1964年（昭和39年）12月3日に斉田弥太郎と鍋島市右衛門が共同で「株式会社丸共ストアー」を資本金で400万円で福岡市博多区銀天町に設立し、第1号店として同月に雑餉隈店を開店した。1973年（昭和48年）に本部を現在地に変更した。1985年（昭和60年）5月に現社名の「株式会社マルキョウ」に変更した。（雑餉隈店は現在も営業している）。創業者の一人である鍋島市右衛門が魚市場の買参権を保有していたことから、創業時から鮮魚の鮮度や安さを強みとして売り上げを伸ばした。ユニードや寿屋が福岡市周辺での多店舗展開を強化し始めたことを受けて、1978年（昭和53年）春に営業時間を朝8時から深夜のである午前1時までの17時間へ延長し、長時間営業する営業戦略を展開して売り上げを伸ばした。また、大規模小売店舗法の規制強化に対しては、売り場面積500m²以下の小型店舗の運営ノウハウを開発する方針を採り、売り場面積約150坪の店舗を福岡の都市部で集中出店してドミナントの構築を図った。さらに、グロサリーなどは粗利益率を16%台に抑え、低コスト運営で低価格を売りにする「ディスカウントストア型スーパーマーケット」を長時間営業する業態へ発展させて売り上げを伸ばした。しかし、この低価格志向は一方で、2008年（平成20年）5月23日に公正取引委員会から「納入業者との取引で、優越的地位を乱用した不公正な取引方法があった」として排除措置命令を受けることになった。九州北部（福岡県・佐賀県・長崎県・大分県・熊本県）でチェーン展開している。またFC店舗として、マイチェリーを展開していたが、現在はマルキョウ直営店舗として「マルキョウ」の屋号で営業されている。グルメシティ九州（現：マックスバリュ・イオン）と共に、地元小売業におけるプライスリーダー的存在である。また、しょうゆなど独自ブランドの商品も展開している。1996年（平成8年）、佐賀県で事業展開していた日祐（ニチユー）から創業地店舗を除く9店舗を譲り受け、一旦子会社により「マルユー」として運営していたが、その後子会社を吸収合併、直営に切り替えた。それまでは食品主体であったが、当該譲受後は日祐が扱っていた衣料品の販売にも力を入れている。2013年（平成25年）9月4日に西日本鉄道と資本・業務提携に基本合意したと発表した。この時点では西日本鉄道は、創業者一族で筆頭株主だった斉田キミヨから、発行済み株式の15%を取得し、筆頭株主となるとされていた。しかし、西日本鉄道が取得する株式は、9月4日時点の15%・235.2万株を約11.97億円から12月19日の合意では10%・156.8万株を約9.4億円へ縮小し、西日本鉄道は3位の株主になると共に創業者家が引き続き当社の筆頭株主に留まることになった。また、取得は12月25日付けで行われることになった。2017年（平成29年）3月1日、丸久（山口県）、マルミヤストア（大分県）などを傘下に持つリテールパートナーズ（山口県防府市）との株式交換により、同社の完全子会社となった。同時に、西日本鉄道との資本提携は解消した。
国防軍無罪論とはドイツにおける、いわゆる「国防軍神話」の一角を成しており「ドイツ国防軍は国家元首であるヒトラーの命令に従っただけで、戦争に関する責任はない」とするものである。これはモスクワの戦いまで陸軍最高司令官を務めていたヴァルター・フォン・ブラウヒッチュ元帥が他の四名の将軍と連名で、降伏後にニュルンベルク裁判に提出した国防軍の役割を示した覚書にその源がある。そこではドイツ国防軍は非政治的なヒトラーの道具に過ぎず、あくまでも国家元首に服従しただけであり、またユダヤ人やスラブ人に対する残虐行為はあくまでもナチ親衛隊によって行われたもので、ドイツ国防軍は通常の戦争を行ったに過ぎないとして、ナチズム体制と国防軍を明確に分離していた。西ドイツにおいては、1950年代に同様の認識を示すエーリヒ・フォン・マンシュタインやハインツ・グデーリアンの回想がドイツで出版されることでこのイメージは補強され、海外でもベイジル・リデル＝ハートが「（国防軍は）ゲシュタポや親衛隊の犯罪行為とは無縁であった」という見方を著している。また東西ドイツにおける再軍備による旧国防軍将校のドイツ連邦軍（西ドイツ軍）および国家人民軍（東ドイツ軍）への復権がそれに輪をかける事となった。7月20日事件に関与したクラウス・フォン・シュタウフェンベルク大佐らが顕彰される一方で、国防軍はプロフェッショナルな集団であり、政治には無垢な存在としてとらえられていた。しかし、1970年頃から国防軍の戦争犯罪に対する研究が盛んとなり、またナチズムイデオロギーとの関係も研究されるようになった。ドイツ再統一後の1995年から1999年にかけて、ハンブルク社会問題研究所が「絶滅戦争　国防軍の犯罪1941～1944」と題したパネル展（ドイツ国防軍展示会）を開催した。このパネル展で国防軍が東部戦線においてユダヤ人の組織虐殺を行っていた事、国防軍がヒトラーの道具ではなくパートナーであった事などが主張され、ドイツを二分する激しい論争を引き起こした。連邦軍および連邦国防省はこうした問題に態度を表明する必要に迫られ、1995年6月5日に国防軍展示会について「内容はややラディカルなものの、軍事史研究所（国防省の管轄組織）の研究成果をふまえている」という評価を行っている。また11月にはフォルカー・リューエ国防相が、「国防軍は第三帝国の組織として、その頂点において、部隊・兵士とともにナチズムの犯罪に巻き込まれた。それゆえに国防軍は、国家機関として、いかなる伝統も形作ることはできない」と国防軍について批判的な姿勢を示した。またパネル展の論調が国防軍全体が犯罪行為に関与しているようになっていたことは批判を生んだ。ヘルムート・シュミット元首相は、「私は、事実が明らかにされ、道徳的な観点から判断がなされることには賛成である。しかし、始めから1900万人すべてを一括して中傷、さもなくば彼等の子供達にあなた方の親には罪があると信じさせるやり方では、展示の当初の目的を果たすことは全く出来ない」と批判している。1997年4月にはドイツ連邦議会において国防軍問題に関する決議を行う動きがあった。同盟90/緑の党は「国防軍は国民社会主義システムの支柱の一つであった。国防軍は組織として国民社会主義の犯罪に関与した」という決議案を提出し、ドイツ社会民主党や民主社会党の賛成を得たものの、ドイツキリスト教民主同盟の提出による「ドイツ国防軍への従事者に対するあらゆる一方的・総括的な非難に対して断固として反対する」という決議案が賛成多数で採択された。1995年8月に『デア・シュピーゲル』が行った世論調査では、46％が「国防軍はナチスの虐殺行為に関与していた」と回答している。2000年ごろの研究ではホロコーストにおいても国防軍が関与していたことは明らかになってきているが、「純粋に組織的な犯罪集団」であるかどうかについては議論が存在する。2009年、ドイツの歴史家 クリスティアン・ハルトマン は、「いわゆる『清廉潔白な』国防軍という神話について、これ以上正体を暴く必要はなくなった。国防軍の罪はあまりにも圧倒的であるために、これ以上の議論はもはや不要である」と述べている。