Khi ổ USB được rút ra, phần mềm hệ thống tự động tắt các ứng dụng chạy trên ổ USB và xoá sạch các đoạn dữ liệu do vậy mà dữ liệu cá nhân được bảo vệ. Phần mềm hệ thống U3 có thể dành cho các ứng dụng khác để chạy trực tiếp từ ổ thông minh.