P. Apinis ir viens no Latvijas Ārstu biedrības dibinātājiem 1988. gadā, tās prezidents 1991.-1992. un kopš 2006. gada. No 1989. līdz 1994. gadam bijis žurnāla ""Latvijas Ārstu Žurnāls"" galvenais redaktors un izdevējs. Ilgus gadus aktīvi nodarbojas ar orientēšanās sportu, ir bijis Latvijas Orientēšanās federācijas prezidents (2006-2008 un 2012-2014). Ir ""Latvijas Tibetas atbalsta biedrības"" valdes priekšsēdētājs. 2009. gadā P. Apinis bija viens no Baltija ceļa piemiņas pasākuma - diennakts skrējiena ""Sirdspuksti Baltijai"" iniciatoriem un organizētājiem.