Căn cứ vào kế hoạch phòng chống địch của Bộ Quốc phòng, xây đựng kế hoạch về lực lượng và phương tiện để đối phó khi có dịch xảy ra trên địa bàn đóng quân, đồng thời phải chịu trách nhiệm về kết quả tổ chức phòng chống dịch tại các đơn vị của mình.