플레이어는 게임 속에서 부커가 되어 인공지능으로 움직이는 엘리자베스와 함께 이전의 바이오쇼크 게임에서처럼 무기 조합, 도구 조합, 염동력(게임 속에서 얻을 수 있는 능력인 비거와 엘리자베스의 초능력)을 이용하여 콜롬비아의 적들과 싸워 나간다. 전작의 랩쳐가 수중 도시였기 때문에 공간의 제한이 있었던 반면, 열린 공중 도시인 콜롬비아는 시티 스카이 라인이라는 롤러 코스터와 같은 이동 수단을 이용하여 보다 도전적인 전투가 가능해졌다. 또한, 추가적으로 ""1999 모드""라는 부가 특징을 가지고 있다. 리드 디자이너인 켄 레빈은 최근 미국에서 은행 자본가들을 대상으로 이루어졌던 ""점령하라"" 저항을 포함하여 19세기 있었던 중요한 역사적 사건에서 영감을 받았다.