Bảo Nguyên đã có một quá trình học tập xuất sắc qua các cấp học như: đoạt giải quốc gia môn Toán lớp 5, lớp 9 và môn Tin lớp 12, sinh viên ưu tú 3 năm liền khoa CNTT ĐH quốc gia Singapore (NUS).