本作品は出荷当初、CEROにより「A」（全年齢対象）としてレイティングされていたが、CEROに提出された審査資料（本編の映像）に不備があり、審査資料には含まれてはいなかったがゲーム本編には含まれていた映像に「A」区分として不相応な映像がものがあったとして、本作以降、レイティングが「B」（12歳以上対象）に引き上げられた。ガストは懲戒処分を受け、再審査の期間中は本作品の出荷を一時的に停止した。ただし販売自体は停止されず、追加生産分以降での修正もパッケージやゲームディスク上に表記されたレイティングの変更（対象年齢の引き上げ）に留まり、ゲーム内容自体の修正は行われない。レイティングの変更後は「セクシャル」のコンテンツディスクリプターアイコンが追加された。何のシーンが問題だったか具体的な発表は無いが、作中のグラフィックを担当した岸田メルは自身のTwitter上で、作中における登場人物ジーノ・クナープの臀部表現を引き合いに、男性キャラクターが裸身を晒す表現に問題があったという見解を示している。
ディレクターの岡村佳人によれば、本作品はアーランドの錬金術士の物語の完結編として企画され、大団円を迎えることを目指して開発が進められたという。3部作の過去の登場人物も盛り込まれ、ゲームシステムもアトリエシリーズの集大成であることが意識された。ただし最終的にはきちんとした完結とはならず、「いつものアトリエと同じような」形の結末に落ち着いてしまったとしており、機会があればとしつつも別の結末を描きたいとも語っている。岸田は自分のペンネームに被ることもあって本作の主人公名、そしてその派生で決まるゲームタイトルに猛反対したが、ガスト側は問題なしとして聞き入れてもらえず、そのままゴーサインが出てしまったという。また、ロロナ役の門脇はアフレコの際に「一カ所、『メルルちゃん』というところを『メルちゃん』と間違えた」とのこと。
『週刊ファミ通』のクロスレビューでは40点満点中35点を獲得した。ゲームの主要素であるアイテム作成と材料の収集は中毒性が高いとされ、開拓も好評であった。4人のレビュワーのうち2人がゲームシステムの快適さに言及し、残りの2人もゲームバランスとテンポがよく遊びやすい、飽きさせない丁寧な作りと評価した。ゲーム中、イベントシーンが頻繁に挿入されることについては評価が別れた。
日本では、特急列車に使用される列車愛称とそれにちなんだ絵柄を用いたものが広く知られている。戦時中、特急の運転を中止していた日本国有鉄道は1949年、特急へいわの運転によって特急の運転を再開。へいわは翌1950年特急つばめと改称される。この時大阪鉄道管理局の明石孝が、列車の最後尾につけられるテールマークを機関車の前面にもつけることを発案。これがヘッドマークの起源と言われている。電車・気動車の特急形車両は当初白地に紺色文字で日本語、赤文字でローマ字標記をしていたが、1978年10月改正を皮切りにイラストの採用が始まり、1985年3月改正までに全ての特急列車がイラスト入りヘッドマークに変更された。国鉄分割民営化後は783系を筆頭に愛称表示器を装備しない特急車両が次々と登場したことから、ヘッドマークを装備した特急列車は全体的に減少傾向にある。その一方、651系では新たにLEDを使用したヘッドマーク表示装置を開発、多彩な表示が可能なことから他社でも追随する例が出ており、国鉄型車両でもヘッドマークをLED式に改造した車両が登場している。新幹線車両は前面部への取り付けが技術的に困難である。ただし、新幹線車両であっても「鼻」とも通称された連結器カバーを持つ車両（0系・100系・200系）では装飾実績があり、1987年3月の国鉄分割民営化時や各車両の引退時などでマークが付けられた実績がある。2003年に開催された日本シリーズでは、開催地が山陽新幹線沿線であったことから700系電車の前面窓下に福岡ダイエーホークス（当時）と阪神タイガースの両球団マークを貼り付け、『ホークス・タイガース応援列車』として走行している。1970年代には特急列車のうち、定期客車列車が寝台列車による運行のみとなったことにより、合理化・省力化のため牽引機関車にヘッドマークを設置しない事例が多かった。これは、当時の労使関係によるところが大きいとされているが、例外的に東京機関区が電気機関車の運行を担当した東京駅発着で東海道・山陽本線経由の列車（いわゆる、九州ブルトレ群）については設置されていた事例が多い。通常運行される特急列車以外では、イベント列車、記念列車、あるいは車両の引退間際や車体広告の一環として特製のヘッドマークがつけられることがある。定期の貨物列車においては長らくヘッドマークが取り付けられる事が無く、コンテナ専用列車「たから」（1959年11月運行開始）の車掌車にテールマークが取り付けられた程度であった。定期貨物列車にヘッドマークが設置されたのは、1986年11月1日国鉄ダイヤ改正で運行開始した「スーパーライナー」（東京貨物ターミナル駅・新鶴見信号場 - 幡生操車場・下関貨物駅間）6本で、牽引を担当した吹田機関区のEF66形に取り付けて運行された。以降は旅客列車と同様合理化・省力化のために取り付けは基本的に行われていないが、2000年代以降では毎年夏～秋ごろに広島車両所が一般公開の告知を兼ねて、ヘッドマークを装着して運行している。JR以外の鉄道会社では通勤形車両にヘッドマークを装着することが多く、その中でも阪急電鉄・京阪電気鉄道・西武鉄道・京王電鉄の大手私鉄4社は定期列車へ積極的にヘッドマークを装着している。一方私鉄の中には専用の特急形車両を保有する事業者もあるが、これらの車両のヘッドマークは文字のみというケースが多い。