事件直後から民族派右翼の関係者らが「事件は単独による犯行であり、徐はマスコミに洗脳された被害者」であると主張している。鈴木邦男は刺殺事件直後に、徐の犯行動機について「純粋に国を憂う人間が、国民に変わって”やってやる”と思い、こんなことをやってしまったのでは？徐容疑者はある意味でオウム＝サリンとテレビにマインドコントロールされていたのでは。オウム、村井氏は非常にかわいそうだ」「組織的な背景はないと思う」と持論を展開した。しかし、徐が「若頭の指示よる犯行」を供述したことにより小林よしのりから矛盾があると批判されている。徐は当時「右翼団体に所属はしているが、自分は右翼ではない」と自供しており、右翼関係の書物も所持していなかった。捜査員の印象では「暴力団や右翼団体によくいるタイプの突っ張ったタイプではなく、とても落ち着いている。数日前に殺人をした人間とは思えない」といい、天誅といった発言もなかった。食事も1日三回、平然と食べていたという。徐が出所すると、鈴木は再び事件の背後関係を否定しはじめ、「僕も、徐さんの個人的な怒りや興奮が基になって事件を起こしたんだろうと思います」と主張。徐と親睦を深めている。また、新右翼活動家の蜷川正大、中台一雄も組織的犯行はないと主張しているが、徐が若頭の指示を認めた件については全く触れておらず、具体性に乏しい反論となっている。徐は尊敬する人物として野村秋介を挙げている。2013年6月17日に徐は新宿ロフトプラスワンで鈴木邦男、上祐史浩、有田芳生とトークイベントを開いているが、翌年2014年2月5日の参議院予算委員会で、有田が野村を「暴力団の幹部」と呼んだため、徐は蜷川正大と共に抗議を表明した。この背景には野村が後藤忠政の盟友であり、鈴木邦男や蜷川の恩師であることが影響している。また、村井刺殺の指示役とされている羽根組若頭K・Kは過去に九州雷鳴社という組織に所属していたが、同団体の命名者は野村秋介だったとサンデー毎日(1995年8月13日) が報道している。羽根組長を主役のモデルにした映画「獅子王たちの夏」を監修したのは野村である。
徐裕行は東日本大震災直後に、山口組系暴力団後藤組組長の後藤忠政が主催する復興支援団体「G−rise日本」の副代表を務め現地へ向かっている。オウム事件当時、教団と暴力団の不動産取引や覚醒剤取引が注目されており、村井刺殺事件も暴力団絡みで引き起こされたものではないかと指摘されていた。1995年6月17日に行われた第132回国会予算委員会第33号の中で、錦織淳が富士宮市のオウム施設が後藤組関係の企業から借りた建物だったと指摘している。また、小山金七は静岡県富士宮市の土地の購入の世話役は村井秀夫だったと証言している。1992年にはオウム教団本部があった上九一色村で、後藤組系の不動産会社「エム・プランニング」の会長ら計6人が国土利用法計画法違反の容疑で逮捕されている。これらの指摘に対し、後藤忠政は「あいつら（オウム）も土地がいるんで、俺の知り合いの不動産業者の所に来たらしいわ。「農地を売って欲しい」とか言って。オウムとの「関係」といったって、その程度のことだ」と証言している。
事件発生から32時間後、公表された犯人の画像を見て父親が当局へ通報したことにより、1990年生まれ、トラブゾン在住のオギュン・サマストが事件の犯人として逮捕された。トラブゾンでは、前年にカトリック教会司祭のアンドレア・サントロが、地元の民族主義者の少年に射殺されており、近年の極右運動家の主要なリクルート先にもなっていた。そしてサマストには、2004年にトラブゾンのマクドナルド店舗を爆破した前科を持つヤシン・ハヤルという友人もいた。ほどなく、トラブゾン県知事ヒュセイン・ヤヴズデミルおよびトラブゾン警察署長レシャト・アルタイは職務を解かれ、その後アンカラから派遣された特別調査チームにより現地の調査が行われた。20日中にサマストはディンクの殺害を自供したが、この段階ではサマストは犯行は個人的なものと供述していた。しかし、サマストのおじは取材に対して、イスタンブールについて知識のないサマストが独りで犯行に及ぶことができたとは思えず、サマストは利用されたのだと主張した。サマストは、ディンクが「トルコ人を侮辱した」ために殺害したと語り、後悔もしていないと供述した。メディアは、サマストが高校を中退しており薬物中毒の可能性もある、と報じた。その後、サマストはTV報道を見て初めて自身の行為の重大さを認識し、悔悟した様子で供述を終えたと報じられた。ところが2月1日、勾留中のサマストが警官とともに、トルコの国旗の前で誇らしげにポーズをとっている映像がメディアに流出した。映像は議論を呼び、『ラディカル』編集者のイスメト・ベルカン (tr) は「これはディンクをもう一度殺すようなものだ」と語った。しかし、ほどなく配信元のTGRTは映像が偽造であったと認め、同社のディレクターらは引責辞任した。同時期には事件に加担したとして他の6人の被疑者もトラブゾンで逮捕されていたが、その中でもヤシン・ハヤルが自分にディンクを殺害するよう焚きつけ、そして凶器も手配した、とサマストは供述した。そしてハヤルも、サマストに銃と金を与えたことを認め、「彼は義務を果たし、トルコの名誉を回復することを助けた」と述べた。また別の調査によれば、民族主義地下組織「エルゲネコン（エルゲネコン組織）」の事件への関与も指摘されている。メンバーであった大佐のフェルハト・ヨズソイが、「フラント・ディンクの死だけでは充分でない」として、借金を抱えていた部下にディンクの妻子を暗殺するよう30万リラで持ちかけていたことが、エルゲネコン裁判の中で明らかにされている。