Patent WO-2007014257-A3 (WO)
Title: Modeles metaboliques multicellulaires et methodes associees
Inventor: FAMILI IMANDOKHT
IPC: G16B50/10
Filed: 2006-07-21
Abstract: La présente invention concerne un ou des supports lisibles par un ordinateur qui comprend/comprennent : (a) une première structure de données reliant une pluralité de réactants à une pluralité de réactions, dans une cellule, chacune desdites réactions comprenant un réactant identifié comme étant un substrat de la réaction, un réactant identifié en tant que produit de la réaction et un coefficient stoechiométrique reliant le substrat et le produit; (b) une deuxième structure de données reliant une pluralité de réactants à une pluralité de réactions, dans une deuxième cellule, chacune des réactions comprenant un réactant identifié comme étant un substrat de la réaction, un réactant identifié en tant que produit de la réaction et un coefficient stoechiométrique reliant le substrat et le produit; (c) une troisième structure de données reliant une pluralité de réactants intra-système à une pluralité de réactions intra-système entre les première et deuxième cellules, chacune des réactions intra-système comprenant un réactant identifié comme étant un substrat de la réaction, un réactant identifié en tant que produit de la réaction et un coefficient stoechiométrique reliant le substrat et le produit; (d) un ensemble de contraintes pour la pluralité de réactions des première, deuxième et troisième structures de données, et (e) des commandes permettant de déterminer au moins une distribution du flux qui réduit au maximum ou qui maximise une fonction objective lorsque l'ensemble de contraintes est appliqué aux première et deuxième structures de données, ladite distribution de flux étant une prévision d'une fonction physiologique des première et deuxième cellules. Les première, deuxième et troisième structures de données peuvent également comprendre une pluralité de structures de données. Cette invention concerne également une méthode de prévision d'une fonction physiologique d'un organisme multicellulaire. La méthode consiste : (a) à utiliser une première structure de données reliant une pluralité de réactants à une pluralité de réactions d'une première cellule, chacune des réactions comprenant un réactant identifié comme étant un substrat de la réaction, un réactant identifié en tant que produit de la réaction et un coefficient stoechiométrique reliant le substrat et le produit; (b) à utiliser une deuxième structure de données reliant une pluralité de réactants à une pluralité de réactions d'une deuxième cellule, chacune des réactions comprenant un réactant identifié comme étant un substrat de la réaction, un réactant identifié en tant que produit de la réaction et un coefficient stoechiométrique reliant le substrat et le produit; (c) à utiliser une troisième structure de données reliant une pluralité de réactants intra-système à une pluralité de réactions intra-système entre les première et deuxième cellules, chacune des réactions intra-système comprenant un réactant identifié comme étant un substrat de la réaction, un réactant identifié en tant que produit de la réaction et un coefficient stoechiométrique reliant le substrat et le produit; (d) à utiliser un ensemble de contraintes pour la pluralité de réactions des première, deuxième et troisième structures de données; (e) à utiliser une fonction objective et (f) à déterminer au moins une distribution de flux qui réduit au maximum ou qui maximise une fonction objective lorsque l'ensemble de contraintes est appliqué aux première et deuxième structures de données, ladite distribution de flux étant une prévision d'une fonction physiologique des première et deuxième cellules.