VSL osallistui vuosien 1995 ja 1999 eduskuntavaaleihin kaikissa manner-Suomen vaalipiireissä. Molemmilla kerroilla puolueen kannatus oli korkeinta Oulun vaalipiirissä. Vuoden 2003 eduskuntavaaleihin VSL osallistui 147 ehdokasta asettaneen Muutosvoimat Suomi -yhteistyöpuolueen riveissä. Eduskuntavaaleissa 2007 Itsenäisyyspuolue solmi vaaliliittoja perussuomalaisten kanssa Oulun, Uudenmaan ja Pirkanmaan ja Vaasan vaalipiireissä. Satakunnan vaalipiirissä vaaliliittoon kuului lisäksi kristillisdemokraatit.