事故直後の報道機関は、事故当日にJR西日本社員が「第1種A体制」を優先せず懇親行事を取りやめずに開催していたことが分かり、JR西日本の安全軽視体質を批判した。また関西本線・王寺駅では駅員を盗撮するメディアも現れたほか、懇親行事を行った京都府内のリクレーション施設の係員に対しても「なぜやめさせないのか」と質問し報道する事例もあった。このほか、読売新聞大阪本社の記者がJRの記者会見会場で度を過ぎた詰問調の質問（「暴言」）を浴びせたとされる事例もあり、のちに同社は謝罪した。また、ただちに危険につながるものではない（数メートル程度の）オーバーランは従来より全国各地で日常的に一定割合で発生しているものだが、この事故を契機に小規模なインシデント（事故を引き起こす危険性が高い事態だったが、実際には事故にならなかった案件）が連日取り上げられて報道されるようになった。2010年（平成22年）には、同様に全国で発生しているATSの作動による急ブレーキ作動の事案について、JR西日本がこれを公表していないとして多くの報道機関に報道されたが、この中では遺族に取材して「あきれました」などといったコメントを流す事例もあった。なお、ATSの作動による緊急停止の事案をすべて公表している鉄道会社はほかになく、公表の是非そのものに関しての考察は報道されなかった。さらに事故当時、一部の報道機関が取材ヘリを現場に飛ばし、要救助者の声や生体反応をローター音で遮ってしまい救出活動を妨げたとされる。これは新潟県中越地震でも問題になっていた直後であるほか、昼夜問わず取材ヘリを飛ばしたため近隣住民の迷惑ともなったとされ、インターネットコミュニティ上で報道機関に対する批判が出た。
テレビ各局は事故発生後40分前後から画面上へのテロップによる速報を流し始めた。その後、午前10時前にNHK総合が臨時ニュースを編成したあたりから、通常放送を中止して報道特別番組に切り替える動きが出始め、午前10時30分の時点で、NHKおよび民放各局が放送中の通常番組を打ち切ったり内容を変更したりして、列車事故に関するニュースを（おおむね午後6時台のワイドニュース終了時まで）報じた。NHK総合では、事故を起こした電車に乗り合わせていた神戸放送局の小山正人チーフアナウンサーの第一報に基づき、午前9時43分08秒に速報テロップを送出。その後、『生活ほっとモーニング』を中断して、午前9時46分から11時54分まで特設ニュースを放送した。また、正午のニュースのあとも、朝の連続テレビ小説『ファイト』の再放送を除き、午後6時15分までJR西日本の記者会見や、専門家の見方なども含めて、特設ニュースを放送した。さらに『NHKニュース7』を午後8時15分（45分延長）まで、『NHKニュース10』を午後11時10分（15分延長）まで延長して、この事故を伝えた。日本テレビ系の『ザ!情報ツウ』ではNHKでの報道開始とほぼ同じタイミングで事故の一報を報じ、10時前後より事故現場上空のヘリコプター空撮映像を交えて繰り返し報じたり、子画面に中継映像を出したりながら通常放送が行われた。一部の在阪民放局では午後7時以降も通常番組を中止し、報道特別番組を編成したほか、事故発生翌日以降も関連ニュースを特別番組などとして伝え続けた。
報道では、事故が起こった路線名の表記が分かれた。朝日新聞、神戸新聞、サンテレビは、東海道本線大阪駅 - 尼崎駅間と福知山線尼崎駅 - 篠山口駅間の愛称である「JR宝塚線」を使用しているが、それ以外のマスメディアでは正式名称の「福知山線」を使用している。在阪テレビ局の社員も通勤中に事故に巻き込まれ、死亡あるいは負傷した者がいた。
2009年（平成21年）9月25日、事故当時鉄道本部長だった山崎正夫前社長が、先輩である当時の事故調査委員の1人であった山口浩一元委員に対し、鉄道模型などの手土産持参で接待し、事故の調査報告を有利にするための工作と情報漏洩が発覚した。結果的には、事故調査報告書に反映されなかったが、幹部が事前に内容を知っていたという事実が明らかとなった。翌9月26日、今度は幹部のJR西日本東京本部の鈴木善也副本部長が、先輩である航空・鉄道事故調査委員会の鉄道部会長だった佐藤泰生元委員に接触を図ったことが発覚。土屋隆一郎副社長（事故対応担当審議室室長兼任）から指示を受けて接触し、「中間報告書の解説や日程を教えてもらった」と説明。会社ぐるみで事故調の委員に接触を図っていた実態が判明した。鈴木副本部長は「情報を早く入手し、安全対策に貢献したかった。軽率で不適切だった」と謝罪した。ただし「昔からの付き合い。会社ぐるみとは思っていない」と釈明もした。この2つの報告書漏洩を受け、JR西日本は山崎取締役と土屋副社長の辞任を発表した。
2月革命後、ティーホンは新たに組織された聖シノドのメンバーとなった。1917年8月15日には、府主教に昇叙された。帝政時代からの長年の準備の末に1917年に開催されたロシア地方公会においては議長に選ばれた。このロシア地方公会では、聖務会院制によって歪められた教会秩序を教会法に則り回復することと、教会の改革が目指されていた。この公会議で議題となった、本来の総主教制を復活させることについては、正教会にとって変則的な聖務会院制度下に統制されるロシア正教会の状況を改善するにあたり、総主教に全権を預ける見解、総主教座の復活そのものに反対し公会議により教会運営を行うべきであるとする見解、総主教座は全聖職者と信徒を代表する立場であるとする見解といった、大きくまとめて三つの意見が出されていた。この時の公会議の決議には、強権的な改革を行って古儀式派との教会分裂を引き起こしたニーコン総主教時代や、総主教不在の聖務会院時代といった、教会にとっての苦い体験を繰り返さないという決意が反映されている。教会は独裁主義でもなければ民主主義でもなく、総主教座はこの世の政治的な理解を越えるところにあり、総主教座は神品と信徒の気持ちが具現化したものであるとされた。ティーホンは、総主教座は聖職者と信徒の信仰の代表であるべきであると考えていた。具体的に総主教を選出するにあたっては、3人の候補者を選挙で選び、その中から籤で当選者を選ぶ方式がとられた。これは人の意志と神の意志を反映させる趣旨によるものであり、教会における候補選出の際のくじ引きについては、新約聖書（聖使徒行實1:26）に記述されたマティアの選出に先例が見出される。救世主ハリストス大聖堂で、イコン『ウラジーミルの生神女』の前でくじ引きが行われ、3人の候補者の中で第2位の得票数を得ていたティーホンが、くじ引きの結果モスクワ総主教に選出された。総主教に着座した後も、その柔和で謙遜な人柄はいささかも変わることがなかった。