名古屋放送は、トヨタ自動車販売の神谷正太郎を中心に、朝日・毎日・読売の三大新聞社と、日本テレビ、NETテレビの出資で設立され、日本テレビとNETテレビのクロスネットとして開局したが、NETテレビが当時教育局であったため、社内でのNETテレビ系列の番組への評判は低かった。こうした事情から、開局時点での名古屋放送の番組は、巨人戦やプロレス中継といった有力番組を持つ日本テレビ系列をメインに編成するようになった。ただ、社長に就任した神谷は朝日新聞社シンパであり、朝日新聞社の特信部長であった川手泰二を腹心として呼び寄せるなど、人事面では朝日色が強かった。1964年から1966年にかけて、名古屋放送のネット比率は日本テレビ系列が70パーセント、NETテレビ系列が30パーセントであった。当時NETテレビは朝日新聞社との関係を強化していたことから、ネット比率を日本テレビと同等にすべく、毎年強く働きかけていた。こうした中、1969年4月、中京テレビが事実上NETテレビ系列主体で開局。中京テレビはUHFでの放送であり、視聴には別途コンバーターの購入が必要となることから、「中京テレビとの完全ネットはネットワーク政策上不利だ」と言われていたため、NETテレビ・日本テレビの両社は、名古屋放送との関係強化にばかり腐心していた。名古屋放送は中京テレビ開局後も、NETテレビと日本テレビとのクロスネットを継続、半年ごとの番組改編に頭を悩ませ続けることとなった。名古屋放送は日本テレビ系列を中心にしつつも、NETテレビ系列の高視聴率番組を組み合わせた編成で放送していた。また、ニュース系列でのちにNNNに加盟するなど、開局当時から日本テレビ系列の準基幹局として位置付けられていたが、正午前と夕方のニュースは、朝日新聞社との関係でANNニュース（昼はNNNも放送）を受けていた。また、ゴールデンタイムは曜日によりキー局が異なるため、スポットニュースは基本的に自社制作していた。このため東海地区では、夕方とゴールデンタイム＝スポット枠のNNNニュースが放送されず、日本テレビの不満は募っていた。1970年、日本テレビは、このような中途半端なネットワークを改善すべく、名古屋放送との間で「ゴールデンタイム枠を日本テレビ系列番組に固定する」3年契約を結んだ。20・21時台は、全曜日で日本テレビ系列の時間となったが、1972年秋、NETテレビ・朝日新聞社の猛烈な巻き返しで、土曜日の19時30分から2時間枠をNETテレビ系列にする編成案を発表。これで日本テレビの態度が硬化し、係争関係に発展。一旦和解はしたものの、日本テレビは結局名古屋放送との関係修復をあきらめ、中京テレビとの完全ネットを決断した。一方名古屋放送はNETテレビと完全ネットを結び、1973年4月1日付けでNNNを脱退。しかし、これまで編成上60パーセントを占めていた日本テレビ系列の番組が姿を消したことで、長年苦戦を強いられることとなった。
優勝こそ逃したが、NHKが急遽全試合をテレビ中継し、3回戦はスタンドに入れなかった学生2万人が球場の外を囲み、急きょ設置されたテレビモニターで観戦する事態となった
1991年には小桧山雅仁・大久保秀昭のバッテリーで19年ぶりの春秋連覇を達成した
1994年に前田から後藤に監督が引き継がれてからも次々と好選手が現れ、1994年秋季には丸山泰令がチーム戦後4人目となる三冠王を獲得、1996年春季には高橋由伸も三冠を達成した
高橋は翌1997年に法政・田淵幸一の記録を29年ぶりに破る通算23号本塁打を放ち、春季リーグ戦では5年ぶりのリーグ優勝に導いた
2000年秋季には早稲田との優勝を懸けた決戦を制して20世紀最後のリーグ覇者に就き、翌2001年秋季には喜多隆志が東京六大学のリーグ新記録となる打率.535をマークするなど、開幕から8連勝の破竹の快進撃で通算優勝回数を30回の大台に載せた
2004年秋季リーグ戦では鬼嶋一司監督のもと31回目のリーグ優勝を飾り、2007年には加藤幹典の好投で春・秋とも慶早戦に優勝を懸けるところまで来たが、いずれのシーズンも斎藤佑樹らを擁する早稲田にわずかに及ばなかった
2008年は塾創立150周年、創部120周年の記念の年にあたり、4年ぶりの天皇杯奪回を目指したが果たせなかった
しかし常に優勝を争えるチーム力を蓄えており、2010年からは部史上初のプロ出身監督として、OBの江藤省三を監督に招聘
「早稲田黄金時代」と呼べる状況にあった東京六大学野球で、同年から2年連続春季リーグ戦に優勝することで、「打倒早稲田」というチーム伝統の使命を果たした
また、江藤の在任中には、部員から3年連続でプロ野球選手を輩出（2012年：伊藤隼太、2013年：福谷浩司、2014年：白村明弘）
2012年には、チーム史上初の女子選手として、川崎彩乃投手を登録した
戦前の宮武・山下・別当、戦後の衆樹・広野・山下・青島・大森・高橋など、数多くの長距離砲を育成してきた伝統を持つ
また志村・加藤幹など優れたサウスポーが次々生まれるのも慶應の伝統といわれる
水原に代表される、いかにも「慶應ボーイ」といえる華やかなスターが多いのも特徴といえるだろう
なお江藤は、4年の任期が満了した2013年11月に、監督の座を助監督の竹内秀夫に譲る格好でいったん退任
2014年1月20日付で日本学生野球連盟から（プロ野球経験者による高校生への指導に必要な）学生指導資格の回復を認められたため、同年春からは慶應義塾の各高校野球部を統括する「総監督」に転じる予定だった
しかし、竹内は大学監督への就任直後から、内臓疾患で長期にわたって入院
現場復帰の目途が立たないことから、2014年2月28日には、江藤が同年の東京六大学野球の春季リーグ戦期間中に再び大学の野球部を指揮することを発表した
ただし、竹内が現場への復帰を前提に監督職へとどまっているため、東京六大学野球連盟には竹内の代理扱いで江藤を「助監督」として登録
春季リーグ戦が終了する6月末までの指導を予定していたが、そのリーグ戦ではチームを再び優勝に導いている
秋季リーグは高多倫正が助監督を務め、竹内は秋季リーグ終了後に1度も指揮を執ることなく退任した（2015年8月5日死去）
2015年からは大久保秀昭が監督を務める