近鉄で廃車になった初期製造グループのうち、1997年に第1・第2編成、2002年に第3編成の計3編成が譲渡された。形式記号（モ・クをモハ・クハに変更）以外は近鉄時代の番号で大井川鐵道16000系電車として大井川本線の普通列車に使用されている。近鉄時代は「特急」表示のあった電照式表示器部分に「金谷-千頭」（2014年3月からは種別表示に変更）との行先を表示しており、ワンマン運転対応改造に伴う最前部1列の座席の撤去とトイレ・洗面所・車販準備室の封鎖を実施した以外は、塗色をはじめ内外装ともほぼ近鉄時代そのものの状態で運用されている。第1・2編成はリクライニングしない回転式シートで、第3編成は座席のリクライニング機構もそのまま残っている。譲渡当初は急行列車に積極的に使用され、2003年の電車急行廃止後は普通列車の主力として活躍している。なお、16001Fは2014年（平成26年）9月頃から運用を外れて新金谷駅に留置されていたが、十和田観光電鉄から譲り受けた7200系に置き換えられ、2015年（平成27年）1月に廃車、新金谷駅から延びる大代川側線で解体された。
1981年5月23日、橿原神宮前 - 吉野間で16011-16111+16008-16108の4両で組成されたお召し列車が運転され、第32回全国植樹祭に出席する昭和天皇と皇后が16111号車に乗車した。お召し列車運転に先立ち、御座所の設置や、運転台窓ガラスならびに一部客室窓ガラスの防弾ガラスへの交換など、必要な改造が施された。これが16000系・16010系唯一のお召し列車運転の事例である。
車体デザインは当時製造されていた30000系・12410系に準じており、前面貫通幌にカバーを装着し、標識灯の形状や前面行先表示器も同一のものとしたが、側面行先表示器は設置されていない。塗り分けは、16000系と併結した場合の見た目の調和を考慮し、同系と同一とした。最大幅は2,740mmで16000系と同一だが、30000系などと揃えて屋根を高くして12400系と同様の連続冷房装置キセ（カバー）が採用されている。車内設備は、内装色や荷棚こそ30000系などに準じたものが採用されたが、座席は乗車時間の短さを考慮し、10100系の廃車発生品を流用した回転クロスシートをモケット交換の上で配置され、シートピッチも16000系と共通で運用することから同系と同じ935mm、乗降口のデッキも当時の16000系と同様に省略されている。主制御器は日立製作所MMC-HTB-10F電動カム軸式自動加速制御器、主電動機は三菱電機MB-3082-Aを搭載し、いずれも16000系と同一である。台車は新設計の近畿車輛KD-89・89A形シュリーレン式空気ばね台車が採用され、パンタグラフは下枠交差式の東洋電機製造PT-4811形を1基モ16011の連結面寄り屋根上に設置している。
2013年までに12両の除籍車両（内6両は近鉄で、2両は譲渡先で廃車解体）が発生している。1997年に後継車となる16400系が製造された際に、第1・第2編成の2両編成4両が代替廃車となり、これらは大井川鐵道へ譲渡された（後述）。2002年に第3編成が廃車され、第1・2編成同様大井川鐵道に譲渡された。2005年1月には第4編成が廃車となったが他社への譲渡はされず、廃車後は16000系で初めて解体された。さらに、2013年11月24日をもって第5・第6編成の2両編成4両が引退し、翌12月までに解体された。なお、引退当日は両編成を使用したラストラン･撮影会が開催された。2019年4月1日現在、2両編成2本 (16007F・16009F) 4両と4両編成1本 (16008F・16051F) の合計8両が在籍し、古市検車区に配置されている。
宝暦7年（1757年）11月、江戸から用人大野舎人が郡上に戻った。大野は宝暦7年12月3日（1758年1月12日）に明方筋、下川筋の村方三役全員を呼び出し、駕籠訴の吟味で、駕籠訴人と30名の村方三役代表は御定法に従って33か条の願書を取り下げたためお許しを貰えたのにもかかわらず、駕籠訴人は未だに判決を待っており不届きであるとし、この申し渡しを各村々に広めるように命じた。なお、上之保筋の村方三役が呼び出されなかったのは、上之保筋では一揆勢が「定」を制定した自治状態となっており、藩の統制が効かなくなっていたためと考えられる。大野は引き続き駕籠訴人5名と30名の村方三役代表を呼び出した。これは駕籠訴人と村方三役代表を対決させることによって、駕籠訴が受理されたとの駕籠訴人の主張を覆すことを狙ったものであったが、宝暦7年12月15日（1758年1月24日）、東気良村善右衛門、切立村喜四郎、前谷村定次郎、東気良村長助、那比村藤吉の5名の駕籠訴人のうち、上之保筋の切立村喜四郎、前谷村定次郎両名の駕籠訴人は出頭せず、結局駕籠訴人と村方三役との対決は実現することなく駕籠訴人と村方三役とも翌日には各村へと戻り、大野舎人のもくろみは失敗に終わった。