魏德聖表示，拍片的想法起源于1996年时他所看到的两则電視報導；一是花蓮的原住民到臺北抗議，喊出了「還我土地」的口號的报道；二是讨论香港回歸應該還給中華人民共和國還是中華民國的报道。魏德聖在訪問中說：「我們腳踩在這塊土地上，感覺卻是既熟悉又陌生，矛盾很大……反差更大的是，該屬原住民的不歸還，卻一直在懸念不屬於我們的東西」。第二天魏德聖去讀原住民書籍，就看到邱若龍所畫的同名漫畫作品《霧社事件》，對此書內容深受感動。之後魏德聖開始對莫那·魯道為何要反抗日本感到好奇。1997年到1999年，魏德聖開始編寫與修改劇本，以及讀史料。在2000年時賽德克巴萊之劇本已完成，獲得新聞局優良電影劇本獎。