Podobnie jak Komisja Rada uważa, że głównym celem wniosku jest zapewnienie sprawnego funkcjonowania rynku wewnętrznego, przy umożliwieniu państwom członkowskim podejmowania własnych decyzji w odniesieniu do uprawy zatwierdzonych GMO. W zakresie, w jakim uwzględnione są inne kwestie, takie jak dotyczące środowiska, mają one drugorzędne znaczenie w odniesieniu do głównego celu. Z tego względu stanowisko Rady opiera się na art. 114 TFUE, a nie na art. 192 TFUE.

Chociaż wniosek został pierwotnie sporządzony w formie rozporządzenia, przy bardziej dogłębnej analizie okazało się, że bardziej wskazana byłaby zmiana formy prawnej z rozporządzenia na dyrektywę, jednak bez okresu transpozycji, z uwagi na fakultatywny charakter przedmiotowych przepisów. Forma prawna rozporządzenia byłaby właściwa, gdyby chodziło o stworzenie praw i nałożenie zobowiązań bezpośrednio na podmioty gospodarcze; założeniem wniosku (zarówno w jego pierwotnej formie, jak też po zmianach wprowadzonych przez Parlament Europejski) jest jednak zapewnienie państwom członkowskim prawa do decydowania o uprawie, nie zaś faktyczne wymaganie od nich, by podjęły jakiekolwiek decyzje ograniczające uprawę.

Z myślą o zapewnieniu możliwie najmniejszego zakłócenia w funkcjonowaniu rynku wewnętrznego, a jednocześnie ułatwieniu procesu zatwierdzania GMO, Rada uznała, że wskazane jest, by przewidzieć mechanizm, dzięki któremu państwa członkowskie mogłyby osiągnąć porozumienie w sprawie ograniczeń z podmiotami gospodarczymi (za pośrednictwem Komisji). Taki mechanizm może zapewnić jak największą pewność prawa, zarówno podmiotom gospodarczym, jak państwom członkowskim. Duża część nowego tekstu wprowadzonego przez Radę ma charakter techniczny i odnosi się do procedury mającej zagwarantować, że ten mechanizm będzie mógł działać w praktyce.

W przypadku gdy nie można będzie osiągnąć porozumienia z podmiotem gospodarczym, państwa członkowskie będą uprawnione do przyjmowania środków ograniczających lub zakazujących uprawę, z zastrzeżeniem określonych istotnych warunków. Podobnie jak Parlament Europejski, Rada również uznała za wskazane, by włączyć do tekstu niewyczerpujący wykaz uzasadnień. W tym przypadku zasadnicza różnica między tekstem Rady a tekstem Parlamentu Europejskiego polega na położeniu akcentu i na poziomie szczegółowości. Rada uważa, że niezbędne jest zapewnienie, by powody uzasadniające ograniczenie uprawy nie były sprzeczne z naukową oceną ryzyka przeprowadzaną przez Europejski Urząd ds. Bezpieczeństwa Żywności.

Rada poszła w ślad Parlamentu, wprowadzając odpowiednie przepisy w celu poszanowania uzasadnionych oczekiwań rolników, którzy prowadzili uprawy zmodyfikowane genetycznie jeszcze przed przyjęciem środków krajowych. Rada uznała jednak, że ze względu na to, iż wniosek odnosi się wyłącznie do uprawy, a nie do wprowadzania do obrotu jako takiego, nie jest konieczna zmiana art. 22 dyrektywy 2001/18/WE, co sugerował Parlament. Wręcz przeciwnie, zdaniem Rady ważne jest, by zagwarantować, iż środki ograniczające dotyczące uprawy nie doprowadzą samoistnie do tego, że handel zatwierdzonymi GMO, w tym materiałem rozmnożeniowym, stanie się nielegalny.

Ponadto, jeśli chodzi o współistnienie upraw, wprowadzono nowy motyw odnoszący się do najnowszego zalecenia Komisji dotyczącego tej dziedziny. Zalecenie to zawiera wytyczne dla państw członkowskich w celu zapobieżenia niezamierzonemu występowaniu GMO w innych produktach na ich terytorium i na obszarach przygranicznych.

W związku z tym, iż można w uzasadniony sposób oczekiwać, że procedury zatwierdzania już się rozpoczną, gdy wniosek zostanie ostatecznie przyjęty, wydawało się konieczne wprowadzenie odpowiednich przepisów przejściowych.

Rada nie uznała również na właściwe wprowadzenia obowiązku nałożenia procedury odpowiedzialności finansowej, w szczególności na skutek braku informacji co do kosztów, obciążenia administracyjnego i innych skutków, jakie może mieć taka procedura, w tym w odniesieniu do systemów prawa prywatnego państw członkowskich.