1995年3月に発注されたモッドフラッグ（ModFrag）改修により、装備の更新・斉一化が図られた。戦術情報処理装置はSICONTA-IIに更新された。これはフランス海軍のSENIT-8の派生型であった。リンクYBによる戦術データ・リンクに対応している。またWSA-401武器管制システムと連接された。対空捜索レーダーはAESN社製のRAN-20S、対水上捜索レーダーはテルマ社製のスキャンターMiP、ESMもラカル社製のカトラスB-1Bに更新された。また通常航海用として、古野電気のFR-1942 Mk.2も搭載された。汎用艦型でもエグゾセがMM40に更新されたほか、対潜艦型のアイカラ対潜ミサイルは撤去された。またシーキャット個艦防空ミサイルも撤去され、かわって艦尾甲板にアルバトロスの8連装発射機が設置された。艦砲は、全艦が114mm砲1基装備に統一されたほか、高角機銃はシー・トリニティMk.3にアップデートされ、火器管制レーダーもRTN-30Xに更新された。
引退後はUFO、PRIDE、INOKI BOM-BA-YEなど、多くの団体やイベントに盛り上げ役として登場したり、猪木完全プロデュースによる「ジャングルファイト（MMA/VT）」をブラジルで開催するなどしている。2002年（平成14年）8月28日に行われた「Dynamite!」では、上空4,000メートル（夜間規制があったため発表は3,000メートル）からのスカイダイビングに挑戦。国立霞ヶ丘陸上競技場への着地に成功したが、その後「PRIDE」と絶縁。2003年（平成15年）12月31日には日本テレビ協賛で「イノキボンバイエ」を開催したが大失敗に終わり、格闘技プロデュースからは退いた。2005年（平成17年）11月14日に自身の持つ新日本プロレスの株式（全株式の51.5%相当）を株式会社ユークスに売却し、事実上新日本プロレスの経営から身を引いた。以降は自身が提唱したバングラデシュ興行が中止になる等、同団体への影響力は全盛時ほどは無くなりつつある。2006年（平成18年）4月、アメリカの新興総合格闘技団体IFLの世界大使に就任。IFL参戦のため、同年9月に自身が監督を務める東京サーベルズを結成。同時に、自ら企画した格闘技イベント「INOKI GENOME 〜格闘技世界一決定戦〜」の開催延期を発表するなど試行錯誤を繰り返した。2007年（平成19年）3月、自身が社長（後に会長）を務める新団体「イノキ・ゲノム・フェデレーション（IGF）」を発足、6月に両国国技館にて旗揚げ戦を行った。娘婿であるサイモン・ケリー猪木も新日本プロレス社長を辞職、IGFへ合流した。2007年（平成19年）7月11日、親交のあるTRIPLE-Pと“TRIPLE-P vs. アントニオ猪木”を組み、アントニオ猪木の名言「道」を曲にして発売した。道のCDジャケットの裏側はアントニオ猪木の手書きの「道」が書かれている。プロモーションビデオにも出演しDJプレイしたりサンプラーを叩いたりする。2007年（平成19年）12月20日、有明コロシアムで行われた小川直也対安田忠夫戦の試合終了後、レフェリーの制止を無視して暴れまわる小川を止めるため乱入し、裸絞めで小川を失神させた。2010年（平成22年）2月1日、WWEは猪木のWWE殿堂（WWE ホール・オブ・フェイム）顕彰を発表した。WWE殿堂入りを果たした日本人は猪木が初めてである。理由は、世界のプロレス界発展に貢献したことを評価しての選出であった。インダクター（プレゼンター）はスタン・ハンセン。猪木のWWE殿堂表彰セレモニーは3月27日、アリゾナ州フェニックスにて行われた。猪木は翌日にアリゾナ州グレンデールのユニバーシティ・オブ・フェニックス・スタジアムで開催された第26回レッスルマニアにも登場し、観衆からの祝福を受けた。2010年（平成22年）12月、「INOKI BOM-BA-YE」を復活させると共に、「Dynamite!! 〜勇気のチカラ2010〜」のプロデューサーとして大晦日興行に復帰する。2011年（平成23年）12月31日、「元気ですか!! 大晦日!! 2011」を開催。2012年（平成24年）7月10日、中国・上海で新団体「上海愛武」を旗揚げ。2012年（平成24年）11月20日、キューバ友好勲章を授与される。2013年2月20日、古希を祝うパーティーが東京都港区のホテルオークラ東京で催され、坂口征二、小川直也、藤波辰爾、藤原喜明、木村健悟、佐山聡、ジョージ高野、前田日明、北沢幹之、蝶野正洋、棚橋弘至、橋本大地、スタン・ハンセンらかつての愛弟子・ライバルや、各界から千葉真一・谷隼人、デヴィ・スカルノ、船越英一郎、九重親方、南部虎弾、野村克也&野村沙知代夫妻など、660人が祝福に駆けつけた。2017年5月25日、自身がプロデュースする新イベント「ISM」の旗揚げを発表。「ISM」の収益金については、自身の師匠の一人であるゴッチの墓を日本国内に建設するための費用とする。一方でIGFに対しては、既に運営から手を引いていることと「会社を整理する方向で考えている」との方針を明かした。これに対しIGF側は、猪木が役員は退いているものの依然同社の大株主の一人であるとして、団体存続を目指す方針を訴えている。同月にはIGF側が猪木の夫人に対する不当利得返還請求の訴訟を起こすなど、一部の問題は法廷に持ち込まれていたが、最終的に2018年3月に猪木とIGFとの間で和解が成立し、猪木は所有するIGFの全株式を第三者に売却してIGFとの関係を断った。2017年10月21日、両国国技館での『INOKI ISM.2』において自身の生前葬を行う。2019年2月19日、『ジャイアント馬場没後20年追善興行』に来場し試合前にあいさつ。ジャイアント馬場関連イベントに登場するのは初。リングでの絡みを含めれば1979年の「夢のオールスター戦」以来となった。