جنوری 1996ء میں لاہور کے سیشن کورٹ میں ہونے والے بم دھماکا میں سپاہ صحابہ کے قائد ضیاء الرحمٰن فاروقی کی ہلاکت کے بعد وہ سپاہ صحابہ کے سرپرست اعلیٰ بن گئے۔ انہیں گوجرانولہ کے ایس ایس پی اشرف مارتھ کے قتل کے مقدمے میں گرفتار کیا گیا اور کچھ عرصہ جیل میں گزارا۔ 1997ء میں ہونے والے عام انتخابات میں وہ قومی اسمبلی کی سیٹ تو نواب امان اللہ سیال کے ہاتھوں ہار گئے تھے لیکن وہ صوبائی اسمبلی کی نشست صرف چند ووٹوں کی فرق سے جیتنے میں کامیاب رہے تھے۔ صوبائی اسمبلی کی نشست پر ان کا مقابلہ ڈاکٹر ابوالحسن انصاری سے تھا۔ گزشتہ انتخابات کے موقع پر بھی وہ میانوالی جیل میں بند تھے لیکن اس کے باوجود وہ جھنگ شہر پر مشتمل سپاہ صحابہ کی قومی اسمبلی کی روایتی نشست جیتنے میں کامیاب رہے۔ جھنگ سے ایم این اے منتخب ہونے کے چند ماہ بعد ان کو عدالت نے رہا کرنے کاحکم جاری کیا۔ رہائی کے بعد انھوں نے ایک نئی جماعت ملت اسلامیہ کی بنیاد رکھی۔ اس جماعت کے پلیٹ فارم سے انھوں نے جنرل پرویز مشرف کی حمایت کی اور وزیراعظم ظفراللہ جمالی کا ساتھ دیا۔