Barthez đang toả sáng trong màu áo của O. Marseille, và tạo được ấn tượng tốt đẹp với ông Jaques Santini, HLV trưởng đội tuyển Pháp. Hồi giữa mùa giải, Fabien Barthez chuyển sang thi đấu cho Marseille theo bản hợp đồng cho mượn có thời hạn 9 tháng từ MU.