Pada periode 1991-1993 Mau-Hodu, Xanana Gusmão dan Mau-Huno ditangkap oleh militer Indonesia. Pada tahun 1993, Nino Konis Santana diangkat sebagai sekretaris CDF dan digantikan Gusmão dalam perannya sebagai pemimpin CNRM. Pada tahun 1997, Konis Santana meninggal karena penyakit dan Lu-Olo diangkat sekretaris CDF, sehingga menjadi pemimpin paling senior Fretilin di Timór Lorosa'e.