2007年7月19日の大統領選挙では、アルツァフ共和国のアゼルバイジャンからの完全独立や出生率の向上を訴えて出馬し、85.12パーセントの票を得て当選。同年9月7日から大統領に就任した。2012年7月19日の大統領選挙においても、67.65パーセントの得票率で再選された。2017年の憲法改正で大統領制に移行したことに伴い、大統領選挙は議会総選挙と同時に行われることとなり、サハキャンの任期満了は2017年7月19日に迫っていたが新憲法により大統領選挙は総選挙のある2020年まで行われないこととなったため、7月19日には議会で今後3年間の過渡期の大統領が選出されることとなり、サハキャンが再選された。