Akhenatenin kuoltua Atonin kultista tuli hyvin epäsuosittu ja sen kannattajia mahdollisesti jopa vainottiin. Amonin papisto myös hävitti enimmät todisteet Akhenatenin valtakaudesta. Atonin palvonta jatkui kuitenkin satoja vuosia tämänkin jälkeen, mutta huomattavasti pienemmässä mittakaavassa.