Jurnal Teknologi Perikanan dan Kelautan Vol. 15 No. 2 Juni 2024: 161-172                                                     ISSN 2087-4871 DOI: https://doi.org/10.24319/jtpk.15.161-172                                                                                                  EISSN 2549-3841

## DETERMINASI STRUKTUR STOK IKAN KEMBUNG LELAKI MENGGUNAKAN METODE PCR-RFLP DI WPP-NRI 711, 572, DAN 573 STOCK STRUCTURE DETERMINATION OF INDIAN MACKEREL
USING PCR-RFLP METHOD IN IFMA 711, 572, AND 573
Dinda Febta Meliyana 1* , Ali Mashar 2 , Zairion 2
1 Program Studi Pengelolaan Sumberdaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Jalan Agatis, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680, Indonesia
2 Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor,
Jalan Agatis, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680, Indonesia
*Korespondensi: dinda_febta@apps.ipb.ac.id

## ABSTRACT
The Indian mackerel ( Rastrelliger kanagurta ) has important economic value for fishers. High exploitation pressure affects the existence of  stocks and balance of  the fish in nature. The effectiveness of  fisheries management needs to be done, namely by studying a stock structure. A study on the stock structure with genetic analysis can show the genetic status of the stock and gene flow in each stock in the population. This information can be used for the basis of  fisheries resource management. The study aims to analyze diversity and genetic structure, as well as stock structure of  Indian mackerel in IFMA 711, 572, and 573 using a molecular approach. DNA isolation and extraction yielded 20 total DNA per site (six locations), and it was amplified by PCR method. There were 109 of  120 samples of  PCR result which continued to the RFLP stage. The results of  the single band cutting process by restriction enzyme (RFLP) were identified using the Popgene32 program. Enzymes that can show polymorphism are Alu I and Hae III. The Indian mackerel stocks from IFMA 711, 572, and 573 are genetically close, indicating that they are a single stock unit. However, genetic distance visualized by dendrogram shows the stock forms two separate clades. It is more effective for statistical purposes to have a separate management unit.
Keywords: COI, genetic, PCR-RFLP, Rastrelliger kanagurta

## ABSTRAK
Ikan kembung lelaki ( Rastrelliger kanagurta ) memiliki nilai ekonomis penting bagi nelayan. Tekanan eksploitasi yang tinggi memengaruhi keberadaan stok dan keseimbangan ikan tersebut di alam. Efektivitas pengelolaan perikanan perlu dilakukan, diantaranya melalui kajian struktur stok. Kajian struktur stok dengan analisis genetik dapat menunjukkan status genetik stok dan aliran gen pada setiap stok dalam suatu populasi. Informasi ini dapat digunakan sebagai dasar pengelolaan sumberdaya perikanan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman dan  struktur genetik, serta struktur stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 menggunakan pendekatan molekuler. Isolasi dan ekstraksi DNA menghasilkan 20 DNA total per-lokasi (enam lokasi), dan diamplifikasi dengan metode PCR. Terdapat 109 dari 120 sampel hasil PCR yang dilanjutkan ke tahap RFLP. Hasil dari proses pemotongan band tunggal oleh enzim restriksi (RFLP) diidentifikasi menggunakan program Popgene32. Enzim yang mampu menunjukkan polimorfisme yaitu Alu I dan Hae III. Stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 memiliki kedekatan secara genetik, sehingga mengindikasikan sebagai unit stok tunggal. Namun, jarak genetik yang visualisasikan dengan dendrogram menunjukkan stok membentuk dua clade yang terpisah. Dalam pengelolaannya lebih baik menjadi unit manajemen terpisah untuk kepentingan statistik.
Kata kunci: COI, genetik, PCR-RFLP, Rastrelliger kanagurta

## PENDAHULUAN
Sumberdaya ikan kembung ( Rastrelliger spp.) merupakan salah satu sumberdaya perikanan yang penting dan bernilai ekonomis di perairan Indonesia (Arrafi et al . 2016). Ikan kembung termasuk ke dalam kelompok ikan pelagis kecil dan merupakan famili Scombridae yang memiliki kemampuan untuk bermigrasi ke daerah yang sesuai dengan kondisi yang dibutuhkan dalam hidupnya (Lubis et al . 2019). Menurut Collette dan Nauen (1983), terdapat tiga jenis kembung yang terdistribusi di Indonesia terdiri atas Rastrelliger kanagurta (ikan kembung lelaki), R. brachysoma (ikan kembung perempuan), dan R. faughni (ikan kembung). Ikan kembung lelaki memiliki pola  distribusi  geografis  yang  sangat  luas meliputi  perairan  Indo  Pasifik  dimulai  dari Afrika Selatan, Seychelles, dan Laut Merah Timur melalui Indonesia dan Australia Utara menuju Melanesia, Samoa, Mikronesia, Cina, dan Kepulauan Ryukyu, selanjutnya masuk ke Timur Laut Mediterania dan melalui Terusan Suez (Indaryanto et al . 2018). Terdapat beberapa wilayah yang menjadi daerah distribusi ikan kembung lelaki, yaitu Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia (WPP-NRI) 711 (meliputi Selat Karimata, Laut Natuna, dan Laut Cina Selatan), WPP-NRI 572 (Barat Sumatera dan Selat Sunda), dan WPP-NRI 573 (Perairan Selatan Jawa). Hasil pengamatan Yanagawa (1997) dalam Suman et al . (2014) diketahui bahwa terdapat 3 kelompok pelagis kecil yang mendominasi hasil tangkapan pukat cincin di perairan Laut Cina Selatan (WPP-NRI 711), antara lain layang ( Decapterus spp.), ikan kembung lelaki ( R. kanagurta ), dan ikan kembung perempuan ( R. branchysoma ). Dari ketiga jenis ikan kembung, ikan yang dominan tertangkap di perairan Selat Sunda (bagian WPP-NRI 572) menurut Sarasati (2017) adalah ikan kembung lelaki ( Rastrelliger kanagurta Bleeker, 1851). Sementara itu, hasil tangkapan ikan kembung di perairan selatan Jawa Timur (WPP-NRI 573) pada tahun 2014 meliputi ikan kembung lelaki ( R. Kanagurta ) sebesar 84.321 ton dan kembung perempuan ( R. brachysoma ) sebesar 269.411 ton (Direktorat Jenderal Perikanan Tangkap 2015). Ikan kembung lelaki sebagai bagian dari kelompok ikan pelagis kecil mendominasi hasil tangkapan di beberapa wilayah tersebut.
Ikan kembung lelaki ( R. kanagurta ) memiliki pola distribusi yang mengikuti
pola pergerakan salinitas masa air yang dipengaruhi oleh angin muson (Indaryanto et al . 2018). Angin muson merupakan faktor yang menentukan dinamika kondisi oseonagrafi  di  perairan  sekitar  Laut  Jawa, pertukaran masa air secara musiman akan menentukan keberadaan ikan dan pola penyebarannya. Pada periode musim timur (Juni-September), masa air yang bersalinitas tinggi dari Laut Flores dan dari Samudera Pasifik melalui Selat Makasar dan masuk ke Laut Jawa selanjutnya keluar melalui Selat Gaspar, Selat Karimata, dan Selat Sunda. Pada musim barat (Desember-Maret) masa air  dari  Samudera  Pasifik  melewati  Laut Cina Selatan mengisi Laut Jawa dari arah barat dan mendorong masa air ke arah timur sesuai arah pergerakan angin dan arus (Wyrtki 1961). Pergerakan ikan kembung lelaki diduga mengikuti pola arus tersebut karena dipengaruhi faktor lingkungan yang mendukung (Indaryanto et al . 2018). Berdasarkan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2022 tentang Estimasi Potensi Sumber Daya Ikan di WPPNRI, diketahui bahwa sumberdaya ikan pelagis kecil di WPP-NRI 711 dan 573 termasuk kategori fully-exploited , sedangkan di
WPP-NRI 572 masuk kategori moderate . Pemanfaatan spesies ikan kembung lelaki yang semakin meningkat akan menyebabkan overfishing yang berpengaruh terhadap keragaman genetik. Spesies ikan kembung lelaki dikelola berdasarkan 11 Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia (PERMEN KP No. 22 tahun 2021). Pada konsep ini spesies ikan yang berada pada suatu WPP dikatakan sebagai satu unit stok (Wujdi et al . 2022). Adanya efektivitas pengelolaan perikanan sangat diperlukan, mengingat ikan kembung memiliki distribusi luas yang cenderung berfluktuasi terhadap ruang dan waktu yang berbeda, sehingga ketidakstabilan dan variabilitasnya tinggi (Retnoningtyas et al . 2023). Kajian struktur stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 merupakan informasi penting dalam pendugaan stok dan perumusan strategi pengelolaan yang tepat. Metode yang paling akurat untuk melihat struktur stok adalah analisis genetik, karena dapat menunjukkan adanya pemisahan stok dalam populasi dengan melihat pertukaran genetik pada populasi berbeda yang akan menentukan status populasi (Akbar dan Labenua 2020).
Salah satu metode yang dapat digunakan untuk menentukan struktur
populasi ikan adalah Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) (Chiang et al . 2008). Penggunaan RFLP didasarkan pada pembuatan atau penghapusan daerah yang dikenali oleh enzim restriksi endonuklease oleh variasi nukleotida dalam daerah polimorfik  yang  menghasilkan  pola  yang berbeda tiap spesies bila divisualisasikan (Sharafi et al . 2012). Penanda genetik yang umum digunakan adalah Cytochrome Oxidase subunit I (COI). Gen COI berfungsi mengungkap identitas spesies, pola filogenik,  dan  keragaman  genetik  spesies akuatik (Setiati et al . 2020). Metode ini telah berhasil digunakan untuk menunjukkan keragaman genetik dalam populasi, seperti perbedaan genetik di antara populasi ikan gurame (Nuryanto et al . 2017) dan  karakteristik molekuler Polymesoda erose dari Segara Anakan (Nuryanto dan Sastranegara 2013).  Metode PCR-RFLP berdasarkan marka gen COI diharapkan dapat menjelaskan determinasi struktur stok ikan kembung lelaki di WPP- NRI 711, 572, dan 573. Hipotesis yang diajukan pada penelitian ini adalah terdapat kedekatan stok antara ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 karena pengaruh pola migrasi. Beranjak dari hipotesis di atas maka penelitian bertujuan untuk menganalisis struktur stok berdasarkan keragaman dan struktur genetik ikan kembung lelaki di WPPNRI 711, 572, dan 573 menggunakan metode PCR-RFLP sebagai dasar pengelolaan sumberdaya perikanan.

## METODE PENELITIAN

## Waktu dan lokasi penelitian
Pengambilan ikan contoh dilakukan pada Juni-September (musim timur) dan Oktober-November (peralihan 2) tahun 2021. Pengambilan contoh dilakukan di beberapa lokasi pendaratan hasil tangkapan, yakni di Pelabuhan Nelayan Pulau Bintan, Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN) Bangka, dan Pelabuhan Nelayan Ketapang (Kalimantan Barat) (WPP-NRI 711); Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Labuan (Kab. Pandeglang) (WPP-NRI 572), Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Cilacap (Kab. Cilacap), dan PPP Muncar (Kab. Banyuwangi) (WPP- NRI 573) (Gambar 1). Analisis molekuler
dilaksanakan mulai bulan Januari 2023 hingga Juli 2023 di Laboratorium Biologi Molekuler Akuatik Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

## Pengambilan data
Seluruh contoh ikan kembung lelaki diisolasi dan ekstraksi koleksi contoh ikan kembung lelaki dengan mengambil jaringan pada bagian bawah sirip dorsal. Prinsip isolasi terdiri dari mekanik, kimiawi, ekstraksi, dan pemurnian. Contoh DNA diisolasi dan diekstraksi menggunakan kit komersial ( Gene Aid ) berdasarkan prosedur manual pabrik dengan beberapa modifikasi. DNA total hasil ekstraksi dilanjutkan dalam  proses  amplifikasi  fragmen  DNA menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan kit komersial Kapa Extra Hot Start dan gen COI. PCR memiliki beberapa tahapan yaitu predenaturasi, denaturasi, annealing , elongasi, pasca elongasi, dan penyimpanan. Produk PCR selanjutnya diuji kualitas DNA- nya dengan metode elektroforesis pada gel agarose 1,2% yang diwarnai dengan redsafe dan larutan buffer Tris-acetate -EDTA (TAE) 1X, kemudian divisualisasi di bawah sinar UV (100 volt). Produk PCR yang memiliki kualitas baik kemudian dilanjutkan pada teknik RFLP. Band tunggal yang didapatkan dari proses PCR mtDNA akan dipotong menggunakan tiga jenis enzim restriksi yaitu Alu I (AGCT), Hpa II (CCGG), dan Hae III (GGCC). Contoh hasil RFLP dielektroforesis pada gel agarose 2%. Kemudian divisualisasi di bawah sinar UV (100 volt) untuk mengetahui keberhasilan pemotongan pita DNA.

## Analisis data
Hasil visualisasi produk RFLP yang dielektroforesis menunjukkan pola pemotongan band DNA tunggal dari proses pemotongan enzim restriksi. Pola pemotongan  tersebut  diidentifikasi  dengan huruf A, B, dan C. Perhitungan statistik terkait penentuan struktur stok ikan kembung lelaki untuk mendapatkan nilai frekuensi alel, heterozigositas, F-statistik dan aliran gen, serta jarak genetik dilakukan dengan aplikasi popgene32 (Yeh et al . 2000). Nilai heterozigositas berkisar antara 0 sampai dengan 1 (Nei 1987).
Gambar 1. Peta lokasi penelitian dan titik pengambilan contoh
Nilai heterozigositas sama dengan 0
(nol) atau mendekati 0 (nol) menunjukkan stok yang diukur memiliki hubungan genetik yang dekat, sedangkan jika nilai 1 (satu) atau mendekati 1 (satu) berarti stok yang diuji tidak memiliki hubungan genetik yang dekat atau sama sekali tidak memiliki hubungan genetik. Nilai F-statistik juga berkisar antara 0 sampai dengan 1 dengan asumsi nilai dengan rentang 0-0,05 suatu populasi memiliki perbedaan genetik rendah, rentang 0,05-0,15 memliki perbedaan genetik sedang, rentang 0,15- 0,25 memiliki perbedaan genetik tinggi, dan >0,25 perbedaan genetiknya sangat tinggi (Balloux dan Lugon-Moulin 2002). Untuk estimasi aliran gen (Nm) menurut (Slatkin 1981), nilai Nm>1 adanya aliran gen yang tinggi, sedangkan nilai Nm<1 menunjukkan aliran gen rendah.
Data tersebut selanjutnya digunakan untuk menentukan struktur stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573. Metode yang digunakan adalah clustering menggunakan metode UPGMA ( Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean ) yang menghasilkan dendrogram yaitu pohon yang menggambarkan semua kelompok hasil proses clustering dan menggabungkan kelompok-kelompok yang memiliki tingkat kemiripan yang tinggi. Visualisasi dendrogram digunakan untuk analisis struktur stok yang menunjukkan pemisahan karakter stok ikan kembung lelaki dari setiap wilayah (Hudson et al . 1992).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Amplifikasi  mtDNA  gen cytochrome oxidase subunit I (COI) Amplifikasi mtDNA dengan menggunakan gen COI menghasilkan fragmen DNA tunggal berukuran ±650 bp (Gambar 2) yang ditunjukkan pita DNA terang dan jelas, namun tidak semua contoh menunjukkan ketebalan pita yang sama. Tidak semua contoh ikan kembung lelaki ( R. kanagurta ) dari enam lokasi pengambilan contoh berhasil teramplifikasi, hanya terdapat 109 contoh  yang  berhasil  teramplifikasi  dari 120 contoh. Contoh dari lokasi Pelabuhan Nelayan Ketapang (Kalimantan Barat) hanya  mampu  teramplifikasi  sebanyak  9 contoh (Gambar 3). Perbedaan DNA dari proses ekstraksi yang digunakan untuk PCR akan memengaruhi perbedaan gen target yang berhasil diamplifikasi (Pertiwi et al . 2015). Suhu annealing yang digunakan yaitu 54°C, suhu tersebut cocok dalam proses penempelan primer. Produk PCR yang  berhasil  diamplifikasi  kemudian akan dilanjutkan pada tahap RFLP untuk dilakukan pemotongan dengan enzim restriksi.

## Pola pemotongan enzim restriksi pada ikan kembung lelaki
Pola pemotongan band DNA tunggal oleh setiap enzim restriksi mendapatkan pola pemotongan yang berbeda (Gambar
4). Enzim Alu I menghasilkan dua tipe pemotongan yang diberi nama alel A (330 bp dan 390 bp) dan alel B (150 bp, 190 bp, dan 380 bp), sedangkan enzim Hpa II hanya menghasilkan satu tipe pemotongan yaitu alel A (100 bp dan 600 bp) (Gambar 4). Sementara itu, enzim Hae III memotong alel menjadi tiga tipe yakni alel A (240 bp, 213 bp, dan 186 bp), alel B (240 bp, 213 bp, dan 150 bp), dan alel C (213 bp, 186 bp, 178 bp, dan 100 bp) (Gambar 5).
Hasil RFLP menunjukkan semua enzim dapat memotong gen COI dan didapatkan alel-alel pada setiap individu. Enzim yang dapat menunjukkan adanya polimorfisme  adalah  enzim Alu I dan enzim Hae III karena dapat memotong fragmen DNA tunggal lokus COI secara variatif pada ikan kembung lelaki. Poliformisme dalam genom organisme dilihat menggunakan enzim pemotong/restriksi ( restriction enzymes ). Menurut Aryani et al . (2009), enzim  restriksi  memiliki  sifat  yang  spesifik dengan memotong situs tertentu yang dikenali. Enzim bakterial ini akan berikatan dengan daerah spesifik pada DNA, kemudian memotong rantai pada kedua untai. Oleh
karena itu, setiap spesies memiliki pola daerah pemotongan yang berbeda (Clark dan Pazdernik 2011).
Polimorfisme  ini  digunakan  untuk menghitung keragaman genetik dan melihat struktur stok pada ikan kembung lelaki di ke-enam lokasi. Pola pemotongan yang dihasilkan oleh enzim Hpa II tidak menunjukkan adanya polimorfisme, karena hanya satu tipe pemotongan, oleh karena itu, enzim Hpa II belum dapat menunjukkan keragaman genetik dalam stok.

## Keragaman dan struktur genetik

## Frekuensi alel
Frekuensi alel yang ditunjukkan oleh enzim Alu I dan Hae III menghasilkan pemotongan fragmen DNA pada ikan kembung lelaki dengan lebih variatif dibandingkan dengan enzim Hpa II (Tabel 1). Nilai frekuensi alel pada enzim Alu I dan Hae III dapat dikatakan tinggi yang menunjukkan bahwa populasi yang diamati sangat beragam dan mengalami poliformik dengan alelnya kurang dari 99%.
Gambar 2.  Hasil  amplifikasi  mtDNA  ikan  kembung  lelaki  populasi  Bintan  (1-20)  dengan marker 100 bp
Gambar 3.  Hasil  amplifikasi  mtDNA  ikan  kembung  lelaki  populasi  Ketapang  Kalimantan Barat (2-21) dan kontrol (1) dengan marker 100 bp

## Gambar 4. Pemotongan fragmen DNA oleh enzim restriksi. 1-3 adalah pemotongan oleh enzim
Alu I; 4-6 adalah pemotongan oleh enzim Hpa II
Gambar 5. Pemotongan fragmen DNA oleh enzim Hae III pada contoh R. kanagurta Cilacap. 1 adalah contoh alel B; 2-5 adalah contoh alel A; 6 adalah contoh alel C
Tabel 1. Frekuensi alel stok ikan kembung lelaki masing–masing enzim
Frek. Alel Alu I Hpa II Hae III A 0,5780 1,000 0,9266 B 0,4220 0,0459 C 0,0275

## Heterozigositas
Heterozigositas menyatakan suatu tingkat keragaman genetik pada stok. Nilai ini dapat dipengaruhi oleh mutasi, jumlah, pola perkawinan, migrasi dan seleksi. Nilai heterozigositas masing–masing enzim dihitung berdasarkan (Levene 1949) menggunakan aplikasi Popgene32 dengan hasil ditunjukkan pada Tabel 2. Enzim Alu I dan Hae III mampu menunjukkan heterozigositas yang terjadi pada lokus COI ikan kembung lelaki. Stok ikan kembung lelaki dari ke-enam lokasi memiliki tingkat variasi  genetik dengan nilai rata-rata heterozigositas sebesar 17,73% yang ditunjukkan oleh enzim Alu I dan Hae III. Dari data yang diperoleh, nilai
tersebut masuk kategori rendah karena memiliki nilai mendekati nol (0) yang mengindikasikan hubungan kekerabatan dekat. Tabel 2 menunjukkan nilai heterozigositas harapan lebih besar daripada heterozigositas pengamatan. Hal tersebut menunjukkan, data stok ikan kembung lelaki menyimpang dari keseimbangan Hardy–Weinberg (HWE). Keseimbangan HWE menunjukkan adanya frekuensi genotipe yang tetap dari setiap generasi karena adanya perkawinan acak yang tidak disertai dengan pengaruh lain yaitu seleksi, mutasi, migrasi, dan random drift . Namun, untuk ikan yang memiliki pola distribusi yang luas seperti ikan kembung lelaki tidak akan terjadi keseimbangan HWE, karena
pengaruh lain akan secara alamiah terjadi di alam (Tambasco et al . 2003).
F-statistik dan aliran gen
F-statistik (F st ) dapat menyatakan struktur genetik pada stok dan tingkat perbedaan genetik antar stok. Selain itu, juga dapat menjelaskan sejauh mana stok diisolasi secara reproduktif (Beaumont et al . 2010). Nilai rata-rata F st ikan kembung lelaki dari enam lokasi yaitu sebesar 0,1430 (Tabel 3). Presentase variasi genetik yang terdistribusi di antara seluruh substok 14,3%. Nilai F st yang didapatkan menandakan perbedaan genetik yang sedang antar stok ikan kembung lelaki yang diuji. Hal tersebut, karena nilai F st berada pada rentang 0,05-0,15 (Balloux dan Lugon- Moulin 2002).
Aliran gen (Nm) yang diestimasikan berdasarkan (Slatkin dan Barton 1989) pada aplikasi popgene 32 mendapatkan nilai rata-rata sebesar 1,1242. Aliran gen digunakan untuk mengetahui besaran tingkat gen yang sama pada masing-masing stok dan menggambarkan fraksi migran di setiap sub-populasi yang menggambarkan unit stok. Berdasarkan nilai estimasi aliran gen, menunjukkan stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 memiliki perpindahan gen yang besar antar stoknya karena memiliki nilai Nm>1.

## Jarak genetik
Nilai jarak genetik dapat menunjukkan hubungan kekerabatan antar organisme. Menurut Çiftci dan Okumu (2002), dalam suatu stok dapat terjadi pertukaran (gen) karena adanya kedekatan
Tabel 2.  Nilai heterozigositas pada masing–masing enzim restriksi berdasarkan pada (Levene
1949) Enzim Restriksi Heterozigot pengamatan Heterozigot harapan Nilai rata-rata heterozigositas Alu I 0,0000 0,4901 0,4126 Hpa II 0,0000 0,0000 0,0000 Hae III 0,0000 0,1392 0,1192 Rata-rata 0,0000 0,2098 0,1773 Tabel 3. F-statistik stok ikan kembung lelaki berdasarkan kepada Nei (1987) Lokus AluI HpaII HaeIII Rata-rata F st 0,1430 0,0000 0,0582 0,1242 Nm 1,4984 *** 4,0472 1,7624
geografis.  Hasil  perhitungan  jarak  genetik pada Tabel 4 dapat diketahui stok ikan kembung dari stok Bintan, Bangka Belitung, dan Ketapang memiliki hubungan kekerabatan yang dekat yaitu berkisar antara 0 hingga 0,01. Disimpulkan bahwa ikan kembung lelaki dari ketiga lokasi tersebut identik karena tempat pengambilan contoh memiliki kedekatan secara geografis di WPP-NRI 711. Sementara itu, stok ikan kembung lelaki dari Cilacap, Banyuwangi, dan Labuan juga memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dan dikatakan identik, karena memiliki nilai jarak genetik berkisar 0,0009 hingga 0,0071.
Ketiga wilayah tersebut terletak di perairan selatan Pulau Jawa, yang memungkinkan adanya pertukaran genetik yang menyebabkan jarak genetik yang dekat. Seperti penelitian Iranawati et al . (2016) pada ikan pelagis yaitu mengenai penetapan stok tuna sirip kuning ( Thunnus albacares ) berdasarkan variasi genetik di Laut Jawa Selatan, menunjukkan stok yang berasal dari Jakarta, Cilacap, dan Bali memiliki jarak genetik yang rendah atau menunjukkan kekerabatan yang dekat. Hal tersebut dapat terjadi karena adanya aliran gen  yang  disebabkan  jarak  geografis  yang dekat. Selain itu, variabilitas lingkungan seperti distribusi suhu permukaan laut dan  klorofil-a  sangat  memengaruhi  pola distribusi ikan pelagis di perairan selatan Pulau Jawa. Stok ikan kembung lelaki yang diambil dari WPP-NRI 711 menunjukkan jarak genetik yang jauh dengan stok yang diambil dari perairan selatan Pulau Jawa (WPP-NRI 572 dan 573). Jarak genetik yang jauh dapat disebabkan adanya halangan secara geografis.
Tabel 4. Jarak genetik stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573
Populasi Bintan Bangka Belitung Ketapang Cilacap Banyuwangi Labuan Bintan *** Bangka Belitung 0,0123 *** Ketapang 0,0072 0,0018 *** Cilacap 0,0401 0,0873 0,0642 *** Banyuwangi 0,0330 0,0618 0,0421 0,0071 *** Labuan 0,0406 0,0830 0,0601 0,0009 0,0035 ***

## Struktur stok
Struktur stok diketahui dengan pengelompokan masing-masing stok yang didasarkan oleh jarak genetik yang dimiliki. Berdasarkan hasil tersebut, dapat diketahui pemisahan karakter stok ikan kembung lelaki dari setiap wilayah (Hudson et al . 1992). Struktur stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 membentuk dua clade (Gambar 6). Clade pertama yaitu Bintan, Bangka Belitung, dan Ketapang (WPP-NRI 711), serta clade kedua adalah Cilacap, Banyuwangi, dan Labuan (WPP-NRI 572 dan 573). Dalam suatu stok dapat terjadi pertukaran (gen) karena adanya kedekatan geografis  (Çiftci  dan  Okumu  2002).  Secara geografis,  lokasi  pengambilan  sampel  dari Bintan, Bangka Belitung, dan Ketapang memiliki jarak yang dekat karena berada di WPP-NRI 711, sehingga membentuk satu clade . Sementara itu, populasi dari Cilacap, Banyuwangi, dan Labuan juga memiliki jarak yang dekat karena berada di perairan selatan Pulau Jawa (masuk ke dalam WPP- NRI  572  dan  573).  Secara  geografis  lokasi pengambilan contoh terletak di WPP-NRI 711 memiliki jarak yang  jauh dengan WPP- NRI 572 dan 573.
Ikan kembung lelaki memiliki pola distribusi yang mengikuti pola pergerakan salinitas masa air yang dipengaruhi oleh angin muson (Indaryanto et al . 2018). Lokasi pengambilan contoh di Labuan (WPP-NRI 572), Cilacap dan Banyuwangi (WPP-NRI 573) berada di perairan selatan Pulau Jawa. Perairan ini dipengaruhi oleh Arus Kharulistiwa Selatan (AKS) dan Arus Pulau Jawa (APJ) dalam pola migrasi ikan kembung lelaki dibandingkan arus munson (Rizal et al . 2009). Pada bulan Juli-Oktober, pola musiman upwelling di sepanjang Pantai Selatan Jawa-Bali bergerak dari timur ke barat (Kunarso et al . 2011). Adanya upwelling membuat massa air dingin bergerak ke permukaan, dengan
Sea Surface Temperature (SST) yang rendah dan  konsentrasi  klorofil-a  yang  tinggi.  Air yang kaya nutrisi akan naik ke permukaan sehingga mendukung kelimpahan fitoplankton dan zooplankton (Sartimbul et al . 2010). Suhu yang rendah dan konsetrasi klorofil-a  meningkat  akan  membuat R. kanagurta melimpah (Nurdin et al . 2015). Arus ini sangat penting dalam penyebaran larva ikan kembung lelaki, sehingga memungkinkan stok Labuan, Cilacap, dan Banyuwangi memiliki kesamaan genetik yang dekat.
WPP-NRI 711 berbatasan langsung dengan Laut Jawa yang banyak dipengaruhi oleh arus munson. Contoh yang diambil dari Perairan Bintan, Bangka Belitung, dan Ketapang memiliki jarak genetik yang dekat. Pola migrasi ikan berpengaruh terhadap pertukaran gen antar stok. Menurut hipotesis Hardenberg (1937) dalam Indaryanto et al . (2018), pola migrasi populasi Rastrelliger di sekitar perairan Laut Jawa mengikuti pola yang sama dengan populasi ikan layang ( Decapterus spp.), biasanya satu atau dua minggu kemudian yang dipengaruhi oleh angin munson. Hal tersebut dikarenakan ikan kembung lelaki memiliki keadaan variabilitas lingkungan yang relatif sama dengan ikan layang. Daerah yang disukai ikan kembung lelaki adalah daerah yang bersalinitas tinggi dengan karakteristik daerah penangkapan berada di perairan lepas pantai yang merupakan perairan terbuka dengan kadar garam 33- 35‰, dengan arus yang tidak begitu kuat (Soemarto 1985).
Contoh ikan kembung di WPP-NRI 711 diambil pada musim timur. Menurut Simbolon (2011), pada musim timur (Juni- September) massa air yang memiliki salinitas tinggi mengalir dari Laut Flores dan dari Samudera  Pasifik  melewati  Selat  Gaspar, Selat Karimata, dan Selat Sunda. Ikan kembung dari Laut Flores dan Samudera Pasifik  akan  bermigrasi  mengikuti  arus  ke arah barat hingga sampai di Perairan Laut Jawa. Adanya pola migrasi yang mengikuti salinitas, membuat stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711 bisa bertemu.
Pola  distribusi  geografis  yang sangat luas pada ikan kembung lelaki akan memberikan peluang antar stok bertemu dan terjadinya perkawinan silang yang menyebabkan pencampuran dan aliran gen antar stok tinggi (Jatmiko et al . 2018). Berdasarkan heterozigositas yang rendah, nilai F-statistik tergolong kategori perbedaan genetik yang sedang, dan nilai aliran gen yang besar, menunjukkan stok ikan kembung lelaki dari WPP-NRI 711, 572, dan 573 memiliki kedekatan secara genetik. Nilai keragaman dan struktur genetik yang didapat menunjukkan stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 dikelompokkan sebagai satu stok. Namun, dilihat dari jarak genetiknya stok ini membentuk dua clade atau dua bagian.
Hal tersebut mengindikasikan adanya pemisahan karakter stok ikan kembung lelaki di antara stok WPP-NRI 711 dengan WPP-NRI 572 dan 573.
Dalam pengelolaannya lebih baik dilakukan dalam unit manajemen terpisah. Karena beberapa wilayah tersebut berada pada wilayah administrasi pemerintahan yang berbeda, sehingga pengelolaan perikanan sesuai kebijakan masing- masing daerah. Pendugaan struktur stok ikan kembung dapat diungkap dari hasil variasi genetik. Pendekatan menggunakan analisis variasi genetik ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 dapat diimplementasikan sebagai dasar acuan dalam mengelola perikanan. Menurut Carvalho dan Hauser (1994), informasi genetik mengenai unit manajemen akan berguna pada pengambilan keputusan manjemen perikanan.

## KESIMPULAN DAN SARAN

## Kesimpulan
Stok ikan kembung lelaki yang berasal dari WPP-NRI 711, 572, dan 573 dapat dikelompokkan sebagai satu stok. Namun, berdasarkan nilai jarak genetik terdapat pemisahan karakter stok di antara stok ikan kembung lelaki dari WPP-NRI 711 dengan WPP-NRI 572 dan 573. Dalam pengelolaannya lebih baik dikelola dalam unit stok terpisah untuk kepentingan statistik.

## Saran
Perlu penelitian lanjutan untuk menguatkan pola migrasi ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, 572, dan 573 yang dipengaruhi oleh angin munson secara genetik. Untuk melengkapi penelitian ini, diperlukan contoh ikan kembung lelaki yang diambil pada musim barat, ditambah lokasi pengambilan contoh di Barat Sumatera, dan menggunakan marka gen lainnya seperti Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified  Fragment  Length  Polimorphisms (AFLPs), microsatellite , dan lain-lain.

## DAFTAR PUSTAKA
Akbar N, Labenua R. 2020. Struktur Genetik Populasi Ikan Cakalang, Katsuwonus pelamis (Linneaus, 1758) di Perairan Laut Maluku Utara, Indonesia. Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis . 12(2): 407-419. Arrafi M, Azmi Ambak M, Piah Rumeaida M,
Muchlisin Z. 2016. Biology of Indian Mackerel, Rastrelliger kanagurta (Cuvier, 1817) in the Western Waters of Aceh. Iranian Journal of Fisheries
Science . 15(3): 957-972. Aryani NLT, Suratmi S, Saifuddin. 2009. Teknik Restriction Fragment Length Polimorphism (RFLP) pada Ikan
Napoleon ( Cheilinus undulatus ).
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur .
8(2): 181-184.
Balloux F, Lugon-Moulin N. 2002.
The Estimation of Population Differentiation with Microsatellite
Markers. Molecular Ecology . 11(2): 155-165.
Beaumont A, Boudry P, Hoare K. 2010. Biotechnology and Genetics in Fisheries and Aquaculture . Ames
(US): Blackwell Publishing. Carvalho GR, Hauser L. 1994. Molecular
Genetics and The Stock Concept in Fisheries. Reviews in Fish Biology and Fisheries . 4(3): 326-350. Chiang HC, Hsu CC, Wu GCC, Chang SK, Yang HY. 2008. Population Structure of Bigeye Tuna ( Thunnus obesus ) in the Indian Ocean Inferred from Mitochondrial DNA. Fisheries
Research . 90(1–3): 305-312. Çiftci Y, Okumu B. 2002. Fish Population Genetics and Applications of Molecular Markers to Fisheries and Aquaculture: I-Basic Principles of Fish Population Genetics. Turkish
Journal of Fisheries and Aquatic Sciences . 2: 145-155. Clark DP, Pazdernik NJ. 2011. Biotechnology:
Academic Cell . Massachusetts (US): Academic Cell.
Collette BB, Nauen CE. 1983. An Annotated and Illustrated Catalogue of Tunas, Mackerels, Bonitos, and Related
Species Known to Date . Rome (IT): Food and Agriculture Organization of the United Nations.
Direktorat Jenderal Perikanan Tangkap.
2015. Statistik Perikanan Tangkap di Laut Menurut Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia (WPP-RI), 2005-2015. Jakarta. Hardenberg JDF. 1937. Preliminary Report on A Migration of Fish in the Java
Sea. Treubia . 16(2): 293-300.
Hudson RR, Slatkin M, Maddison WP. 1992. Estimation of Levels of Gene Flow from DNA Sequence Data. Genetics .
132(2): 583-589.
Indaryanto FR, Tiuria R, Wardiatno Y, Zairion.
2018. Ikan Kembung ( Scombridae:
Rastrelliger sp.) Genetik, Biologi,
Reproduksi, Habitat, Penyebaran, Pertumbuhan, dan Penyakit . Bogor
(ID): IPB Press.
Iranawati F, Nazifah L, Harlyan LI, Sari SHJ, Arfiati D. 2016. Determination on Yellow Fin Tuna Stock ( Thunnus albacares ) in South Java Sea Based on Genetic Variation by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) Method. Research Journal of Life Science . 3(1): 6-15. Jatmiko I, Rochman F, Agustina M. 2018.
Variasi Genetik Madidihang ( Thunnus albacares ; Bonnaterre,
1788) dengan Analisis Mikrosatelit di
Perairan Indonesia. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia . 24(3): 157-164.
Kunarso, Hadi S, Ningsih NS, Baskoro
MS. 2011. Variabilitas Suhu dan
Kklorofil-a di Daerah Upwelling pada Variasi Kejadian ENSO dan IOD di Perairan Selatan Jawa Sampai Timor. ILMU KELAUTAN: Indonesian Journal of Marine Sciences . 16(3):
171-180.
Levene H. 1949. On a Matching Problem Arising in Genetics. The Annals of Mathematical Statistics . 20(1): 91- 94. Lubis ZA, Yonvitner, Fahrudin A. 2019. Indikator Stok Ikan Kembung ( Rastrelliger kanagurta Cuvier, 1816) dan Suhu Perairan Selat Sunda.
Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis .
3(1): 38-43. Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia. 2022. Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2022 tentang Estimasi Potensi Sumber
Daya Ikan, Jumlah Tangkapan Ikan yang Diperbolehkan, dan Tingkat Pemanfaatan Sumber Daya Ikan di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia. Jakarta.
Nei M. 1972. Genetic Distance between
Populations. The American Naturalist . 106(949): 283-292.
Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics . New York (US): Colombia University Press.
Nurdin S, Mustapha MA, Lihan T, Ghaffar MA. 2015. Determination of Potential Fishing Grounds of Rastrelliger kanagurta Using Satellite Remote Sensing and GIS Technique. Sains
Malaysiana . 44(2): 225-232.
Nuryanto A, Qonita NH, Pramono H,
Kusbiyanto, Soedibja PHT. 2017.
Genetic Variation in Cytochrome B-Hinf1 and -Alu1 Gene Correlated to Body Size in Soang Gourami ( Osphronemus goramy ) from Single Spawning. Biosaintifika . 9(2): 185- 192.
Nuryanto A, Sastranegara MH. 2013.
Molecular Characterization of
Polymesoda erosa (Solander, 1786) Inhabit Two Different Habitats.
Bionatura-Jurnal Ilmu-ilmu Hayati dan Fisik . 15(3): 184-189.
[PERMEN KP] Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 22 Tahun 2021 tentang Penyusunan Rencana Pengelolaan Perikanan dan Lembaga Pengelola
Perikanan di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik
Indonesia. Jakarta.
Pertiwi NPD, Mahardika IGNK, Watiniasih
NL.  2015.  Optimasi  Amplifikasi
DNA Menggunakan Metode PCR ( Polymerase Chain Reaction ) pada Ikan Karang Anggota Famili Pseudochromidae (Dottyback) untuk  Identifikasi  Spesies  Secara Molekular. Jurnal Biologi Udayana . 19(2): 1-5.
Retnoningtyas H, Yulianto I, Wiryawan B,
Kleinertz S, Palm HW. 2023. Stock Discrimination of Mackerel Scad
Decapterus macarellus (Cuvier,
1833) in the Eastern Indonesia Based on Metazoan Fish Parasite Composition. Regional Studies in Marine Science . 61: 102840.
Rizal S, Setiawan I, Muhammad, Iskandar T, Wahid MA. 2009. Simulasi Pola Arus Baroklinik di Perairan Indonesia Timur dengan Model Numerik Tiga-
Dimensi.
Jurnal Matematika dan Sains . 14(4): 113-119. Sarasati W. 2017. Dinamika Populasi dan Biologi Reproduksi Multispesies Ikan Kembung ( Rastrelliger faughni , R. kanagurta , R. brachysoma ) di Perairan Selat Sunda [Tesis]. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
Sartimbul A, Nakata H, Rohadi E, Yusuf B,
Kadarisman HP. 2010. Variations in Chlorophyll-a Concentration and
The Impact on Sardinella lemuru
Catches in Bali Strait, Indonesia. Progress in Oceanography . 87(1-4):
168-174.
Setiati N, Partaya, Hidayah N. 2020. The Use of Two Pairs Primer for CO1 Gene
Amplification on Traded Stingray at
Fish Auction Tasik Agung Rembang. 6th International Conference on Mathematics, Science, and Education (ICMSE 2019), 9-10 October 2019, Semarang, Indonesia . Journal of Physics: Conference Series Sharafi H, Pouryasin A, Alavian SM, Behnava B, Keshvari M, Mehrnoush L, Salimi S, Kheradvar O. 2012. Development and Validation of a Simple, Rapid and Inexpensive PCR-RFLP Method for Genotyping of Common IL28B Polymorphisms: A Useful Pharmacogenetic Tool for Prediction of Hepatitis C Treatment Response. Hepat Mon . 12(3): 190-195. Simbolon D. 2011. Bioekologi dan Dinamika Daerah Penangkapan Ikan . Bogor (ID): Departemen Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, IPB. Slatkin M. 1981. Estimating Levels of Gene Flow in Natural Populations. Genetics . 99(2): 323-335.
Slatkin M, Barton NH. 1989. A Comparison of Three Indirect Methods for Estimating Average Levels of Gene Flow. Evolution: International Journal of Organic Evolution . 43(7): 1349- 1368. Soemarto. 1985. Daerah Penangkapan
Ikan . Jakarta (ID): Akademi Usaha
Perikanan. Suman A, Wudianto, Sumiono B, Irianto HE, Badrudin, Amri K. 2014. Potensi dan Tingkat Pemanfaatan Sumberdaya Ikan di Wilayah Pengelolaan Perikanan Republik Indonesia (WPP RI) . Jakarta (ID): Ref Graphika. Tambasco DD, Paz CCP, Tambasco-Studart
M, Pereira AP, Alencar MM, Freitas AR, Coutinho LL, Packer IU, Regitano LCA. 2003. Candidate Genes for Growth Traits in Beef Cattle Crosses Bos Taurus × Bos Indicus . Journal of Animal Breeding and Genetics . 120(1): 51-56.
Wujdi A, Kim HJ, Oh CW. 2022. Population Structure of Indian Mackerel
( Rastrelliger kanagurta ) in Java and Bali Island, Indonesia Inferred from Otolith Shape. Sains Malaysiana . 51(1): 39-50. Wyrtki K. 1961. Scientific Results of Marine Investigations of the South China Sea and the Gulf of Thailand, 1959-1961,
Naga  Report  Vol  2 . La Jolla (US):
University of California, Scripps Institution of Oceanography.
Yeh F, Yang RC, Boyle TBJ, Ye Z, Xiyan JM,
Yang R, Boyle TJ. 2000. PopGene32,
Microsoft Windows-Based Freeware for Population Genetic Analysis (Version 1.32) . Canada (CA): Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta Edmonton.