Zibilizazio honen amaiera ere ez dago argi. Kontinenteko Greziatik zetozen mizenatarrek inbaditu zituzten K. a. 1400 inguru. Horrekin batera, Santorini irlako erupzioak ere paper garrantzitsua jokatu omen zuen Kretako zibilizazioaren gainbeheran. Teoria honen arabera, minostar itsasontziak eta portuak suntsiturik geratu ziren lurrikara eta itsasikara itzel horiengatik. Balizko klima-aldaketek uzten gainean eragin txarra izan zezaketen urte askotan zehar.