O 14 de xuño de 1916, un ano despois da súa morte, creouse a Fundación Francisco Giner de los Ríos como entidade reitora e continuadora da súa labor. De 1916 a 1936 publícanse as Obras Completas de Giner. A guerra en 1936 desencadeou a prohibición da ILE, a confiscación dos bens, un longo paréntese da súa actividade en España, aínda que se mantivo no exterior por os participantes exiliados.