Utover på 1800-tallet åpnet en rekke nye fakulteter. Selv om hovedstaden ble flyttet til Firenze overlevde universitetet og blomstret på tross av byens synkende innbyggertall. I 1893 flyttet noen av de naturvitenskapelige fakultetene ut til Valentino-området. I 1923 ble universitetet statlig, som en del av en utdanningsreform som etablerte 21 statlige universiteter i Italia.