En 1975, Mohéli aceptou unirse á nación das Comores, xunto con Gran Comora e Anjouan. A confusión e a desorde política, económico e social afectaron a Mohéli e ás Comores en xeral. O 11 de agosto de 1997 Mohéli separouse das Comores, unha semana despois que Anjouan fixese o mesmo. Os líderes secesionistas foron Said Mohamed Soefu que se converteu en presidente e Soidri Ahmed, que se converteu en Primeiro Ministro. Mohéli se reunificóu a Comores en 1998. No 2002, Mohéli ratificou a nova constitución comorana, que prové un goberno federal menos centralizado e máis poder aos gobernos das illas. Nese mesmo ano, Said Mohamed Fazul foi electo presidente. Os seus seguidores gañaron algúns escanos na delegación do Parlamento nas eleccións lexislativas de 2004 .