しかし、ムハンマド・オマルをはじめとする指導部の多くは失われず、2003年以降アフガニスタン南部及びパキスタンのトライバルエリア、ワズィーリスターンを根拠地に勢力を回復し、2006年中にはアフガニスタン南部四州で都市部以外の支配権を獲得するに至ったと言われる。これにはパキスタンの原理主義勢力、及びその背後のISIが深く関与していると見る向きが強く、同年末にはアフガニスタン暫定行政政府の大統領ハーミド・カルザイがパキスタンを名指しで非難する事態に至った。国際部隊の治安活動もあり主要都市の陥落などの危機的状況には陥っていないが、国際部隊の展開地域等でケシ栽培を禁じられた、あるいは多国籍軍の攻撃で民間人が死亡したなどの理由により、とりわけパシュトゥーン人の間などで、治安の混乱と経済的苦境からターリバーン復活待望論が広まっているという 。一方、アフガニスタンから逃れてきたターリバーンの影響を受け、パキスタン国内でも過激化した武装勢力（パキスタン・ターリバーン）が誕生した。パキスタン・ターリバーンはアフガニスタンのターリバーンとは別物であり、米軍への攻撃に加え、米国を支援するパキスタン政府に対するジハードも目的としている 。2007年12月には、ターリバーンを支持するパキスタン人の武装勢力を統合する目的で、パキスタン国内の13のターリバーン系組織が合体してパキスタン・ターリバーン運動が発足した。発足時の最高指導者はバイトゥッラー・マフスード。パキスタン国内ではパキスタン・ターリバーン運動がアメリカ軍による最大の打倒目標になっている。（ワジリスタン紛争）アフガニスタン南部ではターリバーンが独自の知事や裁判所を設置して完全な支配下に置いている地域がある。ヴァルダク州ではターリバーン独自の州知事、軍司令官、シャリーア法廷の設置やカーディー（シャリーア法廷の裁判長）を任命し、道路税などの税金の徴収、徴兵、学校の閉鎖やマドラサでの教育の強制、シャリーアに基づく刑罰の執行などを行い、完全にターリバーンの統治下にある。ローガル州のバラキー・バラク地区はターリバーンによる制圧後、床屋で髭を剃ることとテレビの視聴を禁じ、従わないものは「異教徒と外国人のスパイ」とみなすと住民に脅迫したという。ヘルマンド州の大部分も中央政府の支配が及ばず、ターリバーンの影響下にあり、地元部族長によれば住民も政府を頼りにするのではなく、ターリバーンの"政府"を頼り、90%の住民がカルザイ政権ではなくターリバーンを支持しているという。また、再起したターリバーンは自爆テロや市街地での無差別テロなどイラクで反米武装勢力が用いた戦術を多用する傾向が顕著になり、アルカーイダとの一体化の進行が指摘されている。またこれら自爆テロでは同様の自爆テロや米軍の空爆で手足を欠損した身体障害者が6割に上るという調査結果が遺体検分に当たったカーブル大学により2008年明らかにされている。デビッド・スワンソンは、アフガニスタン国内での米軍の軍需物資の輸送のための運輸業者への支払いが、ターリバーン勢力の資金源となっていると主張している。
阿弥陀寺に芳一という盲目の琵琶法師が住んでいた。芳一は平家物語の弾き語りが得意で、特に壇ノ浦の段は「鬼神も涙を流す」と言われるほどの名手であった。ある夜、和尚の留守の時に、突然どこからともなく一人の武士が現われる。芳一はその武士に請われて「高貴なお方」の屋敷に琵琶を弾きに行く。盲目の芳一にはよく分からなかったが、そこには多くの貴人たちが集っているようであった。壇ノ浦の戦いのくだりをと所望され、芳一が演奏を始めると皆熱心に聴き入り、芳一の芸の巧みさを誉めそやす。しかし、語りが佳境になるにつれて皆声を上げてすすり泣き、激しく感動している様子で、芳一は自分の演奏への反響の大きさに内心驚く。芳一は七日七晩の演奏を頼まれ、夜ごと出かけるようになるが、武士にこのことは言うなと告げられた。和尚は、目の見えない芳一が無断で毎夜一人で出かけ、明け方に帰ってくる事に気付いて不審に思い、寺男たちに後を着けさせた。すると大雨の中、芳一は一人、誰もいない平家一門の墓地の中におり、平家が推戴していた安徳天皇の墓前で、恐ろしいほど無数の鬼火に囲まれて琵琶を弾き語っていた。驚愕した寺男たちは強引に芳一を連れ帰る。事実を聞かされ、和尚に問い詰められた芳一はとうとう事情を打ち明けた。芳一が貴人だと思っていたのは最近、頻繁に出没が目撃されている平家一門の邪悪な怨霊だった。和尚は怨霊たちが邪魔をされたことで今や芳一の琵琶を聞くことだけでは満足せず、このままでは芳一が平家の怨霊に殺されてしまうと案じた。和尚は自分がそばにいれば芳一を守ってやれるが、生憎今夜は法事で芳一のそばについていてやることが出来ない。寺男や小僧では怨霊に太刀打ちできないし、芳一を法事の席に連れいてけば、怨霊をもその席に連れて行ってしまうかもしれず、檀家に迷惑をかけかねない。そこで和尚は怨霊の「お経が書かれている身体部分は透明に映り視認できない」という性質を知っていたので、怨霊が芳一を認識できないように、法事寺の小僧と共に芳一の全身に般若心経を写した。ただしこのとき耳に写経し忘れたことに気が付かなかった。また、芳一に怨霊が何をしても絶対に無視して音を立てず動かないよう堅く言い含めた。その夜、芳一が一人で座っていると、いつものように武士（平家の怨霊）が芳一を迎えに来た。しかし経文の書かれた芳一の体は、怨霊である武士には見えない。呼ばれても芳一が返事をしないでいると怨霊は当惑し、「返事がない。琵琶があるが、芳一はおらん。これはいかん。どこにいるのか見てやらねば…」という独り言が聞こえる。怨霊は芳一を探し回った挙句、写経し忘れた耳のみが暗闇の中で見え、「よかろう。返事をする口がないのだ。両耳の他、琵琶師の体は何も残っておらん。ならば、出来る限り上様の仰せられた通りにした証として、この耳を持ち帰る他あるまい。」と言い、芳一の頭から耳だけをもぎ取った。それでも芳一は身動き一つせず、声を出さなかった。怨霊はそのまま去って行った。明け方になり帰って来た和尚は、両耳をちぎられて血だらけになり意識のない芳一の様子に驚き、昨夜の一部始終を聞いた後、初めて、芳一の身体に般若心経を写経した際に、小僧が経文を耳にだけ書き漏らしてしまったことに気付き、芳一に、そのことを見落としてしまった自らの非を詫びた。その後、平家の怨霊は二度と現れず、芳一の耳の傷も無事に癒え、この不思議な出来事が世間に広まり、彼は「耳なし芳一」と呼ばれるようになった。やがて琵琶の腕前も評判になり、その後は何不自由なく暮らしたという。結果的に芳一に降りかかった禍は、反対に彼の名声を高めることになった。