八月，至觀音門。以黃安總督水師，守三叉河口。率所部由鳳儀門登岸，軍於獅子山。招諸將登閱江樓，以望建業王氣。令諸舟列於江東門外；自率十餘騎，躬歷城下，度營壘。分屯漢西門、觀音山，獨與五親軍駐岳廟山，留先鋒鎮、中衝鎮於獅子山，欲久困之。南京守將梁化鳳約期降，許之。甘輝諫曰：「以臣觀之，則尚速也。夫兵貴先聲，彼眾我寡，及其熸且未定，則勢可拔。若彼集禦固，緩難圖也。君必悔之。」不聽。既而清軍以千騎試前鋒營，余新敗之，遂輕敵無備，縱軍捕魚。成功令張英馳讓之，新猶故。化鳳知其弛，由鳳儀門穴城，乘夜啣枚，直薄新營。新不及甲，倉皇拒戰，遂被禽，副將董延中、蕭拱柱死焉。成功聞鳳儀門砲聲，遣翁天佑援之，已無及矣。越二日，清軍以步卒數千，出觀音門，直擣中堅。成功率親軍右虎衛陳鵬、右衝鋒張萬祿擊敗之。清軍復以數萬從山後出，薄左先鋒營。楊祖拒之，三合三卻。後勁鎮楊正、援勦右鎮姚國泰敗走。前衝鋒鎮藍衍、行軍司馬張英死於堪岩之下。清軍從山上出擊，右武衛林勝、左虎衛陳魁俱力戰死。後提督張萬禮獨戰以大橋頭，殺人最多，無援而覆。副將魏標、樸世用、洪復、督理戶官潘賡、鍾儀衛等皆戰沒，唯左右提督、右虎衛、右衝鋒，援勦後鎮之軍獨全。成功麾軍退，爭舟而渡。甘輝殿，且戰且卻，至江，騎能屬者三十餘人，凡所擊殺數百十人，馬躓被獲，死焉。成功既至鎮江，議還島。以馬信、韓英督舟師守江口，周全斌、黃昭、吳豪為殿，餘軍次第而退。九月，攻崇明，不下，正兵鎮王起鳳陣沒。以陳輝、阮美、羅蘊章等守舟山。劉猷與清軍戰於溫州，敗績死之。十月，師至思明，建忠臣祠，以甘輝為首。