Biolozi mogu namjerno i ciljano stvoriti fuziju gena za istraživačke svrhe. Fuzija reporter gena regulatornog elementa gena od interesa omogućuje istraživanja za proučavanje ekspresije gena. Fuzije reporter gena mogu se koristiti za mjerenje nivoa aktivnosti gena regulatora, identificirati regulatorno mjesto gena (uključujući potrebne signale), identificirati razne gene koji su regulirani u odgovoru na isti stimulans, te umjetno kontrolirati ekspresiju željenog gena u određenoj ćeliji. Naprimjer, stvaranjem fuzija gena koji je odgovoran za proteina od interesa i zelenog flurescentnog proteina, proteini od interesa mogu se uočiti u ćeliji ili tkivu, pomoću fluorescenctnog mikroskopa. Kada se stvara protein, na bazi fuzije gena, to se naziva fuzija proteina.