Tuy nhiên, đoàn công tác liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ thẩm định những vấn đề còn có ý kiến khác nhau trong kết luận thanh tra VNPT, bao gồm Bộ Kế hoạch - đầu tư (chủ trì), Bộ Tài chính, Bộ Bưu chính - viễn thông, Bộ Khoa học - công nghệ, Thanh tra Nhà nước đã không thống nhất với nhau về hai vấn đề trên.