Còn tại đội tuyển quốc gia Hà Lan, Kluivert cũng đã có được 40 bàn thắng sau 79 lần được gọi vào đội tuyển, và danh hiệu cao quý mà anh giành được cùng đội tuyển Hà Lan là danh hiệu Vua phá lưới tại VCK EURO 2000 trên sân nhà.