Chương trình Du lịch về cội nguồn 2006 được tổ chức tại 15 khu, điểm trên địa bàn cả ba tỉnh, tập trung vào các thành phố Yên Bái, Lào Cai, Việt Trì và vùng phụ cận, khu di tích đền Hùng, khu du lịch Ao Châu, khu nước khoáng nóng Thanh Thủy, cụm di tích Hiền Quang, khu du lịch Sa Pa, Bắc Hà, hồ Thác Bà và một số huyện.