Fyrst spratt upp ágreiningur um skilning á sakramentunum og þá einkum kvöldmáltíðarsakramentið. Lúther hélt því fram að Jesús Kristur væri líkamlega nálægur í brauði og víni en siðbættir mótmæla þessu. Jóhann Kalvin hélt því þannig fram að hinn upprisni Kristur (sjá Upprisa Krists, á ensku) gæti einungis verið staðsettur á einum stað í einu þar sem líkami hans er raunverulegur. Hann hélt því hins vegar fram að Kristur væri andlega til staðar í brauðinu. Ulrich Zwingli hélt aftur á móti að sakramentið (L. það sem gert er) sem einnig má kalla tilskipunina, væri einungis táknrænt og er það viðhorf algengast meðal fagnaðarerindismanna (lesa má nánar um útbreiðslu fagnaðarerindisins) í dag. Lútherskar kirkjur telja sakramentin vera tæki til að miðla náðinni en að mati Kalvíns eru þau einungis vitnisburður um trú. Kalvinistar telja náðina vera gjöf frá Guði, menn geta hvorki unnið til hennar með verkum né miðlað henni, sbr. Rómaverjabréfið VIII og IX kafla sem og Efasus bréfið II kafli 8-9 vers: Því að af náð eruð þér hólpnir orðnir fyrir trú. Þetta er ekki yður að þakka. Það er Guðs gjöf. Ekki byggt á verkum, enginn skal geta miklast af því. Þannig endurspeglast grundvallar trú kristindómsins í þessari kenningu. Hið sanna líf er gjöf Guðs, menn geta einungis orðið hólpnir fyrir trú en ekki af verkum og meira að segja trúin er ekki okkar verk heldur gjöf Guðs.