Hậu thế coi ông là Ông tổ truyền đạo của Ấn Độ và những vùng lân cận và ông được Vatican phong thánh năm 1622. Hai năm sau khi Thánh Francis Xavier qua đời gần Trung Quốc năm 1552, di hài ông được đưa trở về Goa.