PREDICTION OF ANTICANCER ACTIVITY OF RICIN-A THROUGH AUTOPHAGY PATHWAY USING MOLECULAR DOCKING ON BECLIN-1, LC3, AND p62
Irma Erika Herawati 1,2* , Ronny Lesmana 3,4 , Jutti Levita 2 , Anas Subarnas 2
1 Jurusan Farmasi,  Universitas Al Ghifari, Bandung-40293, Jawa Barat, Indonesia
2 Departemen Farmakologi dan Farmasi Klinik, Fakultas Farmasi, Universitas Padjadjaran, Sumedang-45363, Jawa Barat, Indonesia
3 Laboratorium Fisiologi Molekuler, Universitas Padjadjaran, Sumedang-45363, Jawa Barat, Indonesia
4 Fakultas Kedokteran, Universitas Padjadjaran, Sumedang-45363, Jawa Barat, Indonesia
* Corresponding author: irma.erika.h@gmail.com

## ARTICLE HISTORY
Received: 2 November 2021                            Revised: 24 December 2021                         Accepted: 10 January 2022

## Abstract
Autophagy is an adaptation process carried out as a defense in cellular responses, such as nutritional deficiencies or other metabolic stresses. The mechanism of autophagy is regulated by proteins called Autophagy Related Genes (ATG). Autophagy has also been widely  associated  with  various  diseases  in  humans,  such  as  cancer  and  other degenerative  diseases.  Ricin  is  a  toxic  protein  derived  from  the  castor  bean, Ricinus communis L., that has been explored for its potential as an anticancer via the activation of the caspases signaling pathway (apoptosis). This study was conducted to determine the binding mode that occurs between ricin-A and proteins that play a role in each step of  the  autophagy  process  (Beclin-1,  LC3  or  Light  Chain  3,  and  p62/Sequistrosome1). The protein-protein docking simulation was employed by using the ClusPro online server (https://cluspro.org). The results showed that ricin-A could bind to Beclin-1. LC3, and p62 by  building  hydrogen  bonds  with  good  affinity.  We  conclude  that  ricin-A  plays  an important role to modulate the autophagy process, thus, could be further developed as an anticancer phytopharmaceutical.
Key words: autophagy, autophagy-related genes, Beclin-1, ricin-A, Ricinus communis L.

## INTERAKSI MOLEKULAR DARI RICIN-A DENGAN Beclin-1, LC3, DAN p62 PADA PROSES AUTOFAGI

## Abstrak
Autofagi merupakan proses adaptasi yang dilakukan sebagai pertahanan dalam respon seluler,  seperti  kekurangan  nutrisi  atau  stress  metabolik  lain.  Mekanisme  autofagi diregulasi oleh protein yang dinamakan Autophagy-Related Genes (ATG). Autofagi juga telah banyak dikaitkan dengan berbagai penyakit pada manusia, misalnya kanker atau penyakit degeneratif lainnya. Ricin merupakan protein toksik yang berasal dari biji jarak Ricinus  communis L.  dan  banyak  dieksplorasi  untuk  aktivitas  antikanker  melalui  jalur pensinyalan  caspase  (apoptosis),  namun  belum  ada  penelitian  pada  jalur  autofagi. Penelitian  ini  dilakukan  untuk  menelaah  mode  ikatan  yang  terjadi  antara  ricin-A  dan protein-protein  yang  berperan  pada  setiap  tahap  proses  autofagi  (Beclin-1,  LC3  atau Light  Chain 3,  dan  p62/ Sequistrosome 1).  Metode  yang  digunakan  adalah  simulasi penambatan  protein-protein  menggunakan server  online ClusPro  (https://cluspro.org). Hasil  penelitian  menunjukkan  bahwa  ricin-A  dapat  berinteraksi  dengan  Beclin-1.  LC3, dan p62 melalui pembentukan ikatan hidrogen dengan afinitas baik. Dapat disimpulkan bahwa ricin-A berperan penting dalam proses autofagi dan dapat dikembangkan menjadi fitofarmaka terapi kanker.
Kata kunci: autofagi, autophagy-related genes , Beclin-1, ricin-A, Ricinus communis L

## Pendahuluan
Autofagi  merupakan mekanisme  katabolik  yang  berguna  dalam  mempertahankan homeostatis seluler dan respon terhadap stess metabolik. Autofagi terjadi di lisosom, di mana bagian-bagian dari sel akan mengalami degradasi.  Terdapat tiga jenis autofagi, yaitu  makroautofagi,  mikroautofagi,  dan  autofagi  yang  dimediasi chaperone ,  di  mana ketiganya  dibedakan dari mekanisme pengiriman isi kargo ke lisosom. 1
Mekanisme dari autofagi diatur oleh protein terkait autofagi yang dinamakan ATG ( Autophagy  Related  Genes ),  lebih  dari  40  ATG  telah  teridentifikasi  pada  sel  ragi,  15 diantaranya disebut protein inti ATG. Dengan mengidentifikasi protein ATG dan faktor lain yang berhubungan dengan autofagi, tidak hanya menambah pemahaman mengenai mekanisme  dari  autofagi,  tetapi  juga  dapat  menghasilkan  penelitian  yang  baik  untuk mengetahui protein penanda molekular dari proses autofagi. 2
Fungsi autofagi yang paling utama adalah untuk beradaptasi terhadap kebutuhan metabolisme. Sebagai contoh autofagi diregulasi pada saat sel kekurangan nutrisi dan oksigen  dengan  mendegradasi  makromolekul  untuk  menghasilkan  nutrisi  yang dibutuhkan  sebagai  sumber  energi.  Autofagi  juga  telah  lama  diketahui  terkait  erat dengan berbagai penyakit pada manusia, tetapi karena aktivitas autofagi pada manusia tidak  dapat  diukur  dengan  tepat,  beberapa  penelitian  menunjukkan  bahwa  autofagi meningkat dan menurun pada beberapa kondisi tertentu. 2
Protein target yang biasa digunakan untuk mengetahui proses autofagi diantaranya adalah  Beclin-1,  LC3  ( Light  Chain )3,  dan  p62/ Sequistrosome 1  (SQSTM1).  Masing- masing  protein  tersebut  berperan  dalam  tahapan  proses  autofagi,  seperti  inisiasi, elongasi, dan autolisosom. 3 Hubungan antara kanker dan autofagi sangatlah kompleks. Autofagi  memilik  peranan  dalam  melindungi  terjadinya  metastasis  pada  sel  kanker, memberikan efek antitumorigenik pada sel normal. Autofagi juga dapat memasok nutrisi
ke  sel  tumor  sehingga  dapat  mempromosikan  kelangsungan  hidup  sel  kanker.  Peran autofagi  yang  saling  bertolak  belakang  ini  juga  kemungkinan  tergantung  pada  faktor selain protein ATG. 4
Kebanyakan  terapi  penyakit  kanker  menggunakan  agen  kemoterapi  yang menyebabkan kematian sel kanker melalui jalur apoptosis. Dampak penggunaan agen kemoterapi jalur ini adalah terjadinya resistensi sel kanker, sehingga diperlukan strategi terapi  yang  inovatif.  Secara  teoritis  induksi  kematian  yang  disebabkan  autofagi, kemungkinan dapat berguna untuk sel kanker yang resisten terhadap apoptosis. 4
Biji Ricinus communis mengandung protein ricin yang terdiri dari dua rantai, yaitu rantai A (bersifat toksik) dan rantai B (lektin yang kurang toksik). 5 Ricin merupakan famili ribosome-inactivating  protein (RIP)  tipe  II. 6 R.  communis telah  dilaporkan  memiliki aktivitas  antiproliferasi  terhadap  sel  kanker  SKMEL28  34,1  mg/mL 7 ,  dan  HaCaT  5,2 mg/mL. 8 RIP mampu menginduksi  kematian sel dengan jalur  apoptosis. 9 Ricin terlibat dalam  inisiasi  apoptosis  melalui  jalur  intrinsik  atau  mitokondria,  dimana  caspase-9 sebagai inisiator dan caspase-3 sebagai eksekutor. 7
Gambar  1. Struktur  3D ricin  (kode  PDB:  2AAI  DOI:  10.2210/pdb2AAI/pdb  dikristalkan oleh  Rutenber  et  al.,  1994  dengan  resolusi  2,5  Å).  Rantai  A  ditunjukkan dengan warna biru dan rantai B ditunjukkan dengan warna merah. diunduh dari https://www.rcsb.org/structure/2AAI.
Penelitian  ini  merupakan  studi  awal  untuk  menelaah  potensi  ricin-A  pada  jalur autofagi,  dengan  mengidentifikasi  dan  memprediksi  mode  ikatan  antara  ricin-A  pada protein-protein yang berperan dalam setiap tahap proses autofagi tersebut.

## Metode

## Alat
Perangkat  keras  yang  digunakan  dalam  penelitian  ini  adalah  komputer  dengan spesifikasi processor intel (R) core i5-6200 CPU @12 GB NVidia gforce 920m.

## Bahan
Bahan  yang  digunakan  dalam  penelitian  ini  adalah  struktur  kristal  makromolekul protein  ricin-A  yang  diperoleh  dari  web  Protein  Data  Bank  (http://www.rscb.org.pdb) dengan kode PDB: 2AAI (DOI: 10.2210/pdb2AAI/pdb) (Gambar 1 dan 2), protein Beclin1
dengan kode PDB: 4DDP (DOI: 10.2210/pdb4DDP/pdb), protein LC3 dengan kode PDB: 5NUV  (DOI:  10.1002/pdb5NUV/pdb),  protein  p62  dengan  kode  PDB:  6MIU  (DOI: 10.2210/pdb6MIU/pdb).

## Prosedur
Penambatan molekul protein-protein dilakukan menggunakan server online ClusPro (https://cluspro.org), yang membutuhkan dua file protein dalam format PDB. 11 ClusPro akan  memilih  salah  satu  dari  10  model  yang  paling  dekat  dengan  struktur  asli,  yang masing-masing  diwakili  oleh  pusat  kluster  dengan  populasi  tertinggi  yang  memiliki konformasi  energi  yang  rendah.  Sistem  perangkat  lunak  tersebut  selanjutnya  akan memilih  komplek  protein-protein  dengan  koefisien  energi  yang  paling  setimbang  atau stabil. 12

## Hasil
Struktur  molekular  3D  protein  ricin-A  ditampilkan  di  dalam  Gambar  2.  Ricin  A merupakan  protein  hidrolase  dengan  dua  rantai  disulfida,  masing-masing  30.000 dalton. 10 Pada  Gambar  2,  struktur alfa-heliks digambarkan  dengan  gulungan  pita berwarna merah, sedangkan beta-sheet berwarna biru muda.
Gambar  2 .  Struktur  molekular  3D  dari  ricin-A,  protein  hidrolase  yang  diisolasi  dari Ricinus communis (DOI: http://doi.org/10.2210/pdb2AAI/pdb).
Gambar 3. Interaksi ricin-A dengan (a) Beclin-1; (b) LC3; dan (c) p62
Tabel 1. Mode Ikatan dan Nilai Afinitas dari Ricin A- dengan Beclin-1, LC3, dan p62
Protein Target Nilai Afinitas (kcal/mol) Ikatan Hidrogen Beclin-1 -895,8 Cys131A Lys157A Ser170B Pro171B LC3 -856,6 Pro28A Leu53A Gln72B p62 -789,5 Cys131A Lys157A Ser170B Pro171B

## Pembahasan
Pada penelitian ini ditelaah mode ikatan antara ricin-A dengan Beclin-1, LC3, dan p62, yaitu protein-protein yang berperan pada proses autofagi. Server yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi adalah ClusPro, yang merupakan server online . Cluspro dipilih karena dapat melakukan penambatan protein dengan protein, yang tidak bisa  dikerjakan  oleh  perangkat  lunak  AutoDock  Vina  ataupun  Pyrx.  Keuntungan menggunakan  perangkat  lunak  ClusPro  adalah  1)  tidak  memerlukan  konformasi  awal untuk senyawa yang akan ditambatkan; 2) tidak memerlukan daftar residu asam amino yang  akan  berinteraksi;  3)  tidak  berbayar;  dan  4)  telah  menghasilkan  lebih  dari  400 publikasi artikel hasil penambatan molekul dengan ClusPro. 12
a. Interaksi ricin-A dengan Beclin-1
b. Interaksi ricin-A dengan LC3
c. Interaksi ricin-A dengan p62
ClusPro melakukan 3 langkah komputasi dalam menghasilkan konformasi molekul, yaitu. 12 :
1. Rigid body docking dengan menggunakan korelasi FFT ( Fast Fourier Transform ).
FFT  merupakan  algoritma  yang  menghitung discrete Fourier  transform (DFT) setiap  sekuensi  atau  kebalikannya  (IDFT).  Analisis  Fourier  mengubah  sinyal yang berasal dari domain orisinalnya untuk ditampilkan dalam domain frekuensi. DFT  diperoleh  dengan  cara  menguraikan  nilai  sekuensi  tertentu  menjadi komponen-komponen frekuensi yang berbeda-beda. 13
2.  Pengelompokan berbasis RMSD ( Root Mean Square Deviation ) dari konformasi yang dihasilkan untuk menemukan kelompok terbesar yang akan mewakili model yang paling memungkinkan.
3.  Penyempurnaan struktur yang terpilih.
Proses autofagi pada mamalia terbagi menjadi enam tahap utama (dengan protein- protein  terkaitnya),  yaitu  inisiasi  (aktivasi  ULK1/ULK2),  nukleasi  (Beclin-1),  elongasi (komplek ATG16L, pemrosesan LC3, dan phosphatidylethanolamine), closure , maturasi (LC3, Beclin-1, LAMP-1 dan LAMP-2, GTP- binding protein RAB7, ATPase SKD1), dan degradasi atau ekstrusi. 14 Peningkatan Beclin-1 dan LC3 menunjukkan bahwa proses autofagi tahap nukleasi dan maturasi sedang terjadi.
Autofagi diawali dengan aktivasi komplek protein kinase ULK1 dan ULK2, ATG13, FIP200,  ATG101  dan  komponen-komponen  lainnya.  Fosforilasi  ATG13  oleh  ULK1/2 memicu  penggabungan  atau  asosiasi  protein-protein  tersebut  untuk  memulai  proses autofagi. ULK1 terikat pada membran melalui domain C-terminal. Downstream komplek ULK1/2  selanjutnya  adalah  lipid  kinase,  PIK3C3,  yang  menghasilkan  PI(3)P,  dan merupakan bagian dari komplek protein lainnya, yaitu PIK3R4, Beclin-1, ATG14. Pada komplek Beclin1-PIK3C3, Beclin-1 dapat berinteraksi juga dengan AMBRA1, UVRAG, dan  VMP1  untuk  mengontrol  pembentukan  dan/atau  maturasi  autofagosom.  ULK1 memfosforilasi AMBRA1 dan Beclin-1 untuk memulai pembentukan autofagosom. 15
Beclin-1  terdistribusi  di  dalam  membran  sel,  sitoplasma,  dan  inti  sel.  Protein  ini terdiri dari tiga struktur domain, yaitu domain BH3 (residu asam amino 114 –123) pada N-terminus, domain  central  coiled-coil (CCD,  dengan  residu  asam  amino  144 –269), serta evolutionarily  conserved  domain (ECD,  dengan  residu  asam  amino  244 –337). Domain  ECD  berperan  penting  pada  fungsi  Beclin-1  dalam  memediasi  autofagi  dan menghambat tumorigenesis. 14
p62 merupakan substrat autofagi yang berperan sebagai penanda aktivitas autofagi. Ketika  terjadi  penghambatan ubiquitin-proteasome  system (UPS),  maka  p62  akan meningkat  levelnya  dan  mengalami  fosforilasi,  selanjutnya  dapat  memfasilitasi degradasi  produk  ubikuitinasi  melalui  proses  autofagi.  Ekspresi  berlebih  p62 meningkatkan  agregasi  protein  ubikuitinasi  dan  memiliki  efek  protektif  terhadap pertumbuhan  sel,  sedangkan  menurunnya  level  p62  dapat  memperburuk  keadaan kerusakan  sel,  tergantung  pada  tipe  selnya. 16 Terhambatnya  p62  pada  sel  kanker membuktikan  terjadinya  kerusakan  parah  pada  sel  kanker  tersebut,  karena  p62 berfungsi melindungi pertumbuhan sel.
Dari simulasi penambatan protein-protein ini dibuktikan bahwa ricin-A membentuk ikatan hidrogen dengan Beclin-1 pada residu asam amino Cys131A, Lys157A, Ser170B, Pro171B dengan afinitas ikatan sebesar -895,8 kkal/mol (Gambar 3). Sementara ikatan hidrogen yang terjadi antara ricin-A dengan LC3 terjadi pada residu asam amino Pro28A, Leu53A, dan Gln72B dengan afinitas ikatan sebesar  -856,6 kcal/mol. Ikatan hidrogen
antara  ricin-A  dan  p62 terjadi  pada  residu  asam  amino  Cys131A,  Lys157A,  Ser170B, Pro171B dengan afinitas ikatan sebesar  -789,5 kcal/mol (Gambar 3).
Pembentukan  ikatan  hidrogen  antara  ricin-A  dengan  residu  asam  amino  semua protein  target  (Beclin-1,  LC3,  dan  p62)  tersebut  membuktikan  bahwa  ricin-A  mampu mempengaruhi proses autofagi. Afinitas terkuat (energi ikatan -895,8 kkal/mol) adalah dengan  Beclin-1  (protein  autofagi  tahap  nukleasi  dan  maturasi).  Ricin-A  berinteraksi dengan Beclin-1 melalui ikatan hidrogen dengan residu asam amino di dalam  domain CCD  Beclin-1  (residu  asam  amino  144 –269).  Interaksi  spontan  dengan  domain  CCD Beclin-1 membuktikan bahwa ricin-A berperan menghambat proses autofagi pada tahap nukleasi dan maturasi dengan kekuatan afinitas tinggi. Lebih lanjut lagi, hasil simulasi penambatan protein-protein ini juga memvisualisasikan interaksi antara ricin-A dengan residu  asam  amino  protein  LC3  (berperan  pada  autofagi  tahap  maturasi)  dan  p62 (penanda aktivitas autofagi).
Namun  demikian  dari  data  penambatan  protein-protein  secara in  silico ini  belum dapat  dipastikan,  apakah  ricin-A  bekerja  menginduksi  atau  menginhibisi  autofagi, sehingga kelanjutan studi secara in vitro pada sel kanker masih perlu dilakukan. Selain itu, untuk mengetahui kestabilan kompleks protein-protein yang terbentuk dan jenis pola mode  ikatannya  apakah  menyerupai  inhibitor  atau  agonis,  juga  dapat  ditelaah menggunakan simulasi dinamika molekul.
Penelitian penambatan molekul pada protein-protein yang berperan dalam proses autofagi masih sangat terbatas, namun demikian, sebuah artikel melaporkan interaksi antara  senyawa  aktif  dari Rhadiola  crenulata dengan  Beclin-1,  terjadi  melalui  ikatan hidrogen pada residu asam  amino Lys214A, Val215D, Glu218A, Arg221A, Leu 222D, Leu223A,  dan  Glu225A. 17 Interaksi  protein-protein  pada  autofagi  juga  dilaporkan  oleh Erbil-Bilir dan koleganya, yaitu antara protein endogen RACK1 dengan LC3. 18
Lebih  menarik  lagi,  sebuah  penelitian  terkini  dari  Putyrski  dan  koleganya  yang diterbitkan  tahun  2020  menyatakan  bahwa  LC3  memiliki  area  interaksi  (dinamakan sebagai LC3 interaction region atau LIR), yang berisi kantung ikatan yaitu hydrophobic binding pocket 1 atau HP1, yang terdiri dari residu asam amino Trp, Phe, atau Tyr, serta HP2 dengan residu Leu, Val, atau Ile. 19

## Kesimpulan
Dapat disimpulkan bahwa ricin-A berinteraksi dengan protein-protein yang berperan dalam proses autofagi, diantaranya yaitu Beclin-1 (protein tahap nukleasi dan maturasi), LC3 (protein tahap maturasi), dan p62 (penanda aktivitas autofagi). Mode ikatan yang terjadi  adalah  melalui  pembentukan  ikatan  hidrogen.  Di  antara  ketiga  protein  target tersebut, ricin-A berikatan paling kuat dengan Beclin-1 dengan menempati domain CCD (residu asam amino 144 –269), yaitu membentuk ikatan hidrogen dengan residu asam amino Cys131A, Lys157A, Ser170B, Pro171B. Dari studi in silico ini terbukti bahwa ricin- A dari biji jarak Ricinus communis berperan penting dalam proses autofagi dan dapat dikembangkan menjadi fitofarmaka terapi kanker.

## Ucapan Terima Kasih
Penulis  mengucapkan  terima  kasih  kepada  Rektor  Universitas  Padjadjaran  atas dukungan finansial untuk publikasi melalui Direktur Riset dan Pengabdian Masyarakat, Universitas  Padjadjaran.  Penelitian  ini  merupakan  bagian  disertasi  doktor  dari  penulis pertama di Fakultas Farmasi, Universitas Padjadjaran, Jawa Barat, Indonesia.

## Daftar Pustaka
1. Herawati  IE,  Lesmana  R,  Levita  J,  Subarnas  A.  Molecular  interaction  of  ricin-a with caspase-3, caspase-8,  caspase-9 and autophagy-related gene5 (ATG5) to understand its role as anticancer agent. Rasayan J Chem. 2021;14(3).
2. Mizushima  N,  Levine  B.  Autophagy  in  human  diseases.  N  Engl  J  Med. 2020;1564:76.
3. Lesmana R, Sinha R, Singh B, Zhou J, Ohba K. Thyroid hormone stimulation of autophagy is essential for mitochondrial biogenesis and activity in skeletal muscle. Endocrinology. 2016;157(1):23 –38.
4. Liu  E,  Ryan  K.  Autophagy  and  cancer-issues  we  need  to  digest.  J  Cell  Sci. 2012;125.
5. Herawati  I,  Levita  J,  Lesmana  R,  Subarnas  A.  Ricin  in  castor  bean  ( Ricinus communis L.) seeds: A review on its anticancer activity and the role of cytotoxicity enhancers.  Res  J  Pharm  Technol.  2022;15.  https://doi.org/10.52711/0974- 360X.2022.00067
6. Worbs R. Apoptosis in cancer; from pathogenesis to treatment. J Exp Clin Cancer Res. 2011;30(1). Available from: https://10.0.4.162/1756-9966-30-87
7. Tyagi N, Tyagi M, Pachauri M, Ghosh P. Potential therapeutic applications of plant toxin-ricin  in  cancer:  challenges  and  advances.  Tumor  Biol.  2015;36(11). Available from: https://10.0.3.239/s13277-015-4028-4
8. Trung N, Tho N, Dung B, Nhung Hoang T, Thang N. Effects of ricin extracted from seeds of the castor bean (Ricinus communis) on cytotoxicity and tumorigenesis of melanoma  cells.  Biomed  Res  Ther.  2016;3(5):633 –44.  Available  from: https://10.0.29.179/s40730-016-0023-7
9. Lord M, Jollife N, Marsden C, Pateman C, Smith D, Spooner R, et al. Ricin. Mech Cytotox. 2003;22:53 –64. Available from: https://10.0.8.117/00139709-
200322010-00006
10. Rutenber, Katzin B, Ernst S, Collins E, Misna D, Ready M, et al. Crystallographic refinement of ricin to 2.5 A. Proteins. 1991;10.
11. Kozakov D, Hall R, Xia B, Porter K, Padhorny D, Yueh C, et al. The ClusPro web server  for  protein-protein  docking.  Nat  Protoc.  2017;12(2).  Available  from: https://10.0.4.14/nprot.2016.169
12. Vajda  S,  Yueh  C,  Beglov  D,  Bohnuud  T,  Mottarella  S,  Xia  B,  et  al.  Structure, Function,  and  Bioinformatics.  New  Addit  to  ClusPro  Serv  Motiv  by  CAPRI. 2017;85:3. Available from: https://10.0.3.234/prot.25219
13. Heideman  M,  Johnson  D,  Burrus  C.  Gauss  and  the  history  of  the  Fast  Fourier Transform. IEEE ASSP Mag. 1984;1(4):14 –21.
14. Kang R, Zeh H, Lotze M, Tang D. The Beclin 1 network regulates autophagy and apoptosis. Cell Death Differ. 2011;18(4):571 –80. Available from:
https://10.0.4.14/cdd.2010.191
15. Meijer A, Lorin S, Blommaart E, Codogno P. Regulation of autophagy by amino acids and MTOR-dependent signal transduction. Amino Acids. 2015;47(10):2037 –63. Available from: https://10.0.3.239/s00726-014-1765-4
16. Liu  W,  Ye  L,  Huang  W.  p62  links  the  autophagy  pathway  and  the  ubiquitin – proteasome  system  upon  ubiquitinated  protein  degradation.  Cell  Mol  Biol  Lett. 2016;21:29.
17. Li  X,  Haou  Y,  Wang  X,  Zhang  Y,  Meng  X,  Hu  Y.  To  elucidate  the  inhibition  of excessive  autophagy  of  Rhodiola  crenulata  on  exhaustive  exercise-induced skeletal muscle injury by combined network pharmacology and molecular docking. Biol Pharm Bull. 2020;43(2):296 –305. Available from: https://10.0.4.224/bpb.b19-
00627
18. Erbil-Bilir S, Kocaturk N, Yayli M, Gozuacik D. Study of protein-protein interactions in autophagy research. J Vis. 2017;127(e):55881. Available from:
https://dx.doi.org/10.3791/55881
19. Putyrski  M,  Vakhrusheva  O,  Bonn  F,  Guntur  S,  Vorobyov  A,  Brandts  C,  et  al. Disrupting  the  LC3  interaction  region  (LIR)  binding  of  selective  autophagy receptors sensitizes AML cell lines to cytarabine. Front Cell Dev Biol. 2020;8:208.