河川・池沼・湿原などに生息し、日本では里山に囲まれた水田や河川のある里地に生息していた。大陸部では9月中旬から10月中旬に渡りを始め、越冬地に10月中旬から12月に飛来し翌3月上旬まで留まる。日本の繁殖個体群は渡りは確認されていなかったが、冬季は個体数が減少する傾向があった。同種間で激しく争うこともあり、中華人民共和国での報告例（2羽で争って1羽が頭部を嘴で突かれ死亡）や、日本では2002年に兵庫県豊岡市に飛来して2007年に死亡するまで留まっていた野生オス（通称ハチゴロウ）の死因として、検死から病気や重金属・汚染物質などが死因ではないこと、2006 - 2007年に主に野生オスが再導入オスを攻撃した目撃例が計36回あること、最後の争いの目撃例で再導入オスが野生オスを撃退したところが目撃されたことから、再導入されたオスとの縄張り争いによる死亡が示唆されている。成鳥になると鳴かなくなる。代わりに「クラッタリング」と呼ばれる行為が見受けられる。嘴を叩き合わせるように激しく開閉して音を出す行動で、ディスプレイや仲間との合図に用いられる。魚類、カエル類、ヘビ類、鳥類の卵や雛、齧歯類、昆虫などを食べる。水生動物は浅瀬で、ヘビ・鳥類の卵や雛・ネズミや昆虫などは乾燥した草地で捕食する。主にザリガニなどの甲殻類やカエル、魚類を捕食する。ネズミなどの小型哺乳類を捕食することもある。繁殖様式は卵生。頭部を反らせ嘴を叩き合わせて（クラッタリング）求愛する。婚姻様式は一夫一妻。湿原に面した大木の樹上に巣を作る。巣は木の枝を組み合わせて作る。日本の繁殖個体群は過去には3月下旬から4月上旬に繁殖していて、大陸個体群は4月中旬から4月下旬に繁殖する。2 - 6個の卵を産む。抱卵期間は31 - 35日。造巣・抱卵・育雛は雌雄共同で行う。育雛期間は55 - 70日で、6羽全てが巣立つこともある。雛は孵化してから63 - 74日は巣に留まる。日本では過去には6月下旬から7月上旬に巣立ち、大陸個体群は7月下旬から8月上旬に巣立つ。主に樹上に雌雄で造巣する。1腹3-5個の卵を産み、抱卵期間は30-34日である。抱卵、育雛は雌雄共同で行う。雛は、約58-64日で巣立ちする。
以前はC. ciconia（現:ヨーロッパコウノトリ）およびその亜種C. c. boycianaの和名がコウノトリとされていた。ヨーロッパコウノトリとの間に雑種ができるため亜種とする説もあったが、DNA交雑法では別種とされた。広義のコウノトリは、コウノトリ亜科に属する鳥類の総称である。ヨーロッパとアフリカ北部には、狭義のコウノトリの近縁種であるシュバシコウCiconia ciconiaが棲息している。羽色は似ているが、クチバシは赤。こちらは数十万羽と多く、安泰である。「コウノトリが赤ん坊を運んでくる」などの伝承は、シュバシコウについて語られたものである。シュバシコウとコウノトリとの間では2代雑種までできているので、両者を同一種とする意見も有力である。この場合は学名が、シュバシコウはCiconia ciconia ciconia、コウノトリはCiconia ciconia boycianaになる。
全長110 - 115センチメートル。翼長58 - 67センチメートル。翼開長195センチメートル。体重5キログラム。全身の羽色は白いが、風切羽は黒が混じる。嘴長オス26.1 - 27.3センチメートル。嘴は黒く、基部は赤い。眼の周囲は皮膚が赤く裸出する。後肢は赤い。
2017年、4月27日の対オリックス・バファローズ戦（阪神鳴尾浜球場）を皮切りに、ウエスタン・リーグ公式戦14試合に登板。1勝5敗、防御率4.88ながら、主に先発投手として実戦経験を積んだ。レギュラーシーズン終盤、10月5日の対中日ドラゴンズ戦（阪神甲子園球場）で、救援投手として一軍デビュー。1イニングを1被安打無失点に抑えたことから、プロ初ホールドを記録した。一軍公式戦ではこの試合を含めて2試合に登板すると、いずれも無失点でシーズンを終えた。2018年には、初めて沖縄宜野座の一軍春季キャンプへ参加。参加メンバーでは最年少（19歳）だったが、キャンプ期間中の実戦やオープン戦で好投を見せたため、一時は開幕ローテーション入りを期待された。実際は開幕後しばらく二軍で先発要員としての調整を続け、5月9日の対読売ジャイアンツ戦（東京ドーム）での中継ぎ登板でシーズン初登板。5月20日の対中日戦（ナゴヤドーム）でプロ初先発登板を果たし、松坂大輔と投げ合った末に5回12安打5失点という内容で初黒星を喫した。19歳6ヶ月で迎えた5月27日の対巨人戦（甲子園）で先発し、6回を2安打7奪三振無失点という内容でプロ初勝利を挙げた。阪神の投手による対巨人戦でのプロ初勝利は、2003年に救援登板で記録した久保田智之以来15年振り、先発登板では1987年の猪俣隆以来31年振りであり、10代の投手としては初。チーム事情から救援要員として帯同していた6月30日の対東京ヤクルトスワローズ戦（明治神宮野球場）では、先発の岩貞祐太が1回裏に2番打者・青木宣親への危険球によって退場処分を受けたことから、無死1・2塁の局面で緊急登板。登板の直後に内野ゴロで1点を失ったものの、6回までを自責点0に抑え、シーズン2勝目を救援での初勝利で挙げた。その後も、チーム事情に応じて先発・救援の両方で起用され、特に9月下旬以降は藤川球児の戦線離脱を背景にセットアッパーへ抜擢されたが、球団史上初の10代投手による一軍公式戦でのセーブを記録するまでには至らなかった。最終的に、22試合に登板し、6勝10敗1ホールド、防御率4.61という成績を残した。オフには900万円増の1500万円（金額は推定）で契約を更改。2019年、前年に引き続き宜野座一軍春季キャンプに参加。開幕ローテーション入りを期待されたものの、キャンプ中の実戦から調子が上がらずオープン戦でも結果を残すことができなったため、オープン戦途中からは二軍調整を余儀なくされた。4月24日に一軍へ昇格すると、同日の対横浜DeNAベイスターズ戦（横浜スタジアム）でシーズン初登板初先発、5回1/3を1失点に抑えシーズン初勝利を挙げた。