З’яўленьне новай мадэфікацыі, 6.Serie/B.W. або Ausf.E, было выклікана першым чынам недастатковасьцю бранявой абароны машын раньніх сэрый, прадэманстраванай яшчэ падчас Польскай кампаніі. На Ausf.E, таўшчыня ніжняй лабавай пліты была даведзеная да 50 мм, акрамя гэтага стала стандартнай усталёўка дадатковых 30-мм пліт над верхняй лабавой і 20-мм — над бакавымі плітамі, хоць на малаважнай частцы танкаў раньніх выпускаў дадатковыя 30-мм пліты не ўсталёўваліся. Бранявая абарона вежы, разам з тым, засталася ранейшай — 30 мм для лабавай пліты, 20 мм для бартавых і кармавы пліт і 35 мм для маскі гарматы. Была ўведзеная новая камандзірская вежка, з таўшчынёй вертыкальнага браняваньня ад 50 да 95 мм. Быў таксама паменшаны нахіл кармавой сьценкі вежы, зараз вырабляючаяся з суцэльнага ліста, без «наплыву» для вежкі, а на машынах позьняга выпуску да кармы вежы стаў мацавацца небранаваная скрыня для снараджэньня. Акрамя гэтага, танкі Ausf.E адрозьніваліся яшчэ — новым назіральным прыборам кіроўцы, спрошчанымі кіроўнымі і накіроўвалымі коламі, палепшанай канструкцыяй розных люкаў і назіральных лючкоў і ўводам вежавага вентылятара. Замова на шостую серыю PzKpfw IV склаў 223 адзінкі і быў выкананы ў поўным аб’ёме ў перыяд з верасьня 1940 па красавік 1941 году, раўналежна з вытворчасьцю танкаў Ausf.D.