Ο Απόλλων ιδρύθηκε το 1891 στην ακμάζουσα Σμύρνη από μια ομάδα Ελλήνων. Τα μισά περίπου από τα μέλη του, μεταξύ των οποίων o Χρυσόστομος Σμύρνης (θα κατακρεουργηθεί από τον τουρκικό όχλο κατά την καταστροφή της Σμύρνης το 1922) και ο Εμμανουήλ Σάμιος, είχαν αποχωρήσει από τον προϋπάρχοντα Ορφέα. Ως χρώματα του συλλόγου επιλέχθηκαν αυτά της ελληνικής σημαίας, για να καταδειχθεί ο αποκλειστικά ελληνικός χαρακτήρας της ομάδας μέσα στην τουρκοκρατούμενη πόλη.