רשת הרכבות המצרית המשיכה לגדול עד לסוף המאה ה-19 באופן הדרגתי. לקראת סוף המאה נסעו ברכבת המצרית למעלה ממיליון נוסעים בשנה והיא שינעה למעלה מ-300 אלף טון סחורות. בשנת 1898 נפתח קו מסילת הרכבת לעיר אסואן בדרומו של עמק הנילוס. רוב הרכבות במצרים, להוציא מספר קווים שנתנו בזיכיון לחברות קטנות יותר, הופעלו על ידי חברת הרכבת הממשלתית המצרית (Egyptian Government Railways) אשר מנהליה הכלליים היו בריטים וטורקים לסירוגין. בשנת 1905, לאחר שהשליטה ברכבת הועברה לידי המשרד לעבודות ציבוריות, שונה שמה של הרכבת ל""רכבת מצרים"" (Egyptian State Railways). עוד קודם לכן, רכשה החברה בשנת 1902 את קו מסילת הרכבת שבין איסמעיליה לפורט סעיד, קו שנבנה עשור שנים קודם לכן על ידי חברת תעלת סואץ.