Ақпараттық жүйелер кафедрасы өзінің бастауын 1973 жылы ашылған «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау» кафедрасынан алады. Кафедраның алғашқы меңгерушісі физика-математика ғылымдарының докторы Қ.А.Қасымов болды. Одан кейін кафедраны физика-математика ғылымдарының докторы, профессор М.А.Тайцлин, техника ғылымдарының докторы, профессор М.М.Телемтаев басқарды.