Detaljnim međusobnim poređenjima genoma denisovskog, neandertalskog i modernog čovjeka, nađeni su dokazi složene mreže hibridizacije različitih vrsta. Kao rezultat toga, 17% denisovskog genoma potiče iz lokalne populacije neandertalaca, a u jedarnom genomu su uočeni i genetički dokazi miješanjao s jednom, još uvijek neotkrivenom, linijom hominina, vjerojatno izvorom neuobičajeno stare, konzervirane mtDNK.