2歳の5月時に門別競馬場で初出走し、続くオープン戦では7番人気ながら2着と好走、次走の栄冠賞で重賞初勝利をあげる。その後、初のJRA重賞出走となった函館2歳ステークスでは初芝ながら中央馬相手に4着と善戦した。函館2歳ステークス後はリリーカップ3着、フローラルカップ優勝を経て、交流重賞のエーデルワイス賞に出走し優勝、その後の北海道2歳優駿でも優勝し史上2頭目となる北海道2歳ダートグレード競走連勝を果たす。
選手は1チームにつき5人＋ゴールキーパー1人である。プレイヤーがコントロールできるのは選手のうち1人だけ。コントローラーのBボタンを押したときに、その時点で最もボールに近い位置にいる選手をコントロールすることができる。それ以外の選手はコンピュータの判断により自動的に動く。シュート、パスなどはキックによる物の一つのみでヘディングによるシュート、パス、ディフェンスは存在しない。ボールは跳ねたりはしないためプログラムの仕様上コーナーキックは発生しづらい。ゴールキーパーは常時コントロールすることができるがパンチングによる守備はなくボールに触るとキャッチする。ペナルティーエリアの外に出させることはできない。ロスタイム制度がないがオフサイドの反則はプログラムされている。時間内に決着がつかなかった場合、PK戦となる。それでも決着がつかなかった場合は引き分けとなるが5回を過ぎたら終了となる。
1996年は、開幕当初は二塁手での起用だったが新外国人のジェフ・マントが開幕から一ヶ月で解雇されるなどがあり、シーズン途中から三塁手に定着。打率.270、7本塁打、24打点を記録し、巨人の野手では原辰徳以来15年ぶりのセ・リーグ新人王受賞。巨人の野手の新人王は2009年に松本哲也が受賞するまで10年以上現れなかった。同年の阪神戦で久慈照嘉のサードゴロをトンネルしサヨナラエラーをしてしまい悔しさで顔をしばらく上げられないほど落ち込んだが、それ以来守備の意識が高くなった。8月16日の対ヤクルト17回戦では12回に山本樹からサヨナラ本塁打を放った。日本シリーズではチームは敗れ日本一を逃したものの敢闘賞を受賞した。1997年に二塁手に転向。7月19日のヤクルト戦では、巨人キラーの石井一久に対して、松井秀喜以外はすべて右打者を並べるという監督の長嶋茂雄の采配のためにレフトを守った（二塁が元木大介、三塁が石井浩郎）が、その試合で池山隆寛の高い飛球をランニング本塁打にしてしまい、その後二度と守ることはなかった（試合後、長嶋は自分の起用ミスのせいであると仁志を庇い、先発の斎藤雅樹に謝罪した）。同年は打率.242と前年より下がったが、10本塁打、39打点と本塁打と打点は前年より上がった。小柄な体格だったがコーチの土井正三の熱心な指導もありこれ以降二塁手としての評価を伸ばした。1998年は106試合に出場し、打率2割7分台と再びアベレージを挙げ、11本塁打をマークした。1999年は打率.298を記録。また、守備面でも自身初のゴールデングラブ賞を受賞した。2000年は打率.298、本塁打20本、日本シリーズでは優秀選手賞も受賞。2001年も20本塁打、盗塁20。2002年から原辰徳が監督に就任。投手の左右を問わず安定した働きを見せていた清水隆行を1番に固定し、仁志を2番で起用する構想を打ち出す（原曰く「1番打者が2人いるような打線」を組もうとする構想）。しかし打撃不振に陥った挙げ句に故障してしまい、二岡智宏が2番に起用された。復帰後は7・8番に定着し、規定打席には僅かに及ばなかったものの得点圏打率.320と活躍したほか、リーグ2位の22盗塁で盗塁成功率100パーセントを記録（盗塁数20以上での成功率100パーセントはセ・リーグ初）した。なお規定打席に到達しなかったのはプロ入り初である。日本シリーズでも日本一に貢献した。この年もゴールデングラブ賞を受賞したが、これで1999年から4年連続で ゴールデングラブ賞を二塁手として受賞した。2003年も一時は首位打者になるなど順調なスタートを切ったものの、ジョージ・アリアスの飛球を捕った元木大介に激突し、シーズン早々に故障した。この年の故障は打撃・守備・走塁に尾を引いてしまい、欠場中や後半戦には俊足の鈴木尚広が起用されることも多かった。2004年、監督が堀内恒夫に交代。再び1番打者を任され、28本塁打を記録（106得点はリーグ1位）。一方で盗塁3、盗塁死10と脚力は回復できず、オフにFA宣言し、スコット・ボラスと代理人契約を結んでメジャーリーグ移籍を目指したが、同時にメジャー挑戦を表明した井口資仁に注目が集まったためか手を挙げる球団がなく、巨人に残留する。2005年も1番打者としてスタートしたが、4月の不振からセ・パ交流戦直前に9番仁志、1番清水に配置転換を迫られる。その交流戦こそ12球団選手中打率4位の成績を残すものの、セ・リーグ投手陣相手には苦しみ、後半戦には若手の台頭で6・7番を担当。シーズンオフに千葉ロッテマリーンズから小坂誠が移籍し、更に原が監督復帰した。2006年も2002年の清水・仁志の「ダブル1番構想」にこだわりをみせる。しかし不調のため、小坂に開幕スタメンを奪われる。仁志と小坂は同様に1割台後半の不調に陥り、小坂が2番打者として優先的に使われ、仁志起用時は7番・8番打者として使われることが多くなる。シーズン中盤に離脱した後は一軍に上がれず、手首も骨折した。64試合出場、打率.185、1本塁打、7打点、1盗塁と過去最低のシーズンとなった。監督構想からも外れ、自らトレードを志願して球団も受け入れ、同年11月6日、小田嶋正邦と金銭のトレードで横浜ベイスターズへ移籍。背番号は日本生命時代に着用していた「7」。