Το 1939 ο Μιχαήλ εξελέγη μητροπολίτης Κορίνθου στη θέση του Δαμασκηνού, ο οποίος αν και εξελέγη το 1938 αρχιεπίσκοπος Αθηνών εκθρονίστηκε από το καθεστώς Μεταξά και περιορίστηκε σε μοναστήρι της Σαλαμίνας. Έτσι στις 10 Σεπτεμβρίου 1939 ο Μιχαήλ χειροτονήθηκε επίσκοπος από τον αρχιεπίσκοπο Χρύσανθο και ενθρονίστηκε στις 15 Οκτωβρίου του ίδιου έτους. Ως μητροπολίτης Κορίνθου επέδειξε πλούσιο ποιμαντικό, κοινωνικό και εθνικό έργο (διοργάνωση συσσιτίων, ίδρυση πολυϊατρείου, κλπ) σε μια δύσκολη περίοδο όπου διαδραματίστηκαν γεγονότα όπως ο πόλεμος του 1940, η Κατοχή και ο Εμφύλιος. Μεταξύ άλλων ενίσχυσε τη θρησκευτική αγωγή των πιστών και των κληρικών, προσέγγισε τη νεολαία της περιοχής του, επισκεπτόταν συστηματικά απομακρυσμένες ενορίες της μητρόπολης, επανασύστησε την Εκκλησιαστική Σχολή Κορίνθου, δημιούργησε τον σύνδεσμο «Απόστολος Παύλος», ίδρυσε την Επαγγελματική Σχολή Θηλέων στο Περιγιάλι και τη «Φοιτητική Ένωση Κορινθίας», ανασυγκρότησε το «Αρχείο Μελετών» της Κορίνθου, ίδρυσε πολυϊατρείο, οργάνωσε συσσίτια κλπ.