http://journal.ipb.ac.id/index.php/jurnalikt
e-ISSN       : 2620-309X

## FILOGENI POPULASI Haliotis squamata REEVE, 1846 DARI PANTAI SELATAN PULAU JAWA DAN BALI BERDASARKAN SEKUEN CYTOCHROME B DNA MITOKONDRIA

## PHYLOGENETIC OF Haliotis squamata REEVE, 1846 POPULATION FROM THE SOUTHERN COAST OF JAVA AND BALI ISLAND IN INDONESIA BASED ON CYTOCHROME B MITOCHONDRIAL DNA SEQUENCE
Syamsul Bachry 1* , Dedy D. Solihin 1 , Rudhy Gustiano 2 , Kadarwan Soewardi 3 , & Nurlisa A. Butet 3
1 Departemen Biologi, FMIPA, IPB University, Bogor, 16680, Indonesia
2 Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar dan Penyuluhan Perikanan, Bogor, 16129, Indonesia
3 Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, FPIK, IPB University, Bogor, 16680, Indonesia *E-mail: syamsulbachry69@yahoo.com

## ABSTRACT
Abalone Haliotis squamata Reeve 1846 is an abalone that has  distribution on the southern coast of Java and  Bali  in  Indonesia.  The  purpose  of  this  study  was  to  analyze  the  phylogenetic  relationship  of  H. squamata from the southern coast of Java and Bali based on the cytochrome b (Cyt b) mitochondrial DNA sequence. A  total of 38 samples  were collected from  Java (Binuangeun, Pangandaran, Banyuwangi,  and Bali (Buleleng). Samples were extracted, applied using method PCR,  and sequencing the method Sanger sequencing di 1st BASE  Malaysia. Using primary sequences to applied  namely forward primers forward AB-Cytb  DivF  (5'-TAAGCCAATTCGTAAGGTTC-3')  dan  primer  reverse  AB-Cytb  DivR  (5'- AAAATACCACTCTGGCTGAA-3'). Genetic distance was analyzed using the Kimura 2-parameter method and  phylogenetic  tree  construction  was  carried  out  by  Neighbor-Joining  using  the  MEGA  7.  The  result showed that a specific nucleotide difference of 81 bp to 820 bp. The genetic distance between H. squamata intraspecies from the southern coast of Java and Bali is 0.96%-1.06%. This genetic distance is high enough to separate the two populations and form their clusters based on phylogenetic trees. The population of Bali seems to form new subpopulations. The data obtained in this study will be very useful for the management of H. squamata abalone genetic resources related to their sustainability and utilization.
Keywords: abalone, Cyt b gen, Haliotis, Indonesia, Phylogenetic

## ABSTRAK
Abalon Haliotis squamata Reeve, 1846 adalah jenis abalon yang memiliki sebaran di perairan laut selatan Jawa  dan  Bali  Indonesia.  Tujuan  penelitian  ini  adalah  untuk  menganalisis  hubungan  filogenetik H. squamata asal  Pantai  Selatan  Pulau  Jawa  dan  Bali  berdasarkan  sekuen  gen Cytochrome b  (Cyt  b)  DNA mitokondria. Sebanyak total 38 sampel  dikoleksi dari Jawa (Binuangeun, Pangandaran, Banyuwangi) dan Bali  (Buleleng).  Sampel  diekstraksi,  diamplifikasi  menggunakan  metode  PCR,  dan  sekuensing  dilakukan dengan  metode Sanger  sequencing di  1st  BASE  Malaysia.  Urutan  primer  yang  digunakan  dalam amplifikasi  yaitu  primer forward AB-Cytb  DivF  (5'-TAAGCCAATTCGTAAGGTTC-3')  dan  primer reverse AB-Cytb  DivR  (5'-AAAATACCACTCTGGCTGAA-3').  Jarak  genetik  dianalisis  menggunakan metode Kimura 2-parameter dan konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan Neighbour-Joining dengan menggunakan  program  MEGA  7.  Hasil  yang  diperoleh  memperlihatkan  bahwa  perbedaan  nukleotida spesifik sebesar 81 bp dari 820 bp. Jarak genetik intraspesies H. squamata asal perairan selatan Jawa dan Bali  sebesar  0,96%-1,06%. Jarak  genetik  antar  populasi  asal Jawa  dan  Bali  cukup  tinggi  sehingga  kedua populasi  ini  memisah  dan  membentuk  klaster  sendiri  berdasarkan  pohon  filogenetik.  Dengan  demikian, populasi Bali sudah mulai membentuk subpopulasi yang baru. Data yang diperoleh dalam penelitian akan sangat berguna untuk pengelolaan sumber daya genetik abalon jenis H. squamata terkait dengan kelestarian dan pemanfaatannya.
Kata kunci: abalon , filogenetik, Gen Cyt b, Haliotis, Indonesia

## I. PENDAHULUAN
Abalon  merupakan  satu  diantara  ko- moditas  hasil  laut  yang  memiliki  nilai  eko- nomis  penting  dengan  permintaan  dalam jumlah besar terutama di Negara-negara Asia yaitu  Jepang,  China,  Taiwan,  Indonesia  dan lainnya (Sales & Britz, 2000). Abalon adalah salah  satu  makanan  populer  kerajaan  China yang  mengandung  protein  tinggi  (Dharma, 2009). Hingga saat ini, di Indonesia produksi siput  abalon  saat  ini  masih  mengandalkan hasil tangkapan di alam.
Terdapat  7 spesies abalon di perairan Indonesia yaitu Haliotis asinina, H. squamata,  H.  varia,  H.  ovina,  H.  glabra,  H. planata dan H.  crebrisculpta (Geiger,  2000; Dharma,  2005).  Salah  satu  spesies  abalon Indonesia  yang  menarik  ditelaah  adalah H. squamata .  Spesies  ini  memiliki  sebaran  di wilayah perairan selatan Jawa, Bali, Sumbawa  (Dharma,  2005;  2009;  Susanto et al .,  2008),  dan  Australia  (Geiger,  2000). Tersebarnya H.  squamata di  perairan Indonesia  diduga  karena  pengaruh  faktor arus  yang  menyebabkan  terjadinya  fragmen- tasi populasi (Palumbi, 1994). Arus memiliki peran  penting  dalam  penyebaran  (dispersal) hewan-hewan  akuatik  seperti  abalon  karena larva  abalon  bersifat  planktonis  yang  hidup dengan  mengikuti  gerakan  arus  (Nontji, 2005).  Adanya  gerakan  arus  menyebabkan larva  abalone  bergerak  atau  berpindah  ke tempat yang jauh dari populasi utama. Proses terjadinya  pemisahan  populasi  yang  besar (induk)  dari  sub-populasi  menjadi  populasi tersebut  terfragmentasi  dan  terisolasi  repro- duksi.  Kelompok  populasi  yang  terpisah akan beradaptasi secara fisiologi dan genetik, hal  ini  seiring  dengan  perubahan  kondisi lingkungan.  Hallerman  (2003)  menyatakan bahwa  keragaman  fenotipe  dipengaruhi  oleh faktor interaksi genetis dan lingkungan.
Teknik  biologi  molekuler  merupakan salah  satu  ilmu  yang  berkembangan  pesat saat  ini  dan  sudah  banyak  digunakan  dalam identifikasi spesies. DNA mitokondria (mtDNA)  adalah  genom  yang  sering  digu-
nakan dalam studi keragaman genetik karena genom  ini  berevolusi  sangat cepat  dan dapat digunakan  untuk  membedakan  interspesies dan  intraspesies  hewan  yang  berkerabat dekat  (Solihin,  1994).  Salah  satu  gen  yang sering  digunakan  dalam  identifikasi  spesies dan “DNA Barcoding” adalah gen cytochrome oxydase subunit I (COI) (Hebert et  al .,  2003;  Hajibabaei et  al .,  2007). Beberapa  penelitian  penggunaan  gen  COI telah  berhasil  memvalidasi  spesies  abalon yang  diduga  mirip  dengan  spesies  abalon yang  lain  (An et  al .,  2005;  Wang et  al .,
2004; Gruenthal & Burton, 2008;
Wormhoudt et  al .,  2009).  Hasil  penelitian Bachry et al . (2019) membuktikan perbedaan secara  genetik  dengan  jarak  genetik  sebesar 16,1%  sampai  16,62%  pada  spesies H. squamata asal  Jawa  dan  Bali-Indonesia  dan H.  diversicolor asal  Sanya-China.  Namun gen  COI  hanya  dapat  digunakan  sebagai identifikasi  spesies  (Hebert et  al .,  2003). Oleh  karena  itu,  dibutuhkan  suatu  penanda genetik yang dapat membedakan intraspesies dari  sebaran  wilayah  yang  berbeda.  Adapun syarat  kandidat  penanda  genetik  yang  akan digunakan  dalam  membedakan  intraspesies adalah  bersifat  konservatif/lestari  dalam spesiesnya  dan  juga  harus  menunjukkan kemungkinan  pembeda/variabel  bagi  antar populasinya.  Dengan  demikian,  perbedaan intraspesies  yang  berasal  dari  populasi  yang berbeda  dapat  diamati  dan  diketahui  dengan jelas  (Bradley  &  Baker,  2001).  Salah  satu penanda  mtDNA  yang  berpeluang  untuk digunakan  dalam  penelitian  ini  adalah  gen cytochrome  b (Cyt  b).  Penanda  genetik  ini dapat  memberikan  informasi  perubahan runutan  basa-basa  nukleotida  yang  terjadi tidak  saja  pada  tingkatan  interspesies  tetapi juga  pada  tingkatan  intraspesies  (Kirk  & Freeland,  2011).  Beberapa  penelitian  yang sudah  menggunakan  penanda  genetik  Cyt  b dari genom mtDNA pada intraspesies (genus Haliotis )  (Gruenthal  &  Burton,  2005; Wormhoudt et  al .,  2009).  Beberapa  studi penelitian  abalon  yang  sudah  dilakukan dengan  menggunakan  penanda  Cyt  b  dian-
taranya H.  marmorata dan H.  tuberculata (Wormhoudt et  al., 2009). H.  sorenseni (Gruenthal  &  Burton,  2005).  Namun,  data genetik  spesies H.  squamata dengan  meng- gunakan  Cyt  b  DNA  mitokondria  belum pernah  dilaporkan  di  dalam  GenBank. Tujuan  dari  penelitian  ini  adalah  mengkaji keragaman genetik interpopulasi H.
squamata yang  ada  di  perairan  Pulau  Jawa
dan  Bali  berdasarkan Cytochrome  b (Cyt  b) DNA
mitokondria sebagai “DNA
Barcoding”.

## II. METODE PENELITIAN

## 2.1. Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian  telah  dilaksanakan  dari bulan Desember 2014 sampai Agustus 2016. Sampel H.  squamata dikoleksi  dari  perairan selatan  Jawa  dengan  empat  populasi,  yaitu
Binuangeun, Banten (HSBN, n =9); Pangandaran  (HSPN, n =10),;  Jawa  Barat; Banyuwangi,  Jawa  Timur  (HSBW, n= 9), sedangkan untuk sampel abalon asal Buleleng,  Bali  (HSBL, n =10)  merupakan koleksi dari Balai Besar Riset Budidaya Laut dan  Penyuluhan  Perikanan  (BBRBLPP) Gondol-Bali ( Figure 1 ).

## 2.2. Identifikasi dan Ekstraksi DNA Total
Identifikasi  morfologi H.  squamata mengacu  pada  Buku  Identifikasi Siput  dan Kerang Indonesia (Indonesian shell) (Dharma,  1988).  Sampel  yang  digunakan adalah  bagian  jaringan  epipodium  (antara kaki  dan  mantel)  yang  diawetkan  dengan menggunakan ethanol  absolut e.  Selanjutnya sampel  dicuci  menggunakan  Low  TE  untuk menghilangkan ethanol absolut e.
Figure 1. Sampling Location of Haliotis squamata population in the southern waters of Java and Bali .
Isolasi DNA total dilakukan dengan menggunakan kit Dneasy® Blood dan Tissue Kit  cat no  69504  (50)  hal  ini  sesuai  dengan prosedur Spin-Column  Protocol dari  Qiagen (2003)  dengan  modifikasi  yaitu  pada  pe- nambahan buffer ATL  sebanyak  200  μl, proteinase  K 25 μl, buffer AL sebanyak 200 μl,  dan ethanol  absolute sebanyak  200  μl. Tahap  inkubasi  sampel  dengan  suhu  56  ºC dilakukan selama 2 jam.

## 2.3. Amplifikasi DNA dan Sekuensing
Proses  replikasi  DNA  target  melalui amplifikasi Polymerase  Chain  Reaction (PCR)  dengan  menggunakan primer spesifik yang didesain  berdasarkan gen Cyt  b parsial H.  diversicolor (916  bp)  dengan  menggu-
nakan program Primer3 (http://bio-
info.ut.ee/primer3-0.4.0/primer3)
secara online .  Hasil  desain  primer  spesifik  gen  Cyt
b, yaitu:
AB-Cytb DivF (5'- TAAGCCAATTCGTAAGGTTC-3') dan AB-Cytb DivR (5'- AAAATACCACTCTGGCTGAA-3')
dengan target 820 bp.
Amplifikasi  DNA  dilakukan  dengan beberapa  tahapan,  predenaturasi  95  ºC selama  3  menit,  dengan  35  siklus  untuk denaturasi  95  ºC  selama  45  detik, annealing 49  ºC  selama  45  detik, extention 72  ºC selama  1  menit  dan  final extention 72  ºC selama  6  menit.  Produk  PCR  dideteksi melalui elektroforesis pada gel agarosa 1,2% menggunakan buffer TBE-1x.  Produk  PCR yang  menunjukkan  pita single  band dengan target  820  bp  yang  kemudian  dilanjutkan proses sekuensing di “1st BASE Sekuensing, Malaysia”.  Terdapat  total  38  sampel  yang dilakukan sekuensing

## 2.4. Analisis Data Genetik
Data  sekuensing  dikoreksi  dan  dise- jajarkan  menggunakan software MEGA  7.0 (Kumar et  al . , 2016).  Sekuen  yang  terbaik dari  masing-masing  populasi  dibandingkan dengan  sekuen  lain  pada Basic  Local
Alignment
Search Tool - nucleotide (BLASTn)  di  situs  NCBI.  Konstruksi  jarak
genetik  dan  rekonstruksi  pohon  filogenetik berdasarkan metode Neighbor-joining dengan model Kimura  2-parameter yang diulang  dengan  menggunakan bootstraps 1000  kali.  Sekuen outgrup dari  GenBank yang digunakan adalah H. diversicolor (kode akses: BEU244334) asal China. Berdasarkan beberapa  informasi  menyatakan  bahwa spesies  abalon H.  squamata dan H. diversicolor memiliki  kemiripan  secara morfologi  (Dharma,  2009;  Suriawan et  al., 2009;  Bachry,  2019).  Selain  itu  dalam  situs World Register of Marine Species (WoRMS) kedua  spesies  ini  masih  dituliskan H. diversicolor squamata Reeve, 1846.

## III. HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1. Hasil
3.1.1. Idenfikasi Berdasarkan Morfologi
Berdasarkan hasil identifikasi dengan acuan  Dharma  (1988)  secara  morfologi menunjukkan  bahwa  sampel  abalon  dari  ke- empat  lokasi  (Binuangen,  Pangandaran, Banyuwangi  dan  Buleleng)  adalah  jenis H. squamata.

## 3.1.2. Analisis Hasil BLASTn
Hasil  sekuensing  dari  38  sampel melalui BLASTn di NCBI menunjukkan rata- rata kemiripan ( identity ) dari empat populasi sebesar  89%  dengan query  cover sebesar 100% ( Table 1 ).

## 3.1.3. Karakteristik dan Variasi Situs
Nukleotida Gen Cyt b dari Empat Populasi Hasil penyejajaran
berganda ( multiple  alignment )  dari  empat  populasi H. squamata dan outgrup H.  diversicolor ber- dasarkan  gen  Cyt  b  menghasilkan  situs konservatif  730  bp  (89,0%),  situs  bervariasi 90  bp  (10,98%),  situs  parsimoni  9  bp (1,10%) dan situs Single Nucleotide
Polymorphisms (SNP) 81 bp (9,88%).
Dari 90 situs yang  bervariasi  ditemu- kan  7  situs  penanda  genetik,  yaitu  populasi Banten,  Jawa  Barat  dan  Jawa  Timur
dicirikan  dengan  SNP  C-C-T,  sedangkan Bali  dengan  SNP  T-T-A-C-C.  Selain  itu, terdapat  posisi  nukleotida  pada  tiga  lokasi asal Jawa yang terletak pada C442, C508 dan T772  dan  Bali  terletak  pada  posisi  T442, T508, A553-C595, dan C772 ( Table 2 ). Situs penanda  genetik  pada  kedua  populasi  ter- sebut  merupakan  situs  nukleotida  spesifik lokasi ( location-specific nucleotide ).

## 3.1.4. Jarak Genetik
Rata-rata  persentase  perbedaan  jarak genetik pada  intraspesies asal Jawa dan Bali dengan  menggunakan  gen  Cyt  b  adalah sebesar  0,96%  sampai  1,06%.  Persentase rata-rata  jarak  genetik  pada  intraspesies  asal Jawa  sebesar  0,00%  sampai  0,10%  dan intrapopulasi  asal  Bali  menghasilkan  0,00% sampai  0,53%.  Persentase  rata-rata  jarak genetik  pada  interspesies  asal  Jawa  dan China  dengan  menggunakan  gen  Cyt  b sebesar  11,2%  sampai  11,4%,  sedangkan persentase  jarak  genetik  gen  Cyt  b  pada interspesies  asal  Bali  dan  China  sebesar 11,8% ( Table 3) .

## 3.1.5. Hubungan Kekerabatan
Topologi pohon filogenetik gen Cyt b pada interpopulasi H. squamata dan outgrup H.  diversicolor menunjukkan  dua  klaster. Klaster  pertama  (I)  terdiri  dari  populasi H. squamata asal  Jawa  (I-a)  dan  Populasi H. squamata asal  Buleleng  (I-b),  sedangkan klaster  kedua  (II)  hanya  terdiri  dari outgrup H.  diversicolor yang  telah  disajikan  pada ( Figure  2 ).  Pohon  filogenetik  interpopulasi H.  squamata menunjukkan  dua  sub  klaster. Sub  klaster  populasi  asal  Jawa  (I-a)  dengan dua  haplotipe,  terdiri  dari  populasi  asal Banten dan populasi Pangandaran. Haplotipe dua  (II-a)  terdiri  dari  populasi  asal Banyuwangi.  Sub  klaster  kedua  terdiri  dari populasi  asal  Bali  (I-b)  dengan  dua  haplo- tipe. Haplotipe satu (I-b) terdiri dari individu 1, 2, 4 dan 5, sedangkan haplotipe dua (II-b) terdiri  dari  individu  3,  6,  7,  8,  9  dan  10. Individu-individu asal Banten dan Pangandaran menunjukkan kekerabatan yang dekat  dengan  individu-individu  asal  Banyu- wangi. Kelompok populasi  asal Bali  menun- jukkan terpisah dengan populasi asal Jawa.
Table 1. BLASTn results from National Center of Biotechnology Information (NCBI).
Number Location Province Number of sample  Query cover (%)  Ident. (%) 1 Binuangeun Banten 9 100 89 2 Pangandaran West Java 10 100 89 3 Banyuwangi East Java 9 100 89 4 Buleleng Bali 10 100 89
Table 2.  Polymorphism  nucleotide  sites  of  H.  squamata  abalone  populations  from  Java  and Bali.
Species Access code / sample The position of nucleotide site 11  202  442  508  553  595  772 Haliotis diversicolor EU244334 C C T T G T G H. squamata (Banten-1) HSBN-1 . . C C . . T H. squamata (Banten-2) HSBN-2 . . C C . . T H. squamata (Banten-8) HSBN-3 . . C C . . T H. squamata (Banten-3) HSBN-4 . . C C . . T H. squamata (Banten-4) HSBN-5 . . C C . . T H. squamata (Banten-5) HSBN-6 . . C C . . T H. squamata (Banten-6) HSBN-4 . . C C . . T H. squamata (Banten-7) HSBN-5 . . C C . . T
Species Access code / sample The position of nucleotide site 11  202  442  508  553  595  772 H. squamata (Banten-9) HSBN-6 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-1) HSPN-1 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-2) HSPN-2 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-3) HSPN-3 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-4) HSPN-4 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-5) HSPN-5 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-6) HSPN-6 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-7) HSPN-7 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-8) HSPN-8 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-9) HSPN-9 . . C C . . T H. squamata (Pangandaran-10) HSPN-10 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-1) HSBW-1 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-2) HSBW-2 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-3) HSBW-3 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-4) HSBW-4 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-5) HSBW-5 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-6) HSBW-6 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-7) HSBW-7 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-8) HSBW-8 . . C C . . T H. squamata (Banyuwangi-9) HSBW-9 . . C C . . T H. squamata (Buleleng-1) HSBL-1 T T . . A C C H. squamata (Buleleng-2) HSBL-2 T T . . A C C H. squamata (Buleleng-4) HSBL-4 T T . . A C C H. squamata (Buleleng-5) HSBL-5 T T . . A C C H. squamata (Buleleng-3) HSBL-3 T T . . A C C H. squamata (Buleleng -6) HSBL-6 T T . . A C C H. squamata (Buleleng -7) HSBL-7 T T . . A C C H. squamata (Buleleng -8) HSBL-8 T T . . A C C H. squamata (Buleleng -9) HSBL-9 T T . . A C C H. squamata (Buleleng -10) HSBL-10 T T . . A C C
Table 3. The average genetic distance of intrapopulation of H. Squamata.
Location of Sample Banten (HSBN) Pangandaran (HSPN) Banyuwangi (HSWB) Buleleng (HSBL) China (EU244334) Banten (HSBN) 0.00* 0.00 0.10 1.06 11.2 Pangandaran (HSPN) 0.00 0.00* 0.10 1.06 11.2 Banyuwangi (HSBW) 0.10 0.10 0.00* 0.96 11.4 Buleleng (HSBL) 1.06 1.06 0.96 0.53* 11.8 China (EU244334) 11.2 11.2 11.4 11.8 0.00*
* Genetic distance between individuals in the population (Intraspesies).
Figure 2. Phylogenetic reconstruction of H. squamata populations .

## 3.2. Pembahasan
Berdasarkan  hasil  identifikasi  morfo- logi  abalon  dari  ke-empat  lokasi  menun- jukkan bahwa sampel tersebut adalah spesies H.  squamata (Dharma,  1988).  Hal  ini  juga didukung  dari  penelitian  Bachry et  al.
(2019b)  yang  menghasilkan  bahwa  karak-
teristik  morfologi  spesies H.  squamata dari ke-empat  lokasi  menunjukkan  ciri  khas tertentu seperti pola warna, tekstur dan corak.
Berdasarkan  sifatnya,  fase  larva abalon  bersifat  planktonis  yang  mampu melayang  di  kolom  air  selama  dua  minggu, hal  ini  sesuai  dengan  kondisi  lingkungan
perairan  dan  aliran  arus  (Cox,  1962). Umumnya  penyebaran  larva  dapat  berada disekitar  pemijahan  atau terbawa  oleh  aliran arus ke tempat yang sangat jauh. Larva yang terbawa  oleh  aliran  arus  menyebabkan  larva terfragmentasi  dengan  populasi  utama  men- jadi subpopulasi. Dengan demikian, populasi-populasi  yang  terisolasi  tersebut akan  mengalami  perubahan  secara  fisiologis dan  genetik,  seiring  dengan  kondisi  ling- kungan.
Hasil  identifikasi  abalon  berdasarkan gen  COI  menunjukkan  bahwa  tingkat kesamaan  identitas  antara  interpopulasi H. squamata dengan  spesies H.  diversicolor superteksta asal  Sanya-China  sebesar  86% dengan  perbedaan  sebesar  14%  (Bachry et al . , 2019a). Menurut Hebert et al . (2003) jika identitas  genetik  spesies  tersebut  menun- jukkan  perbedaan  diatas  3%  maka  spesies tersebut  adalah  spesies  yang  berbeda.  Hasil tersebut  juga  didukung  dengan  penggunaan gen  Cyt  b  dalam  penelitian  ini  yang  me- nunjukan  kesamaan  ( similarity )  sebesar 89%.  Selain  itu  ditemukan  perbedaan nukleotida atau Single Nucleotide Polymorphisms (SNP)  dari  kedua  spesies tersebut  sebesar  81  bp  (9,88%),  situs nukleotida parsimoni 9 bp (1,10%) dan  situs nukleotida  konservatif  (89,02%,  sepanjang 730  bp)  dengan  panjang  sekuen  820  bp. Hasil penelitian di California telah menemukan  tujuh  situs  informatif  pada spesies H.  rufescens dari  tiga  populasi (Burton  & Tegner,  2000).  Wormhoudt et  al. (2009)  pada  spesies H.  marmorata asal Senegal Afrika Barat menemukan enam situs informatif. Tingginya persentase situs konservatif  diduga  karena  individu/sampel tersebut  masih  berasal  dari  keturunan  nenek moyang  ( acentra l)  yang  sama  yaitu H. squamata ,  sehingga  situs  nukleotida  yang lestari  ( conserve )  tersebut  tetap  diturukan pada  generasi  berikutnya.  Penelitian  ini menemukan  7  situs  penanda  genetik  yang membedakan interpopulasi H. squamata asal Jawa  dan  Bali.  Posisi  situs  dan  penciri nukleotida tersebut yaitu pada situs ke 11 (C-
T), 202 (C-T), 443 (C-T), 508 (C-T), 553 (G- A), 595 (T-C), dan 772 (T-C). Penelitian An et  al .  (2005)  telah  menemukan  situs nukleotida  spesifik  pada  spesies H.  discus discus dan H.  madaka asal  Asia-Pasifik. Situs  nukleotida  spesifik  juga  ditemukan pada dua spesies yang dibandingkan yaitu H. sorenseni dan H. assimilis oleh (Gruenthal & Burton,  2005).  Munculnya  variasi  dan  situs nukleotida  spesifik  pada  kelompok  populasi H. squamata diduga  karena  adanya  adaptasi secara  fisiologi  maupun  genetik  yang  di- pengaruhi  oleh  faktor  lingkungan  seperti habitat, ketersediaan makanan dan temperatur  (Wang et  al . , 2004).  Selain  itu, isolasi  reproduksi  juga  menyebabkan  pem- bentukan  struktur  genetik  pada  abalon. Dengan  demikian,  situs  nukleotida  spesifik lokasi ( location-specific nucleotide ) ini dapat dijadikan  sebagai  identitas  genetik  intra- populasi H.  squamata asal  lokasi  Jawa  dan Bali.
Berdasarkan  jarak genetik  menunjuk- kan  bahwa  rataan  jarak  genetik  intraspesies asal  Jawa  dan  Bali  sebesar  0,96%  -1,06%. Hal  ini  menunjukkan  bahwa  jarak  genetik populasi  asal  Jawa  dan  Bali  cukup  tinggi sehingga  kedua  populasi  ini  memisah  dan membentuk  klaster  sendiri  berdasarkan pohon filogenetik. Perbandingan jarak genetik  interpopulasi H.  squamata dan outgrup H. diversicolor sebesar 11,39% atau ≥  3%  karena  keduanya  merupakan  spesies yang  berbeda.  Pohon  filogenetik  menun- jukkan  bahwa  hubungan  kekerabatan  antara kelompok populasi asal Jawa dan Bali sangat dekat,  hal  ini  diduga  karena  kedua  populasi tersebut  berasal  dari  turunan  yang  sama. Namun  kedua  populasi  tersebut  membentuk dua  subklaster  yang  terpisah.  Subklaster pertama  terdiri  dari  populasi  asal  Jawa  yang menghasilkan  dua  haplotipe.  Begitupun dengan  populasi  asal  Bali  menunjukkan  dua haplotipe.  Yuan et  al .  (2009)  menemukan tiga  haplotipe  dominan  dari  tujuh  populasi Chlamys  nobilis asal  perairan  Cina  selatan dan  satu  populasi  asal  Thailand  berdasarkan gen 16SrRNA dan COI. Penelitian Gruenthal
&  Burton  (2008)  menemukan  satu  haplotipe umum  dengan  susunan  haplotipe  tunggal dari  11  populasi H.  cracherodii yang dibandingkan.  Terbentuknya  dua  klaster pada  populasi H.  squamata diduga  karena adanya  faktor  fragmentasi  habitat  antar populasi yang menyebabkan terjadinya peru- bahan  secara  genetik,  fisiologi,  morfologi dan  karakteristik  tingkah  laku.  Faktor tingginya  variasi  genetik  dalam  suatu populasi  dapat  juga  dipengaruhi  oleh  isolasi reproduksi,  hal  ini  karena  terjadi  kawin secara  acak  tanpa  adanya  silang  dalam ( inbreeding ).  Dengan  demikian,  populasi Bali  sudah  mulai  membentuk  subpopulasi yang  baru.  Selain  itu  morfologi  abalon  asal Jawa  dan  Bali  sudah  menunjukkan  ciri  khas tertentu  seperti  tekstur,  pola  warna,  dan corak  cangkang.  Allendorf et  al. (1987) menyatakan bahwa satu unit reproduksi yang memiliki  ciri-ciri  genetik  yang  tidak  sama dengan  bagian  populasi  yang  lain  dikatakan subpopulasi.
Penelitian  ini  memperlihatkan  bahwa individu-individu dalam populasi H. squamata yang terpisah berdasarkan gen Cyt b sudah mulai mengalami divergensi genetik, hal  ini  didukung  dengan  ditemukan  situs nukleotida  spesifik  lokasi  ( location-specific nucleotide )  pada  kedua  populasi.  Dengan demikian,  keragaman  genetik  berdasarkan gen  Cyt  b  pada  kedua  lokasi  tersebut menunjukkan  sedikit  bervariasi.  Asumsi  ter- sebut didukung oleh hasil dari kajian morfo- metrik  dengan  analisis  PCA  menunjukkan bahwa  populasi  Jawa  terpisah  dari  populasi Bali  dengan  garis  singgungan  irisan  yang tipis pada grafik kuadran PCA (Bachry et al., 2019b). Saat ini data genetika molekuler gen Cyt  b  spesies H.  squamata belum  pernah dilaporkan  ke  dalam  situs  GenBank-NCBI. Dengan  demikian,  data  genetika  molekuler spesies H.  squamata yang  didapatkan  akan digunakan  sebagai  referensi  dalam  meng- konfirmasi  spesies H.  squamata secara genetik  berdasarkan  gen  Cyt  b.  Selanjutnya data yang diperoleh
dalam  penelitian  akan  sangat  berguna  untuk pengelolaan  sumber  daya  genetik  abalon jenis H. squamata terkait dengan kelestarian dan  pemanfaatannya.  Lebih  lanjut  dikatakan bahwa  dengan  mengetahui  identitas  genetik dan  fenotip  spesifik  pada  abalon  tersebut maka  pemanfaatan  sebagai  indikator  seleksi calon  induk  potensial  dan  strategi  mem- biakkan  ( breeding )  sangat  penting.  Hal  ini berkaitan  dengan  upaya  konservasi  dan breeding  ex-situ abalon  di  alam  secara berkelanjutan.

## IV. KESIMPULAN
Haliotis  squamata dari  perairan Indonesia memiliki kesamaan dengan spesies outgrup H.  diversicolor dari  GenBank sebesar  88%-0%.  Perbedaan  nukleotida spesifik  sebesar  81  bp  dari  820  bp.  Jarak genetik intraspesies H. sqamata asal perairan selatan Jawa dan Bali sebesar  0,96%-1,06%. Jarak  genetik  antar  populasi  asal  Jawa  dan Bali  cukup  tinggi  sehingga  kedua  populasi ini  memisah  dan  membentuk  sendiri  ber- dasarkan pohon filogenetik. Dengan demikian,  populasi  Bali  sudah  mulai  klaster membentuk subpopulasi yang baru. Penelitian  ini  menemukan  sembilan  situs nukleotida  dengan  tujuh  situs  nukleotida spesifik  lokasi  ( location-specific  nucleotide ) pada intraspesies asal Jawa dan Bali.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini didanai oleh Pemerintah  Indonesia  melalui  Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (DIKTI), Kementerian
Riset, Teknologi dan Pendidikan  Tinggi  (Beasiswa  BPPDN  No.: 1094/E4.4/2013).  Kami  juga  mengucapkan terima  kasih  kepada  Balai  Besar  Riset Budidaya  Laut  dan  Penyuluhan  Perikanan (BBRBLPP) Gondol-Bali, serta nelayan, dan pengumpul  abalon  yang  telah  memberikan informasi  mengenai  keberadaan  abalon  di wilayah Indonesia.

## DAFTAR PUSTAKA
Allendorf,  F.W.,  N.  Ryman,  &  F.  Utter. 1987.  Population  genetics  and fishery  management:  Past,  present, and  future. In :  N.  Ryman,  and  F.
Utter ( ed ). University of Washington  Press.  Seattle  and
London. 1-19 pp.
An,  H.S.,  Y.J.  Jee,  K.S.  Min,  B.L.  Kim,  &
S.J. Han. 2005. Phylogenetic analysis of  six  species  of  pacific  abalone (Haliotidae) based on DNA
sequences of 16s rRNA and cytochrome  c  oxidase  subunit  I mitochondrial
genes.
Marine Biotechnology, 7: 373-380. https://doi.org/10.1007/s10126-004- 4405-2
Bachry,  S.,  D.D.  Solihin,  G.  Rudhy,  S. Kadarwan,  &  N.A.  Butet.  2019a. Genetic  diversity  of  the Haliotis diversificolor squamata from
Southern Coastal Java (Banten,
Pangandaran  and  Alas  Purwo)  and
Bali  Based  on  Mitochondrial  CO1
Sequences. Tropical  Life  Sciences Research , 30(3): 83–93.
https://doi.org/10.21315/tlsr2019.30.3
.6
Bachry,  S.,  D.D.  Solihin,  G.  Rudhy,  S.
Kadarwan,  &  N.A.  Butet.  2019b. Morphometric Character
and
Morphology  of  Abalone Haliotis squamata REEVE  1864  in  Coastal Southern  Java  and  Bali. J.  Ilmu  dan Teknologi  Kelautan  Tropis ,  11(2): 273-284. http://doi.org/10.29244/jitkt.v11i1.24 672
Bradley, R.D. & R.J. Baker. 2001. A Test of the Genetic Species Concept:
Cytochrome- B
Sequences and Mammals. J.  Mammalogy ,  82(4): 960–973. https://doi.org/10.1644/1545- 1542(2001)082<0960:ATOTGS>2.0.
CO;2
Burton,  R.S.  &  M.J.  Tegner.  2000. Enhancement of red abalone ( Haliotis rufescens )  stocks  at  San  Miguel Island:  Reassessing  a  success  story. Marine  Ecology  Progress  Series , 202: 303-308. https://doi.org/10.3354/meps202303 Cox,  K.W.  1962. California  Abalones,
Family  Haliotidae .  The  Resources
Agency of California. Marine Resources  Operations  Press.  State  of California. 118 p.
Dharma,  B.  1988. Siput  dan  Kerang Indonesia  (Indonesian  shell). PT. Sarana Graha press. Jakarta. 111 p. Dharma,  B.  2005. Recent  &  Fossil,
Indonesian Shells . ConchBooks. Hackenheim-Germany. 424 p.
Dharma,  B.  2009.  Moluska  unggulan Indonesia  sebagai  sumber  pangan. Dalam :  Yulianda  F et  al. ( edt ). Prosiding Seminar Nasional Moluska 2  "Moluska:  peluang  bisnis  dan konservasi" , 2009, Fakultas Perikanan  dan  Ilmu  Kelautan  Institut
Pertanian  Bogor,  11-12  Februari 2009. IV: 43-63 pp.
Geiger, D.L. 2000. Distribution and
Biogeography of the Recent Haliotidae (Gastropoda: Vetigastropoda) worldwide. Bollettino Malacologico , 35: 57-120. Gruenthal,  K.M.  &  R.S.  Burton.  2005. Genetic diversity and species identification in the endangered white Abalone ( Haliotis sorenseni ).
Conservation  Genetic, 6(6): 929-939. https://doi.org/10.1007/s10592-005-
9079-4
Gruenthal,  K.M.  &  R.S.  Burton.  2008.
Genetic structure of natural populations  of  the  California  Black Abalone ( Haliotis cracherodii Leach. 1814)  a  Candidate  for  Endangered Species  Status. J.  Experimental Marine  Biology  Ecology ,  355(1):  47-
58.
https://doi.org/10.1016/j.jembe.2007.
11.013
Hajibabaei,  M.,  G.A.C.  Singer,  P.D.N. Hebert,  &  D.A.  Hickey.  2007.  DNA Barcoding:  how  it  complements taxonomy,  molecular  phylogenetics and  population  genetics. TRENDS  in Genetics , 23(4): 167-172.
http://doi.org/10.1016/j.tig.2007.02.0
01
Hebert,  P.D.N.,  S.  Ratnasingham,  &  J.R. deWaard.  2003.  Barcoding  Animal Life:  cytochrome c oxidase subunit 1 divergences  among  closely  related species. Proceedings  of  the  Royal Society of London, 270: S96-S99. https://doi.org/10.1098/rsbl.2003.002
5
Hallerman,  E.  2003. Population  genetics:
Principles and application for fisheries scientist . American  fisheries Society. USA. 475 p.
Kirk, H. & J.R. Freeland. 2011. Applications and  Implications  of  Neutral versus Non-neutral  Markers  in  Molecular Ecology. International  J.  Molecular Sciences , 12: 3966-3988.
Kumar,  S.,  G.  Stecher,  &  K.  Tamura.  2016. MEGA7: Molecular evolutionary genetics  analysis  version  7.0  for bigger  datasets. Moleculer  Biology Evolution , 33(7): 1870-1874. https://doi.org/10.1093/molbev/msw0 54
Nontji,  A.  2005. Laut  Nusantara .  Penerbit Djambatan. Jakarta. 372 p.
Palumbi,  S.R.  1994.  Genetic  divergence, reproductive  isolation,  and  marine speciation. Annual Review of Ecology and Systematics , 25: 547-72.
https://doi.org/10.1146/annurev.es.25 .110194.002555
Qiagen.  2003. QIAamp  DNA  mini  kit  and DNA  blood  mini  kit  handbook .
Germany: Qiagen pr.
Sales,  J.  &  P.J.  Britz.  2001.  Research  on abalone ( Haliotis midae L.) cultivation in South Africa.
Aquaculture.  Research, 32(11):  863- 874. https://doi.org/10.1046/j.1365- 2109.2001.00629.x
Solihin, D.D. 1994. Peran DNA Mitokondria (mtDNA)  dalam  studi  keragaman genetik  dan  biologi  populasi  pada Hewan. Hayati, 1(1): 1-4.
Susanto,  A.B.,  S.R.R.  Aryani,  &  R.  Hartati.
2008. Abalon  dan  rumput  laut . Penerbit Navila Idea. Yogyakarta. 94 p.
Wang, Z., K.C. Ho. D.H. Yu. C.H. Ke. W.Y.
Mak,  &  K.H.  Chu.  2004.  Lack  of genetic  divergence  in  nuclear  and mitochondrial DNA between subspecies of two Haliotis species. J.
Shellfish  Research ,  23(4):  1143– 1146.
Wormhoudt, V.A., Y.L. Bras, & S. Huchette.
2009. Haliotis  marmorata from Senegal;  a  sister  species  of Haliotis tuberculata : Morphological and molecular evidence. Biochemical Systematics  and  Ecologyza, 37(6): 747-755.
https://doi.org/10.1016/j.bse.2009.12.
020
Yuan,  T.,  M.  He,  &  L.  Huang.  2009. Intraspecific  genetic  variation  in mitochondrial  16S  rRNA  and  COI genes in domestic and wild populations of Huaguizhikong scallop Chlamys nobilis Reeve. Aquaculture , 289:19-25.
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture. 2009.01.004
Received  : 16 June 2020 Reviewed : 23 July 2020 Accepted  : 30 August 2020