2007年12月13日発表のミッチェル報告書に名前が記載された。報告書によると、ニューヨーク・メッツの元クラブハウス従業員であるカーク・ラドムスキーはブラウンに禁止薬物であるヒト成長ホルモン（HGH）とデカ・デュラボリンを2000年か2001年より後の2～3年間にわたって5～6度販売したと主張している。ポール・ロデューカから紹介されて知り合ったという。連邦捜査官が押収したラドムスキーのアドレス帳にブラウンの名前は記載されており、ラドムスキーからブラウン宛ての2004年6月7日付のメール送信履歴が証拠として残っていた。また、2003年にドジャースの幹部の会合でもゼネラルマネージャーがブラウンのステロイド使用を推測する発言を行っていた。これらの主張についての情報を提供し、応答の機会を与えるためにジョージ・J・ミッチェルが面会を要求したが、ブラウンはこれを拒否した。
2004年は日本で開催された開幕シリーズで勝利を挙げるなど、4月にピッチャー・オブ・ザ・マンスを受賞したが、背筋痛で投球フォームを崩し、10勝6敗・防御率4.09。ツインズとのディビジョンシリーズでは勝利を挙げたが、ボストン・レッドソックスとのリーグチャンピオンシップシリーズでは2試合に先発して防御率21.60と絶不調で、チームも史上初めて3連勝の後4連敗を喫し、自身3度目のワールドシリーズ出場はならなかった。2005年も背筋痛に悩まされて不甲斐ない投球が続き、7月に故障者リスト入り。オフに引退した。
1999年は18勝9敗・防御率3.00を記録。2000年はオールスターゲームに2年ぶりに選出される。13勝と勝ち星は伸びなかったが、防御率2.58で2度目の最優秀防御率を獲得。2001年は開幕から好調だったが、故障もあって20試合の登板に終わる。2002年も5月に故障し、8月の復帰以降は主にリリーフで起用され、3勝4敗・防御率4.81と振るわなかった。2003年は4月29日から6月17日にかけて9連勝を記録する。オールスターゲームに選出されたが登板はなかった。14勝9敗、リーグ2位の防御率2.39と復活を遂げた。12月13日にジェフ・ウィーバー、ヤンシー・ブラゾバンらとの交換トレードでヤンキースに移籍。
1998年前半戦で10勝を挙げて、3年連続でオールスターゲームに選出される。18勝7敗、いずれもリーグ2位の防御率2.38・257奪三振を記録し、チームを地区優勝に導いた。ヒューストン・アストロズとのディビジョンシリーズ第1戦で8回を2安打無失点、シリーズ記録の16奪三振をマークし、ランディ・ジョンソンとの投げ合いを制した。ブレーブスとのリーグチャンピオンシップシリーズ第2戦で3安打11奪三振完封勝利を挙げ、14年ぶりのリーグ優勝に貢献。ニューヨーク・ヤンキースとのワールドシリーズでは第1戦と第4戦に先発したがいずれも敗れ、チームも4連敗で敗退した。オフにフリーエージェントとなり、12月12日に当時史上最高額となる7年総額1億500万ドルでロサンゼルス・ドジャースと契約し、ギネス世界記録として認定された。
父親に碁を教わり、小学5年生ごろから仁風会（木谷実の「土曜木谷会」の後継の会）に参加して、さらに小林光一の研究会に参加するようになり、のちに小林に師事。1996年入段、二段に昇段。1997年三段、大手合第二部優勝。1998年四段。1999年五段。2001年六段、棋道新人賞。2003年七段、天元戦挑戦者決定戦進出。2004年第一回JAL新鋭早碁戦で優勝。2005年　山下敬吾天元を3-2で降し、初のビッグタイトルとなる天元位を獲得。またこれにより八段へ昇段。2006年　天元戦で山下敬吾棋聖･王座を3-1で降し天元位初防衛。タイトル2期獲得により、九段へと昇段。2007年　天元戦で山下敬吾棋聖･王座を3-1で降し天元三連覇。2008年　NECカップ囲碁トーナメント戦にて趙善津を降し、初優勝。棋聖リーグに初参加。第17期竜星戦にて、張栩を破って初優勝。10月、第1回ワールドマインドスポーツゲームズ囲碁男子団体戦に依田紀基、山下敬吾、羽根直樹、河野臨、高尾紳路と日本代表チームを組み出場、銅メダルを獲得 12月、張栩に0-3で敗れ、天元位を奪われる。賞金ランキングで平成四天王に次ぐ5位。2010年　NECカップ囲碁トーナメント戦にて羽根直樹を倒し、優勝。賞金ランキングで平成四天王・井山裕太に次ぐ6位。2011年　第67期本因坊リーグ入り、第37期名人戦リーグ入りし、三大リーグすべてに所属。2012年　第38期天元戦挑戦者となるも、井山裕太天元に0-3で敗れる。賞金ランキングで井山裕太・平成四天王に次ぐ6位。2013年　第38期碁聖戦挑戦者となるも、井山裕太碁聖に2連勝後3連敗で敗れる。賞金ランキング5位。2014年　第61回NHK杯テレビ囲碁トーナメントで準優勝。第26回テレビ囲碁アジア選手権で李世ドル九段に敗れ、準優勝。第39期碁聖戦挑戦者となるも、井山裕太碁聖に3-2で敗れる。6年ぶり、第23期竜星戦優勝。第21期阿含・桐山杯全日本早碁オープン戦準優勝。第39期名人戦リーグを6勝2敗の成績で終え、プレーオフで山下敬吾を降して挑戦権を獲得。初登場となった七番勝負では、井山裕太名人に4－2で敗れ、タイトル奪取は成らなかった。第1回日中竜星戦古力九段に敗れ、準優勝。賞金ランキングでは井山裕太に次いで自己最高の2位。2016年　第23期阿含・桐山杯全日本早碁オープン戦で二十五世本因坊趙治勲に220手白番半目勝ち。初優勝。第41期棋聖戦リーグを4勝1敗の成績で終え、挑戦者決定トーナメントで張栩を降して挑戦権を獲得。