Các nước này cũng gặp lúng túng khi sử dụng các phương pháp thay thế khi không có trị giá giao dịch của hàng nhập khẩu và vấn đề vướng mắc cơ bản là làm thế nào để chứng minh trị giá giao dịch thực tế. Từ thực tế áp dụng của các nước châu Á - Thái Bình Dương, có thể thấy một số khó khăn liên quan đến năng lực của cơ quan Hải quan và cơ cấu tổ chức của ngành Hải quan khi Hiệp định có hiệu lực.