建設段階でも、中村元は現場監修にしばしば訪れ、事業費の切り詰めのために、水族館機能の根幹を除いて、役所の担当課や施工業者が唖然（あぜん）とするほど仕様や設備などのグレードを落とした。報道では以下のように表現される。壁の板を薄くしたり、施設の裏側は裸同然のままにしたり、化粧板を使わず塗料を塗ったり。そんな工夫で3千万円削った。（中略）水槽の高さや配置、展示方法など、中村さんや職員から次々注文がつき、設計業者が音を上げたほどだった。—『朝日新聞デジタル』 2013年4月3日北見市民も建設費の削減に協力し、擬木は高価なため使えないので造林業者が原木を提供したり、展示される池（四季の水槽）の河川林の草木植栽を職人がボランティアで行ったりした。「四季の水槽」の石積作業は水族館の現場職員が自ら行った。
「山の水族館・郷土館」は、2011年11月6日に、老朽化や集客減などの理由で一旦閉館した。道の駅内にからくりハト時計塔などの施設が出来て、水族館が建物の陰に隠れてしまったこともあり、道の駅内で国道側に数十メートル移築することになった。そして国の「まちづくり交付金」を活用して、移築工事が実行され、2012年7月7日、新たな「山の水族館」へとリニューアルした。「山の水族館」の建設費は、当初の予算（案）は約2億5千万円だったが、のちに地元の支援を受けて約3億5千万円の予算となった。取り壊し費用、イベント費用などを合わせて総事業費は約4億4千万円である。また、旧「山の水族館・郷土館」は、留辺蘂（るべしべ）の町の歴史を紹介する郷土館を併設していたが、移築に際して廃止となっている。
大雪山のふもとに建つ水族館で、淡水魚を展示している。前身の「山の水族館・郷土館」は集客減が続き、2012年のリニューアルでは3億円余りの予算が提示され、これを受けて、水族館プロデューサー・中村元が新しい水族館を監修した。世界初の「川が凍る水槽」や、日本初の「滝つぼ水槽」などがつくられ、リニューアルして半年以内に、前年比数倍の入館者を集めた。巨大イトウを群れで飼育したり、温泉（冷泉）を利用したりしている。また、水族館の温泉水は魚の成長を早めることが確認されている。
2002年7月7日にサービスが開始された。翌2003年6月15日までの約1年間でせたまる定期券・せたまる回数券合わせて50,389枚が発行された。しかし、PASMOの普及と利用の増加に伴い利便性向上を目的としてPASMOサービスに統一するため、世田谷線PASMO定期券の販売に伴い2012年3月16日には入金・販売が終了され、2012年9月30日に使用が終了され、サービス終了となった。東急電鉄では、2007年（平成19年）3月18日よりせたまると同じICカードのPASMOを導入し、東日本旅客鉄道（JR東日本）などが発行しているICカードSuicaも2007年3月18日からPASMOとの相互利用を開始した。PASMOサービス開始時には車内放送でも案内があった。PASMO導入当初はせたまると違い、あらかじめチャージ（入金）されたSF（残額）から運賃を精算することにしか利用できず、残額不足の場合には不足運賃を現金で精算する必要があった。世田谷線内各駅でのチャージ（オートチャージを含む）、残額履歴確認、PASMOの発売・払い戻し・再発行の各サービスは行っておらず、PASMOには世田谷線の定期券を付与することもできなかった。また、2012年3月16日までは、PASMO・Suicaで乗車する場合はせたまる回数券やバス利用特典サービスのように利用に応じたポイントの還元サービスを行っていなかった。以上の事から、2012年3月16日までは世田谷線を定期券で利用する場合や、世田谷線を頻繁に利用する場合は従来どおりせたまるを利用したほうが有利であり、世田谷線の車内や各駅にもその旨を明記したポスターが掲示されていた。2012年3月16日のせたまる販売・入金終了に伴い、翌3月17日より世田谷線三軒茶屋駅・下高井戸駅・上町駅（上町駅は三軒茶屋方面の乗り場のみに駅舎がある）の駅舎で、PASMOの発売・払い戻し・再発行、残額履歴確認の各サービスが行われるようになった。上記の駅舎内に設置された自動券売機や車内設置の運賃箱でチャージは可能になったが（世田谷線は全然均一運賃のため券売機では切符の発売は行っていない）、オートチャージは引き続き利用できない。また同日よりPASMO定期券も発行され、バス利用特典サービスも導入された。世田谷線のPASMO定期券はバス定期券と同等の扱いで、バス定期券情報が記録されているPASMO・Suicaでは発行できないほか、Suicaには世田谷線の定期券機能をつけることができないPASMO・Suicaに対してバス利用特典サービス（バス特）導入。2012年3月16日までは払い戻しに当たっては残金から手数料210円が差し引かれ、210円未満の残金がある場合は事実上210円未満の残金は返却されずポイントも換金されないため、デポジットの500円しか返却されなかった。ただしポイントが貯まっている場合は10ポイントを140円相当として手数料との相殺が可能であった。また、利用可能額140円未満の場合に不足分を現金で支払うことはできないため、（入金した金額を全額使い切るという意味において）損をすることなく解約するには、(1) ポイントを15ポイント以上貯めるか、(2) 利用可能額がちょうど0円になったタイミングで行うより他はなかった。2012年3月17日より、せたまる廃止にともなう手続改定により、払い戻しに際して手数料210円が差し引かれなくなった上に、ポイントが返金対象に含まれるようになったため、利用者から見たこのような不利益は解消された。2012年3月17日よりせたまるの払戻し手数料が無料になることを除いては、PASMOへのポイントや残高の移行やPASMOへの移行を呼びかけるキャンペーンはなかった。紙の回数券については今後も発売される。