Musim hujan bermula lebih awal di Okinawa, lebih kurang mulai awal bulan Mei. Garis depan musim hujan bergerak ke utara, sehingga hampir mencapai Hokkaido. Di sebahagian besar wilayah Honshu, musim hujan bermula pada tengah bulan Jun selama enam minggu. Taufan sering terjadi sepanjang bulan September dan Oktober, disebabkan tekanan tropika di khatulistiwa yang bergerak dari barat daya ke timur laut, oleh itu sering membawa hujan yang sangat lebat.