2006年3月時点の日本国外の店舗数は1,406店である。現在の主力事業地域はアジア市場であり、日本とフィリピン、インドネシア、タイで大規模に事業運営を行っている。台湾にも進出中。タイでは「スシド・デライト」という寿司を模した商品がある。韓国ではダンキンドーナツが人気を博していることもあり、2017年に撤退した。中国からも、コスト上昇を理由に、2019年に撤退。なお、エルサルバドルでも事業を行っている。台湾ではダスキンと統一企業が「統一多拿滋」ブランドを共同運営。
ミスタードーナツ事業本部運営の都心型店舗。「大人のミスド」「ドーナツカフェ」がコンセプト。ミスドとは種類の異なる高級志向のドーナツを販売するドーナツカフェ「cafe andonand」が5店舗存在していたが、2011年4月にペディ汐留店が閉店し、2011年12月28日にはすべての店舗が閉店したことで提供を終了した。
2015年1月より、ミスタードーナツ全店で使えるチャージ式のプリペイドカード「ミスタードーナツカード」を発行している。現金で500円単位に20000円までチャージ可能で、残高の上限は30000円。繰り返しチャージ可能。プラスチックカードの他にスマートフォンアプリ版(Android・iOS)が用意されている。毎月10日・20日・30日には3000円以上のチャージで2％のボーナスが付与される他、半年間でのカード利用額が一定に達するとVIPチケットがレジから発行される。プラスチックカードにはギフト用の封筒も用意されており、贈答品としての利用も想定されている。
正月には毎年1000円の福袋と2000円の福箱を販売している。1000円の福袋にはドーナツ10個分（2011年は8個分）、2000円の福箱には20個分（2011年は16個分）の引換券が入っている他、その年のカレンダーや、普段店舗での購入代金に応じてもらえるポイントで引き換えが出来る景品（昨年度配布された内の過剰在庫分）が入っている。ほとんどの場合中身や値段は同じであるが、店舗によって異なる場合もある。また引換券と福袋用に作成されたオリジナルグッズが入った福袋が発売される年もあり、この場合は価格や中身は全店共通のものとなる。店舗によってはキッズ用の500円の福袋もある。（2009年は600円にて販売）この福袋は年末販売用と年始からの本来の販売用の２枠あって、店によってそれぞれ定数がある。このために年末に買えなかったとしても、年が明けると買える可能性がある。また、このやり方のため、年始を過ぎても定数分が売れずに1月中は残っている場合もある。2014年発売分までのドーナツ引換券は1枚ずつ切り離すタイプのもので購入した店のみ有効であったが、2015年販売分からのドーナツ引換券は紙カード式となり、全国のショップ（出張販売時など一部除く）で利用可能となっている。カード式への変更によってカードに記載のバーコード読み取りで個数を管理しており、使用時に残個数がわかるようになっている。有効期限は今までの3月末までと変わっていない。
1961年から1962年にミスタードーナツはカナダでの店舗展開を開始し、1970年にはオンタリオ州、ケベック州を中心に27店が存在していたが、1990年代後半から規模が縮小され、かつてオンタリオ州トロントにあった最後の3店舗は2010年前後に閉店した。
本家アメリカのミスタードーナツは、創業者どうしが親族関係にあるダンキンドーナツにとっての最大のライバルであったが、1990年2月に、ダンキンドーナツを所有するアライド・リヨンズによって買収された。この買収に伴い、ミスタードーナツに加盟していたフランチャイズのほぼ全店がダンキンドーナツへ移行することとなった。しかしながら、ペンシルベニア州とオハイオ州を中心に一部の加盟店にとっては、既存のダンキンドーナツの店舗と近すぎる等の理由で、鞍替えは事実上困難となった。数百店に及ぶこれらの加盟店は共同でネットワークを築き、その多くはドーナツ・コネクションというブランド名で、ミスタードーナツと同様のメニューを提供している。なお、2014年現在、米国内で（ダンキンドーナツにFC加盟せず、前述のドーナツ・コネクション・ブランドも掲げず）ミスタードーナツブランドのままで営業している店舗は、イリノイ州の1店を残すのみである。
2004年8月13日、読売ジャイアンツが2003年12月からの7ヶ月間、一場に対して“食事代” “交通費” “小遣い”などの名目で数回にわたり総額約200万円の現金を渡していたことを明らかにし、土井誠社長、三山秀昭球団代表を始めとする編成に関与した幹部4人を解任、渡邉恒雄オーナーと堀川吉則会長も引責辞任すると発表した。渡邉オーナーは辞任後、会長に就任した。日本学生野球憲章第13条2項は「プロ野球球団への入団を条件とする金品の支給または貸与を受けることを禁ずる」と定めるが、全国高校野球選手権大会・全日本大学野球選手権大会・国民体育大会などで活躍した選手の獲得を巡って、同憲章に抵触する裏金が飛び交っているとの噂は従来から伝わっていた。巨人の発表はこの噂が事実であったことを意味し、社会に大きな衝撃を与えた。この事件を受けて、一場と野球部別府隆彦総監督は金銭授受の事実を認め、一場が8月14日に退部届を提出。別府総監督も8月16日に監督辞任を表明した。これに対し、根來泰周コミッショナーは8月16日、「事態には厳正に対処する」と表明したものの、過去に遡及しての調査は「各球団の自浄能力に委ねる」と消極的な態度を示し、日本学生野球協会も同日「当該選手は野球部退部によって連盟の傘下から外れており、学生野球憲章に基づく処分の対象とはしない」とした。根來コミッショナーは9月7日に巨人を戒告と、現金500万円または同額の野球用具を野球育成関係団体に寄付させるように命令した。