הרב נתן צבי פינקל מינה את מחותנו הרב משה מרדכי אפשטיין, ואת הרב איסר זלמן מלצר, גיסו של הרב אפשטיין, לראשי הישיבה. בעוד הרב מלצר נשלח אחר כך על ידי נתן צבי פינקל לפתוח את ישיבת סלוצק, הרב אפשטיין כיהן בראשות הישיבה עד לפטירתו, וצאצאיו הם חלק מאלה שמכהנים כיום בראשות הישיבה.