Melhus prestegjeld tilhører Gauldal prosti i Nidaros bispedømme. Den norske kirke har fire menigheter (kirkesogn) i Melhus prestegjeld (Melhus kommune), og hver av dem har sin kirke med kirketjener, organist, klokker, renholder og hvert sitt menighetsråd. Det er Flå, Horg, Hølonda og Melhus menigheter. I Hølonda menighet står også Kolbrandstad stavkirke, som eies av et privat lag.