メチルエステル化によって、副産物として原料油脂の10%程度のグリセリンが生成される。通常、このグリセリンには触媒や未変換の脂肪酸などが混入しており、有効な用途がないとされる。また、酵素法や超臨界法などにより純度の高いグリセリンを得ることはできるが、現在の日本では供給過剰状態にあること、小規模分散型の変換設備では十分な量が得ることができないことなどから、グリセリンの売却や処分が非常に困難な状況にある。このためグリセリンのメタン発酵による資源化の研究が行われている。
気候変動枠組条約に基づき地球温暖化防止のため策定された京都議定書では、生物由来となる燃料については二酸化炭素の排出量が計上されないこととなっている。すなわち、化石燃料を燃焼させることは、それに含まれる炭素を二酸化炭素として大気中に新たに追加させることになるが、バイオディーゼルは原料となる生物が成長過程で光合成により大気中の二酸化炭素を吸収していることから、その生物から作られる燃料を燃焼させても元来大気内に存在した以上の二酸化炭素を発生させることはない（カーボンニュートラル）という考え方である。これによれば、バイオディーゼル燃料は太陽光や風力などと同じく、再生可能エネルギーに位置づけられることとなる。他方、上述・通商産業省の審議会では、原料として日本が大量に輸入することになるパーム椰子の原産国であるマレーシアやインドネシアにおいて、ヤシ畑開発のために森林破壊が進行してしまう（環境破壊を進行させてしまう）懸念が指摘されている。また、ブラジルなどではより収益率の高いバイオ燃料生産のためオレンジ生産などが転換され、それによる果実、穀物の供給不足、高騰が起こり、バイオマスエタノールでの事例と同様に食料を燃料として消費する事に対する疑念、批判も起こっている。
バイオディーゼル燃料を軽油等と混和して販売したり、自動車の使用者自らがバイオディーゼル燃料を購入又は製造して軽油等と混和して使用する場合、軽油引取税の課税対象となる。バイオディーゼル燃料を、現行の日本の税法に抵触することなく非課税で自動車に使用するには、軽油等を混和させずに100%バイオディーゼル燃料でエンジンを作動させる必要がある。この場合、軽油とバイオディーゼル燃料の両方を使用可能な車両では、燃料タンクを分離させ、エンジンへの配管途中で弁による切り替えを可能として、燃料の混合を防止させなければならない。
上記品質確保法においては、FAME混合軽油について満たすべき基準が設けられており、軽油販売業者はこの基準を満たさないものを自動車の燃料用として消費者に販売してはならない。（揮発油等の品質の確保等に関する法律第17条の7及び同法施行規則第22条）軽油生産業者及び輸入業者は、自動車の燃料として販売又は消費しようとするときは、この軽油規格に適合することを確認しなければならない。（同法第17条の8）なお、品質確保法はあくまで炭化水素油を対象とした規制であるため、炭化水素成分を含まないFAME（含酸素燃料）は同法の規制の対象とはならない。軽油と混合される前のFAMEについては、FAMEやNEATFAME混合軽油を製造するにあたっての品質の目安として、軽油と一定割合(5%)で混合することを前提とした標準化が任意規格によりなされている。また、品質確保法による規制は、石油製品は消費者が見た目で品質の適否を判断することができないために設けられたものであることから、例えば消費者が自ら法に定められた基準以上のバイオディーゼル燃料を軽油に混和したとしても、それは自己責任でなされたものであり、同法による規制の対象とはならない。
日本においては、従前、バイオディーゼル燃料についての規格が存在していなかった。しかしながら、近年これを一般自動車用の燃料として使用する動きがあることから、経済産業省の審議会である総合資源エネルギー調査会において、上記欧州規格を参考としつつ規格化が検討されてきた。この審議会での検討結果を受けて、BDF混合軽油を一般のディーゼル車に用いた場合における必要な燃料性状に係る項目を規定するため、揮発油等の品質の確保等に関する法律施行規則の改正がなされた。（平成19年経済産業省令第3号。改正省令公布日：平成19年1月15日、同施行日：平成19年3月31日）
モレルは次に、最南端に達した地点から北に転じてからの日に、南緯67度52分西経44度11分の地域で大きな陸地をどのように視認したかを記述している。モレルはこの陸地を「ニューサウスグリーンランド」と呼び、その後の数日間でワスプは300海里 (560 km) 以上の海岸を探検したと記録している。モレルはその地形について生き生きと記述しており、多くの野生生物も見たとしている。そのような陸地は存在していない。他にもこの地点あるいはその近くで陸地を見たというのは、1842年のジェイムズ・クラーク・ロス卿の遠征で報告されたが、これも想像のものだと分かった。1917年、スコットランドの探検家ウィリアム・スペアズ・ブルースがこの地域の陸地の存在について、「絶対的に無いことが証明されるまでは否定されるべきでない」と記していた。その時点までに、ヴィルヘルム・フィルヒナーとアーネスト・シャクルトンの双方が、それぞれ氷に捉われた船でニューサウスグリーンランドを視認したとされる地点近くを漂流し、陸地の兆候は無かったと報告していた。モレルが見たものは実際には南極半島の東海岸であり、その見たという地点からは400海里 (740 km) ほど西に離れていたという見解が示唆されてきた。これはすなわち位置測定の誤差が経度で少なくとも10度あるということであり、サウスサンドイッチ諸島を出た後のモレルの航跡を完全に修正することになる。モレルがこの出来事を創作したのではないとするならば、彼は蜃気楼を見たのだというのが可能性ある説明となる。