制作会社で保管、焼却・廃棄処分される他、映画封切り日の初回放映に来場したファンへのプレゼントやファン対象イベントの記念品などに供されていたが、1970年代末から1980年代のアニメブーム以降、キャラクターが描かれたセル画（絵コンテ、原画、動画、台本などとともに）の価値がアニメファンに認識され、アニメショップ「アニメポリス・ペロ」（東映動画設立）などの販売店や即売会などで販売されるようになった。デジタル移行後、実際のアニメで使用されない視聴者プレゼントや販売などの目的でセル画（リレイズセル）が作成される場合があるが、プレミア的な高価格で販売される物を除いて、多くの物は印刷によるものである。一方で、セル画人気がエスカレートし、制作会社に見学に訪れる者や、夜間・休日に侵入した者によるセル画の盗難事件、盗品がまんだらけなどの古書店やインターネットオークションで販売される事件も発生した。その他、経営破綻したプロダクションが手掛けていた作品では、会社倒産時の混乱に乗じて何者かによりセル画が持ち出され散逸し所在不明となったとされるものもある。
使用済みのセルは洗浄して再利用されていた。作業は主に新人の撮影マンなどが行っていた。しかし洗浄による無数の傷が付き、また薬品のためにシワが出来るため、再利用は3回くらいが限度だったという。アメリカでも初期は高価だったため、セルは洗浄して再利用していた。アニメ製作者のチャック・ジョーンズはアブ・アイワークスのスタジオで行っていたと証言。また日本ではテレビ時代に入っても、『鉄人28号』の制作でセル洗いを行っていたと、TCJ動画センター（現・エイケン）の鷺巣政安は証言している。その後、セルの価格が下がり、またテレビ受像機の性能が向上して、小さな傷でもごまかしが利かなくなったことから、手間のかかる「セル洗い」は行われなくなった。
彩色（さいしき）には、アニメカラーと呼ばれる専用塗料が使用される。既製品の色数は限られていたが特注のオーダーも可能であった。製作の工程上、トレスされたセルの裏面に彩色するため、輪郭や境界線が線として現れる。また多数のスタッフで行う為、色や陰影のグラデーションを統一、単純化させ段階的に表現する手法で行われていた。この着色表現方法は「アニメ塗り」とも言われている。
紙に描かれた動画をセルに転写する作業。当初は手作業のハンドトレースが行われたが、トレスマシンによるトレスに移行した。トレスマシンによるトレスは人件費削減の効果があったが、他に原画のタッチが失われないという利点もあった。
アニメーションの技法としてセルを使った重ね合わせが用いられたのは、1914年1月、アメリカ、ジョン・ランドルフ・ブレイが世界初とされる。背景画をセルに描き、動くキャラクターを紙に描く技法を考案した。同年12月、同じくアメリカのアール・ハードが、動くキャラクターをセルに描き、背景画などを紙に描く技法を考案し、その後この技法は普及した。1927年に大藤信郎が影絵アニメ「鯨」の一部で使ったものが日本初のセルアニメとされている。1930年代の日本ではアニメ制作スタジオの規模が極めて小さく、アメリカのディズニーのような大規模な制作スタジオがなかったため、切り絵アニメが一般的であり、高価なセルの導入は遅れた。切り絵より表現が優れていると分かっていても、非常に高価で使用できるものではなかった。使用される場合もアニメ全編ではなく、部分的な使用に留まっていた。
1941年（昭和16年）12月8日に行われた真珠湾攻撃以降、アメリカ軍は日本軍に対し各方面で一方的な敗退が続いた。さらに真珠湾攻撃終了後、同作戦支援にまわっていた日本海軍・先遣部隊（指揮官清水光美第六艦隊司令長官）の一部潜水艦を抽出して先遣支隊が編成され、アメリカ大陸西岸で行動する。巡潜乙型潜水艦計9隻（伊9、伊10、伊15、伊17、伊19、伊21、伊23、伊25、伊26。10隻との記録もある）は、太平洋のアメリカとカナダ、メキシコの西海岸に展開し、12月20日頃より連合国、特にアメリカに対する通商破壊戦を展開した。その結果、約10日間の作戦でアメリカ西海岸沿岸を航行中のアメリカのタンカーや貨物船を5隻撃沈し、5隻大破させ、その総トン数は6万4669トンに上った。中には西海岸沿岸の住宅街の沖わずか数キロにおいて、日中に多くの市民の目前で貨物船を撃沈した他、浮上して艦船への砲撃を行い撃沈するなど、活発な作戦を行った。1942年（昭和17年）2月24日には、日本海軍の伊17乙型大型潜水艦によるカリフォルニア州サンタバーバラのエルウッド石油製油所への砲撃を行いこれに成功するなど、一連の本土への先制攻撃を行った。これらの日本軍による一連の本土への先制攻撃は、これまで殆ど本土を攻撃された経験のないアメリカ政府のみならず国民にも非常に大きな衝撃を与えた。フランクリン・D・ルーズベルト大統領は日本軍の本土上陸は避けられないと判断し、ロッキー山脈でこれを阻止する作戦の立案を指示し、同時にニイハウ島事件の影響もあり日系アメリカ人の強制収容も行うこととなった。さらにアメリカ政府はこれらの日本軍の本土攻撃に対して、国民の動揺と厭戦気分を防ぐべくマスコミに対する報道管制を敷いたが、その後も日本軍の上陸や空襲の誤報が相次いだ。さらには上記の砲撃作戦の翌日には、ロサンゼルスに対する日本軍機の空襲を誤認した陸軍による高射砲戦が行われた結果、6人の民間人の死者を出すなど（ロサンゼルスの戦い）、アメリカ国内は官民を問わず大きな混乱と恐怖に覆われることとなった。