구체적으로는 효모나 곰팡이, 버섯 등의 기초적인 성질과 응용에 관한 학문이다. 이러한 생물은 외관상으로는 사람의 눈으로 볼 수 있지만 그 구조는 균사 등 미세한 구조 더미로 구성되어 있기 때문에 미생물로 취급된다. 따라서 미생물의 일부로 보는 시각도 있다. 역사적으로 이러한 생물은 박테리아류와 함께 식물계의 것이라고 생각했기 때문에 식물학에서 파생된 것이다. 현재는 균계는 독립계로 간주되며, 이것이 균학이 취급하는 분야이다. 덧붙여서 현재는 균류는 식물과 친화력이 멀고 오히려 동물계와 매우 가까운 것으로 간주되고 있다. 게다가 균류와 계란균류 등은 현재는 균류가 아니라고 생각된다. 그러나 오랫동안 균류로 취급되어 왔기 때문에 그 연구는 균학자의 일로 간주되어왔다. 따라서 현재에도 균학에 포함되는 경우가 많다. 초기의 학자로는 Elias Magnus Fries, Christian Hendrik Persoon, Anton de Bary, Lewis David von Schweinitz 등을 들 수 있다. 균학은 육안으로 관찰할 수 있는 버섯 연구와 현미경에서 발견된 미생물 연구가 함께 진행되어 왔다. 미생물은 세균류를 중심으로 진행되어 왔기 때문에 초기 균학은 그 영향을 매우 강하게 받는다. 미생물 연구에 필수적인 배양 기술은 효모에 파스퇴르가 시도한 것이 아주 이른 예이지만, 그때는 주로 병원성 미생물을 대상으로 연구가 진행되었다. 그러나 이를 위한 기술은 균류의 많은 곳에 응용이 가능했기 때문에 점차 연구가 진행되게 된다.