Kemudian institusi dua Pembantu Gubernur Kalimantan Timur Wilayah Selatan lan Utara tersebut telah ditiadakan sejak tahun 1999. Kebijakan penghapusan institusi ini semata-mata untuk memenuhi ketentuan Undang-undang No. 22 Tahun 1999 Tentang pemerentahan Daerah.