במהלך השנים חלו פיצולים בישיבה, בעקבותיהם קמו ישיבת חברון-גאולה, ישיבת עטרת ישראל וישיבת כנסת הגדולה (""חברון-קריית ספר""). בכמה מקומות בארץ ישראל הוקמו בתי מדרש של בוגרי הישיבה. קבוצה אחרת של בוגרי ישיבת סלבודקה הקימו ישיבה נוספת בבני ברק לאחר השואה, הקרויה אף היא ישיבת סלובודקה.