2016年4月1日に『全国部落調査』の復刻をホームページで予告した。同年3月22日、この動きに対して部落解放同盟ならびに執行委員長組坂繁之ら5人は「差別を助長する」として横浜地方裁判所に出版の禁止を求める仮処分を申し立て、3月28日これを認める決定が出された。示現舎は東京高裁に抗告を申し立てたが却下。同年5月21日、東京地方裁判所から訴状および関連文書が送達された。部落解放同盟および212名の「被差別部落出身者」が、示現舎に対して全国部落調査の公表中止と2億3320万円の損害賠償の支払いを求めるものであった。同年6月10日、部落解放同盟全国連合会（略称、全国連。解放同盟中央本部とは別団体）から示現舎に「糾弾状」が郵送された。訴額は3630万円が加えられ、合計2億6950万円となった。糾弾状には「確信犯には実力糾弾も辞さない」「やってもいいんだ!」などと記されていたとされる。
パーキンズの晩年は、担当した作家たちに先立たれつつ、スクリブナー社での編集生活を続けるというものだった。まず、働き過ぎと不摂生がたたったリング・ラードナーが、結核を再発させて弱り始めた。ラードナーは、結核に加えて不眠症・アルコール依存症などを併発し、1933年9月に亡くなった。トーマス・ウルフは1938年に亡くなった。S・S・ヴァン・ダインは、パーキンズに遺言の執行人を頼んだ数ヶ月後、心筋梗塞で亡くなった（1939年）。この頃、彼は愛読書の『戦争と平和』を何度も読み返している。1942年には、室内でも帽子を被るパーキンズの習慣を生む元となった、作家のウィル・ジェームズが亡くなった。1946年には、ハーバード大学の学友だったエドワード・シェルドンが亡くなっている。MGMからの契約を打ち切られ、様々な面で破滅していたフィッツジェラルドだったが、1939年には『ラスト・タイクーン』の概要をパーキンズに明かしていた。ところがフィッツジェラルドは、この小説が未完のまま、1940年12月21日に、愛人シーラ・グレアムのアパートで死去した（フィッツジェラルドは、直前に彼女のアパートへ転居していた）。法律的に疑義があったため、パーキンズは遺言の執行人こそ辞退したが、彼の娘スコティーが大学に通っている間の資金を手配したり、彼女の結婚式費用を支払ったりするなど支援を続けた。パーキンズの元にはグレアムから『ラスト・タイクーン』の遺稿が届けられ、彼はエドマンド・ウィルソンに編纂を依頼してこれを出版することにした。編集者としてのパーキンズは、自分が表に出ることをよしとしなかった。『ザ・ニューヨーカー』紙は、ウルフの生前にパーキンズの特集記事を書かないか持ちかけたが、この意向によって話が頓挫した。この企画に目敏く反応したのが批評家のマルカム・カウリーで、1944年に『ザ・ニューヨーカー』紙に掲載されたパーキンズの取材記事は、長らく影でアメリカ文学界を支えた彼の名を世間に知らしめることになった（→#発展資料）。記事のタイトル「ゆるぎなき友」は、ウルフの第2作『時と川について』の献辞から引かれ、紹介文が長かったことから異例の2回に分けて発表された。パーキンズは、自身の編集者としての直感が失われつつあることに気付いていた。また、長年心に秘めていたアイデアを作家に押しつけようとすることも多かったが、ほとんど上手く行かなかった。酒量が増えただけでなく、喫煙を続けたことで空咳が激しくなったり、手の震えが出たりと、身体的な衰えも見え隠れし始めた。1942年頃には、妻ルイーズとの隔たりも大きくなり、パーキンズは一層仕事に打ち込むようになった。編集者として有名になるにつれ、パーキンズに自作を編集してもらいたいとする作家も増え、その中には迷惑な人物も混じるようになった。何故自作を出版しないのか詰る人物も、個人的な相談を持ち込む者も、自分の文学観を押しつけようとする人物もいた。そんな中でもパーキンズは正気を保ち、唯一人エリザベス・レモンにだけ悩みを打ち明けた。1945年2月、パーキンズはジェームズ・ジョーンズと出会った。パーキンズは持ち込まれた処女作よりも、彼が手紙で明かしたプロットの方に興味を示し、これは後に『地上より永遠に』（1951年）として出版された。この作品の初稿を受け取った1946年末、咳が激しくなったり手が麻痺したりと、パーキンズの体調は更に悪化した。晩年のパーキンズは、ウルフの原稿に根気よく付き合ったような精力を欠き、丁寧な編集が出来なくなっていた。1947年6月、パーキンズは体調を崩して熱を出し、救急車でスタンフォード病院へ担ぎ込まれた。搬送前に彼は、娘バーサに『地上より永遠に』と、アラン・ペイトンの『泣け、愛する祖国を』の原稿を秘書のワイコフへ託すよう言いつけた（この2冊が彼の最後の仕事となった）。入院先で肋膜炎と肺炎を併発していることが分かったパーキンズは、翌日の6月17日午前5時に妻ルイーズに看取られて亡くなった。62歳没。葬儀は1947年6月19日にニュー・ケイナンの聖マーク教会で執り行われ、遺骸は近くのレイクヴュー墓地に葬られた。彼の死を知り、マーシャ・ダヴェンポートは、最新作 "East Side, West Side" をパーキンズに捧げた。残された仕事は、ハーバード大学時代からの友人で同僚のジョン・ホール・ホィーロックがその多くを引き受けた。また遺言執行者は、長年パーキンズの秘書を務めたアーマ・ワイコフが務めた。1950年、パーキンズの手紙を集め、書簡集 "Editor to Author" が出版された。編纂にはジョン・ホール・ホィーロックが中心となって尽力した。