در اردیبهشت‌ماه سال ۱۳۶۸، موسوی اردبیلی با حکم سید روح‌الله خمینی به عنوان یکی از اعضای شورای بازنگری در قانون اساسی منصوب شد. در واقع این شورا با هدف تغییر در قانون اساسی طراحی شده و مهمترین هدف آن تغییر در شرایط رهبری بود. پس از مرگ آیت‌الله خمینی و انتخاب رهبر جدید وی به قم مراجعت کرد و مدتی پس از استقرار در قم، اعلام مرجعیت کرد و در کنار آن، به تأسیس دانشگاه مفید پرداخت.