Báo Phú Yên điện tử có 16 chuyên mục chính với hơn 30 tiểu mục, trong đó có những chuyên mục đặc trưng như Phú Yên- cơ hội đầu tư, Người Phú Yên- Đất Phú Yên, Phú Yên qua ảnh..Tại lễ ra mắt, ông Phạm Ngọc Phi- Tổng biên tập báo Phú Yên cho biết báo Phú Yên điện tử được cập nhật liên tục những thông tin thời sự, chính trị, kinh tế, xã hội diễn ra trong ngày ở Phú Yên, trong nước và quốc tế.