明治時代、南砂では海苔やカキ、金魚の養殖が盛んに行われるようになった。江東区で活躍した金魚の養殖家としては、初代秋山吉五郎が挙げられる。秋山は砂町や浦安市などで金魚の養殖を行い、シュブンキンなどの新種を作り出した。1910年（明治43年）には「明治43年の大水害」が発生し、富賀岡八幡宮の松・桜並木が全滅した。
徳川家康が江戸の開発を始めた頃、江東区はほとんどが干潟や砂州、葦原などの低湿地で陸地ではなかった。南砂には以前「宝六島」と呼ばれていた土地があった。1657年（明暦3年）、明暦の大火が発生。江戸の都市改造が進む最中の1659年（万治2年）、相模国三浦郡（神奈川県）から砂村新左衛門が訪れ、この地で新田開発を行った。これが砂村新田となった。これは現在の南砂一丁目～七丁目と東砂八丁目に相当する。北端には、境川（現：清洲橋通り。別名を砂村川）が流れており、他の新田との境になっていた。なお、砂村新左衛門は横須賀市久里浜の内川新田や横浜市の吉田新田も開発している。1681年（延宝9年）、江戸市中から出るゴミの捨て場として永代島新田と砂町新田が指定され、低地の埋め立てが行われた。砂村新田は近郊農業地帯となった。砂村葱をはじめとしてナス、キュウリ、スイカなどが盛んに促成栽培された。また、開発の際に八幡社が勧請され、現在の富賀岡八幡宮（南砂七丁目）の前身となっている。しかしながら水道もなく、真水にひどく不自由したため、後に社は深川へと移転し（富岡八幡宮）、それ以降こちらの社は「元八幡」の通り名で呼ばれるようになった。洲崎からこの辺りにかけては海沿いの湿地が一面に広がり、景勝地でもあった。元八幡は桜や松並木でも有名であった。現在では、町内でも著しく目立つ存在ではないが、「元八幡」という名が商店街や交番に残されている。ほかに、以前は仙気稲荷神社が存在したが空襲により全焼し、現在は三丁目に神社跡の碑が建つのみである。なお南砂は『東海道四谷怪談』に「砂村隠亡堀の場」として登場する。隠亡堀は実在の掘割で、境川と横十間川の交差する岩井橋の辺りにあった。火葬場があったため、こう呼ばれた。岩井橋の由来はお岩さんである。
749年（天平勝宝元年）、藤原鎌足の三世の孫である藤原豊成が、当時未開の地であったこの地に富賀岡八幡宮を建立したという説がある。ただし、江戸時代初期に建立されたとの説もある。
南砂は江戸時代「宝六島」と呼ばれていたが、そこを砂村一族が開拓したことにより「砂村」という地名が付き、町制の施行とともに「砂町」となった（この際、砂村町が正しかったとの意見もある）。以後、東京市城東区編入後「南砂町」となり、やがてその大部分が「南砂」一丁目 - 七丁目として現在に至る。
現行の南砂は旧：武蔵国葛飾郡宝六島の一部。後の砂村新田の全域と永代新田、平井新田の大半。南砂地区の街としての始まりは江戸初期に遡る。
1989年後半にAtariはマルチメディア面のハードウェアとOSを改善したSTであるSTᴱ（STEとも表記される）をリリースした。STでは512色だったカラーパレットが4096色に増え、Genlockをサポートし、RAM内で大きなデータブロック、特にスプライトのグラフィックを高速に転送できるBlitterというグラフィックのコプロセッサチップなどを特徴としていた。なお、320x200の低解像度ではプログラミングのトリックを使用しない限り16色の最大パレット数に限定されていた。また最大50kHzの8ビットのステレオPCMをハードウェアで再生できる2チャンネルのデジタルサウンドチップを搭載していた。ケース脇の比較的アクセスしやすい場所に新しい2つの拡張ジョイスティックポート（EJP）が追加されていた。変換アダプタを使えば2つの普通のジョイスティックを各ポートに挿入できた。この拡張ジョイスティックポートはAtariのJaguarと互換性があった。RAMはSIMMで非常に簡単にアップグレードできた。これら全てにもかかわらず、まだ8MHzで動作しており、Amigaに追いつくべくハードウェアを増強（enhanced）させることを明らかに目指さなければならなかった。当初のSTEモデルには、ST用に開発された一部のアプリケーションとゲームが不安定あるいは全く動作すらしないというソフトウェアとハードウェアの間のコンフリクトがあった。RAMを拡張することで解決できることも時々あった。さらに悪いことに、内蔵フロッピーディスクドライブは旧機種の内蔵ドライブで読めるフロッピーディスク上の拡張トラックを読めなかった。これはほとんどのユーザーには問題なかったが、一部のゲームではコピープロテクト用の未フォーマット領域やディスクにたくさんのデータを詰め込む方法として拡張トラックを使用しており、カスタムフォーマットユーティリティでは80トラックのディスクに86のトラックを作るフォーマットが容量拡張の手段として一般的に選べた。さらに、First Word Plusなどの一部のアプリケーションではジョイスティックを挿入すると時々おかしな動作の原因となった。STEの拡張機能はほとんど利用されることがなかった。STE機能拡張を使用するソフトウェアやSTE専用ソフトウェアは稀であり、芸術、CADや音楽のアプリ、ハードウェアを活用するごく一部のゲームなどに普通は限られた。しかしプログラマーが十分に新機能を活用したため量より質となり得るように思われた。最後のSTEマシンであるMega STEはグレー色のAtari TTケースに収められたSTEであり、16MHzで動作するスイッチがあり、16bitの外部バスと32bitの内部バスのデュアルバス設計で、Motorola 68882 FPUを搭載可能で、3.5インチフロッピーディスクドライブ内蔵で、VME拡張スロットを搭載し、AppleのLocalTalkに酷似していたネットワークポートを搭載し、3.5インチのハードディスクを内蔵可能だった。またTOS 2.00が添付されていた。ハードディスクのサポートが改善され、デスクトップインターフェイスが強化され、メモリーテスト機能があり、1.44 MBのフロッピーをサポートし、不具合が修正されていた。これはTTよりも手頃でオリジナルのSTよりパワフルな製品として販売された。