Patent ES-2878196-T3 (ES)
Title: Evaluación de la actividad de la vía de señalización celular mediante el uso de una o más combinaciones lineales de expresiones de genes diana
Inventor: VAN OOIJEN HENDRIK JAN
IPC: C12Q1/68
Filed: 2013-12-18
Granted: 2021-11-18
Abstract: Un procedimiento que comprende: - inferir la actividad de una vía de señalización celular en un tejido y/o células de un sujeto médico en base al menos en los niveles de expresión (20) de uno o más genes diana de la vía de señalización celular medidos en una muestra extraída del tejido y/o las células del sujeto médico, en el que la inferencia comprende: determinar un nivel (46) de un elemento de factor de transcripción (TF) en la muestra extraída del tejido y/o las células del sujeto médico, el elemento TF controla la transcripción del uno o más genes diana de la vía de señalización celular, la determinación se basa al menos en parte en la evaluación de un modelo matemático (40-1,...,40-3) que relaciona los niveles de expresión del uno o más genes diana de la vía de señalización celular con el nivel del elemento TF, el modelo se basa en una o más combinaciones lineales de los niveles de expresión del uno o más genes diana; e inferir la actividad de la vía de señalización celular en el tejido y/o las células del sujeto médico en base al nivel determinado del elemento TF en la muestra extraída del tejido y/o las células del sujeto médico; en el que la inferencia se realiza mediante un dispositivo de procesamiento digital (12) mediante el uso del modelo de la vía de señalización celular, en el que para cada uno de los uno o más genes diana se proporcionan uno o más niveles de expresión medidos en la muestra extraída del tejido y/o las células del sujeto médico, y en el que la una o más combinaciones lineales comprenden una combinación lineal de todos los niveles de expresión del uno o más niveles de expresión proporcionados para el uno o más genes diana, o en el que para cada uno de los uno o más genes diana se proporcionan uno o más niveles de expresión medidos en la muestra extraída del tejido y/o las células del sujeto médico, y en el que la una o más combinaciones lineales comprenden una combinación lineal que incluye para cada uno de los uno o más genes diana un término ponderado, cada término ponderado se basa en un solo nivel de expresión del uno o más niveles de expresión proporcionados para el gen diana respectivo, o en el que para cada uno de los uno o más genes diana se proporcionan uno o más niveles de expresión medidos en la muestra extraída del tejido y/o las células del sujeto médico, en el que la una o más combinaciones lineales comprenden para cada uno de los uno o más genes diana una primera combinación lineal de todos los niveles de expresión del uno o más niveles de expresión proporcionados para el gen diana respectivo, y en el que el modelo se basa además al menos en parte en una combinación lineal adicional que incluye para cada uno de los uno o más genes diana un término ponderado, cada término ponderado se basa en la primera combinación lineal para el gen diana respectivo, en el que la vía de señalización celular comprende una vía de Wnt, una vía de ER, una vía de AR o una vía de HH.