Suomen itsenäistymisen jälkeen Hannikainen oli lähetystöneuvos ulkoministeriössä kuolinvuoteensa 1921 asti, ja hän oli myös Itä-Karjalan komitean jäsenenä ja Itä-Karjalan toimikunnan puheenjohtajana vuonna 1918 sekä Itä-Karjalan toimituskunnan poliittisena osastonjohtajana vuodesta 1918 alkaen. Hannikainen toimi Suomen rauhanvaltuuskunnan Karjalan ja Petsamon kysymysten asiantuntijana Pariisissa.