作業内容の負担の大きさから管理者数が不足している。プロジェクト内の犯罪予告案件を通報していた管理者の「海獺」は、「2010年時点で最低100人は管理者が必要」と指摘している（2013年5月現在56人）。なお、2009年末に管理者を増やすキャンペーンなどが行われたものの、結局2014年3月現在管理者数約50人程度にとどまっている。ただし、削除者のような管理者の権限の一部を持った者が、管理の補佐をするようになった。
これまで爆破予告や殺傷予告など、犯罪予告に類する書き込みがなされることもあった。このような書き込みがなされた場合も、削除の手続きが行われる。なお、2009年6月と同年8月には逮捕者も出ている。
記事の内容にまったく関係ない投稿や、記述をするなどのいたずらなどの荒らし行為も増えている。これに対してはIPユーザーによるものが多いため、ログインした利用者のみが編集できる「半保護」という処置が取られることが多い。具体例としては、あるロックミュージシャンの身長が156センチメートルだという根拠のない内容を記入する荒らし行為が広範囲に発生し、半保護などの処置が取られた。
複数の利用者が、特定の記述を巡り、記述する内容や記述すること自体の可否を争い、お互いに自身を是、相手を否とする内容に何度も差し戻す編集合戦と呼ばれる事態がしばしば起こる。こうした編集合戦を止め、話し合いによる解決のために管理者により記事の編集ができない保護という処置が取られるが、合意になかなか至れず、記事が長期に渡り編集できない状態になってしまうことがある。また、ニュースなどになった事件や事故について、速報的な記述をする利用者とそれに反対する利用者の意見が対立したり、百科事典に載せるに値する特筆性（著名性）があるか否かについて意見が分かれ、削除すべきがどうかの論議になることもある。他の言語に比べて、保護、半保護（アカウントがない、若しくはログインしていない匿名ユーザーの制限）とされている項目の比率が高い。また、分野によっては非常に細かな内容まで記されている分野もあるが、逆にまったく未執筆の分野も多い。また、編集合戦にまで至らないものの、書籍としての百科事典の概念にどれだけ忠実であるべきとする意見と新しいウェブサイト上の百科事典の可能性を追求するべきとする意見が対立を起こすこともある。
ウィキペディアの知名度にあやかり、また検索エンジン最適化がされていることを悪用し、若手起業家（青年実業家）や中小企業、インディーズ系バンド・アーティストのメンバーや関係者、売り出し中のクリエイター、果てはカルトなど世間から眉を顰められる類いの団体までが、「箔付け」すべく自身に都合の良い宣伝をする、逆に不都合な記述は削除する等いわゆるプロパガンダ目的での編集がされることがあるとの指摘がある。例えば、アスキー創業者で元社長の西和彦は、自身に不都合な事実について、何が正しい情報であるのかを明示することなく、デタラメな記述をされたということで自ら大量削除を行った。これに対し、自身に不都合という理由だけで削除するのはウィキペディアの方針に反するものだとする一般利用者との間で論争となった。その後、西は、西に不都合な事実を「誰でも編集できる」編集方針は「嘘で嘘を塗り固めているようなもの」だとして、「2ちゃんねるもウィキペディアも同じようなもの」と主張した。
他言語版の上位10のうち7言語版は、その言語の主な使用国内に個別の協会（ウィキメディア財団#国別協会）を持つのに対し、日本語を主に使用する日本国内には国別協会がない。管理者陣は単なるユーザーグループで、多くが匿名である（→Wikipedia:日本語版ユーザーグループ）。
言語間リンクが同規模の他言語版に比べると少ない。2009年8月時点の日本語版の言語間リンクは320万リンクであり、内部リンク数上位10言語版のうち最下位である。2008年10月20日現在の記事のダンプデータによると、言語間リンクを一つも有しない記事は約28万件あり、当時の総記事数約51万件の半数以上に上る。これは日本特有の事象を挙げた記事が多いのも一つの要因である。また、日本語がラテン文字を使わない言語であるために、他言語版の執筆者が日本語版の記事名および記事本体をまったく読めず、他プロジェクトからの支援を受けにくいという事情もある。
艦型は平島型敷設艇(測天型敷設艇)をタイプシップとし構造、艤装とも簡易化とされた。すなわち船体は線図に直線を多用し、キャンバー無し、シアーも艦首に直線的に付した以外は無かった。上構も出来るだけ簡易化され、煙突も六角形となっている。主機はマン式ディーゼルの在庫品1隻分を当て(「粟島」に搭載)、残りは当時の丙型海防艦用に量産されていた艦本式ディーゼルを搭載した(「神島」他1隻)。このため艦本式ディーゼル搭載艦の速力は(平島型の20ノットから)16.5ノットに落ちている(「粟島」は19.5ノット)。平島型が船団護衛のために航続力(計画は14ノットで2,000カイリ)を伸ばす必要が生じたため、本型では計画から航続力を14ノットで3,000カイリとした。兵装は、従来の8cm高角砲に代わり仮称五式(ボーフォース)40mm単装機関砲が2基装備された。機銃は当時の平島型に増備された数を基準に搭載した。『終戦時の日本海軍艦艇』によると25mm連装機銃2基、同単装3挺の計画だったが、連装1基と単装4挺が追加されたという。電探は13号、22号各1基を装備。ソナーは九二式水中聴音機1基、三式二型探信儀1組を装備するなど、最新型を一通り装備した。