由於2013年8月經濟部水利署曾經表示，預計到2013年底，793.15億、執行率95％之治水計畫執行總額主要分配於彰化以南6個縣市，尤以台南市被分配金額169.6億元最多，占總金額21％；四年後台南市政府水利局又指出該市總計已投入253.4億治水經費治水，遭民眾質疑其治水效率。