四等官制が敷かれ、陰陽頭（おんようのかみ）を始めとする幹部職と、陰陽道に基づく呪術を行う方技（技術系官僚）としての各博士及び陰陽師、その他庶務職が置かれた。陰陽師として著名な安倍晴明は陰陽頭には昇らなかったが、その次男吉昌が昇格している。博士には陰陽師を養成する陰陽博士、天文観測に基づく占星術を行使・教授する天文博士、暦の編纂・作成を教授する暦博士、漏刻（水時計）を管理して時報を司る漏刻博士が置かれ、陰陽、天文、暦3博士の下では学生（がくしょう）、得業生（とくごうしょう）が学ぶ。因みに天文博士は、天体を観測して異常があると判断された場合には天文奏や天文密奏を行う例で、安倍晴明も任命されている。飛鳥時代（7世紀後半）に天武天皇により設置され、明治2年（1869年）に時の陰陽頭、土御門晴雄が薨じたのを機として翌年廃止された。なお、天平宝字2年（758年）から8年までは、藤原仲麻呂による官号改易（仲麻呂失脚後、復旧）により、「太史局」と称されていた。
中世ヨーロッパでは、香料植物の栽培と利用はもっぱら修道院で行われ、アラビアから錬金術が伝来するまで、植物成分を水や植物油やワインに浸出して用いた。当時の西洋文化圏の最先端であるユナニ医学やアラビア錬金術は、十字軍によるアラビア侵略を契機に徐々にイタリア、スペインなどヨーロッパに伝わっていった。（キリスト教における香油の利用については「病者の塗油」（終油の秘蹟）、儀式での香りの利用は「振り香炉」などの記事を参照のこと。）アラビアの錬金術は、12世紀にはヨーロッパに伝わった。蒸留術はヨーロッパでさらに改良されたようであり、蒸留液が効果的に冷却できるようになった。13世紀になると、貴金属の製造を目的とするものと、パラケルスス（1493年|1494年 - 1541年）に代表される医学的な錬金術に分かれた。医学的な錬金術では、蒸留などの化学操作によって、自然物に含まれる第五精髄（クインタ・エッセンティア(quinta essentia)、第五元素、エーテル）の抽出が目指され、パラケルススは医化学の祖と呼ばれる。こうして蒸留技術は医療面で広く求められるようになり、ルネサンス時代には多くの蒸留書が書かれた。ドイツの外科医ヒエロニムス・ブランシュヴァイク（1450年 - 1512年）『蒸留術の書』（または『蒸留小書』、Liber de arte distillandi simplicia et composita、1500年）がよく知られている。この本では、蒸留法や器具、蒸留物の保存法、原料となる植物や蒸留水の効能について説明された。第2版には、精油療法の理論的な背景として、マルシリオ・フィチーノ（1433年 - 1499年）が健康と長命について語った『生について』（De Vita、1489年）ドイツ語訳が収録された。この本は、聖職者や一部の貴族だけが修得したラテン語ではなく、一般の読み書きに使われたドイツ語で書かれており、外科医（床屋外科）や薬剤師、薬種商（薬の材料を扱う商人）など知識層以外の人々にも広く読まれた。（外科医や薬剤師は徒弟に入って修行する一種の職人であり、商人である薬種商と共に知識階級ではなかった。）17世紀初頭まで50版以上出版された。精油は病気の予防や治療に広く使われ、14世紀に繰り返し流行したペストの治療にも用いられた。（ペストは当時のヨーロッパ人口の3分の1から3分の2を死亡させた。）ルネサンス期フランスの医師・占星術師であったノストラダムス（1503年 - 1566年）は、ペスト患者の舌下にバラ精油を含む丸薬を置いて治療を行ったと記録されている。蒸留技術の一般化で精油の生産量が増大し、14世紀頃にはヨーロッパ全域でハーブ栽培が一般化した。これにより、中流家庭にも簡単な蒸留器が導入され、自家製の芳香蒸留水などが作られるようになった。15世紀にはいると、イタリアで様々な薬用リキュールがつくられるようになり、1480年には、医学の町として知られるイタリアの都市サレルノで、精油成分を含むリキュールが薬として生産された。ハーブ製品や精油、リキュールが生産され、各地に運ばれ販売された。幼年教育の祖フリードリヒ・フレーベルの故郷として知られるドイツ・テューリンゲン地方の森にあるオーベルヴァイスバッハはハーブ薬、精油・香膏などの香油（ドイツ語:Olitaten、英語：perfumed oils）、チンキ剤、石けんなどのハーブ製品の産地として何世紀にもわたって知られていた。原料となる植物を採取する森のエリアは各家庭に受け継がれ、ハーブ薬を販売するルートも父から息子に受け継がれた。彼らは精油などのハーブ製品をヨーロッパ中に売り歩き、Buckelapotheker （英語:Rucksack Pharmacists、リュックサックの薬屋）と呼ばれた。ペストの薬としても重宝されたリキュールなど良い香りのするアルコール水は、のちに香水として利用されるようになった。ラベンダー水やハンガリー水（ローズマリー水）が香水の原型といわれる。中世西ヨーロッパの医学では、病気の原因は瘴気（ミアスマ、悪い空気）であると考えられた。そのため、人々はペストなどの病気を防ぐために、ハーブやスパイスの成分を溶かし込んだ香水を付け、スパイスを焚いて街を消毒し、ポマンダー（香り玉）や香りの強い花束を持ち歩いた。強い匂いが瘴気を防ぐと考えられたため、これらを入手できない貧しい人々は、臭い靴下やタールを塗ったロープなどで代用した。ルネサンス期（14世紀）の蒸留技術の発達で、イタリアでは香水の製造技術は急速に進歩し、地中海沿岸地域のイタリア・フランス南部では、王侯貴族や富裕層の間で香水が流行した。18世紀の終わりには、フランスのグラースが香水の生産地として栄えた。リキュールなど良い香りのするアルコール水（香水）は、外用、内服用として19世紀まで治療に使われていた。1810年にナポレオン条例によってフランス国内で販売される香水の成分を明記することが義務付けられると、製造業者の大半が成分を明らかにすることを嫌ったため、医薬用を除いて国内市場から締め出され、香りを楽しむ香水と衛生の領域に分かれていった。