明治維新以降、明治政府は神仏分離を推進した。宮中では勅修法会が廃止され、宮中行事における仏教色の排除が図られた。それに伴い、廃仏棄釈が起り、真言宗の寺院は本山・末寺にかかわらず大きな打撃を受けた。真言宗に属している神宮寺が廃されて、神社に改められることもあった。僧籍を離脱して、神社の神職になったり、還俗する僧も現れた。政府の命令で、寺院の所有している土地の返納を要求して、政府へ強制的に返納させた。また、没収する場合もあった。特権も廃され、勅願所・門跡の称号を禁止された。これらの施策により、財政基盤を失うこととなった。結果、多くの寺院の経営が立ち行かなくなり、廃寺に追い込まれた。廃仏毀釈の機運が高まり、仏教各派も危機感を募らせた。そのことから、仏教各派が団結し、仏教を宣揚して、邪論を廃すべく、各宗同盟会を結成した。1869年（明治2年）東京の回向院にて、各宗同盟会の大会が開催され、高野山明王院主の高岡増隆が推されて盟主となった。神葬祭が盛んであったため、無住寺院が増え、寺院が廃されることが続き、仏教各派にとって深刻な事態になっていた。
江戸時代、幕府の支配体制に組み込まれることによって、諸本山・末寺にとっては財政的な安定を得たが、一部に綱紀のゆるみが起きた。このことから、浄厳・慈雲らが戒律に関心をよせ、戒律の研鑽・研究を行い、戒律の復興を行った。
江戸時代に入ると、江戸幕府は仏教界に対して新たな宗教統制を講じた。1604年（慶長14年）に、関東真言宗古義法度、東寺・醍醐寺・高野山学侶方にも法度が出された。また、1615年（元和元年）7月24日、徳川家康が真言宗諸法度を真言宗諸本山・諸寺に対して出した。こうして、幕府の監視下に置かれることになった。同時に、幕府の宗教政策である寺壇制度が確立した。宗門改などを行うことで行政機関の役割を果たし、幕府の支配体制に完全に組み込まれた。寺壇制度は、諸本山・末寺にとっては財政的な安定を得たが、一部の諸本山・末寺に綱紀のゆるみが見られた。
南北朝時代に東寺の僧、杲宝・賢宝（げんぼう）らにより東寺不二門教学を大成させて、大日如来の本地加持説（古義）を説いた。また、高野山では「応永の大成」と称される古義派教学の発展があり、寳性院宥快が而二門（ににもん）の教学、無量壽院長覚が不二門の教学を振興させた。
宗団は、師資相承を重視するために分派していった。 事相（真言密教を実践するための作法。修法の作法など）の違いによる分派であった。教学（教義）そのものは、空海により大成されていたため、平安時代半ばまで、宗内での論争はあまりなかった。しかし、11世紀末、覚鑁（興教大師）が高野山で秘密念仏思想を提唱したことにより対立が生じる。また、覚鑁は、大伝法院を創建、教学の振興のために大伝法会の復興を行った。東寺の支配から高野山の独立を図り、東寺長者が金剛峯寺の座主を兼職する慣例を廃止し、金剛峯寺座主に任ぜられたが、金剛峯寺方（本寺方）の反発を受け失敗した。その後、座主を辞して根来山（和歌山県）に隠棲した。これより、金剛峯寺方（本寺方）と覚鑁の流れを汲む大伝法院方（院方）との間で長い派閥抗争が続いた。両派は、古義（古義真言宗）・新義（新義真言宗）に分かれていった。1290年（正応3年）には、頼瑜が大伝法院を根来山に移し、大日如来の加持法身説（新義）を唱えて、新義真言宗の教義の基礎を確立した。徳川家康の保護を受け、1601年（慶長6年）に玄宥が、根来寺にあった智積院を京都・東山七条に再建した。のちに真言宗智山派の総本山となった。
日本は英語圏以外で、もっとも早くホームズものが紹介された国の1つである。明治27年（1894年）の雑誌『日本人』1月号には、すでに「乞食道楽」の訳題で「唇の曲がった男」が紹介されている。訳者名が記載されていないが、これが現在確認できる範囲で一番古い紹介である。次いで明治31年（1898年）9月7日から同年9月17日にかけ、徳冨蘆花の翻案で「秘密条約」が連載されている。これは「海軍条約」の紹介である。中編の紹介は明治32年（1899年）には「血染の壁」の邦題で、毎日新聞に『緋色の研究』が連載されている。ホームズは本間、ワトソンは和田と日本人にされ、舞台はベルリンに変えられた（翻訳者は「無名氏」とされ、誰であったかは不詳）。また、同年には水田南陽が「冒険」のいくつかを中央新聞で『不思議の探偵』の総題で紹介翻訳している。外遊した際にホームズものの人気を聞きつけ、帰国後にこれを訳したという。「冒険」が1892年に出版されたので、わずか7年で持ち込まれたことになる。「まだらの紐」を「毒蛇の秘密」としてしまうなど、題名でネタを割ってしまっている例もあるが、「赤毛組合」を「禿頭倶楽部」とした当時の日本人に馴染みやすく改変を行った例もある。明治末期（1907年）辺りから続々と作品が刊行され始めた。明治期の紹介は、当時の日本人多くには英米の人名や地名あるいは文物になじみがなかったので、翻訳というよりも翻案あるいは再話というべきものが多い。舞台をイギリスから日本に、人名を堀田や和田になど、わかりやすい人名に置き換えている。また、英語教材としても扱われており、明治40年（1907年）4月には佐川春水訳註『銀行盗賊』（建文社）と訳註書が出ている。その後も、色々な訳註者が色々の出版社から短編の1作あるいは数作の訳註書を刊行している。