マラーター同盟内では、1794年にシンディア家当主マハーダージー・シンディアが、1795年にホールカル家当主アヒリヤー・バーイー・ホールカルという2人の強力な諸侯が死亡し、また同年にはマラーター王国では宰相マーダヴ・ラーオ・ナーラーヤンが自殺するなど、混乱の様相を極めていた。1796年12月にマラーター王国の宰相となったバージー・ラーオ2世は、第一次マラーター戦争の原因となった元宰相ラグナート・ラーオの息子であったため、マラーター諸侯との関係は険悪だった。バージー・ラーオ2世はホールカル家のヤシュワント・ラーオ・ホールカルと特に仲が悪く、1801年4月にはその弟ヴィトージー・ラーオ・ホールカルを「ゾウによる踏み付け」という極めて残酷な方法で処刑したため、両者の争いは決定的となった。1802年10月25日、ヒンドゥーの祭礼の日、ヤシュワント・ラーオは宰相府とシンディア家の軍を破り、プネーを占領した（プネーの戦い）。バージー・ラーオ2世はボンベイのイギリスのもとへと逃げざるを得なかった。この内紛に際し、リチャード・ウェルズリーは総督の権限を行使し、自らこの問題に介入することにした。そして、12月31日にバージー・ラーオ2世はイギリスの援助を得るために軍事保護条約バセイン条約に調印してしまった。イギリスはあっさりとマラーターとの関係に決着をつけたかのように思えたが、リチャード・ウェルズリーは一つ勘違いをしていた。荒々しくも勇猛で、そして誇り高きマラーターの戦士が一戦も交えずに引き下がるなど、とても有り得ない話であった。
1799年5月、イギリスは第四次マイソール戦争において、マイソール王国の首都シュリーランガパトナを落とし、その君主ティプー・スルターンを殺害した。これにより、マイソール王国はイギリスの従属国、つまり藩王国の地位に落とされ、その植民地の一部となった。次にイギリスが目を付けたのは、デカンおよび南北インドに広大な領土を持つマラーター同盟だった。マラーター同盟はムガル帝国の衰退後、インドでもっとも強大な政治勢力であった。1761年の第三次パーニーパットの戦いの敗戦後、マラーター同盟の結束は崩れたが、依然としてそれは変わりなかった。とはいえ、マラーター同盟は宰相や諸侯間の間で内紛が多かったのも事実である。イギリスもその争いに目をつけており、第一次マラーター戦争で介入して数年の間争い、最終的には撤退を余儀なくされていた。マラーターはイギリスがインドを植民地化するうえで、打倒せねばならない勢力であった。
6月5日、心房細動の手術を行うため長期欠場することを発表。10月28日、後楽園ホール大会における杉浦貴&拳王vs中嶋勝彦&LEONA戦にて復帰。
1月31日、鈴木軍入りしてから横浜文化体育館大会でGHCヘビー級王座をかけて王者・丸藤に椅子攻撃を連発後、オリンピック予選スラムを決めて勝利し5年ぶりに同王座を戴冠した。5月28日、潮崎に敗れてGHCヘビー級王座陥落。7月30日、潮崎とのランバージャックデスマッチに勝利し最多タイとなる3度目のGHCヘビー級王座獲得に成功。10月23日、中嶋勝彦とのGHCヘビー戦に敗れ、王座から陥落。12月2日、メインイベントのGHCヘビー級選手権試合、中嶋vs鈴木みのる戦の試合後、鈴木軍のメンバーを蹴散らし、そして敗れた鈴木に裏切りのオリンピック予選スラムを決めて鈴木軍から脱退。翌3日のディファ有明大会、メインイベントで急遽カード変更によって鈴木との一騎討ちを行った。33分30秒の激闘の末オリンピック予選スラムで勝利を収め、これで杉浦は事実上鈴木軍をNOAHマットから追放した形となった。試合後には丸藤から再び共闘を呼び掛けられ握手を求められるもこれに応えず、一人でNOAHの選手全員と戦うことを表明した。
1月10日、The Mighty Don't Kneelに敗れ、GHCタッグ王座から陥落する。4月19日から5月4日にかけて行われたグローバル・タッグリーグ戦では前年同様田中と組んで出場し、決勝戦でK.E.S.を破り2年連続の優勝を果たす。5月10日、鈴木軍に流出したGHCタッグ王座をかけてK.E.S.に挑戦したが敗れ、王座奪取はならなかった。9月19日、鈴木の持つGHCヘビーに挑戦したが敗れた。その後は飯塚高史と抗争を繰り広げる。12月23日、飯塚とのシングルマッチに勝利するが同日のメインで鈴木を破り、GHCヘビー級新王者となった丸藤に裏切りのオリンピック予選スラムを仕掛け、鈴木軍に電撃加入を果たした。翌24日、ノアは杉浦の選手会会長の解任を発表した。
10月21日にまずナショナルリーグでメッツ（東地区）が、そして23日にはアメリカンリーグでロイヤルズ（中地区）が、それぞれリーグ優勝を決めてワールドシリーズへ駒を進めた。メッツが所属するナショナルリーグ東地区では当初、ワシントン・ナショナルズが優勝の最有力候補とみられていた。しかしメッツは開幕6戦目から11連勝し、その後もナショナルズとの首位争いを展開して、前半戦終了時点では2.0ゲーム差の2位につけた。後半戦に入ってトレードで複数の選手を補強すると、そのなかでも特にヨエニス・セスペデスが57試合で17本塁打・44打点を記録するなどの活躍を見せ、チームの勢いを増す。8月3日に単独首位に立ってからも、ナショナルズが後半戦35勝40敗と失速するのを尻目に勝利を積み重ね、9月26日に9年ぶりの地区優勝を決めた。セスペデスらを擁する打線がリーグ7位の総得点を奪う一方、投手陣は防御率がリーグ4位で、ジェイコブ・デグロムやマット・ハービーら若手の活躍が光った。地区シリーズではロサンゼルス・ドジャースを3勝2敗で、リーグ優勝決定戦ではシカゴ・カブスを4勝0敗で、それぞれ破った。ロイヤルズは前年のワールドシリーズ制覇をあと1勝届かずに逃していたが、この年ふたたびシリーズの舞台へと戻ってきた。前年が地区優勝ではなくワイルドカード枠でのポストシーズン進出だったのに対し、この年は6月8日以降ずっと地区首位の座を守ったままシーズンを進めていく。しかも、7月終了時点では2位ミネソタ・ツインズとのゲーム差を8.0まで広げていたにもかかわらず、トレードでジョニー・クエトとベン・ゾブリストを獲得し、さらに戦力を向上させた。その結果、ロイヤルズの地区優勝は9月24日に、MLB全6地区のなかで最も早く決まった。チーム成績は総得点がリーグ6位で防御率が同3位。ロレンゾ・ケインやマイク・ムスターカスら1年前を経験した選手が成長し、その後にFAで加入した新戦力も活躍した。地区シリーズではヒューストン・アストロズを3勝2敗で、リーグ優勝決定戦ではトロント・ブルージェイズを4勝2敗で、それぞれ下した。