Ndege hii ilianzishwa mnamo 2000. Ilianza huduma kutoka mji wa Amman na ilikuwa kampuni ya ndege ya kwanza iliyo ya kibinafsi. Safari za kwenda Afrika Kaskazini zilianza Juni 2006. Jordan Aviation inamilikiwa na Mohamed Al-Khashman na Hazem Alrasekh na ina wafanyikazi 410.