2016年1月1日，參加《我是歌手 誰來踢館》。1月8日，參與江蘇衛視節目《最強大腦》2月22日，參加湖南衛視2016湖南卫视元宵喜乐会。6月19日，参与江苏卫视音乐节目《盖世音雄》。6月30日，受邀为《麻辣变形计》电视剧主题曲《Fighting Day》献声。2016年7月15日，为《九州·天空城》电视剧插曲《醉飞霜》献唱。7月20日，出演由企鹅影业、上影寰亚联合出品的《九州天空城》，饰演雪飞霜一角，這次為鞠婧祎以偶像身份首次進入電視劇螢幕，並在藝人媒體指數排行榜上升至13位。7月30日，於SNH48第三屆總選舉，獲得第1名，成功登頂，最終獲得230,752.7票，成為第三屆總選舉選拔組Center，又成為SNH48迄今為止票數首位超過20萬的成員。10月27日，發行首張個人EP《每一天》。11月11日，出席天貓雙十一全球狂歡夜晚會。12月10日，参加腾讯视频星光大赏，凭借《九州·天空城》中的雪飞霜一角获得腾讯视频星光大賞「年度新锐电视剧女演员荣誉」。12月18日，参加2016网易有态度人物盛典获得了「年度最有态度元气新星」。