Pärast Eesti okupeerimist Nõukogude Liidu poolt konfiskeeriti Estonia omanikelt Tallinnas 6. augustil 1940, riigistati ametlikult oktoobris ja anti Eesti Merelaevanduse kasutusse. Rootsi sõidud lõpetati. Väidetavalt sõitis ta 1940. aasta sügisel Tallinna ja Hanko vahel. Mingi aja pärast, arvatavalt kevadest, pandi laev Riia–Tallinna (ümber Lääne-Eesti saarte) liinile.