1946年10月10日、長崎県に生まれる。船乗りだった父方の祖父は隠れキリシタンで、ポルトガル系ともいわれる外国人の血を引いていた。生後間もなく福岡市に転居し、九州大学入学時まで福岡に住む。高校時代はラグビー部に所属し、熊本のヤクザの家に寝泊りし、パチンコ屋で用心棒まがいの仕事をしていたこともある。学生運動に身を投じ、九州大学建築科を数か月で中退して上京。唐十郎主宰の劇団状況劇場と出合い、演劇の道に進む。状況劇場では若頭的な存在だったが、公演中、劇団仲間3人に暴力をふるったため10か月でクビになった（このとき、荒戸の後釜として入ったのが根津甚八だった）。1972年、上杉清文らと劇団天象儀館を旗揚げする。他の団員に、杉田一夫、秋山道男、櫻木徹郎、熊倉正雄がいた。1973年、大和屋竺監督、田中陽造脚本による映画『愛欲の罠』を製作、自ら主演した。1980年、鈴木清順監督の『ツィゴイネルワイゼン』を製作する。同作の映画公開のために専用の小屋を建てるという、製作・興行を一体で行う方式（シネマ・プラセット）を成功させる。1989年、監督阪本順治と俳優赤井英和のデビュー作品『どついたるねん』を手がける。その後、鈴木清順監督の『陽炎座』『夢二』、阪本順治監督の『鉄拳』『王手』『トカレフ』、そして坂東玉三郎監督の『外科室』などを製作した。1995年、内田春菊原作の『ファザーファッカー』で映画監督デビューを果たす。2003年、車谷長吉原作の『赤目四十八瀧心中未遂』を監督し、主演の大西滝次郎と寺島しのぶの映画デビューを手がける。同作は、毎日映画コンクール日本映画大賞、ブルーリボン賞作品賞などを受賞し、キネマ旬報ベストテンでは第2位に選出された。2005年、大森立嗣監督の『ゲルマニウムの夜』の上映を目的として、映画館の一角座が上野公園の東京国立博物館の敷地内に建てられ、その製作総指揮を執る。2007年、小説家の夏石鈴子と結婚する。2010年、生田斗真主演の『人間失格』を監督する。2013年、劇作家の松枝佳紀の出演要請を受け入れ、劇団アロッタファジャイナの公演『国家〜偽伝、桓武と最澄とその時代〜』に最澄の師行表役として出演した。同年、夏石鈴子との離婚が成立した。2014年、状況劇場の後輩となる佐野史郎を主演に迎えた舞台『安部公房の冒険』を演出し、新国立劇場小劇場にて上演した。2016年11月7日、虚血性心疾患のため死去。70歳没。
1863年にフリードライヒは脊髄癆や多発性硬化症と異なり同胞間にみられる遺伝性の脊髄性失調を呈する疾患の存在を初めて報告し「遺伝性運動失調症」の概念を提唱した。これは2014年現在では常染色体劣性遺伝のフリードライヒ運動失調症として知られる疾患であることが明らかになっている。フリードライヒ運動失調症は小児期発症で脊髄性失調、深部反射消失、構音障害、足変形、脊柱彎曲などの臨床的特徴をもち、脊髄後索、錐体路および脊髄小脳路の変性を病理所見の中核とする疾患であると理解されている。フリードライヒの報告に対してMarieは先行論文の症例報告を総括して1983年にフリードライヒ運動失調症とは異なり発症年齢が遅く、深部反射が亢進し、眼球運動麻痺や視力障害を伴う新しい疾患として「遺伝性小脳失調症」という概念を提唱した。この論文は当時にあってフリードライヒ運動失調症のような脊髄性ではなく、小脳性のしかも常染色体優性遺伝性の運動失調症に注意を向けた点では評価されている。しかしMarieがまとめた症例が病理学的に極めて不均一な疾患の集合であることがDejerineとThomasやSwitalskiやHolmesらによって明らかにされ単一疾患としては確立しなかった。1891年Menzel（メンツェル）による遺伝性小脳失調症の報告や1900年のDejerineとThomasによるオリーブ橋小脳萎縮症（OPCA）の報告、1907年のHolmes（ホームズ）による小脳限局型の報告、さらには1922年のMarie（マリー）らによる晩発性小脳皮質萎縮症（LCCA）の報告などを受けて、次第にSCAの典型像は明らかになってきた。しかし多彩な臨床像や病理学的所見に基づく幾多の分類は次第に複雑なものとなり相互関係やお互いの区別が困難となってきた。1954年にGreenfieldは病理学的な観点からこのような従来の分類を大別整理し、小脳型、脊髄小脳型、脊髄型の3基本型に分類して臨床所見との整合性をはかり、今日にいたる分類上の基礎を築いた。1982年にはHardingにより成人発症型の常染色体優性遺伝性SCDが4型に分類されておりしばしば引用される。日本では厚生省の運動失調調査研究班によって脊髄小脳変性症の診断基準が作られている。1996年の基準では病型はオリーブ橋小脳萎縮症（OPCA）、皮質小脳萎縮症、マチャド・ジョセフ病、遺伝性OPCA、遺伝性皮質小脳萎縮症、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症、遺伝性痙性対麻痺、フリードライヒ運動失調症、シャイ・ドレーガー症候群、線条体黒質変性症に分類された。皮質小脳萎縮症は晩発性小脳皮質萎縮症（LCCA）に相当する病型であり、遺伝性OPCAはかつてのMenzel型遺伝性運動失調症を拡張した概念である。遺伝性皮質小脳萎縮症はかつてのHolmes型遺伝性運動失調症と同様の概念である。その後原因遺伝子が明らかになるにつれて原因遺伝子による分類がされるようになった。例えば遺伝性OPCAのMenzel型の中からSCA1、SCA2、SCA3、SCA4、SCA5と次々と疾患が命名された。特に遺伝性OPCAのほとんどはSCA1、SCA2、SCA3であると言われている。また分子病態からポリグルタミン病、非翻訳リピート伸長によるSCAといった分類もされることがある。