配下から慕われていた先代の服部半蔵正成とは違い、服部半蔵正就は嫌われており、ほとんどの伊賀忍は兵馬と同じ思いだった。彼らは慶長8年（1604年）5月10日、武装して西念寺（さいねんじ）に立てこもる。首謀者・兵馬の作戦で、「公儀とは争う姿勢を見せず、服部正就との争いを主張」したため、徳川家康は服部正就を禄はそのままながら無役とし、伊賀忍者は大久保甚右衛門の配下に転属、首謀者のみ死罪、という判断を下した。