Mae Cors y Beacon wedi'i ddynodi'n Safle o Ddiddordeb Gwyddonol Arbennig yng Nghymru (SoDdGA neu SSSI) ers 26 Mai 1983 fel ymgais gadwraethol i amddiffyn a gwarchod y safle. Mae ei arwynebedd yn 11.62 hectar. Cyfoeth Naturiol Cymru yw'r corff sy'n gyfrifol am y safle.