O primeiro ano como MetroStars o equipo conseguiu clasificarse para os playoffs, pero caeron en primera ronda fronte ó Columbus Crew . O ano seguinte tras unha estrepitosa tempada, anunciouse a fichaxe de Lothar Matthäus para a seguinte tempada . No ano 2000 os MetroStars conseguiron o seu mellor resultado chegando ás semifinais, onde perderon fronte ó Chicago Fire. Dende ese ano ata o final da era MetroStars o equipo non conseguiu avanzar máis aló que da primeira ronda dos playoffs. No ano 20003 chegaron á final da US Open Cup pero acabaron derrotados polo Chicago Fire por un gol a cero . No ano 2006 o equipo foi comprado por Red Bull GmbH e cambiou o nome polo de New York Red Bulls.