戊辰戦争（明治元年、1868年）では、城下一番小隊に属して伏見の戦いで御香宮に戦い、功をもって小隊の小頭見習いを務めた。東征大総督府下参謀・西郷隆盛が東海道先鋒隊を率いて先発東上した際、城下一番小隊隊長に抜擢されて駿府・小田原を占領した。2月27日、西郷は中村を小田原まで来た輪王寺宮公現法親王のもとに派遣し、西上の事由を尋問して随従してきた諸藩兵を撤退させた。のち、静岡での西郷と山岡鉄舟の会談に立ち会ったとされる。次いで江戸にのぼり、西郷と勝海舟との会談に同席したといわれ、上野の彰義隊との戦いにも西郷指揮のもと黒門口攻撃に参戦した。この戦いののち、河野四郎左衛門を伴っての湯屋からの帰りに神田三河町で一刀流の剣客・鈴木隼人ら3人の刺客に襲われ、1人を斬り撃退したが、左手中指と薬指を失った。この傷は悪化したようで、半次郎は横浜軍陣病院で療養し、7月23日には、薩摩の国学者で歌人・八田知紀の見舞いを受けている。同年8月21日、大総督府直属の軍監に任じられ、鹿児島・宇都宮の2藩兵を率いて藤原口（日光口）に派遣された。9月1日に大内に到着し、会津若松攻略のための軍議を主催し、栃原進撃を部署した。翌日から4日にかけての関山の戦い、9月5日から8日までの若松南部の戦いを経て若松城近郊へ進出。9月10日、伊地知正治・板垣退助・山縣有朋らと軍議し、攻城の分担区域を定める。この際、指揮下の藤原口部隊は城の南西部が割り当てられたが、実際に部隊が攻城戦に参戦したのは9月14日であった。9月22日、会津藩降伏後の開城の式では、官軍を代表して城の受け取り役を務めた。イギリス公使館の通訳官だったアーネスト・サトウは、外国事務総督・東久世通禧および神奈川県知事・寺島宗則が各国公使と会見した席で、会津若松開城の知らせを受けたが、同時に「城の受け取りに行った中村半次郎は男泣きに泣いた」と聞いたことを書き残している。このとき半次郎本人が「涙を禁じ得なかった」と語っていたといい、また半次郎が城中の会津藩士に親身になって接してくれたことを謝し、後に松平容保は人を介して宝刀を贈ったという。容保から半次郎に贈られた宝刀とは、金銀造りの大小で、昭和初期、尚古集成館にあったともいわれている。
当初「テクス・メクス」という言葉は1875年に認可された、テキサス・メキシカン鉄道のニックネームとして登場した言葉であった。新聞紙に列車の時刻表が掲載されるようになった1800年代、鉄道路線の名称は短縮された。ミズーリ・パシフィック鉄道は「モー・パク (Mo. Pac.)」となり、そしてテキサス・メキシカン鉄道は「テクス・メクス (Tex-Mex)」と省した。1920年代には、アメリカの新聞各紙でこの鉄道路線に加え、テキサス州で生まれたメキシコ系の人々を指して『テクス・メクス』という名称が使われるようになった。テキサス州外では、テクス・メクスとはアメリカ化された、低品質のメキシコ料理もどきを指す言葉である。テキサス州民や一部の食糧史研究者や郷土料理愛好家は、テクス・メクス料理はテキサス州独自の歴史の古い郷土料理のひとつであると解釈しているが、両者の区分はしばしば曖昧である。また、テキサス州は1821年にメキシコが独立するまではスペイン領、1835年にテキサス共和国として独立するまではメキシコ領であった上、テキサス州の独立後もテキサスーメキシコ間の人の移動は絶えなかったため、現在のテクス・メクス料理とメキシコ合衆国北部の食文化には必然的に共通点が多い。スペイン植民地時代、スペイン人とインディアンの食物は、ヌエバ・エスパーニャの他の地域と同じくテキサス州でも融合した。テクス・メクス料理の歴史は、1598年4月20日テキサス州エルパソにフアン・デ・オニャーテが600人の入植者と7000頭の家畜を率いて到着した時に始まる。後にテクス・メクス料理と呼ばれる食文化は、実際にはテキサス州で生まれたテハーノの人々のように、スペイン料理とインディアンの料理が融合して生まれた。テハーノの人々の祖先はテキサスに移住したメキシコ人ではなく、むしろサンアントニオなどテキサス州内にあったスペイン人の植民地で教育を受けたインディアンとスペイン人の子孫であった。テクス・メクス料理に見られる北米土着の要素には、ペカンの実、ウズラマメ、ノパル（ウチワサボテン）、ワイルドオニオン、メスキートの実（莢）を中の豆ごと挽いた粉、アガリータ（ヒイラギナンテンの近縁種）の実などがある。カナリア諸島からの移民もまた初期のテクス・メクス料理に同じく多大な貢献をしている。1731年にスペイン王室に招かれてカナリア諸島からサンアントニオへ移住した入植者の家族が、テキサス州の料理にベルベル人の食文化の影響をもたらしたと考えられている。クミン、唐辛子、コリアンダー（シラントロ）を多用する味付けは、メキシコ内陸の料理とははっきりと異なるテクス・メクス料理独自のものである。後にテクス・メクス料理は近隣のメキシコの州の食文化と相互に影響を及ぼし合った。テキサス州南部とメキシコ北部の州は独自の牧畜文化を共有しているため、カブリト（子ヤギの焼き肉）、バルバコア（牛の頭部などをじっくりと焼いたバーベキュー）、カルネ・セカ（牛の干し肉）などはリオ・グランデ川の両岸の州でよく見られる牧畜文化の産物である。20世紀に入り、アメリカ合衆国の他の地域で生産される食品がテキサス州で安価で容易に手に入るようになってから、テクス・メクス料理に黄色いプロセスチーズのような近代的アングロアメリカの食文化の要素が取り入れられるようになった。メキシコの伝統料理の権威ダイアナ・ケネディが、1972年の自著「The Cuisines of Mexico（メキシコの郷土料理集）」の中で初めてメキシコ料理とテクス・メクス料理（ここではアメリカ化されたメキシコ料理の意）の違いを明らかにした。また印刷物の中で食物に対して「テクス・メクス」の言葉が初めて使われたのは、1973年発行の「メキシコ・シティー・ニュース」である。テキサス州の著名な料理ライター、ロブ・ウォルシュ (Robb Walsh) は2004年の著書「テクス・メクス・クックブック：レシピと写真で見る歴史 (The Tex-Mex Cookbook: A History in Recipes and Photos)」で現在の状況を考慮に入れながらケネディのテクス・メクス料理に対するコメントについて歴史的・社会政治的な解釈をしている。