Dokazano je da je minimalno 0.5% gena neandertalca hibridizacijom prešlo u genom denisovskih ljudi. Denisovski genom ima više zajedničkih alela s genomom neandertalaca sa Altaja, nego s genomom neandertalca iz Vindije u Hrvatskoj i neandertalca iz Mezmaiskaye na Kavkazu, što dokazujući da je se genski dotok došao iz altajske populacije neandertalaca. Također je dokazano da u genomu denisovskog čovjeka ima genskog materijal koji poiče od još neotkrivene nepoznate vrste hominina, čija se evolucijska linija odvojila mnogo prije evolucijske linije neandertalaca, denisovaca i modernih ljudi. To sugerira mogući genski tok od tog nepoznatog hominina ka denisovskom čovjeku ili njegovu subpopoulacijsku strukturu.