Tuy đã có đầy đủ văn bản hướng dẫn, các địa phương cho biết rất lúng túng trong việc triển khai. Theo hướng dẫn của Bộ Xây dựng, cá nhân có nhu cầu cấp giấy chứng nhận cần làm đơn đề nghị kèm theo các giấy tờ pháp lý nộp cho Uỷ ban nhân dân cấp huyện, tổ chức thì nộp cho Sở Xây dựng.