Studi In Silico Kandungan Senyawa Daun Srikaya (Annona squamosa L.)Terhadap Protein Dihydrofolate Reductase Pada Mycobacterium tuberculosis

## In Silico Study of Srikaya Leaf Compounds (Annona squamosa L.)
Against Protein Dihydrofolate Reductase in

## Mycobacterium tuberculosis
Nur Cholis Endriyatno * , Muhammad Walid Fakultas Farmasi, Universitas Pekalongan, Jl. Sriwijaya No. 3 Kota Pekalongan, Indonesia *E-mail: nurcholisendriyatno@gmail.com
Received: 09 April 2022; Accepted: 20 June 2022; Published: 25 June 2022

## Abstrak
Tuberkulosis  disebabkan  oleh  bakteri Mycobacterium  tuberculosis. Tuberkulosis  merupakan  salah  satu permasalahan di dunia terlebih lagi permasalahan resistensi yang menuntut diperlukanya pencarian alternatif obat baru salah satunya dari senyawa alam. Studi in silico dengan metode docking molecular dapat digunakan sebagai uji pendahuluan untuk menilai potensi dari suatu senyawa alam. Pada penelitian ini menggunakan protein target dihydrofolate reductase : 4KL9 dan 4KM2 dengan ligan asli P33 dan ATR pada Mycobacterium tuberculosis . Dihydrofolate reductase merupakan salah satu protein yang memiliki peran yang penting dalam biosintesis  nukleotida  dan  telah  menjadi  target  obat  antibakteri.  Senyawa  alam  yang  diuji  yaitu anonaine, asimilobine ,  dan corypalmine yang  terkandung  dalam  daun  sirsak.  Hasil docking  molecular menunjukkan bahwa ketiga senyawa tersebut memiliki skor docking terutama pada target protein 4KL9 yang nilainya lebih rendah dibanding ligan asli. Nilai yang lebih rendah memiliki arti bahwa ikatan ligan dan protein target lebih kuat dibandingkan ligan asli. Ketiga ligan senyawa pada protein target 4KM2 memiliki skor docking lebih tinggi  dibanding  dengan  ligan  asli  artinya  ikatan  ketiga  ligan  tersebut  tidak  sekuat  ligan  asli,  akan  tetapi nilainya tidak terpaut jauh. Selain itu terdapat kesamaan residu yang terlibat dari ligan asli dan ligan ketiga senyawa  terhadap  protein  target.  Maka  dari  itu  dapat  disimpulkan  berdasarkan  studi in  silico kandungan senyawa anonaine, asimilobine , dan corypalmine mungkin memiliki aktivitas antituberkulosis. Kata Kunci : Molecular Docking , 4KL9, 4KM2, Antituberkulosis, Senyawa Alam

## Abstract
Tuberculosis is caused by the Mycobacterium tuberculosis. Tuberculosis is one of the problems in the world, especially the problem of resistance which requires the search for new alternative drugs, one of which is from natural compounds.In silico studies with molecular docking method can be used as a preliminary test to assess the potency of a natural compound. In this study, the target proteins were Dihydrofolate Reductase: 4KL9 and 4KM2 with the original P33 and ATR ligands on Mycobacterium tuberculosis. Dihydrofolate reductase is a protein that has an important role in nucleotide biosynthesis, and has become a target for antibacterial drugs.  The  natural  compounds  tested  were  anonaine,  asimilobine,  and  corypalmine  contained  in  soursop leaves. The molecular docking results showed that the three compounds had docking score, especially for the 4KL9 target protein, which was lower than the original ligand. A lower value means that the binding of the ligand and target protein is stronger than that of the native ligand. The three compound ligands on the target protein 4KM2 have a higher docking score  than the original ligand, meaning that the binding of the three ligands is not as strong as the original ligand, but the values are not far apart. In addition, there are similar residues  involved  from  the  original  ligand  and  the  ligands  of  the  three  compounds  to  the  target  protein. Therefore,  it  can  be  concluded  based  on  an  in  silico  study  of  the  content  of  anonaine,  asimilobine,  and corypalmine compounds that may have antituberculosis activity.
Keywords: Molecular Docking, 4KL9, 4KM2, Antituberculosis, Natural Compounds

## PENDAHULUAN
Penyakit  menular  seperti  tuberculosis merupakan  salah  satu  permasalahan  di  dunia yang  perlu  untuk  diperhatikan.  Tuberkulosis adalah  salah  satu  penyebab  utama  pada kesehatan  yang  sangat  buruk  serta  menjadi penyebab  utama  kematian  di  seluruh  dunia. Sampai  saat  pandemi  coronavirus  (COVID- 19), tuberkulosis merupakan penyakit melunar penyebab kematian yang berasal dari dari agen infeksi  tunggal,  yang  memiliki  tingkatan  di atas  penyakit  HIV/AIDS  (WHO,  2021). Penularan  dari  tuberkulosis  dapat  terjadi ketika  pasien  tuberkulosis  batuk  atau  bersin, hal tersebut menyebabkan bakteri tersebar ke udara  yang  berbentuk  percikan  kecil  dari dahak  ( droplet  nuclei ).  Dalam  penularannya pasien  dengan  sekali  batuk  ataupun  bersin dapat mengeluarkan dahak berbentuk percikan  dengan  jumlah  sekitar  kurang  lebih 3000.  Pada  umumnya  penyakit  infeksi tuberkulosis    dapat  ditularkan  dalam  sebuah ruangan  yang  mana  percikan  dahak  tersebut mampu  berada  di  udara  dengan  waktu  yang sangat  lama  sehingga  kemungkinan  untuk terlutar  semakin  besar  (Pangestika et  al. , 2019).  Pada  penelitian  sebelumnya  penyakit tuberkulosis  dapat  menyerang  anak,  remaja, dewasa,  lansia,  bahkan  manula  (Kristini  and Hamidah, 2020). Sekitar seperempat populasi dunia  tekena  penyakit  tuberkulosis  (WHO, 2021).  Berdasarkan  data  WHO  India  dan indonesia, sebelumnya telah menjadi kontributor  utama  peningkatan  besar  dalam pemberitahuan  TB  antara  tahun  2013  dan 2019.
Mycobacterium  tuberculosis merupakan bakteri  penyebab  dari  penyakit  tuberculosis (Pai et  al. ,  2016). M.  tuberculosis termasuk bakteri  yang  penting  dan  termasuk  paling umum  dijumpai.  Bakteri  ini  ialah  sebuah bakteri basil yang memiliki sifat karakteristik yang  sangat  kuat,  dalam  pengobatanya membutuhkan  waktu  yang  lama.  Infeksi tersebut pada umumnya dapat ditemukan pada organ  paru-paru  (90%)  dibandingkan  dengan organ lain (Endriyatno and Santoso, 2018).
Sebagian besar tuberkulosis akan mengalami penyembuhan dengan mengonsumsi obat-obatan. Akan tetapi, tidak semua  pasien  yang  terinfeksi  tuberkulosis sembuh  dengan  mudah  melalui  pengobatan standar. Hal tersebut terjadi karena pengobatan  yang  dilakukan  belum  dilakukan dengan baik dan benar sehingga dimungkinkan  terjadi  resistensi  dengan  Obat Anti  Tuberkulosis  (OAT),  resistensi  tersebut dapat  berupa Extensively  Drug  Resistant Tuberculosis (XDR  TB),  dan Multidrug Resistant  Tuberculosis (MDR  TB)  (Siregar, 2019).  Pengatasan  resistensi  dapat  dilakukan dengan  sosialisasi  dan  pengembangan  obat baru.  Pengembangan  obat  dapat  dilakukan dengan mencari aktivitas antituberkulosis dari bahan alam.
Tumbuhan  srikaya  ( Annona  squamosa ) merupakan  tumbuhan  umum  yang  ada  di Indonesia. Daun srikaya banyak dimanfaatkan untuk  kesehatan,  bahkan  pada  penelitian sebelumnya membuktikan bahwa daun srikaya memiliki aktivitas antibakteri (Swantara et  al. ,  2022).  Senyawa  yang terkandung dalam daun srikaya yang memiliki potensi sebagai antibakteri diantaranya adalah anonaine,  asimilobine,  dan  corypalmine (Pinto et al. , 2017). Anonaine adalah alkaloid isoquinoline yang  diisolasi  dari  daun  srikaya yang  memiliki  berbagai  aktivitas  biologis seperti efek vasorelaksan, antibakteri, antijamur,  antioksidan,  dan  antidepresan (Porwal  and  K,  2013;  Porwal  and  Kumar, 2015). Asimilobine merupakan sebuah alkaloid yang ditemukan di daun sirsak yang memiliki aktivitas sebagai antibakteri (Pinto et al. , 2017; Nugraha et al. , 2019). Corypalmine merupakan senyawa alkaloid yang terkandung dalam daun sirsak, senyawa tersebut diketahui memiliki potensi sebagai antibakteri (Pinto et al. , 2017; Nugraha et al. , 2019).
Kandungan  senyawa  didalam  daun srikaya  diharapkan  menjadi  salah  satu  solusi dari  pencarian  alternatif  pengobatan  yang berasal dari bahan alam sebagai antituberkulosis. Penelitian komputasi
( molecular  docking )  merupakan  sebuah  alat
yang  popular  untuk  skrining  interaksi  antara protein dan ligan (Ali et al. , 2018). Maka dari itu  dilakukan  penelitian  komputasi  antara protein  4KL9  (ligan  asli  P33)  dan  4KM2 (ligan  asli  ATR)  dari M.  tuberculosis . Penelitian  komputasi  dilakukan  sebagai penelitian pendahuluan yang digunakan untuk memprediksi apakah senyawa tersebut memiliki  potensi  antituberkulosis  terhadap protein target pada M. tuberculosis . Parameter yang  digunakan  untuk  menilai  hasil  prediksi adalah  skor docking dan  kesamaan  residu antara  ligan  asli  dan  senyawa  alam  tersebut. Skor docking yang  terbaik  menggambarkan energi yang diperlukan oleh suatu ligan dalam ikatanya dengan  protein target, dalam hal  ini yaitu  4KL9  dan  4KM2,  semain  rendah (negatif)  nilai  tersebut  maka  semakin  kuat interaksinya  (semakin  bagus),  serta  potensi atau  tidaknya  dari  senyawa  alam  tersebut dapat  dilihat  dari  kesamaan  residu  yang terlibat (Endriyatno and Santoso, 2018).
Dihydrofolate  reductase telah  menarik banyak  perhatian  sebagai  target  molekuler, dimana dihydrofolate  reductase merupakan suatu enzim yang mengkatalisis reduksi yang bergantung pada nikotinamida adeninukleotida fosfat (NADPH) dari dihidrofolat menjadi tetrahidrofolat (7,8-DHF menjadi 5,6,7,8-THF) dalam sel mikroba dan eukariota (Wróbel et al. , 2020). Dihydrofolate reductase adalah  salah  satu  protein  yang karena  perannya yang penting dalam biosintesis  nukleotida,  telah  menjadi  target obat  antibakteri  (Zhang et  al. , 2021;  Aragaw et al. , 2021; Dias et al. , 2014).
Pada Protein  Data  Base (PDB)  dengan organisme M.  tuberculosis dengan  4KL9 terdapat  ligan  asli  yaitu  NDP  dan  P33  serta pada  4KM2  terdapat  ligan  ATR  dan  TOP. Pada  penelitian  sebelumnya  telah  diteliti mengenai molecular docking pada M. tuberculosis dengan target protein dihydrofolate  reductase dari  senyawa  alam dengan  target  4KL9  dengan  ligan  P33 (Rahman and Santoso, 2018). Dari penelitian tersebut senyawa alam memiliki skor docking yang  masih  kurang.  Kemudian  pada  target
4KM2  dengan  ligan  ATR  masih  belum  ada penelitian untuk skor docking yang dibandingkan dengan senyawa alam.
Berdasarkan data-data tersebut maka dari itu studi in silico dilakukan untuk melihat skor docking dari  ligan asli dan skor docking dari kandungan  senyawa  pada  daun  srikaya  yaitu anonaine,  asimilobine ,  dan corypalmine terhadap protein target dihydrofolate reductase pada bakteri Mycobacterium tuberculosis sebagai uji pendahuluan pencarian alternatif obat baru.

## METODE PENELITIAN Alat dan Bahan
Penelitian merupakan studi komputasi ( molecular docking ) metode in silico . Aplikasi yang  digunakan  meliputi  AutoDockTools- 1.5.7 ( free ), Molegro Molecular Viewer ( free ), Notepad++  ( free ),  Discovery  Studio  2021 Client  ( free  by Biovia  Community),  protein (4KL9  dan  4KM2),  ligan  (P33,  ATR, anonaine, asimilobine , dan corypalmine ). Preparasi  Ligan  Anonaine,  Asimilobine, dan Corypalmine
Konformasi  senyawa anonaine,  asimilobine, dan corypalmine diperoleh  dari  Pubchem dengan  mengunduh  format  3D  pada  sdf  dan display.  Kemudian  file  dengan  format  *.sdf dari  hasil download dibuka  dan  dipreparasi menggunakan aplikasi Molegro untuk mendapatkan  format  *.pdb  dari  setiap senyawa  tersebut  untuk  menjadi  ligan  yang akan diuji.
Preparasi dan Validasi Metode Docking Penentuan target protein pada M. tuberculosis diperoleh  dari  PDB  ( https://www.rcsb.org ). Pemilihan  protein  tersebut  dengan  melihat resolusi  <3Å  dan  melihat  ada  tidaknya informasi  ligan  unik  pada  protein  tersebut. Diperoleh  protein  4KL9  (ligan  unik:  P33) dengan  resolusi  1.39  Å  dan  4KM2    (ligan unik:  ATR)  dengan  resolusi  1.40  Å.  Protein target  kemudian  didownload  dengan  format *.pdb.
Dilakukan  preparasi  pada  protein  yang  telah didownload menggunakan aplikasi Autodock. Dilakukan delete water, add hydrogen (polar
only), dan add  charges ( compute  gastaiger ) lalu  disimpan  dalam  format  *.pdb.  Hasil preparasi  Autodock  yang  sudah  mendapat perlakuan  diproses  menggunakan  aplikasi Molegro untuk memisahkan protein dan ligan. Masing-masing  protein  dan  ligan  disimpan dengan format *.pdb.
Dilakukan preparasi ligan di autodock dengan membuka  ligan  hasil  preparasi  dari  aplikasi Molegro.  Ligan  tersebut  kemudian  di detect root dan  dilakukan  pemilihan  torsi  untuk melihat kesesuaian rotatable bond . Kemudian disimpan  hasil  preparasi  tersebut  dengan format  *.pdbqt  (ligan  siap  untuk  docking). Dilakukan preparasi dengan autodock protein sebagai  reseptor  dengan  membuka  protein hasil  preparasi  dari  aplikasi  Molegro  dan disimpan  dalam  format  *.pdbqt.  Dilakukan setting pada ligan (*.pdbqt) dengan mengatur gridbox agar  ligan  masuk  kedalam box tersebut kemudian disimpan (format *.gpf). Lalu  file  dengan  format  *.gpf  tersebut dilakukan running pada autogrid4.exe melalui cmd  dan  diperoleh  file  dengan  format  *.glg. Preparasi  proses docking dengan  diawali set rigid  file protein  dengan  ekstensi  (*.pdbqt) Kemudian  pilih  ligan  (*.pdbqt),  lalu  dipilih genetic  algoritm dengan number  of  GA  run sebanyak  100.  Simpan output dengan  format *.dpf,  lalu  dilakukan running autodock4.exe menggunakan  cmd  sehingga  diperoleh  file yang berformat *.dlg.
File  dengan  ekstensi  berupa  *.dlg  dibuka menggunakan  aplikasi  Notepad++  untuk mendapatkan  data  berupa  skor docking dan RMSD. Nilai RMSD <3Å (pada umumnya <2 Å)  menunjukkan  bahwa  metode docking
tersebut  valid (Farid et  al. , 2016;  Endriyatno and  Santoso,  2018).  Hasil  analisis docking dengan  file  format  *.dlg  dan  makromolekul dibuka  menggunakan  aplikasi  Autodock. Kemudian  dilihat  konformasi  pada run yang memiliki  skor docking dan  RMSD  terbaik. Diproses write  complex untuk  mendapatkan ligan  terbaik  dan  disimpan  (format  *.pdb). Visualisasi hasil docking dilakukan menggunakan  aplikasi  Discovery  Studio Visualizer  dengan  menganalisis  diagram  2D kemudian  dilihat  residu  dan  interaksi  ligan yang terjadi.
Docking pada Ligan Anonaine, Asimilobine, dan Corypalmine
Docking pada  penelitian  ini  dilakukan dengan software Autodock untuk melihat skor docking .  Skor docking dengan  nilai  yang paling  negatif  menggambarkan  efektifitas atau potensi senyawa sebagai antituberkulosis. Discovery Studio Visualizer digunakan  untuk  visualisasi  dengan  melihat residu  yang  terlibat  serta  interaksinya  yang kemudian dibandingkan dengan ligan asli.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil Preparasi Ligan Anonaine, Asimilobine, dan Corypalmine Konformasi senyawa anonaine,
asimilobine,  dan  corypalmine  diperoleh  dari Pubchem dengan display 3D. Ketiga senyawa tersebut  kemudian  dipreparasi  menggunakan molegro dengan output file ekstensi  (*.pdb). Hasil output tersebut divisualisasi menggunakan  Discovery  Studio  Visualizer pada Gambar 1.
Gambar 1. Visualisasi 3D dari ligan a) P33 b) ATR c) anonaine, d) asimilobine dan e) corypalmine

## Hasil  Preparasi  dan  Validasi  Metode Docking
Molecular  docking dilakukan  dengan  target jalur dihydrofolate  reductase .  Protein  target yang  digunakan  adalah  4KL9  dan  4KM2. Pemilihan dihydrofolate  reductase karena merupakan  salah  satu  protein  yang  memiliki peran  yang  penting  dalam  biosintesis nukleotida  dan  telah  menjadi  target  obat antibakteri (Hajian et al. , 2019). Protein 4KL9 dan 4KM2 dipreparasi menggunakan Autodock  untuk  dilakukan delete  water . Molekul  air  pada  protein  dihilangkan  karena saat  proses docking ,  dimungkinkan  air  akan berikatan  dengan  ligan  membentuk  ikatan hidrogen  dan  dapat  mengganggu  terikatnya molekul  ketika  proses docking (Sari et  al. , 2020).
Pada penelitian  dari Maulidia (2021) menjelaskan  bahwa  penambahan  hidrogen pada saat preparasi protein dilakukan dengan pertimbangan  model  hidrogen  tiap  residu. Penambahan hidrogen tersebut juga memiliki fungsi  dalam  proses docking terutama  pada ikatan hidrogen. Penambahan muatan (berupa gasteiger) memiliki tujuan untuk menyamakan  kondisi  lingkungan  saat  proses docking dilakukan    sehingga  didapat  hasil yang valid atau benar (Kolina et al. , 2018). Molecular docking secara umum melalui dua tahapan  perhitungan/kalkulasi  yaitu  berupa autodock dan autogrid . Autogrid adalah sebuah  modul yang digunakan untuk menentukan ukuran kotak ( gridbox ). Gridbox adalah  suatu  kotak  lokasi  yang  dipilih  dan
diatur sedemikian rupa untuk dilakukan proses eksperimen yaitu docking . Eksperimen tersebut  akan  diperoleh  perhitungan  berupa energi  interaksi  dari  atom  yang  posisinya berada  di  dalam gridbox . Gridbox tersebut akan  melakukan  proses  untuk  membuat  dan menampilkan  sebuah map /peta  untuk  atom didalam gridbox yang  berinteraksi. Autogrid tersebut  memiliki  fungsi  menentukan  grid untuk  ligan  yang  sesuai  dari  protein  target dengan penempatan sisi aktifnya. Pusat massa, resolusi, dan dimensi gridbox ligan 4KL9 dan 4KM2 tertera pada Tabel 1.
Pada gridbox pusat  massa  dan  volume  dari gridbox tersebut dapat mempengaruhi kedetakan  hasil  prediksi  docking  dengan aktivitas  pada  biologis  sebenarnya  (Santoso, 2017).  Sedangkan, autodock adalah  sebuah modul  untuk  dijalankanya  proses running pada docking molekuler  kemudian  akan dihasilkan  konformasi  dari  ligan  didalam protein target. Pada proses autodock diperoleh data berupa skor docking dan RMSD. RMSD tertera  pada  Tabel  2.  RMSD  yang  diperoleh menunjukkan  metode  tersebut  mempunyai nilai  validitas  yang  tinggi  dengan  RMSD dibawah  3  Å,  artinya  ligan  hasil  preparasi mirip  dengan  ligan  asli.  sedangkan  skor docking tertera  pada  Tabel  3.  Skor docking yang  bernilai  negatif  dan  semakin  kecil nilainya  menggambarkan  kompleks  yang ligan  dan  reseptor  yang  terbentuk  memiliki karakteristik ikatan dan interaksi yang sangat kuat.
Tabel 1. Preparasi autogrid (Pusat massa, resolusi, dan gridbox)
Ligan Pusat massa (Ǻ) Resolusi (Ǻ) Dimensi gridbox (Ǻ) X Y Z X Y Z 4KL9 0,204 2.329 0.335 0.375 60 60 60 4KM2 14,866 -10.904 10.93 0.375 60 60 60 Tabel 2. Nilai RMSD Ligan Protein target RMSD P33 4KL9 2.69 ATR 4KM2 1.17
Docking pada Ligan
Anonaine, Asimilobine, dan Corypalmine
Hasil molecular  docking pada  senyawa anonaine,  asimilobine, dan corypalmine terhadap  protein  target  4KL9  dan  4KM2 menghasilkan skor docking yang tertera pada Tabel 2.  Hasil dari skor docking dari ketiga senyawa tersebut dibandingkan dengan ligan asli.  Hasil  skor docking ligan  P33  dan  ATR masing masing memiliki nilai -0.90 dan -7.84. Sedangkan skor docking pada ligan anonaine, asimilobine, dan corypalmine terhadap 4KL9 dan 4KM2 tertera pada Tabel 3. Nilai docking ligan senyawa alam memiliki nilai yang lebih
Tabel 3. Hasil nilai skor docking Ligan Protein target Skor docking Senyawa aktif P33 4KL9 -0.90 - ATR 4KM2 -7.84 - Daun srikaya 4KL9 -6.66 Anonaine Daun srikaya 4KM2 -5.91 Anonaine Daun srikaya 4KL9 -6.40 Asimilobine Daun srikaya 4KM2 -5.43 Asimilobine Daun srikaya 4KL9 -6.43 Corypalmine Daun srikaya 4KM2 -5.52 Corypalmine Tabel 4. Interaksi dan residu yang terlibat antara ligan dan protein target Ligan Protein target Jenis interaksi Residu yang terlibat P33 4KL9 Ikatan hidrogen LEU131, GLN8 Ikatan hidrofobik TYR156, TRP6, PRO129, VAL130, GLY12, ALA128, LEU127 ATR 4KM2 Ikatan hidrogen THR46, GLY96, ARG45, ARG44, GLN98 Ikatan hidrofobik SER81, LEU102, LEU65, SER66, GLN68, VAL99, ARG67, GLY43, GLY95 Anonaine 4KL9 Ikatan hidrogen GLU 114 Ikatan hidrofobik PRO129, LEU131, GLY12, ARG121, THR10,TRP6, VAL112, GLN8, TYR154, TYR156, GLU114, ARG152 4KM2 Ikatan hidrogen VAL78 Ikatan hidrofobik SER74, ALA73, MET72, PHE71, ALA69, ALA76, GLU77, VAL79 Asimilobine 4KL9 Ikatan hidrogen TRP135, GLY137 Ikatan hidrofobik TYR156, LEU131, TYR154, ASP132, THR134, GLU133, ARG136, GLU138 4KM2 Ikatan hidrogen ASP48, MET72 Ikatan hidrofobik PHE71, ASP70, MET72, ALA73, SER74, TRP47, ARG55, ASP48, ARG44, GLN44 Corypalmine 4KL9 Ikatan hidrogen GLN8, TRP135 Ikatan hidrofobik GLY12, VAL130, LEU131, TYR156, GLU133, TRP135, GLY137, ARG136, TRP6, PRO129, ALA128, 4KM2 Ikatan hidrogen GLY75 Ikatan hidrofobik SER74, MET72, ALA76, GLU77, ALA73, VAL78, PHE71, ALA69, GLN68, ASP70
rendah dibanding dengan ligan asli P33 pada protein target 4KL9. Hal tersebut menunjukkan  bahwa  ikatan  ketiga  ligan senyawa tersebut lebih kuat terhadap protein target  dibandingkan  dengan  ligan  asli.  Akan tetapi  nilai docking ligan  uji  memiliki  nilai yang diatas nilai ligan asli ATR pada protein target  4KM2.  Hal  tersebut  menunjukkan bahwa  ikatan  ketiga  ligan  tersebut  dengan
protein  target  tidak  sekuat  ikatan  dari  ligan asli.  Hasil  docking  berupa  interaksi  ligan terhadap protein target divisualiasikan menggunakan  Discovery  Studio  Visualizer (Tapiory et al., 2020). Hasil visualisasi ligan dengan  protein  target  diperoleh  bentuk  3D yang  tertera  pada  Gambar  2.,  visualisasi  2D yang tertera pada Gambar 3., dan visualisasi residu  yang  terlibat  dalam  interaksi  ligan
Gambar 2. Visualisasi 3D ligan-reseptor a) P33-4KL9, b) ATR-4KM2, c) anonaine-4KL9, d) asimilobine-4KL9, e) corypalmine-4KL9, f) anonaine -4KM2, g) asimilobine-4KM2,  h) corypalmine-
4KM2
reseptor  tertera  pada  Gambar  4  dan dirangkum pada Tabel 4. Jika dilihat interaksi ligan dan protein target pada Tabel 4. Ketiga senyawa tersebut memiliki residu yang sama (ditandai  dengan  warna  highlight)  dengan ligan asli terhadap protein target. Jika residu yang  mirip  antara  ligan  asli  dan  ligan  uji
banyak, maka tingkat kemiripan sifatnya akan semakin  tinggi.  Dari  skor  docking  dan kesamaan  residu  yang  terlibat  maka  ketiga ligan  senyawa  tersebut  bisa  dikatakan  poten sebagai  alternatif  antituberkulosis  dengan protein  target  4KL9  dan  4KM2  pada  jalur dihydrofolate reductase.
Gambar 3. Visualisasi interaksi 2D ligan-reseptor a) P33-4KL9, b) ATR-4KM2, c) anonaine-4KL9, d) asimilobine-4KL9, e) corypalmine-4KL9, f) anonaine -4KM2, g) asimilobine-4KM2,  h) corypalmine-
4KM2
Gambar 4. Visualisasi nteraksi ligan dan reseptor 3D a) P33-4KL9, b) ATR-4KM2, c) anonaine- 4KL9, d) asimilobine-4KL9, e) corypalmine-4KL9, f) anonaine -4KM2, g) asimilobine-4KM2,  h) corypalmine-4KM2

## KESIMPULAN
Tuberkulosis  peyakit  berbahaya  dan menular  ditambah  lagi  adanya  permasalahan resistensi.  Studi in  silico dengan  metode molecular  docking dilakukan  sebagai  uji pendahuluan.  Penelitian  ini  menggunakan protein target 4KL9 dan 4KM2 dengan ligan asli P33 dan ATR. Senyawa alam yang diuji yaitu anonaine, asimilobine, dan corypalmine. Hasil studi in silico menunjukkan bahwa ketiga senyawa tersebut mungkin  memiliki  aktivitas  antituberkulosis karena  skor docking ketiga  ligan  senyawa terhadap  protein  4KL9  yang  nilainya  lebih
rendah  dibanding  ligan  asli  yang  artinya ikatan  ligan  dan  protein  target  lebih  kuat dibandingkan ligan asli. Ketiga ligan senyawa pada  protein  target  4KM2  memiliki  skor docking lebih  tinggi  dibanding  dengan  ligan asli  akan  tetapi  nilainya  tidak  terpaut  jauh. Selain  itu  terdapat  kesamaan  dalam  residu yang  terlibat  dari  ligan  asli  dan  senyawa tanaman uji. Maka dari itu dapat disimpulkan berdasarkan  studi in  silico kandungan senyawa anonaine, asimilobine, dan corypalmine diprediksi poten terhadap Mycobacterium  tuberculosis dengan  protein target dihydrofolate reductase .

## Daftar Pustaka
Ali M.T., Blicharska N., Shilpi J.A. and Seidel V., 2018, Investigation of The Anti-TB Potential Of  Selected  Propolis  Constituents  Using  A  Molecular  Docking  Approach,  Scientific Reports, 8 (1), 1–8.
Aragaw W.W., Lee B.M.,  Yang X., Zimmerman M.D., Gengenbacher M., Dartois  V., Chui W.K., Jackson C.J. and Dick T., 2021, Potency Boost of a Mycobacterium Tuberculosis Dihydrofolate  Reductase  Inhibitor  By  Multienzyme  F420H2-Dependent  Reduction, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 118 (25), 1–10.
Dias  M.V.B.,  Tyrakis  P.,  Domingues  R.R.,  Leme  A.F.P.  and  Blundell  T.L.,  2014, Mycobacterium  Tuberculosis  Dihydrofolate  Reductase  Reveals  Two  Conformational States and A Possible Low Affinity Mechanism to Antifolate Drugs, Structure, 22 (1), 94– 103. Terdapat di: http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2013.09.022.
Endriyatno N.C. and Santoso B., 2018, Hasil Komputasi Vina untuk Kandungan Bawang Putih dan Adas Bintang Terhadap Protein Dehidrogenase Piruvat Mycobacterium tuberculosis, The 7th University Research Colloqium 2018
Farid  M.,  Pratama  Y.,  Abidi  S.R.,  Firdaus  K.A.,  Aulia  A.F.  and  Santoso  B.,  2016,  Kajian Docking  Molekular  Pada  Binding  Site  Pocket  Dari  Flavopiridol  Dalam  Menghambat Glikogen  Fosforilase  Menggunakan  Pyrx-Autodock-Vina,  The  4th  Univesity  Research Coloquium 2016, 154–158.
Hajian  B.,  Scocchera  E.,  Shoen  C.,  Krucinska  J.,  Viswanathan  K.,  G-Dayanandan  N., Erlandsen H., Estrada A., Mikušová K., Korduláková J., Cynamon  M. and Wright D., 2019, Drugging the Folate Pathway in Mycobacterium tuberculosis: The Role of Multi- targeting Agents, Cell Chemical Biology, 26 (6), 781-791.e6.
Kolina J., Sumiwi S.A. and Levita J., 2018, Mode Ikatan Metabolit Sekunder Di Tanaman Akar Kuning (Arcangelisia flava L.) Dengan Nitrat Oksida Sintase, FITOFARMAKA: Jurnal Ilmiah Farmasi, 8 (1), 45–52.
Kristini  T.  and  Hamidah  R.,  2020,  Potensi  Penularan  Tuberculosis  Paru  pada  Anggota Keluarga Penderita, Jurnal Kesehatan Masyarakat Indonesia, 15 (1), 24.
Maulidia N.R., 2021, Docking Oligomer Heparin 2S dan 2SNS dengan Konformasi Iduronat 2S0 pada Komplek Reseptor FGFR1- FGF2 sebagai Antikanker,. Univesitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang.
Nugraha A.S., Damayanti Y.D., Wangchuk P. and Keller P.A., 2019, Anti-Infective and Anti- Cancer Properties of the Annona Species: Their Ethnomedicinal Uses, Alkaloid Diversity, and Pharmacological Activities, Molecules
Pai  M.,  Behr  M.A.,  Dowdy  D.,  Dheda  K.,  Divangahi  M.,  Boehme  C.C.,  Ginsberg  A., Swaminathan  S.,  Spigelman  M.,  Getahun  H.,  Menzies  D.  and  Raviglione  M.,  2016, Tuberculosis, Nature Reviews Disease Primers, 2 (October)
Pangestika R., Fadli R.K. and Alnur R.D., 2019, Edukasi Pencegahan Penularan Penyakit Tb melalui Kontak Serumah, Jurnal SOLMA, 8 (2), 229.
Pinto N.C.C., Silva J.B., Menegati L.M., Guedes M.C.M.R., Marques L.B., da Silva T.P., de Melo  R.C.N.,  de  Souza-Fagundes  E.M.,  Salvador  M.J.,  Scio  E.  and  Fabri  R.L.,  2017, Cytotoxicity  and  bacterial  membrane  destabilization  induced  by  Annona  squamosa  L. Extracts, Anais da Academia Brasileira de Ciencias, 89 (3), 2053–2073.
Porwal  M.  and  K  S.K.S.P.,  2013,  Estimation  and  Evaluation  of  Brain  Biogenic  Amines  for Anticonvulsant Activity of Annona Squamosa Linn . Leaves in Mice,  Asian Journal of Pharmaceutical Research and Development, 1 (2), 4850.
Porwal M. and Kumar A., 2015, Neuroprotective effect of Annona squamosa & (-) Anonaine in decreased GABA receptor of epileptic rats, Journal of Applied Pharmaceutical Science, 5 (1), 18–23.
Rahman A.  and Santoso  B., 2018, Virtual Docking Kandungan Senyawa Daun Sangketan  ( Achyranthes  aspera  )  dan  Adas  Bintang  (  Anisi  Stellati  Fructus  )  terhadap  Protein dihydrofolate reductase, The 7th university research Colloqium 2018, 1–8.
Santoso B., 2017, Pengaruh Volume Gridbox pada Docking Senyawa dalam Stelechocarpus Pengaruh  Volume  Gridbox  pada  Docking  Senyawa  dalam  Stelechocarpus  burahol terhadap  Protein  Homolog  antiinflamasi  TRPV1,  University  Research  Colloqium, (September)
Sari  I.W.,  Junaidin  J.  and  Pratiwi  D.,  2020,  Studi  Molecular  Docking  Senyawa  Flavonoid Herba Kumis Kucing (Orthosiphon Stamineus B.) Pada Reseptor a-Glukosidase Sebagai Antidiabetes Tipe 2, Jurnal Farmagazine, 7 (2), 54.
Siregar S.R., 2019, Extensively Drug Resistant Tuberculosis (XDR-TB),  Jurnal Averrous, 5 (2), 26–43.
Swantara  I.M.D.,  Damayanti  P.A.  and  Suirta  I.W.,  2022,  Identifikasi  Serta  Uji  Aktivitas Antibakteri Senyawa Flavonoid Ekstrak Daun Srikaya ( Annona squamosa Linn.), Jurnal Kimia (Journal Of Chemistry) 16, 16 (1)
Tapiory  A.A.,  Pertiwi  K.O.,  Fadilla  K.,  Reyhanditya  D.  and  Fatchiyah  F.,  2020,  In-Silico Analysis of Methoxyl Pectin Compounds from Banana Peels as HMG- CoA Reductase Inhibitor Complexes, Journal of Smart Bioprospecting and Technology, 1 (2), 5–9.
WHO, 2021, Global Tuberculosis Report 2021, Geneva.
Wróbel  A., Arciszewska K., Maliszewski D. and Drozdowska  D., 2020,  Trimethoprim And Other  Nonclassical  Antifolates  an  Excellent  Template  for  Searching  Modifications  of Dihydrofolate  Reductase  Enzyme  Inhibitors,  Journal  of  Antibiotics,  73  (1),  5–27. Terdapat di: http://dx.doi.org/10.1038/s41429-019-0240-6.
Zhang  Y.,  Chowdhury  S.,  Rodrigues  J.  V.  and  Shakhnovich  E.,  2021,  Development  of antibacterial compounds that constrain evolutionary pathways to resistance, eLife, 10, 1– 29.