Ján Kellner sa narodil v Hradisku, Rakúsko-Uhorsko, dnes na Slovensku v roku 1912, v blízkosti mesta Levoča, kam sa jeho rodina neskôr v r. 1922 presťahovala. Tam začal navštevovať katolícku chlapčenskú základnú školu a o rok neskôr gymnázium, kde zmaturoval roku 1931. V tom istom roku odchádza do Ríma študovať na Kolégium Russicum. Po dvoch rokoch štúdia filozofie a štyroch rokoch štúdia teológie na Pápežskej gregoriánskej univerzite bol vysvätený za kňaza 25. decembra 1937. Nasledujúce dva roky pokračoval v štúdiu na Pápežskom východnom inštitúte a v roku 1939 začal pôsobiť v augustiniánskom kláštore v Prahe v ruskej/rusínskej[chýba zdroj] katolíckej farnosti, s vyhliadkami na odchod do Ruska. Na začiatku druhej svetovej vojny, na žiadosť Gestapa a pod hrozbou násilnej deportácie, odchádza na Slovensko, kde krátku dobu pracoval v papierni v Ružomberku.