Aralo ir upių deltų ekosistemos yra beveik visiškai sunaikintos. Iki katastrofos čia gyveno 24–26 (dabar likusios vos 4) žuvų rūšys[reikalingas šaltinis] Senkant ežerui, didėjo vandens druskingumas, todėl išnyko ar baigia išnykti kuojos, karšiai, Aralo ūsoriai (Barbus brachycephalus), karpiai, sazanai ir kt. Apylinkėse veisėsi iki 173 rūšių paukščių bei dešimtys rūšių gyvūnų, iš kurių liko tik labiausiai prisitaikiusios prie dabartinių Aralo sąlygų.