日本では、いわゆる有事法制の一つとして「武力攻撃事態等における国民の保護のための措置に関する法律」（以下、国民保護法）が制定されている。国民保護法では、重要影響事態の際に発生することが危惧される航空戦や上陸戦も含めた日本有事、もしくは「土台人」と呼ばれる地元協力者に手引きされた工作員やテロリストによる大規模テロ情報が当局に覚知されると、政府は全国瞬時警報システム（Jアラート）を通じて、国民に対して屋内退避の指示を与えることになっている。日本の危機管理政策は、シェルターを公共の場に普及させることを国策としている諸外国（スイス、イスラエル、スウェーデン、ノルウェー、フィンランド）とは異なり、公共の場にシェルターを全く整備していない。また、今後も国としてシェルターを整備する計画はない。その代わり、日本政府および都道府県では、有事の際にはJアラートを通じて屋内退避を国民に指示し、しかる後に国民を比較的安全な他の地域へと避難させる「国民保護計画」を準備している。国民保護計画では、戦災で負傷したり家屋を武力攻撃で破壊された国民や在留外国人を医療機関や避難所等に収容する「国民保護措置」の実施が明記されている。ただし、弾道ミサイル等の大量破壊兵器がもたらすNBC災害に見舞われた地域や、都道府県警察や自衛隊が侵略主体と交戦中の地域においては、二次被害を防止する観点から国民保護措置を実施することは極めて難しく、国民は公共放送や防災行政無線の指示を留意しつつ、正当防衛・緊急避難に徹する必要がある。。当局は、かかる二次被害を防圧する目処をつけてから、国民保護措置を開始する。国民保護法と屋内退避についての理解を深めるため、国民は、総務省と内閣官房が運営する「国民保護ポータルサイト」において都道府県が作成している「国民保護計画」や、「武力攻撃やテロから身を守るために」と題されたマニュアルを閲覧することができる。このマニュアルでは、屋内退避の実施にあたってはできるだけ窓のない一室を選び、戸締まりの実施、空調機器の停止や窓の目張りなどで放射性降下物等の有害な外気の侵入を阻むよう部屋を密封することが推奨されている。その他、日本の有事法制に関する解説や、医師の診察を受けられない状況下において、市民が負傷者に応急処置を行う際の要領も明示されている（外部リンク参照）。
日常生活の中で、自身の身近にテロ行為が突発して急な爆発や銃撃に遭遇し、もしくは風水害から逃れる際に飛散物が飛来した場合は、直ちに付近の物陰に駆け込み、これを遮蔽物とする必要があるが、自身が突発事態に遭遇したことを覚知してから数秒以内に遮蔽物に到達できない場合は、反射的にその場に伏せ、爆風や飛散物が収まるまで伏せた状態で静止すること。その後は、身を低くしながら周囲を観察し、遮蔽物を伝って現場から退避する。行動は、正当防衛に徹する。
屋内退避はいつまで続くかわからず、事態の様相によっては、電気、ガス、上下水道といったライフラインが途絶することも想定される。手元にある備蓄品や飲食物は、可能な限り清潔を保ち、大切にしなければならない。有事の際には、防護用の装備資機材その他の生活必需品への需要が急に高まり、新たに入手することは難しくなる。マルチハザード社会となった今日、本来であれば、家庭や企業では平素から防災非常袋等の備蓄品を用意しておくべきところだが、手元に何の用意もない状況下でも、落ち着いて屋内退避することで体力を温存し、気力の増進を図る。もし、ライフラインが途絶した場合は、屋内退避中に出るゴミや汚物を保管する携帯トイレのような容器を準備し、これを使用する際には容器に合成洗剤や消毒液を混ぜるか、必ず蓋をして密閉することで、害虫や病原菌を寄せ付けないよう配慮する。ガスがなければカセットコンロ等を活用して煮沸消毒を行い、衛生管理に努めること。放射性物質及び生物化学兵器による攻撃を受けた地域では、防疫のため衛生管理に特別の配慮が必要であり、密閉保存もしくは加熱調理された飲食物を摂取すべきである。
日本では、駅員が改札口に立って改札を行うことが多かったが、係員の代わりに機械が改札を行う自動改札機の導入が大都市圏だけでなく地方都市圏にも広がりつつある。自動改札機が設置された場合でも、対応しないきっぷや精算のために兼掌窓口が設置されることが多い。入場時には、きっぷに使用開始（使用済み）であることを示す印が入れられる。係員による有人改札ではそのための道具として、日本では鉄道創業以来長らく改札鋏（かいさつきょう、かいさつばさみ）という専用の鋏で独特の切込みを入れてきたが、1990年代を境に順次、駅名や鉄道事業者名と日付を示す改札印（スタンプ）が導入され、これに切り替えられた鉄道事業者が多い。また同時期に普及が進んだ自動改札機ではきっぷが改札機に投入された際、券面に穴をあける。いずれの場合も、使用開始（使用済み）であることを示すためにきっぷに改札鋏等で印をつけることを「入鋏（にゅうきょう）」という。出場時には、原則としてきっぷを回収する。なお少数派ではあるが、事業者・駅によっては、改札口における入場時の改札を省略して出場時の集札や運賃収受のみを行うところや、入場時に集札や運賃収受をしてしまい出場時の動作を省略するところなど、さまざまなケースが存在し、その運用形態は必ずしも一律ではない。前者は土佐くろしお鉄道中村駅、広島電鉄広電宮島口駅、京福電気鉄道四条大宮駅などや四国旅客鉄道（JR四国）の小規模な駅で、後者はスカイレール線の各駅や都電荒川線王子駅前電停などで採用されている。異なる鉄道事業者の経営する路線間の乗換え、一部の鉄道事業者では自者線間の乗り換え（主に幹線とローカル線）、新幹線停車駅における新幹線・在来線相互の乗換、一部の有料特急ホームなどでは、中間改札を設けている。主な目的は、前2者では事業者間での有効な乗車券類の保有確認と乗換えに伴う精算、後2者では新幹線特急券・特急券の保有確認または非保有者による入場の制限である。一部のバスターミナルや港湾・空港における旅客ターミナルなどでも、改札口を設置している。無人駅や電停などでは、改札口による改札ができないので、代わりに車掌が改札・集札業務を代行する場合が多い。その他、無人駅に乗車証明書発券機を設置して、着駅もしくは乗換駅の中間改札で精算をする場合もある。さらに路線が一駅間のみのピストン輸送で一方の駅で本線と接続している盲腸線では、接続駅にもう一方の駅の券売機と改札を併設してもう一方の終着駅を無人駅としていることがある。また、通勤通学時間帯などの時間や繁忙期に一時的に乗客が集中する場合には、臨時改札口と称する改札を設ける場合もある。ただし臨時改札口といっても、人が通れるだけの隙間を空けて集札のみを行うものから、渋谷駅ハチ公臨時改札のように、恒常的に自動改札機を設置し、すぐ近くに自動券売機がないこと以外は通常の改札口と変わらない運用をするものまでさまざまである。ラッシュアワーなどで駅構内に収容できない恐れがあるほど混雑した場合には、時間を区切って改札業務を一時停止し、通路を閉鎖する改札止め（かいさつどめ）が行われることもある。