No norte de Australia (que inclúe as partes máis ao norte do Territorio do Norte, Australia Occidental e Queensland), a especie está prosperando, especialmente nos numerosos sistemas fluviais preto de Darwin como os ríos Adelaide, Mary e Daly, xunto cos seus adxacentes billabongs (ramais e pozas) e estuarios. A poboación do crocodilo de auga salgada en Australia estímase en 100 000 a 200 000 adultos. En Australia, a especie coexiste co máis pequeno e de fociño estreito crocodilo de auga doce australiano (C. johnstoni). A súa área de distribución esténdese desde Broome, Australia Occidental a través de toda a costa do Territorio Norte polo sur ata Rockhampton, Queensland. O río Alligator na rexión da Terra de Arnhem ten ese equivocado nome polo parecido entre o crocodilo de auga salgada e o aligátor se o comparamos co crocodilo de auga doce australiano, que tamén habita no Territorio Norte, pero é moi distinto. En Nova Guinea, son tamén comúns, e viven na rexión costeira en practicamente todos os sistemas fluviais do país, como o río Fly, e en estuarios e mangleirais, onde solapan a súa área (aínda que raramente viven xuntos) co máis escaso e menos agresivo crocodilo de Nova Guinea (C. novaeguineae). Tamén están presentes nas illas do Arquipélago Bismarck, illas Kai, illas Aru, illas Maluku e moitas outras illas da rexión, incluíndo as illas do estreito de Torres. Tamén se encontran en Timor