Dr. Alkatiri sai Vise-Koordenadór Konsellu Presidensiál FRETILIN nian husi Agostu 1998 to'o Abril 2001. Nia mos membru Konsellu Nasionál Konsultativu (CNC) Timór Lorosa'e nian iha 2000. Iha Setembru 2001 foti Dr. Alkatiri hanesan Xefe Ministru ba Segundo Governu Tranzisaun no Ministru ba Dezenvolvimentu no Meiu Ambiente ba Repúblika Demokrátika Timór Lorosa'e nian. Nia prezidente ba Komisaun ba Dezenvolvimentu no hakerek Planu Dezenvolvimentu Nasionál.