1624 m. Kauno maršalkos Andriaus Skorulskio rūpesčiu bažnyčia paskirta vienuolėms benediktinėms. Iki 1627 m. suremontuota, pastatytas medinis vienuolynas. Jam paskirta žemės ir skypų Kaune, dovanotas Petrašiūnų palivarkas, o 1643 m. – Paštuva su Kvesų kaimu. Manoma, kad bažnyčia nukentėjo 1655 m. 1663 m. remontuota. XVIII a. bažnyčia ir vienuolynas aptverti masyvia mūro tvora. 1782 m. buvo 22 vienuolės.