मालिकेतील आधल्या खेळांप्रमाणे सिव्हलिजेशन ५ मध्येसुद्धा शहरे ही खेळाचा आधारस्तंभ असतात. एका वसाहतकार घटकाकढून शहरे निर्माण केली जातात. जसजशी ह्या शहरांची लोकसंख्या वाढत जाते तसतसे त्यांमध्ये घटक व इमारती निर्माण केल्या जातात. शहरे विज्ञान उत्पन्न करतात, व त्यामुळे खेळाडू नवीन तंत्रशास्त्रांचा शोध लावू शकतात. तसेच शहरे, ज्याचा खेळात विविध प्रकाराने उपयोग केला जाऊ शकतो असे सोने निर्माण करतात. यांचबरोबर शहरे संस्कृती स्थापित करतात. अशाने त्या शहराच्या सीमा वाढतात व खेळाडू सामाजिक बांधिलकी मिळवतात.