Byen blei overmanna av romarane under Julius Cæsar, og keisar Augustus lét reisa ein koloni her i 167 f. Kr. Butrint blei ein romersk hamneby. Det bysantinske keisardømet tilførte byen rikdom og rundt ti tusen innbyggjarar, fram til tihundretalet, då middelhavsnormannarar og seinare angevinarar og veneziarar kjempa om makta i området. Han blei base for erobrarar i 1081, då normannarprinsen Bohemond bygde ein stor flåte for å ta Konstantinopel, og på 1600-talet, då Suleiman den store prøvde å ta Kérkyra.