Tarakan menyediakan pelayanan transportasi laut dengan tujuan wilayah lain di Kalimantan Utara dan Tawau, Sabah, Malaysia. Pelabuhan di Tarakan juga melayani transportasi laut ke Jawa dan Sulawesi. Di Kota Tarakan terdapat 4 pelabuhan utama antara lain Pelabuhan Tengkayu I, Pelabuhan Tengkayu II, Pelabuhan Malundung dan Pelabuhan Juwata Laut. Pelabuhan Tengkayu I dimanfaatkan sebagai pelabuhan untuk Speed Boat ke wilayah lain di Kalimantan Utara jaraknya dari pusat kota sekitar 1 km, Pelabuhan Tengkayu II digunakan sebagai pelabuhan bongkar muat barang jarak dari pusat kota hanya 500 m, Pelabuhan Malundung digunakan sebagai pelabuhan untuk kapal besar tujuan Jawa, Sulawesi dan Malaysia jaraknya dari pusat kota 1,5 km, serta Pelabuhan Juwata Laut yang baru saja dibangun digunakan sebagai pelabuhan Ferry jaraknya dari pusat kota adalah 10 km.