EIT nie zgadza się z wnioskiem Europejskiego Trybunału Obrachunkowego, ponieważ nie wykonano żadnej „nadpłaty” lub nienależnej płatności w odniesieniu do zwrotu kosztów pośrednich partnerstwa wspólnoty wiedzy i innowacji (WWiI) w ramach umowy o dotacje z 2014 r.

EIT należy do programu ramowego „Horyzont 2020” i musi stosować się do zasad uczestnictwa i upowszechniania dla programu „Horyzont 2020”, począwszy od dnia 1 stycznia 2014 r. Artykuł 57 ust. 2 zasad uczestnictwa i upowszechniania dla programu „Horyzont 2020” jasno określa następujący środek przejściowy: „niniejsze rozporządzenie nie ma wpływu na kontynuację lub zmianę, w tym na całkowite lub częściowe rozwiązanie przedmiotowych działań do czasu ich zakończenia lub do czasu przyznania pomocy finansowej przez Komisję lub organy finansujące na mocy decyzji nr 1982/2006/WE lub też jakiegokolwiek innego aktu prawnego mającego zastosowanie do tej pomocy w dniu 31 grudnia 2013 r., która będzie przyznawana na działania do czasu ich zakończenia”. EIT kwalifikuje się jako „organ finansujący”, a rozporządzenie EIT kwalifikuje się jako „jakikolwiek inny akt prawny” w zastosowaniu tego konkretnego przepisu. Prawodawstwo mające zastosowanie do pomocy finansowej EIT w dniu 31 grudnia 2013 r., czyli regulamin finansowy Instytutu, jasno zezwala na zastosowanie stawki zryczałtowanej w wysokości 40 % na wykazanie kosztów pośrednich przez instytucje szkolnictwa wyższego, instytucje badawcze, organizacje publiczne nienastawione na zysk oraz małe i średnie przedsiębiorstwa. Dlatego też zastosowanie stawki zryczałtowanej w wysokości 40 % przez te podmioty było legalne i prawidłowe na podstawie umowy o udzielenie dotacji z 2014 r. Z tego względu EIT nie przyjmuje wniosków z kontroli Trybunału Obrachunkowego, ponieważ nie dokonał żadnej nadpłaty. EIT rzeczywiście poinformował WWiI w październiku 2013 r. o potencjalnych zmianach zasad przedstawiania kosztów pośrednich w ramach programu „Horyzont 2020”, niemniej powiadomienie to miało miejsce zanim Parlament Europejski i Rada przyjęły w dniu 11 grudnia 2013 r. zasady uczestnictwa i upowszechniania dla programu „Horyzont 2020”, włącznie ze wspomnianymi wyżej środkami przejściowymi, o których mowa w art. 57. Opierając się na przyjętych środkach przejściowych, EIT nie potrzebował zabraniać zastosowania stawki zryczałtowanej w wysokości 40 % na przedstawienie kosztów pośrednich przez instytucje szkolnictwa wyższego, instytucje badawcze, organizacje publiczne nienastawione na zysk oraz małe i średnie przedsiębiorstwa.

W celu zaprezentowania właściwego kontekstu należy przypomnieć, w jaki sposób przyjmowano umowy o udzielenie dotacji na 2014 r. Umowy o udzielenie dotacji na 2014 r. między EIT a WWiI były oparte na planach działalności WWiI na 2014 r., które wspólnoty wiedzy i innowacji opracowały w 2013 r. EIT wystosował coroczne zaproszenie do opracowania planów działań na 2014 r., przesyłając WWiI wytyczne w sprawie planów działalności w kwietniu 2013 r. Zgodnie z wytycznymi opracowanymi przez EIT, WWiI opracowały swoje plany działania na 2014 r. w porozumieniu ze swoimi partnerami i przedstawiły je EIT do dnia 30 września 2013 r. Po przeprowadzeniu przez EIT oceny planów działań na 2014 r. przy pomocy specjalistów zewnętrznych Rada Zarządzająca EIT podjęła decyzję co do przyznania finansowania WWiI na 2014 r. w dniu 5 grudnia 2013 r. W oparciu o tę decyzję Rady Zarządzającej, WWiI zmieniły swoje plany działania w styczniu 2014 r. celem dostosowania ich do przyznanych funduszy. Dyrektor EIT przyznał dotacje, a umowy o udzielenie dotacji podpisano w lutym 2014 r. Zgodnie z zasadą pewności prawnej, zasad finansowania nie wolno zmieniać po opublikowaniu zaproszenia do składania wniosków.

Dlatego też, oraz zgodnie ze środkami przejściowymi określonymi w zasadach uczestnictwa i upowszechniania dla programu „Horyzont 2020”, wejście w życie nowego rozporządzenia w sprawie zasad uczestnictwa i upowszechniania dla programu „Horyzont 2020” nie powinno było mieć wpływu na kontynuowanie określonych działań (tzn. planów działania na 2014 r. WWiI, które EIT opracowało i oceniło w 2013 r.) do przyznania pomocy finansowej przez EIT. Przyznawanie pomocy powinno odbywać się na mocy przepisów mających zastosowanie w dniu 31 grudnia 2013 r.

EIT faktycznie nie należał do siódmego programu ramowego w zakresie badań, rozwoju technologicznego i demonstracji (FP7). Niemniej jednak EIT należy do programu „Horyzont 2020”, zaś większość partnerów WWiI jest beneficjentami zarówno FP7, jak również innych programów w ramach programu „Horyzont 2020”. Dlatego też w celu zachowania spójności można było zastosować tę samą stawkę zryczałtowaną w wysokości 40 % dla przejścia z pomocy finansowej EIT sprzed programu „Horyzont 2020” do pomocy w ramach tego programu, tak jak z FP7 do programu „Horyzont 2020”.

Ponadto należy również zwrócić uwagę na fakt, iż zaproszenia do składania wniosków w ramach FP7 DG ds. Badań Naukowych i Innowacji opublikowała dopiero w grudniu 2013 r., a umowy o udzielenie dotacji dotyczące tych zaproszeń podpisano dopiero w październiku 2014 r. Wiele z tym umów o udzielenie dotacji jest wciąż realizowanych w bieżącym roku (2016 r.) i opiera się na zasadach ram prawnych FP7 opartego na tych samych środkach przejściowych co zasady uczestnictwa i upowszechniania dla programu „Horyzont 2020”. EIT nie traktował w sposób uprzywilejowany swoich beneficjentów (partnerów WWiI), których dotyczyła stawka zryczałtowana w wysokości 40 % w umowach o udzielenie dotacji na 2014 r.