Różnorodność metod audytu na poziomie krajowym i europejskim stanowi prawdopodobnie największą trudność w procesie wdrażania EFSI. Instytucje zarządzające i różne europejskie i krajowe organy kontrolne często wypracowują odmienne interpretacje tych samych zasad, a przy tym nie ponoszą żadnej odpowiedzialności za przeprowadzoną kontrolę. Dla projektów EFSI powinien zostać określony jeden jednolity system kontroli (punkt kompleksowej obsługi) na szczeblu państw członkowskich i na szczeblu UE, w ramach którego wydawane będą wiążące opinie – również w dziedzinie zamówień publicznych – i ponoszona będzie odpowiedzialność za nie. Beneficjent końcowy powinien mieć również prawo do złożenia wniosku o przeprowadzenie kontroli, aby zyskać pewność, że realizacja projektu przebiegła prawidłowo i nie naraża się na żadne zagrożenie w przyszłości, lub ewentualnie aby podjąć środki naprawcze. Wymaga to również bardziej elastycznego podejścia do udostępniania danych oraz zintegrowanych rozwiązań informatycznych, takich jak formularze elektroniczne i bazy danych. Podejście takie byłoby warunkiem wstępnym dla zorganizowania punktu kompleksowej obsługi, dzięki któremu zmniejszono by formalności biurokratyczne dla beneficjentów i instytucji zarządzających. Upowszechnienie przyjaznej dla użytkownika dematerializacji pozwoli na ograniczenie do minimum liczby dokumentów do skanowania i pobierania. Należy też promować korzystanie z aplikacji komputerowych umożliwiających szukanie bezpośrednio u źródła elementów danych administracyjnych beneficjenta (liczba zatrudnionych, wysokość obrotów, przestrzeganie zobowiązań podatkowych i w zakresie zabezpieczenia społecznego itp.). Wymaga to jednak uprzedniej oceny ryzyka co do treści i rodzaju danych, które mogą zostać udostępnione, a także udziału od samego początku Komisji, krajowych i regionalnych organów kontroli oraz Europejskiego Trybunału Obrachunkowego, a także, być może, opracowania wspólnego vademecum nt. audytu, aby uniknąć późniejszych problemów związanych z audytem. Obecnie kontrola postrzegana jest jako środek represyjny i egzekucyjny. Z zasady audyt dotyczy wyłącznie aspektów administracyjnych projektów i przestrzegania przewidzianych procedur, przy czym jakiekolwiek odstępstwo, choćby było wprowadzone z myślą o większej efektywności projektu i oszczędnościach lub z powodu nieprzewidzianych okoliczności, jest bezlitośnie karane. Dlatego też KR proponuje, by audytorzy skupili się na rzeczywistej efektywności nakładów i by uwzględniali finansowy ciężar błędów i konkretną sytuację (więcej proporcjonalności w audytach). Do zasad dotyczących kontroli i zgodności z przepisami należy dodać zasadę proporcjonalności, poprzez umożliwienie stosowania wyższych poziomów tolerancji w wypadku mniej istotnych naruszeń. Powinniśmy zmierzać w kierunku bardziej proporcjonalnego podejścia do kontroli (mniej kontroli na miejscu w przypadku programów lub organów wdrożeniowych osiągających lepsze wyniki) i opartego na wynikach (tak, by w ramach jednej wizyty można było przeprowadzić więcej niż jeden rodzaj kontroli, co jest szczególnie istotne w przypadku programów i działań finansowanych z różnych funduszy), jak i do bardziej proporcjonalnego audytu, koncentrującego się mniej na karach, a bardziej na usprawnieniu działań i zapewnieniu większych efektów polityki spójności. Audytor powinien być postrzegany jako partner w rozwiązywaniu problemów, poszukiwaniu najbardziej skutecznego sposobu działania i naprawianiu błędów. Tu konieczna będzie radykalna zmiana postawy audytorów.