Rustem Khamitov er giftur Gulshat Khamitova og eiga þau tvö börn, son sem er verkfræðingur og dóttur sem er starfsmaður í ferðaþjónustufyrirtæki. Bæði búa þau í Moskvu. Auk þess að hafa bashjírsku að móðurmál talar hann reiprennandi í rússnesku og ensku. Hann er súnní múslimi. Áhugamál hans eru bækur, tónlist, skíði og siglingar á ám Basjkortostan.