Upninkų vietovė pirmą kartą rašytiniuose šaltiniuose paminėta 1442 m., pirmo žinomo jos valdytojo Kristino Astiko testamente. Kitas Upninkų savininkas, jo sūnus Radvila Astikas, iki 1477 m. pastatė pirmąją bažnyčią. Upninkai ne kartą kentėjo nuo gaisrų. XVI a. 2-ojoje pusėje – 1650 m. bažnyčią buvo pasisavinę evangelikai reformatai. XVII a. buvo teismas, keletas smuklių, vykdavo turgūs. Katalikų bažnyčia pastatyta 1717 m. Ji 1750 m. perkelta į kitą vietą. XVIII a. veikė parapinė mokykla. XIX a. 1-ojoje pusėje Upninkus vėl nusiaubė gaisras. Čia buvo Upninkų dvaras.