בשנים הראשונות לקיום התזמורת היה קשר הדוק בין התזמורת לבין מקהלת הנערים סנט תומאס. המקהלה פעלה בהנהלת עיריית לייפציג, והודות לקשריה עם המקהלה, זכתה התזמורת למעמדה כמוסד עירוני. במשך שנים רבות כיהנה מקהלת סנט תומאס כמקהלה הרשמית של תזמורת הגוונדהאוס, ועד סוף המאה ה-19 הופיעה עמה בקביעות. התזמורת והמקהלה הרבו להופיע בשתי הכנסיות העיקריות של לייפציג - סנט ניקולאי וסנט תומאס.