সুবেদার শায়েস্তা খান ছোট কাটারা নির্মাণ করেছিলেন। আনুমানিক ১৬৬৩ - ১৬৬৪ সালের দিকে এ ইমারতটির নির্মাণ কাজ শুরু হয় এবং এটি ১৬৭১ সালে শেষ হয়েছিল। এটির অবস্থান ছিল বড় কাটারার পূর্বদিকে বুড়িগঙ্গা নদীর তীরে। ইমারতটি দেখতে অনেকটা বড় কাটারার মত হলেও এটি আকৃতিতে বড় কাটারার চেয়ে ছোট এবং এ কারণেই হয়তো এর নাম হয়েছিল ছোট কাটারা। তবে ইংরেজ আমলে এতে বেশ কিছু সংযোজন করা হয়েছিল। শায়েস্তা খানের আমলে ছোট কাটরা নির্মিত হয়েছিল সরাইখানা বা প্রশাসনিক কাজে ব্যবহারের জন্য।বড় কাটরার মতো এটিতেও ছিল দুটো তোরণ, একটি উত্তরে ও অপরটি দক্ষিণে। দক্ষিণের তোরণটিই ছিল প্রধান তোরণ। আয়তাকার কাটরার দক্ষিণ বাহুর দুই কোণায় দুটো আটকোণা বুরুজ বা টাওয়ার ছিল। উভয় তোরণেরই অনেক পরিবর্তন সাধিত হয়েছে। মুগল রীতিতে নির্মিত ত্রিতলবিশিষ্ট দক্ষিণ তোরণ এবং তিন জানালাযুক্ত সুউচ্চ কোণার টাওয়ারগুলোর সাথে পরবর্তী ইংরেজ আমলের সংস্কাররীতি মিশে এগুলো ঔপনিবেশিক চিহ্নও ধারণ করেছে।