Vers l'an 1200, la discussion s'engage entre la branche cadette des ducs de Bourgogne, représentée par Étienne II et la branche aînée représentée par Othon II. Celui-ci dépouille les religieux de la jouissance de Montigny, mais à sa mort, il reconnaît ses torts et recommande à sa femme Marguerite de Blois de rendre Montigny à l'abbaye de Cherlieu. Bien loin d'exécuter les dernières volontés de son mari, Marguerite de Blois passe Montigny en fief à Hugues II comte de Vaudemont. Instruit de cette injustice, l'empereur Philippe de Souabe, par un rescrit signé à Spire (1202) ordonne de remettre Montigny au monastère. Cet ordre n'est pas exécuté par les officiers de Bourgogne.