自衛隊法第80条により、自衛隊の防衛出動や治安出動があった際に特に必要な場合には、内閣総理大臣の命令により防衛大臣の指揮下に組み入れられる可能性がある。これは、初期の海上保安庁（後に海上警備隊を経て海上自衛隊が創設される）の設立モデルとなったアメリカ沿岸警備隊が、戦時にはアメリカ海軍の指揮下に入って軍隊として運用される規定に倣ったものである。ただし、防衛大臣の指揮下に入った場合でも、その行動範囲や活動権限は特に通常時と変わらない（特に武器の使用については、あくまでも警察官職務執行法に従わなければならない）ことから、あくまでも自衛隊が必要とするところ（自衛隊施設など）への警備を手厚くするよう指示したり、実際の警備行動において自衛隊と海上保安庁の各機関を一元的に指揮し、両者の連携を円滑にする程度に留まるものと思われる。また、「文面を見る限り、自衛隊法第80条は、海上保安庁法第25条と矛盾するのでないか」との指摘もあるが、防衛大臣の海上保安庁に対する指揮は、直接行われるのではなく、海上保安庁長官（文官）に対して（間接的に）行われるに過ぎない。そのため、矛盾しないものと考えられている。
海上保安庁法第25条の条文で、海上保安庁は軍隊ではない事が明確に規定されている。そのため、シンボルマーク・記章類・制服等は軍隊色をイメージしないものが取り入れられるよう配慮されている。巡視船艇の船舶自体の運航体制は、民間船舶とほぼ同様であり、海上保安業務等は残りの乗組員（職員）により執行される。また停泊中は数名の当直を残し船内もしくは宿舎等で待機する。しかし、世界的に海軍と沿岸警備隊は共通する部分が多く、制服のデザインも類似しているため他国の沿岸警備隊に準じた制服を採用している日本の海上保安庁も実際には、海上自衛隊を含む各国海軍の軍服に類似しており、世界的に見た場合、一般的に主権を行使できる国境警備隊・沿岸警備隊は「準軍事組織」と認知されるため、海外の報道や資料では、海上保安庁を「準軍事組織」として扱っている場合もある。また、かつて海上保安庁などの統合目的で創設された保安庁への移行時期には、内部組織の海上警備隊（沿岸警備隊）が短期間ながら準軍事組織として存在した。なお、海上における準軍事組織とは、国際法（国連海洋法条約）の観点から軍艦が定義されており、乗組員についても階級と名簿が必要である。また、海上保安官の階級は船舶に乗り込む行政職員として船長・航海士・機関長・通信士・甲板員・主計員などの職責・職務の範囲を示す船員制度に近く、このことからも海上保安庁が準軍事組織であるとは言い難く、資料などによる「準軍事組織」としての扱いは日本の国内事情や法体制などがあまり知られていないことによる。
北西部領土のインディアンとケンタッキー州フロンティア開拓者の間で緊張感が高まり、ワシントン大統領はインディアンに対抗するために連邦軍とフロンティアの民兵隊との共同作戦を認可し始めた。1790年4月、スコットはバーボン郡とファイエット郡から志願兵部隊を立ち上げ、ジョサイア・ハーマーの遠征隊に合流した。後にオハイオ州となるサイオト川沿いにある西部連邦に対して、ハーマーは襲撃を計画していた。正規兵と民兵の連合部隊は1790年4月18日にライムストーンを出発し、オハイオ川を渡り、サイオト川上流に進軍した。そこからは南に向きを変え、現在のポーツマスに向かっていると放棄されたインディアンの宿営地を発見した。良く知られたショーニー族戦士リール・フットなどの未だ新しい足跡がその宿営地から出て行っていた。リール・フットは内反足なのでそれと分かった。スコットは小さな分遣隊にその跡を追わせ、最後はリール・フットを含め4人のショーニー族を発見して殺した。遠征中にこのこと以外は何もすることがなく、1790年8月27日に部隊は解隊した。1790年6月、ハーマーとアーサー・セントクレアはインディアンに対する別の遠征を行うよう命令された。ハーマーは、スコット、アイザック・シェルビー、あるいはベンジャミン・ローガンがこの遠征に参加してケンタッキー民兵隊を率いてくれることを期待したが、3人共に辞退した。スコットはウッドフォード郡を代表してバージニア州議会議員に選ばれており、議会出席のために従軍できなかった。以前にローガンが率いた対インディアン作戦に参戦した古参兵のロバート・トロッター大佐が率いれば、ケンタッキー民兵隊も従うと考えていた。最終的にケンタッキー民兵隊の指揮官はジョン・ハーディン少佐となり、スコットが予測していたように多くの民兵が作戦参加を拒否することになった。この遠征中、ウッドフォード郡民兵隊の大尉として従軍していたスコットの息子メリットが殺され、頭皮を剥がれた。遠征自体は失敗であり、ケンタッキー民兵がハーマーに対して抱く不信感を強くすることになった。多くの者がハーマーの下では二度と戦わないと誓った。ハーマーの遠征中に、スコットはバージニア州リッチモンドで議会に出ていた。このときも特権と選挙の委員会の委員を務めた。また、提議抗議委員会など幾つかの特別委員会にも出席した。1790年12月30日、バージニア州知事ビバリー・ランドルフが、おそらくはワシントンからの推薦に基づいて、スコットをバージニア州民兵隊の准将に指名し、ケンタッキー地区全体の指揮権を与えた。その主要任務はオハイオ川に沿った18の前進基地で作る前線を監督することだった。1791年1月、ワシントン大統領は上院議員ジョン・ブラウンの提案を受け入れ、ケンタッキー戦争委員会の委員としてブラウン、スコット、アイザック・シェルビー、ハリー・イネス、ベンジャミン・ローガンを指名した。この委員会は地元民兵を招集し、連邦軍と協業してインディアンに当てさせる権限を与えられた。彼等は志願兵の軍隊を編成し、オハイオ川の北にあるインディアンの村を突きとめ破壊することを推奨した。1月後半にワシントンは、オハイオ州ワシントン砦（現在のシンシナティ近く）からの襲撃によって、インディアン領土を侵略する作戦を承認した。ケンタッキー人の大半は、ワシントンがこの侵略作戦指揮官にアーサー・セントクレアを選んだことに不満だった。セントクレアはこの時までに通風を患い、手助け無しには馬にも乗れなかった。スコットはこの侵略に参加する1,000名の民兵指揮官としてセントクレアの下に仕えることになった。それは全軍の約3分の1に相当した。