Credir i'r cenhadon Cristionogol cyntaf gyrraedd yr ynys tua dechrau neu ganol y 5g, gyda Sant Padrig yn arbennig o amlwg. Erbyn tua 600 roedd yr hen grefydd wedi diflannu i bob pwrpas. O tua 800 bu llawer o ymosodiadau gan y Llychlynwyr, a bu difrod fawr ar y mynachlogydd o ganlyniad. Ymsefydlodd rhai o'r Llychlynwyr ar arfordir dwyreiniol Iwerddon a thyfodd Dulyn yn ganolfan bwysig yn y byd Llychlynaidd. Roedd yna gysylltiadau cryf rhwng ""Gwŷr Dulyn"" a brenhinoedd Gwynedd erbyn yr Oesoedd Canol. Ganwyd Gruffudd ap Cynan yn Nulyn a'i fagu yn Swords gerllaw. Roedd yn fab i Cynan ap Iago a Ragnell ferch Olaf Arnaid, brenin Daniaid Dulyn, ac yn ystod ei ymdrechion i ennill rheolaeth dros Wynedd cafodd Gruffudd lawer o gymorth o Iwerddon. Yn 1169 ymosodwyd ar yr ynys gan arglwyddi Normanaidd, llawer ohonynt o arglwyddiaethau Normanaidd Cymru, megis eu harweinydd Richard de Clare, 2il Iarll Penfro, a elwid yn Strongbow. Roedd y rhain yn ddeiliaid y goron Seisnig, ond dim ond yn raddol y daeth brenhinoedd Lloegr i lwyr reoli Iwerddon. Am ganrifoedd dim ond Y Rhanbarth Seisnig yr oeddynt yn ei reoli, gyda ffiniau hwn yn amrywio yn ôl llwyddiant milwrol y ddwy ochr. Bu cyfres o ymgyrchoedd milwrol rhwng 1534 a 1691, yn cynnwys ymgyrch gan Oliver Cromwell yn 1649–50 pan laddwyd miloedd o Wyddelod. Yn yr un cyfnod trawsblannwyd miloedd o ymfudwyr o Loegr a'r Alban i Iwerddon.