Trên cơ sở của 2 bản kế hoạch trên và chỉ đạo của Bộ Y tế, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương cũng đã xây dựng cho viện một kế hoạch riêng trong việc chỉ đạo và phòng chống dịch cúm, trong đó tập trung vào các vấn đề: tổ chức tư vấn cho Bộ Y tế và chỉ đạo cho các tuyến y tế dự phòng toàn quốc về các vấn đề kỹ thuật, dự phòng chống dịch.