גרפונקל עסק גם בהיסטוריה של הגעשיות בארץ-ישראל, במיוחד בקרטיקון תחתון (מלפני 145 מיליוני שנים עד לפני 97 מיליון שנים). הוא הראה שפעילות זאת התרחשה במספר שלבים והייתה מלווה בתנועת התרוממות גדולה, שגרמה לסחיפת שכבת סלע בעובי של עד כקילומטר בנגב המרכזי. הוא גם חקר מנגנונים שמסבירים את הקשר בין הפעילות הגעשית לתנועות האנכיות, וגילה שפעילות מגמטית זו היא המבשר של נקודה חמה ביבשת אפריקה. פעילות זו יצרה שורה של תופעות געשיות לאורך רצועה שנמשכת עד סודאן, שם נמשכת געשיות פעילה עד ימינו. זו אחת הנקודות החמות העתיקות ביותר שעדיין פעילות על-פני כדור הארץ.