Pada musim gugur tahun 1541 Paus Paulus III mengirim Salmeron dan Paschase Broët sebagai Nuncio Apostolik (Perwakilan Tahta Suci) ke Irlandia. Mereka tiba di Skotlandia pada tanggal 23 Februari 1542. Tiga puluh empat hari kemudian mereka berlayar menuju kota Dieppe dan meneruskan perjalanan ke Paris. Selama dua tahun Salmeron melakukan pengkotbahan di Roma; penjelasannya mengenai Surat Paulus kepada Jemaat di Efesus tiga kali seminggu di gereja milik Yesuit berakibat positif (1545). Setelah berkotbah Pra-Paskah di kota Bologna, ia pergi bersama Diego Laynez ke Konsili Trento (18 Mei 1546) sebagai teolog bagi Paus Paulus III. Dogma Justifikasi sedang dalam pembahasan saat itu.