Μετά την απόλυσή του από το στρατό, χειροτονείται ιερέας (4η Μαΐου 1926) και διορίζεται ηγούμενος της Ιεράς Μονής Γαρδικίου Μεσσηνίας. Μαζί του πήρε και τη μητέρα του την οποία έκειρε μοναχή. Για χρόνια υπηρέτησε τα γύρω χωριά ως εφημέριος. Εδώ ο π. Χρυσόστομος βρήκε χρόνο να μελετήσει και να τελειώσει το δημοτικό ως κατ’ οίκον διδαχθείς. Επίσης, ασχολείται και με την εκμάθηση της Γαλλικής γλώσσας. Μετά τη διάλυση της Μονής Γαρδικίου (λόγω έλλειψης προσωπικού), ο π. Χρυσόστομος μετατίθεται στο Μετόχι της Μονής Βουλκάνου Χρυσοκελλαριάς. Στη συνέχεια μεταβαίνει στην Αθήνα και εγγράφεται ως αδελφός στην Ιερά Μονή Πετράκη, όπου και ασχολείται με την εξομολήγηση ανθρώπων όλων των ηλικιών και γίνεται ιδιαίτερα αγαπητός. Στα χρόνια της Κατοχής ο π. Χρυσόστομος βρέθηκε στην Έδεσσα, όπου και υπηρέτησε ως Γενικός Αρχιερατικός Επίτροπος και Πρωτοσύγγελος. Ακολούθησαν μεταθέσεις του στην Κοζάνη, τη Θεσσαλονίκη και την Αθήνα, όπου και κατάφερε να πάρει το απολυτήριου του Γυμνασίου ως κατ’ οίκον διδαχθείς. Στη συνέχεια εγκαθίσταται ξανά στη Μονή Πετράκη της Αθήνας, όπου και παίρνει την απόφαση να εγγραφεί στη Θεολογική Σχολή της Αθήνας. Στα 55 του χρόνια (1958) καταφέρνει και παίρνει το πτυχίο που τόσο επιθυμούσε. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του στην Αθήνα, είχε έρθει σε επαφή με κάποιους Αφρικανούς συμφοιτητές του και μάθαινε για την Αφρική. Με τις επαφές αυτές γεννήθηκε η ιδέα της ιεραποστολής στην Αφρική.