Δεδομένου ότι εξελέγη στρατηγός το 476 π.Χ. και θα πρέπει να ήταν 30 ετών τότε, πρέπει να γεννήθηκε το 506 π.Χ.. Ο Κίμων ανήκε στο μεγάλο γένος των Φιλαϊδών. Πατέρας του ήταν ο Μιλτιάδης, ο νικητής του Μαραθώνα και μητέρα του ήταν η Ηγησιπύλη, πριγκίπισσα από τη Θράκη, κόρη του βασιλέως Ολόρου (από την ίδια οικογένεια καταγόταν και ο ιστορικός Θουκυδίδης). Τα πρώτα χρόνια της ζωής του Κίμωνα υπήρξαν πολύ δύσκολα, αφού ο πατέρας του πεθαίνοντας του άφησε χρέος τεράστιο: το πρόστιμο που του είχε επιβληθεί για την αποτυχημένη εκστρατεία στην Πάρο. Η αδελφή του Κίμωνα, Ελπινίκη, παντρεμένη με τον πάμπλουτο Αθηναίο Καλλία Β´, τακτοποίησε την πληρωμή του προστίμου, παρά τις αντιρρήσεις του αδελφού της, ώστε να μπορέσει αυτός να αναμιχθεί στην πολιτική.