Pada 1978 ia kembali meninggalkan IDF dan berdinas selama 4 tahun sebagai pilot cadangan namun kembali lagi berdinas pada 1982 ketika ia juga berlatih untuk menerbangkan pesawat jet tempur F-16 yang baru. Pada 1984 ia menjadi komandan dari sebuah skuadron Phantom. Pada 1986 ia diangkat untuk mengepalai proyek jet IAI Lavi. Setelah proyek itu dibatalkan karena tekanan Amerika, Halutz diangkat menjadi komandan pangkalan udara Hatzor pada 1991.