ベルナール判事は、裁判後「すべての判事が集まって協議したことは一度もない」 と東京裁判の問題点を指摘した。オランダからのベルト・レーリンク判事は当初、他の判事と変わらないいわゆる「戦勝国としての判事」としての考え方を持っていたが、パール判事の「公平さ」を訴える主張に影響を受け、徐々に同調するようになっていった。「多数派の判事たちによる判決はどんな人にも想像できないくらい酷い内容であり、私はそこに自分の名を連ねることに嫌悪の念を抱いた」とニュルンベルク裁判の判決を東京裁判に強引に当てはめようとする多数派の判事たちを批判する内容の手紙を1948年7月6日に友人の外交官へ送っている。
ジョン・ダワーは「この裁判が公正であったかどうかについての意見の相違は、軍事法廷の手続きとしてなにを適切と考えるかという前提の違いに表れる。陸軍長官スティムソンでさえ、一般の法廷でふつうにある、さらには軍法会議にもあるような、訴訟手続き上の規則や保証もなしにこのような裁判が行われるとは想像だにしなかった。軍事法廷、あるいは軍事委員会の手法が採用されたのは、そうすることで、検察側にほかの状況では許されない手続き上の裁量が、とくに証拠の証拠能力有無の裁量が可能になるからである」とし、連合国は被告の主張を正当化することを妨害するために、証拠に関して制限を加えたと指摘し、「勝者によって緩められた証拠規則が、裁判に恣意性と不公正の入りこむ余地を与えた」ことは明らかであると批判した。極東国際裁判所条例13条に「本裁判において証明力あると認むるいかなる証拠をも受理する」とあり、英米法の証拠規則ほど厳格ではなかった。
通例の戦争犯罪との関連で指摘されている問題点は、部下の戦争犯罪に関する軍指揮官の「不作為責任」という概念である。軍指揮官（上官）の部下に対する監督義務違反の可罰性は「上官責任(Command Responsibility)」という概念として形成され、いくつかのBC級戦犯裁判において大きな争点となっており、東京裁判においても重要な意義を有していた。第二次世界大戦当時の国際慣習法では、指揮・命令をした者だけを問題にし、不作為犯に責任を負わせるまでには至っていなかった。国家が戦争を遂行する中で犯される犯罪は、実際に犯罪を実行する者が末端の兵士であるとしても組織の問題であって、組織の上層部の責任が問われるのは当然である。しかしこれが認められ国際条約として不作為による戦争犯罪に刑事処分を科す旨を定めたのは「戦争犯罪及び人道に反する罪についての時効不適用に関する1968年の条約」のことであった。
ラダ・ビノード・パール判事の意見書のように、第二次世界大戦の戦後処理が構想された際、アメリカが1944年（昭和19年）秋から翌年8月までの短期間に国際法を整備したことから、国際軍事裁判所憲章以前には存在しなかった「人道に対する罪」と「平和に対する罪」の二つの新しい犯罪規定については事後法であるとの批判や、刑罰不遡及の原則(法の不遡及の原則)に反するとの批判がある。また、戦後処罰政策の実務を担ったマレイ・バーネイズ大佐は開戦が国際法上の犯罪ではないことを認識していたし、後に第34代大統領になるドワイト・D・アイゼンハワー元帥も、これまでにない新しい法律をつくっている自覚があったため、こうした事後法としての批判があることは承知していたとみられている。
判事（裁判官）については中華民国から派遣された梅汝璈判事が自国において裁判官の職を持つ者ではなかったこと、ソビエト連邦のザリヤノフ判事とフランスのベルナール判事が法廷の公用語である日本語と英語のどちらも使うことができなかったことなどから、この裁判の判事の人選が適格だったかどうかを疑問視する声もある。A級戦犯として起訴され、有罪判決を受けた重光葵は「私がモスクワで見た政治的の軍事裁判と、何等異るなき独裁刑である」と評している。
的確なバットコントロールが持ち味。また、選球眼がよく出塁率も高い。DeNA入団1年目の2018年には、オープン戦での好調を背景に、公式戦の開幕から一軍でプレー。開幕当初には、スタメンで4試合に出場するなど、一軍監督のアレックス・ラミレスから高く評価されていた。4月14日の対中日戦（前述）にも「7番・右翼手」としてスタメンに起用されると、5回裏の第2打席で四球を選んで出塁。しかし、次打者の嶺井博希が放った打球（右飛）の判断を誤ったため、一塁へ戻れずにタッチアウトされた。この走塁ミスが試合の流れに水を差すことを懸念したラミレスは、7回表の守備から楠本を交代させると、試合後に楠本の登録抹消を決めた。ラミレスは、この措置について、「楠本に（この試合まで一軍公式戦での）安打は出ていないが、『スランプ（に陥っている）』とまでは思っていなかった。しかし、（前述の）走塁ミスを犯していては、試合の流れを相手チームに渡しかねない。野球は流れが重要なので、流れを相手に渡さないために（楠本を）交代した」と説明している（試合は2 - 0でDeNAが7連勝）。小中学校で同級生だった松井とは、別々の高校へ進学してからも連絡を取り合う仲である。楠本がドラフト会議でDeNAから指名された際には、松井からLINE経由で、「同じグラウンドで会えることを楽しみしている」とのメッセージが送られたという。DeNA入団1年目の5月31日には、自身の一軍復帰が横浜スタジアムでの対楽天戦と重なったことから、試合前に松井との再会を果たした。