本居宣長の『古事記伝』以降、神話解釈は儒教的・仏教的な「からごころ」を退けるという方向性を歩み、近代の国家神道へと繋がっていく。特に明治維新の際に打ち出された神仏分離によって神仏習合思想は壊滅的な打撃を受け、神社非宗教論のもと宗教色を切り捨てて国民の慣習・儀式・精神的支柱を目指した神道教義の中心から外れた。また中世神話は、荒唐無稽な俗説として近代を通じて顧みられることが少なかった。しかし近年、これまでの日本文学の立場からの研究に加えて、神話学、歴史学などの分野での研究が進んできている。文学の分野では、従来の神話体系を利用して仏教と同程度の高次形而上的な思考を目指した思想実験として捉え直されており、歴史学の分野からは、仏教的合理性を身につけた武士等の精神世界を王朝国家が再編成する手法として再評価されている。また、上島享は中世日本紀の発生の一因として平将門の乱によって認識された「王朝交替」の危機に対して、天皇支配の正統性を維持・強化するために天皇の歴史の長さと一系を強調する必要性が生じたことを指摘し、中世日本紀によって強調された天皇とアマテラスが日本とその人民を統治するという「神国観」と本朝（日本）と震旦（中国）・天竺（インド）が併存しており本来粟散辺土であった日本で仏教が興隆したという「三国観」が知識人のみならず民衆にまで広がり、中世王権を支える理論的な支柱となるとともに強固な民衆的な基盤を王権に与え、近世から現代に続く天皇観や国民性の基層になったと指摘している。
伊勢神道においては、伊勢神宮外宮の神職であった度会氏が、外宮の祭神である豊受大神を内宮（祭神・天照大神）と同等以上の存在として格上げするため、天地開闢に先立って出現した天之御中主神・国之常立神と同一神とし、天照大神をしのぐ普遍的神格とするため、様々な伝承が作成された。伊勢神道自体は本地垂迹説に対する批判としての神本仏迹説に基づいていたが、その根本経典である『神道五部書』の論理には仏教特に修験道の立場からなされた神道説の書『大和葛城宝山記』などの影響が指摘されている。また、食事の神を遇するのに外宮という大々的な神殿を建造した当初の意図から、文字通り、豊受大神の復権運動として捉える考え方もある。皇室にとって大事な神であったが、例えば、奉祀する有力氏族の存在など、皇室の単独神聖性について、危険な神であった可能性もある。
イギリスの動物学者エドワード・ポールトンは、昆虫の多くにカウンターシェーディングがあることを発見した。オオムラサキ Apatura iris の蛹、シャクガ科の蛾 Opisthograptis luteolata の幼虫、オオシモフリエダシャク Biston betularia の幼虫である。とはいえポールトン自身はカウンターシェーディングという用語は使わず、またこの現象が広く見られることも示してはいなかった。その後ポールトンは1890年に『動物の色彩』を出版する。アメリカ合衆国の芸術家アボット・セイヤーは早くからカウンターシェーディングについての研究や著作を行ってきた。このためこの現象はセイヤーの法則と呼ばれることもある。1909年に出版された『動物界の隠蔽色』では、写真や図版を用いてのカウンターシェーディングの記述は正しいものの、すべての動物がカウンターシェーディングであるかのような誤った主張をしていた。その一節を引用すると:Animals are painted by Nature darkest on those parts which tend to be most lighted by the sky's light, and vice versa. ... the fact that a vast majority of creatures of the whole animal kingdom wear this gradation, developed to an exquisitely minute degree, and are famous for being hard to see in their homes, speaks for itself.(動物は自然の摂理によって、空の光に最も照らされるところが最も暗く彩られる。その逆もしかりである。 ... 事実として、動物界の生物の大方が、この細部に至るまで見事に成された濃淡を身にまとい、また、住処に帰れば見つけがたくなるというのは、言わずもがなである。) — Thayer、Thayer, 1909. pp 14–15.セイヤーは多数の実例を観察し、描き残した。ルナ・モス Actias luna の幼虫がその一例で、天地逆さまになって餌を取るという習性を持っているので、カウンターシェーディングの効果で平面的に見える。あるいは人為的に裏返してやると、反転したカウンターシェーディングと日光が合わさり影が濃くなって、結果的にくっきり見えるようになる。セイヤーは1902年に、軍艦(潜水艦と戦闘艦の両方を含む)へのカウンターシェーディングを利用した塗装で特許をとり、アメリカ海軍に売り込んだが、採択されることはなかった。ヒュー・コットは1940年に『動物の適応色』を著し、その中でカウンターシェーディングの実例を多数示している。その言説はセイヤーに倣いつつも、事実上すべての動物がカウンターシェーディングにより迷彩を施されている、という彼の勇み足を窘めている。"He says 'All patterns and colors whatsoever of all animals that ever prey or are preyed upon are under certain normal circumstances obliterative.'"(「セイヤー曰く、狩ったり狩られたりを繰り返すあらゆる動物のすべての模様と色は、ある種の標準的な環境でなら目立たなくなる。」) — Cott、Cott, 1940コットはこれを "Thayer straining the theory to a fantastic extreme" (「セイヤーは極端に空想的なほどにこの理論を濫用しすぎる」)と評している。セイヤーもコットも著作の中に、白い背景の前に立つカウンターシェーディングがない白いニワトリの写真を混ぜている。これがどういう意味かというと、セイヤー的には「背景が何であっても目立たなくなりようがない単色の物体」("a monochrome object can not be 'obliterated', no matter what its background")、コット的には「色が似ているというだけでは身を隠すには至らない」("Colour resemblance alone is not sufficient to afford concealment")ということである。これについてコットはこう説明する:Contrary to what might have been expected by any one lacking in artistic perception, the bird appears highly conspicuous, the back looking lighter, and the breast darker, than the background, although in actual fact, back, background and breast are all pure white.(芸術的理解に欠ける人々が考えるようなことに反しているが、鳥というものは非常に目立つものだ。背景に対して、背は明るく胸は暗く見える。背も胸も背景もみんな真っ白だというのにだ。) — Cott、Cott, 1940. p. 35.