Bảo tồn tính đa dạng hệ sinh thái quần đảo biển vùng Đông Bắc của VN, bảo tồn các nguồn gen bao gồm các nguồn gen quý hiếm, đặc hữu tiêu biểu, đại diện cho toàn khu vực Cát Bà - Hạ Long; đại diện cho toàn bộ hệ thống đảo đá vôi của VN cả về sinh thái, cảnh quan, địa hình; bảo vệ và phát triển hệ sinh thái thực vật ngập mặn, phục hồi và phát triển hệ sinh thái san hô, cỏ biển.