1347年（もしくは1348年）に、12代目チャガタイ・ハンのドゥアの子であるエミル・ホージャの落胤とされるトゥグルク・ティムールがドゥグラト部の貴族プラジに擁立されて東チャガタイ・ハン国のハンに即位する。このトゥグルク・ティムールが、モグーリスタン・ハン国の創始者とされる。西チャガタイ・ハン国は有力者カザガン親子の死後に群雄割拠状態に陥ると、トゥグルク・ティムールは1360年と1361年の2度にわたって遠征を行い、一時的に東西チャガタイ・ハン国を再統一した。トゥグルク・ティムールは息子のイリヤース・ホージャを後継者に指名するが、1365年にイリヤース・ホージャはプラジの兄弟カマルッディーンによって暗殺される。カマルッディーンはハンを称するが、チンギス統原理を尊重する部族長たちはカマルッディーンの即位を認めず、モグーリスタン・ハン国は長期の内戦状態に陥った。1370年のティムール朝の建国後、ティムールは1371年から1390年にかけてカマルッディーンの侵入を牽制するために7回以上のモグーリスタン遠征を行った。トゥグルク・ティムールの子ヒズル・ホージャはカマルッディーンに追放されてウイグルスタン方面に逃れ、この地で再起を図っていた。1388年頃、カマルッディーンは甥のホダーイダードによってモグーリスタンを追放され、ホダーイダードはヒズル・ホージャを支持した。1390年にカマルッディーンは消息を絶ち、ヒズル・ホージャはティムールと講和した。1397年頃にモグーリスタン・ハン国とティムール朝の間に婚姻関係が成立、1400年頃にティムールの孫ミールザー・ウマルがウイグルスタンに侵入した。モグーリスタン・ハン国は明の洪武帝の元に使節を送り、ティムールが中国への遠征を計画していることを訴え、援助を求めた。モグーリスタン・ハン国と明の間に軍事同盟は締結されなかったものの、両国の間で隊商が往来するようになり、モグーリスタン・ハン国はシルクロード交易によって莫大な利益を得る。朝貢関係が成立したことで明はモグーリスタン・ハン国が冊封体制に組み込まれたと見なしたが、交易によって中国と西域の経済・文化交流が促進された。新たなドゥグラト部の当主となったホダーイダードはヒズル・ホージャからワイスに至るまでの6人のハンを擁立し、ドゥグラト部の当主は1533年まで強力な権限を世襲した。
自国で編纂された史料に恵まれているティムール朝とは対照的に、モグーリスタンの人間が自国の事情を記録した史料は乏しい。モグーリスタンに関する情報の多くは、16世紀のドゥグラト部の歴史家ミールザー・ムハンマド・ハイダルの著書『ラシードの歴史（Tarikh-i-Rashidi）』に由来する。
1944年（昭和19年）7月20日附で秋津洲は連合艦隊附属となる。8月1日、第三段作戦新兵力部署の発令により、秋津洲は第一遊撃部隊（略称１ＹＢ）指揮官栗田健男中将・第二艦隊司令長官に編入された。8月30日まで呉で戦備作業を実施した。9月8日、ヒ75船団の護衛艦（空母神鷹、第30駆逐隊〈夕月、卯月〉、海防艦3隻〈三宅、満珠、干珠〉）、加入船舶（秋津洲、西貢丸、浅間丸、雄鳳丸、良栄丸、日栄丸、万栄丸、あまと丸、東邦丸、せりあ丸）は、シンガポールを目指して日本本土（門司）を出撃。立ち寄った先の伊万里港では、秋津洲の内火艇が船舶間の連絡に用いられることになった。9月12日夕刻に浅間丸は台湾基隆市へ向かい、残るヒ75船団は9月13日に高雄市へ到着。9月14日、護衛艦3隻（海防艦18号、水雷艇鵯、第28号掃海艇）と油槽船3隻（富士山丸、黒潮丸、大邦丸）を加えて出港する。9月17日、水上機母艦秋津洲、特設巡洋艦西貢丸、30駆司令澤村成二大佐指揮下の第30駆逐隊（夕月、卯月）はヒ75船団から分離してフィリピンマニラ港へ向かう。夕刻、駆逐艦秋風（第30駆逐隊）が合流する。9月18日午前10時40-50分頃、アメリカの潜水艦フラッシャー(USS Flasher, SS-249)の雷撃で、西貢丸は轟沈。第30駆逐隊（夕月、卯月）は対潜掃蕩作戦を行い（19日夕刻マニラ着）、秋津洲は秋風と共に退避するも途中で秋風を対潜掃蕩へ向かわせた。秋津洲も単艦でマニラに先行した。だが同地は既にアメリカ軍機動部隊の脅威にさらされていた。9月21日午後、マニラ湾で出撃準備中だった駆逐艦皐月（第30駆逐隊所属）が、アメリカ軍機動部隊艦載機の攻撃で沈没した（生存者は給糧艦伊良湖等に救助）。皐月沈没の直前、第30駆逐隊（卯月、夕月、秋風）は別の船団を護衛してマニラを離れていた。皐月沈没の他にも、マニラ停泊中や近海行動中の輸送船やタンカーは大損害を受けた。そこで日本軍は、アメリカ軍機動部隊艦載機の行動圏外と判断していたコロン島（コロン湾）に、日本側艦船を退避させることにした。9月23日昼過ぎ、第三南遣艦隊はマニラからコロン湾に避退した艦船に、マニラへ戻るよう命じる。だがアメリカ軍機動部隊は去っていなかった。9月24日、秋津洲は退避した先のコロン湾で、特務艦（元水上機母艦）神威等と共に米空母艦載機の攻撃を受ける。秋津洲は対空戦闘で撃墜1機を記録するも、午前9時頃に直撃弾を受けて爆発。間もなく沈没した。秋津洲の他に、給糧艦伊良湖、給油艦興川丸等も沈没した。秋津洲が工作艦として第一遊撃部隊を支援する機会はなかった。また3日間の空襲で、日本軍は艦艇7隻、船舶31隻を喪失。神威船団が第一遊撃部隊（栗田艦隊）用にはこんできた重油など、貴重な資源と資材を大量にうしない、レイテ沖海戦での作戦行動にも影響を与えた。11月10日、軍艦秋津洲は水上機母艦から削除。また空母雲鷹、潜水母艦迅鯨等と共に帝国軍艦籍から除籍された。秋津洲最後の艦長となった藤牧大佐は、12月5日より運送艦（特務艦）神威特務艦長となった。ビサヤ諸島の戦いでコロン湾が米軍に占領された後、海面に油膜が浮かんでくるのを確認した米軍は潜水艦救難艦｢チャンティクリアー｣（USS Chanticleer, ASR-7）による調査を行い、終戦直後の1945年（昭和20年）8月28日、水深33m地点に沈んでいる秋津洲を発見した。現在ではダイビングの沈船スポットになっており、2015年時点でも海底に沈む秋津洲の船体を観察することができる。