ESTCOY-13 põhiülesanneteks oli vastase häirimine ja eksitamine koostöös Ühendkuningriigi luurerühma ja snaiprigrupiga. Osaleti teede puhastamistel isevalmistatud lõhkekehadest (IED – Improvised Explosive Device), et avada teed liikumiseks lõunast tulevatele Afganistani armee ja politsei üksustele.