У заказніку 35 азёр (Ельня, Белае, Бярэжа, Бліжняе, Вялікае, Курганістае, Смоўж, Лапухі, Чорнае, Высокае, Сухое, Плоскае і інш.), рэкі Яльнянка, Бярэжа, Волта і іншыя, якія ўсе разам займаюць 4,4 % тэрыторыі. Запаўняюцца яны грунтавымі водамі і атмасфернымі ападкамі. Берагі пераважна забалочаныя. На асобных вадаёмах ёсць невялікія астравы ў асноўным сплавіннага тыпу. Большасць азёр мае плошчу менш гектара, размешчаны яны ў цэнтральнай і паўднёва-заходняй частцы заказніка. Іх узровень вагаецца ад адзнакі 137,9 м (возера Чорнае) да 144,4 м (Лапухі). Самы буйны вадаём — возера Ельня, мелкаводны, алігатрофны, найбольшая глыбіня 3,5 м, водная паверхня плошчай 5,42 км², плошча вадазбору 14,4 км². Ён тыповы для тундравай зоны: мае нізкую мінералізацыю і кіслую рэакцыю, высокую каляровасць і нізкую празрыстасць вады, у ім утвараюцца торф, сапрапелі. Балотны масіў мае з вадаёмамі агульны гідралагічны рэжым і функцыянуе як адзіная сістэма.