Пасьля распаду СССР ЗКВЧ таксама падзялілася на Грузінскую, Армянскую, і частка адышла да Азэрбайджанскай чыгункі. Грузінскія ўлады сталі пераназываць станцыі, замяняючы расейскія і абхаскія назвы на грузінскія. Так, Грэбяшок ператварыўся ў Тхемі, Звандрыпш — у Шавцхела, Арсаул — у Санапіра, Адзюбжа — у Цкургелі. Пасьля 1993 году некаторыя станцыі ізноў перайменавалі.