Trung tâm có nhiệm vụ thực hiện đăng ký, lưu ký, bù trừ, thanh toán chứng khoán và cung cấp các dịch vụ hỗ trợ việc giao dịch mua, bán chứng khoán. Trung tâm là đơn vị sự nghiệp có thu, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, kinh phí hoạt động do ngân sách nhà nước cấp. Trung tâm có trụ sở chính tại Hà Nội và chi nhánh tại TP HCM.