Available online at: https://ejurnal.fapetkan.untad.ac.id/
index.php/agrisains

## ANALISIS FILOGENETIK KEPITING BAKAU Scylla olivacea DENGAN BEBERAPA KRUSTASEA BERDASARKAN GEN PENYANDI FAMeT
Phylogenetic Analysis of Mud Crab Scylla olivacea with Several Crustacean based on mRNA Encoding FAMeT
Sunarti 1 , Akbar Marzuki Tahya 2 , Ruqayyah Jamaluddin 1
1 Akuakultur, Fakultas Perikanan, Universitas Cokroaminoto Makassar, Makassar.
2 Akuakultur, Fakultas Peternakan dan Perikanan, Universitas Tadulako, Palu Email: nayusta@gmail.com

## ABSTRAK
Penelitian  sebelumnya  telah  berhasil  mengisolasi,  dan  sekuens  basa  nukleotida  mRNA  penyandi FAMeT Scylla  olivacea. Beberapa  penelitian  menuliskan  bahwa  urutan  mRNA  penyandi  FAMeT memiliki perbedaan pada spesies krustasea. Tujuan penelitian untuk mengetahui jarak kekerabatan S.  olivacea dengan  krustasea  lainnya  berdasarkan  sekuen  mRNA  penyandi  FAMeT.  Kesamaan sekuen  mRNA  penyandi  FAMeT  menunjukkan  beberapa  krustasea  yang  memiliki  kemiripan dengan sekuen mRNA FAMeT S. olivacea. Analisis pohon filogeni  menunjukkan adanya 2 klaster kekerabatan  mRNA  penyandi  FAMeT S.  olivacea pada  cabang  yang  sama  dengan 2  spesies kepiting lainnya: S. serrata dan S. paramamosain . Selain pada  genus  Scylla, ditemukan pula pada Portunus trituberculatus dan P. pelagicus serta udang sungai Macrobrachium rosenbergii . Temuan tersebut  menunjukkan  bahwa  kepiting S.  olivacea monofiletik  dengan  2  kepiting  bakau  lainnya, yaitu rajungan serta udang sungai M. rosenbergii. Sehingga menggambarkan hubungan kekerabatan yang  sangat  dekat  secara  genetik.  Sementara  pada  cabang  ke  2  terdiri  atas  krustasea  jenis  udang- udangan  seperti Homarus  americanus,  Cherax  quadricarinatus,  Fenneropenaeus  merguiensis, Metapenaeus ensis dan Litopenaeus vannamei.
Kata kunci: enzim, FAMeT, filogenetik, sekuens, kekerabatan.

## ABSTRACT
Previous  studies  have  successfully  isolated  and  nucleotide  base  sequences  for  FAMeT  encoding Scylla  olivacea  mRNA.  Several  studies  have  noted  that  the  FAMeT-coding  mRNA  sequence  has differences in crustacean species. The study aimed to determine the kinship distance of S. olivacea with  other  crustaceans  based  on  the  FAMeT-encoding  mRNA  sequence.  The  similarity  of  FAMeT encoding  mRNA  sequences  showed  that  some  crustaceans  had  similarities  to  the  FAMeT  mRNA sequences  of  S.  olivacea.  Analysis  of  the  phylogeny  tree  showed  the  presence  of  2  mRNA  kinship clusters encoding FAMeT S. olivacea on the same branch as two other crab species: S. serrata and S. paramamosain. Apart from the genus Scylla, it was also found in Portunus trituberculatus and P. pelagicus  and  the  river  shrimp  Macrobrachium  rosenbergii.  These  findings  indicate  that  the  S. olivacea  crab  is  monophyletic  with  2  other  mangrove  crabs,  namely  the  tiny  crab  and  the  river shrimp  M.  rosenbergii.  So,  it  describes  a  very  close  genetic  relationship.  At  the  same  time,  the second  branch  consists  of  crustaceans  of  crustaceans  such  as  Homarus  americanus,  Cherax quadricarinatus, Fenneropenaeus merguiensis, Metapenaeus ensis, and Litopenaeus vannamei.
Keywords: enzyme, FAMeT, phylogenetic, sequence, genetic relationship.

## PENDAHULUAN
Farnesoic  acid  O-methyltransferase  (FAMeT)  diketahui  sebagai  enzim  yang bertanggung jawab dalam proses katalisis metil farnesoat (Hui et al ., 2010) melalui proses metilasi  asam  farnesoat  (AF)  menjadi  metil  farnesoat  (MF)  pada  tahap  akhir  katalisis (Gunawardene et  al .,  2002;  Yang et  al .,  2012;  Liu et  al., 2010).  Produk  hormon  yang dihasilkan  berupa  MF  yang  berperan  dalam  pertumbuhan  krustasea  (Borst et  al., 2001; Nagaraju,  2007)  serta  berperan  dalam  mengontrol  perkembangan,  morfogenesis  dan reproduksi krustasea (Holford et al ., 2004). Lebih jauh, metil farnesoat juga memiliki peran menstimulasi  perkembangan  gonad  dan  produksi  ekdisteroid  di  gonad,  hepatopankreas, organ-Y,  otak  dan  ganglia  thorak  (Nagaraju et  al .,  2011).  MF  disintesis  dan  disekresikan oleh  organ  mandibular.  Penyuntikan  ekstrak  kasar  organ  mandibular  memperlihatkan penigkatan  persentase  molting  dan  pertumbuhan  pada  kepiting  bakau Scylla  olivacea fase intermolt (Tahya et al ., 2016).
Berdasarkan  beberapa  hasil  penelitian  yang  telah  dilaporkan,  sekuen  RNA  penyandi FAMeT  pada  krustasea  merupakan  golongan  multigen  yang  memiliki  lebih  dari  satu bentuk  (Gunawardene et  al .,  2002;  Ruddel et  al .,  2003;  Kuballa et  al .,  2007;  Yang et  al ., 2012).  Pada  RNA  penyandi  FAMeT  juga  tidak  ditemukan  adanya  intron  (Kuballa et  al ., 2007).  Perbedaan  gen  FAMeT  terletak  pada  panjang  sekuen  DNA  maupun  RNA  yang menyusunnya. Bentuk long memiliki panjang 703 susunan basa , intermediate 697 susunan basa dengan 6 delesi dari bentuk long , dan short 688 susunan basa dengan 15 bp delesi dari bentuk long pada  kepiting  bakau S.  serrata (Kuballa et  al .,  2007)  dan  pada Scylla paramamosain, sekuen  mRNA  FAMeT  bentuk long terdiri  atas  1215  susunan  basa, intermediate 1209  susunan  basa  dan short sepanjang  1200  susunan  basa  (Yang et  al ., 2012).  Sementara  pada  udang  dan  lobster  hanya  memiliki  2  bentuk  yaitu long dan short (Kuballa et al ., 2007).
Yang et al . (2012) mengemukakan bahwa RNA penyandi FAmeT diekspresikan pada berbagai organ kepiting S. paramamosain seperti hati, otot, otak, ganglion thorak, tangkai mata,  perut,  ovarium,  hepatopankreas  dan  insang.  Tiga  bentuk  RNA  penyandi  FAmeT ( long,  intermediet dan short )  juga  ditemukan  terekspresi  pada  otak,  tangkai  mata, epidermis,  organ  mandibular,  otot  dan  organ-Y  pada  juvenil  rajungan Portunus  pelagicus jantan  selama  fase intermolt,  premolt,  molt dan posmolt (Kuballa et  al .,  2007).  Pada penelitian sebelumnya, kami telah melaporkan ekspresi RNA penyandi FAMeT pada organ mandibular  kepiting  bakau S.  olivacea pada  fase intermolt dan premolt (Sunarti et  al ., 2016).
Tingkat  kesamaan  sekuen  parsial  RNA  penyandi  FAMeT  pada  kepiting  bakau S. olivacea telah kami paparkan pada tulisan sebelumnya dimana persentasi kesamaan dengan RNA penyandi  FAMeT pada S. paramamosain dan S. serrata sebesar 98% serta 95−94% dengan  spesies Portunus  pelagicus .  Pada  tulisan  ini,  kami  akan  melaporkan  hasil analisis perbedaan  sekuen  parsial  RNA  penyandi  FAMeT S.  olivacea dengan  spesies  krustasea lainnya  yang  sekuen  RNA FAMeT  nya  telah  didaftarkan  pada GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov)  serta  melihat  jarak  kekerabatannya  berdasarkan  sekuen  RNA penyandi FAMeT melalui analisis filogeni.

## BAHAN DAN METODE
Penelitian  ini  dilaksanakan  dalam  2  tahap  yaitu  pada  tahap  pertama  ekstraksi  dan pengurutan  basa  nukleotida  mRNA  penyandi  FAMeT  yang  dilaksanakan  pada  Desember 2013  hingga  November  2014  di  Laboratorium  Pendidikan  dan  Layanan,  Fakultas
Kedokteran  Hewan,  Institut  Pertanian  Bogor.  Tahap  ke  2  yaitu  tahap  analisis  perbedaan sekuen mRNA penyandi FAMeT yang dilaksanakan pada Juli 2020.

## Ekstraksi dan Sekuensing RNA penyandi FAMeT
Proses  ekstraksi  dan  sekuensing  RNA  penyandi  FAMeT  dijabarkan  pada  publikasi sebelumnya  (Sunarti et  al .,  2016).  Total  RNA  kepiting  bakau S.  olivacea diperoleh menggunakan  RNeasy  Mini  Kit  (Qiagen),  mengikuti  petunjuk  perusahaan.  Kualitas  hasil ekstraksi  RNA  diuji  secara  kuantitatif  dan  kualitatif.  Uji  kuantitatif  menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Uji kualitatif dengan PCR menggunakan  primer β-actin.  Selanjutnya  melakukan  amplifikasi  RNA  penyandi  FAMeT menggunakan  kit  SuperScript  III  OneStep  RT-PCR  with  Platinum  Taq  Polimerase (Invitrogen) sesuai petunjuk perusahaan.
Primer
spesifik
FAMeT
yang digunakan adalah FAmeTQ15′GGCACGGACGAGAACAA-3′ dan FAMeTQ2 5′-
GCGACGCTGAAGGAGAT-3′ dengan panjang amplifikasi 450 bp (Kuballa et al ., 2007). Hasil Reverse  Transcription  Polymerase  Chain  Reaction (RT-PCR)  selanjutnya divisualisasi  menggunakan  gel  agarose  1.5%  untuk  RNA  FAMeT  dan  2%  untuk  β-actin dalam  buffer  TAE  1×  dengan  menggunakan  pewarna  ethidium  bromide  0.5  µg/ml. Selanjutnya, dilakukan isolasi cDNA pada gel dengan cara memotong gel pada bagian yang terdapat  pendaran  pita  cDNA  kemudian  dielusi  menggunakan  kit  NucleoSpin ® Gel  and PCR  Clean-up  (Macherey-Nagel)  sesuai  petunjuk  perusahaan.  Setelah  cDNA  FAMeT murni  diperoleh,  dilakukan  proses  pengurutan  oligonukleotida  ( sequencing )  oleh  PT. Genetika Science Jakarta dan 1 st Base Malaysia.

## Analisis Urutan Oligonukleotida cDNA Penyandi FAMeT
Urutan  oligonukleotida  cDNA  penyandi  FAMeT  yang  diperoleh  dianalisis  tingkat perbedaannya  dengan  urutan  oligonukleotida  penyandi  FAMeT  krustasea  lainnya menggunakan  program  BLAST  ( Basic  Local  Alignment  Search  Tool ).  Data  urutan oligonukleotida cDNA  penyandi  FAMeT  pada  krustasea  lainnya  diperoleh  dari GenBank , NCBI  (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).  Sementara  untuk  membuat  pohon  filogenetik  guna mengetahui  jarak  kedekatan  berdasarkan  gen  parsial  penyandi  FAMeT  dilakukan  dengan melalui  proses alignment menggunakan  program  Clustal  W  kemudian  dilanjutkan  dengan Neighbour-joining pada software Mega5.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil sequensing cDNA  penyandi  FAMeT  diperoleh  urutan  oligonukleotida sepanjang  450  basa  (Gambar  1).  Urutan  basa  nukleotida  yang  diperoleh  tersebut merupakan  sekuen  parsial  yang  artinya  hanya  sebagian  dari  total  keseluruhan  basa  yang menyusun mRNA FAMeT pada S. olivacea . Panjang keseluruhan sekuen mRNA penyandi FAMeT  pada  kepiting  bakau S.  serrata adalah  bentuk long sepanjang  703  susunan  basa , intermediate 697  susunan  basa  dan short sepanjang  688  susunan  basa  (Kuballa et  al ., 2007). Sementara pada S. paramamosain adalah bentuk long sepanjang 1215 susunan basa, intermediate 1209 susunan basa dan short 1200 susunan basa (Yang et al ., 2012). Sekuen parsial  yang  diperoleh  tersebut  juga  belum  bisa  digunakan  untuk  mengetahui  jenis sekuennya  apakah  termasuk  dalam  kategori long , intermediet maupun short .  Hasil sekuensing  tersebut  kemudian  dilakukan  penjajaran  atau  pencarian  sekuen  yang  memiliki kesamaan dengan sekuen mRNA penyandi FAMeT S. olivacea menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST).
Gambar 1. Urutan basa oligonukleotida cDNA penyandi FAMeT sepanjang 450 bp pada S . olivacea.
Program BLAST akan membandingkan sekuen nukleotida atau protein pada database sekuen  dan  menghitung  kecocokannya  secara  statistik  (Pangestika et  al .,  2015).  Analisis kesejajaran  tersebut  bertujuan  untuk  mencocokkan  karakter  yang  homolog,  yaitu  karakter yang  mempunyai  nenek  moyang  yang  sama  (Kemena  dan  Notredame,  2009).  Hasil kesejajaran  sekuen  mRNA  penyandi  FAMeT  menunjukkan  beberapa  krustasea  yang memiliki kemiripan dengan sekuen mRNA FAMeT S. olivacea (Tabel 1.) .
Tabel  1.  Hasil  analisis  tingkat  kesejajaran  mRNA  penyandi  FAMeT  kepiting  bakau S.
olivacea dengan beberapa krustasea menggunakan program BLAST. Deskripsi Identik (%) Nomor aksesi S. paramamosain short isoform mRNA, complete cds. 98.63%  HQ587050.2 S. paramamosain intermediet isoform mRNA, complete cds. 98.63%  HM352791.2 S. paramamosain long isoform mRNA, complete cds. 98.63%  HQ587049.2 S. serrata short isoform mRNA, complete cds. 98.40%  DQ187989.1 S. serrata intermediet isoform mRNA, complete cds 98.40%  DQ187990.1 S. serrata long isoform mRNA, complete cds 98.40%  DQ187991.1 Portunus trituberculatus mRNA, complete cds 93.82%  KC192659.1 Portunus pelagicus short isoform gene, partial cds. 92.91%  DQ085280.1 Portunus pelagicus intermediet isoform gene, partial cds. 93.14%  DQ085281.1 Portunus pelagicus long isoform gene, partial cds. 93.14%  DQ198221.1 Macrobrachium rosenbergii FAMeT mRNA, complete cds 93.44%  KC699533.1 Metapenaeus ensis mRNA, complete cds 76.74%  AF333042.1 Fenneropenaeus merguiensis mRNA  long  isoform,  partial Cds 77.00%  DQ187995.1 Cherax quadricarinatus short isoform mRNA, partial cds 76.65%  DQ187996.1 Homarus americanus mRNA, complete cds 77.08%  U25846.2 Litopenaeus vannamei mRNA, complete cds 75.24%  AY823408.1 Litopenaeus vannamei isoform 2 mRNA, complete cds 75.24%  DQ067632.1 Litopenaeus vannamei isoform 1 mRNA, complete cds 75.24%  DQ067631.1 Penaeus monodon long form mRNA, complete cds 76.70%  KF155266.1 Penaeus monodon short form mRNA, complete cds 76.70%  KF155267.1 Penaeus monodon mRNA, complete cds 74.64%  AY823409.2
Berdasarkan  Tabel  1  tersebut,  terdapat  11  jenis  spesies  krustasea  yang  memiliki kemiripan  dengan  sekuen  mRNA  penyandi  FAMeT S.  olivacea dengan  persentasi
homologi  yang  cukup  tinggi.  Persentase  kemiripan  berkisar  antara  98%−74%  dimana krustasea  jenis  kepiting  bakau S.  paramamosain dan S.  serrata yang  masih  satu  genus dengan S.  olivacea menempati  urutan  tertinggi  yaitu  sebesar  98%  kemudian  disusul  oleh rajungan P.  trituberculatus dan P.  pelagicus sebesar  93−92%.  Sementara  krustasea  jenis udang dan lobster hanya memiliki nilai kemiripan dengan sekuen mRNA penyandi FAMeT S. olivacea pada kisaran 77−74%. Nilai tersebut menggambarkan bahwa jarak kekerabatan antara S. olivacea dengan 2 spesies kepiting lainnya yaitu S. paramamosain dan S. serrata serta  rajungan  masih  sangat  dekat.  Sementara  dengan  krustase  jenis  udang  dan  lobster memiliki jarak kekerabatan yang sudah cukup jauh. Hasil tersebut kemudian direfleksikan ke dalam bentuk pohon filogeni untuk melihat klasifikasi kekerabatan secara genetik yang terjadi (Gambar 2.).
scylla_olivacea_farnesoic_acid_O-methyltransferase_isoform_(FAMeT) mRNA_partial_cds HM352791.2_Scylla_paramamosain_paramamosain_farnesoic_acid_O-methyltransferase_intermediate_isoform_(FAMeT)_mRNA_complete_cds HQ587049.2_Scylla_paramamosain_farnesoic_acid_O-methyltransferase_long_isoform_mRNA_complete_cds HQ587050.2_Scylla_paramamosain_farnesoic_acid_O-methyltransferase_short_isoform_mRNA_complete_cds DQ187991.1_Scylla_serrata_farnesoic_acid_O-methyltransferase_long_isoform_mRNA_partial_cds
DQ187990.1_Scylla_serrata_farnesoic_acid_O-methyltransferase_intermediate_isoform_mRNA_partial_cds
DQ187989.1_Scylla_serrata_putative_farnesoic_acid_O-methyltransferase_short_isoform_mRNA_partial_cds KC192659.1_Portunus_trituberculatus_farnesoic_acid_O-methyltransferase_mRNA_complete_cds KC699533.1_Macrobrachium_rosenbergii_FAMeT_mRNA_complete_cds DQ198221.1_Portunus_pelagicus_putative_farnesoic_O-methyl_transferase_long_isoform_gene_partial_cds DQ085281.1_Portunus_pelagicus_putative_farnesoic_acid_O-methyltransferase_intermediate_isoform_mRNA_partial_cds DQ085280.1_Portunus_pelagicus_putative_farnesoic_acid_O-methyltransferase_short_isoform_mRNA_partial_cds DQ187996.1_Cherax_quadricarinatus_farnesoic_acid_O-methyltransferase_short_isoform_mRNA_partial_cds U25846.2_Homarus_americanus_farnesoic_acid_o-methyltransferase_mRNA_complete_cds AF333042.1_Metapenaeus_ensis_farnesoic_acid_O-methyltransferase_mRNA_complete_cds
DQ187995.1_Fenneropenaeus_merguiensis_farnesoic_acid_O-methyltransferase_long_isoform_mRNA_partial_cds
AY823408.1_Litopenaeus_vannamei_farnesoic_acid_O-methyltransferase_mRNA_complete_cds DQ067632.1_Litopenaeus_vannamei_farnesoic_acid_O-methyltransferase_isoform_2_mRNA_complete_cds DQ067631.1_Litopenaeus_vannamei_farnesoic_acid_O-methyltransferase_isoform_1_mRNA_complete_cds AY823409.2_Penaeus_monodon_farnesoic_acid_O-methyltransferase_mRNA_complete_cds KF155266.1_Penaeus_monodon_farnesoic_acid_O-methyltransferase_long_form_mRNA_complete_cds KF155267.1_Penaeus_monodon_farnesoic_acid_O-methyltransferase_short_form_mRNA_complete_cds
Gambar 2. Pohon filogeni beberapa krustase berdasarkan sekuen mRNA penyandi FAMeT menggunakan metode neighbor-joining.
Pohon  filogenetik  dapat  memberikan  informasi  tentang  pengklasifikasian  populasi berdasarkan  hubungan  evolusionernya  (Dharmayanti,  2011).  Kontruksi  pohon  filogenetik dapat  dilakukan  dengan  metode neighbor-joining yang  merupakan  salah  satu  dari  2 kategori  yang  digunakan  sebagai  strategi  untuk  menghasilkan  pohon  filogenetik  terbaik dengan  cara  memeriksa  hubungan  topologi  lokal  dari  pohon  dan  mengkonstruksi  pohon terbaik  dengan  langkah  demi  langkah  (Dharmayanti,  2011).  Selanjutnya  ditambahkan bahwa neighbor-joining memilih sekuen yang jika digabungkan akan memberikan estimasi terbaik  dari  panjang  cabang  yang  paling  dekat  merefleksikan  jarak  yang  nyata  diantara sekuen. Pohon filogenetik mRNA penyandi FAMeT S. olivacea memperlihatkan adanya 2 klaster atau cabang kekerabatan. mRNA penyandi FAMeT S. olivacea berada pada cabang yang  sama  dengan  2  jenis  kepiting  lainnya  yaitu S.  serrata dan S.  paramamosain .  Selain itu,  terdapat  juga  rajungan P.  trituberculatus dan P.  pelagicus serta  udang  sungai M. rosenbergii .  Ini  menunjukkan  bahwa  kepiting S.  olivacea monofiletik  dengan  2  kepiting bakau  lainnya,  rajungan  serta  udang  sungai M.  rosenbergii. Hal  tersebut  menggambarkan hubungan  kekerabatan  yang  sangat  dekat  secara  genetik.  Sebuah  kelompok  dimana anggotanya  memiliki  banyak  kesamaan  dianggap  memiliki  hubungan  yang  sangat  dekat dan diperkirakan diturunkan  dari satu nenek moyang (Hidayat dan  Adi, 2008). Sementara
pada cabang ke 2 terdiri atas krustasea jenis udang-udangan seperti Homarus americanus, Cherax  quadricarinatus,  Fenneropenaeus  merguiensis,  Metapenaeus  ensis dan Litopenaeus  vannamei .  Prinsip  untuk  menganalisis  filogenetik  adalah  penggunaan  skor jarak  antara  dua  sekuen  atau  lebih.  Skor  diantara  dua  sekuen  adalah  jumlah  posisi  yang tidak cocok/ mismatch dalam penjejeran (Dharmayanti, 2011). Panjang cabang pada klaster 1  sebesar  0.396,  namun  cabang  yang  menghubungkan  setiap  oerganisme  dalam  klaster sangat  dekat.  Sementara  pada  klaster  2  panjang  cabang  sebesar  0.106  tetapi  jarak  antara anggota  klaster  cukup  panjang  dan  bervariasi.  Semakin  besar  nilai  panjang  cabang  maka terdapat lebih banyak perubahan sekuen yang terjadi (Hall, 2011).

## PENUTUP
Hasil  penjejeran  menggunakan  BLAST  menunjukkan  bahwa  terdapat  11  jenis krustasea  yang  memiliki  sekuen  mRNA  penyandi  FAMeT S.  olivacea dengan  persentasi homologi  yang  cukup  tinggi  yaitu  berkisar  antara  98%−74%.  Analisis  pohon  filogenetik mRNA  penyandi  FAMeT S.  olivacea memperlihatkan  adanya  2  klaster  kekerabatan. mRNA penyandi FAMeT S. olivacea berada pada cabang yang sama dengan S. serrata , S. paramamosain , P. trituberculatus , P. pelagicus dan M. rosenbergii . Sementara pada klaster ke  2  terdiri  atas  krustasea  jenis  udang-udangan  seperti Homarus  americanus,  Cherax quadricarinatus, F. merguiensis, Metapenaeus ensis dan L. vannamei .

## UCAPAN TERIMAKASIH
Ucapan  terimakasih  penulis  hanturkan  kepada  Ibu  Prof.  Dr.  drh.  Retno  Damayanti Soejoedono,  MS.  serta  Ibu  Dr.  drh.  Ni  Luh  Putu  Ika  Mayasari  selaku  pembimbing  dan kepala  Laboratorium  Pendidikan  dan  Layanan,  Fakultas  Kedokteran  Hewan,  Institut Pertanian Bogor yang telah banyak memberikan masukan serta bantuan sehingga penelitian ini dapat diselesaikan dengan baik.

## DAFTAR PUSTAKA
Borst,  D.  W.,  Ogan,  J.  T.,  Tsukimura,  B.,  Claerhout,  T.,  &   Holford,  K.  C.  ( 2001).
Regulation  of  the Crustacean Mandibular Organ. Am. Zool , 41(3), 430-441.
Dharyamanti,  I.  N.  L.  P.  (2011).  Filogenetika  Molekuler:  Metode  Taksonomi  Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa, 1(21), 1-10.
Gunawardene., & Silva, Y.  I. N. (2002).  Molecular Characterization, Expression, Cellular Distribution and Functional Analysis of the Shrimp ( Metapenaeus ensis ) Farnesoic acido-methyltransferase:  a  Novel  Enzyme  in  the  Biosynthetic  Pathway  of  Methyl Farnesoate. http://sunzi.lib.hku.hk/hkuto/record/B2997902X.
Hall,  B.  G.  (2001). Phylogenetic  Trees  Made  Easy:  A  How  -  To  Manual  for  Molecular Biologists . Sinauer Associates.
Hidayat  T.,  &  Adi,  P.  (2008).  Kajian  Filogenetika  Molekuler  dan  Peranannya  dalam Menyediakan  Informasi  Dasar  untuk  Meningkatkan  Kualitas  Sumber  Genetik Anggrek. Jurnal AgroBiogen, 4(1), 35–40.
Holford,  K.  C.,  Edwards,  K.  A.,  Bendena,  W.  G.,  Tobe,  S.  S.,  Wang,  Z.,  &  Borst,  D.  W. (2004). Purification and Characterization of a Mandibular Organ Protein  From the American  Lobster, Homarus  americanus :  a  Putative Farnesoic  Acid  O- methyltransferase . Ins Biochem Mol Biol , 34(8), 785-798.
Hui, J. H. L., Hayward, A., Bendena, W. G., Takahasi, T., & Tobe, S. S. (2010). Evolution and  Functional Divergence  of  Enzymes  Involved  in  Sesquiterpenoid  Hormone Biosynthesis in Crustaceans and Insects. Science Direct , 31(3), 451-455.
Kuballa, A. V., Guyatt, K., Dixon, B., Thaggard, H., Ashton, A. R., Paterson, B., Merritt, D. J., & Elizur,  A.  (2007)  Isolation  and Expression  Analysis  of  Multiple  Isoforms of  Putative  Farnesoic  Acid  O-methyltransferase  in  Several  Crustacean  Species. G Comp Endoc ,  150(1), 48-58.
Kemena,  C.,  &  Notredame,  C.  (2009).  Upcoming  Challenges  for  Multiple  Sequence Alignment Methods in the High Throughput Era. Bioinformatics , 25, 2455-2465. Liu,  S.,  Zhang,  C.,  Yang,  B.,  Gu,  J.,  &  Liu,  Z.  (2010)  Cloning  and  Characterization  of  a Putative  Farnesoic  Acid  O-methyltransferase  Gene  From  the  Brown  Planthopper, Nilaparvata lugens . J Ins Scien , 10(103), 1-11.
Nagaraju,  G.  P.  C.  ( 2007).  Review  article:  Is  Methyl  Farnesoate  a  Crustacean Hormone. Aquaculture, 272(4), 39-54.
Nagaraju,  G.  P.  C.  (2011).  Review  article:  Reproductive  Regulators  in  Decapod Crustaceans: an Overview. Exp Biol, 214(1), 3-6.
NCBI. (2015). BLAST®. http://blast.ncbi.nlm.nih. gov/Blast.cgi. Diakses: 10 Agustus 2020. Pangestika,  Y.,  Budiharjo,  A.,  &  Kusumaningrum,  H.  P.  (2015).  Analisis  Filogenetik
Curcuma  zedoaria (Temu  Putih)  Berdasarkan  Gen Internal  Transcribed  Spacer (ITS). Jurnal Biologi ,  4(4), 8-13.
Ruddell, C. J., Wainwright, G., Geffen, A., White, M. R. H., Webster, S. G., & Rees, H. H. (2003).  Cloning,  Characterization,  and  Developmental  Expression  of  a  Putative Farnesoic Acid O- Methyl Transferase in the Female Edible Crab Cancer pagurus. Biol. Bull , 205(1), 308-318.
Sunarti, Y., Soejoedono, R. D., Mayasari, N. L. P., & Tahya, A. M.
(2016). RNA Expression  of  Farnesoic  Acid  O-Methyl  Transferase  in  Mandibular  Organ  of Intermolt and Premolt Mud Crabs Scylla olivacea. AACL Bioflux , 9(2), 270-275. Tahya,  A.  M.,  Zairin,  M.  J.  R.,  Boediono,  A.,  Artika,  I.  M.,  &  Suprayudi,  M.  A.  (2016).
Important  Role  of  Mandibular  Organ  in  Molting,  Growth,  and  Survival  of  Mud Crab Scylla olivacea . International Journal of Chemtech Research . 9(12), 529-533. Yang,  Y.,  Haihui,  Y.,  Huang,  H.,  Jin,  Z.,  &  Li,  S.  (2012).  Cloning,  Expression  and Functional  Analysis  of  Farnesoic  Acid  O-methyltransferase  (FAmeT)  in  the  Mud Crab, Scylla paramamosain . Marin Freshwat Behav Physiol , 45(3), 209–222.