Στα 57 του χρόνια παίρνει την απόφαση να κατέβει στην Αφρική με ιεραποστολικό σκοπό. Ο τότε αρχιεπίσκοπος αλλά και όλοι οι γνωστοί του τον αποθάρρυναν, προβάλλοντας ως δικαιολογίες το προχωρημένο της ηλικίας και την κατάσταση της υγείας του. Σε μία επίσκεψη του στους Αγίους Τόπους συνάντησε τον πατριάρχη Αλεξανδρείας Χριστοφόρο, από τον οποίο πήρε ευλογία και συνέχισε προς την Αφρική. Σε λίγες μέρες βρέθηκε στην Ουγκάντα. Γράφει για τις πρώτες δυσκολίες που συνάντησε: «ούτε κατοικία, ούτε ναός, ούτε κλήρος. […] αι ολίγαι ελληνικαί οικογένειαι, μίλια μακρυά η μία από την άλλην. Οι μάυροι Ορθοδοξοι, ομοίως διεσπαρμένοι κατά δεκάδας και εκατοντάδας μιλίων εις τα 4 σημεία του ορίζοντος. Οι ιθαγενείς ιερείς αδαέσταται και επτοημένοι…». Ανοίγεται λοιπόν σε μια ευρεία αλληλογραφία, Γράφει σε φίλους, συγγενείς, γνωστούς που μπορεί να βοηθήσουν με οποιονδήποτε τρόπο. Έτσι, άρχισε σιγά σιγά να δέχεται βοήθεια από την Ελλάδα, την Ευρώπη, την Αμερική (επιταγές, δέματα με ρουχισμό, σκεύη κ.ά.). Γράφει: «στις 22 λήγοντος μηνός (Μαρτίου) 1961 ετελέσθησαν τα εγκαίνια του μικρού Ναού της Ιεραποστολής μας.[…] Λουγκάντα δεν έμαθα ακόμη, έχω μάθει όμως αρκετά «Σουαχίλι». Τα λέγω ανακατωτά με τα αγγλικά και συννενουούμαι σχεδόν καλά». Κατηχεί, διδάσκει, λειτουργεί. Πλήθος ιθαγενών βαπτίζεται. Ετοιμάζει και άλλους και τους οδηγεί στην ιερωσύνη.