Najveće uspjehe Jadran doživljava nakon osamostaljenja Hrvatske, kada je sezone 1992./93. reorganizacijom natjecanja postao drugoligaš. Svoju debitanstsku sezonu završio je na 12. mjestu. Pod vodstvom trenera Milana Žeželja dva puta zaredom su osvajali naslov prvaka 2. HNL - zapad, sezona 1996./97., i 1997./98. kada je i poražen u kvalifikacijama za Prvu HNL. U Drugoj HNL natjecao se do sezone 2000./01. kada ispada u Treću HNL - zapad, čiji su prvaci postali sezone 2005./06. Sezonu 2006./07. NK Jadran Poreč završio je na 10. mjestu.