Patent AR-124054-A1 (AR)
Title: CONSTRUCCIONES DE PÉPTIDOS INMUNODOMINANTES DE SARS-CoV-2 Y SUS USOS
Inventor: KULA TOMASZ
IPC: C07K14/165
Filed: 2021-11-12
Abstract: Métodos y composiciones para el tratamiento y/o la prevención de COVID-19 a través de la inducción de una respuesta inmunológica contra péptidos inmunodominantes de SARS-CoV-2 identificados.  Reivindicación 1: Un polipéptido inmunogénico caracterizado porque comprende por lo menos dos epitopes peptídicos que se seleccionan de las Tablas 1A, 1B, 1C, 1D, 1E y/o 1F. Reivindicación 18: Una composición inmunogénica caracterizada porque comprende por lo menos un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, opcionalmente en donde la composición inmunogénica además comprende 1) una o más proteínas de SARS-CoV-2 de longitud completa que se seleccionan del grupo que consiste en Orf1ab, M, N, Orf3a y S, o uno o más fragmentos proteicos de las mismas, opcionalmente en donde los fragmentos de la una o más proteínas de SARS-CoV-2 de longitud completa abarcan la o las proteínas de SARS-CoV-2 sin codificar para la o las proteínas funcionales de SARS-CoV-2 y/o 2) un adyuvante. Reivindicación 21: Una composición caracterizada porque comprende por lo menos un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 y una molécula MHC. Reivindicación 25: Un complejo estable de MHC y péptido, caracterizado porque comprende un epitope peptídico de dicho por lo menos un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 en el contexto de una molécula MHC. Reivindicación 31: Una composición inmunogénica caracterizada porque comprende el complejo estable de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30, y un adyuvante. Reivindicación 32: Un ácido nucleico aislado caracterizado porque codifica para el polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, o un complemento del mismo, opcionalmente en donde el ácido nucleico aislado es ADN, ARN, ARN modificado químicamente, ARNm, ADNc, autoreplicante, ciclado, concatemerizado, comprende una región 5 no traducida (5UTR) y/o 3UTR, comprende un promotor de la expresión, comprende un sitio interno de entrada al ribosoma (IRES), y/o comprende un péptido 2A autoescindible, tal como P2A o T2A. Reivindicación 33: Un vector caracterizado porque comprende el ácido nucleico aislado de la reivindicación 32, opcionalmente en donde el vector es un vector de expresión. Reivindicación 34: Una célula caracterizada porque a) comprende el ácido nucleico aislado de la reivindicación 32, b) comprende el vector de la reivindicación 33, y/o c) produce uno o más polipéptidos inmunogénicos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 y/o presenta en la superficie celular uno o más complejos estables de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30, opcionalmente en donde la célula está modificada genéticamente. Reivindicación 35: Una unidad de unión caracterizada porque se une específicamente a un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 y/o el complejo estable de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30, en donde opcionalmente la unidad de unión es un anticuerpo, un fragmento de unión a antígeno de un anticuerpo, un TCR, un fragmento de unión a antígeno de un TCR, un TCR de cadena simple (scTCR), un receptor quimérico de antígeno (CAR), o una proteína de fusión que comprende un TCR y un dominio efector. Reivindicación 36: Un dispositivo o kit caracterizado porque comprende a) uno o más polipéptidos inmunogénicos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 y/o b) uno o más complejos estables de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30, en donde dicho dispositivo o kit opcionalmente comprende un reactivo para detectar la unión de a) y/o b) a un receptor de células T. Reivindicación 37: Un método para detectar las células T que se unen a un complejo estable de MHC y péptido caracterizado porque comprende: a) poner en contacto una muestra que comprende células T con un complejo estable de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30; y b) detectar la unión de las células T al complejo estable de MHC y péptido, opcionalmente además determinar el porcentaje de células T específicas para complejo de MHC y péptido que se unen al complejo estable de MHC y péptido, opcionalmente en donde la muestra comprende células mononucleares de sangre periférica (PBMC). Reivindicación 41: Un método para determinar si un sujeto ha estado expuesto y/o tiene protección contra SARS-CoV-2, caracterizado porque comprende: a) incubar una población de células que comprende células T obtenidas del sujeto con un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 o un complejo estable de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30; y b) detectar la presencia o el nivel de reactividad, en donde la presencia de reactividad o de un mayor nivel de reactividad en comparación con un nivel control indica que el sujeto ha estado expuesto y/o tiene protección contra SARS-CoV-2. Reivindicación 42: Un método para predecir el resultado clínico de un sujeto afectado por un infección con SARS-CoV-2 caracterizado porque comprende: a) determinar la presencia o el nivel de reactividad entre las células T obtenidas del sujeto y uno o más polipéptidos inmunogénicos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 o uno o más complejos estables de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30; y b) comparar la presencia o el nivel de reactividad con el de un control, en donde el control se obtiene de un sujeto que tiene un buen resultado clínico; en donde la presencia de reactividad o de un mayor nivel de reactividad en la muestra del sujeto en comparación con el control indica que el sujeto tiene un buen resultado clínico. Reivindicación 43: Un método para evaluar la eficacia de una terapia contra el SARS-CoV-2 caracterizado porque comprende: a) determinar la presencia o el nivel de reactividad entre las células T obtenidas del sujeto y uno o más polipéptidos inmunogénicos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 o uno o más complejos estables de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30, en una primera muestra obtenida del sujeto antes de proveer por lo menos una parte de la terapia contra el SARS-CoV-2 al sujeto, y b) determinar la presencia o el nivel de reactividad entre el uno o más polipéptidos inmunogénicos de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, o el uno o más complejos estables de MHC y péptido de cualquiera de las reivindicaciones 25 a 30, y las células T obtenidas del sujeto presentes en una segunda muestra obtenida del sujeto después de proveerle una parte de la terapia contra el SARS-CoV-2, en donde la presencia de reactividad o de un mayor nivel de reactividad en la segunda muestra, en relación con la primera muestra, es una indicación de que la terapia es eficaz para tratar el SARS-CoV-2 en el sujeto. Reivindicación 60: Un método para identificar una molécula de unión a péptido, o fragmento de unión a antígeno de la misma, que se une a un epitope peptídico de dicho por lo menos un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, caracterizado porque comprende: a) proveer una célula que presenta un epitope peptídico de dicho por lo menos un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 en el contexto de una molécula MHC sobre la superficie de la célula, opcionalmente, en donde la célula comprende un ácido nucleico que codifica y que expresa el por lo menos un polipéptido inmunogénico; b) determinar la unión de una pluralidad de moléculas de unión a péptido candidatas o fragmentos de unión a antígeno de las mismas al epitope peptídico en el contexto de la molécula MHC sobre la célula; y c) identificar una o más moléculas de unión a péptido o fragmentos de unión a antígeno de las mismas que se unen al epitope peptídico en el contexto de la molécula MHC. Reivindicación 63: Un método para identificar una molécula de unión un péptido o fragmento de unión a antígeno de la misma que se une a un epitope peptídico de dicho por lo menos un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, caracterizado porque comprende: a) proveer un complejo estable de MHC y péptido que comprende un epitope peptídico de dicho por lo menos un polipéptido inmunogénico de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17 en el contexto de una molécula MHC; b) determinar la unión de una pluralidad de moléculas de unión a péptido candidatas o fragmentos de unión a antígeno de las mismas al complejo estable de MHC y péptido; y c) identificar una o más moléculas de unión a péptido o fragmentos de unión a antígeno de las mismas que se unen al complejo estable de MHC y péptido.