一方、続篇の『DESTINY』への繋がりを意識した伏線も追加されており、「36.PHASE-38 決意の砲火」には『DESTINY』第1話におけるコールドオープンでの港へ走るシン・アスカと家族の1カットが挿入され、「39.PHASE-41 ゆれる世界」にはパトリックの演説中継シーンにアカデミー入学直後と思しきシン、ルナマリア・ホークとメイリン・ホークの姉妹、レイ・ザ・バレルが一堂に会している新規カットが加えられるなどしている。細かい所ではオーブ解放作戦での対空砲や補給艦のカットや、フリーダムのクスィフィアス レール砲の射撃シーンが追加・差し替えなどで流用されている。