民主進步黨於2012年總統選舉敗選後，第14屆黨主席蔡英文宣布辭去黨主席一職以示負責，賴清德為來屆黨主席呼聲最高的人選之一。其既為時任臺南市市長，與高雄市市長陳菊同為民主進步黨層級最高的公職人員，也是中央政府行政院院會「當然列席人員」。惟後來是由高雄市長陳菊代理，賴清德也並未競選下屆黨主席，而由蘇貞昌以過半票數出線。