3月18日プリンスアルバートで北西騎馬警察（王立カナダ騎馬警察の前身）の守備隊が増強されつつあることが知られるようになった。事実はアレクシス・アンドレ神父や守備隊長 L.N.F. クロージャーの警告により、わずか100名ほどが追加配備されただけであったが、500名の重武装兵が準州にやってくるとの噂がたちまちのうちに流布された。メティ側の忍耐も限界となり、リエルに追随する者たちは武器を携え人質をとり、Batoche とプリンス・アルバート間の電信線を断った。3月19日には Batoche においてまたも臨時政府の樹立宣言がなされ、リエルが政治的そして精神的な面での指導者となり、デュモンが軍事面の指揮を執った。リエルは "exovedate" (「群れから去った者」という意味の新造語)と呼ばれる評議会を作り、パウンドメーカーやビッグベアーらクリー族長の支持を取りつけるため代表者を送り込んだ。3月21日、リエルの密使は守備隊のクロージャー隊長にカールトン砦を明け渡すよう要求したが、拒絶された。事態は風雲急を告げ、3月23日副総督デュードニーはマクドナルド首相に軍事介入が必要となるかもしれない旨の通信を送った。3月26日にダックレーク近郊を偵察中のガブリエル・デュモン率いる一隊は思いがけずカールトン砦からの守備隊を発見した。こうしてダックレークの戦いが起こり守備隊が敗走した知らせが届くと先住民たちは一斉に蜂起した。戦端は開かれ、ノースウェストの反乱が本格的に始まった。リエルは、連邦政府が遠く離れたノースウェスト準州で起こったもう一つの反乱に効果的な対応を行うことはできず、故に政治的な交渉を求めてくるであろうことを期待していた。これは基本的には1870年代における反乱において大変効果のあった戦略と同じものであった。最初の反乱当時には、リエルが指揮権を掌握してから3ヶ月ほど経過してやっと先発隊が到着するといった状況であった。しかし、リエルは生まれたばかりのカナダ太平洋鉄道の重要性を完全に見落としていた。鉄道には大きな未敷設箇所があったが、それでも連邦の正規兵及び民兵の先発隊は、フレデリック・ミドルトン少将の統率の下、リエルの請願書提出からわずか2週間も経過しないうちにダックレークに到着した。正面から直接対決したのでは連邦軍には勝てないと見たデュモンは、ゲリラ戦を長期的に展開することによって交渉に持ち込もうとした。デュモンのこの方針に沿った作戦は4月24日のフィッシュクリークの戦いにおいてささやかな成果を見せた。しかし、リエルは彼の「神の街」を防衛するために Batoche に軍事力を集中することに固執した。5月9日から12日まで行われた Batoche の戦いの結果は火を見るより明らかで、5月15日に髪をぼさぼさにしたリエルは、連邦軍の前に降伏した。また、ビッグベアーの率いる一隊は6月3日のルーンレークの戦いまではどうにか持ちこたえたものの、反乱した達はほとんどが降伏か逃亡し、全体で見ればメティにとっても先住民にとっても惨憺たる失敗に終わった。
建武2年12月10日、足利尊氏は新田軍を箱根・竹ノ下の戦いで破り、京都へ進軍を始めた。この頃より、尊氏は持明院統の光厳上皇と連絡を取り、新田義貞討伐の院宣を得ようと画策する。これは叛乱の汚名を逃れて、自己の挙兵の正統性を得る行為であったことは、『太平記』・『梅松論』など諸書の一致した見方である。建武3年1月11日、尊氏は入京を果たし、後醍醐天皇はその前日に比叡山へ退いた。しかしほどなくして奥州から尊氏を追いかけて上洛する形となった北畠顕家と行軍の遅れと箱根の戦況を聞いて京都へ撤退途中であった東山道の尊氏討伐軍、比叡山を守る楠木正成・新田義貞の攻勢に晒される。園城寺にいた足利軍を駆逐した新田・北畠軍は1月27日から30日にかけて京都とその周辺で攻勢をかけた。1月30日の戦いで敗れた尊氏は丹波国篠村八幡宮に撤退、続いて2月2日に摂津国兵庫に移動して西国の援軍を得て京都奪還を図るが、2月11日に摂津豊島河原の戦いで新田軍に大敗を喫したために戦略は崩壊する。尊氏は兵庫から播磨国室津に退き、赤松則村（円心）の進言を容れて更に九州に下った。九州への西下途上、2月20日に長門国赤間関において九州の有力武将の1人である少弐頼尚に迎えられ、九州に入ると筑前国宗像大社の宗像氏範や豊後国の大友氏泰などもこれに加わった。この間に京都では元号を「延元」と改めたが、尊氏はこれを認めず依然として「建武」の元号を用いた。3月2日、筑前多々良浜の戦いにおいて天皇方の菊池武敏を破り、九州各地の天皇方を攻略した尊氏は京都に向かう決意を固め、4月3日に博多を出発、5月3日厳島にて光厳上皇の使者である三宝院賢俊から院宣を拝受した。5月5日に鞆に着く頃には院宣拝受の知らせを聞きつけた西国の武士を急速に傘下に集めていった。ここで軍議を開いた尊氏は直義に陸路で赤松円心が新田義貞に対して籠城を続けている播磨国白旗城に駆けつけるように命じ、自らは海路で京都に向かうことになった。5月18日には直義軍接近を知った新田義貞が白旗城の包囲を解いて兵庫に撤退した。『梅松論』によれば、この頃楠木正成は尊氏の再起とその勝利を予想して、新田義貞を処分して尊氏を赦免するように秘かに上奏して受け入れられなかったとされ、続いて『太平記』によれば足利軍東上とこれを受けた新田軍の白旗城からの撤退の知らせを聞いた正成は天皇に再度比叡山に退避していただいて義貞と自分で尊氏軍を挟みうちにする策を上奏するが今度も朝廷の面目を重んじる坊門清忠らに阻まれた。5月25日の湊川の戦いで足利軍は新田・楠木軍を破り、楠木正成兄弟は自害に追い込まれる。そのため、5月27日には後醍醐天皇はやむなく再度比叡山に籠り、持明院統の光厳上皇にも同行を迫った。上皇は足利軍接近のことを知るや病気と偽って京都に戻り、6月14日入京した尊氏に奉じられて京都・東寺に入った。