Ngay sau khi kết thúc kỳ thi tốt nghiệp THPT và bổ túc THPT 2004-2005, nhiều hội đồng chấm thi đã phát hiện một số trục trặc về đề thi cũng như hướng dẫn chấm thi mà Bộ GDĐT đã gửi cho các tỉnh, thành.