Tokom rimskog perioda, naročito posle razaranja Jerusalima 70. godine Aleksandrija je postala intelektualni centar jevrejske dijaspore. Takođe, od 2. veka Aleksandrija je postala i važan hrišćanski centar čiju je episkopiju po legendi osnovao oko 33. godine apostol i jevanđelista sveti Marko. Najznačajniji aleksandrijski teolozi iz ranohrišćanskog perioda bili su Kliment Aleksandrijski (umro između 211. i 216) i Origen (umro oko 254). Nakon 324. godine, kada je Konstantin Veliki ujedinio Rimsko carstvo pod svojom vlašću, progon hrišćanske crkve koji je započet 303. po Dioklecijanovom nalogu je okončan.