ストーリーは大幅な短縮が図られ、一部には原典とは全く異なるシーンへと新規カットで差し替えられていたり、存在自体が省略されていたりもする（ヘリオポリスの救命ポッドから出てきたフレイ・アルスターがキラではなくサイ・アーガイルと抱き合う、モラシム隊が登場しない、クロト・ブエルのレイダーがディアッカ・エルスマンのバスターに撃たれて戦死する、など）。