敦賀駅以西のルートについてはさまざまな議論がなされたが、2016年（平成28年）12月、政府与党の整備新幹線建設推進プロジェクトチーム（与党PT）は敦賀駅から西進して福井県小浜市を経由、そこから南下して京都駅につなぐ「小浜・京都ルート」を正式採用した。京都駅 - 新大阪駅間のルートについては、引き続き与党PTで検討されていたが、2017年（平成29年）3月に、JR片町線（学研都市線）松井山手駅（京田辺市）付近に中間駅を設ける「南回り案」を正式採用した。鉄道建設・運輸施設整備支援機構は2017（平成29）年度から駅やルートを決めるための調査を始め、2019年（令和元年）5月に計画段階環境配慮書の中で概略ルートを示した。設置予定駅は敦賀駅、小浜市（東小浜）附近、京都駅、京田辺市（松井山手）附近、新大阪駅であり、主要な線形条件として、最小曲線半径は4,000m、最急勾配は15‰とし、ラムサール条約に基づく登録湿地である三方五湖や周辺の国定公園（若狭湾国定公園）、京都丹波高原国定公園のうち第 1 種・第 2 種特別地域に指定されている芦生の森を回避することなどが考慮されている。今後の詳細なルート検討においては、京都市中心市街地、伏見酒造エリアを回避した区域を選定し、京都市市街地の文化財や地下水への影響を考慮すること、京都丹波高原国定公園や金剛生駒紀泉国定公園の第3種特別地域等を通過する際の自然環境に配慮した工法の検討、全体の8割がトンネルを占めるため、都市部における大深度地下の利用や発生掘削土の受け入れなどの考慮事項が挙げられている。
専用設計である車両の不足により、最悪の場合一年以上に及ぶ長期間のダイヤ削減が予想された。JR東日本は10月23日に、全線直通列車が通常の約96%、路線全体では約88%となる暫定ダイヤを発表した。運用の見直しにより、今後増発を検討するとしている。浸水した車両については、床下の電気系統の機器に重大な被害が発生しておりそのままの運用は困難な状況である。長時間水に浸かっており、廃車や修理、設備や基盤の交換などの可能性が指摘されているが、車両に掛けられている水害に伴う保険の補償範囲はごくわずかであり、使用できるかも不透明である。
車両基地から車両を退避させる場所や基準を定めたマニュアルなどはなかったことや、避難指示を受けての人命を優先するという方針だったため車両の退避は行わなかった。JR東日本は当初退避を検討する気象条件の基準は定めるとしているとしていたものの、マニュアルの策定に関しては「車両の避難を決めた後、運転士の手配、避難させる場所を決めるなど実現まで時間がかかる。長野では決断から避難開始まで少なくとも7時間かかる」「車両の避難は臨機応変にやらねばならず、マニュアルを作ってできるものではない」と前向きな発言はしていなかったものの、後に策定する方針を示した。
長野県、富山県、石川県の宿泊施設では新幹線の運休にともなって多数のキャンセルが出た。全線の運転が再開される18日以降の予約も台風以前の水準には戻っていないという。兼六園の10月第3週の入園者が前年同期比で２～3割減少したり、黒部峡谷鉄道で18日までに約5200人のキャンセルが出たりと観光需要にも影響が出た。
前述のとおり、他の一部の迂回ルートを使用した場合においては、JR線内に限って運賃については支払いを免除するという対応を行った。全日本空輸や日本航空は、新幹線の運休を受け羽田と小松空港・富山空港を結ぶ路線について、機材の大型化や臨時便の運航を行い、またJR西日本もしらさぎの半数以上の列車において6両編成から9両編成への増結を行ったが、航空便や東海道新幹線から乗り換えの京都経由の特急サンダーバード、名古屋・米原経由の特急しらさぎなどで座席の完売や混雑が発生した。JR東日本は、15日から17日に長岡駅 - 直江津駅間に途中無停車の臨時快速列車を運行した。北越急行は、16日から25日にかけてほくほく線において、普段は金曜日と土休日に実施している越後湯沢駅 - 六日町駅間と犀潟駅 - 直江津駅間の延長運転を臨時に実施した。
胆振管内の勇払郡むかわ町穂別長和の東オサワ信号場と、上川管内の同郡占冠村字ニニウの清風山信号場の間に位置している。長さは5,825 mであり、2016年（平成28年）に北海道新幹線の渡島当別トンネル（8,060 m）が開通するまで交通用の山岳トンネルとしては北海道内で最も長く、青函トンネル開通以前は道内最長の交通用トンネルであった。日高山脈に沿って南北に走る神居古潭変成帯を貫いており、本トンネルのほぼ中央には約1,200 m にわたる大規模な蛇紋岩帯が分布し、その他周辺に頁岩や粘板岩、輝緑岩が分布するなど、複雑な地質条件を持つ。このため、難工事が予想され、掘削・施工方式を確立するために本工事着手前に試験的な工事を行い基本方針を定めたのち、建設が行われた。1966年（昭和41年）3月から始まった実際の施工では、蛇紋岩区間で強大な土圧に苦しめられ、支保工は鋼管内にモルタルを填充し、約2倍の強度を出す鋼管支保工を用い、支保工建て込み後にはコンクリートを吹き付け、地山の押出しを拘束する合成支保工とすることで克服した。また、他の石勝線のトンネル（登川・長和・鬼峠等）と同様、メタンガスの発生が見られ、換気とメタンガスの測定に注意が払われた。断面は蛇紋岩区間を中心とする1,166mが円形、その他は特1号型（交流電化に対応する断面）で施工された。施工は東側（新得方）3,185 m を大成建設、西側（新夕張方）の残りを鹿島建設が担当し、1972年（昭和47年）3月に完成した。供用は石勝線が全通した1981年（昭和56年）10月1日から行われている。