Học viện có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, tài khoản riêng. Theo quyết định trên, Bộ trưởng Bộ Y tế quy định cụ thể về chức năng, nhiệm vụ, cơ chế làm việc và cơ cấu tổ chức của Học viện, qua đó, phát huy tốt tiềm năng các cơ sở nghiên cứu và đào tạo về y dược học cổ truyền.