電子書籍koboの「書籍点数が少ない」という指摘に対して、三木谷社長と担当役員は2012年7月27日に「(2012年)7月中に必ず3万点を揃える」､「8月末までに約6万冊を実現する」と説明していたが、実際に3万点を超えたのは2012年8月27日、6万点を超えたのは2012年9月24日であった。2012年10月、消費者庁は掲載書籍数の誇大表示に対して「景品表示法における「優良誤認」に該当する恐れがある」として口頭で行政指導を行い、楽天は「真摯に受け止める」等と発表した。
2012年7月19日に楽天から発売された電子ブックリーダーkobo Touchは、発売日から4日間、クライアントアプリケーションおよびネットワーク帯域の不備によって、アクティベーションが出来ない状態がつづいた。その際「期待を裏切られた」など星1つレビューが殺到し、楽天は史上初めてレビューを非表示とした。なお、楽天側からは、担当役員による「混乱を避けるため、いったん状況を正常化させていただいてから、レビューを再開したいと考えています。レビューを非表示にしたのは緊急の一時的な措置で、投稿されたレビューの削除は考えていません。kobo Touchは大変インパクトの大きい商品。そのインパクトの大きさから特例中の特例として、今回はやむを得ず、非表示にしました。レビューを非表示にしたのは、楽天史上初です」との説明があった。しかし、一方では三木谷社長自ら「ネガティブな口コミは誤情報だから消し、内容を吟味して再掲載する」という評価の操作を行う旨のコメントも残している。
2004年11月2日16時頃のオーナー会議でプロ野球楽天の新規参入が決定したが、オーナー会議の結果発表前の同日未明に球団ロゴ、プロ野球参入決定セール、田尾監督の球界参入に当たってのメッセージなど、新球団に関するページが公開されていた。その後いったん削除され、正式に加入が認められた際に改めて公開されたことが報じられた。
2005年7月23日に3万6千件の個人情報漏洩事件が発生し、楽天は、出店店舗からの情報漏洩と発表。同年10月27日、出店店舗の元社員が、店舗に付与されたIDとパスワードを使用し不正アクセスを行い、その際に盗み出した個人情報を名簿業者に売ったとして逮捕された。楽天はこの事件をうけ、三木谷会長自らセキュリティ本部長となり、店舗がクレジットカード番号・メールアドレスを閲覧できなくなるとする対策を発表した。その後、2006年2月までの暫定処置として、一定店舗にクレジットカード情報取得を許可するとし、後にその期限を延長すると共に、2006年9月末頃までに、全店舗クレジットカード情報を非表示化すると説明した。しかし、2009年6月現在も、上新電機などの企業9社に対し、クレジットカード情報を1件10円で提供している。また、一定の店舗に対し、メールアドレス情報の有償ダウンロードも認めている。楽天は、このダウンロードについて、審査・正当な理由に基づいており、個人情報保護方針は遵守しているとする。また、ニュースサイト『GIGAZINE』によれば、楽天の店舗が、楽天からの注文確認メールのCC送信及び店舗お客様情報検索画面からの取得閲覧が可能であるとされる。上記に関連して楽天市場だけで使っていたアドレスに、あて名に本名が記された迷惑メールが大量に届いているという。それに対して楽天広報室は、「出店者に提供したアドレスが流用されたという事実は確認していない。迷惑メールがなぜ届いているかについては調査中」としている。三木谷社長はこの問題について「クレジットカード情報を渡す9社については規約で『この店舗は特別だからカード情報を渡します』と書いており、メールアドレス1件10円はあくまでシステム手数料であり、独占禁止法との問題からメールアドレスを渡さないということについては実現していない」と述べた。
会社概要に主な連結子会社、主な持分法適用関連会社の記載がある。なお、中国ではロッテは「楽天」（簡体字/乐天・繁体字/樂天・ピンイン/Lètiān）と表記されるが、当項の楽天株式会社と関係がない。
『マイナー・オプション』とは、40人枠内での有望選手の飼い殺しを防ぐために設けられた規定。MLB規約の第11条で述べられている。選手はキャリアで初めて40人枠に登録された際、『マイナー・オプション』を3シーズン分与えられる。アクティブ・ロースターの選手が40人枠に移行（マイナー降格）した時点でオプションが発動したとみなされる。また、スプリングトレーニング期間中に40人枠にいた選手が開幕の25人枠に入れなかった場合もオプションが発動したとみなされる。このため、40人枠には残っているものの25人枠から外れた選手はオプションを割り当てた状況となる。オプション発動中の選手に対しては、球団は当年シーズン終了までの間、アクティブ・ロースターと40人枠間でその選手を何度でも自由に昇降格させることができる。なお、マイナー降格（optioned）した選手は原則、マイナーで10日間を経てからでないと再昇格（英: Recall）させることができない。シーズン終了時、同シーズンでのマイナー在籍期間が合計20日以上だったオプション発動選手は、1シーズン分のマイナー・オプションを消費する。なお例外として、1シーズンを通して故障者リストに登録されていたオプション発動選手と、プロ在籍5年に達する前に3シーズン分のマイナー・オプションを消費し終えた選手には、1シーズン分のマイナー・オプションが追加で与えられる。マイナー・オプションを使い果たした選手は以降、自由にマイナー降格させることができなくなる。もしアクティブ・ロースターから外したい場合は、前述のマイナー降格拒否権を持つ選手のケースと同じく「DFAの措置をして40人枠からも外す（DFA後、トレードまたはウェイバー公示を行う必要があり、公示中に他球団から獲得申込みがあった場合はその選手を放出しなければならないリスクがある）」または「故障者リストの利用」といった手段を用いる必要がある。マイナー・オプション数は、チーム移籍やDFA・自由契約などによっても回復することはない。以上から、3シーズンを超えて特定選手を40人枠内（25人枠外）で保有し続けることは困難なルールとなっている。