豊後杵築（木付）領の杵築城は1599年（慶長4年）に領主の福原直高が改易され、続いて1600年2月27日に丹後宮津城主の細川忠興に飛び地として与えられた。忠興は家臣の松井康之・有吉立行を派遣して統治に当たらせ、4月15日には忠興自身が現地を巡察し、黒田如水と会談して来たるべき紛争への対応について協議した。26日には会津討伐の知らせが現地に届き、忠興は急遽東上していった。8月28日に加藤清正より大友義統の豊後上陸の知らせを受けた杵築城では戦闘準備が開始されると共に忠興への急使が派遣された。杵築城には忠興の家老である松井康之が在城していたが、度重なる豊臣奉行衆や大谷吉継からの西軍への参加要請に応じないため、8月4日輝元と宇喜多秀家は明け渡しを命じる書状を発し、臼杵城主の太田一吉の子の一成を使者として派遣された。しかし、13日に現地を預かる康之はこれを拒絶した。9月10日夜、立石より杵築城攻撃に向かった大友勢は吉弘統幸を大将に、岐部玄達・吉弘七左右衛門・鉄炮頭の柴田統生と雑兵100人であり、二の丸の野原太郎右衛門の内通により城下に火が掛けられ夜明けから戦闘が開始された。木付城側も康之が相原山に伏兵を置い迎え撃ち、柴田統生を討ち死にさせるなど大友勢の敗北に終わった。なお、この合戦で朱湯院長泉寺・円通山観音禅寺・太平山宝泉寺が焼失したという。9月9日に大友勢の立石布陣の報を受けた如水は木付城支援の先遣隊（一番備：久野次左衛門・曾我部五右衛門・母里与三兵衛・時枝平太夫を頭に約千人。二番備：井上九郎右衛門・野村市右衛門・後藤太郎助を頭に約千人）を派遣し自らも追って出陣した。先遣隊は10日に赤根峠を越え、12日に木付に到着、如水の本隊を待てとの指示に従わずに13日の朝より鉄輪で合流した黒田先遣隊と杵築勢は石垣原へ兵を進めた。如水の本隊は先遣隊と同日の9日に中津城を出陣し、宇佐高森城（黒田孝利）・高田城（竹中重利）を経て10日に赤根峠を越えて国東に進出し富来城（垣見一直）を包囲した。当時旗幟を鮮明にしていなかった重利は、子の竹中重義に兵200人を付けて黒田軍に従軍させた。大友軍が杵築城を攻撃すると、黒田軍は攻撃予定であった富来城（垣見一直）を後回しにして、合戦のあった13日には頭成まで家臣の井上九郎兵衛・時枝平太夫を進出させた。黒田軍本隊は12日には安岐城（熊谷直盛）を攻め、13日に打って出てきた熊谷直盛の軍を撃破し、杵築城の救援に向かった。
東京大学伝染病研究所（以下、伝研と記述する）の佐々学（さっさまなぶ）は同僚の加納六郎を誘い、1948年（昭和23年）7月、八丈小島のバクを調査するために八丈小島を訪れた。佐々学(1916–2006)は1916年（大正5年）に東京神田で生まれ、東京帝国大学医学部を1940年（昭和15年）に卒業し伝研へ入所する。直後の同年5月、海軍軍医科士官となり、駆逐艦「東雲」乗組の軍医として日本と中国大陸の間を何度も往復したり、掃海母船「栄興丸」乗組の軍医としてソロモン諸島など南洋の島々を巡り、船内で乗員の虫垂炎手術を行うなどした。その後、日本軍が占領していたペナン島（現マレーシアジョージタウン）に滞在し、午前中は外科の診療に従事し、午後は島内の病院や保健所へ出向いて熱帯医学 Tropical medicine を学んだ。日本軍が占領する前のペナン島は、イギリス東インド会社の極東進出に始まるイギリスの植民地支配の拠点であったため、イギリスの医師・研究者たちによる熱帯医学の基礎研究が進んでいた。それを受け継ぐペナン島の現地医師たちは、熱帯医学への知見において、当時の日本の医師たちを大きく上回っていたという。佐々はそれまで教科書でしか知らなかった数々の熱帯病の症例を目の当たりにし、特にマラリア、フィラリアなどの蚊を媒介とする熱帯性感染症の研究に没頭していった。それらの研究を通じ佐々は Species Control（スピーシズ コントロール）対種駆除という考え方に初めて接した。例えばマラリアを媒介するのは蚊であるのだから、予防のためには片端から蚊を駆除すればよいという大雑把なものではなく、マラリアを媒介する蚊の種を特定し、人間のマラリアを媒介する蚊だけを駆除すればよい、という考え方である。この考え方はマラリアに対してだけでなく、フィラリア、黄熱病、デング熱、日本脳炎といった蚊を媒介とする熱帯性の感染症の予防対策の基礎となる重要な考え方であった。佐々はマレー人の医師や研究者からその区別方法を伝授されると同時に、当時は敵国であったイギリスの医療知識や技術に感嘆し、日本にはない熱帯医学に関する各種論文や医学書を読み漁り、その理念や技術を日本語に翻訳し、ペナン島でのマラリア対策を克明に記録したものとともに、東京築地にある海軍軍医学校へ逐次送付し続けた。佐々は海軍軍医学校から呼び戻され、マラリアの予防法を若い軍医に教える傍ら、さらに研究を進め、マラリア媒介蚊の種類を判別するための図鑑『大東亜共栄圏のアノフェレス蚊の鑑別図鑑』を作成した。この図鑑は全軍に配布され、佐々は日本における熱帯病研究者としての地位を確立していく。その後、佐々は海軍陸戦隊の軍医として南シナ海に浮かぶ海南島で終戦を迎え、内地へ復員した。籍のあった伝研へ戻った佐々は、GHQの要請を受けて、日本脳炎の研究のために来日した医学者アルバート・サビンの助手をすることになった。東京都や岡山県で複数の蚊を採取してはさまざまな角度で研究を行う佐々を気に入ったサビンは、日本での研究成果をアメリカの医学雑誌で発表する際に、自らの名前だけでなく佐々の名前を加えた。佐々は復員後2年も経たずに東京大学医学部の助教授になった。さらに、共同研究者も集まり始めた1948年（昭和23年）、ロックフェラー財団が募集した公衆衛生学の戦後初となる日本人留学生2名の1人に佐々は選ばれ、1年間のアメリカ留学が決まっていた。が、具体的な出発の日取りは2か月以上も決まらないでいた。その頃の同年6月下旬、伝研を訪れた東京都の職員から「八丈小島にはバクという風土病があり、何年も発熱が散発的に続いて足が太くなる」という話を佐々は聞く。バクと言う病名も八丈小島という島名も初めて聞く名前であったが、「足が太くなる」という症状から佐々は即座にフィラリアを疑った。早速さまざまな資料や文献を調べてみたが、この時は「バク」が何なのか分からなかったと言う。俄然興味が湧いた佐々は日取りが決まらないアメリカ留学を控えていたものの、急遽八丈小島行きを決めた。