رابطهٔ سید محمد عزالدین زنجانی با روح‌الله خمینی نزدیک و صمیمی بود. خمینی توجه خاصی به این شاگرد خود داشتند. زنجانی تعریف می‌کرد که یک بار سخت بیمار بوده و ظاهراً حصبه گرفته بوده. پزشکان اما اشتباه تشخیص داده بودند و داروی اشتباه تجویز کرده بودند. بیماری آن‌قدر شدید شده بود که وی نمی‌توانسته از حجره پا بیرون بگذارد. روح‌الله خمینی در درس اسفار، متوجه غیبت شاگرد خود شدند و از حاضران سراغش را گرفتند. دوستانش گفته بودند که کسالت دارد. فردای آن روز روح‌الله خمینی برای عیادت از این شاگردشان به حجرهٔ او رفتند.