ソリッドステートドライブ（SSD）の場合と似た理由で、仮想マシンにアタッチされ、または単体でマウントされた仮想ハードディスクに対する、HDD用に設計されたデフラグメンテーションツールの適用も、パフォーマンス上の問題を引き起こす場合がある。具体的には、容量可変の仮想ハードディスクに対して従来のデフラグツールを適用すると、未使用領域に対する書込が生じ、それによって仮想ハードディスクの実容量が増加するという弊害が生じる。仮想マシンのゲストOS上でのデフラグツールの適用も同様の問題を起こす場合がある。Windows 8では、OS標準のデフラグツール「ドライブのデフラグと最適化」で、仮想ハードディスク(VHD/VHDX)のマウント先のドライブに対して、従来のHDD向けデフラグではなく、使用中のブロック数が少なくなるようにデータ移動を行う（デフラグ (Windows)を参照）。
ソリッドステートドライブ（SSD）は、ハードディスクドライブ（HDD）の代替デバイスとして使われる新たな補助記憶装置である。これはHDDとは根本的に動作原理が異なるため、従来のHDD用に設計されたデフラグメンテーションツール等とは、相性が非常に悪い。前出のデフラグの効果では、ヘッドのシーク待ち時間や、ディスクの回転待ち時間などのHDDへのアクセス時間がその前提となっている。しかし、半導体メモリであるFlash SSDはアクセス時間がその約100万分の1程度と非常に短いため、断片化解消による改善効果は、SSDではほぼ存在しないに等しい。また、SSD内部ではウェアレベリングやガベージコレクション等の処理により、高度な管理として動的にデータの記憶素子ページへの配置を分散している。そのため、HDD向けのデフラグツールの適用は単にSSDへの書き込み量を無駄にかつ大量に増加させ、もってSSD内部の管理メタデータの撹乱や、内部素子であるフラッシュメモリーの寿命を縮めるだけの処理となる。ライトアンプリフィケーションも参照。ただしキャッシュ非搭載のSSDで空き領域の断片化により書き込み速度が低下している場合、デフラグの効果が現れることもある。Windows 8では、OS標準のデフラグツール「ドライブのデフラグと最適化」でSSDのドライブに対して、従来のHDD向けデフラグではなく、ボリュームの空き領域全体にTRIMコマンドを定期的に発行するように標準状態でスケジュールされている。なお、従来はSSDの専用ツールで行っていたSSDへのTRIMの発行を「SSDへのデフラグ」と称する向きもあるが、正しい用法ではない。
最も有名なデフラグメンター（デフラグソフト）は、MS-DOSとWindowsにバンドルされている「デフラグ」と推測される。Windows 2000とWindows XPにはDiskeeperの機能限定版が搭載されている。他の商用デフラグソフトには Diskeeper、PerfectDisk、O&O Defrag（廉価版は驚速デフラグ）、Norton SpeedDisk、TechTool Proなどがある。ソフトウェアを使わずに断片化を解消する方法としては、記憶装置のバックアップをとり、データを消去してからバックアップからデータを再度読み込み直せばよい。
ファイルが3個所に断片化しているとする。ファイル断片A、ファイル断片B、ファイル断片Cとする。それらがハードディスク上にファイル断片C、ファイル断片A、ファイル断片Bという順番で並んでいるとする。この場合は、ファイル断片A、ファイル断片B、ファイル断片Cの順番で読み込むと、シーク時間が増加する。しかし実際にはファイル断片C、ファイル断片A、ファイル断片Bの順番で読み込む。その後、OSやハードディスク内のドライバが結合し、アクセススピードが増加しないような措置がとられる。
ディスクの書き込み時にはまずメモリのキャッシュ領域に書き込む。メモリのキャッシュ領域に書き込みが終了した時点で、ユーザーに書き込み完了を通知する。その後、バックグラウンドでメモリのキャッシュ領域からハードディスクに書き込む。断片化により書き込み時間が増加したとしても、ユーザーから見ると書き込み時間の遅延は感じられない。
ファイルの利用頻度は均一ではなく、局在化する。よく使うファイルの履歴を保存しておき、バックグラウンドで先読みしメモリに保存しておく。WindowsXPのPrefetcher、WindowsVistaのWindows SuperFetchなどが該当する。
ハードディスクから読み込まれたデータは、メモリのキャッシュ領域に保存されている。同じデータを再度読み込むときは、メモリのキャッシュ領域から読み込む。近年のOSはディスクキャッシュを積極的に活用するようになり、キャッシュファイルが巨大なメモリ領域を占有するようになったが、キャッシュミスする確率は相対的に低くなっている。そのため、近年のOSではメモリの増設によるファイルアクセスの高速化の効果は大きい。
神機隊は閏4月16日に大坂から万年丸で出航し、東北行きの最中、暴風に遭い、同月27日に江戸・品川に入港する。大村益次郎から、世良修蔵の暗殺など奥羽の状況の悪化を聞き、浅野家の菩提寺である泉岳寺で待機する。その後5月15日の上野戦争に参戦し、飛鳥山で彰義隊の討伐戦に加わる。さらに、飯能戦争では越生方面で、振武軍を追討する。甲府の警固のあと、江戸に帰還。奥羽出兵が決まると、大村から軍資金6500両を支給され、7月5日、貸与された長州藩の飛順号で平潟（茨城県）に向かう。しかしまたしても暴風に遭遇、磐城平城の戦いには間に合わなかった。その後仙台征討総督・四条隆謌（たかうた）の麾下に入った神機隊は、浜街道の戦いで磐城平から北進。末続村から相馬・仙台・旧幕府軍の連合と激戦する。広野では神機隊は約280人が孤軍となり、敵4500人と戦う。神機隊は、銃火の前でも正面攻撃する、命を惜しまずの奮戦だった。千代岡原の戦いも先陣となり、神機隊は連戦連勝で、官軍は強し、という恐怖を敵に与えた。浪江の戦いでは、高瀬川を越えた砲隊長の勇士高間省三が敵陣一番乗りで戦死し味方に大きな悲しみを与えた。その後も、相馬、駒ヶ峰の激戦地で、神機隊は常に新政府軍の先鋒になり、進撃した。仙台藩に入城するときには、まともに歩ける隊兵は80人程度となっていた。仙台陥落の連鎖で会津も陥落するが、神機隊はこの時点での戊辰戦争の展開、終結に大きく寄与した。