Unionin tuomioistuin totesi erityisesti ensimmäisen kanneperusteen ensimmäisestä osasta, joka koski riidanalaisen päätöksen oikeusperustan puuttumista sen takia, että asetuksen N:o 1260/1999 39 artikla oli kumottu ennen kyseisen päätöksen tekemistä, valituksenalaisen tuomion 23–34 kohdassa seuraavaa:

”23 Asetus (EY) N:o 1260/1999 kumottiin asetuksella N:o 1083/2006 sen 107 artiklan 1 kohdan mukaisesti 1 päivästä tammikuuta 2007. Asetuksen N:o 1083/2006 1 artiklan 1 kohdan mukaan asetusta N:o 1083/2006 sovelletaan [EAKR:ään], [ESR:ään] ja koheesiorahastoon. Kuitenkin kuten kyseisen asetuksen kuudennesta perustelukappaleesta ilmenee, maaseudun kehittämiseen tukea antavat välineet eli [Euroopan maaseudun kehittämisen maatalousrahasto (maaseuturahasto)], joka korvasi EMOTR:n ohjausoston, ja kalastusalalla Euroopan kalatalousrahasto, on yhdennettävä yhteisen maatalouspolitiikan ja yhteisen kalastuspolitiikan välineisiin, ja sovitettava yhteen koheesiopolitiikan mukaisten välineiden kanssa. Tämän osalta asetuksessa N:o 1290/2005 perustettiin – kuten sen ensimmäisestä perustelukappaleesta ja 1 artiklasta käy ilmi – kaksi Euroopan maatalousrahastoa, joista ensimmäinen on Euroopan maatalouden tukirahasto (maataloustukirahasto), josta rahoitetaan markkinatoimenpiteitä ja muita toimenpiteitä, ja toinen maaseuturahasto, josta rahoitetaan maaseudun kehittämisohjelmia.

24 Kuitenkin asetuksen N:o 1083/2006 105 artiklan, jonka otsikko on ”Siirtymäsäännökset”, 1 kohdassa säädetään, että ”[tämä] asetus ei estä jatkamasta tai muuttamasta, kokonaan tai osittain peruuttaminen mukaan luettuna, rakennerahastojen osarahoittamaa tukitointa tai koheesiorahaston osarahoittamaa hanketta, jonka komissio on hyväksynyt – – erityisesti asetuksen N:o 1260/1999 perusteella tai muun kyseiseen tukitoimeen 31 päivänä joulukuuta 2006 sovellettavan lainsäädännön perusteella, jota sen jälkeen sovelletaan kyseiseen tukitoimeen tai hankkeeseen sen sulkemiseen asti”.

25 Lisäksi asetuksen N:o 1083/2006 105 artiklan 2 kohdassa säädetään, että ”tehdessään toimenpideohjelmia koskevia päätöksiä komissio ottaa huomioon kaikki neuvoston tai komission jo ennen tämän asetuksen voimaantuloa hyväksymät rakennerahastojen osarahoittamat tukitoimet tai koheesiorahaston osarahoittamat hankkeet, joilla on taloudellisia vaikutuksia kyseisten toimenpideohjelmien kattamana aikana”.

26 Siitä ilmenee, että asetuksen N:o 1083/2006 105 artiklan 2 kohdalla on tarkoitus vahvistaa siirtymäsäännöstö 31.12.2006 saakka voimassa olleen unionin säännöstön perusteella hyväksytyille rakennerahastoille, joita jatketaan tämän ajankohdan jälkeen ja jotka suljetaan vasta myöhempänä ajankohtana (tuomio 21.9.2016, komissio v. EspanjaC‑140/15 P, EU:C:2016:708, 94 kohta).

27 Toisin sanoen on niin, että vaikka asetus N:o 1260/1999 kumottiin asetuksella N:o 1083/2006, viimeksi mainitun asetuksen 105 artiklan 1 kohdan ja 107 artiklan 1 kohdan mukaisesti asetusta N:o 1260/1999 sovelletaan edelleen aikaisempiin toimenpideohjelmiin (tuomio 22.9.2011, Espanja v. komissio, T‑67/10, ei julkaistu, EU:T:2011:518, 6 kohta).

28 Asetuksen N:o 1083/2006 105 artiklan 2 kohdassa säädetty siirtymäsäännöstö koskee aikaisempiin toimenpideohjelmiin sovellettavia perussääntöjä kuten sitä paitsi myös kyseisessä artiklassa käytetyistä ilmaisuista ”tukitoimi” ja ”hanke” sekä kyseisen artiklan 2 ja 3 kohdan sisällöstä ilmenee. Sen sijaan siirtymäsäännöstö ei koske menettelysääntöjä sen periaatteen mukaisesti, että menettelysääntöjä sovelletaan välittömästi (tuomio 21.9.2016, komissio v. Espanja, C‑140/15 P, EU:C:2016:708, 92 ja 95 kohta).

– –

34 Tästä seuraa, että asetuksessa N:o 1083/2006 on sen 105 artiklan 1 kohdan nojalla pidetty voimassa asetuksen N:o 1260/1999 39 artiklan perussäännökset eli ne, joissa määritellään jäsenvaltion ja komission rooli ja vastavuoroiset oikeudet ja velvollisuudet menettelyssä, jota sovelletaan siinä tapauksessa, että EMOTR:n tukitoimien rahoitustarkastuksessa todetaan sääntöjenvastaisuuksia.”