កាលពីជំនាន់ដើមបុព្វបុរសខ្មែរយើង បានកត់ត្រាទុកនៅរឿងរាយជា ព្រឹត្តិការណ៍ផ្សេងៗ និងក្បួនច្បាប់ផ្សេងៗ នៅតាមសិលាចារឹក និងបានធ្វើជាឯកសារតម្កាល់ទុកក្នុងស្លឹករឹត និងនៅលើក្រាំង ។ ខ្មែរយើងបានប្រើវិធីនេះតៗគ្នារហូតដល់តសវត្សទី ២០ ទើបប្រើក្រដាស់រហូតដល់សព្វថ្ងៃនេះ។ ចាប់ពីពេលដែលប្រជាពលរដ្ឋបានទទួលជំនឿខាងពុទ្ធសាសនា ខ្មែរបានកសាងវត្តអារាម ហើយបានប្រមូល ក្បួនច្បាប់ គម្ពី ឯកសារស្លឹករឹត ក្រាំង ទៅកម្កាល់ទុកក្នុងវត្តអារាម។ ព្រោះថាវត្តអារាមជា មណ្ឌលវប្បធម៌ សាកលរៀន ជាកន្លែងអប់រំ បណ្ដុះបណ្ដាល និងជាជង្រុក នៃចំនេះដឹងទាំងឡាយពួង។ លុះមកដល់សម័យកាលក្រោយមកទៀត ក្នុងរជ្ជកាល ព្រះករុណាព្រះបាទស៊ីសុវត្ថិ ព្រះអង្គបានចេញព្រះរាជប្រកាសក្នុងឆ្នាំ១៩០៩ ដើម្បីបង្កើតសាលាបាលីពីរ មួយនៅភ្នំពេញ មួយទៀតនៅខេត្ត សៀមរាប ។ លុះមកដល់ឆ្នាំ១៩២១ ព្រះអង្គបានបង្កើតបណ្ណាល័យនៅភ្នំពេញដែលដាក់ឈ្មោះថា “ខេមរៈបណ្ណាល័យ” លុះមកដល់ឆ្នាំ១៩២៥ បណ្ណាល័យ ខេមរៈ ត្រូវបានប្តូរឈ្មោះថា “ព្រះរាជបណ្ណាល័យ” ។ បណ្ណាល័យនេះ រួមជាមួយសាលាបាលីភ្នំពេញបានប្រមែប្រមូលសាស្រ្តា ចម្លងទុក្ខតាមវត្តអារាមនានាមកទុកជាឯកសារតៗមក។ កន្លងមកដល់ឆ្នាំ១៩៣០ ក្នុងរជ្ជកាល ព្រះបាទស៊ីសុវត្ថិមុនីវង្ស ព្រះអង្គជាបញ្ជាឲ្យស្ថាបនិកកសាង វិទ្យាស្ថានពុទ្ធសាសនបណ្ឌិត្យ ហើយបញ្ជូលព្រះរាជបណ្ណាល័យ ក្នុងស្ថាប័ននេះដែរ។ នៅមុនឆ្នាំ ១៩៧៥ បណ្ណាល័យវិទ្យាស្ថានពុទ្ធសាសនបណ្ឌិត្យមានសៀវភៅប្រមាណជាង ៤០.០០០ក្បាល។ ក្នុងឆ្នាំ ១៩៧៥ ដល់ឆ្នាំ ១៩៧៩ បណ្ណាល័យវិទ្យាស្ថានពុទ្ធសាសនបណ្ឌិត្យត្រូវបានបឹទទ្វារ ហើយឯកសារទាំងអស់ត្រូវបានបំផ្លាញខ្ចេចខ្ចីអស់គ្មានសេសសល់អ្វីឡើយ។ មកដល់ដើមឆ្នាំ ១៩៩២ ក្រសួងធម្មការត្រូវបង្កើតឡើង ហើយវិទ្យាស្ថានពុទ្ធសាសនបណ្ឌិត្យក៏បើកទ្វារម្ដងទៀត ស្ថិតក្រោមឳរបស់ក្រសួងធម្មការ ។ ក្នុងឆ្នាំ២០០២ បណ្ណាល័យវិទ្យាស្ថានពុទ្ធសាសនបណ្ឌិត្យ មានសៀវភៅចំនួន ១១.០៨០ក្បាល មានភាសាខ្មែរ ៦.៩៤០ក្បាល និងបរទេសចំនួន ៤.១៤០ក្បាល ហើយបណ្ណាល័យវិទ្យាស្ថានពុទ្ធសាសនបណ្ឌិត្យ មានសាខារបស់ខ្លួនរហូត ១៨ នៅតាមខេត្តក្រុង ដែលស្ថិតតាមវត្តនានា។