Tsjekkia ligger midt i Sentral-Europa og grenser til Østerrike i sør, Tyskland i vest og nordvest, Polen i nordøst og Slovakia i sørøst. Landet har et variert landskap og er hovedsakelig delt inn i de to områdene Böhmen og Mähren. Böhmen i vest er et område som blir drenert av elvene Labe (Elbe på tysk) og Vltava (Moldau på tysk), og er omringet av stort sett lave fjell som Sudetene. Krkonoše er en del av Sudetene, og her finnes det høyeste punktet i landet, Sněžka på 1 602 meter. Mähren, den østlige delen, er også forholdsvis åslendt og blir hovedsakelig drenert av elven Morava, men elven Odra (Oder på tysk) har også sitt utspring her. Vannet fra Tsjekkia renner ut i tre forskjellige hav: Nordsjøen (Elbe), Østersjøen (Oder) og Svartehavet (Morava via Donau).