旧ソ連の諸言語の表記は当初ラテン文字を採用していたものの、1940年にキリル文字が採用され、ソ連内の多くの言語でキリル文字が使用されていた。しかしソ連崩壊後、これら諸言語のいくつかにおいてふたたびラテン文字を導入する動きか活発になった。ウズベク語、トルクメン語、アゼルバイジャン語では、ソ連初期にアラビア文字からラテン文字に切り替えられ、その後1940年にソ連政府の言語政策の変化によりキリル文字に切り替えられたが、ソ連崩壊後、ウズベク語・トルクメン語においてラテン文字表記の導入が決定され、再びラテン文字への切り替えが進行中である（ただし以前定められたものと同一ではない）。モルドバ語においても同様にラテン文字から1940年にキリル文字化されたものの、1989年には再度表記をラテン文字に改めることが決定され、ふたたびラテン文字使用国となった。カザフスタンにおいてはソ連崩壊後もキリル文字の使用が続いてきたが、同国のヌルスルタン・ナザルバエフ大統領は2017年4月に、カザフ語の表記をラテン文字に改め、2018年には学校教育においてラテン文字の使用を開始し、2025年には完全にカザフ語表記をラテン文字に移行することを表明した。
日本語で単に「アルファベット」と言うとラテン文字のことを指すことが多い。「ローマ字」はラテン文字の別名だが、日本語をラテン文字で表記する表記法もローマ字と呼ぶ。基本26文字を英語の表記に使ったとき、「英字」と呼び、特に「英字新聞」という語でよく使われる。他の言語に対し同様の表現（「仏字」など）が使われることはまれである。「欧字」という表現が、日本産業規格（JIS）の規格票に見られる。
1993年に両国間の租税条約に調印。科学技術分野の協力と促進に関する二国間の科学技術協力協定を1995年締結。2000年に両国ともに航空協定に調印した。2015年10月時点で在留邦人数は1011名（東エルサレム除く）、2015年時点で在日イスラエル人5204名である。2006年7月に日本は平和への取組として「平和と繁栄の回廊」創設構想を発表し、これをイスラエルとパレスチナ自治政府との土地を巡る争いではなく、双方の経済成長とその取組に基づくものとした。シモン・ペレス副首相（当時）は2006年9月にビル・クリントン前アメリカ合衆国大統領（同）がニューヨークで開いた国際会議に出席した際、この構想に非常な関心を寄せた。2008年9月に、日本政府はイスラエル及びパレスチナ自治政府との会談で、本構想の主張を繰り返し、本構想を完成させるための取組を続けるよう双方に呼び掛けた。日本はまたエリコ近くに農産業施設を建設する特別な準備があることに言及し、2009年までに建設を開始したい旨述べた。2011年3月11日、日本の東北地方で東日本大震災が起こった。この震災で、外国政府として初めて医療支援チームを派遣したのがイスラエルであった。被災地の一つ、宮城県南三陸町に医師14名、看護師7名らから成る53名のチームが検査機器など自前の医療器材も持ち込んでクリニックを開設した。活動初日の3月28日、地元の日本人医療従事者との打ち合わせおよびクリニックの設営作業を行い、3月29日から4月10日にかけて、同クリニックを拠点に南三陸町で医療支援を行った。また、支援から引き揚げる際に、イスラエルから持ち込まれた医療機材が南三陸町の医療復興のために寄贈された。パレスチナ問題において日本はパレスチナを国家として承認していないが、2012年11月29日にパレスチナの国連での資格を「オブザーバー組織」から「オブザーバー国家」に格上げする決議案には、中国、欧州、フランス、イタリア、アラブ諸国と並んで日本も賛成票を投じ、賛成138票で採択された。この決議案に、イスラエルやアメリカ合衆国は、反対票を投じた。2014年5月にはイスラエルのベンヤミン・ネタニヤフ首相が来日し、天皇皇后両陛下（当時）や安倍晋三総理と会談を行った。両首相の会談では、安全保障分野での協力の加速や中東和平交渉に関して意見が交わされた。また、北朝鮮やイランを念頭にした安全保障に関する発言もあった。。中東和平で安倍首相とネタニヤフ首相はイスラエルとパレスチナの「二国家共存」による解決で一致した。その他、先進科学技術と宇宙関連機関での連携、イスラエルは東日本大震災の後に設けた輸入規制の撤廃を確認した。会談後に両首脳は、先進科学技術やイノベーションの分野での協力推進、サイバーセキュリティに関する防衛協力等など、包括的パートナーシップの構築に関する共同声明を5月12日に発表した。これを受けて2015年11月、大阪市に西日本イスラエル貿易事務所が開設された。天皇、皇后両陛下（当時）は会談で東日本大震災発生後に同国から寄せられた支援について、ネタニヤフ首相に感謝の意を表した。ネタニヤフ首相は「イスラエルと日本には共通点があります」として、ホロコーストとともに広島や長崎などの日本への原子爆弾投下を挙げた。このネタニヤフ首相の来日を契機に、同年6月にはイスラエル宇宙局長官が来日するなど人的交流等含む幅広い分野での包括的協力が前進している。2015年1月18日から20日に安倍総理夫妻がイスラエルを公式訪問、安倍総理とネタニヤフ首相との首脳会談が行われた。会談では、パリのテロでユダヤ人犠牲者が出たことに安倍総理から哀悼の意が伝えられ、共同声明に関する取り組みについての確認が行われた。安倍総理は19日の地元紙に「真の友からの提案」と題した寄稿をし、日本国外交官の杉原千畝や東日本大震災時にイスラエルから派遣された医療チームなどの歴史的な繋がりを伝え、中東が非常に重要な地域であることの証左として、就任2年間で5回目となる訪問であることを述べた。また、パレスチナ問題の解決に向けた協力を伝えた上で、ガザ紛争などの入植政策推進が及ぼす影響への懸念から、国際社会が国際法違反とみなす入植活動に配慮を求めた。中東和平の現状についてルーベン・リブリン大統領を表敬訪問、最終日にヤド・ヴァシェムを訪れ献花が行われた。両国間の経済発展を進める投資協定交渉が2015年末に合意され、2016年2月1日にモシェ・カハロン・イスラエル財務大臣と岸田文雄外務大臣による署名が行われた。2017年12月21日の国連総会でエルサレムをイスラエルの首都と認定したアメリカの決定撤回を求める決議が採択された際、日本も決議案の賛成に回った。なお、「賛成国への経済援助を打ち切る」と表明したアメリカのトランプ政権の圧力の影響で反対は9カ国、棄権は35カ国に上った。日本は、首都認定を巡るアメリカ国内の意見対立も背景にアメリカ側に「原則論」を説き、理解を求めた。