संग्रहालय की एक प्रमुख विशेषता भव्य जर्मन दाग कांच है जो गिरजाघर के उत्तर की ओर लगी है। उनमें से कुछ तो पंद्रहवीं सदी से है और उन्हें इन्यिगो लोपेज़ डी मेंडोज़ा (Iñigo López de Mendoza) खास तौर से यहाँ दे रखा था।