JR西日本が絡んだ重大な列車事故として、1991年（平成3年）5月に発生した信楽高原鐵道での同社線内列車とJR西日本からの直通列車との正面衝突事故がある。JR西日本は信号システムを信楽高原鐵道に全く連絡せずに改変するなどの行為があったが、結局、刑事告訴はされなかった。しかし、その後、遺族側が事故原因を究明するため、1993年10月にJR西日本と信楽高原鐵道を被告とする民事裁判を提訴、1999年の大津地方裁判所判決で両社の過失が認定された。しかしJR西日本は過失責任を否定して控訴。2002年の大阪高等裁判所判決も同社の過失を認定、同社は上告を断念して判決が確定した。さらに、JR西日本が補償費用の肩代わり分として約25億円の支払いを信楽高原鐡道や県、市に求めた訴訟の判決で、大阪地方裁判所は2011年4月27日、JR西日本に3割の責任があると認定した。先の事故を起こした体質に対する反省や教訓が生かされぬまま、安全を軽視し、再び当該事故を招くことになったとの指摘がある。また、事故列車にJRの運転士（非番）が2人乗車していたが、運転区長の業務優先や執行役員・大阪支社長の講演会への出席の指示により救助活動を行わなかったため批判された。鉄道事故調査報告書p.29に、乗り合わせた職員（非番）と職場との遣り取りが記載されている。ほか、JR西日本管内のATSで制限速度の設定を誤っていた箇所が多数確認された。安全についての配慮は、当時のJR西日本資料において「安全」の記載が1箇所しかなく、軽視されていたとの指摘がされている。
本件事故を起こした運転士は運転歴11か月で、運転技術や勤務姿勢が未熟だった可能性がある。この背景には、国鉄分割民営化後の人員削減策と定年退職による自然減を待って新規採用を本格化させたという人事戦略があるとされる。とくにJR西日本においては他のJR各社と比べ長期間にわたって新規採用者を絞り、定年退職者がまとまった数になったのを契機に採用者を増やしたために運転士の年齢構成に偏りが出て、その結果、運転経験の浅い若手に運転技術を教える中堅およびベテラン運転士が少なくなったといわれている。
車両のメンテナンスが大味であるとの指摘もある。他の鉄道会社の車両でも日常的に起こっている車輪が滑走した際にできる偏摩耗の補修放置が最たる例で、放置すればするほどに車輪が真円でなくなり、走行中に非常に耳障りな音がでる。裏を返せばそれだけの負担を車輌にかける運行体制であることになる。また、4年に1度速度計の精度を検査するよう義務付けられているにもかかわらず、車両メーカーからの納入後1度も検査していなかったことが分かり、2 %までの誤差は許容範囲とされているが3 - 4 %の誤差があった可能性があったことが判明した。
客室内設備についても、事故発生時における被害軽減の観点から、手すりの配置、形状の改善などを検討するべきとの航空・鉄道事故調査委員会からの所見を受けて、JR西日本では207系全車と117系・115系の一部車両について車内吊り手を増設している。
ブレーキハンドルについては、ハンドル位置に、常用最大ブレーキ（B8）と非常ブレーキの間にどちらのブレーキ指令も発せられないポイントが存在していた。この区間は、0番台・1000番台・2000番台とで異なる位置だった。また事故を起こした編成の7両目のマスコンは、そのポイントが11°あり、他の車両よりブレーキ緩解区間が広くなっていた。207系7両編成の前4両（0番台/日立製作所製）と後3両（1000番台/近畿車輛製）では、主電動機（モーター）の出力などの性能に微妙な差異がある（0番台は155kW・1000番台は200kW）。また、制御装置にも違いがあり前4両のうちモハ207-31, 206-17に三菱電機PTrVVVF制御装置、後ろ3両はクモハ207-1033に東芝GTOのVVVF制御装置である。ただし、同社の場合、他にも界磁添加励磁制御の221系とVVVF制御の223系6000番台との、全く異なる制御方式の系列同士の併結運転が行われていることや、私鉄各社でも制御方式の全く異なる車両を併結させることは珍しくなく、中には近鉄30000系ビスタカー（抵抗制御）と22000系ACE（三菱GTO-VVVF制御）や京急2100形（シーメンスGTO-VVVF制御→東洋IGBT-VVVF制御）と2000形（界磁チョッパ制御）のように特急列車での高速運転の例もある（先述の221系と223系列同士の運用の場合、最高速度は120km/h）。車両によってブレーキの利き方に違いがあり、事故車の先頭車は特に癖のある車両だったとの運転士の証言がある。
1968年（昭和43年）までは鉄道事業を行っており、会社名も東野鉄道と称した。かつては東武グループであったが、東武系列のバス事業統括グループである東武バスグループ・朝日バスグループのどちらにも属しておらず、東野交通グループ全体で独自のCIロゴ（後述）を使用するなど独立色が強かった。2016年（平成28年）12月1日付で東武鉄道保有分の株式がみちのりホールディングスに譲渡され、東武グループから離脱した。東武宇都宮駅、東武宇都宮百貨店が入る宇都宮東武ビルは、前2者とともに、東野鉄道自動車駅を一体化する建物として建設された経緯があるため、東武グループ離脱後も引き続き同ビル内の宇都宮東武バスターミナルを専有し宇都宮地区での起点としている。CIロゴは、えんじ色で「New 108」となっている。これは、1980年（昭和55年）完成の東野第5ビル（NEW 108）用に用意され、貸切バスは1990年（平成2年）頃からとそれ以前に導入した車両も含めて貼付け、路線バスは2000年（平成12年）以降に導入した車両やバス停留所のポールに貼付けられていたが、2016年（平成28年）2月の創立100周年を機に新ロゴが誕生し、車両前部や側部およびバス停ポールは順次新ロゴ化された。但し、車両屋根上についてはNew 108のままとなっている。関連会社に自動車整備事業を行う東野整備などを有する。貸切バス事業・観光事業（旅行代理店）を営んでいた東野観光は2014年（平成26年）1月、東野交通本体に吸収合併された。また、芳賀地区で鉄道を運営する第三セクター「真岡鐵道」に地元自治体と共に出資していた。2018年（平成30年）10月1日付で、同じみちのりホールディングス傘下で東野交通と同じく栃木県を中心に展開している関東自動車と経営統合を実施。東野交通は関東自動車に吸収合併され、東野交通は解散した。経営統合後の東野交通の営業所及び車庫は基本的に「東野」を冠している。