XX a. 4 dešimtmetyje Sovietų Sąjunga pradėjo įgyvendinti „medvilnės nepriklausomybės politiką“, siekdama tapti lydere pasaulinėje medvilnės rinkoje, todėl regione buvo pradėta plėtoti žemdirbystė – auginama medvilnė, laukams drėkinti pradėti intensyviai kasti irigacijos kanalai. Daugelis šių kanalų iškasti nekokybiškai, todėl daug vandens nepasiekia laukų ir pakeliui išgaruoja arba įsisunkia į dirvą (pvz., didžiausiame pasaulyje Karakumų kanale, įvairiais apskaičiavimais, prarandama 30-70 % vandens). Kanalų statyba intensyvėjo, ir 1960 m. iš Syr Darjos ir Amu Darjos buvo nukreipiama 20-50 km³ vandens kasmet. Dėl to apie 1960 metus Aralas ėmė sparčiai sekti.