Die Tweede Vryheidsoorlog het op 11 Oktober 1899, begin. In Oktober 1900 het hy Suid-Afrika verlaat op die oorlogskip De Gelderland, wat gestuur is deur Nederland se koningin Wilhelmina. Sy vrou, Gezina Kruger, was op daardie tydstip baie siek, en kon hom nie vergesel nie. Sy het op 20 Julie 1901 gesterf.