京成高砂 - 空港第2ビル間では、経由路線と運賃が2種類（成田スカイアクセス経由と、京成本線経由）存在することになる。そのため、空港第2ビル駅と成田空港駅のホームを京成本線専用ホームと成田スカイアクセス専用ホームに分け、両駅の京成本線コンコースに中間改札を設置してルートの特定と運賃の算定を行っている。