慶長5年（1600年）、関ヶ原の戦いが起こると、立花宗茂と共に西軍に味方し、大津城攻め（大津城の戦い）に加わるが主力同士の戦いは徳川家康率いる東軍の勝利に終わり、戦後の仕置で筑紫広門は改易の憂き目にあった。その後、黒田長政や加藤清正、ついで細川氏の庇護を受けた。広門の子・主水正（広門、または従門、春門とも）は、細川忠興の口添えで関ヶ原での件を謝罪し、大坂の陣で徳川方に参加した。そこで功をあげて、寛永4年（1627年）、知行3,000石を得て子孫は旗本家として幕末まで存続した。
筑紫満門の死後、筑紫秀門が後を継いだ。満門の死で、筑紫氏は少弐氏と完全に袂（たもと）を分かち、大内氏の傘下として勢力を拡大していった。享禄3年（1530年）、大内義隆は少弐資元・冬尚父子の討伐を筑前守護代の杉興運に命じ、筑紫尚門は横岳資貞・千葉胤勝らと共に大内軍に味方した。たちまち、東肥前の3郡は大内軍に制圧された。緒戦こそは大内軍が優勢だったが、田手畷（たてなわて）で少弐軍と激突した時、鍋島清久による赤熊の奇計により混乱し、乱戦中に尚門は戦死した（田手畷の戦い）。少弐氏は一時的に再興するが、やがて大内氏が勢力を盛り返し、天文4年（1535年）には大内義隆により少弐氏は一時滅亡し、以後は肥前において命脈を繋ぐのみとなった。天文20年（1551年）に大内義隆が家臣の陶晴賢によって横死して大内義長が家督を継ぐと、大友氏の傘下として活動するようになった。しかし、6年後の弘治3年（1557年）、毛利氏によって大内氏が滅亡すると、筑紫惟門は秋月文種と共に大友氏から離れて毛利氏について、大友軍と戦うが敗北、一時隠棲（いんせい）した。永禄2年（1559年）、筑紫惟門は2,000の兵をもって博多を襲撃し、筑前侍島において大友軍を撃破したが、大友氏と筑紫氏の勢力は雲泥の差があり、やがて田尻親種を通じて秋月種実と共に大友氏に降伏を申し入れた。
戦国時代に入り、綾部城の九州探題・渋川万寿丸が家臣により殺害されると、少弐政資の命で馬場経周らと共に万寿丸の弟・刀禰王丸を攻撃して筑後に追放した。しかし、明応年間に入ると、東尚頼と共に大内氏に降伏し、少弐政資・高経父子の敗死後、筑紫満門は三根・神埼両郡の郡代に任じられたという。筑紫氏はこれを契機に、勢力を拡大するようになる。大永4年（1524年）、少弐資元の意を受けた女婿・馬場頼周によって満門は騙し討ちにされたという伝承があるが、真偽は不明である。満門がこの前後に死去したことのみは事実のようである。
筑紫氏が史料上で最初に登場したのは、応永7年（1400年）に少弐貞頼が筑紫次郎に宛てた充行状と、嘉吉元年（1441年）に少弐教頼が筑紫下野入道に宛てた安堵状である。応永30年（1423年）、筑紫教門は主君・少弐満貞の命により九州探題・渋川義俊を攻め、これを周防国山口の大内持世の下へ敗走させ、永享3年（1431年）には、筑前萩原において大内盛見と戦い敗死させた。その後、主家・少弐氏は大内氏の圧迫で衰退するが、応仁元年（1467年）からの応仁の乱で大内氏が西軍として参加すると、筑紫氏は少弐教頼の下で大内氏に対抗するように東軍に味方し、その失地回復を虎視眈々（こしたんたん）と狙った。文明元年（1469年）、筑紫能登守が御笠郡に兵を進め、東軍の政治工作もあり、その甲斐あって少弐教頼の子・政資が筑前回復に成功した。
特別啓示（とくべつけいじ、Special revelation）とは、福音派における術語で、キリスト教における救いについての啓示。聖書に啓示されており救贖啓示とも呼ばれる。これに対する語が一般啓示である。特別啓示とは、神の啓示を理解し、救われるために必要な啓示であり、外的事実としての啓示と、みことばの啓示の2つが必要であるとされる。神は特別啓示を与えられ、また、これを歪曲誤伝から守るために書物とされる道を採用されたとされ、ヨハネの黙示録1:11の記述は、聖書全体にあてはめられている。「「キリストは死なれた」これは歴史である。「キリストは私たちの罪のために死んでくださった。」それは教理である。この二つの要素、絶対に引き離しがたく結びつけられているこの要素なくしては、キリスト教は存在しない。」と、言われている。一方、自由主義神学（リベラル）では一般啓示と特別啓示の区別を否定する。聖書のみことばによる啓示を否定して、業による啓示を主張し、聖書を人間の著作とするジョン・ベイリーらの見解やルドルフ・ブルトマンの非神話化の主張に対して、聖書信仰に立つ福音派は聖書の客観性、史実性を主張する。イエス・キリストの十字架の死と復活は歴史の中で実際に起こったことであり、教理と不可分に結びつけられている。カール・バルトはこの理解を取らず、一般啓示と特別啓示の区別を否定して「上から垂直に」啓示がくるという独自の神学を展開し、キリスト一元論と呼ばれることがある。近代主義ではキリスト教を一歩進んだユダヤ教とみなすことがあるが、岡田稔はその見解を否定し、ユダヤ教は旧約とは異なっており、旧約聖書以後のユダヤ教において、いかなる特別啓示も神学的進歩も、客観的な歴史としての啓示的な意味をもつ事件もなかったと述べている。