Më 25 tetor, Kroos i dhuroi Bayernit një fitore të vlefshme kundër Yllit të Kuq të Beogradit në debutimin e tij në Kupën UEFA, duke hyrë si zëvëndësues në minutën e 81 dhe duke assistuar golin e fitores të shënuar nga Miroslav Klose, i pari për të me klubin, në kohën shtesë. Ai luajti ndeshjen e tij të parë si titullar me Bayernin në humbjen 3–1 jashtë fushe kundër VfB Stuttgart.