Првиот голем успех на домашната сцена, ЖРК „Вардар“ го постигнал во 1994 година, кога го освоил Купот на Македонија, победувајќи го во финалето „Кометал Ѓорче Петров“. Подоцна, во сезоната 2011-2012, клубот го освоил второто место во ракометната лига и играл во полуфиналето од Купот на Македонија. Една година подоцна, во сезоната 2012-2013, ЖРК „Вардар СЦБТ“ конечно постанал шампион на Македонија.