Bathyzyň ösümlik örtügi örän baýdyr. Bu ýerde 1050 görnüşdäki damarly ösümlikler (442 urug, 76 maşgala), olaryň arasynda 75 görnüş (aşaky görnüş) endemikdir. Ösümlikleriň 13 görnüşi Türkmenistanyň Gyzyl Kitabyna (1999) girizildi. Olar Türkmenistanyň “Gyzyl kitabynyň” ösümlik görnüşleriniň umumy sanynyň 12%-ni tutýar. Olar Bathyz düýegyrany, Owgan injiri, Wasilçenkonyň astragaly we Guşgy astragaly, çägemik, Bathyz pissesi, trihostomopsis, Guşgy çigildemi we başgalar.