視聴率は最低4.6%、平均6.2%を記録し、平成以降のガンダムシリーズでは最高視聴率を達成した。本作以降毎日放送制作土曜夕方6時枠のアニメ（通称土6）はアニメ枠として定着し、以降も後番組『鋼の錬金術師』や続編『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』などのヒット作を輩出することとなる。 最高視聴率は2002年12月28日放送分のPHASE-13『宇宙（そら）に降る星』の8%で、ガンダムシリーズ歴代5位。