1921'de SSCB ve Türkiye ile dostluk, 1922'de İran'la saldırmazlık antlaşması yaptı. 1921 Türkiye Anayasası'nı örnek alarak hazırlattığı Afgan Anayasası, 1923'te yürürlüğe girdi. Kayınbiraderi ve Dış İşleri Bakanı Mahmud Tarzi danışmanlığında giriştiği gayriislami yenilik hareketleri nedeniyle mütedeyyin İslami çevrelerin muhalefetiyle karşılaştı. 1928'de Avrupa, Türkiye, Mısır ve Hindistan'ı kapsayan bir ziyaretten sonra ülkesine döndükten sonra yasama reformu ve kadınlara siyasi haklar tanınması gibi yeni tasarıları açıkladı. Bunun üzerine mollaların sert tepkisiyle karşılaştı. Kasım 1928'de Celalabad'da patlak veren bir kabile ayaklanması sırasında ünlü bir kabile lideri olan Baççe-i Sakov, başkent Kabil'i ele geçirdi ve kendisini Hükümdar ilan etti. Emanullah Han tahtı yeniden ele geçirmeyi denediyse de başarılı olamadı ve Afganistan'dan ayrılmak zorunda kaldı. 14 Ocak 1929'da gecenin ortasında, Emanullah Han kardeşi İnayetullah Han'a Krallığı devretti ve gizlice Kandahar'a doğru Kabil'den kaçmaya çalıştı. Ancak Habibullah Kalakani ve takipçileri at sırtında Emanullah'ın binmiş oluğu Rolls-Royce'u kovaladı ama Emanullah kaçmayı başardı. Emanullah Han sonraki yaşamını sürgünde geçirdi. 25 Nisan 1960 tarihinde Zürih'de yaşamını yitirdi. Cenazesi Afganistan'a getirildi ve doğduğu şehir olan Celalabad'da defnedildi.