日本で代替医療の歴史をさかのぼるということは、伝統医学等の歴史をさかのぼるということになるので、その起源を明らかにすることは困難な面がある。近年では現代医学の視点から代替医療を検証しようとする動きがあり、1997年に日本代替医療学会（現 日本補完代替医療学会）が創設された。会員数は約1000名で、会員構成比率上位を5つを挙げると内科医、外科医、薬剤師、産婦人科医、小児科医となっている。1998年には日本代替･相補･伝統医療連合会議が、2000年には日本統合医療学会が設立された。漢方医学は日本の伝統医学なので以前から日本の大学医学部において講座が設置されていたが、2002年3月には補完代替医療学講座という名称では初となる講座が金沢大学に誕生した。日本ではさらに、北陸大学薬学部に代替医療薬学教室が、大阪大学大学院医学系研究科に生体機能補完医学講座が設置されている（2006年現在）。厚生労働省は、2012年から「統合医療」のあり方に関する検討会を開催している。
近代医学発展の主な舞台はドイツであるが、近代医学においては治療の分野の発展が最も遅れたため、ギリシャ・アラビア医学（ユナニ医学）を受けつぐヨーロッパの伝統医療や各種療法、医師免許を持たない治療者による医療も非常に大きな位置を占めてきた。ナチスドイツの時代にハイルプラクティカー（独：Heilpraktiker）という自然療法、伝統療法を行うことができる国家資格が作られ、現在もこの制度が保持されている。日本補完代替医療学会は、主要先進国では最も代替医療が活用されていると報告している。
1983年、王室基金の援助で代替医療などの研究を行う、補完医療研究委員会(RCCM)が設置される。1991年、イギリス保健省は医師が効用が医学研究者によって科学的に証明された補完・代替医療の場合は治療家を雇用することが保険適用できることにした。ウェールズ公チャールズの案で、5か年計画で国家レベルでの代替医療の研究が進められている。2004年3月、西洋伝統医学や中国医学による鍼灸とハーブ療法の治療について資格制度ができることになった。これは英国保健省とチャールズ皇太子のThe Prince of Wales's Foundation for Integrated Health が制度化に向けてすすめてきた。英国国立医療技術評価機構（NICE）の診療ガイドラインでは、緊張性頭痛への適用に鍼灸が提案されている。しかしホメオパシーについては、2010年2月22日の庶民院科学技術委員会（House of Commons Science and Technology Committee）について「ホメオパシーはプラセボと同程度の価値しかなく国家が国民保健サービス（NHS）とするに値しない」と結論づけ、保険適用は国ではなく地元のNHSと医師の判断に委ねられた。
1993年、デービッド・アイゼンバーグ博士（ハーバード大学代替医学研究センター所長）はアメリカ合衆国国民の補完・代替医療の利用状況についての調査報告を発表した。この調査は、この研究センターが研究している16種類の補完・代替医療に関してのみを調査対象にしていた。16種類に限定していたにもかかわらず、利用状況は医師らの予想をはるかに超えていた。1990年時点で、これら16種類の補完・代替医療を受けたアメリカ国民は全国民の34%に達していた。補完・代替医療の機関（治療院、ルームなど）への外来回数はのべ4億2700万回に達していた。この数はかかりつけ開業医への外来3億3800万回を超えていた。この調査で、学歴が高い人、収入の多い人、知識人層など時代を先導してゆくとされる人たちほど、代替療法を評価し積極的に利用している、ということも明らかになった。また、保険負担が制限された予防医療や高度医療が必要になった場合や、2010年に発効した医療保険改革法以前に存在した数千万人及ぶ無保険者が、高額な医療費を敬遠して比較的安価で済む補完・代替医療を利用する場合もあった。1997年の調査では補完・代替医療への外来回数は6億2900万回になり、1990年の調査時のおよそ1.5倍に増加した。
マッツァルの地において初の科学的な調査が行われたのは1870年頃のことで、タルトゥ大学で自然史博物館のキュレーターを務めていた、ヴァレリアン・ルソー（Valerian Russow）がマッツァル湾近郊の鳥類の概要を示したのが最初である  。1928年から1936年にはエーリック・クマリ（Eerik Kumari）がマッツァルの鳥類を調査し、この地を鳥類保護区にすることを提言した。1945年には科学的調査は正式なものとなり、エストニア科学アカデミーの植物学および動物学の研究基地がPenijõeに設立された 。そして1957年にマッツァル自然保護区は設立された。目的は主に鳥類の巣作り、換羽（羽毛の生え替わり）、渡りの保護などである。初の常勤者である管理者や科学者は翌1958年から勤務を開始した。Penijõe研究基地の業務は新たに作られた自然保護区の管理センターに引き継がれた。鳥類標識調査（鳥に個体識別のための足輪を装着し、行動範囲を追跡調査する手法）  の管理を行う鳥類標識調査センター（エストニア語: Rõngastuskeskus）もまたPenijõeに置かれた  。1976年、マッツァルは「特に水鳥の生息地として国際的に重要な湿地に関する条約」（ラムサール条約）登録湿地に加えられた 。2003年には、欧州評議会からマッツァル自然保護区における多数の鳥類や他の種の生息に関する多様性の維持に成功している事が評価され、欧州自然保護地域賞（European Diploma of Protected Areas）を受賞した。これはエストニアで最初にして唯一のことである  。2004年にはこれまでの自然保護区の領域がマッツァル国立公園として格上げされた  。