Tahun 1957, ia menjadi utusan pemerintah pusat untuk meredam Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia pimpinan Ahmad Husein. Setelah selesai menjadi menteri, pada tahun 1958 ia menjadi Kepala Direktorat Otonomi dan Desentralisasi Departemen Dalam Negeri. Pada tahun 1962 menjadi Sekretaris Jendral Departemen Dalam Negeri dan Otonomi Daerah. Ia sempat menjadi Gubernur Sumatera Utara pada periode 8 April 1963 sampai 15 Juli 1963. Pada tahun 1967, Eny Karim pensiun dari tugasnya.