1960年代まではカツオ漁が盛んで、鰹節に加工して出荷していたが、近年の漁業専従者は一桁となっている。就業人口の約3分の1が農業に従事する。かつては米、麦、粟が作られたが、1960年代初頭に製糖工場が立地したことを契機にサトウキビ栽培への転換が進んだ。2001年には、75億円の事業費と22年間の歳月を費した土地改良（ほ場整備）事業が完了した。一方でスイカ、メロン、パッションフルーツ、モチキビなどの栽培も試行されている。ヤギが2005年（平成17年）調査時で登録数で411頭、さらに野生のヤギがその数倍いるといわれる。また和牛の飼育も約30戸ほどが行い、2005年（平成17年）当時で5百数十頭を飼育している。
島の西（イリ）に最初の集落とされる冨嘉（フカ）があり、中央部に前（メー）、名石（メーシ）の2集落、東（アリ）には、南（ペー）、北（ニシ）の2集落、総計5つから構成される。小中学校・診療所・郵便局が存在する。それぞれの集落には小さな共同売店がある。社会関係は、兄弟（ビギリ）と姉妹（ブナリ）の結びつきと、双系的親族を基本とする。島全体が西（イリ）と東（アリ）に分かれ、その境界はタカナブチという。富嘉が西でブナリで、東はビギリとされ、姉妹の兄弟に対する霊的優越の考え方から、西が全てにおいて優位にたつ。かつて行われていた綱引きでは必ず西が勝ち、東から綱に託して、豊穣（ユー、世）を引き込むとされていた。
島の成因は隆起珊瑚礁であるが、比較的起伏が大きい。中央部には標高60mに達する地点もあり、この付近に波照間島灯台が立つ。
古くから「ハティローマ」と呼ばれていたと考えられており、15世紀中頃の『李朝実録』でも「補月老麻伊是麻」（ホティローマイジマ）と記されている。現在は、波照間島では「パチラー」、石垣島では「パチルマ」、「ハティローマ」、「ハティロー」等と呼ばれる。このような名称は「果てのうるま」（「うるま」は、琉球または珊瑚礁の意味）に由来するという説が一般的であり、波照間という表記は当て字である。これに対して、金関丈夫はインドネシア系言語であるアミ語（台湾のアミ族の言語）で「沖の島」を「ボトル」と呼ぶことと関係があるのではないかとの説を唱え、宮良当壮と論争になった。現地では「ベスマ」と呼ばれることがあるが、これは「我らの島」という意味で、島名ではない。
有人島として日本最南端の島であるとともに、民間人が日常的に訪問できる日本最南端の地でもあり、「日本最南端の碑」と「日本最南端平和の碑」が建てられている。また、島内にある波照間郵便局は「日本最南端の郵便局」である。緯度が低く、日本国内では南十字星を好条件で観測できる数少ない島であり、高那崎に程近い島の南海岸には星空観測タワーが立つ。周囲に人工的な灯りが極めて少ないため、他所では見えにくい星を肉眼で観測することができる。同タワーには200mmの屈折式天体望遠鏡やプラネタリウムが設置され、観光客の見学が可能である。波照間島のさらに南に「南波照間島」（パイパティローマ）があるという伝説がある。重税から逃れるため、1648年に島人が南波照間島に渡ったという伝聞が、琉球王府の記録である『八重山島年来記』に記されている。波照間島にはサキシマハブなどのハブ類は生息していない。
イワヒバ科の胞子は茎の先端部に多数の胞子葉が集まってできた胞子葉穂の部分にできる。胞子嚢は胞子葉に包まれるようにして1つずつ生じるが、これには大胞子嚢と小胞子嚢の区別がある。両者は外見上の差はほとんどないが、大胞子嚢ではその中に4個の大胞子が、小胞子嚢には多数の小胞子が作られる。大胞子からは雌性の、小胞子からは雄性の前葉体が生じる。このような性質は、現生のシダ植物では、イワヒバ科以外ではミズニラ科とサンショウモやデンジソウなど水生シダ類だけに見られるものである。この胞子が発芽すると前葉体になるが、イワヒバ科の前葉体は特殊で、胞子の壁を破って外へ伸び出す事なく、胞子の壁の中で成熟する。このような前葉体を、特に内生型という。雄性の前葉体では、胞子の内部に造精器が形成されるような格好になり、破れて精子を放出する。精子は先端に2本の鞭毛を持つ。雌性の前葉体の場合、胞子内部は細胞分裂し、胞子の壁の一部が破れて前葉体の一部がそこから顔を出し、そこに若干の根と造卵器が形成される。このような前葉体を形成するのは、現生のシダ植物ではイワヒバ科だけであるが、外で大きく発芽せずに発達する配偶体は種子植物と共通する特徴である。イワヒバ科の前葉体の内部で受精が起こり、胚が発達する形は種子植物の胚嚢において卵細胞が受精して胚が発達するのと同じ形である。イワヒバ科において大胞子が胞子嚢内で発芽し、小胞子がそばに飛んできて発芽することで受精が起これば、これは種子植物の受粉とほぼ同じ現象に当たる。実際にそんなふうにして発芽するものもあるようである。さらに、大胞子嚢の中の胞子が1個だけになり、胞子嚢を包む殻が胞子葉から生じて、胞子が外に出ずに発芽すれば、これを種子と呼ぶことができる。現在の種子植物はすべて大葉類に由来するものとされているが、かつては小葉類にも種子を持つものがあったとも言われている。