Parqalı İbrahim Paşa və İsgəndər Çələbi arasında əvvəlcə yaxşı dostluq münasibətləri olmuşdur. İraqeyn səfəri zamanı isə tərəflər arasında olan dostluq münasibəti, düşmənclik ilə əvəz olundu. Ordunun imperiyanın şərq hissəsinə yerləşdirilməsi zamanı baş verən bir sıra problemlərin səbəbi kimi İsgəndər Paşa göstərildi. Bəzi mənbələrdə Parqalı İbrahim Paşanın İsgəndər Çələbini Sultan Süleyman Qanuninin gözündən salmaq üçün Çələbinin əsgərləri tərəfindən daşınan Osmanlı xəzinəsini oğurlanması barədə əmr verdiyi bildirilir. İşində ciddi pozuntuların baş verməsi səbəbi ilə İsgəndər Çələbi 24 oktyabr, 1534-cü ildə vəzifəsindən azad edilmişdir. Vəzifəsindən kənarlaşdırıldan 4 ay 20 gün sonra isə Bağdad şəhərinin mərkəzi meydanında asılaraq edam edilmişdir.