分光器によるヘール・ボップ彗星の観測から、多くの有機化合物が存在することが明らかになっており、そのうち数種はそれまで彗星で見つかったことが無いものだった。これらの複雑な分子は彗星の核の中に存在するのかもしれないし、コマでの反応によって合成されたのかもしれない。
ヘール・ボップ彗星に重水の形で存在する重水素の存在度は、地球の大洋のおよそ2倍であることが分かった。これは、もしヘール・ボップ彗星の重水素の存在度が全ての彗星に普遍的なものだとすれば、彗星の衝突はかなりの量の地球上の水の源になったと考えられるものの、唯一の源ではないということになる。他の多くの水素の中に重水素が混じって存在しているということもこの彗星で分かった。普通の水素に対する重水素の比率は化合物ごとに様々であることが分かり、天文学者たちは彗星の氷は原始太陽系星雲よりもむしろ星間雲で作られたとする説を信じるようになった。星間雲での氷の形成についての理論的モデリングからは、ヘール・ボップ彗星は25-45ケルビン前後の温度で作られたと考えられる。
非常に驚くべき発見の1つは、この彗星は3種類目の尾を持っていたということである。よく知られていたガスの尾と塵の尾に加えて、ヘール・ボップ彗星は、専用のフィルターを付けた強力な装置でのみ見ることのできる、かすかなナトリウムの尾も伸ばしていたのである。ナトリウムが放出されているのは以前に他の彗星でも観測されていたが、尾に由来するとは示されていなかった。ヘール・ボップ彗星のナトリウムの尾は中性の原子から構成され、5000万kmもの長さに伸びていた。ナトリウムの源はコマの内部にあるように思われるが、必ずしも核からとは限らない。ナトリウム原子の源を生み出す仕組みは、核を取り巻く塵の殻と、塵の殻から紫外線光で「弾き飛ばされた」ナトリウムが衝突するというものなど、いくつか考えられる。ヘール・ボップ彗星のナトリウムの尾が主にどの仕組みによって作り出されるのかはまだ確定していない。ヘール・ボップ彗星の塵の尾は大体彗星の軌道の道筋に沿っており、ガスの尾はほとんど太陽と反対側に直線的に向いていたが、ナトリウムの尾は2本の尾の間にあるように見えた。ここから、ナトリウム原子は彗星の頭部から放射圧によって吹き飛ばされると思われる。
士林派は元々は朱子学を修めた新興の科挙官僚であり、大地主が中心の旧勲派に比べて、中小の在地両班がその中核を占めた。そのため朝鮮朱子学の発展原理である、朝鮮性理学が政治力学の根本にあった。初期の士林派も朱子学者・金宗直とその門徒達が中核を成していた。成宗時代の最初の7年間は貞熹大妃による垂簾聴政が敷かれ、韓明澮と申叔舟などの元老大臣が国政の全決定権を握っていた。1467年の李施愛の乱で台頭した亀城君李浚ら王族が1470年の事件により追放され、王族の政治への関与が禁止されると、勲旧派と戚臣が主要な政職を独占する事態となった。成宗は勲旧派達を牽制するために新興官僚である士林派を積極的に登用し、政治のバランスを取るようにしていった。しかし、急速に台頭してきた士林派勢力に旧勢力は脅威を感じ、成宗の後に即位した燕山君の時代に入ると巻き返しを図り、それは士禍と言う形で現れる。1498年、金宗直の書いた世祖の王位簒奪批判の書面が引き金となって、多くの士林派が死刑や流罪となった（戊午士禍）。また燕山君の異常な性格もあいまって、1504年には生母廃妃尹氏毒殺の件に絡んで士林派と勲旧派を併せて約50人が大量処刑された（甲子士禍）。燕山君が暴虐と贅沢の限りを尽くした末に1506年に勲旧派の朴元宗・成希顔・柳順汀らによる宮中クーデター（中宗反正、ko、別名:朴元宗の乱）によって王位を剥奪された。その後に即位した中宗は朝廷での主導権を握るに至らず、即位に貢献した功臣・勲旧派・戚臣が勢力を握った。1510年頃には功臣勢力の勢いも弱まってきたため、中宗は1515年に新士林派勢力の趙光祖を登用し、勲旧派に対抗した。しかし趙光祖はあまりにも過激な改革を行ったために失敗に終わり、1519年に勲旧派によって趙光祖などの新士林派勢力の多くは死刑・流刑にされた（己卯士禍）。そして1521年には己卯士禍の余波で残った士林派の多くも粛清され、その後の政局は諸派入り乱れての混乱状態に陥った。1544年、中宗が亡くなって仁宗が即位すると士林派の名誉回復が行われたが、翌年仁宗が没したためその志は遂げられないまま終わった。仁宗の次に明宗が立ったが、11歳で即位したためその後継者の座を争って激しい派閥争いが繰り広げられた。外戚で文定王后（中宗の3番目の妃）の次兄である尹元衡が権力を握ると、反対勢力の粛清を始め、それに多くの士林派も巻き込まれた（乙巳士禍）。明宗の時代には外戚・小尹派による専横が行われた。1567年、明宗が33歳で亡くなると、明宗には嫡子がなかったため中宗の孫である宣祖が即位した。宣祖により外戚勢力は一掃され、士林派が政権を担うことになる。