På 13- og 1400-tallet vokste hovedstaden Tallinn (tysk: Reval) sterkt, og den ble en hansaby i Hansaforbundet. Navnet er en sammentrekning av Taani og Linn, som betyr «dansk by» eller «av danskene». Den vanlige betegnelsen på Tallinn er derfor «Danskeborgen». Estland ble protestantisk i 1524.