How to cite: Stevina, et al. (2024). Profil Genotipik Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) Penyebab Bloodstream Infection Menggunakan Whole Genome Sequencing : Literatur Review . Syntax Literate . (9)7 . http://dx.doi.org/10.36418/syntax-literate.v9i7 E-ISSN: 2548-1398
Syntax Literate: Jurnal Ilmiah Indonesia p–ISSN: 2541-0849 e-ISSN: 2548-1398
Vol. 9, No. 8, Agustus 2024

## PROFIL  GENOTIPIK EXTRAINTESTINAL  PATHOGENIC ESCHERICHIA
COLI (EXPEC)  PENYEBAB BLOODSTREAM  INFECTION
MENGGUNAKAN

## WHOLE GENOME SEQUENCING : LITERATUR REVIEW
Lany Stevina 1* , Conny Riana Tjampakasari 2 , Rafika Indah Paramita 3
Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia 1,2,3
Email: lany.stevina@ui.ac.id *

## Abstrak
Penelitian  ini  bertujuan  untuk  menganalisa  profil  fenotipik  dan  genotipik  pola  kepekaan antibiotik  pada Escherichia  coli  (E.coli) penyebab Bloodstream  infection (BSI) . Metode penelitian yang digunakan adalah literature review . Pencarian literatur menggunakan data dari  publikasi  ilmiah  mulai  dari  tahun  2020  hingga  tahun  2024  dengan  menggunakan beberapa  pencarian  database  seperti  ScienceDirect  (https://www.sciencedirect.com); PubMed  (https://pubmed.ncbi.nml.nih.gov);  dan  Google  Scholar  (https://www. scholar.google.com).  Berdasarkkan  kata  kunci  dan  kriteria  inklusi  yang  digunakan,  total ditemukan  236  artikel.  Setelah  dilakukan  penyaringan  didapatkan  empat  artikel  yang ditinjau dan ditelaah lebih lanjut berdasarkan kecocokan judul dan abstrak. Berdasarkan hasil review jurnal, penelitian menyimpulkan bahwa karakterisasi secara fenotipik dan genotipik tidak hanya akan meningkatkan ketepatan diagnostik bakteri penyebab BSI tetapi juga dapat memberikan  pemahaman  mendalam  mengenai  sifat  biologis  dan  epidemiologi  penyakit. Sehingga,  tidak  hanya  mendukung  pengambilan  keputusan  klinis  yang  lebih  akurat melainkan juga memungkinkan upaya pencegahan serta pengendalian infeksi.
Kata Kunci: Fenotipik, Genotipik, Escherichia coli, Bloodstream infection.

## Abstract
This  research  aims  to  analyze  the  phenotypic  and  genotypic  profiles  of  antibiotic susceptibility patterns in Escherichia coli (E.coli) causing Bloodstream Infection (BSI). The research  method  utilized  for  this  study  is  a  literature  review.  Literature  search  was conducted using data from scientific publications spanning from 2020 to 2024, employing several  databases  including  ScienceDirect  (https://www.sciencedirect.com),  PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov), and Google Scholar (https://www.scholar.google.com). Based  on  the  predefined  keywords  and  inclusion  criteria,  a  total  of  236  articles  were identified,  and  four  articles  were  subsequently  selected  for  further  review  and  analysis based on the alignment of their titles and abstracts with the research objectives. According to the findings derived from the journal review, the research concludes that both phenotypic and  genotypic  characterizations  not  only  enhance  the  accuracy  of  diagnosing  bacteria causing BSI but also provide a comprehensive understanding of the biological nature and epidemiology  of  the  disease.  Consequently,  this  not  only  supports  more  precise  clinical decision-making but also facilitates efforts in infection prevention and control.
Keywords: Phenotypic, Genotypic, Escherichia coli, Bloodstream Infection .

## Pendahuluan
Penanganan infeksi pada Bloodstream Infection (BSI) merupakan tantangan utama dalam bidang perawatan kesehatan, terutama karena tingkat resistensi bakteri terhadap
Profil Genotipik Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) Penyebab Bloodstream Infection Menggunakan Whole Genome Sequencing : Literatur Review
antibiotik  semakin  meningkat.  Peningkatan  resistensi  bakteri  terhadap  antibiotik mengakibatkan beberapa jenis antibiotik menjadi kurang efektif dalam mengobati infeksi yang disebabkan oleh bakteri tersebut. Hal ini menyebabkan kesulitan dalam penanganan infeksi,  khususnya  pada  kasus Bloodstream  Infection (BSI)  sehingga  dapat memperpanjang  durasi  penyakit,  meningkatkan  risiko  komplikasi,  dan  bahkan mengancam nyawa pasien (Collignon et al. 2021). World Health Organization (WHO) menetapkan Antimicrobial Resistance ( AMR) sebagai salah satu dari sepuluh ancaman utama terhadap kesehatan masyarakat global yang dihadapi oleh umat manusia (Li et al. 2021). AMR didefinisikan sebagai kemampuan mikroorganisme untuk bertahan terhadap pengobatan  antimikroba  telah  bertanggung  jawab  terhadap  jutaan  kematian  setiap tahunnya. Bakteri Gram-negatif seperti Escherichia coli (E.coli) adalah salah satu jenis patogen  Gram-negatif  yang  paling  umum  diidentifikasi  sebagai  penyebab  BSI  dengan tingkat  resistensi  yang  tinggi  terhadap  beberapa  jenis  antibiotik. E.coli adalah  bakteri yang  secara  alami  ditemukan  dalam  saluran  pencernaan  manusia  tetapi  dapat menyebabkan  infeksi  serius  jika  masuk  ke  dalam  aliran  darah  (Di  Franco  et  al.  2021; Tabah et al. 2022).
Salah satu langkah penting dalam penanganan AMR adalah pengujian kerentanan antimikroba ( Antibiotic Susceptibility Testing / AST). AST merupakan metode pengujian laboratorium  yang  digunakan  untuk  menentukan  kepekaan  suatu  mikroorganisme terhadap antibiotik tertentu. Namun, pengujian kerentanan antimikroba secara tradisional memerlukan  tenaga  yang  terlatih,  biaya  yang  tinggi,  dan  waktu  yang  cukup  lama (EUCAST  2022;  Gajic  et  al.  2022).  Hal  ini  berkontribusi  pada  penggunaan  antibiotik yang  tidak  tepat,  penggunaan  berlebih  antibiotik  spektrum  luas,  atau  penundaan pengobatan infeksi. Untuk mengatasi tantangan ini maka pengembangan metode deteksi antimikroba  yang  lebih  cepat,  akurat,  dan  biaya  yang  efektif  menjadi  sangat  penting. Beberapa  inovasi  telah  dilakukan,  termasuk  penggunaan  teknologi  molekuler  seperti Whole Genome Sequencing (WGS) yang memungkinkan identifikasi cepat dan presisi dari  mikroorganisme  serta  potensinya  terhadap  antibiotik  tertentu.  Dengan  demikian, pengembangan  dan  implementasi  teknologi  yang  inovatif  dapat  berkontribusi  pada pengendalian AMR dan meningkatkan pengobatan infeksi bakteri secara global.
Whole  Genome  Sequencing (WGS)  adalah  teknologi  mutakhir  dalam  bidang mikrobiologi  yang  memungkinkan  untuk  memetakan  dan  menganalisis  keseluruhan genom  mikroorganisme  secara  rinci.  WGS  dapat  mengidentifikasi  spesies  mikroba dengan tingkat resolusi tertinggi karena menganalisis seluruh genom organisme tersebut. Selain itu, WGS juga memberikan wawasan mendalam tentang kemungkinan resistensi antimikroba  dan  potensi  virulensi  dari  suatu  isolat  mikrobiologis  selama  proses diagnostik. Ini sangat berguna dalam memahami karakteristik genetik yang mendasari sifat patogenik mikroba tertentu serta membantu dalam pengembangan strategi diagnosis dan pengobatan yang lebih tepat (Avershina, Khezri, and Ahmad 2023; Purushothaman, Meola, and Egli 2022).
Penerapan  WGS  pada  dasarnya  akan  memungkinkan  deteksi  semua  gen  yang terlibat dalam AMR yang akan membantu pembuatan basis data komprehensif dari semua faktor resistensi spesies tertentu  dan membuat deteksi AMR in silico menjadi mungkin. Studi  terbaru  menunjukkan  tingkat  kesesuaian  tinggi  antara  profil  resistensi  yang diperoleh menggunakan WGS dan yang diperoleh menggunakan pengujian kerentanan fenotipik menunjukkan bahwa data yang diperoleh dari urutan genom dapat berkorelasi baik dengan resistensi fenotipik dalam beberapa kasus (Neidhöfer et al. 2023; Ren et al. 2022).  Mengingat  turnaround  time  metode  WGS,  adanya  mekanisme  resistensi  yang
tidak diketahui, dan biaya yang tinggi dibandingkan dengan teknik tradisional sehingga penggunaan  WGS  untuk  AST  belum  menjadi  bagian  dari  praktek  rutin  dalam mikrobiologi  klinis  (Forde  et  al.  2023a,  2023b).  Dengan  menggabungkan  kedua pendekatan  ini  maka  kita  dapat  memiliki  pemahaman  yang  lebih  mendalam  tentang resistensi  antibiotik  dan  karakteristik  dari  suatu  patogen  terutama  pada E.coli sebagai penyebab BSI.

## Metode Penelitian
Rancangan  penelitian  ini  menggunakan  metode literature  review .  Studi  ini mencakup literatur dari publikasi ilmiah mulai dari tahun 2020 hingga tahun 2024 dengan menggunakan beberapa pencarian database seperti ScienceDirect
(https://www.sciencedirect.com);  PubMed  (https://pubmed.ncbi.nml.nih.gov);  dan Google  Scholar  (https://scholar.google.com).  Penelusuran  referensi  untuk  artikel  ini dilakukan  secara  sistematis  dengan  menggunakan  kata  kunci  " bloodstream  infection " DAN " Escherichia coli " DAN "resistensi antibiotik ATAU resistensi antimikroba ATAU kerentanan antibiotik" DAN "Fenotipik” DAN ”Genotipik". Berdasarkan kata kunci yang digunakan ditemukan total 239 artikel yang dinilai berdasarkkan kecocokan judul dan abstrak.
Gambar 1. Flowchart Literature Review
Profil Genotipik Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) Penyebab Bloodstream Infection Menggunakan Whole Genome Sequencing : Literatur Review
Artikel-artikel tersebut kemudian disaring menggunakan alat pencari basis data ( database screener ) berdasarkan jurnal yang terindeks dan diterbitkan antara tahun 2020- 2024, duplikasi, relevansi judul laporan, abstrak, dan teks lengkap artikel. Dalam proses penyaringan  artikel,  kami  memastikan  bahwa  artikel-artikel  yang  dipilih  harus menyebutkan  kata  kunci Escherichia  coli dan bloodstream  infection dalam  judulnya. Selain itu, abstrak dan seluruh artikel yang dipilih harus membahas karakterisasi fenotipik dan/atau genotipik resistensi E.coli terhadap antimikroba. Populasi sasaran yang diminati dalam artikel-artikel yang ditinjau termasuk pasien dengan bloodstream infection yang disebabkan oleh E.coli . Tidak ada batasan pada negara mana yang melakukan penelitian. Sebagai hasilnya, empat artikel digunakan dalam artikel ini. Selain itu, terdapat beberapa hasil  berupa  buku  dan  artikel  terkait  untuk  melengkapi  deskripsi  yang  relevan  sesuai dengan kriteria inklusif dan sesuai dengan tujuan penulisan.

## Hasil dan Pembahasan
Artikel  ini  menyajikan  hasil  studi  berupa  analisis  profil E.coli penyebab bloodstream  infection menggunakan  WGS  berdasarkan  beberapa  literatur  yang  dipilih secara  sistematis  dari  penelitian  yang  dilakukan  di  Asia,  Eropa,  dan  Afrika,  yang seluruhnya  menggunakan  desain  studi  in  vitro.  Dua  studi  menggunakan  sampel  klinis manusia dari Perancis dan Swedia sebagai representasi dari penelitian di Eropa. Di sisi lain,  studi  yang  melibatkan  sampel  klinis  manusia  dari  Afrika  dilakukan  di  Maroko. Sementara itu, untuk populasi Asia, penelitian dilakukan di Indonesia.
Escherichia coli (E. coli) merupakan salah satu bakteri yang paling banyak diteliti dalam sistem pencernaan manusia. Meskipun beberapa strain bersifat komensal dalam mikrobiota  usus  namun E.  coli memiliki  potensi  untuk  menyebabkan  berbagai  jenis infeksi yang tidak hanya pada sistem pencernaan saja tetapi juga pada aliran darah. E. coli yang  mampu  menyebabkan  infeksi  di  luar  sistem  pencernaan  dikenal  sebagai Escherichia coli patogen ekstra intestinal (ExPEC). ExPEC memiliki kemampuan untuk memulai  infeksi  sistemik  dengan  cara  menyebabkan  sepsis  atau  bakteremia  dan berpotensi  mengancam  jiwa  jika  tidak  diobati  dengan  cepat  dan  tepat.  Salah  satu tantangan besar dalam pengobatan infeksi E. coli adalah peningkatan tingkat resistensi antimikroba  (AMR).  Resistensi  antimikroba  membuat  pengobatan  menjadi  lebih  sulit. Kondisi  ini  menciptakan  risiko  tinggi  bagi  pasien  karena  infeksi  yang  menjadi  sulit diobati dapat meningkatkan risiko komplikasi dan kematian. Oleh karena itu, Pemahaman yang  mendalam  tentang  prevalensi antimicrobial  resistance (AMR)  dan  tren  patogen penyebab Bloodstream Infections (BSI), seperti Escherichia coli , sangat penting karena dapat membantu dalam pengembangan strategi pengobatan yang efektif dan pencegahan penyebaran infeksi yang lebih baik.(Patil et al. 2023)
Tabel 1. Pola resistensi antibiotik Escherichia coli dari isolat klinis di beberapa negara Negara Indonesia Prancis Swedia Maroco Penulis dan tahun publikasi (Nelwan et al. 2020) (de  Lastours  et al. 2020) (Holmbom et al. 2022) (Gramundi  et al. 2023) Jenis Spesimen Isolat klinis manusia Isolat klinis manusia Isolat klinis manusia Isolat klinis manusia Jumlah subjek 22 isolat 545 isolat 3.786 isolat 1.632  isolat Metode fenotipik untuk NA MALDI-TOF Disc Diffusion Disc Diffusion
Berdasarkan  beberapa  penelitian  tersebut,    diketahui  bahwa  pendekatan  yang dapat    digunakan  untuk  menentukan  mekanisme  resistensi  antimikroba  (AMR) melibatkan penggunaan dua metode utama yaitu metode fenotipik dan metode genotipik. Metode  fenotipik  merupakan  metode  yang  berfokus  pada  karakteristik  atau  fenotipe bakteri  yang  dapat  diamati  atau  diuji  di  laboratorium  (Alqasim  et  al.  2020; Vanstokstraeten et al. 2023). Beberapa jenis tes fenotipik yang umum digunakan untuk menentukan  mekanisme  resistensi  pada  bakteri  antara  lain  penggunaan  antimikroba

## Mendeteksi
E.coli
Metode genotipik untuk Mendeteksi E.coli Sequencing dilakukan dengan menggunakan platform Illumina MiSeq Sequencing dilakukan dengan menggunakan Illumina NextSeq Sequencing dilakukan dengan menggunakan platform Illumina MiSeq Metode sequencing Sanger dan disequencing pada sequencer Illumina- MiSeq Hasil Gen ESBL terdapat pada 17 isolat E. coli . Gen AMR lainnya juga mengkodekan resistensi terhadap aminoglikosid a, kuinolon, kloramfenikol, makrolida, dan trimetoprim. Sebanyak 98 isolat dari total 545 isolat yang diteliti (18%) resisten terhadap sefalosporin generasi ketiga (3GC-R), termasuk 86 diantaranya penghasil ESBL.Meskipun prevalensi produsen ESBL tinggi, resistensi antibiotik tidak berdampak pada kematian pasien. Gen tipe ST dan Gen ESBL yang paling umum adalah ST131 (55%), dan blaCTX-M-15 (47%) Isolat-isolat pada penelitian ini resisten terhadap sefotaksim (91%) dan/atau ceftazidim (28%). Tidak ada resistensi terhadap karbapenem yang terdeteksi.
Gen resistensi antimikroba bla CTX-M, bla SHV, bla DHA-1, bla CMY, bla TEM, bla OXA
mdf(A),
mph(A), ere(B), erm(B), Inu(F),  dfrA, catB3, catA aadA,  aph(6)- Id,  aac(3)-Iid, aac(6')-Ib-cr, aadA, aph(3”)- Ib,  aph(6)-Id,
Aac(6”)-Iai, aac(3)- Iia,aadA2 NA bla CTX-M bla SHV bla DHA-1 bla CMY bla CTX-M bla CMY
Profil Genotipik Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) Penyebab Bloodstream Infection Menggunakan Whole Genome Sequencing : Literatur Review
indikator  yang  menggunakan  prinsip  konsentrasi  penghambatan  minimum  ( Minimum Inhibitory  Concentration /MIC).  MIC  sangat  penting  dalam  menentukan  tingkat kerentanan  atau  resistensi  suatu  strain  bakteri  terhadap  antibiotik  tertentu.    Selain  itu, pengujian  sinergi  juga  dapat  digunakan  untuk  mengevaluasi  interaksi  antara  dua  atau lebih  agen  antimikroba  terhadap  bakteri  yang  diuji.  Tes  sinergi  ini  dapat  dilakukan menggunakan  berbagai  metode,  seperti  pengujian  disk  kombinasi  ( Combination  Disk Test /CDT),  kit  pengujian  disk  ganda  ( Double  Disk  Test /DDT),  atau  sistem  otomatis seperti  Vitek-2.  Alternatif  untuk  uji  fenotipik  lainnya  meliputi  pengujian  kolorimetri (biokimia),  uji  aliran  lateral  (imunologis),  dan  penggunaan  sistem  otomatis  seperti Maldi–Tof (spektrometri). Melalui pengujian fenotipik terhadap agen antimikroba maka pengembangan  rejimen  pengobatan  yang  lebih  efektif  untuk  infeksi  yang  sulit  diobati dapat  diperoleh  sehingga  pengujian  ini  memainkan  peran  penting  dalam  upaya penanganan  infeksi  yang  tepat  dan    efisien  (EUCAST  2022).  Metode  fenotipik  ini memiliki  beberapa  keterbatasan  diantaranya  adalah  pengujian  ini  memerlukan  waktu yang relatif lama untuk melihat pertumbuhan bakteri dalam kehadiran antibiotik sehingga pengamatan hasilnya pun menjadi lebih lama. Selain itu, pengujian fenotipik juga tidak dapat  memberikan  informasi  tentang  mekanisme  genetik  yang  mendasari  resistensi tersebut (Ren et al. 2022).
Sebagai  metode  alternatif,  sekuensing  genom  lengkap  ( Whole  genome sequencing /  WGS)  telah  menjadi  metode  yang  diakui  optimal  untuk  menyediakan informasi genetik lengkap tentang genom bakteri seperti Escherichia coli , termasuk gen- gen  yang  terlibat  dalam  resistensi  antibiotik.  Dengan  menggunakan  WGS,  kita  dapat mengidentifikasi secara langsung mutasi atau gen spesifik yang menyebabkan resistensi antibiotik pada bakteri. Metode ini dapat memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang  mekanisme  resistensi  dan  memungkinkan  untuk  memantau  perkembangan resistensi dari waktu ke waktu. Meskipun begitu, metode ini juga memiliki kelemahan yaitu metode WGS ini memerlukan peralatan dan sumber daya yang canggih serta tenaga ahli yang terlatih dalam analisis genom. Kombinasi metode fenotipik dan genotipik dalam penilaian  mekanisme  resistensi  antimikroba  pada  bakteri  memungkinkan  pendekatan yang komprehensif dan memberikan manfaat yang maksimal dalam manajemen infeksi (Forde et al. 2023a).
Pada  penelitian yang dilakukan oleh Lastours de V, et.al. (2020) menyebutkan bahwa Escerichia coli merupakan salah satu penyebab utama tingginya tingkat kematian akibat Bloodstream  Infection (BSI)  yaitu  sekitar  5%  hingga  30%.  Penelitian  ini melibatkan total 545 pasien dengan rata-rata usia 68,5±16,5 tahun dan sekitar 52,5% nya merupakan laki-laki. Dari 545 isolat yang diuji, sebanyak 98 isolat (18%) menunjukkan resistensi terhadap antibiotik sefalosporin generasi ketiga (3GC-R) dan terdapat 86 dari isolat tersebut merupakan produsen ESBL.Dari 545 pasien terdapat  52 pasien (9,5%) mengalami kematian di rumah sakit atau pada Hari ke-28 setelah diagnosis. Faktor-faktor yang  secara  independen  terkait  dengan  kematian  termasuk  keberadaan  gen  virulensi iha_17  (adjusted  OR  4,41)  dan  tipe  STc88  (adjusted  OR  3,62).  Namun,  keberadaan ESBL/3GC-R tidak secara signifikan terkait dengan risiko kematian (de Lastours et al. 2020)/
Penelitian  lain  yang  dilakukan  oleh  Nelwan  E,  dkk  (2020)  menyatakan  bahwa pada  22  isolat Escherichia  coli yang  dianalisis,  seluruhnya  menunjukkan  adanya  gen resistensi  terhadap  makrolida,  terutama  gen  mdf(A)  yang  bertanggung  jawab  atas pembentukan protein membran potensial. Sementara itu, sekitar 40,9% dari isolat tersebut menunjukkan adanya gen mph(A), yang berperan dalam resistensi terhadap makrolida
seperti azitromisin dan eritromisin. Penelitian ini juga menyoroti prevalensi gen blaTEM- 1B yang mengkodekan beta-laktamase, diikuti oleh blaCTX-M-15 dan blaCTX-M-27. Escherichia coli jenis O25:H4-ST131 diidentifikasi sebagai penyebab utama infeksi yang resisten terhadap beberapa jenis antibiotik. Kehadiran gen aac(6')Ib-cr berkaitan dengan tingkat resistensi yang lebih rendah terhadap ciprofloxacin (Nelwan et al. 2020). Penelitian yang dilakukan di Maroco oleh Gramundi, et.al.(2022) selama rentang waktu dari Januari 2013 hingga Maret 2015 menyatakan bahwa terdapat sekitar 1,96% (32  dari  1632)  isolat Escherichia  coli yang  diambil  dari  Rumah  Sakit  Regional  de Ushuaia  di  Provinsi  Tierra  del  Fuego  menunjukkan  ketahanan  terhadap  antibiotik sefalosporin  generasi  ketiga  (TGCs).  Isolat-isolat  ini  menunjukkan  resistensi  terhadap sefotaksim sebesar 91% dan/atau seftazidim sebesar 28%. Tidak ditemukan isolat yang menunjukkan  resistensi  terhadap  karbapenem.  Dari  isolat  yang  diteliti  menunjukkan bahwa terdapat 26 isolat mengandung gen blaCTX-M, 5 strain yang resisten terhadap TGC positif mengandung gen blaCMY, dan 1 strain mengandung gen TEM-19 ESBL. Selain itu, dari penelitian tersebut telah diidentifikasi bahwa terdapat sebanyak 12 isolat dikategorikan  sebagai  klon  hiperepidemik E.  coli ST131  dan  1  isolat  dikategorikan sebagai ST69 (Gramundi et al. 2023; Purushothaman et al. 2022; Shahbazi et al. 2023).
Berdasarkan  Studi-studi  tersebut  dapat  diketahui  bahwa  karakterisasi E.coli sebagai patogen penyebab bloodstream infection menjadi sangat penting dilakukan, baik secara fenotipik maupun genotipik, terutama dengan metode whole-genome sequencing (WGS). Hasil riset menunjukkan bahwa penerapan rutin WGS pada patogen resisten di laboratorium klinis bukan hanya memungkinkan untuk deteksi patogen lebih cepat saja tetapi  juga  dapat  mendukung  upaya  pencegahan  dan  pengendalian  infeksi  yang  lebih terfokus (Purushothaman et al. 2022; Vanstokstraeten et al. 2023). Meskipun demikian, penggunaan  genomik  sebagai  alat  surveilans  dan  pencegahan  infeksi  secara  real-time masih belum umum dilakukan. Oleh karena itu, perlu adanya langkah-langkah konkret untuk mendorong implementasi pengawasan genomik secara berkesinambungan. Hal ini bertujuan  untuk  mengidentifikasi,  melacak,  dan  memutus  penyebaran  bakteri  patogen yang resisten terhadap banyak jenis obat secara lebih efektif.

## Kesimpulan
Berdasarkan  hasil  penelusuran  literatur  pada  jurnal  ilmiah  dapat  disimpulkan bahwa  pengujian  fenotipik  yang  disertai  dengan  pengujian  genotipik  pada  bakteri penyebab bloodstream  infection (BSI)  memiliki  peran  yang  sangat  penting  dalam mengidentifikasi  dengan  cepat  bakteri  penyebab  BSI,  mendeteksi  potensi  resistensi terhadap antibiotik, mengambil langkah-langkah pengendalian infeksi yang terarah, serta secara  keseluruhan  dapat  meningkatkan  kualitas  layanan  kesehatan.  Penerapan Whole Genome Sequencing (WGS) pada Bloodstream Infections (BSI) bukan hanya bertujuan untuk  meningkatkan  ketepatan  diagnosa  saja  tetapi  juga  untuk  lebih  mendalami pemahaman  tentang  sifat  biologis  dan  epidemiologi  penyakit  tersebut  sehingga  dapat membantu  dalam  membuat  keputusan  klinis  yang  lebih  akurat  dan  meningkatkan efektivitas  pengelolaan  kasus  serta  penerapan  strategi  pencegahan  dan  pengendalian infeksi yang lebih efisien.
Profil Genotipik Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) Penyebab Bloodstream Infection Menggunakan Whole Genome Sequencing : Literatur Review

## BIBLIOGRAFI
Alqasim ,  A.,  Jaffal,  A.  A.,  Almutairi,  N.,  Arshad,  M.,  &  Alyousef,  A.  A.  (2020). Isolation, phenotypic and genotypic characterization of Escherichia coli from the bloodstream samples in Riyadh, Saudi Arabia. Journal of King Saud University- Science , 32 (2), 1464-1469.
Avershina,  E.,  Khezri,  A.,  &  Ahmad,  R.  (2023).  Clinical  Diagnostics  of  Bacterial Infections and Their Resistance to Antibiotics—Current State and Whole Genome Sequencing Implementation Perspectives. Antibiotics , 12 (4), 781.
Collignon,  P.,  MacKinnon,  M.  C.,  McEwen,  S.  A.,  Pearl,  D.  L.,  Lyytikainen,  O., Jacobsson,  G.,  ...  &  Laupland,  K.  B.  (2021).  Mortality  in  Escherichia  coli bloodstream infections: a multinational population-based cohort study.
EUCAST.  (2022). Screening  for  ESBL  and  Carbapenemases  in  E.  Coli  and  K. Pneumoniae  for  Epidemiological  Purposes  as  Part  of  the  RAST  Procedure. EUCAST  Guidelines  for  Detection  of  Resistance  Mechanisms  and  Specific Resistance of Clinical and/or Epidemiological Importance Using EUCAST Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing (RAST) Directly from Positive Blood Culture Bottles. Changes from Previous Version (v. 1.0) .
Forde, B. M., Bergh, H., Cuddihy, T., Hajkowicz, K., Hurst, T., Playford, E. G., ... &
Harris, P. N. (2023). Clinical implementation of routine whole-genome sequencing for hospital infection control of multi-drug resistant pathogens. Clinical Infectious Diseases , 76 (3), e1277-e1284.
Di  Franco,  S.,  Alfieri,  A.,  Pace,  M.  C.,  Sansone,  P.,  Pota,  V.,  Fittipaldi,  C.,  ...  & Passavanti, M. B. (2021). Blood stream infections from MDR bacteria. Life , 11 (6), 575.
Gajic, I., Kabic, J., Kekic, D., Jovicevic, M., Milenkovic, M., Mitic Culafic, D., ... & Opavski, N. (2022). Antimicrobial susceptibility testing: a comprehensive review of currently used methods. Antibiotics , 11 (4), 427.
Gramundi, I., Albornoz, E., Boutureira, M., Rapoport, M., Gomez, S., Corso, A., ... & Faccone, D. (2023). Caracterización de aislamientos clínicos de Escherichia coli resistente a cefalosporinas de tercera generación de Ushuaia, Argentina. Revista argentina de microbiología , 55 (1), 101-110.
Holmbom, M., Möller, V., Kristinsdottir, L., Nilsson, M., Rashid, M. U., Fredrikson, M.,
...  &  Östholm  Balkhed,  Å.  (2022).  Risk  factors  and  outcome  due  to  extended- spectrum  β-lactamase-producing  uropathogenic  Escherichia  coli  in  community- onset  bloodstream  infections:  A  ten-year  cohort  study  in  Sweden. PLoS One , 17 (11), e0277054.
de Lastours, V., Laouénan, C., Royer, G., Carbonnelle, E., Lepeule, R., Esposito-Farèse, M., ... & Lefort, A. (2020). Mortality in Escherichia coli bloodstream infections: antibiotic  resistance  still  does  not  make  it. Journal  of  Antimicrobial Chemotherapy , 75 (8), 2334-2343.
Li, D., Zhang, X., Wang, Y., Xue, J., Ji, X., Shao, X., & Li, Y. (2021). Epidemiology and  Drug  Resistance  of  Pathogens  Isolated  from  Cerebrospinal  Fluids  at  a Children’s  Medical  Center  in  Eastern  China  During  2006–2020. Infection  and Drug Resistance , 5417-5428.
Neidhöfer, C., Neuenhoff, M., Jozič, R., Atangcho, B., Unsleber, S., Neder, U., ... & Parčina,  M.  (2023).  Exploring  clonality  and  virulence  gene  associations  in
bloodstream  infections  using  whole-genome  sequencing  and  clinical data. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology , 13 , 1274573.
Nelwan, E. J., Puspandari, N., Paramita, R. I., Erlina, L., Renesteen, E., & Fadilah, F. (2020).  Whole  genome  sequencing  data  of  Escherichia  coli  isolated  from bloodstream infection patients in Cipto Mangunkusumo National Hospital, Jakarta, Indonesia. Data in Brief , 30 , 105631.
Patil,  S.,  Chen,  H.,  Chen,  Y.,  Dong,  S.,  Mai,  H.,  Lopes,  B.  S.,  ...  &  Wen,  F.  (2023). Trends in antibiotic resistance patterns and burden of Escherichia coli infections in young  children:  a  retrospective  cross-sectional  study  in  Shenzhen,  China  from 2014–2018. Infection and Drug Resistance , 5501-5510.
Purushothaman,  S.,  Meola,  M.,  &  Egli,  A.  (2022).  Combination  of  whole  genome sequencing  and  metagenomics  for  microbiological  diagnostics. International journal of molecular sciences , 23 (17), 9834.
Ren, Y., Chakraborty, T., Doijad, S., Falgenhauer, L., Falgenhauer, J., Goesmann, A., ... &  Heider,  D.  (2022).  Prediction  of  antimicrobial  resistance  based  on  whole- genome sequencing and machine learning. Bioinformatics , 38 (2), 325-334.
Shahbazi,  R.,  Salmanzadeh-Ahrabi,  S.,  Aslani,  M.  M.,  Alebouyeh,  M.,  Falahi,  J.,  & Nikbin, V. S. (2023). The genotypic and phenotypic characteristics contributing to high  virulence  and  antibiotics  resistance  in  Escherichia  coli  O25-B2-ST131  in comparison to non-O25-B2-ST131. BMC pediatrics , 23 (1), 59.
Tabah, A., Lipman, J., Barbier, F., Buetti, N., Timsit, J. F., & ESCMID Study Group for Infections  in  Critically  Ill  Patients—ESGCIP.  (2022).  Use  of  antimicrobials  for bloodstream  infections  in  the  intensive  care  unit,  a  clinically  oriented review. Antibiotics , 11 (3), 362.
Vanstokstraeten, R., Piérard, D., Crombé, F., De Geyter, D., Wybo, I., Muyldermans, A., ...  &  Demuyser,  T.  (2023).  Genotypic  resistance  determined  by  whole  genome sequencing versus phenotypic resistance in 234 Escherichia coli isolates. Scientific Reports , 13 (1), 449.

## Copyright holder:
Lany Stevina, Conny Riana Tjampakasari, Rafika Indah Paramita (2024)
First publication right:
Syntax Literate: Jurnal Ilmiah Indonesia
This article is licensed under: