Bymurane rundt Butrint blei til i det fjerde hundreåret f. Kr. Byen blei grunnlagd av illyrarar, dersom ein då ikkje skal tru på Vergil sin Æneide som seier at han blei grunnlagd av den trojanske prinsen Helenus. På denne tida heitte byen Buthrotum. Han blei kjend som ein pilegrimsstad for dei som dyrka Asklepios.