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Os factos na origem do litígio estão enunciados nos n.os 4 a 19 do acórdão recorrido, nos seguintes termos: «4 Em 30 de outubro de 1996, o recorrente foi contratado, com efeitos a partir de 16 de novembro de 1996, pela EMA, como agente auxiliar, por um período de um ano, para exercer funções de coordenador no domínio das tecnologias da informação no setor do mesmo nome (a seguir ‘setor TI’) e na dependência da unidade ‘coordenação técnica’. 5 Em seguida, aprovado num processo de seleção de agentes temporários, celebrou com a EMA, com efeitos a partir de 1 de fevereiro de 1997 e na qualidade de agente temporário de grau A 5, ao abrigo do artigo 2.o, alínea a), do ROA, um contrato que lhe atribuía o exercício de funções de administrador principal, por um prazo de cinco anos, prorrogável. Continuou a exercer as suas funções no setor TI. 6 Em 15 de novembro de 1998, o recorrente foi nomeado chefe adjunto do setor TI. Também foi nomeado para exercer as funções de chefe do setor TI ad interim durante o período de 2001/2003. 7 O contrato de agente temporário do recorrente foi prorrogado no seu termo, em 1 de fevereiro de 2002, por um novo período de cinco anos. 8 Por alteração de 6 de agosto de 2002 ao seu contrato, o recorrente foi promovido ao grau A 4. 9 Aprovado num processo de seleção externa para o lugar de chefe do setor TI, o recorrente celebrou com a EMA, em 15 de abril de 2003, um contrato de agente temporário, de grau A 4, ao abrigo do artigo 2.o, alínea a), do ROA. Este contrato, pelo prazo de cinco anos, prorrogável, produziu efeitos a 1 de maio de 2003. 10 Em 1 de maio de 2004, na sequência da reforma estatutária, o grau do recorrente passou a ser denominado A*12. 11 Por alteração assinada, respetivamente, pelo EHCC e pelo recorrente, em 14 e 15 de agosto de 2007, o contrato do recorrente foi prorrogado por cinco anos, com efeitos a 1 de maio de 2008. 12 Por memorando de 5 de junho de 2009, o recorrente foi informado da sua nomeação como chefe do setor das tecnologias da informação e da comunicação da unidade do mesmo nome (a seguir ‘unidade 'TIC'’) no âmbito da reestruturação interna da Agência. 13 Em 15 de setembro de 2011, o chefe do setor ‘Recursos Humanos’ da unidade ‘Administração’ informou o recorrente de que integrava a lista dos aprovados no processo de seleção para o lugar de chefe da unidade ‘TIC’, válida até 31 de dezembro de 2012. 14 Em 30 de julho de 2012, isto é, nove meses antes do termo do prazo do contrato do recorrente, os serviços do setor ‘Recursos Humanos’ da EMA enviaram ao chefe de unidade do recorrente um formulário relativo à eventual prorrogação do contrato deste último. Em 17 de agosto de 2012, o chefe de unidade do recorrente emitiu uma informação, nos termos da qual ‘não era necessária nenhuma ação para a prorrogação do contrato’ do recorrente. 15 O diretor executivo, na sua qualidade de EHCC, na sequência daquela informação, confirmou ao recorrente, por carta de 30 de agosto de 2012, que o seu contrato atingiria o seu termo em 30 de abril de 2013 (a seguir ‘decisão de 30 de agosto de 2012’) e que ‘no interesse da Agência [seria] colocado em situação de não ativo, a partir de 1 de setembro de 2012, até ao termo do seu contrato’. 16 Por carta de 31 de agosto de 2012, o recorrente contestou a sua interrupção de serviço, com efeitos imediatos, alegando que, à luz da legislação aplicável, depois de quase dezasseis anos de relações de trabalho na EMA, devia ser considerado ‘trabalhador permanente’. No mesmo dia, o EHCC respondeu ao recorrente que o seu contrato, celebrado por cinco anos, em 15 de abril de 2003, com efeitos a 1 de maio de 2003, tinha sido prorrogado em 1 de maio de 2008, por um prazo de cinco anos. Por carta de 3 de setembro seguinte, o recorrente foi informado das diligências administrativas relativas à sua saída da EMA. 17 Em 12 de setembro de 2012, o requerente enviou uma reclamação à EMA, ao abrigo do artigo 90.o, n.o 2, do Estatuto dos funcionários da União Europeia (a seguir ‘Estatuto’), contra a decisão de 30 de agosto de 2012, invocando os cinco contratos ou prorrogações de contrato de agente temporário, celebrados sem interrupção desde 1997, os quais o colocavam presentemente numa relação de trabalho por tempo indeterminado. Em apoio dessa conversão, o recorrente destacou o trabalho irrepreensível e considerável que tinha feito ao serviço da Agência. Em 15 de outubro de 2012, apresentou uma reclamação adicional, na qual pedia, em primeiro lugar, a conversão de pleno direito do seu último contrato, por força do artigo 8.o do ROA, em contrato por tempo indeterminado a contar da data em que o seu segundo contrato quinquenal de agente temporário foi substituído pelo seu novo contrato celebrado em 15 de abril de 2003; em segundo lugar, a conversão do primeiro contrato de agente auxiliar, que produziu efeitos a 16 de novembro de 1996, em contrato de agente temporário, de forma que a segunda prorrogação tinha na realidade ocorrido ‘em 9 de maio de 2001’; e, em terceiro lugar, o pagamento de 10000 euros a título de indemnização pelos danos sofridos com a sua colocação em situação de interrupção de serviço, a qual considera ilegal. 18 Em 19 de dezembro de 2012, o EHCC indeferiu a reclamação de 12 de setembro de 2012, conforme completada pela correspondência de 15 de outubro seguinte, com o fundamento de que o contrato por tempo determinado, que tinha produzido efeitos a 1 de maio de 2003, só tinha sido prorrogado uma vez e que, na falta de uma segunda prorrogação, em conformidade com o artigo 8.o do ROA, não podia ser considerado um contrato por tempo indeterminado. 19 Em 24 de dezembro de 2012, o recorrente apresentou uma nova reclamação ao abrigo do artigo 90.o, n.o 2, do Estatuto, desta vez, contra a decisão de 19 de dezembro de 2012, na medida em que indeferiu os seus pedidos de conversão de seu contrato inicial de agente auxiliar em contrato de agente temporário e do seu contrato de agente temporário em curso por tempo determinado em contrato de agente temporário por tempo indeterminado, e convidou a Agência a analisar concretamente as possibilidades de prorrogação deste último contrato. Esta nova reclamação, acompanhada do pedido de prorrogação do contrato, foi indeferida pelo EHCC, por carta de 26 de fevereiro de 2013 (a seguir ‘decisão de 26 de fevereiro 2013’).»