本作の戦闘システム「3ライン・リニアモーションバトルシステム」は、従来のリニアモーションバトルシステムでは1本だった移動の軸となるラインを3本に増やし、戦闘フィールドの「奥行」を表現したシステム。戦闘フィールド上には3本のラインが平行に並んでおり、プレイヤーキャラクター、およびモンスターはライン上での前進、後退、跳躍による「前後上下」の動きに加え、ラインを乗り換える「手前から奥へ、奥から手前へ」という3次元的な移動が可能。攻撃方法が通常攻撃と特殊攻撃である「術技」に大別されるのは従来のシステムと同様だが、TP（テクニカルポイント）を消費して術技を使用するこれまでのシステムは廃されており、術技の使用の際はフォルスゲージ（以下「FG」）と呼ばれる新たに導入されたパラメータが消費される。各キャラクターは術技がセットされるコマンド（十字キーの上下左右）に対応した4本のFGを持ち、術技を使うと対応するFGが全て消費される。FGは基本的に術技の効果を左右するものであり、大半の術技はFGの蓄積量と関係なく連発できる。また、FGは戦闘中の行動により随時回復するため、FGが全快でなければ使えない術技も1度の戦闘中に繰り返し使用できる。オート操作時でも4つまでしか術技をセットできない。術技の使用に制限がなくなった一方で、本作にはいわゆるHP回復魔法がほとんど存在せず、回復アイテムのグミも高価格に設定されているため、戦闘中に任意のタイミングでHPを回復するのが難しい。その代わり、戦闘中に特定の条件を満たすと多少HPが回復するようになっている。FG全快で術技を使用した場合に発揮される効果の1つにHP回復の効果があるほか、味方の陣術で発生した孤法陣（後述）の中にいる間だけ徐々にHPが回復したり、隊列の組み方次第ではあるキャラクターのHP回復効果をほかの仲間と分け合うこともでき、HPの回復はこれらの条件を繰り返し満たすことで行うのが基本となる。また、キャラクターの感情の高ぶりを示すラッシュゲージ（以下「RG」）というパラメータも新たに導入された。RGが高いほど、そのキャラクターは攻撃力が上がるが、防御力やHPの回復量は逆に低下してしまう。一方、RGが低いほど防御体勢が破られやすく、RGが一定以上蓄積していなければ上位の術技である奥義が発動しない。RGはダメージを与えたり受けたりすると上昇し、攻撃を防御したりすると低下するほか、特定のコマンドで任意に増減させることができるのが大きな特徴であり、必要に応じて適切な量に調節することが重要になってくる。本作ではHit中に数値の隣にSLASH（斬撃）、BLOW（打撃）、SPIRIT（魔法攻撃）が表示される。
千葉県佐原市（現、香取市）生まれ。家業は運送業。旧制第二高等学校（仙台市）から東京帝国大学文学部に入学するも、戦時中の学徒出陣で海軍航空隊へ入隊する。終戦に伴い復員すると、靴磨き、論文の下請け、農業などを行いつつ、1948年（昭和23年）に、前年9月に東京帝国大学から改称した東京大学を卒業。ヴ・ナロード（人民の中へ）を目指して栃木県の中学校教員となるが、1年で挫折する。その後は上京し、日本共産党に入党し民主商工会の書記となる。1949年、渋谷駅前で反占領軍演説を行い逮捕されたが、すぐ釈放され日本の独立まで地下に潜行する。1951年（昭和26年）に民主主義演劇運動の「新演劇研究所」を三木順一の名で設立する。また、服部之総が創設した日本近代史研究会のメンバーとなる。のち東京経済大学講師となり、1967年に教授となる。1996年（平成8年）に同大学を定年退職すると名誉教授になった。“色川史学”と呼ばれた底辺の民衆の視点、学者離れした自由奔放さは多くのフィールドワーク（実地見聞）から生まれた。少人数制のゼミは学生たちに人気で、他大学の学生や一般市民まで巻き込んでいくユニークな授業を行なった。1970年（昭和45年）には米国プリンストン大学に招聘され、近代日本史の客員教授を務めた。明治期の埋もれた民衆思想を発掘した。北村透谷の研究を進めるため、東京都・多摩地域の自由民権運動の歴史を掘り起こした。1959年多摩文化研究会に参加、その延長として1968年に多摩史研究会を結成し、市民の手による地域史研究の先駆となる。その成果は『明治精神史』（1964年）にまとめられ、また小田急電鉄の創設者である利光鶴松研究が明治初期に各地で起草された私擬憲法の一つである「五日市憲法草案」の発見（1968年）につながった。1983年（昭和58年）開館の国立歴史民俗博物館の設立に、初代館長井上光貞とともに尽力する。1986年4月から１年間、国立歴史民俗博物館客員教授。1975年に毎日出版文化賞を受賞した「ある昭和史」は「自分史」という言葉を作り出した。学生時代から山岳に興味があり行動的で、一人ふらりと世界を旅をすることが多い。1971年（昭和46年）、キャンピングカー化したフォルクスワーゲン・タイプ2「どさ号」に「リスボンー東京5万キロ」と標語を貼り付け、友人ら数人でユーラシア大陸を走破。それらの経験をもとに1998年（平成10年）「フーテン老人世界遊び歩記」を出版する。1976年から1981年まで不知火海総合学術調査団団長もつとめた。また、小田実と共に市民団体「日本はこれでいいのか市民連合」（日市連、1980年結成、1995年解散）の共同代表だった。1986年、東北大学西蔵学術登山隊の人文班長として、チベットの文明と奥地の踏査にも加わった。1992年6月、日本西蔵聖山（カイラス）踏査隊長。現在は山梨県の八ヶ岳地方に暮らし、執筆活動や講演を行っている。ライフワークとして岩手県花巻出身の宮沢賢治と青森県八戸市の前原寅吉（1872年 - 1950年）を対比した研究に取り組んでいる（前原はハレー彗星太陽面通過を世界で初めて個人で観測したことで知られる）。色川は、前原がハレー彗星を観測してからちょうど100年目にあたる2010年（平成22年）5月19日、八戸市公会堂にて講演「宮沢賢治と前原寅吉の銀河世界」を約300名の聴衆を前におこない宮沢賢治の童話「銀河鉄道の夜」にて主人公ジョバンニが訪ねた天体望遠鏡がある時計屋は、賢治が八戸を小旅行した時、訪ねた前原時計店がモデルになっていることを説明した。2017年には、宮沢賢治ゆかりのイーハトーブ賞を受賞した。「日本近代の民衆史・精神史を捉え直してきた活動の一環として宮沢賢治をも考察し、広い視野に位置づけた業績」を評価された。