Phần ngân sách tăng thêm là 182.480 triệu đồng tập trung vào việc: xây dựng chương trình khung, chương trình tiên tiến, đào tạo bồi dưỡng đội ngũ giảng viên và cán bộ quản lý giáo dục; cải tiến tuyển sinh, thi trắc nghiệm; hỗ trợ đào tạo kỹ sư tài năng, cử nhân chất lượng cao... Bộ GD-ĐT cũng đánh giá tình hình thực hiện chi ngân sách giáo dục năm 2005 còn một số tồn tại: Nhiều dự án vay nợ, viện trợ công tác lập dự toán còn quá cao không sát với khả năng và thực tế dẫn đến không sử dụng hết vốn đối ứng ngân sách Nhà nước được giao (như dự án THPT, đào tạo giáo viên THCS) ảnh hưởng chung đến ngân sách của bộ và tiến độ thực hiện của từng dự án..