Hampir semua pelajar sekolah berjaya ke sekolah menengah tinggi dan menurut Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Sukan, Ilmu Pengetahuan dan Teknologi Jepun (MEXT), lebih kurang 75.9% lepasan sekolah menengah tinggi pada tahun 2005 melanjutkan pelajaran ke universiti, akademi, politeknik, atau insititusi pendidikan tinggi seumpamanya. Pendidikan di Jepun amat kompetitif, khususnya dalam ujian kemasukan perguruan tinggi. Universiti Tokyo dan Universiti Keio merupakan dua universiti terunggul di Jepun. Mengikut carta kedudukan Program Penilaian Pelajar Antarabangsa yang disusun oleh Pertubuhan Kerjasama dan Pembangunan Ekonomi (OECD), tahap pengetahuan dan kemahiran remaja Jepun berusia 15 tahun berada di tangga keenam terbaik di dunia.