يوجد في هذا المتنزه أكثر من 1700 نوع من الأشجار والنباتات الوعائية الفطرية وكذلك 170 نوع غير فطري ومن بين الثمانية أنواع من الأشجار الصنوبرية فإن غابات شجر الصنوبر الشاطئي تغطي ما نسبته 80٪ من مناطق الغابات في هذا المتنزه كما وتوجد أنواع أخرى من شجر فصيلة الصنوبر في بساتين متفرقة من أنحاء المتنزه مثل سوبلباين فير انقليمان سبرونس، شجرة جبال الروكي و شجرة الوايت بارك الصنوبرية. وفي عام 2007 هُدّدت غابات شجر الصنوبر بمرض فطري عرف باسم "" مرض بثرة الصنوبر "" والذي كان محصورًا فقط بالمناطق الشمالية والغربية أما بالنسبة لمنتزه يلوستون فلم تصب غاباته إلا بما نسبته 7٪ فقط وهذه النسبة لا تقارن البتة مع الأشجار ذاتها في غابات ولاية مونتانا الشمالية الغربية التي أصيبت بهذا المرض. وتعد أشجار الصفصاف وحور الرجراج من أكثر أنواع الأشجار الموسمية انتشارا في هذا المنتزه ولقد تدهور نمو غابات أشجار حور الرجراج منذ مطلع القرن العشرين الماضي وعادت نسبة نموها في التحسن مؤخراً والذي عزاه عدد من علماء جامعة ولاية أورقن إلى تزايد أعداد الذئاب في تلك الغابات مما ساعد في تقليل رعي حيوانات الأُّيّل.