1980年代半ばになると、Pファンクの活動は急速に収束し、ブーツィーも活動のペースを落とした。プレッシャーや、音楽以外のビジネス面での仕事が嫌で、故郷のシンシナティでゆっくりしていたという。しかしその後もソロアルバムを発表し続けた。1980年代後半から1990年代にはビル・ラズウェルのプロデュースのもと、ロックやハウス的な音楽をやるなど、活動の幅を広げた。セッション・ベーシストとしても活躍し、キース・リチャーズ『トーク・イズ・チープ』（1988年）、久保田利伸『BONGA WANGA』（1990年）等に参加。2006年に最新アルバムを発表、最近では日本の若手インストゥルメンタル・バンドASTERISMの楽曲プロデュースを手掛けるなど（2018年）2010年代も現役で活動中である。ベースだけでなく、少し聞くだけで彼のものとわかる、甘くファンキーで目立つ「ブーツィーヴォイス」は、多くのミュージシャンから客演を求められている。ラスト・ポエッツ、スヌープ・ドッグ、ヴィクター・ウッテンなどのアルバムに参加し、彼独特のファンキーさを振りまいている。またザップのファーストアルバム（1980年発表）ではプロデューサーとしても活躍した。2002年にも地元オハイオ州出身のファンクバンド、フリークベースのプロデュースを行っている。1997年、パーラメント - ファンカデリックのメンバーとして、ロックの殿堂入りを果たした。2007年の映画『スーパーバッド 童貞ウォーズ』の映画音楽をライル・ワークマンとともに担当した。2010年7月よりベース奏者向けファンク大学(Funk University)を創立。オンライン上でベースの演奏指導を受けられる学校である。
2011年3月11日、東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）とそれに関連して起きた福島第一原子力発電所事故の発生時、清水は関西に出張中と報じられた。しかし、実際には平日でありながら妻と秘書を従えて、奈良観光（東大寺のお水取りなど）をしていた。アリバイとして挙げられていた、関西財界人との面談も実際には行われなかった。記事によれば、社用と偽った個人的な観光旅行であった 。東名高速道路、中央自動車道、東海道新幹線（地震発生時に運行中だった列車のみ4時間後に運転を再開していた）が利用できない中、名古屋空港から民間ヘリで帰京しようとしたが、航空法により午後7時以降の飛行が行えず、航空自衛隊小牧基地のC-130に乗り込んだが北澤俊美防衛大臣からの指示で自衛隊機は引き返すこととなり、翌日午前10時にようやく本社に戻った。また当日は、勝俣恒久会長も北京に出張し、不在であった。このため原子炉格納容器の圧力を下げるベント作業に対する緊急承認手続きが遅れ、12日午後3時36分の原子炉建屋の爆発につながった可能性も専門家から指摘されている。3月13日に記者会見を開き、放射性物質の漏洩を謝罪、事故の原因については「津波が一番の問題だ。想定を超える水準だった。」と話した。3月18日に国際原子力事象評価尺度のレベル5と評価されたことについて「わが国が経験したことのない大規模地震に伴う津波といった自然の脅威によるものとはいえ、このような事態に至ってしまったことは痛恨の極み。」と談話を発表した。なお、原賠法（原子力損害の賠償に関する法律）では、原発の事故は運転する原子力事業者がその損害を賠償する責任を有するとされる一方、「異常に巨大な天災地変又は社会的動乱」による損害の場合は、電力会社の損害賠償義務は必ずしも存在しない。これに対し、枝野幸男官房長官は2011年3月25日の記者会見で、個人的な見解と断った上で、東京電力の福島第一原発の事故被害の損害賠償について、安易な免責措置はあり得ない、などと述べ、東電の賠償責任は不可避との認識を示した。ただし、原賠法をめぐる解釈は、現時点では結論が出ていない。その後、姿を見せなくなり、この間めまいや高血圧で入院したこともあり、公の場に姿を見せたのは事故から1ヶ月目の4月11日となった。清水が事故発生以来姿を見せなかったことについて、3月29日付の米紙『ワシントン・ポスト』は「経営者が雲隠れ」と批判した。復帰した4月11日、事故発生後初めて福島県を訪れるが、佐藤雄平福島県知事とは連絡の不徹底で面会できず、知事は不快感をあらわにしている。翌日、東電本社で3月13日以来となる記者会見をし、原発事故が国際的評価で最悪のレベル7になったことに「世界各国に迷惑をかけ、重く受け止めている」と述べている。また、出処進退については明言しなかった。4月18日午後の参議院予算委員会での大門実紀史議員（共産党）の質問に対して「14─15メートルという今回の津波の大きさは想定ができなかった。残念ながら、そのような意味での想定は甘かったと言わざるを得ない」と語り、事前の想定が不可能であったと主張した。清水を代表とする東京電力は、民事裁判において「対応できるような対策を講じる義務があったとまでは言えない」と主張している。5月20日、一連の原発事故の責任を取り、6月28日付けで代表取締役社長を退任すること、取締役を退き顧問（無報酬）に就任すること、後任社長には常務の西沢俊夫が昇格する予定であることを発表した。6月28日、取締役を任期満了により退任、顧問に就任した。福島原発事故独立検証委員会は調査報告書を出版した2012年3月の会見で、当事者へのインタビューの一環として清水等東京電力関係者にも申し入れたが、勝俣恒久、吉田昌郎と同様、協力することは無かったと述べており、調査報告書冒頭にもその旨が記載されている。2012年3月7日には、東京電力は勝俣恒久会長が追悼式に出席すると発表したが、当時の社長であった清水については予定の発表自体を拒否した。　2012年5月31日、AOCホールディングスは清水が6月25日付で傘下の富士石油の社外取締役に就任すると発表した。2012年6月1日に、国会が設置した原発事故調査委員会（国会事故調）は清水を公開聴取すると発表、同月8日の第18回委員会で参考人として質疑を受けた。2013年10月1日、AOCホールディングスが子会社の富士石油を吸収合併し、商号を富士石油に変更。清水は新富士石油の取締役に就任した（現任）。東京電力は同社の筆頭株主であり、年間1千億円弱の石油製品の取引がある。