בשנת תר""א 1841 נפטר רבי יעקב קאזיס, רבה של מנטובה, ובשנה שלאחריה בחודש סיוון נבחר מורטרה במקומו. מורטרה החזיק ספרייה גדולה, אשר כללה כתבי יד רבים. לאחר פטירתו נמכרה הספרייה לדוד קאופמן. מורטרה ניהל ויכוח עם חכמי יהדות איטליה בנוגע לביטול יום טוב שני של גלויות, והחזיק בדעה שאין לבטלו.