MC68000は16ビットのALUを持つ一方で、アドレスは常に32ビットで扱われ、フラットな32ビットアドレス空間を持つ。その実効アドレスの演算の為に、専用の16ビット幅のALUを2個持つ。8086は20ビットのアドレス空間を持つが、リニアにアクセスできるのはセグメントと称された（セグメント方式#x86）16ビットの空間だけであった。これは特にグラフィックの扱いなどを面倒にした。MC68000では実効アドレス演算の為に専用の2つの16ビットのALUを接続して用い、3つめのALUが16ビットの演算を行った。例えば、32ビットのアドレスレジスタのポストインクリメント（そのアドレスにアクセスした後、アドレスレジスタの内容をインクリメント（増加）するアドレッシングモード）「ADD.W (An)+,Dn」はポストインクリメントをしない場合に較べても速度低下することがない。したがって、16ビットCPUとして始まってはいるが、68000の命令セットは32ビットアーキテクチャになっている。後継のMC68020は32ビットのALUと32ビットのデータバスを持っていたが、68000用のソフトウェアをほぼ変更することなしに、データバス幅を32ビットに拡張することで速度向上を果たした。しかし、ソフトウェアの互換性を完全に保てたわけではない。68000では（同様のテクニックは同じく32ビットマシンだがアドレスが24ビットだったSystem/360で行われていたが）使われない（無視される）上位8ビットに何らかの情報を持たせる、というテクニックが一部のシステムプログラムなどで使われた。例えば、LISPなどでポインタの指すオブジェクトの種類を区別する情報をそこに格納したり、ガベージコレクション用のフラグを格納した。そのようなコードを、後継のより広いアドレスバスを持つマシンで実行するとバスエラーが発生した（やはりSystem/360の後継機でも同様の問題が起きており、System/370-XAではMSBを互換モードのために残した31ビット化という苦肉の策がとられている）。Macintoshでは8MB以上のRAMを搭載する際にソフトウェアのアップグレードが必要だった。多くのアプリケーションは将来を見越して書かれており、問題は発生しなかった。
スタックがOS用とアプリケーション用に二つあり、特権モード（スーパバイザモード）と、ユーザモードの2つの特権レベルを持つなど、当初よりUNIXに代表される高度なメモリ管理機能やマルチタスク機能を備えたOSを搭載することを前提に設計されている。ユーザーモードで動作するプログラムの互換性はMC68000からMC68060までバイナリレベルでほぼ完全に保たれているが、スーパバイザモードでの動作についてはこのモードで動作するOSが差異を吸収することを前提として、世代ごとに改良や変更が加えられている。このため特にスタックポインタの実装とその挙動には世代間での相違が多く、アプリケーションがハードウェアリソースへ直接アクセスするためにスーパーバイザモードをアプリケーションに解放した原始的な実装のOSではMC68000用に書かれたこの種の動作を行うアプリケーションプログラムが後継各プロセッサで正常動作しないケースが存在する。
32ビットのデータレジスタを8本、また、32ビットのアドレスレジスタを8本持つ、CISCアーキテクチャのマイクロプロセッサである。8ビットのMC6800シリーズとはアセンブラソースレベルでもバイナリレベルでも互換性を持たない。MC68000は、DECのVAXを参考にしたと言われる、直交性の高い命令体系をもつ。外部バス幅はアドレスバス24ビット、データバス16ビットで、発表当初のクロック周波数は4 - 16MHz。約68,000個のトランジスタからなるN-MOS集積回路であり、当初は巨大な64ピンDIPパッケージ、後にPGAパッケージでも供給された。データーバスはダイナミックバスサイジングを採用しており8ビットまたは16ビットのバスにアクセス可能である。これはM68000ファミリ周辺チップだけではなく、M6800ファミリなど廉価な8ビット周辺チップとの接続を考慮したものである。MC68000自体は16ビットCPUとして取り扱われたが、内部アーキテクチャは32ビットプロセッサとして設計されており、レジスタとアドレスのデータ長は等しく32ビットとなっている。32ビットのアドレス空間は4GBに相当するが、当時の技術では、4GB分のアドレス空間をフルに使う可能性は無いとされ、外部のアドレスバスとのデータ入出力では上位8ビットをマスクして下位24ビットを使用し、最大16MB分のメモリ領域を管理する実装とされていた。このように最初に理想とする32ビットアーキテクチャを決めておき、その時々で利用できる技術で実現可能な機能から順に実装するという方式をとっていたため、無理なく上位互換性が確保できた。また、ライバルであるx86系プロセッサではメモリ空間とは別にI/O空間が設けられ、専用のI/O命令が用意されていたが、MC68000シリーズではメモリ空間内にI/O用領域を割り当てるメモリマップドI/O方式を採用しているのも特徴の一つである。
若い頃は三河国大樹寺（現愛知県岡崎市鴨田町）で修行をしていた。この頃、徳川家康との面識を作る。その後、相模国鎌倉郡岩瀬村（現神奈川県鎌倉市岩瀬）の大頂寺（後の大長寺）に移り慈昌（観智国師）の弟子として修行を積んだ。1584年（天正12年）慈昌が増上寺の法主と移るにあたり、大頂寺第四代の住職となる。1590年（天正18年）、豊臣秀吉による小田原征伐が始まる。源栄は徳川家康の内命を受け、龍宝寺の住職良達と協力し玉縄城の開城交渉を行う。玉縄城の城主北条氏勝は大頂寺を菩提寺としていた事もあり開城に応じた。小田原征伐終結後、関東に移封された家康は付近で鷹狩りを行う際にたびたび大頂寺を訪れ、源栄の講釈を聞いた。 この頃、家康の命により大頂寺を大長寺に改名する。（以降は「大長寺」と称す）また、寺領を玉縄岡本村から、大長寺門前に替地してもらう。1603年（慶長8年）、高座郡座間宿（現、神奈川県座間市座間）の領主、内藤清成に請われ宗仲寺の開山となる。なお宗仲寺は清成の実父、竹田宗仲の菩提を弔うために建立された物だが、宗仲の没年が1606年である事から、誤伝の可能性も指摘されている。1608年（慶長13年）、浄土宗と日蓮宗が宗論を行った際、本多正純と共に奉行を努めた。（慶長宗論）1611年（慶長16年）貞宗院（西郷局の母、徳川秀忠の祖母）の遺言により貞宗寺の開山を務め、以降大長寺の住職と兼務する。同年11月、家康が藤沢宿に宿泊した際、源栄を呼び銀100枚を下賜される。その後も家康は江戸城や駿府城に源栄を呼び講釈を受け、修学料300石を与えた。1614年（慶長19年）、かつて修行した大樹寺の住職となる。大樹寺の住職時代に浅草の正覚寺（現：榧寺）の中興開山となる。1616年(元和2年）4月6日、駿府に呼ばれ、家康の遺言を受ける。1618年（元和4年）、病に罹り大樹寺の住職を辞し、宗仲寺に退隠する。1633年（寛永10年）11月10日 死去。享年83。