在康熙十八年重修之后的数百年间，各方还曾经数次扩建或修复柔远驿。康熙三十年（1691年）增建了崇报祠。三十一年（1692年），柔远驿因受台风袭击而严重受损，福建地方政府随即修复了厢楼、墙垣，并重修了馆内的天妃宫。同年，因琉球贡使人数增加到300人，原驿馆显得狭小难以容纳，琉球方便在大厅西南侧增建了小四间用于贡使居住。嘉庆二年（1797年），琉球使臣上奏请修年久失修的柔远驿，清朝方面便由一些宪台官员捐资重新修复了除土地祠和崇报祠外的柔远驿所有设施。嘉庆九年（1804年）正月初九，馆内天妃宫楼上灯烛失火，并蔓延到全驿，甚至烧死了接贡船水梢蒲户仲村渠，该次火灾造成严重的破坏，是柔远驿历史上最大的火灾。虽然火灾系琉球方过失所致，但清政府仍以怜恤的名义接受琉球使者重建的请求，参照原样修复了柔远驿。道光二十二年（1842年），柔远驿河口通事（土通事）所居住的视馆公署被大风所毁，琉球接贡存留通事普久岭里之子呈表文呈请另修一座土通事公关，清政府遂于道光二十四年（1844年）在原视馆公署右侧新建了长五开间、宽二开间的土通事公馆。同治十二年（1873年），柔远驿进行了中琉断交前最后一次大修，土通事公馆扩建为长五间半房，横四间半房。