数次にわたる経営改善の取組みの結果、バス運行コスト自体は近隣民間バス事業者をも下回るレベルとなっており、運賃の賃率自体は、全国レベルの比較では低い水準にある。運賃は1キロ当たり31円50銭と全国的に見れば安い部類だが（全国平均は39円台、県内でも長崎バスに次いで2番目に安く、全国で見ても大手177社中15番目の安さ）、競合する長崎バスの1km当たり24円50銭や路面電車の全区間一律120円の関係で割高感を持たれている。2012年（平成24年）11月に長崎バスが東長崎地区に路線を開設してからは特に顕著である。このため、2014年(平成26年)4月の消費税率引き上げに伴う運賃改定では、東長崎地区では逆に値下げに踏み切ることになった。なお2014（平成26）年4月の運賃改定後も一部区間で長崎バスとの運賃格差を生じたため、2014年5月に一部区間で再値下げされた。2015年（平成27年）10月1日に長崎バスが運賃改定を行うのに伴い、再度運賃改定を実施している。