MUTRAP II tập trung hỗ trợ VN với các vấn đề hậu WTO, bao gồm: Triển khai các cam kết WTO; giúp VN khai thác một cách đầy đủ các lợi ích từ việc gia nhập WTO; đối phó với những tác động hội nhập đối với nền kinh tế trong nước, đặc biệt là các tác động đối với sản xuất nông nghiệp, xoá đói giảm nghèo và chuyển đổi cơ cấu nghề nghiệp.