農地改革前は、山形県・庄内平野の酒田本間家に次いで全国第2位の地主といわれた、宮城県・仙台平野（仙北平野）の斎藤家（地図）は、桃生郡前谷地村（現・石巻市）に田畑約1500haを所有する大地主であった。その当主である斎藤善右衛門（第9代、1854年 - 1925年）は酒造業や質屋も営んでいたが、1892年（明治25年）第2回衆議院議員総選挙で当選して代議士となる。1910年（明治43年）に斎藤株式会社を設立し、1923年（大正12年）2月20日には当財団を設立、翌1924年（大正13年）に仙台信託株式会社を設立している。財団設立には私財300万円を投じたとされる。斎藤は幼くして仙台藩校養賢堂に学び、とりわけ郷土の発展や地元における学問研究の発展を願っていた。また、福澤諭吉の著書を愛読していたという。新たに事業を起こす際は全国の識者に意見を聴き、東北帝国大学の総長井上仁吉、小川正孝らに相談し、財団法人の設置を決めた。斎藤は「財産は神仏よりの供託物にして私有物に非ず」との信念を持ち、晩年は公益事業に私財を注ぎ込むようになる。財団法人斎藤報恩会の設立については、文部、大蔵、内務をはじめ全省庁の許認可が必要であり、斎藤が連日役所に日参した結果、ようやく実現した。認可が難しかったのは、斎藤報恩会の事業目的が学術研究助成金の交付であること、また研究部門をもつ財団法人はわが国では当時前代未聞であったからだという。初期の事務所は仙台市東二番丁85番地に置かれた。「東北地方特に仙台市を中心として、特定の学術研究所の設立及一般学術の研究に必要なる設備並に研究費の補助。産業発達に必要なる施設。国民思想の啓発善導及国家観念の涵養。其の他社会の幸福増進に必要なる施設等」の事業を行うことが設立目的とされた。この学術研究助成を行うことを事業目的とする財団法人は日本の嚆矢で、後に設立される三井報恩会、服部報公会等にも影響を与えたとされる。財団の運営にはアメリカ合衆国のウィスター研究所から東北帝国大学理学部生物学科に着任したばかりの畑井新喜司教授が現職のまま斎藤報恩会の学術研究総務部長を兼務した。多くの研究活動が本財団の支援を受けたが、その中には東北帝国大学工学部電気工学科の八木秀次、抜山平一、千葉茂太郎が「電気を利用する通信法の研究」で昭和9年度までに合計22万5千円の補助金を受け、これにより八木・宇田アンテナや真空管等の研究が推進される大きな原動力となった。戦後はインフレによる基金の資産価値の目減りにより、研究助成の規模を縮小してきた。一方収益を拡大するために、仙台市青葉区本町2丁目の財団所有の博物館、財団事務室の所在するビルで会議室、ホールを時間貸しする貸しビル業を営んできた。しかしバブル経済崩壊後続く低金利の影響もあり、2006年には土地、建物を売却して賃貸で営業を継続するものの、2009年3月には同地から撤退した。2009年秋に仙台市青葉区大町二丁目に移転している。
これにより第2軍団は81個歩兵連隊と軽砲兵10個中隊へと強化された
従来より第2師団隷下にあった3個師団は2個師団に再編され、それぞれバーロウとギボンが師団長を務めた
元第3軍団の師団は第3師団及び第4師団となり、デイビッド・バーニー（David B. Birney）とガーショム・モット（Gershom Mott）が師団長を務めた
1864年4月の第2軍団の総人員は46,363人であり、うち戦闘員は28,854人であった
負傷が部分的に回復したハンコックが軍団の指揮をとり、傷ついた軍団をラピダン川を渡って進めた
荒野の戦いでは、699人が戦死、3,877人が負傷、516人が行方不明となった
合計での損害は5,092人であり、その内半数はバーニーの第3師団のものであった
死者の中にはバーニーの師団の第2旅団長を務めていたアレクサンダー・ヘイズも含まれていた
スポットシルバニア・コートハウスの戦いでは、5月12日朝のハンコックの卓越かつ成功した突撃によって、第2軍団は再び栄光の歴史を獲得した
スポットシルバニア周辺での戦いの間、モットの第4師団の幾つかの連隊は解散せざるを得ないほどの損害を受け、師団全体の消耗も大きかったため、バーニーの師団に統合された
モットは旅団長として留まった
5月8日から19日にかけてのスポットシルバニア周辺での第2軍団の損害は、戦死894人、負傷4,497人、行方不明801人の合計6,642であり、第9軍団を含むポトマック軍全体の損失の1/3を占めた
最大の損害を受けたのはバーロウの第1師団であった
この時までに、第2軍団は敵の軍旗44本を捕獲していたが、1本の軍旗も失ってはいなかった
さらに激しいノースアンナの戦いの後、第2軍団はコールドハーバーの戦いに参加した
スポットシルバニアでは重砲連隊からなる旅団が追加されていたが、兵士は歩兵として行動し、旅団はコルコラン・レギオンとして知られた
このため、コールドハーバーでは第2軍団の総人員は53,831人、戦闘員は26,900人であった
コールドハーバーでの損害は、11日間の塹壕戦も含めて、戦死494人、負傷2,442人、行方不明574人の合計3,510人であった
バーニーの師団も参加したが、関与は大きくなかった
6月16日から18日にかけての第二次ピーターズバーグの戦いにおける突撃において、第2軍団は再び損害リストのトップに載ることになった
これらの攻撃の一つにおいて、メイン第一重砲連隊は連隊としては南北戦争中最大の損害を受けた
このとき、連隊は85連隊から構成されていたが、実際の戦力は以前より低下していた
連隊はジェームズ川を渡り、7月26日（第一次ディープボトムの戦い）、続いて8月14日にディープ・ボトムで戦った
その後ピータースバーグ付近の線に戻った
バーロウとバーニーの師団は8月25日の第二次リーム駅の戦いに参加し、多くの兵が捕虜となった
1864年10月27日のボイトンプランクロードの戦い（Battle of Boydton Plank Road）では、師団長はトーマス・イーガン（Thomas W. Egan）とモットであった
第1師団（ネルソン・マイルズ）は塹壕内に残った
1864年11月、ハンコックには別の任務が与えられ、ポトマック軍参謀長であったアンドリュー・A・ハンフリーズが第2軍団長となった
ハンフリーズは最後の作戦の期間中軍団長を努め、師団長はマイルズ、ヘイズおよびモットであった
1865年4月7日、軍団はカンバーランド教会の戦いに参加したが、これはリーが降伏する2日前であった
この最後の先頭で、ヘイズの第2師団隷下の旅団長であるトーマス・スマイス（Thomas Alfred Smyth）が戦死した
スマイスは評判の高い士官であり、有名なアイリッシュ旅団を指揮したことがあった