Mae Craig y Benglog wedi'i ddynodi'n Safle o Ddiddordeb Gwyddonol Arbennig yng Nghymru (SoDdGA neu SSSI) ers 01 Ionawr 1959 fel ymgais gadwraethol i amddiffyn a gwarchod y safle. Mae ei arwynebedd yn 35.75 hectar. Cyfoeth Naturiol Cymru yw'r corff sy'n gyfrifol am y safle.