Då Tokugawashogunatet blei danna i 1603 fekk Edo status som regjeringsby, sjølv om keisaren framleis budde i Kyoto. Derfor hadde Kyoto framleis status som den formelle hovudstaden. Då shogunatet fall i 1868 gav keisaren orde om at byen skulle byte namn til Tokyo, 'den austlege hovudstaden'. Kyoto var framleis 'den vestlege hovudstaden', men nå fekk Tokyo status som formell hovudstad. Likevel blei ikkje Tokyo allment akseptert som hovudstaden før i 1869.