Tangu mwaka wa 1991, kiasi kikubwa cha idadi ya watu nchini humo ambao si Waislamu, ikiwemo Warusi wa Wayahudi wamekimbia Tajikstan kwa sababu ya umaskini mwingi, ukosefu wa usalama, na Vita vya Wenyewe kwa Wenyewe vya Tajikistan (1992-1997). Mnamo mwaka wa 1992, kiasi kikubwa cha watu wa Kiyahudi nchini humo walihamishwa hadi Israeli. Na vita vya wenyewe kwa wenyewe vilipokwisha, Tajikistan ilikuwa katika hali ya kusambaratika. Takriban watu milioni 1.2 walikuwa wakimbizi ndani na nje ya nchi.