Heinrichova matka Luisa Schliemannová zomrela krátko po pôrode deviateho dieťaťa v roku 1831. Otec, ktorý bol vo finančných ťažkostiach, dal mladého Heinricha do opatery svojmu bratovi, pastorovi Antershagena. Heinrich spočiatku študoval na strednej škole v Neustrelitzi, ale keď otcovi došli peniaze na školné, a jeho strýko tiež nechcel platiť, musel pokračovať vo vzdelávaní na mestských školách.