Hiện nay không thể chạy ứng dụng từ một ổ USB, nhưng phần nền của U3 được coi là một desktop ảo di động và có thể dùng trực tiếp mà không cần phải chuyển dữ liệu vào PC. Nhóm U3 đã tạo ra một gói phần nền ổ lưu thông minh bao gồm bộ phát triển phần cứng, bộ phát triển phần mềm, và chương trình hệ thống U3.