棲息地破壞、外來物種入侵，亦影響原生動物，其中福壽螺、美國螯蝦、澳洲淡水龍蝦、吳郭魚呢四種外來物種抵臺後，無天敵制衡，搞到過度繁殖，導致臺灣原生田螺、螯蝦同鯽魚大減；17世紀時曾經滿山遍野嘅臺灣梅花鹿，亦因為鹿皮可以賣去日本，而幾乎絕種。1983年起，中華民國內政部營建署公告成立8座國家公園，自1986年起亦陸續公告19個自然保留區。