Patent WO-2022195507-A1 (WO)
Title: Procédé prédictif destindé à la détermination de la pathogénicité de combinaisons de variants digéniques ou oligogéniques
Inventor: LIMONGELLI IVAN
IPC: G16B20/50
Filed: 2022-03-16
Abstract: La présente invention concerne un procédé mis en œuvre par ordinateur pour déterminer la pathogénicité de combinaisons de variants digéniques ou oligogéniques, par rapport à une maladie. Le procédé comprend d'abord la définition d'un ensemble de variants dont la pathogénicité doit être déterminée. De tels variants se réfèrent à des mutations présentes dans un ou les deux allèles d'un gène respectif d'au moins deux gènes, chacun des gènes étant associé à deux allèles respectifs. Le procédé comprend ensuite l'étape de détermination des situations qui peuvent se produire, concernant la présence ou l'absence des variants susmentionnés dans les allèles desdits au moins deux gènes considérés. Chaque situation est associée à une combinaison respective dans laquelle chaque variant est présente dans un sous-ensemble respectif d'allèles, parmi tous les sous-ensembles possibles d'allèles de tous les gènes considérés, ou dans lesquels le variant est présent dans tous les allèles de tous les gènes considérés. Pour chacune des situations définies, c'est-à-dire, pour chaque combinaison et pour chaque gène, le procédé comprend ensuite le calcul d'un indice ou score de pathogénicité, apte à pour estimer la manière dont le ou les variants respectifs modifient le fonctionnement du gène respectif. Le procédé comprend en outre les étapes consistant à décrire des traits phénotypiques d'un patient, par des termes phénotypiques normalisés, c'est-à-dire des informations normalisées aptes à décrire des anomalies phénotypiques trouvées chez le patient et à calculer ou à préparer des informations d'entrée destinées à la détermination de pathogénicité. De telles informations comprennent les quatre types de caractéristiques suivants : caractéristiques d'association de phénotype de gène, calculés individuellement pour chacun des gènes considérés et aptes à mesurer la manière dont les traits phénotypiques susmentionnés du patient sont superposables à des phénotypes déjà connus pour être associés au gène unique ; caractéristiques de digénicité ou d'oligogénicité, calculées pour chacune des combinaisons de gènes susmentionnées, aptes à capturer l'interaction entre les gènes formant chaque combinaison ; caractéristiques de propriété a priori des gènes, calculées pour chacun des gènes considérés susmentionnés ; caractéristiques liées à in variant, calculées pour chaque gène considéré, sur la base des indices ou scores de pathogénicité susmentionnés calculés par rapport à toutes les combinaisons considérées. Le procédé comprend en outre la fourniture desdites informations d'entrée destinées à la détermination de pathogénicité à au moins un algorithme formé et le traitement desdites informations d'entrée destinées à la détermination de pathogénicité par ledit au moins un algorithme formé. L'algorithme formé est un algorithme formé par des techniques d'intelligence artificielle et/ou d'apprentissage machine. L'algorithme est formé dans une étape d'apprentissage préliminaire, sur la base d'un ensemble de données d'apprentissage de cas connus, fournissant les informations d'entrée susmentionnées calculées pour chacun des cas connus à l'algorithme devant être formé et formant l'algorithme sur la base de la connaissance de la pathogénicité/bénignité des cas connus respectifs. Enfin, le procédé comprend l'étape consistant à obtenir des informations de sortie provenant de l'algorithme formé, représentant la pathogénicité de chacune des combinaisons de variants ou de mutations considérées.