ミズーリ準州が1821年に州に昇格したとき、州議会は、州の中心部にありミズーリ川に臨む場所にジェファーソンシティを建設して州都とすることを決定した。当時はまだ議会議事堂が建設されていなかったため、一時的な州都が必要になった。セントチャールズは他の8つの都市との競争に勝ち一時的な州都となり、議会を開催する場所として金物屋の上の階を提供した。この建物はファースト・ミズーリ・ステート・キャピタル州立史跡として保存されている。1826年にジェファーソンシティに移るまで、セントチャールズで議会が開かれていた。ゴットフリート・ドゥーデンは1824年にこの地域を訪れたドイツ人である。ダニエル・ブーンの案内の下で旅をした彼は、セントチャールズ郡での生活について豊富な記録を残した。彼はドイツに戻ってから、1829年にこれを出版した。彼はこの地域に良い印象を与えたことから、1833年には多くのドイツ人が移民してきた。最初にセントチャールズ周辺にやってきて定住したドイツ人は、恐らくルイス・エヴァーズマンである。彼はドゥーデンと一緒にやって来たが、ドイツに戻らず留まることを決めていた。セントチャールズは1956年に、州間高速道路の建設を求めるプロジェクトを最も早く始動させた。州間高速道路70号線の西行きのファースト・キャピトル・ドライブ出口の右側には、標識とともにこの主張に関する情報が表されている。カンザス州とペンシルベニア州も最初の州間高速道路プロジェクトに関する権利を主張している。
町の最初の教会は、1791年に建設されたカトリック教会で、サンカルロス・ボッロメーオを祭っていた。町の名はサンカルロス・デル・ミズーリ、英語で「セントチャールズ・オブ・ザ・ミズーリ」として知られるようになった。教会が元あった場所は分かっていないが、レプリカがメインストリートからすぐの場所に復元されている。3代目のセントチャールズ・ボロメオ教会は、現在5番ストリートに位置している。スペイン人の副総督は、ダニエル・ブーンをフェム・オーセージ地域の司令官に任命した。彼はルイジアナ買収によってアメリカの支配下に置かれた1804年まで、その任を果たした。町の名前サンカルロスは、英語化されセントチャールズとなった。ウィリアム・クラークは1804年5月16日にセントチャールズに到着した。彼を含めた40人の隊員と3隻のボートから成る探検隊は、最後の準備をし、メリウェザー・ルイスのセントルイスからの到着を待った。彼らはその間、踊りや晩餐、教会の礼拝に参加した。町の住民は、国を挙げた探検隊の一部となることに心躍り、探検隊を厚くもてなした。ルイスはセントチャールズ・ロック・ロードを通って5月20日に到着した。探検隊は翌日の午後3時30分にキールボートで出発した。セントチャールズは探検隊が訪れた最後のアメリカの町であり、次に戻ってくるのは2年以上後のことだった。
ネイティブアメリカンは少なくとも7,000年以上この地域を住処としていた。ヨーロッパ人がやってきた時、イリノイ族、オーセージ族、ミズーリ族が住んでいた。ルイ・ブランチェットはアッパー・ルイジアナがスペインの支配下にあった1769年に入植した（この地域はイギリスがフレンチ・インディアン戦争でフランスに勝利したことで、スペインに割譲された）。彼は地域のリーダーに任命され、1793年に死ぬまでそれを務めた。開拓地はスペインの司法権の下にあったが、入植者は主にネイティブアメリカンや北方から移動してきたフランス系カナダ人であった。セントチャールズの始まりを考えると、ミズーリ川沿いの低地を通っていたブーンズ・リック・トレイルがミズーリ州中部～西部への入植に際し主要な陸路となった。この地域は「ブーンズリック」または「ブーンズリック・カントリー」として知られるようになった。ミズーリ州フランクリンがこの道の終点だった。西部への開拓はサンタフェ・トレイル上で続けられた。
元和の一国一城令で廃城となった原城で、1637年（寛永14年）に「島原の乱」が勃発したのである。島原藩主の松倉重政・勝家父子は島原城建設による出費などの財政逼迫により苛政を敷き、また、過酷なキリシタン弾圧を行ったことにより農民一揆を引き起こした。この一揆は島原半島のみならず天草にも飛び火し、島原城・富岡城が襲撃された。しかし、一揆の攻城はうまく行かず、やがて一揆の群衆は天草の一揆群衆と合流し約3万7千人が廃城となっていた原城に立て籠もった。小西行長の家臣の子孫といわれる天草四郎を総大将とし、組織立った籠城戦を展開して幕府軍と戦闘を繰り広げた。一揆軍は3ヶ月に及ぶ籠城には兵站の補給もなく、弾薬・兵糧が尽き果ててきた。対する幕府軍も1千人の戦死者を出しながらも新手を投入し、ついに1638年4月11日から12日（寛永15年2月27日から28日）にかけての総攻撃で一揆軍を全滅させた。幕府軍の記録によると、一揆軍の中で幕府軍に内通していた山田右衛門作だけが助命され、その他は老人や女子供に至るまで一人残らず皆殺しにされたという。この時の様子を、幕府軍の総大将であった松平信綱の子・松平輝綱（武蔵川越藩の第2代藩主）は『島原天草日記』の中において「（前略）剰つさえ童女の輩に至りては、喜びて斬罪を蒙むりて死なんとす、是れ平生人心の致すところに非らず、彼宗門に浸々のゆえ也」などと記し、一揆軍は殉教を重んずるキリシタンの信仰ゆえに全員が喜んで死を受け入れたとする旨を語っている。幕府軍は乱の終結後、原城が再び一揆の拠点として使用されることのないよう徹底的に破壊し、虐殺された一揆軍3万7千人の遺体は廃墟となった原城の敷地内にまとめて埋められた。その一方で、島原藩主の松倉勝家は苛政により乱を引き起こした責任から、大名としては前例のない罪人としての扱いである斬首に処せられたと伝えられる。