propinsi Aceh, Daerah Istimewa Yogyakarta, Papua Barat, lan Papua memiliki hak istimewa legislatur sing lebih besar lan tingkat otonomi sing lebih tinggi dibandingkan propinsi lainnya. Contohnya, Aceh berhak membentuk sistem legal sendiri; pada tahun 2003, Aceh mulai menetapkan hukum Syariah. Yogyakarta mendapatkan status Daerah Istimewa sebagai pengakuan terhadap peran penting Yogyakarta dalam mendukung Indonesia selama Revolusi. propinsi Papua, sebelumnya disebut Irian Jaya, mendapat status otonomi khusus tahun 2001. DKI Jakarta, adalah daerah khusus ibukota negara. Timor Portugis digabungkan ke dalam wilayah Indonesia lan menjadi propinsi Timor Timur pada 1979–1999, sing kemudian memisahkan diri melalui referendum menjadi Negara Timor Leste.