## Biodik: Jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi
ISSN 2580-0922 ( online ), ISSN 2460-2612 ( print ) Volume 9, Nomor 4, Tahun 2023, Hal. 95 - 110 Available online at: https://online-journal.unja.ac.id/biodik

## Research Article

## The Urgency Of Understanding Taxonomy In Learning Biology
(Urgensi Pemahaman Taksonomi Dalam Pembelajaran Biologi)
Nisa Sholehah Pangsuma, Topik Hidayat* Program Pascasarjana Studi Pendidikan Biologi, Universitas Pendidikan Indonesia Jl. Dr. Setiabudi No.229, Isola, Kec. Sukasari, Kota Bandung, Jawa Barat 40154
* Corressponding Author: topikhidayat@upi.edu Informasi Artikel ABSTRACT Submit: 04 – 03 – 2023 Diterima: 18 – 11 – 2023 Dipublikasikan: 28 – 12 – 2023 Pemahaman  taksonomi  ialah  pengetahuan  seputar  ruang  lingkup  taksonomi. Taksonomi merupakan disiplin ilmu yang mempelajari tingkatan suatu makhluk hidup.  Pemahaman  mengenai  taksonomi  yang  mulanya  ada  pada  kurikulum 2013 menjadi tidak tercantum dalam kurikulum Merdeka. Penelitian ini bertujuan untuk  meninjau  seberapa  pentingnya  pemahaman  taksonomi  dalam pembelajaran  biologi.  Penelitian  ini  menggunakan  metode  studi  literatur berdasarkan jurnal dan buku yang relevan. Pemahaman taksonomi menunjang pengetahuan  dalam  materi  Biologi  lanjutan.  Dengan  mempertimbangkan pengetahuan  prasyarat  biologi  dalam  beberapa  materi  biologi  lanjutan pemahaman taksonomi ini adalah sesuatu yang penting. Maka dari itu, memiliki pemahaman  taksonomi  adalah  hal  yang  penting  dalam  pembelajaran  biologi. Penelitian  ini  menggaris  bawahi  urgensi  pemahaman  taksonmi  dalam pembelajaran biologi Kata kunci: Taksonomi, Urgensi Pengajaran, Pembelajaran biologi Penerbit ABSTRAK Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Jambi, Jambi- Indonesia The  understanding  of  taxonomy  is  the  knowledge  surrounding  the  scope  of taxonomy. Taxonomy is a discipline that studies the level of a living being. The understanding of taxonomy that originally existed in the 2013 curriculum is not listed  in  the  Merdeka  curriculum.  This  study  aims  to  review  how  important understanding of taxonomy is in biological learning. The study used literature study  methods  based  on  relevant  journals  and  books.  An  understanding  of taxonomy  supports  knowledge  in  advanced  Biology  materials.  Taking  into account the prerequisite knowledge of biology in some advanced biology material understanding  of  this  taxonomy  is  something  important.  Therefore, having  an understanding  of  taxonomy  is  important  in  learning  biology.  This  study underscores the urgency of understanding taxonomy in biological learning Key Word: Taksonomi, Teaching’s Urgently, Biology learning.
This BIODIK  :  Jurnal  Ilmiah  Pendidikan  Biologi   is  licensed  under  a  CC  BY-NC-SA (Creative  Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License)

## PENDAHULUAN
Pemahaman  taksonomi  diartikan  sebagai  suatu  pengetahuan  mengenai  ilmu  taksonomi. Taksonomi merupakan ilmu yang mempelajari mengenai sistematika makhluk hidup. Taksonomi adalah suatu sistem klasifikasi atau pengelompokan organisme hidup berdasarkan karakteristik yang dimiliki oleh organisme tersebut. Tujuan dari taksonomi adalah menyusun dan mengelompokkan organisme secara sistematis, sehingga informasi tentang organisme tersebut dapat disajikan secara terstruktur dan dapat diakses oleh ilmuwan, peneliti, maupun masyarakat umum. Dalam taksonomi, organisme dikelompokkan berdasarkan  kesamaan  sifat-sifat  tertentu,  yang  mencakup  ciri-ciri  morfologi  (struktur  fisik),  fisiologi (fungsi tubuh), serta karakteristik genetik (Hidayat, 2017).
Taksonomi merupakan cabang ilmu esensial bagi beberapa cabang-cabang ilmu biologi lainnya. Pentingnya ilmu taksonomi tergambarkan dalam penelitian ilmiah yang mengadopsi metode komparatif dan  observasi terhadap  organisme  sebagai objek studi. Pengamatan data  menjadi kurang  bermakna tanpa adanya klasifikasi sebelum pertandingan dilakukan. Taksonomi menunjang pemahaman konsep pada  pembelajaran  biologi.  Konsep-konsep  tersebut  di  antaranya  adalah  konsep  klasifikasi  makhluk hidup,  keanekaragaman  hayati,  ekosistem,  evolusi,  dan  genetika.  Hal  tersebut  menunjukkan  betapa pentingnya pengetahuan taksonomi untuk dapat mencapai tujuan pembelajaran pada konsep-konsep biologi tersebut. Namun seringkali pada praktiknya, pemahaman mengenai taksonomi hanya terbatas pada definisi konsep taksonomi saja. Padahal bila ditinjau lebih mendalam lagi, taksonomi memiliki ruang lingkup yang cukup luas sehingga dapat dikatakan sebagai disiplin ilmu yang general (Hidayat, 2021b). Kurang nya pemahaman taksonomi pada siswa saat mempelajari Biologi, dapat menyebabkan kegagalan pemahaman konsep, tidak tercapainya tujuan pembelajaran secara esensial, atau bahkan miskonsepsi. Dengan demikian perlu adanya strategi pembelajaran khusus yang dapat memperluas wawasan siswa terhadap pengetahuan mengenai taksonomi. Pemahaman mengenai taksonomi yang mulanya ada pada kurikulum 2013 menjadi tidak tercantum dalam kurikulum Merdeka. Hal ini seolah mencerminkan bahwa pemahaman taksonomi ini tidaklah begitu penting, namun mempertimbangkan pengetahuan prasyarat biologi dalam beberapa materi biologi lanjutan pemahaman taksonomi ini adalah sesuatu yang penting.
Berdasarkan  paparan tersebut  maka  dapat  diketahui  bahwa  pemahaman  mengenai  taksonomi memiliki peran penting dalam pembelajaran biologi. Hal tersebut ditunjukan dengan berapa esensialnya pengetahuan mengenai taksonomi dalam menunjang pembelajaran biologi. Dengan demikian, peneliti berupaya untuk menganalisis urgensi pemahaman taksonomi pada pembelajaran biologi dalam sebuah kajian literatur. Maka kajian literatur ini diberi judul “Urgensi pemahaman taksonomi dalam pembelajaran biologi”

## METODE PENELITIAN
Penelitian ini adalah penelitian kualitatif dengan metode studi literatur. Studi literatur adalah sebuah upaya  untuk  mengumpulkan  data  yang  relevan  dari  berbagai  sumber  seperti  buku,  jurnal,  dan  studi pustaka lainnya untuk ditelaah (Snyder, 2019). Penelitian ini berfokus pada kajian literatur perkembangan pemahaman taksonomi pada pembelajaran biologi dalam 10 tahun terakhir. Data yang diperoleh berupa data sekunder yang bersumber dari buku, jurnal, maupun penelitian terdahulu. Data yang telah terkumpul akan disusun berdasarkan hasil yang sesuai dan sumber yang dapat dipertanggungjawabkan. Analisis data yang dilakukan terdiri dari dua tahap yakni reduksi dan penyajian data. Reduksi data mempermudah penulis untuk menyeleksi data dari literatur yang valid, sehingga dapat disajikan dalam bentuk naratif (Jumriani et al., 2021). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memahami urgensi pengetahuan taksonomi
dalam pembelajaran biologi. Dimana tujuan tersebut akan menghadirkan suatu permasalahan yang perlu dikaji dalam bentuk rumusan masalah. Adapun rumusan masalah dalam penelitian ini adalah “Bagaimana urgensi pemahaman taksonomi dalam pembelajaran Biologi?”. Melalui rumusan masalah tersebut dapat dirumuskan pertanyaan penelitian. Adapun pertanyaan penelitian yang dimaksud adalah sebagai berikut:
1. Apa saja ruang lingkup pemahaman taksonomi?
2. Bagaimana urgensi pemahaman taksonomi dalam pembelajaran biologi?
3. Bagaimana memfasilitasi pemahaman taksonomi dalam pembelajaran biologi?.

## HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN
Istilah taksonomi berasal dari bahasa Yunani taxis (susunan) dan nomos (hukum/aturan), yang pertama  kali  diusulkan  oleh  Candolle  (1813)  sebagai  teori  klasifikasi  tumbuhan.  Dalam perkembangannya, taksonomi diberi batasan sebagai teori dan praktek klasifikasi organisme. Taksonomi terbagi menjadi dua cabang, yaitu: taksonomi mikro dan taksonomi makro. Taksonomi mikro diterapkan pada tingkat spesies, sedangkan taksonomi makro digunakan untuk klasifikasi takson yang lebih tinggi (Rosadi  &  Pratomo,  2014). Taksonomi  berkaitan  erat  dengan  cabang  biologi  yang  lebih  besar  yaitu sistematika. Istilah sistematika, berasal dari bahasa Yunani yang dilatinkan yaitu systema , dan diterapkan dalam sistem klasifikasi oleh Linnaeus (1735) dalam bukunya yang berjudul Systema Naturae . Definisi yang lebih maju dikemukakan oleh Simpson (1961) bahwa sistematika adalah kajian ilmiah terhadap bermacam-macam  organisme  dan  keanekaragamannya  serta  segala  hubungan  biologis  di  antara mereka. Secara sederhana dapat dikatakan bahwa sistematika adalah ilmu tentang keanekaragaman organisme (Rosadi & Pratomo, 2014).
Taksonomi  berkembang  sejak  masa  Aristoteles,  dikembangkan  lebih  sistematis  oleh  Carolus Linnaeus, kemudian mendapat pengaruh besar dari teori evolusi Darwin, dan dikembangkan lebih lanjut menjadi sistematika populasi dan taksonomi numerik. Dua aktivitas penting yang ada dalam sistematika adalah  klasifikasi  dan  identifikasi.  Dalam  klasifikasi,  kita  berusaha  mengadakan  penyusunan  dan pengelompokan  populasi  pada  semua  arah  dengan  prosedur  induktif,  sedangkan  dengan  identifikasi individu-individu  ditempatkan  ke  dalam  takson-takson  yang  telah  ditetapkan  lebih  dahulu  dengan prosedur deduktif. Taksonomi terus berkembang, aktivitas ilmuwan dalam bidang ini terus meningkat. Tugas taksonomi di masa depan masih banyak, Dimana spesies dan takson yang lebih tinggi akan terus ditemukan (Rosadi & Pratomo, 2014). Beberapa ahli Yunani yang tersohor namanya, seperti Hippocrates (460-  377  SM)  mengenumerasi  tipe-tipe  hewan  tetapi  belum  menunjukkan  indikasi  klasifikasi  yang bermanfaat. Pembahasan soal taksonomi pertama kali dicetuskan oleh filsuf Yunani, yaitu: Aristoteles (384-322 SM) yang dianggap sebagai bapak klasifikasi biologi. Aristoteles banyak menghabiskan waktu mempelajari zoologi, khususnya organisme-organisme laut. Studi yang dilakukannya tidak hanya pada aspek  morfologi  tetapi  menyangkut  embriologi,  kebiasaan  perilaku,  dan  ekologi.  Menurut  Aristoteles, hewan dapat dikarakterisasi menurut cara hidup, aksi-aksi, kebiasaan perilaku, dan bagian-bagian tubuh (Rosadi & Pratomo, 2014).  Pada masa Cesalpino (1519- 1603) sampai Carolus Linnaeus (1707-1778) klasifikasi tumbuhan sangat berkembang, bukan hanya sebagai buah fikiran kedua taksonomis tersebut tetapi melibatkan ahli-ahli lain seperti Magnol, Tournefort, Rivinus, dan Bauhin. Seorang naturalis Inggris, John  Ray  kemudian  merevisi  konsep  penamaan  dan  penggambaran  organisme-organisme.  Metode klasifikasi ke bawah yang dikembangkan oleh mereka adalah prinsip pembagian logis, yaitu: membagi kelompok  yang  lebih  besar  (superordinat)  secara  dikotomi  menjadi  dua  kelompok  yang  lebih  kecil (subordinate). Selanjutnya perkembangan taksonomi dipengaruhi oleh pemikiran Carolus Linnaeus.
Carolus  Linnaeus  memiliki  pemikiran  yang  erat  dengan  prinsip  klasifikasi  ke  bawah  dengan pembagian logis. Salah satu inti pemikirannya adalah spesies merefleksikan ciri-ciri yang tetap dan tidak berubah. Walaupun, pada periode di mana ditemukan banyak sekali spesies baru dan macam-macam organisme, Linnaeus adalah inovator metodologi. Identifikasi cepat dan tepat yang dibutuhkan naturalis
difasilitasi oleh Linnaeus melalui kunci-kunci identifikasi yang disusun secara hati-hati, diagnosis yang tegas dengan sistem bergaya telegrafi, standardisasi sinonim, dan penemuan tatanama binomial (Rosadi & Pratomo, 2014).
Klasifikasi kemudian berkembang dengan metode yang terdiri atas pembentukan spesies melalui penyelidikan  ke  dalam  kelompok-kelompok  spesies  yang  serupa  atau  berkaitan  dan  pembentukan hierarki taksa yang lebih tinggi dengan mengelompokkan takson serupa yang hirarkinya lebih rendah. Secara sistematis metode ini diaplikasikan oleh seorang ahli botani, Adanson (1763) dan dipraktekkan oleh ahli-ahli zoologi pasca Linnaeus sampai dikemukakannya teori evolusi oleh Darwin (1859). Selama periode antara Linnaeus dan Darwin terjadi beberapa perkembangan dalam klasifikasi, yaitu: pertama, spesialisasi  menjadi  lebih  menonjol.  Para  ahli  menjadi  spesialis  pada  satu  kelompok  hewan  seperti burung, kumbang, atau kupu-kupu. Kedua, klasifikasi menjadi lebih hierarkis. Pada masa Linnaeus hanya dikenal  genus,  ordo,  kelas,  dan  kingdom,  tetapi  kemudian  segera  muncul  kategori  famili  dan  filum, sejumlah tambahan menyusul. Ketiga, pedoman filosofis diabaikan, dan klasifikasi menjadi pekerjaan yang  seutuhnya bersifat  empirik.  Keempat,  pencarian  sistem  alami  lebih  intensif  (Rosadi  &  Pratomo, 2014).
Teori evolusi yang dikemukakan Charles Darwin (1859) menyatakan bahwa semua makhluk hidup memiliki nenek moyang yang sama dan berevolusi satu sama lain melalui seleksi alam. Sebelum teori tersebut muncul para ahli taksonomis tidak memiliki alternatif jawaban mengenai sebab anggota-anggota satu takson lebih mirip satu sama lain, daripada anggota takson yang lain (Rosadi & Pratomo, 2014). Setelah  periode  Darwin  berkembang  beberapa  teori  berkaitan  dengan  keanekaragaman  hewan  di antaranya neo-Darwinisme, teori endosimbiotik, punctuated equilibrium , teori evolusi netral. Ketiga teori dari  awal  masih  berakar  dari  teori  evolusi  Darwin.  Secara  paralel  berkembang  pula  teori  yang bertentangan dengan teori evolusi, yaitu: teori perancangan cerdas. Semua teori tersebut berada pada tataran teoritis dan praktis yang mempengaruhi perkembangan taksonomi dan kegiatan yang inheren di dalamnya (klasifikasi dan identifikasi).
Pada perkembangan sistematika dan taksonomi muncul tantangan menarik pada level populasi. Ketika sampel populasi dari bagian yang berbeda dari satu lingkup geografis suatu spesies dibandingkan, maka  perbedaan  kecil  maupun  besar  sering  kali  ditemukan.  Pada  akhirnya  hal  ini  menyebabkan penggantian sekelompok hewan tertentu dari spesies yang ditentukan secara tipologis menjadi spesies tersendiri. Studi dan perbandingan populasi intraspesifik menjadi tujuan dari sistematika populasi yang dipelopori oleh J.S Huxley (1940).  J.S Huxley memberi nama sistematika baru tersebut sebagai suatu sistematika  yang  menyebabkan  pengevaluasian  kembali  konsep  spesies  dan  pendekatan  yang  lebih biologis terhadap taksonomi (Rosadi & Pratomo, 2014).
Pada periode yang sama dengan munculnya sistematika populasi, dua aspek tambahan mencuat ke  permukaan.  Pertama,  aspek  yang  disebut  pendekatan  biologis  terhadap  taksonomi.  Ketika  para taksonomis lebih banyak turun ke lapangan, mereka menambahkan banyak ciri sebagai pelengkap ciri morfologis seperti perilaku, suara, kebutuhan ekologi, fisiologi, dan biokimia. Taksonomi secara nyata berubah  menjadi  taksonomi  biologi.  Kedua,  diperkenalkannya  eksperimen  ke  dalam  taksonomi. Walaupun  banyak  dilakukan  pada  botani  daripada  zoologi,  analisis  eksperimental  dari  mekanisme- mekanisme  yang  diisolasi  (khususnya  pada  vertebrata,  Drosophila,  dan  protozoa)  dan  metode eksperimental lainnya sangat bermanfaat (Rosadi & Pratomo, 2014).
Menurut  Singh  (1999)  menjelaskan  bahwasanya  sistematika  memiliki  tujuan  untuk mengembangkan klasifikasi yang berdasarkan pada perbedaan kriteria serta metode yang dipergunakan untuk analisis data. Taksonomi berperan sebagai alat bantu dalam kajian berbagai bidang biologi maupun bidang ilmu yang lain. Peran taksonomi dalam biologi adalah:
1. Merupakan  satu-satunya  ilmu  yang  menyediakan  gambaran  cukup  jelas  mengenai keanekaragaman organik yang ada di bumi.
2. Menyediakan sebagian besar informasi yang diperlukan untuk rekonstruksi filogeni kehidupan.
3. Menyediakan informasi yang diperlukan oleh seluruh cabang biologi.
4. Menyediakan klasifikasi-klasifikasi yang bernilai penjelasan dan heuristik tinggi pada sebagian besar  cabang  biologi.  Contohnya:  biokimia,  imunologi,  ekologi,  genetik,  etologi,  dan  geologi sejarah.
5. Sebagai eksponen awal dari sistematika, taksonomi memberi kontribusi konseptual penting yang susah diperoleh bagi ahli biologi eksperimental.
Berdasarkan  paparan  tersebut  dapat  dipahami  bahwa  secara  garis  besar  taksonomi  adalah disiplin ilmu yang kompleks dan menunjang ilmu-ilmu lainnya terkhusus dalam konsep biologi. Taksonomi berkontribusi secara signifikan untuk memperluas biologi dan keseimbangan yang lebih baik dalam ilmu biologi secara keseluruhan (Rosadi & Pratomo, 2014). Pada penelitian ini akan dibahas ruang lingkup taksonomi, urgensi taksonomi, dan taksonomi dalam pembelajaran biologi.

## 1. Ruang Lingkup Pemahaman Taksonomi
Pemahaman mengenai taksonomi merupakan  pengetahuan yang  berkembang  dalam berbagai bidang  yang  berkaitan  dengan  taksonomi.  Ruang  lingkup  pemahaman  tentang  taksonomi  meliputi pengetahuan  tentang  taksonomi  numerik,  keterampilan tree  thinking, filogenetik  molekuler, bioinformatika,  dan  DNA barcode. Berikut  adalah  pemaparan  lebih  lanjut  terkait  ruang  lingkup  pada pemahaman mengenai taksonomi:
a. Taksonomi numerik
Taksonomi  numerik  adalah  sistem  pengelompokkan  makhluk  hidup  menggunakan  algoritma numerik dari unit taksonomi yang diuji berdasarkan karakter-karakter yang diamati (Hidayat, 2021b). Terdapat dua metode berbeda yang digunakan untuk menentukan klasifikasi organisme, yaitu fenetik (numerik) dan Kladistik (Sokal, 1986). Aplikasi taksonomi numerik dalam konstruksi klasifikasi biologis memungkinkan  terwujudnya  sirkumskripsi  taksonomi  berdasarkan  prinsip  yang  tetap  dan  bukan sekedar klasifikasi yang bersifat subyektif (Sembiring, 2004).  Urutan tahapan teknik klasifikasi numerik meliputi empat tahap yaitu:
1. Menentukan karakter dan spesies yang yang ingin diamati
2. Mengklasifikasikan spesies berdasarkan nilai similaritas dan disimilaritas.
3. Mengelompokkan spesies dengan menggunakan algoritma pengklasteran ( clustering algorithm ).
4. Kelompok  yang  dibentuk  secara  numerik  kemudian  dipelajari  dan  karakter  yang  bersifat membedakan  ( separating  character )  dipilih  diantara  data  dalam  matriks  untuk  selanjutnya digunakan dalam identifikasi.
Taksonomi  numerik  juga  dikenal  sebagai  taksonomi  Adansonian  yang  didasarkan  atas  lima prinsip utama yaitu:
1. Taksonomi  yang  ideal  adalah  taksonomi  yang  mengandung  informasi  terbesar  yaitu  yang didasarkan atas sebanyak-banyaknya karakter.
2. Masing-masing  karakter  diberi  nilai  yang  setara  dalam  mengkonstruksi  takson  yang  bersifat alami.
3. Tingkat  kedekatan  antara  dua  strain  (OTU: operational  taxonomic  unit )  merupakan  fungsi proporsi similaritas sifat yang dimiliki bersama. Menurut Sokal & Sneath (1963), karakter yang digunakan sebagai identifikasi OTU merupakan deskripsi terhadap bentuk, struktur, atau sifat yang  membedakan sebuah unit taksonomi dengan unit lainnya. Setiap karakter memiliki nilai yang dapat bersifat kualitatif atau kuantitatif. Karakter yang berkaitan dengan bentuk dan struktur merupakan karakter kualitatif. Sedangkan karakter yang mendeskripsikan ukuran, panjang, dan jumlah  merupakan  karakter  kuantitatif.  Secara  umum,  karakter  kualitatif  lebih  berguna  dalam membedakan takson pada tingkat taksonomi yang lebih tinggi. Sementara karakter kuantitatif banyak  digunakan  untuk  membedakan  kategori  taksonomi  pada  tingkatan  yang  lebih  rendah (Singh, 1999).
4. Taksa yang berbeda dibentuk berdasarkan atas sifat yang dimiliki.
5. Similaritas tidak bersifat filogenetis melainkan bersifat genetis.
Taksonomi  numerik  membandingkan  kemiripan  sifat  antara  spesies  tanpa  memperhatikan hubungan kekerabatan secara evolusionernya sehingga kadang disebut juga dengan sistem fenetik (Hidayat, 2017).  Selaras dengan pendapat Sokal & Sneath (1963) mendefinisikan taksonomi numerik (aksonometri)  sebagai  metode  kuantitatif  mengenai  kesamaan  atau  kemiripan  sifat  antar  golongan organisme,  serta  penataan  golongan-golongan  tersebut  melalui  analisis  kluster  ke  dalam  kategori takson yang lebih tinggi atas dasar kesamaan tersebut (Sokal, 1986). Taksonometri didasarkan atas bukti-bukti fenetik, yaitu kemiripan yang diperlihatkan objek studi yang diamati dan dicatat, dan bukan berdasarkan kemungkinan perkembangan filogenetiknya.  Hasil dari analisis fenetik akan menghasilkan pohon fenogram yang menggunakan pemahaman filogenetik.
Filogenetik adalah studi yang membahas tentang hubungan kekerabatan antar berbagai macam organisme melalui analisis molekuler dan morfologi. Karakter morfologi telah banyak digunakan dalam banyak penelitian filogenetik. Dengan pesatnya perkembangan teknik biologi molekuler, seperti PCR dan pengurutan DNA, penggunaan urutan DNA dalam penelitian filogenetik telah meningkat pesat dan telah digunakan pada semua tingkatan taksonomi, misalnya famili, marga, dan spesies.
Analisis filogenetik merupakan proses bertahap untuk mengolah data sekuen DNA atau protein sehingga  diperoleh  suatu  hasil  yang  menggambarkan  estimasi  mengenai  hubungan  evolusi  suatu kelompok organisme. Ada sejumlah asumsi yang harus diperhatikan sebelum menggunakan analisis sekuen DNA atau protein, diantaranya yaitu (1) sekuen berasal dari sumber yang spesifik, baik dari inti, kloroplas, atau mitokondria; (2) sekuen bersifat homolog (diturunkan dari satu moyang); (3) sekuen memiliki sejarah evolusi yang sama; dan (4) setiap sekuen berkembang secara bebas (Hidayat et al., 2021).  Paling  sedikit  ada  tiga  tahap  penting  dalam  analisis  filogenetik,  yaitu  sequence  alignment, rekonstruksi  pohon  filogenetika,  dan  evaluasi  pohon  filogenetika  dengan  metode  statistik  (Cavalli- Sforza, 1997).
Adapun analisis kladistik adalah pendekatan dalam taksonomi numerik yang digunakan untuk memahami  hubungan  kekerabatan  antar  organisme.  Kladistik  adalah  metode  hipotesis  hubungan antara organisme dengan kata lain, metode rekonstruksi pohon evolusi. Dasar analisis kladistik adalah data pada karakter, atau ciri-ciri, dari organisme yang menarik bagi peneliti. Karakter ini bisa menjadi karakteristik anatomi dan fisiologi, perilaku, atau urutan genetik. Analisis tersebut didasarkan pada asal- usul suatu nenek moyang dari sekelompok organisme. Analisis kladistik berfokus pada konsep klad atau klade , yang mencakup nenek moyang bersama dan semua keturunannya. Kladistik adalah cabang ilmu sistematika yang mempelajari kekerabatan makhluk hidup berdasarkan persamaan dan perbedaan ciri. Persamaan ciri sering disebut juga karakteristik umum, sedangkan perbedaan ciri lazim disebut ciri khas  (ciri  yang  tidak  dimiliki  oleh  spesies  lain)  (Rusyana,  2021).  Kladistik  mengembangkan system thinking , dengan langkah-langkah: (1) menentukan spesies yang akan dikelompokan, (2) menentukan ciri  atau  karakteristik,  (3)  membuat  matrik  penyesuaian  karakteristik,  (4)  menentukan  persamaan (karakteristik umum spesies yang dikelompokkan), (5) menentukan perbedaan ciri (ciri khas atau ciri yang hanya dimiliki oleh spesies tersebut dan tidak dimiliki oleh spesies lain), (5) menentukan dasar pengelompokan, dan  (6)  melakukan pengayaan  sebagai pelengkap  atau keterangan tabel kladistik. Tabel  kladistik  disebut  juga  matrik  penyeleksian  karakteristik  secara  cepat.  Analisis  kladistik  akan menghasilkan kladogram sebagai hasil akhirnya (Fuadiyah, et. al., 2021).
b. Tree thinking
Tree  thinking merupakan  suatu  keterampilan  untuk  memahami,  menggunakan,  dan menginterpretasikan pohon filogenetik sebagai suatu informasi yang relevan. Dalam mekanismenya, Tree  thinking menggunakan  dua  metode  dasar.  Metode  tersebut  dapat  berupa  metode  fenetik  dan kladistik. Metode fenetik menganalisis kekerabatan melalui persamaan karakter yang dimiliki oleh setiap organisme. Sedangkan metode kladistik berfokus pada asal-usul nenek moyang suatu organisme untuk mempresentasikan hubungan kekerabatannya (Khofifah et al., 2020).
Aspek paling mendasar dari tree thinking mencakup pemahaman tentang pohon filogenetik, dan kemampuan menggunakannya untuk memikirkan secara mendalam tentang evolusi. Pohon filogenetik adalah  alat  yang  digunakan  para  ahli  biologi  untuk  menggambarkan  hubungan  evolusioner  dan diversifikasi organisme (Rahmania et al., 2023). Pohon filogenetik dapat menjadi tantangan bagi siswa untuk memahami konsep taksonomi itu sendiri.
Pada tingkat praktis, tree thinking memungkinkan siswa memahami informasi dari diagram pohon dengan  benar. Tree  thinking juga  memerlukan  kemampuan  untuk  mengubah  diskusi  verbal  atau tekstual tentang hubungan atau klasifikasi evolusioner menjadi filogeni. Keterampilan ini sangat penting untuk dipelajari, agar siswa dapat mulai membangun pemahaman mengenai pohon kehidupan sebagai dasar untuk mengatur pengetahuan tentang keanekaragaman hayati (Baum & Smith, 2012). Selain itu tree thinking dapat melatihkan keterampilan berpikir kritis pada siswa (Hidayat, 2021b). Terdapat lima kriteria penilaian dalam pemahaman tree thinking. Kriteria tersebut terdiri dari:
1. Mengidentifikasi karakter bersama yang dimiliki dua taksa atau lebih berdasarkan warisan dari MRCA ( most recent common ancestor)
2. Mengidentifikasi karakter taksa berdasarkan informasi yang tersedia
3. Memahami konsep clade atau kelompok
4. Mengevaluasi hubungan evolusi suatu taksa
5. Menggunakan fakta dari MRCA untuk mendukung kesimpulan terkait karakter bersama.
c. Filogenetik Molekuler
Filogenetik molekuler telah menjadi bagian integral dari berbagai jenis penelitian di bidang biologi molekuler, genetika populasi, biologi perkembangan, dan evolusi biologi. Metode filogenetik molekuler sering  digunakan  secara  luas  di  seluruh  cabang  biologi  untuk  membandingkan  genom  dan mengidentifikasi  hubungan  antara  spesies  dengan  merancang  pohon  evolusi  berdasarkan  analisis statistik  urutan  basa  (Tindi  et  al.,  2017).  Filogenetik  molekuler  mengkombinasikan  teknik  biologi molekuler  dengan  statistik  untuk  merekonstruksi  hubungan  filogenetik.  Data  yang  digunakan  pada filogenetika molekuler dapat berupa DNA, Protein, ataupun intisel (Hidayat et al., 2008). DNA dipilih sebagai sumber data yang diteliti dikarenakan sifatnya yang konstan, keberadaan nya yang stabil, dan sebagai  penciri  hereditas  yang  baik.  Adapun  pemilihan  protein  sebagai  sumber  data  molekuler dikarenakan protein dapat dikelompokkan dan didokumentasikan (Chen et al., 2017).
Pemikiran  dasar  penggunaan  sekuen  DNA  dalam  studi  filogenetik  adalah  bahwa  terjadi perubahan basa nukleotida menurut waktu, sehingga akan dapat diperkirakan kecepatan evolusi yang terjadi dan akan dapat direkonstruksi hubungan evolusi antar kelompok organisme. Sekuen DNA telah menarik perhatian para praktisi taksonomi dunia untuk dijadikan karakter dalam penelitian filogenetik karena  beberapa  fakta.  Pertama,  sekuen  DNA  menawarkan  data  yang  akurat  melalui  pengujian homologi  yang  lebih  baik  terhadap  karakter-karakter  yang  ada.  Kedua,  sekuen  DNA  menyediakan banyak karakter karena perbedaan laju perubahan basa nukleotida di dalam lokus yang berbeda adalah besar. Dan ketiga, sekuen DNA telah terbukti menghasilkan hubungan kekerabatan yang lebih alami (Nei, 1996: (Hidayat et al., 2021). Terdapat tiga tahap penting dalam analisis filogenetika molekuler, yaitu sequence alignment , rekonstruksi pohon filogenetika, dan evaluasi pohon filogenetika dengan uji statistik.
1. Sequence Alignment
Tujuan utama dari tahap ini adalah untuk menentukan apakah suatu sekuen DNA atau protein adalah homolog dengan yang lainnya (Hidayat et al., 2021). Alignment yang melibatkan dua sikuen yang homolog disebut pairwise alignment , sedangkan yang melibatkan banyak sikuen yang homolog disebut multiple  alignment .  Keberhasilan  analisis  filogenetika  sangat  tergantung  kepada  akurasi proses alignment .  Terdapat  beberapa  aplikasi  yang  dapat  membantu  efisiensi  pada  proses  ini, diantaranya disajikan pada tabel berikut:
Tabel 1. Aplikasi Program Alignment Program Kelebihan Kekurangan CLUSTALW Menggunakan  sedikit  memori  dibandingkan program lainnya Kurang  dalam  hal  akurasi  dan  skalabilitas dibandingkan program baru lainnya DIALIGN* Mampu mengenali daerah yang dapat dan tidak dapat di-align Kurang  akurat  dibandingkan  dengan  CLUSTALW dalam hal penjajaran globa MAFFT, MUSCLE Komputasi  cepat,  hasil  lebih  akurat  dibanding CLUSTALW, dan skalabilitas besa Menurunnya akurasi pada penjajaran dataset urutan yang sangat besar (>1000 urutan) Sumber: (Apriliyanto & Sembiring, 2016)

## 2. Rekonstruksi Pohon Filogenetika
Metode dalam membangun suatu pohon filogenetika dengan menggunakan karakter molekuler seperti sekuens DNA. Metode ini dibagi menjadi empat kelompok utama, yaitu distance method (DM), likelihood  method (LM), Bayesian  method (BM),  dan parsimony  method (PM).  Prinsip  DM  adalah jumlah perbedaan nukleotida antara dua sekuen DNA menunjukkan jarak evolusi yang terjadi. Prinsip dari LM ini adalah bahwa perubahan-perubahan diantara semua basa nukleotida adalah sebanding. Prinsip BM pada dasarnya adalah sama dengan LM, hanya berbeda dalam penghitungan distribusi prior untuk membangun pohon filogenetika. Prinsip PM beranggapan bahwa perubahan mutasional berlangsung pada semua arah diantara empat basa nukleotida atau 20 asam amino yang berbeda dan, berbeda dengan ketiga metode yang lain, hanya jumlah perubahan basa nukleotida atau asam amino  yang  terkecil  yang  dapat  memberikan  penjelasan  yang  baik  mengenai  keseluruhan  proses evolusi  yang  terjadi.  Kemudian,  topologi  pohon  yang  dipilih  sebagai  yang  terbaik  adalah  yang mengalami jumlah perubahan yang paling kecil.

## 3. Evaluasi Pohon Filogenetik
Evaluasi pohon filogenetika berkaitan dengan uji reliabilitas dari sebuah pohon dan uji topologi antara dua atau lebih pohon yang berbeda berdasarkan set data yang sama (Hidayat et al., 2021). Banyak metode telah dikembangkan untuk menguji reliabilitas, diantaranya yaitu interior branch test (IB) dan Felsenstein's bootstrap test (FB).

## d. Bioinformatika
Bioinformatika merupakan gabungan metode statistika, matematika, teknologi informasi, dan ilmu komputer untuk menyelesaikan masalah yang berbasis pada data biologi. Bioinformatika merupakan bidang penelitian interdisipliner yang menyatukan ilmu komputer dan ilmu biologi. Sebagai integrasi antara biologi dan informatika, bioinformatika menggunakan teknologi komputer untuk menyimpan, mengambil,  memanipulasi,  dan  mendistribusikan  informasi  yang  terkait  dengan  makromolekul. Makromolekul  biologis  yang  dimaksud  seperti  DNA,  RNA,  dan  protein.  Fokus  utama  dalam bioinformatika adalah pada pemanfaatan  komputer, terutama  karena sebagian  besar  tugas dalam analisis  data  genom  bersifat  berulang  atau  kompleks  secara  matematis.  Penggunaan  komputer menjadi  krusial  dalam  memproses  genom  untuk  mengumpulkan  informasi  dan  memperluas pengetahuan (Sardi, 2022).
Bioinformatika berbeda dengan biologi komputasi. Ruang lingkup bioinformatika terbatas pada sekuens, struktural, dan analisis fungsional gen dan genom serta produk-produk terkaitnya, sering kali dianggap  sebagai komputasi biologi molekuler. Adapun  biologi  komputasi mencakup seluruh area biologi  yang  melibatkan  perhitungan,  termasuk  metode  data-analitis  dan  teoritis,  pemodelan matematika, serta teknik simulasi komputasi untuk memahami sistem biologis, perilaku, dan sosial (Lewis University, 2022).
Dengan volume data biologis yang sangat besar hasil dari analisis biologi, maka menganalisisnya secara manual menjadi sangatlah sulit. Oleh karena itu, ilmu komputer digunakan untuk membantu dalam berbagai teknik komputasi yang dapat menganalisis kumpulan data biologis secara lebih akurat
dan efisien melalui proses otomatis. Sebagai Solusi dari permasalahan tersebut, bioinformatika dapat dianggap  sebagai  bidang  ilmu  data  yang  memecahkan  masalah  dalam  biologi  dan  kedokteran. Dengan kemajuan teknologi eksperimental, telah terjadi peningkatan signifikan dalam volume data yang  dihasilkan.  Oleh  karena  itu,  penting  untuk  mengelola  dan  mengekstraksi  informasi  yang bermanfaat  dari  sumber-sumber  data  besar  ini.  Hal  ini  menjadi  krusial  jika  kita  ingin  menemukan pengetahuan baru yang dapat meningkatkan pemahaman kita tentang dunia kehidupan (Sardi, 2022).
Bioinformatika telah berkembang menjadi ilmu interdisipliner yang memiliki dampak signifikan di berbagai bidang pengetahuan. Seorang ahli biologi yang memiliki pengetahuan dalam bioinformatika memiliki keunggulan yang lebih besar dalam memahami dan mengelola data penelitian. Pentingnya bioinformatika  tidak  terbatas  pada  penelitian  dasar  genom  dan  biologi  molekuler  saja,  tetapi  juga memiliki implikasi besar dalam berbagai bidang bioteknologi dan ilmu biomedis (Shameer et al., 2017).
Aplikasi bioinformatika dalam bidang biologi dan kedokteran sangat bervariasi, termasuk dalam desain  obat  berbasis  pengetahuan  genetika,  analisis  DNA  forensik,  dan  bioteknologi  pertanian. Sebagaimana  pada  studi  komputasi  interaksi  protein-ligand  memberikan  landasan  rasional  untuk mengidentifikasi  dengan  cepat  penemuan  obat  sintetik  baru.  Pengetahuan  tentang  struktur  tiga dimensi dari protein memungkinkan molekul yang dirancang untuk dapat terikat dengan tingkat afinitas dan spesifisitas yang tinggi ke lokasi reseptor protein target. Pendekatan berbasis bioinformatika ini secara signifikan mengurangi waktu dan biaya yang diperlukan untuk pengembangan obat, dengan potensi  hasil  yang  lebih  tinggi,  efek  samping  yang  lebih  minim,  dan  toksisitas  yang  lebih  rendah dibandingkan dengan menggunakan pendekatan uji coba berulang (Zloh & Kirton, 2018).
Di dunia ini terdapat tiga database urutan biologis sentral, yakni: (i) GenBank yang berada di bawah  NCBI  ( National  Center  for  Biotechnology  Information ),  Bethesda,  maryland,  Amerika; European Nucleotide Archive (ENA) yang berada di bawah European Molecular Biology Laboratory – European Bioinformatics Institute (EMBL – EBI), Hinxton, Inggris; dan (iii) DNA Data Bank of Japan (DDBJ) yang berada di bawah NIG/CIB ( National Institute of Genetics, Center for Information Biology ), Mishima, Jepang. Ketiga database tersebut merupakan database primer yang menampung semua urutan DNA yang didepositokan oleh para peneliti dari seluruh dunia (Apriliyanto & Sembiring, 2016; Hidayat, 2021b)

## e. DNA Barcode
DNA barcoding merupakan  suatu sistem yang  dirancang untuk memudahkan identifikasi dan autentifikasi makhluk hidup secara cepat dan akurat karena menggunakan sekuen gen pendek dan telah terstandarisasi. Panjang urutan gen pada DNA barcoding berkisar antara 400-600 pasang basa. Awalnya metode ini, digunakan untuk memberikan informasi tambahan pada ahli taksonomi untuk meningkatkan  kapasitas  identifikasi  makhluk  hidup  dalam  mendokumentasikan  keanekaragaman hayati (Hidayat, 2021a). Barcode DNA dapat dipakai sebagai alat identifikasi pada sampel yang tidak diketahui dengan mencocokkan penanda genetik spesifik ke perpustakaan referensi sekuen. Pada tahun 2003 Consortium for the Barcode of Life (CBOL) dibentuk. CBOL berpusat di National Museum of Natural History , Washington DC, Amerika Serikat. Pendirian Lembaga tersebut didasarkan pada penggunaan DNA barcoding dalam penelitian ini cukup kompleks dan tidak mungkin dilakukan oleh hanya satu instansi.
Gen  dari  daerah  genom  yang  disarankan sebagai  DNA barcoding pada  makhluk  hidup diantaranya, bagian dari gen mitokondria yaitu CO1 ( Cytochrome c oxidase subunit 1 ) untuk DNA barcodin g pada hewan, bagian dari gen kloroplas yaitu maturase K (matK) dan ribulose-bisphosphate carboxylase (rbcl), dan sekuen gen 16S rRNA direkomendasikan untuk DNA barcoding pada mikroba. DNA  barcode  merupakan  sistem  yang  dibuat  untuk  mengidentifikasi  dengan  cepat  dan  akurat berdasarkan  urutan  nukleotida  pada  gen  penanda  pendek  yang  telah  distandarisasi,  seperti  gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Gen COI ini adalah bagian dari genom mtDNA yang memiliki beberapa  keunggulan,  salah  satunya  adalah  kemampuannya  yang  minim  mengalami  delesi  dan
insersi pada urutannya, serta sejumlah besar bagian yang bersifat konservatif (lestari). Oleh karena itu, gen COI dapat berfungsi sebagai DNA barcode, yang berperan sebagai ciri khas unik untuk setiap spesies (Tindi et al., 2017).
Pemilihan pada gen tersebut didasari oleh gen-gen di atas sangat terkonservasi, yang  mana hanya mengalami sedikit perubahan nukleotida dalam proses evolusi. Di samping itu, gen tersebut dapat membedakan dan memiliki urutan basa tertentu yang dapat membedakan antara satu spesies dengan  spesies  lainnya. Proses  pembuatan  DNA barcoding ,  yakni  dengan  memperhatikan  empat komponen yang  perlu  dilakukan untuk penelitian barcode  berdasarkan petunjuk di CBOL  sebagai berikut:
a. Spesimen, berupa fosil, jaringan, benih, dan lain-lain
b. Laboratorium analisis, untuk isolasi DNA, PCR Database, berupa data yang telah dikoreksi dan dapat dicocokkan dengan spesimen yang telah dianalisis
c. Database digunakan untuk mendesain primer spesifik dari gen target yang akan dijadikan DNA barcoding
d. Data analisis, dilakukan menggunakan program komputer tertentu yang dapat membaca hasil data  molekuler.  Hasil  DNA  barcoding  adalah  pembacaan  sekuen  DNA  hasil  dari  proses sekuensing merupakan data yang harus dianalisis.
DNA barcoding sangat  membantu  ahli  taksonomi  dalam  proses  identifikasi  spesies  dengan memanfaatkan sekuen DNA. Perkembangan metode molekuler dan genetika saat ini mempengaruhi maraknya penggunaan metode DNA barcoding pada bidang keilmuan lainnya. Keilmuan lain tersebut diantaranya adalah studi ekologi, kedokteran, farmasi, dan bidang industri.

## 2. Urgensi Pemahaman Taksonomi
Urgensi  pemahaman  tentang  taksonomi  dalam  pembelajaran  biologi  sangat  penting  karena taksonomi merupakan suatu sistem klasifikasi yang digunakan untuk mengelompokkan dan menyusun organisme berdasarkan karakteristik yang dimiliki. Pemahaman terhadap taksonomi memberikan dasar yang kuat dalam memahami keragaman hayati, evolusi, ekologi, dan berbagai konsep biologi lainnya (Hidayat, 2021b). Berikut adalah beberapa point penting dalam urgensi pemahaman taksonomi pada pembelajaran biologi:
1. Mengidentifikasi dan Mendeskripsikan Organisme
Taksonomi  membantu  dalam  memberikan  nama  dan  mengklasifikasikan  organisme  sesuai dengan karakteristik morfologi, fisiologi, dan genetiknya. Kemampuan untuk mengidentifikasi dan mendeskripsikan organisme adalah keterampilan dasar dalam studi biologi dan ekologi.
2. Memahami Keragaman Hayati Taksonomi memungkinkan siswa untuk memahami keragaman hayati yang luar biasa di dunia ini.  Dengan  mengetahui  bagaimana  organisme  diklasifikasikan,  siswa  dapat  mengapresiasi keanekaragaman hayati dan peran setiap spesies dalam ekosistem.
3. Memahami Hubungan Evolusi Sistem  taksonomi  mencerminkan  hubungan  evolusioner  antara-organisme.  Pemahaman terhadap  taksonomi  membantu  siswa  menyusun  informasi  tentang  evolusi  dan  sejarah kehidupan di Bumi.
4. Membantu Identifikasi dan Pengendalian Penyakit Pemahaman taksonomi penting dalam identifikasi mikroorganisme penyebab penyakit. Hal ini mendukung pengembangan strategi pengendalian penyakit dan pengembangan obat-obatan.
5. Menyediakan Dasar untuk Penelitian Ilmiah Taksonomi memberikan kerangka kerja untuk penelitian ilmiah dan studi lapangan.
Para ilmuwan dan peneliti menggunakan sistem taksonomi untuk menyusun dan memahami data hasil penelitian.
6. Kontribusi terhadap Konservasi Hayati
Pemahaman taksonomi penting dalam upaya konservasi hayati. Dengan mengetahui organisme apa yang ada dan di mana mereka berada, kita dapat mengembangkan strategi yang lebih efektif untuk melindungi spesies yang terancam punah dan ekosistemnya.

## 7. Meningkatkan Komunikasi Ilmiah
Taksonomi  memberikan  bahasa  umum  bagi  ilmuwan  di  seluruh  dunia  untuk  berkomunikasi tentang organisme tertentu. Hal ini mendukung pertukaran informasi dan kolaborasi lintas disiplin ilmu biologi.
Pemahaman tentang taksonomi bukan hanya relevan untuk para ilmuwan dan peneliti, tetapi juga esensial  bagi  siswa  yang  mempelajari  biologi.  Melalui  pemahaman  ini,  siswa  dapat  membangun landasan yang kuat untuk pemahaman konsep-konsep biologi lebih lanjut untuk kepentingan kehidupan sehari-hari.

## 3. Pemahaman Taksonomi dalam Pembelajaran Biologi
Pemahaman taksonomi dapat menjadi pengetahuan dasar untuk menunjang pengetahuan tingkat lanjut dalam mempelajari biologi. Pemahaman mengenai taksonomi erat kaitannya dengan materi biologi yang bersifat holistik dan berfokus pada tingkatan organisme/ individu sebagai subjek kajiannya (Hidayat, 2021a). Maka dari itu peneliti mencoba untuk memetakan cakupan materi biologi yang berkaitan dengan pemahaman  taksonomi,  model  pembelajaran  yang  dapat  memfasilitasi  pemahaman  taksonomi,  dan strategi pembelajaran yang dapat diadaptasi untuk mencapai pemahaman tentang taksonomi dengan baik.

## a. Materi Biologi
Pemahaman tentang taksonomi sangat diperlukan dalam pembelajaran biologi, terkhusus untuk memberikan pengetahuan penunjang siswa terhadap materi biologi lanjutan. Beberapa materi biologi yang  memerlukan  pemahaman  taksonomi  diantaranya  adalah  materi  klasifikasi  makhluk  hidup, keanekaragaman hayati, evolusi, ekologi, dan genetika. Materi biologi tersebut memiliki peran penting dalam tujuan pembelajaran biologi, khususnya pada kurikulum merdeka.
Kurikulum  Merdeka  adalah  suatu  pendekatan  kurikulum  yang  diterapkan  dengan  landasan pengembangan profil peserta didik agar mereka dapat menjalani kehidupan sesuai dengan nilai-nilai yang  terkandung  dalam  sila-sila  Pancasila  (Khatimah  et  al.,  2023;  Rifqi  Hamzah,  2022).  Dalam Kurikulum Merdeka, terdapat dorongan bagi guru dan peserta didik untuk secara bebas mengeksplorasi pengetahuan,  sikap,  dan  keterampilan  dari  lingkungan  sekitar,  sekaligus  membantu  dalam pengembangan  karakter  mandiri  (Khatimah  et  al.,  2023).  Kurikulum  Merdeka  merupakan  suatu perubahan dalam pendekatan pembelajaran, di mana tanggung jawab penuh terletak pada guru dan peserta didik (Hilda et al., 2022; Khatimah et al., 2023). Berikut adalah pemetaan materi biologi dan kaitannya dengan pemahaman tentang taksonomi dalam kurikulum merdeka.

## 1. Klasifikasi Makhluk Hidup
Klasifikasi makhluk hidup dalam kurikulum merdeka dipelajari pada fase E, yakni pada tahapan kelas X. Klasifikasi makhluk hidup mempelajari tingkatan organisasi makhluk hidup dari mulai terkecil yakni  sel,  sampai  dengan  tingkatan  tertinggi  sebagai  sebuah  kingdom.  Klasifikasi  makhluk  hidup adalah  proses  pengelompokan  organisme  hidup  ke  dalam  kategori-kategori  yang  berbeda berdasarkan kesamaan atau perbedaan karakteristik tertentu. Sistem klasifikasi umumnya didasarkan pada  taksonomi,  yang  merupakan  ilmu  yang  mempelajari  prinsip-prinsip  pengelompokan  dan penamaan organisme (Campbell et al., 2008). Berikut adalah pemetaan materi klasifikasi makhluk hidup dan keterkaitannya dengan pemahaman mengenai taksonomi:

## Tabel 2. Pemetaan Materi Biologi Dengan Pemahaman Taksonomi
Klasifikasi Makhluk Hidup Tujuan Pembelajaran Ruang Lingkup Pemahaman Taksonomi Memahami karakteristik makhluk hidup, dan tingkatan nya dalam sistem kehidupan 1. Karakteristik  makhluk hidup 2. Klasifikasi makhluk hidup berdasrakan biotik dan abiotic 3. Tingkat organisasi kehidupan 4. Klasifikasi kingdom Taksonomi  membantu  dalam  mengelompokkan  dan memberi nama pada organisme berdasarkan karakteristik mereka.  Ini  mempermudah  identifikasi  dan  studi organisme secara sistematis.

## 2. Keanekaragaman hayati
Keanekaragaman hayati dalam kurikulum merdeka dipelajari pada fase E, yakni pada tahapan kelas X. Keanekaragaman hayati mempelajari tentang keragaman makhluk hidup baik dalam tingkat gen,  spesies,  dan  ekosistem.  Keragaman  tersebut  yang  memunculkan  perbedaan  pola  interaksi makhluk  hidup  dalam  lingkungan  nya  (Simon  et  al.,  2012).  Berikut  adalah  pemetaan  materi keanekaragaman hayati dan keterkaitannya dengan pemahaman mengenai taksonomi:
Tabel 3. Pemetaan Materi Biologi Dengan Pemahaman Taksonomi Keanekaragaman Hayati Tujuan Pembelajaran Ruang Lingkup Pemahaman Taksonomi Mengidentifikasi tingkatan keanekaragaman  hayati  dengan menyajikan  laporan  dari  hasil pengamatan di lingkungan sekitar 1. Kenakaragaman hayati 2. Kenakaragaman hayati tingkat gen 3. Kenakaragaman hayati spesies 4. Keanekaragaman hayati ekosistem Sistem  taksonomi  mencerminkan  keragaman hayati di planet ini. Dengan memahami taksonomi, siswa  dapat  mengeksplorasi  keanekaragaman organisme dan hubungan evolusionernya.

## 3. Ekosistem
Ekosistem dipelajari pada Fase E, yakni materi terakhir yang dipelajari pada tingkatan kelas X SMA. Ekosistem mempelajari suatu hubungan timbal balik antara makhluk hidup dengan lingkungan nya. Ekosistem diartikan sebagai suatu hubungan atau interaksi yang terjalin antara makhluk hidup dengan lingkungan nya (Campbell. N.A et al., 2008). Berikut adalah pemetaan materi ekosistem dan keterkaitannya dengan pemahaman mengenai taksonomi:
Tabel 4. Pemetaan Materi Biologi Dengan Pemahaman Taksonomi Ekosistem Tujuan Pembelajaran Ruang Lingkup Pemahaman Taksonomi Mengidentifikasi komponen ekosistem dengan  menyajikan  laporan  hasil pengamatan  ekosistem  di  lingkungan sekitarnya 1. Pengelompokan Ekosistem 2. Komponen- komponen ekosistem 3. Interaksi antar komponen ekosistem Dengan  memahami  taksonomi,  siswa  dapat menyusun  informasi  tentang  ekologi  dan  interaksi antarorganisme.  Ini  membantu  dalam  memahami peran setiap organisme dalam ekosistem.

## 4. Evolusi
Evolusi pada kurikulum merdeka dipelajari pada Fase F, yakni pada tingkatan kelas XII. Evolusi mempelajari tentang asal-usul suatu makhluk hidup. Evolusi berkaitan erat dengan kekerabatan suatu makhluk hidup (Simon et al., 2012). Teori evolusi seringkali mengalami miskonsepsi, hal ini ditunjukan oleh (Yulianty et al., 2022) pada penelitian nya yang mengatakan bahwa tingkat penerimaan teori evolusi  pada  mahasiswa  sarjana  biologi  rendah.  Berikut  adalah  pemetaan  materi  evolusi  dan keterkaitannya dengan pemahaman mengenai taksonomi:
Tabel 5. Pemetaan Materi Biologi Dengan Pemahaman Taksonomi Evolusi Tujuan Pembelajaran Ruang Lingkup Pemahaman Taksonomi 1. Mendeskripsikan mekanisme evolusi dengan menyajikan  data  contoh  kejadian  evolusi pada  hewan,  seperti  jerapah  atau  burung finch
2. Memprediksi  kejadian  evolusi  pada  suatu makhluk hidup dengan membuat poster dari hasil kajian literatur
3. Menyusun sebuah kladogram sederhana dari beberapa makhluk hidup 1. Teori-teori evolusi 2. Bukti evolusi Taksonomi  mencerminkan  hubungan  evolusioner antara-organisme.  Pemahaman  ini  membantu siswa memahami dasar-dasar evolusi dan konsep- konsep terkait.

## 5. Genetika
Genetika  dipelajari  pada  Fase  F,  tepatnya  pada  tingkatan  kelas  XII.  Genetika  mencakup pembahasan  mengenai  substansi  nya,  dan  penerapannya  pada  pola  pewarisan  sifat.  Genetika dipahami sebagai disiplin ilmu yang mempelajari tentang materi genetic, dan peranan nya dalam pola pewarisan sifat suatu makhluk hidup (Campbell et al., 2008). Berikut adalah pemetaan materi genetika dan keterkaitannya dengan pemahaman mengenai taksonomi:
Tabel 6. Pemetaan Materi Biologi Dengan Pemahaman Taksonomi Genetika Tujuan Pembelajaran Ruang Lingkup Pemahaman Taksonomi 1. Menganalisis hubungan antara DNA, gen dan kromosom dengan
menggambar  struktur  penyusun kromosom
2. Menganalisis  pola-pola  pewarisan sifat pada manusia dengan menyusun peta silsilah keluarga 1. Substansi genetika 2. Hukum mendel 3. Pola pewarisan sifat Pemahaman  mengenai  taksonomi  dapat  membantu siswa  dalam  menganalisis  sifat  yang  muncul  (fenotif) dan sifat yang tidak tampak (genotip) dalam suatu kasus silsilah kekerabatan
Berdasarkan  paparan  tersebut  dapat  dipahami  bahwa  pengetahuan  tentang  taksonomi memegang  peran  penting  sebagai  pengetahuan  penunjang  dalam  mempelajari  biologi.  Sehingga dapat dikatakan bahwa  pemahaman  taksonomi adalah pengetahuan penting  yang  perlu diajarkan kepada siswa, khususnya pada pembelajaran biologi.
b. Model Pembelajaran Terdapat beberapa model pembelajaran yang dapat membantu memfasilitasi pemahaman ilmu taksonomi biologi. Pemilihan model pembelajaran tergantung pada konteks pembelajaran, karakteristik siswa, dan tujuan pembelajaran. Beberapa model pembelajaran yang dapat memfasilitasi pemahaman taksonomi diantaranya adalah model think pair share (TPS), Model STEM, Model PBL ( problem based learning ), dan dapat pula diterapkan pada penilaian TPACK guru biologi. Oleh sebab itu, penting bagi guru untuk mengenal model-model pembelajaran tersebut, misalnya melalui kegiatan sosialisasi atau pelatihan tertentu (Sadikin, et al., 2023).
Menurut (Wulandari et al., 2017) dalam penelitiannya menyatakan bahwa model think pair share (TPS)  dibantu  oleh  pohon  filogenetik  positif  berpengaruh  terhadap  hasil  belajar  kognitif  siswa  dan kemampuan  berpikir  kritis  mereka.  Adapun  pendapat  (Ballen  et  al.,  2019)  mengungkapkan  bahwa keterampilan tree  thinking dapat  memfasilitasi  kemampuan  pemecahan  masalah  siswa  pada pembelajaran biologi. Khususnya pada kajian filogenetik forensik yang menjadi bahan penelitian utama yang ditelitinya. Menurut (Putri et al., 2020) pelatihan taksonomi numerik dapat dijadikan strategi untuk meningkatkan  TPACK  guru  biologi.  Dimana  taksonomi  numerik  dapat  melatihkan  guru  dalam mengidentifikasi tujuan pembelajaran, merumuskan tujuan pembelajaran, menentukan konsep penting, menentukan keluasan dan kedalaman materi, mengidentifikasi miskonsepsi, menentukan pertimbangan mengajar,  menentukan  strategi  mengajar,  menentukan  urutan  penyajian  materi,  memanfaatkan
teknologi, menentukan tujuan penggunaan teknologi, menyiasati ketiadaan teknologi, dan mengukur pemahaman peserta didik.
Sangat penting untuk menyesuaikan kebutuhan siswa dan menciptakan lingkungan belajar yang dapat memberikan siswa pemahaman yang mendalam. Kombinasi dari beberapa model pembelajaran yang bersifat inkuiri dapat memberikan pengalaman belajar yang lebih beragam dan holistik. Sehingga pemahaman mengenai taksonomi dapat diterima dengan baik oleh siswa. Selain itu perlu dilakukan upaya pengembangan perangkat pembelajaran, misalnya perangkat asesmen berbasis kontekstual, untuk mengukur keterampilan tertentu (Sembiring & Nasution, 2023).

## SIMPULAN
Berdasarkan pemaparaan diatas dapat disimpulkan pengetahuan tentang taksonomi memegang peran penting sebagai pemahaman dasar untuk memahami materi biologi tingkat lanjut. Untuk itu penting sekali membelajarkan pemahaman mengenai taksonomi berseta ruang lingkupnya dalam pembelajaran biologi. Terlebih pemahaman mengenai taksonomi ini mulai ditinggalkan dalam kurikulum terbaru. Hal ini menjadi tugas penting bagi guru untuk senantiasa dapat membekalkan pemahaman taksonomi kepada siswa yang mempelajari biologi.

## RUJUKAN
Apriliyanto,  &  Sembiring.  (2016). Filogenetik  Molekuler:  Teori  dan  Aplikasi .  Innosains. https://www.researchgate.net/publication/335126070
Ballen, C. J., Drake, A. G., & Zamudio, K. R. (2019). Forensic Phylogenetics: Implementing Tree-thinking in a Court of Law. CourseSource , 6 . https://doi.org/10.24918/cs.2019.16
Baum, D. A., & Smith, S. D. (2012). Tree thinking : an introduction to phylogenetic biology . Roberts. Campbell, N. A., Reece, J. B., Urry, L. A., Chain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky, P. V., & Jackson, R. B. (2008). Biologi Edisi kedelapan Jilid 2. Erlangga. Campbell. N.A, Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman. S.A, Minorsky. P.V, & Jackson. R.B. (2008). Biologi: Vol. Jilid 3 (8th ed.). Erlangga. Chen, C., Huang, H., & Wu, C. H. (2017). Protein bioinformatics databases and resources. Methods in Molecular Biology , 1558 , 3 – 39. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-6783-4_1 Fuadiyah, S., Hidayat, T., & Priyandoko, D. (2021). Cladogram misreading of undergraduate students in understanding evolution. JPBI (Jurnal Pendidikan Biologi Indonesia) , 7 (2), 179-187.
Hidayat,  T.  (2017).  Menggairahkan  pembelajaran  taksonomi  di  kelas  menggunakan  metode  fenetik. ResearchGate, 5(1). https://www.researchgate.net/publication/313525815
Hidayat, T. (2021a). Kajian Biologi Sistematika Molekuler: Dari Klasifikasi Modern  Hingga Kode Batang DNA.  .  In  Pidato  Pengukuhan  Guru  Besar  Fakultas    Pendidikan  Matematika  dan  Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Pendidikan  Indonesia.
Hidayat, T. (2021b). Numerical Taxonomy in School: Sustainability in Biodiversity  Learning. International Conference on Mathematics and Science Education  (ICMScE).
Hidayat, T., Kusumawaty, D., Din Yati, D.,  Agusthina Muchtar, A., Dina  Mariana  Jurusan  Pendidikan Biologi,  dan,  &  Pendidikan  Matematika  dan  Ilmu  Pengetahuan  Alam,  F.  (2008).  Analisis Filogenetik Molekuler pada Phyllanthus niruri L. (Euphorbiaceae) Menggunakan Urutan Basa DNA Daerah Internal Transcribed Spacer (ITS). Jurnal Matematika Dan Sains, 13.
Hidayat, T., Saputro, N. W., Khamid, M. B. R., & Bayfurqon, F. M. (2021). First phylogenetic treatment of apple  cucumber  (Family  cucurbitaceae)  from  indonesia  utilizing  dna  variation  of  internal transcibed  spacer  region.  HAYATI  Journal  of  Biosciences,  28(1),  48 – 53. https://doi.org/10.4308/hjb.28.1.48
Hilda,  Zahwa,  N.,  Kusuma  Astuti,  Biryani,  W.,  Prasetyawati,  Y.,  &  Zulkardi.  (2022). Studi  Literatur: Implementasi  Merdeka  Belajar  Dalam  Meningkatkan  Mutu  Pembelajaran  Matematika  Selama Pandemi . 8 (1), 110 – 119. http://ejournal.unsub.ac.id/index.php/FKIP Jumriani, Mutiani, Putra, M. A. H., Syaharuddin, & Abbas, E. W. (2021). The Urgency of Local Wisdom Content in Social Studies Learning: Literature Review. The Innovation of Social Studies Journal ,
2 (2), 2723 – 1119. https://doi.org/10.20527/Available
Khatimah, H., Darussyamsu, R., Fadilah, M., & Anggriyani, R. (2023). Validity of Development of Biology Teaching Modules with Content Characters in Biodiversity Materials Content Character Teaching Module Validity. Ruang-Ruang Kelas: Jurnal Pendidikan Biologi , 3 (3). http://rrkjurnal.ppj.unp.ac.id/index.php/RRKJURNAL
Khofifah, U., Ratnasari, J., & Juhanda, A. (2020). Analisis Butir Soal Kemampuan Tree Thinking Pada Instrumen
Uji Coba Materi Spermatophyta.
BIODIK , 6 (3), 328 – 335. https://doi.org/10.22437/bio.v6i3.9907
Putri, A. R. A., Hidayat, T., & Purwianingsih, W. (2020).Pelatihan Taksonomi Numerik Sebagai Strategi Untuk  Meningkatkan  Technological  Pedagogical  Content  Knowledge  Guru  Biologi. Jurnal Pendidikan Sains Indonesia , 7 (2), 64 – 78. https://doi.org/10.24815/jpsi.v7i2.14332 Rahmania, S., Hidayat, T., & Supriatno, B. (2023). Implementation of Phylogenetic Worksheet to Improve Students’ Tree Thinking and Critical Thinking Skills on Spermatophyte Classification. Lectura : Jurnal Pendidikan, 14(2), 249 – 260. https://doi.org/10.31849/lectura.v14i2.14472 .
Rifqi  Hamzah.  (2022).  Proyek  Profil  Pelajar  Pancasila  sebagai  Penguatan  Pendidikan  Karakter  pada Peserta Didik. Jurnal Jendela Pendidikan , 2 (04). Rosadi, B., & Pratomo, H. (2014). Modul 1 Taksonomi Secara Umum . Universitas Terbuka Pers. Rusyana,  A.  (2021).  Pengaruh  Penggunaan  Tabel  Kladistik  Terhadap  Pemahaman  Materi  Zoologi Invertebrata. Jurnal Pendidikan Biologi, 9(1), 18 – 26.
Sadikin, A., Siburian, J., Sembiring, D. A. E. P., Mardiyanti, L., & Mursyd, D. (2023). Pelatihan Model- Model Pembelajaran Inovatif Bagi Guru-Guru Di SMA N 2 Muaro Jambi. Jurnal JUPEMA, 2(2), 1-7.
Sardi, A. (2022). Bioinformatics: Challenges in Integrating Biological Information. Jurnal Biologi Tropis , 22 (4), 1297 – 1301. https://doi.org/10.29303/jbt.v22i4.4346
Sembiring, L. (2004). Peranan biosistematika dalam menunjang pemanfaatan keanekaragaman hayati. In Seminar Nasional Biologi .
Sembiring, D. A. E. P., & Nasution, L. (2023). Pengembangan Perangkat Asesmen Autentik Berbasis Kontekstual  untuk  Mengukur  Keterampilan  Proses  Sains  Mahasiswa  pada  Matakuliah Mikrobiologi:(Development of Contextual- based Assessment Tool to Measure Student’ s Science Process Skill in Microbiology Course). BIODIK, 9(1), 139-150. Shameer,  K.,  Badgeley,  M.  A.,  Miotto,  R.,  Glicksberg,  B.  S.,  Morgan,  J.  W.,  &  Dudley,  J.  T.  (2017). Translational bioinformatics in the era  of real-time biomedical, health  care and  wellness data streams. Briefings in Bioinformatics , 18 (1), 105 – 124. https://doi.org/10.1093/bib/bbv118 Simon, E. J., Dickey, J. L., & Reece, J. B. (2012). Campbell Essential Biology With Physiology (4th ed.). Pearson.
Snyder, H. (2019). Literature Review as a Research Methodology: An Overview and Guidelines. Journal of Business Research , 104 , 333 – 339.
Sokal,  R.  R.  (1986).  Phenetic  Taxonomy:  Theory  and  Methods.  In  Ann.  Rev.  Ecol.  Syst  (Vol.  17). www.annualreviews.org
Tindi, M., Gustaf Mamangkey, N. F., & Wullur, S. (2017). DNA Barcode Dan Analisis Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Bivalvia Asal Perairan Sulawesi Utara Berdasarkan Gen COI. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis , 1 (2). www.qiagen.com
Wulandari,  H.,  Supriyanto,  &  Priyono,  B.  (2017).  The  Influence  Of  Phylogeny  Tree-Assisted  Tps  Of Invertebrata  Materials  Towards  Students’  Cognitive  Learning  Results  And  Critical  Thinking Ability. Unnes Science Education Journal , 6 (1). http://journal.unnes.ac.id/sju/index.php/usej .
Yulianty, S., Hidayat, T., Hamdiyati, Y., & Tresnawati, C. (2022). Identification of undergraduate biology students’  level  acceptance  and  perceptions  of  evolution  theory:  A  preliminary  study.  AIP Conference Proceedings, 2468. https://doi.org/10.1063/5.0104643
Zloh, M., & Kirton, S. B. (2018). The benefits of in silico modeling to identify possible small-molecule drugs and their off-target interactions. In Future Medicinal Chemistry (Vol. 10, Issue 4, pp. 423 – 432). Future Medicine Ltd. https://doi.org/10.4155/fmc-2017-0151.