カートゥーン ネットワーク ジャパンでは、日本の作品も主にカートゥーンの要素を持った物を選んで放送している。このカートゥーンの要素を持つアニメというのは子供向けアニメ、ファミリー・一般向けアニメでギャグやコメディを主体とした作品や、海外アニメのような絵柄の作品を指しているが、その他のジャンルや層に向けたアニメでもギャグやコメディの要素が作品中にあればこの範疇に入れられる。1999年から2000年初頭までに日本制作（国産）のアニメ番組の放送は殆ど終息し、海外アニメに力を注ぐが、葦プロダクションの作品だけは2002年度まで長期に渡り放送が継続された。しかし決して優遇されていたというわけではなく、一部の作品ではアイキャッチや番組宣伝CMが制作されないまま放送が行われたり、広告チラシに葦プロダクション作品の掲載がされたものの実際の放送が遅れるなどといった問題点が見受けられ、むしろ軽視している印象を視聴者に与えていた（実際、局制作のアイキャッチには「日本的アニメのヒーローが叫んでいるシーンを見て、苦虫をかみつぶした表情をするジェットソン」が登場するものが存在する）。2000年以降はアニメ制作の受託でワーナーとの関係が深い東京ムービーや、海外作品の日本語版を制作している東北新社の他、タツノコプロ・アニプレックス（アニマックスとは兄弟会社）・タカラモバイルエンタテインメントの作品も放送されている。ただし放送形態については次回予告がカットされたり、アイキャッチが局制作の物に差し替えられることがほとんどである。さらには最終回を待たずに放送が打ち切られた番組があったことから一部で批判があった。ただしカートゥーン ネットワークは月単位で番組を代える方式のため、放送月中は何度も繰り返し放送し、放送月が終了すると話の途中でも放送を打ち切るので、これは日本製アニメに限らない話である。もっともこれは第何話から見ても問題ないカートゥーンだから問題ない話であって、第1話から最終話まである程度連続性を持たせていることが多い日本のアニメの放送方式として、そぐわないのは事実である。2005年にはProduction I.Gと共同でSFアニメ『IGPX』の制作を行い、将来的には日本のアニメ制作会社と組んで同局発のオリジナルアニメを継続的に制作していきたいという意向が表明された。
カートゥーン ネットワークでの放送にあたり、地上波未放送エピソードの追加や原語に合わせた番組タイトルやキャラクター名の変更、それらに伴う新たな吹き替え作業が行われた作品もある。しかし地上波での放送の際に日本で独自に作られた主題歌は権利問題により放送されない場合もある。また、アメリカでは現地の年齢制限にして18歳以上対象のアニメを放映する「Adult Swim」（アダルトスイム）ゾーンがある。この枠は南米・豪州には進出しているが、日本への進出は2015年8月現在未定となっている。
番組の合間には企業CMの他、5分程度のショートアニメやミニ番組、アニメに関連する（特にアメリカの）ミュージッククリップ、各番組ごとに独自制作された番組宣伝CM（独自の10秒CMが比較的多い）、アイキャッチが挿入される。番組宣伝CMはただ単に放送時間を紹介するのみでなく、映画の予告編のような雰囲気を出したり、作品中の場面を編集とナレーションによってストーリーを持たせるなど視聴者の興味を引くように作られており、それらは視聴者からも好評である。自局（ターナー・プロダクション）保有のキャラクターを起用した企画として、1997年後半-1998年前半にかけて三菱自動車工業とタイアップし、同社の自動車とCMへの出演を景品とした懸賞を行った後、当選者の一家がアニメキャラクターに扮し自動車でピクニックに出かけるという筋書きの短編アニメを制作してCMとして放送したこともある。これとは別段で同時期に、ターナー・プロダクション系作品のキャラクターがパジェロなど同社乗用車の地上波TV向けCMに起用されている（チキチキマシン猛レース、トムとジェリーなど）。余談ではあるが、同時期（1998年10月 - 1999年9月）に「原始家族フリントストーン」の実写映画版である『フリントストーン/モダン石器時代』をモチーフとしたキャラクター（俳優）とテーマソングがホンダ・キャパのTVCMに起用されていた。
それまで「視聴率不毛の時間帯」と言われた、深夜番組の時間帯の開拓に乗り出し、『モーニングショー』（NET、現・テレビ朝日）同様、アメリカ合衆国における深夜の情報番組『ザ・トゥナイト・ショー』をヒントに企画された。現在では"お色気番組の元祖"的なイメージが持たれるが、初期は週刊読売編集長だった山崎英祐が司会を務め、時事問題についての考察を述べる日本テレビ報道局制作の硬派番組だった。しかし、視聴率が全く獲れなかったことから方針を転換、放送開始から半年で報道局が総撤退して制作局に当番組の制作を移管するというテコ入れを施した結果視聴率も上昇し、深夜の時間が定着する。毎週月曜・水曜・金曜は日本テレビが、火曜・木曜は読売テレビが制作。日本テレビでは大橋巨泉、愛川欽也、読売テレビは藤本義一（作家）が主に司会を担当し、お色気から硬派な社会問題まで幅広く取り上げた。中でも木曜は系列各局を回りながら、その土地の名物や風俗を探訪する企画を、また金曜には週末情報の色合いを強め、釣りや麻雀のコーナーを放送していた。当初は月-木曜日はタイトル通り午後11時丁度のスタートで、金曜日のみ『日本プロレス中継』または『金曜夜席』の放送があったため、午後11時15分スタート。1954年10月に既に開始されていた、NNN最終版ニュース『きょうの出来事』を挿入した。後に『きょうの出来事』は午後11時丁度に放送時間が移動して再び独立し、『きょうの出来事』の放送時間の拡大が進むにつれ、『11PM』は放送時間が午後11時15分→11時10分→再び11時15分→11時20分→11時30分（金曜は『TVムック・謎学の旅』が入ったため午後11時45分）というように放送時間が繰り下がり、変化が進んでいく。いちばん遅いのが末期の頃で、午後11時55分スタートとなり、タイトルにもふさわしくなくなってきた。プロ野球中継（巨人戦）の時間延長やゴールデンタイムの特別番組の影響で午前0時台にスタートしてしまうことも少なくない。最も遅く始まった回は、1988年7月26日放送の火曜イレブンで、日本テレビが中継したプロ野球オールスターゲームの放送が1時間延長されたため午前0時55分からスタートした。また、午後11時15分スタートの時代にはタイトルロゴに「+15」が、午後11時20分スタートの時代には「+20」が付加されていた。基本的に本番組は生放送だったが、状況によって収録の場合もあったとされ、例えば末期の金曜レギュラーの吉田照美が『日刊ゲンダイ』の短期連載で記したところでは、本番数時間前の夕方に"疑似生放送"形式（いわゆる撮って出し）で収録することが多かったとのことである。