कार्बनिक कॉफी का निर्माण कृत्रिम एग्रो-रसायनों तथा पादप सरंक्षण विधियों के द्वारा किया जाता है। ऐसी कॉफ़ी का विपणन करने के लिए एजेंसी के पास प्रमाण पत्र होना आवश्यक है (इसके लोकप्रिय रूप हैं रेगुलर, डिकैफ़िनेटेड, फ्लेवर्ड और इंस्टेन्ट कॉफ़ी), ये यूरोप, संयुक्त राज्य अमेरिका और जापान में लोकप्रिय हैं। भारतीय भूभाग और जलवायु परिस्थितियां इस प्रकार की कॉफ़ी के लिए अनुकूल वातावरण उपलब्ध कराते हैं, इसे वन की गहरी और उर्वर मृदा में, द्वि स्तरीय मिश्रित छाया में, पशु उर्वरक, कम्पोस्टिंग और मेनुअल बागवानी का उपयोग करते हुए उगाया जाता है। इसकी विभिन्न बागवानी गतिविधियों में होर्टीकल्चर प्रथाओं को काम में लिया जाता है; इस किस्म की कॉफ़ी के लिए छोटे जोत एक और फायदे की बात हैं। इन फायदों के बावजूद, भारत में प्रमाणित कार्बनिक कॉफ़ी के जोत, 2008 के नियम के अनुसार (भारत में इसकी 20 मान्यता प्राप्त एजेंसियां हैं) का क्षेत्रफल 2,600 हेक्टेयर (6,400 एकड़) था, जिससे 1700 टन का उत्पादन हुआ। इस प्रकार की कॉफ़ी को बढ़ावा देने के लिए कॉफ़ी बोर्ड ने, क्षेत्रीय प्रयोगों, सर्वेक्षणों और केस अध्ययनों के आधार पर कई पैकेज निकाले हैं। जो सुचना दिशानिर्देशों और तकनिकी दस्तावेजों के पूरक हैं।