Sự tái hợp này xuất hiện khi hai chủng virut (ví dụ như H5N1 và H3N2) xâm nhập và nhân lên trong cùng một tế bào, chúng trao đổi cho nhau một hoặc một số đoạn vật chất di chuyển để tạo ra một virut mới có khả năng gây bệnh lớn hơn rất nhiều hai virut ban đầu.