Көкшетау қаласының климаты айқын континенттік, жазы жылы, қысы ұзақ және аязды. Жылдық орташа температура 0С шамасында. Жылдық жауын-шашынның орташа мөлшері 300 – 350 мм. Жауын-шашын негізінен жаз айларында жауады.