בקיץ 1988 עבר רויטר לבאיירן מינכן, שם שיחק במשך שלוש עונות. רויטר זכה באליפות הבונדסליגה עם באיירן מינכן בעונת הבכורה שלו בקבוצה, 1988/89, כאשר הוא שיתף פעולה עם לודוויג קוגל, אולף תון, הנס-דיטר פליק והנס דורפנר. בעונת 1989/90 זכה רויטר עם באיירן מינכן באליפות שנייה ברצף, והגיע עם הקבוצה לחצי גמר גביע אירופה לאלופות, שם הודחה הקבוצה על ידי מילאן בשערי חוץ. בתום עונה זו, זכה רויטר במשחק הסופר קאפ הגרמני, לאחר ניצחון 1–4 בגמר על קייזרסלאוטרן, במשחק בו רויטר הבקיע את השער הראשון. בעונת 1990/91, שהייתה האחרונה של רויטר בבאיירן מינכן, הוא הבקיע ארבעה שערי ליגה שהיו הראשונים שלו בבאיירן מינכן, אך הקבוצה סיימה במקום השני בבונדסליגה, מרחק שלוש נקודות מהאלופה קייזרסלאוטרן. באותה עונה, הגיע רויטר עם באיירן מינכן שוב לחצי גמר גביע אירופה לאלופות, בו הודחה הקבוצה על ידי הכוכב האדום בלגרד. בתום עונה זו, עזב רויטר את באיירן מינכן לאחר שערך בשורותיה 95 הופעות ליגה, וחתם ביובנטוס.