Qarabağlar şəhəri — Müasir Qarabağlar kəndinin yerləşdiyi ərazidə isə məskunlaşmanın tarixi, əsasən, orta əsrlərə aiddir. Qarabağların tarixinə diqqət yetirsək, bu ərazinin, xüsusilə XII-XVII əsrlərdə bölgənin əsas mərkəzlərindən biri kimi önəmli bir statusa sahib olduğunu söyləyə bilərik. Qarabağlar şəhərinin əsasının nə zaman qoyulması barədə yazılı qaynaqlarda verilən məlumatlar da məhz XII əsri işarə etməkdədir. Türk səyyahı Övliya Çələbinin “Bu şəhərin özülünü Mənüçöhr qoyub” fikrinə əsaslanan bir sıra tədqiqatçılar Qarabağlar şəhərinin əsasının XII əsrdə Şirvanşah Mənüçöhr tərəfindən qoyulduğu fikrini irəli sürmüşlər. Lakin bu fikrin nə qə­dər həqiqətə uyğun olub-olmadığı hələlik digər mənbələr tərəfindən təsdiqlənməmişdir. Qarabağların şəhər kimi formalaşması və inkişaf dövrü isə Hülakülər dövlətinin dönəminə təsadüf edir. Dövrün mənbələrində Naxçıvan tüməninin tərkibinə aid olan Naxçıvan, Əncan, Ordubad, Azad, Makuyə, Dəbil, Sürməli, Qarabağlar şəhərlərinin adı çəkilmişdir. Qarabağlar kəndi ətrafında yerləşən ərazilərdəki oykonimlər də (Qıvraq, Yurdçu və sair) ərazidə Hülakülər dövründə sürətli məskunlaşmanın olduğunu sübut edir. Qarabağlar ərazisində bu günə qədər qorunub saxlanılan Qarabağlar türbəsi də məhz Hülakülər dövründə tikilmişdir. XIX əsrdə bu kənddə olmuş V.M.Sısoyev Qarabağlar türbəsinin son Hülakülər – ilk Teymurilər dönəmində tikildiyini yazmış, portal-baştağ çərçivələrinin isə XIV əsr memarlığına uyğun olduğunu göstərmişdir. Abidənin üzərində Hülakü hökmdarı Əhməd Təkudərin anası Cahan Qudi xatının adının həkk olunması bu dövrdə Qarabağlar və ətraf ərazilərdə ciddi quruculuq işlərinin aparıldığını, Marağa, Təbriz və Sultaniyə ilə yanaşı, Qarabağların da Hülakülər dövlətinin əsas siyasi mərkəzlərindən biri olduğunu ehtimal etməyimizə imkan verir. Əmir Teymurun Qarabağlarda böyük bir qoşun ilə beş ay qışlaması da bu şəhərin ciddi əhəmiyyətindən xəbər verir. Öz inkişafının zirvəsinə XIII-XIV əsrlərdə çatmış Qarabağlar şəhəri XVI əsrdə dağıntılara məruz qalsa da, şəhər və bölgə mərkəzi kimi statusunu itirməmişdir.