al-Shabaab kiliundwa kutoka mabaki ya Al-Itihaad Al-Islamiya (AIAI). Baada ya kuanguka ya serikali ya Somalia katika mwaka wa elfu moja mia tisa tisini na moja (1991), Al-Itihaad Al-Islamiya kiliunda kulazimisha sheria ya Uislam (“Shariah law”) , lakini Ethiopia ilitazama maendeleo ya Islamism, Wahhabism na Salafism kama tishio kubwa kwa sababu Ethiopia kimsingi ni nchi ya Kikristo. Jeshi la Ethiopia liliingia Somalia na liliharibu makundi ya Al-Itihaad Al-Islamiya na Muungano wa Mahakama za Kiislam (ICU) katika shughuli za mwaka wa elfu mbili na nne (2004) na elfu mbili na sita (2006). Vipande vilivyobaki vya makundi vilichanganya kutengeneza al-Shabaab au “vijana” na al-Shabaab kilikua kwa haraka sana. Katika mwaka wa elfu mbili na tisa (2009), Jeshi la Ethiopia liliondoka na wanachama wa al-Shabaab walipigana wenyewe kuhusu mawazo ya viongozi wawili.