Con el nombre de Santa Rosa del Cuareim fue fundada la actual Bella Union tras la Guerra contra el Brasil en 1829 por Fructuoso Rivera y los guaraníes refugiados de las Misiones Orientales que lo acompañaban. En 1852 tras vencer los colorados aliados del Brasil a los nacionales, el territorio al norte del Quareim fue cedido al Brasil lo cual motivó un desalojo de la población. En 1853 fue refundada con el nombre de Santa Rosa de la Bella Unión del Quareim. En el año 1929 el gobierno nacional con motivo del centenario de la campaña de las Misiones, envía un proyecto de ley a la Cámara de Senadores, en la cual establece el nombre de Bella Unión, que para aquel tiempo era una Villa.