Jepun sering mengalami gempa bumi yang lemah atau sederhana dan adakalanya letusan gunung berapi sering kerana terletak di atas Lingkaran Api Pasifik di pertemuan tiga plat tektonik. Gempa bumi yang kuat pula boleh menyebabkan tsunami. Setiap abad, di Jepun terjadinya beberapa kali tsunami. Kejadian gempa bumi terbesar yang terjadi sehingga kini di Jepun berlaku di perlautan pantai timur berdekatan Sendai yang menyebabkan tsunami pada tahun 2011. Keadaan geografi menyebabkan Jepun memiliki banyak sumber mata air panas, dan sebahagian besarnya telah dibangunkan sebagai kawasan pelancongan.