लेना नदी मध्य साइबेरियाई पठारदेखि दक्षिणमा १,६४० मीटरको उचाईमा बायकाल पर्वतहरूमा शुरू हुन्छ। यसको स्रोत स्थल प्रसिद्ध बायकाल झीलदेखि ७ किमी पश्चिमलाई छ। आफ्नो स्रोतदेखि यो उत्तर-पूर्वलाई बहन्छ र यसमा किरहरूगा नदी, वितिम नदी र ओल्योकोमा नदी विलय हुन जान्छन्। याकुत्स्कका सहरका पछि यो पठारदेखि उतारकर मैदानी इलाकेमा आउँछ र उत्तरलाई बहन्छन् जहाँ यसमा अल्दान नदी विलय हुन जान्छ। बाटाहरूमा वेरखोयान्स्क पर्वतहरूका आ जाने वजहदेखि यो उत्तर-पश्चिमलाई रुख बदल्दछ र यसमा विल्युय नदी विलय हुन जान्छ। यसका पछि यो आर्कटिक महासागरको एक विभागमा (जिसका नाम लापतेव सागर छ) बह जान्छ। कुल मिलाएर लेना नदीको जलसम्भर इलाकेको क्षेत्रफल २५,००,००० वर्ग किमी छ।