Heydər Əliyev 1941-1944-cü illərdə Naxçıvan MSSR Xalq Daxili İşlər Komissarlığında və Naxçıvan MSSR Xalq Komissarları Sovetində müxtəlif məsul vəzifələrdə xidmət etmiş,1944-cü ilin mayında isə Naxçıvan Vilayət Partiya Komitəsi tərəfindən dövlət təhlükəsizliyi orqanlarına işə göndərilmişdir. O, Leninqrad (indiki Sankt-Peterburq) və Moskva şəhərlərində xüsusi ali təhsil almış, 1957-ci ildə isə Azərbaycan Dövlət Universitetinin tarix fakültəsini bitirmişdir. Dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında iyirmi beş il (1944-1969) çalışan Heydər Əliyev 1964-ci ildə Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi sədrinin müavini, 1967-ci ildə isə sədri vəzifəsinə irəli çəkilmişdir. H.Əliyevə 1967-ci ildə SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi tərəfindən general-mayor rütbəsi verilmişdir.