自然神靈即係指一啲大自然各種現象同埋動植物，好似天體、氣象、山川、動植物等各自都有一個神靈。例如天有天神、太陽月亮有日月神、行雷有雷神、山有山神、唔同嘅樹都有唔同嘅樹神、土地有土地神之類。動物亦都有神靈，甚至直情將某一種動物當成神靈，例黎族就認為蛇係神靈，佢哋相信蛇會保護自己。壯族就認為青蛙係神靈，佢哋甚至有青蛙節。古代藏族就認為鷹係神靈。另外，亦有啲動物神靈會識得變形，例如某啲民族就相信狐狸識變成人。北美印第安人嘅薩滿信仰亦同樣以動植物崇拜為主，佢哋會將一啲動植物形象整成圖騰嚟拜。