ศูนย์สันสกฤตศึกษาก่อตั้งขึ้นตาม ""แผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 8"" โดยมีความเห็นชอบจากที่ประชุมคณบดีครั้งที่ 4/2539 เมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2539 ให้จัดตั้งศูนย์สันสกฤตศึกษาขึ้นเป็นการภายใน โดยมีผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.จิรพัฒน์ ประพันธ์วิทยา รักษาการผู้อำนวยการศูนย์สันสกฤตศึกษา เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2539 และเป็นผู้อำนวยการคนแรก เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2541