Qua 2 năm thí điểm, Bộ GD-ĐT nhận định, nội dung chương trình, sách giáo khoa một số môn học và hoạt động giáo dục mới đưa vào kế hoạch giáo dục của trường THPT phân ban như môn tin học, hoạt động giáo dục ngoài giờ lên lớp, hoạt động giáo dục hướng nghiệp và dạy học tự chọn chưa có sự chuẩn bị về đội ngũ giáo viên, cơ sở vật chất, thiết bị dạy học và chế độ chính sách nên đã gặp nhiều khó khăn trong quá trình thực hiện kế hoạch giáo dục.