鎌倉時代以降、幕府の政治力は徐々に高まっていった。しかし、頼朝の実子として将軍・鎌倉殿に就いた源頼家・源実朝は権臣の北条氏に対抗できる力を持たなかった。頼朝の直系血統が絶えると、当初北条氏は皇族の将軍就位を求めたが、最終的には拒絶された。このため頼朝妹の血統をもつ摂関家から2歳の三寅を鎌倉殿に迎え、北条政子が後見した。正室となったのは頼家の娘であり、実朝正室坊門信子の猶子であった竹御所であった。三寅は6年後に元服した後に藤原頼経を名乗り征夷大将軍に就くが、実権は乏しく、傀儡であったと見られている。しかし北条泰時死後の混乱につけこみ、反得宗家の御家人を糾合して長子北条経時の執権就任に反対するなどの動きを見せた。この直後、子の藤原頼嗣が6歳で元服し、将軍職を譲らされるが、これはその影響であったと見られている。しかし頼経はその後も隠然とした勢力を保ち、名越光時ら反得宗勢力と連携して北条時頼と対立し（宮騒動）、その直後京都に送還された。また頼嗣も、僧了行らの謀反事件の煽りを受けて廃位されている。その後、皇族が将軍として迎えられ、いわゆる「宮将軍」となったが、「得宗専制」と称される幕府の中では、得宗家の傀儡に過ぎなかったという見方が支配的である。六代将軍宗尊親王は正室の密通事件が発生する中で謀反の嫌疑をかけられて京都に送還され、七代将軍惟康親王は『増鏡』において「将軍宮こに流され」と表現されるように、ほぼ罪人扱いで京都に追放されている。久明親王は理由は不明であるが33歳で辞任して京都に戻り、守邦親王は鎌倉幕府の滅亡とともに出家した。
しかし、頼朝にとって征夷大将軍職は、奥州藤原氏征討のためにこそ必要とされた官職であって、奥州合戦を経て実際に任官した建久3年（1192年）にはすでに必要なくなっていたという見方もある。実際に頼朝は征夷大将軍職にあまり固執せず、2年後には辞官の意向を示している。また、嫡男の頼家は家督継承にあたり、まず左近衛中将、次いで左衛門督に任官しており、征夷大将軍に任官したのはその3年後である。頼家が失脚する比企能員の変の際、惣追撫使・惣地頭の地位の継承が問題となった一方、征夷大将軍職は対象とされていない。従って、この段階の征夷大将軍は、武家の棟梁たる鎌倉殿や日本の軍事的支配者たる惣追撫使・惣地頭の地位と不可分なものではなく、さほど重視されていなかったことが伺える。ただ、頼家の弟実朝の家督継承の際にはまず征夷大将軍に任官している。頼朝は朝廷の常設最高職である左大臣に相当する正二位でこの職に就き、同時に一部で朝廷との二重政権状態を残しつつ全国に武家支配政権を形作ったため、以降その神格化とともに「天下人」としての征夷大将軍の称号が徐々に浸透していく。また、後年に至るまで執権、管領、大老などの幕府次席職の官位は従四位どまりであり、将軍のみが隔絶して高い権威として全ての武士に君臨する（たとえ実権がともなわなかったとしても）慣習もこの時期に確立されている。
薩閥の上原勇作とは日清戦争で開戦時から死線を潜り抜けた仲であり、その後も良好な関係であった。上原と大島は「赤椀会」という大島旅団を中心とする第一軍OB会を主催していた。会員は1925年において長岡外史（元旅団参謀）など10名程であったという。日清戦争当時に士官に与えられた官給の食事用の赤椀を持ち寄り、それで食事をしながら当時の思い出話をしたという。
アルフォンソ5世と王妃エルビラの子として生まれた。1028年、父の死によりわずか11歳で即位した。彼の治世の間、ナバラ王国はサンチョ3世（大王）のもと最盛期を迎えており、ベルムード3世はナバラ王女ヒメナを妃に迎えている。王国の未来を暗示する事件が首都で起こった。1028年、カスティーリャ伯ガルシア・サンチェスは、ベルムード3世の妹サンチャと結婚するため首都レオンへ向かった。ガルシア・サンチェスはそこで、ガルシア・サンチェスの父に与えられた侮辱を晴らすという報復から、ベラ家の者に暗殺された。カスティーリャ伯が子孫を残さぬまま死んだため、ガルシア・サンチェスの姉ムニアを妃としている自らの権利を行使しようとナバラ王サンチョ3世がカスティーリャへ侵攻し、セア川とピスエルガ川の間の土地を占領した。同時に彼はベラ家を始末した。最終的に、新たなカスティーリャ伯にはサンチョ3世の子フェルナンドが選ばれた。ベルムード3世は1032年に成年に達すると、ナバラ王によって奪われたレオンの領土を回復しようとしたが失敗した。彼は妹サンチャとフェルナンドの結婚で領土回復を狙ったが、成功しなかった。しかし反対に、サンチョ3世はアストルガとレオンを占領し、ベルムード3世に残るのはガリシア王国の領土のみとなった。アストルガとレオンは、サンチョ3世が死ぬまでレオンの領土として回復することはなかった。続いて、セア川とピスエルガ川の間の土地を再征服しようと奮闘したあと、ティエラ・デ・カンポスを占領しようとして起きたタマロンの戦いで、ベルムード3世は戦死した。王位はベルムードの妹サンチャが継承し、彼女の夫であるフェルナンドに対してその権利が渡り、フェルナンド1世として即位した。ベルムード3世の埋葬地については、レオンのサン・イシドロ教会の王室霊廟と、ナヘラのサンタ・マリーア王立修道院の2箇所に存在するため、議論がされている。