T-90 je opremljen topom – lanserom 2A46M glatke cijevi kalibra 125 mm, koji je stabilisan u dvije ose sa termalnom oblogom. Top ima mogućnost da se zamjeni bez skidanja kupole. S obzirom da se radi o topu glatke cijevi, stabilizacija granata se vrši krilcima koja se otvaraju kada granata napusti cijev. Borbeni komplet se sastoji od 43 granate. 22 granate su smještene u autopunjaču. Municija 125 mm je dvodjelna, što znači da je zrno fizički odvojeno od čahure. Pri punjenju autopunjač prvo ubacuje zrno u cijev, a nakon toga eksplozivno punjenje. Nakon ispaljenja granate u cijevi ostaje dno čahure koje se izbacuje izvlakačem kada se top vraća u početni položaj i izbacuje van vozila kroz otvor koji se nalazi na zadnjem gornjem dijelu kupole. Vrste granata koje se nalaze u borbenom kompletu su APFSDS oznake 3BM46 „Svinets“ (Armour – Piercing, Fin – Stabilised, Discarding Sabot) u prevodu podkalibarni kinetički penetrator koji se sastoji od podkalibarnog zrna koje nema niti upaljač, niti eksploziv. Težina kompletnog zrna je 20,4 kg, težina projektila 7,05 kg, početna brzina 1750 metara u sekundi. Probojna moć penetratora na homogenu čeličnu ploču pod uglom od 90 stepeni je 600mm. HEAT oznake 3VBK-25 (High Explosive, Anti-Tank) je kumulativno zrno ukupne težine 29 kg, samog zrna 18,4 kg, početne brzine 915 metara u sekundi. Probojna moć granate na homogenu čeličnu ploču pod uglom od 90 stepeni je 650mm. HE – Frag oznake 3VOF36 je visoko eksplozivno zrno koje je namijenjeno uništavanju žive sile, fortifikacija i lahko oklopljenih ciljeva. Ukupna težina je 33kg, samog projektila 23kg, početna brzina 850 metara u sekundi. Pored „klasičnih“ granata postoji mogućnost lansiranja protivoklopne rakete (ATGM) oznake 9M119 Refleks NATO oznake AT-11 Sniper-a operativne od 1985. godine i modernizovane verzije 9M119M Refleks-M NATO oznake AT-11 Sniper-b operativne od 1992. Oba modela su poluautomatski laserski vođeni projektili (SACLOS) sa visokim procentom pogotka od 0,8. Verzija 9M-119 ima domet od 75-4000 metara. Potrebno vrijeme do maksimalne dužine leta je 16 sekundi. Bojeva glava je kumulativna. Penetracija kroz homogenu čeličnu ploču pod uglom od 90 stepeni je 650 – 700 mm. Verzija 9M-119M ima domet od 75-5000 metara, a potrebno vrijeme do maksimalne dužine leta je 17.6 sekundi. Bojeva glava je tandem kumulativna namijenjena za uništavanje ERA oklopa. Penetracija kroz homogenu čeličnu ploču pod uglom od 90 stepeni je 700 - 750 mm a sa ERA oklopom umanjeno za 50mm. Postoji mogućnost gađanja niskoletećih helikoptera do maksimalne dužine leta rakete.