タイトルには「種子」以外に「遺伝子操作」や「発端」という意味も含まれており、さらに頭文字のSには「ガンダムズ」の意味もある。なお、ガンダムシリーズの通例になっていた主人公の搭乗機＝タイトルの法則にはなっておらず、その代わりに「SEED」と略記される未知の突然変異遺伝子の設定を反映している。また、サンライズの宮河恭夫とバンダイナムコゲームスの鵜之澤伸の案によって、サンライズオリジナルのガンダム作品で初めてタイトルに「機動戦士」の冠語がつけられた。