Լի Կուան Յուն ուներ երեք փոքր եղբայր՝ Ֆրեդի Լի Տյամ Յու (1927-2012, բորսային ընկերության տնօրեն)), Դենիս Լի Կիմ Յու (1933-2011, իրավաբան, Լի&Լի ընկերության անդամ) և դոկտոր Լի Սուան Յու (Սինգապուրի բժշկական խորհրդի նախագահ), և փոքր քույր, Մոնիկա Լի Կիմ Մոն։ Լիի եղբայր Դենիսը նրա նման իրավաբանություն սովորեց Քեմբրիջի համալսարանում և նրանք միասին հիմնեցին Լի&Լի իրավաբանական ընկերությունը։ Լիի մոտիկ ընկեր Էդմունդ Բարկերը նույնպես միացավ ընկերությանը։ Հետագայում Լին և Բարկերը ընկերությունը լքեցին՝ քաղաքականությամբ զբաղվելու։ Ֆրեդին դարձավ բորսային միջնորդ, մյուս եղբայրը, Սուան Լին բժշկություն սերտեց Քեմբրիջի համալսարանում և հաջող պրակտիկա էր վարում։