Wanneer de Commissie een groot project moet beoordelen dat is geselecteerd door een lidstaat met het oog op financiering door het Europees Fonds voor regionale ontwikkeling (EFRO) en een beslissing moet nemen uit hoofde van artikel 41 van verordening nr. 1083/2006 houdende algemene bepalingen inzake het EFRO, het Europees Sociaal Fonds en het Cohesiefonds, is zij niet verplicht enkel de selectiecriteria aan te leggen die door die lidstaat zijn vastgesteld.

Uit verordening nr. 1083/2006 blijkt namelijk dat zowel de procedure als de doelstelling van deze beoordeling door de Commissie verschilt van de selectie door de lidstaat. Ten eerste is de beoordeling en de bevestiging door de Commissie van een financiële bijdrage uit het EFRO of het Cohesiefonds aan een lidstaat voor een groot project een procedure tussen de Commissie en die lidstaat. De Commissie selecteert niet de grote projecten die door de verzoekers aan de nationale autoriteiten worden voorgelegd, maar doet niets meer dan de grote projecten beoordelen die de nationale autoriteiten al hebben geselecteerd en aan haar hebben voorgelegd, en dat enkel jegens de lidstaten, om een financiële bijdrage uit hoofde van het EFRO of het Cohesiefonds al dan niet te bevestigen. Ten tweede strekt de beoordeling van de Commissie er niet toe de selectie door de lidstaat te toetsen aan de hand van de door het Comité van toezicht vastgestelde selectiecriteria, maar om aan de hand van die daartoe in artikel 40 van verordening nr. 1083/2006 voorgeschreven gegevens, opgenomen in het bevestigingsverzoek, de opzet en de impact van het grote project, alsmede de voorschriften voor het geplande gebruik van de middelen van de Unie te evalueren, aldus overweging 49 van deze verordening, een en ander, volgens artikel 41, lid 1, van deze verordening, door het grote project te beoordelen op basis van deze elementen, de samenhang met de prioriteiten van het operationele programma, de bijdrage tot het bereiken van de doelstellingen van deze prioriteiten en de coherentie met de andere beleidstakken van de Unie.

Aangezien de Commissie bij de evaluatie van een groot project uit hoofde van artikel 41 van verordening nr. 1083/2006 niet gehouden is aan de selectiecriteria van de lidstaat, is het feit dat zij zich bij de beoordeling niet heeft beperkt tot deze criteria geen schending van het beginsel van loyale samenwerking. Wanneer een lidstaat een verzoek om bevestiging voor een groot project bij de Commissie indient, wordt de beoordeling van dit verzoek namelijk beheerst door de artikelen 39 tot en met 41 van verordening nr. 1083/2006. Inroepen van het beginsel van loyale samenwerking leidt niet tot de toepassing van andere regels, met name niet tot de beperking van deze beoordeling tot de door de lidstaat vastgestelde selectiecriteria. Aan deze conclusie wordt niet afgedaan door het feit dat een vertegenwoordiger van de Commissie in het kader van de werkzaamheden van het Comité van toezicht de selectiecriteria aan de hand waarvan het project is geselecteerd, niet heeft betwist. Het ontbreken van betwisting mag niet aldus worden uitgelegd dat de Commissie gehouden is in het kader van de in de artikelen 39 tot en met 41 van verordening nr. 1083/2006 beschreven beoordelingsprocedure een financiële bijdrage te bevestigen voor elk groot project dat door de managementautoriteit op basis van deze criteria is geselecteerd

(zie punten 48‑51, 54, 55, 57)