Patent ES-2632602-T3 (ES)
Title: Métodos de fabricación o creación de un consorcio microbiano sintético identificado mediante análisis computacional de secuencias de amplicones
Inventor: KUNIN VICTOR
IPC: G16B45/00
Filed: 2013-06-28
Granted: 2017-09-14
Abstract: Un método de identificación de un consorcio microbiano o de un grupo de microbios con distribuciones medioambientales correlacionadas, que comprende: (a) proporcionar abundancias de marcadores en dos o más muestras, en las que cada marcador es representativo de un grupo de microbios con distribuciones medioambientales correlacionadas, y el marcador comprende una composición producida mediante: (i) el suministro de una colección de muestras, en la que las muestras son secuencias de ácidos nucleicos de una o más comunidades microbianas o un grupo de microbios con distribuciones medioambientales correlacionadas, y el procesamiento de las muestras mediante: (ii) la identificación de secuencias de nucleótidos que contienen códigos de barras identificadores de la muestra y el registro de su correspondencia con una determinada muestra y luego, la retirada de los códigos de barras y el descarte de las secuencias que no contienen los códigos de barras correctos o que contienen códigos de barras que no se corresponden con ninguna de las muestras; (iii) el corte o truncamiento de las secuencias de nucleótidos o las "lecturas" de (a) y la designación de las secuencias de nucleótidos específicas de la región que quedan como "marcadores", de modo que un marcador es una versión procesada o truncada de una lectura, y el resto de secuencias de nucleótidos identificadas o "lecturas" de la etapa (ii) y el mantenimiento de solo regiones previamente definidas; (iv) la filtración cualitativa de las lecturas truncadas mediante la eliminación de las lecturas truncadas ambiguas y la eliminación de las lecturas truncadas de baja calidad, en la que una lectura de baja calidad está por debajo del umbral de calidad; (v) la clasificación taxonómica de los marcadores restantes y, opcionalmente, la generación de una salida de datos que comprende una descripción de comunidades microbianas como recuentos de la abundancia de los miembros únicos de cada comunidad; (vi) la importación de las secuencias e identificadores de nuevos marcadores a una base de datos; y (viii) la importación de los marcadores de las abundancias de recuentos de las muestras a la base de datos; (viii) la constricción o modificación de la base de datos que comprende los marcadores únicos de las etapas (ii) a (vii), en relación con sus abundancias en las muestras; (ix) la exportación de datos de abundancia de marcadores de al menos dos muestras de la base de datos; en la que se fija un umbral para los marcadores que aparecen en el análisis, identificando de este modo la composición de comunidades microbianas o un grupo de microbios con distribuciones medioambientales correlacionadas; (b) identificar similitudes de abundancias en muestras entre pares de microbios, mediante la comparación de las abundancias de un microbio con otro microbio de cada muestra usando métricas de distancia; (c) repetir la etapa (b) para al menos un par más de microbios; (d) almacenar las similitudes obtenidas en la etapa (b) y (c) en forma de una estructura de datos matricial en un formato digital; (e) realizar bien un análisis de red, un análisis de grupos o un agrupamiento en la estructura matricial de datos de similitud obtenida en la etapa (d), implicando el análisis de red la representación de los datos en la que los microbios o los marcadores se designan como nodos de la red y las similitudes entre los marcadores o los microbios obtenidos en las etapas (b) y (c) se designan como bordes de la red; y (f) designar los microbios que están conectados en la red o asignados al mismo grupo como un consorcio, de manera que las etapas del método de identificación de un consorcio microbiano o grupo de microbios con distribuciones medioambientales correlacionadas se implantan por ordenador.