晩年は、自殺未遂で入院時の看護婦を愛人とし、家族と離れ、愛人と暮らし、家族・知己・文学関係者との繋がりもほとんど絶って隠棲していた。1980年4月15日未明に自邸で倒れ、同日午後9時15分に東京都杉並区の駒崎病院において脳溢血のため死去。62歳没。戒名は大有院殿謙山道泰大居士。
1972年5月、川端康成の死に誘発されてガス自殺未遂を起こし、一命は取り留めたものの、以後はいくつかの随筆を書いた程度で執筆活動から遠ざかった。遺族の証言では、以前から極度の薬物依存症であったのが原因と言われる。また1971年の『小説現代』8月号に発表した『カストリ雑誌前期』において、そこで引用した匿名の小説について「作者の創作でなく盗作である。盗作の事実を認めず慰謝料を払わなければ新聞沙汰にする」との脅しを受け、内密に約100万円の慰謝料を支払わされたことがあり、これを取り次いだ編集者の大村彦次郎は自殺未遂にこの事件が尾を引いていないかとしている。「東京空襲を記録する会」で「東京大空襲・戦災誌」の編纂代表を務め、1974年に菊池寛賞を受賞。
1960年代から、自宅に若手作家たちを集めて「石の会」を主宰。高井有一、高橋昌男、色川武大、佃実夫、萩原葉子、室生朝子、後藤明生、森内俊雄、渡辺淳一、梅谷馨一、早乙女貢らが参加していた。1963年の『小説現代』創刊以来の新人賞選考委員を務め、受賞者の五木寛之、中山あい子、北原亞以子らもこの中におり、落選した立松和平も有馬家で作家修行をした。中央公論社の編集者時代の澤地久枝と不倫の関係となり、澤地は1963年に退社。1970年には、『早稲田文学』編集長に就任。
1956年「三十六人の乗客」以来推理小説も書き、『四万人の目撃者』『リスと日本人』『殺すな』は、同じ高山検事の登場する三部作となっている。1957年に父が老衰死。1958年に発表した短編「ガラスの中の少女」は、吉永小百合と後藤久美子の主演で2度映画化されている。『貴三郎一代』は型破りな初年兵を主役にした悪漢小説的な作品で、のちに『兵隊やくざ』の題で大映で映画化されて大ヒットし、シリーズ化もされた。1959年、『四万人の目撃者』で日本探偵作家クラブ賞受賞。賞に推された際は、野球小説のつもりで書いたとして辞退していたが、江戸川乱歩の強い薦めにより賞を受けた。
敗戦後、農相だった父が戦犯容疑者として拘禁され、財産差押えを受ける。家は貧窮生活に転落し、古道具屋、ビルのガラス拭きやアコーディオン弾き、友人が編集していたカストリ雑誌『アベック』の常連執筆者、『日刊スポーツ』の記者などで生計を支えた。1924年の長兄頼秋死去に続き、1946年に次兄頼春死去。同年父が釈放され、家を売却して借家に移る。1950年に『改造』第1回懸賞に応募した『河の唄』で選外佳作入選。1951年、『皇女と乳牛』で『文藝春秋』懸賞入選。1952年に田辺茂一と知り合い、同人誌「文学生活」に参加。1954年、これに発表した作品を集めた自費出版『終身未決囚』が認められ、第31回直木賞受賞。この後『別冊文芸春秋』『オール読物』『面白倶楽部』などに旺盛に作品を発表。1955年の書下ろし長編『姦淫の子』は、モデル問題によって廃版になった。
地皇4年（23年）6月に、大司空王邑率いる新の主力部隊が、反新軍を率いる劉秀により昆陽で殲滅され、王邑は長安へ命からがら退却してきた。崔発は、王邑は小心者であるから自害しないよう慰める必要があると王莽に進言し、崔発が使者となってその役を担う。まもなく、王邑は大司馬に転任し、崔発が後任の大司空に任命された。同年7月、析県（弘農郡）の鄧曄・于匡が蜂起すると、関中でも反新軍が勃興したことに王莽は憂慮を抱いた。これに対して崔発は「『周礼』と『春秋左氏伝』は、国家に災難があれば、哭することでこれを制圧したとしています。『易経』は『先號咷而後笑』としています。哭し、叫ぶことで天に救いを求めましょう」と進言する。王莽はこれを容れて、自ら大いに哭して叩頭し、自らの功労を一千字の策書に記して、天に救いを求めた。また、儒者や民衆も、王莽の指示・支援により、同様に哭し、文書を表し、優れた者5千人余りが侍郎や郎中として取り立てられている。同年9月、更始帝配下の西屏大将軍申屠建、丞相司直李松らの軍により、長安は陥落し、王莽は斬られて新は滅亡した。崔発は、かつて長安で申屠建に『詩経』を教えたことがあったため、これを頼って降伏する。しかし申屠建は、崔発が王莽の皇帝即位を後押ししていたと知ると、崔発を丞相劉賜に引き渡して処刑させた。