1728年（享保13年）から17年間、飛騨国の代官であった長谷川忠崇が徳川吉宗の命を受けて著した『濃州志』の巻第七踏歌の中で、「転木麿歌（するまうた）」と題して「本土ノ民家於イテ籾オヒク礱也其時ウタフ歌也、郡上ノ八幡出テ来ルトキハ雨ハ降ラネトミノ恋シ（按スルニ濃州郡上ニ八幡町アリ飛州ノ隣国タリ）」と記している。これは飛騨の地で八幡のことを歌ったもので、郡上の八幡出て行く時は雨も降らぬに袖しぼる〜の替え歌と思われ、これが書かれた以前より郡上でこの歌が歌われていたことを物語っている。なお、この歌が踊り歌として歌われていたかは不明である。1840年（天保11年）に書かれた郷中盛衰記によると「延享時代（1744〜1747年）までは神社の拝殿が九頭宮（くずのみや）と祖師野（そしの）だけにあって盆中は氏子がその拝殿で夜明かしして踊った」と書かれており、この時代より以前から郡上の盆踊りが徹夜で行われていたようである。
中世の「念仏踊り」や「風流踊り」の流れを汲むと考えられている。盆踊りとしての体裁が整えられたのは、郡上藩主の奨励によるとされる。江戸時代、初代藩主・遠藤慶隆が領民親睦のため奨励したのが発祥とも、江戸時代中期の藩主・青山氏の時代（1758年〜）に百姓一揆（宝暦騒動）後の四民融和をはかるため奨励したのが発祥とも伝えられるが定かではない。
アレクシオス・カレルギスがヴェネツィアと現地の同胞たちとの間で二股をかけ、陣営を行き来していたにもかかわらず、コルタツィス兄弟が敗北した結果アレクシオス・カレルギスはクレタ島の貴族たちの中で最も尊敬されるべき地位に居残った。その強大な財力と、その封土となったミュロポタモスの戦略的重要性もまた、彼に大きな力を与えた.。このことが彼に対する不信をヴェネツィア人に抱かせた。だが、アレクシオス・カレルギスの力を抑制しようとするヴェネツィア人の努力は裏目に出て、1282年にクレタ島の全ての反乱の中で最大かつ最も暴力的な反乱の勃発を引き起こした。この反乱もビザンツ皇帝ミカエル8世がヴェネツィア人を攪乱するために秘密裡に支援していた可能性が高い。ヴェネツィア人たちはミカエル8世の最大の敵であるシチリア王カルロ1世と同盟を結んでいた。カレルギスの反乱には最も有力なクレタ貴族たち、ガバラデス家（Gabalades）、バロウチェス家（Barouches）、ヴラストイ家（Vlastoi）、そしてテオドロスとゲオルギオスの甥ミカエル・コルタツィスさえも参加した。反乱は急速に島全体に拡大した。ヴェネツィア人は報復処置を取ってこれを抑えようとした。彼らはしばしば基地や避難所として反乱軍に使用されていた正教会の修道院に火をかけ、捕虜を拷問にかけた。1284年初頭、かつての反乱でその拠点となったラシティ高原への移住と居住は羊の放牧さえも含めて完全に禁止されることが宣言された。しかし、ヴェネツィア本国から絶え間なく援軍が送り込まれているにもかかわらず、反乱は鎮圧することができなかった。ヴェネツィア当局はカレルギスや他の反乱指導者たちの捕縛も試みたが、成功することはなかった。ジェノヴァとの間に戦争が勃発した後の1296年には状況はヴェネツィアにとって切迫したものとなった。ジェノヴァの将軍ランバ・ドリアはカネアを占領して火を放ち、カレルギスの下へ、彼をこの島の世襲君主とすることの承認、およびジェノヴァとの同盟を提案するための使者を送った。しかしながら、アレクシオス・カレルギスはこれを拒否した。彼のこの行動は、戦争による疲弊や内部対立と共にクレタ人の指導者たちに反乱の終了とヴェネツィアとの和解の道筋を開いた。この反乱は「アレクシオス・カレルギスの平和（ラテン語: Pax Alexii Callergi）」と共に終了し、1299年4月28日、クレタ公ミシェル・ヴィターリとの間に和平条約が調印された。条約の第33条では、大赦と没収された全ての資産の返還、反乱指導者たちが反乱前に持っていた特権の確認、さらに反乱指導者たちの未返済の債務を返済するために2年間の免税が約束された。また、反乱発生中に確立された裁判結果が承認されるとともに、クレタ人とヴェネツィア人の婚姻禁止が解除された。アレクシオス・カレルギスは広範に渡る新たな特権を与えられ、4つの追加封地、称号と元々の自身の領地、軍馬を維持する権利、各地の修道院の資産を借用する権利、アリオス（Arios）主教区（カッレルギポリスと改名された）で正教会の主教を叙任する権利、そして隣接するミュロポタモスとカラモナスの主教区を借用する権利を得た。この条約はアレクシオス・カレルギスをクレタ島の正教徒住民の実質的な統治者とした。エフェソスがトルコ人に陥落させられた際にクレタ島へと逃れた同時代の年代記作家Michael Louloudesは、アレクシオス・カレルギスを「クレタの主（Lord of Crete）」と呼び、ビザンツ皇帝アンドロニコス2世の直後に言及している。カレルギスは以降、和平条約の条項を断固として遵守し、明瞭にヴェネツィアに忠誠を保ち続けた。ヴェネツィア当局の機能を停止させた1303年の破滅的な地震の後に続く新たな反乱は、アレクシオス・カレルギスの仲介によって阻止された。その後、1311年に、クレタ公はアレクシオス・カレルギスに手紙でスフィキアでの反乱扇動者の情報収集を依頼した。1319年に別の反乱がスフィキアで発生した時、アレクシオス・カレルギスはジョスティニアーニ（Giustiniani）公と反乱軍の間を取り持ち、それを終結させた。同じ年、ヴラストイ家（Vlastoi）とバロウチェス家（Barouches）の別の小規模な反乱も発生したが、これもまたアレクシオス・カレルギスの仲介によって終了した。ヴェネツィア人はカレルギス一族をヴェネツィア貴族として『Libro d'Oro』に記載し、その功績に報いたが、アレクシオス・カレルギスのヴェネツィアに対する忠誠は別の偉大なクレタ貴族家系からの敵意を呼び、ミュロポタモスで彼の暗殺が試みられた。アレクシオス・カレルギスはその晩年を1321年の死亡まで安全を求めてカンディアで過ごした。彼の敵対者たちは暗殺の企てを続けたが、アレクシオス・カレルギスの暗殺はついに成功せず、ただ彼の息子アンドレアス・カレルギスをその側近の大半もろとも殺害することのみ成功した。