下谷御徒町の旧医学所跡に設置された。西洋医学教育を担当し、「本校」閉鎖後に制定された「大学東校規則・舎則」によると普通教育を履修する「予科」と、予科を修了した学生が進学する専門課程の「本科」からなり、両科はさらに正規課程を履修する「正則」と短期速修の「変則」に分けられていた。東校ではイギリス公使館附医師W・ウィリスを教師としていたこともあって当初はイギリス医学を中心としていたが、設立当初からドイツ医学採用を求める学内の声が高まり、明治4年（1871年）7月、「東校」への改称後、プロイセンよりミュレル・ホフマンらが招聘され教授として着任した。慶應義塾出身の松山棟庵（慶應義塾医学所校長、東京慈恵会医科大学創立者）も大学東校大教授として着任した。なお、この後も印東玄得などは慶應義塾医学所ではイギリス医学を試みた。その後9月25日（新暦11月7日）、東校は南校と同様にいったん閉鎖したのち学則を改正して10月に再開、入学試験を実施して学力優秀者の再入学を許可した。さらに明治5年（1872年）7月、変則の全廃とともに予科・本科における学科・課程の改定が行われ、これ以後はドイツ医学への転換が進行することとなった。8月の「学制」制定により東校は「第一大学区医学校」ついで「東京医学校」と改称されたが、ドイツ医学重視の流れは東京大学医学部に継承された。下谷の校地は東京医学校に継承されたが、その後、病院の所在地であった神田和泉町へ、ついで1876年（明治9年）に東大医学部の現在地である東大本郷校地に移転された。
神田一ツ橋（錦町）の旧開成所跡に設置された。洋学教育を担当し、明治3年7月の「本校」閉鎖後に制定された「大学南校規則」によれば、外国人教師による外国語の課程である「正則」、日本人教師による日本語の課程である「変則」から構成され、外国語学・西洋地歴・数学などを科目とする「普通科」修了ののち法理文の各「専門科」に進学することになっていた。また、同年以降、各藩からの貢進生募集（259藩より300余名）や海外への官費留学生派遣（日本最初の欧米留学生は南校からの派遣である）などの施策も行った。明治6年には明六社へ参画。その後、文部省への移管と「南校」への改称（明治4年7月）をへて、9月25日（新暦11月7日）に南校は一時閉鎖され10月に再開された。この時「変則」課程は廃止されて「正則」のみとなり、また貢進生制度も廃止され新たに学生が募集され入学試験により入学が許可された。当初予定されていた「専門科」の設置は、それを修める程度の学力に達する生徒がほとんどいなかったため放棄され、「普通科」すなわち外国語教育に重点がおかれることになった。この結果南校はフルベッキの指導下で、中等学校相当の学校となった。明治5年（1872年）の学制により南校は「第一大学区第一番中学」、1873年（明治6年）専門学校（後年の専門学校令に準拠した旧制専門学校とは異なる）となって開成学校と改称し、1874年ついで「東京開成学校」に改称された。開成学校への改称後、校地は東京大学法理文3学部に継承された（その後現在地の東大本郷校地に順次移転）。
社長退任後も引き続きウェリントンの取締役会に所属していたボーグルは、他の経営陣との話し合いを続け、最善の商品を提供していくことの重要性と信念を伝え続けた。何度も交渉を重ねた結果、最終的にウェリントンが運用するいくつかのファンドの販売と事務管理のみを担う、新たな子会社の責任者を務めることになった。これが、「バンガード」の始まりとなり、バンガード・グループは1974年9月24日に設立された。ボーグルが名付け親である社名「バンガード」の由来は、フランス革命戦争における戦闘の一つ「ナイルの海戦」での、英雄ホレーショ・ネルソン提督の率いた旗艦名である。ボーグルは会長と最高責任者を務め、27人の従業員と共に独自性と独立性を追求したバンガードのビジネスを始めた。創業してまもなくボーグルと同僚たちは、どのようなファンドを立てたら投資家に最も還元ができるかについて研究を重ねた。研究の結果、S&P 500のインデックスに連動するファンドのリターンを継続的に上回るアクティブファンドは存在しないという結論に至り、個人投資家用のファンドとしてS&P 500に連動するファンドを立てることに決めた。このファンドは従来のバランスファンドなどと異なり、S&P 500に含まれる500銘柄のみを保有、当時のアクティブファンドの年間平均経費率約2-3%に対し、年間わずか0.5%の経費率で提供することになった。この低コストを実現できた理由の一つは、アクティブに運用を担当するファンドマネージャーなどは存在せず、S&P 500指数に連動するだけという革新的な仕組みで運営のコストや手間を減らせたことからきている。前代未聞の運用モデルのこのファンドは、「ファースト・インデックス・インベストメント・トラスト」と名付けられた。1976年にボーグルは、現在「S&P 500インデックス・ファンド」として知られているファースト・インデックス・インベストメント・トラストを設定後、米国中を巡り数々の証券会社に提案したが、業界でのこの革新的な試みは、伝統的な証券会社からは中々良い反応が得られず苦戦をした。また、当ファンドは設定当初たった1,400万ドルしか投資家の資金を集められず、周囲はボーグルにこのような低コストのインデックス・ファンドでビジネスを行うことを、諦めるように提案したといわれている。「ファンドを償還して、投資家に返したらどう？」と多方面から言われ続けたが、ボーグルはファンドを運用し続けることにした。しかし、人々の批判は続いた。運用資産の初期目標（1億5,000万ドル）の10分の1にすら到達できていなかったファースト・インデックス・インベストメント・トラストは、多くの人に「ボーグルの愚行」と言われ、「インデックス・ファンド自体がアメリカらしくない」と激しく叩かれた。この批判の根源には、市場に連動する「平均的」なリターンでは満足せず、「最も高いリターンを求めることこそがアメリカ流の投資である」という考えがあった。それでもボーグルは、ファンドに込めた希望を決して捨てずに粘り続けた。そして1981年には、ファンドの設定以降ウェリントン・マネージメントに任せていたファンドのマーケティングと販売を、バンガードで全て一括管理することになった。その結果、ボーグルの熱意を直接投資家に伝えることができ、ファースト・インデックス・インベストメント・トラストは少しずつ成長し、設立から6年後の1982年、ついに運用資産が1億ドルを突破した。さらに1988年には10億ドルを突破し、時間が経つにつれてインデックス・ファンドとそのコンセプトが少しずつ投資家に受け入れられ、普及していった。