三十五年五月，國民政府軍事委員會改之為國防部，應欽受陳誠等所排，失參謀總長與陸軍總司令兩重職，而由陳誠與白崇禧分領參謀總長與國防部長，應欽僅為區區之重慶行營主任一職焉。六月，為蔣中正遣往美利堅，領聯合國安理會軍事參謀團中國代表團團長，一年多後，以國內剿共陣急，其奉詔還為總統府戰略顧問委員會主委也。