和歌山へ出店した後も伏見・京町の店舗は残されて総本家と呼ばれており、京都側から見れば和歌山にも出店した形となっていた。そのため、法人化の際も和歌山の本店とは別に「京都伏見総本家駿河屋」として設立され、1946年（昭和21年）に「駿河屋食品工業」と合併して経営統合している。1781年（天明元年）に「伏見京橋・駿河屋」が諸大名の休息所として分家して伏見・油掛町に開業し、1811年（文化8年）に「大阪・駿河屋」が伏見・油掛町から次男の岡本善三郎が分家して大阪・淡路町一丁目（現在の大阪市中央区）東南角に開業、1818年（文政元年）に京都の「するがや祇園下里」が「総本家駿河屋」の別家として暖簾分けして開業するなど江戸時代には一族の分家による暖簾分けが行われた。そのほか、「大阪・駿河屋」に勤めた初代鳳惣助が主人に認められて暖簾分けをされて大阪・心斎橋で開業した後に堺・甲斐町（現在の堺市）に移った「堺・駿河屋」や祇園末吉町の「するがや祇園下里」より分家して暖簾分けされて明治中期に開業した京都の「先斗町・駿河屋」など、分家からさらに分かれて「駿河屋」を暖簾を継承しているところもある。それ以外にも、1868年（明治元年）に総本家から暖簾分けした京都の「京三条・駿河屋」、1934年（昭和9年）に暖簾分けされた京都の「二条・駿河屋」のように明治以降にも暖簾分けが行われている。この様に、「駿河屋」は多くの分家や別家を持つようになった。また、1886年（明治19年）には京都駅前に出店するなど本店以外にも店舗を展開した。
紀州徳川家に徳川綱吉の娘である「鶴姫」が輿入れ（結婚）したことから、その御名に憚かるとの藩命が下り、1685年（貞享2年）4月に「駿河屋」に屋号を変更した。この「駿河屋」の屋号は、3代目の徳川綱教から賜った紀州徳川家由来のものとする説が多い。しかし、居住地の「駿河町」から付けたのか、「駿河」から移転してきたことから付けたのかは不明である。
5代目岡本善右衛門の時の1589年（天正17年）に京町に移り伏見の桃山城の正門前に店を構えており、紀州徳川家の祖・徳川頼宣がまだ幼年で山城国伏見（今の京都市伏見区）にいた頃にその菓子を食べて大変好むようになったと云われる。そのため、駿河（現在の静岡県）に転封になった際にも徳川頼宣に随伴した。さらに、紀伊（現在の和歌山県）に転封されるとまた随伴し、1619年（元和5年）に和歌山駿河町に屋敷を賜って同地に店舗を開いた。そして、江戸時代には年二十五石の扶持を受け取って菓子を納める御用菓子司を務めた。このように、紀州藩となる前の旧藩時代から続いた御用菓子司であり、このような駿河から紀伊への徳川頼宣の転封に随伴した「駿河越町人」と呼ばれる紀州徳川藩の有力な御用商人の一人であった。
2006年（平成18年）3月3日、信三郎の妻が原告となって、信太郎らを相手に、遺言書の無効確認と取締役解任の株主総会決議の取り消しを求めた訴えを、京都地方裁判所に提起する。遺言無効確認訴訟は、相続人全員で訴えることを必要とする固有必要的共同訴訟ではなく、相続人一人が訴えることのできる通常共同訴訟であり、原告と被告の間に限った判断が行なわれるため、最初の訴訟では原告になっていなかった妻には最初の敗訴判決の効力（既判力）が及ばず、再び同様の訴えが提起できたものと推測される。逆に信太郎は、2007年（平成19年）2月14日に、信三郎らそれまでの経営陣に対し、類似の商標を使用して競業行為を行なった商標権侵害と、株主総会の決議を経ずに役員報酬を受け取った等で、13億円の損害賠償請求訴訟を提起する。この裁判に関しては、信三郎は裁判に消極的で、お互いに商品で勝負すべきと発言していた。遺言書無効確認の裁判では、京都地方裁判所の一審判決で信三郎による訴えと同様に請求は棄却された。しかし、2008年（平成20年）11月27日、大阪高等裁判所（大和陽一郎裁判長）は、原判決（第一審判決）を取り消し、遺言書は偽物で無効と確認。それとともに、遺言が無効になると、信太郎らの保有する株式だけでは株主総会の定足数を欠き、手続に瑕疵（問題）があることになるため、信三郎らの取締役解任を決定した2005年（平成17年）12月16日の臨時株主総会の決議を取り消す、原告側逆転勝訴の判決を言い渡した。重要な文書なのに実印でない認印が使われる事や信夫が生前こだわって使用していた「一澤」ではなく「一沢」が使用されたなどの不自然な点があり、真正とは認められないとの理由からである。さらに、2009年（平成21年）6月23日、最高裁判所第三小法廷（藤田宙靖裁判長）は、この大阪高裁判決を支持し、社長となっていた信太郎の上告を棄却した。これにより、遺言は無効で、信三郎らの取締役解任を決定した株主総会決議を取り消すとの判決が確定した。また、遺言書無効確認の最高裁判決の結果を受けて、2009年（平成21年）10月21日には、会社が信三郎ら経営陣に対して提起していた13億円の損害賠償請求訴訟が、信太郎には代表権限がなく、訴えが不適法であったとして、京都地方裁判所が原告の訴えを退ける判決をする。