Гулҷон Молдаҷонова дар шаҳри Алмаато ба дунё омадааст. Диққати ӯро аз хурдӣ математика ба худ ҷалб мекард. Гулҷон духтарчаи закию тезфаҳм буда, дар вақтҳои кӯдакиаш орзу медошт, ки тамоми ҳаёти худро ба хизмати илм бахшад. Баъди хатми мактаби миёна соли 1983 ба факултаи физикаи Донишгоҳи давлатии Қазоқистон даромад ва бомуваффақият таҳсилашро давом дод. Ба гуфти Алия Аскарова, ки ҳоло декани факултаи мазкур мебошад, Гулҷон ҳам кори ҷамъиятӣ мебурд, ҳам дар дастаи варзишӣ аз номи донишгоҳ иштирок мекард. Ӯ то соли 1989 дар донишгоҳ хонда, соҳиби маълумоти олӣ гардид. Дар зарфи ду сол ба физикаи ҷисми сахт машғул мешуд.