Một trong những nguyên nhân là đề tốt nghiệp cao hơn trình độ của học sinh lớp 9 thuộc diện học lực trung bình. Sau khi xem xét đề nghị của Khánh Hoà, các cơ quan của bộ gồm Vụ Giáo dục phổ thông, Thanh tra, Cục Khảo thí và Vụ Pháp chế đã thống nhất phương án: đồng ý cho Khánh Hoà thi tốt nghiệp THCS đợt 2.