もともとの原案はペインキラーという魔法兵器を装備するウィッチハンターの主人公が、普通の警察・軍隊では解決できない世界各地で起こる異常事件を解決するというダーク・ファンタジーものだった。そのため、マップは太古の遺跡から復活したネクロマンサーによって全滅した町、電波実験中に異世界の扉を開いてしまい魔界の怪物がなだれこんだ冬山、悪魔教団の支配する絶海の孤島、第二次大戦中の死亡兵やテロリストのゾンビたちに制圧された米軍基地など、各マップは現代が舞台である。また、敵キャラクターとして登場するゾンビたちもテロリストや戦時中の兵士、侍や騎士等という、殺人などの罪業で地獄に落ちた亡者などが多い。しかし、ゲーム部分がほとんど出来上がっていたものの製作途中で資金難から権利を売却することになり、ストーリー部分はほとんど出来上がっていなかったため、買収元のドリームキャッチャー社によってまったく別のストーリーが付与されることになった。交通事故で妻を失ったダニエル…というストーリーがあるが、これはDreamCatcherが販売権を獲得した後つけたされたもの。章ごとに挟まれるムービーもこのときに作成されたものである。このことで、もともとのゲーム進行スタイルの変更を余儀なくされ、マップは統一感がなく、ストーリーとゲームの設定に無理が生じてしまった。なお、ペインキラースタッフは後に新チームThe Farm 51を立ち上げ、ペインキラーでは果たせなかったウィッチハンターもののストーリーをさらに進めたダークファンタジー「NecroVisioN」を発表している。
SinglePlayerではDOOMを彷彿とさせる大量の敵を豊富な弾薬で倒していくという近年のFPSの動向とは逆行する爽快感を求めたゲームスタイルをとっている。大量の敵という点でSerious Samシリーズに似ているが、マップの暗さ、弾薬の多さ、演出のグロテスクさと言った点で異なり、プレイ感覚は殆ど違うと言ってよい。マップや敵のデザインが現代風と中世風の２つに分かれているが、これは販売までの経緯によるものである。PeopleCanFly社が独自に開発したPainエンジンによるグラフィックは2004年のFPSではトップ5に入るであろう。物理エンジンにHavokを採用しているため敵を吹き飛ばした後の挙動などはリアルで、それにより爽快感が増している。
ダッシュウッド家の主人は指定相続人である息子ジョンに義母と腹違いの娘たちの後援を頼みこみつつ死亡した。しかしジョンは妻のファニーに言いくるめられ、一家の財産を結局はびた一文渡さなかっために、後妻であるダッシュウッド夫人とその娘たちは客の立場に立たされただけでなく、期待していた援助を全く受けられなかった。ファニーの弟のエドワードはやがて同居するが、長女のエリナーと恋仲らしきものになる。エドワードは多大な財産を相続できる可能性がある。しかしファニーはそれも気に入らず、折り合いが悪くなったダッシュウッド夫人たちは、従兄妹のサー･ミドルトンの後援を得られることになり、屋敷を離れてバートン・コテージに引っ越した。そして姉妹は資産家ではないが、やがて叔母の財産を相続できるというウィロビーと知り合う。一方でブラントン大佐もマリアンに恋をし、拒絶されながらも一途に思い続けている。社交好きなミドルトン夫妻を中心に一同は社交を続けるが、突如ブラントン大佐はロンドンへ旅立ち、やがてウィロビーとエドワードも理由も分からずに去っていった。ミドルトン夫妻の母親であるジェニングズ夫人がミドルトン夫妻の屋敷に滞在すると、エリナーとマリアンは気に入られることになる。そしてジェニングズ夫人が年末にロンドンへ帰ることになると、2人を招待した。エリナーは消極的だが、ロンドンでウィロビーに会える期待でマリアンに押し切られて招待を受けた。ロンドンでウィロビーに再会するがすげない態度を取られ、挙句絶縁の手紙を受け取るとマリアンは絶望する。ブラントン大佐はウィロビーが自分が親代わりに保護している女性を捨てたことを知っており、そのことをエリナーにのみ明かし、ウィロビーとマリアンが婚約しなかったことを安堵させた。一方でエリナーはスティール姉妹がロンドンに滞在するミドルトン夫人に気に入られたために付き合いが出来た。スティール姉妹の妹であるルーシーはエリナーに自分はエドワードの婚約者であることを知らせ、エドワードに愛されているとその証拠を見せる。エリナーはエドワードを諦めた。エドワードにはすでに母と姉が資産家の女性との縁談をお膳立てしていたため、ルーシーと婚約していることがばれると、母と姉から婚約を破棄するように迫られるがそれを拒絶したために勘当されてしまった。ブラントン大佐はそれを知ると自分が持つささやかな聖職禄をエドワードに提供した。ロンドンに滞在している意味がなくなったダッシュウッド姉妹は母の元に帰りたくなったが、ジェニングズ夫人は姉妹を気に入っているため、返したくない。そのため妥協案として姉妹の住んでいる場所に近いパーマー夫妻の屋敷にジェニングズ夫人と共に滞在する案が示され、姉妹はそれを受けた。しかしマリアンはそこで心労から病になってしまい、一時は生命の危機かとも思われ、ブラントン大佐が母親のダッシュウッド夫人を連れて来る事になった。しかし屋敷に入ってきたのはウィロビーであった。ウィロビーは自分の過ちのためにブラントン大佐の保護している女性を無下に捨てた形となり、そのためにブラントン大佐が怒ったため、その話がスミス夫人というウィロビーに遺産を残してくれそうな女性に知られ、その話がなくなったこと、そしてそのため金のために結婚する羽目になったこと、マリアンをまだ愛していること、などをエリナーに伝えた。マリアンが死ぬかもしれないと思って思わず駆けつけたのだが、生命の危機はないと知り、去っていった。やがてルーシー・スティールが結婚したことを知るがその相手がエドワードでなくロバートであったことをエリナーの許にやってきたエドワード本人から知らされた。エドワードは自分が過去の成り行きからルーシーと婚約したこと、そして愛を失いながらも誠実さのために婚約を破棄しなかったこと、しかしルーシーは去り、エドワードの代わりに莫大な資産を受け取ったロバートが兄に対するあてつけのためかルーシーと結婚したことを伝えた。エリナーはエドワードと結婚し、ブラントン大佐から与えられた聖職に付き、勘当を取り消された。やがてマリアンも周囲の圧力もあり、一途に愛してくれていたブラントン大佐と結婚した。