El otra día tu réplica me pareció impulsiva (Yo los distingo por la cantidad vocálica, dijiste). Cua en cualli y en tlacualli casualmente llevan el mismo sufijo -LLi por lo que es difícil que fonéticamente tengan distinta longitud. Y lo que es indudable es que se trata del mismo ""cua"", salvo que derives cualli de cua´itl, cabeza (como aquel o aquello que es bueno por ir en cabeza). Pero no son compatibles los dos usos de la longitud vocálica: o se usa para cuestiones fonéticas o se usa para cuestiones etimológicas.