Сезон 2016 атрымаўся для БАТЭ няўдалым. Каманда другі раз запар дайшла да фіналу Кубка Беларусі, але не змагла захаваць тытул, саступіўшы ў серыі пенальці жодзінскаму «Тарпеда-БелАЗ». У Лізе чэмпіёнаў БАТЭ прайшоў у другім кваліфікацыйным раўндзе фінскі СІК, але ў трэцім саступіў ірландскаму «Дандалку» (1:0, 0:3) і выбыў у Лігу Еўропы, дзе таксама не выйшаў у групавы этап, прайграўшы ў плэй-оф кваліфікацыі па суме дзвюх сустрэч «Астане» з Казахстана (0:2, 2:2). У выніку БАТЭ ў другі раз з 2008 года застаўся без еўракубкаў восенню.