Në 2007 Kupën e Botës U–17, Kroos u nderua me çmimin ""Topi i Artë"" si lojtari më i mirë i turnamentit dhe gjithashtu fitoi ""Këpucën e Bronztë"" pasi shënoi pesë gola. Kroos debutoi me kombëtaren U–21 më 5 shtator 2008 në ndeshje kualifikuese të 2009 Kampionatit U–21 Europian të Futbollit kundër Irlandës së Veriut duke shënuar golin e parë në minutën e 11. Goli i tij i dytë me kombëtaren U–21 erdhi në fitoren minimale 1–0 kundër Italisë, pas një gjuajtje të fortë nga distanca. Pavarësisht kësaj, trajneri Horst Hrubesch bëri surprizën duke e lënë atë jashtë skuadrës që do të luante në Euro 2009, dhe Gjermania fitoi trofeun pa të.