## ANALISIS PENGARUH PAPARAN FISIK PADA SAMPEL GIGI TERHADAP HASIL KUANTIFIKASI DNA FORENSIK MENGGUNAKAN METODE KIT PURIFIKASI DNA KOMERSIAL
Septi Arini, S.Biotek 1 , Dr. Arief Budi Witarto, M.Eng 2 , Setia Betaria Aritonang, M.Si 3
1* Sekolah Pascasarjana Manajemen Inovasi Universitas Teknologi Sumbawa
2 Sekolah Pascasarjana Manajemen Inovasi Universitas Teknologi Sumbawa
3 Pusat Laboratorium Forensik Badan Reserse Kriminal Polri (PUSLABFOR BARESKRIM POLRI), Jakarta.
*Corresponding Author email: 1 septi020ftbuts@gmail.com, 2 Witarto@gmail.com, setiabetaria@yahoo.com 3

## Diterima :
Bulan Juni 2021
Diterbitkan : Bulan juli 2021
Keyword :
Paparan fisik, sampel gigi, kuantifikasi DNA,
KIT purufikasi
DNA komersial

## Abstrak
Paparan  fisik  pada  sampel  biologis  memberikan  pengaruh  yang  sangat  besar  terhadap hasil  analisis  DNA  forensik.  Masih  sedikitnya  penelitian  molekuler  tentang  pengaruh paparan fisik pada sampel gigi menjadi alasan perlu dilakukannya penelitian lebih lanjut. Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengetahui  pengaruh  paparan  fisik  pada  sampel  gigi terhadap  hasil  kuantifikasi  DNA  forensik.  Parameter  yang  digunakan  adalah  nilai konsentrasi  DNA hasil isolasi  yang diperoleh dari analisis real  time PCR . Penggunaan real time PCR memungkinkan dilakukannya deteksi dan kuantifikasi sekaligus terhadap sekuens spesifik dari sampel DNA yang dianalisa. Sampel gigi yang digunakan diperoleh dari  individu  yang  berbeda.  Gigi  digunakan  sebagai  media  identifikasi  karena  gigi merupakan bagian tubuh yang paling keras dan secara kimiawi merupakan jaringan paling stabil dan paling tahan terhadap degradasi dan dekomposisi. Metode dalam penelitian ini yaitu  memberikan  tiga  jenis  perlakuan  pada  sampel  yang  diuji  berupa  perlakuan perendaman air laut, perendaman air sungai  dan paparan udara bebas pada  suhu ruang dengan masing-masing perlakuan terdiri atas tiga sampel uji. Semua sampel diekstraksi menggunakan  KIT  purifikasi  DNA  Komersial  dengan  reagen  berupa  KIT  Qiagen (QIAamp®  DNA Investigator) selanjutnya dilakukan proses kuantifikasi  untuk melihat nilai  konsentrasi  DNA dari  masing-masing  sampel  menggunakan real  time PCR. Hasil kuantifikasi DNA sampel gigi dari masing-masing perlakuan menunjukkan bahwa nilai konsentrasi sampel tertinggi berdasarkan rata-rata setiap perlakuan yaitu sampel dengan perlakuan terpapar dengan udara bebas pada suhu ruang dengan nilai konsentrasi sebesar 1,34 ng/µl, diikuti dengan sampel yang direndam menggunakan air sungai dengan nilai konsentrasi sebesar 0,15 ng/µl, sementara sampel dengan konsentrasi terendah ditunjukan oleh sampel yang diberi perlakuan perendaman air laut dengan nilai konsentrasi sebesar 0,10 ng/µl. Paparan fisik berupa paparan udara bebas, paparan air sungai dan paparan air laut pada sampel gigi, memberikan pengaruh yang tidak terlalu signifikan terhadap hasil kuantifikasi DNA yang dihasilkan.

## PENDAHULUAN
Indonesia  terdapat  banyak  kasus  kriminal yang  terjadi,  mulai  dari    terorisme,  pembunuhan, pencurian  ataupun  tindak  pemerkosaan.  Seiring dengan banyaknya kasus, mengidentifikasi pelaku atau  korban  dan  menentukan  waktu  terjadinya kejadian  selalu  menjadi  masalah  yang  sulit  untuk diselesaikan  oleh  pihak  berwajib.  Barang  bukti biologis yang paling umum ditemukan dalam kasus kriminal  adalah  cairan  tubuh  yang  dapat  berupa darah, sperma, saliva, tulang, puntung rokok, dan semua bagian tubuh manusia yang dapat dijadikan petunjuk  dalam  pemeriksaan  DNA  forensik. Identifikasi  atau  pengenalan  identitas  seseorang pada  awalnya  berkembang  untuk  kebutuhan dalam  proses  penyidikan  suatu  tindak  pidana khususnya  penyelesaian  permasalahan  kriminal, namun  seiring  dengan  perkembangan  ilmu
pengetahuan  dan  teknologi,  serta  terjadinya peningkatan  masalah  sosial,  menjadikan  proses identifikasi digunakan dalam berbagai penyelesaian kasus baik yang terjadi di darat, laut, maupun udara. Kasus-kasus seperti ini, tidak jarang dialami  kesulitan  dalam  melakukan  identifikasi korban karena kerusakan akan membuat sulit untuk mengenali  jenazah.  Proses  identifikasi  menjadi salah  satu  unsur  penting  tidak  hanya  untuk mengetahui penyebab kematian  tetapi juga sebahai salah satu upaya memberikan ketenangan psikologis kepada keluarga (Syafitri et al., 2013). Identifikasi  individu  dapat  dilakukan melalui beberapa parameter, yaitu identifikasi usia, ras,  jenis  kelamin  dan  identifikasi  profil  DNA. Identifikasi  jenis  kelamin,  usia  dan  ras  dapat dilakukan ketika korban berada dalam kondisi yang mana jenazah masih  bisa dilihat  dengan jelas dari
karakteristik  fisiknya.  Sementara,  apabila  korban mengalami  kecelakaan  fatal  yang  mengakibatkan rusaknya  sebagian  besar  organ  tubuhnya,  maka pemeriksaan yang dapat digunakan untuk mengetahui   identitas  dari  korban  ialah melalui analisis  DNA.  Salah  satu  bagian  tubuh  yang memiliki  kandungan  DNA  yang  cukup  tinggi, meskipun  bagian  tubuh  lain  telah  mengalami denaturasi  DNA  karena  faktor-faktor  tertentu, adalah  gigi  (Syafitri et  al., 2013).  Sebagai  media identifikasi  gigi  dipilih  karena  gigi  merupakan jaringan  tubuh  yang  paling  keras  dan  secara kimiawi tahan terhadap degradasi dan dekomposisi, dengan demikian gigi dapat bertahan untuk  periode  yang  lama  dibandingkan  dengan jaringan tubuh  lainnya (Higgins & Austin, 2013). Gigi juga memiliki ketahanan  terhadap temperatur yang  tinggi  sehingga  sangat  bermanfaat  dalam identifikasi  pada  korban  terbakar  (Febri et  al., 2013).
Paparan  fisik  setiap  sampel  gigi  tentunya berbeda,  tergantung  dari  lokasi  ditemukannya gigi tersebut  dan perawatan dari  gigi itu sendiri. Penelitian  molekuler  tentang  pengaruh  paparan fisik  masih  sedikit pada sampel gigi, ini menjadi alasan perlu  dilakukannya penelitian lebih lanjut menyangkut      pengaruh      paparan      fisik    pada sampel  gigi  terhadap  hasil  kuantifikasi  DNA forensik,  dengan  indikator  utama  berupa  nilai kemurnian  DNA  dan  kualitas  DNA  melalui visualisasi  DNA  hasil  isolasi  menggunakan real time PCR. Real  Time PCR  memungkinkan dilakukannya  deteksi  dan  kuantifikasi  sekaligus terhadap sekuens spesifik dari sampel DNA yang dianalisa (Bio-Rad Laboratories, 2017).

## LANDASAN TEORI

## Deoxyribonucleic Acid (DNA)
Dewasa ini dengan kemajuan teknologi DNA dalam  ilmu  forensik  disediakan  berbagai  sarana dalam  identifikasi  korban  dan  tersangka  dalan suatu  kasus  kriminalitas  termasuk  penetuan hubungan  keluarga.  Berbagai  cara  klasik  telah digunakan sebelumnya seperti visualisasi sidik jari, antigen  golongan  darah,  perbandingan  dengan status  gigi  geligi  lain-lain.  Perkembangan  akhir- akhir ini dalam identifikasi genotip memungkinkan penggunaan analisis DNA untuk tujuan identifikasi.  Dewasa  ini  terdapat  kecenderungan peningkatan  penggunaan  analisis  DNA  dalam bidang forensik, walaupun penggunaannya belum secara  luas.  Hal  ini  karena  teknik  tersebut  relatif masih  baru  dan  metode  analisa  dan  aplikasinya harus menurut prosedur standar internasional.
Deoxyribonucleic  Acid (DNA)  merupakan asam  nukleat  yang  membawa  informasi  genetik dari setiap individu yang diturunkan dari generasi ke generasi berikutnya.  DNA terdapat pada semua jaringan tubuh kecuali sel darah merah karena tidak
memiliki  inti  sel  (nukleus)  (Butler,  2010).  Letak DNA sangat beragam yaitu ada yang terletak pada nukleus,  mitokondria  pada  hewan  dan  terdapat juga  pada  kloroplas  tumbuhan.  Perbedaan  antara DNA  tersebut,  yaitu:  DNA  nukleus  atau  sering disebut dengan DNA kromosomal memiliki betuk benang  lurus  (linear)  dan  tidak  bercabang  serta berasosiasi  sangat  erat  dengan  protein  histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplasmemiliki bentuk yang melingkar (sirkular)  dan  tidak  berasosiasi  dengan  protein histon (Hidayat, 2015).

## Gigi Sebagai Sumber DNA
Gigi  merupakan  salah  satu  bukti  biologis sumber  DNA  dalam  mengidentifikasi  kasus forensik  ketika  sebagian  besar  organ  yang  ada dalam  tubuh  mengalami  degradasi  (Higgins  & Austin, 2013). Deoxyribonucleic acid (DNA) yang diisolasi  dari  gigi  memiliki  kualitas  yang  lebih tinggi  disebabkan  karena  posisi  DNA  nya dilindungi  dari  kondisi  lingkungan  dan  paparan fisik yang dapat mempercepat proses dekomposisi atau pembusukan DNA (Mayall et al., 2013). Gigi adalah  jaringan  yang  paling  keras  dalam  tubuh manusia  karena  dibalut  oleh  enamel,  yang membuat  mereka  tahan  terhadap  kondisi  buruk yang  dapat  merusak  DNA,  seperti  kelembaban, suhu  tinggi,  dan  aktivitas  dari  jamur  dan  bakteri (Malaver & Yunis, 2013).

## Distribusi DNA dalam Gigi
Protokol  pengambilan  sampel  gigi  yang optimal memerlukan pemahaman yang komprehensif  menyangkut  morfologi  gigi  dan distribusi  DNA  di  dalam  gigi.  Pemahaman  ini memungkinkan  pemilihan  sampel  gigi  yang optimal.  Secara  alamiah,  gigi  manusia  dibagi menjadi dua bagian yaitu mahkota yang timbul di mulut dan akar yang terbungkus oleh gusi.
Gigi  merupakan  salah  satu  bukti  biologis sumber  DNA  dalam  mengidentifikasi  kasus forensik  ketika  sebagian  besar  organ  yang  ada dalam  tubuh  mengalami  degradasi  (Higgins  & Austin, 2013). Deoxyribonucleic acid (DNA) yang diisolasi  dari  gigi  memiliki  kualitas  yang  lebih tinggi  disebabkan  karena  posisi  DNA  nya dilindungi  dari  kondisi  lingkungan  dan  paparan fisik yang dapat mempercepat proses dekomposisi atau pembusukan DNA (Mayall et al., 2013). Gigi adalah  jaringan  yang  paling  keras  dalam  tubuh manusia  karena  dibalut  oleh  enamel,  yang membuat  mereka  tahan  terhadap  kondisi  buruk yang  dapat  merusak  DNA,  seperti  kelembaban, suhu  tinggi,  dan  aktivitas  dari  jamur  dan  bakteri (Malaver & Yunis, 2013).

## Post-Mortem Degradasi
Degradasi DNA pada gigi tergantung pada waktu tetapi hubungan antara waktu dan degradasi
sangat  dipengaruhi  oleh  faktor  lingkungan (Higgins & Austin, 2013). Degradasi DNA dalam periode  pasca-mortem  dimulai  dengan  pelepasan enzim  intraseluler  endogen  (misalnya  lipase, nuklease,  dan  protease),  dan  dilanjutkan  oleh enzim eksogen yang dihasilkan oleh mikroorganisme  dan  invertebrata  lingkungan (Higgins & Austin, 2013).

## Isolasi DNA dari Sampel Gigi
Analisa DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA.  Adapun  Tahapan  ekstraksi  DNA  meliputi isolasi  dari  jaringan,  pelisisan  dinding  dan membran sel, ekstraksi, purifikasi serta presipitasi pemadatan.  Ekstraksi  DNA  dapat  dilakukan dengan  menggunakan  berbagai  metode,  seperti: metode fenol-kloroform, metode membran dialisis, metode  chelex,  dll  (Jehuda,  2013).  Metode ekstraksi fenol-kloroform yang diperkenalkan oleh Sambrook  dan  Russell  adalah  Metode  ekstraksi yang  paling  umum  digunakan.  Metode  ini memanfaatkan reagen berupa fenol dan kloroform (Sambrook & Russel, 2001).
Metode ekstraksi organik dengan menggunakan reagen chelex 20%
menggunakan  suspensi  resin  pengikat  ion yang langsung dicampurkan ke dalam sampel.
Larutan difmil benzena yang mengandung ion imino  diasetat  yang  dapat  mengikat  ion-ion metal  adalah  merupakan  suspensi  resin  yang terdapat  dalam  chelex.  Suspensi  tersebut seperti  magnesium  yang  dapat  mengikat magnesium.  Penggunaan  chelex  membuat enzim  penghancur  DNA  tidak  aktif  sehingga molekul DNA akan tetap terlindungi (Butler & Hill., 2012).
Metode ekstraksi yang digunakan dalam penelitian  ini  ialah  metode  ekstraksi  kit purifikasi DNA komersial dengan menggunakan  reagen  berupa  kit  Qiagen (QIAamp® DNA Investigator) untuk mengisolasi DNA dari sampel gigi. Metode kit purifikasi
DNA komersial dengan menggunakan  reagen  berupa  kit  Qiagen
(QIAamp®  DNA  Investigator)  merupakan metode  yang  digunakan  untuk  mendapatkan
DNA  dari  suatu  sampel  serta  mampu mengoptimalkan  aktivitas  pengikatan  dan elusi  DNA  dari  sampel  dengan  jumlah  DNA yang relatif terbatas (QIAamp DNA
Investigator Handbook, 2012)

## Pengukuran Konsentrasi DNA dengan Real
Time PCR Real-time PCR merupakan modifikasi dari metode  PCR  konvensional.  Prinsip  kerjanya hampir  sama  dengan  PCR  konvensional,  namun real-time PCR  dapat  mengkuantifikasi  dan memonitor  secara  langsung  amplifikasi  dari
suatuDNA spesifik (Tooy et al., 2016). Adanya zat flourescent  reporter memungkinkan  terjadinya pemantauan  terhadap  proses  amplifikasi  DNA dalam  instrumen real-time PCR. Flourescent reporter merupakan  zat  yang  berikatan  dengan DNA  target  dan  memancarkan  sinyal  flourosensi yang  menggambarkan  jumlah  produk  yang dihasilkan (Tooy et al., 2016).

## METODE Waktu dan Lokasi Penelitian
Penelitian  ini  dilaksanakan  mulai  tanggal  23 Maret 2017 sampai 23 Mei 2017 dengan jam kerja selama 7-8 jam dan waktu kerja pukul 07.00-15.00 WIB.  Penelitian  ini  dilaksanakan  di  Laboratorium Biologi  Forensik  dan  Instalasi  Uji  Bio  Molekuler Forensik,  Pusat  Laboratorium  Forensik  Bareskrim Polri Jakarta.

## Teknik Pengambilan dan Persiapan Sampel
Sampel    gigi    yang    digunakan  dalam penelitian diperoleh dari dokter gigi yang bertugas di  daerah  Jakarta  Timur.  Sampel  yang  digunakan berasal  dari  individu  yang  berbeda  dan  jumlah sampel  keseluruhan  sebanyak  9  buah.  Setiap sampel  diberikan  perlakuan  yang  berbeda-beda, ada sampel yang direndam air laut, air sungai, dan ada sampel yang dibiarkan terpapar dengan udara bebas pada suhu ruang. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Forensik dan Instalasi Uji Bio  Molekuler  Forensik,  Pusat  Laboratorium Forensik Bareskrim Polri Jakarta.

## Analisis Data
Penelitian  ini  menggunakan  Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan jumlah sampel yang digunakan  sebanyak  9  sampel.    Data  yang diperoleh  diolah  menggunakan  program  SPSS versi  16  dan  dianalisis  dengan  menggunakan  uji ANOVA  serta  penyajian  data  dilakukan  dengan tubulating, yaitu dengan menggunakan tabel.
Ada  tiga  perlakuan  yang  diberikan  dalam penelitian  ini,  setiap  perlakuan  masing-masing menggunakan tiga sampel tanpa pengulangan pada proses  ekstraksi  Kit  Purifikasi  DNA  Komersial dengan  menggunakan  reagen  KIT  Qiagen (QIAamp®
DNA  Investigator).  Perlakuan  yang diberikan adalah sebagai berikut :
C1          =  Sampel  gigi  udara  bebas  yang disimpan pada suhu ruang
C2          =  Sampel  gigi  udara  bebas  yang disimpan pada suhu ruang
C3            =  Sampel  gigi  udara  bebas  yang disimpan pada suhu ruang
AS1        =  Sampel  perlakuan  yang  direndam dengan  air  sungai  selama  2  kali  24
jam
AS2 =  Sampel  perlakuan  yang  direndam
dengan  air  sungai  selama  2  kali  24 jam AS3 =  Sampel  perlakuan  yang  direndam dengan  air  sungai  selama  2  kali  24 jam AL1 =  Sampel  perlakuan  yang  direndam dengan air laut selama 2 kali 24 jam AL2 =  Sampel  perlakuan  yang  direndam dengan air laut selama 2 kali 24 jam AL3 =  Sampel  perlakuan  yang  direndam dengan air laut selama 2 kali 24 jam

## Gambaran Penelitian
Data yang telah diperoleh dalam penelitian ini selanjutnya  diuji  hubungan  antar  variabelnya menggunakan  uji  statistik  dengan  Uji  ANOVA. Uji ANOVA digunakan dalam melihat perbedaan konsentrasi antar sampel berdasarkan perbedaan  perlakuan  yang  diberikan  yaitu paparan  udara  bebas  pada  suhu  ruang, perendaman air laut dan perendaman air sungai. Dalam  penelitian  ini  tidak  dilakukan  uji  lanjut disebabkan  karena  masing-masing  sampel  tidak terdapat  hubungan  yang  signifikan  jika  dilihat dari nilai error bar yang  diperoleh.

## HASIL
Analisa  DNA  diawali  dengan  proses ekstraksi  DNA.  Ekstraksi  DNA  secara  umum memiliki  tahapan-tahapan  yang  meliputi  isolasi dari  jaringan, pelisisan dinding dan membran sel, ekstraksi dalam larutan, purifikasi serta presipitasi atau  pemadatan.  Ekstraksi  DNA  dapat  dilakukan dengan  menggunakan  berbagai  metode,  seperti: metode fenol-kloroform, metode membran dialisis, metode  chelex,  dll  (Jehuda,  2013).  Salah  satu metode  ekstraksi  yang  sering  digunakan  adalah metode  fenol-kloroform  yang  diperkenalkan  oleh Sambrook dan Russell. Metode ini memanfaatkan reagen  berupa fenol dan kloroform (Sambrook  &
Russel, 2001). Metode ekstraksi organik dengan menggunakan  reagen  chelex  20%  menggunakan suspensi  resin  pengikat  ion  yang  langsung dicampurkan  ke  dalam  sampel.  Suspensi  resin yang  terdapat  dalam  chelex  berupa  larutan  difmil benzena yang mengandung ion imino diasetat yang dapat  mengikat  ion-ion  metal.  Suspensi  tersebut seperti magnesium yang dapat mengikat magnesium.  Penggunaan  chelex  membuat  enzim penghancur  DNA  tidak  aktif  sehingga  molekul DNA akan tetap terlindungi (Butler & Hill., 2012).
Metode  ekstraksi  yang  digunakan  dalam penelitian ini ialah metode ekstraksi  kit purifikasi DNA  komersial  dengan  menggunakan  reagen berupa  kit  Qiagen (QIAamp®  DNA  Investigator) untuk mengisolasi DNA dari sampel gigi. Metode kit purifikasi DNA komersial dengan menggunakan reagen berupa kit Qiagen (QIAamp® DNA Investigator) merupakan metode yang  digunakan  untuk  mendapatkan  DNA  dari suatu  sampel  serta  mampu  mengoptimalkan aktivitas  pengikatan  dan  elusi  DNA  dari  sampel dengan jumlah DNA yang relatif terbatas (QIAamp DNA Investigator Handbook, 2012).
Kuantifikasi  DNA  dari  sampel  gigi dilakukan  menggunakan  alat  berupa real  time PCR.  Nilai  rata-rata  konsentrasi  DNA  dari masing-masing  sampel  yang  digunakan  dalam penelitian disajikan dalam grafik sebagai berikut:
Pengambilan sampel
Pengukuran skala dari sampel gigi serta pengukuran pH air laut dan air sungai yang digunakan dalam penelitian Pemberian perlakuan pada sampel (perendaman dengan air laut dan air sungai) Perendaman air laut Udara bebas Perendaman air sungai Ekstraksi DNA dengan metode ekstraksi kit purifikasi

## DNA komersial dengan menggunakan reagen Kit Qiagen
(QIAamp® DNA Investigator) Analisis Data Kuantifikasi DNA menggunakan real time PCR
Nilai Rata-rata Hasil Kuantifikasi DNA dari Sampel Gigi Menggunakan Real Time PCR dari Masing-masing Perlakuan Sampel
1,5 0,5 AS Sampe AL
K on sent ra si D NA M an u si a (n g/ µl )
Grafik  1.  Nilai  rata-rata  hasil  kuantifikasi  DNA dari sampel gigi menggunakan real time PCR dari masing-masing perlakuan sampel.
Keterangan:
C  = Sampel gigi udara bebas yang disimpan pada suhu ruang
AS= Sampel perlakuan yang direndam dengan air sungai selama 2 kali 24 jam
AL = Sampel perlakuan yang
direndam dengan air laut selama 2 kali 24 jam
Grafik  1.  menunjukkan  nilai  rata-rata konsentrasi  dari  masing-masing  perlakuan  sampel. Nilai konsentrasi sampel tertinggi berdasarkan rata- rata setiap perlakuan yaitu sampel dengan perlakuan terpapar  dengan  udara  bebas  pada  suhu  ruang dengan  nilai  konsentrasi  sebesar  1,34  ng/µl, dilanjutkan dengan sampel yang direndam menggunakan  air  sungai  dengan  nilai  konsentrasi sebesar  0,15  ng/µl,  sementara  sampel  dengan konsentrasi  terendah  ditunjukan  oleh  sampel  yang diberi  perlakuan  perendaman  air  laut  dengan  nilai konsentrasi sebesar 0,10 ng/µl.

## PEMBAHASAN Pengambilan Sampel
Sampel  gigi  yang  digunakan  dalam penelitian  diperoleh  dari  seorang  dokter  gigi  yang bertugas  di  daerah  Jakarta  Timur.  Sampel  yang digunakan  berasal  dari  individu  yang  berbeda. Jumlah  sampel yang digunakan ada sembilan buah sampel. Seluruh sampel merupakan sampel gigi stok yang  disimpan  oleh  dokter  gigi  yang  bertugas dengan penyimpanan sesuai prosedur penyimpanan sampel.  Sementara  sampel  air  laut  dan  air  sungai yang digunakan sebagai media perendaman sampel gigi  diperoleh  dari  Ancol  dengan  lokasi  yang berbeda.
Gigi  digunakan  sebagai  media  identifikasi dalam penelitian ini karena gigi merupakan bagian tubuh  yang  paling  keras  dan  secara  kimiawi merupakan  jaringan  paling  stabil  dan  paling  tahan terhadap  degradasi  dan  dekomposisi,  sehingga membuat  gigi  dapat    bertahan  untuk  periode  yang lama  dibandingkan  dengan  jaringan  tubuh  lainnya (Higgins & Austin, 2013).
Pengukuran  Skala  dari  Sampel  Gigi  Serta Pengukuran  pH  Air  Laut  dan  Air  Sungai  yang Digunakan dalam Penelitian.
Pengukuran skala dari sampel gigi bertujuan untuk  mengetahui  ukuran  dari  sampel  gigi  yang digunakan.  Mekanisme  dalam  pengukuran  skala dari  sampel  gigi  yaitu  semua  jenis  gigi  di  ukur panjang dan lebarnya menggunakan jangka sorong kemudian  dicatat  di  buku  penelitian.  Sementara
pengukuran  pH  air  laut  dan  air  sungai  bertujuan untuk mengetaui nilai pH dari kedua jenis air yang akan digunakan dalam proses pemberian perlakuan pada  sampel.  Mekanisme  pengukuran  pH  yaitu  air laut  dan  air  sungai  di  ukur  pH-nya  menggunakan kertas pH kemudian dicatat di buku penelitian. Nilai pH dari air laut dan air sungai yang digunakan dalam penelitian adalah berbeda-beda yakni pH air sungai sebesar 5 dan pH air laut sebesar 6.
Menurut  Latif  (2012),  menyatakan  bahwa demineralisasi  dapat  terjadi  apabila  email  berada dalam suatu lingkungan pH di bawah 6,5 (pH asam), sedangkan pada kenaikan pH hingga melebihi batas normal  dapat  menyebabkan  suasana  basa  dan meningkatkan  pembentukan  karang  gigi  yang mengakibatkan  larutnya  mineral-mineral  penyusun struktur  gigi.  Demineralisasi  gigi  dipengaruhi  oleh peran  pH  sebab  konsentrasi  ion  hidrogen  akan meningkat  dan ion ini akan merusak hidroksiapatit email  gigi  sedangkan  pH  yang  tinggi  juga  akan berakibat pada pelarutan mineral-mineral penyusun tahapan penting dalam proses analisis DNA. Hal ini akan menjadi acuan untuk melihat kemurnian hasil ekstraksi  dan  dasar  perhitungan  untuk  proses selanjutnya.  Kuantifikasi  DNA  dengan real-time PCR  jauh  lebih  spesifik  terhadap  DNA  target sehingga dapat menentukan kandungan DNA target. Hasil kuantifikasi  sampel DNA pada penelitian ini meliputi konsentrasi DNA manusia, DNA laki-laki ( male DNA) dan nilai  Ct  Internal  Positive Control (IPC).

## Analisis Data dan Pengaruh Paparan Fisik Terhadap Hasil Kuantifikasi DNA dari Sampel Gigi
Berdasarkan  hasil  penelitian  yang  telah dilakukan menunjuk kan bahwa sampel dengan nilai konsentrasi DNA tertinggi ialah sampel yang diberi paparan udara bebas pada suhu ruang dengan nilai konsentrasi  sebesar 1,34  ng/µl, dilanjutkan dengan sampel  yang  direndam  menggunakan  air  sungai dengan  nilai  konsentrasi  sebesar  0,15  ng/µl, sementara  sampel  dengan  konsentrasi  terendah ditunjukan  oleh  sampel  yang  diberi  perlakuan perendaman  air  laut  dengan  nilai  konsentrasi sebesar  0,10  ng/µl.  Prawestiningtyas  &  Algozi (2009),  menyatakan  bahwa  semakin  lama  sampel gigi  terpapar  dalam  air  maka  proses  pembusukan juga akan berlangsung dengan cepat sehingga akan menyebabkan  terbatasnya  upaya  pemeriksaan primer  dan  sekunder  dan  hal  ini  juga  akan berpengaruh terhadap kondisi DNA yang ada dalam sampel.
Degradasi  DNA  pada  gigi  tergantung  pada waktu  tetapi hubungan antara waktu dan degradasi sangat dipengaruhi oleh faktor lingkungan (Higgins &  Austin,  2013).  Lingkungan  yang  kering  akan mendorong  pengeringan  pulpa  dan  melindungi DNA  dari  kerusakan  hidrolitik  tetapi  lingkungan yang  basah  akan  memungkinkan  pembusukan  dan
penghancuran pulpa (Higgins & Austin, 2013).
Konsentrasi  DNA  tertinggi  terletak  pada perlakuan  paparan  udara  bebas  pada  suhu  ruang disebabkan karena sampel tidak berada di bawah pH kritis yang mengakibatkan terjadinya demineralisasi email.  Sedangkan  pada  perlakuan  perendaman dengan  air  sungai  dan  air  laut,  konsentrasi  DNA yang didapatkan relatif kecil disebabkan karena air laut  dan  air  sungai  mempunyai  pengaruh  terhadap sampel  gigi.  Keduanya  mempunyai  tingkat keasaman  yang  hampir  sama.  pH  air  laut  yang digunakan  dalam  penelitian  ini  yakni  6  sedangkan pH air sungai yang digunakan ialah 5. Hal ini dapat diartikan bahwa pH dari keduanya berada di bawah batas pH kritis. Penelitian menunjukkan bahwa nilai pH  6,5  merupakan  pH  kritis  yang  menyebabkan email  mengalami proses demineralisasi. Selain itu, kandungan  mineral  kalsium  hidroksiapatit    juga akan    melarut    pada  pH  tersebut  yang mengakibatkan  terjadinya  demineralisasi  email. Demineralisasi  email  akan b erpengaruh  terhadap kestabilan  jaringan  pulpa  yang  ada  dibawahnya yang  mengakibatkan  adanya  pengaruh  terhadap kadar DNA yang ada pada sampel. struktur gigi.
Adanya  perbedaan  kadar  DNA  dalam penelitian ini menunjukkan adanya pengaruh paparan fisik berupa udara bebas pada suhu ruang, air sungai dan  air  laut  yang  dimungkinkan  karena  terjadinya proses  demineralisasi  email  yang  berakibat  pada larutnya  berbagai  mineral,  utamanya  kalsium  dan fosfat, dengan demikian akan mengganggu kestabilan  DNA  yang  ada  didalam  gigi  sehingga berpengaruh juga terhadap nilai konsentrasinya.
Ekstraksi  DNA  dengan  Metode  Ekstraksi  Kit Purifikasi DNA Komersial dengan Menggunakan Reagen KIT QIAGEN (QIAamp® DNA Investigator) Proses  ekstraksi  DNA  dari  sampel    gigi dalam penelitian ini dilakukan dengan menggunakan  metode  ekstraksi  kit  purifikasi DNA  komersial  (Kit  Qiagen  (QIAamp®  DNA Investigator)). Metode ini memiliki kelebihan dan kekurangan misalnya, metode kit purifikasi DNA komersial  memiliki  kelebihan  diantaranya  yaitu, cepat  dan kuantitas DNA yang di hasilkan tinggi namun  memiliki  kekurangan  terkait  harga  yang dikeluarkan  cukup  tinggi.  Beberapa  tahapan dalam  metode  ini  ialah  :  pertama  tahap  lisis menggunakan buffer ATL dan Proteinase-K untuk memecah  membran  sel  dan  melepaskan  DNA. Pengikatan  DNA  (DNA binding )  menggunakan QIAamp MinElute Column dan buffer AL. Buffer AL mengandung asam guanidin untuk pengikatan terhadap  column  yang  lebih  kuat  dan  deterjen untuk merusak membran sel dengan merusak ion Mg2+ (integritas membran sel). Pemurnian DNA menggunakan buffer AW1 dan AW2, buffer AW1 mengandung  stringent  wash  dengan  konsentrasi
guanidin yang rendah dan buffer AW2 mengandung  Tris  etanol  untuk  menghilangkan garam  sebagai  inhibitor  pada  proses  PCR.  Elusi DNA menggunakan ATE buffer yang merupakan tahapan terakhir. Dalam penelitian ini, dihasilkan DNA  yang  diperoleh  dari  hasil  ekstraksi  sampel gigi yang kemudian dilihat kuantitasnya mengunakan real-time PCR .

## Kuantifikasi DNA Menggunakan Real Time PCR
Kuantitas  DNA  perlu  diukur  sebelum melanjutkan  ke  tahapan  lebih  lanjut  dengan prosedur  analisis  untuk  memastikan  hasil  yang optimal. Kantifikasi yang dilakukan pada penelitian  ini  menggunakan  instrumen Real  Time PCR  HID  7500  Applied  Biosystem. Kuantifikasi DNA merupakan
Hasil  analisis  pengaruh  paparan  fisik  pada sampel  gigi  berupa  paparan  udara  bebas,  air sungai dan air laut dengan nilai konsentrasi DNA dalam  penelitian  ini  menunjukkan  tidak  terdapat hubungan yang signifikan antar perlakuan. Hal ini dilihat  dari  besar  nilai  error  bar  pada  masing- masing  perlakuan,  dimana  sampel  perlakuan paparan  udara  bebas  pada  suhu  ruang  yang diasumsikan  sebagai  sampel  kontrol  memiliki nilai error  bar yang  melingkupi  nilai error  bar dari  sampel  perlakuan  perendaman  dengan  air sungai  dan  air  laut.  Sehingga  besar  variasi  antar perlakuan  juga  kecil.  Hasil  analisis  tersebut menunujukkan  bahwa  paparan  fisik  pada  sampel gigi berupa paparan udara bebas, air sungai dan air laut  tidak  mempunyai  pengaruh  yang  signifikan terhadap  nilai  konsentrasi  DNA  yang  terdapat pada masing-masing sampel perlakuan. Sehingga, pemberian  perlakuan  pada  sampel  gigi  berupa perendaman dengan air laut, perendaman dengan air  sungai  dan  paparan  udara  bebas  pada  suhu ruang  memiliki  pengaruh  yang  tidak  berbeda nyata.
Putri & Yudianto (2016), menyatakan bahwa adanya  penurunan  kadar  DNA  menunjukkan adanya  pengaruh  lama  waktu  paparan,  sehingga mengakibatkan  adanya  kerusakan  struktur  DNA. Kerusakan  DNA  yang  disebabkan  oleh  paparan- paparan  yang  abnormal  contohnya  temperatur yang  tinggi,  disebabkan  oleh  rusaknya  ikatan hidrogen  DNA  yang irreversible .  Kondisi  ini mengakibatkan kerusakan pasangan purin- primidin  pada  DNA,  dimana  pasangan  purin- primidin  ini  merupakan  komponen  utama  pada struktur DNA (Putri & Yudianto, 2016).

## KESIMPULAN
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan terkait  Analisis  Pengaruh  Paparan  Fisik  pada Sampel  Gigi  Terhadap  Hasil  Kuantifikasi  DNA Forensik  dapat  disimpulkan  bahwa  pengaruh
paparan  fisik  berupa  paparan  udara  bebas, paparan  air  sungai  dan  paparan  air  laut  pada sampel gigi, tidak terdapat perbedaan yang nyata terhadap nilai konsentrasi DNA yang dihasilkan. Sehingga  paparan  fisik  yang  diberikan  pada sampel  tidak  memberikan  pengaruh  yang signifikan  dibuktikan  dengan  nilai  rata-rata kosentrasi sampel pada masing-masing perlakuan yaitu perlakuan terpapar dengan udara bebas pada suhu ruang dengan nilai konsentrasi sebesar 1,34 ng/µl,  perlakuan  perendaman  menggunakan  air sungai  dengan  nilai  konsentrasi  sebesar  0,15 ng/µl, dan perlakuan perendaman air laut dengan nilai konsentrasi sebesar 0,10 ng/µl.

## SARAN
Penulis  menyarankan  agar  dalam  penelitian kedepannya  bisa  menambah  variabel  penelitian misalnya  jenis  paparan  fisik  pada  sampel  (pH, salinitas, paparan limbah, dll) serta bisa dilakukan penelitian  lanjutan  terkait  pengaruh  perendaman sampel gigi terhadap ketebalan dentin gigi.

## DAFTAR PUSTAKA
Bio-Rad Laboratories, 2017 Butler, J. M. 2010. Fundamental of Forensic DNA Typing. USA: Elseiver Academic Press.
Butler, J.M. & Hill. CR. 2012. Biology and genectic of  new  autosomal  STR  loci  usefull  for forensic  DNA  Analysis. Forensic  Sci . Rev. 24(1):16-26.
Febri,  K.  Ardyni.,  Rahayu,  P.  Retno.,  dan
Sosiawan., Agung. 2013. Analisis
Heteroplasmy  DNA  Mitokondria  Pulpa
Gigi  Pada  Identifikasi  Personal Forensik.
Dental Journal, 46(3).
Hidayat,  Rian.  2015.  Perbandingan  Metode  Kit
Komersial  dan  SDS  Untuk  Isolasi  DNA Babi  dan  DNA  Sapi  pada  Simulasi Cangkang  Kapsul  Keras  Untuk  Deteksi Kehalalan  Menggunakan Real-Time PCR ( Polimerase  Chain  Reaction ).  ( Skripsi ). Jakarta: UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Higgins, Denice. & Austin, Jeremy J. 2013. Teeth As A Source Of DNA For Forensic
Identification  Of  Human  Remains. USA  : Elseiver Academic Press.
Jehuda , Vandus. 2013. „Ekstraksi DNA dari Sperma pada  Kondom  dan  Kain  yang  Tersimpan Sampai  Dua  Belas  Hari  : DNA  Extraction From  Sperm  In  The  Condom  And  Fabrics That  Were  Stored  Until  Twelef  Days’.
Jurnal Simbiosis I (1) :28- 39 ISSN : 2337- 7224.
Latif, Muh. Talib Abd. 2012. Kelarutan Magnesium Email  pada  Perendaman  Gigi  dalam  Minuman yang  Mengandung  Asam  Bikarbonat  dan  Asam Sitrat  (  In  Vitro  ).  ( Skripsi ).  Makassar  : Universitas Hasanuddin Makassar.
Malaver,  Piedad  C.,  &  Yunis,  Juan  J.  2013. Different  Dental  Tissues  as  Source  of
DNA  for  Human  Identification  in Forensic Cases. Croatian Medical Journal, 44:306-309.
Mayall, Sandeep, Singh., Agarwal, Priyanka., & Vashisth,  Pallavi.  2013.  Dental  DNA Finger-Printing  In  Identification  of Human  Remains. Annals  Of  Dental Speciality Journal , 01(01).
Prawestiningtyas,  Eriko.,  &  Algozi,  Agus, Mochammad. 2009. Identifikasi Forensik Berdasarkan  Pemeriksaan  Primer  dan Sekunder  Sebagai  Penentu  Identitas Korban pada Dua Kasus Bencana Massal.
Jurnal Kedokteran Brawijaya , 25(2).
Putri, Ni Putu, P. Eka., & Yudianto, Ahmad. 2016.
Pengaruh  Tanah  dan  Air    Laut  Terhadap Kualitas  DNA  dari  Otot  Psoas  Jenazah Melalui  Metode  STR. Jurnal  Biosains Pascasarjana , 18(3).
Sambrook,  J.,  Russell,  D.  W.  2001. Molecular Cloning:  A  Laboratory  Manual  Third Edition. New  York:  Cold  Spring  Harbor Laboratory Press.
Syafitri, Kharlina., Auerkari, Elza., dan Suhartono, Winoto, 2013. Metode Pemeriksaan Jenis Kelamin  Melalui  Analisis  Histologis  dan DNA  Dalam  Identifikasi  Odontology Forensik. Jurnal  PDGI, 62(1),  Januari-
April  2013, Hal. 11-16.
Tooy,  C.  David.,  Bernadus,  B.  Janno.,  dan  Sorisi,
Angle. 2016. Deteksi Plasmodium Falciparum Dengan Menggunakan Metode Real-Time  Polymerase  Chain Reaction Di Daerah Likupang Dan Bitung. (Skripsi). Manado  :  Universitas  Sam Ratulangi Manado.