旅客ターミナルビルに面したサウスエプロンには、ボーイング737型機が駐機できる中型ジェット用1バースとYSクラス用2バースが、ノースエプロンには小型機用5バースがある。
1998年9月20日、フランスワールドカップ終了後に日本代表監督に就任。契約期間は2年で、その後2年はオプション。ファルカン監督以来5年ぶり、3人目の外国人監督となった。A代表とU-21代表(98年当時)の監督を兼任。当時日本サッカー協会技術部門の長であった大仁邦彌は、ワールドカップ以後の続投を要請していた岡田武史前監督の辞任を受け、アーセン・ベンゲルに監督就任を依頼するもアーセナルFCと既に契約していることを理由に断られる。大仁によれば、その後協会は直接フランスサッカー協会と交渉し、ちょうどスケジュールの空いていたトルシエを紹介された、という。日本サッカー協会はベンゲルに彼の能力や人物像などについて相談しつつ、トルシエと契約を結ぶことに決定した。尚、当時の日本サッカー協会会長の岡野俊一郎によれば、ベンゲルに一度断られたあと、『2002年W杯の日本代表監督は貴方しかいない』と手紙を出したが再度断られ、技術委員会がベンゲルの推薦したトルシエにしたいと言うので、ベンゲルの推薦ならということで、トルシエに決めたという。1998年12月、バンコクアジア大会ではU-21代表を率いて臨み、二次リーグ敗退し、クウェートに勝利した。1999年、清雲栄純の後任としてU-20代表監督を兼職（契約外のため無報酬だった）。FIFAワールドユース・ナイジェリア大会では準優勝を果たした。FIFA主催の国際大会で日本が決勝に進出するのは、史上初の快挙であった。秋には中田英寿も合流したU-22代表を率いて、2大会連続の五輪出場を決める。一方、A代表では特別招待国として参加したコパ・アメリカ（南米選手権）で2敗1分け（1次リーグ敗退）に終わる等、ほとんど実績を残せず、批判の声も現れ始めた。2000年、五輪代表をA代表に合流させるも、2月のカールスバーグカップでメキシコに敗れると、続く香港リーグ選抜には引き分け（PK戦で一応「勝利」した）。3月は中国と引き分け、続く4月には韓国に敗戦と成績は上向かず。このため、サッカー協会幹部から解任の声が挙がり、先走った朝日新聞に至っては「トルシエ解任」と掲載するなどしたが、岡野俊一郎会長（当時）の判断で6月にモロッコで行われるハッサン二世国王杯ならびに日本国内で行われるキリン杯の成績で去就を決定することとなる。そして、迎えたハッサン二世国王杯ではほぼベストメンバーを組んできた前回W杯王者・フランスと2-2で引き分け（但し、PK戦で敗れた）、続く2戦目では前回W杯で辛酸を舐めさせられたジャマイカに4-0で大勝。帰国後の続くキリン杯ではボリビア、スロバキアと対戦し、1勝1分。スロバキアと同点優勝。4試合で2勝2分という成績を残し、事実上解任を免れた。なお川淵三郎によれば、本当は2年契約が満了した時点でベンゲルに監督を交代することが当初より決まっていたが、ベンゲル側の事情によりその話が流れたため、トルシエとの契約を延長せざるを得なかったという。2000年9月 シドニーオリンピックではメキシコシティオリンピック以来32年ぶりとなる決勝トーナメント進出。準々決勝でアメリカ合衆国とPK戦の末、準決勝進出を逃す。2000年10月 レバノンで開催されたアジアカップ2000では、グループリーグ第1戦・第2戦で圧勝して決勝トーナメントへ。決勝トーナメントでも攻撃的なサッカーを貫きイラク、中国、サウジアラビアを撃破。1992年大会以来の、アウェイ色の強い中東開催のアジア杯において東アジア勢としては初めての優勝を果たす。2000年度のAFC年間最優秀監督を受賞する。アジアカップで圧倒的な攻撃サッカーを見せたトルシエジャパンだったが、2001年3月24日、フランスのスタッド・ド・フランス（サン=ドニ）で行われたフランス代表との親善試合で0-5の大敗を喫すると、守備の立て直しに戸田、上村、波戸などフィジカルの強い守備陣を招集。4月のスペイン戦では布陣こそフランス戦と同じ1トップ3ボランチだったが、サイドに中村俊など攻撃的な選手を配置したフランス戦と違い、本来DFの服部と波戸を置く実質5バックの超守備的な布陣で臨み、終了間際に失点し0-1で敗れる。攻撃する意思が感じられない戦術に批判があがるが、トルシエは「このスペイン戦を無失点で終える事で守備の自信を取り戻させるのが目的だった」と語る。そのため、終了間際の失点で目論見が崩れたトルシエは、失点直前に負傷退場した上村を会見で批判。しかしそれでも終了間際までは無失点を続けたことを強調し自信回復に繋げると、「攻撃的なアジアカップと守備的なスペイン戦、攻守のバランスはその間にある」と語り、2001年6月 日韓共催FIFAコンフェデレーションズカップでは宣言通り、試合の相手や展開に合わせて攻守の人材や人数を変化させ、5試合で6得点1失点の戦績で準優勝を果たす。フル代表でのFIFA主催の国際大会での決勝進出は史上初。またフランスとの決勝は0-1で敗れはしたものの、2ヶ月半前に大敗した相手に惜敗を演じたことで評価も安定した。ワールドフットボールイロレーティングで、2001年8月と02年3月のトルシエジャパンは、日本史上最高の世界8位のレーティングを記録した。2002年4月25日、ワールドカップ本戦への出場を決めていたポーランド代表とポーランドウッジで親善試合を行い、日本代表史上初となる欧州でのアウェイゲーム勝利（2-0）。2002年6月 日韓ワールドカップでは、有力視されていた中村俊輔を代表から外したことで話題を呼んだ。本大会グループリーグ初戦のベルギー戦では2-2で引き分け、続くロシア戦では1-0で勝利、最後のチュニジア戦も2-0で勝利し、通算2勝1分でグループリーグ1位の成績で突破し、日本代表を初の決勝トーナメント進出に導く。しかし決勝トーナメント1回戦トルコ戦、日本代表は0-1で敗れる。W杯終了後、監督を退任した。