Vecākās kārpcūku fosilijas saglabājušās no holocēna laika, norādot uz divu sugu ļoti senu līdzās pastāvēšanu (parastajai kārpcūkai (P. africanus) un tuksneša kārpcūkai ir atšķirīgi vēsturiskie priekšteči). Šo divu seno kārpcūku līniju priekštečiem ir atšķirīgs priekšzobu skaits. 19. gadsimtā, kad Dienvidāfrikā izmira tuksneša kārpcūkas, uzskatīja, ka šī suga dzīvnieku pasaulei ir zudusi. Tikai 21. gadsimta DNS un morfoloģijas analīžu pētījumi atklāja, ka Austrumāfrikā dzīvojošā kārpcūka ir nevis parastās kārpcūkas pasuga, bet gan, ka tā ir Dienvidāfrikā izmirušās kārpcūkas radiniece.