Theo đề án đã có, Trường ĐH Phú Yên có nhiệm vụ đào tạo nhân lực cho tỉnh và một số tỉnh duyên hải miền Trung - Tây Nguyên với quy mô 3.500 sinh viên/năm và nâng lên 5.000 sinh viên/năm từ 2010.