Idadi ya wakimbizi ilipanda na kushuka kulingana na mawimbi ya vita, huku maelfu zaidi wakikimbia baada ya kundi la Taliban kuyachukua mamlaka mnamo mwaka wa 1996. Uvamizi wa Marekani wa nchi ya Afghanistan mnamo mwaka wa 2001 na utakaso wa kikabila uliondelea na ghasia za kikabila pia zilisababisha watu zaidi kuyapoteza makazi yao. Ingawa wachache wamerudishwa makwao, mpango uliofadhiliwa na Umoja wa Mataifa kutoka Iran hadi Pakistan, sensa ya mwaka 2007 ya Ubalozi wa Umoja wa Mataifa wa Wakimbizi ilitambua zaidi ya wakimbizi milioni mbili ambao bado walikuwa wakiishi nchini Pakistan pekee.