独立後のセイロンは、隣国インドとも良好な関係を築いており、加えてイギリスとの防衛協定により差し迫った脅威がなかったことから、軍の成長は緩やかなものであった。1950年代、軍は警察業務など国内の治安維持のための活動が主であった。1962年には、軍の縮小と予算の削減に抗議する予備役のグループによる政変が発生している。しかし、1971年にはマルクス主義を掲げるスリランカ人民解放戦線 (JVP) の武装蜂起があり、軍が動員される初の戦いとなった。反乱は数ヶ月で鎮圧されたが、以後軍は成長を早めることになる。翌1972年、セイロンは憲法改正により共和制へと移行、国名をスリランカへと変更し、セイロン軍もスリランカ軍へと改称した。1980年代の初期から、軍は新たに北部のタミル人民兵組織との戦いに動員されるようになる。これはその後26年に亘るスリランカ内戦の始まりであった。80年代にかけて軍は急速に成長を続けるが、内戦も80年代中盤になると、主要勢力であるタミル・イーラム解放のトラ (LTTE) との正規戦に近い状態へと移行した（第1次イーラム戦争）。国内にタミル人を抱える隣国インドの介入により和平交渉が行われ、平和の維持のためにインド平和維持軍 (IPKF) の派遣が行われた。しかし、1987年には今度は南部でJVPが再度武装蜂起し、軍は1989年までこちらの鎮圧にも投入される。さらに北部ではLTTEとIPKFが交戦状態となり、1990年にIPKFが撤退すると、軍は再びLTTEとの交戦状態に入った（第2次イーラム戦争）。1994年に入り、和平交渉に向けた停戦が成立するも、LTTEの攻撃により短期間のうちに崩壊。以後2002年まで続く戦い（第3次イーラム戦争）では、北部と東部での正規戦に加え、スリランカ全土でのテロ攻撃が発生した。陸軍は全能力を持って戦いを続け、また海軍と空軍も陸軍の支援を強化した。2002年になると今度はノルウェーの仲介により停戦が成立し、和平交渉が開始される。しかし最終的にはこれも失敗に終わり、2006年7月には戦闘が再燃する（第4次イーラム戦争）。中国やパキスタンからの軍事援助を受けた軍は、LTTEから分離した民兵組織カルナ派と協調して東部での攻勢を成功させ、2007年7月にはこの地域のLTTE勢力を一掃した。2008年になると軍は北部でも攻勢を強め、12月には全戦線において攻勢に移った。2009年頭にはLTTEの本拠地キリノッチを攻略、北東部ムッライッティーヴー周辺にLTTEを追い詰め、最終的に同年5月19日これを撃破した。 内戦終結後は、国防省が一時的に国防・都市開発省と改称され、余剰となった人員が道路や橋といったインフラ整備にも投入された。
平氏を滅ぼした後、義経は兄・頼朝と対立し、自立を志向したが果たせず朝敵として追われることになる。元暦2年（1185年）4月15日、頼朝は内挙を得ずに朝廷から任官を受けた関東の武士らに対し、任官を罵り、京での勤仕を命じ、東国への帰還を禁じた。また4月21日、平氏追討で侍所所司として義経の補佐を務めた梶原景時から、「義経はしきりに追討の功を自身一人の物としている」と記した書状が頼朝に届いた。一方、義経は、先の頼朝の命令を重視せず、壇ノ浦で捕らえた平宗盛・清宗父子を護送して、5月7日に京を立ち、鎌倉に凱旋しようとした。しかし義経に不信を抱く頼朝は鎌倉入りを許さず、宗盛父子のみを鎌倉に入れた。このとき、鎌倉郊外の山内荘腰越（現神奈川県鎌倉市）の満福寺に義経は留め置かれた。5月24日、頼朝に対し自分が叛意のないことを示し頼朝の側近大江広元に託した書状が有名な腰越状である。義経が頼朝の怒りを買った原因は、『吾妻鏡』によると許可なく官位を受けたことのほか、平氏追討にあたって軍監として頼朝に使わされていた梶原景時の意見を聞かず、独断専行で事を進めたこと、壇ノ浦の合戦後に義経が範頼の管轄である九州へ越権行為をして仕事を奪い、配下の東国武士達に対してもわずかな過ちでも見逃さずこれを咎め立てするばかりか、頼朝を通さず勝手に成敗し武士達の恨みを買うなど、自専の振る舞いが目立ったことによるとしている。主に西国武士を率いて平氏を滅亡させた義経の多大な戦功は、恩賞を求めて頼朝に従っている東国武士達の戦功の機会を奪う結果になり、鎌倉政権の基盤となる東国御家人達の不満を噴出させた。特に前者の許可無く官位を受けたことは重大で、まだ官位を与えることが出来る地位にない頼朝の存在を根本から揺るがすものだった。また義経の性急な壇ノ浦での攻撃で、安徳天皇や二位尼を自害に追い込み、朝廷との取引材料と成り得た宝剣を紛失したことは頼朝の戦後構想を破壊するものであった。そして義経の兵略と声望が法皇の信用を高め、武士達の人心を集めることは、武家政権の確立を目指す頼朝にとって脅威となるものであった。義経は壇ノ浦からの凱旋後、かつて平氏が院政の軍事的支柱として独占してきた院御厩司に補任され、平氏の捕虜である平時忠の娘（蕨姫）を娶った。かつての平氏の伝統的地位を、義経が継承しようとした、あるいは後白河院が継承させようとした動きは、頼朝が容認出来るものではなかったのである。結局、義経は鎌倉へ入ることを許されず、6月9日に頼朝が義経に対し宗盛父子と平重衡を伴わせ帰洛を命じると、義経は頼朝を深く恨み、「関東に於いて怨みを成す輩は、義経に属くべき」と言い放った。これを聞いた頼朝は、義経の所領をことごとく没収した。義経は近江国で宗盛父子を斬首し、重衡を重衡自身が焼き討ちにした東大寺へ送った。このような最中、8月16日には、小除目があり、いわゆる源氏六名の叙位任官の一人として、伊予守を兼任する。一方京に戻った義経に、頼朝は9月に入り京の六条堀川の屋敷にいる義経の様子を探るべく梶原景時の嫡男・景季を遣わし、かつて義仲に従った叔父・源行家追討を要請した。義経は憔悴した体であらわれ、自身の病と行家が同じ源氏であることを理由に断った。