2003年、イラク戦争が開戦すると、アリー・ハサンは米軍から「サッダーム政権の中枢人物」として攻撃の標的にされ、彼が潜伏しているとする情報を得ると、標的となる拠点を精密誘導爆弾で次々と空爆した。同年4月、英軍はアリー・ハサンを護衛らと共にバスラの総合情報局支部の爆撃で死亡したと発表、ドナルド・ラムズフェルド国防長官も遺体の写真を確認し、会見で「本人に間違いない」と断定した。しかし、6月にはそのラムズフェルドが「アリー・ハサンが死亡したかは未確認」と語り、前回の見解を軌道修正した。実際は、アリー・ハサンはバスラではなく、バグダード郊外に居り、潜伏していた建物が爆撃された際に両足を負傷し、バグダード陥落日まで市内の病院で静養していた。以来、この時から足が不自由になり、杖と車椅子が必需品となった。8月21日、アリー・ハサンはサーマッラーで、アメリカ軍に拘束された。
1990年8月、イラクがクウェートに侵攻。アリー・ハサンは侵攻作戦の司令官として同国侵攻を指揮した。同年8月から11月までクウェート行政地区の知事に任命された。アリー・ハサンのここでの任務は占領軍を使ってクウェート国民の対イラク抵抗運動を徹底して封じ込めることだった。また、クウェートの王族の宮殿や屋敷にある貴金属、宝石、現金等を略奪して自分の懐を蓄えたとされる。しかし、国際社会との軍事的緊張が高まるとすぐにサッダームからバグダードに呼び戻され、国の防衛計画策定作業に加わった。多国籍軍による空爆が始まると、首都からクウェートシティまでの幹線道路は空爆の標的になったため、その後クウェートに戻ることは無かった。
1987年にバアス党地域指導部のメンバー入りし、それと共に党の北部局議長に任命され、主に中央政府に対して武装闘争を起こしていたクルド人勢力に対する鎮圧を指揮した。アリー・ハサンは軍、治安機関、軍情報機関等のイラク北部・クルディスタン地方での全ての国家機関に対する全権が与えられ、クルド住民に対して、戦闘員、非戦闘員に関わらず徹底的に弾圧した。アンファール作戦と呼ばれる対クルド人ゲリラ作戦は1987年から1988年に行われ、ゲリラに所属する者の即時処刑、国軍による街や村の襲撃、農地の破壊、無差別爆撃、住民の再定住キャンプへの連行、強制移住、そして、数ヶ所の村に対して毒ガス等の化学兵器を使用した攻撃まで行われた。最初の化学兵器による攻撃は1987年4月に確認されている。もっとも有名なのが1988年に起きたハラブジャ事件である。ハラブジャでは四千人が死亡した。アリー・ハサンは1987年6月3日付の命令で「軍は作戦管区内にいる人間、家畜を問わず動くものは全て殺害するように」と指示したとされている。また2年の間に15歳から50歳までの男性5万〜10万を処刑したとされている。1988年8月末までにイラク軍はクルディスタン地方全土を支配し終えた。同地方の町の80%が破壊され、推定で6万人が殺害・死亡したと言われている(クルド人勢力は18万人が殺害されたと主張)。このことからアリー・ハサンはクルド人から「クルディスタンの屠殺者」と恐れられた。自身は、情け容赦の無い残忍な性格であるという世間の評判を喜んでいたらしく、サッダームがクルド人ゲリラの遺族を国が支援してはどうかと語ると、アリー・ハサンは『いいや、私はブルドーザーを使ってあいつらを葬る』と語ったとされる。1989年から1990年までは地方行政大臣を務めた。
アンゴラ独立戦争の最中の1964年、コンゴ族部族主義的な体質の強かったアンゴラ国民解放戦線（FNLA）のジョナス・サヴィンビはFNLAを援助していた中華人民共和国で軍事訓練を受け、1966年3月にアンゴラに帰国した後にFNLAから離れてオヴィンブンドゥ族を中心としたポルトガルからの独立を目指した武装組織として同様に中国で軍事訓練を受けたアントニオ・ダ・コスタ・フェルナンデスとともに設立した。UNITAは中国等からの援助を受けていたが、ソビエト連邦やキューバが支援するアンゴラ解放人民運動 (MPLA) のようにポルトガル植民地政府との戦いに参加しようとはせず、独立戦争期は概ね兵力温存に努めていた (これはFNLAも同様であった) 。さらにはアンゴラ解放運動が鎮圧された場合に備え、ポルトガルの秘密警察PIDEとの協力関係も築き、MPLAに関する情報を植民地政府に流すことで、同政府からの直接的な攻撃を受けずに済んでいた。ところが1975年11月11日にアンゴラはMPLA主導の下で、アンゴラ人民共和国としてポルトガルからの独立を果たした。これを認めないUNITAとFNLAもアンゴラ人民民主共和国として独立を図るもMPLAの攻撃で立ち消えとなり、アンゴラ人民民主共和国を支援する南アフリカの侵攻も、激戦の末、阻止された。UNITAとFNLAは独立戦争期から友好関係にあった中国やザンビアに加え、当時ソ連と敵対していたアメリカ合衆国やフランス、ベルギーなどの西側陣営、イスラエル、ザイール、サウジアラビアやモロッコなどサファリ・クラブと呼ばれるアジア・アフリカの反共諸国、さらにはアパルトヘイト時代の南アフリカ共和国からの支援を受け、共通の敵MPLA政府打倒のための軍事闘争を行い、国土北部を拠点とするUNITAと南部を拠点とするFNLAはアンゴラ全土を内戦状態に陥らせ、一時はサヴィンビと個人的に親交もあった南アフリカのピーター・ウィレム・ボータ政権に援護されたUNITAの最大勢力範囲は国土の約半分を占めるほどとなった。1985年にUNITAの本拠地ジャンバで民主インターナショナルと呼ばれるソビエト帝国主義の打倒を掲げた国際組織の設立会議をサヴィンビが主催した際はニカラグアのコントラ指導者アドルフォ・カレロ、アフガニスタンのムジャヒディン代表アブドゥッラヒム・ワルダク、アメリカ海兵隊のオリバー・ノース中佐などが参加し、会場は南アフリカ軍が警備していた。