高千穂丸遭難により、3月下旬からは日本と台湾および上海を行き来する船舶は、護衛艦がつけられ船団を編成して行き来することとなり、もはや平和的な船旅は過去のものとなった。時の蝶花楼馬楽は大陸慰問の帰り、一行とともに富士丸で日本に帰国したが、その富士丸も次の航海でアメリカ海軍潜水艦グレイバック (USS Grayback, SS-208) の雷撃により沈没した。大和丸も9月13日にアメリカ海軍潜水艦スヌーク (USS Snook, SS-279) の雷撃で沈没した。その後も船舶をやりくりしながら航路は細々と維持されたが、1945年4月に沖縄戦が始まると、台湾航路は事実上姿を消した。
この際、台湾へ帰省予定の陸軍幼年学校の生徒も乗船しており、うち東京陸軍幼年学校（東幼）からは10名中7名の行方不明者（事実上の死者）を出した。この他、広島陸軍幼年学校（広幼）から3名、熊本陸軍幼年学校（熊幼）から5名が乗船している。遭難後、東幼の生徒は歌を歌って周囲の乗客を励まし、救命ボートへの乗船も後へ譲ったまま行方不明になった、と生存者が証言している。生存した東幼生徒も救命活動に貢献し、特に生存した3名全員が銃剣を保持したままだった点は大日本帝国陸軍の台湾軍で高い評価を受けた。1960年（昭和35年）になって、同期生が尽力した結果、東幼生7名を題材に『心の歌』として毎日放送テレビでドキュメンタリーが放映された。これをきっかけに、東幼、広幼、熊幼のOBの努力により、1976年（昭和41年）10月17日、靖国神社に合祀された。
1943年3月14日19時、高千穂丸は神戸を出港。瀬戸内海を通過して門司に到着。3月17日正午、高千穂丸は船客913名、乗組員その他176名を乗せ、雑貨2,614トンを積み込んで門司を出港し基隆に向かった。航海中、船内では連日避難訓練を行って不測の事態に備えていた。しかし、台湾近海では3月15日に富士丸が雷撃を受けて間一髪被害を逃れる事態もあり、安全は保障されていなかった。3月19日朝、高千穂丸ではこの日も避難訓練を行っていた。9時30分、基隆沖アジンコート（彭佳嶼）北東に差し掛かった時、アメリカ海軍潜水艦キングフィッシュ (USS Kingfish, SS-234) から魚雷が発射された。高千穂丸はすぐさま取舵で魚雷をかわしにかかり、1本目はかわしたものの、2本目が右舷船尾に命中。続いて新たな魚雷2本が命中。1本は不発だったが、もう1本が右舷船倉に命中し、高千穂丸は急激に右側に傾いていった。被雷のショックで無線装置が破壊され、救命ボートも3艇しか降下できなかった。9時39分、高千穂丸は乗客乗員844名を乗せたまま沈没。脱出した245名はボートに分乗し、アジンコートにたどり着いて救助された。近辺の艦船には遭難の報が伝わらず、すぐさま救助には駆けつけなかった。3月24日、逓信省は高千穂丸遭難を公表した。
プロのチェロ奏者として東京の管弦楽団に職を得た小林大悟。しかし、ある日突然楽団が解散し、夢を諦め、妻の美香とともに田舎の山形県酒田市へ帰ることにする。就職先を探していた大悟は、新聞で「旅のお手伝い」と書かれたNKエージェントの求人広告を見つける。てっきり旅行代理店の求人と思い込み「高給保障」や「実労時間僅か」などの条件にも惹かれた大悟は面接へと向かう。面接した社長は履歴書もろくに見ず「うちでどっぷり働ける？」の質問だけで即「採用」と告げ、名刺まで作らせる。大悟はその業務内容が実は「旅立ちのお手伝い」であり、具体的には納棺（＝No-Kan）と知って困惑するが、強引な社長に押し切られる形で就職することになる。しかし妻には「冠婚葬祭関係」としか言えず、結婚式場に就職したものと勘違いされてしまう。出社早々、納棺の解説DVDの遺体役をさせられ散々な目に遭い、さらに最初の現場では夏、孤独死後二週間経過した高齢女性の腐乱屍体の処理を任され、大悟は仕事の厳しさを知る。それでも少しずつ納棺師の仕事に充実感を見出し始めていた大悟であったが、噂で彼の仕事を知った幼馴染の銭湯の息子の山下から「もっとましな仕事に就け」と白い目で見られ、美香にも「そんな汚らわしい仕事は辞めて」と懇願される。大悟は態度を決めきれず、それに腹を立てた美香は実家に帰ってしまう。さらに、ある現場で不良学生を更生させようとした列席者が大悟を指差しつつ「この人みたいな仕事して一生償うのか?」と発言したのを聞いたことを機会に、ついに退職の意を社長に伝えようとするが、社長のこの仕事を始めたきっかけや独特の死生観を聞き、思いとどまる。場数をこなしそろそろ一人前になった頃、突然美香が大悟の元に戻ってくる。妊娠を告げられ、再び納棺師を辞めるよう迫られた大悟に仕事の電話が入る。それは、一人で銭湯を切り盛りしていた山下の母、ツヤ子の納棺の依頼であった。山下とその妻子、そして自らの妻の前でツヤ子を納棺する大悟。その細やかで心のこもった仕事ぶりによって、彼は妻の理解も得、山下とも和解した。そんなある日、大悟の元に亡き母宛ての電報が届く。それは大悟が子供の時に家庭を捨て出て行った父、淑希の死を伝えるものであった。「今さら父親と言われても…」と当初は遺体の引き取りすら拒否しようとする大悟に、自らも帯広に息子を残して男に走った過去があることを告白した同僚の上村は「最後の姿を見てあげて」と説得する。美香の勧めもあり、社長に車を借りて遺体の安置場所に向かった大悟は、30年ぶりに対面した父親の納棺を自ら手掛ける。