امامت جمعه در زنجان بر خلاف بسیاری دیگر از شهرها که منصبی حکومتی بود، از اوامر حکومتی مجزا مانده بود.حسینی زنجانی با مراجعت به زنجان، تدریس درس خارج فقه را هم در این شهر آغاز کردند. محور بحث فقه کتاب «وسیله النجاه» آیت‌الله اصفهانی بود. او «کتابخانه حسینی» را در همین سال‌ها در زنجان بنا کرد.او با تأکید مراجع عظام تقلید نجف تلاش زیادی در جهت احیای حوزه علمیه زنجان کرد.پس از رحلت آیت‌الله بروجردی در فروردین ۱۳۴۰، گزینه‌هایی برای مرجعیت شیعه مطرح بودند. از میان فضلای حوزه، هر یک به سمت یکی از علمای برجسته می‌رفتند. در این میان، آیت‌الله سید عزالدین زنجانی به همراه برخی دیگر به ترویج مرجعیت امام‌خمینی همت کردند. ایشان با جدیت بحث مرجعیت امام را در این شهر ترویج می‌کردند و به خاطر نفوذی که در میان مردم داشتند، پس از رحلت آیت‌الله بروجردی، جمعیت قابل توجهی از مردم زنجان، مقلّد حضرت امام خمینی شدند.او از روح‌الله خمینی در امور حسبیه، نصف اجازه داشته است. خمینی آن را حاج سید عزالدین امام زنجانی خطاب کرده و در بخش معرف او را معروف خوانده است.