Yn etholiad y Cynulliad Cenedlaethol Cymru ym 1999, enillodd y blaid dir enfawr, gan gipio etholaethau nad oedd wedi ennill erioed o'r blaen - Conwy, Llanelli, Y Rhondda ac Islwyn hyd yn oed. Roedd hefyd yn rheoli cynghorau lleol unedig Gwynedd, Caerffili a Rhondda Cynon Taf. Plaid Cymru oedd y brif wrthblaid yn nhymor cyntaf Cynulliad Cenedlaethol Cymru gyda 17 sedd.