فى 10 اغسطس 1801 ركب الجنرال يعقوب بارجه انجليزيه اسمها "" بالاس "" كان كابتنها جوزيف إدموندز عشان توصله فرنسا ، لكن و هو فى السكه عيى و اتوفى فى 16 اغسطس 1801 على البارجه فحطوه الانجليز فى برميل فيه كحول و سلموه للفرنساويه فى مرسيليا فعملوله جنازه عسكريه فى 18 اكتوبر 1801 و دفنوه. ظروف وفاة الجنرال يعقوب غامضه و ممكن يكون اتصاب بعيا خاصة ان الاوبئه كانت منتشره اياميها و كان فيه وقتها طاعون فى مصر ، لكن ممكن كمان ان الاتراك يكونوا سموه حيث انه قبل ما يسافر كان زار حسن باشا الجزايرلى التركى اللى حاول يقنعه انه يقعد فى مصر و مايسافرش مع الفرنساويه و بطبيعة الحال اكرمه بالقهوه التركى او غيرها.