本作に対する批評家の反応は否定的である。Rotten Tomatoesは66件の批評に基づき、高評価の割合を9%、評価の平均を3.6/10、批評家の総意を「平凡な成長譚ドラマとしては、『ストーンウォール』は単に退屈で散漫である――しかし、米国史の重大な出来事を描写する試みとしては、それは侮辱的なまでに悪質である」としている。Metacriticは27件の批評に基づき、30/100という「概ね不評」の値を示している。『ヴァニティ・フェア』のリチャード・ローソンは映画を「どうかするほど、頭が麻痺するほど粗末」、脚本を「憂わしいほど不器用」、美術を「1960年代後半のクリストファー・ストリートがセサミストリートに見える」と形容し、「エメリッヒは前世紀の最も政治的意味合いの強い時代の一つを、凡庸で浅薄な成長譚に変えてしまった」「実際のストーンウォールの英雄であるマーシャ・P・ジョンソンはわずかな時間しか画面に登場せず、それも完璧なコミックリリーフとして弄ばれている」と述べた。ラーソンによれば、ジョンソンの扱いは本作の非白人および「非ブッチ」のキャラクターに対する敬意の欠如の一端であり、こうした人たちは「最小の、頭を撫でる程度の注意しか払われ」ず、映画は反乱を「白人的で、異様に異性愛規範的なレンズ越しに」描いているという。『ニューヨーク・タイムズ』のスティーヴン・ホールデンは、映画は「グリニッジ・ヴィレッジの路上生活を支配した陶酔的な野性と恐怖の混淆を思い起こさせることに関してはそれなりに良い仕事をしている」としたものの、「映画がありきたりな白人の騎士を創作して、最初にレンガを窓に投げて反乱を焚きつけさせたことは、歴史を作った人々からその歴史を横奪することに等しい」と述べた。「ローランド・エメリッヒの恐ろしい『ストーンウォール』に投げるレンガがこの世には足りない」と題されたGawkerの記事でリッチ・ジュズウィアックは、本作は「形式上の一貫性に欠け」、「『ストーンウォール』を観て同性愛について学べることは、『おしゃれキャット』(The Aristocats) を観て貴族階級 (aristocrat) について学べることと同じほどだ」と述べた。『シカゴ・トリビューン』のマイケル・フィリップスによると、「エメリッヒは『紀元前1万年』よりも歴史考証上不正確な映画を作った」が、それ以上に本作が問題なのは「あらゆる誤ったクリシェを取り込んでいること」であり、それは「絶望的なニュアンスの欠如の中で、ほぼすべての演技を苛んでいる」という。ストーンウォールの反乱に参加したマーク・シーガルは『PBSニュースアワー』に寄せ、「『ストーンウォール』は、その白人で男性で月並みなまでに美形の主人公が中心でない歴史には、一切興味を示さない。反乱に参加しゲイ解放前線の創設に携わった女性たちのことはほぼすべて置き去りにしている。ゲイ解放前線には若者、トランスの人々、レズビアン分離主義者など、我々のコミュニティのあらゆる範囲の人々が含まれていた」と述べた。ストーンウォールの歴史研究家デイヴィッド・カーターは『ガーディアン』に、映画は「非常に粗悪で不正確な描写」であると語った。ストーンウォールの反乱に参加したトーマス・ラニガン＝シュミットも、「路上の若者が物事の原動力であったこと」や警察の同性愛者に対する残忍さの描写は正確だと認めたものの、登場人物の行動や美術デザインなどに関して映画は不正確だと批判した。
目代である山木兼隆を倒しても頼朝の兵力のみで伊豆1国を掌握するにはほど遠く、平家方の攻撃は時間の問題であった。頼朝は相模国三浦半島に本拠を置き大きな勢力を有する三浦一族を頼みとしていたが、遠路のためになかなか参着してこなかった。8月20日、頼朝はわずかな兵で伊豆を出て、土肥実平の所領の相模国土肥郷（神奈川県湯河原町）まで進出。これに対して、平家方の大庭景親が俣野景久、渋谷重国、海老名季員、熊谷直実ら3000余騎を率いて迎撃に向かった。23日、頼朝は300騎をもって石橋山に陣を構え、以仁王の令旨を御旗に高く掲げさせた。谷ひとつ隔てて景親の軍も布陣。さらに伊豆国の豪族伊東祐親も300騎を率いて石橋山の後山まで進出して頼朝の背後を塞いだ。この日は大雨となった。そのため、増援の三浦軍は酒匂川の増水によって足止めされ、頼朝軍への合流ができなかった。前日に三浦一族は頼朝と合流すべく進発しており、途中の景親の党類の館に火を放った。これを遠望した景親は三浦勢が到着する前に雌雄を決すべしとし、夜戦を仕掛けることにした。闇夜の暴風雨の中を大庭軍は頼朝の陣に襲いかかる。『平家物語』によると合戦に先立って、北条時政と大庭景親が名乗りあい「言葉戦い」をした。景親は自らが後三年の役で奮戦した鎌倉景正の子孫であると名乗り、これに時政がかつて源義家に従った景正の子孫ならば、なぜ頼朝公に弓を引くと言い返し、これに対して景親は「昔の主でも今は敵である。平家の御恩は山よりも高く、海よりも深い」と応じた。頼朝軍は力戦するが多勢に無勢で敵わず、岡崎義実の子の佐奈田与一義忠らが討ち死にして大敗した。『平家物語』、『源平盛衰記』などには佐奈田与一（真田余一）の奮戦が伝えられ、この地には与一を祀る佐奈田霊社が創建されている。大庭軍は勢いに乗って追撃し、頼朝に心を寄せる大庭軍の飯田家義の手引きによって頼朝らは辛くも土肥の椙山に逃げ込んだ。翌24日、大庭軍は追撃の手を緩めず、逃げ回る頼朝軍の残党は山中で激しく抵抗した。頼朝も弓矢をもって自ら戦い百発百中の武芸を見せた。ちりぢりになった頼朝軍の武士たちはおいおい頼朝の元に集まり、頼朝は臥木の上に立ってこれを悦んだ。土肥実平は、人数が多くてはとても逃れられない、ここは自分の領地であり、頼朝一人ならば命をかけて隠し通すので、皆はここで別れて雪辱の機会を期すよう進言し、皆これに従って涙を流して別れた。北条時政と二男の義時は甲斐国へ向かい、嫡男の宗時は別路を向かったが、宗時は途中で伊東祐親の軍勢に囲まれて討ち死にしている。大庭軍は山中をくまなく捜索した。大庭軍に梶原景時という武士がいて、頼朝の居場所を知るが情をもってこれを隠し、この山に人跡なく、向こうの山が怪しいと景親らを導き、頼朝の命を救った。このことが縁で後に景時は頼朝から重用されることになる。土肥（現在の湯河原町）の椙山のしとどの窟がこのエピソードにまつわる伝説の地として伝わっている。また、隣町である神奈川県の真鶴町真鶴漁港にもしとどの窟が存在し、2か所あることから、頼朝は房総半島へ渡るまでに、いくつかの場所に身を隠したのではないかと言われている。「しとどの窟」の由来は、追手が「シトト」と言われる鳥が急に飛び出してきたので、人影がないものとして立ち去ったと言われている。