日本政府もここへきて危機感をもつ。為政者にとって在米日本人の問題は、すでに植民地経営が開始されていた台湾、朝鮮、日露戦争により進出の基盤を得た満州ほどの重要性はなかったが、大国としての矜持から、他のアジア系民族と同列に連邦移民・帰化法規を適用されることは避けたいと認識されていた。こうして1908年、林董外務大臣とオブライエン駐日大使との間で一連の「日米紳士協定」(en)が締結され、米国への移民は日本政府によって自主的制限がされることとなった。この協定により旅券発行が停止されたのは主として労働にのみ従事する渡航者であり、引き続き渡航が可能だったのは一般観光客、学生および米国既在留者の家族であった。この紳士協定による自主規制の結果として以後10年ほど日本人移民の純増数（新規渡米者－帰国者）はほぼ横ばいに転じる。紳士協定の「米国既在留者の家族は渡航可能」という抜け道を活用する形でこの頃盛んとなったのが「写真結婚」による日本人女性の渡米である。米国既在留者は男性独身者比率が高く、若い女性の「需要」は高かった。そこで彼らの出身地の親戚や縁故との間で写真や手紙だけを取り交わして縁談を成立させ、花嫁が旅券発給を受けて入国したわけであるが、見合結婚の習慣のないアメリカ人にとってこの形態は奇異であり、カリフォルニア州を中心として非道徳的として攻撃された。背景には、独身日系人男性が妻帯しやがて子供も生まれることで（出生児は自動的に米国市民権を得る）日系人コミュニティーがより一層発展定着することへの危機感があったことが考えられる。結局、写真結婚による渡米は日本政府により1920年禁止される。一方「単純労働者から脱却し定着を図る日系人」への警戒感は、その土地利用への制限となって具現化する。1913年カリフォルニア州ではいわゆる外国人土地法が成立、移民・帰化法でいうところの「帰化不能外国人」の土地所有が禁止された。法人組織を通じて土地を購入する、あるいは米国で誕生した自分の子供（前述の如く米国市民権を得ている）に土地を所有させ、自らはその後見人となり更に子供から土地を賃借する、など様々の脱法的土地利用方法が駆使されたが、1921年の土地法改正により、これらの法的な抜け道はすべて否定されるに至った。なお、米国全土でみると移民排外主義は白人中のいわゆるWASPを中心とした層に支持者が多かったが、西海岸諸州においては、東部から中西部ではむしろ被差別の対象で、且つ日系人と職をめぐって競合していた南欧・東欧出身の下層労働者ら（特にイタリア系貧困労働者）が排日運動において積極的役割を果たしたことが特徴的であった。さまざまな圧迫の中で、1920年には米国全土で約12万人、カリフォルニア州で7万人（州総人口の2％）の日系人が生活していた。
小説家ヤン・マーテルがインド人の青年パイ・パテルが語る幼少時代を聴きに訪れる。ママジから「話を聞けば神を信じる」と聞いてやって来たのだという。パイはプールが大好きな父の親友ママジ（「おじ」の意味）からパリの「世界一美しいプール」ピシン・モリトー（Piscine Molitor）と名づけられるが、「プール」の意味のピシンがpissing（おしっこ）と同じ発音でからかわれるようになる。これを避けるために自らニックネームは無理数のパイですと最初の授業で話す。数学の授業では円周率を延々と暗記するほど賢くアピールする。泳ぎや楽器も得意な少年パイだが、宗教の入り交じった南仏のリヴィエラのような街ポンディシェリで育ち、ヒンドゥー教とキリスト教とイスラム教とを同時に信奉するようになる。身分が低い夫と結婚して勘当された植物学者でもある母と父は植物園を営んでいたが、さらに動物園も経営してベンガルトラなど多くの動物を飼っていた。トラとは接するなという父の教えに背いて強く叱責される。その教訓の日から甘い幻想が消えた。パイの一家は補助金がなくなったなどからの理由で動物園を畳み、新天地を求めて動物とともにカナダに移住を決断。ダンス教室で出会った恋人アナンディとも別れることになる。しかし、乗船した日本の貨物船では母親がベジタリアンだというのに肉汁ライスを出すコック、そして「肉汁は本当は肉の汁ではない」などと余計な口をきく仏教徒の船員に悩まされる。さらに太平洋のマリアナ海溝を北上中に海難事故に遭い、船の沈没とともに全員を失い、16歳の少年パイが人間では唯一の生存者となる。彼はライフボートでオランウータン、ハイエナ、シマウマ、トラのリチャード・パーカー（Richard Parker）（人と間違って付けられた名前だった）と過ごすことになる。脚を骨折しているシマウマを襲うハイエナ、それに怒ってハイエナを襲うが逆に倒されるオランウータン。ハイエナはベンガルトラに倒され、トラとパイ少年とで広大な海をさまようことになる。「大海で生き残るために」というボートに必ず搭載してある遭難マニュアルを読んでボートにあった道具で筏をつくり、備え付けの水や食料を少しずつ使っていくが、クジラのために多くを失う。お腹が空いたリチャード・パーカーが魚を採りに降りてボートに上れなくなるが、殺そうと思ったものの、殺せず、一緒の航海が続く。徐々にリチャード・パーカーとはコミュニケーションが取れるようになるが、容易ではない。トビウオの飛来や激しい嵐など多くの偶然が重なるが、遭難信号を出したにもかかわらず近くを航行する船に気づいてもらえず、絶望から死の直前にまで追いやられる。ボートと筏とでたどりついた島は涅槃仏の形をした楽園であり、水を飲み肉を食べ、いっときの安らぎを得る。みんな同じような動作をするミーアキャットが群生している島であったが、夜になると水が酸性に変り動物を溶かしてしまう恐ろしい人食いの島だった。早々にリチャード・パーカーとともに島を逃げ出し再び海をさまよってメキシコの海岸にたどり着くとトラは振り返りもせずにジャングルへと立ち去ってしまい、少年パイは寂しく感じる。パイは家族など多くを失ったが、「結局生きることは手放すことだ。一番切ないのは別れを言えずに終わることだ」とリチャード・パーカーを「永遠に忘れない」という。地元の人間に救助され入院した少年のもとに日本の保険調査員が2人、沈没の原因を尋ねにやってくる。トラとの漂流の物語を信じない彼らは「誰もが信じられる真実の話」を要求する。すると、助かったのはコックと仏教徒の船員、パイの母、そしてパイだったという。船員は脚にケガを負っており、食糧があるのにネズミを食べるコックは「船員の脚を切らないと体が腐って死んでしまう」といい、パイと母親は痛がる船員を押さえて、コックが脚を切った。船員は助からずに死に、コックはその脚を魚のエサにした。母が怒ったら脚を食べて、大喧嘩になり、パイにイカダに乗り移るように言ったが、母はコックに刺されて海に落とされ、サメに食われた。怒りに燃えたパイはコックを殺し、たった一人で漂流することとなったという。「母を先に乗せればよかった」と悔やむ。この話を聞いた小説家はトラ＝パイ、ハイエナ＝コック、オランウータン＝母、シマウマ＝船員だと指摘すると、どちらの話でもいいとパイは答える。家族が帰ってきたので、小説家が「ハッピーエンドだ」というと、「そちら次第さ、君の物語だからね」と答える。調査書に目をやると「パテル氏の勇気と忍耐の物語は海上遭難史上類を見ない。これほど長い漂流の末に生還。しかもベンガルトラと共に成し遂げた」と書かれてあった。