かつては阪急リテールズが音楽映像ソフト専門店サウンドファーストを展開するとともに、ブックファーストでもCD売り場を持つ複合店を展開していたが、音楽や映像等のインターネット配信の広がりで売上が減少したため2011年（平成23年）6月末にサウンドファーストは全店閉鎖され、ブックファーストのCD売り場は営業を継続するもののサウンドファーストと共通だったポイントカードが廃止となるなど音楽映像ソフトの販売事業は大幅に縮小された。
2004年（平成16年）4月26日、それまで新阪急ビル1階で営業していた梅田店を2階・3階にも拡張、店舗面積を約530坪としたことで大阪の旗艦店となり、大阪・京都・東京に大型書店を持つチェーンへと成長した。創業10期目の2006年（平成18年）には売上高約200億円に達して大手書店チェーンの一つとなった。2006年（平成18年）1月末に京宝ビルの建て替えに伴い初代京都店を閉店したが、翌年2007年（平成19年）10月19日に阪急電鉄河原町駅に直結した複合商業施設のコトクロス阪急河原町の核店舗として2代目京都店を開業した。一方、建替えを目指すビルオーナーから立ち退き要求で2007年（平成19年）10月14日に首都圏の旗艦店だった渋谷店が閉店となったため、4日後の10月18日に渋谷駅前の渋谷第一勧銀ビル地下1・2階に渋谷文化村通り店を開店して渋谷地区の後継店舗とするとともに、2008年（平成20年）11月6日に新宿のモード学園コクーンタワー内に首都圏の新たな旗艦店となる新宿店を開店するなど、東西でビルの建て替えに伴う旧旗艦店の閉鎖と代替となる新たな旗艦店の出店を行うスクラップアンドビルドを結果的に行う形となった。2010年（平成22年）3月15日から新宿店でポイントサービスを開始して、神田駅前店で展開した後再販制度との兼ね合いなどから中止していたポイント付与を復活させることになった。大阪の旗艦店であった梅田店は、テナントとして入居していた新阪急ビルの建て替えに伴い、2014年（平成26年）2月28日をもって閉店した。
青山ブックセンターの経営破綻を受けて同社の店舗を引継いで、2004年（平成16年）8月1日には、JR新宿駅ビルの新宿ルミネ1と2の2か所に同時に出店して開業初日に2店舗合計で400万円を売上げたのを皮切りに首都圏でも都心部の駅ビルへも出店をし始めた。2003年（平成15年）12月8日に東京急行電鉄大井町駅に大井町店を出店し、2005年（平成17年）1月28日には東京急行電鉄二子玉川駅構内に二子玉川店を出店して1日平均80万円ペースの売上を上げたのを皮切りに首都圏の駅構内への出店拡大を目指したが、その構想が新聞に報道されたことを受けて同年5月18日に東京都書店商業組合が東京都に小売商業調整特別措置法に基づく調査の申出書を提出したため、この構想は撤回に追い込まれ、同年6月15日に「事業拡大の計画は現在のところない」とする調査結果を東京都が発表することになった。駅構内への大量出店はこうした理由で断念に追い込まれたものの、同年6月13日に東急グループが運営するクイーンズスクエア横浜のみなとみらい駅に直結するステーションコア地下3階にみなとみらい店を出店し、同年11月15日にJR大森駅ビルのアトレ大森へ出店するなど首都圏の駅に直結した商業施設への出店を進めていった。
先史時代より人が定住していたことが、1875年に発掘された墓によってわかっている。ローマ時代にはPelagusの名で知られていた。一部の歴史家は、島の名から古代ギリシャのペラスゴイ人（Pelasgoí）に由来するのではとみなしている。島から優れた古代ギリシャの陶器が見つかっており、ディオメーデースが埋葬された島であるとの伝承が残る。ローマ衰退後に再び無人島となり、中世まで人が来ることはなかった。教会の一部の記録によれば、1177年3月9日の灰の水曜日に、アドリア海を航行していたガレー船に乗るローマ教皇アレクサンデル3世が、島の自然美に魅了され上陸したという。アドリア海が通商路であったヴェネツィア共和国が支配した後、シチリア・ブルボン家が退けられるまで両シチリア王国に支配された。1843年、フェルディナンド2世によってペラゴーサへの植民が進められ、イスキア島の漁師たちが移住した。そのため、ペラゴーザではナポリ語のイスキア方言が話されていた。イタリア王国領となってから、その戦略的要素を忘れ去られ、1873年にオーストリア＝ハンガリー帝国がペラゴーザを併合した。1875年9月には灯台が建設された。第一次世界大戦中の1915年、ペラゴーザはイタリアに占領された。1920年に正式にイタリア領となり、第二次世界大戦中はザーラ県（大戦中のイタリア領ダルマチアの県。ザダルとラストヴォから構成された）の一部であった。この時代にイタリア政府はトレーミティ諸島からの移民をペラゴーザへ定住させ、気象観測所や教会、住宅を建てた。1947年、パリ条約によってペラゴーザはユーゴスラビアに併合された。この条約締結の際にはペラゴーザ海域でのイタリア人漁師の権利が認められた。このため、クロアチア領海内でありながら、多くのイタリア漁船が今も見られるのである。ユーゴスラビア領となってから、島は無人島となった。1991年のクロアチア独立により、島はクロアチア領となった。