1990'ların başları Kırgızistan'a yeni değişimler getirdi. Kırgızistan Demokratik Hareketi, Parlamento'nun desteğiyle önemli bir politik güç haline geldi. Kırgız Bilim Akademisi'nin liberal başkanı Askar Akayev 1990 yılının Ekim ayında başkan seçildi. Takip eden Ocak ayında Akayev, yeni hükümet yapılarını öne sürdü ve çoğunlukla daha genç ve reforma yönelik politikacılardan oluşan yeni bir hükümet tayin etti. 1990 yılının Aralık ayında Yüksek Sovyet, cumhuriyetin adını Kırgızistan Cumhuriyeti olarak değiştirmek üzere oy verdi. 1991 yılının Şubat ayında başkent Frunze'nin adı devrim öncesi adı olan Bişkek olarak değiştirildi. Bağımsızlığa giden bu estetik hareketlere rağmen, ekonomik gerçeklikler Eski Sovyetler Birliği'nden ayrılmaya karşı durur gibi gözükmekteydi. 1991 yılının Mart ayındaki Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği'nin yaptığı bir referandumda seçmenlerin % 95,98'si Sovyetler Birliği'nin yenilenmiş federasyon olarak tutulması teklifini uygun buldular (bkz. 1991 Sovyetler Birliği referandumu).