مایکروسافت تا به حال به صورت عمومی چیزی دربارهٔ واین نگفته‌است. اگرچه نرم‌افزار ویندوز آپدیت به‌روزرسانی‌های نرم‌افزارهای ویندوز که از طریق واین اجرا می‌شوند را مسدود می‌کند. در ۱۶ فوریه ۲۰۰۵ Ivan Leo Puoti متوجه شد که مایکروسافت شروع به بررسی در ویندوز رجیستری برای پیدا کردن کلیدهای تنظیمات واین می‌کند تا نرم‌افزار ویندوز آپدیت آن نرم‌افزارها را مسدود کند تا به روز نشوند.نرم‌افزار WGA نیز کلیدهای تنظیمات واین را جستجو می‌کند. در سوالات متدوال نرم‌افزار WGA آمده‌است که WGA برای واین طراحی نشده‌است، از آن‌جایی که واین «ویندوز اصل» را تشکیل نمی‌دهد. وقتی WGA واین را بر روی سیستم تشخیص دهد، پیغامی به کاربران می‌دهد که ویندوز شما اصل نیست دانلود برای شما غیرفعال خواهد شد. با وجود این موضوع برخی گزارش داده‌اند که WGA بر روی واین به خوبی کار می‌کند.