Daga shekarar 1337-1343 (1958-1964) Ayatullah Khamene'i ya ci gaba da karatunsa mai zurfi na fikihu, Usul da Falsafa a wajen malamai irin su marigayi Ayatullah al-Uzma Burujerdi, Imam Khumaini, Sheikh Murtadha Ha’iri Yazdi da Allamah Tabataba'i. A shekarar 1343 (1964) Jagoran juyin juya halin Musulunci, cikin wasikar da ya samu daga wajen mahaifinsa, ya fahimci cewa daya daga cikin idanuwan mahaifin nasa ya makance, wannan labari ya sosa masa rai, don haka ya shiga cikin damuwa ko dai ya zauna ya ci gaba da karatunsa a Kum ko kuma ya koma Mashhad don kula da mahaifinsa. Daga karshe dai Ayatullah Khamene'i ya yanke shawawar yin hijira don Allah daga Kum zuwa Mashhad don ya kula da mahaifinsa. Dangane da hakan yana cewa: “Na koma garin Mashhad kuma Allah Ya arzurta mu da nasarori masu yawa. Ala kulli hal na tafi can na ci gaba da sauke nauyin dake kaina. Idan har ina da wata nasara da na samu a rayuwa, na yi imani da cewa na same ta ne sakamakon wannan biyayya da na yi wa mahaifina kai har ma da mahaifiyata”. Ayatullah Khamene'i ya zabi tafarkin da ya fi dacewa cikin wadannan hanyoyi biyu. Wasu daga cikin malamai da abokansa sun nuna damuwarsu kan yadda zai bar karatu a Kum cikin gaggawa, suna ganin idan da ya ci gaba da zama daga karshe yana iya zama wani…sai dai daga karshe dai an tabbatar da cewa zabin da yayi shi ne abin da ya dace, tuni dai kaddara ta gitta sama da yadda suke tunani. Shin a wancan lokacin wani ma zai taba tunanin cewa wannan matashi dan shekara 25, wanda saboda neman yardar Allah da yin hidima wa iyayensa ya bar birnin Kum zuwa Mashhad bayan shekaru 52 zai iya samun wannan babban matsayi na shugabantar al’ummar musulmi? Bayan komawarsa Mashhad bai bar karatu ba, saboda idan ka cire ranakun hutu ko kuma gwagwarmaya, zaman gidan yari ko kuma tafiya ya kasance yana ci gaba da karatunsa na fikihu da Usul har zuwa shekarar 1347 (1968) a wajen manyan malaman hauzar Mashhad musamman Ayatullah Milani. Tun daga shekarar 1343 (1964) da yake zaune a birnin Mashhad, baya ga karatun da yake yi da kuma kula da mahaifinsa mara lafiya ga kuma tsufa, ya kasance kuma yana karantar da dalibai littafan fikihu, Usul da sauran ilmummukan addini.