גם בעונת 2005/2006 הקבוצה לא הצליחה לעלות לליגת האלופות לאחר הפסד בסיבוב השני לקבוצה השוודית מאלמו. למרות הכישלון, עונה זאת הייתה המוצלחת ביותר של לוי בקבוצה, הוא זכה עימה באליפות שלישית ברציפות (בפער של 16 נקודות מהמקום השני ובסיבוב ראשון מושלם עם 11 ניצחונות). בנוסף זכתה הקבוצה גם בגביע הטוטו אך הודחה מחצי גמר גביע המדינה. בעונה זאת נבחר הן על ידי מעריב והן על ידי ידיעות אחרונות כ""מאמן השנה"".