慶長4年（1599年）に前田利家が没すると、前田利長はその霊を祀ろうとしたが、公然と祀るには憚るところがあったので、越中国射水郡の式内社物部神社（現 富山県高岡市東海老坂）に併祀されていた八幡神を勧請して金沢城の東に卯辰八幡社を建て、ここに合祀した。この神社は、幕末になると藩の財政が乏しくなり荒廃が目立つようになった。明治時代になって、1872年（明治5年）に教部省出仕加藤里路（元金沢藩の権大属・宣教掛で、のちに尾山神社の社司）と石川県参事桐山純孝が新たに藩祖を祀る神社を建てる計画をする。旧藩臣が集まり、前田土佐守家の前田直信が代表になり、1873年（明治6年）金沢城の金谷出丸の跡地に新たに建立することとなった。元の卯辰八幡社は明治11年（1878年）、宇多須神社となっている。1873年（明治6年）3月に政府より神社創立許可が出て、同月14日に創建し、社号を尾山神社とした。同月30日に、1871年（明治4年）7月、卯辰山三社の一つである卯辰山天神社（卯辰神社、卯辰山天満宮）に一時的に遷座していた神像を尾山神社に遷座した。11月16日にはときの県令内田政風を始めとする官吏が参列して、卯辰山八幡宮より神霊遷座が行われた。当初、社格は郷社に列格され、翌年に県社に昇格する。1873年（明治6年）11月には前田家当主前田斉泰の子の少教正・大聖寺藩知事前田利鬯（としか）が説教を行っている。次々と境内施設が整えられていくなか、1875年（明治8年）11月に特徴的な神門が造立されることとなる。この神門は長谷川準也・大塚志良により計画され、長谷川家出入りの大工・津田吉之助（1827年 - 1890年）によって建てられた。1879年（明治12年）7月には前田利長・前田利常が相殿に祀られる。同年9月には歴代藩主を祀る境内摂社として金谷神社が創建される。1874年（明治7年）3月に石川県中教院が設置された。同年5月1日には中教院神殿の祭神4柱（造化三神・天照大神）の鎮座式が前田利鬯を祭主として県令・県下神職僧侶参列の上で行われた。1902年（明治35年）4月26日、長年の昇格請願運動が実り、米沢の上杉神社と同時に別格官幣社に昇格している。7月3日から5日には昇格慶賀祭が行なわれた。本殿と拝殿は1873年（明治6年）に建てたものである。
日本の計帳は唐の制度に基づいて定められたと考えられている。初出は大化2年（646年）の改新の詔とされているが、大宝律令の戸令に規定が存在したことが確認できる以前の実態については不明である。大宝律令・養老律令ともに原則は大きく変わらなかったとされ、まず京職及び各地の国司は毎年6月末までに管轄下の各戸から手実を徴収する。手実は戸主以下戸口の姓名・年齢などを書きあげた申告書であるが、唐制と違い田土についての記載はなかった。京職・国司は手実を元にして国郡単位に戸数・口数・調庸物数を集計した計帳（「目録」「目録帳」とも、また大宝律令では「国帳」とも）を作成し、8月末日までに計帳使に持たせて太政官に申送することになっていた（ただし、『延喜式』によると京職（すなわち平安京）での手実作成の締切は9月末日、太政官への申送の締切は10月末日とされている）。その際、枝文と呼ばれる付属文書が付けられた。枝文として知られている文書に郷戸帳・浮浪人帳・中男帳・隠首帳・雑色人帳・高年帳・老丁帳・廃疾帳・学生帳・逃亡帳・神戸帳・多男父帳・中男残帳・死亡帳・残疾帳・遭喪帳・禰宜祝帳・老残帳・陵戸帳などが挙げられる 。これとは別に坊・里単位にまとめて清書した「歴名」と呼ばれる文書も作成された。歴名も計帳（目録）とともに太政官に提出したという説もある。平城京左京二条二坊五坪東二坊坊間路西側溝から「大倭国志癸上郡大神里和銅八年計帳」と記した軸木が出土しているからである（一里一巻であり、集計部分だけとは考え難い）。なお、現地に保管されていた歴名の断簡とみられる漆紙文書が出土した例がある。養老元年（717年）に計帳作成に関する式が作成され、その際に太政官に提出される計帳を特に大計帳（だいけいちょう）と呼ばれるようになった。それが略して大帳とも称されて計帳の別名として『延喜式』などの公文書にも用いられるようになる（これに伴い「計帳使」も「大帳使」と称されるようになる）。中央では計帳の数字によってその年に納入される調や庸の予定額を知り、これを元にして財政計画を立てた。また、課丁の増減は国司の治績の判断材料として慎重に審査された。だが、9世紀に入るころから作成・計帳の申送が疎かにされ、調や庸の納入も滞るようになる。10世紀に入ると形骸化が進み、天慶元年（938年）には手実の徴収ではなく、これもまた形骸化していた戸籍に基づいて計帳を作成することが認められるようになった。また、計帳で記された課丁数は固定化されて国家の統治の体裁を維持するための形式上の帳簿となり、実際の租税徴収と中央への上納は計帳とは無関係に行われるようになった。東大寺の正倉院文書には、計帳が手実・歴名・目録ともに遺っている例があり、また前述のように歴名の断簡とみられる漆紙文書の出土例がある。