榎本は新政府への軍艦の引渡しに応じず、4月12日、悪天候を理由に艦隊を館山沖へ移動。恭順派の勝海舟の説得で品川沖に戻り、富士山丸・観光丸・朝陽丸・翔鶴丸の4隻を新政府に引渡すが、開陽など主力艦の温存に成功した。7月、榎本に対して仙台藩を中心とする奥羽越列藩同盟から支援要請があり、8月20日、開陽を旗艦として8隻からなる旧幕府艦隊（開陽・蟠竜・回天・千代田形の軍艦4隻と咸臨丸・長鯨丸・神速丸・美賀保丸の運送船4隻）が品川沖を脱走し、仙台を目指した。この榎本艦隊には、若年寄・永井尚志、陸軍奉行並・松平太郎などの重役の他、大塚霍之丞や丸毛利恒など彰義隊の生き残りと人見勝太郎や伊庭八郎などの遊撃隊、そして、旧幕府軍事顧問団の一員だったジュール・ブリュネとアンドレ・カズヌーヴらフランス軍人など、総勢2,000余名が乗船していた。榎本艦隊は出航翌日から悪天候に見舞われて離散し、咸臨丸・美賀保丸の2隻を失いながらも9月中頃までに仙台東名浜沖に集結した。直ちに艦の修繕と補給を行うとともに、庄内藩支援のために千代田形と陸兵約100名を乗せた長崎丸を派遣した。しかしその頃には奥羽越列藩同盟は崩壊しており、米沢藩、仙台藩、会津藩と主だった藩が相次いで降伏。庄内藩も援軍が到着する前に降伏し、これにより東北戦線は終結した。榎本艦隊は、幕府が仙台藩に貸与していた運送船・太江丸、鳳凰丸を加え、桑名藩主・松平定敬、備中松山藩主・板倉勝静、唐津藩世子・小笠原長行、歩兵奉行・大鳥圭介、旧新選組副長・土方歳三らと旧幕臣からなる伝習隊、衝鋒隊、仙台藩を脱藩した額兵隊などの兵を収容。榎本艦隊は官軍の仙台城入城を受けて、10月9日、東名浜から牡鹿半島基部の折浜（現石巻市）に移動。その際、平潟口総督四条隆謌宛てに旧幕臣の救済のため蝦夷地を開拓するという内容の嘆願書を提出する。旧幕府軍は4,000名あまりに膨れ上がったため、新政府軍は2,000名ほどの軍勢を石巻に向けて進軍させることとなった。戦闘になることを恐れた仙台藩は、石巻の豪商を通じて榎本武揚に大量の兵糧や物資を提供し、退去してもらうよう交渉した。榎本はこれに応じ、艦隊に精兵2,000あまりを抽出乗船させ、10月12日に折浜を出航し宮古湾に向かった。取り残された旧幕府軍は四散したが、逃げ遅れた100名以上の兵が新政府軍に捕縛されて浜辺で次々と斬首され、町に首が晒された。石巻を退去した榎本艦隊は、回天が気仙沼で幕府が仙台藩に貸与していた千秋丸を拿捕。宮古湾で薪を補給、10月18日、蝦夷地に向け出港した。箱館港には官軍の防備があるため、危険を冒しての敵前上陸を行わず、まず安全な地点に部隊を上陸させれば、兵力差のある新政府軍を野戦で撃破することは容易と考え、箱館の北、内浦湾に面する鷲ノ木を上陸地点とし、10月21日（グレゴリオ暦1868年12月4日）に約3,000名が上陸した。
基礎疾患に対する治療を継続するとともに，以下の治療を行う。1) 酸素療法酸素療法の目的は、低酸素血症を改善し、組織への酸素供給を改善させるだけでなく、低酸素血症への代償作用として亢進した換気量や心拍数をもとへ戻すことで、その肺と心臓の増加した仕事量を減らす。また、肺循環における低酸素性肺血管攣縮を防止して肺高血圧症を予防する。(1）酸素吸入を開始するPaO₂PaO₂が60Torr以下になったとき，酸素吸入を開始する。しかし，急性の低酸素血症や，低酸素血症に貧血や心疾患を合併している患者に対しては，PaO₂が60 Torr以上でも酸素吸入を開始する。低酸素血症がなくても呼吸困難を訴える患者や、逆に、低酸素血症があっても呼吸困難を自覚しない患者もいる。呼吸困難を訴えても、動脈血ガス分析あるいはSpO₂測定で低酸素血症を確認してから酸素吸入を行う。呼吸困難≠低酸素血症≠酸素吸入は留意すべき。※呼吸困難は「4. 呼吸困難」を参照のこと(2)酸素吸入後のPaO₂目標値は、慢性呼吸不全患者のPaO₂は少なくとも60Torr以上を目指す。PaO₂を60Torr以上にしても，酸素化ヘモグロビンの酸素解離曲線から明らかなようにSaO₂の上昇はわずかである。言い換えると，動脈血酸素含量の増加はわずかである。なお、酸素吸入から動脈血採血までの時間は15〜30分は必要で、PaO₂だけでなく、PaCO₂上昇の有無のチェックが重要。II型呼吸不全の患者に対して，はじめから高濃度の酸素を吸入させると換気抑制が起こり，PaCO₂が上昇，CO₂ナルコーシスに陥る危険がある。そのため，はじめは低濃度の酸素から吸入させる。 PaCO₂が高くても腎の代償でpHが比較的よく保たれている場合は人工呼吸器などでPaCO₂を正常域にもどす必要はない。しかし、急激に起こった高度のII型呼吸不全では人工呼吸器を装着する。なお、最近は非侵襲的人工呼吸（non-invasive positive pressure ventilation;NPPV）が普及しその有効性が報告されている。(3）高濃度酸素吸入による肺障害（酸素中毒）動物実験では，100％の酸素に数日間曝露されると致死的肺障害が引き起こされる。人においても，100％酸素24時間吸入は肺コンプライアンスの低下，肺胞気･動脈血酸素分圧較差（A-aDO₂）の開大，肺血管透過性亢進などが出現する。障害の程度には個体差があるが，吸入酸素濃度（吸入気の酸素分圧）と吸入時間に比例して肺障害の程度は増強する。したがって、吸入酸素濃度は可能な限り60％以下（可能なら50％以下）にするよう治療する。2) 在宅酸素療法在宅酸素療法は1985年にはじめて保険適用が認められた。その後，適用基準の改訂が行われ，現在に至っている。酸素供給装置は酸素濃縮器と液化酸素が使われている。患者の年齢，体力，日常生活の活動範囲，家庭環境などを考慮して選択する。3) 呼吸リハビリテーション呼吸リハビリテーションは体動に伴う呼吸困難を軽減させ，運動耐容能を向上させる。さらに，QOLの向上だけでなく，不安や抑うつ状態など心理社会的症状を改善させることが報告されている。しかし，リハビリテーションを中断するとその効果は元へ戻るため，継続することが大切である。基本は運動療法で、1日に決められた負荷量以上の運動を週3回以上行う。4) 栄養管理慢性呼吸不全患者では低栄養を伴うことが多い。低栄養が予後不良因子の1つであることから，その対策を行う。5) 感染予防慢性呼吸不全患者の多くは感染を契機に増悪し，入院加療が必要となる。特に，感染によって悪化した呼吸機能は感染が治癒しても感染前の状態に戻らない。帰宅後の手洗いや，うがいの励行，インフルエンザが流行している時期の外出を控えさせる。インフルエンザワクチン接種は毎年薦める。肺炎球菌ワクチンも有効で、初回接種から5年以上経過した場合、再接種可能である。