ケナガコナダニそのものには人体への悪影響を与える性質はない。血を吸うこともないし、毒成分を持ってもいない。食物には知らない間に繁殖することが多々あり、無自覚に口にする例も多いと思われるが、それによって人体に悪影響を与えてはいないと思われる。ただし本種が体内から検出される人体内ダニ症の原因となった例がある。もっとも症状があってダニが検出されることはあるが、ダニと症状との因果関係は明らかではない。他方で喘息患者が、ケナガコナダニをアレルゲンとして抗原抗体反応を起こしている場合があることは証明されている。また、本種の直接の害ではないが、本種が大発生するとこれを捕食するツメダニ類が発生することがよくあり、これがヒトを刺して発疹を起こさせることがある。
屋内の畳や床の埃の中にも普通に見られる。特に新築家屋によく発生する。畳はその芯のイネワラが発生源となり、半乾きのワラを使うと半年程度で発生が見られるようになる。特にコンクリートに敷かれた畳は繁殖にとって至適とも言える条件となる。ワラそのものがダニの栄養源となり、刈り取られたものが乾燥にかけられる段階で既に繁殖が始まる。畳の内部ではそれ以外にカビの胞子や埃などが栄養源として供給され、また畳の保水性、吸湿性、それにダニの隠れ家としての間隙が多数存在する構造などがダニの繁殖にとって極めてよい環境を作り上げており、畳の縁に白い粉が動いているのが見えるほどに繁殖することがある。なお、このようなことを日本の家屋の変化と結びつける考え方もある。本来の日本家屋はとても風通しよく作られており、畳も適度に乾燥させられていたものが、近年は遙かに密閉性が高くなり、そのために畳をダニの棲みやすいものにした、という指摘である。
農作物への害が知られるようになったのは近年のことである。被害を受ける作物としてはウリ科のもの、キュウリ、メロン、カボチャ、スイカなどで、他にナスが加害されることもある。被害を受けるのは作物が苗の期間で、新芽や若葉から吸汁される。被害部位では多数の小さな穴や白黄色の小さな斑点が生じ、葉や花芽が欠損する。発生源は植物そのものではなく、根元の土壌に切りワラをすき込んだり、油かすや敷き藁をした場合にそれらでダニが発生し、それが植物体に移動して被害を与える。これらの有機物が分解する過程で発生が多く、完全に分解するとその密度は低下する。なお、北海道では同属で主として作物に発生するものにオンシツケナガコナダニ T. neiswanderi やホウレンソウケナガコナダニ T. similis 、オオケナガコナダニ T. perniciosus が知られている。これらは本種と酷似しており、固定標本で精検しなければ区別は難しい。同様に北海道で作物を害するものに、近縁の別属のものであるニセケナガコナダニ Mycetoglyphus fungiverus がある。また、シイタケ栽培に被害を与える例も知られる。おが屑米ぬか培地を用いた培養の際、その初期に本種が発生するのだが、その際に本種がシイタケの生長の害となる菌（トリコデルマ属 Trichoderma spp.、ヒポクレア属 Hypocrea spp.）を持ち込み、そのためにキノコの菌糸が成長しなくなる。
小選挙区制導入後の1996年の第41回衆議院議員総選挙で、民主党は公認争いで輿石東と小沢鋭仁が対立。結果、輿石が選挙区から立候補し、小沢は比例単独候補に回った。しかし、輿石は選挙区で落選し、小沢は比例で当選するという皮肉な結果となった。その後、輿石は参議院に鞍替えした。それ以降、小沢が選挙区で4回連続当選して地盤を築いたが、2012年の第46回衆議院議員総選挙の目前に小沢が民主党を離党、日本維新の会に移った。これに激怒した党幹事長の輿石は、党独自の候補者擁立を模索。引退を表明していた内閣官房副長官の斎藤勁を立てて、「小沢落とし」に執念を燃やした。小沢は日本維新の会の比例単独1位に記載されており、落選の可能性はほとんど無かったが、たとえ自由民主党を利することになっても小沢を選挙区で当選させないことに尽力した。結果、自民党の宮川典子が初当選し、16年ぶりに自民党が議席を奪回した。小沢も比例で復活当選した。山梨県内の小選挙区再編後初めてとなる2014年の第47回衆議院議員総選挙では、小沢が維新の党の比例近畿ブロック単独1位候補として国替えし、民主党は前回3区で同党の後藤斎に破れるも比例復活当選し、解党されたみんなの党に所属していた中島克仁を擁立。中島が小選挙区で当選し、宮川は比例復活で当選した。みんなの党解党時に所属していた前職衆議院議員のうち当選を果たしたのは、代表であった浅尾慶一郎と中島の2人だけである。2017年の第48回衆議院議員総選挙では、公職選挙法改正で消滅した山梨3区から出馬していた中谷真一が「コスタリカ方式」で立候補し、宮川は比例単独に回った。民進党は前原誠司代表の提案により希望の党への合流を決めていたが、中島は希望の党には合流せず、無所属で出馬した。結果として前回同様、中島が小差で当選し、中谷は比例復活した。なお、第48回衆議院議員総選挙では浅尾慶一郎が落選したため、みんなの党解党時に所属していた議員で連続当選を果たしているのは中島1人となった。また、小沢は希望の党公認で東京25区から出馬したが比例復活もならず落選した。