遡ることおよそ40億年強、地球が誕生した頃の大気は主に窒素・水蒸気・二酸化炭素・硫黄酸化物（火山ガス）などで形成されていたと考えられている。その中でも二酸化炭素については、当時は今より遙かに高濃度であったと推定されている（後に大気中の概ね 0.03% 程度まで低下、現在は概ね 0.04% になっている）。そのような環境下ではもちろん動物は生活できず、まずは光合成を行うことのできる植物プランクトン（または硫黄酸化物を吸収する嫌気性生物）のような生物が海中で誕生したと考えられている。それらの生物が光合成によって太陽エネルギーを利用して大気中の二酸化炭素を吸収・分解（または硫黄酸化物を吸収）、そのうち炭素（硫黄）成分を体内に吸収し、酸素を排出する。すると今度は酸素を消費し植物プランクトンを捕食する動物プランクトンのような生物が誕生。この小さな原始生物達による生命活動の循環が積み重ねられることで、約 8億年前には現代とほぼ同程度の酸素濃度（約23%）になり、この高濃度の酸素が後にオゾン層を形成し、動植物が地上へ進出することが可能になったと考えられている。また、太古の地球は現在より遙かに気温が高かったが、二酸化炭素などの減少により気温が概ね 15℃程度まで低下、大気の循環も相まって冷やされ、現在の姿になっていった。それらの動植物性プランクトンは、一生を終えると海中深くへ沈み、それが堆積し、地層を形成し、加熱・加圧される等の変遷を経て、石油となった。また、その後に陸上に進出した樹木などの生物の死骸が同様の理由で堆積・加圧等されて形成されたものが石炭である。言い換えれば、かつて大気中に存在していた炭酸ガスその他の人体にとって有害な成分と太陽エネルギーが、生物の働きによって長大な時間をかけて固定され、地中深くに封じ込められたものであると言える。なお、現在でも大気中の二酸化炭素を有機化合物へと固定する合理的な方法は開発されておらず、人間を含めた全ての動物は、植物による光合成なくしては生命をつなぐことができないが、それは食糧ばかりでなくエネルギーでも、また地球上の様々な循環の仕組みを維持する上でも同様である。
現在使われている主なものに、石炭、石油、天然ガスなどがある。また近年はメタンハイドレートや、シェールガスなどの利用も検討され始めている。上記はいずれも、かつて生物が自らの体内に蓄えた昔の炭素化合物・窒素酸化物・硫黄酸化物・太陽エネルギーなどを現代人が取り出して使っていると考えることができる。これらの燃料は燃やすと二酸化炭素 (CO₂) 、窒素酸化物 (NOₓ) 、硫黄酸化物 (SO₂) などを発生するが、これらが大気中に排出されることにより、地球温暖化や、大気汚染による酸性雨や呼吸器疾患など深刻な環境問題を引き起こす要因になっている。また、資源埋蔵量にも限りがあるため持続性からも問題視されている。これらの環境問題が発生しにくい太陽光発電、風力発電、地熱発電 、バイオ燃料（バイオマス）などの再生可能エネルギーや新エネルギーの研究が進められて、主に西欧諸国やブラジルなどで使われはじめている。
祖父・持清の従弟であり、侍所所司代を勤めた多賀高忠は、室町幕府や管領・細川勝元への働きかけ、叔父・京極政経を後見役に孫童子丸が家督を継ぎ近江・飛騨・出雲・隠岐守護職に補任された。孫童子丸が幼かった為、幕府は南近江の六角政堯を守護職補佐として付ける。それに対して乙童子丸派の政光と多賀清直は反発し、文明2年9月に西軍へ寝返り、六角亀寿丸と和睦して孫童子丸派を江北（湖北）から追放しようとする。翌年の文明3年（1471年）に孫童子丸が夭折し、新たな跡目争いが起きる。同年に幕命により六角政堯が近江守護職を補任するが、従弟の六角亀寿丸に敗れ自害する。孫童子丸派の勢力は弱まり、乙童子丸派の多賀清直が孫童子丸派の多賀高忠へ攻勢をかける。幕府の後押しを受けて多賀高忠は反撃、文明4年（1472年）9月頃までに国人衆を押さえて湖東・湖北を掌握した。追い詰められた政光は、美濃小守護代の斎藤妙椿に援助を要請し、9月末に西軍の京極政光・京極乙童子丸・多賀清直・多賀宗直・六角亀寿丸・斎藤妙椿ら連合軍は孫童子丸派を破り、京極政経・多賀高忠らを越前へ敗走させる。政光を後見役に乙童子丸が家督を継ぎ飛騨・出雲・隠岐守護職となるが、幕命により近江守護職は政堯の養子・六角虎夜叉が補任されていた。同年に後見役だった政光が病死し、守護代の多賀清直・宗直父子が乙童子丸を補佐する。翌年の文明5年（1473年）に幕府より乙童子丸の飛騨・出雲・隠岐守護職の解任と、京極政経への飛騨・出雲・隠岐守護職を補任する命が下る。分国の出雲へ落ち延びていた京極政経と多賀高忠は、文明7年（1475年）9月に出雲の国人衆を率いて上洛し、延暦寺僧徒と信濃の小笠原家長ら東軍の支援を受けて近江へ進攻し、観音寺城下で西軍の六角亀寿丸・京極高清（乙童子丸）・多賀清直・多賀宗直の連合軍は大敗する。敗れた六角勢は観音寺城へ籠城し、京極勢は江北へ撤退する。この勝利によって幕命が下り、六角虎夜叉の近江守護職は解任され、京極政経が近江守護職に補任された。同年10月に美濃守護土岐成頼と越前・尾張・遠江守護斯波義廉の援軍が近江へ到着し、西軍の反撃が始まる。高清は西軍の六角亀寿丸・斯波義廉・土岐成頼・斎藤妙椿ら連合軍と共に京極政経・多賀高忠らを破り、多賀高忠を京都に敗走させるも一進一退の攻防は応仁の乱後も続いた。