या केंद्राचे मूळ १९६० च्या दशकातील टिआयएफआर येथील रेडिओ खगोलशास्त्र गटामध्ये आहे, ज्याची स्थापना गोविंद स्वरूप यांच्या नेतृत्वाखाली झाली. या गटाने ऊटी रेडिओ टेलिस्कोपची निर्मिती केली. लवकरच १९८० च्या दशकात जायंट मीटरवेव्ह रेडिओ टेलिस्कोप या नव्या रेडिओ दुर्बिणीची महत्वाकांक्षी योजना प्रस्तावित करण्यात आली. ही दुर्बीण बनवण्यासाठी पुण्याची निवड करण्यात आल्याने या गटासाठी पुणे विद्यापीठाच्या आवारात नवीन केंद्र बनवण्यात आले. या काळात रेडिओ खगोलशात्र गटाचे राष्ट्रीय रेडिओ खगोलभौतिकी केंद्रामध्ये रुपांतर झाले.