Vanaf zyn vuuftiende begoest em te voarn ounder 't commando van admiroal Michiel De Ruyter. Kort derachter, in 1666 allieerdn de Verenigde Provincies ulder, in de contexte van de Twêede Ingels-Ollandsche Oorloge me Vrankryk teegn Ingeland. Zyn voader Cornil Baert gieng dôo byst da tie in dienste van d'Ollanders en Ingelsch schip attaqueerde. Jan Baert zelve wos êest ingescheept als luutenant ip't schip Vette varken da d'Ingelsche mouvementn moeste surveilleern. Byst de zomer van da jaar wierd em ingescheept ip de Zeven Provinciën, 't vlaggeschip van d'Ollandsche marine. In juni 1667 nam tie ôok dêel an de Tocht na Chatham woarby da d'Ollandsche marine via de Medway en de Thems Londen wilden attaqueren, wa resulteerde in e beslissende Ollandsche oovrwinnienge. Achter de Vrede van Breda van 13 juli 1667, die en ende moakte an de Twêede Ingels-Ollandsche Oorloge, gaf de Ruyter an Baert 't bevel oovr De Gouden Eend.