Το Λιουτομέρ αναφέρθηκε για πρώτη φορά σε γραπτά κείμενα το 1211 ως Lvtenwerde (και ως Lůtenwerde το 1242, ως Lvtenberch το 1249, ως Lutenberg το 1269, ως Luetemberg το 1380, και ως Lutemberg σε 1440). Τα ονόματα με την κατάληξη -berg αναφέρονταν στην ίδια την πόλη, και εκείνα με την κατάληξη -werd στην ευρύτερη περιοχή. Μέχρι τις αρχές του 19ου αιώνα, το μόνο σλοβενικό όνομα για την πόλη ήταν το Λότμερκ, δανεισμένο από τα γερμανικά. Το σύγχρονο σλοβενικό όνομα επινοήθηκε από τον Στάνκο Βραζ σε ένα γράμμα το 1838, στο οποίο έγραψε προς ""Λιουτμέρα"" (""Λιουτομέρ'). Άλλες παραλλαγές δημιουργήθηκαν από οπαδούς του Ιλλυρικού κινήματος, και το όνομα Λιουτομέρ ιδρύθηκε περίπου το 1858, υπό την εσφαλμένη ιδέα ότι το όνομα της πόλης προέρχεται από μια Σλαβική φυλή γνωστή ως Λουτομερίτι. Το γερμανικό όνομα Λούτενμπεργκ ήταν η πρώτη βεβαιωμένη ονομασία, αν και δεν είναι γνωστό εάν αυτό βασίζεται σε Σλαβικό δανεισμό ή είναι καθαρά Γερμανικό. Σε τοπικό επίπεδο, η πόλη είναι γνωστή ως Λότμεργκ, ή, πιο πρόσφατα, το Λότμερκ είναι η δευτερεύουσα μορφή.