周慎靚王五年秦滅巴國，周赧王元年，秦於巴舊域置巴郡，治江州縣。歷漢，其境畧張。先漢轄十有一縣，後漢十月四縣。漢末三國，建制屢遷。初平六年，劉璋析江州至臨江置永寧郡，析朐忍至魚復置固陵郡，巴郡轄墊江以北。建安六年，易永寧郡稱巴郡，故巴郡稱巴西郡，固陵郡稱巴東郡，並析置2縣為巴東屬國（後為涪陵郡）。建安末，於巴西郡析置宕渠郡，故巴郡裂為五郡，轄境乃蹙。及西晉，轄四縣，畧為今重慶主城，仍治江州縣。南齐永明五年，易江州縣為墊江縣，至隋，轄三縣，治所江州易名巴縣。唐乃廢郡，置渝州，巴郡旋棄。