江戸初期の若狭での農民一揆を描く『城』（1965年）以後、『湖笛』『佐渡の埋れ火』『玉椿物語』などの歴史小説を書いている。1964年に俳優の中村賀津雄に頼まれて、江戸時代の丹後ちりめんの飛脚を題材にした戯曲「縮緬飛脚」を書き、観世栄夫により舞台化されたが、これを長編小説化したのが『ちりめん物語』となった。1970年頃に越前一乗谷朝倉氏館跡、通称戦国村が文化庁による広域文化財の対象となったことで、福井県の朝倉氏遺跡保存協議会の委員に選出され、その時の知見から、若狭の大名武田元明を描く『流れ公方記』、朝倉氏の悲劇を描く『越前一乗谷』などを書いた。『蓑笠の人』は良寛の越後時代を通してみた農民の生活を描いたもので、良寛については評伝『良寛』『良寛を歩く』などの著書もあり、また仏僧の評伝として『一休』『沢庵』『良寛正三白隠』がある。『城』では堀口伝右衛門という人物の残した「拾椎実記」、『蓑笠の人』では「越佐草民宝鑑」、『一休』では元禄年間の刊行物を元に書かれたという「一休和尚行実譜」といった創作文書を軸にしているところに共通点があり、幸田露伴の「虚言を束し来たって歴史あり」という言葉を方法論としていることを語っている。『一休』は自身の体験を踏まえて、「大方の研究が触れようともしない閉ざされた僧院生活の中の、隠微な性の実態に足を踏み入れ」、また青年時代の「市井貧民の中で香包や、雛人形の衣を作った」生活を想像して、「社会の最底辺で這うように生きている人間にこそ生活があり、かれらのためにこそ禅はなければならぬと悟った一休の思想的な帰結」を描き出した。これらの作品について不破哲三は「どんな問題を見るときにも、弱者の立場、底辺の立場から人間をとらえ、社会をとらえる」「過去の時代についても、作者の目が、しいたげられた底辺の人々にしっかり向けられている」と評している。1980年の中村元との対談では、「一般学会での討論には出ないような質問により、新たに問題意識を提起されることになりました。」「水上さんは深層心理の領域にまで食い込んで、重大な問題点をえぐり出してこられました。」と評された。また1980年頃から良寛ゆかりの地を訪ね歩いていたのを、NHKで番組化することになり、『良寛を歩く』として放送された。同じ若狭本郷の明治時代の禅僧で、鈴木大拙、西田幾多郎が学んだ雪門玄松の評伝『破鞋』も執筆し、その生涯に「新しい時代の「在家仏教」の先駆者」の姿を見出している。古河力作も同じ若狭出身であることから興味を持ち、その弟を平凡社の記者から紹介され、資料提供を得て『古河力作の生涯』を執筆した。中国の宋明の時代を舞台にした作品集『清富記』もある。
日本映画で1950年代半ばから60年代半ばまで、もっとも強固に映画を量産して多数のプログラムピクチャーを製作したのは東映であった。1960年から1961年にかけては興行系統を2系統にして第二東映を作り、時代劇路線と現代劇路線を区分けする方向で大川博は考えたが、映画館側が第二東映にも時代劇を要請して結局同じような時代劇を多作することとなり、粗製乱造と揶揄されるようになって61年末には第二東映は廃止された。それは丁度東映の黄金期であった華やかな東映時代劇の凋落の始まりであったと言われている。東映はこの時代に時代劇スターを中心にした映画作りで大躍進し一挙に業界トップの位置を占めた会社であり、この時期にもっともプログラムピクチャーの本来機能を果たしたのが、年間スケジュールの作成であった。1960年前後のこの時期に東映の時代劇映画の企画は次の手順で立てられていた。まず当時の主演スターであった片岡千恵蔵、市川右太衛門、萬屋錦之介、大川橋蔵、大友柳太朗らを1人平均年間6本で年間の番組スケジュールを組み、年間で特に興行の重点が置かれる週、正月・ゴールデンウィーク（黄金週間）・お盆・シルバーウィーク（11月の文化の日前後）の4つの期間には強力なラインナップを立てるのが普通であった、この当時の東映は正月とお盆はオールスターキャスト、あとの2つの週はセミオールスターを、あらかじめスケジュールに組み込んでいく。そして「この週は錦之助」「この週は橋蔵」と主演スターの番組が決まる。その上で準備期間を含めて年間の製作スケジュールが決められていった。「何をやるか」でなく「誰がやるか」、つまりスターのローテーションに合わせて企画が立てられていったのである。当時の東映京都撮影所では年間80本を超す時代劇が作られていて、第二東映が出来ると年間100本以上の映画を製作していた。東宝の黒澤明、松竹の小津安二郎、木下惠介などの監督作品は各社とも別格扱いであったが、東映は松田定次、内田吐夢などの監督がいたものの、あくまで主演スターを中心とした量産体制であった。脚本作りもスター中心である。脇役が目立ってはダメで主役が目立つようにシナリオが作られる。当然内容は同じパターンの繰り返しになる。しかし「お決まりのパターン」の映画でもヒットしていた。映画評論家の佐藤忠男は「極度に定型化されてマンネリズムになるが、絶対に狂うことはない強固な秩序の幻影も成立する。日本映画の最盛期に最も安定して儲かっていたのはこの種の映画であった」と述べている。だがやがて転機が訪れる。黒澤明監督の時代劇が東映時代劇に衝撃を与えた。黒澤明『用心棒』『椿三十郎』、小林正樹『切腹』などの他社の時代劇映画がヒットして、東映時代劇が色褪せてくると一気に人気が凋落し、『十三人の刺客』などの集団抗争時代劇を製作したが人気が回復せず、やがて高倉健、鶴田浩二の任侠映画に取って代わられることとなる。そして東映の量産体制も終わり、1週間ごとの二本立て新作公開がやがて2週間ごとになり、1964年には今井正『越後つついし親不知』『仇討』、1965年には内田吐夢『飢餓海峡』が一本立てで公開されている。量産体制は終わったが、東映は1950年代の時代劇路線で強靭なプログラムピクチャーを形成して、それが60年代に入って任侠路線のヤクザ映画にうまく継承できたと言われている。