『Chemistry』からの2曲の転用はスクワイアの再考を促すこととなり、そのリリースを失速させることになった。2000年になり、『Chemistry』という名前は廃止され、クリス・スクワイア&ビリー・シャーウッド名義によるアルバム『コンスピラシー』がリリースされた。『Chemistry』の曲はすべて『コンスピラシー』に収録されている（「You are the Light of My Life」という『Chemistry』の曲のタイトルは、『コンスピラシー』の「Light in My Life」になった）。アルバムには既発曲の再録をしたくなかったため、イエスのアルバム『オープン・ユア・アイズ』収録2曲のオリジナル・ミックスと、ワールド・トレイドの「Say Goodbye」の別バージョンは、隠されたボーナストラックとなった。イエスの「The More We Live-Let Go」と「Love Conquers All」、ワールド・トレイド「The Evolution Song」のタイトル変更曲「Watching The World」も『コンスピラシー』に加えられ、クリス・スクワイア・エクスペリメントのツアーで演奏された楽曲も収められた。スクワイアとシャーウッドがアルバムのリードボーカルを共有し、スクワイアがほとんどのベース・パートを演奏し、シャーウッドがほとんどのギターとキーボード・パート、さらにドラムを演奏している。「コンスピラシー（共謀）」という名前は、スクワイアとシャーウッドがさまざまなミュージシャンとコラボレーションしたいという願望を表している。アルバムには、ホワイト、ホーン、ワールド・トレイドのドラマーのジェイ・シェレン、マーク・T・ウィリアムズが参加している。アルバム『コンスピラシー』にはまた、スクワイア、スティーヴ・スティーヴンス、マイケル・ブランドによる一連のジャムセッションに基づく1曲「Violet Purple Rose」も収められ、シャーウッドによってオーバーダブがなされている。
スクワイアとシャーウッドは、一連の作品を書いた後、1992年にクリス・スクワイア・エクスペリメント (The Chris Squire Experiment)という名義で、短い米国ツアーを行った。バンドの他のミュージシャンはドラムのホワイト、ギターのジミー・ホーン、キーボードのスティーヴ・ポーカロ、そしてパーカッションのマーク・T・ウィリアムズだった。スクワイアとシャーウッドのさらなる共同作業による楽曲、「The Evolution Song」と「Say Goodbye」がワールド・トレイドのセカンド・アルバム『ユーフォリア』に収録され、イエスのナンバー「Love Conquers All」がコンピレーション・アルバム『イエスイヤーズ』に収録されリリースされた。年月を経て、シャーウッドとイエスが共に音楽づくりを行う関係はさまざまな段階を経て、ついに1990年代後半、クリス・スクワイア・エクスペリメント名義で『Chemistry』と名づけられたアルバムのリリース予定が発表された。しかし、やはりイエスとしての活動がその流れを引き継ぐこととなった。シャーウッドは1996年に正式にバンドへ加入。アルバム『Chemistry』からの2曲（「Open Your Eyes」と「Man in the Moon」）はアルバム『オープン・ユア・アイズ』（1997年）のために、イエスによって作り直された。
1980年代後半、イエスのオリジナル・リードシンガーであるジョン・アンダーソンがグループを去り、3人の元イエス・メンバーと共に、アンダーソン・ブルーフォード・ウェイクマン・ハウを結成した。クリス・スクワイアは、彼が出会った若い音楽家のビリー・シャーウッドを、可能性のある新しいリードシンガーとしてグループで働くよう連れてきた。トレヴァー・ラビンも（自身のソロ・アルバム制作に集中しており）しばらく不在であり、残された3人のイエス・メンバー＝スクワイア、アラン・ホワイト、トニー・ケイに加えて、シャーウッドとギタリストのブルース・ゴウディ（ワールド・トレイドでのシャーウッドのバンドメイト）が一緒にリハーサルを始めた。やがてラビンがバンドに戻って、スクワイア、ホワイト、ケイ、ラビン、シャーウッドのラインナップでレコーディングがなされたと伝えられている。スクワイアとシャーウッドは強力な音楽ライターとしてのパートナーシップを結んでいたが、当時のシャーウッドは正式なイエス・メンバーとは認められていなかった。アンダーソン・ブルーフォード・ウェイクマン・ハウとイエスが合流して、シャーウッドの公式クレジット無し状態が終わり、スクワイアとシャーウッドによる1曲「The More We Live-Let Go」を収録したイエスのアルバム『結晶』（1991年）がリリースされた。
国王軍の戦局が悪化の一途をたどり、交渉による和解の道も期待しえなくなる中の1645年3月、最悪の事態を覚悟したチャールズ1世は、ハイドに皇太子チャールズ（後のチャールズ2世）を託し、オックスフォードから離れて大陸へ亡命するよう命じた。以降ハイドは15年にわたる亡命生活を送ることになった。皇太子はパリに亡命宮廷を立てたが、ハイドはしばらくの間、それに積極的には参加しなかった。3年にわたってジャージー島で過ごして国王から依頼された歴史書（『イングランドの反乱と内戦の歴史』）の執筆活動に励んだ。1648年6月にチャールズ皇太子がイングランド侵攻を企てた際には、それを補佐するべくジャージー島を離れたが、航海中に海賊に襲撃されたため皇太子のもとに参じることができなかった。また皇太子の蜂起は結局失敗に終わった。その後、ハイドは亡命宮廷から離れたオランダで数年を過ごした。当時のハイドは亡命宮廷内に大した力を持っていなかった。そこを支配するのは王母ヘンリエッタをはじめとする王族たちであった。ハイドが亡命宮廷内で力を持つようになったのは、1651年11月にチャールズがスコットランドでの旗揚げに失敗してパリに逃げ帰ってきた後のことである。この直後にチャールズはハイドを召喚し、以降彼を側近として使うことにした。1654年には「国王秘書長官」、1658年には「大法官」に任じられた。国王側近となったハイドは亡命宮廷がイングランド国民の心情から離反した独りよがりな存在にならないよう努めた。例えばチャールズが後見裁判所を復活させようと企むとそれを思いとどまらせたり、王母ヘンリエッタがカトリックに対する罰則を排することを約し、さらにチャールズをカトリックに改宗させることでカトリックの支持を得ようと主張するとそれを阻止することにも努めた。護国卿オリバー・クロムウェル打倒のためにイングランド・スコットランド内の不満分子と取引するという陰謀も積極的には行わなかった。長期議会冒頭で制定された一連の法律で規制された王政とイギリス国教制を復活させることがハイドの目的であり、これらの政策はそれに有害と考えたからである。そして「我々がじっと待つことができなければ、神はやってこられないだろう」という心境のもと、イングランド共和国の自壊の日を辛抱強く待った。