1890年8月、パシフィック・エクステンションの工事を開始する。西海岸の各都市はすでにそれぞれの経済圏を作りあげており、各都市を結ぶ鉄道は新たな大陸横断鉄道との接続を望んでいた。それらの鉄道が、UP、NPといった他の大陸横断鉄道とどのように連携しているかも見極める必要があった。そのため、ヒルは終点をシアトルと定めていたが、その計画は明かさなかった。1893年1月7日に開業してもまだ明かさず、公式にシアトルが終点であると表明したのは1900年であった。ターミナル駅の完成は1906年であった。シアトルは、1889年に州に昇格したワシントン州の主要都市の一つでありながら、鉄道との接続がなかった。なおオレゴン州ポートランドには、UPとNPが乗り入れていた。シアトルに到達したら、必要なのは北上してCPRと接続するルートと、南下してポートランドに向かうルートである。ヒルは、北上する160マイルのルートをニュー・ウェストミンスター・アンド・サザン鉄道を買収して建設し、1891年にはすべての準備を終わっていた。南下するルートは、UPと共同で建設することとした。UPの系列下のオレゴン・ショート・ライン、ユタ・アンド・ノーザン鉄道とGNが共同でピュージェット・サウンド・アンド・ポートランド鉄道を買収して建設させた。その間、1893年にはUPが倒産するなどして、それがGNとUPの関係を深めることとなった。1893年1月7日、大陸横断鉄道としてセントポールとシアトルの間で貨物営業を開始した。ヒルは、これをもって路線建設の終了を宣言した。しかし、開通してもとくに輸送品がなく、そのような状況の中でUPやNPとの対抗上、運賃を低く抑えた。UP、NPは、さらにそれに対抗していく。そうこうするうちに悪循環に陥り、1893年恐慌により、UPとNPが破産した。それでもなお、ダンピング競争は続き、1890年当時の約4分の1にまで値下がりした1894年末になってようやく3社の運賃協定が成立した。NPの破産後は、650万ドルの社債を保有するドイツ人投資家グループの主導で再建が進められた。その中で指摘されたのが、NPの経営の拙さであった。1895年には、NPの再建管理側3名と、GNからヒル、スティーブンら3名とでロンドン協約（London Agreement）を締結し、1900年、GNはNPの経営を握ることになった。
当初よりミネソタ州の鉄道は州内で完結することを前提にしていたが、マニトバ鉄道が設立されてから路線や設備は拡張されて5州と五大湖とを結ぶ大鉄道となっており、鉄道の名称と実態が乖離していた。そこで、ヒルは1880年に買収していたミネアポリス・アンド・セント・クラウド鉄道（M&StC）の社名を1889年にグレート・ノーザン鉄道（GN）と変更した。この小さな鉄道が巨大な鉄道システムとなっていたマニトバ鉄道をリースする形をとり、あたかも、持株会社と運営会社のような関係となった。当時、アメリカにおいてもイギリスのグレート・ノーザン鉄道の名称は知られており、またマニトバ鉄道も、その名称が十分に浸透していた。それをあえて改称したのは、ヒルの独断であった。
1968年、党員数は当初の400人から5000人以上に達し、全米に40の支部が置かれ、機関紙「ザ・ブラック・パンサー」は40万部以上が発行された。当初BPPは、警察官によるゲットーの人々への暴行に対する自衛を目的に、銃と六法全書を携行して警察官に対する逆パトロールを行った。1967年5月2日、30名の党員が銃を持ってカリフォルニア州サクラメントの州議会前で演説した後で中に入り、逮捕された。このとき、州議会ではブラックパンサーによる逆パトロールの取締りを目的とした銃の規制を審議していた。J・エドガー・フーバー率いる連邦捜査局（FBI）は危機感を抱き、ブラックパンサーに対する弾圧を開始した。4月7日、オークランドにおいて、翌日に予定されていたピクニックの買い物をしていた17歳の党員ボビー・ハットンが警察官に襲われ、射殺された。このときハットンは丸裸になり、武装していないことを警察官に示そうとしたが、聞き入れられなかった。1969年、議長ボビー・シールが6人の党員とともにシカゴで逮捕され、16の罪状によって起訴され、懲役4年の刑を宣告された。1971年には、1968年に起こった警察官殺害の罪で起訴されたが、不起訴処分とされた。ボビーは獄中で手記「時代を獲得せよ」を出版した。12月4日、イリノイ州クック郡において、地元警察とFBIがイリノイ州議長フレッド・ハンプトンの自宅を襲撃し、射殺した。1970年4月2日、ニューヨークで21人の党員が、警察官殺害とビル爆破の陰謀を企てたとして逮捕された。5月22日には、女性党員エリカ・ハギンズら8人がコネティカット州ニューヘイブンで起きた殺人事件の容疑者として逮捕された。参謀長のデイヴィッド・ヒリアードがベトナム反戦集会において当時のアメリカ合衆国大統領リチャード・ニクソンに対する闘争の開始を扇動し、大統領暗殺未遂の罪で逮捕された。これに先立つ1968年、党情報相のエルドリッジ・クリーヴァーが思想の違いからBPPを離脱し、党はシール・ニュートン派とクリーヴァー派に分裂した。1970年8月ニューヨークで、BPPの分派である黒人解放軍に所属していた青年3名がパトロール中の警察官2名を狙撃し、銃撃戦の末黒人1名が死亡する事件が発生した。また同年10月にはデトロイトで党員が警察官と銃撃戦を展開するなどBPP側は反撃を試みている。やがて、ニクソン政権の執拗な弾圧により党員が次々と逮捕され、1971年には政治的に柔軟化し、以後は地域社会における奉仕活動に専念し1970年代半ばにはほぼ党は解散していた。その後、クリーヴァー派の黒人解放軍が銃撃戦や爆弾攻撃、脱獄などで1980年代初頭まで抵抗を続けた。