Patent ES-2886270-T3 (ES)
Title: Métodos para caracterizar bacterias resistentes a fármacos a partir de muestras biológicas fijadas en formalina e incrustadas en parafina
Inventor: ZHOU YI
IPC: G16B30/00
Filed: 2017-05-10
Granted: 2021-12-16
Abstract: Método para (A) detectar dentro de una muestra derivada de un paciente la presencia de H. pylori resistente a fármacos, comprendiendo el método: a) generar amplicones a partir de ADN aislado de la muestra derivada de un paciente y de: i) grupo de pares de cebadores de PCR 1 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 1-10; ii) grupo de pares de cebadores de PCR 2 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 11-22; iii) grupo de pares de cebadores de PCR 3 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 23-28; iv) grupo de pares de cebadores de PCR 4 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 29-32; v) grupo de pares de cebadores de PCR 5 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 33-38; vi) grupo de pares de cebadores de PCR 6 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 39-44; b) combinar todos los amplicones producidos a partir de los grupos de pares de cebadores de PCR 1-6 en la etapa a) en un grupo de amplicones de muestra, añadiendo una secuencia de índice única a los amplicones dentro del grupo de amplicones de muestra para generar un grupo de amplicones de muestra indexados, combinando opcionalmente además el grupo de amplicones de muestra indexados con uno o más grupos de amplicones de muestra indexados diferencialmente a partir de diferentes muestras derivadas de un paciente, y secuenciando todos los amplicones de muestra indexados simultáneamente; c) identificar mutaciones dentro de los amplicones de muestra indexados secuenciados por referencia a las SEQ ID NO. 47-51; y d) determinar el perfil de resistencia a fármacos de H. pylori presente en el perfil derivado de un paciente por la presencia o ausencia de las mutaciones identificadas en la etapa c); o (B) detectar dentro de una muestra derivada de un paciente la presencia de mutaciones en rdxA en H. pylori, comprendiendo el método a) generar amplicones a partir de ADN aislado de la muestra derivada de un paciente y de: i) grupo de pares de cebadores de PCR 1 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 23-28; ii) grupo de pares de cebadores de PCR 2 que comprende los cebadores SEQ ID 29-32; iii) grupo de pares de cebadores de PCR 3 que comprende los cebadores SEQ ID 33-38; iv) grupo de pares de cebadores de PCR 4 que comprende los cebadores SEQ ID NO. 39-44; b) combinar todos los amplicones producidos a partir de los grupos de pares de cebadores de PCR 1-4 en la etapa a) en un grupo de amplicones de muestra, añadiendo una secuencia de índice única a los amplicones dentro del grupo de amplicones de muestra para generar un grupo de amplicones de muestra indexados, combinando opcionalmente además el grupo de amplicones de muestra indexados con uno o más grupos de amplicones de muestra indexados diferencialmente a partir de diferentes muestras derivadas de un paciente, y secuenciando todos los amplicones de muestra indexados simultáneamente; c) identificar las mutaciones dentro de los amplicones de muestra indexados secuenciados por referencia a las SEQ ID NO. 47-51; y d) determinar si H. pylori presente en la muestra derivada de un paciente tiene mutaciones rdxA por la presencia o ausencia de las mutaciones identificadas en la etapa c).