לאחר מלחמת יום הכיפורים פרסם ספר בשם ""המעלות ממעמקים"", ובו שיחות שהעביר בזמן המלחמה ולאחריה, אשר עסקו בהתמודדות עם משבר האמונה שהביאה עמה המלחמה. בספר זה ביטא הרב עמיטל עמדות שהיוו את יסוד התפיסה של גוש אמונים. בהמשך שינה את דעותיו, והתנגד לתפיסה המשיחית-גאולית של הרב צבי יהודה קוק ושל גוש אמונים, בטענה כי אין בכוחו של אדם לדעת מהן תוכניותיו של האל, אלא רק לקוות. שינוי זה הפתיע את ראשי גוש אמונים, אשר פנו אליו עם הקמת גוש אמונים בבקשה להיות הדמות הרבנית שמובילה את התנועה ונענו בשלילה חריפה[דרוש מקור]