باختياره اسم فرنسيس، كان البابا أول حبر منذ عهد البابا لاندو (913 - 914) لا يختار اسمًا استعمله أحد أسلافه، كما كان أول بابا يتسمى باسم فرنسيس. التسمية جاءت تأسيًا بالقديس فرنسيس الأسيزي، الذي ""لعب دورًا هامًا في تاريخ الكنيسة الكاثوليكية""، صحيفة التلغراف قالت: ""إن اختيار البابا لهذا الاسم بالذات يكشف عن الخلفية التي جاء منها، وطريقته المتوقعة لإدارة الكنيسة ولكنه في الوقت ذاته صعّب من مهمته في المرحلة المقبلة، ...، إذ يعرف القديس فرنسيس، الذي بزغ اسمه في القرن الثالث عشر بأنه كان من أتباع التيار الإصلاحي في الكنيسة، وقد ترك حياة الترف واختار حياة الزهد تاركًا عائلته وأصدقاءه، وبدأ بالدعوة إلى مساعدة الفقراء ونادى بإعادة بناء الكنيسة"". وقد أشار الأب غيليرمو ماركو أقرب مساعدي البابا، أنه اختار ""هذا الاسم من أجل محاربة الفقر، فلطالما كان من كبار المعجبين بفرنسيس الاسيزي"". كذلك الأمر، فإن البابا بوصفه راهبًا يسوعيًا، يأتي اختياره اسم فرنسيس تكريمًا للقديس فرنسيس كسفاريوس، الإسباني، وأحد مؤسسي الرهبنة اليسوعية التي ينتسب إليها البابا. خلال لقاءه مع الصحفيين والإعلاميين بعيد انتخابه قال البابا أن الاسم الذي اختاره على اسم القديس فرنسيس الأسيزي المدافع عن الفقراء وقال البابا أنه يريد ""كنيسة فقيرة، وتدافع عن الفقراء""، وأشار أيضًا إلى القديس فرنسيس بوصفه رجلاً يدافع عن السلام في عالم تتقاذفه الحروب"" وعن دفاعه ومحبته للطبيعة في عالم يتجه نحو التلوث.