Luontotyyppien sekä luonnonvaraisen eläimistön ja kasviston suojelusta annetun direktiivin 92/43, sellaisena kuin se on muutettuna direktiivillä 2013/17, 6 artiklan 3 kohdassa tarkoitettua suunnitelmaa tai hanketta koskeva lupa voidaan myöntää vain edellyttäen, että toimivaltaiset kansalliset viranomaiset ovat varmistuneet siitä, että se ei vaikuta pysyvällä tavalla haitallisesti kyseisen alueen koskemattomuuteen. Näin on silloin, kun ei ole olemassa mitään tieteelliseltä kannalta järkevää epäilyä tällaisten vaikutusten aiheutumatta jäämisestä. Toimivaltaiset kansalliset viranomaiset eivät näin ollen voi hyväksyä toimintaa, joka voi vaarantaa pysyvästi sellaisten alueiden ekologiset ominaispiirteet, joilla esiintyy yhteisön tärkeinä pitämiä tai ensisijaisesti suojeltavia luontotyyppejä. Näin olisi muun muassa silloin, kun toiminta voi johtaa tällaisen kyseisellä alueella esiintyvän luontotyypin häviämiseen tai osittaiseen ja korjaamattomaan tuhoutumiseen.

Luontotyyppien sekä luonnonvaraisen eläimistön ja kasviston suojelusta annetun direktiivin 92/43, sellaisena kuin se on muutettuna direktiivillä 2013/17, 6 artiklan 3 kohdan toisen virkkeen noudattamatta jättämisen osoittamiseksi komission ei myöskään ennalta varautumisen periaatteen perusteella, joka sisältyy tähän säännökseen, tarvitse osoittaa syy-seuraussuhdetta kyseessä olevien toimenpiteiden ja luontotyyppien ja lajien koskemattomuudelle aiheutuvan haitan välillä, vaan riittää, että se osoittaa, että on olemassa todennäköisyys tai vaara siitä, että nämä toimet aiheuttavat tällaisen haitan.

Luontotyyppien sekä luonnonvaraisen eläimistön ja kasviston suojelusta annetun direktiivin 92/43, sellaisena kuin se on muutettuna direktiivillä 2013/17, 6 artiklan 1 kohdassa ja luonnonvaraisten lintujen suojelusta annetun direktiivin 2009/147, sellaisena kuin se on muutettuna direktiivillä 2013/17, 4 artiklan 1 ja 2 kohdassa vaaditaan kuitenkin kyseessä olevalla alueella suojeltujen luontotyyppien ja lajien suotuisan suojelun tason säilyttämiseksi tarpeellisten suojelutoimien lisäksi myös ja ennen kaikkea niiden tehokasta täytäntöönpanoa sillä uhalla, että ne muuten menettävät tehokkaan vaikutuksensa. Tätä tulkintaa tukee direktiivin 92/43 1 artiklan 1 kohdan l alakohta, jossa määritellään erityisten suojelutoimien alueella tarkoitettavan jäsenvaltioiden osoittamaa yhteisön tärkeänä pitämää aluetta, jolla sovelletaan suojelutoimenpiteitä, sekä mainitun direktiivin kahdeksas perustelukappale, jonka mukaan kullakin osoitetulla alueella olisi pantava täytäntöön tarvittavat toimenpiteet, jotka tähtäävät tarkoitettuihin suojelutavoitteisiin.

Luontotyyppien sekä luonnonvaraisen eläimistön ja kasviston suojelusta annetun direktiivin 92/43, sellaisena kuin se on muutettuna direktiivillä 2013/17, 12 artiklan 1 kohdan a ja d alakohdan noudattaminen edellyttää jäsenvaltioilta paitsi kattavan lainsäädännön antamista myös konkreettisten ja nimenomaisten suojelutoimien toteuttamista. Samoin tiukka suojelujärjestelmä edellyttää johdonmukaisten ja yhteen sovitettujen ennaltaehkäisytoimien toteuttamista. Tällaisella tiukalla suojelujärjestelmällä on siis voitava tosiasiallisesti välttää direktiivin 92/43 liitteessä IV olevassa a alakohdassa mainittujen eläinlajien tahallinen pyydystäminen tai tappaminen luonnossa sekä niiden lisääntymis- tai levähdyspaikkojen heikentäminen tai hävittäminen.

Luonnonvaraisten lintujen suojelusta annetun direktiivin 2009/147, sellaisena kuin se on muutettuna direktiivillä 2013/17, 5 artiklassa vaaditaan siten, että jäsenvaltiot hyväksyvät aukottomat ja tehokkaat lainsäädännölliset puitteet panemalla täytäntöön konkreettiset ja erityiset suojelutoimenpiteet, joilla voidaan varmistaa mainitun direktiivin 5 artiklan b ja d alakohdassa lueteltujen kieltojen, joilla on lähinnä tarkoitus suojella kyseisen direktiivin soveltamisalaan kuuluvien lintujen lisääntymis- ja levähdyspaikkoja, tehokas noudattaminen. Näitä kieltoja on sovellettava ilman ajallista rajoitusta.

Jäsenvaltio, joka sallii poikkeuksen Natura 2000 -alueella suojeltujen lintujen suojelusta aktiivisten metsänhoitotoimenpiteiden puitteissa, toteuttamalla toimia, joiden täytäntöönpano johtaa väistämättä mainittujen lintulajien lisääntymis- tai levähdyspaikkojen heikentämiseen tai hävittämiseen, jotka eivät sisällä konkreettisia ja erityisiä suojelutoimenpiteitä, jotka mahdollistaisivat sekä sen, että niiden soveltamisalalta voidaan sulkea pois näiden lintujen elinympäristöihin ja elämään kohdistuvat tahalliset vaikutukset, että sen varmistamisen, että noudatetaan tehokkaasti kieltoja, jotka koskevat kyseisten lintujen pesien ja munien tahallista tuhoamista tai vahingoittamista ja pesien siirtämistä sekä lintujen tahallista häirintää erityisesti lisääntymis- ja jälkeläisten kasvatusaikana, ei noudata tätä jäsenyysvelvoitetta.

(ks. 252, 255 ja 259 kohta)