仙石原を中心に碁盤の目状に新市街地が広がり、その周りを旧市街地が取り囲んでいる。『新劇場版』では、旧市街地には血を思わせる赤色に染まった緑地や朽ち果てた高層ビル群、地面に突き刺さった電車等異様な光景が広がっている。使徒襲来時には新市街地を構成するビル群はジオフロント内に収容されて天井都市を構成する。新市街地は人工地盤のブロックで構成されており、非常事態時にはロックボルト(新劇場版では爆砕ボルトと発言)の破砕処置により、人工地盤ごとエヴァンゲリオンを収容可能である。新市街地には両側6車線の大規模な道路が縦横に走り、路面にはエヴァンゲリオン地上射出用エレベーター坑が設けられている（その地点にはEVA射出口の表記がある）。また緊急時には路面を屹立させて、使徒からの攻撃を防ぐ防御壁（対電磁光波熱線防護跳開式装甲板：路盤擬装型）としても機能する。テレビアニメ版第弐話で見られる遠景の眺望は金時山からのものであり、『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』の特装版DVDでは「新金時山展望台」とクレジットされて紹介されている。次の写真は、箱根町仙石原の金時山からの眺望である。
市議会等の市行政機関は存在するが、実際にはNERV本部に設置されている人工知能スーパーコンピュータMAGIシステムによる決定事項を遂行する傀儡である 。警察に関しては本編と同じく第3新東京市が舞台のゲーム『名探偵エヴァンゲリオン』では神奈川県内だが、警視庁と描かれたパトカーと警視庁の警察官が登場した。エリア的に神奈川県内だが、車のナンバープレートでは「山梨」ナンバーが見受けられる。なお『新劇場版:序』では、葛城ミサトのルノーのナンバープレートには「東」と表記されている。市章はイチジクの葉。
非常事態宣言発令時には兵装関連施設を除くすべての建築物がジオフロント内部へと収容される。市街地にはEVA ORDINANCE DEPOT STRUCTURE等エヴァの作戦をサポートする設備が多数配置されており、付近の山中にはミサイル発射装置や砲台が収納されている。ジオフロントへのアクセスはインクラインやケーブルカー、カートレインで行くことができ、NERV職員らはそれらを使って地上と行き来している。ジオフロントが地上と同じ気候を維持出来るのは芦ノ湖寄りに設置されている集光システムビルによるものである。また、主人公の碇シンジらが通う第3新東京市立第壱中学校2年A組にはエヴァンゲリオンのパイロット候補となる14歳の少年少女が集められているが、この事はNERVの一部の人間を除いて、本人達にも極秘であった。
2006年（平成18年）8月8日付の朝日新聞朝刊にて『靖国にいやさかあれ』という論文を寄稿した。政治家の靖国神社問題については、政教分離が問われるなど一番の問題は靖国神社が宗教法人であることだとしており、2006年の総裁選では総理になった場合に靖国神社を非宗教法人化（国が関与できる特殊法人への移行）し、国立追悼施設にすることを公約に掲げた。2008年10月にも「神社という名前が問題なら、靖国廟でも招魂社でもいろんな形がある」として、非宗教法人化を支持する姿勢を示している。2006年には、「首相になった際には靖国参拝を自粛する」という考えを示していた。2008年に首相に就任した直後には「行くとも行かないとも答えることはない」として曖昧な姿勢を見せている。外交問題に飛び火した小泉首相の参拝について「中国が（参拝を中断しろと）言えば言うほど行かざるを得ない」とし、「これはタバコを吸うなと言うと吸いたくなるのと同じだ」と述べた。麻生本人は外相在任当時、外務大臣は個人ではないという理由で靖国神社には参拝しなかった。A級戦犯の分祀については、「靖国神社に戦死者でない人が祭られていることが非常に大きな問題点だ」「（首相の参拝について）他の国々、国内からいろいろ言われないよう、英霊から感謝されるような形で参拝できる制度を考えるべきだ」との見解を示している が、靖国神社が宗教法人である限り政治の介入による分祀は厳に慎むべきであるとしている。そのため、靖国問題の解決策に関しては、靖国神社の非宗教法人化を行い、国が関与できるようにしてA級戦犯を分祀することを「1つの方法」と発言し、「望ましい」として賛成している。2006年1月28日、名古屋で行われた公明党議員の会合で、「英霊は天皇陛下のために万歳と言ったのであり、首相万歳と言ったのはゼロだ。天皇陛下が参拝（正確には「親拝」という）なさるのが一番だ」と述べ、「（天皇が）公人か私人かという論議のため参拝できなくなったが、解決の答えはいくつかあるはず」と付け加えたが、批判を浴びると「今の状況で天皇陛下に参拝していただきたいとは一切言ってない」と発言を修正し、釈明した。日本と韓国の緊張関係について、「両国が靖国問題にあまりにも執着しているのが最も大きな問題だ。当分はマスコミが靖国問題を書かないのが一番よさそうだ。問題をあおって増幅させた」との考えを表明している。2006年5月26日に都内のホテルで開かれた国際交流会議「アジアの未来」で講演し、「23日に自分がカタールで中韓の外務大臣と会談したので関係改善の流れが出て来た」と発言。これに対して韓国産業資源部長官は、「アジア共同体形成に関して各国間合意はできたが、韓中日の共同体構築努力が他地域に比べ足りない、原因は一部政治家の靖国参拝や歴史問題だ、ヨーロッパがいかにしてこれを克服したか考えて欲しい」と講演した。首相在任中の2009年には「（靖国神社は）最も政治やマスコミの騒ぎから遠くに置かれてしかるべきものだ。もっと静かに祈る場所だ」 として、終戦の日に靖国神社参拝を行わない意向を示した。2009年10月17日には、首相在任中には参拝しなかった靖国神社に参拝した。