Nang dumating ang mga Hapones sa Pilipinas noong 1941, winasak ang mga riles alinsunod sa utos ng USAFFE na nagpatigil sa mga serbisyo, ngunit ipinanumbalik muli ng Hukbong Imperyal ng Hapon ang mga serbisyo noong Marso 22, 1943. Nahinto muli ang mga serbisyo dahil sa malaking pinsala dulot ng pagpapalaya ng Pilipinas; muling ibinalik ang mga serbisyo noong Disyembre 21, 1948.