Nagíng kabísera ng Negros ang Himamaylan. Nang panahóng iyón, ang lungsód ay nagíng kutà ng mga puwérsang Kastilà. Sa ngayón, ang mga lumáng kutang bantáyan para sa mga piráta na ginawà ng mga Kastilà ay nagíng puntáhan na makikità sa lungsód. Sa kalagitnáan ng 1565, dumatíng at pinasailálim ng mga Kastilà ang Himamylan. Pinasimúlan nilá ang Sistémang Enkomyenda na kung saán ang isáng bahagì ng lupaín kabílang ang mga prodúkto at mga namamaháyan nitó ay napapasailálim ng mga mananákop.