長いナイフの夜事件においてライプシュタンダルテは突撃隊幹部粛清の実行部隊になることが予定され、国防軍から事前に武器の供給を受けて武装強化が進められていた。粛清開始前日の1934年6月29日にディートリヒはヒトラーの命令でミュンヘンへ急行した。ヒトラーの命令を待ってカウフェリングでライプシュタンダルテの二個中隊と合流してエルンスト・レーム以下突撃隊幹部が集められていたバート・ヴィースゼー (de) に向かうはずだったが、ぬかるみで国防軍トラックが動かなくなり、バート・ヴィースゼーに参じるのが間に合わなかった。6月30日午前6時半頃、結局ヒトラーはディートリヒ達の到着を待たずに手勢の親衛隊員だけでバート・ヴィースゼーの突撃隊幹部の宿所に突入し、レーム達を逮捕した。ディートリヒは昼過ぎになってようやくミュンヘンのナチ党本部にいたヒトラーの前に姿を見せた。ヒトラーは到着の遅れを叱責しつつ、逮捕した突撃隊幹部のうち6人の銃殺をディートリヒに任せた。ディートリヒは午後6時に突撃隊幹部が収容されていたミュンヘンのシュターデルハイム刑務所(de) に到着し、6人の処刑を開始した。この時に処刑された突撃隊幹部の一人アウグスト・シュナイトフーバーは「ゼップ！どうしたというのだ！我々は無実だ！」と叫んだが、ディートリヒは「貴官らは総統により死刑を宣告された。ハイル・ヒトラー！」とだけ答えたという。ディートリヒは銃殺を最後まで見ることなく途中で退席した。後に彼はこの時のことについて「シュナイトフーバーの順番が回ってくる前に私は退散した。もうたくさんだった」と語った。一方ベルリンに留まっていたライプシュタンダルテの隊員たちは、プロイセン州内相ヘルマン・ゲーリング、親衛隊全国指導者ハインリヒ・ヒムラー、親衛隊情報部（SD）司令官ラインハルト・ハイドリヒらの決定した粛清対象者をリヒターフェルデ士官学校において銃殺した。7月1日にはディートリヒがベルリンへ戻り、ベルリンでの銃殺隊の組織にあたった。1934年7月1日にディートリヒは粛清の恩賞で親衛隊大将に昇進した。
この作品については、宮崎親子に関する確執が公開前から取り沙汰されており、公開に至るまで親子間、又はジブリ内での紆余曲折が、しばしば話題にされた。宮崎駿は、映画監督経験がない吾朗が監督に就く事に「あいつに監督ができるわけがないだろう。絵だって描けるはずがないし、もっと言えば、何も分かっていないやつなんだ」と言って猛反対した。ここで鈴木は吾朗にイメージ画を描かせ、吾朗は『竜とアレンが向き合う絵』を描きあげた。これを見た駿は唸り黙ってしまったという。そして吾朗に「お前、本当にやれるのか?」と3日に渡って何度も問いただしたが、それでも吾朗は監督をやると返答し続け、そして宮崎駿はようやく吾朗が監督するのを呑んだという。鈴木はこれを聞き、一枚描いてくれと頼み、それがホート・タウンの町の原型となるイメージ画となった。それでも息子の仕事の進行具合が気になっている様子を見かねた鈴木が、独身社員の出会いの場を建前に宮崎駿を含む本作品の製作スタッフを集め、すき焼きパーティーを催す。その席で本作品の出来具合を（古参の）女性スタッフに訊ねると「ミヤさん（宮崎）が引退した後、ローンの支払いをどうするか心配をしていたが杞憂だった」と言われ、「ふざけるな！」とヘソを曲げたという。2005年6月に鈴木と吾朗は、原作者に吾朗を監督にする了解を得るため渡米を予定していたところ、駿は「吾朗がやると決めたじゃないか」「監督というのは少しでも時間があったら、１枚でも多くの画を描くべきだ。原作者と交渉するのはプロデューサーの仕事だろう！」と一喝した。「じゃあミヤさんが来てくださいよ」と鈴木に促され、仕方なく駿と鈴木が渡米する。原作者と面会の場で、駿は昔書いた「ゲド戦記」などのスケッチを見せ、原作への思い入れや、自身への影響を熱烈に語り、スクリプトについては責任を持つということでル=グィンの了承を得た。なおこの際に上記『竜とアレンが向き合う絵』をル=グィンに見せ、駿は「この竜と少年の絵は、原作の表現と比べるとおかしいですよね？」と吾朗の解釈について批判する一幕もあった。帰国後、駿はスクリプトの件で「あんなこと、言わなきゃよかった」と言い、その後も悩むこととなったが、結局シナリオには一切関わらなかった。ただし、脚本に行き詰まる吾朗に対し「『ゲド戦記』なんかやらずに『シュナの旅』をやればいいんだ」と助言し、それが本作の大きな指針となった。その後もゲド戦記（と息子）に対する宮崎駿の執念と確執は燻り続け、2005年暮れになって鈴木の下へ現れた宮崎駿は「今からでも間に合うから吾郎を降板させて、俺に監督をさせろ」と言い出し、鈴木を困惑させる。その時の宮崎駿案によるプロットは老いて襤褸を纏ったゲドを基軸とする物語であった。作品が完成直前まで漕ぎ付けても息子・宮崎吾朗に対する溝は埋まらず、「カリオストロの城」が公開当時に観客動員が奮わなかった上「監督一作目にしては良く出来ていた」などと評価された事に根強い恨みを持っていた宮崎駿は、「俺も同じように“監督一作目にしては良く出来ていた”と言ってやる」と息巻いていた。ただそれは宮崎駿が次もやろうと奮起した言葉でもあったと鈴木は語っている。公開前より「行かない」と言っていた宮崎駿であったが、初号試写に現れ関係者を驚かせる。鈴木は「行かないと言ってたのに何故来たの？ どうせ途中で帰るんでしょ」と忠告し、事実、駿はその通りに上映途中で煙草のために数分席を立って、「気持ちで映画を作っちゃいけない」と語った。その後試写室に戻り、試写の後「大人になってない、それだけ」と感想を述べた。　宮崎は初号を隣の席で共に見た色彩設計の保田道世に自身のアトリエで、「初めてにしてはよくやったっていうのは演出にとって侮辱だからね。この1本で世の中変えようと思ってやんなきゃいけないんだから。　変わりゃしないんだけれど。　変わらないけどそう思ってやるのがね、映画を作るってことだから」と話している。後に宮崎駿は本作品に対し、保田を通じて「素直に描けていて良かった」との感想を吾朗に伝えた。なお、後のジブリ作品「コクリコ坂から」では吾朗の監督起用に駿は反対していない。