Việc đổi mới phương pháp giảng dạy hiện nay ở ĐH Cần Thơ được thực hiện ở nhiều khoa, trong đó tập trung vào bốn khoa chính: nông nghiệp, kinh tế - quản trị kinh doanh, khoa học (áp dụng phương pháp giảng dạy theo tình huống), khoa sư phạm (dạy học bằng phương pháp khám phá - hợp tác).