斯大林本人带有鲜明的反犹主义倾向，早在1907年他就曾私下表示：“要把俄国革命当中的犹太帮一一清除掉”。（犹太裔布尔什维克领袖托洛茨基、加米涅夫、季诺维也夫在大清洗中均被清除。）之后斯大林也多次在私下发表反犹言论。而在公开发言中，斯大林则批评反犹主义立场。1947年联合国以巴分治的决议上，苏联投了赞成票，还向以色列提供武器援助，但同时一场苏联国内针对犹太人的清洗计划正逐步展开。1948年1月，苏联犹太人反法西斯委员会主席所罗门·米霍埃尔斯被秘密警察暗杀。11月，苏共中央称“犹委会”是一个反苏宣传中心，同时下令解散该委员会并查封它的印刷出版机构。几个星期后，一些著名的犹太人士遭到逮捕、逼供和处决。1952年，斯大林认为克里姆林宫内部存在一个“医生杀手组织”，遂下令调查并逮捕克里姆林宫的九位医学专家（其中有六人是犹太人）。斯大林在政治局会议上公开表示：“任何一个犹太人都是狭隘的民族主义者，是美国情报机关的间谍。”1953年1月，真理报上刊登文章《医疗专家面具下的邪恶间谍杀手》披露“医生案件”，指出“医生杀手”与国际犹太资产阶级民族主义组织“焦因特”有联系，并指控他们利用职务之便杀害安德烈·日丹诺夫等国家高级领导人，掀起国内的反犹运动。社会上还出现传言，称当局计划将犹太居民全部驱逐到西伯利亚和远东去。同年斯大林去世，贝利亚随后表示“医生案件”是“原内务部领导人”一手炮制的假案，将此案被捕者全部释放并平反，事件最终得以平息。