司馬倫はひとまずは人心掌握と司馬衷の補佐に務めていたが、やがて権力を独占するようになった。しかし、司馬倫は才能に乏しく知略が無かったので、実際には側近の孫秀が百官を動かした。8月、淮南王司馬允（司馬衷の弟）は司馬倫の振る舞いに不平を抱き、排斥を目論んで決起したが、失敗して殺害された。同月、大赦が下された。孫秀の意により司馬衷が詔を発し、司馬倫に九錫を下賜した。さらに、娘の河東公主は孫秀の子の孫会に嫁いだ。11月、大赦を下し、羊献容を皇后に立てた。301年1月、司馬倫は帝位簒奪を決行すると、義陽王司馬威を宮殿に派遣して司馬衷から皇帝の璽綬を奪い、禅詔（帝位を譲る詔）を書かせた。司馬衷は太上皇とされ、金墉城（この時永昌宮と改称された）に幽閉された。なお、皇帝経験者で上皇の称号を贈られたのは、司馬衷が最初である。皇太孫司馬臧は廃され、やがて殺された。3月、三王（斉王司馬冏・成都王司馬穎・河間王司馬顒）が司馬倫討伐を掲げて決起すると、洛陽へ進撃した。4月、洛陽でも左衛将軍王輿らが政変を起こして司馬倫を廃位して、金墉城から司馬衷を招き入れた。群臣が頓首して謝罪すると、司馬衷は「卿らの過失ではない」と咎めなかった。その後、司馬衷は使者を派遣して三王を慰労し、また司馬倫とその一派を誅殺した。永寧と改元し、大赦を下した。5月、襄陽王司馬尚を皇太孫とした。6月、大赦を下した。司馬衷は詔を発して司馬穎の功績を表彰し、大将軍に任じて九錫を下賜する旨を伝えたが、司馬穎は九錫については固辞した。
290年4月、司馬炎が死去すると、司馬衷が即位した。大赦を下して永熙と改元し、皇后楊芷を皇太后に、太子妃賈南風を皇后に立てた。5月、司馬炎を峻陽陵に埋葬した。8月、司馬遹を皇太子に立てた。司馬衷が後を継いで以降、楊芷の父である太傅楊駿が朝政を牛耳るようになり、全ての詔は司馬衷が批准した後、楊芷が確認してから発布することになった。だが、楊駿は失政を連発して周囲の諫言を聞かなかったので、大いに衆望を失った。また、楊駿は名望高い汝南王司馬亮を警戒し、司馬衷に詔を書かせて石鑒と張劭に司馬亮誅殺を命じたが、未遂に終わった。10月、和嶠が謁見すると、賈南風は以前の恨みから、司馬衷を介して「卿は以前、朕が家を継ぐに相応しくないと言ったそうだな。今はどう思うか」と詰った。291年1月、永平と改元した。3月、楊氏を忌み嫌っていた賈南風は殿中中郎孟観・楚王司馬瑋らと政変を起こし、司馬衷に詔を作らせて楊駿が謀反を起こしたと宣言させた。この時、楊駿の甥である段広は跪いて司馬衷へ「楊駿には後継がいないのに、どうして謀反して帝位を狙う必要がありましょう。どうが今一度考え直してくださいますよう」と懇願したが、司馬衷は何も答えられなかった。楊駿とその一族は尽く誅殺され、楊芷は幽閉されて後に殺害された。さらに、楊駿の妻である龐夫人も処刑すべきだとの声が上がると、司馬衷は反対したが、群臣が幾度も訴えたので逆らえずに批准した。その一方、楊駿の部下は全員誅殺すべきだという意見は退けている。同月、大赦を下し、元康と改元した。
コルレオーネ出身者を中心に、広くシチリア各地の出身者を取り込んで急速にネットワークを拡大し、1905年頃までに一大勢力を築いた。1903年3月、プリンス・ストリートの裏通りでマフィア会議が開かれ、カッショ・フェロやモレロ派10人は下らない人数が出席していた（USSSの目撃）。バレルマーダー事件の際、家宅捜索で押収した幾通もの手紙から全米各地のマフィアと連絡を取り合っていたことがわかった。偽造紙幣や不動産売買が軌道に乗ると、ハーレムやロウアーマンハッタンで地元商店への強請りを始めた。商店を襲って金品を奪い、店を守る名目で同じ店から用心棒代を巻き上げるという手口で、要求に従わなければ店の破壊や放火、子供の誘拐を行い、時に店を破産させた。ニューヨーク市警の警官を賄賂漬けにし、逮捕の動きがあると彼らから情報を得て、身を隠した。タマニー・ホールの有力政治家ティモシー・サリバンと人脈を築いて裁判を有利に運んだ。強請、高利貸し、イタリア式富くじ、強盗、紙幣偽造など犯罪の種類は多岐にわたり、得た収入を商店やレストラン、不動産ビジネスに回してマネーロンダリングした。後年捕まったアントニオ・コミトの証言によれば、ボスは社長と呼ばれ、社長に任命された「コーポラルCorporal（幹部）」3-4人が大勢の一般構成員に指示を出すという組織体制で、社長はモレロだった。構成員は、1910年時点で100人程度と見られた。組織メンバーに沈黙の掟を課し、裏切り者は見せしめに残虐な方法で処刑した。一説にモレロが関わった殺人の数は60人とされる。USSSは、2度目の偽札事件があった1902年以降、個々のメンバーを常時監視対象にして、尾行や会話の盗聴を重ねたが、用心深いモレロと仲間の結束力のせいで捕まえられなかった。1909年3月12日、USSSと連携してモレロ一家を追いかけていたニューヨーク市警のジョゼッペ・ペトロジーノが訪問先のシチリア島パレルモで暗殺されたが、モレロ首謀説がある。