ההקפאה נעשית כך שתימנע היווצרות גבישי מים במדיה המוקפאת. תחילה מביאים באיטיות ובהדרגה, תחת פרוטוקול קפדני, במקפיא מיוחד, מבוקר וממוחשב, את המנה לטמפרטורה של 80- מעלות צלזיוס. רק אז מועברת המנה להקפאה בטמפרטורה של 196- מעלות צלזיוס באמצעות חנקן נוזלי. קיימים שני סוגים של מקפיאי חנקן נוזלי: