قدیمی ترین اطلاعاتی که درباره باشقیرها در تاریخ ثبت شده است به نویسندگان مسلمانی نظیر سلام ترجمان، ابن فضلان و ابوزید بلخی در سده های نهم و دهم میلادی باز می گردد. این منابع باشقیرها را به دو دسته مجزا در استپ های اورال و حاشیه رود دانوب در جوار ممالک بیزانس بخش بندی کرده‌اند. ابن رسته گزارش می دهد باشقیرها ضمن فتح کوه‌های اورال حوالی رود ولگا را هم در دست خویش داشته‌اند. در سده دوازدهم میلادی نخستین گزارش اروپایی ها درباره باشقیرها ثبت شده است که دو سیاح اروپایی ضمن توصیف زندگی باشقیرها نامشان را باستارچی(bastarci) عنوان کرده و بر این عقیده بوده‌اند که زبان این مردم همان زبان مجارها می باشد. از سده دهم تا چهاردهم اسلام میان جوامع باشقیر نفوذ پیدا کرد و دین تمامی این مردم را شامل شد. باشقیرها در سده سیزدهم میلادی تحت سیطره چنگیزخان مغول در آمدند . پس از پایان استیلای مغول در سده پانزدهم باشقیرها به سه دسته تحت تسلط نوقای، قازان و خانات سیبری از هم جدا شدند. باشقیرها که دوباره سرزمین های بسیاری را -اگرچه بصورت مجزا از یکدیگر- تحت انقیاد خود در آورده بودند به روسیه تزاری پیوستند. در سده های هفدهم و هجدهم شورش های گسترده‌ای از سوی باشقیرها در برابر ارتش روسیه رخ داد که به یک جنگ داخلی تمام عیار تبدیل شد. یکی از رهبران اصلی این شورش ها سعید صدیر نام داشت. این رهبر شورشی کارش در دهه پایانی قرن هفدهم به پایان رسید اما در سال ۱۷۰۵ میلادی بار دیگر یک شورش دیگر در باشقیرستان آغاز شد. سرکوب این شورش برای روسیه دوام چندانی نیاورد و در نهایت در سال ۱۷۳۵ رسماً بین قوای روسیه تزاری و متحدان باشقیر جنگ بوقوع پیوست. این نبرد پس از شش سال بسود روسیه تحت رهبری پتر کبیر به پایان رسید. علت آغاز این نبرد برنامه دولتی روسیه برای تبعید باشقیرها به ایران و یا هندوستان بود. این برنامه به فرماندهی کیریلوف نامی آغاز شد در آغاز صدها روستا در آتش سوختند و هزاران نفر از باشقیرها بدست قوای روسیه تزاری قتل‌عام شدند. اقدام غافلگیرانه ای که باشقیرها برای مقابله با روس ها بکار بستند موفق واقع نشد و شمار بیشتری از اهالی باشقیر به تبع آن کشته شدند. با این وجود گاهی نیز پیروزی و توفیق از آن باشقیر ها بود و پس از شش سال با اعلام آتش بس در پی مرگ کیریلوف غائله خاتمه یافت و باشقیرها در همان حوال باقی‌ماندند. پس از انقلاب بلشویکی روسیه باشقیرستان در ۱۹۱۹ به عنوان بخشی خودمختار به اتحاد جماهیر شوروی پیوست و هم اکنون نیز دارای یک دولت خودمختار در خاک روسیه بنام باشقیرستان است.