一度ストーリーをクリアしたセーブデータを用いてゲームを再開すると、「もっかいセガガガ」「とことんセガガガ」という二つの新モードが出現する。「もっかい」は、スタート時の予算が初プレイ時よりも高い状態でストーリーを最初からたどれるというもので、より経営成績の高いエンディングを目指すのに都合が良い。「とことん」は、ストーリーイベントを排し、自由に経営SLG部分をプレイできるモードで、ゲーム中のデータ収集に適している。また「とことん」モードでは、プログラマーやデザイナーがディレクターに「クラスチェンジ」するケースが頻出し、開発できるソフトの種類が大幅に増える。
SLGパートでは、RPGパートで仲間にしたディレクター、プログラマー、グラフィッカーにチームを組ませることでゲーム開発を行わせる。開発メンバーが（半自動で）ゲームを制作している最中にも、プレイヤーには様々な気配りが求められる。開発メンバーの士気を把握して適度にガス抜きを行う、備品に予算を割いてハイエンドマシンを導入し開発のペースを上げる、広告費を多めに用意してCMを打つ等々、采配を振ることが求められる。こき使い過ぎるとメンバーが逃げ出し秋葉原に行ってしまう。ゲームの出来映えは、ゲームそのものの完成度を表す「開発状況」と、ユーザーからの「期待度」という2つの数字で表される。これらの数字は、月当たりの開発費およびスタッフの給料を予算から支払い、チームを維持することで少しずつ上昇していく（上昇率は開発室の設備とスタッフの能力による）。開発状況は7割強になった時点で「β版完成」として発売可能になる。売上には市場の空気も密接に関連しており、需要が高まる8月・12月に発売された商品は売上が伸びる。一方ピークの直後である9月・1月には市場が低迷し、この時期に発売しても売上が振るわない。また、通常の開発とは別に予算を投じ、「外注」「宣伝」などの指示を出すことで開発状況や期待度を躍進させることもできる。また、能動的な宣伝とは別に「ゲーム雑誌に発売予定日を公開する」というイベントも存在し、予定通りに発売することで売上が上昇する。ただし、いかなる理由であれ発売日が予定より遅れた場合、それがマイナス要因となって売上が下がるというリスクも負う。
RPGパートでは、ゲーム制作に協力してくれるメンバーを集めるため、また開発室を開放してもらうために、プレイヤーはダンジョンと化した開発室に入り込んでいく。開発室内部でプログラマーやグラフィッカーなどと遭遇した場合、「説得」を試みることとなるが、これが一般的なRPGで言うところの戦闘に該当する。説得コマンド（通常攻撃）とハッタリコマンド（夢ポイントを消費する特殊攻撃）を用いてゲーム開発者を説得する。説得という単語が示すように、このゲームにおける戦闘は武器による殴り合いではない（ただしハリセンなどの武器・防具はゲームシステム上存在する）。実際には一種の口げんかのような様相を呈する。プレイヤー側は「礼儀知らずですね」「ジャンクフードばっかり食べてるんですか」などの言葉を投げかけ、対するゲーム開発者も「俺の作りたいように作るんだ」といった言葉を返してくる。先に消耗し、心が折れた方が負けということである。その口げんかのバリエーションは非常に豊富であり、内容によってまちまちではあるものの、その大半が罵声に近い。
セガが過去に発表したゲームのタイトルやキャラクターに由来する固有名詞といった内輪ネタが多く含まれていたほか、セガとは全く関係がない過去のアニメやゲームに由来するものも同様に多く含まれている。ゲーム雑誌のインタビューや発売日に特定の店で行われた記念イベントでは本作の制作担当ディレクターであるゾルゲール哲が、セガガガのロゴの入った仮面を着けて登場した。また、ゲーム雑誌『ユーズド・ゲームズ』にて連載していた漫画『超ゲーム少女ユーゲ』（作：ゾルゲ市蔵）は本作と内容がリンクしており、ゲームのムービーの中にも漫画の主人公であるユーゲが登場している。
西暦2025年を舞台に、プレイヤーはセガの陣頭指揮を取り、セガによるゲーム業界制圧を目指していく。ゲームは大きく分けてRPG（「R.P.Gは（株）バンダイの登録商標」とゲーム中でも言及）パートとSLGパートに分かれている。RPGパートでは、プレイヤーはダンジョンと化した開発室を攻略し、開発拠点と開発要員の確保を目指す。SLGパートでは、RPGパートで確保した資源を利用し、スタッフにゲーム制作の指示を与えながらゲームソフト（開発候補として登場するのはセガが過去に出した家庭用ゲームの数々）の発売を目指す。業界内におけるセガのシェアを100%にすることが、プレイヤーの目標となる。
早稲田大学大学院文学研究科に考古学専攻が設置されたのが1976年、文学部に考古学専修が置かれたのが1984年と、考古学は文学部・文学研究科内では他専攻・専修と比して歴史が非常に浅い。しかし早稲田大学の前身に当たる東京専門学校の開校式（1882年）でエドワード・S・モースが記念講演を行ったり、日本の人類学の祖たる坪井正五郎（西村も度々接触）が教鞭を執るなど、研究の歴史自体は深いと言える。こうした歴史の蓄積から、大正時代に入ると西村は会津八一と共に考古学の発展に尽力。欧米における当時最先端の人類学を紹介するのみならず、日本古代史や民族史関連の啓蒙書を数多く世に出した。カムチャツカ半島やセントローレンス島、アメリカ先住民の土器と縄文土器との類似性を指摘したことでも知られる。また、1928年には広島県発掘調査第1号とされる平井古墳（府中市栗柄町）の発掘に携わり、地域住民と共に横穴式石室や直刀などの鉄製品類、鏡、玉類、土師器類、須恵器類など多くの遺物を発見するに至った。西村の薫陶を受けた学者としては、日本古代史学者の水野祐  (歴史学者)や石器時代研究者の西村正衛らが挙げられる。蒐集資料は本部キャンパスに保管されていたものの、1945年5月の空襲によりほとんどが散逸を余儀無くされた。しかし、戦後間もない1950年に早稲田大学考古学会が設立、会誌『古代』も創刊されており、今なお西村を含む先達の努力は息づいている。