ଗୁରୁବାୟୁରର ମନ୍ଦିର ଜନବାଦ ଅନୁସାରେ ୫୦୦୦ ବର୍ଷ ପ୍ରାଚୀନ । ତେବେ ଏହାର କଉଣଶି ଏଇତିହାସିକ ତଥ୍ୟ ମିଳି ନାହି । କୁହାଯାଇଥାଏ ଯେ ଭଗବାନ ଶ୍ରୀକୃଷ୍ଣ ଦ୍ଵାରକା ନଗରୀ ଦ୍ବଂଶ ହେବାକୁ ଯାଉଥିବା ବେଳେ ଦୁଇଜଣ ସନ୍ଥଙ୍କୁ ମୂର୍ତିକୁ ସେଠାରୁ ନେଇ କେରଲରେ ସ୍ଥାପନ କରିବାକୁ କହିଥିଲେ ।ସେହି ଅନୁସାରେ ବାୟୁ ଦେବ ଓ ବୃହସ୍ପତି ନାମକ ୩ ଜଣ ସନ୍ଥ ଶ୍ରୀକୃଷ୍ଣଙ୍କ ମୂର୍ତି ସେଠାରୁ ଆଣି ଗୁରୁବାୟୁରଠାରେ ସ୍ଥାପନ କରିଥିଲେ । ୧୪ ଶ ଶତାବ୍ଦୀର ତାମିଲ ସାହିତ୍ଯରେ ଏହା କୁରୁବଯୁର ନାମରେ ଉଲ୍ଲେଖ ରହିଛି । ପ୍ରସିଦ୍ଧ ଇତିହସକାର କେ .ଵି . କ୍ରୀଷ୍ଣା ଆୟାରଙ୍କ ମତ ଅନୁସାରେ ଚନ୍ଦ୍ରଗୁପ୍ତ ମୌର୍ଯ୍ୟଙ୍କ ସମୟରେ ବ୍ରାହ୍ମଣ ମାନେ ଆସି କେରାଲାରେ ବସବାସ କରିବାକୁ ଲାଗିଥିଲେ ।.