2人の女性は連続して自爆テロを起こしたと考えられている。FSBはこの、遺体が回収された『チェチェンのさまざま年代の≪黒い未亡人≫』は北カフカスの反政府組織の構成員の未亡人に由来していると主張している。最初の爆発は4キログラムのTNT爆薬によってなされ、また黒髪の女性によって実行された第2の爆発は2キログラムのTNT爆薬を使用したものと考えられている。2人とも顔は損傷しておらず、爆弾は腰につけて使用されたであろうと考えられる。両方の爆弾とも爆風による破壊力を増強するためにナットやボルトなどの金属片が詰め込まれていた。事件から5日目にあたる4月2日には捜査当局は2人女性自爆犯のうち、2度めの爆発を起こした容疑者の身元を遺体のDNA鑑定で特定した。それによると容疑者は17歳の女性で、2009年の12月にダゲスタン共和国の戦闘で殺害されたイスラム武装勢力の戦闘員の妻で、ダゲスタン共和国出身のジェネット・アブドラフマノワだったと考えられる。二人が正式な夫婦だったどうかは不明である。さらに4月5日には最初の爆発を起こした容疑者はダゲスタン共和国マハチカラ在住の28歳の女性であることが判明した。この女性は情報科学の教師で、彼女の家族によると3月28日に母親とマハチカラの市場に行ったときに行方不明になっていた。
インタファクス通信によると、18歳から20歳と思しき2人の女性がユーゴ・ザパドナーヤ駅から列車に乗り込んでいるのを防犯カメラが捕らえていること、さらにスラブ系の容貌をした女性2人とひげを生やした男性がそれに付き添っているのを警察官が目撃している。捜査当局は北カフカスのチェチェンのイスラム過激派による犯行での可能性を指摘している。捜査当局はロシア刑法205条（テロ対策法）に基づき捜査を開始している。現在上記の犯行の共犯と考えられている2人の女性と1人の男性の3人の捜索するため各地の検問を強化している。
サラエボで発生した核爆弾テロによって世界中で戦争・テロが激化した結果、アメリカをはじめとする先進諸国は厳格な個人情報管理体制を構築しテロの脅威に対抗していた。十数年後、先進諸国からテロの脅威が除かれた一方、後進国では内戦と民族対立により虐殺が横行するようになっていた。事態を重く見たアメリカは新たに情報軍を創設し、各国の情報収集と戦争犯罪人の暗殺を行うようになった。アメリカ情報軍に所属するクラヴィス・シェパード大尉は、後進国で虐殺を扇動しているとされるアメリカ人ジョン・ポールの暗殺を命令され、相棒のウィリアムズら特殊検索群i分遣隊と共にジョン・ポールの目撃情報のあるチェコのプラハに潜入する。プラハに潜入したクラヴィスは、ジョン・ポールと交際関係にあったルツィア・シュクロウプの監視を行うが、次第に彼女に好意を抱くようになる。ある日、クラヴィスはルツィアにクラブに誘われ、そこで政府の情報管理から外れた生活を送るルーシャスたちと出会った。その帰路で、クラヴィスはジョン・ポールに協力するルーシャスら「計数されざる者」に襲撃され拘束されてしまう。拘束されたクラヴィスはジョン・ポールと対面し、彼から「人間には虐殺を司る器官が存在し、器官を活性化させる“虐殺文法”が存在する」と聞かされる。ルツィアを監視していたことを暴露されたクラヴィスはルーシャスに殺されそうになるが、ウィリアムズら特殊検索群i分遣隊の奇襲によって救出される。しかし、ジョン・ポールとルツィアは行方不明になってしまう。プラハでの遭遇後、核戦争で荒廃したインドで虐殺を行っている武装勢力「ヒンドゥー・インディア共和国暫定陸軍」にジョン・ポールが関わっていることを知ったアメリカ情報軍は再びクラヴィスらに出撃を命令するが、「虐殺文法」の話をクラヴィスから聞かされたロックウェル大佐は、ジョン・ポールを生かしたままアメリカに連行するように命令した。「ヒンドゥー・インディア共和国暫定陸軍」の本拠地に潜入したクラヴィスらはジョン・ポールの拘束に成功しアメリカに連行しようとするが、ジョン・ポールに情報を漏らしていた上院院内総務の派遣した部隊に護送列車を襲撃され、リーランドら多くの隊員を喪った挙句、再びジョン・ポールに逃げられてしまう。情報軍との取引により院内総務が政界を引退した後、アフリカの「ヴィクトリア湖沿岸産業者連盟」政府にジョン・ポールが招待されたという情報を得たアメリカ情報軍は、クラヴィスらにジョン・ポール暗殺指令を出し、クラヴィスはルツィアに会うため「ヴィクトリア湖沿岸産業者連盟」領内に潜入する。「ヴィクトリア湖沿岸産業者連盟」軍の攻撃を受けた特殊検索群i分遣隊は散り散りになり、クラヴィスは単身ジョン・ポールの住む邸宅に向かい、彼と再会する。そこでジョン・ポールは、クラヴィスに「個人情報管理はテロ撲滅に何の意味も成さなかった」と語り、「アメリカを守るために後進国で“虐殺文法”を活用して内戦を引き起こし、アメリカに憎悪が向かないようにしていた」と真意を伝えた。ジョン・ポールの真意を聞いたルツィアは「アメリカの法廷で“虐殺文法”のことを公開し、犠牲者の生命を全ての人々が背負うべき」と訴え、ジョン・ポールは投降を決意する。しかし、そこにウィリアムズが現れてルツィアを射殺し、「個人情報管理によって得た“平和”を失うべきではない」としてジョン・ポールの暗殺を強行しようとする。クラヴィスはウィリアムズを爆殺してジョン・ポールと共に邸宅を脱出し、合流地点のタンザニア国境に到着するが、直後にジョン・ポールは射殺され、作戦は終了する。3カ月後、何者かによって情報軍の行った暗殺作戦がリークされ、クラヴィスや情報軍関係者は公聴会に召喚される。公聴会の場で、クラヴィスはジョン・ポールに渡された「虐殺文法」を使用し、英語圏の「虐殺器官」を活性化させ、アメリカを中心とした内戦を引き起こす。