Ai bëri debutimin e tij vetëm dy javë para ditëlindjes së tij të njëzetë, kur ai hyri në pjesën e dytë si zëvëndësuesi i Christian Wörns. Në dy sezonet e tij të fundit me Werder Bremen, mbrojtësi mori vetëm një karton të verdhë në 63 ndeshje në ligë. Ai mori pjesë në Kupat e Botës të viteve 2006, 2010 dhe 2014 në edicionet e viteve 2008 dhe 2012 të Kampionatit Europian. Në vitin 2006, mbrojtësi themeloi ""Per Mertesacker Stiftung"", një fondacion bamirës që ndihmon dhe mbështet sportistët amator dhe të dobtit .