Tuy nhiên, nghiên cứu phát hiện chủng virus H5N1 trên người, gia cầm, thủy cầm đầu năm 2005 đã có những đột biến nghiêm trọng, tập trung vào những vùng chức năng chủ yếu của gen virus cúm gia cầm, đặc biệt là trên những kháng nguyên bề mặt (HA, NA) và những vị trí quyết định ký chủ cũng như khu vực qui định độc lực (trên gen HA, PB2, NS).