父系に付随して遺伝するY染色体の調査も行われている。これによると三大始祖は何れもHT2と呼ばれるハプロタイプを持っていたと考えられ、Y染色体で父系を区別することはできない。しかし、幸運なことにダーレーアラビアンから8代目のWhalebone以降はY染色体のYE3領域に突然変異（1塩基の欠失）が発生しておりHT3に分類され追跡が可能である。なお、牝系では系図の誤りが見つかっている一方、父系では非サラブレッドまで広げてDefence(1824)、Goldschaum(1891)の子孫などかなりマイナーな父系を含む116頭について調べられたが、HT2とHT3の出現は血統書に忠実で矛盾は見つからなかった。家畜馬全体で支配的なHT1と呼ばれるハプロタイプの混入もなかった。HT2はサラブレッドの3.5%を占める。馬が家畜化されてからかなり経過してHT1から派生したタイプで、西アジアに多くアラブ種の50%がこれである。西ヨーロッパ在来馬にはほとんど存在せず、三大始祖の東方馬起源説を裏付ける。サラブレッドのヘロド系、マッチェム系、セントサイモン系がHT2に所属する他、ダーレーアラビアン系から早期に派生し、中間種に残るヤングマースク系、フライングチルダーズ系もHT2となっている。HT3はHT2の派生タイプであり、サラブレッド及びその影響を受けた馬種に限られる。サラブレッドではおおよそ96.5%を占める。サラブレッドWhaleboneの父系子孫がこのタイプであって、PotooooooooまたはWaxy、Whalebone何れかの世代でY染色体のYE3領域に突然変異が発生し、区別できるようになったと考えられている。なお、この領域に意味のある遺伝子は存在していない。また、家畜馬のY染色体は元々極端に多様性が低く、タンパク質コード領域は、X染色体と組換えを起こしやすい擬似常染色体領域(PAR)を除いてほぼ全ての家畜馬で一致している。
三大始祖以外の馬が現在も種牡馬として活動しているとする見解も一部にはある。日本の血統研究家の中島国治は、かつてのアメリカにおいてはクォーターホースをはじめとするサラブレッド以外の品種の馬の仔が、血統を偽ってサラブレッドとして登録されていたと主張し、三大始祖以外、それもサラブレッド以外の品種の父系子孫が現在も種牡馬として活動しているという説を唱えている。そのような馬のことを中島はアメリカンダミーと呼び、近親交配を解消するための有効な手段だと主張した。なお、競走用クォーターホースはハーミットとヒムヤーの子孫が大半であり、残りも新興のファラリス系がほとんどである。基本的にエクリプス系に属していると考えてよい。
現存のサラブレッドの血統を、記録の残る限り「父の父そのまた父」というふうに遡っていくと必ず3頭の種牡馬に辿り着く。この3頭を三大始祖と称する。3頭の中ではダーレーアラビアンの直系子孫がほとんどを占める。この3頭が生きていた時代はサラブレッドと言う概念が成立する前であり、いずれもサラブレッドではない。後世に「サラブレッド」として品種が確立されたウマの父系先祖をたどった場合に、個体の記録が公式に残っているものとして行きつく最古のウマ、ということである。現在のサラブレッドの定義の基礎となっている『ジェネラルスタッドブック』には、この3頭を含めて100頭以上の種牡馬が記録されているが、三大始祖以外の種牡馬の父系子孫はいずれも絶えており、現存していない。ただし、「絶えた」というのは父系に限った場合に言えることで、他の牡馬も「父の母の父」というような母経由をも含めると現存サラブレッドの先祖に現れる。それも含めた遺伝的貢献度を計算すると、1位ゴドルフィンアラビアン14.5％、2位ダーレーアラビアン7.5％、3位カーウェンズベイバルブ5.6％、4位バイアリーターク4.8％となる。
三大始祖（さんだいしそ）とは現在のサラブレッドの直系父系祖先を可能な限り遡った場合に辿り着く、ダーレーアラビアン (Darley Arabian 1703) ・バイアリーターク (Byerley Turk 1679) ・ゴドルフィンアラビアン (Godolphin Arabian 1724) の3頭の種牡馬のことである。
作品完成までに2年3か月をかけたが、『心に緑の種をまく -絵本のたのしみ』によると、執筆のきっかけは、福音館書店の松居直に「のりものを主人公にした絵本の物語」を書いて欲しいと頼まれたことだという。渡辺はその際に「消防自動車がいい」と返答した記憶があるとしているが、それは昭和初期の静岡市の駒形通にあった消防署の消防車を飽きずに眺めていた、自身の子供時代の記憶がよみがえったものだろうと分析している。それ以来、消防署の前を通るごとに消防自動車を観察したり、図書館で大人向け子ども向けを問わずに消防自動車に関する本を調べたり、消防署や消防自動車の製造工場へ見学に行って取材を行ったりした。そして、その成果を踏まえて原稿にまとめたものの、子供が楽しむ物語としてはほど遠い出来栄えだったという。しばらく消防自動車のことを考えないようにしているうちに年が明け、正月の年賀行事として明治神宮外苑で出初め式が行われることを知り、取材を再開させるつもりで見物に行く。華やかなデモンストレーションに感嘆する中で、ジープを改造したものと思われる小さな消防自動車を会場の隅で目にする。それを見たときに「半年以上たっても書けなかった物語の主人公が、そのとき私のなかに入りました」と語っている。さらに帰宅途中で、デモンストレーションで活躍していた様々な車から「のっぽくん」「ぱんぷくん」「いちもくさん」の名前を思いつき、家に戻ってから、当時は乳児であった長男の名前と「ジープ」を合わせて「じぷた」の名前を思いついたという。このようにして出来上がった物語に挿画が加わるのだが、かつては演劇青年であった山本は、出来上がった物語を再三朗読して、登場人物の性格や出来事を体で理解した上で心に浮かぶ絵をデッサンし、場面ごとの絵を完成させて絵本として仕上げたと、後年、渡辺に語っている。