## RESEARCH ARTICLE

## Study of NTF-3 (Neurotrophic Factor 3) Gene Information in Columbidae by In Silico
(Studi Informasi Gen NTF-3 (Neurotrophic Factor 3) Pada Columbidae Secara In Silico)
Suprianto *) , I Made Budiarsa, Fatmah Dhafir, Ni Kadek Dewi Permatasari, Gusti Ayu Kadek Yunita Safitri
Jurusan Pendidikan MIPA, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Tadulako Jln. Soekarno-Hatta, Palu 94148

## ABSTRACT
Neurotrophin Factor 3(NTF3) is one of the genes that plays an important role in the regulation of the neural systems of vertebrate animals, this gene has a special function in explaining the survival factors of some vertebrate animals. Based on the information obtained from GenBank, the nucleotide sequence of the NTF-3 gene in several vertebrate animals has been known and some of the data obtained have not been studied further for research purposes in adding information related to the molecular character of the NTF-3 gene, such as the NTF-3 gene in Columbidae. Columbidae is a group of birds that have quite diverse species variations, the number of species in columbidae will be very helpful in obtaining data on comparisons of the genetic character of the NTF3 gene. The purpose of this study was to analyze and describe the information on the NTF-3 gene (Neurotrophic Factor 3) in Columbidae through the in silico approach with computational methods. The NTF3 gene nucleotide sequences in Columbidae showed a fairly high level of similarity to the base sequences. This illustrates the fairly close proximity between each species. Geotrygon Montana is a species of Columbidae which has variations of the Base sequence which is quite different from other species. Evaluation of the model  structure  shows  good  stability  of  each  target  protein,  all  evaluation  results  describe  a  good  structure,  meaning  that  the conformation of each target sequence is in accordance with the sequence, so that the structure that is built has high accuracy with the actual model. The results of this research study can be a special description in explaining the genetic characteristics of several Columbidae species for the purposes of conservation measures or efforts to preserve Columbidae species at the molecular and population genetic levels.
Neurotrophin Factor 3 (NTF-3) merupakan salah satu gen yang berperan penting dalam regulasi sistem saraf hewan vertebrata,gen ini memiliki fungsi khusus dalam menjelaskan survival factor dari beberapa hewan vertebrata. Urutan nukleotida gen NTF-3 pada beberapa hewan vertebrata telah diketahui dan sebagian data yang diperoleh belum dikaji lebih lanjut untuk keperluan penelitian dalam menambah informasi terkait karakter molekuler gen NTF-3, seperti gen NTF-3 pada Columbidae. Famili Columbidae merupakan sekelompok burung yang memiliki variasi jenis yang cukup beragam, jumlah spesies pada Columbidae akan sangat membantu dalam memeroleh  data  perbandingan  karakter genetik  gen  NTF-3.  Tujuan  dari  penelitian  ini  adalah  untuk  menganalisis  dan mendeskripsikan  Informasi  genetik  gen  NTF-3  pada  Columbidae  terkait  komposisi  basa  nukleotida  serta  struktur tiga  dimensi protein  yang  diekspresikan  oleh  Gen  NTF-3  (Neurotrophic Factor  3)  pada  Columbidae  melalui  pendekatan  in  silico.  Urutan nukelotida gen NTF-3 pada Columbidae menunjukkan tingkat similaritas urutan basa yang cukup tinggi. Hal ini menggambarkan kedekatan yang cukup dekat antar masing-masing spesies. Geotrygon montana adalah spesies Columbidae yang memiliki variasi urutan basa  yang cukup berbeda dengan spesies lainnya. Evaluasi struktur model menunjukkan kestabilan yang baik dari masing-masing proteintarget, seluruh hasil evaluasi menggambarkan struktur yang baik, artinya konformasi masing-masing sekuen target sesuai dengan urutannya, sehingga struktur yang terbangun memiliki akurasi yang tinggi dengan model yang sebenarnya. Hasil kajian penelitian ini dapat menjadi gambaran khusus dalam menjelaskan karakter genetik beberapa spesies Columbidae untuk keperluan tindakan konservasi atau upaya pelestarian spesies Columbidae ditingkat molekuler dan genetika populasi.
Keywords: Columbidae, NTF-3, In Silico.
*)Corresponding author: Suprianto E-mail: supriantoupick28@gmail.com
Suprianto et al, Study of NTF-3 (Neurotrhopic Factor 3) …

## PENDAHULUAN
Gen Neurotrophin 3 (NTF-3) adalah gen yang mengekspersikan protein Neurotrophin-3 (NT-3) yang memegang  peran  dalam  proses  diferensiasi, kelangsungan hidup  neuron  perifer  dan  neuron neuropatologis [1] dan gen Neurotrophin-3 (NTF-3) memilki  peran penting untuk kelangsungan hidup neuron sensorik dan pembentukan  proyeksi  neuron keepitel sensorik di telinga bagian dalam embrio serta berkontribusi  pada  kelangsungan neuron sensorik koklea dan vestibular [2]. Gen NTF-3 telah terbukti mampu mempertahankan fungsi sinapsis dan synaptogenesis. Difisiensi fungsional dari gen NTF-3 telah terbukti menyebakan deficit saraf yang parah, hal tersebut  menunjukan  bahwa  NTF-3  sangat  penting kaitannya terhadap kelangsungan hidup dan sebagai saraf akson [3].
NTF-3 merupakan gen yang mengkodekan protein Neurotrophin-3 (NT3) [4]. NT-3 merupakan protein yang  berasal  dari  factor  neurotropic  yang memiliki peran penting dalam diferensiasi, kelangsunganhidup neuron perifer dan neuropatologis sistem saraf [5-6]. Lebih lanjut Mayeur  et  al.,  (2010)  [7]  menjelaskan bahwa  NT-3  berfungsi dalam proses pertumbuhan neuron atau neurogenesis. Protein yang dikodekan oleh gen NTF-3 merupakan kelompok neurotrophin. Neurotropin merupakan keluarga terdekat dariprotein yang diidentifikasi memiliki faktor pertahanan untuk neuron sensorik dan simpatik, mempengaruhi beberapa aspek pertahanan  mahluk  hidup  serta meningkatkan fungsi kerja dari sel neuron baik dalam sistem saraf pusat atau saraf perifer [8]. Keberadaan neurotropin dalam sistem saraf  sangat  dibutuhkan sebagai  Survival  Factor,  neurotropin pertama yang berhasil ditemukan adalah Nerve Growth Factor [9- 10]. Berdasarkan fungsi gen NTF-3 sebagai Survival Factor peneliti ingin mengkaji lebih lanjut mengenai karakter genetik gen tersebut dalam menjelaskan karakter genetik gen NTF-3  terhadap  fungsinya. Informasi  mengenai  gen  NTF-3 masih sangat perlu dikembangkan dengan melihat kurangnya informasi terkait studi gen NTF-3, seperti pada burung keluarga Columbidae.  Famili  Columbidae  merupakan sekelompok burung yang memiliki variasi jenis yang cukup  beragam  dan  memilki  persebaran  yang  tinggi termasuk  di  Indonesia  [11]  dan  menjadi  hal  yang menarik  untuk  dikaji  lebih  lanjut  terkait  sifat
genetiknya  yang  beragam, jumlah spesies pada Columbidae akan sangat membantu dalam memeroleh data  perbandingan  karakter  genetik  gen NTF-3. Berdasarkan database urutan  nukleotida  dalam GenBank ,  spesies  Columbidae  mempunyai  jumlah sampel  gen  yang  lebih  banyak  dari  kelompok  jenis burung  lainnya,  sehingga  perbandingan  data  yang diperlukan  akan  lebih  variatif. Jumlah  spesies  pada Columbidae akan sangat membantu dalam memeroleh data perbandingan karakter genetik gen NTF-3.
Berkembangnya teknik biologi molekular mengakibatkan karakteristik DNA  semakin banyak dapat diungkapkan.  Terungkapnya  sekuen  DNA terutama setelah ditemukannya sekuen DNA dengan tingkat polimorfisme yang  tinggi,  mendorong penggunaan kajian molekular dalamgenetika populasi [12]. Tujuan  dari  penelitian  ini  adalah untuk menganalisis dan mendeskripsikan Informasi genetik gen NTF-3 pada Columbidae terkait komposisi basa nukleotida  serta  struktur  tiga  dimensi  protein  yang diekspresikan  oleh  Gen  NTF-3  pada  Columbidae melalui pendekatan in silico. Datayang diperoleh akan sangat membantu  dalam  melengkapi data terkait informasi penting ditingkat molekuler dan keperluan studi  lanjut  mengenai  gen  NTF-3.  Perkembangan teknik biologi molekuler telah banyak memberikan kontribusi dalam memperluas kajian molekuler, salah satunya melalui  teknik  komputasi  dengan  analisis secara  in  silico. Analisis  ini  akan  sangat  membantu dalam  menggambarkan sifat  dan  karakteristik  suatu senyawa atau molekul secara detil [13] untuk dipelajari lebih lanjut mengenai sifat gen NTF-3 sebagai survival factor yang  dapat  mendukung  upaya  pelestarian  dan konservasi  spesies  Columbidae  ditingkat  molekuler dan genetika populasi.

## METODE PENELITIAN
Penelusuran dan pengunduhan sequence gen NTF- 3 pada Columbidae dari GenBank dengan kode akses EU740378.1,
EU740327.1,
EU740298.1, EU740274.1 dan EU740273.1 (NCBI-ID) diperlukan sebagai Gen target untukmendapatkan hasil penelitian. Mengunduh  sequence  protein dari gen NTF-3 pada Columbidae dengan nomor akses ACF34626.1, ACF34575.1, ACF34546.1,
ACF34522.1 dan ACF34521.1 berdasarkan hasil Identical Protein dari database gen target. Pensejajaran urutan nukleotida menggunakan
ClustalW dibutuhkan untuk memperoleh  data perbandingan  masing-masing  gen
Suprianto et al, Study of NTF-3 (Neurotrhopic Factor 3) …
untuk mengetahui tingkat atau hubungan kekerabatan antar  spesies  berdasarkan  similaritas  urutan  basa. Menentukan  Estimasi  Divergensi Evolusioner dianalisis menggunakan MEGA X untuk melihatjarak evolusi  masing- masing  spesies  Columidae.  Struktur tiga dimensi protein diprediksi menggunakan software Chimera. Validasi model dilakukan berdasarkan plot ramachandran, ERRAT, verifikasi 3D yang dievaluasi menggunakan SAVES server [14].

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Sumber  data  gen  NTF-3  pada  Columbidae diperoleh dari hasil penelusuran beberapa sequence di GenBank.  Terdapat  lima  sequence  gen  NTF-3  pada Columbidae  yang  diperoleh  dari  database  NCBI, kelima  sampel  menunjukkan  tingkat  similaritas  yang tinggi dan beberapa karakter hampir sama berdasarkan identitas,  panjang  sequence,  query  cover  dan  max score (Tabel. 1).
Tabel 1. Profil gen NTF-3 pada Columbidae No Deskripsi MaxScore Lengt Query Cover E Value Identity Accession Number 1 Treron vernans neurotrophin 3 (NTF3) gene, exon 2 and partial cds 1341 728 bp 100% 0.0 100% EU740378.1 2 Otidiphaps nobilis neurotrophin 3 (NTF3) gene, exon 2 and partial cds 1253 728 bp 100% 0.0 97,66% EU740327.1 3 Columba livia neurotrophin 3 (NTF3) gene, exon 2 and partial cds 1253 728 bp 100% 0.0 97,66% EU740273.1 4 Columbina passerina neurotrophin 3 (NTF3) gene, exon 2 and partial cds 1236 728 bp 100% 0.0 97,25% EU740274.1 5 Geotrygon montana neurotrophin 3 (NTF3) gene, exon 2 and partial cds 1214 711 bp 97% 0.0 97,33% EU740298.1 Tabel 2. Komposisi Basa Gen NTF 3 masing-masing Spesies No Spesies Adenin (A) Sitosin (C) Guanin (G) Timin (T) 1 Treron vernans 246 bp 158 bp 164 bp 159 bp 2 Otidiphaps nobilis 245 bp 257 bp 164 bp 162 bp 3 Columba livia 246 bp 155 bp 164 bp 163 bp 4 Columbina passerina 249 bp 153 bp 161 bp 165 bp 5 Geotrygon montana 246 bp 159 bp 157 bp 157 bp
Pensejajaran kelima urutan nukleotida gen NTF-3 pada  Columbidae  dilakukan  berdasarkan  sistem pensejajaran  ClustalW  pada  Bioedit  (Gambar  1). Penyelarasan sequence digunakan untuk mengoptimalkan  penjajaran,  jumlah  substitusi  dasar antara  urutan  yang  ditunjukkan  [15].  Urutan nukleotida    yang  disejajarkan  terdiri  dari  1214  bp - 1341  bp,  terdapat  persamaan  urutan  yang  sangat menonjol. Selain itu perbedaan urutan basa gen NTF-
3  pada  Columbidae  ditunjukkan  oleh  spesies Geotrygon montana, urutan basa ke 712 hingga 728 (Gambar  1)  menjelaskan  adanya  perbedaan  urutan basa  gen  target.  Secara  keseluruhaan  berdasarkan analisis  alignment  letak  perbedaan  urutan  basa  gen NTF-3  dari  masing masing  spesies  terletak  pada bagian yang tidak diwarnai dan berada di urutan 9, 10, 12, 20, 23, 69, 87, 98, 138, 156, 165, 171, 182, 197, 202, 228, 291, 300, 320, 330, 338, 360, 369, 381, 399, 408,
Suprianto et al, Study of NTF-3 (Neurotrhopic Factor 3) …
411,  531,  546,  564,  588  dan  688  (Gambar  1). Perbedaan  ini menjadi  indikasi  adanya  perbedaan karakter setiap spesies Columbidae meskipun dengan gen yang sama, sehingga perbedaan tersebut diprediksi akan  mempengaruhi  bentuk  struktur  tiga  dimensi
protein  yang  dihasilkan  dari  gen  target.  Tingkat similaritas  tersebut dapat  dilihat  sesuai  dengan  hasil pensejajaran  masing-masing  sequence.  Geotrygon montana  memiliki  jumlah  base  pair  paling  sedikit diantara keempat spesies, hanya selisih 17 base pair.
Gambar 1. Hasil Pensejajaran sequence menggunakan ClustalW tool pada Bioedit Estimasi Divergensi Evolusioner Perubahan evolusi berbasis urutan nukleotida terkait dengan peristiwa mutasi, insersi, delesi dan inversi yangmenyebabkan perubahan-perubahan pada tingkat gen (nukleotida),  sehingga  terjadinya microevolution  [16]. Semakin banyak variasi genetik yang ada dalam suatupopulasi, semakin besar peluang terjadinya evolusi, kemungkinan  beberapa  bentuk
akan berubah frekuensi. Ada empat proses perubahan frekuensi  gen  yaitu  mutasi,  migrasi,drift, dan seleksi alam [17].
Kedekatan atau jarak evolusioner dua organism atau lebih  dapat  diperkirakan  dari  tingkat  kesamaan urutan asam amino proteinnya, serta membandingkan urutan  basa  DNA dan RNAnya.  Sehingga  ampuh untuk  membangun  hubungan evolusioner [18].
Suprianto et al, Study of NTF-3 (Neurotrhopic Factor 3) …
Kesamaan antara urutan nuleotidaadalah bukti bahwa mereka berasal dari urutan leluhur yang sama dan kode genetik yang sama dan 20 asam amino yang sama tidak dapat memiliki asal yang independen serta kemiripan urutan  nukleotida  dalam  DNA  atau  urutan  asam amino dalam  protein  tidak  dapat berasal dari independen [17].  Berdasarkan  hasil  penyejajaran terlihat bahwa setiap spesies memiliki variasi urutan yang  berbeda  diperlihatkan  oleh  adanya perbedaan basa di daerah tertentu pada sequence masing-masing spesies burung dari keluarga columbidae. Nilai matriks jarak genetik yang nilainya semakin rendah memiliki arti bahwa hubungan kekerabatannya  semakin  dekat [19].  Faktor yang mempengaruhi perbedaan genetik antar spesies biasanya  dipengaruhi  oleh  beberapa faktor seperti genetic drift dan natural selection [20].
Semakin  tinggi nilai  jarak genetik maka semakin jauh hubungan kekerabatannya, begitu juga dengan sebaliknya  semakin  rendah  nilai  jarak  genetik  maka semakin dekat  hubungan kekerabatannya  [21]. Estimasi divergensi evolusioner diantara kelima sequence gen  NTF-3  pada  Columbidae  menujukkan jarak evolusi pasangan basa antar organisme. Kelima spesies menggambarkan jarak evolusi yang variatif, setiap jarak dipengaruhi  oleh  komponen  basa  yang menyusun  gen  setiap spesies. Jarak antara Treron vernans dengan Otodiphaps nobilis adalah  0,0224  dan jarak antara Columba livia dan Columba passerina adalah 0,0225. Jarak terdekat ditunjukkan oleh Treron vernans dengan Otodiphaps nobilis dan jarak terjauh ditunjukkan oleh C. passerina dan Geotrygon montana . Keseluruhan
estimasi divergensi evolusioner diantara sequence dapat dilihat pada Tabel 2.
Tabel  3. Estimasi Divergensi  Evolusioner diantara

## Sequence
Treron vernanas Otidiphans nobilis 0.0224 Geotrygon Montana 0.0231 0.0244 Columbia passerine 0.0267 0.0266 0.0230 Columba livia 0.0225 0.0224 0.0215 0.0210
Visualisasi Struktur Model 3D Protein Gen NTF- 3 Salah satu cara untuk mempelajari sifat dan fungsi biokimia protein adalah mempelajari struktur protein [22]. Prediksi struktur tiga dimensi protein pada penelitian ini menggunakan Chimera untuk visualisasi struktur  protein  berdasarkan  format  PDB,  kelima struktur yang terbangun diperoleh dari penggunaan template 3buk.1A. (PDB-ID), digunakan untuk membangun struktur protein dari gen NTF-3 dengan lima  spesies  berbeda  yang  merupakan kelompok burung dari keluarga columbidae. Similaritas struktur sangat  terlihat  jelas,  beberapa daerah  lekukan  pada struktur  menggambarkan  kemiripan  antar  protein. Struktur tiga dimensi protein dari spesies Geotrygon montana menunjukkan sedikit perbedaan pada daerah strand, kejelasanperbedaan dapat dilihat pada Gambar 2.
Gambar 2. Perbedaan Struktur 3D Protein dari Gen NTF-3 pada Columbidae Salah satu faktor yang mempengaruhi bentuk struktur protein adalah ikatan antar atom yang saling terhubung antar satu sama lain. Struktur protein yang terbangun  dipengaruhi  oleh  bentuk  ikatan  yang
membentuk rantai  punggung.  Struktur protein dipertahankan melalui dua ikatan kuat dan lemah. Ikatan kuat yaitu ikatan peptida dan ikatan disulfida, sedangkan ikatan lemah yaitu ikatan hidrogen, ikatan
Geotrygon montana
Treron  vernans,  Otidiphaps nobilis,  Columba  passerine dan Columba livia
Suprianto et al, Study of NTF-3 (Neurotrhopic Factor 3) …
hidrofobik, dan ikatan elektrostatik atau ikatan garam. Ikatan hidrogen terbentuk antara residu pengikat yang terdapat  pada  rantai  samping  ikatan  peptida asam amino dan ikatan yang terbentuk antara atom hidrogen dengan oksigen ikatan peptida sendiri. Ikatan hidrogen penting untuk mempertahankan struktur primer [23].
Hasil penilaian struktur protein yang diperoleh menggambarkan  kualitas  struktur  yang  diharapakan, residu asam amino tersebar didaerah yang diinginkan sesuai analisisProscheck menggunakan SAVES server. Daerah dengan arah  panah berwarna kuning menggambarkan struktur beta, daerah seperti benang panjang berwarna kuning menggambarkan  struktur coil dan  gambar  kuning  berbentuk zig zag
menggambarkan struktur helix . Struktur yang terbangun membentuk struktur sekunder protein berupa strands atau lembaran beta dan coil [22]. Analisis komputasi menunjukkan hanya terdapat dua struktur yang membangun model tanpa struktur helix (Gambar 3). Estimasi eksesbilitasstruktur model memiliki dua wilayah penting yang menyebabkan kestabilan struktur target, diperoleh berdasarkan residu asam amino pada allowed region dan favoured region mendominasi struktur model. Hasil analisis menggambarkan bahwa sebaran residu  asam  amino  kelima struktur  model  yang terbangun  dari  masing-masing  sekuenpada dissalowed region adalah  0%,  sehingga  hal  tersebut menggambarkan  bahwa model  yang  terbangun mendekati struktur yang sebenarnya.
Treron vernans, Otodiphaps nobilis, Columba livia dan Columbina passerina

## Geotrygon Montana

## Gambar 3. Estimasi Aksestibilitas Struktur
Penilaian Struktur Model Penilaian struktur model yang terbangun dapat dijelaskan berdasarkan sebaran residu asam amino pada ramachandran  plot,  hal  tersebut  akan menjelaskan  beberapa daerah yang disukai ( favoured region ), daerah yang diperbolehkan ( allowed region ) dan daerah yang tidak diperbolehkan  ( disallowed  region ). Distribusi asam aminosuatu protein pada tiap daerah tersebut dalam ramachandran plot dapat menggambarkan kestabilan konformasi hingga kualitas struktur protein [24].  Analisis ramchandran plot membantu dalammenjelaskan  stabilitas  struktur protein yang telah dibangun. Kestabilan suatu struktur menunjukan  kualitas  protein  untuk dikembangkan lebih lanjut, misalnya sebagai vaksin. Kualitasstruktur
protein yang diteliti memiliki kualitas yang baik sebagai kandidat vaksin gangguan saraf karena sejumlahresidu asam amino pada daerah disukai ( favoured region ) lebih dari 70% dengan persentase residu didaerah tidak disukai  ( outlier )  0,0%  [25-26]. Tingginya persentase daerah yang disukai dan rendahnya persentase daerah yang tidak disukai menunjukkan  bahwa  struktur protein  yang  terbangun  pada penelitian  memiliki sejumlah konformasi asam amino yang baik, sehingga pembentukkan  sudut  torsi  phi-φ dan psi-ψ dalam struktur  protein  memiliki  bentuk  yang  tepat.  Sudut torsi  menggambarkan rotasi polipeptida dari dua ikatan yang dibentuk oleh atom Cα, yaitu sudut torsi phi (φ) dan sudut torsi psi (ψ)  [27-28].  Penilaian ramachandran plot dapat dilihat pada Tabel 3.
Suprianto et al, Study of NTF-3 (Neurotrhopic Factor 3) …
Tabel 3. Penilaian Ramachandran Plot Menggunakan SAVES Server No Sampel Favoured Region Allowed Region Disallowed Region 1 Treron vernans 89,4% 10,6% 0,0% 2 Otodiphaps nobilis 88,5% 11,5% 0,0% 3 Columba livia 88,5% 11,5% 0,0% 4 Columba passerina 88,5% 11,5% 0,0% 5 Geotrygon montana 90,1% 9,9% 0,0%

## KESIMPULAN
Berdasarkan analisis urutan nukelotida gen NTF-3 pada Columbidae menunjukkan tingkat similaritas urutan basa  yang  cukup  tinggi.  Hal  ini menggambarkan  kedekatan yang  cukup  dekat  antar masing-masing  spesies. Geotrygon montana adalah spesies Columbidae yang memiliki variasi urutan Basa yang cukup berbeda dengan spesies lainnya. Evaluasi struktur model menunjukkan kestabilan yang baik dari masing-masing protein target, seluruh hasil evaluasi menggambarkan struktur yang baik, artinya konformasi masing-masing sekuen target sesuai dengan urutannya, sehingga struktur yang terbangun memiliki akurasi yang tinggi  dengan  model  yang sebenarnya. Hasil penelitian ini menjelaskan karakter beberapa spesies Columbidae ditingkatmolekuler yang sangat berperan penting dalam menyediakaninformasi dasar terkait studi lanjut.

## DAFTAR PUSTAKA
[1] M. F. Rahman, A. Kasim, M.  L. Djirimu & I.  M. Budiarsa, Analisis  In-Silico  Struktur  Tiga  Dimensi Reseptor  Trk  A  dan  Trk  B  Protein Neurotrophin 3 Pada Gallus gallus ( Chicken ), vol. 12, no. 2, pp. 78- 84, 2020.
[2] G. Wan, M. E. Gómez-Casati, A. R.Gigliello, M. Charles Liberman & G. Corfas, Neurotrophin-3 regulates ribbon synapse density in the cochlea and induces synapse regeneration after acoustic trauma. ELife. pp. 1-35, 2014.
[3] Y. M. J. Lin, I. L. Hsin, H. S. Sun, S. Lin, Y. L. Lai, H. Y. Cheng, T. Y. Chen, Y. P. Chen, Y. T. Shen, H. M. Wu, NTF3 Is a Novel Target Gene of the Transcription Factor POU3F2 and Is Required for Neuronal Differentiation. Molecular Neurobiology, vol. 55, pp. 8403-8413, 2018.
[4] P.C. Maisonpierre, B.M.M. Le, R. Espinosa, N.Y. Ip, L. Belluscio, D.L.S.M. Monte, S. Squinto, M.E. Furth, & G.  D. Yancopoulos,  Human  and  Rat  Brain-Derived
Neurotrophic  Factor  and  Neurotrophin-3: Gene Structures,  Distributions,  and  Chromosomal Localizations.  Genomics. vol. 10,  no. 3,  pp. 558-568, 1991.
[5] L. M., Maness, A. J. Kastin, J. T. Weber, W. A. Banks, B. S. Beckman, & J. E. Zadina, The neurotrophins and their receptors: structure, function, and neuropathology.  Nenroscience  and  Biobehavioral Reviews, vol. 18, no. 1, pp. 143-159, 1994.
[6] E.  J. Nestler, S.E. Hyman,  and R.C. Malenka, Molecular neuropharmacology: a foundation for clinical neuroscience 2ndedition, USA: McGraw-Hill, 2009.
[7] S. Mayeur, M. Silhol, E. Moitrot, S. Barbaux, C. Breton, A. Gabory, D. Vaiman, I. Dutriez-Casteloot, I. Fajardy, A. Vambergue, L. Tapia- Arancibia, B. Bastide, L. Storme, C. Junien, D. Vieau, J. Lesage, Placental BDNF/TrkB Signaling Systemis Modulated by Fetal Growth Disturbances in Rat and Human. Placenta, 2010.
[8] L.  F. Reichardt, Neurotrophin-regulated signalling pathways. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361, vol. 1473, pp. 1545-1564, 2006.
[9] R. Levi-Montalcini, The nerve growth factor 35 years later. Science. vol. 4, pp. 1154-1162, 1987.
[10] E. M. Shooter, Early days of the nerve growth factor proteins.Annu. Rev. Neurosci, vol. 24, pp. 601–629, 2001
[11] J.  S. Walker, Geographical  patterns  of  threat  among pigeons and doves (Columbidae). Oryx, vol. 41, no. 3, pp. 289-299, 2007.
[12] I. M. Budiarsa, & J. Situmorang, Diversitas Genetik dan Filogeni Burung  Maleo  (Mavrocephalon  Maleo  S. Muller)  berdasarkan  Sekuen  Gen Rdpi  Nukleus  dan Gen  Nd2  Mitokondria.  Disertasi  Fakultas  Biologi UGM (Tidak Dipublikasikan: Yogyakarta, 2011.
[13] Suprianto., M. Trianto, N. Alam, & Kirana, , Karakter Morfologi  dan  Analisis  Daerah  Conserved  Gen Elongation  Factor 1α (EF1α) pada Lepidotrigona terminata. Metamorfosa: Journal of Biological Sciences, vol 7, no. 2, pp. 30-39, 2020.
[14] K. Pramanik, P. K. Ghosh, S. Ray, A. Sarkar, S. Mitra &
T.  K. Maiti, An  in  silico  structural,  functional  and
Suprianto et al, Study of NTF-3 (Neurotrhopic Factor 3) …
phylogenetic analysis with three dimensional protein modeling  of alkaline  phosphatase enzyme of Pseudomonas aeruginosa. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology. vol. 15, pp. 527-537, 2017.
[15] P. Hore, S. Nahar, M.  Hasampura  & B. Tanti, Phylogenetic Analysis  and  Homology  Modelling  of Betaine  Aldehyde  Dehydrogenase - An Aroma Producing Protein in Rice (Oryza Sativa L.). International Journal of   Multidisciplinary Approach and Studies, vol. 4, no. 3, pp. 139, 2017.
[16] I.  W. Karmana, Kajian  evolusi  berbasis  urutan nukleotida. Gane Ç Swara, vol. 3, no.3, pp. 75-81, 2009.
[17] F. M. Wuketits & F. J. Ayala, Handbook of  Evolution, Vol.  2:  The  Evolution  of   Living  Systems  (Including Hominids). Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 2005.
[18] J.  N. Avery, form  A  Tion  Theor  Y  And  E  Vol Ution.Singapore: World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, 2003.
[19] Nurkholidah, Karakterisasi dan Berkoding DNA Globba autrosanguinea Teijsm. & Binn.
(Zingiberaceae)  Aksesi Kalimantan.  Skripsi Sarjana Biologi. Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah:
Jakarta, 2019.
[20] R. Freeland, Molecular Ecology. England (GB): John Wiley & Sons. Ltd, 2005.
[21] V. Aprilyanto & L. Sembiring, Filogenetika Molekuler: Teori dan Aplikasi. Yogyakarta, Innosain, 2015.
[22] H. Wijaya.  & F. Hasana, Prediksi  Struktur  Tiga Dimensi  Protein  Allergen  Pangan  Dengan  Metode Homologi Menggunakan Program SWISS MODEL. Biopropal Industri, vol. 7, no. 2, pp. 83-94, 2016.
[23] Sugiyono, Kimia  Pangan.  Universitas  Negeri Yogyakarta: Yogyakarta, 2004.
[24] R. Kurniasih, Struktur  Prediksi  dan  Identifikasi Substrat
Spesifik Lakase Isolat Lokal
Neorsporacrassaina CC F226. Thesis Sekolah Pascasarjana Tidak Dipublikasikan. Institut Pertanian Bogor: Bogor, 2018.
[25] S. C. Lovell, I. W. Davis, W. B. Arendall Ill, P. I. W de Bakker, J. M. Word, M. G. Prisant, J. S. Richardson & D.  C. Richardson, Structure Validation  By  C  alpha Geometry:  Phi,Psi  and  C  beta  Deviation.  Proteins: Structure, Function & Genetics, vol. 50, pp. 437-450,
2003.
[26] F. Amelia & Iryani, Comparrative Modelling Protein Vaksin NA BTB  H5N1  Menggunakan  SWISS- MODEL.Jurnal Sains dan Teknologi, vol. 4, no. 2, pp. 65-69, 2012.
[27] R.  V. Mannige, J. Kundhu,  S. Whitelam, The ramachandran number: an order parameter for protein geometry. PLOS one. vol. 20016, no. 4, pp. 1- 14, 2016.
[28] S. Ramachandran, P. Kota, F Ding, N. Dokholyan, Automated minimization of steric clashes in protein structures. vol.79, no. 1, pp. 261- 270, 2011.