Trong thời gian đầu sau khi chuyển giao giữa các trung tâm, các hoạt động nghiệp vụ tạm thời phân định trong nội bộ trung tâm: Trụ sở chính sẽ thực hiện đăng ký, lưu ký và thanh toán bù trừ cho các chứng khoán đăng ký giao dịch tại Trung tâm Giao dịch chứng khoán Hà Nội; chi nhánh TP.HCM sẽ thực hiện các nghiệp vụ đăng ký, lưu ký và thanh toán bù trừ cho các chứng khoán niêm yết tại TP.HCM..