モバイルSuicaでは、FeliCa非搭載のiPhoneのほか、一部のFeliCa搭載機種が使用できない。これは、JR東日本が自動改札機での通過性能基準を設けているためである。一部の機種は、JR東日本が行う試験を通過できなかったため、非対応とされ、モバイルSuicaアプリのダウンロードそのものができない。携帯電話メーカー各社が今後発売されるFeliCa搭載機種の性能試験を行えるよう、JR東日本は出札機器部門担当の子会社であるジェイアール東日本メカトロニクスの実験環境を貸し出している。また2016年（平成28年）8月24日に、総務省の方針により暗号化通信で使用されるサーバ証明書が、現行の「SHA-1」から「SHA-2」方式に、さらに脆弱性が発見された「SSL3.0」を無効化して「TLS1.0以上」の通信方式に切り替わるため、「SHA-2」および「TLS1.0以上」に対応していない機種は、モバイルSuicaが非対応となった。なお2020年2月25日以降はフィーチャー・フォン（いわゆるガラケー）で、12月22日以降はAndroidケータイで、当サービスが利用できなくなる予定である。モバイルSuica対応機種は、モバイルSuicaの公式ウェブサイトを確認のこと。
東京駅の中央乗換口と南乗換口で、東海道新幹線と東北新幹線を直接乗り継ぐ乗り換え改札ではモバイルSuica及びEX-ICカードは利用することができないため、携帯電話機でモバイルSuica特急券とEX-ICサービスを続けて利用するには、一旦在来線乗り換え改札口へ出場後、改めて新幹線改札機から入場する必要がある。この場合、在来線乗り換え改札口で一旦初乗り相当のSF残額が必要となる（東京駅が区間に含まれるモバイルSuica定期券が搭載されている場合を除く）。東海道・山陽新幹線（EX-ICサービス）から、東北・山形・秋田・北海道・上越・北陸の各新幹線（モバイルSuica特急券）へ乗り継ぐ場合、東海道・山陽新幹線の改札通過前にモバイルSuica特急券の受取り（ダウンロード）操作を行うと、東海道・山陽新幹線改札通過後にはモバイルSuica特急券の列車変更や払い戻しができない。
通信機能を使って、モバイルSuicaに記録可能な定期乗車券・普通列車グリーン券・新幹線特急券を購入することができる。決済は会員登録時のクレジットカードで行い、ストアードフェアによる決済はできない。
Suica電子マネーの利用などで貯まったJRE POINTをモバイルSuicaにチャージできるサービスである。JRE POINTの会員サイトにあらかじめモバイルSuicaの情報を登録した上で、交換申し込みを行う。JRE POINT1ポイント1円としてチャージできる。なお、Suicaポイントは100ポイント以上10ポイント単位でチャージ可能であった。
2007年（平成19年）2月13日に開始された、ビューカードの利用で貯まったビューサンクスポイントをモバイルSuicaにチャージできるサービスである。ビューカードのインターネットサービス「VIEW's NET」より申し込み、モバイルSuica登録済みの携帯電話で受け取る。申し込みから受け取りまでおよそ3日間必要である。ビューサンクスポイント400ポイント（1口）でモバイルSuicaに1,000円分チャージ可能である。2018年5月時点では、JR東日本のエリア外で、ビューサンクスポイントをSuicaに交換する唯一の方法であった。
銀行口座からの引き落とし（即時入金サービス）によるオンラインチャージサービスで、みずほ銀行・三菱UFJ銀行・じぶん銀行のいずれかの口座を持ち、モバイルバンキングを利用していれば携帯電話からの操作で1,000円単位（フィーチャーフォンでみずほ・MUFGを利用する場合は1,000円以上500円単位）、1回につき最大1万円までSuicaへの入金ができる。このサービスは通常のモバイルSuicaサービスや上記のEASYモバイルSuica会員サービス両方で利用可能である。利用可能時間帯はクレジットチャージと同様で、各銀行のモバイルバンキングサービスが稼働していない時間帯には利用できない。なお、ウィルコムでは利用できない。じぶん銀行を除き、各行とも1回のチャージごとに手数料が発生する。手数料については各銀行毎に異なる（銀行の優遇サービスで手数料が減額もしくは無料となる場合もある）。なお、三井住友銀行も銀行チャージに対応していたが、SMBCダイレクトのワンタイムパスワード必須化にともない、2016年8月末で、銀行口座からのチャージを終了した（ワンタイムパスワードをそれ以前に使用していた場合は、その時点で使用不可とする措置を取った）。
モバイルSuicaのメニューから会員登録時に登録したクレジットカードによりチャージする方法で、1回のチャージ額は1,000円単位で1万円まで（500円のチャージも可）、チャージ上限は携帯電話機内の残額とあわせて2万円までである。午前2時から午前4時までの間はクレジットチャージできない。また、VIEWカード以外の一部のカード発行会社は、Edyのオンラインチャージと同様に、収益性（加盟店手数料収入）の低さや電子マネーの換金性から、モバイルSuica利用分ではポイント加算を取り止めている（ただし、モバイルSuica定期券・モバイルSuicaグリーン券・モバイルSuica特急券に関しては、「乗車券類購入」と見なしてポイント加算対象としているカードが一部有る）。なお、モバイルSuicaは「Suicaインターネットサービス」ではチャージできない。
2010年6月、和歌山県田辺市は要介護2の被保険者の更新申請に対して要介護1の認定とし、これに対して審査請求が提起された。2011年4月、和歌山県介護保険審査会は認容の裁決をしたが、田辺市は裁決の取り消しを求めて県を相手に提訴した。2012年5月、和歌山地方裁判所は田辺市に原告適格がないとして本案前で請求を却下し、田辺市は控訴を断念して確定した。和歌山地裁の判決は、同様の審査会制度を持つ国民健康保険で、大阪市が原告、大阪府が被告となった取消訴訟において、最高裁判所が「保険者のした保険給付等に関する処分の審査に関するかぎり、審査会と保険者とは、一般的な上級行政庁とその指揮監督に服する下級行政庁の場合と同様の関係に立ち右処分の適否については審査会の裁決に優越的効力が認められ、保険者はこれによつて拘束されるべきことが制度上予定されているものとみるべきであつて、その裁決により保険者の事業主体としての権利義務に影響が及ぶことを理由として保険者が右裁決を争うことは、法の認めていないところであるといわざるをえない」とした判例（1974年5月30日最高裁判決／大阪府国民健康保険審査決定取消請求上告事件）に沿ったもの。