Lítið er vitað um æskuár Cabrillos, ekki er einu sinni víst hvort hann hafi verið spænskur eða portúgalskur. Flestar ævisögur um hann segja hann hafa verið portúgalskan, en í bókinni Juan Rodriguez Cabrillo heldur sagnfræðingurinn Harry Kelsey því fram að hann hafi verið fæddur á Spáni, líklega í Sevilla eða í Cuellar.