イギリス領インド帝国の法学者・裁判官ラダ・ビノード・パール判事は判決に際して判決文より長い1235ページの「意見書」（通称「パール判決書」）を発表し、事後法で裁くことはできないとし全員無罪とした。この意見は「日本を裁くなら連合国も同等に裁かれるべし」というものではなく、パール判事がその意見書でも述べている通り、「被告の行為は政府の機構の運用としてなしたとした上で、各被告は各起訴全て無罪と決定されなければならない」としたものであり、また、「司法裁判所は政治的目的を達成するものであってはならない」とし、多数判決に同意し得ず反対意見を述べたものである。パールは1952年に再び来日した際、「東京裁判の影響は原子爆弾の被害よりも甚大だ」とのコメントを残している。また、パール判決に関する論争として中島岳志、小林よしのり、牛村圭らによるパール判決論争がある。
徹底した親米派のハラニーニャ同意意見書では、刑が一部寛大にすぎると批判し、原爆投下が早期決戦をもたらしたとまで述べられた。これはパル反対意見書を批判する目的で書かれたとみられている。
判決はイギリス、アメリカ、中華民国、ソ連、カナダ、ニュージーランド、フィリピンの7か国の判事による多数判決であった。判事団の多数判決に対して、個別意見書が5つ出された。同意意見としてフィリピンのハラニーニャ意見書、別個意見としてウェブ意見書、パル、ベルト・レーリンク、アンリ・ベルナールは反対意見書を提出した。極東国際軍事裁判所条例ではこれら少数意見の内容を朗読すべきものと定められており、弁護側はこれを実行するように求めたが、法廷で読み上げられることはなかった。
証人にはドナルド・ニュージェント、大内兵衛、瀧川幸辰、前田多門、伊藤述史、鈴木東民、幣原喜重郎、清水行之助、徳川義親、若槻礼次郎、田中隆吉らがなった。また前満州国皇帝愛新覚羅溥儀も出廷した。ハバロフスクに抑留中の溥儀は中国からは漢奸裁判にかけられるかもしれないという脅威もあり、すべて日本の責任で自分に責任はないと証言した。8月21日にブレイクニ弁護人が溥儀の書簡を出して反対尋問を行うと「全く偽造であります」といい、重光葵は歌舞伎の芝居のようであったと回想している。溥儀も後の自伝で、自身を守るために偽証を行い、満州国の執政就任などの自発的に行った日本軍への協力を日本側によると主張し、関東軍吉岡安直などに罪をなすりつけたことを認めている。また自らの偽証が日本の行為の徹底的な解明を妨げたとして、「私の心は今、彼（キーナン検事）に対するおわびの気持ちでいっぱいだ」と回想している。アンリ・ベルナール判事は溥儀の証言について「溥儀は、満州国は最初から全て日本の支配下にあったと述べているが、彼自身がすでに、1932年3月10日に本庄[関東軍司令官]に対して同意を提案する書簡を書いているではないか。この書簡の署名が強制のもとになされたものであるという事実は証明されなかったのだから、溥儀が法廷で行った興味深い供述から生じたような結果などよりも、本官はその書簡によって示されたものを信じる」と述べている。
1946年6月4日、首席検察官を務めたジョセフ・キーナンは冒頭陳述において、この裁判を「これは普通一般の裁判ではありません」「全世界を破滅から救うために文明の断乎たる闘争の一部を開始している」、被告（日本軍部）は「文明に対し宣戦を布告しました」と述べた。キーナンは日本の不義なる体質を日露戦争にまでさかのぼって、侵略戦争をするのは国家でなく個人であると主張した。キーナンは陳述を終えるとすぐに帰国し、不在の間決定権は誰にあるのかわからない状態であった。英連邦検察陣はキーナンを尊大で自分が目立つことばかり考えていると語っていた。裁判の進行は遅く、ニュージーランドの判事や検事は検察のおよび裁判長の運営方法が問題であるとして辞意を示している。
タイトル・トラックの「矛盾、はじめました。」は、作詞を土岐麻子、作曲をさかいゆう、編曲をNegiccoプロデューサーのconnieとNegiccoバックバンドであるNEGiBANDが手掛け、そして演奏をNEGiBANDが担当。カップリング「楽園の余韻」は、作詞・作曲をconnie、そして編曲を「クリームソーダLove」（アルバム『Rice&Snow』収録曲）でマニピュレートを担当していた北園みなみがそれぞれ担当。シングルは初回限定盤A、初回限定盤B、初回限定盤C、通常盤、7インチの5形態でリリースされた。「矛盾、はじめました。」について、さかいは自身のブログで「自分でも歌いたいとてもステキな曲になって嬉しい」とコメントしている。初回限定盤Aは「矛盾、はじめました。」のミュージック・ビデオを収録したDVD付き。MVにはNegiccoの3人のほか、ゲストとしてEspeciaの冨永悠香と森絵莉加、2016年2月29日をもってEspeciaを離れた三ノ宮ちか、三瀬ちひろ、脇田もなり、PUMP!の仮谷せいら、lyrical schoolのmeiとyumi、さらに竹中夏海、しまおまほ、野本かりあ、日笠麗奈がそれぞれ参加。初回限定盤Bはやけのはらによる「Space Nekojaracy」やけのはらACID夢芝居REMIX、宮内優里による「おやすみ」remixを収録した“ReNegiCD”付き。初回限定盤Cは表題曲のみ収録のワンコイン・シングル（500円）。今作のジャケット写真とアーティスト写真はカメラマンの宮原夢画が撮影、帯コメントはジェーン・スーが手掛けた。また、ジャケットでのタイトルの英語表記では、アルファベットの“U”、“J”、“N”、“E”、“S”がそれぞれ逆になっている。