ポトマック軍とシャナンドー軍の統合により、1861年7月20日からジョセフ・ジョンストンが軍司令官となり、1862年5月31日までその職を務めた。
北バージニア軍（当時はポトマック軍）の初代司令官はP・G・T・ボーリガードで、1861年6月20日から7月20日までの1ヶ月間だけその任にあった。彼の軍は6個旅団で構成されており、いくつかの民兵やそれ以前のアレクサンドリア軍管区（Department of Alexandria）からの砲兵部隊も含まれていた。ボーリガードが軍司令官だった間に、ポトマック軍の軍旗が決められ、後には北バージニア軍傘下の軍団や部隊全ての軍旗となった。当初の南軍の「スターズ・アンド・バーズ」は北軍の「スターズ・アンド・ストライプス」と見分けがつきにくく、このため新しい軍旗が決められたものである。7月20日にジョセフ・ジョンストンのシェナンドー軍が加わると、ボーリガードは軍司令官をジョンストンに譲った。従来のポトマック軍は第1軍団となり、ボーリガードはその軍団長となった。翌7月21日、南北戦争最初の大会戦となった第一次ブルランの戦いが発生し、ジョンストンとボーリガードはこれに勝利した。
「北バージニア」軍という名称は、第一には作戦を担当した地域を表す。当時の南軍の「軍」の大部分が、担当地域を軍の名称としていた。当初の名称はポトマック軍であり、北バージニアにあった全ての部隊を統合して1861年6月20日に設立された。7月20日と21日にシェナンドー軍とハーパーズ・フェリー小軍管区（District of Harpers Ferry）の部隊が加わった。北西部軍（Army of the Northwest）からの部隊も1862年3月14日から17日の間にポトマック軍に加わった。3月14日に、ポトマック軍は北バージニア軍に名称変更された。1862年4月12日には半島軍（Army of the Peninsula）も統合された。ロバート・E・リーの伝記作家であるダグラス・フリーマン（Douglas S. Freeman）によると、北バージニア軍の名称が正式なものとなったのは、リーが軍司令官に就任した1862年6月1日のことであった。しかしながら、フリーマンはリーと彼の前任者であるジョセフ・ジョンストンの通信において、それ以前に北バージニア軍という呼称を用いていることを認めている。このような混乱があるのは、ジョンストンが1861年10月22日に北バージニア軍管区（Department of Northern Virginia）の司令官に就任しており、非公式ではあるが軍管区の名前から北バージニア軍の名前が使われていたためである。アメリカ連合国大統領であるジェファーソン・デイヴィスとジョンストンはこの名前を採用しなかったが、3月14日の組織とリーが司令官となった6月1日の組織は同じものであり、現在においては通常3月14日に遡って北バージニア軍の名前を使用している。バージニア州の連隊に加え、北バージニア軍には連合国各州の連隊、ジョージア州、テキサス州、アーカンソー州のような遠方の州の連隊も加わった。この中で最もよく知られているのは、テキサス旅団（Texas Brigade）であり、第1、第4、第5テキサス連隊と第3アーカンソー連隊から構成されていた。テキサス旅団は多くの戦場で武勲を上げ、特にゲティスバーグの戦いのデビルズ・デン（Devil's Den）が有名である。第50ジョージア志願兵歩兵連隊（50th Georgia Volunteer Infantry）が、ジョージア州から加わった最も著名な連隊である。
1889年、テキサス州議会がトムグリーン郡の一部を分離してコーク郡を設立した。同年に組織かも行われ、ヘイリックが郡庁所在地に指定された。郡内で最初の新聞である「ヘイリック・デモクラット」が1889年に発刊されたが、後に「ラスラー」と改名された。1891年、住民投票で新しいロバートリーの町が郡庁所在地に指定された。南軍の将軍ロバート・E・リーはシャドボーン基地で勤務したことがあった。同年、新聞社も新しい郡庁所在地に移転され、「ロバートリー・オブザーバー」と改名された。D・W・キー博士が ブロンテの町を設立し、イギリスの小説家シャーロット・ブロンテに因んで名前を付けた 。この町は当初オソ、その後ブロンコと名付けられていた。1890年に住民がブロンテと改名した後で郵便局が認可された。シルバーピーク峰に因んだシルバーの町が、牧畜業の中心として1870年から1880年まで置かれた。初期開拓者にはS・M・コナー、R・B・アレン、W・G・ジェイムソン、W・R・ウォーカーなどがいた。J・E・リード博士はこの地域で50年間唯一の医者だった。20世紀半ばに石油が発見され、それに関わる産業でシルバーの町にもブームが訪れた。1966年に石油開発用のキャンプが閉鎖されると、シルバーの人口も激減した。1892年、テニスンの町が設立された。この名前はイギリスの詩人アルフレッド・テニスンに因むものだった。2年後には郵便局が置かれた。1907年、カンザスシティ・メキシコ・アンド・オリエント鉄道が、サンアンジェロから北に線を伸ばし、テニスン、ブロンテの町やフォートシャドボーンが恩恵を受けた。1910年には綿花の作付けがピークを迎えたが、1920年代にワタミゾウムシの被害で急激に衰退した。この頃にはトウモロコシ、コムギ、ソルガムや果樹の栽培も広がった。世界恐慌では大きな影響を受け、人口も減少した。1942年には石油が郡内で発見され、1991年初期までに、累計の石油生産量は209,281,131 バーレル (33,273,041 m³) になった。石油から上がる利潤への課税によって、郡内のインフラや公共施設が改善され、郡民へのサービスレベルが上がった。石油の生産は郡の収入の大きな比率を占めた。