ദീർഘകാലം ജയിലിൽ കഴിയേണ്ടി വന്നപ്പൊഴൊക്കെ ബന്യൻ തന്റെ സുവിശേഷവേല തുടരുകയായിരുന്നു. ദൈവവചനം ബന്ധനത്തിലായില്ല. എവിടെയും സഹതടവുകാർ അദ്ദേഹത്തിന്റെ പഠനങ്ങളിൽ ആകൃഷ്ടരായി. ബന്യൻ ജയിലിൽ ചെയ്ത പ്രഭാഷണങ്ങളിൽ ചിലത് പിന്നീട് വിപുലീകരിച്ച് പ്രസീദ്ധീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. ജയിൽ‌വാസത്തിനിടെ ബന്യൻ വേറേയും രചനകളിൽ മുഴുകി. ബന്യന്റെ രചനാക്ഷമതക്കും, അതുവഴി ആദ്ധ്യാത്മിക സാഹിത്ത്യത്തിനും ജയിൽ ശിക്ഷ അനുഗ്രഹമായി മാറി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മുഖ്യമായ മൂന്നുകൃതികളിൽ ആദ്യത്തേതും, ആത്മകഥാപരവുമായ പാപികളിൽ പ്രധാനിക്ക് അളവില്ലാത്ത കൃപ, രചിക്കപ്പെട്ടത് 12 വർഷത്തെ നീണ്ട് ജയിൽ‌വാസത്തിനിടെയാണ്. ബുന്യന്റെ യശസ്സിന് മുഖ്യ ആധാരമായ തീർഥാടകന്റെ വഴി (പിൽഗ്രിംസ് പ്രോഗ്രസ്) രചിക്കപ്പെട്ടത് പിന്നീടുണ്ടായ ഹ്രസ്വകാല ജയിൽ‌വാസത്തിനിടെയാണ്. രണ്ടു ഭാഗങ്ങളുണ്ട് ആ കൃതിക്ക്. പ്രധാനകൃതികളിൽ മൂന്നാമത്തേതായ ശ്രീമാൻ ദുഷ്ടന്റെ ജീവിതവും മരണവും (Life and Death of Mr. Badman) പിന്നീട് എഴുതപ്പെട്ടതാണ്. ഒരു തരത്തിൽ അതിനെ തീർഥാടകന്റെ മുന്നേത്തിന്റെ മൂന്നാം ഭാഗമായി കണക്കാക്കാം. അക്കാലത്തെ മതപരമായ സംവാദങ്ങളിൽ തികഞ്ഞ പ്രതിബദ്ധതയോടെ പങ്കെടുത്ത ബന്യൻ തന്റെ നിലപാടുകൾ വാദിച്ചുറപ്പിക്കാനായി നിരന്തരം എഴുതി. മൊത്തം അറുപതോളം കൃതികൾ അദ്ദേഹത്തിന്റേതായിട്ടുണ്ട്.