Во пролетта 1940 година, Михајлов се преселил во Будимпешта. Таму тој ја разгледал можноста со германски и со италијански претставници за формирање македонска држава, во времето кога Третиот рајх, како и фашистичка Италија, се занимавале со новата територијална поделба на југоисточна Европа. Влијанието на Михајлов врз преживеаните структури на ВМРО во Бугарија значително се намалило во април 1941 година – по повторната окупација на Вардарска Македонија од бугарските војски и воспоставувањето на бугарска администрација. Поголемиот дел од приврзаниците на Михајлов го одобруваат де факто присоединувањето и ги прифаќаат функциите во окупираната територија. Михајлов, кој непоколебливо ја следел целта - „Независна Македонија“, прифатил во мај 1941 година да се пресели во Загреб во германско-италијанската марионетска Независна Држава Хрватска. До 1944 година, Михајлов е најважниот надворешно-политички и воено-политички советник на хрватската управа на усташите, како и десна рака на Павелиќ.