در بهمن ۱۳۶۸ خورشیدی (فوریهٔ ۱۹۹۰ میلادی) به‌دنبال شایعاتی مبنی بر اسکان آوارگان ارمنی در شهر دوشنبه، مردم اعتراض کردند و در نتیجهٔ درگیری آنان و نیروهای پلیس عده‌ای زخمی یا کشته شدند. مردم در تظاهرات خود خواستار اصلاحات اقتصادی و سیاسی، بازگشایی مساجد و احیای فرهنگ ملی خود بودند. به‌دنبال این درگیری‌ها، فعالیت حزب رستاخیز و حزب دموکراتیک تاجیکستان و حزب نهضت اسلامی غیرقانونی اعلام شد. در نوامبر ۱۹۹۰ میلادی قهار محکموف به ریاست جمهوری برگزیده شد. در ۳۱ اوت ۱۹۹۰ محکموف که با کودتای نظامیان بر ضد گورباچف مخالفت نکرده‌بود، به‌دنبال تظاهرات گستردهٔ مردم مجبور به استعفا شد. در نهم سپتامبر شورای عالی تاجیکستان به استقلال تاجیکستان رأی داد. قدرالدین اصلانف، رئیس شورای عالی و کفیل ریاست جمهوری، فعالیت حزب کمونیست را ممنوع و دارایی آن را ملی کرد، اما شورای عالی ــ که اکثر نمایندگان آن کمونیست بودند ــ اصلانف را برکنار و نبی‌اف را جانشین وی کرد و ممنوعیت فعالیت حزب کمونیست را لغو نمود. در ششم اکتبر شورای عالی در نتیجهٔ فشار مخالفان، فعالیت حزب کمونیست را به حال تعلیق درآورد و فعالیت حزب نهضت اسلامی را آزاد اعلام کرد. نبی‌اف بلافاصله پس از آن از کفالت ریاست جمهوری استعفا کرد تا زمینهٔ برگزاری انتخابات فراهم شود. انتخابات ریاست جمهوری سرانجام در ۲۴ نوامبر ۱۹۹۱ برگزار و نبی‌اف با ۵۷٪ آرا رئیس جمهور شد. رقیب اصلی وی، دولت خدانظروف که از پشتیبانی احزاب اصلی مخالف کمونیست‌های پیشین برخوردار بود، ۳۴٪ آرا را به دست آورد، هرچند که مخالفان صحت برگزاری انتخابات را رد کردند. در ماه بعد تاجیکستان به عضویت جامعهٔ کشورهای مستقل مشترک المنافع درآمد.نبی‌اف بار دیگر در چهارم ژانویهٔ ۱۹۹۲ به حزب کمونیست تاجیکستان اجازهٔ فعالیت داد. در مارس ۱۹۹۲ در دوشنبه در اعتراض به برکناری نوجوانف، از اهالی بدخشان، از وزارت کشور، تظاهرات ضدحکومتی آغاز شد. در آوریل ۱۹۹۲ به دنبال دستگیری مقصود اکرام‌اف، شهردار دوشنبه که اجازهٔ نصب مجسمهٔ فردوسی به جای مجسمهٔ لنین را داده بود، تظاهرات مردم شدت بیش‌تری گرفت. مخالفان حکومتی تقریباً دو ماه در مرکز دوشنبه ماندند. حکومت نیز با آوردن هواداران خود از کولاب و خجند ــ که از دورهٔ شوروی حامی حزب کمونیست بودند ــ تظاهراتی در دوشنبه ترتیب داد. پس از ۵۱ روز از شروع تظاهرات و کشته‌شدن حدود ۱۵۰ تن، مذاکرات مخالفان با نبی‌اف به نتیجه رسید و حکومت مصالحهٔ ملی در یازدهم مه ۱۹۹۲ تشکیل شد که از ۲۴ وزیر آن هشت وزیر از احزاب مخالف بودند. پس از این مصالحه درگیری در دوشنبه خاتمه یافت، ولی در همان ماه نیروهای کولابی طرفدار کمونیسم ضمن مخالفت با حکومت مصالحهٔ ملی و خلع سلاح خود، با هواداران احزاب اسلامی و دموکراتیک در آن منطقه درگیر شدند.