Eräissä yhteyksissä on nostettu esille GNU-projektin sovelluksien korvaamisesta BSD-projektin sovelluksilla. Merkittävä ero BSD-sovelluksilla on tapa kutsua ytimen järjestelmäkutsuja suoraan sovelluksista, joka GNU-ympäristössä tehdään tyypillisesti glibc-kirjaston kautta. Ajonaikaiselle C-kirjastolle kuten glibc on kehitetty vaihtoehtoja kuten Bionic-C, musl libc, Apache libstdcxx ja LLVM-projektin libc++. Eri kirjastoratkaisujen POSIX-yhteensopivuudessa on myös eroja.