André Isoir hadde mange orgelstudenter, blant dem noen norske - som Liv-Benedicte Bjørneboe og Oddbjørn Sæbø. Bland studenter fra andre land kan nevnes Jörg Abbing, Michel Bouvard, Jean Boyer, Monika Dabrowska-Beuzelin, Frédéric Denis, Frédéric Désenclos, François Espinasse, Pierre Farago, Yves Fossaert, Dominique Fournier, Jean-Louis Gil, Juliette Grellety-Bosviel, Emmanuelle Haïm, Makiko Hayashima, Léonid Karev, Joachim Kunze, Sven-Ingvart Mikkelsen, George Ritchie, Henri de Rohan, Pascale Rouet, Carolyn Shuster-Fournier, Christophe Simon, Liuwe Tamminga, Timothy Tikker, Jean-Michel Verneiges, Francis Vidil og Haru Yamagami.