Itsenäisyyspuolue ajaa Suomen irrottamista EU:sta ja vastustaa EU:n perustuslakisopimusta, sekä estää Suomen liittyminen Naton jäseneksi. Puolueen vaihtoehto EU-jäsenyydelle on ETA-sopimus, joka takaisi suomalaisille vapaan liikkuvuuden ja muita EU:n kanssa yhteneviä etuja. Tämä vastaa Islannin, Liechtensteinin, Norjan eli EFTA-maiden ETA-järjestelyä tai Sveitsin mallia, jossa kieltäydytään suorasta ETA:sta, mutta tehdään Euroopan unionin kanssa erillisiä sopimuksia tarpeen mukaan.