Shumë kohë përpara së të ndodhte kjo, krishterimi u bë fe e themeltë e Shqipërisë, duke zëvendësuar politeizmin ilir dhe errësuar pjesën më të madhe të pamjes se jashtme njerëzore botërore dhe instituticionet e trashëguara nga qytetërimet greke e romake. Por, megjithëse vendi ishte nën zgjedhën e Bizantit, shqipëtarët e krishterë do perçaheshin ndërmjet pushtetit të Papës së Romës deri në vitin 732 dhe Kostantinopojes. Në këtë vit perandori ikonathyes bizantin Leo III, i zemëruar nga disa shqiptarë sepse këta kishin përkrahur Romën në Zënkën Ikonë-thyerëse, e shkëputi kishën shqiptare nga Papa i Romës dhe e vuri ate nën patriarkun e Konstantinopojës. Kur kisha e krishterë u ça në vitin 1054 midis Lindjes dhe Romës, Shqipëria e Jugut mbajti lidhjen e saj me Konstantinopojën ndërsa Shqipëria e Veriut iu rikthye pushtetit të Romës. Kjo çarje në kishën shqiptare shënoi thyerjen e parë fetare më të rëndë të vendit.