Przy określaniu i urzeczywistnianiu wszystkich polityk i działań Unii zapewnia się wysoki poziom ochrony zdrowia ludzkiego. Działanie Unii, które uzupełnia polityki krajowe, nakierowane jest na poprawę zdrowia publicznego, zapobieganie chorobom i dolegliwościom ludzkim oraz usuwanie źródeł zagrożeń dla zdrowia fizycznego i psychicznego. Działanie to obejmuje zwalczanie epidemii, poprzez wspieranie badań nad ich przyczynami, sposobami ich rozprzestrzeniania się oraz zapobiegania im, jak również informacji i edukacji zdrowotnej, a także monitorowanie poważnych transgranicznych zagrożeń dla zdrowia, wczesne ostrzeganie w przypadku takich zagrożeń oraz ich zwalczanie. (art. 168 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej)

Cele Agencja jest odpowiedzialna za realizację zadań w ramach zarządzania drugim programem w dziedzinie zdrowia publicznego na lata 2008–2013 przyjętym decyzją nr 1350/2007/WE, programem ochrony konsumentów na lata 2007–2013 przyjętym decyzją nr 1926/2006/WE oraz za realizację działań szkoleniowych w zakresie bezpieczeństwa żywności określonych w rozporządzeniu (WE) nr 882/2004 i w dyrektywie 2000/29/WE. Agencja jest także odpowiedzialna za zarządzanie etapami realizacji działań przekazanych jej w ramach programu działań Unii w dziedzinie zdrowia publicznego na lata 2003–2008, przyjętego decyzją nr 1786/2002/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 23 września 2002 r.

W ramach wymienionych poniżej programów Unii Agencja odpowiada za realizację następujących zadań określonych w decyzji o przekazaniu uprawnień z dnia 9 września 2008 r. (13): Program zdrowia publicznego 2003–2008 – decyzja nr 1786/2002/WE Program zdrowia publicznego 2008–2013 – decyzja nr 1350/2007/WE Program ochrony konsumentów 2007–2013 – decyzja nr 1962/2006/WE Szkolenia w zakresie bezpieczeństwa żywności – rozporządzenie (WE) nr 882/2004 i dyrektywa 2000/29/WE: a) zarządzanie wszystkimi etapami realizacji projektów (na potrzeby monitoringu i upowszechniania Agencja podejmuje niezbędne kroki celem stworzenia bazy danych projektów lub też podtrzymuje działanie istniejącej bazy, która obejmuje opisy projektów oraz ich końcowe wyniki); b) monitorowanie projektów realizowanych w ramach tych programów i działań wraz z przeprowadzaniem niezbędnych kontroli; c) zbieranie, przetwarzanie i dystrybuowanie danych, a w szczególności gromadzenie, analiza i przekazywanie Komisji wszystkich informacji niezbędnych do realizacji wyżej wymienionych programów i działań; wspieranie koordynacji i synergii z innymi programami Unii, państw członkowskich oraz organizacji międzynarodowych; d) organizowanie spotkań, seminariów, rozmów i szkoleń; e) pomoc w ocenie oddziaływania programu, szczególnie w rocznej i/lub okresowej ocenie realizacji programów, a także wdrażanie działań następczych dotyczących ocen, na podstawie decyzji Komisji; f) upowszechnianie wyników działań informacyjnych zaplanowanych i przeprowadzonych przez Komisję; g) przygotowywanie całościowych danych dotyczących kontroli i nadzoru; h) uczestnictwo w pracach przygotowawczych dotyczących decyzji o finansowaniu.

1. Komitet Sterujący Składa się z pięciu członków mianowanych przez Komisję Europejską. Członkowie Komitetu Sterującego są mianowani na okres dwóch lat. Komitet przyjmuje roczny program prac Agencji zatwierdzony przez Komisję Europejską. Ponadto przyjmuje budżet administracyjny Agencji i jej roczne sprawozdanie z działalności. 2. Dyrektor Mianowany przez Komisję Europejską na cztery lata. 3. Kontrola zewnętrzna Trybunał Obrachunkowy. 4. Organ udzielający absolutorium z wykonania budżetu Parlament działający na zalecenie Rady.

Budżet Ostateczny budżet administracyjny Agencji na 2009 r. 6,4 mln euro. Zatrudnienie na dzień 31 grudnia 2009 r. 48 pracowników etatowych, w tym 11 pracowników zatrudnionych na czas określony i 37 pracowników kontraktowych.