Duša začína na katastrálnom území mesta Strážske, východne od jeho časti Pláne. Odtiaľ tečie prevažne na juh cez poľnohospodársku krajinu. Sprvu tečie súbežne so železničnou traťou č. 191 na pravom brehu a medzi obcami Pusté Čemerné a Voľa priberá prvé prítoky v podobe zavlažovacích kanálov. Následne preteká okrajom obce Nacina Ves, južne od nej podteká spomenutú železničnú trať, z pravej strany priberá Vybúchanec, esovito sa ohýba a z tej istej strany priberá Suchý potok. Vzápätí sa zľava oddeľuje preložka Duša I., ktorá pokračuje na východ, križuje sa s korytom Stredného potoka a na území mesta Michalovce sa postupne stáča na severovýchod. Podteká železničnú trať č. 191 aj cestu I. triedy č. 18, preteká severným okrajom intravilánu mesta, pričom podteká kopec Hrádok na pravom brehu a zároveň oddeľuje mesto od mestskej časti Topoľany na ľavom brehu. SSZ od centra mesta napokon ústi do Laborca.