バンプレストは、2002年からオリジナルキャラクターのみで構成されたスーパーロボット大戦OGシリーズを展開し、本作もこれに登場している。OGシリーズは版権作品が登場しないが、2007年に発売されたPlayStation 2版は45万本の売上を記録し、2度もアニメ化されるなどヒットになった。そうした流れの中、OGシリーズの外伝であるOGサーガシリーズの一つとして、『スーパーロボット大戦外伝 魔装機神 THE LORD OF ELEMENTAL』をリメイクした『スーパーロボット大戦OGサーガ 魔装機神 THE LORD OF ELEMENTAL』が2010年に発売された。約11年振りにウィンキーソフトが製作を手がけ、2012年に続編『スーパーロボット大戦OGサーガ 魔装機神II REVELATION OF EVIL GOD』が発売された。また、同年発売の『第2次スーパーロボット大戦OG』ではLOEの1章と2章の間のストーリー（『スーパーロボット大戦EX』のストーリー）が収録されている。2013年には『スーパーロボット大戦OGサーガ 魔装機神III PRIDE OF JUSTICE』が発売。2014年発売の『スーパーロボット大戦OGサーガ 魔装機神F COFFIN OF THE END』をもって本シリーズは完結する。長年携わってきたウィンキーソフトは、スーパーロボット大戦に関する移植を一作行った後、2016年2月に倒産となる。魔装機神自体のシリーズは上記のとおりだが、OGシリーズとしては『スーパーロボット大戦OG ムーン・デュエラーズ』にてさらにその後を描く。
幼い頃に父を亡くした明日菜は、母と二人で暮らしている。仕事で家を空けがちな母に代わって家事をしながら、近くの山に自分で作った秘密基地で、父の形見である石を使った鉱石ラジオを聞いたり、猫のような動物のミミと遊んで日々を過ごしていた。ある日、秘密基地へ向かう途中、見たこともない怪獣に襲われたところを「アガルタ」から来たという少年・シュンに助けられる。翌日、秘密基地で再会し仲良くなった二人はまた会う約束をするが、後日シュンが遺体で発見される。シュンの死に実感が湧かない明日菜は、新任教師の森崎の授業で聞いた「死後の世界」に強い興味を抱く。世界各地には地下世界の伝承が残り、シュンが故郷であると語ったアガルタもその一つで、そこには莫大な富や死者の復活すら可能にする技術があるという。その日の帰り道、明日菜は秘密基地でシュンに瓜二つの少年・シンと出会う。彼は兄が持ち出したアガルタへの道の鍵となる石「クラヴィス(clavis)」を回収しに来ていた。するとそこに武装した兵隊と森崎が現れる。森崎はアガルタの秘密を狙う組織「アルカンジェリ」の一員だった。しかし、アガルタへの入り口を見つけた森崎は組織を裏切る。彼の目的はアガルタで亡妻・リサを蘇らせることであった。シュンが遺したクラヴィスを回収したシンはアガルタへと去り、残された明日菜も森崎についていくことを決め、ミミを加えた二人と一匹は、広大な地下世界を旅することとなる。アガルタには、地下とは思えぬ大自然と、神々が乗る船「シャクナ・ヴィマーナ」が空に浮かぶ幻想的な風景が広がっていた。しかし見つかる集落は廃墟ばかりで人影はない。アガルタは幾度となく侵攻してきた地上人の手によって荒廃し、衰退の一途を辿っていた。数日後、明日菜は闇に棲む「夷族（イゾク）」によって攫われる。地上人との交わりを嫌う彼らは明日菜と、地上人との混血である少女・マナを殺そうとしていたが、そこへシンが現れ二人を助け出す。シンは明日菜の父の形見「クラヴィスの欠片」を奪う使命を帯びていた。しかし逃げる途中、夷族によってシンが深手を負ってしまう。森崎と合流した明日菜らはアモロートの村に辿り着き、マナの祖父の計らいで一晩だけ休ませてもらう。世界の果て「フィニス・テラ」、その崖下にある「生死の門」まで行けば死者を甦らせることができると話したうえで、老人は死者の復活を過ちだと諭そうとするが、森崎は生きることに消極的になっているアガルタの現状を批判する。二人はマナやミミに別れを告げ、フィニス・テラへと旅立つが、程なくして村から追っ手が走り出る。彼らは夷族と同じく、アガルタ衰退の原因となった地上人を忌み嫌い、殺害しようとしていた。これまでの二人を見てきたシンは、アガルタは命の儚さを知りすぎているが故に滅ぼうとしているのではないかと老人に問い、追放を覚悟で明日菜達を助けに向かう。フィニス・テラに辿り着いた森崎は一人崖を降りていくが、明日菜は断崖絶壁を前にして引き返してしまう。これまでの出来事を反芻するうちに、アガルタに来たのは自分の寂しさを埋めるためだと気づく明日菜。夜の闇の中、夷族に追い詰められた彼女のもとにシンが再び駆けつける。森崎の後を追うことを決めた明日菜とシンは、フィニス・テラの下にある死地へ向かうケツァルトルの力を借りて崖の下へと到達した。先んじて生死の門にたどり着いた森崎は、クラヴィスの欠片を使い、シャクナ・ヴィマーナにリサの復活を請う。だが願いと引き換えにリサの依代となる生贄を求められ、森崎は後を追ってきた明日菜を選び、また自らの右目を奪われてしまう。明日菜を救うためにシンはクラヴィスを破壊するとリサは消え、シャクナ・ヴィマーナも去っていった。夢の中でシュンと別れを告げて目覚めた明日菜は、殺してくれと嘆く森崎を抱きしめた。その後、森崎はシンと共にアガルタに残ることを選び、明日菜は二人に別れを告げ、地上へと帰っていった。