両国関係の修復には10年以上の歳月を要した。ペルーのホセ・ルイス・ブスタマンテ・イ・リベロ元大統領の仲介により両国の接近が図られ、1980年10月30日にペルー首都リマでプスタマンテ元大統領の立会いの下で両国の外務大臣が出席し平和条約の調印式が行われ、11年ぶりに国交を回復した。この平和条約調印の背景には、エルサルバドル内戦における左翼ゲリラの根拠地が総面積420平方キロメートルにのぼる国境未画定地域に存在するため、エルサルバドル政府が左翼ゲリラ掃討のためにホンジュラス政府の協力を必要としていたとも、国境地域が左翼ゲリラの根拠地となっていたことを憂慮したアメリカ合衆国政府が双方に圧力を掛けたためだとも言われる。
1906年1月、木下総長は旧寄宿舎を再開し、新たな舎生を募集すると告示した。寄宿舎が「学生ノ研学修養上重要ナル一機関」であるためには、「規律アリ制裁アル一ノ切磋団体」を作らねばならず、その基礎を固めるためにも、今度は入舎希望者の中から学生監に相応しい者を選抜させるとした。学生監は実際に入舎選考を行い、2月8日までに58名の新入舎生を入舎させた。なお、半数の29名は北田ら自彊会の会員が占めていた。大学当局は自彊会に旧寄宿舎の運営を委託したという見方ができる。新入舎生たちは木下の期待に応えようと意気込んでおり、2月10日の入舎式では一致団結して学風刷新を実行する旨を宣言した。舎生たちはまず、自治組織の整備に着手した。意思決定機関は「舎生総会」と「総代会」に定められた。舎生総会は定足数があり、多数決制だった。総代会は各部屋を代表する十数名の「総代」からなっていた。総代会は「専務総代」三名を互選して、日常の事務の執行に当たらせた。総代会は「共同生活を害するもの」に「相当の制裁」を加える権限も持っていた。専門部の園芸部も設けられた。舎生の募集は年中行い、入舎希望者の入舎の可否は、総代会の諮詢（しじゅん）を経て、学生監が決定することになった。最初期の入舎選考のシステムは次のようなものであった。入舎希望者が入舎願を学生監に提出すると、学生監は総代会にその者を入舎させるべきか意見を求めた。総代会はその者の素行を周囲の人間に聞き回り、問題が無さそうなら直接面接し、入舎志望の動機や入舎後の決心と覚悟、学生生活等について質問をした。その結果、旧寄宿舎の理念に沿う人物と認められれば、学生監にその者を推薦し、学生監は総代会の推薦を理由に入舎を許可した。実質的には、舎生が入舎の可否を決定する仕組みであった。その理由は、入舎希望者の適性は、（寄宿舎に住んでいない）学生監よりも（実際に住んでいる）舎生の方がよく見極められるからだとされた。総代会は、舎生と主義主張が近く、なおかつ学風刷新に熱意を示した者は推薦し、主義主張の異なる者、熱意のない者は定員に余裕があるときでも推薦しなかった。入舎志望の動機を聞かれて「苦学生で、家賃の安さを求めて」と答えるような者は片端から落としたという。このことからも、当時の舎生たちは木下の新たな告示に従い、旧寄宿舎を福利厚生施設ではなく、京大生の模範の「切磋団体」にしようとしていたと分かる。舎生たちは「切磋」のための交流活動も重視していた。舎内雑誌の回覧や茶話会、思想交換会を通じて意見を戦わせたり、松茸狩りや紅葉狩り、兎狩りを通じて親睦を深めたりした。また、日常生活においても切磋の機会はあったようだ。旧寄宿舎では専門分野を異にする学生が一つ屋根の元親密に交流しているため、学生は他の学生から専門外の知識を吸収して学識を広げられる、と寄宿舎改革グループの外山は書いている。再開直後の旧寄宿舎では集団主義（集団の秩序）を自治を発展させる美徳、個人主義（個人の自由）を自治を腐らせる悪徳とみなす価値観が広く共有されていた。この価値観は自彊会創設メンバーのものに他ならない。しかし再開から数年が経過し、舎生の顔ぶれが入れ替わると、個人主義を忌避することに疑問を呈する者も現れるようになった。1910年2月、舎生大山壽は「寄宿舎誌」第一号に「切磋団体問答」という文章を発表した。大山は「個人主義は個人中心主義であると同時に個人開発主義である」と定義し、「個人の開発あつて初めて団体の発展があり、個人を重し之を中心とする時に初めて団体に活気を生すると思ふ。個人主義は寧ろ奨励すべきもの、否な奨励する必要があると思ふ。吾が舎にして今個人主義の意義を明らかにしその上に基礎を立てなければ永久の発展は望み難いと思ふ」と個人の自由の尊重を訴えた。1911年2月には舎生佐藤穏徳が「舎誌」で寄宿舎の理念をばっさりとこき下ろした。「当時の舎生が望んだ切磋、而して今の舎生が継承した切磋といふのは、誰もかれも一つ型にいれるといふのである。はまらない所は実際に切り去らうといふのである。余つた所はホントにけづり落すといふのである。如何なる舎生も剛健になれ、己に克て、そして国士になれといふのである。僕はドー考えても此切磋観には満足できない」佐藤は以後も茶話会で寄宿舎の理念を批判し続けた。