当初は長距離路線用車も市内路線用と同じくカーキ色と緑色のツートンカラーであった。1957年（昭和32年）から、外国人専用車向けに、白色を基調に屋根部分を灰色、前面行先表示器部及び側面下部を水色とし、灰色と薄緑色からなる線を2本入れた塗色の採用が始まり、これを基調とした塗色（ギャラリー参照）が1960年代後期頃以降から長距離路線車用に広く採用されるようになった。この塗色は、1990年（平成2年）の導入車まで採用された。市内路線用と同様に、1982年（昭和57年）導入車までは車体前面がメーカーエンブレム・側面が旧長崎県章の掲出であったが、1985年（昭和60年）以降に導入された車両では、車体前面、側面とも旧長崎県章が掲出されるようになった。