境内から天筒山の方角の敦賀北小学校校庭には「土公（どこう）」と称される小丘がある（位置）。「土公」とは陰陽道における神の名である。土公は神宮の聖地とされており、周囲には卵形の石が八角形にめぐらされている。社伝では、気比神はこの土公に降臨したといい、大宝2年（702年）の社殿造営以前は土公を神籬として祭祀が行われたとする。また社殿造営後も土公は古殿地として護られたとも、最澄・空海は当地で7日7夜の祈祷を行なったとも伝える。この土公は聖別されているため、調査が行われておらず詳細は明らかでない。社伝に見える説のほかに、古墳とする説や経塚とする説がある。
主要社殿は昭和20年（1945年）の空襲で焼失したため、いずれも戦後の再建である。本殿（本宮）は昭和25年（1950年）の再建で、南面して鎮座する。本殿の周囲には東殿宮（本殿の東）・総社宮（東北）・平殿宮（西北）・西殿宮（西）の4社殿が建てられ、これらは「四社の宮（ししゃのみや、四社之宮）」と総称される。四社の宮はいずれも平成に入っての再建社殿である。また、本殿に接続して内拝殿・外拝殿が建てられているが、これらは昭和の大造営時の再建になる。戦災で焼失した旧本殿は、江戸時代初期の慶長19年（1614年）に結城秀康によって再建されたもので、旧国宝に指定されていた。桁行三間・梁間四間、「両流造」という独特の形式の大規模な社殿で、屋根は檜皮葺、正面には一間の向拝が付設されていた。また内部は正面一間通りを外陣とし、奥は一間ごとに3分割して中央間に中陣・内陣・内々陣を設け、左右脇間は空殿とされていた。『気比宮旧記』によれば、そのうち内々陣の中央に仲哀天皇、右（西）に神功皇后、左（東）に保良太神（伊奢沙別命）が祀られていたという。社務所は平成23年（2011年）の再建。以前の社務所では裁判所庁舎が移転・使用されていた。
明治維新後、明治4年（1871年）に近代社格制度において国幣大社に列した。明治28年（1895年）には官幣大社に昇格するとともに、神宮号宣下により社名を現在の「氣比神宮」に改称した。昭和20年（1945年）には敦賀空襲により旧国宝の本殿ほか社殿の多くを焼失した。本殿は昭和25年（1950年）に再建され、その他の社殿も再建・修復を経て現在に至っている。また、戦後は神社本庁の別表神社に列している。
中世以降は越前国の一宮に位置づけられ、「北陸道総鎮守」とも称されたという。古代に続いて中世も広大な社領を有しており、その土地は越前を中心として遠く越中・越後・佐渡にまで及んでいた。南北朝時代の戦乱では、宮司の気比氏治は南朝方につき金ヶ崎城を築いて奮戦したが、北朝方に敗れ一門は討ち死した。この敗死により神宮の社領も減じられたが、それでもなお24万石を所領したと伝える。神宮は中世を通じて社殿焼失が多く、史料には再建を示す記事が多く見られる。戦国時代には、社家は戦国大名朝倉氏の下に組み込まれた。そのため、織田信長の侵攻によって社殿のほとんどを焼失、朝倉氏滅亡とともに社領も没収されて社勢は著しく衰退した。江戸時代に入ると慶長8年（1603年）に結城秀康から100石が寄進され、慶長9年（1604年）には社殿造営がなされて再興が果たされた。その後は、徳川家光から秀忠の病気平癒祈願料として50石が寄進されたほか、大野城主の松平但馬守などからの奉幣も受けている。しかしながら、かつての繁栄は見られなくなったという。
原典デザインのまま体積を約85%に縮小したデザインとなっており、一回り小さいぐらいの大きさとなっている。ニンテンドークラシックミニ ファミリーコンピュータやメガドライブ ミニなど他メーカーの復刻系ゲーム機と同様、オリジナルのソフトであるHuCARDやCD-ROMは使用できず、かつて発売されたPCエンジンのソフト34本がプリインストール（内蔵）されている。見た目こそ初代機のPCエンジンであるが、収録ソフトは初代機単体で遊べるタイトルだけにとどまらず、PCエンジンスーパーグラフィックス用ソフトの『オルディネス』、CD-ROM²用の『イースI・II』、SUPER CD-ROM²用の『天外魔境II 卍MARU』、ARCADE CD-ROM²用の『銀河婦警伝説サファイア』などのタイトルも収録が発表されている。また、本来は初代機のPCエンジンでは起動しないTurboGrafx-16用タイトル24本もプリインストールされており、合わせて58本のゲームタイトルが収録される。なお、PCエンジンとTurboGrafx-16の切り替えは、ソフト選択画面の右下のコマンドにて行う。ゲームの進行状況を好きなタイミングでセーブ・ロードできる「カンタンセーブ機能」や、ゲーム画面のサイズを自由に切り替えるなどの機能もあり、中にはPCエンジンGTのフレームやTFT液晶を再現するモードもある。原典当時に同梱された「PCエンジンパッド」 (PI-PD001) を、サイズはそのままに接続端子をUSB仕様としたパッドが1つ付属するほか、「ターボパッド for PCエンジン mini」と呼ばれる連射機能付きパッド（こちらは「ターボパッド」 (PI-PD002) がモチーフ）が別売で単体購入できる。また、PCエンジンシリーズには1つしかなかったパッド接続口は2か所に増設されているため、当時とは異なり3人以上でのプレイに限って専用のマルチタップが必要となる。映像・音声出力用にHDMI端子が用意されており、現代のディスプレイやデジタルテレビにも接続できる。電源入力端子はmicro-B USB端子である。ACアダプタは付属しないため、USBのAコネクタに電源供給できるACアダプタ（出力 5.0V/2.0A/10W）が別途必要となる。