Syntax Literate: Jurnal Ilmiah Indonesia p–ISSN: 2541-0849 e-ISSN: 2548-1398
Vol. 7, No. 11, November 2022

## APLIKASI BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL (BLAST) NCBI

## PADA PENELITIAN MOLEKULER SALMONELLA
SPP
Mahdalena Anwar, Siti Nurjanah*, Winiati P. Rahayu* Institut Pertanian Bogor, Indonesia Email: Mahdalena_anwar@apps.ipb.ac.id, sity_nr@apps.ipb.ac.id, Wpr@apps.ipb.ac.id

## Abstrak
Basic  Local  Alignment  Search  Tool  (BLAST) merupakan tool pada website  NCBI yang banyak digunakan pada penelitian mikrobiologi molekuler. Tujuan penelitian ini  adalah  melakukan  r eview sistematik  dari  fungsi  program BLAST dan menentukan parameter penting yang diaplikasikan pada penelitian Salmonella asal produk  pangan. Salmonella spp.  menjadi  fokus  karena  bakteri  ini  terdiri  dari banyak  serovar  yang  memiliki  variasi  dalam  mekanisme  virulensi,  perbedaan patogenitas dan adaptasi Salmonella terhadap inangnya. Pencarian artikel dilakukan dengan  menggunakan  mesin  pencari PUBMED dan Google  Scholar, dengan penentuan kriteria artikel dengan menggunakan metode PICO (problem/population, intervention,  comparation,  outcome), dan  penyeleksian  artikel  dengan menggunakan metode PRISMA. Hasil penelitian terseleksi 30 artikel yang masuk dalam  kriteria.  Fungsi BLAST diaplikasikan  pada  4  fungsi  yaitu:  (1) mengidentifikasi  sekuens,  (2)  menemukan  DNA  target  dengan  efisien,  (3) menyimpulkan  fungsi  gen  dan  menduga domain  architecture dari  struktur proteinnya,  serta  (4)  merancang  primer. BLAST  NCBI yang  digunakan  adalah BLAST n, BLAST p serta PRIMER BLAST . Aplikasi tersebut dapat digunakan dengan memperhatikan parameter penting pada empat fungsi tersebut.
Kata kunci : NCBI, BLAST, Salmonella , BLASTn, BLASTp , PrimerBLAST

## Abstract
The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) is a tool from NCBI that is widely used  in  molecular  microbiology  research.  The  objective  of  this  study  was  to conduct  a  systematical  review  of  the  BLAST’s  functions  and  determine  the important  parameters  that  applied  to  Salmonella  spp.  research  obtained  food products.  Salmonella  spp.  become  the  focus  of  this  study  because  it  consists  of many  serovars  that  have  variations  in  virulence  mechanisms,  differences  in pathogenicity and adaptation of Salmonella to its host. Article searches are carried out  using  PUBMED  and  Google  Scholar  search  engines  by  determining  criteria using  the  PICO  (problem  /  population,  intervention,  comparation,  outcome) method,  and  article  selection  using  the  PRISMA  method.  The  results  of  the  study were  selected  30  articles  that  fulfilled  the  criteria.  The  BLAST  functions  were applied into 4 functions, namely: (1) identifying sequences, (2) finding target DNA efficiently, (3) inferring gene function and estimating the domain architecture of its protein  structure,  and  (4)  designing  primers.  Blast  NCBI  used  were  BLASTn,
BLASTP and PRIMER BLAST. The application can be used by paying attention to the critical parameters of the four functions.
Keywords: NCBI, BLAST, Salmonella, BLASTn, BLASTp, Primer-BLAST

## Pendahuluan
Basic  Local  Alignment  Search  Tool  (BLAST) banyak  digunakan  pada  tahapan penelitian molekuler (Achyar, Atifah, & Putri, 2021). Hal ini dikarenakan BLAST dapat memberikan  informasi  biologis  hingga  ketingkat  serovar  dari  sekuens  yang  diamati. Fungsi BLAST antara  lain  dapat  mengidentifikasi  sekuens,  menemukan  DNA  target dengan  efisien,  menyimpulkan  fungsi  gen  dan  menduga domain  architecture dan struktur  proteinnya,  serta  merancang  primer  (Akinola,  Mwanza,  &  Ateba,  2019). Salmonella  enterica memiliki  lebih  dari  2600  serovar  (Issenhunt-Jean et  al. 2019). Perbedaan  serovar Salmonella memungkinkan  adanya  perbedaan  pada  mekanisme virulensi, perbedaan patogenitas dan adaptasi Salmonella terhadap inangnya (Alarjani, Elkhadragy, Al-Masoud, & Yehia, 2021). Produk pangan yang dilaporkan paling sering terkontaminasi Salmonella adalah  produk  peternakan  dan  rantai  pengolahan  produk pangan (Álvarez-Fernández, 2013). Nucleotide BLAST (BLASTn ) merupakan tool yang berfungsi  membandingkan  suatu  sekuen  nukleotida  ( query  sequence )  yang  dimiliki dengan database sekuen  nukleotida, BLASTn banyak  digunakan  pada  penelitian  yang menggunakan sekuens nukelotida sebagai raw datanya. Protein BLAST (BLASTp) dapat membandingkan suatu sekuen asam amino yang menyusun protein yang ingin diamati dengan database (Arunima et al., 2020).
Primer BLAST digunakan  untuk  mendesain  primer  spesifik  target.  Primer menjadi  faktor  penting  dalam  proses  pengamplifikasi  DNA  (PCR).  Primer  akan menemukan  target  gen  spesifik  sehingga  dapat  diamplifikasi  dan  diidentifikasi.  Salah satu  karakteristik  primer  yang  harus  diperhatikan  adalah  spesifisitas  primer  terhadap target. primer yang optimal adalah primer yang hanya akan mengamplifikasi target gen yang dituju (Bano et al., 2020). Primer- BLAST digunakan untuk menemukan region dari antar  sekuens  yang  memiliki  kemiripan  dengan  mengkalkulasikan  sekens  yang  cocok secara  statistic  (Bejerano,  Seldin,  Margalit,  &  Tishby,  2001).  Penelitian  ini  bertujuan melakukan  ulasan  sistematik  aplikasi tools  analyze  BLAST  NCBI berdasarkan  empat fungsi BLAST menurut  Ladunga  (2017)  pada  penelitian Salmonella di  produk  pangan dan  menyusun  parameter  penting  pada  aplikasi  4  fungsi BLAST tersebut  (Bell,  Jarvis, Ottesen, McFarland, & Brown, 2016).

## Metode Penelitian
Analisis  dilakukan  melalui  tiga  tahapan  yaitu  (1)  penentuan  kriteria  artikel dengan  menggunakan  metode PICO  (problem/population,  intervention,  comparation, outcome) (2)  penyeleksian  artikel  dengan  menggunakan  metode  PRISMA,  (3) melakukan review aplikasi BLAST dan mengelompokkan berdasarkan tujuan penelitian atau  fungsi BLAST ,  serta  menentukan  parameter  penting  yang  menjadi  unsur  utama
dalam  aplikasi.  Pencarian  artikel  dilakukan  dengan  mesin  pencari PUBMED dan Google Scholar (Boratyn et al., 2013) .

## Penentuan kriteria artikel dengan menggunakan metode PICO
Pemilihan  artikel  mengikuti  kriteria  inklusi  dan  ekslusi  metode PICO (problem/population, intervention, comparation, outcome /hasil) (Pollock dan Berger et al . 2017) (Tabel 1).
Tabel 1. Inklusi dan ekslusi PICO Kriteria Inklusi Ekslusi Problem/population Jurnal  terakreditasi  yang berhubungan  dengan  topik penelitian  aplikasi BLAST NCBI pada penelitian Salmonella pada pangan Jurnal  tidak  berhubungan dengan  topik  penelitian aplikasi BLAST NCBI pada penelitian Salmonella pada pangan Intervention Termasuk yang menggunakan intervensi ataupun tidak Tidak ada ekslusi Comparation Termasuk yang menggunakan faktor pembanding ataupun tidak Tidak ada ekslusi Outcome Adanya data aplikasi BLAST NCBI berdasarkan 4 fungsi pada penelitian Salmonella pada bidang pangan Tidak adanya data aplikasi BLAST NCBI berdasarkan 4 fungsi pada penelitian Salmonella pada bidang pangan Tahun Terbit Jurnal  atau  artikel  yang terbit  10  tahun  terakhir (2012) Jurnal  atau  artikel  yang terbit  dibawah  10  tahun terakhir (2012) Bahasa Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia Selain  Bahasa  Inggris  dan Bahasa Indonesia

## Seleksi Artikel dengan Metode PRISMA
Seleksi  dilakukan  dengan  menggunakan  metode  PRISMA  ( Identification, Screening,  Eligibility (Bustin  &  Huggett,  2017) , Inclusion  and  Exclusion )  (Cha  et  al., 2020).  Artikel  diperoleh  dari  sumber  terakreditasi  (PUBMED  dan Google  Scholar ) dengan  kata  kunci  : ‘BLAST’ ,  ‘ Salmonella’ kemudian  disesuaikan  dengan  topik berdasarkan 4 fungsi BLAST menurut Ladunga (2017) dan pangan yang paling banyak ditemukan cemaran Salmonella menurut Gast dan Porter jr. (2020) (Chen, Zhong, Luo, Zhang, & Huang, 2019). Tahapan ini mengumpulkan 30 artikel yang memenuhi kriteria (Tabel 2)
Tabel 2. Seleksi Artikel Dengan Metode PRISMA PRISMA PUBMED SCHOLAR Total Pencarian artikel berdasarkan keyword “BLAST”, Salmonella pada 10 tahun terakhir 32 26200 26232 Seleksi berdasarkan topik penelitian 2 66 68 Seleksi berdasarkan judul, abstrak dan full paper 2 28 30 Total Inklusi 30 Total Ekslusi 26202

## Review artikel dan Penentuan Parameter penting
Ulasan artikel dilakukan dengan menganalisis kebutuhan data dengan melakukan ekstraksi informasi untuk dilakukan identifikasi dan melakukan evaluasi terhadap suatu permasalahan  (Cheng,  Eade,  &  Wiedmann,  2019)  yang  sesuai  dengan  pembahasan  4 fungsi BLAST berdasarkan  Ladunga  (2017)  dan  aplikasi BLAST pada  penelitian Salmonella pada produk pangan serta menyusun parameter penting dari fungsi tersebut (Choudhury et al., 2016).

## Hasil dan Pembahasan
Hasil  penelusuran  menggunakan  kata  kunci Salmonella dan BLAST, mesin pencarian  jurnal Google  Scholar dan PUBMED menemukan  sebanyak  masing-masing 26200 dan 32 artikel (Gambar 1)
Gambar 1. Penelusuran kata kunci Salmonella dan BLAST pada Google Scholar dan PUBMED
Hasil seleksi artikel secara bertahap Google Scholar dan PUBMED didapatkan 30 jurnal penelitian yang memanfaatkan fungsi BLAST (Tabel 2).
Tabel 2. Daftar Jurnal Sesuai Dengan Pemanfaatan BLAST Kata Kunci Literatur Jumlah Identifikasi, deteksi sekuens dengan menggunakan tool NCBI Mkangara 2020) (Bano et al, 2020) (Rosniawati et al. 2020) (Akinola et al. 2019) (Alarjani et al. 2021) (Can et al. 2014) (Teti et al. 2019) (Pal et al. 2017) 8
BLASTn (Samantha et al. 2013) Menemukan sekuens DNA/ RNA target dengan tool NCBI BLASTn
Elabed et al. 2016) (Su et al. 2018) (Hennebery et al. 2012) (Cha et al. (2020) (Li et al. 2013) ( Zhai et al.
2014) (Rehman et al. 2017) (Sallam et al. 2014) Uddin et al. (2021) (Sarjit et al. 2022) 10 Menyimpulkan fungsi exon dan domain architechture Arunima et al. (2021) 1 Merancang desain primer dengan Primer BLAST (Melati et al. 2022) (Achyar et al. 2020) (Zhai et al. 2018) (Sahu et al. 2019) (Muhsinin et al. 2018) (Gong et al. 2016) (Gao et al. 2017) ( Nurjanah et al. 2018) (Singh et al. 2014) (Choudury et al. 2016) (Tomar et al. 2014) 11 Total 30 Fungsi 1 BLAST : Mengidentifikasi Sekuens
Pencarian  sekuens  homolog  menjadi  langkah  informatif  pada  analisis identifikasi organism (Elabed, Merghni, Hamza, Bakhrouf, & Gaddour, 2016). BLAST melakukan pencarian sekuens homolog dengan cara menyaring data sesuai dengan filter yang  ditentukan  untuk  menemukan  kemiripan  sekuens  pada database (Forslund, Pekkari, & Sonnhammer, 2011) . Dalam identifikasi sekuens, pemilihan urutan sekuens target, pemilihan lokasi dan anotasi sekuens yang tepat akan memberikan prediksi yang lebih akurat untuk mengidentifikasi suatu sekuens organisme (Gao et al., 2018) Fungsi BLAST banyak diaplikasikan pada penelitian Salmonella yang berasosiasi dengan  kontaminasinya  pada  pangan  (Gast  &  Porter  Jr,  2020).  Penggunaan BLAST dalam  penelitian  pada  fungsi  1  ini  banyak  digunakan  untuk  melakukan  deteksi  dan identifikasi serovar Salmonella berdasarkan sekuens pada pangan. Analisis identifikasi bakteri  dapat  menggunakan  fitur BLASTn pada  program BLAST  NCBI (Gong  et  al., 2016) . BLASTn merupakan fitur pada BLAST yang dapat membandingkan suatu query sequence yang diinginkan dengan database sekuen nukleotida yang ada pada database NCBI  (Hennebry  et  al.,  2012).  Penelitian  yang  mengaplikasikan  fungsi  ini  antara  lain dilakukan  oleh  Mkangara et  al. (2020)  menggunakan BLASTn untuk  mengidentifikasi informasi  serovar  pada  isolat  ayam  kampung,  hasil BLAST menunjukkan  isolat merupakan Salmonella  enterica serovar  Typhimurium  strain  14028  dan Salmonella enterica subspecies  enterica  serovar  Typhimurium  strain  14028.  Bano et  al (Hung  & Weng,  2016) . (2020)  menggunakan BLAST untuk  mendeteksi  keberadaan  bakteri pathogen pada raw milk . Hasil BLAST menunjukkan adanya keberadaan S . aureus dan Salmonella sp. Rosniawati et al (Issenhuth-Jeanjean et al., 2014) . (2020) menggunakan BLAST dalam  penelitiannya  untuk  mendeteksi Salmonella pada  sampel  ayam  goreng. Hasil BLAST menunjukkan  bahwa  sampel  terdeteksi Salmonella Typhimurium  strain FORC_030,  S.  Bergen  strain  ST350,  S.  Enteritidis  strain  FORC_052,  S.  Enteritidis strain GD1011, S. Typhi strain 541, dan S (Kumar & Chordia, 2015). Typhi strain 3N4 dengan  tingkat percent  coverage sebesar  99%.  Alarjani et  al. (2021)  melaporkan berdasarkan  hasil BLAST terdeteksi  cemaran Salmonella  Enterica subs in  the  enterica ser Typhimurium dan Salmonella Spp (Ladunga, 2009) .
Samantha et  al. (2013)  melaporkan  hasil BLAST pada  keseluruhan  8  isolat Salmonella terdapat dua Salmonella yaitu 6 sampel Salmonella Enteritidis dan 2 sampel Salmonella Typhimurium pada backyard poultry . Akinola et al (Baoguang Li & Chen, 2013) . (2019) mengidentifikasi banyak serovar Salmonella pada isi perut ayam. Pal et al. (2017)  Hasil BLAST menunjukkan  sekuens  isolat  memiliki  kemiripan  yang  tinggi
dengan  serovar  poultry  lainnya  pada database yaitu Salmonella enterica  serovar Gallinarum  strain  9184  (accession  no.  CP019035.1)  dan Salmonella Enteritidis  strain OLF 00D 98987-1 (accession no. CP011942.1) (Ruichao Li et al., 2013)
Aplikasi  fungsi  1  pada  penelitian Salmonella memiliki  parameter  penting  yang mempengaruhi  hasil BLAST diantaranya  yaitu  menentukan  gen  target  berdasarkan dugaan  serovar  (Madden,  2013),  data query  sequence,  reference  sequence. Langkah awal yang dibutuhkan dalam menentukan gen target adalah memilih urutan basa spesifik yang banyak ditemukan pada spesies tersebut dan tidak ada pada bakteri lain. Gen 16S rRNA  merupakan  gen  target  yang  digunakan  dalam  identifikasi  mikroorganisme prokariot. Penentuan gen target dipilih wilayah urutan basa yang disebut hypervariable region yang  menjadi  ciri  khas  dari  bakteri  tersebut  (Mahram  &  Herbordt,  2010).  Gen target yang banyak digunakan pada penelitian deteksi dan identifikasi adalah gen invasif InvA (Melati, Nurjanah, & Rahayu, 2022) . Penggunaan gen ini sebagai target potensial adalah karena gen ini ditemukan spesifik pada strain Salmonella (Mkangara, Mbega, & Chacha,  2020).  Selain  menggunakan  gen invA Penggunaan  gen  target  lain  dilakukan Nurjanah et  al. (2018)  dengan  menggunakan gen STM dan  plasmid  virulen Prot6E spesifik  untuk Salmonella Typhimurium  dan Salmonella Enteritidis  dan  tidak mendeteksi serovar lain (Muhsinin, Sulastri, & Supriadi, 2019). Pemilihan region yang tepat  juga  merupakan  faktor  paling  penting  dalam  melakukan  konfirmasi  deteksi  dan identifikasi strain Salmonella dengan menggunakan BLAST . Region yang dipilih harus merupakan conserved sequence pada strain tersebut Hal ini menunjukkan bahwa faktor pemilihan region atau conserved sequence pada deteksi merupakan faktor yang penting. Buehler et al. (2018) (Nurjanah, Rahayu, & Mutaqin, 2018).
Parameter penting lainnya adalah data query sequence. Data ini didapatkan dari hasil analisis sekuensing, query sequence harus memiliki Panjang sequence yang tidak terlalu  sedikit, query  sequence juga  harus  mengandung  gen  target  spesifik  untuk identifikasi (Pal et al., 2017)
Sequence reference merupakan referensi sekuens yang ada pada database NCBI. Untuk  mendapatkan sequence  reference¸  query  sequence dianalisis  dengan BLAST. Pemilihan query  sequence dipilih  berdasarkan beberapa  parameter  yaitu percent coverage,  Percent  coverage didapatkan  dari  penghitungan  jumlah  basa  yang  identik dibagi dengan Panjang alignment, hasil persentasi semakin mendekati 100% maka akan semakin  akurat  juga  hasilnya  (Pearson,  2013).  Algoritma BLAST juga  akan  melihat expect value ( e-value ) sebagai pertimbangan analisisnya (Pollock & Berge, 2018). Fungsi 2 BLAST : Menemukan DNA Target Dengan Efisien
Berdasarkan  jurnal  yang  telah  di  review,  aplikasi  penggunaan BLAST pada Salmonella dengan memanfaatkan fungsi BLAST yaitu menemukan DNA target dengan efisien dapat diaplikasikan untuk berbagai macam tujuan, seperti untuk mengembangkan metode  deteksi Salmonella dengan  menggunakan  gen  target  spesifik  (Rehman,  Yin, Persaud-Lachhman,  &  Diarra,  2017),  untuk  menemukan  gen  yang  bertanggung  jawab (overexpression) pada Salmonella dengan  kondisi  lingkungan  tertentu  atau  terpapar faktor  stress  untuk  menemukan  gen  pada Salmonella yang  memiliki  karakteristik tertentu seperti ketahanan terhadap antimikroba atau antibiotic (Rinanda, 2011).
Elabed et  al. (2016)  melaporkan  hasil BLAST bahwa  gen  yang  bertanggung jawab  pada  kondisi  stress  kekurangan  makanan  dan  salinitas  tinggi  pada Salmonella Typhimurium  adalah  gen  sopA,  ssaD,  yhhK,  gmK,  cspC,  uspA,  ompR,  phoP,  stcC, fimA,  acrA,  andyehZ.  Hennebry et  al (Rosniawati,  Rahayu,  Kusumaningrum, Indrotristanto,  &  Nikastri,  2020) . 2012)  Hasil BLAST menunjukkan  bahwa  gen TLP
(Transthyretin-Like  Protein) merupakan  gen  yang  peran  dalam survival pada  kondisi urea tinggi pada Salmonella Typhimurium pada kondisi urea tinggi (pada fecal ayam). Zhai et al (Sahu et al., 2019) . (2014) juga melaporkan pada penelitiannya bahwa BLAST menemukan 16 gen target spesifik untuk deteksi Salmonella Paratyphi B. Pengerucutan gen target dapat dilakukan dengan metode lab (Sallam, Mohammed, Hassan, & Tamura, 2014).
Li et al. (2013) melaporkan bahwa hasil BLAST menunjukkan keberadaan 5 grup gen resisten, dfrA12–aadA2 dfrA1–aadA1, dfrA1, blaPSE dan dfrA1/aadA2 pada isolate Salmonella yang berasal dari babi (Samanta et al., 2014), bebek dan ayam di Sichuan, China. Su et al. (2018) melaporkan hasil BLAST menunjukkan keberadaan gen PMQR and  mcr-1  pada  isolat Salmonella yang  berasal  dari  babi  yang  terkena  diare.(Sarjit, Ravensdale,  Coorey,  Fegan,  &  Dykes,  2021) . (2019)  melaporkan  hasil BLAST menunjukkan keberadaan gen yang merespon pemberian kondisi stress heatshock fadA, rpoH, rpoE, rpoD, rpoS, fkpA, cpxP, ibpA htrA, htpG, cypD, gyrA, ompC, dnaJ, dnaK, yggX, grpE, rdgB, pspA, groEL dan gen yang merespon kondisi kekeringan yaitu gen rpoS,  otsB,  hilA,  dnaK,  grpE,  proV,  sseD,  sopD,  STM1494  pada Salmonella yang berasal dari daging merah (Selçuk, 2019).
Fungsi BLAST untuk menemukan DNA target yang memiliki karakteristik seperti resisten  antimikroba  atau  antibiotic  pada Salmonella dilakukan  oleh  Cha et  al. (2020) hasil BLAST menunjukkan  sekuens  nukleotida  dari  mcr-9 transconjugant TrECJ53- KUFSESAL043 yang diisolasi memiliki 100% kemiripan dengan data sekuens gen mcr- 9  pada database .(Sheridan  &  Venkataraghavan,  1992) . (2017)  melaporkan BLAST memberikan  konfirmasi  keberadaan  gen  baru  resisten  Fosfomycin  (fosA7)  pada Salmonella enterica serovar Heidelberg yang ada pada ayam broiler. Uddin et al. (2021) melaporkan BLAST menkonfirmasi keberadaan gen mcr-1 pada empat isolat Salmonella enterica  subsp.  enterica  serovar  Typhimurium  dalam  penelitian  deteksi  gen mcr-1 dan multidrug  antimicrobial  resistance. (Nicholas  A  Stover  &  Cavalcanti,  2014) . (2014) melaporkan BLAST mengidentifikasi keberadaan gen stn ( enterotoksin) penyebab diare pada 272 isolat Salmonella (Naomi A Stover & Cavalcanti, 2017) a.
Parameter penting yang perlu diperhatikan pada aplikasi fungsi 2 pada penelitian Salmonella pada pangan antara lain pengkondisian kultur ( treatment ) untuk gen target. Faktor  ini  akan  berperan  dalam  memunculkan  ekspresi  gen  atau  gen  yang  merespon kondisi tersebut. Toleransi bakteri terhadap faktor stress tergantung pada pengkondisian faktor lingkungan (Su et al., 2018), selanjutnya adalah Query Sequence . Sekuens yang diperoleh  dari  hasil  sekuensing  ini  merupakan  sekuens  untuk  melakukan  pencarian DNA target dengan cara dibandingkan dengan Sequence Reference. BLAST memberikan pilihan  banyak database dimana  yang  paling  banyak  digunakan  adalah database  nr (nukleotida  dan  protein redundant yang  tersimpan  di GenBank,  EMBL dan  DDBJ (Farida  &  Agustini,  2019) Pemilihan  hasil BLAST yang  menunjukkan  daftar possible gen dapat melihat pada skor maksimal semakin tinggi semakin baik yang dihitung dari akumulasi perhitungan e-value jika hasilnya semakin kecil semakin baik (Tomar, Jyoti, Mishra,  Shrivastava,  &  Kaushik,  2014).  Pada BLAST terdapat percent  coverage yaitu persentase  dari  panjang  urutan  sekuens  yang  masuk  ke alignment atau  persentase kecocokan  urutan  basa  subjek  semakin  tinggi  persentase  maka  hasilnya  akan  makin valid yaitu 99-100% . False positive dapat disebabkan oleh adanya beberapa kemiripan region  antara  gen  target  dan  gen  lain  pada BLAST selain  wilayah  dari  1000-1200  bp, sehingga  ukuran base  pair tersebut  merupakan  ukuran  yang  paling  optimal  untuk deteksi Salmonella (Uddin et al., 2021).
Fungsi  3:  Menyimpulkan  Fungsi  Gen  dan  Menduga Domain  Architecture Dari Struktur Proteinnya
Domain  Architechture memberikan  peran  penting  dalam  kompleksitas  protein fungsional. Domain  architechture merupakan  kombinasi  dari  sekuens  protein  yang memiliki fungsi yang setara (Wahyuni, Saraswati, & Dewi, 2020)a Aplikasi fungsi 3 ini dapat menggunakan BLASTp yaitu fitur yang menganalisis sekuens protein. Penggunaan BLASTp dalam  analisis domain  architechture dilakukan  (Ye  et  al.,  2012) mengungkapkan  bahwa  hasil BLAST menunjukkan  ortholog  pada Salmonella  enterica serovar Enteritidis strain P125109 (WT) (nomor aksesi CAR33115.1) dengan sequence reference urutan  protein  YdeI  dari Salmonella enterica  serovar  Typhimurium  strain SL1344 (nomor aksesi HAD6491983.1) ortholog pada dengan kesamaan urutan sebesar 100% (Yu et al., 2019).
Parameter penting yang perlu diperhatikan pada aplikasi fungsi 3 adalah sekuens protein,  sekuens  protein reference .  Pada  hasil BLASTp hasil BLAST antara  sekuens protein dibandingkan dengan sekuens protein reference terbaik adalah hasil protein yang memiliki  nilai e-value yang  rendah  dan percent  identity yang  tinggi  (Engki,  n.d.) pemilihan sequence  protein untuk  analisis domain  architechture harus  memiliki setidaknya satu domain signature . Domain signature merupakan domain yang menbawa fungsi biologis spesifik (Schneider et al., 2005). Sekuens domain signature merupakan pola  dari  asam  amino  dengan  panjang  residu  1050  dan  diasosiasikan  dengan  struktur fungsional protein (Zhai et al., 2014)
Fungsi 4: Merancang Primer BLAST juga  dapat  digunakan  untuk  merancang  primer.  Penggunaan BLAST NCBI (Primer BLAST )  sebagai  program  untuk  memfasilitasi  desain  primer  banyak digunakan  secara  luas  untuk  merancang  primer  untuk  metode  pendeteksian  mikroba, (Ladunga, 2017).
Berdasarkan  jurnal  yang  telah  di review ,  aplikasi  penggunaan BLAST pada Salmonella digunakan  untuk  merancang  primer  atau  untuk  menganalisis  spesifitas primer  secara in  silico untuk  deteksi Salmonella dengan  menggunakan  PCR,  untuk mendapatkan  hasil  yang  tepat  dibutuhkan  spesifitas  dan  sensitivitas  primer  pada mikroba. Sensitivas dan spesifitas yang baik akan ditentukan oleh berbagai faktor krusial seperti  suhu  annealing  (tm)  dan  G/C  content  yang  seimbang.  Primer  yang  baik  juga harus menghindari terjadinya self-complementary dan struktur hairpin dan primer yang baik tidak boleh ada primer dimer (Ye et al. 2012). Analisis primer secara in silico dilakukan untuk memberikan prediksi suatu hasil penelitian dengan menggunakan pendekatan bioinformatik, sehingga dapat memberikan efisiensi  pada  penelitian.  Prinsip  kerja  dari  desain  primer  pada  analisis in  silico yaitu menentukan  target  identifikasi  dengan  melakukan  pengumpulan  informasi  sebanyak- banyaknya  dari  data  sekuens  target.,  karena  memiliki  target  amfilifikasi  yang  jelas sangat penting untuk keberhasilan primer, ( database mining) . Pengumpulan informasi data  sekuens  mengasumsikan  kekerabatan  sekuens  dengan  nomenklaturnya  serta  perlu memastikan  tidak  pengujian  tidak  memperbanyak  pseudogen,  kemudian  tahapan selanjutnya  mendefinisikan  properti  pengujian  sebagai  integrasi  antara  anplikon  dan krakteristik primer (Bustin dan Huggit 2017).
Melati et al. (2022) merancang primer gen virulensi invA untuk identifikasi dan sekuensing Salmonella pada sampel karkas ayam dengan menggunakan Primer BLAST dengan sampel uji Salmonella Typhimurium (ATCC 14028) dan Salmonella spp. pada
karkas  ayam.  Sekuens  gen Salmonella invA diambil  dari  GenBank  ( Salmonella Typhimurium dengan nomor aksesi M90846.1) , lalu atur parameter, lalu pilih kemudian dilakukan klik ‘ get primer’ dan didapatkan hasil sebanyak 22 primer kemudian diseleksi lagi hingga didapatkan primer dengan urutan forward GCCGGTGAAATTATCGCCAC dan reverse CTCGTAATTCGCCGCCATTG  memiliki  panjang  amplikon  1486.  hasil pengujian spesifitas Primer BLAST dapat diketahui bahwa primer tersebut spesifik pada 110  jenis serovar  Salmonella tidak  dapat  mendeteksi  sekuen  bakteri  yang  memiliki kemiripan  sekuen  DNA  yang  tinggi  dengan invA pada Salmonella spp.  (  Klebsiella, Citrobacter sp., Serratia sp ., Hafnia sp. , E . coli).
Dalam  merancang  primer,  mengetahui  bahwa  primer  yang  kita  miliki  memiliki spesifitas  terhadap  mikrooragnisme  target  merupakan  suatu  hal  yang  diperlukan  agar mendapatkan  hasil  dan  mendapatkan  mikroba  target  dengan  tepat.  Peneliti  yang merancang desain dapat melakukan analisis untuk mengetahui spesifitas primer dengan cara in silico dan dengan analisis lab. Analisis spesifitas dengan primer, menggunakan alat  bionformatika,  salah  satunya  yang  paling  banyak  digunakan  adalah  dengan menggunakan BLAST. Muhsinin et  al. (2018)  menggunakan primer  BLAST untuk merancang  primer  pada  penelitiannya  untuk  mendeteksi  gen invA pada Salmonella dengan  metode  PCRm.  Tomar et  al. (2014)  Menggunakan Primer-BLAST untuk merancang  primer  dan  menganalisis  spesifitas  primer  untuk  digunakan  pada  deteksi Salmonellae dan E.  coli yang  berasal  dari  air  dengan  menggunakan  RT  PCR  dengan SYBR Green secara in silico hasil primer yang didapatkan adalah primer invA Forward GAGGGCCTGGACGATAACAG  dan reverse AGGACACGACTTCATCGGAA dengan Panjang amplicon 20 bp , tm sebesar 58,75-59,89 C dan GC% sebesar 60 dan 50 dengan  spesifitas  yang  baik  terhadap Salmonellae. Analisis in  silico spesifitas  primer dilakukan  oleh  Achyar et  al. (2020)  pada  penelitian  pengembangan  metode  deteksi bakteri pantogen pada sampel air minum isi ulang. Tahapan pengujian spesifitas primer secara in  silico dilakukan  untuk  melakukan  prediksi  keberhasilan  primer  dalam mendeteksi  bakteri  pathogen  pada  sampel  air  minum,  sehingga  dapat  memberikan efisiensi  penggunaan  bahan  dan  waktu  pada  penelitian.  Tahapan  pengujian  spesifitas primer  dengan  Primer- BLAST ,  menunjukkan  hasil  bahwa primer  pair dapat mengamflifikasi  gen  16s  RNA  dari E.  coli,  Salmonella dan Shigella dengan  ukuran produk 825 bp. (Gambar 2)
Gambar 2. Detailed primer reports (Achyar et al. 2020)
Analisis  spesifitas  dengan  tool NCBI BLAST dilakukan  dengan  cara memasukkan  sekuens  DNA  primer  yang  diperoleh  ke  dalam  tool  Primer- BLAST pada
kolom  ‘ use  my  own  forward/reverse  primer ’,  kemudian  melakukan  klik  ‘ Get  primer’ dan  diperoleh  hasil  pada  gambar  yang  menunjukkan  karakteristik  primer  dan  target product template yang dapat terdeteksi. Zhai et al. (2018) melakukan analisis spesifitas primer  pada  penelitian  pengembangan  metode  amplifikasi  real  time  sekuens  asam nukleat untuk deteksi secara cepat Salmonella spp. dari pangan. Peneliti menggunakan Primer- BLAST untuk melakukan analisis spesifitas primer dengan hasil primer spesifik pada strain target ( Salmonella ) tanpa ada bakteri non- Salmonella .
Sahu et  al. (2019)  melakukan  analisis  spesifitas  primer  dengan  tool BLAST dalam  penelitiannya  untuk  mendeteksi  secara  cepat  kontaminasi Salmonella pada makanan  laut  dengan  multiplex PCR .  Analisis NCBI - BLAST dari  urutan  nukleotida yang  diperoleh  dari  amplikon PCR set  primer  C  (Aksesi  GenBank  No.  AY593967.1) menunjukkan homologi 100% dengan semua serovar genus Salmonella dan 0% dengan semua strain non- Salmonella . Analisis in silico ini (data tidak diberikan) menyimpulkan bahwa  set  primer  C  yang  dirancang  dalam  penelitian  ini  dapat  mendeteksi  adanya anggota  genus Salmonella .  Gong et  al .  (2016) menggunakan  Primer BLAST untuk melakukan  analisis  spesifitas  primer  yang  akan  digunakan  untuk  mendeteksi  gen sefA pada Salmonella Enteritidis  dan Salmonella Gallinarum  pada  ayam  dengan menggunakan PCR. Singh et al. (2014) juga menggunakan primer BLAST untuk analisis spesifitas  primer  yang  dimiliki  pada  penelitian  pengembangan  metode  deteksi Salmonellae pada air dengan SYBR Green RT PCR. Gao et  al. (2017)  merancang  primer  dalam  penelitian  untuk  amplifikasi polimerase  rekombinase  dikombinasikan  dengan  aliran  lateral  dipstick  untuk  deteksi Salmonella dalam  kerang.  Penggunaan  Primer- BLAST ada  pada  tahapan  perancangan desain  primer  dan  probe  dengan  berdasarkan  target  gen invA .  Choudhury et  al. 2016) menggunakan Primer-BLAST untuk  melakukan  analisis  spesifitas  primer  hasil  analisis menunjukkan  bahwa  primer  memiliki  spefisitas  yang  baik  pada  berbagai  serovar Salmonella enterica dari  berbagai  sumber  mulai  dari  hewan  ternak,  burung  dan manusia.
Menurut  Nurjanah et  al. (2018)  yang  melakukan  analisis  spesifitas  dengan mengkombinasikan  tool  primer- BLAST ,  tool  MEGA software ,  dan  analisis menggunakan  RT- PCR serta  menggunakan  tiga  gen  target  yaitu InvA ,  STM,  dan Prot6E,  pasangan  primer  yang  baik  ditandai  dengan  nilai  Ct  yang  lebih  rendah  pada hasil RT- PCR , kemudian InvA menunjukkan sensitivitas tertinggi. Efisiensi PCR yang baik  diperoleh  dari  gen  STM  dan  Prot6E  yang  ditargetkan.  Sehingga  menunjukkan bahwa metode ini dapat diterapkan untuk mendeteksi Salmonella sp. Hasil dari analisis Primer BLAST dan  MEGA  menunjukkan  bahwa  semua  primer  memiliki  spesifisitas yang tinggi untuk target serovar.
Berdasarkan pembahasan diatas, merancang primer merupakan tahapan penting pada penelitian dengan menggunakan RT- PCR untuk berbagai tujuan seperti melakukan deteksi,  mengetahui  prevalensi  dan  lain  sebagainya,  tool  pada NCBI yang  digunakan dalam  merancang  primer  adalah  dengan  menggunakan  tool  Primer- BLAST dan menganalisa  spesifitas  primer  dengan  menggunakan  primer- BLAST dan BLAST n. Primer ideal dipilih dengan melihat pada 3 komponen utama seperti suhu melting , GC % content dan self  complimentary  sequences .  Gen  target  dapat  dipilih  dengan menggunakan conserved domain pada Salmonella seperti invA , STM, Prot6E, hilA yang dapat  diperoleh  melalui  pencarian  sekuens  di database  NCBI atau  berasal  dari  hasil sekuensing  sendiri.  Kemudian  dapat  dilakukan  perancangan  primer  dengan menggunakan tool NCBI Primer- BLAST .
Menurut Chen et al. (2018) False positive dapat terjadi karena adanya beberapa kemiripan region antara invA dan gen lain pada BLAST selain wilayah dari 1000-1200 bp,  sehingga  merupakan  ukuran  bp  optimal  untuk  deteksi  gen invA pada Salmonella . Primer  spesifik  berfungsi  sebagai  penanda  dan  pembatas  untuk  proses  amplifikasi sekuen  DNA  saat  proses PCR .  Keberhasilan  primer  pada  proses  amplifikasi  ditandai dengan ketepatan primer menempel pada DNA cetakan. Desain primer secara in silico merupakan  teknik  baru  untuk  menghasilkan  kandidat  primer  spesifik  dengan  alat komputasi. Hasil dari desain primer in silico dapat digunakan untuk mendeteksi sekuen DNA  dan  melihat  spesifisitas  amplifikasi  sekuen  DNA  target.  merancang  primer spesifik  secara in  silico adalah  untuk  melakukan  prediksi  pada  primer  untuk mengamplifikasi  DNA  target  sebelum  dilakukan  pengujian  secara  in  vitro  sehingga dapat melakukan penelitian dengan efisien (Wahyuni et al. 2020).
Parameter penting yang perlu diperhatikan dalam analisis fungsi 4 ini antara lain sekuens reference gen target, melting temperature, GC Content%, suhu annealing, dan panjang primer, kemudian untuk analisis spesifitas adalah sekuens primer forward dan primer  reverse.  Dalam  pemilihan  sekuens  reference  target  pemilihan  gen  target  sesuai dengan  gen  penyandi  yang  yang  ingin  dideteksi.  Sekuens  yang  didapat  dianalisis berdasarkan start kodon dan stop kodon pada sekuens gen yang dicari kemudian melting temperature  pemilihan  primer  yang  tepat  akan  membuat  primer forward dan reverse memisah dengan baik. Pemilihan primer ada baiknya dipilih primer yang memiliki suhu melting yang tidak terlalu jauh biasanya berkisar 55-65 C. kemudian GC Content sekitar 40-60%,  dan  self  complementary.  Semakin  kecil  makan  hasilnya  semakin  baik (Álvarez-Fernández 2013).
Pada  hasil  primer- BLAST akan  menampilkan  beberapa  kandidat  primer,  lalu untuk  pemilihan  primer  yang  paling  ideal  adalah  dengan  memperhatikan  suhu  Tm (Melting  temperature)  dari  primer  forward  dan  reverse.  Tm  harus  sama  atau  hanya memiliki sedikit perbedaan suhu (tidak lebih dari 1o celcius). Kemudian hal yang harus diperhatikan  adalah  komposisi  GC  %  content.  GC  %  content  yang  ideal  adalah  harus pada  kisaran  40-60%,  lalu  melihat  pada  Self  complimentary  dari  primer,  makin  kecil angka  self  complimentary  lebih  baik  karena  semakin  kecil  kemungkinan  primer membentuk hairpin ataupun primer dimer dan pilih dengan amplicon terpanjang (Hung dan Weng 2016).

## Tabel 3. Parameter penting dari aplikasi 4 fungsi BLAST
Fungsi Menu BLAST Parameter penting Persyaratan yang baik dari parameter Fungsi 1 BLASTn 1. Gen target berdasarkan dugaan serovar -Memiliki  spesifitas  yang  baik/  tidak  dapat mendeteksi bakteri  non  Salmonella dan  Gen target  yang  dipilih  adalah  daerah  yang  menjadi ciri  spesifik  dari  dugaan  serovar  atau (Hypervariable region) 2. Data q uery sequence Sekuens  memiliki  kemurnian  yang  baik  dan tidak  ada  kontaminasi  protein,  mengandung wilayah/  urutan  basa  gen  target  spesifik,=  dan memiliki panjang sekuens yang sesuai 3. Reference sequence Sekuens  memiliki  skor percent  identity yang tinggi  (99-100%),  memiliki  skor  e-value  yang rendah Fungsi 2 BLASTn 1.  Pengkondisian Pemberian perlakuan lingkungan atau treatment
kultur ( treatment) pada  isolate  untuk  mendapatkan  ekspresi  dari gen target 2.  Gen target Merupakan  gen  yang  menjadi  ciri  spesifik/unik dari serovar tersebut 3.  Data query sequence Sekuens  memiliki  kemurnian  yang  baik  dan tidak  ada  kontaminasi  protein,  mengandung wilayah/  urutan  basa  gen  target  spesifik, panjang sekuens cukup 4. Reference sequence Sekuens  memiliki  skor percent  identity yang tinggi  (99-100%)  dan  memiliki  skor  e-value yang rendah Fungsi 3 BLASTp 1. Query Sequence Sekuens  memiliki  kemurnian  yang  baik  atau tidak  ada  kontaminasi,  memiliki  minimal  1 domain signature 2.Sekuens protein reference Sekuens  memiliki  skor percent  identity yang tinggi  (99-100%),  sekuens  memiliki  skor  e- value yang rendah Fungsi 4 Primer- BLAST 1. Reference gen target Sekuens merupakan gen spesifik/ unik yang ada pada bakteri target deteksi 2. Sequence Primer Sekuens  memiliki melting  temperature yang sama atau tidak jauh berbeda (tidak lebih dari 1 o C),  memiliki  GC content  % antara  40-60%, memiliki skor e-value rendah ( self complementary ) Dan karakteristiknya (panjang primer, tm, GC content%, dan suhu annealing
(minim  terjadi  struktur hairpin dan primer dimer), Memiliki amplicon terpanjang dan suhu annealing yang  berdasarkan perhitungan  (tm o - 5 o )

## Kesimpulan
Jumlah artikel yang masuk dalam kriteria diperoleh sebanyak 30 artikel. Fungsi BLAST diaplikasikan pada 4 fungsi yaitu: (1) mengidentifikasi sekuens, (2) menemukan DNA  target  dengan  efisien,  (3)  menyimpulkan  fungsi  gen  dan  menduga domain architecture dari  struktur  proteinnya,  serta  (4)  merancang  primer. BLAST  NCBI yang digunakan  adalah BLAST n, BLAST p  serta  PRIMER BLAST .  Aplikasi  tersebut  dapat digunakan  dengan  memperhatikan  parameter  penting  pada  empat  fungsi  tersebut. Parameter  penting  tersebut  adalah  gen  target  berdasarkan  dugaan  serovar,  data query sequence,  reference  sequence (fungsi  1), pengkondisian  kultur  ( treatment ),  gen  target, data query sequence, reference sequence (fungsi 2), sekuens protein dan sekuens protein reference (fungsi  3),  reference  gen  target  serta  karakteristik  dari  sekuens  primer  yaitu panjang primer, melting temperature, GC Content%, suhu annealing (fungsi 4).

## BIBLIOGRAFI
Achyar, A., Atifah, Y., & Putri, D. H. (2021). In silico study of developing a method for detecting  pathogenic  bacteria  in  refillable  drinking  water  samples. Journal  of Physics: Conference Series , 1940 (1), 12061. IOP Publishing.
Akinola,  Stephen  Abiola,  Mwanza,  Mulunda,  &  Ateba,  Collins  Njie.  (2019). Occurrence,  genetic  diversities  and  antibiotic  resistance  profiles  of  Salmonella serovars isolated from chickens. Infection and Drug Resistance , 12 , 3327.
Alarjani,  Khaloud  M.,  Elkhadragy,  Manal  F.,  Al-Masoud,  Abdulrahman  H.,  &  Yehia, Hany M. (2021). Detection of Campylobacter jejuni and Salmonella typhimurium in chicken using PCR for virulence factor hipO and invA genes (Saudi Arabia).
Bioscience Reports , 41 (9).
Álvarez-Fernández,  Rubén.  (2013).  Explanatory  chapter:  PCR  primer  design.  In Methods in enzymology (Vol. 529, pp. 1–21). Elsevier.
Arunima,  Aryashree,  Swain,  Sunil  Kumar,  Patra,  Saumya  Darshana,  Das,  Susmita, Mohakud, Nirmal Kumar, Misra, Namrata, & Suar, Mrutyunjay. (2020). Role of OB-fold  protein  ydei  in  stress  response  and  virulence  of  salmonella  enterica serovar enteritidis. Journal of Bacteriology , 203 (1), e00237-20.
Bano,  Syeda  Asma,  Hayat,  Munazza,  Samreen,  Tayyaba,  Asif,  Mohammad,  Habiba, Ume, & Uzair, Bushra. (2020). Detection of pathogenic bacteria Staphylococcus aureus and Salmonella sp. from raw milk samples of different cities of Pakistan. Natural Science , 12 (05), 295.
Bejerano, Gill, Seldin, Yevgeny, Margalit, Hanah, & Tishby, Naftali. (2001). Extraction of  Protein  Domains  and  Signatures  through  Unsupervised  Statistical  Sequence Segmentation .
Bell,  Rebecca  L.,  Jarvis,  Karen  G.,  Ottesen,  Andrea  R.,  McFarland,  Melinda  A.,  & Brown,  Eric  W.  (2016).  Recent  and  emerging  innovations  in  Salmonella detection:  a  food  and  environmental  perspective. Microbial  Biotechnology , 9 (3),
279–292.
Boratyn, Grzegorz M., Camacho, Christiam, Cooper, Peter S., Coulouris, George, Fong, Amelia, Ma, Ning, Madden, Thomas L., Matten, Wayne T., McGinnis, Scott D., &  Merezhuk,  Yuri.  (2013).  BLAST:  a  more  efficient  report  with  usability improvements. Nucleic Acids Research , 41 (W1), W29–W33.
Bustin, Stephen, & Huggett, Jim. (2017). qPCR primer design revisited. Biomolecular Detection and Quantification , 14 , 19–28.
Cha, Min Hyeok, Woo, Gun Jo, Lee, Woojung, Kim, Seok Hwan, Woo, Jung Ha, Kim, Junyoung, Ryu, Jae Gee, Kwak, Hyo Sun, & Chi, Young Min. (2020). Emergence of transferable mcr-9 gene-carrying colistin-resistant Salmonella enterica Dessau
ST14  isolated  from  retail  chicken  meat  in  Korea. Foodborne  Pathogens  and Disease , 17 (11), 720–727.
Chen,  Zhi  guang,  Zhong,  Hai  xia,  Luo,  Huan,  Zhang,  Ren  yu,  &  Huang,  Jun  rong. (2019).  Recombinase  polymerase  amplification  combined  with  unmodified  gold nanoparticles for Salmonella detection in milk. Food Analytical Methods , 12 (1), 190–197.
Cheng,  Rachel  A.,  Eade,  Colleen  R.,  &  Wiedmann,  Martin.  (2019).  Embracing diversity:  differences  in  virulence  mechanisms,  disease  severity,  and  host adaptations contribute to the success of nontyphoidal Salmonella as a foodborne pathogen. Frontiers in Microbiology , 10 , 1368.
Choudhury, Mridusmita, Borah, Probodh, Sarma, Hridip Kumar, Barkalita, Luit Moni, Deka, Naba Kumar, Hussain, Isfaqul, & Hussain, Md Iftikar. (2016). Multiplex- PCR  assay  for  detection  of  some  major  virulence  genes  of  Salmonella  enterica serovars from diverse sources. Current Science , 1252–1258.
Elabed, Hamouda, Merghni, Abderrahmen, Hamza, Rim, Bakhrouf, Amina, & Gaddour, Kamel.  (2016).  Molecular  analysis  of  the  adaptive  response  in  Salmonella Typhimurium  after  starvation  in  salty  conditions. The  Journal  of  Infection  in Developing Countries , 10 (01), 74–81.
Engki, Zelpina. (n.d.). Similarity-Non-Thypoid Salmonella Causes Food-borne Diseases Causing: Prevention and Control .
Farida,  Muthia,  &  Agustini,  Dian.  (2019).  Sistem  Informasi  Data  Akademik  Sekolah Pada Mts. Al–Furqon Banjarmasin. Technologia: Jurnal Ilmiah , 10 (2), 64–67.
Forslund,  Kristoffer,  Pekkari,  Isabella,  &  Sonnhammer,  Erik  L.  L.  (2011).  Domain architecture conservation in orthologs. BMC Bioinformatics , 12 (1), 1–14.
Gao, Weifang, Huang, Hailong, Zhu, Peng, Yan, Xiaojun, Fan, Jianzhong, Jiang, Jinpo, & Xu, Jilin. (2018). Recombinase polymerase amplification combined with lateral flow dipstick for equipment-free detection of Salmonella in shellfish. Bioprocess and Biosystems Engineering , 41 (5), 603–611.
Gast,  Richard  K.,  &  Porter  Jr,  Robert  E.  (2020).  Salmonella  infections. Diseases  of Poultry , 717–753.
Gong,  Jiansen,  Zhuang,  Linlin,  Zhu,  Chunhong,  Shi,  Shourong,  Zhang,  Di,  Zhang, Linji,  Yu,  Yan,  Dou,  Xinhong,  Xu,  Bu,  &  Wang,  Chengming.  (2016).  Loop- mediated  isothermal  amplification  of  the  sefA  gene  for  rapid  detection  of Salmonella  Enteritidis  and  Salmonella  Gallinarum  in  chickens. Foodborne Pathogens and Disease , 13 (4), 177–181.
Hennebry, Sarah C., Sait, Leanne C., Mantena, Raju, Humphrey, Thomas J., Yang, Ji, Scott, Timothy, Kupz, Andreas, Richardson, Samantha J., & Strugnell, Richard A.
(2012).  Salmonella  typhimurium’s  transthyretin-like  protein  is  a  host-specific factor important in fecal survival in chickens. PLoS One , 7 (12), e46675.
Hung,  Jui  Hung,  &  Weng,  Zhiping.  (2016).  Designing  polymerase  chain  reaction primers  using  Primer3Plus. Cold  Spring  Harbor  Protocols , 2016 (9),  pdb- prot093096.
Issenhuth-Jeanjean,  Sylvie,  Roggentin,  Peter,  Mikoleit,  Matthew,  Guibourdenche, Martine, De Pinna, Elizabeth, Nair, Satheesh, Fields, Patricia I., & Weill, François Xavier.  (2014).  Supplement  2008–2010  (no.  48)  to  the  white–Kauffmann–Le minor scheme. Research in Microbiology , 165 (7), 526–530.
Kumar, Anil, & Chordia, Nikita. (2015). In silico PCR primer designing and validation.
In PCR primer design (pp. 143–151). Springer.
Ladunga,  Istvan.  (2009).  Finding  homologs  in  amino  acid  sequences  using  network BLAST searches. Current Protocols in Bioinformatics , 25 (1), 3–4.
Li,  Baoguang,  &  Chen,  Jin  Qiang.  (2013).  Development  of  a  sensitive  and  specific qPCR assay in conjunction with propidium monoazide for enhanced detection of live Salmonellaspp. in food. BMC Microbiology , 13 (1), 1–13.
Li,  Ruichao,  Lai,  Jing,  Wang,  Yang,  Liu,  Shuliang,  Li,  Yun,  Liu,  Kunyao,  Shen, Jianzhong,  &  Wu,  Congming.  (2013).  Prevalence  and  characterization  of Salmonella  species  isolated  from  pigs,  ducks  and  chickens  in  Sichuan  Province, China. International Journal of Food Microbiology , 163 (1), 14–18.
Madden, Thomas. (2013). The BLAST sequence analysis tool. In The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition . National Center for Biotechnology Information (US).
Mahram,  Atabak,  &  Herbordt,  Martin  C.  (2010).  Fast  and  accurate  NCBI  BLASTP: Acceleration  with  multiphase  FPGA-based  prefiltering. Proceedings  of  the  24th ACM International Conference on Supercomputing , 73–82.
Melati, R. P., Nurjanah, S., & Rahayu, W. P. (2022). Desain Primer Gen Virulensi invA untuk Identifikasi dan Sekuensing Salmonella pada Sampel Karkas Ayam. Jurnal Ilmu Produksi Dan Teknologi Hasil Peternakan , 10 (2), 91–97.
Mkangara,  Mwanaisha,  Mbega,  Ernest  R.,  &  Chacha,  Musa.  (2020).  Molecular identification  of  Salmonella  Typhimurium  from  village  chickens  based  on  invA and spvC genes. Veterinary World , 13 (4), 764.
Muhsinin, Soni, Sulastri, Maria Martina, & Supriadi, Dadih. (2019). Deteksi Cepat Gen InvA pada Salmonella spp. Dengan Metode PCR. Jurnal Sains Farmasi & Klinis ,
5 (3), 191–200.
Nurjanah,  Siti,  Rahayu,  Winiati  P.,  &  Mutaqin,  L.  S.  (2018).  Detection  method  for Salmonella typhimurium and Salmonella enteritidis using Real-Time Polymerase
Chain Reaction. Intl J Eng Technol , 7 , 302–306.
Pal,  Susmita,  Dey,  Samir,  Batabyal,  Kunal,  Banerjee,  Abhiroop,  Joardar,  Siddhartha Narayan,  Samanta,  Indranil,  &  Isore,  Devi  Prasad.  (2017).  Characterization  of Salmonella  Gallinarum  isolates  from  backyard  poultry  by  polymerase  chain reaction  detection  of  invasion  (invA)  and  Salmonella  plasmid  virulence  (spvC) genes. Veterinary World , 10 (7), 814.
Pearson,  William  R.  (2013).  An  introduction  to  sequence  similarity  (“homology”) searching. Current Protocols in Bioinformatics , 42 (1), 1–3.
Pollock, Alex, & Berge, Eivind. (2018). How to do a systematic review. International Journal of Stroke , 13 (2), 138–156.
Rehman,  Muhammad  A.,  Yin,  Xianhua,  Persaud-Lachhman,  Marissa  G.,  &  Diarra, Moussa  S.  (2017).  First  detection  of  a  fosfomycin  resistance  gene,  fosA7,  in Salmonella  enterica  serovar  Heidelberg  isolated  from  broiler  chickens. Antimicrobial Agents and Chemotherapy , 61 (8), e00410-17.
Rinanda, Tristia. (2011). Analisis sekuensing 16S rRNA di bidang mikrobiologi. Jurnal Kedokteran Syiah Kuala , 11 (3), 172–177.
Rosniawati,  Teti,  Rahayu,  Winiati  Pudji,  Kusumaningrum,  Harsi  Dewantari, Indrotristanto,  Nugroho,  &  Nikastri,  Eva.  (2020).  Prevalence  and  level  of Salmonella spp. Contamination on selected pathways of preparation and cooking of fried chicken at the household level. Food Science and Technology , 41 , 41–46.
Sahu,  Brundaban,  Singh,  Shiva  D.,  Behera,  Bijay  Kumar,  Panda,  Satyen  Kumar,  Das, Abhishek,  &  Parida,  Pranaya  Kumar.  (2019).  Rapid  detection  of  Salmonella contamination  in  seafoods  using  multiplex  PCR. Brazilian  Journal  of Microbiology , 50 (3), 807–816.
Sallam, Khalid Ibrahim, Mohammed, Mahmoud Ahmed, Hassan, Mohammed Ahmed,
&  Tamura,  Tomohiro.  (2014).  Prevalence,  molecular  identification  and antimicrobial  resistance  profile  of  Salmonella  serovars  isolated  from  retail  beef products in Mansoura, Egypt. Food Control , 38 , 209–214.
Samanta, I., Joardar, S. N., Das, P. K., Sar, T. K., Bandyopadhyay, S., Dutta, T. K., & Sarkar,  U.  (2014).  Prevalence  and  antibiotic  resistance  profiles  ofSalmonella serotypes isolated from backyard poultry flocks in West Bengal, India. Journal of Applied Poultry Research , 23 (3), 536–545.
Sarjit, Amreeta, Ravensdale, Joshua T., Coorey, Ranil, Fegan, Narelle, & Dykes, Gary A. (2021). Survival of Salmonella on red meat in response to dry heat. Journal of Food Protection , 84 (3), 372–380.
Schneider, Petra, Wolters, Liselotte, Schoone, Gerard, Schallig, Henk, Sillekens, Peter, Hermsen,  Rob,  &  Sauerwein,  Robert.  (2005).  Real-time  nucleic  acid  sequence-
based amplification is more convenient than real-time PCR for quantification of Plasmodium falciparum. Journal of Clinical Microbiology , 43 (1), 402–405.
Selçuk, Ayşe Adin. (2019). A guide for systematic reviews: PRISMA. Turkish Archives of Otorhinolaryngology , 57 (1), 57.
Sheridan,  Robert  P.,  &  Venkataraghavan,  R.  (1992).  A  systematic  search  for  protein signature  sequences. Proteins:  Structure,  Function,  and  Bioinformatics , 14 (1), 16–28.
Stover,  Naomi  A,  &  Cavalcanti,  Andre  R.  O.  (2017).  Using  NCBI  BLAST. Current Protocols Essential Laboratory Techniques , 14 (1), 11.
Stover, Nicholas A, & Cavalcanti, Andre R. O. (2014). Using NCBI BLAST. Current Protocols Essential Laboratory Techniques , 8 (1), 11.
Su, Jin Hui, Zhu, Yao Hong, Ren, Tian Yi, Guo, Liang, Yang, Gui Yan, Jiao, Lian Guo,
&  Wang,  Jiu  Feng.  (2018).  Distribution  and  antimicrobial  resistance  of Salmonella isolated from pigs with diarrhea in China. Microorganisms , 6 (4), 117.
Tomar, RAJESH SINGH, Jyoti, ANURAG, Mishra, RAGHVENDRA K., Shrivastava, VIKAS, & Kaushik, SHUCHI. (2014). In-silico designing of SYBR Green based Real-Time  PCR  array  for  the  quantification  of  Salmonellae  and  Enterotoxigenic Escherichia coli in water. Eur. Acad. Res , 1 , 5945–5958.
Uddin,  Md  Bashir,  Hossain,  S.  M.  Bayejed,  Hasan,  Mahmudul,  Alam,  Mohammad Nurul, Debnath, Mita, Begum, Ruhena, Roy, Sawrab, Harun-Al-Rashid, Ahmed, Chowdhury, Md Shahidur Rahman, & Rahman, Md Mahfujur. (2021). Multidrug antimicrobial  resistance  and  molecular  detection  of  MCR-1  gene  in  Salmonella species isolated from chicken. Animals , 11 (1), 206.
Wahyuni,  Febriana  Dwi,  Saraswati,  Henny,  &  Dewi,  Kartika  Sari.  (2020).  In-Silico Analysis for cryI gene amplification from Bacillus thuringiensis. BIOEDUKASI , 8–14.
Ye,  Jian,  Coulouris,  George,  Zaretskaya,  Irena,  Cutcutache,  Ioana,  Rozen,  Steve,  & Madden,  Thomas  L.  (2012).  Primer-BLAST:  a  tool  to  design  target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics , 13 (1), 1–11.
Yu,  Lijia,  Tanwar,  Deepak  Kumar,  Penha,  Emanuel  Diego  S.,  Wolf,  Yuri  I.,  Koonin, Eugene  V,  &  Basu,  Malay  Kumar.  (2019).  Grammar  of  protein  domain architectures. Proceedings  of  the  National  Academy  of  Sciences , 116 (9),  3636– 3645.
Zhai, Ligong, Yu, Qian, Bie, Xiaomei, Lu, Zhaoxin, Lv, Fengxia, Zhang, Chong, Kong, Xiaohan,  &  Zhao,  Haizhen.  (2014).  Development  of  a  PCR  test  system  for specific  detection  of  Salmonella  Paratyphi  B  in  foods. FEMS  Microbiology Letters , 355 (1), 83–89.

## Copyright holder:
Nama Author (Tahun Terbit)

## First publication right:
Syntax Literate: Jurnal Ilmiah Indonesia
This article is licensed under: