共和党マケイン候補は、祖父と父がアメリカ海軍大将で、両親ともアメリカ本土生まれで米国籍を有しており、当然にマケインも米国籍を得ているが、父が軍務で赴任していた本人出生地のパナマ運河地帯（当時）はアメリカの「未編入領土」(Unincorporated territory)であり、出生地主義による国籍取得は認められていなかった。これについて、2008年の大統領選挙出馬に際して大統領就任資格の「生まれによる米国市民」を満たさないとする声が上がった。このため、上院では2008年4月30日に「マケインは『生まれによる米国市民』であり、大統領就任資格があることを確認する」と宣言する法的拘束力なき決議が全会一致で行われた。この決議案はライバルの民主党から提出され、マケインとの本選挙対決を目指して民主党予備選で争っていたオバマ候補とクリントン候補（両名とも当時上院議員）が決議案共同提出者として名を連ねた。一方、米国籍の母とケニア国籍の父から米国本土であるハワイ州で生まれたとされるオバマ候補に関しても、実は米国外で生まれており「生まれによる米国市民」に該当しないという主張が右翼からなされた。この件は、民主党はもとより共和党主流からも相手にはされず、オバマの当選を承認した両院合同会議でも全く異議が上がらなかったものの、その後も在野の右翼から根強く主張がなされた（記事 バラク・オバマの国籍陰謀論 参照）。
2007年1月の報道によれば、連邦選挙委員会委員長は、この2008年の選挙運動が史上最も長く、かつ最も費用のかかる選挙となる、と述べたとされている。それによれば、立候補するための「エントリー費用」として、2007年末までに各候補者は1億ドルを集める必要があるとしている。なお、前回の2004年の大統領選挙においてブッシュ・ケリーの両候補はそれぞれ予備選挙段階で2億ドルを超える選挙費用を調達している。
現職のブッシュ大統領は2期の任期を満了することとなるため、合衆国憲法修正第22条の規定により3選出馬をすることはできない。現職大統領が2期8年の任期を満了した場合には、副大統領を務めていた者が後継候補として立候補する例が続いている。アイゼンハウアー大統領→ニクソン副大統領、レーガン大統領→ブッシュ（父）副大統領、クリントン大統領→ゴア副大統領の各候補である。しかし、現在のチェイニー副大統領は、2001年以降たびたび大統領選挙への不出馬を表明し、実際に立候補しなかった。このため、現職の大統領・副大統領が大統領選に出馬しない例としては1928年のクーリッジ大統領とドーズ副大統領以来80年ぶりのケースとなった（1952年のアイゼンハウアー、スティーヴンソン両候補とも副大統領ではないが、このときはバークリー副大統領が民主党予備選に立候補している）。
大統領選挙と同時に行われた上院議員選挙でもアラスカ州、ミネソタ州、ジョージア州など幾つかの州で集計作業をめぐるトラブルがおきておりいずれも票の集計が滞った。11月19日までにアラスカ州で現職の共和党候補が落選。民主党は非改選を含め58議席（同党系無所属含む）に伸ばした。また、ジョージア州では投票総数の過半数を獲得した候補がなく、州法に基づき同年12月2日に決選投票が行われたが、共和党が勝利した。ミネソタ州では当初民主党候補が勝利したが、再集計をめぐり共和党候補がこれに異議を申し立て訴訟を起こした。2009年6月30日、 州最高裁判所が民主党候補の勝利を決定し、民主党は議事妨害を防ぐことができる60議席を名実共に獲得した。
今回の選挙ではミズーリ州で大量の暫定投票分（期日前投票）の有効票を精査しているため、11月19日になって本選挙の結果が判明した。結果、マケインが3632票差（0.12ポイント差）で大統領選を制したオバマを破って勝利した。これで全米50州と首都ワシントンでの全集計が終わり、獲得選挙人数（計538）はオバマが365、マケインは173で確定した。
本籍静岡県。幕臣出身で、1876年（明治9年）1月海軍兵学寮に機関科生徒として入校した。｢扶桑｣乗組みとして半年の艦上練習を行い大試験に合格。1879年（明治12年）8月、海軍機関士副に任じられた。機関士副は当時の准士官で、兵科の少尉補に相当する。同時に任じられたのは森友彦六ら7名で、山本の席次は6番である。1892年（明治15年）に海軍武官制度の改正が行われ、機関科、主計科に将校相当官が設けられたことに伴い、海軍機関士補となる。同年中に少機関士（少尉相当）に進級した。｢浪速｣回航委員、海兵機関学教授などを歴任。1890年（明治23年）に『海軍機関要規』と題して英国海軍機関マニュアルの翻訳を刊行した。翌年生起した日清戦争では｢西京丸｣機関長として黄海海戦に参戦。同船には軍令部長樺山資紀が乗船しており、「西京丸」 と同航した「赤城」艦長・坂元八郎太が戦死している。1896年（明治29年）には「八島」とともに日本海軍最初の 戦艦である「富士」回航委員に選ばれ、同じく幕臣出身である艦長三浦功を補佐して英国から日本への回航を行った。機関大監（大佐相当）進級後は海軍中央部勤務となり、軍務局機関科長として、機関術に関する統一的な教範作成、機関科士官の海外派遣を行っている。常備艦隊機関長を経て連合艦隊機関長に就任。同職は艦隊における兵科以外の機関、主計、軍医の三科のうち機関科の長で、司令部を構成する重職である。連合艦隊旗艦｢三笠｣に乗艦し、黄海海戦、日本海海戦に参戦。後者では負傷したが、戦闘配置に復帰し戦った。戦後は海軍機関学校校長、艦政本部第四部長などを務め、機関学校長時代には『海軍機関学校生活』を刊行した。日本海軍は日清戦争において世界で最初となる機走軍艦による戦闘を経験し、機関科の地位は徐々に高まっていた。日露戦争においては旅順港閉塞作戦実施要員に機関科員から大量の志願者を出し、実際に作戦行動に従事。また機関科士官が一部指揮権を行使するなどし、兵科より低かった機関科の地位向上につながっていく。1906年（明治39年）に機関総監は機関中将と機関少将に改められ、山本は機関少将となった。しかし機関科士官は未だ将校相当官であり、制度上将校と認められるのは1915年（大正4年）12月のことである。