Etter at kristendomen vart tillate på 300-talet, gjekk katakombane ut av bruk. Ein byrja i staden å opne kyrkjegardar. Etterkvart vart dei gamle katakombane gløymt; det er berre St. Sebastian-katakombane som alltid har vore tilgjengelege, noko som kjem av at inngangen ligg i kyrkja St. Sebastian utanfor bymurane. På 800-talet gjekk sarasenarar til åtak på Roma, og dei fleste relikvier vart flytta; dette bidrog til at det ikkje lenger var nokon grunn til å vitje katakombane.