मस्तिष्क ज्वर आम तौर पर सूक्ष्मजीवों द्वारा होने वाला एक संक्रमण है। अधिकतर संक्रमण वायरस के कारण होते हैं तथा बैक्टीरिया, फंगी और प्रोटोज़ोआ अन्य सबसे आम कारण हैं। यह कई गैर-संक्रमण कारणों से भी हो सकता है। शब्द असेप्टिक मेनिन्जाइटिस उन मामलों को बताता है जिनमें कोई बैक्टीरिया जनित संक्रमण प्रदर्शित नहीं होते हैं। इस प्रकार का मस्तिष्क ज्वर आम तौर पर वायरस के कारण होता है, लेकिन यह ऐसे बैक्टीरिया जनित संक्रमणों के कारण भी हो सकता है जिनका पहले आंशिक उपचार हो चुका हो, जब मस्तिष्क ज्वर से बैक्टीरिया समाप्त हो जाते हैं या पैथोजन मस्तिष्क ज्वर से सटे स्थान को संक्रमित करते हैं (उदाहरण के लिये साइनोसाइटिस)। एंडोकार्डाइटिस (दिल के वॉल्व का एक संक्रमण जो रक्त प्रवाह के माध्यम से बैक्टीरिया के छोटे गुच्छों को फैलाता है) से भी असेप्टिक मस्तिष्क ज्वर हो सकता है। असेप्टिक मस्तिष्क ज्वर, स्पाएरोशेट (सर्पकीट) से संक्रमण के कारण भी हो सकता है, यह एक प्रकार का कीट है जिसमें ट्रेपोनेमा पैलिडम (सिफलिस का कारक) और बोरेलिया बर्गडॉरफेरि (लाइम रोग पैदा करने के लिये जाना जाने वाला) शामिल है। मस्तिष्क ज्वर में सेरेब्रल मलेरिया (मस्तिष्क को प्रभावित करने वाला मलेरिया) या अमीओबिक मेनिन्जाइटिस, अमीबा जैसे नाइग्लेरिया फाउलेरी से संक्रमण के कारण होने वाले मस्तिष्क ज्वर से हो सकता है जो स्वच्छ हवा स्रोतों के संपर्क से फैलते हैं।