Ngày 22 tháng 11 năm 2006, Tổng cục Cảnh sát công bố quyết định nghỉ hưu với thiếu tướng Phạm Xuân Quắc, theo quyết định của Thủ tướng, từ 01 tháng 12 năm 2006, tướng Quắc không giữ cương vị Trưởng ban chuyên án vụ PMU 18; đồng thời bàn giao công việc tại Cục cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội (C14) cho người kế nhiệm.