そこで集中式の欠点を解消すべく、既に国鉄時代に試作的に開発されていた各コンテナに独立した小型ディーゼルエンジン発電機を搭載して、冷凍機を駆動する分散式が再認識され本格的に導入された。先ず前記述の集中式がまだ開発・運用されていなかったJR貨物移行初期に、国鉄時代に運用していたコンテナに発電機を固定装着した20ftタイプ10t積載のUR5形や、JR貨物以降にそれまでの実績を引き継いで新開発された12ftタイプ5t積載のUF15A形などが大量投入された。しかしその後に登場した集中式との兼ね合いで一時期増備が止まっていたが、集中式の終焉が色濃くなる頃より新たに登場した新形式UF16A形と共に再び大量増備が始まり、その他にも20ftタイプ10t積載、31ftタイプ10t積載など多くの新形式が続々と大量に登場し、現在国内で流通しているJR貨物指定の鉄道私有冷凍コンテナは、大多数を占める分散式と、次節で述べる併用式の二種類で運用されている。この方式だと、貨車やトラックに発電機を積む必要が一切なく、コンテナ内部の温度センサーでの完全自動運転により、発送者から荷受人に渡るまで最大約100時間程度の無給油連続運転輸送ができる。ただし、これらの機器を組み込むためのコンテナ側面スペースの関係から発電機は1台のみで、集中式のようなシステムの冗長性は一切ない。また、発電機設備が12ftタイプUF15A形・UF16A形の場合は、非常に狭いスペースに押し込まれているので、発電エンジンの高温排気熱や激しい振動に長時間晒されており、日頃のメンテナンスが重要になってくる。これを怠ると発電停止による積荷の変質事故のみならず、最悪は走行中に火災を起こしコンテナ本体や貨車、周りの環境に多大な被害を及ぼすことになる。なお、近年では連続運転時間に問題があったり冷凍機器の故障が多いUF15A形の廃棄が急速に進んでいる。
#国際コンテナ東北筋ルート（その１）と時を同じくして、横浜本牧駅 - 仙台港駅間のルートと設備一式が入れ替わる形で新たにJR貨物の子会社であった、ジェイアール貨物・インターナショナル社が主体となり、東京(タ) - 盛岡(タ)間の新ルートを開設して、前回と同じ様に冷凍コンテナへ電源を供給する為に、一回り大きくなった電源コンテナを新形式となるUG15D形として、25個配備した。これにより事実上、第三世代の「集中式クールコンテナシステム」となり、現在も輸送されている。ただし、その後諸般の事情により取扱量が縮小されたために、2015年からは直通運転ではなく、宇都宮(タ)でコンテナを積載した貨車をそのまま別の列車と合流させる、いわゆる【貨車継送】の輸送方式に変更されている。また参考までに、ジェイアール貨物・インターナショナル社( 通称、JRFI )は、2016年3月にJR関連会社である、日本フレートライナーに吸収合併されている。※このコンテナは、JR貨物発足後に新たに生まれた種類である。
東北本線を利用して関東（神奈川県/横浜本牧駅） - 東北地方（宮城県/仙台港駅）間で、国際海上コンテナの9ft6インチサイズの背高コンテナ(ハイキューブコンテナ)も輸送できる事が確認され、1998年3月のダイヤ改正から国際海上コンテナ列車が新たに登場し、2000年10月からこの列車を利用して国際冷凍コンテナの輸送が計画された。なお一度の輸送個数が数個程度のために、従来の電源コンテナ（G30A形 ・ ZG形）は一切使用せず、新たに中村荷役所有の私有2tタイプの電源供給用専用電源コンテナUG8D形を2000年に5個新規に製作し、この電源コンテナから給電していた。この一連の国際冷凍コンテナ輸送が事実上、第二世代の「集中式クールコンテナシステム」となった。しかし、2010年3月ダイヤ改正により、更なる新しいルートへシフトすると言う国の物流改善政策の影響で廃止されてしまい、10年間の輸送実績を残して横浜本牧駅 - 仙台港駅間での冷凍コンテナ輸送は終了した。
登記の目的（令3条5号）は、「登記の目的　2番付記1号買戻権移転」のように記載する（記録例502）。地上権を目的とする買戻権の移転の場合、「登記の目的　1番地上権付記1号の付記1号買戻権移転」のように記載する（記録例503）。登記原因及びその日付（令3条6号）は、売買の場合、売買契約成立の日を日付として、「原因　平成何年何月何日売買」（記録例502）のように記載する。所有権を目的とする買戻権についてのその他の具体例については所有権移転登記#登記原因を参照。論点は同じである。登記申請人（令3条1号）は、売買その他の特定承継の場合、買戻権を得る者登記権利者とし、失う買戻権者を登記義務者として記載する。所有権を目的とする買戻権についての一般承継の具体例については所有権移転登記#登記申請情報（一部）を参照。論点は同じである。添付情報（規則34条1項6号、一部）は、特定承継の場合、登記原因証明情報（法61条・令7条1項5号ロ）、登記義務者の登記識別情報（法22条本文）又は登記済証及び書面申請の場合には印鑑証明書（1959年（昭和34年）6月20日民甲1131号回答）である。なお、所有権以外の権利を目的とする買戻権の移転の場合は印鑑証明書の添付は不要である（令16条2項・規則48条1項5号、令18条2項・規則49条2項4号及び48条1項5号）が、登記義務者が登記識別情報を提供できない場合には添付しなければならない（規則47条3号ハ参照）。一般承継の場合、登記原因証明情報を添付する。登記原因証明情報の具体例については所有権移転登記#登記原因証明情報に関する論点を参照。論点は同じである。登録免許税（規則189条1項前段）は、不動産1個につき1,000円を納付する（登録免許税法別表第1-1(14)）