文禄元年（1592年）より始まった文禄の役では、兵5000人を率いて朝鮮へと渡り、10月より細川忠興等と共に晋州城の攻略に参加し、昌原において朝鮮の将・柳祟仁を野戦で撃破したが、晋州城の攻略には被害を多く出して失敗している（晋州城攻防戦）。その後も朝鮮に留まって戦を続けていたが、文禄3年（1594年）2月、同地で病を得てそのまま亡くなったとされる。しかし、死亡を帰国後とする書もあり、『当代記』では同年1月の伏見城普請の交名の中に名前が載せられており、その後の2月に亡くなったという。秀一に嫡子はなく、長谷川家は無嗣断絶した。しかしながら領地没収の時期については定かではなく、文禄5年（1596年）までは父である長谷川与次や一門と思われる長谷川秀康などの越前国衆や寺に宛てた判物が確認される。
天正7年（1579年）5月27日の安土宗論では浄厳院の警備担当の一人に名を連ねる。宗論に敗れた日蓮宗側は詫証文を提出したが、その宛先は菅屋長頼・堀秀政・長谷川秀一の3人となっている。以後、菅屋・堀と組んで3人で仕事をする機会が何度かあり、伴天連屋敷地造営の奉行や安土の馬場建設の奉行などを3人で務めた。天正8年（1580年）12月には猪子高就・福富秀勝・西尾吉次と4人で高天神城包囲中の徳川家康の陣に派遣され、3日ほどにわたって現場を視察した後、同月22日に帰国した。天正9年（1581年）4月13日、野々村正成と共に領地を大きく加増される。同年12月5日に近江国で美人局を行って東善寺の延念に強請をかけた八という男の一味を野々村と共に捕縛し、糾問にかけた上で成敗したが、野々村と長谷川両名が近江の信長直轄領で代官職を務めていたことが分かる。また、両名は佐久間信盛追放後の近江の栗太郡・野洲郡の代官も務めていた。天正10年（1582年）1月15日の左義長の時には菅屋長頼・堀秀政・矢部家定と秀一の4人で馬廻衆・小姓衆を引率して凱旋した。同年3月には信長に従って菅屋長頼・堀秀政・矢部家定・福富秀勝と秀一の5人が馬廻衆を率いて甲州征伐に出陣したが、既に織田信忠によってほぼ武田家の討伐は完了していたために戦闘はなく、秀一が行った仕事は甲府で行った武田勝頼側近の秋山万可斎・昌成（摂津守）親子の処刑ぐらいであった。のち安土に戻って同年5月19日には総見寺で行われた徳川家康歓待の宴に参加した。20日には高雲寺で家康の饗応を丹羽長秀・菅屋・堀と共に行っている。21日には家康が大坂の堺を見物に行くことになったが秀一はその案内役として西尾吉次と共に家康一行に付けられた。6月1日には堺の津田宗及宅の茶会に家康・穴山梅雪と共に参加している。
MR-1の飛行の目的は、マーキュリー計画における弾道飛行のため宇宙船とレッドストーン発射機を検証することであり、宇宙船の自動飛行制御や回収システム、さらに地上スタッフの発射・追跡・回収手順なども確認されることになっていた。またマーキュリー・レッドストーンの、「開ループ制御」で操作される飛行中の自動発射中止検知システムを試験する予定であった。これは発射中止検知システムが中止に要求される状況を報告することはできたが、打ち上げ中止それ自体の引金を実際に引くのは不可能であることを意味していた。この飛行では生身の乗員を搭乗させていなかったため、安全上の問題に拘束されることはなく、誤った信号を送り早まって飛行を中止させてしまうことを防止していた。この試験では宇宙船2番機をレッドストーンMR-1とともに使用しており、発射場はケープカナベラル空軍基地の第5発射施設だった。当初は11月7日に打ち上げる予定だったが、最後の段階で宇宙船に問題が発生したため中止となり、発射は11月21日に再設定された。当日は正常に秒読みが行われ、東部標準時の9:00a.m. (14:00GMT)、マーキュリー・レッドストーンのロケットが点火された。だが発射直後にエンジンが停止し、機体は10センチメートルほど浮き上がっただけで発射台の元の位置に戻った。警報音が鳴り響いたがロケットは爆発せず、代わりに妙なできごとが連続して起こった。エンジン停止直後、緊急脱出用ロケット (Launch Escape System, LES) が点火し、宇宙船をレッドストーン本体に残したまま上昇して行った。LESは高度1,200メートルに到達し、370メートル離れたところに落下した。また脱出ロケット点火から3秒後、宇宙船の減速用パラシュートが展開し、メインと予備のパラシュートを引きずり出した。さらにこの過程でアンテナのカバーが外れた。結果的に、打ち上げられたのは緊急脱出用ロケットだけだった。だが燃料を満載し、すべての電源が入っているレッドストーンロケットは何の支えもなく第5番発射台の上に屹立しており、その他にも宇宙船の逆噴射ロケットや自爆装置など、様々な危険物がそこには存在していた。さらにロケット本体の横にはメインと予備のパラシュートが垂れ下がっており、もし風をはらめば機体を転倒させるおそれがあった。だが幸いにして当日の気象条件は良好だった。管制室はパニックに陥り、スタッフはこの状況を打開する迅速で有効な手段を思いつけずにいた。タンク内の圧力を下げるためにライフルを撃って穴を開けたらどうかなどという無謀な提案も出されたが、飛行指揮官のクリス・クラフト (Chris Kraft) は、最終的に、技術者の一人が提示した「バッテリーの電圧が下がり酸化剤が蒸発するのを単に待つべきだ」という案を受け入れた。この初期の失敗とその後のパニックについて、クラフトは「何をしたらいいか分からないときは、何もしないというのが管制室の第一のルールだ」と言明した。そのため技術者らは、ロケットと宇宙船のバッテリーが尽き、レッドストーンの液体酸素が蒸発し、作業の安全が確認される翌朝まで待機した。