PGI ketika pertama kali dibentuk pada tahun 1950, beranggotakan 29 sinode, berkembang menjadi 80 anggota pada tahun 2003. Saat ini mempunyai anggota sekitar 16.381 jemaat. Perkembangan pesat yang tersebut adalah sebagai bukti betapa pentingnya pergerakan oikoumene bagi gereja-gereja Protestan di Indonesia.