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'''노스웨스턴 블롯'''({{llang|en|northwestern Blot}})은 [[웨스턴 블롯]]과 [[노던 블롯]]의 하이브리드 분석 기술로 [[RNA]]와 [[단백질]] 간의 상호작용을 분석하는데 필요한 분석법이다. [[웨스턴 블롯]]은 [[겔 전기 영동법]]에 의해 분리된 단백질을 [[나이트로셀룰로스]] 막으로 전달하고, 관심 단백질을 검출하는 데 사용한다. 특정 표적 단백질을 포함하는 막의 밴드를 보고 파악한다. [[노던 블롯]]은 관심있는 RNA(또는 분리된 [[전령 RNA]])를 탐지하여 유전자 발현을 연구하는 데 사용된다. 노스웨스턴 블랏은 두 기술을 결합하며, 나이트로셀룰로스 막에 고정된 단백질과 상호작용하는 RNA를 식별한다.

== 기술 특성 ==
노스웨스턴 블롯을 시행하는 것은 RNA 결합 단백질을 겔 전기영동으로 분리하는 것을 포함하는데, 이것은 분자량과 전하에 따라 RNA 결합 단백질을 분리한다. 개별 샘플은 여러 샘플을 동시에 분석하기 위해 아가로스 또는 폴리아크릴라미드 겔(일반적으로 [[폴리아크릴아마이드 겔 전기 영동법|SDS-PAGE]])에 로딩할 수 있다.<ref name="Rapley Text">{{서적 인용|url=https://books.google.com/books?id=bTkQ5E6VFeIC&pg=PA783&lpg=PA783&dq=protocol+for+a+northwestern+blot#v=onepage&q=protocol%20for%20a%20northwestern%20blot&f=false|제목=The Nucleic Acid Protocols Handbook|성=Rapley|이름=R|연도=2000|출판사=Humana Press Inc.|위치=Totowa, NJ|쪽=783|isbn=978-0-89603-459-4}}</ref> [[겔 전기 영동법|겔 전기 영동]]이 완료되면 RNA 결합 단백질이 나이트로셀룰로스 막에 전달된다.<ref>{{저널 인용|제목=Identification of proteins binding specifically to the 3'-untranslated region of granulocyte/macrophage-colony stimulating factro mRNA|저널=Nucleic Acids Research|성=Verena|이름=Bichsel|성2=Alfred Walz|url=http://nar.oxfordjournals.org/content/25/12/2417.full.pdf|날짜=1997|권=25|호=12|쪽=2417–2423|doi=10.1093/nar/25.12.2417|pmc=146745|pmid=9171094|확인날짜=7 May 2014|성3=Matthias Bickel}}</ref>

새로 옮겨진 블롯은 차단 용액에 담근다. 무지방 우유와 소 혈청 알부민(BSA)이 일반적인 차단 완충제다.<ref>{{저널 인용|제목=Activities of adenovirus virus-associated RNAs: Purification and characterization of RNA binding proteins|저널=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|성=Liao|이름=Huey-Jane|성2=Ryuji Kobyashi and Michael B. Matthews|날짜=July 21, 1998|권=95|호=15|쪽=8514–9|bibcode=1998PNAS...95.8514L|doi=10.1073/pnas.95.15.8514|pmc=21107|pmid=9671709|성3=Mathews|이름3=M. B.}}</ref> 이 차단 용액은 나이트로셀룰로스 막에 대한 1차 항체 및 2차 항체의 비특이적 결합을 방지하는 데 도움이 된다. 차단 용액이 블롯과 적절한 접촉 시간을 가지면 특정 경쟁 RNA를 적용하여 상온에서 배양할 수 있는 시간을 준다. 이 시간 동안, 경쟁자 RNA는 블롯 위에 있는 샘플의 RNA 결합 단백질에 결합한다. 이 과정에서 배양 시간은 적용되는 경쟁 RNA의 농도에 따라 달라질 수 있다. 그러나 배양 시간은 일반적으로 1시간이다.<ref>{{서적 인용|제목=Use of non-radioactive detection method for north- and southwestern blot|성=C|이름=Franke|성2=Grafe D|날짜=2009|총서=Methods in Molecular Biology|권=536|쪽=441–9|doi=10.1007/978-1-59745-542-8_44|isbn=978-1-934115-73-2|pmid=19378081|성3=Bartsch H|성4=Bachmann M}}</ref> 배양이 완료된 후, 블럭은 용액의 RNA를 희석시키기 위해 세척할 때마다 최소 3회 이상 세척한다. 일반적인 세척 버퍼에는 PBS(Phosphate Buffered Saline) 또는 10% TWEEN-20 용액이 포함된다.<ref>{{저널 인용|제목=Spnr, a Murine RNA-binding Protein That Is Localized to Cytoplasmic Microtubules|저널=The Journal of Cell Biology|성=Schumacher|이름=Jill|성2=Keesook Lee|날짜=May 1995|권=129|호=4|쪽=1023–1032|doi=10.1083/jcb.129.4.1023|pmc=2120489|pmid=7744952|성3=Susanne Edelhoff|성4=Robert Braun}}</ref> 제대로 하지 않은 세척은 블롯 발생의 명확성에 영향을 미친다. 세척이 완료되면 일반적으로 X선에 의해 블롯이 디벨롭된다.<ref>{{저널 인용|제목=Specific interaction between coronavirus leader RNA and nucleocapsid protein|저널=Journal of Virology|성=Stohlman|이름=S A|성2=R S Baric|url=http://jvi.asm.org/content/62/11/4288.full.pdf+html|연도=1988|총서=11|권=62|호=11|쪽=4288–95|pmc=253863|pmid=2845141|확인날짜=25 March 2014|성3=G N Nelson|성4=L H Soe|성5=L M Welter|성6=R J Deans|archive-date=2019-09-13|archive-url=https://web.archive.org/web/20190913003329/https://jvi.asm.org/content/62/11/4288|url-status=}}</ref>

== 응용 ==
X선이나 자기 방사법을 이용하여 블롯을 디벨롭한 후 결과를 분석하여 단백질을 추가로 연구하기 위해 관심있는 RNA 결합 단백질의 대략적인 크기와 농도를 결정할 수 있다. 블롯에 있는 RNA 결합 단백질의 위치와 농도는 결과에 영향을 줄 수 있으며, 개발 후 밴드가 나타나는 경우도 있다. 이 밴드들은 연구자들이 관심 있는 RNA 결합 단백질의 크기와 농도를 결정하는데 도움을 줄 수 있다.<ref name="Saminathan">{{웹 인용|url=http://www.bio-protocol.org/wenzhang.aspx?id=625|제목=Northwestern Blot of Protein-RNA Interaction from Young Rice Panicles|성=Thangasamy|이름=Saminathan|확인날짜=26 March 2014}}</ref> 단백질의 대략적인 크기가 알려지면 원래 샘플은 [[크로마토그래피]] 기계로 실행해 크기별로 분리할 수 있다.<ref>{{서적 인용|url=https://books.google.com/books?id=IQKYbUsrtZ4C&dq=northwestern+blot+chromatography|제목=Regulation of Gene Expression: Molecular Mechanisms|성=Perdew|이름=Gary|날짜=Aug 17, 2008|출판사=Springer|쪽=129|isbn=9781597452281}}</ref> 또 단백질이 분리되면 [[트립신]](trypsin)으로 분해가 가능하며, 질량 분광법을 활용해 펩타이드를 배열해 특정 단백질의 정체성을 파악할 수 있다.<ref name="Perdew">{{서적 인용|제목=Regulation of Gene Expression: Molecular Mechanisms|성=Gary H. Perdew|성2=Jack P. Vanden Heuvel|날짜=2008|출판사=Springer|쪽=129|isbn=9781597452281|성3=Jeffrey M. Peters}}</ref>

== 장점과 단점 ==
노스웨스턴 블롯의 장점은 RNA를 결합하는 특정 단백질의 신속한 검출과 그 단백질들의 대략적인 분자량을 알 수 있다.<ref name="Smith Book">{{서적 인용|제목=RNA-Protein Interactions : A Practical Approach: A Practical Approach|성=Smith|이름=Christopher W.J.|날짜=1998|출판사=Oxford University Press|쪽=187|isbn=9780191591624}}</ref> 노스웨스턴 블롯은 비용을 적게 들여 식별된 단백질을 검출할 수 있게 한다. 이 블롯은 일반적으로 연구의 첫 번째 단계로, 분자량이 알려지면 [[크로마토그래피]]와 같은 다른 방법을 통해 추가 연구를 가능하게 하기 때문이다. 노스웨스턴 블롯 또 다른 장점은 그것이 동족 [[리간드]]의 발현 라이브러리 구축에 도움을 준다는 것이다.<ref>{{서적 인용|url=https://books.google.com/books?id=Un1VC2_fFZ4C&pg=PA186&lpg=PA186&dq=northwestern+blot+disadvantage#v=onepage&q=northwestern%20blot%20disadvantage&f=false|제목=Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology|성=Waldo|이름=Cohen|날짜=Aug 16, 1991|출판사=Academic Press|쪽=186|isbn=9780080863290}}</ref>

단점은 RNA 결합 특성이 좋지 않은 일부 RNA-단백질 상호작용은 이 기법으로 검출되지 않을 수 있다는 것이다.<ref name="Smith Book"/> 또한 블로킹 절차는 3시간에서 5시간까지 걸릴 수 있다. 절차를 올바르게 수행하지 않으면 식별된 단백질의 불분명한 블롯을 초래할 수 있다. 또 단백질은 분리되어 나이트로셀룰로스 막으로 옮겨진 후에 행해야 한다. 또한 단백질이 겔에서 혼합되는 하나의 폴리펩타이드나 두 개의 서브 유닛으로 구성되어야 한다는 것이다.<ref name="Nicholson">{{서적 인용|url=https://books.google.com/books?id=tzqAKIIe2LMC&pg=PA409&lpg=PA409&dq=northwestern+assay#v=onepage&q=northwestern%20assay&f=false|제목=Ribonucleases, Part A: Functional Roles and Mechanisms of Action: Functional Roles and Mechanisms of Action|성=Nicholson|이름=Allen W.|날짜=2001|출판사=Academic Press|쪽=409|isbn=9780080496917}}</ref>

== 같이 보기 ==
* [[서던 블롯]]
* [[웨스턴 블롯]]
* [[노던 블롯]]
* [[이스턴 블롯]]
* 사우스웨스턴 블롯
* [[겔 전기 영동법]]
* [[폴리아크릴아마이드 겔 전기 영동법|SDS-PAGE]]
* [[크로마토그래피]]

== 각주 ==
{{각주|2}}

[[분류:분자생물학 기술]]
[[분류:단백질 기법]]