Selain forum mendiskusikan isu nasional, PGI juga tempat kolsutati nasional dan kerja sama antaragama. PGI dalam hal ini adalah juga mewakili Gereja-gereja Kristen Protestan di Indonesia dalam masalah oikoumene di Dewan Gereja-gereja Dunia (WCC), Christian Conference of Asia (CCA) dan kegiatan oikoumene lainnya.