O principal comportamento que serve para distinguir o crocodilo de auga salgada doutros crocodilos é a súa tendencia a ocupar ambientes de auga salgada. Aínda que outros crocodilos tamén teñen glándulas do sal que lles permitirían vivir en auga salgada, unha característica que os aligátores non posúen, a maioría das outras especies non se aventuran no mar a non ser en condicións extremas. A única outra especie que mostra un comportamento regular de saír ao mar é o crocodilo americano (C. acutus), pero esta especie americana non se considera tan proclive ás augas mariñas coma o crocodilo de auga salgada. Este último viaxa entre áreas separadas polo mar, ou simplemente confía na súa efectiva facilidade para viaxar pola auga para cubrir longas distancias nunha mesma masa de terra, como Australia. De maneira similar ás aves migratorias usando as columnas térmicas, os crocodilos de auga salgada utilizan as correntes oceánicas para viaxar longas distancias. Nun estudo, etiquetáronse 20 destes crocodilos con transmisores por satélite; 8 deles aventuráronse en mar aberto, e un deles viaxou 590 km ao longo da costa, desde o río North Kennedy na costa leste do extemo norte de Queensland, arredor da Península de Cabo York, ata a costa oeste do Golfo de Carpentaria en 25 días. Outro espécime, un macho de 4,84 m, viaxou 411 km en 20 días. Viaxan sen ter que moverse demasiado, ás veces simplemente flotando levados pola corrente, e este comportamento permítelles conservar enerxía. Interrompen as súas viaxes, parando en baías abrigadas durante uns días, cando a corrente vai en contra da dirección desexada, agardando ata que a corrente cambia de dirección. Tamén viaxan curso arriba e curso abaixo nos sistemas fluviais periodicamente.