2003年に常に表彰台の1位と2位を争っていたライバルのヤグディンが引退すると、2003年世界選手権、2004年世界選手権を2連覇。独走態勢に入る。ただし2003年のグランプリファイナルでは、当時のルール下は2回までと決められていたコンビネーションジャンプを3回飛ぶという回数制限違反を犯し、まさかの準優勝となった。2003年夏に出演した日本のアイスショーで氷の溝にはまり半月板を損傷して以来、故障に悩まされてきたが、自国開催の2005年世界選手権では、ショートプログラムを終えた後かねてより痛めていた股関節の状態も悪化したため棄権。その後ドイツで鼠径ヘルニアの手術を受ける。これ以後、デビュー以来プルシェンコのトレードマークとなっていたビールマンスピンは封印された。万全とは言えない体調で迎えた2006年トリノオリンピックでは、ショートプログラムで90点台をマークし、2位に10点以上の差をつけ首位に立った。フリースケーティングでも4回転トウループ - 3回転トウループ - 2回転ループを始めとする殆どの技を成功させ、出場選手の中でただ一人160点台をマーク。総合得点で2位に30点近い大差をつけるなど、圧倒的な実力で金メダルを獲得した。
1997/1998シーズンからシニアの大会に本格参戦。ISUグランプリシリーズのスケートアメリカとロシア杯、また欧州選手権でも初出場で2位になるなど大健闘。1998年長野オリンピック金メダリストイリヤ・クーリックの棄権により急遽初出場することとなった1998年世界選手権では、15歳にして3位表彰台にのぼり華々しいデビューを飾った。1998/1999シーズンからは主要な競技会で優勝を重ねるようになり、1999年世界選手権では前年度より1つ順位を上げ2位になる。1999/2000シーズンは欧州選手権まですべて優勝、ロシア選手権と欧州選手権で当時の世界王者ヤグディン相手に2連勝を果たした。だが、優勝候補の筆頭に挙げられて臨んだ世界選手権ではフリーで大崩れし、まさかの4位に終わった。翌2001年世界選手権では前回王者のヤグディンを抑え初優勝、その他のタイトルも総なめにした。勢いはこのまま続くかと思われたが、2001/2002シーズンのグランプリファイナルでヤグディンに敗北すると、これに危機感を抱いたプルシェンコチームは急遽フリープログラムをビゼーのカルメンに変更。約1ヵ月後に迫った2002年ソルトレークシティオリンピックのため猛練習を重ねプログラムを完成させる。しかしプルシェンコはこの練習により右足首を負傷した。迎えたオリンピック本番ではショートプログラム冒頭の4回転トウループで「まさかの」転倒、4位でフリースケーティングに臨むこととなった。自力優勝の可能性が消え背水の陣で臨んだフリーでは、4回転トウループ - 3回転トウループ - 3回転ループという超高難易度のコンビネーションジャンプに挑戦（3つ目のループはステップアウト）、また3回転アクセル -ハーフループ- 3回転フリップというこちらも超高難易度のシークエンスジャンプを成功させるなどして追い上げ2位に浮上、銀メダルに輝く。直後の2002年世界選手権は右足首の怪我の悪化を理由に欠場した。
当時ミーシンのグループは1994年リレハンメルオリンピックで金メダリストとなるアレクセイ・ウルマノフや、のちに激しいライバル対決を繰り広げる事になるアレクセイ・ヤグディンも所属しているエリート集団だった。グループに加わった当初こそミーシンの関心も低かったもののここでも頭角を現しミーシンの関心を獲得。13歳になるとシニアの大会にも参加するようになる。初出場した1996年世界ジュニア選手権 では出場選手中最年少で6位入賞。翌年の1997年世界ジュニア選手権 では14歳で優勝。
『エドワード三世』は2つの部分から成っている。1つは、エドワード三世とソールズベリー伯爵夫人の話である。もう1つは、百年戦争のきっかけとなったイングランドとフランスの戦争である。エドワード三世はアルトワ伯より、エドワードがフランス先王の正統な世継ぎであるときかされる。フランスの大使が到着し、エドワードに新しいフランス王に従うよう進言するが、エドワードはそれを拒み、自分の権利を主張する。別の使者が到着し、スコットランド人がイングランドの北にある城を包囲していると伝える。エドワードはまずスコットランドの問題のほうに対処すると決める。この城にはソールズベリ伯ウィリアムの妻である美女ソールズベリ伯夫人がいた。エドワードの軍が到着し、暴れ回っていたスコットランド軍は逃げてしまう。エドワードは一目でソールズベリ伯夫人に惹かれ、求愛をはじめる。夫人は王をはねつけるが、王は引き下がらない。夫人が命を賭けて夫への貞節を誓ったため、エドワードは最終的に恥じ入って自らの罪を認め、愛を諦める。エドワードは自らの権利を守り、王としての責任を果たすことに努力しようと心に決める。芝居の第二部には、『ヘンリー五世』を思わせる場面がいくつかある。エドワードはフランスの自軍に合流し、フランスの王位を要求して闘う。エドワードとフランス王はクレシーの戦いの前に互いの要求を議論する。エドワード王の息子である黒太子エドワードがナイトの位を授かり、戦いに赴く。若き息子の命が危険にさらされてもエドワード王は助け船を出さない。黒太子エドワードはボヘミア王を打ち負かして武功をあげる。イングランド軍が戦いに勝ち、フランス軍はポワティエに逃げる。エドワード王は黒太子にフランス軍を追わせ、自らはカレーの包囲を行う。ポワティエでは黒太子は軍勢の数で劣り、苦しい状況に陥る。場面はフランスとイングランドの陣営の間を移り変わり、イングランド軍の絶望がフランス軍の傲岸に対比される。黒太子エドワードは思索にふけった後、圧倒的な不利をはねかえしてポワティエの戦いに勝利する。王子はフランス王をも捕らえる。カレーでは市民がエドワード王に降伏せざるをえないと気付く。エドワードは市民のうち主導的な者6名を処罰のため送り出すよう求める。エドワードの妻フィリッパ王妃が到着し、市民を許すよう王を説得する。サー・ジョン・コプランドはエドワードのところに戦闘で捕虜となったスコットランド王を連れてくる。使者が到着し、エドワードにイングランドがブルターニュを確保したと伝える。しかしながらエドワード黒太子がポワティエで敗北したようだという知らせのため勝利の味わいは薄れ、王は復讐を宣言する。そこにエドワード黒太子が勝利の知らせを持って現れ、捕虜となったフランス王を連れてくる。イングランド軍は勝利してカレーに入る。