1950年代から吉崎地区を通る国道が整備され、1970年に国道305号に指定。現在、吉崎御坊を中心とする門前町は県境（国境）を跨いで石川県（加賀国）側にも拡がっており、加賀市吉崎町となっている。県境上にあわら市と加賀市が運営する観光ガイダンス施設「越前加賀県境の館」が2015年4月11日に開館した。元は越前国と加賀国の国境であった。史跡吉崎御坊跡に隣接しているあわら市吉崎小学校の学区はあわら市金津中学校の通学区域の一部となっているが遠方であり、吉崎地区が県境に跨る集落であることから、あわら市教育委員会では金津中学校よりも近い加賀市立錦城中学校への入学を許可していた。吉崎地区から公立中学校へ進学する児童はほぼ全員が錦城中学校へ入学していたが、吉崎地区においても少子高齢化・過疎化が進行しており、吉崎小学校は2016年3月をもって休校となった。在校生はあわら市細呂木小学校のほか、吉崎地区に近い加賀市立緑丘小学校へと県境を越えて転出した。参拝・観光客向け商業施設（土産店）としてあわら市の吉崎御坊前に吉崎観光センターがあるが、観光地としては寂れており、門前町も商店は少なく大半が一般住宅となっている。
御坊跡に向う階段の西側に浄土真宗本願寺派の別院が、東側に真宗大谷派の別院が置かれる。ともに「吉崎別院」と称するため、本願寺派の別院を「西御坊」・「（吉崎）西別院」、大谷派の別院を「東御坊」・「（吉崎）東別院」と通称される。また、「吉崎寺」（浄土真宗本願寺派）・「吉崎御坊願慶寺」（真宗大谷派）などの寺院、一般財団法人 本願寺文化興隆財団（旧称・本願寺維持財団。浄土真宗大谷本願寺派）が運営する「吉崎御坊 蓮如上人記念館」がある。
延享3年（1746年）に西別院（本願寺派）が山下道場のあった場所に建立され、翌年の延享4年（1747年）には東別院（大谷派）が吉崎山のふもとに建立される。
ヨハン・ベリンガー（Johann Bartholomew Adam Beringer、1670年? - 1740年）はヴュルツブルク大学の医学教授・博物学者であったが、学者としての業績よりも18世紀に起こった化石贋作事件の被害者として知られている。
札幌エスタ1階にバスターミナルが設置されており、市内路線の一部と都市間バス、定期観光バスが乗り入れる。北口広場など、駅周辺のバス停に発着する路線もあり、また一部の長距離路線はバスターミナルは降車のみで乗車は北海道中央バス札幌ターミナルや大通バスセンターで取り扱う。詳細は各項目を参照。
当駅以南はオフィス街と繁華街の混在地区であり、札幌市の中心市街地の北端に当たる。当駅以北は北海道大学や藤女子大学、天使大学などの学生街となっている。
駅前周辺開発および市内連続立体交差事業に伴い、地上駅から高架駅へ5代目駅としてリニューアルされることになり、当初北側側線および北駅舎を撤去し工事を開始、現3番ホームから10番ホームまでと11番仮設ホームの完成後、1988年に高架駅として一次開業した。その後、地上の旧ホームを解体し残りの高架工事を開始、現1番および2番ホーム、ならびに駅舎南側外観を完成させ1990年に全面開業となった。その後、11番仮設ホームを解体して駅舎北側外観を完成させるとともに北口広場を整備した。11番ホームへの連絡道は現在9・10番線へ向かう階段の北側に壁が設置されて通ることができないが、将来的には北海道新幹線開業時に併せて拡張工事の後に再利用する予定が組まれている。その後、1995年頃までは旧ホーム跡地は劇場「JRシアター」やイベントスペースとして用いられたほか、西口側のスペースは月極駐車場として運用されていた。1996年に入り周辺の再開発計画が持ち上がり、旧駅舎とホーム跡地に商業施設の建設が行われることになり、準備段階として同年秋より旧駅舎が解体撤去された。1999年末より旧駅ホーム跡地に建設されていた駐車場等を閉鎖、再開発が開始される。2003年にJRタワーを含む一連の再開発施設が完成し、南口駅舎本体は商業施設に隠れる形になった。地上駅時代に駅舎が設置されていた場所は現在南口広場の一部となり、南口における高架駅開業当初の駅舎外観は失われている。
1941年（昭和16年）11月、台南航空隊（台南空）着任。1941年（昭和16年）12月8日太平洋戦争が開戦。台南空は比島航空撃滅戦に参加。開戦日の笹井は戦闘には参加せず上空哨戒の任務を行う。12月10日、フィリピン・クラーク空軍基地攻撃に参加する予定だったが、このときはエンジン不調で台南基地に引き返した。12月13日、鹿屋空のニコルス攻撃を支援後、マニラ周辺の飛行場も銃撃し、笹井は初の戦闘を経験する。1942年（昭和17年）1月29日、蘭印タラカン基地を発進した笹井中尉指揮の5機（笹井中尉、石原二飛曹、西山一飛／上平一飛曹、大正谷三飛曹）は、ボルネオ島バリクパパン泊地上空で、米陸軍第7爆撃大隊他のボーイングB-17フライングフォートレス4機と交戦、笹井機は35発被弾した。笹井は、敵機は「白煙吐くも撃墜には至らず」と報告したが、戦後の照合では、うち1機（機長：スタンリー・ロビンソン少佐）が攻撃で尾翼を破壊され、飛行不能となって海面に激突しており、笹井らによる共同撃墜であった。1942年2月3日、バリクパパン基地を発進した笹井はジャワ島マオスパティ基地攻撃で蘭印軍のブリュースターF2Aバッファロー戦闘機の協同撃墜を報告。2月21日、高雄空の一式陸上攻撃機21機を護衛のため、バリ島デンパサール基地より、零戦6機（笹井中尉、上平一飛曹、石原二飛曹／宮崎飛曹長、篠原二飛曹、本吉一飛）の指揮官として出撃した。スラバヤ上空で、迎撃のカーチスP-40ウォーホーク戦闘機16機を優位な高度から奇襲。笹井中尉は、うち1機撃墜（米陸軍第17追撃航空隊のジョージ・ハインズ中尉機またはウォーリー・ホスキン中尉機）を報告、スラバヤ港爆撃の陸攻隊全機無事帰還に成功する。