ISSN: 1907-9931 (print), 2476-9991 (online)

## VARIAN GENETIK Sardinella lemuru DI PERAIRAN SELAT BALI

## GENETIC VARIANCE OF Sardinela lemuru IN THE BALI STRAIT WATERS
Gde Raka Angga Kartika 1* , Aida Sartimbul 2 , Widodo 3
1 Fakultas Kelautan dan Perikanan Universitas Udayana, Bali
2 Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Brawijaya, Malang
3 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya, Malang
* Corresponding author email: raka.angga.k@gmail.com
Submitted: 1 Agustus 2016 / Revised: 24 Maret 2017 / Accepted: 25 April 2017 http://doi.org/10.21107/jk.v10i1.1615

## ABSTRACT
Sardinella lemuru is one of the fish species that dominate in the Bali Strait. Identification Sardinella lemuru  with  the  others  Sardinella  in  the  Strait  of  Bali  is  based  on  morphological  characteristics, whereas genetic identification of Sardinella lemuru in Bali Strait has not been done and variations genetic also unknown. This research aims to ascertain the type of Sardinella lemuru in the bali strait and Determine genetic variation and kinship based on cytochrome oxidase subunit (COI) gene. The method is performed by isolating DNA from fish organs and the results  are amplified by the COI gene sequencing then performed to obtain the data sequence of Sardinella lemuru Bali Strait and analysed  using  the  program  MEGA  5.2.  Results  showed  that  lemuru  in  Bali  Strait  is  Sardinella lemuru species with the degree of similarity BLAST analysis of 98-100%. 11 samples sequence of lemuru forming two large clad. The results also showed that the species of Sardinella lemuru and Sardinella longiceps different species with genetic distance> 0,019.
Keywords: COI, Sardinella lemuru , Bali Straits

## ABSTRAK
Sardinella  lemuru  merupakan  salah  satu  spesies  ikan  yang  mendominasi  di  perairan  Selat  Bali. Identifikasi  Sardinella  lemuru  dengan  sardinella  lain  di  perairan  Selat  Bali  hanya  dibedakan berdasarkan secara morfologi, sedangkan identifikasi genetik belum pernah dilakukan dan variasi gentetik  juga  belum  diketahui.  Penelitian  ini  bertujuan  memastikan  jenis  Sardinella  lemuru  di perairan  Selat  Bali  dan  mengetahui  variasi  genetik  dan  kekerabatannya  berdasarkan  gen Cythocrome  oxidase  sub  unit  1  (COI). Metode  yang  dilakukan  adalah  dengan  mengisolasi  DNA dari  organ  tubuh  ikan  lemuru  dan  hasilnya  diamplifikasi  dengan  gen  COI,  kemudian  dilakukan skuensing untuk mendapatkan sekuen data ikan  lemuru perairan Selat Bali dan urutan basa hasil skuensing dianalisis menggunakan program MEGA 5.2. Hasil menunjukan bahwa ikan lemuru di Selat Bali termasuk kedalam spesies Sardinella lemuru dengan tingkat kesamaan analisis BLAST adalah  sebesar  98-100%.  11  sampel  skuen  ikan  lemuru  membentuk  2  kelompok  besar.  Hasil penelitian  juga  menunjukkan  bahwa  spesies  Sardinella  lemuru  dan  Sardinella  longiceps merupakan speies ikan yang berbeda dengan jarak genetik >0,019
Kata Kunci : COI, Sardinella lemuru , Selat Bali

## PENDAHULUAN
Perairan  Selat  Bali  merupakan  wilayah perairan  yang  memisahkan  antara  Pulau Jawa  dan  Bali.  Perairan  ini  memiliki  potensi perikanan  yang  sangat  besar  dan  keunikan
tersendiri.  Beberapa  komoditas  perikanan yang sering dijumpai di Selat Bali adalah ikan lemuru ( Sardinella lemuru ), tongkol dan ikan layang.  Sumberdaya  perikanan  lemuru merupakan  sumberdaya  perikanan  yang paling dominan dan bernilai ekonomis di
Selat Bali  sehingga  komoditi  tersebut  paling banyak  dieksploitasi  oleh  nelayan  yang bermukim di sekitar Selat Bali.  Hal ini yang menyebabkan perikanan lemuru mempunyai peranan yang cukup penting bagi kehidupan masyarakat setempat.
Nilai  penting  komoditas  perikanan  lemuru  di selat  bali  dapat  dilihat  dari  data  tangkapan ikan yang didominasi oleh jenis ikan lemuru. Berdasarkan data pendaratan ikan lemuru di PPI Muncar selama 10 tahun terakhir terlihat bahwa  puncak  produksi  terjadi  pada  tahun 2006  dan  2007  yang  mencapai  lebih  dari 50.000  ton.  Namun  dalam  kurun  beberapa tahun  terakhir  produksi  perikanan  lemuru mengalami penurunan yang signifikan. Penurunan ini diduga terkait dengan perubahan kondisi lingkungan dan penangkapan yang sudah sangat berlebihan (Susilo,  2015).  Penangkapan  yang  berlebih dengan  menggunakan  armada  purse  seine pada  komoditas  ikan  lemuru  di  selat  bali dapat  mengancam  kelestarian  sumberdaya ikan  itu  sendiri  yang  pada  giliran  berikutnya menyebabkan turunnya produksi atau bahkan kepunahan.
Pengetahuan  tentang  aspek  biologi  dan ekologi ikan lemuru sangat diperlukan dalam pengelolaan  pelestarian  sumberdaya  ikan lemuru. Selama ini pengelolaan sumberdaya ikan lemuru pada umumnya hanya ditekankan  pada  pengertian  yang  sempit yaitu kelimpahan dan ukuran ikan yang akan ditangkap.  Akibat  dari  fokus  jangka  pendek tersebut,  maka  perspektif  biologi  dari pengelolaan  sumberdaya  ikan  lemuru  lebih didominasi oleh pengetahuan tentang dinamika populasi dan ekologi dibandingkan dengan pemahaman tentang aspek genetika populasi  (Noor,  2008).  Aspek  genetika  ikan merupakan  salah  satu  bagian  terpenting dalam  mengetahui  kekerabatan  dan  varian genetic suatu populasi ikan di suatu daerah. Salah  satu  metode  yang  dapat  digunakan untuk  mengetahui  varian  genetic  dan kekerabatan pada hewan adalah menggunakan  gen  penyandi  yaitu  gen cytochrome oxidase sub unit I (COI)
Gen  cytochrome  oxidase  sub  unit  I  (COI) merupakan salah satu gen dalam mitokondria yang  dapat  digunakan  dalam  studi  karakter genetik maupun filogeni dari hewan. Ukuran dan  struktur  dari  gen  cytochrome  oxidase subunit  1  (COI)  telah  menjadi  fokus  pada
analisis  kelompok  hewan  dan  studi  evolusi sebagaimana diperlihatkan pada studi karakter  genetik  maupun  pola-pola  evolusi pada  hewan  (Tubaro  dan  Lijtmaer,  2002). Gen COI merupakan salah satu region target dalam  teknik  DNA  Barcoding  karena  dinilai efektif  untuk  digunakan  sebagai  diskriminan kelompok  hewan  (Costa et  al .,  2007). Penggunaan  gen  COI  untuk  membedakan species sudah dilakukan pada beberapa jenis spesies  hewan  contohnya  pada  udang mantis, kerang, ulat sutra, serangga, sapi dan beberapa jenis species ikan. Menurut Buhay (2009)  bahwa  COI  merupakan  salah  satu metode  yang  sangat  membantu  untuk mengidentifikasi  kekerabatan  pada  spesies hewan  dan  ikan.  Herbert et  al .  (2003),  juga menyatakan bahwa Gen COI dapat membantu sistem bioidentifikasi pada berbagai jenis hewan dan mampu memberikan  jawaban  terhadap  kekerabatan dalam spesies mencapai 100 %. Divya et al.,
(2009).
Penurunan  jumlah  populasi  ikan  lemuru dapat  menyebabkan  variasi  genetik  akan berubah  pada  masa  selanjutnya.  Kecilnya populasi  ikan  lemuru  yang  tersisa  akan mengarah  terjadinya  silang  dalam  yang berakibat  kepada  perubahan  keragaman genetik. Dunham (2002) menjelaskan bahwa variasi  genetik  penting  untuk  kelangsungan hidup jangka panjang suatu species dan juga dapat menjamin kekuatan suatu spesies atau populasi  dengan  memberikan  spesies  atau populasi tersebut kemampuan untuk beradaptasi  pada  perubahan  lingkungan. Sampai  saat  ini  publikasi  tentang  studi kekerabatan dalam spesies Sardinella lemuru di  Selat  Bali  masih  sangat  sedikit, bahkan  dengan  metode  COI  belum  pernah dilaporkan,  sehingga  perlunya  mengetahui varian genetic Sardinella lemuru di Selat Bali sebagai data base untuk berbagai kepentingan seperti manajemen penangkapan  ikan  lemuru  di  perairan  Selat Bali dan berbagai kepentingan lain.

## MATERI DAN METODE
Pengambilan  sampel  ikan  lemuru  dilakukan di
Pelabuhan
Perikanan Muncar
Banyuwangi,  Jawa  Timur  dan  Tempat Pendaratan  Ikan  Kedonganan  Badung,  Bali. Analisis  DNA  berdasarkan  gen  Cytochrome Oxidase Sub Unit I dilakukan di Laboratorium
Biomolekuler  Fakultas  MIPA  Universitas Brawijaya Malang.
Bahan  -  bahan  yang  digunakan  dalam ekstraksi  DNA  adalah  sebgai  berikut: akuadest steril,larutan lysis buffer, ammonium  acetate,  ETOH  100%,  Etanol  70 %, larutan buffer TE. Metode ekstraksi DNA yang dilakukan mengacu pada metode yang diterapkan  oleh  Ausubel et  al ,  (2002).  Pada penelitian  ini  menggunakan  primer  forward (5’-  TCAACCAACCACAAAGACGACATTG GCAC  - 3’)  sebagai  primer  pertama  dan primer reverse (5’-
TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATC  A  - 3’)  (Jonas,  2011).  Amplifikasi  dilakukan menggunakan  sekuen  gen  dengan  panjang 650  base  pair  dari  COI  Fragment.  Volume total  Mixture  PCR  :  5  μl  terdiri  dari  : Aquabidest  :  2  μl,  Primer  I  :  5’- TCAACCAACCACAAAGACGACATTG GCAC - 3’  1  μ,l,  Primer  II  :  5’- TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATC A  - 3’ 1  μl,  Master  mix:  5μl,  Sampel  DNA  :  1  μl. Proses  amplifikasi  PCR  adalah  denaturasi pada suhu 94 o C selama 1 menit, annealing pada  suhu  54 o C  selama  30  detik  dan pemanjangan  pada  suhu  72 o C  selama  1 menit dengan jumlah siklus adalah 35 siklus. Pemanjangan  terakhir  dilakukan  pada  suhu 72 o C  selama  10  menit.  Verifikasi  hasil  dari analisa  PCR  dilakukan  dengan  running electrophoresis  menggunakan  gel  agarose 1,5%.  Hasil  dari  electrophoresis  kemudian diamati  dengan  UV  -  transiluminator  dan difoto sebagai dokumentasi
Hasil  dari  PCR  (band  pada  gel  agarose) harus dimurnikan dengan menghilang protein
dan kontaminan lainnya. Hasil PCR dicampur dengan  etanol  absolute  dan  NaAcin  pda tabung  PCR,  kemudian  dicampur  dan  di inkubasi  pada  suhu  20 0 C  selama  30 menit. Larutan  ini  disentrifuse  dengan  kecepatan maksimum  selama  5  menit  lalu  supernatan dibuang. 750 ul etanol 70% ditambahkan ke dalam  butiran  DNA,  setelah  itu  disentrifuse pada kecepatan maksimum selama 3 menit, dan butiran dilarutkan dengan 50ul ddH 2 O.
Urutan  basa  dari  hasil  skuensing  DNA diperiksa dengan menggunakan gene scane ABI.
Urutan
dicek kebenarannya berdasarkan  kemiripan  dengan  COI  dari genus Sardinella di  gen  bank  dengan menggunakan  metode  BLAST.  Software Mega  5.2  digunakan  untuk  mengetahui indeks kemiripan di antara sampel. Kemiripan berdasarkan panjang DNA mengikuti metode dari (Nei dan Kumar, 2000) , yang diperoleh dengan membagi jumlah perbedaan nukleotida  dengan  jumlah  total  nukleotida pembanding.
Basa  nukleotida  hasil  sekuensing  kemudian dibandingkan  dengan  skuen  Gen Sardinella lemuru dan Sardinella longiceps dari daerah lain.  Sekuen  gen  COI  yang  digunakan sebagai pembanding diperoleh dari gen bank NCBI  (Tabel  1).  Pohon  filogenetik  akan dibangun  menggunakan  software  Mega  5.2 berdasarkan jarak DNA dari analisa sebelumnya.  Rekonstruksi  dari  sejarah evolusi  gen  dan  spesies  merupakan  salah satu hal terpenting dalam evolusi molekuler. Data  ini  sangat  penting  untuk  memahami mekanisme  evolusi  dari  satu  spesies  (Nei and Kumar, 2000).
Tabel 1. Sekuen gen COI Sardinella lemuru dan Sardinella longiceps dari Gen Bank
NO Lokasi Gen Bank Acc numb 1 Laut China Selatan (MBCSC-2711073) EU5955255.1 2 Laut China Selatan (MBCSC-2711073) EU5955256.1 3 China (FSCS327-06) EF607505.1 4 China (FSCS328-06) EF607504.1 5 Filipina (2) HQ231366.1 6 Filipina (3) HQ231365.1 7 Filipina (4) HQ231364.1 8 Selat Taiwan (1) KX2544.86.1 9 Selat Taiwan (1) KX2544.86.1 10 S. longiceps (COML-111) KF36899.1 11 S. longiceps (IOBML) FJ384694

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Keragaman  genetik Sardinella  lemuru dikaji berdasarkan  gen  cythocrome  oksidase  1 (COI). Gen ini dipilih karena fragmen pendek COI  dapat  digunakan  sebagai  penanda variasi yang secara akurat dapat mengidentifikasi  berbagai  macam  hewan sampai  tingkat  spesies  (Hebert,  2003).  Gen COI  juga  sangat  tepat  untuk  mengetahui keragaman genetik yang terdapat pada suatu spesies  atau  antar  populasi.  Panjang  gen COI yang berhasil teramplifikasi adalah ± 650 bp  (base  pair),  ini  dibuktikan  dengan  uji kualitatif  menggunakan  elektroforesis  gel agarose (Gambar 1). Dari hasil elektroforesis, 20 sampel ikan lemuru hanya didapatkan 15
sampel  yang  tampak  terlihat  jelas  pita DNAnya.  Hasil  sekuensing  dapat  terbaca dengan  baik  berkisar  antara  650  bp.  Hasil analisis dengan fasilitas BLAST menunjukkan  bahwa  ikan  lemuru  yang diperoleh  di  Muncar,  Banyuwangi  dan Kedonganan,  Badung  dikonfirmasi  sebagai spesies Sardinella lemuru . Panjang amplikon gen  COI  yang  di  dapat  pada  penelitian hampir  sama  dengan  panjang  gen  amplikon Sardinella  lemuru yang  terdapat  pada  Gen Bank  yaitu  sebesar  652  bp.  (Zhang,  2011). Beberapa hasil amplifikasi terlihat tidak jelas atau  samar,  hasil  yang  samar  dapat  ini disebabkan  oleh  konsentrasi  DNA  yang terkandung rendah atau masih terkontaminasi dengan RNA dan protein.
Gambar 1. Hasil Amplifikasi Gen COI Sardinella Lemuru Pada Gel Agarosa 1,5%
Mutasi gen merupakan faktor yang menyebabkan  timbulnya  keanekaragaman genetik  yang  berakibat  pada  timbulnya keanekaragaman  dalam  kehidupan.  Dilihat dari sudut penyebabnya, mutasi dikelompokkan  menjadi  dua  jenis  yaitu mutasi spontan dan mutasi terimbas. Mutasi spontan merupakan mutasi yang terjadi pasa kondisi  alami  selama  proses  replikasi, perbaikan,  dan  rekombinasi  DNA.  Mutasi terimbas  adalah  mutasi  yang  disebabkan oleh  agen  agen  lingkungan  spesifik  (Sofro 1994).  Mutasi  substitusi  merupakan  jenis mutasi gen dimana basa nukleotida berubah
menjadi bentuk basa lain dalam urutan DNA yang dapat menyebabkan terjadinya evolusi. Mutasi  substitusi  dibagi  ke  dalam  dua  jenis yaitu  transisi  dan  tranversi.  Transisi  adalah pengubahan  antara  A  dan  G  (purin)  atau antara  C  dan  T  (pirimidin)  (Wijana  dan Mahardika, 2010) Tranversi adalah pengubahan  antara  purin  dengan  pirimidin. Substitusi  transisi  ditunjukkan  oleh  angka yang  bercetak  tebal  sedangkan  substitusi tranversi  ditunjukkan  oleh  angka  yang bercetak miring (Tabel 2) Mutasi inilah yang menyebabkan  variasi  genetik  pada  suatu organisme.
Tabel 2. Matriks Probabilitas Substitusi Nukleotida Spesies Sardinella lemuru
A T C G A - 2.58 2.7 12.47 T 1.92 - 28.1 1.6 C 1.92 26.85 - 1.6 G 14.98 2.58 2.7 -
Berdasarkan  analisis  yang  telah  dilakukan diketahui  bahwa  nilai  similaritas  dan  jarak genetik  bervariasi  pada  kesebelas  sampel yang  dianalisis  (Tabel  3).  Sementara  hasil analisis jarak genetik skuen ikan lemuru dari gen  COI  menunjukkan  bahwa  jarak  genetik terdekat  adalah  0,0%,  yaitu  sampel K3, M3, M6, Filipina 2 dan Taiwan 2 dengan memiliki nilai similaritas sebesar 100%. Serta sampel K9  dan  M8  memiliki  nilai  similaritas  100  %. sampel  M2  memiliki  nilai  similaritas  100  % dengan Sardinella  lemuru MBCSC.  Hasil analisa  didapatkan  Jarak  genetic  terjauh diantara skuen Sardinella lemuru di perairan Selat  Bali  sebesar  1,9  % yaitu  pada  sampel K5  dengan  M8  dengan  nilai  similaritas keduanya  yaitu  98,1  %.  Dari  hasil  dapat diketahui  bahwa  ada  27%  dari  11  sekuen sampel Sardinella  lemuru di  perairan  Selat Bali  mempunyai  kemiripan  100%  dengan Sardinella  lemuru Filipina  2  dan  Taiwan  2. Sebanyak  9%  sekuen  lemuru  mempunyai kemiripan  100%  dengan  sekuen Sardinella lemuru MBCSC.  Nilai  similaritas  sebesar 100%  menunjukkan  bahwa  spesies  ikan lemuru di Selat Bali merupakan spesies ikan lemuru yang sama dengan ikan lemuru yang terdapat  di  Filipina  dan  selat  Taiwan.  Sofro (1994)  menyatakan  bahwa  suatu  populasi yang  memiliki  tingkat  kedekatan  hubungan kekerabatan yang tinggi mempunyai banyak persamaan morfologi, genetik dan dipengaruhi oleh keadaan lingkungan
Pohon  filogenetik  merupakan  suatu  metode untuk  mengetahui  tingkat  evolusi  dan kekerabatan suatu spesies. Spesies Sardinella  lemuru yang  memiliki  rantai  DNA yang  mirip  akan  membentuk  suatu  cabang yang berdekatan dan akan membentuk satu kelompok  yang  besar  (clade).  Analisis filogenetik  suatu  spesies  dapat  dilakukan pada  karakter  morfologi  dan  gen-gen  yang berada  di  dalam  dan  di  luar  tubuh  dengan sekuen  DNA  mitokondria.  Penggunaan
sekuen DNA mitokondria  memperjelas hubungan spesies secara evolusi yang kabur akibat  variasi  morfologi  (Avise,  1994). Sekuen  DNA  mitokondria  memperlihatkan variasi  DNA  suatu  populasi,  perubahan breeding suatu individu dan isolasi terhadap populasi  tersebut  (Liu et  al .,  2000;  Tjong et al .,  2007).  Setelah  dibandingkan  antara  11 sekuen gen COI Sardinella lemuru di perairan Selat  Bali  dengan  7  sekuen  gen  COI Sardinella  lemuru dan Sardinella  longiceps dari  Gen  Bank  menghasilkan  pohon  filogeni pada  Gambar  2  yang  dibuat  dari  program MEGA  5.2  berdasarkan  algoritma  neighbor joining  tress  dengan  model  evolusi  Kimura- 2parameter  (K2P).  Hasil  konstruksi  pohon filogeni menunjukkan  bahwa  11  sekuen  gen COI  lemuru  dari  perairan  Selat  Bali  tidak berkelompok sesuai dengan daerah pendaratannya  masing-masing,  akan  tetapi bercampur  menjadi  dua  sub  clad  besar. Terdapat dua grup (clade) besar ikan Lemuru yaitu  G1  dan  G2,  pada  clade  G2  terbagi menjadi 2 sub clade lagi yaitu sub clade G2A dan  Sub  clade  G2B  Dari  pohon  filogeni diketahui  11  sekuen  gen  COI Sardinella lemuru dari  Selat  Bali  juga  berkelompok menjadi satu sub clad besar dengan gen COI S.  lemuru yang  berasal  dari  China,  Filipina, dan  Selat  Taiwan.  Sedangkan  subclad lainnya mengelompok hanya dengan lemuru yang  terdapat  di  perairan  Selat  Bali  yang kemungkinan  besar  merupakan  berasal  dari populasi  yang  sama.  Hasil  Ini  menunjukkan bahwa  ikan  lemuru  yang  berada  di  perairan Selat  Bali  merupakan  dari  jenis Sardinella lemuru dengan  nilai  jarak  genetik  <0.019. Skuen Sardinella  longicep s  yang  digunakan sebagai  outgroup  membentuk  subklad  yang berbeda  dengan  sampel  S.  lemuru  dengan jarak genetik ≥ 0.019. Hal ini sesuai dengan dengan  pernyataan  Hebert  (2003)  bahwa jarak  genetik  berdasarkan  sekuen  gen  COI lebih  dari  0.02  merupakan  spesies  yang berbeda.
Gambar 3. Pohon Filogeni Sardinella lemuru . Menggunakan Sekuen Gen COI. Konstruksi Pohon Filogeni  Berdasarkan  Algoritma Neighbour  Joining  Tree Dengan  Model  Evolusi  K2P (Bootstrap 1000x Pengulangan).
Pada  clade Sardinella  lemuru membentuk beberapa  kelompok  percabangan  yang mengindikasikan  bahwa  terdapat  populasi yang berbeda pada clade Sardinella lemuru .
Skuen M2 terlihat berada di luar percabangan yang  mengindikasikan  individu  ini  berasal dari  populasi  yang  berbeda  dengan  yang lainnya. Skuen K5 dan M5 berada pada satu cabang  yang  sama  dan  berdekatan,  yang menunnjukkan  kedua  individu  ini  memiliki kekerabatan yang sangat dekat. Pada skuen K9 dan M8 terlihat berada pada percabangan berbeda  pada  clade Sardinella  lemuru lainnya  yang  menunjukkan  individu  ini memiliki  jarak  genetik  terjauh  dengan  yang lainnya.
Kekerabatan genetik yang dekat antara ikan lemuru  di  perairan  selat  bali  dengan  ikan lemuru yang terdapat di perairan filipina, laut china  selatan,  laut  china  dan  selat  Taiwan salah  satu  penyebab  persebaran  lemuru
sendiri diduga  dipengaruhi oleh adanya Arus lintas  Indonesia  (ARLINDO).  Arlindo  adalah aliran  massa  air  yang  membentuk  arus  laut pada  wilayah  perairan  Indonesia  dari  Utara yang berasal dari Samudera Pasifik, menuju ke Selatan ke Samudera Hindia (Rizal, 2015) (Gambar 4). Faktor ini  yang mengakibatkan terjadinya  percampuran  genetic  antara  ikan lemuru  diperairan  selat  bali  dengan  ikan lemuru  didaerah  lain,  karena  ikan  lemuru mengikuti  arus  arlindo  untuk  mencari makanan.Ini  sesuai  dengan  pernyataan Tomascik et  al .,  (1997),  Ketika  melewati perairan  Indonesia,  maka  massa  air  Arlindo akan  bercampur  dengan  massa  air  lainnya, sehingga terjadi percampuran massa air dari dua Samudera yang berbeda. Sebagai salah satu  jalur  arlindo,  perairan  ini  kaya  akan nutrien  penting  bagi  kehidupan  fitoplankton. Dalam  rantai  makanan,  fitoplankton  akan dimakan  ikan  kecil  dan  kemudian  oleh  ikan besar.
G2B G2A G1
Gambar 4. Arus Lintas Indonesia (ARLINDO) (Gordon, 2005)

## KESIMPULAN
Hasil analisis genetik mitokondria   11 skuen yang diperoleh dari Muncar Banyuwangi dan Kedonganan, Badung, teridentifikasi sebagai Sardinella  lemuru berdasarkan  Gen  COI, dengan  panjang  amplikon  sebesar  650  bp. Berdasarkan analisis gen COI Variasi genetic
Sardinella lemuru di perairan Selat Bali masih tergolong tinggi. Sardinella lemuru di perairan Selat  Bali  memiliki  hubungan  kekerabatan genetik yang dekat dengan Sardinella lemuru yang terdapat di perairan Laut Cina Selatan, Selat  Taiwan,  Filipina  dan  Cina.  Kedekatan secara  genetic,  ini  diduga  akibat  pengaruh dari Arus Lintas Indonesia (ARLINDO).

## TERIMA KASIH
Penulis  mengucapkan  banyak  terima  kasih kepada  segenap  staf  dan  peneliti  di Laboratorium  Biomolekuler  fakultas  MIPA Universitas  Brawijaya  Malang,  kelompok nelayan di Muncar,  Banyuwangi dan
Kedonganan,  bali  yang  telah  membantu dalam  mengumpulkan  sampel  ikan  lemuru yang digunakan

## DAFTAR PUSTAKA
Ausubell,  F.  M,  Brent,  R.,  Kingston,  R.  E., Moore,  P.D.,  Seidemen,  J.  G., Smith,  J.  A.,  &  Struhl,  K.  (2002). Short Protocols in Molecular Biology,  Fifth  Edition .  John  Willey and Son Inc. Canada Avise, J. C. (1994). Molecular Marker, Natural History  and  Evolution .  Chapman and Hall. USA Buhay, E. (2009). “COI-Like” Sequences Are Becoming Problematic In Molecular Systematic And DNA   Barcoding Studies . University Of South Carolina
Costa,  F.  O.,  de  Waard,  J.  R.,  Boutillier,  J., Ratnasingham,  S.,  Dooh,  R.  T., Hajibabei,  M.,  &  Hebert.  P.  D.  N. (2007).  Biological  Identifications through  DNA  Barcodes:  The  Case of  Crustacea. Canadian  J.  Fish.  & Aqua.  Sci.,  64 (2),  272-295.  doi:
10.1139/f07-008
Divya,  P.,  Gopalakrisna,  A.,  Jhon,  L.,
Thomas,  P.C.,  &  Cakra,  W.  S. (2009). Mithocondrial DNA (Cythocrome C Oxidase I) Sequencing of Indian Marine
Mussels . Indian J. Fish., 56 (3), 223- 226.
Dunham,  R.  A.  (2002). Aquaculture  and
Fisheries  Biotechnology:  Genetic Approach. New York: CABI Publishing, Cambridge. pp 85-99 Gordon,  L.  (2005).  Oceanography  of  the Indonesian Seas and Their Through flow. Oceanography,
18 (4).
Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Shelley, L., & de  Waard,  J.  R.  (2003).  Biological Identifications Through DNA Barcodes. Proc. R. Soc. Lond., 270. Hebert,  P.  D.  N.,  Ratnasingham,  S.,  &  de Ward,  J.  R.  (2003).  Barcoding Animal Life Cytochrome C Oxidase Divergences Among Closely Related  Species. Proc.  R.  Soc. Lond., 270.
Jonas,  P.  Q.,  Brian,  S.,  Santos,  P.,  Ong., Zubaida, U.,  Basiao., Ian Kendrich,
C., Fontanilla, & Cao, E. P. (2011). DNA  Barcoding  of  the  Philippine Endemic Freshwater Sardine Sardinella tawilis
(Clupeiformes:  Clupeidae)  and  Its Marine  Relatives. Philipp.  Agric. Scientist, 94 (3), 248-257. Liu,  W.,  Lathrop,  A.,  Fu,  J.,  Yang,  D.,  &
Murphy, R. W. (2000). Phylogeny of East Asian Bufonids   Inferred from Mitochondrial DNA Sequences (Anura: Amphibia). Molecular Phylogenetics and Evolution, 14 (3), 423-435. Nei,  M.,  &  Kumar,  S.  (2000). Molecular Evolution and Phylogenetics .
Oxford University Press, New York.
Noor, R. (2008). Genetika Ekologi .
Laboratorium  Genetika  Ternak. Institut Pertanian Bogor Rizal, F., Setiyo, W., Pratomo, Y., dan Andri,
E.  (2015).  Identifikasi  Komponen Harmonik Di Selat
Lombok
Berdasarkan  Data  Arus  Time Series. Depik, 4 (1), 24-32. Sofro,  A.  S.  M.  (1994). Keanekaragaman Genetik .  Yogyakarta:  Andi  Offset. 127 hal Susilo, K. (2015). Variabilitas Faktor Lingkungan  Pada  Habitat  Ikan Lemuru Di Selat Bali Menggunakan Data Satelit Oseanografi Dan Pengukuran
Insitu.
Tjong,  D.  H.,  Matseu,  M.,  Kuramoto,  M.,
Belabut,  D.  M.,  Sen,  Y.  H., Nishioka, M., & Sumida, M. (2007). Morphological Divergence, Reproductive  Isolating  Mechanism and Molecular Phylogenetic Relationship,  Among  Indonesia, Malaysia, and Japan Populations of the Fejervaria limnocharis Complex (Anura, Ranidae). Zoological
Science, 24 , 1197- 1212.
Tubaro,  P.,  &  Lijtmaer,  D.  A.  (2002).
Hybridization  Patterns  and  The Evolution of Reproductive Isolation in  Ducks.  División  Ornitología, Museo  Argentino  de  Ciencias Naturales ‘Bernardino  Rivadavia’ Buenos Aires, Argentina. Biological Journal  of  the  Linnean  Society , 197-200
Tomascik,  T., Mah,  A.  J.,  Nontji,  A.,  Moosa, M.  K.  (1997). The  ecology  of Indonesian  seas .  Part  I,  Periplus Editions Ltd., Singapore
Wijana, I. M. S., & Mahardika, I. G. N. (2010).
Struktur Genetik Dan Filogeni Tuna
Sirip  Kuning  (Thunnus  albacares)
Berdasarkan Sekuen DNA Mitkondria Control Region Sitokrom Oksidase  I  Pada  Diversitas  Zone
Biogeografi. Jurnal  Bumi  Lestari,
10 (2): 270 – 274. Zhang,  J.  (2011).  Species  Identification  of Marine  Fishes  in  China  with  DNA Barcoding.
Evidence-Based
Complementary  and  Alternative. Medicine ,  Article  ID  978253,  10 pages.