2013年五-六月份爆發澱粉含順丁烯二酸酐食安事件，並擴及全台灣，俗稱毒澱粉事件。這一波食品安全危機中，台南市部份澱粉廠商為主要供應毒澱粉來源，當時衛生署採用選定特定的8類項食品的全面稽查末端小吃店方式，展現所謂「全國同步、積極稽查」的執行作為，要求店家出具檢驗合格證明文件，否則不得販售該8類產品的措施。而台南市長賴清德砲轟此執行作為，本末倒置、並不具任何效益。並指示暫停此種無效益的行政稽查，台南市處理原則為「源頭管理、阻斷貨源、追查上下游、並輔導店家使用合法澱粉」，只查在台南市轄區內製造廠，透過查核供貨帳冊及出貨單，查出其下游中盤商，並在媒體前建議中央參考南市源頭管理的做法。在6月5日市政府第114次市政會議上市長宣稱：『所有問題澱粉6月1日全數銷毀，已沒有問題澱粉在台南市轄區內流通，請全體市民安心』。2013年6月20日食藥局表示市售抽驗毒澱粉未再發現新案，決定跟進台南市政府的作法，不再強制小吃攤飯張貼安全證明。而後在12月17日檢方查出茂利澱粉廠二度販售毒澱粉，將毒澱粉重新包裝再低價賣出，供貨遍及全台各地夜市、小吃。對於再度爆發毒澱粉案市長賴清德僅表示痛心，南市衛生局長表示將依新食品衛生管理法開罰。12月19日三進粉業再度被查出有庫存未申報的毒澱粉。