合同法による両国議会の統合は、スコットランドが独立を最終的に放棄した画期であった。これは何より経済的に追いつめられたスコットランドに残された唯一の途だった。航海条例で締め出されたスコットランド経済は停滞し、さらに飢饉が追い討ちをかけた。起死回生を図ったダリエン計画はイングランドの妨害に遭い破綻し、自力の経済再建は不可能になった。スコットランド議会は1707年1月16日、自らの解散を決議した。当然ながら、この合同に反対運動が巻き起こった。ジャコバイト運動は、これを機にスコットランドの独立を取り戻そうとする運動でもあった。1715年の反乱の手際がよければ独立は成功していたかもしれない、と今でも指摘される。しかし、この反乱は結局鎮圧され、さらにグレンコーの虐殺や氏族制度解体が行われた。イングランドへの恨みと背中合わせに、ローランドを中心にイングランド化が進んでいった。
エディンバラからウェストミンスタに移ったステュアート家の王たちは、ほとんどスコットランドに戻ろうとしなかった。スコットランドには担当国務大臣をおき、それが摂政となって行政にあたることとなった。この転機は、三王国戦争（Wars of the Three Kingdoms、清教徒革命）によってもたらされた。監督制教会のイングランドと長老制のスコットランドは教義をめぐって衝突し、主教戦争からスコットランド内戦、そしてクロムウェルによるスコットランド征服という事態を招いた（イングランド内戦）。このとき共和政イングランドが施行した航海条例がスコットランド経済に打撃を与えた。この条例によって、スコットランドも外国とみなされ、ロンドンや植民地の港から締め出されたのである。スコットランドの経済は徐々に衰え、困窮にあえぐようになった。1688年の名誉革命は、スコットランドにとってはイングランド議会が「勝手に」王をすげかえる暴挙であった。スコットランド議会は安全保障法（1704年）によって独自に王を立てる権利を有するという宣言を発した。これに対してイングランドは外国人法（1705年）で応酬した。すなわち、合同に同意しなければ航海法体制にくわえて、ヨーロッパとの交易も制限するとしたのである。人口で5倍、経済力で38倍の相手に対抗できたのはここまでであった。スコットランドはイングランドの軍門に降った。
1603年春、スコットランドに一大転機が訪れた。エリザベス1世の死によって、ジェームズ6世にイングランド王位を継承してほしいという急使がやってきたのである。メアリ・ステュアートが叶えられなかったイングランド征服の夢を、息子のジェームズは無血で叶えることとなった。しかし、これは、スコットランドに暗い影をおとす時代の始まりでもあった。同君連合から合同、そしてジャコバイト反乱にいたる近世スコットランドの変遷は、しばしば暗い時代とされる。スコットランドは独自の王を失い、つぎに独自の議会を奪われ、そしてスコットランドらしさをもなくしてしまった。この時期のスコットランドは、イングランドに吸収される時代であった。
メアリ・ステュアートは、いまでもスコットランドで人気のある女王である。メアリにとって不運だったのは、同時代に宗教改革がおこったこと、そしてメアリ自身はフランスで育ち、敬虔なカトリックだったことである。当時のスコットランド教会は、司教など高位聖職者に莫大な富が集中し、あがりを納めねばならない地方の教会は荒廃していた。文字の読めない聖職者が説教壇に立つことも珍しくなかった。その一方で高位聖職者は、貴族の私生児を認知する費用などで富をふくらませ、民衆の怨嗟をあつめていた。こうしたなかでやってきた宗教改革で、穏健なルター派よりも好戦的なカルヴァン派が選ばれたのは自然なことであった。スコットランド宗教改革の指導者ジョン・ノックスの思想はたちどころに広まり、各地で暴動がおこって聖堂が破壊された。偶像崇拝は徹底的に否定され、華美は悪とされた。建てられた教会は一切の芸術性を排したつくりになっていた。スコットランドで現存する中世建築物が少ないのはこのためであり、以降しばらく、スコットランドは文化的に不毛の地となる。スコットランドのプロテスタント化は、イングランドへの接近も意味した。メアリの亡命と刑死によってスコットランドは「古い同盟」を捨て、イングランドとの「新しい同盟」への外交転換をはかった。折しもエリザベスには後嗣がなく、スコットランド王のイングランド王位継承が現実味をおびるようになった。
自然に起こる遷移の初期段階は受容性の段階と呼ばれ、境界層外側の自由流れにおける外乱(自由乱流、表面荒さ、音響ノイズ等)が、境界層内部の不安定振動に変化する。境界層内部にでは、非常に広い帯域の外乱が存在する。多くの周波数は減衰するが、ごく限られた周波数帯が流れに沿って発展して行く。第2段階では、幾つかの不安定な乱れが指数関数的に成長する。この過程は線型であるので、線型の安定論によってよく記述することができ、それに従うとこの乱れは最も不安定なモードということになる。亜音速の非圧縮性気体の境界層においては、初期の不安定性が遷移を引き起こし、最終的に Tollmien-Schlichting 波（TS波）を生み出す。第3段階では、乱れの振幅が非常に大きくなり非線形な効果を引き起こすようになる。低レイノルズ数では、初期の振幅では直ちに遷移は起こらない。非線形な効果が発生するには、初めに境界層内部で一定の距離に渡って発達しなければならない。こうして横方向に均等な一様流れが、乱れの非線形な相互作用により加振される。この第3段階では、一様であった境界層の形はゆがめられ、厚さは流れの方向に対して大きく変化する。境界層のゆがみは波打つように発達して第4段階に到達する。第4段階では、境界層は不安定な3次元高周波外乱となる。この周波数は初期段階のものからくらべて1桁大きく、第2の不安定性と呼ばれる。これらの高周波外乱は最終的に爆発的に発達し、最終的に第5段階である乱流になる。近年は振幅の範囲や物体表面上での遷移点の位置が特定されるようになり、外乱の振幅や周波数に依存するだけでなく、物理的な特質にも依存することが明らかになっている。すなわち、ある種の外乱は簡単に境界層に入り込んで TS波を引き起こす一方で、違う外乱ではそうならない場合がある。 したがって、境界層遷移は依然として理論的な説明が完全とは言えない。