本来はフリカムイは人間に危害を加えることはなく、人間も敢えてフリカムイの住処に近づいたり、関ろうとすることはなかった。しかしある時、1人の女性が食料を採りに山へ入り、泥で汚れた足で小川を渡ったところ、そこが実はフリカムイの水飲み場であった。水飲み場を荒らされたことに怒ったフリカムイはすっかり心が荒れすさんでしまい、それ以降は人間や動物を襲い、木や草を荒らし、人家を壊したりと暴れ放題になった。その暴れ方たるや、羽ばたきで起こした突風のみで木々や家を吹き飛ばすほどであった。やむなく人間たちは反撃したが、それを受けたフリカムイは傷の痛みにさらに心が荒れ、暴れ方はひどくなる一方で、人々から魔物同然に恐れられた。やむなく、支笏湖の近くのルイカヤルという地方に住んでいた1人の男が、槍でフリカムイを突き殺し、この惨劇は終わりを告げたという。
1999年6月12日、巨人との首位攻防戦（甲子園）12回裏同点一死1.3塁の場面（投手：槙原寛己、捕手：光山英和）で敬遠球を打ちサヨナラ安打を記録。初球の外角への外し方がやや甘い投球を見逃し、自身は「これくらいの球（外し方）なら打てる」と感じ2球目の同様の投球を打ち、三遊間を抜いて左翼前へ転がした。外し方の甘い投球が来るように、初球の前よりバッターボックス内の三塁側の白線付近で構えておき、遊撃手が二塁ベース寄りに守っていて大きく空いた三遊間を狙ったという。巨人側から「打つ際に踏み込んだ左足がバッターボックスからはみ出しており反則打球ではないか」という抗議があったが、球審の田中俊幸は「バッターボックスの白線に左足のかかとは残っていた（はみ出した足が白線を踏んでいれば反則打球にはならない）」とこれを退けた。自身は実行3日前の広島戦で敬遠された際にバットを出せば届くのではないかと感じ、予め柏原純一打撃コーチ（現役時代に敬遠球を打ち本塁打にした経験がある）、尻無浜啓造打撃投手と大きく外された投球を打つ練習を行っていた。また野村監督とも柏原を通し状況により実行許可のサインをもらえるよう打合せていて、実行直前にサインが出されていた。なお巨人側のこの敬遠策は走者三塁となったための満塁策であるが、前イニング同点の場面での阪神の攻撃においても先頭・新庄の三塁打が出たため満塁策がとられ、後続は三者凡退するという経緯があった。新庄のこのプレーは引退後の2015年に行われた阪神球団創設80周年特別企画でのファンに対するインターネットアンケート「思い出のシーン ベスト10」にて第6位に選出された。この試合では他にも、リードされた直後の8回の攻撃で同点ソロ本塁打を放つなど、6打数4安打2打点を記録。12回の守備では、前回の攻撃での代打起用で内野手が足りなくなった事情でプロ初の二塁に就いた。ヒーローインタビューでは、最後の質問に対して「明日も勝つ！」と宣言し、そのままお立ち台を離れ自らインタビューを締めた。しかし翌13日の同対戦でチームは敗戦。自身も前夜から一転して上原浩治から3打席連続三振を喫するなど5打数無安打に終わった。自身は前夜の取材では、敬遠球を打つのは一度きりと宣言していたが、この日の試合前にも大きく外された投球を打つ練習を行っていた。以降しばらくの間、新庄を敬遠する際には相手捕手が投手に対して投球前ごとに大きく外すようジェスチャーを送る姿が見られた。7月のオールスターゲーム第2戦（甲子園）で黒木知宏から記録した自身球宴初安打が、全セ・リーグ通算1000本目の安打となった。第3戦・2リーグ制発足50周年記念試合（倉敷マスカットスタジアム）では岩本勉から球宴初本塁打を放つなど全セの全2打点を記録して、初のMVPを獲得した（「新庄劇場#阪神時代」も参照）。9月10日の巨人戦（甲子園）で決勝本塁打を放ち、再びお立ち台で「明日も勝つ！」と宣言するも、今度は翌日から12連敗（球団歴代最長タイ〈2016年終了時点〉）を喫した。この年はチームに復帰した恩師である柏原打撃コーチの指導のもとで、打撃成績は前年の低迷からは持ち直し、5年ぶりの打率2割5分台に復帰して14本塁打。5月には月間MVPを初受賞。この年の投手4冠を達成した巨人の新人・上原浩治との対戦では打率.381（21打数）・3本塁打を記録し、低めへの速球を難しい体勢で打った本塁打や前述の連続三振などにマスコミも注目した。併殺打を5月後半まで記録せずシーズン初は珍しい三重殺（前述）であったが、シーズン総数は21と終わってみれば両リーグ最多でキャリア最多を記録した。ゴールデングラブ賞受賞。翌2000年の年俸は阪神時代最高の推定7800万円となった。オフに左膝の遊離軟骨除去手術を受けた。2000年は手術の影響で春季キャンプは別メニュースタートになるもキャリア唯一となる開幕戦4番で先発出場した。シーズン序盤に故障離脱もするが4番中堅でほぼ固定起用された。6月17日に自身の公式サイト「CLUB SHINJO」（旧サイト）を開設した。7月20日に甲子園で行われた巨人戦で通算1000試合出場を達成した。26日には生まれ故郷長崎県の長崎ビッグNスタジアムでのオールスターゲーム第3戦で森慎二から左翼場外への本塁打を放っている。9月30日の広島戦で9回裏に紀藤真琴から右翼席へサヨナラ本塁打を叩き込んだ。（これが虎戦士としての最後のホームラン。加えて日本シリーズも含めNPBで記録された20世紀最後のサヨナラホームランである）。この年は6月に自身2度目の4試合連続本塁打を、9月には16試合連続安打を記録した。勝利打点はチーム最多で自己新となる13回を記録するが僅か1回の差で最多勝利打点のタイトル（特別賞）を逃した。終わってみれば打率.278 142安打 23二塁打 28本塁打 85打点（本塁打・打点はキャリア最多。ホームランは「先制・同点・勝ち越し・逆転」の殊勲ホームランが20本）15盗塁でチーム六冠王に輝き、猛打賞10回を含む（三塁打以外の）打撃成績全てがこの年のチーム最多記録だった。ベストナイン・ゴールデングラブ賞受賞。シーズンオフの11月に開催された日米野球に出場して打率.409（22打数）を残した。