Ein tidleg, kvadratisk versjon av flagget vart brukt i 1949, ved ein seremoni knytt til underteikninga av avtalen mellom India og Bhutan. Fargane var til dels dei same som i dag, men draken var grøn. Ein ny versjon vart tatt i bruk i 1956: kvit drake, og raudbrun og skarp gul farge.