1999年から日本テレビ野球解説者およびスポーツ報知評論家を務めた。2002年に巨人一軍打撃コーチに就任。2003年シーズン終了後に退団。2004年から日本テレビ解説者およびスポーツニッポン評論家を務める。2006年に巨人二軍監督に就任。シーズン後半、怪我人が続出した一軍へ脇谷亮太を1番打者として送り出すなど貢献。2007年は世代交代を受け坂本勇人など4人のルーキーを優先起用した。2009年からは一軍野手総合コーチに就任。（2011年は一軍打撃コーチ）木村拓也一軍内野守備走塁コーチ急逝後の一塁ベースコーチも担当した。2011年のシーズン終了を持って退団。打線の不振の責任をとったとの報道がある一方、複数回に及ぶ女性問題が辞任の原因とも報じられた。その後、2017年に巨人に復帰するが、女性問題は解決したとの声が出ている。2012年からは日本テレビ解説者、スポーツニッポン評論家に復帰。2013年からアール・エフ・ラジオ日本の解説者も兼務。2015年、侍ジャパンのアンダー世代である15U（中学生以下）代表監督にも就任した。2017年11月1日より、一軍打撃総合コーチとして巨人に復帰。2019年シーズンは引き続き一軍打撃総合コーチだが、ヘッドコーチ格の役割を担う。
左膝靭帯断裂は重度の障害者認定を受けるほどの大怪我であり、一旦北海道大学付属病院に入院したが、当時の日本の医療レベルでは手に負えるものではなく、渡米し、スポーツ医学の権威であるフランク・ジョーブ博士の執刀を受けた。ジョーブに「野球選手でこんな大けがは見たことがない」と言わしめるほどの大怪我であったが、2度の手術と神奈川県厚木市の神奈川リハビリテーション病院にて1年以上の苦しいリハビリ生活を経て、最終的には特注品のレガースとシューズを付け、直線であれば100メートルを11秒台前半で走れるまでに復活した。リハビリで使用したギプスはジャイアンツの選手寮に飾られている。1989年9月2日に斎藤雅樹の代打で復帰（当時ルーキーの川崎憲次郎と対戦し、結果は二塁ゴロ）。「バッター、斎藤に代わりまして吉村」というアナウンスがかき消されたほどの大歓声に東京ドームが包まれた。1990年9月8日、チームのリーグ優勝を自らのサヨナラ本塁打で決めた（このときの相手投手も同じく川崎であった）。1990年代前半は貴重な打てる外野手として貢献。けがによって、中長距離ヒッターにとってオーソドックスな軸足（左脚=けがをした脚）に体重を乗せる打ち方が不可能になり、リハビリを通じて前脚（右脚）を軸に回転する打ち方に取り組むことになったが、以後の数字は吉村がその非凡なセンスでそのイレギュラーな打ち方で中長距離ヒッターとして復帰したことを物語っている。その後も、踵から足をついて歩けないという状態ながら、主に左の代打の切り札として活躍した。1998年シーズンには長嶋茂雄監督から第16代キャプテンに指名された。同年限りで現役を引退。
1988年7月6日の対中日ドラゴンズ戦（札幌市円山球場）では、3回に通算100号本塁打を記録した。ところが、8回の左翼手としての守備で中尾孝義の放った飛球を捕球した際、この回から中堅手の守備に入った栄村忠広と激突。左膝の4本の靭帯のうち3本が完全に断裂し、さらに神経まで損傷するという、主治医曰く「交通事故レベル」という大怪我を負った。この試合は、直前の7回裏に吉村に打席が回れば吉村に守備固めが送られる予定であったという。長い療養生活を余儀なくされ、それでも後遺症が確実に残るあまりにも深刻な負傷であった。
1998年11月15日、プロデビュー戦を行い3回TKO勝ちでデビュー戦を白星で飾った。その後は2001年7月27日の試合を8回判定でクリアして無敗をキープした。2001年9月28日、地域タイトルや国内タイトルなどを得ずに自力でランカーに上り詰めて念願の世界挑戦が初の海外試合であるメキシコのリングに登場した。バハ・カリフォルニア州エンセナーダのギムナシオ・オスカー・ティグレ・ガルシアにてロベルト・カルロス・レイバと対戦した。試合はバレラがペースを握り、レイハは無敗であったものの初の苦戦に陥れた。初回にダウンを奪って場内のファンを茫然とさせるびっくりダウンで先制。順調にリードを広げてスコアは2回終了時に3-0(3者とも20-18)とバレラがこのまま行くと無敗で世界王者戴冠が見えたが3回偶然のバッティングで負傷し試合終了。スコアカードの採点になったが規定により負傷引き分けに終わり、王座獲得に失敗した。2002年8月9日、ネバダ州ラスベガスのオーリンズにて1年前に負傷引き分けに終わったロベルト・カルロス・レイハと再戦。試合は前回ダウンを奪ってリードを広げて快勝に見えたが負傷引き分けに終わり不良消化で終わった因縁の一戦に注目が集まった。序盤から打撃戦になり激しい打ち合いになった。その後も前回に続いて引き分けに終わるかに見えたが3-0(2者が115-113、116-112)の僅差判定勝ちを収め王座獲得成功した。2003年3月22日、ネバダ州ラスベガスのマンダレイ・ベイ・イベント・センターにて三度ロベルト・カルロス・レイハとのダイレクトリマッチとなる第3戦。試合を観戦していたファンはこの試合で激しい打撃戦になった因縁カードで完全決着になるか注目を集めた。試合はバレラが丁寧な立ち上がりで的確にパンチを当ててダメージを集めた。3回ダウンを奪うとレイハはダウンし、レフェリーがカウントを途中で止めて試合終了。3回1分23秒KO勝ちを収め初防衛に成功し因縁対決に完全決着を付けた。2003年5月31日、バハ・カリフォルニア州ティフアナのアウディトリオ・ミウニシパルにてエドガル・カルデナスと対戦しこの試合でもパワーで攻めるバレラに対し、カルデナスの技巧に苦しんだ。試合はダウンシーンがないまま徐々にロードを広げたカルデナスが最大7点リードのまま後半戦に突入。10回にダメージが蓄積されてパンチの力が落ちた所にカルデナスが隙をついてダウンを奪われた。初ダウンを喫したバレラは起き上がれずレフェリーがカウントを途中で止めて試合終了。10回1分46秒KO負けを喫しプロ初黒星を喫し王座から陥落した。この試合を最後に25歳で現役を引退した。