הלן מארי פרי התחילה את לימודיה בבית ספר ציבורי בינגסטאון וסיימה את לימודי התיכון בפולין בשנת 1941 כתלמידה מחוננת. היא החלה את הקריירה שלה כמורה לאנגלית. עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, החל מחסור בגברים מדענים, ובעקבות כך נשים עודדו ללמוד תחומים מדעיים. פרי בחרה תחום הכימיה. היא השלימה תואר ראשון בכימיה במכללת ווסטר בשנת 1944, ותואר שני בניהול מהאוניברסיטה המרכזית של מישיגן בשנת 1978.