Ban quản lý dự án có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, trực thuộc Bộ Y tế và dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ trưởng Bộ Y tế hoặc của Thứ trưởng Trịnh Quân Huấn khi được Bộ trưởng uỷ quyền ; Các cán bộ có tên trong điều 1 được hưởng phụ cấp quản lý theo quy định hiện hành của Nhà nước.