2006年1月から漫画が文庫サイズで発売。巻数は全20巻。描き下ろし漫画として構想だけ練られてお蔵入りした「九月のレクイエム」（文庫版第4巻）、登場人物ゆきめに関係した描き下ろし漫画「二人のゆきめ」（文庫版第12巻）、そしてジャンプコミックス第31巻に収録された「それからの地獄先生ぬ〜べ〜」から7年後のキャラクターたちの活躍を描いた「さらにそれからの地獄先生ぬ〜べ〜」が収録（文庫版第20巻）されている。なお、ジャンプに掲載された「ぬ〜べ〜ニューヨークへ行く」のみが版権の関係で単行本未収録である。内容はハリウッドのゴジラ・ワールド・プレミアの招待券を貰った鳴介が郷子、美樹と共にゴジラに会いに行くという内容であくまで形だけであるがパロディではなく正式に映画GODZILLAのゴジラが登場し、さらに「ゴジラ」という名称が登場しているため版権の関係で未収録となったことがジャンプコミックス第30巻に掲載されている。第19巻にはボツネタ特集としてボツになった作品が3作（「妖怪赤ひげ」、「エアフォースぬ〜べ〜 - 航空妖怪グレムリンを倒せ! -」、「最強!暁の三大妖怪来襲」の計3作）、ダイジェストで掲載されている。ボツになった理由はそれぞれ「描写が残酷すぎる」、「世界観が違いすぎる」、「妖怪があまりにもアホすぎる」（話が幼稚すぎる）という理由であった。ジャンプコミックスに掲載されていた妖怪大百科は、文庫版サイズだと文字が潰れてしまうため文庫版では収録されていない。現在では不適当な会話の台詞の一部や絵の一部が変更・修正されていたり、商標や肖像権の問題上、店舗や人物などの細かい名称が変更されていたり、抹消されていたりしている場合がある。その関係で2作品のサブタイトルが変更になっており、本誌での掲載順と入れ替わっている。第20巻には真倉翔と岡野剛によるあとがきが掲載されている。
作中に登場するイタコ見習い・葉月いずなを主人公とした前作から3年後で『地獄先生ぬ〜べ〜NEO』から9年前が舞台のスピンオフ作品『霊媒師いずな』が、集英社『オースーパージャンプ』2007年8月号・11月号、『スーパージャンプ』2007年24号に掲載されている。その後『オースーパージャンプ』2008年6月号から連載開始、『スーパージャンプ』『グランドジャンプ』と掲載誌を移しながら連載した。2014年6月に『地獄先生ぬ〜べ〜NEO』と入れ替わりで現在『グランドジャンプPREMIUM』で連載中である。
『地獄先生ぬ〜べ〜 コンプリートDVD-BOX 2』に付録として収録している真倉翔&岡野剛描き下ろし番外編漫画でタイトルは『一夜だけの復活』。ページ数24ページの短編コミックで原作ではなくアニメ版の最終回（映画第三作目）の後、10年ぶりの同窓会として鳴介らが再会するというもの。ただし、アニメ版の続編という設定上、全員年齢も容姿も最終回当時のままである。内容は完全なコメディ路線で東映のスタッフが撮影の準備をしているという楽屋ネタやブラックジョークに富んでおり、劇場版に登場した飯島久美子、加々美潤、渚が登場する他、アニメ未登場に終わった眠鬼や時空らが登場し、本編で成仏したブキミちゃんがリベンジを仕掛けてくる他、オリジナルキャラクターである地獄の料理人「血まみれのコックさん」が登場する。ラストはオールスターズでのパーティーが終わった後に復活した絶鬼が登場するが、マクラノジョージの「終わったよー」の一言による幕引きというオチとなりその後、作者のあとがきに続くというものとなっている。設定はアニメ版だが血まみれのコックさんのシーンでは原作と同様の残酷描写が描かれている。ちなみにこの漫画ではアニメ及び映画OVAの時系列はアニメ版最終回→OVA1作目→ OVA2作目→OVA3作目→映画1作目→映画2作目→映画3作目ということが示唆されている。
ジャック・ケイド（Jack Cade, ? - 1450年7月12日）は、中世イングランドの人物。イングランド王ヘンリー6世の政権に反乱を起こし政治改革を要求した。素性は不明で「ケントの隊長」「ジョン・アメンドール」など多くの偽名を使っていた。そのうちの1つ「ジョン・モーティマー」を名乗る際、マーチ伯エドマンド・モーティマーの庶子を自称していた。1450年5月、ヘンリー6世の側近だったサフォーク公ウィリアム・ド・ラ・ポールが暗殺されると、財務大臣セイ・アンド・シール男爵ジョン・ファインズが暗殺に関与した疑いでケント全体に処罰を与えるという噂が流れ、ケントは騒然となった。ジェントリ・農民を中心として3000人がジャック・ケイドに率いられ挙兵、ロンドンへ行軍し南東のブラックヒースに到着すると、反乱軍は2万人（または4万人）を集め6月1日にヘンリー6世へ向けた抗議文を発表した。内容は国王打倒ではなく政権の改造を望む物で、ヨーク公リチャードを政権に登用して腐敗に満ちた側近政治を改めるよう要求していた。しかしヘンリー6世ら政府は拒否して武力行使を選んだため、近郊のセブンオークスへ退いたケイドも迎え撃ち6月18日に両軍は衝突した。戦いは軍を分割する失策を犯した国王軍が敗れ、ヘンリー6世はウォリックシャーへ逃亡、反乱軍は勢いに乗りロンドンへ進軍した。到着後反乱軍はセイ・アンド・シール男爵ら政府の要人達を殺害、略奪に走ったが、やがて7月にロンドン橋やサザークで反撃した国王軍と戦い、政府から反乱軍への恩赦が出されたため解散した。ケイドはサセックスへ逃亡したが、追手との戦闘で重傷を負い捕らえられ、ロンドンの護送中に死亡した。首は切断されロンドン橋に晒され、胴体も四つ裂きにされ反乱に協力の疑いがある町へ送られた。反乱軍が希望していた政治改革はなされなかったが、ヘンリー6世がサマセット公エドムンド・ボーフォートを側近に取り立てたことで危機感を強めたヨーク公が側近政治を攻撃、サマセット公との対立が激化して薔薇戦争が勃発した。ケイドら反乱軍の行動はジョン・ファストルフの家来で反乱軍に捕らえられていたジョン・ペインが書き残している。