Theo Sở GD-ĐT, việc các trường chưa thực hiện được theo đúng tinh thần của bộ vì gặp nhiều khó khăn: buổi thứ hai chưa thể chia lớp ra theo đối tượng HS và các lớp năng khiếu vì phòng chức năng chưa đủ; giáo viên dạy năng khiếu chưa nhiều; không có kinh phí để hợp đồng giáo viên dạy HS năng khiếu ở các trung tâm..