في 15 أبريل 2005، قدم أحد المحامين دعوى قضائية ضد الرهبنة اليسوعية والكاردينال برجوليو بتهمة التقاعس، على خلفية خطف اثنين من الكهنة اليسوعيين من قبل البحرية خلال الحرب القذرة عام 1976، والذين وجدوا على قيد الحياة بعد خمسة أشهر من اختطافهم، إنما بحالة أشبه بفقدان الوعي؛ بكل الأحوال رفضت المحكمة الدعوى من أساسها ولم تفض لشيء. وبحسب سيرجيو روبين، وهو مؤلف وضع عام 2010 كتابًا عن حياة الكاردينال برجوليو، فإن موقف بورجوليو يعكس ""موقف الكنيسة ودورها خلال الديكتاتورية العسكرية الأخيرة""، في حين اعتبر خبير أرجنتيني أنّ ""بعض الكهنة التزموا الصمت وبعض رجال الدين كانوا شركاء، وبعض أعضاء الأسقفية كانوا مؤيدين للسلطة الديكتاتورية، لكن كل هذا لا ينطبق على البابا؛ الرجل الذي لا يؤخذ عليه أي شيء"". وفقًا لصحيفة الإسبراتو، فإن برجوليو طلب عام 2000 إضافة دعم ""النظام الديكتاتوري"" بوصفه خطيئة قام بها عدد من رجال الكنيسة، وقال أن كنيسة الأرجنتين يجب أن تكّفر عما فعله بعض أبنائها، وحسب صحيفة الواشنطن بوست فإن آخر ما قام به البابا قبل نهاية ولايته كرئيس مجلس الأساقفة الكاثوليك الأرجنتيني، الاعتذار عن ""التقاعس"" في تحقيق رسالة الإنجيل الاجتماعية خلال مرحلة الديكتاتورية العسكرية في البلاد، ليكون بذلك أول شخصية رسمية تقدم اعتذارها.