W celu ustanowienia wytycznych gwarantujących, że środki pomocy pozwalają osiągnąć wspólny cel, Umawiające się Strony powinny zidentyfikować niedoskonałości rynku utrudniające podniesienie poziomu ochrony środowiska lub stworzenie dobrze funkcjonującego, bezpiecznego, zapewniającego przystępne ceny i zrównoważonego wewnętrznego rynku energii. Niedoskonałości rynku związane z celami w zakresie ochrony środowiska lub energetyki mogą się od siebie różnić lub być do siebie podobne, ale mogą uniemożliwiać osiągnięcie optymalnego rezultatu i skutkować brakiem efektywności z następujących przyczyn:

a) negatywne efekty zewnętrzne: są najbardziej powszechne w przypadku środków pomocy na ochronę środowiska i powstają, kiedy nie zostaje określona odpowiednia cena zanieczyszczenia, tj. dane przedsiębiorstwo nie ponosi pełnych kosztów zanieczyszczenia. W takim przypadku przedsiębiorstwa działające we własnym interesie mogą nie mieć wystarczających zachęt do uwzględniania negatywnych efektów zewnętrznych swojej działalności produkcyjnej ani przy podejmowaniu decyzji o zastosowaniu konkretnej technologii produkcyjnej, ani przy podejmowaniu decyzji o poziomie produkcji. Innymi słowy, koszty produkcji ponoszone przez przedsiębiorstwo są niższe niż koszty ponoszone przez społeczeństwo. W rezultacie nie istnieją wystarczające zachęty mogące skłonić takie przedsiębiorstwa do ograniczenia poziomu wytwarzanych zanieczyszczeń lub podjęcia indywidualnych środków na rzecz ochrony środowiska;

b) pozytywne efekty zewnętrzne: fakt, że część korzyści z inwestycji przypadnie uczestnikom rynku innym niż inwestor skłoni przedsiębiorstwa do ograniczenia inwestycji. Pozytywne efekty zewnętrzne mogą wystąpić np. w przypadku inwestycji w ekoinnowacje (34), stabilność systemu, nowe i innowacyjne technologie produkcji energii ze źródeł odnawialnych oraz innowacyjne środki reagowania na popyt bądź w przypadku infrastruktury energetycznej lub środków na zapewnienie wystarczalności mocy wytwórczych przynoszących korzyści wielu Umawiającym się Stronom (lub szerszej grupie konsumentów);

c) asymetria informacji: zwykle powstaje na rynkach, na których występują różnice w ilości informacji dostępnych po jednej ze stron rynku i informacji dostępnych po drugiej stronie rynku. Mogłoby to np. mieć miejsce w sytuacji, kiedy zewnętrznym inwestorom finansowym brakuje informacji dotyczących prawdopodobnej rentowności i ryzyka projektu. Może się to również zdarzyć w przypadku infrastruktury transgranicznej, kiedy jedna ze stron współpracy dysponuje ograniczonymi informacjami w porównaniu z drugą stroną. Chociaż ryzyko lub niepewność same w sobie nie prowadzą do wystąpienia niedoskonałości rynku, problem asymetrii informacji jest związany ze stopniem takiego ryzyka i niepewności. I ryzyko, i niepewność są zasadniczo większe w przypadku inwestycji w dziedzinie ochrony środowiska, cechujących się zwykle dłuższymi okresami amortyzacji. Mogą one wzmocnić koncentrację na horyzoncie krótkoterminowym, do czego dodatkowo mogą przyczynić się warunki finansowania takich inwestycji, w szczególności w przypadku MŚP;

d) błędy koordynacji: mogą uniemożliwić opracowanie projektu lub jego skuteczne zaplanowanie ze względu na rozbieżne interesy inwestorów i różne zachęty, które na nich oddziałują, tak zwane sprzeczne zachęty, koszty zawierania umów, niepewność co do rezultatów współpracy i efektów sieciowych, np. nieprzerwane dostawy energii elektrycznej. Mogą one powstawać np. w relacjach między właścicielem budynku i najemcą w odniesieniu do zastosowania rozwiązań z zakresu energooszczędności. Problemy z koordynacją mogą ulec dodatkowemu pogorszeniu w wyniku problemów informacyjnych, zwłaszcza związanych z asymetrią informacji. Problemy z koordynacją mogą także wynikać z konieczności osiągnięcia pewnej masy krytycznej, zanim rozpoczęcie projektu stanie się atrakcyjne pod względem komercyjnym, co może stanowić szczególnie istotny aspekt (transgranicznych) projektów infrastrukturalnych.