DETEKSI MOLEKULER PENYEBAB PENYAKIT KUNING ( Tomato chlorosis virus DAN Tomato infectious chlorosis virus ) PADA TANAMAN TOMAT
MOLECULAR DETECTION CAUSED YELLOWING DISEASE ( Tomato chlorosis virus AND Tomato infectious chlorosis virus ) ON TOMATOES
Resti Fajarfika 1) *, Sedyo Hartono 2) , Sri Sulandari 2) , & Susamto Somowiyarjo 2)
1) Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Garut Jln. Raya Samarang No. 52A, Garut, Jawa Barat 44151
2) Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada Jln. Flora 1, Bulaksumur, Sleman, Yogyakarta 55281
*Penulis untuk korespondensi. E-mail: fajarfikaresti@gmail.com

## ABSTRACT
This research was aimed to detect the ToCV and TICV caused yellowing disease on tomatoes by molecular detection. Leaf samples of symptomatic plants were taken from Ketep (Magelang), then the leaves were identified by reverse transcription-polymerase chain reactions (RT-PCR) using specific primer ToCV-CF/ToCV-CR (360 bp) and TICV- CF/TICV-CR (416 bp). The result of nucleotide sequence analysis, amino acid and PCR product phylogenetic sequences were verified as TICV, it showed that TICV from Magelang belongs to the same group with TICV from Japan, North America and Europe, France, Italy, and USA.
Keywords: molecular detection, ToCV, TICV

## INTISARI
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan ToCV dan TICV penyebab penyakit kuning pada tanaman tomat. Daun bergejala diambil dari Desa Ketep (Magelang), selanjutnya diuji dengan reverse transcription-polymerase chain reactions (RT-PCR) menggunakan primer spesifik ToCV-CF/ToCV-CR (360 bp) dan TICV-CF/TICV-CR (416 bp). Hasil analisis sekuen nukleotida, asam amino, dan filogenetik produk PCR teridentifikasi sebagai TICV yang menunjukkan bahwa TICV isolat Magelang berada dalam satu kelompok dengan isolat TICV asal Jepang, Amerika Utara dan Eropa, Perancis, Italia, dan USA.
Kata kunci: deteksi molekuler, ToCV, TICV
Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, Vol. 19, No. 2, 2015: 80–88

## PENGANTAR
Tomat ( Lycopersicon esculentum Mill.) merupakan komoditas unggulan hortikultura yang mempunyai nilai ekonomis penting di Indonesia (Anonim, 2013). Di dalam upaya peningkatan produksinya sering mengalami  kendala  yang  disebabkan  penyakit, salah satunya penyakit kuning yang disebabkan oleh Tomato infectious chlorosis virus (TICV; Duffus et al., 1996) dan Tomato chlorosis virus (ToCV; Wisler et al., 1998b)  anggota  dari  genus Crinivirus, famili Closteroviridae yang ditularkan kutu kebul(Wintermantel,
2004). ToCV telah menyebabkan epidemik di Eropa dan outbreak pada tanaman tomat di Provinsi Malaga dan Almeria, Spanyol bagian selatan dengan kejadian infeksi lebih dari 30% (Navas-Castillo et al., 2000). TICV telah menyebabkan kehilangan hasil mencapai 2 juta USD di Calfornia, Amerika Serikat (Wisler et al., 1997). Kedua  virus  ini  juga  telah  dilaporkan menyerang tanaman tomat di Yunani (Dovas et al., 2002) dan  Jepang  (Hirota et  al .,  2010),  ToCV dilaporkan di Portugal (Louro et al., 2000) dan Italia
(Accoto et al. , 2001). Di Indonesia, ToCV dan TICV termasuk virus baru dan sudah mulai menyebar luas di berbagai daerah penghasil tomat (Hartono & Wijonarko, 2007). Gejala ToCVdan TICVsulit dibedakanpada tanaman tomat dan gejalanya hampir sama dengan gejala kekurangan unsur hara, yaitu daun kuning di sekitar tulang daun, hitam nekrotik, menebal, dan daun bagian bawah keriting (Jacquemond et al. , 2009). Kehilangan hasil terutama karena berkurangnya daerah fotosintesis, meskipun  gejala  tidak  jelas  pada  buah,  namun, produksi buah berkurang dengan ukuran dan jumlah buah menurun (Wisler et al. , 1998a).
Keberadaan penyakit selalu berasosiasi dengan populasi tinggi dari serangga vektornya, TICV hanya ditularkan  oleh Trialeurodes  vaporarium secara semipersisten (Li et al. , 1998). ToCV tidak dapat ditularkan  secara  mekanik  (Dovas et  al., 2002), sehingga tergantung pada penyebaran whitefly dari tanaman ke tanaman (Wintermantel & Wisler, 2006). ToCV dapat ditularkan oleh dua genus yaitu Trialeurodes
( T.  vaporarium dan T.  abutilonea) dan Bemisia (Bemisia tabaci biotipe A dan B) (Costa & Brown, 1991). Penelitian ini bertujuan untuk deteksi keberadaan ToCV dan TICV, penyebab penyakit kuning pada tanaman tomat.

## BAHAN DAN METODE

## Survei dan Pengamatan Lapangan
Survei penyakit kuning dilakukan di desa Kopeng dan Ketep, Kabupaten Magelang, Jawa Tengah. Pengamatan lapangan dilakukan dengan cara mengambil dokumentasi variasi gejala visual di lokasi pertanaman tomat dan pengambilan sampel.
Deteksi Molekuler dengan Reverse Transcriptase- Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Tahapan RT-PCR yang dilakukan adalah isolasi RNA total, sintesis complementary -DNA (cDNA), PCR, dan visualisasi. Isolasi RNA total dilakukan dengan  mengekstrak  sampel  daun  menggunakan RNeasy Mini Kit (Qiagen) dengan mengikuti cara kerja protokol kit tersebut. RNA total yang telah diperoleh, selanjutnya ditranskripsi balik (RT-PCR) menggunakan kit Fermentas untuk mendapatkan cDNA. Hasil cDNA kemudian diamplifikasi menggunakan PCR kit (Promega) dengan primer spesifik (Tabel 1). Reaksi PCR terdiri atas 30 siklus dengan tahapan predenaturasi pada suhu 95°C selama dua menit, denaturasi pada suhu 95°C selama 30 detik, annealing pada suhu 52°C selama 30 detik, dan elongation pada suhu 72°C selama satu menit, serta time extention pada suhu 72°C selama lima menit.Hasil PCR kemudian divisualisasi pada agarose gel dan dielektroforesis di dalam buffer tris-boric acide-EDTA (TBE). Hasil elektroforesis kemudian dicat dengan pengecatan etidium bromide.

## Analisis Sekuen
Fragmen DNA hasil amplifikasi digunakan untuk sekuen DNA untuk mengetahui susunan DNA dari isolat yang ditemukan. Sekuensing DNA dilakukan First Base, Malaysia menggunakan pasangan primer TICV-CF dan TICV-CR (Tabel 1). Analisis homologi sekuen basa nukleotida dan asam amino gen CPd TICV menggunakan Blast (Basic Local Alignment
Search Tool) yang terdapat dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) (www.ncbi.nlmn. nih.gov). Sekuen nukleotida semua isolat terpilih dikoreksi dengan software Bioedit dan Genetyx V.5 sebelum dianalisis filogenetik. Pembentukan pohon filogenetik dengan software Clustal W dan program Mega V.6 berdasarkan pendekatan Neighbor Joining (NJ). Homologi sekuen nukleotida dan asam amino dianalisis melalui multiple sequence alignment dengan program Clustal W dari European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/). Persentase kesamaan basa nukleotida dan asam amino dianalisis melalui program BioEdit.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Survei dan Pengamatan Lapangan
Hasil survei dan pengamatan lapangan yang di- lakukan  di  desa  Kopeng  dan  Ketep,  Kabupaten Magelang, Jawa Tengah, ditemukan adanya gejala penyakit kuning. Tanaman tomat yang terinfeksi virus kuning memiliki  gejala  yang sangat  khas,  yaitu terjadi klorosis mulai dari daun bagian bawah dan berkembang ke bagian atas tanaman. Gejala awal yang muncul pada daun menunjukkan klorosis ringan antar tulang daun ( chlorosis interveinal ). Selanjutnya gejala berkembang pada luasan daun, daun tebal, dan daun menjadi kuning kecuali tulang daunnya tetap  hijau. Apabila  gejala  sudah  lanjut,  seluruh permukaan tanaman menjadi klorosis dan rapuh, terkadang daun menjadi nekrotik dan keungunan. Gejala ini mirip seperti yang dilaporkan pada tanaman tomat yang terinfeksi TICV dan ToCV yang keduanya ditularkan  oleh  kutu  kebul (Duffus et  al., 1996; Wisler et al., 1998b). Gejala penyakit kuning-ungu mirip dengan gejala yang  disebabkan  kekurangan  unsur  hara  namun dapat  dibedakan,  untuk  mengetahui  gejala  yang disebabkan  penyakit  biasanya  terdapat  spot-spot tidak merata di seluruh lahan dan penyakit menular (Hartono & Wijonarko, 2007).
Di  lapangan  juga  ditemukan  gejala  penyakit kuning yang beraneka ragam pada bentuk daun, perbedaan warna kuning dan ungu pada daun (Gambar 1), yaitu klorosis antar tulang daun, terdapat flek cokelat dan tepi daun melengkung ke atas; klorosis antar tulang
Tabel 1. Primer spesifik yang digunakan dalam PCR
Jenis primer Urutan basa Amplifikasi Referensi ToCV-CF 5’-GTGTCAGGCCATTGTAAACCAAG-3’ 360 bp Hirota et al., 2010 ToCV-CR 5’-CACAAAGCGTTTCTTTTCATAAGCAGG-3’ TICV-CF 5’-AATCGGTAGTGACACGAGTAGCATC-3’ 416 bp Hartono et al., 2003 TICV-CR 5’-CTTCAAACATCCTCCATCTGCC-3’
Fajarfika et al. : Deteksi Molekuler Penyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat
Gambar 2. Malformasi buah tomat: tomat sehat (A); malformasi pada buah tomat muda (B); malformasi pada buah tomat masak (C)
Gambar 1. Variasi gejala penyakit kuning: daun sehat (A); klorosis antar tulang daun, terdapat flek coklat dan tepi daun melengkung ke atas (B); klorosis antar tulang daun, daun keriting, tebal, dan nekrotik (C); klorosis antar tulang daun, warna kuning menyala dan tepi daun rata (D); klorosis antar tulang daun dengan warna kuning dan ungu pucat (E); klorosis ungu tua antar tulang daun (F)
A B C A B D C E F 82
daun, daun keriting, tebal, dan nekrotik; klorosis antar tulang daun, warna kuning menyala dan tepi daun rata; klorosis antar tulang daun dengan warna kuning dan ungu pucat; klorosis ungu tua antar tulang daun. Gejala daun keunguan tersebut diduga karena terjadinya peningkatan pigmen antosianin (Hartono & Wijonarko, 2007). Variasi gejala pada suatu tanaman dapat dipengaruhi oleh faktor tanaman seperti umur tanaman, kultivar, dan genotip tanaman serta faktor lingkungan seperti tingkat kesuburan tanaman,tanah, dan iklim di sekitar tanaman (Mathews, 1992), serta
dapat juga disebabkan oleh virus yang sama tetapi strain berbeda.
Di daerah pengamatan ditemukan buah menjadi malformasi, terdapat benjolan dan buah mengeras baik pada buah muda maupun sudah masak (Gambar 2), sehingga tidak laku dijual walaupun gejala tersebut mungkin terdapat bersama-sama dengan virus lain. Hasil ini mirip dengan yang dilaporkan Hartono dan Wijonarko  (2007)  bahwa  penyakit  kuning-ungu menyebabkan tanaman menjadi kerdil, buah kecil mengeras apabila serangan terjadi pada fase vegetatif.
Di lapangan, umumnya gejala Crinivirus muncul pada tanaman fase generatif walaupun secara alami dapat menginfeksi fase vegatatif. Hal ini diduga terkait dengan masa inkubasi TICV sekitar 2−4 minggu (Amir, 2009) dan ToCV mempunyai masa inkubasi antara 2−3 minggu, serta tergantung jumlah populasi kutu kebul (Wintermantel & Wisler, 2006). Munculnya gejala ini seiring dengan meningkatnya populasi kutu kebul. Amir (2009) melaporkan bahwa populasi tertinggi T. vaporarium teramati pada 6 MST (minggu setelah tanam) atau tanaman memasuki fase berbunga dan menurun seiring bertambahnya umur tanaman sekitar 12 MST.
Di Kopeng, pada tanaman tomat yang terinfeksi Crinivirus juga ditemukan gejala yang mirip dengan Begomovirus, yaitu daun menguning dan kecil-kecil, beberapa tanaman kerdil dan tepi daun melengkung ke atas ( cupping) . Tanaman tomat yang terinfeksi Crinivirus mudah dibedakan dengan Begomovirus. Gejala Crinivirus yaitu klorosis antar tulang daun dengan warna klorosis bervariasi, daun tetap tumbuh luas, gejala  mulai  dari  daun  bagian  bawah  dan berkembang ke daun bagian atas, sedangkan gejala Begomovirus  sangat  khas  yaitu  daun  berwarna kuning  cerah,  penebalan  tulang  daun,  tepi  daun menggulung ke atas dan daun muda yang tumbuh berikutnya kecil-kecil sehingga berdasarkan pengamatan gejala dapat digunakan untuk membantu diagnosis (Sulandari, 2004).
RT-PCR Deteksi RT-PCR menggunakan primer spesifik TICV (TICV-CF  dan  TICV-CR)  mampu  mengamplifikasi cDNA dari mRNA pada virus. Primer yang digunakan adalah bagian dari gen yang disebut divergen coat protein (CPd) atau coat protein minor (CPm) dari TICV.  Gen  CPd  merupakan  ciri  khas  dari  virus anggota Famili Closteroviridae yang tidak dimiliki
oleh virus kelompok lain (Martelli et al. , 2002). Produk RT-PCR dari satu koleksi sampel desa Ketep di Magelang  berhasil  terdeteksi  yang  ditunjukkan adanya pita DNA berukuran 416 bp (Gambar 3), sedangkan sampel daun sehat (kontrol negatif) tidak diperoleh pita DNA. Hal ini menunjukkan bahwa primer yang digunakan bersifat spesifik.
Produk DNA TICV dengan ukuran 416 bp selanjutnya disekuen dan dianalisis. Primer forward digunakan di dalam analisis sekuen DNA. Sekitar 410 basa nukleotida yang terbaca di dalam analisis sekuen DNA. Hasil analisis BLAST menunjukkan bahwa sekuen tersebut merupakan bagian dari sekuen TICV. Setelah sekuen nukleotida dikoreksi, dihasilkan 376 basa nukleotida dan 124 asam amino (Gambar 4 dan 5).
Hasil sekuen nukleotida selanjutnya dianalisis menggunakan  Program  BLAST  yang  terhubung dengan data base NCBI berdasarkan coat protein divergen (CPd). Hasil BLAST menunjukkan bahwa isolat Magelang cenderung menyerupai isolat Jepang (AB085603), Italia(EU881362), Perancis (DQ355217), Spanyol  (FJ542306),  USA  (FJ815441), Amerika Utara dan Eropa (NAE; FJ542305). Berdasarkan analisis BLAST sekuen terkoreksi dari TICV sesuai dengan  bagian  dari  sekuen Open  reading  frame (ORF) 7 pada sekuen utuh sejumlah isolat TICV. ORF 7 dari genom TICV mengkode gen CPd. Hal tersebut membuktikan bahwa sekuen DNA hasil PCR  merupakan  target  amplifikasi  dari  primer spesifik TICV.
Hasil  analisis  sekuen  menunjukkan  adanya sejumlah  basa  nukleotida  yang  berbeda  posisi tertentu pada sekuen TICV. Setelah hasil sekuen DNA TICV isolat Magelang dibandingkan dengan sekuen isolat asal luar negeri, terdapat tiga posisi yang  menunjukkan  perbedaan  basa  nukleotida. Perbedaan tersebut menunjukkan terjadinya subtitusi basa nukleotida pada isolat (Gambar 4).
Gambar 4. Homologi nukleotida dari CPd (ORF 7) pada isolat Magelang (TICV-Yogya) dengan beberapa isolat dari luar negeri, melalui analisis multiple sequence alignment dengan program Clustal W dari European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/); * = nukleotida identik pada semua isolat
Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia                                                                Vol. 19 No. 2 84
Fajarfika et al. : Deteksi Molekuler Penyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat
Jenis asam amino yang terbentuk ditentukan oleh variasi sekuen basa nukleotida. Berdasarkan sekuen asam amino yang terbentuk dari sekuen nukleotida pada setiap isolat terlihat bahwa tidak semua subtitusi basa nukleotida pada kodon tertentu menyebabkan perbedaan asam amino. Subtitusi basa nukleotida yang terjadi pada TICV isolat Magelang dan semua isolat luar negeri tidak membedakan asam amino yang terbentuk, yaitu kodon TAA dari isolat Magelang terdapat dan terletak pada urutan yang sama dengan kodon AAA dari semua isolat luar negeri membentuk asam amino yang sama yaitu I (Isoleusin). Namun demikian, adanya kesamaan subtitusi basa nukleotida pada kodon tertentu menyebabkan perbedaan asam amino antara isolat Magelang dan semua isolat luar negeri, seperti kodon yang sama yaitu AAA pada isolat Magelang dan semua isolat luar negeri membentuk asam amino yang berbeda yaitu I pada isolat Magelang dan asam amino lysin (K) pada semua isolat luar negeri (Gambar 4 dan 5).
Isolat Magelang memiliki satu asam amino (I) yang membedakan dengan isolat NAE dan Jepang (K) dan  dua  asam  amino  yang  membedakan  dengan isolat  Italia  dan  USA  (I→K  dan  A→D  yaitu alanin→asam aspartat), serta Perancis (I→K dan G→D yaitu glycsin→asam aspartat). Adanya sejumlah asam amino  yang  berbeda di  antara  isolat  TICV  akan menghasilkan ekspresi protein yang berbeda. Hal
tersebut mengindikasikan adanya interaksi spesifik antara  TICV  dengan  tanaman dan  TICV  dengan vektor baik dalam proses infeksi maupun penularan.
Hasil analisis homologi sekuen pada isolat Magelang dengan isolat negara lain yang dibandingkan terdapat beberapa distribusi perbedaan dalam susunan nukleotida (Gambar 4). Sekuen isolat Magelang dengan sekuen semua isolat negara lain menunjukkan homologi yang  tinggi  baik  berdasarkan  sekuen  nukleotida maupun asam aminonya (Tabel 2), sampel tanaman tomat sakit isolat Magelang menunjukkan satu nukleotida tergantikan (Homologi DNA 99,7%; Homologi asam amino  98,3%)  jika  dibandingkan  dengan  TICV isolat Jepang (Hartono et al. , 2002) dan isolat dari Amerika Utara dan Eropa (NAE; TICV SP5131; Orilio & Navas-Castillo, 2009) dan tidak ada perubahan pada  sekuen  asam  aminonya,  sedangkan  jika dibandingkan dengan TICV isolat Perancis (Dalmon et al., 2005), isolat Italia (Barone et al., 2009), dan isolat USA (Wintermantel et al., 2009) terdapat dua nukleotida  tergantikan  (Homologi  DNA  99,4%; Homologi asam amino 97,5%) yang menyebabkan perubahan satu sekuen asam aminonya. Analisis  homologi  sekuen  juga  dibandingkan antara isolat TICV Magelang dengan isolat Tomato chlorosis virus (ToCV) Beijing asal China, isolat Lettuce chlorosis virus (LCV) asal USA, dan Citrus tristeza virus (CTV) Qaha asal Mesir menunjukkan
nukleotida yang identik berturut-turut 42,2% (ToCV), 38,4% (LCV), dan 43,3% (CTV), persentase ini lebih rendah apabila dibandingkan dengan asam amino yang identik berturut-turut 18,5% (ToCV), 12,9% (LCV) dan 7,2% (CTV). Hasil ini menunjuk- kan bahwa virus penyebab penyakit kuning ungu pada  tanaman  tomat  asal  Magelang  merupakan spesies yang sama dengan isolat dari luar negeri yaitu Tomato infectious chlorosis virus (TICV) dan bukan ToCV karena sekuen asam aminonya hanya identik 42,2% saja. Menurut Martelli et al. (2000), apabila  persentase  kesamaan  asam  amino  antara virus satu dengan virus lain < 90% berarti virus tersebut dikelompokkan ke dalam anggota spesies yang berbeda. Sebelumnya hasil penelitian Hartono dan Wijonarko (2007) juga melaporkan bahwa TICV Indonesia termasuk anggota Crinivirus . Analisis pohon filogenetik dengan menggunakan pendekatan Neighbor Joining dari  variasi  basa nukleotida penyusun sekuen DNA dan asam amino lebih jelas memperlihatkan hubungan kekerabatan antara TICV isolat Magelang yang dibandingkan dengan virus anggota genus Crinivirus yang ada di database Gen Bank menujukkan bahwa TICV asal Magelang berada dalam satu cabang kelompok dengan TICV asal Jepang, Amerika utara dan Eropa, Perancis, Italia, dan USA (Gambar 6.A dan 6.B). Hal tersebut menunjukkan bahwa variasi basa nukleotida dari bagian tertentu pada sekuen parsial DNA TICV dan asam amino mempunyai tingkat kesamaan yang tinggi. Hasil analisis filogenetik tersebut juga memperlihat- kan  bahwa  TICV  isolat  Magelang  terpisah  dari
Ke ter an ga n: Is ol at Yo gy a = Iso lat M ag ela ng m er up ak an h as il an ali sis se ku en d ala m p en eli tia n in i; Da ta di d ala m ta nd a ku ru ng m er up ak an p er se nt as e ke sa m aa n as am a m in o;
Fr an ce (D Q3 55 21 7. 1) , I tal y (E U8 81 36 2. 1) , J ap an (A B0 85 60 3. 1) , N AE = N or th A m er ica a nd E ur op e (F J5 42 30 6. 1) , d an U SA (F J8 15 44 1. 1) ; T oC V iso lat B eij in g as al Ch in a ( KC 88 79 99 .1 ); LC V as al US A (N C_ 01 29 10 .1 ); CT V iso lat Q ah a a sa l E gy pt /M es ir (A Y3 40 97 4. 1)
Ta be l 2 . P er se nt as e k es am aa n ba sa n uk leo tid a d an as am am in o da ri se ba gi an g en C Pd p ad a T IC V iso lat M ag ela ng d en ga n vi ru s a ng go ta ge nu s C rin iv iru s d an
Cl os ter ov iru s d ar i l ua r n eg er i m en gg un ak an so ftw ar e Bi oE di t

## TI CV -Y og ya TI CV
-F ra nc e TI CV -It aly TI CV -Ja pa n TI CV -N AE TI CV -U SA To CV -C hi na LC V- US A CT V- Eg yp t

## TI CV -Y og ya *

## TI CV -F ra nc e
99 ,4 (9 7, 5) *
TI CV -It aly 99 ,4 (9 7, 5) 99 ,4 (9 8, 3) *
TI CV -Ja pa n 99 ,7 (9 8, 3) 99 ,7 (9 9, 1) 99 ,7 (9 9, 1)
*
TI CV -N AE 99 ,7 (9 8, 3) 99 ,7 (9 9, 1) 99 ,7 (9 9, 1) 10 0 (1 00 ) * TI CV -U SA 99 ,4 (9 7, 5) 99 ,4 (9 8, 3) 10 0 (1 00 ) 99 ,7 (9 9, 1) 99 ,7 (9 9, 1) * To CV -C hi na 42 ,2 (1 8, 5) 42 ,2 (1 8, 5) 42 (1 8, 5) 42 (1 8, 5) 42 (1 8, 5) 42 (1 8, 5) * LC V- US A 38 ,4 (1 2, 9) 38 ,9 (1 2, 2) 38 ,9 (1 2, 9) 38 ,6 (1 2, 9) 38 ,6 (1 2, 9) 38 ,9 (1 2, 9) 41 ,3 (1 7, 5) * CT V- Eg yp t 43 ,3 (7 ,2 ) 43 ,5 (7 ,2 ) 43 ,5 (7 ,2 ) 43 ,3 (7 ,2 ) 43 ,3 (7 ,2 ) 43 ,5 (7 ,2 ) 34 (3 ,3 ) 30 (7 ,6 ) *
Gambar 6. Pohon filogenetik yang menggambarkan hubungan kekerabatan antara TICV isolat Magelang dengan virus genus Crinivirus dan anggota Closteroviridae menggunakan program Mega 6: berdasarkan perbedaan sekuen nukleotida dari CPd (A); berdasarkan variasi asam amino dari CPd (B)
Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia                                                                Vol. 19 No. 2 86
kelompok genus Crinivirus lain tetapi masih dalam satu cabang dengan ToCV asal China dan LCV asal USA serta berbeda cabang dengan LCV asal Mesir (Gambar 6.A dan 6.B). LCV merupakan spesies dari genus Crinivirus dan CTV termasuk dalam genus Closterovirus , famili Closteroviridae , mendukung data bahwa TICV adalah anggota genus Crinivrus .

## KESIMPULAN
Berdasarkan sekuen nukleotida dan asam amino gen CPd, virus isolat Magelang yang menginfeksi tanaman tomat terdeteksi sebagai TICV yang termasuk genus Crinivirus , famili Closteroviridae.

## DAFTAR PUSTAKA
Accoto G.P., A.M. Vaira, M. Vecchiati, M.M. Finetti Sialer, D. Gallitelli, & M. Davino. 2001. First Report of Tomato chlorosis virus in Italy. Plant Disease 85:
1208.
Amir. 2009. Kajian Penularan dan Respon Ketahanan Berbagai Varietas Tomat terhadap Tomato infectious chlorosis virus . Tesis. Universitas Gadjah Mada,
Yogyakarta. 42 p.
Anonim. 2013. Volume Produksi, Impor, dan Ekspor Sayuran Segar Tahun 2011 . http://hortikultura.deptan. go.id, diakses 17/2/13.
Barone, M., M. Senatore, A. Zoina, & D. Alioto. 2009. Severe outbreak of Tomato infectious chlorosis virus (TICV) on Tomato Crops in Campania, Southern Italy. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ 215399586? report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=2&RD =R954RYXA01R, diakses 3/3/14.
Costa, H.S. & J.K. Brown. 1991. Variation in Biological Characteristics and Esterase Patterns among Populations of Bemisia  tabaci and  the  Association  of  One Population  with  Silverleaf  Symptom  Induction.
Entomologia Experimentalis et Applicata 61: 211−219. Dalmon, A., S. Bouyer, M. Cailly, M. Girard, H. Lecoq, C. Desbiez, & M. Jacquemond. 2005. First Report of Tomato chlorosis virus and Tomato infectious chlorosis virus in Tomato Crops in France. Plant Disease 89: 1243−1243.
Dovas,  C.I.,  N.I.  Katis,  &  A.V.  Avgelis.  2002. Multiplex detection of Criniviruses Associated with Epidemics of a Yellowing Disease of Tomato in Greece. Plant Disease, 86: 1345−1349.
Duffus, J.E., H.-Y Liu, & G.C. Wisler. 1996. Tomato infectious chlorosis virus - A new clostero-like Virus Transmitted by Trialeurodes vaporarium. European Journal of Plant Pathology 102: 219−226.
Hartono,  S.  &  A.  Wijonarko.  2007.  Karakterisasi Biologi Molekuler Tomato infectious chlorosis virus Penyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat di Indonesia. Agricultural Science 9: 139−146.
Hartono, S., T. Natsuaki, H. Sayama, H. Atarashi, & S. Okuda. 2003. Yellowing Disease of Tomatoes Caused by Tomato infectious chlorosis virus Newly Recognized  in  Japan. Journal  of  General  Plant Pathology 69: 61−64. Hirota, T., T. Natsuaki, T. Murai, H. Nishigawa, K. Niibori, K. Goto, S. Hartono, G. Suastika, & S. Okuda. 2010.  Yellowing  Disease  of  Tomato  Caused  by Tomato chlorosis virus Newly Recognized in Japan. Journal of General Plant Pathology 76:168 – 171. Jacquemond, M., A. Dalmont, F. Fabre, L. Guilbaud, & H. Lecoq. 2009. Comparative Whitefly Transmission of Tomato chlorosis virus and Tomato infectious chlorosis virus from Single or Mixed Infectious. J . Plant Pathology 58: 221−227.
Li, R. H., G. C. Wisler, H.-Y. Liu, & J. E. Duffus. 1998.  Comparison  of  Diagnostic Techniques  for Detecting Tomato infectious chlorosis virus . Plant Disease 82: 84–88.
Louro, D., G.P. Accotto, & A.M. Vaira. 2000. Occurrence and Diagnosis of Tomato chlorosis virus in Portugal. European Journal of Plant Pathology 106: 589–592.
Martelli, G. P., A.A. Agranovsky, M. Bar-Joseph, D. Boscia, T. Candresse, R.H.A. Coutts, V. V. Dolja, B.W.  Falk,  D.  Gonsalves,  W.  Jelkmann,  A.V. Karasev, A. Minafra, A.F. Murant, S. Namba, C.L. Niblett,  H.J.  Vetten,  &  N.  Yoshikawa.  2000. Closteroviridae , Seventh report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, p. 943−964. In M.H.V. Van Regenmortel, C.M. Fauquet, D.H.L. Bioshop, E.B. Cartens, M.K. Estes, S.M. Lemon, J. Maniloff, M.A. Mayo, D.J. McGeoch, C.R. Pringle, & R.B. Wickner (eds.), Virus Taxonomy , Academic Press, San Diego.
Mathews, R.E.F. 1992. Fundamental of Plant Virology . Academic Press Inc., San Diego. 403 p . Navas-Castillo  J.,  R.  Camero,  M.  Bueno,  &  E. Moriones.  2000.  Severe Yellowing  Outbreaks  in Tomato  in  Spain  Associated  with  Infections  of Tomato chlorosis virus. Plant Disease 84: 835–837. Orilio, A.F. & J. Navas-Castillo. 2009. The Complete Nucleotide Sequence of the RNA2 of the Crinivirus Tomato  infectious  chlorosis  virus :  Isolates  from North America and Europe are Essentially Identical. Archives of Virology 154: 683−687.
Sulandari, S. 2004. Karakterisasi Biologi, Serologi, dan  Analisis  Sidik  Jari  DNA  Virus  Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Cabai . Disertasi. Institut Pertanian Bogor, Bogor. 48 p.
Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia                                                                Vol. 19 No. 2 88
Wintermantel,  W.  M.  2004.  Emergence  of Greenhouse Whitefly ( Trialeurodes vaporariorum ) Transmitted Crinivirus es as Threats to Vegetable and  Fruit  Production  in  North America. APSnet feature. http://www.apsnet.org/online/feature/whitefly/, diakses 12/2/13.
Wintermantel, W.M. & G.C. Wisler. 2006. Vector Specificity, Host Range, and Genetic Diversity of Tomato chlorosis virus . Plant Disease 90: 814–819. Wintermantel, W. M.,  H. A. G. Laura, R. Sakhuja, Li, H-Y. Liu, & I. E. Tzanetakis. 2009. The Complete Nucleotide Sequence and Genome Organization of Tomato infectious chlorosis virus : A Distinct Crinivirus Most Closely Related to Lettuce infectious yellow virus . Archives of Virology 154: 1335−1341.
Wisler, G. C., J.E. Duffus, H.-Y. Liu, R. Li, & B.W. Falk. 1997. New Whitefly-transmitted Closterovirus Identified in Tomatoes. California Agriculture 51: 24−26.
Wisler, G. C., J.E. Duffus, H.-Y. Liu, & R.H. Li. 1998a. Ecology ang Epidemioloy of Whitefly-transmitted Closteroviruses . The American Phytopathological Society 82: 270−280.
Wisler, G.C., R.H. Li, H.-Y. Liu, D.S. Lowry, & J.E. Duffus. 1998b. Tomato cholorosis virus : A New Whitefly-transmitted,  Phloem-limited  Bipartite Closterovirus of Tomato. Phytopathology 88: 402−409.