फफूंद जनित मस्तिष्क ज्वर, जैसे क्रिप्टोकॉकल मस्तिष्क ज्वर का ऐम्फोटेरिसिन बी और फ्लूसाइटोसिन जैसे फफूंद रोधी की उच्च खुराक का दीर्घ अवधि उपचार दिया जाता है। फफूंद जनित मस्तिष्क ज्वर में अंतः कपालीय दाब आम है और दाब को मुक्त करने के लिये नियमित लंबर पंचर (आदर्श रूप में रोज) अनुशंसित किया जाता है, या वैकल्पिक रूप से लंबर ड्रेन भी किया जा सकता है।