本作発売前に配信された、携帯専用アクションRPG。NTTドコモのFOMA900i、901iシリーズでプレイが可能で、方向キーと決定ボタンのみ使用のミニゲーム。ムサシの旅立ち前に行われた、7日間の「ノラ式荒行」の様子が描かれている「ストーリーモード」、好きな敵と対戦ミニゲームのみが楽しめる「トレーニングモード」、記録を残して好成績を狙う「チャレンジモード」の3モードが搭載されており、対戦では大元となる武蔵伝IIでも行う「見切り」や「反撃」といった戦闘システムも存在。
ボスモンスターなどと戦う事ができる施設。登場するのはストーリー中で戦闘するボスモンスターが主だが、制限時間が存在するために難易度は飛躍的にアップしている。ボス以外にも風の巫女マキとの戦闘や百人斬り、連続ボス戦など面白いものが多く、単純に該当するボス戦に慣れるために利用もできる。賞品として手に入るのは特殊なアイテムやホロカード、ジュール（お金）で、二回目に勝利した時には別のものがもらえる。
ゲームの進行に直接関係しないサブイベント。対応するキャラと会話したり情報を聞いていると体験できる事が多く、ほぼ全てのサブストーリーでは報酬としてアイテムやホロカードを手に入れる事ができる。称号に影響が出る場合もある。ストーリーが進むと消滅するイベントばかりであり、神獣の村内部でのみ発生し終了するものからダンジョンに足を運ぶものまでさまざまである。
ムサシには称号というものが自動で設定され、どの称号になるかは現時点でのムサシの状態やクリアしたイベントに準拠する。称号は「○○の」「○○」というように二分割されており、前半部分は主にクリアしたイベント・サブストーリーに影響され、後半部分はムサシのステータスやレベルに影響される。これらの称号はステータス画面で確認できるほか、セーブデータに記入される。
ムサシの召喚された神獣の村の住民はその大半がガンドレイク社の手の者に各地のカプセルに幽閉されている。これらを救助していくのもムサシの役目となり、救助すると村に新たな施設ができたり村人からの情報収集ができるようになる。このカプセルは剣でなければ破壊できない。巫女も同様にして連れ去られたり幽閉されたりしているが、巫女の場合は何らかの事故が原因で必ず気絶した状態でムサシがお姫様抱っこをして連れて帰るシチュエーションとなり、その際にムサシはダッコ状態になる。この状態ではムサシは通常の見切り技などは発動できないが、ダッコ中のみ使う事のできる特別な攻撃や防御姿勢が可能となる。
敵の使う攻撃をロックオン状態で見切って自分のものにするという技で、前作の「ゲット・イン技」とは異なり一度見切った技はリスト化されてその後いつでも使えるようになる。多くは攻撃性能を持った技が中心だが、「無敵」「回転受け」などの防御性能を持った技や、「攻撃力アップ」などの補助的な技、「ジャグリング」などのイベントで使う技など多岐に渡る。敵を見切るにはムサシの眼力がある程度必要となり、ロックオンして画面左の眼力ゲージが満タンになると見切れる状態になる。その状態で見切れる技を受ける瞬間に□ボタンを押し、指定されたコマンドを正しく入力すると見切りが成功する（制限時間は無い）。敵の強さによっては絶対に見切れない場合もあり、この見切り動作中はムサシは相手に全神経を集中している状態なので他の行動はできなくなる。
ムサシは通常時に二本の刀と剣及びアクセサリを装備して戦い、必要に応じて必殺技と見切り技というものを使って戦闘を展開していく。刀は「兼重（かねしげ）」。小ぶりで連続攻撃ができる反面攻撃力が低く、何度も敵にヒットさせなければ倒せないが、「カジノモト」というアイテムで鍛える事ができ、攻撃力が上昇する。剣は大振りで一撃あたりの攻撃力が高く、各種五輪剣の秘奥義は対応した剣を装備する事で発動できる反面素早さに乏しく、振りかぶって当てるまでが遅いのでその間に攻撃される事も多い。また、R1ボタンにてガード状態となり一定の敵の攻撃を受け止めて防御できる。アクセサリは戦闘に直接関係は無いが装備する事でさまざまな効果を得る事ができ、攻撃力が上がったり一定の攻撃に耐性を持ったりする（ダメージが0になる事は無い）。
本作にはイージモード、ノーマルモード、ハードモードが存在し、さらに一度クリアしての二周目も存在する。モードによる違いは敵の攻撃力や一度に出現する敵の数など。そして二周目のプレイでは一周目ではできなかったいくつかのサブイベントやアイテムが入手できる。
舞台はパリ。アルパゴンは金に異常な執着心を示す男で、金のためにクレアントとエリーズに結婚を押し付けようとする。その上クレアントの恋人、マリアーヌと結婚すると言い出した。マリアーヌは母親が病気であり、家が貧しいため、「いやな結婚でも永遠に続くわけではないし、アルパゴンは年寄りだからもう長くはない。アルパゴンが死ねば財産が転がり込んでくるので、そうなれば本当に望む人と結婚すればよい」とフロジーヌに唆され、気の進まない結婚を承知しようとする。アルパゴンはそれぞれの結婚を進めようとするが、反発もあって、うまく進まない。そんな折、アルパゴンが庭に埋めておいた大金が盗まれる。これはラ・フレーシュが発見し掘り出したもので「金をとられるのが身を切られるよりつらい」アルパゴンの性格を巧く突いた、クレアントの策略であった。そのような事情を知らないアルパゴンは、動揺を隠しきれず、喚き散らす。そこへアンセルムがエリーズとの結婚のために登場。話をするうちに、ヴァレールとマリアーヌがドン・トーマ・ダルブルチの子供たちであることが露呈する。ナポリの騒動によって、亡命の際にドン・トーマ・ダルブルチは妻子ともども溺死したはずであったが、全員生き残るも、散り散りとなってしまったのである。アンセルムこそ、かつてのドン・トーマ・ダルブルチであり、その時に分かれた子供たちが、ヴァレールとマリアーヌなのであった。アルパゴンは盗まれた金を返すこと、結婚費用はすべてアンセルムが負担すること、の2点で結婚を認め、幕は閉じる。