慶応4年4月（1868年5月）、新政府の江戸入城・占領にともない、江戸幕府直轄の教学機関であった儒学中心の昌平坂学問所（昌平黌）、洋学中心の開成所、医学（西洋医学）中心の医学所は接収され、6月から9月にかけて3校を再開し、それぞれ昌平学校・開成学校・医学校と改称された。翌明治2年（1869年）6月、新政府は直轄の教育機関、および全国府藩県の学校行政を統括する官庁の設立をはかりその制度を定め、先述の3校を統合し7月8日（新暦8月15日）「大学校」として設立、長官（学長）に相当する「大学別当」には松平春嶽が任じられた。この大学校は、昌平学校を改編し国学・漢学を講じる「本校」と、開成学校・医学校兼病院（医学校の後身）・兵学校の「分局」から構成されるものとした。当時の組織は、先述の「大学別当」と次官たる「大少監」「大少丞」、教官はそれぞれ大・中・少の「博士」「助教」から構成されており、集議院と弾正台の間の席次に位置する官庁とされた。明治2年12月17日（1870年1月18日）、大学校が「大学」と改称されると、大学本校の南に所在していた旧開成学校は「大学南校」、東に所在していた医学校は「大学東校」と改称された。教授される学科については、「大学校」設立時に昌平学校に下された「達」によると、教育内容について（明治維新の指導理念となった）国学・神道（皇学）に優位を置きつつも、必ずしも国学至上主義ではなく漢学・洋学も講究すべきであるとし、とくに実学重視の立場から科学・兵学・医学を中心とする洋学が重要としている。だがその後明治3年2月（1870年3月）に制定された「大学規則」「中小学規則」では、国学・神道重視の姿勢は後退し、従来のような「国学・儒学・洋学」という国別の教科区分ではなく、「教科・法科・理科・医科・文科」という洋学的な教科区分が採用された。しかし大学本校で紛争（後出）が生じたため、本校は明治3年7月12日（1870年8月8日）に閉鎖、洋学系の大学南校・大学東校は独立し、この頃より次第に洋学者が国学者・漢学者を圧倒するようになった。ついで明治4年7月18日（1871年9月2日）文部省設置とともに「大学」自体が廃止され、7月21日（新暦9月5日）文部省の管轄下に入った大学南校・東校はそれぞれ「南校」・「東校」と改称、明治5年8月（1872年9月）の学制により両校は「中学校」ついで「専門学校」と規定された。その後南校は「開成学校」（のち東京開成学校）、東校は「東京医学校」と改称され、1877年（明治10年）10月に発足する（旧）東京大学（東京帝国大学の前身）の構成母体となる。
1956年4月21日、テキサス州ボーモントのビッグ・D・ジャンボリーでのライヴで復帰した。ツアー再開前、フィリップスはまだ療養中のジェイの代理を務めるエド・シスコと共にサン・レコードでレコーディング・セッションを企画した。4月中旬までに『Dixie Fried 』、『Put Your Cat Clothes On 』、『Right String, Wrong Yo-Yo 』、『You Can't Make Love to Somebody 』、『Everybody's Trying to Be My Baby 』、『That Don't Move Me 』をレコーディングした。同年夏には、『トップ・スターズ・オブ・'56』というショーで、たった2曲を演奏して1,000ドルのギャラを得た。このショーには、チャック・ベリーやフランキー・ライモン&ザ・ティーンエイジャーズも出演していた。パーキンスがサウスカロライナ州コロンビアのステージに上がると、観客に押し上げられて顎から血を流した若者がいることに驚いた。『ハニー・ドント』の間奏中、空いている警備された衣裳部屋に連れて行かれた。パーキンスは「これは危険だ。多くの子供が怪我をする。ただクレイジーな多くの暴動が起こっている。音楽は人々をおかしくさせる」と語った。この出来事にショックを受けたパーキンスはツアーを一時取りやめた。9月下旬のある火曜日の夜、ペンシルベニア州のリーディング・フェアにジーン・ヴィンセントとリリアン・ブリグスと共に出演し、39,872人を動員した。マサチューセッツ州のブロックトン・フェアでは、特別観覧席も満席で千人もの人々が豪雨の中パーキンスとブリグスの歌を聴くために立っていた。1956年、サン・レコードから『ボッピン・ザ・ブルース』(B面『All Mama's Children 』)と『Dixie Fried 』(B面『I'm Sorry, I'm Not Sorry 』)を発表した。『ボッピン・ザ・ブルース』のB面の『All Mama's Children 』はジョニー・キャッシュとの共作である。1957年2月には『マッチボックス』(B面『Your True Love 』)を発表した。『ボッピン・ザ・ブルース』は『キャッシュボックス』誌のポップ・シングル・チャートで第47位、『ビルボード』誌のカントリー・チャートで第9位、Billboard Hot 100で第70位となった。『マッチボックス』はロカビリーのクラシックと考えられている。この曲のレコーディングの日、プレスリーはスタジオを訪れた。ジョニー・キャッシュ、パーキンス、ジェリー・リー・ルイス、プレスリーは1時間以上ゴスペル、カントリー、リズム・アンド・ブルースの曲を歌い、収録した。このカジュアルなセッションは翌日の地元紙により「ミリオン・ダラー・カルテット」と名付けられ、1990年にはCDとして発表された。1957年2月2日、パーキンスは再度『Ozark Jubilee 』に出演し、『マッチボックス』と『ブルー・スエード・シューズ』を演奏した。1957年、カリフォルニア州コンプトンの『Town Hall Party 』に少なくとも2回出演し、この2曲を演奏した。1957年8月、ジョニー・キャッシュと共作の『That's Right 』(B面はバラード『Forever Yours 』)を発表したが、チャートには入らなかった。1957年、アーロン・シュローダー、シド・テッパー、ロイ・ベネット作曲の『グラッド・オール・オーバー』(1964年にイギリスで大ヒットしたデイヴ・クラーク・ファイヴの曲とは異曲同名である。パーキンスの曲は1分55秒で、デイヴ・クラーク・ファイヴの曲は約2分40秒の長さである)が映画『Jamboree 』で使用され、1月にサン・レコードより発表された。