Trở về Việt Nam năm 1960, linh mục Đa Minh được bổ nhiệm giữ chức vụ Giám đốc Tiểu chủng viện Lạng Sơn di cư và giữ chức vụ này đến năm 1961 thì ông giữ chức Bí thư Toà Giám mục Giáo phận Long Xuyên đến năm 1970.