赛里木湖属于封闭型的断陷湖，是地壳下沉形成洼地，由四周的高山雪水历百万年慢慢汇聚而成。如今主要依赖潜流补给，周围入湖的几十条小河入水量较小。而出水也渗入地下为主，因海拔较高，蒸发量不大。因此，湖中原来没有鱼虾。1980年代开始人工引入冷水性鱼类，目前有十多种饲养并投放市场，成为中国著名的冷水鱼养殖基地。