Durante varios anos o Sporting Mahonés atravesou dificultades económicas que lle levaron a realizar malas tempadas. En 2004 chegou á presidencia do club un empresario local, Antonio Gomila, que realizou varias reestruturacións para recuperar a súa viabilidade deportiva. En 2008 substitúelle Francisco Segarra, exjugador do FC Barcelona B e Celta de Vigo entre outros clubs. O Sporting Mahonés clasificouse durante dúas tempadas (2004-05 e 2005-06) para os playoff polo ascenso a Segunda B, pero non lograría subir á terceira categoría do fútbol español ata o ano 2009. Os menorquines conseguiron regresar á división de bronce tras vencer ao Unión Mutilvera, Burgos CF e CD Tenerife B.