Artikel 5 van dat besluit, met het opschrift „Effectbeoordeling”, bepaalt:

„1. In de planning en territoriale indeling moet rekening worden gehouden met de milieuwaarde van de voorgestelde gebieden van communautair belang, de gebieden van communautair belang en de speciale beschermingszones.

2. De indieners van projecten voor ruimtelijke ordening, stedenbouw en gebiedsinrichting […] voeren een studie uit […] om de eventuele gevolgen van het plan voor het betrokken gebied vast te stellen en te beoordelen, gelet op de instandhoudingsdoelstellingen ervan. De plannen inzake ruimtelijke ordening waarvan een milieueffectbeoordeling moet worden verricht, worden voorgelegd aan het ministerie van Milieu en Landbescherming wanneer zij van nationaal belang zijn en aan de bevoegde autonome provincies wanneer zij van regionaal, interregionaal, provinciaal of gemeentelijk belang zijn.

3. De indieners van aanvragen voor werkzaamheden die niet rechtstreeks verband houden met en noodzakelijk zijn voor de handhaving van de in het gebied aanwezige soorten en habitats in een gunstige staat van instandhouding, maar die dit gebied, individueel of samen met andere werkzaamheden, aanzienlijk kunnen aantasten, dienen ter beoordeling van de gevolgen een studie in die bedoeld is om, overeenkomstig de in bijlage G gedefinieerde richtsnoeren, de belangrijkste effecten vast te stellen en te beoordelen die die werkzaamheden kunnen hebben voor het voorgestelde gebied van communautair belang of voor de speciale beschermingszone, gelet op de instandhoudingsdoelstellingen van deze gebieden.

4. Voor de aan een milieueffectbeoordeling onderworpen projecten […] die betrekking hebben op voorgestelde gebieden van communautair belang, gebieden van communautair belang en speciale beschermingszones als omschreven in deze regeling, wordt de milieueffectbeoordeling uitgevoerd in het kader van de bovengenoemde procedure, waarbij in dat geval ook rekening worden gehouden met de directe en indirecte effecten van de ontwerpen voor de soorten en de habitats waarvoor deze zones en gebieden zijn aangewezen. Hiertoe dient de door de indiener van de aanvraag verrichte milieueffectstudie de gegevens te bevatten inzake de verenigbaarheid van het ontwerp met de in deze regeling bepaalde instandhoudingsdoelstellingen […].

[…]

8. Alvorens het plan of de operatie definitief goed te keuren, voegt de autoriteit de effectbeoordeling bij het dossier en bepaalt in voorkomend geval de wijzen van raadpleging van het publiek dat door de uitvoering van dat plan of die operatie wordt geraakt.

9. Indien het plan of het project, ondanks negatieve conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en bij gebreke van alternatieve oplossingen, toch moet worden gerealiseerd om dwingende redenen van groot openbaar belang, met inbegrip van redenen van sociale of economische aard, nemen de bevoegde autoriteiten elke compenserende maatregel die nodig is om de algehele samenhang van Natura 2000 te waarborgen en stellen zij het ministerie van Milieu en Landbescherming hiervan, met het in artikel 13 beschreven doel, in kennis.

10. Wanneer het betrokken gebied een gebied is waar natuurlijke habitats en prioritaire soorten voorkomen, kan het plan of de operatie waarvan bij de beoordeling is gebleken dat het gebied van communautair belang kan worden aangetast, slechts worden gerealiseerd om rekening te houden met overwegingen die verband houden met de menselijke gezondheid, de openbare veiligheid of met voor het milieu wezenlijke gunstige gevolgen dan wel, na advies van de Europese Commissie, andere dwingende redenen van groot openbaar belang.”