2人同時プレイが可能。1人でプレイ中に2プレイヤーのスタートボタンを押すことで、途中参加も可能。ただし2人プレイ時に同一キャラクターを使用することはできない。SFC版『1』『2』で登場した「おんぶシステム」が復活。移動と攻撃を分担し、協力して進めることができる。またおんぶ時にはサブウェポンがパワーアップする。プレイ中片方の残機がすべてなくなっても、もう片方の残機が2以上残っていれば、それをもらって復活できる。インパクト戦では2体を分担して操作する（1Pはゴエモンインパクト、2Pはミスインパクトを操作）。フィールド側の操作は、Aボタンでジャンプ、Bボタンでキセル（おぼん）で殴る、Zボタンで小判攻撃となる。キセル（おぼん）が敵に命中すると、コックピット側のインパクトに飛んでいき、さらなる連携が可能になる。特殊アクションのバトンパスを使うとコックピット側とフィールド側の操作を交代できる。
アクションステージでの操作形態は基本的にスーパーファミコンの作品と同じ操作になるが、今作では少々の仕様変更がなされている。Aボタンでジャンプ、Bボタンで攻撃、3Dスティックで移動するのは通常通りだが、Cユニットボタンはインパクト戦以外では使用せず、サブウェポンおよび特殊アクションの操作がA・Bボタン以外の個別のボタンに割り当てられるようになった（Zトリガーボタン・Lボタン＝サブウエポン、キャラクター個別の特殊アクション＝Rボタン）。また、ライトポジション・ファミコンポジションに対応しており、3Dスティックの他、十字キーでも移動が可能になっている。3Dスティックでは前作同様に倒し方による移動速度調整ができ、十字キーでは常時、レバーを倒しきった時同様の最速状態での移動となる。また、町ステージでのみ、Bボタンダッシュが可能となり、各キャラクターの最速ダッシュ中にさらに加速させた状態で移動することが出来るようになる。町ステージも横スクロールだが、奥行きの概念があり画面奥や手前に移動できる。町ステージではサブウェポン、特殊アクションは使えなくなり、Zトリガーボタンはしゃがみになる。
基本システムはSFC版『2』と同じエリアマップ形式の横スクロールアクションとなっている。各エリア内で装備を買い整えるための町ステージを経由しつつ道中ステージをクリアしていくことで進行し、城ステージおよびインパクトステージのボスを倒すとエリアクリアとなる。アクションステージは横スクロールだが、ステージの全部がポリゴンで描画されており、ステージ分岐で画面の奥側や横河に回り込んだり、画面奥から敵が攻撃を仕掛けてきたりと、3D空間を活かしたギミックや演出が施されている。本作では特定地点通過条件の「手形」の比重が増加しており、城ステージ間を塞ぐ関所を通過するために、エリア毎に手形を規定枚数集める必要がある。手形は道中ステージをクリアしたり、町ステージなどでのミッション（依頼）をクリアすることによって報酬として受け取ることができ、これらの繰り返しで先へ進んでいく。手形をもらえるミッションには、依頼を受けられるキャラクターが限定されていたり、行える時間・期間が限定されていたり、特定のステージをクリアしないと受けられないものもある。また制限時間が設定されている場合もある。最終エリアを除き城ステージクリア後にインパクト戦が挿入され、旧作同様に巨大メカと戦う。本作ではインパクトのパートナー機、ミス・インパクトが加わり、2体同時参戦での戦いとなる。本作のライフは3で固定でライフの上限は上昇しない。防具アイテムが実質的にライフ上限増加の役割となっており、防具アイテムを取得すると防御力を示す鎧ゲージ（青：全3ポイント）が増加する。ライフの上限を上昇させるアイテムであった「金の招き猫」は本作ではの防御用の消費アイテム扱いであり、取得するとライフゲージおよび鎧メーター3ポイント分と武器レベルが最大に増加する。穴や即死地形に落下してミスすると、防具アイテムの効果は全て消滅する。
現在の能楽の源流である大和猿楽四座の一つ、秦河勝の子孫を称する金春座（円満井座）の大夫・金春宗筠（七郎元氏）の子として生を受ける。祖父の金春禅竹はやはり謡曲の作者・能楽論の著者として知られた猿楽師で、その妻は猿楽の大成者・世阿弥の娘である。禅竹、宗筠ともに一条兼良などとも交際のある優れた猿楽師であった。長禄4年（1460年）、7歳の禅鳳は禅竹に付き添われ、大乗院門跡尋尊の元に参上した。禅竹は禅鳳15歳の年まで健在であり、禅鳳がこの祖父から有形無形の影響を受けたことは想像に難くない。19歳の文明4年（1472年）8月には、奈良古市の祭礼で父の代演を務めるなど、金春座の後継者として順調に成長を遂げる。文明12年（1480年）11月、父・宗筠が49歳で急逝し、27歳で禅鳳は大夫に就く。当時猿楽界で隆盛を誇っていたのは、観阿弥・世阿弥・音阿弥と傑才を輩出した観世座であった。音阿弥の死後もその第七子・小次郎信光が座を支えており、その地位は磐石であった。加えて時の将軍・足利義政は音阿弥以来観世贔屓であり、金春座は遅れを取っていた。文明15年（1483年）、義政の意向で、従兄弟で大夫を支える有能な脇師の日吉源四郎を、観世座に奪われてしまう。それ以前にもやはりワキ方の守菊（弥）七郎を引き抜かれており、大夫を継いだばかりの禅鳳と金春座は大きな打撃を受ける。しかし禅鳳は興福寺衆徒の古市澄胤、河内の畠山氏などの後援を受けて何とかこの危機を乗り越える。明応2年（1493年）6月、40歳で禅鳳は初となる室町御所での演能を果たし、以後中央でもその実力を認められることとなった。結果、当時の有力者であった細川政元、大内義興を彼の後援者として、根拠地であった奈良、さらに京でもしばしば勧進猿楽を催すようになる。主なものに文亀元年（1501年）京今熊野、永正2年（1505年）粟田口での勧進猿楽がある。文亀元年の際には公卿・女官がこぞって見物に訪れ、また永正2年の勧進猿楽は当時52歳の禅鳳の活動の頂点を示すものとして、よく知られている。大永8年（1528年）3月までに出家して禅鳳を名乗り、この頃嫡男の七郎氏昭に大夫職を譲ったらしい。隠居後は豊後などに下ったというが、その没年についてははっきりとは分からない。京の戦乱を避けて、後援者でもあった大内氏を頼り西国で晩年を過ごしたとも考えられている。