主に抜作や天地などから発するもので、下ネタが多く、場の雰囲気を無視したギャグが多い。代表作に「いきなり尻みせ」「いきなり前みせ」（急にズボンを下ろし、尻や股間を見せつける、えんどによれば『がきデカ』がモチーフとのこと）、「頭もっこり」、「頭どっかん」（頭部がクラッカーのように爆破。『ミラクルとんちんかん』のネタ）など。中期以降になると新たなギャグが増え、ファイヤーダンスやSM、「このカレーはカレー（辛ぇ）」などの物を使ったギャグもある。後期になると抜作が「ゴジラ」をパロディ化した「大怪獣ぬけゴン」（抜作がゴジラの着ぐるみを着て巨大化した物）になり、「アンギャー」と叫びながら町の中をひたすら暴れるネタが登場した。『ジョジョの奇妙な冒険』（同時期に第一部 - 第二部が連載されており、作者自身が一読者として『ジョジョ』を気に入っていたこともあって、積極的にパロディが行われた）などのジャンプ作品や『ハクション大魔王』などのアニメ、CM、深夜番組のアイチャッチのパロディも時折見せ、楽屋オチのギャグなども多い。中期以降は、明らかに無理矢理な展開などに「うーん無理の無い○○」と作者が自画自賛する自虐的なギャグも幾度となく使われた。連載の長期化に伴い、えんども「ギャグが思いつかず、ペン入れの前にギャグを考え出して空白のコマを埋めることもよくあった」と述べている。連載当時（1985年 - 1989年）に子供だった当時の読者たちには理解できない過去の人物（山崎ハコ・エンタツアチャコなど）や作品（『奥さまは魔女』・『花はおそかった』・『傷だらけのローラ』など）によるネタも多かった。ギャグでは済まない女性下着窃盗ネタ、エイズ患者に対しての中傷ネタ、さらに抜作による黒人原住民ネタもあり、後者については黒人差別をなくす会からもクレームが来た（安藤健二『封印作品の謎』より）。また、えんどが新潟県出身であることから、新潟を題材とした話題もたびたび登場する（例：白根大凧合戦）。
とんちんかんのメンバーたちが住む地元であり、礼院棒中学の学区内区域である。抜作のアホ加減とゴンベエの貧乏加減は地元の自治体から問題にされている。
抜作が教師として勤め、とんちんかんメンバーの通う中学校。他の生徒や教師にも癖のある人物が多数在籍する。男子制服は濃紺の学ラン、女子制服はピンクのセーラー服である。
マイナスイオンを批判している工学者の安井至は、マイナスイオンを未科学としている。2004年の論文で次のように述べている。定義については、負の大気イオンが正式名称である。実験値が出ていると思えるものにシャープのプラズマクラスターイオンの除菌作用があるが、ほかのメーカーから再現できないと指摘されているとしている。それ以外にもドライヤーは副生成物のオゾンによるオゾン水の効果で説明がつくのではないかなど、脱臭、掃除機などの効果がマイナスイオン以外の原理で説明がつくだろうという検証されていない仮説を述べている。トルマリンについてはインチキとしている。どのメーカーも効果を示すための実証データを示していないと指摘している。（なお2003年の家電メーカー各社からの回答によれば、14社中8社が自社製品の実験データありと回答している）2003年の論文では、ドライヤーのサラサラ効果については、体験上事実であるが、オゾンによるオゾン水の効果ではないかとの仮説を述べている。掃除機や空気清浄機の集塵、冷蔵庫の鮮度保持についてはオゾンや光触媒でも説明できるとの仮説を述べている。二重盲検法の条件を達成することで人体への効能は証明可能となるが、それは匂いのするオゾンの発生などの条件のため難しいと指摘している。同じくマイナスイオン批判をしている統計物理学者の菊池誠の言説について。2004年の『「ニセ科学」入門』と題する自らサイトで公開する文書にて、マイナスイオンの生成法には、水の粉砕、放電、トルマリンの3種類があり、水粉砕には保湿効果くらいがあり、放電にはオゾンが発生し、トルマリンでは帯電したものは何もないだろうと仮説を述べている。身体への根拠では、現在では省みられない『空気イオンの理論と実際』を参照しているとし、2006年2月23日の追記では、歴史がまだよくわからないし、挙げた書籍もときどき省みられていると追記し見解を変更している。影響はあるがイオン製造器を買う価値はないとし、よく調べれば効果が明らかになると反論されることがあるが、科学的効果がはっきりしないものはニセ科学であると断言している。その後、菊池は2006年4月18日に自身のブログで、日本大気電気学会が出版した『大気電気学概論』を読んだところ、マイナスイオンは健康によいのかは解決すべき問題だと記載されているため、未科学だとしている。2006年7月28日のブログにて、マイナスイオンが存在するのかといえば、マイナスイオンは身体によいと言うときのマイナスイオンの場合だと、大気イオンや帯電した水クラスターは存在するが、身体によいという根拠がなく、それがトルマリンから出るかどうかについては怪しいとしている。2006年9月の同じく『「ニセ科学」入門』と題する論文では、2002年のAP通信による英語のニュースで、大手家電メーカーの話者がマイナスイオンの効果は知らないと語っていることを根拠として、それを自身の論として追認した。また自身の公開する公開日不明の文書では、『空気イオンの理論と実際』が入手困難なため調査不足であることと、2002年のAP通信のメーカーへのインタビューを根拠に、健康効果は科学的に実証されていないと結論している。化学者の小波秀雄も、マイナスイオンを「ニセ科学」と表現している。小波は「ニセ科学」が流行してしまった理由のひとつとして、「専門家の言語表現と一般の日常用語の感覚にあるズレ」について言及している。すなわち、専門家は「-は絶対にありえない」という表現は使えないため、「確率的にはきわめて低い」などと表現するが、これを一般の人の受け止め方では「実際に起きるかもしれない」となってしまうという。