ゲームの舞台は、町や開拓地などが3次元モデルで表現されたフィールドと、王国の全体図を表しフィールド間の移動に使うワールドマップとから成り立っている。フィールド間の移動にはゲーム内で数日かかる。今作では移動中に敵と遭遇したり、コールやアイテムを拾うシステムは廃止となった。フィールドでは、アイテムの材料を入手したり、戦闘したりできる。戦闘する敵との遭遇にはシンボルエンカウント方式が採用されている。各キャラクターはHP, MP, LPのポイントを持つ。LPはワールドマップの移動や戦闘での行動により減っていき、残量により戦闘でペナルティ・ボーナスがつく。LPは町での回復や、食料となるアイテムの使用で回復できる。今作ではHP以外の値が0になっても気絶はしなくなった。依頼のシステムについては、前作までは調合品と採取物の両方が混合していたが、今作では通常依頼は採取物、フレンドクエストは調合品という風に分けられている。また、前作では質の悪い品物を持っていくと、「仕事が雑だ」と評され報酬が減らされてしまったが、今作では質の悪い品物を持って行っても報酬は減らない。更に期限も無期限となった為、前作までよりこなし易くなった。代わりに報酬以外にアイテムが貰えるシステムは無くなった。フレンドクエストも前作では調合を行った際に稀に仲間が訪れ、それを渡すと報酬は貰えず交友値のみが上昇する仕組みであったが、今作では通常の依頼同様酒場の受付で引き受けられる物になり、報酬と交友値の両方が上昇するようになった。更に前作までとは違い、武器や防具の作成に使用するインゴットとクロースの納品依頼は無くなっている。今作以降の新しいサブシステムとして「BGM変更」の機能が追加された。これは、過去にリリースされたアトリエシリーズの曲の中から厳選されたBGMを任意に選んで変更出来るというもの。初期状態ではアーランドシリーズの過去2作のBGMからごくごく一部が収録されているのみだが、追加コンテンツのダウンロードにより、選択出来る曲を増やす事が可能。Plusでは「アーシャのアトリエ」、「エスカ＆ロジーのアトリエ」のBGMも追加された。今作は周回する際に「所持金」は引き継げなくなっている。Plus版も当初はそのような仕様であったが、アップデートにより他作品同様引き継げるようになった。
ゲームは5年の期間を一日単位ですすめていく。3年後に一定の条件を満たせないか、5年の期間満了で、物語の進行状況に関わらずゲームが終了する。また、3ヶ月毎にゲーム中の出来事が新聞という形でまとめられる。
他のシリーズ作品同様、工房で調合（錬金術によるアイテム作成）が行える。ゲーム上に存在するアイテムには「大きな」「使用回数+1」などの特性が付いており、同じ種類のアイテムでも特性の違いにより効果が修正される。アイテム作成時には材料の持つ特性を、そのまま、または強化して引き継ぐことができる。アイテムには種類ごとに入手・作成の難易度に応じたレベルが設定されており、より有用な特性を引き継ぐためには、より高レベルの材料が要求される。その他に、個々のアイテムには効力の大きさを表す120点満点の品質評価、6段階のランク評価がされ、作成時に使用する材料によって同じ種類のアイテムでも全く異なる機能を持つことがある。
1946年終盤毎週水曜日、パーキンスと兄のジェイはテネシー州ジャクソンの南へ約12マイルの45号線沿いの酒場コットン・ボールでチップを得ることで初めてプロとしての演奏を行なった。パーキンスはこの時まだ14歳であった。アップテンポに変更しカントリーとブルースの要素をミックスしたビル・モンローの『Blue Moon of Kentucky 』等を演奏した。演奏の報酬の1つとして飲み物が無料であったため、初めての演奏の夜にパーキンスはビールを4杯飲んだ。それから1ヶ月も経たないうちにジャクソンの西の境界近くの酒場サンド・ディッチで毎週金曜日と土曜日に演奏をするようになった。どちらの酒場でもしばしば喧嘩が起こり、パーキンス・ブラザーズも喧嘩に参加することで有名だった。その後2年間、パーキンス・ブラザーズはジャクソン周辺のエル・ランショ、ザ・ロードサイド・イン、ザ・ヒルトップなど他の酒場でも演奏を始め、よく知られるようになった。パーキンスは弟のクレイトンを説得してベースフィドルを演奏させてバンドに取り込んだ。1940年代後半、テネシー・ランブラーズのメンバーとしてジャクソンのラジオ局WTJS-AMにレギュラー出演していた。『Hayloft Frolic 』にも出演し、『グランド・オール・オープリー』でのロバート・ランの『Talking Blues 』など2曲を演奏していた。『The Early Morning Farm and Home Hour 』に最初はパーキンスのみ、後に兄弟も出演した。圧倒的な支持を受け、マザーズ・ベスト・フラワー提供の15分間のコーナーを持つことになった。1940年代終盤、パーキンス・ブラザーズはジャクソンでは最も有名なバンドになった。パーキンスはこの数年間、音楽の他に仕事を持っており、当初綿花摘みをしていたがその後デイズ・デイリーに勤務し、さらにその後はマットレス工場と電池工場に勤務した。1951年から1952年まではコロニアル・ベイキング・カンパニーに勤務した。1953年1月、パーキンスは長年の知人であったヴァルダ・クライダーと結婚した。ヴァルダは自分が働いて、パーキンスのベイカリーでの勤務時間を減らして酒場での演奏時間が増えるようにし、パーキンスは週6日演奏するようになった。同年後期、それまで音楽の経験がなかったが天性のリズム感があるW・S・ホランドがドラム奏者として参加した。マルコム・イエルヴィントンは彼らを1953年にテネシー州コヴィントンで演奏していた頃から知っていた。イエルヴィントンはパーキンスについて彼独自の独特のブルースのようなスタイルを持っていたと語った。1955年頃までパーキンスはテープ・レコーダーを借りてデモ・テープを自作し、宛先は市名と社名のみでコロムビア・レコードやRCAレコードなどに送った。クラブ等に出演する傍ら、デモ・テープを色々なレコード会社に送るも、全く反応が無く、意気消沈としていた。1954年7月、パーキンスと妻のヴァルダは、サン・レコードから既にデビューしていたエルヴィス・プレスリー、スコティ・ムーア、ビル・ブラックの新曲『ブルー・ムーン・オブ・ケンタッキー』をラジオで聴き、ヴァルダはパーキンスにメンフィスにいる誰かがきっと理解してくれるはずだと語った。後にプレスリーは、パーキンスに会ってエル・ランショでの演奏を聴くためにジャクソンに行ったことがあると語った。『ブルー・ムーン・オブ・ケンタッキー』が終わると、彼は「私たちの演奏を理解してくれる人がメンフィスにいる。彼に会わなくてはならない」と語った。数年後、演奏仲間のジーン・ヴィンセントはインタビューで『ブルー・ムーン・オブ・ケンタッキー』について、「新しいサウンドではなくその時すでに多くの人々、特にカール・パーキンスがこのようなサウンドを作り上げていた」と語った。