関西文化学術研究都市へのアクセス改善として高速化と各種改良工事が行われた。松井山手駅 - 京田辺駅間で高速化が行われ、大住駅・京田辺駅の構内改良、JR三山木駅付近の線路移設および高架化が行われた。これにより列車の増発が可能になり、京橋方面から京田辺駅まで7両編成で運転できるようになった。さらに2010年3月までに京田辺駅 - 木津駅間の輸送改善工事で、同志社前駅 - 木津駅間でホーム延伸工事が行われたことにより全線で7両編成での運行が可能となったことにより、従来は京田辺駅で行われていた増解結作業を同年3月13日以降は解消している。
並走する近鉄京都線を意識しての大規模な輸送改善が行われた。京都駅 - JR藤森駅間と宇治駅 - 新田駅の複線化や駅改良・分岐器改良・信号設備の改良などで速達化やラッシュ時の増発や快速設定ができるようになり、2001年3月に工事を完了させた。また、宇治駅 - 新田駅間にJR小倉駅が開業した。これらの一連の輸送改善の資金は京都府の負担のウェイトが高い。なお、残る単線区間のうち、JR藤森駅 - 宇治駅間 (9.9km)、新田駅 - 城陽駅間 (2.1km)、山城多賀駅 - 玉水駅間 (2.0km) の3区間、合計約14kmが2023年春に複線化される予定とされており、これにより複線化率は23.6%から64.0%に向上する。一方環境省が2015年（平成27年）に国土交通大臣に提出した、奈良線の複線化事業に係る環境影響評価における、沿線環境対策についての指摘項目では、「適切な環境保全措置を講じ、転動音、車両機器音及び構造物音の低減を図ること」として、ロングレール化や鉄橋におけるコンクリート床版化の極力導入と並び、「103系からの代替による低騒音型機器搭載車両の導入推進」が求められており、こちらについては阪和線で運用を終えた205系1000番台が転属し、2018年3月17日のダイヤ改正から営業運転を開始した。
ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ) を核とした土地区画整理事業により安治川口駅 - 桜島駅間の線路移設工事を2001年3月に完了し、同時にユニバーサルシティ駅を開業させるとともに、公募により「JRゆめ咲線」の愛称が付けられた。また、一部を除き線内折り返しのみの運転から大阪環状線への直通運転を大幅に増発するなどUSJアクセスとしての輸送改善を行った。
学研都市線京橋駅からJR宝塚線尼崎駅までの12.5kmを結ぶJR東西線が1997年3月8日に開通し、同線を介して関西文化学術研究都市のある京阪奈丘陵と三ノ宮・神戸方面や神戸三田国際公園都市がある北摂・北神地域の直通運転が開始された。
アーバンネットワークの高密度線区を対象に、従来より高度な信号保安方式であるATS-P型の整備を進めている。なお、導入はすべての信号機にATS-P形の地上子を設ける全線P方式と、場内信号機・出発信号機および一部の閉塞信号機のみATS-P形の地上子を設けることで簡素化した拠点P方式の2つがある。アーバンネットワークでは、和歌山線・万葉まほろば線・赤穂線・北陸本線・和田岬線・関西本線・紀勢本線以外の線区にATS-P型が整備されている。
夜間での客扱い中に、車掌がいる最後尾から最前部付近の乗降が確認しづらい状況を解消するため、一部の駅において、夜間視認性向上装置 (TC-PAC) が設置されている。乗降客が装置からの光源を遮ることにより、車掌に旅客の存在が分かる仕組みとなっている。
ロレーヌ地方のサイイ（Sailly）の領主ギヨーム・ド・サヴィニーの娘に生まれた。若くしてフォンテットおよびサン＝レミ男爵ジャン・ド・ヴィル（Jean de Ville）に嫁ぎ、1男1女をもうけた。息子のアンドレは父親の後を継ぎ、娘のエリザベートは尼僧となった。1552年に夫と死別し、わずか17歳で未亡人となる。フランス宮廷に出仕した後、1556年にアンリ2世王の目に留まって寵愛を受けるが、王は1年ほどで最愛の寵姫ディアーヌ・ド・ポワチエの元に戻っていった。ニコルはアンリ2世との間の息子アンリ・ド・サン＝レミ（1557年 - 1621年）を出産した。しかしアンリ2世はニコルの産んだ子の父親が本当に自分がどうか疑っており、この子を認知しなかった。このアンリ・ド・サン＝レミの6代目の子孫の1人が、1785年に起きた首飾り事件の首謀者、ラ・モット伯爵夫人ことジャンヌ・ド・サン＝レミである。王の寵愛を失った後、ニコルは息子アンドレの住むフォンテット城に帰った。アンドレが子供を遺さないまま死ぬと、母親のニコルが男爵家の財産を相続し、「フォンテットの奥方（dame de Fontette, Noyer, Beauvoir, Charmay et Chastellier）」と呼ばれた。ニコルは田舎に戻った後も色恋沙汰に事欠かず、問題を起こした。恋人の1人だったブザンソン大司教クロード・ド・ラ・ボーヌが結婚の約束を破ったとして、教会に告訴したのである。この訴えは1567年12月、ローマ控訴院（Roman Rota）において棄却された。ニコルは死ぬ1月前の1590年1月12日付の遺書において、アンリ2世本人は疑っていたにもかかわらず、アンリ・ド・サン＝レミを王の落胤として扱ってほしいと書き残した。1558年のアンリ2世との約束に基づき、ニコルは1577年2月にアンリ3世王からアンリ・ド・サン＝レミの結婚のための持参金として3万エキュを受け取っている。