Được hình thành từ các nguồn ngân sách Nhà nước (thành phố và trung ương); vốn tự nguyện đóng góp, tài trợ không hoàn lại, hoặc không phải trả lãi của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước; lợi nhuận từ hoạt động cho vay, Quỹ sẽ tài trợ trực tiếp cho chương trình phát triển nguồn nhân lực CNTT theo kế hoạch xây dựng hàng năm, cũng như cho các đơn vị, tổ chức, cá nhân vay để đào tạo CNTT.