2012年5月14日、世界ウイグル会議の第4回代表大会を東京都の憲政記念館で開催した（アジアでは初めての開催）。ラビア・カーディル議長は「中国の流血政策は激しさを増している。自治権を与えず、ウイグル人を絶滅に追い込んでいる」「日本は強い民主主義国家であり、自由と民主主義を求める私たちを支援してくれると思った」と語り、日本、イタリア、トルコの国会議員や欧米の人権団体なども参加した。同日、日本人戦没者に栄誉を奉げるためとしてラビア・カーディル代表による靖国神社への訪問も行われた。
2012年4月23日、日本ウイグル国会議員連盟が自民党本部で結成された、日本の外務省、安倍晋三、黄文雄、三原じゅん子、山谷えり子、古屋圭司、衛藤晟一、新藤義孝らが参加した。顧問は安倍晋三、中曽根弘文、鴻池祥肇。同日、地方議会でも東京都庁で日本ウイグル地方議員連盟が発足した。
2015年10月18日、世界ウイグル会議の活動に参加している在日ウイグル人が東京都内に集まり、日本におけるウイグル運動について会議を行った。この会議において、日本ウイグル連盟の発足が決議された。この会議には、訪日中の世界ウイグル会議総裁ラビヤ・カディール、同副総裁 セイット・トゥムチュルク、オマル・カナットが参加した。世界ウイグル会議は、同日から、世界ウイグル会議において在日ウイグル人を代表する団体が日本ウイグル連盟であると決議した。2017年11月、日本ウイグル連盟のトゥール・ムハメットは世界ウイグル会議特別指導者であるラビア・カーディルの各地域特別代表として日本・東アジア地域特別代表に就任。ドルクン・エイサが総裁に就任した世界ウイグル会議の新指導部とは独立した活動を行うことを表明している。
日本では、2008年（平成20年）6月、在日ウイグル人と日本人支援者によって日本ウイグル協会が設立された。世界ウイグル会議の傘下団体として活動を行っていたが、世界ウイグル会議の決議により、2015年10月18日から同会議の参加資格を失った。2017年11月ドイツで開催された第6回世界ウイグル会議代表大会にて日本ウイグル協会会長のイリハム・マハムティが世界ウイグル会議、東アジア太平洋地域全権代表に就任。日本ウイグル協会は世界ウイグル会議の傘下団体として復帰した。
世界各国のウイグル人組織間の連携、交流の推進のほか、中国におけるウイグル人の人権状況について、国際社会に対する広報宣伝活動を活動の中心としている。また、このほか、在外ウイグル人コミュニティにおける、ウイグル語、ウイグル文化教育や、中国からの亡命者への生活支援も活動に含まれる。アムネスティ・インターナショナルやヒューマン・ライツ・ウォッチ等の人権団体と連携して、中国の人権状況へのアピールを行っているほか、UNPO（代表なき国家民族機構）に東トルキスタンを代表する組織として参加している。また、中国における民主化の促進、少数民族の権利擁護の観点から、漢人民主化運動活動家やチベット亡命政府との交流も行っている。このほか、米国政府系のラジオ・フリー・アジア（RFA）や、全米民主主義基金（NED）の支援を受けており、米国政府との結びつきも強い。こうした世界ウイグル会議の活動に対して、中国政府は警戒を強めており、2003年12月15日には、世界ウイグル会議の前身である世界ウイグル青年会議と、当時の代表ドルクン・エイサをテロリストとして認定する文書を公開し、ラビア・カーディルがノーベル平和賞受賞候補となった際も、批判を行っている。2018年、ドルクン・エイサ代表は、フィナンシャル・タイムズ紙のインタビューに応じ、中国政府の方針に反して収容所に連行・収監されているウイグル人の数について、正確な数字は自分たちにも分からないとしつつも「今年初めには100万人ほどと聞いているが、釈放された人がいるという話を聞いていない。いったん収監されたら、一生出られない。半年以上経ったいまも連行は続いており、いまや200万人以上。」と主張した。
北島は「SPEEDO」の水着を好んでいたが、所属していた東京スイミングセンターが「arena」ブランドの日本国内でのライセンシー（実施権者）であるデサントと親しかったため、個人の広告活動の解禁まで「arena」製の水着を使用していた。アテネ五輪の年から「SPEEDO」の水着を使用したが、そのライセンシーだったミズノが独自水着の販売に踏み切ると、ミズノとの契約を続けた。2008年、三井物産とゴールドウインが日本ライセンシーとなった「SPEEDO」が新型水着「レーザー・レーサー」を発表し、中村礼子（アシックスと契約）は新型水着を試したが、北島はミズノ製の水着を着用し続けた。また、2008年5月18日に、東京辰巳国際水泳場で行われた競泳早慶戦にオープン参加したとき、北島は日本選手権用の旧タイプ水着を着用した。試合後のインタビュー会見を開いた。そのときに、例の「SPEEDO」新型水着に関して質問が集中するなどメディアが騒ぎ立てる水着問題に対して、北島は「正直言って、うっとい（うっとうしい）ですね。もっと違ったカタチで水泳に注目してほしい」と珍しくイラ立ちを見せた。2008年6月、「ジャパン・オープン」では、英語で「I AM THE SWIMMER」、中国語で「是我在遊泳」と書かれたTシャツでプールサイドに現れ、水着騒動に「泳ぐのは僕だ」と主張して一石を投じた。この大会では、途中までミズノ製の改良型水着でタイムが伸びなかったが、レーザーレーサーを着用して世界記録を更新した。6月11日、公式サイトで「北京オリンピックではSPEEDOの水着を着用しようと思います」と表明した。なお2012年に入り、かつて通ったスイミングクラブ経由での契約関係にあった「arena」陣営に今度は自らの意思で再移籍し、ロンドンオリンピックを含む2年契約を結んだ。柴田亜衣がデサントを退社し、同社がこれに代わる広告塔を求めていたこと、ミズノが経費削減の一環として日本人では社員である寺川綾を前面に押し出す戦略をとったことなどが影響した。