Dabartiniu pavadinimu Kauno apskrities archyvas veikia nuo 1997 m. – nuo įsteigimo archyvo pavadinimas, pavaldumas ir patalpos keitėsi kelis kartus. Jau 1940 m. archyvas iš patalpų 7-ajame forte buvo iškeltas į Pažaislio vienuolyną, iš kur išsikraustė tik 1950 m., taip pat turėjo patalpų Laisvės alėjoje (buvęs tabako fabrikas „Zefyras“), Rotušėje, kur saugomi archyvo fondai gerokai nukentėjo nuo 1946 m. potvynio. Vėlesniais metais archyvui teko naudotis saugyklomis daugelyje miesto vietų (mečetėje Totorių g., Nemuno g. 2 ir kt.), kol galiausiai 1986 m. jis persikraustė į rekonstruotą ir dokumentams saugoti pritaikytą buvusios Hausmano sinagogos pastatą Maironio g. 28 B.