Pas Kongresit të Lushnjës, në funksionin e Ministrit të Brendshëm, Mehdi Frashëri dha një kontribut të madh në organizimin e mbajtjen e zgjedhjeve parlamentare të vitit 1921, pas të cilave ai u zgjodh deputet. Në atë kohë ai bashkëpunoi ngushtë me degët ekonomike të vendit dhe me iniciativën e tij personale bëri të mundur ndryshimin e monedhës shqiptare nga ""Leka i madh"" në ""Lek"". Në atë periudhë, kur po hidheshin themelet e para të shtetit të ri shqiptar, Mehdi Frashëri kryesoi të gjitha komisionet parlamentare për hartimin e ligjeve (kodeve) ekonomike dhe ishte i pari që paraqiti nevojën e reformës agrare e themelimin e një Banke në Shqipëri. Nga viti 1923 e deri në vitin 1939, me disa ndërprerje të shkurtra, Mehdi Frashëri ishte në funksionin e deputetit të Parlamentit shqiptar dhe përfaqësuesit të Shqipërisë pranë Lidhjes së Kombeve në Gjenevë të Zvicrës.