高速路線では東京方面のドリーム号、昼特急が好調であるほか、四国方面の高速バスが明石海峡大橋の開通で年々各地への便が軒並み増発の傾向にあり、特に高松・徳島方面はドル箱路線に成長している。規制緩和の動きに対しても積極的に対応している。中国地方へは西脇・津山方面の中国ハイウェイバスをはじめ、新規に山陽道経由の路線（岡山、広島方面）を開設している。しかし、近年はETC大幅割引（2011年6月で廃止）の影響で、廃止路線が出た。1990年代後半以降は一般路線が大幅に縮小され、阪本線や亀草（三）線・近城線・園篠線・熊野線・奥能登線など全面廃止された路線が数多くあり、現在では、高雄・京北線（京都駅～山城高雄～周山）や若江線（近江今津駅～小浜駅）、名金線（金沢市内および周辺）などが運行されているに過ぎない。2007年3月から久々に奈良市内の路線（平城山線「えきバス」、奈良交通との共同運行）を開設したが、当初から利用低迷が続き、2009年3月13日の運行を最後に路線を廃止した。2007年3月からは金沢営業所管内（才田線・牧線・名金線の一部）および福知山営業所管内（園福線の一部）でデマンドバス、フリー乗降システムを導入。ただし、デマンドバスに関しては金沢営業所管内は2011年4月7日限り・福知山営業所管内は2012年3月31日限りでそれぞれ終了している。2013年からは格安夜行便を中心に日本交通 (大阪府)や帝産観光バスなどといった貸切バス事業者に続行便の運行委託を行っている。
東紀州の玄関口に位置しており、全列車が停車する。当駅に発着する列車のうち約3分の1が特急（ワイドビュー南紀）である。当駅はJR東海管内の紀勢本線では列車運行上の拠点駅となっており、2016年3月まで普通列車の増解結などを行っていた。現在でも、特急待避や行き違いの待ち合わせなどを行い、夜間滞泊の設定もある。待避線となっている3番線に入り長時間停車する列車が多い。かつては、夕方前に1時間44分も停車する列車（330C列車）もあったが、2008年（平成20年）3月14日のダイヤ改正により、当駅で運転が分断された。2012年3月までJR東海管内では唯一、駅所属の運転士が配置されていた。乗務範囲は、紀勢本線の多気駅から新宮駅までである。（2010年3月13日のダイヤ改正までは、特急南紀のみJR西日本管内の紀伊勝浦まで担当していたが、ダイヤ改正以降、新宮駅 - 紀伊勝浦駅間はJR西日本の運転士が担当するようになった。運転士の会社境界越境運用というのはJR旅客会社では珍しい。）
2008年は、内野手登録ながら二軍の外野手不足のため、公式戦初出場となった6月1日の2軍戦は中堅手としてスタメン出場した。前年12月に右足首を捻挫したため出遅れたが、二軍で外野手・二塁手・遊撃手として38試合に出場。61打数19安打で打率.311、6打点、3盗塁の成績を残した。2009年は、イースタンリーグで64試合に出場。152打数42安打で打率.276、9打点、10盗塁の成績を残した。2010年は、イースタンリーグで84試合に出場。277打数78安打で打率.282、11打点、17盗塁の成績を残した。7月にはフレッシュオールスターゲームに「1番二塁」で先発フル出場。秋季キャンプでは原辰徳監督から「巨人を背負って立つ素材」と期待をかけられた。2011年もファームで開幕を迎えるが、5月10日に一軍昇格し、同日の横浜ベイスターズ戦でプロ初出場。5月13日の広島東洋カープ戦で初のスタメン出場を果たし、初盗塁を記録。14日の広島戦ではプロ初安打を記録した。以降は脇谷亮太に代わる二塁手のレギュラーに定着。10月11日の阪神戦ではサヨナラ二塁打を放った。目標とした30盗塁には届かなかったが、28盗塁で自身初の盗塁王を獲得。巨人の選手が盗塁王になるのは1993年の緒方耕一以来18年ぶり。また、2007年度ドラフト入団選手および平成生まれとしては初めて一軍で個人タイトルを獲得した選手となった。レギュラーシーズン終了後、クライマックスシリーズに備えた宮崎合宿で腹痛を訴え離脱。急性虫垂炎と診断され、手術を受けた。オフには背番号が0に変更になった。2012年は年明けに阿部慎之助主催のグアムでの自主トレに参加。自身初となる開幕一軍入りを果したものの、二塁手の定位置を失い、寺内崇幸や古城茂幸と併用された。また、前年の盗塁王でありながら、5月8日の横浜戦ではサヨナラの場面で代走に鈴木尚広が送られた。シーズン終盤になると調子を取り戻し、9月以降はほぼすべての試合に「2番・二塁」でスタメン出場した。前年より打席数は減ったものの、前年を上回る打率.252を記録した反面、盗塁数14、盗塁成功率.667はともに前年を下回った。中日とのCSファイナルステージでは第1・2戦に「2番・二塁」で先発出場。しかし、第3戦以降はスタメンを外れ、日本ハムとの日本シリーズでもベンチを暖めた。チームは日本一になったものの、藤村はプレーオフ合計で10打数無安打、日本シリーズ第4戦ではサヨナラ負けにつながるエラーを犯した。2013年は、怪我から復活した脇谷亮太に押し出され二軍スタート。5月10日に一軍に昇格するも、短期間での二軍落ちと再昇格を繰り返す。春季キャンプで原監督から打撃指導を受け、阿部慎之助のように足をあげるフォームも試したが、打率.191、4盗塁に終わる。契約更改後、「打撃でアピール出来なかったことが一番足りなかった」とシーズンを振り返った。2015年は2011年の一軍デビュー以来初の一軍出場なしに終わった。二軍では32試合に出場して打率.284の成績だった。2016年7月9日に2年ぶりに一軍登録され7月10日には「2番・二塁手」でスタメン出場も果たしたが、計5試合の出場に終わり安打を放つことはできず、7月30日に登録抹消。シーズン終了後の11月14日、ドラフト1位で入団する吉川尚輝が「0」を使用することとなったため、背番号を「57」に変更することとなった。2017年には、二軍公式戦104試合に出場。打率.284、1本塁打、20打点、10盗塁を記録したが、2年振りに一軍公式戦への出場機会がなかった。10月7日付で北篤と共に球団から戦力外通告を受けたことから、14日に現役引退を表明。