柴谷は性的少数者、LGBT向けの講演を行うとともに、座談会やインターネットで悩み相談も実施。一方、実家では母親が要介護認定となり、介護にも携わる。なお、2018年2月、柴谷はフジテレビの『ザ・ノンフィクション』に出演。母親との確執や介護のこと、実家に性的少数者（セクシャルマイノリティ）の「駆け込み寺」としての寺を設立する活動が取り上げられた。「多様な性は善」という意図で寺の名前は「性善寺」とした。当初は実家の離れに建築予定で、設計は歌一洋の建築事務所に依頼している。その後、建立資金の寄進を寺院譲渡資金として、日蓮宗系統の宗教法人大徳山浄峰寺（じょうほうじ）を引き継ぐ。通称として「性善寺（しょうぜんじ）」を用い、真言宗系に改修するため、引き続きクラウドファンディングなど寄進依頼の活動も行った。セクシャルマイノリティがパートナーと同じ墓に入れるようにしたり、望む性別の戒名を生前に与えること、LGBT同士の仏前結婚式などを計画した。寺の改装を終え、2019年2月24日に晋山式の法要を実施。2019年9月現在、性善寺において代表役員住職を務めつつ、高野山真言宗では権少僧正になっている。
2003年、お遍路仲間に勧められて高野山大学大学院文学研究科の社会人コースに入学。当初は新聞記者を務めつつ週1回の通学であったが、2005年に早期退職して得度。四国遍路の巡礼について、現代の実態や番外札所を調べ、修士論文にまとめる。2007年修士課程修了。同年11月、『公認先達が綴った遍路と巡礼の実践学』が出版される。なお、関西先達会では役員を務め、歌一洋の「四国八十八ヶ所ヘンロ小屋プロジェクト」にも協力した。一方、柴谷は高野山に家を移し、岡山大学病院で性同一性障害の診断を受ける。通院を続け、同病院で2010年に性別適合手術を済ませ、戸籍の性別を男性から女性に変更する。僧籍の性別変更は高野山でも異例のことであり、男社会であることから反対もされたが、宗務総長の配慮で事務手続きのみでスムーズに変更が完了する。博士課程の研究では澄禅の『四国辺路日記』を題材に選び、フィールドワークで澄禅の足取りを確定させた。2013年、高野山大学で博士（密教学）の学位を取得し、高野山本山布教師心得の資格も得る。高野山真言宗大僧都。高野山大学密教文化研究所の受託研究員（のち、委託研究員（2018年現在）。）2014年、巡礼遍路研究会が設立され、柴谷は事務局長に就任。年末には88回目の四国八十八箇所巡礼を達成した。また、園田学園女子大学の公開講座でも講師を務めるようになる。
D1には2002年より参戦。ハチロクを操っていたが、なかなか結果を残せず、2003年まではノーポイント。しかし、2004年第3戦エビスにおいて、最終コーナーを大きくジャンプしながら飛び出す迫力の走りを見せ、2位入賞。その後もSR20DETエンジンを搭載したマシンを操った。しかし、走りが安定せず1回戦落ちすることも多い。2007年第3戦鈴鹿では決勝まで進出したが、審査区間前の走行で対戦相手の末永正雄に幅寄せ・接触してしまい、大会終了後に失格の裁定を受けた。2009年からは、昨年途中まで吉岡稔記が乗っていたドルーピーのAE86に乗り換え、第3戦の岡山国際サーキットでD1決勝進出通算4度目にして初優勝を遂げ（斎藤太吾とのダブル優勝）、シーズンを通してのランキングは5位となった。2010年は中古カー用品・バイク用品チェーンのアップガレージをスポンサーにつけ、Team UPGARAGE with DROO-P として2009年まで黒だったドルーピーのAE86を下地がグレーにイエローのバイナルに変更し出場している。2010年3月26日の開幕戦（お台場）では、準優勝。さらに、同年8月7日のD1GP Rd.5（エビス）では優勝、さらに翌日のRd.6でも準優勝と好成績を残している。2011年はD1GPと並行して、土屋圭市らが新たに立ち上げたドリフトマッスルにも参戦。なおドリフトマッスルではAE86ではなくシルビア（S15型）を使用している。2012年マシンをAE86からトヨタ・86に変更する。またタイヤもダンロップからファルケンに変更した。なお開幕戦に先立って行われた東京オートサロン内で行われたデモランでは同じく86を投入するHKSの車両とのツインドリフトを披露している。開幕戦間に合うように完成させた車両は、FA20から、EJ25ベースのコスワース製コンプリートエンジンに換装されている（車両や重量のバランスを考え、ノーマルと同じ水平対向4気筒のEJ25を選択したとの事）。2013年は同じEJ25であるがタービン等をサポートしていた東名パワード製のコンプリートエンジンへと変更している。2013年 D1GP第5戦ハウステンボスにて優勝。これはD1における86の初優勝でもある。2014年 D1GP第4戦2位が最高位だったものの年間通じて安定した成績を残し、シリーズランキングでは4位。2015年 この年はRDS（ロシアドリフトシリーズ）にフル参戦。全6戦すべて優勝という完全優勝を達成しシリーズチャンピオンに。D1 PRIMRING GP（ロシアD1）でも優勝。このため現在でもロシアでは高い知名度と人気を誇る。このシーズンよりゼスティノタイヤを使用。D1GP第6戦、D1GP WORLD CHANPIONSではそれぞれ準優勝。2016年 主戦場を国内に戻し、D1GPにフル参戦。シリーズランキングでは6位。前年に続きロシア、また中国のドリフトレースにも多く参戦した。2017年  GULF RACING ZESTINO TIRE の一員として参戦。2015年、2016年まで使用していたスープラ(80)からS2000に変更。D1 TSUKUBA DRIFT（Rd.３）で単走優勝。D1中国（Rd.3）合肥大会、D1ロシアPRIMRING GPでも単走優勝を果たし、日中露3カ国で単走制覇。