Lebih daripada 99% penduduk Jepun bertutur dalam bahasa Jepun sebagai bahasa ibunda. Bahasa Jepun ialah bahasa aglutinatif yang bercirikan kata hormat yang mencerminkan unsur hierarki sosial dalam masyarakat Jepun. Pemilihan kata kerja dan kosa kata mencerminkan taraf penutur dan pendengar. Menurut kamus bahasa Jepun iaitu Shinsen-kokugojiten, kosa kata daripada bahasa Cina berjumlah sekitar 49.1% daripada seluruh kosa kata Jepun, manakala kata-kata asli Jepun hanya 33.8% dan kata pinjaman bahasa lain pula sekitar 8.8%. Bahasa Jepun menggunakan tulisan kanji, hiragana, dan katakana. Jepun juga mempunyai sistem perumian mereka yang tersendiri yang diambil daripada tulisan Rumi yang dikenali sebagai Romaji. Nombor-nombor Arab turut digunakan. Bahasa Ryukyu yang juga tergolong dalam keluarga bahasa Japonik ditutur oleh penduduk Okinawa, tetapi tidak banyak diwarisi dalam kalangan muda-mudinya. Bahasa Ainu kian pupus dengan hanya beberapa orang penutur asli yang sudah lanjut usia di Hokkaido. Para pelajar sekolah kerajaan dan swasta di Jepun hanya diwajibkan mempelajari bahasa Jepun dan bahasa Inggeris.