Ngoài các nguy cơ làm thất thoát dữ liệu nhạy cảm, các máy MP3 cũng luôn là ổ lây nhiễm đủ loại mã độc như virus, sâu mạng, trojan, spyware vì người dùng luôn lấy máy MP3 của mình để lưu trữ bất kỳ bài hát hoặc dữ liệu nào mình thích mà bất kể nguồn gốc của nó.