Ang Awtonomong Rehiyon ng Katimugang Sudan ay binuwag noong 1983. Sa pagitan ng 1987 at ng 1989, umiral ang isang Konseho para sa Timog sa Katimugang Sudan. Kasunod ng paglagda sa Kasunduan ng Kapayapaan sa Khartoum noong 1997, itinatag ang isang Konseho ng Koordinasyon ng Katimugang Sudanl na unang pinamunuan ni Riek Machar na naitalaga rin bilang Katulong ng Pangulo ng Republika. Ang katawang ito ay binuwag noong 2005 nang matatag ang awtonomong Pamahalaan ng Katimugang Sudan.