O Livro Branco sobre a Reforma da Comissão de Março de 2000 tinha, entre outras coisas, por objectivo esclarecer as responsabilidades dos principais intervenientes que gerem recursos da Comunidade.

A Comissão acaba de concluir uma importante revisão das suas disposições e estruturas disciplinares. Em primeiro lugar, foi criado, no âmbito da reforma administrativa mediante Decisão da Comissão de 19 de Fevereiro de 2002, um Serviço especializado de Averiguação e Disciplina da Comissão (IDOC). A referida decisão prevê no n 6 do artigo 6 que o IDOC elaborará um relatório relativamente a cada inquérito e tratará nestes relatórios das responsabilidades pessoais do(s) funcionário(s) envolvidos no respeitante a possíveis infracções de regras aplicáveis, incluindo o Regulamento Financeiro. O IDOC tem uma responsabilidade de averiguação geral em matérias que não entrem dentro do âmbito das responsabilidades de averiguação do OLAF. A fim de evitar conflitos de responsabilidades, o n 2 do artigo 5 da mesma decisão determina que antes da abertura de um inquérito administrativo o OLAF tem que ser consultado para verificar se o próprio OLAF está a efectuar um inquérito ou tenciona fazê-lo e, em caso afirmativo, o IDOC deve dar prioridade ao OLAF.

Além disso, a Comissão propôs alterações ao Estatuto do Pessoal a fim de melhorar a forma de realização dos processos disciplinares. Por força da Decisão da Comissão de 19 de Fevereiro de 2002, o Conselho de Disciplina permanente deve ser presidido por um antigo membro de uma das outras instituições da União ou por um antigo funcionário; o actual presidente é um antigo presidente do Tribunal de Primeira Instância. A Comissão adoptou em 24 de Julho de 2003 um documento consultivo que contém um projecto de directrizes pormenorizadas sobre a aplicação do artigo 22 do Estatuto do Pessoal relativamente a situações de irresponsabilidade ou negligência financeira e que dão lugar ao reembolso ou a indemnização por «danos sofridos pelas Comunidades».

O Regulamento Financeiro (RF) reformulado, adoptado em 25 de Junho de 2002, determina as responsabilidades dos intervenientes financeiros, descritas em pormenor nas normas de execução adoptadas em Dezembro de 2002. O n 4 do artigo 66 do RF criou a base jurídica e a obrigação para cada instituição de instituir um painel especializado de irregularidades financeiras com funcionamento independente, cuja principal tarefa consiste, sem prejuízo dos poderes do Organismo Europeu de Luta contra a Fraude (OLAF), em prestar à Entidade Competente para Proceder a Nomeações (ECPN) um apoio técnico sobre irregularidades financeiras potenciais. A Comissão aprovou em 9 de Julho de 2003 a criação de um painel interno de irregularidades financeiras (FIP) que avaliará as violações potenciais do Regulamento Financeiro.

A reforma da Comissão exige aos gestores orçamentais delegados, isto é, aos Directores-Gerais e Chefes de Serviço, que apresentem relatórios anuais de actividade e declarações de fiabilidade, acompanhados de observações e reservas, se for caso disso, para os respectivos domínios de competência. A Comissão prepara um relatório de síntese com base naqueles e envia tanto o relatório de síntese como os relatórios anuais de actividades ao Parlamento Europeu e ao Tribunal de Contas. O primeiro conjunto de relatórios foi apresentado em Julho de 2002 para o exercício de 2001.