ഇക്കാലത്ത് അവടക്കൻ അഫ്ഘാനിസ്താനിലെ നിയന്ത്രണവും അഫ്ഗാനികൾക്ക് നഷ്ടമായി. ഇവിടെ വിവിധ ഉസ്ബെക് നേതാക്കആൾ സ്വതന്ത്രഭരണം നടത്തി. പത്തൊമ്പതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ തുടക്കത്തിൽ താഷ് ഖുർഗാന്റെ ഭരണാധികാരിയായിരുന്ന ഖ്വിലിച്ച് അലിയും 1817-ൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണശേഷം ബുഖാറയുടെ അമീറും വടക്കൻ അഫ്ഗാനിസ്താനിൽ അധികാരം സ്ഥാപിച്ചു. ബുഖാറ അമീറിന്റെ പിന്വാങ്ങലില്നു ശേഷം ഖുണ്ടുസിലെ ഉസ്ബെക് ഭരണാധികാരിയായിരുന്ന മുറാദ് ബെഗ് (ഭരണകാലം 1817-40?) വടക്കും വടക്കുകിഴക്കൻ അഫ്ഘാനിസ്താനും അമു ദര്യയുടെ വടക്കുള്ള പ്രദേശങ്ങളും കുറേക്കാലം ഭരിച്ചു. മുറാദ് ബെഗിന്റെ മരണശേഷം ഈ പ്രദേശങ്ങളുടെ നിയന്ത്രണം ഖ്വിലിച്ക് അലിയുടെ പുത്രൻമാരിലൊരാളായിരുന്ന മിർ വാലിയുടെ നിയന്ത്രണത്തിൽ തിരിച്ചെത്തി. താഷ്ഖുർഗാൻ കേന്ദ്രമാക്കി അദ്ദേഃഅം 1850 വരെ വടക്കൻ അഫ്ഗാനിസ്താന്റെ നിയന്ത്രണം കൈയാളി.