Akemi Nakajima merupakan seorang pakar komputer yang telah mencipta satu program yang mampu menyeru syaitan daripada Makai. Dia membawa bersamanya rakannya iaitu Yumiko Shirasagi untuk menentang syaitan-syaitan jahat yang telah dilepaskannya. Judul ini dianggap mengambil tempat selepas kejadian kedua-dua buku Digital Devil Story di mana syaitan Loki dan Syaitan Set telah ditewaskan. Syaitan Lucifer telah membangkitkan mereka semula untuk bersiap-sedia untuk memasuki dunia manusia sekali lagi.