ലാത്വിയയിലെ റിഗയിലെ ഒരു ഇടത്തരം കുടുംബത്തിലാണ് സെർജി ജനിച്ചത്. ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ ജീവിതത്തിലെ ആദ്യ വർഷങ്ങളിൽ കുടുംബം ഇടയ്ക്കിടെ താമസം മാറ്റിയിരുന്നു. ഐസൻസ്റ്റീൻ തന്റെ ജീവിതത്തിലും ഇത് തുടർന്നുവന്നു. ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ അച്ഛൻ മിഖായേൽ ഓസിപ്പോവിച്ച് ഐസൻസ്റ്റൈൻ പാതി ജർമനിയിൽ നിന്നുള്ള ജൂതനും പാതി സ്വീഡിഷ് വംശജനുമായിരുന്നു. ജൂലിയ ഇവാനോവ കോണ്ടെസ്കായ ആയിരുന്നു ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ അമ്മ. ഇവർ റഷ്യൻ ഓർത്തഡോക്സ് പശ്ചാത്തലമുള്ള സ്ത്രീയായിരുന്നു. His father was an architect and his mother was the daughter of a prosperous merchant. റഷ്യൻ വിപ്ലവം നടന്ന വർഷം ജൂലിയ റിഗയിൽ നിന്ന് സെർജിയെ സെന്റ് പീറ്റേഴ്സ്ബർഗിലേയ്ക്ക് കൊണ്ടുവന്നു. സെർജി ഇടയ്ക്കിടെ തന്റെ അച്ഛനെ കാണാനായി തിരികെ യാത്ര ചെയ്യുമായിരുന്നു. 1910 ഓടെ സെർജിയുടെ പിതാവും സെർജിക്കൊപ്പമെ‌ത്തി. ഇതെത്തുടർന്ന് സെർജിയും ജൂലിയയും തമ്മിൽ പിരിയുകയും ജൂലിയ ഇവരെ വിട്ട് ഫ്രാൻസിലേയ്ക്ക് താമസം മാറുകയും ചെയ്തു.