बैक्टीरिया जनित संक्रमण पर पहली रिपोर्ट जिसमें मस्तिष्क ज्वर अंतर्निहित था, ऑस्ट्रिया के बैक्टीरिया विज्ञानी एंटॉन वाइक्सलबाउम की थी, जिसने 1887 में “मैनिन्गोकॉकस” की व्याख्या की थी। शुरुआती रिपोर्यों में मस्तिष्क ज्वर के कारण होने वाली मौतों का आंकड़ा काफी उच्च था (लगभग 90%)। 1906 में घोड़ों में एंटीसेरम उत्पन्न किया गया; इसको अमरीकी वैज्ञानिक सिमॉन फ्लेक्सनर द्वारा और अधिक विकसित किया गया और जिसने मैनिन्गोकॉकल रोग से होने वाली मौतों में काफी कमी कर दी। 1944 में पेनिसलीन को मस्तिष्क ज्वर में प्रभावी कहा गया। The introduction in the late 20th century of हेमोफाइलस टीके को बीसवी शताब्दी के अंत में जारी करने से इस पैथोजन से जुड़े मस्तिष्क ज्वर के मामलों में काफी कमी आयी, और 2002 में इस बात के साक्ष्य सामने आये कि स्टीरॉयड द्वारा उपचार करने से बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर का निदान बेहतर हो सकता है।