各種あるテープメディア・ディスクメデイアは、全てバンダイナムコアーツ（2018年3月末まではバンダイビジュアル株式会社）から発売。映画の前売り券には特典としてテレフォンカードや『機動戦士ガンダム0083 STARDUST MEMORY』第1話のビデオが付属したセットもあった。劇場公開後、本編フィルム全8ロール中1から6ロールの一部カット修正、7・8ロールに約5分の新作カットを追加して再編集および音声の再ダビングしたディレクターズカット版『機動戦士ガンダムF91 完全版』がビデオ販売された。後に発売されたディスクメディアでは『劇場公開版』と『完全版』の両方が収録されている（DVDソフトの『劇場公開版』は、1から6ロールが『完全版』であり、厳密な意味で『劇場公開版』と同内容のDVDは存在しない）。2018年6月22日にUltra HD Blu-ray版が発売。Ultra HD Blu-rayと同じ4Kマスターを使用したBlu-rayを同梱した2枚組BOX仕様。音声特典として、オリジナルのドルビーサラウンド音声成分を分解・再配置し、低音成分を追加した「4.1ch アドサラウンド」音声をUltra HD Blu-ray、Blu-rayの両方に収録。
本作に登場するモビルスーツ（MS）の特徴として、従来より小型化していることがあげられる。『逆襲のシャア』までのMSは大型化しており、初代ガンダムの頭頂高は約18mだったのに対し、νガンダムは22mに達している。ところが本作のMSは約15m程度と大幅に小型化しており、富野は「一番大きな理由としては、模型にしたときに、同スケールで縮めた人間のモデルとからめやすい、ジオラマなどの情景が組みやすいという点にあります」と『聖戦士ダンバイン』のロボットが小型化されたのとほぼ同様の理由を述べている。富野自身は10m以下のサイズまで小型化したかったが、結局商品展開の都合で15m程度に収まった。設定上ではMSが大型、肥大化したことによる運用面での不備が出てきたことによるコストダウンのためとされている。現実の理由も同様で、プラモデルなど商品化した際のコストダウンが目的である。実際は、従来のスタンダードである1/144スケールサイズに「1/100」の看板が付いたに過ぎず、ボールジョイント型ポリキャップや色プラ技術、二重関節などの本格導入もあり、スタンダードスケールとしての価格はむしろ高騰している。この設定は従来のファンから受け入れられず、特に模型ファンからの不満の声が多かった上、映像演出的にも中途半端な大きさで、従来機とのスケール差や「人間のモデルとからめやすい」点が表現しづらかったため、次作『機動戦士Vガンダム』は15mサイズだが、『機動武闘伝Gガンダム』から『新機動戦記ガンダムW』までは16.7m程度で設定され、富野が監督を務めた『∀ガンダム』以降は再び20mサイズとなっている。
大きな戦乱も無く平和な世界、人類はその大半が地球から月までの軌道に設置されたスペースコロニーに移住し、地球連邦政府という国家の枠組みを超えた全地球規模の組織に統治されていた。しかし、長引く平和の間に地球連邦政府は再び腐敗しており、特権階級の専横により地球環境は悪化する一方であった。これに対しマイッツァー・ロナは「人の上に立つべき者は、人々の規範となるような高貴な精神を持つ者でなければならない」とする思想「コスモ貴族主義」を掲げ、堕落の温床となる既得権益を排除した能力重視の階級制度によって社会を立て直すために、地球連邦政府の打倒を画策し、秘密裏に軍事組織 クロスボーン・バンガード（C・V）を設立していた。宇宙世紀0123年3月、一族の鉄仮面、ドレル・ロナに率いられた部隊は、フロンティアサイドのスペースコロニー「フロンティアIV」を急襲する。街を覆う戦火と混乱と容赦ない死の中で、民間人の少年 シーブック・アノーは襲撃から避難するために、友人達とともにコロニーを脱出するが、同行していた内の一人 セシリー・フェアチャイルドはC・Vに連れ去られてしまう。セシリーの素顔はマイッツァーの生き別れの孫娘ベラ・ロナだった。シーブック達は近隣のコロニー「フロンティアI」に辿り着き、地球連邦軍の宇宙練習艦スペース・アークに保護される。艦内にはF91と名付けられた整備中のMS（モビルスーツ）があった。一方、C・Vに占領されたフロンティアIVではコスモ貴族主義の実現のための国家「コスモ・バビロニア」の建国が宣言され、セシリーはコスモ・バビロニアの象徴として祭り上げられることになる。そして、F91に乗って反攻するシーブックと、専用MSビギナ・ギナを与えられたセシリーは、戦場で対峙する。
ユダヤ人の窮状を知っていたワレンバーグは、自分に外交官特権を付与してくれることを条件にこれを受諾、危険を承知の上で1944年7月ハンガリーのブダペストに赴いた。ワレンバーグはスウェーデン名義の保護証書（Schutz-pass）なるものを発行することでユダヤ人たちをスウェーデンの保護下におこうと考えた。これは国際法的にはまったく効力のないものであったが、杓子定規な書類仕事を好むナチス・ドイツの性癖を逆手にとり、不思議とよく機能し多くのユダヤ人の命を救った。つまり、これを作成し、配布することで、所持者はスウェーデンの保護下にあることになり、ナチスの手から救い出すことができたのである。他にもセーフハウスといわれる家を各地に設置して、そこをスウェーデンの外交官特権で保護し、多くのユダヤ人を受け入れた。また、保護証書を大量に印刷してはユダヤ人に配布し、ナチスの兵隊たちの前でも一歩も退かなかった。あるとき、多くのユダヤ人が貨物列車につめられてブダペスト駅から国境へ送られると聞くと、駅へ急行し、親衛隊の制止を無視して保護証書を配り、ついには列車の屋根に上って多くのユダヤ人に保護証書を渡した。そしてハンガリー国境を出る前に、外交官の権利によって多くのユダヤ人を解放することに成功した。1944年10月、ハンガリーではドイツ軍によって政府が倒され（パンツァーファウスト作戦）、反ユダヤ主義の「矢十字党」が政権を握った（国民統一政府）。ドイツはさらなるユダヤ人迫害を実行するため、アドルフ・アイヒマンをハンガリーに送り込んだ。矢十字党政府と占領者のドイツ軍によってユダヤ人迫害は本格化された。その中で十万人近いユダヤ人たちをハンガリー国境まで歩いて移動させ、そこから収容所へ送るという「死の行進」が実行された。道中で多くのユダヤ人が倒れたが、ワレンバーグはそこでも保護証書を配ってユダヤ人を救い出し、国際世論に訴えてそれをとめさせることに成功した。さらにブダペストからの撤退するドイツ軍がユダヤ人をゲットーに閉じ込めて皆殺しする計画を建てていたことを知り、責任者である将校に直接交渉してこれを阻止している。ドイツ側にとってワレンバーグは邪魔者であり、彼の身にはたびたび危険が迫った。