Phương pháp dòng tiền chiết khấu áp dụng rất phức tạp, doanh nghiệp cũng không muốn giá trị được đánh giá quá cao, khó bán cổ phần, bất lợi trong việc chia cổ phần ưu đãi trong nội bộ. Hiện cả nước có 66 tổ chức được Bộ Tài chính cấp phép hoạt động tư vấn và xác định giá trị doanh nghiệp.