Edhe përpara ngjitjes në fron, Justiniani kishte ndihmuar në arritjen e objektivit të dytë. Pak pas shpalljes si perandor, Justini kishte mbledhur një këshill peshkopësh në Konstandinopojë. Këshilli ktheu politikat e Anastasit, pranoi formulën ortodokse të Kalcedonisë dhe shprehu gatishmërinë për negocime me papën. Justiniani personalisht mori pjesë në këto diskutime dhe rivendosi vëllazërinë me Romën dhe gjithë kishat lindore përveç Egjiptit. Jo më një mbret barbar mund të ruante besnikërinë e nënshtetasve të tij katolikë duke bindur ata se një perandor monofizit sundonte në Lindje.