こうした武衛家の内訌と足利将軍家・管領畠山氏の後継者争いなどに絡んだ守護大名の派閥抗争が応仁の乱に発展すると、義敏は細川勝元率いる東軍に属し、京都の戦乱を後目にいち早く越前において西軍の義廉陣営を掃討していくなど戦果を上げた。また将軍義政を擁する東軍に属したことで、応仁2年（1468年）7月には義敏・松王丸（のちに元服して義良）父子に武衛家家督と三ヶ国守護がそれぞれ返還（西軍内では依然として義廉が武衛家当主及び三ヶ国守護扱い）されるなど、義廉陣営に対して有利な立場に立った。文明3年（1471年）、越前国主の座を見返りに朝倉孝景が東軍へ寝返り、越前で実力支配を展開していった。この時、義政は孝景が合戦を起こしても行動しないように義敏に命じたので中立化したが、やがて越前の西軍勢力を駆逐した孝景の勢力の前に義敏は苦境に立たされる。最後は越前統一を目前とした孝景に対抗するため、越前大野の土橋城に籠もるものの、文明7年（1475年）末に孝景の総攻撃を受け、孝景によって京都に送り帰された。これを記述する『応仁記』は、西軍方であった甲斐氏が義敏に加担したとするが、甲斐氏が義敏と結んだ事実は確認できず矛盾があり、この記事は虚偽であるとする見解もある。記録などから義敏と孝景の対立の公然化が確認できるのは、義良（後に義寛）が越前に下向する文明11年（1479年）以降である。義良は越前奪還の兵を出し、また幕府にたびたび訴訟を起こすが（長享の訴訟・延徳の訴訟）、ついに越前の回復を果たせなかった。
寛正2年（1461年）9月、幕府の関東政策により、松王丸に替わって堀越公方執事渋川義鏡の子である斯波義廉が武衛家を継承した（興福寺尋尊の『大乗院寺社雑事記』寛正2年8月2日条は、朝倉孝景・甲斐敏光がこれに関与していたとする。ただし、孝景・敏光は遠江と関東に出陣していたため、この説は疑問）。そのため、義敏は反義廉となって将軍側近などに対し、復帰工作を行うようになる。 渋川義鏡が関東経略に失敗し、将軍義政の不興を買ったことで、義敏の立場も改善に向かっていく。寛正4年（1463年）11月、将軍義政は側近の伊勢貞親、季瓊真蘂らの進言を容れ、生母日野重子の逝去に伴い義敏を赦免した。この時は京都への復帰は認められず、ようやく寛正6年（1465年）10月22日に至って上洛を許す御内書が出たのを受けて義敏は周防を立ち、12月29日に上洛、翌30日に父大野持種とともに将軍に拝謁した（『蔭涼軒日録』、『大乗院寺社雑事記』は対面を29日のこととする）。これを知った義廉が将軍に迫り、分国は引き続き義廉が支配するようにとの幕府奉行人奉書が同30日付で出された。興福寺の尋尊は義政の意図を図りかねて困惑している。文正元年（1466年）7月23日、幕府は義敏を武衛家家督に復し、8月25日に尾張・遠江・越前3ヶ国の守護に任じた。家督を奪われた義廉は岳父山名宗全を頼り、一色義直・土岐成頼らも義廉に味方する。さらに、同年に伊勢貞親の助言で大内教弘の子政弘が赦免されると、これに反対する細川勝元も貞親に敵対し、9月6日に貞親・真蘂・赤松政則らの失脚（文正の政変）に発展した。14日に義敏の守護職と家督は剥奪され、再度義廉が任命された。
ペイトリオッツは第8週のピッツバーグ・スティーラーズ戦、第9週のジャイアンツ戦に連敗したが残り試合を全勝し、13勝3敗の成績でAFC東地区優勝、AFC第1シードでプレーオフ出場を果たした。プレーオフでもデンバー・ブロンコス、ボルチモア・レイブンズを破り4年ぶり7回目のスーパーボウル出場を果たした。ビル・ベリチックがヘッドコーチになってからでは5度目の出場となるがこれはトム・ランドリーと並ぶ史上2位である（1位は6回出場のドン・シュラ）。チームはNFL3位の513得点をあげた。12年目のQBトム・ブレイディはパス成功率65.6%で自己ベストの5,246ヤード、39TD、12INTでQBレイティング105.6、ランでも109ヤードを走って3TDをあげて7回目のプロボウルに選ばれた。ブレイディのメインターゲットのWRウェス・ウェルカーはNFLトップの122回のキャッチで1,569ヤード、9TDをあげてプロボウルに選ばれた。TEロブ・グロンコウスキーはいずれもタイトエンドとしてのNFLシーズン記録となる1,327ヤード、17TDをあげてプロボウルに選ばれた。もう1人のアーロン・ヘルナンデスは79回のキャッチで910ヤードを獲得、7TDをあげた。またベテランWRディオン・ブランチが51回のキャッチで702ヤード、5TDをあげた。シンシナティ・ベンガルズから加入したチャド・オチョシンコは限定的な起用にとどまった。ランではベンジャーヴィス・グリーン＝エリスが667ヤード、11TD、ステヴァン・リドリーが447ヤード（平均5.1ヤード）を走り、ダニー・ウッドヘッドがランで351ヤード（平均4.6ヤード）、キックオフで437ヤードをリターンした。オフェンスラインではローガン・マンキンス、ブライアン・ウォーターズの2人がプロボウルに選ばれた。ディフェンスではヴィンス・ウィルフォークが3.5サック、2インターセプト、1ファンブルフォースをあげてプロボウルに選ばれた。またアンドレ・カーター、マーク・アンダーソンがそれぞれ10サック、2ファンブルフォースをあげた。彼らの後ろではLBロブ・ニンコヴィッチが74タックル、6.5サック、2インターセプトをあげた。ディフェンスバックでは入団から3シーズンでわずか1回のインターセプトであったカイル・アリントンがNFLトップの7インターセプト、チームトップの88タックルをあげたが人材不足によりWRのジュリアン・エデルマン、マシュー・スレイターも起用された。シーズン開幕前にロバート・クラフトオーナーの妻、マイラが亡くなったため、このシーズン選手たちは彼女のイニシャルであるMHKというワッペンをつけてプレーした。