中央の律令政治が衰えるとともに、私有地の占領が次第に増え、農民は有力豪族の保護を求めるようになり、蝦夷地の各所には豪族を中心とする武士の集まりができた。豪族は更に、重要地点に分家を配して勢力を拡げて団結を強固にした。その中の有力だったものが陸奥の安倍氏、出羽の清原氏である。北上川中流以北に勢力を広げていた安部氏は朝廷に対する貢租・徴役を怠り、横暴な態度であるというので朝廷は討伐を行った。これが前九年の役（永承6年（1051年） - 康平5年（1062年））である。しかし、当時の陸奥守や秋田城介の力では討伐ができず、新興武士であった源頼義が陸奥守として向けられ、七年以上にわたり戦いを繰り広げた。頼義も自軍のみで討伐できずに横手付近に根拠をおいた豪族清原光頼に臣下の礼の形を取り参戦を依頼した。光頼は弟の武則を大将とする一万余の兵を出し、遂に討伐に成功した。源頼義、義家の兵力はわずか三千であったが、この清原氏が出した兵力だけでもその武力を伺い得る。しかしこの後、武則の孫の代にいたって一族争いが起こり、家衡が出羽国、沼柵（現在の横手市雄物川町沼館）に立てこもる。家衡はここを源義家に攻められ、金沢柵（横手市金沢中野）に移ったが、遂に敗れた。これが後三年の役（永保3年（1083年） - 応徳4年/寛治元年（1087年））である。この戦の後に、清衡が奥州藤原氏として栄えた。
8世紀の前半に朝廷により、日本海沿岸北辺の交易・征服などの拠点として出羽柵が現在の山形県庄内地方に設置されるが、天平5年12月26日（734年2月4日）、出羽柵は秋田村高清水岡（現在の秋田市寺内）へ移設された（続日本紀）。出羽柵は760年頃に秋田城に改称される。この頃から「秋田」の表記で定着している。780年には出羽国府が秋田に移されたが、エミシ民族（蝦夷：縄文人の末裔とも、朝廷に属さないヤマト民族ともいわれる）の反撃によって秋田城が陥落し、出羽国府は再び移されることになった。秋田城はこの後朝廷側によって再建され、北東北日本海側征服の一大拠点となる。この頃になると墾田の私有が認められ、地方豪族の勢力はいっそう発展した。9世紀頃には太政官命令で、勝手に開墾地を私有し農民を困らせてはならぬとの規則が出るほどになる。元慶2年（878年）元慶の乱が起こった。これは重い税や労役の苦しみに耐えかねた蝦夷の秋田城司に対する反抗であった。秋田城や民家は焼き払われ、多くの物資や兵を失った。朝廷は急いで陸奥国から五千人の援軍を派遣したが平定に失敗し、新任出羽守の藤原保則を派遣した。保則は反乱の平定に蝦夷をもって当たらせることで成功した。この後、城の修復や兵力の増強をはかったが、天慶2年に再び天慶の乱が発生した。当時はこのように蝦夷に対する朝廷の力は絶対的なものではなく、「俘囚の長」と呼ばれたヤマトに服属するエミシ民族の地方豪族の力は加速度的に強大になっていった。
2004年（平成16年）12月16日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申合せにおいて、北陸新幹線の金沢車両基地 - 南越間では、福井駅部についてえちぜん鉄道の高架化と一体的に工事を行うため、平成17年度当初に着工し平成20年度末の完成を目指すとされた。南越 - 敦賀間については直ちに工事実施計画の認可申請を行うとされた。この申し合わせに基づき、2006年（平成17年）4月27日に福井駅部の工事実施計画が認可され、6月26日に起工式が行われた。また、同年12月には南越（仮称）- 敦賀間の工事実施計画の認可申請が行われた。福井駅部は高崎起点421 km405 mに位置し、北陸本線の東側に高架橋を設置する延長800mの区間であり、2009年（平成21年）2月に高架橋が完成した。その後、福井駅部の高架橋は2015年9月27日から2018年6月24日にえちぜん鉄道単独の高架完成までの間えちぜん鉄道の福井駅 - 福井口駅間の仮線・仮駅舎として使用されていた。2011年（平成23年）12月26日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党確認事項において北陸新幹線は長野 - 白山総合車両基地間の「平成26年度末の開業」及び新たな着工区間として、白山総合車両基地 - 敦賀間につい営業主体であるJR西日本の同意と並行在来線の経営分離に関する沿線自治体の同意を条件に「長野 ・白山総合車両基地の開業から概ね10年後強」を想定完成・開業時期とする方針を示した。翌2012年（平成24年）6月に北陸新幹線金沢 - 敦賀間が認可、着工された。2015年（平成27年）1月14日の「整備新幹線の取扱いについて」の中で整備新幹線の開業前倒しを図る方針が示された。北陸新幹線においては金沢 - 福井 - 敦賀間の「完成・開業時期を平成37（2025）年度から3年前倒しし、平成34（2022）年度末の完成・開業を目指す」とされた。また、在来線との乗換利便性を確保し、十分な開業効果をできる限り早期に発揮する観点から、別途与党において、整備が先行している福井駅の早期活用等について、今夏までに検討を行うこと。金沢 - 敦賀間にはフリーゲージトレインを導入することが予定されているが、フル規格を前提とする整備計画に影響を与えるものではないことも示された。その後、与党整備新幹線建設推進プロジェクトチームの検討委員会において、福井駅及び敦賀駅の乗換利便性向上設備の追加が決定された。福井駅の新幹線ホームは1面2線と狭いことから、乗換利便性向上のため、ホーム開口部を3か所設置することや中2階に在来線との連絡通路を設置すること、ホーム柵の位置を変更しホーム幅を拡張する計画となった 。また、2020年度の福井先行開業も計画していたが2017年3月11日に与党PTにより断念している。敦賀駅では大阪・米原方面の在来線特急との乗り継ぎ時間短縮などを目的に、新幹線駅舎の1階に在来線を引き込み、上下で乗り換えできるように計画が見直された。2017年（平成29年）10月には工事完了を平成32（2022）年度に前倒しすることや、福井駅、敦賀駅の乗換利便性向上施設などを追加した工事実施計画（その2）が認可された。2019年（平成31年）3月には工事費の増額に伴う工事実施計画の変更が認可され、工事費は現認可額の1兆1,858億円から2,263億円の増加となる1兆4,121億円となった。