単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを持つ地上駅。利用客の便を図るため、列車交換がある場合を除き、1番線に入線することになっている。駅長・駅員配置駅（直営駅）である。管理駅として、焼石駅 - 飛騨宮田駅間の各駅を管理している。JR全線きっぷうりば・自動券売機・キヨスクが設置されているが、自動改札機は設置されていない。
本施設で飼育されているケープペンギンが施設外でのイベントに起用されることがある。2010年3月22日・28日・4月4日には、ケープペンギン「はるか」が隣接する一畑電車松江フォーゲルパーク駅の一日駅長として「就任」した 。同年10月9日には、「はるか」が松江フォーゲルパーク駅行き臨時列車の車掌として「乗務」し、松江フォーゲルパーク駅ではケープペンギン「ムサシ」が駅長として臨時列車の乗客を出迎えた。
園内で展示する花を栽培する温室で、一般客の見学は不可能。2860平方メートル、奥行き130メートルの温室で、170台の空調装置により、気温は昼間は摂氏20度前後、夜間は摂氏15度、湿度は60パーセントに保たれており、人工光源で14時間の日照時間を維持する設備となっている。また、栽培の土はオランダから輸入したピートモスを使用し、灌水・追肥では植物の鉢が並んだ栽培ベンチの中に肥料を含んだ水（液肥）を溜めることで、底部からの給水を行い、一定量に達すると排水する方式（潮の満ち引きになぞらえて「エブ&フローシステム」と呼ばれている）を導入している。
ハクチョウ属・ペリカン属・アヒルなどの鳥類が泳ぐ池。1日2回ペリカンの餌付け体験が出来る。エミュー牧場・ペンギンプールを併設している。併設のそば屋「不昧庵」では、敷地内の水車小屋で挽いた蕎麦粉を使用した手打ちの出雲そばが提供されている。
主に熱帯系の鳥類を飼育する温室で、ジャングルのような雰囲気を楽しめる。オオハシ科・サイチョウ科・エボシドリ科については世界有数の展示内容。1日2回、ケープペンギンの散歩が行われる。散歩するペンギンには時期に応じてさまざまなコスチュームが用意されており、春の入学シーズンにはランドセルを背負い、クリスマスにはサンタクロース姿で、2010 FIFAワールドカップの開催中には日本代表のユニフォーム姿で登場した。また、2010年春の交通安全運動期間中には松江警察署とのタイアップにより警察の制服が、2010年10月の日本プロバスケットボールリーグのリーグ戦開幕時には、地元のプロバスケットボールチームである島根スサノオマジックのユニフォームが用意された。
約8,000平方メートルの敷地面積を有する展示温室で、ベゴニア・フクシアなどの花が1万本以上展示されている。展示温室としては世界最大級であり、気温は常時摂氏20度前後に保たれている。レストラン「フローラ」・花売店が併設されており、花売店では鉢植え状態で花の販売が行われているが、種子や球根の販売は行われていない。1日2回、フクロウの飛行ショーが行われる。また、センターハウス内で結婚式を行うことも可能である。また、縁結びスポットとして「幸せの椅子」が設置されている。
松江市の誘致企業として、松江市が約58億円、加茂元照が経営する有限会社カモが約15億円を負担して、松江市郊外の丘陵地に2001年7月23日に営業開始した。加茂グループの運営する5つのテーマパークのうちの1つであったが、業績悪化が続き、2015年3月末で撤退する事となり、カモ社は負債約5億5000万円を抱えて破産。その後は同社から松江市が施設を7500万円で買い取り、4月から一畑電気鉄道と一畑電気鉄道の子会社として新設された一畑パークの共同企業体が指定管理業者として運営を行っている。32ヘクタールの面積を有し、花と鳥を中心としたテーマパークとしては世界有数の規模である。ペンギンの散歩や飛行ショー、鳥とのふれあいなどのイベントが人気である。園内はバリアフリー設備が完備されており、ほとんどの施設が車椅子対応となっている。
クリスマスの4週間前から、イエス降誕のカウントダウンとして待降節の礼拝が営まれる。1524年、マルティン・ルターは古くからのラテン語聖歌『いざ来ませ、異邦人の救い主よ』(Veni redemptor gentium)をドイツ語に翻訳し、待降節の礼拝で合唱するコラールとした。このコラールはルーテル教会での待降節礼拝に欠かせない曲となっており、バッハも3曲の待降節カンタータ全てに引用しているほか、「オルゲル・ビューヒライン」（オルガン小曲集）もこのコラールの編曲をトップにして始めている。当日の礼拝では、エルサレムに入城するイエス一行と、歓呼して迎える民衆を描いたマタイ福音書第21章1-9節が朗読される。ちなみに、この福音書は聖金曜日直前の棕櫚の主日（枝の主日）にも再読される。台本作者はオペラ調カンタータ台本の開拓者エルトマン・ノイマイスター。この年に出版したばかりの新作である。キリスト者の信仰心をイエスが降臨すべき神殿とみなし、信者一人一人にイエスを迎え入れる心構えを勧めるものである。この61番の初演からちょうど10年後に、同じコラールを冒頭に引用した62番が作曲された。当然ながら同じタイトルを持つが、61番と62番ではコラールの扱いは大きく異なり、61番では序曲として使われるに留まるが、62番ではコラール全8節をすべて組み込んでいる。バッハの自筆総譜で伝承されており、1723年の再演時に書き込んだとみられる礼拝の式次第がそのまま残されている。ヘルムート・リリングは、この式次第のメモに基づき、1985年の来日演奏旅行の中で礼拝の再現を試みている。