Στις 9 Ιουνίου του 1919 χειροτονήθηκε πρεσβύτερος και χειροθετήθηκε αρχιμανδρίτης. Τον Οκτώβριο του 1920 το Πατριαρχείο τον έστειλε στην Κομοτηνή ως Έξαρχο στη μητρόπολη Μαρωνείας και Θάσου. Εκεί ανέλαβε τη διεύθυνση του ημιγυμνασίου της πόλης, στο οποίο δίδαξε θρησκευτικά, ελληνικά και γαλλικά. Όταν μάλιστα ο τότε μητροπολίτης Μαρωνείας Μελισσηνός ασθένησε και δεν μπορούσε να ασκήσει τα καθήκοντά του, ο Μιχαήλ ανέλαβε τοποτηρητής της Μητρόπολης. Το 1922, μετά τη Μικρασιατική καταστροφή, φρόντισε για την εγκατάσταση προσφύγων στη Ροδόπη και την αλλαγή πολλών τοπωνυμίων σε ελληνικά, μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών.