Fahaman Taoisme dan Konfusianisme dari China juga mempengaruhi kepercayaan dan tradisi Jepun. Agama di Jepun cenderung bersifat sinkretisme dengan melahirkan berbagai-bagai tradisi, seperti orang tua membawa anak-anak ke upacara Shinto, pelajar sekolah berhajat kelulusan ujian di kuil Shinto, perkahwinan ala Barat di gereja Kristian, dan penyemadian mayat mengikut laras agama Buddha. Penduduk beragama Kristian hanya berjumlah 2,595,397 atau 2.04% seluruh penduduk Jepun. Kebanyakan orang Jepun mengambil sikap tidak peduli terhadap agama dan melihat agama sebagai budaya dan tradisi semata-mata. Apabila ditanya mengenai agama, mereka akan mengatakan bahawa mereka beragama Buddha hanya kerana nenek moyang mereka menganut suatu mazhab agama Buddha. Selain itu, di Jepun sejak pertengahan abad ke-19 lahirnya pelbagai mazhab agama baru (Shinshūkyō) seperti Tenrikyo dan Aum Shinrikyo.