Ang Saligang Batas ng Malaysia ay tumitiyak ng kalayaan sa pananampalataya, ngunit ito ay hinihigpitan sa kasalukuyan. Lahat ng etnikong Malay ay Muslim ayon na rin sa Saligang Batas ng Malaysia. Idagdag pa ang lahat ng mga hindi Muslim na nag-asawa sa isang Muslim ay kailangang itakwil ang kanilang kinaanibang relihiyon at lumipat sa relihiyong Islam. Kapag ang isang tao ay naging Muslim, hindi na siya puwedeng itakwil ang relihiyong Islam at lumipat sa ibang pananampalataya. Samantala ang mga hindi Muslim ay nakakaranas ng pagbabawal sa ibang gawain tulad ng pagtayo ng gusaling panrelihiyon at pagdaos ng kaganapang panrelihiyon sa ibang bahagi ng bansa. Ang mga Muslim ay inoobligahang sundin ang mga pasya ng hukumang Sharia pagdating sa mga bagay na may kinalaman sa kanilang relihiyon. Ang sakop ng hukumang Sharia ay limitado lamang sa mga Muslim ukol sa bagay na may kinalaman sa pananampalataya at mga tungkulin bilang isang Muslim, kasama ang pag-aasawa, pamana, pagtalikod sa pananampalataya at iba pa. Hindi saklaw ng hukumang Sharia ang kasong kriminal.