Viesturiskai Aglyunys pogosta teritoreja bejuse Daugpiļs apleiciņa Kapeņu pogostā. 1936 godā nu Kapeņu pogosta padaleja Aglyunys pogostu. 1945 godā Aglyunys pogostā īstateja Aglyunys, Jaundzemu, Kruoceitis, Rušyuna, Runtuļu i Salinīku solys padūmi. 1954 godā Aglyunys solai daškiera Kruoceitis solu, a 1960 godā i Salinīku solu. 1990 godā solu reorganizej kai pogostu. 2009 godā īstateja Aglyunys nūvodu i pogosts dasaškiera kai administrativa teritoreja.