2006年9月12日、ドイツの大学で行った講義の中で、ベネディクト16世はイスラム教の教えの一つであるジハードを批判する発言を行いメディアから批判を受けた。パキスタン議会は、9月15日に彼に発言の撤回を求める非難決議を全会一致で採択した。なお、発言にはイスラムを邪悪で残酷と評した14世紀の東ローマ皇帝マヌエル2世の「ムハンマドは、剣によって信仰を広めよと命じるなど、世界に悪と非人間性をもたらした」という言葉を引用している。2007年には就任後初めてイスラム諸国であるトルコを訪れた。前年の「ジハード批判」に反発するデモが発生するなど混乱が見られた。このトルコ訪問ではエルドアン首相、セゼル大統領と会談したほか、イスタンブールのスルタンアフメト・モスク（ブルーモスク）を訪問。その後、正教会のコンスタンディヌーポリ総主教庁を訪問、総主教ヴァルソロメオス1世と会談した。
2006年にアウシュビッツ強制収容所を訪問した。また2007年のオーストリア訪問時にも同国の首席ラビとともに同国内の強制収容所跡を訪問した。2011年にはイエス・キリストの生涯を書いた著書の中で「エルサレムの寺院の上層部とバラバの釈放を望んだ大衆だけがイエスを非難した」としるし、ユダヤ人全体が「キリスト殺し」に責任を負うものではないと結論付けた。マタイの福音書にあるイエスの処刑のくだりからユダヤ人は「キリスト殺し」の咎で迫害されてきており、1960年代にその論理は一旦否定されていたが、再燃を受けてベネディクト16世は改めてこれを否定した。
2007年1月24日にはアニメーションやコンピュータゲームを含む、エンターテインメント作品における過激な性表現や暴力を「卑俗で背徳的であり、不快」と非難する見解を表明している。しかし「人間の尊厳を広めるなど道徳的な内容での使用であればメディアは教育を支援できる」と発言した。
避妊、人工妊娠中絶、同性愛など社会的問題に対してはいずれも断固反対という立場をとっている。2009年3月にはHIVによる被害が深刻化しているアフリカ訪問中に、感染予防に用いられるコンドームの使用に反対すると述べた。この声明は世界保健機関およびアフリカ各国政府、カトリック教会の一部から強く批判されたため、教皇庁は釈明に追われた。12月24日、クリスマスミサ中に女性に飛びかかられ転倒する。
2008年12月24日、バチカンで聖職者向けに行った年末の演説で、ジェンダー理論に触れ、男性と女性との区別をあいまいにするとして批判した。この批判には、同性愛者や性転換者の権利が拡大していることへの懸念がある。神が各人に与えた性や性交渉のあり方を歪曲することは、自然破壊と同様であり、結局は人間の「自己破壊」に繋がるという見解である。ジェンダー理論への批判は、同理論の、性が（神の生まれつき与えたものではなく）社会的に構成されるという主張に限られている。
カトリック教会は第2バチカン公会議において、教会がエキュメニズムや異文化理解を促進しなければならないと方向転換をおこなった。教皇はこの思想が行きすぎたものになり、結果として過度の相対主義にいきつくことで、カトリック教会の存在の意味そのものが失われかねないと危惧しているといわれる。第2バチカン公会議以来ミサはラテン語の他、各国語で行うことができるようになり、現地の言語によるミサが急速に広まった。こうした中、7月7日、第2バチカン公会議による典礼改革以前のラテン語による最後のミサ典書の使用を限定的ながら認める自発教令「スンモルム・ポンティフクム」を発表した。これは前教皇による第2バチカン公会議前の典礼に親しみを感じる信徒への配慮（1988年に自発教令の形で使徒的書簡「エクレジア・デイ」）に続くものであるが、ラテン語ミサには賛否両論がある。
ベネディクト16世は史上初めてテレビを通じて信徒などの質問に答えたローマ教皇になった。2011年4月22日にイタリアのカトリック教会の番組に出演し、あらかじめ寄せられた質問のうち7つに応えた。そのうち日本の千葉県在住の少女から寄せられた東日本大震災に際しての質問「どうしてこんなに怖い思いをしなければいけないのか」には「私も同じように『なぜ』と自問しています。答えが見つからない」と言いつつも「我々は皆さんと共にある」と応えた。またネットにおいては2012年12月にツイッターのアカウントを9言語で取得。ツイッターを「福音を世界に宣べ伝える新しい窓」と位置付け、ツイートを開始した。
2011年、教皇着座後3度目のドイツ訪問ではローマ教皇としては初めて連邦議会で演説をすることになった。しかし左派政党を中心に50人の議員が教皇との主義の違いから欠席した。またグレーを基調とした議場に立つ白のスータンに赤い靴の教皇の姿に違和感を覚えるドイツ人もいた。2011年9月23日にはマルティン・ルターが修行をしたエアフルトのアウグスティーナ修道院を訪問しドイツ福音主義教会 (EKD) の幹部と会談した。しかしベネディクト16世は「外交官のように交渉ができると思ったら大間違いだ」とカトリックとプロテスタントの融和にたいしては強硬な態度を示した。
西武鉄道の糞尿輸送というと戦争末期から戦後にかけてのものが知られているが、実はそれ以前にも池袋線の前身である武蔵野鉄道が大正末期から昭和初期にかけて糞尿輸送を行っていたことがあった。それも当時他の会社が行っていたような片手間程度のごくごく小規模なものではなく、比較的規模のある輸送であった。この事実は当時の武蔵野鉄道の営業報告書や関係村役場文書にしか掲載されておらず、実態はほとんど不明であるが、断片的な情報によると次のようなものであったという。輸送は東京市が荷主となって行われたもので、加治村役場文書によれば1922年7月に入間郡農会と入間郡購買販売組合が東京市と契約し、糞尿引取り駅は東久留米駅、秋津駅、三ヶ島村駅、仏子駅、飯能駅であったことが記載されている。また1923年に東京市から有蓋車5両を借り受け、翌1924年に東久留米駅構内に専用の積み下ろし所と側線を造っている。輸送形態は不明であるが、借り受けた貨車が有蓋車であるところから、肥桶を積み込んで輸送するという戦前の典型的な方法によっていたとみられる。この輸送は1928年3月に廃止となり、同社の糞尿輸送は一旦中断されることになる。