Post 875/6 li eniris en malferman konflikton kun al-Muvafak, kiu klopodis malsukcese elpostenigi lin. En 878, kun subteno de la frato de al-Muvafak, nome kalifo al-Mu'tamid, Ibn Tulun ekhavis la regadon de Sirio same kiel de la distriktoj landlimaj kun la Bizanca Imperio, kvankam la kontrolo de Tarso partikulare montriĝis malforta. Dum sia foresto en Sirio, lia plej aĝa filo kaj sendito, nome Abbas, klopodis ekhavi povon en Egiptio, kio kondukis al la enprizonigo de Abbas kaj la nomumo de la dua filo de Ibn Tulun, nome Ĥumaraŭajh, kiel lia heredanto. La dizerto en 882 de aĝa komandanto, Lu'lu', al al-Muvafak, kaj la dizerto de Tarso, devigis Ibn Tulun reveni al Sirio. Senpovigita, al-Mu'tamid klopodis fuĝi el la kontrolo de lia frato al la teritorio de Ibn Tulun sed li estis kaptita de la agento de al-Muvafak, kaj Ibn Tulun kunvenigis asembleon de juristoj ĉe Damasko por denunci al-Muvafak kiel uzurpinto. Lia klopodo en aŭtuno 883 por rekapti Tarson malsukcesis, kaj li malsaniĝis. Reveninte al Egiptio, li mortiĝis en Majo 884 kaj estis sukcedita de Ĥumaraŭajh.