Bogoljubov døydde i 1896 i Paris. All kapitalen etter seg testamenterte han til eit museum og ein målarskule. Skulen vart opna etter Bogoljubovs død og fekk namnet Bogoljubovs målarskule (Боголюбовское Рисовальное Училище). Framståande modernistmålarar som Viktor Borisov-Musatov og Pavel Kuznetsov var målarar som fekk utdanning ved Bogoljubov-skulen.