沙田站曾進行過多次翻新，曾於1995年進行過一次翻新工程，將整個大堂翻新，並將於非收費區的尖沙咀鐘樓的大鐘遷往九廣鐵路大廈（現稱連城廣場），於大鐘的位置加入兩條扶手電梯來往閣樓，現時的非收費區便是當年翻新工程的後的車站。2003年，沙田站及連城廣場再次進行大規模翻新，於車站也加入多種指示及將收費區大堂進行翻新，將大堂轉為以白色為主的色調，並將失物認領處改建為警崗。可是此舉令部份乘客必須出閘才可到客務中心認領失物，造成一定程度的不便。