2014年のシーズン途中に、増渕竜義との交換トレードで東京ヤクルトスワローズへ移籍。2015年はショートのポジションを大引啓次、森岡良介と争う。開幕は大引がスタメンで森岡が代打の中心となるが、5月の大引離脱後にショートでのスタメン出場の機会を得ると打撃面で活躍を見せた。自身も怪我があったが、後半戦以降は大引に代わるスタメンや代打の切り札としての起用も増え、その中で3割を超える高打率をマークして優勝に貢献した。2016年は6月17日の対埼玉西武ライオンズ戦で、炭谷銀仁朗が打ったフライ性の打球を捕ろうとして川端慎吾と衝突し、担架で病院に運ばれた。翌18日に登録抹消となったが、抹消から10日未満となる6月24日に登録され復帰した。これは、脳震盪の登録抹消特例が適用されたためで、今浪がプロ野球史上初の適用者となった。さらに、9月3日には甲状腺機能低下症により登録抹消されたが、3週間後の9月24日に一軍復帰した。2017年は5月18日に一軍登録されたが、7試合の出場のみで、29日に登録抹消。10月3日、球団より戦力外通告を受けた。本人は持病の慢性甲状腺炎（橋本病）の影響も鑑みて、引退を決断した。
2007年、日本ハム入団ルーキーながら二軍で遊撃手のレギュラーをつかみ、チーム2位の80試合に出場、打率.280の好成績を残した。12月25日、会社員であり、大学の同級生の女性と入籍。2010年は金子誠の離脱もあり、前年よりも出場試合数、打席数を大きく増加させた。2011年はチームの内野手に故障者が続出したこともあり、チーム事情に合わせ二塁手・三塁手・遊撃手などこなしスタメンに入る機会を増加させ、自己最高の84試合に出場した。2013年は6月30日の西武戦（札幌ドーム）で6番・右翼手で先発出場し、プロ入り後初めて外野の守備についた。
1964年10月6日、ミリガンはハマースミスのリリック・シアター で行われた、フランク・ダンロップの作品『オブローモフ』に出演した。この作品はロシアの作家イワン・ゴンチャロフの小説を元にしたものである。ポーリーン・スクーダモアによるミリガンの伝記では次のように書かれている。「ミリガンのファンや一般の演劇世界は、彼がストレート・プレイの世界にやってくると信じることが難しかった・・・彼は自分の動機について聞かれても本気で答えなかった。物語の中では、オブローモフは人生をベッドの上で過ごそうと決める。スパイクは自分の性格と同一視することを決め、不信感を抱くレポーターたちに、自分にとって良い癒やしとなる休養だと考えている、と述べた。これは勿論、二枚舌だった。スパイクはオブローモフに大層興味をそそられ、イワン・ゴンチャロフの小説の訳本を読んでいた」"Milligan's fans and the theatrical world in general found it hard to believe that he was to appear in a straight play ... He refused to be serious when questioned about his motives. In the story, Oblomov decides to spend his life in bed. Spike decided to identify with his character, and told disbelieving reporters that he thought it would be a nice comfortable rest for him. This was of course, prevarication. Spike was actually intrigued with Oblomov and had read a translation of Ivan Goncharov's novel." — Pauline Scudamore、ミリガンの愛着は演劇へと変換された。ところが公演初夜は不出来で、ジョアン・グリーンウッドがオルガを演じたが、彼女の夫アンドレ・モレルは、公演がとても酷い出来なのでグリーンウッドを降板させるべきだと考えたと述懐している。スクーダモアは更にこう書いている。「[役者は]誰も自分の役に全く納得していないように見え、観衆は、ミリガンのスリッパがうっかり舞台から最前列に滑り落ちてしまった時には笑い声混じりに野次を飛ばした。これはスパイクにとってストレート・プレイの終わりだった。観衆は道化師を求め、彼は道化師になった。彼は台詞を忘れてしまったり、彼らが気に入らない時には、ただ自分がよりふさわしいと感じているものになろうとした。あの夜、初夜の賑やかな賞賛は一つも無く、キャストのほとんどは帰宅して唖然としたようだった。次の夜には、ミリガンは熱心にアドリブを入れ始めた。公演のテクストはがらっと変わり始めた。役者たちは混乱し動揺したが、彼[ミリガン]について行った・・・信じられないほど、公演は仕上がっていった。状況は完全に変わった。全くひっくり返ったのだ。キューや台詞は、ミリガンが毎夜口頭で書き直すことで全く違う物になっていった。最後の週までには、『オブローモフ』は評価に打ち勝った。アンドレ・モレルは再来場し・・・そして公演後に「こいつは天才だ。天才に違いない—彼にはこの言葉しか無い。信じがたいよ—でも彼は天才だ！」と述べた。『オブローモフ』がハマースミスのリリック・シアターで記録を塗り替えた5週間の公演を終えた後、タイトルは『オブローモフの息子』[英: Son of Oblomov]に変えられて、公演はウエスト・エンドのコメディ・シアターに移った」 — Pauline Scudamore、バーナード・ブレイデンによるインタビューで、ミリガンは劇場での経験が自分にとって重要なものだと表現している。「最初あれは生計のためだったんだ。それに自分はちょっと同僚たちについて行けなくてね、自分は・・・作家席に座ったままの状態だったんだ。それから実のところ自分は全く優れた道化役者だって気付いてね・・・『オブローモフ』で、本当に酷い原稿から抜け出した自分のやり方で道化を演じるのは、自分が証明しなきゃいけなかった唯一のチャンスだったんだ・・・自分はおどけてウエスト・エンドでの成功をものにしたし、ああ、その間ずっと演劇を変えていった。あれは即興の力作だったよ・・・全てが終わった時には飽き飽きしたね、これで全てだ」"First it was a means of livelihood. And I had sort of lagged behind my confederates, that I ... remained in the writing seat. And I realise that basically I was quite a good clown ... and the one and only chance I ever had to prove that was in Oblomov when I clowned my way out of what was a very bad script ... I clowned it into a West End success and uh, we kept changing it all the time. It was a tour de force of improvisation ... all that ended it was I got fed up with it, that's all." — Spike Milligan、"All Our Yesterdays" (en)  (ITV, 1988)