Poređenje s genomom neandertalaca iz iste špilje otkrilo je vrlo visoku razinu međusobnog ukrštanja. Geni lokalne populacije neandertalaca uključuju 17% genoma denisovskog čovjeka, a analize pokazuju i bitnu razinu miješanja s još jednom, dosad nepoznatom, evolucijskom linijom čovjeka. Još uvijek traju slične su analize DNK iz nožnog palca, dok je analiza DNK iz dva zuba, pronađena u različitim slojevima tla ispoljila neočekivanu razinu intraspecijske divergencije mtDNK.