1994年5月13日、FOXは本エピソードを初めてアメリカで放映し、1400万人の視聴者（830万世帯）を獲得した。本エピソードはシーズン1のエピソードの中でも最多の視聴者数を獲得した。本エピソードは批評家から高い評価を受けた。ジョン・キーガンは本エピソードに10点満点で9点という評価を下し、「シーズン1を完璧に締めくくった。」「ミソロジーの導入部としてもいい。」と述べている。『ダラス・モーニングニュース』は「恐怖のあまり視聴者が凍り付くような場面と陰謀論が展開される場面が同時に展開されている。」と述べている。『エンターテインメント・ウィークリー』は「ディープ・スロートが殺されたことで、モルダーやスカリーといった登場人物たちが生身の人間であると印象付けられた。」と述べている。本エピソードは製作スタッフからも高い評価を受けている。クリス・カーターは「「三角フラスコ」はシリーズに恐怖感を取り戻させてくれるエピソードだった。僕たちがやりたかったX-ファイル課の閉鎖も盛り込めた。このエピソードを見た人たちはショックを受けたと思うよ。」と述べている。グッドウィンは「「三角フラスコ」で経験したことのすべてが僕にとっては初めてのものばかりだった。演技指導や撮影なんかのことだ。このエピソードでベストを尽くさなかったものなんてないよ。スタッフや俳優のみんなは優れた人ばかりだったので、心から信頼して仕事ができたよ。」と振り返っている。本エピソードはエドガー賞のテレビシリーズ部門にノミネートされたが、受賞には至らなかった。
冒頭のカーチェイスのシーンはバンクーバー北部の稼働していない造船所で撮影された。普段の撮影場所からかなり離れた場所だったが、ロケ地として完璧だと判断したグッドウィンの意向でその造船所での撮影が決まった。モルダーとスカリーがベルーブ博士を訪ねるシーンではサルが一斉にわめくように調教するのに苦労したという。また、モルダーが水槽の中でも生きられる人間を発見した倉庫の住所は「1616 パンドラ」である。この住所には、モルダーがパンドラの箱を開けてしまったという意味が込められている。セカーレ博士が水中から浮き上がってくるシーンはCGで作られた。博士を演じるサイモン・ウェッブは水面の上にクレーンで釣り上げられ、水中に入れられた。しかし、タイミングが合わず再撮影が行われた。なお、このとき、製作チームはウェッブが水恐怖症であることを知らなかったという。スカリーがエイリアンの胎児を液体窒素の中から取り出すシーンはテスト撮影の段階ではうまくいった。しかし、撮影用の照明が発する熱のために、本番の撮影がなかなか成功しなかった。光を当てる角度を試行錯誤することで、何とか撮影することができた。
クリス・カーターはシリーズの主題である「ミソロジー」を確固たるものにしようとしていた。カーターは「我々は政府の様々な陰謀を描き出した。ついには単なる空飛ぶ円盤についての話を超えるまでになった。」「三角フラスコの中身が地球外のものであったと聞かされた瞬間はスカリーにとって決定的な意味を持つ瞬間だった。」と語っている。セカーレ博士の体から毒ガスが発せられるという設定はグロリア・ラミレズの一件から思いついたものである。この設定は本エピソード以降の「ミソロジー」でも使用され、重要な要素となった。ディープ・スロートを劇中で殺したのは、視聴者に「モルダーとスカリー以外の人間は殺されたり死んだりすることがある」と印象付けるためであった。X-ファイル課の閉鎖に伴って、モルダーとスカリーが別行動になったのは、スカリーを演じるジリアン・アンダーソンの妊娠に配慮したためでもあった。FOXは当初、X-ファイル課の閉鎖に反対だったが、説得の末に了承した。また、本エピソードの終わり方はシーズン1第1話の「序章」の終わり方を意識したものになっている。
BGMはコナミ矩形波倶楽部のマイケル前沢が担当した。サントラ化は2度行われており、最初は1989年にキングレコードよりリリースされた『コナミファミコンミュージック メモリアルベスト Vol.1』である。ただし、マップBGM、アクションBGM、エンディングの3曲のみ収録されており、2015年、プロジェクトEGGによりリリースされた『コナミファミコンクロニクル Vol.3 ROMカセット編』でようやく全曲が収録されることになった。風魔は『コナミワイワイワールド』（1988年）、『ワイワイワールド2 SOS!!パセリ城』（1991年）にゲスト出演しており、その際にも本作のBGMが多少のアレンジが加えられて使用されている。
レッド・オンスロートはそのパワーを使って世界中の人々の心を憎しみで満たして暴動を起こさせ、その影響はアベンジャーズにも及んでいた。アイアンマンがチームを救った後、アベンジャーズはテレパシー攻撃の原因の特定にとりかかった。一方でマグニートー、ローグ、スカーレット・ウィッチはジェノーシャでレッドオンスロートと戦い、後に到着したアベンジャーズとX-MENと合流する。アイアンマンはテレパシック・ダンパーを使ってレッド・オンスロートの影響を止めさせる。さらなるヒーローたちが救援に到着すると、レッド・オンスロートは「シビル・ウォー」の際にアイアンマンがヒーロー制圧のためにその弱点を調べて作り上げ、その後彼の記憶から消えていたセンチネルを手に入れていたことを明かす。レッド・オンスロートはスターク・センチネルとヒーローたちを戦わせる。スターク・センチネルの投入により戦況はレッド・オンスロートへと傾く。ヒーローたちは対抗するもセンチネルの前に次々に敗れ、ピム粒子によって縮小された後に捕らえられてしまう。ローグはドクター・ストレンジとスカーレット・ウィッチの魔法でレッドスカルの脳を反転させ、プロフェッサーXの思念を引き出すことでオンスロートを倒す計画を提唱する。しかしながら計画はノヴァの未熟な行動により頓挫し、スカーレット・ウィッチとドクター・ストレンジは呪文を唱える前にセンチネルに捕らわれてしまう。マグニートーが戦線離脱すると、ヒーローたちはクェンティン・クワイアの助けによって隠れ家へと避難する。アイアンマンはセンチネルを倒す最後の作戦を実行するが失敗し、残りのヒーローも捕らえられて彼が最後の1人となる。そこでマグニートーが集めてきたヴィラン軍団（アブソービングマン、カーネイジ、デッドプール、ドクター・ドゥーム、エンチャントレス、ホブゴブリン、5代目ジャック・オランタン、ロキ、ミスティーク、セイバートゥース）と共に戻ってくる。ヴィランたちは1体のセンチネルを倒し、それによりヒーローたちは解放される。ドクター・ドゥームとスカーレット・ウィッチによる反転呪文が完成するとレッドオンスロートは気絶し、元のレッドスカルの姿へと戻る。他のスターク・センチネルも倒され、ヒーローは全て解放され、ヴィランたちはその場を去った。X-MENはレッドスカルがチャールズ・エグゼビアへと反転したのかを確かめるために彼を目覚めさせようとするが、スティーブ・ロジャースとアベンジャーズは反対し、スターク・タワーへの連行を決定する。これに怒ったハボックはユニティ・ディビジョンを辞め、サイクロップスの方が正しかったとスティーブに言い放ち、サイクロップスと和解して統一されたX-MENへと合流する。