Linux發行版本也經常使用作為超級電腦個操作系统，2010年11月公佈個超級電腦前500強，有459個（91.8％）運行Linux發行版本。曾經是世界上最強大個超級電腦——IBM個紅杉(IBM Sequoia)，已於2011年交付勞倫斯利福摩爾國家實驗室，並於2012年6月開始運作，也是選擇Linux作為操作系统。