石田三成挙兵の報を受け、徳川家康の上杉討伐に参加していた九鬼守隆は急遽志摩に戻る。そして西軍方で桑名城に篭城した氏家行広・行継らを破り、東軍最初の勝報を挙げた。一方で、三成に加担要請され西軍についていた嘉隆は、娘婿である堀内氏善と鳥羽城を占拠してしまう。この後、守隆と嘉隆は城外で合戦するも決着はつかなかった。しかし関ヶ原の戦いでの西軍敗北が伝わると、氏善が逐電、嘉隆は退去、逃亡したため、騒乱は収束した。そののち、守隆は桑名城戦での功で鳥羽城を安堵された。また守隆は家康から嘉隆の助命の許しを得るが、その報を受け取ることなく嘉隆は逃亡先で自刃した。
戦国時代初期、九鬼氏は伊勢北畠氏に仕えていたが、北畠氏の勢力範囲が弱まると、織田信長の幕下に入った。信長が北畠氏を侵攻した際、当時の当主であった九鬼嘉隆は織田勢を後ろ盾に、妻の実父である橘宗忠他、付近の小勢を制圧し、志摩国一円を手中に収めた。その後、九鬼氏の九鬼水軍は織田家（織田信長）の海戦部隊として伊勢長島の一向一揆の討滅戦において活躍、石山本願寺攻略戦においては、第一次木津川口の戦いでは敗れるものの第二次木津川口の戦いでは鋼鐵で外板を覆った鉄鋼船を用いて能島村上氏率いる毛利水軍をことごとく追い払った。信長没後は織田信雄に仕えたが、蟹江城合戦にて羽柴秀吉方に寝返り、天正13年（1585年）、従五位下・大隅守に叙位・任官された。九州征伐、小田原征伐に参加し、文禄・慶長の役では水軍の主力として功を挙げた。このような戦功の結果、紀伊半島の制海権を与えられ、5万石の大名になった。この後、嘉隆は息子守隆に家督を譲って隠居する。こうした経歴から、江戸時代には軍記物などで海賊大名の異称をとった。
「あの決定的な敗戦から十数年」--第二次世界大戦の戦敗国・日本。戦勝国ドイツによる占領統治下の混迷からようやく抜け出し、国際社会への復帰のために強行された経済政策は、失業者と凶悪犯罪の増加、またセクトと呼ばれる過激派集団の形成を促していた。そして本来それらに対応するはずの自治体警察の能力を超えた武装闘争が、深刻な社会問題と化していた。政府は、国家警察への昇格を目論む自治警を牽制し、同時に自衛隊の治安出動を回避するため、高い戦闘力を持つ警察機関として「首都圏治安警察機構」通称「首都警」を組織した。そんな情勢下での東京。街頭では学生らのデモが行われており、警視庁の機動隊がこれと対峙している。共同警備という名目で出動した首都警の部隊は、後方配置に甘んじていた。また、首都警の戦闘部隊である「特機隊」の副長の半田は、学生が特殊な火炎瓶を用いている事からデモ隊にセクトの人間が紛れ込んでいることを察していた。しかしながら、「この場の指揮権は自治警にある」と傍観を続けていた。一方セクトの面々は、このデモに乗じて機動隊を攻撃しようと、地下水路を活用し、火炎瓶などの物資を輸送。セクトが「赤ずきん」と呼ぶ物資運搬係を務める阿川七生は、鞄に偽装した投擲爆弾を人ごみに紛れ実行役に渡した。野次馬とデモ隊に紛れた実行役はデモの前線に走り出ると、投擲爆弾を機動隊に向けて投げつけた。大きな炎と爆音に包まれる街路。機動隊員は吹き飛ばされ、負傷者が続出。ついに機動隊の指揮官は全員検挙の号令を出し、機動隊は催涙ガス弾を発砲しデモ隊に突入する。地上の混乱をよそに、地下水路ではセクトのメンバーが移動していた。しかし、その前に特機隊が立ちふさがる。無表情なマスクと鎧のような装甲服を身に纏い、汎用機関銃（MG42）を構えた異様な姿の特機隊員たち。特機隊は武器を捨て投降するよう指示するが、セクトのメンバーは半狂乱の様相で特機隊にサブマシンガンを乱射し始める。これに特機隊も直ちに応戦。セクト側は蜂の巣にされてしまう。この音を、阿川は地下水路の別の場所で聞いていた。特機隊によって仲間がやられたことを悟って逃走を試みるが、彼女も間もなく特機隊に包囲されてしまう。包囲した隊員の一人、伏一貴巡査は投降を呼びかけるが、少女は投擲爆弾での自爆を試みる。「なぜだ」伏は戸惑いのあまり、仲間からの射撃指示も耳に入らない。阿川は意を決し、信管を作動させる紐を引き抜いた。伏を庇って覆いかぶさる仲間の特機隊員。間髪入れず、地下水道は爆音に包まれた。この爆発の影響で地上は停電に見舞われ、機動隊と対立していたデモ隊はその闇に乗じて逃走してしまう。数日後、首都警幹部らが今後の対応策について話し合っていた。元々特機隊の攻撃的姿勢が世論に指弾されていた上に、爆発による停電で機動隊がデモ隊の検挙に失敗しており、警視庁からの批判がより強くなっていたのだ。警視庁と首都警の縄張り問題で思うように動けないことに不満を持っていた特機隊長・巽は、自治警との共同警備体制を破棄するよう主張する。だが警備部長の安仁屋や、警視庁と独自のパイプを持ちつつある思惑を内に隠している公安部長の室戸は慎重論を唱える。結局、適切な行動を取らなかった伏に何らかの処分を下すことのみ決定し、話し合いは終了した。後日、査問会にて責任を問われた伏は、首都警特機隊養成学校での再訓練を命じられる。伏は養成学校の同期で友人でもある公安部の辺見に頼み、自爆した少女のことを調べてもらった。辺見に教えられた、阿川の遺骨が納められている共同墓地を訪れる伏。阿川家の墓の所へつくと、その前に一人の少女が立っていた。彼女は圭と名乗り、死んだ阿川の姉だと言う。その出会いをきっかけに交流を始めた2人は、徐々にその関係を深めていく。だがそれは室戸と、彼の下で働く辺見が企てた罠だった。やがて事態は、特機隊が警視庁公安部と、その背後にある首都警公安部と銃火を交える警察の「内戦」へと発展していく。