Γεννήθηκε το 1892 στη Μαρώνεια της Ροδόπης η οποία τότε βρισκόταν εντός των ορίων της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Γονείς του ήταν ο Μιχαήλ Κωνσταντινίδης και η Φιλιώ Τσακίρογλου ενώ το κοσμικό του όνομα ήταν Θουκυδίδης. Μετά την ολοκλήρωση της βασικής εκπαίδευσης στην Ξάνθη εισήχθη στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης, από την οποία αποφοίτησε με άριστα το 1914 έπειτα από επταετή φοίτηση. Κατά το τελευταίο έτος των σπουδών του χειροτονήθηκε διάκονος, έλαβε το όνομα Μιχαήλ και διετέλεσε για ένα έτος καθηγητής στην Εμπορική Σχολή Χάλκης. Το 1915 ο Πατριάρχης Γερμανός Ε΄ του χορήγησε υποτροφία του Οικουμενικού Πατριαρχείου, προκειμένου να συνεχίσει τις σπουδές του στις θεολογικές ακαδημίες του Κιέβου και της Αγίας Πετρούπολης. Στη Ρωσία παρέμεινε μέχρι το 1919, οπότε λόγω της Οκτωβριανής Επανάστασης αναγκάστηκε να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη. Ήταν γνώστης αρκετών ξένων γλωσσών, στις οποίες συμπεριλαμβάνονταν μεταξύ άλλων τα αγγλικά, τα γαλλικά, της ρωσικά και τα τούρκικα.