9月9日，無黨籍議員曾順良在質詢時稱疫情嚴重是因為賴不進議會，造成市府螺絲鬆動。10月6日，台南市登革热病例突破18,096例，约占台南市总人口数的1%。當時台南流行的是自中華民國境外移入的新型的印尼株病毒第二型，過去20多年來，幾乎沒有台灣人感染過，因此不具抵抗力，加深發病的機率提高（據估計，未發病的感染登革熱人數，約為發病者的九倍至十倍）。10月7日，台南市衛生局更表示目前台南市登革熱死亡病例已達78人，超過SARS造成全台灣死亡人數的73人。