こうして強力かつ広範囲に推進された河川総合開発事業は、一方で水源地域住民、端的に言えばダム建設によって水没を余儀なくされる地元住民との軋轢を生じた。1960年代には蜂の巣城紛争を始め沼田ダム計画反対運動、八ッ場ダム反対運動、大滝ダム反対運動等大規模かつ長期間の反対運動が繰り広げられた。開発重視の行政に対する住民の拒絶姿勢は、今までの河川総合開発事業の進め方を大幅に見直す契機となった。1973年（昭和48年）水源地域対策特別措置法が制定され、水没戸数30戸以上または水没農地面積30ha以上の水没区域を有するダム事業に関しては、補償金額の嵩上げを始めとする生活再建支援策の充実が事業者の責務となった。これは堤防建設や放水路建設はダム建設以上に住居の移転を必要とする他、道路・鉄道の路線変更といった大幅な改変が要求されるが、宅地化の進行で大規模な引堤や新規放水路建設は困難となった。このため次第に河川開発はダム事業に依存せざるを得ない状況になっていったことも、背景にある。このため水源地域住民の協力なくしては、河川総合開発事業自体が立ち行かなくなることは明白であり、やがて『地域住民が認めない限り、ダム建設はできない』という不文律が形成されるに至った。大規模な河川総合開発は次第に影を潜め、代わりに地域密着型の小規模限定的な河川総合開発事業である『小規模生活貯水池事業』が1988年（昭和63年）より実施され、施工実績も次第に増加している。
経済成長が促進するに連れて人口の増加と工業生産の増加は青天井の勢いとなり、次第に水需要の逼迫を招きつつあった。従来の河川総合開発事業はあくまで治水が主目的であって、利水面に関しては食糧増産のための灌漑が主要な目的であった。このため水資源の開発・整備は重要な課題となっており、そのための河川総合開発は喫緊の課題となった。1961年（昭和36年）11月13日水資源開発促進法が公布された。これは執行機関である水資源開発公団を設立し、『水資源開発基本計画』（フルプラン）を策定しそれに基づいてダム・堰・用水路・湖沼水位調整施設等を建設・管理することで大都市圏の水需要に寄与することを最大の目的とした。これによって翌1962年（昭和37年）に利根川・淀川が水資源開発水系に指定されたのを皮切りに荒川・豊川・木曽川・吉野川・筑後川の各水系が指定され、これらの河川では公団が事業主体となる多目的ダムの建設が図られた。これに伴い建設されたダムとして矢木沢ダム（利根川）・味噌川ダム（木曽川）・早明浦ダム（吉野川）等がある。現在は独立行政法人水資源機構と改編されたが、基本的役割は変わらない。こうした水資源開発を主柱とする河川事業も河川総合開発事業の範疇に含まれる（例・『木津川上流総合開発事業』）が、但し公団管理ダムの中で治水目的を有するダム（現在は水資源機構ダム事業部管理）に関しては、洪水調節の重要性に鑑み建設大臣が主務大臣として監督し、ただし書き操作を含む重大な洪水調節操作が必要になる場合は大臣が直接ダム管理を指揮することが定められる。洪水調節目的がない利水専用ダム（牧尾ダム・江川ダム等。現在は水資源機構水路事業部管理）は本来の所管権限に従い建設大臣・運輸大臣（現・国土交通大臣）、農林大臣（現・農林水産大臣）、厚生大臣（現・厚生労働大臣）の単独・複数が監督する。
RDS-6は真の水素爆弾ではなく、メガトン級の核融合兵器というよりは、ブースト型核分裂兵器であった。これは核分裂燃料と核融合燃料を互層で配置したもので、スロイカ型（ロシア語: Слойка、階層ケーキ型の一つとして後で名付けられた）としてソビエトでは知られていた。RDS-6では、ウラン235をコアとし、重水素化リチウム6、さらに天然ウランで覆ったものとされる。同様のデザインは、アメリカでもアラームクロック型として理論立てられていたが、実際にテストされる事はなかった。ソビエトの熱核爆弾開発では、初期には2種類のデザインが研究されていた。その一つはスロイカ型（RDS-6s）で、もう一つはツルーバ型（RDS-6t）である。ツルーバ型は2段階方式の核融合兵器でガンバレル式爆弾のプライマリーとアメリカと同様に重水素-三重水素の核融合のセカンダリーを使用するクラシカルスーパー方式であった。しかしながら、1952年にアメリカがマーシャル諸島で核融合装置の実験（アイビー作戦）を行なうと、それに対抗するためにスロイカ型がより有効であると考えられ開発の優先権が与えられた。RDS-6は核出力400キロトンで爆発実験がなされた（30mの鉄塔上に設置）。ソビエトの物理学者ユーリ・ハリトンは、RDS-6の核出力のうち15から20%が核融合、残りは核融合で放出された中性子により威力が増強された核分裂反応によるものと見積もった。しかしスロイカ型は単段階反応の核兵器であり、真の水爆の様に、多段階反応により核出力が増強させることはできない（核融合兵器との違いの詳細はテラー・ウラム型を参照のこと）。RDS-6は真の水爆では無かったにもかかわらず、ソビエトの外交宣伝によってその威力はメガトン級にまで誇張された。ソビエトは、アメリカ最初の熱核兵器とは違った型の水爆を配備したと主張した（例えば、爆撃機からの投下も可能ということなど）。このソビエトの主張にもかかわらず、アメリカの専門家はRDS-6が真の水爆かどうかを論議した。アメリカは1954年までは配備可能な水爆を開発することができなかったが、スロイカ型が本格的に配備される事も無かったのである。ソビエト最初の真の水爆実験は、1955年11月22日に実施されたRDS-37であり、RDS-6を含めてこれらは全てカザフスタンのセミパラチンスク核実験場で行われた。