現在の官邸の地下には、前述のとおり危機管理センターが設けられており、2002年4月16日から運用されている。官邸危機管理センター、内閣危機管理センターなどと称される。対策本部会議室、対策事務室（オペレーションルーム）、情報集約室などを備える。24時間体制で運用されており、緊急事態発生時には、内閣情報調査室の内閣情報集約センターから速報を受け、内閣危機管理監、内閣官房副長官補（事態対処・危機管理担当）、危機管理審議官に報告し、指示を受ける。内閣危機管理監が状況に応じ、情報連絡室、官邸連絡室、官邸対策室の設置を判断する。設置後、状況に応じて改組することもある（例えば、情報連絡室から官邸対策室に改組するなど。）。対策室等の設置後、状況によっては、内閣に政府の対策本部が設置される。
現在の官邸は2002年（平成14年）4月22日から使用されている。(建設は1999年から2002年まで行われ、2002年に旧官邸より官邸機能を移行した。)地上5階、地下1階の鉄骨鉄筋コンクリート構造で、震度7にも耐えられる。最上階になる5階には内閣総理大臣、副総理（必要時に任命）、内閣官房長官、内閣官房副長官の執務室、4階には閣議室、内閣執務室、特別応接室が置かれ、この2層に執務機能が集中している。3階は事務室と玄関ホール、2階にはレセプションホール（大小のホール）と貴賓室が設けられている。1階は記者会見室や記者クラブなど広報関係の施設がある。地階は危機管理センターとなっている。また、内閣府へとつながっている地下トンネルがあり、屋上にはヘリポートが設置されているほか、官邸前の前庭はヘリポートになるように設計されている。よくニュース映像に出て来るのは、東（正面玄関口）側から見た様子。傾斜地に作られているため、西側の入口は1階だが、東側にある正面の出入り口は3階となっている。組閣後の閣僚記念撮影が行われる階段は3階から2階に降りる階段である。同敷地内に官房長官公邸、宿舎などもある。建設工事の際、山王パークタワーやキャピトル東急ホテルといった高層建築物が新官邸に隣接していることが問題となり、官邸からは、高層ビルに面した側から窓を取り除く設計変更のうえ、高層ビルに対しては官邸に面した窓が開かないよう改修を要請した。さらにテロ対策として、敷地は高さ5メートル以上のコンクリート製防護壁で囲まれている。周辺の道路は、警視庁の警察官によって封鎖され、歩行者は基本的に通行できるものの、一般車両の通行は規制されている。総理大臣官邸の警備は、敷地内は警視庁総理大臣官邸警備隊が担当し、敷地周辺は警視庁機動隊の9つの大隊が持ち回りで担当している（第10大隊は重機や特殊車両装備が主の「特科車両隊」なので担当出来ない）。官邸内に飾られる絵画や彫刻は、官邸事務所の所蔵品だけでなく、文化庁経由で無償で借り受けた日展入選作などが含まれている。官邸内には食堂があり、食事をすることが可能である。官邸敷地内には庭園があり、庭池もある。2014年8月には、官邸前庭にあった循環式の人工池が、設備老朽化のため埋め立てられ、緑地に変わった。
1976年7月2日19時44分ごろ、細島港から広島港へ向かって航行中だった本船は、伊予灘から広島湾に通じる諸島水道（ミルガ瀬戸）を北航する際、広島港から徳山港に向かい南航してきたパナマ船籍の貨物船グレート・ビクトリー（7,519総トン）と水道最狭部で衝突、沈没した。本船の左舷中央部に、グレート・ビクトリーの船首が前方から約30度の角度で衝突、衝突により、本船は左舷中央部に幅約25メートル、高さ約14メートル、深さ最大約4メートルにおよぶくさび型の大破口を生じ、グレート・ビクトリーは、船首部の外板に船首から左舷側約16メートル、右舷側約3メートルにわたって凹損を伴う擦過傷を生じ、左舷錨の爪が曲損した。衝突後、非常部署が発令され、海上保安部および日向営業所への連絡、被害状況の確認、水密扉の閉鎖など対応が行われた。本船は浸水により主機および補機が停止、旅客は後部プロムナードデッキに誘導された後、来援した漁船約20隻に縄梯子で移乗して、20時8分ごろ生存者全員が救助された。20時2分ごろグレート・ビクトリーが後進にかけて本船から離れた後、浸水量が増加したため、乗組員も順次退船し20時25分ごろ最後に船長が退船した。20時45分ごろ本船は左舷に横転して沈没した。本船では乗客58名、乗員29名のうち、衝突箇所付近の通路にいた甲板長、圧壊した客室にいた乗客2名が死亡、乗客2名が行方不明となり、乗組員6名と乗客4名が負傷した。津和地島と諸島の間にある諸島水道のうち、西側のミルガ瀬戸は可航幅が400メートル弱で、最狭部で変針する必要があったが、隣接するクダコ水道、怒和島水道と比較して航路距離が短縮されるため、広別汽船では、怒和島水道を第1基準航路、諸島水道を第2基準航路として、風速10m/s以下、視程2,000m以上、潮流2ノット以下で安全な場合のみ第2基準航路での運航を許可していた。事故原因は、本船およびグレート・ビクトリーが、狭水道における適切な航法を守らなかったこととされた。狭隘なミルガ瀬戸で行き会う態勢となった際に、双方が相手船とミルガ瀬戸での行き会いを避ける措置をとらず、本船が全速力のまま同瀬戸に進入したことと、グレート・ビクトリーが機関を停止したものの、かなりの行足をもって同瀬戸に進入したことによって発生したとされた。