Theo đó, ngay trong năm 2005, sẽ cổ phần hóa 6 đơn vị. 6 đơn vị cổ phần hóa là Công ty Hợp tác lao động với nước ngoài phía Nam, Công ty Vận tải biển III, Công ty Vận tải dầu khí Việt Nam, Công ty Vận tải Đông Đô (sau khi tách Cảng Khuyến Lương về làm đơn vị hạch toán phụ thuộc của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam), Đại lý Hàng hải Việt Nam, Công ty Dịch vụ công nghiệp hàng hải. Cũng theo quyết định trên, năm 2005, sẽ có 4 đơn vị trực thuộc Tổng công ty chuyển đổi sang mô hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên gồm: Công ty Vận tải và thuê tàu biển Việt Nam, Cảng Hải Phòng, Cảng Sài Gòn, Cảng Đà Nẵng. Thủ tướng yêu cầu Hội đồng quản trị Tổng công ty Hàng hải Việt Nam chỉ đạo thực hiện việc sắp xếp, đổi mới công ty nhà nước trực thuộc theo đúng nội dung và tiến độ.