新潟県高田（現・上越市）出身。正利の長男。新潟県立高田中学校を中退し上京、神田の順天中学校に編入。同期には中村震太郎もいたが、とくに学友との交流もなかった。同校卒業後、第一高等学校理科に首席で入学。1919年、同校卒業、1922年、東京帝国大学農学部卒業。同助手、講師、助教授を経て、1939年、教授。1958年、定年退職、名誉教授。微生物の培養に用いられる坂口フラスコを発明した他、文化面では新春歌会始の召人も務め、歌人としても知られた。故郷の上越市にはその業績を記念した「坂口記念館」があるが、その建物は元々同じ高田市内にあった旧家を移築したものである。
書経が我が国に伝来した年代は明らかではないが、継体天皇の時代に五経博士の段楊爾・高安茂が相次いで来朝したという記録があるため、この際伝来したものといわれる。
2008年に清華大学が入手した『清華簡』と呼ばれる戦国時代の竹簡には、書経の多くの篇が含まれており焚書坑儒以前の写本であるとされている。その中には現代に伝わっている書経に存在する篇もあるが（「金縢」「康誥」「顧命」など）、その文言には多くの差異があり、篇題が異なっているものもある。さらに多いのは今まで知られなかった佚篇で、たとえば名篇「傅説之命」は先秦の文献が引用している「説命」と一致し、現行の偽古文尚書（後述）の「説命」とはまったく異なる。今までに整理された清華簡のうち、古代の失われた書経の一部である可能性があるものは「尹至」「尹誥」「説命」「程寤」「保訓」「金縢」「皇門」「祭公」「厚父」「封許之命」である。うち「厚父」の中の一段である「天降下民、作之君、作之師、惟曰其助上帝寵之」は『孟子』に『書』からの引用として引かれている。しかし、偽古文尚書ではこの文を「周書・泰誓」に含めてしまっている。
漢の時代になると再び学問が復興し、失われた書経が再発見された。再発見の１つは秦の博士だった伏生（伏勝）が壁の中に隠しておいた29篇である。これはその時（漢の時代）に使用されていた字体である隷書体で書き直されたため「今文尚書」（きんぶんしょうしょ）と呼ばれる。今文尚書は、やがて斉魯において伏生から欧陽生（字は和伯）・張生に伝えられ、欧陽高（欧陽和伯の曾孫）・夏侯勝（大夏侯）・夏侯建（小夏侯）の三家に分かれた。武帝の時には欧陽氏本に対して学官に立てられ、宣帝の時、三家とも学官に立てられた。それぞれ29篇であり、伏氏本に「太誓」1篇が加えられて29篇となった。また文帝の時、詔して鼂錯を伏生（当時90余歳）のもとに派遣し、『尚書』を受けさせている。これが他の3本とどう関わるかは定かではない。後漢でも十四博士として三家が続けられたが、その後は古文学が隆盛して振るわなかった。なお残片が少し残っている後漢の熹平石経のテキストは欧陽氏本と考えられている。
先秦時代に伝えられていた書経は秦の始皇帝の焚書坑儒により禁書とされ失われてしまった。わずかに他の儒教経伝や墨子をはじめとする諸子百家の書物、歴史書などに引用されている部分が今に伝わるのみであった。
飯島忠夫は堯の時代（紀元前2000年代とされている）のことが記されている『堯典』に四つの星、「鳥」「火」「虚」「昴」の記述があることに注目し、天体の位置を計算したところあてはまるのは堯の時代ではなく紀元前4世紀頃の戦国時代初期であると推測した。また、堯典には1年が366日であると記されているが、366年を1年とする暦法はこの記載があるだけで実際に適用された日付を持つ記載は皆無であることであるから、戦国時代初期の観測の結果制定された１年は365日と4分の1という暦法の概数を記載しているだけであるとする。このことからも堯典は戦国時代以前にさかのぼることができない。
駕籠訴の結論が出ることなく一揆勢と藩側との対立状態が続いていることについて、一揆勢の中で懸念する声が出るようになり、宝暦7年12月26日（1758年2月4日）、鮎走村甚左衛門、那比村久助が追訴を行うために江戸に向かった。宝暦8年（1758年）1月、両名は江戸に着いて、駕籠訴の後も弾圧が止まることがない上に、藩側は駕籠訴は取り下げられたとの虚偽の話を広めるありさまであり、早く駕籠訴の訴えを聞き届けていただきたいとの内容の訴状を町奉行所に提出する追訴を行ったが、町奉行側は訴状を受け取ることなく門前払いされた。かねてから郡上の一揆勢が利用していた公事宿である神田橋本町の秩父屋半七宅に宿泊していた鮎走村甚左衛門、那比村久助の両名は、追訴が門前払いされ意気消沈していた。この様子を見た秩父屋は同情して、これまでも郡上農民の訴状作成に協力していた公事師島村良仙の協力を改めて仰ぐよう助言した。鮎走村甚左衛門、那比村久助の両名は島村良仙に会い、協力を要請したところ、宝暦8年（1758年）2月上旬、島村は偽造した謀書を両名に渡した。その後の経過ははっきりしない点があるが、那比村久助は逃亡し、鮎走村甚左衛門は郡上に戻って藩側に謀書を提出したところ、郡上藩側に拘束されたと考えられる。後の評定所での判決では、偽の書状を郡上藩側に提出したことをとがめられ、鮎走村甚左衛門と公事師島村良仙は重追放とされた。