Hiện nay, Chủ tịch Hội đồng quản trị và Hiệu trưởng cũ không bàn giao công việc, gây khó khăn cho việc ổn định trường. Theo Bộ GDĐT, trong quá trình hoạt động, Hội đồng quản trị khóa 2 (từ tháng 4/2001) thường xuyên bất đồng ý kiến, mất đoàn kết.