2001年4月、英国籍女性 SHAC 活動家が大阪大学の実験施設に侵入し、動物実験のビデオテープを盗み、建造物侵入と窃盗容疑が発生。また、4月20日、上記の大阪大学の実験施設に侵入した SHAC 活動家と、東京都都内の非営利組織アニマルライツセンター代表及び同じく都内の動物権利擁護団体ヘルプアニマルズ代表の3人が、東京都文京区の順天堂大学医学部に侵入、実験用動物を飼育している施設から雑種犬1匹を盗んだ容疑も発生。2002年6月、SHAC は上記を含む日本の5大学の動物実験施設に侵入して内部を撮影したり資料を持ち出した上で、インターネットで公開し非難。被害を受けた大学は警察に届け、英国警察も協力し犯人を特定。その後、SHAC 活動家が再度訪日した際に逮捕し、懲役3年となった。この事件について、2003年の科学雑誌Natureは、（SHAC によって公開された）動物実験について、研究所は目的、意義、理由を明確に説明できるものだとした上で、大阪大学が言うには、この事件の結果、部外者が研究所に入り込まないように警備が強化されただけでしかなかったと、伝えた。
2001年2月22日　ブライアン・キャス殴打事件（イギリス） - ハンティンドンライフサイエンス社長ブライアン・キャス (Brian Cass) が、イギリスケンブリッジシャー州セント・アイヴス(St.Ives)の自宅前において妻と当時3歳の子供の目の前で、3人の覆面をした者に殴打され、一命をとりとめた。この事件にかかわった犯人の一人は3年間投獄された。
特にイギリスのロンドンにおいて、現地日系製薬会社をターゲットにした暴力的かつ反社会的な行動が続発した。このため、一部の製薬会社は、裁判所に SHAC に対するインジャンクションを求め、企業に近づいただけで逮捕されるようになった。
環境テロ（エコテロリズム）の実行形態としては、ALF, ELF, SHAC 等の協働のテロ行為が1999年以降、大幅に増加した。動物虐待・自然環境破壊又はそれらから搾取することで利益を得る企業・組織等に対し、経済的な打撃を与えることを主たる目的とした。攻撃対象は従業員や顧客にも及んだり、関係する金融機関、物品の納入会社にまで及んだ。また、その目的の達成のために、メディア等で取り上げられる手法が用いられた。街頭デモなどの合法的な抗議活動を行う場合もあるが、その活動の多くは脅迫、中傷、暴行、傷害、窃盗、放火、爆破などの非合法活動が中心となっている。枚挙に暇がないほど非合法行為・妨害行為を行い、「殺す」と脅すこともあった。SHAC は公式には非合法な抗議・妨害活動を認めていないが、非合法活動により逮捕・拘束される構成員が多い。SHAC の表明では、こうした非合法活動により HLS 社への関与をとりやめた企業は 87社にのぼるとし、2004年に報道された。
2004年、疲弊する地方競馬を中心とした日本競馬の構造改革を目指して競馬法が改正され、勝馬投票券発売業務を始めとする競馬の実施にあたる業務の大半を民間業者へ委託可能となった。そして早速、2004年限りでの廃止が決定していた高崎競馬場について、当時新進気鋭のIT系若手経営者として知られ、熱心な競馬ファンでもあったライブドア社長堀江貴文が、インターネットを通じた馬券発売を中心とした再建策を持ち上げる。2005年には、ソフトバンクの子会社であるソフトバンク・プレイヤーズが、日本レーシングサービスが所有していた南関東を除く地方競馬の統合電話投票システムであるD-netを買収し、翌2006年4月よりオッズパークとしてリニューアル。同社はまた、帯広市主催のばんえい競馬の一部業務委託も2011年度まで担っている。一方で南関東公営競馬は東京都競馬がシステムを管理する自前の電話投票システムSPAT4を有していたが、別途2006年3月末に楽天との間でインターネットを通じた勝馬投票券発売業務の提携を発表。他の主催者もこれに追随し、2007年2月より楽天競馬として業務を開始した。こうした勝馬投票券発売業務の委託は10%以上の高額な手数料による収益性低下の問題を孕んでいたものの、その利便性の高さから総売上に占める電話投票の割合は着実に増加していった。なかでも高知県競馬組合はハルウララの登場と関係者の必死の努力によってギリギリで廃止を免れる状況が続いていたが、インターネット投票の顧客を狙って2009年より冬期も含めた通年ナイター開催である夜さ恋（よさこい）ナイターを開始。後述する日本中央競馬会の電話投票システムでの発売もあって、大きく経営を安定化させることに成功している。このようにナイター開催化の流れは全国的に顕著であり、同じく2009年から門別もナイター化し、2012年からは園田競馬場も限定的ながらナイター開催を行っている。こうした中で地方競馬の開催成績は2000年代半ばから微減で推移してきたが、それでも2011年には荒尾競馬場が、2013年には福山競馬場が廃止となった。2000年代の後半に入るとインターネット発売や広域場間場外発売の拡大もあって、従来から進められていたダービーWeekを始めとする全国規模のシリーズ競走の企画運営や交流競走路線の整備が、一層の進展を見せてきた。また小泉構造改革に伴う特殊法人改革によって、地方競馬全国協会は2008年より地方共同法人へと移行する。この際にその業務に「競馬活性化事業及び競走馬生産振興事業に対する補助」が加えられ、農林水産大臣の認可を受けた認定競馬活性化計画に基づき、地方競馬全国協会が各主催者や業務受託業者を支援することが可能となった。そして日本中央競馬会からの交付金も用いて整備が進められた地方競馬共同トータリゼータシステムによって、2012年10月からは地方競馬IPATとして中央競馬の電話投票システムを通じた地方競馬の発売を開始。また同じシステムを通じて地方競馬場やその場外勝馬投票券発売所で中央競馬の馬券を発売するJ-PLACEも拡大し、その手数料収入が一部の地方競馬主催者にとっては重要な収益の柱となっている。これらの施策が実を結び、地方競馬の売上は下げ止まりの傾向を示している。川崎競馬では平成25年（2013年）度の一般会計決算で累積赤字をすべて解消し黒字に転じたほか、ばんえい競馬も平成25年（2013年）度・平成26年（2014年）度の2年連続で売得金（売上）が前年度比110%以上となっている。