世界統一戦争の後、荒廃の一途をたどっていた空中王国・ネオスフィア。今や「神聖王国」と呼ばれていた頃の面影は無く、地上との交通・交易手段であるEシップの便数も減る一方であった。王国の最高意志決定機関である元老院はその手腕をもって王国の再建に当たらせるべく、伝説の古代文明技術「Eテクノロジー」を復活させた稀代の天才発明家プロスペロ・フランカを招聘することを決議しプロスペロの許へ召喚状を送るが、その慇懃無礼な召喚状に応じて王国へやって来たのはプロスペロの孫娘・ナノカであった。元老院議長・グリャマンはこんな小娘に何が出来ると怒りを爆発させるが、ナノカは王国内で誰も修理が出来なかった幼き女王・エリンシエの両親の形見であるアカハナ・アオヒゲを修理したことをきっかけに、エリンシエからの勅命として王国の再建を要請される。
『モナ・リザ』に描かれている女性に関して、さまざまな説が唱えられてきた。聴覚障害者、喪に服す婦人、高級娼婦、人類の恋人、画家が患う神経症の産物、梅毒患者、伝染病患者、麻痺患者、歯痛病者などである。2010年1月には、パレルモ大学の解剖病理学教授ヴィトー・フランコが、イタリアの新聞『ラ・スタンパ』に『モナ・リザ』に関する記事を寄稿した。そしてフィレンツェで開催された医学学会で、『モナ・リザ』に描かれている女性には、コレステロール過多症の原因となる脂肪酸の明らかな蓄積が見られると指摘した。さらにフランコは、女性の右目には脂肪腫らしき症状も見られるともしている。専門家や愛好家の間では「リザ」という名前で呼ばれていたレオナルドの絵画作品は、少なくとも4点存在すると考えられており、リザ・デル・ジョコンドが描かれているのはルーヴル美術館が所蔵しているのとは別の「モナ・リザ」だと主張する研究者もいる。描かれている女性の特定にもさまざまな説があり、「リザ」のモデルではないかといわれた女性は10名以上の名前が挙げられている。ミラノ公妃イザベラ・ダラゴナ、ミラノ公の愛妾チェチーリア・ガッレラーニ、フランカヴィラ公爵夫人コンスタンツァ・ダヴァロス (en:Costanza d'Avalos, Duchess of Francavilla)、マントヴァ侯妃イザベラ・デステ、パシフィカ・ブランディーノ、イザベラ・グアランダ、カテリーナ・スフォルツァ、レオナルドの母カテリーナ、さらにはレオナルド自身だという説もある。オーストラリア人芸術家スーザン・ドロテア・ホワイト (en:Susan Dorothea White) は『微笑みの解剖学、モナ・リザの頭骨 (Anatomy of a Smile: Mona's Bones )』（2002年）と『モナ・リザの噛み合わせ (Mona Masticating )』（2006年）で、『モナ・リザ』に描かれている女性の頭蓋の形状が、解剖学的に男性のものと酷似していると指摘した。ベル研究所のリリアン・シュワルツ (en:Lillian Schwartz) は、『モナ・リザ』は実質的にはレオナルドの自画像ではないかと主張している。『モナ・リザ』をデジタル解析した結果、『モナ・リザ』の女性の表情と自画像のドローイングの表情とが一致することが分かったとした。しかしながら、シュワルツが比較対象としたドローイングは、レオナルドの自画像ではないという説もある。レオナルドの伝記を書いた作家セルジュ・ブラムリー (en:Serge Bramly) は1994年に「（『モナ・リザ』の）モデルといわれる人物は、妥当か否かはともかくおよそ12名程度は存在する。なかには、モデルなどは存在せず、レオナルドが理想の女性を描いたと主張する者もいる」としている。マイケ・フォクト＝リュールセンは、『モナ・リザ』のモデルが、レオナルドがその宮廷画家を12年間勤めていたミラノ公妃イザベラ・ダラゴナであると主張した。フォクト＝リュールセンは『モナ・リザ』に描かれている濃緑色の衣装は、この女性がスフォルツァ家の一員であることを示唆しているとし、『モナ・リザ』はミラノ公に輿入れしてきたイザベラを描いた最初の公式肖像画であり、1503年ではなく1489年の春か夏に描かれた作品であるという説を唱えている。2004年に歴史家ジュゼッペ・パランティが『モナ・リザ、無邪気な女性 (Monna Lisa, Mulier Ingenua )』を出版した。この書籍は過去に『モナ・リザ』のモデルといわれてきた人物たちを、古文書を調査した証跡をもとにしてまとめ上げた文献となっている。パランティは証跡から、レオナルドの父がデル・ジョコンドの友人だったと考えられるとし「『モナ・リザ』は、リザ・デル・ジョコンドが24歳のときに描かれた作品で、レオナルドの父が友人のために制作を依頼した作品であろう。レオナルドの父は他にも息子に絵画制作を依頼したことがあった」としている。2007年には系図学者ドメニコ・サヴィーニが、ストロッツィ家の姫ナタリアとイリナがリザ・デル・ジョコンドの子孫であると特定した。2010年10月に、美術史家シルヴァーノ・ヴェンチェッティが『モナ・リザ』の目の中にレオナルドのイニシャルなどの微細な文字を発見したと、英紙デイリー・メールが報じた。右目にレオナルドのイニシャルである「LV」が描かれ、左目には「CE」あるいは「B」と思われる記号、背景にある橋のアーチには「72」あるいは「L2」のような文字を、高度な拡大鏡を使用することで確認できるとする報道である。この発表から間もなく、ヴェンチェッティはこれらの文字からレオナルドの長年の弟子で愛人だったともいわれる、ジャン・ジャコモ・カプロッティ（通称サライ (en:Salaì)）こそが、『モナ・リザ』のモデルであると主張し始めた。この主張に対しルーヴル美術館は、ヴェンチェッティが実際に『モナ・リザ』を精査していないことを指摘し、2004年と2009年の科学的分析時に「あらゆる研究機関が調査することが可能」だったにもかかわらず「調査中に、文字や数字はひとつも見つかっていない」「木の板に描かれている作品の経年変化により、絵画表面には無数のひび割れが生じている。このひび割れの形状が、行き過ぎた憶測のもとであたかも数字や文字であるかのように見えてしまう可能性があるのかもしれない」と反論している