דואלדה והמפלגה החוסטיסיאלית הפסידו בבחירות שנערכו ב-1999, ולנשיא נבחר מנהיג האופוזיציה, פרננדו דה לה רואה. על אף כישלון מפלגתו במישור הארצי, הצליח קירשנר להיבחר לתקופת כהונה שלישית, אך הפעם ניצח רק בקושי, עם 45.7% מהקולות.