רוב רשת המסילות משתרעת בתחום הדלתה של נהר הנילוס ונפרשת מן העיר קהיר. קיים קו מסילה מערבה לאורך החוף וייתכן שיתחבר בעתיד לרשת המסילות של לוב (כפי שהיה בעת מלחמת העולם השנייה). מקהיר יוצאת גם מסילה ראשית דרומה, לאורך הגדה המערבית של הנילוס, לעיר אסואן שבמצרים העילית. אף שרשת המסילות במדינת ישראל זהה ברוחבה לרשת המסילות המצרית, לא קיים קשר בין שתי הרשתות כפי שהיה לפני קום מדינת ישראל. גשר פירדאן מעל לתעלת סואץ, שיצא משימוש לאחר מלחמת ששת הימים נבנה מחדש בשנת 2001 והמסילה בסיני שוקמה עד לעיירה ביר אל-עבד במערב סיני אך נותרה עוד כברת דרך ארוכה של תוואי מסילה לשיקום בין ביר אל-עבד לאל עריש ומשם לגבול ישראל ועזה. רשת המסילות של סודאן היא ברוחב צר, שאינו תואם לרשת המצרית, והנוסעים לסודאן נאלצים לעבור לרכבת סודאנית לאחר שחוצים במעבורת את הנילוס. אף שרשת מסילות הרכבת במצרים מהווה כלי תחבורה ציבורית מרכזי בתוך המדינה, אין נסיעה ישירה ברכבת ממצרים למדינות שכנות.