PLANET-B計画が承認された1990年代前半、火星探査の次の計画としては水星探査が有力とされていた。この背景としては、当時水星を探査した探査機はマリナー10号のみであり、フライバイによる探査であったことから、極めて限定的な観測しか行われていなかったことが挙げられる。そのような状況の中で、1997年に水星探査WGが結成され、翌1998年5月28日に大宮で行われた第21回宇宙技術および科学の国際シンポジウムにおいて、MUSES-Cでの実証を予定していたイオンエンジンを主推進器とする水星探査機の構想が発表された。この構想はMUSES-DもしくはPLANET-Cになるとされ、高度300kmの水星周回軌道から、分解能30mでの全球マッピング及び磁気圏の観測を行うというものであった。構想では、2005年8月にM-VロケットもしくはH-IIAロケットを用いて打ち上げ、イオンエンジンによる軌道変換を行いながら2006年及び2007年に金星スイングバイを行った後、2008年1月に水星スイングバイを行い、2009年9月30日に高度300kmの水星周回軌道に投入するとされていた。同年11月に正式に提案され、予算化を目指していたが、1年後の1999年11月に欧州宇宙機関(ESA)がコーナーストーンミッションとして検討中であったベピ・コロンボ計画への参加についてISASへ打診があり、翌2000年9月にISASからESAへ参加表明を行い、同年10月にはコーナーストーンミッションとして正式に採択された。
1980年代後半、大型探査計画が可能となる見込みが出たために、PLANET-B計画と並行して月・ペネトレータ計画（後のLUNAR-A計画）や小惑星サンプルリターン計画（後のMUSES-C計画）等、様々な探査計画が考案された。その中で金星探査機PLANET-B計画は着々と検討を進め、PLANET-A計画の探査機開発成果とEXOS-C計画の観測機器開発成果を活用したスピン安定式250kgの金星探査機を用い、パイオニア・ヴィーナス計画の観測成果を受けた上で、より詳細な観測を目指す計画となった。しかし、1989年秋から1990年春にかけて行われたM-Vロケット2号機のミッションプラン選定で、候補の1つとなったPLANET-B計画はMUSES-C計画と共にLUNAR-A計画に敗れ、再検討を要求されることになる。再検討にあたって、NASAのバイキング計画で明らかになった火星の大気圧分布が理論モデルと合わないこと、ソ連のフォボス計画で火星の上層大気から宇宙空間への酸素の流出が観測されたこと、金星の上層大気についてはパイオニア・ヴィーナス計画で既に十分な探査が行われていること等から、火星探査派が金星探査派よりも優勢となる。また、工学研究者達の後押しがあったことが決め手となり、PLANET-B計画は火星探査機として開発されることになった。再検討を経て火星探査機となったPLANET-B計画は、1991年秋から1992年春にかけての選定でASTRO-E計画に競り勝ち、M-Vロケット3号機のミッションプランとして採用された。その後、打ち上げ延期や過酷な軽量化、推進系配管に追加された逆止弁の故障によるパワードスイングバイ失敗と周回軌道投入用燃料の不足、大規模な太陽フレア、1bit通信など、のぞみは開発中から火星周回軌道投入までの道程にあった数々の困難をくぐり抜ける。しかし、2003年7月9日に電源投入ノイズによる誤作動で2度目の通信途絶が発生。火星周回軌道投入期限である同年12月9日までに通信が回復しなかったため、周回軌道投入を断念し、5年間に渡る運用が終了された。
「邪宗門」は、あくまで時の権力者が彼らから見て敵対していると感じられたり、都合が悪いとみなされたりした宗教にまとめてレッテルを貼るための政治的な用語で、宗教用語や学術用語とは言い難い。よく知られるところでは豊臣秀吉や徳川家康によってキリスト教がそれとされたり、豊臣・徳川らの命令への非服従を貫いた日蓮宗不受不施派が「邪宗門」とされた。また、宗門改などを通じた宗教統制に入らなかった民間宗教、新宗教なども江戸幕府によって「邪宗門」に分類された。戦国時代、人々は現世利益や葬式を中心とした冠婚葬祭への期待から、仏教に帰依するようになった。16世紀半ばにフランシスコ・ザビエルがキリスト教カトリックを伝えたが、キリスト教は仏教徒の教義の類似性から、当時の日本において仏教の一種と誤解され、当時の日本人に受容されやすく、キリシタン大名も生まれた。織田信長が実権を握った当時、キリシタンは九州地方に多く、近畿地方には少なかった。信長の勢力圏ではキリシタンは有害な存在とみなされず、信長はキリスト教を保護した。信長の家来の中から頭角を現し、信長亡き後に権力を握った豊臣秀吉は、天正17年（1589年）にバテレン追放令を出して以後、「（太陽神・天照大神の末裔とされる）天皇と天皇によって任命され政治的な正統性を付与された関白及び将軍（幕府）の至上性を認める宗門のみが日本における正法（正しい宗教）であり、これを認めない宗門は日本の正統な国家秩序を破らんとする「邪法」を奉じる宗門である」すなわち「邪宗門」とした。江戸幕府もこの方針を継承し、一般民衆に対して「キリスト教＝邪宗門」とする観念を植え付け、多数のキリスト教徒を迫害し、島原の乱など信者による反乱も発生した。明治維新の直後、明治政府から出された五榜の掲示第三札には、当初「切支丹邪宗門」の禁止が掲げられていた。この文言があることを知った欧米諸国は明治政府に猛抗議を行ったため、慌てた明治政府はただちに「切支丹」と「邪宗門」それぞれを禁止する、と訂正した。明治6年（1873年）のキリスト教解禁において、300年近くにわたって「キリスト教＝邪宗門」との観念を植え付けられてきた一般民衆の間には、解禁に対して不安や恐怖を覚える者もあったとされる。その不安と蔑視はキリスト教解禁後も続き、政府及び民衆からの様々な圧迫が日本のキリスト教徒に対して加えられる要因となった。