Variasi Genetik Intrapopulasi Rajungan (Portunus Pelagicus) dari Kaimana, Papua Barat Indonesia Berdasarkan Sekuen Gen Sitokrom C Oksidase (CO1)
Intrapopulated Genetic Variation Of The Blue Swimming Crab ( Portunus Pelagicus ) From Kaimana, West Papua Indonesia Based On Cytochrome C Oxidase Subunit I (Co1) Gene Sequence
A. Aliah Hidayani *1) , Yushinta Fujaya 1) , Dody Dh. Trijuno 1) , Alimuddin 2)
1 Departemen Perikanan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan, Universitas Hasanuddin, Kampus UNHAS Tamalanrea, Jl. Perintis kemerdekaan Km. 10, Makassar 90245, Sulawesi Selatan, INDONESIA
2 Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Jl. Lingkar Akademik, Kampus IPB Bogor 16680, Jawa barat, Indonesia
* e-mail: aliah@fikp.unhas.ac.id

## Abstrak
Langkah awal untuk membangun program manajemen induk dan konservasi yang tepat dan untuk menghindari penurunan variabilitas genetik dalam program selektif breeding ini adalah pengembangan dari penanda genetik molekuler  yang  dapat  digunakan  untuk  penentuan  evaluasi  stok  genetik  dalam  tingkat  aliran  gen.  Namun, secara morfologi  agak sulit membedakan antara satu individu dengan yang lain. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis variasi genetic  untuk membuktikan perbedaan rajungan intrapopulasi. Sampel rajungan dikoleksi dari kab. Kaimana, Papua Barat. Analisis morfologi dilakukan dengan melihat perbedaan warna serta pola  bintik  putih  antara  satu  individu  dengan  individu  lain.  Isolasi  gen  penyandi  CO1  rajungan  dilakukan dengan  menganalisis  setiap  individu  setelah  dilakukan  pengelompokan  berdasarkan  morfologinya.  Hasil analisis morfologi menunjukkan jantan memiliki tujuh pola warna dan pola bintik putih karapaks sementara betina memiliki lima pola warna dan pola bintik putih pada karapaks. Namun, ada sedikit perbedaan antara morfologi  dan  genetik  khususnya  pada  betina,  dimana  betina  secara  genetik  hanya  terbagi  menjadi  dua kelompok besar. Hal ini menunjukkan bahwa terdapat informasi hubungan filogenetik antar individu.  Corak bintik putih pada karapaks dipengaruhi oleh genetic sehingga dapat digunakan untuk mengenali spesies atau varietas, sedangkan warna karapaks tidak terbukti dipengaruhi oleh gen CO1.
Kata kunci : Rajungan, Portunus pelagicus , CO1, dan Kaimana

## Abstract
The  first  step  to  establishing  appropriate  broodstock  management  and  conservation  programs  and  to  avoid decreasing  genetic  variability  in  this  selective  breeding  program  is  the  development  of  molecular  genetic markers  that  can  be  used  for  evaluation  of  genetic  stock  determinations  in  gene  flow  rates.  However, morphologically it is rather difficult to distinguish between one individual and another. The purpose of this study was to analyze genetic variation to prove differences in intrapopulated crabs. Small crab samples were collected  from  the  district.  Kaimana,  West  Papua.  Morphological  analysis  was  carried  out  by  looking  at differences in the color and pattern of white spots between one individual and another. The isolation of the crab CO1 gene was carried out by analyzing each individual after grouping it based on morphology. The results of the  morphological  analysis  showed  that  males  had  seven  color  patterns  and  white  carapace  patterns  while females had five color patterns and white spots on the carapace. However, there is little difference between morphology and genetics, especially in females, where the female is genetically divided into only two major groups. This indicates that there is information on phylogenetic relationships between individuals. The white spot on the carapace is genetically influenced so that it can be used to identify species or varieties, while the carapace color has not been shown to be influenced by the CO1 gene.
Keywords: Blue swimming crab, Portunus pelagicus, CO1, Kaimana

## Pendahuluan
Langkah  awal  untuk  membangun  program  manajemen  induk  dan  konservasi  yang tepat dan untuk menghindari penurunan variabilitas genetik dalam program selektif breeding ini  adalah  pengembangan  dari  penanda  genetik  molekuler  yang  dapat  digunakan  untuk penentuan evaluasi stok genetik dalam tingkat aliran gen (Klinbunga et al ., 2010). Informasi dasar yang diperoleh dapat diterapkan untuk pembangunan program berbasis peningkatan stok  genetik  dan  untuk  menghindari  terjadinya  inbreeding  dalam  program  pemuliaan P. pelagicus (Klinbunga et al ., 2007). Hingga saat ini, informasi dasar mengenai manajemen dan pengembangan induk kepiting rajungan merujuk pada satu spesies, yaitu P. pelagicus . Bahkan, menurut laporan dari Lai et al . (2010) bahwa kepiting rajungan merupakan spesies kompleks yang terdiri dari empat spesies, yaitu: P. pelagicus , P. reticulatus , P. segnis , dan P.  armatus .  Jenis-jenis  rajungan  ini  terdistribusi  pada  geografi  yang  berbeda  dengan penampakan morfologi yaitu pola corak karapaks dan pola bintik putih serta karakteristik DNA masing-masing baik antara sesama jantan dan betina maupun antara jantan dan betina.
Namun demikian, seringkali sulit membedakan spesies jantan dan betina berdasarkan pola corak dan pola bintik putiht karapaks secara morfologi, sehingga penggunaan analisis DNA  perlu  dilakukan.  Perbedaan  genetik  spesies  ini  kemungkinan  akan  mempengaruhi berbagai  karakteristik  yang  dibutuhkan  dalam  budidaya  kepiting  seperti  tingkat pertumbuhan,  tahan  terhadap  pemeliharaan  tekanan  lingkungan,  tahan  terhadap  penyakit, rasio konversi pakan yang lebih rendah, dan karakteristik lain yang terkait dengan produksi (Fujaya et al ., 2015).
Informasi  perbedaan  spesies  berdasarkan  pola  corak  dan  pola  bintik  putih  pada karapaks  serta  analisis  DNA  pada  rajungan  ini  sangat  penting  untuk  mengetahui  apakah perbedaan spesies tersebut merupakan factor yang menyebabkan kematian larva yang tinggi secara  fluktuatif.  Analisis  DNA Portunus  pelagicus yang  berasal  dari  Indonesia  telah dilakukan oleh beberapa peneliti (Lai et al ., 2010, Fujaya et al ., 2019, Hidayani et al ., 2020). Demikian pula yang ditemukan oleh Hidayani et al . (2018) mendapatkan hasil yang serupa pada  rajungan  yang  berasal  dari  Papua  Barat  (Sorong,  Raja  Ampat  dan  Kaimana) berdasarkan  pengamatan  morfologi  dan  morfometrik.  Namun,  analisis-analisis  tersebut dilakukan  pada  lokasi  yang  berbeda  berdasarkan  letak  geografis  (interpopulasi)  tanpa menelaah perbedaan antarindividu P. pelagicus dalam satu lokasi (intrapopulasi).
Salah satu penelitian intrapopulasi pada P. pelagicus yaitu Fujaya et al . (2016) yang menemukan P.  pelagicus khususnya  di  Selat  Makassar  di  sekitar  Sulawesi  Selatan  3 kelompok utama morfologis yang berbeda terutama dalam warna dan pola bintik-bintik putih di  karapasnya  serta  DNA  nya  baik  pada  jantan  maupun  pada  betina,  jika  dibandingkan dengan P.  pelagicus yang  dilaporkan  oleh  Lai et  al .  (2010).  Berdasarkan  informasi  yang
diperoleh dari Hidayani et al . (2018) menunjukkan bahwa Kaimana memiliki 7 jenis jantan dan  5  jenis  betina  (Hidayani,  2020)  berdasarkan  pengamatan  morfologinya.  Belum  ada informasi  yang  menunjukkan  apakah  perbedaan  tersebut  menunjukkan  perbedaan  spesies atau keragaman genetik spesies dalam satu populasi.
Untuk itu diperlukan kajian mendalam mengenai informasi perbedaan induk rajungan berdasarkan  pola  corak  dan  karapaks  rajungan  yang  berasal  dari  Kab.  Kaimana  (intra- populasi) dengan menggunakan penanda genetic DNA mitokondria (mtDNA). mtDNA telah banyak  digunakan  sebagai  penanda  molekuler  untuk  mempelajari  struktur  populasi,  filo- geografi dan hubungan filogenetik diberbagai  tingkatan taksonomi (Bucklin et  al ., 2010). Hingga saat ini, salah satu penanda mtDNA yaitu subunit I sitokrom c oksidase (COI) telah efektif  digunakan  untuk  mempelajari  hubungan  filogenetik  pada  krustasea  dalam  satu populasi (Da-li et al ., 2010). Filogenetik ini dapat berguna untuk menjelaskan keterkaitan organisme yang mencerminkan sejarah evolusi masing-masing spesies (Gardner, 1997).

## Bahan dan Metode

## Sampel Rajungan.
Sampel rajungan Portunus pelagicus jantan dan betina dikoleksi dari perairan sekitar Kabupaten Kaimana, Papua Barat, Indonesia (Gambar 1). Jumlah sampel yang digunakan setiap  kelompok  adalah  1-3  sampel  berdasarkan  perbedaan  warna  dan  pola  corak  pada karapaks. Bagian yang diambil adalah daging merus dan bagian ventral. Selanjutnya sampel dipreservasi menggunakan alkohol 70%. Sampel disimpan dalam suhu ruang sebelum proses ekstraksi DNA.

## Identifikasi Morfologi
Analisis  morfologi  dilakukan  dengan  membandingkan  morfologi  rajungan  yang berasal  dari  Kaimana  berdasarkan  warna  karapaks,  granulasi    pada  karapaks  (pola  bintik putih)  pada  rajungan  dewasa.  Variasi  morfologi  khususnya  warna  dan  pola  bintik  putih karapaks  pada  rajungan  jantan  berdasarkan  informasi  Hidayani et  al .  (2018),  sementara warna dan pola bintik putih karapaks pada rajungan betina mengacu pada hasil penelitian Hidayani (2020). Pengukuran warna dengan menentukan skala warna hewan uji berdasarkan standar  warna  Toca  Color  Finder  (TCF)  berdasarkan  Aras et  al .  (2016).  Standar  warna berdasarkan software TCF dapat dilihat pada Tabel 1.
Tabel 1. Skala warna berdasarkan Toca Colour Finder (TCF)
Warna Nama Warna Hijau zaitun (RAL 6003) Kuning zaitun (RAL 6014) Abu-abu krem (RAL 7006) Abu-abu hijau (RAL 7009)
Abu-abu coklat (RAL 7013) Umbra abu-abu (RAL 7022) Terra coklat (RAL 8028)

## Ekstraksi DNA, PCR dan Analisis Data

## Ekstraksi DNA Genom.
DNA genom rajungan, P. pelagicus diekstraksi dengan mengacu pada metode Phenol- chloroform  (Parenrengi,  2010).  Selanjutnya  DNA  dilarutkan  dalam  50  µL steril  distilled water (SDW), kemudian disimpan dalam freezer (suhu -20°C) hingga akan digunakan untuk proses selanjutnya. Untuk mengetahui keberhasilan ekstraksi, campuran 7,5 µL genom DNA dan 2,5 µL Loading Dye dielektroforesis dalam 0,8% gel agarose dalam 1× TBE (Tris-Boric acid-EDTA) pada tegangan 50 volt. Gel distaining dengan 0,5 µg/mL ethidium bromide. Amplifikasi dan penderetan sekuen Gen CO1.
Amplifikasi  gen  CO1  dengan  metode  PCR  dilakukan  mengacu  kepada  Lai et  al. (2010), dengan menggunakan primer universal COIa (5'- AGTATAAGCGTCTGGGTAGTC-3') dan COIf (5'CCTGCAGGAGGAGGAGATCC-3'). PCR  dilakukan  dalam  volume  akhir  50  µl  yang  mengandung  5  µl  10  × Taq Polymerase Buffer, 5 µl ( 25 mM ) MgCl2 ), 5 µl 0,5 mM dNTP, 1 unit Taq polimerase (Perkin Elmer) dan 0,5 µl masing-masing 25 pmol / ml Coia dan Coif. Denaturasi awal dilakukan pada suhu 94 ° C selama 2 menit diikuti 30 siklus amplifikasi (denaturasi selama 1 menit pada suhu 94° C, annealing selama 1 menit pada suhu 50° C dan ekstensi selama 1,5 menit pada suhu
72° C). Produk PCR diseparasi dengan elektroforesis dalam gel agarosa 1% diwarnai dengan ethidium bromide.
Fragmen DNA produk amplifikasi dimurnikan menggunakan QIAquick PCR (Qiagen) mengikuti  prosedur  dalam  manual.  Sebanyak  3  µL  larutan  DNA  hasil  purifikasi dielektroforesis  untuk  konfirmasi  keberhasilan  purifikasi.  Hasil  elektroforesis  diamati  di bawah UV transilluminator, kemudian didokumentasikan.
Sekuensing  dilakukan  di laboratorium  First  Base,  Singapura  menggunakan  metode Sanger. Sekuen hasil penderetan dianalisis dengan menggunakan program Genetyx Version 7.  Kemiripan  (similaritas)  sekuen  gen  COI  dianalisis  menggunakan  program  BLAST-N ( basic  local  alignmen  search  tool-nucleotide ).  Hasil  analisa  ditunjukkan  dengan  pohon filogenetik  dengan  menggunakan  metode  UPGMA  ( Unweighted  Pair  Group  Methode Average ) yang ada pada programGenetix Versi  7 ( Genetyx Coorporation ).

## Hasil dan Pembahasan

## Hasil

## Pola warna dan bintik putih pada karapaks
Pada  percobaan  ini  diperoleh  data  pengelompokan  rajungan  jantan    dan  betina berdasarkan perbedaan pola corak dan  pola bintik putiht dapat dikelompokkan seperti pada Tabel  2  dan  perbedaan  corak  secara  morfologi  (corak  mungkin  tidak  termasuk  parameter morfologi)  jantan  dapat  dilihat  pada  Gambar  2,  sementara  pada  betina  dapat  dilihat  pada Gambar 3.
Tabel 2. Bobot tubuh dan pengelompokan sampel berdasarkan pola corak dan pola bintik putiht pada karapaks.
Kelompok * Kode sampel ** Warna karapaks Pola bintik putih 1 J35K Abu-abu krem (RAL 7006) Bintik kecil padat, tekstur karapaks relatif halus J37K 2 J36K Abu-abu krem (RAL 7006) Bintik lebih besar dari corak 1, tekstur karapaks halus J38K 3 J34K Kuning zaitun (RAL 6014) Bintik jarang agak memanjang, tekstur karapaks agak halus J39K 4 J20K Kuning zaitun (RAL 6014) Bintik besar memanjang, tekstur karapaks halus J40K 5 J3K Abu-abu hijau (RAL 7009) Bintik sedang agak memanjang, tekstur karapaks agak kasar. J9K 6 J41K Abu-abu coklat (RAL 7013) Bintik besar jarang, tekstur karapaks agak kasar 7 J42K Abu-abu coklat (RAL 7013) Bintik agak memanjang dan agak padat, tekstur karapaks kasar

## Tabel 2. Lanjutan
Kelompok * Kode sampel ** Warna karapaks Pola bintik putih 1 B1K Hijau zaitun (RAL 6003) Pola bintik putih jelas hanya pada bagian mesolateral dan posterior, membentuk retikulasi pita, 2 bintik hitam pada kedua sisi daerah anterobranchial B6K B8K 2 B2K Abu-abu coklat (RAL 7013) Bintik putih tidak terlalu jelas, tetap memiliki 2 bintik hitam pada kedua sisi daerah anterobranchial B3K 3 B4K Kuning zaitun (RAL 6014) B5K 4 B7K Hijau zaitun (RAL 6003) 5 B11K Terra coklat (RAL 8028)
Keterangan: * Kelompok berdasarkan pola corak dan pola bintik putiht pada karapaks. ** K menunjukkan lokasi sampling (Kaimana), J dan B menunjukkan jenis kelamin (j=jantan dan B= betina). Nomor menunjukkan individu.
Variasi warna dan pola pola bintik putih bintik putih pada karapaks P. pelagicus yang berasal dari Kaimana, Papua Barat menunjukkan ada 7 variasi untuk jantan (Gambar 2)dan ada 5 variasi untuk betina (Gambar 3).
Warna dan Pola corak karapaks P. pelagicus jantan yang berasal dari Kab. Kaimana, Papua Barat. K menunjukkan lokasi sampling (Kaimana), 1-7 menunjukkan variasi warna dan pola bintik putih pada karapaks jantan (Hidayani et al., 2018).
K1 K2 K3 K5 K6 K7 K4
Warna dan Pola corak karapaks P. pelagicus betina yang berasal dari Kab. Kaimana, Papua Barat. K  menunjukkan  lokasi  sampling  (Kaimana),  B  menunjukkan  jenis  kelamin  (Betina),  C menunjukkan pengelompokkan berdasarkan corak, 1-5 menunjukkan variasi warna dan pola bintik putih pada karapaks.
C1 C4 C2 C3 C5

## Analisis Genetik

## Rajungan Jantan
Pohon  filogenitik  metode  UPGMA  untuk  rajungan  jantan  yang  berasal  dari  Kab. Kaimana dapat dilihat pada Gambar 4.
Pohon filogenetik rajungan jantan dari Kab. Kaimana Papua Barat

## Rajungan Betina
Pohon  filogenitik  metode  UPGMA  untuk  rajungan  betina  yang  berasal  dari  Kab. Kaimana dapat dilihat pada Gambar 5.
Pattern 2 Pattern 1 Pattern 5 Pattern 7 [GENETYX : Evolutionary tree] Date  : 2017.11.4 Method: UPGMA 0.0034 0.0017 0.0034 0.0038 0.0092 J35(K).txt 0.0100 J37(K).txt 0.0100 0.0108 J36(K).txt 0.0084 J38(K).txt 0.0084 J42(K).txt 0.0230 0.0082 J3(K).txt 0.0182 J9(K).txt 0.0182 0.0111 0.0052 J34(K).txt 0.0118 J39(K).txt 0.0118 J41(K).txt 0.0170 0.0207 J20(K).txt 0.0108 J40(K).txt 0.0108 Pattern 3 Pattern 6 Pattern 4
Pohon filogenetik rajungan betina dari Kab. Kaimana Papua Barat.

## Pembahasan

## Pola warna dan bintik putih pada karapaks
Secara morfologi suatu spesies agak sulit dideteksi pengelompokan taxanya (Adah et al ., 2014) karena adanya pengaruh variasi genetik, dimorfisme seksual, variasi geografis dan mimikri  (Umamaheswari et  al .,  2016).  Dalam  beberapa  kasus,  ada  individu  yang  secara genetic sulit dibedakan misalnya  dalam perbedaan warna varietas yang lebih mencerminkan diferensiasi genetic dibandingkan dengan respons fenotipe terhadap factor lingkungan dan direklasifikasi  sebagai  dua  spesies  (Tsang et  al .,  2008). Portunus  pelagicus merupakan spesies kompleks  yang terdiri  atas 4 spesies dan  terdistribusi  pada geografi yang berbeda dengan  pola  morfologi  yang  berbeda  (Lai et  al .,  2010).  Pola  morfologi  yang  berbeda umumnya disebabkan karena  adanya perbedaan geografi (Lawrence and  Morrissy, 2000). Umumnya  keanekaragama  spesies  secara  morfologi  disebabkan  karena  spesies  tersebut memilki distribusi yang geografi yang luas (Danniels et al ., 2001).
Keempat  spesies  yang  dilaporkan  oleh  Lai et  al .  (2010)  terdistribusi  pada  geografi yang berbeda dengaan penampakan morfologi yaitu pola warna dan pola bintik putiht pada karapaks  yang  dilengkapi  dengan  karakteristik  DNA  masing-masing  spesies  baik  antara
Pattern 1
Pattern 2
sesama jantan dan betina maupun antara jantan  dan betina. Umumnya warna karapaks P. pelagicus yang  ditemukan  oleh  Lai et  al .  (2010)  adalah  biru  kehijauan    pada  jantan, sedangkan  pada  betina  memiliki  karapaks  berwarna  hijau  kecoklatan.  Baik  pada  jantan maupun betina memiliki pola bintik putih pada karapaks dalam bentuk spot putih yang sering berkaitan  dengan  retikulasi  yang  kuat.  Namun,  jika  disandingkan  dengan  morfologi P. pelagicus yang ditemukan dalam penelitian ini, menunjukkan adanya perbedaan dengan P. pelagicus yang dilaporkan oleh Lai et al . (2010).
Berdasarkan hasil yang diperoleh secara morfologi menunjukkan Portunus pelagicus jantan  yang  berasal  dari  Kab.  Kaimana  terbagi  menjadi  7  kelompok,  sedangkan  betina terbagi  menjadi  5  kelompok.  Warna  karapaks  jantan  umumnya  berwarna  kuning  hingga kecoklatan,  sementara  pada  betina  juga  umumnya  berwarna  kuning  hingga  kecoklatan. Umumnya warna digunakan sebagai penciri karakter morfologi pada beberapa spesies (Dha- li et  al .,  2010)  terutama  dalam  identifikasi  spesies-spesies  decapoda  (Martin  and Zimmerman, 2007). Warna biasanya digunakan sebagai strategi adaptasi untuk perlindungan diri  terhadap  predator  (Trivedi  and  Vachhrajani,  2012)  dan  untuk  memperoleh  makanan, berperan terhadap perilaku dan fisiologis kepiting (Dha-li et al ., 2010) atau terkait dengan keberhasilan  dalam  perkawinan  (Silbinger  and  Munguia,  2008).  Banyak  penelitian  yang mengaitkan  pola  warna  pada  kepiting  sebagai  polimorfisme,  namun  hanya  sedikit  yang membahas mengenai variasi pola bintik putiht pada karapaks kepiting. Ze-lin et al . (2012) telah  melakukan  pengamatan  mengenai  pengamatan  pola  bintik  putiht  karapaks  pada beberapa  spesies  Portunus  menggunakan  sinar  flourescent  dan  menyatakan  bahwa  pola bintik  putiht  karapaks  pada P.  pelagicus , P.  segnis , P.  reticulatus dan P.  armatus menunjukkan  persamaan  pola  pigmentasi  baik  diamati  dengan  menggunakan  sinar  UV maupun  dalam  keadaan  normal.  Fujaya et  al .  (2016)  juga  menemukan  3  perbedaan  pola bintik putiht karapaks pada rajungan jantan dan betina yang berasal dari Selat Makassar. Ini mengindikasikan secara morfologi, P. pelagicus memiliki variasi intra spesies yang sangat tinggi.

## Analisis Genetik CO1
Setiap makhluk hidup memiliki ciri ciri yang menunjukkan persamaan dan perbedaan karena masing-masing  spesies mempunyai  susunan genetic yang unik  dan mencerminkan ciri-ciri makhluk yang hidup dalam suatu lingkungan dan dalam kondisi tertentu. Ciri-ciri ini  ditentukan  oleh  satu  atau  sekelompok  gen,  serta  gabungan  antara  gen  dengan  factor lingkungan. Secara genetic tidak ada dua individu dalam satu spesies yang persis sama. Dua individu meskipun merupakan anggota spesies yang sama, keduanya dapat berbeda karena variasi  berbagai  factor,  diantaranya  adalah  factor  genetic,  umur,  jenis  kelamin,  makanan, habitat  dan  sebagainya  (Sofro,  1994).  Perbedaan  antar  individu  inilah  yang  akan  menjadi
keragaman  genetic  dalam  populasi    dan  antarpopulasi  yang  akan  menggambarkan  status keberadaan suatu spesies di alam (Elrod and Stansfield, 2007).
Keragaman  genetik  suatu  populasi  dapat  dianalisis  dengan  pendekatan  DNA Barcoding  yang  dapat  dilakukan  dengan  memanfaatkan  DNA  mitokondria  sebagai  dasar untuk  melihat  adanya  variasi,  hubungan  kekerabatan  dalam  spesies  maupun  studi  yang berhubungan dengan genetic (Bucklin et al ., 2010). Salah satu DNA mitokondria yang sering digunakan  dalam  metode  analisis  keragaman  genetic  adalah  sitokrom  oksidase  subunit  1 karena  memiliki  diversitas  yang  tinggi  dan  sangat  efektif  dalam  menentukan  kekerabatan spesies (Hebert et al ., 2003).
Dalam penelitian ini kami juga menggunakan analisis genetic CO1 untuk menentukan kekerabatan spesies intrapopulasi di kab. Kaimana. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya pengelompokan  individu  berdasarkan  pola  pola  bintik  putih  karapaks  baik  pada  jantan maupun pada betina. Pengelompokan pada jantan dan betina sesuai dengan pengelompokan karapaks  secara  morfologi  berdasarkan  kelompoknya  masing-masing.  Berdasarkan  pohon filogenetik  rajungan  jantan  dan  betina  masing-masing  menunjukkan  adanya  2  kelompok rajungan  yang  terdapat  di  Kab.  Kaimana  Papua  Barat.    Namun  dari  hasil  penelitian  ini nampaknya pola pola bintik putih sangat menonjol dibandingkan dengan pola warna. Hal ini terlihat  pada  kelompok  6  dan  7  rajungan  jantan  dengan  pola  warna  yang  sama.  Uniknya berdasarkan morfologi, rajungan betina terbagi menjadi 5 jenis berdasarkan pola warna dan bintik putih namun secara genetik hanya menunjukkan 2 kelompok yang berbeda (Gambar 3). Perbedaan warna umumnya dikaitkan dengan karakteristik habitat mereka (Metri and de Oliveira, 2016)  yang sangat berperan dalam strategi untuk bertahan hidup di alam (Trivedi and  Vachhrajani,  2012),  sehingga  identifikasi  warna  pada  karapaks  secara  efektif  dapat digunakan  sebagai  karakter  pelengkap  dalam  mengidentifikasi  sampel  rajungan  terutama jika berada di  lapangan  (Ze-lin et  al ., 2012). Berbeda dengan pola pola bintik  putih pada karapaks  yang  menunjukkan  perbedaan  baik  secara  morfologi  maupun  dengan menggunakan analisis genetic. Oleh karena itu perlu adanya analisis lebih lanjut mengenai karakterisasi  dan  evaluasi  kegunaan  karakter  ini  secara  akurat  dalam  taksonomi  spesies Portunus (Ze-lin et al ., 2012).

## Kesimpulan
Berdasarkan hasil yang diperoleh dalam penelitian ini dapat kami simpulkan bahwa selain  pola  warna,  pola  pola  bintik  putiht  dapat  digunakan  untuk  mengenali  spesies  atau varietas  karena  dipengaruhi  oleh  genetic.  Namun  pola  warna  pada  karapaks  tidak dipengaruhi oleh gen CO1 dalam penelitian ini.

## Daftar Pustaka
Adah, P., L. Onyia and R. Obande. 2014. Fish Hybridization in Some Catfishes: A Review. Biotechnology. 13(6): 248-251.
Bucklin, A., R. R. Hopcroft, K. N. Kosobokova, L. M. Nigro, B. D. Ortman, R. M. Jennings and  C.  J.  Sweetman.  2010.  DNA  barcoding  of  Arctic  Ocean  holozooplankton  for species identification and recognition. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. 57(1): 40-48.
Dha-li, C., B.L. Yan., S.D. Shen and H. Gao. 2010. RAPD analysis between color-different crab individuals of Portunus trituberculatus. Marine Science Bulletin . 12 (2): 47-54.
Daniels,  S.R.,  B.A.  Stewart.,  T.M.  Ridgway  and  W.  Florence.  2001.  Carapace  dentition patterns, morphometrics and allozyme differentiation amongst two toothed freshwater crab  species  ( Potamonautes  warreni and P.  unispinus )  (Decapoda:  Brachyura: Potamonautidae) from river systems in South Africa. Journal of Zoology . 255(3): 389- 404.
Elrod,  S.  dan  Stansfield,  W..  2007. Schaum’s  outlines  genetika  edisi  keempat. Penerbit Erlangga, Jakarta. 24pp.
Fujaya,  Y.,  A.I.,  Asphama,  A.A.,Hidayani,  A.  Parenrengi,  and  A.  Tenriulo.  2016.  High genetic  variation  of Portunus  pelagicu s  from  Makassar  straits  revealed  by  RAPD markers  and  mitochondrial 16S rRNA sequences. African Journal of Biotechnology . 15(7): 180-190.
Fujaya, Y., A. A. Hidayani, A. I. Asphama, D. D. Trijuno, A. Tenriulo and A. Parenrengi. 2015.  The  Morphometric  Character  and  Mitochondrial  16S  rRNA  Sequence  of Portunus pelagicus . Aquacultura Indonesiana. 16(1): 1-9.
Fujaya, Y., D.D. Trijuno, A. Nikhlani, I. Cahyono and H. Hasnidar. 2013. The use of Mulberry ( Morus alba ) extract in the mass production of Blue Swimming Crab (Portunus pelagicus L.) larvae to overcome the mortality rate due to molting syndrome. Aquatic Science and Technology. 2(1): 1-14.
Hebert, P. D., S. Ratnasingham and J. R. de Waard. 2003. Barcoding animal life: cytochrome c  oxidase  subunit  1  divergences  among  closely  related  species. Proceedings  of  the Royal Society of London B: Biological Sciences. 270(Suppl 1): S96-S99.
Hidayani, A.A. 2020. Variasi genetik dan produktivitas reproduksi rajungan ( Portunus sp.) dari tiga  subwilayah  perairan  Indonesia  sebagai  dasar  hibridisasi.  [Disertasi].  Universitas Hasanuddin. Makassar. 84pp.
Hidayani A. A., Trijuno D. D., Fujaya Y., Alimuddin, Umar M. T., 2018 The morphology and  morphometric  characteristics  of  the  male  swimming  crab  ( Portunus  pelagicus ) from the East Sahul shelf, Indonesia. AACL Bioflux . 11(6): 1724-1736.
Lai, J. C., P. K. Ng and P. J. Davie. 2010. A revision of the Portunus pelagicus (Linnaeus,
1758)  species  complex  (Crustacea:  Brachyura:  Portunidae),  with  the  recognition  of  four species. The Raffles Bulletin of Zoology. 58(2): 199-237.
Lawrence,  C.S.  and  Morrissy,  N.M.  2000.  Genetic  improvement  of Cherax  tenuimanus Smith and yabbies Cherax spp. In Western Australia. Aquaculture Research . 31 : 69- 82.
Martin,  J.W.  and  T.L.  Zimmerman.  2007.  Color  Variation  in  the  Caribbean  Crab Platypodiella spectabilis (Herbst, 1794)(Decapoda, Brachyura, Xanthidae). Gulf and Caribbean Research . 19(1): 59-63.
Metri,  R.,  A.R.  de  Oliveira  and  C.  Baptista-Metri.  2016.  Carapace  shape  of  some  aeglid crabs:
plasticity at different levels. Latin American Journal of Aquatic Research . 44(3): 453-459. Silbiger, N. and P. Munguia. 2008. Carapace color change in Uca pugilator as a response to temperature. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology . 355(1): 41-46.
Sofro, A. S. M. (1994). Keanekaragaman Genetik, Penerbit Andi. 127pp.
Trivedi,  J.N.  and  K.D.  Vachhrajani.  2012.  New  record  of  color  morphs  of  brachyuran crab Charybdis  annulata Fabricius,  1798  (Decapoda:  Portunidae). Arthropods . 1(4):129-135.
Tsang,  L.  M.,  B.  K.  Chan,  K.  Y.  Ma  and  K.  H.  Chu.  2008.  Genetic  differentiation, hybridization  and  adaptive  divergence  in  two  subspecies  of  the  acorn  barnacle Tetraclita  japonica in  the  northwestern  Pacific. Molecular  Ecology. 17(18):  4151- 4163.
Umamaheswari, S., Bhavan, P.S., Udayasuriyan, R.,  Vadivalagan, C. and Kalpana R. 2016. Discrimination  of  four  marine  crabs  and  one  freshwater  crab  through  mt-CO1  gene. Journal of Entomology and Zoology Studies. 4(5): 766-782.
Ze-Lin, W., Ng. Ngan-Kee, S.L.M. Teo and F.J. Parra-Velandia. 2012. Fluorescent patterns in  some Portunus species  (Crustacea:  Brachyura:  Portunidae). Contributions  to Marine Science : 135-143.