爆破事件に関与していると疑われたニールは再び収監される。事情を知るファウラーは失踪し、OPRもメンターの存在を否定する。ピーターもニールの監督不行で司法省から取り調べを受けるはめとなる。2ヵ月後、ピーターは再度ニールに取引を持ちかける。ケイトの死の真相を知りたいニールは条件を飲み、2人は再び知的犯罪を追う。密かにオルゴールを奪取していたピーターは、ダイアナと共にオルゴールの正体を探り始める。しかし、オルゴールの謎は解明できず、やがてニールにも所在がバレてしまう。ニールはアレックスの鍵を使ってオルゴールに隠されていた暗号と思われる図面を見つけ出す。ニールは暗号の謎を解くため、アレックスに接触を試みたりするが上手くいかない。一方、ピーターはファウラーを捕まえることに成功するが、ファウラーは謎の黒幕に脅されていただけであった。さらにモジーが暗号解読を依頼した日本人骨董商も殺害され、モジー自身もファウラーと黒幕の仲介人ラーセンに撃たれる。やがて暗号の正体はアンテナの設計図で、黒幕はかつてニールが標的にしたアドラーであることが判明する。アンテナは、沈没したナチスの潜水艦の救難信号を受信するためもので、ナチスが略奪した財宝が積まれていた。アドラーの狙いはこの財宝だった。アドラーは暗号製作者の孫であったアレックスを誘拐、さらにニールとピーターも拘禁する。そしてニールとピーターに引き上げた潜水艦に施された爆弾を解除するよう命令する。2人は爆弾を解除するがアドラーの目を盗んでモジーやサラに向けて救難信号を発信する。アドラーに処刑される直前、サラ達の救援でニール達は危機を脱する。FBIはアドラー及び、彼のアジトの捜索を始める。だが、ニールはピーターを出し抜き、一足早くアドラーを追い詰める。アドラーは飛行機爆破の真相を明かすが、その瞬間財宝がある倉庫が爆破される。逆上したアドラーはニールを殺そうとするが間一髪でピーターが現れアドラーを射殺する。ピーターはニールが倉庫を爆破したと疑うが、彼は否定し、疑われたことに激しい怒りを示す。ニールが家に帰るとある場所の地図と鍵が届けられていた。そこに赴くと爆破されたはずの財宝があった。
ニールはFBIの捜査に協力しつつ、ピーターとの約束を無視してまで恋人ケイトの行方を捜し続ける。やがて彼女に繋がるオルゴールの存在を知り、ニールは昔馴染みの女泥棒アレックスにオルゴールについて尋ねる。FBIに協力していることから当初は断られるも、ニールは彼女の信頼を得てオルゴールがイタリア領事館にあることを聞き出す。1人で盗み出そうとするニールに対し、アレックスは自分も加わるという。アレックスの背後にはピーターと敵対するOPR（職務管理局）のファウラーがおり、彼もオルゴールを狙っていた。何とかオルゴールを手に入れたニールだったがその正体は掴めない。ニールはファウラーにオルゴールを引き渡し、その代わりに自分とケイトは表向きOPR勤務（メンター）に転属という形で、国外逃亡する取引をかわす。一方、ニールの行方を追っていたピーターはダイアナと共にファウラーを探り、彼からニールの居場所を聞き出す。ハドソン川の飛行機格納庫でニールと再会したピーターは彼を引きとめようとする。しかし、ケイトとの新しい生活を夢見るニールは、ピーターとの友情を認めつつ断る。だが、その瞬間、ニールが搭乗するはずだった飛行機は爆発炎上し、先に乗っていたケイトは死亡する。
収監中の天才詐欺師ニール・キャフリーは恋人のため脱獄を果たすが、間もなく知能犯専門チームのFBI捜査官ピーター・バークに捕まる。4年の刑期延長に対し、ニールはピーターに捜査に協力する代わりに自由にして欲しいと取引を持ちかける。ピーターは取引を承諾し、ニールは知的犯罪捜査のコンサルタントになる代わり制限付きの自由を与えられる。ニールはピーターと協力し、自身の経歴を生かした助言や、時に培ったテクニックを駆使してニューヨークに蔓延する知的犯罪を解決していく一方で、彼自身の問題を解決していく。
野生型のAAVは、病原性の欠落を主とする様々な特徴のために、遺伝子治療の研究者から多くの興味を集めてきた。このウイルスは、分裂していない細胞へと感染し、宿主細胞の19番染色体上のAAVS1と呼ばれる領域に挿入される。この特徴は、ランダムな遺伝子挿入とそれによる突然変異や細胞の癌化を引き起こすレトロウイルスに比べて優れたものである。AAVの遺伝子の挿入はAAAVS1において発生するものがほとんどであり、ランダムな挿入は無視できる割合でしか発生しない。しかし、ウイルスベクターとしてのAAVの研究が進むにつれて、rep遺伝子とcap遺伝子を取り除くことで、この遺伝子の挿入能力も取り除かれている。遺伝子治療のために作られた遺伝子配列は、プライマーの働きをする末端逆位配列(ITR)の間に挿入される。ウイルスによって作られた一本鎖DNAは、宿主細胞のDNAポリメラーゼによって二本鎖DNA になり、コンカテマーを形成する。分裂していない細胞においては、コンカテマーはそのままの状態で保存される。一方で分裂する細胞においては、エピソームDNAは宿主細胞によって複製されてないのでAAVのDNAは失われる。また、AAVは免疫原性をほとんど持っていないために抗体があまり産生されない。そのために、抗体依存性細胞傷害が明確には見られない。一方でこのウイルスベクターを持ちることによるデメリットも存在する。AAVに搭載できる遺伝子配列は比較的限られており、多くの場合この遺伝子の4.8 kbpの配列を完全に置き換える必要がある。したがって大きな遺伝子はAAVベクターの使用には適していない。また、ウイルスの感染による液性免疫系の活性が発生することもデメリットとなる。免疫系によりAAVが無力化されるため、いくらかの用途ではAAVのメリットが制約される。そのため、多くの臨床実験では、免疫系の活性が弱い脳で行われている。以上のように、AAVは、ウイルスベクターとして優れた特徴を持つために変種もつくられている。例えば自己相補型AAV(scAAV)は、二本鎖DNAを最初から形成するAAVの変種であり、通常のAAVと違い二本鎖DNAを形成する時間がかからないために効率に優れている。しかしながら、scAAVは二本鎖DNAを形成するため二本分の遺伝子配列を搭載するために通常のAAVにくらべて搭載できる遺伝子の大きさが半減する。またscAAVは通常のAAVより高い免疫原性を保有しており細胞傷害性T細胞をより強く活性化させてしまう。