Masalah sumber daya alam nang sini terutama adalah penebangan hutan ilegal sing memusnahkan hutan hujan, selain itu Taman Nasional Kutai sing berada nang Kabupaten Kutai Timur ini juga dirambah hutannya. Kurang sekang setengah hutan hujan sing masih tersisa, seperti Taman Nasional Kayan Mentarang nang bagian utara propinsi ini. pemerentah lokal masih berusaha untuk menghentikan kebiasaan sing merusak ini.