Manninen palveli sisällissodan jälkeen Lapin I rajavartiopataljoonan ja Lapin ryhmän II pataljoonan 4. ja 9. komppanian päällikkönä. Hän hoiti myös satunnaisesti pataljoonan. komentajan tehtäviä. Armeijasta hän erosi 28. joulukuuta 1918 vain liittyäkseen Viron vapaussotaan lähteviin joukkoihin.