Әл-Фараби атындағы Қазақ мемлекеттік университеті жанындағы математика және механика ғылыми зерттеу институты әл Фрарби атындағы ҚазМУ Ғылыми кеңесінің шешімімен 1994 жылғы 13 қазандағы №167 бұйрықпен ұйымдастырылып, Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2002 жылғы 6 қыркүйектегі қаулысымен шаруашылық жүргізу құқығындағы Республикалық «әл Фараби атындағы Қазақ ұлттық университеті» мемлекеттік мекемесінің шаруашылық жүргізу құқығындағы «Математика және механика ғылыми зерттеу институты» еншілес мемлекеттік мекемесіне айналды.