五稜郭の前哨、千代ヶ岱陣屋にも降伏勧告の使者が訪れていたが、箱館奉行並・中島三郎助はこれを拒否した。一方、小彰義隊長・渋沢成一郎が隊士とともに湯の川に逃走した。5月16日、五稜郭からの撤退命令も拒否して、中島は浦賀与力時代の部下らとともに最後の抵抗をする。1時間の戦闘で守備隊は壊滅し、中島三郎助は2人の息子とともに戦死する。これが箱館戦争最後の戦闘となった。5月16日、黒田は「海律全書」の返礼として、礼状と共に酒樽五樽・鮪五尾を五稜郭に送り届ける。榎本はこの厚意を拝受し、同日の夕刻、榎本側から軍使を遣わし、返礼と翌朝7時までの休戦を願い出る。政府側はそれを了承し、五稜郭に対する総攻撃開始の日時を通告した。休戦の間、幕府軍首脳側は合議の上、降伏・五稜郭開城を決定する。同夜、榎本は敗戦の責任と、降伏する兵士の助命嘆願の為に自刃しようとしたが、たまたま近くを通りかかった（介錯を頼む為、榎本が呼び止めたとも言われる）大塚霍之丞に制止されている。翌17日朝、総裁・榎本武揚、副総裁・松平太郎ら旧幕府軍幹部は、亀田の会見場に出頭、陸軍参謀・黒田清隆、海軍参謀・増田虎之助らと会見し、幹部の服罪と引き換えに兵士たちの寛典を嘆願した。しかし、黒田は、幹部のみに責任を負わせると榎本を始めとする有能な人材の助命が困難になると考え、これを認めなかった。これ以上の戦闘継続は困難であった榎本が折れ、無条件降伏に同意。新政府軍が降伏の手順を明らかにする実行箇条の提出を要求してこの会談は終了した。その後、榎本は降伏の誓書を亀田八幡宮に奉納して一旦五稜郭へ戻り、夜には実行箇条を提出させた。5月18日（グレゴリオ暦1869年6月27日）早朝、実行箇条に従い、榎本ら幹部は亀田の屯所へ改めて出頭し、昼には五稜郭が開城。郭内にいた約1,000名が投降し、その日のうちに武装解除も完了した。ここに箱館戦争及び戊辰戦争は終結した。なお、室蘭の開拓と守備に当たっていた開拓奉行・澤太郎左衛門以下250名は、22日に投降している（6月11日箱館着）。
2007年10月にニューヨーク州交通局は11億4000万ドルで7系統の終着駅であるタイムズ・スクエア-42丁目駅から新設する34丁目-ハドソン・ヤード駅までの間に 2,100メートル (7,000 ft)の複線トンネルを建設する予算を獲得し、 建設工事契約を S3（J.F. Shea, Skanska USA Civil、Schiavone の共同事業体）との間で締結した。工事は MTAキャピタル・コンストラクションが監督し、34丁目-ハドソン・ヤード駅の設計はダトナー・アーキテクツ（Dattner Architects）が担当した。S3 は発破工法で新駅部分とトンネル区間の最初の 300メートル (1,000 ft) を掘削した後、トンネルボーリングマシン（TBM）2基を投入して残りの 1,800メートル (6,000 ft) の掘削を開始した。計画段階初期には、新駅にはホームドアが設置されることになっていた。 また、駅には冷房装置が設置されることになっていた（IRTブロードウェイ-7番街線 のサウス・フェリー駅やIND2番街線の第1期区間の3駅にはプラットホームの気温を下げるため冷房装置が設置される予定であった）。延伸区間は地下深くにあるため、他の路線で一般的な換気口の代わりに換気塔が設けられた。しかし、延伸区間の発表直後に MTA は24億ドルの予算を超過することが見込まれるため 10番街駅の設置を取りやめて5億ドルを節減すると発表した。2007年12月3日には MTA が延伸区間の起工式を行い、ジャヴィッツ・コンベンション・センターに隣接する区画から掘削を開始した。 建設にあたってIND8番街線の42丁目-ポート・オーソリティ・バスターミナル駅の下層部のプラットホームが障害になったが、使われなくなった部分を取り壊して建設が進められた。2008年6月にマンハッタン11番街でトンネル掘削工事が始まった。2009年2月には2基のうち1期目のトンネルボーリングマシンを25丁目・11番街交差点の角に設けた巨大な立坑から吊り下ろした。2基のトンネルボーリングマシンは並行する2本の全長 2,200メートル (7,100 ft)のトンネルを11番街に沿って、41丁目とタイムズ・スクエアの交差点にある現在の終点に向かって掘り進んでいった。MTA は2008年11月から工事の進捗状況を紹介するため工事現場の写真を公式ウェブサイトに公開するようになった。2009年6月にはポート・オーソリティ・バスターミナルの入口ランプの下にタイムズ・スクエア-42丁目駅への取り付け部となる全長46メートル (150 ft)のトンネル掘削が完了した。同時に、26丁目のボーリングマシン発進立坑から北方向に掘削が進められていた。27丁目から28丁目付近は地質が軟弱だったため、91メートル (300 ft)にわたって凍結工法が採用された。 2009年12月21日には、トンネルボーリングマシンが34丁目-ハドソン・ヤード駅の仮壁まで貫通したことが発表された。2基のトンネルボーリングマシンは2010年春までにトンネルを掘り抜く予定になっていた。1基は2010年6月、もう一基は同年7月15日にトンネルを掘り抜いた。トンネルボーリングマシンは一部を解体した上で25丁目の発進基地まで戻され、吊り上げられた。2011年4月に MTA は土木工事部分（トンネルおよび34丁目-ハドソン・ヤード駅の中二階とプラットホームの建設）の進捗率は85%で、システム工事部分（機械設備・電気設備・電力設備および照明と線路）の契約を2011年7月に締結すると発表した。追加の入口も計画された。2012年5月には MTA は延伸部分の全体進捗率は65%で、線路の敷設が始まったと発表した。2013年8月21日には MTA は延伸工事は90%完了したと発表した。2013年12月20日には、マイケル・ブルームバーグ市長が新駅への記念乗車を行い、市長としての功績を祝った。この時点で開業は2014年6月の予定であった。