Arti penting Tarakan bagi Jepang makin menguap dengan gerak maju cepat angkatan Sekutu ke daerah itu. Tanker minyak Jepang yang terakhir meninggalkan Tarakan pada bulan Juli 1944, dan serangan udara Sekutu yang hebat pada tahun-tahun itu menghancurkan produksi minyak dan fasilitas penyimpanan di pulau itu. Serangan ini juga membunuh beberapa ratus penduduk sipil Indonesia. Sejalan dengan kepentingannya yang makin menurun, garnisun Jepang di Tarakan berkurang pada awal 1945 saat salah satu dari 2 batalion infantri yang ditempatkan di pulau itu (Batalion Infantri Independen ke-454) ditarik ke Balikpapan. Batalion ini dihancurkan oleh Divisi ke-7 Australia pada bulan Juli selama Pertempuran Balikpapan.