童守町は本作の舞台である架空の町で、命名の由来は「わらべを守る町」。大字の町ではなく町制が敷かれている。しかし後に市規模の自治体だったことが判明する。巻末に載った童守町の概要を紹介したページでは山あり谷ありであまり大きな町ではないが、田舎という程でもない郊外に位置する中規模の町という設定だったが、ストーリーのほとんどがこの童守町内で展開されていく構図をとっているため、ありとあらゆる名所が存在する巨大な町というコンセプトに変更されていった。また、アニメにおいて童守小の地下には関東ローム層があるとされている。戦国時代では関東を支配した後北条氏の支配地では童守城という城も存在した。ほとんどの話の舞台が童守町になっている都合上、時には渋谷をそのまま模倣したようなセンター街が出てきたり、漁場、農村、巨大なアミューズメントパークや花やしきそのままの遊園地も出てくる。また、玉藻が絡むストーリーではスタイリッシュで都会的な風景や街並が出てきたり、時には東京タワーそのままの「童守タワー」が出てくるなど、赤坂あたりを舞台にしていると読者に思わせるような雰囲気で描かれているが、あくまで「童守町内で街並のある港」が舞台ということになっている。本編ストーリー中では大激戦が絡むような大ストーリーであっても、あくまで舞台設定は童守町内で起こるというコンセプトを維持しており、終始身近な日常に巻き起こる出来事という路線で描かれている。
『週刊少年ジャンプ』連載作品において、基本的に一話完結もので30巻以上続いた作品は、本作と『トイレット博士』、『こちら葛飾区亀有公園前派出所』、『銀魂』、『SKET DANCE』だけである。また、連載終了まで数か月（単行本1巻に相当）の猶予期間を与えられたことで、ジャンプ連載作品としては珍しく円満な完結を遂げている。連載終了後も根強い人気を誇り、息の長いロングランヒット作品といえる。後述のアニメ作品が夏休みなどの朝のアニメ番組として何度も再放送された実績があり、その度に新たな世代の読者層を開拓していたことが大きな要因である。後に同作者によって連載された『ツリッキーズピン太郎』や『未確認少年ゲドー』に本作のキャラが脇役や背景キャラとして登場している。
話のベースとなっているものは鳴介の教育理論や道徳論、人生論であり、各ストーリーに於いて個々のテーマが設けられ、読者に対するメッセージ性が強いのも大きな特長である。更に、テーマは心理学や社会学、論理学などの専門知識を採り上げている場合もあるが、話は子供にも理解しやすく描くようにしている。テーマがストーリーの裏側にカモフラージュされた話も多く、深く内容を読み取らないと主旨に気付かない仕掛けになっている作品もあり、全体で一貫したテーマを持ったオムニバス作品としても仕上がっている。
この作品の魅力の一つとして、登場キャラクターも挙げられる。原作者の真倉はキャラクター設定において、性格や心理学に基づく行動原理に重点を置いており、キャラクターの心理描写は緻密に描かれている。また、それは友人、師弟、親子、男女といった人間関係にも有用に働きかけており、一層キャラの個性を引き立てるものとなっている。それに加え、岡野の画風はいわゆる美形、美少女キャラが多く、一部のキャラには熱心なファンが付くほどである。これらが約6年にも及ぶ長期連載と、その後の根強い人気につながった大きな要因でもある。
ストーリーの傾向は実に多種多様であり、パターン化されないよう作者の試みが生かされた。児童や町民に襲いかかる妖怪や悪霊を倒すバトル中心の展開だけでなく、本格的なホラーや、ドラマチックなメロドラマ、ラブストーリー、読者に対して人生観を問うようなヒューマンドラマ、ミステリアスな伝奇ストーリーやナンセンスなギャグ、諷刺や皮肉を込めた話なども見られ、子供っぽい話から大人びた話まで幅広い。このような趣向の背景には、当時担当の編集者の意向もあり、それに合わせていたと真倉が語っている。また、ぬ〜べ〜以外にも、童守小の児童たち、ゆきめや玉藻といった妖怪などにスポットを当てることで、がらっと作品の雰囲気が入れ替わることもある。採り上げる題材によって日本の妖怪編、学校の七不思議・都市伝説編、Xファイル編、ホビー編、バトル編などに分けられる。
SDMという用語が採用された最初の事例の1つは、1972年にRobert Veatch による医学における倫理に関する報告にあった  。それは1982年に「医学における倫理的問題の研究のための大統領委員会および生物医学的および行動的な研究」で再び使われた。この研究は、 患者中心ケア・患者参加型医療（その後の患者アドボカシーへ繋がる）への関心の高まりと、1970年代以降の医療における患者との相互関係性として患者の自主尊重への重点の高まりに基づいている  。米国では1980年代に一般的なパラダイムシフトが起こり、患者が以前よりも医療の意思決定に関与するようになったと主張する人さえいるだろう 。たとえば2007年の115人の患者を対象にした研究では、大多数の返答者が医療意思決定に関与することを選択し、2000以前の研究の50％のみが好ましい、とし、2000年以降では大多数が参加したいとしていたことからも示されている。 SDM の初期の重要な推進力となったのはJack Wennberg であった。必要性や患者の好みによっては説明することができない医療活動の変動性に不満を抱いていた彼は、それが様々な医師の診療スタイルに起因する不要な変動にあるとの概念を説明した。この不要な変動を減らす主な手段は、「転帰確率の健全な推定値の重要性と患者の好みに密接に対応する値の重要性」を認識することだった。意思決定を共有することで、患者の好みや価値観に応じて正しい医療使用率を決定することができる。その結果、ダートマス健康政策・臨床診療研究所は、共同の意思決定を彼らの仕事のプログラムの重要な要素に置くことになった。 SDM は次のような特徴的一連のプロセスをたどる：「少なくとも2人の参加者、臨床医および患者が関与していること。共同意思決定の両当事者が情報を共有すること。両当事者が、好ましい治療処置について合意を形成するためのステップを踏むこと。そして処置実施の合意に達すること"となっている。この最後の要素は、必ずしもこの分野のすべての人に完全には受け入れられてるわけではない。 同意しないことに同意することが受け入れ可能であるという見解もまた、SDM の受け入れ可能な結果とみなされる 。