Keragaman Morfometrik dan Gen cytochrome b DNA Mitokondria Ompok hypopthalmus di DAS Batang Hari.
Morphometric Diversity and cytochrome genes b Mitochondrial DNA Ompok hypopthalmus in the Batang Hari Watershed.
Abdul Rahman SINGKAM 1 , Dedy Duryadi SOLIHIN 2 , Ridwan AFFANDI 3
1. JPMIPA FKIP Universitas Bengkulu , arsingkam@unib.ac.id
2. Departemen Biologi, FMIPA, IPB
3. Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, IPB
Abstract, This research aims to analyse the variation on morphometric and cytochrome b ( cyt b ) DNA mitocondria gene of Ompok hypopthalmus in Batang Hari river.  C yt b DNA mitocondria gene was amplified by polymerase chain reaction and targeted1104bp nucleotids. The results show there is no significant differentiation on morphometric structure of the samples. This result is consistent for both of morphometric   (p=0.96)   and   index   (p=0.99).   Amplification   of cyt   b DNA   mitocondria   gene generates927 bp nucleotids with cytosin as the majour component and guanin as the lowest. Only one nucleotide(0.11%)   is   vary   among   all   the   sequences   i.e.883 th of   the   partial cyt   b gene.   The   883 th nucleotidein O.   hypopthalmus Simpang   and   Sungai   Bengkal   is   guanin,   while   inMandiangin   dan Pelayangan is adenin. This subtitution occured on the first codon and changed the 295 th putative amino acid of cyt b gene. The putative amino acid in O. hypopthalmus Simpang-Sungai Bengkal is alanina ( G CC), while inMandiangin-Pelayangan is treonina ( A CC).
Keywords: keragaman, morfometrik, cytochrome b DNA mitokondria, Ompok hypopthalmus, DAS Batang Hari
Abstrak, Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis keragaman morfometrik dan gen cytochrome b ( cyt b ) DNA mitokondria Ompok hypopthalmus di DAS Batang Hari.  Data struktur morfometrik diukur untuk 12 karakter. Amplifikasi gen cyt b DNA mitokondria dilakukan secara polymerase chain reaction (PCR) menggunakan primer  cbkr 1: 5’-CCCGAAAAACTCACCCCTTA-3’ dan cbkr 2: 5’- ATAGCCCGGTTAGAGGGTTT-3’,dan   hasil   amplifikasi   dirunut   dengan   target   1104bp   nukleotida. Hasil analisis menunjukkan bahwa struktur morfometrik O. hypopthalmus di DAS Batang Hari tidak berbeda nyata antar lokasi pengambilan sampel. Hasil ini konsisten baik untuk karakter morfometrik (p=0.96) maupun indeks (nisbah) struktur morfometrik (p=0.99). Analisis gen cyt b DNA mitokondria menghasilkan   runutan   sepanjang   927   bp   dengan   komposisi   terbesar   berupa   sitosin,dan   komposisi terkecil adalah guanin. Hanya terdapat satu nukleotida (0.11%) yang berbeda pada seluruh runutan O. hypopthalmus DAS Batang Hari yaitu nukleotida ke-976 dari gen cyt b utuh. Nukleotida pada O. hypopthalmus dari Simpang dan Sungai Bengkal adalah guanin, sedangkan pada O. hypopthalmus dari Mandiangin dan Pelayangan adalah adenin. Substitusi nukleotida ini terletak pada kodon pertama dan mengakibatkan   terjadinya   perbedaan   asam   amino   putative   ke-309.   Asam   amino   ke-309   pada O. hypopthalmus Simpang-Sungai   Bengkal   adalah   alanina( G CC),   sedangkan   pada O.   hypopthalmus Mandiangin-Pelayangan adalah treonina( A CC).
Kata kunci : keragaman, morfometrik, cytochrome b DNA mitokondria, Ompok hypopthalmus, DAS Batang Hari

## PENDAHULUAN
Ompok   hypopthalmus (Siluridae)   merupakan spesies ikan air tawar yang dideskripsi pertama kali oleh Bleeker pada tahun 1946 dengan nama Silurus hypopthalmus . Pada tahun 1993 spesies ini   dikelompokkan   oleh   Kottelat et   al. (1993) dalam   genus Ompok dengan   nama Ompok hypopthalmus . O. hypopthalmus dibedakan dari spesies   lain   dalam   genus Ompok dengan   ciri sungut yang jelas pada kedua rahang, panjang sungut rahang atas dapat mencapai ¾ sirip anal, dan   ujung   sungut   pada   rahang   bawah   dapat mencapai awal sirip dada (Kottelat et al. 1993). Jenis inidikenaldengan nama lokal “ikan lais” (Elvyra   2009;   Rahman   2011)dan   ditemukan secara konsisten di Sungai Batang Hari, Jambi dari tahun 1965 hingga penelitian ini dilakukan (Weber & de Beafort 1965; Tan & Ng 2000; Tan & Kottelat; 2009).
Aliran   Sungai   Batang   Hari  memiliki   hulu   di kawasan   bukit   barisan   pada   ketinggian   lebih dari 1000m dpl dan bermuara di selat berhala, pantai   Sumatera   bagian   timur   (Tan   &   Lim 1998).    Berdasarkan   sejarah   geologis,   Sungai Batang   Hari   bersama-sama  denganSungai Musi, Indragiri dan Kapuas berasal dari daerah aliran sungai (DAS) Sunda Utara Purba (Voris 2000).   Aliran   sungai   dengan  panjang   sekitar 600   km   (Tan  &   Kottelat,   2009)  ini   melewati berbagai   karakter   vegetasi   dan   pola pemanfaatan.TopografiSungai   Batang   Hari yang  memiliki  gradasi  ketinggian  yang  besar,
dan   diikuti   dengan   berbagai karakter vegetasidan
pola pemanfaatan,akan memunculkan   keragaman   faktor   fisika-kimia perairan   di   DASini.   Perbedaan   kualitas lingkungan   ini   diduga   akan   berbanding   lurus dengan keragamanstruktur tubuh pada populasi makhluk   hidup   didalamnya,   termasuk O. hypopthalmus .Keragaman   dan   karakter spesifik,   baik   secara   morfometrik   maupun genetik, timbul sebagai bagian proses adaptasi makhluk   hidup   terhadap   lingkungan   yang dihadapinya.
Penelitian   ini   bertujuan   untuk  menganalisis keragaman   struktur   morfometrik   dan   gen cytochrome b DNA mitokondria antar populasi O. hypopthalmus di daerah aliran sungai Batang
Hari,   Jambi.Gen cyt   b mtDNA dipilih   sebagi gen   target   karena   nilai   mutasi   pada   gen   ini berbeda berdasarkan posisi kodonnya (Irwin et al. 1991). Kodon pertama dan kedua pada gen cyt b memiliki nilai substitusi yang rendah atau tidak   bervariasi   antar   individu.   Sebaliknya, kodon   ketiga   memiliki   nilai   substitusi   yang tinggi   (Farias et   al .   2001).  Penelitian   ini diharapkan   bermanfaat   untuk:   (i) Menelaahadanya   pembentukan   subpopulasi pada O.   hypopthalmus di   DAS   Batang   Hari berdasarkan   struktur   morfometrik   dan   gen cytochrome b DNA mitokondria; (ii) Data awal analisis   filogeografi O.   hypopthalmus pada kelompok sungai yang berasal dari DAS Sunda Utara purba.

## METODE PENELITIAN Waktu dan tempat
Penelitian   ini   dilaksanakan   pada   bulan   Juli 2009 hingga Juni 2010. Pengambilan sampel O. hypothalmus dilakukan   di   empat   lokasi   di sungai   Batang   Hari,   Jambi.Pengambilan   data untuk   keragamanmorfometrik   dilakukan   di Kebun   Biologi   Universitas   Bengkulu, sedangkan koleksi data molekuler dilakukan di laboratorium   Biologi   Molekuler,   Pusat Penelitian   Sumberdaya   Hayati   dan Bioteknologi   (PPSHB),   Institut   Pertanian Bogor.

## Pengukuran parameter fisika-kimia perairan
Pengukuran   parameter   fisika-kimia   perairan dilakukan   pada   dua   periode   yang   dianggap menggambarkan kondisi tahunan DAS Batang Hari.   Pengukuran   pada   Juli-Agustus   2009 mewakili   kondisi   musim   kemarau,   sedangkan pengukuran   pada   Desember   2009   mewakili musim penghujan. Data parameter fisika-kimia perairan   yang   diukur   adalah   sebagai   berikut: suhu   perairan,   kecepatan   arus,   kecerahan, derajat  keasaman  (pH),  oksigen  terlarut  (DO) dan   alkalinitas.   Suhu   perairan   diukur   dengan termometer,   kecepatan   arus   diukur   dengan metoda   bola   hanyut,   dan   kecerahan   diukur dengan secchi   disk .   Parameter   pH   diukur dengan pHmeter, DO diukur dengan DO meter,
dan   alkalinitas   diukur   dengan   metode   titrasi asam basa.
Pengambilan Sampel O.   hypopthalmus dikoleksi   dari   empat   lokasi pengambilan sampel di sepanjang DAS Batang Hari (Gambar 1). Pemilihan keempat lokasi ini didasarkan pada perbedaan ketinggian dan pola aliran DAS Batang Hari. Mandiangin Tebet (30 mdpl)   dilewati   oleh   Sungai   Muara   Tembesi, yang   merupakan   anak   sungai   terbesar   DAS Batang Hari. Sungai Bengkal (S. Bengkal) yang terletak   pada   ketinggian   yang   sama   dilewati
oleh   aliran   utama   DAS   Batang   Hari.   Kedua lokasi   ini   merupakan   perwakilan   daerah   hulu yang diharapkan memiliki ciri kecepatan arus dan   kejernihan   yang   lebih   tinggi.Pelayangan (15 mdpl) dipilih sebagai lokasi antara karena merupakan   titik   pertemuan   antara   Sungai Batang   Tembesi   dengan   aliran   utama   Sungai Batang Hari.Simpang (7 mdpl) sebagai lokasi perwakilan   hilir   merupakan   kawasan   paling muara   tempat   masih   ditemukannya O. hypopthalmus .
Gambar 1 Peta lokasi pengambilan sampel, 1: Mandiangin Tebet, 2: Sungai    Bengkal, 3: Pelayangan,
4: Simpang. Garis biru tebal=DAS Batang Hari, garis hijau=aliran utama Sungai Batang Hari, garis kuning=Sungai Batang Tembesi, anak Sungai Batang Hari.
Identifikasi sampel O. hypopthalmus dilakukan di lapangan dengan mengacu pada Kottelat et al (1993). Sampel terpilih berupa 10 individu O.   hypopthalmus untuk   setiap   lokasi selanjutnya diawetkan dalam etanol 70% untuk analisis   keragaman   struktur   morfometrik. Selain itu, sampel jaringan otot dari salah satu ke-10  sampel   tersebut   diisolasi   untuk   analisis genetik.   Sampel   jaringan   otot   ini   dicacah hingga berukuran maksimal 0.5cm pada setiap sisi   dan   selanjutnya   disimpan   dalam   etanol absolut.
Pengambilan  data  keragaman   morfometrik dan   gen   cytochrome   b   ( cyt   b )   DNA mitokondria
Prosedur   pengambilan   data   morfometrikdan gen cyt   b pada   penelitian   ini   mengacu   pada Singkam et   al. (2011).   Terdapat   12   data morfometrik   tubuh   yang   diukur   (Gambar   2), dan   berdasarkan   data   morfometrik   tersebut dilakukan   penghitungan   12   indeks   proporsi ukuran   tubuh   (nisbah   indeks   morfometrik) (Tabel 1).
Gambar 2 Data ukuran tubuh (morfometrik) ikan Ompok hypopthalmus yang diukur, 1: panjang baku, 2: panjang kepala, 3: panjang di muka sirip punggung, 4: panjang dahi, 5: panjang rahang atas, 6: panjang hidung, 7: tinggi moncong, 8: tinggi pangkal kepala/leher, 9: tinggi badan, 10: tinggi ekor, 11: diameter mata, 12: panjang sirip dada (Singkam et al., 2011).
Tabel 1Karakter nisbah morfometrik Ompok hypothalamus yang dihitung (Singkam et al., 2011) Kode Nisbah Keterangan N1 KEP/BAK Panjang kepala/panjang baku N2 MUK/BAK Panjang bagian muka sirip punggung/panjang baku N3 TIG/BAK Tinggi badan/panjang baku N4 BEK/TOT Tinggi ekor/panjang baku N5 DAH/KEP Panjang dahi/panjang kepala N6 RAH/KEP Panjang rahang atas/panjang kepala N7 HID/KEP Panjang hidung/panjang kepala N8 MON/LEH Tinggi ‘moncong’/tinggi pangkal kepala N9 LEH/TIG Tinggi pangkal kepala/tinggi badan N10 BEK/TIG Tinggi ekor/tinggi badan N11 DIM/KEP Diameter mata/panjang kepala N12 TIG/TOT Panjang sirip dada/panjang kepala
Isolasi   dan   purifikasi   DNA   total mengacu pada metode Sambrooks et al. (1989) yang telah dimodifikasi.  Amplifikasi gen cyt b mtDNA   dengan   metode Polymerase   Chain Reaction (PCR)   menggunakan   primercbkr   1: 5’-CCCGAAAAACTCACCCCTTA-3’   dan
cbkr   2:   5’-ATAGCCCGGTTAGAGGGTTT-3’ (Elvyra   2009).   Kedua   primer   ini   memiliki target 1104 bp gen cyt b .  Komposisi pereaksi PCRterdiri   dari   10-100   ng   sampel,   100   mM primer,  0.01   mM   dNTP,50   mM   MgCl   dan   1 unit   Taq-polymerase.Siklus   PCR   dilakukan
Singkam dkk, Keragaman morfometrik………..
dalam kondisi predenaturasi  5 menit pada suhu 94 o C,   denaturasi   30   detik   pada   suhu   94 o C, penempelan     primer   45   detik   pada   suhu 60 o C, elongation 1  menit  pada  suhu  72 o C  dan post   PCR 5   menit   pada   suhu   72 o C.   Tahapan PCR dilakukan sebanyak 35 siklus. Hasil PCR yang   teramplifikasi   dengan   baik   dirunut ( sequens ).
Analisis Data Keragaman data parameter fisika-kimia perairan   dan   struktur   morfometrik   dianalisis dengan anova   single   factor dan principal component   analysis (PCA)   menggunakan program R  (Everitt  &  Hothorn 2006). Anova single   factor bertujuan   untuk   menguji signifikansi   perbedaan   data   antar   lokasi pengambilan   sampel,   sedangkan   PCA   untuk memetakan   pola   pengelompokan   dan menentukan faktor dominan dalam keragaman data. Runutan gen cytochrome b diolah dengan menggunakan program MEGA 4 (Tamura et al. 2007). Hasil runutan terlebih dulu disejajarkan ( alignment) , kemudian dilakukan penghitungan jumlah perbedaan nukleotida dan asam amino
dugaan   ( putative )   berdasarkan   hasil   translasi nukleotida.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Kondisi perairan lokasi pengambilan sampel Hasil uji anova taraf 95% terhadap parameter fisika-kima   perairan   (Tabel   2)   menunjukkan keempat   stasiun   lokasi   pengambilan   sampel tidak   memiliki   parameter   fisika-kimia   yang berbeda nyata.  Hal yang sama juga ditemukan ketika   taraf   uji   dinaikkan   hingga   taraf   99%. Analisis   PCA parameter   fisika-kimia   perairan menunjukkan   keempat   stasiun   pengambilan sampel   terbagi   dalam   tiga   kelompok,   yaitu Mandiangin,   Simpang,   dan   gabungan   S. Bengkal   dengan   Pelayangan.   Kecepatan   arus dan kecerahan merupakan faktor dominan yang membedakan   keempat   lokasi   pengambilan sampel ini. Mandiangin dicirikan dengan arus yang   deras,   sedangkan   Simpang   dicirikan dengan kecerahan yang tinggi. S. Bengkal dan Pelayangan   tidak   memiliki   parameter   fisika- kimia perairan yang dominan (Tabel 2).
Tabel 2 Data parameter fisika-kimia perairan di DAS Batang Hari Jambi
No Parameter Mandiangin Sungai Bengkal Pelayangan Simpang A B C A B C A B C A B C 1 Suhu air ( o C) 29 27 28 29 27 28 30 27 28.5 30 28 29 2 Kuat arus (cm/dt) 42 86 64 20 54 36 17 40 28 14 15 15 3 Kecerahan (cm) 78 50 64 54 38 46 62 45 54 88 62 75 4 pH 7.5 7.0 7.3 7.9 8.0 8.0 7.8 8.0 7.9 7.2 7.0 7.1 5 DO (ppm) 10 12 11 11 12 12 9 11 10 10 11 11 6 Alkalinitas (ppm) 43 56 49.5 52 58 55 59 58 58.5 56 76 66
*A=pengukuran Juli-Agustus 2009, B=Desember 2009, C=rata-rata
Kecepatan   arus   yang   lebih   tinggi   di Mandiangin   (0.42m/dtk)   dan   S.   Bengkal (0.20m/dtk) sesuai dengan prediksi awal karena kedua   lokasi   ini   merupakan   daerah   hulu. Berbeda   dengan   lokasi   lain,   arah   arus   di Simpang kemungkinan telah dipengaruhi oleh pasang   surut   air   laut   sehingga   tidak   konstan dari   hulu   ke   hilir.   Arah   arus   pada   sore hinggapagi hari (antara pukul 17.00-09.00) di Simpang begerak dari hilir ke hulu, sedangkan pada   siang   hari   bergerak   dari   hulu   ke   hilir. Kecepatan   arus   di   Simpang   dihitung   sebagai
rata-rata   pagi,   siang   dan   sore,   tanpa memperhitungkan arah arus.
Berbeda   dengan   kecepatan   arus, parameter   kecerahan   yang   ditemukan   dalam penelitian ini berbeda dengan perkiraan awal. Kecerahan tertinggi tidak didapatkan di daerah hulu, namun justru di titik sampling paling hilir (Simpang).   Keruhnya   sungai   di   daerah   hulu mungkin diakibatkan oleh banyaknya aktivitas penembangan   emas   liar   ( dompeng )   di   daerah Sarolangun,   Muara   Bungo   dan   Muara   Tebo. Aktivitas dompeng mengangkat endapan pasir dan   lumpur   dalam   volume   yang   sangat   besar
93
setiap hari, dan menyebabkan sungai di daerah Sarolangun,   Muara   Tebo   dan   Muara   Tembesi sangat   keruh.   Kecerahan   lebih   tinggi   di Simpang   karena   telah   terjadi   pengendapan lumpur   di   sepanjang   aliran   sungai.   Selain   itu karena daerah Simpang telah terpengaruh oleh pasang surut air laut, kualitas air (kecerahan) di daerah ini juga dipengaruhi oleh kecerahan air laut.
Nilai   oksigen   terlarut   (DO)   yang ditemukan berada dalam kisaran normal untuk DO perairan mengalir. Menurut Wetzel (2001), nilai   DO   untuk   air   mengalir   yang   tidak mengalami eutrofikasi berfluktuasi dari 9 ppm hingga 11 ppm. Nilai DO pada perairan yang mengalami eutrofikasi biasanya berkisar 3 ppm sesaat sebelum matahari terbit hingga 13 ppm sesaat setelah matahari tenggelam. Nilai DO di perairan   juga   dipengaruhi   oleh   aktivitas fotosintesis fitoplankton, respirasi biota air, laju
difusi   oksigen   antara   udara   dengan   air   dan intensitas   panas   matahari   di   permukaan perairan   (Culberson   &   Piedrahita   1996). Berdasarkan   nilai   DO   yang   ditemukan   dapat dinyatakan   bahwa   DAS   Batang   Hari   tidak mengalami eutrofikasi.
Keragaman morfometrik Ompok hypopthalmus di DAS Batang Hari Analisis anova menunjukkan   bahwa struktur morfometrik O. hypopthalmus di DAS Batang   Hari   tidak   berbeda   nyata   antar   lokasi pengambilan  sampel.  Hasil  ini  konsisten  baik untuk   12   karakter   morfometrik   yang   diukur (p=0.96;   Gambar   3),   maupun   terhadap   12 indeks   (nisbah)   morfometrik   yang   dihitung (p=0.99; Gambar 4). Hal ini berarti bahwa tidak ada   perbedaan   ukuran   tubuh   dan   struktur geometrik O.   hypopthalmus di   keempat   lokasi pengambilan sampel.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 0 1 2 3 4 5 6 7 Mandiangin S. Bengkal Pelayangan Simpang Karakter morfometrik Ukuran tubuh  (cm + S.E)
Gambar 3. Keragaman ukuran tubuh O. hypopthalmus di DAS Batang Hari (+S.E). Deskripsi karakter ada di Gambar 2. Nilai asli untuk karakter 1=nilai di gambar x 3
0.00 0.20 0.40 0.60 0.80 1.00 1.20 Mandiangin S. Bengkal Pelayangan Simpang Indeks Morfometrik
Nilai Indeks Morfometrik (+S.E)
Gambar 4. Keragaman indeks (nisbah) struktur morfometrik O. hypopthalmus di DAS Batang Hari (+S.E). Lihat tabel 1 untuk deskripsi kode indeks.
Analisis biplot PCAjuga
gagal mengelompokkan   individu O.   Hypopthalmus berdasarkan lokasi (Gambar 5).
Pengelompokan   yang   nyata   hanya   ditemukan pada   sampeldari   Mandiangin   dengan   90% sampel dari lokasi ini mengelompok di kuadran IV.   Sampel   dari   Mandiangin   memiliki   nilai yang   kontras   tinggi   pada   sumbu   kedua principal component (PC) dan dicirikan dengan nilai indeks N4 (tinggi ekor/panjang baku) dan N10 (tinggi ekor/tinggi badan) yang lebih besar. Hal   iniberarti   bahwa O.   hypopthalmus di Mandiangin memiliki struktur ekor yang lebih tinggi/tebal.   Ciribatang   ekor   yang   lebih   besar pada O.   hypopthalmus di   Mandiangin kemungkinan   berhubungan   dengan   arus   yang lebih kuat di lokasi ini. Kondisi arus yang kuat membuat pergerakan ekor menjadi lebih aktif. Pergerakan yang lebih aktif membuat struktur batang ekor menjadi lebih besar. Sampel dari lokasi lain tersebar di keempat kuadran tanpa ada indeks khusus penciri lokasi.
Gambar   5 Biplot PCA O.   hypopthalmus dari DAS Batang Hari, 1-10=sampel dari Mandiangin, 11-20=S. Bengkal, 21- 30=Pelayangan,   31-40=Simpang. Comp=principal component
Keragaman runutan gen cytochrome b berdasarkan komposisi nukleotida
Penjajaran   ( alignment) gen cyt   b DNA mitokondria   sampel O.   hypopthalmus dari Batang Hari menghasilkan runutan nukleotida sepanjang   927   bp.   Komposisi   nukleotida 95
penyusun   runutan   menunjukkan   sitosin merupakan   basa   nitrogen   dengan   komposisi terbesar,   sedangkan   basa   nitrogen   guanin memiliki   komposisi   terkecil.   Hanya   terdapat satu   nukleotida   (0.11%)   yang   berbeda   pada seluruh runutan O. hypopthalmus DAS Batang Hari.   Nukleotida   tersebut   terdapat   pada nukleotida ke-883 dari runutan gen cyt b parsial atau   nukleotida   ke-976   dari   gen cyt   b utuh. Nukleotida pada O. hypopthalmus dari Simpang dan S. Bengkal adalah guanin, sedangkan pada O.   hypopthalmus dari   Mandiangin   dan Pelayangan   adalah   adenin.   Posisi   substitusi nukleotida   yang   terletak   pada   kodon   pertama mengakibatkan   terjadinya   perbedaan   asam amino   ke-295   dari   gen cyt   b parsial.   Asam amino ke-295 pada O. hypopthalmus Simpang- S. Bengkal adalah alanina dengan triplet kodon G CC,   sedangkan   pada O.   hypopthalmus Mandiangin-Pelayangan   adalah   treonina dengan triplet kodon A CC. Alanina bersifat non polar   (hidrofobi),   sedangkan   treonina   bersifat polar.
Jumlah   keragaman   gen cyt   b DNA mitokondria pada penelitian ini identik dengan yang   ditemukan   oleh   Elvyra   (2009).  Elvyra (2009) juga hanya menemukan satu nukleotida yang berbeda dari tiga runutan 927 bp gen cyt bO.   hypopthalmus DAS   Kampar,  Riau.  Akan tetapi posisi nukleotida yang beragam berbeda antara O. hypopthalmus Kampar dengan Batang Hari.   Nukleotida   yang   variabel   pada O. hypopthalmus Kampar   terletak   pada   situs   ke- 257  dengan   basa  nitrogen   berupa  timin   (T)  - adenin (A). Substitusi ini terletak pada kodon kedua dan bersifat nonsilent, sehingga membuat keragaman   padasitus   ke-86   asam   amino putativecyt   b DNA   mitokondria   yaitu asparagina - valina.
Nilai   keragaman   gen cyt   b DNA mitokondria yang ditemukan dalam penelitian ini   jauh   lebih   kecil   dibandingkan   dengan beberapa publikasi yang tersedia (Aboim et.al. , 2005;   Singkam et   al., 2011).   Aboim et   al. (2005), menemukan  keragaman intra  populasi pada Helicolenus   dactylopterus berkisar   0.2- 0.7%.   Nilai keragaman ini untuk runutan gen
cyt   b sepanjang   423   bp   dengan   40   individu. Penelitian Singkam et al., (2011) pada gen cyt b DNA   mitokondria Kryptopterus   limpok di DAS   yang   sama   (Batang   Hari)   menemukan nilai   keragaman   sebesar   1.19%.   Nilai keragaman 1.19% ini untuk empat runutan gen cyt b DNA mitokondria sepanjang 927 bp.
Hasil   penelitian   ini   menunjukkan perbedaan   yang   kontras   dengan   penelitian paralel   pada   species   yang   berbeda   oleh Singkam et al., (2011). Penelitian Singkam et al., (2011) menemukan empat situs gen cyt b DNA mitokondria yang konsisten memisahkan Kryptopterus   limpok Mandiangin-Simpang dengan   S.   Bengkal-Pelayangan.   Selain   itu, Singkam et al., (2011) juga menemukan situs pencilan (SNP/ single nucleotide polymorphism ) yang   tinggi   pada   sampel K.   Limpok dari   S. Bengkal.   Penelitian   lanjutan   dengan menggunakan   species   dan   marka   lain dibutuhkan untuk mendapatkan gambaran yang lebih   lengkap   tentang   keragaman   struktur morfometrik dan genetik fauna di DAS Batang Hari.

## SIMPULAN DAN SARAN

## Simpulan
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa tidak ada perbedaan yang signifikan pada parameter fisika-kimia perairan,dan struktur morfometrik dan   gen cytochrome   bO.   hypopthalmus, antar lokasi   pengambilan   sampel   di   DAS   Batang Hari.

## Saran
Penelitian   lanjutan   dengan   menggunakan species   dan  marka   lain   dibutuhkan   untuk mendapatkan data yang lebih lengkap tentang keragaman populasi faunadi DAS Batang Hari.

## DAFTAR RUJUKAN
Aboim MA, Menezes GM, Schlitt T,   Rogers AD. 2005.Genetic structure and history of   populations   of   the   deep- seafish Helicolenus
dactylopterus (Delaroche,   1809)   inferredfrom
mtDNA
sequence analysis.
MolEcol 14:1343–1354.
Culberson   SD,   Piedrahita   RH.   1996.
Aquaculture   pond   ecosystem   model: temperature   and   oxygen   prediction- mechanism and application. Ecological Modelling 89: 231-258.
Elvyra R. 2009. Kajian keragaman genetik dan biologi reproduksi ikan Lais di sungai Kampar   Riau   [disertasi].   Bogor: Sekolah   Pasca   Sarjana,   Institut Pertanian Bogor.
Everitt BS, Hothorn T. 2006. A Handbook of Statistical   Analyses   Using   R .   Boca Raton: CRC Press.
Farias   IP,  Orti   G,   Sampaio   I,   Schneider   H, Meyer   A.   2001.  The   cytochrome  b gene   as   a   phylogenetic   marker:   the limits   of   resolutionfor   analyzing relationships   among   Cichlid   fishes. J Mol Evol 53:89-103.
Irwin   DM,   Kocher   TD,   Wilson   AC.   1991. Evolution of the cytochrome-b gene in mammals. J Mol Evol 32:128-144.
Kottelat   M,   Whitten   AJ,   Kartikasari   SN, Wirjoatmodjo.   1993.
Freshwater
Fishes   of   Western   Indinesia   and Sulawesi . Indonesia: EMDI.
Rahman,   A.   2011.   Keragaman   struktur morfologis dan gen cytochrome b DNA mitokondria kryptopterus spp.   dan ompok spp.   (siluridae)   di   das   Batang
Hari   Jambi[tesis].   Bogor:   Sekolah Pasca Sarjana, Institut Pertanian Bogor.
Sambrooks   J,   Fritsch   EF,   Maniatis   T.   1989.
Molecular   Cloning   a   Laboratory
Manual .   Ed   ke-2.   New   York:   Cold Spring Harbor Laboratory Pr.
Singkam   AR,   Solihin   DD,   Affandi   R.   2011. Keragaman   Morfometrik   dan   Gen Cytochrome   b DNA   Mitokondria Kryptopterus limpok di Sungai Batang Hari.   BPPKSDI   Jatiluhur:  Prosiding forum nasional pemacuan sumber daya ikan III.
Tamura   K,   Dudley   J,   Nei   M,   Kumar S.2007.MEGA4: molecular evolutionarygenetics analysis (MEGA)
software   version   4.0. Mol   Biol Evol 24:1596-1599.
Tan   HH,   Lim   KKP.   1998.   Freshwater elasmobranchs   from   the   Batang   Hari basin   of   central   Sumatra,   Indonesia. The Raffles bulletin of zoology 46 (2): 425-429.
Tan   HH,   Kottelat   M.   2009.   The   fishes   of
Batang Hari drainage, Sumatera, with description of six new species .Ichthyol. Explor. Freshwaters 20:13-69.
Tan   HH,   Ng   HH.   2000.   Catfishes   of   central Sumatra. J. Nat. History 34:267-303.
Voris HK. 2000. Maps of pleistocene sea level in   southeast   asia   :   shorelines,   river system   and   time   durations. J Biogeo 27:1153-1167.
Weber M, De Beaufort LF. 1965. The Fishes of the   Indo-Australian   Archipelago . Leiden: E. J. Brill.
Wetzel RG. 2001. Limnology Lakes and River Ecosystems , 3 rd edition .   San   Diego: Academic Press.