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No que respeita, especificamente, à primeira parte do primeiro fundamento, relativa à falta de base jurídica da decisão impugnada com o fundamento de que o artigo 39.o do Regulamento n.o 1260/1999 foi revogado antes da adoção dessa decisão, o Tribunal Geral observou designadamente, nos n.os 23 a 34 do acórdão recorrido, o seguinte: «23 A partir de 1 de janeiro de 2007, o Regulamento n.o 1083/2006 revogou, em conformidade com o seu artigo 107.o, n.o 1, o Regulamento n.o 1260/1999. Nos termos do seu artigo 1.o, n.o 1, o Regulamento n.o 1083/2006 aplica‑se ao [FEDER], ao [FSE] e ao Fundo de Coesão. No entanto, como resulta do considerando 6 deste último regulamento, os instrumentos de ajuda ao desenvolvimento rural, a saber o [Fundo Europeu Agrícola de Desenvolvimento Rural (FEADER)], que substituiu o FEOGA, Secção “Orientação”, e ao setor das pescas, a saber, o Fundo Europeu das Pescas (FEP), deverão ser integrados nos instrumentos da política agrícola comum e da política comum da pesca e coordenados com os instrumentos da política de coesão. A este respeito, o Regulamento n.o 1290/2005 criou, como resulta do seu considerando 1 e do seu artigo 1.o, dois fundos agrícolas europeus, o primeiro, o Fundo Europeu Agrícola de Garantia (FEAGA), para o financiamento das medidas de mercado e de outras medidas, e o segundo, o FEADER, para o financiamento dos programas de desenvolvimento rural. 24 Todavia, o artigo 105.o, n.o 1, do Regulamento n.o 1083/2006, sob a epígrafe “Disposições transitórias”, dispõe que “[este] regulamento não afeta a continuação nem a alteração, incluindo a anulação total ou parcial, de intervenções cofinanciadas pelos fundos estruturais ou de projetos cofinanciados pelo Fundo de Coesão, aprovados pela Comissão […] com base, designadamente, no Regulamento n.o 1260/1999, ou em qualquer outra legislação aplicável a essas intervenções em 31 de dezembro de 2006, a qual é, por conseguinte, aplicável a essas intervenções ou aos projetos em causa até ao respetivo encerramento”. 25 Além disso, o artigo 105.o, n.o 2 do Regulamento n.o 1083/2006 prevê que “[a]o tomar uma decisão sobre programas operacionais, a Comissão tem em conta qualquer intervenção cofinanciada pelos fundos estruturais ou qualquer projeto cofinanciado pelo Fundo de Coesão já aprovado pelo Conselho ou pela Comissão antes da entrada em vigor do presente regulamento e que tenha incidências financeiras no período abrangido por esses programas operacionais”. 26 Daqui resulta que o artigo 105.o, n.o 2, do Regulamento n.o 1083/2006 tem por objeto fixar o regime transitório para os fundos estruturais aprovados com base numa regulamentação da União em vigor até 31 de dezembro de 2006, que prosseguem depois dessa data e cujo encerramento se situa em data posterior (Acórdão de 21 de setembro de 2016, Comissão/Espanha, C‑140/15 P, EU:C:2016:708, n.o 94). 27 Por outras palavras, o Regulamento n.o 1260/1999 foi revogado pelo Regulamento n.o 1083/2006, mas, em conformidade com o artigo 105.o, n.o 1, e com o artigo 107.o, n.o 1, deste último, o Regulamento n.o 1260/1999 continua a aplicar‑se aos programas operacionais anteriores (Acórdão de 22 de setembro de 2011, Espanha/Comissão, T‑67/10, não publicado, EU:T:2011:518, n.o 6). 28 O regime transitório previsto [no] artigo 105.o, n.o 2, do Regulamento n.o 1083/2006 tem por objeto as normas substantivas aplicáveis aos programas operacionais anteriores, conforme resulta, aliás, da utilização dos termos “intervenção” e “projeto” nesse artigo, tal como do conteúdo dos seus n.os 2 e 3. Em contrapartida, o referido regime transitório não diz respeito a regras de natureza processual, em conformidade com o princípio segundo o qual as regras processuais são imediatamente aplicáveis (Acórdão de 21 de setembro de 2016, Comissão/Espanha, C‑140/15 P, EU:C:2016:708, n.os 92 e 95). […] 34 Daqui resulta que o Regulamento n.o 1083/2006 manteve em vigor, por força do seu artigo 105.o, n.o 1, as disposições substantivas do artigo 39.o do Regulamento n.o 1260/1999, ou seja, as que definem as funções respetivas e estabelecem os direitos e as obrigações recíprocas do Estado‑Membro e da Comissão no quadro do procedimento aplicável em caso de irregularidade verificada no âmbito do controlo financeiro das intervenções do FEOGA.»