1940年代、内戦後のスペイン・カタルーニャの山村に暮らす11歳の少年アンドレウは、ディオニスとクレットの親子が乗った荷車が馬とともに崖から落ちるのを目撃する。ディオニスは既に亡くなっており、息も絶え絶えのクレットがアンドレウに遺した最期の言葉は「ピトルリウア」だった。ピトルリウアとは森の洞穴に棲むと言われる羽根のある怪物で子供たちの間で恐れられている存在である。警察の捜査により、事故ではなく、殺人事件と断定されると、ディオニスの仲間で、かねてより左翼の政治活動に関わっていたために村人から疎まれていたアンドレウの父ファリオルが容疑者として目を付けられる。この事態にファリオルは妻子を残して姿を消し、アンドレウは父の実家に預けられることになる。父の実家には左手をなくした従姉ヌリアも暮らしていた。彼女は大人びた言動をとる一方で、学校教師と関係を持ち、ベランダに裸で立つなどの奇行を見せ、更にはアンドレウに性的関係を迫るが、アンドレウは頑に拒む。アンドレウはある日、ピトルリウアのように裸で森を駆け回る美しい青年と出会う。修道院で療養中という彼が語る言葉に強く魅了されたアンドレウは、彼のために食べ物を密かに渡すようになる。密かに実家に戻り、屋根裏部屋に隠れていたファリオルが逮捕される。連行される際に父が残したマヌベンス夫人と話をするようにとの言葉に従い、アンドレウは母フロレンシアとともにマヌベンス夫人のもとを訪ねる。子供好きのマヌベンス夫人が父のために書いてくれた町長宛の手紙を持って町長を訪ねると、かねてよりフロレンシアに想いを寄せていた町長は彼女を弄ぶ。アンドレウはその姿を覗き見てしまう。ある日、ディオニスの妻パウレタと出会ったアンドレウは、ファリオルとディオニスが過去に犯した恐ろしい罪を聞かされる。それは村に住むマルセル（ピトルリウア）という青年がマヌベンス夫人の弟ペレと肉体関係を持ったため、村人たちから制裁を受け、更にファリオルとディオニスにより去勢されたというのだ。理想主義者である父を心から尊敬しているアンドレウは、その話をにわかには信じられない。しかし、父への疑念が大きくなって行ったアンドレウは母を問い詰める。フロレンシアは、政治活動のために村八分にされ仕事をなくしたファリオルはディオニスが持ち込んだマヌベンス夫人からの「仕事」を受けるしかなかったこと、そして、あくまでマルセルを脅すだけのはずだったのが残忍なディオニスのせいで大事になってしまったのだと答える。父との面会でアンドレウはマヌベンス夫人宛の手紙を受け取る。フロレンシアはその内容を密かに読むと、マヌベンス夫人と話し合い、アンドレウをマヌベンス夫妻の養子にして、充分な教育を受けさせてもらう話をつける。フロレンシアの嘆願も空しく、ファリオルは死刑となる。葬儀の日、フロレンシアとアンドレウの前に現れたパウレタは、ディオニスとクレットを殺したのは確かにファリオルであり、マヌベンス夫人に雇われての犯行だったと暴露する。マヌベンス夫人が昨年亡くなった弟ペレの財産を横取りする手伝いをしたディオニスは、その事実をネタにマヌベンス夫妻を脅迫したために怒りを買って殺されたというのだ。フロレンシアはパウレタを追い返すと、アンドレウに「父さんと母さんを許して」と詫びるが、アンドレウは激しいショックを受け、父が大事にしていた鳥たちを怒りに任せて殺してしまう。大人たちの身勝手さと醜さに辟易したアンドレウは、ヌリアの誘いに乗って一緒に村を出て行こうとも考えるが思い直し、父を死に追いやったマヌベンス夫妻の養子となることを自らの意思で選択する。寄宿学校に通うようになったアンドレウをフロレンシアが訪ねる。しかし、両親を許せないアンドレウは終始冷たい態度を取り続ける。フロレンシアは去り際に、ファリオルが黙って死ぬ代わりに医師を目指すアンドレウを支援してやって欲しいとマヌベンス夫人に手紙で伝えていたのだと告げる。教室に戻ったアンドレウは、フロレンシアについて学友に尋ねられても、町から荷物を届けに来た人だと答えるだけだった。
メリーランド州ボルティモア。ビジネスマンのジョージ・アッシャーは自らのオフィスに入った。その様子を排気口から覗いていた人物がいた。その人物はエレベーターシャフトを通ってビルの換気システムに侵入したのである。アッシャーはその人物に殺された。奇妙なことに、アッシャーの死体には肝臓が無かった。なお、ボルティモアでこのような殺人事件が起きたのは3回目であった。アッシャーの事件を担当することになったFBIのトム・コルトン捜査官はアカデミー時代の同僚であるダナ・スカリーに協力を求めた。コルトンは3件の殺人事件における共通点が「犯人によって素手で肝臓を摘出された」ことしかないため、どのように捜査を進めるべきか苦慮していた。コルトンの話を聞いたモルダーは1933年と1963年にも同様の手口による殺人事件があったことを思い出す。殺人現場で、モルダーは通風孔にやたらと長い指紋が付着していることに気が付いた。その指紋は1963年の事件現場で検出されたものであった。モルダーは過去2回の連続殺人事件では5人が殺されていることから、後2人が殺されることになると予想した。スカリーは犯人が殺人を犯した現場に戻ってくると考え、モルダーと一緒にアッシャーのオフィスが入っているビルの駐車場で張り込みをした。そこで、2人はユジーン・ヴィクター・トゥームスと名乗る男が通風孔を上ってきたため、身柄を確保した。トゥームスは嘘発見器にかけられた。モルダーは検査の設問の中に1903年、1933年、1963年の事件に関する質問を入れた。しかし、トゥームスは難なく検査を通過した。モルダーの行為に呆れたコルトンはトゥームスを釈放してしまった。そこで、モルダーはトゥームスの指紋を引き延ばし、それが殺人現場で発見された指紋と一致することをスカリーに証明した。モルダーはトゥームスが肉体を自由に伸縮できるのではないかと考える。その夜、トゥームスは自らの体を引き延ばすことで煙突に侵入し、第4の殺人を犯す。モルダーとスカリーはトゥームスの戸籍が存在しないことを知る。その後、2人は1933年の事件の捜査にあたったヘンリー・ベックマンのもとを訪れ、その時に撮影されたトゥームスの写真を見せてもらった。驚くべきことに、その容姿は60年間変化していなかったのである。2人はベックマンから聞いたトゥームスがかつて住んでいたアパートへ向かい、そこで新聞紙と胆汁でできた「巣」と犠牲者の遺品を発見した。モルダーはトゥームスが冬眠をするミュータントで、30年に1回目覚めて5人の人間の肝臓を食べるのではないかと推測する。2人がアパートを去った後、屋根裏に潜んでいたトゥームスが姿を現す。トゥームスはスカリーのネックレスを盗み取っていた。2人はアパートを監視下に置いたが、コルトンはそれに協力しなかった。モルダーはスカリーのネックレスをアパートで発見し、スカリーにそれを伝えるために電話するが、スカリーのアパートの電話は切断されていた。通風孔からトゥームスはスカリーのアパートに侵入した。しかし、駆け付けたモルダーによって逮捕された。その後、トゥームスは治療施設に送られた。そこでトゥームスは新聞紙を用いて新しい「巣」を作り始めるのだった。施設での検査を通して、モルダーとスカリーはトゥームスが特殊な筋肉と骨で身体をコントロールしていたことを知る。また、トゥームスの代謝が急速に低下していることも知った。トゥームスの部屋のドアにある食事を差し入れるための小窓が開いた。その小窓をトゥームスはじっと見つめたまま、薄ら笑いを浮かべるのだった。