Nəsimi rayonu və Bakı Şəhər Sovetinə deputat seçilən M.Cəfərquliyev 1990-cı ilin sentyabrında Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin deputatı olmuşdur. 1991-ci ilin dekabrında Azərbaycan Respublikası Baş Prokurorunun birinci müavini vəzifəsinə təyin edilmiş, 1992-ci ildə Respublika Prokurorluğunun tədris mərkəzinin rəisi olmuşdur. Mirağa Cəfərquliyev 1993-cü ilin noyabrından 2001-ci ilə qədər Respublika Prokurorluğunda Qanunvericilik İdarəsinin rəisi vəzifəsində işləmiş, 2001-ci ildə yaşa görə təqaüdə çıxmışdır. Azərbaycan Respublikası Baş Prokurorunun I müavini vəzifəsində çalışarkən ""Prokurorluq"" haqqında layihənin işlənib hazırlanmasında xüsusi əməyi olmuşdur.