Patent ES-2446927-T3 (ES)
Title: Detección rápida de SNP basada en secuencias utilizando ensayos de ligación
Inventor: VAN EIJK MICHAEL
IPC: C12Q1/68
Filed: 2007-03-01
Granted: 2014-03-10
Abstract: Procedimiento para la detección rápida de por lo menos 100 secuencias de nucleótidos elegidas como objetivo en una pluralidad de muestras, comprendiendo el procedimiento las etapas de: (a) proporcionar para cada secuencia de nucleótidos elegida como objetivo en cada una de las muestras: I. una primera sonda y una segunda sonda, comprendiendo la primera sonda una sección específica elegida como objetivo en su extremo 3' y una primera sección etiquetada que no es complementaria a la secuencia de nucleótidos elegida como objetivo y que comprende una primera secuencia de enlace con un cebador, comprendiendo la segunda sonda una segunda sección específica elegida como objetivo en su extremo 5' y una segunda sección etiquetada que no es complementaria a la secuencia de nucleótidos elegida como objetivo y que comprende una segunda secuencia de enlace con el cebador, comprendiendo la primera o la segunda sección etiquetada(s), o ambas, una secuencia identificadora que se encuentra entre la secuencia primera o segunda correspondiente de enlace con el cebador y la sección específica elegida como objetivo primera o segunda correspondiente, o II. una sonda circularizable, en la que las sondas primera y segunda tal como se definen en la alternativa I se combinan en una sonda; o III. una primera y una segunda sonda tal como se definen en la alternativa I, comprendiendo además la primera sonda una sección de sujeción que puede hibridarse con una sección de sujeción complementaria que se encuentra en la segunda sonda, por lo que las secciones de sujeción son sustancialmente no complementarias a la secuencia elegida como objetivo. o IV. una primera y una segunda sonda tal como se definen en la alternativa I, excepto en que la primera sonda no comprende una primera secuencia de enlace con el cebador y en que se proporciona una sonda del compuesto que comprende una sección que puede hibridarse con una parte de la primera sección específica elegida como objetivo la primera sonda y comprende además una sección de enlace con el cebador, y en el que el alargamiento de la sonda del compuesto proporciona una sonda del compuesto alargada amplificable, (b) permitir que la primera y la segunda sección específica elegidas como objetivo de las sondas primera y segunda correspondientes o la sonda circularizable para hibridarse con la secuencia elegida como objetivo, (c) ligar las sondas primera y segunda o la sonda circularizable cuando las secciones específicas elegidas como objetivo correspondientes de las sondas o la sonda circularizable se hibridan con secciones sustancialmente adyacentes en la secuencia elegida como objetivo para proporcionar sondas ligadas, (d) opcionalmente, amplificar las sondas ligadas con un primer y un segundo cebador para proporcionar amplicones, (e) someter las sondas ligadas o amplicones a la tecnología de secuenciación rápida para determinar por lo menos una parte de la secuencia de nucleótidos, comprendiendo por lo menos la(s) secuencia(s) identificadora(s), de las sondas ligadas o los amplicones, (f) identificar la presencia de la secuencia de nucleótidos elegida como objetivo en la muestra determinando la presencia o ausencia de la secuencia identificadora en la secuencia de nucleótidos de la etapa (e).