Klima je kontinentalna. Velike su godišnje amplitude temperature (razlike najtoplijeg i najhladnijeg mjeseca). Vrlo je mala količina padalina (posebno ljeti kad gotovo ne pada kiša, zimi često pada snijeg). Nedostatak padalina je najviše posljedica smještaja u sredini Azije daleko od svih mora. Zbog toga zračne mase koje donose padaline s mora ne mogu stići do Ferganske doline. Zbog smanjene količine padalina u Ferganskoj dolini prevladava stepa. Poljoprivreda nedostatak padalina kompenzira navodnjavanjem iz rijeka.