Nok en krig mot Frankrike gjorde at universitetet var stengt fra 1792 til 1799. Under det franske departementet Pô ble studiene reorganisert i 1800. Universitetet ble det nest største i det franske keiserriket, bare overskygget av Paris. Etter Napoleons fall ble universitetet igjen reorganisert, nå etter gamle retningslinjer. I forbindelse med opptøyene i 1821 ble universitetet igjen stengt for en tid.