Etter mordet på Aleksander II i 1881 ble han utnevnt av hans sønn, tsar Aleksander III, til innenriksminister. Men ikke en gang den konservative Ignatiev var tilstrekkelig reformfiendtlig for den nye tsaren, og han ble avsatt i 1882, sannsynligvis fordi han hadde foreslått at en adelsforsamling burde sammenkalles.