東京市本郷生まれ、1953年東京大学文学部西洋史学科卒業、1956年同大学院修士課程修了、東京都立竹早高校教諭、1960年東京大学東洋文化研究所助手、1965-1966年アラブ連合共和国へ出張。1966年東京外国語大学アジア・アフリカ言語文化研究所（AA研）専任講師、1967年助教授、1971年東京大学教養学部助教授兼任（歴史）、1972年でAA研兼任解職、1976年東京大学教養学部教授、1986年同大東洋文化研究所教授兼任、1987年同大教養学部兼任解職、1991年定年退官、名誉教授、東京経済大学特任教授、1993年教授。1997年コミュニケーション学部長。2001年定年退職、名誉教授。1964年アジア経済研究所発展途上国研究奨励賞、1989年大同生命地域研究奨励賞、1991年JCJ特別賞受賞。2003年文化功労者。日本中東学会会長、日本イスラム協会理事長、アジア中東学会連合会長、日本学術会議会員。江口朴郎に学び、現代エジプトについて論じ、その後、1970年代にはパレスチナ問題に研究対象を移し、さらに1980年代以降は「イスラームの都市性」などの重点領域研究を切り拓いた。湾岸戦争から9.11テロ、イラク戦争に際しては、米国の中東政策などに関して積極的な発言を行なった。
主にゲイ雑誌に漫画を掲載している。『Badi』『G-men』『SAMSON』に短編作品や短期連載を持ち、雑誌によって体型や内容を巧みに変えながらも、線の細いタッチでキャラクターを描いている。作品は濃厚なセックスを絡ませつつ、時にはギャグを、時には男臭い話をストーリーに盛り込んでいる。主に一話完結の読み切りを掲載しているが、2006年11月から『Badi』にて不定期で『アグリっ娘』を連載している。
常磐炭田で働く坑員や女性選炭員によって歌われ出したのが始まりで、お座敷唄として酒席などでも歌われるようになり、やがて筑豊の「炭坑節」とともに有名になった。鉱山労働の唄は坑員の移動により広く伝わる特徴があり、のちに栃木県茂木町のマンガン鉱山でも、常磐炭鉱節を基にした「ヤロヤッタ節」が歌われるようになる。「炭坑節」や足尾銅山の「足尾石刀節」にも共通の歌詞があるが、どちらがどちらに影響したかは、現在でははっきりしない。1970年にはザ・ドリフターズにより、常磐炭鉱節をアレンジした「冗談炭坑節」が歌われた。
左内の遺骸は当初、小塚原の回向院に埋葬されたが、1863年（文久3年）5月、福井相生町（現在の福井県福井市左内町）の菩提寺善慶寺（日蓮宗）に改葬された。墓所は善慶寺の境内にあったが、1945年（昭和20年）、空襲により善慶寺が焼失。善慶寺は妙経寺に併合した。この一帯は終戦後の都市計画で児童公園として整備された。
かなり高潔で清廉潔白な性格のようで、福沢諭吉は自伝で尾行し、自身の行いを恥じて詫びたり、西郷隆盛もその無私な性格に心を打たれたり、牢獄でも牢名主に代われるものならかわってやりたいと思われるほどの人格者だった。一方で野心家な面があり、この世に名を残したいという思いと行動力と頭脳見識があり、その結果が結局命取りになってしまった。
レオポルド1世との見合い用に、ディエゴ・ベラスケスの手によるマルガリータ王女の肖像画が複数贈られており、現在もウィーンの美術史美術館が収蔵している3枚は可憐な王女の姿も相まって、いずれもベラスケスの代表作として知られている。特にプラド美術館が収蔵している「女官たち」（原題：ラス・メニーナス）は傑作として名高い。デル・マソの描いたフェリペ4世の喪に服す王女の肖像画にも、ラス・メニーナスは強い影響を与えている。
授戒を行ったほか、聖徳太子信仰や文殊信仰、真言密教（光明真言）などを広めた。殺生禁断、一部の仏教宗派が救済対象としなかった女性や貧者、ハンセン病患者などへの慈善、宇治橋の修繕といった社会事業にも尽くした。このため非人・癩病者から公家、鎌倉幕府執権、後嵯峨上皇・亀山上皇・後深草上皇などの皇族に至るまで、貴賎を問わず帰依を受けた。「興法利生」を唱えて在家信者を含めて10万人近くに戒律を授け、西大寺の末寺は全国で一時1500を超えた。60歳になった弘長2年に、鎌倉幕府執権北条時頼に招かれ鎌倉に下り、広く戒を授け、また律を講じた（その時の記録が、随行の弟子・性海（しょうかい）による奈良から鎌倉への約半年間の旅・滞在記『関東往還記かんとうおうげんき、かんとうおうかんき』である）。国分寺や法華寺の再興にも務めて、長年閉ざされてきた尼への授戒を開いた。晩年の弘安5年（1282年）に、四天王寺別当の地位を巡って天台座主（延暦寺）の最源と園城寺長吏の隆弁が自派の候補を出し合って争った際には、朝廷の懇願を受け両者と利害関係のない叡尊が別当に就任している。著名な弟子に忍性・信空などが居る。一般には戒律・律宗復興の業績で知られているが、叡尊の本来の意図は権力と結びつきすぎたことから生じた真言宗僧侶の堕落からの再生のために、まず仏教教学の根本である戒律及びその教学的研究である律宗の再興にあった。一方で叡尊自身も慈善活動の為とはいえ権力と関係を持ち、木戸銭などの徴収権を得ていたのも事実であり、戒律に対する考えの違いもあり日蓮から「律国賊」と批判された。日本律宗の祖である鑑真が「四分律」を奉じたのを受け継いで、叡尊も覚盛同様「四分律」を奉じている（叡尊が空海の重んじた「十誦律」を奉じた、というのは誤り）。戒律復興と並行して真言密教の研究を重視しており、弟子の忍性が東国において、社会活動や布教に熱を入れすぎ、教学が疎かになっているのを「慈悲ニ過ギタ…」と窘（なだ）めたり、元寇に際しては西大寺や四天王寺などで、蒙古軍撃退の祈祷や鎮護国家の密教儀典を行っている。著述に『感身学正記』『興正菩薩御教誡聴聞集』『表無表章詳体文集』『梵網経古迹記輔行文集』などがある。