https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## VALIDASI INTERNAL KOMPLEKS RESEPTOR HMG-COA REDUKTASE (PDB:1HWK)-ATORVASTATIN SEBAGAI ANTIKOLESTEROL DENGAN METODE PENAMBATAN ULANG
Gerry Nugraha 1 , Suprayetno 2 , Dimas Raka Pangestu 3
Program Studi S1-Farmasi, STIKES’ Aisyiyah Palembang, Indonesia 1,2,3 ge6nugraha@gmail.com 1 yetnoyuni@yahoo.com 2
dimasraka982@gmail.com 3

## ABSTRAK
Latar Belakang: Penyakit hiperlipidemia cenderung terjadi pada kelompok usia produktif dari umur 25  tahun  keatas,  tanpa  pengobatan  yang  tepat  dapat  menyebabkan  timbulnya  penyakit  penyumbatan pembuluh darah, berubah menjadi penyakit stroke, jantung koroner, dan penyakit berbahaya lainnya. Atorvastatin  merupakan  obat  yang  mengurangi  resiko  penyakit  kardiovaskular,  dengan  menghambat produksi  kolesterol  endogen  dalam  hati.  Kimia  komputasi  mampu  memberikan  informasi  interaksi antara  atorvastatin  dengan  reseptornya,  salah  satunya  berupa  validasi  internal  melalui  penambatan ulang. Tujuan: Melakukan  validasi  berupa  penambatan  ulang  ligan  atorvastatin  terhadap  reseptor HMG-CoA  reduktase  (kode  pdb:  1HWK). Metode: Metode  yang  digunakan  berupa  uji in  silico melalui penambatan ulang ligan terhadap reseptor sebanyak 1000 kali, model yang digunakan adalah hasil dari simulasi dinamika molekul snapshot nomor 87. Hasil: Validasi internal dengan penambatan ulang ligan atorvastatin sebanyak 1,000 kali menghasilkan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) sebesar  0,3181Å. Kesimpulan: Data  RMSD  menunjukan  atorvastatin  bersifat  stabil  dalam  kantung ikatan  reseptor,  sistem  yang  dihasilkan  bersifat  reprodusibel  dan  dapat  digunakan  untuk  keperluan penelitian selanjutnya berupa validasi retrospektif
Kata Kunci: Penambatan Ulang, Atorvastatin, HMG-CoA Reduktase, Kimia Komputasi

## ABSTRACT
Background: Hyperlipidemia tends to occur in the productive age group from the age of 25 years and above. Without proper treatment, it can cause blood vessel blockage, turn into a stroke, coronary heart disease,  and  other  dangerous  diseases. Atorvastatin  is  a  Medicine  that  reduces  the  risk  of cardiovascular  disease,  by  inhibiting  the  production  of  endogenous  cholesterol  in  the  liver. Computational  chemistry  can  provide  information  on  the  interaction  between  atorvastatin  and  its receptors,  one  of  which  is  internal  validation  through  re-docking. Objective: Validating  the atorvastatin  ligand  re-docking  to  the  HMG-CoA  reductase  receptor  (PDB  code:  1HWK). Method: The method used is an in silico test through ligand re-docking to the receptor 1000 times. The model used is the result of molecular dynamics simulation snapshot number 87. Results: Internal validation with  atorvastatin  ligand  re-docking  1,000  times  resulted  in  a  Root  Mean  Square  Deviation  (RMSD) value  of  0.3181Å. Suggestion: RMSD  data  show  that  atorvastatin  is  stable  in  the  receptor-binding pocket. The resulting system is reproducible and can be used for other research purposes in the form of retrospective validation.
Keywords: Re-Docking, Atorvastatin, HMG-CoA Reductase, Computational Chemistry
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## PENDAHULUAN
Salah  satu  penyebab  terjadinya penyakit  kardiovaskular  seperti  stroke, jantung coroner disebabkan oleh hiperlipidemia  (Nelson,  2013).  Menurut data  yang  dihimpun  oleh World  Health Organization (WHO)  pada  tahun  2016, penyakit kardiovaskular merupakan penyakit  yang  paling  mematikan  di Indonesia yang memiliki persentase kematian  sebanyak  35%  dari  berbagai penyakit mematikan lainnya seperti kanker maupun tumor ( World Health
Organization ,  2018).  Angka  kematian  ini didapat,  karena  penderita  umumnya  tidak memiliki  keluhan  ataupun  gejala  klinis yang  dapat  memberi  tahu  bahwa  pasien tersebut  terkena  penyakit  hiperlipidemia (Rosada, dkk., 2020).
Pengobatan  dalam  menurunkan kadar  kolesterol  darah  dalam  tubuh  yang berlebih  menjadi  normal  membutuhkan obat  penurun  kolesterol,  terdapat  banyak jenis  golongan  obat  penurun  kolesterol, namun  yang  sering  digunakan  dan  sering dijumpai  di  pasaran  adalah  obat  dari golongan statin yang terdiri dari atorvastatin,  lovastatin,  provastatin,  dan simvastatin.  Penggunaan  obat  Atorvastatin lebih diutamakan saat ini karena merupakan  obat  pilihan  pertama  pada gejala penyakit hiperkolesterolimia , karena memiliki  efek  toksisitas  cenderung  lebih
rendah  dibandingkan  obat  lini  pertama lainnya,  seperti  simvastatin  yang  memiliki efek  jangka  panjang  yaitu  kerusakan  pada organ ginjal (Purnamasari, dkk., 2018).
Berdasarkan penelitian terdahulu yang dilakukan Shitara (Shitara &
Sugiyama,  2006)  HMG-CoA  Reduktase  ( HMGCR ) merupakan enzim pembatas laju dari  biosintetik  kolesterol  dan  merupakan target  terapeutik  dari  obat  statin.  Hal tersebut  juga  dikuatkan  oleh  penelitian yang  dilakukan  oleh  Sakai  (Sakai,  dkk., 2018)  Penghambatan  yang  efektif  enzim HMGCR dapat menurunkan kadar kolesterol  total  dan  membuahkan  hasil positif  dalam  penurunan  kadar  kolesterol darah.
Berdasarkan penelitian yang dilakukan  oleh  Uchikoga  (Uchikoga,  dkk., 2013)  penambatan  ulang  ( re-docking ) merupakan  tahap  ketiga  dari  penapisan virtual  yang  bertujuan  untuk  melakukan validasi  atau  melakukan  pembuktian  dari proses sebelumnya, yaitu dinamika molekul dengan cara melakukan pengulangan  penambatan  ligan  sebanyak 1000x dengan parameter ligan yang tertaut tidak  boleh  melebihi  2Å.  Metode  yang digunakan  sama  dengan  proses  tahap pertama yaitu penambatan molekul. Proses dalam  tahap  penambatan  ulang,  yaitu dengan cara melakukan proses penambatan
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362
ligan dengan energi ikatan yang telah didapat  dari  proses  dinamika  molekul secara  berulang  dalam  gridbox,  yang
kemudian diamati apakah bekas penambatan  ulang  tersebut  memiliki  jarak lebih  dari  2Å  (satuan  jarak  antar  molekul)
atau  sesuai  dengan  jarak  tersebut.
Kemudian  setelah  dilakukan  penambatan ulang  sebanyak  1000x  hasil  dibandingkan dengan ligan nativ, yang divalidasi dengan cara  menghitung  nilai  RMSD  yang bertujuan untuk melihat apakah ligan yang telah  ditambatkan  bersifat  reprodusibel (Setiawati, dkk., 2014).

## METODE PENELITIAN
Penelitian  ini  merupakan  penelitian eksperimental, desain penelitian menggunakan  pendekatan  teoretis  berbasis komputer  (uji in-silico )  yang  bersifat prediktif  berupa  simulasi  penambatan ulang  molekul.  Hasil  penelitian  ini  dapat dijadikan  sebagai  acuan  yang  dapat digunakan  untuk  merancang,  menemukan, serta  mengoptimasi  senyawa  bioaktif  pada proses  penemuan  obat  hiperlipidemia. Penelitian  ini  dilakukan  selama  3  bulan, dari Mei 2022 sampai Juli 2022, bertempat di  Laboratorium  Komputasi  Medisinal Program Studi S1-Farmasi STIKES
‘Aisyiyah Palembang.

## BAHAN
1. Ligan  yang  digunakan  pada  penelitian ini  adalah  ligan  Atorvastatin  hasil simulasi  dinamika  molekul  dengan
menggunakan snapshoot nomor 1HWK_0087.
2. Kompleks  reseptor  ligan  nativ  HMG- CoA reduktase yang diakses pada bulan April 2022

## Validasi  Internal  Kompleks  Reseptor HMG-CoA Reduktase (PDB:1HWK) Preparasi Gridbox
Grid box kantung ikatan dibuat dengan jarak  sebesar  5Å  pada  posisi  ligan  nativ yang terikat pada reseptor dengan program YASARA-Structure,  preparasi  dilakukan dengan  perintah target_prep.mcr ,  dipilih menu option>macro  and  movie>play macro. Luaran  yang  dihasilkan  berupa 1HWK_ receptor.sce .

## Penambatan  Ulang  Ligan  Terhadap HMG-CoA Reduktase
Dibuat folder  ref (ligan  referensi), disisipkan file reseptor 1HWK_ receptor.sce , disimpan ligan atorvastatin berupa file 1HWK_ ligand.yob . penambatan  ulang  dikerjakan  dengan program YASARA- Structure , perintah yang digunakan
redock_1000x.mcr . Dipilih menu options > macro and movie > set  target  >  1HWK_ receptor.sce .  Dipilih menu  options  >  macro  and  movie  >  play macro  > redock_1000x.mcr (Nugraha,
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362
dkk.,  2022).  Luaran  yang  dihasilkan berupa file*.log. berisi  data  energi  bebas ikatan yang diurutkan berdasarkan konformasi paling stabil.

## Perhitungan Nilai RMSD
Perhitungan  nilai  RMSD  dilakukan dengan  perintah  pada  terminal  Ubuntu yaitu:
awk  $’  {Print  $  9}  grep_dimas  > awk_dimas.csv
Angka  9  dapat  diubah  tergantung  letak kolom  RMSD  nya,  hasilnya  berupa  file luaran  1HWK_RMSD.csv.  Pose  hasil penambatan  ulang  1000x  ligan  referensi dibandingkan  dengan  pose  ligan  na

## HASIL PENELITIAN

## Gambar 1.
Kompleks Reseptor ikatan paling stabil hasil simulasi dinamika molekul nomor 87 didalam membran
Validasi  internal  ini  menggunakan hasil dari simulasi dinamika molekul, yaitu sistem  nomor  87  yang  ditunjukkan  oleh Gambar  1.  Tahap  pertama  yang  dilakukan
adalah  menghilangkan  membran  pada
HMG-CoA Reduktase, untuk
mendapatkan  reseptor  pada  ligan  nativ maupun ligan referensi.
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## Gambar 2.
Perbandingan Kompleks Ligan Nativ dengan Kompleks Atorvastatin
A. Sebelum Optimasi B. Sesudah Optimasi
Berdasarkan  Gambar  2.  Validasi internal ini menggunakan ligan nativ yang berasal dari laman RCSB sebagai pembanding,  karena  merupakan  gambaran kompleks  ligan-reseptor  yang  belum dilakukan  optimasi  berupa  minimisasi
energi yang ditunjukkan oleh Gambar 2.A sedangkan  Gambar  2.B  merupakan  hasil simulasi  dinamika  molekul  yang  telah dilakukan  optimasi  sehingga  mendapatkan posisi ikatan paling stabil.

## Gambar 3.
Gridbox Yang Digunakan
Gambar  3  merupakan  gridbox  yang digunakan  sebagai  tempat  dilakukannya penambatan ulang sebanyak 1000x, tujuan dari  pembuatan  gridbox  ini  adalah  agar
pada  saat  dilakukannya  penambatan  ulang ligan  yang  tertambat  tidak  keluar  dari binding site atau sisi aktif dari reseptornya.
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## Gambar 4.
Proses Validasi Dengan Metode Penambatan Ulang
A. Penambatan Ligan Nativ B. Penambatan Atorvastatin
Gambar 4 merupakan proses validasi internal  dengan  metode  penambatan  ulang yang  dilakukan  pada  ligan  nativ  maupun pada Atorvastatin didalam gridbox,
penambatan ulang ini menghasilkan luaran berupa  1000  pose  ikatan  yang  memiliki nilai RMSD yang kemudian dihitung rata- ratanya.

## Grafik 1
Perhitungan Nilai RMSD RMSD Nativ
9.65 9.7 9.75 9.8 9.85 9.9 9.95 10 10.05 10.1 10.15 0 200 400 600
800 1000 1200 R M S D N a ti v Penambatan Ulang RMSD Nativ VS Penambatan Ulang
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## Grafik 2.

## Perhitungan Nilai RMSD Atorvastatin
Analisis hasil validasi internal dengan metode penambatan ulang menghasilkan  luaran  berupa  nilai  RMSD dalam  sistem  kompleks  ligan  nativ
reseptor  dan  atorvastatin-reseptor,  analisis
nilai  RMSD  pada  kompleks  ligan  nativ- reseptor dan atorvastatin-reseptor kemudian digambarkan melalui grafik plot scatter.
Tabel 1. Hasil Nilai RMSD Ligan Nativ dan Referensi Ligan Data Hasil Nilai RMSD Rata-Rata Nativ 100% > 2Å 9,8869 Referensi 100% <2Å 0,3181
Hasil  analisis  menunjukkan  bahwa nilai  RMSD  dari  kompleks  atorvastatin- reseptor  memiliki  nilai  RMSD  <2Å dengan tingkat kepercayaan 100%, dengan rata-rata  0,3181,  sementara  itu  pada kompleks  ligan  nativ-reseptor  memiliki rata-rata 9,8869 dengan tingkat kepercayaan 100%. Hasil data ini
menunjukkan  bahwa  hasil  dari  validasi internal  dengan  menggunakan  metode penambatan ulang sudah reprodusibel
0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0.3 0.35 0.4 0 200 400 600 800 1000 1200 R M S D R e fe re n si Penambatan Ulang

## RMSD Referensi VS Penambatan Ulang
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## PEMBAHASAN

## Preparasi ligan dan reseptor
Validasi internal ini menggunakan hasil dari  simulasi  dinamika  molekul,  yaitu sistem  nomor  87.  Tahap  pertama  yang dilakukan adalah menghilangkan membran pada HMG-CoA Reduktase, untuk mendapatkan  reseptor  pada  ligan  nativ maupun  ligan  referensi  yang  ditunjukkan oleh Gambar 1.
Setelah proses menghilangkan membran tahapan  selanjutnya  adalah  melakukan minimisasi energi pada kompleks ligan dan reseptor  tujuan  dari  minimisasi  energi  ini adalah  untuk  membuat  ligan  dan  reseptor berada  pada  posisi  paling  stabil,  hal  itu dapat ditunjukkan oleh gambar 2.B.
Tahapan  selanjutnya  pemisahan  antara ligan  dengan  reseptor  guna  mengisolasi ligan  dan  reseptor,  caranya  dengan melakukan  split  antara  ligan  terlebih dahulu  ligan  hasil  dari  dinamika  molekul dipreparasi  dengan  cara  memisahkan kompleks  ligan  reseptor  untuk  diambil ligan  dan  reseptor.  Proses  preparasi selanjutnya  yaitu  mengisolasi  ligan  dari reseptor,  tujuan  dari  proses  isolasi  ligan dari  reseptor  adalah  agar  ligan  dapat ditambatkan  ulang  pada  sisi  aktif  reseptor yang sama. Setelah proses pemisahan ligan dari  reseptor  proses  preparasi  berikutnya adalah pembuatan gridbox, yang digunakan  sebagai  wadah  dalam  proses
penambatan ulang. Perintah yang digunakan berupa
target_prep.mcr, nantinya  dihasilkan  sebuah  file  dalam bentuk format reseptor.sce yang
ditunjukkan gambar 3 .
Penggunaan gridbox juga dapat digunakan  sebagai  acuan  dari  penambatan agar  ligan  yang  telah  di  tambatkan sebanyak  1000  kali  tidak  keluar  dari  jarak kantong ikatan yang telah ditentukan.
Berdasarkan  teori  yang  dikemukakan oleh  Marcou  (Marcou  &  Rognan,  2007) gridbox  dibuat  dalam  jarak  5  Å  dari koordinat  terluar  ligan,  karena  merupakan jarak yang sesuai antara ligan dan reseptor untuk berikatan.
Adapun acuan dari tahap menghilangkan  membran  ini  berdasarkan penelitian  yang  dilakukan  oleh  Nugraha (Nugraha  &  Istyastono,  2020)  tujuan  dari menghilangkan  membran  adalah  pada proses penambatan ulang tidak membutuhkan membran, sehingga membran terlebih dahulu dihilangkan.
Sehingga langkah ini dapat diasumsikan bahwa  dalam  penambatan  ulang  yang dibutuhkan dalam percobaan adalah kompleks ligan dan reseptornya saja tanpa menggunakan membran dari hasil simulasi dinamika molekul.
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## Validasi internal HMG-CoA Reduktase
Hasil  dari  proses  dinamika  molekul kemudian divalidasi secara internal dengan melakukan langkah awal seperti penambatan molekul, yaitu dengan preparasi  ligan  dengan  menggunakan
YASARA- Structure menggunakan perintah target_prep.mcr , dilanjutkan dengan  proses  penambatan  ulang  pada ligan.  Tahap  setelah  penyiapan  grid  box adalah  penambatan  ulang  sebanyak  1000 kali dengan menggunakan perintah dock_run1000x.mcr. Penambatan  ulang antara  ligan  nativ  dengan  reseptor  HMG- CoA Reduktase dilakukan dan menghasilkan  1000  pose  dengan  nilai RMSD > 2 Å. Hasil RMSD dari ligan nativ dan ligan referensi menghasilkan nilai rata- rata  yang  berbeda,  dalam  penambatan ulang  yang  dilakukan  pada  ligan  referensi reseptor  HMG-CoA  Reduktase  dengan 1000  kali  penambatan  menghasilkan  pose dengan  nilai  RMSD  <  2  Å.  Proses penambatan ulang sebelumnya perlu dilakukan  proses  orientasi  atau  percobaan sebanyak 5 kali pada setiap snapshoot hasil simulasi  dinamika  molekul  dengan  energi paling  rendah.  Setelah  melakukan  proses orientasi  dan  mendapatkan  hasil  yang sesuai  selanjutnya  dilanjutkan  dengan proses  penambatan  ulang  sebanyak  1000 kali  dengan  perintah dock_run_1000.mcr .
Hasil  dari  penambatan  ulang  dapat  dilihat
melalui  gambar  4.A  dan  4.B,  terjadi perubahan  posisi  yang  signifikan  antara ligan nativ dan ligan Atorvastatin.
Berdasarkan  teori  yang  dikemukakan oleh  Trott  (Trott  &  Olson,  2010),  tujuan dari  melakukan  orientasi  sebanyak  5  kali adalah  untuk  mengetahui  apakah  system yang  diuji  menghasilkan  pose  ligan  yang stabil  dalam  kantung  ikatan  reseptor,  yang ditunjukkan  dengan  nilai  RMSD  yang kurang dari 2 Å.
Hal  ini  juga  sesuai  berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Lawal dkk., (2020)  yang  menjelaskan  bahwa  sebelum dilakukan proses penambatan ulang, terlebih dahulu dilakukan percobaan pendahuluan atau orientasi untuk memastikan  apakah  pose  ligan  stabil dengan  ditunjukkan  oleh  nilai  RMSD kurang dari 2 Å.
Adapun asumsi peneliti bahwa terdapat  hubungan  antara  minimisasi energi dan posisi ligan sehingga mempengaruhi  nilai  RMSD  dari  kedua kompleks  ligan  dan  reseptor  tersebut,  hal ini disebabkan minimisasi energi memebuat  ligan  berada  pasda  konformasi yang paling stabil, faktor paling berpengaruh  adalah  nilai  energi  bebas ikatan  yang  rendah  berkorelasi  dengan stabilitas kompleks ligan-reseptor.
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 172-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## Perhitungan Nilai RMSD
Setelah dilakukan validasi penambatan ulang  pada  ligan  dan  reseptor,  didapatkan data  berupa  kumpulan  nilai  RMSD  dari 1000 kali penambatan ulang yang ditambatkan,  keseluruhan  data  didapatkan rata-rata  nilai  RMSD  ligan  referensi sebesar  0.3181  Å  dan  100  %  seluruh  pose ligan  <  2  Å  (Tabel  1),  dan  juga  nilai RMSD  pada  ligan  nativ  sebesar  9.8869  Å dan 100 % seluruh pose ligan > 2 Å.
Setelah  didapatkan  data  dari  ligan referensi  maupun  ligan  nativ,  nilai  RMSD kemudian diolah secara statistik menggunakan  grafik  scatter  plot  untuk mengetahui  perbedaan  yang  terjadi  antara ligan nativ maupun ligan referensi.
Pada Grafik 1 dan Grafik 2, dari kedua grafik  nilai  RMSD  terdapat  hasil  yang sangat  mencolok  dari  nilai  RMSD  ligan nativ  maupun  ligan  referensi,  pada  ligan Nativ  mendapatkan  nilai  RMSD  sebesar 9,8869  sedangkan  pada  ligan  Referensi mendapatkan  0,3181  hal  itu  terjadi  karena pada  ligan  nativ  reseptor  merupakan  ligan asli  dari  struktur  kristal  kompleks  reseptor Atorvastatin  hasil  foto  X-Ray  dari  laman RCSB yang tidak melalui proses
minimisasi energi terlebih dahulu sehingga menyebabkan  nilai  RMSD  lebih  dari  2  Å.
Sedangkan pada ligan referensi sebelumnya  terlebih  dahulu  dilakukan proses  minimisasi  energi,  sehingga  dalam
proses penambatan ulang dapat menghasilkan  nilai  RMSD  yang  jauh  dari ligan  nativ  dan  masuk  kedalam  rentang standar  kepercayaan  dalam  pengembangan senyawa atorvastatin dimasa mendatang.
Berdasarkan penelitian terdahulu, alasan standar nilai RMSD < 2 Å menurut teori  yang  dikemukakan  oleh  Marcou (Marcou & Rognan, 2007) karena merupakan nilai terendah dan paling stabil dari  ikatan  ligan  dan  reseptor,  hal  itu  juga dikuatkan  berdasarkan  penelitian  yang dilakukan  oleh  Istyastono  (2021)  bahwa nilai  RMSD  dibawah  2  Å  merupakan langkah  pertama  dalam  pengembangan protokol  PVBS  yang  berkualitas,  maka ligan yang menjadi acuan untuk digunakan pada  penelitian  ini  adalah  data  dari  ligan referensi.
Adapun  asumsi  peneliti  dari  hasil perhitungan  nilai  RMSD  diatas  dapat ditarik pendapat bahwa Atorvastatin memiliki  interaksi  yang  valid  dengan reseptor  HMG-CoA  Reduktase,  yang ditunjukkan  dengan  nilai  RMSD  yang  <  2 Å  dan  hasil  dari  penambatan  ulang reprodusibel.

## KESIMPULAN DAN SARAN

## KESIMPULAN
1. Kompleks atorvastatin mampu
berinteraksi  dengan  baik  pada  reseptor
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 171-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362

## 2. HMG-CoA  Reduktase  hasil  simulasi
dinamika  molekul  melalui  penambatan ulang sebanyak 1000x,ditunjukkan dengan  kemampuan  atorvastatin  untuk berikatan dalam sisi aktif dan berinteraksi  dengan  asam  amino  SER
684.
3. Stabilitas kompleks reseptor atorvastatin reseptor HMG-CoA 4. Reduktase  memiliki  stabilitas  yang baik pada reseptor HMG-CoA
Reduktase,  hal  itu  ditunjukkan  dengan nilai RMSD kurang dari 2 Å.

## SARAN
Disarankan  untuk  peneliti  selanjutnya agar  dilakukan  penelitian  lebih  lanjut  dari hasil validasi
Internal dengan menggunakan  metode  penambatan  ulang terhadap  kompleks  reseptor  atorvastatin- reseptor dengan melakukan validasi retrospektif,  untuk  mendapatkan  informasi lebih  lanjut  mengenai  interaksi  ligan  dan reseptor.  Selain  itu,  disarankan  juga  untuk validasi internah, sebelumnya perlu dilakukan  terlebih  dahulu  minimisasi energi  pada  ligan  nativ  agar  tidak  terjadi perbedaan  nilai  RMSD  yang  sangat signifikan
.

## DAFTAR PUSTAKA
Istyastono,  E.,  &  Gani,  M.  (2021). Identification  of  Interactions  of  ABT-341  to  Dipeptidyl Peptidase  IV  during  Molecular  Dynamics  Simulations . Jurnal  Farmasi  Galenika (Galenika Journal of Pharmacy) (e-Journal) , 7 (2), 91–98.
Lawal,  H.  A.,  Uzairu,  A.,  &  Uba,  S.  (2020). QSAR,  molecular  docking,  design,  and pharmacokinetic  analysis  of  2-(4-fluorophenyl)  imidazol-5-ones  as  anti-breast  cancer drug compounds against MCF-7 cell line . Journal of Bioenergetics and Biomembranes , 52 (6), 475–494.
Marcou,  G.,  &  Rognan,  D.  (2007). Optimizing  fragment  and  scaffold  docking  by  use  of molecular  interaction  fingerprints . Journal  of  Chemical  Information  and  Modeling , 47 (1), 195–207.
Nelson, R. H. (2013). Hyperlipidemia as a Risk Factor for Cardiovascular Disease . Primary Care - Clinics in Office Practice , 40 (1), 195–211.
Nugraha,  G.,  &  Istyastono,  E.  P.  (2020). Pembuatan  Protokol  Penapisan  Virtual  Berbasis Stuktur ( pvbs ) untuk Identifikasi Ligan Inhibitor Reseptor Platelet-Activating Factor ( PAF-r ) sebagai Target Terapeutik Asma menggunakan YASARA . 2016 (Tabel 1), 35–42.
Nugraha,  G.,  Pranowo,  H.  D.,  Mudasir,  M.,  &  Istyastono,  E.  P.  (2022). Virtual  Target Construction  for  Discovery  of  Human  Histamine  H4  Receptor  Ligands  Employing  a Structure-Based  Virtual  Screening  Approach . International  Journal  of  Applied Pharmaceutics , 14(4), 213–218.
https://jurnal.stikes-aisyiyah-palembang.ac.id/index.php/Kep/article/view/126 Vol. 14,  No. 2, Desember 2022, Hal. 171-183 e-ISSN 2622-6200 | p-ISSN 2087-8362
Purnamasari, R., Manggau, M. A., & Amran, M. Y. (2018). Hubungan Antara Penggunaan Obat  Atorvastatin  Terhadap  Perbaikan  Klinis  Pasien  Stroke  Iskemik  Di  Rsup  Dr. Wahidin Sudirohusodo . Majalah Farmasi Dan Farmakologi , 22 (1), 8–12.
Rosada, A., Kassner, U., Weidemann, F., König, M., Buchmann, N., Steinhagen-Thiessen, E., & Spira, D. (2020). Hyperlipidemias in elderly patients: Results from the Berlin Aging Study II (BASEII), a cross-sectional study. Lipids in Health and Disease , 19 (1), 1–10.
Sakai, K.,et all. (2018). Myeloid hmg-coa (3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme a) reductase determines  atherosclerosis  by  modulating  migration  of  macrophages. Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology , 38 (11), 2590–2600.
Setiawati,  A.,  Riswanto,  F.  D.  O.,  Yuliani,  S.  H.,  &  Istyastono,  E.  P.  (2014). Retrospective validation of a structure-based virtual screening protocol to identify ligands for estrogen receptor  alpha  and  its  application  to  identify  the  alpha-mangostin  binding  pose . Indonesian Journal of Chemistry , 14 (2), 103–108.
Shitara, Y., & Sugiyama, Y. (2006). Pharmacokinetic and pharmacodynamic alterations of 3- hydroxy-3-methylglutaryl  coenzyme  A  (HMG-CoA)  reductase  inhibitors:  Drug-drug interactions  and  interindividual  differences  in  transporter  and  metabolic  enzyme functions . Pharmacology and Therapeutics , 112 (1), 71–105.
Trott,  O.,  &  Olson,  A.  J.  (2010). AutoDock  Vina:  improving  the  speed  and  accuracy  of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading . Journal of Computational Chemistry , 31 (2), 455–461.
Uchikoga,  N.,  Matsuzaki,  Y.,  Ohue,  M.,  Hirokawa,  T.,  &  Akiyama,  Y.  (2013). Re-Docking Scheme  for  Generating  Near-Native  Protein  Complexes  by  Assembling  Residue Interaction Fingerprints . PLoS ONE , 8 (7).
World Health Organization . (2018). NCDs Country Profiles 2018 WHO . 224.