بنا به درخواست جمعی از مؤمنان و فضلاء حوزه در سال ۱۳۵۴ اولین رسالهٔ عملیهٔ آیت‌الله زنجانی با عنوان رساله جامع الاحکام در مشهد مقدس انتشار یافت. رساله‌ای که بر خلاف بسیاری از مراجع که بیشتر، تعلیقات‌شان بر کتاب «عروةالوثقی» است، تعلیقات او بر کتاب «وسیلةالنجاة» سید ابوالحسن اصفهانی است. از این جهت به رسالهٔ عملیهٔ سید روح‌الله خمینی که تعلیقات بر «تحریرالوسیله» است، شباهت دارد.پس از رحلت حضرت آیت‌الله العظمی اراکی، رساله عملیه او با عنوان رساله توضیح‌المسائل در سال ۱۳۷۳ منتشر شد.برخی منابع مدعی شده‌اند که آیت‌الله زنجانی در جایگاه مرجعیتی سنتی ورودی قدرت جویانه به سیاست نداشت، در مواردی تقیه ورزید و در مواردی به گونه‌ای تلطیف شده دیدگاه‌های ناقدانهٔ خود را ابراز داشت. از این روی جامعهٔ مدرسین حوزهٔ علمیهٔ قم حاضر نشد پس از فوت سید روح‌الله خمینی او را به عنوان مرجع معرفی کند.