ในปี พ.ศ. 2549 ศ.ดร.ปราโมทย์ นาครทรรพ เป็นผู้อ้างในงานสัมมนาที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ว่า พันตำรวจโท ทักษิณ ชินวัตร เป็นผู้อยู่เบื้องหลังแผนฟินแลนด์ หรือปฏิญญาฟินแลนด์ ต่อมา วันที่ 30 พฤษภาคม ปีเดียวกัน ทักษิณ ชินวัตร พร้อมกับธนา เบญจาธิกุล ทนายความจากพรรคไทยรักไทย ได้ยื่นฟ้องสนธิ ลิ้มทองกุล บรรณาธิการ, ขุนทอง ลอเสรีวานิช คอลัมนิสต์, ศ.ดร.ปราโมทย์ นาครทรรพ ผู้บริหาร, เสาวลักษณ์ ธีรานุจรรงค์ และเว็บมาสเตอร์ ปัญจภัทร อังคสุวรรณ ในข้อหาหมิ่นประมาท การฟ้องร้องมีเนื้อหากล่าวหาว่าบทความดังกล่าวมีเจตนาทำลายพรรคไทยรักไทยและอนาคตทางการเมืองของทักษิณโดยการทำให้สาธารณชนเชื่อว่าพรรคมีแผนการล้มล้างระบอบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ แต่การฟ้องร้องดังกล่าวถูกวิพากษ์วิจารณ์และอ้างว่า ทักษิณพยายามเซ็นเซอร์สื่อ[ต้องการอ้างอิง]