第45回衆議院議員総選挙において民主党県連などが出馬要請していたが固辞し、自民党時代から縁の深い綿貫民輔らの要請で国民新党に入党、同党の公認で出馬する意向を表明した。前回は独自候補を擁立した民主党も推薦することを決め、共産党も既に同選挙区から撤退しているため、自民現職の宮路と事実上の一騎討ちとなり、28,409票差で勝利した。その後、党副幹事長に就任。2009年（平成21年）9月16日、鳩山由紀夫内閣において経済産業副大臣に就任した。鳩山内閣の副大臣の中では最高齢である（70歳）。その後、菅内閣、菅第1次改造内閣、菅第2次改造内閣でも経済産業副大臣に再任された。東日本大震災発生後は、国会議員としていち早く、現地福島県に入り復旧支援活動・原発問題に関する陣頭指揮を取る。2011年（平成23年）9月に発足した野田内閣でも経済産業副大臣に再任された。2012年（平成24年）2月10日、復興庁の設置に伴い野田第1次改造内閣において経済産業副大臣を退任し復興副大臣兼内閣府副大臣（原発事故の収束や再発防止の担当）に就任。在任中、福島第一原子力発電所事故による災害からの復興を推進した。
2005年（平成17年）7月5日の郵政国会では郵政法案に反対票を投じた。このため、同年9月11日の総選挙では自民党の公認を得られず無所属で出馬し、自民党公認の宮路に破れ落選。この際、引退を表明したが2007年（平成19年）の参院選では民主党候補を応援し、政治活動を再開する。
岡崎次郎はマルクス主義の翻訳にたいして大きな貢献を果たしている。中でもマルクス主義文献の日本での普及に大きな影響を与えた大月書店の「マルクス＝エンゲルス全集」では尽力した。昭和33年、大月書店の小林直衛から岡崎は、「ドイツのML主義研究所編集の「マルクス＝エンゲルス全集」（ソ連のML研究所編集「マルクス＝エンゲルス全集」第二版のドイツ語版）がベルリンのディーツ社から刊行されており、その翻訳をやるので中心になってもらいたい」との申し出を受ける。岡崎は2名の監訳として小林が挙げた大内兵衛と細川嘉六のうち、大内兵衛宅へ杉本俊郎と訪問、年なので自分で仕事は出来ないが監訳として名前を出すということで大内は引き受けてくれたという。各巻には巻頭にソ連研究所のドイツ語訳とドイツ研究所の序文がついていたが、村田陽一が前者翻訳をロシア語原文から、岡崎は後者翻訳を全巻担当した。昭和34年10月から43年10月までに第20巻までが出た。第21巻と第22巻の2巻のところで3年間出ない期間があったものの、その後は順調で、昭和50年秋には全39巻の刊行が終了した。同全集では「資本論」新訳をはじめ、「剰余価値学説史」初訳、「マルクス＝エンゲルス書簡集」新訳も含まれている。「剰余価値学説史」初訳では当初国民文庫での分冊刊行が計画され、当初大島清と時永淑に任せたが、遅々として進む気配はなく、1分冊に1年かかるペースに業を煮やした小林直衛の指示で第5分冊までで大島＝時永訳は打ち切られた。小林直衛の指示もあり、紆余曲折の末、結局岡崎次郎と時永淑でやり遂げることとなった。既刊部分については時永が再訳し岡崎が校閲、残りの部分は岡崎が元訳を担当した。全集版の「剰余価値学説史」では岡崎は手を触れなかったが、岡崎の訳がそのまま使われている箇所も多いため、翻訳者として名前が出ることとなった。「マルクス＝エンゲルス書簡集」新訳では、マルクス＝エンゲルス往復書簡だけでなく、二人の生前書いたもので現存する書簡がすべて網羅されている重要なものだった。すでに旧全集での資料をもとに「往復書簡」の翻訳に着手し刊行もしていた岡崎はここでも他の研究者とともに新全集での翻訳を担当した。上記全集のための新たな「資本論」翻訳にも岡崎は取り組んだ。戦後間もない時期に向坂逸郎の紹介でやった「資本論」翻訳を岡崎は改めて検討、全集のための準備として、昭和33年、国民文庫版「資本論」のための準備に取りかかった。それにあたって、誤訳や曖昧訳を一掃する、それだけでなく現代の青年にとって読みやすい翻訳にしようとの意図で、東大大学院生だった新田俊三(後に東洋大学教授)、塚本健(後に東京大学教授)、鎌倉孝夫(後に埼玉大学教授)を雇い手伝ってもらうこととした。昭和36年5月から39年9月まで、国民文庫版全11冊を完成した。その後、全集版翻訳にあたって、今度はこの国民文庫版を検討するために命尾孝子という学生に原稿用紙に書きとらせ、それを修正する手法をとった。全集版「資本論」翻訳は昭和40年9月から42年3月まで全集23-25巻（全5分冊）として刊行された。向坂逸郎が岡崎次郎におよぼしたものは岡崎の自叙伝にたびたび登場するが、大月書店版『マルクス＝エンゲルス全集』でも向坂は登場する。岡崎自身の筆によれば、上記国民文庫版「資本論」翻訳で3人の大学院生に手つだってもらった際、通称〈向坂塾〉の学生だった3人から岡崎新訳「資本論」の手伝いをしていることを知ると、向坂は、それは君たちが自分の商売敵になることで、今後は絶交すると言ったと岡崎は知る。これを聴いた岡崎は、さほど3人の翻訳が良くなかったこともあったが、3人を手放した。向坂逸郎の介入はそれだけではなかった。まだ全集版「資本論」が刊行中だった昭和41年夏、岡崎が他社から「資本論」を翻訳出版していることを知った向坂が怒り、岡崎への印税差し止めを岩波書店に訴えており、そのため印税が止まったことを岡崎は知る。向坂は岩波側に書面で通知してきたとのことで、岡崎はそれを読んだが、「他社から出すとは重大な裏切り行為」であり「いずれ弁護士を代理人として差し向け厳重に糾明する」ことが書いてあった。岩波の担当者はまだ若く、20年前のその翻訳は大部分岡崎の翻訳であることは何も知らなかった。結局向坂と直接の交渉をすることになり、昭和42年3月に夫人同伴の向坂と岡崎は新橋のレストランで会った。会談では向坂はにこやかで、「あなたの気持もよく分かった。いろいろ物入りもかさむので一つ宜しく」と言った。数日後に岡崎は今年10月いっぱいで印税は放棄する旨の手紙を出した。向坂からは「それでけっこう」とのという簡単な返事がきた。同年10月、岩波書店「マルクス『資本論』100年記念、向坂逸郎訳『資本論』全4冊」という新聞広告をみた岡崎は、向坂の「2枚も3枚も上手」を知り同時にそれまでつなぎ止めてきた敬愛を失った。