הקושי העיקרי העומד בפני הבנקים הציבוריים הוא העלות העצומה הכרוכה בהקמתם והגדלתם – מחד, ונשיאה בהוצאות של כל העלויות הקשורות לאיסוף עיבוד ושימור המנות, ללא גביית שום תשלום מצד היולדת ומשפחתה – מאידך. בבנקים הציבוריים בישראל (בדמייך חיי, מגן דוד אדום ותל השומר) נצברו בשנות פעילותם כ- 6,183 מנות. זאת, אחר שאחוז המנות התקינות והאיכותיות המועברות להקפאה עומד על כ20 עד 25 אחוז מהסך הכללי של המנות הנתרמות למאגרים הציבוריים. כל שאר 75 אחוז המנות האחרות נפסלות עקב סיבות שונות כגון זיהומים, מחלות תורשתיות משפחתיות, שהות במדינות מסוימות בהן היו התפרצויות של מחלות מסוימות דוגמת מלריה והפרה המשוגעת, כל זאת כדי להבטיח את שימור המנות המעולות אשר ישמשו להצלת חיים.