दोस्रो पटक पृथ्वीनारायण शाहले वि.सं. १८०१ मा कालु पाण्डेको सेनापतित्वमा नुवाकोटमाथी हमला गरे। यस पटक गोर्खाका १२-२० वर्षसम्मका सबै युवाहरुलाई सशस्त्र तयारी गरीएको थियो भने सैनिकहरुको संख्या १ हजार भन्दा माथि थियो। यीमध्ये केहि सैनिक खेतालाहरुको रुपमा नुवाकोट पुराइएको थियो। तत्पश्चात कालु पाडेले नुवाक्कोट रक्षा तैनाथ रहेका जयन्त राणालाई गोर्खामा मिल्नुबाहेक उनको लागि अन्य भलाइ नभएको पत्र पठाए। तर जयन्त राणाले काठमाण्डौ पुगी गोर्खालीहरुबाट सम्भावित आक्रमणको जानकारी दिंदै थप सैनिक र हातहतियार माग गरे। तर उपत्यकामा इन्द्रजात्राको चहलपहल रहेकाले जयप्रकाश मल्लले जयन्त राणाको मागको उपेक्षा गरे। जयन्त राणाको छोरा शंखमणी राणाले नुवाकोटको सुरक्षामा तैनाथ रहेकको समयमा गोरखाबाट पृथ्वीनारायण शाह, दलदर्मन शाह, चौतारा विष्णु शाह, काजी शुरप्रताप शाह आदिले नुवाकोटलाई घेरा हाली एकैपटक आक्रमण गरे। दलदर्मन शाहको हातबाट शखमणी राणाको मृत्यु भयो र पृथ्वीनारायण शाहले नुवाकोटमाथि विजय प्राप्त गरे। नुवाकोटमा गोरखालीहरुको कब्जा भएकाले नुवाकोटका सिपाहीहरु भागि वेलकोटमा अड्डा जमाई बसेकाले कालु पाडेको तत्काल हमला नगर्ने सल्लाहलाई उपेक्षा गरी पृथ्वीनारायण शाहले वेलकोटमा हमला गरे। जयन्त राणा यहाँ पक्राउ परे।