全長30-38cm。翼開長は76-81cm。頭頂部から後頭部、および通眼線は黒、胴体の背面は灰褐色、喉から顔、胸、腹面は白い羽毛で覆われる。額および眼上部にある眉状の斑紋（眉斑）は白く、和名の由来になっている。雌雄同色である。嘴や後肢の色彩は黒い。
明治時代に入ると、明治元年（1868年）国教政策により神仏分離令が出された。金沢藩においては、明治2年（1869年）7月に二上山養老寺の知識米取立て指止め令が出される。『高岡市史 下巻』によれば、知識米取立て指止めは、この年が大凶作であったため貧農の難渋を少しでも和らげるため発せられたもので、寺院の抑圧を直接の目的とはしていなかったが、神仏分離令により僧徒が神社へ関与することを禁じていたため、これを機に江戸時代初期から続いていた知識米の一円徴収は自然消滅し、山伏の大部分は四散して壮大を誇った別当寺は見る影も無く荒廃、養老寺は金光院と慈尊院の2坊が細々と法燈を継ぐ状況となったと言う。この様な状況の中で二上山大権現は射水神社と改称し、社僧は還俗して神職となった。明治4年（1871年）には旧社格制度により国幣中社に列格された。明治8年（1875年）9月16日、高岡城本丸跡の現在地に遷座した。『高岡市史 下巻』によれば、明治5年（1872年）5月に権宮司へ就任した関守一が社殿改築の志を抱き、奔走の結果、高岡城本丸跡への遷座について明治7年（1874年）7月8日官許を得たのだと言う。遷座の表向きの理由は、二上山麓の社地が狭いうえ墓地に隣接して不浄少なからず、かつ山間に僻在して、到底神徳発揚の地では無い、と言うものであった。これにより往古からの産土神を奪われることとなった二上村民は、由緒を無視した暴挙であるとして必死の抵抗を試みたが、官命による正式の遷座であるため如何ともすることができなかったと言う。さらに同書によれば、時流のどさくさに乗じて強引に押し切った感はあっても、官許を得た正式の遷座であることから高岡側は喜び、町を上げて協賛したのだと当時を伝えている。明治7年（1874年）10月25日高岡側へ遷座の趣旨を説明し、各町から人足を供出して地均しを行った。同年11月18日地清祓、12月6日地鎮祭、翌8年（1875年）6月17日には上棟祭、そして同年9月16日に遷座祭を行った。遷座当日、二上村の氏子は別れを惜しんで神輿に取りすがり号泣し、さらに御神体や神宝を社殿の天井裏や民家に隠したとも言われる、と『高岡市史 上巻』では当時の様子を伝えている。『日本の神々 -神社と聖地- 8 北陸』でも、遷座の様子を同様に記している。この遷座に関して、『高岡市史 下巻』に大正13年（1924年）当神社宮司を勤めた高野義太郎が著した『射水神社志』の一節が掲載されている。それによれば、権宮司 関守一 は数百年にわたる養老寺社僧の専横を憎む余り、神代からの聖地である二上山麓の故地を捨てて遷座したのだと言う。祠官関家は二上山に30代奉仕し、越中神主頭として大宮司の栄職を継いで来た家柄で、射水神社の遷座は数百年間社僧に虐げられた反抗の結果に外ならない、と述べられている。『高岡市史　上巻』や『中世諸国一宮制の基礎的研究』においても、遷座について同様の記述がなされている。『高岡市史 下巻』では、上記の『射水神社志』の一節を引き、高野義太郎宮司の推論は恐らく当たっており、そうであるなら、この遷座の一件も神仏分離令に端を発する廃仏毀釈の旋風がもたらした出来事の一つではないか、と考察している。『日本の神々 -神社と聖地- 8 北陸』によれば、遷座の3日後、二上の氏子達は新社殿までの道のりが遠いことを理由に二上山麓の旧社地に分社を創立することを出願し、明治10年（1877年）許可を得て二上射水神社が残されることになったのだと言う。このため、二上山内には射水神社の摂末社があり、また、古来から伝わる築山神事と獅子舞が二上射水神社のみで催されることになってしまった。明治33年（1900年）6月27日、市街地の6割を焼き尽くした高岡大火により社殿が焼失したが、明治35年（1902年）に再建された。現在ある神明造の社殿は、この時に再建されたものである。第2次世界大戦の終戦に伴い旧社格は廃止され、その後、当神社は神社本庁が包括する別表神社となった。また、二上の射水神社が独立の神社となり、正式名称を「越中総社射水神社」とした。それに対して高岡古城公園の当神社は「越中総鎮守射水神社」と称している。昭和50年（1975年）、日本書紀に天武天皇3年（674年）頒幣を賜った記述が見えることにより鎮座千三百年式年大祭が斎行され、昭和天皇より幣帛御奉納を受けている。