تشتهر المحمية بأرضيتها البركانية مرصعة بيانابيع مائية ساخنة، وأحواض الكمى وينابيع ساخنة. وتوجد 62% من الينابيع الساخنة في العالم في منطقة يلوستون حيث سصل عدد الينابيع فيه نحو 10.000 ينبوع . ومنها السخانات الكبيرة (نحو 300 سخان) من ضمنها ""أولد فيثفول"" و ""حوض الجايزير العلوي"" الذي يحب السياح مشاهدته ؛ فهو يدفع الماء الساخن إلى أعلى بمعدل كل 60 إلى 90 دقيقة. كما يوجد بالمحمية ينبوع Steamboat Geysir ويعد أنشط ينبوع ساخن في العالم، وهو موجود في ""حوض جايزير نوريس"".