Menyusul penyerahan Belanda, 5.000 penduduk Tarakan amat menderita akibat kebijakan pendudukan Jepang. Banyaknya pasukan Jepang yang ditempatkan di pulau ini mengakibatkan penyunatan bahan makanan dan sebagai akibatnya banyak orang Tarakan yang kurang gizi. Selama pendudukan itu, Jepang membawa sekitar 600 buruh ke Tarakan dari Jawa. Jepang juga memaksa sekitar 300 wanita Jawa untuk bekerja sebagai ""jugun ianfu"" (wanita penghibur) di Tarakan setelah membujuk mereka dengan janji palsu mendapatkan kerja sebagai juru tulis maupun membuat pakaian.