Nếu cần lọc 3 lần thì có hệ thống lọc 3 tầng; lọc 4 lần có hệ thống lọc 4 tầng... Hệ thống lọc thường theo các giai đoạn: lọc thô, lọc tinh, khử mùi, lọc khử các tạp chất vô cơ hay hữu cơ, lọc khử các tạp chất ion rồi tiệt trùng bằng tia cực tím.