次女アンはプロテスタント信仰で、1702年のウィリアム3世の死後に王位を継いだ（メアリー2世は1694年に死去）。1701年に制定された王位継承法は、アン亡き後にジェームズ老僭王（カトリック信仰、ジャコバイトの王）が王位を継ぐのを防ぐための法だった。これによってジェームズ老僭王は王位継承権を失い、代わってプロテスタントでジェームズ1世の女系の曾孫のハノーファー選帝侯ゲオルク・ルートヴィヒ（ジョージ1世）が迎えられてハノーヴァー朝が成立することになった。ジャコバイトの間ではジェームズ8世及び3世として知られるジェームズ老僭王は、たびたびジャコバイト運動を起こした。特に大規模だったのは、スコットランドで起こした1715年の反乱である。王位がステュアート朝からハノーヴァー朝に移り、情勢が不安定になったのを見て軍を起こしたが、結局鎮圧された。ジェームズ老僭王の息子チャールズ・エドワード（チャールズ3世、チャールズ若僭王）は、1745年のジャコバイト反乱を主導してイングランドを震撼させたが、スコットランドの反乱軍との連絡の不備もあってカロドン・ミュアの戦いで鎮圧された。若僭王の弟ヘンリー・ベネディクトは枢機卿となった。ジェームズの嫡系の子孫はヘンリー・ベネディクトが最後で、ヘンリーの死後は王位を主張しなくなった。現在に伝わる推定相続者はバイエルン公フランツで、ジャコバイトの間では「フランシス2世」と呼ばれている。一方、ジェームズ2世はアラベラ・チャーチル（サー・ウィンストン・チャーチルの娘でマールバラ公ジョン・チャーチルの姉）との間に庶子ヘンリエッタを残しており、その家系はスペンサー伯爵家と婚姻を行いダイアナ元妃に至ることになった。そして1981年のダイアナ妃とチャールズ王太子の結婚、翌年のウィリアム王子の誕生により294年振りにジェームズ2世の血筋はイギリス王室に甦った。もう1人の庶子でヘンリエッタの弟ジェームズ・フィッツジェームズもフランスに帰化して、子孫はスペイン貴族とフランス貴族に叙爵、アルバ公位を受け継ぎ、現在に至る。
フランスに逃れたジェームズ2世は捲土重来を図って1689年3月、フランス軍を伴ってアイルランドに上陸した。スコットランドでは親ジェームズ2世のダンディー子爵ジョン・グラハムが反乱を起こして戦死したが、アイルランドではジャコバイトのティアコネル伯リチャード・タルボットとパトリック・サースフィールドらがジェームズ2世に協力、アイルランド議会はウェストミンスターの決定に従わず、ジェームズ2世が王であることを確認し、「信仰の自由に関する法」を成立させた。かくしてジェームズ2世＝カトリック勢力とウィリアム3世＝プロテスタント勢力の戦い（ウィリアマイト戦争）が始まったが、ボイン川の戦いで敗れたジェームズ2世は敗残の味方たちを置き去りにしてフランスに逃れた。捨てられた側の兵士たちから不満が噴出し「くそったれのジェームズ（Séamus á Chaca、"James the Shit"）」というニックネームがつけられた。アイルランドは1691年までにイングランド軍に平定され、スコットランドの反乱も鎮圧され、名誉革命政権は足場を固めた。大陸で起こった大同盟戦争でイングランド・オランダ同盟軍を率いるウィリアム3世と戦っていたルイ14世もジェームズ2世の支援を行おうとしたが、1692年のバルフルール岬とラ・オーグの海戦でフランス海軍が壊滅、イングランド遠征は失敗に終わった。戦後、ジェームズ2世はフランスのサン＝ジェルマン＝アン＝レー城に住むことを許され、1696年（ジェームズ63歳）には王位奪還を狙ってウィリアム3世暗殺計画を立てたが失敗に終わった。ルイ14世はジェームズ2世にポーランド王位を用意したが、これを受諾することはイングランド王位を諦めることを意味すると考えたジェームズ2世は辞退し、ルイ14世との関係も冷えていった。以後、ジェームズ2世は禁欲的な告解者として生活し、1701年9月16日に脳出血で死亡した。67歳であった。遺体はサン＝ジェルマン＝アン＝レーに埋葬されている。
ヴィルヌーヴは自身が指揮官を解任されたと知った後の10月19日の朝、艦隊を率いて海上へ出た。フランス・スペイン連合艦隊の最後の船が出港を終えたのはその日の夕方で、彼と彼の艦隊は地中海へと向かった。この艦隊と夜通し接触を絶やさぬよう命じられたイギリス側のフリゲートは、19時にフランス側に発見され、フランス・スペイン艦隊では戦いのために戦列を組むように命令が出された。10月21日の朝、10マイル先の視認外でばらばらに航行していたイギリスの主力艦隊は、要撃のために転回した。ネルソンはすでに作戦を決めていた。彼はフランス・スペイン連合艦隊中央の旗艦の2～3隻前で戦列を突破、分断し、敵前衛が支援に戻る前に勝利を確定させようとしていた。午前6時、ネルソンは麾下の艦隊に2列の縦列になるよう命じた。微風のため艦隊の進行は遅かったが、6時間後、イギリスの2列の戦列は徐々にフランスの艦列と接触し、風下の列を率いたロイヤル・ソブリンはフランスの74門艦フーギューに砲撃を始めることができた。それから30分ほどで、ヴィクトリーはフランス・スペイン連合艦隊戦列のビューサントルとルドゥタブルの間に割り込み、前者の艦尾に向けて数ヤード先から3重の片舷掃射を行った。フランス･スペイン連合艦隊の隊列に垂直に切り込むこの「ネルソン・タッチ」の性質上、戦列の先頭に居たヴィクトリーは敵艦隊からの集中砲火を浴びることになったが、連合艦隊の砲撃の稚拙さにも助けられ、よく持ちこたえた。13時25分ごろヴィクトリーの後甲板上でネルソンは狙撃された。致命的なマスケット弾が彼の左肩から脊椎に達し、ネルソンは16時半過ぎに息を引き取った。この狙撃はフランス艦ルドゥタブルからのもので、ネルソンは周囲の者の「集中射撃を受けて危険なので兵の服を着るように」という提案を聞き入れず、将軍の服のまま陣頭指揮をしていたという。ルドゥタブルの兵員はヴィクトリーへの切り込みを企てたが、エリアブ・ハーベイ艦長の98門2等艦テメレーアが来援しこのフランス艦を打ちのめしたために失敗した。ネルソンの最後の命令は「艦隊は錨を下ろせ」であったが、この命令はコリングウッドによって撤回された。この海戦におけるヴィクトリーの損害は戦死57人、負傷者102人だった。