جنگ داخلی تاجیکستان در ۱۹۹۳ تا حد زیادی آرام شد، ولی درگیری‌ها با شدت کمتری تا چند سال بعد ادامه یافت. در ژوئن ۱۹۹۳ دیوان عالی رسماً فعالیت حزب نهضت اسلامی تاجیکستان، سازمان لعل بدخشان، سازمان رستاخیز و حزب دموکراتیک تاجیکستان را غیرقانونی اعلام کرد و عملاً تنها حزب کمونیست تاجیکستان را قانونی دانست. در دسامبر ۱۹۹۳ در نتیجهٔ اختلاف کولابی‌ها و خجندی‌ها، عبداللّه جانف از نخست وزیری استعفا کرد. مذاکرات صلح میان حکومت و مخالفانش از آوریل ۱۹۹۴ در مسکو تحت نظارت سازمان ملل و در حضور نمایندگانی از ایران، پاکستان، روسیه و ایالات متحدهٔ آمریکا آغاز شد.