出所後、アルはボルチモアのユニオン記念病院で、梅毒の治療を受けることになる。4ヶ月の治療の後、アルと家族はフロリダのパームアイランド島にある家で生活する。この頃、アルの家には暗黒街の人間が訪れてきて、アルと雑談をしたり、他の兄弟と商談をしたという。第二次世界大戦の1945年、アルは梅毒治療として、民間人で初めてペニシリンを投与されたが、病気が進行しすぎていたため、効果はなかった。1947年1月25日土曜日の東部標準時午前7時25分、アルは脳卒中に伴う肺炎により死亡した。出所してから死亡するまで、かつて牛耳ったシカゴへは戻ることはなかった。アルは土曜日に死亡したので、各紙の日曜日版には大きく報じられた。ニューヨーク・タイムズはこのことを「悪夢の終わり」と伝えた。1947年2月4日に行われた葬儀の会葬者の中には、かつて「アルの側近」だったジェイク・グージックや、後に「シカゴの大物ボス」になるマレー・ハンフリーズの姿もあった。
1932年8月22日にアルカトラズ刑務所に到着。通常囚人は列車から船に乗り換えて刑務所に移送されるが、カポネの逃亡及び奪還を恐れた当局は客車から彼を降車させず、客車をはしけに乗せて直接刑務所まで船でけん引して移送した。囚人番号は#Az-85号になる。刑務所の中では風呂場の掃除係として従順に刑に服しており、他の囚人からは「wop with the mop（「モップを持ったイタリア野郎」の意。wop（ウォップ）はイタリア系に対する蔑称）と呼ばれていた。刑務所所内での態度は良好で、週末には囚人仲間とバンジョーを演奏して楽しんでいたという。しかし、次第に若年時に感染した梅毒が悪化し始める。1936年に囚人によるストライキがあったがアルは参加しなかった。このことで他の囚人から「妻と子を殺してやる」などの脅しを受けた。すると、アルは独房で毛布を頭からかぶり泣いていたという。この子供じみた行動も梅毒による痴呆症状だが、看守や囚人たちはそれと知らないので、長い刑務所暮らしで頭がおかしくなったのだろうと思っていた。1936年6月23日にはジミー・ルーカスという囚人に刃物で刺されるという事件があった。原因はルーカスがアルから金をゆすろうとしたが断ったのと、ストに参加しなかったこと。ルーカスはその後、6ヶ月間の隔離棟での生活で狂人になったという。その後、アルの梅毒はますます悪化し、心身は衰弱していった。1938年の検査で初めて梅毒が発覚し、刑務所の医師は症状の改善を期待してマラリアを接種したが、ほとんど効果はなかった。1939年1月にロサンゼルス近くの連邦矯正施設に移送され、そこで残りの刑期の1年近くを過ごす。同年10月25日、FBI捜査官のD・W・マジーがアルを面会した。彼はこの時の面会について、アルは現実と妄想の区別が付かず、理性を失っていたと感じたという。同年11月16日、アルは釈放された。このときのアルはクック郡刑務所に入るときの身なりがよく自信に満ちあふれた人物とは別人であったという。
創祀の年代等は不詳。『新抄格勅符抄』所収の大同元年（806年）の牒に神護景雲4年（770年）に神封1戸が充てられたことが見え、当時には祭祀が行われていたことがわかる。創建当初は現鎮座地よりも更に奥まった山裾に鎮座し、豪雨による山崩れと参拝の便から現鎮座地へ遷されたとされる。ただし、年代も含めてそれを証する記録は残されていない。鎮座地周辺には園部町口人（くちうど）の安谷古墳群を始めとする古墳が散在しているほか古銭出土地もあり、当地一帯が早くから開けた地であった事がうかがわれる。仁寿2年（852年）、勅使が差遣されて奉幣がなされた。『延喜式神名帳』には「丹波国船井郡 麻気神社」と記載され、名神大社に列している。また、延喜17年（917年）の文書中に、当神社の祝部である大宅という人物が見えている。これは保証人として名を連ねるほどの有力者であったと思われ、神社としても平安時代における当地の有力社であった様子がうかがわれる。しかしながら、宝暦年間（18世紀中頃）に祝融の禍に遭い古記録を焼失したといい、その後の沿革は詳らかでない。九品寺の縁起によれば、白河天皇の皇子・覚行法親王が九品寺の中興開山となった縁で承暦3年（1079年）に同寺への行幸があった。同寺の鎮守であった当社には「船井第一麻気大社」の勅額を下賜して神事祭礼を復興させたとたとされる。この白河天皇の行幸関連は後世の附会と思われている。しかしながら、長享2年（1488年）5月に翌年の当社の頭役を担当する九品寺の僧坊が定められ、半年後の同3年正月にも同様のことが行われており、これより以前に同寺の影響下にあったことはうかがわれる。応永31年（1424年）の文書にある「麻気社」も当社を指し、これも九品寺の影響下にあった事を示す記録と思われる。しかしその後は次第に衰退したものとも思われている。江戸時代に園部藩藩主小出氏の崇敬を受けて復興し、元禄年中（17世紀末）には本殿の修理を始め覆屋や拝殿・楼門・石鳥居等の再建、造営といった社頭整備が藩費によって行われた。また、小出氏歴代の祈願所とされて藩主の直参や代参が行われ、胎金寺が別当寺と定められた（本寺は九品寺）。宝暦11年（1762年）12月18日夕刻、近接していた胎金寺の庫裏からの失火が延焼し、社殿を含む境内一円がほぼ全焼、この時に古記録・宝物類も失われたという。社殿の再建は宝暦14年（1764年）から行われ、藩主小出英持の援助や氏子の寄進により明和4年（1767年）7月に完成した（現本殿ほか）。明治の神仏分離で別当胎金寺を廃し、同6年（1873年）に近代社格制度において郷社に列した。その後、同43年（1910年）には神饌幣帛料供進社の指定を受け、大正5年（1916年）3月6日に府社に昇格した。