موسوی اردبیلی در اعتراض‌ها به نتایج انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ در بیانیه‌های خود از الزام برای رسیدگی به حقوق تضییع‌شدهٔ مردم سخن گفت که این بیانیه‌ها با اعتراض شدید حامیان سید علی خامنه‌ای نظیر حسین شریعتمداری و جعفر شجونی مواجه شد. موسوی اردبیلی همچنین پس از اعتراض‌ها به نتایج انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸ با خانواده‌های بازداشت‌شدگان پس از انتخابات دیدارهایی کرد و بارها به این بازداشت‌ها اعتراض کرد.احمد قدیریان در مصاحبه‌ای ادعا کرد: در دیداری که بین موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برگزار شد، موسوی با اذعان به دریافت اطلاعات غلط، بر همراهی با سید علی خامنه‌ای تأکید کرد.