アンケートなどにおける女性の意見の中には、「男性のにおい」を回避する事ができる、「ゆっくり化粧できる」「男性の視線を気にせずにすむ」などの理由を挙げるものがある。また、女性専用車両内における女性乗客のモラルの低下が批判されることもある。著名人が女性専用車両内のモラルの低下を揶揄した事もある。
痴漢行為の抑制を目的に導入された制度であるが、導入の前後で痴漢被害の件数に変化があったのかどうか、多くの鉄道事業者では数値を発表していない。発表された一部の路線では、御堂筋線や埼京線のように犯罪の減少が報告された路線もあるが、中央線快速や京王線のように導入後も痴漢被害の件数が増加しているケースも見受けられる。また、一部の列車種別の列車のみに導入した結果、未導入の列車で逆に痴漢被害が増加した例もある。車両の運用については拡大モデル調査でケース別に検討所見があり、導入に積極的な事業者でも試行錯誤が続いている事を認めている。一方、痴漢冤罪を問題視する団体が、冤罪防止の観点から女性専用車両の導入を歓迎している事を報道機関の取材に対して表明し、フェミニズムの専門家（上野千鶴子）が「後ろ向きの解決策と指摘」するといった事例も見られる。混雑とも関わる事だが、女性専用車両の導入はあくまで次善策に過ぎず、ラッシュ時の混雑緩和こそが根本的な痴漢対策だとする意見がある。一方で、混雑緩和には相応のコストを必要とするが、運賃の値上げや増便による沿線環境への影響などの社会的負担について、乗客や住民の同意が得られるかどうかの課題が解決されていない。このため、仮に女性専用車両を廃止した場合に代替となる痴漢対策を講じられない状況にある。警視庁では痴漢対策について「電車内では狭い空間に多くの人が密集するという場所的特殊性から発生が多くなっている」と述べ、痴漢と鉄道との関連性を説明している。時間帯別についてのみた所見もあり、京王電鉄によると、痴漢の発生率の最も高いのは朝ラッシュ時間帯で、深夜、夕方ラッシュ時、昼間時間帯の順となり、国土交通省の拡大モデル調査においてもラッシュ時を重視する所見が見られる。また、痴漢被害を受けた際に恐怖心や大きなショック・不快感などを受ける女性や、同一人物から繰返し痴漢に遭う、集団痴漢などといったケース、咎めた側が返り討ちに遭うケースなどがあった。そのため、女性専用車両が「緊急避難場所」や「駆け込み寺」としての防衛的機能を果たしている事が挙げられる。例えば、国土交通省の拡大モデル調査報告書では、「痴漢被害の根本的解決策ではないが、痴漢被害を減らす効果は期待でき、痴漢の回避手段がなかった女性にとっては女性専用車両の利用は有効な痴漢被害防止策であるとの考えのもと実施した」、と述べている。女性専用車両がなかった時代、こうした被害者は心理的にも物理的にも安全な逃げ場がなく、導入による安心感も挙げられている。また、京王電鉄によれば、上記のように深夜は2番目に発生率が高いが、帰宅時間帯であるため、被害者が泣き寝入りするケースが多かったと言う。
大企業クロフト社を経営するリチャード・クロフトは、古代日本の女王卑弥呼の墓を探すため、娘ララ・クロフトを残して日本に向かい行方不明となってしまう。警察もリチャードは死亡したと判断したため、ララには父の会社を相続する権利が生じるが、父の死を認めたくないララは相続を拒否し、自転車便のバイトで生計を立てていた。しかし、クロフト社の経営を一任されているアナ・ミラーとの再会をきっかけに会社を相続しようとするが、そこで役員のヤッフェから父の遺品を受け取り、屋敷の地下にある父の研究室に向かう。そこには卑弥呼に関する資料とビデオレターがあり、ビデオレターには「卑弥呼の力を悪用しようとする組織から世界を守るため、資料を廃棄して欲しい」とメッセージが残されていた。ララは父を探すことを決意し、父が船をチャーターした香港に向かう。香港に到着したララは、父が雇った船長の息子ルー・レンと出会い、2人の父を探すため卑弥呼の墓がある魔の海に向かう。航海の途中、ララは父の残した手記を読み、卑弥呼の力を狙っている組織は「トリニティ」と呼ばれる集団だと知る。ルー・レンの船は卑弥呼の墓がある島に近付くが、嵐に巻き込まれて2人は海に放り出されてしまう。島に打ち上げられた2人はトリニティに捕まってしまい、そこでトリニティのメンバーであるヴォーゲルから父が殺されたことを聞かされる。ヴォーゲルはララの持っていた手記をもとに卑弥呼の墓に向かおうとするが、ルー・レンの援護を受けてララは脱出する。森の中を逃げ回ったララは、生き延びていた父リチャードと再会する。2人は再会を喜ぶが、手記がヴォーゲルの手に渡ったことを知ったリチャードは動揺する。ララは墓暴きを阻止するためルー・レンや他の人々を解放して逃がすが、リチャードがヴォーゲルに捕まってしまい、ヴォーゲルたちと共に墓の中に入っていく。ララたちはトラップをかわしながら墓の中を進み、卑弥呼の棺を発見する。ヴォーゲルたちは卑弥呼のミイラを運び出そうとするが、部下の1人が伝染病に罹患して死んでしまう。ララは卑弥呼が伝染病に感染し、感染を防ぐために孤島の墓に眠ったことを知り、ミイラを持ち出そうとするヴォーゲルと銃撃戦となる。ヴォーゲルはミイラの欠片を持ち出して逃げ出し、伝染病に感染したリチャードは墓に残ることを決意し、ララにヴォーゲルの阻止を頼む。リチャードはミイラと共に自爆し、ララは格闘の末にヴォーゲルを倒して地上に脱出する。ルー・レンたちと合流したララは、トリニティの輸送ヘリを強奪し、島から脱出する。ロンドンに戻ったララは父の遺産を相続し、正式にクロフト社を引き継ぐ。クロフト社の資産を確認したララは、子会社の中にトリニティのフロント企業が紛れ込んでいること、アナがトリニティの関係者であることを突き止める。ララは父の遺志を継ぎトリニティの野望を阻止することを決意し、質屋でH&K USPを購入する。