初回放送（リニューアル第1作目）は松本清張原作『渡された場面』（三浦友和主演）で、30分拡大放送となった。BSジャパンで2005年4月17日（日曜日）に先行放送、続いて地上波（TXN系列局・ぎふチャン・びわ湖放送）で同月20日（水曜日）に放送された。旧『月曜・女のサスペンス』（月曜21時枠）の制作スタッフ（局側）でもあった佐々木彰氏（初代統括プロデューサー）らが再結集する形で立ち上げられた旧『女と愛とミステリー』が原作に忠実な作劇に徹していたのに対し、『水曜ミステリー9』ではオリジナル脚本に原作の設定・トリックを組み込むパターンが増加。この傾向は日本テレビ系列で放送されていた旧『火曜サスペンス劇場』の制作スタッフが同番組の終了（2005年秋）に合わせる形で活動の場を水曜21時枠（テレビ東京系列）に移した事でさらに強まる。故に、旧枠（女と愛とミステリー）から引き継いだシリーズであっても、リニューアルの前と後では作風が大きく異なるケースが珍しくない。
TXN系列局及び地上波で同時ネットを実施しているぎふチャンとびわ湖放送の放送開始時刻はこれまでの20:54から21:00に変更されたが、終了時刻が従来通り22:48のまま据え置かれたため、結果的に放送時間が6分短縮、現行の2時間サスペンスドラマ枠では最も尺長が短い番組となってしまった。年度切り替え期間中（3月下旬から4月上旬）は特別番組（地上波限定）の放送に伴う休止が特に多く、BSジャパンでの時差放送が4日遅れ又は先行放送に急遽変更となる場合も珍しくなかった。番組がスタートした2005年4月下旬から2007年9月末までは原則的にBSジャパンでの放送がTXN系地上波各局より3日先行していたが、同年10月第1週よりBSでの放送が地上波より4日遅れのディレイ放送に変更される。翌11月第3週より一旦はBS先行に戻ったものの、『BSミステリー』の22時台（後半）がノンスポンサード扱いとなった2008年以降は地上波先行に再変更された（2009年3月下旬の『水曜ミステリー9』終了まで）。ちなみに、後継番組『水曜シアター9』で放送中のサスペンス作品も地上波での放送がBSより4日先行で実施されているため、民放キー局系のドラマ番組のうち系列BS局での放送がキー局より先行しているものは現在1本もない。年に数回『水曜ミステリー9』枠で放送されていた（『水曜シアター9』開始後も継続）いわゆる「ドラマスペシャル」に関しては、BSジャパンでの時差放送を前提とした権利処理手続きの対象外となるため、BSでは放送されず、別番組（『BSミステリーアンコール』など）への差し替えが行われていた。1ヶ月に1回程度『いい旅・夢気分』の3時間（又は2時間）特番などで番組自体が休止となっていた。また、番組後期にはスポーツ中継に伴う休止も増えていた。日曜日に国政選挙の開票速報又はスポーツ中継の延長に対応するための別番組が組まれている場合、BSでの放送が前日（土曜日）に繰り上げられる事があった（4日遅れ→3日遅れ）。
デジタル方式への完全移行に伴いサイドカット処理（地上波）が一切不要となった為、かつてBSジャパン向けに納品されていた旧女と愛とミステリー作品と同様、OPアニメーションやタイトルバック、EDロールなどのデザイン・レイアウトが16:9のワイド画面を意識したものに変更された。また、第2期では番組ロゴがOPアニメーションとの一体感をより強調したデザインに刷新。系列外・県域独立局(同時ネット局を除く)に対しても、オリジナル版(ロゴ入り)と同じものが供給される様になった為、第1期に比べ独自の判断でオープニングのカットを行う時差ネット局が増えている。
日本国外では同社が展開する高級車ブランド「レクサス」のフラグシップモデル「LS」として販売される一方、日本では国内向けの仕様変更等のうえ、日本名「セルシオ」としてトヨタブランド（販売チャネルはトヨタ店とトヨペット店）で販売された。2005年からは日本国内でもレクサスブランドの展開が開始され、2006年9月にはセルシオ（3代目）の後継車種にあたる新型LS（4代目）を発売。取扱店もレクサス店に完全に移行され、セルシオの名称は消滅した。1989年、トヨタがアメリカ合衆国を主要マーケットとして新たに立ち上げた高級車ブランド「LEXUS（レクサス）」の最上級車として、「ES」（日本名：トヨタ「カムリプロミネント→「ウィンダム」）と共に初代モデルが発売された。従前、北米の高級車市場はキャデラックやリンカーンといった米国メーカーや、メルセデス・ベンツやBMWといった西ドイツメーカーの独壇場であり、あくまで大衆車の域を出なかった日本車メーカーが割って入る余地はないと思われていた。しかし、トヨタは1980年代初頭から徹底したマーケティングを行った結果、比類なき他を圧倒する快適性、高品質を追求することで新規参入余地はあると判断。初代LSの開発がスタートした。1989年に発売されたLSは北米マーケットで人気となり、レクサスブランドの礎を築くきっかけとなった。そして同年10月、日本国内でも「セルシオ（CELSIOR）」の名で販売を開始。本来ならトヨタの伝統的車種「クラウン」があるほか、日米における嗜好性の差異を考慮して日本導入は見送られるはずだったが、折りしもバブル景気の最中であり、日産・シーマが爆発的なヒットを記録する（後に「シーマ現象」と呼ばれる）など国内の高級車マーケットが拡大傾向にあった中、クラウンでは満足できなくなった顧客層の要望に応えるために、クラウンとセンチュリーの間に位置する新しい車種として発表された。そのデビュー時、新聞では2面広告が打たれ、セルシオを擁して「新しいトヨタ」を大々的に宣伝した（それに合わせるようにセルシオの登場を機に現在のトヨタCIマークの使用を開始）。ショーファードリブン（オーナー自身は運転しない）が前提のセンチュリーを除くと、当時の日本車の中では最高級車に位置付けられていた。