बैक्टीरिया और वायरस जनित मस्तिष्क ज्वर संक्रामक हैं, हलांकि दोनो में से कोई भी आम सर्दी-ज़ुकाम या फ्लू की तरह संक्रामक नहीं है। चुंबन, छीकने या किसी के खांसने से होने वाले श्वसन स्राव से निकली बूंदों के माध्यम से दोनो रोगों का संक्रमण हो सकता है लेकिन मस्तिष्क ज्वर से पीड़ित व्यक्ति द्वारा छोड़ी गयी हवा के माध्यम से ऐसा नहीं हो सकता है। वायरस जनित मस्तिष्क ज्वर आम तौर पर एंटेरोवायरस के कारण होता है और सबसे आम रूप में यह मल संदूषण द्वारा फैलता है। संक्रमण का जोखिम उस व्यवहार में बदलाव लाकर कम किया जा सकता है जिसके कारण संक्रमण हुआ।