Η επιτυχία του πρώτου Spider Man οδήγησε τη Ντανστ να επαναλάβει το ρόλο της στο Spider-Man 2 τo 2004. Όπως και η πρώτη ταινία, έτσι και η δεύτερη έλαβε θετικά σχόλια από τους κριτικούς και οι εισπράξεις της άγγιξαν τα 783 εκατομμύρια δολάρια παγκοσμίως. Το 2005, πρωταγωνίστησε μαζί με τον Ορλάντο Μπλουμ στο Elizabethtown σε σκηνοθεσία Κάμερον Κρόου. Η ταινία έλαβε κυρίως αρνητικές κριτικές και η πορεία της στο box ffice ήταν απογοητευτική. Ο επόμενος ρόλος της Ντανστ ήταν στην βιογραφική ταινία Μαρία Αντουανέτα, το 2006. Την ταινία σκηνοθέτησε η Σοφία Κόπολα και έλαβε κυρίως καλές κριτικές, ενώ οι εισπράξεις της έφτασαν τα 60 εκατομμύρια δολάρια παγκοσμίως.