2012年4月時点で29路線が運行され、超小型の車体ゆえに通常のバスでは走行困難であった地区への路線開設や市交通局職員の（定年退職後の）雇用確保には一定の成果を挙げていた。ただし運行時間帯が短く（最速で16時頃に運行を終了する系統もある）、通勤に使いにくいことや、待ち時間を考えると徒歩移動の方が速いケースもあるため、利便性が高いとはいえない部分もあった。その後、都心部の路線を中心に減便傾向が続いた。また地域によっては微妙な路線の変動が激しいところもあった。2008年3月30日には赤バス初の路線廃止があり、中央区を運行していた中央ループ（天満橋→谷町四丁目→下寺町→中央区役所→天満橋）が廃止された。また、同年6月1日には西ループ（地下鉄西長堀→本田一丁目→安治川トンネル前→西区老人福祉センター→地下鉄西長堀）も廃止された。大阪市交通局は、赤バスが市営バスの赤字体質の一因となっているとして、赤バスを2010年度末までに全廃する意向を2009年3月に打ち出した。しかし実際には、2010年度から2011年度を「利用促進への取組」の時期とし、区民説明会や地域調整協議会などを経て2011年10月に路線を一部再編した。その上で需要検証を翌2012年3月にかけて行い、同年度末に路線の抜本的再編を行う提案もあったが、同年度末で全路線を廃止することも検討していた。その後、同年9月21日に正式に26路線を同年度末で廃止し、残り3路線は利用者が多いため1年間運行を延長する方針が示された。この3路線は「西淡路 - 区役所」が11号・11A号系統に、「長吉長原西 - 瓜破西」が出戸バスターミナルを境に長吉長原西方面が16号系統、瓜破西方面が66号系統に、天王寺ループが68号系統の一般系統となったが、このうち68号系統は2014年3月31日の運行を最後に廃止され、66号系統も2014年4月1日より14号系統と統合され廃止となった。廃止となる一部の区では独自に民間事業者に委託してコミュニティバスを1年間運行したが、一部のコミュニティバスは2014年3月31日で廃止された。前述の通り運賃は100円であったが、乗降扉が1か所しかなかったものの、運賃は大阪市営バスの通常の路線バスと同じく後払いとなっていた。また、スルッとKANSAIカードの印字は、通常の路線バスの印字とは異なり、「大交BUS」と表示されていた。これは、通常の路線バスと赤バス間の乗り継ぎの際に運賃の割引があるため、どちらのバスに乗車したのかを判別するためであった。
ハワイから日本に帰ってきた直後の2012年9月に六本木クラブ襲撃事件が発生。この事件は反関東連合グループのトップである兄弟の弟を狙ったものだが人違いで死亡させた事件であった。事件発生の当日の夜にXと会い、Xの後輩が運転する車の中でMは「自分が実行犯であること、さらに最初の一撃を加えた張本人であること」を告白し、「下の3人に罪をかぶらせて終結されることや自分は暫く海外で隠れること」を宣言し、逃亡のための金の面での援助を提案してきた。柴田はXが事件の実行犯として関与したことに驚く一方で、Mの「下の3人に罪をかぶらせて終結されること」というロジックに懐疑的なコメントを返した。Mは海外逃亡した後で、柴田はMと同じく事件に関与したMと同い年の2人と弁護士を交えて相談に乗るようになる。話し合った結果、元同級生2人は「逃亡せずに全員が出頭し、人違いで襲ったことは認めた上で、殺意を否認して傷害致死で減軽を狙うこと」になったが、Mはその方針に同意せず「下の3人だけに罪をかぶらせて終結させ、当面は自分を含めた他のメンバーを逃亡させる」「知り合いの女性にレイプされたからその復讐でやったと言い張らせる」方針を持ち、元同級生2人と直接やり取りしようとはしなかった。事件について元同級生は警察に出頭し、それに激怒したMが「裏切り者の元同級生は許せない」「裏切り者を支援する柴田も裏切り者は許せない」「事実上身柄が拘束されている元同級生の供述を覆させろ」と脅迫がエスカレートしていった。Mが仙台に本家がある山口組系暴力団を出した上で「元同級生の供述を覆さなければ、柴田を殺す」と脅迫されたことで、関東連合を決別し、筆名「工藤明男」として関東連合の内幕本「いびつな絆 関東連合の真実」を出すことになった。「工藤明男」のプロフィールとして「東京・杉並区出身の関東連合元リーダーで、ITや芸能の分野で活動後、複数の企業の筆頭株主として投資と企業コンサルタントの活動に主に従事しており、警察当局から関東連合の資金源と目されてきた人物」としていた。筆名の由来は「ネット住人の妄想によって作り上げられた“関東連合の（架空の）黒幕”『工藤明生』のパロディー」。発売時期に『週刊文春』（7月4日号）の関連記事で初のインタビューを受けている。本を出版後、ほどなく警視庁の保護対象へ、さらに商業登記から住所が割れる事態を防ぐためにそれまでの事業役職の一切を辞したうえで株主配当のみを受ける生活に入った。六本木クラブ襲撃事件に関しては、2013年末に開かれた被告2名の公判に証人として出廷するなどもしている。以後は関東連合や闇社会にまつわる話でメディアに寄稿している。しばらく筆名で通していたが、2016年に「柴田大輔」と実名を公開するようになる。実名を公開した理由として「実名を出さないのは卑怯だと言われるのが癪だから」「すでにネット上でも人間関係でも工藤明男イコール柴田大輔というのは周知の事実ですから」と述べている。2016年12月にAbemaTVのAbemaPrimeでサングラス姿という形で初めて動画に声出し出演して、関東連合に関してコメントしている。