Mesta á sýslunnar er Jökulsá á Fjöllum sem rennur í mörkum að vestanverðu. Þá falla nokkrar stórar ár í Þistilfjörð en Hafralónsá er þeirra mest. Stöðuvötn eru nokkur, sérstaklega á Sléttunni, og er Hraunhafnarvatn þeirra mest.