ואכן, בלילה שבין 3 ל-4 באוקטובר 1903, שכר חדר (בבית שבו נפטר לודוויג ואן בטהובן ברחוב שווארצהשפניירשטראסה 15, בווינה). באותו ערב שלח מכתב אל אביו להודיע כי הוא מתאבד. בחדר בו התגורר הוא ירה בעצמו, בעודו לבוש בכל בגדיו. לאחר ניסיונות הצלה בבית החולים ""וינר אלגמיינר קרנקנהאוס"" בווינה, נקבע מותו של אוטו בשעה 10:30 בבוקר.