無線による指令・命令が一般的に使用されるようになった。また司令部に属する人員の数も増えたため、旗艦用に特に居住区を設置した艦も作られた。特に駆逐艦で編成された水雷戦隊の場合、元より駆逐艦は居住施設が貧弱であるため、特に旗艦用として居住施設を拡充した嚮導駆逐艦が建造された。また第一次世界大戦時のドイツ海軍においては戦艦についても居住施設が貧弱であったため、旗艦戦艦「フリードリッヒ・デア・グロッセ」は、特に旗艦用として居住区を設けていた。ただ、艦隊・戦隊の先頭に立って指揮する以上、最強の艦である必要があるという従来の意見も根強く、日本海軍は軽巡洋艦を水雷戦隊の旗艦として、駆逐艦を率いた。
無線による意思疎通が始まった時期であるが、重要な命令は旗によった。戦闘では司令官は艦隊を率いる先頭艦に座乗する。そこで木造帆船時代と同様、最大最強の艦たる戦艦を旗艦とした。一方で速度性能はあまり重視されない。これは旗艦が最速の艦であると、他の艦が旗艦に追随できず取り残されるからである。また巡洋艦や駆逐艦は、必要に応じて艦隊旗艦よりも先行し、偵察・索敵・夜襲などの任務をこなしたため、旗艦を追い越す高速が要求された。最新最強の戦艦を旗艦とすることによって、艦隊の戦艦の中で旗艦が最速になる事は往々にしてあった。日本海海戦で連合艦隊司令長官東郷平八郎が旗艦とした戦艦「三笠」が、現在も横須賀市にあり一般公開されている。
司令官とその幕僚を乗せて、艦隊に指示を出す高いマストを有する艦、すなわち艦隊で最大の戦列艦が旗艦とされた。後方の各艦に指示を出すため旗艦は先頭に位置し、それゆえに被害も大きかった。旗艦が指揮不能となった場合は2番艦が、2番艦が指揮不能となった場合は3番艦が代わった。旗艦には司令官たる大将/admiralが、2番艦には次席たる中将/vice admiral、3番艦には次々席たる少将/rear admiralが座乗した。後に大将・中将・少将の呼称は階級となり、艦隊内の職務とは分離するが、艦隊の副司令官は旗艦とは別の艦に座乗し、旗艦が指揮不能となった際に備える仕組みは踏襲される。トラファルガーの海戦に勝利したネルソン提督の旗艦「ヴィクトリー」が有名であり、情報収集用の見張り台と通信用の旗流信号用ヤードが設けられていた。
複数の海軍艦艇からなる部隊（艦隊もしくは戦隊）の指揮官が座乗する艦または艇には指揮官旗 (flag) が掲げられることから、指揮官座上の艦を旗艦と呼ぶようになった。なお、旗旒信号（きりゅうしんごう）は signal である。旗艦には通信手段を用いて、艦隊の指揮統制を行なうことが求められており、そのために近代以降では通信設備の充実は当然のこと、司令部要員の居住設備や情報処理設備の充実も行われてきている。
旗艦（きかん, 英: flagship; フラグシップ）とは、司令官（司令・司令長官などを含む）やその幕僚が座乗し、指令・命令を発する艦を指す海軍用語。海上自衛隊では「はたぶね」とも読む。
引退後は2005年から2005年までフロリダ・マーリンズ傘下のマイナーで監督を歴任した。2010年途中から2011年にかけてはマーリンズのベンチコーチを務め、1試合だけ監督代行を経験している。その後、2014年にはシカゴ・カブスのコーチとなり、ベンチコーチ（2014年、2018年）と一塁コーチを務めた（2015年 - 2017年）。2018年12月11日、ボルチモア・オリオールズの第20代監督に就任した。
1997年にシカゴ・ホワイトソックスと契約してプロ入り。2000年まで同球団の傘下のマイナーでプレーしたが、メジャー昇格はならなかった。その後は2001年に独立リーグであるウエスタン・ベースボール・リーグのチコ・ヒートで1年間プレーして引退した。
2006年（平成18年）4月23日、千葉7区にて自民党公認で当選した松本和巳陣営の選挙違反事件に伴う衆議院補欠選挙に立候補し、得票数87,046票を得て衆議院議員初当選。この補選には当初、選挙区で松本に敗れ比例復活で当選した内山晃が鞍替え出馬すると見られていたが、当時党員資格停止中だった永田寿康の堀江メール問題で党の支持率が低迷していたことから鞍替え出馬を見送り、4月7日に選出された小沢一郎党新代表の許で太田が補選への出馬を表明するに至った。この選挙では、「負け組ゼロへ」をキャッチコピーに、選挙カーにはほとんど乗らず自転車で選挙区内を回り地元出身をアピールする戦術に徹し、自民党公認の齋藤健に対して955票という僅差で勝利を手にした。当選後は経済産業委員会、政治倫理審査会に所属。2007年（平成19年）、次期衆院選に対する党内の公認調整の結果、第45回衆議院議員総選挙では内山が千葉7区の小選挙区候補として公認されることが内定した。太田は他の選挙区に国替えを求められたが、2008年（平成20年）9月、母が福島県のいわき市、祖父母が同じく会津地方出身である地縁により福島2区からの出馬が内定した。2009年（平成21年）、8月の衆議院議員総選挙では「福島にお嫁にきました」と銘打った選挙戦を展開。得票数131,306票を得て再選。小沢ガールズと報道される。2012年（平成24年）の消費増税をめぐる政局では、6月26日の衆議院本会議で行われた消費増税法案の採決で、党の賛成方針に反して反対票を投じた。7月2日には山岡賢次らを介して離党届が提出された。民主党は7月3日の常任幹事会で離党届を受理せず除籍処分とする方針を決定し、7月9日の常任幹事会で正式決定した。