海軍戦略に関わる概念として、シーパワーを提唱したのが、アルフレッド・セイヤー・マハンである。シーパワーとは海軍力を含めた海洋に関する国家の能力である。マハンはアメリカの海軍少将であり、歴史学者でもある。アントワーヌ・アンリ・ジョミニの戦争概論に影響された彼は、来るべき戦争では制海権を持つことが貿易や戦争遂行に必要な資源を管理するシーパワーが必要になると考えた。マハンの提言では、18世紀英仏間の戦争では海軍力により海上を制した方がその成果に直結したことを示しており、それ故に、海上貿易を支配することが戦争を前に最も大切なことであるとした。マハンの見解では、敵艦隊を破壊するか行動を抑えてしまうチョークポイントにその海軍力を集中させれば制海権をとることができる。敵軍の港を封鎖したり、その連絡網を遮断したりすることがその次の戦略である。マハンは海戦の真の目的は常に敵艦隊にあると信じていた。マハンの著書『海上権力史論』は1890年に「仏国革命時代海上権力史論」は1892年に出版され、彼の理論が1898年から1914年にかけて海軍戦略に大きな影響を与え、さらにその後の軍備拡張競争に影響を与えた。
海上封鎖とは海軍力で敵の港湾の出入港を封鎖することである。17世紀末までは、9月から5月ないし6月まで、大型船を港外に出しておくことは不可能あるいは軽率なことと考えられていた。それ故に敵をその港に閉じ込めておくことは、いかなる海軍でも無理であった。更に敵を止めているよりも前に海に出ているかもしれず、艦隊の任務は商船隊の護衛の方に回された。最初の海上封鎖は1758年-59年イギリスのエドワード・ホーク卿によって開始され、セント・ヴィンセント伯ジョン・ジャーヴィスによって、また1793年から1815年の他の提督達によって完成された。
シリーズ構成、脚本はufotableスタッフが担当。奈須は全ての脚本会議に出席、ufotableが制作した脚本に奈須が加筆・修正を加える形で脚本制作監修を行った。また、アニメオリジナル展開の原案・執筆・監修や設定制作も奈須が担当。奈須は自身が手掛ける追加シーンに関して「この10年でバージョンアップを果たした『stay night』を踏まえ、一番新しい『stay night』にする」ことを目指し執筆したと語る。奈須は脚本制作の段階で「主人公である士郎を客観的視点でどれだけ視聴者の胸に届けられるか」を意識して監修・執筆を行った。奈須は1stシーズンでは脚本の監修が主な担当であったが、2ndシーズン以降はアニメ版オリジナル展開や新規の台詞を自ら制作・執筆している。また、当初の企画では本作と「リメイク版月姫」、「Fate/Grand Order」の3作品がシンクロするようにシナリオが執筆されており、「Fate/Grand Order」第1部のクライマックスと「リメイク版月姫」でのとある言及が本作の放送と同時に進行する予定であった。これらは2作品の販売及び配信の延期により実現することはなかったが、本作と「Fate/Grand Order」第1部のシナリオにその名残が残っている。さらに、BDBOX特典小説「Garden of Avalon」にも「Fate/Grand Order」第1部の伏線が仕込まれている。また、シナリオに対して奈須は「全体の空気感と着地点へのアプローチに三浦監督の解釈が生きている」と評している。セイバールート前提で語られるキャラクターに関しての補完は奈須が中心となり制作されている。BDBOX特典小説「Garden of Avalon」はセイバールートで語られるアルトリアの物語を補完するために「stay night」の小説としては初めて執筆された。アーチャーに関しては奈須から「過去をしっかりと描くのは今回が初めてとなった」と言われており、原作には無い新規シーンが制作されている。ギルガメッシュは「セイバールートで見せていた英雄らしさを見せるべき」という奈須の判断により、冷酷な一面を見せながらも英雄らしい姿が原作より増えているほか、「お前の勝ちだ。満足して死ね、フェイカー」などの台詞や終盤の展開などが奈須自身の手で新たに追加、変更されている。これに関して三浦は「この10年で奈須さんのギルガメッシュへの解釈が変わり、王様然としたキャラクターになっている」と評している。今まで語られるだけであったキャスターの元マスター、アトラムなど新たに追加された設定は奈須と三浦を中心にufotable主要スタッフ陣との協議により新たに制作されている。15話にて公開されたアインツベルンに関する設定は原作ゲームに収録予定であったイリヤルートの設定を基にしている。また、19話から21話にかけて描かれた士郎とアーチャーの戦いは、ufotableが用意した脚本は原作の流れに沿った剣戟がメインの内容であった。しかし、奈須はその内容に待ったをかけ、本作の制作中には一度もなかった予定外の打ち合わせを三浦と実施。最終的には奈須の手でアニメーション向けに新たに展開が変更された。最終話では、今まで設定だけ存在した「ロンドン編」が描かれた。これは、原作のエンディングだけでは「衛宮士郎の物語」として決着をつけるには弱いとufotableの近藤が判断し、奈須に最終話にふさわしいオリジナル案を希望したためである。奈須はいくつかの候補をufotableスタッフ陣に提示。案の中からufotableがロンドン編を制作することを決定した。ロンドン編はufotableがシナリオを制作、そこに奈須が台詞や追加シーンを修正・執筆する形で進行した。あわせて奈須は今まで公開されていなかった魔術協会の設定などを提供し、さらに新たに設定を制作した。今作で新たに制作・追加されたデザインや設定などは、『Fate/strange Fake』や『ロード・エルメロイII世の事件簿』などFate関連作品でも使用されている。奈須は今作を「（2015年時点で）今までで最もアニメ制作に踏み込んだ仕事内容であった」と語る。