その後これら寺院群は政治に口を出すようになった。桓武天皇は、彼らの影響力を弱めるために平安京に遷都し、空海及び最澄を遣唐使とともに中国に送り出し、密教を学ばせた。新しい仏教をもって、奈良の旧仏教に対抗させようとしたのである。最澄（天台宗）、空海（真言宗）には、それぞれ比叡山と高野山を与えて寺を開かせ、密教を広めさせた。平安時代中期は釈迦入滅の二千年後にあたる。正法の千年・像法の千年の後、仏教が滅びる暗黒時代、すなわち末法の世が始まったと考えられた。末法の世にはどんなに努力しても誰も悟りを得ることができない。国が衰え人々の心も荒み、現世での幸福も期待できない。このような人々の状況から、ひたすら来世の幸せを願う浄土信仰が流行した。貴族も阿弥陀仏にすがり、極楽浄土に迎えられることを願って来迎図などを盛んに描かせ、その究極として宇治の地に平等院を建立した。その鳳凰堂の姿形は、正に極楽の阿弥陀仏の宮殿（くうでん）を模したものである。だが、平安時代末期に入ると社会不安が増大し、広大な所領の持ち主であり裕福であった大寺院は盗賊などに狙われる危険性が高くなった。そこでこうした外部からの侵入者から防衛するために僧侶や信徒が武装したのが僧兵である。だが、次第に僧兵そのものが勢力拡大のための武装集団と化し、対立宗派・寺院への攻撃や朝廷への強訴などの武力行使を行う集団として社会の不安要素の1つになっていった。また、寺院内に石垣や堀を巡らせる等の一種の城塞化を進める寺院も現れた。
中国や日本では仏教の発展に伴い律令法の中に僧尼の統制（仏教そのものの統制ではない）を定めた法令（僧尼令）が導入された。だが、中国では、仏教の出家が「家」の秩序を破壊するなど、儒教論理に合わないとされ迫害されたのに対し、日本では鎮護国家の発想の下、僧尼令や僧綱・度牒制度が導入されて官僚組織の一員とまで化したのは興味深いことだと言える（僧正・僧都などは律令制で定められた僧官）。もっともこうした統制について国家が建立した官寺とそれ以外の貴族や民衆によって建てられた民間寺院（私寺）とでは温度差があったともされ、後者に対する統制がどこまで行われていたかについては意見が分かれている。こうした南都六宗と呼ばれた、三論宗、成実宗、法相宗、倶舎宗、律宗、華厳宗などが大勢を極めた。また、聖武天皇は位を孝謙天皇に譲り、出家した。聖武は妻の光明皇后の影響から信仰に厚く、国分寺、国分尼寺の建造を命じ、大和の国分寺である東大寺に大仏を建造した。出家した聖武上皇は「三宝の奴」とまで称した。仏教が定着するにつれて、実は日本の神々も仏が化身として現れた権現であるという考えである本地垂迹説が起こり、様々の神の本地（仏）が定められ、神像が僧侶の形で制作されることがあった。しかし、仏法が盛んになってくると、今度は戒律などを無視する僧などが増えたりしたため、聖武天皇の時代に鑑真が招かれた。鑑真は東大寺に戒壇を設け、僧侶に戒を授けた。聖武天皇も鑑真から戒を授かった。鑑真は唐招提寺を建立し、そこに住んだ。
日本には、約7万5000の寺院、30万体以上の仏像が存在する。日本最古の官寺である四天王寺、世界最古の木造寺院である法隆寺があり、最古の仏典古文書も日本に存在する。日本は2013年の統計では約8470万人が仏教徒であるとされる 。一方、現代の日本人は特定の信仰宗教、宗教観を持っておらず、自らを仏教徒と強く意識する機会が少ない人も多いが、ブリタニカ国際年鑑の2013年度版では99%の日本人が広義の仏教徒とされている。
日露戦争終結直後の1905年8月日英同盟の改訂が行われた事を受けて、イギリスとロシア帝国との間で開戦となった場合の日本軍の対処方針について山縣有朋を中心に検討したのがルーツとされている。その後、三国協商・日露協約締結によってその可能性は失われたものの、長年の国防における「海主陸従」状態の打破の好機と見ていた山縣はあくまでも策定の成案を目指した。山縣の原案を元に当時陸軍中佐であった田中義一が草案を作成したものであった。海軍側もこれに対抗して同様の計画を作成して陸海軍揃って提出するに至ったのである。仮想敵国をロシア・アメリカ・ドイツ・フランスとし、陸軍は平時25個師団・戦時50師団体制を、海軍は八八艦隊の創設を謳っていた。当時の西園寺公望内閣総理大臣は、国防方針への意見と所要兵力の閲覧のみが許され、用兵綱領に関しては統帥権を盾に関与が阻まれた。だが、国防方針の最終決定から首相を排除したことは、逆に政府から国防方針の実行を迫る保証が取れなくなってしまう事を意味し、実際に2個師団増設を財政問題を理由に拒絶されるなどの問題点も浮上した。また、軍事力強化を優先する余り、仮想敵国の状況が現実の日本を取り囲む状況を反映しないという点も問題とされた（大正7年の改訂では、当初第一次世界大戦において、ドイツの勝利と独露軍事同盟を想定してロシア革命で白紙に戻すという事態を招いている）。このため、大正7年と12年の改定では閣議に提出して同意を求め、昭和11年の改定では外務大臣に意見を求めて整合性のある仮想敵策定を行うなど、軍側から政府へと歩み寄る姿勢も見せた。