ইউনুস ২০০৫ এবং ২০০৬ সালের সময়ে তার পরিবারের কয়েকটি মৃত্যুকে মোকাবেলা করতে হয়েছিল। ২০০৫ সালের প্রথম দিকে অস্ট্রেলিয়ার সফরে থেকে ফিরে আসার সময় তার পিতা মৃত্যুবরণ করেছিলেন। পরবর্তীতে পাকিস্তান দলের ইংল্যান্ডের সফর চলাকালীন সময়ে ৪১ বছর বয়সী ইউনুস বড় ভাই মোহাম্মদ শরীফ খান ইউক্রেনে একটি মর্মান্তিক গাড়ি দুর্ঘটনায় মারা যান। এছাড়াও তার আরও এক বড় ভাই ফরমান আলী খান মাত্র ৩৯ বছর বয়সে জার্মানিতে একটি গাড়ি দুর্ঘটনায় নিহত হন।