旧世紀版では独特のデザインのモノレール車両が描かれていたが新劇場版ではCGによる非常に写実的なモノレール車両が描かれている。新劇場版では第3新東京市高速鉄道第二環状線というモノレール路線が登場する。路線は元箱根や仙石原、桃源台、強羅、長尾峠を循環している物と推測される。車両は北九州モノレールの車両と同じ車両が使用されている。車体色は赤色に白色の帯と独自の塗装。車体前面部と側面には第3新東京市の市章が貼り付けられている。『新劇場版:破』では新真鶴方面を結ぶ路線も登場しており、こちらには多摩都市モノレールの車両が使用されている。車体の前面には第3新東京市新交通システムの社章が張り付けられている。同じく『新劇場版:破』ではシンジが第二環状線に乗車中に「第10使徒」の侵攻によって日本政府より非常事態宣言が発令されたが、このように運行中に発令された場合は「緊急条例」に基づいて最寄りの退避ステーションに退避する。
旧世紀版では第3新東京市第七環状線というモノレール路線が登場する。車体にはJRのロゴが貼り付けられており、運営しているのは市ではなく、JRが直接行っていると推測される。また第壱話「使徒、襲来」の冒頭では特別非常事態宣言発令によって全線運転休止となってホームに停車中のモノレール車両が登場するが事業者名や路線系統等は不明。
都市としての規模や人口・財政は、現在の東京23区よりかなり小さい。第3新東京市の中心市街地は仙石原周辺に限定されているが、行政範囲については明確にされていない。仙石原を中心とした半径3キロの地下にジオフロントが広がっており、箱根山外輪山を越えて一部は現在の御殿場市にまで達している。そのため、御殿場市の一部も第3新東京市に含まれていると思われる。ジオフロント内の地下居住区も、行政上は第3新東京市に所属する。なお、芦ノ湖南岸は神奈川県足柄下郡旧箱根町となっている。第3新東京市の住人は、NERV勤務者とその家族などの関係者に限定されている。
周辺は現在の箱根とあまり変わらないが小田原には昔の羽田、その北側に横浜その東側に若洲、そのまた東に川を挟んで中央防波堤埋立処分場のような地形であることがTV版オープニングの画像からわかる。
山崎製パン株式会社は1977年5月にコンビニエンスストア「サンエブリー」の店舗展開を開始し、同年12月に完全子会社の株式会社サンエブリーを設立した(「サンエブリー」は sun「太陽」+every「すべての」の意味で英語としては何の意味もなさない）。これとは別に山崎製パン株式会社の営業部門の事業として1978年5月に「ヤマザキデイリーストアー」の店舗展開を開始し、1980年9月には同社営業部門内に「デイリー事業部」を設置した。同じグループ内の重複する事業であったため、1982年1月、株式会社サンエブリーに山崎製パン株式会社のデイリー事業部を統合した上で商号を変更して、株式会社サンショップヤマザキとした。約20年間、サンエブリーとヤマザキデイリーストアーの2つのブランド（デュアルブランド）が並存していたが、1999年1月に新しく「デイリーヤマザキ」というブランドに統合して店舗展開を開始し、同時に会社の商号も株式会社デイリーヤマザキに変更している。2013年7月、山崎製パン株式会社が同社を吸収合併したことにより、以降当コンビニチェーンの運営は山崎製パン株式会社内の社内カンパニーである「デイリーヤマザキ事業統括本部」が担っている。なお秋田県と青森県のみ、山崎製パンと業務提携する製パン会社（前者はたけや製パン、後者は工藤パン）内の「デイリー事業部」によって運営（事実上エリアフランチャイズ）されている。旧来からの「ヤマザキデイリーストアー」と「サンエブリー」から順次「デイリーヤマザキ」に切り替わったが、小規模な店舗の中にはフランチャイズを終了して独立店舗となったり、営業時間や店舗面積・機能等の制約が少ないヤマザキデイリーストアー（現在のニューヤマザキデイリーストア、詳細は後述）にとどまったり、さらに店舗運営の独立性の高く、かつ制約が少ない（当コンビニチェーンよりも独立性の高い）ヤマザキショップ、および店舗管理システムの導入などコンビニエンスストア機能の一部を付加した「ヤマザキスペシャルパートナーショップ（YSPS）」）に転換する例も見られる。元来が個人経営のパン屋や酒屋からの転換が加盟店に多く含まれているため、店舗運営に対してはオーナーの自主性を尊重する方針であり、他の大手コンビニエンスストアと比べ本部の締め付けが緩やかなのが特徴である。しかし、この方針のため、店舗によってサービス水準・商品展開のばらつきが激しくなり、かつては経済専門誌の「嫌いなコンビニランキング」で上位にランキングされる事もあった。現在ではこういったサービス面での改善が進んでいる。また、大手のコンビニとしては珍しく、消費期限が近い食品（パン、弁当類など）を値引き販売することがある。なお、前述の2013年の吸収合併を機に、デイリーヤマザキとヤマザキショップの中間形態（こちらも体裁上はサテライト店舗扱い）として「ニューヤマザキデイリーストア」という新たな業態ブランド（店舗パッケージ）を設定、デイリーヤマザキに移行しなかったヤマザキデイリーストアーも順次こちらに移行している。このブランドは、コンビニエンスストアの機能を有しながらも店舗運営の負担も減らした、深夜営業しない若干小規模の店舗形態である。大学内・病院内など24時間営業を要しない施設内店舗、深夜営業での収益の見込みが少ないシニア層を重点にした店舗が多い。これによって山崎製パンのコンビニ形態のブランドは「デイリーヤマザキ」と、サテライト店舗形式の「ニューヤマザキデイリーストア（「ヤマザキデイリーストアー」含む）」「ヤマザキショップ（「ヤマザキスペシャルパートナーショップ（YSPS）」を含む）」の3ブランド体制となった。