El Barādeī kritizējis ASV nostāju Irākā, kur iebrukums tika pamatots ar Irākas masu iznīcināšanas ieroču programmu. El Barādeī bija pārliecināts, ka Irāka nav atjaunojusi 1997. gadā slēgto kodolieroču programmu. El Barādeī mudinājis neatkārtot šādu nostāju attiecībā uz Irānu un aicinājis izmantot problēmas risināšanai diplomātiskus līdzekļus un sankcijas.