USJ開業後、ユニバーサルシティ駅を中心に乗車人員は増加し続け、2018年の乗車人員は1987年のJR発足時に比べ約3.7倍となった。特に朝は通勤時間帯とUSJの開園前時間が重なり西九条駅やユニバーサルシティ駅では混雑が激しくなっていた。また、2020年にはUSJの新エリア「SUPER NINTENDO WORLD™」が開業予定でさらなる利用客増加が見込まれることから、JR西日本は2019年9月18日に以下の2つの取り組みによる輸送力強化と混雑緩和を進めることを発表した。
1980年代後半にユニバーサルスタジオが日本進出を検討し、大阪市が大正区への誘致を持ちかけたが破談になり、のちに此花区への誘致を持ちかけ、1994年1月に此花区への進出が正式に決定した。桜島線は、ユニバーサルスタジオ計画地の中央を横断していたため、計画地の南側に約250メートル移設することになった。1999年4月1日に単線区間が残っていた安治川口駅 - 桜島駅間を複線の新線に切り替えられたと同時に、桜島駅を移設している。1999年から2001年にかけてUSJへのアクセス路線として改良するため、大阪環状線への直通運転を休止して、安治川口駅の橋上駅化や信号設備の改良などの工事が行われた。この輸送改善に関連して、1965年から地元住民や商店街が要望していた西九条駅 - 安治川口駅間への新駅（春日出駅を提唱していた）設置運動が行われていたが、この輸送改善に合わせては新駅は設置されておらず、需要が見込めないとして設置は見送られている。2001年3月31日のUSJ開業に先立って、最寄り駅となるユニバーサルシティ駅が3月1日に開業し、同日よりJRゆめ咲線の愛称も使われるようになった。その後、3日のダイヤ改正により大阪環状線との直通運転が再開されている。
USJ開業以降は、USJのラッピング車両が運行されている。USJ開業当初は103系6両編成4本が使用されており、編成毎にテーマが異なるラッピングが施された。夏休みなどのUSJ繁忙期には、一時的にラッピング車両の編成を組み換えて異なるデザインの車両が混じった8両編成として運転されることがあった。その後USJのラッピング車両は組み替えにより「アメージング・アドベンチャー・オブ・スパイダーマン・ザ・ライド号」の中間車が「セサミストリート 4−D ムービーマジック号」と「ウッディー・ウッドペッカー号」に組み込まれて2編成に減少し、2012年3月17日以降はラッピング車も含め全列車が8両編成で運転されている。その後、ラッピング車両は201系8両編成に変更され、2012年10月17日よりLB6編成が「ユニバーサル・ワンダーランド号」、2013年2月1日よりLB15編成が「ウィザーディング・ワールド・オブ・ハリー・ポッター号」となって運転されていた。201系のラッピング車両も2019年5月31日限りで運転を終了した（と報道があったが、実際に運転を終了した日は同年6月1日だった）。
西九条駅 - 安治川口駅間には日本貨物鉄道（JR貨物）による貨物列車も、毎日運転の列車が1日2往復と、特定曜日運休の列車が1日3往復運転されている。全列車が梅田貨物線に直通し、吹田貨物ターミナル駅を経由している。西九条駅で最も西側の1番線に発着するため、六軒家川橋梁を渡って貨物専用線を運転して西九条駅に到着する。このため、大阪環状線の外回り線をくぐる線路は使用していない。
密集した草木に覆われており、しばしば林地や沼地との境界に沿った、背丈の高い草のプレーリーに生息する。 昼行性で、夜は巣穴で過ごす。巣穴は急勾配の坂に作られ、直径約8センチメートル、平均地下43センチメートルの深さにある。枯れ草で裏打ちされた寝室と、食糧貯蔵庫とトイレにつながっているいくつかの側道から構成される。出入り口は2-3か所ある。一般的に非社交的になる春から夏の間は、1つの巣穴には1-2頭しか住んでいない。ノースダコタ州では、オスの行動圏は平均24ヘクタール、メスは9ヘクタールだが、個々の行動圏は重なっており、個体数密度は1ヘクタールあたり1.3-2.5頭になる。冬期には、何頭かで同じ巣穴を共有する。雑食性で、春と夏の終わりには主に植物を食べるが、初夏には肉類と卵がかなりの割合を占める。春には、根、新芽、イネ科の草本、次第に葉、花、そして季節が進むと果実や種子を食べる。タンポポ、イラクサ、ニワトコ属、シロツメクサ、野生のエンドウなど。摂取する動物質の範囲は、昆虫、鳥の卵、小型の齧歯類、魚、カエル、そしてウサギや大人のマガモにまで及ぶ。8月頃から4月まで冬眠するが、時期には個体差がある。オスはメスよりも早く冬眠に入り、大人は子ども（体に脂肪を蓄えるのにより多くの時間がかかる）よりも早く冬眠を開始する。アメリカアナグマは主な捕食者で、他にもコヨーテ、キツネ、 イタチ、タカ、ヘビに捕食される。繁殖期は、春に巣穴から出てきてすぐに始まり、6月まで続く。この間ペアはしばしば巣穴を共有する。妊娠期間は28日間、1度の出産で2-13頭、平均8頭を産む。子どもは毛が生えておらず、目が閉じた状態で生まれ、生後18-20日で開眼する。生後30日で離乳する。メスは2歳で性成熟し、寿命は4-5年だが、オスの多くは2年以上生き延びることができない。