本城の西南に位置する城郭。津和野城の見張りの城と位置づけられており、石積みの防塁跡が残る。また、中荒城の南麓（鷲原八幡宮の裏手）には「南出丸」と呼ばれる出丸が築かれている。津和野城は南側から始められたため、中荒城や南出丸は築城の初期に造られた。
天守台から見て、西と南の二方向に張り出した形状をしているのが三の丸となる。西側の張り出し部には、馬をつなぎ止めていた「馬立（うまたて）」、石列の排水機構跡が残る「台所」がある。また、台所の奥（西側）には「海老櫓」があり、搦手側を見張っていた。北から続く尾根（織部丸の方向）から本城への出入口となるのが「東門」で、坂崎氏時代以降の津和野城の大手門である。東門を見下ろすような三段の石垣には「三段櫓」が設けられ、厳重に守備されていた。そして、三の丸の西側（馬立）を挟んで東門の反対側に位置する「西門」は「西門櫓」が築かれていた。西門からは喜時雨に抜けることができ、津和野城の搦手（吉見氏時代は大手道）であった。三の丸の南部には、曲輪内に番所などがあったとされる。「南門櫓」が築かれている「南門」からは、尾根をさらに南に下って中荒城へと続いている。
津和野城の主郭は近世城郭の石垣造りが良好な状態で保存されている。城の最高所は「三十間台」であり、津和野城下を一望できる。また、三十間台の南側には南門（三の丸）などを見下ろせる「人質郭」が、北側には「太鼓丸」がある。三十間台の西側には、坂崎氏時代に三重天守が建てられた「天守台」がある。天守台の石垣は、石英閃緑岩が使われており、大きい石は2トン以上のものである。なお、天守台が位置している場所は、本丸では無く二の丸である。天守台の北側には、二の丸石垣から一段低いところを細長く走る腰曲輪が設けられ、太鼓丸の石垣下に位置する「隠門」まで続いている。
津和野城の本城（本曲輪）は比高200メートルの山頂に築かれた。坂崎氏時代に山頂が削平され、石垣や天守を備えた近世城郭となった。
吉見氏時代の津和野城は、霊亀山の尾根・支尾根に多数の曲輪を持つ典型的な中世山城である。当時は石垣などは無く、土塁と空堀による城だった。吉見氏は長年に渡り城の防備・拡張を続けてきたが、三本松城の戦いを前には竪堀などが大きく強化された。当時の吉見氏は、南の山口に大内氏（実質的に陶氏）・北の益田に益田氏と対立しており、南に賀年城・北に下瀬城を支城として築くことで守りを固めていた。特に、当城より直線距離で約10kmほど北方にある下瀬城とは尾根伝いに行き来する間道があったとされ、三本松城の戦いでは陶軍の猛攻に晒される津和野城から下瀬城に本陣を移している。
明治4年（1871年）、全国の各藩に先駆けて廃藩（廃藩置県）となり廃城となった。城は津和野の商人である三上喜左衛門に払い下げられ、翌7年（1874年）に山上の城は解体された。昭和17年（1942年）10月14日、国の史跡に指定された。昭和47年（1972年）と平成19年（2007年）には史跡の追加指定が行われて指定範囲が拡大した。昭和46年（1971年）には山上への観光リフトが完成した。また、平成18年（2006年）4月6日に日本100名城（66番）に選定された。
李氏朝鮮中期に、朴趾源は、漢王朝の領土が鴨緑江の南に広がっていたという事実を否定し、満州の渤海を朝鮮の歴史から除いた金富軾を批判し、渤海は高句麗の「子孫」だったと主張した。李圭景は、渤海の朝鮮の歴史からの除外は「それが広大な領域を占めていた」ため、「重大な誤り」だと主張した。しかし、李氏朝鮮後期、渤海の創設者が朝鮮人とは考えられない靺鞨の人々であったことを認めるにもかかわらず、渤海を朝鮮の歴史に含める歴史家が増えた。18世紀には次のように意見が分かれていた。学者星湖李瀷(ko:이익 (1681년))と安鼎福は渤海を朝鮮の歴史の一部と考えることを断固として拒否し、一方、申景濬(ko:신경준)と​​柳得恭はそれを完全に組み込んでいた。一世紀後、韓致奫(ko:한치윤)と韓鎭書(한진서)は、新羅のような議論のない朝鮮の王朝と等しいものとして渤海を朝鮮の歴史の中に含めた。申采浩は、渤海や夫余王国(別の満州国家)を朝鮮の歴史から除いたと『三国史記』を批判した。彼は、渤海が女真の金王朝(1115–1234)に敗れたことを「私たちの祖先[檀君]の古代の土地の半分を…900年以上の間[失った]」と解釈した。北朝鮮の学者、およびより最近の韓国の何人かの学者は、統一新羅が朝鮮を統一したとの見解に挑戦することにより、渤海の歴史を朝鮮の歴史の不可欠な部分として組み込もうとした。この物語によると、渤海が朝鮮半島北部の旧高句麗の領土を占めながらまだ存在していたから、高麗が最初の朝鮮統一だった。