1908년(융희 2년) 5월 대한실업장려회를 조직하고 그해 8월 조직을 개편하여, 친일 인사 이지용(李址鎔) 등을 참여시켜 대한실업협회(大韓實業協會)를 조직하고 부회장에 피선되었으며, 동아개진교육회에도 참여하였다. 1908년 8월 5일 중추원 찬의 홍승목, 친일파 지식인 이규항, 김광희 등과 더불어 제국실업회를 설립하였다. 제국실업회의 평양연설회에서 민원식은, 일본의 권업박람회 사건에 충격을 받고 '실업에 뜻을 두어' 교육·산업을 통한 실력양성을 생각하고, 회를 설립했다고 한다. 보부상들 중심으로 조직했던 산업 단체인 제국실업회가 결성되자 민원식은 부회장으로 사실상 회를 주도했다. 그러나 제국실업회는 일본의 국책 회사였던 동양척식주식회사에 접근을 시도하는 등의 친일적 노선을 취해, 회 내부에서 반발이 일어나서 합방 때까지 유명무실하게 되었다. 그밖에 그는 실업장려회의 창립에 참여했고, 친일 단체인 진보당을 조직하는데 참여하였다.