1939年、第二次世界大戦が勃発。1940年にはナチス・ドイツがフランスに侵攻し、パリを占領した。大戦中、フランスのレジスタンスグループに加入。ナチスに対する抵抗運動に参加する。しかしゲシュタポの捜査が身辺に迫り、友人が逮捕されたことを受けて小説家ナタリー・サロートの自宅の屋根裏に長期間かくまわれ、同じくゲシュタポから隠れていたサロートの父親と同居生活を過ごした。その後パリを脱出。田園地帯を数か月放浪の後、ヴォクリューズ県の小コミューンであるルシヨンに2年半もの間潜伏した。その期間、ベケットは小説『ワット』（1953年）を書いた。戦後はパリに戻り、執筆活動を再開。50年代に入ると三部作の小説『モロイ』（1951年）、『マロウンは死ぬ』（1951年）、『名づけえぬもの』（1953年）を発表、20世紀文学における小説の革新において大きな足跡を標した。1952年、現代演劇に多大な影響を及ぼすことになる戯曲『ゴドーを待ちながら』を発表。彼自身は「三部作を書く苦闘の中での息抜き」として書いたと述べていたが、その新しさと普遍性によって彼の作品の中でもっとも著名なものとなる。同戯曲は翌年、ロジェ・ブランの演出によって、パリの小さな前衛演劇の劇場であるテアトル・ド・バビロン（Thétre de Babylone）で初演された。1959年、ベケットは母校のトリニティ・カレッジより名誉博士号を授与された。1961年、ホルヘ・ルイス・ボルヘスと共にフォルメントール賞を受賞。そして1969年10月、ノーベル文学賞を受賞する。文学や戯曲の分野で、新しい表現方法を切り開いたことがその理由だった。1989年12月22日、死去。彼の妻シュザンヌがこの世を去った5か月後のことだった。遺体はパリのモンパルナス墓地に埋葬された。墓石は磨き上げた花崗岩の板で、表面には「Samuel Beckett 1906-1989」という文字と、彼に先立って世を去った妻シュザンヌについての同様の記述がシンプルに刻まれている。墓石のそばには1本の木がぽつんと立っている。
1906年の4月13日、アイルランドのダブリン州フォックスロックに住む裕福な中流家庭の次男として誕生。聖金曜日に生まれたが、なんらかの手続き上の混乱により、出生証明書の日付は5月13日生まれとなっている。苗字の本来の綴りはフランス語のBecquet（ベケ）であり、1598年のナントの勅令でアイルランドに亡命したユグノーの子孫と伝えられるが、この言い伝えについては異説も多い。1923年から1927年にかけて、ダブリンのトリニティカレッジで、英語、フランス語、イタリア語などを学ぶ。その後1928年から2年ほどの間、パリの高等師範学校で教師の職を得て過ごす。ベケットはパリでジェイムズ・ジョイスと知り合い、深い影響を受けた。ベケットはジョイスの書く断片の口述筆記や複写なども手伝ったが、それらはジョイスの小説『フィネガンズ・ウェイク』（1939年）の中に含まれている。1930年、トリニティカレッジの3年間の講師職を得て、ベケットはアイルランドに戻った。しかし2年も経たないうちに辞職し、著述業をしつつヨーロッパを転々とする。そして1937年、パリに定住した。1938年1月、通りを歩いている最中に、見知らぬ売春斡旋者の男に突然刺されるという事件が発生した。ナイフは心臓をかすめたが、ベケットは自力で病院に駆け込んだ。意識を取り戻した時には、ジェイムズ・ジョイスが主治医と共におり、介抱の仕方を習っている最中だったという。のち、加害者は裁判でベケットに謝罪し、なぜそのようなことをしたのかわからないと語った。入院中、訪問客の一人であったシュザンヌ・デシュヴォー＝デュムニールと深い仲になり、交際を始めた。後年、シュザンヌはベケットの仕事を助け、時にはジャーナリズムや批判者から守る役割もした。1961年に二人は結婚する。
日大東北工業高に入学時は三塁手であったが、強肩であったために捕手に転向、後の同校野球部監督宗像忠典とバッテリーを組み活躍。2年次の1978年に校名が日大東北高に変更。3年次の1979年は、夏の甲子園県予選準決勝に進出するが安積商業高に敗れる。高校卒業後は、社会人野球の三菱自動車川崎に入社。1981年、1983年の都市対抗野球でチームの準々決勝進出に貢献。1984年にはロス五輪野球日本代表に選出され、正捕手として金メダルの獲得に貢献した。同年の第28回アマチュア野球世界選手権でも日本代表となる。 同年のプロ野球ドラフト会議では、事前に巨人側から外れ1位か2位での指名を約束をされていた。しかし、巨人は約束を反故にし吉田をドラフト指名せず、ドラフト会議後にドラフト外で入団させようとした。巨人側のこの対応に、吉田は「約束が違う」と入団を拒否した。1985年の都市対抗野球では1回戦で本塁打を放つなど活躍、三菱自動車川崎は13年ぶりに準決勝進出を果たす。また同年の第13回アジア野球選手権大会、インターコンチネンタルカップで日本代表となる。同年のプロ野球ドラフト会議で阪神タイガースから5位で指名され入団。強肩でインサイドワークに優れた捕手として大きく期待された。正捕手争いにはなかなか加われなかったが、木戸克彦、嶋田宗彦に続く第3の捕手として貴重な戦力だった。1989年には嶋田の不調もあり58試合に出場。その後は段々と出場機会が減り、1994年、プロ入り後初めて開幕戦のスターティングメンバーに選ばれたがこの年一軍ではノーヒットに終わりチャンスを逃してしまった。1997年に戦力外通告を受け、現役を引退。現役引退後は、阪神に残り2015年シーズン終了まで18年間コーチに就いていた。退団後は、前橋市のスポーツDEPOにてアドバイザリースタッフを務めている。打撃に難があったが守備には定評があり、しばしば先発出場した。二軍では投手として1イニング投げたことがある。