JR東海管内全域に及ぶダイヤ改正についてはJR発足後から1992年までは他のJR各社に合わせて3月にダイヤ改正を行っていたが、1993年から2006年まではダイヤ改正を独自に実施していた。10月にダイヤ改正を実施することが多かったが、年によっては実施されない年もあった。2007年以降は一部（特に北海道旅客鉄道（JR北海道）、四国旅客鉄道（JR四国）） を除くJR各社に合わせる形で毎年3月に実施している。
駅業務の委託は他のJR各社と同様に行われている。かつては地方自治体を通じて子会社の東海交通事業に再委託され、窓口にマルス端末を設置してJR各社の全ての列車の指定券も購入可能な駅が存在していたが、2011年10月1日の一身田駅および高茶屋駅の無人駅化以降、同社で簡易委託業務を行っている駅は無い。現存している管内の簡易委託駅では、各駅所在地方自治体等が駅業務を行っていて、大半の駅の窓口にマルス端末が設置され、一部の企画乗車券発売や払い戻し、クレジットカードは取り扱っていないが、通常の「みどりの窓口」とほぼ同等の機能を有しており、利用者の便宜が図られている。JR東海では「みどりの窓口」の名称およびマークは使用をやめ、「JR全線きっぷうりば」との表記に順次置き換えているが、この理由については「どの駅（の窓口）でも指定席の発売が可能なため」と説明している。「みどりの窓口」（現・JR全線きっぷうりば）におけるクレジットカードの取り扱いはJR旅客6社の中で最後まで遅れ、「JRカード」（JR旅客6社とクレジット会社の提携カード）および「JR東海エクスプレス・カード」を除いた主要ブランドの一般クレジットカードの取り扱いを開始したのは2004年4月1日からである。それまでは長距離乗車券類や定期券などの高額商品を一般のクレジットカードで購入できない状況が長い間続いていた。また一般クレジットカード取り扱い開始と同時期に「JR東海エクスプレス・カード」でも国際ブランド提携のカードが発行され、他社窓口でも国際ブランド経由で利用できるようになった。
2009年11月16日に名古屋市内のホテルで「高速鉄道シンポジウム」を開催。出席した在日大使館関係者らへ向けて東海道新幹線や超電導リニア技術の特長を紹介したほか、米原 - 京都間でN700系車両（Z0編成）による最高時速330キロ運転の体験乗車も実施。世界各国で高速鉄道建設が検討される中、JR東海の両システムの優位性を広く世界へ発信した。2010年1月25日に、アメリカの調査会社2社と最新型高速鉄道システム「N700-I Bullet」と超電導リニアシステム「SCMAGLEV」の展開を図るため、アメリカをはじめとした諸外国での市場でいくつかの高速鉄道路線プロジェクトに参入することが発表された。2018年時点ではアメリカ国内で2件の高速鉄道事業を実行またはプロモーション活動中であるほか、台湾高速鉄道から技術コンサルティングを請け負っている。
当社の英語表記は「Tokai Railway Company」ではなく、「Central Japan Railway Company」となっている。また、「JR東海」の英語表記も「JR Tokai」でなく「JR Central」であり、JR旅客6社では唯一英字商号・略称（Central Japan、中日本の意）が日本語商号・通称（東海）の音訳ではなく、地理的な意味も異なっている。切符の地紋には「C」（CentralのC）が記されている。自社やグループ会社で「セントラル」を含む名称を多用しており、「JRセントラルタワーズ」や「名古屋セントラル病院」、関連会社の社名に「セントラル」を含むものが存在するほか、かつては「セントラルライナー」という列車も存在した。しかし一方で、関連会社については「Tokai」の表記を使用する企業もいくつかあるほか（「ジェイアール東海バス → JR Tokai Bus」など）、JR東海エクスプレス・カードのロゴには「JR TOKAI」と記されている。
事件発生後すぐにマラソンは中止され、ボストン市警察は事前に取り決められていた対処計画に基づいて残っていたランナーをボストンコモン（中心部にある大きな公園）やケンモア・スクエア（ボストン大学近くにある大通り）に避難させた。ゴール近隣にあるラノックス・ホテルからも全員退避させた。警察は爆発現場周辺15区画を立ち入り禁止とした。この事態を受けてバスや地下鉄を運営するマサチューセッツ湾交通局（MBTA）は運行の一部を停止させ、マサチューセッツ州軍（Massachusetts National Guard）と海軍の部隊が地元当局を援助するために加わり、爆発物処理班が付近の捜索を行った。また、連邦航空局（FAA）は念のためボストン上空の飛行を制限し、ボストン・ローガン空港にいる飛行機には地上待機命令を発した。事件を受けてエリック・ハンプトン・ホルダー司法長官は事件捜査にアメリカ司法省の総力を投じるよう指示。ニューヨーク市警察は対テロ部隊の車両を主要な地点に展開させ、ホテルなどの警戒態勢も引き上げた。ワシントンD.C.でも警戒態勢が引き上げられ、ホワイトハウスで部分的に避難が行われたほか、シークレットサービスによってホワイトハウスに繋がるペンシルベニア通りが封鎖された。また、加害者は特定されていないものの、連邦捜査局（FBI）はテロ事件として捜査を進めた。マサチューセッツ危機管理庁（Massachusetts Emergency Management Agency）は、電話回線が輻輳していることを受け、近隣の人々に電子メールを使うよう呼びかけた。なお、携帯電話の回線は込み合っているものの正常に作動している。また、赤十字はランナーの情報が得られるよう援助を行っているほか、ボストン市警察は家族の安否を心配している市民のためにホットラインを設置し、情報提供を行っている。このほか、グーグルの安否確認サービス「グーグル・パーソン・ファインダー」が「ボストン・マラソン爆発事件」（Boston Marathon Explosions）に関する災害サービスを始動。情報収集を開始している。事件の第一報を受けたバラク・オバマアメリカ合衆国大統領は緊急記者会見を行い、「誰がこのようなことを行ったのかを究明し、責任を取らせる」と声明を発した。オバマ大統領は連邦警察当局に対して「必要な支援などを行うよう」指示を発している。また、ジョン・ベイナー下院議長は国会議事堂に被害者のために半旗を掲げるように指示している。