「オトナ百合」をテーマにした秋篇は、上級生である譲葉とネリーの二人に焦点を当てている。スギナはテックジャイアンとのインタビューの中で、「本作は色気を重視しているためエロくなるのはNGであり、二人の胸回りや谷間などどうしてもエロくなりそうなところもあるが、エロさを主張しすぎないように気を付けた」と述べている。スギナは秋篇のシナリオを「メリーバッドエンド（受け手によって解釈が変わる結末）」にするつもりだったが、本シリーズのシナリオを担当する志水はつみを説得できず、当初案からその要素を弱めた内容にした。
夏篇ではメインとなるカップルが春篇とは異なることから、きちんと恋愛してすっきりした結末を迎えることが意識され、えりかと千鳥の恋愛をメインとしつつも、マユリを想う蘇芳の姿も描かれた。その一環として、初回限定版として付属したサウンドドラマはえりかと千鳥が恋人同士という前提で物語が展開する。また、百合ものの作品を発表しているブランドの広報担当者からのアドバイスを基に、カップリングを前面に出した広報活動が行われた。
スギナはInnocen Greyのデビュー作『カルタグラ 〜ツキ狂イノ病〜』を制作中に『マリア様がみてる』を知り、心のつながりに重きを置いた百合作品を作ることを目指した。スギナは、「流行に流されることなく、自分たちが作りたい百合を作る」という方向性を打ち出しており、ライトノベル調ではなく、耽美さや文学的な要素を求めていたため、シナリオライターには文学的な文体を得意とする志水はつみが採用された。採用されてからまもないころの志水が提出したサンプル文章はライトノベル調だったが、やり直しと話し合いを繰り返した結果、志水の持つ文学的な要素が現れ、スギナの思惑が当たる形となった。一般的なギャルゲーのシナリオではセリフを多用するのに対し、本シリーズのシナリオはト書きを多用する。スギナは冬篇の発売前に行われたおたぽるとのインタビューの中で、「元々『FLOWERS』は息抜きのつもりで制作を始めたが、いざ作り始めると作品を重ねるごとにより良い作品を作ろうという気持ちが強まり、息抜きどころかライフワークとも言うべき規模になってしまった」と振り返っている。その例としてスギナはCGの枚数の増加を挙げており、初期案にはなかった「季節ごとに制服のデザインを変化させる」といった作業が行われた結果、シリーズが進むにつれてCGの枚数が増加し、秋篇のCGが差分込みで春篇よりも20枚増加した。キャスティングは、作品性と嗜好性を重視した人選が行われた。本シリーズの音楽は、長年Innocent Greyの作品の音楽を手掛けたMANYOが制作した。春篇では春の優雅な雰囲気を出すためにストリングスが、夏篇では涼しさを出すためにアコーディオンがそれぞれ多用されており、これらの提案はMANYOによるものである。春篇から秋篇までの主題歌は『カルタグラ』の主題歌を歌った霜月はるかが担当しており、冬篇では霜月と鈴湯が一緒に主題歌を歌っている。スギナは霜月を採用した理由について「歌声の中に狂気を感じさせられる」と述べている。本シリーズははじめから全年齢向け作品として制作されており、未成年のユーザーでも楽しめるようにするため、過去にInnocen Greyが発表した成人向け作品とはつながりのない世界観が構築された。
アトランティスは、1985年11月26日19時29分にケネディ宇宙センター第39発射施設Aから打ち上げられた。この打上げは、スペースシャトル計画で2回目の夜間の打上げとなり、また1985年で最後の9回目の打上げとなった。ミッションの主目的は、宇宙空間で大きな構造を組み立てる実験であるEASE/ACCESSであった。EASE/ACCESSは、ラングレー研究所とマーシャル宇宙飛行センターとのジョイントベンチャーであった。ACCESSは、多くの小さな支柱や節から構成される高層タワーであり、EASEは少数の大きな桁や節で構成される逆ピラミッドのような構造であった。この2つで、宇宙空間において大きな構造を組み立てることが実現できることが実証された。宇宙飛行士のジェリー・ロスとシャーウッド・スプリングは、このミッション中に2度の船外活動を行った。カーゴベイに備えられたIMAXカメラは、EASE/ACCESSの作業に従事する宇宙飛行士の活動を撮影した。ロスはEASEの作業の後半で、「これはもしかしたら宇宙ステーションの建設に適した方法ではないかもしれない」と語った。宇宙飛行士は、船外活動で最も難しかったのは、EASEの桁を固定する際に、彼ら自身の体を回転させることであったと報告した。ACCESSの作業は順調に進んだが、EASEの作業では自由浮遊の状態にならなければならない時間が多すぎた。宇宙飛行士は、5から6日間のミッションで、1日おきに6時間の船外活動であれば可能であると判断し、手の疲れを減らすためにグローブの交換を勧告した。選外活動を終えた後、ロスは、「特に、オービタに設置された宇宙ステーションの部品を組み立て、それらをロボットアームの届く距離よりも遠くに移動させる等、特定の場合に非常に役に立つ」ことから、2回目の船外活動で用いるためにManned Maneuvering Unit (MMU)を準備しようと試みたと語った。彼は、MMUは、MMUはケーブルや器具をロボットアームの射程距離を超えて設置する場合にも使えると付け加えた。このミッションの間、ロドルフォ・ネリ・ヴェラは、主にヒトの生理学に関連する一連の実験を行った。彼はまた、地球観測の一環として、メキシコやメキシコシティの写真を撮影した。チャールズ・ウォーカーは再び、3度目の飛行となった、微小重力下で薬品を開発する装置であるContinuous Flow Electrophoresis Systemの操作を行った。3Mのために行われたDiffusive Mixing of Organic Solutions (DMOS)の実験も成功した。この実験の目的は、地上で成長させるよりもより大きくより純粋な単結晶を成長させることである。アトランティスのペイロードベイに格納されたGetaway Specialのキャニスタでは、微小重力下での鏡の製造等を含むカナダの学生の実験が行われた。このミッションで行われた全ての実験が成功し、全ての装置の運用にも成功した。アトランティスは、6日間と21時間5分のミッションを終え、1985年12月3日16時33分(EST)、エドワーズ空軍基地に無事着陸した。エドワーズ空軍基地の照明の問題のため、アトランティスは、予定されていたよりも1周早く着陸した。着陸の際のロールアウト距離は10,759フィートで、78秒間であった。