天皇の名には、天皇在世中の名である諱（いみな）と、没後に奉られる諡（おくりな）とがある。現在普通に使用されるのは『続日本紀』に記述される奈良時代、天平宝字6年（762年）〜同8年（764年）、淡海三船により神武天皇から持統天皇までの41代（弘文天皇を除き神功皇后を含む）、及び元明天皇・元正天皇へ一括撰進された漢風諡号であるが、『日本書紀』の本来の原文には当然漢風諡号はなく、天皇の名は諱または和風諡号であらわされている。15代応神天皇から26代継体天皇までの名は、おおむね諱、つまり在世中の名であると考えられている。その特徴は、ホムタ・ハツセなどの地名、サザキなどの動物名、シラカ・ミツハなどの人体に関する語、ワカ・タケなどの素朴な称、ワケ・スクネなどの古い尊称などを要素として単純な組み合わせから成っている。
続日本紀にある日本書紀の完成記事には「紀卅卷系圖一卷」とあり、成立時の日本書紀には現在伝えられている三十巻の他に系図一巻が存在したと考えられている。日本書紀の「紀卅卷」が現在までほぼ完全に伝わっているのに対して系図は全く伝わっていない。弘仁私記にはこの系図について、「図書寮にも民間にも見えない」としてすでに失われたかのような記述があるが、鎌倉時代に存在する書物を集めた記録では「舎人親王撰　帝王系図一巻」とあり、このころまでは存在したとも考えられる。「新撰姓氏録」には「日本紀合」という記述が散見されるが、現存の「日本書紀」に該当する記述が存在しない。これは失われた系図部分と照合したものであると考えられている。この「系図一巻」の内容については様々に推測されている。例えば日本書紀では初出の人物の系譜を記すのが通例なのに、系譜の記されない人物が若干存在するが、これらについては系図に記載があるために省略されたと考えられている。また、記紀ともに現存の本文には見えない応神天皇から継体天皇に至る系譜についてもこの失われた「系図1巻」は書かれていた可能性を指摘する説がある。また、前述のように系図を『日本書紀』とは別の書物とし、両書を合わせて『日本紀』と呼んだとする塚口義信の見解もある（書名を参照）。
『日本書紀』には訓読や書名をあげての文献引用など、本文とは別に分注（分註）と呼ばれる割注記事がみられる。かつては分注は後世の創作とする説も存在したが、今日では『日本書紀』成立当初から存在していたと考えられている。また、前述の「一書に曰く」も平安期の写本の断簡の中には分注と同じ体裁で書かれており、原本では分注の一部であった可能性がある。成立当初からの分注の存在は『日本書紀』独自の形式であるが、前述の『三国志』の裴松之による注のように中国の歴史書において後世の人物が本文に注を付けてさらに後々に伝えられる例は存在しており、『日本書紀』の編者がこうした注の付いた中国の歴史書の影響を受けた可能性がある。
本文の後に注の形で「一書に曰く」として多くの異伝を書き留めている箇所が多く見られる。中国では清の時代まで本文中に異説を併記した歴史書はなく、当時としては東アジアにおいて画期的な歴史書だったといえる。あるいは、それゆえに、現存するものは作成年代が古事記などよりもずっと新しいものであるという論拠ともなっている。ただし、『釈日本紀』の開題部分には「一書一説」の引用を「裴松之三国志注の例なり」と記されており、晋の陳寿が著した『三国志』に対して宋（南朝）の裴松之が異説などを含めた注釈を付けた形式のものが日本に伝来され、『日本書紀』のモデルになった可能性はある。なお、日本書紀欽明天皇2年3月条には、分注において、皇妃・皇子について本文と異なる異伝を記した後、『帝王本紀』について「古字が多くてわかりにくいためにさまざまな異伝が存在するのでどれが正しいのか判別しがたい場合には一つを選んで記し、それ以外の異伝についても記せ」と命じられた事を記している。この記述がどの程度事実を反映しているのかは不明であるが、正しいと判断した伝承を一つだけ選ぶのではなく本文と異なる異伝も併記するという編纂方針が、現在みられる『日本書紀』全般の状況とよく合っていることはしばしば注目されている。
8月31日、マンネルハイムはラヤヨキ川河口からオフタの線で攻撃を中止するように命令した。オフタからラドガ湖の間の厳密な線はのちに命令された。この近くが旧国境線であり、フィンランド軍はそこにたどり着いたのである。この結果ソ連のレニングラード北要塞線(KaUR)への攻撃を求められなかったため戦線は短くなった。ソ連軍は6歩兵師団、多くの独立大隊や独立連隊がレニングラード北部を護っていた。しかし、これらの軍はフィンランド軍との戦闘で戦力を半減していた。フィンランド第12師団は目標に既に9月1日に到達していたが、9月2日には他所で戦闘が始まった。第18師団は同じ日にマイニラ(Mainila)を占領し、翌日ヴァルケアサーリ(Valkeasaari 現在のBeloostrov)を占領した。9月7日、第2師団と第18師団は共に目標にしていたラヤヨキ川とオフタに到達した。第I軍の司令官Colonel Mäkinenはオフタ湖とラドガ湖、レンパーラン湖(Lempaalanjärvi)の旧国境から少し進むことを命じ、防衛に良い地点を見つけそこで攻撃を終えた。しかし、9月4日にはソ連軍から攻撃が始まり、9月6日に第10師団はキルヤサロ(Kirjasalo)でソビエト第941歩兵連隊を包囲殲滅した。最終的に9月9日には命令された線に全てのフィンランド軍が移動し、防御を開始した。ソ連軍の司令部はすぐにフィンランド軍の攻撃圧力が減少したのを知った。また、既に9月5日にはドイツ軍に対抗するために2師団をカレリア地峡からレニングラードの南部に向けて移動している。