1人でプレイしてもパワーアップに余裕のあるゲームではないが、2人同時プレイ時でもパワーカプセルが多く出現することはない。そのためプレイヤーの役割分担やパワーアップの仕方を考えてプレイしないと両者ともろくにパワーアップできないことにもなりかねない。また、シューティングゲームの2人同時プレイでは自機同士には当たり判定がない（通り抜ける）ものが多いが、ダライアスの場合、自機同士がぶつかって先に進めないという特徴があり、相手がレバーをこちら向きに入力またはニュートラルの場合、自分が相手側にレバーを入力しても双方動かない。これにより1プレイヤーと2プレイヤーが近くで行動すると互いに邪魔をして弾や地形を避けられない事態を招きやすい（後に発売されたシリーズ作品では解消されている）。2人同時プレイ時にはエンディングに変化がある。両者生き残り、1プレイヤー脱落、2プレイヤー脱落それぞれで異なったものが用意されている。なお、最終ゾーンではコンティニューや途中参加ができなくなる。
ボスを水棲生物にしたのは、「3画面であることを生かしボスを1画面を埋めるような巨大なものにしたかった」ためとのこと。これはプレイヤーに好評で、以降のダライアスシリーズでも、ボスの巨体とそれによるインパクトは欠かせないものとなった。また、ボス戦艦登場時には警告音と共に「WARNING!! A HUGE BATTLE SHIP （ボス戦艦の名前が入る） IS APPROACHING FAST」（警告!! 巨大戦艦（ボス戦艦名）が高速接近中!）というメッセージが流れる。後の様々なゲームで見られる「ボスが登場する前にWARNINGという警告を出す」という演出を初めて行ったのがダライアスで、ギネス世界記録にも登録されている 。この演出は同社の『レインボーアイランド』や『あっかんべぇだぁ〜』等、本作をセルフパロディしたステージでのボス戦にも使用されている。本作のみ警告終了後、銀色の球状で撃つと一定回数分裂する「浮遊機雷」がいわば前座として登場する。その間にモノクロのボスがゆっくりと浮上し、完全に色づいたところでボス戦の開始という演出がなされていた。またボスを倒すのに時間がかかると「ヤズカ・タカーミィ」という立方体型の敵キャラが登場し、さらに時間が経過すると撃ち返し弾を撃ってきて永久パターンを防ぐ。また各ボスにはヒレや腕などの「外れパーツ」があり、一定回数撃ち込むと破壊できる（1つ3万点）。キングフォスルのヒレのように必ずしも壊さなくても本体を撃破できるもの、デュアルシェアーズのハサミのように外れパーツを破壊しないとボス本体を攻撃できないもの、オクトパスとカトルフィッシュのように本体を直接攻撃できないがパーツを全て破壊することで倒せるものがある。他にもグレートシングが一定間隔で発射するドリルミサイルが1本3万点などのように、攻撃物を撃ち落とした際に得点が付く場合もある。スコアアタックにおいてはこれらのパーツを確実に破壊することが、スコアを大きく左右することとなる。ボス以外の一般キャラクターは、水棲生物を機械化したデザインで統一されている訳ではない。こうした一部敵キャラのデザインもまた、後のダライアスシリーズに引き継がれている。
1995年に基本10両編成と付属5両編成各1本が、1997年に基本10両編成と付属5両編成各3本の計60両がそれぞれ川崎重工業で10両編成が3本と5両編成が3本、東急車輛製造で10両編成が1本と5両編成が1本製造され、勝田電車区（当時）に配置された。1995年12月1日から、常磐線の上野 - 土浦間で営業運転を開始し、普通列車（取手 - 上野間は快速）のみに使用された。日中の運用は10両編成での運転だった。上野 - 土浦間の行先表示器には2006年（平成18年）3月17日まで運転されていた通勤快速の表示は用意されていたが、2005年（平成17年）7月9日から運転を開始した特別快速はE531系限定運用とされたこともあり、用意されなかった。また、快速の表示も用意していたが、定期列車としては取手以南の快速運転区間でも通常は終着駅名を表示していた。また、土浦以北の駅名は神立、友部、水戸、勝田の表示が用意されていた。車内の停車駅案内図は、上野 - 土浦間の普通列車の停車駅と、取手 - 北千住間の各駅停車の駅を掲示していた。この当時は、「■普通」と「■各駅停車」が並んで掲載されるものだった。2004年（平成16年）10月16日以降は、取手以南で「快速」と案内されることになったため、「■土浦 - 取手間 普通 取手 - 上野間 快速」としたものに取り替えられた。朝ラッシュの最混雑時間帯である土浦駅発上り6 - 7時台の列車には、2005年7月9日のダイヤ改正から運用を開始した同じ4扉車であるE531系とともにほぼ集中的に投入され、取手駅からのE231系とともに乗車位置の統一や収容力向上、および列車遅延の防止が図られた。10両+5両の分割編成であるが、着席サービスの向上を図るため、本系列の運用列車は検査時の415系・E531系による代走も含め（営業運転開始当時を除き、後のダイヤ改正以降）終日15両編成で運転されていた。ただし、検査などで勝田車両センターに回送される際は、土浦 - 勝田間の構内有効長の関係から、10両編成と5両編成に分割して回送されていた。予備編成がないため、取手駅以北で 120 km/h 運転可能な本系列の限定運用と403系・415系で代走可能な運用とに分けられていた。実際に検査や整備などで403系・415系が代走する際は、交流区間の各駅では代走期間と該当する時刻の4扉車が3扉車に変更される旨が表示されていた。同じ4扉車で 130 km/h 運転が可能なE531系が2005年に登場したことや転用対応の改造工事開始に伴いE531系による代走の機会が増加し、本系列は2007年2月21日を最後に常磐線土浦以南での所定運用を終了した。ただし、後述の改造後で2007年3月改正前日である2007年3月17日に、移り変わり運用で10両編成が上野駅まで乗り入れている。