克林黴素或頭孢菌素類藥物或阿莫西林等抗生素的使用改变了在腸道內原本的菌叢生態。具體來說，由於抗生素殺滅了腸道內的某些細菌，令另一些細菌比原來的腸道環境內更容易滋長。其中尤以梭狀芽孢桿菌（Clostridium difficile）最為明顯。梭狀芽孢桿菌感染症状之一即是偽膜性結腸炎。