Bunnen er meget forskjelligartet, men generelt kan man si at de lavvannede områdene er dominert av sandbunn og de dypere områdene har store mengder av silt og leire. I mindre områder finnes dessuten steinrev, muslingbanker og blottlagt grunnfjell. Visse steder i Køge Bugt finnes nunataker av undergrunnens kalk.