הסלובקים אף סייעו לגירוש היהודים לאזור שנקבע בהסכם להונגריה ובכך ניסו להיפטר מיהודי המדינה. רוב עסקי היהודים במדינה עברו לידי האוכלוסייה הכללית, ויהודים נשלחו למחנות עבודה. אם כי היו יהודים אשר המשטר החשיב כ""יעילים"" ולכן לא נשלחו למחנות העבודה.