17世紀に入ると、政治的にスペインと対立し、東アジアへの進出が盛んだったオランダ連合東インド会社によるフィリピン攻撃が1610年、1660年と断続的に行われた
ヌエバ・エスパーニャ副王政府はこうしたオランダによるフィリピン攻撃からの防衛費をも負担した
1603年には、マニラで最初の華人反乱が起きている
1621年から1621年にかけてBankaw Revoltが起こった
18世紀に入ると、七年戦争の最中の1762年にそれまでフィリピンとの密輸を続けていたイギリス東インド会社によってマニラが占領された
イギリス人は1764年にフィリピンから撤退したが、この事件はスペインによるフィリピン経営のあり方を再考させる一つのきっかけとなり、カルロス3世のボルボーン改革によってフィリピンにもタバコの強制栽培、専売制度の確立(1782)や王立フィリピン会社の設立(1785)など、プランテーション農業を基盤とした開発型植民地への転換を目指した政策が導入された
1809年にはイギリスがマニラに商館を設立した
スペインのフィリピン経営における商品作物の栽培や鉱山開発は失敗に終わったが、イギリス海賊の跳梁やメキシコ独立戦争の影響のため1815年にガレオン貿易が廃止され、19世紀初めにフィリピンは重商主義的植民地支配から自由主義的植民地支配に移行した
1834年にマニラが正式に開港されると、自由主義の下で輸出向けの商品作物の栽培が進み、マニラ麻や砂糖、タバコなどがアメリカ合衆国とイギリスの市場に向けて生産される一方で、商品作物栽培のための土地所有の集中を招き、アシエンダと呼ばれる大土地所有制度が確立されて農民の小作農化が進んだ

リーブスはシムズを再びエースQBに指名し、ホステトラーはオークランド・レイダーズに移籍した。1993年に年間最優秀コーチに選ばれる活躍を見せたがその後3シーズンはプレーオフ出場を果たせず1997年から2003年はジム・ファセルがヘッドコーチとなった。2004年、トム・コフリンがヘッドコーチに就任した。この年、サンディエゴ・チャージャーズからドラフト全体トップで指名されたイーライ・マニングがチャージャーズへの入団を拒否、ジャイアンツは全体5番目に指名したフィリップ・リバースなどとトレードでマニングを獲得した。開幕当初はカート・ワーナーが先発QBを務めたが5勝4敗となったシーズン中盤からマニングが先発QBに昇格、しかしチームはその後1勝しかできず6勝10敗でシーズンを終えた。コフリンが就任して2年目の2005年からチームは3年連続でプレーオフに進出し、2007年には10勝6敗で、ワイルドカードからのプレーオフ出場ながら、タンパベイ・バッカニアーズを24-14、ダラス・カウボーイズを21-17、氷点下18.3度（体感気温氷点下31.1度）の敵地ランボー・フィールドで行われたNFCチャンピオンシップゲームでグリーンベイ・パッカーズをオーバータイムの末、23-20で破り、7年ぶり4回目のスーパーボウル出場を果たした。第42回スーパーボウルでは、レギュラーシーズン16連勝を果たしたニューイングランド・ペイトリオッツを17-14で破り3度目のスーパーボウル優勝を果たした。2008年シーズンNFCトップの12勝4敗の成績をあげてホームフィールドアドバンテージを確保したがディビジョナル・プレーオフでフィラデルフィア・イーグルスに敗れてシーズンを終えた。2009年、チームは開幕から5連勝したがニューオーリンズ・セインツに27-48で敗れた試合を含めて4連敗を喫した。最終的にチームは8勝8敗に終わりプレーオフを逃した。3年目のWRスティーブ・スミスがチーム記録となる107回のキャッチ、チーム歴代2位の1,220ヤードを獲得し7タッチダウンをあげた。最後の2試合で合計85失点を喫したこともあり、シーズン終了と共にビル・シェリダンディフェンスコーディネーターが解任されバッファロー・ビルズの暫定ヘッドコーチを務めていたペリー・フェウェルが就任した 。2010年、チームは10勝6敗の成績をあげたがプレーオフを逃した。第15週のフィラデルフィア・イーグルス戦では残り7分半で31-10とリードしていたが、21点差を守れず、31-31の同点に追いつかれ、試合終了間際アウトオブバーンズを狙うように新人パンターのマット・ドッジに指示したパントをデショーン・ジャクソンにリターンTDされて敗れている。2011年、6勝2敗と好スタートを切ったもののその後4連敗を喫した。勝った方が地区優勝となるダラス・カウボーイズとの最終週の試合に勝利、9勝7敗で地区優勝を果たした。ワイルドカードプレーオフで、アトランタ・ファルコンズを24-2と相手攻撃陣に得点を許さず（2失点はセイフティによる失点）新スタジアムでのプレイオフ初勝利チームとなり、続くディビジョナルプレーオフではシーズン15勝1敗で前年スーパーボウルの覇者グリーンベイ・パッカーズを敵地で37-20と下し、勝ち上がる。そして雨天のNFCチャンピオンシップゲームにてサンフランシスコ・フォーティナイナーズとの延長戦を制して（20-17 OT)、4年前を彷彿とさせる快進撃で第46回スーパーボウルに駒を進めた。奇しくも4年前と同じ組み合わせとなった第46回スーパーボウルでは第1Qにセイフティと1TDで9-0とリード、第2Qに逆転TDパスを決められリードを許したが、第4Qに逆転し、ニューイングランド・ペイトリオッツを21-17で撃破、4度目のスーパーボウル王者に輝いた。MVPにはイーライ・マニングが4年前に続いて選ばれた。2012年はシーズン前半を6勝2敗で折り返したものの、11月に入ると攻撃、守備ともに調子を落とし3勝5敗。特に12月の最終盤においては、第13週のワシントン・レッドスキンズとの同地区対決に敗れ、第15週のアトランタ・ファルコンズ戦は無得点で敗戦するなど、完全に失速。最終成績は9勝7敗だったが地区優勝はレッドスキンズにさらわれ、ワイルドカードによるプレイオフ出場も逃した。2011年に16.5サックを挙げ躍進したディフェンスエンドのジェイソン・ピエールポールは、このシーズンは6.5サックに終わった。2013年から2015年シーズンは3年連続で負け越しに終わった。低調なチーム状態の中、2014年シーズンから加入したWRオデル・ベッカム・ジュニアが2014年11月23日のダラス・カウボーイズ戦でワンハンド・キャッチ・タッチダウンを決め年間成績でも2シーズンで約2800ヤード、25TDを稼ぐなど気を吐いた。2015年シーズンをもってコフリンHCは辞任。オフェンスコーディネーターを務めていたベン・マカドゥーが後任として昇格した。