Deteksi Bakteri Endofit Dan Pengaruh Microbacterium arborescens Terhadap Pertumbuhan Sorgum Manis ( Sorghum bicolor )
Riana Nindita Putri 1 
1 , Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada

## Abstract
This  research  aims  to  detect  the  presence  of  potential  endophytic  bacteria,  one  of  which  is Microbacterium arborescens and study the effects on the growth of local variants of sweet sorghum plants from farmers in Sleman, Yogyakarta. This research began with infection of Microbacterium arborescens bacteria on sorghum seeds. Sorghum plants were grown in sterile media for 14 days after germination to observe seven growth  parameters, including root length, number  of lateral roots, stem length, number of leaves, leaf length, wet weight, and dry weight. Analysis of sweet sorghum growth parameters based on the one way ANOVA statistical test. Samples of infected and uninfected sorghum plants in the roots, stems, and leaves were amplified for the 16s rRNA gene using Bioline PCR hotstart mix. The primers used are universal primer Primer 27 f (59-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-39) and 1492 r (59- TAC GGH TAC CTT GTT ACG ACT T-39). The root length and number of lateral  roots  between  sweet  sorghum  with  and  without Microbacterium  arborescens infection showed significant differences. The length of the control roots  was 9.24 cm, the treatment plants were 6.38 cm, the control plants had six treatment roots, and the treatment plants had ten lateral roots.
Keywords : sweet sorghum, Microbacterium arborescens , 16s rRNA gene, growth-promoting bacteria

## Abstrak
Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mendeteksi  keberadaan  bakteri  endofit  potensial,  salah  satunya Microbacterium  arborescens serta  mempelajari  pengaruh  yang  ditimbulkan  pada  pertumbuhan tanaman sorgum manis varian lokal dari petani di Sleman, Yogyakarta. Penelitian ini diawali dengan infeksi  bakteri Microbacterium  arborescens dan  ditumbuhkan  pada  media  steril  selama  14  hari setelah perkecambahan untuk diamati tujuh parameter pertumbuhan meliputi panjang akar, jumlah akar  lateral,  panjang  batang,  jumlah  daun,  panjang  daun,  berat  basah,  dan  berat  kering.  Analisis parameter pertumbuhan sorgum manis berdasarkan uji statistic one way ANOVA. Sampel tanaman sorgum terinfeksi dan tidak terinfeksi pada bagian akar, batang, dan daun diamplifikasi gen 16s rRNA menggunakan Bioline PCR  hotstart  mix.  Primer yang digunakan yaitu primer universal Primer 27 f (59-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-39) dan 1492  r  (59-  TAC  GGH  TAC  CTT  GTT  ACG  ACT  T- 39).  Panjang  akar  dan  jumlah  akar  lateral  antara  sorgum  manis  dengan  dan  tanpa  infeksi Microbacterium  arborescens menunjukan  beda  nyata.  Panjang  akar  kontrol  sebesar  9,24  cm sedangkan tanaman perlakuan sebesar 6,38 cm, sedangkan tanaman kontrol memiliki jumlah akar perlakuan 6 buah dan tanaman perlakuan sebanyak 10 buah akar lateral.
Kata kunci : sorgum manis, Microbacterium arborescens , gen 16s rRNA, bakteri pemacu tumbuh
 Corresponding Author: Riana Nindita Putri, Email : riananindita93@gmail.com , Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada, Jl. Teknika Sel., Sendowo, Sinduadi, Kec. Mlati, Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta 5528, Indonesia
Copyright © 2021 Al-Hayat: Journal of Biology and Apllied Biology

## Riana Nindita Putri

## Pendahuluan
Bakteri endofit merupakan bakteri yang mengolonisasi  jaringan  tanaman  inang tanpa menimbulkan kerugian bagi tanaman inangnya  dan  dapat  hidup  pada  bagian tanaman (Fan et al., 2012). Beberapa bakteri endofit  dapat  berperan  sebagai  plant growth-promoting bacteria (PGPB) dengan meningkatkan  pertumbuhan  tanaman melalui  mekanisme  langsung  dan  tidak langsung.  Pemacuan  langsung  melalui produksi  zat  pengatur  tumbuh  dan peningkatan  ketersediaan  nutrisi  meliputi nitrogen, fosfat, dan besi oleh bakteri endofit (Rashid et al., 2012). Secara tidak langsung, peningkatan  pertumbuhan  juga  dapat disebabkan  oleh  peningkatan  ketahanan tanaman  terhadap  patogen  atau  pengaruh pengendalian  patogen  oleh  bakteri  endofit melalui  mekanisme  kompetisi,  induksi resistensi tanaman, dan produksi antibiotik, enzim degradasi, atau inisiasi pembentukan siderofor (Liu et al., 2013).
Isolasi  bakteri  endofit  dari  sorgum manis  ( Sorghum  bicolor )  varietas  FS501 berumur 3 bulan dan telah memasuki fase generatif,  yang  ditumbuhkan  pada  tanah alfisol  Mulo,  Gunung  Kidul  telah  dilakukan oleh Suryani (2016). Dari penelitian tersebut diperoleh 14 bakteri endofit yang kemudian diuji potensinya sebagai PGPB oleh de Fretes et  al  (2018).  Hasil  uji  potensial  diketahui terdapat beberapa bakteri pemacu tumbuh potensial, salah satunya bakteri Microbacterium  arborescens (Ma24)  yang mampu meningkatkan pertumbuhan sorgum  manis  melalui  3  mekanisme  yaitu fiksasi  nitrogen,  solubilisasi  fosfat,  dan produksi senyawa indol-acetic-acid (IAA).
Belum  ditemukan  penelitian  mengenai potensi  PGPB  bakteri Microbacterium arborescens .  Terkait  hasil  penelitian  de
Fretes  (2018)  penting  untuk  mendeteksi
keberadaan bakteri endofit pemacu tumbuh sebagai  representasi  kemampuan  hidup bakteri di dalam tanaman target. Pengaruh infeksi  bakteri Microbacterium  arborescens terhadap pertumbuhan sorgum manis dari verietas  berbeda  perlu  untuk  dipelajari sebagai  dasar  kontruksi  pupuk  hayati berbasis konsorsium mikrobia.

## BAHAN DAN METODE
Infeksi Microbacterium arborescens pada tanaman sorgum manis
Biji sorgum diperoleh dari petani lokal di wilayah Sleman, Yogyakarta. Biji dibersihkan  dengan  akuades  steril  dan direndam  dengan  akuades  steril  baru selama 5 menit. Biji bersih direndam dengan larutan alkohol 70% selama 3 menit untuk sterlisasi  kulit  luar  biji.  Biji  steril  dibilas kembali  menggunakan  akuades  steril  dan direndam  selama  5  menit untuk menghilangkan residu alkohol. Biji sorgum kontrol  tidak  dilakukan  infeksi  sedangkan biji  dengan  perlakuan  diinfeksi  terlebih dahulu.  Infeksi diawali dengan merendam biji  pada  medium  TSB  yang  berisi  108 populasi Microbacterium arborescens dalam medium  TSB  20  ml.  Perkecambahan  biji sorgum  menggunakan  media  agarose  1% dalam akuades. Biji sorgum diletakan pada permukaan  agarose  dan  dipastikan  dalam keadaan  steril.  Biji  diinkubasi  selama  3-4 hari  sampai  muncul  akar  dan  tunas. Kecambah sorgum selanjutnya dipindahkan pada  medium  zeolite  steril  dengan  wadah petri  diameter  15cm.  Setiap  petri ditumbuhkan 1 kecambah sorgum. Inkubasi tanaman  dilakuakan  pada  incubator  suhu 30º C dengan 18 jam penyinaran terang dan 6 jam gelap. Tanaman disiram menggunakan larutan Hogland setiap 2 hari sekali. Tanaman sorgum dipanen setelah 14 hari  setelah  pindah  tanam.  Pengukuran
Deteksi Bakteri Endofit Dan Pengaruh Microbacterium arborescens ….
parameter pertumbuhan dilakukan setalah panen dengan kriteria meliputi berat basah, berat  kering,  panjang  akar,  jumlah  akar lateral,  panjang  batang,  panjang  daun,  dan jumlah daun.

## Ekstraksi DNA tanaman sorgum terinfeksi
DNA  dari  tanaman  sorgum  yang  telah diinfeksi  bakteri  berserta  kontrolnya diekstraksi  menggunakan  Purelink  Plant Total  DNA  purification  kit  (Invitrogen, Thermofisher)  dengan  modifikasi.  Sampel tanaman  dipisahkan  bagian  akar,  batang, dan  ujung  untuk  selanjutnya  digerus menggunakan nitrogen cair menjadi bubuk. Bubuk sampel dimasukan dalam tube 1,5 ml lalu  ditambahkan  250  µl  resuspension buffer  (R2)  dan  dihomogenisasi  selama  5 detik  dengan  vortex.  Campuran  sampel ditambahkan 15 µl 20% SDS, 15 µl RNase A (20 mg/ml) dan 30 µl lisozim (100 mg/ml). Campuran  sampel  diinkubasi  suhu  60ºC menggunakan  waterbath  selama  20  menit dengan membolak-balik tube setiap 3 menit. Lisat  disentrifus  dengan  kecepatan  13.000 rpm  selama  5  menit,  supernatan  diambil untuk  dipindahkan  tube  1,5  ml  baru.
Supernatan ditambahkan 100 µl precipitation  buffer  (N2)  lalu  dicampur sempurna dan disimpan dalam suhu -20º C selama  10  menit.  Lisat  disentrifus  13.000 rpm selama 5 menit lalu 250 µl supernatan dipindahkan tube baru disertai
penambahan  375  µl  binding  buffer  (B4).
Seluruh  campuran  (625  µl)  diambil  dan dilewatkan  pada  Purelink  Spin  Catridge untuk  proses  purifikasi.  Kolom  purifikasi disentrifus  10.000  rpm  selama  30  detik disertai pembuangan larutan sisa.
Pembilasan  kolom  menggunakan  500  µl wash  buffer  (W4)  dengan  setrifus 10.000rpm selama 30 detik. Kolom  dibilas ulang sebanyak dua kali dengan 500 µl wash buffer  (B5)  dan  disentrifus  10.000  rpm selama 30 detik. Kolom purifikasi disentrifus dalam keadaan kosong 13.000 rpm selama 1 menit. DNA pada kolom dilarutkan dengan
penambahan 50 µl elution buffer (E1) suhu 60º C lalu disentrifus 13.000 rpm selama 2 menit.  Sampel  DNA  disimpan  dalam  tube Eppendorf 1,5 ml pada suhu -20º C.
Pengukuran konsentrasi dan Kemurnian DNA Kemurnian  dan  konsentrasi  DNA  hasil isolasi ditentukan dengan metode spektroskopi dengan menggunakan spektrofotometer Uv (Hoefer) pada Panjang gelombang  260nm  dan  280nm.  Kerapatan optic  pada  Panjang  gelombang  260nm setara dengan 50 ng/ml DNA (Sambrook et al., 1989). Kemurnian DNA ditunjukan oleh perbandingan  nilai  antara  nilai  kerapatan optic pada panjang gelombang 260nm dan 280nm.  Nilai  perbandingan  di  bawah  1,8 menunjukan  adanya  kontaminasi  senyawa dengan berat molekul tinggi seperti protein, sedangkan  nilai  perbandingan  di  atas  2,0 menunjukan  adanya  kontaminasi  berupa senyawa dengan berat molekul rendah yaitu RNA (Sambrook et al., 1989; Ausubel et al., 1995).

## Amplifikasi gen 16s rRNA dengan PCR
Keberhasilan analisis komunitas
berbasis  amplifikasi  gen  target  sangat bergantung  pada  hasil  PCR  (Polymerase Chain  Reaction).  Pada  penelitian  ini dilakukan amplifikasi gen  16s  rRNA untuk mengetahui  keragaman  bakteri  sampel. Amplifikasi menggunakan primer universal 27 f (59-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-39) DAN  1492  r  (59-  TAC  GGH  TAC  CTT  GTT ACG ACT T-39) (Mao et al, 2012).
Reaksi PCR menggunakan 2x Bioline kit PCR Hostart. Total volum campuran untuk PCR  sebanyak  25  µl  dengan  komposisi meliputi  12,5  µl  Bioline  kit  PCR  Hostart, forward  primer  1  µl,  reverse  primer  1  µl, ddH2O 8,5 µl, dan DNA template 2 µl yang ditunjukan Tabel 1. Reaksi PCR berlangsung dengan  waktu  predenaturation  4  menit

## Riana Nindita Putri
dengan  suhu  94º  C,  denaturation  1  menit dengan suhu 92º C, annealing 40 detik pada suhu 55º C, extention 7 menit dengan suhu 68º C dan final extention 10 menit dengan suhu 68º C, dan hold pada suhu 12º C yang
ditunjukkan  pada  Tabel.2  dengan  jumlah siklus sebanyak 35x.
Tabel 1. Komposisi campuran PCR Bahan Volume (µl) Bioline kit PCR Hostart 12,5 forward primer 1 reverse primer 1 ddH 2 O 8,5 DNA template 2 Total 2

## Tabel 2. Program reaksi amplifikasi PCR gen 16s rRNA
Tahapan Waktu Suhu (º C) predenaturatio n 4 menit 94 denaturation 1 menit 92 Annealing 40 detik 55 E xtention 7 menit 68 final extention 10 menit 68 Hold 12 Jumlah siklus 35x

## Visualisasi DNA
Tahap  pertama  visualisasi  merupakan pembuatan  gel  agarose  1,5  %  dengan mencampurkan  0,9  gram  agarosa  dalam larutan buffer TBE 1x 45 ml dan digoyang sebentar.  Campuran  agarosa  dipanaskan dalam  microwave  selama  40  detik  sampai larut  dan  ditunggu  sedikit  dingin. Tambahkan 3 µl cybersafe sebagai pewarna gel  pada  saat  agar  mulai  hangat.  Agarose hangat  dituang  dalam  cetakan  agar  yang sudah dipasangi sisir sumuran sebelumnya dengan  hati-hati.  Selanjutnya  ditunggu selama  30  menit  sampai  menjendal sehingga  sisir  dapat  diangkat.  Gel dipindahkan  ke  chamber  elektroforesis
sampai  terendam  setinggi  1-2  mm  oleh buffer  TBE  1x  yang  sudah  disiapkan sebelumnya. Menurut Schluezen et al (2000) hasil  amplifikasi  gen  16s  berukuran  1500 bp.

## Hasil Penelitian dan Pembahasan

## Deteksi DNA Microbacterium arborecens pada tanaman sorgum manis
Amplifikasi  16s  rRNA  merupakan  cara mendeteksi dan membuktikan bahwa pada genom sampel tersebut terdapat komunitas bakteri. PCR konvensional mampu medeteksi  dan  mengevaluasi  kemurnian dan kualitas DNA karena reaksi PCR sangat sensitif  dengan  adanya  kontaminan (Gutierrez-Lucas  et  al.,  2014).  Amplifikasi
Deteksi Bakteri Endofit Dan Pengaruh Microbacterium arborescens ….
gen  16s  rRNA  mampu  mendeteksi keberadaan  bakteri,  karena  gen  16s  rRNA merupakan  penanda  molekular  yang bersifat  ubikuitus  dengan  fungsi  identik pada  seluruh  organisme  prokaryotik (Sharma  et  al.,  2011).  Amplifikasi menggunakan  primer  universal  27F  dan 1492R, primer tersebut mampu mengamplifikasi  hampir  seluruh  gen  16s rRNA dengan produk akhir berukuran 1500
bp (Osborne et al., 2006).

## Gambar 1.
Hasil amplifikasi DNA sampel dengan primer 27F dan 1492R; sorgum manis lokal kontrol (1) akar; (2) batang; (3) pucuk; sorgum manis lokal dengan infeksi Microbacterium arborescens: (4) akar; (5) batang; (6) pucuk
Amplifikasi  gen  16s  rRNA  terjadi  pada sampel  sorgum  manis  yang  ditunjukan adanya pita 1500 bp pada sumuran 1 sampai 6.    Bakteri  dalam  jaringan  sorgum  diduga merupakan  bakteri  endofit.  Hal  ini  sesuai dengan  penelitian  de  Fretes  et  al  (2018) yang telah mampu mengisolasi 48 isolat dari bagaian akar, batang dan ujung dari sorgum manis  varietas  FS501.  Pengelompokan berdasarkan pola pita dengan analysis rep- PCR  dilakukan  untuk  menghasilkan  14 kelompok bakteri endofit dari sorgum yang ditanam di tanah Mulo. Bakteri endofit yang hasil  filogenetik  analisis  diantaranya
Lysinibacillus  odyssey,  Bacillus  aerius, Bacillus depressus, Lysinibacillus sinduriensis, Microbacterium hydrocarbonoxydans, Fictibacillus barbaricus, Beijerinckia fluminensis,  Microbacterium  kyungheense, Brevibacterium oceani, Leifsonia shinshuensis,  Microbacterium  arborescens, Bacillus rhizosphaerae, Bacillus subterraneus,
dan Staphylococcus pasteuri (de Fretes et al., 2018).
Govindasami  et  al  (2017)  juga melakukan  skrining  terhadap  bakteri endofit  bagian  akar  tiga  kultivar  sorgum manis  yang  ditanam  pada  3  jenis  tanah

## Riana Nindita Putri
berbeda  di  India.  Sebanyak  280  isolat berhasil  diisolasi  untuk  selanjutnya diidentifkasi berdasarkan analisis restriction  length  fragment  polymorphism (RFLP)  gen  16s  rRNA.  Hasil  analisis filogenetik mengungkap Firmicutes, Acinetobacter, Bacillus, Enterobacter, Geobacillus,  Lysinibacillus,  Microbacterium, Ochrobactrum, Paenibacillus dan Pseudomonas merupakan  genus  yang mendominasi bagian akar sorgum manis.
Microbacterium  arborescens (Mu24) merupakan  bakteri  endofit  yang  mampu meningkatkan  pertumbuhan  tumbuhan melalui  tiga  mekanisme  pemacuan  yaitu produksi  Indol  Acetic  Acid  (IAA)  39,75 µg/ml  pada  medium  dengan  L-triptofan, positif  mampu  memfiksasi  nitrogen  pada medium  LGI,  dan  kemampuan  solubilisasi fosfat dalam medium Pikovskaya (de Fretes et al., 2018). Govindasami et al (2017) juga mengidentifikasi kemampuan Microbacterium arborescens dalam memproduksi  IAA  dari  medium  tanpa prekusor  L-triptofan  sebesar  32,67  µg/ml sedangkan dari medium dengan penambahan precursor L-triptofan sebesar
65,14  µg/ml. Microbacterium  arborescens (EB-153)  dari  akar  sorgum  manis  varietas Maldandi  35-1  juga  menunjukan  aktivitas enzim ACC deaminase 6.81 ± 0.32 µmol/h a- ketobutyrate/mg protein
Pengaruh Microbacterium  arborescens terhadap  pertumbuhan  dan  fenotip sorgum manis
Pada  penelitian  ini  diamati  pengaruh
Microbacterium arborescens
terhadap pertumbuhan tanaman sorgum manis. Hasil menunjukan  terdapat  perbedaan  fenotipik sorgum  dengan  infeksi  dan  tanpa  infeksi Microbacterium  arborescens (Gambar.2) serta diamati tujuh parameter pertumbuhan yang ditunjukkan pada Tabel.3.
.
Gambar 2. Perbedaan fenotipik sorgum manis (a) dengan infeksi Microbacterium arborescens; (b) tanpa infeksi Microbacterium arborescens
Deteksi Bakteri Endofit Dan Pengaruh Microbacterium arborescens ….
(b)
Perbedaan  antara  sorgum  manis dengan  infeksi  dan  tanpa  infeksi Microbacterium  arborescens terlihat  pada jumlah  akar  dan  panjang  akar.  Tanaman tanpa  infeksi Microbacterium  arborescens
memiliki  morfologi  akar  lebih  panjang dibandingkan  tanaman  dengan  infeksi. Sebaliknya,  tanaman  dengan  infeksi memiliki  jumlah  akar  lateral  lebih  banyak dibandingkan tanaman tanpa infeksi
.
Tabel 3. Parameter pertumbuhan tanaman sorgum umur 14 hari setelah kecambah
Parameter Rata-rata kontrol Rata-rata perlakuan Statistik Panjang akar (cm) 9,24 6,38 0,021* Jumlah akar lateral 6 10 0,006* Panjang batang (cm) 5,98 5.57 0,615 Jumlah daun 3 3 0,067 Panjang daun (cm) 7.05 8.79 0,127 Berat basah (mg) 131.18 146.55 0,305 Berat kering (mg) 30,33 41,67 0,216 Prosentase berat (%) 23.12 28.43 0,323
*menunjukan beda nyata secara statistik (p<0,05)
Tinggi  tanaman  merupakan  salah  satu variable  pertumbuhan  yang  menunjukan karakter  agronomi  (Kartahadimaja  et  al., 2010) yang penting untuk diamati. Panjang tanaman  Tabel.3  dibedakan  menjadi panjang akar, panjang batang, dan panjang daun. Hasil pengamatan panjang akar dapat dilihat  pada  Tabel.3.  Tabel  menunjukan
bahwa panjang batang sorgum tanpa infeksi Microbacterium  arborescens lebih  panjang dibanding  tanaman  kontrol  dengan  nilai masing-masing 5,98 cm dan 5,57 cm. Jumlah daun  kedua  perlakuan  tidak  memiliki perbedaan  dengan  jumlah  daun  masing- masing  tiga  helai.  Parameter  berat  basah, berat kering, dan panjang daun ditunjukan

## Riana Nindita Putri
lebih  tinggi  pada  tanaman  dengan  infeksi dibandingkan tanaman tanpa infeksi namun tidak  berbeda  secara  statistik.  Berat  basah dan  berat  kering  tanaman  sorgum perlakuan  lebih  tinggi  dibandingkan tanaman control, hal ini menunjukan adanya factor  yang  mempengaruhi  peningkatan berat dari tanaman perlakuan. Kemampuan
Microbacterium arborescens dalam memproduksi  IAA  diduga  sebagai  faktor utama  penyebab  peningkatan  berat  basah dan  berat  kering  tanaman  perlakuan.  IAA merupakan  salah  satu  bentuk  hormone auksin yang mendorong terjadinya
pembelahan  sel  dan  pemanjangan  sel. Induksi  IAA  mempengaruhi  dinding  sel dengan  mengaktivasi  pompa  proton  (ion H+)  yang  terletak  pada  membrane  plasma sehingga  menyebabkan  pH  pada  bagian dinding  sel  lebih  rendah  mendekati  pH membrane plasma. Aktifnya pompa proton mampu  memutuskan  ikatan  hydrogen  di antara  selulosa  dinding  sel,  sehingga menyebabkan dinding sel merenggang dan tekanan  dalam  sel  menurun  sehingga  air dari luar akan masuk ke dalam sel. Semakin banyak air yang masuk maka tekanan dan ukuran dalam sel semakin meningkat, hal ini menyebabkan sel berukuran lebih besar dan lebih  berat  dalam  keadaan  basah. Peningkatan  massa  tanaman  perlakuan diduga  bukan  disebabkan  aktivitas  auksin dalam  mengakumulasiair  di  dalam  sel, namun disebabkan pengaruh auksin dalam memacu pembelahan sel. Hal ini disebabkan oleh  adanya  aktivitas  IAA  yang  dihasilkan bakteri yang mampu merangsang pembentukan rambut akar serta meningkatkan  jumlah  dan  panjang  akar lateral  serta  akar  primer  ketika  berada dalam rentang konsentrasi ideal (Duca et al., 2014).

## Kesimpulan dan Saran
Deteksi keberadaan bakteri pada sampel tanaman  sorgum  manis  dilakukan  untuk memastikan  keberadaan  bakteri  endofit salah  satu  di  antaranya Microbacterium arborescens pada  jaringan  tanaman  bagian akar,  batang,  dan  pucuk.  Infeksi  bakteri Microbacterium  arborescens pada  sorgum varietas  lokal  dari  wilayah  Sleman, Yogyakarta mampu memacu pertumbuhan tanaman ditandai dengan perbedaan nyata pada variable panjang akar dan jumlah akar lateral.  Peningkatan  nilai  dari  dua  variable tersebut  dapat  menyokong  kemampuan akar  dalam  mensuplai  air  dan  nutrient untuk  tanaman  sorgum. Microbacterium arborescens berpotensi  dikontruksikan menjadi pupuk hayati berbasis konsorsium mikrobia.

## Ucapan Terima Kasih
Terima kasih untuk kawan-kawan BKSDA Jateng  terutama  di  Resort  Konservasi Wilayah  Cilacap,  Seksi  Konservasi Wilayah II Pemalang.

## Daftar Pustaka
Ausubel, F. M. R. Brent, R.E Kingston, D. D. Moore,  J,  G.  Seidman,  J.A.  Smith,  K. Struhl.  1995.  Short  Protocol  in Molecular  Biology.  3rd  edition.  John Wiley & Sons Inc. California, USA
Schluezen, F. A. Tocilij, R. Zarivach, J. Harms, M. Gluehmann, D. Janell , A. Bashan, H. Bartels,  I.  Agmon,  F.  Franceschi  &  A.
Yonath. 2000. Structure of functionally activated  small  ribosomal  subunit  at 3.3  resolution. Cell. 102(5): 615-623
De  Fretes.,  C.  Ria,  S.  Yekti,  A.  P.  Tri,  N.  N. Donny,  W.  2018.  Diversity  of Endophytic Bacteria in Sweet Sorghum ( Sorghum  bicolor (L.)  Moench)  and their  Potential  for  Promoting  Plant Growth. Indian Journal of Science and Technology. 11(11)
Deteksi Bakteri Endofit Dan Pengaruh Microbacterium arborescens ….
Duca D, Lorv J, Patten CL, Rose D, Glick BR. 2014.  Indole-3-acetic  acid  in  plant- microbe  Interactions.  Antonie  Van Leeuwenhoek. 106(1):85 – 125 enhancing  crop  productivity.  Trends Biotechnol. 7:39-43.
Fan, B., Chen, X. H., Budiharjo, A., Bleiss, W., Vater, J., and Borriss, R. 2011. Efﬁcient colonization of plant roots by the plant growth  promoting  bacterium Bacillus amyloliquefaciens FZB42,  engineered to  express  green  ﬂuorescent  protein. Journal of Biotechnology, 151(4), 303 – 311.
Govindasamy,  V.,  Raina,  S.K.,  George,  P. 2017.    Functional  and  phylogenetic diversity  of  cultivable  rhizobacterial endophytes    of  sorghum    [ Sorghum bicolor (L.)    Moench].    Antonie  van Leeuwenhoek. 110: 925.
Gutirrez-Lucas,    L.R.,    J.J.    Montor-Antonio, and    N.M.    Cortez-Lopez.    2014. Strategies  for  extraction,  purification and  amplification  of  metagenomic DNA  from  soil  growing  sugarcane. Advances  in  Biological  Chemistry.  4  : 81-289
Kartahadimaja,  J.,  R.Wentasari.,  dan R.N.Sesanti.  2010.  Pertumbuhan  dan produksi  Polong  Segar  Edamame Varietas  Rioko  pada  Empat  jenis Pupuk. Agrovigor Volume 3 No. 2. ISSN 1979-5777.
Liu, F. C., Xing, S. J., Ma, H. L., Du, Z. Y., & Ma, B. Y.  2013.  Plant  growth-promoting rhizobacteria  affect  the  growth  and utrient  uptake  of  Fraxinus americana container seedlings. Current   Opinion in  Biotechnol  14:303 – 310
Rashid, S., Charles, T. C., and Glick, B. R. 2012. Isolation  and  characterization  of  new plant  growth-promoting  bacterial endophytes.  Applied Soil  Ecology, 61: 217 – 224
Sambrook  J,  Russel  DW.  2001.  Molecular
Cloning:  A  Laboratory  Manual,  Third Edition. New York: Cold-Spring Harbor
Laboratory Pr.
Suryani,  R.    2016.    Isolasi  dan Keanekaragaman    Bakteri    Endofit Sorgum  Manis [(Sorghum  bicolor  (L.)
Moench.].    Thesis.    Fakultas    Biologi,
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Santhanam,R.  Van  T.L,  Arne  W.,  Jay  G.,
Youngjoo O., Ian T.B. 2015. Native root- associated bacteria rescue a plant from a  sudden-wilt  disease  that  emerged during  continuous  cropping.  PNAS: 112 (36)
Osborne CA, Galic M, Sangwan P, Janssen PH. 2005. PCR-generated artifact from 16S rRNA  gene-specific  primers.  FEMS Microbiol Lett 248:183 – 187 Mao, DP., Q. Zhou, C. Y. Chen and Z. X. Quan. 2012. Coverage Evaluation Of Universal Bacterial Primers Using The Metagenomic Datasets. BMC Microbiology. 12:66. Fajardo, V., Gonzales, I., Martin, I., Rojas, M., Hernandez, P.E., Garcia, T. dkk., 2010. A review of current PCR-based methodologies  for  autentification  of meats  from  game  animal  species. Trends  in  Food  Science  and
Technologies. 21, 408-421
Huang , X. F., J.M. Chaparro, K. F. Reardon, R. Zhang,  Q.  Shen,  J.  M.  Vivaco.  2014.
Rhizosphere  interaction  :  root exudates,  microbes,  and  microbial communities. Botany 92: 267-275
Larsen, J., P. j, Lopez, M.N . Rincon, C. E. G. Esquivel.  2015.  Biotic  interactions  in the rhizosphere in relation to plant and soil nutrient dynamics. Journal of Soil Science  and  Plant  Nutrition  15:  449- 463

## Riana Nindita Putri
Monteiro, R. A., Schmidt, M. A., de Baura, V. A., Balsanelli, E., Wassem, R., and Yates, M. G. 2008. Early colonization pattern of maize  ( Zea  mays L.  Poales,  Poaceae) roots  by Herbaspirillum  seropedicae (Burkholderiales,  Oxalobacteraceae ).
Genetics and Molecular Biology, 31(4), 932 – 937
Tilak  KVBR,  Ranganayaki  N,  Pal  KK,  De  R, Saxena  AK,  Nautiyal  CS,  Mittal  S, Tripathi AK, Johri BN. 2005. Diversity of  plant  growth  and  soil  health supporting bacteria. Curr Sci. 89:136- 150. Zulkarnaen, Irmansyah T, Irsal. 2015.Respon pertumbuhan dan produksi  beberapa  varietas  sorgum ( Sorghum  bicolor (L.)  Moench)  pada berbagai jarak tanam di  lahan  kelapa sawit TBM I. J. Online Agroteknologi 3 (1) : 328 – 339.
Lavecchia,  A.  M.  Curci,  K.  Jangid,  W.  B.
Whitman,  P.  Ricciuti,  S.  Pascazio,  C. Crecchio.  2015.  Microbial  16S  gene- based  composition  of  a  sorghum cropped  rhizosphere  soil  under different  fertilization  managements. Biology and fertility of Soils. 51 : 661- 672
Janda, J. M and Abbott. 2007. 16s rRNA gene sequencing for bacterial identification in diagnostic laboratory : Plues, perils, amd  Pitfals.  Journal  of  Clinical Microbiology. 55 : 9
Fakruddin,  Mannan  KS.  2013.  Methods  for analyzing  diversity  of  microbial communities in natural environments. Ceylon J Sci. 42(1):19-33.
Dewi,  A.  R.  2016.  Optimalisasi  Metode Ekstraksi dan Purifikasi DNA Mikrobia dari  Tanah  Budidaya  Sorghum  Manis ( Sorghum bicolor (L.) Moench). Skripsi. Program  Sarjana  Universitas  Gadjah Mada. Yogyakarta