לאחר פטירת הרב אברהם פרבשטיין בשנת תשנ""ז מונו לראשי ישיבה הרבנים דוד כהן, שלמה כץ ומשה מרדכי פרבשטיין. בחורף תשנ""ח מונה הרב יוסף חברוני, בנו של יצחק חברוני כר""מ בישיבה, ובג' בתשרי ה'תש""ס הוכתר כראש ישיבה כממלא מקומו של סבו הרב משה חברוני. באותה העת מונה הרב יצחק לנדא (נפטר תשע""ד, 2014) כר""מ, בשנת תשס""ח מונה לר""מ הרב אברהם לויסון שלפני כן שימש כר""מ בישיבת אור ישראל, ובשנת תשע""ג מונה גם הרב איתן יפה'ן (בנו של הרב אהרן). ראש הקיבוץ היה הרב נחמן טוקר, חתנו של הרב משה חברוני.