2018年10月28日、UFCとONEとの間で、ジョンソンと元ONE世界ウェルター級王者ベン・アスクレンのトレード移籍が成立。ジョンソンはONEと契約、アスクレンはUFCと契約する形となり、MMA史上初のトレード移籍となった。ジョンソンはONEへの移籍を希望した理由を「なにか違うことに挑戦したかった、いつも世界中を回って試合をしてみたかったんだ。PRIDEを見て、アジアの総合格闘技を見て育ってきたから、アジアを回って試合をするチャンスを見逃すことは出来なかったんだ」と語っている2019年3月31日、ONEデビュー戦となったONE Championship: A New Eraのフライ級グランプリ一回戦で若松佑弥と対戦し、2Rにギロチンチョークで一本勝ち。グランプリ準決勝進出を果たした。2019年8月2日、ONE Championship: Dawn Of Heroesのフライ級グランプリ準決勝で和田竜光と対戦し、3-0の判定勝ち。グランプリ決勝進出を果たした。2019年10月13日、ONE Championship: Centuryのフライ級グランプリ決勝戦でダニー・キンガッドと対戦し、3-0の判定勝ち。フライ級グランプリ優勝を果たした。
2018年8月4日、UFC 227のUFC世界フライ級タイトルマッチでフライ級ランキング1位の挑戦者ヘンリー・セフードと再戦し、1-2の5R判定負け。約6年間、11度に渡って防衛し続けてきた王座から陥落した。敗れはしたもののファイト・オブ・ザ・ナイトを受賞した。
実家で過ごしていた小中学生時代には、NPBよりもメジャーリーグ（MLB）のテレビ中継を見ることが多かったという。その影響から、自身と同じ右投げ左打ちで、「MLBを代表する強打者の一人」とされるブライス・ハーパーを「憧れの対象で目標の選手」に挙げている。オリックスで着用する背番号を、自身の強い希望で「34」に決めたのも、ハーパーがワシントン・ナショナルズ時代の2018年までに着用していた背番号にちなんでいる。大学時代は、1部・2部を通じてリーグ戦で100本以上の安打を記録。オリックスの新人合同自主トレーニング中には、このような活躍を背景に、ほっともっとフィールド神戸で初めて対面したイチローから直々に「青学（青山学院大学）の子やな」という声を掛けられている。青山学院大学時代の監督である善波厚司曰く、「守備も足も肩も平凡だけど、野球に取り組む姿勢が入学当初からずば抜けていて、『強く振る』ことができる強打者だった」「やはりモノが違います。ほかの『プロに行きたい』と言っている選手とは、思考力や行動力が違いました。魅力的なスイングの持ち主なので、プロでもある程度は活躍できるとは思いますから、けがをしない体を作っていって欲しいですね」と述べている。NPBドラフト会議での1巡目指名に至ったターニングポイントとして、大学4年時にユニバーシアード野球日本代表へ参加したことを挙げている。同学年のチームメイトだった高山俊（明治大学）や茂木栄五郎（早稲田大学）が東京六大学野球で実力を培っている一方で、自分は東都大学野球2部リーグでのプレーを余儀なくされていたことへの悔しさが、勝負強さを開眼させるうえで大きな原動力になったという。ちなみに、高山は阪神タイガース・東京ヤクルトスワローズから1巡目で指名された後に、抽選で独占交渉権を得た阪神へ入団。茂木も、楽天からの2巡目指名を経て入団している。「（高校時代までを過ごした）福井が野球人生の原点」ということを、インタビューなどでしばしば言及している。オリックス2年目の2017年には、春季キャンプの直前に、自身が所属していた少年野球チーム（鯖江ボーイズ）の後輩である岸本淳希や玉村祐典と共に自主トレーニングへ取り組んだ。「向上心、探究心、反骨心が旺盛なこと」を、自身の性格の特徴に挙げている。2017年以降は、ハンマー投の選手として世界トップレベルの実績を残した室伏広治から、春季キャンプの前にトレーニングの指導を受けている。2016年のオフシーズンに吉田が直筆の手紙を室伏へ送った縁で、室伏からの直接指導が始まったという。2018年1月には、「自分自身に打ち勝つこと」「1日1日を大切に過ごすこと」「規定打席到達」を目標に、糸井や柳田悠岐と一緒にグアムで自主トレーニングを敢行した。小柄な身体でフルスイングを繰り返す打撃スタイルが持ち味で、オリックス入団後の2018年からは、そのスタイルを生かした動画（通称「マッチョ動画」）を自らプロデュース。京セラドームでのホームゲームでは、吉田がチャンスで打席を迎えた際に「マッチョ動画」を大型ビジョンで流すことが新たな名物と化しているほか、その動画と連動したダンベル型の球団公式応援グッズが販売されている。ただし、「張り切り屋」を自認する性格ゆえに練習で身体に負荷を掛け過ぎる影響で、オリックスへの入団後は腰痛による戦線離脱を何度も余儀なくされている。2017年のシーズン途中までは、スイングの最後までバットを両手で握り続けていたが、自分で靴下も履けないほどにまで腰の状態が悪化。これを機に、腰への負担の軽減と打球の飛距離アップを両立すべく、スイングのフォロースルーでバットから両手を離している。さらに、同年のシーズン終了後には、野口健・宮崎大輔・高橋由伸・近藤健介や室伏由佳（広治の実妹）などの腰痛を治療した実績を持つ整形外科医・西良浩一（徳島大学医学部教授）の執刀で腰の手術を受けた。腰痛が癒えた翌2018年には、交流戦最後の試合であった6月21日の対阪神戦（甲子園）8回表の打席で適時三塁打を放ったところ、三塁ベースを踏んだ際に右足の関節を捻挫。自力で歩けないまま代走を送られたため、3シーズン連続の戦線離脱が懸念されたが、翌22日から再開されたパ・リーグの公式戦にも代打を手始めに出場を継続。9月15日の対日本ハム戦（札幌ドーム）で右手小指へ死球を受けたものの、大事には至らず、この年から2年連続で全試合出場を果たしている。オリックスへの入団当初から社会貢献活動への関心が高く、2018年にパ・リーグ公式戦の最終規定打席へ初めて到達したことを機に、2019年シーズンから活動を本格的に開始。フィリピン、バングラデシュ、カンボジアで貧困に苦しむ子どもたちを支援する目的で、同リーグ公式戦での本塁打1本につき10万円を、国境なき子どもたちを通じて寄付する。