Parasti piedzimst 2—3 sivēni (var būt 1—8 sivēni), kas tiek dzemdēti un paslēpti alā. Ārpus alas mazuļi iznāk apmēram 3 nedēļu vecumā un sāk sekot savai mātei visur, kur vien viņa iet. Māte tos zīda ar pienu līdz apmēram 6 mēnešu vecumam. Dzimumbriedumu tuksneša kārpcūkas sasniedz 1,5—2 gadu vecumā. Tā kā jaunās kārpcūkas nobriest lēnām, mātītei ir divas mazuļu grupas, kurām ir atšķirīgs vecums (tekošā gada sivēni un iepriekšējā gada mazuļi). Mātītes ir ļoti agresīvas un bezbailīgas, aizstāvot savus mazuļus. Tuksneša kārpcūkas savvaļā dzīvo 7—18 gadus. Vislielākā mirstība ir jaunajām kārpcūkām, izdzīvo tikai 50% no mazuļiem. Tie parasti kļūst par medījumu dažādiem lielajiem plēsējiem, piemēram, lauvām, leopardiem, gepardiem un hiēnām.