元朝辰光亳州属归德府（今商丘），下头管辖6个县。元朝至正十五年（1355年），刘福通起兵反元，拥韩林儿在亳州称帝，建“宋”政权，以亳州为国都。从此亳州正式成为“三朝”古都之地。明朝前开头辰光亳州一度变成功县，属于颍州。弘治九年（1496年），又升县为州。清朝开头辰光亳州属安徽布政使司直辖。1864年清廷镇压捻军后，析亳州、宿州、蒙城、阜阳、各一部设立涡阳县。1912年国民政府降亳州为亳县，由省直辖。