O dva a pol roka neskôr, pred jeho pätnástymi narodeninami, Crvena Zvezda Belehrad podpísala Nemanju do svojho mládežníckeho systému. Svoju seniorskú kariéru začal v roku 2000 na hosťovaní v klube Spartak Subotica. Potom čo sa vrátil späť do Belehradu, hrával pravidelne v Juhoslovanskej lige. V sezóne 2001/2002 vyhral Juhoslovanský pohár. Vidič rýchlo dostal kapitánsku pásku a počas troch rokov ako kapitán strelil 12 gólov v 67 zápasoch. Svoje pôsobenie v Crvenej Zvezde zakončil domácim doublom. V roku 2004 vyhral Srbsko-Čiernohorskú ligu a Srbsko-Čiernohorský pohár a v júli 2004 prestúpil do klubu Ruskej Premier League FC Spartak Moskva. Detaily prestupu neboli zverejnené, aj keď sa hovorilo, že Vidič sa stal najdrahším obrancom v histórii Ruskej ligy.