ב-7 באוגוסט 1942 הושלם גשר פירדאן מעל תעלת סואץ, כשהוא יוצר חיבור קבוע בין רשת המסילות במצרים לזו שמצפון לתעלת סואץ, לראשונה מאז מלחמת העולם הראשונה. הגשר נבנה כדי להקל על מעבר סחורות ונוסעים צפונה, לעבר ארץ ישראל, מבלי שיהיה צורך להעביר את הקרונות על גבי דוברות. הגשר ניזוק בעקבות פגיעה מספינה חולפת ופורק ב-1947. ב-15 באוגוסט 1942 יצאה לראשונה מקהיר רכבת נוסעים שנסעה ישירות עד חיפה. באותה שנה, בניסיון לחסוך בעלויות תפעול, שודרגו כל קטרי הקיטור ברכבת המצרית והחלו לפעול על מזוט, במקום פחם. בשנת 1944 הסיעה הרכבת המצרית 58 מיליון נוסעים. בשנת 1941 כבר החלה הרכבת המצרית להפעיל קטרים בעלי מנוע דיזל.