Тэрыторыя краю адносіцца да дзьвюх фізычных рэльефных зонаў, Заходне-Сыбірскай раўніны й рэгіёну Алтай — Саяны. Горная частка ахоплівае раўніну з усходняй і паўднёвай бакоў — Салаірскі камлюк і перадгор’і Алтаю. Заходняя й цэнтральная часткі пераважна раўніннага характару.