Για τον λόγο αυτόν όμως έχουν δημιουργηθεί κατ' επανάληψιν εντάσεις και διαμάχες για τη δικαιοδοσία επί ναών, τους οποίους διεκδικούν τόσο οι Γ.Ο.Χ. όσο και η νόμω κρατούσα Εκκλησία. Χαρακτηριστική είναι η διαμάχη για την Ορθόδοξη Εκκλησία του Μονάχου Salvatorkirche, την οποία είχε παραχωρήσει ο Λουδοβίκος Α΄ της Βαυαρίας, πατέρας του βασιλιά της Ελλάδας Όθωνα, στην ελληνική κοινότητα του Μονάχου στις 30 Σεπτεμβρίου 1828. Το 1976 την απέσπασαν από τη δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου (το οποίο έχει από το 1924 δικαιοδοσία επί των Ελλήνων της διασποράς) Παλαιοημερολογίτες, αλλά υποχρεώθηκαν να την αποδώσουν πάλι σε αυτό το 1999, μετά από πολυετή δικαστική διαμάχη ενώπιον των Γερμανικών Διοικητικών Δικαστηρίων και σχετική απόφαση του Γερμανικού Ομοσπονδιακού Συνταγματικού Δικαστηρίου. Το παλαιό ημερολόγιο χρησιμοποιείται ακόμη στο Άγιο Όρος και στο Πατριαρχείο Ιεροσολύμων, όμως και οι περισσότεροι Αγιορείτες και το Πατριαρχείο αναγνωρίζουν ως κανονική την νόμω κρατούσα Εκκλησία της Ελλάδος και όχι τους Γ.Ο.Χ..