東人の供述により、7月4日（7月28日）に奈良麻呂を始め、道祖王、黄文王、大伴古麻呂、多冶比犢養（たじひのこうしかい）、賀茂角足（かものつのたり）ら、一味に名を挙げられた人々は直ちに逮捕され、永手らの訊問を受けた。訊問が進むにつれ、全員が謀反を白状した。奈良麻呂は永手の聴取に対して「東大寺などを造営し人民が辛苦している。政治が無道だから反乱を企てた。」と打ち明けた。この後すぐに獄に移され、永手、百済王敬福、船王らの監督下、杖で全身を何度も打つ拷問が行われた。道祖王（麻度比と改名）、黄文王（久奈多夫礼と改名）、古麻呂、東人、犢養、角足（乃呂志と改名）は同日、過酷な拷問に耐えかねて次々と絶命した。また首謀者である奈良麻呂の名が『続日本紀』に残されていないが、同じく拷問死したと考えられる。安宿王は佐渡島、大伴古慈悲（藤原不比等の娘婿）は土佐国に配流され（両者ともその後赦免）、塩焼王は直接関与した証拠がなかったために臣籍降下（「氷上眞人塩焼」と改名）することで不問とされた。反乱計画に直接関与していなかったものの全成は捕縛され奈良麻呂から謀反をもちかけられた顛末を自白した上で自害した。他にもこの事件に連座して流罪、徒罪、没官などの処罰を受けた役人は443人にのぼる。また、右大臣・藤原豊成が息子乙縄とともに事件に関係したとして大宰員外帥に左遷された。また、中納言・藤原永手も、その後仲麻呂派で固められた朝廷内で政治的に孤立し逼塞を余儀なくされたと言う説がある。豊成・永手らは反仲麻呂派であると同時に奈良麻呂らの標的とされた孝謙天皇の側近であった人々であり、天皇廃立を企てた奈良麻呂らに対して過酷な尋問や拷問を行った人々であった。
仲麻呂の専横に不満を持った奈良麻呂は、不満を持つ者たちを集めて仲麻呂を除こうと画策する。同年6月28日（7月22日）、山背王が孝謙天皇に「奈良麻呂が兵をもって仲麻呂の邸を包囲しようと計画している」と密告した。7月2日（7月26日）、孝謙天皇と光明皇太后が、諸臣に対して「謀反の噂があるが、皆が逆心を抱くのをやめ、朝廷に従うように」との詔勅を発した。しかし、その日の夜、中衛府の舎人上道斐太都から、前備前守小野東人に謀反への参加を呼びかけられたと仲麻呂へ密告があった。仲麻呂はただちに孝謙天皇に報告して、中衛府の兵を動かして前皇太子道祖王の邸を包囲し、小野東人らを捕らえて左衛士府の獄に下した。翌7月3日（7月27日）、右大臣・藤原豊成、中納言・藤原永手らが小野東人を訊問。東人は無実を主張した。その報告を受けて、孝謙天皇は仲麻呂を傍らに置いて、塩焼王、安宿王、黄文王、橘奈良麻呂、大伴古麻呂を前に「謀反の企てがあるとの報告があるが自分は信じない」との宣命を読み上げた。ところが同日事態は急変する。右大臣豊成が訊問から外され、再度、永手らを左衛士府に派遣し小野東人、答本忠節（たほのちゅうせつ）らを拷問にかけた。東人らは一転して謀反を自白した。その内容は、橘奈良麻呂、大伴古麻呂、安宿王、黄文王らが一味して兵を発して、仲麻呂の邸を襲って殺して皇太子を退け、次いで皇太后の宮を包囲して駅鈴と玉璽を奪い、右大臣豊成を奉じて天下に号令し、その後天皇を廃し、塩焼王、道祖王、安宿王、黄文王の中から天皇を推戴するというものであった。
はじめてグラールス衝上断層を観察したのはハンス・C・エッシャー・フォンデアリントである。彼は、グラールスの露頭では古い地層が新しい地層の上位に重なって露出しており、地層累重の法則に反していることを発見した。その息子、アーノルド・エッシャー・フォンデアリントはチューリッヒ工科大学ではじめて地質学の教授となった人物である。彼は露頭周辺の構造を詳細に地図上に記載し、これが巨大な衝上断層であることを突き止めた。当時、多くの地質学者たちは造山運動を地殻の垂直方向の変動で解釈する地向斜説を信じていた。そのため、エッシャーは巨大な衝上断層の存在を説明することができなかった。1848年になり、彼はイギリスの著名な地質学者、ロデリック・マーチソンを招き、一緒にグラールス衝上断層を観察した。マーチソンはスコットランドの巨大な衝上断層に詳しく、エッシャーの発想に賛同した。しかし、エッシャー自身はこの解釈は不十分であると感じ、1866年の著作の中では幅の狭い背斜が2度大きくオーバーターンしているという解釈を示している。この仮説では不十分であると彼自身は感じていた。エッシャーの後任にあたるアルベルト・ハイムは当初「背斜が2度大きくオーバーターンした」説を信じていた。しかし、何人かの地質学者達は「衝上断層」説を信じていた。その中の一人、マーシェル・A・ベルトランは1884年にハイムの記録を読んだ後に衝上断層の着想を得た。彼はFaille du Midiというベルギーのアルデンヌ地方の巨大な衝上断層に詳しかった。一方、イギリスの地質学者たちはスコットランドのハイランドで衝上断層の特徴を見つけ出していた。1883年にアーチバルド・ガイギーはハイランド地方の地形は衝上断層によって形作られたとみなしていた。スイスの地質学者、ハンス・シャルットとモーリス・ルジオンは1893年にスイス西部で、ジュラ系のナップがより若い年代のモラッセ堆積物の上位に重なっていることを発見した。そこで彼は、アルプス山脈はナップ（大きなシーツのように捲れ上がって衝上断層によって重なっている岩体）が積み重なることによってできたという説を提唱した。20世紀に入り、ハイムは新たな学説に賛同し、スイスの地質学者達はスイス国内のナップの詳細な記載を始めた。この頃から、世界各地の山脈で巨大な衝上断層が見つかりはじめた。しかし、ナップを動かした巨大な力がどこに由来するものなのか、説明することはできなかった。その合理的な説明は1950年代のプレートテクトニクスの登場を待たなければならなかった。プレートテクトニクスでは、水平方向の運動はプレートの相互作用によって説明することができる。現在では多くの地質学者が、大山脈はプレート同士がぶつかり合う場所に形成されているということを信じている。