明治32年（1899年）、大佐にまで昇っていた島村は、防護巡洋艦「須磨」の艦長に任じられる。下士官まで懇ろに労り、しばしばポケットマネーで催しを開いたり、士官を食事に誘ったりして、艦内の空気を良くすることに尽力する彼の勤務態度は高い評価を受けた。翌年義和団の乱が勃発すると、澎湖島の馬公にいた須磨は直ちに大沽に派遣されて警備についた。島村は当時の海軍大臣山本権兵衛から、大沽に派遣された日本海軍の司令官役として推され、指揮を執った。迅速かつ的確な判断で指示を出す一方で、自ら哨兵として立つなど率先して働き、その目覚しい活躍から、英国海軍中将シーモアから感謝のメッセージを貰っている。
日清戦争終結後、島村は軍令部局員として働く傍ら、海軍大学校で教鞭を執ったり、イタリアへ駐在武官として派遣されたりと忙しい毎日を送っていたが、同居している母の鹿子が高齢になっていることもあり、身を固める意味で結婚を決意した。しかしそれまで結婚には一切興味が無かった島村には想う相手などおらず、親戚に紹介された20歳以上年下の女性に、写真すら見ないまま決めてしまった。実際に二人が顔を合わせたのは結納の日が初めてであった。結婚は明治31年（1898年）、島村41歳のときで、花嫁の近藤菅尾は当時19歳。結果的に結婚生活は上手くいき、夫婦仲は生涯円満であった。
日清戦争においては、島村は参謀として、連合艦隊旗艦「松島」に乗り組んで参加した。途中で上役である参謀長が出羽重遠大佐（当時）に交代した。鮫島とは異なり、謹厳かつ豪胆な性格の出羽であったが、島村とは気が合い、関係は良好であった。日清戦争における島村のはたらきとしては、作戦立案面では坪井航三が主張していた単縦陣戦法を支持して黄海海戦を勝利に導いたほか、艦隊首脳部の間を取り持つ調停役としての活躍もある。敗戦の責任をとって清国の提督・丁汝昌が自害した際、清から没収した艦船の中から商船「康済号」を返し、丁の亡骸を送らせるという伊東の行動は世界各国から賞賛を受けたが、これにも島村の助言があったと言われる。
イギリスから帰国した島村は、巡洋艦「高雄」の分隊長兼砲術長を経て、明治26年（1893年）3月13日、常備艦隊の参謀に任命される。当時の島村の大尉という階級から考えて、これは異例の大抜擢であった。同年5月に常備艦隊司令長官に着任した伊東祐亨中将のもと、彼はイギリス仕込みの訓練法を徹底するなど辣腕をふるった（当時の常備艦隊には参謀は島村一人しか置かれておらず、また伊東司令長官の磊落かつ悠揚な性格もあって、彼の意見はそのまま採用されることが多かった）。翌年に常備艦隊が改組されて連合艦隊となり、伊東が司令長官に就任すると、島村もまた連合艦隊参謀となった。同年新たに鮫島員規大佐が参謀長に就任し、島村の直接の上官となったが、鮫島は職務を部下任せにする気質があったため、島村の意見が持つ影響力には変化はあまり無かったようである。また同年少佐に昇任している。
大和郡山市の南端近く、大和川と佐保川の合流地点付近に位置する。当寺は額田寺（ぬかだでら）とも呼ばれ、大和国平群郡額田郷を本拠としていた豪族・額田部氏（額田氏）の氏寺であった。天平19年（747年）の『大安寺伽藍縁起並流記資財帳』（だいあんじがらんえんぎならびにるきしざいちょう、国立歴史民俗博物館蔵）によれば、南都七大寺の1つである大安寺の前身は、聖徳太子が額田部の地に建立した熊凝精舎（くまごりしょうじゃ）であって、これが移転と改称を繰り返した後、平城京の大安寺となったという。この熊凝精舎（熊凝道場とも）を額安寺（額田寺）に比定する説もあったが、今日では史実とは認められていない。福山敏男は、熊凝精舎を額田寺とする説は鎌倉時代中期の『聖徳太子伝私記』に初めてみえることから、熊凝精舎自体の存在を疑問視し、大安寺の創建を聖徳太子に結び付けるための仮構だとした。そのうえで、大安寺の平城京移建に貢献した僧・道慈が額田部氏出身であることから、このような説が生じたのではないかとする。かつて額安寺に伝来し、現在では国立歴史民俗博物館に所蔵される「額田寺伽藍並条里図（ぬかたでらがらんならびにじょうりず、国宝）」は、奈良時代の額田寺の伽藍と周辺の寺領の様子を描き表した史料である。同図によれば、奈良時代の額田寺には南大門、中門、金堂、三重塔、講堂、僧坊などの伽藍が建ち並んでいたことがわかる。この伽藍並条里図は、画面に記入されている人名等から天平宝字年間（757 - 765年）頃の作成と推定され、額田寺（額安寺）の創建がこれ以前であることを裏付けている。当寺出土の古瓦のうち、創建瓦とみられるものは単弁六弁蓮華文軒丸瓦で、7世紀第II四半期に位置付けられる。境内西側からは法隆寺の創建伽藍（若草伽藍）出土瓦と同型の手彫り忍冬唐草文の軒平瓦が出土している。ただし、この軒平瓦は1点のみの出土であり、これをもって額田寺と法隆寺の関連を説くことに対しては慎重な意見もある。平安時代には寺勢が衰えたが、鎌倉後期に西大寺の叡尊・忍性らにより再興された。戦国時代の明応8年（1499年）12月、大和国に攻め込んできた細川政元の家臣赤沢朝経によって焼き討ちされてしまい、再び荒廃した。天正8年、信長検地で寺領180石を没収される。後に豊臣秀吉により四天王寺へ五重塔を譲ることと引き換えに寺領一町歩が与えられて再興された。江戸時代には寺領12石を公認された。