一方、同日未明、豊安丸と飛龍丸に分乗した陸軍参謀・黒田清隆率いる新政府軍700名が夜陰に紛れて箱館山の裏側に上陸した。豊安丸の部隊は西北側の山背泊から上陸し、弁天台場の背後を脅かした。黒田直率の飛龍丸の部隊は西側の寒川付近に上陸し、絶壁をよじ登って箱館山の山頂に到達。山頂にいた旧幕府軍監視兵は驚いて遁走し、夜明けまでには箱館山を占領した。このとき、遊軍隊が箱館山薬師堂で奇襲部隊を迎え、山道の案内にあたった。新政府軍の奇襲上陸に対し、箱館奉行・永井尚志は弁天台場に入り守備を固め、瀧川充太郎が新選組、伝習士官隊を率いて箱館山へ向かった。しかし、山頂からの攻撃は圧倒的で、大森浜沖の陽春からの艦砲射撃もあって一本木関門付近まで退き、さらに五稜郭まで後退した。午前11時ごろには箱館市街は制圧されたが、弁天台場の旧幕府兵が材木屋に放火、瞬く間に火が広がり、872戸を焼失した。箱館市街を制圧した新政府軍は一本木関門方面に進出する。これに対して、土方歳三は孤立した弁天台場の救出に向かうが、一本木関門付近で指揮中に狙撃され戦死。さらに副総裁・松平太郎が箱館奪還を試みるが失敗し、五稜郭、弁天台場、千代ヶ岱陣屋のみが残るだけとなった。この間、箱館病院では院長の高松凌雲が、赤十字の精神で病院の非武装中立を謳い、敵味方の隔てなく戦傷者の治療に当たっていた。5月11日の戦闘の最中、新政府軍が病院内に乱入する。殺気立った新政府軍と患者を守ろうとする高松の間で押し問答が続いたが、薩摩藩士・山下喜次郎が高松の主張を聞き入れ、病院の門前に「薩州隊改め」の墨書きを残して退いた。分院の高龍寺では非武装が徹底されておらず、松前藩兵・弘前藩兵により十数名が殺害、放火されている。5月12日には五稜郭に対して箱館湾の甲鉄による艦砲射撃が始まり、古屋作久左衛門が重傷を負ったほか、死傷者が続出した。また、旧幕府軍では脱走兵が相次いだ。
イギリスは伝統的な海洋国家であるが、多くの水陸両用機を二つの大戦の間に製造した。これは1918年のビッカース バイキングや1920年代初期のスーパーマリン シーガルに始まり、探検や軍用に使われた。これには捜索救助、砲兵観測、それに対潜パトロールが含まれていた。戦間期のこの進歩は、第二次世界大戦直後のスーパーマリン シーガルで頂点に達し、戦争中のウォーラスやシーオッターを置き換えたが、ヘリコプターの進歩に追い越されてしまった。1920年中盤から1930年代後半にかけてのアメリカ合衆国では、シコルスキー・エアクラフトが水陸両用機の豊富なファミリー（シコルスキー S-34、シコルスキー S-36、シコルスキー S-38、シコルスキー S-39、シコルスキー S-41、シコルスキー S-43）を生産し、探検や、世界中の航空会社の飛行機として広く使われた。大きな飛行艇では行くことができない、多くの海外の空路で開拓者を助け、また、アメリカにおける水陸両用機の普及を助けた。グラマンは後から参入したが、二機の軽量な汎用水陸両用機、グラマン G-21とグラマン ウィジョンを、1930年代後半に、民間向けに発表した。しかし、その軍事的な潜在能力は無視できないもので、第二次世界大戦中、アメリカ軍とその同盟国によって、多くの注文がなされた。コンソリデーテッド カタリナ（1930年代に、シコルスキーやダグラス ドルフィンを含む水陸両用機の利用によって、一部に人気になったサンタカタリナ島にちなむ）も、戦争中に純粋な飛行艇から水陸両用機に再設計されたが、これは偶然ではなかった。戦後、アメリカ軍は何百機ものグラマン アルバトロスとその派生型を様々な用途で注文した。しかし、純粋な飛行艇は、最高の水上機でも運用できないような状態の海上でも運用できるヘリコプターに取って代わられた。水陸両用機の開発はイギリスとアメリカに限られていなかったが、いくつかの設計は業務が限定されたものではなかったので、着陸脚の重さによる不利にもかかわらず、純粋な飛行艇やフロート水上機よりも、広い範囲で優先して使われた。しかし、ロシアもまたいくつかの重要な飛行艇を開発した。戦前に広く使用されたシャブロフ Sh-2汎用飛行艇や、戦後のベリーエフ Be-12対潜哨戒水陸両用機である。水陸両用機の開発は、ロシアではジェットエンジンのベリーエフ Be-200で続けられた。地中海とアドリア海に面したイタリアは、水上の航空機に関して長い歴史を持っており、それは初めて飛行したイタリア製の航空機に遡る。ほとんどは水陸両用機ではないが、サヴォイア・マルケッティ S.56Aやピアッジョ P.136のような、少数の水陸両用機もある。水陸両用機は、アラスカやカナダ北部の厳しい地形で特に有用である。そこでは、遠隔地から外の世界への生命線を提供する民間の代理役務のために、多くの水陸両用機が使われ続けている。カナディアン・ヴィッカース ビデットは、遠隔地の森林パトロールのために開発され、以前はカヌーで数週間かかっていた任務が、数時間で完了できるようになった。これは、森林の維持に革命をもたらした。しかし、成功はしたものの、結局は水陸両用フロート水上機より汎用性が劣るような水陸両用飛行艇は、かつてのように一般的ではなくなっていった。どんな飛行機にでもつけられるような水陸両用のフロートが開発され、それによってどんな飛行機も水陸両用にすることが出来るようになり、夏の間は開けた地形が水面しかないような、より遠い遠隔地にも行くことが出来るようになった。水陸両用フロート水上機は増加したが、小さな水陸両用飛行艇は1960年代まで開発が続けられた。リパブリック RC-3 シービーやレイク バッカニアなどが開発されたが、メーカーがコントロールしても、商業的にはあまり成功しなかった。今日では、ホームビルトも多い。これは、開発コストが見合うほど要求が小さいからで、フォルマー VJ-22などが人気である。遠隔地の小空港の能力の向上にともなって、水陸両用機はかつてに比べて少ししか製造されていないが、ボンバルディア CL-415やセスナ 208の水陸両用フロート装着バージョンのような一握りの水陸両用機は、生産が続けられている。