3月2日、平井豊光が死去したため、次男の平井克彦が馬主を引き継いだ。3月31日の大阪杯で始動。中団追走から直線で懸命に猛追するがオルフェーヴルの3着に敗れた。この後、天皇賞には出走せずに香港へ遠征したエイシンフラッシュは、4月29日に行われたクイーンエリザベス2世カップにミルコ・デムーロとのコンビで出走。道中は後方に位置し、直線で内を突いて猛然と追い込んできたが、勝ったミリタリーアタックから1馬身4分の3離れた3着に終わった。約5ヶ月半の休み明けとなった毎日王冠では逃げるクラレントをかわし優勝した。しかし連覇を狙った天皇賞（秋）は内から抜け出すことができず3着に敗れた。ジャパンカップは逃げ馬不在で押し出される形で1000m通過62秒4のスローペースで逃げたが、直線では後続馬に飲み込まれ10着に敗れた。続く有馬記念が引退レースとなる予定だったが、12月19日に歩様に乱れがあったことから回避し、そのまま引退することになり、12月23日、中山競馬場にて引退式が行われた。当初は中止が発表されていたが、12月20日に予定通り行われることが決まった。
トランセンド、スマートファルコンと共に、3月31日のドバイワールドカップに出走。道中中団内めを追走も直線で伸びきれず日本馬最先着の6着に敗れた。海外遠征明け初戦となった宝塚記念では再び鞍上に内田博幸を迎え、調教での動きも良かったことから4番人気で出走したが、道中かかる仕草を見せるなどして直線で伸びきれず、5着馬から5馬身も離された6着に敗れた。その後、秋初戦の毎日王冠は宝塚記念同様不本意なレースとなったものの、2005年以来7年ぶりとなる天覧競馬となった天皇賞（秋）にミルコ・デムーロを迎えて出走すると、シルポートが大逃げを図るハイペースの中、残り300ｍ辺りから内ラチ沿いを鋭く伸び、フェノーメノの追撃を抑えて1/2馬身差で、東京優駿以来13戦ぶり、約2年5ヶ月ぶりとなる勝利を2度目のGI制覇で果たした。競走終了後、デムーロはウイニングランの後、エイシンフラッシュをメインスタンドへ向かわせていったん下馬し、ヘルメットを脱ぎ、競走を天覧した明仁天皇と美智子皇后にひざまずいて最敬礼した。有馬記念はレース当日にデムーロの尿管結石により三浦皇成へと乗り替わり、最後の直線で抜け出し勝ちそうな脚色も見せたものの残り約50mで交わされ4着に敗れた。
4月3日の大阪杯で始動。後方追走から直線で懸命に猛追するがヒルノダムールの3着に敗れた。次の天皇賞（春）では、3番人気で出走。道中は後方待機、直線で大外から先団を強襲するも、またもヒルノダムールの2着に敗れる。宝塚記念では主戦の内田博幸が落馬負傷のため安藤勝己に乗り替わり、中団追走から直線で馬場の内から迫るがアーネストリーの3着に敗れた。秋はステップレースを使わず鞍上にクリストフ・ルメールを迎えて天皇賞（秋）に3番人気で出走。3・4番手追走から直線でいったんは先頭に立ったが伸びを欠き6着に終わる。次のジャパンカップは後方追走も伸びきれず8着に敗れた。有馬記念では好位から直線で渋太く脚を伸ばしオルフェーヴルの2着となった。
EtomiteがMODXの前身となっている。2004年9月、Etomite用の機能拡張である「DocVar」がリリースされる。現在のMODXに備わっている「テンプレート変数」機能の元祖となったもので、これにより投稿画面上のカスタムフィールドの自由な拡張が可能になった。これに興味を示したRyan Thrashは、DocVarの開発を受け継ぎ、フォーラム内で意見交換を深める。その一方でEtomite本体はAlex（原作者）のアクティビティが低下し、開発の停滞と共にプロジェクト継続に限界が感じられるようになった。2005年3月19日を境に、Ryanが関連する話題はEtomiteフォーラムから削除される。これを契機にプロジェクトの独立を決意、Etomiteに代わるCMSとして、Raymond Irving と共にMODXの開発が始まった。2ヶ月後、有能な設計技術者であるJason Cowardを開発チームに迎え、開発においては彼がリーダーシップをとる形でMODXプロジェクトは大きな推進力を得る。同年夏に「プレビューテック版」としてMODXが初めてリリースされる。この時点では見た目はEtomiteとほとんど変わらなかったが、DocVarをネイティブにコアに組み込んだ「テンプレート変数」やプラグイン仕様などが追加され、シンプルさを損なわないままさらに高度な拡張が可能となった。小粒で扱いやすいCMSであるEtomiteをベースとしながらも、拡張性の高さが加わったことで、MODXはフレームワーク的なサイト管理ツールを志向することとなる。その後、数回のプレビューテック版のリリースを通じてコミュニティ参加者との意思疎通を図り、基礎的な仕様をまとめ、秋に初のベータ版がリリースされた。ベータ版としての期間はその後4年に及び、この間にMODXは２つのシリーズに分かれて開発されることが正式に決定した。2009年8月1日、Evolutionシリーズが最初に正式版としてリリース。さらに翌年2010年7月、Revolutionシリーズ正式版がリリースされた。EvolutionシリーズはDmytro Lukianenko、RevolutionシリーズはJason Cowardがコミットリーダーとしてそれぞれ開発を進めている。2012年5月25日、新シリーズ「MODX 3」の開発開始が宣言される。2013年中のリリースを目指す。2012年6月頃より、RevolutionシリーズコミットリーダーであるShaunのアクティビティが大幅に低下。2013年3月、Evolutionシリーズの開発が再開される。2013年4月、Shaunなど複数の開発メンバーがSiphonLabs社に移籍。