1825年夏天开始，达尔文跟着父亲做了学徒，记录一些患者的状况。哥哥伊拉斯谟已于3年前进了剑桥大学基督学院，查尔斯听说他被安排了一些尸体解剖的工作，觉得无法适应。罗伯特安排他去爱丁堡大学，当时爱丁堡的医学院无论设施、师资均是英国最强，超过牛津大学和剑桥大学，而且不排斥非国教信徒。伊拉斯谟从剑桥归来后，准备赴爱丁堡校外医院学习，兄弟二人便于当年10月末一起抵达爱丁堡，租用了一套有两个卧室、一间起居室的房子。达尔文在这里参加了大量社交活动，认识了不少辉格党上层人物，包括教育家伦纳德·霍纳、作家沃尔特·司各特、博物学家约翰·詹姆斯·奥杜邦等人。入学以后，达尔文报了医学、解剖学、化学、临床课和外科学等课程，但并不喜欢大学课程。讲授医学的邓肯、讲授人体解剖学的亚历山大·门罗三世尤其令他反感，霍普的化学课是他唯一有兴趣的内容。