## Jurnal Penelitian Kehutanan Wallacea
Akreditasi LIPI: 764/AU1/P2MI-LIPI/10/2016 Akreditasi KEMENRISTEKDIKTI: 36b/E/KPT/2016
www.jurnal.balithutmakassar.org
 E-mail address: imam.mahadi@lecturer.unri.ac.id (I. Mahadi)

## PENGGUNAAN BUFFER ALTERNATIF UNTUK ISOLASI DNA GENOMIK PADA TANAMAN HUTAN
(Using alternative buffer for DNA genomic isolation in forest trees)
Imam Mahadi * , Zulfarina      , Megawati Anggraini
Program Studi Pendidikan Biologi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Riau
Kampus Bina Widya Km. 12,5 Simpang Baru, Pekanbaru, Riau, 28293, Indonesia Article Info ABSTRAK Article History: Received 19 September
2020; Accepted 25 May 2021; Published online 25 August 2021
Kata Kunci: Buffer, Isolasi DNA, Konsentrasi DNA, Optimasi
Keywords: Buffer, DNA isolation, DNA concentration, optimization
How to cite this article: Mahadi, I., Zulfarina & Anggraini, M. (2021). Using alternative buffer for DNA genomic isolation in forest trees. Jurnal Penelitian Kehutanan Wallacea, 10 (2), 117- 130. : http://dx.doi.org/10.18
330/jwallacea.2021.vol 10iss2pp117-130
Optimasi prosedur dapat dilakukan terhadap jenis larutan buffer yang digunakan atau dari teknik penanganan fisik dalam pelaksanaan ekstraksi pada tanaman kehutanan pada pemisahan Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) genom dari senyawa lain. Penelitian ini menggunakan tiga jenis buffer yaitu: 1) CTAB, 2) Deterjen mengandung surfaktan Alkyl Benzene  Sulfonate (ABS) dan  3)  Deterjen  mengandung  surfaktan Sodium  Laureth Sulphate (SLS). Tujuan penelitian adalah untuk menentukankan metode isolasi DNA yang optimal dengan menggunakan buffer alternatif pengganti CTAB secara optimal, serta untuk mempermudah isolasi DNA di daerah-daerah  terpencil yang umumnya sulit memperoleh CTAB untuk menghasilkan DNA genom yang berkualitas baik serta jumlah  DNA  yang  memadai  sesuai    kepentingan  kajian    yang  berbasis  DNA  pada tanaman kehutanan. Parameter yang diukur pada penelitian yaitu keberadaan DNA dan konsentrasi  DNA.  Hasil penelitian menunjukkan  bahwa  isolasi  DNA  12 spesies tanaman  hutan  berhasil  dilakukan  dengan  baik  menggunakan buffer CTAB  dan deterjen  mengandung  surfaktan Alkyl  Benzene  Sulfonate (ABS) sedangkan  untuk buffer deterjen mengandung surfaktan Sodium Laureth Sulphate (SLS) tidak berhasil dilakukan.  Hal  ini  dibuktikan  dengan  terlihatnya  fiber  atau  benang  putih  pada supernatan  setelah  pemberian  isopropanol  yang  kemudian  dibuktikan  dengan visualisasi  pita  DNA  genomik  dari  hasil  elektroforesis  dan  hitungan  nanodrop spektrofotometer.  Kuantitas  DNA  (konsentrasi  DNA)  tertinggi  terdapat  pada  19 sampel tanaman yang menggunakan buffer CTAB dan deterjen surfaktan ABS dengan konsentrasi sebesar 1.403,8 – 3.412,7 ng/µl. Dapat disimpulkan bahwa selain buffer CTAB, buffer deterjen  surfaktan ABS  juga  dapat  digunakan  sebagai buffer alternatif untuk isolasi DNA pada tanaman kehutanan.

## ABSTRACT
DNA  optimization  procedures  can  be  carried  out  on  the  type  of  buffer  used  during extraction  or  physical  handling  techniques  in  separating  genomic  DNA  from  other compounds. The research using Three types of buffer: 1. CTAB, 2. Detergents containing Alkyl  Benzene  Sulfonate  (ABS)  surfactants  and  Three  Detergents  containing  Sodium Laureth Sulphate (SLS) surfactants. This study aims to obtain an optimal DNA isolation method to produce genomic DNA of good quality and sufficient quantity so that it can be used  for  genetic  diversity  analysis  in  forest  trees  and  to  determine  the  optimal alternative buffer for CTAB to facilitate DNA isolation in remote areas, which generally hard to get CTAB. The parameters measured in this study were the presence of DNA and DNA concentration. The results showed that DNA isolation of 12 species of forest trees was successfully carried out using CTAB buffer and Detergent containing ABS surfactants by  visualizing  the  genomic  DNA  bands  from  the  results  of  the  electrophoresis  and Nanodrop spectrophotometer meanwhile Detergent containing SLS surfactants buffer was not successful in DNA isolation. The highest DNA quantity (DNA concentration) was found in 19 samples using CTAB buffer and the detergent containing ABS surfactants buffer with a concentration of 1403,8 - 3412,7 ng/µl. The conclusion of this study was CTAB  buffer  and  the  Detergent  containing  ABS  surfactants  can  also  be  used  as  an alternative to a simple buffer for DNA isolation experiments.
Read online  : Scan this QR code with your Smart
phone or mobile device to read online.

## I. PENDAHULUAN
Program  pembangunan    kehutanan
Indonesia  salah  satu  tujuannya  adalah pengembangan    tanaman  kehutanan.  Hal  ini diharapkan dapat
meningkatkan perekonomian  nasional  ke  depan,  karena tanaman  kehutanan  bisa  menjadi  prospek masa  depan  untuk  menggantikan  peranan hutan  alam.  Hutan  tanaman  dapat  berperan dalam  memenuhi  kebutuhan  bahan  baku industri kehutanan, peningkatan pendapatan dan  kesejahteraan  masyarakat  tani  yang berada  di  sekitar  hutan.  Program  kegiatan pembangunan  kehutanan  tidak  hanya tertumpu  pada  peningkatan  produktivitas tanaman  hutan  saja  akan  tetapi  juga melakukan  kegiatan  perbaikan  ekosistem hutan  dan  konservasi  sumber  genetik tanaman.  Untuk mendukung kegiatan pembangunan  hutan  tanaman  tersebut salah satunya adalah dengan kajian pengembangan jenis tanaman potensial melalui bioteknologi tanaman,  khususnya  tanaman  hutan  yang berpotensi dijadikan hutan tanaman industri. Menurut Howell ( 2014 )  langkah awal dalam kajian  bioteknologi  molekular  tanaman adalah proses ekstraksi Deoxyribo Nucleic Acid (DNA)  sebagai  dasar  pengembangan  bahan genetik tanaman.  Hal ini juga termasuk pada tanaman  kehutanan.  Ekstraksi  bertujuan untuk  mendapatkan  DNA  berkualitas  tinggi merupakan  satu  metode  dasar  yang  harus dipenuhi dalam analisis molekuler
(Nurkamila & Pharmawati, 2014 ). Menurut  Doyle  dan  Doyle  ( 1987 ) keberhasilan  isolasi  DNA  dipengaruhi  oleh penggunaan buffer sebagai larutan penghancur  dinding  sel  tanaman  sebelum ekstraksi  DNA  dilakukan.  Pada  pelaksanaan isolasi DNA, selain optimalisasi suhu dan lama inkubasi, penggunaan buffer juga memainkan peranan  penting  dalam  menggerus  (lisis) dinding  sel  tanaman,  dimana  DNA  genom dapat  terdegradasi  dari  nukleus  dan sitoplasma  tanaman. Buffer juga  berperan untuk melindungi DNA genom dari degradasi akibat  senyawa  sekunder  yang  dilepaskan ketika  sel  dihancurkan  (Langga et  al ., 2012 ). Menurut  Sahoo et  al. ( 2014 )  penggunaan buffer dapat  menentukan  kualitas  dan kuantitas  DNA.  Umumnya  ekstrak  DNA menggunakan buffer Cetyl Trimetyl
Ammonium Bromide (CTAB).
Menurut  Syafaruddin et al. ( 2011 ) buffer CTAB  merupakan buffer yang  umum digunakan dalam teknik isolasi DNA dan dapat memperoleh  konsentrasi  DNA  yang  cukup tinggi  serta  tingkat  kemurnian  yang  baik, namun harga CTAB ini relatif mahal. Selain itu, buffer CTAB  memerlukan  waktu  untuk memesannya  dan  tidak  tersedia  di  semua daerah,  oleh  sebab  itu  perlu  untuk menggunakan buffer alternatif  seperti deterjen.  Deterjen  merupakan  salah  satu produk  industri  yang  digunakan  dalam kehidupan  sehari-hari,  terutama  untuk keperluan  rumah  tangga  dan  industri. Deterjen  dapat  berbentuk  cair  atau  bubuk yang  mengandung  konstituen  bahan  aktif berupa surface  active  agents yang  disingkat menjadi  surfaktan  ( Surfactant) yaitu Alkyl Benzene Sulfonate (ABS) dan Sodium Laureth Sulphate (SLS)  sebesar  10%-30%.  Deterjen memiliki  kandungan  bahan  aktif  surfaktan ˂20% termasuk kategori rendah yang disebut sabun dan deterjen yang mengandung bahan aktif surfaktan ˃20% termasuk kategori tinggi atau keras.
Menurut  Yulianti  ( 2006 ),  deterjen merupakan  bahan  pelarut  yang  dapat dijadikan  sebagai buffer alternatif  yang berperan  untuk  melarutkan  lemak  dan protein,  penghacuran  atau  penghancuran dinding  sel  tanaman  (lisis)  dan  penguraian polissakarida  sel  tumbuhan,  karena  kedua jenis  deterjen  ini  mengandung  senyawa surfaktan  seperti ABS,  SLS,  SAS,  LAS hanya berbeda  pada  persentase  kosentrasi  bahan aktifnya. Yi et al . ( 2018 ) menambahkan bahwa surfaktan  yaitu  bahan  aktif  permukaan  yang berfungsi  dapat  menurunkan  tegangan permukaan untuk mempermudah peluruhan, penyebaran,  dan  pemerataan.  Deterjen mempunyai keunggulan antara lain peluruhan lemak,  penguraian  protein  yang  lebih  baik serta  lisis  permukaan  sel  tanaman  yang mengandung polisakarida. Pengujian dilakukan  dengan  menggunakan buffer alternatif seperti deterjen atau sabun dengan kandungan  bahan  aktif  surfaktan  pada ekstraksi DNA.
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan  metode  alternatif  pengganti buffer CTAB yang murah dan mudah didapat untuk  isolasi  DNA  tanaman  hutan  sehingga diharapkan dapat  menghasilkan DNA genom yang  berkualitas  baik  serta  jumlah  yang
memadai.  Selanjutnya buffer tersebut  dapat digunakan  untuk  keperluan  analisis  DNA sebagai  alternatif  pengganti  CTAB  untuk mempermudah  pelaksanaan  kegiatan  isolasi DNA  di  daerah-daerah  terpencil  yang umumnya sulit memperoleh CTAB.

## II. METODE PENELITIAN
Penelitian  ini  menggunakan  metode eksperimen.  Data  dianalisis  secara  kualitatif dan  kuantitatif.  Alat  yang  digunakan  dalam penelitian  ini  meliputi  alat  pengambilan sampel daun (plastik dan gunting). Alat untuk isolasi DNA:  mortar,  pestle,  spatula,  kertas aluminium,  tisu,  tabung  mikro  50  ml,  rak tabung  mikro,  pipet  mikro  berbagai  ukuran, tipmikro  untuk  pipet  mikro,  timbangan analitik, waterbath ,  mesin  sentrifus  (4000 rpm), hot plate , stirrer . Perangkat elektroforesis  (Fisans  Model  FEC  360, large horizontal  Gel  System ),  sisir,  cetakan  gel agarose, UV transluminator (wiseuv WUV-M20, Daihan  Scientific) dan  kamera  ( Olympus  SP- 500  UZ ).  Alat  untuk  amplifikasi  PCR  yaitu; Mesin PCR merek Hercuvan Lab Systems.
Penelitian  ini  menggunakan  12  jenis tanaman kehutanan yaitu resak ( Cotylelobium burckii ),  rengas  ( Gluta  velutina ),  tembusu ( Fagraea  sororia Roxb),  pedada  ( Sonneratia
caseolaris )  kempas  ( Koompassia  malaccensis Maingay), kelat ( Syzygium palembanica Merr), kulim ( Scorodocarpus borneensis (Baill) Becc), ulin  ( Eusideroxylon  zwagerii Teysm.  & Binnend),  meranti  ( Shorea  platyclados ), kruwing  ( Dipterocarpus  crinitus Dyer), marpoyan ( Rodamnia cinerea Jack), marsawa ( Anisoptera  marginata Korth)    dan  nibung ( Oncosperma  tigillarium (Jack).  Tanaman tersebut  merupakan  tanaman  yang  memiliki nilai ekonomis tinggi di Riau terutama untuk mebel  dan  industri,  dan  saat  ini  terancam punah akibat deforestasi dan pengembangan perkebunan sawit.
Bahan  kimia  yang  digunakan  untuk ekstrak  DNA  adalah  3  jenis buffer :  1). Buffer CTAB  (komposisi:  1M  Tris  HCl  pH  8;  0,5M EDTA  pH  8;  5M  NaCl;  0,2%  14M  ß-ME; Aquabidestilata),
kloroform (CIAA),
isopropanol, TE (0,5 M EDTA pH 8,0 dan 1M Tris-HCl  pH  8,0).  2). Buffer deterjen  dengan kandungan  bahan  aktif  surfaktan Alkyl Benzena  Sulfonat (ABS)  (Pada  penelitian  ini digunakan  deterjen  cair  komersial  yang mengandung  bahan  aktif  surfaktan  24%)  3). Buffer deterjen  dengan  kandungan  surfaktan Sodium  Laureth  Sulphate (SLS),  (Pada penelitian  ini  digunakan  produk  deterjen komersial sabun cair yang mengandung bahan
Keterangan ( Notes ):
M  : Marker 1 Kb Ladder
1c : Resak CTAB 1r : Resak deterjen ABS 1s : Resak deterjen SLS 2c : Kempas CTAB 2r : Kempas deterjen ABS 2s : Kempas deterjen SLS 3c : Tembusu CTAB 3r : Tembusu deterjen ABS 3s  : Tembusu deterjen SLS 4c  : Pedada CTAB 4r  : Pedada deterjen ABS 4s  : Pedada deterjen SLS
Gambar 1. Keberadaan DNA genomik hasil elektroforesis setiap spesies dengan marker 1kb Figure 1. Existence of electrophoretic genomic DNA from each species with a marker of 1kb
250 bp 500 bp 750 bp 1000 bp 1500 bp 2000 bp 10000 bp 8000 bp 6000 bp 4000 bp 2500 bp
2000 bp
aktif surfaktan 18%) (Yulianti, 2006 ).  Bahan untuk  elektroforesis  adalah  1x  TBE,  etidium bromide (EtBr) 1 µl, loading dye 2 µl, 1 % gel agarose (0,5 gr bubuk agarose + 50 ml air + 1x buffer TBE), 1 kb DNA ladder
( ThermoScientific )  dan  akuabidestilata  steril (dH 2 O).

## A. Metode Pengambilan Sampel
Sampel  daun  diambil  dari  daun  yang masih muda yang sudah membuka penuh dari pucuk  tanaman,  kemudian  digunting  dengan ukuran 1-2 cm dan dimasukkan dalam plastik yang  bersih.  Selanjutnya  sampel  daun  diberi silika gel untuk mempercepat penyerapan air dari  sampel  daun  agar  cepat  kering.  Sampel ditutup rapat.

## B. Ektrak DNA
Metode  ekstrak  DNA  menggunakan metode  Doyle  dan  Doyle  ( 1987 ). Buffer ekstraksi yang digunakan yaitu CTAB sebagai buffer acuan  standar  ekstrak.    Deterjen surfaktan Alkil  Benzena  Sulfonat (ABS)  dan deterjen  surfaktan Sodium  Laureth  Sulphate (SLS)  merupakan buffer alternatif  sebagai perlakuan. Masing-masing tanaman diekstrak dengan  perlakuan  1  sampel  tanaman  hutan sebanyak  1  gr  sampel  menggunakan buffer perlakuan yaitu buffer CTAB sebanyak 3 ml, 1 sampel buffer deterjen surfaktan Alkil Benzena Sulfonat (ABS)  sebanyak  3  ml  dan  1  sampel
buffer deterjen  surfaktan Sodium  Laureth Sulphate (SLS)  sebanyak  3  ml  yang  digerus menggunakan  nitrogen  cair  dengan  tujuan membantu  pelisisan  pada  dinding  sel tumbuhan.

## C. Uji Kualitatif
Uji  kualitatif  dilakukan  menggunakan teknik  elektroforesis.  Perkiraan  keberadaan DNA  yang  ditunjukkan  dengan  adanya  pita ( band ) yang jelas dan utuh pada gel agarose. Teknik  elektroforesis  digunakan  yaitu  gel agarose  konsentrasi  1%  pada  tangki  berisi buffer 1x  TAE,  dengan  tegangan  100  volt selama  30  menit.  Hasil  elektroforesis kemudian diamati di bawah sinar UV di dalam alat UV Transluminator (UVP, UK) dan difoto dengan kamera olympus SP-500UZ .

## D. Purifikasi DNA
Sebelum  kuantitas  DNA  dihitung,  maka dilakukan  purifikasi  atau  pemurnian  DNA. Tujuannya  untuk  menghidrolisiskan  RNA yang terdapat dalam larutan DNA. DNA yang didapat  kemudian  dilakukan  pemurnian. Digunakan sebanyak 2  l RNase (0.02  g/  l ) ke dalam tube template DNA dan dipanaskan pada  suhu  37⁰C  selama  45  menit.  Kemudian ditambahkan  fenol  :  kloroform  :  isoamil alkohol  (25  ml  :24  ml  :1  ml).  Campuran diguncang  secara  perlahan-lahan  selama  15 menit. Campuran disentrifugasi pada putaran
Keterangan ( Notes ): M  : Marker 1 Kb ladder 5c : Kelat CTAB 5r : Kelat deterjen ABS 5s : Kelat deterjen SLS 6c : Kulim CTAB 6r  : Kulim deterjen ABS 6s  : Kulim deterjen SLS 7c : Ulin CTAB 7r  : Ulin deterjen ABS 7s : Ulin deterjen SLS 8c : Meranti CTAB 8r : Meranti deterjen ABS 8s : Meranti deterjen SLS 9c : Rengas CTAB 9r : Rengas deterjen ABS 9s : Rengas deterjen SLS
Gambar 2 . Keberadaan DNA genomik hasil elektroforesis setiap spesies dengan marker 1kb Figure 2. Existence of electrophoretic genomic DNA from each species with a marker of 1kb
12  000  rpm  selama  10  menit  dan  lapisan larutan atas dipindahkan ke tiub 1.5 ml baru. DNA  yang  sudah  kering dilarutkan  50  l  TE. Pelet  DNA  yang  murni  diinkubasi  dan disimpan pada suhu -20° C.

## E. Uji Kuantitatif
Uji  kuantitatif  dilakukan  pada  larutan DNA stok sampel tanaman dengan menggunakan alat
nanodrop spektrofotometer  (Thermo  Scientific,  USA). Selanjutnya  kemurnian  larutan  DNA  diukur dari  nilai  perbandingan  antara  absorbansi pada  panjang  gelombang  260  nm  (λ260) dengan  nilai  absorbansi  pada  panjang gelombang  280  nm  (λ  280).  Pengukuran kuantitatif DNA ini mengikut  Sambrook et al . ( 1989 )  DNA  yang  kemurniannya  baik memiliki  nilai  perbandingan  λ260/λ280 sebesar  1.8-2.0  (Sambrook et  al ., 1989 ). Satuan  konsentrasi  DNA  yang  digunakan adalah ng/µl.

## F. Pengamplifikasian PCR
Amplifikasi  PCR  dilakukan  dalam campuran 25 µl yang terdiri 2.5 µl buffer PCR (20mM  Tris-HCl  pH  8.3,  100  mM  KCl) (Promega), 3 mM MgCl 2 , 200 µM dNTP, 0,5 µl primer
t rn T -trn L ( 5'-
GGTTCAAGTCCCTCTATCCC-3' forward dan
5'-ATTTGAACTGGTGACACGAG-3' reverse ), 2  µl Taq Polimerase  (Promega)  serta  20  ng templat DNA genomik. Amplifikasi dijalankan menggunakan ‘Themal cycle’ Gene Amp ® PCR system  9700  Perkin  Elmer  untuk  35  siklus dengan  waktu  2  menit  pra-denaturasi  pada suhu 94°C, 1 menit denaturasi akhir pada suhu 94°C,  selanjutnya  annaeling  selama  1  minit pada suhu 55°C, ekstensi selama 2 menit pada suhu 72°C, 10 menit ekstensi akhir pada suhu 72°C  dan  inkubasi  pada  suhu  4°C.  Hasil  PCR dilihat  menggunakan  elektroforesis  Gel agaros  1,5%  dalam  penimbal  TBE  dengan tegangan 65V selama 2,5 jam.

## III. HASIL DAN PEMBAHASAN

## A. Hasil Ekstrak DNA
Hasil ekstraksi DNA 12 spesies tanaman yaitu; resak, tembusu, pedada, kempas, kelat, kulim,  ulin,  meranti,  kruwing,  marpoyan, marsawa, dan nibung diberi perlakuan buffer berbeda  yaitu buffer CTAB, buffer deterjen mengandung surfaktan Alkyl Benzene
Sulfonate (Deterjen  ABS)  dan buffer deterjen mengandung  surfaktan  SLS  (Deterjen  SLS) menunjukkan kualitas pita genomik DNA yang bervariasi.
Berdasarkan  hasil  elektroforesis  pada Gambar  1 , 2 ,  dan 3 memperlihatkan  bahwa terdapat  pita  DNA  yang  tampak  pada
Keterangan ( Notes ):
10c : Marpoyan CTAB 10r : Marpoyan deterjen ABS 10s : Marpoyan deterjen SLS 11c : Marsawa CTAB 11r : Marsawa deterjen ABS 11s : Marsawa deterjen SLS 12c : Nibung CTAB 12r : Nibung deterjen ABS
12s : Nibung deterjen SLS
Gambar 3. Keberadaan DNA genomik hasil elektroforesis setiap spesies  dengan  marker 1 kb Figure 3. Existence of electrophoretic genomic DNA from each species with a marker of 1kb
beberapa  sampel  dan  ada  pula  yang  tidak tampak. Keberadaan DNA pada sampel setelah elektroforesis dapat dilihat pada Tabel 1 . Berdasarkan Tabel  1 diketahui  bahwa dari  total  36  sampel  tanaman,  pita  DNA genomik terlihat pada 24 sampel yaitu: 1c, 1r, 2c, 3c, 3r, 4c, 4r, 5c, 5r, 6c, 6r, 7c, 7r, 7s, 8c, 9c, 9r,  10c,  10r,  11c,  11r,  12c,  12r  dan  12s. Sedangkan  pita  DNA  yang  tidak  tampak berjumlah 12 sampel yaitu pada sampel 1s, 2r, 2s, 3s, 4s, 5s, 6s, 8r, 8s, 9s, 10s, dan 11s. Dari ke-12 sampel yang tidak terlihatnya pita DNA ini,  10  sampelnya  ialah  yang  menggunakan buffer Deterjen  yang  mengandung  surfaktan Sodium  Laureth  Sulphate (SLS)  (Deterjen Surfaktan  SLS).  Ketidakberhasilan  deterjen
surfaktan  SLS  dalam  isolasi  DNA  ini disebabkan  karena buffer ini  merupakan deterjen sabun cair memiliki komposisi yang lebih  sederhana  dan  konsentrasi  bahan  aktif berupa surfaktan dalam jumlah lebih rendah 18%  (<20%)  dibandingkan  dengan buffer deterjen surfaktan ABS 24% (˃20%). Deterjen sabun  cair  yang  tersebar  di  pasaran  dan digunakan  dalam  isolasi  ini  mengandung bahan  aktif Sodium  Laureth  Sulphate (SLS). Senyawa  SLS  merupakan  surfaktan  anionik golongan deterjen lunak/lemah dengan rantai karbon  yang  lurus  dan  mudah  diurai  oleh mikroorganisme dan air.
Buffer deterjen surfaktan SLS tidak dapat berikatan  dengan  magnesium  dan  kalsium
Tabel 1. Keberadaan DNA pada sampel setelah elektroforesis
Table 1. Existence of DNA in samples after electrophoresis No. Perlakuan sampel (Sample treatment) Penyangga (Buffer) DNA 1 1c   : 2 µl Resak CTAB √ 2 1r   : 2 µl Resak Deterjen ABS √ 3 1s   : 2 µl Resak Deterjen SLS – 4 2c   : 2 µl Kempas CTAB √ 5 2r   : 2 µl Kempas Deterjen ABS – 6 2s   : 2 µl Kempas Deterjen SLS – 7 3c   : 2 µl Tembusu CTAB √ 8 3r   : 2 µl Tembusu Deterjen ABS - 9 3s   : 2 µl tembusu Deterjen SLS – 10 4c   : 2 µl Pedada CTAB √ 11 4r   : 2 µl Pedada Deterjen ABS √ 12 4s   : 2 µl Pedada Deterjen SLS – 13 5c   : 2 µl Kelat CTAB √ 14 5r   : 2 µl Kelat Deterjen ABS Smear 15 5s   : 2 µl Kelat Deterjen SLS – 16 6c   : 2 µl Kulim CTAB √ 17 6r   : 2 µl Kulim Deterjen ABS Smear 18 6s   : 2 µl Kulim Deterjen SLS – 19 7c   : 2 µl Ulin CTAB √ 20 7r   : 2 µl Ulin Deterjen ABS √ 21 7s   : 2 µl Ulin Deterjen SLS Smear 22 8c   : 2 µl Meranti CTAB √ 23 8r   : 2 µl Meranti Deterjen ABS – 24 8s   : 2 µl Meranti Deterjen SLS – 25 9c   : 2 µl Rengas CTAB √ 26 9r   : 2 µl Rengas Deterjen ABS √ 27 9s   : 2 µl Rengas Deterjen SLS – 28 10c : 2 µl Marpoyan CTAB √ 29 10r : 2 µl Marpoyan Deterjen ABS √ 30 10s : 2 µl Marpoyan Deterjen SLS - 31 11c : 2 µl Marsawa CTAB Smear 32 11r : 2 µl Marsawa Deterjen ABS √ 33 11s : 2 µl Marsawa Deterjen SLS – 34 12c : 2 µl Nibung CTAB √ 35 12r : 2 µl Nibung Deterjen ABS √ 36 12s : 2 µl Nibung Deterjen SLS Smear
sehingga tidak mampu menginaktivasi enzim nuklease.  Kandungan  CAPB  ( Cocamidopropyl betaine )  juga  terdapat  pada  deterjen  sabun yang  merupakan  surfaktan  amfoterik  yang jauh  lebih  aman  karena  memiliki  tingkat iritasi yang sangat kecil, sehingga kebanyakan CAPB  juga  dipergunakan  dalam  produk perawatan  wajah  ( skincare )  dan  kosmetik. Bahan-bahan  inilah  yang  menyebabkan  daya cuci  sabun  tidak  sebaik  deterjen  surfaktan ABS  khususnya  dalam  mengisolasi  DNA tanaman kehutanan. ABS merupakan surfaktan  anionik  golongan  deterjen  kuat dengan  rantai  bercabang  pada  atom  karbon sehingga  sulit  dirusak  oleh  mikroorganisme inilah  yang  menyebabkan  daya  cuci  deterjen lebih kuat daripada deterjen sabun cair. Hal ini didasarkan  pada  tujuan  penggunaannya,  di mana  deterjen  digunakan  untuk  mencuci pakaian,  sedangkan  sabun  digunakan  untuk mencuci  piring.  Senyawa  ABS  ini  dapat meluruhkan  ikatan  senyawa  pada  penyusun dinding  sel  tumbuhan  berupa  selulosa,  hemi selulosa, lignin dan pektin menjadi polisakarida  yang  terlarut  dalam  ekstraksi DNA  (Syafaruddin et  al. , 2011 )  sehingga membentuk  supernatan  yang  berwarna keputihan  yang  mengendap  pada  dasar larutan  ekstraksi,  sehingga  dapat  terpisah antara  larutan  supernatan  DNA  dengan endapan polisakarida.
Ketidakberhasilan  pada buffer deterjen surfaktan  SLS  juga  disebabkan  karena  pada beberapa  sampel,  daun  yang  digunakan banyak  mengandung  metabolit  sekunder seperti  polifenol,  alkaloid  serta  polisakarida yang tinggi sehingga dinding sel lebih sulit lisis hal ini sesuai dengan pendapat Howell ( 2014 ) bahwa  kandungan  polisakarida  inilah  yang menjadi  kontaminan  pada  pita  DNA  yang dihasilkan. Kontaminan lain seperti polifenol dalam  bentuk  teroksidasi  mengikat  DNA secara  kovalen  (Couch  &  Fritz, 1990 ).  Daun yang masih muda bersifat meristematik atau aktif  membelah  karena  masih  berada  pada tahap  pertumbuhan  sehingga  DNA  di  dalam selnya lebih banyak.
Kegagalan ekstrak DNA sampel tanaman meranti  dengan  penggunaan buffer deterjen surfaktan  ABS  pada  sampel  8r  dapat disebabkan  oleh  fakfor  teknis  bukan  faktor ketidakmampuan surfaktan ABS. Sampel daun larutan ekstraksi berwarna kecokelatan yang disebabkan  sampel  daun  tanaman  meranti
sudah  mengalami  oksidasi  terlebih  dahulu. Selain itu daun yang mulai kurang segar akibat lokasi  pengambilan  sampel  yang  jauh  dan lama.  Penggunaan  sampel  tumbuhan  yang masih  segar  dalam  ekstraksi  DNA  sangat berpengaruh,  karena    apabila  sampel dibiarkan  terlalu  lama  dan  tidak  segera diisolasi  maka  DNA  akan  mengalami degradasi dan dapat pula terkontaminasi oleh DNA  eksogen,  misalnya  DNA  bakteri (Syafaruddin et al. , 2011 ; Yi et al. , 2018 ). Hal ini  juga  dijelaskan  oleh  Robinson  ( 1974 ) bahwa  pada  penyiapan  bahan  tumbuhan untuk  mengisolasi  komponen  senyawa tertentu  sangat  penting  untuk  menghindari terbentuknya senyawa jadian. Jaringan hidup diproses  terlalu  lama,  kerja  enzim  dapat menimbulkan  perubahan  yang  besar  pada kandungan kimia tertentu akibat oksidasi dan hidrolisis.  Untuk  mendapatkan  DNA  yang berkualitas baik maka sampel segar tanaman lebih direkomendasikan.
Penggerusan  sampel  daun  meranti  juga terlihat  larutan  yang  berwarna  lebih  gelap (kecokelatan) daripada sampel tanaman lain. Warna  larutan  berwarna  cokelat  kuning disebabkan  karena  adanya  kandungan  tanin pada  sampel  (Robinson, 1974 ).  Varma et  al . ( 2007 ) menyatakan bahwa DNA yang diisolasi seringkali  terkontaminasi  oleh  polisakarida dan  metabolit  sekunder  lain  seperti  tanin, pigmen  klorofil,  alkaloid,  dan  flavonoid. Afshar et al . ( 2018 ) menyatakan bahwa salah satu  kesulitan  dari  ekstrak  DNA  tanaman tinggi adalah proses pelisisan karena memiliki dinding sel yang kuat dan pada beberapa jenis tanaman  kontaminasi  metabolit  sekunder sulit  dipisahkan  sehingga  menurunkan kemurnian DNA.

## B. Kualitas Hasil Isolasi Genomik DNA
Kualitas hasil isolasi berdasarkan tingkat ketebalan  pita  DNA  genomik  pada  seluruh sampel (36 buah) daapt dilihat pada Tabel 2 . Hasil penelitian ini, menunjukkan isolasi DNA  ke-36  sampel  tanaman  berhasil dilakukan  dengan  metode  CTAB  dan buffer deterjen surfaktan ABS. Berdasarkan Tabel 2 , ekstrak DNA daun resak (1c), kelat (5c), kulim (6c),  ulin  (7c),  meranti  (8c),  marpoyan  (10c, 10r)  marsawa  (11r)  menunjukkan  kualitas yang paling bagus hal ini disebabkan adanya optimalisasi  suhu  dan  lama  inkubasi  yaitu sebesar  65°C  selama  60  menit  hal  ini  sesuai
dengan penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Restu et al ., ( 2012 ) pada tanaman Suren ( Tooma sureni )  di  mana  inkubasi  selama  60 menit  pada  suhu  60°C  memberikan  hasil kualitas    DNA    terbaik    sedangkan   sampel tambusu (3r), kelat (5r), kulim (6r), dan ulin (7r) terlihat smear dan tidak tampak pita DNA nya.  Hal  ini  disebabkan  hasil  isolasi  DNA mungkin  masih  banyak  mengandung  RNA, polisakarida, maupun protein. Selain itu, pita DNA yang smear pada sampel Tembusu (3r), Kelat  (5r),  Kulim  (6r),  dan  Ulin  (7r) menunjukkan  bahwa  DNA  terpotong  potong. Pita  DNA  yang smear kemungkinan disebabkan karena proses penggerusan yang
terlalu  kuat  sehingga  saat  isi  sel  keluar DNA menjadi  rusak  atau  terpotong.  Hal  ini  sesuai dengan pendapat Nugroho et al. ( 2016 ) bahwa pita  DNA  yang smear adalah  pita  DNA  yang terpotong  menjadi  bagian  yang  lebih  kecil karena adanya ikatan antar molekul DNA yang terputus.  Terputusnya  ikatan  antar  molekul tersebut  dapat  disebabkan  oleh  gerakan berlebihan saat proses penggerusan atau pada saat membolak-balikkan tabung.
Perlakuan ekstraksi DNA dengan menggunakan buffer deterjen  ABS  pada sampel  daun  resak  (1r),  marpoyan  (10r), marsawa (11r), dan nibung (12r) menunjukkan kualitas hasil isolasi yang baik
Tabel 2. Kualitas hasil isolasi genomik DNA pada 36 sampel tanaman hutan Table 2. Quality of genomic DNA isolation results in 36 samples of forestry crop
No. Sampel (Sample) Penyangga (Buffer) Kualitas DNA (DNA quality) 1 1c   : Resak CTAB Pita DNA jelas dan tebal 2 1r   : Resak Deterjen ABS Pita DNA jelas dan tipis 3 1s   : Resak Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 4 2c   : Kempas CTAB Pita DNA jelas dan tipis 5 2r   : Kempas Deterjen ABS Pita DNA tidak tampak 6 2s   : Kempas Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 7 3c   : Tembusu CTAB Pita DNA jelas dan tipis 8 3r   : Tembusu Deterjen ABS Pita DNA tidak tampak 9 3s   : Tembusu Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 10 4c   : Pedada CTAB Pita DNA jelas dan tipis 11 4r   : Pedada Deterjen ABS Pita DNA jelas dan tipis 12 4s   : Pedada Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 13 5c   : Kelat CTAB Pita DNA jelas dan tebal 14 5r   : Kelat Deterjen ABS Smear dan tidak tampak pita DNA 15 5s   : Kelat Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 16 6c   : Kulim CTAB Pita DNA jelas dan tebal 17 6r   :  Kulim Deterjen ABS Smear dan tidak tampak pita DNA 18 6s   :  Kulim Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 19 7c   :  Ulin CTAB Pita DNA jelas dan tebal 20 7r   :  Ulin Deterjen ABS Smear dan tidak tampak pita DNA 21 7s   : Ulin Deterjen SLS Pita DNA jelas dan tipis 22 8c   : Meranti CTAB Pita DNA jelas dan tebal 23 8r   : Meranti Deterjen ABS Pita DNA tidak tampak 24 8s   : Meranti Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 25 9c   : Rengas CTAB Pita DNA jelas dan tipis 26 9r   : Rengas Deterjen ABS Pita DNA jelas dan tipis 27 9s   : Rengas Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 28 10c : Marpoyan CTAB Pita DNA jelas dan tebal 29 10r : Marpoyan Deterjen ABS Pita DNA jelas dan tebal 30 10s : Marpoyan Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 31 11c : Marsawa CTAB Pita DNA jelas dan tipis 32 11r : Marsawa Deterjen ABS Pita DNA jelas dan tebal 33 11s : Marsawa Deterjen SLS Pita DNA tidak tampak 34 12c : Nibung CTAB Pita DNA jelas dan tipis 35 12r : Nibung Deterjen ABS Pita DNA jelas dan tipis 36 12s : Nibung Deterjen SLS Pita DNA jelas dan tipis
dengan  pita  DNA  yang  terlihat  cukup  tebal. Pita  DNA  yang  tampak  ini  disebabkan  oleh pada buffer deterjen surfaktan ABS yakni Alkyl Benzene  Sulfonat yang  menggantikan  CTAB, kemudian  ditambah  dengan  disodium  EDTA yang  menggantikan  EDTA  dan sodium chloride seperti  NaCl  yang  terdapat  pada CTAB.  Oleh  karena  adanya  komposisi  yang mirip dengan CTAB itu, maka larutan deterjen ABS  dan Linear  Alkylbenzene  Sulfonat (LAS) juga dapat menginaktivasi enzim DNAse yang akan  mendenaturasi  DNA  yang  diisolasi. Deterjen  dengan  surfaktan  ABS  ˃20%  akan menyebabkan rusaknya membran sel melalui ikatan  yang  dibentuk  melalui  sisi  hidrofobik deterjen  dengan  protein  dan  lemak  pada membran  sel  sehingga  akan  membentuk senyawa  “lipid  protein-deterjen  kompleks”. Senyawa  tersebut  dapat  terbentuk  karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,  demikian  juga  dengan  deterjen, sehingga  dapat  membentuk  suatu  ikatan kimia.  Deterjen  akan  menginaktivasi  enzim nuklease  dengan  cara  mengikat  ion
magnesium  dan  kalsium  yang  dibutuhkan sebagai  kofaktor  enzim  DNAase  (Corkill  & Rapley, 2008 )  hal  ini  sesuai  dengan keberhasilan  penelitian  yang  dilakukan  oleh Yulianti, ( 2006 )  yang  menggunakan deterjen sebagai penghambat DNAse dalam mengisolasi DNA. Senyawa deterjen dan CTAB sama-sama  dapat  melisis  dinding  sel, mendenaturasi  protein  serta  menghambat aktivitas enzim nuklease.
Keberhasilan isolasi DNA ini juga dibantu oleh  adanya  penambahan  nitrogen  cair  pada saat  penggerusan  sehingga  proses  pelisisan sel menjadi lebih efektif. Nitrogen cair mampu mendegradasi  dinding  sel  lebih  cepat  saat penggerusan  sehingga  isi  sel  dapat  keluar. Menurut  Ari et  al .  ( 2019 )  sampel  DNA  yang tervisualisasi  sebagai  pita  terang  dan  tebal memiliki  konsentrasi  dan  tingkat  kemurnian yang tinggi.
Dengan demikian dapat diketahui bahwa 12  jenis  tanaman  berhasil  diekstrasi menggunakan buffer deterjen  surfaktan  ABS, deterjen  surfaktan  SLS  dan  CTAB.  Meskipun
Tabel 3. Kuantitas hasil isolasi genomik DNA pada 23 sampel tanaman hutan Table 3. Quantity of genomic DNA isolation results in 23 samples of forestry crop
No. Sampel (Sample) Penyangga (Buffer) Konsentrasi DNA (DNA concentration) ng/µl Kemurnian (Purity) λ260/λ280 1 1c   : Resak CTAB 2717,4 1,93 2 1r   : Resak Deterjen ABS 2325,6 1,86 3 2c   : Kempas CTAB 2519,7 1,91 4 3c   : Tembusu CTAB 2841,4 1,95 5 4c   : Pedada CTAB 2734,3 1,93 6 4r   : Pedada Deterjen ABS 2432,2 1,87 7 5c   : Kelat CTAB 2914,8 1,97 8 5r   : Kelat Deterjen ABS 972,4 1,81 9 6c   : Kulim CTAB 1905,8 1,84 10 6r   :  Kulim Deterjen ABS 878,2 1,76 11 7c   :  Ulin CTAB 3412,7 1,97 12 7r   :  Ulin Deterjen ABS 1403,8 1,81 13 7s   : Ulin Deterjen SLS 892,7 1,78 14 8c   : Meranti CTAB 2754,4 1,91 15 9c   : Rengas CTAB 2311,2 1,82 16 9r   : Rengas Deterjen ABS 3142,5 1,96 17 10c : Marpoyan CTAB 2837,1 1,94 18 10r : Marpoyan Deterjen ABS 3348,3 1,96 19 11c : Marsawa CTAB 964,9 1,81 20 11r : Marsawa Deterjen ABS 2687,3 1,92 21 12c : Nibung CTAB 2673,7 1,92 22 12r : Nibung Deterjen ABS 2814,8 1,95 23 12s : Nibung Deterjen SLS 741,2 1,74
CTAB merupakan buffer standar dalam proses ekstrak DNA, tetapi buffer alternatif deterjen surfaktan  ABS  menunjukkan  hasil  yang  baik sesuai  hasil  elektroforesis,  hal  ini  berarti untuk  mengurangi  pengeluaran  biaya, penggunaan  alat  dan  bahan  yang  sulit diperoleh  dalam  proses  isolasi  DNA, penggunaan  deterjen  surfaktan  ABS  sebagai buffer alternatif  untuk  lisis  dalam  ektraksi DNA  tumbuhan  sangat  direkomendasikan. Selain deterjen ABS ini mudah diperoleh dan harganya  yang  murah,  deterjen  ABS  juga mampu  melisis  dinding  sel  dengan  baik seperti  CTAB  sehingga  hasil  elektroforesis menunjukkan pita DNA yang jelas dan tebal.

## C. Kuantitas Hasil Isolasi Genomik DNA
Uji kuantitatif DNA dilakukan hanya pada 23 sampel tanaman yang menampakkan pita DNA pada uji kualitas, sedangkan sebanyak 13 sampel  yang  tidak  menampakkan  pita  DNA tidak  dilakukan  uji  kuantitas.  Hasil  uji kuantitas  dapat  dilihat  pada Tabel  3 . Berdasarkan hasil  hitungan spektrofotometer
pada  gelombang  260  nm  dan  280  nm diperoleh  nilai  kemurnian  berkisar  antara 1,76-1,97. Sebanyak 20 sampel yaitu 1c, 1r, 2c, 3c, 4c, 4r, 5c, 6c, 7c, 7r, 8c, 9c, 9r, 10c, 10r, 11,c, 12c  dan  12r  memenuhi  kriteria  kemurnian yang  baik.  Menurut  Sambrook et  al ( 1989 ) Kemurnian  DNA  yang  baik  memiliki  nilai perbandingan  λ260/λ280  sebesar  1,8-2,0. Sedangkan  3  sampel  yaitu  5r,  6r  dan  12s memiliki kemurnian yang kurang baik dengan nilai perbandingan di bawah 1,80.
Tabel 3 menunjukkan bahwa konsentrasi DNA  tinggi  sebayak  19  sampel  yaitu  sampel 1c, 1r, 2c, 3c, 4c, 4r, 5c, 6c, 7c, 7r, 8c, 9c, 9r, 10c, 10r,  11,c,  12c  dan  12r    dengan  konsentrasi berkisar antara 1403,8 - 3412,7 ng/µl semua berasal  dari buffer CTAB  dan    deterjen surfaktan  ABS.  Hasil  ini  selaras  dengan  hasil pita DNA yang didapat dalam purifikasi DNA ( Gambar 4 ). Selanjutnya    konsentrasi  sampel  yang rendah sebayak 3 sampel yaitu 6r, 7s dan 12s dengan kosentarasi antara 741,2 – 892,7 ng/µl yang diikuti dengan rendahnya kemurnian di
Gambar  4. Keberadaan  DNA  genomik  hasil  elektroforesis  dari  purifikasi  setiap  spesies dengan  marker 1 kb Figure  4. Existence  of  electrophoretic  genomic  DNA  from  furification  each  species  with  a marker of 1kb
bawah  1,8,  dari  3  sampel  tersebut  2  sampel yang menggunakan buffer deterjen surfaktan SLS .
Diketahui  bahwa buffer CTAB  dan deterjen  surfaktan  ABS  mengandung  bahan surfaktan 24% (˃20%) yang tinggi yaitu Alkyl Benzene  Sulfonate dan Laureth  Alkylbenzene Sulphate ,  Bahan  surfaktan  jenis  ini  biasa dapat  menggerus  dinding  sel  tanaman  lebih kuat, sedangkan buffer deterjen surfaktan SLS mengandung    18%  (˂20%)  surfaktan  yang rendah mengandung Sodium Loureth Sulphate dan Sodium  Alkyl  Benzene  Sulphonate yang dikenal  sebagai  sabun    surfaktan.  Jenis  ini tidak  begitu  kuat  dalam  menggerus  dinding sel  tanaman  yang  bayak  mengandung polisakarida  seperti  lignin,  kitin,  selulosa, maupun  hemiselulosa.  Menurut  Apriyani ( 2017 ) deterjen yang mengandung surfaktan seperti Alkyl  Benzene  Sulfonate dan Laureth Alkylbenzene Sulphate adalah lebih kuat dalam penguraian  polisakarida  yang  terdapat  pada dinding sel tanaman, sehingga penghancuran di  dinding  sel  tanaman  lebih  menyeluruh maka  DNA  yang  diekstrak  terkumpul  lebih banyak.  Sembilan  belas  sampel  tertinggi diekstraksi menggunakan buffer CTAB secara keseluruhan  dan buffer alternatif  deterjen surfaktan  ABS.  Sampel  ini  dapat  dilanjutkan ke analisis PCR.
D. Amplifikasi DNA dengan Primer trn T - trn L
Sebanyak  23  sampel  tanaman  dari  12 spesies  tanaman  hutan  ini  dilakukan pengujian  amplifikasi  profil  DNA  dengan menggunakan  primer trn T -  trn L.  Hal  ini untuk menguji DNA hasil ekstrasi dari buffer yang berbeda tersebut dapat dimanfaatkan ke tahap  amplifikasi  PCR  ( Polymerase  Chain Reaction ). Hasil uji  terhadap amplifikasi PCR didapati  bahwa  sebanyak  19  sampel  yang diekstrak  menggunakan buffer CTAB  dan buffer alternatif  derterjen  surfaktan  ABS mengandung  kosentrasi  DNA  tinggi  yaitu 964,9  -  3412,7  ng/µl  menunjukan  profil  pita DNA  yang  jelas,  berbanding  hasil  ekstraksi bufffer alternatif deterjen surfaktan SLS yang menghasil  kecerahan  profil  pita  DNA  yang smear,  ini  dapat  dilihat  pada Gambar  5 dan Tabel 4 . Semua sampel yang diekstrak menggunakan buffer deterjen  surfaktan  SLS tidak  nampak  atau  buram  ( blur ),  hal  ini disebabkan konsentrasi DNA untuk amplifikasi  PCR  tidak  mencukupi  sehingga pita profil DNA yang dihasilkan tidak nampak atau  buram.  Menurut  Nugroho et  al. ( 2016 ) cetakan  DNA  20ng  untuk  amplifikasi  dapat menghasilkan  pita  DNA  yang  jelas  pada tanaman Jatropha spp,  sedang  jika  rendah
Gambar 5. Keberadaan profil pita DNA genomik hasil elektroforesis dari amplifikasi PCR setiap spesies  dengan  marker Lambda HindIII Figure  5. Existence  of  electrophoretic  band  profile  genomic  DNA  from  Amplification  each  PCR species with a marker of Lambda HindIII
daripada 20ng menghasilkan pita yang samar ( smear ). Menurut
Hairuddin ( 2013 ) terjadinya  smear  pada  hasil  elektroforesis DNA dapat berasal dari sisa-sisa dari larutan yang masih terbawa selama proses isolasi. Hal ini  akibat  ketidakmampuan buffer deterjen SLS  dalam  melisis  dinding  sel  secara menyeluruh  sehingga  masih  menyisakan senyawa-senyawa dalam isolasi DNA tersebut. Hasil kajian ini menunjukkan bahwa deterjen yang  mengandung    surfaktan   ABS    sebagai buffer pengganti  CTAB  dalam  melakukan ekstraksi  DNA  tanaman  dapat  digunakan sebagai buffer alternatif. Buffer alternatif  ini dapat  dijadikan  suatu  solusi  bagi  peneliti dalam  melakukan  ekstraksi  DNA  khususnya pada  daerah  yang  sulit  atau  membutuhkan waktu yang lama  mendapatkan buffer CTAB sebagai buffer yang telah biasa digunakan.

## IV. KESIMPULAN DAN SARAN

## A. Kesimpulan
DNA  pada  36  sampel  (12  spesies tanaman)  berhasil  diisolasi  menggunakan buffer CTAB dan buffer deterjen surfaktan ABS
yang ditunjukkan dari hasil kualitas pita DNA, dimana terlihat adanya tingkat ketebalan pita DNA yang bervariasi dari hasil elektroforesis. Kuantitas DNA tertinggi terdapat pada sampel 19  sampel  tanaman  hutan  yang  diisolasi DNAnya menggunakan buffer CTAB dan buffer deterjen  surfaktan  ABS  yaitu  sampel  resak, kempas,  tembusu,  pedada,  kelat,  kulim,  ulin, meranti,  rengas,  marpoyan,  marsawa,  dan nibung,  dengan  konsentrasi  berkisar  antara 1403,8  -  3412,7  ng/µl.  Isolasi  DNA  dengan menggunakan buffer deterjen  surfaktan  SLS didapati hasil kuantitas DNA rendah  741,2 – 892,7  ng/µl.    Penggunaan buffer CTAB, pemanfaatan buffer deterjen  surfaktan  ABS mengandung  bahan  aktif  surfaktan Alkyl Benzene  Sulponate juga  dapat  digunakan sebagai buffer alternatif  pengganti buffer CTAB  untuk  isolasi  genomik  DNA  secara sederhana  pada  lokasi  yang  tidak  tersedia atau sulit mendapatkan buffer CTAB.

## B. Saran
Penggunaan buffer deterjen yang mengandung  bahan  aktif Sodium  Laureth Sulphate (SLS)  dalam  proses  isolasi  DNA
Tabel  4. Hasil  amplifikasi  profil  DNA  dengan  menggunakan  primer Trn  F  -  Trn  L terhadap  DNA pada  sampel pokok hutan yang berhasil di ekstrak Table 4. Results of amplification of DNA profiles using Trn F - Trn L primers against DNA in extracted samples of forest trees
No. Sampel ( Sample) Penyangga (Buffer) Pita DNA (DNA band) 1 1c   : Resak CTAB √ 2 1r   : Resak Deterjen ABS √ 3 2c   : Kempas CTAB √ 4 3c   : Tembus CTAB √ 5 4c   : Pedada CTAB √ 6 4r   : Pedada Deterjen ABS √ 7 5c   : Kelat CTAB √ 8 5r   : Kelat Deterjen ABS Smear 9 6c   : Kulim CTAB √ 10 6r   :  Kulim Deterjen ABS Smear 11 7c   :  Ulin CTAB √ 12 7r   :  Ulin Deterjen ABS Smear 13 7s   : Ulin Deterjen SLS Smear 14 8c   : Meranti CTAB √ 15 9c   : Rengas CTAB √ 16 9r   : Rengas Deterjen ABS √ 17 10c : Marpoyan CTAB √ 18 10r : Marpoyan Deterjen ABS √ 19 11c : Marsawa CTAB Smear 20 11r : Marsawa Deterjen ABS √ 21 12c : Nibung CTAB √ 22 12r : Nibung Deterjen ABS √ 23 12s : Nibung Deterjen SLS Smear
sebaiknya  tidak  digunakan  untuk  tumbuhan jenis tanaman hutan. Hasil penelitian ini dapat dijadikan  acuan  untuk  memperoleh  data genomik  tumbuh-tumbuhan  sebagai  bahan riset kelanjutan.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan  terima  kasih    kami  sampaikan kepada  Lembaga  Penelitian  dan  Pengabdian (LPPM)  Universitas  Riau  yang  telah membantu Dana Hibah DIPA Universitas Riau 2019  dalam menyelesaian penelitian ini.

## KONTRIBUSI PENULIS
IM: berperan sebagai kontributor utama penelitian.  IM  melaksanakan  penelitian, analisis
data,
konseptual dan menginterpretasi  data  hasil  dan  penulisan artikel, ZR: kontribrutor anggota pelaksanaan penelitian,  analisis  hasil,  interpestasi  hasil, dan  penulisan  naskah;  MA:  kontributor anggota,  pelaksanaan  penelitian,  pembuatan gambar dan tabel, dan penulisan naskah.

## KONFLIK KEPENTINGAN
Para penulis menyatakan bahwa mereka tidak  memiliki  hubungan  keuangan  atau pribadi  yang  mungkin  secara  tidak  wajar mempengaruhi mereka dalam menulis artikel ini.

## DAFTAR PUSTAKA
Afshar, M., Mansour, R., Mohammad, H. F., & Seyyed, F.  (2018).  Comparative  analysis  and innovation of a simple and rapid method for high-quality  RNA  and  DNA  extraction  of kiwifruit. MethodsX , 5 , 352–361.
Apriyani,  N.  (2017).  Penurunan  kadar  surfaktan dan  sulfat  dalam  limbah  laundry. Media Ilmiah Teknik Lingkungan , 2 (1), 37–44.
Ari,  P.,  Simanjuntak,  P.,  &  Suwarno,  T.  (2019). Pengaruh  metoda  ekstraksi  simplisia  multi herbal dan multi ekstrak daun sukun, seledri dan  daun  salam  terhadap  aktivitas antikolesterol  secara  in-vitro. Medika Tadulako, Jurnal Ilmiah Kedokteran , 6 (2), 78– 87.
Corkill, G., & Rapley, R. (2008). The manipulation of nucleic acids basic tools and techniques. In J.
Walker (Ed.), Molecular Biomethods
Handbook: Second Edition . Humana Press.
Couch,  J. A.,  & Fritz,  P.  J. (1990). Isolation  of DNA from  plants  high  in  polyphenolics. Plant Molecular Biology Reporter , 8 , 8–12.
Doyle, J. ., & Doyle, J. . (1987). A rapid DNA isolation procedure  for  small  quantities  of  fresh  leaf tissue. Phytochemical Bulletin , 19 (1), 11–15.
Hairuddin, R. (2013). Isolasi DNA dan  amplifikasi (PCR)  genom  DNA  kopi  ( Coffea Sp)  melalui proses  elektroforesis  gel  poliakrilamid. Dinamika , 4 (1), 43–48.
Howell,  S.  H.  (2014).  Molecular  biology.  In  S.  H. Howell  (Ed.), Molecular  Biology (1st  ed.). Springer-Verlag New York.
Langga,  I.  F.,  Restu,  M.,  &  Kuswinanti,  T.  (2012). Optimalisasi  suhu  dan  lama  inkubasi  dalam ekstraksi  DNA  tanaman  bitti  ( Vitex  Cofassus Reinw)  serta  analisis  keragaman  genetik dengan teknik RAPD-PCR. J Sains & Teknologi , 12 (3), 265–276. Nugroho, K., Terryana, R. T., Rijzaani, H., & Lestari, P.  (2016).  Metode  ekstraksi  DNA  pada Jatropha spp.  tanpa  menggunakan  nitrogen cair/DNA extraction method of Jatropha spp. Without  liquid  nitrogen. Jurnal  Penelitian Tanaman Industri , 22 (4), 159–166. Nurkamila,  U.  S.,  &  Pharmawati,  M.  (2014). Ekstraksi  DNA  dari  herbarium  anggrek. SIMBIOSIS Journal of Biological Sciences , 2 (1),
135–146.
Restu,  M.,  Mukrimin,  M.,  &  Gusmiaty,  G.  (2012). Optimalisasi teknik ekstraksi dan isolasi DNA tanaman  suren  ( Toona  Sureni Merr.)  untuk analisis  keragaman  genetik  berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Natur Indonesia , 14 (1), 136–142 .
Robinson,  T.  (1974).  Metabolism  and  function  of alkaloids in plants. Science , 184 (4135), 430– 435.
Sahoo, R. K., Ansari, M. W., Pradhan, M., Dangar, T. K.,  Mohanty,  S.,  &  Tuteja,  N.  (2014). Phenotypic and molecular characterization of native Azospirillum strains from rice fields to improve crop productivity. Protoplasma , 251 , 943–953.
Sambrook, J., Fritsch, E. F., & Maniatis, T. (1989). In: Molecular cloning: A laboratory manual. In J. Sambrook (Ed.), Cold Spring Harbor (2nd ed.). Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Syafaruddin, Randriani, E., & Santoso, T. J. (2011). Efektivitas  dan  efisiensi  teknik  isolasi  dan purifikasi  DNA  pada  jambu  mete. Jurnal Tanaman  Industri  dan  Penyegar , 2 (2),  151- 160.
Varma, A., Padh, H., & Shrivastava, N. (2007). Plant genomic  DNA  isolation:  an  art  or  a  science. Biotechnology Journal , 2 (3), 386–392.
Yi,  S.,  Jin,  W.,  Yuan,  Y.,  &  Fang,  Y.  (2018).  An optimized  CTAB  method  for  genomic  DNA extraction from freshly-picked pinnae of Fern, Adiantum  capillus-veneris L. Bio-protocol,
8 (13), e2906.
Yulianti,  E.  (2006).  Pengembangan  teknik  isolasi DNA  tumbuhan  menggunakan  detergen komersial. Seminar Nasional MIPA (Penelitian, Pendidikan,  dan  Penerapan  MIPA  serta Peranannya dalam Peningkatan Keprofesionalan Pendidik dan Tenaga Kependidikan)  pada  tanggal  1  Agustus  2006 , 71–85,  diselenggarakan  oleh  Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam UNY, Yogyakarta.