שוהם שוכנת באזור חבל מודיעין. היישוב תחום ממזרח בכביש 444, מדרום בנחל נבלט, מצפון במושב ברקת וממערב במושבים טירת יהודה ובית עריף. ממזרח ליישוב שוכנים אתרי הנופש והארכאולוגיה פארק יער שוהם, תל נבלט ותל חדיד, ובסמוך אליו עובר שביל ישראל.