この番組に欠かせない演出の「ゴンドラ」は3代目まで存在した。第1回から最終回までゴンドラの上に、白地に紺色で（「ロート」の部分のみ白抜き）、右のような形で番組とスポンサー名のロゴが掲げられた。またゴンドラの左側には、2問不正解者が座る失格者席、右側には10問正解者が座るハワイ旅行獲得者席（バックパネルにハワイのビーチの写真あり）が用意されていた。
西郷時代から登場。JNN各局のアナウンサーがリポーターを務め、その土地の風習やグルメなどを毎回1問ずつ出題していた。熊本放送からの出題は、同局のテレビ・ラジオで長年にわたってレギュラー番組を担当しているローカルタレントの大田黒浩一が務めた。
西郷時代後期に登場。「目で見るクイズ」の発展形というべきもので、1枚のイラストが、しりとりで次に続く名前の違うイラストへ段階的に変化していくので、何に変化していくのかを当てる。2問出題。
小池時代末期にあった、小学生視聴者からの投稿クイズ。当然ながら、クイズは小学生レベルの問題だった。投稿者には、番組特製の置時計（左に時計、右には番組セットのミニチュア）がプレゼントされた。なお、問題読み上げは当初は投稿者の肉声だったが、後に佐々木出題者が読み上げるようになった。
1975年10月12日放送分から設けられた。出場者の居住地にまつわる話題にちなんだ問題が出されるが、解答権は全員にあった。ゴンドラが灰緑1色時代は後半に行われたが、色分けされてからは前半に出題された。
1975年から数年間あった。5問出題され、設問が本当か嘘かを当てる問題。簡単そうな問題だが「引っ掛け問題」もあり、間違えて0点になったり「お出」になる人も多かった。
「最近のヒット曲」、「今の季節にふさわしい曲」など、テーマを決めて3問出題された。ほとんどは曲の「題名」を答えるものだったが、歌謡曲を「歌っている人」、あるいは「作曲者」や「歌詞の続き」を答えることもあった（1問目は「題名」、2問目は「歌っている人」、3問目は「作曲者」を答えるということもあった）。西郷時代は「サウンドクイズ」というタイトルで、当初はいろんな音を当てる問題だったが、後に音楽に戻っていた。また、出題は3問まとめて行われていたが、西郷時代の末期になると番組中のどこかで出題されるようになっていた（「ではここで、〜をお聞きいただきます」で開始。直前の問題と関連した問題として出題されることもあった）。
1966年8月7日放送分から実施。画像を見ながら答えるもので、2問出題（この問題のみ問題を読み上げる出題者の顔を見ることができた）。1問は絵を見て当てる三択、もう1問はある物の部分をスライドで5枚見てもらい、それが何かを当てた。後に、アシスタントがホワイトボードに線を描いて道府県や島の名前を当てる問題、有名人の顔写真を分解したものを見てもらいそれが誰かを当てる問題、VTRを見て都市や島、建造物の名称を当てる問題なども追加された。司会が西郷になってからは内容が一部変わった。
シルエットクイズと同時期に登場。ボーナスクイズの一つで、毎回ゲスト本人から出題された。正解するとゴンドラが2段上がった。当初はシルエットクイズに続きゲストに関係する問題を3問、そしてゲストへのインタビュー後にこのクイズという流れだったが、ゴンドラが色分けされてからは最終問題となった。ちなみにゲストへのインタビュー後に自身が問題を出題するという流れは西郷時代末期に復活したが、正解しても1段階しか上がらない単なる通常問題であった。
劇場版第1作の撮影のために、ドゥカヴニーとアンダーソンがシーズン5の撮影現場に来れないという事態が多々生じた。例えば、第3話の「アンユージュアルサスペクツ」と第15話「旅人」は過去の出来事を描いたエピソードであるため、2人の出演時間はかなり短いものとなっている。実際、「アンユージュアルサスペクツ」は主役2人が映画撮影のためにロサンゼルスにおり、バンクーバーに来れない状況を乗り切るために製作されたエピソードであった。思案の末、第3話をローン・ガンメンの過去を描いた回にすると決めた製作サイドは、ヴィンス・ギリガンに脚本の執筆を任せた。なお、第6話「クリスマス・キャロル」と第10話「ドール」において、ドゥカヴニーの出演時間が短いのも、映画版の撮影があったためである。第5話「プロメテウス」はクリス・カーターが脚本と監督を務めたエピソードで、全体が白黒で撮影された。これはジェームズ・ホエールの『フランケンシュタイン』へのオマージュである。グレースケールでの撮影となったために、撮影監督のジョエル・ランザムは光源の調整に通常以上の時間を費やした。『フランケンシュタイン』シリーズの雰囲気を醸し出すために、劇中の天候は暴風雨となっていたが、これはCGによるものである。また、カーターは広角レンズを入れたカメラを使用し、俳優たちにカメラに向かって演技するように命じた。こうした演出によって、今までのエピソードよりも超現実感を表現することができたとカーターは回想している。シーズン5最終話「ジ・エンド」以降、『X-ファイル』はバンクーバーではなく、ロサンゼルスで製作されることとなった。これは「家族との時間を大事にしたい」というドゥカヴニーの要望を受けてのことであった。チェス大会のシーンでは、地元のファンたちがエキストラに起用されたが、これはバンクーバーへの感謝の思いを込めてのことであった。ロケ地として使用されたのはロジャーズ・アリーナ（バンクーバー・カナックスの本拠地として知られている）であった。スタッフたちはエキストラに志願する人を5000人前後と見積もっていたが、実際には1万2000人以上の志願者が出た。「ジ・エンド」で監督を務めたR・W・グッドウィンはエキストラに指示を出す際に、アリーナのビデオスクリーンを使用した。撮影の合間の休憩時間には、スクリーン上に特別映像が映し出されたのだという。また、ドゥカヴニーとアンダーソンに質問できる時間や小道具の競売の時間がとられた。バンクーバーで5年間ともに仕事をしたスタッフたちとの別れを惜しんだクリス・カーターは、第2チームの監督として「ジ・エンド」の製作に参加した。