ביקורת נוספת נמתחה מצד אלה הרואים בהקמתן של חוות הבודדים אפליה אל מול הקשיים של התיישבות הבדואים בנגב. כל חוות הבודדים הקיימות היום מאוכלסות על ידי יהודים, בעוד שבנגב מאות אלפי אזרחים בדואים המתגוררים בכפרים שאינם מוכרים על ידי המדינה בתנאים קשים. בשנת 2006, מרכז עדאלה, עמותת במקום והפורום לדו-קיום בנגב הגישו עתירה לבג""ץ נגד המועצה הארצית לתכנון ובנייה ומינהל מקרקעי ישראל. בשנת 2010 דחה בג""ץ את העתירה.