הרב עמיטל נפטר בכ""ז בתמוז ה'תש""ע (9 ביולי 2010) ונטמן בהר המנוחות. עם מספידיו נמנו נשיא המדינה שמעון פרס, ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר הביטחון אהוד ברק. בפברואר 2011 קראה עיריית ירושלים על שמו של הרב עמיטל בית ספר בשכונת חומת שמואל. במלאת שנה לפטירתו הוציאה ישיבת הר עציון ספר לזכרו בשם ""לעבדך באמת"", שבו קובצו כ-60 מאמרים על דמותו ומשנתו של הרב עמיטל.