Siya ay sa maikling panahong pinatalsik sa Roma noong 1036 ngunit bumalik sa tulong ni Conrad II, Banal na Emperador Romano. Noong Setyembre 1044, ang oposisyon ay pumwersa sa kanyagn patalsikin sa siyudad at inihalal si Juan na obispo ng Sabina bilang Papa Sylvester III. Ang mga pwersa ni Benedicto IX ay bumalik noong Abril 1045 at pinatalsik ang kanyang katunggali na gayunpaman ay nag-angkin sa kapapahan sa maraming mga taon. Noong Mayo 1045, si Benedicto IX ay nagbitiw sa opisina ng kapapahan upang ipursigi ang pagpapakasal, pagbebenta ng opisina ng papa sa kanyang ninong na si Juan Gratian na nagpangalan sa kanyang sariling Papa Gregoryo VI. Sa sandaling pagkatapos nito ay nagsisi si Benedicto IX sa kanyang pagbibitiw sa pagkapapa at bumalik sa Roma at kinuha ang siyudad na nanatili sa trono ng papa hanggang Hulyo 1046 bagaman si Gregoryo VI ay patuloy na kinilala bilang tunay na papa. Sa panahong ito, muling inihayag rni ni Papa Sylvester III ang kanyang pag-aangkin sa trono ng papa. Ang haring Aleman na si Henry III, Banal na Emperador Romano ay namagitan at sa Konseho ng Sutri noong Disyembre 1046, sina Benedicto IX at Sylvester III ay idineklarang pinatalsik sa trono ng papa samantalang si Gregoryo VI ay hinikayat na magbitiw na kanyang ginawa. Ang Obispong Aleman na si Suidger ay kinoronahang Papa Clemente II. Gayunpaman, si Benedicto IX ay hindi dumalo sa konsehong ito at hindi tinanggap ang pagpapatalsik sa kanya sa pagkapapa. Nang mamatay si Clemente II noong Oktubre 1047, sinunggaban ni Benedicto IX ang Palasyong Laterano noong Nobyembre ngunit pinatalsik ng mga hukbong Aleman noong Hulyo 1048. Upang punan ang kawalan ng kapangyarihan, si Obispo Poppo ng Brixen ay inihalal bilang Papa Damaso II at pangkalahatang kinilala bilang gayon. Tumanggi si Benedicto IX na humarap sa mga kaso ng simonya o pagbebenta ng pagkapapa noogn 1048 at itiniwalag. Ang kalaunang kapalaran ni Benedicto IX ay hindi alam ngunit maaring iniangat ni Papa Leo IX ang pagbabawal sa kanya. Si Benedicto IX ay inilibg sa Abbey ng Grottaferrata c. 1056. Si Benedicto IX ay karaniwang kinikilala bilang mayroong tatlong mga termino bilang papa: