Grįžus popiežiui į Romą 1050 m. balandžio 29 d. buvo sukviestas antras Velykų sinodas, kuriame pasmerktos erezijos. Tais pačiais metais popiežius dalyvavo sinoduose Salerne, Siponte, Verčlio miestuose. Rudenį aplankęs Vokietiją, į Romą grįžo pavasarį kaip tik į trečiąjį Velykų sinodą, kuriame iškeltas klausimas dėl pakartotinio dvasininkų, kurie įtariami simonija, įšventinimo. Siekdamas reformuoti Bažnyčią sutelkė grupę bendraminčių, kurie vėliau tapo žymiais Bažnyčios veikėjais. Sumažino italų dvasininkų įtaką kurijai. Siekdamas sustiprinti popiežiaus autoritetą Konstantinopolio patriarcho atžvilgiu 1049 m. Reimso sinodas pripažino Leonui IX universaliąją ir apaštališkąją viršenybę Bažnyčioje (Universalis ecclesiae primas et apostolicus). Jis suteikė privilegijų daugiau kaip 160 vienuolynų.