Mục đích của Sáng kiến chung Nhật Bản - Việt Nam là xác định và đưa ra các biện pháp ưu tiên mà Chính phủ Việt Nam cần thực hiện nhằm thúc đẩy sự phát triển mạnh mẽ của nền kinh tế của Việt Nam.