Το 475, η Σκύρος, σημαντικότατο σημείο ελέγχου διακίνησης πλοίων στο Αιγαίο, παραδόθηκε στη συμμαχία, επειδή οι Δόλοπες, οι οποίοι την είχαν καταλάβει κι επιδίδονταν στην πειρατεία, καταδικάστηκαν από τη Δελφική Αμφικτυονία σε αποζημίωση που δεν μπορούσαν να καταβάλουν. Ο Κίμων, για να εξασφαλίσει την κατοχή της, έδιωξε τους Δόλοπες και εγκατέστησε Αθηναίους κληρούχους. Ο Κίμων εκπλήρωσε το δελφικό χρησμό, σύμφωνα με τον οποίο τα οστά του Θησέα έπρεπε να μεταφερθούν από τους Αθηναίους από τη Σκύρο στην Αθήνα. Σύμφωνα με το μύθο, ο Κίμωνας παρατήρησε έναν αετό να χτυπάει με το ράμφος και να σκάβει με τα νύχια του σε ένα συγκεκριμένο σημείο, όπου έσκαψαν και βρήκαν τα οστά του Θησέα δίπλα στα όπλα του. Ο Πλούταρχος αναφέρει ότι ο Κίμων λέγεται ότι αναγνώρισε τα οστά του Θησέα από το μεγάλο τους μέγεθος . Με μεγάλες τιμές μεταφέρθηκαν στην Αθήνα, όπου για τη στέγασή τους ιδρύθηκε το Θησείον λίγες εκατοντάδες μέτρα ανατολικά της Αγοράς.