Tā kā jaunie krāteri satur vairāk ledu, tad visticamāk Ganimēda virsma ir pārklāta ar tumšas vielas slānīti, bet dziļākie slāņi sastāv no daudz tīrāka ūdens ledus. Šī tumšās vielas kārtiņa varētu izveidoties kosmiskajiem putekļiem nosēžoties uz pavadoņa virsmas, vai arī ūdens molekulām sublimējot apkartējā vidē.