皇帝に選出されると同時に、エウゲニウスは帝国の主要な行政官を入れ替えていった。テオドシウスはウァレンティニアヌス2世に西ローマ帝国の統治を任せたとき、自分の腹心を政府高官に据えて帝国全体を掌握したが、エウゲニウスはこれらの人材を自分に忠実な者たちに替えていったのである。その多くは元老院階級出身であった。大ニコマコス・フラウィアヌスがイタリアの親衛隊長官に、その息子小ニコマコス・フラウィアヌスがローマの長官に、また食管長 (praefectus annonae) にはヌメリウス・プロイエクトゥスが新しく就任した。エウゲニウスも名目上はキリスト教徒であったため、帝国が異教を公的に支援することに関しては乗り気ではなかった。しかし部下たちの進言により、フォロ・ロマーノにあるウェヌスとローマ神殿の再建や、グラティアヌスによって元老院から撤去された勝利の女神ウィクトリアの祭壇の返還といった、古代ローマの伝統的宗教のための事業に私財と公的資金を投入するなど、寛容な宗教政策を採った。エウゲニウスがローマ市民や元老院から支持を集めるにつれ、テオドシウスは西ローマ帝国での支配力を失っていった。こうした施政はテオドシウスや強い影響力をもっていたミラノ司教アンブロジウスとの関係を悪化させた。エウゲニウスが権威の承認を要求するためミラノを訪れたときにもアンブロジウスは面会することを潔しとせず、エウゲニウスの没落を予言してミラノを退去した。テオドシウスはアンブロジウスのこうした高潔さと豪胆さに感銘を受けており、アンブロジウスもテオドシウスを支持していたため、結果として教会と帝国の結びつきは強まることとなった。また、エウゲニウスは軍事面でも成功を収めた。特にアラマンニ族やフランク族との古い同盟を更新したことによって知られる。フランク族出身でありアラマンニ族やフランク族の戦士を部下にもっていたアルボガステスはライン川の国境線まで行軍し、その面前で軍事力を誇示してゲルマン人に印象づけることで鎮撫した。
392年5月15日にウァレンティニアヌス2世が自殺ないしは殺害によって突然の死を迎えたのち、アルボガステスは8月22日にエウゲニウスを皇帝の座に据えた。ウァレンティアヌス2世の死去からエウゲニウスの推挙までに3ヶ月の空白期間があるのは、自分が次の皇帝に指名されるかもしれないという期待をアルボガステスが抱いていたためとも考えられる。それにもかかわらず友人を皇帝に推したのは、384年にテオドシウス1世から共同皇帝（384年 - 388年）に公認された元ブリタニア軍指揮官のマグヌス・マクシムスが、わずか4年で共同皇帝のテオドシウスによって打ち倒された記憶も新しく、自分自身が皇帝になるよりも傀儡を立てた方がよいとの計算によるものと考えられている。アルボガステスにとって、自分自身ではなくエウゲニウスを皇帝に推挙することには、上記の理由の他にも2つの大きな利点があった。1点目はフランク族出身であったアルボガステスより、ローマ人であったエウゲニウスの方が皇帝にふさわしいと考えられたことである。当時のローマ帝国においては、いまだ異民族出身の皇帝を擁立するには時期尚早でありローマ人の反感が少なくなかったのである。2点目は元老院もアルボガステスよりエウゲニウスを支持すると考えられたことである。すでに栄光は過ぎ去っていたとはいえ、ローマ元老院の知性や財力、影響力に勝るものはローマ帝国内にはなく、エウゲニウス自身も元老院議員であった。アルボガステスにとって、エウゲニウスを皇帝に擁立したことは、元老院対策の面が非常に大きかったのである。
エウゲニウスは元は文法と修辞学の教師であるとともに元老院議員およびに行政長官でもあった。またフランク人の軍事司令官にして西ローマ帝国の「事実上」の支配者であったアルボガステスの友人であった。
即位名はセアンクエンラー。便宜上6世と呼ばれているが、実際の彼がメンチュヘテプという名を持つ何人目の王であったのかは確定していない。カルナックの石碑と2つのスフィンクス像、出所不明のスカラベ印章から知られる。その治世中、王朝の弱体化が著しく、領土はテーベ周辺のわずかな地域に限られていた。テーベの町を「勝利の都にして全土の愛人」と表現し、自らを「外国の土地を追い返し、セクメトのように敵を炎の息で殺す者」と表現しており、エジプト北部を支配していたヒクソスの第15王朝との争いがあった事が示唆している。
エレファント島は、ウェッデル海でエンデュアランス号を失ったアーネスト・シャクルトンら28人の帝国南極横断探検隊が過酷な生還劇を成し遂げた舞台としても名高い。1916年4月、船を失い救命艇でエレファント島にたどり着いた隊員たちであったが、島の付近を通りかかる船に救助してもらう可能性は低いことがわかったため、シャクルトンは捕鯨基地のあるサウスジョージア島を目指すことを決断した。この航海史の中でも最も驚くべき偉業の一つに数えられる船旅でシャクルトンは、救命艇のような小さなジェームズ・ケアード号に他の5人と乗船し、800マイルにも及ぶ航海を敢行した。1916年4月24日のイースターマンデーにエレファント島を発ったシャクルトンたちは、およそ2週間後にサウスジョージア島に到達した。この間、副隊長のフランク・ワイルドは残った他の21人とともに4ヶ月間にわたって島に留まり、シャクルトンたちの救援を待った。伝記の中でワイルドは、「我々は、心からのエールを彼らに送るとともに、遥か彼方にボートが小さく小さくなっていくのを見つめていた。隊員たち中に涙を浮かべる者がいたのを見て、すぐさま彼らを仕事に取り掛からせた」と振り返っている。事実、エレファント島に残った隊員たちにはしなくてはならないことが多かった。島には天然のシェルターのようなものが無かったため、隊員たちは2つの救命ボートとテントの布を使って風除けと小屋を作った。動物の肉の脂はランプの灯りに使われた。 隊員たちはペンギンやアザラシたちを探して狩りをしたが、どちらも秋や冬には数が少なかった。隊員たちの多くはすでに病気や凍傷を抱えていたが、それに加えて飢えの危険も迫りつつあった。シャクルトンたちが島を去ってから4ヶ月半後、隊員の一人が船を発見した。1916年8月30日のことであった。このシャクルトンが手配しルイス・パルドが船長としてプンタ・アレーナスからやってきたイェルチョ号によって、隊員たち全員が生きて帰ることができた。