2004年教統局勒香港教育改革中，引入俗稱爲校本條例（正式名稱《2004年教育（修訂）條例》）个管理政策，要求全港學堂要勒2009年前成立法團校董會，陳日君非但強烈反對，外加控告政府，声称若然搭政府打官司敗訴，教區會放棄部分學堂主辦權。陳日君話：「講穿仔，也就是政府要辦學團體權力下放畀個別校董會，自家卻攬集大權，直接管制每間學堂。」2006年1月初兩位教師先後自殺後，陳日君指事件搭教育改革搭界，促請政府馬上停止教育改革。