سان فرانسیسکو همچنین به دلیل داشتن تپه‌های بلند شهرت دارد. ارتفاع این تپه‌ها گاهی به ۳۰ متر هم می‌رسد. ناب هیل، راشن هیل و بلندی‌های پاسیفیک از معروف‌ترین تپه‌های شهر هستند.