プラモデルや関連グッズ、同時期にメディアミックスで展開された『機動戦士ガンダムSEED ASTRAY』や『ガンダムSEED MSV』も人気を博した。2004年に東京アニメアワードでアニメーションオブザイヤーとテレビ部門の優秀作品賞の2冠を受賞している。また、角川書店の『月刊ニュータイプ』2006年9月号で応募・集計された「最新最強ベストアニメ100」では、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』と共に第1位に選ばれた。一方、一部に性的・残虐な描写があり、ベッドシーンを匂わせるシーンについてBPOに一度回答を求められたことがある。放送前は吉野弘幸の弁によると「ガンダムは終わったコンテンツ扱い」されていたようで、∀ガンダムまでのコミカライズを担当していたコミックボンボンから断られたが番組の好評を受け急遽連載開始された経緯をもつ。