1916年の函館ハリストス正教会の再建の際に設計監督にあたったのは、輔祭（のち司祭）として日本正教会に奉職していたモイセイ河村伊蔵である。河村は豊橋ハリストス正教会の設計監督にも当たった。モイセイ河村の息子である内井進は建築を本業とし、金成ハリストス正教会と小田原ハリストス正教会の両聖堂、およびニコライ堂のイコノスタスの設計に関わっている。内井進の息子であるガウリイル内井昭蔵も建築家であり正教のクリスチャンである。皇居：吹上御苑の新御所、世田谷美術館、浦添市美術館などを手がけた。著書『ロシアビザンチン　黄金の環を訪ねて』（丸善）は建築家としての視点と正教徒としての視点の両方から黄金の環・キエフ・サンクトペテルブルクに存在する、主に正教会の聖堂を中心としてロシア建築を概観していくという珍しい書物である。埋葬式はニコライ堂で盛大に行われた。永眠のほぼ直前の時期に、ニコライ堂のイコノスタスに新品のイコンを献納している。
亜使徒大主教聖ニコライとして列聖されたニコライ・カサートキンについて、その日記が存在していたことそのものは日本正教会の内部にも知られていたものの、おそらく関東大震災で散逸し失われたものと思われていた。ところが1979年9月、中村健之介により、レニングラード（現サンクトペテルブルク）の中央国立歴史古文書館に保管されていた聖ニコライの日記の全てが発見された。2007年7月20日、日本語の全訳版が教文館より出版された。この出版にあたっては日本財団から助成もなされた。全国を行脚していた聖ニコライによる詳細な日記の記述は、日本正教会史に新たな一級史料を提供するのみならず、全国各地を訪れた聖ニコライによって観察された各地の習俗についての貴重な記録となるものでもあると評価されている。
明治の宣教拡大期から東京にはいくつかの教会が置かれていたが、明治時代から大正時代、昭和初期にかけて、さまざまな教会が設立されたり統廃合が行われたりするなどしていた。これらの各教会は関東大震災や戦災による混乱も伴った紆余曲折を経た後、都内の教会は杉並に現存する山手ハリストス正教会の他は、ニコライ堂：東京復活大聖堂を中心に連合した。ただし本格的な組織的統合は1974年に至ってからであり、この年、都内5つの教会が統合されて「中央教会」が発足した（「ニコライ堂」は大聖堂の通称であり、教会名ではない）。中央教会は1983年には「東京復活大聖堂教会」と名称を変え、現在に至っている。2004年には「東京復活大聖堂教会創立30周年記念式典」が執り行われた。
昭和時代は世界大戦との関連で日本の諸教会が苦難を経験しており、日本正教会もその例外ではなかった。しかし、日露戦争に代表される日露関係の悪化と、日本における対露感情の悪化、および無神論を標榜するロシア革命の勃発、そして母教会であるロシア正教会に大規模な弾圧を加えるソ連の成立は、他教派より相対的に長い20世紀後半までの苦難という結果を日本正教会にもたらした。ロシア革命による混乱は日本正教会にとどまらず、ロシア正教会の影響下にあった世界中の正教会に及び、その残滓は今も世界中の正教会の相互関係における課題を残している。このような苦難の時代を経つつも、日本における正教信仰は途絶える事は無かった。
1868年（明治元年）、箱館(北海道函館市)で三人の日本人が信徒になったのがはじめ。箱館は当時外国人に公開されていた港のひとつであり、帝政ロシアの領事館が置かれていた。キリスト教はまだ禁止されていたが、領事館の附属礼拝堂付の司祭であるニコライを沢辺琢磨・酒井篤礼・浦野太蔵の三人が秘密裡に訪れ、1868年、教理を学び洗礼を受けるに至った（後に沢辺は初の日本人司祭となり、酒井も司祭になる。）。最初の日本人信徒のうち、沢辺琢磨はニコライのもとを訪れた当初、「『異国の邪教を広める者』を斬ろう」としていたようである。だがニコライの説諭を聞き、正教の教えを受けるに及んで正教信仰を受け入れるに至った。この経緯を使徒パウロ（スラヴ語読み：パウェル）になぞらえて「パウェル」の聖名を与えられた。
明治時代の日本正教会は、日本に正教を伝道したニコライ・カサートキンに多くを負っている。奇しくもニコライ・カサートキンは明治最後の年である明治45年（1912年）に永眠しており、明治時代の日本正教会は常にニコライ・カサートキンと共にあったことになる。
デハ1形とよく似たデザインの木造付随車として登場。電装化後は三菱製HL制御器を取り付け、ブレーキもSMEに変更された。台車はブリル27MCB-2を使用しており、主電動機はゼネラル・エレクトリック製GE-269Cを装備していた。1933年（昭和8年）、福井市内線が開通するとデハ1形同様、1段の手動ステップが取り付けられた。1948年（昭和23年）6月28日、福井地震によりモハ11が被災し、車体が焼失。その後、同年12月に広瀬車両にて半鋼製車体を新製し、主電動機は三菱MB104-Aに、台車はTR14の改造品に換装された。一方、被災しなかったモハ12は外板の鋼板化や前面窓のHゴム化改造程度にとどまった。その結果、同一形式車両であるにもかかわらず、全く異なる車両となっていた。鯖浦線が廃止になった1973年（昭和48年）に、モハ12が廃車された。一方、TK-4Dドアエンジンを装備し自動扉化されたモハ11は1987年（昭和62年）まで活躍した。