Theo cơ chế bộ chủ quản của phần lớn bộ ngành, bộ chủ quản đảm đương rất nhiều công việc tác nghiệp cụ thể của các trường ĐH, ra quyết định nhiều vấn đề lẽ ra thuộc quyền tự chủ của nhà trường, buộc nhà trường phải xin ý kiến bộ một cách hình thức nhiều việc mà thực tế bộ không quán xuyến được.