Bộ Giáo dục và Đào tạo đã nhìn thẳng vào yếu kém như phương pháp giáo dục lạc hậu, chậm đổi mới,kỹ năng thực hành và khả năng tự học của số đông học sinh phổ thông còn kém. Báo cáo cũng thừa nhận một số hiện tượng tiêu cực trong giáo dục chậm được giải quyết như tình trạng dạy thêm, học thêm tràn lan; hiện tượng học giả, bằng thật, sao chép luận văn đang có xu hướng lan rộng.