1991年にウェルズは「インテリジェント・デザインの父」フィリップ・E・ジョンソンと共に「HIVがAIDSと呼ばれる感染症の原因」という「仮説の既知の証拠の再評価」を要求する嘆願書に署名した。ウェルズ、ジョンソンと他の署名者はHIVがAIDSの原因であるという科学界のコンセンサスに反対したことで批判された。ワシントン大学ロー・クオータリー誌の評論家マシュー・J・ブラウアー、バーバラ・フォレスト、スティーブン・G・ゲイはウェルズ、ジョンソンと他の否定論者がいかなる科学的証拠も無しにHIV/AIDSの否定キャンペーンを進めていると非難した。
ウェルズはディスカバリー・インスティチュートが高校生向けに出版した『あなたの生物教師への進化に関する10の質問』の著者である。アメリカ国立科学教育センターはその回答のリストを公表している 。
2006年に二冊目の有名な本、『ダーウィニズムとインテリジェント・デザインの政治的に誤ったガイド』を出版した。これは保守的な著作を扱う出版社レグナリー・パブリッシングの一連のシリーズの一部である。これは『科学の政治的に誤ったガイド』の著者であるトム・ベサルによって賞賛された。しかし「パンダの親指（反創造論の科学者によるウェブサイト）」のリード・カートライト博士によって「政治的に誤っているだけではなくて、他のどんな方向にも誤っている：科学的、論理的、歴史的、法的、学問的、そして道徳的にも」と指摘された。カートライトはまた章ごとに誤りを指摘している
2005年にウェルズはカンザス州で行われた進化に関する公聴会に出席した。それは主な科学者からはボイコットされた。そこでウェルズは次のように述べた「私はダーウィン説が証拠に反するので間違っていると確信していた」。地球の年齢について質問されたときに、こう答えた「地球は45億歳か、そのくらいだと思う......しかし私が証拠を見ていないことは事実だ。私は提示される証拠をますます疑うようになった。そのために、私は地球は45億歳だと言うことになったが、とにかく証拠は見ていない」公聴会の前、2000年12月にカンザス州教育委員会は高校生の生物のカリキュラムを変更し、生徒が進化論を疑うことを推奨するような教材を取り入れた。プラットトリビューン紙はウェルズのオオシモフリエダシャクに関する記事に疑問を呈し、自分の発言が誤って引用されたと述べるジェリー・コインの手紙を掲載した  。ジョナサン・ウェルズのような創造論者はこれらの実験に対する私の批判がダーウィニズムに対して強い疑問を投げかけていると主張する。しかしその表現は間違っている。......蛾のさらなる研究への私の要求は進化理論のいくつかの致命的な欠点を明らかにしていると創造論者によって誤って表現された。......ジョナサン・ウェルズの『進化のイコン』が例証しているように、健全な科学的な議論を、実は進化論者が詐欺を働いているか崩壊した理論を取り繕っているのだと主張するのは創造論者の古典的な戦術だ。－ジェリー・コイン letter to the editor, Pratt Tribune.
ウェルズは2002年の著書『進化のイコン』で有名である（邦訳は2007年）。そこで彼は進化を支持するとして広く受け入れられている10の例を挙げて、根拠がないと主張した。この本は多くの批判を受け、科学界から拒否された 。この問題に精通している科学者から多くのレビューを受けた。レビューはこの本が政治的な動機によって書かれ、わずかな問題を非常に大きく誇張し、歪めて伝えているという点で一致した。引用された研究者はウェルズが故意に彼らを誤って引用し、読者を誤解させたと非難した。生物学教授ジェリー・コインは次のように述べた。「ジョナサン・ウェルズの本は完全に欠陥のある三段論法に基づく。......教科書は進化を例で説明する。その例は時々誤っているか紛らわしい方法で提示される。つまり進化は虚構である」
周辺は山と海が迫った狭い場所で、駅周辺と北側の山肌に井牟田地区の民家があるのみである。当路線では最も行きにくい駅の一つである。当駅に停車する列車の本数が多いため秘境駅とまではいかないが、他の当路線の駅と違って幹線道路からかなり離れており、山側を通る幹線の薩摩街道（国道3号）へは山道で繋がってはいるものの道幅はあまり広くなく、山や峠を蛇行しながら迂回するため6km以上離れている。海沿いにも道があり両隣の駅まで繋がっていて山道を通るよりは近道だが、道幅が最大でも1.4m程度と大変狭く2010年から当駅 - 肥後二見駅間に5m幅の生活道路（県道二見田浦線・2013年3月22日部分開通）が整備され道路事情が改善されるまでは隣の肥後二見駅とは軽自動車以上の大きさの自動車は通行不可能であった。なお、もう一方の当駅 - たのうら御立岬公園駅間の海沿い道路は未だに道路がほとんど整備されていないため、場所によっては道幅が極端に狭く軽自動車でも通行不可能な箇所も存在する。駅周辺も土地が狭く駅前広場（ロータリー）や駐車場がないため鉄道以外では大変行きにくい立地になっている。なお、部分開通した二見田浦線は今後も芦北側300m、八代側1kmの計1.3kmを整備して国道3号線と繋がる予定で、全通すると当駅へのアクセスが格段に改善される予定。街が駅を中心に海側と山側に分かれ、横断用の踏切が町外れにしかないため、ホームの中間にある地下水路の横に地元住民が作った横断用の通路が設けられている。肥後二見 - 上田浦 - たのうら御立岬公園間の線路は海沿いを走る。海すれすれに走っている部分も多いため車窓からの景色が良い。