## KERAGAMAN GENETIK TETUA DAN ANAKAN DARI KEBUN BENIH SEMAI Acacia
mangium GRUP D (AM004) DI SUMATERA SELATAN, INDONESIA

## (Genetic Diversity of the Parental and Offspring of Acacia mangium Seedling of Seed Orchard Group D (AM004) in South Sumatera, Indonesia)
Vivi Yuskianti
Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan. Jl. Palagan Tentara Pelajar Km 15 Purwobinangun, Pakem, Sleman, DI Yogyakarta 55582, Indonesia Telp: 0274-895954/0858-6869-2221, Fax: 0274-896080 Email: vivi_yuskianti@yahoo.com
Diterima 22 Oktober 2013; revisi terakhir 21 Maret 2014; disetujui 8 April 2014

## ABSTRAK
Informasi keragaman genetik dari satu generasi ke generasi selanjutnya merupakan faktor penting untuk pengelolaan dan konservasi genetik kebun benih. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi tingkat keragaman genetik tetua sebagai generasi pertama (F 1 ) dan anakannya (F 2 ) dari kebun benih Akasia mangium yang ada di kebun benih semai Grup D (AM004) di Sumatera Selatan. Analisis dilakukan terhadap 251 tetua dan ± 200 biji dari 10 pohon induk. Analisis menggunakan 12 penanda mikrosatelit menunjukkan bahwa rata-rata jumlah alel yang terdeteksi (A) dari semua tetua dan anakannya adalah 8,23 dan 7.08. Secara umum, tingkat keragaman genetik tetua dan anakan tidak berbeda (H e =0.609 untuk tetua dan H e =0.606 untuk anakan). Penelitian ini mendeteksi keberadaan alel baru pada anakan. Kondisi ini menunjukkan kemungkinan adanya kontaminasi serbuk sari dari luar kebun benih.
Kata kunci: Keragaman genetik, kebun benih semai Sumatera Selatan, tetua, anakan, penanda mikrosatelit

## ABSTRACT
Information on genetic diversity from one generation to its next generation is an important factor for management and conservation in a seed orchard. The purpose of this study was to evaluate the level of genetic diversity of parental as the first generation (F 1 ) and offspring (F 2 ) of Acacia mangium in the A. mangium seed orchard Group D (AM004) in South Sumatera. Analysis was conducted on 251 parental trees and ± 200 seeds from 10 mother trees. Analysis using 12 microsatellite markers showed that mean number of detected allele (A) for all the parents and offspring was 8.23 and 7.08, repectively. In general, the level of genetic diversity in parental and its offspring was not different (H e =0.609 for parental and H e =0.606 for offspring). The presence of new alleles that was detected from offspring indicated the possibility of pollen contamination from outside the seed orchard.
Keywords: Genetic diversity, South Sumatera seedling seed orchard, parental, offspring, microsatellite markers

## I. PENDAHULUAN
Kebun benih merupakan tempat untuk produksi berlimpah benih pohon-pohon yang unggul sesuai dengan karakter yang diinginkan (Millar et al., 2008). Penelitian mengenai kebun benih antara lain mengenai keuntungan genetik (genetic gains) pada kebun benih generasi pertama (Weng et al., 2008), analisis tetua (Hansen and Kjaer, 2006), kontaminasi serbuk sari dan sistem perkawinan (Slavov et al., 2005; Kaya et al., 2006) telah dilakukan. Untuk Akasia mangium, penelitian mengenai metode penyerbukan buatan (Griffin et al.,
2010), pengaruh dari pemangkasan (Beadle et al., 2007), penyakit busuk akar (Irianto et al., 2006; Eyles et al., 2008), sistem perkawinan (Yuskianti and Isoda, 2013) dan keragaman genetik (Yuskianti dan Isoda, 2012; Nurtjahjaningsih, 2013) juga telah dilakukan. Informasi keragaman
genetik/variasi genetik dari satu generasi ke generasi berikutnya merupakan hal penting dalam pengelolaan dan konservasi genetik kebun benih. Keragaman genetik pada tingkat species, populasi, individu dan gen merupakan dasar dari evolusi dan adaptasi species terhadap perubahan lingkungan, termasuk perubahan iklim (Souvannavong, 2010). Pada kebun benih,
kegiatan seleksi yang berulang dari generasi ke generasi juga berpotensi mengurangi keragaman genetik dari waktu ke waktu, sehingga monitoring keragaman genetik juga menjadi semakin penting (Jones et al., 2006).
Berbagai penanda DNA telah digunakan untuk melihat tingkat keragaman genetik yang ada di kebun benih. Penanda ISSR (Chezhian et al., 2010), kombinasi antara RAPD dan ISSR (Josiah et al., 2008), RAPD dan mikrosatelit (Shiran et al., 2007), serta mikrosatelit (Butcher et al., 2004; Zelener et al., 2005; Jones et al., 2006; Nurtjajaningsih et al., 2007; Millar et al., 2008) telah digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik di kebun benih. Penanda mikrosatelit umumnya digunakan karena penanda ini sangat polimorfik, bersifat co- dominan, netral dan dapat diamplifikasi dengan sejumlah kecil DNA (Millar et al., 2008).
Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui tingkat
keragaman genetik tetua yang merupakan generasi pertama (F 1 ) dan anakannya sebagai generasi kedua (F 2 ) dari kebun benih A. mangium Grup D (AM004) di Sumatera Selatan. Dua belas primer dari penanda mikrosatelit digunakan dalam
penelitian ini. Berbagai parameter genetik seperti jumlah alel (A=number of detected allele), nilai observed heterozygosity (H o ) dan expected heterozygosity (H e ) dan juga tingkat fiksasi indeks (F is =Fixation index) digunakan untuk mengetahui perubahan tingkat keragaman genetik pada tetua dan anakan di kebun benih ini.

## II. METODE PENELITIAN

## A. Lokasi Penelitian
Area penelitian adalah kebun benih A. mangium Grup D (AM004) yang berlokasi di Kecamatan Talang Ubi, Kabupaten Muara Enim, Provinsi Sumatera Selatan. Kebun benih yang ditanam sejak tahun 1994 seluas 0,96 hektar ini berada pada posisi 4 0 lintang selatan dan 104 0 bujur timur dengan ketinggian 80 m dpl. Tipe iklim A (Schmidt dan Ferguson), curah hujan rata-rata 2781,23 mm/tahun dengan suhu berkisar 24-33 o C disertai dengan kecepatan angin yang rendah dan tipe tanah acrisols. Jarak tanam yang digunakan adalah 4 x 2 m, menggunakan rancangan RCBD (Randomized Complete Block Design) dengan 4 pohon/plot, 63 famili dan 8 ulangan (Kurinobu et al., 1994).

## B. Koleksi Sampel
Berdasarkan jumlah individu hasil seleksi dan adanya kematian pohon akibat bencana alam seperti angin kencang, penyakit dan lain- lain, terdapat 251 pohon tetua yang merupakan generasi pertama (F 1 ) di kebun benih A. mangium di Sumatera Selatan. Tiga lembar daun dari setiap pohon dikoleksi daunnya dan dimasukkan ke dalam amplop yag sudah diberi silica gel untuk mencegah terjadinya pembusukan. Daun yang dikoleksi merupakan daun yang bebas hama penyakit dan dapat berasal dari bagian tajuk manapun di pohon target. Sedangkan, materi genetik anakan yang merupakan generasi kedua (F 2 ) dari kebun benih ini berasal dari 10 pohon induk betina (mother tree) yang dipilih secara acak mewakili berbagai area di kebun benih. Dari setiap induk betina yang terpilih kemudian dikoleksi ± 20 biji, dengan total ± 200 biji dari 10 pohon induk betina sebagai sampel anakan.

## C. Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA untuk daun dan biji dilakukan menggunakan modifikasi metode
CTAB (Shiraishi dan Watanabe, 1995). Prosedur esktraksi berbeda untuk kedua sampel. Untuk daun, sebanyak 100 mg daun dipotong dan ditumbuk menggunakan mortar dengan tambahan nitrogen cair. Daun yang sudah halus kemudian dimasukkan ke dalam 2,0 ml tube dan ditambahkan 1 ml extraction buffer ((100 mM Tris-HCl pH 9.0, 1.4 M NaCl, 20 mM EDTA, 2% CTAB, 0.5% ß-mercaptoethanol). Sedangkan untuk biji, dilakukan perebusan biji dalam air selama 10 menit, kemudian pelepasan kulit luar biji secara manual. Biji tersebut kemudian di letakkan ke dalam 1,5 ml microtube dan ditambahkan 0,6 ml extraction buffer (100 mM Tris-HCl pH 9.0, 1.4 M NaCl, 20 mM EDTA, 2% CTAB,
0.5% ß-mercaptoethanol) untuk kemudian diinkubasi pada suhu 65 0 C selama 30 menit. Selanjutnya biji akan di haluskan menggunakan pellet pestle. Larutan daun ataupun biji dengan extraction buffer tersebut kemudian diinkubasi pada suhu 65 o C selam 1 jam. Kemudian chloroform digunakan untuk dua kali pencucian larutan DNA. Pemadatan DNA menggunakan sodium acetate and isopropanol. Pellet DNA didapatkan dengan cara mensenttrifiusnya pada kecepatan 15.000 rpm. Pellet DNA kemudian dicuci menggunakan 70% etanol. Untuk
melarutkan pellet DNA tersebut, digunakan air distilasi.

## D. Analisis Mikrosatelit
Dua belas primer mikrosatelit (Butcher et al., 2000) digunakan untuk menganalisis daun dan biji tersebut. Analisis PCR dilakukan menggunakan 10 µl reaksi PCR yang mengandung 1x PCR buffer (disediakan
bersama dengan AmpliTaq Gold DNA polymerase, PE Applied Biosystems), 1.5 to 3.0 mM MgCl 2, 0 atau 1 % formamide (Tabel 1), 200 µM tiap dNTP, 0.5 µM tiap primer, 0.5 unit AmpliTaq Gold DNA polymerase (PE Applied Biosystems), dan
25 ng templat DNA. Amplifikasi dilakukan menggunakan GeneAmp PCR System 9700 (PE Applied Biosystems) pada suhu 94 o C selam 10 menit, 35 siklus pada suhu 94 o C selama 30 detik, 50-60˚C selama 30 detik, 72˚C selama 60 detik, dan dilanjutkan selama 1 menit pada suhu 72 o C. Touch down PCR (Don et al., 1991) digunakan untuk analisis PCR. Suhu annealing pada awal siklus adalah 65 0 C dan akan menurun 1 0 C/siklus selama 9 siklus selanjutnya. Setelah 10 siklus awal, suhu annealing akan tetap pada suhu 55 o C. Produk
PCR kemudian di elektroforesis menggunakan ABI 310 Genetic Analyzer (PE Applied System).
Tabel 1. Sekuens primer dan optimum kosentrasi MgCl 2 dari 12 mikrosatelit lokus Table 1. Primer sequences and optimum MgCl 2 concentration of 12 microsatellite markers used in this study
Penanda (Markers) Sekuens primer (5’-3’) (Sequence primer (5’-3’)) Konsentrasi MgCl 2 (MgCl 2 concentration) Am014 GTA CTA ACG TTG CTA TAT GAG AAA GG CTG GTT GTT CGC TTA TAT GG 2,5 mM Am041 TAG GCT AAT GGT CAT ATT CCT AG AGA GAT AGG GGT ACA CAC TAA AAA AC 3,0 mM + 1% formamide Am136 CCC ATT GCC GTT TCT TTG GCA TTT CCC TTG GAA CAG TC 3,0 mM + 1% formamide Am326 GGA CCA AAC TTA TGC AAC ACC GCA TCA ATG TAC TAA ACC ATT TCC 2,5 mM Am341 CCA TTC GAG CAT CCT AAG AG CGT ATG GCT GAG CTA CTT AAT CA 1,5 mM Am387 TGA TAC AAG GGA AGA CAG AGT GG CCA ACT CAA AAC CTG ACA ACG 1,5 mM Am429 CCT TCT TCT CTC ATC TAC CAA ACC CCC ACA TCA TCA CTC ACA ACT 1,5 mM Am435 ACC CTT TAT TTC TCA CAC GGA ACA GAA GAA GAT GCA AAG AAG G 2,5 mM Am436 ATG GAT CTT GTC CTT ATC TTG A GGG CCA ATT TGA GTT TGG AA 2,5 mM Am460 CAC TAA TTG CTC ACA CAT TCC A ATT CAT AGC CTC TCC CTT CAG 1,5 mM Am465 TGG GTA TCA CTT CCA CCA TT AGG CTG CTT CTT TGT GCA GG 3,0 mM + 1% formamide Am503 GTA TGA GTT CCA GTC CTA CCA TCA CAG TCC GGT TTT TGC TGT CA 1,5 mM

## E. Analisis Data
Analisis data dilakukan menggunakan FSTAT software versi 2.9.3.2 (Goudet, 2001). Parameter keragaman genetik seperti jumlah alel (A=number of detected allele), allelic richness, observed heterozygosity (H o ), expected heterozygosity (H e ), Fixation index (F is ), dan linkage disequilibrium (L-D). Pengaruh nyata adanya
simpangan dari Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) seperti pada Fis dan L-D dites menggunakan randomisasi dan permutasi.

## III. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Keragaman Genetik Penanda
Mikrosatelit Analisis terhadap jumlah alel yang terdeteksi pada tetua dan anakan di kebun benih semai A. mangium grup D (AM004) di Sumatera Selatan menunjukkan bahwa rata-rata jumlah alel tetua lebih banyak dibandingkan anakan (A=8,250 untuk tetua dan A=7,083 untuk anakan) (Tabel 2). Rendahnya jumlah alel di anakan
dibandingkan tetua kemungkinan karena metode pengambilan materi genetik untuk anakan bersifat acak dan sampling sehingga ada kemungkinan tidak semua alel yang ada di anakan dapat terdeteksi. Walaupun demikian, hasil ini lebih tinggi dibandingkan dengan
penelitian sebelumnya menggunakan populasi A. mangium di alam (A=6,16) dan kebun benih (A=6,95) (Butcher et al., 2004).

## Tabel 2. Keragaman genetik 12 penanda mikrosatelit
Table 2. Genetic diversity of 12 microsatellite markers
Penanda (Marker) A Allelic Richness H o H e F is Tetua (Pare ntal) Anakan (Offspri ng) Tetua (Parent al) Anakan (Offspring) Tetua (Paren tal) Anakan (Offspri ng) Tetua (Paren tal) Anakan (Offspring) Tetua (Parental) Anakan (Offspring) Am014 18 13 15.263 12.184 0,599 0,593 0,699 0,632 0,143* 0,061 Am041 14 14 13.091 13.813 0,698 0,671 0,781 0,815 0,106* 0,177* Am136 7 7 6.858 6.993 0,571 0,668 0,677 0,664 0,156* -0,006 Am326 10 9 9.609 8.668 0,465 0,445 0,547 0,420 0,149* -0,060 Am341 4 2 3.491 2.000 0,417 0,390 0,465 0,457 0,104 0,146 Am387 10 9 9.327 8.732 0,529 0,655 0,612 0,644 0,136* -0,017 Am429 10 8 8.945 7.769 0,575 0,680 0,667 0,661 0,138* -0,029 Am435 6 5 5.610 4.819 0,559 0,639 0,561 0,657 0,004 0,028 Am436 3 4 3.000 3.999 0,406 0,448 0,489 0,491 0,170 0,087 Am460 6 5 5.985 5.000 0,468 0,593 0,718 0,703 0,348* 0,156* Am465 6 4 5.492 4.000 0,482 0,552 0,533 0,532 0,096 -0,038 Am503 5 5 5.000 5.000 0,447 0,745 0,556 0,601 0,196* -0,239 Rerata 8,250 7,083 7.639 6.914 0,518 0,590 0,609 0,606 0,146* 0,022 Keterangan : Remarks : A= Jumlah alel yang terdeteksi A= Number of detected alleles H o = Nilai heterosigot yang diamati
H o = Observed heterozygosity H e = Nilai heterosigot yang diharapkan H e = Expected heterozygot F is = Fiksasi indeks
F is = Fixation index
L-D= Ketidakseimbangan Pertautan
L-D= Linkage disequilibrium
*= Berbeda nyata F is pada level P<0,05 pada 24000 randomisasi *= Significance F is at P<0,05 level based on 24000 randomizations
Keragaman genetik tetua dan anakan yang ada di kebun benih A. mangium Grup D (AM004) Sumatera Selatan relatif sama (H e =0.609 di tetua dan H e =0.606 di anakan) (Tabel 2). Angka ini lebih rendah dibandingkan dengan rata-rata angka keragaman genetik tetua yang ada di kebun benih A. mangium (AM009) Wonogiri (Yuskianti dan Isoda, 2012; Nurtjahjaningsih, 2013). Hal ini kemungkinan karena kebun benih A. mangium Grup D (AM004) Sumatera Selatan hanya berasal dari provenan Australia sedangkan kebun benih A. mangium (AM009) Wonogiri menggunakan campuran provenan Papua New Guinea dan Australia. Penelitian Butcher et al., (2004) juga menunjukkan bahwa secara umum, kebun benih yang menggunakan populasi dari bagian
Selatan Australia
mempunyai setengah nilai allelic richness dan
30% kurang beragam dibandingkan dengan kebun benih yang menggunakan sumber benih dari Papua New Guinea.

## B. Keragaman Genetik Tetua dan Anakan
Dengan banyaknya individu pohon yang ada di provenan Claudie River (N=161) ternyata tidak berarti provenan ini (H e =0,586) akan mempunyai angka keragaman genetik yang tinggi dibandingkan dengan provenan lain. Tetapi banyaknya jumlah individu per provenan ini tampaknya berpengaruh terhadap tingginya jumlah alel di Claudie River (A=6,250) dibandingkan provenan lain (Tabel 3). Terdapat simpangan dari keseimbangan Hardy-Weinberg pada provenan Claudie River yang ditunjukkan dengan signifikansi F is dan L-D (Tabel 3) yang mengindikasikan kemungkinan inbreeding di provenan ini.
Tabel 3. Keragaman genetik tetua di kebun benih semai A. mangium grup D (AM004) di Sumatera

## Selatan (N=251)
Table 3. Genetic diversity of parental in the A.mangium seedling seed orchard Group D (AM004) in South Sumatera (N=251)
Provenan N A A (7) H o H e F is L-D Claudie River 161 6,250 3.376 0,523 0,586 0,107* 3 Pascoe River 47 5.917 3.662 0,555 0,583 0,048 0 Cassowary 33 5 3.565 0,503 0,602 0,164* 0 Subanjeriji 10 3.917 3.627 0,284 0,531 0,465* 0 Rerata (Mean) 5.271 3.557 0.466 0.576 0.196 0.75 Keterangan : Remarks : A= Jumlah alel yang terdeteksi A= Number of detected alleles H o = Nilai heterosigot yang diamati
H o = Observed heterozygosity
H e = Nilai heterosigot yang diharapkan H e = Expected heterozygot F is = Fiksasi indeks
F is = Fixation index L-D= Ketidakseimbangan Pertautan
L-D= Linkage disequilibrium
*= Berbeda nyata F is pada level P<0,05 pada 24000 randomisasi
*= Significance F is at P<0,05 level based on 24000 randomizations Berbeda nyata L-D pada level P<0,05 pada 26400 permutasi Significance L-D at P<0,05 level based on 26400 permutations Jumlah alel yang dihasilkan pada biji dari sepuluh pohon induk relatif sama yaitu 3-4 alel (Tabel 4).
Sedangkan keragaman genetik
anakan menunjukkan variasi dari 0.488 pada induk betina nomor 3 sampai dengan 0,610 pada induk betina nomor 4, dengan rata-rata angka
keragaman genetik adalah 0.529 (Tabel 4). Tidak ditemukan adanya signifikansi F is dan L-D pada sepuluh pohon induk (Tabel 4),
mengindikasikan kemungkinan perkawinan
outcrossing di kebun benih A. mangium Grup D (AM004) Sumatera Selatan.
Tabel 4. Keragaman genetik anakan yang berasal dari 10 pohon induk di kebun benih semai Akasia mangium grup D (AM004) Sumatera selatan
Table 4. Genetic diversity of the offspring collected from 10 mother trees in the Acacia mangium seedling seed orchard Group D (AM004) in South Sumatera
Pohon Induk (Moher tree) N A A (9) H o H e F is L-D Pohon induk-1 19 3,917 3.292 0,537 0,492 -0,091 0 Pohon induk-2 19 3,583 3.111 0,579 0,510 -0,136 0 Pohon induk-3 19 4,5 3.496 0,551 0,488 -0,130 0 Pohon induk-4 19 4,417 3.636 0,786 0,610 -0,288 0 Pohon induk-5 20 4,25 3.522 0,605 0,545 -0,109 0 Pohon induk-6 19 4 3.388 0,595 0,550 -0,081 0 Pohon induk-7 19 3,75 3.118 0,540 0,522 -0,034 0 Pohon induk-8 19 4 3.410 0,536 0,493 -0,087 0 Pohon induk-9 19 4,167 3.501 0,557 0,519 -0,074 0 Pohon induk-10 20 3,417 3.038 0,622 0,562 -0,108 0 Rerata (Mean) 4 3.351 0,591 0,529 -0,114 0 Keterangan : Remarks : A= Jumlah alel yang terdeteksi A= Number of detected alleles H o = Nilai heterosigot yang diamati
H o = Observed heterozygosity
H e = Nilai heterosigot yang diharapkan H e = Expected heterozygot F is = Fiksasi indeks
F is = Fixation index
L-D= Ketidakseimbangan Pertautan L-D= Linkage disequilibrium
Kebun benih A. mangium Grup D (AM004) di Sumatera Selatan merupakan bagian dari strategi pemuliaan A. mangium di Indonesia. Ada
dua kebun benih yang dikembangkan untuk menguji provenan dari Australia yaitu kebun benih A. mangium Grup D (AM004) di Sumatera
Selatan dan Grup C (AM006) di Kalimantan Selatan. Provenan dari Australia merupakan target dari strategi pemuliaan, tetapi karena di lokasi penanaman AM004 Sumatera Selatan terdapat provenan Subanjeriji (N=10) yang menjadi ras lahan dari kebun benih ini,maka provenan Subanjeriji menjadi pembanding dengan provenan introduksi dari Australia. Oleh karena itu, provenan Subanjeriji ini hanya bertujuan sebagai genetik tes dan tidak dimasukkan dalam tujuan pemuliaan spesies ini selanjutnya.

## C. Perbedaan Genetik Tetua dan Anakan
Perbedaan genetik (genetic differentiation) antar populasi (F ST ) menunjukkan bahwa anakan mempunyai rata-rata F ST =0,1240 (95% dengan interval kepercayaan, 0,112-0,163) sedangkan tetua mempunyai F ST =0,0806 (95% dengan interval kepercayaan, 0,055-0,089) (Data tidak ditampilkan). Kondisi ini menunjukkan bahwa pertukaran genetik yang terjadi di populasi anakan lebih baik dibandingkan tetua. Sistem perkawinan outcrossing (ditandai dengan tidak signikannya F is dan L-D di Tabel 4) yang banyak
terjadi di anakan tampaknya mendorong terjadinya pertukaran genetik yang relatif seimbang. Sedangkan di tetua karena provenan yang digunakan didominasi provenan Claudie River, maka perbedaan genetik antar tetua juga kemungkinan menjadi lebih kecil.

## D. Frekuensi Alel
Keberadaan alel dengan frekuensi yang besar (common allele) dan alel dengan frekuensi yang rendah (alel langka/rare allele) (Tabel 5) berpengaruh terhadap sifat/karakter pohon yang ada di kebun benih ini. Penelitian pada manusia menunjukkan bahwa alel-alel peka penyakit (disease-susceptibility alleles) pada frekuensi intermediat berperan pada beberapa penyakit umum manusia, walaupun studi lain juga
mengidentifikasi rare
deleterious polymorphisms mempengaruhi variasi sifat kuantitatif (Mitchell-Olds et al., 2007).
Penurunan tersebut lebih besar pada jumlah alel dan lokus polimorfik dibandingkan dengan heterozigos harapan (expected heterozygosity)
(Leimu et al., 2006).

## Tabel 5. Frekuensi alel tetua dan anakan dikebun benih semai Akasia mangium grup D (AM004) Sumatera Selatan
Table 5. Frequency alleles of parental and their offspring in the Acacia mangium seedling seed orchard goup D (AM004) in South Sumatera Alel Am014 Alel Am041 Alel Am136 Alel Am326 T (247) A (182) T (248) A (164) T (247) A (190) T (234) A (182) 1. 0.002 0.000 1. 0.002 0.000 1. 0.004 0.008 1. 0.013 0.011 2. 0.002 0.005 2. 0.117 0.168 2. 0.016 0.013 2. 0.073 0.060 3. 0.000 0.003 3. 0.109 0.155 3. 0.018 0.024 3. 0.637 0.747 4. 0.134 0.157 4. 0.010 0.003 4. 0.492 0.516 4. 0.015 0.025 5. 0.022 0.003 5. 0.065 0.195 5. 0.233 0.211 5. 0.004 0.005 6. 0.014 0.005 6. 0.004 0.006 6. 0.117 0.108 6. 0.006 0.003 7. 0.498 0.571 7. 0.087 0.082 7. 0.119 0.121 7. 0.203 0.135 8. 0.004 0.000 8. 0.419 0.299 8. 0.004 0.003 9. 0.000 0.003 9. 0.020 0.009 9. 0.041 0.011 10. 0.004 0.000 10. 0.002 0.003 10. 0.004 0.000 11. 0.002 0.000 11. 0.030 0.003 12. 0.154 0.096 12. 0.060 0.030 13. 0.004 0.003 13. 0.030 0.021 14. 0.006 0.000 14. 0.000 0.009 15. 0.018 0.027 15. 0.044 0.015 16. 0.105
0.088
17. 0.002
0.000
18. 0.024
0.036
19. 0.000
0.003
20. 0.002
0.000
21. 0.002 0.000

## Tabel 5. Lanjutan
Table 5. Continued Alel Am341 Alel Am387 Alel Am429 Alel Am435 T (245) A (192) T (248) A (191) T (247) A (191) T (245) A (188) 1. 0.004 0.000 1. 0.022 0.016 1. 0.004 0.000 1. 0.008 0.003 2. 0.351 0.352 2. 0.004 0.005 2. 0.002 0.000 2. 0.092 0.138 3. 0.643 0.648 3. 0.304 0.332 3. 0.002 0.003 3. 0.624 0.516 4. 0.002 0.000 4. 0.026 0.055 4. 0.128 0.196 4. 0.182 0.191 5. 0.042 0.050 5. 0.018 0.021 5. 0.092 0.152 6. 0.044 0.045 6. 0.447 0.505 6. 0.002 0.000 7. 0.540 0.490 7. 0.008 0.042 8. 0.010 0.003 8. 0.047 0.018 9. 0.004 0.000 9. 0.340 0.209 10. 0.000 0.005 10. 0.004 0.005 11. 0.002 0.000 Alel Am436 Alel Am460 Alel Am465 Alel Am503 T (202) A (174) T (237) A (192) T (241) A (154) T (248) A (192) 1. 0.047 0.057 1. 0.008 0.000 1. 0.004 0.000 1. 0.024 0.036 2. 0.644 0.655 2. 0.188 0.154 2. 0.008 0.003 2. 0.030 0.031 3. 0.309 0.279 3. 0.255 0.258 3. 0.019 0.036 3. 0.365 0.484 4. 0.000 0.009 4. 0.059 0.065 4. 0.463 0.539 4. 0.556 0.401 5. 0.072 0.078 5. 0.504 0.422 5. 0.024 0.047 6. 0.418 0.445 6. 0.002 0.000 Keterangan : Remarks : T= Tetua T= Parental A= Anakan A= Offspring Angka didalam kurung menunjukkan jumlah sampel yang dianalisis Number in the brancket means number of analyzed samples Huruf tebal merupakan tetua Bold letter means parental
Jarak isolasi antar kebun benih A. mangium sebesar ±100-200 m tampaknya perlu di evaluasi kembali. Hal ini ditunjukkan dengan adanya alel baru di anakan yang tidak ditemukan di tetua (Contoh di primer Am014, Am041, Am387 dan Am436) (Tabel 5). Hal ini mengindikasikan kemungkinan terjadinya kontaminasi serbuk sari dari luar kebun benih. Kondisi ini perlu penanganan serius karena kontaminasi dari luar area kebun benih dapat menimbulkan penurunan keragaman genetik dan juga penurunan keuntungan genetik (genetic gains). Millar et al., (2008) menunjukkan terjadinya 14% kontaminasi genetik pada anakan A. saligna subsp. saligna dan angka itu bervariasi antar induk betina. Sementara Nurtjahjaningsih et al., (2007) juga menunjukkan keberadaan alel baru di anakan yang mengindikasikan adanya aliran gen dari blok lain di kebun benih ataupun dari luar kebun benih di kebun benih P. merkusii di Jember, Jawa Timur, Indonesia.

## IV. KESIMPULAN DAN SARAN

## A. Kesimpulan
Rata-rata keragaman genetik tetua dan anakan di kebun benih A. mangium Grup D (AM004) di Sumatera Selatan relatif sama (H e =0.609 di tetua dan H e =0.606 di anakan). Sistem perkawinan di kebun benih ini kemungkinan besar outcrossing yang ditunjukkan oleh tidak adanya simpangan dari keseimbangan Hardy-Weinberg (tidak adanya signifikansi F IS dan L-D dianakan), sedangkan tetua karena mempunyai jumlah individu antar provenan yang tidak seimbang maka ada beberapa provenan yang menunjukkan kecenderungan untuk inbreeding. Jarak isolasi antar kebun benih tampaknya perlu dievaluasi kembali karena data frekuensi alel mengindikasikan kemungkinan adanya
kontaminasi serbuk sari dari luar area penelitian. Hal tersebut ditunjukkan dengan ditemukannya alel baru di anakan yang tidak ada di populasi tetua.

## B. Saran
Perlu penelitian lanjutan mengenai jarak isolasi antar kebun benih untuk mengurangi adanya kontaminasi serbuk sari dari luar kebun benih.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Dr. Keiya Isoda untuk bimbingan dan petunjuk penelitian, Dr. I.L.G. Nurtjahjaningsih untuk analisis data dan juga teman-teman di Laboratorium Genetika Molekuler Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan Yogyakarta untuk bantuannya dalam pelaksanaan penelitian.

## DAFTAR PUSTAKA
Beadle, C., K. Barry, E. Hardiyanto, R. Irianto, Junarto,
C. Mohammed and A. Rimbawanto. (2007). Effect of pruning Acacia mangium on growth, form and heart rot. Forest Ecology and Management, 238 (1-3), 261-267.
Butcher, P.A., S. Decroocq, Y. Gray and G.F. Moran.
(2000). Development, inheritance and cross- species amplification of microsatellite markers from Acacia mangium. Theor Appl Genet, 101, 1282-1290.
Butcher, P.A., C. Harwood and T.H. Quang. (2004).
Studies of mating systems in seed-stands suggest possible causes of variable outcrossing rates in natural populations of Acacia mangium. Forest Genetics, 11, (3-4), 303-309.
Chezhian, P., R. Yasodha, M. Ghosh. (2010). Genetic diversity analysis in a seed orchard of Eucalyptus tereticornis. New Forests, 40(1), 85-99.
Don, R.H., P.T. Cox, B.J. Wainwright, K. Baker and J.S.
Mattick. (1991). 'Touchdown' PCR to circumvent spurious priming during gene amplification.
Nucleic Acids Research, 19, 4008.
Eyles, A., C. Beadle, K. Barry, A. Francis, M. Glen and C.
Mohammed. (2008). Managmenet of fungal root- rot pathogens in tropical Acacia mangium plantations. Forest pathology, 38(5), 332-355.
Griffin, A.R., T.D Vuong, J.L. harbard, C.Y. Wong, C. Brooker and R.E. Vaillancourt. (2010). Improving controlled pollination methodology for breeding Acacia mangium willd. New Forests, 40,131-142.
Hansen, O.K. dan E.D. Kjaer. (2006). Paternity analysis with microsatellites in a Danish Abies nordmanniana clonal seed orchard reveals dysfunctions. Canadian Journal of Forest Research, 36 (4):1054-1058.
Irianto, R.S.B., K. Barry, N. Hidayati, S. Ito, A. Fiani, A.
Rimbawanto and C. Mohammed. (2006).
Incidence and spatial analysis of root rot of Acacia mangium in Indonesia. Journal of Tropical Forest Science, 18 (3):157-165.
Jones, T.H., D.A. Steane, R.C. Jones, D. Pilbeam, R.E. Vaillancourt and B.M. Potts. (2006). Effects of domestication on genetic diversity in Eucalyptus globulus. Forest Ecology and Management 234 (1- 3), 78-84.
Josiah, C.C., D.O. George, O.M. eleazar and W.F. Nyamu.
(2008). Genetic diversity in Kenyan populations of Acacia senegal (L.) willd revealed by combined RAPD andd ISSR markers. African Journal of Biotechnology, 17 (14), 2333-2340.
Kaya, N., K.Isik and W.T. Adams. (2006). Mating system and pollen contamination in a Pinus brutia seed orchard. New Forests, 31 (3), 409- 416.
Kurinobu, S., A. Nirsatmanto and M. Susanto. (1994).
General information
of seed source establishment of Acacia mangium in South Sumatera (Fiscal year 1993/1994). Forest Tree Improvement Project, FTIP-No. 23. Japan International Cooperation Agency (JICA) dan Agency for Forestry Research and Development, Ministry of Forestry in Indonesia.
Leimu, R., P. Mutikainen, J. Koricheva, and M. Fischer.
(2006). Essay Review: How general are positive relationships between plant population size, fitness and genetic variation?. Journal of Ecology 94, 942-952.
Mitchell-Olds, T., J.H. Willis, and D.B. Goldstein. 2007. Which evolutionary processes influence natural genetic variation for phenoypic triats?. Nature Reviews, Genetics Volume, 8, 845-856.
Millar, M.A., M. Byrne, I. Nuberg, and M. Sedgley.
(2008). High outcrossing and random pollen dispersal in a planted stand of Acacia saligna subsp. saligna revealed by paternity analysis using microsatellites. Tree Genet Genomes 4, 367- 377.
Nurtjahjaningsih, I.L.G., Y. Saito, Y. Tsuda and Y. Ide.
(2007). Genetic diversity of parental and offspring populations in a Pinus merkusii seedling seed orchard detected by microsatellite markers. Bulletin of the Tokyo University Forests 118:1-14.
Nurtjahjaningsih, I.L.G. (2013). Identifikasi tetua unggul di kebun benih Acacia mangium. Dalam: Prosiding Seminar Nasional Bioteknologi Hutan: Bioteknologi Hutan untuk Produktivitas dan Konservasi Sumber Daya Hutan, 9 Oktober 2012 di Yogyakarta. Rimbawanto, A., B. Leksono and AYPBC Widyatmoko (eds). Hlm. 91-118, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan, Yogyakarta.
Shiraishi, S, and A. Watanabe. (1995). Identification of chloroplast genome between Pinus densiflora
SIEB. EtZUCC. and P. thunbergii PARL. Based on the polymorphism in rbcL. Gene. Journal of
Japanese Forest Science, 77, 429-436.
Shiran, B., N. Amirbakhtiar, S. Kiani, Sh. Mohammadi, B.E. Sayed-Tabatabaei and H. Moradi. (2007). Molecular characterization and genetic relationship among almond cultivars assessed by RAPD and SSR markers. Scientia Horticulturae 111(3), 280-292.
Slavov, G.T., G.T. Howe and W.T. Adams. (2005). Pollen contamination and mating patterns in a Douglas- fir seed orchard as measured by simple sequence repeat markers. Canadian Journal of Foret Research, 35(7),1592-1603.
Souvannavong, O. (2010). The state of the world’s forest genetic resources. Dalam: International Symposium on Forest Genetic Resources- Conservation and sustainable utilization towards climate change mitigation and adaptation. Sim, H.C., L.T Hong and R.Jalonen (eds). Hlm. 9. FRIM, APAFRI and Biodiversity International.
Weng, Y.H., K. Tosh, G. Adam, M.S. Fullarton,C. Norfolk dan Y.S. Park. (2008). Realized genetic gains observed in a first generation seedling seed orchard for jack pine in New Brunswick, Canada. New Forests, 36(3), 285-298.
Yuskianti, V. and K. Isoda. (2012). Genetic diversity of Acacia mangium seed orchard in Wonogiri Indonesia using microsatellite markers. HAYATI
Journal of Biosciences 19(3),141-144.
Yuskianti, V. And K. Isoda. (2013). Detection of pollen flow in the seedling seed orchard of Acacia mangium using DNA marker. Journal of Forestry Research, 10(1):31-41.
Zelener,N., S.N. Marcucci Poltri, N. Bartoloni, C.R. Lopez and H.E. Hopp. (2005). Selection strategy for a seedling seed orchard design based on trait selection index and genomic analysis by molecular markers: a case study for Eucalyptus dunnii. Tree Physiology, 25, 1457-1467.