1度に出現することができる敵の数には限りがあるのだが、敵ごとに設定されたサイズに大きく依存する。この点はGB版と共通しているものの、サイズの設定が変わっており、割り当てられた領域は約6キャラクター分。Sサイズなら約1キャラクター分だが、Mサイズなら約2キャラクター分、Lサイズなら約3キャラクター分を占拠することになる。前述のスタックバトルでも強く影響し、スペースに空きがあってもサイズがそれより大きいと出現できない。また、敵はグループ単位で登場することが多いが、1グループ内の敵を全滅させない限り、たとえグループ内の敵の一部を倒しても、空きスペースとは扱われず、サイズに合致する予備の敵がスタックに待ち構えていても出現できない。また、スタックとして待機している側の敵もグループ単位で増援に来るため、例えばMサイズ2体=4キャラクター分を占拠するグループがスタックに待機している場合ならば、増援には4キャラクター分の空きが必要。また、空きはまとまった1つのスペースでなければならず、2キャラクター分の空きがバラバラの場所に2か所あって合計4キャラクター分の空きがあったとしても、Mサイズ2体のグループが1体ずつそれぞれの空きスペースに入ることはない。スタックは1グループ単位で増援1列として扱われ、列の順番どおりに増援へ動く。前の列のグループが増援に来られる空きスペースが無ければ、後ろの列のグループの合計サイズがそれより小さくても、割り込んで増援に行くことはない。巨大化した敵のサイズが変わることは無い。見た目はとても大きくても元がSサイズなら巨大化してもSサイズとして扱われる。ただしこのサイズの制約は味方のモンスターには適用されない。例えば、Lサイズの敵は3キャラクター分×2体が限界だが、味方は4人全員がLサイズのモンスターに変身していても問題ない。
移動中、メニュー画面で任意に入力できる文字列。数字やラテン文字で6文字まで入力可能（オープニングイベントでは4文字まで）。該当するパスワードに当てはまれば、アイテムを入手したり、キャラクターが成長したり、新しいシナリオが開示されたりする。1回のプレイで同じパスワードは2度以上入れられない。4桁のパスワードはクリアデータの引継ぎ時にも持ち越されるが、6桁のパスワードは引継ぎで持ち込まれないため再入力できる（例えばアイテムなら再び獲得できる）。一部のパスワードは、直接入力する以外に宝箱や登場人物から受け取る形で入手することもできる（受け取った時点で入力済みの状態になる）。
多くのサブイベントをクリアしていく事により開示される「真のエンディング」が追加された。この真のエンディングは前述のSSSとタイムズ・ギアを併用する事で発生する仕様になっている。開示条件として少なくともギアゲージが特定の色になっている必要がある。
メインメンバーでありながら、GB版では台詞が一切無かったポルナレフとミルフィーの台詞も追加され、2人の性格表現が明確になった。それに伴い、GB版で台詞のあったキャラの発言も大幅に追加や変更が行われている。
町の住民から強力なモンスターの討伐を依頼される。引き受けて倒せば報酬をもらうことが可能。指定されたフィールドやダンジョンに出現し、シンボルも戦闘時と同じ姿で待ち構え、移動や追跡は行わない。戦闘になると最初から巨大化した状態で登場するため通常より手ごわく（詳細は後述）、難易度によっては本編のボスが大幅に強化された状態でリベンジを待ち構えていることもある。ボスの強化版との対決では戦闘から逃げられない。
GB版のストーリーに加えて新規追加されたシナリオ。上記のSSSはほとんどがこれに該当する。このシナリオの展開によって、新たなエリアに進めることもあり、場合によってはストーリーに影響をも及ぼす。
『サガ2GOD』で採用された「シナリオ・シンクロ・システム (SSS)」を引き続き採用。『サガ2GOD』ではキャラクター同士の関係によってイベントの内容が変化したが、今回はほとんどのイベント中に選択肢が出現し、展開や結末が変化する。Yボタンの「未来予測」によって選択肢に対応した結末のヒントが分かるようになっている。ただしギアポイントが一定量ないと選べない選択もあり、中には「ポイントが一定以下」という条件を提示されることもあるため、ポイントが多ければ良いとは限らない。過去作品のフリーシナリオ同様に選択肢として明確に選べる形式へ変更した理由として、『サガ2GOD』の方式では自然なストーリー展開としてサブイベントを組み込めたが、それだと何度もプレイする場合に異なる展開を見ることが難しいという意見が出たため、シナリオの分岐点をわかりやすくしようと考えたことが挙げられる。
移動中に「フリーズシステム」で時間を止める事が可能。敵シンボルや地形の動きなどすべてを停止できるため、ピンチを切り抜けたり探索を容易にするといった効果がある（詳細は後述）。
競走馬としての人気は高く、厩舎にはナイスネイチャを訪ねてやってくるファンや、激励のファンレター、千羽鶴などが次々と送られ、ナイスネイチャの馬房の前扉には12束の千羽鶴が飾られていた。手紙は「ナイスネイチャの一所懸命な姿に励まされる」といった内容が多かったという。松永善晴厩舎の調教助手であった稲垣茂は「彼以上のスターホースもいるが、トレセンを訪ねてくるファンの数とその思い入れの深さでは、栗東で1、2を争うアイドルホース」だったとしている。松永昌博によれば、ナイスネイチャを管理するまでの松永善晴は「とっつきにくい」人物であったが、ナイスネイチャの存在によって「ファンあっての競馬」であることを認識させられてから変わり、スタッフが驚くほどファンを大事にするようになったという。競馬会の広報誌『優駿』が2004年に企画した「個性派ホースBEST10」という企画では、1980～2000年代の「名バイプレーヤー」部門における識者による投票で1位に選ばれた（読者投票ではステイゴールドに次ぐ2位）。ライターの山河拓也はこの企画の中で「いつの時代にも存在する、『もどかしい馬』の代名詞。ひとこと『ナイスネイチャみたいな馬』で説明可能。これは凄い。競馬に限らず、人間でも『ナイスネイチャみたいな奴』と言えば、愛すべき男が像を結ぶ。これは本当に凄い」と称えている。また須田鷹雄は「4歳時普通に夢見た頂点には最後まで縁がなかったが、善戦マンとして得た祝福はタイトルをも上回るものだった」と評した。自著にナイスネイチャを多く登場させた競馬漫画家のよしだみほは、「4～5歳時のブロコレ（注：ブロンズコレクター）ぶりはホントにすごい（笑）。ナイスネイチャと言うとみんな笑うもんなぁ。競馬に新しい文化を作ったといっても過言じゃないよね。（中略）彼がレースに出てるだけで幸せになれる、ユカイな馬でした。あんな愛され方をした馬って、他にいないんじゃないかな」と述べている。また阿部珠樹は「三連複の時代に走っていたら、おそらくさらに人気を博していたはずで、その点では『時代を先取りしていた名馬』といえるかもしれない。ともかく、印象的な勝ち鞍をあげる馬はいつの時代にもいるが、印象的な入着で競馬史に名をとどめるような馬は、そうは現れないだろう」と述べている。