Năm 2002, Kaczyński được bầu làm thị trưởng thành phố Warszawa trong một chiến thắng áp đảo. Ông bắt đầu nhiệm kỳ của mình bằng việc khai chiến chống tham nhũng. Ông hết sức ủng hộ việc xây dựng nhà bảo tàng cuộc nổi dậy Warszawa, và năm 2004 ông bổ nhiệm một nhóm người nghiên cứu lịch sử để ước tính các thiệt hại vật chất do người Đức gây ra cho thành phố trong thời kỳ thế chiến thứ hai (một ước tính 85% thành phố bị hủy hoại trong cuộc nổi dậy Warszawa) như một sự trả lời trực tiếp cho các đòi hỏi tăng cao từ những người Đức bị trục xuất khỏi Ba Lan sau thế chiến thứ hai. Nhóm chuyên gia nói trên đã ước tính các thiệt hại của thành phố lên tới mức ít nhất là 45,3 tỷ euro (54 tỷ dollar Mỹ) theo thời giá hiện nay. Ông cũng ủng hộ việc xây dựng nhà bảo tàng các người Do Thái Ba Lan ở Warszawa bằng việc cấp đất cho dự án.