ジェネオン エンタテインメント（旧パイオニアLDC）を販売元としてDVD販売においてハリウッドプライスという2000円台でのDVD販売がされてきた。本国アメリカにおけるDVDの販売方針転換に伴って、2005年4月以降に発売された商品に対しては2980円、あるいは3980円に区別されるようになったが、これに対しては値上げとなったため賛否両論が多い。これによる廉価版発売の際、今までに比べて値引率が高くなるようになり、場合によっては3980円の作品がいきなり690円、980円で販売されることがある。また、他の映画会社にある常時1500円程度で購入できる作品の導入も遅く、2008年4月に初めて発売された。ただし、TVドラマなどに関しては現在でも1枚2500円あたりの価格となっている。その一方で他の映画会社が第3世代光ディスク（当時の「次世代DVD」）などとの兼ね合い上、リリースを削減しているUMD VIDEOを積極的に発売しており、最近では1500円と他のメーカーと比べても安い価格で販売されるようになった。また、Blu-ray DiscやHD DVDも発売当初は旧作に関しては3980円程度と、他のメーカーと比べて低価格で発売されていた。長い間、販売面においてワーナーとは良好な関係を築き上げてきたジェネオン自身も、親会社である電通がユニバーサル・ピクチャーズの日本法人にジェネオンの全事業を譲渡・合併により「ジェネオン・ユニバーサル・エンターテイメントジャパン」に変更される事となり、ワーナーにとっては映画・音楽分野においてライバルでもあるNBCユニバーサルの下で事業展開する事となった上、近年ではワーナー自身によるアニメおよび主題歌の製作・販売を積極的に行っているため、事業が完全に競合することとなっている。これまで通りの関係を継続するかどうかが注目されていたが、ジェネオン制作のアニメである『とある魔術の禁書目録』の劇場版の配給や主題歌・イメージソングを提供（作曲はジェネオン所属のfripSideの八木沼悟志が担当）し、さらにその後スピンオフである『とある科学の超電磁砲』のTVアニメ2期のエンディング曲を提供するなど、少なくとも会社間の関係は現在でも良好なまま維持している模様。
少女シータは、政府の特務機関に捕らえられ飛行船に乗せられていた。彼らの狙いはシータが亡き母から受け継いだ、謎の青い石のペンダントだった。そこへその石を同じく狙う空中海賊ドーラ一家の襲撃があり、逃げようとしたシータは誤って飛行船から転落してしまう。シータは石が放つ不思議な光に包まれて気を失いながらゆっくりと落ちて行き、鉱山で働く少年パズーに助けられる。パズーはシータが追われていることを知り、彼女を守って共に逃げる。ドーラ一家に追われた二人は谷の廃坑に落ちるが、石の力によって再び救われる。石に詳しい老人ポムによればそれは昔ラピュタで作られた飛行石だという。ラピュタは空に浮かぶという伝説の城だが、今は亡きパズーの父はラピュタを一度目にしており、ラピュタへ行くのはパズーの夢だった。不思議なことにシータの家には"ラピュタ"という秘密の名前も受け継がれていた。ポムと別れ、地上に戻った二人は特務機関に捕まり、軍の要塞へと連行される。そこでシータは特務機関を指揮するムスカ大佐から、以前ラピュタから落ちてきた壊れたロボット兵を見せられる。ラピュタは遠い昔に滅びたが、かつて高度な科学力で天空から世界を支配した強大な帝国であり、今も空のどこかに浮いているという。飛行石はラピュタの王族が、いつかラピュタに帰るために代々受け継ぐ物だった。ムスカはシータがラピュタ王の末裔だと明かす。ムスカは紳士的な態度を装い「ラピュタが存在することが平和の脅威になりうる」というまっとうな理由を語りつつ、パズーの命を盾として突きつけて脅迫的に協力を迫り、シータはパズーの身を案じてやむなくそれを受け入れる。牢屋から解放されたパズーと再会したシータはラピュタの探索をあきらめるようにパズーに告げ、失意と共に要塞を去っていくパズーを涙とともに見送った。その夜、愁然としていたシータは昔教わった"困った時のおまじない"を何げなく唱える。彼女は知らなかったが、それはラピュタの封印を解く言葉だった。その言葉によりロボット兵が突如目覚めて暴れ出し、飛行石は空に光を放ってラピュタの位置を指し示す。一方、ムスカに解放されたパズーはいつの間にか自宅に入り込んでいたドーラ一家に捕まってしまう。シータに裏切られたと思い込みふさぎ込んでいたパズーは、ドーラの叱咤を受けて自分を突き放すような態度を取ったシータの真意に初めて気づき、飛行石を奪うために要塞へ向かうドーラたちに自分も連れて行くように懇願する。ドーラも、その方がシータが言うことを聞くかもしれないと考えて同行を許し、ロボット兵の暴走によって混乱する要塞から協力してシータを救い出す。しかし、飛行石はムスカの手に渡り、彼はロボット兵を破壊した軍と共に先んじてラピュタに出発する。パズーとシータもドーラの飛行船に乗せてもらい、後を追う形でラピュタへと向かう。だが、ドーラの飛行船は軍に発見され雲間に逃れるも、再度遭遇し攻撃されてしまう。巨大な低気圧の中心「竜の巣」が迫る中、ドーラの命令で見張り台を切り離してグライダーとして使用していたパズーとシータだったが、軍の攻撃により繋いでいたワイヤーが断ち切られ、飛行船とはぐれて「竜の巣」に飲み込まれてしまう。雷の嵐の中を彷徨うパズーは、目前に現れた青白い父の飛行船の幻影を目撃し、それに導かれるようにラピュタに辿り着く。目覚めた2人は園丁のロボット兵に城内を案内され、穏やかな庭園や水底に沈んだ町の風景を見て、恐怖の帝国と呼ばれたラピュタの平和に包まれた一面を垣間見る。その後、遠くから爆発音を聞いて外に出た2人は、城の下層に軍に捕まり縛り上げられたドーラ一家の姿を発見する。パズーは外壁をよじ登ってドーラを救うが、パズーを見つけたムスカの部下の銃撃から守ろうとしたシータがムスカに捕まってしまう。ムスカの本当の狙いとは、ラピュタの力を手に入れて世界を支配することだった。ムスカはシータに自分もラピュタ王の末裔だと明かし、飛行石で城の力を操って、軍の兵隊を皆殺しにする。ムスカの非道な仕打ちに怒り心頭に発したシータはムスカから飛行石を奪って逃げ、助けに来たパズーと共に、昔教わった滅びの言葉「バルス」を唱える。すると飛行石が強力な光を発して城は崩壊し、ムスカは瓦礫と共に海へ落ちる。パズーとシータはグライダーで城から離れ、フラップターで脱出していたドーラ一家と空で再会して喜び合う。ラピュタを浮遊させていた巨大な飛行石の結晶は、ラピュタ全体を覆っていた大樹の根に囲まれて、城の上層部とともに更に高空へと飛び去っていった。そして二人はドーラ一家と別れ、帰途に着くのだった。