古代イスラエルの故地（パレスチナ）へ移住したユダヤ人は1948年5月14日、イスラエルの建国を宣言した。第二次世界大戦で敗戦国となった日本は、1952年4月28日の日本国との平和条約（サンフランシスコ条約）発効により、外交権を含む主権を回復した。その直後の同年5月15日に、日本はイスラエルを承認。同年5月15日、イスラエルが東京に開設したイスラエルの公使館を在外公館と認め、国交が開始された。1954年に、日本の在トルコ大使が在イスラエル公使を兼任した。1955年には、日本の公使館がテルアビブに開設。1963年に、両国関係は公使レベルから大使レベルに昇格された。なお日本は、イスラエルと対立するアラブ諸国やパレスチナ自治政府、イランとも良好な関係を維持し、中東戦争などでは中立を維持している。アラブ諸国やイランからは原油・天然ガスを大量に輸入しており、貿易額は対イスラエルを上回っている。また、パレスチナに同情的な日本人過激派によるテルアビブ空港乱射事件が1972年に起きている。
後にイスラエルを建国するユダヤ人は欧米などに分かれて住んでおり（ディアスポラ）、日本とは開国により接点が生じた。日露戦争に際して、ロシア帝国によるユダヤ人迫害に憤るユダヤ人銀行家ジェイコブ・シフが日本の戦費調達に協力するなど、日本に大きな影響を与えたユダヤ人もいる。シベリア出兵を機に、ロシア経由で反ユダヤ主義が日本にも流入し、第二次世界大戦にかけて広まった。日本は、ユダヤ人迫害を国策としたナチス・ドイツと防共協定（後に日独伊三国同盟）を結んだが、ホロコーストには加担しなかった。一時は満州国へのユダヤ人難民受け入れも検討した（河豚計画）。リトアニア駐在の日本人外交官・杉原千畝のように、在欧ユダヤ人の亡命に協力した日本人もいる。
日本社会党（現社会民主党）の安全保障問題に関するブレーンであり、日本とアメリカの軍事戦略に、その立場から平和主義を唱えて反対している。2015年12月9日には憲政記念会館において、辻元清美議員の「政治活動20年へ、感謝と飛躍の集い in 東京」という政治資金規正法に基づく資金集めのパーティに参加している。日本による対韓輸出優遇撤廃に反対する、＜声明＞「韓国は「敵」なのか」呼びかけ人の1人。
通常の暗号通信は暗号機を使わなくてはならず、複雑なものほど作成や解読に時間がかかる。前線で使用される暗号は比較的簡易であったが、解読に数時間を要し、これは一刻を争う戦場では重大な欠点である。また解読速度を重視して暗号の強度を下げれば、傍受した敵にとっても解読が容易になるという問題もあった。敵にとって未知の言語と英語のバイリンガル話者による会話なら、その場で英語への翻訳が可能である。このためインディアン部族を暗号兵に使用するアイデアは第一次世界大戦からあり、チョクトー族、コマンチ族出身者がコードトーカーとして従軍している。第二次世界大戦では、ナバホ族が暗号兵として米軍に採用され、約400名がサイパン島、グアム島、硫黄島、沖縄戦に従軍した。これらの部族語に共通するのは、いずれも文法が複雑な上に発音も特殊で、幼少時からその言語環境で育ったもの以外には習得・解明が極めて困難であるという点である。しかもインディアンは絵文字のほか固有の文字を持たず、その言語で書かれた資料がまったくないので、部外者にとっては研究することすら困難だった。人口が比較的多く、英語と部族語の両方を理解する兵役年齢の男子を一定規模確保できる部族としてはスー族なども候補となったが、ナバホ語が選ばれたのは調査の結果、ナバホ族以外でナバホ語を理解するものは28人の研究者のみで、全員がアメリカ人であることが確認されたためである。ヒトラーは第一次世界大戦でコードトーカーが果たした役割に注目し、第二次世界大戦前に30名ほどの人類学者をその言語の習得を目的にアメリカ国内に派遣しているが、ナバホ語はあまりの複雑さのため失敗していた。しかしヒトラーがインディアン語の研究に動いたことを知ったアメリカ側は、ヨーロッパ戦線ではコードトーカーを使用せず、太平洋戦線でのみ使用することを決定した。インディアンの語彙には近代戦の軍事通信に必要な語彙がほとんど無かったので、第一次世界大戦ではこの点が最大の障害になった。米軍はその教訓から、英単語をそれと同じ文字で始まる別の英単語に置き換え、さらにそれをナバホ語に翻訳するといった置換暗号を作成し、英語で表現できる単語は何でも訳すことができるようにした。その際、特別な意味を持たせたナバホ語やコードブック（暗号書）を使うことにより、交信をさらに暗号化している。ナバホ族コードトーカーは、8週間の訓練課程でこの暗号表を丸暗記しなくてはならなかった。この置換暗号は全員が暗記する必要があったため、暗号学の基準からみれば複雑なものではなかった。しかしナバホ語話者であっても、コードトーカーとして訓練されていないかぎりは暗号通信の全体は理解できないため、コードトーカーでないナバホ語話者が日本軍の捕虜になっても暗号解読はされなかった。実際、日本側が1942年にフィリピンで捕虜にしたナバホ族出身のアメリカ陸軍軍曹Joe Kieyoomiaは暗号を解読できず、日本側によって拷問を受けている。日本側はついに最後までナバホ語通信の解読に成功しなかった。しかし、コードトーカーが捕虜になって日本側に協力すれば解読することもできたかもしれない。そのため、コードトーカー達には専用の護衛がつくことになった。この護衛は、ナバホ族兵士が容貌から米兵に変装した日本兵と間違われるのを防ぐ意味もあった（実際に数回はそういう事件があった）。1968年の機密解除に至るまで、コードトーカーたちの戦功は世間に知られることはなかった。その後、1982年にロナルド・レーガン大統領によって表彰され、同時に8月14日をコードトーカーの日（National Code Talkers Day）と定められることになった。また2000年にはナバホ族コードトーカーに議会名誉黄金勲章（Congressional Gold Medal）が授与されている。