Le site de Gellin rappelle celui des villages voisins de Sarrageois et du Brey, et on retrouve les grands ensembles morphologiques propres au Jura plissé. La partie nord du territoire communal s’appuie sur un anticlinal coffré ; le sud correspond en revanche à un val puisqu’on est en présence du synclinal de Mouthe, drainé par le Doubs. Ce dernier sert de limite méridionale à la commune, sauf au sud-ouest où celle-ci se prolonge curieusement par une étroite bande de terrain longue de 4,5 km et large de 100 à 150 m seulement. Cette bande traverse le val et se poursuit en direction de la frontière suisse, sur l’anticlinal boisé du Risol. C’est là que se trouve le point culminant (1273m).