در ۱۲۸۳ قمری (۱۸۶۶ میلادی) روس‌ها خجند و اوراتپه و قلعه ناو و در ۱۲۸۵ قمری (۱۸۶۸ میلادی) بخش علیای رود زرافشان از جمله پنجکنت را گرفتند، در ۱۲۸۶ قمری (۱۸۶۹ میلادی) امیر بخارا، حصار و کولاب را به قلمرو خود ضمیمه کرد؛ بدین ترتیب، شمال تاجیکستان به روسیهٔ تزاری و جنوب آن به امارت بخارا ملحق شد. در ۱۳۰۹ قمری (۱۸۹۲ میلادی) نیروهای روسی وارد پامیر شرقی شدند. در ۱۳۱۳ قمری (۱۸۹۵ میلادی) هیئت مشترک انگلستان و روسیه مرز آسیای مرکزی را، از جمله در پامیر، تعیین کردند. در ۱۳۳۴ قمری (۱۹۱۶ میلادی) مردم آسیای مرکزی، از جمله اهالی خجند و دیگر بخش‌های تاجیکستان شمالی، به سبب فرمان تزار روسیه برای سربازگیری، بر او شوریدند.