13. novembra 1890 podstúpil operáciu ucha v meste Halle v Nemecku, a potom odišiel na odporúčanie lekárov do Talianska. Na Vianoce v roku 1890 odpadol v Neapole na námestí Piazza della Santa Carita, kde ho našli v bezvedomí bez dokladov a bez peňazí, oblečeného len v ľahkom kabáte. Schliemann, jeden z najslávnejších ľudí sveta, umrel nepoznaný nasledujúci deň v nemocnici v Neapole a až neskôr našli vo vrecku jeho kabáta list, ktorý preukázal jeho totožnosť.