It-tim issaħħah mill-involviment ta' plejers żgħażagħ ġodda. Żebbuġ reġgħu ngħataw it-Tazza tal-kondotta tajba, u l-individwu wieħed Mario Grech ingħata l-unur tal-aħjar plejer tas-sena u l-plejer Joe Cini u Alex Tramboo kienu vvutati bħala Sprite Players fit-Tieni Diviżjoni f'Ottubru u April-Mejju rispettivament. L-istaġun 1998-1999, it-tim kien iggwidati minn Victor Żammit, u kellhom kampjonat tajjeb fl-ewwel diviżjoni. Huma spiċċaw it-tieni post bi 18-il punt u lagħbu deċiżiva għall-promozzjoni kontra Xewkija Tigers. Wara li ħadmu iebes Żebbuġ rebħu 4-3 fil-ħin żejjed u kienu promossi fl-Ewwel Diviżjoni. Dan is-suċċess kien onorat mill-ġdid bit-Tazza tal-kondotta tajba u l-plejers Mario Azzopardi kien magħżul bħala l-aħjar plejer promettenti tat-Tieni Diviżjoni. Fl-istaġun 1999-2000, Żebbuġ Rovers spiċċaw fir-raba post fil-klassifikazzjoni tal-Ewwel Diviżjoni.