לאחר מלחמת העולם הראשונה חולקה מזרח אפריקה הגרמנית בין האנגלים לבלגים. רואנדה ובורונדי עברו לידי הבלגים. בשנות השלושים של המאה ה-20, הגדירו הכובשים הבלגיים קריטריונים גופניים להבחנה בין בני טוּטסִי לבני הוּטוּ תוך שימוש ב""אנתרופולוגיה פיזיולוגית"" – שיטה בה נמדדו גולגולותיהם של האנשים והוחלט מי משתייך לאיזו קבוצה, בדומה לשיטות שרווחו בתקופה זו באירופה והיוו את המסד התיאורי ""המדעי"" לתורת הגזע של הנאצים. ההטוּטסִי זוהו כגבוהים יותר, יפים יותר, אינטליגנטים יותר, בעלי אף עדין יותר ומצח פחות רחב מזה של בני ההוּטוּ שהיוו את הרוב. הבלגים השתמשו בשונות זו כדי לאשרר את תפיסתם כי בני הטוטסי חכמים יותר ו""עליונים"" על פני ההוּטוּ, וראו בהם גזע עליון. הבלגים התייחסו לטוּטסִי כשותפים מקומיים לשלטון למרות היותם מיעוט באוכלוסייה. הבלגים הנהיגו מדיניות של עבודות כפייה, בעיקר במטעי קפה, תחת פיקוח של בני טוּטסִי. בכך הוחרפה האיבה וחודדו ההבדלים בין הטוּטסִי להוּטוּ. כדי להשתייך לאליטה השלטונית היה צורך להשתייך לכנסייה. פעילות מיסיונרית הובילה להתנצרות המונית של האוכלוסייה האפריקאית בקולוניות. בשנת 1929 החליטו הבלגים על איחוד תפקידי הצ'יפים וצמצום במספרם ובהזדמנות זו פוטרו רוב הצ'יפים מבני ההוּטוּ, כך שבשנת 1945 לא נותרו צ'יפים מבני הוּטוּ. מהלך זה תרם לריכוזו של יותר ויותר כוח בידי פחות אנשים. בשנת 1948 הפך האזור למנדט בלגי בחסות האו""ם ובשנת 1962 קיבלה בורונדי עצמאות.