D’athbheoigh Scott ainm The Waterboys ní ba dhéanaí, áfach, le haghaidh albam na bliana 2000, A Rock in the Weary Land, mar gur aithin leantóirí é. Bhí fuaim nua rac thrialaigh le brath ar an albam a chuir ionadh ar éisteoirí áirithe, agus í spreagtha ag bannaí comhaimseartha ar nós Radiohead agus Beck. Dar le Scott, ba “Sonic Rock” nó rac sonach í an fhuaim nua. Bhí roinnt sean-Waterboys ina n-aíonna ar an albam, lena n-áirítear Thistlethwaite agus Wilkinson. Faoin mbliain 2001, ba iad croílár The Waterboys nua ná Mike Scott ag canadh agus ag seinm an ghiotáir, Richard Naiff ag seinm an mhéarchláir agus orgáin, agus Wickham, a bhí ar ais sa bhanna, ag seinm an veidhlín. D’athraigh an grúpa a stíl arís sa bhliain 2003 agus d’eisigh siad Universal Hall, albam fuaimiúil den chuid is mó le roinnt tionchar Ceilteach ar ais arís ó ré Fisherman’s Blues. Leanadh an t-albam le camchuairt na Ríochta Aontaithe agus na hEorpa. Eisíodh an chéad albam oifigiúil beo, Karma to Burn, sa bhliain 2005. Eisíodh albam stiúideo nua, Book of Lightning, an 2 Aibreán 2007.