Manoma, kad seniau gyvenvietės apylinkėse buvo lydoma balų rūda, todėl ji ir pavadinta Rūdiškėmis. Tačiau taip pat įmanoma, kad miesto vardas kilęs nuo asmenvardžio Rūdys (ar Rūdis, Rūdė), pridedant priesagą -iškės.