Tại Hà Nội, Bộ Y tế đã chỉ định một số bệnh viện chuyên điều trị bệnh nhân cúm H5N1, trong đó tuyến trung ương có Viện Y học lâm sàng các bệnh nhiệt đới và BV Nhi Trung ương, cùng sự hỗ trợ của BV Đống Đa, Bệnh viện Bắc Thăng Long và BV Đa khoa Đức Giang.