かつては広大な塩田が広がっていた町だったが、1980年代以降塩田が埋め立てられ再開発が始まった。その後瀬戸大橋の開通にあわせ、JR宇多津駅舎も予讃線の移設（かつてはやや内陸部を走っていた）と合わせて高架化され、ゴールドタワーなどの観光・商業施設の充実や高層マンションの建設や中層マンションのラッシュなど大きな発展をみせた。現在も以前のような勢いはないものの、マンションやスーパーなど商業施設の建設が行われており発展し続けている。しかし、一方で郊外部にショッピングモール（イオンモール高松・イオンモール綾川・ゆめタウン丸亀など）が建設されたことで商業施設の競争激化が更に進み、核商業施設となっていた『宇多津ビブレ』が2014年2月末で閉店。イオングループは跡地に、マルナカを中核とした地域密着型のショッピングセンターであるイオンタウン宇多津を2015年10月にオープンした。宇多津ビブレおよびイオンタウン宇多津に併設されているイオンシネマ宇多津（旧ワーナー・マイカル・シネマズ宇多津）は四国初のシネマコンプレックスとなった。
古代、港として大和朝廷に貢物を積み出していた。鎌倉時代には多くの寺院が建立され、兵の集結宿泊所として利用される。又、物資の積み出しの港として重要な位置を確立する。1363年（貞治2年）、細川頼之が細川清氏を破り、宇多津に居城を構え、讃岐の守護所とする。これより政治の中心地となり細川頼之が四国を分国として統治する際も宇多津の居城に在住したため、四国の中心地になった。
バージニア州ビエナにある郵便物集積場。トイレで一服しようとした女性（ジェーン・ブロディ）がハチの大群に襲撃されて亡くなった。スモーキング・マンと取り引きしたウォルター・スキナー副長官は、彼女の死体を焼却し、事件に関するファイルをモルダーのコンピュータから削除した。その後、警察署に保管されている血液サンプルを別人のものとすり替えた。警察署から出たスキナーは、トーマス刑事に追いかけられることとなった。トーマス刑事はスキナーをモルダーだと思い込んだのである。何とか誤解を解いたスキナーは、現場を後にした。自宅に到着したスキナーの元をモルダーが訪れた。モルダーはビエナでの事件が何者かに隠滅されたこと、トーマス刑事が何者かに殺害されたことをスキナーに伝えてきた。後者の話を耳にしたスキナーは少なからず衝撃を受けた。スキナーはモルダーからスカリーがガンの検査を受けているという話も聞いた。その夜、スキナーはスモーキング・マンと密会していた。スモーキング・マンの傍らには、トーマス刑事を殺害した銀髪の男の姿があった。刑事の殺害を契約違反とみなしたスキナーは、スモーキング・マンとの取引を終わらせようとしたが、スモーキング・マンはそれを許さなかった。その後、スキナーにモルダーから電話がかかってきて、「女性の死体が焼却され、血液サンプルがすり替えられていました」という事実を報告してきた。トーマス刑事殺害事件の犯人がFBI及び警察関係者だと睨んだモルダーは、犯人の銃弾と捜査官の銃弾の照合作業を開始したのだという。嫌な予感がしたスキナーが自分の引き出しを調べると、そこにあるはずの拳銃がなかった。スキナーは自分の拳銃がトーマス刑事の殺害に使用されたと確信した。はめられたことに気が付いたスキナーは、スモーキング・マンに電話を掛けたが、彼はスキナーをペテンにかけたことを平然と認め、開き直った。スキナーは自分が何をさせられたのかスモーキング・マンに問いただしたが、彼は一切の回答を拒否した。真実を探るべく、スキナーは郵便集積場を訪れた。そこで見つけた壁の穴を広げたスキナーは、巨大な蜂の巣と大量のハチの死骸を発見した。スキナーがハチの死骸を昆虫学者（ヴァルデスピーノ博士）に見せたところ、「半年前、モルダーという捜査官が同じようなハチの死骸をここへ持ってきました」と言われた。モルダーのX-ファイルを漁ったスキナーは、謎のハチに関するファイルを見つけた。そこにはマリタ・コバルービアスの名前があった。その頃、モルダーは警察署前でトーマス刑事が何者か（スキナー）と話している姿を撮影した写真を入手していたが、写真の解像度が低く、何者かの特定には至れなかった。スキナーはコバルービアスに電話を掛けたが、「現時点で提供できる情報はない」と一蹴されてしまう。その後、ヴァルデスピーノ博士はハチの大群に襲撃されて落命した。翌日、博士の死体を検分したモルダーとスキナーは、死体から天然痘ウイルスが検出されたことを知った。そのウイルスはハチによって媒介されたものであった。スキナーはブロディの同僚を訪ねたが、「ある男から何も言うなと口止めされている」と言うばかりであった。その頃、モルダーは写真の解像度を上げる作業を行っていた。その結果、トーマス刑事と話していた男がスキナーだと特定されてしまった。その頃、スモーキング・マンはシンジケートの会合に参加していた。ハチの騒ぎの原因はシンジケートだったのである。その直後、サウスカロライナ州コロンビアの学校がハチの大群に襲撃され、教師一人が死亡する事件が発生した。当地の病院に急行したスキナーは、そこでコバルービアスに会った。コバルービアスはスキナーにハチに関して知っていることの全てを話してくれと言った。スキナーは「ハチは何らかの実験のために遺伝子操作されたもので、天然痘ウイルスの媒介になっている」と彼女に伝えた。スキナーが自宅に戻ると、そこにはモルダーがいた。モルダーは事件の黒幕がスキナーであったと信じ込んで怒り狂っていたが、スキナーは何とか自分の無実を証明することができた。その夜、スキナーはスカリーの治療法を教えようとしないスモーキング・マンに詰め寄っていた。スモーキング・マンは「もし私を殺せば、スカリー君は死んでしまうだろうねえ。」と言ってその場を後にした。スキナーはスモーキング・マンを殺しこそしなかったが、怒りのあまり発砲してしまった。スキナーが去った後、スモーキング・マンの元に電話がかかってきた。それはコバルービアスからの電話であった。彼女もまたシンジケートの協力者だったのである。しかし、スモーキング・マンと話すコバルービアスの背後には正体不明の男性がいた。コバルービアスはモルダーの味方なのだろうか、それとも敵なのだろうか。そんな謎を残したまま、本エピソードは終了する。