בשנת 1899 הפכה בורונדי לחלק ממזרח אפריקה הגרמנית, אחת משלוש הקולוניות הגרמניות באפריקה, ושטחה העצום כלל את בורונדי, רואנדה, טנזניה ועוד. הכובש הגרמני היה ידוע באכזריותו כנגד ניסיונות מרד. הגרמנים גבו מסים בעזרת המערכת המקומית של המלוכה וראשי השבטים. בתחילה התנגד המלך בבורונדי להשפעה האירופאית, ושלא כמו שכנו ברואנדה סירב לשלם מס וללבוש בגדים אירופאים. בתגובה הגרמנים השתמשו בכוח וארגנו מרד נגד המלך שבסופו של דבר קיבל על עצמו את השלטון הגרמני.