当初は制御工学の講座ができるということで助教授に就任したが、実際は車両工学の講座ができたため、藤井は制御工学と車両工学双方の研究を行った。車両工学の研究は自動車の振動問題や車両のだ行動の研究に加え、人間を含めた制御系など、人間工学、制御工学も関連した研究に発展した。また、架線・パンタグラフ系の設計法を提案し、東海道新幹線の実現に貢献している。1956年には教授に昇任し、同大学の評議員、工学部長、総長特別補佐などを務めていく。また、国際自動制御連盟（自動制御の国際組織）や人間工学会において、教育カリキュラムを検討する委員会でも活躍した。東京大学の機械工学科に原子力の研究会ができ、藤井も炉の制御や放射性物質を扱うマニピュレータについて考えるようになった。マニピュレータの遠隔制御ではスレイブ側の反力をマスター側に返す必要があり、双動のあるバイラテラルサーボの研究を行うようになった。これが後にロボット研究に発展する。1965年頃から論理機械や計算機による人工の手の研究を開始し、1970年代には双腕マニピュレータの目標値修正制御、座標変換による書字動作、動的制御（速度のある制御、くぎ打ちロボットなど）、視覚認識、移動ロボットの制御などの研究が行われた。この時期の藤井澄二研究室は、後のロボット制御のほとんどの基があると言われる程の実績を上げた。社会的活動として、機構と機械の国際組織IFToMMに日本も参加するため、早稲田大学の加藤一郎教授や電気通信大学の石川二郎教授とともに、1978年に日本IFToMM会議を立ち上げている。更に1980年には、第58期の日本機械学会会長を務めた。行政関係においても、研究行政、産業技術行政、運輸技術行政、防災技術行政（消防庁、東京都）、交通機関における安全化と高速化の技術開発といったプロジェクトに参画し、指導的な役割を担った。
終戦後、東京帝国大学航空研究所（後に理工学研究所へ改組）に嘱託で勤務し、1947年に東京帝国大学工学部機械工学科助教授となる。この間、遠心式ポンプの安定性およびサージングについて研究を行い、4報に渡る論文としてまとめている。1949年に八ツ沢水力発電所で起きた圧力鉄管破損事故においては、弁の漏水によるウォーターハンマー（水槌）が原因であることを解明している。これら振動工学の研究成果をまとめ、1949年に工学博士（東京大学）を取得した。また、1953年にマサチューセッツ工科大学に滞在した時には機械振動の権威、デン・ハルトック教授の薫陶を受けている。このように熱や流体により機械やプラントに起こる自励振動の研究で実績があり、自身や研究室での経験を元にした講義のビデオが日本機械学会から出版されている（#講義ビデオの節参照）。
1920年に横浜市神奈川区でクリスチャンの家庭の8人兄弟の4番目に生まれる。小さいころから自然科学系の読書や、機械、実験装置づくりが好きな子供であった。府立高等學校を卒業後、1942年9月に東京大学を短縮卒業した。兵役により召集され、陸軍中尉として第二陸軍航空技術研究所で航空機のエンジン開発などに従事する。この時担当した航空機用エンジン過給機の開発実験において、自励振動のサージングに悩まされる。
地元企業・店舗を中心に多数の企業、団体が協賛・支援を行っている。人的支援については、多数の市内団体、スポーツ団体のほか地元自治会、各学校、公的機関の協力を得て安全な運営に努めている。また大会1週間前からの準備作業には市民公募ボランティアも多数参加している。
第1回（1992年）のみ高槻市役所を発着点とし、市北部を走るコースであった。第2回（1993年）からは高槻市総合スポーツセンター（芝生町4丁目）をスタートし、大塚3丁目から淀川沿いを北上し、道鵜町で折返し高槻市立総合スポーツセンターにゴールするコースであったが、第23回（2015年）にゴール位置が芝生町2丁目第三中学校南側に変更された。
大阪府高槻市にて、1992年に「高槻市制50周年記念事業プレイベント」として市内民間団体により企画・実施され、翌年に「高槻市制50周年記念イベント」として開催された。以後、高槻市の市民マラソンとして定着している。市民からなる多数の団体が実行委員会を形成し運営しているのが特徴である。
イエズス会士アレクサンドル・ドゥ・ロードは、教皇アレクサンデル7世に支援されて、3人のフランス人司教「ピエール・ランベール・ド・ラ・モット」、「フランソワ・パリュー」、「イニャス・コトランディ」らを含む、総勢17名をアジア布教に出発させた。彼らが宣教会の事実上の創設者であった。宣教会の布教本部はタイのアユタヤにあった。当初はトンキン、コーチシナ、カンボジア、タイ、中国の一部で布教を行った。1663年、宣教師志願者を確保するために、パリのバック通りに「外国宣教神学校」が設立され、教皇アレクサンデル7世から承認され、フランス政府の法的認可をうけた。当初は修道会でも教団でもなく、会員である司祭は「福音宣教省」（1622年に教皇グレゴリウス15世によって設立）の枠組みのなかで、布教活動をするものであった。1710年、宣教会の規則が確立された。18世紀前半、イエズス会がインド布教の担当を禁止されると、宣教会が代わって担当した。1776年、イエズス会が南インド布教から解任されると、その布教を引き継ぐ。宣教会の布教活動は、インドシナやインドにおけるフランスの商業活動の先兵でもあった。布教の成果はあがったが、フランス革命で一時頓挫した。19世紀に福音宣教省の財政支援で宣教会は活動を再開した。1840年、宣教師になれるのは司祭だけであったが、神学校生徒でも可能になった。教皇グレゴリウス16世は、1831年に朝鮮と日本、1838年に満州、1841年にマレー、1846年にチベットとアッサムにおける布教を宣教会に任せた。教皇ピウス9世は、1849年に中国のさらなる一部と1855年にビルマ、教皇ピウス12世は、1952年にハワイと台湾における布教を命じた。しかし、布教の過程で、中国、ビルマ、ベトナム、カンボジア、ラオスからは追放された。殉教する者は多く、宣教師への迫害事件が、新聞、雑誌、書籍によって描かれ、ヨーロッパ諸国の国民感情に訴え、これがコーチシナと中国へのさらなる宗教的、商業的、軍事的介入を正当化し、侵略と植民地化への国民的な合意を形成することに貢献した。1917年、教会法が改正され、宣教会は司祭の「協会」であることをやめ、在俗司祭で構成された「宗教団体」となった。宣教会は17世紀以来、4500人の司祭をアジアに派遣している。