相互作用説では、脳内の物質が意識の世界から影響を受け、物理法則と異なる動きをすることがあるということになるが、心身並行説はこれを認めない考え方であり、この点では随伴現象説と同じである。
千空は、司をコールドスリープさせるための冷蔵庫を制作し、一時的に司の命を止めた。百夜の遺した情報から石化光線の出所がアメリカ大陸だと掴んでいた千空は海を渡るため、船の建造を宣言。石神村民と旧司帝国民の間で軋轢が起こる事を危惧したゲンの提案により外洋航海船の設計コンペを開催し、千空の帆船が全会一致で採択される。船の建造がはじまると共に千空は復活者選定役の南に船長の心当たりを聞き、彼女の案内で七海龍水を復活させる。船を一瞥した龍水により材木の質に問題がある事を指摘され、帆と動力ハイブリッドの機帆船とする事になるが、そのための燃料として石油を探す事となった上、船長報酬として石油の所有権は全て龍水のものとなり、千空達は龍水から石油を購入する必要に迫られる。日本唯一の油田である相良油田の捜索を開始するが、3700年の間に富士山の大噴火で起きた天変地異により地形が激変している事が発覚し、新しい地図を制作する必要に迫られ、スイカの一言から気球を制作する事になる。杠達の尽力により気球は完成、同時に余った麻布で作った洋服を売り出し、順調に軍資金も確保する。気球からの地図製作と平行し、龍水の提案で長期航海用の保存食探索も始まり、ヤギや小麦を発見。農耕を開始し、同時にパンを試作するものの千空達の技術ではまともなパンを焼けなかったため、龍水の執事兼シェフであるフランソワを復活させ、無事パンの問題は解決。復活液を提供した南との取引でカメラを制作して撮影した航空写真を見たコハクと食材として捕らえた油くさいイノシシのおかげで、ついに油田を発見する。石油を発見した千空達はテストとしてモーターボートを作り、さらに海上での正確な位置を知るためのGPSを制作する。ところが、GPSのテストの最中に謎の通信が入り、千空達以外の謎の存在がいる事が判明する。龍水によって「ホワイマン」と名付けられたその存在に対抗するため千空はレーダーを制作、それを見たクロムの閃きにより鉄鉱石の鉱脈を発見するが、一方で帆船作りは大型船建造の経験者がいなかったため行き詰ってしまう。千空は計画を変更しようとするが、大型帆船を諦められなかった龍水は自ら模型を作り、それを正確に拡大することを提案し千空も了承する。帆船の再建造に合わせて工業レベルの向上も行われ、西暦5741年9月10日ついに科学船ペルセウスが完成する。龍水の選抜した乗組員を乗せ出航した一行は、かつて百夜達が不時着した島を目指すことを決める。ルリから百物語の全容を聞いていた千空は、鉱石に関する話の中に「宝箱」という単語が何度も出てくることに気付き、百夜達が希少な鉱石を宇宙船ソユーズの中に保管したと推測。宝箱の中に眠るプラチナを入手できれば石化復活液の無限増産が可能になるという。その話を聞いた名無しの村人は自身がその島の出身であり、幼い頃に拾われた事と自身の名前が「ソユーズ」である事を明かす。ソユーズの存在により島に石神村と分化した人々が住んでいる事が発覚し、嵐に紛れて島へ上陸する。千空、コハク、ゲン、ソユーズが偵察隊として上陸した一方、船ではスイカが密航していた事が発覚して騒ぎになっていた。しばらくして電話に応答しなくなった船を不審に思ったゲンとソユーズが望遠鏡で船の様子を見ると、船にいた全員が石化してしまっている事が発覚する。ソユーズが思い出した記憶から島には人を石化する何かとそれに対抗する人々がいる事が判明し、ほどなく一行は島の住人の少女を発見する。その少女アマリリスの話によれば「頭首」と呼ばれる支配者が人々を石化する爆弾で武力支配しており、幼い頃友人を石化されたアマリリスは頭首に反抗するため後宮へ嫁いで石化爆弾を奪おうと考えていたという。アマリリスに協力を持ち掛けれた千空達はコハクを一緒に潜入させる事に決める。頭首の軍勢が調査していた船から薬品を乗せたスチームゴリラ号を偶然石化を免れていた銀狼とスイカに回収させ、アマリリスに案内された海蝕洞「サファイアの洞窟」に隠れた。調合したシャンプーや化粧品で飾ったコハクとアマリリス、護衛として女装させた銀狼を後宮へ潜入させる事に成功した千空は石化爆弾を空中でキャッチするためにドローンの制作を宣言する。頭首の棲む大木に絡めとられた宇宙船ソユーズを発見したコハクは千空の作った無音爆弾で保存のためのコンクリートを破砕、中身を千空に届けることに成功する。コハクの発見した砂金に紛れていたプラチナを入手した千空は硝酸製造機を作り、海に棄てられてしまったカセキの石像を探すため龍水を復活させる。龍水が復活せた大樹の活躍もあり仲間達の石像は全て回収され、ドローン作りも佳境となった一方、コハク達は頭首の側近であるモズに正体を見破られてしまう。また、銀狼は頭首がすでに石化して死亡しており、島の実権は宰相イバラが握っている事を知ってしまったため致命傷を負わされてしまう。コハクは銀狼を助けるため、わざと石化させられる。アマリリスはそれを伝えるため逃げ戻るが、モズに追跡されて隠れ家がバレてしまう。しかし、千空達はモズの不審な行動から彼がイバラを殺そうとしている事に勘付き、石化武器を持っているのがもう一人の側近キリサメだけだと推測。ゲンによる交渉の末、モズと一時的に同盟を結ぶことに成功する。モズが攪乱を行っている隙に千空達はモズと敵対した時のために拳銃を制作、ドローンも完成させて準備を終え、頭首の棲み処へと襲撃をかける。