2003年11月、シャバックの元長官4人（Avraham Shalom、Yaakov Peri、Carmi Gillon、Ami Ayalon）が、イスラエル政府にパレスチナ人との和平合意を要求した。Ami Ayalonはパレスチナ人のSari Nusseibeh教授と共に全国センサスを立ち上げた。Avi Dichterはヨルダン川西岸地区でパレスチナ人に対する防衛障壁建設を支持する代表の一人である。イスラエル政府は2003年にイスラエル西岸地区の分離壁の建設を開始した。それ以来Dichterが言うのは、障壁は「働いていて」、テロ攻撃を防ぎ減らす助けになっているということである。2005年2月、アリエル・シャロンはシャバックの元エージェントでパレスチナ当局との上級交渉官で「標的となった殺害」の立案者であるYuval Diskinが5年の任期を終えるDichterの後任であると発表した。2005年5月15日、Dichterが記者から大きな拍手を受けて去った後にDiskinが着任した。Dichterは政治の世界に踏み入れ、現在アリエル・シャロン前イスラエル首相が創立したカディマ党の党員である。2006年9月、シャバックはサイト作りで人材を初めて公募した。防衛予算で新たに行った募集は、コンピュータープログラマーを対象にしている。
2002年、Ayalonは5年の任期を終え、シャバックの元職員Avi Dichterが後任になった。Dichterはサイェレット・マトカルの元コマンドで、シャバックのベテランエージェントであり、シャバックの評価を取り戻し、イスラエル国防軍とイスラエル警察との協力関係を強化した。外国の新聞は、シャバックがイスラエルのエリート反テロ部門YAMAMと強固な関係であることを示唆した。Dichterの時代にアルアクサ・インティファーダが勃発した。Dichterはすぐに2000年のキャンプデイヴィッド合意が崩れるとテロを起こすパレスチナ人に対する戦いを明確にして対応しようとした。シャバックはパレスチナ人対策でその名を最も知られている。シャバックはイスラエル国防軍（IDF）が自爆攻撃を防げるようにする情報収集を行っている。この活動は予防的な逮捕や道路封鎖で通常行っている。逮捕や特殊作戦によりヨルダン川西岸地区の自爆攻撃を防ぐのに加え、空爆によりテロの指導者をピンポイント攻撃し殺す目的でイスラエル空軍と強固な協力力関係がシャバックにある。標的は（イスラエルがテロリストとみなす）野戦指揮官とパレスチナ民兵組織の上級指導者、主にハマスの指導者だが、ジハード、アル・アクサ殉教者旅団、ファタハ、アルカーイダと関係のあるIad Al-Bikも標的になっている。こうした暗殺は、「標的となった殺害」と呼ばれ、通常はヘリコプターによる射撃で行い、イスラエル空軍司令官とシャバックのエージェントが、作戦を監視する司令部で共に担当している。シャバックの担当は、標的のいる場所や時間を調べることで、空軍はその標的が間違いなく求めているテロリストであることを確認して攻撃を行うことである（この部分は「身元確認と贖罪」と呼ばれている）。第二次インティファーダにおけるシャバックの有効な活動は、イスラエル公民と反テロエキスパート双方に好評だった。
2015年には、ウエスタン・リーグ公式戦15試合に登板。1勝3敗、防御率4.75という成績を残した。また、同期入団の横山雄哉・江越大賀などと共に、フレッシュオールスターゲームの同リーグ選抜メンバーに選出。しかし、天候不良による中止で登板の機会を逸したばかりか、一軍昇格に至らないままシーズンを終えた。2016年には、オープン戦の期間中に入団後初の一軍昇格。3月6日の対読売ジャイアンツ戦（甲子園）で、オープン戦ながら救援投手として一軍デビューを果たすと、5回裏からの2イニングを2被安打無失点に抑えた。一軍公式戦では、4月20日の対東京ヤクルトスワローズ戦（甲子園）に先発投手として初登板。5回途中10被安打5失点という内容で敗戦投手になったが、後に救援で3試合に登板している。また、2年連続でフレッシュオールスターゲームのウエスタン・リーグ選抜メンバーに入ったことから、7月14日の同ゲームでは9回表に地元・倉敷マスカットスタジアムで2年越しの凱旋登板を果たした。2017年には、ウエスタン・リーグ公式戦41試合に登板。2勝3敗、防御率4.94の成績を残したが、一軍公式戦では1試合の登板にとどまった。シーズン終了後に台湾で催された2017アジアウインターベースボールリーグでは、NPBウエスタン選抜で出場を予定していたチームメイトの望月惇志が故障で辞退したため、追加召集扱いで同チームのメンバーに加わった。2018年には、ウエスタン・リーグ公式戦でチームトップの39試合に登板。2勝2敗2セーブ、防御率3.35という成績で、二軍の8年振りリーグ制覇に貢献した。しかし、一軍公式戦では4試合に登板しただけで、防御率が11.57にまで達した。2019年、前年に二軍監督を務めた矢野燿大の一軍監督就任を受け、プロ入り後初めて沖縄・宜野座での一軍春季キャンプに抜擢。キャンプ中の実戦登板やオープン戦でも、救援で好投を続けた。公式戦では開幕一軍入りこそ逃したが、中継ぎ要員として4月上旬に一軍へ復帰すると、同月だけでキャリアハイの登板数をマーク。一軍公式戦でのシーズン初登板であった4月6日の対広島東洋カープ戦（MAZDA Zoom-Zoom スタジアム広島）から4月19日の対巨人戦（甲子園）まで、登板した9試合を全て無失点で凌いだ。その間、4月17日の対ヤクルト戦（神宮球場）でプロ初ホールドを記録。その後も登板を重ね、5月15日の対巨人戦（東京ドーム）で一軍公式戦初勝利を挙げた。