בשנת 1938, לפי הסכם עם גרמניה הנאצית, עברו חלק משטחי סלובקיה, לפני קבלת האוטונומיה מצ'כוסלובקיה, לידי הונגריה ולכן פחת מספר היהודים במדינה. לאחר סיפוח חבל הסודטים ולאחר מכן כל צ'כיה על ידי גרמניה הנאצית בשנת 1939, קיבלה סלובקיה אוטונומיה מזויפת, שכן היה זה משטר בובות של גרמניה הנאצית.