Μετά την ανάδειξη του αρχιεπίσκοπου Βορείου και Νοτίου Αμερικής Αθηναγόρα στον Οικουμενικό Θρόνο, ο Μιχαήλ, που εκείνη την περίοδο συμπεριλαμβανόταν στους σημαντικότερους επισκόπους της Ορθόδοξης Εκκλησίας ήταν ένας από τους υποψήφιους για την κάλυψη της κενής θέσης. Αν και δεν απολάμβανε την εύνοια του Αθηναγόρα, ο αιφνίδιος θάνατος του μητροπολίτη Ρόδου Τιμόθεου, που είχε αρχικά εκλεγεί, οδήγησε στις 11 Οκτωβρίου του 1949 την Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην εκλογή του Μιχαήλ ο οποίος ενθρονίστηκε στις 18 Δεκεμβρίου του 1949 στον ναό της Αγίας Τριάδας της Νέας Υόρκης.