治療としては、亜鉛として1.1〜1.7 mg/kg/日が経口投与で行われている。身長速度の改善が認められ、特に男児で改善が明らかであった。血清亜鉛値をフォローしながら、約6ヵ月〜1年続けた報告が多い。思春期前小児の成長と血清亜鉛濃度に及ぼす亜鉛投与の影響に関するランダム化対照試験33試験のメタ解析では、亜鉛投与は身長のZスコア(SD値)を改善しなかったが、血清亜鉛値の改善、体重のZスコアの改善が見られた。また、4〜20週間の期間での4.1〜8 mg/日の亜鉛投与は、身長値とわずかであるが有意に関連していたと述べている。
亜鉛酵素であるアルカリホスファターゼ(ALP)は、亜鉛欠乏の指標として有用である。神田らは、亜鉛欠乏症の発症前後の病態と血清ALPおよび血清亜鉛との関係を検討し、皮疹の出現に先立ち血清ALPの早期低下がみられることによりALPの低下が本症の早期診断に有用であると報告している。長谷川らは低亜鉛母乳による亜鉛欠乏症の乳児では血清ALPと亜鉛値が低下していたと報告した。Kasarskisらは、亜鉛欠乏症の患者では血清ALPが低値を示し、亜鉛補充療法 により血清ALP比（投与後値/投与前値）が血清亜鉛の投与前値と逆相関を示すことを報告している。このことから亜鉛療法中の血清ALP値やALP値の変動を経時的に測定することにより、潜在性の亜鉛欠乏の検出に有用であるとしている。Weismannらは、①重度の亜鉛欠乏症患者では血清亜鉛と血清ALPが低下を呈したが、亜鉛静脈投与後にいずれも基準範囲まで改善した、②腸性肢端皮膚炎患者で亜鉛経口投与を中止した時、血清亜鉛と血清ALP値がともに低下したが、亜鉛の再投与により短期間で基準範囲に回復したことなどにより、ALP値の測定は亜鉛欠乏症の診断および治療効果判定に有効であると報告している。血清ALP値の基準値は年齢により異なる。小児期、特に思春期の成長期は血清ALPの基準値は成人に比べて著しく高い。したがって、血清ALP値を評価する時は、該当年齢の基準値と比較する必要がある。
身長の伸びの低下や体重増加不良が見られる。内分泌疾患などの器質性疾患がない低身長小児の30例中18例(60%)は潜在的亜鉛欠乏状態で、そのうち11例は血清亜鉛値が基準範囲より低値(70μg/dL以下)で、亜鉛投与で伸長の伸びの改善が見られる例が多い。加賀らは、低身長を主訴に受診した患者132例（男児69例、女児63例）について、血清亜鉛値60μg/dL未満は12例(9%)、60〜80μg/dLは84例(64%)、80μg/dL以上は36例（27%）であり、潜在性亜鉛欠乏(血清亜鉛値が60〜80μg/dL)を含めると75%が亜鉛欠乏状態であった。八木澤らは低身長を主訴に受診した0歳〜20歳までの211例(男97例、女114例)について、血清亜鉛値が60μg/dL未満は19例(9%)、60〜79μg/dLは99例(47%)、80μg/dL以上が93例（44%）と加賀らの報告と同程度の割合を報告している。Hazamaらは、低身長児（50例（男28例、女22例）を比較したところ、血清亜鉛値が低身長児56.76±7.90μg/dL、健常児136.70±8.10μg/dLであり、低身長児で有意に低値を示した。要因は不明であるが、偏食や軽度の亜鉛吸収障害が考えられる。
機械的刺激を受けやすい後頭部に始まり、次第に頭部全体に拡大する。眉毛なども脱落して全脱毛状態になる。円形脱毛症になることもある。円形脱毛症では血清亜鉛が低値を示す例が多く、円形脱毛症44例中15例(34%)において血清亜鉛値が70μg/dL以下であったと報告されている。
年始のカタール・オープンではベスト4止まりだったが、全豪オープンは順調に勝ち上がり、決勝ではラファエル・ナダルを6-3, 6-2, 6-3の完勝で下して、大会最多記録となる7度目の制覇を達成した。決勝について「自分がプレーしたグランドスラム決勝の中では最高の試合の一つになった」と語った。2月には通算4度目のローレウス賞を獲得した。ムチュア・マドリード・オープンではドミニク・ティエムを下して決勝進出すると、決勝でステファノ・チチパスに勝利して優勝した。BNLイタリア国際でも決勝に進んだが、ナダルに敗れて準優勝に終わった。全仏オープンは、準々決勝でアレクサンダー・ズべレフを破ってベスト4入りしたが、準決勝でティエムに2-6, 6-3, 5-7, 7-5, 5-7の中断をはさんだ2日間にわたる戦いの末敗れた。ウィンブルドン選手権は、準決勝で2連敗中だったロベルト・バウティスタ・アグートに勝利して決勝に進出。決勝ではフェデラー相手に2度のマッチポイントを握られながらも、大会初となる最終セット12-12後のタイブレークを制し、7-6(5), 1-6, 7-6(4), 4-6, 13-12(3)で2度目の同大会2連覇を成し遂げた。しかし去年初優勝を飾ったウエスタン・アンド・サザン・オープンでは、準決勝でダニール・メドベージェフに敗退すると、全米オープンの期間中に左肩を痛めてしまう。結果、４回戦のスタン・ワウリンカ戦、4-6,5-7,1-2となったところで途中棄権して連覇はならなかった。復帰戦として10月のジャパン・オープン・テニス選手権に初出場すると、全試合ストレート勝ちの圧倒的な内容で優勝した。