Patent AR-126172-A1 (AR)
Title: Modificación de factores de transcripción de la familia de factores reguladores del crecimiento en soja
Inventor: MILLER MARISA MATHEW LOLITA GEORGE CRAWFORD BRIAN CHARLES WILDING
IPC: C12N15/82
Filed: 2022-06-16
Abstract: Esta invención está relacionada con composiciones y métodos para modificar factores de transcripción de la familia de Factores Reguladores del Crecimiento (GRF) en plantas de soja para producir plantas de soja que tienen resistencia a patógenos mejorada, opcionalmente con rasgos de rendimiento mejorados o conservados, y/o plantas de soja que tienen rasgos de rendimiento mejorados sin pérdida de resistencia a patógenos. La invención además está relacionada con plantas de soja producidas con el empleo de los métodos y las composiciones de la invención.  Reivindicación 1: Una planta de soja o parte de planta de esta que comprende al menos una mutación no natural en un gen endógeno que codifica un factor de transcripción del Factor Regulador del Crecimiento (GRF), donde el gen endógeno que codifica un factor de transcripción GRF a) comprende una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 72, 73, 75, 76, 78, 79, 81, 82, 84, 85, 87, 88, 90, 91, 93 o 94; b) comprende una región que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 96 - 103 o SEQ ID Nº 122 - 129; c) codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 74, 77, 80, 83, 86, 89, 92, o 95; y/o d) codifica una región que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 104 - 108. Reivindicación 13: Una célula de planta de soja que comprende un sistema de edición de bases, el sistema de edición de bases comprende: a) una proteína efectora CRISPR-Cas; y b) un ácido nucleico guía (por ejemplo, ARNg, ADNg, ARNcr, ADNcr, ARNgs, ADNgs) que tiene una secuencia espaciadora con complementariedad con un gen diana endógeno que codifica un factor de transcripción GRF, donde el gen diana endógeno i) comprende una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 72, 73, 75, 76, 78, 79, 81, 82, 84, 85, 87, 88, 90, 91, 93 o 94; ii) comprende una región que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 96 - 103 o SEQ ID Nº 122 - 129, opcionalmente, que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de SEQ ID Nº109; iii) codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 74, 77, 80, 83, 86, 89, 92, o 95; y/o iv) comprende una región que codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 104 - 108, opcionalmente que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de SEQ ID Nº 110, opcionalmente donde el sistema de edición de bases además comprende una citidina desaminasa o una adenosina desaminasa. Reivindicación 17: Una planta de soja o una parte de esta que comprende al menos una mutación no natural dentro de o adyacente a un sitio de unión a miR396 de un gen endógeno del factor de transcripción GRF, donde la al menos una mutación no natural evita o reduce la unión de miR396 a un ARNm producido por el gen endógeno del factor de transcripción GRF obteniéndose un incremento en el nivel de ARNm producido por el gen endógeno del factor de transcripción GRF, donde además la al menos una mutación no natural es una sustitución, inserción o una deleción que es introducida usando un sistema de edición que comprende un dominio de unión a ácido nucleico que se une a un sitio diana en el gen endógeno del factor de transcripción GRF, el sitio diana que comprende al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 96 - 103 o SEQ ID Nº 122 - 129 y/o que codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 104 - 108. Reivindicación 24: Una planta de soja que comprende un gen del factor de transcripción del Factor de Regulación del Crecimiento (GRF) que comprende una mutación en la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 72, 73, 75, 76, 78, 79, 81, 82, 84, 85, 87, 88, 90, 91, 93, 94, 96- 103, 109 o 122 - 129, opcionalmente donde la mutación resulta en un gen del factor de transcripción GRF que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 133  147. Reivindicación 50: Un ácido nucleico guía que se une a un sitio de unión en un gen del factor de transcripción GRF, el sitio diana comprende una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 96 - 103 o SEQ ID Nº 122 - 129, o que codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 104  108. Reivindicación 57: Un complejo que comprende una proteína efectora CRISPR-Cas que comprende un dominio de escisión (por ejemplo, nucleasa) y un ácido nucleico guía (por ejemplo, ARNg), donde el ácido nucleico guía se une a un sitio diana en un gen del factor de transcripción GRF, el gen del factor de transcripción GRF a) comprende una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 72, 73, 75, 76, 78, 79, 81, 82, 84, 85, 87, 88, 90, 91, 93 o 94; b) comprende una región que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 96 - 103 o SEQ ID Nº 122 - 129; c) codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 74, 77, 80, 83, 86, 89, 92, o 95; y/o d) comprende una región que codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 104 - 108, donde el dominio de escisión escinde una hebra diana en el gen del factor de transcripción GRF. Reivindicación 58: Un casete de expresión que comprende a) un polinucleótido que codifica una proteína efectora CRISPR-Cas que comprende un dominio de escisión y b) un ácido nucleico guía que se une a un sitio diana en un gen del factor de transcripción GRF, donde el ácido nucleico guía comprende una secuencia espaciadora que es complementaria y se une a una porción de una secuencia i) que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con la secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 72, 73, 75, 76, 78, 79, 81, 82, 84, 85, 87, 88, 90, 91, 93, 94, 96 - 103 o 122 - 129; y/o ii) que codifica una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia 20 con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID Nº 74, 77, 80, 83, 86, 89, 92, 95, o 104 - 108, opcionalmente donde una porción de una secuencia es de aproximadamente 2 a aproximadamente 22 nucleótidos consecutivos. Reivindicación 59: Un ácido nucleico que codifica un ARNm del factor de transcripción GRF que comprende una mutación en o adyacente a un sitio de unión de miR396 que interrumpe la unión de miR396 con el ARNm del factor de transcripción GRF lo cual resulta en niveles aumentados de ARNm del factor de transcripción GRF producido por el ácido nucleico. Reivindicación 64: Una planta de soja o una parte de planta de esta que comprende al menos una mutación no natural en al menos un gen endógeno del Factor de Regulación del Crecimiento (GRF) que tiene un número de identificación (ID del gen) que es GLYMA_11g008500, GLYMA_01g234400, GLYMA_12g014700, GLYMA_11g110700, GLYMA_07g038400, GLYMA_16g007600, GLYMA_04g230600 y/o GLYMA_06g134600. Reivindicación 66: Un ácido nucleico guía que se une a un ácido nucleico diana en un Factor de Regulación del Crecimiento (GRF) que tiene el número de identificación de gen (ID del gen) que es GLYMA_11g008500, GLYMA_01g234400, GLYMA_12g014700, GLYMA_11g110700, GLYMA_07g038400, GLYMA_16g007600, GLYMA_04g230600 y/o GLYMA_06g134600.