വർണ-വംശീയ വിവേചനത്തിനെതിരെ ശക്തമായ പ്രതിരോധം സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുവേണ്ടി 1905ൽ 'നയാഗര' പ്രസ്ഥാനത്തിന് ദുബോയ്സ് രൂപംനല്കി. 1909ൽ 'നാഷണൽ അസോസിയേഷാൻ ഫോർ ദ് അഡ്വാൻസ്മെന്റ് ഒഫ് കളേർഡ് പീപ്പിൾ' (NAACP) എന്ന സംഘടന രൂപവത്കരിച്ചു. 20-ാം ശതകത്തിന്റെ ആദ്യ ദശകങ്ങളിൽ 'അഖില ആഫ്രിക്കൻ വാദം' എന്ന ആശയത്തിന്റെ പ്രധാന വക്താവായിരുന്നു ദുബോയ്സ്. 1897ൽ പ്രമുഖരായ 17 ആഫ്രിക്കൻ-അമേരിക്കൻ ബുദ്ധിജീവികളുമായി ചേർന്ന് 'അമേരിക്കൻ നീഗ്രോ അക്കാദമി'ക്ക് രൂപംനല്കി.