Rečni putevi iskorišteni su uglavnom za transport, i njima se transportuje 25 % robe u Egiptu. Najveći promet je na Nilu. Dužina unutrašnjih rečnih tokova je 3.350 kilometara. Izuzetno važna saobraćajnica je Suecki kanal dug 161 kilometar, koji povezuje Sredozemno i Crveno more. Kroz njega mogu da plove brodovi do 150.000 BRT. Najveća pomorska luka je Aleksandrija, a nešto manje su Port Said i Suec.