در انتخابات ریاست جمهوری در ششم نوامبر ۱۹۹۴، رحمانف با ۵۸٪ آرا بر تنها رقیب خود عبداللّه جانف، که ۳۵٪ آرا را کسب کرد، پیروز شد. در همین انتخابات ۹۰٪ رأی دهندگان قانون اساسی جدید را تأیید کردند.پس از مذاکرات طولانی نمایندگان حکومت با مخالفان آن، در مسکو، کابل، آلماتی، عشق‌آباد، بیشکک، مشهد و تهران، سرانجام سیدعبداللّه نوری رهبر حزب نهضت اسلامی و امامعلی رحمانف، سازش‌نامهٔ عمومی استقرار صلح و سازگاری ملی را در ۲۷ ژوئن ۱۹۹۷ در مسکو امضا کردند و رسماً به جنگ داخلی پنج ساله پایان دادند. به دنبال آن شبه‌نظامیان مخالف حکومت عفو شدند و به آنها اجازهٔ بازگشت به کشور داده شد. بسیاری از این شبه‌نظامیان بنابر سازشنامهٔ صلح، در ارتش تاجیکستان ادغام شدند. ضمناً در شورای مصالحهٔ ملی که در نتیجهٔ پیمان صلح به وجود آمد، و هریک از طرفین سیزده کرسی به دست آوردند و ۳۰٪ از مناصب حکومتی در سطح ملی و منطقه‌ای به مخالفان داده شد.در اوایل نوامبر ۱۹۹۸ نیروهای فرمانده شورشی ارتش، محمود خدای بِردی اف، به خجند حمله کردند و پنج روز نبرد شدید میان نیروهای او و سربازان حکومتی درگرفت. پس از سرکوبی تهاجم، خدای بردی اف به ازبکستان گریخت. رحمانف، چند تن از جمله عبداللّه جانف نخست وزیر سابق، و دوستوف معاون پیشین رئیس جمهور، را از محرکان این واقعه اعلام کرد. وی همچنین اسلام کریموف، رئیس جمهور ازبکستان، را به دست داشتن در این توطئه متهم کرد. این وقایع به تیرگی روابط دو کشور انجامید.