Tímabilið þar á eftir var tímabil vonbrigða hjá KR. Því þó svo að liðið hafi lent í öðru sæti í deildinni, vantaði greinilega eitthvað í liðið og endaði það þannig að KR datt út í fyrstu umferð úrslitakeppninnar gegn ÍR, 1-2. Fyrir tímabilið hafði Helgi Már Magnússon komið aftur til KR frá Sviss, sem hann hafði verið að spila körfubolta áður. Ljóst var að miklar breytingar þurftu að eiga sér stað, ætti KR að halda áfram á sigurbraut. Sú varð síðar raunin. Rúmum mánuði fyrir tímabilið 2008-2009 var það tilkynnt að Jón Arnór Stefánsson og Jakob Örn Sigurðarson höfðu gengið til liðs við KR frá liðum sínum á Ítalíu og Ungverjalandi. Auk þess hafði nýr Bandaríkjamaður gengið til liðs við KR-inga.