海岸沿いの都市であるサンデフィヨルドはオスロからは119キロ南に離れているヴェストフォル県の都市である。長さ約150キロとあるその海岸線には様々なビーチ・保護地域・森林・116-124の島などが含まれている> 。森林地帯は夏のハイキングや冬のスキーのためのコースがある。小さい島はキャンパーのための休憩場があかるほか、多くの島はアクセス可能のビーチがある。海岸線が長い理由として、東の島（Østerøya）と西の島（Vesterøya）と呼ばれる2つの岬が挙げられる。これらの岬はサンデフィヨルド・フィヨルドとミー・フィヨルドを形成している。サンデフィヨルドの面積のうち37.7km²が耕地に、36.2km²が森林となっている。トンスベルグやラルヴィクがサンデフィヨルドに近い。最高標高は約398.9メートルである（Brånafjell）。
サンデフィヨルドは度々火災が発生しており、1800年の火災では町の大半が焼失し、再建に迫られた。1900年の火災では56軒が全焼、大きな被害を被った。
ベインとネオが意識不明。ネオの脳波はプラグが刺さっていないにも関わらず、マトリックス侵入時の状態を示していたが、マトリックス内に彼の存在は確認できなかった。ネオは、ソースに弾き飛ばされた結果「モービル・アヴェニュー」というマトリックスとソースの境界に捕らえられていた。ここでネオはサティーという少女とその両親というプログラムのラーマ一家に会い、モービル・アヴェニューはメロビンジアンだけに忠実なトレインマンと呼ばれるプログラムに制御されていることを知る。ネオがモービル・アヴェニューで捕らえられていることをセラフから伝えられたモーフィアスとトリニティーは、ネオの解放をトレインマンに迫るが、逃げられてしまう。三人はメロビンジアンの元へ乗り込み、直接交渉し解放を了承させる。未来が見えるようになったネオは、自分が行くべきマシン・シティーの幻影を見る。自分の変化に違和感を覚え、現実に戻る前に預言者・オラクルを訪問する。オラクルはネオに、ネオとスミスとの関係、ネオの持つ力の源を説明。また、ネオがこれからどこへ行けばよいのかわからなければ「誰にとっても」明日はないと言う。ネオが去った後、スミス達が現れ、オラクルは取り込まれてしまう。現実の世界では、ハンマー号とネブカドネザル号の残った乗組員がロゴス号を発見。ナイオビら乗組員と合流していた。彼らは、燃料切れのロゴス号を再起動し、目を覚ましたベインに査問を始めるが、彼は記憶がないと話す。一方ネオは、理由は説明できないがマシン・シティに行くため船が必要だと言う。ハンマー号船長のローランドは反対するが、預言者にネオの助けを選択するよう言われていたナイオビがロゴス号を提供する。トリニティは、ネオと共に行く決意をする。ハンマー号の乗組員たちは、センチネルを避けるために、航行の難しい補助パイプラインを通ってザイオンに戻ることを計画する。出発直後、ベインの尋問を任されていたマギーが殺害されていることに気づく。既にハンマー号内にベインの姿はなく、ロゴス号に侵入しているであろうことは明らかだったが、引き返してロゴス号に警告する余裕はなかった。ロゴス号では、エンジンが起動せずヒューズの点検に向かったトリニティーをベインが人質に取り、ネオを誘き寄せる。ネオは争いの中、スミスがベインに乗り移っていることに気づく。ネオは千切れた電気ケーブルで目を焼かれ視力を失うが、スミスの姿、プログラムが見えていた。ネオは、スミスを倒し、トリニティーを解放する。そして二人はトリニティーの操縦でマシン・シティーに向かう。ザイオンのドックにはセンチネルの大群が侵入を始めていた。人間側はロック司令官の指示のもと、防御ユニットを総動員して応戦するが、電磁パルスがない上、圧倒的な数の攻撃に壊滅的な打撃を受け、敗北は時間の問題だった。残された手段は、ザイオンに向かっているハンマー号の電磁パルスで敵を一掃することだったが、ドックのゲートが破壊され、操作不能となっていた。部隊長のミフネは死に際に、自身のAPUをキッドに託し、ゲートを手動で開けるよう指示。キッドによってゲートは開かれ、電磁パルスによって敵は一掃された。同時に防御ユニットもダウンしてしまい、さらに敵の掘削機が再起動したため、あと2時間で敵が寺院の内壁に到達する事態となった。ロゴス号はセンチネル達の攻撃を受けながらもなんとかマシン・シティの中心部へたどり着くが、船ごと建物へ突っ込む形となり、トリニティは複数の鉄柱に体を貫かれてしまう。ネオと最後のキスを交わしてトリニティは絶命する。ネオは、マシン・シティの支配者であるデウス・エクス・マキナと対面し、共通の脅威となったスミスを倒すことと引き換えに、ザイオン侵攻を止めるよう要求する。デウス・エクス・マキナによってマトリックスへ送られたネオは、おびただしい数のスミス達が見守る中、一人のスミスと一対一で対峙する。多くの人間を取り込んだスミスはネオを凌ぐ強大な力を手に入れており、激しい格闘の末、ネオは追いつめられる。ネオを見下ろすスミスは、オラクルを取り込んだ時に見た光景に狂喜するが、スミスの口から出たのは、かつてオラクルがネオに対して語った、スミスの意志にはない言葉だった。違和感を覚えたスミスは一度はネオから離れようとしたものの、ネオを取り込むことを選ぶ。ネオがスミスに侵食され、スミスの姿になると、すぐに強い光を放ちながらその体は崩壊し、やがて周囲のスミス達も同じように消滅し、スミスに取り込まれる前の姿に戻っていく。ネオと戦っていたスミスは、オラクルだった。ザイオンではセンチネルたちが去っていき、人々は戦争の終結を喜んでいた。マトリックスではアーキテクトがオラクルの前に現れ、秩序を乱し変化を試みたことに対し、非常に危険なゲームだと言うが、オラクルはその危険にそれだけの価値があるのを知っていた。アーキテクトは、プラグを抜かれたい人間はどうなるかを尋ねられ、もちろん解放すると答える。