سید محمد عزالدین حسینی الموسوی زنجانی در سال فروردین ماه ۱۲۹۹ هجری شمسی (رجب المرجب ۱۳۳۸ قمری) در شهر زنجان دیده به جهان گشود. نماز جمعه زنجان در سال‌های متمادی به وسیله اجداد او اقامه می‌شد. جد اعلای زنجانی، سید محمد مجتهد سردانی از مجتهدین بنام زنجان در عصر خود بود که در طرد و دفع بابیت از زنجان نقش بسیار مهمی داشت.عبدالله میرزا (پسر فتحعلی شاه و حاکم زنجان) که شیفته و مرید سید محمد مجتهد شده بود، مسجد سید زنجان را برای اقامه نماز جمعه و جماعت به امامت وی بنا کرد. پدر او میرزا محمود حسینی زنجانی از علمای برجسته ایران و نماینده زنجان در مجلس مؤسسان بود. مادر او، دختر شیخ‌الاسلام زنجان و میرزا ابوعبدالله زنجانی (نخستین عضو ایرانی فرهنگستان دمشق و مترجم «تاریخ‌القرآن») و حبیب‌الله مجد ضیایی (نماینده زنجان در مجلس شورای ملی) دائی‌های وی بودند. پسردائی‌های پدرش سید رضا زنجانی و سید ابوالفضل زنجانی نیز از روحانیون برجسته و اعضای عالی رتبه جبهه ملی ایران بودند و پسرعمه پدرش عبدالکریم زنجانی از مبلغان اتحاد اسلام به شمار می‌رفت و سال‌ها در حرم علی بن ابی‌طالب نماز جماعت برگزار می‌کرده‌است.