Područje je prvi put naseljeno 1790. godine, pod imenom Spout Springs. Veći dio današnjeg naselja bio je močvara, koja je vremenom isušena. Grad je dobio ime po plantaži prvog američkog predsjednika Georga Washingtona Mount Vernon u Mount Vernonu u Virginii. Kako je kroz grad prolazio Wilderness Road, put kojim su doseljenici iz Virginie putovali za Kentucky. 1792. godine, Mount Vernon je postao važno središte Okruga Rockcastle, koji je osnovan 1810. godine.