廃止時点で、島式ホーム（片面使用）1面1線を有する地上駅であった。晩年に閉塞取扱が廃止になるまでは島式ホーム1面2線を有する列車交換可能な交換駅であった。外側（西側）が下り線（梺方面）、駅舎側（東側）が上り線（湯沢方面）となっていた。そのほか側線として、上り線から東に分岐し駅舎との間を通過し、駅舎東側の貨物積卸場への貨物線を1線有していた。貨物積卸場には農業倉庫も設置されていた。閉塞取扱廃止後の側線の状況は不明である。職員配置駅となっていた。駅舎は構内の北東側に位置し、ホーム北側のスロープとを結ぶ構内踏切で連絡した。閉塞取扱廃止前までの列車交換の通標は、湯沢駅 - 当駅間は「○」、当駅 - 西馬音内駅間は「□」であった。また、1965年（昭和40年）12月8日までの列車交換の通標は、羽後山田駅 - 当駅間は「○」、当駅 - 西馬音内駅間は「□」であった。
17世紀に入ってからのトリニティの歴史は、大きく3代学寮長ラルフ・ケテル（在任1599年 – 1643年）と、8代学寮長ラルフ・バサースト（在任1664年 – 1704年）の2人にまとめられる。ケテルは多くの仕事の中から、ダラム・カレッジの食堂を流用していたダイニング・ルームと、1618年に倒壊した大広間周辺の建物再建を選び、その後地下貯蔵庫を掘って、現在もカレッジのバーとして知られる空間を作った。図書館は複数回改装されて蔵書も増えたが、裏では、エドワード・ヒンドマー（英: Edward Hyndmer）、1625年）やリチャード・ランズ（英: Richard Rands、1640年）など、卒業生からの遺贈がこれを支えていた。あるフェローは、ヒンドマーからの寄付の直後、公式に司書に指名され、少額の給料を貰って職務に勤しんだという。小さな改修もいくつか進められ、トイレ設備なども使えるようになった。「音の管理人」（英: A "sound administrator"）とも呼ばれたケテルは、全ての身分の元学生から基金を募り、設備を整えるため自身の財産も差し出した。現金での寄贈に加え、卒業生が食器を寄付する組合を作ったり、裕福な生徒が大きな金銀食器を強制的に差し出す「食器基金」（英: "plate fund"）という組織も作られ、最高で173ポンド (78 kg)もの食器が集まった。トリニティは堅固な財政基盤を得て、予備の基金に再投資もできるようになり、基金が概ね上手く行ったことから、設備の質・量共に充実が図られた。最後にケテルは、自らの名前を冠した「ケテル・ホール」（英: Kettel Hall）を、オリオル・カレッジから賃借りした隣接地に建設した。ケテルの在任中、このホールはトリニティの生徒たちの宿泊場所として活用されたが、その後トリニティがこの土地を取得するまでの使用法についてはよく分かっていない。改革により一般学生の数は着実に増え、1630年までには100人以上に達したが、多くの生徒が学位を取得せずに学校を去った。学費は生徒によって大きく異なっており、また大酒飲みや賭博が最も多い悪行として記録されている。オックスフォードの他カレッジと同様に、1640年代はトリニティにとって不遇の時期だったが、これはイングランド内戦の影響である。1642年の段階で、カレッジにはチャールズ1世へ200ポンド（2018年時点の￡34,100と同等）の貸し付けがあったが、これが払い戻されることは無かった。その後、オックスフォードは短期間要塞に転換され、王党派に対する防御の拠点となる。1643年1月19日には、537ポンド（2018年時点の￡89,600と同等）の価値があったトリニティの食器がほとんど全て王室に没収され、そのまま返還されずに終わった。この時没収されずに残ったのは、聖爵と聖体皿（パテナ）がひとつずつ、また大型の酒瓶であるフラゴン (Flagon) が2つだけだった。多くの学生が学籍を離れ、補充もされないどころか、追従するフェローもいる有様だったので、カレッジは王宮の人々に部屋を提供するよう迫られた（カレッジの卒業生にとっては特に魅力的な申し出でもあった）。それにもかかわらず、カレッジは財政破綻に陥る。1646年6月に、国会の圧力でオックスフォードが引き渡された時には、双方の代表者をトリニティ・カレッジの卒業生が務めていた。大学引き渡し後、オックスフォードから王党派が排斥されたが、ケテルの死を受けて1643年にトリニティの学寮長に就任していたハンニバル・ポッターは、辞任要求へ静かに反抗し、その後強制的に追放された。彼の追放はその後12年間に及んだ。戦後、国会議員による監査 (Parliamentary visitation of the University of Oxford) が行われ、トリニティにはフェロー3人・スカラー9人・一般学生26人が在籍していると確認されたが、フェロー2人・スカラー1人・一般学生1人・経理部長2人は、国会への忠誠宣誓を拒否して強制退去させられていた。新しい学寮長になったロバート・ハリスはトリニティに押しつけられただけの人選だったが、10年間の学寮長生活の間で、何か騒ぎがあったという証拠は見つからない。むしろ、トリニティはゆっくりと復活し、財政状況も着実に改善していた。ハリスは1658年12月12日に亡くなり、フェローたちは国会の監査員に干渉される前に、ウィリアム・ホーズ（英: William Hawes）を彼の後継者として選出した。ホーズ自身は9ヶ月後に病に倒れ、画策して死の直前に辞任したが、これはフェローたちが再び国会議員たちを出し抜けるようにとの意図だったと考えられている。フェローたちは「学寮長職を全うできる最適の人物のひとり」（英: "one of the most able men to hold the presidency"）としてセス・ウォードを選出したが、1660年代のイングランド王政復古により、ポッターら戦前の主要人物がオックスフォードに帰還したため、彼の施政は長くは続かなかった。ポッターは1664年に亡くなったが、その最期は穏やかなものだったと考えられている。新しく学寮長に就任したラルフ・バサーストは、断続的ながら、既にカレッジの運営に関与した経験があった。彼は学生数の大幅増加が目下の最重要事項だと述べた。