הכלי בו נמצאו שאריות הדגים הוא כלי איחסון דמוי שק מוארך בעל תחתית מעוגלת שהיה מאוד נפוץ החל מתקופה הלניסטית עד תקופות מאוחרות יותר. לפי שברי החרס, הכלי הוא מייצור מקומי והוא נמצא באחד החדרים הסמוכים לחומה. מבדיקה פטרוגרפית עולה כי החומר מקומי אבל לא ממצדה עצמה בגלל אלמנטים של אבן נארי אך מצוי באזורי שומרון ויהודה. הכלי נצרף בטמפרטורה גבוהה של 800 מעלות. בנוסף לשאריות הדגים, הכיל הכלי חומרים אורגניים אחרים וסדימנט גבישי גבס, חול ושיסט שלא אופייני לאזור ישראל. החומרים האורגניים כנראה נוספו במהלך הייצור של הרוטב כחומרי טעם וריח. ההבדל בין כלי מקומי וחול זר מרמזים על כך שרוטב הדגים ייובא לישראל בכלי אחר שלא אותר והתכולה הועברה לכלי שנמצא במצדה. ייתכן שהמצאות החול בתוך הרוטב, מרמזת על ייצור לא מסוג א'.