Durante ls seclos XV i XBI l'ilha stubo sob la sfera d'anfluéncia muçulmana de l poderoso sultanato de Ternate, núcleo dua grande region qu'ancluía las ilhas costeiras al sul de Morotai. Na metade de l seclo XVI, eilha se tornou centro de a misson jesuíta pertuesa anstalada na region, l que durante mais dun seclo causou cunflitos antre l gobierno de l sultanato i la populaçon cristianizada de l'ilha, sendo bários deilhes fuorçados la se mudáren de Morotai para outras ilhas drento de l'anfluéncia de ls sultanatos, adonde poderien ser melhor cuntrolados religiosamente.