Quần đảo này tiếp nối với các đảo của vịnh Hạ Long tạo nên một quần thể đảo và hang động trên biển và là nơi hội tụ đầy đủ các hệ sinh thái tiêu biểu nhất Việt Nam: hệ sinh thái rừng mưa nhiệt đới trên đảo đá vôi, rừng ngập mặn, thảm rong cỏ biển, các rạng san hô và đặc biệt là hệ thống hang động, thung áng.