Kioto prefektūra ir viena no Japānas prefektūrām, kas atrodas Kansai reģionā uz Honsju salas. Tā robežojas ar Fukuji ziemeļaustrumos, ar Siga austrumos, ar Nara dienvidos, ar Osaka dienvidrietumos un ar Hjogo rietumos. Prefektūru ziemeļos apskalo Japāņu jūra. Lielākā pilsēta un administratīvais centrs ir Kioto. Prefektūras kopējā platība ir 4 613 km2, 2011. gada sākumā tajā dzīvoja 2 633 428 iedzīvotāji. Tā ir trīspadsmitā lielākā prefektūra Japānā pēc iedzīvotāju skaita un trīsdesmit pirmā lielākā pēc platības.