Ongelukkig het die Tweede Vryheidsoorlog kort daarna uitgebreek en ’n onverwagte einde aan sy idealistiese voornemens gemaak. Hy het hom geroepe gevoel om die burgers van Senekal na die front te vergesel as veldprediker en later, toe hy besluit om aan die oorlog deel te neem as soldaat, het pres. M.T. Steyn hom as veggeneraal aangestel. Op militêre gebied was hy ’n onverskrokke leier, iemand wat vinnig kon dink en optree. Hy het ook onverbiddelik aangedring op dissipline en onvoorwaardelike gehoorsaamheid. Sy militêre loopbaan, so belowend, is binne ’n jaar beëindig toe hy deur die vyand krygsgevangene geneem is. Die kommando van genl. Prinsloo, onder wie genl. Roux hom ook bevind het, is naby die dorp Fouriesburg deur die vyand vasgekeer, waarop genl. Prinsloo, sonder genl. Roux se medewete, met die vyand onderhandel en sy kommando uitgelewer het aan genl. Hunter. Genl. Roux kon nog ontsnap het, maar het dit sy plig geag om, al was dit bitter teen sy sin, die bevele van sy senior, genl. Prinsloo, te gehoorsaam en die leed van die krygsgevangenes te deel.