スペインにおける異端審問の廃止は1834年であったが、「異端審問」という言葉は現代においてネガティブなイメージをもった言葉としていき続けている。上にあげた以外のその他の異端審問において補足しておくと、16世紀、インドのゴアにはポルトガル政府によって設置された異端審問所があった。インドの伝統とキリスト教を融合させようとしたイエズス会員ノビリらの運動はこの異端審問所によって糾弾された。キリスト教原理主義の立場に立つアルベルト・リベラはナチス・ドイツによるホロコーストを異端審問の一形態として位置づけているが、このような独自のホロコースト観は当然、大方の歴史学者たちには受け入れられていない。また、裁判記録の調査では異端審問で死刑判決が下されたのは全体の2% - 12%である。
1542年、時の法王パウルス3世によってローマに設けられた異端審問所は、従来のような教皇によって少数の異端審問官が任命されるシステムを廃し、神学者や学識の誉れ高い枢機卿たちからなる委員会が、特定の教説や著作に対して異端性がないかどうかを審議すると同時に、各国で行われる異端審問に問題がないよう監督することを目的としてつくられた。ローマの異端審問所は後に「検邪聖省」と改称され、教皇庁の一機関として機能した。検邪聖省は各国のよりすぐりの神学者、哲学者、教会法の専門家たちをアドバイザーとして抱え、彼らの意見に基づいて審議を行っていた。当初はジョルダーノ・ブルーノの断罪といったケースも扱っていた検邪聖省だったが、やがて個人の断罪よりも著作物を中心とした思想の審議が任務となっていき、それに伴って禁書目録の作成を行うようになった。発足以来、ローマの異端審問所である検邪聖省の決定のおよぶ範囲はイタリア国内に限られており、国外に対しては禁書目録の送付や決定事項の連絡以上の影響力を及ぼさなかった。検邪聖省の扱った事案でもっとも有名なものはなんといっても17世紀のガリレオ・ガリレイの著作に関する事案（いわゆるガリレオ裁判）であった。禁書目録は廃止されて久しいが、検邪聖省自体は教理省に改称して現在でも存続している。
異端審問の歴史の中で特筆されるスペイン異端審問は中世の異端審問とはまた異なる性格を持つものである。15世紀の終わりになって、アラゴンのフェルナンド2世とカスティーリャのイサベル1世の結婚に伴ってスペインに連合王国が成立した。当時のスペインにはキリスト教に改宗したイスラム教徒（モリスコ）やユダヤ教徒（マラノ）たちが多くいたため、国内の統一と安定において、このような人々が不安材料になると考えた王は、教皇に対してスペイン国内での独自の異端審問機関の設置の許可を願った。これは教皇のコントロールを離れた独自の異端審問であり、異端審問が政治的に利用されることの危険性を察知した教皇は許可をためらったが、フェルナンド王は政治的恫喝によってこの許可をとりつけることに成功した。結果としてスペイン異端審問は多くの処刑者を生んだことで、異端審問の負のイメージを決定付け、キリスト教の歴史に暗い影を落とすことになった。
安達かおるが1986年に創業したアダルトビデオメーカーのV&Rプランニングはレイプ、スカトロ、蟲責めなどを題材にしたキワモノ系の異色作・問題作を1990年代に多数リリースして異彩を放ち、鬼畜ブーム時には『危ない1号』に特集が組まれるなどマニアの間で密かに注目を集めていた。V&Rは当時台頭していた規制の少ないインディーズメーカーを差し置くほど過激極まりない作風で知られ、当時加盟していた日本ビデオ倫理協会（ビデ倫）からはしばしば発売禁止・審査拒否の対象となった。例えば1993年に制作されたスカトロビデオ『ハンディキャップをぶっとばせ!』（監督：安達かおる）では身体障害者が出演したことが問題視されお蔵入りとなり、平野勝之監督の『水戸拷悶2 狂気の選択』（1997年）では過激な描写を追求するあまり2名が負傷して3名が引退宣言し、撮影の舞台となった渋谷はパニック状態に陥り警察が出動する騒ぎとなった（当然ビデ倫からは「論外の外」と審査拒否されたため、自主規制した不完全版のみが流通した）。また下水道を舞台に撮影を敢行した平野監督の『ザ・ガマン』（1993年）でも警察官や水道局員が大挙する騒動に発展している。AV史上最大の問題作とされるバクシーシ山下監督のデビュー作『女犯』（1990年）は既存のレイプ作品では到底考えられないほど迫真に迫ったリアルな描写・演出から女性人権団体から抗議が殺到、社会問題化した。しかし、後に山下が語るところによれば作品は意図的に後味の悪さを狙ったもので、事前に山下は本気で嫌がるよう女優に説明し、あえて男優にその事実を教えなかったという。これらを踏まえて著作家の本橋信宏は「実際に弄ばれていたのは女優でなく男優だった」と述べている。その後も山下は抗議に萎縮することなく、1992年には路上ドキュメント『ボディコン労働者階級』を監督し、山谷のドヤ街を舞台に日雇い労働者とAV女優との交接を描いたことで物議を醸すことになった。ちなみに死体写真家の釣崎清隆は人権団体と争ってまで問題作を送り出すV&Rプランニングの姿勢に感銘を受け、過去にAV業界で活動していたこともある。V&Rのスカトロ作品では井口昇監督・卯月妙子主演の『ウンゲロミミズ エログロドキュメント』（1994年）が最も有名で排泄物の食糞、塗糞、脱糞に始まり、嘔吐物やミミズまでを扱った過激な演出からマニアの間でカルト的な人気を集め、翌1995年には続編も制作された。2004年にはV&Rプランニングの制作陣によってV&Rプロダクツが発足し、現在も事業を継続中である。なお、2015年には封印されていた障害者主演のスカトロビデオ『ハンディキャップをぶっとばせ!』がアップリンク渋谷で上映され、制作から22年目にしての解禁となった。