Bộ GD-ĐT cũng cho rằng: Đổi mới cơ chế HP phải gắn liền với đổi mới cơ chế quản lý đơn vị sự nghiệp công (theo cơ chế hạch toán thu chi và tăng quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cho các cơ sở GD và đổi mới cơ chế đầu tư ngân sách cho GD: Nhà nước ưu tiên ngân sách cho GD phổ cập, vùng dân tộc, vùng kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.