1. september 1923 blei byen ramma av eit stort jordskjelv der opp mot 70 000 menneskje mista livet. Byen blei øydelagd av brannar som starta etter jordskjelvet. Trass i denne katastrofen bygde ein opp byen igjen og innbyggjartalet voks fram til starten på andre verdskrig. Dei første bombene over Tokyo blei sleppt 18. april 1942 og bombinga varte fram til slutten på krigen i 1945. Dette resulterte i at folketalet blei halvert. Det mest omtalte bombeangrepet skjedde 10. mars 1945, som førte til at mange menneskeliv gjekk tapt. Etter slutten på krigen plasserte dei allierte okkupasjonskontoret sitt i den øydelagde byen, og oppbygginga kom raskt i gang.