通商破壊（英語: the guerre de course）とは、敵の通商を妨害するために敵国の商船団を海軍力を以って攻撃することで、間接的に敵を減衰させる戦略である。1690年代の中頃にフランスの大西洋岸の港、特にサン・マロとダンケルクから出撃するフランスの私掠船が、同盟関係にあるイギリスとオランダの交易にとって大きな脅威だった。イギリス政府は、軍艦を商船隊の護衛に、巡視船を私掠船狩りに派遣した。フランスでは、イギリス・オランダに対する私掠船の成功から、軍艦を戦闘のために使う（フランス語: guerre d’esquadron）よりも貿易戦争を支援する通商破壊（フランス語: guerre de course）の方向に変えつつあった。イギリス・オランダの商船隊は、通商破壊艦隊の大きな目標だった。この政策転換の結果、1693年6月17日、トゥールヴィル伯アンヌ・イラリオン・ド・コタンタンがスミルナ行きの同盟船団を襲い劇的な成果を上げた（ラゴスの海戦）。貿易戦争支援を艦隊の戦略とすることの不利は、自国の商船を無防備にすることである。個々の襲撃隊は敵が大きな部隊を派遣してきたときは散々に打ち負かされてしまう危険性もある。1806年のサン・ドミンゴの海戦（en）におけるレッセグ提督や、1914年のフォークランド沖海戦におけるマクシミリアン・フォン・シュペーの例がある。通商破壊に対する対抗策としては、護送船団を編成するなどしての直接護衛と、敵の通商破壊艦の掃討など積極的な海戦による制海権確立の2つの戦略が考えられる。護送船団による直接護衛が正しく運用されれば、個々の通商破壊艦を掃討するよりも通商保護の手段として効果的な場合がある。しかし、敵国が有力な海上戦力を保有して海戦を挑んでくる場合、直接護衛方式では対処可能な護衛艦を整備するために膨大な資源を要し、しかも実際に戦闘となった場合には足手まといな商船を保護しながらの困難な戦術行動を強いられる。したがって、積極的な決戦を求める戦略のほうが、効果的に通商保護できる場合もある。
現存艦隊主義あるいは艦隊保全主義、フリート・イン・ビーイング（fleet in being、「存在する艦隊」の意味）とは、艦隊を温存することで潜在的な脅威とし、敵の海上勢力の自由な活動を妨げる海軍戦略である。トリントン伯アーサー・ハーバートが最初に「存在する艦隊（fleet in being）」という言葉を使ったとされている。1690年、大同盟戦争の最中にはるかに優勢なフランス艦隊に直面して、トリントン伯は特に形勢の良い場合を除き戦闘を回避し、援軍の到着を待つことを提案した。彼の戦隊が「存在する」ことで、フランスが海の覇権を取ることを妨げ、イギリスを侵略から守れるとした。トリントン伯はフランス艦隊と戦うことを強いられたが、消極的な行動に終始して敗れ（ビーチー・ヘッドの海戦）、軍法会議にかけられた。トリントン伯は、自身が現存艦隊主義による自国艦隊の喪失回避に徹したため、フランスを海の覇者とするまでには至らせなかったと弁明し、無罪となった。
2002年、一軍登板はなく、二軍で12試合に登板して防御率6.38だった。2003年、序盤に二軍のローテーション投手として9試合に先発し1完投・防御率3.22を記録、6月28日に一軍の先発左腕投手の不足を補うため、初昇格して即先発。140キロ前後の球速ながら、ゆったりとした球の出所の見にくいフォームを武器に相手打線を7回1安打無失点に抑え、そのままローテーションに定着する。7月5日の中日ドラゴンズ戦では8回表に中継ぎで登板するも、立浪和義に右前安打を放たれ、日本プロ野球史上30人目となる通算2000本安打を献上している。8月14日にはプロ入り初勝利を挙げるなど15試合登板で3勝3敗・防御率3.22の成績を残した。2004年、背番号が30となり、先発投手として25試合に登板するが、3勝9敗・防御率4.89と前年より数字を下げる。2005年、池谷公二郎の指導で投球フォームをスリークォーター気味に改造。先発ローテーションを内海哲也と争ったが敗れ、中継ぎに転向すると、フォーム改造の効果も相まって平均球速が140キロ台後半まで上昇。セットアッパー、シーズン中盤以降は抑えとして安定した投球を見せ、2勝2敗18セーブ、防御率1.61の成績を残す。この年のオフに原辰徳が監督に復帰するが、引き続きリリーフでの起用となる。2006年、原の構想では久保裕也から林に繋ぎ、新加入の豊田清で締めることになっていたが、久保と豊田のピッチングが不安を見せる中、林は1年を通して安定した投球を続けた。しかし一方でシーズン終盤には慢性的な肘痛を訴えた。同年オフの検査で肘に遊離軟骨を抱えている事が判明したが、クリーニング手術などの外科的処置を採らずに様子を見た。オフには後輩の東野峻を伴ってグアムで自主トレを行った。2007年、原から「岩瀬仁紀のような投手に成長して欲しい」と期待をこめて背番号を13に変更された。オープン戦終盤にチームに復帰したが、開幕直後に不調の豊田をカバーするため4試合連続登板したのち数日ブルペンに入らないなど、持病を抱えながらの変則的な登板となり、7月ごろから調子を落とした。オールスターゲームにファン投票で選出されて出場したものの直後に登録抹消、8月に再昇格するが1試合に登板すると左肩甲骨に違和感を訴え、再び登録抹消された。10月のクライマックスシリーズ第2ステージにて戦線復帰。第1戦にワンポイント登板、第2戦にはイニングをまたぎ1回1/3登板。打者6人を被安打0、2奪三振、1四球に抑えている。シーズン終了後まもない同月末に肘のクリーニング手術を行った。同シーズンは持病の肘痛を抱えながらも、序盤戦で唯一の勝ちパターンで信頼できるリリーフとして、前半戦の左のセットアッパーとしてリーグ優勝に貢献。離脱した時期とチーム成績が下降した時期がほぼ一致しているが公傷と認められず、年俸微減で更改した。12月7日、当時テレビ東京のアナウンサーだった亀井京子と結婚。2008年10月には第一子となる長女が誕生。2008年、前年末の肘手術の影響で、キャンプインから二軍で調整。5月20日に一軍復帰したものの制球が乱れ、2試合で二軍に降格した。その後、ウィルフィン・オビスポと共に二軍の守護神として起用されながら再調整を続けた。8月17日の対広島東洋カープ戦で2ヶ月ぶりに復帰し、9月10日までに7試合に登板、その全てで三振を奪い、計7.2イニングを投げ自責点2、1イニング3奪三振を含む奪三振13という数字を残し、球速の最高値は146キロを記録した。