Puolue perustettiin presidentinvaaleihin perustetun, Keijo Korhosen Suomen kansan itsenäisyysrintama -valitsijayhdistyksen, jatkajaksi vuonna 1994 nimellä Vapaan Suomen Liitto (VSL). Vuonna 2004 nimeksi vaihdettiin Itsenäisyyspuolue Vapaan Suomen Liitto ja 2006 se lyhennettiin muotoon Itsenäisyyspuolue. Järjestö on poistettu puoluerekisteristä kolmesti (1999, 2007 ja 2015). Se rekisteröitiin uudelleen vuosina 2000, 2008 ja 2017.