由於苛徵稅收，激嬲原住民，1635年起分別發動麻豆溪事件、蕭瓏事件兩大起義。1652年，鄭芝龍舊部郭懷一為首嘅漢族移民，亦包叉荷蘭人，但都俾荷蘭人鎮壓，荷蘭人又起普羅民遮城（今赤崁樓）加強防範。1661年南明延平郡王鄭成功去福建班馬，圍剿熱蘭遮城，同荷蘭人開片，一年後荷蘭人投降，結束對臺灣殖民。