思想・良心の自由は、それが宗教的信仰として表れるときは信教の自由（日本国憲法第20条）と重複する（最大判昭和31・7・4民集第10巻7号785頁田中耕太郎裁判官補足意見）。日本国憲法第19条と日本国憲法第20条の関係については、一般法と特別法の関係にあり信仰の自由については後者が優先して適用されるとする説と、これらの区別は相対的で明確に区別しえるわけではないとして相互に重複するとする説がある。なお、そもそも日本国憲法第19条で保障する思想・良心の自由のうち「良心の自由」は諸外国憲法等の用例からいって信仰の自由を指しているとする見解もあり、謝罪広告事件の最高裁判決で栗山茂裁判官は「思想の自由に属する本来の信仰の自由を一九条において思想の自由と併せて規定し次の二〇条で信仰の自由を除いた狭義の宗教の自由を規定したと解すべきである」とし「日本国憲法だけが突飛に倫理的内心の自由を意味するものと解すべきではない」と補足意見を述べている（最大判昭和31・7・4民集第10巻7号785頁栗山茂裁判官補足意見）。この「良心の自由」を信仰の自由と解する見解に対しては、西欧諸国における「良心」の解放は教会権力からの解放と同義であったからであり、決して狭く限定された信仰の自由が追求されたものではなく沿革に照らしても妥当でないという批判がある。
思想と良心の関係についての見解は多岐にわたる。佐々木惣一は「思想」を「人があることを思うこと」、「良心」を「人が是非辨別をなす本性により特定の事実について右の判断をなすこと」とした。ただ、日本国憲法第19条は思想と良心を並記して同列に自由を保障することとしていることから、両者の概念の区分は無用であると解されている。なお、後述のように「思想の自由」と「良心の自由」を区別し「良心の自由」を「信仰の自由」と捉える見解もある（最大判昭和31・7・4民集第10巻7号785頁栗山茂裁判官補足意見）。「思想及び良心」の範囲については限定説（信条説）と広義説（内心説）が対立する。限定説は「思想及び良心」を宗教上の信仰に準じる世界観、人生観、主義、信条など個人を形成するあらゆる精神作用を含むが、単なる事実の知・不知のような事物に関する是非弁別の判断は含まないとする説である。謝罪広告事件の最高裁判決で田中耕太郎裁判官は補足意見として「憲法の規定する思想、良心、信教および学問の自由は大体において重複し合っている。要するに国家としては宗教や上述のこれと同じように取り扱うべきものについて、禁止、処罰、不利益取扱等による強制、特権、庇護を与えることによる偏頗な所遇というようなことは、各人が良心に従って自由に、ある信仰、思想等をもつことに支障を招来するから、憲法一九条に違反するし、ある場合には憲法一四条一項の平等の原則にも違反することとなる。憲法一九条がかような趣旨に出たものであることは、これに該当する諸外国憲法の条文を見れば明瞭である。」と述べている（最大判昭和31・7・4民集第10巻7号785頁田中耕太郎裁判官補足意見）。限定説に対して広義説は、本条の保障の対象となるものとならないものの明確な区別が可能か疑問であり、本条による保障の対象をこのように限定すべき理由はないとして、憲法第19条の思想・良心の自由の対象は内心の事由一般に及ぶとする。
組織的な犯罪の共謀罪（そしきてきなはんざいのきょうぼうざい）は、組織的な犯罪の処罰及び犯罪収益の規制等に関する法律（以下「本法」）案6条の2所定の、一定の重大な犯罪の共謀を構成要件とする犯罪をいう。日本の刑法は、未遂罪は「犯罪の実行に着手」することを構成要件としており（同法43条本文）、共同正犯（共謀共同正犯）も「犯罪を実行」することを構成要件としているために、組織的かつ重大な犯罪が計画段階で発覚しても、内乱陰謀（同法78条）などの個別の構成要件に該当しない限り処罰することができず、したがって強制捜査をすることはできない。日本政府は小泉政権当時、同罪導入のための法案を国会に3度提出したが、いずれも廃案となった。2007年2月、安倍晋三総理の指示により、自由民主党法務部会の「条約刑法検討に関する小委員会」（笹川尭委員長）は、共謀罪を「テロ等謀議罪（てろとうぼうぎざい）」に名称を改め、対象犯罪を600以上から128～162（テロ犯罪が72、薬物犯罪が23、銃器等犯罪が10、密入国・人身取引等犯罪が8、その他、資金源犯罪など、暴力団等の犯罪組織によって職業的または反復的に実行されるおそれの高い犯罪が14～48）まで減らす「修正案要綱骨子」を決定したが、同年7月の参議院選挙で自民党が大敗し、自公連立政権の参議院議席が過半数を割り、ねじれ国会になったため、国会に提出されなかった。平成29年の第193回国会（2017年）へのテロ等準備罪（てろとうじゅんびざい）法案提出に際し日本政府は、テロリズムを含む組織犯罪を未然に防止する国際的な組織犯罪の防止に関する国際連合条約（国際組織犯罪防止条約、パレルモ条約、TOC条約）の締結のために必要であると主張し、犯罪の主体を組織的犯罪集団に限定し、計画行為に加えて実行準備行為が行われたときに初めて処罰される等の点が、かつての「組織的な犯罪の共謀罪」との違いであると主張している。2017年8月28日にシーシェパードは、団体の活動資金が限られていることと、日本でテロ等準備罪が施行されたことにより、活動の継続が難しくなったとして、南極海での日本の調査捕鯨に対する妨害活動を中止することを発表した。立憲民主党の逢坂誠二により、「構成要件が厳しく、実務面で意味がないのではないか」との質問が政府に対してなされたが、政府は「テロ等準備罪」の新設を柱とする改正組織犯罪処罰法施行を受け日本が締結した国際組織犯罪防止条約を踏まえ、「国際社会と協調してテロを防止する上で大きな意義がある」と反論している。