גרפונקל חקר את התפתחות הנוף במערכות הניקוז בנגב וזיהה שבאזור התקיימו מערכות נחלים שונות שהחליפו אחת את השנייה בתגובה לתנועות טקטוניות, כאשר המערכת הקדומה ביותר – לפני 20-12 מיליון שנים – חצתה את בקע ים המלח. הוא הראה שניתן לעקוב אחר התפתחות הנוף ובאמצעות תפוצה של משקעי נחלים שונים. במהלך השנים היוותה העבודה בסיס להרבה מאמרים נוספים ולמחקרים שנמשכים וחוקרים עד היום.