AMINO ACIDS COMPOSITION OF NON- STRUCTURAL PROTEIN  IN SARS-CoV-2 THE CAUSE OF COVID-19 PANDEMIC

## Suprianto*, Ni Kadek Dewi Permatasari**, Gusti Ayu Kadek Yunita Safitri
Program Studi Pendidikan Biologi, Universitas Tadulako, Palu, 94148, Indonesia
E-mail: *supriantoupick28@gmail.com; ** dpermata683@gmail.com
Received: 29 September 2020. Accepted: 22 Januari 2021. Published: 30 Januari 2021 DOI: 10.30870/educhemia.v6i1.9220
Abstract: The  transmission  of  COVID-19  is  one  of  the  global  problems  that  has  caused many deaths. This pandemic was caused by SARS-CoV-2, which has several non-structural proteins  (nsp1-nsp16).  The  non-structural  proteins  in  SARS-CoV-2  have  different  amino acid compositions. The purpose of this study was to analyze the amino acid composition of SARS-CoV-2. This study used computational methods in silico analysis to analyze the amino acid  composition  of  the  target  protein.  The  target  protein  sequence  database  was  obtained from the NCBI website with the identity number NC_045512.2. Non-structural protein with the shortest amino acid length is owned by nsp7 (83 aa) with a molecular weight of 9239.34 Daltons,  nsp9  (113  aa)  with  a  molecular  weight  of  12377.54,  and  nsp1  (180  aa)  with  a molecular  weight  of  19774.35,  while  non-structural  proteins  with  amino  acid  composition the longest is found in nsp3 (1945 aa) with a molecular weight of 217241.50 Daltons, nsp12 (932 aa) with a molecular weight of 106654.88 Daltons and nsp2 (638 aa) with a molecular weight  of  70507.81  Daltons.  The  amino  acid  composition  of  each  target  protein  varies  in length, weight, and frequency. Information obtained from this reasearch result can be used as the basis for studying the characteristics of the non-structural protein in SARS-CoV-2, which causes the COVID-19 pandemic based on the composition of the constituent amino acids.
Keywords: COVID-19; SARS-CoV-2; In Silico
Abstrak: Penularan COVID-19 menjadi salah satu permasalahan global yang menyebabkan banyak  kematian.  Pandemi  ini  diakibatkan  oleh  SARS-CoV-2,  yang  memiliki  beberapa protein  non  struktural  (nsp1-nsp16).  Protein  non  struktural  pada  SARS-CoV-2  mempunyai perbedaan  komposisi  asam  amino.  Tujuan  penelitian  ini  adalah  untuk  menganalisis komposisi  asam  amino  pada  SARS-CoV-2.  Penelitian  ini  menggunakan  metode  komputasi dengan  analisis  secara  in  silico  untuk  menganalisis  komposisi  asam  amino  protein  target, database  sekuens  protein  target  diperoleh  dari  situs  NCBI  dengan  nomor  identitas NC_045512.2.  Protein  non  struktural  dengan  panjang  asam  amino  paling  pendek  dimiliki oleh  nsp7  (83  aa)  dengan  berat  molekul  9239.34  Daltons,  nsp9  (113  aa)  dengan  berat molekul 12377.54 dan nsp1 (180 aa) dengan berat molekul 19774.35, sedangkan protein non struktural  dengan  komposisi  asam  amino  paling  panjang  terdapat  pada  nsp3  (1945  aa) dengan berat molekul 217241.50 Daltons, nsp12 (932 aa) dengan berat molekul 106654.88 Daltons dan nsp2 (638 aa) dengan berat molekul 70507.81 Daltons. Komposisi asam amino
masing-masing  protein  target  memiliki  variasi  panjang,  berat  dan  frekuensi  yang  berbeda- beda.  Informasi  yang  didapat  dari  hasil  penelitian  dapat  menjadi  bahan  dasar  untuk mempelajari  karakteristik  protein  non  struktural  pada  SARS-CoV-2  penyebab  pandemi COVID-19 berdasarkan komposisi asam amino penyusunnya.
Kata kunci: COVID-19, SARS-CoV-2, In Silico

## PENDAHULUAN

## Penyakit yang diakibatkan oleh virus
Severe    Acute    Respiratory    Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)  penyebab pandemi  COVID-19  merupakan  infeksi virus  yang  mudah  menular  dan  pertama kali  ditemukan  di  wuhan,  Cina  dan menyebar  di  seluruh  dunia  (Shereen  et al., 2020). Penularan COVID-19 menjadi salah  satu  permasalahan  global  yang menyebabkan  kematian,  menurut  data vilogenik  perkembangan  COVID-19 selanjutnya menunjukkan penularan antar manusia  ( Human  to  human )  yaitu diprediksi  melalui droplet dan  kontak dengan  virus  yang  dikeluarkan  dalam droplet .  Adanya diagnosis atau  kasus terkonfirmasi  ditentukan  berdasarkan hasil  pemeriksaan  ekstraksi  RNA  Virus SARS-CoV-2  menggunakan reverse transcription  polymerase  chain  reaction (RT-PCR)  untuk  mengekstraksi  2  gen SARS-CoV-2 (Handayani et al., 2020).
SARS-CoV2  adalah  virus  RNA beruntai tunggal milik keluarga Coronavirus  selain  memilki  protein  non struktural.  Dalam  mediasi  terjemahan
serta  replikasi  RNA  virus  protein  non- struktural  memegang  peran  penting. Pengkodean protein non-struktural corona  virus  oleh open  reading  frame (ORF)  1ab.  Ini  termasuk  nsp1-4;  3C seperti proteinase; nsp6-10; RNA polymerase  tergantung  RNA  (RdRp); helikase  dan  eksonuklease  3'-5  '(Begum et al., 2020). Orf1a dan Orf1b mengkode poliprotein  yang  dibelah  menjadi  enam belas  protein  non  struktural  (nsp1-16) yang membentuk kompleks replikase/transkriptase (RTC)
(Chaudhuri, 2020).
Protein  non  struktural  pada  SARS- CoV2  (nsp1-nsp16)  memiliki  perbedaan panjang  dan  komposisi  asam  amino, sehingga  perlu  untuk  dikaji  lebih  lanjut dalam pemecahan masalah yang disebabkan  oleh  COVID-19  ditingkat molekuler.  Asam  amino  merupakan senyawa  organik  penyusun  protein  pada mahluk  hidup,  seperti  pada  virus  SARS- CoV-2  yang  tersusun  dari  protein  non struktural.  Protein  adalah  polimer  dari asam amino. Semua organisme menggunakan  20  asam  amino  alami
normal  yang  sama  sebagai  unit pembangun  suatu  molekul  protein (Azhar, 2016). Sehingga komposisi asam amino  menjadi  salah  satu  parameter penting  yang  dapat  digunakan  dalam mengkaji  perbedaan  suatu  sifat  dan fungsi biokimia protein.
Mengkaji  komposisi  asam  amino dapat dilakukan melalui metode komputasi.
Metode
komputasi menggunakan  analisis  secara in  silico (Suprianto  et  al.,  2020)  yang  merupakan metode  riset  dengan  memanfaatkan teknologi  komputasi  dan database untuk mengembangkan  penelitian  lebih  lanjut.
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis  komposisi  asam  amino protein non struktural pada SARS-CoV-2 berbasis  komputasi  dalam  menjelaskan variasi jenis asam amino. Informasi yang didapatkan  dari  hasil  penelitian  dapat menjadi  bahan  dasar  untuk  mempelajari karakteristik  protein  non  struktural  pada SARS-CoV-2 penyebab pandemi COVID-19  berdasarkan  komposisi  asam amino penyusunnya.

## METODE
Penelitian  ini  dilakukan  dengan menggunakan  perangkat  lunak  Bioedit versi  2.7.5  untuk  menganalisis  data  dari penelusuran sequence protein target pada
situs National  Center  Biotechnology Information (NCBI)  yang  dapat  diakses
secara online melalui laman
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.  Metode yang  digunakan  dalam  penelitian  adalah metode komputasi melalui analisis secara in  silico , sequence yang  digunakan merupakan  protein  non  struktural  pada
SARS-CoV-2 penyebab pandemi COVID-19 dengan nomor akses NC_045512.2 . Sequence yang digunakan merupakan genome complete hasil isolasi Wuhan-Hu-1  dari  penelitian  sebelumnya (Wu  et  al.,  2020)  dan  dapat  diakses secara gratis di GenBank .
Analisis in  silico menjadi  bagian analisis  data,  selain memiliki free akses yang memudahkan  penelitian (Faridah et al.,  2019),  analisis  tersebut  telah  mampu menyediakan data yang sangat informatif secara detil ditingkat molekuler (Suprianto et al., 2020) dari berbagaimacam database urutan  asam amino atau urutan nukleotida yang ada di GenBank . Protein target dari nomor akses NC_045512.2 memiliki database protein
non  struktural,  protein  yang  dianalisis terdiri dari 16 protein non struktural pada SARS-CoV-2 (nsp1-nsp16). Protein target yang digunakan dapat dilihat pada Tabel 1.
Tabel 1. Protein Target
No Protein Nomor Akses 1 nsp1 YP_009725297.1 2 nsp2 YP_009725298.1 3 nsp3 YP_009725299.1 4 nsp4 YP_009725300.1 5 nsp5 YP_009725301.1 6 nsp6 YP_009725302.1 7 nsp7 YP_009725303.1 8 nsp8 YP_009725304.1 9 nsp9 YP_009725305.1 10 nsp10 YP_009725306.1 11 nsp11 YP_0097253012.1 12 nsp12 YP_009725307.1 13 nsp13 YP_009725308.1 14 nsp14 YP_009725309.1 15 nsp15 YP_009725310.1 16 nsp16 YP_009725311.1

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Penentuan Sequence Target Sequence target ditentukan
menggunakan software NCBI yang dapat
diakses secara online dengan
memasukkan keyword “COVID-19” pada
menubar searching .  Hasil  penelusuran sequence target  menunjukkan  bahwa protein dengan nomor akses NC_045512.2  merupakan  target  yang akan  dianalisis  lebih  lanjut  mengenai perbedaan  komposisi  asam  amino  dari protein  non  struktural  (Gambar  1).
Gambar 1. Sequence Target
Sequence Target

## Analisis Komposisi Asam Amino Protein Target
Terdapat  sekitar  16  protein  non struktural  yang  dihasilkan  oleh  SARS- CoV-2  dan  memiliki  perbedaan  tertentu dari  segi  komposisi  asam  amino  (Wu  et al.,  2020).  Komposisi  asam  amino dianalisis  menggunakan  Bioedit  versi 7.2.5  untuk  menjelaskan  beberapa parameter  yang  dapat  dikaji  lebih  luas mengenai  panjang  asam  amino,  berat molekul  per  protein  dan  variasi  jumlah asam  amino  penyusun  protein  target (Suprianto  et  al.,  2020).  Berdasarkan
hasil  pemeriksaan sequence target  pada identical  protein target  di  NCBI diperoleh  sebanyak  16  jenis  protein  non struktural  pada  SARS-CoV-2  (Tabel  1). Keseluruhan  protein  target  memiliki variasi  panjang sequence yang  berbeda- beda  sehingga  sangat  menarik  untuk dianalisis  mengenai  panjang  dan  berat molekul  protein  target  (Tabel  2).  Berat molekul  dan  komposisi  asam  amino dalam  polipeptida  penyusun  protein sangatlah  berperan  penting  dalam membangun  struktur  protein  (Sugiyono, 2004).
Tabel 2. Deskripsi Protein Target No Protein Length (aa) Molecular Weight (Daltons) 1 nsp1 180 19774.35 2 nsp2 638 70507.81 3 nsp3 1945 217241.50 4 nsp4 500 56180.99 5 nsp5 306 33795.01 6 nsp6 290 33031.98 7 nsp7 83 9239.34 8 nsp8 198 21879.86 9 nsp9 113 12377.54 10 nsp10 139 14789.25 11 nsp11 346 38811.44 12 nsp12 932 106654.88 13 nsp13 601 66851.35 14 nsp14 527 59812.72 15 nsp15 346 38811.44 16 nsp16 298 33321.55
Protein  non  struktural  dengan panjang  asam  amino  paling  pendek dimiliki  oleh  nsp7  (83  aa)  berfungsi sebagai primase, nsp9 (113 aa) berfungsi untuk  memediasi  replikasi  virus (Ah  et al.,  2020) dan  nsp1  (180  aa)  berfungsi dalam  menurunkan  respon  imun  bawaan
inang  terhadap  infeksi  CoV (Narayanan et  al.,  2015)  sedangkan  protein  non struktural dengan komposisi asam amino paling  panjang  terdapat  pada    nsp2  (638 aa)  berfungsi  dalam  mempertahankan mitokodria  sel  agar  tetap  hidup,  nsp12 (932  aa)  berfungsi  dalam  replikasi  dan
transkripsi  genom  RNA  virus (Ah  et  al.,
2020) dan nsp3 (1945 aa) berperan dalam mempromosikan  ekspresi  sitokin  dan pembelahan poliprotein (Astuti & Ysrafil,
2020).
Hasil  analisis  menunjukkan  bahwa setiap  protein  target  memiliki  jumlah
persentase  asam  amino  berbeda-beda, dikarenakan  panjang sequence masing- masing  protein  tidak  sama.  Hasil  yang diperoleh  meliputi  data  perbandingan jumlah  jenis  asam  amino  per  protein (Tabel 3).
Tabel 3. Perbandingan Jumlah Jenis Asam Amino Protein Nonstruktural pada SARS-CoV-2
N o Protei n Jenis Asam Amino Al a Cy s As p Gl u Ph e Gl y Hi s Il e Ly s Le u Me t As n Pr o Gl n Ar g Se r Th r Va l Tr p Ty r 1 nsp1 7 1 9 18 5 22 7 3 9 21 3 6 8 7 10 10 7 21 1 5 2 nsp2 44 27 20 54 30 49 9 4 0 51 60 10 31 22 18 19 36 46 46 7 19 3 nsp3 12 6 51 10 3 11 9 80 98 35 9 7 14 0 17 8 37 11 3 74 68 45 13 9 16 4 16 5 18 95 4 nsp4 36 16 22 15 37 27 9 3 0 17 49 9 21 20 9 20 38 41 46 6 32 5 nsp5 17 12 17 9 17 26 7 1 1 11 29 10 21 13 14 11 16 24 27 3 11 6 nsp6 20 10 8 3 22 15 4 1 6 12 41 17 10 7 7 9 17 21 28 6 17 7 nsp7 5 3 5 5 1 1 1 2 6 15 4 3 0 6 2 10 4 9 1 0 8 nsp8 28 2 13 9 5 3 0 1 0 15 18 9 13 6 11 7 15 13 13 2 6 9 nsp9 10 3 6 3 4 9 0 2 7 15 2 7 6 4 6 5 12 6 1 5 10 nsp10 13 13 7 4 5 13 3 4 8 8 4 7 8 6 2 6 13 9 1 5 11 nsp11 16 5 23 23 21 22 6 2 3 25 29 5 17 14 15 9 20 21 38 3 11 12 nsp12 64 29 75 31 57 45 27 3 3 51 83 25 56 30 28 43 53 61 74 9 58 13 nsp13 46 26 29 23 24 32 12 2 9 34 50 8 30 30 18 30 40 50 53 3 34
14 nsp14 35 23 34 16 30 30 20 2 5 30 40 13 28 26 16 22 28 32 44 10 25
15 nsp15 16 5 23 23 21 22 6 2 3 25 29 5 17 14 15 9 20 21 38 3 11 16 nsp16 20 5 18 8 11 20 5 1 8 18 32 12 21 10 12 9 23 18 19 7 12 Asam  amino  berperan  penting  bagi kehidupan  setiap  organisme  sebagai pembentukan    protein,  enzim,  dan berperan
dalam metabolisme.
Pembentukan  protein  tersusun  clari  20 asam  amino  yang  dlikenal  dengan sebutan  proteinogenik,  asam  amino tersebut  adalah  glisin,  alanin,  valin, leusin,  isoleusin,  serin,  treonin,  asam aspartat,  asam  glutamat,  asparagin, glutamin,  lisin,  arginin,  histidin,  sistein,
metionin, prolin, fenilalanin, tirosin, clan triptofan (Kiptiyah,  2018).  Jenis  asam amino  paling  banyak  yang  menyusun nsp1 terdiri dari Glu (E), Leu (L) dan Gly (G),  sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit yang menyususn nsp1 terdiri dari Cys  (C)  dan  Trp  (W).  Jenis  asam  amino paling  banyak  yang  menyusun  nsp2 terdiri dari  Lys (K), Glu (E) dan Leu (L), sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit yang menyususn nsp2 terdiri dari
Trp  (W)  dan  His  (H).  Jenis  asam  amino paling  banyak  yang  menyusun  nsp3 terdiri dari Ser (S), Thr (T), Val (V) dan Leu  (L),  sedangkan  jenis  asam  amino paling  sedikit  yang  menyususn  nsp3 terdiri  dari  Trp  (W)  dan  His  (H).  Jenis asam  amino  paling  banyak  yang menyusun  nsp4  terdiri  dari  Thr  (T),  Val (V)  dan    Leu  (L),  sedangkan  jenis  asam amino  paling  sedikit  yang  menyusun nsp4  terdiri  dari  Trp  (W)  dan    His  (H), Met (M) dan Gln (Q). Jenis asam amino paling  banyak  yang  menyusun  nsp5 terdiri dari Gly (G), Val (V) dan Leu (L), sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit  yang  menyusun  nsp5  terdiri  dari Trp  (W)  dan  His  (H).  Jenis  asam  amino paling  banyak  yang  menyusun  nsp6 terdiri  dari  Val  (V)  dan  Leu  (L), sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit yang menyususn nsp6 terdiri dari Glu  (E)  dan  Trp  (W).  Jenis  asam  amino paling  banyak  yang  menyusun  nsp7 terdiri dari Val (V), Ser (S) dan Leu (L), sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit yang menyususn nsp7 terdiri dari Pro  (P)  dan  Tyr  (Y),  His  (H),  Gly  (G), Phe (F) dan Trp (W).
Variasi  jenis  asam  amino  yang menyusun  protein  non  struktural  pada SARS-CoV-2 dapat mempengaruhi fungsi  tertentu  dari  protein  tersebut. Kombinasi  asam  amino    menghasilkan
protein dengan urutan residu asam amino tertentu  yang  akan  menentukan  sifat  dan fungsi  suatu  protein,  perbedaan  suatu protein  dengan  protein  lainnya  terletak pada  komposisi  asam  amino  terkait jumlah  dan  urutan  residu  asam  amino (Azhar,  2016).  Berdasarkan  penelitian yang  dilakukan  oleh  Suprianto  & Budiarsa,  (2020),  bahwa  stabilitas    nsp1 memiliki    potensi    yang    sangat  baik dibandingkan  nsp2 untuk  dikembangkan lebih    lanjut    sebagai    vaksin.    Hal  ini dikaji  melalui  validasi  struktur  tersier nsp1  dan  nsp2  berdasarkan  urutan  asam amino  yang  dianalisis  secara in  silico . Regulasi  nsp1  hingga  nsp16  diduga memiliki perbedaan, salah satu penyebabnya  adalah  ada  variasi  urutan asam  amino  yang  tidak  sama.  Regulasi nsp2    hingga    nsp16    berbeda  dengan nsp1,  didalamnya  terkandung  berbagai enzim   dengan fungsi   tertentu,   seperti de-ubiquitination,    protease,    helicase, polimerase,  exo-  dan      endonuclease, dan      N7-dan      2'O-metiltransferase (V’kovski et al., 2019).
Jenis  asam  amino  paling  banyak yang menyusun nsp8 terdiri dari Lys (K) dan  Ser  (S),  Leu  (L)  dan  Ala  (A), sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit yang menyususn nsp8 terdiri dari His (H), Cys (C) dan Trp (W). Jenis asam amino  paling  banyak  yang  menyusun
nsp9 terdiri dari Ala (A), Thr (T) dan Leu (L),  sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit yang menyususn nsp9 terdiri dari His  (H)  dan  Trp  (W).  Jenis  asam  amino paling  banyak  yang  menyusun  nsp10 terdiri dari Ala (A), Cys (C), Gly (G) dan Thr  (T),  sedangkan  jenis  asam  amino paling  sedikit  yang  menyususn  nsp10 terdiri  dari  Trp  (W)  dan  Ser  (S).  Jenis asam  amino  paling  banyak  yang menyusun nsp11 terdiri dari Lys (K), Leu (L)  dan  Val  (V),  sedangkan  jenis  asam amino  paling  sedikit  yang  menyususn nsp11  terdiri  dari  Cys  (C)  dan  Met  (M). Jenis  asam  amino  paling  banyak  yang menyusun nsp12 terdiri dari Val (V), Asp (D)  dan  Leu  (L),  sedangkan  jenis  asam amino  paling  sedikit  yang  menyususn nsp12 terdiri dari Trp (W) dan Met (M). Jenis  asam  amino  paling  banyak  yang menyusun nsp13 terdiri dari Val (V), Leu (L)  dan  Thr  (T),  sedangkan  jenis  asam amino  paling  sedikit  yang  menyususn nsp13 terdiri dari Trp (W) dan Met (M). Jenis  asam  amino  paling  banyak  yang menyusun nsp14 terdiri dari Asp (D), Ala (A)  dan  Val  (V),  sedangkan  jenis  asam amino  paling  sedikit  yang  menyususn nsp14 terdiri dari Met (M) dan Trp (W). Jenis  asam  amino  paling  banyak  yang menyusun nsp15 terdiri dari Lys (K), Leu (L)  dan    Val  (V),  sedangkan  jenis  asam amino  paling  sedikit  yang  menyususn
nsp15 terdiri dari  Trp (W), Cys (C) dan Met  (M).  Jenis  asam  amino  paling banyak yang menyusun nsp16 terdiri dari Asn  (N),  Leu  (L),  Ala  (A)  dan  Gly  (G), sedangkan  jenis  asam  amino  paling sedikit yang menyususn nsp16 terdiri dari Cys (C) dan His (H).
Berdasarkan  hasil  analisis  secara keseluruhan (nsp1-nsp16) terdapat beberapa  asam  amino  yang  memiliki frekuensi  paling  banyak.  Asam  amino yang  memiliki  frekuensi  paling  banyak dalam  menyusun  protein  non  struktural pada  SARS-CoV-2  diantaranya  adalah asam amino Leu (L) salah satu fungsinya adalah  menyediakan  cadangan  energi, asam  amino  Val  (V)  memiliki  peran sebagai  prekursor  glukogenik  dan mendukung    pertumbuhan,  asam  amino Trp  (W)  salah  satu  fungsinya  adalah menjaga  keseimbangan  protein (Chabibi et  al.,  2017). Sedangkan  frekuensi  asam amino  paling  sedikit  dalam  menyusun protein non struktural pada SARS-CoV-2 diantaranya  adalah  asam  amino  Trp  (W) sebagai  penghasil    serotonin  yang berperan  utama  dalam  neurotransmitter (Moriska  et  al.,  2016),  asam  amino  His (H) berfungsi dalam proses pertumbuhan dan  dapat    memperbaiki  jaringan  tubuh yang  rusak (Chabibi  et  al.,  2017),  asam amino  Cys  (C)  berfungsi  dalam meningkatkan  pertahanan  dan  fungsi
kekebalan  tubuh (Abdullah  et  al.,  2013) dan asam amino Met (M) berperan dalam proses  pemecahan  lemak  (Chabibi  et  al., 2017).
Fungsi  beberapa  asam  amino  dikaji berdasarkan  penelitian  terdahulu  yang merupakan  bagian  paling  umum  dalam menjelaskan  struktur  dan  fungsi  asam amino,  informasi  penting  mengenai fungsi  asam  amino  sebagai  penyusun protein non struktural pada SARS-CoV-2 masih  sangat  jarang  dikaji.  Sehingga hasil  dari  penelitian  ini  berperan  dalam menyediakan  informasi  dasar  untuk menjelaskan  studi  terkait  fungsi  spesifik asam  amino  protein  non  struktural  pada SARS-CoV-2. Jenis asam amino penyusun  protein    non  struktural  pada SARS-CoV-2  mempunyai  variasi  jenis asam amino (Wu et al., 2020), perbedaan jenis  asam  amino  ditinjau  berdasarkan frekuensi, berat dan panjang urutan asam amino  protein  target.  Perbedaan  urutan asam  amino  diduga  akibat  adanya evolusi,  ragam  variasi  asam  amino menunjukkan  sifat  yang  berbeda-beda (Hidrofobik  dan  Hidrofilik)  dan  hal  ini dapat  dipelajari  untuk  menjelaskan prediksi  struktur  protein  yang  akan menentukan fungsi tertentu suatu protein (Herman & Putri, 2015).

## KESIMPULAN
Terdapat  16  protein  non  struktural dengan  nomor  akses  berbeda-beda  yang dikaji  secara  komputasi  menggunakan analisis in  silico .  Protein  non  struktural dengan  komposisi  asam  amino  paling banyak  dimiliki  oleh  nsp3  (1945  aa) dengan berat molekul 217241.50 Daltons, nsp12  (932  aa)  dengan  berat  molekul 106654.88  Daltons  dan  nsp2  (638  aa) dengan  berat  molekul  70507.81  Daltons, sedangkan  protein  non  struktural  dengan komposisi  asam  amino  paling  sedikit adalah nsp7 (83 aa) dengan berat molekul 9239.34  Daltons,  nsp9  (113  aa)  dengan berat  molekul  12377.54  dan  nsp1  (180 aa)  dengan  berat  molekul  19774.35. Variasi jenis asam amino yang menyusun protein non struktural pada SARS-CoV-2 dapat  mempengaruhi  fungsi  tertentu protein  target  dalam  proses  penyebaran COVID-19 ditingkat molekuler, sehingga hal  ini  dapat  menjadi  bahan  dasar  untuk mempelajari  karakteristik  dan  fungsi spesifik  asam  amino  protein  non struktural  pada  SARS-CoV-2  penyebab pandemi COVID-19 berdasarkan komposisi asam amino penyusunnya.

## DAFTAR RUJUKAN
Abdullah,  A.,  Hidayat,  T.,  &  Yusefi,  V. (2013). Profil Asam Amino dan Asam Lemak  Kerang  Bulu  ( Anadara antiquata ). Masyarakat  Pengolahan
Hasil Perikanan Indonesia , 159(2).
Ah,  A.  K.,  NR,  H.,  M,  A.,  &  ST,  Z.
(2020). Preprocessing of the Candidate  Antiviral  Drugs  against COVID-19 in Models of SARS cov2 Targets. La Prensa Medica Argentina , 106 (2).
https://doi.org/10.47275/0032-745x-
240
Astuti, I., & Ysrafil. (2020). Severe Acute
Respiratory  Syndrome  Coronavirus  2
(SARS-CoV-2): An overview of viral structure and host response. Diabetes and  Metabolic  Syndrome:  Clinical Research  and  Reviews ,  14(4),  407–
412.
https://doi.org/10.1016/j.dsx.2020.04.
020
Azhar,  M.  (2016).  Biomolekul  SeL
Karbohidrat,  Protein,  dan  Enzim.
UNP Press, Padang, pp. 1-247.
Begum,  F.,  Mukherjee,  D.,  Das,  S., Thagriki, D., Tripathi, P. P., Banerjee, A.  K.,  &  Ray,  U.  (2020).  Specific mutations  in  SARS-CoV2  RNA dependent  RNA  polymerase  and helicase  alter  protein  structure, dynamics and thus function: Effect on
viral  RNA  replication. BioRxiv . https://doi.org/10.1101/2020.04.26.06 3024
Chabibi,  M.,  Puryatni,  A.,  &  Sujuti,  H.
(2017).  Hubungan  Kadar  Sistein  , Kadar Interleukin ( IL ) -1 dan Lama Hari  Rawat  pada  Anak  Gizi  Buruk. Jurnal  Kedokteran  Brawijaya ,  29(3),
249–254.
Chaudhuri,  A.  (2020).  Comparative analysis of non structural protein 1 of SARS-COV2  with  SARS-COV1  and MERS-COV:  An  in  silico  study. BioRxiv .
https://doi.org/10.1101/2020.06.09.14 2570
Faridah, F., Mumpuni, E., & Yunanto, Y. I.  (2019).  In-silico  Analysis  of Chemical  Compounds  in  Green  Tea Working  on  Activators  PPAR-γ  as Antiobesity. Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia , 17(2), 251. https://doi.org/10.35814/jifi.v17i2.76 3
Handayani,  D.,  Hadi,  D.  R.,  Isbaniah,  F.,
Burhan,  E.,  &  Agustin,  H.  (2020). Penyakit  Virus  Corona  2019. Jurnal Respirologi  Indonesia ,  40(2),  119–
129.
Herman,  R.,  &  Putri,  D.  H.  (2015).
Analisis  Struktur  Protein  Selubung Virus  Dengue  Serotipe  3  Pada
Genotipe  Yang  Sama  Dengan  Clade Berbeda. Jurnal  Biotek  Medisiana
Indonesia , 4(2), 43–50.
Kiptiyah,  K.  (2018).  Embriologi  Dalam
Al-Qur’an:  Kajian  Pada  Proses Penciptaan  Manusia. Ulul  Albab Jurnal  Studi  Islam ,  8(2),  163. https://doi.org/10.18860/ua.v8i2.6201
Moriska,  M.,  Lubis,  G.,  Herman,  R.  B.,
Moriska,  M.,  Lubis,  G.,  &  Herman, R. B. (2016). Hubungan antara Kadar Total  Triptofan  Plasma  dan  Indeks Massa  Tubuh  dengan  Gejala  Depresi dan  Skor. Sari  Pediatri ,  17(5),  373–
378.
Narayanan, K., Ramirez, S. I., Lokugamage,  K.  G.,  &  Makino,  S. (2015).  Coronavirus  nonstructural protein  1:  Common  and  distinct functions in the regulation of host and
viral gene expression. Virus Research , 202 , 89–100. https://doi.org/10.1016/j.virusres.201 4.11.019 Shereen,  M.  A.,  Khan,  S.,  Kazmi,  A.,
Bashir,  N.,  &  Siddique,  R.  (2020).
COVID-19 infection:
Origin, transmission,  and  characteristics  of human  coronaviruses. Journal  of
Advanced
Research . https://doi.org/10.1016/j.jare.2020.03. 005
Sugiyono.  2004, Kimia  Pangan .  Fakultas
Teknik, Universitas Negeri Yogyakarta, Indonesia.
Suprianto.,  Trianto,  M.,  Alam,  N.,  & Kirana,  N.  G.  A.  G.  C.  (2020). Karakter  Morfologi  dan  Analisis Daerah  Conserved  Gen  Elongation Factor 1α (EF1α) pada Lepidotrigona terminata. Metamorfosa:Journal  of Biological  Sciences ,  7(2),  30–39. https://doi.org/10.24843/metamorfosa
.2020.v07.i02.p05
Suprianto,  &  Budiarsa,  I.  M.  (2020).
COVID-19 : Analisis In-Silico
Struktur  Tersier  nsp1  dan  nsp2.
Jurnal Kesehatan Manarang , 2, 1–8.
Suprianto,  Budiarsa,  M.,  &  Dhafir,  F.
(2020).  3D  Structure  of  VP1 Structural Protein on Enterovirus A71 Using  Swiss-Model. Bioeduscience: Jurnal Pendidikan Biologi Dan Sains , 4(1), 37–47. https://doi.org/10.29405/j.bes/4137-
474353
V’kovski,  P.,  Gerber,  M.,  Kelly,  J.,
Pfaender,  S.,  Ebert,  N.,  Lagache,  S. B.,  Simillion,  C.,  Portmann,  J., Stalder, H., Gaschen, V., Bruggmann, R.,  Stoffel,  M.,  Heller,  M.,  Dijkman,
R., & Thiel, V. (2019). Determination of  host  proteins  composing  the microenvironment  of  coronavirus replicase  complexes  by  proximity- labeling.
Elife , 8, 1–30.
https://doi.org/10.7554/eLife.42037
Wu,  F.,  Zhao,  S.,  Yu,  B.,  Chen,  Y.  M.,
Wang, W., Song, Z. G., Hu, Y., Tao,
Z.  W.,  Tian,  J.  H.,  Pei,  Y.  Y.,  Yuan, M. L., Zhang, Y. L., Dai, F. H., Liu,
Y., Wang, Q. M., Zheng, J. J., Xu, L.,
Holmes,  E.  C.,  &  Zhang,  Y.  Z.
(2020). A new coronavirus associated with  human  respiratory  disease  in China. Nature ,  579(7798),  265–269. https://doi.org/10.1038/s41586-020- 2008-3.