澎湖縣政府（英文：Penghu County Government）係中華民國台灣澎湖縣最高層級嘅地方行政機關，喺中華民國政府架構中為縣自治嘅行政機關，同時負責執行中央機關委辦事項。澎湖縣嘅自治監督機關本為臺灣省政府，但臺灣省虛級化後，臺灣省政府嘅業務同功能被大幅縮減，澎湖縣嘅自治監督機關亦改為行政院各部會（主要係中華民國內政部）。澎湖縣政府亦都係轄下各鄉、鎮、縣轄市嘅地方自治監督機關。澎湖縣政府設有11個內部單位、7個所屬一級機關（設有20個下屬機關）、9個所屬二級機關、54所各級學校。