לקראת עונת 2015/2016 מונה בשנית למאמנה של מכבי חיפה לאחר שחתם על חוזה לשלוש עונות. ב-7 בדצמבר 2015 שבר לוי את שיא המשחקים כמאמן מכבי חיפה עם הופעתו ה-185 לאחר שעקף בדירוג את שלמה שרף. בליגה הציגה חיפה יכולת חלשה וסיימה במקום הרביעי, ולוי ספג ביקורת רבה מצד האוהדים. בסוף העונה זכה רוני לוי עם הקבוצה בגביע המדינה בכדורגל אחרי ניצחון 1–0 בגמר על מכבי תל אביב. לוי המשיך לאמן את חיפה גם בפתיחת עונת 2015/2016 אך לאחר שקבוצתו הודחה מול נומה קאליו האסטונית, סיים לוי את תפקידו ביולי 2016.