Kỹ sư tốt nghiệp có thể làm việc trong các doanh nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh chế biến nông sản thực phẩm hoặc công tác tại các viện hay các trung tâm nghiên cứu về dinh dưỡng, về vi sinh thực phẩm, các trung tâm tư vấn về sức khỏe cộng đồng... hoặc tham gia trong công tác kiểm tra thẩm định chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm.