오브레곤은 본래 멕시코 소노라의 농민 출신이다. 그의 아버지 프란시스코 오브레곤은 본래 멕시코의 부농이었으나 전 황제를 지원했다는 이유로 1867년 자유 정부에 의해 재산이 압수당하고 그 후 아들이 태어난 해에 죽었기 때문에 알바로 오브레곤이 태어났을 때에는 집안이 매우 가난한 형편이었다.