降伏した旧幕府軍の将兵は、一旦箱館の寺院等に収容された後、弘前藩ほかに預けられ、ほとんどが翌年に釈放。幹部については、榎本武揚、松平太郎、大鳥圭介、荒井郁之助、永井尚志、松岡磐吉、相馬主計の7名が、東京辰の口の軍務官糾問所の牢獄に投獄された（明治5年釈放）。
5月12日夜、新政府軍参謀・黒田清隆の命を受けた軍監・村橋久成、監軍・池田次郎兵衛が諏訪常吉の見舞いと称して箱館病院を往訪。諏訪に降伏交渉の仲介を頼もうとするが瀕死のため、高松凌雲らと協議し、高松と病院事務長・小野権之丞の連名で榎本に降伏を勧告する。榎本は士官以上を集めた会議の結果、5月14日、これを拒絶したが、灰燼に帰するには惜しいとして榎本がオランダ留学時に入手した、海事に関する国際法と外交に関する書物『海律全書』を黒田に届けさせた。同日、榎本は永井の口利きにより千代ヶ岱陣屋付近の家屋で軍監・田島圭蔵らと会見した。榎本は降伏勧告を改めて拒絶するが、五稜郭にいる傷病者の後送を申し入れた。250人の傷病者はその日のうちに湯の川へ送られている。弁天台場は艦砲射撃と背後の上陸部隊の攻撃に持ち堪えていたが、艦を失った海軍兵を収容していたこともあり兵糧が底を付き、5月15日、永井尚志以下240名が降伏する。同日、榎本は五稜郭に捕らわれていた新政府軍の捕虜11名を送り返した。
匈奴の西境にある小国の王であった難兜靡の子として生まれる。匈奴によって父が殺されると、幼い昆莫は野原に棄てられた。しかし、昆莫の上空で鳥が肉をくわえて飛びまわり、狼がやってきて乳を飲ませたので、不思議がった単于（ぜんう：匈奴の君主号）は神だと思い、収容して育てることにした。昆莫が成長すると、兵を統率し、たびたび手柄を立てた。単于は昆莫の父の人民を昆莫に与え、首長として西城を守らせた。昆莫は周辺の小さな町を襲撃し、弓をひけるものは数万となった。単于が死ぬと、昆莫はその配下を引き連れて遠くに移動し、中立を保って、匈奴の会議に参加することも入朝することもしなくなった。匈奴は軍を派遣して攻撃したが、勝てず、逆に神と崇め敬遠するようになり、それからは服属させるだけで攻撃はしなくなった。昆莫には十人余りの子がおり、その中ほどに大禄（官号）というものがいて、強くて民衆をリードするのがうまかった。配下の人民を従え一万余りの騎兵を持ち、昆莫らとは別の土地に住んでいた。大禄の兄が太子であったが、太子には岑陬（官号）軍須靡という子がいた。太子は早くに亡くなり、臨終のとき父の昆莫に「岑陬を太子にして、他の者がその地位を取ることのないようにしてください」と言い残した。昆莫は哀れに思ってそのことを承知した。その結果、岑陬を太子に立てたが、大禄はこれに怒り、反逆し、岑陬と昆莫を攻撃しようと企んだ。昆莫は老齢なので、常に大禄が岑陬を殺害することを心配していたので、岑陬に一万余りの騎兵を与えて別の場所に駐屯させ、自分は一万余りの騎兵を持って万一に備えた。こういった経緯で烏孫は昆莫・大禄・岑陬の三つに分かれており、その大部分は昆莫が支配していた。漢の張騫は匈奴と烏孫を切り離し漢に服属させるべく、武帝に上奏。武帝は張騫を中郎将に任命し、三百人の部下と一人につき二頭の馬、数万の牛と羊を引き連れ、さらに数千万の黄金と絹織物を携えさせ、節をもった副使多数とともに烏孫へ派遣した。張騫が烏孫に到着すると、昆莫は匈奴の単于に対するのと同じ儀礼で漢の使節と面会し、天子の賜り物に拝礼したが、張騫は「天子よりわざわざ下賜された品々である。王が拝礼もしないのならば、賜り物を返してもらう」と言った（匈奴風の拝礼ではなく、漢風の拝礼をさせたかったのである）。昆莫は立ちあがって賜り物に対して恭しく拝礼した。張騫は「烏孫が匈奴の渾邪王の旧領に移住することに同意すればさらに漢の公主を昆莫王の夫人として差し上げる」と言った。しかし、昆莫自身は老齢で、まず漢がどのくらいの国なのかもわからず、さらにこのころの烏孫国内は三つに分裂しており、烏孫の大臣たちは匈奴を恐れており移住を望まなかったこともあって、昆莫が独断で決められることではなく、はっきりした返事を出さなかった。そこで張騫は烏孫の者数十人を連れて帰国し、漢の偉大さを見せつけた。それから張騫は一年あまりして亡くなった。烏孫の使者たちは帰国すると、漢は人口が多く裕福であることを報告。烏孫の者たちはますます漢を尊敬するようになった。それからというもの烏孫をはじめ西域諸国は漢との交際を始めた。これを聞いた匈奴は烏孫に攻撃しようと決意した。これを恐れた昆莫は公主を娶り、漢と兄弟となることを希望した。烏孫は千匹の馬を結納として送り、漢は皇族の娘である江都公主を嫁にやった。昆莫は公主を右夫人とし、匈奴からもきた嫁を左夫人とした。しかし昆莫は老齢だと言って、公主を孫の岑陬に娶らせた。その後、昆莫は亡くなった。