日清戦争の勝利により日本がアジアの中でその地位を高めたことで、ビゴーの風刺は日本を中心とした極東情勢が主なテーマとなっていった。同時にロシアに対抗するイギリスが日本への接近を図り、条約改正への流れは決定的となる。ビゴーが主な顧客としていた居留地の外国人が条約改正を嫌って離日すること、また写真の発達で報道画の仕事が激減したことで、ビゴーは生活の不安を抱えた。加えて、条約改正に伴い、外国人居留地と治外法権が撤廃されることで、従来のような居留地を根拠とした自由な出版活動が困難になることを予期していた。ビゴーはまた多くの居留外国人同様、日本の司法や警察に不信を抱いていた。1899年（明治32年）6月、条約改正の発効1ヶ月前にビゴーはフランスに帰国した。39歳であった。夫人のマスとは離婚し、フランス国籍の長男は自らが引き取ってフランスに連れ帰った。マスとの関係については、のちに誕生した次女の回想として「離縁された」という証言があり、及川茂は「マスとの確執がビゴーの忍耐心を抑えられなくなったのである」と記している。帰国直前に刊行した画集『1899年5月』は、日本への幻滅感を強く印象づける内容となっている。銅版画で日本を題材とした画集『ル・ジャポン』の刊行を企図したが、未刊行に終わった。
1889年で『トバエ』は休刊し、その後もビゴーは複数の風刺画雑誌を刊行した。しかし、大日本帝国憲法発布で自由民権運動が終息すると、条約改正問題を除けば日本の政治に関する風刺はほとんど見られなくなった。1893年には半年ほど京都市に滞在。これは大阪市や神戸市の外国人居留地へのセールスが目的であった。また、この時期に千葉県検見川村稲毛（現・千葉市稲毛区）にアトリエを構えて移り住み、帰国直前まで暮らすことになる。1894年（明治27年）7月、34歳で士族の佐野清の三女・佐野マスと結婚した。マスは美しい切れ長の瞳を持つ美人でビゴーより17歳年下であった。ビゴーは日本への永住を考えていた。この頃、フランスから帰国して間もない黒田清輝と知り合った。ビゴーは日本で暮らすため、画壇の重要人物と目した黒田の知遇を得ようとした。しかし、最新の流派を学んで帰国した黒田と上記の通り古い写実主義で育ったビゴーでは絵画に対する考えに大きな違いがあり、結局二人は大喧嘩をして絶縁した。同年8月に日清戦争が勃発すると、ビゴーは英紙『ザ・グラフィック』の特派員として陸軍に従軍。二度にわたって朝鮮半島や中国東北部を取材し、報道画を寄稿した。1度目は釜山・仁川・平壌と朝鮮国を北上し、10月下旬の鴨緑江作戦を取材して11月初旬に広島にもどり、約1か月間、新婚の妻マスと過ごして12月には再び中国戦線に出かけ、翌年にかけて満州を取材した。これらの絵は野戦病院や雑役に従事した軍夫など、日本のメディアが関心を向けない題材が描かれていた点で貴重なものである。また、従軍に際しては写真機を持参しており、約200点の写真を撮影している。ただし、日清戦争が終結すると外国紙への寄稿は次第に少なくなっていった。1895年（明治28年）にはまた、長男モーリスが誕生した。
愛知県西尾町（現・西尾市上町）生まれ。生家は大正初期創業の春香園製茶工場。父親の本田明治は春香園の経営のかたわら、愛知県議会議員を3期（1951年～1963年）務めた。1955年（昭和30年）に愛知県立西尾実業高等学校（現・愛知県立鶴城丘高等学校）を卒業したのち、京都府宇治市で修業を積む。抹茶は飲むだけでなく食用の時代が来ると感じた本田は3代目を継ぐと、製造主体体制から卸販売への転換を図る。1966年（昭和41年）3月に葵製茶有限会社を設立。碾茶の生産量を一日600キロに大規模化した。1971年（昭和46年）、西尾市茶業組合長に就任。1975年（昭和50年）1月、西尾市議会議員に初当選。1984年（昭和59年）、愛知県茶商工業協同組合副理事長に就任。1989年（平成元年）6月6日、西尾市長の本多貫一が5期引退を表明。川上万一郎県議と市議会最大会派「市民クラブ」所属の稲垣実男派の議員17人は9月10日執行の市長選に向けて、助役の宮地松男を擁立。稲垣の系列に属する本多貫一も宮地支援に傾いた。これに対し、同じ市民クラブ所属で故中野四郎派の流れをくむ本田が出馬を表明。この年の市長選は保守分裂選挙となった。加えて、西三河南部への勢力拡大を目論む旧愛知4区の杉浦正健が本田の支援に回ったことから、保守分裂選挙は一気に派閥代理戦争へとエスカレートした。結果は本田29,104票、宮地20,641票で、本田が初当選を果たした。1993年（平成5年）、無投票で再選。1997年（平成9年）、3選。2000年（平成12年）11月、葵製茶社長を退任。4代目社長は妻が継いだ。2001年（平成13年）の市長選は自民党、民主党、公明党、自由党の4党の推薦を得て立候補し4選。ただし西尾駅西地区再開発事業におけるホテル建設に関して反対派の市民が行った署名運動などのあおりを受け、落選した元県議の中村晃毅とはわずか3,502票差であった。2005年（平成17年）の市長選は出馬せず、4期で引退した。2009年（平成21年）11月3日、旭日中綬章を受章。