คลองบางกอกใหญ่ หรือ คลองบางหลวง เดิมเคยเป็นส่วนหนึ่งของแม่น้ำเจ้าพระยามาก่อน กล่าวคือบริเวณตั้งแต่ปากคลองบางกอกน้อย ตรงข้ามมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ไปจนถึงปากคลองบางกอกใหญ่ในปัจจุบันนั้น ยังเป็นแผ่นดินอยู่ แม่น้ำเจ้าพระยาเดิมจะอ้อมเลี้ยวจากหน้ามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นคุ้งกว้างมาทะลุออกข้างวัดท้ายตลาด ต่อมาในรัชสมัยสมเด็จพระไชยราชาธิราช (พ.ศ. 2077 - 2089) โปรดเกล้าให้ขุดคลองลัดระหว่างคุ้งแม่น้ำทั้งสอง เพื่อย่นระยะทางและอำนวยความสะดวกให้กับบรรดาพ่อค้าทูตานุทูตชาวตะวันตกที่เริ่มเข้ามาติดต่อค้าขายและเจริญสัมพันธไมตรีกับอาณาจักรเพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ ในสมัยนั้น ต่อมาคลองลัดเริ่มกว้างใหญ่ขึ้นกลายเป็นแม่น้ำ ส่วนแม่น้ำเจ้าพระยาเดิมก็เล็กลงกลายเป็นคลองบางกอกน้อยและคลองบางกอกใหญ่ ถึงสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสิน ราชสำนักย้ายมาอยู่ที่กรุงธนบุรี คลองบางกอกใหญ่กลายมาเป็นชุมชนของข้าหลวง และโปรดเกล้าให้บรรดาคนจีนซึ่งได้เคยช่วยเหลือพระองค์มาตั้งบ้านเรือนอยู่ริมคลองบางกอกใหญ่ ชาวบ้านจึงเรียกกันติดปากว่า คลองบางข้าหลวง หรือ คลองบางหลวง สืบมาถึงในปัจจุบัน รัฐบาลจอมพลถนอม กิตติขจร กำหนดให้คลองบางกอกใหญ่เป็นคลองสำคัญซึ่งจะต้องอนุรักษ์ไว้ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2510 ปากคลองบางกอกใหญ่แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาทางฝั่งขวาของป้อมวิไชยประสิทธิ์ ไปสิ้นสุดที่คลองมอญ ตรงข้ามปากคลองชักพระ มีความยาวประมาณ 6 กิโลเมตร