Kroos për herë të parë luajti me klubin lokal Greifswalder SC, duke u transferuar më vonë te skuadra e të rinjëve të Hansa Rostock. Kroos më pas lëvizi tek të rinjtë e Bayern Munich në vitin 2006. Ai humbi plot 40 ditë mësimi në shkollë për shkak të stërvitjes.