Bootviren haben jedoch mit den technischen Limitierungen, die mit dem Speicherort „Bootsektor“ oder vor allem „MBR“ einhergehen, zu kämpfen: Sie können maximal 444 Bytes groß sein, sofern sie nicht noch weitere Bestandteile auf anderen Bereichen der Festplatte verstecken. Der MBR ist nach Industrienorm ein Sektor, also 512 Byte groß, aber einige Bytes werden für die Hardware- und BIOS-Kompatibilität verbraucht. Außerdem müssen sie die Aufgaben des Boot-Loaders übernehmen, damit das System funktionsfähig bleibt, was von dem ohnehin schon sehr geringen Platz für die Virenlogik noch weiteren Platz wegnimmt. Da sie vor einem Betriebssystem aktiv werden, können sie außerdem nicht auf von einem Betriebssystem bereitgestellte Funktionen wie das Finden und Öffnen einer Datei zurückgreifen.