Zaman pertengahan di Jepun merupakan zaman feudalisme yang ditandai oleh perebutan kuasa antara golongan pemerintah yang terdiri dari padakesatria yang bergelar samurai. Pada tahun 1185, setelah menghancurkan puak Taira yang menyaingi puak Minamoto, Minamoto no Yoritomo dijulang sebagai shogun, lalu mengambil peranan sebagai pemimpin tentera yang berbagi kekuasaan dengan Maharaja. Pemerintahan tentera yang didirikan Minamoto no Yoritomo disebut Keshogunan Kamakura kerana pusat pemerintahan berada di Kamakura (di selatan Yokohama masa kini). Setelah Yoritomo meninggal dunia, puak Hōjō membantu keshogunan sebagai shikken, iaitu bagaikan adipati kepada para syogun. Kesyogunan Kamakura berjaya menangkis serangan Mongol dari wilayah China yang ketika itu dijajah oleh kaum Mongol pada tahun 1274 dan 1281. Meskipun secara politik terbilang stabil, Keshogunan Kamakura akhirnya digulingkan oleh Maharaja Go-Daigo yang mengembalikan kuasa di tangan maharaja. Maharaja Go-Daigo akhirnya digulingkan oleh Ashikaga Takauji pada tahun 1336. Keshogunan Ashikaga gagal membendung kekuatan penguasa tentera dan tuan tanah feudal (daimyo), maka terletusnya perang saudara pada tahun 1467 (Perang Ōnin) yang memulakan masa satu abad yang ditandakan oleh peperangan antara paksi yang disebut masa negeri-negeri saling berperang atau zaman Sengoku.