I årevis hadde Hoover vært mistenksom om mulige innflytelse fra kommunistene i sosiale bevegelser som fagforeninger og borgerrettsorganisasjoner. Hoover beordret FBI å etterforske King i 1957, og dessuten SCLC da organisasjonen ble etablert (men som ikke hadde en fulltidsutøvende direktør før i 1960). FBIs undersøkelser var hovedsakelig overfladiske fram til 1962 da den lærte at en av Kings mest tiltrodde rådgivere var New York-advokaten Stanley Levison. FBI hadde funnet ut at Levison hadde vært involvert i det amerikanske kommunistpartiet.FBI mente at Levison kunne arbeide som en «påvirkningsagent» over King, til tross for FBIs egne rapporter i 1963 som opplyste at Levison hadde forlatt kommunistpartiet og ikke lenger var involvert med dem. En annen av Kings nærmeste, Hunter Pitts O'Dell, var også assosiert til kommunistpartiet ved vitnemål for granskningskomiteen for uamerikansk virksomhet (HUAC). Imidlertid måtte FBI ved 1976 innrømme at de ikke hadde skaffet noen former for bevis om at King selv eller SCLC var involvert med noen kommunistorganisasjoner.For sin egen del benektet King ubøyelig å ha hatt noen forbindelse med kommunisme, uttalte i et intervju i 1965 at «det er så mange kommunister i denne frihetsbevegelsen som det er eskimoer i Florida», og hevdet at Hoover «fulgte sporet med pasifisering av politiske krefter i Sørstatene» og at hans bekymring for kommunistinfiltrasjon i borgerrettsbevegelsen var ment å «hjelpe og tilskynde de rå påstandene til sørstatsrasister og ekstreme høyrefløyelementer.» Forsøket på å bevise at King var kommunist var knyttet til oppfatningen til mange tilhengere av raseskillet om at de svarte i Sørstatene egentlig var lykkelige over sin egen skjebne, men at de hadde blitt oppildnet av «kommunister» og «agitatorer utenfra». Imidlertid hadde borgerrettsbevegelsen oppstått fra aktiviteter innenfor de svarte samfunnene som gikk tilbake til før den første verdenskrig. King har sagt at «negerrevolusjonen er en virkelig revolusjon, født fra det samme morsliv som skapte alle store sosiale hevninger — livmoren av utålelig forhold og uutholdelige situasjoner».