სამცხე-ჯავახეთში აღმასრულებელ ხელისუფლებას განახორციელებს საქართველოს პრეზიდენტის სახელმწიფო რწმუნებული. მისი ფუნქციებია უზრუნველყოს რეგიონში საზოგადოებრივი წესრიგის დაცვის კოორდინაცია, რესურსების მობილიზება, ადმინისტრაციულ-ტერიტორიული ერთეულების სოციალურ-ეკონომიკური განვითარების პროგრამების შემუშავებისა და განხორციელების ხელშეწყობა, ადამიანის უფლებების დაცვა და სხვა.