Li estas la oka el naŭ filioj de Mario Prodi, inĝeniero el kampara familio, kaj Enrica, istruistino. La familio konsistas el sep fratoj kaj du fratinoj, preskaŭ ĉiuj gefratoj estas aŭ estis docentoj (Giovanni Prodi pri matematiko, Vittorio Prodi pri Fiziko kaj estas ankaŭ parlamentano, Paolo Prodi pri nuntempa historio, Franco Prodi pri Fiziko de atmosfero, Giorgio Prodi pri ĝenerala patologio). En la jaro 1969 en Reggio Emilia li estis edzigita de la pastro, nun kardinalo, Camillo Ruini, kun Flavia Franzoni, tiam lernantino. Poste ŝi iĝis ekonomikistino kaj docentino. Romano Prodi havas du filojn, Giorgio kaj Antonio.