የደቡብ ብሔሮች ብሔረሰቦችና ሕዝቦች ክልል መንግሥት የተዋቀረው በሕግ አውጭው፣ ሕግ አስፈፃሚውና የዳኝነት (ሕግ ተርጓሚ) አካላት ነው። ከሌሎች ክልሎች በተለየ መልኩ የክልሉ ፖርላማ በሁለት ምክር ቤቶች ተዋቅሯል። እነዚህም የክልሉ ምክር ቤትና የክልሉ ብሔረሰቦች ምክር ቤት ናቸው። የህግ አስፈፃሚው የመስተዳድር ምክር ቤት በርዕሰ መስተዳድሩ የሚመራ ሲሆን የዳኝነት አካል በጠቅላይ ፍ/ቤት ፕሬዝዳንት ይመራል። የሁሉም አካላት አወቃቀር ከብሔረሰቦች ም/ቤት በስተቀር በተዋረድ በክልሉ ውስጥ በሚገኙ ፲፫ ዞኖች፣ ፰ ልዩ ወረዳዎች በጠቅላላ የልዩ ወረዳዎችን ጨምሮ በ፻፴፬ ወረዳዎችና ፴፱፻፲፮ ቀበሌዎች ድረስ በተመሣሣይ ሁኔታ ተዋቅሯል።