Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………

## PENGARUH MUTASI GEN RYR-1 TERHADAP KUALITAS DAGING BABI LANDRACE

## EFFECTS OF RYR-1 GEN MUTATION ON LANDRACE PORK QUALITY
Geertruida Margareth Sipahelut 1 , Muladno 2 dan Rudy Priyanto 3
1 Fakultas Peternakan, Universitas Nusa Cendana
2,3 Fakultas Peternakan, Institute Pertanian Bogor sipahelutetje@gmail.com

## ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi adanya mutasi dalam gen Ryr-1 dan kaitannya dengan kejadian PSE ( pale,  soft  and  exudatie )  pada  ternak  babi  yang  diternakan  secara  komersial  di  Indonesia terhadap  kualitas  daging  babi.  Ternak  yang  digunakan  dalam  penelitian  ini  adalah  40  ekor  babi  keturunan Landrace jantan dan betina masing-masing 20 ekor menghasilkan daging normal dan 20 ekor menghasilkan daging PSE.  Variabel kualitas daging   yang diukur adalah susut drip, susut masak dan keempukkan  serta pengujian  DNA.    Data  kuantitatif  diolah  dengan  menggunakan  prosedur  Sidik  Ragam.    Hasil  penelitian menunjukkan susut drip daging babi normal  sebesar (1.65±0.16) dan PSE (2.52±0.17), susut masak daging normal  (28.79±2.64)  dan PSE (35.09±2.38)  serta  keempukkan  daging  normal  (5.57±0.70)  dan PSE (7.18±0.70). Ketiga variabel menunjukkan perbedaan yang signifikan dan hasil analisis DNA  menunjukkan terjadi  mutasi  pada  gen Ryr-1 .    Kesimpulan    daging  babi PSE mempunyai  kualitas  yang  lebih  rendah daripada  daging  babi  normal.    Sebagaimana  diharapkan,  babi  yang  menghasilkan  daging PSE mengalami mutasi pada gen Ryr-1 berdasarkan analisis PCR-RFLP .
Kata kunci: Daging PSE , gen Ryr-1 , DNA , kualitas fisik

## ABSTRACT
This study was to identify any mutation at Ryr-1 gene of Landrace pigs raised under commercial farms in related to PSE pork.  Forty animals were selected to produce 20 samples of each normal and PSE meat. DNA analysis was conducted for PSE pork, and meat quality attributes was measured for each types of meat, were drip  loss , cooking  loss ,  and tenderness ( Warner-Bratzler  Shear  Force ).  Quantitatives  data  were analyzed using analysis of variance procedure. DNA analysis indicated there was any mutation at Ryr-1 gene for  animals  those  produced PSE pork.  There  were  highly  significant  differences  between  normal  and PSE pork for three attributes of meat quality. Drip loss 1.65% ±0.16 vs 2.52%±0.17, cooking loss 28.79% ±2.64 vs 35.09 ± 2.38, and Warner-Bratzler Shear Force 5.57 kg/cm 2 ±0.70 vs 7.18 kg/cm 2 ± 0.70. The conclusion is that mutation at Ryr-1 gene caused animals produce lower quality of PSE pork.
Key word: PSE of meat, gene Ryr-1 , DNA , physical quality

## PENDAHULUAN
Penyediaan  pangan  bergizi  merupakan salah  satu  kunci  sukses  bagi  kemajuan  suatu masyarakat  modern  untuk  menghasilkan sumberdaya manusia yang berkualitas. Dibanyak  negara berkembang masalah pangan gizi  terutama  berkaitan  dengan  rendahnya konsumsi protein hewani.  Daging adalah salah satu  protein  hewani  tersebut  baik  daging  sapi, babi  dan  daging  unggas.    Tingkat  konsumsi
daging  sering  menjadi  indikator  kemajuan suatu  masyarakat  dan  bangsa.    Ternak  babi merupakan salah satu penghasil daging penting di  Indonesia,  baik  untuk  konsumsi  dalam negeri maupun untuk ekspor.
Upaya  memajukan  peternakan  babi  di Indonesia  tidak  terlepas  dari  pemanfaatan bangsa-bangsa  babi  ras  unggul  dari  Eropa  dan Amerika.    Disamping  keunggulannya  dalam
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
kemampuan  produksi  daging,  babi  ras mempunyai kekurangan yang berkaitan dengan produknya  itu  yakni  menghasilkan  daging segar  dengan  warna  pucat,  tekstur  lemah (lembek)  dan  permukaan  basah  atau  berair (bereksudat).    Menurut  Judge et  al .  (1989) daging  yang  demikian  penampilannya  secara visual  tidak  menarik  dan  dikenal  dengan sebutan  daging PSE ( pale,  soft  and  exudatie ). Mutu dagingnya lebih rendah dari pada daging normal  dan  menimbulkan  kerugian  bagi produsen, industri pengolahan dan konsumen.
Kondisi PSE muncul  akibat  dari  laju glikolisis  yang  sangat  cepat  setelah  ternak disembelih  dan  terjadi  produksi  asam  laktat yang tidak terkontrol.  Kasus PSE dapat terjadi pada 5 – 20% karkas babi Bangsa-bangsa babi yang  sangat  rentan  terhadap  stress  adalah Poland  China,  Landrace,  Hampshire  dan Yorkshire ,  sedangkan  resisten  stress  adalah
Chester  White,  Duroc  dan  Bershire .    Namun demikian  hasil  penelitian  Muladno et  al. (1999)  menujukkan  bahwa  pada  satu  sampel DNA  babi Duroc yang  diambil  secara  acak ternyata  mengalami  mutasi  gen  sehingga rentan stress dan menghasilkan daging PSE . Patut  diduga  bahwa  selain Duroc yang telah  dibuktikan  oleh  Muladno et  al. (1999) sebagian  ternak babi ras dari bangsa lain yang dipelihara  saat  ini  merupakan  keturunan  dari ternak  mutan  yang  sejak  awal  dimasukan  ke Indonesia  ataupun  telah  terjadi  mutasi  setelah diternakan  di  Indonesia.  Sehubungan  dengan hal  tersebut  di  atas,  maka  penelitian  bertujuan untuk  mengidentifikasi  adanya  mutasi  dalam gen Ryr-1 dan kaitannya dengan kejadian PSE pada  ternak  babi  yang  diternakan  secara komersial di Indonesia.

## MATERI DAN METODE
Penelitian ini dilaksanakan di
Laboratorium  Produksi  Ternak  Ruminansia Besar  Fakultas  Peternakan,  IPB  untuk  analisa kualitas  daging,  sedangakan  analisa DNA dilakukan di Labortorium Bioteknologi Hewan PAU,  IPB  dan  Laboratorium  Zoologi,  Jurusan Biologi,  Fakultas  Matematika  dan  Ilmu Pengetahuan  Alam,  Institut  Pertanian  Bogor. Penelitian  berlangsung  selama  9  bulan  dari Desember sampai dengan Agustus.
Ternak  yang  digunakan  dalam  penelitian ini  adalah  40  ekor  babi  keturunan  Landrace jantan  dan  betina  masing-masing  20  ekor menghasilkan  daging  normal  dan  20  ekor menghasilkan daging PSE .  Pemotongan ternak dilakukan  di  Rumah  Potong  Hewan  (RPH) Kodya  Bogor  pada  kisaran  bobot  80–100  kg. Daging  diambil  dari  1  lokasi  anatomi  otot, yaitu  otot Longisimus  dorsi ( LD) tepat dibelakang  rusuk  teakhir.    Pengukuran  dan penilian  dilakukan  terhadap  daging  yang berindikasi PSE dan  normal  masing-masing sebanyak  20  sampel  untuk  analisis  kualitas daging dan analisis DNA.
Peralatan  yang  digunakan  untuk  analisis sifat  fisik  adalah  pH  meter  digital Jenway
3150,  thermometer bimetal , Warner-Bratzler Shear , alat penekan untuk mengukur daya ikat air, planimeter ,  timbangan  elektrik Ohaus kapasitas  2,5  kg  (kepekaan  0,01g),  kulkas Shanyo  2  pintu,  kertas  saring, stop  wacth , scapel , pincer ,  pisau  daging,  alat  masak  dan wadah penyimpan sampel.
Peralatan  yang  digunakan  untuk  analisa DNA antara  lain:  mortar,  pisau/cater,  tabung Eppendorf 1.5  ml,  tabung  10  ml,  pinser,  pipet mikro Eppendorf (20,  100,  200  dan  1000  µl), tabung PCR ,  tips Eppendorf , water  bath- shaker , alat sentrifuge ( Eppendorf 5417R ), alat elektroforesis MUPID ,  lemari  es,  mesin PCR ( Takara  PCR  Thermal  Cyler  MP ),  vortex, parafilm dan sarung tangan.
Bahan  kimia  dan  enzim  yang  digunakan adalah buffer  TEN ( Tris-HCl,  EDTA dan NaCl) , proteinase K dan RNAse SDS 10%, 5 M NaCl , phenol, chloroform , ethanol absolut, ethanol 70%, buffer TE (Tris-HCl dan EDTA ), aquabides,  aquades,  bubuk  agarose, loading dye , buffer  TAE ( Tris-HCL , asam  asetat  dan EDTA ), ethidium  bromide , dNTS ,  10  x  Buffer PCR,  marker (penanda),  minyak  mineral, enzim  taq  DNA  polymerase ,  enzim HhaI ,
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
akrilamid 30%, buffer  TBE ( Tris-HCl , asam borat dan ETDA ),  10% APS ( amonium peroxodi  sulfat ), TEMED ( tetra  methyl ethylene  diamine , CTAB ( cetil  trimetil amonium  bromida ), amoniak ( NH 4 OH ), perak nitrat ( AgNO 3 ), natrium  hidroksida ( NaOH ), natrium  karbonat ( NaCO 3 ), asam  asetat ( CH 3 COOH ) dan formalin .
Primer  yang  digunakan  adalah  :  sepasang primer,  masing-masing  terdiri  dari  24 nukleotida, yang dirancang berdasarkan sekuen gen  ( Ryr-1 )  menurut  (Otsu et  al .,  1992). Forward  primer (Hal659F)  dan  R everse primer (Hal659R).  Sekuen DNA primer tersebut adalah sebagai berikut :
1) 5’-TCCAGTTTGCCACAGGTCCTACCA-3’ 2) 5’-TTCACCGGAGTGGAGTCTCTGAG-3’

## METODE PENELITIAN

## Pemotongan Ternak
Ternak babi diistirahatkan dalam kandang penampungan  rata-rata  selama  satu  minggu sebelum dipotong. Selama
dalam penampungan  ternak  diberi  makan  cacahan singkong  dan  ampas  tahu.    Air  minum diberikan setiap hari.
Penyembelihan  dilakukan  diantara  jam 01.00 - 04.00 pagi. Cara penyembelihan masih sederhana,  demikian  juga  dengan  peralatan yang  digunakan.  Ternak-ternak  yang  diseleksi untuk  disembelih  digiring  keluar  kandang  lalu dipingsankan dengan cara dipukul pada daerah dahi.  Kemudian  segera  diikuti  dengan pengeluaran  darah  menggunakan  sebuah  pisau tajam  dan  ditusukkan  pada  daerah  leher (tenggerokan)  mengarah  ke  jantung  untuk memutuskan saluran pernapasan dan pembuluh darah.  Tahap  berikutnya  adalah  pengeluarah bulu dan jeroan, pemisahan kepala  lalu  karkas dibagi  menjadi  bagian  kiri  dan  kanan.  Waktu yang  dibutuhkan  dari  penyembelihan  hingga menjadi karkas adalah kurang dari 30 menit.

## Penyiapan Sampel Daging
Pengambilan  sampel  dilakukan  selama tiga  minggu  untuk  mendapatkan  sampel  yang proposional sesuai kebutuhan. Setelah pemisahan karkas sampel diambil sebanyak 0.5 kg  dari  setiap  karkas  bagian  kiri,  selanjutnya dipisahkan  kurang  lebih  50  g  untuk  analisis DNA dan  disimpan  dalam cooler  box (tanpa es).    Sampel  untuk  analisis  DNA  dibawa  ke laboratorium Biotek Hewan PAU dan disimpan didalam freezer .  Sampel daging untuk analisis sifat-sifat  fisik  dibawa  ke  laboratorium Ruminansia  Besar  dan  langsung  dilakukan
pengamatan  serta  pengukuran  yang  meliputi susut drip, susut masak dan keempukan.

## Parameter yang Diamati dan Cara
Pengukuran Susut Drip (Soeparno, 2009) Pengukuran  susut drip ( drip  loss ) dilakukan  pada  24  jam  –  48  jam  pascamati. Sampel daging ditimbang sebanyak 100 g lalu dikemas  dalam  plastik  dimana  daging  tidak bersentuhan dengan plastik kemasan dan cairan yang  dikeluarkan  atau  menetes.  Kemudian plastik disimpan dalam suhu 4 0 C.  Setelah 24 – 48  jam  daging  ditimbang  kembali.    Selisih bobot  pada  waktu  tersebut  di  atas  adalah penyusutan akibat keluarnya cairan daging dan dinyatakan  dengan  persentase drip  loss .    Cara perhitungannya adalah sebagai berikut :

## Susut Masak (Soeparno, 2009)
Pengukuran  susut  masak  dimaksudkan untuk  mengetahui  berapa  banyak  daging mengalami  penyusutan  bobot  setelah  proses pemasakan.    Prosedurnya  sebagai  berikut  : daging  mentah  sebanyak  100  g  ditimbang kemudian  direbus  sampai  temperatur  internal daging  mencapai  81 0 C.    Daging  diangkat  dan diletakkan  dalam  wadah  yang  dialas  kertas saring  untuk  menyerap  rembesan  air. Kemudian  ditimbang  beberapa  kali  untuk mendapatkan berat yang konstan.
Perhitungannnya berdasarkan persentase selisih  bobot  daging  sebelum  dan  sesudah perebusan  terhadap  bobot  daging  sebelum
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
perebusan dengna menggunakan rumus sebagai berikut:

## Keempukan (Soeparno, 2009)
Uji  keempukan  daging  dilakukan  dengan menggunakan  alat Wamer-Bratzler  Shear . Sampel  daging  yang  digunakan  adalah  seberat 100  g.  Termometer bimetal ditancapkan  pada sampel  sampai  menembus  kebagian  dalam daging  kemudian  dimasukkan  kedalam  air rebusan,  sampel  harus  direndam  seluruhnya. Perebusan  dilakukan  sampai  suhu internal daging mencapai 81 0 C seperti yang ditunjukkan  pada  termometer.    Kemudian daging  didinginkan  dan  dicetak  seturut  arah serat  daging  dengan  alat  pengebor  ( corer ) berdiameter  1.27  cm.      Selanjutnya  cetakan daging dipotong dengan menggunakan Wamer- Bratzler  Shear untuk  mengetahui  berapa  daya yang  dibutuhkan  untuk  memutuskannya (kg/cm 2 ).

## Analisis DNA
Ekstraksi dan Pemurnian DNA Isolasi  DNA daging  mencakup  ekstraksi dan  pemurnian  DNA  yang  didasarkan  pada metode Sambrook et al. (1989).
Ekstraksi DNA –  Sebanyak  30  mg jaringan  daging  dari  setiap  sampel  yang  telah dipotong dengan ukuran 4 mm, digerus sampai halus  dan  homogen.  Kemudian  daging  yang sudah  dihaluskan  dimasukkan  dalam  tabung Eppendorf 1.5  ml  yang  berisi  500  µl buffer TEN .    Selanjutnya  ditambahkan  20  µl proteinase-K (10 mg/ml) dan 50 µl 10% SDS , divortex,  diinkubasi  dalam water  bath  shaker selama  2  jam  pada  suhu  55 0 C.    Setelah inkubasi, larutan yang tersuspensi ditambahkan 5  M NaCl 50  µl, phenol 400  µl  dan phenol/chloroform ( CIAA )  400  µl  (1/1). Larutan  yang  telah  tercampur  dimasukkan kedalam water  bath  shaker dalam  keadaan tergoyang  pada  suhu  29 0 C  selama  1  jam kemudian  disentrifuge  selama  5  menit  dengan kecepatan  3000 rpm ,  yang  pada  akhirnya terbentuk  2  lapisan.    Bagian  atas  larutan
( supernatan ) dipindahkan ke tabung yang baru dengan  cara  disedot,  sedangkan  sisanya dibuang.   Selanjutnya ditambahkan 5 M NaCl 50  µl  dan ethanol  absolute 1  ml.  Tabung dikocok  dengan  tangan  hingga  terbentuk benang  putih  ( DNA ).    Sesudah  itu  diinkubasi pada  suhu  -20 o C  selama  60  menit  atau  dapat juga dibiarkan semalaman ( over night ). Setelah inkubasi,  larutan  disentirfuge  selama  5  menit dengan  kecepatan  8000 rpm sehingga  akan terbentuk endapan putih yakni DNA . Kemudian cairan  dibuang  dengan  hati-hati,  sesudah  itu ditambahkan ethanol 70%  sebanyak  1  ml  lalu disentrifuge  dengan  kecepatan  8000 rpm pada suhu  ruang  selama  5  menit.    Cairan  dengan tabung  ( ethanol )  dibuang  dengan  sangat  hati- hati  ,  kemudian  dikeringkan  selama  30-60 menit.   Selanjutnya ditambahkan larutan 50 µl buffer TE dan disimpan pada suhu -20 o C. Pemurnian DNA - sampel DNA dan RNA yang terlarut dalam 50 µl buffer TE ditambah 5 µl RNA-se (10 mg/ml) dan divortex, kemudian diinkubasi  dalam water  bath  shaker selama  3 jam  pada  suhu  37 o C.  Setelah  inkubasi,  larutan diencerkan  dengan  menambahkan  200  µl aquabides, tambahkan satu volume
phenol/chloroform sebanyak  200  µl  (1:1)  dan dicampur  merata  dengan  cara  tabung digoyang-goyang  selama  5  menit.  Tabung disentrifuge  dengan  kecepatan  8000 rpm pada suhu  ruang  selama  10  menit.  Kemudian supernatan (  larutan  )  yang  terbentuk dipindahkan  ke  tabung Eppendorf yang  baru, tambahkan 25 µl 5 M NaCl dan 500 µl ethanol absolut  dingin.    Kemudian  diinkubasi  pada suhu -20 o C  selama 1 jam.  Tabung disentrifuge dengan  kecepatan  8000 rpm selama  10  menit, kemudian  endapan DNA yang  terbentuk dikeringkan (cairan dibuang) dan ditambahkan 50  µl  aquabides  selanjutnya  disimpan  pada suhu -20 o C.
Analisa PCR ( Polymerase Chain Reaction ) PCR dilakukan  dengan  menggunakan tabung Eppendorf 0.5  ml  dalam  mesin PCR ( FTS  960  thermal  sequencer) .  Setiap  sampel DNA  diencerkan  dengan  aquabides  dengan perbandingan  1:4  yaitu  1µl  DNA  dan  4  µl aquabides.  Satu  µl  produk  DNA  dimasukan
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
kedalam  tabung  khusus PCR ,  kemudian ditambahkan 2.25 µl 10x buffer PCR , 200 µM campuran dNTP’s, 200  ng  “ forward”  primer (Hal659F),
200 ng “ reverse”primer (Hal659R), 0.5 unit enzim taq polymerase, dan H 2 O  sebanyak  6.65µl  dalam  total  volume  25 µl.  Setiap  campuran  reaksi  dilapisi  dengan  50 µl  minyak  mineral  untuk  mencegah  terjadinya penguapan.
Reaksi PCR diprogramkan  sebagai berikut:  suatu  tahap  dinaturasi  tunggal  pada suhu  94 o C  selama  4  menit  diikuti  oleh  35 putasan,  masing–masing  terdiri  dari  tahap denaturasi  pada  suhu  94 o C  selama  1  menit, tahap  penguatan  ( annealing) pada  suhu  64 o C selama  2  menit  dan  tahap  perpanjangan  pada suhu  72 o C  selama  3.5  menit.    Suatu    tahap perpanjangan ekstra selama 5 menit ditambahkan setelah putaran ke-35.

## Elektroforesis
Untuk  penentuan  produk PCR dilakukan separasi  DNA  ( elektroforesis) gel  agarose dengan  pewarnaan ethidium  bromide atau dapat  dilihat  melalui elektroforesis gel poliakrilamida 6%  dengan  mencampurkan bahan – bahan sebagai berikut : 4 ml akrilamid 30%,  4  ml TBE 5x,  12  ml  aquadest,  15  µl TEMED dan  160  µl  APS  10%  dalam  gelas ukur.  Bahan-bahan  tersebut  dicampur  merata, kemudian  dituang  ke  dalam  cetakan  dan dimasukan sisir cetakan yang akan membentuk sumur-sumur kecil.  Setelah gel terbentuk sisir diangkat  dan  produk  DNA  hasil PCR siap
dimasukan  pada  sumur  yang  sudah  tersedia. Gel  kemudian  dipindahkan  ke  tangki elektriforesis  dan  dimasukan buffer 1x TBE , kemudian  2µl  produk  hasil PCR dan  1  µl loading dye dicampur dan dimasukan kedalam sumur  gel  yang  sudah  ada.  Salah  satu  sumur biasanya dimasukan marker (penanda)
sebanyak  2  µl  sebagai  standar  pengukur produk DNA yang  teramplifikasi,  kemudian dilakukan  elektroforesis  pada  tegangan  180 volt selama 60 menit.
Analisis PCR-RFLP Untuk  konfirmasi  bahwa  fragmen  hasil PCR adalah  gen Ryr-1 dilakukan analisis situs restriksi  menggunakan  enzim  restriksi Hhal . Produk DNA sebanyak  5  µl  dimasukan  ke dalam  tabung Eppendorf 0.5  ml  yang  baru. Satu  unit  enzim  dan buffer restriksi  1x ditambahkan. Air suling ( aquabides)
ditambahkan kedalam tabung hingga mencapai volume  20  µl.  Tabung  selanjutnya  diinkubasi pada suhu 37ºC selama 12 jam (semalam).
Elektrophoresis gel produk PCR setelah pemotongan
Untuk  mendeteksi  produk PCR setelah pemotongan peneliti menggunakan
elektrophoresis  gel  poliakrilamida  dengan metode pewarnaan perak ( silver staining) yang berbeda  setiap  tahap  dan  menggunakan beberapa  bahan  kimia.  Tahapan  metode pewarnaan perak ( silver staining) dapat dilihat pada Tabel 1 berikut ini.
Tabel 1. Metode pewarnaan perak (silver staining ) Tahap Bahan Kimia Waktu I CTAB 200 mg / 200 ml aquadest 20 Menit II Aquadest 20 Menit III NH 4 OH 2.4 ml / 200 ml aquadest 15 Menit IV Campuran  AgNO 3 0.32  g  /  200  ml  aquadest,  NaOH  0.8  ml  dan NH 4 OH 0.8 ml 15 Menit V Aquadest 15 Menit VI Campuran Na 2 CO 3 4 g / 200 ml aquadest dan Formalin 100 µl Hingga  timbul pita VII CH 3 COOH 0.2 ml / 200 ml aquadest 15 Menit VIII Gliserol (tentative) 15 Menit Sumber : Tegelstrom, (1992).
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
Setelah  menggunakan  metode  di  atas produk PCR setelah  pemotongan  juga  dapat dilihat dengan melakukan elektrophoresis pada gel  agarose  1%  (b/v)  yang  dibuat  dari  0,5  g agaarose  dalam  50  ml  larutan  1x TAE.
Sebelum
melakukan elektrophoresis, ditambahkan  5  µl  larutan  pemberat  ( loading dye) ke  dalam  sampel DNA hasil  amplifikasi dan  di  masukan  ke  dalam  1,5% agarose  gel yang  berisi  larutan buffer  1x  TAE .    Alat elektroforesis  di  nyalakan  pada  tegangan  110 volt  selama  45  menit,  gel  ditransfer  ke
kontainer  yang  mengandung buffer  1x  TAE diwarnai dengan ethidium bromide dan dibilas dengan  hati-hati  selama  15  menit.    Gel akhirnya ditempatkan diatas suatu transilluminator ultra-violet ( UV) dan  difoto dengan kamera Polaroid .
Analasis Data Data kuantitatif diolah dengan menggunakan prosedur Sidik Ragam (SAS, 1987).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil penelitian yang disajikan pada Tabel 2  menjelaskan  perbedaan  yang  terjadi  pada daging  babi  normal  dan  daging  babi PSE dengan  beberapa  variabel  pengukuran  kualitas fisik daging sampai pada pengujian dan analisa DNA .
Tabel 2.  Rataan hasil pengukuran susut drip , susut masak dan keempukan daging babi normal dan PSE
Pengukuran Variabel Jenis Daging P-value Normal (n=20) PSE (n=20) Susut drip (%) 1.65 ± 0.16 2.52 ± 0.17 P < 0.0151 Susut masak (%) 28.79± 2.64 35.09 ± 2.38 P < 0.0001 Shear force (kg/cm 2 ) 5.57 ± 0.70 7.18 ± 0.70 P < 0.0109 Susut Drip Hasil penelitian pada Tabel 2
menunjukkan  bahwa  menetesnya  air  dari daging PSE lebih  tinggi  sehingga  terjadi penyusutan  bobot  yang  lebih  tinggi  pula dibanding daging normal sebagaimana dihasilkan  penelitian  ini,  yakni  2.52%  ±  0.17
pada  daging PSE dan  1.65%  ±  0.16  pada daging normal.   Perbedaan ini secara langsung diakibatkan oleh daya mengikat air yang lebih rendah  pada  daging PSE ,  dimana  menurunnya daya  mengikat  air  maka  protein  otot  tidak mampu  menahan  airnya  sehingga  sebagian akan terlepas yang dikenal sebagai drip.
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
Gambar 1. Histogram susut drip daging penelitian de  Smet et  al. (1992)  dan  Byrem et  al . (1999)  melaporkan  bahwa  dari  tiga  genotipe babi  yakni  mutan  (nn),  heterozigot  (Nn)  dan normal  (NN), drip  loss tertinggi  adalah  dari daging  babi  nn,  terendah  dari  daging  NN  dan drip  loss daging  babi  Nn  berada  diantara ( intermediate ) kedua genotipe lain. de Smet et al. (1992) juga melaporkan bahwa meningkatnya  kandungan  lean  karkas  sangat berpengaruh  meningkatkan drip  loss daging ketiga  genotipe,  dekat  kepada  nn  pada kandungan lean karkas  <  57.5%  dan  57.5– 60.0%  sementara  itu  lebih  dekat  kepada  NN pada  kandungan  lean  karkas  60.0–62.5%  dan intermediate pada >62.5% lean karkas.
Pada  dasarnya  para  peneliti  melaporkan hasil  pengukuran drip  loss dengan  pola  nn  > Nn  dan  NN  yang  terendah  namun  angka  yang ditampilkan  bervariasi.  de  Smet et  al. (1992) melaporkan  nn  6.9%, Nn  6.2%  dan  NN  5.3%, de  Smet et  al (1995)  melaporkan  6.5%  untuk PSE (nn)  dan  5.7%  untuk  normal  (NN). Byrem et  al .  (1999)  melaporkan  angka  yang lebih  rendah  yaitu  nn  2.92%,  Nn  2.18%  dan NN 1.38%.

## Susut Masak
Hasil  penelitian  ini  pada  Tabel  2 menunjukan  bahwa  susut  masak  daging PSE
lebih tinggi daripada susut masak pada daging babi  normal,  dengan  perbandingan  35.09  ± 2.38%  vs  28.79±2.64%  dari  bobot  daging segar.  Sebagaimana  telah  dibahas  dibagian depan, terbentuknya daging PSE oleh berbagai proses  biokimia  pascamati  mengakibatkan hasil  penilaian  terhadap  berbagai  atribut kualitas  daging PSE lebih  rendah  daripada daging  babi  normal.    Daya  mengikat  air  yang lebih  rendah  berkonsekuensi  daging  akan kehilangan  lebih  banyak  air  yang  diakibatkan oleh  beberapa  pengaruh.    Menurut  Swatland (1984),  Judge et  al. (1989)  dan  Soeparno
(2009)  salah  satu  penyebab  pengaruh  tersebut adalah pemanasan saat dimasak. de  Smet et  al. (1995)  dan  Monin et  al.
(1999)  melaporkan  susut  masak  yang  lebih tinggi  pada  daging PSE yang  dihasilkan  oleh ternak  mutan  sedangkan  Leach et  al. (1996) melaporkan  susut  masak  lebih  tinggi  pada daging  ternak  heterozigot  dibanding  daging babi homozigot normal.  Variabel kualitas lain yang  berkaitan  dengan  kehilangan  air  juga lebih  tinggi  pada  daging  babi  mutan  atau daging PSE . Dikemukakan pula oleh Monin et al (1999)  bahwa  daging  matang  dari  ternak mutan  lebih  kering  dan  kandungan  sari  ( juice )
lebih rendah.
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………

## Gambar 2. Histogram susut masak daging penelitian
Keempukan Daging Hasil  pengukuran    pada  Tabel  2 menunjukkan bahwa daging babi normal lebih empuk  dibandingkan  daging PSE .    Untuk memutuskan  potongan  daging  normal  silinder dengan  diameter  1.27  cm  hanya  dibutuhkan tenaga  5.57±0.70kg/cm 2 sedangkan  untuk daging PSE dibutuhkan  tenaga  sebesar
7.18±0.70  kg/cm 2 .    Lundstrom et  al. (1995) melaporkan  bahwa  daging  ternak  babi  yang memilki  gen halothane (Nn)  lebih  alot dibanding  daging  babi  normal  (NN).    Nilai shear force yang dihasilkan adalah 2.20 kg/cm 2 untuk babi heterozigot pembawa gen halothane dan 4.7 kg/cm 2 untuk daging babi normal, lebih rendah daripada hasil penelitian ini.
Gambar  3. Histogram tingkat keempukan daging  penelitian.
Estrade  dan  Vignon  (1991)  melaporkan bahwa  otot  babi  rentan  stres  atau  daging PSE tetap  mempertahankan  struktur  miofibril  yang terjaga  dengan  baik  selama  penyimpanan hingga  delapan  hari.    Dikemukakan  bahwa walaupun  level Ca intraseluler  tinggi  yang seharusnya cytosolic  calcium  dependent
protease , enzim yang teribat dalam pengempukan daging, namun sebagian aktivitas enzim dihambat sehingga tidak terjadi kerusakan  pada  miofibril.    Hal  ini  yang mengakibatkan daging PSE lebih alot daripada daging  normal.      Boles et  al .  (1992) melaporkan tingkat kelarutan protein
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
sarkoplasma  dan  miofibrilar  otot Longisimus dorsi dari  babi  rentan  stres  yang  lebih  rendah dibanding  hasil  dari  ternak  normal  dan heterozigot.
Tingkat  keempukan  tetap  merupakan penentu  utama  kualitas  dari  daging,  karena konsumen  tidak  akan  menyukai  daging  yang sekalipun marblingnya tinggi, juicy dan flavor menarik  tetapi  alot  (Preston  dan  Wilis,  1979). Hal  yang  sama  dikemukakan  oleh  McFarlane dan  Unruh  (1996)  bahwa  keempukan  menjadi penentu  utama  penerimaan  daging  babi  oleh konsumen.
Dari hasil evaluasi sensoris yang berkaitan dengan  kualitas  makan,  Monin et  al .  (1999) melaporkan  bahwa  sifat-sifat  daging  babi mutan  sebagai  berikut:  tidak  empuk,  ketika makan  terasa  keras  dan  berserat,  lebih  elastis dan  kurang  bergranula  sehingga  sulit  ditelan dibandingkan  daging  babi  normal  yang teksturnya lebih empuk.

## Analisa DNA
Pada  penelitian  ini  didapatkan  hasil ekstraksi dan pemurnian DNA yang berkualitas baik  dari  ternak  babi  keturunan  Landrace, yakni  20  ekor  yang  menghasilkan  daging
normal dan 20 ekor yang menghasilkan daging PSE .    Kemudian  dilanjutkan  dengan  reaksi amplifikasi DNA (reaksi PCR ).    Hasil amplifikasi DNA ,  dengan  sepasang  primer spesifik  sebagai  pengapit,  diseparasi  dengan dengan  elektroforesis  gel poliakrilamida 6% dilanjutkan  dengan  teknik  pewarnaan  perak ( silver  staining ).    Pembuktian  dengan elektroforesis  dengan  gel poliakrilamida 6% menunjukkan  adanya  fragmen  gen Ryr-1 ( reseptor  ryanodine )  dengan  ukuran  659  bp (terletak diantara pita marker berukuran 500 bp dan  750  bp).    Ini  menandakan  bahwa  lokasi mutasi pada fragmen gen Ryr-1 terindentfikasi melalui PCR.
Pemotongan dengan menggnakan enzim restriksi Hhal menunjukkan adanya tiga fragmen  DNA  dengan  ukuran  produk  masing- masing  659  bp,  493,  dan  166  bp  yang dihasilkan  dari  produk  PCR  ternak  babi normal,  yang  berarti  walaupun  ternak  tersebut normal namun ternaknya adalah pembawa gen mutasi  yaitu  heterozigot  normal  (Nn).    Hasil analisa  situs  restriksi  terhadap  fragmen  gen
Ryr-1 hasil amplifikasi disajikan pada Gambar 4a dan 4b.
Gambar 4a. Hasil pemotongan enzim restriksi HhaI terhadap fragmen gen Ryr-1 hasil PCR-RFLP ternak  babi  normal  (Lajur  1-15),  lajur  M  (marker).    Gambar hasil rekayasa dari Gambar 4b.
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
Sementara itu pada produk PCR babi yang menghasilkan  daging PSE, seperti  diharapkan, hasil  analisa PCR-RFLP hanya  menghasilkan fragmen DNA tunggal  dengan  ukuran  produk 659  bp,  berarti  ternak  tersebut    adalah  ternak yang  telah  mengalami  mutasi  gen  yaitu  resisif normal  (nn)  karena  fragmen  tersebut  tidak terpotong oleh enzim HhaI .  Hasil analisis situs restriksi  terhadap  fragmen  gen Ryr-1 hasil amplifikasi  daging PSE terlihat  pada  Gambar 5.
Pada  gen  babi  normal cytosine terdapat pada  nukleotida  493  dan  apabila  tidak  terjadi
mutasi  maka cytosine ini  akan  dipotong  oleh enzim HhaI sehingga  menghasilkan  dua fragmen DNA .    Sebaliknya  apabila  terjadi mutasi maka pada posisi nukleotida 493 bukan cytosine sehingga  tidak  dapat  dipotong  oleh enzim HhaI dan  menghasilkan  fragmen DNA tunggal  (Fuji et  al .,  1991;  Muladno et  al. , 1999).    Jadi  pada  penelitian  ini  dapat membuktikan  bahwa  daging PSE dihasilkan oleh  ternak  babi  keturunan  Landrace  yang mengalami mutasi gen Ryr-1 .
Gambar  4b.    Hasil  pemotongan  enzim  restriksi HhaI terhadap  fragmen  gen Ryr-1 hasil PCR-RFLP ternak babi normal (Lajur 1-15), lajur M (mareker).    Gambar  asli  dari  Gambar  4a  yang  mengalami kerusakan.
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
Gambar 5.  Hasil pemotongan enzim restriksi HhaI terhadap fragmen gen Ryr-1 hasil PCR-RFLP ternak babi PSE (Lajur 1-20).  Lajur M (Marker)

## KESIMPULAN
Hasil  penelitian  menujukkan  bahwa daging  babi PSE mempunyai  kualitas  yang lebih  rendah  daripada  daging  babi  normal. Sebagaimana diharapkan, babi yang menghasilkan  daging PSE mengalami  mutasi pada  gen Ryr-1 berdasarkan  analisis PCR- RFLP.

## DAFTAR PUSTAKA
Barton-Gade,  P.  and  M.  Baltzer.    1991. Relationship between halothane status and meat quality in Landrace and Large White pigs.    Proc.  of  the  37th  Internasional
Congress of Meat Science and Technology. Vol. 1. pp33-36.  Kulmbach, German.
Boles, J.A.., F.C Parrish, Jr., T.W. Huaitt, and
R.M. Robson.  1992.  Effect of the porcine stress  syndrome  on  the  solubility  and degradation  of  myofibrillar/cytoskeletal proteins. J. Anim. Sci. 70:545-464 Byrem,  T.M.,  A.M.  Booren,  G.M.  Hill,  Fun Sun Chu and G.M. Strasburg.  1999.  The effect  of  cyclopiazonic  acid  on  the development  of  pale,  soft,  and  exudative pork  from  pigs  of  devined  Malignant Hyperthermia  genotype. J.  Anim. Sci .77:166-172.
Cheah, K.S., A.M. Cheah, A.R. Crosland, J.C. Casey  and  A.J.  Webb.    1984. Relationship  between  Ca 2 +  release, sarcoplasmic  Ca 2 +,  glycolysis  and  meat quality  in  halothane-sensitive  pigs. Meat Sci . 10:117.
de  Smet,  S.,  H.  Pauwels,  W.  Eeckhout,  D.
Demeyer,  I.Vervaeke,  S.  de  Bie,  G.  Van De  Voorde  and  M.  Casteels.    1992.
Relatioships between
halothane sensitivity,  carcass  quality  and  meat quality in Belgian slaugther pigs.  In Pork Quality:  Genetic  and  Metabolic  Fa.  ctors. OECD Workshop. Ed. by E. Puolanne and D.I. Demeyer.  Finland, Helsinki. Pp 273- 286. de  Smet,  S.,  H.  Pauwels,  I.  Vervaeke,  D. Demeyer,  S. de Bie, W. Eeckhout and M. Casteels.  1995.  Meat and carcass quality
Jurnal Nukleus Peternakan (Juni 2019), Volume 6, No. 1:26 –37                        p-ISSN : 2355-9942, e-ISSN:2656-792X
Sipahelut .: Pengaruh mutasi gen ……………
of  heavy  muscled  Belgian  slaugther  pigs as influenced by halothane sensitivity  and breed. Anim. Sci. 61:109-114. Estrade,  M.,  E.  Rock  and  X.  Vignon.    1991.
Ultrastructural  post  mortem  changes  n myofibrillar  structure  on  normal  and halothane-sensitive pigs.  Proc. of the 37th Internasional  Congress  of  Meat  Science and  Technology.  Vol.  1.  pp  352-355. Kulmbach, German.
Fuji, J., K. Otsu, F. Zorzato, S. de Leon, V.K. Khanna,  J.E.  Weiler,  P.J.  O’Brien  and D.H. MacLennan.  1991.  Identification of a  mutation  in  porcine  ryanodine  receptor associated  with  malignant  hyperthemia. Science, 253:448-451.
Judge,  M.D.,  E.D.  Aberle,  J.C.  Forrest,  H.B. Hendrick  and  R.A.  Merkel.    1989. Princeples of Meat Science.  Kendal/Hunt Publishing Company, Iowa.
Leach,  L.M.,  M.  Ellis,  D.S.  Sutton,  F.K. McKeith,  and  E.R.  Wilson.    1996.    The growth performance, carcass
characteristics,  and  meat  quality  of halothane  carrier  and  negative  pigs. J. Anim. Sci. 74:934-943. Kang, C.G., M. Mugumura, T. Fukazawa, and
T.  Ito.    1978.    Difference  in  Z-line removal between normal and PSE porcine myofibrils. J. Food. Sci. 43:508
Lundstrom,  K.A.  Karrison,  I.  Hansson.,  M. Johansson,  L.  Andersson  and  K. Andersson.    1995.    Production,  carcass and  meat  quality  traits  of  F 2 -crosses between  European  Wild  Pigs  and domestic  pigs  including  halothane  gene carries. Anim. Sci. 61:325-331. Marby, J.W., L.L. Christian and D.L. Kuhlers. 1981.    Inheritance  of  porcine  stress syndrome. The of Heredity 72:429-430 Mc Farlane, B.J and J.A. Unruh.  1996.  Effect of  blast  chilling  and  postmortem  calsium chloride  injectio  on  tenderness  of  pork longissimus  muscle. J.  Anim.  Sci. 74:1842-1845.
Monin,  G.,  C.  Larzul,  P.  Le  Roy,  J.  Culioli,  J Mourut,  S.  Rousset-Akrim,  A.  Talmant,
C. Touraille and P. Sellier.  1999.  Effects of  halothane  genotype  and  slaugther weigth  on  texture  of  pork. J.  Anim.  Sci. 77: 408-415.
Muladno, R. Priyanto and S. Sulandari.  1999. Identification of Porcine Stress Syndrome in  commercial  pigs  associated  quality. One  Day  Seminar  on  Science  and Technology.    Indonesia    Toray  Science Foundation, Jakarta.
Otsu,  K.,  M.S.  Philips,  V.K.  Khanna  ,  S.  de Leon,    and  D.H.  MacLennan.    1992. Refinemennt  of  diagnostic  assay  for probable  casual  mutation  for  porcine ryanodine and human malignant hyperthemia. Genomics, 13:835-837. Preston,  T.R.  and  M.B.  Willis.    1979. Intensive  Beef  Production.  Pergamon Press, Oxford.
Sambrook,  J.,  E.F.  Fritsch,  and  T.  Maniatis. 1989.    Molecular  Cloning,  A  Laboratory Manual.    Second  Edition.    Cold  Spring Harbour Lab. Press.  New York.
SAS.    1987.    SAS/STAT  Guide  for  Personal Computer  version  6  Edition,  Statiscal Analysis System Institute, Inc., Cary, NC,
USA.
Soeparno.  2009.  Ilmu dan Teknologi Daging. Gajah Mada University Press, Yogyakarta.
Swatland,  H.J.    1992.    Paleness,  softness  and exudation in pork – Review .  Pork Quality: Genetic  and  Metabolic  Factors.    OECD Workshop.    Finland,  Helsinki.    Ed  by  E. Puolanne and D.I. Demeyer.  pp 273-286.
Tegelstrom, H.  1992.  Mithocondrial DNA in natural  population:  An  improved  routine for  the  screening  of  genetic  variation based  on  sentsitive  silver  staining.
Electrophoresis 7:226-229. van  Lack,  H.L.,  J.M.  and  F.J.M.  Smulders.
1999b.    Chilling  rate  and  pork  quality-an orientation.    Proc.  Of  the  37th International  Congress  of  Meat  Science and  Technology.  Vol.  1.  pp  154-156.
Kulmbach, German.