שנתיים לאחר הפרישה, בשנת 1999, מונה לוי לעוזר המאמן של מכבי חיפה תחת המאמן הראשי אלי כהן. לאחר שהאחרון עזב מונה לוי לתפקיד המאמן הראשי למספר משחקים, אך לא זכה להצלחה. בתום העונה הוחלט למנות את אברהם גרנט למאמן חיפה, כשלתפקיד העוזר מונה מרקו בלבול. בין השנים 2001–2003 שימש לוי כמאמן הנוער של מכבי חיפה שבמהלכה זכה עימה באליפות וב""דאבל"" (אליפות וגביע, באותה עונה).