074 | Fadillah et al. Potensi Senyawa Ekstrak Tanaman Seledri Sebagai Inhibitor
Analisis Molecular Docking Senyawa Ekstrak Seledri ( Apium Graveolens ) Untuk Penghambatan Angiotensin-Converting Enzyme 2
Molecular Docking Analysis of Compounds of Celery Extract (Apium Graveolens) For Angiotensin-Converting Enzyme 2 Inhibition
Yudha Syahrul Fadillah 1 , Muhammad Fakih Kurniawan 1a , Titi Rohmayanti 1 1 Program Studi Teknologi Pangan dan Gizi, Fakultas Ilmu Pangan Halal, Universitas Djuanda Bogor, Jl. Tol Jagorawi No. 1, Ciawi, Kec. Ciawi, Kab. Bogor, 16720, Indonesia a Korespondensi : Muhammad Fakih Kurniawan, E-mail: fakih.kurniawan@unida.ac.id
Diterima: 28 – 09 – 2022, Disetujui: 30 – 04 – 2023

## ABSTRACT
Covid-19 is caused by the entry of the CoronaVirus 2 virus (SARS CoV2) which can interact with the angiotensin-converting  enzyme  2  (ACE2)  receptor.  The  interaction  between  the  virus  and  these receptors can be disrupted by inhibiting the ACE2 enzyme. The aim of this study was to investigate the potential of celery extract as an ACE2 inhibitor using the Lipinski test and molecular docking based on Gibbs binding free energy (∆G), r oot mean square deviation (RMSD) and interactions of amino acid residues. Of the 20 compounds in the celery extract, 14 complied with the five Lipinski rules, including α - ionone,  apigenin,  caryophyllene,  β -selenium,  nerol,  cis-carveol,  linalool,  cis-dihydrocarvone,  P- mentha-2,  8-dien  -1  -ol,  P  -mentha-trans-2,8-dien-1- ol,  limonene,  β - cymene,  β -mycene,  trans- caryophyllene. The docking results found 14 compounds from celery extract, found six compounds that had  potential  as  ACE2  inhibitors  based  on  Gibbs  free energy  (∆G),  RMSD  values,  and  amino  acid residues  that  contributed  to  hydrophobic  interactions  and  hydrogen  bond  formation  which  were almost better than validation 4 ligands. including limonene, apigenin, cis-carveol, P-mentha-trans-2,8- dien-1- ol,  α -ionone,  and  P-mentha-2,8-dien-1-ol.  The  best  compound  in  celery  extract  as  an  ACE2 inhibitor is limonene. In general, celery extract compounds can inhibit the interaction between ACE2 and SARS CoV2.
Keywords : ACE2, celery, COVID-19, in silico, molecular docking

## ABSTRAK
Covid-19 disebabkan oleh masuknya virus CoronaVirus 2 (SARS CoV2) yang dapat berinteraksi dengan reseptor angiotensin-converting  enzyme  2 (ACE2).  Interaksi  virus  dan  reseptor  ini  dapat  diganggu dengan menghambat enzim ACE2. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menyelidiki potensi ekstrak seledri sebagai penghambat ACE2 menggunakan uji Lipinski dan molekular docking berdasarkan Gibbs binding free energy (∆G), root mean square deviation (RMSD) dan interaksi residu asam amino. Dari 20 senyawa  dalam  ekstrak  seledri,  14  senyawa  memenuhi  lima aturan  Lipinski,  termasuk  α -ionone, apigenin, caryophyllene, β -selenium, nerol, cis-carveol, linalool, cis-dihydrocarvone, P-mentha-2, 8-dien - 1-ol, P  -mentha-trans-2,8-dien-1- ol, limonene, β - cymene, β -mycene, trans-caryophyllene .  Hasil docking ditemukan  14  senyawa  dari  ekstrak  seledri,  ditemukan  enam  senyawa  yang  berpotensi  sebagai penghambat ACE2  berdasarkan energi bebas Gibbs (∆G), nilai RMSD,  dan res idu  asam amino  yang berkontribusi  terhadap  interaksi  hidrofobik  dan  pembentukan  ikatan  hydrogen  yang  hampir  lebih baik daripada ligan validasi 4 termasuk limonene, apigenin, cis-carveol, P-mentha-trans-2,8-dien-1- ol, α - ionone, dan P-mentha-2,8-dien-1-ol . Senyawa terbaik dalam ekstrak seledri sebagai penghambat ACE2 adalah limonene. Secara umum, senyawa ekstrak seledri dapat menghambat interaksi antara ACE2 dan SARS CoV2.
Kata kunci : ACE2, COVID-19, in silico, penambatan molekul, seledri.
Fadillah, Y. S., Kurniawan, M. F., & Rohmayanti, T. (2023). Analisis Molecular Docking Senyawa Ekstrak Tanaman Seledri ( Apium Graveolens ) Untuk Penghambatan Angiotensin-Converting Enzyme 2. Jurnal Agroindustri Halal, 9(1), 74 – 81.

## PENDAHULUAN
Pada bulan Maret 2020, Indonesia telah dikonfirmasi dengan adanya kasus COVID-19. COVID-19  adalah  wabah  menular  karena  virus  corona  baru,  tidak  dikenal  manusia,  yang pertama  terdeteksi  di  Wuhan,  China  bulan  Desember  tahun  2019  lalu.  Menurut  situs Kementerian Kesehatan (2022), Indonesia sudah memiliki 6,5 juta orang terinfeksi covid 19 pada November 2022 dan hingga sekarang ini masih ada kasus covid harian di Indonesia.
Penelitian  mengenai  Covid-19  menyatakan  bahwa  virus Severe  acute  respiratory syndrome  coronavirus 2  (SARS  CoV2)  dapat  dicegah  melalui  konsumsi  berbagai  tumbuhan yang  dapat  diolah  sebagai  makanan  maupun  herbal.  Abdelli et  al .  (2020)  melakukan  studi molecular  docking mendapatkan  hasil  penelitian  yang  baik  dari  ekstrak  bunga Ammoides verticillata berupa  senyawa Isotymol yang  dapat  digunakan  sebagai  penghambat  potensial reseptor  dari angiotensin  converting  enzyme 2 (ACE2).  Penelitian  lain    dilakukan  oleh Koentjoro  (2020)  menunjukkan  senyawa hesperetin yang  termasuk  kedalam  golongan flavonoid dari ekstrak daun kelor melalui in silico ternyata mampu berikatan dengan sisi aktif dari enzim ACE2 sehingga memiliki potensi menghambat COVID-19. Berdasarkan penelitian dari  Utami  (2020)  dan  Liu et  al .  (2020)  terdapat  senyawa  flavonoid  diantara  20  senyawa bioaktif yang terkandung didalam tanaman seledri seperti limonen yang memiliki aktivitas penghambatan mikroba.
Menurut  Muchtaridi  (2018),  analisis  in  silico  adalah  sebuah  pendekatan  dengan komputasi yang memiliki tujuan untuk memiripkan interaksi molekul senyawa ligan dengan suatu  protein  yang  menjadi  bagian  targetnya  ketika  diuji  in  vitro.  Metode  ini  biasanya berfungsi untuk menambatkan molekul obat sebagai ligan dan senyawa target obat sebagai reseptornya.    Molekul  obat  ini  mungkin  merupakan  senyawa  yang  diharapkan  memiliki aktivitas farmakologis, apakah berasal dari ekstrak tumbuhan atau senyawa sintetik.
Dona et al. (2019) menjelaskan bahwa kelebihan dari pendekatan in silico yaitu dapat meminimalkan bahan, alat serta hewan coba yang berlebihan serta dapat mengurangi biaya penelitian.  Sedangkan  kekurangan  dari  metode  ini  antara  lain  fleksibilitas  protein,  bentuk konformasi  suatu  molekul,  dan  seluruh  pencampuran  dapat  mengurangi  prediksi  yang seharusnya  akurat.  Ketersediaan  struktur  dari  kristal  untuk  enzim-enzim  pemetabolisme sebuah  obat  untuk  mamalia,  saat  ini  masih  kesulitan  dalam  prediksi  metabolisme  yang diandalkan (Ekins et al ., 2007). Dengan ini, maka muncul tujuan research ini adalah sebagai uji  pendahuluan  potensi  ekstrak  seledri  yang  berperan  dalam  aktivitas  pengikatan  ACE2 sebelum melakukan metode in vitro dan in vivo dengan pendekatan molecular docking.

## MATERI DAN METODE

## Bahan dan Alat
Pada penelitian ini menggunakan bahan seperti struktur 2D ligan senyawa aktif ekstrak seledri  dari  16  senyawa  aktif  ekstrak  air  metode  destilasi  yang  diidentifikasi  oleh  Utami (2020)  yaitu  : β -Myrcene , P-Cymene, L-Limmonene , Furan , P-Mentha-trans-2,8-dien-1-ol , P- Mentha-2,8-dien-1-ol , Benzene , Cis-Dihydrocarvone , Linalool oxide , Cis-Carveol , 2-Cyclohexen-1- one , Nerol , 1,2-Cyclohexanediol , Trans-Caryophyllene , β -selinene , Caryophyllene  oxide dan  4 senyawa  aktif  ekstrak  etanol  95%  yang  diidentifikasi  oleh  Liu et  al. (2015)  yaitu: apiin, apigenin,  rutin, dan -ionone. Struktur  2D  ini  didapat  secara online melalui  laman https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov sedangkan, file struktur  makromolekul  dari  reseptor Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) dapat didownload di database dari Protein Data Bank (PDB) di situs http://www.rcsb.org sebagai 1R4L.
Peralatan  pada  penelitian  ini  yaitu    komputer  dengan  jenis  prosessor  AMD  Ryzen  3 3250U with radeon graphics (4 CPUs), 2.6 GHz, 8192 MB RAM dan sistem operasi Windows
076 | Fadillah et al. Potensi Senyawa Ekstrak Tanaman Seledri Sebagai Inhibitor
10 Pro 64-bit. Software yang digunakan yaitu Autudock Vina, Marvin Sketch, Biovia Discovery Studio, PubChem, PDB ( Protein Data Bank ), Pymol dan LigPlot+.

## Preparasi Struktur Ligan
Ligan yang telah diunduh dari web pubchem diubah bentuknya dari 2D menjadi  struktur 3D menggunakan bantuan software Marvin Sketch, kemudian  disimpan dalam bentuk *.pdb. Setelah itu dilakukan proses optimasi dengan cara penambahan ion hidrogen dengan bantuan AutoDock Tools 1.5.6. lalu  file disimpan dengan format *.pdbqt .
Uji Lipinski ( Rule of Five )
Ligan  diubah  formatnya  dari  dari  SDF  menjadi  PDB.  Setelah  itu  diinput  pada  sebuah laman http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp .  Untk  dilakukan analisis Lipinski (Lipinski, 2004).

## Preparasi Struktur Reseptor
Reseptor  berupa  molekul  enzim  ACE2  diunduh  dengan  format  *.pdb  melalui  website https://www.rscb.org/ .  Struktur  molekul  dari  air  dan  struktur  ligan  enzim  dihilangkan menggunakan bantuan software Biovia Discovery Studio dan disimpan dalam format *.pdb., kemudian ion H (Polar Only) ditambahkan pada struktur pada enzim dan muatan Gasteiger dihitung, di save dalam bentuk *.pdbqt.  (Imanudin et al., 2022)

## Proses Penambatan Molekular
Prosedur proses penambatan molekuler mengikuti metode Fitrilia et al., (2020). Proses validasi dan Grid pada parameter penambatan menggunakan AutoDock Tools 1.5.6 sedangkan docking secara molekuler dilakukan menggunakan bantuan AutoDock Vina (Scripps Research Institute, USA). Center gridbox dibuat dengan ukuran Å . Lalu proses pemilihan parameter pada Notepad yaitu receptor, sebuah ligand, CPU , center xyz, ukuran xyz  dan exhaustivenes . File disimpan pada drive C:\Vina dan diberi nama file conf.txt. Lalu dilakukan perintah docking menggunakan  bantuan  perintah  pada  bagian CMD,  file  Vina.exe diupload  dengan  mengetik “C: \vina – config conf.txt -- log log.txt”, lalu tombol enter ditekan, ditunggu hingga finish. Output yang dihasilkan berupa energi bebas Gibbs (ΔG), Root mean square deviation (RMSD) serta output docking.

## Visualiasi Interaksi Ligan Senyawa dengan Reseptor
Visualiasi    analisis docking dilakukan  menggunakan  perangkat  PyMOL,  dan  untuk menggambarkan residu-residu asam amino maka dilanjutkan proses dengan aplikasi ligplot+.

## Analisis Data
Hasil  molecular docking dianalisis  berdasarkan nilai  energi  ikatan  bebas  Gibbs  (ΔG), Nilai RMSD, interaksi asam amino, visualisasi hasil docking dan mengetahui aturan Lipinski ( Rule of Five ).

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Identifikasi Struktur Reseptor Enzim
Pada  penelitian  ini,  jenis  molekul  protein  ACE2  (PDB  1R4L)  yang  diambil  karena merupakan hasil X-ray kristalografi oleh Towler et al. (2004) yang dapat diambil dari situs http://www.rscb.org/  dengan format *.pdb. Struktur ACE2  terlampir pada Gambar 1. Pada Gambar 1 kiri  merupakan bentuk sempurna dari reseptor 1R4L. Gambar 1 kanan merupakan jejak alfa carbon yang ditandain dengan situs aktif metalopeptidase (warna merah), situs aktif ion seng ditampilkan sebagai bola kuning, ion klorida terikat tunggal ditampilkan sebagai bola hijau, dan domain homologi kolektor di terminal C tidak teratur yang dilambangkan dengan garis putus-putus hijau.
Gambar 1. Struktur 3D ACE2, (kiri) full structure dan (kanan) alfa-carbon trace

## Hasil Identifikasi Struktur Ligan Validasi
Ligan  validasi  yang  didapatkan  adalah  Ligan  4,  ligan  5 ( 2-acetamido-2-deoxy-beta-D- glucopyranose )  dan  ligan  6  ( (S,S)-2-{1-Carboxy-2-[3-(3,5-dichloro-benzyl)-3H-imidazol-4-yl]- ethylamino}-4-methyl-pentanoic  acid ))  yang  didapatkan  dari  hasil  preparasi  reseptor menggunakan software Biovia Discovery Studio Visualizer caranya memisahkan dari bagian reseptornya.  Ligan  validasi  merupakan  ligan  nativ  yang  menempel  pada  struktur  reseptor enzim  dan  berfungsi  sebagai  ligan  pembanding.  Proses  penentuan  ligan  menggunakan Autodox Vina dengan parameter pada grid box. Proses validasi sesuai jika parameter dari grid box yang diolah dapat menempelkan ligan validasi ke posisi semula (Setiawan, 2015). Hasil dari  validasi berupa nilai RMSD atau Root Mean Squared Deviation yaitu ligan 4 sebesar 1.037 Å, ligan 5 sebesar 2.264 Å dan ligan 6 sebesar 1.752 Å.
Gambar 2. A. ligan 4, B. Ligan 5, C. Ligan 6 Pada Gambar 2 terlihat bahwa pada posisi ligan 5 dan dengan ligan asli berjauhan dan tidak tumpang tindih sedangkan posisi ligan 4 dan 6 dengan ligan asli tumpang tindih namun, untuk ligan 6 ada sebagian posisi ligan yg tidak tumpang tindih. Oleh karena itu ligan 4 yang dipilih  karena  nilai  RMSD  palingkecil.  Semakin  kecil  nilai  RMSD  artinya  posisi  ligan  dan reseptor  tumpang  tindih.  Menurut  penjelasan  Baber et  al .  (2009),  RMSD  masih  sesuai  jika nilainya kurang dari 2,0 Å dan ini berarti keberhasilan dalam proses docking.

## Analisis Aturan Lipinski
Penambatan molekul memiliki tujuan untuk mengetahui ligan dari ekstrak seledri yang dapat  berinteraksi  secara  efektif  terhadap Angiotensin  Converting  Enzyme 2,namun  tidak semua  senyawa  akitif  dapat  efektif  jika  diberikan  secara  oral.  Selama  perjalanan  menuju reseptor,  obat  akan  mengalami  farmokinetik  yaitu  proses  absorbsi,  distribusi,  proses metabolisme, dan juga ekskresi (ADME) sehingga perlu diperhatikan dalam menentukan obat secara oral dengan melihat aturan Lipinski’s rule of five . Ada lima bagian Lipinski yang harus dipenuhi yaitu memiliki berat molekul < 500 D, tidak lebih dari 5 donor ikatan H, tidak lebih dari 10 akseptor ikatan H, logP tidak boleh lebih dari 5, dan terakhir molar refraktifitas antara 40 – 130. Obat yang diberikan secara oral harus memenuhi kelima aturan lipinski, jika tidak maka lebih baik diberikan secara injeksi (Lipinski, 2001).
Pada  Tabel 1 dapat dilihat bahwa sebanyak 14 senyawa dari 20 senyawa ektrak seledri memehuhi aturan dari Lipinski yaitu α -ionone, apigenin, Caryophyllene, β -selinene, nerol, Cis-
078 | Fadillah et al. Potensi Senyawa Ekstrak Tanaman Seledri Sebagai Inhibitor
Carveol,  linalool,  Cis-Dihydrocarvone,  P-Mentha-2,8-dien-1-ol,  P-Mentha-trans-2,8-dien-1-ol, Limonene, P- Cymene, β -Myrcene , Trans-Caryophyllene.
Tabel 1. Hasil dari analisis Lipinski senyawa ekstrak seledri
No. Ligan Lipinski’s rule A B C  D E 1 Ligan 4 190 -1.885620 0 6 38.507000 2 β -Myrcene 136 3.474999 0  0 48.001987 3 P-Cymene 134 3.118419 0  0 45.267994 4 Limonene 136 3.308899 0  0 45.911987 5 Furan 68 1.279600 0  1 18.707998 6 P-Mentha-trans-2,8-dien-1-ol 152 2.279700 1  1 47.301788 7 P-Mentha-2,8-dien-1-ol 152 2.279700 1  1 47.301788 8 Benzene 78 1.686600 0  0 26.441996 9 Cis-Dihydrocarvone 152 2.567800 0  1 46.325989 10 Linalool 170 1.881000 1  2 49.006786 11 Cis-Carveol 152 2.279700 1  1 47.301788 12 2-Cyclohexen-1-one 96 1.295600 0  1 27.997993 13 Nerol 154 2.671399 1  1 49.507786 14 1,2-Cyclohexanediol 116 0.282200 2  2 30.481592 15 Trans-Caryophyllene 204 4.725199 0  0 66.742981 16 β -selinene 204 4.725199 0  0 66.742981 17 Caryophyllene 220 3.936399 0  1 66.263985 18 Apiin 564 -1.642400 8  14 130.192841 19 Apigenin 270 2.419599 3  5 70.813881 20 Rutin 610 -1.878800 10  16 137.495483 21 α -ionone 192 3.514099 0  1 60.082985
Ket: A = nilai massa atom relatif < 500 Da; B = nilai Log P < 5; C = Donor ikatan H < 5; D  = Akseptor ikatan H < 10; dan E : Molar Refraktifitas 40 – 130.

## Hasil Penambatan Molekuler Senyawa Ekstrak Seledri dan ACE2
Setelah preparasi, validasi dan uji lipinski, didapatkan 14 senyawa ekstrak seledri yang memenuhi  aturan  lipinski.  kemudian  dilakukan  penambatan  molekul  antara  14  ligan  uji ekstrak seledri dengan reseptor Angiotensin Converting Enzyme 2. Hasil proses penambatan ini meliputi nilai RMSD ( Root Mean Square Deviation ), energi ikatan bebas Gibbs (∆ Gibbs ). Nilai  dari  energi bebas  Gibbs  (∆G)  ligan ekstrak  seledri  memiliki  rentang  dari  -3.5 kkal/mol hingga – 5.8 kkal/mol sedangkan, e nergi ikatan bebas (∆G) ligan validasi yaitu ligan 4 sebesar -4.1 kkal/mol. Ligan senyawa dan juga reseptor berinteraksi dengan  energi yang paling kecil sehingga bagian molekul akan berada pada keadaan stabil  (Arwansyah. 2014). Nilai ∆G berbeda disebabkan adanya perbedaan proses ikatan antara ligan senyawa dengan asam  amino  pada  reseptor Angiotensin  Converting  Enzyme 2  sehingga  konformasi  yang terbentuk menentukan bentuk  geometri molekul yang dapat dikatakan paling stabil.
Nilai RMSD juga muncul dari hasil molecular docking. Ligan 4 digunakan sebagai validasi atau pembanding. Hasil docking menunjukkan  beberapa senyawa ekstrak seledri yang memiliki RMSD jauh lebih rendah dari ligan pembanding validasi yaitu P-Cymene dengan nilai RMSD 0.015  Å,  selanjutnya  senyawa Limonene dengan  nilai  RMSD  0.104  Å, Cis-Dihydrocarvone dengan nilai 0.110 Å, β -Myrcene dengan nilai 0.442 Å dan Nerol dengan nilai 1.036 Å.
Tabel 2. Hasil docking ligan senyawa ekstrak seledri No Senyawa RMSD (Å) ΔG (kkal/mol) 1 Ligan 4 validasi 1.037 -4.1 2 Apigenin 1.601 -5.8 3 Caryophyllene oxide 1.700 -4.7 4 Cis-Carveol 1.609 -3.9 5 Cis-Dihydrocarvone 0.110 -4.0 6 Linalool oxide 2.150 -3.9 7 Limonene 0.104 -3.9 8 Nerol 1.036 -3.5 9 P-Cymene 0.015 -4.0 10 P-Mentha-2,8-dien-1-ol 1.279 -3.9 11 P-Mentha-trans-2,8-dien-1-ol 1.953 -4.3 12 Trans-Caryophyllene 1.365 -4.8 13 α -Ionone 1.200 -4.5 14 β -Myrcene 0.442 -3.5 15 β -selinene 1.834 -4.8
Selanjutnya hasil docking dapat dilihat dari interaksi ligan dan residu asam amino pada ACE2. Jenis interaksinya ada 3 yaitu ikatan hidrogen, dan ikatan hidrofobik (Arwansyah dan Hasrianti, 2014). Ikatan H merupakan interaksi tarik diantara molekul yang ada pada atom H dengan atom N, O, atau F. Ligan 4 validasi berinteraksi dengan bagian reseptor menggunakan ikatan  H  pada  residu  dari  asam  amino  ACE2  diantaranya  GLN 96 dan  ASN 90 .  Pada  ligan  uji terdapat  interaksi  dengan  reseptor  melalui  jenis  ikatan  hidrogen  diantaranya Apigenin (GLN 96 ), Cis-carveol (GLN 96 ) ,  limonene (GLN 96 ), P-Mentha-2,8-dien-1-ol (GLN 96 ), P-Mentha- trans-2,8-dien-1-ol (GLN 96 ) dan α -Ionone (ASN 90 , LYS 26 ) yang memiliki 1 residu asam amino yang sama persis pada ligan 4 validasi.
Tabel 3. Interaksi dari residu asam amino ACE2 dan senyawa ligan No. Ligan Interaksi Residu Asam Amino Ikatan Hidrogen Ikatan Hidrofobik 1 Ligan 4 ASN 90 , GLN 96 VAL 93 , LYS 26 , PRO 389 , THR 92 2 Apigenin GLN 96 PRO 389 ,LYS26, VAL 93 , THR 92 3 Caryophyllene oxide ASP 30 , LYS 26 , VAL 93 , THR 92 , PRO 389 4 Cis-Carveol GLN 96 LEU 29 , LYS 26 , VAL 93 , PRO 389 5 Cis-Dihydrocarvone LYS 26 , PRO 389 , THR 92 , VAL 92 6 Linalool oxide LYS 26 , VAL 93 , LEU 29 , PRO 289 , THR 92 7 Limonene GLN 96 PRO 389 , THR 92 , VAL 93 , LYS 26 8 Nerol LYS 26 , VAL 93 , THR 92 , PRO 389 9 P-Cymene LYS 26 , LEU 29 , VAL 93 , THR 92 , PRO 389 10 P-Mentha-2,8-dien-1-ol GLN 96 LEU 29 , VAL 93 , LYS 26 , PRO 389 11 P-Mentha-trans-2,8-dien- 1-ol GLN 96 PRO 389 , LYS 26 , VAL 93 12 Trans-Caryophyllene 13 α -Ionone ASN 90 , LYS 26 LEU 29 , VAL 93 , THR 92 14 β -Myrcene PRO 389 , THR 92 , VAL 93 , LYS 26 15 β -selinene VAL 93 , LYS 26 , GLN 96 , THR 92 , PRO 389
080 | Fadillah et al. Potensi Senyawa Ekstrak Tanaman Seledri Sebagai Inhibitor
Ikatan  atau  interaksi  hidrofobik  juga  menentukan    stabilitas  kompleks  ligan  dan reseptor.  Ikatan  ini  memiliki  peran  dalam  menentukan  kestabilan  ikatan  dari  ligan  dan reseptor,  yaitu  menjauhi  lingkungan  berair  dan  agak  terakumulasi  dalam  struktur  protein yang bentuknya globular. Adanya ikatan hidrofobik dapat mengurangi interaksi bagian residu non  polar  dengan  air  (Arwansyah  et  al.  2014).  Ligan  pembanding  juga  berikatan  dengan reseptor melalui gaya hidrofobik pada bagian residu asam amino, misal LYS 26 , THR 92 , PRO 389 dan  VAL 93 .  Pada  Tabel  3  terlihat  hampir  seluruh  ligan  senyawa  aktif  ekstrak  seledri berinteraksi  pada  residu  dari  asam  amino  enzim  ACE2  yang  sama  dengan  ligan pembanding/validasi.

## Hasil Analisis Terpilih
Hasil analisis molekuler docking senyawa aktif ekstrak seledri dan ACE2, terdapat 6 ligan uji  yang  mempunyai  energi  Gibbs,  nilai  RMSD  dan  residu  struktur  asam  amino  nilainya mendekati  bahkan  lebih  rendah  dari  ligan  pembanding  4  diantaranya  yaitu Apigenin,  Cis- carveol, Limonene, P-Mentha-trans-2,8-dien-1-ol, P-Mentha-2,8-dien-1-ol dan α -Ionone. Dari ke 6 senyawa tersebut terpilih senyawa Limonene sebagai senyawa terbaik. Hal ini dikarenakan senyawa Limonene memiliki prediksi paling baik dalam menghambat aktivitas enzim, dilihat dari  energi  ikatan  bebas  Gibbs  sebesar  -3,9  kkal/mol  yang  lebih  besar  0,2  kkal/mol dibandingkan dengan ligan 4 validasi dan nilai RMSD 0,104 Å jauh di bawah nilai RMSD ligan 4 validasi. Hal ini juga sesuai Kumar et al. (2020) menjelaskan  minyak esensial geranium dan lemon dan senyawa utamanya, sitronelol, geraniol, limonene, linalool, dan neryl asetat dapat menurunkan regulasi ekspresi ACE2 dalam sel epitel, sehingga menghalangi masuknya virus ke sel inang. Meskipun sifat-sifat ini cukup baik secara in silico, studi lebih lanjut tentang studi in vitro dan klinis yang berhubungan dengan SARS-CoV-2 harus dipertimbangkan untuk studi lebih lanjut.

## KESIMPULAN
Berdasarkan analisis ditemukan 14 dari 20 senyawa dalam ekstrak seledri memenuhi aturan Lipinski seperti α - ionone, apigenin, Caryophyllene, β -selinene, nerol, Cis-Carveol, linalool, Cis-Dihydrocarvone,  P-Mentha-2,8-dien-1-ol,  P-Mentha-trans-2,8-dien-1-ol,  Limonene,  P- Cymene,  β -Myrcene,  Trans-Caryophyllene .    Proses  docking  dipilih  enam  senyawa  yang diprediksi mempunyai potensi sebagai penghambat ACE2 dengan nilai energi  Gibbs (∆G), nilai RMSD,  dan  residu  asam  amino  yang  berkontribusi  terhadap  ikatan  hidrofobik  dan pembentukan  ikatan  H  nilainya  hampir  mirip  bahkan  lebih  baik  dari  dari  ligan pembanding/validasi  4  yaitu  senyawa Limonene,  Apigenin,  Cis-Carveol,  P-Mentha-trans-2,8- dien-1- ol, α -Ionone dan P-Mentha-2,8-dien-1-ol . Senyawa Limonene disimpulkan merupakan ekstrak seledri terbaik yang mampu bertindak sebagai inhibitor ACE2   Secara keseluruhan senyawa ekstrak seledri dapat mencegah ikatan ACE2 dan virus SARS CoV2.

## DAFTAR PUSTAKA
Abdelli, I., Faiçal, H., Sohayb, B. B. & Said, G. (2020). In silico study the inhibition of Angiotensin converting  enzyme 2  receptor  of  COVID-19  by Ammoides  80erticillate components harvested  from  Western  Algeria. Journal  of  Biomolecular  Structure  and  Dynamics, 39(9), 3263 – 3276.
Arwansyah,  &  Hasrianti.  (2014).  Simulasi  molecular  docking  senyawa  kurkumin  dan analoginya sebagai selective androgen reseptor modulator (sarms) pada kanker prostat. Jurnal Dinamika, 5(2), 60-75.
Arwansyah,  Laksmi,  A.  &  Tony  I.  S.  (2014).  Simulasi  Docking  Senyawa  Kurkumin  dan Analognya  Sebagai  Inhibitor  Reseptor  Androgen  pada  Kanker  Prostat  [Skripsi,  Institut Pertanian Bogor]. IPB University Scientific Repository
Baber,  J.  C.,  David  C.  T.,  Jason  B.  C.,  &  Chiristine  H.  (2009).  Gard:  A  Generally  Applicable Replacement For Rmsd. Journal Chem Info, 49, 1889 -1900 .
Dona, R., Frimayanti, N., Ikhtiarudin, I., Iskandar, B., Maulana, F. dan Silalahi, N.T. (2019). Studi In  Silico,  Sintesis,  dan  Uji  Sitotoksik  Senyawa  P-Metoksi  Kalkon  Terhadap  Sel  Kanker Payudara MCF-7. Jurnal Sains Farmasi dan Klinis, 6(3), 243-249.
Ekins,  S.,  Mestres,  J.  and  Testa,  B.  (2007).  In  silico  pharmacology  for  drug  discovery: applications to targets and beyond. British Journal of Pharmacology, 152(1), 1-10.
Fitrilia, T., Kurniawan, M. F., Kurniawati, F. R., & Setiawan, T. (2020). The Potential of Butterfly Pea Flower Methanol Extract as an Antioxidant by In Silico. Indonesian Journal of Applied Research, 1(3), 163-169 . https://doi.org/10.30997/ijar.v1i3.64
Imanudin,  N.,  Kurniawan,  M.,F,  dan  Rohmayanti,  T.  (2022).  Potensi  Senyawa  Aktif  Ekstrak Kayu Manis Padang (Cinnamomum burmanii) sebagai Inhibitor Enzim Aldose Reduktase secara Molekuler Docking. Jurnal Riset Sains dan Teknologi , 6(2), 171-179.
Kementerian Kesehatan. (2022). Situasi COVID 19. KEMKES. https://www.kemkes.go.id/ [ 1- 11-2022].
Koentjoro,  M.P.,  Adyan,  D.,  &  Endry  N.P.  (2020).  Potensi  senyawa  bioaktif  tanaman  kelor penghambat interaksi Angiotensin-converting enzyme2 pada sindroma SARS-CoV-2. Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesi, 7(2), 259:270.
Kumar, K. J. S., M. Gokila V., Chung S. W., Chia C. C., Yu C.C., Li P.L., Ching H. H., Chien S. L., & Sheng  Y.W.  (2009).  Geranium  and  Lemon  Essential  Oils  and  Their  Active  Compounds Downregulate  Angiotensin-Converting  Enzyme  2  (ACE2),  a  SARS-CoV-2  Spike  Receptor- Binding Domain, in Epithelial Cells. Plant (Basel), 19;9(6):770.
Lipinski,  C.  A.  (2001).  Lead  and  drug  like  compounds  :  the  rule  of  five  resolution. Drug Discovery Today: Technologies, 1(4): 337-341.
Liu, D.K., Cong, C.X., Lu, Z., Hui, M., Xu, J.C., Yu, C.S. & Hong, Z.Z. (2020). Evaluation of Bioactive Components and Antioxidant Capacity of Four Celery (Apium Graveolens L.) Leaves And Petioles. International Journal of Food Properties, 23(1): 1097-1109.
Muchtaridi, & M. Yusuf. (2018). Teori dan Praktek Penambatan Molekul (Molecular Docking). Unpad Press.
Setiawan,  T.  (2015).  Studi  molecular  docking  ekstrak kurkuminoid asal  wonogiri  sebagai inhibitor  enzim  DNA topoisomerase II.  [Tesis,  Institut  Pertanian  Bogor].  IPB  University Scientific Repository
Towler, P., Bart, S., Sridhar, G. P., Saurabh, M., Jin, T., Thomas, P., Dominic, R., Martin, F., David, W., Natalie, A. D., Michael, A. P., & Michael, W. P. (2004). ACE2 X-Ray Structures Reveal a Large Hinge-bending Motion Important for Inhibitor Binding and Catalysis. J. Biol. Chem. 279:17996-18007.
Utami, C. A. (2020). Formulasi Spray Gel Minyak Atsiri Daun Seledri ( Apium Graveolens L. ) Dan Uji Aktivitas Antibakteri Terhadap Staphylococcus Aureus Atcc 25923 [Skripsi, Universitas Islam Indonesia ]. Universitas Islam Indonesia, Yogyakarta .