Xoán substituíu a Teodoro II como exarca en 687. Ese mesmo ano, desempeñou un papel activo nunha disputada elección papal. Subornado polo arquidiácono Pascual, esixiu que este fose nomeado Papa. O conflito con outro candidato a Papa, Teodoro, semellaba inevitábel, pero entón Serxio I, un candidato de compromiso, foi nomeado Papa. Pascual non perdeu a esperanza, con todo: prometeulle a Xoán cen libras de ouro a cambio do Papado. Xoán foi rapidamente a Roma, pero veu que ía ser demasiado difícil ir en contra da maioría. Recoñeceu a Serxio, pero esixiulle as cen libras de ouro que Pascual lle prometera. Serxio protestou, dicindo que el non fixera tal promesa; como Xoán non cedía nas súas demandas, tomou os vasos sagrados de San Pedro, proclamando que era todo canto tiña. O pobo de Roma, cada vez máis irado co exarca, uniuse ao papa e pagou a suma requirida.