בקיץ תש""ח, לאחר שרבים מבני הישיבה חזרו לבתיהם בזמן ההפוגה, הקימה הישיבה סניף זמני בתל אביב, בראשות הרב אהרן כהן, ששהה אז בבני ברק. סניף זה פעל עד חורף תש""ט, אז חזרו התלמידים לירושלים.