Usjugov tok sin første verdenscupseier for sesongen i Davos i desember, da han vant sprinten. Han dominerte Tour de Ski 2016/17, der han vant fem etappeseirer på rad. 8. januar 2017 kunne han feire sammenlagtseieren.Under VM 2017 i Lahtis tok han sølv på sprint fristil, gull på duatlon, og han gikk sammen med Nikita Krjukov på Russlands lag som tok gull på lagsprint. Han sto over 15 km klassisk, han gikk på Russlands lag som tok sølv på 4 × 10 km stafett, og han tok sølv på 50 km fristil.