こうした状況を受けて、2007年3月18日のダイヤ改正より朝ラッシュのピーク時間帯（西船橋発6:56 - 8:15）の「快速」が全列車「通勤快速」に変更された。これにより該当時間の全列車が浦安以西各駅停車となり、この時間帯の浦安→東陽町間の所要時間は、快速が8分、通勤快速と快速待避のない各停が11分、快速待避のある各停が13分であったが、全列車11分に統一された。この結果、各停への乗客の集中が緩和され、混雑の平準化が図られた。なお、対象の時間帯は元々ほとんどが通勤快速で、快速は東葉快速1本のみであった。なお、同じくラッシュ時の混雑で遅延が常態化していた東急田園都市線でも「急行」（二子玉川 - 渋谷間の途中停車駅は三軒茶屋のみ）を「準急」（二子玉川以東各駅停車）に変更するダイヤ改正が2007年4月に行われたが、こちらは優等列車（急行）の混雑が激しかったものを平準化するためであり、東西線とは逆の理由である。東西線・田園都市線ともダイヤ改正が功を奏して各列車の混雑率が平準化されたため、両者とも翌2008年3月に再びダイヤ改正を行い、東西線の通勤快速および田園都市線の準急の運行時間帯が拡大された。さらに東西線では2009年3月のダイヤ改正で通勤快速の運転時間帯がさらに拡大し、朝の時間帯の中野方面行きの優等列車はすべて通勤快速に統一された。
2017年度の1日平均輸送人員は1,450,000人であり、日本の地下鉄では最も輸送人員が多い。平日朝ラッシュ時中野方面の混雑は日本国内でワーストクラスとなっており、慢性的遅延が発生している。
どの列車がどの会社所属の車両で運用されるかは列車番号で判別できる。現在、列車番号末尾アルファベットの「S」が東京メトロ車両、「T」が東葉高速車両、「K」がJR車両となっている。列車番号は『MY LINE 東京時刻表』（交通新聞社）などにより確認ができる。快速・通勤快速はRのアルファベットが付与されているが（例えば東京メトロ車両による快速列車の場合SRという表示になる）、JR線へ直通する列車には（津田沼駅・三鷹駅発着問わず）Rのアルファベットは付与されていない。
開業当初東西線で使用していたATCは地上信号式(WS)で、原則として運転士が手動で制動を掛ける方式である。減速信号(YG)65km/h、注意信号(Y)40km/h、警戒信号(YY)25km/hの速度制限が掛かる（東西線建設史による）。通常の閉塞信号でも進行現示(G)することがない信号機が多数存在した。減速信号は地上区間を中心に採用されていた。列車通過後の信号現示変化で、YG現示などが連続して表示される信号機もあった。東京地下鉄では日比谷線もこの方式であったが、両線とも現在車内信号式(CS)に変更されている。ATC更新工事により、05系のうち車内信号非対応で登場した車両には改造工事が行われた。また5000系と東葉1000形は共に老朽化が進んでいることから新ATC対応化はせずに、東葉1000形は2006年12月4日に、5000系も翌2007年3月17日にそれぞれ全車両が引退した。さらに2006年11月より有楽町線から転属している07系4編成にも、東西線の保安装置への改造が行われている。2006年10月中旬から2007年2月中旬頃までの終電後の夜間に、信号システム更新のための試運転が行われた。これにより首都圏で現在車内信号式を採用していない地下鉄は、都営地下鉄浅草線のみとなった。直通先の東葉高速線はWS-ATCを使用しており、直通車はWS-ATCが搭載されている。さらに東陽町 - 西船橋間の各停車駅では停車予告音が採用されており、ブレーキを掛けても停車するまで連続して鳴る。東京メトロで停車予告音を使用しているのはこの区間のみである。
設定当初は、終着の中野駅まで女性専用車が設定されていたが、大手町駅での流動が影響したこともあり、導入してわずか1週間強にあたる2006年11月29日に設定区間を大手町駅までに短縮した。女性専用車が導入されている東京メトロの他路線においても、いわゆる菊名問題と同様のケースが生じているが、設定内容の変更などの対策は行われていない。
時は平安時代。絵仏師の良秀は高名な天下一の腕前として都で評判だったが、その一方で猿のように醜怪な容貌を持ち、恥知らずで高慢ちきな性格であった。そのうえ似顔絵を描かれると魂を抜かれる、彼の手による美女の絵が恨み言をこぼすなどと、怪しい噂にもこと欠かなかった。この良秀には娘がいた。親に似もつかないかわいらしい容貌とやさしい性格の持ち主で、当時権勢を誇っていた堀川の大殿に見初められ、女御として屋敷に上がった。娘を溺愛していた良秀はこれに不満で、事あるごとに娘を返すよう大殿に言上していたため、彼の才能を買っていた大殿の心象を悪くしていく。一方、良秀の娘も、大殿の心を受け入れない。そんなある時、良秀は大殿から「地獄変」の屏風絵を描くよう命じられる。話を受け入れた良秀だが、「実際に見たものしか描けない」彼は、地獄絵図を描くため、ある時は弟子を鎖で縛り上げ、またある時はミミズクに襲わせるなど、狂人さながらの行動をとる。こうして絵は8割がた出来上がったが、どうしても仕上がらない。燃え上がる牛車の中で焼け死ぬ女房の姿を描き加えたいが、どうしても描けない。つまり、実際に車の中で女が焼け死ぬ光景を見たい、と大殿に訴える。話を聞いた大殿は、その申し出を異様な笑みを浮かべつつ受け入れる。当日、都から離れた荒れ屋敷に呼び出された良秀は、車に閉じ込められたわが娘の姿を見せつけられる。しかし彼は嘆くでも怒るでもなく、陶酔しつつ事の成り行きを見守る。やがて車に火がかけられ、縛り上げられた娘は身悶えしつつ、まとった豪華な衣装とともに焼け焦がれていく。その姿を父である良秀は、驚きや悲しみを超越した、厳かな表情で眺めていた。娘の火刑を命じた殿すら、その恐ろしさ、絵師良秀の執念に圧倒され、青ざめるばかりであった。やがて良秀は見事な地獄変の屏風を描き終える。日頃彼を悪く言う者たちも、絵のできばえには舌を巻くばかりだった。屏風を献上した翌日、良秀は部屋で縊死する。