ತಾತ್ವಿಕವಾಗಿ ಗ್ಯಾಸ್‌ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೊಗ್ರಫಿ ಕಾಲಮ್‌ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೊಗ್ರಫಿಯನ್ನೇ ಹೋಲುತ್ತದೆ (ಹಾಗೆಯೇ ಎಚ್‌ಪಿಎಲ್‌ಸಿ, ಟಿಎಲ್‌ಸಿ) ಮುಂತಾದ ಇತರ ವಿಧಗಳನ್ನು ಹೋಲುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಗಮನೀಯ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನೂ ಹೊಂದಿದೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಮಿಶ್ರಣದಿಂದ ವಿವಿಧ ಸಂಯುಕ್ತಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುವ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ದ್ರಾವಕ ನಿಶ್ಚಲ ಹಂತ ಮತ್ತು ಅನಿಲ ಚಲನಾ ಹಂತದಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಕಾಲಮ್‌ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೊಗ್ರಫಿಯಲ್ಲಿ ನಿಶ್ಚಲ ಹಂತ ಘನವಾಗಿದ್ದು ಚಲನಾ ಹಂತ ದ್ರಾವಕವಾಗಿರುತ್ತದೆ. (ಆದ್ದರಿಂದ ಅದರ ಪೂರ್ಣ ಹೆಸರು ""ಅನಿಲ-ದ್ರಾವಕ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೊಗ್ರಫಿ"", ಕ್ರಮವಾಗಿ ಸಂಚಾರಿ ಮತ್ತು ನಿಶ್ಚಲ ಹಂತವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ಅನಿಲ ಹಂತವು ಯಾವ ಕಾಲಮ್‌ ಮೂಲಕ ಸಾಗಬೇಕೋ ಆ ಕಾಲಮ್‌ಅನ್ನು, ತಾಪಮಾನವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಬಹುದಾದ ಓವೆನ್‌ನಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಕಾಲಮ್‌ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೊಗ್ರಫಿಯಲ್ಲಿ (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ) ಅಂತಹ ತಾಪಮಾನ ನಿಯಂತ್ರಣ ಇರುವುದಿಲ್ಲ. ಮೂರನೆಯದಾಗಿ, ಅನಿಲ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಸಂಯುಕ್ತದ ಸಾಂದ್ರೀಕರಣ ಎನ್ನುವುದು ಕೇವಲ ಅನಿಲದ ಆವಿ ಒತ್ತಡದ ಕಾರ್ಯ.