Sultan Agungdan sonra gələn oğlu Susuhunan I Amangkurat (1645-1677) atasının yolunu təqib edərək şimal sahili dövlətlərinin dini liderlərini qılıncdan keçirdi və beləcə Mataram Orta Yava sultanlığı, siyasi nüfuzunda boşluq doğurduğu iddiasıyla bu müsəlman dövlətlərə qarşı da tam bir düşmən kəsildiyini göstərmiş oldu. Mataram liderləri özlərinin Macapahit dövlətinin bir davamı olduqlarını söyləməyə başladılar. Ancaq bu dönəmdə də İslama qatılanlar çoxaldı və İslam mədəniyyəti Hind-Yava kültürü yanında təsirliyini qorudu. Yenə bu illərdə İslam düşüncə tarixi içində yerini alan vəhdət-i vücud axını da özünü göstərdi. Burada İslam aləminin digər bölgələrindəkilərdən fərqli bir şəkildə ortaya çıxan bu axımda Hind fəlsəfi görüşünün izlərinə rastlandı və nəticədə Yavadakı vəlilərdən biri olan Şeyx Siti Jenar qarışdırıcı və inanc pozucu fikirlərindən dolayı edam edildi; gerçək İslam əqidəsini öyrətmək üzərə də Orta Yava kəndlərinə irşad üçün din adamları göndərildi. Bu arada Mataram hakimləri tənkid edilməyə başlandılar; buna görə I Amangkurat atası Sultan Agung kimi Şərqi Yavadakı müsəlmanlara qarşı basqı və hətta tənkil hərəkətlərinə girişdi. Bunun nəticəsində Şərqi Yavada müsəlmanların haqlarını müdafiə üçün Madura şahzadəsi Trunajaya başçılığında üsyanlar meydana gəldi.