2004年7月、新たにZend Engine 2をコアとし、オブジェクト指向構文をより一層強化したバージョンである "PHP 5.0" がリリースされた。マイナーアップデートにより様々な機能の追加が行われ、DBMSへの一貫したアクセスインターフェイスを提供する抽象化レイヤPDOが導入されたり、PHPが欠いていた名前空間、静的遅延束縛、クロージャなどをはじめとしたプログラミング言語としての機能強化が頻繁に取り入れられている。PHP 5.4では特筆すべき機能として開発用の組み込みWebサーバが導入されており、他のWebサーバを導入しなくともWebアプリケーション開発が容易に行えるようになった。PHP 5.6では対話式デバッガがSAPIとして組み入れられた。PHP 5は既にほとんどのバージョンで開発が終了しており、残るPHP 5.6のセキュリティ対応も2018年に終了する予定である。
PHP 3.0がリリースされて間もなく、ガトマンズとスラスキーはPHPのプログラミング言語を処理するコアの部分の再設計を行い、新しく作り上げた実行エンジンを彼らの名前からとって "Zend Engine" と命名した。2000年5月、このZend Engineを使用した大幅なパフォーマンスの改善を行い、より多くのWebサーバのサポートなどの機能拡張を行った新しいバージョンである"PHP 4.0"がリリースされた。PHP 4ではコピーレフト条項がPHPの利用拡散を妨げるという判断により、ライセンスからGPLが外れてPHP LicenseおよびZend EngineのコードについてはZend Engine Licenseが適用されることになった。PHP 4は4.0から4.4までがリリースされ、2008年8月にセキュリティ対応を含めた全ての開発が終了している。
イスラエルのアンディ・ガトマンズとゼーブ・スラスキーは、e-コマースアプリケーションを開発するためにPHP/FI Version 2.0を利用しようと考えていたが、PHP/FIには機能が不足していた。そこで1997年、彼らはラードフに対してPHP/FIを作り直す方法を検討していることを伝えた。ガトマンズとスラスキ―はPHP/FIで使われていたパーサを書き直し、ラードフとも協力して新たなプログラミング言語を開発した。この言語は再び "PHP" と命名されたが、"Personal Home Page Tools"が抱えていた個人用という印象を避けるため、新しく "PHP: Hypertext Preprocessor" という再帰的頭字語を与えられることになった。1998年6月、ラードフ、ガトマンズそしてスラスキーに加え、世界中の開発者らが立ち上げたPHP Development Teamは "PHP 3.0" をPHP/FI Version 2.0の後継として、GPLとPHP Licenseとのデュアルライセンスの下でリリースした。
ラスマス・ラードフは自身のWebページで利用するため、1994年にCで書かれたCGI用バイナリ群を作成し、 "Personal Home Page Tools" と命名した。このCGIソフトウェアは略して "PHP Tools" と呼ばれることが多かったようである。その後、利用者からの機能要望が増えたため、オリジナルのPHP Toolsは大きく書き直され、データベースを利用することが出来るようになった。単純なツール群から一種のフレームワークとしての機能を有するようになったのである。ラードフは1995年6月8日にGPLの下でPHP Toolsを公開、オープンソースソフトウェアとして最初のリリースを行った。1995年9月、ラードフはPHP Toolsを発展させ、現在のPHPにも受け継がれている特徴、Perl風の変数名やHTMLフォームデータの自動取得、そしてHTMLへの埋め込み型の記述方式などを持ったツール "FI" (Form Interpreter) を実装した。翌月にはFIを完全に書き直し、 "Personal Home Page Construction Kit" という名前でリリースを行い、CやPerlに近い構文を有する簡易スクリプトツールへと発展した。このツールは再び一から書き直され、ユーザ定義関数のサポートなど、プログラミング言語としての機能を有するようになった。1996年4月になるとPHPとFIの名称を合わせた "PHP/FI" として公開された。同年6月に、後にPHP 2として言及される "PHP/FI Version 2.0" のベータ版がリリースされた。PHP/FI Version 2.0は翌1997年11月に正式版がリリースされ、その後1998年1月に一度アップデートが行われたあとはメンテナンスは行われなかった。
PHPは学習コストの低さ、記述の容易さから多くのアプリケーションが開発されている。Wikipediaを動作させているアプリケーションであるMediaWikiもPHPによって記述されている。本節ではPHPで書かれた代表的なアプリケーションを列挙する。
日露戦争におけるバルチック艦隊の極東への航海は非常に困難なものであった。それは、航海中に寄港できる場所がほとんどなかった他、燃料である石炭の供給が滞ったり、調達できた石炭が粗悪なものであったためである。その原因は、日本の同盟国であり、良質の石炭を産出するイギリスが、バルチック艦隊によって自国漁船が誤って攻撃されたドッガーバンク事件も手伝って、バルチック艦隊の航路上にある中立の各国に「バルチック艦隊の寄港受け入れは中立違反である」と申し入れを行って圧力を加える、自国の植民地の港への寄港を拒否する、ロシアと契約していたドイツの運輸会社に石炭の供給を止めるなど、あらゆる手段をもってバルチック艦隊の航海を徹底的に妨害したことが大きい。その他にも、日露戦争開戦以来、ロシア軍が負けていたこと、ドッガーバンク事件がイギリスだけでなく欧州各国の世論を反ロシアに大きく傾かせたことなどが挙げられる。さらに、ロシア海軍省が、寄港地及び燃料供給問題を（ロジェストヴェンスキーの度重なる要求にもかかわらず）解決できなかったことも大きく、すべてがロジェストヴェンスキー1人の責任とは言いがたい。この航海は喜望峰経由で極東に赴く航路であり、南半球へ行くので、多くのロシア水兵は楽しみにしていたのだが、初めての南国は北国出身の兵たちにとって、慣れない暑さや湿気、病気が過酷を極め、イギリスの圧力によって寄港先が限られ、港での石炭補給ができずにたびたび洋上で石炭補給が行われたのが追い討ちをかけた。あまりにも長すぎる船上生活、いつ敵艦に襲われるかという恐怖、石炭供給の不安は兵員に過度のストレスをもたらし、極東に近づくにつれて厭戦気分が艦隊内に広がり、航海中の軍規が弛緩し、寄港先で脱走する兵が続出した。