左右相称動物は、成体の口が発生過程で生じる原口に由来する旧口動物と、そうでない新口動物に2分される。触手冠動物のうち、腕足動物と外肛動物の口は原口に由来しない。また、3体部性の体制や、放射卵割、腸体腔由来の体腔などの特徴も、他の新口動物と共通するものである。そのため新口動物に含むとされることが多かったが、キチン質を持ちシアル酸を持たないなどの旧口動物的な特徴も持つため、異論もあった。分子系統学の研究は、触手冠動物の3群を旧口動物、そのなかでも冠輪動物と呼ばれるグループに含めることを支持している。はじめは18SリボソームRNAの塩基配列を用いて推定されたものだが、他の細胞核遺伝子やミトコンドリアDNAによる研究も、同様の結果を支持した。少なくとも外肛動物と腕足動物は、冠輪動物に特有のHox遺伝子を持つことも確認されている。一方で、触手冠動物が新口動物の形態的・発生的特徴を持つのもまた事実であり、それを重視して触手冠動物を新口動物に含める意見もあるが、それらの特徴は左右相称動物の祖先形質あるいは収斂進化によるもので、系統を反映したものではないと考えれば、形態の知見は分子系統学の結果と必ずしも矛盾しない。
伝統的に、触手冠動物は新口動物に属する単一の分類群であると考えられていた。しかし、研究が進むにつれて、触手冠動物が新口動物であるとする考え、3つのグループが単系統群になるとする考えの両方が疑問視されている。
触手冠動物の成体は3節構造を示す。すなわち、体は前体、中体、後体の3部に分かれる。触手冠は中体から生じる。前体は縮小して口上突起になるか、完全になくなってしまうこともある。大部分の臓器は後体にある。体外に殻や棲管、虫室を作って固着生活を送ることに適応した、U字型の消化管を持つ。すなわち、肛門が口と同じく外側に向かって開くので、排泄物は住処の奥に溜まることなく、触手冠が起こす水流によって速やかに流れ出していく。
元治元年（1864年）、福山藩は幕府に長州征討への参加を命じられ、藩主阿部正方は藩兵約6000人を率いて広島に進軍するが、幕府と長州藩との間に和睦が成立して引き返した。また慶応元年（1866年）末には、第二次長州征伐に参加のため山陰を目指して出陣した（途中正方は体調を崩し、指揮を家老内藤角右衛門に委ねる）。ちなみにこの出兵の準備中、福山城内に保管していた火薬が大爆発して櫓3棟が失われている。そして翌年6月17日、福山藩は石見国益田において大村益次郎率いる長州軍と戦闘を繰り広げ、敗走する。これは福山藩にとって島原の乱以来、実に230年ぶりの戦闘であった。その後、幕府側の諸藩は敗走を重ね、逐次撤退を開始したため、福山藩も7月23日に福山へと帰還した。これらの戦によって、そうでなくとも厳しい藩財政は破綻同然まで追い込まれるが、一方で財政建て直しの切り札として慶応元年（1865年）から福山沖で藩史上最大の大新涯（約320ha）造成が開始される。この事業は前述の第二次長州征伐参加の準備で中断されるが慶応3年（1867年）に完工する。しかし、地質の改良が進み、実際に収穫が得られるのは明治になってからであった。藩財政は後述する明治維新の緒戦などでさらに悪化し、廃藩置県までに破綻状態に陥ることになる。大政奉還の後、慶応4年1月9日（新暦1868年2月2日）、福山城が杉孫七郎率いる長州軍によって築城以来初めての攻撃を受けることになった。まず今津（松永町）に進駐した長州軍は部隊を三手に分け北、西、南からそれぞれに福山を目指した。これに対し福山藩は恭順の意を示すが、城下に迫った長州軍は北本庄の円照寺を占拠し、大砲による砲撃を手始めに本格的な攻城を開始しようとする。しかし、福山藩の実質的な首脳であった儒学者の関藤藤陰や家老三浦義建の奔走により（藩主阿部正方が直前に病死したため藩主不在であった）、長州軍は福山藩の恭順を認め備後から撤兵した。こうして福山は戦火から免れることになった。明治元年（1868年）になると、新政府から伊予国松山、播磨国西宮、大阪府天保山と矢継早に出兵を命じられる。こうした中、正方の死去を隠蔽し、安芸国広島藩から藩主浅野長勲の弟が正方の養子・阿部正桓として10代藩主に迎えられた。正桓は藩主就任直後に蝦夷箱館への出兵を命じられ、藩兵約500人が新政府軍に加わり箱館戦争で戦った。しかし、福山藩兵は七重村の戦いで榎本軍に撃退され、青森まで敗走する。その後再び戦列に加わり、箱館総攻撃では千代ヶ岡砲台を攻略した。この戦による福山藩兵の損害は死者25人、負傷者28人であった。明治2年（1869年）、正桓は版籍奉還により福山藩知事に就任する。明治4年（1871年）、旧福山藩領は廃藩置県により福山県となった。こうして福山藩は消滅するが、それでも元徳川譜代のそしりは免れることはできず、深津県・小田県・岡山県と短期間に強引な県名・県域の変更が繰り返され、最終的には明治9年（1876年）に備後地域の旧福山藩領が広島県へと移管されることになった。