효모는 세포 수준의 생물학에서 모델 생물의 첫 번째 본보기로 간주해도 좋을 것이다. 호흡 및 효소에 대한 생화학 분야는 여기에서 시작된다. 이어 아카빤카비가 유전학 연구에서 이용되면서 유명해졌다. 그 이후에도 기초 생물학의 여러 분야는 미생물을 모델로 사용하여 왔으나, 오히려 균류보다 더 작고 단순한 미생물이다 박테리아류나 바이러스가 분자 생물학이나 유전학의 모델로 사용되는 것이 많아졌다. 그러나 이러한 생물은 원핵 세포이며 우리와 같은 진핵 세포가 아니므로 가장 다루기 쉬운 진핵 생물로 균류가 사용되는 예는 많다. 자주 사용되는 것은 신진 효모 Saccharomyces cerevisiae와 분열 효모 Schizosaccharomyces pombe이다.