Diese Technik ist möglich, da die Assemblersprache für einen Befehl verschiedene Möglichkeiten bietet, diesen auszuführen. Zum Beispiel kann der Befehl mov eax, 0x0 in xor eax, eax oder sub eax, eax umgewandelt werden. Da eine Mutation eine Veränderung der Befehlsfolge des Virus ist (und nicht nur eine andere Darstellung der gleichen Befehlsfolge), sind metamorphe Viren schwerer zu erkennen als polymorphe.[6]