Isoir har spilt inn mange CD-er og LP-er, særlig på Calliope plateselskap. I 2006 utga han sin 36. innspilling. Isoir har fått tallrike priser for sine innspillinger. Han har spilt inn mer enn 20 CD-er med orgelmusikk av Johann Sebastian Bach. Isoirs innspillinger av César Francks musikk for orgel i katedralen i Luçon er blitt lovprist. Han har heller ikke glemt musikk av ukjente, men gode komponister. Isoir har også spilt inn komplette verker av Nicolas de Grigny.