今回新登場の時間を操る装置。戦闘中に敵を攻撃したり、あるいは敵から攻撃を受けると「ギアポイント」が蓄積され、ポイントは±0 - +5まで（ストーリーが進むと−5 - +5に拡張）となっている。蓄積されているギアポイントは、上画面の中央下部で確認可能。また、この「ギアポイントを表示する数字」は、宝玉のような玉に描かれており、この玉を「ギアゲージ」と呼ぶ。ギアゲージの色は、ゲーム開始時点では赤だが、シナリオの進行具合に応じて虹のグラデーションに準ずる順番に色が変わり、最終的には紫にまで変化する。
GB版のランダムエンカウントに対して、今回はシンボルエンカウントになっている。敵シンボルの追跡は先に進むほど激しくなる。先制攻撃に関しては、GB版ではパーティと敵側のレベル差によって発生していたが、今回は側面や背後から接触した場合に発生することがある（前作・前々作のように先制攻撃できる特性も存在する）。ただし、今回はボスや特定のシンボルの敵相手には絶対に先制攻撃が発動しないようになっている。また、前作にもあったチェーンエンカウントが採用されている。近くに別の敵シンボルがいる状態で戦闘になると、その敵シンボルも戦闘に参加してくる（最大シンボル4体まで）。ただし1度に戦闘参加できる敵は限られているため、余った敵は場外で待機する「スタックバトル」となる。場外=スタックにいる敵に対して直接ダメージを与える手段はほとんど無いため、全滅させるには出現中の敵から倒していく必要がある。この場合、素早く全滅させると所持金をより多く獲得可能。なお、戦闘時と同じフルカラーの状態になっている敵シンボルはチェーンエンカウントには参加してこない。
原作であるゲームボーイ版（以下、「GB版」と表記）は多くのコンピュータRPGで採用している経験値・レベル制での成長になっているなど、サガシリーズとしては異端のシステムを採用していた。それに対し、本作は経験値制を廃止し、サガシリーズの他作品と同様の成長システムに統一する形で大幅にシステムの変更がなされている。マップの3D化を始めグラフィックは全面的に描き直され、キャラクターデザインも小林元がほぼ新規にデザインを描き起こしている。サガシリーズで唯一本作の原作の製作には関わっていなかった河津秋敏が新たにシリーズディレクターを務め、音楽は多くのサガシリーズで作曲を担当した伊藤賢治と原作の作曲者であった笹井隆司の両名が共同でアレンジを担当している。タイトルは『Sa・Ga2 秘宝伝説』とそのリメイク『サガ2秘宝伝説 GODDESS OF DESTINY』（以下、『サガ2GOD』と表記）とほぼ同様の付け方になっている。すなわちGB版の副題「時空の覇者」を主題に加えたうえで、新たに「Shadow or Light」の副題が付けられた。また、GB版の副題「時空の覇者」は、原作では“Sa・Ga3”の前に付けられ『時空の覇者 Sa・Ga3』となっていたが、本作では“サガ3”の後に付けられ『サガ3時空の覇者』となった。また、GB版と異なり“[完結編]”とは題されていない。テーマは「いかにして旧作を変えていくか」であり、システムなどはほぼ全てが旧作と異なる。プロデューサーの三浦宏之が、前作『サガ2GOD』に引き続き制作をしたいとのことで、そこで候補に挙がったのが「ファンの間からサガシリーズらしくない作品と言われているサガ3のリメイクを作る」というものだった。
9月に入ると、新党結成の際の足場となる「明日」の地方組織整備を全国的に進め、独自勢力化に向けた作業を本格化させた。そして同月16日、出演したニュース番組の中で、来年6月に行われる統一地方選挙（第6回全国同時地方選挙）を前に新党を結成する可能性が高いことを示した上で、他党からの政治家の参加も広く募ることを明らかにした。同月29日、民主党の強固な地盤である湖南地域（光州・全羅道の総称）における「明日」実行委員第1次名簿（68名）を発表。11月10日には全国合計で466名となる実行委員を追加で発表し、先に発表された湖南地域実行委員も含め実行委員は534名となった。10月11日、一部新聞は安哲秀関係者の発言として、12月に新党創党準備委員会を旗揚げ、来年2月〜3月に新党を結成し、新党に参加する前・現職名簿の公開という新党結成の具体的なロードマップを報じた。しかし安本人は12日、「事実無根」としてこれを否定した。そして11月28日、国会で行われた記者会見にて「古い枠ではこれ以上何も生み出すことが出来ず、今後は新しい政治勢力が乗り出すしかないとの結論に達した」として政治勢力の結集を表明し、「国民と共にする新政治推進委員会」（以下、新政治推進委員会）の発足を宣言。新党結成時期については具体的な言及はしなかったが、翌2014年6月に行われる統一地方選挙には責任を持って参加することを述べ、統一地方選挙前の結成に含みを持たせた。2014年1月21日、済州島で行われた記者会見において2月に新党結成準備委員会を発足させ、3月に新党を結成することを表明。6月に行われる統一地方選挙では、ソウル市を初めとする17の広域自治団体の首長選全てに候補者を擁立することを明らかにした。27日、仮名称を「新政治新党」（새정치신당）とし、2月4日から14日までの公募を経て最終的党名を「新政治連合」（새정치연합）に決定した。17日に行われた新政治連合の結党発起人大会で、新党準備委員会の最高意思決定機関となる中央運営委員会の委員長に選出された。