Dù thời gian làm thủ tục tương đối nhanh, chỉ từ 15 đến 30 phút nhưng thời gian di chuyển từ tàu này sang tàu khác giữa biển rất nguy hiểm và mất rất nhiều thời gian nên lượng tàu thường ứ đọng, gây sự phiền hà cho các hãng tàu. Đến năm 2003, với chủ trương cải tiến thủ tục hành chính, Nhà nước cho phép các tàu chỉ làm thủ tục ở Cảng vụ Sài Gòn, không còn phải neo lại chờ làm thủ tục nhập cảnh tại Vũng Tàu như trước kia.