玩具セールスの出足に満足したスポンサーの要請により、放送開始後間もなく再び36話への延長が決定する。時間的に再々構成は難しいため、実質的に最終回の内容となった第27話「愛は流れる」を区切りにして、回想編的な構成を提案するも却下され、残り9話はその約2年後のエピソードを描くこととなった。さらに1983年3月には劇場作の製作が内定。主要スタッフが劇場版や後番組の『超時空世紀オーガス』の準備にシフトしたため、第1 - 27話（戦争編）と第28 - 36話（戦後編）では多分に趣が異なった作品となっている。制作事情に悩まされたスタッフの忸怩たる思いは、1984年7月公開の『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』において、当時最高水準の作画クオリティに結びつくことになる。またこの延長エピソードにおいて、新首都マクロス・シティや宇宙移民計画、地球人類・ゼントラーディとプロトカルチャーとの関係の解明など、のちのシリーズ作品に繋がる重要な設定が生み出されている。
広告代理店ビックウエストが『メガロード（仮）』を採用し、タカトクトイスなどのスポンサーと番組放送枠を確保。スタジオぬえと親交のある石黒昇が主宰するアートランドが参加し実制作の中心となるが、下請けスタジオで制作能力が不十分なため、大手のタツノコプロが元請けとなり、アートランドやタツノコプロの子会社のアニメフレンドなどが下請けという形態をとった。シリーズ構成は4クール（1年分）の全52話から48話、さらに1クール減らした39話となった。この構成で作画作業に入った1982年5月になり、製作側から23話への短縮が要請された。このため、ゼントラーディ軍の敵対勢力の監察軍の出番をすべてカットし、制作と並行して内容を圧縮する改編作業を強いられたが、この過程で大宇宙戦争にアイドル歌手の歌を絡めるというオリジナルのテーマが生まれた。タイトルはビックウエスト社長、大西良昌の発案により「メガロード」から「マクロス」へと改められる。大西は当初、以前より考えていた「マクベス」というタイトルをつけようとしたが、商標登録の関係で断念したという。「マクベス」は「マクロ（巨大な）」をもじったもので、「メガ・マクベス」などの案も考えられたが、シェイクスピアの悲劇『マクベス』と同じでは異なる意味合いが生じることもあり、「マクロ」と「メガ」のあいだでしばらく決着がつかず、最終的に大西の判断で「マクロス」に決定された。副題は放送直前まで「超弩級要塞」だったが、「弩（ど）」が読めない、という理由で「超時空要塞」に変更された。タイトルロゴデザインは「超弩級要塞 - 」の時点で確定しており、実際の放映タイトルロゴはこの「弩級」部分を「時空」に急遽書き換えただけのものである。「超弩級 - 」版のタイトルロゴもアニメ情報誌ほかで放映前から放映終了後に至るまで使用される事例があり、製作者サイドの混乱ぶりが露呈していた。マクロスの艦種記号「SDF＝スーパー・ドレッドノートクラス・フォートレス（＝超弩級要塞）」も、のちにDをディメンションに変更されている。なお、「メガロード」の名は1987年発売のOVA『超時空要塞マクロス Flash Back 2012』に登場するマクロス級2番艦メガロード-01に転用されている。
マクロス艦外の宇宙戦争と並行して、艦内ではリン・ミンメイが一介の少女からアイドル歌手になってゆくシンデレラ・ストーリーが繰り広げられる。ミンメイの歌う歌謡曲を単なる劇中歌ではなく、物語の根幹にかかわる要素に位置付けたのは画期的な試みであり、以後のマクロスシリーズでも「歌」が重要なテーマとなっている。ミンメイはアニメ（虚構）と現実をつなげるバーチャルアイドルの先駆例となり、声優と劇中歌を担当した飯島真理は本作終了後にシンガーソングライターとしてデビューした。
ワグネルはドイツで学んだ化学の知識を基に日本の窯業に深く関わった。有田での窯業指導は上述の通りであり、伊万里焼（有田焼）の近代化に先鞭を付けた。1870年から1881年まで続いた京都舎密局では、工業化学関連品の製造技術の普及も職務に含まれており、永樂和全の協力を得て陶磁器、七宝、ガラスの製法などを指導した。陶磁器については、薪と石炭の双方を燃料とし、火熱を2段階に利用して第1段で本焼成、第2段で素焼きのできる新式の陶器焼成窯を発明し、耐火煉瓦を用いて局内に新造した。ワグネルは1873年7月8日、顧問として石田某と共に京都に到着し、万国博覧会で紹介するのに相応しい工芸家や作品を選ぶのに協力した。1877年から1年間は七宝の研究に専念しており、その成果を譲り受けた七宝会社が1881年の第2回内国勧業博覧会で名誉賞を受賞している。1878年からは京都府（槙村正直府知事）に月給400円で雇われた。1879年には五条坂に陶磁器実験工場を建設し、青磁の焼成を試みている。また、それまでの七宝の不透明釉に替わる透明釉を開発し、京都の七宝に鮮明な色彩を導入した。透明釉は日本の七宝の美しさを飛躍的に高め、4年後のパリ大博覧会では濤川惣助が名誉大賞、並河靖之が金賞を受賞し国際的にも大変評価されることになる。これらの経験を経た後1883年から新しい陶器を研究し、旭焼を開発した。旭焼は、それまでの陶磁器が主に釉薬をかけて本焼成した後に絵付けを行い再度焼成していたのに対し、先に絵付けを行ってから釉薬をかけて焼成する釉下彩と呼ばれる手法で作られていた。これにより陶磁器の貫入や歪みを嫌うヨーロッパの嗜好に合った製品が作られると、1890年には渋沢栄一らの出資で旭焼組合が設立され、ストーブ飾タイルなどが輸出された。しかし、コストが高かったことなどからワグネル没後の1896年に組合は解散し、東京工業学校の生産も同時期に終了した。なお、渋沢栄一らによって設立された「大日本東京深川区東元町旭焼製造所」は1986年3月26日に「旭焼陶磁器窯跡」として江東区の史跡となっている。