明治28年（1895年）5月、台湾民主国が独立を宣言したことを受けて日本軍は台湾征討（乙未戦争）に乗り出した。なお、同年4月に日清間で結ばれた下関条約により、台湾は日本に割譲されている。乃木率いる第2師団も台湾へ出征した。明治29年（1896年）4月に第2師団は台湾を発ち、仙台に凱旋したが、凱旋後半年ほど経過した10月14日、乃木は台湾総督に任じられた。乃木は、妻の静子および母の壽子を伴って台湾へ赴任した。乃木に課せられた使命は、台湾の治安確立であった。乃木は、教育勅語の漢文訳を作成して台湾島民の教育に取り組み、現地人を行政機関に採用することで現地の旧慣を施政に組み込むよう努力した。また日本人に対しては、現地人の陵虐および商取引の不正を戒め、台湾総督府の官吏についても厳正さを求めた。しかし、乃木は殖産興業などの具体策についてはよく理解していなかったため、積極的な内政整備をすることができなかった。次第に民政局長・曾根静夫ら配下の官吏との対立も激しくなり、乃木の台湾統治は不成功に終わった。明治30年（1897年）11月7日、乃木は台湾総督を辞職した。辞職願に記載された辞職理由は、記憶力減退（亡失）による台湾総督の職務実行困難であった。乃木による台湾統治について、官吏の綱紀粛正に努め自ら範を示したことは、後任の総督である児玉源太郎とこれを補佐した民政局長・後藤新平による台湾統治にとって大いに役立ったと評価されている。また、台湾の実業家である蔡焜燦は「あの時期に乃木のような実直で清廉な人物が総督になって、支配側の綱紀粛正を行ったことは、台湾人にとってよいことであった」と評価する。
明治25年（1892年）12月8日、10か月の休職を経て復職し、東京の歩兵第1旅団長となった。明治27年（1894年）8月1日、日本が清に宣戦布告して日清戦争が始まると、10月、大山巌が率いる第2軍の下で出征した。乃木率いる歩兵第1旅団は、9月24日に東京を出発し、広島に集結した後、宇品港（現・広島港、広島県広島市南区）を出航して、10月24日、花園口（現・中華人民共和国遼寧省大連市荘河市）に上陸した。11月から乃木は、破頭山、金州、産国および和尚島において戦い、11月24日には旅順要塞をわずか1日で陥落させた。明治28年（1895年）、乃木は蓋平・太平山・営口および田庄台において戦った。特に蓋平での戦闘では日本の第1軍第3師団（司令官は桂太郎）を包囲した清国軍を撃破するという武功を挙げ、「将軍の右に出る者なし」といわれるほどの評価を受けた。日清戦争終結間際の4月5日、乃木は中将に昇進して、宮城県仙台市に本営を置く第2師団の師団長となった。また、8月20日には男爵として、華族に列せられることとなった。
明治11年（1878年）1月25日、乃木は東京の歩兵第一連隊長に抜擢される。熊本から故郷の萩を経て2月14日に着任した乃木は、10月27日に旧薩摩藩藩医の娘・お七（結婚後に「静子」と改名した。「静」ともいわれる。）と結婚する。秋月の乱に始まる一連の不平士族の鎮圧で実弟など親族を失った乃木は東京に移ってから柳橋や新橋、両国の料亭への放蕩が激しくなり、静子との祝言当日も料理茶屋に入り浸り、祝言にも遅刻したという。乃木の度を超した放蕩は、ドイツ留学まで続いた。その放蕩ぶりは「乃木の豪遊」として周囲に知れ渡ったという。歩兵第一連隊長時代の乃木は西南戦争の経験から白兵戦術よりも射撃戦術の向上を図り部下に訓練を課した。しかし当時射撃練習場に適した場所は深川越中島にある旧式かつ手狭なものが1か所だけであり、当時兵営が赤坂にあった第一連隊は訓練に支障が出ていた。そこで乃木は新たな実弾射撃場の設立を意見具申、自ら率先して設営工事を手伝い、明治14年に青山射的場を完成させた。またこの頃の話として乃木は他隊との合同訓練ではいつも正面攻撃しか行わず、歩兵第二連隊長として佐倉（千葉県）にいた児玉源太郎との合同訓練では奇襲に敗れ児玉に揶揄われたという話も伝わっている。
横山隆一の『フクちゃん』が1971年（昭和46年）5月31日に終了して以降、長らく不在となっていた毎日新聞（朝刊）の4コマ漫画作品として1974年（昭和49年）6月16日に連載開始。アサッテ君ことヒラ社員の朝手春男（あさって　はるお）を中心とした東海林が得意とするサラリーマン物の作品であり、またアサッテ家を中心としたホームドラマとしても描かれている。基本的には4コマ漫画だが、1977年（昭和52年）7月24日から1985年（昭和60年）8月31日までの間は、8コマないし7コマ（8コマと同じコマ割で、7コマ目が2コマ分の大きさ）漫画で掲載されていた。「今日よりも明日、明日よりはアサッテの方がいいだろう」という東海林の願望により、東海林自らのアイデアでタイトルを『アサッテ君』とした。2003年（平成15年）11月5日に連載10000回を迎えた。毎日新聞連載の漫画で10000回を達成するのは『まっぴら君』（加藤芳郎作。夕刊連載）に次いでの記録であった。2014年（平成26年）8月1日掲載分で連載13,616回となり、『まっぴら君』の記録13,615回を抜いて、一般の全国紙における連載漫画として最長作品となった。2014年（平成26年）12月31日掲載分の13,749回で連載が終了した。一般全国紙4紙（朝日・毎日・読売・産経）に連載された漫画作品では過去最長を記録した。最終回では朝手一家全員で「蛍の光」を合唱する場面で締めくくり、毎日新聞（朝・夕刊）の連載漫画では過去最高の長寿作品となった『アサッテ君』は40年余に及ぶ連載に幕を降ろした。連載の終了を受け、朝日新聞に『フジ三太郎』（1965年 - 1991年）を連載していたサトウサンペイが朝日新聞紙上において東海林にねぎらいのコメントを寄せた。2015年1月22日、毎日新聞社の朝比奈豊社長は『アサッテ君』が日本の一般全国紙の連載漫画では13,749回という前人未到の最長記録を打ち立てたことから、東海林に感謝状を贈った。毎日新聞朝刊の4コマ漫画は1か月の休載を経て、いしかわじゅん作の『桜田です!』が『アサッテ君』の後継作品として2015年2月1日から連載中。