Operas režijā Kairišs debitēja ar Pētera Čaikovska ""Jevgēņiju Oņeginu"" uz Latvijas Nacionālās operas skatuves, par kuru 1999. gadā viņš saņēma Lielo mūzikas balvu. Drīz pēc tam, 2001. gadā, viņš Latvijas Nacionālajā operā uzveda Mocarta ""Burvju flautu"", kas vēlāk tapusi par mākslas īsfilmu un demonstrēta 42. Venēcijas biennālē.