בעונת 2003/2004 מונה לוי למאמן הבוגרים של מכבי חיפה לאחר שיצחק שום עזב את תפקיד (לטובת מועדון הפאר היווני פנאתינייקוס). למרות הדאבל בו זכה לוי עם קבוצת הנוער הוא לא נחשב לשם גדול מבחינת התקשורת והוצג כמאמן צעיר וחסר ניסיון. היו אף כאלה שרמזו שמינויו של לוי משמעו שיעקב שחר מתכנן ""עונה פיננסית"", שמטרתה איזון התקציב על חשבון זכייה בתארים. חשש זה התבדה כאשר הוביל את הקבוצה לאליפות, לגמר גביע הטוטו ולרבע גמר גביע המדינה. באותה עונה הגיע עם הקבוצה לסיבוב השני בגביע אופ""א והפסיד לקבוצת הפאר ולנסיה.