御茶の水の旧昌平黌（現・湯島聖堂）に設置された。国学・漢学講義を担当したが、建前上は国学（皇学）第一とされていたため、江戸幕府以来の旧昌平黌出身の漢学教官と、京都にあった旧皇学所出身の国学教官の間に対立が絶えず、丸山作楽などの国学派がその地位を誇って儒学派を排斥したのに対し、水本成美ら儒学派は儒教は必ずしも外来思想ではないと主張し、明治2年8月2日（1869年9月7日）大学校で挙行された「学神祭」において、国学派が従来の孔子に代えて「八意思兼命」を祀ったことを発端に「学神祭論争」が起こった。さらに学内対立は、上記「大学規則」（明治3年2月制定）をめぐる洋学派・反洋学派（国学・儒学両派）間の論争など、深刻な派閥紛争に発展したため、明治3年7月12日（1870年8月8日）には学制改革を名目にして当分休校となり、再開されることなくそのまま廃校となった。これにより旧幕時代以来の昌平黌による漢学・儒学教育は断絶した。高等教育の中で大きく後退をよぎなくされた国学者・儒学者が復権するのは、（旧）東京大学発足にともなう、文学部「和漢文学科」および「古典講習科」の設置以降のことである。
旧幕府から継承された昌平学校・開成学校・医学校の3校を統合し、旧昌平学校系を中心とする官立教育機関として構想され、それは同時に全国の学校行政を統轄する官庁を兼ねるものとされた。その後「大学」と改称されたが、内部では洋学系と国学・漢学系の対立に悩まされ、中枢機関である「本校」が早々と休止に追い込まれ、行政官庁としては「大学」を廃止して文部省が新設されたため、単一の教育機関としてはほとんど機能しなかった。しかしこの過程で国学者・漢学者に対する洋学者の優位が確立され、以降は彼らを中心にして、のちの東京大学を頂点とする近代的公教育の制度・体系が構築されていくことになった。文部省（文部科学省）の前身であるとともに東京大学の源流諸機関の一つとされ、特に「大学南校」は東大法・理・文3学部の、「大学東校」は同医学部の前身となっているが、両校を完全に統合して単一の「大学」とする構想は、1877年の（旧）東京大学発足によっても果たされず、1881年の東大の組織改革によってようやく実現したとみられている。
大学校（だいがっこう）は、明治2年7月（1869年8月）、明治新政府により東京に設立された官立教育機関群、もしくは教育行政官庁。この記事では改称後の「大学」（だいがく）、後身機関である「大学南校」（だいがくなんこう）および「大学東校」（だいがくとうこう）についても述べる。
鳴き砂で知られており、日本の渚百選に選ばれている。離岸流などの問題もあり、遊泳が禁止されているものの、夏季には遊歩道で散策を楽しめる。大映映画『幻の馬』でロケ地として選ばれた。
鳥屋尾氏は藤原北家御神本流の一つ三隅氏の支流を称している。南北朝時代、石見国における南朝総大将であった三隅家四代にあたる三隅兼連が鳥屋尾山（この地で「とやごう」と呼ぶ）に城を築き、三男（二男説あり）の兼雄を配置した。兼雄が鳥屋尾氏の初代である。三隅兼連は弟・兼冬が築いた井村城の主も兼任していたために、子の一人の兼時を井村兼武の養子とした。井村兼時は鳥屋尾氏の家督を継ぎ同氏2代目に数えられる。兼雄の長女は石見国司・日野邦光の室となり良妻賢母の誉れがあり四位の位を与えられた事から「四位の御局」と呼ばれた。彼女の娘の阿佐殿は、三浦氏出身の兼雄の室に石見黒沢村麻ヶ迫の屋敷で大切に育てられた後吉野の祖父・日野邦光を頼りに同地に赴き、後亀山天皇に入内し中宮となるという三隅氏では異例の出世をした。入内後、には後亀山天皇との間に小倉宮を生んだ。小倉宮の子は万寿寺宮といった。これにより、兼雄は四位の御局の父にして、日野氏の外戚であり、同時に中宮阿佐殿の祖父となった。これにより三隅氏の繁栄は頂点に達する。史書には「石見から出したるこの賢女の誇りは、また永く滅せざるべし」とあり、四位の御局の所領は今の島根県那賀郡雲城村大字七条字御局給と、同郡岡見村御局田にあり、史書によれば「黒沢村の椎の森と、井野村　鳥屋尾城のふもとに椎を植えて、永く四位の御局の記念とせり」とある。石見における南朝勢力が衰えると、鳥屋尾氏は、石見を離れ南朝勢力の盟主的存在であった北畠氏に仕えたと考えられる。北畠氏はのちに戦国時代には国司として伊勢に赴き、戦国大名化するが、その家臣団にも鳥屋尾氏は名を連ねており「石見守」を名乗っている。応永7年（1400年）の足利義満による南北朝合一後も更に鳥屋尾氏は南朝（後南朝）方にくみし、兼雄の孫の正時と曾孫・正武は後亀山天皇の皇孫 万寿寺宮を奉じて、吉野朝廷を仕えた。正武は大内義弘が足利義満に背きて堺浦で戦った応永の乱の時も大内氏を援け、敗れて美濃国に走り浪死した。正武の子・正義は潜竜院（後小倉宮）を奉りて山名方に加わり、応仁の乱後、潜竜院を供奉して、石見、七条御局給籠院谷（金城町）に匿った。潜竜院はしばらく同地に留まったが、ほどなく離れ邑智郡矢上・中野口羽などを放浪し、遂に備後国の香淀にて死去した。南北統一後、持明院統による両統更立の説を拒み、尚も大覚寺統を奉じた鳥屋尾正武・正義らは三隅家の系図より省かれた。しかし父子の、義理かたくなの面はいまも文献によって伝わっている。また楠木氏にも同じ名が登場される。（正時、正義、正信）同一人物か不明だが系図には正輝（正義ひ孫）時、明覺寺建立とある。