Tuksneša kārpcūka ir zālēdāja un galvenokārt barojas ar zāli, augu saknēm un krūmu dzinumiem. Salīdzinot ar parasto kārpcūku, tā ir mazāk izvēlīga un barojas ar visdažādākajiem augiem, kas aug tās teritorijā. Kārpcūka ik pa laikam, kad grūti atrast citu barību, barojas arī ar augļiem, kukaiņiem. Nozīmīgs barības resurss ir augu saknes, gumi un sīpoli, kurus dzīvnieks izrok ar saviem ilkņiem un šņukuru. Retos gadījumos tā apēd savus ekskrementus un citu dzīvnieku ekskrementus, bada laikos tiek ēsta arī maita.