ワークアップの第2段階は部隊レベル訓練(Unit Level Training、ULT)と呼ばれている。ULTはそれぞれのグループ(NSWG1/NSWG2)訓練に関係なく行われる6ヶ月の訓練であり、隊員達はTRP/PLTごとの任務で中心となる技術、すなわち小規模な部隊の戦術、地上戦、近接戦闘、市街戦、海上阻止・船舶臨検(VBSS/GOPLATS)、戦闘水泳、長距離目標阻止、固定翼/回転翼機航空作戦、特殊偵察などを学ぶ。
SQTの後、新しいSEAL隊員たちはSEALチーム、及び部隊(TRP)、従属の小隊(PLT)への編入の命令を受ける。どこへ配備されても、隊員はそれぞれの小隊に配備される。通常ワークアップ、配備前ワークアップは12-18ヶ月のサイクルで行われ、3つの段階に分けられる。
SEAL資格訓練(SEAL Qualification Training、SQT)は訓練生を海軍特殊戦の基本的なレベルからより高度で戦術的なレベルへと引き上げる26週間の訓練である。SEALチームに加わるに当たって必要となる重要で戦術的な知識を訓練生に教え込むような訓練になっている。クラスでは武器の訓練、CQC、小規模部隊での戦術、ランドナビゲーション、建造物の破壊、近接格闘、アラスカ州コディアック島での寒冷地訓練、医療技術、海洋での作戦などにおいて高度な技術を学ぶ。卒業前には生存、回避、抵抗、逃亡訓練にも参加する。SQTの修了の際、どの新しい隊員がSEALチームに配属され、派遣の前に高度な訓練を受けるか割り当てられた上で、海軍特殊戦章「三又鉾」を授与される。
BUD/Sの訓練を通過したSEAL訓練生はカリフォルニア州サンディエゴでスタティックライン降下やフリーフォール降下など戦術航空作戦の訓練を受ける。3週間の訓練プログラムは国際的なインストラクターによって非常に規格的に構成されており、短期間で安全に必要とされる空挺隊員を養成できるようになっている。訓練コースは3週間続き、1週目は地上訓練で、降下と着地の基本技術を学ぶ。2週目は高さ10.4mの塔からの降下着地訓練や、ブランコ式の着地訓練を装置を使っての訓練が行われる。3週目には、訓練生は基礎的なスタティックライン降下や戦闘装備を着用してのフリーフォール降下から、最終的には戦闘装備を着用して最小高度3キロメートルから夜間の降下などを行わなければならない。
地上戦の段階では、基本的な武器、建物の破壊、ランドナビゲーション、パトロール、懸垂下降、射撃術、小規模な部隊での戦術などが教えられる。第3段階の間、志願者達は任務の達成のために情報を集め、処理する方法を学ぶ。地図、方位磁針、ランドナビゲーション、基本的な武器の技術を教える多くのクラスもある。これらの技術を用いることで、志願者は野外でより快適に過ごせるようになる。この訓練の多くは志願者にとって新しく、学習のペースはより速くなる。訓練の最後の3週半の間、志願者はコロナドから95キロメートル離れたサン・クレメンテ島に移動する。島で志願者は、第3段階で習得した技術を使う。日はより長くなり、より日差しは強くなる。太陽は任務の時間を計るためにも使われる。訓練は毎日行われ、弾薬と爆薬を扱っているという危険と隣り合わせの状況でありながら睡眠時間も少なく、ある意味訓練(BUD/S)の中で最も過酷な場所であるといえる。
2005年1月15日から3月19日まで毎週土曜日21:00 - 21:54に、「土曜ドラマ」枠で放送された。DVDが発売される折、第1シリーズと区別するため「ごくせん 2005」と改題され、2005年11月5日に発売された。関東地区での視聴率は全話25%以上を記録、日本テレビ系列のテレビドラマでは初回から3話以上視聴率25%超えを達成したのは「熱中時代」以来25年ぶり。また、第8話は30.0%、最終回は32.5%を記録、土曜ドラマでは「家なき子2」（1995年放送）以来の視聴率30%超えを達成した。ザテレビジョンドラマアカデミー賞（2005年1月クール）、最優秀作品賞を受賞。2005年ドラマ満足度ランキング（オリコンモニターリサーチ）第4位を獲得している。なお、テレビ大分では当該時間はフジテレビ系の番組を同時ネットしていたため、遅れネットで放送された。また、テレビ宮崎では土曜ドラマは通常放送されないが、第1シリーズの続編ということで例外的に放映された（土曜日とは別枠。宮崎県では2週間遅れで宮崎放送から放送されるのが通例）。また、第2シリーズから挿入歌を歌っている人が突っ込み役である。今シリーズより学校から登場人物に至るまで、ほぼドラマのオリジナル設定で占められている（ただし黒銀学院高校の元生徒である工藤広樹は今シリーズに登場した人物の中で唯一原作にも登場したキャラクターである）。2005年2月4日のテレビ朝日系『ミュージックステーション』には亀梨和也と赤西仁がKAT-TUNとして日本テレビ全面協力のもと、本作の教室セットから中継で生出演し、「GOLD」と「絆」を歌った。また、セットにはスタッフがこの日のために作った司会のタモリをモチーフとした人形が3体置かれていた。5話の序盤に「♪チョッコレート チョッコレート チョコレートが欲しい〜♪」と3年D組の生徒が斉唱する、明治チョコレートのCMパロディのようなものがあったが、これはバレンタインデー間際に放送されたのと、数ある提供スポンサーに明治製菓が入っていたため。脚本の江頭は前作の『ナースマンがゆく』に引き続いての担当となった。本作は第1シリーズ、第3シリーズと違って、保健室の教師がいない。3話で日向と土屋が2人乗りをして違反されていた場所は第1シリーズでも使用されていた（第1シリーズではクマがチンピラに襲われて集金袋を奪われた場所として使用されていた）。