Η Ντανστ γεννήθηκε στο Πόιντ Πλέζαντ, του Νιου Τζέρσεϊ, από τους Ινέζ και Κλάους Ντανστ. Έχει έναν μικρότερο αδερφό. Η Ντανστ είναι γερμανικής καταγωγής από την πλευρά του πατέρα της και σουηδικής από τη μητέρα της. Μέχρι την ηλικία των 6, η Ντανστ έζησε στο Νιου Τζέρσεϊ. Το 1991 μετακόμισε μαζί με τη μητέρα της και τον αδερφό της στο Λος Άντζελες. Το 1995, η μητέρα της έκανε αίτηση διαζυγίου. Αφού τελείωσε το λύκειο, η Ντανστ συνέχισε την υποκριτική της καριέρα. Ως έφηβη, βρήκε ότι είναι δύσκολο να αντιμετωπίσει τη δόξα και τη φήμη και για ένα χρονικό διάστημα κατηγορούσε τη μητέρα της που την ώθησε στην υποκριτική. Ωστόσο, αργότερα είπε ότι η μητέρα της ""πάντα είχε τις καλύτερες προθέσεις."" Όταν ρωτήθηκε αν έχει μετανιώσει για τον τρόπο που έζησε τα παιδικά της χρόνια, η Ντανστ είπε: ""Λοιπόν, δεν είναι ένας συνηθισμένος τρόπος για να μεγαλώσεις, αλλά είναι ο τρόπος που μεγάλωσα και δεν θα το άλλαζα. Έχω κι εγώ τα προβλήματά μου... Δεν νομίζω ότι κάποιος μπορεί να κάθεται και να λέει: 'Η ζωή μου είναι πιο χάλια από τη δική σου'. Ο καθένας έχει κάτι που τον απασχολεί.