Đó là: Cho đến nay vẫn chưa xác định được cơ chế lây truyền của virus H5N1, việc sử dụng vắc xin phòng bệnh cúm còn nhiều quan điểm khác nhau ; lực lượng cán bộ thú y đang quá mỏng (chưa có cán bộ thú y ở cấp xã, trong khi đây chính là đầu mối khởi sinh dịch bệnh) không đủ để giám sát theo dõi ; đặc biệt là việc chậm ban hành Nghị định, Thông tư hướng dẫn phù hợp với pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính (chưa có chế tài) khiến cho công tác phát hiện và xử lý các đối tượng vi phạm trong lĩnh vực này gặp rất nhiều trở ngại.