Es gibt sowohl wirtschaftliche als auch ökologische Probleme, die gleichzeitig angegangen werden. Hauptproblem ist das „dreifache Defizit“ in Bezug auf Innovation, Markteinführung und Nachhaltigkeit. Aufgrund dessen sind Forschungs- und Innovationstätigkeiten in der EU nicht ausreichend integriert, was zu einem langsameren Innovationsprozess führt. Gleichzeitig können bestehende ausgereifte biobasierte Lösungen nicht die Märkte erreichen, und ihre ökologische Leistung wird nicht automatisch gewährleistet. Die wichtigsten wissenschaftlichen und technologischen Probleme, die mit der Initiative für ein kreislauforientiertes biobasiertes Europa angegangen werden, sind der Mangel an Forschung und Innovation, die unzureichende sektorübergreifende Zusammenarbeit und der unzureichende Wissenstransfer in Bezug auf nachhaltige und kreislauforientierte biobasierte Lösungen.

Das übergeordnete Ziel besteht darin, den gesellschaftlichen Wandel zu einer nachhaltigen biobasierten Wirtschaft voranzutreiben, indem Forschung und Innovation für nachhaltige und wettbewerbsfähige Lösungen intensiviert werden, damit das Kreislaufprinzip ausgebaut und die Nutzung von Biomasse, Reststoffen und Abfällen intensiviert wird. Außerdem soll bei der Umsetzung der Ziele der Vereinten Nationen für nachhaltige Entwicklung (Sustainable Development Goals, SDG) und des europäischen Grünen Deals ein regionaler Ansatz verfolgt werden, um den Übergang zum Konzept des „gesunden Planeten“ zu beschleunigen. Die wissenschaftlichen Ziele bestehen darin, die Kapazität von Forschung und Innovation für kreislauforientierte biobasierte Lösungen zu verbessern, einen besseren Wissensaustausch innerhalb der bzw. zwischen den Wertschöpfungsketten und in ganz Europa sicherzustellen und Forschung und Innovation bei Nachhaltigkeitsfragen zu berücksichtigen. Indes bestehen die wirtschaftlichen Ziele darin, die Wettbewerbsfähigkeit der europäischen Regionen in diesem Sektor zu verbessern und dem Marktversagen der europäischen biobasierten Industrie entgegenzuwirken, indem Innovationen und neue Bioraffinerien in Europa erhalten bleiben. Zu den wichtigsten gesellschaftlichen Zielen gehört es, einen Beitrag zu einer nachhaltigen Kreislaufwirtschaft zu leisten sowie die Kreislauffähigkeit des biobasierten Sektors und so seinen ökologischen Fußabdruck zu verbessern.

Im Rahmen der Initiative werden Fachwissen und Technologien, die in den EU-Mitgliedstaaten, Regionen und Wertschöpfungsketten zur Verfügung stehen, gebündelt, wodurch zusätzliche Synergien geschaffen werden. Projekte im Rahmen der Initiative für ein kreislauforientiertes biobasiertes Europa können mit nationalen Projekten und mit durch EU-Struktur- und -Regionalfonds geförderten Projekten kombiniert werden. Die Beseitigung der meisten Hindernisse für eine biobasierte Wirtschaft fällt nicht in die Zuständigkeit der Mitgliedstaaten, sondern unterliegt vielmehr einer Regulierung auf EU-Ebene, z. B. in Bezug auf: Aspekte der nachhaltigen Versorgung mit Biomasse; Zugkraft des Marktes durch Zielvorgaben; die Standardisierung von Produkten; Kennzeichnung und eine umweltorientierte öffentliche Auftragsvergabe; ökologische Leistung. Ohne eine Intervention auf Unionsebene wären Maßnahmen auf nationaler Ebene unzureichend.