隧道由兩組雙程雙線分隔雙管隧道組成，分別係孖指徑隧道同埋針山隧道，兩組隧道分別穿越孖指徑同埋針山。孖指徑隧道長1公里，而針山隧道（屬沙田區 R19）就長1.6公里，總長度2.6公里。成段車速限制都係時速70公里，單管雙程行車限制係時速50公里。兩組隧道之間都以高架橋連接跨越城門峽同埋下城門水塘。城門隧道嘅收費廣場設在喺梨木樹，有13個收費亭，其中9個係人手收費亭，其餘4個係快易通專用嘅自動繳費亭。