Năm 1955, sau khi Quốc trưởng Bảo Đại bị truất phế, Thủ tướng Ngô Đình Diệm tuyên bố thành lập VNCH, và QĐQGVN từ đó đổi tên là Quân đội Việt Nam Cộng hòa (viết tắt là QĐVNCH). Cùng năm 1955, Bộ Tổng tham mưu không còn tùy thuộc hệ thống chỉ huy Pháp.