Ο Αρχιεπίσκοπος Στυλιανός γεννήθηκε στο Ρέθυμνο της Κρήτης στις 29 Δεκεμβρίου 1935. Σπούδασε θεολογία στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης, από όπου αποφοίτησε το 1958. Χειροτονήθηκε διάκονος το 1957 και ιερέας το 1958. Ολοκλήρωσε τις μεταπτυχιακές του σπουδές στη συστηματική θεολογία και τη φιλοσοφία της θρησκείας στη Βόννη της Γερμανίας, από το 1958 έως το 1966. Στους διδασκάλους του συμπεριλαμβανόταν ο Καρδινάλιος Γιόζεφ Ράτσινγκερ, ο οποίος αργότερα έγινε ο Πάπας Βενέδικτος ΙΣΤ΄. Έγραψε τη διατριβή του στην ιδέα πως η Ορθόδοξη Εκκλησία κατείχε το αλάθητο όταν ενεργούσε από κοινού με συνοδικότητα (π.χ. τα Οικουμενικά Συμβούλια). Τη περίοδο αυτή, η ιδέα του αλάθητου φαινόταν πως ανήκε αποκλειστικά στη Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία, και ήταν εντελώς ξένη στην Ορθόδοξη.