هنگامی که امام‌خمینی در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ به ایران بازگشت و از اوضاع شهرهای مختلف سراغ گرفت. او گمان می‌کرد که زنجانی در زنجان است؛ اما وقتی متوجه شدند که در مشهد است، ناراحت شد و گفت: «چرا ایشان زنجان را رها کردند؟» درخواست‌هایی هم از طرف مردم زنجان به امام‌خمینی برای بازگشت زنجانی به این شهر صورت گرفت. هم‌زمان امام‌خمینی با زنجانی تماس تلفنی گرفتند و با ایشان دراین‌باره صحبت کرد. امام فرموده بود من به شما حکم می‌کنم که به زنجان برگردید. زنجانی هم در پاسخ گفته بودند چون شما استاد من هستید و حکم می‌کنید، من می‌روم. شما هم برای من چیزی بنویسید که اگر دشمن در آنجا کاری کرد و ظلمی صورت گرفت، بتوانم اقدام کنم. امام‌خمینی متنی را خطاب به اهالی زنجان می‌نویسند و در آن ذکر می‌کنند که «با ایشان مذاکره شد و قرار است ان‌شاءالله تعالی به زنجان بازگردند. امید است به خواست خداوند، تحت رهبری معظم‌له به مبارزهٔ خود علیه ظلم و استبداد ادامه دهید.»