6月7日以降に行われた。7日には網干総合車両所の221系と201系による走行試験、8日には同所の207系によるATS-Pの作動試験が行われた。
復旧工事は5月30日午前8時から始まる予定だった。しかし、周辺の住民の同意を充分に得ないまま工事が行われようとしたとして一部から抗議が寄せられたため、工事は午前9時頃から中断し、30日の工事は中止になった。30日はJR西日本の担当者が周辺の住民を戸別訪問し、了解を取る作業を続ける。住民の同意が得られたとして工事が31日午後1時から始まり、6月3日に終わった。そして、住民への戸別訪問による工事終了の説明をして完了した。
振替輸送の他にも不通特約の切符を発行する措置もした。不通特約の切符とは、みどりの窓口の駅員が普通の切符に赤いペンで手書きで「不通特約」と書いただけの切符のことで、この切符は福知山線経由と同じ料金で山陰本線などの他の路線経由で目的地まで向かうことができる。主に尼崎駅 - 宝塚駅間をまたぐ長距離の利用客に発行された。発行された例として「東海道線・山陰本線京都駅経由の新大阪 - 福知山」「山陽本線・加古川線谷川駅経由新大阪 - 福知山」がある。
福知山線の運転休止期間中、福知山線沿線である兵庫県各市（三田市、宝塚市、川西市、伊丹市）周辺と阪神間を結ぶ経路において、振替輸送が実施された。事故後、福知山線利用者の多くは競合している阪急の振替輸送を利用し、事故から約1か月後の5月23日には阪急ホールディングス（現在の阪急阪神ホールディングス）が1日平均で約12万人の乗客を振替輸送していることを発表した。仮に並行私鉄である阪急宝塚線急行または、阪急神戸線特急と、西宮北口駅で阪急今津線を乗り継ぐ利用する方法で大阪（梅田）と宝塚の間を移動する場合、所要時間そのものは福知山線の快速を利用した場合に比べて約10分多く要する程度であるが、これに乗車駅や降車駅での乗り換え・乗り継ぎに要する時間がそれぞれ加わることによって、合計で20 - 30分程度の時間が余分に必要となり、通勤・通学など利用者の大きな障害となった。また、振替輸送を行った路線では、事故以前からの既存利用者にも列車・路線バスの車内や駅などの混雑という形で影響が及び、ゴールデンウィークが明けた5月9日からは、混雑緩和のため阪神電気鉄道や同線に至る路線などが新たに追加された。
この事故により福知山線の尼崎駅 - 宝塚駅間で運転が休止された。また、同線を経由して運行されている特急「北近畿」「文殊」「タンゴエクスプローラー」も福知山駅以北の区間のみの運行となった。なお運休による減収は1日約3,000万円が見込まれていた。復旧工事は同年5月31日から開始され、その後、同年6月7日から試運転を開始した。2006年（平成18年）3月までの暫定的な運行ダイヤを提出し、同年6月19日午前5時、55日ぶりの全線運転再開となった。
電車が激突したマンションは、2002年（平成14年）11月下旬に建てられた。線路とマンション間の距離は6mに満たなかった。海外メディアは事故当初この点について指摘しており、例えばフランスのTGVでは、開業当時の線路と最寄の住居の距離は150mもあった、としている。
かつてこの辺りは台北湖があり、やがて湖が干上がり陸地になるとB.C.2500年頃に人類が定住するようになったという。植物園の起源は日本による台湾統治の時代であり、1896年に日本人によって創設された「台北苗圃」が前身とされる。南方への進出を期した日本が食用あるいは薬用といった目的で、台湾以南で採集された植物の種子を収集、研究する拠点として活用された。1911年には「林業試験地」に改称、現行の名称に見られる「台北植物園」と命名されたのは1921年のことであった。2008年より古蹟として認定されている腊葉館（植物標本館、腊葉は押し葉のこと）は、1924年に建設された。腊葉館で収集された標本は現代においても保存されている。同じく古蹟で清代末期の建築物である欽差行台（元々の建築の一部。布政使司衙門。現在は布政使司文物館という展示施設として使用されている）は1931年の台北公会堂（現在の中山堂）建設にともない解体される予定であったが、保存のため1933年に中山堂のある場所よりこの植物園に移築されたという経緯をもつ建物である。台北市区計画に続く1932年の大台北都市計画において大公園のカテゴリで整備を指定された全17箇所うちの第10号公園として、1939年には「台湾総督府林業試験所植物園」とされた。第二次世界大戦後、植物園は所轄が殖産局林業試験場、中央研究所林業部、総督府林業試験所と変遷する中で研究成果も蓄積されていった。現在は入場無料の観光施設として、また市民の憩いの場としての側面もあわせ持った植物園として健在である。2016年から2017年9月30日にかけて行われた腊葉館の修復工事が完了するとともに、第二次世界大戦以来ながらく行方不明であった早田文藏の記念碑が再建され、かつて彼の呼びかけで建てられたフランス人神父のユルバン・ジャン・フォーリー（Urbain Jean Faurie、早田の研究に影響を与えた）の銅像も復刻された。