एक बलियो जीव नाइन टेल' कोनोहो (निन्जा दुनियाँको अफ फाइरमा रहेको गाउँ) मा हमला गर्दछ । यसको प्रति उत्तरमा कोनोहा (गाउँका मुखिया) उक्त जीवलाई आफ्ना छोरा नारुतो उजुमिकिमा कैद गरि राख्दछन् जसमा कोनोहाको मृत्यु हुन पुग्दछ । यस कुरा नारुतो स्वंयलाई १२ वर्ष पछि मात्र अरओ निन्जा मिजुकीबाट थाहा हुन्छ । मिजुकीलाई नारुतो हराउँछन् जसबाट नारुतोका गुरु इरुका उनलाई सम्मानयोग्य ठान्छन् । केही समयपछि नारुतो निन्जा बन्दछन् र टिम 7 का सदस्य बन्दछन् । टिमका गुरु काकासी हाताके हुन्छन् । अन्य निन्जा समूह जस्तै टिम 7 पनि गाउँले अह्राएका समस्याहरु पूर्ण गर्दछन् । कयौँ मिसनहर पश्चात् काकासी निन्जा जाँच गराउँछन् जसबाट नारुतो र उनका साथीहरु उच्च पदका बन्न पाउँछन् । जाँचका प्रक्रियामा ओरोचिमारु, एक क्रिमिनल गाउँमा आइपुग्छन्, हाल रहेका गाउँका प्रमुख लाई मारिदिन्छन् । नारुतो जिरिया (तीन बलिया निन्जा, मध्येका एक) सँग त्सुन्डेको खोजी गर्छन् ।