日和見リンパ腫(opportunistic lymphoma)とは、ウィスコット・アルドリッチ症候群（Wiskott-Aldrich syndrome；WAS）・毛細血管拡張性小脳失調症（ataxia telangiectasia；AT）等の先天的免疫不全、臓器移植に伴う免疫調節薬投与・後天的免疫不全症（AIDS）・種々の疾患の免疫抑制療法等による後天的免疫不全によって、EBV特異的細胞性免疫が破綻する結果生じるリンパ腫のことである。先天的EBV特異的免疫不全症であるX連鎖リンパ増殖症候群（X-linked lymphoproliferative syndrome；XLP、ダンカン病）では致死的伝染性単核球症やBリンパ腫が高率に発生する。移植後リンパ増殖性疾患（post-transplant lymphoproliferative disorder；PTLD）・免疫不全関連リンパ増殖性疾患（immunodeficiency-associated lymphoproliferative disorder）は、AIDSや臓器移植に伴う免疫不全に起因する。増殖性を獲得しているのはEBVによって不死化されたBリンパ球である。通常であれば腫瘍免疫によって排除されているが、免疫抑制状態では排除できずに発症する。ヒト免疫不全ウイルスによるAIDSの免疫不全の状況下においては、EBVは毛状白板症（hairy leukoplakia）・中枢神経系原発悪性リンパ腫（primary central nervous system lymphoma；PCNSL）の原因ともなり、PCNSLにおいてはEBV陽性率が著しく高い。類縁の病態として、加齢等に伴う免疫能の低下によって生じると考えられる、老人性EBV陽性びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（EBV-positive diffuse large B cell lymphoma of eldery）、膿胸関連リンパ腫(pyrothrax-associated lymphoma;PAL)が挙げられる。
バーキットリンパ腫(Burkitt's Lymphoma;BL)はヒトで初めて発見されたウイルス陽性がんで、アフリカの小児に好発する。胚中心由来のB細胞リンパ腫で、Ig-Mycの転座を特徴とし、ほぼ100%においてEBV陽性である。アフリカ以外でもまれに発生するが、その場合EBV陽性率は10〜20%と低い。Ig-Mycの転座のほか、TP53やRB2の変異が報告されている。
ホジキンリンパ腫(Hodgkin's lymphoma;HL)においては、リード＝シュテルンベルク細胞という胚中心由来の腫瘍細胞と、その周囲に高度に集簇する非腫瘍性のリンパ球が特徴であり、リード＝シュテルンベルク細胞にEBVが検出される場合がある。EBV陰性、陽性に関わらずリード＝シュテルンベルク細胞にはNF-kB関連分子の変異が多く報告されており、NF-kBシグナルががん化に大きく寄与しているものと考えられる。
青年期以降にキス等による唾液の交換を介してEBVに初感染すると、伝染性単核球症(infectious mononucleosis;IM)俗にいう「キス病」を発症することがある。倦怠、発熱、リンパ節腫脹、咽頭炎、肝脾腫などを主徴とし、通常は一週間から一ヶ月程度で治癒する。欧米では乳幼児期のIMは極めて稀であるが、日本ではしばしば認められる。
EBウイルスは一般には唾液を介して伝搬する。出生後しばらくは母親からの受動免疫（移行抗体）により防御されているが、半年後頃から、おそらく母親を含めた家族からと思われる感染が始まり、2〜3歳までには感染率は70%前後に達する。乳幼児期の感染の割合は国・生活レベルによって異なり、例えばアメリカの白人におけるこの時期の感染リスクは20%前後と報告されている。乳幼児期の初感染は無症候もしくは低症候性に推移し、感染に気づかないことも多い。最終的に、日本では成人までに90%〜ほぼ100%の人が唾液や性分泌液等を介してEBVに感染する。巧妙に潜伏、また時に応じて再活性化を来たして維持拡大を図るため、ウイルスは終生にわたって持続感染し排除されない。EBVの主要な感染細胞はB細胞や上皮系細胞であるが、その他T細胞・NK細胞にも感染しうる。
前作同様にタイムスリップの理由が、元の世界とは違う方向に歴史が進んでいく別世界を、元の世界に類似する方向へ転換していく「歴史の修正」となっている。前作ではタイムスリップした自衛隊を率いる伊庭義明三尉が織田信長の役割を演じることとなったが、続編では関ヶ原における島左近・大坂の陣における真田幸村の役を演じることとなる。だが、アメリカ軍の介入によって元の世界との歴史の乖離が激しくなり、自衛隊員の一人、有利海士長は終盤に戦死する際「歴史の修正なんかできない。新しい世界を創造するための起爆剤（きっかけ）」ではないかとの台詞を口にする。しかし、自衛隊員の生き残りとその息子が島原の乱に介入し、天草四郎や史実における島原の乱の「首謀者」を演じる事で、再び「歴史の修正」へと動き出して物語は終幕する。タイムスリップ発生日は西暦200X年（文庫版等では20XX年）6月20日、日本海舞鶴沖。海上自衛隊の輸送艦「おおすみ」、及びアメリカ海軍の強襲揚陸艦「エセックス」が1600年へ飛ばされるが、「エセックス」は「おおすみ」より1週間早い時間軸へ流れ着いていた。作中、「エセックス」に乗り込んでいたアメリカ海兵隊がアメリカ陸軍が採用しているAH-64Dを使用することになるが、当初はフィクション作品としての演出（コンビニコミック版）とされていた。後の外伝では、陸軍の装備を特別に海軍が輸送中にタイムスリップし、海兵隊が使用することになったと描かれている。また、セブンコミックス版刊行当時は、AH-64Dは自衛隊に導入されていなかったが、後年の完全版などの発売当時になると自衛隊にも導入済みだったため、カラーリングの違いから米軍機だと判断する台詞が追加された。タイムスリップに伴い、「おおすみ」は機関室に亀裂が生じて浸水してブロック閉鎖を行ったものの、後に沈没する。「エセックス」は右舷外板に4mの穴が開き、燃料タンクに亀裂が入るなどの損傷を受けるが、ダメージコントロールにより航行に影響はなかった。自衛隊側ではタイムスリップした隊員は陸自119名、海自43名だった。アメリカ軍側では明確な描写がないために不明だが、タイムスリップによる行方不明者は362名で、特に「エセックス」右舷に開いた穴のブロックにいた陸軍兵士のほとんどが行方不明とされる。両艦共に甲板を境とした上下で生存が分かれ、「おおすみ」は艦橋や甲板にいた隊員が行方不明となり、「エセックス」も甲板にいた兵士たち、コブラやシーホークの全機、さらにCH-46Eが3機消失したとされている。双方の艦の損傷については、タイムスリップに際して「エセックス」に「おおすみ」が右舷側から突っ込むように衝突したことが影響したような描写がある。自衛隊側は原住民（サムライたち）との武力衝突まで、大部分の隊員がタイムスリップした事実に気づいていなかった。このため、襲撃直前に警戒態勢を敷いたものの、12名が死亡して11名の負傷者を出している。アメリカ軍側は即座にAV-8B ハリアー IIによる偵察により、当初から艦長以下主だった士官たちはタイムスリップした事実や情報を共有している。