Prokatüootide transkriptsioon toimub tsütoplasmas. Väga pikkade transkriptide puhul algab translatsioon RNA 5’ otsast, samal ajal kui 3’ otsas toimub alles transkriptsioon. Eukarüootides toimub transkriptsioon üldiselt tuumas, kus tuumamembraan eraldab DNA ülejäänud raku sisust. Polümeraasi sünteesitud RNA molekul on tuntud kui primaarne transkript ja pärast sünteesi tehakse sellele transkriptile post-transkriptsionaalsed modifikatsioonid. Alles pärast modifikatsioone eksporditakse RNA tsütoplasmasse, kus toimub translatsioon. Modifikatsiooniks on intronite splaissimine, mis on eukarüootides unikaalne protsess. Põhiliseks regulatsiooniks eukarüootsetes rakkudes on alternatiivne splaissimine. Selle tulemusena saadakse samast transkriptist (samast geenist) erineva pikkusega järjestused ja sellest tulenevalt ka erinevad valgud.