MSF dipunpimpin déning satunggaling dewan direktur internasional ingkang dumunung ing Jenewa, Swiss, lan dipunorganisir dados 20 pérangan. Saben taunipun, antawis 3.000 dhokter, perawat, bidan lan tenaga logistik dipunrekrut saperlu nindakaken manke proyek, ananging namung 1.000 ingkang dipunkerjakaken kanthi permanen minangka staf kanggé ngrrekrut relawan lan nangani perkawis keuangan lan gegayutan kaliyan medai. Para donor swasta maringi antawis 80% saking dana ingkang dipunbetahaken déning organisasi punika, déné sumbangan pamaréntah lan perusahaan-perusahaan maringi kiranganipun. Anggaran taunan MSF antawis sakitar AS dolar 400 juta.