לאחר הצלחת הקו הראשון של הרכבת התחתית הקהירית, החלה בשנת 1993 בנייתו של הקו השני, אשר תוכנן לאורך 22 ק""מ, רובו במנהרה תת-קרקעית. הקו עובר בין כמה מן האתרים המרכזיים ביותר בקהיר וביניהם האוניברסיטה ובניין האופרה. הקו חוצה את נהר הנילוס במנהרה בעומק 70 מטר מתחת לפני הקרקע. הקו השני מצטלב עם הקו הראשון בשתי תחנות: תחנת סאדאת ותחנת מובארק. הנשיא מובארק חנך את הקו השני בחודש אפריל 1999.