De tsjerke yn Egypte waard stifte troch Sint-Markus (te uzes better bekend as de apostel Jehannes Markus), yn it jier 42. De Gryksk-Otterdokse Tsjerke fan Aleksandrië hâldt út de opfolger-tsjerke te wêzen fan dy ier-kristlike mienskip, in bewearing dy't ek de Koptysk-Otterdokse Tsjerke en de Koptysk-Katolike Tsjerke meitsje. De brek tusken it Gryksk-Otterdokse Patriargaat en de Koptyske Tsjerke fûn plak yn it jier 451, doe't op it Konsylje fan Galsedon it dogma oannommen waard dat Jezus Kristus ien persoan wie mei twa folsleine, ûnderskate natueren, de iene minsklik, de oare godlik. De Koptyske Tsjerke (letter opspjalten yn 'e Koptysk-Otterdokse en de Koptysk-Katolike Tsjerke) en guon oare easterske tsjerken holden lykwols fêst oan 'e lear fan it Earste Konsylje fan Efeze (431), dat Jezus it godlike en it minsklike feriene yn ien wêzen (de lear fan it monofysitisme). Sa ûntstiene doe de oriïntaalsk-otterdokse tsjerken, mei dêrûnder de Koptyske Tsjerke, dêr't de grutte mearderheid fan 'e lânseigen kristlike leauwenden yn Egypte ta hearde. De Gryksk-Otterdokse Tsjerke fan Aleksandrië waard troch dit skisma in minderheidstsjerke (dy't benammen de Grykske minderheid yn Egypte betsjinne), en is dat sûnt ek altiten bleaun.