A perda de hábitat continúa a ser un gran problema para a especie. No norte de Australia, gran parte do seu hábitat de nidación é susceptible e ser pisado por búfalos de auga que se fixeron silvestres, aínda que os programas de erradicación dos búfalos reduciron agora este problema considerablemente. Incluso nas zonas onde segue habendo grandes áreas de hábitats axeitados, sutís alteracións do hábitat poden ser un problema, como nas illas Andaman, nas que as áreas de auga doce usadas para a nidación, están sendo de forma crecente utilizadas para a agricultura. Despois de que o valor comercial das peles silvestres de crocodilo minguou, quizais o maior reto inmediato para aplicar os esforzos de conservación é o perigo ocasional que a especie pode ter para os humanos e, como resultado, a opinión negativa sobre o crocodilo que ás veces ten a xente.