2002. gada 7. novembrī kā partijas ""Jaunais laiks"" pārstāvis kļuva par Latvijas īpašu uzdevumu ministru veselības aprūpes lietās Einara Repšes valdībā, 2003. gada 16. janvārī — par veselības ministru. 2003. gada 10. aprīlī viņš demisionēja pēc KNAB ierosinātās krimināllietas par Audera darbībām, ļaunprātīgi izmantojot pacientu uzticēšanos. Ā. Auderu ministra amatā nomainīja Ingrīda Circene.