Habarovsk se razvio iz utvrde Carske Rusije osnovane 1858. kao Habarovka. Ime je dobio po ruskom istraživaču Sibira Erofeju Habarovu iz 17. vijeka. Od 1880. godine, grad je postao administrativno središte Primorske oblasti, od 1884. - administrativno središte Priamurskog general-gubernata Od 1893. se zove Habarovsk. Od 1926. je administrativno središte Dalekoistočnog kraja, od 1938. - Habarovskog kraja.