กิตติพงษ์ กิตยารักษ์ รับราชการในสังกัดสำนักงานอัยการสูงสุด ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 ได้โอนย้ายมารับราชการในสังกัดกรมบังคับคดี กระทรวงยุติธรรม เคยได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้ช่วยปลัดกระทรวง อธิบดีกรมคุมประพฤติ รองปลัดกระทรวง และปลัดกระทรวงยุติธรรม