2004年5月20日、内密にニュージャージー州連邦大陪審はメンバーの起訴を決定。5月26日、FBI は全米各地で SHAC(USA) の構成員7人 (SHAC 7) を一斉に逮捕。同日、Animal Enterprise Protection Act 1992 に基づき、5つの罪状で起訴。起訴状によれば、SHAC(USA) は、ニュージャージー州ミルストーンにある HLS 社の業務停止を目的として、メンバーや支援者に"直接行動"（エコテロリズム）を奨励し、HLS 社社員に対する脅迫やサイバーテロを行ったとしている。6月、容疑者1名は免責され、残りの構成員6人 (SHAC 6) の公判が始まる。2006年3月2日、ニュージャージー州連邦裁判所で、陪審団が組織としての SAHC(USA) と SHAC 6 に有罪の評決。6月12日、ニュージャージー州連邦裁判所が、SHAC 6 の再審の申し立てを却下。9月、SHAC 6 にニュージャージー州連邦裁判所で判決の言い渡し。刑期は長い者で6年、短い者で1年であり、共同で100万ドルの損害賠償の支払いを命じられた。
HLS 社の職員対象の自動車爆発事件や、HLS 重役2名に対して暴行した。3人が逮捕され、有罪が宣告された。英国政府は、SHAC をテロ集団として監視した。また、HLS 社によると、殺人予告もあったという。2009年1月、英刑事法院は SHAC の活動家7人に、脅迫罪で禁固4-11年を言い渡した。検察側は、計約40社が過激な抗議の標的となり、被害額が2001年からの6年で総額1,260万ポンド（約15億8,000万円）に達したことや、HLS 幹部が幼児性愛主義者だといったデマを流したり、偽爆弾や「エイズウイルスに汚染されている」との一文を添えた針を送り付けるなどしたとしていた。日系製薬会社7社の在英幹部も過激な抗議を受けたことがあった。
石見国銀山領川本村（現・島根県邑智郡川本町）の浄土真宗本願寺派・寿国山・光永寺に住職・菅了雲の長男として生まれる。明治8年（1875年）、学制施行により設立された川本小学（現・川本小学校）の初代校長となる。明治9年（1876年）秋、川本小学を辞して、大阪英語学校（後の第三高等学校）に学び、明治10年（1877年）6月、本願寺からの援助を受けて慶應義塾「大人科」に入学。明治12年（1879年）暮れないし明治13年（1880年）春まで在学。のち慶應義塾特選塾員。明治13年（1880年）犬養毅が『東海経済新報』を刊行すると、それに記事を載せ始め、明治14年（1881年）1月から7月にかけて交詢社の機関誌『交詢雑誌』の編集人を務める。同年7月、編集を降りて京都に移り、本願寺に学ぶ。明治15年（1882年）、浄土真宗本願寺派から派遣されてサンスクリット語習得とヨーロッパの宗教事情の視察のためにオックスフォードに留学し、およそ3年滞在。南條文雄と同宿し、南条の師マックス・ミュラーやケンブリッジ大学に留学中の末松謙澄らと交わる。帰国後、本願寺で教育の任に当たるが、教育改革をめぐって対立し、明治19年（1886年）秋頃、上京。明治20年（1887年）4月に、桐南居士の名でグリム童話から11話を選んで『西洋古事神仙叢話』を東京・集成社から出版。グリム童話のまとまった訳としては日本初であった。さらに同年6月『哲学論綱』、翌年6月には『倫理要論』を刊行。さらに、明治21年（1888年）8月以降、徳富蘇峰が主宰した『国民之友』に頻繁に論説を寄せ、ジャーナリストとしての地位を確立する。それと並行して、後藤象二郎の大同団結運動に三宅雄二郎、綾井武夫らと共に参加し、機関誌『政論』を滝本誠一と共に担当した。明治21年11月『政論』11月号が筆禍事件で発売禁止となり、了法も入獄。翌年2月、大日本帝国憲法発布の大赦で出獄。明治22年（1889年）4月、衆議院議員選挙出馬を決意し、還俗。明治23年（1890年）7月、無所属で第1回衆議院議員総選挙に島根県第4区から出馬し当選。明治23年12月、『東洋新報』を創刊。明治24年（1891年）1月、多摩の民権運動家吉野泰三の娘りうと結婚。明治24年12月25日、衆議院解散。第2回衆議院議員総選挙では次点で落選し、政界を引退、再び僧職に復帰。東京・小日向の善仁寺住職、本願寺金沢別院知堂、本願寺執行所出仕を経て、明治28年（1895年）、鹿児島別院本堂建設のため、鹿児島出張所長として赴任。明治30年（1897年）に鹿児島県薩摩郡隈之城村大字東手（現・薩摩川内市向田本町）の光永寺・初代住職に就任。その後、本願寺東京出張所長、彦根・第三仏教中学校長、本願寺賛事、侍真、顧問などを歴任し、昭和11年（1936年）7月、79歳で光永寺において遷化。