二輪車両の部門。全車両最大排気量450cc、気筒数は1～2に制限されている。グループ1（エリートクラス）とグループ2（ノンエリートクラス）に分かれて競う。また車両は改造範囲の広いクラス1（スーパープロダクション）と、狭いクラス2（マラソン）に分けられており、エリートクラスはクラス1車両のみとなっている。またサービススタッフを雇わないライダー、女性ライダー、初参加者のための賞典が用意されている。
1980年に創設された、3500kg以上の車両（＝トラック）のための部門。グループT4と呼ばれる規定で、量産車のT4.1、改造車のT4.2、サポートトラックのためのT4.3の3つに分けられている。また駆動形式が6×6、4×4の車両および排気量10L未満の車両はそれぞれ別に賞典が用意される。競技に参加しないサービストラックにもT5、T5.1という規定が存在しており、二輪駆動のサービストラックの使用は不可となっている。
コースはASOのコースディレクターによる事前の試走に基づいて決定される。経由地やルートは毎年変更され、前年と全く同じコースを走行することはほとんどない。なお、コースディレクションはティエリー・サビーヌの存命中は彼自身の手によって行われ、彼亡き後はルネ・メッジやユベール・オリオールなど、本ラリーの過去の参加経験者の手によって行われている。日々のコースは、リエゾンと呼ばれる移動区間とSS（通常のラリーではスペシャルステージの略であるが、本ラリーにおいてはセレクティブセクターもしくはそのままエスエスと呼称される事がある）と呼ばれる競技区間とで構成される。リエゾンとSSを合計した1日の走行距離はおよそ500kmから800kmにも及び、過去には1,000kmを超える競技区間が設けられた事もあった。また、マラソンステージと呼ばれる区間が全コース中1度ないし2度設けられる。これは競技車が到着後、通常はその日のビバーク地で行う事が出来る整備を一部禁じ（具体的にはエンジン、駆動系などの部品交換が禁止される）、そのまま翌日のステージを走行するものである。2日にわたるステージをタイヤ交換などの軽整備のみで乗り切らなければならないため、ステージ内でのエンジンや駆動系の深刻なトラブルは即リタイヤに繋がる。そのため、車両を壊さないように労わりながらも速く走らなければならないという、2つの相反する要素が求められるステージとなっている。競技期間中には1日ないし2日の休息日があり、競技車両の整備やクルーの休息に充てられる。
1878年、ニューメキシコ州リンカーン郡は2つの勢力が対立し緊張の色を濃くしていた。そんなある日、その一方の勢力であるジョン・タンストール（テレンス・スタンプ）という英国人紳士が、彼の雇う自警団ヤングガンの1人であるジョシア・"ドク"・スカーロック（キーファー・サザーランド）と呼ばれる若者とともに町へやってきた時、散弾銃の銃声とともに十数人の男たちに追われる若者と出会い、彼を救ってやる。この若者ウィリアム・H・ボニー（エミリオ・エステベス）こそ、後のビリー・ザ・キッドであった。タンストールの牧場でビリーはヤングガンの仲間であるリチャード・"ディック"・ブリュワー（チャーリー・シーン）、チャーリー・ボウドル（ケイシー・シーマツコ）、ホセ・チャベス・イ・チャベス（ルー・ダイアモンド・フィリップス）、スティーヴ（ダーモット・マローニー）たちと出会い、友情を育む。そしてタンストールと彼の弁護士アレックス・マクスウィーン（テリー・オクィン）の二人に見守られて平穏な日々を過ごすビリーは、そこで出会ったパット・ギャレット（パトリック・ウェイン）に憧れ、彼を上回る事を夢見るようになる。しかし、もう一方の勢力であるローレンス・マーフィ（ジャック・パランス）一味の陰謀により、タンストールが惨殺された事で彼らの運命は大きく変わろうとしていた。タンストールの仇を討ちたいビリーたちだが、マーフィは知事や保安官まで抱き込んで「サンタフェ・ファミリー」を結成しているため容易に手が出せず、ヤングガン達はアレックスの勧めで臨時保安官となって彼らを逮捕する事を試みる。しかし怒り狂うビリーが一味を射殺してしまったことで、ヤングガン達はマーフィ一味に賞金をかけられて追跡されるようになってしまう。追手を次々と撃ち殺し、疑わしいからと仲間のJ・マクロスキー（ジェフリー・ブレイク）をも射殺する過激なビリーの姿勢は不和を招き、やがて賞金稼ぎジョン・キニー（アレックス・ロバート・ケラー）の追跡が始まる。キニーの部下バックショット・ロバーツによってリーダー格のディックが射殺された事が決定的となり、ヤングガンは分裂してしまう。しかしタンストール殺害の実行犯であるブレディ保安官（ダニエル・カミン）を倒すため、ヤングガンは再び集結し、保安官一味の殺害に成功する。だが保安官を殺したことでヤングガン達は臨時保安官資格を剥奪され、完全なお尋ね者となってしまう。ビリーはいつしか、“ビリー・ザ・キッド”として知られるようになっていた。マーフィの配下は100人、ヤングガンはわずかに5人。ビリーとヤングガン達は相談し、大統領がサンタフェ・ファミリーの実態を把握すれば事態は改善するだろうと判断、メキシコへ向かう。国境の村で一時の休息を取るビリー達は、そこでチャーリーの結婚を祝う。だが保安官になるため故郷へ戻るというパット・ギャレットが友人として現れ、アレックスがマーフィ一味に殺されようとしている事を警告する。ビリー達はアレックスを助けるために街へ舞い戻り、マーフィ一味とジョン・キニーへ戦いを挑む。やがて軍隊までヤングガン鎮圧の為に出動し、立てこもった屋敷に炎を放たれたヤングガン達は窮地に追い込まれてしまう。だが仲間を次々に失いながらも決死の反撃に出たヤングガン達は、ジョン・キニーとマーフィを射殺してタンストールの仇を討ち、街を脱出する事に成功。一連の事態を知った大統領によって知事は解任され、サンタフェファミリーは消滅、リンカーン郡戦争はここに終結した。生き残ったヤングガン達は恋人と結ばれたり、果樹園をはじめたり、それぞれの人生を歩み出す。ビリーはその後もニューメキシコ州を離れず、1881年にフォート・サムナーでパット・ギャレット保安官に射殺される。そしてビリーの死後、何者かが彼の墓石に「仲間」と刻んで立ち去っていったという。