בסוף שנות החמישים ובראשית שנות השישים עזבו הבלגים את האזור וברואנדה השכנה התרחשה מהפכת ההוּטוּ. המוני בני שבט ההוטו הדיחו את שלטון המלוכה של הטוּטסִי ובתמיכת הבלגים ערכו בחירות דמוקרטיות. בהוטו שנבחרו לשלוט ברואנדה טבחו בעשרות אלפי טוּטסִי. בתקופה זו שרר חוסר יציבות שלטוני בממלכת בורונדי. באוקטובר 1965 לאחר ניסיון הפיכה כושל של קציני הוטו, החלו פרעות בבני ההוטו בבורונדי. בתגובה חיילים בני ההוטו רצחו מאות אזרחים מבני בטוטסי. הטוּטסִי החליטו לעשות הכול כדי שגורלם לא יהיה דומה לגורלם של הטוּטסִי ברואנדה, על כן החלו להוציא להורג עשרות קצינים בני ההוּטוּ והשתלטו כליל על הצבא והמשטרה. בשנת 1966 התקיימה במדינה הפיכה צבאית כנגד המלוכה, בראשות קולונל מיקוֹמְבוּרוּ. המשטר הצבאי החדש והקשוח, שהונהג בידי קציני טוּטסִי, החל במדיניות של אפליה מחמירה כנגד ההוטו. כל ניסיון התקוממות של ההוּטוּ הוביל למעשי טבח נרחבים באזרחים בני הוּטוּ.