會其父道子醉生夢死，元顯廢其權而官以虛位，自掌朝柄，生殺皆從其所好，朝廷苦其行。復發三吳佃民移京充役，民苦其行。孫恩遂乘隙興亂。朝廷以元顯討之，不利。時道子居東府，元顯邸西府，由是西府客云集而東府客獸散。其擅權若此，宵小進媚，輒號之英傑，由是忠言斷路，矜位小人。復聚斂無度，國庫爲虛。尋加尚書令。孫恩圍建康，元顯據戰不利，茍得全。桓玄在鎮，遺書司馬道子，謂之相而虐。元顯覽其書，大懼，納張法順謀，將興兵討玄，遣法順伺劉牢之，牢之色異，法順勸誅之。牢之，元顯所素重，竟不從。及桓玄次潯陽，檄討元顯，京師戒嚴，元顯征，方登舟而玄軍大至，退屯國子學堂，翌日玄軍破宣陽門，眾人驚走，劉牢之降。乃奔相府，就擒於玄，玄付之廷尉，與子彥璋并遇害，年二十。恭帝踐祚，諡曰忠。