मस्तिष्क ज्वर की पहचान करने करने के लिये सबसे महत्वपूर्ण परीक्षण लंबर पंचर (LP, स्पाइनल टैप) द्वारा सेरेब्रोस्पाइनल तरल का विश्लेषण है। हलांकि लंबर पंचर तब प्रतिदिष्ट हो जाता है जब मस्तिष्क में कोई पिंड (ट्यूमर या फोड़ा) उपस्थित हो या अंतःकपालीय दबाव (ICP) बढ़ा हुआ हो क्योंकि इसके कारण मस्तिष्क हर्नियेशन होने की संभावना होती है। यदि कोई व्यक्ति किसी पिंड या बढ़े हुये ICP (सिर की नई चोट, एक ज्ञात प्रतिरक्षा प्रणाली, स्थानीयकृत न्यूरोलॉजिकल चिह्न या बढ़े हुये ICP के परीक्षण का साक्ष्य), एक CT या MRI स्कैन को लंबर पंचर से पहले अनुशंसित किया जाता है। यह सभी वयस्क मामलों के 45% मामलों पर लागू होता है। यदि LP के पहले एक CT या MRI की जरूरत पड़े या यदि LP कठिन साबित हो तो पेशेवर दिशानिर्देश सुझाव देते हैं कि उपचार में विलंब करने के लिये एंटीबायोटिक्स दी जानी चाहिये, विशेष रूप से यदि यह 30 मिनट से अधिक हो। अक्सर CT या MRI स्कैन, बाद की अवस्था में किये जाते हैं जिससे कि मस्तिष्क ज्वर की जटिलताओं का आंकलन किया जा सके।