同年3月4日から新政府側板垣退助の率いる土佐藩迅衝隊(12小隊, 約600名)と、因幡鳥取藩兵(8小隊, 約800名)が東山道総督府先鋒として、甲府城に入城した。甲府城内の勤番士は立退きを命じられ、後に官軍は甲府市中に残った勤番士を城内に戻し、近藤派に属したものは入牢させた。
一方。同年正月には甲府城へ公家の高松実村を総帥とした「官軍鎮撫隊」が入城した。高松隊は高松を中心に伊豆国出身の宮大工・彫刻師である小沢一仙らを加えた草莽諸隊で、甲斐で年貢減免などの政策を約束しつつ甲府城へ入城したが、官軍東海道総督府から勅宣を受けていない高松隊への帰国命令が発せられ、小沢一仙は処刑された（偽勅使事件）。
近藤勇は「甲府を新政府軍に先んじて押さえるよう」という勝海舟の指令を軽んじ、新選組70人と被差別民200人からなる混成部隊の不満をやわらげ士気を高めるため、幕府より支給された5,000両の軍資金を使って大名行列のように贅沢に豪遊しながら行軍し、飲めや騒げの宴会を連日繰り返した。また移動の邪魔となった大砲6門のうち4門を置き去りにして2門しか運ばなかった。さらに天候が悪化し行軍が遅くなり、甲府到着への時間を空費した（沖田総司は途中で江戸に戻った）。
新選組局長の近藤勇は、抗戦派と恭順派が対立する江戸城において勝海舟と会い、幕府直轄領である甲府を新政府軍に先んじて押さえるよう出陣を命じられた（一説には、江戸開城を控えた勝海舟が、暴発の恐れのある近藤らを江戸から遠ざけたとも言われる）。新選組と浅草弾左衛門(矢野内記)配下の被差別民からなる混成部隊が編成され甲陽鎮撫隊と名を改め、近藤勇は大久保剛（後に大和）、副長の土方歳三は内藤隼人と変名。ミニエー銃をはじめとする洋式砲が多数配備され3月1日に江戸を発足甲州街道を行軍した。
新選組は京都守護職指揮下で京都市街の治安維持などに従事していたが、慶応4年1月、旧幕府軍の一員として鳥羽・伏見の戦い、淀千両松の戦いで新政府軍と戦って敗れ、江戸へ移った。新政府軍は東海道・東山道・北陸道に別れ、江戸へ向けて進軍した。
板垣退助らより一日遅れて、大久保大和(近藤勇)の率いる甲陽鎮撫隊は甲府についたが、入城を果たせず、甲州街道と青梅街道の分岐点近くを軍事上の要衝であるとして布陣した。300人いた将兵は次第に皇威に恐れをなして脱走し、121人まで減ってしまったという。柏尾坂附近で戦闘となったが、洋式兵法にも精通していた迅衝隊がこれを撃破。戦闘が始まって僅か約2時間で勝敗がつき、甲陽鎮撫隊は山中を隠れながら江戸へ敗走した。板垣の復姓は、甲斐国民心の懐柔に効果を現わしたばかりではなく、その後に江戸に進軍する際も、旧武田家臣が多く召抱えられていた八王子千人同心たちの心を懐柔させるのにも絶大な効果があった。
甲府城入城を果たした板垣退助が旧武田遺臣であると知れるや「武田家旧臣の板垣信方の末裔が甲府に帰ってきた」と、徳川施政に苦しんでいた領民に大歓迎で迎え入れられた。旧武田家家臣の子孫の浪人や神官、長百姓らが協力を願い出たため、甲斐の郷士らで構成された「断金隊」や、「護国隊」が組織され、武田信玄の墓前で結成式が行われた。
オリンピック終了後の2001年、SKワイバーンズに入団。2005年は腕を負傷し大部分をリハビリに費やしたが、2006年は第1回WBC韓国代表に選出。2007年はSKの抑え投手として活躍。韓国シリーズで同チームの初優勝を決める時に胴上げ投手になった。2008年も韓国シリーズに2試合に登板して2セーブを挙げている。この年は北京オリンピック韓国代表にも選ばれた。リリーフとして活躍し、予選リーグの対日本戦、キューバとの決勝戦で9回のマウンドに上がり、2セーブを挙げて韓国の金メダル獲得に貢献した。その中でも、キューバとの決勝戦では、腰に痛みを抱えながら、9回一死満塁の一打逆転サヨナラ負けの場面で緊急登板して、打者のユリエスキ・グリエルに3球目のスライダーで遊撃手ゴロの併殺を誘導、オリンピックでの胴上げ投手になった。この年2度目の国際大会となったアジアシリーズ2008には、韓国代表のSKの一員として出場したが、その前の韓国シリーズで腰を痛め登板を回避するなど状態は悪かった。予選リーグの台湾代表の対統一セブンイレブン・ライオンズ戦に7回裏、3-6と3点リードされた場面で登板し、8回表味方が1点を返してくれたため、それ以上失点しなければ決勝進出となった。しかし8回裏、劉芙豪に点差を広げられる3ランを打たれたこともあり、チームは4-10で敗北し、失点率の関係で決勝進出を逃し、北京五輪でのような完璧な火消し役を演じることはできなかった。2009年は第2回WBC韓国代表に選ばれた。しかし、ラインナップに左打者がずらりと並んでいる日本と5度も対決する仕組みになった影響で、アンダースローが苦手な中南米国家との対決が2度しかなかったこともあり、抑えの座をより速球派の林昌勇に譲って出番が少なくなった。レギュラーシーズンでは、抑えではなく中継ぎとしての起用が目立ち、チーム最多の13ホールドを記録した。また11月に日本でひざの手術を受けたため、長期間のリハビリ生活に入った。2010年は、前年通り中継ぎとして活躍。特にロッテの李大浩に対して3年間連続無安打に抑え（通算被打率.050）、彼には「李大浩キラー」と呼ばれるようになった。