U drugom objavljenom članku iz 2010., autori su saopćili rezultate izolacije i sekvenciranja jedarnog genoma iz kosti denisovskog prsta. DNK ovog uzorka je bila neočekivano dobro očuvana i ispoljavala je vrlo nisku razinu kontaminacije. Tako je bilo moguće sekvenciranje gotovo cijelog genoma, što je omogućilo detaljnu usporedbu denisovskog, neandertalskog genoma sa genomom današnjeg Homo sapiens. Nakon ovbe analize je zaključeno da su, uprkos prividnoj divergenciji u mitohondrijskim sekvencama, denisovski ljudi s neandertalcima imali zajedničku evolucijsku liniju u odnosu na liniju recentnog afričkog čovjeka. Procijenjeno je da se divergencija između denisovskog čovjeka i neandertalca zbila oko 640.000 godina prije današnjice, a između denisovca i neandertalca od linije modernog čovjeka prije oko 804.000 godina. Smatra se da je divergencija u denisovdkoj mtDNK posljedica ili održavanja linije koja je pročišćena od gena iz drugih linija pradavnih ljudi putem genetičkog drifta ili pak unošenjem genskog materijala iz ranijih vrsta hominida. Godine 2013,, sekvencirana je mtDNK iz bedrene kosti 400.000 godina starog oblika Homo heidelbergensis iz pećine Sima de los Huesos u Španiji i dokazano da je ova sekvenca najbliža onoj kod denisovskog čovjeka.