## STUDI KONEKTIVITAS Lutjanus gibbus PADA DAERAH KONSERVASI DAN DAERAH PENANGKAPAN DI WILAYAH PENGELOLAAN PERIKANAN NEGARA REPUBLIK INDONESIA (WPP-NRI) 714 DENGAN MENGGUNAKAN DNA BARCODING
(Connectivity Study of Lutjanus gibbus in Conservation Areas and Fishing Areas in the Fisheries Management Area of the Republic of Indonesia (FMA-RI 714) Using DNA Barcoding)
Gino V. Limmon 1 , Johannes M. S. Tetelepta 2 , Jesaja A. Pattikawa 2 , Juliana Natan 2 , Bruri M. Laimeheriwa 3 dan Brigitha M. Leatemia 4*
1 Jurusan Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Pattimura
2 Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Pattimura
3 Jurusan Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Pattimura
4 Mahasiswa Program Studi Magister Ilmu Kelautan, Program Pascasarjana ,Universitas Pattimura Corresponding author: leatemiagitha@gmail.com*
Received: 11 Desember 2023, Revised: 20 April 2024, Accepted: 30 April 2024
ABSTRAK: Akibat  tingginya  permintaan  maka  tingkat  pemanfaatan  ikan  karang  menjadi over  exploited di  WPP-NRI  714. Lutjanus  gibbus merupakan  salah  satu  jenis  ikan  karang target  yang  umumnya  ditangkap  karena  memiliki nilai  komersial  yang  tinggi.  Penelitian  ini bertujuan untuk menganalisa keragaman genetik, struktur populasi serta konektivitas populasi L.gibbus pada daerah konservasi dan daerah penangkapan di Ambalau, Banda dan Kei pada WPP-NRI 714 dengan menggunakan DNA barcoding . Hasil penelitian melalui rekonstruksi pohon filogenetik dari tiga populasi L. gibbus menunjukkan adanya kedekatan genetik yang didukung dengan perolehan jarak genetik yang kecil dengan kisaran nilai antara 0.000-0.0164. Nilai keragaman haplotipe (Hd) berkisar antara 0.9-1.0 dan keragaman nukleotida (π) berkisar antara  0.00325-0.00921,  menunjukkan  bahwa  populasi  Ambalau,  Banda  dan  Kei  memiliki keragaman  genetik  yang  tinggi.  Hasil  analisis Fixation  index (F st )  berkisar  antara -0.20370 hingga  -0.06965,  nilai  negatif  tersebut  mengindikasikan  bahwa  antar  ketiga  populasi  tidak mengalami diferensiasi genetik karena adanya aliran gen. Hal ini menyebabkan kekerabatan antar populasi dekat sehingga variasi gen antar populasi rendah dan terjadinya percampuran antar  populasi.  Konektivitas L.gibbus pada  seluruh  populasi  menunjukkan  bahwa  adanya aliran genetik pada ketiga populasi.
Kata Kunci: Lutjanus gibbus, konektivitas populasi, analisa filogenetik, WPP-NRI 714, DNA barcoding
ABSTRACT: Reef fish utilisation due to high demand has increased to over exploited in the Republic of Indonesia’s Fisheries Management Area (FMA-RI) 714. Lutjanus gibbus is one of the target reef fish species that is commonly fished because it’s high commercial value. This study  aimed  to  analyse  the  diversity  of  genetic,  variation  of  population  characters  and connectivity of L.gibbus in the conservation areas and fishing areas in Ambalau, Banda dan Kei in FMA-RI 714 using DNA barcoding. The reconstruction of phylogenetic trees from three
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 20(1) 16-27, April 2024 P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758
DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol20issue1page16-27
populations  of L.  gibbus has shown  the  close  genetic  supported  by  the acquisition  of  small genetic distances with a range from 0.000 to 0.0164. The highest genetic diversity (Hd) ranges from  0.9  to  1.0  and  the  nucleotide  diversity  ranges from  (π)  0.00325-0.00921,  indicate  the population  of  Ambalau  Island,  Banda  and  Kei  has  a  high  genetic  diversity.  Analysis  of Fixation index (Fst) ranges from -0.20370 to -0.06965, the negative value indicates that the three population did not experience genetic differentiation due to gene flow. This causes close relationships  between  populations,  so  that  due  gene  variation  between  population  becomes low and mixing occurs population. L.gibbus connectivity shows the presence of gene flow in all three of these population.
Keywords:  Lutjanus  gibbus, connectivity  population,  phylogenetic  analysis,  FMA-RI  714, DNA barcoding

## PENDAHULUAN
Sebagai  salah  satu  sumberdaya  laut  dan juga  komoditas  andalan  pada  sektor  perikanan yaitu  ikan  karang  yang  umumnya  ditangkap untuk  dikonsumsi  oleh  manusia.  Ikan  karang mengandung sumber protein hewani yang tinggi (Robinson  et  al.,  2023)  sehingga  menyebabkan permintaan pasar terhadap sumberdaya ini terus meningkat.  Ikan  kakap  (Famili  Lutjanidae) dikategorikan sebagai spesies ikan karang  target karena  memiliki  nilai  komersial  yang  tinggi, sehingga  diperdagangkan  untuk  dijadikan  baik sebagai  ikan  hias  maupun  dikonsumsi.    Salah satu  spesies  yang  termasuk  famili  Lutjanidae yakni Lutjanus  gibbus  yang umumnya  dikenal dengan  nama  ikan  kakap  merah  bungkuk  ( The humpback  red  snapper) .  Ciri  morfologi  dari L. gibbus umumnya  memiliki  panjang  350  mm, tetapi dapat mencapai panjang 500 mm. Habitat spesies L.  gibbus umumnya  berada  di  perairan berbatu, terumbu karang, berlumpur hingga pada kedalaman 60 m (Badrudin et al., 2003).
Tersedianya potensi sumberdaya perikanan yang  begitu  besar  pada  wilayah  perairan Indonesia  salah  satunya  perairan  Laut  Banda, menjadikan perairan tersebut sebagai bagian dari Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia (WPP-NRI) yakni WPP 714. Sebagai  wilayah  perairan  yang  terletak  dalam kawasan segititga karang dunia ( Coral Triangle), Laut Banda memiliki tingkat biodiversitas yang tinggi  (Limmon  et  al.,  2023).  Perairan  Laut Banda  juga  merupakan  tempat  mencari  makan, daerah  memijah  dan  asuhan  serta  rumah  dari berbagai  macam  spesies  ikan  termasuk  ikan
karang. Berdasarkan KEPMENKP No. 19 Tahun 2022 bahwa potensi sumberdaya ikan karang di WPP  714  sebesar  121.326  ton  dengan  total jumlah  tangkapan  yang  diperbolehkan  (JTB) yaitu  sebesar  97.061  ton.  Akan  tetapi  potensi sumberdaya  tersebut  telah  dimanfaatkan  secara berlebihan. Hal ini terihat pada status pemanfaatan ikan karang di WPP 714 yang telah mengalami  peningkatan  status  dari fully exploited (KKP,  2017)  menjadi over  exploited (KKP,  2022) , yang  mengindikasikan  bahwa eksploitasi  terhadap  sumberdaya  ikan  karang sudah melebihi JTB sehingga upaya penangkapan  harus  dikurangi.  Oleh  sebab  itu, perlu  adanya  pengelolaan  perikanan  secara keberlanjutan  terhadap  sumberdaya  tersebut. Strategi  efektif  yang  dapat  dilakukan  untuk memelihara keberadaan serta keberlanjutan dari sumberdaya  ikan  dan  keanekaragaman  hayati laut  yakni  dengan  adanya  kawasan  konservasi perairan  (KKP).  Keberadaan  suatu  kawasan konservasi  ini  tentunya  akan  sangat  membantu dalam rangka mewujudkan pengelolaan sumberdaya perikanan yang berkelanjutan, yakni dengan  cara  melindungi  habitat  penting  dari berbagai sumberdaya hayati laut.
Adanya  penyebaran  larva,  pergerakan juvenil  dan  migrasi  ikan  dewasa  yang  aktif bergerak dapat mengakibatkan suatu spesies atau populasi  pada  wilayah  yang  berbeda  memiliki keterkaitan  atau  konektivitas  secara  genetik (Laffoley  et  al.,  2008).  Informasi  terkait konektivitas  antara  kawasan  konservasi  dan sumberdaya  perikanan  dapat  menjadi  acuan dalam menentukan kebijakan terkait pengelolaan suatu  kawasan  konservasi  perairan  (MPA).
Studi Konektivitas Lutjanus gibbus Pada Daerah Konservasi dan Daerah Penangkapan … 18
Konektivitas  ekologis  dapat  dijelaskan  secara ilmiah melalui pendekatan molekuler yakni DNA barcoding .  DNA barcoding merupakan  metode identifikasi  organisme  dengan  menggunakan pendekatan  molekuler,  yang  berdasarkan  pada urutan  atau  sekuens  DNA  pendek  dan  sangat spesifik  yang  biasanya  terdapat  pada  gen mitokondria (Hebert et al., 2003). Deoxyribonucleic  acid mitokondria  (mtDNA) merupakan  salah  satu  marka  untuk  mengetahui keterkaitan  suatu  populasi.  Marka  DNA mitokondria digunakan untuk melihat keragaman molekular pada hewan, karena mudah menjelaskan  dan  menghasilkan  konektivitas populasi  pada  waktu  singkat  (Galtier  et  al., 2009). Konektivitas populasi juga mempengaruhi adaptasi suatu spesies. Informasi terkait  konektivitas  populasi  dapat  dijadikan sebagai acuan dalam melakukan upaya konservasi dan pemulihan suatu populasi, karena berdampak  secara  langsung  maupun  tidak terhadap  suatu  populasi  untuk  beradaptasi  pada lingkungannya (Hughes et al., 2008).
Data struktur populasi, keragaman genetik dan konektivitas antar populasi L. gibbus sangat penting  dalam  mendukung  upaya  konservasi  di WPP  714,  namun  informasi  tersebut  masih sangat  terbatas.  Berdasarkan  latar  belakang tersebut  maka  penelitian  ini  dilakukan  dengan
tujuan  untuk  menganalisis  keragaman  genetik, struktur  populasi  serta  konektivitas  antar populasi L.  gibbus pada  daerah  konservasi  dan daerah  penangkapan  di  WPP-NRI  714  dengan mengunakan  DNA barcoding. Penelitian  ini dianggap  perlu  untuk  dilakukan  agar  dapat dijadikan  sebagai  informasi  dalam  rangka menunjang  kegiatan  pengelolaan,  penetapan kawasan  konservasi  serta  strategi  berkelanjutan dalam  rangka  menjaga  dan  melestarikan sumberdaya hayati laut di Indonesia.

## METODE PENELITIAN

## Pengambilan Data
Penelitian dilakukan pada bulan April-Mei 2022 yang diawali dengan mengoleksi sampel L. gibbus pada  tiga  lokasi  berbeda  yaitu  perairan Pulau  Ambalau,  Kepulauan  Kei  dan  Kepulauan Banda  (Gambar  1)  yang  dianggap  dapat mewakili  daerah  penangkapan  dan  daerah konservasi  di  WPP  714  secara  keseluruhan. Kawasan  MPA  direpresentasikan  oleh  sampel dari  Pulau  Kei  dan  Pulau  Banda,  sedangkan untuk fishing  ground diwakili  oleh  Pulau Ambalau.  Proses  penelitian  terbagi  menjadi beberapa  tahapan  yakni  pengambilan  sampel, analisis molekuler dan analisa data.
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 20(1) 16-27, April 2024 P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758 DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol20issue1page16-27
Metode  survey  digunakan  dalam  proses pengambilan dan pengumpulan sampel. Sampel ikan L. gibbus dikoleksi dengan cara menyelam (diving) kemudian ditangkap dengan menggunakan  panah  dan  pancing  yang  dibeli dari  nelayan  dan  juga  pasar  tradisional.  Daging atau jaringan tubuh ikan kemudian dipotong dan dimasukkan  ke  dalam microtube  screw  cup 1.5 yang  sudah  diisi  sebelumnya  dengan  alkohol 96% dan diberikan nomor ID sampel. Kemudian sampel disimpan dan diawetkan di dalam lemari pendingin  untuk  proses  analisis  lanjutan  di laboratorium.
Analisis molekuler dilakukan di Laboratorium Biomolekuler
Fakultas Kedokteran,  Universitas  Pattimura.  Adapun tahapan analisis DNA barcoding diawali dengan proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan metode Polymerase  Chain  Reaction (PCR), pemisahan  fragmen  DNA  dengan  metode elektroforesis  dan  DNA sequencing .  Proses ekstraksi  atau  isolasi  DNA  bertujuan  untuk mengambil jaringan dari sampel, pemecahan/penghancuran jaringan dan sel (lisis) untuk  menghasilkan  produk  akhir  berupa ekstraksi  murni  dari  DNA  sampel.    Proses ekstraksi  DNA  yang  digunakan  mengikuti panduan Spin-Column  Protocol dari Qiagen Dneasy Blood & Tissue Kit. Metode ekstraksi ini sangat sederhana tetapi efisien untuk mengekstraksi DNA.
Proses  amplifikasi  DNA  dengan  metode PCR  bertujuan  untuk  melipatgandakan  suatu sekuen  nukleotida  tertentu  dalam  jumlah  yang banyak  menggunakan  primer  oligonukleotida. Penelitian  ini  menggunakan  sepasang  primer untuk  amplifikasi  fragmen  DNA  dari  gen Cytochrome  Oxidase  Subunit  I (COI)  universal yaitu LCO1490 (5’-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG  G-3’) dan HCO2198 (5’-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3’) (Folmer  et  al.,  1994).  Proses  amplifikasi  PCR menggunakan  mesin  PCR/alat thermocycler . Salah  satu  hal  penting  yang  harus  dilakukan sebelum proses ini berlangsung yaitu melakukan optimasi  PCR  agar    mendapatkan  kondisi  PCR yang  sesuai,  sehingga    memperoleh hasil  PCR yang optimal (Innis & Gelfand, 1990).
Kondisi  PCR  dilakukan  dalam  beberapa tahapan  dengan  variasi  suhu  dan  waktu berdasarkan proses optimasi PCR. Tahapan pada proses amplifikasi PCR yaitu (i) denaturasi ( hot start); (ii) tahap  amplifikasi  sebanyak  35 siklus/ulangan  yang  terdiri  atas  3  tahap  yakni denaturasi,  annealing dan  extension;  dan  tahap (iii) ekstensi akhir ( final extentsion) . Selanjutnya dilakukan  proses  pemisahan  fragmen  DNA dengan metode elektroforesis untuk memisahkan senyawa  kimia  berdasarkan  nilai  pergerakan molekul  pada  aliran  listrik  (Madduppa  et  al., 2016).  Setelah  itu  dilakukan  pengurutan  basa nukleotida pada molekul DNA, atau yang dikenal dengan  DNA Sequencing .  Pada  tahap  ini,  hasil DNA sequencing dikerjakan  oleh  perusahan  1 st Base di Malaysia.

## Analisis Data
Hasil sequence yang  diperoleh  akan digunakan  untuk  mengindentifikasi  spesies dengan bantuan software Molecular Evalutionary  Genetic  Analysis XI (MEGA  11). Software MEGA  digunakan  untuk  mengkaji evolusi  pada  materi  genetik  suatu  organisme, dengan  hasil  berupa  pohon  filogenetik  dan matrik jarak evolusi (Tamura et al., 2021). Proses analisis  data  ini  bertujuan  untuk  mengolah  data hasil sequence agar  diketahui  spesies  dari  kode genetiknya.  Data  sekuens  tersebut  kemudian disejajarkan dengan menggunakan tools alignment dan  metode  DNA  Weight  Matrix Clustal W yang terprogram pada MEGA 11. Data hasil  penyejajaran/ alignment ini  selanjutnya dilakukan penyesuaian haplotype yang  bertujuan untuk mengetahui kemiripan spesies berdasarkan pada tingkat kemiripan urutan basa nukleotidanya (similarity) serta untuk memvalidasi  hasil sequencing. Penyesuaian haplotipe spesies dilakukan dengan menggunakan    program  BLAST  ( Basic  Local Alignment  Search  Tool), dimana  urutan  basa nukleotida  dari  penelitian  ini  dibandingkan dengan  data  base  referensi  yang  tersedia  pada GenBank  yang  dapat  diakses  melalui  website NCBI.    Hasil  BLAST  pada  GenBank  nantinya digunakan  untuk  melihat  gen  sejenis  pada beberapa spesimen yang ditemukan berdasarkan data sampel.
Studi Konektivitas Lutjanus gibbus Pada Daerah Konservasi dan Daerah Penangkapan … 20
Setelah  proses  penyejajaran  hasil  sekuens (alignment) dilakukan pembuatan pohon filogeni untuk  menganalisis  seberapa  dekat  dan  jauh hubungan  kekerabatan  antar  spesies.  Jarak genetik  antar  spesies  dihitung  menggunakan model Maximum Composite Likelihood . Metode analisis Neighbor-Joining  Tree (NJ)  model Kimura-2  parameter  dengan  1.000 bootstrap digunakan  untuk  membuat  kontruksi  pohon filogeni . Kemudian  analisis  tingkat  keragaman genetik diuji menggunakan software DnaSP versi 6 (Akbar & Labenua, 2020; Rozas et al., 2017), sedangkan struktur populasi dianalisis berdasarkan  nilai Fixation  Index (F st )  yang dihasilkan pada program Arlequinn. Selanjutnya, pembuatan  diagram haplotype  network untuk analisis  konektivitas  antar  populasi  dilakukan menggunakan software PopArt  dengan  metode jaringan  haplotip Minimum  Spanning  Networks (MSN) (Paradis, 2018).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil  analisis BLAST pada  urutan  basa nukleotida dari gen COI (Tabel 1). menunjukkan bahwa  semua  hasil DNA  sequencing dari penelitian  ini  berhasil  diidentifikasi  sebagai spesies L. gibbus dengan tingkat kemiripan atau nilai identified yang  tinggi  yaitu  98.22-99.84%. Hal  ini  menunjukkan  bahwa  sebesar  98.22- 99.84%  dari  urutan  basa  nukleotida  hasil DNA sequencing pada  penelitian  ini  memiliki kesejajaran/kesamaan dengan urutan basa nukleotida  yang  terdapat  pada  GenBank. Semakin  tinggi  nilai identified yang  diperoleh pada  analisis  BLAST  maka  semakin  tinggi similarity antara  sekuens  pada  penelitian  ini dengan  sekuens  referensi  yang  terdapat  pada Genbank. Persentase Query  cover pada  semua sekuens memiliki nilai 97%, artinya sebesar 97% dari  total  panjang  fragmen DNA  Sequencing yang  terpakai  untuk  dianalisa  dan  disejajarkan dengan DNA  Sequencing pada GenBank . Panjang fragmen DNA L. gibbus pada penelitian ini berkisar antara 623-654 bp.

## Pohon Filogenetik
Rekonstruksi pohon filogenetik dihasilkan dari  13  sekuens  DNA L.gibbus dari  ketiga
populasi dan spesies L.ruselli sebagai outgruoup. Hasil  analisis  menunjukkan  bahwa  pohon filogenetik L.gibbus pada  WPP  714  tersusun secara  monofiletik  karena  bercabang  dari  satu sumber  percabangan,  yang  berarti  bahwa spesimen L.gibbus pada ketiga lokasi penelitian ini  berasal  dari  satu  garis  keturunan  nenek moyang  asal  yang  sama  (Gambar  2).  Analisis filogenetik  memperlihatkan  bahwa  terdapat beberapa  spesimen  pada  clade  yang  pertama yakni  Banda_3,  Banda_4,  Banda_2,  Banda_1, Kei_3,  Kei_2,  Kei_1,  Amb_5  dan  Banda_5 dengan  dukungan  nilai boostrap 49%.  Clade kedua terdapat spesies Amb_3 dan Kei_3 dengan nilai boostrap 36%. Pada clade ketiga terdiri atas spesimen Amb-1 dengan nilai boostrap 38% dan clade keempat terdapat spesimen Amb_2 dengan nilai boostrap pada percabangan awal yaitu 46%.
Hubungan kekerabatan  antar spesies yang dikonstruksikan pada pohon filogeni berkolerasi dengan hasil jarak genetik spesies  (Lucic et al., 2011). Hubungan kekerabatan yang dekat antara spesimen  pada  ketiga  populasi  ditunjukkan dengan  hasil  analisis  jarak  genetik  yang  kecil. Hubungan  yang  dilakukan  dengan  analisis filogenetik mampu mengidentifikasi dan menunjukkan hubungan yang erat antara spesies (Madduppa et al., 2016).

## Jarak Genetik
Analisis  jarak  genetik  antar  spesies  dihasilkan dengan menggunakan model Kimura-2
Parameter yang terdapat dalam software MEGA 11.  Hubungan  kedekatan  genetik  antar  spesies atau  populasi  dapat  diketahui  melalui  analisis jarak  genetik,  sehingga  dapat  memberikan informasi dalam rangka konservasi populasi dan manajemen perikanan berkelanjutan (Madduppa et  al.,  2016).  Hasil  analisis  jarak  genetik  antar spesies L.gibbus pada  WPP  714  berkisar  antara nilai 0.000-0.0165 (Tabel 2). Jarak genetik antar spesimen  pada  ketiga  populasi  masih  tergolong rendah  atau  dekat  satu  dengan  lainnya,  dimana jarak  genetik  yang  didapatkan  berkisar  antara nilai  0.000-0.0165.  Hal  ini  mengindikasikan bahwa  spesies L.gibbus pada  Pulau  Ambalau, Banda dan Kei  memiliki kedekatan genetik dan hubungan kekerabatan yang dekat. Jarak genetik terbesar  ditemukan  antara  spesimen  Kei-4
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 20(1) 16-27, April 2024 P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758
DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol20issue1page16-27
dengan  Kei-2  dan  Banda-2  dengan  Kei-4  yakni sebesar 0.0165 (1.65%). Sedangkan jarak genetik terkecil    yakni  0.000  (0%)  ditemukkan  antara
spesimen  Banda-1    dengan  Kei-3,  Banda-4 dengan Kei-1, Banda-5 dengan Kei-1 dan Banda- 5 dengan Banda 4.
Tabel 1. Spesies Lutjanus gibbus pada WPP 714 yang teridentifikasi di NCBI
No. ID Sequence Spesies Hasil BLAST dengan GenBank (NCBI) Query Cover (%) Identified (%) Identities Panjang Fragmen (bp) 1. Amb_1 L.gibbus 97 98.85 603/610 623 2. Amb_2 L.gibbus 97 99.18 604/609 624 3. Amb_3 L.gibbus 97 99.19 609/614 627 4. Amb_5 L.gibbus 97 99.69 638/640 654 5. Kei_1 L.gibbus 97 99.52 617/620 633 6. Kei_2 L.gibbus 97 99.84 628/629 644 7. Kei_3 L.gibbus 97 99.20 618/623 637 8. Kei_4 L.gibbus 97 98.22 608/619 636 9. Banda_1 L.gibbus 97 99.35 614/618 634 10. Banda_2 L.gibbus 97 99.52 625/628 643 11. Banda_3 L.gibbus 97 99.68 631/633 647 12. Banda_4 L.gibbus 97 99.52 617/620 636 13. Banda_5 L.gibbus 97 99.35 613/617 632
Gambar 2. Rekonstruksi pohon filogenetik Lutanus gibbus WPP 714
Studi Konektivitas Lutjanus gibbus Pada Daerah Konservasi dan Daerah Penangkapan … 22
Tabel 2. Jarak genetik Lutjanus gibbus WPP 714
No. Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 1 Amb_1 2 Amb_2 0.0081 3 Amb_3 0,0910 0.0081 4 Amb_5 0.0098 0.0048 0.0065 5 Kei_1 0.0081 0.0032 0.0048 0.0016 6 Kei_2 0,0792 0.0065 0.0081 0.0016 0.0032 7 Kei_3 0.0081 0.0032 0.0048 0.0048 0.0032 0.0065 8 Kei_4 0.0081 0,0910 0,1021 0,1021 0,0910 0.0165* 0,0910 9 Banda_1 0.0081 0.0032 0.0048 0.0048 0.0032 0.0065 0.0000* 0,0910 10 Banda_2 0,0792 0.0065 0.0081 0.0016 0.0032 0.0032 0.0065 0.0165** 0.0065 11 Banda_3 0.0098 0.0048 0.0065 0.0032 0.0016 0.0016 0.0048 0,1021 0.0048 0.0048 12 Banda_4 0.0081 0.0032 0.0048 0.0016 0.0000* 0.0032 0.0032 0,0910 0.0032 0.0032 0.0016 13 Banda_5 0.0081 0.0032 0.0048 0.0016 0.0000* 0.0032 0.0032 0,0910 0.0032 0.0032 0.0016 0.0000*
Keterangan : Nilai jarak genetik terendah ( * ) dan jarak genetik terbesar ( ** )
Jarak  genetik  berada  pada  kisaran  nilai 0.010-0.099  masih  dikategorikan  rendah  (Nei, 1972).  Perolehan  nilai  jarak  genetik  dapat membentuk pohon filogenetik, sehingga hubungan  kekerabatan  antar  spesies  maupun subspecies  dapat  tergambar  dengan  jelas. Semakin  kecil  jarak  genetik  antara  dua organisme,  maka  semakin  dekat  pula  hubungan kekerabatannya  (Tallei  &  Kolondam,  2015). Nilai  jarak  genetik  yang  kecil  yakni  0.00 mengindikasikan bahwa terdapat kemiripan/kesamaan  sekuens  basa  nukelotida antar  spesimen.  Kemiripan  sekuens  basa nukelotida  yang  tinggi  antar  individu  atau populasi  disebabkan  karena  berasal  dari  garis keturunan atau nenek moyang yang sama (Butet et  al.,  2019).  Adanya  kemiripan  sekuens  DNA antar  beberapa  spesimen  pada  populasi  Banda dan  Kei,  mengindikasikan  bahwa  spesimen tersebut  berasal  dari  satu  garis  keturunan  atau dengan kata  lain nenek moyang  yang sama dan bermigrasi dengan pola migrasi pada lokasi yang sama sehingga mengakibakan adanya kemiripan genetik antar spesimen pada kedua populasi ini. Menurut (Akbar et al., 2014), kemiripan genetik suatu spesies pada beberapa populasi, mengindikasikan  bahwa  bahwa  spesies  tersebut memiliki tingkat migrasi yang tinggi. Nilai jarak genetik  antar  spesimen  Banda-4  dan  Banda-5
yaitu  0.000,  dan  nilai  jarak  genetik  antara  dua spesimen  tersebut  dengan  Kei-1  adalah  0.000, sehingga diindikasikan bahwa spesimen L.gibbus Banda-4  dan  Banda-5  memiliki kedekatan  secara  genetik  yang  dekat  dengan spesimen  Kei-1.  Kedekatan  jarak  genetik  ini diduga karena adanya migrasi yang menyebabkan terjadinya sharring genetik sehingga  spesimen-spesimen  tersebut  masih termasuk  dalam  satu  kumpulan  gen/ gene  pool yang sama. Adanya aliran gen yang terjadi antar ketiga  populasi  ini  akan mengakibatkan terbentuknya  konektivitas  populasi L.gibbus antar perairan tersebut. Konektivitas dapat terjadi karena  adanya  distribusi  individu  suatu  spesies ke  populasi  lain  sehingga  menyebabkan keterkaitan  antar  populasi  (Madduppa  et  al., 2016). Gen flow disebabkan  karena  adanya pergerakan spesies  yang melakukan migrasi dari satu  wilayah  ke  wilayah  perairan  lainnya,  serta penyebaran  (dispersal)  larva  karena  adanya transport arus laut (Saleky & Dailami, 2021).

## Keragaman Genetik
Keragaman genetik pada umumnya didasarkan pada nilai keragaman haplotipe (Hd) (Nei, 1972).  Berdasarkan pada nilai keragaman haplotipe (Hd) yang berkisar antar nilai 0.9-1.0, maka  keragaman  genetik  pada  setiap  populasi
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 20(1) 16-27, April 2024 P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758 DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol20issue1page16-27
termasuk dalam kategori tinggi. Secara keseluruhan keragaman genetik populasi L.gibbus pada  ketiga  lokasi  relatif  tinggi  yakni sebesar  0.94  (Tabel  3).  Faktor  penyebab tingginya  nilai  keragaman  genetik  pada  suatu populasi  yaitu  adanya  perkawinan  acak,  mutasi gen,  ukuran  populasi,  migrasi  spesies  dalam rangka  mencari  makan  dan  bereproduksi  dan terjadinya seleksi alam (Adams et al., 2019; Chiu et al., 2013). Diduga perolehan nilai keragaman gen  yang  tinggi  ini  disebabkan  karena  ukuran populasi  yang  besar,  kemampuan  migrasi spesies, perkawinan acak. Semakin besar ukuran suatu populasi maka semakin tinggi pula tingkat keragaman  genetiknya.  Migrasi  spesies  akan menyebabkan  terjadinya  perkawinan  acak  antar populasi  dan  terjadi  aliran  gen (gen  flow) antar populasi yang berbeda tersebut.
Hasil  penelitian  menunjukkan  populasi L.gibbus pada  ketiga  lokasi  memiliki  masing- masing  4  haplotipe  dari  total  13  sekuens  DNA (Tabel  3).  Variasi  haplotipe  sangat  menentukan keragaman  genetik  suatu  populasi,  dimana tingkat keragaman genetik yang tinggi ditunjukkan  dari  jumlah  haplotype  yang beragam.  Semakin  beragam  atau  meningkatnya jumlah  haplotype  maka  tingkat  keragaman genetik  akan  menjadi  tinggi  (Hughes  et  al., 2008).  Kondisi  atau  karakteristik  lingkungan perairan yang mendukung serta jumlah individu dalam  populasi  yang  tinggi  menjadi  faktor penyebab  haplotipe L.gibbus pada  ketiga populasi ini bervariasi. Suatu populasi dikatakan dalam  kondisi  stabil  dan  baik  apabila  memiliki keragaman  genetik  yang  tinggi  (Akbar  & Labenua,  2020).  Hal  ini  dikarenakan  variasi genetik dapat mempengaruhi kemampuan individu  untuk  beradaptasi  dan  bertahan  hidup pada  lingkungannya  lingkungannya.  Dengan
demikian,  maka  dapat  diindikasikan  bahwa ketiga populasi L.gibbus ini masih dalam kondisi baik.  Variasi  gen  dari  individu  didalam  suatu populasi  berpengaruh  terhadap  kemampuan populasi  tersebut  dalam  merespon  adanya perubahan lingkungan yang terjadi (Akbar et al., 2014).  Nilai  analisis  keragaman  nukleotida  (π) berkisar  antara  0.00325-0.00921  dan  secara keseluruhan keragaman nukleotida yaitu sebesar 0.00613.  Keragaman  nukleotida  penting  untuk dipertahankan  agar  kelestarian  spesies  tetap terjaga. Semakin besar nilai keragaman nukelotida maka semakin tinggi tingkat keragaman genetik suatu populasi (Muliani et al., 2020).

## Struktur Populasi
Struktur  populasi L.gibbus pada  ketiga lokasi diukur  dengan  menggunakan Fixation Index (F st ). Nilai F st umumnya digunakan untuk menganalisis  perbedaan  genetik  (diferensiasi genetik)  dan  aliran  gen  antara  dua  atau  lebih populasi.  Nilai  F st antar  ketiga  lokasi  berkisar antar nilai -0.20370 hingga -0.06965 (Tabel 4).
Nilai F st yang bernilai negatif menunjukkan  antara  populasi  Ambalau,  Banda dan  Kei  tidak  mengalami  diferensiasi  genetik, sehingga  diindikasikan  bahwa  telah  terjadi percampuran  genetik  antar  ketiga  populasi. Tidak  terjadi  diferensiasi      genetik,  disebabkan karena  adanya  perkawinan  acak  antar  populasi sehingga menghasilkan aliran gen. Adanya aliran gen (gene flow) mengakibatkan tingkat keragaman  genetik  antar  populasi  rendah  dan populasi menjadi saling terhubung secara genetik (genetic  connectivity) (Satriani  et  al.,  2002). Aliran genetik yang terjadi antar ketiga populasi menyebabkan keragaman genetik antar populasi menjadi rendah.
Tabel 3. Hasil analisis keragaman genetik pada tiga populasi Lutjanus gibbus di WPP 714
Lokasi n H n H d Π Ambalau 4 4 1 0.00840 Kei 4 4 1 0.00921 Banda 5 4 0,9 0.00325 Semua populasi 13 12 0,9487 0.00613
Keterangan : jumlah individu (n), jumlah haplotype (H n ), keragaman haplotype (H d ), dan keragaman nukleotida (π)
Studi Konektivitas Lutjanus gibbus Pada Daerah Konservasi dan Daerah Penangkapan …

## 24
Tabel 4. Hasil analisis struktur populasi (F st ) pada tiga populasi Lutjanus gibbus di WPP 714
Keragaman genetik yang rendah menandakan  bahwa  terdapat  kesamaan  genetik antar populasi tersebut, yang diduga disebabkan karena  adanya  kesamaan  kondisi  habitat  pada tiap  populasi.  Rendahnya  tingkat  diferensiasi genetik  suatu  populasi  dikarenakan  terdapat banyaknya  kesamaan  genetik  antar  populasi- populasi tersebut (Mulyasari et al., 2010). Hal ini dominan  terjadi  pada  biota  yang  memiliki kemampuan bergerak yang menyebabkan potensi aliran gen pada beberapa populasi lebih besar terjadi (Palumbi, 2003).

## Konektivitas Populasi
Konektivitas  genetik  dipelajari  untuk mengetahui  jejak  genetik  yang  ditinggalkan suatu  organisme  pada  saat  proses  migrasi  dari satu lokasi ke lokasi lain (Hellberg et al., 2002). Rekonstruksi haplotype network dibentuk untuk menunjukkan  konektivitas  atau  keterhubungan genetik (genetic  connectivity) antar  populasi. Diameter atau ukuran haplotipe menginterpretasikan  frekuensi  haplotipe  atau banyaknya  individu  dalam  suatu  kumpulan , dimana ukuran haplotype akan bertambah besar jika  jumlah  individu  yang  memiliki  kemiripan semakin banyak. Garis putus-putus yang terdapat pada  jaringan  mengindikasikan  adanya  mutasi yang  terjadi  pada  urutan  sekuens  DNA.  Hasil analisis haplotype  network antar  spesimen L.gibbus pada ketiga populasi dengan menggunakan  metode Minimum  Spanning Network menghasilkan  10  haplotipe,  dimana  8 haplotype  bersifat  spesifik  yang  hanya  terdiri atas  1  spesimen  dan  2  haplotipe  bersifat campuran  yang  terdiri  atas  beberapa  spesimen sehingga membentuk haplogroup (Tabel 5).
Haplotipe  yang  bersifat  spesifik  terdapat yakni  pada  spesimen  Amb_1,  Amb_2,  Amb_3, Amb_5,  Banda_2,  Banda_3,  Kei_2  dan  Kei_4. Delapan  spesimen  tersebut  tidak  menunjukkan adanya cluster pengelompokan sehingga membentuk  haplotipe  sendiri,  dikarenakan memiliki  urutan  basa  nukleotida  yang  sangat spesifik.  Pada  h aplogroup pertama  terdiri  dari spesimen  Kei_1,  Banda_4  dan  Banda_5, sedangkan haplogroup kedua  terdiri  atas spesimen  Kei_3  dan  Banda_1.    Terbentuknya kedua haplogroup ini menunjukkan bahwa telah terjadi  percampuran  haplotipe  antar  spesimen. Spesimen  yang  memiliki  kemiripan  gen  akan membentuk  suatu  haplotipe . Pembentukan haplotipe  terjadi  karena  adanya  kemiripan  basa nukleotida  dari  induknya.  Konstruksi haplotype network  yang  dihasilkan  menunjukkan  adanya konektivitas antar spesimen pada ketiga populasi (Gambar 3).
Adanya konektivitas genetik antar spesimen pada ketiga populasi mengindikasikan bahwa  telah  terjadi  percampuran genetik  antar populasi.    Beberapa  faktor  seperti sharring genetik (Leatemia et al., 2018), adanya kesamaan karakteristik lingkungan/kondisi habitat, adanya migrasi  dan  keterkaitan  antar  wilayah  perairan dapat menyebabkan populasi dari perairan yang berbeda memiliki kemiripan dan saling terhubung  secara  genetik  (Díaz-Ferguson  et  al., 2010;  Saleky  &  Dailami,  2021),  Migrasi  ikan memberikan peluang terjadinya perkawinan acak antar populasi, sehingga kemungkinan inbreeding antar spesies dalam suatu populasi itu kecil. Kemiripan nilai keragaman genetik diduga karena  ikan  mampu  bermigrasi  dan  memiliki distribusinya  yang  luas  di  laut,  sehingga berpeluang besar untuk bertemu dengan populasi lain  dari  berbagai  lokasi  (Akbar  &  Labenua, 2020).
Lokasi Ambalau Kei Banda Ambalau - - - Kei -0,20370 - - Banda -0,06965 -0,09524 -
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 20(1) 16-27, April 2024 P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758 DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol20issue1page16-27
Tabel 5. Distribusi Haplotipe L.gibbus pada WPP 714
Haplotipe Distribusi Haplotipe Hap_1:1 Amb_1 Hap_2:1 Amb_2 Hap_3:1 Amb_3 Hap_4:1 Amb_5 Hap_5:3 Kei_1, Banda_4, Banda_5 Hap_6:1 Kei_2 Hap_7:2 Kei_3, Banda_1 Hap_8:1 Kei_4 Hap_9:1 Banda_2 Hap_10:1 Banda_3
Gambar 3. Minimum spanning network (MSN) Lutjanus gibbus di WPP 714

## KESIMPULAN DAN SARAN
Hasil  penelitian  menggambarkan  bahwa ketiga  populasi L.gibbus yang  mewakili  daerah konservasi dan daerah penangkapan di WPP 714 menunjukkan  adanya  percampuran  populasi (mixing population) , sehingga adanya aliran gen antar populasi. Adanya aliran gen menyebabkan variasi  genetik  antar  populasi  menjadi  rendah dan populasi menjadi saling terhubung. Keragaman  genetik  pada  ketiga  populasi tergolong  tinggi,  hal  ini  terlihat  pada  nilai keragaman haplotipe (Hd) dan variasi haplotipe yang  tinggi.  Tingginya  tingkat  keragaman genetik  suatu  populasi  mengindikasikan  bahwa
populasi tersebut dalam keadaan baik dan stabil. Disarankan  agar  kedepannya  dapat  melakukan penambahan  jumlah  sampel  dan  juga  lokasi penelitian  sehingga  dapat  menggambarkan dengan  lebih  jelas  keragaman  genetik  dan konektivitas  populasi L.gibbus pada  WPP-NRI 714.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada    Yayasan  Konservasi  Indonesia  (YKI) yang  telah  membiayai  penelitian    ini  sehingga dapat    terlaksana  dan  selesai    dengan  baik.
Studi Konektivitas Lutjanus gibbus Pada Daerah Konservasi dan Daerah Penangkapan … 26
Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada Ir.  F.rederik  Rijoly,  M.Si    yang  membantu mengidentifikasi    spesimen  ikan,    serta  Cilun Djakiman,  S.Pi,  M.Sc  dan  Janet    Rande,  S.Pi yang  telah  membantu  dalam  mengolah  data penelitian.

## DAFTAR PUSTAKA
Adams, C. I. M., Knapp, M., Gemmell, N. J., Jeunen,
G. J., Bunce, M., Lamare, M. D., & Taylor, H. R. (2019). Beyond biodiversity: Can environmental  DNA  (eDNA)  cut  it  as  a population  genetics  tool? Genes , 10 (3). https://doi.org/10.3390/genes10030192
Akbar,  N.,  &  Labenua,  R.  (2020).  Struktur  Genetik
Populasi  Ikan  Cakalang, Katsuwonus  pelamis (Linneaus,  1758)  di  Perairan  Laut  Maluku Utara,  Indonesia. J.  Ilmu  Dan  Teknologi Kelautan Tropis , 12 (2), 407–419. https://doi.org/10.1016/S0140-
6736(13)61836-X.
Akbar,  N.,  Zamani,  N.,  &  Madduppa,  H.  (2014).
Keragaman  genetik  ikan  tuna  sirip  kuning ( Thunnus albacares ) dari dua populasi di Laut Maluku,  Indonesia. Depik , 3 (1),  65–73. https://doi.org/10.13170/depik.3.1.1304
Badrudin, Sumiono, B., & Rahmat, E. (2003). Kakap Merah :  Jenis-jenis  dan  Kunci  Identifikasi Genera . Penebar Swadaya.
Butet, N. A., Dewi, I. A. B. P., Zairion, & Hakim, A.
H. (2019). Validasi Spesies Undur-Undur Laut Berdasarkan  Penanda  Molekuler  16s  rRNA dari  Perairan  Bantul  dan  Purworejo. Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis , 3 (2), 28–35.
Chiu, Y. W., Bor, H., Tan, M. S., Lin, H. Du, & Jean, C.  T.  (2013).  Phylogeography  and  genetic differentiation among populations of the moon turban  snail Lunella  granulata Gmelin,  1791 (Gastropoda: Turbinidae). International Journal  of  Molecular  Sciences , 14 (5),  9062– 9079. https://doi.org/10.3390/ijms14059062
Díaz-Ferguson, E., Haney, R., Wares, J., & Silliman,
B.  (2010).  Population  genetics  of  a  trochid gastropod  broadens  picture  of  caribbean  sea connectivity. PLoS ONE , 5 (9), 1–8. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0012675 Folmer,  O.,  Black,  M.,  Hoeh,  W.,  Lutz,  R.,  &
Vrijenhoek,  R.  (1994).  DNA  primers  for amplification  of  mitochondrial  cytochrome  c oxidase  subunit  I  from  diverse  metazoan invertebrates. Molecular  Marine  Biology  and
Biotechnology , 3 (5), 294–299.
Galtier, N., Nabholz, B., GlÉmin, S., & Hurst, G. D. D. (2009). Mitochondrial DNA as a marker of molecular  diversity:  A  reappraisal. Molecular
Ecology , 18 (22), 4541–4550. https://doi.org/10.1111/j.1365- 294X.2009.04380.x Hebert,  P.  D.  N.,  Cywinska,  A.,  Ball,  S.  L.,  & DeWaard, J. R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society B: Biological
Sciences , 270 (1512), 313–321. https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
Hellberg,  M.  E.,  Burton,  R.  S.,  Neigel,  J.  E.,  &
Palumbi,  S.  R.  (2002).  genetic  Assessment  of Connectivity  Among  Marine  Populations.
Bulletin of Marine Science , 70 (1), 273–290.
Hughes, A., Inouye, B., Johnson, M., Underwood, N.,
& Vellend, M. (2008). Ecological Consequences  of  Genetic  Diversity. Ecology Letters , 11 , 609–623.
Innis,  M.,  &  Gelfand,  D.  (1990).  Optimization  of PCRs. In PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (pp. 3–12). Academic Press,
London.
KKP.  (2017). Keputusan  Menteri  Kelautan  dan
Perikanan Republik Indonesia Nomor 50/Kepmen-Kp/2017 Estimasi Potensi, Jumlah Tangkapan  yang  Diperbolehkan,  dan  Tingkat Pemanfaatan  Sumber  Daya  Ikan  di  Wilayah Pengelolaan  Perikanan  Negara  Republik Indonesia . KKP.  (2022). Peraturan  Menteri  Kelautan  dan Perikanan  Republik  Indonesia  No  19  Tahun 2022 tentang Statuta Politeknik Kelautan dan Perikanan Jembrana .
Laffoley,  D.,  White,    a,  Kilarski,  S.,  Gleason,  M., Smith,  S.,  Llewellyn,  G.,  Day,  J.,  Hillary,    a, Wedell,  V.,  &  Pee,  D.  (2008).  Establishing Resilient Marine Protected Area Networks — Making  It  Happen.  In Governance  An International Journal Of Policy And Administration .
Leatemia, S. P. O., Manumpil, A. W., Saleky, D., & Dailami,  M.  (2018).  DNA  Barcode  dan Molekuler  Filogeni Turbo sp.  di  Perairan Manokwari  Papua  Barat  DNA. Prosiding Seminar  Nasional  Mipa  Unipa  Ke  3  Tahun 2018 , March , 103–114.
Limmon, G. V., Masdar, H., Muenzel, D., Shalders,
T.  C.,  Djakiman,  C.,  Beger,  M., Jompa,  J., & De  Brauwer,  M.  (2023).  A  cause  for  hope: largely intact coral-reef communities with high reef-fish biomass in a remote Indonesian island
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 20(1) 16-27, April 2024 P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758
DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol20issue1page16-27 group. Marine  and  Freshwater  Research , 74 (6),
479–490.
https://doi.org/10.1071/MF22075
Lucic,  A.,  Isajev,  V.,  Rakonjac,  L.,  Mataruga,  M., Babic,  V.,  Ristic,  D.,  &  Drinic,  S.  (2011). Application of  Various Statistical  Methods to Analyze Genetic Diversity of Austrian ( Pinus nigra Arn.) and Scots Pine ( Pinus sylvestris L) Based  on  Protein  Markers. Genetika , 43 (3),
477–486. https://doi.org/010.2298/GENSR1103477L Madduppa,  H.,  Ayuningtyas,  R.  U.,  Subhan,  B.,
Arafat,  D.,  &  .  P.  (2016).  Exploited  but Unevaluated: DNA Barcoding Reveals Skates and  Stingrays  (Chordata,  Chondrichthyes) Species Landed in the Indonesian Fish Market. ILMU  KELAUTAN:  Indonesian  Journal  of Marine
Sciences , 21 (2), 77.
https://doi.org/10.14710/ik.ijms.21.2.77-84
Muliani, D. R., Yulianda, F., & Butet, N. A. (2020).
Karakteristik gen Cytochrome Oxidase Subunit  I  (COI)  tiram  daging  dari  genus Crassostrea  sebagai  identitas  jenis  di  Delta Cimanuk,  Jawa  Barat. Jurnal  Moluska Indonesia , 4 (1), 8–16.
Mulyasari,  Soelistyowati,  D.,  Kristanto,  A.,  & Kusmini,  I.  (2010).  Karakteristik  Genetik Enam  Populasi  Ikan  Nilem  ( Osteochilus hasselti )  di  Jawa  Barat. J.  Riset  Akuakultur ,
5 (2), 175–182.
Nei, M. (1972). Chapter 9: Genetic Distance Between
Populations. The American Naturalist , 106 (949),
283–292. https://doi.org/10.7312/nei-92038-010
Palumbi,  S.  R.  (2003).  Population  genetics, demographic  connectivity,  and  the  design  of marine reserves. Ecological Applications , 13 (1 SUPPL.),
146–158. https://doi.org/10.1890/1051- 0761(2003)013[0146:pgdcat]2.0.co;2
Paradis, E.  (2018).  Analysis of  haplotype  networks:
The  randomized  minimum  spanning  tree method. Methods  in  Ecology  and  Evolution , 9 (5), 1308–1317.
https://doi.org/10.1111/2041-210X.12969
Robinson,  J.  P.  W.,  Darling,  E.  S.,  Maire,  E.,
Hamilton,  M.,  Hicks,  C.  C.,  Jupiter,  S.  D., Aaron Macneil, M., Mangubhai, S., McClanahan, T., Nand, Y., & Graham, N. A. J. (2023).  Trophic  distribution  of  nutrient production in coral reef fisheries. Proceedings of  the  Royal  Society  B:  Biological  Sciences ,
290 (2008). https://doi.org/10.1098/rspb.2023.1601
Rozas, J., Ferrer-Mata, A., Sanchez-DelBarrio, J. C.,
Guirao-Rico, S., Librado, P., Ramos-Onsins, S. E.,  &  Sanchez-Gracia,  A.  (2017).  DnaSP  6: DNA sequence polymorphism analysis of large data  sets. Molecular  Biology  and  Evolution , 34 (12), 3299–3302.
https://doi.org/10.1093/molbev/msx248
Saleky,  D.,  &  Dailami,  M.  (2021).  Konservasi Genetik  Ikan  Kakap  Putih  ( Lates  calcarifer , Bloch,  1790)  Melalui  Pendekatan  DNA Barcoding  dan  Analisis Filogenetik  di  Sungai Kumbe  Merauke  Papua. Jurnal  Kelautan
Tropis , 24 (2), 141–150. https://doi.org/10.14710/jkt.v24i2.10760
Satriani,  N.,  Farajallah,  A.,  &  Muladno.  (2002).
Keragaman Genetik Sappi Peternakan Ongole (PO)  Berdasarkan  Uji  DNA  Mikrosatelit. Media Peternakan , 25 (3), 84–91.
Tallei, T., & Kolondam, B. (2015). DNA Barcoding of Sangihe Nutmeg ( Myristica fragrans ) using matK  Gene. HAYATI  Journal  of  Biosciences , 22 (1), 41–47.
https://doi.org/10.4308/hjb.22.1.41
Tamura,  K.,  Stecher,  G.,  &  Kumar,  S.  (2021). MEGA11:  Molecular  Evolutionary  Genetics Analysis  Version  11. Molecular  Biology  and Evolution , 38 (7), 3022–3027. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120