ISSN 2085-2916  e-ISSN 2337-3652 Tersedia daring http://jai.ipb.ac.id J. Agron. Indonesia, Agustus 2022, 50(2):209-217 DOI: https://dx.doi.org/10.24831/jai.v50i2.40644 Keragaman Genetik Graptophyllum pictum (L.) Griff dari Etnis
Indonesia Timur Berbasis Sequence-Related Amplified Polymorphism
Genetic Diversity of Graptophyllum pictum (L.) Griff from Eastern Indonesia Ethnics Based on Sequence-Related Amplified Polymorphism
Wihda Aisarul Azmi 1 , Husnawati 1 , Puspa Julistia Puspita 1 *, Ukhradiyah M. Safira 1 , Dyah Subositi 2 , dan Anshary Maruzy 2
1 Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor (IPB University), Jl. Tanjung, Kampus IPB Darmaga, Bogor 16680, Indonesia
2 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Tanaman Obat dan Obat Tradisional Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan, Kementerian Kesehatan Republik Indonesia Jl. Raya Lawu No 11, Tawangmangu, Karanganyar, Jawa tengah 57792, Indonesia
Diterima 19 Mei 2022/Disetujui 6 Juli 2022

## ABSTRACT
Indonesia is in second after the Amazon Rainforest, with the world’s highest number of endemic medicinal plants. Handeuleum (Graptophyllum pictum (L.) Griff) is one of the medicinal plants which Indonesian people have widely used. However, information on its genetic diversity is still lacking. This study aimed to achieve information about the genetic diversity of 52-accessions of G. pictum (L.) Griff from 11 Eastern Indonesia ethnics based on SRAP molecular marker. This study was conducted from November 2018 to January 2019. Fifty-two accessions of G. pictum (L.) Griff and 16 combinations of SRAP primers were used in this research. Diversity analysis was carried out based on the similarity index and dendrogram using NTSYS 2.0 program and PopGen 1.3. Forty-nine loci (44 polymorphic loci and five monomorphic loci) were found by using eight selected primer combinations with a percentage of polymorphic was 88.55%. The diversity between accessions was high (86%); meanwhile, between ethnicities was low (47.23%). Demta ethnicity had the highest diversity (81.63%), while Auyu had the lowest (2.04%). According to the dissimilarity index (DI) or diversity value which showed the kinship level, Bajawa and Auyu have the farthest kinship (DI = 1.0720). Therefore, the information in this research may benefit for supporting breeding programs and conservations of handeuleum.
Keywords: dendrogram, handeuleum, medicinal plants, SRAP

## ABSTRAK
Indonesia menduduki peringkat kedua dengan jumlah tanaman obat asli tertinggi di dunia setelah Hutan Hujan Amazon. Handeuleum (G. pictum (L) Griff) merupakan salah satu tanaman obat yang telah dimanfaatkan secara luas oleh masyarakat Indonesia, namun informasi mengenai keragaman genetiknya masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh informasi mengenai keragaman genetik 52 aksesi G. pictum (L) Griff  dari 11 etnis Indonesia Bagian Timur berdasarkan marka molekuler SRAP. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2018 hingga Januari 2019. Sebanyak 52 aksesi G. pictum (L) Griff dan 16 kombinasi primer SRAP digunakan dalam penelitian ini. Analisis kekerabatan dilakukan berdasarkan nilai indeks similaritas dan konstruksi dendogram dengan menggunakan program NTSYS 2.0 dan PopGene 1.3. Sebanyak 49 lokus (44 lokus polimorfik dan 5 lokus monomorfik) diperoleh dari delapan kombinasi primer terpilih dengan presentase polimorfik sebesar 88.55%. Keragaman genetik antar aksesi tergolong tinggi (86%) sedangkan antar etnis tergolong rendah (47.23%). Etnis dengan keragaman tertinggi adalah Demta (81.63%), sedangkan Auyu adalah Etnis dengan keragaman genetik yang paling rendah (2.04%). Berdasarkan nilai Indeks Dissimilarity (ID) atau nilai keragaman yang menunjukkan tingkat kekerabatan, Etnis Bajawa dan Auyu memiliki tingkat kekerabatan terjauh (ID = 1.0720). Informasi yang dihasilkan dalam penelitian ini bermanfaat untuk mendukung program pemuliaan dan konservasi daun wungu.
Kata kunci: dendogram, handeuleum, SRAP, tanaman obat

## PENDAHULUAN
Daun wungu ( Graptophyllum pictum (L). Griff) yang biasa disebut di daerah Jawa merupakan salah satu tumbuhan obat yang berasal dari Papua Nugini yang ditemukan juga di Jawa, Ternate, dan Maluku (Manoi, 2011). Daun wungu memiliki beragam nama di setiap daerah di tanah air, seperti ada yang mengenalnya dengan julukan  handeuleum  (Sunda),  baulas  (Papua),  dan  banyak  lagi (Manoi, 2011). Tanaman ini merupakan salah satu tanaman obat yang telah dimanfaatkan secara luas, seperti obat ambeien (Astana et  al .,  2017),  diabetes  (Hikmawati et  al .,  2014),  batu  ginjal, penyakit  ulu  hati,  borok  dan  lainnya  (Khumaida et  al .,  2008). Daun wungu termasuk tanaman yang layak untuk dikembangkan menjadi  salah  satu  tanaman  obat  unggulan  di  Indonesia  karena tanaman  ini  memiliki  khasiat  untuk  menyembuhkan  berbagai macam penyakit (Rosmala et al ., 2015). Penelitian yang dilakukan oleh Jiangseubchatveera et al. (2015) menyebutkan bahwa daun wungu fraksi etil asetat mengandung total fenolik yang tertinggi dibandingkan  pada  fraksi  heksana  dan  air,  sehingga  tumbuhan ini  dapat  dijadikan  sumber  alami  yang  kaya  antioksidan.  Selain itu, dari semua faksi daun wungu menunjukkan memiliki potensi sitotoksitas terhadap sel MCF-7 dengan nilai IC50 pada kisaran 20.41-38.66 μg mL -1 . Analisis    keragaman    genetik    dari    setiap    sumber daya  genetik    yang    tersedia    perlu    dilakukan    untuk mendapatkan data  deskripsi, karakter  spesifik  dari  masing- masing genotipe baik secara morfologi maupun molekuler, serta  untuk  mengetahui  kemiripan  atau  jarak  genetik antar  genotipe.  Jarak  genetik  ini  kemudian  digunakan sebagai  dasar  untuk  menentukan  genotipe  tetua  dalam pengembangan varietas unggul suatu tanaman (Sari, 2017). Berdasarkan  data  GBIF  (2017),  hanya  terdapat  3  varietas daun wungu yang telah terdaftar di seluruh dunia. Di sisi lain,  Indonesia  memiliki  setidaknya  11  etnis  daun  wungu dari  Indonesia  Bagian  Timur  yang  berpotensi  menjadi tanaman obat unggulan.
Analisis  keragaman  genetik  daun  wungu  dilakukan melalui  pencarian  keberadaan  polimorfisme  dari  setiap etnis berbasis marka molekuler Sequence related amplified polymorphism (SRAP).  SRAP  memiliki  kelebihan diantaranya, produktivitas dan reproduktivitas yang tinggi, stabil,  merupakan  marker  kodominan  yang  juga  memiliki beberapa  marker  dominan,  dapat  mendeteksi  beberapa lokus  tanpa  diketahui  informasi  mengenai  sekuensnya terlebih dahulu, serta menghasilkan produk PCR yang dapat langsung  disekuensing  (Jones et  al., 2010;  Robarts  dan Wolfe, 2014). Penelitian yang dilakukan oleh Zagorcheva et al. (2020) menunjukkan bahwa SRAP adalah marker yang sangat berpotensi dan efisien untuk mempelajari keragaman genetik pada lavender dan memiliki aplikasi yang lebih luas dalam pembibitan dan budidaya lavender.
Aksesi  dan  etnis  daun  wungu  tersebar  di  seluruh Indonesia.  Akan  tetapi,  informasi  mengenai  keragaman genetik daun wungu belum banyak dilaporkan, khususnya untuk etnis dan aksesi yang berasal dari Indonesia Bagian Timur.  Oleh  karena  itu,  tujuan  dari  penelitian  ini  adalah untuk  memperoleh  informasi  keragaman  genetik  daun wungu ( G. pictum (L.) Griff)  dari Etnis Indonesia Timur berbasis  marka  molekuler  SRAP  sehingga  dapat  menjadi dasar dalam budidaya varietas daun wungu yang unggul.

## BAHAN DAN METODE
Kegiatan  ini  dilaksanakan  pada  November  2018 sampai  dengan  Januari  2019.  Penelitian  dilaksanakan  di Laboratorium Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan  Ilmu  Pengetahuan  Alam,  Institut  Pertanian  Bogor, Dramaga, Bogor. Sampel yang digunakan adalah 52 aksesi G. pictum (L) Griff kering dari 11 etnis di Indonesia Bagian Timur,  GeneJET Plant  Genomic DNA Purification  Mini Kit K0791  (Thermo  Scientific,  USA),  proses  amplifikasi berbasis Primer SRAP dilakukan dengan Dream Taq Green PCR Master Mix (2X) (Thermo Scientific, USA), Generuler 100 bp plus DNA Ladder , Generuler 1 kb plus DNA Ladder , peq  dye  ( Peq  Lab,  USA ) ,  proteinase  K  (Thermo  Fischer, USA), agarosa (Thermo Fischer, USA), DNA loading dye ( Peq Lab, USA, TBE 10x, etanol 96%, Nuclease Free Water (NFW)  (Thermo  Fischer,  USA),  ddH 2 O,  dan  Buffer  Tris EDTA pH 8.

## Skrining Primer SRAP dan Optimasi Suhu Annealing
Penelitian  dimulai  dengan  dilakukan  isolasi  DNA genom, meliputi preparasi sampel, ekstraksi DNA genom, elektroforesis  dan  kuantifikasi  DNA.  Amplifikasi  DNA daun wungu dilakukan menggunakan primer SRAP (Li dan Quiros, 2001). Primer terdiri atas 4 primer forward (Me1, Me2, Me3 dan Me4) dan 4 primer reverse (Em1, Em2, Em3 dan Em4) (Tabel 1).
Skrining primer SRAP dan optimasi suhu annealing dengan metode gradien dimana 16 kombinasi primer SRAP yang diseleksi diujikan pada 8 pasang suhu annealing yang berbeda  antara  33.0-58.0  °C.  Seleksi  primer  dilakukan berdasarkan  kemampuan  amplifikasi  primer  untuk menghasilkan fragmen DNA pada semua aksesi, memiliki pita  yang  jelas  dan  polimorfisme  tinggi.  Sebanyak  8 kombinasi  primer  SRAP  yang  memenuhi  standar  dipilih untuk  selanjutnya  digunakan  dalam  proses  amplifikasi  52 sampel  DNA  daun  wungu yang  kemudian  di  visualisasi melalui elektroforesis dan Gel Documentation System.

## Amplifikasi DNA Genom dengan Primer SRAP
Metode  amplifikasi  menggunakan  metode  Li  dan Quiros  (2001)  dengan  modifikasi.  Total  volume cocktail PCR yang digunakan adalah 25 µL dengan komposisi yaitu 1 µL DNA template (50 ng µL -1 ), 0.7 µL forward primer (20 µM), 0.7 µL reverse primer (20 µM), 13 µL Dream Taq Green  PCR Master Mix (2X)  dan  9.6  µL Nuclease  Free Water . Volume template DNA dan free nuclease water yang ditambahkan disesuaikan dengan konsentrasi DNA genom yang telah dikuantifikasi dengan konsentrasi akhir template DNA  dalam  25  µL  campuran cocktail PCR  adalah  50  ng µL -1 . Proses reaksi PCR yang dilakukan mengacu pada Li dan  Quiros  (2001)  dengan  sedikit  modifikasi.  Fase  pre- denaturasi  dilakukan  pada  suhu  94  °C  selama  5  menit. Berikutnya dilakukan 5x siklus denaturasi pada suhu 94 °C
selama 1 menit, annealing 1 pada suhu 44 °C (untuk suhu B atau 35.2 °C untuk suhu F) selama 1 menit dan ekstensi pada suhu 72 °C selama 1 menit. Setelah 5x siklus sebelumnya selesai, dilanjutkan 35x siklus berikutnya, yaitu denaturasi pada suhu 94 °C selama 1 menit, annealing 2 pada suhu 57 °C (untuk suhu B atau 47.5 °C untuk suhu F) selama 1 menit dan ekstensi pada suhu 72 °C selama 1 menit. Fase berikutnya adalah  fase final  extention yang  dilakukan  pada  suhu  72 °C selama 8 menit. Kemudian dilanjutkan dengan holding temperature pada suhu 4 °C. Elektroforesis dilakukan pada konsentrasi  2.5%  agarose  dengan  menggunakan  1x  bufer TBE selama 120 menit pada 70 volt, kemudian divisualisasi menggunakan Gel Documentation System .

## Analisis Data
Fragmen  DNA  dari  setiap  aksesi  yang  dihasilkan oleh  8  primer  terpilih  di  hitung  berdasarkan  kemunculan fragmen  tersebut.  Kemunculan  fragmen  DNA  diberikan skor 1 dan 0 jika tidak muncul fragmen DNA. Oleh karena itu, monomorfik, polimorfik dan total alel dari setiap primer dihitung untuk menunjukkan bahwa primer yang digunakan memenuhi kriteria untuk melakukan uji polimorfisme dari suatu aksesi (Li et al., 2014). Hasil skoring kemudian diolah menggunakan software NTSYS 2.0 User Guide (1998); PopGene 1.3 User Guide (1999). Analisis yang dilakukan adalah perhitungan Indeks similaritas  menggunakan  rumus  indeks  similaritas  DICE, konstruksi  dendogram  dengan  metode Unweighted  Pair Group  Method  Using  Arithmetic  Method (UPGMA)  dan analisis keragaman populasi.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Tingkat Polimorfisme
Hasil optimasi primer yang dilakukan menghasilkan 8 kombinasi primer terpilih yaitu F7, B6, B9, F8, B12, F10, B11 dan F4  dan 2 pasang suhu annealing terpilih yaitu F (35.2 °C dan 47.5 °C) dan B (44 °C dan 57 °C). Pemilihan primer dilakukan berdasarkan pembentukan pita yang jelas, tidak smear , banyak dan berukuran lebih dari 70 pb.
Delapan  kombinasi  primer  SRAP  yang  digunakan hanya dapat mendeteksi keragaman genetik 30 dari 52 sampel daun  wungu.  Visualisasi  fragmen  DNA  dikelompokkan menjadi  fragmen  monomorfik  dan  fragmen  polimorfik. Fragmen monomorfik merupakan fragmen berukuran sama yang ditemukan di semua sampel daun wungu, sedangkan fragmen  polimorfik  merupakan  fragmen  DNA  berukuran tertentu  yang  ditemukan  pada  satu  sampel,  tapi  tidak pada sampel daun wungu lainnya (Calderón et al ., 2016). Keberadaan fragmen monorfik menjadi dasar untuk melihat kekerabatan antar aksesi atau individu dalam suatu populasi, sedangkan  variasi  genetik  dilihat  berdasarkan  keberadaan fragmen  polimorfisme  (Lathifah et  al., 2016).  Gambar  1 merupakan salah satu hasil elektroforegram dari kombinasi F7 yaitu forward Me2 dan reverse Em3 yang menghasilkan pita polimorfik paling banyak yaitu 9 pita.
Tabel 2 menunjukkan dari 8 kombinasi primer terpilih dihasilkan 49 total fragmen dengan ukuran fragmen berkisar antara 70-1200 pb, dengan total 44 lokus polimorfik dan 5 lokus monomorfik. Jumlah fragmen yang dihasilkan rendah, hal  ini  dapat  disebabkan  oleh  dua  hal,  yaitu  sedikitnya jumlah  sekuens  primer  yang  komplemen  dengan  sekuens DNA target atau konsentrasi primer yang digunakan terlalu rendah.
Tingkat  polimorfisme  daun  wungu  pada  penelitian ini sebesar 88.55%. Hasil yang diperoleh dalam penelitian ini  masih  lebih  tinggi  jika  dibandingkan  dengan  nilai Persentase  Lokus  Polimorfik  (PLP)  pada  varietas  daun wungu dari Indonesia bagian barat sebesar 72.23% dengan 41 lokus polimorfik dan 4 lokus monomorfik pada penelitian Andrianto et  al. (2021).  Hasil  PLP  dengan  menggunakan primer  SRAP  jauh  lebih  tinggi  daripada  penelitian  yang dilakukan oleh Subositi dan Widodo (2011) pada 3 varietas daun  wungu  yang  lain  dengan  nilai  sebesar  33.90% berdasarkan  marka  molekuler  RAPD.  Nilai  PLP  tertinggi pada penelitian ini di peroleh dari kombinasi primer F7, B9, F10, B11 dan F4 dengan nilai PLP = 100%.
Sedangkan  PLP  terendah  diperoleh  dari  kombinasi F8  dan  B12  (66.67%).  Kombinasi  F7  menghasilkan pita  terbanyak,  yaitu  9  pita,  sedangkan  kombinasi  B12 menghasilkan  pita  paling  sedikit,  yaitu  3  pita.  Tingginya nilai PLP menunjukkan bahwa primer memiliki kemampuan
No. Jenis Nama Urutan basa nukleotida Jumlah basa Tm theory (°C) Tm-5 (°C) 1 Forward Me1 5’-TGAGTCCAAACCGGATA-3’ 17 50 45 2 Me2 5’-TGAGTCCAAACCGGAGC-3’ 17 54 49 3 Me3 5’-TGAGTCCAAACCGGAAT-3’ 17 50 45 4 Me4 5’-TGAGTCCAAACCGGACC-3’ 17 54 49 5 Reverse Em1 5’-GACTGCGTACGAATTAAT-3’ 18 50 45 6 Em2 5’-GACTGCGTACGAATTTGC-3’ 18 54 49 7 Em3 5’-GACTGCGTACGAATTGAC-3’ 18 54 49 8 Em4 5’-GACTGCGTACGAATTTG-3’ 17 50 45

## Tabel 1. Urutan basa nukleotida primer yang digunakan
Keterangan: Tm = Suhu annealing. Sumber: Li & Quiros (2001)
1 3000 pb 1000 pb 500 pb 100 pb 3000 pb 1000 pb 500 pb 100 pb
Gambar 1.  Hasil Amplikon 52 individu Daun Wungu menggunakan kombinasi primer F7 (kombinasi Me2 + Em3 dengan suhu 35.2 °C &
47.5 °C)
Suhu annealing I dan II Primer Kisaran ukuran pita (pb) Jumlah pita Pita monomorfik Pita polimorfik PLP (%) 35.2 °C dan 47.5 °C F7 70-1200 9 0 9 100.00 44 °C dan 57 °C B6 70-1200 8 2 6 75.00 44 °C dan 57 °C B9 70-1200 6 0 6 100.00 35.2 °C dan 47.5 °C F8 70-1200 6 2 4 66.67 44 °C dan 57 °C B12 70-200 3 1 2 66.67 35.2 °C dan 47.5 °C F10 70-600 4 0 4 100.00 44 °C dan 57 °C B11 70-1200 7 0 7 100.00 35.2 °C dan 47.5 °C F4 150-1200 6 0 6 100.00 Total 49 5 44 708.34 Nilai rata-rata 6.13 0.63 5.5 88.55
Tabel 2. Profil pita hasil amplifikasi 30 individu daun wungu dari Indonesia Bagian Timur menggunakan 8 kombinasi primer SRAP
Keterangan: PLP = Persentase lokus polimorfik, B6 = Me2+Em2, B9 = Me3+Em1, B11 = Me3+Em3, B12 = Me3+Em4, F4 = Me1+Em4, F7 = Me2+Em3, F8 = Me2+Em4, F10 = Me3+Em2
cukup  tinggi  dalam  mengamplifikasi  sekuens  target  dan mengungkap keberadaan fragmen polimorfik (Solin et al ., 2013).

## Keragaman Genetik Antar Aksesi
Keragaman  genetik  antar  aksesi  daun  wungu dilakukan  untuk  melihat  hubungan  antara  aksesi  dalam satu populasi kemudian dilakukan pengelompokan melalui
hasil  skoring  yang  diperoleh.  Proses  skoring  dilakukan dengan memberikan skor 1 (muncul pita) dan skor 0 (pita tidak  muncul)  kemudian  diolah  menggunakan software NTSYS 2.0 untuk analisis keragaman antar aksesi dengan melihat indeks disimilaritas (ID) DISTSQ serta konstruksi dendogram berdasarkan indeks similaritas (IS) DICE.
Dendogram  dari  30  aksesi  daun  wungu  Indonesia Bagian Timur dikonstruksi menggunakan metode UPGMA ( Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Method )
pada fungsi SAHN ( sequential, agglomerative, hierarchial, and nested ) di NTSYS 2.0. Gambar 2 merupakan visualisasi dari matriks indeks similaritas (identitas genetik) DICE 30 aksesi daun wungu. Nilai koefisien kemiripan genetik yang diperoleh berkisar antara 0.07-0.93 yang berarti keragaman genetik 30 aksesi daun wungu dari 7 etnis Indonesia Bagian Timur  berdasarkan  marka  SRAP  adalah  7  sampai  93% (86%). Klasterisasi dari 30 aksesi daun wungu asal Indonesia Bagian Timur yang dilakukan berdasarkan dendogram pada Gambar  2  diperoleh  4  klaster  yang  tidak  terkelompokkan sesuai dengan letak geografis asal etnisnya. Klaster I terdiri atas dua aksesi dari etnis Auyu asal Papua (47, 49). Klaster II terdiri atas 3 aksesi dari etnis Ondae yang berasal dari Sulawesi Tengah (12, 14, 15). Klaster III terdiri atas 9 aksesi dari beberapa etnis, yaitu etnis Demta asal Papua (1, 3, 51), Waigeo asal Papua Barat (17, 18), Duri asal Sulawesi Selatan (27, 29, 30), dan Kamoro asal Papua (40). Klaster IV terdiri atas 16 aksesi dari beberapa etnis, yaitu etnis Demta asal Papua (2, 4, 5, 50, 52), Ondae asal Sulawesi tengah (13), Waigeo asal Papua Barat (16, 19, 20), Duri asal Sulawesi Selatan (28, 31), Bajawa asal NTT (37, 38, 39), dan Kamoro asal Papua (41, 42).
Pembagian klaster dilakukan pada koefisien 0.40 pada dendogram  yang  berarti  30  aksesi  daun  wungu  tersebut terkelompokkan menjadi 4 kluster pada tingkat keragaman 0.60. Klasterisasi menggunakan metode UPGMA dilakukan untuk  memetakan  pola  kekerabatan  dari  30  aksesi  daun wungu dari Indonesia Bagian Timur. Berdasarkan data ini diharapkan dapat memudahkan dalam menentukan individu-
individu yang akan digunakan untuk pengembangan varietas unggul daun wungu.
Berdasarkan  matriks  indeks  disimilaritas,  salah satu aksesi dari Bajawa (No.37) dan Auyu (No. 47)  yang memiliki jarak genetik terjauh (ID = 0.7755) dikategorikan memiliki keragaman yang tinggi. Sedangkan dua aksesi lain yang berasal dari Auyu dikategorikan memiliki keragaman yang sangat rendah karena memiliki jarak genetik terdekat. Berdasarkan nilai indentitas genetiknya, aksesi yang berasal dari etnis Bajawa dan Auyu adalah dua aksesi yang paling mungkin untuk digunakan dalam penyilangan tanaman (IS = 0.22). Menurut Kurniasih (2012), tanaman dengan indeks similaritas  <  0.50  tergolong  cukup  baik  digunakan  untuk menghasilkan F1 dengan tingkat keragaman genetik yang tinggi.

## Keragaman Genetik Antar Asal Etnis
Selain analisis keragaman genetik antar aksesi dalam satu populasi, keragaman genetik antar etnis juga dilakukan, dengan  tujuan  untuk  melihat  hubungan  kekerabatan  antar etnis  dan  juga  dapat  menentukan  tetua  dari  daun  wungu. Analisis  dilakukan  dengan  menggunakan  Gene  1.3  dari hasil skoring melalui fungsi Dominant haploid data pada 7 etnis. Parameter yang digunakan adalah jumlah alel aktual yang diamati (Na), jumlah alel efektif (Ne), nilai keragaman genetik Nei (H) dan, indeks informasi Shannon ( I) Data yang tertera pada Tabel 3 menunjukkan bahwa jumlah  alel  efektif  (Ne)  yang  diperoleh  (1.3406)  pada penelitian ini lebih kecil daripada jumlah alel yang diamati
1 Klaster II Klaster I Klaster IV Klaster III I II III IV
Gambar 2. Dendrogram 30 aksesi daun wungu dari 7 etnis di Indonesia Bagian Timur metode UPGMA. Keterangan: 1-5 = Demta-Kerotong (Papua), 11-15 = Ondae-Sive (Sulawesi Tengah), 16-20 = Waigeo-Aluno Selese (Papua Barat), 27-28 = Duri-Romumu (Sulawesi Selatan), 29-31 = Duri-Kasikinan (Sulawesi Selatan), 37-39 = Bajawa-Raabeka (NTT), 40-42 = Kamoro-Batik Papua (Papua),
(Na)  (1.4723).  Nilai  Na  diperoleh  dengan  menghitung jumlah  alel  yang  muncul,  sedangkan  Ne  merupakan pendugaan  keragaman  alel  yang  muncul  dalam  suatu populasi.  Frekuensi  alel  yang  beragam  dapat  diartikan sebagai potensi genetik daun wungu yang terpendam. Lain halnya, jika frekuensi alel yang muncul seragam, nilai Na dan Ne (proporsi homozigot) akan berbanding terbalik pada suatu lokus yang ditemukan dalam suatu populasi (Riupassa 2016). Berdasarkan nilai Na dan Ne yang diperoleh, etnis Demta  merupakan  populasi  dengan  tingkat  keragaman tertinggi  dibanding  entis  lainnya  (Na  =  1.8163  dan  Ne  = 1.5738).
Nilai H yang diperoleh pada penelitian ini tergolong rendah (rata-rata H = 0.1302). Nilai H baik berkisar antara 0 - 1. Semakin mendekati 1, maka tingkat keragaman semakin tinggi,  begitu  pula  sebaliknya  (Muriira et  al .,  2018). Berdasarkan  nilai  H  nya,  etnis  Demta  memiliki  tingkat keragaman  populasi  tertinggi  dibanding  etnis  lainnya  (H = 0.3227).  Sedangkan berdasarkan nilai indeks informasi Shannon (I),  nilai  I  pada  penelitian  ini  tergolong  rendah
(rata-rata I = 0.1881), dan sejalan dengan nilai Na, Ne dan H  yang  diperoleh.  Menurut Adelina et  al. (2016),  tingkat keragaman  rendah  jika  nilai  I  ≤  1,  sedang  jika  1  <  I  <  3 dan tinggi jika I ≥ 3. Etnis Demta memiliki nilai I tertinggi diantara etnis lainnya yang diamati pada penelitian ini (I = 0.4723).  Hal  ini  berarti  tingkat  keragaman  genetik  dalam etnis Demta adalah yang tertinggi diantara etnis lainnya.
Analisis  melalui  konstruksi  dendogram  dengan metode UPGMA dilakukan berdasarkan Nei’s 1978 genetic diversity . Gambar 3 merupakan dendogram dari 7 etnis daun wungu  yang  menggambarkan  kekerabatan  antarpopulasi. Tabel  4  menunjukkan  bahwa  populasi  yang  memiliki kekerabatan  terdekat  adalah  populasi  1  (Demta)  dengan populasi  6  (Kamoro)  dari  Papua,  dengan  jarak  genetik (ID  = Index  Dissimilarity )  sebesar  0.0882.  Populasi  yang memiliki  kekerabatan  terjauh  adalah  populasi  5  (Bajawa) dengan  populasi  7  (Auyu)  dengan  nilai  ID  1.0720.  Etnis Bajawa berasal dari NTT biasa hidup di dataran tinggi yaitu 1547 mdpl, dengan tingkat kelembapan udara yang rendah yaitu 17.30-22.10 °C, dengan curah hujan 2000-3000 mm
Populasi Provinsi N 1 Na 2 Ne 3 H 4 I 5 Jumlah lokus polimorfik PLP 6 (%) Demta Papua 8 18.163 15.738 0.323 0.472 40 81.63 Ondae Sulawesi Tengah 4 14.082 12.694 0.161 0.238 20 40.82 Waigeo Papua Barat 5 17.347 15.304 0.300 0.438 36 73.47 Duri Sulawesi Selatan 5 15.510 13.701 0.216 0.318 27 55.10 Bajawa NTT 3 12.245 11.796 0.100 0.143 11 22.45 Kamoro Papua 3 15.510 14.408 0.245 0.351 27 55.10 Auyu Papua 2 10.204 10.204 0.010 0.014 1 2.04 Rata-rata 4.28 14.723 13.406 0.193 0.282 23.14 47.23
Tabel 3. Keragaman genetik setiap populasi pada 7 etnis G. pictum (L) Griff
Keterangan: 1 N = jumlah aksesi; 2 Na = jumlah alel yang diamati; 3 Ne = jumlah alel efektif; 4 H = keragaman genetik; 5 I = indeks Shannon; 6 PLP = persen lokus polimorfik 1
per  tahun.  Perbedaan  geografis  serta  kondisi  lingkungan yang signifikan antar kedua populasi, termasuk jenis tanah (etnis  Bajawa  jenis  tanah  kambisol,  sedimen,  vulkan,  pH 6-7,  gambut,  podsolik,  sedangkan  etnis Auyu  jenis  tanah gleisol, podsolik, regosol, organosol) dapat mempengaruhi kekerabatan antar keduanya (Pujiono dan Setyowati 2015). Tabel 5 menunjukkan secara umum kondisi alam dan letak geografis  dari  etnis  daun  wungu  asal  Indonesia  Bagian Timur.  Berdasarkan  Tabel  5  dapat  dilihat  bahwa  Etnis Demta  dan  Kamoro  yang  memiliki  jarak  genetik  terdekat memiliki  suhu  minimum  dan  maksimum  rata-rata  serta tingkat  kelembapan  udara  tergolong  sama,  walaupun  ada sedikit  perbedaan  dalam  ketinggian  dan  curah  hujan  per
tahun. Adanya persamaan kondisi iklim dan geografis kedua etnis ini dapat menjadi salah satu sebab adanya kekerabatan genetik yang tinggi diantara etnis Demta dan etnis Kamoro. Kesamaan pola genetik antar etnis daun wungu juga dapat terjadi karena adanya pencampuran gen antar populasi yang terjadi  pada  pohon Anthocephalus  cadamba di  Indonesia (Nurtjahjaningsih et  al., 2014).  Beberapa  penelitian menyebutkan  bahwa  manusia  memegang  peranan  dalam pembentukan struktur genetik suatu populasi, domestikasi dan  pencampuran  asal-usul.  Selain  itu,  juga  disebutkan bahwa proses migrasi suatu etnis dapat juga menjadi faktor yang  menentukan  keragaman  genetik  dari  daun  wungu (Mccusker et al., 2014) Pop ID 1 2 3 4 5 6 7 1 - 0.848 0.895 0.882 0.819 0.916 0.710 2 0.165 - 0.899 0.899 0.581 0.784 0.873 3 0.111 0.107 - 0.894 0.713 0.842 0.782 4 0.126 0.106 0.112 - 0.661 0.880 0.813 5 0.200 0.543 0.338 0.425 - 0.877 0.342 6 0.088 0.243 0.172 0.128 0.131 - 0.626 7 0.342 0.136 0.246 0.207 10.720 0.469 -
Tabel 4. Matriks identitas genetik (di atas diagonal) berdasarkan Nei’s 1972 genetic identity dan jarak genetik (di bawah diagonal) berdasarkan Nei’s 1978 genetic distance
Keterangan: Pop ID 1 = Demta; 2 = Ondae; 3 = Waigeo; 4 = Duri; 5 = Bajawa; 6 = Kamoro; 7 = Auyu
Etnis Lokasi Ketinggian (dpl) Suhu dan kelembapan Curah hujan (per tahun) Jenis tanah Demta Dataran tinggi 100-1500 m 20.9-35.5 °C dan tinggi > 3000 mm Podsolik merah kuning, Mediteran Ondae Pegunungan >500 m 22.5-31.21 °C dan tinggi 2000-3000 mm Alluvium coastal deposits, kambuno granite, lake deposits , formasi Latimojong, meta limestone, serpentinite rocks, tineba volcanics Waigeo Dataran rendah 100-300 m 23.60-30.70 °C dan tinggi 4306 mm Tanah kapur (karst), podsolik, batuan basah vulkanik Duri Dataran tinggi 47-3293 m 25-28 °C 2300-2900 mm Sedimen, podsolik Bajawa Dataran tinggi 1547 m 17.30-22.10 °C dan rendah 2530 mm Kambisol, sedimen, vulkan, pH 6-7, gambut, podsolik Kamoro Pesisir 40 m 20.8-35 °C dan tinggi 3600 mm Aluvial, gambut Auyu Dataran rendah 25-100 m 26-27 °C dan tinggi 2000-3000 mm Gleisol, podsolik, regosol, organosol Tabel 5. Karakteristik daerah secara umum berdasarkan lokasi (Pujiono dan Setyowati, 2015; Sudarmono, 2011)

## KESIMPULAN
Delapan kombinasi SRAP pada penelitian ini tergolong informatif  dan  berpotensi  dalam  menghasilkan  fragmen polimorfisme G.  pictum (L)  Griff dari  Indonesia  Bagian Timur dengan nilai PLP sebesar 88.55%. Keragaman genetik antar  aksesi  berdasarkan  IS  DICE  cukup  tinggi  (86%). Keragamaaan  antar  etnis  atau  populasi  tergolong  rendah dengan nilai PLP sebesar 47.23% dan nilai indeks informasi Shannon 0.2819.  Demta  adalah  etnis  dengan  keragaman populasi  tertinggi  (PLP  =  81.63%).  Berdasarkan  nilai  ID, jarak genetik terdekat diperoleh etnis Demta dan Kamoro (ID  =  0.0882),  jarak  genetik  yang  terjauh  adalah  etnis Bajawa dan Auyu (ID = 1.0722). Sedangkan antar aksesi, aksesi dari Bajawa dan Auyu memiliki jarak genetik terjauh (ID = 0.7755), sehingga aksesi dari etnis Bajawa dan Auyu dapat digunakan sebagai tetua dalam penyilangan tanaman (IS = 0.22). Selain itu, etnis Bajawa diduga merupakan etnis tetua G. pictum (L) Griff dari Indonesia Bagian Timur.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Terima  kasih  disampaikan  kepada  Besar  Penelitian dan  Pengembangan  Tanaman  Obat  dan  Obat  Tradisional (B2P2TOOT)  melalui  program  RSTOJA  2018  yang telah  menyediakan  sampel  dan  dana  penelitian.  Ucapan terimakasih juga disampaikan kepada Departemen Biokimia, Fakultas    Matematika  dan  Ilmu  Pengetahuan Alam,    IPB yang  telah    memberikan    fasilitas    selama    pelaksanaan kegiatan penelitian ini.

## DAFTAR PUSTAKA
[GBIF] Global Biodiversity Information Facility Secretariat.
2017. Graptophyllum pictum Griff. GBIF Backbone Taxonomy.  https://www.gbif.org/species/3173137 [01 Juli 2019].
Adelina,  M.,  S.P.  Harianto,  N.  Nurcahyani.  2016. Keanekaragaman  jenis  burung  di  hutan  rakyat Pekon  Klungu  Kecamatan  Kotaagung  Kabupaten Tanggamus. J. Sylva Lestari. 4:51-60.
Andrianto,  D.,  P.J.  Puspita,  U.M.  Safira,  D.O.  Prastiwi, S.  Hermita,  D.  Subositi, A.  Maruzy.  2021.  Genetic variability  of Graptophyllum  pictum (L.)  Griff accessions  from  western  Indonesia  by  sequence related  amplified  polymorphism.  Biol.  Life  Sci. Forum. 2:1-7.
Astana, P.R.W., D. Ardiyanto, A.Triyono, T.A. Mana. 2017. Uji  keamanan  dan  manfaat  ramuan  jamu  untuk hemoroid  dibandingkan  dengan  dosmin  hisperidin. Media Litbangker. 27:57-64.
Calderón,  M.V.,  J.O.  Mijangos-Cortés,  J.Z.L.  Manuel, F.S. Teyer, Q.M. Adriana, M.O.G. Matilde, A.C.M. Fernand, E.G. Francisco, G.F. Ortiz, J.M. Santamaría. 2016.  Genetic  characterization  by  amplified
fragment  length  polymorphism  (AFLP)  markers and  morphochemical  traits  of Carica  papaya L. genotypes. Afr. J. Biotechnol. 15:948-959.
Hikmawati,  E.,  A.P.  Roswiem,  W.  Nurcholis.  2014. Antidiabetic  activity  of  ethanolic  extract  and  its fraction  of Graptophyllum  pictum (L.)  Griff  leaves as an a-glucosidase enzyme inhibitor.  J. Kedokteran Yarsi 22:152-162.
Jiangseubchatveera, N., B. Liawruangrath, S.
Liawruangrath, A. Teerawutgulrag, D. Santiarworn.
2015. The chemical constituents and the cytotoxicity, antioxidant and antibacterial activities of the essential oil of Graptophyllum pictum (L.) Griff. J. Essent. Oil Bear. Plants 18:11-17.
Jones, N., H. Ougham, H. Thomas, I. Pasakinskiene. 2010. Markers and mapping revisited: finding your gene. New Phytologist. 183:935-966.
Khumaida, N., N.N. Kristina, D. Sartiami, T.L. Mardiningsih. 2008. Kearifan lokal penduduk Jawa Barat, Maluku, dan  Papua  dalam  memanfaatkan  tanaman  obat handeuleum  ( Graptophyllum  pictum L.).  hal.  284- 290. Dalam M.  Hanafi,  N.  Artati,  A.  Darmawan, S.  Fajriah  ( Eds .).  Prosiding  Seminar  Nasional Tumbuhan  Obat  Indonesia  (TOI)  XXXV.  Serpong 13-14 November 2008.
Kurniasih,  S.  2012.  Pemanfaatan  Marka  Molekul untuk  Mendukung  Perakitan  Kultivar  Unggul Kakao  ( Theobroma  cacao L.)  Disertasi.  Sekolah Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Lathifah,  A.U.,  I.D.  Buwono,  U.  Subhan.  2016.  Deteksi keragaman  genotip  hibrid  ikan  lele  sangkuriang, mutiara transgenik dan mutiara non transgenik pada keturunan  pertama.  J.  Perikanan  Kelautan  7:111- 120.
Li,  G.,  C.F.  Quiros.  2001.  Sequence-related  amplified polymorphism (SRAP), a new marker system based on a simple PCR reaction: its application to mapping and  gene  tagging  in  Brassica.  Theor. Appl.  Genet. 103:455-461.
Li, X.Y.,  J. Li, Z.J. Zhao,  F.Yang, Q.W. Fu, H.S. Liu, D.D. Wang, Y.C. Yang,  Y.R. Wang. 2014.Sequence-related amplified    polymorphism    (SRAP)  for    studying genetic  diversity  and  population  structure  of  plants and other  living  organisms:  A  protocol.  J. Anim. Plant. Sci. 24:1478-1486.
Manoi, F. 2011. Analisa fitokimia dan kandungan bahan aktif dari lima aksesi tanaman handeuleum ( Graptophyllum Pictum (L.)  Griff).  J.  Penelitian  Pertanian  Terapan 11:15-24.
Mccusker,  M.R.,  N.  Mandrak,  B.  Egeh,  N.R.  Lovejoy. 2014. Population structure and conservation genetic assessment  of  the  endangered  Pugnose  Shiner, Notropis anogenus . Conserv. Genet. 15:343-353.
Muriira, N.H., A. Muchugi, A. Yu, J. Xu, A. Liu. 2018. Genetic diversity analysis reveals genetic differentiotion and strong  population  structure  in Calotropis plants. Scientific Reports. 8:1-10.
Nurtjahjaningsih,  I.L.G.,  M.  Qiptiyah,  T.  Pamungkas, A.Y.P.B.C.  Widyamoko,  A.  Rimbawanto.  2014. Karakterisasi  keragaman  genetik  populasi  jabon putih  menggunakan  penanda random  amplified polymorphism DNA.  J.  Pemuliaan  Tanaman  Hutan 8:81-92.
Pujiono, E., R. Setyowati. 2015. Penilaian tingkat kerentanan sumber daya air terhadap variabilitas iklim di DAS Aesesa,  Pulau  Flores,  Nusa  Tenggara  Timur.  J. Penelitian  Sosial  dan  Ekonomi  Kehutanan  12:177- 195.
Riupassa,  P.A.  2016.  Keragaman  genetik  durian  ( Durio spp)  berdasarkan  penanda inter-simple  sequence repeat (ISSR). Tesis. Sekolah Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Robarts,  W.D.H.,  A.D.  Wolfe.  2014.  Sequence-related amplified  polymorphism  (SRAP)  markers:  a potentioal  resources  for  studies  in  plant  molecular biology. Appl. Plant Sci. 2:1-13. Rosmala, A.,  N.  Khumaida,  D.  Sukma.  2015.  Perubahan morfologi dan pertumbuhan handeuleum ( Graptophyllum pictum L. Griff) akibat iradiasi sinar gamma. J. Agron. Indonesia 43:235-241.
Sari,  V.,  Miftahudin,  Sobir.  2017.  Keragaman  genetik bawang merah ( Allium cepa L.) berdasarkan marka morfologi  dan  ISSR.  J.  Agron.  Indonesia  45:175- 181.
Solin,  N.W.N.M.,  Sobir,  N.T.  Mathius.  2013.  Keragaman genetik  populasi  tetua  saudara  kandung  (Sibs) kelapa  sawit  Dura  Deli  berdasarkan  penanda  DNA mikrosatelit. B. Palma 14:100-108.
Subositi,  D.,  H.  Widodo.  2011.  Intraspesific  variation of  Daun  Ungu  ( Graptophyllum  pictum (L.)  Griff) based  on  molecular  characters  in  medicinal  plant and  traditional  medicine  research  and  development office. p. 343-346. In H Widjaja, S.S Achmadi, I.H Suparto,  I.  Batubara,  Y.  Rukayadi,  Sulistyani,  M. Rafi, L.K Darusman ( Eds .). Proceedings The Second International Symposium on Temulawak. Biopharma Research Center. Bogor 24-29 May 2011.
Zagorcheva, T., S. Stanev, K. Rusanov, I. Atanassov.2020. SRAP  markers  for  genetic  diversity  assessment  of lavender  ( Lavandula  angustifolia Mill.)  varieties and  breeding  lines.  Biotechnol.  Biotechnol.  Equip. 34:303-308.