מלחמת ששת הימים הביאה למשבר חריף נוסף בפעילותה של הרכבת המצרית. כל נכסיה של הרכבת המצרית בחצי האי סיני אבדו וגשר פירדאן, ששוקם ב-1963, ניזוק פעם נוספת במלחמה. ממזרח לתעלה נותר ציוד נייד רב, שנפל שלל בידי ישראל. בין השאר נתפסו מספר קטרי דיזל אמריקאים מדגמים דומים לאלו שפעלו באותה עת ברכבת ישראל. שמונה מן הקטרים המצרים נכנסו לשירות רכבת ישראל וקיבלו מספור חדש כמקובל בה: 251, 127-130, 161-163. ישראל לא הפעילה את מסילות הרכבת בחצי האי סיני (פרט לרכבות שנשאו שלל לישראל) ורבות מהן נהרסו במהלך הקרבות וחלק מאלה ששרדו, פורקו לצרכים שונים. עם תחילת מלחמת ההתשה, נמצא למסילות שימוש בביצורי קו בר לב. במהלך מלחמת ההתשה שותקה אף מסילת הרכבת המוליכה מאיסמעיליה לפורט סעיד. רק בשנת 1970, עם הפסקת האש, ניתן היה להתחיל ולשקם את אזור התעלה.