Với xuất phát điểm trên, Dưới cờ đại nghĩa dẫn dắt khán giả lướt qua từng cột mốc quan trọng của dân tộc thông qua câu chuyện về tình bạn có một không hai giữa đôi nhân vật huyền thoại: Bảy Viễn (Quốc Thái) và Mười Trí (Trung Dũng) - hai người bạn giang hồ từng sống chết có nhau nhưng rốt cuộc lại đi theo hai con đường ngược lại.