ਉਸਨੇ ਆਪਣੇ ਵਿਰੋਧੀਆਂ ਨੂੰ ਪਛਾੜਦਾ ਹੋਇਆ 1860 ਵਿਚ ਰਿਪਬਲਿਕਨ ਪਾਰਟੀ ਦੀ ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ ਲਈ ਨਾਮਜ਼ਦਗੀ ਜਿੱਤਣ ਵਿਚ ਕਾਮਯਾਬ ਹੋ ਗਿਆ। ਉਸ ਦੀ ਚੋਣ ਮਾਰਚ 1861 ਦੇ ਸਮੇਂ ਵਿਚ ਦੱਖਣੀ ਰਾਜ ਵੱਖਰੇ ਹੋਣ ਦਾ ਸੰਘਰਸ਼ ਕਰ ਰਹੇ ਸਨ ਅਤੇ ਇਕ ਮਹੀਨਾ ਬਾਅਦ ਗ੍ਰਹਿ ਯੁੱਧ ਵੀ ਸ਼ੁਰੂ ਹੋ ਗਿਆ। ਉਮੀਦ ਦੇ ਉਲਟ ਲਿੰਕਨ ਗ੍ਰਹਿ ਯੁੱਧ ਦੌਰਾਨ ਇਕ ਸਿਆਣਾ ਫੌਜੀ ਰਣਨੀਤੀਕਾਰ ਸਾਬਤ ਹੋਇਆ। ਲਿੰਕਨ ਵਿੱਗ ਪਾਰਟੀ ਦੇ ਸੁਪੋਰਟਰ ਵਜੋਂ ਸਿਆਸਤ ਵਿਚ ਸ਼ਾਮਿਲ ਹੋਇਆ। 1834 ਵਿਚ ਉਸ ਨੇ ਇਲੀਨੋਇਸ ਦੇ ਵਿਧਾਇਕ ਵਜੋਂ ਜਿੱਤ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੀ। ਵਿੱਗ ਨਾਇਕਾਂ ਹੈਨਰੀ ਕਲੇਅ ਅਤੇ ਡੈਨੀਅਲ ਵੈਬਸਟਰ ਵਾਂਗ ਹੀ ਲਿੰਕਨ ਨੇ ਵੀ ਗੁਲਾਮੀ ਦੀ ਪ੍ਰਥਾ ਦਾ ਵਿਰੋਧ ਕੀਤਾ। ਮਾਰਚ, 1861 ਵਿਚ ਉਹ ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ ਦੀ ਚੋਣ ਜਿੱਤ ਗਿਆ। 1858 ਵਿਚ ਲਿੰਕਨ ਨੇ ਸਟੀਫਨ ਏ. ਦੋਗਲਸ ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਸੈਨੇਟਰ ਦੀ ਚੋਣ ਲੜੀ। ਉਹ ਚੋਣ ਹਾਰ ਗਿਆ ਪਰ ਦੋਗਲਸ ਨਾਲ ਬਹਿਸ ਵਿਚ ਉਸ ਨੇ ਰਾਸ਼ਟਰੀ ਪੱਧਰ ਦੀ ਪ੍ਰਸਿੱਧੀ ਹਾਸਲ ਕਰ ਲਈ, ਜਿਸ ਕਰਕੇ 1860 ਵਿਚ ਰਿਪਬਲਿਕਨਾਂ ਨੇ ਉਸ ਨੂੰ ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ ਲਈ ਨਾਮਜ਼ਦਗੀ ਦੇ ਦਿੱਤੀ। ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉਸ ਨੇ ਰਿਪਬਲਿਕਨ ਪਾਰਟੀ ਨੂੰ ਇਕ ਮਜ਼ਬੂਤ ਰਾਸ਼ਟਰੀ ਸੰਗਠਨ ਬਣਾਇਆ। ਇਸ ਤੋਂ ਵੱਧ ਉਸ ਨੂੰ ਸੰਘ ਦੇ ਪੱਖ ਵਿਚ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਉੱਤਰੀ ਡੈਮੋਕਰੇਟਾਂ ਨੂੰ ਇਕਮੁੱਠ ਕਰ ਲਿਆ। ਜਨਵਰੀ 1863 ਨੂੰ 'ਮੁਕਤੀ ਐਲਾਨਨਾਮਾ' ਜਾਰੀ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਵਿਚ ਕੈਨਫੋਡਰੇਸੀ ਦੇ ਗੁਲਾਮਾਂ ਨੂੰ ਸਦਾ ਲਈ ਮੁਕਤ ਕਰਨ ਦੇਣ ਦੀ ਘੋਸ਼ਣਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਉਸ ਨੇ ਆਪਣੀ ਕਲਿਆਣ ਘੋਸ਼ਣਾ 1863 ਵਿਚ ਜਾਰੀ ਕੀਤੀ, ਜਿਸ ਵਿਚ ਉਸ ਨੇ ਸਾਰੇ ਬਾਗੀ ਗੁਲਾਮ ਰਾਜਾਂ ਨੂੰ ਆਜ਼ਾਦ ਕਰਨ ਦਾ ਐਲਾਨ ਕੀਤਾ। ਲਿੰਕਨ ਨੇ ਸੰਸਾਰ ਨੂੰ ਕਦੇ ਇਹ ਭੁੱਲਣ ਨਾ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ਗ੍ਰਹਿ-ਯੁੱਧ ਵਿਚ ਬੇਕਸੂਰ ਮਰਨ ਵਾਲੇ ਲੋਕਾਂ ਦਾ ਇਕ ਵੱਡਾ ਮੁੱਦਾ ਸ਼ਾਮਿਲ ਸੀ। ਸੰਘ ਦੀਆਂ ਫੌਜੀ ਜਿੱਤਾਂ ਨੇ ਯੁੱਧ ਦਾ ਅੰਤ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਸੀ ਅਤੇ ਲਿੰਕਨ 1864 ਦੂਜੀ ਵਾਰ ਚੋਣ ਜਿੱਤ ਗਿਆ ਸੀ। ਆਪਣੀਆਂ ਸ਼ਾਂਤੀ ਯੋਜਨਾਵਾਂ ਵਿਚ ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ ਬਹੁਤ ਲਚਕੀਲਾ ਅਤੇ ਦਿਆਲੂ ਸੀ, ਉਸ ਨੇ ਦੱਖਣ ਵਾਲਿਆਂ ਨੂੰ ਫੌਰਨ ਹਥਿਆਰ ਸੁੱਟ ਕੇ ਸੰਘ ਵਿਚ ਮੁੜ ਸ਼ਾਮਿਲ ਹੋਣ ਲਈ ਉਤਸ਼ਾਹਿਤ ਕੀਤਾ।