食用部は主に、甲を開くと現れる「カニミソ」と呼ばれる中腸腺（黄色）と、脚の付け根にある筋肉の一部であり、さらに成熟したメスでは発達した卵巣（生時褐色、加熱すると橙色）、オスでは大型の鋏脚の筋肉も味わうことができる。海産のカニと異なる独特の甘みの強いカニミソは、珍味として愛好され、特に卵巣の発達したメスはオスよりも珍重される。料理は塩茹でやがん汁などがあり、郷土料理として供する所も多い。ただし、漁獲されて食用に供されるのは川で採れる個体が中心であり、内水面漁業では重要漁獲種ではあるものの、海に下った個体は相手にされないことも多い。むしろ定置網にかかる魚を横取りする邪魔者とみる海面漁業者もいる。
乱獲が心配されているため、内水面漁協による河川内の資源育成事業が各地で行われている。とりわけ、卵から孵した幼生をアルテミア（ブラインシュリンプ）などを餌として比較的容易に稚ガニにまで育てることができるので、育てた稚ガニを放流する増殖事業が、大分県、広島県、山口県、和歌山県、新潟県]ど各地で行われている。放流により心配される、遺伝的多様性の喪失や、他地域から異なる遺伝子集団を混入させることで生じる遺伝的撹乱については、本来日本産のモクズガニが遺伝的多様性が低いため、他の淡水産の漁獲対象種と比べてほとんど問題とならないということもわかっている。
日本各地で「ツガネ」「ツガニ」（津蟹）、「川ガニ」、「ヤマタロウ」（山太郎）などという方言（地方名）で呼ばれ、古来食用にされてきた。漁期は春のほか、秋から冬にかけて産卵のために川を下るモクズガニを狙い、梁のような仕切りを併用した籠漁などが行われる。消費傾向は地域により差があり、多くの地域で地元で自家消費される他、県内で販売され消費される地域が多い。九州は消費の盛んな地域であり、鹿児島県、宮崎県、大分県のほか島根県などから福岡県など北九州方面へ出荷されている。炭坑のあった筑豊地方では、「穴から出られる」という縁起担ぎのために食する習慣があった。また北陸地方（富山県や福井県）から関西・中京方面へ出荷されることもある。四国では仁淀川や四万十川産が有名である。取引きされる場合、多くはkgあたり1000円から2000円程度の卸値で扱われるが、関東や九州などの一部の地域では季節により3000円以上の高値が付くこともある。秋田県由利本荘市では例年5月、「子吉川ガニまつり」を開いて、観光にも役立てている。
雌は4-5ヶ月の間に3回の産卵を行い、回を経るごとに産卵数は減少する
繁殖期の終わりになると雌雄とも疲弊して全て死滅し、河口付近の海域では多数の死体が打ち上げられる
死骸はウミネコなど海鳥にとってはよい餌となる
一度川を下って繁殖に参加すると、雌雄とも脱皮成長することなく繁殖期の終わりには死亡するため、二度と川に戻ることはない
寿命は産卵から数えると、多くは3年から5年程度と考えられる
これまで、モクズガニは祖先が海域から河川へと分布を拡げ、淡水環境での成長という形質を獲得したものの、歴史が浅くサワガニ類のような完全な淡水環境での繁殖能力を獲得できていない、「まだ進化の途上にある種」とみなされることも多かった
しかし繁殖戦略や幼生の発生と分散から明らかなように、実際にはそうではなく、河川淡水域での成長と海域での繁殖による分布域拡大という、両方向の環境への適応を活用している種であると言うことができる

成体は主に晩夏から秋に河川の淡水域に出現する。雌雄とも、一部の個体は越冬するが、多くの個体は秋から冬にかけて繁殖のために海へ下る。そのため成体は春以降夏の終わりまで淡水域ではほとんど採集されない。河口や海岸では、秋から翌年の初夏にかけて甲幅3-8cm程度の成体が採集される。長く海にいる成体には甲に海藻が付着していることがあり、時には20cm以上に成長した緑藻が見られることもある。また繁殖期の終わりには、海域に毛の禿げた個体や脚の欠損した個体が多く見られるようになる。脱皮しない限り、毛は伸びることはなく脚も生えてこないので、脱皮しない繁殖参加個体は禿げて脚の無いまま死ぬことになる。
武闘派ヤクザの山本はその血の気の多さ故に組からも煙たがられ、日本での居場所をなくす。追われるように、留学したまま消息が絶えてしまった弟のケンを頼ってアメリカに渡る。ケンは仲間のデニーらとジャンキー相手のドラッグ売人に成り下がっており、しかもドラッグ・トレードのトラブルに巻き込まれていた。山本はデニーたちアフリカ系アメリカ人やメキシカンと手を組み、白人マフィアのボスたちを血祭りに上げ、その勢力を拡大していく。日本から舎弟・加藤も駆けつけるが、山本に「アメリカでも戦争になったんだよ」といわれる。山本に絡んで痛い目に遭っていたデニーも日本流のやり方に戸惑いながら、徐々に彼のカリスマ性に惹かれていった。組織は拡大し、絆を深めていくが、「兄貴に命を賭けている」という加藤が自らの命と引き替えに日本人街のボス・白瀬たち日本人マフィアを山本の傘下に収める。ところが、この判断が彼らの命を奪う事になった。白瀬たちは山本の警告を無視して勢力拡大をエスカレートさせ、それが巨大なイタリアン・マフィアの怒りを買い、報復を受けて結果的に次々と山本たちは仲間を失ってしまう。山本も「もう終わりだな、みんな死ぬぞ」といい、「戦争」になる。そしてこの「戦争」の発端でもある白瀬自身も、外出中にマフィアの手によって死亡した。白瀬の傘下は、仇打ちを取るためにマフィアの屋敷に押し掛けるものの反対に抹殺された。さらにマフィアは山本の傘下まで手を伸ばし始め、一人残らず消し去った。家族も殺され、ひとり生き残ったデニーは山本から別れを告げられ、着替えの入った鞄を渡され、不本意ながらも車に乗ってメキシコへ向けて一人で逃亡する。そして、山本が道ばたの酒場から出ると、そこへマフィアたちのマシンガンの一斉掃射が放たれる。自暴自棄になりながら運転するデニーは鞄の中からの思わぬものを見つけ、その心意気に涙して“I love you, Aniki.”と叫ぶ。