アーケードの音楽ゲームでは、1997年から発売されているコナミの『beatmania』シリーズが業界を席巻し、なおかつ類似作品である『VJ』を潰すほどの勢いであったが、本作品は『beatmania』とは全く別のアプローチで、より本物のDJプレイに近いプレイ感覚となっている。セガの第3AM研究開発部が「ヒットメーカー」として分社化されてからの第1号作品でもある。グラフィックはトゥーンレンダリングだが、フレームを太い黒で強調した独特のものとなっている。2001年には続編として「クラッキンDJパート2」がリリースされた。2012年7月に発売されたセガの音楽ゲーム『maimai』に一部楽曲が収録された。
アメリカ国内で自爆テロが頻発。テロを止める為の要求としてジャックとテロ首謀者との交換であった。新大統領ウェイン・パーマー（元大統領デイビッド・パーマーの弟）は中国政府との交渉によりジャックをアメリカへ帰国させた。しかし、20ヶ月も拷問を受け続けた事で心身を喪失した状態でかなり弱っていた。だが、それでも無駄に死ぬ事を嫌い、彼は今まで生きていた。ビルとカーティスから説明を受けて取引に向かったが、交換に応じたテロの首謀者は偽者と知ったジャックは脱出。アサドを逃がしてウェインからの懇願で不本意ながら現場復帰したが、長年の拷問により集中力や判断力が鈍っている事を感じていた。当初は首謀者と思われたハムリ・アル=アサドに恩赦を与え協力関係を結ぶ。しかし、湾岸戦争でアサドに部下を殺されたカーティスが彼を許すことが出来ずにアサドを殺そうとした為に仕方なくカーティスを射殺。やむを得ずとはいえ仲間を殺してしまった事でショックを受けてCTUを抜けることを決意。ところが直後に核爆弾が爆発。これを見て翻意しやり抜く決意を固める。更に入った情報で弟グラハム・バウアーが関わっていたことを知る。訊問からダレン・マッカーシーの情報を聞き出し、彼のオフィスに向かうと同じく彼を探していた父フィリップ・バウアーが現れる。協力を申し出るフィリップだが、その時、グラハムが本性を現して二人を殺そうとする。ジャックは反撃に出て阻止し、逆にグラハムを確保。再度訊問にかけたところデイビッド暗殺をはじめ、シーズン5での一連の事件に関与したという驚くべき事実が発覚。まさかの事実に怒りでグラハムを殺そうとしたが思いとどまり、グラハムの妻で元恋人のマリリン・バウアーからの情報でグレデンコを追おうとした矢先、ジャックの甥で彼女の息子ジョシュがフィリップに誘拐されてしまい、彼女が捜査を妨害した。問いただすジャックに話したことで真の黒幕が父フィリップだった事にショックを受ける。家族の裏切りに合い、ショックをうけながらもジョシュを奪還に向かったジャックだったが、フィリップには逃走され八方塞がりになる。途方にくれたところにひとつの携帯電話を発見。表示されている番号にかけると、かつての宿敵チャールズ・ローガン前大統領につながった。グレデンコと関わりを持つロシア総領事マルコフの存在を知り、マルコフから情報を聞き出しに向かったローガンに同行。説得と脅迫を突っぱねた為に、ジャックは単独でロシア総領事館を襲撃。マルコフを捉え訊問によりグレデンコの居場所を聞き出すが、直後に突入されてしまう。ロシア大統領スワロフにも知れわたり、戦争行為とまで見なされてしまう。しかし、ローガンの元妻マーサの協力により、スワロフ夫人であるアーニャに説得を依頼。無事に説得は成功し、救出の為の総領事館襲撃の許可を取り付けマルコフを確保。グレデンコにより飛ばされた無人機を無効化することに成功した。その後、グレデンコとファイエドを発見しグレデンコは死亡。ファイエドも確保するが、何も喋らない為に一計を案じたジャックは彼を泳がせて無事に核爆弾を発見し、ファイエドも倒して核爆弾を確保に成功した。ところが直後に驚くべき人から電話を受け衝撃を受ける。死んだはずのオードリーから電話だった。中国で自分を拷問にかけていたチェンが事故死と見せかけオードリーを拘束していたのだ。しかもチェンはジャックに核爆弾の回路基板(FB回路基盤)との引き換えを要求。命令違反を犯し、ロシアの国防に関する最高機密であるFB回路基盤を渡さない為にもC4爆弾を仕込み、自爆を覚悟で単身オードリーを救出に向かった。ところが基盤を渡すまいとCTUが介入。ジャックは生き延びたものの混乱に乗じてチェンは逃走する。更には、救出したオードリーは中国での薬物による拷問を受けたため精神に異常をきたし、ジャックを目の前にしても彼とわからず、マイクをジャックと呼んだりと、とてもまともに話が出来ない程だった。CTUに帰還すると今度は中国人による襲撃事件が発生。またしてもジョシュが拐われる。再び取り返したジャックだったが、ジョシュからフィリップの存在を知らされる。更には政府がフィリップとの取引でジョシュと回路基盤との交換材料にされてしまう。だが、やはりフィリップは裏切り、マイクは爆弾により重傷を追う。ジャックもそれを見越して近くにある油田採掘基地を突き止める。そしてようやくチェンとフィリップを確保。F16の爆撃により基地もろとも回路基盤は消え去り事件はようやく終息した。全てを終わらせた後、オードリーに会いにヘラー宅に密かに入り込んだジャックはジェームズにオードリーに会わせてもらうよう願うが、娘をぼろぼろにしたとジャックを憎み更にはジャックの存在が不幸を招くとばかりに罵られ拒否された。だがジャックはヘラーの嘘を見抜いた。娘をぼろぼろにした事が許せないのではなく、自分の言いつけを守らずに中国に行ったオードリーが許せなかったのだ。ヘラーはそれを認め、ようやくオードリーに会わせてもらう。一緒に添い遂げたいと心から願っていたジャックだったが、彼女から離れてそっとしておく事が一番だと知り、眠るオードリーに別れをつげてヘラー宅を去り姿を消した。いくつものテロから国を守り、テリーやキムを失ってまで人々を守ってきたにも関わらず、呪われているとまで罵倒されたジャックはアメリカにいる意味を失い、居場所を求めて世界を旅することになった。