Egipat su 969. godine osvojili severnoafrički vladari iz dinastije Fatimida, koji su bili šiiti. Pretvorili su ga u središte svoje države s prestonicom u Kairu (973. godine). Kako su 1099. krstaši su osvojili Jerusalim, a fatimidski vladar Adid uputio je 1168. kurdskog vojskovođu Saladina u rat protiv krstaša. Saladin ne samo da je bio uspešan u borbi sa krstašima, već je 1171. svrgnuo poslednjeg fatimidskog vladara, ponovno uveo sunitski islam i 1175. proglasio se sultanom. Njegovi potomci postali su poznati kao dinastija Ejubida. U toku njihove vladavine Egipat je u nekoliko navrata bio meta novih krstaških pohoda, naročito Petog i Sedmog. Vlast 1250. preuzimaju mameluci, pripadnici sultanove straže, robovi turkmenskog i mongolskog porekla. Upravo su mameluci 1277. zauzeli Akru i tako zanavek isterali krstaše iz Svete zemlje. Međutim, tokom 14. i 15. veka mamelučki sultani su usred dvorskih prevrata neretko smenjivani, a u istom periodu stanovništvo Egipta je iscrpljivano čestim epidemijama kuge.