اتعرض لمحاكمات من قبل اجهزة الامن و اتهموه انه بينشر أخبار مش حقيقية عن صحة رئيس الجمهورية، وفى يوم 13 سبتمبر 2007 طلع حكم ضده بالسجن سنة، وتمت إعادة محاكمته فى دايرة تانية و التي اعلنت فى 28 سبتمبر 2008 حكمها عليه بالحبس لمدة شهرين، وكان الحكم واجب النفاذ فسلم نفسه للبوليس فى نفس اليوم، ولكن الرئيس حسني مبارك أصدر قراراً جمهورياً بالعفو عنه فى 6 اكتوبر 2008. كانت الكثير من المثقفين المصرين و المعارضين و جمعيات حقوق الانسان فى مصر وفى العالم تعاطفت مع قضية ابراهيم عيسى و اعلنوا ان ابرهيم لو اتسجن حيبقى سجين راى وتعبير.