Đó là hệ sinh thái đất ngập nước, rạn san hô, rừng ngập mặn, thảm cỏ biển, hệ sinh thái cửa sông, hệ sinh thái đảo biển, hệ sinh thái bãi cát ven bờ.., với nhiều chức năng sinh thái quý giá như bảo vệ môi trường; là nơi cư trú, sinh sản, vỗ béo và ương nuôi... các thủy sinh vật; là giá đỡ và kè biển tự nhiên phòng chống bão lũ, xói lở, bồi tụ đường bờ... Vịnh Nha Trang có hơn 350 loài cá cảnh biển, khoảng 350 loài san hô.