מסילות הרכבת במצרים המשיכו להתפתח בקצב מהיר ובשנת 1860 נעו על מסילותיה 56 קטרי קיטור, רובם מתוצרת בריטית. באותה תקופה נבנו אף מסילות רכבת נוספות לאזורים כפריים, כדי להקל על העברת יבול הכותנה למנפטות, שינוע שנעשה עד אותה עת בעיקר על גבי דוברות ששטו על נהר הנילוס. בשנת 1861 כבר היו 413 ק""מ מסילות במצרים. פרוץ מלחמת האזרחים האמריקנית תרם אף הוא להמשך התפתחות רשת המסילות במצרים: עליית הביקוש למוצרי בד כותנה הביאה לעליה חדה במחירי הכותנה, מוצר החקלאות העיקרי במצרים באותם הזמנים ולצורך להביא את רשת המסילות קרוב ככל האפשר לשדות הכותנה בדלתה של הנילוס. בשנות ה-60 של המאה ה-19 נקנו על ידי הרכבת המצרית כ-200 קטרים ולמעלה מ-2,000 קרונות.