Γεννήθηκε το 1570 στην Αθήνα. Το οικογενειακό όνομά του ήταν Σκορδαλός, το οποίο στη συνέχεια άλλαξε στο πιο αρχαϊκό Κορυδαλλεύς, λόγω του ότι ήταν κάτοικος Κορυδαλλού. Φοίτησε αρχικά στο κολέγιο του Αγίου Αθανασίου στη Ρώμη και συνέχισε με σπουδές ιατρικής και φιλοσοφίας στο πανεπιστήμιο της Πάδοβα. Αναγορεύτηκε διδάκτωρ του πανεπιστημίου στις 5 Ιουνίου του 1613. Τα χρόνια των σπουδών του συνέπεσαν με την αναβίωση της μελέτης του Αριστοτέλη και επηρεάστηκε ιδιαιτέρως από τον νεοαριστοτελικό φιλόσοφο και δάσκαλό του Τσέζαρε Κρεμονίνι (Cesare Cremonini). Δίδαξε στην Ελληνική κοινοτική σχολή της Βενετίας, στην Αθήνα, στην Κεφαλονιά και στην Ζάκυνθο μέχρι το 1622, οπότε και ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κύριλλος Λούκαρις τού ανέθεσε τη διεύθυνση της Πατριαρχικής Ακαδημίας. Κατάφερε να αναδιοργανώσει την Πατριαρχική Ακαδημία και να της δώσει πανεπιστημιακό χαρακτήρα, περιορίζοντας τον θεολογικό σχολαστικισμό και φέρνοντας στο επίκεντρο της διδασκαλίας την φιλοσοφία και την ερμηνεία των αριστοτελικών έργων. Το πρόγραμμα της Πατριαρχικής Ακαδημίας που κατάρτισε ο Κορυδαλλεύς αποτέλεσε το πρότυπο των ελληνικών σχολείων κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας.