数多くの病院がパリに設置されている。そのうちいくつかは特に古く、医療の伝統は中世にまでさかのぼる。651年にパリ司教だった聖ランドリーによって設立されたシテ島のオテル・デューは、パリでもっとも古い医療施設である。慈愛ともてなしの象徴であり、12世紀まではパリで唯一の病院であった。大部分の医療施設は、1849年1月10日法によって創設された公的医療施設であるAP-HP（Assistance publique - Hôpitaux de Paris、公的支援-パリ病院連合）に名を連ね、パリ市の後方支援をしている。地域圏およびパリの医療センターの役割も果たし、多くの医師や公務員を含む9万人以上が業務に従事している。5区にあるミラミオン館は、かつて病院の施設として使用されていたが、現在はAP-HPの博物館となっており、パリの医療の歴史を想起させている。AP-HPのパリ市内主要病院としては、ネッケル小児病院、コシャン病院、サルペトリエール病院、サン・タントワーヌ病院、サン・ルイ病院、ビシャ＝クロード・ベルナール病院、ジョルジュ・ポンピドゥー欧州病院を挙げることができる。他方、アンヴァリッド・軍病院はAP-HPに属していないが、保健大臣の監督のもと国防大臣に権限が委任されており、退役軍人などの治療を行っている。同様に、国立アンヴァリッド研究所 では、現役および退役軍人（その家族などの被保険者を含む）などが医療看護や外科的治療を受けられる。パリの近郊「小さな王冠」では、パリ東・クレテイユ・ヴァル＝ド＝マルヌ大学（パリ第12大学）附属アンリ・モンドール大学病院センター（クレテイユ）、パリ南大学附属クレムラン・ビセートル大学病院センター（ル・クレムラン＝ビセートル）、ル・ランシー＝モンフェルメイユ・コミューン連携医療センター、ボジョン病院（クリシー）が有名な医療機関である。「大きな王冠」においても、AP-HPに属してはいないが、いくつかのコミューン連携の総合病院が存在する。たとえば、アルジャントゥイユのビクトル・デュプイ病院やヴェルサイユ医療センターを挙げることができる。また、医療研究機関としては、1260年にルイ9世によってパリの視覚障害者救済を目的として設立されたキャンズ・ヴァン病院、いずれも軍の衛生部に属するヴァル=ド=グラース軍研究病院、ペルシー軍研究病院、ベガン軍研究病院を挙げることができる。さらに、ヌイイ＝シュル＝セーヌには、1906年に設立された社会保障非受益者のための非営利・認可私立病院であるパリ・アメリカン・ホスピタルも特筆される。パリは、フランス全土でも医師の密度がもっとも高い街のひとつである。たとえば、2005年現在、パリの一般医は5,840人を下らないが、セーヌ＝サン＝ドニ県とヴァル＝ドワーズ県には両県を合わせても3,349人の一般医しかいない。パリでは、公衆衛生を保証・保持するため、特に貧困層向けに、16の市立入浴施設が9つの区に分散設置されている。これらの入浴施設は個室を有するが、洗面具は利用者が用意することになっている。
東京都多摩市和田に多摩スタジオを所有する（最寄り駅は京王線聖蹟桜ヶ丘駅）。近年、本社機能も銀座から多摩市へ移転した。制作・版権の営業関係は関連会社を含め銀座7丁目（東銀座）の自社ビル「日本アニメーションビル」と、近隣の「北海道文化放送銀座ビル」に拠点を構えている。アニメ作品の企画を主に行っていた瑞鷹エンタープライズが、制作委託先の虫プロダクションの経営悪化を契機に、ズイヨー映像を創立し、作品の自主制作を開始する。その後1975年3月に同社の代表取締役に就任していた本橋浩一らがスタジオと多数の従業員を引き連れ、新たに「日本アニメーション株式会社」を設立。当時のアニメーション実制作部門を事実上承継、移管した。ただし、版権などの権利は移転されていない。後発ながら、東映動画（現: 東映アニメーション）、タツノコプロ、東京ムービー（現: トムス・エンタテインメント）、エイケンといったアニメ制作会社と共に、当時のアニメ制作大手5社の一角と数えられた。設立から現在までフジテレビジョン系との取引が多い。ズイヨー映像で制作途中だった『小さなバイキングビッケ』・『フランダースの犬』・『みつばちマーヤの冒険』は、残りの制作を日本アニメーションが引き継ぎ、その後も名作路線を推進していった。フジテレビで放送された『世界名作劇場』シリーズを始め、他局でも名作文学のアニメ化作品を放映し、1980年代までの日本アニメーションの一つの特色となっていた。それらの作品は日本国外への輸出も前提として製作されていた。1980年1月に版権や輸出で商社の伊藤萬と業務提携を結ぶ。2月に東京国税局から架空経費の計上などによる1億3600万円の所得隠しで摘発を受け、6900万円の追徴課税を受けた。1990年代には『ちびまる子ちゃん』が大ヒット。その後は『南国少年パプワくん』や『魔法陣グルグル』の好調もあったが、経営の柱となっていた代表シリーズ『世界名作劇場』が1997年に終了（2007年BSフジにて再開）。1998年6月に自社キャラクターを活用したテーマパーク「日本ファンタジー・ワールド」の開発構想を発表。日本アニメーションの他、日立製作所、三井造船、NTTなど大手企業が300億円を投資するというプランで東京都内が候補に上ったが、実現せずに流れている。2001年から東京駅一番街に、日本アニメ企画が運営する公式ショップ「ラスカルと世界名作劇場ショップ」を出店。2010年10月26日、事実上の創業者で代表取締役社長の本橋浩一が骨髄異形成症候群により死去。本橋浩一の娘である石川和子が代表取締役社長に就任。2016年4月、多摩市と地域活性化に関する連携協定を結び、本社最寄りの聖蹟桜ヶ丘地区の観光イベント開催に協力するなど、自治体と提携して地域活性化に協力している。また同じ多摩市内にサンリオピューロランドが所在することから、市内に日本アニメーションのあらいぐまラスカルとサンリオのハローキティのキャラクターマンホールが設置され、マンホールカードも配布されている。