1657年（明暦3年）、明暦の大火により焼失し、浅草に移転。「浅草本願寺」・「浅草門跡」と称されるようになり、21の支院と35の塔頭を抱え、境内は1万5000坪に及んだ。その伽藍は、江戸後期の天保年間に出版された浮世絵師・葛飾北斎の連作『富嶽三十六景』に「東都浅草本願寺」として描かれている。1868年（明治元年）には、渋沢成一郎や天野八郎などの旧幕臣ら百数十名により、大政奉還後、上野寛永寺に蟄居していた徳川慶喜の擁護を目的とする「彰義隊」が結成され、その拠点となった。1875年（明治8年）、明治天皇の臨幸のもと、日本で最初に開かれた「地方官会議（知事会議）」の議場に使用される。1894年（明治27年）、日清戦争に際し俘虜収容所となり、清国捕虜179名を収容。僧侶・小栗栖香頂は、毎月彼らに中国語で説教した。1914年（大正3年）、第一次世界大戦に際し再び俘虜収容所となり、ドイツ捕虜計314名を収容。収容所長・西郷寅太郎。翌1915年（大正4年）、収容所は千葉県習志野に移転。1923年（大正12年）9月1日、関東大震災により本堂等を焼失。1939年（昭和14年）、焼失した本堂を鉄筋コンクリート造りで再建する。1945年（昭和20年）、空襲により本堂内部を焼失する。1953年（昭和28年）、焼失した本堂内部を再建し、荘厳が整う。
1651年（慶安4年）、東本願寺第12世教如が神田に江戸御坊光瑞寺を建立したのを始まりとし、その後、京都の東本願寺の掛所（別院）となった。
1896年コロンビア大学の講師になり、1899年教授に昇進する。分立していた学部の統合の申し出がかなってアメリカで最初の人類学の博士課程が設置される。その間関連する分野をまとめるアメリカ人類学会（AAA）の設立にも尽力する。学会ではマク・ジー（W.J. McGee ）が影響力をもち、会員は人類学者だけにしようとしたが彼の意向で人類学者でなくとも入会できることになった。1902年マク・ジーが会長、ボアズが副長になった。（以下プトナム、パウエル、ホルムズが続く）人類学の四部門として自然人類学、言語学、考古学、文化人類学を掲げた。
隋の大業末年、神通は長安にいた。617年、李淵が太原で起兵すると、神通は隋の官吏の捕縛を逃れるため、鄠県の南の山に入った。史万宝・裴勣・柳崇礼らと呼応し、司竹の賊の何潘仁と結び、平陽公主の兵と合流して、鄠県を平定した。関中道行軍総管を自称し、史万宝を副総管とし、裴勣を長史とし、柳崇礼を司馬とし、令狐徳棻を記室とした。李淵がこれを聞くと、神通は光禄大夫に任ぜられ、趙興郡公に封ぜられ、食邑二千戸を受けた。唐軍が長安を平定すると、神通は宗正卿に任ぜられ、食邑五千戸に加増された。まもなく左領都督に転じ、皇城の宿衛をつかさどった。618年、唐が建国されると、右翊衛大将軍に任ぜられ、永康郡王に封ぜられた。さらに淮安郡王に改封された。山東道安撫大使に任ぜられ、黄門侍郎の崔幹を副使として、魏県で宇文化及を討った。宇文化及が聊城に敗走すると、神通は北に追撃し、宇文化及は食糧が尽きて降伏を願い出たが、神通は受けいれなかった。崔幹は降伏を容れるよう勧めたが、神通は「わが軍は長く雨露に耐えてきたが、いま賊は食糧も尽き、旦夕のうちに勝利できよう。これを撃破すれば、玉帛で戦果に報いることもできる。もし降伏させてしまったら、わたしはどこから手を借りたらいいのか」と言って受け入れなかった。崔幹はさらに「宇文化及を平定する前に、竇建徳がやってくる可能性があり、そうなると我らは両賊の間に挟まれて危険に陥ります。いま玉帛を貪ろうとしたために、敗れることとなるでしょう」と言った。神通は怒って、崔幹を軍中に捕らえた。たまたま宇文士及が済北から許軍に補給したので、宇文化及は勢力を回復した。神通は兵を進めてその城塁に迫り、貝州刺史の趙君徳を先頭にして城壁に取りつかせたが、神通は趙君徳が功績を立てるのを嫌って、戦闘をやめさせた。趙君徳は怒って罵りながら帰還し、聊城は再び堅く守られた。神通は兵を分けて魏州に派遣し、攻城道具を取りに行かせたが、途中で莘県の人々に敗れた。竇建徳の軍がやってくると、神通は軍を退かせた。二日ののち、竇建徳が聊城を抜くと、その勢力は膨張し、山東の州県は竇建徳になびいた。神通の麾下の多くは滅び、神通は退却して黎陽を守り、李勣を頼ったが、まもなく竇建徳に捕らえられた。のちに同安公主とともに唐に帰還した。621年、竇建徳が滅ぶと、河北行台左僕射として再び起用された。622年、秦王李世民に従って劉黒闥を討ち、左武衛大将軍に転じた。627年、開府儀同三司に任ぜられ、益州に別封五百戸を受けた。630年12月に長安の延福里の邸で世を去ると、司空の位を追贈された。諡を靖といった。631年12月11日、雍州三原県の万寿原に葬られた。