آل انڈیا نیشنل کانگریس کے ہمنوا علمائے دیوبند کی اکثریت نے کانگریسی مسلمانوں اور مسلم نیشنلسٹ پارٹی کی طرح قرار داد پاکستان کی حمایت نہیں کی۔ ان کا خیال تھا کہ تقسیم ہند سے ہندوستان کی فطرت وحدت ختم ہو جائے گی۔ وہ ہندوستان کے اس روایتی معاشرے جو انگریز کی آمد سے قبل موجود تھا کو بحال کرنے کے حق میں تھے ان کا موقف تھا کہ ہندوستان سے انگریز کے جانے کے بعد بھی ہندو اور مسلمان دونوں ایک ہی ملک میں موجود اور آباد رہ سکتے تھے۔ مولانا ابولکلام آزاد ، حسین احمد مدنی ، علامہ عنایت اللہ مشرقی، انکے علاوہ مدرسہ دیوبند سے فارغ التحصیل اور دیوبند کے دوسرے بڑے علما کی اکثریت نے قرارداد پاکستان کی مخالفت کی۔صرف اشرف علی تھانوی جو 1944ء میں وفات پا گئے اور شبیر احمد عثمانی جو 1945ء کے بعد مسلم لیگ میں آئے قابل ذکر شخصیات ہیں، جنہوں نے نظریہ پاکستان کی حمایت کی۔ شبیر احمد عثمانی کی تحریک پاکستان میں شمولیت پر ان کے خلاف محاذ بنایا گیا اور ان کو مدرسہ دیوبند سے نکال دیا گيا۔ ان پر طرح طرح کے الزامات لگائے۔