1996年尾，行政局正式將西鐵興建權批畀九廣鐵路公司。主權移交後，喺香港特區政府大力推動基建嘅政策下，經走線重組及處理財務安排，政府終於喺1998年正式授權九鐵公司起西鐵。原先路線喺節省成本嘅前提下，只連接天水圍新市鎮至深水埗新填海區嘅新車站，而延至屯門嘅鐵路，當局認為喺輕鐵輔助下，可以押後至第二期再研究。然而，喺屯門區居民強烈反對之下，最終政府同意將第一期計劃南延至屯門市中心。1998年9月15號，行政會議正式通過起西鐵工程第一期，即係起連接屯門站至南昌站嘅鐵路系統。嗰段鐵路系統已喺2003年12月20號正式通車。