アメリカ合衆国との間に米比戦争が勃発する。翌1899年1月23日にアギナルドはマロロス憲法を公布しフィリピン共和国（第一次共和国）を樹立、初代大統領に就任した。1900年には当時の首都マロロスが陥落し正規軍は解散、ゲリラ戦を展開するが、翌1901年3月、イサベラ州パラナンでアギナルドは米軍に捕らえられアメリカの主権を認めざるを得なくなった。1902年までにアメリカ軍がフィリピン主要部を占領し、アメリカ合衆国の植民地となった。「フィラデルフィア・レジャ」紙は、米比戦争の二年間でルソン島住民の六分の一が殺されたと当時報道しており、これは約61万6000人にのぼる。米比戦争には12万人のアメリカ兵が投入され、4500人のアメリカ兵の戦死者と20万人の一般のフィリピン人の死亡者を出した末にゲリラ化した革命軍の制圧を続け、1901年7月にはアメリカ軍の軍政から民政移管が実現し、1902年7月に合衆国議会で成立したフィリピン組織法を法的根拠に、陸軍長官ウィリアム・タフトの主導によってフィリピンの植民地化が進んだ。
神奈川県横浜市大倉山出身。三菱金属鉱業（現・三菱マテリアル）のサラリーマンであった父親（長崎県大村市出身で東京・日本橋育ち）が45歳の時の息子で、医院を営んでいた母方の祖父が建てた大倉山駅近くの古い家で育つ。初めは猫好きゆえに獣医を志していたが、家屋の修繕をするデザイン好きの父親に付き合ううちに、建築に興味を持つようになる。大田区立田園調布小学校に通っている時、1964年（昭和39年）の開催を控えた東京オリンピックの建築物を目にし、いよいよ本気で建築家を志すこととなった。栄光学園高校では、189センチメートルの長身を生かしてバスケットボール部でセンターを守っていた。東京大学工学部建築学科を卒業後、東京大学大学院建築意匠専攻修士課程を修了（1979年）。在学中は、芦原義信、槇文彦、内田祥哉、原広司らに師事した。同級生には小林克弘（首都大学東京教授）や大江匡（建築家）、村田誉之（大成建設）がいた。大学院で修士論文を書いていた時期に、同級生の多くは当時話題の新鋭・安藤忠雄に憧れていたが、隈はその逆を行くことを選択し、アトリエ系事務所ではなく、社会に揉まれるためにと大手設計事務所の日本設計に就職した。その後、戸田建設、米国コロンビア大学建築・都市計画学科客員研究員（1985-1986年〈昭和60～61年〉）を経て、1990年（平成2年）に隈研吾建築都市設計事務所を設立する。法政大学工学部建設工学科非常勤講師、慶應義塾大学環境情報学部特別招聘教授（1998年〈平成10年〉4月から1999年〈平成11年〉3月）、早稲田バウハウス・スクール講師（1999年〈平成11年〉から2002年〈平成14年〉春・夏）、慶應義塾大学理工学部客員教授（2002年〈平成14年〉4月から2007年〈平成19年〉3月）慶應義塾大学理工学部システムデザイン工学科教授（2007年〈平成19年〉から2009年〈平成21年〉3月）、米国イリノイ大学建築学科客員教授（2007年〈平成19年〉から2008年〈平成20年〉）を経て、2009年（平成21年）4月より東京大学工学部建築学科教授に就任。2007年（平成19年）3月に博士論文「建築設計・生産の実践に基づく20世紀建築デザインと大衆社会の関係性についての考察」を慶應義塾大学に提出し、博士（学術）の学位を取得。2008年（平成20年）には、フランスの首都パリに Kuma & Associates Europe を設立。2018年（平成30年）には、開校予定の高知県立林業大学校の初代校長に決まる。初期はドーリック南青山ビルやM2ビルなどポストモダニズムに一部脱構築主義要素を加えた建物を発表していたが、高知県高岡郡檮原町の「ゆすはら座」存続への関わりをきっかけとして、木材などの自然素材を生かした建築や、縦格子を多用したデザインが特徴的な作品を多く手がけるようになる。近年は活躍の場を海外にも広げ、国際コンペでの受賞も着実に増やしており、世界的に注目される日本人建築家の一人として認識されつつある。また、設計のほか、室内演出や家具・食器などのデザイン、ホテルやマンションの監修も手がける。2010年代には、自らのデザインポイントの一つとして、ストラクチャーを際立たせ過ぎないための「粒感」を挙げている。2005年日本国際博覧会（愛知万博）では、会場計画プロジェクトチームに所属して会場とパビリオンの設計に携わっていたが、自然保護団体の反対で度々計画が縮小したため、辞任した。中華人民共和国北京市郊外のグレート（バンブー）ウォールは2008年北京オリンピックのCMにも使われた。韓国では、知韓派の建築家として活動している。2018年（平成30年）には、約30年間の活動を紹介する個展「くまのもの」（会期：3月3日～5月6日）を東京駅構内の東京ステーションギャラリーで開催し、これまで使ってきた10種類の素材（竹、木、紙、土、石、金属、ガラス、瓦、樹脂、膜・繊維）ごとに合計75件のプロジェクトの模型・資料などを展示した。現在早稲田大学特命教授であり、兼ねてより親交の深い村上春樹の要請により、2020年（令和2年）4月オープン予定の早稲田大学国際文学館、通称村上春樹ライブラリーの設計を担当することが決定した。