肯尼迪在国内政策方面提出了众多计划，如：改善城市住房条件、发展教育事业、改革税收制度、修改农业计划、保护和发展天然资源、为老年人提供良好的医疗保健、反对种族歧视、给黑人以公平权利等。但这些计划在实施过程中大都遭到了来自各方的重重阻碍，尤其是国会。1963年7月，美國媒体在评论肯尼迪的内政计划实施情况时指出：政府开支已经达到940亿美元，1963年的财政赤字将达到70亿美圆，黄金储备量下降到了自1939年来的最低点。大规模减税的议案和给予黑人公平权利的议案被拖延再三，直到肯尼迪遇刺身亡后的1964年才获得通过。修改农业计划、援助公立学校法案和其他一些议案，也纷纷搁浅或被迫放弃。