Rustem Khamitov útskrifaðist frá menntaskóla í Ufaborg árið 1971 og lauk síðan vélaverkfræðinámi árið 1977 frá Tækniháskólanum N E. Bauman Moskvu. Hann starfaði síðan í ýmsum verksmiðjum í Basjkortostan. Við fall Sovétríkjanna hóf Rustem pólitískan feril sinn. Frá 1994 til 1999 starfaði hann sem ráðherra umhverfismála og almannavarna í Basjkortostan. Árið 1999 starfaði hann við ráðuneyti neyðarástands Rússlands í Moskvu. Frá 2000 starfaði hann sem fulltrúi forseta Rússlands í Volgógradfylki.