בשנת 1940 סופחה טרנסילבניה הצפונית בחזרה להונגריה. לאחר השתלטות הנאצים על המדינה נלקחו יהודים רבים למחנה עבודה בכפייה. הרב עמיטל שהה במחנה כשמונה חודשים. המחנה שוחרר ביום שמחת תורה בשנת תש""ה (4 באוקטובר 1944), על ידי הצבא הסובייטי. עמיטל נסע לבוקרשט ומשם העפיל לארץ ישראל, אליה הגיע ביום ב' חנוכה תש""ה (12 בנובמבר 1944). לאחר שהות קצרה במחנה המעצר בעתלית בא לירושלים.