Patent AR-125126-A1 (AR)
Title: Vacunas contra el hiv y métodos de uso
Inventor: LI JIANI
IPC: C07K14/005
Filed: 2022-01-14
Abstract: Se proporcionan polipéptidos de fusión del VIH-1, polinucleótidos que codifican tales polipéptidos de fusión, vectores que expresan tales polipéptidos de fusión para usar en la provocación de una respuesta inmunitaria contra el VIH-1; composiciones farmacéuticas e inmunogénicas y kits que comprenden tales polipéptidos de fusión, polinucleótidos o vectores, y métodos de uso en el tratamiento y/o prevención del VIH-1. Se proporcionan además métodos para diseñar vacunas antivirales, incluidas las vacunas para provocar una respuesta inmunitaria contra el VIH-1.  Reivindicación 1: Un polipéptido de fusión que comprende una pluralidad de segmentos de polipéptido de una o más proteínas del virus de inmunodeficiencia humana 1 (VIH-1) codificadas por dos o más genes del VIH seleccionados de gag, pol y nef. Reivindicación 35: Un polipéptido de fusión compuesto que comprende al menos un primer polipéptido de fusión y un segundo polipéptido de fusión, el primer y segundo polipéptidos de fusión se seleccionan independientemente del polipéptido de fusión de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 34. Reivindicación 44: Un polipéptido de fusión compuesto que comprende o consiste en una secuencia de aminoácidos de una cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 105 - 112, 200 - 209, 222 - 223 y 227, o una secuencia de aminoácidos que es al menos 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% o 99% idéntica a una cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 105 - 112, 200 - 209, 222 - 223 y 227. Reivindicación 313: Un método para diseñar un polipéptido de fusión que es capaz de provocar una respuesta inmunitaria contra uno o más antígenos diana virales, el método comprende: a) identificar in silico una o más regiones de conservación de secuencia en una población de secuencias de polipéptido codificadas por un gen viral, la población de una población de virus interpaciente; b) identificar in silico las dos secuencias de polipéptido más prevalentes de la una o más regiones conservadas identificadas en la etapa a), y generar segmentos de polipéptido multivalentes a partir de las regiones conservadas; y c) ordenar los segmentos de polipéptido para reducir o evitar la creación de epítopos deletéreos en las uniones entre los segmentos de polipéptido. Reivindicación 315: Un método para diseñar un polipéptido de fusión que es capaz de provocar una respuesta inmunitaria contra uno o más antígenos diana virales, el método comprende: a) identificar in silico una o más regiones de conservación de secuencia en una primera población de secuencias de polipéptido codificadas por un gen viral, la primera población de una población de virus interpaciente; b) opcionalmente, identificar in silico las dos secuencias de polipéptido más prevalentes de la una o más regiones conservadas identificadas en la etapa a); y c) ordenar los segmentos de polipéptido retenidos en uno o más polipéptidos de fusión contiguos, de tal manera que las uniones que conectan los segmentos de polipéptido evitan o reducen la creación de epítopos capaces de unir moléculas del MHC de clase I humano o del MHC de clase II humano, p. ej., con un valor de IC₅₀ de afinidad de unión predicho menor que aproximadamente 1000 nM o que tiene un rango de percentil dentro del 5% superior en una población de segmentos de polipéptido. Reivindicación 321: Un método para producir un antígeno multivalente, en donde el método comprende construir, in silico, un conjunto de secuencias de aminoácidos multivalentes dentro de regiones estructuralmente conservadas de una población de secuencias de proteoma viral mediante un método que comprende (a) alinear la población de secuencias de proteoma viral; (b) crear, para cada secuencia en la alineación, un conjunto de subsecuencias de 9 aminoácidos (9-meros) que comienzan con el aminoácido del extremo N-terminal, cada subsecuencia se superpone a la subsecuencia anterior en ocho aminoácidos de tal manera que cada secuencia de longitud l en la alineación contiene 9-meros (l-8); (c) calcular una frecuencia para cada 9-meros única que comienza en una posición i en cada secuencia de la alineación e identificar las dos o más 9-meros únicas más comunes en cada posición; (c)(1) en donde la frecuencia se calcula como el número de veces que ocurre la 9-meros única en la posición i en la alineación dividido por el número total de secuencias en la alineación; (d) calcular una conservación multivalente para cada posición mediante la suma de la proporción de secuencias en la alineación que contiene cualquiera de las dos o más 9-meros únicas más comunes; (e) crear una alineación de regiones conservadas mediante la extracción de las secuencias en la alineación que tiene una conservación multivalente mayor que 80% o mayor que 90%; (f) determinar una frecuencia para cada par de 9-meros únicos en cada posición en la alineación de regiones conservadas; (g) conectar pares de 9-meros en posiciones adyacentes de la alineación de regiones conservadas que comparten una superposición de ocho aminoácidos; (h) crear un grafo acíclico dirigido en el que cada par de 9-meros es un nodo y las aristas entre nodos adyacentes se forman a partir de los pares de 9-meros conectados en las posiciones adyacentes con el peso de cada arista igual a la frecuencia del par de 9-meros corriente abajo, añadir un nodo fuente y conectarlo con todos los nodos en la primera posición, añadir un nodo sumidero y conectarlo con todos los nodos de la última posición, y negar todos los pesos; (i) encontrar una trayectoria óptima en el grafo acíclico dirigido del nodo fuente al nodo sumidero donde se define la trayectoria óptima en términos de la suma de las frecuencias de todos los 9-meros en el grafo acíclico dirigido; (j) construir un antígeno multivalente al conectar dos o más 9-meros en posiciones adyacentes dentro de la trayectoria de 9-meros multivalente óptima si comparten una superposición de ocho aminoácidos, lo que crea de esta manera dos o más secuencias de 9-meros conectados que juntos forman el antígeno multivalente; y (k) opcionalmente, reordenar los segmentos de polipéptido para reducir o evitar la creación de epítopos deletéreos en las uniones entre segmentos de polipéptido.