Սինգապուրի 1959 թվականի Օրենսդիր մարմնի ընտրություններում Լիի կուսակցությունը հաղթեց, ստանալով 51 մանդատից 43-ը։ Սինգապուրը պետական բոլոր գործերում ձեռք բերեց անկախ ինքնակառավարմամբ ինքնավարություն բացի պաշտպանական և արտաքին գործերից։ 1959 2 թվականի հունիսի 3-ին Լին դարձավ Սինգապուրի առաջին վարչապետը՝ պաշտոնը ստանձնելով գլխավոր նախարար Լիմ Յու Հոկից: