通常の講義を離れ、1年次に4カ月間（7〜10月）の農業実習、2年次に3カ月間（7〜9月）の企業実習に取組む。農業実習では、先進的な農業経営体に赴き、経営者の仕事ぶりを学び、当該経営体や地域のコア・コンピタンスを分析する。企業実習では、食品メーカーや流通企業等の現場に赴き、店頭販売やバイヤーとの同行等を通じ、農業を多面的な切り口で見る。
農業経営者に求められる倫理観、哲学、使命感を学び、それらを深化、統合、発展させていく資質、能力、態度を育む。（9単位）主な講師…古山和宏（公益財団法人松下政経塾塾頭）、三浦展（社会デザイン研究者、(株)カルチャースタディーズ研究所代表取締役）、門間敏幸（東京農業大学教授）
農業経営者に求められる農業経営環境や諸制度を中心に学び、環境に適応し、かつ環境を創造しうる資質、能力、態度を育む。（10単位）主な講師…中嶋康博（東京大学大学院教授）、石田正昭（三重大学大学院招聘教授）、小田切徳美（明治大学教授）
農業者に求められる本質的な知識を身に付けた上で、地域農業を牽引し持続・発展させうる農業の実践力に関わる資質、能力、態度を育む。（12単位）主な講師…生源寺眞一（名古屋大学大学院教授）、宇根豊（元NPO法人農と自然の研究所代表理事）、高木賢（弁護士、元食糧庁長官）
経営者に求められる本質的な知識や技法を学び、経営者としての判断、決断ができる資質、能力、態度を育む。（21単位）主な講師…上原征彦（明治大学専門職大学院教授）、野中郁次郎（一橋大学名誉教授）、久保利英明（弁護士、日比谷パーク法律事務所代表）
熱意溢れる若人（赤）が、農業経営を学び（緑）、グローバルに羽ばたく（青）という成長の過程を、流れのある7色のバーで表したもの。一般社団法人アグリフューチャージャパンの社章と共用。
2012年に廃校となった農業者大学校は、農業技術の習得だけでなく農業者の人間性を高めるという経営者教育を実践し、グローバルに活躍する農業経営者や地域を牽引するリーダーを多数輩出した。本校の設立には、農業者大学校の同窓会が深く関与しており、農業者大学校の教育の良い点を引き継ぐこととしている。
2012年2月1日に、日本農業経営大学校の運営母体である、一般社団法人アグリフューチャージャパンが設立され、4月24日には、設立発表の記者会見を行った。8月からは、首都圏および地方でのセミナー事業をスタートさせた。9月29日の第一回入試を皮切りに、10月、1月の一般入試を経て、1期生21名が確定。2013年4月4日に開校式・入学式を行った。
本校の運営母体は、一般社団法人アグリフューチャージャパン（略称ＡＦＪ）。当社団は、次世代の農業を担う人材の育成を通じて、魅力ある農業を創造し、地域社会・経済の持続的な発展に貢献することを目指している。理事長を浦野光人（㈱ニチレイ代表取締役会長（2013年度の株主総会後、相談役に就任予定））、副理事長を金子美登（霜里農場代表、ＮＰＯ法人全国有機農業推進協議会理事長）が勤めている。
受験資格は高等学校卒業以上の学力を有する19〜40歳の青年。定員20名に対して2年間の教育を提供する。「経営力」「農業力」「社会力」および「人間力」をバランス良く育むため、各界トップクラスの講師による講義、プロパー教員によるゼミ、先進的な農業経営体や農業・食品関連企業等での現地実習、さらに卒業後の経営計画策定に取組む。出身、年齢、経歴ともまちまちな学生が、全寮生活を通じて自主性・自律性を涵養するとともに、多様な価値観を学ぶ。1年次に4カ月、2年次に3カ月の現地実習を行う関係から、夏休みや冬休みはない。
サンタマリア空港への最終進入中、管制官は操縦士に滑走路19へILSアプローチするために3,000フィート (910m) へ降下するように指示した。その交信中に別の訓練管制官がQNHセッティングを伝えるために交信を行った。しかもその値を誤って9hPa高く伝えた。操縦士が新しいQNHを確認するためにマイクロフォンをオンにしていたため、着陸進入の指示は完全には聞き取れておらず、3,000フィートが安全高度であるという2回目の報告 (second repeat) を聞き取れなかったと思われる。そして「我々は2,000フィート (610m) への降下を再度許可された。 (We're re-cleared to 2,000 feet...) 」と宣言している。副操縦士は気圧高度に疑問を持ったが、機長は副操縦士が正しく復唱を聞いたということで彼と意見が一致した。ILSアプローチが許可されてからもクルーはアプローチブリーフィング (approach briefing) を終えておらず、3,000フィートが安全高度であることとピコ・アルト (Pico Alto) の存在に気づく機会を逃した。2,000フィートで水平飛行に移った時、旅客機はサントエスピリト付近で激しい乱気流に遭遇し、直後に高度1,795フィート (547m) を水平姿勢で飛行中にピコ・アルトの尾根に激突した。飛行中の緊急事態発生を示す証拠はなく、高度計は1027mbに正しく設定された状態で発見された。