1983年以来2年ぶり3度目（西鉄時代を除く）の出場となる広岡達朗監督率いる西武ライオンズと1964年以来実に21年ぶり3度目の出場となった吉田義男監督率いる阪神タイガースの対決となり、阪神が4勝2敗で球団創設以来初（かつ2018年現在、唯一）の日本一を達成した。打撃三冠王のランディ・バースを先頭に真弓明信、掛布雅之、岡田彰布らの猛打でペナントを勝ち取った阪神と、「管理野球」を標榜し、この年防御率1位の工藤公康を始め東尾修、松沼博久、高橋直樹、渡辺久信投手陣を要する西武との対決でもあった。この年から日本シリーズにも指名打者制を採用することになり、阪神は弘田澄男を6試合とも打順を2番で起用した。なお、このときは指名打者制を隔年で採用することとなっていたが、全試合不採用だった翌1986年を経て、1987年以降はパ・リーグ主催試合のみ毎年採用する方式に変更された。このため、指名打者が全試合で採用された唯一の日本シリーズとなっている。なお、当該シリーズは、西武鉄道と阪神電気鉄道のイメージから「鉄道シリーズ」ともてはやされたが、当時の西武ライオンズの親会社は国土計画（デベロッパー。事実上西武グループの持株会社）であり、西武鉄道は国土計画の子会社だったことから球団とは「兄弟会社」の関係で、「出場する両チームの親会社が鉄道会社同士」という表現は事実と異なる。そのため、親会社が鉄道会社同士での対戦は、1964年の日本シリーズ（阪神と南海ホークスが対戦）が過去唯一となっている。
2002年シーズンには地区編成替えがあり、AFC北地区4チームの一員となった。2002年10月23日、アル・ラーナーオーナーが死去、息子のランディ・ラーナーがオーナーとなった。チームは9勝7敗でワイルドカードとなり、1994年以来となるプレーオフに出場を果たした。スティーラーズとの試合は残り5分の時点で33-21とリードしていたが33-36で敗れた。2003年、2004年は共に負け越しに終わった。2004年3勝8敗となったところでデービスヘッドコーチは辞任し、オフェンスコーディネーターのテリー・ロビスキーが暫定ヘッドコーチとなった。2005年、ニューイングランド・ペイトリオッツのディフェンスコーディネーターでクリス・パーマーの下でアシスタントコーチを務めていたロメオ・クレネルが新ヘッドコーチに就任した。2005年、チームは地区最下位に終わった。2005年シーズン最終戦には球団社長のジョン・コリンズがGMのフィル・サベージを解任することを決めたと報道されたが、翌年1月3日にチームを去ったのは社長のコリンズであった。この時ラーナーオーナーがCEOも兼任することになった。2006年は6勝10敗でシーズンを終えた。2007年、チームは生まれ変わった。開幕戦でスティーラーズを34-7で破ると先発QBだったチャーリー・フライをシアトル・シーホークスにトレード、デレック・アンダーソンがエースQBとなった。アンダーソンはシンシナティ・ベンガルズ戦ではチームタイ記録となる5本のTDパスを決めてチームは51-45で勝利した。チームは1994年以来最高となる10勝6敗の成績をあげたがタイブレークの末、プレーオフをわずかのところで逃した。アンダーソンを含む6人がプロボウルに選出され、クレネルヘッドコーチとも2年の契約延長がなされた。2008年、チームは地区優勝するものと期待された。スーパーボウルチャンピオンのニューヨーク・ジャイアンツを破ったが主力選手に怪我人が続出し4勝12敗に終わった。QBはデレック・アンダーソン、ブレイディ・クイン、ケン・ドーシーの3人が負傷欠場し、シーズン半ばに契約したブルース・ブラドコウスキが4人目の先発QBとして出場する有様であった。第11週にはKフィル・ドーソンが56ヤードのFGを決めてバッファロー・ビルズを破ったが、チームは最後に6連敗し、最後の2試合は完封負けを喫した。またオフェンスのあげたは24Q連続でTDをあげることができなかった。シーズン終了と共にサベージGMとクレネルヘッドコーチは解任され2009年1月、ジョージ・コキニスがGMに、ニューヨーク・ジェッツのヘッドコーチだったエリック・マンジーニが新ヘッドコーチに迎えられ4年契約を結んだ。2009年12月20日のカンザスシティ・チーフス戦でジェローム・ハリソンがジム・ブラウンのチーム記録を更新する286ヤードを走り、またジョシュ・クリッブスがキックオフリターンで2タッチダウンをあげ通算では8キックオフリターンのNFL新記録を作った。11月2日にジョージ・コキニスGMを解任、12月にマイク・ホルムグレンが球団社長に就任した。2010年、シーズンオフにチームはデレック・アンダーソン、ブレイディ・クインのQB2人を放出、ジェイク・デローム、セネカ・ウォレスを獲得、コルト・マッコイをドラフトで指名した。この年クインとのトレードでデンバー・ブロンコスから獲得したペイトン・ヒリスが大活躍、彼はシーズンオフにマッデンNFLのカバー選手に選ばれた。第7週のニューオーリンズ・セインツ戦ではデビッド・ボーウェンズの2インターセプトリターンTDなど、ドリュー・ブリーズから4インターセプトを奪い、30-17で勝利した。センターのアレックス・マックがプロボウルでマックはラテラスパスを受けてタッチダウンをあげている。2シーズン続けて5勝11敗に終わり、マンジーニヘッドコーチは解雇され、セントルイス・ラムズのオフェンスコーディネーターであったパット・シューマーが就任している。2011年、10月23日のシアトル・シーホークス戦ではフィル・ドーソンが50ヤード以上のFGを2本成功させ、6-3で勝利した。前年活躍したヒリスは不振を極めた。コルト・マッコイもピッツバーグ・スティーラーズ戦でジェームズ・ハリソンからのヒットで脳震盪を起こし、シーズン終盤には欠場した。チームは最後に6連敗するなど、4勝12敗でシーズンを終えた。