บททดสอบแรกในตำแหน่งประธานาธิบดีของเขาเริ่มขึ้นในเดือนสิงหาคม 2000 เรือดำน้ำนิวเคลียร์ คูร์สก ขนาด 13,400 ตันที่อยู่ระหว่างการฝึกในทะเลเกิดการระเบิดขึ้นและจมลง ทำให้ลูกเรือเสียชีวิต 118 คน โศกนาฎกรรมครั้งร้ายแรงนี้ก่อให้เกิดข้อวิพากษ์วิจารณ์ในตัวปูตินอย่างมาก เนื่องจากเหตุการณ์เกิดขึ้นเป็นเวลาหลายวันกว่าที่ปูตินจะกลับจากหยุดยาวพักผ่อน และกว่าเขาจะมาดูซากเรือก็กินเวลาอีกหลายวัน