Дафтари Аҳдномаи Мэрҳо ба имзокунандагон ва ширкаткунандагони Аҳднома ҳамарӯза кӯмаки таблиғотӣ, техникӣ ва маъмурӣ мерасонад. Котиботи марказӣ дар Брюссел (Белгия) воқеъ буда, ду дафтари фаръии дигар дар Лвов (Украина) ва Тифлис (Гурҷистон) ҷойгир шудаанд, ки ба мақомоти маҳаллӣ дар кишварҳои шарики шарқӣ кумак мерасонанд. Ҳам котибот дар Брюсселӣ ва ҳам бахшҳо дар Лвов ва Тбилиси аз ҷониби консорсиуми мақомоти маҳаллӣ, минтақавӣ ва миллӣ идора карда мешаванд. Дафтари Аҳдномаи Мэрҳо дар Брюссел барои ҳамоҳангсозии умумии ташаббус масъул аст.