Syksyn 2017 supertietokoneiden TOP500-listalla jokainen kone käytti Linuxia. Ensimmäisen kerran Linuxia käyttävä tietokone esiintyi TOP500-listalla vuonna 1998. Eräät supertietokoneet perustuvat NASA:n Goddard Space Flight Centerissa kehitettyyn Beowulf-klusterimalliin. Marraskuussa 2017 kaikki TOP500-listalla olevat supertietokoneet käyttivät Linuxia, ja niistä 437 käytti klusterointia.