A Comunidade estabelecerá um conjunto de orientações que englobem os objectivos, as prioridades e as grandes linhas das acções previstas no domínio das redes transeuropeias; essas orientações identificarão os projectos de interesse comum.

A Agência de Execução da Rede Transeuropeia de Transportes é responsável pela gestão da execução técnica e financeira do programa RTE-T da Comissão. Tem ainda a função de melhorar a eficácia da execução do programa RTE-T, com menos custos; reforçar as ligações entre a rede transeuropeia de transportes e as comunidades de peritos; mobilizar competências de alto nível e facilitar o recrutamento de pessoal especializado; assegurar uma melhor coordenação dos financiamentos com outros instrumentos comunitários; permitir a simplificação e a flexibilidade da RTE-T; melhorar a visibilidade da acção comunitária no domínio da RTE-T; e, de uma forma geral, maximizar o valor acrescentado do programa RTE-T.

As actividades da Agência são geridas por um Comité de Direcção composto actualmente por cinco membros e um observador. Os membros do Comité de Direcção são nomeados por dois anos. Este Comité reúne em princípio quatro vezes por ano. Algumas acções ou decisões necessitam da sua aprovação antes de serem executadas. Este princípio aplica-se por exemplo ao orçamento de funcionamento, ao quadro do pessoal, ao programa de trabalho, ao relatório anual de actividades, às contas provisórias, ao conjunto das receitas e das despesas, ao relatório de avaliação externa, bem como à adopção de diferentes regras e medidas, etc. O Comité é informado de um certo número de outras acções. Em casos excepcionais e urgentes, as decisões são tomadas por meio de um procedimento escrito.

Os processos da DG TREN foram transferidos durante o primeiro trimestre de 2008, tomando a Agência a responsabilidade por 390 processos, o que corresponde a autorizações abertas num montante de 780 milhões de euros, e 138 pedidos de pagamento num montante de 238 milhões de euros. Além disso, tiveram que ser introduzidas cerca de 100 alterações às decisões em suspenso.

Devido à falta de recursos na DG TREN, a Agência prestou igualmente assistência no âmbito de outras tarefas, embora estas não fossem oficialmente da sua responsabilidade nesse momento e não estivessem previstas. Estas tarefas incluíam uma assistência e um apoio logístico no âmbito da avaliação do convite à apresentação de propostas de 2008 para os projectos de interesse comum no domínio da RTE-T, bem como a realização dos trabalhos preparatórios do procedimento de selecção na DG TREN e a participação no processo por negociação com os beneficiários no âmbito das 139 decisões de financiamento relativas ao convite à apresentação de propostas de 2007.

Na sequência da alteração do mandato da Agência, esta tornou-se responsável pelo orçamento RTE-T no âmbito das perspectivas financeiras 2007-2013 (financiamento global de 8 mil milhões de euros). Em colaboração com a DG TREN, foi acordado que a Agência seria responsável pela elaboração de todas as decisões anuais de 2007 e contribuiria para as decisões plurianuais. Na prática, a Agência desempenhou igualmente um papel central na elaboração de numerosas decisões plurianuais. Além disso, a Agência elaborou igualmente todas as autorizações de financiamento correspondentes. No seu conjunto, as 139 decisões foram adoptadas até ao final do período de referência e cerca de 80 % dos pré-financiamentos correspondentes aos pagamentos de 2007 e 2008 foram efectuados utilizando integralmente o montante disponível.