三木市内区間の跡地利用については、市が検討のための諮問機関「三木鉄道跡地等利用検討委員会」を設置し、2008年のほぼ年間にわたって検討が行われた結果、街づくりの観点から重要な用地と位置づけられ、鉄道の歴史継承や観光振興のほか、災害対策強化なども盛り込んだ計画が策定された。計画では「三木駅周辺エリア」と「軌道敷エリア」に大別され、前者では路線バスの結節点など地域交通の拠点として、後者では踏切跡の交通障害除去（道路拡幅）のほか一部の鉄道施設について保存・活用をはかる内容となっている。なお、後者のうち鉄道営業当時の景観を保存した遊歩道を整備するとしていた加古川市境付近の区間において、約80メートルにわたるレールや枕木の盗難が2011年6月に明らかとなった。三木市域の廃線跡は「別所ゆめ街道」として整備され、2018年5月13日に完成式典が行われた。石野-西這田間の花尻川橋梁および国道175号の立体交差付近-三木鉄道記念公園間以外は遊歩道として歩行者の通行が可能になっている。石野・別所の両駅はホームと線路を生かした休憩施設となっており、老朽化した駅舎は解体されて跡地に駅舎風の休憩所が建てられている一方、三木鉄道時代に開業した駅は完全に撤去され跡形もない。これに対し、加古川市域の廃線跡は線路・駅施設・橋梁などの設備を撤去したのみで放置状態である。
清水徳川家は江戸幕府9代将軍家重の次男重好を家祖とし、徳川将軍家に後嗣がないときは御三卿の他の2家とともに後嗣を出す資格を有した。ただし、清水家の出身で徳川将軍家を継いだ人物はいない（3代斉順の子家茂が14代将軍に就いているが、斉順が清水家を転出した後にもうけた子である）。家格は徳川御三家に次ぎ、石高は10万石。家名の由来となった屋敷地は、江戸城清水門内で田安邸の東、現在の北の丸公園・日本武道館付近にあった。維新後は、元の下屋敷の一つであった甘泉園（東京都新宿区西早稲田）に邸宅を構えていた。重好は宝暦3年（1753年）に賄料3万俵を与えられ、1757年に御守（家老）2名が付けられ、1758年に清水門内に邸地を与えられた。1759年、元服して宮内卿を称し、賄料1万5千俵を加増されて屋形に移った。1762年、新規に賄料領知10万石を武蔵・上総・下総・甲斐・大和・和泉・播磨の7か国に与えられた。清水家は実子のなかった初代の重好以来、維新期を越えて大正13年（1924年）まで実子による相続が皆無であり、将軍世子の弟ないし将軍の弟が養子入りして幼少で当主になった例が多い。加えて御三家に転出した当主が相次いだこともあって一時的な断絶を繰り返しており、御三卿の中で最も出入りが激しい家でもある。なお、寛政7年（1795年）の重好死去の際、嗣子なくして当主は空席となり、所領・家屋敷・家臣は一時的に幕府に収公されている。これは、同じ御三卿である他の2家（田安家・一橋家）が、空席の場合は明屋敷となるもそれら組織が存続されたことと比して異例であった。清水家はその後、寛政10年（1798年）に将軍徳川家斉の幼い息子敦之助を当主として再興される。敦之助は清水屋敷へ移ることのないまま翌年に夭逝するが、子だくさんであった将軍家斉はその後も30年ほどの間に斉順、斉明、斉彊と、次々に息子を清水家当主に据えた。このうち斉順と斉彊は清水家を出て紀州徳川家を継ぎ、斉明は夭逝した。弘化3年（1846年）から20年に及ぶ明屋敷の後、江戸時代に最後に当主となったのは、最後の将軍徳川慶喜の弟で水戸徳川家出身の昭武である。慶喜は、パリ万国博覧会への使節の派遣に当たって昭武を名代に任じ、その便宜として慶応2年（1866年）に清水家を継がせた（形の上で水戸家から離され、同家への配慮の必要が薄れる）。昭武は当時実子のなかった慶喜から、自身の後継者候補とも目されていた。渡仏した昭武は、幕府代表としてヨーロッパ外交に努め、また万博閉幕後もフランスに滞在して勉学にも励んだが、その間に大政奉還と明治政府の樹立、さらに長兄の水戸藩主徳川慶篤の死が続いた。昭武は明治元年（1868年）に帰国すると、水戸家の家督を継ぎ、そのため清水家はまたも当主不在となった。そうした事情もあって、御三卿の他の2家が維新後に一時とはいえ田安藩・一橋藩を立藩したのと異なり、「清水藩」は立藩していない。明治3年（1870年）2月、昭武の甥（慶篤の次男）篤守が新たに清水家当主となって家禄2500石を支給され、華族に列した。この時、津山松平家の松平斉民（斉明の弟・斉彊の兄）・康民親子が当主候補に挙がっており、また斉民は昭武の相続以前にも候補に挙がっていたが、いずれも当人が辞退している。篤守は相続の際に清水姓に改めたが、明治10年（1880年）には徳川姓に復している。明治17年（1884年）の華族令で伯爵を授けられたが、篤守は負債を巡る訴訟事件により「華族の礼遇に耐えられず」として、明治32年（1899年）に爵位を返上した。明治35年（1902年）6月15日付の『東京朝日新聞』により、清水徳川家の関係者による徳川慶喜の息子を相続人とする再受爵運動を確認できる。結局、日本最初の航空パイロットとして知られる篤守の嫡子好敏が日本陸軍航空兵分野確立の功労により、昭和3年（1928年）にあらためて男爵を授けられた。後に好敏は陸軍中将に昇進している。