骨片は炭酸カルシウムの結晶からなり，骨片形成は体壁の表皮層に位置する造骨胞 (sclerocyte) の多核シンシチウムの中で起ると報告されている。骨片の種類と形態は、その分布部位により触手骨片・管足骨片・呼吸樹（水肺骨片）・体背部骨片および体腹部骨片に類別される。触手骨片は棒状体のみであり、体背部骨片は櫓状体を主体として、網状体・楯状体(釦状体)・棒状体・鈎状体・針状体骨片の六種類（ただし、鈎状体は比較的まれ）、体腹部骨片は櫓状体・網状体・楯状体・針状体、および複合盤状体骨片の五種類からなっている。呼吸樹では骨片数は少なく、網状体骨片を有するが、体壁のそれとは異なり周囲が開口していて細く、形状は不定型である。また、紐状あるいはＶ字状の骨片が少数混在する。管足においては、管足一本当たり一個ずつの複合盤状体骨片（ほぼ円形）が、管足先端の吸着部に存在しているほか、管足壁内に櫓状体骨片が見出される。管足並びに管足内の複合盤状体骨片の大きさとマナマコの成長との間には正の相関があり、その関係式は、マナマコの年齢査定・体長推定の指標として利用できる可能性があるという。消化管においても骨片数は少なく、網状体骨片とは異なる樹状骨片（形状は不定で、樹状突起を有する）とともに紐状骨片も存在する。なお、前述したように、「アカ」型と「アオ」型との間では、骨片の形態にも差異が認められる。また、櫓状体骨片はマナマコが成長するにつれて形態が不規則になり、最後には崩壊する。
生殖巣は口に近い部分にあり、短い糸の集合体のような外観を示す。性的に未熟な個体や、夏眠期またはその前後にある個体では生殖巣がほとんど見出せないことがあり、見出せたとしても卵巣・精巣ともに透明感のある白色ないし赤褐色を呈しており、組織学的検査を行っても雌雄は区別できない。生殖巣は発達が進むにつれて分岐を増し、卵巣は肌色を経て鮮橙色を呈し、精巣は乳白色となる。放卵や放精が行われた後は、卵巣・精巣ともに萎縮して肌色～褐色となる。
血洞系は、食道を環状に囲む周口血洞環とそれから伸びる5本の放射血洞とからなる。放射血洞は多数の細管（腸血洞）で消化管と連絡しており、栄養吸収とその輸送の役割を担っているものとみられている。囲食道骨の後部で、食道を囲むようにしてリング状の環状水管（water ring canal）が発達し、そこから五本の放射水管(water radial canal)と一本の石管および一個（まれに二個）のポーリ嚢とを生じる。放射水管は環状水管からまず口の周縁部へと延び、分岐して個々の触手内部に入るとともに、分岐部には触手瓶嚢を形成する。触手瓶嚢は触手内の体腔液の内圧を調節し、摂食を効率的に行う働きを担う。口の周囲から体軸に沿って後方へと反転した放射水管のうち、腹面に位置する三本は石管の先端は塊状の多孔体（madreporic body：退化した穿孔板 madreporiteの変形）となり，水孔は体腔内に開く。ポーリ嚢は、水管内に浮かぶ変形細胞（アメボサイト）を供給して免疫をつかさどるとも、水管系内の水圧調節を行うともいわれるが、詳細な機能についてはまだ明らかにされていない点が多い。このほか。水管系に似た分布を示し，栄養物質や体腔細胞を運ぶ血細管と、それを薄膜で囲む囲血細管腔とをもつ。
この附属文書1「戦時における軍事的性奴隷制問題に関する朝鮮民主主義人民共和国、大韓民国および日本への訪問調査に基づく報告書」は、慰安婦問題について日本政府に法的責任を取ることを求め、特に被害者個人への賠償責任が日本政府にあることを強調している。ただ責任者の刑事責任については日本政府に訴追する義務があるとしながらも、「できる限り行う義務がある」という表現にとどまっている。勧告の最後で「犯行をできるだけ特定し処罰するべきだ」にとどまり具体的な実施方法には触れていない。この文書の基礎資料となっているものは、第二次世界大戦終了時の米軍による「慰安婦」等への聞き取り調査、ジョージ・ヒックスの書籍、そしてクマラスワミ自身による韓国・日本の政府関係者と「元慰安婦」へのヒアリングである。北朝鮮に関しては北朝鮮関係機関から提供された資料と人権センター代表団の「元慰安婦」への聞き取り調査である。また、当時の証言の一つとして吉田証言についても二行程度の言及をしている。この内、元慰安婦へ聞き取り調査は、北朝鮮・韓国・日本それぞれの政府や非政府組織から事前に入手した資料に基づき、1995年7月に北朝鮮のピョンヤンで4人（7月15日〜18日）・韓国のソウルで13人（7月18日〜22日）・日本の東京で在日朝鮮人1人と大日本帝国陸軍兵士1人へ行い（7月22日〜27日）、3カ国16人の証言の内いくつかをこの報告書へ要約したとしている。クマラスワミは元慰安婦が共同生活する施設「ナヌムの家」も訪れ、元慰安婦たちの証言を特に重視している。しかし、クマラスワミ報告には数多い事実誤認や歪曲が指摘されている。歴史家の秦郁彦は東京でクマラスワミと一時間ほど質疑した際に「慰安婦の雇用契約は日本軍でなく民間業者との間でむすばれた」と指摘したことが、同報告書では「秦は慰安婦が日本陸軍と契約を交わした（…）と述べた」と歪曲されて記載され、「まことの心外」として批判している。