前作『ときめきメモリアル』が好評だったため、発売直後から続編を求める声はあったが、スタッフが全力を出し終えて余裕がない状態だったため、その時点で即応はできなかった。しかし、PlayStationへの移植などを経る中で高まってきたユーザーからの新作要求に後押しされる形で『2』の制作が始まった。当初は前作へのアンチテーゼ的な視点も考慮されており、「アドベンチャーやロールプレイングでもよいのではないか」という意見まで出たが、ユーザーが求めているのは前作によって恋愛シミュレーションという形態が世に出たときの衝撃や感動だと判断され、ゲームジャンルは継承されることになった。内容については、前作キャラクターを引き継いで大学から始めようという案もあったが、大学生活は人によって大きく異なり、プレイヤーによってゲーム内容への思い入れが変わってしまうため没になった。その点、高校であれば皆が同じようなカリキュラムに沿って過ごしているため共感を抱きやすく、また異性への興味が強くなる多感な時期を演出するのが恋愛ゲームとして最適だろうという判断から、再び高校生活を描く作品になった。引き続ききらめき高校を舞台とすることも検討されたが、マンネリズムを避けるためと、中途半端な変更でヘビーユーザーからの反発を招かないために登場人物を一新することが決定され、現在の形になった。
大永6年（1526年）11月5日、13歳で元服する。家督を継いだのは天文10年（1541年）、父長棟が出家したときと思われる。この頃から当主として小笠原一族を率いている（長棟の死去は天文11年（1542年））。信濃隣国の甲斐国では小笠原氏と同じ甲斐源氏の一族である守護武田氏により国内統一がなされ、長時と同じ年に家督を相続した武田晴信（信玄）は信濃侵攻を開始する。天文14年（1545年）に晴信は高遠頼継・藤沢頼親の討伐を行うため伊那郡へ出兵し、4月17日に武田勢は頼継の高遠城を陥落させる。さらに長時の娘婿でもある福与城の頼親を攻めると、長時は北方の龍ヶ崎城（辰野町）において武田方に対抗する（「小平物語」）。武田勢は甲斐や今川・北条の援軍を得て同年6月1日には武田家臣板垣信方の軍勢が龍ヶ崎城を陥落させ、長時は敗退している（『高白斎記』）。長時は弓馬に優れた勇猛な武将であったが、部下を統率する能力は芳しくなかったという武田勢は伊那を制圧すると佐久侵攻を進め、小県郡の有力国衆である村上義清と対立する。天文17年（1548年）2月には小県郡上田原の戦いで義清は武田勢を撃破し（『高白斎記』『勝山記』）、長時は同年4月に村上義清や仁科盛能、藤沢頼親らと諏訪郡へ侵攻する（「神使御頭之日記」）。さらに6月にも諏訪西方衆らを迎合して諏訪侵攻を行い（「神使御頭之日記」）、6月19日に塩尻峠へ進撃するが武田勢に敗退している（塩尻峠の戦い）。天文19年（1550年）7月15日には本拠の林城も失い、信濃小笠原氏は没落した（『高白斎記』）。同年には代々室町幕府の奉公衆であった同族である京都小笠原氏の小笠原稙盛（秀清の父）を介して将軍足利義輝に太刀・馬を献上しており、信濃国衆に対する下知を約束されている。没落後の長時は中塔城の二木氏を頼り越後へ逃れたとも（「二木家記」）あるいは実弟である鈴岡城の小笠原信定のもとへ逃れたとも言われるが（「笠系体成」）、以後の正確な動向は不明。駿河や伊勢を経て、弘治元年（1555年）には同族の摂津国芥川城主三好長慶を頼って上洛し、上方に滞在している（『言継卿記』）。また、正確な年代は不明であるが、この時期に長時が醍醐寺に対して曲直瀬道三の治療によって長慶の病気回復を伝えた書状には、自身の近況についても触れ長慶の人質であった細川六郎（後の昭元）に対して長時が馬術指南を行っていることを記している。信濃では村上義清ら北信豪族が越後国の長尾景虎（上杉謙信）を頼り、武田・上杉間の川中島の戦いが繰り広げられており、永禄元年には甲越和睦の一環として武田晴信が信濃守護に補任されているが晴信は和睦後も軍事行動を続け、将軍義輝は景虎への信濃介入を認めている。永禄2年（1559年）には長慶や伊勢貞孝の仲介で将軍義輝と対面して御盃を頂戴しており（『伊勢貞助記』）、義輝は大舘晴光を介して上杉謙信に対して長時の信濃復帰への助力を命じている。永禄5年（1562年）になり、長時は先祖伝来の小笠原流弓馬術礼法の伝統を絶やさないため、同族である赤沢経直（小笠原貞経）に糾法的伝と系図、記録類を譲渡し、弓馬術礼法の宗家の道統を託した。道統とは小笠原の弓・馬・礼の三法の総取り仕切り役の正統継承を意味するものである。つまりこの時、長時の小笠原総領家と小笠原貞経による弓馬礼法の家が分離した。永禄9年（1566年）には三好義継・松永久秀らが擁立した将軍足利義栄に太刀・馬を献上したが（『笠系大成』）、同11年（1568年）には織田信長により三好氏が駆逐され、足利義昭政権が樹立し、同12年（1569年）の本圀寺の変で弟の信定を失っている。長時はしばらくして上杉氏のもとへ移り、天正6年（1578年）の謙信死後は御館の乱で上杉景虎の使者を果たすが、上杉景勝が上杉氏の家督を継承すると越後を離れた。天正8年（1581年）には織田信長に迎えられ、信濃の名義上の旗頭として利用される。信長の京都御馬揃えには公家衆の一人として参加した。後、会津の蘆名盛氏に客分として迎えられる。盛氏の下で長時は厚遇され、また軍師として戦略面で盛氏の支援も担当したという。天正11年（1583年）2月25日、会津で死去。享年70。この前年の天正10年（1582年）3月に武田氏が織田氏に滅ぼされ、蘆名家には同行せず織田家に残り信長に仕えていた三男の小笠原貞慶（貞慶については長篠の戦いの頃から信長に仕えていた形跡がある）が、本能寺の変以後に徳川家康に臣従して旧領を回復した。