בשנת 1929 במהלך מאורעות תרפ""ט, אירע טבח חברון. רבים מתלמידי הישיבה הלכו לביתו של סלונים, בהנחה ששם הם בטוחים מפגיעה. בפועל שם היה מספר הנרצחים הגבוה ביותר של תלמידי הישיבה. הנרצח הראשון בטבח היה תלמיד הישיבה שמואל רוזנהולץ, שנרצח בדקירת פגיון בבית המדרש של ישיבת חברון, ארבעה תלמידים נרצחו ב""בית קפיליוטו-בורלנד"", וב""בית קיזלשטיין"" נרצח תלמיד הישיבה זאב גרינברג באכזריות. בסך הכל נרצחו בטבח 24 מתלמידי הישיבה, אך רבים אחרים ניצלו. אנשי היישוב היהודי פונו מהעיר וראשי הישיבה החליטו על העברתה לירושלים.