עם עליית הנאצים לשלטון בשנת 1933, בוטלו הופעות התזמורת ומקהלת תומאס בכנסיות. בשנות מלחמת העולם השנייה הופיעו התזמורת והמקהלה רק בנגינה ושירה של מוטטים, שבוצעו מדי שבת. הופעות אלה של שבת אחר הצהריים המשיכו להוות נקודת שיא בלוח ההופעות של נערי המקהלה. המקהלה והתזמורת ממשיכות להופיע עד היום בטקסי התפילה בכנסייה בביצוע קנטטה של יוהאן סבסטיאן באך, שהיה מנצח המקהלה. [דרוש מקור]