נולד בשם יהודה קליין ביום ג' בחשוון תרפ""ה (31 באוקטובר 1924) בעיר גרוסוורדיין שברומניה, ליקותיאל זאב ודבורה קליין. אביו היה מנהל החשבונות של הקהילה היהודית בעיר, ואמו ניהלה בית תמחוי שפעל בעיקר בימות החורף. בנערותו למד בישיבה בעיר הולדתו שהוקמה על ידי הרב חיים יהודה לוי, נכד הרב משה שמואל גלזנר, שחזר ללמד בהונגריה לאחר שלמד בישיבת מיר שבליטא ורבי חיים עוזר גרודזנסקי המליץ לו לחזור ולהנחיל את שיטת הלימוד הליטאית בארץ מולדתו. אחד ממוריו של הרב עמיטל בישיבה היה הרב בער ברקוביץ (אביו של הרב פרופ' אליעזר ברקוביץ).