1992 m. spalio 25 d. Lietuvos Respublikos Konstitucijoje tolesnė apylinkių veikla nebebuvo numatyta. Pagal 1994 m. liepos 7 d. Lietuvos Respublikos vietos savivaldos įstatymą 1995 m. Joniškio rajono savivaldybės tarybos sprendimu vietoje Žagarės apylinkės viršaičio pareigybės įsteigta Žagarės seniūno pareigybė. 2000 m. įkurta Žagarės seniūnija.