13世紀から17世紀まで、バーゼルとケムスの間には、小さな漁村のアルト＝フュニンゲン（Alt-Hüningen、またの名をアルトドルフ Altdorf。元のユナング Huningue）、そしてミシェルフェルダンの2か所しか村落がなく、クマとオオカミが生息するアルト(Hardt)の森がライン川のほとりまで広がっていた。1680年、太陽王の命令でヴォーバンと技師ジャック・タラドがユナングに要塞を建設することになり、要塞周囲の斜堤を築くため、要塞建設地と上流のバーゼルの間に位置するユナングの村落が取り壊されることになった。村落の住民のほとんどは1km半離れた場所に移住し、新たな村を再建することになった。村の正式名称はル・ブール・ヌフ・ドゥスト（le Bourg Neuf d'Aoust）であったが、すぐにヴィラージュ・ヌフ・デュ・グランデュナング（Village-Neuf du Grand-Huningue）と呼ばれるようになり、その後単にヴィラージュ・ヌフ(またはノイドルフ Neudorf)と呼ばれるようになった。しかしながら住民の一部が、要塞建設の労働者の何人かとともに、パリへの道を建設した。バーゼルのサン・ジャン門から伸びる土手道を横切るところにその道があって、近くには小さな礼拝堂と馬の中継場所があった。この場所は現在、サン＝ルイ教会の前にあたる。こうしてサン＝ルイの集落が生まれた。1684年、ルイ14世がサン＝ルイの名を集落に与えた時、そこには一か所の税関と、12軒ほどの非常に低い家が道路沿いに建っていた。こうした住居に住むのは、タバコ担当者、すなわち税関職員であった。集落は素晴らしい環境にあった。交差路と国境に近いことの両方が、集落の成長の出発点だった。サン＝ルイの成長は初め遅かったが、一定だった。アンシャン・レジーム体制の終わる1789年には、この村には約600人の住民と、500mの通りがあった。しかしながら村落はヴィラージュ＝ヌフの付録でしかなかった。ヴィラージュ＝ヌフの自治体と教区司祭に依存していたからである。1793年10月31日に国民公会が宣言した、国内の関税障壁の廃止が、サン＝ルイの真の躍進の始まりとなった。フランス革命はサン＝ルイに成功のカギを2つ与えた。1つは1791年の国家税関の確立である。サン＝ルイは税関の面でも軍事の面でも、国境地帯となった。2つは、1793年10月22日、県の総裁がサン＝ルイとミシェルフェルダンにコミューンの自治権を付与した。2つの村は合併して、ブール＝リーブル（Bourg-Libre）を名乗った。
サン＝ルイは、1684年11月28日付けのルイ14世の命令で正式に町となった、誕生から約300年の『若い町』である。しかしサン＝ルイには非常に古くから入植者がいた。紀元前1500年頃の墓、紀元前80年頃のガリアの宝が発見された。3本の大きなローマ街道がアリアルビヌム（Arialbinum）という場所を起点としていたが、ここはおそらく現在のブールフェルダン、ビナンジャン、サン＝ルイを結ぶ三角地帯の中にあったと考えられる。11世紀から12世紀、サン＝ルイの地は、現在は消滅してしまった、ビルセン（Birsen）という非常に小さな村だった。1259年10月4日、ミシェルフェルダンのシトー会派修道院がMagnus Campusのローマ遺跡の場所に創建された。修道院は、この地域で最古の建築物だが、歴史的記念物に登録されていない。
1922年12月30日、博徒系右翼団体・大和民労会の高橋組の木村某が、大日本国粋会田甫一家の青沼辰三郎が開帳していた賭場で揉め事を起こしたことが発端となっている。青沼は東京市浅草区千束町で年忘れの賭博を開帳したのだが、そこに木村が乗り込んで青沼を罵倒、青沼らは木村を賭場の外に連れ出して暴行を加えた。翌12月31日に青沼は、青沼の親分である田甫一家四代目・金井米吉の兄弟分にあたる豊田吉次郎を訪ねた。青沼が豊田宅にいることを知った木村は、豊田宅に殴り込んで豊田吉次郎の幹部・中島幸太郎を殺害。しかし青沼は既に豊田宅を後にしたところであり、木村の襲撃を知った青沼は単身、浅草区新谷町の高橋組・高橋金次郎組長の自宅に殴り込んで高橋組組員と斬り合いになった。年が改まって1923年1月2日未明、高橋組の若衆約50人が浅草新谷町に集結。嘩仕度を整えて、日暮里町元金杉の金井宅に殴り込みをかけた。田甫一家が高橋組の殴り込みを受けたことを知った国粋会は、芝区新幸町の関東総本部で緊急会議を開催。国粋会を挙げて田甫一家に支援すると共に高橋組に直ちに報復することを決めた。1月3日午前2時過ぎに400人の国粋会員が関東総本部に集結し高橋組のある浅草に向かったが、既に国粋会の動きを察知した警視庁が非常招集をかけ、愛宕・築地・北紺屋の警官300人を新橋駅・土橋・虎ノ門周辺に配置していた。このため国粋会の一党は午前3時に警官隊と遭遇して解散を命じられ、国粋会側の報復は未遂に終わった。一方、国粋会の行動を知った民労会も東京市の会員約1万5千人に檄を飛ばし、下谷区上根岸の大和民労会本部に会員を集結。国粋会襲撃の構えを見せたものの、300人の警官隊に取り囲まれて解散を命じられ、こちらも未遂に終わっている。1月末に洲崎・武部申策の身内・佐久間政雄が、大日本国粋会幹事・小島長次郎(「茨城長」)を喧嘩の末に斬殺。茨城長が斬られたことを知った国粋会系の博徒約140人が日本刀や短刀を持って、洲崎の遊郭付近の広場に集結。佐久間は民労会に助けを求め、武装した民労会員160人が自動車20台に分乗し洲崎の遊郭付近の広場に移動。両者斬り合いとなった。