## Varietas Padi Lokal Jawa Timur Tahan Cekaman Kekeringan Berdasarkan Gen DREB2A
Yudrik Lathif 1) , Dwi Listyorini 1,3) , Suharti 2,3)*
1) Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang, Jl. Semarang 5
Malang, Indonesia
2) Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang, Jl. Semarang 5
Malang, Indonesia
3) Laboratorium Sentral Mineral dan Material Maju, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Negeri Malang, Jl. Semarang 5 Malang, Indonesia
*) Alamat Korespondensi: suharti.fmipa@um.ac.id

## ABSTRAK
Padi ( Oryza sativa L.) adalah tanaman pangan utama masyarakat Indonesia. Masalah kekeringan dalam  upaya  penanaman  padi  adalah  hal  yang  biasa  di  kalangan  petani.  Penelitian  tahan  cekaman kekeringan  pada  padi  perlu  dilakukan  untuk  mengatasi  masalah  ketersediaan  pangan.  Sifat  tahan cekaman kekeringan pada tanaman salah satunya dikendalikan oleh gen DREB2A . Varietas padi lokal Indonesia  untuk  tahan  cekaman  kekeringan  belum  banyak  diteliti.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk mempelajari varietas padi lokal Jawa Timur yang  tahan  terhadap  cekaman  kekeringan  menggunakan gen DREB2A ,  yang  diisolasi  menggunakan  primer forward 5 ’ -CCT  CAT  TGG  GTC  AGG  AAG  AA-3 ’ dan primer reverse 5 ’ -GGA TCT CAG CCA CCC ACT TA-3 ’ . Penelitian ini menggunakan tiga varietas padi  lokal,  yaitu  Berlian  dan  SOJ  A3,  keduanya  dari  Banyuwangi,  dan  varietas  Jawa  dari  Malang. Isolasi  DNA  total  dilakukan  mengikuti  protokol  Kit  Macherey-Nagel.  Amplifikasi  gen DREB2A dilakukan  menggunakan  metode Polymerase  Chain  Reaction (PCR).  Fragmen  gen DREB2A berhasil diamplifikasi sepanjang 239 bp (varietas Berlian), 239 bp (varietas SOJ A3), dan 240 bp (varietas Jawa). Analisis sampel gen DREB2A varietas padi lokal Jawa Timur menunjukkan hilangnya kemampuan gen DREB2A dari varietas Jawa untuk mengikat cis - regulator elemen promotor gen target.
Kata kunci: cekaman kekeringan, varietas padi lokal, Gen DREB2A , domain ERF/AP2
East Java Local Rice Varieties Resistant to Drought Based on DREB2A Genes
Yudrik Lathif 1) , Dwi Listyorini 1,3) , Suharti 2,3)*
1) Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, State University of Malang, Jl. Semarang 5
Malang, Indonesia
2) Department of Chemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, State University of Malang, Jl. Semarang
5 Malang, Indonesia
3) Central Laboratory of Mineral and Advanced Material, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, State
University of Malang, Jl. Semarang 5 Malang, Indonesia
*) Email: suharti.fmipa@um.ac.id

## ABSTRACT
Rice  ( Oryza  sativa L.)  is  a  staple  food  for  Indonesia  people.  The  problem  of  drought  is  common among  rice  farmers.  Drought-resistant  rice  needs  to  be  developed  to  deal  that  problem.  Drought- resistance  in  plants  is  controlled  one  of  them  by  the DREB2A gene.  So  far,  there  is  very  limited  study about  this  matter.  This  study  was  aimed  to  find  local  rice  varieties  that  have  drought-resistance  using the DREB2A gene, which was isolated using a 5'-CCT CAT GG AGG AAG AA-3' forward primer and 5'-GGA  TCT  CAG  CCA  ACT  CCC  TA-3'  reverse  primer.  Three  local  rice  varieties,  namely  Berlian and  SOJ  A3,  both  were  from  Banyuwangi,  and  Jawa  variety  from  Malang.  Total  DNA  isolation  was carried out following the protocol of Macherey-Nagel Kit. DREB2A gene amplification was carried out using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method. The 239 bp (varieties of Berlian), 239 bp (varieties of  SOJ  A3),  and  240  bp  (varieties  of  Jawa)  of DREB2A gene  fragment  were  successfully  amplified.
Analysis of DREB2A gene samples of east Java local rice varieties, showing loss of ability of the DREB2A gene from Jawa varieties to bind cis-regulator elements target gene promoters.
Keywords: drought stress, local rice varieties, Gen DREB2A , ERF/AP2 domain

## PENDAHULUAN
Padi  ( Oryza  sativa L.)  merupakan tanaman  yang  menghasilkan  beras  sebagai makanan  pokok  masyarakat  Indonesia  [1]. Pertumbuhan  jumlah  penduduk  yang  terus meningkat  [2],  menjadi  tantangan  pamerintah untuk  mengembangkan  bidang  pertanian dalam menjamin ketersediaan pangan. Permasalahan  umum  bidang  pertanian  dalam penanaman  padi  adalah  kekeringan  [3],  yang terjadi  di  beberapa  daerah  Indonesia  [4]    atau pada musim kemarau [3].
Indonesia  memiliki  berbagai  macam varietas  padi  lokal  yang  belum  banyak  diteliti [5].  Penelitian  varietas  padi  lokal  Indonesia tentang  tahan  cekaman  kekeringan  penting dilakukan  untuk  mencari  varietas  padi  yang berpotensi  menghadapi  tantangan  pamerintah dalam menjamin ketersediaan pangan. Cekaman  kekeringan  pada  tanaman  salah satunya  dikendalikan  oleh  gen DREB2 [6]. Homologi  gen DREB2 pada  padi  adalah DREB2A [7].  Protein  DREB2A  adalah  faktor transkripsi  penting  untuk  mengatur  banyak ekspresi gen responsif kekeringan [8]. Beberapa  gen  target  DREB2A  yaitu MT2A , At1g69870 , At3g53990 , At1g22985 , RD29A , LEA14 , At2g23120 [9], RD29B , At1g52690 , RD17 [9][10], AtHsfA3 , HSP18.2 ,  dan Hsp70 [10].
Pentingnya gen DREB2A sebagai regulator berbagai  macam  gen  responsif kekeringan, menjadikannya sebagai gen penanda tahan cekaman kekeringan. Penelitian ini  menggunakan  tiga  varietas  padi  lokal  asal Jawa timur, yaitu varietas Jawa dari kabupaten Malang,  varietas  Berlian  dan  SOJ  A3  dari kabupaten  Banyuwangi.  Hasil  penelitian  ini diharapakan memberikan sumbangan informasi  dalam  mencari  varietas  padi  lokal tahan  cekaman  kekeringan  berdasarkan  gen DREB2A .

## METODE PENELITIAN
Isolasi  DNA  total. Isolasi  DNA  total dilakukan mengikuti protokol Macherey-Nagel Kit.  Hasil  isolasi  DNA  total  diuji  secara
kuantitatif  untuk  melihat  kemurnian  dan konsentrasinya menggunakan Nanodrop. DNA total  hasil  isolasi  digunakan  sebagai template amplifikasi gen DREB2A menggunakan mesin
Polymerase Chain Reaction (PCR). Amplifikasi  gen DREB2A menggunakan primer forward 5 ’ -CCT CAT TGG GTC AGG AAG AA-3 ’ dan primer Reverse 5 ’ -GGA TCT CAG  CCA  CCC  ACT  TA-3 ’ [11-12].  Proses amplifikasi dilakukan dengan suhu pradenaturasi  94 o C  selama  5  menit,  diikuti  35 siklus,  yaitu  denaturasi  94 o C  selama  1  menit, kemudian annealing 59 o C selama 2 menit dan extention 72 o C selama 2 menit, serta extention untuk  langkah  terakhir  pada  72 o C  selama  10 menit [12]. Keberhasilan proses amplifikasi di analisis  dengan  menggunakan  elektroforesis. Gen DREB2A yang  berhasil  diamplifikasi dikirim  ke  1 st Base  Malaysia  untuk  proses sekuensing.
Analisis  data sekuen. Analisis  data sekuen  hasil  sekuensing  dimulai  dengan membaca  dan editing sekuen  gen DREB2A sampel  varietas  padi  lokal  Jawa  Timur, menggunakan  program  aplikasi  FinchTV  dan BioEdit.  Sekuen  konsensus  dibuat  dengan menggabungkan  sekuen forward dan reverse sampel menggunakan program aplikasi DNAbaser.  Konfirmasi  sekuen DREB2A hasil isolasi dilakukan dengan menggunakan program
BLAST
(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)  untuk menyocokkan  homologi  sekuen  sampel  hasil isolasi  dengan database di  Genbank.  Analisis dilanjutkan  dengan alignment sekuen  sampel dengan  sekuen  pembanding  yang  diperoleh dari  hasil  BLAST  menggunakan  program aplikasi ClustalX.
Analisis  gen DREB2A . Analisis  gen DREB2A diawali  dengan  menerjemahkan sekuen  nukleotida  sampel  varietas  padi  lokal Jawa Timur dan sekuen nukleotida pembanding menjadi sekuen protein DREB2A menggunakan aplikasi BioEdit. Sekuen protein DREB2A  sampel  dan  pembanding  dianalisis menggunakan program Phyre2 (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2) untuk
memperoleh  informasi  protein  sampel  dan pembanding.  File  PDB  yang  juga  diperoleh dari  hasil  analisis  program    Phyre2  digunakan untuk  analisis in  silico menggunakan  aplikasi PyMOL.  Analisis in  silico dilakukan  dengan melihat  posisi  protein DREB2A sampel varietas  padi  lokal  Jawa  Timur  terhadap pembandingnya  yang  menggunakan  sekuen utuh  protein  DREB2A.  Analisis in  silico juga dilakukan  dengan  melihat  hubungan  fragmen protein  DREB2A  sampel  terhadap  promotor gen target responsif kekeringan yaitu DRE.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi  DNA  total. Isolasi  DNA  total varietas  padi  lokal  Jawa  Timur  telah  berhasil dilakukan. Hasil isolasi DNA total divisualisasikan  menggunakan  elektroforesis (Gambar  1).  Berdasarkan  hasil  visualisasi elektroforesis  diketahui  panjang  gen DREB2A ±250  bp.  Hasil  isolasi  DNA  total  digunakan sebagai template amplifikasi gen DREB2A .
Analisis  data  hasil  sekuensing .  Data hasil  sekuensing  gen DREB2A varietas  padi lokal  Jawa  Timur  didapatkan  dengan  panjang sekuen  gen DREB2A varietas  Berlian  239  bp, varietas SOJ A3 239 bp, dan varietas Jawa 240 bp.  Berdasarkan  hasil  analisis  program BLAST, diketahui sekuen yang diisolasi sudah benar  (Tabel  1;  Tabel  2).  Analisis  program BLAST  menunjukkan  sekuen  hasil  isolasi adalah  gen DREB2A .  Analisis  program BLAST  memperlihatkan  sekuen  hasil  isolasi hanya  mencakup  28%  gen DREB2A dengan kecocokan  sekuen  sampel  dengan  sekuen database NCBI sebesar 97%-98%.
Gambar  1. Elektrogam  gen DREB2A hasil PCR  varietas  padi  lokal  Jawa
Timur.  M  =  Marker  100  bp  plus
DNA  ladder;  1  =  Varietas
Berlian;  2  =  Varietas  SOJ  A3;    3
= Varietas Jawa.
Alignment sekuen  sampel  varietas  padi lokal Jawa Timur dilakukan dengan pembanding  yang  sudah  diketahui  sifat  tahan cekaman  kekeringannya,  yaitu Oryza  sativa Indica  cv  FL-478 DREB2A (KU159744)  [13] dan Oryza  sativa Indica  cv  Pokkali DREB2A (KU159743)  [14]  (Gambar  2).  Berdasarkan hasil alignment diketahui  sekuen  hasil  isolasi merupakan  fragmen  dari  gen DREB2A . Panjang  sekuen  sampel  hasil  isolasi  berada pada  urutan  ke  54-296  bp.  Hasil alignment menunjukkan  terjadinya  mutasi  pada  fragmen gen DREB2A sampel  varietas  padi  lokal  Jawa Timur.
Mutasi  yang  terjadi  berupa  substitusi dan  delesi.  Subtitusi  dapat  diamati  dari perbedaan  urutan  basa  nukleotida  [15],  yang terjadi  pada  basa  ke-54  (Berlian,  SOJ  A3  dan Jawa),  basa  ke-100  (SOJ  A3),  basa  ke-255 (Berlian),  basa  ke-256  (Berlian,  SOJ  A3  dan Jawa),  basa  ke-257  (Berlian,  SOJ  A3  dan Jawa),  basa  ke-260  (SOJ  A3  dan  Jawa),  dan basa  ke-296  (Berlian,  SOJ  A3  dan  Jawa). Adanya gap menunjukkan delesi basa nukleotida  [16],  yang  terjadi  pada  basa  ke-99 (SOJ  A3),  basa  ke-109  (Berlian,  SOJ  A3  dan Jawa),  basa  ke-116  (Berlian,  SOJ  A3  dan Jawa),  basa  ke-116  (Berlian,  SOJ  A3  dan Jawa), basa ke-241 (Berlian), dan basa ke-247 (Berlian, SOJ A3 dan Jawa).
Tabel 1. Hasil  analisis  BLAST  gen DREB2A varietas  padi  lokal  Jawa  Timur dengan Oryza  sativa Indica  cv  FL- 478 DREB2A (KU159744).
Sampel Max score Total score Query cover E value  Ident. Berlian 403 403 28% 6e-117 97% SOJ A3 398 398 28% 3e-115 97% Jawa 409 409 28% 1e-118 98%
Tabel 2. Hasil  analisis  BLAST  gen DREB2A varietas  padi  lokal  Jawa  Timur dengan Oryza  sativa Indica  cv Pokkali DREB2A (KU159743). Sampel Max score Total score Query cover E value  Ident. Berlian 403 403 28% 6e-117 97% SOJ A3 398 398 28% 3e-115 97% Jawa 409 409 28% 1e-118 98%
10        20        30        40        50        60        70        80
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 ----------------------------------------------------- T CCTCATTGGGTCAGGAAGAAGAGAAC dreb_Jawa ----------------------------------------------------- T CCTCATTGGGTCAGGAAGAAGAGAAC KU159744.1_FL-478 ATGCTGTTTCGATTTGTGTCTTGCAATGTTCAGCTTTGTGGAATTATTGAGTT A CCTCATTGGGTCAGGAAGAAGAGAAC KU159743.1_Pokkali ATGCTGTTTCGATTTGTGTCTTGCAATGTTCAGCTTTGTGGAATTATTGAGTT A CCTCATTGGGTCAGGAAGAAGAGAAC dreb_Berlian ----------------------------------------------------- T CCTCATTGGGTCAGGAAGAAGAGAAC 90       100       110       120       130       140       150       160 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 GCGAAGGAAAAGCGATGG - A CTGATTCA - TCGCTG - AACCATCAAGTGGTGGAAGGAGCAAAACCAGAAGCTCCAGGAGG dreb_Jawa GCGAAGGAAAAGCGATGGCCCTGATTCA - TCGCTG - AACCATCAAGTGGTGGAAGGAGCAAAACCAGAAGCTCCAGGAGG KU159744.1_FL-478 GCGAAGGAAAAGCGATGGCCCTGATTCAATCGCTGAAACCATCAAGTGGTGGAAGGAGCAAAACCAGAAGCTCCAGGAGG KU159743.1_Pokkali GCGAAGGAAAAGCGATGGCCCTGATTCAATCGCTGAAACCATCAAGTGGTGGAAGGAGCAAAACCAGAAGCTCCAGGAGG dreb_Berlian GCGAAGGAAAAGCGATGGCCCTGATTCA - TCGCTG - AACCATCAAGTGGTGGAAGGAGCAAAACCAGAAGCTCCAGGAGG 170       180       190       200       210       220       230       240 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 AGAATAGCTCCAGGAAAGCGCCAGCCAAGGGGTCCAAGAAAGGGTGCATGGCTGGGAAAGGAGGTCCGGAAAATTCAAAT dreb_Jawa AGAATAGCTCCAGGAAAGCGCCAGCCAAGGGGTCCAAGAAAGGGTGCATGGCTGGGAAAGGAGGTCCGGAAAATTCAAAT KU159744.1_FL-478 AGAATAGCTCCAGGAAAGCGCCAGCCAAGGGGTCCAAGAAAGGGTGCATGGCTGGGAAAGGAGGTCCGGAAAATTCAAAT KU159743.1_Pokkali AGAATAGCTCCAGGAAAGCGCCAGCCAAGGGGTCCAAGAAAGGGTGCATGGCTGGGAAAGGAGGTCCGGAAAATTCAAAT dreb_Berlian AGAATAGCTCCAGGAAAGCGCCAGCCAAGGGGTCCAAGAAAGGGTGCATGGCTGGGAAAGGAGGTCCGGAAAATTCAAAT 250       260       270       280       290       300       310       320 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 TGTGCT - ACCGCGGT C A CA A GCAACGGACATGGGGTAAGTGGGTGGCTGAGATCC A ------------------------ dreb_Jawa TGTGCT - ACCGCGGT C A CA A GCAACGGACATGGGGTAAGTGGGTGGCTGAGATCC A ------------------------ KU159744.1_FL-478 TGTGCTTACCGCGGT G T CA G GCAACGGACATGGGGTAAGTGGGTGGCTGAGATCC G TGAACCAAACCGTGGAAGGCGCCT KU159743.1_Pokkali TGTGCTTACCGCGGT G T CA G GCAACGGACATGGGGTAAGTGGGTGGCTGAGATCC G TGAACCAAACCGTGGAAGGCGCCT dreb_Berlian - GTGCT - ACCGCGG C A G CA G GCAACGGACATGGGGTAAGTGGGTGGCTGAGATCC A ------------------------
330       340       350       360       370       380       390       400
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 -------------------------------------------------------------------------------- dreb_Jawa -------------------------------------------------------------------------------- KU159744.1_FL-478 ATGGCTAGGATCATTTCCTACTGCGCTGGAGGCTGCGCATGCATACGATGAGGCGGCAAGGGCAATGTATGGTCCCACAG KU159743.1_Pokkali ATGGCTAGGATCATTTCCTACTGCGCTGGAGGCTGCGCATGCATACGATGAGGCGGCAAGGGCAATGTATGGTCCCACAG dreb_Berlian -------------------------------------------------------------------------------- 410       420       430       440       450       460       470       480 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 --------------------------------------------------------------------------------
dreb_Jawa -------------------------------------------------------------------------------- KU159744.1_FL-478 CACGTGTCAATTTTGCAGATAATTCCACAGATGCCAACTCTGGCTGCACATCAGCACCTTCATTGATGATGTCTAATGGG KU159743.1_Pokkali CACGTGTCAATTTTGCAGATAATTCCACAGATGCCAACTCTGGCTGCACATCAGCACCTTCATTGATGATGTCTAATGGG dreb_Berlian -------------------------------------------------------------------------------- 490       500       510       520       530       540       550       560 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 -------------------------------------------------------------------------------- dreb_Jawa -------------------------------------------------------------------------------- KU159744.1_FL-478 CCGGCCACTATACCTTCTGATGAGAAGGATGAGCTGGAATCTCCTCCTTTCATCGTGGCTAATGGGCCAGCTGTGTTGTA KU159743.1_Pokkali CCGGCCACTATACCTTCTGATGAGAAGGATGAGCTGGAATCTCCTCCTTTCATCGTGGCTAATGGGCCAGCTGTGTTGTA dreb_Berlian --------------------------------------------------------------------------------
570       580       590       600       610       620       630       640 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 -------------------------------------------------------------------------------- dreb_Jawa -------------------------------------------------------------------------------- KU159744.1_FL-478 TCAGCCTGATAAGAAGGATGTGTTGGAACGTGTAGTCCCTGAGGTGCAGGATGTTAAAACAGAAGGGAGCAATGGCTTGA KU159743.1_Pokkali TCAGCCTGATAAGAAGGATGTGTTGGAACGTGTAGTCCCTGAGGTGCAGGATGTTAAAACAGAAGGGAGCAATGGCTTGA dreb_Berlian --------------------------------------------------------------------------------
650       660       670       680       690       700       710       720 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 --------------------------------------------------------------------------------
dreb_Jawa -------------------------------------------------------------------------------- KU159744.1_FL-478 AACGTGTTTGTCAGGAGCGGAAGACTATGGAGGTATGTGAATCAGAAGGGATCGTTTTACACAAAGAAGTGAACATAAGT KU159743.1_Pokkali AACGTGTTTGTCAGGAGCGGAAGACTATGGAGGTATGTGAATCAGAAGGGATCGTTTTACACAAAGAAGTGAACATAAGT dreb_Berlian --------------------------------------------------------------------------------
730       740       750       760       770       780       790       800 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| dreb_SOJ_A3 -------------------------------------------------------------------------------- dreb_Jawa -------------------------------------------------------------------------------- KU159744.1_FL-478 TATGATTATTTCAATGTCCATGAAGTTGTTGAGATGATAATTGTTGAATTAAGTGCTGATCAGAAAAC AA AAGTACATGA KU159743.1_Pokkali TATGATTATTTCAATGTCCATGAAGTTGTTGAGATGATAATTGTTGAATTAAGTGCTGATCAGAAAAC GG AAGTACATGA dreb_Berlian -------------------------------------------------------------------------------- 810       820       830       840 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|.... dreb_SOJ_A3 -------------------------------------------------
dreb_Jawa ------------------------------------------------- KU159744.1_FL-478 AGAGTACCAAGAGGGAGATGGATGGGGTTTTAGCCTTTTCTCCTATTAG KU159743.1_Pokkali AGAGTACCAAGAGGGAGATGGATGGGGTTTTAGCCTTTTCTCCTATTAG dreb_Berlian -------------------------------------------------
Gambar 2. Alignment sampel varietas padi Jawa Timur dan rujukan cv FL-478 dan cv Pokkali.
Analisis  gen DREB2A . Hasil  analisis fragmen  gen DREB2A yang  diisolasi  dari varietas  Berlian  dan  SOJ  A3  adalah ethylene responsive  transcription  factor (ERF096), yang  merupakan  subfamili  dari  domain Ehylene Responsive Factor/ APETALA2
(ERF/AP2)  [17].  Berbeda  dengan  varietas Jawa,  hasil  analisis  fragmen  yang  diperoleh adalah  protein  translasi  dari  keluarga  rL3. Domain ERF/AP2 merupakan bagian dari gen DREB2A [13].  Domain  ERF/AP2  berfungsi mengikat elemen cis-regulator untuk promotor gen  target,  seperti  GCC-box  dan  DRE/CRT [18].  Analisis  secara in  silico (Gambar  3; Gambar  4),  menunjukkan  hubungan  fragmen varietas  Berlian  dan  SOJ  A3  dengan  protein DREB2A  pembanding,  sedangkan  fragmen varietas Jawa terpisah dengan protein DREB2A  pembanding . Analisis in  silico (Gambar  5)  dilanjutkan  dengan  melihat hubungan  fragmen  protein  sampel  tehadap promotor  gen  target  responsif  kekeringan, yaitu  DRE.  Perbedaan  hasil  analisis  fragmen protein  DREB2A  varietas  Jawa  menjadi protein translasi dari keluarga rL3, memperlihatkan  hilangnya  kemampuan  gen DREB2A varietas  Jawa,  untuk  mengikat elemen cis-regulator promotor gen target.
Gambar 3. Analisis in silico fragmen protein DREB2A varietas padi lokal Jawa Timur. 1 = Rujukan gen DREB2A O.  sativa indica  cv  FL-478 (KU159744); 2 = Varietas
Berlian; 3 = Varietas SOJ A3; 4 = Varietas Jawa; 5 = Penggabungan fragmen  protein  sampel  dengan rujukan.
Gambar 4. Analisis in silico fragmen protein DREB2A varietas padi lokal Jawa Timur. 1 = Rujukan gen DREB2A O.  sativa indica  cv  Pokkali (KU159743); 2 = Varietas Berlian; 3 = Varietas SOJ A3; 4 = Varietas Jawa; 5 = Penggabungan fragmen  protein  sampel  dengan rujukan.
Gambar 5. Analisis in silico fragmen protein DREB2A varietas padi lokal Jawa Timur.  1  =  Varietas  Berlian;  2  = Varietas  SOJ;  3  =  Varietas  Jawa;
4  =  Rujukan  gen DREB2A O. sativa indica cv Pokkali
(KU159743);  5  =  Rujukan  gen DREB2A O.  sativa indica  cv  FL-
478  (KU159744);  6  =  Rujukan DRE O. sativa (AFM74032); 7 = Penggabungan  fragmen  protein sampel  dan  protein  DREB2A pembanding,  dengan  promotor gen  target  responsive  kekeringan DRE.

## KESIMPULAN
Berdasarkan hasil alignment sekuen gen DREB2A sampel  varietas  padi  lokal  Jawa Timur  dengan Oryza sativa cv FL-478 dan cv Pokkali  diketahui  sekuen  hasil  isolasi  hanya berupa  fragmen  gen DREB2A .  Fragmen  gen DREB2A yang  diperoleh  memperlihatkan mutasi yang terjadi. Berdasarkan hasil analisis program  Phyre2  dan in  silico ,  sampel  varietas Jawa  memperlihatkan  kehilangan  kemampuan gen DREB2A yang  dimiliki  untuk  mengikat elemen cis-regulator promotor gen target.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan  terimakasih  kepada  bapak Mahrus  Ismail,  asisten  laboratorium  genetika Universitas  Islam  Negeri  Maulana  Malik Ibrahim  Malang,  yang  membantu  penelitian ini.  Bapak  Abdullah  Fuad  untuk  fasilitas  di laboratorium  Pusat  Bioteknologi  Mineral  dan Material  Maju  FMIPA  Univesitas  Negeri Malang. Penelitian ini didanai oleh proyek 4 in 1  IDB  dan  proyek  DRPM  Dikti  melalui  D.L dan S.

## DAFTAR PUSTAKA
[1] Noviasari  S,  Kusnandar  F,  Setiyono  A,
Budijan  (2017)  Physical,  chemical,  and sensory  characteristics  of  rice  analogue from non rice ingredients. Jurnal Pangan 26: 1–11. [2] Badan  Pusat  Statistik  Indonesia,  Badan Pusat Statistik Indonesia (2013) Proyeksi  penduduk  indonesia  indonesia population projection 2010-2035. Badan Pusat Statistik Indonesia Hal. 978-979. [3] Suciantini  S  (2017)  Analisis  risiko kekeringan dengan menggunakan decision network di sentra produksi padi di Jawa Barat. Biodiversitas 3:62–68.
[4] Hafif  B  (2016)  Optimasi  potensi  lahan kering untuk pencapaian target peningkatan  produksi  padi  satu  juta  ton di  Provinsi  Lampung.  Jurnal  Penelitian dan Pengembangan Pertanian 35(2): 81- 88.
[5] Sitaresmi  T,  Wening  RH,  Rakhmi  AT, Yunani N, Susanto U (2013)
Pemanfaatan plasma nutfah padi varietas  lokal  dalam  perakitan  varietas unggul.  IPTEK  Tanaman  Pangan  8(1): 22–30.
[6] Akhtar M, Jaiswal A, Taj G, Jaiswal JP,
Qureshi MI, Singh NK (2012)
DREB1/CBF  transcription  factors:  their structure,  function  and  role  in  abiotic stress  tolerance  in  plants.  Journal  of Genetics 91(3): 385–95.
[7] Sakuma Y, Liu Q, Dubouzet JG, Abe H, Yamaguchi-Shinozaki  K,  Shinozaki  K (2002)  DNA-binding  specificity  of  the ERF/AP2 domain of Arabidopsis DREBs,  transcription  factors  involved in  dehydration- and cold-inducible gene expression.
Biochemical and
Biophysical  Research  Communication
290(3): 998–1009.
[8] Fujita  Y,  Yoshida  T,  Yamaguchi- Shinozaki  K  (2013)  Privotal  role  of  the AREB/ABF-SnRK2  pathway  in  abre- mediated  transcriptional  in  response  to osmotic  stress  in  plants.  Physiologia Plantarum 147(1): 15–27.
[9] Sakuma  Y,  Maruyama  K,  Osakabe  Y, Qin F, Seki M, Shinozaki K, Yamaguchi-Shinozaki K (2006)
Functional  analysis  of  an  arabidopsis transcription  factor,  DREB2A,  involved in  drought-responsive  gene  expression. Plant Cell 18(5): 1292–1309.
[10] Qin  F,  Shinozaki  K,  Yamaguchi-
Shinozaki  K  (2011)  Achievements  and challenges in understanding plant abiotic  stress  responses  and  tolerance. Plant Cell Physiology 52(9): 1569–82.
[11] Kumar S (2016) Identification of DREB and  SSR  linked  drought  sequences  in finger  millet  ( Eleusine  coracana L.) Gaertn.)  genotypes.  Master  Thesis.
College Of Biotechnology Birsa Agricultural University, Ranchi, India.
[12] Jadhao  KR,  Samal  KC,  Pradhan  SK,
Rout  GR  (2014)  Studies  on  Molecular Characterization  of  DREB  Gene  in Indica Rice ( Oryza sativa L.). Hereditary Genetics 3(3): 1–12. doi:10.4172/2161-1041.1000133.
[13] Oh S-J, Kim YS, Kwon C-W, Park HK, Jeong JS, Kim J-K (2009) Overexpression  of  the  transcription factor AP37 in rice improves grain yield under drought conditions. Plant
Physiology  150(3): 1368–1379.
[14] de  Silva  WSI,  Perera  MMN,  Perera KLNS, Wickramasuriya AM, Jayasekera  GAU  (2017)  In  silico Analysis  of  osr40c1  promoter  sequence isolated  from  Indica  variety  Pokkali.
Rice Science 24(4): 228–234.
[15] Porceddu A, Camiolo S (2017) Patterns of  spontaneous  nucleotide  substitutions in grape processed pseudogenes.
Diversity 9(4): 45. doi: 10.3390/d9040045.
[16] Capella-Gutiérrez S, Gabaldón T (2013) Measuring  guide-tree  dependency  of inferred  gaps  in  progressive  aligners. Bioinformatics 29(8): 1011–1017.
[17] Wang  X,  Hou  C,  Zheng  K,  Li  Q,  Chen S,  Wang  S  (2017)  Overexpression  of ERF96, a small ethylene response factor
gene, enhances salt tolerance in Arabidopsis.  Biologia  Plantarum  61(4): 693–701. doi: 10.1007/s10535-017- 0734-7.
[18] Gu C, Guo ZH, Hao PP, Wang GM, Jin
ZM, Zhang SL (2017) Multiple
regulatory roles of AP2/ERF
transcription  factor  in  angiosperm.
Botany Studies 58(1):1–8.