ইন্দ্রা নুই ১৯৯৪ সালে পেপসিকোতে যোগদান করেন এবং ২০০১ সালে তাঁকে কোম্পানির সভাপতি এবং চিফ এক্সিকিউটিভ অফিসার (CEO) হিসেবে মনোনীত করা হয়। কোম্পানির বিশ্ব-পরিচালন ব্যবস্থাকে তিনি এক দশকেরও বেশি সময় ধরে নেতৃত্ব দিয়ে আসছেন যার মধ্যে পেপসিকোর ১৯৯৭ সালের পুনর্গঠন হয়, যাতে ট্রাইকোন নামক রেস্তোরাগুলি থেকে কোম্পানির বিচ্ছিন্নকরণও অন্তর্গত যা বর্তমানে ইয়াম! ব্র্যান্ডস নামে পরিচিত। নুই ১৯৯৮ সালে ট্রপিকানার অর্জনে এবং কাকার ওটস কোম্পানির সঙ্গে একত্রীকরণের নেতৃত্ব প্রদান করেছিলেন, যার ফলে গাটোরেড এবং পেপসিকোর অধীনস্থ হয়। ২০০৭ সালে পেপসিকোর ৪৪ বছরের ইতিহাসে তিনি পঞ্চম চিফ এক্সিকিউটিভ অফিসার হন।