Trong MISA-AD 6.0mỗi phần hành chính kế toán có một quy trình hạch toán riêng trên các giao dịch liên quan như: dự toán chi, tiền mặt tại quỹ, tiền gửi ngân hàng, kho bạc, vật tư hàng hoá, công cụ dụng cụ tài sản cố định tiền lương... Phần mềm cũng cung cấp biểu mẫu, báo cáo hoạt động có thu và cho phép nhập các chỉ tiêu dự toán phục vụ cho báo cáo.