Binuksan ang estasyong Legazpi noong Nobyembre 1914 bilang bahagi ng Linyang Dibisyon ng Legazpi mula Tabaco papuntang Iriga. Ang gusali ng estasyon na yari sa mga maliliit na bato ay itinayo noong 1939 pagkaraang nakompleto ang linyang Maynila-Legazpi.