Patent WO-2015189390-A1 (WO)
Title: Procédé pour la détection et la caractérisation d'un micro-organisme
Inventor: JARVIUS JONAS
IPC: C12Q1/68
Filed: 2015-06-12
Abstract: La présente invention concerne un procédé pour la détection et la caractérisation d'un microorganisme dans un échantillon clinique, ledit procédé comprenant : a) l'introduction d'un échantillon clinique dans un premier flacon de culture contenant du milieu de culture; b) (i) éventuellement la préculture dudit échantillon clinique dans ledit premier flacon de culture; (ii) éventuellement le prélèvement d'une partie du mélange échantillon clinique/milieu de culture ou, s'il a été mis en préculture, de la culture de l'échantillon clinique provenant dudit premier flacon de culture et l'introduction de ladite partie dans un second flacon de culture contenant du milieu de culture et éventuellement la préculture de ladite partie dans ledit second flacon de culture; c) le prélèvement d'une aliquote de test à partir de dudit premier flacon de culture et/ou dudit second flacon de culture et la culture ou la poursuite de la culture dudit échantillon de culture et/ou de ladite partie dans ledit premier flacon de culture et/ou ledit second flacon de culture; d) la séparation d'ADN à partir de ladite aliquote de test; e) la mise en œuvre de tests des acides nucléiques sur ledit ADN pour identifier le micro-organisme et détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance aux antimicrobiens dans ledit micro-organisme, lesdits tests des acides nucléiques étant effectués à l'aide de : i) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acides nucléiques pour l'identification microbienne, une dite sonde ou amorce pouvant s'hybrider spécifiquement à une séquence nucléotidique qui est identificatoire d'un micro-organisme donné ou une dite amorce pouvant amplifier sélectivement celle-ci; et ii) une ou plusieurs sondes et/ou amorce d'acides nucléiques pour la détection de marqueurs de résistance aux antimicrobiens, une dite sonde ou amorce pouvant s'hybrider spécifiquement à une séquence nucléotidique représentant un marqueur génétique de résistance aux antimicrobiens ou une dite amorce pouvant amplifier sélectivement celle-ci; et la détection permettant de savoir si lesdites sondes et/ou amorces se sont hybridées ou non audit ADN et/ou si lesdites amorces se sont allongées ou non (par exemple si une réaction d'amplification a eu lieu ou non); et f) si un micro-organisme est identifié dans l'étape (e), la mise en œuvre d'un test de sensibilité aux antimicrobiens sur ledit échantillon clinique mis en culture et/ou ladite partie provenant de l'étape (c), la prolifération microbienne dans ledit test de sensibilité aux antimicrobiens étant suivie par l'évaluation de la prolifération ou de marqueurs pour la prolifération et le type et la concentration d'agents antimicrobiens utilisés dans ledit test de sensibilité aux antimicrobiens étant déterminés par l'identité du micro-organisme et des marqueurs de résistance aux antimicrobiens détectés dans l'étape (e), et éventuellement la poursuite de la culture dudit échantillon clinique et/ou de ladite partie dans ledit premier flacon de culture et/ou ledit second flacon de culture ou g) si aucune souche de micro-organisme n'est identifiée dans l'étape (e), la culture supplémentaire dudit échantillon clinique et/ou de ladite partie pour permettre d'effectuer d'autres tests d'identification microbienne et de sensibilité aux antimicrobiens pour identifier le micro-organisme et déterminer son profil de résistance aux antimicrobiens. L'invention concerne également un dispositif pour la mise en œuvre du procédé.