Hiện nay, ĐHQG TPHCM có 4 trường thành viên: Đại học Bách khoa, Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Khoa học Xã hội - Nhân văn, Đại học Quốc tế cùng Viện Môi trường - Tài nguyên và Khoa Kinh tế.