2009年6月、競泳選手として5年ぶりに現役復帰することを表明、山梨県水泳連盟に「学校法人山梨学院職員」として選手登録した（略称は「山梨学院」）。復帰戦となった6月14日に日本実業団大会山梨予選では、100メートル自由形（短水路）で自己ベストに0秒54と迫る54秒49をマークした9月にはトキめき新潟国体にて出場。きっかけは2008年8月に北京オリンピックで、選手たちの姿を見て「まだ戦いたい」というの影響だった。2008年10月から母校の後輩と混じり練習を再開。2010年4月の日本選手権では50メートル・100メートルの自由形でそれぞれ3位に入った。8月にアメリカ・カリフォルニアで行われたパンパシフィック選手権の400メートルフリーリレーでは3分38秒86の日本新記録樹立に貢献した（結果は5位）。10月に東京辰巳国際水泳場で行われたFINA競泳ワールドカップ2010東京では、50メートル自由形（短水路）で24秒91を記録、1998年に源純夏がマークした日本記録を12年振りに更新し、6位に入った。そして、100メートル個人メドレーでは59秒94を出し、短水路日本記録を更新して金メダルを獲得した。11月の広州アジア競技大会の400メートルフリーリレーでも3分37秒90の日本新記録を樹立。2011年4月の大会を前に子宮内膜症と卵巣のう腫が発覚し手術を行う。同年6月に山梨県夏季水泳競技大会に復帰。2012年2月、短水路日本選手権の50メートル自由形（短水路）予選にて24秒84をマークして、自身の持つ日本記録を更新。2012年のロンドンオリンピック出場を見据えて、12年振りの五輪日本代表入りを目指し、五輪代表選考会である同年4月の日本選手権に50メートルと100メートルの自由形で出場した。しかし、いずれの種目も決勝まで進出したものの、100メートル自由形は8位、50メートル自由形は5位に終わり、12年ぶりのオリンピック出場はかなわなかった。直後、再び選手活動の再引退を表明。
2003年に競技生活を続けるため山梨学院大学大学院社会科学研究科修士課程（公共政策専攻）に進んだものの、その年は翌年に五輪を控えていたこともあり、静養のため殆どレースに出場しなかった。しかし、9月に“お隣”静岡県で行われたNEW!!わかふじ国体には山梨県選手団の一員としてエントリー。200m個人メドレー成年女子の部で大会記録を更新、復活の優勝を果たした。2004年にアテネオリンピック出場を目指して、この年の日本選手権に全てをかけたが、50m自由形では優勝しながらも派遣標準記録の25秒30に0.32秒足りず、また100m自由形も派遣記録に届かず2位となり、2大会連続の五輪代表を逃した。その直後、一旦現役を引退する事を表明した。大学院修了後も職員の形で引き続き学校法人山梨学院に残り、山梨学院大学スポーツガレッジセンターの研究員として今に至る。2005年4月から1年間、地元山梨放送のスポーツコメンテーターとして、『山日YBSワイドニュース』（現在の『YBSワイドニュース』、テレビ）、『YBSニュース深夜便』、『YBSニュース・アップ!』（ラジオ）の「ハギトモSmile Sports」というコーナーに出演していた。また、『ワイドニュース』では萩原自身もスタジオ出演していた。TBS系列テレビ山梨製作の番組「UTYウッティな木曜日」で2005年4月から2009年3月まで出演した。山梨放送出演時から世界選手権テレビ朝日系列中継でスタジオ解説を務めたほか、『GET SPORTS』ではさまざまなスポーツ選手を取材している。そこで知り合った8歳年上の佐藤一馬ディレクターと2006年10月に結婚。以後は東京と山梨を行ったり来たりする生活となる。2007年2月、第1回大会だった東京マラソン2007の10kmレースに初挑戦。翌2008年の第2回東京マラソン2008は自身初のフルマラソンに挑戦、6時間30分41秒のタイムで完走を果たしている。翌2009年の第3回東京マラソン2009では、家族と共に10Kmレースに参加した。
富山県立高岡商業高等学校卒業。俳優・山田辰夫は高校時代の同級生。1974年（昭和49年）、獅子プロに助監督として入社。1981年（昭和56年）、『痴漢女教師』で監督デビュー。脚本家・高木功とのコンビで成人映画の監督として話題作を連発し、注目された。ミステリ喜劇「痴漢電車・下着検札」からハードサスペンス「連続暴姦」まで、非常に幅広い作風を示す。「下着検札」では売り出し時期の竹中直人(当時は竹中ナオト)に全て松本清張と松田優作の物真似だけで準主演させ、満州事変秘話から密室トリック殺人、人形アニメで締めくくるラストなどの凝りようで話題を呼び、「痴漢電車・極秘本番」では、現代と大阪城夏の陣をタイムスリップで往還する、メジャー大作でも手を出さないようなSFスラップスティックコメディにまで挑んでいる。密室トリック好きは「痴漢電車・聖子のお尻」ラスト近くでも全面展開され、5分間セリフなしでラヴェルの「ボレロ」だけを流し、仕掛けを視覚のみで解明する映像で気を吐いた。これらのほとんどで探偵役などで主演した螢雪次朗とは、今も盟友関係が続いている。ピンク映画の末期には何本かのにっかつ配給作品も手掛けたが、そのほとんどが獅子プロ製作の買取作品で当然撮影所も使わせてもらえず、のちに「木村家の人々」で組んだにっかつ出身の山田耕大プロデューサーは滝田に当時のにっかつへの強い敵意を感じたという。滝田は一般映画進出に至るまで、予算も撮影日数もにっかつロマンポルノの数分の一にすぎないピンク映画業界で手腕を発揮し続けた。1985年（昭和60年）、主演と脚本を務めた内田裕也に指名され、初の一般映画『コミック雑誌なんかいらない!』を監督し、高い評価を得る。同作はアメリカニューヨーク、ロサンゼルスの一部映画館でも公開され、話題となった。以降、コンスタントに話題作を発表し続けている。当初はコメディが多かったが、次第にシリアスな大作を多く手がけるようになり、現在では不羈奔放な演出で沸かせたピンク時代とは大きく異なった端正な作風となっている。2001年（平成13年）の『陰陽師』は、実写日本映画ではトップクラスのヒットとなった。2004年（平成16年）には『壬生義士伝』で日本アカデミー賞最優秀作品賞。2008年（平成20年）に公開の『おくりびと』は大作ではなかったもののこれがロングランとなると、翌2009年（平成21年）の日本アカデミー賞で最優秀作品賞・最優秀監督賞を受賞。その後第81回アカデミー賞では日本映画初の外国語映画賞を受賞した。2009年（平成21年）3月18日高岡市のホテルニューオータニ高岡にて富山県初となる県民栄誉賞と、こちらも初となる高岡市民栄誉賞が贈られた。2011年（平成23年）に映画芸術科学アカデミー会員に選出される。2014年（平成26年）に紫綬褒章受章。