Học viện là cơ sở đào tạo đại học, trực thuộc Bộ Y tế, chịu sự quản lý nhà nước về giáo dục của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Học viện Y Dược học cổ truyền Việt Nam hoạt động theo điều lệ trường đại học.