Đối với các môn tự chọn và năng khiếu, Bộ GD-ĐT cũng hướng dẫn rất cụ thể: Nhà trường sử dụng kinh phí do phụ huynh học sinh đóng góp để hợp đồng giáo viên đảm trách dạy các môn tự chọn và năng khiếu, tạo điều kiện cho giáo viên chủ nhiệm có thời gian đầu tư vào giảng dạy buổi thứ nhất và bồi dưỡng trình độ thường xuyên.