劇中では一部で“第三新東京市”という漢数字を用いた表記がみられる。テレビアニメ版（及び劇場版）での英称は“TOKYO-3”だが、『新劇場版』では“TOKYO-III”とアラビア数字ではなくローマ数字が使用されている。英語版での名称は「Neo Tokyo-3」。小松左京原作のSF映画『さよならジュピター』冒頭に登場する長距離旅客宇宙船「TOKYO-III」に因んでいる。
新劇場版本編では、第3新東京市が建設された経緯は語られていない。ただし、「将来の首都移転先としてカモフラージュ」という点は旧作と同じである。『破』の終盤で第10使徒の攻撃を受け、壊滅的な被害を受ける。最終的には「ニア サードインパクト」の爆心地となり、遺棄された。
2000年9月13日に発生した「セカンドインパクト」、および同9月20日の新型爆弾の攻撃により首都東京は壊滅した。その復興を断念した日本臨時政府は、2001年に長野県松本市を暫定的な首都として第2新東京市と改称して遷都した。その後、2004年に国会で「第二次遷都計画」が承認され、2006年に将来の新首都、第3新東京市として芦ノ湖北岸（神奈川県足柄下郡箱根町仙石原地籍付近）に推定50兆円の建設費用をかけて2015年を目処に着工した。完成後は第2新東京市から遷都される予定となっている。しかし、次期首都という題目は特務機関NERV（ネルフ）が日本政府の予算で建設するための方便であり、その実態は使徒迎撃専用要塞都市であり、その地下にある巨大な半球形の空洞・ジオフロント（本来は巨大な球状であるが、その89%が土砂に埋まった状態であるため、残りの11%というわずかな空間に施設が置かれている）内にNERV本部が置かれ、都市の随所にエヴァンゲリオンの射出口、兵装ビル（エヴァンゲリオンの武装の格納庫および偽装砲台）が設置されている。第3新東京市は、使徒との戦いで度重なる被害を受け、最終的には第弐拾参話で綾波レイの操るエヴァンゲリオン零号機の自爆により壊滅的な被害を受け、芦ノ湖とつながって水没した。その後、劇場版第25話において、戦略自衛隊によるN²弾道弾の攻撃により完全に破壊され、ジオフロントがむき出しにされた。
豚と同様に不浄（重度ナジス）とされている犬、獲物を捕獲するための牙や爪がある虎・猫などの動物、きつつき、ロバ、ラバを食べることが禁止されているが、それ以外の肉であっても屠殺が正規の手順に従ったものでなければ食べられない。このため、ムスリムは単純に材料表示だけを見て判断することが出来ないためハラールの表示が必要となる。ただし、世界的に統一された基準はなく、各国の認証機関によって制度が異なっているため、ある国では禁止されている食品や規定が、他の国では問題とならないこともある。信仰とは神と個人との契約であり、ハラルの基準を問題視する事は、他人の信仰に口を挟むことと同義となるため、ムスリムが自分の考えとは異なる基準のハラルを問題視することは難しい。このため、ムスリムによっては、自分が信頼するハラルマーク以外のマークには近づかないとする人もいる。ムスリムが大多数を占めるエジプトなどの中東では、出回っている食材がハラールであることが当然のため、生活する上であまり人々に意識されない。一方で、豚肉をよく使う華人も多い東南アジアでは、かなり意識される傾向があるとされる。クルアーンの第二章173を根拠に、緊急時にはハラールではない食品を食べることも容認されている。スマトラ島沖地震でインドネシアのイスラム教徒に対して外国からの援助物資に豚肉などが入っていたとしても食べて良いとするファトワーが出され公式に食べて良いとされたことがある。しかし一方で逆の事例として、中国・四川省で発生した四川大地震により被災した中国在住のイスラム教徒は、非常事態であったにもかかわらず、ハラムの救援物資の利用を拒否する者が多かった。非イスラム教徒が多数派を占める地域においては、ハラールを守ることは殊の外重要視される場合もある。ムスリムの人口が乏しい国家や地域では、イスラム諸国からの旅行者や留学生などのために、シールなどによって食品がハラールであることが示されていることが多い。これとは対照的に、ムスリムとその他の宗教の信徒の人口が拮抗している国家や地域では、原則として無表示の食品をハラールとしつつ、ムスリム以外を顧客として想定したハラームの食品に限って表示がなされていることがある。サウジアラビアなどイスラム原理主義の強い国では法律でハラールでない食品の販売や輸入流通が禁止されている国もある。そのような国でハラールでない食品を販売した場合には犯罪とされ、ハラールでない食品をハラールであると偽装することも犯罪とされている。イスラム諸国会議において、ハラールの世界標準規格が議論されているが、宗派の違いや加盟国間の文化、経済情勢、政治的利害関係などが原因で標準化には時間がかかると言われている。ハラールの規則もムスリムによっては厳格に守っているわけではなくビッスミッラー（アッラーの御名において）と唱えればどんな肉でも食べてよいとする世俗派もいる。トルコなど世俗化が進んだ地域では、飲酒や豚肉食も平気でおこなうムスリムもいる。広義の意味では食べ物に限定されず、イスラム法において合法であることを示す記号としても用いられている。たとえば、衣服、玩具、家電製品などにもハラールは適用される。衣服の場合は、女性の体の露出を禁止している規定に違反していないデザインであることを証明するマークとして付けられたりする。ブルキニという水着はハラールとされている。ゲームなどにおいても、イスラム教で禁止されている賭博に該当しないことを証明する印として用いられることがある。このような審査や判断はウラマーが行うことが一般的であり、特定の製品をハラールであると認めるファトワーが出されることもある。