全世界規模で爆発的に普及したインターネットにより、"情報の民主化"が発生。その負の影響として、ネット内では様々なハイテク犯罪が増加した。そんな状況の2003年12月、“Deadly Flash”と呼ばれるコンピュータウイルスの効果で死者7名を出す惨事が発生。ウイルス作成者である瀬戸悠里にはネットワーク犯罪史上初の死刑判決が下された。
1986年、フランス人生態学者ドミニク・ド・ミラボーの論文「地球環境における人類の包括的影響に関して」概要が発表される。その内容は人類がこのまま増加し続けると1000年以内に大気中の酸素濃度が劇的に減少。人類はもちろんあらゆる動植物が死滅する可能性があり、これを回避するには人類の生命活動を何らかの方法で休止するしかない、という荒唐無稽なものだった。1989年、環境保護団体「mama」が設立される。団体員はのちのALTIMIT社創設メンバーやエマ・ウィーラントなどが名前を連ねていた。ドミニクの論文発表から10年、起こった環境的変化が論文の詩的事象に一致していることに注目した「mama」は破滅の未来を回避するため、人類を休止する具体的な手段を模索し始めた。
『黄昏の碑文』（たそがれのひぶん）とは、エマ=ウィーラントによるネット叙事詩で、fragmentの根源となっている。エマ個人のウェブサイト上で公開され、特別なセキュリティが施されていたためオンライン上でしか閲覧ができなかった。“Pluto Kiss”（後述）が発生しウェブサイトが損害を受けた時、すでにエマは亡くなっていたために『黄昏の碑文』は永遠に失われてしまったと思われていた。しかし、一部のファンが保存したハードコピーが存在しており、ハロルドはそれを基にfragmentを作成した。1人の人間と2人の精霊を中心に物語が展開し、禍々しき波と戦う物語や、黄昏竜を探す物語などが描かれている。また、作中には禍々しい波（=八相）のほか、光の国（リョース）の王「アペイロン」や闇の国の女王「ヘルバ」など、後にプレイヤーが意図的に使用する名前も登場する。『黄昏の碑文』の題材とした小説作品『.hack//黄昏の碑文』も参照。
The World内に存在するイリーガルなエリア。凄腕のハッカーとして知られる「ヘルバ」によって設立・管理され、管理者が管理できないエリアの1つであるため、チートPCや放浪AIの隠れ家となっている。R:1においては一時的にΩサーバの代替として一部が利用され、後に正式なルートタウン化の誘いを受けるがヘルバ自身が断っている。R:2では正式なルートタウンではないものの、他のルートタウンよりも機能的なタウンとなっている。
ゲーム内に存在し特定のワードから転送される、管理者すら制御できないエリア。ただし、「Δ隠されし 禁断の 聖域」などの存在はR:1時代から知られていたが、ロストグラウンドと呼ばれるのはR:2になってからである。
3つのワードから構成される文字列で、ルートタウンで使用することで一意のフィールドやダンジョンに転送される。それぞれのワードは敵のレベル・アイテムのレベル・フィールドやダンジョンの構成・天候などの属性に影響を及ぼす。エリアワードは複数存在するサーバーで同じものが使用されており、表記の際にはサーバ名を付与して区別する。
複数の並列するサーバーが設けられており、ユーザはそのサーバー間を自由に行き来することができる。サーバーにはそれぞれルートタウンが存在し、ログイン時やフィールドから戻った際には必ずルートタウンに転送される。
プレイヤーは最大3人のパーティで冒険することができる。パーティに誘うためには相手のメンバーアドレスを有することが必須である。R:1後期には4人以上でもパーティを組めるようになっている。
戦闘システムの中核となる戦術情報処理装置としては、シースパローIBPDMSの全能発揮による対空戦機能充実を図り、国産のOYQ-5 TDS（Target Designation System）が搭載された。当初は、しらね型（50DDH）のTDS-2をもとにした、武器管制機能しかもたない純粋な目標指示装置（TDS）とされる予定であったが、対艦ミサイル脅威の深刻化を受けて、たちかぜ型（46DDG）のWESに準じたものとして機能を充実させたものである。既存の訓練・教育および機材整備体系との整合性の観点から、ハードウェアはDDGやDDHに搭載されていた装置と共通化されており、電子計算機としてはTDS-2と同じくAN/UYK-20を1基、またTDSコンソールとしてはAN/UYA-4（OJ-194）を4基用いていた。一方、ソフトウェアはすべて国産とされており、三菱電機が海自プログラム業務隊との連携下に開発した。本機はセンサー情報をもとに目標の脅威評価を行ない、シースパローIBPDMSおよび76mm単装速射砲による適切な武器の指向をリコメンドする（すなわちTEWA機能を備えた）システムであり、性能的にはミサイル護衛艦向けのOYQ-1 WESにおおむね匹敵するものとされている。WESやTDPSと比してコンパクトで、DDに求められる最小限の機能を保有していた。しかし電子計算機の性能上、将来発展余裕に乏しく、プログラムの柔軟性発揮が難しかった。また特に、コストや電力所要の制約上、標準的な戦術データ・リンクであったリンク 11を搭載できず、本来はラジオテレタイプ（RTTY）での受信用であるリンク 14を通じて受信した情報を入力するという変則的な方式を採用しているが、これは艦隊の情報共有に参加できないという点で、戦力の大きな減殺となった。なお、これらが設置される戦闘指揮所（CIC）は、抗堪性を考慮して、護衛艦として初めて主船体内の第2甲板に設置されている。従来は艦橋との交通を重視して、その後部の上部構造物内に設けていたが、SSMを被弾した際に、その命中位置が上部構造物になる可能性が高いと見積もられたことから、艦橋での戦闘指揮の補佐は次席指揮官にゆだねて、艦長は船体内のCICで指揮を執ることとされたものである。