1895年（明治28年）6月、真言律宗(西大寺)に対して独立が認可される。1900年（明治33年）9月、真言宗高野派（金剛峯寺）・真言宗御室派（仁和寺）・真言宗大覚寺派（大覚寺）・真言宗醍醐派（醍醐寺）・新義真言宗智山派（智積院）・新義真言宗豊山派（長谷寺）・律宗に対して独立が認可された。さらに、1907年（明治40年）、真言宗東寺派（東寺）・真言宗山階派（勧修寺）・真言宗泉涌寺派（泉涌寺）・真言宗小野派（随心院）が独立し、真言宗は解体された。真言宗各派の独立により、東寺を真言宗の総本山とする制度が終焉する。古義真言宗系宗派は、古義八派（真言宗高野派・真言宗御室派・真言宗大覚寺派・真言宗東寺派・真言宗山階派・真言宗泉涌寺派・真言宗醍醐派・真言宗小野派）となり、古義八派連合制度を組織した。1925年（大正14年）、古義八派連合制度は解体され、宗派の自主独立制が採られた。1926年（大正15年）、真言宗高野派・真言宗御室派・真言宗大覚寺派は、合同して古義真言宗を組織した。古義真言宗はほかの古義真言宗系宗派との間に真言宗各派協約を締結し、教師・住職の人材交流・相互協力を行った。
1896年（明治29年）、醍醐寺が真言宗からの分離独立、金剛峯寺も同様の請願が、真言宗宗会に提出された。この請願は内務省で審議されたが、結局、不認可となった。1899年（明治32年）10月、真言宗宗会にて、画一宗派（古義・新義真言宗各派が合同協力して、全真言宗を統括していく）と分離独立派（古義・新義真言宗の各本山には、歴史的経緯や事相（真言密教の修法・儀礼）の流派の違いなどから、各本山ごとで独自の宗派を立てて、宗団を維持していく）の2派による対立があり、紛糾した。
1872年（明治5年）、古義真言宗を統括すべく、古義真言宗内に管長職が設置され、金剛峯寺住職の降魔研暢が命じられた。1873年（明治6年）3月29日、太政官達が下り、教王護国寺東寺と金剛峯寺の両寺が、古義真言宗の総本寺と定められた。政府の宗教政策である一宗一管長制が、古義・新義真言宗各本山にも求められた。古義真言宗では教王護国寺東寺、金剛峯寺・新義真言宗は智積院・長谷寺が交替で、真言宗の管長に就任することになった。管長は全真言宗を統括し、宗務に当たることとなり、真言宗にも一宗一管長制が導入されることとなった。しかし、1878年（明治11年）、仁和寺・大覚寺・広隆寺・神護寺・西大寺・法隆寺・唐招提寺が古義真言宗から離脱し、仁和寺内に西部真言宗と称する宗派を立てて、独自の管長を置くこととなった。また、新義真言宗の智積院・長谷寺も離脱し、真言宗新義派と称して独自の管長を置くこととなった。古義真言宗の金剛峰寺・東寺は合併して、古義真言宗から真言宗と称して、独自の管長を置いた。こうして、真言宗は一宗一管長制が瓦解して、西部真言宗・真言宗新義派・真言宗となり、3人の管長が存在する状態となった。このことは、政府の知るところとなり、内務省から、一宗一管長制を採るよう通達があった。これを受け、霊雲寺において、古義派・新義派で合同会議が行われた。結果、1879年（明治12年）に正式に合同が図られた。あわせて、教王護国寺東寺を総本山にして、長者の称号を復することになった。
大塚村小学校6年生の三浦紫郎少年は、早くに両親を亡くして祖父母に育てられていた。彼は「海のつぶやき」を聞くのが好きだった。彼が生まれ育った大塚村は、三浦半島の相模湾側にあって、富浜という海水浴場があり、その南に塚が崎という岬がある。その岬の近くにある岩場では、大潮の日に岩に耳を近づけると、複雑な潮流によってつぶやくような音が聞こえるのだ。紫郎はその岩を「つぶやき岩」と呼んでいた。9月の大潮の日、いつものように「海のつぶやき」を聞いていた紫郎は、母親がすすり泣くかのような音を聞いた直後、塚が崎の岩壁の上、およそ人が近づけそうもないような場所に、顔の黒い老人が立っているのを目撃する。祖父の源造は、その男は「金塊亡者」かもしれないという。塚が崎周辺の地下には、戦争中に軍が掘った地下要塞がある。その中には金塊が隠されている、という噂があり、金塊を探しにきたと思われる変死者も出ているのだ。地下要塞の出入口はあちこちにあり、中には外からはわからないようになっている隠し扉もあるという。老人はその隠し扉から出入りしたのではないかというのだ。紫郎の両親は漁師だったが、紫郎が2歳のときに舟で漁に出たまま行方不明となり、3日後、舟の残骸だけが城ヶ島に漂着しているのを発見されたのである。失踪直前、別の漁師が、二人の乗った舟の近くに不審な鰹船が接近するのを目撃していた。二人は、何らかの事情で金塊の秘密を知ったために殺されたのではないか、と噂されるようになり、以来、村人は誰も塚が崎の地下要塞には近づこうとしなくなっていた。紫郎の担任である小林恵子は、紫郎がこれ以上好奇心を持って危険な行動に出ることを止めようとして、あえて、弟で大学山岳部員の晴雄に頼んで、岩壁の調査をしてもらう。ところが、晴雄は何者かに殺されかかる。さらに怪事件は続き、紫郎も命を狙われる事態となる。