1347 წელს იოანე ტრიუმფით შევიდა კონსტანტინოპოლში თავისი 1000-კაციანი არმიით და მოწინააღმდეგეებს აიძულა, რომ ის ეცნოთ თანაიმპერატორად იოანე V-თან ერთად, ხოლო ერთადერთ მმართველად მისი მცირეწლოვნობის პერიოდში. აგრეთვე მან თავისი ვაჟი მათე კანტაკუზენი 1353 წელს თანაიმპერატორად გამოაცხადა. მისი მმართველობის ხანაში იმპერია, რომელიც უკვე ყოველგვარად დახლეჩილი და შეკვეცილი იყო, ყველა მხრიდან თავდასხმას განიცდიდა. ომებიდან გამოსაკვეთია წარუმატებელი ომი გენუელებთან, კერძოდ კი მათ კოლონია გალატასთან, რომელიც თვით კონსტანტინოპოლის გადაღმა მდებარეობდა და ვენეცია-გენუის ომი, რომელშიც ბიზანტია ვენეციელებს მიემხრო, თუმცა რეალური შედეგი არც ამას მოუტანია. ომი აგრეთვე გაიმართა სერბებთანაც, რომლებიც იმპერატორ სტეფან დუშანის ხელმძღვანელობით ფართო იმპერიას აყალიბებდნენ ბიზანტიის ჩრდილო-დასავლეთით. ამ ყოველივეს ემატებოდა უკიდურესად რისკიანი ალიანსი ოსმალებთან, რომლებმაც იოანე VI-ის უგუნურებისა და წინდაუხედაობის გამო ევროპაშიც მოიკიდეს ფეხი, კონკრეტულად კი გალიპოლის ნახევარკუნძულზე.