Actualmente, a maioría das fontes afirman que o crocodilo de auga salgada non ten subespecies. Con todo, algúns, baseándose principalmente na variabilidade morfolóxica, sosteñen que non só ten subespecies senón que, en realidade, C. porosus alberga un complexo de especies. En 1844, S. Müller e H. Schlegel intentaron describir os crocodilos de Xava e Borneo como unha nova especie que denominaron C. raninus e déronlle o nome común de crocodilo de Xava (ou de Borneo). Segundo Ross (1992), os espécimes de C. raninus poden distinguirse fiablemente tanto do crocodilo siamés coma do ""verdadeiro"" crocodilo de auga salgada baseándose no número de escamas ventrais e na presenza de catro escudos óseos pos-occipitais que a miúdo están ausentes nos verdadeiros crocodilos de auga salgada. Outro intento de separar unha nova especie fixérona en Australia Wells e Wellington (1985), baseándose en que certos crocodilos de Australia tiñan grandes corpos, cabezas relativamente grandes e colas curtas. O espécime tipo elixido para esta suposta especie foi un exemplar de crocodilo ao que se chamara ""Sweetheart"", que foi matado accidentalmente en 1979 (afogado despois de ser anestesiado para resitualo noutro lugar despois de que atacara a uns botes). Porén, esta ""especie"", que se bautizou como C. pethericki, é xeralmente considerada unha mala interpretación dos cambios fisiolóxicos que sofren os crocodilos machos moi grandes. Aínda así, a afirmación de Wells e Wellington de que os crocodilos de auga salgada australianos poden polo menos ser o suficienemente distnguibles dos asiáticos de máis ao norte como para garantirlles un status de subespecie (xa que non de especie), foi considerada como posiblemente válida.