Fuzija gena ima ključnu ulogu u evoluciji genske arhitekture. Umnožavanje, divergencija sekvenci i rekombinacije su imale veliki doprinos u mijenjanju genetičke struktukture populacije tokom evolucijskih promjema. Te događaje vjerojatno može proizvesti pojava novih gena iz već postoječih oblika. Kada se fuzija gena događa u regiji nekodirajućih sekvenci, to može dovesti do devijantne regulacije ekspresije gena, sada pod kontrolom cis-regulacijskih sekvenci drugog gena. Ako se to dogodi u kodirajućoj sekvenci, genske fuzije izazvaju sklapanje novog gena , što omogućuje pojavu novih funkcija. To se ostvaruje dodavanjem peptidnih modula u više proteinskih domena, u otkrivanju načina da se sačini popis događanja fuzije gena na visokoj biološkoj razini, što može pružiti uvid o multimodularnu arhitekturu proteina.