بعد تعيينه رئيس أساقفة بثلاث سنوات، في عام 2001، اختار يوحنا بولس الثاني كاردينالاً، وعينه في خمس وظائف إدارية في الكوريا الرومانية، هي عضوية مجمع العبادة الإلهية وتنظيم الأسرار، وعضو مجمع الإكليروس، وعضو مجمع مؤسسات الحياة المكرسة وجمعيات الحياة الرسولية، وعضو في المجلس الحبري للعائلة، وعضو في مجلس أساقفة أمريكا الجنوبية. حل الكاردينال بيرجيليو محل الكاردينال إدوارد إيغان الذي عاد إلى نيويورك في أعقاب أحداث 11 سبتمبر بمنصب أسقف التسجيل في سينودس الأساقفة، ووفقًا لصحيفة هيرالد الكاثوليكية، خلف بيرجيلو ""انطباع إيجابي كرجل يقبل التواصل والحوار"".