戦後上京して虹書房を興し、学芸社の同僚だった山岸一夫とともに雑誌『新文藝』を創刊、石川啄木、樋口一葉などの作を刊行し、水上若狭男の筆名で短編小説を掲載した。和田芳恵が『日本小説』を創刊する際に、誌名のアイデアを出したのも水上だった。1946年（昭和21年）頃、信州松本に疎開中の宇野浩二に執筆依頼に行き、宇野がかつて「水上潔」の変名を使っていたことで知遇を得、腱鞘炎を患っていた宇野の口述筆記を長く行なうようになって、文学の師と仰ぐようになり、『苦の世界』なども刊行する。また宇野に巌谷大四を紹介されて、生活のためにあかね書房や小峯書店で童話や少年少女ものを執筆した。『新文藝』は資力や印刷事情のために3号で休刊。1947年に虹書房は解散し、一時文潮社の嘱託として出版企画に参加、また。北海道の『大道』という雑誌に書いた自身の日常そのままを短編にした「雁の日」で宇野に褒められて発奮、ついで1948年に文潮社から長編の身辺小説『フライパンの歌』を刊行し、宇野浩二の序文や「昭和の貧乏物語」という文句の広告もあって良い売れ行きを示した。これに大映が映画化を申し込み、5万円の手付金をもらったが、予定していた監督の島耕二が新東宝に移籍したため企画は中止された。さらに妻が家を出て行くなどで銷沈して、その後の原稿依頼もなく、また体調も思わしくなく、3歳の幼児を抱えて生活に追われ、文筆活動からは遠ざかることになる。山岸一夫の紹介で日本繊維経済研究所の月刊誌『繊維』の編集の仕事に就き、次に山岸と週刊の「東京服飾新聞」を発行するが、これも不況で立ち行かず、洋服生地の行商を始める。またこの頃山岸の紹介で西方叡子と再婚。叡子が川上宗薫の義妹と高校・短大の同級生だった縁で知己となり、川上の参加していた同人誌「半世界」にも顔を出すようになり、また菊村到も紹介され、小説執筆を促された。1958年に服の行商の電車の中で松本清張『点と線』を貪り読み、これに刺激されて、『繊維』時代の経験から日本共産党の「トラック部隊」を題材にした推理小説を書き、川上宗薫の紹介で河出書房の編集者坂本一亀の手に渡り、4回の書き直しを経て、『霧と影』の題で1959年に出版、初版3万部が1ヶ月で売り切れ、一躍流行作家となった。当時生活を支えるために妻がキャバレーのホステスとして働いており、坂本がその店へ原稿料を届けに行った際、「奥さん、長い間ごくろうさまでした。これで水上は作家になりました」と言ったという。
ジオン突撃機動軍情報統括長であるヒュー・マルキン・ケルビン大佐によって立案され、宇宙世紀0079年10月26日に各戦線より31名のエース・パイロットを招集して編成された部隊である。地球連邦軍がMSの開発量産に成功したことを受けて工業力に劣るジオン軍はモビルアーマーの開発やサイコミュ搭載兵器などの質を高める戦略をとっており、その一環としてエース・パイロットを集中投入した部隊として結成された。一方で裏の編成目的として同時期に発足したシャア・アズナブル率いるニュータイプ部隊が造反した場合に対するカウンター・ニュータイプ部隊であるという証言も存在する。またザビ家の復讐装置と呼ばれる生物兵器アスタロスをコロニーに散布する装置(グリモワールの系譜）を守護していたともいう。発足時には部隊規模は大隊とは程遠く、招集されたエース・パイロットですら一部は11月のオデッサ戦以降に二次徴収されているが、短時間に膨大な物資と人員の補充を受け最盛期に人員は大隊定数を大幅に超える規模になっており、特別編成大隊の名称はこの規模に応じて用いられたものである。隊は大きく、中核となるエース・パイロットのモビルスーツ（以下MS）隊、母艦と支援艦で構成された艦隊、中核隊の予備も兼ねた艦隊直衛MS隊、技術支援隊「ヒュドラ」の4つのグループに分けられている。部隊発足後は25機生産された先行量産型ゲルググのうち1機（シャア・アズナブル大佐へ）を除くすべてを受領し、コレヒドール暗礁宙域にて慣熟訓練および機体の最適化作業を行う。この完熟訓練中に技術支援隊「ヒュドラ」によって巨大プラント船「ミナレット」の設計支援システムの簡易型を用いてゲルググは後多くのバリエーションを得ることとなる。ジオンの敗勢が濃厚となった12月になって以降もコレヒドール暗礁宙域にて訓練を継続しており、戦線に復帰したのは確認できるかぎり12月24日のソロモン戦以降である。しかし訓練中にマゼラン級1隻、サラミス級2隻からなる連邦軍の艦隊と交戦を行い被害なしで完勝したという情報もある（連邦軍はこの交戦自体を否定しているため真偽は不明）。またソロモンより離脱していたシン・マツナガ大尉を反逆罪の疑いで交戦の上拘束したという。戦線に復帰して以降のキマイラ隊の最も有名な戦果がクラリオン作戦時におけるものである。これは星一号作戦を発動した連邦軍のア・バオア・クー要塞への侵攻に対する遅滞作戦の一つであり、旧ティアンム艦隊（ティアンム中将はソロモン戦にて戦死）に対してキマイラ隊はムサイ3隻、ゲルググキャノン12機にて奇襲を仕掛け、サラミス級2隻、改コロンブス級空母1隻を轟沈、MS14機宇宙戦闘機22機を撃破しながらムサイ級1隻大破、MS2機大破3機中破ながら喪失0という完勝を収めた。一年戦争の最終決戦となったア・バオア・クー戦にも参加しているが、混戦だったためか活躍は不明である。トーマス・クルツら一部のパイロットの戦死は確認されている一方で、MS第一中隊長であるジョニー・ライデン少佐についてはキシリア・ザビ搭乗のザンジバルの撤退支援を最後まで行っていた、隊内で同士討ちをしつつア・バオア・クーから離脱していったなど目撃証言が複数にのぼっている。 一年戦争後は所属していた隊員のほとんどが消息不明であり、表立って生存が知られているのは、ジェラルド・サカイらア・バオア・クー戦前に離脱が確認された少数の隊員のみとなっている。