达尔文回家过了暑假，并在6月末与范妮重逢。本来他打算随私人导师念3个月数学，但他的代数在两个学期后仍无起色。7月他把时间花在登山、划船、钓鱼上。8月末离开了威尔士，与福克斯一起去打猎，欧文老爷还送给他一只鼻烟壶。到了万圣节达尔文搬进了威廉·帕利牧师住过的房间，晚到了3周，还随身带了不少甲虫标本。新年是在范妮的庄园里渡过的，欧文的儿子做手术，让害怕见血的达尔文受到惊吓，他还因嘴唇发炎卧床了几周。1829年2月，他去了伦敦，加入了一个昆虫学俱乐部，还在伊拉斯谟引导下游历了好几个学会所在地。2月19日拜访了伦敦大学昆虫学教授弗雷德里克·威廉·霍普，获赠160个甲虫标本，之后会见了昆虫学家斯蒂芬。回到剑桥后，他对圣灵和学业都失了兴趣，和什鲁斯伯里的同学、剑桥的指导老师“老普莱斯”经常来往，普莱斯精准辨认植物的能力令达尔文很是钦佩。雇佣来搜集甲虫的当地人经常把他惹火，和福克斯的联系也日益淡漠。达尔文参加了一些狂欢派对，酒醉之余阅读了爱德华·吉本的《罗马帝国衰亡史》。4月9日，学校还发生了反对学监的暴乱，达尔文曾为暴乱的学生们欢呼。5月，亨斯洛教授带领学生们在旅行中采集植物，达尔文也继续忙于捕猎昆虫。13日，激进分子理查德·卡莱尔和罗伯特·泰勒发表了一封挑战书，邀请剑桥的行政人员和牧师讨论基督教的功过。据他们说，大约50名年轻大学生的信仰发生动摇。达尔文就在其中，但准备悔过，后来他将泰勒称作“魔鬼的牧师”。