事故発生路線である福知山線は、阪急電鉄の宝塚線・神戸線・伊丹線と競合しており、他の競合する路線への対抗策と同様、秒単位での列車の定時運行を目標に掲げていたとされている。120km/h運転や停車時間が15秒などもともと全体的に余裕のないダイヤだった上、停車駅を次々と追加したにもかかわらず、所要時間は2003年（平成15年）12月に快速が中山寺駅に停車するダイヤ設定前と同じであったため、余裕時分を削って以前と変わりない所要時間で走らせ、慢性的な遅延が出ていることは問題視されていた。特に当該列車においては基準運転時分通りの最速列車で、事故発生区間である塚口駅 - 尼崎駅間では2004年（平成16年）10月のダイヤ改正によりさらに短縮されていた。当時のJR西日本は施策で「余裕時分全廃」を掲げていた。事故調査委員会が全国のJR・私鉄・公営鉄道事業者のダイヤを調べたところ、余裕時分のないダイヤを組んでいたのはJR西日本だけであった。
目標が守られない場合に、乗務員に対する処分として再教育などの実務に関連したものではなく、日勤教育という懲罰的なものを科していた。具体的には乗務員休憩室や詰所、点呼場所から丸見えの当直室の真ん中に座らせ、事象と関係ない就業規則や経営理念の書き写しや作文・レポートの作成を一日中させた。トイレに行くのも管理者の許可が必要で、プラットホームの先端に立たせて発着する乗務員に「おつかれさまです。気をつけてください」などの声掛けを一日中させたり、敷地内の草むしりやトイレ清掃などを命じるなど、いわゆる「見せしめ」「晒し者」にする事例もあれば、個室に軟禁状態にして管理者が集団で毎日のように恫喝や罵声を浴びせ続けて自殺や鬱に追い込んだ事例もある。それが充分な再発防止の教育としての効果につながらず、かえって乗務員の精神的プレッシャーを増大させていた温床との指摘も受けている。事故の当該運転士も、過去に運転ミスや苦情などで3回の日勤教育を受け、知人や友人に「日勤教育は厳しい研修だ」「一日中文章を書いていなければならず、トイレに行くにも上の人に断らなければならないので嫌だ」「日勤教育は社訓みたいなものを丸写しするだけで、こういう事をする意味が分からない」「給料がカットされ、本当に嫌だ」「降ろされたらどうしよう」と話していた。さらに、事故直前の伊丹駅での72mのオーバーランの後、車掌にオーバーランの距離を少なく報告するように車内電話で要請したことも明らかになっている。日勤教育については事故が起こる半年前に、国会において国会議員より「重大事故を起こしかねない」として追及されている。また、日勤教育は「事故の大きな原因の一つである」と、多くのメディアで取り上げられることになった。国土交通省の事故調査報告書は、日勤教育について「ほとんど精神論」と断じ、事故原因として「日勤教育等のJR西日本の管理方法が関与したと考えられる」と報告している。
国鉄時代から並行する阪急電鉄などの関西私鉄各社との激しい競争にさらされており、その影響からか、民営化後のJR西日本にも競合する私鉄各社への対抗意識が強かったとされる。私鉄各社との競争に打ち勝つことを意識するあまり、スピードアップによる所要時間短縮や運転本数増加など、目前のサービスや利益を優先し、安全対策が追いつかなかったと考えられる。また同社においては、先述の競争の激しさや長大路線を抱えている点から、従業員がダイヤの乱れた時における乗客からの苦情の殺到を過度に恐れていたとの指摘もある。同社の安全設備投資に対する動きが鈍かった背景には、先述の私鉄各社との競争環境に加え、民営化後多数の赤字路線を抱えていたこと、阪神・淡路大震災で一部の施設が全壊ないし半壊するなどの被害を受けたことや、山陽新幹線のコンクリート崩落問題で多額の支出を強いられたことなどが挙げられる。
11月16日にはカトリック司祭が仲介に入り、事態収拾に向けムガベの退陣が話し合われたものの本人は2018年大統領選挙前の辞任を拒否した。南アフリカ政府もノシビウェ・マピサヌカクラ国防大臣とボンガニ・ボンゴ国家治安大臣の二人を特使として派遣し、ムガベやチウェンガを交えて大統領府にて会談を行い、その様子は国営放送ZBCや政府系日刊紙ヘラルドによって写真を交えて報じられた。会談の中ではチウェンガが第1副大統領を解任されたムナンガグワへの権限委譲を求めたものの、ムガベは抵抗した。また16日にムナンガグワがジンバブエに帰国した。11月17日、ムガベが大学の卒業式に参加し、国防軍に自宅軟禁下に置かれてから初めて公の場に登場した。また同日、国防軍は国営テレビ放送を通じて、「大統領周辺の犯罪者を除去する作戦で重要な進展があった」として、何人かの関係者を拘束したことを明らかにした。また、ムガベに対しての協議については、「できるだけ速やかに国民に通知する」と話した。11月18日には国防軍と連携している退役軍人団体が主催する、ムガベ退陣を求める集会が首都ハラレで行われ、数万人が参加した。11月21日には議会において、不信任決議案を提出するのではないかとみられていた。11月19日にZANU-PFはムガベを党首から解任し、ムナンガグワを後継とした。しかし、11月19日の夜には「ムガベが大統領の辞任に合意した」という情報が入ったものの、ムガベは11月19日に演説を国営のテレビを通じて行い、この中で、「党大会が数週間後に予定されており、私はその党大会を主宰する」と話したうえで、このまま大統領にとどまることを明らかにした。ZANU-PFは11月20日の正午までにムガベが大統領を辞任しない場合には弾劾の手続きに入ると通告し、21日に召集される見通しのジンバブエ議会で大統領の不信任決議案が提出された場合、可決されることは確実な情勢となっていた。