Geni HLA imunog sistema su proučavani s posebnom pažnjom, u pokušaju da se identificiraju oni koji potiču od arhaičnih ljudskih populacija. Iako nije prisutan u sekvenciranom genuomu denisovskog čovjeka, obrazac distribucije i divergencija alela HLA-B*73, u odnosu na druge HLA alele navodi na zaključak da je potekao od denisovskog do modernog čovjeka, na području zapadne Azije. Polovina HLA alela današnjih evroazijskih populacija odista pripada arhajskim HLA haplotipovima, pa se pretpostavlja da su denisovskog ili neandertalskog porijekla. To povećano prisustvo arhajskih alela dokazuje da je postolao pozitivni selekcijski pritisak usmjeren na njihovo očuvanje u ljudskim populacijama. Detaljniji prikaz denisovskog genoma, koji je objavljen 2012., pokazuje prisustvo genskih varijanti koje su vezane za tamnu boju kože, tamnu kosu i smeđe oči, što odgovara osobinama današnjih Melanežana.