השנים שלאחר תום מלחמת העולם השנייה היו שנות שפל ברכבת המצרית, שפל שהתבטא בירידת במספר הנוסעים, בנפחי הסחורות ששונעו ובמספר הקרונות בשירות הרכבת. אחד הגורמים לשפל זה נבע ממכירה בשוק האזרחי של אלפי משאיות מעודפי הציוד הצבאי. בשנת 1948 הייתה עליה זמנית בנפחי תנועת הרכבות בחצי האי סיני, עם יציאת הבריטים מארץ ישראל והתעצמות הצבא המצרי לקראת חודש מאי. עם פרוץ מלחמת העצמאות נותקה מסילת הרכבת מלוד לקנטרה ומאז נפסקה התנועה בקו זה.