Ang taon ni Morelli bilang junior sa Penn State ay nag-umpisa ng maganda: Siya ay naghagis ng 42-yard touchdown sa kanyang unang pasa bilang Nittany Lion starting quarterback para sa isang 34-16 na panalo laban sa University of Akron. Gayon man, siya ay nahirapan sa kanyang mga sumunod na laro, ito ay nag-umpisa sa kanilang 28-6 na pagkatalo laban sa kanilang karibal na Ohio State. Kalukob ng kalamangan sa Lions sa iskor na 14-6, si Morelli ay humagis ng dalawang huling interceptions na ibinalik ng Ohio para sa mga touchdowns, at epektibong winakasan ang kahit na anong pag-asa na humabol sa laro at pinagmukhang hindi patas ang laro. Tinapos ni Morelli ang laro na mayroon lamang 106 yards na passing. At dahil dito, ang paglalaro ni Morelli ay naging malaking isyu para sa mga tagahanga ng Nittany Lions. Ang iba sa mga tagahanga ay mas gustong paglaruin ang backup na si Daryll Clark, isang redshirt freshman na ang istilo ng laro ay katulad ng sa hinalinhan ni Morelli, si Michael Robinson. Ang iba sa mga tagahanga ay dinepensahan si Morelli, kanilang ipinunto ang halaga ng playing time na tipikal na kailangan upang mahubpg ang mga magagaling na quarterback. Sa katapusan ng season, si Morelli ay humagis ng 2,424 yards, 11 na touchdowns at 8 na interceptions. Kanyang kinuha ang ikatlong pwesto sa listahan ng Penn State's season passing yardage, kanyang sinundan sina Kerry Collins (1994) at Tony Sacca (1991). Bagamat siya ay may magandang statistics, si Morelli ay nagpahayag ng kanyang pagkadismaya sa likas na konserbatibong play calling ng Penn State sa isang interview sa Pittsburgh Tribune-Review noong 2006 ng November. [2] Matapos na mahirapan ng buong season, nagawang patunayan ni Morelli ang kanyang sarili noong 2007 sa Outback Bowl laban sa Tennessee, kanyang pinamunuan ang Nittany Lions sa isang hindi inaasahang panalo.