בשנים 1943–1944 הייתה הפוגה במשלוח יהודים מסלובקיה למחנות ההשמדה. היהודים אשר עדיין בסלובקיה רוכזו בשלושה מחנות עבודה (סרד, ויהנה ונובאקי) בהם נהנו מחירות יחסית. במחנות אלה קיימו היהודים חיי קהילה ועבודה פוריים, פעלו בהם כ-130 בתי מלאכה אשר ייצרו מגוון מוצרי טקסטיל, צעצועים, רהיטים ומוצרים כימיים. אולם בלחץ שגריר הרייך בסלובקיה, הנס לודין, על נשיא סלובקיה, הובטח לגרמניה כי במסגרת ""פתרון בעיית היהודים"" יועברו אף יהודים אלה למחנות ריכוז בפולין עד חודש אפריל 1944. גורמים שונים ובהם המרד הסלובקי עיכבו את הוצאות התוכנית לפועל. אולם עם דיכוי המרד רוכזו היהודים הנותרים במחנה סרד ומשם חודשו המשלוחים. בין חודש אוקטובר 1944 ועד חודש מרץ 1945 נשלחו ממחנה סרד 13,500 יהודים. חמשת המשלוחים הראשונים יצאו לאושוויץ ויתרתם יצאו לראוונסבריק, ברגן-בלזן, זקסנהאוזן ומשלוחים אחרונים לטרזיינשטט.