Pous Johannes XIII het sy pontifikaat begin met die beplanning van die Tweede Vatikaanse Konsilie. Op 25 Januarie 1959 roep hy die geestelikheid op na die konsilie, wat eers na sy dood sou begin. In 1960 roep vir die eerste keer 'n sinode vir Rome byeen. Hy wou die diosees vernuwe, maar die besluite van die sinode het tot meer verkramping gelei. Hy het die besluite van die sinode verwerp. Pous Johannes het 'n kommissie aangestel om die kerklike wetboek te hersien. Dit het eers in 1983 onder Pous Johannes Paulus II tot 'n nuwe wetboek gelei.