シュウとの決着をつけたマサキはラ・ギアスに帰還するが、その頃ラングラン王国は王都壊滅後に侵攻してきたシュテドニアス軍に占領され、フェイルロード軍やカークス軍が各個でシュテドニアス軍と戦っていた。また、地上世界から大量の地上人が召喚される事件が発生。この中にはリューネをはじめ、マサキの地上での仲間達も含まれていた。マサキは召喚された地上の仲間達と共にフェイルロード軍に、リューネはヤンロンに助けられた縁で、同じく助けられた仲間達と共にカークス軍にそれぞれ参加する。彼らの活躍もありフェイルロード軍とカークス軍の連合軍はシュテドニアス軍を追い払うことに成功し、ラングラン王国はひとまず戦乱から解放された。しかしフェイルとカークスはそれぞれの思惑でラングラン全土征服を目論んだため、マサキや、リューネと共に行動していたヤンロンは魔装機神操者の義務に従い彼らを倒すことになる。一方シュウはヴォルクルスの力を借りたルオゾールの手により蘇った。復活したシュウは記憶を失いながらもヴォルクルス復活のために暗躍するが、記憶を失ったことでヴォルクルスとの契約が解除されたシュウの真の目的は、復活以前の自分を操り利用していたヴォルクルスを復活させて倒すことにあり、サフィーネ、モニカ、テリウスらの仲間と共に、これを倒すことに成功する。
地上世界の南極に出たマサキは、そこで南極事件に遭遇し、そこにいたシュウに戦いを挑むが、逃げられてしまう。その後マサキは、去り際にシュウが「ビアン博士に会う」との言葉を残したため、DCを追い、地上の部隊と共闘してDCの総帥ビアン・ゾルダークを倒すも、シュウを取り逃がす。以後もマサキは、地上で行動する際は同じ部隊と度々共闘する。マサキは再びシュウを追うが、地上世界ではDC残党や異星人との戦争が勃発したため、シュウ打倒の前にその混乱を収めるために奔走。その過程でビアン・ゾルダークの娘・リューネと戦う。リューネはマサキに敗れた後、マサキを「気に入った」として味方になった。そして、異星人、DC残党などの全ての敵を撃墜後、一時的にマサキ達に協力していたシュウが突如裏切り、グランゾンをネオグランゾンに変化させ襲いかかってきたが、マサキはこれを打ち砕くことに成功した。
初期ルネサンスの彫刻家ロレンツォ・ギベルティによると、ジョットは4家族の依頼に応じてフィレンツェのサンタ・クローチェ聖堂の礼拝堂の装飾画を描いたとされているが、ギベルティは聖堂に存在するどの礼拝堂のことかは特定していない。ヴァザーリは、ジョットが手がけたのはバルディ礼拝堂の『聖フランシスの生涯』、ペルッツィ礼拝堂の『洗礼者ヨハネと福音記者ヨハネの生涯』、現在はアメリカ・ノースカロライナ州の美術館所蔵の祭壇画『聖母と聖者』、現存していないジーニ礼拝堂の『使徒物語』、スピネッリ礼拝堂の『聖母物語』であるとしている。ジョットの他の事跡と同様に、このサンタ・クローチェ礼拝堂の装飾画に関しても制作年が議論になっている。聖堂の主礼拝堂の右隣りにあるバルディ礼拝堂の装飾画は通常の湿式フレスコ技法で描かれており、構成がスクロヴェーニ礼拝堂壁画に近い。このことから、バルディ礼拝堂の装飾画はスクロヴェーニ礼拝堂壁画と同年代ごろに描かれ、一方ペルッツィ礼拝堂装飾画の構成は、より複雑なものになっているためより後年になってから描かれたと考える学者もいる。バルディ礼拝堂に隣接するペルッツィ礼拝堂装飾画は、大部分が乾式フレスコ技法のセッコで描かれている。セッコは通常の湿式フレスコに比べて制作時間が短くてすむ反面経年変化に弱く、現存している作品のほとんどは保存状態が非常に悪い。バルディ礼拝堂の装飾画がジョットの初期の作品であるとする学者たちは、アッシジのサン・フランチェスコ大聖堂上堂に描かれた「ジョット風」壁画と構成がよく似ていることを指摘する一方で、バルディ礼拝堂装飾画にはそれまでに見られない色使いの繊細さがあるとする。このことは、ジョットがおそらくはシエナ派芸術の影響を受けて新しい芸術の方向性を見出した証で、その後の自身の芸術の発展につながったとしている。ペルッツィ礼拝堂の洗礼者ヨハネの生涯を題材とした『父ザカリアへの受胎告知』、『ヨハネの誕生』、『ヘロデの宴』の三組のフレスコ画は、福音記者ヨハネの生涯の三つの場面を描いた『エフェソスでのヨハネの回想』、『ドルシアナの復活』、『福音書記者ヨハネの昇天』とともに礼拝堂左壁面に描かれている。これらの題材が選ばれた背景には、出資したペルッツィ家とフランシスコ修道院両方の意向が反映されている。これらの絵画の保存状態も非常に悪く、ジョットの技法や作風について論じるのは困難ではあるが、ジョット特有の抑制された自然主義描写や人物の内面描写は感じられる。ペルッツィ礼拝堂装飾画はルネサンス期において非常に著名であり、マサッチオが描いた『貢の銭』を初めとするフィレンツェのサンタ・マリア・デル・カルミネ大聖堂ブランカッチ礼拝堂壁画に大きな影響を与え、ミケランジェロもこの装飾画を研究していたことが知られているバルディ礼拝堂に描かれている聖フランシスコの生涯を題材にした装飾画は、これより20から30年前に描かれたとされるアッシジのサン・フランチェスコ大聖堂上堂壁画に用いられている図像学との対比において、特に学者の興味をひいてきた。両所の絵画群を比較すると、ジョットがバルディ礼拝堂装飾画を描くにあたって、人物表現と画面構成にいかに大きな注意を払っているかが明確になる。ジョットはバルディ礼拝堂装飾画の題材として聖人の生涯における七つの場面を選択しているが、描かれているのは聖書そのままの物語というわけではない。聖人の一連の物語は左壁面上部の『聖フランシスコと父との絶縁』から始まる。以降、礼拝堂の左壁面と右壁面それぞれを囲むように『フランシスコ修道会の認可』、『聖フランシスコの試練』、『アルルでの出現』、『聖フランシスコの死』、聖フランシスの死後を描いた『フラ・アゴスティーノとアッシジ司教の追想』へと続いていく。フランシスの生涯でいうと『アルルでの出現』と『聖フランシスコの死』の間の年代にあたる『聖痕を受ける聖フランチェスコ』はチャペル外側の入り口上部アーチに描かれている。このような配置と構成は壁画を観るものに、左右の壁面ごとの二組の壁画として、あるいはそれぞれの壁面における三組の壁画として鑑賞することを勧める視覚的効果がある。そしてこれらの視覚的効果が、鑑賞者に対してフランシスコの生涯における様々な出来事を象徴的に結びつける重要な役割を果たしているといえる。