1193 m. universitetas buvo sugriautas įsiveržus tiurkų kariuomenei, siekusiai ginklo jėga įvesti islamą. Tūkstančiai vienuolių buvo sudeginti gyvi arba nukirsdinti, sudeginta turtinga biblioteka. Po šių įvykių budizmas Indijoje išgyveno nuosmukį. Daugelis budistų vienuolių gelbėdamiesi bėgo į Nepalą ir Tibetą. 1351 m. Tibete atsirado tokio pat pavadinimo mokslo centras. IX–XII a. susiformavo Tibeto budizmo tradicija mokytojų iš Nalandos dėka. Jie suformulavo pagrindinius Mahajanos principus, kuriais vėliau rėmėsi dauguma Tolimųjų Rytų budizmo mokyklų, taip pat kai kurios idėjos rado pritaikymą Theravados mokyme.