1845年、ビーグルは常設沿岸警備監視船として改装されエセックス州の沿岸からテムズ川河口北岸での密輸の監視のため関税消費税庁に移管された。ビーグルはローチ川の中流に係留された。1851年に川をふさいでいるので除去して欲しいという請願が出された。1870年に売却されて解体された。
6ヵ月後オーストラリア沿岸の調査のためにジョン・クレメンツ・ウィッカム船長の指揮の下出港した。最初は西部のスワン川とフィッツロイ川の間から調査が開始され、それからバス海峡の両岸を調査した。1839年5月にはティモール島対岸のアラフラ海沿岸の調査を行った。ウィッカムはビーグル湾とポートダーウィンを命名した。ウィッカムが病気になったため1841年3月にジョン・ロート・ストークスが指揮を引き継ぎ調査を続行した。3度目の航海は1843年に終了した。
当初はチャンタクリアーが2度目の南米調査を行う予定であったが、船の状態が悪かったためビーグルがその代わりとなった。ロバート・フィッツロイは宣教師として訓練したフエゴ島民をどのように帰すかを考えていた。1831年6月25日、彼は再び指揮官に任命された。1831年7月4日、ビーグルはフィッツロイ船長の指揮の下に就役した。ビーグルはすぐにドック入りし大規模な改装が行われた。新しい甲板が必要であったので、フィッツロイは上甲板をかなり、船尾は200mm、前は300mm上げた。チェロキー級の船は沈みやすいといわれていた。甲板を水がふちに集まらず速やかに排水されるように改装したことで、ビーグルは扱いやすくなり、またトップヘビーになって転覆する可能性も減少した。追加の覆いも船体に追加され、排水量は約7トン増加した。フィッツロイは費用を惜しまず、22個のクロノメーターや5種類の気圧計などを搭載した。ストークスの運命や自殺した彼のおじのことを考慮して、フィッツロイは当時船長という孤独な地位について心配していた。同行者を得ようとした試みは失敗し、彼はフランシス・ボーフォートに仲間になってくれる博物学者を探してくれるよう頼んだ。そうして、チャールズ・ダーウィンが同行することになった。ビーグルは1831年10月24日に出港する予定であったが準備の遅れのために出発は12月になった。12月10日に出港しようとしたが悪天候にあい、結局ポーツマスを出港したのは12月27日の午後2時であった。南米での調査終了後ビーグルはニュージーランド経由で1836年10月2日にコーンウォール州のファルマスに帰還した。
1825年9月、ビーグルはウーリッジでドックに入り5913ポンドをかけて新たな任務のための修理と改装が行われた。砲は10門から6門に減らされ、操船性の向上のため後マストが追加された。そのため、ブリッグからバークになった。1826年5月22日、ビーグルはプリングル・ストークス船長の指揮の下で最初の航海に出発した。この航海では、フリップ・パーカ・キングの指揮の下、ビーグルより大きな船アドヴェンチャー（380トン）と共にビーグルはパタゴニアとティエラ・デル・フエゴ諸島の水路調査を行った。フエゴ諸島の荒涼とした海域でのより困難な調査に直面して、プリングル・ストークスは深いうつ状態に陥った。マゼラン海峡のポート・ファミンで彼は14日間部屋に閉じこもってしまった。そして、12日間の精神錯乱状態の後、1828年8月2日に自分自身を撃ち死亡した。パーカ・キングがビーグルの副長W・G・スカイリングと共にストークスの後を引き継いだ。彼らはリオデジャネイロへ向けて出港し、そこで1928年12月15日にガンジスに座乗する南アメリカ方面の司令官ロバート・オットウェイ少将が彼の部下のロバート・フィッツロイ海尉を一時的にビーグル号の艦長に指名した。23歳の貴族、フィッツロイは有能な指揮官であり、また念入りな調査を行った。フエゴ島民の一団が船のボートを盗んだ時には、フィッツロイは彼らの家族を人質として捕らえた。結局彼は二人の男、少年と少女を一人ずつ捕らえ、その4人はイギリスへ連れて行かれた。1830年10月14日、ビーグルはポーツマスに帰還した。
最も古いポポフの発明した雷検知器（コヒーラ式雷検知器）は、真空管の発明によってコヒーラが実用の無線通信に供されなくなるとともに歴史上のものになり、またコヒーラの動作メカニズムが解明されていなかったことから、永らく上述の電磁波検出型のものとして認識されていた。しかし一方で理由はわからないものの、コヒーラを使うと簡単に高性能の雷検知器ができることから、その発明以来、改良のための試行が繰り返されていた。近年になって日本の通信工学系の研究者や技術者らによって、コヒーラそのものからの詳細な研究がなされた結果、コヒーラは独特のインパルス動作スイッチであり、コヒーラを「雷検出素子」として応用すれば、稲妻検知と稲妻発生予知の両方がひとつのコヒーラで可能であることが発見され、検出の心臓部であるコヒーラの大幅な改良、雷警報の自動発令・自動解除機能などが加えられ、その発明より100年以上を経て、実用に供されはじめた。コヒーラの感度限界より、遠方で発生する落雷の予知はできないが、特に電気・通信設備などに影響を及ぼす、1000メートル圏内程度での落雷を予知することができる。コヒーラは自体が避雷素子であることから頑強、すなわち簡単なアナログ回路構成により稲妻からの電磁波に加え、落雷発生前の急激な対地電位変動（電荷量変動）の直接検出ができるのが特長であり、上述のユーマン理論による、また電荷を検出するタイプの雷検知器に概ね共通して必要な外乱排除のための大規模演算回路を必要とせず、雷検知器設置点近辺での落雷の危険性判断を随時、高精度に行うことができる。このことから主に電気機器や電気設備の避雷制御、送配電系統のローカルな雷サージ監視制御用などに用いられるようになった。