ブラウン家はメイフラワー号の5年後、1625年にアメリカに移住した清教徒の末裔であった。ネイサン・ブラウンは1807年にニューハンプシャー州ニューイプスウィッチ（New Ipswich）に父ネイサンと母ベッチィ・ゴールドスミスの二男三女の長男として生まれた。一家はネイサン誕生の翌年1808年にバーモント州ホワティングハイム（Whitingham）の高原に入植した。一家でその地のバプテスト教会に属した。ブラウンは農閑期に隣の町に、ラテン語と代数を学びに通った。1822年に15歳で進学を目指し、マサチューセッツ州ハリファックスの会衆派の牧師の学僕になり。1824年9月に、ウィリアムズタウン（Williamstown）にあるウィリアムズ大学の二年に編入を許された。ブラウン在学中に宣教師の志を得て、1827年9月に首席で卒業した。ブラウンは同級生のジェームス・バラードがバーモント州ベニントンに建てた中等神学校の副校長に招かれた。そして、バラードの妹のエリザ・ホイットニー・バラードと1830年5月6日に結婚した。1830年暮にブランドンの宗教紙『バーモント・テレグラフ』の編集者に招かれて、教師から編集者に転身した。その時、ビルマのバプテスト宣教師アドニラム・ジャドソンから宣教師増派遣の要請文が届いた。ブラウンはそれがきっかけで、宣教師の召命を受けて応募者になり、米国バプテスト海外伝道総協議会に献身を申し入れて、受諾された。1832年にボストンのニュートン神学校（現:アンドーヴァー・ニュートン神学校、Andover Newton Theological School）における半年の訓練を受けて、8月15日にバーモント州ルトランド教会で按手礼を受けて、エリザと共にビルマ宣教師に任命された。1832年12月22日ボストン港を出て1833年5月4日にカルカッタに到着して、英国バプテスト宣教師ピアスの出迎えを受けた。1833年6月16日からビルマの東部モールメインでジャドソンたちと共に伝道を行い、賛美歌などをビルマ語に翻訳した。その後、インドのアッサムに派遣され、1836年3月にサディアに到着。1855年2月13日までアッサムで伝道し、アッサム語訳新約聖書を完成し出版した。アメリカに帰国した後、アメリカ･バプテスト自由伝道協会の機関紙『アメリカン・バプテスト』の編集者となり、また奴隷解放運動に参画。その後、日本宣教師に任命され、1873年2月7日にジョナサン・ゴーブルと共に横浜に到着して、2月24日にキリシタン禁制の高札が撤廃された次の日曜日、1873年3月2日に日本で第二番目のプロテスタント教会である横浜第一バプテスト教会を設立した。1873年9月のヘボン診療所礼拝堂で開かれた第一回在日宣教師会議において、共同訳聖書の「聖書翻訳委員社中」が結成された。1874年3月の活動開始の際に、サミュエル・ロビンス・ブラウンはネイサン・ブラウンを聖書翻訳委員社中に招いた。その後、1876年1月に翻訳委員社中から離れ、独自に新約聖書の翻訳を進め、1880年4月に日本で最初の全訳新約聖書『志無也久世無志與』を完成出版した。1886年に横浜で死去し、山手の横浜外国人墓地に葬られた。
中高生を中心とした10代を意識して作られたレーベルで、当初から沢山のファンタジー世界を舞台にした小説を出す。しかし創刊時よりファンタジーに限らず、その他の世界を舞台にした本も多数出版していて、平成10年頃まではSFと二大潮流にあった。メディアミックスや企画の恩恵を受ける形で数々の人気作が生まれてゆくが、平成半ばになると学園を舞台にした作品が、より世界観を把握しやすくなる設定として取り入れられ、ヒットの基盤となって広く浸透していく。平成末期からはWEB小説がフォーカスされ、レーベルを支えていた。レーベルをひと口に語ることは難しいが、いつの時代も若い読者に受け入れられるように創意工夫で鎬を削っている。上記の通り1988年1月に創刊された月刊ドラゴンマガジンを母艦誌としたレーベルであるが、本レーベルの創刊は同年の11月に行われた。レーベル創刊時のラインナップは『灼熱の竜騎兵（レッドホット・ドラグーン）』（田中芳樹）、『風の大陸』（竹河聖）、『ペ天使たち』（富田祐弘）、『爆裂お嬢 シンディー・スー』（寺田憲史）、『不死朝伝奇ZEQU』（武上純希）、『ジェラルディン・サーガ』（松枝蔵人）の6シリーズ6冊による同時刊行から成り、この6作をもって本レーベルの創刊作品とみなす。なお慣例としては、刊行ラインナップの表記において先頭に記された田中芳樹の『灼熱の竜騎兵（レッドホット・ドラグーン）〈PART1〉惑星ザイオンの風』を創刊時の第1作・第1冊として数える。1989年よりファンタジア大賞（旧・ファンタジア長編小説大賞）を主催しており、2008年には新規にネクスト ファンタジア大賞を立ち上げている。受賞作品はこのレーベルから発売。このアワードより第1回準入賞作の神坂一の『スレイヤーズ!』を始めとしたヒット作が出ている。受賞作は『ドラゴンマガジン』にて長期連載化されることも多く、ドラゴンブランドの漫画雑誌での漫画化やアニメ化された作品も多くある。また、本編たる長編とドラマガ連載のものを集めた短編集との2列構成となる作品も多い。2014年6月より『ファンタジアBeyond』が開設され、そこでの連載作品の文庫化もされている。ファンタジアBeyondが廃止されると、カクヨムのファンタジア文庫アカウントが役割を引き継いだ。当初は既刊にはピンク色の帯に「夢、大爆走」としたキャッチコピーを用いていたが、2000年代中期からは「入魂」にリニューアルされた。ただし、現在既刊に統一された帯・キャッチコピーは付属していない。現在では電撃文庫・角川スニーカー文庫と並ぶ、ライトノベルのメジャーレーベルである。2社と共に角川系列のレーベルであり、1990年代後期から2008年まで在庫管理のため、背表紙に二次元コードを設けていたが、現在は廃止している。創刊以後、長らく表紙を太字ゴシック体の題字・挿絵を左下に配置するデザインで基本的に統一していたが、2000年には題字部分を、2005年頃より表紙デザインを自由化する。2008年8月の新刊からは背表紙のデザインも変更され、ファミ通文庫やHJ文庫で採用されている「シリーズ番号」を導入した。なお、それ以前においての各巻の番号分類は、前述の『灼熱の竜騎兵（レッドホット・ドラグーン）〈PART1〉惑星ザイオンの風』を「1-1」として以降《前番号 - 後番号》という表記による「シリーズ毎の分類番号」を用いていた。この分類番号には現在採用されている「シリーズ番号」における「著者分類」（あ-1）に相当する部分が存在せず、シリーズの初出・分類順に「シリーズとしての番号」を振られてこれを前番号とし、後番号はシリーズの何巻目に当たるかを意味する。旧来の（表紙デザイン自由化の前の）作品を除けば、表紙にイラストレーターの表記は長らく未掲載だったが、2013年5月から掲載されるようになった。ただし、2013年4月以前から刊行されているシリーズは引き続き未掲載のままである。以前はシェアード・ワールド化の一環の小説も扱っており、現在は富士見ドラゴンブックがこの傾向を引き継いでいる。2013年から毎年10月に『ファンタジア文庫大感謝祭（2013年のみ『ファンタジア文庫25周年祭』）』が東京・ベルサール秋葉原で開催されている。2015年4月にKADOKAWAのブランドカンパニー制が廃止されてからは、当レーベルから富士見書房の表記が完全に消滅した。