Klub asal Belgia Mouscron berhasil memenangkan persaingan dengan sejumlah klub untuk mendapatakan tanda tangan Ba pada tahun 2006. Ba selalu mencetak gol saat tampil pada tiga laga awalnya, sebelum mengalami cedera retak tulang tibia dan fibula sehingga harus absen mulai bulan Agustus 2006 hingga April 2007. Setelah delapan bulan menjalani istirahat masa penyembuhan, ia mencetak tujuh gol dalam sembilan laga, yang membuat ia mendapat panggilan memperkuat timnas Senegal.