奥社本殿は、三間社流造、こけら葺き。1509年（永正6年）の建立である。室町時代の造営以来、1590年（天正20年）、1926年（寛永3年）、1669年（寛文9年）、1688年（貞享5年）、1704年（宝永元年）、1731年（享保16年）、1806年（文化3年）、1766年（明和3年）、1838年（天保9年）、1901年（明治34年）などに大小補修を受けている。1934年（昭和9年）1月30日に国の重要文化財に指定され1925年（昭和14年）7月20日～1926年（昭和15年）5月31日には根本的な修理工事が行われた。1974年（昭和49年）には屋根こけら葺の全面葺き替えと箱棟の銅板包み直しを行い、近年では2004年（平成16年）・2005年（平成17年）度に屋根葺き替え、腐朽した土台・柱根等の木部補修、扉絵の保存修復などが行われた。
1733年（享保18年）建立の白山寺地堂（護摩堂）が拝殿に転用され残っている。大工棟梁宮下半助が和様に禅宗様の技法を取り入れた建物である。
┏━惟示（これとき）━━惟皓（これつぐ、海軍大佐）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┃　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┣━惟暁（神官）　　　┏惟繕　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┃　┃　　┏惟門━━━┫　　　　　　　　　　　　　　　    　　　　┃　┣━━┫　　　　　┗惟二　　　　　　　　　　　　　　　蔵原惟元━━┫　┃　　┗惟賢（伸二郎）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┃　イク（北里柴三郎の妹）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┃　　　　　　　　　　        　  　　　　　┣━惟郭　　　　　　　　　　　　　  　　　　　　　┃　┃　　　　　　　　　　　　　  　　　　　　　┃　┣━━━惟人　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┃　┃　　　　　　　　　　　　　  　　　　　　　┃　しう（北里柴三郎の妹）　　　　　　　　　　　　　  　　　　　　　┃　　　　　　　　　　         　 　　　　　┣━惟昇　　　　　　　　　　　　　　　  　　　　　┃　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　┗━松代