上空を飛ぶ1機の飛行機。セレナ共和国のレジスタンスたちが、麻薬王エスコバルの追跡から逃れるため、アメリカへの入国を画策していた。しかし、着陸直後に彼らはFBIのダルトン捜査官に逮捕される。その中には「スネーク」と呼ばれる男の姿もあった。ダルトンはスネークの仲間たちの身柄、そして1500万ドルと引換えに北米の兵器製造会社・ストラテロジック社への潜入を迫る……。
本作は2004年に発売されたPlayStation Portable用戦略諜報カードゲーム『メタルギアアシッド』の続編にあたる。前作のシステムを踏襲しながらも、様々な点が進化している。アクションの高速化による操作性の快適さ、「AC!Dシェード」と呼ばれるアメコミ調の迫力のあるストーリー演出、カードは555種類に増加（ホームページからダウンロードできるカード4種類を含めると559種類）などがある。また、ボス戦の機会も多くなった。新たな試みとして、「SOLID EYE とびだシッド」という組み立て型のスコープが付属されており、これをPlayStation Portable本体に装着することで立体映像でプレイすることが出来る（ただし、コツをつかめば裸眼でもステレオグラムの要領で立体視は可能）。このシステムを採用した理由について監督の野尻真太は「カードが増えたりシステム面が改善されるのは予想がつくので、予想外のシステムを採用してみたかった」とウェブサイト「GAMEwatch」のインタビューにて語っている。他にも、「リンクバトル」と呼ばれるアドホックによる通信対戦や。アリーナモードと呼ばれるCPUキャラとの対戦など対戦要素も追加されている。シナリオは『メタルギア ゴーストバベル』『メタルギアアシッド』の「メタルギア」の外伝シリーズの監督を務めた野尻真太が自ら手掛けている。なお、ストーリー的には前作とは完全に独立しているため本作のみでも楽しめる。
フィリップ・レーナルトは陰極線をクルックス管の外に取り出すことができるか確かめようとした。彼は陰極に面した容器壁に「窓」を開け、外界からの大気圧にちょうど耐えられる程度の厚さのアルミ箔を張って陰極線を受けるようにした。この仕組みは後に「レーナルトの窓」と呼ばれた。レーナルトが実験を行うと、まさに何かが窓から放射されていた。窓の前に掲げた蛍光スクリーンは光が当たっていなくとも蛍光を発し、写真乾板を掲げると露光していないはずなのに黒く感光した。この効果が及ぶ範囲は非常に短く、2.5 cm程度であった。レーナルトは様々な物質のシートを用いて陰極線の透過力を測定し、原子線には不可能なほど厚い物体を陰極線は透過できることを見出した。原子は当時最も小さい粒子だと考えられていたため、当初この結果は陰極線が波である証拠とみなされた。のちになって電子は原子よりも小さいことが明らかになり、透過力の高さもそのためだとされた。レーナルトはこの仕事に対して1905年のノーベル物理学賞を授与された。
8世紀後半から、イングランド沿岸ではヴァイキングの名で知られるノース人海賊が、修道院などの富の集積地への襲撃を繰り返していた。そうした襲撃とは異なり、大異教軍は遥かに大規模で、イングランドの広範囲を征服することを目的としていた。アングロサクソン年代記は大異教軍の動機について触れていない。それはおそらく、ヴァイキングの襲撃と略奪があまりにも日常茶飯事だったからである。『ラグナルの息子たちの物語』（Ragnarssona þáttr）では、大異教軍の侵攻は、スウェーデンとデンマークの支配者だった伝説的なヴァイキングであるラグナル・ロズブロークがイングランドで殺害されたことによる報復戦だったとしている。ヴァイキングのサガによると、ラグナルはノーサンブリア王エッラに捕らえられ、多数の蛇が入った穴に投げ込まれて処刑された。その知らせを聞いたラグナルの息子たちが、復讐のための遠征行を企てたのだという。しかし、これが史実であるという証拠はない。キャサリン・ホルマンは『Historical dictionary of the Vikings』（2003年）の中で「ラグナルの息子たちは歴史的人物であるが、ラグナル自身が実在したという証拠は存在しない。」と結論づけている。「大異教軍」という名はアングロサクソン年代記の865年の項に由来する。指導者はラグナル・ロズブロークの息子たち、具体的にはヴィトセルク、骨なしイーヴァル、ハールヴダン・ラグナルスソン、そしてウッバもしくは甲鉄のビョルンだったとされる。14年にわたったイングランド侵攻は、その正確な兵力は分かっていないものの、少なくとも同様の侵略の中では最大規模だったと考えられている。大異教軍は最初865年にイーストアングリアに上陸し、エドマンド王に和平の見返りとして軍馬を提供させた。彼らは865年の冬をセットフォードで過ごし、866年11月にヨールヴィークに向け北上した。現在のヨークにあたるヨールヴィークは、ローマ帝国が建設したエボラクムに起源をもち、アングロサクソン時代にはエオフォルウィクと訛って貿易港として栄えていた。868年中に、大異教軍は一旦南下してマーシア王国の奥深くまで侵攻し、ノッティンガムで越冬した。マーシア人との協定により869年から870年の間にヨールヴィークに引き返した大異教軍は、さらにイーストアングリアまで戻って王を殺害し、セットフォードで越冬した。871年、大異教軍はウェセックス王国に侵攻し、アルフレッド王から退去税を得た。872年にはロンドンへ侵攻し、873年にノーサンブリアに戻った。874年にはマーシアに再侵攻して征服し、レプトンで冬を越した。この時点で、未征服のまま生き残っているアングロサクソン勢力はウェセックスのみとなった。一時はアルフレッドを追い詰めたものの、エディントンの戦いで敗北を喫し、ウェセックス征服はならなかった。しかし和平協定で、ヴァイキングはイングランドの大部分の征服地に留まることが認められた。