生後2年で性成熟するが、生後1年で性成熟する個体も少ない割合でいる。繁殖期は、冬眠から目覚めた後の2月下旬から4月まで。妊娠期間は31 - 32日間で、つがいになったオスとメスは繁殖後も同じ巣穴に留まる。4 - 5月になり出産が近付くと、オスは巣穴を離れる。年1回の出産で4 - 6頭の子を産み、子は閉眼、無毛で生まれる。生後2か月で離乳し、生後5か月で分散する。
真の冬眠をする数少ない種のひとつで、春・夏用の巣穴とは別に、冬眠用の巣穴を掘る。冬眠用の巣穴は、樹木の茂ったまたは藪に覆われた地域にあり、地上が凍りつく冬の間にも安定した温度を保つ地下凍結線の下に掘られる。ほとんどの地域では、10月から3 - 4月まで冬眠するが、より温暖な地域では3か月ほどしか冬眠しない。冬を生き延びるため、冬眠に入る前には脂肪を蓄え、体重を最大限に増やす。冬眠から目覚めた時には、いくらかの体脂肪が残っており、それを消費しながら暖かくなって食物になる豊富な植物が育つまでをしのぐ。
穴掘りが大変得意で、掘った巣穴を睡眠、子育て、排泄などに使用する。マーモットの中では最も単独性だが、何頭かの個体が同じ巣穴に住んでいる。通常、入り口は2 - 5か所あり、捕食者から避難する主な手段になっている。巣穴は大きく、地下のトンネルは最大14メートル、深さ1.5メートルになり、農業設備や建築基礎に損害を与えることがある。
他のマーモットは岩場や高地に生息するが、低地の開けた平野や森林地帯の端に生息する。森林が開拓され生息地に適した土地が増えたため、ヨーロッパ諸国によるアメリカ大陸の植民地化以前よりも個体数は多くなっている。昼行性で、朝早くと午後遅くに活動的である。巣穴の外で食物を食べていない時は、周囲に注意を払っている。1頭または複数が、後足で直立してじっと動かずに見張りをしている姿がよくみられる。危険を感じると、口笛のような高い警戒声を上げてコロニーの仲間に知らせるため、"whistle-pig" とも呼ばれる。戦う時や、ひどい怪我をした時、捕食者に捕まった際には、キーキー鳴く。低い吠え声や歯をこすり合わせて音を立てることもある。おびえている時には、尾の毛が真っ直ぐに立ち上がり、ヘアブラシのような状態になる。ずんぐりとした外見にもかかわらず、捕食者から逃げる際や周囲を見渡したい時には、泳ぎが堪能で、木登りも得意である。危険が迫ると、巣穴に退却する。巣穴に侵入されると、2本の大きな切歯と前足の鉤爪で粘り強く身を守る。同種に対しても縄張り行動をみせ、優位を確立するため衝突する。野生下の寿命は2 - 6年、飼育下では10年まで生きる。捕食者には、ハイイロオオカミ、ピューマ、コヨーテ、アカギツネ、ボブキャット、アメリカグマ、ワシなどがいる。子どもは、しばしば容易に巣穴に入ってくるヘビに捕食される危険がある。
最大級のリス科の1種。体長40 - 65センチメートル、尾長15センチメートル、体重2 - 6キログラム。穴を掘ることに適応した短く力強い前足と、曲がった厚い鉤爪を持つ。尾は比較的短く、体長の約4分の1ほどしかない。
ロンドン五輪の惨敗から3か月半後の12月2日の第66回福岡国際マラソン（世界陸上モスクワ大会選考レース）に急遽エントリー。35Km過ぎで再び両ふくらはぎがつる影響によりペースダウン、日本人では堀端宏行（旭化成）に次ぐ2着の4位に甘んじた。翌2013年2月、香川丸亀国際ハーフマラソン及び東京マラソン2013に出場予定だったが、同年1月のトレーニング中に左太もも裏を痛めてしまい、両レース共に欠場となった。2013年9月15日、グレートノースラン（ハーフマラソン・ イギリス）で福岡国際マラソン以来9か月ぶりの公式レースに出場、1時間2分44秒で日本男子トップの4位に。同年9月29日の函館ハーフマラソン男子の部では、ライバル・川内優輝らと競り合う中残り1.5Kmで後続を振り切り、1時間4分19秒で同大会初優勝を果たした。同年12月1日、1年ぶりフル挑戦の第67回福岡国際マラソンに再び川内らと出場、レース前の記者会見では藤原・川内の舌戦バトルが繰り広げられる。しかし16Km付近で先頭集団から遅れ始めた後、20Km手前で歩いてしまい、再び走り出そうとするも20Km過ぎの地点で途中棄権に終わった。2014年2月23日の東京マラソン2014では、事前にインフルエンザによる練習不足が響き、27Km地点辺りで急激に失速。ゴール手前では日本女子トップで7位の伊藤舞（大塚製薬）にも追い抜かれるなど、結局76位の成績不振だった。同年5月11日の仙台国際ハーフマラソンでは川内優輝（4位）に遠く及ばず1時間5分42秒の19位、翌週5月18日の高橋尚子杯ぎふ清流ハーフマラソンでも川内（11位）から大きく引き離され、1時間10分42秒の53位に終わった。同年7月6日のゴールドコーストマラソンも川内（3位）と共に出走したが、結果15位に留まった。2015年2月1日の香川丸亀国際ハーフマラソンは1時間3分46秒の57位、同年2月22日の東京マラソン2015も20Km過ぎで集団からズルズル後退し37位 と、依然レースで好結果を残せない状況が続いていた。