Државниот архив на Република Македонија има статус на управна организација во рамките на државната управа на Република Македонија. По вертикална линија Државниот архив е непосредно поврзан со Владата на Република Македонија и на неа и е одговорен. Со Државниот архив раководи државен функционер - директор. Низ своето постоење архивот имал повеќе директори Тодор Талески (1951-1960), Димче Стојанов - Мире (1960-1978), Александар Алексиев (1978-1987), Благој Михов (1987-1990), Борислав Наумовски (1990-1992), Проф. д-р Симон Младеновски (1992) Д-р Киро Дојчиновски (1992-1998), Проф. д-р Зоран Тодоровски (1999-2002), Проф. д-р Атанас Вангелов (2002-2005), М-р Сашо Јанкуловски (2005-2006), Проф. д-р Зоран Тодоровски (2006-2015), Д-р. Филип Петровски (2015-2017), Кирил Петров (2017-).