Đoàn kiểm tra liên ngành có nhiệm vụ xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện kế hoạch kiểm tra, qua đó đánh giá tình hình và báo cáo kết quả cho UBND TP.HCM; đồng thời, đề xuất các biện pháp quản lý các cơ sở giáo dục đào tạo có yếu tố nước ngoài hoạt động trên địa bàn.