1969年に停止されたDMTRは、1971年まで2年をかけて、燃料と重水の除去および不要施設の撤去が完了しており、遮蔽・隔離状態にある。2003年9月、英国原子力公社は、DMTRの廃止措置が原子炉構造物以外の部分について全て完了したことを発表した。1977年に停止したDFRは不要機器の解体と撤去が進められており、2007年からはナトリウムカリウム合金冷却材57トンの処理試験が進められている。増殖用燃料はセラフィールドのマグノックス再処理施設での処理を念頭に搬出することが想定されている。ただし、原子炉を格納したドームとその周辺の建物は産業遺産及び原子力開発の記念碑として保存される予定である。1994年3月に停止したPFRは、タービン建屋や蒸気発生器建屋からの機器撤去が行なわれた。管系にはナトリウム冷却材150トンが残っており、1700万ポンドの予算をかけて建設された処理施設で処理試験が進められている。サイト内には中・低レベルの廃棄物処理施設が設けられ、低レベル固体廃棄物を中間貯蔵または処分用に処理する検査・高圧縮施設（WRACS）、中レベル液体廃棄物をセメント固化するセメント固化施設、低レベル液体廃棄物の回収・処理・処分のために新設された低レベル廃液処理プラントがある。セメント固化施設に隣接して、セメント固化施設に廃棄物を搬入し、固化済み容器を貯蔵する施設を建設して2007年から稼動させる予定で、これにより廃止措置のスケジュールが早められる。
英国原子力公社は2000年10月、ドーンレイの環境復旧計画を発表した。当初100年かけて廃止措置（decomissioning）を行う計画が検討されていたが、この時発表された計画は40億ポンドの予算をかけて60年間の廃止措置を実施し、300年の監視期間を経た後に跡地を無制限使用に開放するというものであった。その後、2005年に発足した原子力廃止措置機関がこのサイトの所有者となり、英国原子力公社の傘下にドーンレイ・サイト復元会社（DSRL）および研究所サイト復元会社（RSRL）が設けられた（これら2社は2009年にバブコック社に売却された）。計画は大幅に見直され、27億ポンドの予算で2036年までに廃止措置を完了させ、監視状態に移行させる計画が2004年9月に発表された。計画は廃止措置、燃料処理、廃棄物管理、土地の整備などの活動からなり、2004年の計画では期間短縮とコスト削減のためにドーンレイの敷地内に中レベル廃棄物の中間貯蔵施設を設けることにより、解体作業の早期着手を目指している。
ドーンレイ原子力開発施設の敷地内にはD1206施設と呼ばれる施設が設けられており、燃料再処理試験が行われていた。1960年から1975年にかけて、DFRの高濃縮ウラン合金燃料10トンの再処理が実施された後、1972年よりPFRのMOX燃料再処理のために改造・拡張（設計上の年間処理能力5～6トン）され、1980年の運転開始から1996年9月の漏洩事故発生で運転停止するまでに、約25トンの燃料が処理された。これにより燃料工場で製造した燃料を高速炉で燃焼させ、再処理工場でリサイクルして再利用する核燃料サイクルを実現させる成果を挙げた。その他、1958年に運転を開始した材料試験炉燃料再処理工場（MTR）があり、オーストラリアやグルジアといった国外の研究炉用高濃縮ウラン燃料の再処理を行ってきたが、1996年に閉鎖された。
評論家としては、中国問題に関して『朝日新聞』『中央公論』『改造』で論陣を張った。1937年（昭和12年）7月に盧溝橋事件が起こると、『中央公論』9月号で「南京政府論」を発表し、蒋介石の国民政府は「半植民地的・半封建的支那の支配層、国民ブルジョワ政権」であり、「軍閥政治」であるとして酷評し、これにこだわるべきでないと主張した。また、9月23日付の『改造』臨時増刊号でも、局地的解決も不拡大方針もまったく意味をなさないとして講和・不拡大方針に反対、日中戦争拡大方針を主張した。11月号では「敗北支那の進路」を発表、「支那に於ける統一は非資本主義的な発展の方向と結びつく」として中国の共産化を予見した。こうした主張は、翌1938年（昭和13年）1月16日の第一次近衛声明に影響を与えた。同年『改造』5月号で「長期抗戦の行方」を発表し、日本国民が与えられている唯一の道は戦いに勝つということだけ、他の方法は絶対に考えられない、日本が中国と始めたこの民族戦争の結末をつけるためには、軍事的能力を発揮して、敵指導部の中枢を殲滅するほかないと主張、また『中央公論』6月号で発表した「長期戦下の諸問題」でも中国との提携が絶対に必要だとの意見に反対し、敵対勢力が存在する限り、これを完全に打倒するしかない、と主張して、講和条約の締結に反対、長期戦もやむをえずとして徹底抗戦を説いた。第1次近衛内閣が成立すると、近衛文麿の側近として軍の首脳部とも緊密な関係を保った。近衛は尾崎の正体を知った際に驚愕し、「全く不明の致すところにして何とも申訳無之深く責任を感ずる次第に御座候」と天皇に謝罪している。尾崎が参加した昭和研究会は国策の理念的裏づけを行い、大政翼賛会結成を推進して日本の政治形態を一国一党の軍部・官僚による独裁組織に誘導しているが、昭和研究会のメンバーが同会から発展する形で独自に結成した「昭和塾」のメンバーは尾崎ら共産主義者と企画院グループの「革新官僚」によって構成され、理念的裏づけはことごとくマルクス主義を基にしていた。