一阵信风将小猎犬号送至巴西，停泊在巴伊亚，达尔文于2月28日在萨尔瓦多登陆。他漫步于森林之间，为这里的美景所陶醉，印证了洪堡的描写。他在3月1日的日记写道：“没有人能够想得出像巴伊亚古镇那样美丽的景色，它完全被一片美丽树木所构成的茂密森林拥抱着，它位在悬崖海岸上，俯瞰着宽阔的众圣湾中的静静的海水……它是巴西最美丽的风景之一。但是，除了经历过的人以外，别人不能领会在这样的花和这样的树间散步时所感到的那种极度欢欣。”回到城里时狂欢节正在举行。所有苦工都是黑人完成，托利党人菲茨罗伊认为这很合理，他说曾问过一个奴隶主，此人问他的奴隶们是否不满于现状，是否要求自由，结果奴隶们回答“不”。倾向辉格党的达尔文却看不惯，认为应该解放奴隶，那些奴隶们当着奴隶主所说的话毫无意义，船长被激怒了，拂袖而去。数小时后菲茨罗伊向达尔文道了歉，二人和解。达尔文与菲茨罗伊在舰长室吃了饭，得到了旅伴们的尊重，年轻人们开始称其为“先生”，军官们称他为“亲爱的老哲学家”、“我们的捕蝇人”。3月18日小猎犬号再次起航，沿岸南下，在阿布罗柳斯群岛附近测量后，于4月5日抵达里约热内卢。家人给他来信，他得知姐姐夏洛特嫁给了一位教区牧师，从前的女友范妮也于3月嫁给了一个有钱人。达尔文为范妮而感慨哀伤，投入了内陆之旅。其中一位旅伴是奴隶主，虽然他对达尔文很友好，但准备拆散30个奴隶家庭，将他们拍卖，这种行为让达尔文又一次义愤填膺。4月25日，他来到博塔弗戈，上岸时发现由于海浪，自己的书籍、仪器和枪械全被泡在水里，只好花了一天时间来处理。小猎犬号去巴伊亚核查经度去了，几个星期没有音信，达尔文滞留当地忙于捕捉猎物、制作标本，晚上则给亨斯洛、福克斯等人写信。当小猎犬号再次归航，船上装起了新大炮，包括马斯特斯在内的三名船员染病死去，麦考密克也辞职归国。7月1日，他参加了恶战号军舰上的礼拜。