伊東家へ帰参した後は、祐兵に従って文禄元年（1592年）から文禄・慶長の役に従軍。慶長5年（1600年）6月、祐兵が徳川家康による会津征伐に合わせて大坂へ上った際には国元で留守を預かり、同年9月の関ヶ原の戦いに応じた宮崎城攻めに伴う島津軍との合戦に参加している。慶長7年（1602年）には関ヶ原の戦い以降、家中での立場が悪くなっていた稲津重政に対しての処遇を松浦久兵衛、長倉戎祐と密談した上で松寿夫人（伊東祐兵室）へ報告、松寿夫人の指示によって重政は清武城で誅殺されている。元和6年（1620年）6月3日、死去。享年77。
天正14年（1586年）、島津氏と大友氏の間に豊薩合戦が起こる。栂牟礼城に島津家久の送った軍勢が攻め寄せた堅田合戦の際、宗昌は島津軍の勧降使を斬殺し、まだ若年の惟定の参謀役を務め、城から打って出る際には惟定の代わりに佐伯軍の指揮を行い、宗昌の計略と佐伯兵の奮戦により、島津軍を撃退した。『九州記』等によれば佐伯軍は警戒として合わせて1000余りの兵を別の方面にも向かわせていたため、土持親信ら率いる島津軍2000余りに対して堅田に備えた佐伯軍は800程であったという。しかし宗昌は伏兵や偽兵を用いて島津軍を動揺させ、物頭の新名親秀を含む多数の島津兵を討ち取って勝利を収めた。この勝利によって島津軍は佐伯軍を恐れてそれ以上の侵攻を行うことはなく、惟定はこの戦功によって豊臣秀吉から感状を受けている。その後、翌15年（1587年）2月の豊後朝日嶽城攻めでも宗昌は軍監として指揮を執っているほか、3月には豊後から撤退するため梓峠を超えようとする島津軍への追撃にも参加している。天正15年（1587年）、豊臣秀吉が九州平定に乗り出すと、日向路を進む豊臣秀長の軍に合流して先導役を務めた。同年6月、日向脱出後に上方に上り、秀吉旗下となっていた伊東祐兵（伊東義祐三男）が九州平定戦での功を認められ、旧領の飫肥に加え曽井、清武などを与えられて大名復帰を成し遂げると、宗昌は惟定の下を辞して伊東家に帰参した。この時、祐兵からは家老職を打診されたが、これを固辞して酒谷城主となり、300石を知行した。
天正6年7月、島津軍は大友軍との衝突を前に石城を落とすべく、島津忠長を総大将として7000余りの軍勢を送り込んだ。対する伊東軍は600程であったものの、石城が川に囲まれた天然の要害である事を生かして防戦。城に籠った宗昌ら伊東家旧臣の奮闘もあって、島津忠長を負傷させたほか500名余りを死傷させて島津軍を撤退に追い込んだ。島津軍の撃退に成功した宗昌らには大友義統から感状が贈られている。しかし9月に再び島津軍が攻め寄せると、宗昌は自ら伊集院久信と槍を交えるなど奮戦したものの力及ばず、10日余りに亘る激戦の末に石城は開城。続く耳川の戦いでも大友軍が大敗を喫したため宗昌も豊後へと撤退した（石城合戦）。この後義祐は伊予国へと去り、伊東家は離散してしまう。この時、宗昌は豊後に残留して栂牟礼城主・佐伯惟定の下に身を寄せ、入道して匡得（京得）と号した。
鯨類進化史上“最大の謎”である後ろ足の消失の解明を目指し、または、鯨類ひいては哺乳（ほにゅう）類の起源の解明のため、東京海洋大学、三重大学、東京大学、慶応大学、順天堂大学と国立遺伝学研究所、及び、くじらの博物館の研究者ら計15人が研究チームを組んだ。鯨類の研究者らや博物館幹部などが集まり、「はるか研究プロジェクト運営委員会」が発足した。2008年5月7日、東京海洋大学において、加藤秀弘教授らにより、腹びれを持つバンドウイルカ「はるか」に関する初の研究プロジェクト運営委員会が開かれた。委員会は、加藤教授が委員長を務め、日本鯨類研究所の大隅清治顧問、くじらの博物館の林克紀館長、沖縄美ら海水族館の内田詮三館長らの委員で構成された。また、委員会は、研究チームを4つに細分化し、チームはそれぞれ、成長する環境を整え飼育管理し繁殖を目指す「生理繁殖研究グループ」、正常な個体と行動を比較観察する「行動機能研究グループ」、DNA解析により、腹びれの退化過程を研究する「遺伝研究グループ」、腹びれやそのほかの体の構造を研究する「形態研究グループ」が設置された。この日、加藤秀弘教授は、次のように述べた。胎児時代になくなるはずの後ろ脚が引っ込まず、そのままひれに変化したと私は考えているが、委員会内でも退化の突然変異など意見は分かれている。そして、加藤秀弘教授は、「いろいろな意見が集まるよう、優秀な研究を世界中から公募したい」とも語った。2010年4月、クジラ類の進化の過程を研究する加藤秀弘教授は、今までに、腹に後ろ脚の痕跡がみられるクジラ類は世界で8例の報告があるが、多くが小さな突起状（棒状）の痕跡だけの個体であり、「はるか」は手のひら大の腹びれがはっきりと観察でき、後ろ脚が完全なひれの形で確認されたのは、はるかが初めてで、また生体として発見された例も初めてであるという主旨を述べた。一方で、加藤教授は、「はるか」の腹びれについて「先祖が持っていたものが現れたのではない。胎児のころは後ろ脚があり数週間でなくなるが、遺伝子の突然変異で失われずに発達し、新たな進化を遂げたのではないか」とも推測する。そして、「進化の過程を解明するには第2世が必要で、親子のDNA解析からメカニズムを解明できるはず」とも語った。