{{위키데이터 속성 추적}}
둘 이상의 개체에서 어떤 [[DNA]] 구역이 똑같은 뉴클레오타이드 서열을 가질 때, 그 DNA 구역은 [[유형에 따른 일치|상태에 따라 일치]](identical by state, IBS)한다고 한다. 둘 이상의 개체가 공통 조상으로부터 [[유전자 재조합|재조합]] 없이 IBS 구역을 물려받은 경우, 즉 이들 개체에서 IBS인 DNA 구역의 조상 기원이 똑같을 경우 그 DNA 구역을 '''기원에 따라 일치(identical by descent, IBD)'''한다고 한다. IBD인 DNA 구역은 정의에 따라 IBS가 된다. 하지만 다른 개체에서 나타난 똑같은 [[돌연변이]]나 그 구역을 바꾸지 않는 재조합에 의해 IBD가 아닌 DNA 구역도 IBS가 될 수 있다.
[[파일:Pedigree,_recombination_and_resulting_IBD_segments,_schematic_representation.png|대체글=The origin of IBD segments is depicted via a pedigree.|섬네일| IBD 부분의 기원은 가계도로 표시된다.]]
[[파일:Pedigree,_recombination_and_resulting_IBD_segments,_schematic_representation_modified.png|대체글=The origin of IBD segments is depicted via a pedigree.|섬네일| 위와 똑같은 이미지로, 색맹이 인식할 수 있도록 나타내었다.]]

== 이론 ==
유한한 개체군에 속하는 모든 개체를 과거로 충분히 거슬러 올라가면 모두 관련되므로 IBD [[유전체 (생명과학)|유전체]] 구역을 공유한다. [[감수분열]] 시 IBD 구역은 재조합으로 쪼개진다. 따라서 IBD 구역의 예상 길이는 구역의 유전자자리가 공유하는 [[가장 최근의 공통 조상]] 이후의 세대 수에 따라 다르다. 과거의 공통 조상 ''n'' 세대(감수분열을 포함하면 2''n'') 이후 나타난 IBD 구역의 길이는 평균 1/(2''n'') 모건(M)으로 기하급수적으로 퍼진다.<ref name="Browning.2008">{{저널 인용|제목=Estimation of Pairwise Identity by Descent from Dense Genetic Marker Data in a Population Sample of Haplotypes|저널=Genetics|성=Browning|이름=S. R.|연도=2008|권=178|호=4|쪽=2123–2132|doi=10.1534/genetics.107.084624|pmc=2323802|pmid=18430938}}</ref> IBD 구역의 예상 수는 이 유전자자리가 공유하는 공통 조상 이후의 세대 수에 따라 감소한다. 각 감수분열 과정에서 특정 DNA 구역이 잘릴 확률이 1/2이기 때문에 그 DNA 구역이 서로 IBD일 확률은 2<sup>-2''n''</sup>으로 감소한다.<ref name="Thompson.2008">{{저널 인용|제목=The IBD process along four chromosomes|저널=Theoretical Population Biology|성=Thompson|이름=E. A.|저자링크=Elizabeth A. Thompson|연도=2008|권=73|호=3|쪽=369–373|doi=10.1016/j.tpb.2007.11.011|pmc=2518088|pmid=18282591}}</ref>

== 적용 ==
IBD 구역을 확인하면 다양한 목적으로 사용할 수 있다. 위에서 언급한 것과 같이 공유하는 IBD 양(길이와 수)은 검사한 개인의 가족 관계에 따라 다르다. 따라서 IBD 구역을 탐지하면 유연관계를 정량화할 수 있다.<ref name="Albrechtsen.2009"/><ref name="Browning.2010">{{저널 인용|제목=High-Resolution Detection of Identity by Descent in Unrelated Individuals|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Browning|이름=S. R.|성2=Browning|이름2=B. L.|연도=2010|권=86|호=4|쪽=526–539|doi=10.1016/j.ajhg.2010.02.021|pmc=2850444|pmid=20303063}}</ref><ref name="Gusev.2009"/><ref name="Purcell.2007"/> 유연관계를 측정하면 [[법의유전학|법의학 유전학]]에서나<ref name="Evett.1998">{{서적 인용|url=https://books.google.com/books?id=J1V3QgAACAAJ|제목=Interpreting DNA Evidence: Statistical Genetics for Forensic Scientists|성=Ian W. Evett|성2=Bruce S. Weir|날짜=January 1998|출판사=Sinauer Associates, Incorporated|isbn=978-0-87893-155-2}}</ref> [[유전자 연관]] 지도 작성에서 많은 정보를 얻을 수 있고,<ref name="Albrechtsen.2009" /><ref name="Leutenegger.2003">{{저널 인용|제목=Estimation of the Inbreeding Coefficient through Use of Genomic Data|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Leutenegger|이름=A.|성2=Prum|이름2=B.|연도=2003|권=73|호=3|쪽=516–523|doi=10.1086/378207|pmc=1180677|pmid=12900793|성3=Genin|이름3=E.|성4=Verny|이름4=C.|성5=Lemainque|이름5=A.|성6=Clergetdarpoux|이름6=F.|성7=Thompson|이름7=E.|저자링크7=Elizabeth A. Thompson}}</ref> 표준 연관성 연구에서 새로운 관계에서의 편향을 줄이는 데도 도움을 준다.<ref name="Purcell.2007" /><ref name="Voight.2005">{{저널 인용|제목=Confounding from Cryptic Relatedness in Case-Control Association Studies|저널=PLOS Genetics|성=Voight|이름=B. F.|성2=Pritchard|이름2=J. K.|연도=2005|권=1|호=3|쪽=e32|doi=10.1371/journal.pgen.0010032|pmc=1200427|pmid=16151517}}</ref> 또한, IBD는 [[대치법 (유전학)|유전자형 귀속]]이나 [[하플로타입]] [[생식자 위상|위상]] 추론에도 쓰인다.<ref name="Kong.2008">{{저널 인용|제목=Detection of sharing by descent, long-range phasing and haplotype imputation|저널=Nature Genetics|성=Kong|이름=A.|성2=Masson|이름2=G.|연도=2008|권=40|호=9|쪽=1068–1075|doi=10.1038/ng.216|pmc=4540081|pmid=19165921|성3=Frigge|이름3=M. L.|성4=Gylfason|이름4=A.|성5=Zusmanovich|이름5=P.|성6=Thorleifsson|이름6=G.|성7=Olason|이름7=P. I.|성8=Ingason|이름8=A.|성9=Steinberg|이름9=S.}}</ref><ref name="Gusev.2012"/><ref name="Browning.2009">{{저널 인용|제목=A Unified Approach to Genotype Imputation and Haplotype-Phase Inference for Large Data Sets of Trios and Unrelated Individuals|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Browning|이름=B. L.|성2=Browning|이름2=S. R.|연도=2009|권=84|호=2|쪽=210–223|doi=10.1016/j.ajhg.2009.01.005|pmc=2668004|pmid=19200528}}</ref> 짧은 영역으로 쪼개진 길게 공유된 IBD 구역은 위상 오류를 나타낼 수 있다.<ref name="Gusev.2009" /><ref name="Hochreiter.2013"/> {{참고 쪽|SI}}

=== IBD 지도 작성 ===
IBD 지도 작성<ref name="Albrechtsen.2009"/>은 연관 분석과 비슷하지만 관련 없는 개체 집단에서 알려진 가계도 없이도 수행할 수 있다. IBD 지도 작성은 여러 희귀 질환 감수성 변이를 포함하는 유전자나 유전체 영역의 지도를 작성하는 힘을 증가시켜주는 새로운 형태의 연관성 분석으로 볼 수 있다.<ref name="Purcell.2007"/><ref name="Browning.2012b"/>

시뮬레이션된 데이터를 사용하여 Browning과 Thompson 은 유전자 내의 여러 희귀 변이가 질병 감수성에 기여할 때 IBD 매핑이 연관 테스트보다 더 높은 힘을 갖는다는 것을 보여주었다.<ref name="Browning.2012b">{{저널 인용|제목=Detecting Rare Variant Associations by Identity-by-Descent Mapping in Case-Control Studies|저널=Genetics|성=Browning|이름=S. R.|성2=Thompson|이름2=E. A.|저자링크2=Elizabeth A. Thompson|연도=2012|권=190|호=4|쪽=1521–1531|doi=10.1534/genetics.111.136937|pmc=3316661|pmid=22267498}}</ref> IBD 매핑을 통해 표준 연관 테스트는 실패했지만 고립된 개체군과 이종교배 개체군에서 게놈 전체의 [[통계적 유의성|중요한]] 영역이 발견되었다.<ref name="Gusev.2012">{{저널 인용|제목=Low-Pass Genome-Wide Sequencing and Variant Inference Using Identity-by-Descent in an Isolated Human Population|저널=Genetics|성=Gusev|이름=A.|성2=Shah|이름2=M. J.|연도=2011|권=190|호=2|쪽=679–689|doi=10.1534/genetics.111.134874|pmc=3276614|pmid=22135348|성3=Kenny|이름3=E. E.|성4=Ramachandran|이름4=A.|성5=Lowe|이름5=J. K.|성6=Salit|이름6=J.|성7=Lee|이름7=C. C.|성8=Levandowsky|이름8=E. C.|성9=Weaver|이름9=T. N.}}</ref><ref name="Gusev.2011"/> Howen et al. IBD 공유를 사용하여 격리된 어업 집단에서 양성 재발성 간내 담즙 정체를 담당하는 유전자의 염색체 위치를 식별했다.<ref name="Houwen.1994">{{저널 인용|제목=Genome screening by searching for shared segments: Mapping a gene for benign recurrent intrahepatic cholestasis|저널=Nature Genetics|성=Houwen|이름=R. H. J.|성2=Baharloo|이름2=S.|url=http://repub.eur.nl/pub/55192|연도=1994|권=8|호=4|쪽=380–386|doi=10.1038/ng1294-380|pmc=|pmid=7894490|성3=Blankenship|이름3=K.|성4=Raeymaekers|이름4=P.|성5=Juyn|이름5=J.|성6=Sandkuijl|이름6=L. A.|성7=Freimer|이름7=N. B.}}</ref> Kenny et al. 또한 분리된 개체군을 사용하여 GWAS( genome-wide association study)에서 발견된 혈장 [[피토스테롤|식물 스테롤]] (PPS) 수준의 신호를 미세 매핑하는데, 이는 장에서 콜레스테롤 흡수를 측정하는 대리 측정이다.<ref name="Kenny.2009">{{저널 인용|제목=Systematic haplotype analysis resolves a complex plasma plant sterol locus on the Micronesian Island of Kosrae|저널=Proceedings of the National Academy of Sciences|성=Kenny|이름=E. E.|성2=Gusev|이름2=A.|연도=2009|권=106|호=33|쪽=13886–13891|bibcode=2009PNAS..10613886K|doi=10.1073/pnas.0907336106|pmc=2728990|pmid=19667188|성3=Riegel|이름3=K.|성4=Lutjohann|이름4=D.|성5=Lowe|이름5=J. K.|성6=Salit|이름6=J.|성7=Maller|이름7=J. B.|성8=Stoffel|이름8=M.|성9=Daly|이름9=M. J.}}</ref> Francks et al. 사례 대조군 샘플의 유전자형 데이터를 사용하여 [[조현병|정신 분열증]] 및 [[양극성 장애]]에 대한 잠재적인 감수성 유전자좌를 식별할 수 있었다.<ref name="Francks.2008">{{저널 인용|제목=Population-based linkage analysis of schizophrenia and bipolar case–control cohorts identifies a potential susceptibility locus on 19q13|저널=Molecular Psychiatry|성=Francks|이름=C.|성2=Tozzi|이름2=F.|연도=2008|권=15|호=3|쪽=319–325|doi=10.1038/mp.2008.100|pmc=|pmid=18794890|성3=Farmer|이름3=A.|성4=Vincent|이름4=J. B.|성5=Rujescu|이름5=D.|성6=St Clair|이름6=D.|성7=Muglia|이름7=P.}}</ref> Linet al. [[다발성 경화증]] 환자의 데이터 세트에서 게놈 전체에 중요한 연관 신호를 발견했다.<ref name="Lin.2013">{{저널 인용|제목=Identity-by-Descent Mapping to Detect Rare Variants Conferring Susceptibility to Multiple Sclerosis|저널=PLOS ONE|성=Lin|이름=R.|성2=Charlesworth|이름2=J.|연도=2013|편집자-성=Toland|편집자-이름=Amanda Ewart|권=8|호=3|쪽=e56379|bibcode=2013PLoSO...856379L|doi=10.1371/journal.pone.0056379|pmc=3589405|pmid=23472070|성3=Stankovich|이름3=J.|성4=Perreau|이름4=V. M.|성5=Brown|이름5=M. A.|성6=Anzgene|이름6=B. V.|성7=Taylor|이름7=B. V.}}</ref> Letouzéet al. [[암]] 샘플에서 [[창시자 효과|창시자 돌연변이]]를 찾기 위해 IBD 매핑을 사용했다.<ref name="Letouze.2012">{{저널 인용|제목=Identity by Descent Mapping of Founder Mutations in Cancer Using High-Resolution Tumor SNP Data|저널=PLOS ONE|성=Letouzé|이름=E.|성2=Sow|이름2=A.|연도=2012|편집자-성=Mailund|편집자-이름=Thomas|권=7|호=5|쪽=e35897|bibcode=2012PLoSO...735897L|doi=10.1371/journal.pone.0035897|pmc=3342326|pmid=22567117|성3=Petel|이름3=F.|성4=Rosati|이름4=R.|성5=Figueiredo|이름5=B. C.|성6=Burnichon|이름6=N.|성7=Gimenez-Roqueplo|이름7=A. P.|성8=Lalli|이름8=E.|성9=De Reyniès|이름9=A. L.}}</ref>
[[파일:IBD_segment_detected_by_HapFABIA_in_1000Genomes.png|대체글=An IBD segment identified by HapFABIA in the 1000 Genomes|섬네일| 아시아 유전체에서 HapFABIA로 식별된 IBD 구역. IBD 구역을 태그하는 드문 단일 뉴클레오타이드 변이(single nucleotide variants, SNV)는 보라색으로 표시했다. 청록색 막대 아래에는 아주 오래된 유전체의 IBD 구역을 표시했다.]]

=== IBD의 집단유전학 ===
인간 게놈에서 [[자연선택|자연 선택]]의 검출은 검출된 IBD 세그먼트를 통해서도 가능하다. 선택은 일반적으로 모집단의 개인들 사이에서 IBD 세그먼트의 수를 증가시키는 경향이 있다. 과도한 IBD 공유가 있는 영역을 스캔하여 인간 게놈에서 강력하고 가장 최근에 선택되었던 영역을 식별할 수 있다.<ref name="Albrechtsen.2010">{{저널 인용|제목=Natural Selection and the Distribution of Identity-by-Descent in the Human Genome|저널=Genetics|성=Albrechtsen|이름=A.|성2=Moltke|이름2=I.|연도=2010|권=186|호=1|쪽=295–308|doi=10.1534/genetics.110.113977|pmc=2940294|pmid=20592267|성3=Nielsen|이름3=R.}}</ref><ref name="Han.2013">{{저널 인용|제목=Identity by descent estimation with dense genome-wide genotype data|저널=Genetic Epidemiology|성=Han|이름=L.|성2=Abney|이름2=M.|연도=2011|권=35|호=6|쪽=557–567|doi=10.1002/gepi.20606|pmc=3587128|pmid=21769932}}</ref>

그 외에도 IBD 세그먼트는 인구 구조에 대한 다른 영향을 측정하고 식별하는 데 유용할 수 있다.<ref name="Purcell.2007"/><ref name="Cockerham.1983">{{저널 인용|제목=Variance of actual inbreeding|저널=Theoretical Population Biology|성=Cockerham|이름=C. C.|성2=Weir|이름2=B. S.|연도=1983|권=23|호=1|쪽=85–109|doi=10.1016/0040-5809(83)90006-0|pmid=6857551}}</ref><ref name="Gusev.2012b">{{저널 인용|제목=The Architecture of Long-Range Haplotypes Shared within and across Populations|저널=Molecular Biology and Evolution|성=Gusev|이름=A.|성2=Palamara|이름2=P. F.|연도=2011|권=29|호=2|쪽=473–486|doi=10.1093/molbev/msr133|pmc=3350316|pmid=21984068|성3=Aponte|이름3=G.|성4=Zhuang|이름4=Z.|성5=Darvasi|이름5=A.|성6=Gregersen|이름6=P.|성7=Pe'Er|이름7=I.}}</ref><ref name="Palamara.2012">{{저널 인용|제목=Length Distributions of Identity by Descent Reveal Fine-Scale Demographic History|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Palamara|이름=P. F.|성2=Lencz|이름2=T.|연도=2012|권=91|호=5|쪽=809–822|doi=10.1016/j.ajhg.2012.08.030|pmc=3487132|pmid=23103233|성3=Darvasi|이름3=A.|성4=Pe’Er|이름4=I.}}</ref><ref name="Palamara.2013">{{저널 인용|제목=Inference of historical migration rates via haplotype sharing|저널=Bioinformatics|성=Palamara|이름=P. F.|성2=Pe'Er|이름2=I.|연도=2013|권=29|호=13|쪽=i180–i188|doi=10.1093/bioinformatics/btt239|pmc=3694674|pmid=23812983}}</ref> Gusev et al. IBD 세그먼트가 [[개체군 병목현상|병목 현상]] 및 혼합 을 포함한 인구 통계학적 기록을 추정하기 위해 추가 모델링과 함께 사용될 수 있음을 보여주었다.<ref name="Gusev.2012b" /> 유사한 모델 사용 Palamara et al. 및 Carmi et al. [[아슈케나즈 유대인|Ashkenazi 유대인]] 과 케냐 [[마사이인|마사이족]] 개인의 [[역사인구학|인구 통계학적 역사]]를 재구성했다.<ref name="Palamara.2012" /><ref name="Palamara.2013" /><ref name="Carmi.2013">{{저널 인용|제목=The Variance of Identity-by-Descent Sharing in the Wright-Fisher Model|저널=Genetics|성=Carmi|이름=S.|성2=Palamara|이름2=P. F.|연도=2013|권=193|호=3|쪽=911–928|arxiv=1206.4745|doi=10.1534/genetics.112.147215|pmc=3584006|pmid=23267057|성3=Vacic|이름3=V.|성4=Lencz|이름4=T.|성5=Darvasi|이름5=A.|성6=Pe'Er|이름6=I.}}</ref> Botiguet al. 유럽 인구 간의 아프리카 가계 차이를 조사했다.<ref name="Botigue.2013">{{저널 인용|제목=Gene flow from North Africa contributes to differential human genetic diversity in southern Europe|저널=Proceedings of the National Academy of Sciences|성=Botigue|이름=L. R.|성2=Henn|이름2=B. M.|연도=2013|권=110|호=29|쪽=11791–11796|bibcode=2013PNAS..11011791B|doi=10.1073/pnas.1306223110|pmc=3718088|pmid=23733930|성3=Gravel|이름3=S.|성4=Maples|이름4=B. K.|성5=Gignoux|이름5=C. R.|성6=Corona|이름6=E.|성7=Atzmon|이름7=G.|성8=Burns|이름8=E.|성9=Ostrer|이름9=H.}}</ref> Ralph와 Coop은 IBD 검출을 사용하여 다양한 유럽 인구<ref name="Ralph.2013">{{저널 인용|제목=The Geography of Recent Genetic Ancestry across Europe|저널=PLOS Biology|성=Ralph|이름=P.|성2=Coop|이름2=G.|연도=2013|편집자-성=Tyler-Smith|편집자-이름=Chris|권=11|호=5|쪽=e1001555|doi=10.1371/journal.pbio.1001555|pmc=3646727|pmid=23667324}}</ref>와 Gravel et al.의 공통 조상을 정량화했다. 유사하게 아메리카 대륙 인구의 유전적 역사에 대한 결론을 도출하려고 노력했다.<ref name="Gravel.2013">{{저널 인용|제목=Reconstructing Native American Migrations from Whole-Genome and Whole-Exome Data|저널=PLOS Genetics|성=Gravel|이름=S.|성2=Zakharia|이름2=F.|연도=2013|편집자-성=Williams|편집자-이름=Scott M|권=9|호=12|쪽=e1004023|arxiv=1306.4021|doi=10.1371/journal.pgen.1004023|pmc=3873240|pmid=24385924|성3=Moreno-Estrada|이름3=A.|성4=Byrnes|이름4=J. K.|성5=Muzzio|이름5=M.|성6=Rodriguez-Flores|이름6=J. L.|성7=Kenny|이름7=E. E.|성8=Gignoux|이름8=C. R.|성9=Maples|이름9=B. K.}}</ref> Ringbauer et al. 지난 세기 동안 동유럽 내 분산을 추정하기 위해 IBD 세그먼트의 지리적 구조를 활용했다.<ref>{{저널 인용|제목=Inferring Recent Demography from Isolation by Distance of Long Shared Sequence Blocks|저널=Genetics|성=Ringbauer|이름=Harald|성2=Coop|이름2=Graham|url=http://www.genetics.org/content/205/3/1335|날짜=2017-03-01|권=205|호=3|쪽=1335–1351|언어=en|doi=10.1534/genetics.116.196220|issn=0016-6731|pmc=5340342|pmid=28108588|성3=Barton|이름3=Nicholas H.}}</ref> [[1000 유전체 프로젝트|1000개의 게놈]] 데이터를 사용하여 Hochreiter는 아프리카, 아시아 및 유럽 인구 간의 IBD 공유와 [[네안데르탈인]] 또는 [[데니소바인|데니소바]] 와 같은 고대 게놈과 공유되는 IBD 세그먼트의 차이를 발견했다.<ref name="Hochreiter.2013"/>

== 방법 및 소프트웨어 ==
관련 없는 개인의 IBD 구역 감지 프로그램에는 다음과 같은 것들이 있다.

* [https://www.biorxiv.org/content/early/2017/01/26/103325 RAPID] : Positional Burrows-Wheeler Transform을 사용하는 바이오뱅크 규모 코호트에서 하강 감지에 의한 초고속 식별<ref name="Naseri 2017">Naseri A, Liu X, Zhang S, Zhi D. Ultra-fast Identity by Descent Detection in Biobank-Scale Cohorts using Positional Burrows–Wheeler Transform BioRxiv 2017.</ref>
* [http://parente.stanford.edu/ Parente] : unphased genotype 데이터에서 개인 쌍 간의 IBD 세그먼트 식별<ref name="Rodriguez 2013">Rodriguez JM, Batzoglou S, Bercovici S. An accurate method for inferring relatedness in large datasets of unphased genotypes via an embedded likelihood-ratio test. RECOMB 2013, LNBI 7821:212-229.</ref>
* [http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html BEAGLE/fastIBD] : 게놈 전체의 [[단일염기 다형성|SNP]] 데이터에서 개인 쌍 사이의 IBD 세그먼트를 찾는다.<ref name="Browning.2011">{{저널 인용|제목=A Fast, Powerful Method for Detecting Identity by Descent|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Browning|이름=B. L.|성2=Browning|이름2=S. R.|연도=2011|권=88|호=2|쪽=173–182|doi=10.1016/j.ajhg.2011.01.010|pmc=3035716|pmid=21310274}}</ref>
* [https://web.archive.org/web/20131231192206/http://faculty.washington.edu/browning/beagle/b4.html BEAGLE/RefinedIBD] : 해싱 방법을 사용하여 개인 쌍에서 IBD 세그먼트를 찾고 가능성 비율을 통해 중요도 평가<ref name="Browning.2013b">{{저널 인용|제목=Improving the Accuracy and Efficiency of Identity-by-Descent Detection in Population Data|저널=Genetics|성=Browning|이름=B. L.|성2=Browning|이름2=S. R.|연도=2013|권=194|호=2|쪽=459–471|doi=10.1534/genetics.113.150029|pmc=3664855|pmid=23535385}}</ref>
* [http://faculty.washington.edu/browning/ibdseq.html IBDseq] : 시퀀싱 데이터에서 pairwise IBD 세그먼트 감지<ref name="Browning.2013">{{저널 인용|제목=Detecting Identity by Descent and Estimating Genotype Error Rates in Sequence Data|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Browning|이름=B. L.|성2=Browning|이름2=S. R.|연도=2013|권=93|호=5|쪽=840–851|doi=10.1016/j.ajhg.2013.09.014|pmc=3824133|pmid=24207118}}</ref>
* [http://gusevlab.org/projects/germline/ GERMLINE] : 개인 쌍으로 선형 시간 IBD 세그먼트에서 발견<ref name="Gusev.2009">{{저널 인용|제목=Whole population, genome-wide mapping of hidden relatedness|저널=Genome Research|성=Gusev|이름=A.|성2=Lowe|이름2=J. K.|연도=2008|권=19|호=2|쪽=318–326|doi=10.1101/gr.081398.108|pmc=2652213|pmid=18971310|성3=Stoffel|이름3=M.|성4=Daly|이름4=M. J.|성5=Altshuler|이름5=D.|성6=Breslow|이름6=J. L.|성7=Friedman|이름7=J. M.|성8=Pe'Er|이름8=I.}}</ref>
* [http://www1.cs.columbia.edu/~gusev/dash/ DASH] : 단일 일배체형을 공유할 가능성이 있는 개인 클러스터를 추론하기 위해 쌍으로 IBD 세그먼트를 구축한다.<ref name="Gusev.2011">{{저널 인용|제목=DASH: A Method for Identical-by-Descent Haplotype Mapping Uncovers Association with Recent Variation|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Gusev|이름=A.|성2=Kenny|이름2=E. E.|연도=2011|권=88|호=6|쪽=706–717|doi=10.1016/j.ajhg.2011.04.023|pmc=3113343|pmid=21620352|성3=Lowe|이름3=J. K.|성4=Salit|이름4=J.|성5=Saxena|이름5=R.|성6=Kathiresan|이름6=S.|성7=Altshuler|이름7=D. M.|성8=Friedman|이름8=J. M.|성9=Breslow|이름9=J. L.}}</ref>
* [https://web.archive.org/web/20131124040826/http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml PLINK] : pairwise IBD 부분 검출 방법을 포함하는 전체 게놈 연관 및 인구 기반 연관 분석을 위한 도구 세트<ref name="Purcell.2007">{{저널 인용|제목=PLINK: A Tool Set for Whole-Genome Association and Population-Based Linkage Analyses|저널=The American Journal of Human Genetics|성=Purcell|이름=S.|성2=Neale|이름2=B.|연도=2007|권=81|호=3|쪽=559–575|doi=10.1086/519795|pmc=1950838|pmid=17701901|성3=Todd-Brown|이름3=K.|성4=Thomas|이름4=L.|성5=Ferreira|이름5=M. A. R.|성6=Bender|이름6=D.|성7=Maller|이름7=J.|성8=Sklar|이름8=P.|성9=De Bakker|이름9=P. I. W.}}</ref>
* [http://www.popgen.dk/software/index.php/Relate Relate] : SNP를 사용하여 특정 유전자좌에 있는 개인 쌍 간의 IBD 확률 추정<ref name="Albrechtsen.2009">{{저널 인용|제목=Relatedness mapping and tracts of relatedness for genome-wide data in the presence of linkage disequilibrium|저널=Genetic Epidemiology|성=Albrechtsen|이름=A.|성2=Sand Korneliussen|이름2=T.|연도=2009|권=33|호=3|쪽=266–274|doi=10.1002/gepi.20378|pmc=|pmid=19025785|성3=Moltke|이름3=I.|성4=Van Overseem Hansen|이름4=T.|성5=Nielsen|이름5=F. C.|성6=Nielsen|이름6=R.}}</ref>
* [http://people.binf.ku.dk/ida/Software/MCMC_IBDfinder/ MCMC_IBDfinder] : 여러 개인에서 IBD 세그먼트를 찾기 위한 [[마르코프 연쇄 몬테카를로|Markov chain Monte Carlo]] (MCMC) 기반<ref name="Moltke.2011">{{저널 인용|제목=A method for detecting IBD regions simultaneously in multiple individuals--with applications to disease genetics|저널=Genome Research|성=Moltke|이름=I.|성2=Albrechtsen|이름2=A.|연도=2011|권=21|호=7|쪽=1168–1180|doi=10.1101/gr.115360.110|pmc=3129259|pmid=21493780|성3=Hansen|이름3=T. V. O.|성4=Nielsen|이름4=F. C.|성5=Nielsen|이름5=R.}}</ref>
* [http://www.cs.ucla.edu/~danhe/Software/IBDGroupon.html IBD-Groupon] : pairwise IBD 관계를 기반으로 group-wise IBD 세그먼트 감지<ref name="He.2013">{{저널 인용|제목=IBD-Groupon: An efficient method for detecting group-wise identity-by-descent regions simultaneously in multiple individuals based on pairwise IBD relationships|저널=Bioinformatics|성=He|이름=D.|연도=2013|권=29|호=13|쪽=i162–i170|doi=10.1093/bioinformatics/btt237|pmc=3694672|pmid=23812980}}</ref>
* [http://www.bioinf.jku.at/research/short-IBD/ HapFABIA] : 여러 개인에서 동시에 대규모 [[DNA 시퀀싱|시퀀싱]] 데이터의 희귀 변이를 특징으로 하는 매우 짧은 IBD 세그먼트 식별<ref name="Hochreiter.2013">{{저널 인용|제목=HapFABIA: Identification of very short segments of identity by descent characterized by rare variants in large sequencing data|저널=Nucleic Acids Research|성=Hochreiter|이름=S.|연도=2013|권=41|호=22|쪽=e202|doi=10.1093/nar/gkt1013|pmc=3905877|pmid=24174545}}</ref>

== 같이 보기 ==

* 연관 지도 작성
* 유전자 연관성
* [[유전자 연관]]
* 전체유전체 연관 연구
* 유형에 따른 일치
* [[연관 불평형]]
* [[집단유전학]]

== 각주 ==
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