## ISSN: 0215-7950
*Alamat penulis korespondensi: Jurusan Perlindungan Tanaman, Fakultas Pertanian, Universitas Bengkulu . Jalan WR. Supratman, Kandang Limun, Bengkulu 38371. Surel: mimi_sutrawati@unib.ac.id
Volume 19, Nomor 1, Januari 2023 Halaman 39–44 DOI: 10.14692/jfi.19.1.39–44
TEMUAN PENYAKIT BARU
Infeksi Ageratum yellow vein virus pada Gulma Crassocephalum crepidioides di Bengkulu
Infection of Ageratum yellow vein virus on Weed

## Crassocephalum crepidioides in Bengkulu
Nia Kurniati Br. Marpaung, Mimi Sutrawati * , Dwi Wahyuni Ganefianti, Ridha Rizki Novanda, Tunjung Pamekas Universitas Bengkulu, Bengkulu 38371

## ABSTRAK
Beberapa jenis gulma dengan gejala infeksi virus ditemukan pada tiga sentra pertanaman pepaya ( Carica papaya ) di Provinsi Bengkulu, Indonesia. Gejala pada gulma ialah tulang daun dan lamina daun menguning, mosaik kuning, dan keriting. Gejala tersebut mirip dengan gejala infeksi Begomovirus pada beberapa jenis tanaman. Penelitian dilakukan dengan tujuan mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Begomovirus pada spesies gulma Crassocephalum crepidioide . Deteksi Begomovirus dilakukan dengan metode polymerase chain reaction menggunakan sepasang primer universal Begomovirus, SPG1/SPG2. Pita DNA berukuran 912 pb berhasil diamplifikasi dari sampel gulma C. crepidioides dengan gejala daun keriting. Berdasarkan analisis Blastn , sampel Begomovirus asal gulma C. crepidioides memiliki kekerabatan yang paling dekat dengan Ageratum yellow vein virus (AYVV) isolat asal Taiwan (DQ866134.1) dengan homologi sebesar 99%. Hasil penelitian ini merupakan laporan pertama infeksi AYVV pada C . crepidioides di Indonesia.
Kata kunci: Begomovirus, gejala, homologi, polymerase chain reaction , primer universal

## ABSTRACT
Weeds with symptoms of virus infection were found on three cultivation areas of papaya ( Carica papaya ) in Bengkulu province, Indonesia. Symptoms on weeds involved yellowing of lamina and vein, yellow mosaic, and leaf curling. This study aimed to identify and detect Begomovirus on weed species, Crassocephalum crepidioides . Virus detection was conducted by polymerase chain reaction method using a pair of universal primers for Begomovirus (SPG1/SPG2). A DNA fragment of 912 bp in size was successfully amplified from C. crepidioides with leaf curl symptom. Analysis using Blastn showed that Begomovirus sample from C . crepidioides has the closest relationship with Ageratum yellow vein virus (AYVV) isolate from Taiwan (DQ866134.1) with nucleotide homology of 99%. This is the first report of AYVV infection in C . crepidioides in Indonesia.
Keywords: Begomovirus, homology, polymerase chain reaction, symptom, universal primer
Gejala infeksi virus ditemukan pada per- tanaman pepaya ( Carica papaya ) di Kabupaten Kepahiang dan Rejang Lebong, Provinsi Bengkulu pada Februari 2021. Gejala pada gulma di lapangan terdiri atas mosaik kuning sistemik, tulang daun dan lamina daun me- nguning serta keriting (Gambar 1). Sebelumnya infeksi Begomovirus pada tanaman pepaya pertama kali dilaporkan di Bengkulu pada 2021 dengan insidensi penyakit 42%–100% (Sutrawati et al. 2021). Berbagai jenis gulma dilaporkan tumbuh di lahan budi daya pepaya di Bengkulu, di antaranya Crassocephalum crepidioides , Ageratum conyzoides , Claytonia perfoliate , dan Eleusine indica (Marpaung et al. 2022). Meliansyah et al . (2011) melaporkan infeksi geminivirus pada gulma menunjukkan gejala keriting daun dan tulang daun me- nguning di pertanaman cabai di Provinsi Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Daerah Istimewa Yogyakarta. Gejala yang ditemukan pada sampel gulma dari Kabupaten Kepahiang dan Kabupaten Rejang Lebong diduga berasosiasi dengan infeksi Begomovirus. Oleh sebab itu,
dilakukan deteksi dan identifikasi virus untuk memastikan infeksi Begomovirus. Deteksi dilakukan menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR) dengan tiga tahapan,  yaitu  ekstraksi  DNA,  amplifikasi DNA, dan visualisasi hasil amplifikasi. Ekstraksi DNA total mengikuti metode CTAB yang  dimodifikasi  (Doyle  dan  Doyle  1990). Modifikasi  dilakukan  pada  waktu  inkubasi hasil gerusan sampel daun dari 30 menit menjadi 60 menit untuk meningkatkan efisiensi metode  CTAB.  Modifikasi  juga  dilakukan pada waktu inkubasi -20 o C selama satu malam menjadi penyiraman tabung dengan nitrogen cair untuk mempersingkat waktu pengerjaan. DNA total  hasil ektraksi kemudian diguna- kan untuk amplifikasi pita DNA spesifik Begomovirus dengan primer universal SPG1 (5’-CCCCKGTGCGWRAATCCAT-3’) dan SPG2 (5’ATCCVAAYWTYCAGGGAG CTAA-3’) dengan target amplikon berukuran ~912 pb (Li et al. 2004). Komposisi pereaksi terdiri atas 1 µL cetakan DNA, 1 µL masing- masing primer SPG1/SPG2, 9.5 µL air bebas nuklease, dan 12.5 µL Go Taq Green
a b c d e f
Gambar 1  Gejala infeksi virus pada gulma di lapangan. a, tulang daun dan lamina daun menguning pada Ageratum conyzoides ; b, keriting pada A. conyzoides ; c, mosaik kuning pada Crassocephalum crepidioides ; d, keriting pada C. crepidioides ; e, mosaik kuning pada Conyza sumatrensis ; dan f, mosaik kuning pada Asystasia gangetica .
Jurnal Fitopatologi Indonesia
Marpaung et al. master mix (2×)  (Thermo  Fisher  Scientific, Waltham,  MA,  USA).  Program  amplifikasi dilakukan dengan SimpliAmp Thermal Cycles Machine (Fisher  Scientific,  US)  sebanyak 35 siklus dengan tahapan sebagai berikut: pradenaturasi pada suhu 94 ℃ selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 ℃ selama 1 menit, penempelan primer pada cetakan DNA pada suhu 50 ℃ selama 1 menit, sintesis DNA pada suhu  72  ℃  selama  1  menit,  pemanjangan akhir pada suhu 72 ℃ selama 10 menit dan berakhir pada suhu 4 ℃ untuk penyimpanan (Li et al .  2004).  Hasil  amplifikasi  DNA dielektroforesis dalam gel agarosa (1%). DNA hasil amplifikasi selanjutnya digunakan untuk sikuensing nukleotida. Urutan basa nukleotida dianalisis menggunakan program basic local alignment search tools (BLAST) yang diakses  dari  NCBI.  Analisis  polimorfisme nukleotida, penentuan matriks jarak genetik, dan pembuatan dendrogram menggunakan program molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) (Tamura et al . 2013). Primer universal Begomovirus SPG1/SPG2 berhasil mengamplifikasi gen transcriptional activator protein (TrAp) dan replication- associated protein (Rep) Begomovirus pada sampel gulma C. crepidioides (Gambar 2); sedangkan hasil PCR sampel gulma lainnya menunjukkan hasil negatif (Gambar 2 dan 3).
Sampai saat ini belum ada laporan mengenai adanya infeksi Begomovirus pada gulma C. crepidioides . Hasil ini merupakan laporan pertama infeksi Begomovirus pada gulma C. crepidioides di Indonesia. Keberadaan Begomovirus pada gulma ini merupakan konfirmasi bahwa gulma dapat menjadi inang alternatif  dan sumber inokulum Begomovirus di lapangan (Regniere et al. 2012). Gulma Macroptilium latyroides di Puerto Rico dilaporkan terinfeksi Bean golden mosaic virus (BGMV) dengan gejala mosaik kuning terang (Idris et al. 1999). Salati et al. (2002) juga melaporkan peran gulma sebagai reservoir Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) antar- musim tanam.
Analisis sikuen nukleotida dengan BLAST menunjukkan bahwa Begomovirus dari C. crepidioides asal Rejang Lebong (Bengkulu) identik dengan AYVV dari Taiwan (DQ866134.1), Jepang (LC487406.1 dan AB306314.1), Cina (EF527823.1 dan EF544600.1) dan Nepal (KC282641.1) dengan homologi 98%–99% (Tabel 1). Suatu isolat virus dapat dinyatakan sebagai satu spesies Begomovirus apabila memiliki kesamaan nukleotida lebih dari 89% (King et al. 2012). Dengan demikian isolat Begomovirus dari C. crepidioides asal Rejang Lebong (Bengkulu) dapat disimpulkan sebagai AYVV.
Gambar 2  Pita DNA hasil amplifikasi menggunakan primer SPG1/SPG2 dari sampel gulma yang diambil di Rejang Lebong (kolom 1–13) dan Kepahiang (kolom 14–19). M, penanda DNA 1 kb; 1, Synedrella  nodiflora tanpa gejala; 2, Crassocephalum crepidioides tanpa gejala; 3, Ageratum conyzoides keriting; 4, A. conyzoides tanpa gejala; 5, Conyza sumatrensis keriting; 6, C. crepidioides keriting; 7, A. conyzoides kuning; 8, C. sumatrensis tanpa gejala; 9, C. sumatrensis kuning; 10, S.  nodiflora  kuning ; 11, Phyllanthus niruri tanpa gejala; 12, Eleusine indica tanpa gejala ; 13, C. crepidioides tanpa gejala; 14, A. conyzoides keriting; 15, A. gangetica tanpa gejala; 16, A. conyzoides tanpa gejala; 17, C. sumatrensis kuning; 18, C. crepidioides kuning; 19, A. conyzoides kuning; dan K+, kontrol positif.
M   1   2   3   4    5   6   7   8   9  10  11 12  13 14 15 16 17 18 19  K+ M
912 pb
Lebih lanjut, hasil rekonstruksi pohon filogenetik Begomovirus asal gulma C. crepidioides dari Kabupaten Rejang Lebong dibandingkan dengan AYVV yang
Tabel 1  Persentase homologi sikuen nukleotida AYVV dari sampel gulma C rassocephalum crepidioides dibandingkan dengan isolat AYVVdari GenBank No. Sikuen 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 AYVV_Bengkulu ID 2 AYVV_ Taiwan DQ866134.1 99 ID 3 AYVV_Okinawa_ Jepang LC487406.1 99 100 ID 4 AYVV_Ishigaki_ Jepang AB306314.1 99 100 100 ID 5 AYVV_Fujian_Cina EF527823.1 99 99 99 99 ID
6 AYVV-Tai_Fujian_ Gulma EF544600.1
99 99 99 99 100 ID 7 AYVV_Nepal_ Pepaya KC282641.1 98 99 99 99 99 98 ID 8 AYVV_ Fujian_ Gulma FJ495183.1 98 98 98 98 100 100 98 ID 9 AYVV_NT_Taiwan EF458639.1 98 99 99 99 98 99 98 98 ID 10 AYVV_Cina_ Gulma KJ016235.1 98 98 99 99 99 99 98 99 98 ID 11 AYVV_Singapura X74516.1 98 96 96 96 96 96 97 95 96 96 ID 12 AYVV_Indonesia MH745157.1 91 91 91 92 91 91 91 91 91 91 91
dilaporkan di berbagai negara (Gambar 4). Infeksi AYVV pada gulma C. crepidioides dengan gejala tulang daun menguning pernah dilaporkan sebagai Begomovirus isolat JH1
Gambar 3  Pita DNA hasil amplifikasi menggunakan primer SPG1/SPG2 dari sampel gulma yang diambil di Rejang Lebong (kolom 4, 8, 20) dan Kepahiang (kolom 1–3, 5–7, 9–19). M, penanda DNA 1 kb; 1, Crassocephalum crepidioides tanpa gejala; 2, Asystasia gangetica tanpa gejala; 3, Ageratum conyzoides kuning; 4, Claytonia perfoliata tanpa gejala; 5, Eleusine indica tanpa gejala; 6, Euphorbia hirta tanpa gejala; 7, Phyllanthus niruri tanpa gejala;
8, A. conyzoides tanpa gejala; 9, A. conyzoides tanpa gejala; 10, Conyza sumatrensis tanpa gejala; 11, Commelina diffusa tanpa gejala; 12, Micania micrantha tanpa gejala ; 13, Cleome rutidosperma tanpa gejala; 14, A. gangetica kuning; 15, Cyperus  kyllingia tanpa gejala; 16, C. crepidioides kuning; 17, A. conyzoides keriting; 18, C. crepidioides kuning; 19, Galinsoga parviflora tanpa gejala; 20, Setaria viridis tanpa gejala; K+, kontrol positif.
1000 pb 750 pb 912 pb
M 1   2   3   4   5   6   7   8  9 10  11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 K+
Jurnal Fitopatologi Indonesia
di Jinghong, Provinsi Yunnan, Cina (Dong et al . 2007). Hasil yang berbeda dilaporkan oleh Kumar et al . (2011) bahwa gejala tulang daun menguning ditemukan pada gulma C. crepidioides dan A. conyzoides diketahui berasosiasi dengan Ageratum enation virus (AEV). Haerunisa et al . (2016) berhasil meng- identifikasi  AYVV  pada  tanaman  mentimun ( Cucumis sativus ) asal Gianyar, Bali dan memiliki kesamaan nukleotida ter-tinggi (92.1%) dengan isolat lain yang juga berasal dari Indonesia yang menginfeksi tanaman Nicotiana benthamiana . Di negara Nepal, AYVV dilaporkan pada tanaman pepaya (KC2826411) dengan gejala daun keriting disertai penebalan dan penggelapan tulang daun (Shahid et al . 2013). Dengan demikian, AYVV yang menginfeksi gulma C. crepidioides di lahan budi daya pepaya dapat menjadi sumber inokulum AYVV pada tanaman pepaya. Keberadaan AYVV pada C. crepidioides diduga ditularkan melalui B. tabaci yang merupakan vektor Begomovirus. Sifat vektor yang suka berpindah-pindah dan polifag memungkinkan terjadinya penyebaran virus ke tanaman baru (Lefeuvre et al . 2007).
Berdasarkan penelitian ini disimpulkan bahwa gejala mosaik kuning pada gulma C. crepidioides asal Rejang Lebong (Bengkulu)
berasosiasi dengan infeksi Begomovirus, yaitu AYVV. Laporan ini sebagai laporan pertama infeksi AYVV pada C. crepidioides di Indonesia.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini merupakan bagian dari Penelitian Unggulan Universitas Bengkulu Tahun 2020 atas nama Mimi Sutrawati dengan nomor kontrak 2007/UN30.15/ PG/2020. Penulis menyampaikan terima kasih kepada LPPM Universitas Bengkulu atas dana penelitian sehingga penelitian ini dapat dilaksanakan dengan baik.

## DAFTAR PUSTAKA
Dong JH, Zhang ZK, Ding M, Fang Q, Zhou H. 2007. Molecular characterization of a distinct Begomovirus infecting Crassocephalum crepidioides in China. Journal of Phytopathology. 156:193–195. DOI:  https://doi.org/10.1111/j.1439- 0434.2007.01337.x.
Doyle JJ, Doyle JL. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus. 12:13–15.
Haerunisa R, Suastika G, Damayanti TA. 2016.
Identifikasi Begomovirus yang berasosiasi dengan penyakit kuning pada mentimun di
Gambar 4  Pohon filogenetik AYVV pada C. crepidioides asal Kabupaten Rejang Lebong dan isolat dari Genbank dengan Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV) Cina sebagai outgrup .
AYVV-Tai_Fujian_Gulma (EF544600.1) AYVV_Fujian_Gulma (FJ495183.1) AYVV_Fujian_Cina (EF527823.1) AYVV_China_Gulma (KJ016235.1)
AYVV_Taiwan (DQ866134.1) AYVV_NT_Taiwan (EF458639.1) AYVV_Okinawa_Jepang (LC487406.1) AYVV_Ishigaki_Jepang (AB306314.1)
AYVV_Nepal_Pepaya (KC282641.1) AYVV_Singapura (X74516.1)
Crassocephalum_Begomovirus_Bengkulu
AYVV_Indonesia (MH745157.1)
PYLCV_Cina
Crassocephalum _ Begomovirus _Bengkulu
Jawa Barat dan Bali. Jurnal Hortikultura Indonesia. 7(1):9–20. DOI:  https://doi. org/10.29244/jhi.7.1.9-20.
Idris AM, Bird J, Brown JK. 1999. First report of a bean-infecting begomovirus from Macroptilium lathyroides in Puerto Rico that is distinct from Bean golden mosaic virus . Plant Disease. 83(11):1071– 1071. DOI: https://doi.org/10.1094/ PDIS.1999.83.11.1071C.
King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ, editor. 2012. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. Ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Amsterdam (NL): Elsevier.
Kumar Y, Hallan V, Zaidi AA. 2011. First report of Ageratum enation virus infecting Crassocephalum crepidioides (Benth.) S. Moore and Ageratum conyzoides L. in India. Journal of General Plant Pathology. 77:214–216. DOI: https://doi.org/10.1007/ s10327-011-0308-z. Lefeuvre P, Martin DP, Hoareau M, Naze F, Delatte H, Thierry M, Varsani A, Becker N, Reynaud B, Lett JM. 2007. Begomovirus ‘melting pot’ in the southwest Indian Ocean islands: molecular diversity and evolution through recombination. Journal of General Virology. 88(12):3458–3468. DOI: https:// doi.org/10.1099/vir.0.83252-0.
Li R, Salih S, Hurtt S. 2004. Detection of Geminiviruses in sweetpotato by polymerase chain reaction. Plant Disease. 88:1347–1351.  DOI:  https://doi. org/10.1094/PDIS.2004.88.12.1347.
Marpaung NK, Sutrawati M, Novanda RR,
Ganefianti DW, Pamekas T. 2022. Weeds associated with papaya plants ( Carica Papaya L.) in Bengkulu. Agritropica: Journal of Agricultural Science. 5(2): 76–82. DOI: https://doi.org/10.31186/ jagritropica.5.2.76-82.
Meliansyah R, Hidayat SH, Mutaqin KH. 2011. Geminiviruses associated with the weed species Ageratum conyzoides , Centipeda minima , Porophyllum ruderale , and Spilanthes iabadicensis from Java, Indonesia. Microbiology Indonesia. 5(3): 120-124. DOI: https://doi.org/10.5454/ mi.5.3.4.
Regniere J, Powell J, Bentz B, Nealis V. 2012. Effects  of  temperature  on  development, survival and reproduction of insects: Experimental design, data analysis and modeling. Journal of Insect Physiology. 58(5):634–647. DOI: https://doi. org/10.1016/j.jinsphys.2012.01.010.
Salati R, Nahkla MK, Rojas MR, Guzman P, Jaquez J, Maxwell D, Gilbertson RL. 2002. Tomato yellow leaf curl virus in the Dominican Republic: characterization of an infectious clone, virus monitoring in whiteﬂies  and  identification  of  reservoir hosts. Phytopathology. 92(5):487–496. DOI: https://doi.org/10.1094/phyto.2002.92.5.487.
Shahid MS, Yoshida S, Khatri-Chhetri GB, Briddon RW, Natsuaki KT. 2013. Complete nucleotide sequence of a monopartite Begomovirus and associated satellites infecting Carica papaya in Nepal. Virus Genes. 46:581–584. DOI:  https://doi. org/10.1007/s11262-013-0888-0.
Sutrawati M, Parwito, Priyatiningsih, Zarkani A,  Sipriyadi,  Sariasih Y,  Ganefianti  DW. 2021. First report of Begomovirus infection on papaya in Bengkulu, Indonesia. Jurnal Hama dan Penyakit Tropika. 21(1): 49–55. DOI: https://doi.org/10.23960/ jhptt.12149-55.
Tamura K,  Stecher G, Peterson D,  Filipski A,  Kumar S. 2013. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution. 30(12):2725–2729. DOI:  https://doi. org/10.1093/molbev/mst197.