1-5個）を賭ける。1戦につき8問出題され、毎回最下位となったプレイヤー1人が脱落する（指導室に呼ばれる演出）。3回戦の優勝者だけがベット数×（オッズ-1）個（端数切捨て）の勲章を獲得し、脱落したプレイヤーはベットした数だけ勲章を没収される。なおバトル開始前に自習を行う（システムは予習と同じ）。このモードでの優勝も優勝回数にカウントされた。モード進行および自習担当はミランダ。
XIVで追加されたマジカとは別に貯まる通貨「Qメダル」をアイテムと交換できる。交換できるものにはカスタマイズアイテム・サブモニター壁紙・チャットスタンプ・リコード・専用通り名などがある。XIVではモードセレクト画面から直接交換していたが、XVでは購買部とは別のカテゴリとして利用可能。
クマフィー同様、特定の条件を満たすと、通り名が与えられ、その中から1つを選んでキャラクター情報として表示させられる。通り名の種類はクマフィーよりも多く、クマフィーと獲得条件が同等のものもある。
QMA7以降は、前述のクエストの代わりにある条件（階級・組・キャラ・決勝進出など）をクリアすると「クマフィー」（熊の形をしたトロフィー・“ク”イズ“マ”ジックアカデミーに因んで命名）が自動的に付与される制度（金・銀・銅・虹の4種類あり、付与される色は難易度によって異なる）が導入された。マイルームで獲得条件とともに閲覧できる。QMA7では虹色のクマフィーを獲得すると階級・魔法石とは別にストーリーが進むようになっており、QMA2・3を除きゲームの節目となっていた賢者昇格時のストーリーイベントはなくなった（QMA8以降復活）。クマフィーはQMA8以降も導入されているが、QMA7と比べると数は大幅に減少し、特に金・虹のクマフィーを獲得する難易度が高くなっている。
QMA2-4では全国オンライントーナメントの予習時に個人情報閲覧を選んで予習回数を消費することで各ジャンル・各形式の正解率の閲覧、挨拶コメントの編集、QMA3以降の進行役の先生の切り替えなどができた。QMA5からは購買部との切り替えが可能になり、アイテムの着替えなどもマイルームで行うようになった。QMA7以降は購買部同様ゲームモード選択時に選択可能。
1992年のSTS-47、1994年のSTS-66、1996年のSTS-77で操縦手、1997年のSTS-85、1998年のSTS-95、1999年のSTS-103で船長を務め、合計6度の飛行で1383時間を宇宙で過ごした。STS-47は、アメリカ合衆国と日本の共同で生命科学と材料科学の実験のために行われた8日間のミッションである。地球を126周し、ケネディ宇宙センターに帰還した。ミッション期間は、190時間30分26秒だった。STS-66は、Atmospheric Laboratory for Applications and Science 3 (ATLAS-3)ミッションであった。ATLAS-3は、11年間の太陽周期での地球のエネルギーバランスと大気の変化を決定する進行中のプログラムの一部である。11日間で地球を175周し、エドワーズ空軍基地に帰還した。ミッション期間は、262時間34分だった。STS-77は、エンデバーによる10日間のミッションであった。SPARTAN衛星と1回、Satellite Test Unitと3回の合計で記録となる4回、約21時間のランデブーを行った。また、スペースハブで、材料科学、流体力学、生物工学の12の実験も行った。STS-77では、宇宙空間での大きく膨張式の構造のコンセプトを試験するために設計されたInflatable Antenna Experimentを運ぶSPARTAN衛星が展開、回収された。空気力学と磁気制動を用いた自己安定化のコンセプトを試験する小型のSatellite Test Unitも展開された。240時間39分で410万マイルを飛行して地球を160周した。STS-85は12日間のミッションで、CRISTA-SPASペイロードを展開、回収し、日本のManipulator Flight Demonstration (MFD)ロボットアームを操作し、地球の大気の変化を研究し、将来の国際宇宙ステーションで用いられる技術の試験を行った。284時間27分で470万マイルを飛行して地球を189周した。STS-95は9日間のミッションで、スパルタン太陽観測衛星やハッブル宇宙望遠鏡のOrbital Systems Test Platformの展開、宇宙飛行と老化過程の研究等が行われた。213時間44分で360万マイルを飛行して地球を134周した。77歳のジョン・ハーシェル・グレンが38年ぶりに宇宙飛行を行って、注目を集めるミッションとなった。STS-103は8日間のミッションで、3度の宇宙遊泳でハッブル宇宙望遠鏡に新しい機器や更新システムが取り付けられ、科学的能力が向上した。191時間11分で320万マイルを飛行して地球を120周した。