空襲や機雷敷設により、港湾能力が低下、航路が著しく阻害された。特に終戦前の1945年8月3日に1隻、終戦後の僅か2日後の8月17日は、2隻の船が敦賀湾において触雷・沈没している。死者等は不明。
8月8日、B29単機空襲。東洋紡績工場に直撃弾。学徒動員で作業していた女学生を中心に死者33名。このとき、パンプキン爆弾が投下された。アメリカ軍の資料では化学工場となっている。他にも公式記録に残っていない市民らの証言を集めた証言集のみによる空襲(例6月25日)も記録されている。
7月30日のP47　6機による空襲。死者15名。市史によると、敦賀にて日本軍歩兵側が小銃を発砲するなど米機と交戦。交戦地区は不明だが、駅付近が襲撃されたと伝えられる。同時に停泊中の艦船に被害が出たとされるが、このときの艦船に火災以外にどのような被害が出たのかは資料に記載が無く、次いでアメリカ側の損害なども資料が無く共に一切が不明である。なおこの時の様子を国鉄小浜線粟野駅駅長が目撃、駅での避難民の保護や防空戦含めた顛末を日記に書き記している。
戦時中の敦賀は、松原などに高射砲陣地が築かれ、また暁部隊が実施した、敦賀を拠点とする大陸からの食料緊急輸送作戦等による寄航する艦船・船舶(当時の艦船・船舶は自衛のために海軍船籍であれば高角砲、陸軍船籍であれば高射砲・高射機関砲など、武装が施されていた)にも高角砲・高射砲などが装備されていた、さらに敦賀連隊の本拠、疎開してきた軍の部隊、とりわけ暁部隊等陸軍船舶司令部、同じく兵站司令部他の存在もあり田舎町としては比較的戦力や防空体制が整っていた。そのため夜9時ごろに出された福井県空襲警戒警報などを駆使し迎え撃つことになり、空襲時敦賀に駐屯する日本軍は気比の松原の高射砲陣地や、停泊中の艦船から高射砲弾を撃ち上げ激しく抵抗。アメリカ側は敦賀市街を東から西へ横切ったが、その進路上の防空陣地等日本側の陣地をも横切ることになり戦闘は熾烈さを極めた。炸裂した高射砲弾の破片が雨あられのように山奥の和久野地区など敦賀中に降り注いだと言う。米機の攻撃は翌13日午前2時頃まで続き、『敦賀空襲･戦災誌』によれば、一連の交戦で高射砲隊の指揮を執っていた日本軍守備隊隊長1名が直撃弾を受け戦死、市民が火に捲かれ109名が死亡、市街地の80パーセント以上を消失・焦土と化するなど戦闘・空襲により甚大な被害が出た。艦艇船舶に被害が出たのかは不明。死者は109名、負傷者は201名(『敦賀の歴史』)である。アメリカ側の記録では160名(第3次空襲含む)、また225名とする資料も存在する(『フォトドキュメント　本土空襲と占領日本』)。敦賀空襲の死傷者は複数の資料で人数のブレがあり一致しない。従って利用する場合は注意がいる。以上は『敦賀空襲･戦災誌』や『敦賀の歴史』によった。
敦賀は空襲を受けた都市の中では最小規模だったが、軍需工場の存在や港湾拠点という理由で3回空襲を受けている。特に第一空襲が日本海側の港町にも関わらず、大編隊で襲撃する等きわめて激しかった。
敦賀空襲(つるがくうしゅう）は、福井県の敦賀市及び東浦村、東郷村(全て当時)で1945年（昭和20年)に起きた空襲のことである。敦賀市史では、日本海側初の空襲である7月12日の空襲を特に「敦賀大空襲」と表記し大きく割いている。
上海での仮修理の後、プレジデント・ハリソンは勝鬨丸と命名され、3月5日に上海で日本郵船に引き渡された。また、この時民需用が建前の船舶運営会使用船となり、軍の徴用を受けないまま軍事輸送に従事する陸軍配当船に指定され、陸軍配当船番号5025番が付与された。引き渡されたとき、勝鬨丸にはいまだ旧来の乗組員が残っており、郵船側の乗組員に対して協力を惜しまなかったが、旧来の乗組員は後日、日本海軍の将兵に連行されていった。その後、勝鬨丸は日本に回航され、大阪鐵工所桜島工場で改装工事が行われた。この改装で三等船室が新たに設けられた。7月28日工事が完了し、翌29日から台湾航路に就航した。勝鬨丸の台湾航路就航は華々しく報じられ、米、砂糖を満載して清水港に帰港した際には、見物人が勝鬨丸見たさで清水港に押し寄せたほどだった。しかし、この航海では十分に清掃していたはずのタンクに汚水が残っており、そのため乗組員に下痢患者が大量に発生し、うち3人は不運にも死亡してしまった。これ以降、勝鬨丸にはいくつかのトラブルが発生した。それはまるで、「日本に使用される事をきらっているかのような」トラブルの連続であった。9月16日未明、勝鬨丸は2回目の航海で澎湖諸島目斗嶼近海を無灯火で航行中に、262船団を護衛して門司に向かいつつあった駆逐艦文月と衝突。勝鬨丸は左舷部に破口が出来、文月は艦首を大破して護衛任務を打ち切った。勝鬨丸は10月24日付で船舶運営会に貸下げられ、修理の上航路に復帰したが、1943年2月には瀬戸内海を夜間航行中座礁。日立造船因島工場で修理された。他にも、船内構造が日本で建造された船とは異なっていたが故のトラブルも多発した。そして、勝鬨丸に終末の時がやってきた。