総会とは別に講演会を開くこともある。最初の公開講演会は、1993年12月18日に日本橋公会堂で開催された。講演をしたのは大槻義彦と、のちに2代目会長となる安斎育郎の2人で、前者の演題が「超常現象の科学と非科学」、後者が「超能力・心霊現象の社会史」であったという。また、安斎は会長就任以前から、手品によって超能力を再現するというパフォーマンスを披露する公開講座を大学で開いていた。会長就任後も、ジャパン・スケプティクス会員の高校教師らと共に同様の講座を開講した。こうした講座は、小中学校の教師たちに、超常現象を信じる小・中学生への接し方をつかんでもらうことも企図していた。安斎の編著書には、Japan Skeptics 教育分科委員の面々と共に刊行した『これってホントに科学?』『ホントにあるの? ホントにいるの?』（いずれもかもがわ出版）もある。ほか、歴代会長らは、フォトンベルトなどを援用する歯科医師の事件（医師法違反）や、テレビの霊能力番組を巡る議論など、疑似科学の疑いのある事象を扱った報道などでコメントを寄せている。
機関誌として Journal of the JAPAN SKEPTICS を刊行している。かつては並行して レポート集と会務報告を兼ねたNEWSLETTERも発行していたが（1991年 - 2007年、全62号）、Journal of the JAPAN SKEPTICS に統合された。
創立メンバーの一人である高橋昌一郎によると、発足の時点で、専門家のみの会にするか、広く一般市民の入会も認めるかで方針の対立があったという。最終的には、年齢、性別、職業などは一切不問とされ、学会と市民団体という2つの側面を併せ持つこととなった。発足当初は大いに関心を集め、200人以上が入会したという。1993年時点での会員数は約250人で、発足5年目でもほぼ同様だったが、1999年頃には約200人、2007年の時点で約140人等とされている。会員を広く募った結果、会員間でも超常現象についての認識には差異が少なくない。創設メンバー間でも認識には差異があり、久保田裕はNEWSLETTER（後述）で、寿岳潤の姿勢を、超常現象を門前払いにし、信奉者を見下すかのような姿勢として批判したほか、大槻義彦についても Journal （後述）でその否定論への疑問を呈していた。少なくとも初期には、JAPAN SKEPTICS本体とは別個の体制（入会、会報、例会など）を敷いていた「UFO分科委員会」が存在した。
アメリカでは懐疑主義者の団体として、1976年にCSICOPが発足していた。そのCSICOPの会誌を購読していた寿岳潤（天文学者、東海大学教授・当時）のもとに、日本で類似団体を作らないかという誘いがあった。他方で高橋昌一郎（論理学者）はアメリカ留学中に現地の関係者から同様の提案を受けていたという。他方、1990年前後の日本のテレビ番組では、霊能力や超能力を題材にした番組が日常的に放送されていた。その様な状況にさしたる関心を示さない自然科学者が多かった中で、大槻義彦（物理学、早稲田大学教授・当時）は積極的に超常現象批判をテレビで展開していた。その大槻、前述の寿岳と高橋、さらに久保田裕（朝日新聞記者）、桑原輝明（丸善編集者）の5人が中心となって、懐疑主義団体設立の準備が進められた。会の正式発足直前には「超常現象（怪奇現象）の科学的究明をする会」という仮称でも告知されていたが、正式名称はJAPAN SKEPTICS となった。初代会長は寿岳潤、副会長は大槻義彦（1993年まで）。設立総会は1991年4月6日。発足当時は霊能力や超能力がブームであったこともあり、「これまで科学研究の対象としてはタブー視されていた超常現象に積極的に科学の光を当てて行こうという動き」として注目されていた。
相対式ホーム2面2線を有する高架駅。建設当初より将来の難波方面への延伸を予定していたことから、大阪環状線・桜島線の高架橋を乗り越せる高さで建設された。延伸開業時には千鳥橋駅寄りに設置されていた折り返し用の両渡り線が撤去され、代わりに片渡り線が設置された。これは当駅からの大阪難波・近鉄線方面が不通の場合やダイヤ乱れの場合に尼崎方からの列車が当駅で折り返す際に使用される。このため、2番線には阪神車用、近鉄車用ともに折り返し用の停止位置目標が設置されている。この駅から奈良方面は鶴橋まで快速急行は各駅に停車する。有効長は、19m車体の阪神列車4両編成分（約80m）しかなく、JRの手前で行き止まりになっていた。2009年3月20日の近鉄難波駅延伸開業後はJRを跨いで延伸し、21m車体の近鉄列車10両編成分（約215m）まで対応できるようになった。開業以来、尼崎方面のりばとして使用されてきた2番線（西側）ホームに対し、1番線（東側）ホームはほとんど使用されることがなかった。かつて、1965年から1974年まで西大阪線特急が運転されていた時期にはどちらかを特急用のりばとする形で両方とも使われていた他、1994年 - 1995年に実施された2番線ホームのエレベーター・エスカレーター（下り用）新設工事においても代替のりばとして使用されたことがある。その後、1番線ホームは阪神なんば線に関連する改良工事の進捗により2008年に再び代替のりばとして使用され、2009年1月23日から2月23日までの1か月間、延伸線の試運転時において降車専用ホームとして使用された。そして、3月20日の阪神なんば線開業時から、1番線ホームは大阪難波・近鉄奈良方面のりばとして本格的な使用が始まった。なお、従来1番線ホームにはエレベーターが設置されていなかったが、同線開業とともにホーム延伸部に新設された東改札側に設置された。東改札側の駅舎のデザインテーマは「懐かしさと新しさの融合」である。阪神なんば線延伸後は、1番線ホームの西改札側、そして西改札側コンコースとJRコンコースとの間にもエレベーターが設置された。阪神なんば線開業前までは発車メロディ（西浦達雄作曲・編曲）が使用されていたが、開業後は中間駅となったため使用されなくなり、到着放送で番線が放送されなくなった（芦屋駅と同じ形式）。ただし、発車メロディの代わりに阪神本線の主要駅で使用されている発車ベルが使用される場合がある。ホーム延伸部に新設された東口駅舎には、コンビニエンスストアや書店が入居している。