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Os antecedentes do litígio estão resumidos como segue nos n.os 1 a 19 do acórdão recorrido: «1 Em conformidade com o Regulamento (CE) n.o 2321/2002 do Parlamento Europeu e do Conselho, de 16 de dezembro de 2002, relativo às regras de participação de empresas, centros de investigação e universidades e às regras de difusão de resultados de investigação para execução do sexto programa‑quadro da Comunidade Europeia (2002‑2006) (JO [2002,] L 355, p. 23), e no quadro definido pela Decisão n.o 1513/2002/CE do Parlamento Europeu e do Conselho, de 27 de junho de 2002, relativa ao sexto programa‑quadro da Comunidade Europeia de ações em matéria de investigação, desenvolvimento tecnológico e demonstração que visam contribuir para a realização do espaço europeu da investigação e para a inovação (2002‑2006) (JO [2002,] L 232, p. 1), a Comissão das Comunidades Europeias celebrou três contratos de subvenção com, entre outras partes, a recorrente, [Ludwig‑Bölkow‑Systemtechnik], uma empresa de consultoria tecnológica e estratégica, cuja atividade é principalmente exercida nos domínios da energia, da mobilidade e da sustentabilidade. 2 Em relação ao primeiro contrato, correspondente ao projeto “Development of a harmonised ‘European Hydrogen Energy RoAdmap’ by a balanced group of partners from industry, European regions and technical and socio‑economic scenario and modelling experts” (Desenvolvimento de um “roteiro europeu da energia de hidrogénio” harmonizado, por um grupo composto de forma paritária por parceiros da indústria, regiões europeias e peritos em cenários técnicos e sócio‑económicos e em modelagem) (a seguir “projeto HyWays”) e ao segundo contrato, correspondente ao projeto intitulado “Handbook for Approval of Hydrogen Refuelling Stations” (Manual para a aprovação das estações de reabastecimento de hidrogénio) (a seguir “projeto HyApproval”), a recorrente agia na qualidade de coordenadora. No que respeita ao terceiro contrato, correspondente ao projeto “Harmonisation of Standards and Regulations for a sustainable Hydrogen and Fuel Cell Technology” (Harmonização das normas e regulamentações para uma tecnologia sustentável do hidrogénio e das pilhas de combustível (a seguir “projeto HarmonHy”), era apenas um dos contratantes do consórcio. 3 Segundo o artigo 12.o de cada um dos contratos, a lei belga é‑lhes aplicável. 4 O artigo 13.o dos referidos contratos prevê uma cláusula compromissória que precisa que o Tribunal Geral tem competência exclusiva para decidir sobre os litígios entre a Comissão e os cocontratantes respeitantes à validade, à aplicação ou à interpretação dos mesmos contratos. 5 As condições gerais que, nos termos do artigo 14.o de cada contrato, fazem parte integrante dos mesmos, incluem uma primeira parte relativa, designadamente, à execução dos projetos em causa, à finalidade dos contratos e à responsabilidade (pontos II.2 a II.18), uma segunda parte relativa às disposições financeiras e aos controlos, auditorias, reembolsos e sanções (pontos II.19 a II.31) e uma terceira parte relativa aos direitos de propriedade intelectual (pontos II.32 a II.36). 6 O ponto II.19, n.o 1, das condições gerais define as despesas elegíveis para financiamento da União Europeia e estipula o seguinte: “Os custos elegíveis resultantes da execução do projeto devem preencher as seguintes condições: a) devem ser reais, economicamente racionais e necessários para a execução do projeto; b) ser determinados em conformidade com os princípios contabilísticos habituais do cocontratante; c) devem ser apresentados ao longo da duração do projeto, conforme definida no artigo 4.o, n.o 2 […]; d) devem ser registados nas contas do cocontratante que os efetuou, o mais tardar, na data de emissão do certificado de auditoria previsto no ponto II.26. Os procedimentos contabilísticos utilizados para registar as despesas e as receitas devem respeitar as regras de contabilidade do Estado de estabelecimento do cocontratante e permitir uma conciliação direta entre as despesas e as receitas realizadas para a execução do projeto e as declarações conjuntas relativas à atividade global do cocontratante […]” 7 O ponto II.19, n.o 2, alíneas a) a h), das condições gerais enuncia oito categorias de custos não elegíveis. O ponto II.19, n.o 2, alínea i), acrescenta que não são elegíveis todos os custos que não preenchem as condições estabelecidas no n.o 1. 8 Os pontos II.20 e II.21 das condições gerais definem dois tipos de custos elegíveis nas condições previstas no ponto II.19, a saber, em primeiro lugar, os custos diretos, imputáveis diretamente aos projetos e, em segundo lugar, os custos indiretos, não imputáveis diretamente aos projetos, mas suscetíveis de ser identificados e justificados pelo sistema contabilístico do cocontratante como custos suportados em relação com os custos diretos. 9 O ponto II.22, n.o 1, das condições gerais prevê três modelos de declaração dos custos, ou seja, o modelo do custo total utilizado para a imputação pelos contratantes dos custos elegíveis diretos e indiretos e o modelo do custo total‑taxa fixa utilizado pelos contratantes para a imputação dos custos elegíveis diretos e de uma taxa fixa para os custos indiretos. Esta taxa fixa é igual a 20% de todos os custos diretos menos os custos dos contratos de subcontratação, o que é suposto cobrir todos os custos indiretos efetuados pelo contratante no âmbito do projeto. 10 O ponto II.24, n.o 2, segundo parágrafo, das condições gerais estipula que a contribuição financeira da União não pode ser uma fonte de lucro para os contratantes. 11 De acordo com o ponto II.29, n.o 1, das condições gerais, a Comissão pode, a todo o tempo durante a vigência do contrato e até cinco anos após o termo do projeto, realizar auditorias. Essas auditorias podem ter por objeto aspetos científicos, financeiros, técnicos ou outros, como os princípios de contabilidade e de gestão, relativos à boa execução do projeto e do contrato. 12 O ponto II.30 das condições gerais está redigido da seguinte forma: “Sem prejuízo das outras medidas previstas no presente contrato, os contratantes acordam que [a União], a fim de proteger os seus interesses financeiros, pode reclamar um prejuízo fixo a um contratante cujas despesas se verificaram exageradas e que, por isso, recebeu uma contribuição financeira injustificada da [União]. A indemnização contratual é devida além do reembolso da contribuição financeira injustificada a efetuar pelo contratante. 1. O montante da indemnização contratual deve ser proporcional à despesa exagerada e à parte injustificada da contribuição da [União]. O montante da indemnização contratual é calculado de acordo com a seguinte fórmula: Indemnização contratual = contribuição financeira injustificada × (despesa exagerada/total reclamado) O cálculo de qualquer indemnização contratual tem unicamente em conta o período que se refere à contribuição da [União] exigida pelo contratante para esse período. Não é calculada em relação à contribuição total da [União]. 2. A Comissão notifica o seu pedido de pagamento por carta registada com aviso de receção ao contratante que considera devedor de uma indemnização contratual. O contratante dispõe de um prazo de 30 dias para responder ao pedido de indemnização da [União]. 3. O procedimento a observar para o reembolso de uma contribuição financeira injustificada e para o pagamento de uma indemnização contratual será determinado de acordo com as disposições do ponto II.31. 4. A Comissão pode pedir uma indemnização por qualquer despesa exagerada verificada após o termo do contrato, de acordo com as disposições dos n.os 1 a 6. 5. As disposições do presente artigo aplicam‑se sem prejuízo das sanções administrativas ou financeiras que a Comissão possa impor a qualquer contratante incumpridor, nos termos do regulamento financeiro, ou de qualquer outra via de reparação civil a que [a União] ou outro contratante possa recorrer. Além disso, as referidas disposições não excluem o recurso a procedimentos penais pelas autoridades dos Estados‑Membros. 6. Por outro lado, como o regulamento financeiro prevê, qualquer contratante que se constate ter incumprido gravemente as suas obrigações contratuais poderá ser sujeito a uma sanção financeira de um valor compreendido entre 2% e 10% do montante da contribuição financeira que recebeu da [União]. Esta percentagem pode aumentar para 4% a 20%, no caso de reincidência nos cinco anos subsequentes ao primeiro incumprimento.” 13 Em fevereiro de 2008, a Comissão procedeu, em aplicação do ponto II.29 das condições gerais, a uma auditoria sobre a boa execução dos contratos controvertidos. 14 Em 17 de março de 2011, a Comissão comunicou à recorrente um projeto de relatório de auditoria. Por correios eletrónicos de 21 e de 22 de abril de 2011, a recorrente tomou posição sobre o referido projeto. 15 Em 25 de julho de 2011, a Comissão enviou à recorrente a versão final do relatório de auditoria. O relatório concluiu que a recorrente tinha fixado num nível demasiado elevado os seus custos de pessoal elegíveis. Além disso, segundo esse relatório, custos decorrentes da investigação tinham sido erradamente qualificados de custos de gestão. Por fim, não tinham sido declarados juros sobre os adiantamentos no valor de 1707,40 euros. 16 Relativamente aos três contratos aos quais, nessa data, tinha sido posto fim e cujo saldo total da participação financeira da União tinha sido pago, a Comissão informou a recorrente de que a notificaria das notas de débito. 17 De 10 de agosto de 2011 a 11 de novembro de 2013 prosseguiu a correspondência entre a recorrente e a Comissão, no decurso da qual as partes adotaram posições opostas quanto às conclusões do relatório final da auditoria. 18 Em 9 de dezembro de 2013, a Comissão notificou a recorrente de várias notas de débito. Resulta dessas notas que o montante a recuperar pela Comissão ascendia a 218539,62 euros a título do projeto HyWays, a 75407,06 euros a título do projeto HyApproval e a 47128,39 euros a título do projeto HarmonHy. Além disso, a Comissão exigiu à recorrente indemnizações contratuais em aplicação do ponto II.30 das condições gerais, ou seja, 60402,30 euros a título do projeto HyWays, 11019,61 euros a título do projeto HyApproval e 10002,17 euros a título do projeto HarmonyHy. 19 Posteriormente à propositura da ação, a Comissão emitiu a favor da recorrente as notas de crédito n.os 3233150004, 3233150005 e 3233150006, num montante respetivo de 108753,52 euros, 10875,35 euros e 23404,88 euros.»