–Akateemista vapautta koskevan säännöksen lisääminen. Johdanto-osan kappale, jossa viitataan akateemiseen vapauteen ja sen yhteyksiin ohjelmaan.

–Talousarvio. Talousarvioon liittyvää artiklaa muutettu. ”Purkamissäännökset” (johdanto-osan kappale ja artikla), jotka koskevat Next Generation EU -järjestelyn varojen käyttöä ohjelman yhteydessä. Uusi kohta, joka koskee ohjelmalle osoitettua sakoista saatavaa määrää. Ehdotettu kokonaisrahoitus on 95,5 miljardia euroa. Siihen sisältyy sakoista saatavat tulot, Next Generation EU -järjestelyn varat ja vapautettujen määrärahojen uudelleenkäyttö. Vapautettujen varojen ohjeellista jakautumista ohjelman talousarviossa ei ole otettu mukaan asetuksen tekstiin, vaan se on sisällytetty lainsäätäjien ja komission yhteiseen poliittiseen lausumaan.

–Ihmisoikeuksien kunnioittaminen. Ihmisoikeuksien kunnioittaminen lisätty artiklaan, jossa luetellaan d luokan kolmansia maita ja alueita koskevat kriteerit ohjelmaan assosioitumiselle. Komission lausuma ihmisoikeuksista on hyväksytty. Lausumassa muistutetaan, että komissio sitoutuu täysin ihmisoikeuksien kunnioittamiseen siten kuin siitä määrätään Euroopan unionista tehdyn sopimuksen 21 artiklassa. Komissio pitää kuitenkin valitettavana, että ”ihmisoikeuksien kunnioittaminen” on sisällytetty niihin kriteereihin, jotka kolmansien maiden on täytettävä voidakseen assosioitua ohjelmaan.

–Unionille koituvien hyötyjen analyysi assosioitumisen yhteydessä. Unionille koituvien hyötyjen analyysi lisätty assosioitumisen laajuutta koskevaan artiklaan.

–Assosioituneiden maiden rahoitusosuuksien kohdentuminen. Artiklaan lisätty kohta, jossa täsmennetään, että rahoitusosuuksien kohdentamisessa ohjelman eri osiin on otettava huomioon se, missä määrin assosioituneiden maiden oikeussubjektit osallistuvat kyseisiin ohjelman osiin.

–Tiedottaminen assosioituneisiin maihin suuntautuneen rahoituksen määrästä. Johdanto-osan kappale, jossa säädetään, että komissio antaa Euroopan parlamentille ja neuvostolle säännöllisesti tiedoksi assosioituneisiin ja assosioitumattomiin kolmansiin maihin sijoittautuneille oikeussubjekteille myönnetyn unionin rahoituksen määrän.

–Osallistumisen rajoittaminen tai oikeussubjektien poissulkeminen EU:n strategisten voimavarojen, etujen, autonomian tai turvallisuuden suojelemiseksi. Lisätty säännös, jossa säädetään mahdollisista lisätoimenpiteistä, joilla rajoitetaan kolmansien maiden oikeussubjektien tai niiden määräysvallassa olevien oikeussubjektien osallistumista tiettyihin arkaluonteisiin toimiin unionin ja sen jäsenvaltioiden strategisten etujen turvaamiseksi.

–Synergioita koskevien säännösten yhdistäminen. Kaikki säännökset, jotka koskevat synergioita muiden EU:n ohjelmien kanssa, on yhdistetty yhteen artiklaan.

–Synergiat muiden EU:n ohjelmien kanssa. Lisätty liitteeseen neljä mahdollisia synergioita Horisontti Eurooppa -ohjelman kanssa sisältävää uutta ohjelmaa: Luova Eurooppa, oikeudenmukaisen siirtymän mekanismi, elpymis- ja palautumistukiväline sekä EU4Health.

–Käyttämättä jääneiden yhteishallinnoitujen varojen Horisontti Eurooppa ‑ohjelmaan siirtämiseen liittyvien säännösten horisontaalinen yhdenmukaistaminen. Lisätty artiklaan kohta, joka liittyy Horisontti Eurooppa ‑ohjelmaan siirrettäviin käyttämättä jääneisiin yhteishallinnoitaviin varoihin; muutos vastaa ”yhteisiä säännöksiä koskevaa asetusta”.

–Horisontaalista säännöstä sovelletaan kaikkiin alakohtaisiin ohjelmiin kaudella 2021–2027:

–Ilmasto. Koko monivuotisen rahoituskehyksen ilmastomenojen kokonaistavoite (alun perin 25 prosenttia) päivitetty 30 prosenttiin.

–Oikeusvaltioperiaate. Viittaus unionin talousarvion suojaamiseen tilanteissa, joissa jäsenvaltiolla on puutteita oikeusvaltioperiaatteen noudattamisessa.

–Unionin taloudellisten etujen suojaaminen. Artikla, jossa viitataan yleiseen ehdollisuusjärjestelmään unionin talousarvion suojaamiseksi.

–Muut komission Horisontti Eurooppa -ohjelman yhteydessä antamat lausumat koskevat seuraavia aiheita:

–Puolustusalan tutkimus. Täsmennys, että Horisontti Eurooppa -ohjelman puolustusalan tutkimustoimet ovat yhdenmukaisia Euroopan puolustusrahaston tutkimustoimien kanssa.

–Euroopan parlamentin osallistuminen Horisontti Eurooppa -ohjelman täytäntöönpanoon. Sitoutuminen vaihtamaan näkemyksiä asiasta vastaavien Euroopan parlamentin valiokuntien kanssa kumppanuuksien luettelosta, missioiden luettelosta, strategisen ohjelman tuloksista ja työohjelmista.

–Lausunnosta pidättymistä koskeva lauseke. Selvennys komission mahdollisuudesta antaa komiteamenettelyssä lausunto täytäntöönpanosäädöksistä, jos ohjelmakomitea ei anna lausuntoa (erityisohjelman yhteydessä).

–Etiikka, varsinkin ihmisalkion kantasolut. Horisontti Eurooppa -ohjelman tutkimustoimiin liittyvät vaatimukset, jotta ohjelma vastaisi ihmisalkioiden kantasolututkimukselle myönnettävää EU:n rahoitusta koskevia eettisiä periaatteita, kuten Horisontti 2020 -puiteohjelmassa.

–Kolmansien maiden assosioituminen unionin ohjelmiin. Tämä lausuma, joka on ’vastalausuma’ neuvoston lausumalle neuvoston ja komission yhteistyöstä neuvoteltaessa sopimuksista, joilla kolmannet maat assosioituvat unionin ohjelmiin, annettaisiin kyseisen neuvoston lausuman antamisen jälkeen.