Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11474209
HPLC/MS, ELISACyanobacterial bloom samples124–5729 µg/LHepG2 cells were used to analyze three crude algal blooms with MC-LR extracts for DNA damage using the comet assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HPLC/MS", ",", "ELISACyanobacterial", "bloom", "samples124–5729", "µg/LHepG2", "cells", "were", "used", "to", "analyze", "three", "crude", "algal", "blooms", "with", "MC-LR", "extracts", "for", "DNA", "damage", "using", "the", "comet", "assay", "." ] } ]
PMC11543853
Finally, membranes of some VLDL-containing endosomes were ruptured (Fig. 3e), and VLDL diffused into the cytoplasm (Fig. 3f).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "membranes", "of", "some", "VLDL-containing", "endosomes", "were", "ruptured", "(", "Fig.", "3e", ")", ",", "and", "VLDL", "diffused", "into", "the", "cytoplasm", "(", "Fig.", "3f", ")", "." ] } ]
PMC11706776
The whiskers indicate the fifth and the ninety-fifth percentiles.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "whiskers", "indicate", "the", "fifth", "and", "the", "ninety-fifth", "percentiles", "." ] } ]
PMC7840816
The cells were allowed to grow for 12 days until colonies formed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "allowed", "to", "grow", "for", "12", "days", "until", "colonies", "formed", "." ] } ]
PMC6461034
Vortex for 30–60 s at room temperature and at maximum speed until all tissue has been solubilized.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Vortex", "for", "30–60", "s", "at", "room", "temperature", "and", "at", "maximum", "speed", "until", "all", "tissue", "has", "been", "solubilized", "." ] } ]
PMC11055443
According to Fig. 8B, the apoptosis rate of Caco-2 increased from % 3.71 ± 1.33 to % 46.03 ± 1.17 (P <0.0001) in exposure to 2×10 CFU V. cholerae.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "Fig.", "8B", ",", "the", "apoptosis", "rate", "of", "Caco-2", "increased", "from", "%", "3.71", "±", "1.33", "to", "%", "46.03", "±", "1.17", "(", "P", "<", "0.0001", ")", "in", "exposure", "to", "2", "×", "10", "CFU", "V.", "cholerae", "." ] } ]
PMC5941560
While GATK is able to call homozygous deletions with high precision, it can only detect relatively small deletions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "GATK", "is", "able", "to", "call", "homozygous", "deletions", "with", "high", "precision", ",", "it", "can", "only", "detect", "relatively", "small", "deletions", "." ] } ]
PMC10213199
Top 20 pathways in KEGG enrichment by Q-Value.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Top", "20", "pathways", "in", "KEGG", "enrichment", "by", "Q-Value", "." ] } ]
PMC11411131
The PTC of TrxR1, which is not followed by EJCs, is hypothesized to produce a truncated form of GPx1 under MeHg exposure. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "PTC", "of", "TrxR1", ",", "which", "is", "not", "followed", "by", "EJCs", ",", "is", "hypothesized", "to", "produce", "a", "truncated", "form", "of", "GPx1", "under", "MeHg", "exposure", ".", "(" ] } ]
PMC11365983
The embryos carrying Foxc1 null mutation were generated by deletion of the entire Foxc1 open reading frame by crossing Foxc1 flox/flox mice to EIIa-cre mice as described previously.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "embryos", "carrying", "Foxc1", "null", "mutation", "were", "generated", "by", "deletion", "of", "the", "entire", "Foxc1", "open", "reading", "frame", "by", "crossing", "Foxc1", "flox/flox", "mice", "to", "EIIa-cre", "mice", "as", "described", "previously", "." ] } ]
PMC10823017
Vimentin is essential for enabling mesenchymal cells to adopt rear-to-front polarity, making it a hallmark of EMT.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Vimentin", "is", "essential", "for", "enabling", "mesenchymal", "cells", "to", "adopt", "rear-to-front", "polarity", ",", "making", "it", "a", "hallmark", "of", "EMT", "." ] } ]
PMC11588085
Then, we investigated whether a higher stemness composition associated with XIST KD led to a better survival rate in OVCAR3-KRAB cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", ",", "we", "investigated", "whether", "a", "higher", "stemness", "composition", "associated", "with", "XIST", "KD", "led", "to", "a", "better", "survival", "rate", "in", "OVCAR3-KRAB", "cells", "." ] } ]
PMC9786247
The findings obtained herein add important aspects to our understanding of the interactions of C. burnetii with bovine hosts, in that it is evident that beyond host of isolation and (MLVA) genotype, the type of the incremented host cell is another variable to be considered in assessing C. burnetii isolates as to their level of host adaptation and virulence.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "findings", "obtained", "herein", "add", "important", "aspects", "to", "our", "understanding", "of", "the", "interactions", "of", "C.", "burnetii", "with", "bovine", "hosts", ",", "in", "that", "it", "is", "evident", "that", "beyond", "host", "of", "isolation", "and", "(", "MLVA", ")", "genotype", ",", "the", "type", "of", "the", "incremented", "host", "cell", "is", "another", "variable", "to", "be", "considered", "in", "assessing", "C.", "burnetii", "isolates", "as", "to", "their", "level", "of", "host", "adaptation", "and", "virulence", "." ] } ]
PMC9429973
Of all patients who underwent bone marrow examinations with culture studies, only 3 patients had positive bone marrow cultures yielding in 2 patients a diagnosis of Mycobacterium avium and in one patient a microbiologically unclassifiable fungal infection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Of", "all", "patients", "who", "underwent", "bone", "marrow", "examinations", "with", "culture", "studies", ",", "only", "3", "patients", "had", "positive", "bone", "marrow", "cultures", "yielding", "in", "2", "patients", "a", "diagnosis", "of", "Mycobacterium", "avium", "and", "in", "one", "patient", "a", "microbiologically", "unclassifiable", "fungal", "infection", "." ] } ]
PMC5417661
The coverslips were rinsed in 10 mM 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid, pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.05% Tween-20 (MBST), and blocked for overnight in 20% boiled normal goat serum in MBST.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "coverslips", "were", "rinsed", "in", "10", "mM", "3-(N-morpholino)propanesulfonic", "acid", ",", "pH", "7.4", ",", "150", "mM", "NaCl", ",", "0.05", "%", "Tween-20", "(", "MBST", ")", ",", "and", "blocked", "for", "overnight", "in", "20", "%", "boiled", "normal", "goat", "serum", "in", "MBST", "." ] } ]
PMC11549062
HE and immunohistochemical staining for Caspase‐3, PDGFR‐β, PTP1B, and Rab5 in representative mouse carotid arteries from Wildtype +western diet, ApoE + western diet and ApoE + western diet +KY226. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HE", "and", "immunohistochemical", "staining", "for", "Caspase‐3", ",", "PDGFR‐β", ",", "PTP1B", ",", "and", "Rab5", "in", "representative", "mouse", "carotid", "arteries", "from", "Wildtype", "+", "western", "diet", ",", "ApoE", "+", "western", "diet", "and", "ApoE", "+", "western", "diet", "+", "KY226", ".", "(" ] } ]
PMC11471176
These molecular interactions also relate to carnosine's cardiometabolic effects.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "molecular", "interactions", "also", "relate", "to", "carnosine", "'s", "cardiometabolic", "effects", "." ] } ]
PMC9920575
The previous step was repeated 25 times until the solvent showed no color, and the extract was stored in an amber bottle, which was kept at room temperature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "previous", "step", "was", "repeated", "25", "times", "until", "the", "solvent", "showed", "no", "color", ",", "and", "the", "extract", "was", "stored", "in", "an", "amber", "bottle", ",", "which", "was", "kept", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC9429973
The incidence of ALL follows a bimodal distribution, with the first peak occurring in childhood and a second peak occurring around the age of 50.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "incidence", "of", "ALL", "follows", "a", "bimodal", "distribution", ",", "with", "the", "first", "peak", "occurring", "in", "childhood", "and", "a", "second", "peak", "occurring", "around", "the", "age", "of", "50", "." ] } ]
PMC11200978
Of these, approximately 10–15% are small-cell lung cancer (SCLC), while the remaining 85% are non-small-cell lung cancer (NSCLC) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Of", "these", ",", "approximately", "10–15", "%", "are", "small-cell", "lung", "cancer", "(", "SCLC", ")", ",", "while", "the", "remaining", "85", "%", "are", "non-small-cell", "lung", "cancer", "(", "NSCLC", ")", "." ] } ]
PMC10443665
CCRF-CEM/R cells were supplemented with MTX 0.6 μM in addition to mentioned media.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CCRF-CEM/R", "cells", "were", "supplemented", "with", "MTX", "0.6", "μM", "in", "addition", "to", "mentioned", "media", "." ] } ]
PMC11521786
Treatment with anti-HER3 serum resulted in more than an 85% reduction in cell viability in the DU145, PC9ER, and H1975 cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Treatment", "with", "anti-HER3", "serum", "resulted", "in", "more", "than", "an", "85", "%", "reduction", "in", "cell", "viability", "in", "the", "DU145", ",", "PC9ER", ",", "and", "H1975", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC11739504
The secondary antibodies used were as follows: goat anti-mouse IgG (1:2500 for WB) (ADI-SAB-100J; Enzo Life Sciences), goat anti-rabbit IgG (1:2500 for WB) (ADI-SAB-300J; Enzo Life Sciences), anti-biotin HRP-linked antibody (1:2500 for WB) (7075S; Cell Signaling Technologies), and Alexa Fluor 488 goat anti-mouse (1:1000 for ICC/IF) (#A11029; Invitrogen).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "secondary", "antibodies", "used", "were", "as", "follows", ":", "goat", "anti-mouse", "IgG", "(", "1:2500", "for", "WB", ")", "(", "ADI-SAB-100J", ";", "Enzo", "Life", "Sciences", ")", ",", "goat", "anti-rabbit", "IgG", "(", "1:2500", "for", "WB", ")", "(", "ADI-SAB-300J", ";", "Enzo", "Life", "Sciences", ")", ",", "anti-biotin", "HRP-linked", "antibody", "(", "1:2500", "for", "WB", ")", "(", "7075S", ";", "Cell", "Signaling", "Technologies", ")", ",", "and", "Alexa", "Fluor", "488", "goat", "anti-mouse", "(", "1:1000", "for", "ICC/IF", ")", "(", "#", "A11029", ";", "Invitrogen", ")", "." ] } ]
PMC10174970
For example, PAAD cell lines were highly correlated in Positive regulation of tyrosine phosphorylation of stat1 protein, Response to zinc ion, and Response to fluid shear stress, among others, with tumor tissue, and were poorly correlated in Cellular response to insulin stimulus, Positive regulation of gene expression, and Regulation of circadian rhythm et al. with tumor tissue, and varied greatly in Smad protein signal transduction, Negative regulation of erk1 and erk2 cascade, and Positive regulation of DNA replication and so on.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "PAAD", "cell", "lines", "were", "highly", "correlated", "in", "Positive", "regulation", "of", "tyrosine", "phosphorylation", "of", "stat1", "protein", ",", "Response", "to", "zinc", "ion", ",", "and", "Response", "to", "fluid", "shear", "stress", ",", "among", "others", ",", "with", "tumor", "tissue", ",", "and", "were", "poorly", "correlated", "in", "Cellular", "response", "to", "insulin", "stimulus", ",", "Positive", "regulation", "of", "gene", "expression", ",", "and", "Regulation", "of", "circadian", "rhythm", "et", "al.", "with", "tumor", "tissue", ",", "and", "varied", "greatly", "in", "Smad", "protein", "signal", "transduction", ",", "Negative", "regulation", "of", "erk1", "and", "erk2", "cascade", ",", "and", "Positive", "regulation", "of", "DNA", "replication", "and", "so", "on", "." ] } ]
PMC6742971
P-values ***<0.001; **<0.01; *<0.05. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P-values", "*", "*", "*", "<", "0.001", ";", "*", "*", "<", "0.01", ";", "*", "<", "0.05", ".", "(" ] } ]
PMC10957991
184A1 Mammary epithelial cells were treated with either ctrl siRNAs or TRPV4 targeting siRNAs, cultured on 0.2 kPa compliant matrices or on plastic.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "184A1", "Mammary", "epithelial", "cells", "were", "treated", "with", "either", "ctrl", "siRNAs", "or", "TRPV4", "targeting", "siRNAs", ",", "cultured", "on", "0.2", "kPa", "compliant", "matrices", "or", "on", "plastic", "." ] } ]
PMC7369657
Blood chemistry analysis and complete blood panel tests were within reference ranges for healthy mice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Blood", "chemistry", "analysis", "and", "complete", "blood", "panel", "tests", "were", "within", "reference", "ranges", "for", "healthy", "mice", "." ] } ]
PMC11721587
Using a double knockin NIH-3 T3 cell line (NIH3T3) with 3× HA inserted into the Ulk3 locus and 3× Flag inserted into the Gli2 locus generated by CRISPR-Cas9 gene editing (Fig. 6B), we found that Shh induced SUMO conjugation of endogenously expressed Ulk3-HA (Fig. 6C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "a", "double", "knockin", "NIH-3", "T3", "cell", "line", "(", "NIH3T3", ")", "with", "3", "×", "HA", "inserted", "into", "the", "Ulk3", "locus", "and", "3", "×", "Flag", "inserted", "into", "the", "Gli2", "locus", "generated", "by", "CRISPR-Cas9", "gene", "editing", "(", "Fig.", "6B", ")", ",", "we", "found", "that", "Shh", "induced", "SUMO", "conjugation", "of", "endogenously", "expressed", "Ulk3-HA", "(", "Fig.", "6C", ")", "." ] } ]
PMC11306019
The antagonistic effects of 1,3,6-triGG and the combination of GA and 2′,6′-diGG against BTZ. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "antagonistic", "effects", "of", "1,3,6-triGG", "and", "the", "combination", "of", "GA", "and", "2′,6′-diGG", "against", "BTZ", ".", "(" ] } ]
PMC10158546
For 12-well plates, 2 × 10 cells were seeded per well.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "12-well", "plates", ",", "2", "×", "10", "cells", "were", "seeded", "per", "well", "." ] } ]
PMC10938377
Thin Layer Chromatography was conducted on Merck TLC silica gel coated aluminium sheets 60 F254 and verified by UV lamb at 254 nm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thin", "Layer", "Chromatography", "was", "conducted", "on", "Merck", "TLC", "silica", "gel", "coated", "aluminium", "sheets", "60", "F254", "and", "verified", "by", "UV", "lamb", "at", "254", "nm", "." ] } ]
PMC6771295
In mesothelioma and lung cancer cells pemetrexed induces ROS generation and SIRT1 function thereby inducing apoptosis (28).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "mesothelioma", "and", "lung", "cancer", "cells", "pemetrexed", "induces", "ROS", "generation", "and", "SIRT1", "function", "thereby", "inducing", "apoptosis", "(", "28", ")", "." ] } ]
PMC11789597
CAV1 knockdown enhanced purified NK cell‐mediated MM cell killing in the absence and presence of daratumumab (Figure 3J–M).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CAV1", "knockdown", "enhanced", "purified", "NK", "cell‐mediated", "MM", "cell", "killing", "in", "the", "absence", "and", "presence", "of", "daratumumab", "(", "Figure", "3J", "–", "M", ")", "." ] } ]
PMC11535726
They are commonly found as saprophytes on decaying wood and have been reported as disease-causing pathogens in humans as well.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "They", "are", "commonly", "found", "as", "saprophytes", "on", "decaying", "wood", "and", "have", "been", "reported", "as", "disease-causing", "pathogens", "in", "humans", "as", "well", "." ] } ]
PMC11766309
In the LCML and LAML cell lines, YKT6 mRNA was detectable but the levels remained low.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "LCML", "and", "LAML", "cell", "lines", ",", "YKT6", "mRNA", "was", "detectable", "but", "the", "levels", "remained", "low", "." ] } ]
PMC11678130
The addition of QUE (10 µM) to 5-FU (5–50 µM) increased the cytotoxic potential.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "addition", "of", "QUE", "(", "10", "µM", ")", "to", "5-FU", "(", "5–50", "µM", ")", "increased", "the", "cytotoxic", "potential", "." ] } ]
PMC11541409
This reference is of outstanding importance because it reports that anlotinib is a promising drug for GIST patients after imatinib failure.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "reference", "is", "of", "outstanding", "importance", "because", "it", "reports", "that", "anlotinib", "is", "a", "promising", "drug", "for", "GIST", "patients", "after", "imatinib", "failure", "." ] } ]
PMC8984067
Test condition is as follows: 1 kW of the power of the laser, 0.2 nm of the emission slit, and 450–700 nm of the scanning range.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Test", "condition", "is", "as", "follows", ":", "1", "kW", "of", "the", "power", "of", "the", "laser", ",", "0.2", "nm", "of", "the", "emission", "slit", ",", "and", "450–700", "nm", "of", "the", "scanning", "range", "." ] } ]
PMC11300085
It has been reported that chemerin promotes growth and migration of HO8910 OC cells via PD-L1 upregulation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "has", "been", "reported", "that", "chemerin", "promotes", "growth", "and", "migration", "of", "HO8910", "OC", "cells", "via", "PD-L1", "upregulation", "." ] } ]
PMC11661040
The Western blot results demonstrated the successful establishment of stable CGREF1 knockdown in 143B and MG63 cell lines (Fig. 2A-C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "Western", "blot", "results", "demonstrated", "the", "successful", "establishment", "of", "stable", "CGREF1", "knockdown", "in", "143B", "and", "MG63", "cell", "lines", "(", "Fig.", "2A-C", ")", "." ] } ]
PMC11588085
XIST KD cells cultured in a hypoxia chamber resisted hypoxia-induced cell death and exhibited upregulation of the E-CSC marker ALDH1A3 compared to the same XIST KD cells in normoxia.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "XIST", "KD", "cells", "cultured", "in", "a", "hypoxia", "chamber", "resisted", "hypoxia-induced", "cell", "death", "and", "exhibited", "upregulation", "of", "the", "E-CSC", "marker", "ALDH1A3", "compared", "to", "the", "same", "XIST", "KD", "cells", "in", "normoxia", "." ] } ]
PMC10873328
The protein expression level of Homologous Recommendation DNA repair related markers in A2780/CDDP after TGFBI knockdown. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "protein", "expression", "level", "of", "Homologous", "Recommendation", "DNA", "repair", "related", "markers", "in", "A2780/CDDP", "after", "TGFBI", "knockdown", ".", "(" ] } ]
PMC11787651
Cells were centrifuged at 800g for 5 min, and the PBS was aspirated off.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "centrifuged", "at", "800", "g", "for", "5", "min", ",", "and", "the", "PBS", "was", "aspirated", "off", "." ] } ]
PMC8557138
In recent years, organoid models have been extensively explored to study various aspects of tumor biology including angiogenic signaling pathways, screening drugs, and construct biobanks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "recent", "years", ",", "organoid", "models", "have", "been", "extensively", "explored", "to", "study", "various", "aspects", "of", "tumor", "biology", "including", "angiogenic", "signaling", "pathways", ",", "screening", "drugs", ",", "and", "construct", "biobanks", "." ] } ]
PMC11543885
However, others are considered false positives.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "others", "are", "considered", "false", "positives", "." ] } ]
PMC9429973
M. Elbogdady, S. Shamaa, M. Nasr, E. Azmy, M. Elzaafarany, T. Abo Zeid, M. Taalab, N. Eissa, S. Saber, M. Denwar, H. Elkerdawy, Y. Essam, M. Atef, B. Atef, A. Mohsen, E. Jamal, M. Saafan, A. Aly, A. Talaat, A. Elazab, A. Elshamy, S. Dheim, Y. Hamouda, R. Ibrahim, M. Awad, D. Ashraf, N. Elbayomy, A. Mokhtar, A. Sasy, E. Ebrahim Hematology, Oncology center Mansoura university - Mansoura university - Egypt, Mansoura, Egypt Background: Hemophilias are the most frequent Inherited bleeding disorders.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M.", "Elbogdady", ",", "S.", "Shamaa", ",", "M.", "Nasr", ",", "E.", "Azmy", ",", "M.", "Elzaafarany", ",", "T.", "Abo", "Zeid", ",", "M.", "Taalab", ",", "N.", "Eissa", ",", "S.", "Saber", ",", "M.", "Denwar", ",", "H.", "Elkerdawy", ",", "Y.", "Essam", ",", "M.", "Atef", ",", "B.", "Atef", ",", "A.", "Mohsen", ",", "E.", "Jamal", ",", "M.", "Saafan", ",", "A.", "Aly", ",", "A.", "Talaat", ",", "A.", "Elazab", ",", "A.", "Elshamy", ",", "S.", "Dheim", ",", "Y.", "Hamouda", ",", "R.", "Ibrahim", ",", "M.", "Awad", ",", "D.", "Ashraf", ",", "N.", "Elbayomy", ",", "A.", "Mokhtar", ",", "A.", "Sasy", ",", "E.", "Ebrahim", "Hematology", ",", "Oncology", "center", "Mansoura", "university", "-", "Mansoura", "university", "-", "Egypt", ",", "Mansoura", ",", "Egypt", "Background", ":", "Hemophilias", "are", "the", "most", "frequent", "Inherited", "bleeding", "disorders", "." ] } ]
PMC9119314
The absorbance values for the resulting solutions were read at 540 nm on an Azure 96-well microplate reader (Azure Biosynstems Inc.), and the cell survival was calculated as the absorbance of treated cells divided by the control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "absorbance", "values", "for", "the", "resulting", "solutions", "were", "read", "at", "540", "nm", "on", "an", "Azure", "96-well", "microplate", "reader", "(", "Azure", "Biosynstems", "Inc.", ")", ",", "and", "the", "cell", "survival", "was", "calculated", "as", "the", "absorbance", "of", "treated", "cells", "divided", "by", "the", "control", "." ] } ]
PMC7917457
Recently, cancer immunotherapies, including antibodies targeting immune checkpoint molecules, such as PD-1, PD-L1 and CTLA-4, have emerged as an unprecedented breakthrough for the treatment of cancer that can induce long-term tumor regression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recently", ",", "cancer", "immunotherapies", ",", "including", "antibodies", "targeting", "immune", "checkpoint", "molecules", ",", "such", "as", "PD-1", ",", "PD-L1", "and", "CTLA-4", ",", "have", "emerged", "as", "an", "unprecedented", "breakthrough", "for", "the", "treatment", "of", "cancer", "that", "can", "induce", "long-term", "tumor", "regression", "." ] } ]
PMC11300639
j 786-O cells were infected with the indicated shRNAs for 72 h. Cells were harvested for immunoprecipitation and western blotting analysis.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "j", "786-O", "cells", "were", "infected", "with", "the", "indicated", "shRNAs", "for", "72", "h.", "Cells", "were", "harvested", "for", "immunoprecipitation", "and", "western", "blotting", "analysis", "." ] } ]
PMC10253553
There was no change in the percentage of live cells in response to rapamycin at all tested concentrations (Figure 5A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "was", "no", "change", "in", "the", "percentage", "of", "live", "cells", "in", "response", "to", "rapamycin", "at", "all", "tested", "concentrations", "(", "Figure", "5A", ")", "." ] } ]
PMC8662250
Given the abundancy of angiotensin converting enzyme 2 (ACE‐2) receptors density, beyond the lung, the intestine is considered as an alternative site of infection and replication for severe acute respiratory syndrome by coronavirus type 2 (SARS‐CoV‐2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Given", "the", "abundancy", "of", "angiotensin", "converting", "enzyme", "2", "(", "ACE‐2", ")", "receptors", "density", ",", "beyond", "the", "lung", ",", "the", "intestine", "is", "considered", "as", "an", "alternative", "site", "of", "infection", "and", "replication", "for", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "by", "coronavirus", "type", "2", "(", "SARS‐CoV‐2", ")", "." ] } ]
PMC11655498
In particular, ZEB1 directly binds to the Zp, and its overexpression reduces the activity of Zp, suggesting its role in suppressing EBV lytic replication (Feng et al., 2007; Yu et al., 2007).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "particular", ",", "ZEB1", "directly", "binds", "to", "the", "Zp", ",", "and", "its", "overexpression", "reduces", "the", "activity", "of", "Zp", ",", "suggesting", "its", "role", "in", "suppressing", "EBV", "lytic", "replication", "(", "Feng", "et", "al.", ",", "2007", ";", "Yu", "et", "al.", ",", "2007", ")", "." ] } ]
PMC9812014
It was found that Manzamine-A exhibited an effective inhibitory activity on the HSV-I replication process at a 1 μM concentration in rabbit corneal cells (SIRC).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "was", "found", "that", "Manzamine-A", "exhibited", "an", "effective", "inhibitory", "activity", "on", "the", "HSV-I", "replication", "process", "at", "a", "1", "μM", "concentration", "in", "rabbit", "corneal", "cells", "(", "SIRC", ")", "." ] } ]
PMC11653533
Md. Hemayet Hossain: Validation, Software, Investigation, Formal analysis, Data curation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Md.", "Hemayet", "Hossain", ":", "Validation", ",", "Software", ",", "Investigation", ",", "Formal", "analysis", ",", "Data", "curation", "." ] } ]
PMC9429973
CRS is manageable.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CRS", "is", "manageable", "." ] } ]
PMC11706491
p < 0.05; **: p < 0.01; ***: p < 0.001.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.05", ";", "*", "*", ":", "p", "<", "0.01", ";", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0.001", "." ] } ]
PMC5600151
Among their favorable characteristics are good biocompatibility, water solubility, biodegradability, and flexibility, similar to other dendrimers.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "their", "favorable", "characteristics", "are", "good", "biocompatibility", ",", "water", "solubility", ",", "biodegradability", ",", "and", "flexibility", ",", "similar", "to", "other", "dendrimers", "." ] } ]
PMC5035325
Color figure online) Co-expression of EGFR and NeuGcGM3 ganglioside in human primary tumors Staining intensity: 0, no staining; 1, weak; 2, moderate and 3, strong staining Positive cells: 0, no staining; 1, 6–25 %; 2, 26–50 % and 3, more than 50 % Images of the staining intensity of EGFR and NeuGcGM3 ganglioside in five different patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Color", "figure", "online", ")", "Co-expression", "of", "EGFR", "and", "NeuGcGM3", "ganglioside", "in", "human", "primary", "tumors", "Staining", "intensity", ":", "0", ",", "no", "staining", ";", "1", ",", "weak", ";", "2", ",", "moderate", "and", "3", ",", "strong", "staining", "Positive", "cells", ":", "0", ",", "no", "staining", ";", "1", ",", "6–25", "%", ";", "2", ",", "26–50", "%", "and", "3", ",", "more", "than", "50", "%", "Images", "of", "the", "staining", "intensity", "of", "EGFR", "and", "NeuGcGM3", "ganglioside", "in", "five", "different", "patients", "." ] } ]
PMC3765139
Bilateral injection of unsorted D10 cells is followed by bilateral tumor formation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bilateral", "injection", "of", "unsorted", "D10", "cells", "is", "followed", "by", "bilateral", "tumor", "formation", "." ] } ]
PMC9844987
The bottom left subpanels display box-and-whisker plots of the differences in TPM-normalized CAGE data between genotypes for each decomposed promoter.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "bottom", "left", "subpanels", "display", "box-and-whisker", "plots", "of", "the", "differences", "in", "TPM-normalized", "CAGE", "data", "between", "genotypes", "for", "each", "decomposed", "promoter", "." ] } ]
PMC6133382
Cells were cultured at 4 × 10 cells/mL in 100-mL total volume, under conditions described above, in a spinner flask for 5 days.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "cultured", "at", "4", "×", "10", "cells/mL", "in", "100-mL", "total", "volume", ",", "under", "conditions", "described", "above", ",", "in", "a", "spinner", "flask", "for", "5", "days", "." ] } ]
PMC11697065
Fig. 5Correlation of Clonal CHO Cell Line Gene Copy Number, mRNA Abundance, Total Protein Abundance and qP. A and B: Correlation of gene copy number and mRNA abundance for light chain (LC) (A) and heavy chain (HC) (B) for all clones.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "5Correlation", "of", "Clonal", "CHO", "Cell", "Line", "Gene", "Copy", "Number", ",", "mRNA", "Abundance", ",", "Total", "Protein", "Abundance", "and", "qP.", "A", "and", "B", ":", "Correlation", "of", "gene", "copy", "number", "and", "mRNA", "abundance", "for", "light", "chain", "(", "LC", ")", "(", "A", ")", "and", "heavy", "chain", "(", "HC", ")", "(", "B", ")", "for", "all", "clones", "." ] } ]
PMC9429973
Among them, 21 (67.7%) patients achieved treatment response in at least one eligible lineage with an objective response rate (ORR), 4 (12.9%) patients achieved a CR, 5 (16.1%) patients achieved bi-lineage responses (HI-PE R), 11 (24.3%) patients achieved platelet lineage responses (HI-P R), and 1 (3.2%) patient achieved erythroid lineage response (HI-E R).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "them", ",", "21", "(", "67.7", "%", ")", "patients", "achieved", "treatment", "response", "in", "at", "least", "one", "eligible", "lineage", "with", "an", "objective", "response", "rate", "(", "ORR", ")", ",", "4", "(", "12.9", "%", ")", "patients", "achieved", "a", "CR", ",", "5", "(", "16.1", "%", ")", "patients", "achieved", "bi-lineage", "responses", "(", "HI-PE", "R", ")", ",", "11", "(", "24.3", "%", ")", "patients", "achieved", "platelet", "lineage", "responses", "(", "HI-P", "R", ")", ",", "and", "1", "(", "3.2", "%", ")", "patient", "achieved", "erythroid", "lineage", "response", "(", "HI-E", "R", ")", "." ] } ]
PMC11536589
Scale bar: 100 μm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", ":", "100", "μm", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: The prognosis of EBV PTLD pts following HCT who fail rituximab ± CT remains very poor with an estimated median OS of less than 1 month, highlighting the significant unmet need in this population.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "The", "prognosis", "of", "EBV", "PTLD", "pts", "following", "HCT", "who", "fail", "rituximab", "±", "CT", "remains", "very", "poor", "with", "an", "estimated", "median", "OS", "of", "less", "than", "1", "month", ",", "highlighting", "the", "significant", "unmet", "need", "in", "this", "population", "." ] } ]
PMC10747139
The complexes showed higher cytotoxic activity against B16 cell lines than against HepG2 and A549 cell lines in comparison to cisplatin (IC50 = 20.5 ± 0.8 µM; 11.4 ± 0.8 µM; and 11.1 ± 0.7 µM, respectively, against cancerous cells).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "complexes", "showed", "higher", "cytotoxic", "activity", "against", "B16", "cell", "lines", "than", "against", "HepG2", "and", "A549", "cell", "lines", "in", "comparison", "to", "cisplatin", "(", "IC50", "=", "20.5", "±", "0.8", "µM", ";", "11.4", "±", "0.8", "µM", ";", "and", "11.1", "±", "0.7", "µM", ",", "respectively", ",", "against", "cancerous", "cells", ")", "." ] } ]
PMC10778532
The VHL-C162F mutation has no impact on morphology of cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "VHL-C162F", "mutation", "has", "no", "impact", "on", "morphology", "of", "cells", "." ] } ]
PMC7192625
For example, if the first set contains nodes (a, b, c) with feature values (1, 2, 3) and the second set contains nodes (d, f, g) with feature values (10, 11, 12), a possible randomization could associate nodes (a, b, c) with features (2, 3, 1) and nodes (d, e, f) with features (12, 11, 10); but the feature of a node from the first set can not be swapped with a feature from the second set.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "if", "the", "first", "set", "contains", "nodes", "(", "a", ",", "b", ",", "c", ")", "with", "feature", "values", "(", "1", ",", "2", ",", "3", ")", "and", "the", "second", "set", "contains", "nodes", "(", "d", ",", "f", ",", "g", ")", "with", "feature", "values", "(", "10", ",", "11", ",", "12", ")", ",", "a", "possible", "randomization", "could", "associate", "nodes", "(", "a", ",", "b", ",", "c", ")", "with", "features", "(", "2", ",", "3", ",", "1", ")", "and", "nodes", "(", "d", ",", "e", ",", "f", ")", "with", "features", "(", "12", ",", "11", ",", "10", ")", ";", "but", "the", "feature", "of", "a", "node", "from", "the", "first", "set", "can", "not", "be", "swapped", "with", "a", "feature", "from", "the", "second", "set", "." ] } ]
PMC5854676
Research results show that MgO-based contrast agents are ideal for use in MRI as a diagnostic and therapeutic material.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Research", "results", "show", "that", "MgO-based", "contrast", "agents", "are", "ideal", "for", "use", "in", "MRI", "as", "a", "diagnostic", "and", "therapeutic", "material", "." ] } ]
PMC8875242
The volumes used were 0.5 mL and 1.5 mL in compartments A and B, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "volumes", "used", "were", "0.5", "mL", "and", "1.5", "mL", "in", "compartments", "A", "and", "B", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11334037
RGM-1 normal human gastric mucosal cells, GIST882, and GIST-T1 cells were cultured in Iscove's modified Dulbecco's medium containing10% fetal bovine serum and 1% antibiotics, The culture temperature was 37 °C with 5% CO2.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RGM-1", "normal", "human", "gastric", "mucosal", "cells", ",", "GIST882", ",", "and", "GIST-T1", "cells", "were", "cultured", "in", "Iscove", "'s", "modified", "Dulbecco", "'s", "medium", "containing10", "%", "fetal", "bovine", "serum", "and", "1", "%", "antibiotics", ",", "The", "culture", "temperature", "was", "37", "°", "C", "with", "5", "%", "CO2", "." ] } ]
PMC11607638
The spatiotemporal expression profiles of SK and SKR genes were analyzed with qPCR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "spatiotemporal", "expression", "profiles", "of", "SK", "and", "SKR", "genes", "were", "analyzed", "with", "qPCR", "." ] } ]
PMC11765988
M2-like populations, on the other hand, can lead to hematological lymphoproliferation, such as lymphoma, MGUS, and macroglobulinemia .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M2-like", "populations", ",", "on", "the", "other", "hand", ",", "can", "lead", "to", "hematological", "lymphoproliferation", ",", "such", "as", "lymphoma", ",", "MGUS", ",", "and", "macroglobulinemia", "." ] } ]
PMC9429973
NGS was performed by hybridization capture technology (Nonacus®) using a custom panel which includes 43 genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NGS", "was", "performed", "by", "hybridization", "capture", "technology", "(", "Nonacus", "®", ")", "using", "a", "custom", "panel", "which", "includes", "43", "genes", "." ] } ]
PMC11045125
IL7 was purchased from PeproTech (#200–07), dissolved in 0.1% bovine serum albumin plus water, and used at 5 ng/mL of media.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IL7", "was", "purchased", "from", "PeproTech", "(", "#", "200–07", ")", ",", "dissolved", "in", "0.1", "%", "bovine", "serum", "albumin", "plus", "water", ",", "and", "used", "at", "5", "ng/mL", "of", "media", "." ] } ]
PMC10729469
Treatment with TCRAβ-Tregs in a relevant animal model enabled reductions in reactive microglia, amyloid load, and cognitive decline.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Treatment", "with", "TCRAβ-Tregs", "in", "a", "relevant", "animal", "model", "enabled", "reductions", "in", "reactive", "microglia", ",", "amyloid", "load", ",", "and", "cognitive", "decline", "." ] } ]
PMC11354225
Depending on the assay, FBS was used or not.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Depending", "on", "the", "assay", ",", "FBS", "was", "used", "or", "not", "." ] } ]
PMC9046263
The resultant arrays were preprocessed to generate Methylation Sets (MSs) by normalizing the data, performing outlier assessment, and probe filtering.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "resultant", "arrays", "were", "preprocessed", "to", "generate", "Methylation", "Sets", "(", "MSs", ")", "by", "normalizing", "the", "data", ",", "performing", "outlier", "assessment", ",", "and", "probe", "filtering", "." ] } ]
PMC4270159
β-tubulin [additional control].
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "β-tubulin", "[", "additional", "control", "]", "." ] } ]
PMC11588008
Umbilical cord MSCs can improve the level of OS in rat granulosa cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Umbilical", "cord", "MSCs", "can", "improve", "the", "level", "of", "OS", "in", "rat", "granulosa", "cells", "." ] } ]
PMC11773391
vMF alone could not decrease the MGMT protein in melanoma cells (Figure 3A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "vMF", "alone", "could", "not", "decrease", "the", "MGMT", "protein", "in", "melanoma", "cells", "(", "Figure", "3A", ")", "." ] } ]
PMC9910796
Interestingly, the absence of pEP84R did not apparently affect the assembly of the inner viral envelope and the outer capsid nor the acquisition of the outer envelope by budding at the PM (Fig 2J).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "the", "absence", "of", "pEP84R", "did", "not", "apparently", "affect", "the", "assembly", "of", "the", "inner", "viral", "envelope", "and", "the", "outer", "capsid", "nor", "the", "acquisition", "of", "the", "outer", "envelope", "by", "budding", "at", "the", "PM", "(", "Fig", "2J", ")", "." ] } ]
PMC11773391
The transcriptional activity of the MGMT promoter was observed by transfection of the luciferase reporter plasmid in A375 cells with different concentrations of TMZ.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "transcriptional", "activity", "of", "the", "MGMT", "promoter", "was", "observed", "by", "transfection", "of", "the", "luciferase", "reporter", "plasmid", "in", "A375", "cells", "with", "different", "concentrations", "of", "TMZ", "." ] } ]
PMC11718031
Standardized optimal media/feed combinations necessary for different cell lines are often lacking, necessitating individualized optimization for each cell line and mAb product.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Standardized", "optimal", "media/feed", "combinations", "necessary", "for", "different", "cell", "lines", "are", "often", "lacking", ",", "necessitating", "individualized", "optimization", "for", "each", "cell", "line", "and", "mAb", "product", "." ] } ]
PMC11064533
It is also important to note that ΔspnT maintained the best overall bacterial density in media with and without ampicillin, whereas Δffp provided the greatest relative protection from ampicillin (Fig. 5B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "also", "important", "to", "note", "that", "ΔspnT", "maintained", "the", "best", "overall", "bacterial", "density", "in", "media", "with", "and", "without", "ampicillin", ",", "whereas", "Δffp", "provided", "the", "greatest", "relative", "protection", "from", "ampicillin", "(", "Fig.", "5B", ")", "." ] } ]
PMC11753435
These findings corroborate the results obtained from flow cytometry and provide additional evidence of the efficacy of SS_PpC_4 in inducing targeted degradation of the fusion protein, showing that the algorithm is effective for previously intractable, disordered targets such as large fusion oncoproteins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "findings", "corroborate", "the", "results", "obtained", "from", "flow", "cytometry", "and", "provide", "additional", "evidence", "of", "the", "efficacy", "of", "SS_PpC_4", "in", "inducing", "targeted", "degradation", "of", "the", "fusion", "protein", ",", "showing", "that", "the", "algorithm", "is", "effective", "for", "previously", "intractable", ",", "disordered", "targets", "such", "as", "large", "fusion", "oncoproteins", "." ] } ]
PMC11286266
Despite the biochemical evidence for the role of COPII-coated vesicles and the oligomeric state of ATF6α in its activation, no cluster of genes involved in COPII vesicular transport or PDIs were found among the most enriched pathways.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "the", "biochemical", "evidence", "for", "the", "role", "of", "COPII-coated", "vesicles", "and", "the", "oligomeric", "state", "of", "ATF6α", "in", "its", "activation", ",", "no", "cluster", "of", "genes", "involved", "in", "COPII", "vesicular", "transport", "or", "PDIs", "were", "found", "among", "the", "most", "enriched", "pathways", "." ] } ]
PMC11286266
To enable CRISPR–Cas9-mediated homology-directed repair (HDR) that replaces the WT sequence with the mutants, we first created a non-functional ATF6α allele that could be subsequently restored to function by homologous recombination, offering WT or mutant repair templates (Figure 5A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "enable", "CRISPR", "–", "Cas9-mediated", "homology-directed", "repair", "(", "HDR", ")", "that", "replaces", "the", "WT", "sequence", "with", "the", "mutants", ",", "we", "first", "created", "a", "non-functional", "ATF6α", "allele", "that", "could", "be", "subsequently", "restored", "to", "function", "by", "homologous", "recombination", ",", "offering", "WT", "or", "mutant", "repair", "templates", "(", "Figure", "5A", ")", "." ] } ]
PMC11615101
Expression of PKM mRNA level in the siTaxilin treated group compared to NS and recombinant pure α-Taxilin group. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Expression", "of", "PKM", "mRNA", "level", "in", "the", "siTaxilin", "treated", "group", "compared", "to", "NS", "and", "recombinant", "pure", "α-Taxilin", "group", ".", "(" ] } ]
PMC11739484
No. G3582).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "No.", "G3582", ")", "." ] } ]
PMC5025404
Because the amplification unit consists a specific gene of interest, either co-linked to DHFR in the same expression vector or residing adjacently in the host chromosome, is co-amplified (Cacciatore et al. 2010).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Because", "the", "amplification", "unit", "consists", "a", "specific", "gene", "of", "interest", ",", "either", "co-linked", "to", "DHFR", "in", "the", "same", "expression", "vector", "or", "residing", "adjacently", "in", "the", "host", "chromosome", ",", "is", "co-amplified", "(", "Cacciatore", "et", "al.", "2010", ")", "." ] } ]
PMC11637820
The mean %sterilization area (n = 3) was around 60% in gram-positive and 39% with gram-negative bacteria, respectively (Fig. 3A and B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mean", "%", "sterilization", "area", "(", "n", "=", "3", ")", "was", "around", "60", "%", "in", "gram-positive", "and", "39", "%", "with", "gram-negative", "bacteria", ",", "respectively", "(", "Fig.", "3A", "and", "B", ")", "." ] } ]
PMC10988808
Our study reveals a novel role for CCDC25 in the pathogenesis and progression of clear cell renal cell carcinoma (ccRCC).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "study", "reveals", "a", "novel", "role", "for", "CCDC25", "in", "the", "pathogenesis", "and", "progression", "of", "clear", "cell", "renal", "cell", "carcinoma", "(", "ccRCC", ")", "." ] } ]
PMC10705095
After 72 h of treatment, a mixture of CyQUANT NF Cell proliferation dye reagent and deliverer (Invitrogen) was added to the wells, and the plates were incubated at 37 °C for 30 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "72", "h", "of", "treatment", ",", "a", "mixture", "of", "CyQUANT", "NF", "Cell", "proliferation", "dye", "reagent", "and", "deliverer", "(", "Invitrogen", ")", "was", "added", "to", "the", "wells", ",", "and", "the", "plates", "were", "incubated", "at", "37", "°", "C", "for", "30", "min", "." ] } ]
PMC11577421
The glycocalyx is a dense layer of glycoproteins and proteoglycans that coats the outer surface of cells, serving as a dynamic interface between the cell and its environment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "glycocalyx", "is", "a", "dense", "layer", "of", "glycoproteins", "and", "proteoglycans", "that", "coats", "the", "outer", "surface", "of", "cells", ",", "serving", "as", "a", "dynamic", "interface", "between", "the", "cell", "and", "its", "environment", "." ] } ]
PMC10798140
A quinoline moiety is present in numerous natural compounds and has a wide range of biological activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "quinoline", "moiety", "is", "present", "in", "numerous", "natural", "compounds", "and", "has", "a", "wide", "range", "of", "biological", "activity", "." ] } ]
PMC11155445
Various ligands, such as thiourea based moieties, which can form stable complexes with these ores are used to perform this task.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Various", "ligands", ",", "such", "as", "thiourea", "based", "moieties", ",", "which", "can", "form", "stable", "complexes", "with", "these", "ores", "are", "used", "to", "perform", "this", "task", "." ] } ]
PMC9429973
The cut-off scores for determining positivity for markers have been taken 5% for CCND1, 10% for NSD2 and c-MAF (by T. Murase et al., 2019).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cut-off", "scores", "for", "determining", "positivity", "for", "markers", "have", "been", "taken", "5", "%", "for", "CCND1", ",", "10", "%", "for", "NSD2", "and", "c-MAF", "(", "by", "T.", "Murase", "et", "al.", ",", "2019", ")", "." ] } ]
PMC11706776
D Western blots of SK1 and EWS::FLI1 in A-673, RD-ES and SK-ES-1 cell lines after 72 h of transient transfection with a pool of siRNA targeting EWS::FLI1 (siRNA EWS::FLI1) or a siRNA control (siRNA CT) (N = 2) (lower panels).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", "Western", "blots", "of", "SK1", "and", "EWS::FLI1", "in", "A-673", ",", "RD-ES", "and", "SK-ES-1", "cell", "lines", "after", "72", "h", "of", "transient", "transfection", "with", "a", "pool", "of", "siRNA", "targeting", "EWS::FLI1", "(", "siRNA", "EWS::FLI1", ")", "or", "a", "siRNA", "control", "(", "siRNA", "CT", ")", "(", "N", "=", "2", ")", "(", "lower", "panels", ")", "." ] } ]
PMC10578720
SIRT3 expression at the protein and mRNA levels in human THP-1 macrophages following exposure to HBV.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SIRT3", "expression", "at", "the", "protein", "and", "mRNA", "levels", "in", "human", "THP-1", "macrophages", "following", "exposure", "to", "HBV", "." ] } ]