Дзейнасць у поўным аб'ёме пачалася ў сярэдзіне 2006 года. Усяго ў арганізацыі працуюць крыху больш за сто супрацоўнікаў. Дзейнасць агенцтва накіравана на стварэнне канкурэнтаздольнай еўрапейскай чыгуначнай сеткі за кошт павелічэння міжгранічнага прапускнога патоку і забеспячэння патрабаванага ўзроўня бяспекі. Еўрапейскае чыгуначнае агенцтва устанаўлівае стандарты для еўрапейскіх чыгунак у рэгламенце «Тэхнічныя спецыфікацыі ўзаемадзеяння». Пры ажыццяўленні свайго мандата Еўрапейскае чыгуначнае агенцтва цесна супрацоўнічае з двума зацікаўленымі бакамі - Еўрапейскай камісіяй і прадстаўнікамі ўрадаў, з аднаго боку, і партнёрамі ў чыгуначным сектары, чыгуначнымі работнікамі і пасажырамі, з другога.