1588年9月8日に出生し、即日カトリックの洗礼を受けた。幼少より勉学の才を表し、メルセンヌの両親は財政的な困窮にもかかわらず彼に教育を受けさせ、最初にル・マン校で文法を専攻し、16歳の頃、ラ・フレーシュにある王立学院に入った。そこは親の経済状況を問わず才能ある若者を育成るため新設されたイエズス会士の教育機関であった。メルセンヌより8歳年下のデカルトも後に彼らが終生の友情を結ぶことは知らずに2年後輩として入学している。その後パリ大学で神学を学び、1614年から1618年の間はヌヴェールで哲学と神学を教えた。1620年にパリに戻り、以降イタリアやオランダへの旅行以外は、終生パリの僧院に住み続け神学と哲学を教えるかたわら、自身の学問の研究を続けた。しばしばメルセンヌは修道士であると誤解されるが、実際には修道士の教育機関によって教育を受け指導者となっただけであり、イエズス会員になったことはない。温和で親切な性質で、当代の研究者達の交流のネットワークを積極的につくりあげた。ガリレオの学術研究もサポートし、いくつかの翻訳作業などを行った。メルセンヌが彼らと交わした膨大な往復書簡は、当代の偉人の業績や生活ぶりを知る現在の貴重な研究資料ともなっている。特にデカルトとは親友であり、デカルトがオランダへ移ったさいもメルセンヌだけにその居場所を教え交信を続けた。またデカルトによるとメルセンヌは非常に好奇心が旺盛で、旧約聖書『創世記』28章12節に出てくる「ヤコブの梯子」の長さを計算してみるなど「様々なことを知りたがりすぎる」とこぼさせた。メルセンヌが自身の公式で 2²⁵⁷ − 1以下の整数で素数として予想した10個の数字は、検証することなしに出されたものであり、結果としては半分の的中率であったが、逆に言えば勘だけで5つの素数を言い当てたことにもなり直感的に物事を捉える能力に秀でていたともとれる。カトリック教徒であるメルセンヌはルネサンスの自然魔術やヘルメス哲学、カバラを嫌悪し、プロテスタント的思想の薔薇十字団を黒魔術師の団ないし思想的テロリストの陰謀結社とみなしていた。普段は温厚なメルセンヌもペンを持つと人格が変わり厳しくフィチーノやピコやアグリッパを罵倒した。そして、彼の攻撃は、同時代人の薔薇十字運動に加わっていた哲学者、ロバート・フラットにも向けられ泥沼化し、メルセンヌ・フラッド論争に発展する。メルセンヌは数学だけでなく、宗教や音楽にも神の造りし秩序ある法則性をあてはめて捉え、科学と宗教を統合させようと試みた。1648年、59歳で肺膿瘍によって死亡。
明治維新後、改革や戊辰戦争などの変動期を経て、日本近代化のために明治新政府が推し進める改革政治に対する不満や意見の相違から、日本各地で佐賀の乱（1874年）や西南の役（1877年）などの内乱が相次ぎ、犯罪者も急増したことで「国賊」とよばれた多くの人々が国事犯・政治犯として逮捕されていった。度重なる戦乱で国民は困窮し、犯罪を犯す者が後を絶たず、囚人数は1885年（明治18年）には過去最高の8万9千人まで膨れ上がった。日本国内にある集治監だけでは収容人員を越えてしまうため、次々と新しい集治監をつくらなければ追い付かない状況のなか、1879年（明治12年）にはすでに、当時内務省の長官だった伊藤博文が囚徒流刑地として北海道への集治監設置を説いていた。一方、開国して間もない日本は、進んだ文化を持った西欧の列強諸国に追いつき追い越せとばかりに富国強兵政策をとっていたため、経済発展のためには未開地の蝦夷地の開拓は必要であった。この当時、シベリア・サハリン・カムチャツカを植民地とし、さらに不凍港を求めて南下政策をとるロシア帝国の脅威から蝦夷地を守るため、1869年（明治2年）より明治政府は軍事上の理由から蝦夷地を北海道と改名して道内に開拓使を置いていた。明治初期の北海道、特に道東地域は海辺から内陸に入る道路は皆無といってよい状況で、奥地に入るためには、必ずアイヌの道案内が必要であった。北海道開拓は至急の命題であり、そのためにはまず手始めに人員や資材の運搬路となる道路を建設することが必要であった。1879年（明治12年）に伊藤博文が作成した建議書「徒流両囚発遣地先以御予定相成度伺」により、明治政府は多くの囚人に、屯田兵入植に先立って開墾させるため、北海道に移送させる政策をとった。囚人の多くは、政治犯として逮捕された士族であったという。明治政府にとって、未開地であった北海道に、政府が進める改革に反対運動を起こし危険分子と見なされた国賊や政治犯として逮捕された人々を社会から隔離しておくことは好都合であり、また北海道開発のために道路工事の作業員として囚徒を使えば費用が安く上がるという理由から、膨れ上がる囚人の収容所問題の解決とあせて徒刑、流刑、懲役刑12年以上の者を拘禁する集治監（現在の刑務所にあたる）を北海道の地に求めた。内務省の発案で、1881年（明治14年）に、石狩国樺戸郡須倍都太（すべつぶと、現：月形町）に樺戸集治監が北海道に置かれたのを皮切りに、翌1882年（明治15年）には同国空知郡市来知（いちきしり、現：三笠市）に空知集治監、1885年（明治18年）には釧路国川上郡熊牛村（現：標茶町）に釧路集治監が開庁し、全国6集治監のうち3カ所が北海道に開設される。さらに1890年（明治23年）釧路集治監の分監として網走に網走囚徒外役所（のちに網走分監と改称）が置かれ、その後、下帯広にも釧路分監帯広外役所（のちに十勝分監と改称）が置かれるなど、北海道の各地に次々と集治監が作られていった。北海道に集治監が置かれた目的は、女囚が送られなかった点を含めて、労役にあったことが明らかであったといわれている。1885年（明治18年）、伊藤博文の側近で太政大書記官を務めた金子堅太郎が、北海道各地を視察した上で政策を建白した「北海道三縣巡視復命書」は、囚人たちの運命に大きな影響を与えることになった。金子は、この復命書のなかで道路開削のために囚人を利用することを進言したからである。1886年（明治19年）、北海道庁設置による開拓政策の転換によって道路開削が重要視されると、翌1887年（明治20年）5月、全道郡区長会議において全道基幹道路の計画が示され、第1に札幌を起点として空知・上川から釧路・根室に至る道路、第2に樺戸から日本海側の北増毛に至る道路、第3に釧路から網走に至る道路の新設が謳われた。北海道のインフラ整備でその中心となった道路事業の必要性を強く主張したのは、初代の北海道庁長官となった岩村通俊である。岩村は、これら三つの道路を整備することで、北海道全体の交通網を一挙に整備しようと考え、そして岩村の構想を実現するために、それら開拓道路開削のための労働力として道内各地の監獄の囚人たちが作業現場へと次々に送り込まれていった。その労働は苛酷なもので、刑期を終えても帰らせてもらえない者も少なくなかったといわれている。