לאחר התלבטות בין המושבה פתח תקווה ובין העיר חברון, הוחלט לבחור בחברון, שבה היה חשש קטן יותר שהשפעות מן החוץ יפריעו לתלמידי הישיבה. חברון נבחרה גם כדי לחזק את הקהילה היהודית במקום שהידלדלה מאד. בשל כך תמכו ראשי היישוב היהודי ביוזמה. הרב אפשטיין, ששהה באותה תקופה בארצות הברית, התרים כספים עבור העלאת הישיבה לחברון.