1978年の開館時から山の水族館は、温泉水で熱帯魚を展示する日本唯一の水族館であり、「新熱帯区の川」（アマゾン川が主）という展示があったり、東南アジアや、アフリカの熱帯魚を飼育していたりする。水族館は、地元の温泉水で飼育すると魚が早く成長し、大きな個体になることから、この温泉水を「魔法の温泉水」と表現している。ピラルクーが通常の2-3倍の速さで育ったという報道もある。館のバックヤードは、ビニールハウスのため、水中に日光が差し込み、魚は日光浴しながら過ごせる。「日光浴で色がくっきりしてきれい」になると、館は説明した。ピラルクーやレッドテールキャット、タイガーショベル、コロソマ、ガーがいる水槽は、この水族館で2番めに大きな水槽で、幅5m×奥行き3m×高さ1.5mである。世界の熱帯魚エリアは温泉水をタンクで運び込んで、加温と循環ろ過方式で運営している。熱帯魚のエリアでかけ流し方式とならなかったのは、加温の熱エネルギーの無駄を避けるためである。2012年12月、北海道電力による計画停電への懸念から水族館は、停電で水温が下がって熱帯魚が全滅しないように、非常用発電機の導入することを決めた。
リニューアル後は、川魚が川の変化に合わせて遡上する習性を利用して、渓流をジャンプして遡上するヤマメ、オショロコマ、ウグイを展示する水槽もある。渓流を模した水槽に川魚を飼育し、約15分又は20分毎に水位を低くする。水量が減ると川魚は川の上流へ勢いをつけて段差を飛び越える、遡上（川上り）を始める。この水槽において、ヤマメが主となっているのは、温根湯（おんねゆ）の魚を全て試して、ヤマメがもっとも積極的に遡上するからだと水族館職員は説明する。サケ科の淡水魚類が遡上する水槽は、日本初展示である。だが、リニューアル作業中は魚が飛ばなかった。そのため、魚が実際に遡上するよう、魚種の選定のやり直し、水深、川底の形状、流れの強さなどの調整を繰り返し、水族館職員が休館中に3か月を超える実験・研究をし、自然な姿を再現できる水流と勾配を導きだして、オープン直前に完成している。この水槽は、水族館職員が企画したが、当初、中村元には反対されていた。しかし水族館職員が「人々を喜ばせる水槽を作りたい」と造った。職員は、埼玉県にある擬岩製作会社へ行き、細かい助言を行っている。のちの取材で、もっとも製作に苦心した水槽だったと職員は述べている。
リニューアル前の2001年に、アルビノのイトウが、イトウの人工繁殖の研究をしていた北海道大学北方生物圏フィールド科学センター七飯淡水実験所から提供され、展示されていた。人工ふ化のアルビノイトウでは世界初の展示である。2007年に水族館に来た中村は「幻の白いイトウ」、「かなりデッカイ」と表現している。
番組開始当初は、少ないとされる大阪の名物を発掘・開発するという企画を中心に放送された。特に、大阪の喫茶店の定番メニューである「ミックスジュース」を企画し、トミーズ雅が「みっくちゅじゅーちゅ」と名付け、赤井英和がラベルのロゴを筆字で書き、CMには月亭八光が出演し、缶入りのソフトドリンクとして、日本サンガリアベバレッジカンパニーから全国発売したことでも有名。2005年、日本食料新聞社主催「優秀ヒット賞」を受賞した。番組当初の放送開始時刻は土曜日23:00だったが、この時テレビ朝日制作の『SmaSTATION!!』を全国同時ネットとしてスタートさせるために2001年秋から土曜日未明（金曜日深夜）の0:24からに変更。その後、2002年4月から「ナイトinナイト」火曜枠（火曜23:17 - 翌0:17）へ移動している。なお、「ナイトinナイト」枠へ組み込まれたことを機に、スタジオ収録のパートで「出演者がちゃぶ台を囲みつつ、さまざまな企画VTRを見ながら雑談する」という構成が定着。また、エンディングには、視聴者から募集したリクエスト曲を流している。2007年1月9日放送分からナイトinナイト枠の番組で初めてハイビジョン制作となり、同時に字幕放送実施番組となった（字幕放送は朝日放送のみ実施）。当初はスタジオ部分のみハイビジョンでロケVTRは4:3SD映像での放送であったが、2008年1月からはVTRも一部ハイビジョン映像となり、同年2月にはロケVTRもハイビジョン映像が中心（一部は4:3SD映像）となっている。基本的には、毎週金曜日お昼または夕方に大阪・ABCセンターAスタジオで収録（2008年4月29日放送の第351回以降は、朝日放送新社屋テレビAスタジオで収録）し、その3週間後に放送。また、「探偵!ナイトスクープ」の収録も同じ金曜日である。 たまに同曜日の夜11時台（この番組の時間）に収録されることもあり、違う意味で生放送（撮って出し）に近い。2008年4月22日放送分で、放送350回目を迎えており、この回は「さよならABC」のサブタイトル通りABCセンターでの最後の収録となった。2010年は1月12日より放送する予定だったが（番組HPにも放送内容が掲載されていた）、出演者であるメッセンジャーの黒田有が暴行事件を起こし逮捕されたため、急遽「ロンブー淳の惚れさせシェフ」の再放送に差し替えられた。以降黒田の出演はなく、番組縁のゲストを招いている。2010年3月10日に行われたABCの番組改編会見での当番組での黒田の扱いについては「謹慎処分中でもあり、決まっていないが、降板はしていない」と説明している。黒田は2012年10月からテレビ番組に出演するようになったが、裏番組の『痛快!明石家電視台』に数回出演する一方で、当番組には復帰しなかった。2011年10月31日からは、『クイズ!紳助くん』を放送していたナイトinナイト月曜枠へ移動。翌11月1日から2015年12月22日までは、火曜枠の後番組として、『雨上がりのやまとナゼ?しこ』（雨上がり決死隊の冠番組）を放送した。2016年3月28日で、放送を終了した。同年4月11日からは、3月27日まで毎週日曜日の23:15 - 翌0:10に編成されていた『なるみ・岡村の過ぎるTV』の放送枠を、ナイトinナイトの月曜枠に移動させた。制作局・ABCの岡田充編成局長は、同年3月16日の番組改編記者会見で、「（番組開始から）15年の歳月を経る間に、かつてのような番組を作れなくなったことから、『一つの役割は終わった』と判断した。余力のあるうちに終了することを決めた」と説明している。