Tesne pred vznikom Slovenského štátu, počas tzv. Homolovho puču 10. marca 1939 bol internát obkľúčený tankmi československej armády a študenti sa na ňom zabarikádovali. Počas vojny tu bola Vyššia vodcovská škola Hlinkovej mládeže a istý čas aj Akademická Hlinkova garda. Na pôde internátu počas vojny niekoľko rokov pôsobila zaujímavá postava – jezuita Tomislav Kolakovič z Chorvátska, ktorý pripravoval študentov na život Cirkvi v totalite. Založil spoločenstvo Rodina, ktoré po celom Slovensku zorganizovalo mnoho svojich buniek. Počas Slovenského štátu bývalo na internáte cca 500 študentov. V tomto období sa začalo so stavbou ďalšieho vysokoškolského katolíckeho internátu na Wilsonovej ulici v Bratislave.