2001年，李偉軍加盟深圳科健，展開職業足球員生涯。2004年轉投南城地產。2005年再轉會安徽九方，2008至09年度球季做埋球隊隊長；同季以20萬轉會費加盟香港甲組足球聯賽球會南華足球隊，本來諗住用佢代替坐監嘅門將張春暉 ，但係因為表現唔夠理想，2009年1月畀球會解約。同年2月以自由身加盟廣東日之泉。