伝記『トルストイ』(1897)の中では、「文豪、博大新警なる思想家、真理の使徒、人情の勧化者、此翁実に前人の足跡を踏まえぬ、大なる霊魂である」と評しており、1905年に伊香保に居した間は福音書とトルストイの著作を熱心に読み、この12月には自著の『トルストイ』と『不如帰』の英訳を送り、翌1906年1月に手紙を書き、3月に思い立ってパレスチナ巡礼とトルストイに会うための旅行に出る。当時のエルサレムの町並みの不潔さには「エルサレム城内の瞥見には、人をして一炬に焼かんと欲っせしむ」と嘆いたが、ガリラヤ地方には「詩的ガリラヤよ。爾の土地は肥へ、爾の山は穏に、爾の湖の水は清し。」と感動を記している。続いてコンスタンチノープル、バルカン半島を経て、ヤスナヤ・ポリヤーナにトルストイを訪ねて、家族ぐるみの歓待を受け、トルストイと一緒に泳いだヴァロンカ川の川岸の小屋の壁に、わがためのヨルダンなるや生れ出でて　うぶ湯に浴びしこのヴァロン川という詩を書き残した。この旅程の紀行文『順礼紀行』は、日本人による最初のパレスチナ旅行記であり、ガリラヤの地において「自然児基督、詩人基督、田舎漢基督、平民基督」と呼びかけたのは、トルストイの汎神論的な思想や、横井時雄らのユニテリアンの影響も指摘されている。やがて1918年にはトルストイを棄て、また自身と愛子はアダムとイヴの生まれ変わりであると宣言した。さらに1919年には「日子と日女」と称するようになり、「土着の「神道的」汎神論」に回帰していく。
1889年に上京して民友社社員となり、校正、翻訳などの仕事をしながら、兄の主催する「文学会」にも参加し、坪内逍遥、依田学海、矢野龍渓、山田美妙などに引き合わされ、また翻訳の伝記『如温武雷土（ジョン・ブライト）』『理査土格武電（リチャード・コブデン）』を出版した。1890年には兄の発刊した『国民新聞』に移り、外国電報や小説の翻訳をした。1891年にキリスト教と決別し、この頃からゲーテやユーゴーなどヨーロッパ文学に親しみ、中でもトルストイ『戦争と平和』を英語で読んで傾倒するようになる。1894年に縁談により原田愛子と結婚。自然に親しみ、「写生帖」の各編を『国民新聞』に発表し始め、また民友社の『家庭雑誌』『国民之友』などに雑文を書いていた。1896年に兄蘇峰がヨーロッパを歴訪し、トルストイとも会談し、健次郎はその記録に感銘を受け、トルストイの伝記を執筆する。1897年に逗子に転居。1898年に紀行文や自然描写文を集めた『青山白雲』を刊行、11月から翌年5月まで『国民新聞』に、逗子の自宅で来客の婦人の語った噂話のエピソードを元にした小説「不如帰」を連載する。1900年に「不如帰」を全面改稿して出版し、これが当時の家庭小説の流行も相まって大きな反響を得て、続いて「灰燼」「おもひ出の記」を連載、「おもひ出の記」も名作として愛読され、多くの青年に影響を与えた。また写生文を集めた『自然と人生』を刊行し「キリスト教の感化を受けた清新な感情で自然を描写」（中村光夫）で高く評価され、この年に民友社を退社して文筆に専念、また原宿に転居する。1898年に『国民之友』に連載した、ビヨルンソン『ゾルバッケン』の翻訳「野の花」（未完）を、田山花袋は「一時私達の憧憬するところとなった」と評している。『不如帰』は1901年に高田実一座、1903年に劇団新派でも公演されて、旅芝居や映画にもなり、さらに人気を高め、1909年には100版を重ね、刊行後30年で185万部を売り上げるベストセラーとなった。
当時のアメリカ合衆国大統領バラク・オバマは、弔辞の中でシク教徒のコミュニティもまたアメリカ国民の一部であると述べ 、8月10日まで連邦の施設に半旗が掲げられた 。オバマは暴力を減らすにはどうすべきかを我々で考えるべきだと述べたウィスコンシン州知事のスコット・ウォーカーとその関係者も、犠牲者やその遺族に対する哀悼の意を述べた。当時の駐インド大使だったナンシー・ジョー・パウエルは、ニューデリーにあるバングラ・サヒブ・グルドゥワラ にて犠牲者に祈りをささげた。インドでは、当時の首相マンモハン・シンは、シク教徒の寺院で起きたこの事件に対して心を痛めていると述べ、インドは今回の襲撃を非難し、平和を愛するすべてのアメリカ人の味方であるとした 。また、この事件を受け、インドのシク教徒の間ではアメリカに対する抗議活動や追悼集会が行われた 。8月９日には、インド議会とニューデリー議会は、今回の事件の犠牲者の遺族に対する哀悼の意を述べた 。シク教の最高司祭であるJathedar Giani Gurbachan Singhは、アメリカ合衆国の警備上の不備によってこの事件が発生したと述べ、アメリカ合衆国にいるシク教徒に対し、寺院のセキュリティを強化するよう呼びかけた。オーククリーク市内のシク教徒たちは、この事件は自分たちのコミュニティに衝撃を与えたと話した。アメリカに住むシク教徒の多くはインドでの反米活動に賛同しておらず、国旗を燃やすなどの抗議行動を強く非難した 。アメリカを拠点とするシク教徒のコミュニティ組織は犠牲者や遺族の力になると誓い、アメリカのシク教徒たちへ宗教を超えた追悼集会を実施するよう呼びかけた 。また、これらの組織からウィスコンシン州へ緊急対応チームが派遣された。非シク教系のアメリカ人たちは、シク教徒に賛同するために追悼集会を開き、州知事であるスコット・ウォーカーも参加した  。下院議員のポール・ライアンは、ホワイトハウスが無分別な攻撃としたこの事件を非難する議案を提出した 。2012年9月19日、ディック・ダービンは上院司法委員会の憲法・市民権および人権に関する司法小委員会を招集し、ヘイトクライムについての議会聴聞を実施した。事件後、犠牲者の1人の息子である、映画監督のアマーディープ・カレカは政治活動をはじめ、銃規制の強化やヘイトクライム撲滅のための新たな規制を訴えている。カレカは、オバマが他の銃乱射事件の現場を訪れたのに、シク寺院を訪れなかったことに関して批判しており、2014年アメリカ合衆国下院議員選挙にウィスコンシン州第一区から立候補し、当時現職の下院議員だったポール・ライアンと争った。