新会社移行後は、貸切バス事業は観光貸切を大幅に縮小し一般貸切に特化。路線バス事業は変更なく、車両は乗り入れ自治体のシルエットを模った塗装に変更し地域に密着した営業を行うアピールをした。2006年（平成18年）4月21日には北海道ちほく高原鉄道ふるさと銀河線廃止による陸別以北のバス代行引き受けにより約40年振りに陸別町へ乗り入れるなどの動きがあったが乗客の減少傾向は続いており、国庫補助金受給条件から外れ自治体単独補助となる路線が相次いだ。自治体は財政逼迫により補助金供出が難しくなっており、2008年（平成20年）には佐呂間町が取り止めを表明し2010年（平成22年）10月1日に佐呂間町から撤退となった。続いて遠軽町では国庫補助対象外路線への補助金供出取り止めを表明。佐呂間町より早く2009年（平成21年）10月1日に丸瀬布線と上芭露線が廃止となった。遠軽と北見を結ぶ遠北線は国庫補助対象路線であったが2010年（平成22年）度は対象から外れたことから遠軽町・北見市・北海道北見バスの3者で協議の結果2011年（平成23年）4月1日付で廃止され、北見営業所管内と遠軽営業所管内は一般路線では繋がらない状態となっている。2009年（平成21年）度で補助金を受けていない路線は北見市内線の4路線のみとなっており、引き続き厳しい状況となっている。
慢性的な赤字体質に悩む北見バスは1998年（平成10年）2月16日に事業を抜本的に整理する方針を固め、同年5月28日に経営再建計画を発表した。沿線人口の減少やモータリゼーション化の進行による乗客減少、バブル崩壊による関連事業の不振が続き、路線維持補助金を受けてもなお採算割れの状態となっていた。数年来2億円前後の赤字を余儀なくされており、同年3月期の決算では累積赤字額が24億9千万円に達していた。数年後に迫ったバス事業の原則自由化に備えて繰越欠損金の解消目処がつかない赤字体質を脱却させるべく、人員削減など合理化の上でバス事業は新たに設立する新会社へ、不動産事業は関連会社の北見東急ビルに譲渡するとした。バス事業の新会社移行にあたっては、乗客に迷惑はかけないと路線の減便や廃止は行わないが、このためには第三セクター的な運営を行いたいとして沿線自治体に出資を求めた。経営参画はどこまでなのか、路線維持補助金と二重経費になるといった意見が相次ぎ頓挫。こうした中で同年10月15日に東急100 %出資の北海道北見バス株式会社を設立し同年12月15日に新会社での営業を開始。北見バス株式会社は残務整理後、1999年（平成11年）3月31日をもって解散となった。関連事業では、北見バス興産が運営する北見東急ストアは網走市内の全店など不採算店舗4店を閉店。北見市内の採算ベースに乗っていた5店舗を札幌東急ストア100 %出資の株式会社北見東急ストアが1998年（平成10年）4月に引き継いだが、2003年（平成15年）1月31日をもって営業を終了した。北見バスが大きく出資する関連会社では、常呂町（現・北見市常呂町）のサロマ湖東急リゾートは2002年（平成14年）3月31日をもって営業を休止した後に株式会社阿寒グランドホテル（現・鶴雅リゾート株式会社）に売却。1989年（平成元年）8月に100 %出資で設立され1994年（平成6年）6月に営業を開始した東急ハーブヒルゴルフクラブは東急が全株を引き取った後、2004年（平成16年）2月に鈴木総本社（現・鈴木商会）に売却。サロマ湖鶴雅リゾート、北見ハーブヒルゴルフクラブに改称され現在も営業を続けている。
1920年代後半以降、九州水力電気の火力発電所は鯰田・宇島両発電所と羽犬塚発電所（1937年9月廃止）のみで、新規の設置はなかった。しかし火力発電に特化した発電体制を採る九州電気軌道を傘下に収め、同社と送電線を接続して1932年5月より鯰田中央開閉所・小倉変電所における最大2万kWの電力相互融通を始めると、渇水期に不足する電力を九州電気軌道の火力発電でも補給できるようになった（その反対に九州水力電気側に余剰電力がある場合は九州電気軌道へと送電した）。提携後の1934年（昭和9年）、九州水力電気はまたしても大渇水に見舞われ、水力発電量が大きく減退したが、このように九州電気軌道との提携が成立していたため同社火力発電所からの送電量を増加することで対処できた。1930年代中頃からの電力需要増加に際して、発電余力が少なくなったため九州水力電気では小倉市の埋立地に2万5,000kWの火力発電所を建設する方針を固め、1935年（昭和10年）に逓信省へ申請した。ところが複数事業者による共同火力発電方式を勧奨していた逓信省の方針と合致しないため申請は許可されず、結局逓信省の慫慂に応じて九州水力電気・九州電気軌道・九州送電・九州共同火力発電の4社に北九州の最大電力需要家である日本製鐵（八幡製鉄所経営）を加えて新会社西部共同火力発電を設立、同社を通じて共同火力発電所を建設することとなった。同社による戸畑発電所（戸畑市、出力25,000kWのち50,000kW）は1937年12月に運転を開始。九州水力電気では12月より1万5,000kWの受電を開始し、翌1938年11月からはさらに1万kWの追加受電も始めた。西部共同火力発電の出資に参加した九州共同火力発電というのは、同社に先立ち1935年に設立された共同火力会社で、三井鉱山と電力会社連合（熊本電気・九州電力・九州水力電気・九州送電・東邦電力）が出資していた。九州共同火力発電では大牟田市にあった港発電所の拡張を1936年にかけて進め（1936年末時点で出力109,000kW）、九州水力電気・東邦電力両社に対してはそれぞれ1万3,000kWを送電した。しかし九州水力電気は九州共同火力発電や先に挙げた九州電力との送電線の連絡がなく直接受電できないため、両社からの受電電力は東邦電力の送電線によって託送するものとした。その結果、これらの電力は九州水力電気から東邦電力へと送電される電力と相殺という扱いとされた。