Galvenā morfoloģiskā iezīme, kas atšķir tuksneša kārpcūku no parastās kārpcūkas, ir priekšzobu iztrūkums tuksneša kārpcūkai: augšžoklī priekšzobu nav vispār, apakšžoklī priekšzobu nav vai arī to skaits ir samazināts (2—4 zobi). Parastā kārpcūka ir arī nedaudz lielāka nekā tuksneša kārpcūka, un tās ilkņi ir saliektāki. Līdzīgas kārpcūkām ir arī tuvu radniecīgās krūmu cūkas (Potamochoerus) un milzu mežacūkas (Hylochoerus), tomēr tuksneša kārpcūkai kārpas uz sejas un ilkņi ir lielāki un izteiksmīgāki.