2006年，正值陳水扁當政時期，中華民國行政院大陸委員會提出169個案例聲稱中華人民共和國多次干涉香港市民自治嘅權利，並且嚴重干預司法系統以及言論自由。中華民國前總統李登輝同陳水扁曾批評一國兩制使香港民主倒退、基本人權受侵犯、產業空洞化加速以及失業率大幅提高，並且認為香港政經困境嘅真正癥結點在於香港喪失自主性與主體性​​。