1997年以降、表舞台に出る機会が減少したため、引退の真相は不明だったが、2004年にテイラーが「ジョンは事実上、引退している」と発言したほか、クイーンと付き合いの長い東郷かおる子が寄稿したクイーン+ポール・ロジャース日本公演（2005年）のパンフレットには「音楽業界から引退」と記載された。クイーンの広報担当者が『Daily Mail』紙に語ったところによると、バンドが運営する事業の平等な株主でもあり、資産も多く、引退後はひっそりと暮らしているという。メイは「今の生活は彼が選んだことだし、僕らにも連絡はないんだ。ジョンは最初から繊細な人だったからね」、テイラーも「一切、音沙汰はない」と語っている。テイラーによると、元来、ディーコンは表舞台に出るのが苦手で、音楽業界の慌ただしさや狂騒をストレスだと感じていたようで、マーキュリーが亡くなったことで、さらに内にこもるようになってしまったという。それでも「今でも俺達と同じクイーンの一員であることに変わりはないよ」と話している。また、イギリスのリッチリストによると、「ジョン・ディーコンはツアーには参加しなかったが、著作権使用料と『ウィ・ウィル・ロック・ユー』の長きにわたる成功により、利益を得た」とされている。近年ではMySpace上に自分のページを設けたり（すぐに閉鎖）、時折、自らのファンサイトに書き込みをするなどしている。
ディーコンは、ボーカルをしなかったため、クイーンの他のメンバーのようにソロアルバムを発表することはなかった。クイーン以外のミュージシャンとコラボレートして発表した作品はいくつか存在する。1983年にシン・リジィのスコット・ゴーハム、バッド・カンパニーのサイモン・カークとミック・ラルフス、プリテンダーズのマーティン・チェンバースらと“MAN FRIDAY and JIVE JUNIOUR”名義で、ジャム・セッションから生まれた“Picking Up Sounds”を、また1986年には、イギリス映画『Biggles』のための即席ユニット“The Immortals”名義で、ディーコンが作曲に携わった“No Turning Back”をそれぞれシングル発表している。どちらも、商業的に成功することはなかった。後者の“No Turning Back”は、後に本田美奈子が「ルーレット」と改題して日本語カバーしている。
ジョン・コルトはコネチカット州ハートフォードに生まれた。父親クリストファー・コルト(Christopher Colt)は農夫で、職業を変えて実業家になったとき一家をハートフォードに移した。クリストファーは、最初の妻サラ(Sarah)（旧姓コールドウェル(Caldwell)）とのあいだに8子をもうけた。2人は幼年期に死んだ。ジョンが13歳であったときに長姉マーガレット(Margaret)が結核のために死亡した。そして彼の弟サミュエル・コルトは、コルト製造会社(Colt's Manufacturing Company)の設立をつうじて名声と富を得た。ジョンが9歳であったとき、父親は彼をホプキンス・アカデミー(Hopkins Academy)に入れた。翌年、父親は彼にやめさせたが、これはひとつにはこの少年が常に問題をおこし、ひとつには父親が1819年恐慌で財産を失ったからである。コルトが11歳であったとき、母親が結核で死去した。彼とその同胞（きょうだい）は当時、父親の姉妹ルークリーシャ・コルト・プライス(Lucretia Colt Price)に面倒を見てもらっていたが、2年後クリストファーはオリヴィア・サージェント(Olivia Sargeant)と再婚した。クリストファーはオリヴィアとの間にさらに3子をもうけた。金詰まりであったので、オリヴィアは、義子らは学校教育を受けるよりも仕事に就かせるべきであると主張した。コルト家の兄弟らはただひとり生き残っている姉妹サラ・アン(Sarah Ann)に愛着するようになり、やがて彼女は下女として働くために親戚の家に遣られた。ジョンは生涯ずっと、彼女およびマーガレットの髪の房を保管していたことが知られる。14歳で、コルトは、コネチカット州マールボロ(Marlborough)のユニオン製造会社(Union Manufacturing Company)の簿記係助手(an assistant bookkeeper)として働いた。1年もしないうちに仕事をやめてニュー・ヨーク州オールバニに移った。1826年にハートフォードに戻り、3ヶ月間あるアカデミーで勉強した。1827年にメリーランド州ボルチモアの女子神学校(a ladies seminary)の数学教師の職を見つけ、1年間勤めた。1828年に、ペンシルヴェニア州ウィルクスバリ付近の運河の監督技師(a supervisory engineer)になった。翌年、姉妹のサラ・アンがヒ素を飲んで自殺をとげた。それを彼女の義母との争いのせいにした新聞もあれば、彼女は「労働する運命を病的な見方をし」("took a morbid view of her doom to labor")てやがて彼女の「堅忍不抜さと精神が崩れた」("fortitude and her mind gave way")と言った新聞もあった。この喪失にうちひしがれて、ジョンは「国を離れて死ぬまで異国で過ごす」("leave the country and pass the rest of his days in some foreign land")ことを誓った。絶望して、アメリカ合衆国海兵隊に入隊した。彼への命令はコンスティチューションでの地中海巡航であった。病気のために彼は船で兵役に就くことができなかったし、そして彼はアンダーソン大佐(Colonel Anderson)のためにノーフォークで事務員として働いた。コルトは海兵隊員として3ヶ月を過ごし、軍隊生活に幻滅を感じた。湿度の高い港で事務職をつとめることは彼が心に描いていた冒険ではなかった。彼はそれでもまだ具合はひどく悪かったが、しかし医療的除隊ほどには悪くはなかったので、彼はマサチューセッツ州ウェア(Ware)の農夫「ジョージ・ハミルトン」("George Hamilton")の名前で、自分の未成年の息子がジョン・コルトの名前でいつわって入隊していると述べる手紙を偽造した。彼は兄弟ジェームズ宛てに手紙を出し、これをウェアからアンダーソン大佐宛てに投函してくれるように依頼した。アンダーソンは手紙を受け取って複数日以内に、詐欺的な入隊ではなくコルトの病気を理由として引証して、コルトを除隊させた。除隊するやいなや、コルトは、いとこダドリー・セルデン(Dudley Selden)の法律事務所事務員として1年間を過ごした。同時に、彼はリヴァーボート・ギャンブラー(riverboat gambler)になり、二股を掛ける情婦をめぐって決闘を挑まれた。決闘は決してしなかったが、このことは、荒くれた街のけんか好きなばくち打ちとしてコルトの過去の経緯の一部になった。彼はバーモント州バーリントンのバーモント大学の討論コーチとして1830年にバーモント州に行った。しかしながら彼は結核の兆候のために1年後に去った。コルトはそれから五大湖に行き、ミシガン州の、五大湖に接した農場を買った。しかしながら結核の兆候が表面化し、そして彼はまもなくオハイオ州シンシナティに向かい、そこで彼はアメリカ初の通信教育課程の1つの教師となった。彼はまた、ボヘミアンのサークルの中心となり、友だちのなかにはジョン・ハワード・ペーン(John Howard Payne)やハイラン・パワーズ(Hiram Powers)をかぞえた。そこから、彼はアメリカじゅうで多くの冒険的事業を試みた:テキサスで土地相場師、ニューヨークでせっけん製造業者、ジョージアで野菜卸売業者、フロリダで毛皮商人、衣料品商人、ニューオリンズでマルディグラの仮面舞踏会の企画者。