Patent ES-2887024-T3 (ES)
Title: Procedimiento y sistema de identificación y clasificación de unidades taxonómicas operativas en una muestra metagenómica
Inventor: MANDE SHARMILA SHEKHAR
IPC: G16B40/10
Filed: 2018-07-25
Granted: 2021-12-21
Abstract: Un procedimiento de identificación y clasificación de unidades taxonómicas operativas (OTUs) en una muestra metagenómica utilizando secuencias de amplicones de lectura corta, el procedimiento comprende: recibir la muestra metagenómica mediante un módulo de recogida de muestras metagenómicas (124); secuenciar la muestra metagenómica mediante un secuenciador (126); obtener al menos una de las bases de datos de unidades taxonómicas operativas convencionales (OTUs) (104) y una base de datos de secuencias de referencia convencionales (106), en el que la base de datos de OTUs convencionales tiene una pluralidad de secuencias de nucleótidos agrupadas en una o más de las unidades taxonómicas operativas convencionales (OTUs) y los clados taxonómicos convencionales; crear, mediante un procesador (110), una base de datos de OTU personalizada (OTUX) utilizando una pluralidad de segmentos predefinidos de secuencias de nucleótidos de la al menos una de las bases de datos de OTU convencionales y de la base de datos de secuencias de referencia convencionales, en la que los segmentos predefinidos de secuencias de nucleótidos se agrupan en OTUs personalizadas utilizando una técnica de agrupación de secuencias; calcular, mediante el procesador (110), la propensión de una OTU personalizada a partir de la base de datos de OTUs personalizadas (OTUX) utilizando una fórmula predefinida, en la que la fórmula predefinida comprende: (un número de segmentos predefinidos de secuencias agrupados en la OTU personalizada correspondiente a la base de datos de OTU personalizada (OTUX) cuyos homólogos de longitud completa están asignados a una OTU convencional o a un clado taxonómico convencional presente en una base de datos de OTU convencional) / (número total de segmentos predefinidos de secuencias agrupados en la OTU personalizada correspondiente a la base de datos de OTU personalizada (OTUX)), en el que la propensión se refiere a una probabilidad de que la OTU personalizada esté asociada a uno o más clados taxonómicos convencionales en la base de datos de secuencias de referencia convencional y a las OTUs convencionales en la base de datos de OTUs convencionales; crear, mediante el procesador (110), una matriz de mapeo que enumere todos los valores de las propensiones para cada una de las OTUs personalizadas con respecto a uno o más clados taxonómicos convencionales y a las OTUs convencionales; utilizar, por el procesador (110), la base de datos de OTUs personalizadas (OTUX) como base de datos de referencia para la selección de OTU de referencia abierta para clasificar las secuencias de amplicones de lectura corta obtenidas de la muestra metagenómica secuenciada correspondientes a segmentos predefinidos en OTUs personalizadas adecuadas; construir, mediante el procesador (110), una tabla de abundancia que represente la proporción de las secuencias de amplicones de lectura corta clasificadas en cada una de las OTUs personalizadas, ya sea acumulando el número total de lecturas secuenciadas de la muestra metagenómica que se clasifica en las OTUs personalizadas o representando la estructura de la comunidad microbiana perteneciente a la muestra metagenómica, en la que la abundancia de cada OTU microbiana se representa en términos de valores de abundancia normalizados en porcentaje; y mapear de nuevo, por el procesador (110), las OTUs personalizadas utilizando la matriz de mapeo para representar la proporción de las secuencias de amplicones de lectura corta clasificadas en las OTUs personalizadas en términos de una o más de las OTUs convencionales y de los clados taxonómicos convencionales, en el que la tabla de abundancia representa una mayor precisión de la clasificación de las unidades taxonómicas operativas (OTUs) en la muestra metagenómica.