Kabilang sa apat na orihinal na fakultad ng Unibersidad ay: ang Fakultad ng Batas, Medisina, Sining (pilosopiya) at Teolohiya (ngayon at teolohiyang Katoliko). Ngayon, ang Pamantasang Carlos ay binubuo ng 17 fakultad, karamihan ay nakabase sa Praga, dalawang bahay sa Hradec Králové at isa sa Plzeň.