Keragaman populasi ikan gabus, Channa striata (Bloch, 1793) dari Bekasi, Jawa Barat dan Barito Kuala, Kalimantan Selatan menggunakan gen Cytochrome B
[Population diversity of striped snakehead, Channa striata (Bloch, 1793) from Bekasi, West Java and Barito Kuala, South Kalimantan using

## Cytochrome B gene]
Gita Kusuma Rahayu 1 , Dedy Duryadi Solihin 2* , Nurlisa A. Butet 3
1 Program Magister, Sekolah Pascasarjana IPB Kampus IPB Dramaga, Jalan Agatis 16680
2 Departemen Biologi, FMIPA IPB
3 Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, FPIK IPB *Korespondensi: rahayu.gitakusuma@gmail.com, dduryadi@yahoo.com, n.butet@gmail.com
Diterima: 17 Agustus 2020; Disetujui: 12 Januari 2021

## Abstrak
Channa striata atau ikan gabus haruan adalah salah spesies dari famili Channidae yang tersebar luas mulai dari India, Cina bagian selatan hingga Asia Tenggara termasuk Indonesia. Hewan ini dikenal sebagai jenis ikan air tawar yang bernilai ekonomis karena rasa dan manfaat kesehatannya. Permintaan yang tinggi akan spesies ini mendorong upaya peningkatkan produksinya salah satunya dari segi pengawasan genetiknya. Penelitian ini menggunakan sekuen utuh gen Cytochrome b (cyt b ) pada DNA mitokondria untuk menentukan variasi genetik populasi liar C. striata . Sampel C. striata (n=31) Indonesia asal dua lokasi berbeda berhasil diamplifikasi  dan dianalisis menggunakan MEGA ver 7.0. Sekuen utuh gen cyt b sepanjang 1140 bp yang didapat menunjukkan adanya 2 haplotipe dengan 1137 bp situs konservatif dan 3 bp situs bervariasi (0,26%). Haplotipe yang tumpang tindih ditemukan pada sampel asal Bekasi, dan hanya ada satu haplotipe pada sampel asal Kalimantan Selatan. Analisis genetik interspesies dengan spesies dari Genebank menunjukkan sampel C. striata memiliki kedekatan genetik dengan C. striata (MN057164.1) asal Kalimantan-Indonesia dengan jarak genetik 0%. Penelitian ini juga menunjukkan bahwa C. striata dengan C. striata asal Cina dengan rata-rata jarak genetik 9,2%. Gen cyt b utuh mampu menjelaskan kekerabatan filogenetik dan memberikan informasi keragaman populasi C. striata asal Indonesia.
Kata penting: Channa, populasi, genetik, cyt b

## Abstract
Channa striata or striped snakehead is one of species from family Channidae that widely distributed from India, Southern China to Southeast Asia including Indonesia. It is a commercially important freshwater fish because of its taste and health benefits. High demand of this species trigger many efforts to increase its production, one of them is genetic monitoring. This study used complete Cytochrome b gene sequence of mtDNA for determining genetic variation in wild population of C. striata . C. striata samples (n=31) from two different locations in Indonesia were amplified and analyzed using MEGA ver 7.0. Sequences of 1140 bp complete cyt b gene revealed the presence of 2 haplotypes with 1137 bp conserved sites and 3 bp variable sites (0,26%). Overlapping haplotype was observed in samples from Bekasi, however there were only one haplotype in samples from South Borneo. Interspecies genetic were analysed with species from Genebank and showed that C. striata from Indonesia has close genetic relationships with C. striata from Borneo- Indonesia (MN057164.1) with genetic distance 0%. This study also revealed that C. striata from Indonesia were phylogenetically distinct with C. striata from China with 9,2%K2P genetic distance. Complete cyt b gene has been proven for assessing phylogenetic relationships and population diversity of C. striata in Indonesia.
Keywords: Channa striata , complete cyt b , population diversity

## Pendahuluan
Ikan gabus atau Channa striata (nama umum: striped snakehead ; chevron snake- head )  merupakan salah satu sumber protein dan bernilai ekonomi penting di beberapa negara terutama di Asia Tenggara, seperti Thailand dan Malaysia. Secara ekonomis di Indonesia, C. striata merupakan komoditas penting yang bernilai tinggi dengan kisaran harga Rp 30.000 hingga Rp 60.000/kg (Bijak- sana 2010; Gustiano et al. 2019). Menurut Gustiano et al. (2019),  harga ikan gabus di tingkat pembudidaya adalah Rp 50.000 hing- ga Rp 80.000/kg. Selain itu, ikan ini banyak digunakan sebagai bahan dasar ikan asin, kerupuk, dan pempek (Muslim 2007; Gusti- ano et al. 2019). C. striata juga bermanfaat dalam bidang medis sebagai antimikrob, anti- inflamasi, dan pereda nyeri (Michelle et al . 2004,  Shafri  &  Manan 2012) karena ting- ginya kandungan albumin yang dimilikinya.
Nilai ekonomis C. striata yang tinggi menjadikannya spesies potensial untuk budi- daya. Upaya domestikasi dan budidaya C.
striata di Kalimantan sudah mulai sejak tahun 2007-2012 (Listyanto dan Andriyanto 2009; Kusmini et al. 2015). Menurut data statistik Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP), hasil tangkap nasional spesies ini pada tahun 2018 adalah 97.792,25 ton (https://statistik. kkp.go.id/home.php). Siaran PERS KKP No- mor: SP.16/ SJ.4/IX/2020 menyebutkan pro- duksi ikan gabus di Mandiangin, Kalimantan Selatan di tahun 2015 mencapai 6.490 ton
meningkat menjadi 21.987 ton di tahun 2019. Tingginya angka hasil tangkap dan kenaikan produksi ikan gabus mengindikasikan terjadi eksploitasi  spesies C.  Striata dan dikhawa- tirkan akan terjadi penurunan populasinya di alam. Berdasarkan hal tersebut, maka pelu- ang besar terbuka lebar untuk peningkatan budidayanya.  Informasi struktur genetik di- harapkan menjadi salah satu aspek yang dapat membantu upaya budidaya jangka panjang spesies ini.
Ikan gabus merupakan jenis ikan air ta- war dari famili Channidae yang distribusinya meliputi China, India, Sri Lanka, Thailand, Malaysia, Indonesia, dan Filipina (FAO 2010; Courtenay & Williams 2004). Courte- nay & Williams (2004) menyebutkan bahwa C. striata memiliki distribusi wilayah asal atau native range yang sangat luas, yaitu mencakup Asia Selatan, China bagian selatan hingga ke Asia Tenggara. Pendapat lain menurut Schuster (1950) dan Welcomme (1981), keberadaan C. striata di Indonesia merupakan hasil introduksi yang diyakini berasal dari China.
Persebaran C. striata di Indonesia meli- puti wilayah Sumatera, Kalimantan, dan Ja- wa. Pada masing-masing wilayah persebar- annya, C. striata ditemukan pada habitat beragam seperti rawa, sungai banjiran, dan danau (Makmur 2004) yang masing-masing habitat tersebut memiliki karakter dan kon- disi yang sangat berbeda. Hal tersebut me- nunjukkan bahwa C. striata adalah spesies dengan tingkat adaptasi yang sangat tinggi.
Kemampuan C. striata beradaptasi di se- baran geografik yang luas dan habitat yang beragam memungkinkan terjadinya peru- bahan di tingkat genetik sebagai. penyesuaian secara intrinsik dari bagian strategi adap- tatifnya. Teori populasi genetik menyebutkan bahwa adaptasi terhadap lingkungan yang ba- ru melibatkan serangkaian perubahan genetik (Orr 2005). Fragmentasi habitat menunjuk- kan pengaruhnya terhadap seleksi alam dan adanya perubahan komposisi genetik adaptif (Fraser et al. 2014). Kecepatan evolusi yang tinggi dan pewarisan maternal membuat DNA mitokondria menjadi sistem genetik yang bermanfaat untuk mempelajari aliran gen, zona hibrid, struktur populasi dan ber- bagai pertanyaan yang berkaitan dengan perubahan di tingkat populasi (Avise 1994; Habib et al. 2011). Gen cytochrome b (cyt b) adalah salah satu gen pengkode komponen protein membran integral dari kompleks cytochrome bc 1 yang mengkatalis transfer redoks elektron dari ubiquinone ke cyto- chrome c dalam rantai transfer elektron (Trumpower 1990). Efisiensi rantai transfer elektron berperan penting dalam metabolisme energi aerobik, sehingga beberapa penelitian menduga bahwa modifikasi fungsional dari cyt b terlibat dalam adaptasi fisiologi pada temperatur lingkungan yang berbeda (Ger- shoni et al. 2009). Cyt b banyak digunakan untuk meneliti hubungan spesies dari genus atau famili yang sama (Kocher et al. 1989;
Solihin 1994; Ozawa et al. 1997). Cyt b memiliki ukuran sekitar 1140 bp (Schmitz et
al. 2002) atau dalam kisaran 1130 hingga 1149 bp (Tobe et al. 2009).
Berdasarkan dari banyak penelitian yang telah dilakukan sebelumnya, memberikan du- gaan bahwa mutasi yang terjadi pada gen cyt b memiliki implikasi fungsional pada spesies yang memilki kebutuhan metabolik unik se- perti kebutuhan diet rendah energi, ukuran tubuh yang besar, adaptasi terhadap kebu- tuhan oksigen yang ekstrim, dan adaptasi di dataran tinggi (McClellan &  McCracken 2001; Fink et al. 2004; McClellan et al. 2005; da Fonseca et al. 2008; Foote et al. 2011). Penggunaan marka gen cyt b telah digunakan pada beberapa ordo ikan seperti Perciformes (Brown & Stapien 2008), Clupeiformes (Le- comte et al. 2004), Salmoniformes (Oelinik et al. 2007; Bouza et al. 2008) dan Angui- liformes (Daemen et al. 2001).
Spesies dari famili Channidae dikenal se- bagai spesies dengan keragaman tinggi dan seringkali disebut sebagai spesies kriptik se- hingga perlu pendekatan genetik untuk hasil identifikasi yang akurat. Beberapa studi gene- tik tersebut antara lain, Li et al. (2006) meng- analisis 20 spesies dari famili Channidae menggunakan beberapa gen mitokondria, Benzinger (2008) mengidentifikasi tujuh spe- sies dari genus Channa menggunakan marka COI dan 16S rRNA,  Habib et al. (2011) mengevaluasi keragaman genetik Channa marulius , Jiang et al. (2016) mengidentifikasi genom mitokondria utuh Channa micropeltes
asli Indonesia, Rahim et al. (2012) dan Bais- var (2018) menganalisis keragaman spesies Channa striata menggunakan gen cyt b .
Meski telah banyak dilakukan penelitian dengan menggunkana gen cyt b , ukuran mar- ka yang digunakan umumnya hanya parsial saja (300 –  500 bp) dan belum mewakili keragaman sebenarnya pada gen ini untuk digunakan pada keperluan spesifik adaptasi. Dewasa ini, belum banyak yang mengkaji secara utuh untuk fragmen gen cyt b ini.
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik populasi ikan gabus ( C. striata ) pada sebaran geografik berbeda di wilayah Indonesia berdasarkan gen cyt b utuh.

## Metode
Pengambilan sampel meliputi 2 lokasi, yaitu di Harapan Indah, Bekasi, Jawa Barat terletak pada koordinat 6°10'02.6"S 106°58'16.4"E dan Barito Kuala, Kalimantan Selatan yang terletak pada koordinat 3°09'01.2"S 114°34'48.3"E (Gambar 1). Se- banyak 31 sampel terdiri atas 16 sampel dari Bekasi (Jawa Barat) dan 15 sampel dari Barito Kuala (Kalimantan Selatan). Darah di-
ambil dari masing-masing sample dan disim- pan dalam larutan EDTA. Analisis dilakukan di Laboratorium Konservasi Genetik Hewan, Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi (PPSHB), Institut Pertanian Bogor.
Ektraksi DNA menggunakan Dneasy Blood & Tissue kits - Qiagen. Kualitas DNA diuji dengan dimigrasikan pada gel agarosa 1,2% dengan menggunakan buffer  1xTBE (40 mM Tris-borate, 1 mM EDTA). Gel agarosa diwarnai dengan ethidium bromide (0,5 g/ml), diamati, dan difoto dibawah sinar UV.
Amplifikasi dan visualisasi fragmen DNA dilakukan melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan bahan kit PCR (GoTaq® Green Master Mix). Primer yang digunakan terdiri dari primer
forward OgOCB_Glu (5’-AACCAC-
CGTTGTTATTCAACTACAA-3’) dan pri- mer reverse OgOCB_Glu (3’-  CCTTCGA-

## CGTCCGGTTTACAAGACCG-5’). Kondisi
PCR meliputi tahapan predenaturasi 94ºC
Gambar 1 Peta lokasi pengambilan sampel
selama 3 menit, denaturasi 94 ºC selama 45 detik, anealling atau suhu penempelan 60.7 ºC selama 45 detik, elongasi 72 ºC selama 1 menit sebanyak 35 siklus; post elongasi:
ekstensi 72 ºC selama 5 menit. Produk PCR dengan pita yang baik dan telah divisualisasi kemudian dikirim ke perusahaan First Base
Malaysia untuk dilakukan tahapan sekuen- sing.
Data hasil sekuensing baik forward mau- pun reverse disejajarkan ( alignment ) meng- gunakan software MEGA ( Molecular Evolu- tionary Genetics Analysis ) versi 7.0 (Kumar et al . 2016). Hasil gabungan penyejajaran kemudian dikoreksi dengan primer forward maupun primer reverse . Sekuen utuh hasil koreksi tersebut disejajarkan kembali antar individu dalam lokasi yang sama dan antar lokasi yang berbeda. Verifikasi hasil sekuen untuk mengetahui identitas jenis masing- masing individu berasal dari masing-masing lokasi dilakukan dengan sekuen standar dari GenBank melalui program Basic Local Alignment Search Tool - nucleotide (BLAST-
n) di situs National Center for Biotechnology
Information (NCBI). Rekonstruksi pohon fi- logenetik menggunakan metode Neighbor- joining dengan bootsrap 1000x (Kumar et al . 2016). Rata-rata jarak genetik cyt b intra- spesies pada seluruh individu diperoleh de- ngan menggunakan model Kimura 2-para- meter .

## Hasil
DNA  genom  total berhasil diekstraksi dari 31 sampel ikan gabus dari 2 lokasi me- nunjukkan kualitas yang baik,  terlihat dari pita hasil elektroforesis yang terang (Gambar 2a). Kisaran kemurnian 260/280 DNA total yang didapatkan adalah berkisar antara 1,845-1,968 dengan konsentrasi DNA sebe- sar 22.233 ng/µl hingga 41.633 ng/µl. Hasil amplifikasi menggunakan teknik PCR de- ngan target gen cyt b utuh berkisar 1200 bp (Gambar 2b).
Sekuens intraspesies C. striata pada gen cyt b sepanjang 1140 bp menunjukkan kom- posisi nukleotida yang terdiri atas 29,7% basa timin (T), 31,2% basa sitosin (C), 25,1% basa adenin (A), dan 14,0% basa guanin (G). Basa
Gambar 2 (a) Hasil elektroforesis ekstraksi DNA C. striata ; (b) Hasil amplifikasi daerah cyt b C. striata dengan marker 1 Kb
purin (AG) memiliki komposisi 39,1% dan basa pirimidin (CT) sebesar 60,9%. Pasangan basa (AT) memiliki  persentase komposisi yang lebih tinggi (54,8%) dibanding pa- sangan basa (GC) (45,2%). Hasil penyeja- jaran seluruh sampel menunjukkan situs kon- servatif sebesar 1137 pb (99,74%) dan situs variabel serta parsimoni sebesar 3 pb (0,26%).
Hasil Blast n seluruh 31 sampel (Tabel 1) menunjukkan kedekatan tertinggi dengan spesies Channa striata yang memiliki kode akses MN057164.1. Persentase kemiripan ( percent identity ) tertinggi yang didapatkan adalah sebesar 99, 91% yaitu pada seluruh sampel asal Kalimantan Selatan dan sebagian sampel asal Bekasi. Data sekuen GenBank ini ternyata menggunakan C. striata asal Kali-
mantan namun tidak diketahui tepatnya lokasi asal sampel tersebut. Kedua C. striata hasil Blast n pada tulisan ini selanjutnya akan diberi istilah “interspesies” untuk memban- dingkan dan membuktikan bahwa sampel yang diuji pada penelitian ini adalah benar spesies C. striata
Hasil rekonstruksi pohon filogenetik pa- da sampel menghasilkan 2 klaster yaitu klaster I dan klaster II (Gambar 4). Klaster I terdiri dari seluruh sampel yang berasal dari Kalimantan Selatan yaitu dengan kode GKl - GK6, GK9 - GK14, GK17, GK 24, dan GK26 serta sebagian sampel asal Bekasi dengan kode sampel GB4 -  GB6, GB9 -  GB17.
Tabel 1 Hasil identifikasi gen cyt b utuh berdasarkan Blast n Channa striata isolate LR1448 cyt b gene, Kode Akses MN057164.1 Origin Kalimantan-Indonesia. No.  Sampel Presentase panjang sekuens selaras Persentase identitas 1. GK 1 - 6 99% 99,91% GK 9 - 14 GK 17
GK 24 GK 26 GB 4 - 6 GB 9 - 10 GB 12 - 17 (n = 26)
2.  GB 1 -3 GB 7 -8 (n = 5) 99%
99,47%
Keterangan: GK=gabus Kalimantan; GB=gabus bekasi.
Klaster II terdiri dari sebagian sampel yang berasal dari Bekasi dengan kode sampel GB1 - GB3, dan GB7 - GB8.
Hasil analisis polimorfisme nukleotida dihubungkan dengan rekontruksi pohon filo- genetik menunjukkan terdapatnya tiga situs nukleotida ( Single Nucleotide Polymor- phism ) yang memisahkan antara Klaster I dan Klaster II serta menghasilkan  dua haplotipe berbeda pada masing-masing klaster (H1 dan H2). Situs nukleotida yang memisahkan dua klaster besar terdiri dari situs ke- 843, 1021,
dan 1041. Ketiga situs nukleotida dapat dili- hat pada Tabel 2. Subtitusi basa nukleotida transisi lebih banyak terjadi dibandingkan de- ngan subtitusi transversi. Pada 3 SNP yang memisahkan dua klaster terdapat dua subti- tusi transisi dan satu transversi. Nilai laju ratio transisi/transversi yang didapat adalah R = 2,00.
Pada rekontruksi pohon filogenetik dila- kukan dengan menambahkan deretan basa nukleotida gen cyt b spesies gen bank C. striata MN057164.1 dan sebagai out group
Gambar 3 Konstruksi pohon filogenteik gen cyt b populasi Kalimantan, Bekasi, dan spesies genebank berdasarkan 1140 nukleotida dengan metode Neighboor-Joining (NJ), bootsraped 1000x, model p-distance GB 16 cyt b GB 17 cyt b GB 15 cyt b GB 14 cyt b GB 13 cyt b GB 12 cyt b
GB 10 cyt b GB 9 cyt b GB 6 cyt b GB 5 cyt b GB 4 cyt b GK 13 cyt b GK 6 cyt b
GK 26 cyt b GK 24 cyt b GK 17 cyt b GK 14 cyt b GK 12 cyt b GK 11 cyt b GK 10 cyt b GK 9 cyt b GK 5 cyt b GK 4 cyt b GK 3 cyt b GK 2 cyt b
GK 1 cyt b Channa striata MN057164.1
GB 1 cyt b GB 2 cyt b
GB 3 cyt b
GB 7 cyt b GB 8 cyt b Channa striata MN205549.1 0,0100
Tabel 2 Situs nukleotida polimorfik (SNP) Klaster I vs Klaster II
Nama Sampel  Asal Sampel Situs Nukleotida ke- Haplotipe 843 1021 1041 GK 1 - 6 Kalsel G T T H1 GK 9 - 14 Kalsel . . . H1 GK 17 Kalsel . . . H1 GK 24 Kalsel . . . H1 GK 26 Kalsel . . . H1 GB 4 - 6 Kalsel . . . H1 GB 9 - 10 Kalsel . . . H1 GB 12 - 17 Kalsel . . . H1 GB 1 - 3 Bekasi C C C H2 GB 7 -8 Bekasi C C C H2 GK= Gabus Kalimantan, GB= Gabus Bekasi, Kalsel= Kalimantan Selatan G, T, C = basa nukelotida Guanin, Timin, dan Sitosin
Tabel 3 Jarak genetik interspesies berdasarkan cyt b utuh Interspesies Klaster (vs) Jarak Genetik C. striata MN057164.1 Klaster I 0% Klaster II 0,30% C. striata MN205549.1 Klaster I 9,10% Klaster II 9,30% Keterangan: penggunaan istilah interspesies untuk C. striata hasil BLAST-n di Genebank
MN205549.1 untuk melihat kekerabatan in- terspesies dari spesies dengan standar sekuen
dari GenBank . Hasil rekontruksi pohon filo- genetik menunjukkan C. striata (kode akses:
MN057164.1) dalam Klaster I berdekatan dengan sebagian sampel asal Bekasi dan seluruh sampel Kalimantan Selatan. Namun demikian C. striata (kode akses:
MN205549.1) terpisah jauh dari dua klaster besar (Gambar 3).
Berdasarkan hasil perhitungan jarak genetik antara dua klaster (Klaster I dan Klaster II) sebesar 0,003 atau 0,3%. Perhi- tungan jarak genetik interspesies menunjuk- kan bahwa kekerabatan terdekat C.  striata (kode akses: MN057164.1, Origin Borneo )
memiliki kekerabatan terdekat dengan sebagian sampel asal Bekasi dan seluruh sampel asal Kalimantan Selatan (Klaster 1) dengan jarak genetik sebesar 0,00 atau 0%. Jarak genetik terjauh ditunjukkan oleh C. striata (kode akses: MN205549.1) terhadap semua data cyt b C. striata yang dibanding- kan yaitu dengan rata-rata jarak genetik 9,2% (Tabel 3) sehingga menempatkannya menjadi
outgroup .

## Pembahasan
Memahami struktur genetik dari suatu spesies memberikan informasi untuk pe- ningkatan koservasi dan strategi pengelolaan sumberdaya populasi ikan terutama spesies yang terancam dan yang bernilai ekonomis tinggi. Informasi genetik suatu populasi dapat menjadi tolak balik program budidaya yang lestari melalui program pemuliaan (Gustiano
et al. 2013). Hasil yang didapatkan dari analisis sekuen cyt b 1140 bp pada penelitian ini menunjukkan keragaman genetik yang rendah antara populasi ikan gabus Bekasi dan Kalimantan. Sekuens nukleotida cyt b C. striata yang didapat kaya akan A+T (54,8%), yang hampir serupa dengan banyak spesies ikan lainnya (Johns & Avise 1998).
Bekasi dan Kalimantan Selatan terpisah secara geografis, namun rendahnya kera- gaman genetik didapatkan pada penelitian ini menimbulkan beberapa dugaan yang meng- akibatkan hal ini terjadi. Salah satu dugaan adalah akibat transportasi perdagangan antar- pulau di Indonesia. Transportasi laut bagi In- donesia sebagai negara maritim dan kepu- lauan memiliki peran dalam pembangunan nasional (Perdana & Soemardjito 2016). Hal tersebut tidak menutup kemungkinan adanya perdagangan ikan gabus sebagai ikan yang bernilai ekonomis dan disukai masyarakat. Jika melihat sebaran haplotipe, diduga per- pindahan yang terjadi adalah ikan gabus asal Kalimantan Selatan berpindah ke Bekasi (Jawa).
Menurut Avise (1994), spesies yang berasal dari tetua tunggal dapat menghasilkan haplotipe spesifik karena DNA mitokondria yang diwariskan dari garis ibu. Selain itu, tidak adanya keragaman ekologi yang dapat menstimulasi adaptasi secara lokal (Jama- luddin et al. 2011).  Sebagai  spesies dengan low migratory behaviour atau memiliki pergerakan yang terbatas (Chondar 1999), hal ini memperkuat dugaan awal bahwa adanya tetua yang berbeda dalam satu populasi.
Perubahan permukaan laut di waktu geologis telah banyak diteliti sebagai acuan untuk memahami sebaran organisme akuatik maupun terestrial (Darlington 1957). Haplo- tipe C. striata yang tumpang tindih pada penelitian ini yaitu antara populasi di Bekasi (Jawa Barat) dan Kalimantan Selatan yang mana jika dilihat secara geografis merupakan dua pulau yang berbeda serta terpisah lautan. Hal ini diduga erat kaitannya dengan fluk- tuasi permukaan air laut di masa Pleistosen. Masa glasiasi Pleistosen terjadi pada kisaran 250.000 tahun yang lalu (Voris 2000). Masa Pleistosen menemui beberapa skenario glasi- asi dan deglasiasi yang menyebabkan naik turunnya permukaan laut sehingga secara berkala mengubah massa daratan yang ter- papar (Song et al. 2013; Irwanto 2019).
Selain adanya paparan dataran dan aliran sungai di masa LGM yang menyatukan pulau Kalimantan dan Jawa, kapasitas migrasi spesies, konektivitas perairan, dan kemung- kinan faktor antropogenik juga bisa menjadi komponen untuk mempelajari struktur gene- tik suatu spesies (Song et al. 2013). Meskipun
C. striata memiliki perilaku low migratory , beberapa penelitian sebelumnya melaporkan bahwa spesies ini memiliki kapasitas migrasi jarak jauh (>500 km) (Adamson et al. 2010;
Tan et al. 2012).
Seluruh gen cyt b sampel C. striata asal Indonesia disejajarkan dengan gen cyt b C.
striata hasil Blast n (kode akses:
MN057164.1) (Rüber et al. 2020) dan C. striata asal Hainan, China (kode akses:
MN205549.1) (Zhou et al. 2019).
Berdasarkan hasil perhitungan jarak genetik dan rekontruksi  pohon filogeni, spesies C. striata dari Genebank (asal Kalimantan- Indonesia) memiliki kedekatan 100% dengan sampel C. striata di Klaster I karena jarak genetiknya adalah 0%. Anomali terjadi pada
C. striata asal Hainan (kode akses:
MN205549.1), yaitu menunjukkan jarak genetik yang cukup jauh dari C. striata asal Indonesia (rata-rata jarak genetik 9,2% dengan 91 SNP). Hal ini menyebabkan C. striata asal Hainan keluar dari dua klaster besar dan menjadikannya outgroup . Jika dili- hat secara geografis, Hainan merupakan se- buah pulau yang terpisah sehingga hal ini diduga menyebabkan spesies C. striata di Hainan telah mengalami kolonisasi dan ber- mutasi secara spasial.
Perbedaan jarak genetik yang cukup jauh mengindikasikan bahwa C. striata asal Hainan merupakan subspesies atau bahkan spesies yang berbeda dengan C. striata asal Indonesia. Berdasarkan penelitian sebelum- nya, variasi genetik dalam satu spesies yang sama pada gen cyt b adalah kurang dari 3 persen (<3%) (Su et al. 1999; Bradley & Baker 2001; Hsieh et al. 2001). Berdasarkan hasil yang diperoleh dari penelitian ini, gen cyt b utuh berhasil digunakan untuk mempe- lajari variasi intra dan interpopulasi pada spesies C. striata di wilayah Indonesia. Ada- nya 2 Haplotipe pada kedua populasi C.
striata yang menunjukkan sekuen gen cyt b utuh membuktikan kemampuannya untuk mengelompokkan populasi C. striata Indo-
nesia.

## Simpulan
1. Hasil analisis gen cytochrome b utuh pada ikan gabus ( Channa striata ) dari dua sebaran geografik berbeda di Indonesia menunjukkan keragaman inter dan intra- populasi dengan 2 Haplotipe (H1 dan H2) serta menunjukkan adanya nukleotida spe- sifik lokasi. Nilai keragaman genetik yang rendah dari kedua populasi (0,3%), me- nimbulkan keraguan akan keaslian sampel asal Bekasi dan dugaan adanya introduksi dari Kalimantan akibat perdagangan.
2. Sampel C. striata asal Indonesia dan C. striata (MN057164.1) memiliki nilai jarak genetik 0% sehingga mengkonfirmasi ke- sesuaian sekuens gen cyt b C. striata asal Kalimantan.
3. Rata-rata jarak genetik yang cukup jauh antara C. striata asal Indonesia dengan C. striata asal Hainan, Cina (9,2%) meng- indikasikan bahwa keduanya merupakan spesies yang berbeda.
4. Penelitian lanjutan dan pengambilan sam- pel dari lokasi berbeda dibutuhkan untuk melengkapi informasi genetik (gen cyt b utuh) C. striata Indonesia yang ada di
Jawa, Kalimantan dan Sumatera.

## Persantunan
Penulis berterimakasih pada teman- teman Laboratorium Konservasi Genetik, PPSHB, IPB atas bantuannya dalam proses penelitian ini.

## Daftar pustaka
Adamson EAS, Hurwood DA, Mather PB, 2010. A reappraisal of the evolution of Asian snakehead fishes (Pisces, Channidae) using molecular data from multiple genes and fossil calibration. Molecular Phylogenetic and Evolution ,
56(2): 707–717. Avise JC. 1994. Molecular Markers, Natural History and Evolution . Chapman and
Hall. New York.
Baisvar VS, Kumar R, Singh M,Singh AK,
Chauhan UK, Mishra AK, Kushwaha B. 2018. Genetic diversity analyses for population structuring in Channa striata using mitochondrial and microsatellite DNA regions with implication to their conservation in Indian waters. Meta Gene , 16: 28-38. Benzinger PSA. 2008. Genetic divergence in Channa species. Disertasi. Manonmanian Sundaranar Univ. India. Shodhganga.inflibnet. ac.in/handle/10603/65750 Bijaksana U.  2010. Kajian fisiologi reproduksi ikan gabus, Channa striata Blkr. di dalam wadah dan perairan rawa sebagai upaya domestikasi. Disertasi . Sekolah Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor.
Bouza C, Vilas R, Castro J, Martinez P. 2008. Mitochondrial haplotype variability of brown trout populations from north- western Iberian Peninsula, a secondary contact area between lineages.
Conservation Genetics, 9: 917–920.
Bradley RD, Baker RJ. 2001. A test of the genetic species concept: cytochrome-b sequences and mammals. Journal of Mammalogy , 82(4): 960–973. Brown J, Stapien CA. 2008. Ancient divisions, recent expansions: phylogeo- graphy and population genetics of the round Gobi Appolonia melanostoma . Molecular Ecology, 17(11): 2598–2615
Chondar SL. 1999. Biology of Finfish and Shellfish . Howrah: SCSC Publishers (India).
Courtenay WR, Williams JD. 2004.
Snakeheads (Pisces, Channidae)—  A Biological Synopsis and Risk Assess- ment . U.S. Geological Survey Circular
1251. Florida da Fonseca RR, Johnson WE, O’Brien SJ,
Ramos MJ. 2008. The adaptive evolution of the mammalian mitochon- drial genome. BMC Genomics, 9: 119.
Daemen E, Cross T, Ollevier F, Volckaert FAM. 2001. Analysis of genetic structure of European eel ( Anguilla anguilla ) using microsatellite DNA and mtDNA markers. Marine Biology,
139(4): 755–764.
Darlington PJ. 1957. Zoogeography: The
Geographical Distribution of Animals . John Wiley & Sons, Inc. New York. [FAO] Fisheries and Aquaculture Organization . 2010. Channa striata (Bloch 1973). [terhubung berkala]. http://www.fao.org/ [diunduh 08
Oktober 2019]. Fink S, Excoffier L, Heckel G. 2004. Mitochondrial gene diversity in the common vole Microtus arvalis shaped by historical divergence and local adaptations. Molecular Ecol o gy , 13(11): 3501-3514.
Foote AD, Morin PA, Durban JW, Pitman RL. 2011. Positive selection on the killer whale mitogenome. Biology Letters,
7(1): 116-118.
Fraser DJ, Debes PV, Bernatchez L,
Hutchings JA. 2014. Population size, habitat fragmentation, and the nature of adaptive variation in a stream fish.
Proceedings of the Royal Society B, 281(1790): 20140370.
Gershoni M, Templeton AR, Mishmmar D. 2009. Mitochondrial bioenergetics as a major motive force of speciation. BioEssays, 31(6): 642–650.
Gustiano R, Ath-thar MHF, Kusmini II. 2019. Diversiti, Biologi Reproduksi, dan Manajemen Induk Ikan Gabus . PT
Penerbit IPB Press. Bogor.
Gustiano R, Oktaviani T, Soelistyowati DT, Kusmini II, Wahyutomo, Huwoyon GH. 2013. Analisis ragam genotip RAPD dan fenotip truss morfometrik pada tiga populasi ikan gabus [ Channa striata (Bloch, 1793)]. Berita Biologi , 12 (3): 325-333.
Habib M, Lakra WS, Mohindra V, Khare P, Barman AS, Singh A, Lal KK, Punia P, Khan AA. 2011. Evaluation of cytochrome b mtDNA sequences in genetic diversity studies of Channa marulius (Channidae: Perciformes). Molecular Biology Reports , 38(2): 841– 846.
Hsieh H, Chiang H, Tsai L, Lai S, Huang N,
Linacre A, Lee JC. 2001. Cytochrome b gene for species identification of the conservation animals. Forensic Science International, 122(1): 7-18.
Irwanto D. 2019. Sundaland : Tracing The Cradle of Civilizations . [terhubung berkala]. http://self.gutenberg.org/ [diunduh 17 Juli 2020]. Jamaluddin JAF, Pau TM, Siti-Azizah MN. 2011. Genetic structure of the snakehead murrel, Channa striata (Channidae) based on the cytochrome c oxidase subunit I gene: influence of historical and geomorphological factors. Genetics and Molecular Biology, 34(1): 152-160.
Jiang S, Zhang K, Ruan Z, Xu J, You X, Shi
Q. 2016. The complete mitochondrial genome of Indonesian snakehead, Channa micropeltes (Channiformes,
Channidae). Mitochondrial DNA Part B ,
1: 556–557.
Johns GC, Avise JC. 1998. A comparative summary of genetic distances in the vertebrates from the mitochondrial cytochrome b gene. Molecular Biology and Evolution , 15(11): 1481-1490.
Kocher TD, Thomas WK, Meyer A, Edwards SV, Paabo S, Villablanca FX dan Wilson

## AC. 1989. Dynamics of mitochondrial
DNA evolution in animals: Amplifica- tion and sequencing with conserved primers. Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America , 86(16):6196-6200. Kumar S,  Stecher G, Tamura K. 2016. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evol ution, 33(7): 1870-1874. Kusmini II, Gustiano R, Prakoso VA, Ath- thar MHF. 2015. Budidaya Ikan Gabus . Penebar Swadaya. Jakarta.
Lecomte F, Grant WS, Dodson JJ, Rodriguez- Sanchez, Bowen BW. 2004. Living with uncertainty: genetic imprints of climate shifts in east Pacific anchovy ( Engraulis mordax ) and sardine ( Sardinops sagax ). Molecular Ecology . 13(8): 2169-2182.
Li X, Musikasinthorn P, Kumazawa Y. 2006.
Molecular phylogenetic analyses of snakeheads (Perciformes: Channidae) using mitochondrial DNA sequences. Ichthyological Research, 53(2): 148–
159.
Listyanto N, Andriyanto S. 2009. Ikan gabus ( Channa striata ) manfaat pengem- bangan dan alternatif teknik budi daya- nya. Media Akuakultur, 4(1): 18–25.
Makmur S. 2004. Pertumbuhan ikan gabus
( Channa striata Bloch) di daerah banjiran Talang Fatima DAS Sumatera Selatan. Jurnal Penelitian Pendidikan Indonesia Edisi Sumber Daya dan
Penangkapan , 10 (6):1-6. McClellan DA, McCracken KG. 2001. Estimating the influence of selection on the variable amino acid sites of  the cytochrome b protein functional domains. Molecular Biology and Evolution , 18(6): 917-925. McClellan DA, Palfreyman EJ, Smith MJ, Moss JL, Christensen RG, Sailsbery JK. 2005. Physicochemical evolution and molecular adaptation of the Cetacean and Artiodactyl cytochrome b proteins.
Molecular Biology and Evolution , 27(3):
437-455.
Michelle NYT, Shanti G, Loqman MY. 2004. Effect of orally administered C. striatus extract against experimentally induced osteoarthritis in rabbits. The  Inter- national Journal of Applied Research in Veterinary Med icine, 2(3):171–175.
Muslim. 2007. Potensi, peluang dan tantangan budidaya ikan gabus ( Channa striata ) di propinsi Sumatera Selatan.
Prosiding Forum Perairan Umum lndo- nesia lV(1):7-11. Badan Riset Kelautan dan Perikanan Tangkap: Palembang.
Oelinik AG, Skurikhina LA, Byrkov VA. 2007. Divergence of Salvelinus sp from north eastern Asia based on mitochondrial DNA. Ecology of Freshwaterfish, 16(1): 87-98.
Orr HA. 2005. The genetic theory of adaptation: A brief history. Nature Reviews Genetic, 6(2):119–127.
Ozawa T, Hayashi S, Mikhelson VM. 1997.
Phylogenetic position of mammoth and Steller's Sea Cow within Tethytheria demonstrated by mitochondrial DNA sequences. Journal of Molecular Evolution , 44(4): 406-413. Perdana YR, Soemardjito J. 2016. Analisis asal tujuan komoditi utama antar wilayah Pulau Jawa, Kalimantan, dan
Nusa Tenggara Timur. Jurnal Penelitian Transportasi Multimoda , 14(1): 1-10.
Rahim MHA, Ismail P, Alias R, Muhammad
N, Jais AMM. 2012. PCR-RFLP analysis of mitochondrial DNA cytochrome b gene among Haruan ( Channa striatus ) in Malaysia. Gene , 494: 1-10.
Rüber L, Tan HH, Britz R. 2020. Snakehead
(Teleostei: Channidae) diversity and the eastern Himalaya biodiversity hotspot.
Journal of Zoological Systematics Evolutionary Research, 58 (1):356-386.
Schmitz J, Ohme M, Zischler H. 2002. The complete mitochondrial sequence of Tarsius bancanus : evidence for an
extensive nucleotide compositional plasticity of primate mitochondrial DNA. Molecular Biology and Evolution , 19(4): 544−553.

## Shafri MAM, Manan MJA. 2012.
Therapeuticpotential of the haruan ( Channa striatus ): from food to medicinal uses. Malaysian Journal of Nutrition , 18(1):125–136.
Solihin DD. 1994. Peran DNA mitokondria
(mtDNA) dalam studi keragaman genetik dan biologi populasi pada hewan. Hayati , 1(1):1-4.
Song LM, Munian K, Rashid ZA, Bhassu S.
2013. Characterisation of Asian Snakehead Murrel Channa striata (Channidae) in Malaysia: An insight into molecular data and morphological approach. The Scientific World Journal ,
2013 (917506): 1-16.
Su SB, Wang Y, Lan H, Wang W, Zhang Y.
1999. Phylogenetic study of complete cytochrome b genes in Musk Deer (Genus  Moschus) using museum.
Molecular Phylogenetics and Evolution , 12(3):241–249.
Tan MP, Jamsari AFJ, Azizah MNS. 2012. Phylogeographic pattern of the striped snakehead, Channa striata in Sunda- land: ancient river connectivity, geogra-
phical and anthropogenic signatures. PLoS One, 7(12): e52089.
Tobe SS, Kitchener A, Linacre A. 2009. Cytochrome b or cytochrome c oxidase subunit I for mammalian species identification-an answer to the debate. Forensic Science International: Genetic Supplement, 2: 306-307.
Trumpower BL. 1990. The protonmotive Q cycle. Energy transduction by coupling of proton translocation to electron transfer by the cytochrome bc1 complex. Journal of Biological Chemistry , 265(20): 11409-11412.
Voris HK. 2000. Maps of Pleistocene sea levels in Southeast Asia: shorelines, river systems and time durations. Journal of Biogeography, 27(5): 1153–
1167.
Welcomme RL.1981.  Register  of  interna- tional  transfer  of  inland  fish  species. FAO Fisheries and Aquaculture Tech- nical Paper, 213: 120 p.
Zhou J, Deng Y, Zhou G. 2019. The mitochondrial genome of striped snakehead Channa striata (Perciformes:
Channidae) and phylogenetic analysis. Mitochondrial DNA Part B, 4(2): 3110- 3111.