武蔵小室藩主・伊奈忠次の次男。通称は半十郎。勘定方を勤めていたが、父の没後、跡を継いでいた兄・忠政が元和4年（1618年）に34歳で没した。しかし嫡男・忠勝が8歳の幼少であったため、家督は忠勝が、関東代官職は27歳の忠治が継ぐこととなった。関東代官となる前から幕府に勘定方として出仕しており、武蔵国赤山（現在の埼玉県川口市赤山）に既に七千石で赤山城を拝領していたため、兄の配下だった代官の多くが忠治の家臣となったという。忠治は父、兄の仕事を引き継いで関八州の治水工事、新田開発、河川改修を行い、荒川開削、江戸川開削に携わった。江戸初期における利根川東遷事業の多くが忠治の業績であり、鬼怒川と小貝川の分流工事や下総国、常陸国一帯の堤防工事などを担当した。なお、この業績を称えて忠治を祀った伊奈神社が、福岡堰（現在の茨城県つくばみらい市北山）の北東、つくば市真瀬にある。また、合併してつくばみらい市となった旧筑波郡伊奈町の町名は忠治に由来する。父の忠次も埼玉県北足立郡伊奈町の町名の由来となっており、親子2代で地名の由来となった珍しい例である。なお、忠勝は翌年に9歳で病没し小室藩は無嫡廃絶となるが、名跡（みょうせき）としての伊奈氏は忠政次男の忠隆が継いでおり、忠治は傍系であった。「関東郡代」という職名の正式な設置は寛政4年（1792年）であり、当初の関東郡代は忠治からの代々に自称されたものとみなされている。（→「郡代を参照。）川口市のキュポ・ラ内にブロンズ像が建立されている。
ポストシーズンに相性が良く、通算打率は.328（61打数20安打）。特にカージナルスの一員として出場した2002年のポストシーズンでは打率.529（17打数9安打）の大当たりだった。個性的なバッティングフォームで、高目の球に強い。またかなりの俊足。セントルイス・カージナルス時代は盗塁数が減っていたが、2004年から2006年までの3年間は二桁盗塁を記録している。
江戸当時、品川宿の伊勢屋という宿場に化け猫の飯盛女がいるという噂が立ったことが発祥とされる。1776年（安永5年）の咄本『売言葉』に「猫また」と題した話が2話あり、「此ごろ猫またざたの気味わるく」とあることから、1775年（安永4年）以前にこうした風説が存在していたものと見られている。1788年（天明8年）の洒落本『一目土堤』にも「化物伊勢屋は南駅（しながわ）の。猫が臑（かいな）を神田の台」とあり、1789年（寛政元年）の洒落本『まわし枕』にも「品川の倉田にて年を経し一疋のとら猫女郎と化たるためしもあり」とあり、実際に化け猫がいたかどうかはともかく、そうした噂話自体は確かに実在したようである。品川宿は田舎侍や坊主たち相手の遊廓として人気を博していたが、こうした噂が江戸中に広まるにつれて伊勢屋が「化物伊勢屋」「お化け伊勢屋」と呼ばれるようになった。1801年（享和元年）の品川細見『ぶら提灯』に「伊勢屋」が2件登載されている通り、「伊勢屋」の名は平凡な屋号であるため、ほかの伊勢屋と区別するために「化物伊勢屋」などの名が定着したようで、後年の時代小説『半七捕物帳』でも1862年（文久2年）の時代設定で「品川の伊勢屋……といっても例の化（ばけ）伊勢屋ではありません」という台詞があり、5代目古今亭志ん生の所演による『品川心中』にも「品川にはいい貸座敷がありました。土蔵相模、島崎、お化け伊勢屋」とある。こうした風説が安永・天明期（1772年から1788年まで）にかけてキャラクター化されて黄表紙などに登場し、それらの作品の中で実際の品川の噂話とはまったく関係ない姿で描かれるようになり、キャラクターとして一人歩きを始めたものが化猫遊女である。前述の『化物世櫃鉢木』でも、化猫遊女を覗き見た客が「どこかで話に聞いたようなことだ」と台詞を言う場面があり、現実に品川でそのような噂話があったことを示している。伊勢屋の飯盛女の名は「野」で終わっていたため、『化物世櫃鉢木』の井出野をはじめ、化猫遊女も「野」で終わる名のことが多い。このように遊女が化け猫にたとえられたのは、遊女が「寝子（ねこ）」の別名で呼ばれたことや、実際にネコを飼う遊女が多かったこと、周囲から隔離された遊郭は非現実的な空間であり、その中にいる遊女はある意味で妖しげ存在であったこと、そうした妖しげな遊女像にネコという動物の持つ神秘性が結びついたこと、遊郭で女性が閉じ込められて閉鎖された環境では陰湿な感情が蓄積されて妖怪伝承のもととなりやすかったこと、さらに加えて、遊女が客の前で食事をとるのは失礼にあたったため、廊下や下卑蔵部屋（遊女たちの食事部屋）などでこっそりと食事をとっており、そうした場面を偶然目撃した者は不気味な光景に映っていたであろうことが理由として考えられている。品川にほど近い増上寺では、1852年（嘉永5年）に住職が戒律を破り、医者に扮して吉原遊廓で遊女と戯れていた事件があり、「化ける」ということと品川の地が結びついていたと見る向きもある。また、昭和以降の化け猫映画には「夜中に行灯の油を嘗める」という典型的な場面があるが、夜中に食べ物を食べる化猫遊女の姿がその原型だとの説もある。