センチネルが飛び立った時ビーストはニューX-メンとトレーニングに励んでいた。ビーストは何が起きているのかを知ろうとし、テレビに映るハルクを見つけた。その時、ハルクはマンションに到着した。ビーストは外で活動していた他のチームに救難信号を送った。ビーストはニューX-メンに戦わなくてはならなくなるかもしれないと告げ、彼等は同意を示した。ビーストはエグゼビアとの面会を要求するハルクに会いにいった。ビーストは彼にエグゼビアを攻撃するつもりなら会わせるわけにはいかないと言った。その時ニューX-メンはハルクを攻撃し身動きを封じた。ビーストはエリクサーをハルクに近づけ、彼の力をハルクに使えるようにした。ビーストはハルクに対していくつかの攻撃する試みをしたが、ハルクには通じなかった。彼はハルクに強打されそうになったがアストニッシングX-メンが到着しプロフェッサーXはマンションから駆けつけ、ハルクの心に入り込もうとした。チャールズは彼らに彼が見た事を見せ、ビーストはショックを受けハルクに謝罪した。二号ではビーストは再びチームメイトと共にハルクと戦闘している。戦いの中でノックアウトされた彼はエリクサーに治療されたが、さらに多くのX−チームが戦いを援護する為に駆けつけた。
X-メンや他のミュータント達は交通事故で無くなったランドルーという名のミュータントの少年の葬儀に参列し、この事が持つミュータントという種への意味について熟考した。ビーストはM-デイを無効にする方法を模索する事を計画した。彼の研究は不首尾に終わった。
チームメイトを失った悲しみに暮れて、ハンクはしばらくの間ストームと彼女が率いるエクストリームチームとともに学園を離れ、デスティニィの日記の探索に乗り出した。ヴァルガスに攻撃を受けサイロックが死に、ビーストは酷く傷つき学園に帰還した。
CTU時代の拷問により、公聴会で責任追及を受けていたジャックの元に、FBIのルネ・ウォーカーから緊急の捜査協力依頼をされる。拘束の身である自分がなぜ捜査に協力しなければならないのか疑問だったジャックはある監視カメラ画像の写真を見て全てを悟った。監視カメラに映っていたテロリストの顔は過去に死んだはずのCTUの元同僚、トニー・アルメイダだった。捜査に協力することにしたジャックは捜査を開始。トニーを確保したところ、トニーが喋ったCTUの秘密コードに連絡。ビル達の単独捜査を知り、ビルとクロエと再会。捜査に協力する。デュバクの居どころを突き止め突入し、CIPモジュールを破壊するが逃げられる。直後に判明した恋人のマリカにたどり着き協力してもらいデュバクを確保する。だが、ジュマがアメリカにいる事を知り、バーネットを拷問にかけて聞き出すが失敗。訊問場所がホワイトハウスだった為に大統領の突入命令で捕まる。直後にホワイトハウスが襲撃により占拠され人質となる。ジャックがガスを充満させてテロリストを一網打尽にしようとするが、まだ隠れているジュマの協力者を見つける為にブキャナンが身代わりに特攻をかけてガス爆発を起こしてテロリストを全滅させた。ブキャナンの死を前にし、悲しみにくれるジャックだったが、情報を手に入れるために再びバーネットを訊問しようと病院に向かう。ところが敵に先回りされてしまいバーネット殺害犯に仕立てあげられてしまう。ルネの協力で逃げながらも犯人と生物兵器の場所を特定。トニーと協力して兵器を奪い去ったが、逃走の際にコンテナが破壊され、兵器の容器が破損。ジャックは生物兵器を浴びてしまい、更にはヘリと物量による攻撃に対抗出来ず奪われてしまった。ジャックは生物兵器に感染。時間の経過とともに病状が悪化。手足の痙攣や健忘症に苦しめられる。痙攣をごまかす注射はあるものの、根本的な治療法はなかった。唯一助かる方法は親族の幹細胞を使った治療、つまりキムだけが頼みの綱だった。だが、キムに自分が死ぬ姿、そして死を見せるというジャック自身の苦痛を味わいたくない為に拒否をしていた。その後キムが探していた事もありついに再会。キムが治療の協力を申し出るがキム自身にもリスクがあるためにジャックは断った。生物兵器の症状が早速現れた為にラリーの配慮により現場を外れ、現場はトニーとラリーに任せて兵器の容器を確認する為にFBIで指揮を取ることに。しかし、敵の策略にかかり失敗。内通者の協力によりトニーを潜入させて一旦下がり、トニーが兵器とスタークウッドの切り札である地対地ミサイルを発見。トニーの活躍によりミサイルと兵器は消滅させたかに見えたが、スタークウッドの傭兵が一本の容器を奪い去り、ラリーが死んだと聞いたジャックはルネと共に現場に急行。ジャックは操作の過程で衝撃の真実を知る。トニーは裏切り者だったのだ。どう考えてもあのトニーが裏切った事が信じられない。彼を問いただそうとしたところ、発作を起こしてしまい、注射を射とうとしたがトニーが足止めに奪い彼は逃走。ルネに説明し、大統領にもトニーが裏切り者だった事を話したジャック。まだ信じたくない現実を受け止め、病気の体を押してジャックは再び捜査に乗り出した。するとアルザリアンという男が浮上した。彼を知るモスクの導師ゴハールに話を聞きに行くが、クロエが証拠捏造の後を発見し、テロリストに仕立てあげられてた事に気付き現場に急行。アルザリアンを発見して容器を無事に確保し、トニーも逮捕した。トニーを問いただし、これでもかと殴り付けるジャックだったが、何も話さないトニーはただジャックを睨み付けるだけ。その姿を見たジャックは更にショックを受ける・・・。しかも今度はカーラがキムを人質に取り、トニーを逃がすよう脅迫してきた。ルネのおかげでキムは何とか助かったが、ジャックは拉致され、彼の体内にいる病原体を取り出して再び生物兵器を作り出そうとする。隙を見て逃げ出したがトニーに捕まり、必死で説得を試みるがまったく耳を貸さないトニー。すると、ようやく本当の目的を話はじめる。ミッシェルを殺した真犯人、そして今回のテロの黒幕であるアラン・ウィルソンを誘い出し殺す事こそがトニーの真の目的だったのだ。しかし、その為にテロを起こして人を殺したにもかかわらず、仕方がないとトニーは言い放った。こんな事をしてもミッシェルは喜ばないと必死で説得するが、話を聞くどころか今日のテロを全て正当化する彼にはもはや誰の言葉も届かなかった・・・。そしてついにアランがトニーの前に現れた。するとそこにFBIが現れ撃ち合いになる。逃げるアランとトニーを追いかけたジャックとルネはトニーに発砲。寸でのところでトニーを止めた。連行されていくトニーはジャックに罵声を浴びせる。何も言い返す事が出来ず、そのまま倒れたジャックは病院へ送られた。病院で最期の時を迎えようとしていたジャックは導師ゴハールを呼んだ。今までの出来事を懺悔するかの如くゴハールに話すジャック。話も終わり、「死」を受け入れた彼は眠りに着くように薬で昏睡状態に。その時、キムが現れた。やっとジャックと気持ちを通わせたのに離れたくなかった彼女が幹細胞治療のドナーになると申し出に来たのだ。ドクターメイサーは了解し、ジャックは治療を受ける事になったところでシーズンは終了する。