Kaczyński làm chủ tịch Phòng Kiểm soát tối cao Cộng hòa Ba Lan (Supreme Chamber of Control of the Republic of Poland = Najwyższa Izba Kontroli, NIK) từ tháng 2 năm 1992 tới tháng 5 năm 1995, rồi sau đó làm Bộ trưởng Tư pháp và Tổng công tố viên trong chính phủ Jerzy Buzek từ tháng 6 năm 2000 tới khi ông bị sa thải trong tháng 7 năm 2001. Trong thời gian này, ông rất được lòng dân vì thái độ cứng rắn chống tham nhũng.