Լին հայտնի էր որպես ագնոստիկ մի քանի առիթներով, մասնավորապես, 1983 թվականին Գո Քեն Սվիին տված հարցազրույցում Լին հայտնի է դարձել որպես ագնոստիկ։ Լին անձամբ հայտարարել է իր ագնոստիցիզմի մասին Նյու Յորք Թայմս in 2010 թվականին Նյու Յորք թայմսին տված իր հարցազրույցի ընթացքում, սակայն նա ճշտեց, որ պատանեկության տարիներին նա զբաղվել է Չինական ժողովրդական կրոնով։ 1997 թվականին, հոր մահից հետո, Լին դադարեցրեց զբաղվել չինական ժողովրդական կրոնով։ Նա ամրապնդեց իր կրոնական հայացքները, հայտարարելով, ""Ես չէի ասի, որ ես աթեիստ եմ, ես ոչ կարող եմ մերժել, ոչ ընդունել, որ կա աստված""։ 2009 թվականին, Լի Կուան Յուն իրեն ներկայացել է որպես Բուդդիստ/Տաոիստ համայնքի անդամ, National Geographic Magazine-ին տված հարցազրույցում. Նրա երկու կրտսեր եղբայրները՝ Ֆրեդի Լին և Լի Սուան Յուն, համապատասխանաբար Անգլիկան և Մեթոդիստ եկեղեցիների անդամ էին։