時に致死的なセロトニン症候群（セロトニン毒性として分類される）がベンラファキシン治療中、特にセロトニン作動薬の併用時に発生することがある。併用薬はSSRIやSNRIに限らず、多くの幻覚剤（トリプタミン類やフェネチルアミン類、すなわちLSD/LSA、DMT、MDMA、メスカリン）、 デキストロメトルファン（DXM）/デキストロファン（DXO）、トラマドール、タペンタドール、ペチジン（メペチジン）、トリプタンのほか、セロトニンの代謝を阻害する薬剤（MAO阻害薬を含む）でも発生する。セロトニン症候群では精神状態の変容（易怒性、幻覚、昏睡）、自律神経の不安定（頻脈、血圧の不安定、異常高熱）、神経筋の異常（反射亢進、協調運動失調）および／または、消化器系症状（嘔気、嘔吐、下痢）が起こる。ベンラファキシン誘発性セロトニン症候群が単剤過量投与した症例で報告されている。全ての症状が出揃わない不完全なセロトニン症候群がベンラファキシン中用量（150mg/日）服用例で報告されている。低用量ベンラファキシン（37.5mg/日）でもセロトニン症候群が発生した例が報告されている。
アメリカ食品医薬品局(FDA)は、ベンラファキシンを含む全ての抗うつ薬に黒枠警告を設け、自殺の危険性について周知させている。ベンラファキシンの成人のうつ病の治療についての21の偽薬対照臨床試験を結合した2014年のメタアナリシスでは、ベンラファキシンで自殺の考えおよび行動が減少することが示された。フィンランドで実施された15,000名の患者に対する3.4年間の追跡調査では、ベンラファキシンは未治療と比較して自殺リスクを60%上昇（統計学的有意差あり）させることが判明した。その一方で、フルオキセチンは自殺リスクを半減させた。さらに別の疫学研究は、イギリスの一般診療研究データベースの20万名以上のデータを解析した。治療開始時には、ベンラファキシンを処方されていた患者は、他の抗うつ薬を処方されていた患者よりも自殺の危険因子が大きかった（以前に自殺企図があるなど）。ベンラファキシンを服用していた患者では、フルオキセチンやシタロプラムを服用していた患者より自殺完遂率が有意に高かった。危険因子を調整すると、有意でないフルオロキセチンやドスレピンに比べて、ベンラファキシンは自殺との関連性が高かった。調整後も自殺企図のリスクはベンラファキシンで有意に高かったが、研究者は残差交絡の影響もあり得るとした。FDAの統計学者による臨床試験の解析結果によると、ベンラファキシンを服用した成人の自殺行動はフルオロキセチンや偽薬に比べて有意には多くない。ベンラファキシンの投与は、米国では小児・青年・若年成人には禁忌である。FDAが臨床試験を解析した結果、ベンラファキシンでは25歳未満の服用患者の自殺の考えや行動の危険率が5倍になり有意に増加した。他の解析では、7〜11歳の小児ではベンラファキシンの有効性は偽薬と変わらず、12〜17歳の青年ではうつ病の改善が見られた。しかし両グループで、偽薬と比べて攻撃性と自殺行動が増加した。SSRIの治療で効果が見られなかったうつ病のティーンエイジャーを対象にして、他のSSRIとベンラファキシンとを無作為に割り付けて服用させたところ、ベンラファキシン服用者の方が自殺率が上昇した。特に自殺を試みた事のある10代では、ベンラファキシンに切り替えた後の自殺企図や自傷行為は、他のSSRIに切り替えた患者よりも、有意に6割多かった。
1990年代になると、親会社であるNewspaper Publishing社が経営難に陥っていることが明らかになった。1980年代に創刊されたいくつかの他紙は、採算性を確保するに足る定期購読者層を確立することなく、急速に破綻していったのだが、インデペンデント紙も同様の問題を抱えていた。そこで、大陸ヨーロッパの2つのメディアグループが同社に少額の出資をした。他の多くのメディア企業も、多くの理由から、経営難にあえぐ同紙のより完全な経営権を取得することに関心を持っていた。Tony O'ReillyのメディアグループとMirror Group Newspapersの両者は1994年半ばまでに同社に多額の出資を実施した。また、1995年3月に、Newspaper Publishing社は、株主割当発行により、O'Reilly（43%）、MGN（43%）、Prisa（スペインEl Pais紙の発行元、 12%）の3社に自社株分割を行い、経営が再建された。1996年4月、さらに財政整理が行われ、1998年3月、O'Reillyは3000万ポンドでNewspaper Publishing社の残りの54%の株式を取得し、債務を承継した。Brendan HopkinsがIndependent Newsの代表となり、Andrew Marrがインデペンデント紙、Rosie Boycottが日曜版の編集長に任命された。Marrは短命だったものの劇的なデザイン変更を取り入れ、幾ばくか重要な支持を得たが、販促予算が限られていたこともあり、商業的には大部分が失敗であった（Marrは後に、半自伝的著作「我が職業（My Trade）」の中で、これらの改革は無謀であったと認めている）。Boycottは1998年4月に退職し（The Daily Express紙へ移籍）、Marrも1998年5月に後に続き（後にBBCに政治部部長として入社）、Simon Kelnerが新編集長となった。このときまでに、同紙の発行部数は20万部以下にまで落ち込んでいた。Independent Newsは発行部数改善のために多額の支出をし、同紙は多くのデザイン変更を実施した。発行部数は改善したものの、1989年の部数には届かず、黒字にも戻らなかったため、解雇と緊縮財政が行われ、記者たちも離れてゆき、社内の士気も低下した。1995年から同社取締役で、かつてはSunday Times紙の重要人物であったIvan Fallonは、Hopkinsの後任として2002年7月にIndependent News & Mediaの代表となった。同紙は現在、毎年約500万ポンドの赤字を出しているが、2004年3月時点では、2005年までに黒字に転換すると予測している。時折物議を醸す著名な配給ジャーナリスト（syndicated journalist）のRobert Fiskはインデペンデント紙に寄稿している。そして、彼の中東からの報道は、イスラエル・パレスチナ問題が論じられる英語のウェエブサイトではどこでも、広くそして一貫して引用されている。