ケンタッキー州マンフォードビルにあるハート郡高校は橋を巡る戦場跡にあり、そのマスコットにモーガン隊の栄誉を称えレイダーズと名付けた。またこの町の大きな壁画にはモーガンが描かれている。レキシントンにあるジョン・ハント・モーガン記念像はモーガンに捧げられたものである。かって彼の家だったハント・モーガン・ハウスはレキシントンの歴史地区に寄付された資産となっている。
オハイオからの帰還後、モーガンはブラッグ将軍から再び信用されることは無かった。1864年8月22日、当時の東部テネシー州と南西部バージニア州の南軍を取り込んだアレゲニー圏方面軍の指揮官に据えられた。しかし、割り付けられた兵士は失った者達に比べるべくも無かった。モーガンは今一度ケンタッキー州の襲撃を始めたが、その部隊は規律に欠けており、統制したくないあるいは出来ない状態であり、公然と略奪すると共に大きな損失も受けた。この時までに南軍当局は密かにモーガンを刑事事件の容疑で捜査しており、指揮官から外す可能性もあった。モーガンはテネシー州ノックスビルを目標にした襲撃の準備を始めた。1864年9月4日、モーガンはテネシー州グリーンビルへの北軍襲撃の時に捕獲を免れようとしている間に急襲され殺害された。部下はいつも、彼が監獄から2度目の脱出を謗るために殺されたと信じていたが、単に停止を拒んだために撃たれた模様である。モーガンはレキシントン墓地に埋葬された。その埋葬は2番目の娘が生まれる直前のことだった。
モーガンはアラバマ州ハンツビルで、カルビンとヘンリエッタ・モーガン夫妻の最初の子として生まれた。遺伝学者のトーマス・ハント・モーガンの叔父であり、ケンタッキー州レキシントンの初期設立者でアレゲーニー山脈から西では最初の百万長者の一人ジョン・ウェズリー・ハントの孫だった。南軍の将軍となったA・P・ヒルやバジル・W・デュークとは義兄弟でもあった。モーガンの父は経営していた薬局の失敗に伴い不動産税が払えなくなり、1831年にハンツビルの家を手放した。家族はレキシントンに移り、父が乱雑に広がった農園を経営した。モーガンはトランシルバニア大学に2年間通っていたが、1844年6月に友愛会の仲間と決闘したことで中退した。1846年、父と同様にフリーメイソンに加入した。1846年の米墨戦争のとき、モーガンはアメリカ陸軍に騎兵兵卒として入隊し、ブエナ・ビスタの戦いに参戦した。ケンタッキーに戻ると、麻の製造者となり、その後祖父が経営していた繁盛している商業を引き継いだ。1848年、モーガンの共同経営者の妹で18歳のレベッカ・グラッツ・ブルースと結婚した。1852年に民兵隊の砲兵中隊を立ち上げたが、2年後に解体した。1853年、モーガンの妻が死産をした。妻のレベッカは敗血症性血栓静脈炎（静脈に血の塊ができる感染症）を患っており、結果的に患部を切断することになった。妻の家系の親戚とは奴隷制と彼女の健康問題に関する異なる見解に苦しんだ。1857年、モーガンは「レキシントン・ライフルズ」と呼ばれる独立した歩兵中隊を立ち上げ、暇な時間はその訓練に使った。
ルワンダの専門家であり、1994年のルワンダ虐殺をジェノサイドとして最も早くに断言したアリソン・デフォルジュは、1999年にルワンダ虐殺の報告書として『Leave None to Tell the Story: Genocide in Rwanda』を出版した。同報告書の内容はヒューマン・ライツ・ウォッチのウェブサイトにて閲覧可能である。また、国際連合ルワンダ支援団司令官であり、最も著名なジェノサイドの目撃者となったロメオ・ダレールは、2003年に『Shake Hands with the Devil: The Failure of Humanity in Rwanda』を共著で発行し、その中で自身の体験したうつ病やPTSDについて記述した。この"Shake Hands with the Devil"は2007年に映画化された。さらに、国境なき医師団代表者の1人でありルワンダ虐殺を体験したジェームズ・オルビンスキーは"An Imperfect Offering: Humanitarian Action in the Twenty-first Century"を執筆した。映画評論家から絶賛を受け、2004年度のアカデミー賞やゴールデングローブ賞にノミネートされた『ホテル・ルワンダ』は、キガリのホテルオテル・デ・ミル・コリンの副総支配人であったポール・ルセサバギナが、千人以上の避難民をホテルに匿い命を救ったという体験に基づいた物語であり、この作品はアメリカ映画協会による感動の映画ベスト100の第90位にランクインした。2006年にはルセサバギナの自伝となるAn Ordinary Man（邦題『ホテル・ルワンダの男』）が発行された。2006年には、ジェノサイドの生き残りであるイマキュレー・イリバギザが、自身の体験をまとめた手記、Left to Tell: Discovering God Amidst the Rwandan Holocaust （邦題『生かされて。』）を刊行した。この本では、イリバギザが民族差別の空気を感じながらも平穏な日々を暮らし、一般市民家庭にジェノサイドが迫る様子を克明に綴っている。イリバギザ自身は牧師の家の狭く湿ったトイレに他の7人の女性とともに隠れ、91日間に亘る虐殺の日々を奇跡的に生き抜き、家族の最後を辿る様までが描かれている。アリソン・デフォルジュはルワンダ虐殺から11年目となる2005年、ルワンダに関して扱った2本の映画に関して「50万人を超えるツチが命を奪われた恐怖への理解を大きく進めた」と述べた。2007年にメディア・フォーラム「ポリス」のディレクターとして知られるチャーリー・ベケット (Charlie Beckett) は、「どれだけの人が映画"ホテル・ルワンダ"を見たのだろうか? 皮肉にも、今や大多数の人々はこの映画によってルワンダに触れるのである」と評した。パンク・ロックのバンドランシドが2000年に発表したアルバム（en:Rancid (2000 album)）収録曲Rwanda は、ルワンダ虐殺を題材としている。