רצח העם הוביל לעשרים שנות שלטון של הטוטסי בבורונדי. בשנת 1976 קולונל ז'אן-בפטיסט בגאזה הדיח את הנשיא מיקוֹמְבוּרוּ מכיסאו וביצע רפורמות רבות בשלטון. שלטונו של בגאזה היה מתון יותר מקודמו. בשנת 1987 הדיח פיאר בוּיוֹיָה את בגאזה בהפיכה צבאית נוספת. לאחר שעלה לשלטון גברו שוב המתחים בין הרוב ההוּטוּ במדינה למיעוט הטוטסי השליט. האלימות הציפה שוב את הרחובות ועשרות אלפים נהרגו במה שהפך למלחמת אזרחים של ממש. בשנת 1991, בלחץ המערב, בוצעה רפורמה דמוקרטית ראשונה במדינה ונקבע מועד לבחירות. ביולי 1993 נבחר הנשיא ההוטו הראשון בבורונדי.