明治22年（1889年）、折からの条約改正交渉が暗礁に乗り上げ、外務大臣の大隈重信が国家主義団体・玄洋社の団員に爆裂弾を投げつけられて右脚切断の重傷を負うという事件が発生した。進退窮まった黒田内閣は、1週間後の10月25日、全閣僚の辞表を提出した。ところが、明治天皇は、黒田清隆の辞表のみを受理して、他の閣僚には引き続きその任に当たることを命じるとともに、内大臣の実美に内閣総理大臣を兼任させて、内閣を存続させた。実美は総理大臣の職権の強さがこの混乱を招いたとして、内閣職権を改めて当面の課題を解決した。同年12月24日、内務大臣山縣有朋が総理大臣に任命され、第1次山縣内閣が成立した。実美は「病痾」を理由とする辞表を提出し、兼任していた内閣総理大臣を免ぜられ、内大臣専任となった。この期間、ひとつの内閣が存在したものとして、これを「三条暫定内閣」と呼ぶことがある。以降内閣総理大臣の「臨時兼任」や「臨時代理」が制度として定着すると、この実美による総理兼任の背後事情は、次第に過去の特別な例外として扱われるようになった。今日ではこの2ヵ月間に「内大臣の実美が内閣総理大臣を兼任していた」とはしながらも、それは「黒田内閣の延長」であって「実美は歴代の内閣総理大臣には含めない」とすることが研究の趨勢となっている。首相官邸等で歴代内閣を表す際、山縣は伊藤・黒田に次ぐ第三代総理大臣とされる。
内大臣職はしばしば実美を処遇するための名誉職と取られるが正確ではない。天皇親政の建前が取られた明治政府では、宮中において天皇を輔弼する重要な役割であった。薩長のバランサーとして自らを位置づけていた実美は、藩閥内部の混乱時に調整役としての力を発揮した。また政変や重要人事に関する天皇の下問に応じたが、内大臣としての職責ではなく、実美個人の人格に基づくものであった。また実美は伊藤らの動きを阻害しないためあえて主体的な動きは取らず、宮中の保守派が政治に介入しないための重しとなった。
明治7年（1874年）4月27日、西郷なき政府の安定を図るため、保守派の重鎮である島津久光が左大臣となり、政府の欧化政策を批判・撤回させるべく動きを強めた。久光は幕末以来の親交を持つ華族を動員して政府に圧力をかけ、明治8年（1875年）には太政大臣の権限を左右大臣に譲らせるよう働きかけた。この動きは失敗し、10月19日にはついに久光は実美を辞職させるよう上奏した。久光は親しい有栖川宮熾仁親王に裁定させることで実美の辞職を勝ち取ろうとしたが、宮内卿徳大寺実則は右大臣岩倉に裁定させるべきであるとした。岩倉は実美を支持するべきであると奏上し、久光の弾劾は失敗に終わった。久光は辞表を提出したが岩倉によって差し戻され、10月25日の閣議で正式に免官となった。内田政風、海江田信義、奈良原繁も三条を弾劾したが、いずれも退けられた。一方この頃三条家の家令達が事業に失敗し、実美は莫大な負債を抱えることとなった。毛利家の支援で破産は免れたものの、三条家が負債を完済するのは明治38年（1905年）のことであった。久光が去った後の政府は大久保の独壇場となり、実美はその方針をほとんど支持している。参議の間で意見がまとまらない時には大久保はほとんど黙っており、実美に議論の内容を伝えると、実美は大久保の意見はどうかと問うのが常であった。大久保の意見を実美がよしとすると、大久保は実美の意見であると言って参議をまとめていたという。明治11年（1878年）に大久保が暗殺されると、伊藤と大隈重信が実力者となったが、明治十四年の政変で大隈が下野すると、伊藤の独壇場となった。明治15年（1882年）、大勲位菊花大綬章を受章する。明治18年（1885年）には太政官制が廃止されて、内閣制度が発足したため、内大臣に転じた。この際実美の旧臣尾崎三良は太政大臣辞任の撤回を実美に訴えたが、国家将来のためであり、他に策はないと伝えて撤回しなかった。
倉敷一帯の島々は豊臣政権の五大老であった宇喜多秀家が始めた干拓が江戸時代以降も続き、やがてそれらの島々が陸続きになり現在の平野が形成された。なかでも小豆島に匹敵する大きさの吉備児島は児島半島となった。江戸時代に入り幕藩体制下ではかなり複雑な統治がされており、場所によって様々な領地が入り乱れている。天領である倉敷代官所領の他、備中松山藩・岡山藩（鴨方藩・生坂藩等の支藩を含む）・浅尾藩・丹波亀山藩・岡田藩他の大名領に加え、知行処（旗本領）や寺社領などがあった。天領になった倉敷旧市街は高梁川と児島湾を結ぶ運河として倉敷川が作られ内陸の港町になり、1614年備中松山城の城番で備中代官であった小堀政一が陣屋を構えた後、代官所（支配所）がおかれた。その後、倉敷が商人の町として発展したのは港の機能より年貢米の集積地としてであった。倉敷代官所は商人たちの自治を認め優遇したことで人口も増加し、領地は名目上5万石であったが、実質は10万石以上の領地を支配した。ちなみに、倉敷代官所は現在の倉敷アイビースクエアのある場所に置かれ、美観地区の蔵屋敷はこれによって富を得た商人の蔵である。児島地区は岡山藩の支藩である天城池田家支配の下、古くからの産業である塩田に加え、周辺の新田で栽培された綿花を使った機織りが盛んになり、藩はそれらに専売制を取り入れ財政の柱にすえる。やがて機織りによって作られた製品が地場産業となり、真田紐や足袋等といった名産品を生み出し“繊維の町・児島”の素地を形成していく。沿岸の港のうち下津井は北前船の寄港地、田の口と下村（現下の町）は瑜伽大権現と四国金刀比羅宮を結ぶ港として繁栄した。玉島地区の甕ノ泊は備中松山藩藩主の水谷勝隆・勝宗親子と岡山藩による干拓で瀬戸内海側に面していた乙島や柏島と陸続きになった。その後、水谷氏により高瀬通しと呼ばれる水路が作られ、下流の玉島新田と阿賀崎新田は高梁川上流から高瀬舟によって運ばれてくる物資を北前船に載せる積出港として発展した。やがて“玉島湊”として全国に知られるようになるが、1693年水谷氏断絶後は幕府に領地の多くが接収され、備中松山藩領として残った羽黒神社周辺を除き倉敷代官所、岡山藩、丹波亀山藩等によって細分統治された。