במקרים של התנגשות, סבר הרב עמיטל שיש להדגיש שני דברים: א. התורה שבעל פה מעדנת את הבנתנו הראשונית ומסייגת את הדינים המופיעים בתורה. ב. יש הבדל בין יכולתו של אלוהים לשלנו: ""הקב""ה ממית ומחיה, והוא יכול לדרוש מאדם לקחת חייו של מישהו. ולכן, גם כאשר התורה מצווה אותנו לפעול בניגוד למוסר הטבעי שלנו, אין הכוונה שעלינו לתקן את הגישה המוסרית שלנו ולהתאים אותה לציווי של התורה..."" מתוך החשיבות שהוא מייחס למוסר הטבעי, הוא קובע כי ישנם איסורים בסיסיים, שדווקא כיוון שהם יסודיים, לא נכתבו בתורה אלא הם קודמים לה - כגון אכילת בשר אדם שאף שאינם איסורים מן התורה שבכתב, אולי אף יגברו על איסורים כאלו במצבים מסוימים.