Jurnal Pharmascience, Vol. 07, No.02, Oktober 2020, hal: 36-47 ISSN-Print. 2355 – 5386 ISSN-Online. 2460-9560 https://ppjp.ulm.ac.id/journal/index.php/pharmascience Research Article

## Penambatan Molekul Kandungan Eurycoma
longifolia Jack. (Pasak Bumi) terhadap Human Phosphodiesterase 5
Samsul Hadi 1 * , Khoerul Anwar 2 , Amalia Khairunnisa 1 , Noer Komari 3
1 Departemen Kimia Farmasi, Program Studi Farmasi, Universitas Lambung Mangkurat, Banjarbaru, Kalimantan Selatan, Indonesia
2 Departemen Farmakologi Farmasi, Program Studi Farmasi, Universitas Lambung Mangkurat, Banjarbaru, Kalimantan Selatan, Indonesia
3 Program Studi Kimia, Universitas Lambung Mangkurat, Banjarbaru, Kalimantan Selatan, Indonesia
*Email: samsul.hadi@ulm.ac.id

## ABSTRAK
Pasak  bumi  sebagai  obat  tradisional  pria  telah  digunakan  oleh  masyarakat melayu,  khususnya  orang  Sumatra  dan  kalimantan,  akan  tetapi  mekanisme  secara molekuler belum dikatahui dengan jelas. Salah satu pendekatan yang dapat digunakan untuk  mengetahui  mekanisme  pasak  bumi  sebagai  obat  tradisional  yang  bermanfaat mengatasi  disfungsi  ereksi  adalah  penambatan  molekul.  Penambatan  melekul dilakukan  dengan  cara  melihat  interaksi  ligand  dengan  reseptor.  Ligand  yang  berasal dari pasak bumi adalah 5-methoxycanthin-6-one, 9-methoxycanthin-6-one, eurycomalactone,  eurycomalide  A,  eurycomanone,  eurycomaoside,  laurycolactone  A, longilactone,  niloticin,  picrasidine  O.  Sehingga  kesepuluh  ligand  ini  didocking menggunakan  salah  satu  aplikasi  docking  yaitu  PLANTS  1.1  untuk  melihat  ikatan dengan  PDE5.  Sebelum  dilakukan  docking  terhadap  ligand  pasak  bumi,  terlebih dahulu dilakukan docking terhadap ligand Sildenafil untuk melhat nilai RMSD. RMSD ini  diperlukan  sebagai  alat  validasi  metode,  berdasarkan  percobaan,  nilai  RMSD  dari Sildenafil adalah 1,2517 A 0 . Hasil terbaik dari penambatan molekul pasak bumi adalah niloticin  dengan  skor  doking  -97,8802,  sehingga  nilai  interaksinya  terhadap  reseptor sebesar 93,71% dari Sildenafil.
Kata kunci: Pasak bumi, PDE5, PLANTS

## ABSTRACT
Pasak bumi as traditional male medicine has been used by Malay people, especially Sumatra and Borneo people, but the molecular mechanism is not yet known clearly. One approach that can be used to determine the mechanism of the Pasak Bumi as a traditional
medicine  that  is  useful  to  overcome  erectile  dysfunction  is  docking  molecules.  Molecular docking is done by looking at the interaction of ligands with receptors. Ligands originating from the Pasak Bumi are 5-methoxycanthin-6-one, 9-methoxycanthin-6-one, eurycomalactone,  eurycomalide  A,  eurycomanone,  eurycomaoside,  laurycolactone  A, longilactone, niloticin, picrasidine O. docking  application namely PLANTS 1.1 to  see the bond with PDE5. Before docking Pasak Bumi ligand, it is first docking Sildenafil ligand to see  the  RMSD  value.  The  RMSD  is  needed  as  a  method  validation  method,  based  on experiments, the RMSD value of Sildenafil is 1.2517 A0. The best results from docking of the Pasak bumi molecule is niloticin with a doctor score of -97.8802, so interaction skor to the receptor is 93.71% of Sildenafil.
Keywords: Pasak Bumi, PDE5, PLANTS

## I. PENDAHULUAN
Eurycoma  longifolia  Jack . (Pasak bumi) telah dikenal oleh masyarakat melayu sebagai obat tradisional khusus pria (afrodisiaka). Penyebaran tanaman ini mulai dari  dataran  Sumatra  sampai  Kalimantan dengan  ketinggian  300  m  dpl  (Heriyanto et al ., 2006). Tananman ini memiliki kandungan kimia yang beraneka ragam yaitu adalah 5-methoxycanthin-6-one,
9-
methoxycanthin-6-one, eurycomalactone,
eurycomalide A, eurycomanone, eurycomaoside, laurycolactone A, longilactone, niloticin, picrasidine O (Hajjouli et  al .,  2014).  Penggunaan  secara tradisional  dari  pasak  bumi  ini  dengan  cara akar  direbus  dan  diminum  airnya,  dengan tehnik  seperti  ini  kemungkinan  senyawa yang terlarut sebagian besar adalah senyawa polar  dan  semi  polar.  Oleh  karena  itu senyawa  golongan  ini  akan  dilakukan pengujian docking walaupun  senyawa  yang terkandung  dalam  pasak  bumi  banyak, dalam  penelitian  ini  hanya  mengambil
contoh  golongan  kuasinoid  dan  diluar kuasinoid,  karena  golongan  kuasinoid  yang dominan di tumbuhan pasak bumi disamping  itu  baru  eurycomanone  yang sudah ditetapan sebagai  marker standar dari pasak  bumi  (Vejayan et  al .,  2018), sedangkan senyawa yang lain baru ditemukan dan metode baku untuk penetetapan  kadar  belum  ada,  sehingga ligand  yang  lain  merupakan  contoh  senywa dari  pasak  bumi  yang  akan  didockingkan dengan  protein  target.  Proses  docking menggunakan  metode  PLANTS.  Metode docking cara  ini  memerlukan  protein  dan ligand yang tersimpan di database protein.
Salah  satu  ligand  yang  diresepkan oleh dokter adalah Sildenafil (Viagra ® ), oleh karena  itu  ligand  ini  dipergunakan  untuk proses docking , selain itu komponen penting dalam proses docking adalah protein. Ligand Viagra ® akan  cocok  menggunakan  protein Human Phosphodiesterase 5 dengakan kode 1UDT,  hal  ini  telah  dilakukan  penelitian
interaksi  antara  sildenafil  dengan Human Phosphodiesterase 5 (Sung et al ., 2003).
Enzim phosphodiesterase (PDE) adalah family enzim yang mempunyai peran dalam  cAMP  dan  cGMP  (Beavo,  1995). Kedua molekul ini mempunyai peran dalam signal  nukleotida  yang  berperan  dalam fungsi  fisiologis.  Enzim  ini  menjadi  target dari  berbagai  gangguan  kesehatan  yaitu disfungsi  ereksi,  inflamasi,  asma,  depesi, gagal  jantung  (Rotella,  2002).  Enzim phosphodiesterase  memiliki  12  famili, PDE5  mempunyai  aktivitas  spesifik  pada cGMP  dengan  cara  hidrolisis  cGMP  dalam jaringan  corpus  cavernosum  manusia.  PDE 5 terdiri dari domain regulator terminal amin (GAF  A  dan  B)  dan  metal  chelating  dari katalis  karboksil  terminal  (Rybalkin et  al ,
2003). PDE5A salah satu dari subtpe PDE5 yang  memiliki  empat  bentuk.  Panjang komplek  ikatan  Sildenafil  dengan  PDE5 adalah  2,3  A0.  Sildenafil  mengikat  PDE5 dengan  constan  dissociation  (Kd)  0,5-6,6 nM,  dan  untuk  enzim  PDE6  (memiliki kemripan  dengan  PDE5)  akan  tetapi aktifitasnya lebih rendah yaitu 9-11 (Corbin dan  Francis,  2002).  Domain  katalitik  PDE5 memiliki  tiga  subdomain  heliks,  sebuah region  lipatan  cyclin  N-terminal,  dan terminal-C  heliks  (Jeffrey,  1995)  ,  dengan adanya  data  yang  ini  maka  Human Phosphodiesterase 5 dapat digunakan sebagai  protein  model  untuk  gangguan disfungsi  ereksi.  Penelitian  penggunaan in
vivo contohnya pengujian pada tikus ekstrak tanman Eurycoma  longifolia mempunyai kemampuan  dalam  vasodilatasi  melalui penghambatan  reseptor  angiotensin  II  dan meningkatkan  relaksasi  yang  diinduksi bradikinin melalui penghambatan angiotensin-converting  enzyme  (Tee et  al ., 2017),  maupun  uji  klinik  pada  manusia sudah  dilakukan  bahkan  sudah  sampe  tahap sistematik  review  pada  penggunaan  ektrak pasak  bumi  (Thu et  al .,  2017),  akan  tetapi interaksi  asam  amino  dan  ligan  dari Urycoma longifolia belum tersajikan. Sehingga pengujian ini memberikan gambaran  interaksi  ligand  dengan  asam amino  dari Human  Pho sphodiesterase  5 dan stabilitas energi interaksinya

## II. METODE
Peralatan  yang  dipergunakan  adalah Intel®pentium CPU N3700 @1.6Hz, Ram7.92  GB,  system  type  64-bit.  Metode penambatan  molekul  ini  dilakukan  dengan beberapa  tahap.  Tahapan  yang  dilakukan yaitu  preparasi  protein  .  Protein  target penambatan  adalah  struktur  3D  enzim Human Phosphodiesterase 5 yang diperoleh dari website www.PDB.com dengan kode 1 UDT berupa hasil kristalografi  sinar  X  bersama  ligand Sildenafil  (ligand  yang  dapat  diresepkan oleh  dokter)  hal  ini  berdasarkan  penelitian yang telah dilakukan oleh Sung et al (2003) walaupun  ada  beberapa  ligand  yang  sudah
ada  akan  tetapi  ligand  ini  memberikan tingkat  kemanan  yang  sudah  teruji  dan ligand  ini  sudah  terbukti  efektif  dalam menangani  gangguan  disfungsi  ereksi  serta sudah  beredar  dimasyarakat  melalui  resep dokter. Software YASARA  (YASARA Bioscience ,  Autria)  dipergunakan  untuk persiapan protein, pada tahapan ini dilakukan  eliminasi  ligand  dan  metal  yang tidak  diperlukan  serta  penambahan  molekul hidrogen  yang  diperlukan  yang  tak  kalah penting  adalah  penentuan  binding  site  pada proses docking. Binding site ini menggunakan  ref  ligand  sebagai  model yaitu:  bindingsite_center  1.43964  67.0151 83.5295 dan bindingsite_radius 13.4682.
Tahapan selanjutnya adalah persiapan  ligand  dari Eurycoma  longifolia Jack . Persiapan ligand menggunakan software Marvin Sketch (Chemaxon,
Belanda). Ligand dibuat dengan cara manual dan  diberi  penambahan  hidrogen,  kemudian dikonformasi  sejumlah  sepuluh.  Tahap  ke tiga  adalah  penambatan  ligand  dengan protein menggunakan software PLANTS 1.1 (Universität Konstanz, Jerman), konsep dari docking  PLANTS  ini  adalah  algoritama optimasi  koloni  stokastik  ( Ant  Colony Optimaztion )  yaitu  koloni  semut  artifisial digunakan  untuk  menemukan  konformasi energy minimum ligand Binding site dengan probabiltas yang besar (Purnomo, 2019).
Fungsi  penilian  dari  skor  docking meliputi  ada  tidaknya  ikatan  hidrogen,
panjang  ikatan  dan  energy  ikatan.  Sehingga fungsi  ini  dapat  dilihar  dari  persamaan berikut.
E plantscore = f PLP +f clash +f tors +C site -20 - - - (1) F PLP merupakan potensi linier interaksi  protein  dan  ligand.  Potensi  linier dari metode PLANTS melihat jenis interaksi (repulsive,  ikatan  hidrogen,  buried,  non polar  dan  logam).  Sehingga  parameter interaksi  potensial  liner  ini  adalah  sebagai berikut.
W plp-hb =-2;  W plp-met =-4,  W plp-bur =-0,05;  W plp- nonp =-0,4;W plp-rep =0,5; W tors =1 - - - (2)
Potensial torsional dan benturan ligand,  f tors dan  f clash mempertimbangkan benturan  konstribusi  torsional  dan  ligand internal serta obligasi fleksible dalam ligand. C site merupakan  hokum  yang  dinilai  jikan konformasi  logand  berda  di  luar  lingkup ruang  pencarian.  Untuk  tiap  massa  aotom yang berada diluar ruang lingkup pencarian , dengan nilai konstan ditambahkan pada C site . Pada  energy  offset-20  awalnya  digunakan dalam  pencarian  algoritma  PLANTS  dan disertakan  agar  skor  PLANTS  sebanding dengan  penerapan  PLANTS  awal  (Korb et al ,  2007).  Tahap  yang  paling  akhir  adalah visualisasi  menggunakan  software  ligplot sedangkan untuk  melihat jenis interaksi  dan jarak ikatan menggunakan software discovery studio.
Analisis  data  yang  paling  utama adalah  nilai  skor  docking  yang  paling  kecil karena hubunganya sebanding dengan
stabiltas  energi  interaksi  antara  ligand  dan Human Human  Phosphodiesterase  5 serta menghitung  %  skor  docking  antara  ligand dan  ligand  referensi  (sildenafil  dalam  kasus ini).

## III. HASIL DAN PEMBAHASAN
Enzim phosphodiesterase (PDE) adalah family enzim yang mempunyai peran dalam  cAMP  dan  cGMP  (Beavo,  1995). Kedua molekul ini mempunyai peran dalam signal  nukleotida  yang  berperan  dalam fungsi  fisiologis.  Enzim  ini  menjadi  target dari  berbagai  gangguan  kesehatan  yaitu disfungsi  ereksi,  inflamasi,  asma,  depesi, gagal  jantung  (Rotella,  2002)  .  Enzim phosphodiesterase memiliki  12  famili,
PDE5  mempunyai  aktivitas  spesifik  pada cGMP  dengan  cara  hidrolisis  cGMP  dalam jaringan  corpus  cavernosum  manusia.  PDE 5 terdiri dari domain regulator terminal amin (GAF  A  dan  B)  dan  metal  chelating  dari katalis  karboksil  terminal  (Rybalkin et  al , 2003). PDE5A salah satu dari subtpe PDE5 yang  memiliki  empat  bentuk.  Panjang komplek  ikatan  Sildenafil  dengan  PDE5 adalah  2,3  A 0 .  Sildenafil  mengikat  PDE5 dengan constan  dissociation (Kd)  0,5-6,6 nM,  dan  untuk  enzim  PDE6  (memiliki kemripan  dengan  PDE5)  akan  tetapi aktifitasnya lebih rendah yaitu 9-11 (Corbin dan  Francis,  2002).  Domain  katalitik  PDE5 memiliki  tiga  subdomain  heliks,  sebuah region  lipatan  cyclin  N-terminal,  dan
terminal-C  heliks  (Jeffrey,  1995)  ,  dengan adanya  data  yang  ini  maka Human Phosphodiesterase 5 dapat digunakan sebagai  protein  model  untuk  gangguan disfungsi ereksi.
Penelitian disfungsi ereksi ini melalui kajian penambatan molekul kandungan kimia tanaman Eurycoma longifolia jack.  (Pasak  bumi)  terhadap aktivitas  enzim Human  Phosphodiesterase 5 .  Data  yang  diperoleh  dari  penambatan molekul  ini  dibandingkan  dengan  ligand Sildenafil  (Viagra ® )  yang  sudah  terbukti mengatasi gangguan disfungsi ereksi. Penggunaan  komputer  dalam  memprediksi mekanisme  molekuler  antara  ligand  dan PDE5,  sehingga  mempunyai  peran  sebagai obat  disfungsi  ereksi.  Mekanisme  tingkat molekuler dari Sildenafil yaitu menghambat transduksi signal dari Human Phosphodiesterase  5 .  Penghambatan  ini diperlukan karena enzim Human Phosphodiesterase  5 mempunyai  peran dalam  hirolisis  cGMP  didaerah corpus cavernosum yang  terletak  pada  organ  vital pria (penis). cGMP berfungsi meningkatkan aliran  darah  ke  otot  polos,  merelaksasi pembuluh darah arteri penis  dan menaikkan relaksasi  dari  otot  polos  di  organ  yang bersangkutan.  Penghambatan  PDE5  ini diperlukan sehingga kadar cGMP meningkat yang  memacu  aliran  darah  di  daerah  penis dan  akhirnya  ereksi  akan  meningkat  dan bertahan lebih lama. Secara ringkas tahapan
kajian ini adalah persiapan ligand dan enzim Human  Phosphodiesterase  5 ,  menghitung nilai  RMSD  ( root  mean  square  deviation ), penambatan  molekul  dan  visualisasi  data dari penambatan molekul.
Persiapan protein menggunakan program  YASARA  (YASARA  Bioscience,
Autria).  Setelah  itu  dilakukan  valiadasi Sildenafil
terhadap
Human
Phosphodiesterase  5 dengan  melihat  nilai RMSD  dari molecular  docking .  Software yang  dipergunakan  adalah  PLANTS,  nilai dari  validasi  ini  adalah  1,2517  A 0 (Gambar
1)  ,  hal  ini  menunjukkan  aplikasi  yang dipakai  (YASARA,  Marvin  Sketch,  dan PLANTS  valid  karena  nilai  parameter RMSD  ( Root  Mean  Square  Deviation )yang didapatkan  ≤  2  Å  (Prasojo,  2010)  sehingga dapat dipergunakan untuk untuk ligand yang lain.
Tahap selanjutanya adalah
penambatan  molekul  dari  senyawa  pasak bumi dengan protein Human Phosphodiesterase  5 .  Kandungan  senyawa dari pasak bumi adalah 5-methoxycanthin-6- one,9-methoxycanthin-6-one, eurycomalactone, eurycomalide A, eurycomanone, eurycomaoside, laurycolactone  A,  longilactone,  niloticin, picrasidine O. Penambatan molekul dipergunakan  untuk  memperkirakan  ligand menduduki  tempat  aktif  dari Human Phosphodiesterase  5 dan  melihat  ikatan interaksi ligand. dan Human
Phosphodiesterase  5 .  Penghambatan  kerja dari Human  Phosphodiesterase  5 oleh senyawa  dalam Eurycoma  longifolia  Jact. akan  menghasilkan  efek  biologis  berupa efek  pencegahan  disfungsi  ereksi  melalui skor docking .
Gambar  1. Visualisasi  senyawa  ligand referensi dengan hasil docking
Skor docking adalah  nilai  dari kekuatan  reseptor  yang  diduduki  oleh  suatu ligand. Semakin kuat ikatan dengan reseptor semikin  stabil  ikatan  antara  reseptor  dan ligand  dan  ini  ditunjukkan  dengan  nilai semakin  kecil  (minus).  Stabiltas  ikatan  ini akan  sebanding  dengan  kekuatan  interaksi ligand referens (Sildenafil) in silico .
Nilai dari skor docking dari Sildenafil  adalah  104,445  dengan  sequen asam  amino  yang  berikatan  dalam  binding site adalah: Cys624, Gln623,Ala650, Asn620,  His617,  Met760,  Thr761,Ala649, Ser652,leu647,  Ile648,  His653,  Cys763, Leu759,  Leu725,  Ala762,  Thr723,  Leu765, Tyr606,  Ala618,  Arg616,  Met578,  Phe619, Ser652.  Asam  amino  inilah  yang  akan
menjadi  pembanding  dalam  penentuan katalitik  domain  ikatan  antara  ligand  dan PDE-5  .Sedangkan  untuk  penentuan  skor docking dipengaruhi oleh faktor ini repulsive , ikatan hidrogen, buried, non polar dan logam. 5-methoxycanthin-6-one memiliki  skor  docking  -83,0799,  hal  ini berkaitan  dengan  dengan  tidak  adanya ikatan  hidrogen  akan  tetapi  memiliki  ikatan non polar, asam amino yang sama berikatan dengan  sildenafil  adalah Ala650,  Asn620, His617,  Met760,  Cys763,  Thr723. 9- methoxycanthin-6-one memiliki skor docking  -87,0314,  hal  ini  berikatan  dengan adanya 1 ikatan hidrogen, asam amino yang sama  beikatan  dengan  sildenafil  adalah Asn620,  Cys624,  Gln623,Cys763,  Ala649, Met760,  His653,  His617,  Leu765.  Skor docking  dari eurycomalactone  adalah  - 74,3265,  nilai  ini  termasuk  masih  tinggi walaupun  mempunyai  3  ikatan  hidrogen dengan Cys763, Gln623, His617, sedangakan  asam  amino  yang  memiliki kesamaan  ikatan  dengan  sildenafil  adalah Gln623,  His617,  His653,  Met760,  Ala650, Ala649Asn620,  Phe619,  Ala762,Leu765, Thr761.  Skor  docking eurycomalide  A adalah  -79,3756,  nilai  skor  docking  ini masih  tinggi  walaupaun  mempunyai  4 ikatan  hidrogen  dengan  Gln623,  Cys624, Phe619,  His617,  dilihat  kesamaan  asam amino  yang  beriktan  dengan  sildenafil adalah Cys624,  Phe619,  His617,  His653, Ala650,Asn620,  Cys763,  Met760,  Ala649,
Leu647, Ala618, Leu765, Ala762, Thr761.Skor  docking  dari eurycomanone adalah  -73,5968  nilai  ini  masih  termasuk besar  karena  hanya  memiliki  ikatan  1 hidrogen,  dilihat  kesamaan  asam  amino yang  berikatan  dengan  sildenafil  adalah Cys624,  Cys763,  Met760,His653,  His617, Asn620,Ala618,  Ala650.  Skor  docking  dari Eurycomaoside  adalah  -86.2409  nilai  ini masih  besar  walaupun  memiliki  tiga  ikatan hidrogen  dengan  Cys763,  Cys624,  Met625, dilihat kesamaan asam amino yang berikatan dengan  sildenafil  adalah  Cys624,  Thr761, Cys763, Asn620, Ala650,
His653,
Met760,His617,  Phe619,Gln623,  Ala618, Ser652,
Ala649.
Skor docking Laurycolactone  a  adalah  -68,502  nilai  ini masih  besar  walaupun  memiliki  3  ikatan hidrogen  dengan  Ala618,  Ala650,  Ser766, dilihat kesamaan asam amino yang berikatan dengan  sildenafil  adalah  Ala650,Ala650, His653,  Met760,  Cys763,  Asn620,Ala649, Thr  723,  Thr761,His617,  Cys624.  Skor docking  longilactone  adalah  -71,4954  nilai ini masih besar walaupun memiliki 4 ikatan hidrogen  dengan  Gln623,  His617,  Asp764, Ser766,  dilihat  kesamaan  adam  amino  yang berikatan  dengan  sildenafil  adalah  Gln623, His617,Met760, , Ala650, His617, , Leu765, Met760,  Phe619,  Leu647,  Asn620,Thr761. Skor  docking  Picrasidine  O  adalah  -85,395 nilai  ini  masih  besar  karena  tidak  memiliki ikatan  hidrogen,  dilihat  kesamaan  asam amino  yang  beikatan  dengan  sildenafil
adalah  Asn620,  Ala650,  Cys763,  Gln623, Met760, His617, His653, Phe619 (Tabel 1). Secara  keseluruhan  antara  tabel  1  dan gambar 2a,2b dan 2c memberikan hasil yang sedikit  berbeda  tentang  asam  amino  yang berikatan hal ini disebabkan ligan dijalankan pada software yang berbeda antara visualisasi  (Ligtplot),  Untuk  visualisasi dapat dilihat di gambar 2a,2b,2cdan spesifikasi  jarak  ikatan  dan  jenis  interaksi (Discovery  studio)  dapat  dilihat  pada  Tabel 1.
Nilai  yang  paling  rendah  dimiliki oleh  senyawa  dari  pasak  bumi  adalah niloticin,  sehingga  menunjukkan  ikatan yang  paling  stabil  dengan  reseptor Human Phosphodiesterase 5 dan dapat menghambat kerja  enzim  paling  baik.  Hal  tersebut  dapat dilihat pada tabel 1 khususnya pada senyawa
dari  pasak  bumi,  dengan  membandingkan skor docking dari  Laurycolactone  a  dan  niloticin terhadap Human Phosphodiesterase 5 .
Jumlah ikatan hidrogen dari Laurycolactone ada tiga yaitu dengan residu Ala618,  Ala650,  Ser766, Unfavourable Bumb ada  enam  dengan  residu  Ala650, His653,  Met760,  Asp764,  Cys763,  Asn620 dan  ikatan  hidrofob  ada  7  dengan  residu Ala649,  Thr  723,  Thr761,  Leu765,  His617, Cys624,  Ala622  (Tabel  1).  Maka  jumlah ikatan hidrogen kurang berpengaruh stabilitas ligand terhadap Human Phosphodiesterase  5 ,  dan  yang  paling berpengaruh  adalah  ikatan  hidrofob,  karena ikatan hidrofob niloticin lebih besar yaitu 15 seiring  dengan  menurunnya  nilai  skor docking.
Tabel 1. Hasil Penambatan ligand dengan Human Phosphodiesterase 5
No  Ligand Skor Docking Jenis Ikatan Residu Asam Amino 1 Sildenafil -104,445 Hidrogen Cys624, Gln623 Unfavourable  Ala650, Asn620, His617,
Met760, Thr761 H 3 C
N N H 3 C O NH N O H 3 C S O O N N CH 3 hidrofob Ala649, Ser652,leu647, Ile648, His653, Cys763, Leu759, Leu725, Ala762, Thr723, Leu765, Tyr606, Ala618, Arg616, Met578, Phe619, Ser652 2 5-methoxycanthin-6-one
-83,0799
Hidrogen - O O N N H H H H H H H H H H Unfavourable  Ala650, Asn620
Hidrofob Leu651, Met760, Ser766, Ala622, Cys763, His617, Leu765, His753, Thr723, Ala649
No  Ligand Skor Docking Jenis Ikatan Residu Asam Amino
3 9-methoxycanthin-6-one O O N N H H H H H H H H H H -87,0314
Hidrogen Ser 766 Unfavourable  Ala622, Asp764 hidrofob Asn620, Cys624, Gln623, Leu646, Cys763, Leu651, Ala649, Met760, His653, His617, Leu765
4 eurycomalactone O O O O O O H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H -74,3265
Hidrogen Cys763, Gln623, His617 Unfavourable  His653, Met760, Ala650, Leu651, Ala622 Hidrofob Thr723, Ala618, Ala649, Leu647, Asn620, Phe619, Ala762, Ser766, Leu765, Thr761
5 eurycomalide A O O O O O O H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H -79,3756 Hidrogen Gln623, Cys624, Phe619, His617 Unfavourable  His653, Ala650, Ala622, Asn620, Cys763, Met760 hidrofob Thr723, Ala649, Leu651, Leu647, Ala618, Leu765, Ala762, Thr761
6 eurycomanone O O O O O O O O O H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H -73,5968 Hidrogen
Cys624 Unfavourable  Asp764, Cys763, Met760, Thr723, His653 hidrofob Leu765, His617, Ser766, Asn620, Ala622, Ala618, Ala650
7 Eurycomaoside O O O O O O O O O O O O H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H -86,2409
Hidrogen Cys763, Cys624, Met625 Unfavourable  Thr761, Cys763, Asn620, Ala622, Ala650, His653, Ser766, Met760 hidrofob Thr723, Tyr612, Ala762, Ala767, His617, Phe619, Leu646, Gln623, Ala618, Ser652, Ala649, Leu651, ile720
No  Ligand Skor Docking Jenis Ikatan Residu Asam Amino 8 laurycolactone a O O O O O H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H -68,502
Hidrogen Ala618, Ala650, Ser766 Unfavourable  Ala650, His653, Met760, Asp764, Cys763, Asn620 hidrofob Ala649, Thr 723, Thr761, Leu765, His617, Cys624, Ala622 9 longilactone O O O O O O O H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H -71,4954 Hidrogen Gln623, His617, Asp764,
Ser766 Unfavourable Met760, His653, Ala650, Ala622, His617, Cys763, Leu765, Met760 hidrofob Ala649, Phe619, Leu647, Ala618, Leu651, Asn620, Ala762, Thr761
10 niloticin O O O H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H H -97,8802 Hidrogen
Ala719
Unfavourable
Thr723, His653, Asp764, Cys763, Ser766, Cys624, Asn620, Thr621 hidrofob Met760, Leu765, His617, Ala767, Lys770, Met625, Gln623, Ala622, Ala618, Ala650, His685, Ala649, Ser652, Asp654, ile720
11 picrasidine O O O O N N H H H H H H H H H H H H -85,395 Hidrogen - Unfavourable
Asp764, Asn620, Ala622, Ala650 Hidrofob Leu765, Cys763, Gln623, Ser766, Cys624, Ala649, Met760, Thr723, His617, His653, Phe619
Gambar 2 . Visualisasi 2D (A) interaksi Sildenafil-PDE5, (B) laurycolactone A–PDE5, dan (C) niloticin-PDE5
Hal  yang  sama  juga  terlihat  skor docking dari  Sildenafil  lebih  negatif  seiring dengan meningkatnya jumlah ikatan hidrofob  terhadap  residu  yaitu  16.  Jika dilihat  dari  Kesamaan  asam  amino  yang berinteraksi antara niloticin dengan sildenafil  yaitu  Cys624,  Gln623,  Ala650, Asn620,  His617,  Met760,  Thr761,  Ala649, Ser652,  Cys763,  Thr723,  Leu765,  nilai  ini akan  mempengaruhi  skor  docking.  Asam amino  baru  yang  berikatan  dengan  niloticin adalah  Ala719,  His653,  Asp764,  Ser766,
Ala767,  Lys770,  Met625,  Ala622,  Ala618,
His685,  Asp654,  ile720  akan  tetapi  yang menarik  adalah  jenis  ikatan  hidrogen sildenafil  dengan  PDE5adalah  asam  amino Cys624, Gln623, pada nilacotin asam amino ini  beriteraksi  unfofourable  bumb  dan hidrofob,  hal  ini  menyebabkan  nilai  skor docking  lebih  besar  dari  pada  sildenafil. Dengan demikian hasil terbaik dari penambatan  molekul  pasak  bumi  adalah niloticin  dengan  skor  doking  -97,8802, sehingga nilai interaksinya terhadap reseptor sebesar 93,71% dari Sildenafil

## III. KESIMPULAN
Senyawa  yang  berasal  dari  pasak bumi  yang  berpotensi  sebagai  inhibitor Human Phosphodiesterase 5 adalah niloticin sehingga berguna untuk mengatasi disfungsi ereksi  selain  Sildenafil in  silico .  Hal  ini terlihat  dengan  nilai  yang  paling  negative diantara senyawa pasak bumi yang lain, skor
doking  yang  dimilikinya  adalah  -97,8802, sehingga nilai interaksinya terhadap reseptor sebesar 93,71% dari Sildenafil.

## UCAPAN TERIMAKASIH
Penulis  mengucapkan  terimakasih terhadap  Universitas  Lambung  mangkurat kerena  telah  mendanai  penelitian  ini  dalam Program  Dosen  Wajib  Meneliti-PNBP Universitas  Lambung  Mangkurat  2020 Nomor 212.269/UN8.2/PL/2020.

## DAFTAR PUSTAKA
Beavo,  J.  A.  1995.Cyclic  nucleotide phosphodiesterases: functional implications  of  multiple  isoforms.
Physiol. Rev , 75, 725–748.
Corbin, J. D. & Francis, S. H. 2002.Pharmacology of phosphodiesterase-5  inhibitors. Int.  J. Clin. Pract , 56, 453–459
Hajjouli, S., S. Chateauvieux., M. H. Teiten., B.  Orlikova.,  M.  Schumacher.,  M. Dicato.,  C. Y. Choo, & M. Diederich.
2014. Eurycomanone and Eurycomanol from Eurycoma longifolia Jack  as  Regulators  of Signaling Pathways Involved in Proliferation, Cell Death and Inflammation. Molecules. 17 : 1-7. Heriyanto,  N.  M.,  R.  Sawitri,  &  E. Subiandono. 2006. Kajian Ekologi dan Potensi Pasak Bumi ( Eurycoma longifolia Jack.)  di  Kelompok  Hutan Sungai Manna-Sungai Nasal, Bengkulu. Buletin Plasma Nutfah. 12 : 69-75.
Jeffrey,  P.  D.  1995.Mechanism  of  CDK activation revealed by the structure of a cyclinA–CDK2complex.
Nature ,376, 313–320
Korb  O,  Stützle  T,  dan  Exner  TE.  Ant Colony  Optimization  Approach  to
Flexible Protein-Ligand Docking. Swarm Intell. 2007. hal : 115-134.
Prasojo  SL,  Hartanto  FA,  Yuniarti  N,
Ikawati  Z,  Istyastono  EP.  2010 Docking  of  1-  henylsulfonamide- 3Trifluoromethyl-5-parabromophenyl- pyrazole  to  cyclooxygenase-2  using PLANTS. Indonesian  Journal  of Chemistry . 10(3):348-51.
Purnomo  H.,  2019. Molecular  Docking Parasetamol dan Analognya menggunkan PLANTS (Protein- Ligand ANT-System). Rapha
Publishing. Yogyakarta.
Rotella,  D.  P.  2002.Phosphodiestease  5 inhibitors:  current  status  and  potential applications. Nature Rev.Drug Discov , 1, 674–682.
Rybalkin,  S.  D.,  Rybalkina,  I.  G.,  Shimizu- Albergine, M., Tang, X. B. & Beavo, J.
A.  2003.PDE5  is  converted  to  an activated state upon  cGMP binding to the  GAF  A  domain. EMBO  J, 23, 469–478
Sung,  B.-J., Hwang,  K.Y., Jeon,  Y.H., Lee, J.I., Heo, Y.-S., Kim, J.H., Moon, J., Yoon, J.M., Hyun, Y.-L., Kim, E., Eum,  S.J., Park,  S.-Y., Lee,  J.- O., Lee, T.G., Ro, S., Cho, J.M.
2003.Structure of the Catalytic
Domain  of  Human  Phosphodiesterase 5  With  Bound  Drug  Molecules.
Nature. 4;425(6953):98-102.
Tee, B. H., Hoe, S. Z., Cheah, S. H., & Lam,
S. K. (2017). Effects  of  Root  Extracts of  Eurycoma  longifolia  Jack  on Corpus  Cavernosum  of  Rat.  Medical Principles  and  Practice :  International Journal  of  the  Kuwait  University, Health  Science  Centre,  26(3),  258– 265. https://doi.org/10.1159/000464363 Thu,  H.  E.,  Mohamed,  I.  N.,  Hussain,  Z.,
Jayusman,  P.  A.,  &  Shuid,  A.  N.
(2017).  Eurycoma  Longifolia  as  a potential  adoptogen  of  male  sexual health: a systematic review on clinical studies.  Chinese  Journal  of  Natural Medicines, 15(1), 71–80. https://doi.org/10.1016/S1875-
5364(17)30010-9
Vejayan, J., Mohamed, A., Zulkifli, A.,
Yahya, Y., Munir, N., & Yusoff, M. (2018). Marker to Authenticate
Eurycoma Longifolia (Tongkat Ali)
Containing Aphrodisiac Herbal Products. Current Science, 115, 886. https://doi.org/10.18520/cs/v115/i5/88
6-894