У чэрвені 1945 створаная Акадэмія навук Эстонскай ССР (па-эстонску: Eesti Nõukogude Sotsialistliku Vabariigi Teaduste Akadeemia). Яна складалася з цэнтральнае бібліятэкі і чатырох падразьдзяленьняў, улучаючы ў сябе 15 навуковых інстытутаў, у тым ліку іншыя навуковыя супольнасьці і музэі. У красавіку 1989, за два з паловай гады да атрыманьня Эстоніяй незалежнасьці, Акадэмія вярнула былую назву Эстонскай акадэміі навук.