Ööl vastu 22. juunit 1941 oli Estonia teel Riiast Tallinna. Kapteniks oli A. I. Adamson. Irbe väinas sattus laev seoses Nõukogude Liidu ja Saksamaa vahelise sõja algusega kokku Saksa mereväe 5. kiirpaadi- (torpeedokaatrite) flotilli kuuluvate S 27 ja S 28 -ga, mis paigaldasid sinna parasjagu meremiinitõket. Estonia kaaperdati teist korda ja saadeti Turusse, kus pardal olijad vangistati.