Vuoden 2012 alusta rakennusviraston organisaatio muuttui. Uusi organisaatio lisäsi yhden uuden osaston, Palveluosaston ja joitain vanhan organisaation hallinnollisia asioita yhdistettiin. Muutoksen jälkeen rakennusvirastossa toimii Yleisten töiden lautakunnan ja kaupungininsinöörin alaisuudessa: