奈良時代はかなり栄えていた法起寺であるが、平安時代には衰微し法隆寺の傘下に入ってしまう。鎌倉時代には三重塔や講堂が修理されているが、室町時代にはまたも衰微しはじめ、江戸時代に入ると三重塔を残すのみとなっていた。延宝6年（1678年）には真政圓忍とその弟子たちによって三重塔が修復され、元禄7年（1694年）には講堂が再建されている。文久3年（1863年）、聖天堂を建立している。明治維新によって所属する宗派が真言宗となったが、1882年（明治15年）には法隆寺や興福寺と共に法相宗として独立し、法相宗の小本山となった。1950年（昭和25年）に法隆寺が独立して聖徳宗を設立すると、法起寺も聖徳宗に宗旨を改めている。
三重塔の建立時期、及び寺の建立経緯については、『聖徳太子伝私記』（仁治3年・1242年、顕真著）という中世の記録に引用されている「法起寺三重塔露盤銘」という史料がよりどころとなっている。それによれば、聖徳太子は、推古天皇30年（622年）、臨終に際し山背大兄王に遺言して、岡本宮を寺に改められることを命じた。十数年後の舒明天皇10年（638年）、福亮僧正なる人物によって弥勒仏を本尊とする金堂が建て始められた。塔は恵施僧正によって天武天皇13年（684年）に起工、慶雲3年（706年）に至って完成したという。発願から塔の完成までには80年以上を要したことになる。『聖徳太子伝私記』所収の「法起寺三重塔露盤銘」については、文意の通らない部分があり、露盤の実物が現存しないこともあって、建築史学者の関野貞（1868年 - 1935年）などが偽作説を唱えた。これに対し、会津八一は1931年（昭和6年）、「法起寺塔露盤銘文考」という論文の中で、史料批判的見地から『聖徳太子伝私記』が露盤銘の文字を誤写している点を指摘し、銘文の復元案を提出した。この会津の読解によって、露盤銘は信頼できる史料と認められるようになった。建築様式の点からも、法起寺塔を慶雲3年（706年）頃の完成と見るのは妥当とされている。
創建当時の建築で現存するものは三重塔のみであるが、1960年（昭和35年）以降実施された境内の発掘調査によって金堂跡・講堂跡が検出され、中門についても瓦積基壇の跡が検出され、創建当時の伽藍配置が判明した。旧伽藍は、金堂と塔が左右（東西）に並び、法隆寺西院の伽藍配置と似るが、法隆寺とは逆に金堂が西、塔が東に建つもので、このような形式を「法起寺式伽藍配置」と称している。また、発掘調査の結果、旧伽藍建立以前にさかのぼる掘立柱（礎石を据えず、地面に掘った柱穴に柱を立てる）建物の遺構や石敷の雨落溝が検出されたことから、法起寺創建以前に何らかの前身建物が存在したことは確認されており、これが岡本宮ではないかと推定されている。法起寺の旧伽藍は南を正面とし、南北の中心軸に沿って建てられていたが、前身建物や溝は南北の軸線より西に約20度傾いた軸線に沿って造られている。建物の中心軸が西に約20度傾いている点は、法隆寺の前身である若草伽藍跡とも共通する。
1888年（明治21年）5月14日、大隊区司令部条例（明治21年勅令第29号）によって鹿児島大隊区が設けられ、陸軍管区表（明治21年勅令第32号）により鹿児島県の一部が管轄区域に定められた。第6師管第11旅管に属した。この時、鹿児島県の残り区域は宮崎大隊区・八代大隊区・大島警備隊区に属していた。1890年（明治23年）5月20日、八代大隊区が廃止され大分大隊区が設置されたことにより、管轄区域の大幅な変更が行われた。1896年（明治29年）4月1日、鹿児島大隊区は連隊区司令部条例（明治29年勅令第56号）によって連隊区に改組され、旅管が廃止となり引き続き第6師管に属した。1898年（明治31年）2月19日、司令部は鹿児島市山下町に移転した。1903年（明治36年）2月14日、陸軍管区表が改正され、再び旅管が採用され連隊区は第6師管第11旅管に属した。日本陸軍の内地19個師団体制に対応するため陸軍管区表が改正（明治40年9月17日軍令陸第3号）となり、1907年（明治40年）10月1日、八代連隊区の新設、大島警備隊区の廃止により管轄区域の変更が実施され、第6師管第36旅管に属した。1925年（大正14年）4月6日、日本陸軍の第三次軍備整理に伴い陸軍管区表が改正（大正14年軍令陸第2号）され、同年5月1日、旅管は廃され引き続き第6師管の所属となり、八代連隊区の廃止などにより管轄区域が鹿児島県全域となった。1940年（昭和15年）8月1日、鹿児島連隊区は西部軍管区熊本師管に属することとなった。1945年には作戦と軍政の分離が進められ、軍管区・師管区に司令部が設けられたのに伴い、同年3月24日、連隊区の同域に地区司令部が設けられた。地区司令部の司令官以下要員は連隊区司令部人員の兼任である。同年4月1日、熊本師管は熊本師管区と改称された。