不過行政長官公署兼抵達臺灣嘅國軍形象麻麻，唔得民心，同臺灣人經常有拗撬，加上戰後經濟崩潰、惡性通貨膨脹、物價飛升，1947年初拉緝私煙小販時，引起警民衝突，卒之爆發影響深遠嘅二二八事件。國府當時指責參與者「陰謀叛亂」、「鼓動暴亂」、「臺灣獨立」、「陰謀叛國」，之後又展開清鄉行動，唔少百姓無辜入獄、處死、周圍有人間蒸發嘅個案。臺灣白色恐怖年代，呢件事一直係敏感話題，埋下本省人仇視外省人嘅情緒，亦為臺獨運動留底火種，直到1995年，當時嘅李登輝總統首次代表政府，正式向受難者同家屬道歉，但群族對立嘅情緒仍揮之不去。