پس از گذشت چند سال از ورود او سید حسین بروجردی در قم اقامت می‌کند، حسینی زنجانی به مدت ده سال در دروس او شرکت می‌کند و نیز یک دوره در درس اصول آیت‌الله صدر حاضر می‌شود. هم‌چنین در نزد سید احمد خوانساری خارج مباحث الفاظ مقالات را به‌پایان می‌رساند.