2007年6月下旬にいしかわじゅんがmixiおよび自身のサイトの日記で休刊を示唆する発言をした。公式な情報でないにもかかわらずニュースサイトや匿名掲示板などで情報が流れ、大きな騒ぎとなった。そして部数低迷のため、2007年11月15日発売の12月号をもって休刊することが同年7月17日に講談社より正式に発表されるに至り、同年11月号のボンボン本誌でも休刊を発表した。最終号となる12月号で連載されていた漫画のほとんどが終了し、『デルトラ・クエスト』などの一部の未完作品の受け皿としてテレビマガジンの増刊となる漫画誌「テレまんがヒーローズ」を2008年3月15日に発刊、同誌で連載したことのある作家陣もいくらか参加した。ボンボンの休刊と合わせて、講談社側は2008年春に中学生向け少年マンガ誌『月刊少年ライバル』を創刊すると発表したが、ボンボンのコンセプトとは異なり、ライバルの編集長はボンボンの後継誌である事を否定している。以前本誌に『爆笑戦士! SDガンダム』などを連載しつつも諸事情から編集部側とは敵対していた佐藤元は、休刊発表と同日に自身のブログでいくつかの苦言に織り交ぜて、編集側のやり方に関する非難とともに無念の意を露にしていた。休刊から数年後、復刊ドットコムの手でボンボン作品が復刊されるケースが増えてきている。この影響を受けてか、講談社サイドでも2012年から『復活ボンボンシリーズ』と銘打ち、直々に『サイボーグクロちゃん』や『真・女神転生デビルチルドレン』などが復刊されている。
2006年1月号から誌面が大判化され、同時に誌面の刷新と連載陣の大幅リニューアルが決行された。ホビー関係の記事を縮小し、講談社の他誌からの作家が急激に増えた。さらに、同年7月号からはロゴマークが変更され、同時にコミックスの背表紙についていたマスコットキャラの"Bゴン"も"爆弾マーク"に変更された。ただし一部リニューアル以前から続く作品の単行本や、以前のものと装丁を合わせた『海の大陸NOA』3巻などでは継続してBゴンが用いられた。増刊に関しては、2006年9月29日にファンタジー専門の『アブラカダブラ』と、2006年10月5日に以前にも発刊していたガンダム専門の『ガンダムマガジン』の2冊を10年ぶりにボンボン増刊として発刊した。しかし、リニューアル後も部数低迷に歯止めがかからず、発行部数が10万部から5万部にまでに半減した。その後、『デルトラ・クエスト』のヒットにより多少勢いを取り戻し、2007年には同作とテレビアニメ第5シリーズが始まった『ゲゲゲの鬼太郎』を大きくプッシュした。『SDガンダム』は人気が低迷し、『武者番長風雲録』『SDガンダム三国伝』の扱いは前記2作品よりも低いという見方もある。また、読み切りや新連載、打ち切りなども増えた。本自体の分厚さは当初は大判前より薄いものだったが、紙質の変更と前述の読み切り掲載などにより次第に『月刊少年ガンガン』や『デラックスボンボン』並みの厚さとなった。
1990年代半ば以降、ライバル誌のコロコロは『ポケットモンスター』発売当初からタイアップを打ち出しブームの一因を担い、1996年に発行部数を前年から倍増させている。その他にも『ミニ四駆』、『ビーダマン』、『ハイパーヨーヨー』、『ベイブレード』、『デュエル・マスターズ』、『昆虫王者ムシキング』等、強力なタイアップを続けるコロコロに発行部数で大きく差をつけられてしまう。加えて、本誌で長年展開していた『ロックマンシリーズ』も、『エグゼシリーズ』以降からコロコロとタイアップするようになった。本誌も負けじとタイアップ路線を取り、『メダロット』『ロボットポンコッツ』『クラッシュギア』『大貝獣物語 THE MIRACLE OF THE ZONE』『真・女神転生デビルチルドレン』など一定の成功を収めたものもあるが、多くは惨敗に近い結果に終わった。デラックスボンボンなどの増刊も、1990年代後半頃には全て廃刊した。1990年代後半には、『王ドロボウJING』『おきらく忍伝ハンゾー』『ロックマンX』等、本来の読者層だけでなく高年齢層にも支持が高かった漫画が連載されていたが、編集長の交代（池田新八郎の復帰）によって『JING』が月刊マガジンZへ移籍しそれ以外は全て打ち切られた。当時の編集長・池田新八郎はこうした連載作品の入れ替えについて「雑誌そのものや本来の読者層に影響を与えかねないマニアックな要素を削るために取った方針」と話している。また、一説では人気がなくなったのではなく、作者を冷遇したことで離反を招いたとも言われている。しかし、上記のように成功したタイアップ漫画などもあり、『メダロット』『真・女神転生デビルチルドレン』『サイボーグクロちゃん』が流行っていた2000年前後こそが黄金期とする意見もある。
父親はアマチュア六段だった。小学校5年ごろから囲碁に興味を示し碁会所に通うようになる。1974年に酒井七段に入門。1976年初段。1982年、留園杯争奪戦(非公式戦)優勝。1983年、六段21歳で天元戦挑戦者決定戦に進出、淡路修三と対戦するが、36手目の見損じにより43手投了で敗れる。1992年九段。1996年に本因坊リーグ入りし、4期残留。1998年に十段戦で、敗者戦トーナメントを勝ち進み、挑戦者決定戦で趙治勲を破りタイトル初挑戦。挑戦手合5番勝負で加藤正夫に3-2で勝利し、中部総本部では羽根泰正以来のタイトル獲得となった。翌年は小林光一に0-3で敗れる。1998年の世界囲碁選手権富士通杯では曺薫鉉らを破るが、準決勝で李昌鎬（この時の対局では、後に流行する、星へのコゲイマかかり・コゲイマうけに対する、ツケの新手を放っている）、3位決定戦で劉昌赫に敗れ4位。賞金ランキングで自己初のトップ10入り（7位）。1999年に棋聖戦挑戦者決定戦に進出するが、王立誠に0-2で敗れる。同年の本因坊戦リーグでは5勝2敗の成績でプレーオフ進出するが、趙善津に敗れた。同年、碁聖戦でも挑戦者決定戦に進出するが、小林光一に敗れた。賞金ランキングで2年連続の7位。2000年、第25期棋聖戦リーグ入り。2001年、第27期名人戦リーグ入り。2007年、第32期名人戦リーグ入り。2012年、第37期碁聖戦でベスト4。2016年8月18日、日本棋院史上19人目の公式戦通算1000勝達成（544敗3持碁1無勝負）。54歳5ヶ月・入段から40年4ヶ月・達成時勝率.648での達成。