ジェノグラフィック・プロジェクトの初版（以下「Geno1.0」と称す）では、男性参加者は自己の父系を辿ることの出来るY染色体ハプログループの分析か、母系を辿ることの出来るミトコンドリアDNAの分析かどちらかを選択する仕様になっており、父母両系統の分析を希望する場合は、キットを2セット購入して夫々の分析を依頼する必要があった。女性参加者の場合は、Y染色体を持たないため、母系を辿ることの出来るミトコンドリアDNAの分析のみが可能であり、女性参加者が自己の父系の分析を希望する場合は、自身の父・祖父・兄弟などに依頼をして、その親族のY染色体を分析しなければならない。Y染色体の分析はGeno1.0の場合、12のSTR（マイクロサテライト）のマーカー（Y-DNA: DYS393, DYS439, DYS388, DYS385a, DYS19, DYS389-1, DYS390, DYS385b, DYS391, DYS389-2, DYS426, DYS392）の分析を基礎として、さらに基準となるSNPの分析を併用して結果を得る方式であり、ミトコンドリアDNAの場合はHVR1の分析を行う方式である。この為、Y染色体の場合、例えばハプログループD2という結果であっても、その下に続くD2a1bなどのサブクレードまではサポートしていない方式であった（ミトコンドリアDNAの場合も同様）。
同様に母から全く同じものを子供が引き継ぐのがミトコンドリアDNAであり、この場合父には「父の母」から引き継がれたミトコンドリアDNAが存在するものの、父から子には引き継がれず、母の持つミトコンドリアDNAと全く同じものを子供が引き継ぐため、子孫に女性が生まれ続ける限り、母系に由来するハプログループが何千年にも渡って世代間に引け継がれる。この場合も物理的にはアナログコピーの連続となるため、どこかの世代で複写ミスが起こったものが、さらに引き継がれるので、その痕跡のバリエーションを多数採取して体系化したものがミトコンドリアDNAのハプログループと呼ばれるものである。これらのデータは単独ではあまり意味を成さない。しかし、全世界の民族に対して包括的に行うことによって地域的特性などが浮き彫りとなり、人類の拡散と移動の経緯を明らかとすることが出来る。特に、他民族との混血が少ないと思われる少数民族の遺伝子データはマッピングの指標として有用である。
ジェノグラフィック・プロジェクトでは、個々の人々との祖系関係を識別にする指標に遺伝子マーカーを利用している。ヒトの常染色体DNAは、父母の両系からの遺伝子を組み合せながら受け継がれるため、世代が離れるほど、遺伝的要素が薄められていくが、父から引き継がれるY染色体は、母体に存在しないため、父系が続く限り（子孫に男性が生まれ続ける限り）父と全く同じものを引き継ぐことになる。しかし、世代間によって成されるY染色体の複製は、物理的にはアナログコピーの繰り返しとなる為、何千年に一度の割合で、複写ミスが起こる。しかし、その多くは直ちに生存を脅かすものでは無いため、その偶発的な複写ミスの痕跡は、そのまま男系子孫に何百世代にも渡って受け継がれるため、その痕跡のバリエーションを多数採取してハプログループとして比較をすれば、相互の分岐関係がわかるというものである。これを体系化したものがY染色体ハプログループと呼ばれるものである。
以上のように、低価格で誰にでも扱いやすく簡単なプロセスを経て自己の父系もしくは母系の祖先の手掛かりを知ることが出来るため、欧米を中心として急速に自己のハプログループや歴史上の人物、有名人のハプログループなどに関する興味が高まるきっかけとなった。日本ではフジテレビジョン系列で人類の足跡である南アメリカ・チリナバリーノ島からタンザニアまで（北ルート）のおよそ5万キロを逆ルートから遡って行く『グレート・ジャーニー』という、紀行ドキュメンタリー番組がシリーズとして放送された。
第二次世界大戦が激化する中、1944年6月11日のセントルイス・カージナルス戦で、ジョー・ナックスホールが15歳10ヶ月11日というMLB史上最年少でマウンドに上がった。1アウトはとったもののその後に5点をとられて降板、その試合限りでマイナー落ちとなった。後にナックスホールは1952年に再びメジャーに昇格し、現役16年間で通算135勝117敗を記録、引退後はレッズの専属解説者を務めた。1940年代後半にはいると、上記の選手も次々と退団し、チームも次第に下降線を辿る。1945年には61勝93敗で勝率3割台に落ち込み、以降1955年まで勝率5割以下のシーズンが続いた。1950年代にはマッカーシズムの影響もあり、1953年にはチーム名もレッドレッグスと改名した。レッズが共産主義者を指す言葉でもあるため、赤狩りの対象となるのをレッズのオーナー達が恐れたものだった。後にマッカーシズムが終焉を迎えると、1958年には元のレッズという名称に戻っている。この頃チームを支えたのはテッド・クルズースキーで1954年には49本塁打・141打点で二冠王に輝いている。また当時、クルズースキーは自分でユニフォームの袖部分を切り、ノースリーブのユニフォームを着用して話題となった（190cm、110kgという体躯を誇ったクルズースキーにとってユニフォームの袖は窮屈でしかなく、自身のスイングの妨げとなっていた）。1956年、フランク・ロビンソンがメジャーデビューし、いきなり38本塁打を放つ活躍を見せ、新人王を受賞。チームも当時のナショナルリーグ最多タイ記録となる221本塁打を放った。その後ロビンソンはチームの主砲として活躍、1965年限りでチームを離れるまでに通算324本塁打を記録した。1961年、前年のシーズン途中に就任したフレッド・ハッチンソン監督の下、久々のリーグ優勝を果たす。しかし、ワールドシリーズではロジャー・マリス、ミッキー・マントルのMM砲を擁するニューヨーク・ヤンキースと対戦し、1勝4敗で敗れた。1964年にはハッチソンが45歳という若さで亡くなる悲劇もあったが（後に彼のファイティング・スピリットを称えてハッチ賞が制定される）、この頃には後の黄金時代を支える選手たちが次々と現れ、チームも上位に進出する機会が多くなった。1963年にピート・ローズがメジャーデビュー、1967年にはジョニー・ベンチがメジャーデビューし、それぞれ新人王を受賞した。しかし、1960年代のワールドシリーズ進出は1961年の1度きりで、レッズが本当の黄金時代を迎えるにはもう少し待たなければならなかった。1969年からは東西地区制導入によりナショナルリーグ西地区所属となる。