Tanabe ら（1999年）の研究では、とりわけ東アジアのイヌの血統にチュウゴクオオカミとの関わりが強いことが示唆されている。Parker ら（2004年）は、細胞核のマイクロサテライトDNA（付属DNA）の96座位について、オオカミと85品種（414頭）の犬を比較した。その結果、古代に起源をもつ数種、すなわち、中国犬(チャイニーズ・シャー・ペイ、チャウチャウ)と日本犬（柴犬、秋田犬）、コンゴ共和国のバセンジー、アラスカのシベリアン・ハスキーとアラスカン・マラミュートの3グループが比較的オオカミに近かったのに対して、ヨーロッパに起源をもつその他の多くの品種は相互に近く、比較的新しく分岐したものであることがわかった。この研究は、イヌの家畜化は東アジアのオオカミからなされたとした Savolainen ら（2002年）の結論を支持する結果となった。なお、現在のイヌの品種の大部分を占めるヨーロッパ系のイヌの品種が人為的に作られ始めたのは8世紀ごろとされるが、品種として増加したのは、18世紀以降のことと考えられる。
イヌがオオカミから分岐した（イヌが人間によって最初に家畜化された）時期については、異なった見解が並立している。Vilà らは、イヌの塩基配列に見られる変異が生じるために必要な時間として、13万5千年という数字を算出している。この「遺伝子時計」が示す数字が正しいとすれば、考古学的な証拠から確認されるよりもはるかに長い時間である。この時期の違いについては、初期のイヌの形態がオオカミとほとんど変わらず、化石からは識別できなかったのだと考えることもできる。しかし、Wayne and Ostrander や Savolainen らによる報告では、「イヌのDNAの塩基配列に見られる変異が1匹のオオカミのみに由来する場合はイヌの家畜化は約4万年前」「複数のオオカミがイヌの系統に関わっている場合は約1万5千年前」という見解が提示されている。田名部（2007年）は、アフォンドバ遺跡（約2万年前、ムスティエ文化）で発見された犬の骨に基づいて、この時期にオオカミとイヌが分化したことを支持している。なお、現生人類（ホモ・サピエンス）がアフリカ大陸からユーラシアに進出したのは7～5万年前のことであり、一方、約20万年前に出現し、現生人類と共存していたネアンデルタール人の分布域は、ヨーロッパから中央アジアまでである。このことからも、オオカミの家畜化が東アジアで起こったものだとすれば、ホモ・サピエンス出現より前の10万年以上前に、ネアンデルタール人が存在しなかった東アジアでオオカミを馴化することは不可能である。
Wayne ら（1993年）は、イヌ科動物を、ミトコンドリアDNA（mtDNA：ミトコンドリアタンパク質をコードするDNA）の2,001bp塩基対の配列によって比較した。その結果、イヌはオオカミと最も近縁であり、コヨーテやジャッカルとは少し離れていた。Vilà ら（1997年）は、世界の27か所から集めたオオカミ162頭と、67品種（犬種）140頭のイヌを用いて、同じくミトコンドリアDNAのうち、region 1 と呼ばれる、変異の大きな領域の塩基配列を比較した。その結果、イヌとオオカミの配列に大きな違いはなかった。Vilà らや Tsuda ら（1997年）による、ミトコンドリアDNAの塩基配列の分析からは、イヌとオオカミははっきり分けられるものではなく、系統樹を描くと、さまざまなオオカミの亜種やイヌの犬種が入り交じって出現する。Vilà らや Tsuda らの分子系統学的研究と、イヌとオオカミがお互いの子を作ることが可能であり、両者の間にできた子供も生殖可能である事実を考え併せると、イヌとオオカミは近縁種であると考えられる。
イヌなどの食肉目（ネコ目）の祖先として、現生のイタチやテンのような形態のミアキスが出現したのは、6000万年前ごろとされる。3800万年前のヘスペロキオン(en:Hesperocyon)を経て、約1500万年前には北米にトマークタス（en:Tomarctus）が出現し、これがイヌ科の直接の祖先であると考えられている。他のイヌ科動物とイヌ属が分岐したのは、約700万年前であると見積もられている。
1939年（昭和14年）5月に慶應義塾の卒業生である藤原銀次郎が、理工系の人材育成を目的として私財800万円を投じ、当時の慶應義塾長小泉信三の協力も得て、将来的に慶應義塾大学へ寄付されることを前提として設立し、京浜工業地帯を見渡せる横浜市日吉に校地が造営された。大学の修業年限は予科3年・本科3年の6年制であった。前述の通り慶應義塾大学との合併が想定されていたため、設置者の財団法人は異なっていたものの慶應義塾側と一体的な運営が行われた。具体的には、慶應義塾普通部・商工学校から予科への推薦入学が実施されていた他、制服・制帽も慶應と共通の仕立てであった。なお校章については、学生の区別のために独自のものが用いられた。それは、工業を象徴する歯車をかたどった枠の中に、「藤原」にちなんで藤の花を入れた図案であったが、校旗の地色には慶應の三色旗と同じ青・赤・青の縞模様が用いられ、その中央に歯車の校章が置かれた。1944年（昭和19年）に藤原の構想に従い慶應義塾に併合され同大学工学部となった。また学制改革を経て新制工学部、次いで理工学部に改組されて現在に至る。また、中等教育段階での工業人育成のために藤原工業学校（夜間工業学校、4年制）も併設されたが、後に統合や学制改革、義塾の方針によって、こちらは後身校を持たずに廃校となっている。その後、慶應義塾大学理工学部創立75周年記念事業の一環として藤原工業大学開校の地記念碑が日吉キャンパス内に建立され、2014年3月1日に除幕式が行われた。