Prvi gol u dresu reprezentacije postigao je na svom 44. nastupu, u pobjedi nad Meksikom (2–0) u prijateljskoj utakmici odigranoj 20. januara 1993. Na SP 1994. stigao je do finala, u kojem je reprezentacija Italije poražena od Brazila nakon izvođenja penala. Uvršten je u najbolji sastav svjetskog prvenstva, 32 godine nakon što je to uspjelo njegovom ocu na SP 1962. Nakon ovog prvenstva i povlačenja iz reprezentacije dotadašnjeg kapitena Baresija, Maldini je naslijedio kapitensku traku i u Milanu i u reprezentaciji.