Atonin palvonta poikkesi huomattavasti vanhojen jumalien palvonnasta. Tavallinen ihminen ei saanut palvoa Atonia laisinkaan, vaan hänen tuli palvoa farao Akhenatenia, joka edelleen palvoi Atonia. Aton kuvataan usein pitelemässä ankh-symbolia auringonsäteinä kurottuvilla käsillään faraon kasvojen edessä. Atonin temppelit olivat vanhojen jumalten temppeleistä poiketen suuria kattamattomia alueita.