Με το θάνατο του Γουλιέλμου του Β΄, το πριγκιπάτο πέρασε στον Οίκος των Ανδεγαυών του Βασιλείου της Νεαπόλεως, οπότε και η Ισαβέλλα Βιλλεαρδουίνου παντρεύτηκε τον Φίλιππο Α΄ της Σαβοΐας, τον οποίο ο Κάρολος Β΄ της Νάπολης κατηγόρησε για ατιμία επειδή δεν τον βοήθησε στην εκστρατεία κατά του Δεσποτάτου της Ηπείρου, και εφόσον η Ισαβέλλα δεν είχε ζητήσει την άδεια του πατέρα της για να παντρευτεί τον Φίλιππο, ο Κάρολος τους απάλλαξε από το πριγκιπάτο τους και το παρέδωσε στον Φίλιππο Α΄ του Τάραντα στις 5 Μαΐου του 1306. Οι δυναστικές έριδες και οι διεκδικητές του θρόνου του Πριγκιπάτου συνεχίστηκαν μέχρι το τέλος του, φέρνοντας μάλιστα οι διεκδικητές ακόμα και μισθοφορικούς στρατούς όπως οι Ναβαραίοι. Ο ένας από τους αρχηγούς αυτών των μισθοφόρων έφτασε να γίνει και ο ίδιος πρίγκιπας, πρόκειται για τον Πέτρο του Μπορντώ.