手塚はじめ虫プロダクションは、『ジャングル大帝』に続くアニメ作品として、雑誌『日の丸』に連載されていた『ナンバー7』のアニメ化を企画する。しかし、よく似た設定の『レインボー戦隊ロビン』が東映動画で企画されたため、作品が類似することを嫌った虫プロは、タイトルはそのままに設定の大幅な変更を行った。この時の設定は、当時の『007』を中心とするスパイ映画の流行を受け、星光一（ほしこういち）という諜報部員の活躍を描いたものとなった。さらにマスコットとして宇宙リスの「ボッコ」が主人公の相棒につけられ、このボッコには主人公とテレパシーで会話する、空を飛ぶ、発光する、透明になる、といった特殊能力が備わっていた。ところが、TBSなどの制作するアニメ『宇宙少年ソラン』に、ボッコとよく似たリスの「チャッピー」が登場することが判明したため、虫プロは企画を抜本的に見直すことを余儀なくされ、タイトルも新たに『W3』とした。また、虫プロダクションの中に企画を口外した産業スパイがいるのではないかという疑惑が起こり、豊田有恒らが虫プロダクションを退社した。『W3』は『ナンバー7』とは打って変わってSF色の強い作品となったが、コードネーム「F7号」（ナンバー7）の星光一が主人公星真一の兄となり、ボッコは容姿がウサギへと変わったものの、W3の隊長として名前が流用されたことで、かろうじて『ナンバー7』時代の名残をとどめている。
虫プロダクションは1965年（昭和40年）当時にアニメ用の作品を企画していたが、それとそっくり同じものが他のプロダクションで企画されていることがわかり、虫プロ内部に産業スパイがいるのではないかという疑惑が起こった。そして、虫プロ社員の中でもその疑惑が話題になり、何人かが虫プロを辞めることになった。そのアニメの企画は『W3』という名前で、手塚は並行して同名の漫画版を『週刊少年マガジン』で連載することになるが、連載6回目で『週刊少年サンデー』に掲載誌を変更した。この突然の掲載誌変更が「W3事件」と呼ばれる。連載誌を変えた理由について手塚は、「虫プロダクションの事情」と「W3のスポンサーはロッテで、宇宙少年ソランのスポンサーは森永という広告業界の関係」と語っている。また、手塚はこの件に関しては誰も責めておらず、講談社から刊行された「手塚治虫漫画全集」版のあとがきにおいては、講談社に迷惑をかけたことについて謝罪している。
W3事件（ワンダースリーじけん）は、手塚治虫が漫画『W3』の掲載誌を『週刊少年マガジン』から『週刊少年サンデー』に切り替えた出来事のことである。本項ではそれに至った経緯についても解説する。
現役引退後、人と顔を合わせることの少ない早朝の豆腐店に勤務したり、タクシー会社に運転手として就職したりした。晩年はゴルフ場で働き、一人暮らしであったという。関空建設反対運動に関わっていた漁師とも友達であった。若かりし頃の間寛平は公私に渡って世話になったといい、現在でも『ムロ兄』と呼んで慕っている。2010年8月29日放送の「24時間テレビ 愛は地球を救う」に出演。これは、芸能界引退以来のテレビ出演となった。アースマラソン敢行中の間寛平の激励のためカザフスタンを訪れ、間との劇的な再会を果たし、思い切り涙を流していた。「迷惑をかけたくない」としながらも間との再会を決めた理由は、自分と同じ様にガンにかかっていたため、黙って見ていられなくなったということもあった。間が自分のために病院を探してくれた恩を未だに忘れていないことも大きかった。2011年1月21日間寛平『アースマラソン』の第一ゴール大阪野音にスペシャルゲストとして参加、でカザフスタンの応援の時現地で買った帽子をネタに会場を笑いの渦に巻き込んだ。また行列のできる法律相談所にも出演。その後2013年8月25日「愛は地球を救う36」に、この回の番組の企画で陸上十種競技（のマスターズ記録更新）に挑戦した間の激励のため出演。その前にNGKに行き後輩達の出演する新喜劇を十数年ぶりに観劇する様子が、同番組で紹介されている。2018年12月5日に死去。亡くなって2ヶ月後の2019年2月11日の誕生日に間寛平のTwitterアカウントより報告された。72歳没。
鉄道車両では初めて、全ての乗降口ドア上部と運転室出入口に防犯カメラを設置し、乗務員室のモニター上で監視できるシステムが備えられた。これは乗降口に備え付けられている非常用ドアコックがいたずらで操作され、その安全確認のためしばしば遅延をきたしていることや、電話室や喫煙ルームなど個室部分の増加とともにそれらの空間を悪用される恐れがあるため、防犯カメラによる抑止効果を図るためである。また、防犯カメラを設置することで、テロの発生や痴漢・迷惑行為の抑止効果も期待できるとした。ただ、2015年に東海道新幹線火災事件が発生したことを受けて、追加対策として、デッキ通路部および車内（両端にある車内案内表示装置の横）にも防犯カメラを増設することになった。事件以降に追加新造する車両は製造時に対応、既存車両についても2018年度までに全ての車両に追設するとしている。2016年2月23日より、車内などに増設が完了した1編成が運行を開始している（1編成あたりのカメラは60台から105台に増加）。なお、N700系以降に登場したE5系・H5系、E6系、E7系・W7系の各車両では、新造時からデッキ部に加えてグランクラスを除く全ての客室内にも防犯カメラを設置している。この他、ドアコックのいたずら対策として走行中にドアコックの蓋を自動的に施錠して開けられないようにすることとし、蓋を開けると警報ブザーが鳴る機能が備えられた。追加新造するN700系は製造時に設置し、既存のN700系および施錠機能のみ追加する700系および500系においても2009年9月までにすべての改修を終えた。