DOI: http://dx.doi.org/10.29244/jhi.12.2.126-137
Tersedia online di http://journal.ipb.ac.id/index.php/jhi

## Marka SSR Polimorfik pada Tetua dan Galur-galur Hasil Persilangan Cabai Tahan PYLCV
Polymorphics SSR Markers of Chilli Parents and Breeding Lines in Chilli Resistance to Pepper Yellow Leaf Curl Virus (PYLCV)
Ifa Manzila 1* , M. Syukur 2 , Tri Puji Priyatno 1 , Reflinur 1 , Chotimatul Azmi 3 , Astri Windia Wulandari 3 , Neni Gunaeni 3 , dan Nur Azizah 1
Diterima 19 Januari 2021/Disetujui 19 Agustus 2021

## ABSTRACT
Chili  genotype  (IPBC12  accession)  has  been  known  to  carry  a  dominant  resistance  gene against PYLCV. It could be used as a gene donor for the assembly of PYLCV resistant chili varieties. PYLCV is one of the important pathogenic viruses in chili cultivation in Indonesia. Identification of polymorphic SSR markers in crossing populations between IPBC12 and Yuni variety was performed to  obtain  the  markers  that  can  be  used  for  progenies  selection  and  linked  with  chili  resistance  to PYLCV.  A  total  of  20  SSR  markers  were  used  for  polymorphis  analysis  on  two  parents,  then  the polymorphic markers were tested on F1 and F2 populations. The research  obtained four polymorphic markers in the two parentals, and among these four polymorphic markers, three markers ( (CaBR61, CaBR64,  and  CaBR98)  showed  consistently  polymorphic  on  segregated  populations.  Based  on polymorphic marker analysis, 14 of F1 progenies were confirmed as breeding lines between IPBC12 accessions  and  Yuni  varieties.  The  marker  that  consistently  detects  allele  inheritance  from  both parents in the F1 progenies is CaBR61 which is a potential selection marker for F1 progenies. Marker analysis of the F2 lines did not found linked-marker with PYLCV-resistance trait. Further analysis is needed using sufficient and evenly distributed markers in the chili genome to map PYLCV resistance genes in breeding populations of IPBC12-Yuni varieties.
Keywords: Capsicum annuum , IPBC12 accession, marker-assisted selection, Yuni variety

## ABSTRAK
Aksesi cabai IPBC12 telah diketahui memiliki gen ketahanan dominan terhadap PYLCV dan dapat  dimanfaatkan  sebagi  donor  gen  untuk  perakitan  varietas  cabai  tahan  PYLCV.  PYLCV merupakan salah satu virus patogen penting pada pertanaman cabai di Indonesia. Identifikasi marka SSR  polimorfik  pada  populasi  persilangan  antara  IPBC12  dan  varietas  Yuni  dilakukan  untuk mendapatkan marka yang dapat digunakan untuk seleksi progeni hasil persilangan dan terpaut dengan sifat ketahanan terhadap PYLCV. Sebanyak 20 marka SSR dianalisis polimorfismenya pada dua tetua persilangan, kemudian marka yang polimorfik diuji pada galur generasi F1 dan F2. Hasil penelitian menunjukkan ada empat marka polimorfik pada kedua tetua persilangan, tetapi ketika diuji pada galur- galur keturunannya hanya 3 marka (CaBR61, CaBR64, dan CaBR98) yang polimorfik. Berdasarkan analisis marka, 14 galur F1 terkonfirmasi hasil persilangan antar aksesi IPBC12 dan varietas Yuni. Marka  yang  secara  konsisten  mendeteksi  penurunan  alel  dari  kedua  tetua  pada  progeni  F1  adalah CaBR61. Marka tersebut berpotensi sebagai marka seleksi galur-galur hasil persilangan pada tanaman cabai. Analisis molekuler pada galur-galur F2 tidak mendapatkan keterpautan antara marka dengan sifat ketahanan. Perlu analisis lebih lanjut menggunakan jumlah marka yang mencukupi dan tersebar merata  dalam  genom  cabai  untuk  memetakan  gen  ketahanan  terhadap  PYLCV  pada  populasi persilangan antara aksesi IPBC12 dan varietas Yuni.
Kata kunci: aksesi IPBC12, Capsicum annuum, seleksi berpandu marka, varietas Yuni
1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor, 16111
2 Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor Jl. Meranti Kampus IPB Dramaga, Bogor
3 Balai Penelitian Tanaman Sayuran
Jl. Tangkuban Perahu 517, Kotak Pos 8413, Lembang 40391 E-mail : ifamanzila@gmail.com (*penulis korespondensi)

## PENDAHULUAN
Masalah serangan pepper yellow leaf curl virus (PYLCV) pada pertanaman cabai di
Indonesia semakin mengkhawatirkan.
Ketiadaan  varietas  cabai  tahan  PYLCV  di lapang menyebabkan prevalensi PYLCV terus meningkat  dari  tahun  ke  tahun.  Laporan pertama serangan PYLCV di Indonesia terjadi pada  pertanaman  cabai  di  daerah  Jawa  Barat pada tahun 1999 (Hidayat et al., 1999), empat tahun  kemudian  serangan  sudah  menyebar hingga  Jawa  Tengah,  Daerah  Istimewa Yogyakarta (DIY), dan Lampung (Sulandari et al .,  2006).  Informasi  Direktur  Jenderal Hortikultura (2020) menyebutkan bahwa pada tahun  2007  virus  Gemini  sudah  menyebar  di 14  provinsi  di  sentra  produksi  cabai  dan menimbulkan  kerugian  mencapai  20  miliar rupiah.  Bahkan  pada  akhir  tahun  2009,  luas tanaman  cabai  yang  terserangan  PYLCV  di Kediri  mencapai  650  ha  dengan  kerugian petani  sekitar  16  miliar  rupiah.  Saat  ini, PYLCV menjadi OPT cabai paling penting di Indonesia  setelah  antraknosa  dan  Thrips. Tetapi upaya  pengendaliannya  masih terbatas pada  sanitasi  lingkungan,  perlindungan  bibit, dan  pengendalian  serangga  vektornya  karena ketiadaan varietas cabai tahan PYLCV. Penggunaan  varietas  tahan  adalah salah satu strategi pengendalian PYLCV yang efektif  dan  efisien.  Pengembangan  varietas cabai tahan PYLCV memerlukan ketersediaan sumber  gen  untuk  perbaikan  genetik  varietas elit cabai yang ada di lapang. Hasil penelitian Ganefianti et al . (2008) telah mengidentifikasi aksesi IPBC12 asal AVRDC sebagai salah satu genotipe cabai tahan PYLCV. Gen ketahanan yang dimiliki oleh aksesi IPBC12 merupakan gen  yang  bersifat  dominan  sehingga  sangat potensial  sebagai  donor  gen  untuk  perbaikan sifat  ketahanan  sejumlah  varietas  cabai (Ganefianti et  al .  (2015),  termasuk  varietas cabai lokal Kopay atau Yuni terhadap PYLCV. Varietas Yuni merupakan varietas cabai merah keriting  lokal  yang  sangat  berkembang  di Sumatera  Barat.  Varietas  lokal  ini  memiliki beberapa keunggulan dibanding varietas cabai merah keriting lainnya, yaitu panjang buahnya berukuran  30-40  cm  dan  berkadar  air  rendah sehingga  mudah  digerus,  umur  panen  80-90 hari  setelah  tanam,  dan  rata-rata  produksinya yang  mencapai  18-2  ton  ha -1 lebih  tinggi dibanding  potensi  hasil  tanaman  cabai  merah
keriting yang berkisar 7-8 ton ha -1 (Iswari dan Srimaryati, 2014). Untuk mendukung percepatan
program pemuliaan cabai merah keriting tahan PYLCV, identifikasi marka molekuler polimorfik  sangat  diperlukan  untuk  proses seleksi galur-galur hasil persilangan yang lebih cepat dan akurat. Pada tahap awal persilangan, setiap  pemulia  harus  memastikan  kebenaran progeni  hasil persilangan sebelum  melakukan uji keragaman genetiknya. Setiap progeni hasil persilangan  akan  membawa  alel  kedua tetuanya yang dapat dideteksi secara molekuler  dengan  marka  kodominan,  seperti single sequence repeat (SSR) (Bredemeijer et al., 2002; Yan et al., 2011; Ved et al., 2013). Lokus  SSR  dalam  genom  diapit  oleh nukleotida terkonservasi yang dapat dijadikan sebagai  marka  molekuler  (Mandal et  al ., 2016).  Kelimpahan  SSR  dalam  genom disebabkan oleh tingginya tingkat mutasi SSR yang mencapai 10 −2 – 10 -6
kejadian/lokus/generasi  dibadingkan  tingkat mutasi titik pada gen pengkode lokus (Li et al., 2002).
Penggunaan marka SSR dalam program  pemuliaan  cabai  telah  dilaporkan keberhasilnya  oleh  banyak  peneliti  untuk berbagai analisis genetik, sidik jari DNA, dan seleksi  hasil  pemuliaan  (Buso et  al .,  2016; Thakur et  al .,  2020;  Mangal et  al .,  2017; Dhaliwal et  al. ,  2014;  Sharmin et  al. ,  2018,
Terryana et  al. ,  2018,  Nugroho et  al. ,  2019,
Wartono et al., 2019). Keunggulan marka SSR adalah  tingkat  polimorfisme  yang  tinggi  dan reprodusibel  (Becher et  al. ,  2000)  sehingga informasi  genetik  yang  diperoleh  dapat menjadi petunjuk untuk seleksi hasil persilangan (Asmono et al. ,  2005). Thakur et al. (2020)  berhasil  menggunakan  marka  SSR untuk  memetakan  gen  ketahanan  terhadap PYLCV pada galur-galur F2 hasil persilangan antara  aksesi  MS-341  (tetua  rentan)  dengan aksesi  S-343  (tetua  tahan).  Dua  marka  SSR yang terpaut  dengan sifat  ketahanan  terhadap PYLCV  mampu  memetakan  posisi  gen  di kromosom  ke-6  pada  jarak  total  15.7  cM (Thakur et al. , 2020). Gen ketahanan tersebut merupakan gen tunggal yang bersifat dominan (Jindal et al., 2019; Thakur et al. , 2019). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi  marka SSR  polimorfik  pada populasi persilangan antara aksesi IPBC12 dan varietas  Yuni.  Marka  polimorfik  yang
diperoleh  diharapkan  dapat  digunakan  untuk seleksi  progeni  hasil  persilangan  dan  terpaut dengan sifat ketahanan terhadap PYLCV.

## BAHAN DAN METODE
Penelitian dilakukan di Laboratorium Biokimia  dan  Rumah  Kaca  Balai  Besar Penelitian  dan  Pengembangan  Bioteknologi dan  Sumber  Daya  Genetik  Pertanian  bulan Maret 2020 – Juli 2021.

## Bahan Penelitian
Dua  tetua  cabai  (aksesi  IPBC12  dan varietas  Yuni)  diperoleh  dari  koleksi  plasma nutfah Departemen Agronomi dan Hortikultura, Institut Pertanian Bogor. Marka
SSR  (20  pasang  primer)  diadopsi  dari  hasil penelitian  Buso et  al .  (2016),  Thakur et  al . (2019), Mangal et al . (2017) (Tabel 1). Primer dengan kualitas PCR grade disintesis oleh 1 st
Base melalui PT. Genetika Science.

## Penyiapan Materi Tanaman
Aksesi  IPBC12  (genotipe  tahan) sebagai  tetua  betina  disilangkan  dengan varietas Yuni (varietas rentan) dan menghasilkan  14  progeni  F1.  Galur-galur  F1 ditanam  dalam  pot  plastik  (diameter  30  cm), dipelihara  dalam  kurungan  kasa  kedap serangga,  dan  dibiarkan  menyerbuk  sendiri untuk  menghasilkan  populasi  galur  F2. Populasi galur F2 (1 500 nomor galur) ditanam dalam plastic  tray dan  dipelihara  dalam kurungan kasa kedap serangga untuk skrining ketahanan terhadap PYLCV.

## Skrining Ketahanan Galur-galur F2 Cabai terhadap PYLCV
Skrining  ketahanan  galur-galur  F2 cabai  terhadap  PYLCV  dilakukan  dengan metode Bulk  Seedling  Test .  Sebanyak  1  500 nomor galur F2 yang diperoleh dari 14 progeni F1 ditanam pada plastic tray yang berisi media tanam.  Tanaman  dipelihara  dalam  kurungan kasa  kedap  serangga  hingga  berumur  satu bulan  setelah  tanaman.  Selanjutnya  tanaman cabai  diinfestasi  dengan  kutu  kebul  ( Bemisia tabaci )  yang  sebelumnya  telah  diinkubasikan pada  tanaman  cabai  bergejala  PYLCV  strain Brebes  selama  48  jam.  Setiap  tanaman diinfestasi  dengan  ±2  ekor  serangga  per tanaman.  Proses  infestasi  dilakukan  secara
pelahan  dengan  memotong  daun  atau  bagian tanaman  cabai  yang  kutu  kebulnya,  lalu memasukannya ke dalam kurungan. Serangga dibiarkan  untuk  menularkan  virus  selama  48 jam.  Setiap  pagi  dan  sore,  tanaman  dan kurungan  digerakan  agar  serangga  menyebar merata  ke  seluruh  tanaman.  Setelah  48  jam inkubasi, serangga dimatikan dengan penyemprotan insektisida. Satu minggu setelah  penularan virus, tanaman  dipindahkan ke polybag (10 cm x 15 cm) yang berisi tanah dan  pupuk  kandang.  Perkembangan  gejala PYLCV  diamati  setiap  minggu  hingga terseleksi tanaman yang tahan.
Analisis Molekuler a. Ekstraksi DNA Ekstraksi dilakukan
dengan menggunakan Genomic  DNA  Mini  Kit  Plant dari  Geneaid  sesuai  protokol  yang  diberikan. Sebanyak  100  mg daun cabai digerus  dengan nitrogen  cair.  Sampel  dipindahkan  ke  tabung mikro  2  ml,  ditambah  400  µl  buffer  GPX1 yang  sudah  ditambah  5  µl  RNase,  divortek, dan diinkubasi dalam penangas air pada suhu 60°C  selama  10  menit.  Kemudian  sampel ditambah  100  µl  buffer  GP2,  divortex,  dan diinkubasi dalam es selama 3 menit. Suspensi dipindah ke filter column , disentrifugasi 1 000 x  g  selama  1  menit.  Supernatan  dipindah  ke tube  baru  dan  ditambah  750  µl  buffer  GP3. Suspensi dipindah ke GD column , disentrifugasi  16  000  x  g  selama  2  menit. Supernatan  dibuang,  lalu  GD  column  dicuci dengan  400  µl  buffer  W1  dan  disentrifugasi 16 000 x g selama 1 menit. serta dengan 600 µl wash  buffer  dan  disentrifugasi  16  000  x  g selama  1  menit.  Selanjutnya  GD  column dipindah ke tube baru, ditambah 25 µl elution buffer ,  didiamkan  selama  5  menit,  lalu disentrifugasi  16  000  x  g  selama  1  menit. Kuantitas  dan  kualitas  DNA  diukur  dengan nanodrop.
b. PCR dan Elektroforesis Reaksi PCR dibuat dalam 20 μl yang mengandung  1x  PCR  mix  (Bioline.  Jerman), 0.5  μM primer  (F  dan  R),  dan  200  ng  DNA. PCR  dijalankan  dengan  program  sebagai berikut:  5  menit  pada  suhu  94 o C  untuk denaturasi  permulaan,  selanjutnya  dilakukan 35 siklus yang terdiri dari: 60 detik pada suhu 94 o C untuk denaturasi, 60 detik pada suhu 55
o C untuk penempelan primer, dan 2 menit pada suhu  72 o C  untuk  perpanjangan  primer.
Perpanjangan  primer  terakhir  selama  7  menit pada  suhu  72 o C.  Hasil  PCR  kemudian dielektroforesis  dengan  gel  agarosa  1.5% dalam buffer TAE 1x dan voltase 60 volt serta
gel  poliakrilamida  6%  untuk  analisis  lebih lanjut. Pewarnaan DNA dilakukan dengan gel red .
Tabel  1.    Primer-primer  yang  diuji  polimorfismenya  pada  tetua  dan  galur  hasil  persilangan  antara aksesi aksesi IPBC12 dan varietas Yuni No Nama Primer Sekuen 5’…3’ Ukuran amplikon target (bp) 1 C2At5g11550 ATTGCCCCTCCTGTTTTGTACAC 183 CACCGGATTCGGAACAAGTGAATG 2 C2At5g23060 ACTTAGAGCTTCTTCAGCCACCGC 315 ATGCCAGCACTCTGCATTGCCTC 3 C2At3g55800 ATGCTTGTTCTGAGGAAGTTCCTGAG 210 AGTTCGTGTCCACAATACTAGAACCATC 4 C2At5g17170 TTCAAGGGCTATCATTACAAGAGGC 189 CTTGCGAGAAATTCTCTAATAAGTGGT 5 CA 516044 ATTTTCTTTTCATTTCCCCCTTT 194 TGCTCAGCATTAACGACGTC 6 PAU-LC-343-1  TGTGTGTGTGTAAATCTCCAA 171 ACGGCATGTAAATAAAGTTCA 7 CaBR23 GGCTCCTAGGTATGCACCAG 162-174 AATGTGATGCACAGTGCACC 8 CaBR40 TCAGACACCAAGCCATCAA 124-142 GCAAGCTAATGGCATGGTA 9 CaBR61 GAAGAGTCCTACTCAATCTA 84-134 CTATATGGTTTCACTCCTTC 10 CaBR63 GAGTGCCTATCGATGTCTTT 146-172 AGCTATCTAATTGCACCAAG 11 CaBR64 AGAGTGTCCCATGCATAC 114-184 GCTTATTCCAAAGGTCTC 12 CaBR82 GCACATGCACGTACAACC 172-190 GGGGTAAAAGGCATTGTG 13 CaBR88 AATGGATGTTCCCTTGCTTT 148-164 CAACTGATCAACCATTCCGT 14 CaBR93 GCAATATGTTGAGTAGCTGT 160-182 ACCCATACAAATCATCCAC 15 CaBR98 CCGTAAAGAAATCAAACCAC 132-146 GCATGCACACATAAACACTC 16 CaBR100 ATGGCATGGTACTTCTTAGCA 138-152 CCAAGCCATCAATTATGCAA 17 CaBR116 GCATGGTACTTCTTAGCATT 118-130 GACACCAAGCCATCAATTA 18 Hpms 1–5 CCAAACGAACCGATGAACACTC 311 GACAATGTTGAAAAAGGTGGAAGAC 19 Hpms 2–21 TTTTTCAATTGATGCATGACCGATA 295 CATGTCATTTTGTCATTGATTTGG 20 AGi030 CGAGGCTTTTCTTCCCTATC 310-344 GCCCGTTTGATTTCTTTGA

## Analisis Data
Analisis  data  dilakukan  berdasarkan skoring  pita  DNA  yang  muncul  pada  tetua persilangan  dan galur-galur  hasil  persilangan. Setiap pita DNA yang muncul pada gel dengan ukuran  yang  sama  seperti  yang  ditargetkan merupakan  alel  tertentu  pada  satu  lokus  yang sama  dari  sampel  cabai  yang  dibandingkan. Setiap  alel  dianggap  mewakili  satu  karakter dan diberi nilai berdasarkan ada tidaknya suatu alel,  nilai  0  untuk  yang  tidak  ada  pita  dan  1 untuk  yang  ada  pita.  Berdasarkan  ada  atau tidaknya  pita,  profil  pita  diterjemahkan kedalam data biner. Persentase penurunan dan rekombinasi  alel  dihitung  dengan  rumus  Nei (1987):
% penurunan alel =
∑ alel yang sama dan sejajar dari setiap tetua
2 x Jumlah tanaman yang diamati X 100%

## % rekombinasi alel =
(1- ∑ alel yang sama dan sejajar dari setiap tetua
2 x Jumlah tanaman yang diamati ) X 100%
Nilai PIC ( Polymorphic Information Content ) yang digunakan untuk mengetahui kekuatan masing-masing primer pada genotipe yang diuji dihitung dengan rumus:
𝑃𝐼𝐶 = 1 − ∑ 𝑓 𝑖 2 2 𝑖 i = 1, 2, 3 … 𝑛 di mana 𝑓 𝑖 2 adalah frekuensi alel ke-i.
Diversitas genetik diukur dengan rumus Lowe et al. (2004):
GST = D ST H T
𝐻 𝑇 = 1 − ∑ 𝑝 2 𝐷 𝑆𝑇 = 𝐻 𝑇 − 𝐻 𝑆 𝐻 𝑆 = ∑(1 −  ∑ 𝑝𝑖 2 ) 𝑠
Dimana:
H S = keanekaragaman genetika dalam populasi D ST = keanekaragaman genetika antar populasi H T = total keanekaragaman genetika
GT = koefisien diferensiasi genetika
s = jumlah populasi p
= rata-rata frekuensi alel
pi
= frekuensi alel ke i

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Identifikasi  Marka  Polimorfik  pada  Tetua Persilangan
Identifikasi marka molekuler polimorfik  pada  tetua  persilangan  sangat diperlukan  untuk  menentukan  primer-primer yang  dapat  digunakan  dalam  seleksi  progeni hasil  persilangan.  Marka  SSR  yang  bersifat polimorfik dapat membedakan asal penurunan alel  dari  setiap  tetua  persilangan  pada progeninya. Keberhasilan persilangan ditentukan  oleh  keberadaan  alel  yang  secara genetik diturunkan oleh tetua persilangan pada generasi F1-nya (Lestari et al. , 2017).
Berdasarkan hasil skrining polimorfisme  dari  20  marka  SSR  yang  diuji, terseleksi empat primer yang bersifat polimorfik  pada  aksesi  IPBC12  dan  varietas Yuni  (Gambar  1).  Semua  pasangan  primer mampu  mengamplifikasi  target  DNA  sesuai ukuran berat molekul yang diharapkan, kecuali primer CA516044. Tidak adanya produk PCR dari  primer  CA516044  mungkin  disebabkan oleh tidak komplemennya sekuen DNA primer dengan sekuens DNA pada kedua tetua cabai tersebut.  Optimasi  kondisi  PCR  sudah dilakukan  tetapi  tetap  tidak  menghasilkan amplikon.  Ukuran  amplikon  target  dari  20 primer  berkisar  antara  84-344  bp.  Setiap amplikon yang dihasilkan oleh masing-masing primer merupakan alel tertentu pada satu lokus yang sama dari tetua cabai yang dibandingkan. Empat  pimer  yang  bersifat  polimorfik  antara aksesi  IPBC12  dan  varietas  Yuni  adalah C2At3g55800, CaBR61, CaBR64, dan CaBR98.  Polimorfisme  keempat  primer tersebut  pada  genotipe  cabai  dari  spesies C. annuum sudah  dilaporkan  oleh  beberapa peneliti sebelumnya (Buso et al ., 2016; Thakur et  al .,  2019;  Mangal et  al .,  2017). Polimorfisme  merupakan  refleksi  dari  nilai frekuensi  dan  keragaman  alel  antara  tetua persilangan (Mandal et al ., 2016).
Gambar 1. Pola pita DNA hasil PCR 20 primer SSR dari dua tetua persilangan cabai pada gel agarosa (aksesi IPBC12 dan varietas Yuni). (Keterangan gambar: M = DNA ladder 100 bp; Nomor 1  –  20  =  primer  SSR,  Y  =  varietas  Yuni;  C  =  genotipe  IPBC12;  nomor  primer  yang dilingkari menunjukkan polimorfik antara kedua tetua).
Gambar  2.  Pola  pita  DNA  hasil  PCR  pada  gel  akrilamid  menggunakan  empat  jenis  primer (C2At3g55800,  CaBR61,  CaBR64,  dan  CaBR98)  pada  generasi  F1  hasil  persilangan aksesi IPBC12 dan varietas Yuni (Keterangan gambar: M = DNA ladder 100 bp; 1A…5C = nomor galur F1 cabai hasil persilangan aksesi IPBC12 dan varietas Yuni)

## Konfirmasi Progeni F1 Hasil Persilangan
Dari  37  persilangan  yang  dilakukan hanya  ada  14  bunga  yang  berkembang menghasilkan buah dan biji cabai. Buah yang dihasilkan  dari  persilangan  tersebut  tidak berbeda  dengan  tipe  buah  aksesi  IPBC12. Untuk  memastikan  ke-14  nomor  progeni tersebut  berasal  dari  hasil  persilangan  antara aksesi  IPBC12  dan  varietas  Yuni,  tanaman cabai  generasi  F1  diidentifikasi  secara molekuler  dengan  empat  primer  polimorfik. Gambar  2  menunjukkan  hasil  konfirmasi  14 nomor  progeni  menggunakan  empat  marka polimorfik.  Hasil  elektroforesis  memastikan tiga primer (CaBR61, CaBR64, dan CaBR98) tetap konsisten bersifat polimorfik, dan hanya
primer  C2At3g55800  yang  monomorfik. Primer CaBR61 mendeteksi semua penurunan alel  tetua  persilangan  pada  14  progeni  yang diuji.  Demikian  juga  dengan  primer  CaBR64 yang  dapat  mendeteksi  penurunan  alel  tetua pada  progeni  nomor  1-10,  12,  dan  14,  tetapi alel yang terdeksi pada progeni nomor 11 dan 13 memiliki berat molekul DNA yang berbeda dengan tetuanya.  Perbedaan ukuran pita yang terjadi  pada  kedua  progeni  tersebut  diduga karena adanya perubahan genomik yang dapat terjadi dari alel yang bersifat homozigot (satu pita)  menjadi  heterozigot  (dua  pita)  atau sebaliknya (Megia dan Djuita, 2010).
Sementara  primer  CaBR98  hanya  mampu mendeteksi  penurunan  alel  tetua  pada  empat
500 pb 400 pb 300 pb 200 pb 100 pb
nomor progeni saja, yaitu nomor 1, 2, 12, dan 13.
Progeni
hasil persilangan terkonfirmasi oleh adanya segregasi alel yang ditunjukkan oleh pita DNA berasal dari kedua tetua.  Persentase  penurunan  alel  dari  masing- masing  tetua  disajikan  pada  Tabel  2.  Ketiga marka  polimorfik  menunjukkan  kemampuan yang  berbeda  dalam  mendeteksi  pewarisan alel.  Marka  CaBR61  mendeteksi  secara sempurna  alel-alel  dari  tetua  pada  semua progeni  yang  membawa  50%  alel  dari  setiap tetuanya.  Marka  CaBR64  dan  CaBR98  tidak mampu  mendeteksi  keberadaan alel-alel  yang sudah  berekombinasi  pada  beberapa  progeni. Persentase rekombinasi alel yang tidak mampu terdeteksi  oleh  marka  CaBR64  dan  CaBR98 adalah 14.4% dan 39.3%. Persentase rekombinasi  yang  berbeda  antar  marka molekuler berkaitan erat dengan nilai heterozigositas  dan  PIC  yang  dihasilkan  dari skoring  pita  DNA  target  (Dea et  al. ,  2020) (Tabel 3).  Berdasarkan hasil penelusuran alel dengan marka molekuler menunjukkan bahwa semua  nomor  individu  F1  merupakan  hasil rekombinasi  kedua  tetua  persilangan.  Primer CaBR61  yang  secara  konsisten  mampu mendeteksi  penurunan  alel  dari  kedua  tetua pada progeninya dapat dijadikan marka seleksi hasil persilangan pada tanaman cabai. Seleksi populasi  persilangan  menggunakan  marka SSR  sudah  banyak  diaplikasikan  pada sejumlah  pemuliaan  tanaman,  seperti  kedelai (Santana et  al. ,  2014;  Lestari et  al. ,  2017), jagung  (Elci  dan  Hancer,  2015),  singkong (Vincent et  al. ,  2014),  kapas  (Dongre et  al. , 2011), Eucalyptus (Subashini et al. , 2013), dan pisang (Dea et al. , 2020). Hasil penelitian ini juga  menunjukkan  efektivitas  marka  SSR dalam  menyeleksi  individu-individu  hasil persilangan.  Konfirmasi  selanjutnya  perlu didukung  data  karakter  morfologi  atau keragaan  fenotipe  lainnya  untuk  memastikan generasi awal hasil persilangan dapat digunakan untuk tahap pemuliaan berikutnya.
Disamping itu, jumlah marka yang diskriminatif juga  perlu  ditambah agar proses seleksi menjadi lebih efektif dan efisien dalam program pemuliaan.

## Ketahanan Galur-galur F2 terhadap Virus Gemini
Dari hasil uji ketahanan 1 500 nomor galur F2 terhadap PYLCV diperoleh 57 nomor galur  yang  menunjukkan  reaksi  tahan,  1  348 galur  tidak  tahan,  dan  95  tanaman  mati (Gambar  3).  Galur-galur  yang  dikategorikan tahan  ditunjukkan  oleh  tidak  adanya  gejala infeksi PYLCV, baik berdasarkan gejala visual maupun  deteksi  dengan  PCR.  Tabel  4 menunjukkan nomor-nomor galur yang bersifat  tahan.  Setiap  progeni  F1  yang menghasilkan galur F2 tahan PYLCV dengan jumlah yang berbeda-beda. Progeni F1 nomor 4  dan  14  menghasilkan  galur-galur  F2  tahan PYLCV  yang  paling  tinggi,  diikuti  oleh progeni F1 nomor 13 dan 1. Hasil pengujian ini hanya  mendapatkan  sekitar  3.8%  galur  F2 yang  tahan  PLCV  dari  populasi  F2  yang berhasil  diuji,  dengan  perbandingan  antara galur  tidak  tahan  dan  tahan  adalah  25:1. Ganefianti et  al. (2015)  menyatakan  bahwa gen ketahanan terhadap PYLCV pada IPBC12 tidak  tersebar  secara  merata  dalam  genom induknya.  Hal  ini  menunjukkan  bahwa  gen ketahanan terhadap PYLCV memiliki heritabilitas  yang  rendah.  Menurut  Mendoza (1972),  karakter  ketahanan  terhadap  virus umumnya  dikendalikan  oleh  sedikit  gen ( oligogenic ).  Bahkan  hampir  50%  gen-gen yang mengendalikan sifat ketahanan terhadap virus  berupa  gen-gen  resesif  (Kang et  al., 2005), meski gen ketahanan terhadap PYLCV pada  IPBC12  diduga  bersifat  dominan (Ganefianti et  al., 2015). Dengan  persentase penurunan  potensi  genetik  yang  rendah, seleksi sifat ketahanan terhadap PYLCV pada galur-galur persilangan dengan aksesi IPBC12 perlu  dilakukan  dengan  metode  yang  lebih mudah, cepat, dan akurat.
Tabel 2. Persentase pewarisan alel pada generasi F1.
Primer Aksesi IPBC12 x varietas Yuni Persentase alel tetua donor (A), resipien (B), rekombinasi (H) A B H CaBR61 50 50 0 CaBR64 42.8 42.8 14.4 CaBR98 14.3 46.4 39.3
Tabel  3.  Ringkasan  statistik  polimorfisme  yang  diobservasi  pada  total  progeni  F1  berdasarkan  pita DNA target yang dihasilkan dari tiga marka SSR.
Primer Jumlah alel Diversitas gen Heterozigositas PIC CaBR61 2 0.84 0.53 0.5 CaBR64 2 0.86 0.68 0.63 CaBR98 2 0.87 0.82 0.76
Gambar 3. Hasil uji ketahanan galur F2 cabai terhadap virus gemini
Tabel 4. Nomor-nomor galur F2 yang terindentifikasi bersifat tahan terhadap PYLCV
Nomor progeni F1 Nomor galur F2 yang tahan % galur F2 yang tahan 1 F2.1.70, F2.1.72, F2.1.76, F2.1.89, F2.1.90, F2.1.94, F2.1.95, F2.1.100 5.6 2 F2.1.214, F2.1.241 1.4 3 0 0 4 F2.2.495, F2.2.504, F2.2.507, F2.2.508, F2.2.509, F2.2.512, F2.2.514, F2.2520, F2.2.538, F2.2.549, F2.2.551 7.8 5 F2.2.620, F2.2.628, F2.2.632 3.8 6 F2.3.686, F2.3.703 2.9 7 F2.3.763 1.7 8 F2.3.819, F2.3.866, F2.3.872, F2.3.881 2.6 9 F2.3.972, F2.3.974, F2.3.976, F2.3.983, F2.3.989 6.7 10 F2.4.1054 1.4 11 F2.4.1124, F2.4.1161 1.6 12 F2.5.1249 1.3 13 F2.5.1303, F2.5.1308, F2.5.1316, F2.5.1321 6.7 14 F2.5.1398, F2.5.1399, F2.5.1400, F2.5.1403, F2.5.1407, F2.5.1414, F2.5.1416, F2.5.1417, F2.5.1426, F2.5.1427, F2.5.1471, F2.5.1473, F2.5.1487 8.0 Analisis  Molekuler  Galur-galur  F2  Tahan dan Tidak Tahan PYLCV Untuk memastikan apakah polimorfisme  marka  molekuler  juga  terkait dengan  sifat  ketahanan  terhadap  PYLCV,  57 galur  F2  tahan  dan  15  galur  F2  tidak  tahan dianalisis  dengan  tiga  marka  polimorfik (CaBR61, CaB64
dan CaBR98). Elektroforesis hasil PCR dengan ketiga marka polimorfik  pada  populasi  F2  disajikan  pada Gambar  4,  sedangkan  Tabel  5  menunjukkan persentase  pewarisan  dan  rekombinasi  alel pada  galur-galur  generasi  F2  yang  bersifat tahan dan tidak tahan. Persentase rekombinasi
95 tanaman mati 57 tanaman tahan 1348 tanaman tidak tahan
alel yang dihasilkan oleh ketiga marka tersebut berkisar 21.4%-66.7%. Rekombinasi alel pada galur-galur  yang  tahan  lebih  tinggi  daripada galur-galur  yang  tidak  tahan.  Alel  yang terdeteksi oleh CaBR61 menunjukkan peningkatan  rekombinasi  paling  tinggi  pada galur-galur yang tahan (50%) dibanding  pada galur-galur  tidak  tahan  (21.4%).  Alel  dari marka  CaBR98  menunjukkan  rekombinasi terendah, yaitu 50% pada galur tidak tahan dan 63.4% pada galur tahan. Tingkat  polimorfisme  ketiga  marka pada  populasi  F2  tahan  dan  tidak  tahan PYLCV  disajikan  pada  Tabel  6.  Nilai  PIC ketiga  marka  berkisar  antara  0.82  (CaBR61) pada  galur  tidak  tahan  dan  0.94  (CaBR64) pada galur tahan. Marka-marka yang memiliki nilai PIC tinggi (>0.70) dikategorikan sebagai marka  yang  informative  (Hildebrand et  al., 1992).  Namu  hasil  analisi Chi-Square menunjukkan bahwa ketiga marka polimorfik
tersebut  tidak  mampu  membedakan  antara populasi  F2  tahan  dan  tidak  tahan  (Tabel  7). Rasio  alel  dari  setiap  marka  molekuler  yang bersegregasi pada populasi F2 tahan dan tidak tahan memiliki X 2 hitung lebih rendah dari X 2 tabel.  Tidak  terpautnya  marka  molekuler dengan sifat ketahanan terhadap PYLCV dapat disebabkan  oleh  posisi  marka  dan  gen  saling berjauhan  sehingga  frekuensi  pewarisan marka/gen  pada  keturunannya  sangat  rendah (Reflinur  dan  Lestari,  2015)  dan  rekombinasi gen  yang  dapat  menyebabkan  keterpautan antara  marka  dengan  gen  menjadi  hilang (Datta et  al. ,  2011).  Oleh  karena  itu,  marka yang  ideal  untuk  pemetaan  genetik  memiliki beberapa kriteria, yaitu a) tingkat polimorfisme  yang  tinggi,  b)  terdistribusi merata dalam genom, c) memberikan resolusi perbedaan  genetik  yang  jelas,  d)  bersifat kodominan, dan e) netral (Reflinur & Lestari, 2015; Zulfahmi, 2013; Datta et al. , 2011).
Gambar  4.  Contoh  pola  pita  DNA  hasil  PCR  pada  gel  akrilamid  menggunakan  tiga  jenis  primer (CaBR61, CaBR64, dan CaBR98) pada generasi F2 hasil persilangan aksesi IPBC12 dan varietas Yuni (Keterangan gambar: M = DNA ladder 100 bp; 1A…5C = nomor galur F2 cabai hasil persilangan aksesi IPBC12 dan varietas Yuni)
Tabel 5. Persentase pewarisan alel pada generasi F2.
Tanaman F2 Primer Aksesi IPBC12 x varietas Yuni Persentase alel tetua donor (A), resipien (B), rekombinasi (H) A B H Tidak tahan CaBR61 42.9 35.7 21.4 CaBR64 42.9 14.3 42.8 CaBR98 14.3 35.7 50.0 Tahan CaBR61 30.0 20.0 50.0 CaBR64 23.3 10.0 66.7 CaBR98 13.3 23.3 63.4
500 pb 200 pb 100 pb M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 2 13 14 15 16 17 18 Yuni IP B C 1 2 M IP B C 1 2 Yuni 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 2 13 14 15 16 17 18 M IP B C 1 2 Yuni 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 2 13 14 15 16 17 18
CaBR61                                     CaBR64                                             CaBR98
Tabel  6.  Ringkasan  statistik  polimorfisme  yang  diobservasi  pada  total  progeni  F2  berdasarkan  pita DNA target yang dihasilkan dari tiga marka SSR.
Tanaman F2 Primer Jumlah alel Diversitas gen Heterozigositas PIC Tidak tahan CaBR61 2 0.71 0.69 0.82 CaBR64 2 0.72 0,8 0.90 CaBR98 2 0.72 0.85 0.91 Tahan CaBR61 2 0.87 0.93 0.87 CaBR64 2 0.87 0.99 0.94 CaBR98 2 0.87 0.99 0.93 Tabel  7.  Hasil analisis Chi-Square pada  tiga  marka  SSR  yang  digunakan  untuk  diskriminasi  galur- galur F2 tahan dan rentan PYLCV Primer X 2 hitung X 2 tabel Nilai P 0,05 CaBR61 0.078 3.841 0.779 CaBR64 0.169 3.841 0.684 CaBR98 0.543 3.841 0.515 Marka  SSR  yang  digunakan  dalam penelitian ini termasuk jenis marka molekuler yang  banyak  digunakan  sebagai  penanda genetik pada berbagai organisme. Marka SSR juga sering digunakan sebagai penanda pilihan dalam keterkaitan dan konstruksi peta genetik (El-Rodeny et  al., 2014),  keragaman  genetik dan  analisis  struktur  populasi  (Yoon et  al., 2012), identifikasi plasma nutfah (Hong et al., 2015),  dan  pemetaan  QTL  (Collard  dan MacKill, 2008; Varshney et al., 2009).
Penggunaan marka SSR untuk pemetaan  sifat  ketahanan  terhadap  PYLCV pada cabai sudah dilaporkan oleh Thakur et al. (2020)  dengan  menguji  685  marka  SSR  dan memperoleh  dua  marka  yang  terpaut  dengan gen  ketahanan  terhadap  PYLCV  pada  jarak genetik masing-masing 6.8 cM dan 8.9 cM dari gen resisten. Mangal et al. (2017) juga pernah menggunakan  beberapa  marka  ortolog  yang terkait  QTL  sifat  ketahanan  terhadap Tomato yellow  leaf  curl  virus (TYLCV)  untuk pemetaan  gen  ketahanan  terhadap  PYLCV pada  cabai,  tetapi  tidak  ada  marka  yang terpaut. Marka-marka tersebut ketika digunakan  untuk  pemetaan  gen  ketahanan terhadap  PYLCV  pada  tetua  dan  progeni persilangan aksesi IPBC12  dan  varietas Yuni ternyata  juga  tidak  bersifat  polimorfik.  Oleh karena  itu,  skrining  marka  masih  perlu dilakukan  untuk  memetakan  gen  resisten PYLCV  pada  galur-galur  hasil  persilangan IPBC12 dan varietas Yuni.

## KESIMPULAN
Sebanyak  tiga  dari  20  marka  SSR yang  diuji  bersifat  polimorfik  dan  mampu membedakan  genotipe  tetua  dan  progeni  F1 hasil  persilangan.  Hasil  analisis  marka polimorfik  memastikan  bahwa  14  nomor progeni  F1  yang  diuji  merupakan  hasil persilangan antara aksesi IPBC12 dan varietas Yuni.  Marka  CaBR61  yang  secara  konsisten mampu mendeteksi penurunan alel kedua tetua pada  progeni  F1  berpotensi  sebagai  marka seleksi hasil persilangan. Namun ketiga marka polimorfik tersebut tidak menunjukkan keterpautan  dengan  sifat  ketahanan  terhadap PYLCV  pada  populasi  F2  cabai  yang  tahan dan  rentan.  Oleh  karena  itu,  pemetaan  gen ketahanan  terhadap  PYLCV  perlu  dilakukan lagi dengan menggunakan jumlah marka yang mencukupi dan tersebar merata dalam genom cabai.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian  ini  dibiayai  oleh  Lembaga Pengelola  Dana  Pendidikan  (LPDP)  dan Badan  Riset  dan  Inovasi  Nasional  (BRIN) dengan nomor kontrak 33 /E1/PRN/2020.

## DAFTAR PUSTAKA
Asmono, D., A.R. Purba, Y. Yenni, M. Kobar, H.  Zaelani,  T.  Liwang,  A.B.  Beng. 2005.  Peta  dan  prospek  pemuliaan dalam  industry  pembenihan  kelapa sawit di Indonesia. Simposium Nasional  dan  Kongres  V  PERIPI. Puwokerto: Perhimpunan Ilmu Permuliaan Indonesia. Hal 25-27.
Becher,  S.A.,  K.  Steinmetz,  K.  Weising,  S.
Boury, D. Peltier, J.P. Renou, G. Kahl,
K.  Wolff.  2000.  Microsatellites  for cultivar identification in Pelargonium. Theoretical  and  Applied  Genetics. 101: 643–651.
Bredemeijer,  M.,  J.  Cooke,  W.  Ganal,  R. Peeters,  P.  Isaac,  Y.  Noordijk,  S. Rendell,  J.  Jackson,  S.  Roder,  K. Wendehake, M. Dijcks, M. Amelaine, V. Wickaert, L. Bertrand, B. Vosman. 2002.  Construction  and  testing  of  a microsatellite  containing  more  than 500 tomato varieties. Theoretical and Applied Genetics. 105: 1019-1026.
Buso,  G.S.C.,  A.M.M.  Reis,  Z.P.S.  Amaral, M.E . Ferreira1.  2016.  Novel  and highly  informative Capsicum SSR markers  and  their  cross-species transferability.
Genetics and Molecular Research. 15(3): 1-13. Doi: http://dx.doi.org/10.4238/gmr.150386 89
Rosalia, D., P. Lestari, A. Soegiant, D. Saptadi, A.  Sutanto,  K.  Nugroho,  R.T.
Terryana,  I.M.  Tasma,  I.  Roostika. 2020. Konfirmasi pewarisan alel pada generasi F1 hasil persilangan Calcutta-4  ( Musa  acuminata ssp. burmannicoides ) dan Musa acuminata ssp. Microcarpa berdasarkan marka SSR. J. AgroBiogen. 16(1): 17–24.
Dhaliwal, M.S., Yadav, A., Jindal, S.K. 2014. Molecular characterization and diversity  analysis  in  chilli  pepper using simple sequence repeats (SSR) markers.  African  J.  Biotechnol. 13(31): 3137–3143. Direktur  Jenderal  Hortikultura  2020.  Data serangan organisme pengganggu tanaman.
http://ditlin.hortikultura.pertanian.go. id. diakses 17 November 2020.
Ganefianti,  D.W.,  S.H.  Hidayat,  M.  Syukur. 2015.  Genetic  study  of  resistance  to Begomovirus  on  chili  pepper  by Hayman’s  diallel  analysis.  Intl.  J.  on Advanc. Sci. 5(6): 426-432.
Ganefianti, D.W., S. Sujiprihati, S.H. Hidayat, M.  Syukur.  2008.  Metode  penularan dan  uji  ketahanan  genotipe  cabai terhadap Begomovirus . Akta Agrosia. 11(2): 162– 169.
Gersten, D.M., K.E. Bijwaard. 1992.
Polyacrylamide gel electrophoresis in vertical,  inverse  and  double-crossing gradients of soluble polymers. Electrophoresis. 13(5): 282–286.
Hidayat, S.H., E.S. Rusli, N. Aidawati. 1999. Penggunaan  primer  universal  dalam polymerase  chain  reaction untuk mendeteksi  virus  gemini  pada  cabe.
Di dalam : Prosiding Kongres
Nasional  XV  dan  Seminar  Ilmiah
Perhimpunan  Fitopatologi  Indonesia. Purwokerto.  16-18  September  1999.
pp. 355-359
Hildebrand,  C.E.,  D.  Torney,  R.P.  Wagner.
1992. Informativeness of polymorphic  DNA  markers.  Los Alamos Sci. 17 (3): 233–238.
Iswari,  K.,  Srimaryati,  2014.  Pengaruh giberelin  dan  jenis  kemasan  untuk menekan  susut  cabai  kopay  selama pengangkutan jarak jauh. J.
Pascapanen 11(2): 89 – 100.
Khanh, T.D., T.Q. Anh, B.C.  Buu, T.D. Xuan. 2013. Applying molecular breeding to improve  soybean  rust  resistance  in Vietnamese  elite  soybean . American J. Plant Sci . 4:1-6.
Li, Y.C., Korol,  A.B., Fahima, T., Beiles, A., Nevo,  E.  2002.  Micro  satellites: genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: a review. Mol Ecol. 11: 2453–2465. Lowe,  A.,  Haris,  S.,  Ashton,  P.,  2004. Ecological Genetics: Design, Analysis,  and  Application.  Blacwell Publishing. United Kingdom. Mandal, R., S. Nag, J. Tarafdar, S. Mitra. 2016. A comparison of efficieny parameters of SSR markers and genetic diversity analysis in Amaorphophallus paeniifolius (Dennst.) Nicolson. Braz.
Arch. Biol. Tchnol. 59: 1-16.
Mangal,  M.,  A.  Srivastava,  R.  Sharma,  P.
Kalia. 2017. Conservation and
dispersion of genes conferring resistance  to  tomato  begomoviruses between tomato and pepper genomes.
Frontiers in Plant Sci. 8(1): 1-10. Doi: 10.3389/fpls.2017.01803
Megia,  R.,  N.R.  Djuita.  2010.  Deteksi integritas genomic pisang hasil iradiasi  in  vitro  berdasarkan  penanda mikrosatelit.  Makara  Sains.  14  :151- 157.
Nugroho,  K.,  R.T.  Terryana,  Reflinur,  P. Lestari. 2017. Keragaman genetik dua puluh  aksesi  plasma  nutfah Jatropha spp.  menggunakan  marka simple sequence  repeat .  J.  AgroBiogen. 13(1): 17–24.
Reflinur,  P.  Lestari.  2015.  Penentuan  lokus gen dalam kromosom tanaman dengan  bantuan  marka  DNA.  J. Litbang Pertanian. 34(4): 177-186.
Sharmin, A., Md.E. Hoque, Md.M. Haque, F. Khatun.  2018.    Molecular  diversity analysis  of  some  chilli  ( Capsicum spp.)  genotypes  using  SSR  markers. American J. Plant Sci. 9: 368–379.
Sulandari,  S.,  R.  Suseno,  S.H.  Hidayat,  J. Harjosudarmo, S. Sosromarsono.
2006.  Deteksi  dan  kajian  kisaran inang  virus  penyebab  penyakit  daun keriting  kuning  cabai.  Hayati.  1(13): 1–6.
Tennyana,  R.T.,  K.  Nugroho,  H.  Rijzaani,  P.
Lestari. 2018. Karakterisasi keragaman  genetik 27  genotipe cabai berdasarkan marka ssr ( simple sequence  repeat ). Berita  Biologi 17(2). Doi: 10.14203/beritabiologi.v17i2.3313.
Thakur,  H.,  S.K.  Jindal,  A.  Sharma,  M.S.
Dhaliwal. 2019. A monogenic dominant resistance for leaf curl virus disease  in  chilli  pepper  ( Capsicum annuum L.). Crop Prot. 116:115–120.
Thakur,  H.,  S.K.  Jindal,  A.  Sharma,  M.S. Dhaliwal.  2020.  Molecular  mapping of dominant gene responsible for leaf curl  virus  resistance  in  chilli  pepper ( Capsicum  annuum L.).  Biotech. 10(182): 1-10. Doi: https://doi.org/10.1007/s13205-020- 02168-7
Wartono, S. Wiyono, M. Syukur, Giyanto, K. Nugroho,  P.  Lestari.  2019.  Analisis keragaman genetik 41 genotipe cabai ( Capsicum  annuum L.)  berdasarkan marka  SSR.  J.  AgroBiogen.  15(2): 65–74.
Ved,  P.R.,  R.  Kumar,  S.  Kumar,  A.  Rai,  S. Kumar,  M.  Singh,  S.P.  Singh,  A.B. Rai,  R.  Paliwal.,  2013.  Genetic diversity  in  Capsicum  germplasm based  on  microsatellite  and  random amplified microsatellite
polymorphism  markers.  Physiology and  Molecular  Biology  of  Plants.
19(4): 575–586.
Yan,  W.,  Maoying,  Y.,  Wenyu,  Y.,  Weiguo, L.,  Taiwen,  Y.,  2011.  Multivariate analysis  on  isoflavone  content  for soybean land races in sichuan basin. J. Animal and Plant Sciences. 11: 1380– 1393.