オリジナルのドックは岩盤に構築された。1916年には乾ドックが当時世界最大であると考えられた。全長は1,000フィートを超え、最大の軍艦および旅客船を浮揚させて使用するのに十分な大きさがあると言われていた。水深は65フィートであった。海軍はこのドックをサンディエゴとワシントン州ブレマートンの間の中間拠点として使用した。海岸線の大半は20世紀前半の間にサンフランシスコ湾を埋め立てて拡張された。海軍はサンフランシスコ湾での造船および修理の重要性を認識し、第一次世界大戦の間にハンターズ・ポイントを使用する交渉を始めた。1920年に太平洋岸の海軍基地に関する議会の聴聞会がサンフランシスコ市庁舎で開催され、ジェームズ・ロルフ市長、土木工学者のマイケル・オショーネシーがハンターズ・ポイントへの基地設置を主張した。造船所は第二次世界大戦が始まると共に海軍によって再び充当され、西海岸における主要な造船所のうちの1つとなった。海軍は1941年11月に取得し、ハンターズ・ポイント海軍造船所 (Hunters Point Naval Shipyard,) と改名、後にはトレジャー・アイランド海軍基地ハンターズ・ポイント付属施設 (Treasure Island Naval Station Hunters Point Annex) と改名、1974年まで運用し、その後民間の船舶修理業者にその大半を貸与した。アフリカ系アメリカ人を含む多くの労働者が造船所およびその他の戦時関連産業で働くためこの地域に移住した。戦後も多くのブルーカラーの産業がここに移動し、海軍基地および民間造船所もこの地に留った。1994年に海軍は基地再編の一環として造船所を閉鎖した。最初の原子爆弾の重要なコンポーネントは1945年7月にハンターズ・ポイントで重巡洋艦インディアナポリス (USS Indianapolis, CA-35) に積み込まれ、テニアン島へ運ばれた。当時の大半の工業地帯同様に、ハンターズ・ポイントは一連の石炭および石油による火力発電施設を所有しており、そこから発生した煤煙および燃焼による副産物の両方を原因とする汚染という負の遺産を残すこととなった。基地は1994年に完全に閉鎖されたが、大量の有毒廃棄物の浄化の必要性は未だに考慮されている。第二次世界大戦後、および1969年までハンターズ・ポイント造船所には海軍核防衛研究所の施設があり、それはアメリカ軍最大の核研究のための大型施設であった。ハンターズ・ポイント造船所はサンフランシスコ・フォーティナイナーズの新本拠地を建造する予定地として考えられた。
余震活動は極めて活発で、本震から1時間足らずの間にM7以上の強い地震が立て続けに3回発生した。このうち、本震30分後の15時15分には茨城県沖を震源とするM7.6の最大余震が発生し、茨城県鉾田市当間で震度6強を観測した。本震の直後、東北大学地震・噴火予知研究観測センターが設置していた地震計の3割が破壊されたり、通信回線が途絶したりするなどしてセンターは余震の観測データを受け取れなくなり、気象庁が発する地震情報や緊急地震速報に支障が生じる事態となった。一連の余震は、岩手県沖から茨城県沖までの幅約200 km、長さ約500 kmの範囲を震源としている。3月中にM5以上の余震は479回、震度1以上の余震は3,017回発生した。2018年3月6日までに観測されたものでは、M5以上が929回、M6以上が127回、M7以上が10回、最大震度4以上のものは383回、最大震度1以上のものは13,386回あった。M5以上の余震の回数は日本観測史上最大であった1994年北海道東方沖地震の4 - 5倍の記録的なペースで推移しており、2004年スマトラ島沖地震(Mw9.1)や2010年チリ地震(Mw8.8)の余震活動と比べても活発である。特に福島県浜通りから茨城県北部にかけては、4月11日の地震を最大として活発な地震活動がみられ、M3以上の地震は2012年8月までに1600回を超えた。また発生数もさることながら、単独で被害をもたらすような大きな余震が時間を経て度々発生するのも本地震の特徴である。本震から1ヶ月近く経過した4月7日には、宮城県沖を震源とするM7.2、最大震度6強の余震（震源の深さ66 km、スラブ内地震）が発生、4人が死亡した。また、4月11日には福島県浜通りを震源とするM7.0、最大震度6弱の余震（福島県浜通り地震、内陸地殻内地震。）が発生、4人が死亡した。本震から一年経過後も活発な余震活動が続き、2012年3月14日には千葉県東方沖を震源とするM6.1、最大震度5強の余震が発生し1人が死亡した。2012年12月7日には三陸沖を震源とするM7.3、最大震度5弱の余震が発生、最大98 cmの津波を観測し1人が死亡した。2016年11月22日には福島県沖を震源とするM7.4の余震(最大震度5弱）が発生し、最大1.4 mの津波を観測した。このほか、2011年7月10日、2013年10月26日、2014年7月12日にもM7以上の余震が発生している。気象庁は3月13日から4月21日にかけて、M7.0以上の地震が3日以内に発生する「余震の発生確率」を発表、当初は70%と高かったが次第に低下していった（余震の発生確率を参照のこと）。その後4月28日には、減少がみられることから発生確率の発表を行わなくなり「今後もまれに大きな余震が起こることもある」とした。一方同年4月時点で、東京大学准教授の井出哲は「M7レベルの地震は10回以上は起きる」、当時東京大学地震研究所の大木聖子は「最大余震が1年後に発生することもありうる」、との指摘をしている。また、同年11月18日に気象庁は地震予知連絡会で、同月15日から12月14日までの1か月間に本震域や周辺においては15%の確率でM7以上の余震が発生するとの分析結果を報告した。これは発生したM5以上の余震の傾向から得たもの。また余震は減少傾向にはあるものの3月11日以前の7倍の確率であり、大きな余震への警戒を要するとしている。2016年3月、政府の地震調査委員会の本蔵義守委員長は、「（本震から5年以上経った今でも）M8を超えるような規模の余震が起きてもおかしくない。」と述べた。