মাদুরা প্রণালী হল দক্ষিণ-পূর্ব এশিয়ার একটি প্রণালী।এই প্রণালীটি ইন্দোনেশিয়ার জাভা দ্বীপ ও মাদুরা দ্বীপ-এর মাঝে অবস্থিত।এই প্রণালীটি দ্বীপ দুটিকে পৃথক করেছে। প্রণালীটি পূর্ব জাভা রাজ্যে অবস্থিত।. ওই প্রণালীর মাঝে অবস্থিত দ্বীপ গুলি হল- কাম্বিং , গিলিরাজা, গেনটেং, এবং কেটাপাং ।