Patent ES-2394881-T3 (ES)
Title: Procedimiento basado en la AFLP para la integración de mapas físicos y genéticos
Inventor: JESSE TACO
IPC: G16B20/20
Filed: 2004-01-09
Granted: 2013-02-06
Abstract: Procedimiento para proporcionar un mapa genético y físico integrado de un genoma o parte del mismo,comprendiendo el procedimiento las etapas de:(a) proporcionar por lo menos dos marcadores genéticos individuales para el genoma o parte del mismo,preferentemente en forma de mapa genético;(b) caracterizar cada uno de los marcadores genéticos mediante por lo menos un fragmento de la AFLP identificadomediante la obtención de huellas genéticas de AFLP;(c) proporcionar una genoteca de clones que comprende fragmentos de genoma o parte del mismo, preferentementeuna genoteca de cromosomas artificiales tales como un BAC o un YAC;(d) generar una pluralidad de mezclas, conteniendo cada mezcla una pluralidad de clones individuales de lagenoteca;(e) generar una huella genética AFLP para cada una de las mezclas;(f) identificar en la pluralidad de mezclas, la(s) mezcla(s) en las que se encuentra presente un fragmento de AFLPidentificado en (b) en la huella genética de la mezcla;(g) generar una huella genética de AFLP para cada uno de los clones individuales de la(s) mezcla(s) identificada(s)en (f), e identificar el clon que comprende el fragmento de AFLP identificado en (b) en su huella genética de AFLP;(h) generar un cóntigo que comprenda los clones individuales identificados en la etapa (g) basado en los datos de laobtención de huellas genéticas;(i) repetir las etapas (f) a (h) para por lo menos un segundo fragmento de AFLP identificado en (b) de tal modo que elsegundo fragmento de AFLP o los fragmentos adicionales de AFLP caracterizan un segundo marcador genético ounos marcadores genéticos adicionales; y(j) vincular por lo menos dos de los cóntigos obtenidos en (h), obteniendo de este modo una mapa físico y genéticointegrado del genoma o parte del mismo, que comprende por lo menos dos marcadores genéticos;en el que los pares cebadores de AFLP utilizados en las etapas (b) y (e) presentan una selectividad superior y lospares cebadores de AFLP pares en la etapa (g) presentan una selectividad inferior, comprendiendo cada cebador deAFLP una secuencia constante y una secuencia variable en el extremo 3' de su secuencia, comprendiendo dichasecuencia constante una secuencia de nucleótidos que se puede hibridar con por lo menos una parte del adaptadoradyacente al extremo 3' del fragmento de restricción para amplificarse y comprende además una secuencia denucleótidos que se puede hibridar con los restos del sitio de restricción, comprendiendo dicha secuencia variablenucleótidos selectivos, siendo dichos nucleótidos selectivos complementarios a los nucleótidos del extremo 3' de losfragmentos de restricción ligados al adaptador que se encuentran adyacentes a la secuencia constante, en el quelos cebadores de AFLP de selectividad superior comprenden por lo menos un nucleótido selectivo más que loscebadores de AFLP de selectividad inferior, y en el que los cebadores de AFLP utilizados para caracterizar elmarcador genético en la etapa (g) difieren de los cebadores de AFLP utilizados para obtener huellas genéticas delas mezclas en las etapas (b) y (e) únicamente en el número de nucleótidos selectivos.