As poboacións son en xeral esporádicas en Indonesia, as Filipinas e Malaisia, onde nalgunhas áreas viven grandes poboacións (Borneo e Sumatra, por exemplo) e outras con poucas poboacións pequenas e en risco (por exemplo, na Península de Malaca). Malia á estreita proximidade coas abundantes poboacións do norte de Australia, xa non se encontran estes crocodilos en Bali. Esta especie está tamén extinta en Lombok, Komodo e na maior parte de Xava. No sur da Península de Malaca e en Borneo, a especie pode coexistir co falso gavial (e tamén en Sumatra) e co moi relacionado pero normalmente máis pequeo crocodilo siamés (tamén en Xava). Pode quedar unha pequena poboación no Parque Nacional de Ujung Kulon no oeste e Xava. O crocodilo de auga salgada está tamén presente en partes moi limitadas do Pacífico sur, cunha poboación de tamaño medio nas illas Salomón, unha moi pequena e case extinta en Vanuatu (oficialmente de só tres individuos) e unha poboación aceptable pero en risco (ultimamente recuperándose) nas Palau. Antes chegaba tan ao oeste coma as costas índicas de África e as illas Seychelles. Antes pensábase que estes crocodilos eran unha poboación do crocodilo do Nilo, pero despois probouse que eran C. porosus.