こうして計画が進められていたが、2005年（平成17年）に国土交通省の諮問機関である淀川水系流域委員会が余野川ダムを始めとする淀川水系で建設が予定されている事業について、全面的に中止するのが望ましいという答申を発表した。これは、1990年代以降全国で行われている公共事業再検討の一つとして、淀川水系で建設が計画されている5事業（余野川ダム建設事業・大戸川ダム建設事業・丹生ダム建設事業・川上ダム建設事業・天ヶ瀬ダム再開発事業）の建設の是非について委員会が検討するというものである。議論の結果先述の答申がなされ、これを受けて国土交通省は余野川ダムについて大戸川ダムと共に建設中止の意向を示した。ところが、下流受益地の流域自治体から答申について反対意見が相次ぎ、当初通り余野川ダムの早期着工・完成を求める要望が多く出された。この地元の抵抗を受けた国土交通省は最終結論を保留し、事業は当面凍結するとして付け替え道路のみの工事を継続。2006年（平成18年）に財務省予算概算要求でも5億円の予算が組まれた。当時滋賀県知事の嘉田由紀子が「ダム凍結宣言」を出したこともあって、ダム事業についてその後の推移が注目されていたが、2007年（平成19年）の淀川水系流域委員会第二次答申において丹生・川上・天ヶ瀬再開発の容認と大戸川ダムの穴あきダム化が答申された。しかし余野川ダムのみは中止の答申が下され、2008年遂に国土交通省は財務省予算概算要求から余野川ダム事業を取り下げ、事業中止の方向性が決定した。今後は河川法に基づいて中止・廃止した河川工作物への対応に沿って建設前の原状復帰工事が行われたあと、29年に及んだ余野川ダム建設事業は幕を閉じる。淀川水系では鴨川ダム（鴨川。京都府）・和束ダム（和束川。京都府）・金居原発電所下部調整池（巣亦川。滋賀県）・南丹ダム（園部川。京都府）に次ぐ中止したダム事業となった。
2004年6月、フレッチャーの飛行機が、アメリカ合衆国議会議事堂と最高裁判所ビルを一時避難させる引き金になった安全保障上の危機を生じさせた。元大統領ロナルド・レーガンの追悼式のために飛び立った直後に、フレッチャーの飛行機の応答装置が故障し、ロナルド・レーガン・ワシントン・ナショナル空港の役人が、未承認の飛行機が制限空域に侵入していると報告することになった。F-15 戦闘機2機が調査のために発進し、フレッチャーの飛行機は2機のブラックホーク・ヘリコプターに目的地まで護衛されることになった。その飛行機は製作から33年経ったビーチクラフト キングエア機であり、現役にあるものとして同型機の最古のものだった。連邦航空局による捜査で、フレッチャーの飛行機の乗組員が航空管制官と無線連絡を維持し、制限空域に入るために許可を得ていたことが分かった。その捜査は航空管制官同士の対話による誤解が恐慌を引き起こしたと結論付け、その事件の後では連邦航空局が同様な性質の誤りを防ぐための政策を採用した。2004年７月、フレッチャーは州のブランドに対する大衆の認識を挙げるために、ブランドを統一する計画を発表した。その発表直後に深夜のコメディアン、クレイグ・キルボーンが『レイト・レイト・ショー』で、ジェイ・レノが『ザ・トゥナイト・ショー』でそれぞれ、その新しいスローガンに冗談っぽい提案をした。これに反応したフレッチャーは、二人の冗談に例外を設けるよう手紙を書き、二人の番組に出演招待をされた。レノの聴衆が多いことと早い時間帯を引き合いに出して、フレッチャーはレノの『ザ・トゥナイト・ショー』への出演に合意した。番組ではレノにルイビルスラッガーの野球バットをプレゼントし、『ザ・トゥナイト・ショー』が収録されるロサンゼルスとケンタッキー州の相対的長所について冗談が交わされた。最終的に4つのスローガンが選ばれ、オンラインや州間観光案内所で投票されることになった。2004年12月、「ケンタッキー: 束縛を解かれた精神」が最優秀スローガンに選ばれ、道路標識、州の文書、土産物に印刷された。2007年の調査で、ケンタッキー州民の88.9%がこのスローガンとロゴを正しく識別できた。さらに10の州で調査が行われたなかで、その州民の64%はこのスローガンとロゴを認識しており、この調査で試された他のブランドよりも高い比率だった。2004年後半、フレッチャーは州内労働者と退職者に対する医療給付金の変更を提案した。フレッチャーの計画は、健康を保つ運動に関わっているひとには保険金を安くすることであり、病気発想から健康発想への転換と呼んだ。小遣い以上の費用増となることを認識し、それに見合う給与増1%を提案した。州職員、特に公立学校の教師は広くフレッチャーの計画に反対し、ケンタッキー州教育者協会は2004年10月27日に始まる無期限ストライキを要求した。フレッチャーはこの反対に対処して、2004年10月5日開始の特別会期を招集した。このとき州はまだ行政使途計画の下に運営されていたが、フレッチャーはこの特別会期の議題に予算や税制改革を含めなかったので、そのことは両党から賞賛され、健康計画に関する議題にのみ集中することができた。その15日間の会期で、州議会は州労働者の健康保険ために1億9,000万ドルを追加配分する計画を通し、以前の保険計画で最も人気があった給付金の多くを復活させた。この会期が休会になって直ぐ、ケンタッキー州教育者協会が提案していたストライキを中止する票決を行った。2004年11月8日、フレッチャーは、1990年の二重殺人で有罪となり薬剤注射での死刑を宣告されていたトマス・クライド・ボーリングの処刑令状に署名した。この行動に対してフレッチャーの医師免許を取り消すべきか判断するために、一群の医師からケンタッキー州医師免許交付委員会による調査が依頼された。医師に対して、処刑への立ち会いを禁じるアメリカ医師協会のガイドラインをケンタッキー州も従うことを求めている。2005年1月13日、医師免許交付委員会は、フレッチャーが処刑令状に署名したのは、知事としての責任で行動しているのであり、医師としてではないと判断し、その医師免許はその行動で失効の対象とならないとした。フレッチャーは2005年州議会のときに、再度税制改革を提案し、その会期後半に両院とも同案を成立させた。この計画はタバコとアルコールに対する悪行税を上げ、さらに衛星テレビ放送やモーテルの室料への税を上げた。企業は総受領高税の対象ともされた。その代わりに法人税は下げられ、年間所得75,000ドル未満の個人所得税も下げられた。30万人の低賃金労働者がその所得税負担から外された。議会は二年間の残り期間に対する予算も通し、州の公営選挙資金法を廃止し、新しい栄養摂取ガイドラインを通した。