Trung tâm cũng cung cấp dịch vụ bù trừ tiền và chứng khoán giao dịch tại TTGDCK, thực hiện thanh toán chứng khoán thông qua tài khoản lưu ký chứng khoán, cung cấp dịch vụ đại lý chuyển nhượng đối với các loại chứng khoán niêm yết và không niêm yết.