Sudraba raktuves Kutna Horā pazīstamas no 10. gadsimta. 1142. gadā šeit tika nodibināts Sedlecas klosteris, kas bija pirmais cisterciešu klosteris Bohēmijā. No 13. gadsimta vidus pilsētā masveidā ieradās vācvalodīgie kalnrači. 13. gadsimtā Kutna Horā ieguva trešdaļu no Eiropas sudraba. Pilsēta savā ietekmē konkurēja ar Prāgu, šeit dažkārt rezidēja Bohēmijas karaļi. Husītu karu laikā 1421. gada 21. decembrī pie pilsētas notika Kutna Horas kauja, kurā Jana Žižkas taborīti sakāva imperatora Sigismunda spēkus. Imperatora spēki pameta Bohēmiju, bet Kutna Hora tika ieņemta un nopostīta. 1526. gadā pilsēta iekļāvās Habsburgu impērijas sastāvā. 16. gadsimtā sudraba iegulas pamazām izsīka, un pilsēta panīka, pēdējās rakstuves tika pamestas 18. gadsimta biegās. No 1919. gada — Čehoslovākijā. Kopš 1993. gada — Čehijā.