ספר זה ראה אור בעברית בשנת 2000, באנגלית בשנת 2006 ובגרמנית בשנת 2007, ובו מסכם יובל את מחקריו בתחום היחסים בין יהדות לנצרות ומציג את השקפתו ולפיה, הפולמוס עם הנצרות מילא תפקיד מכריע בגיבוש אמונותיה, הליכותיה וטקסיה של הדת היהודית מתקופת המשנה והתלמוד ועד שלהי ימי הביניים. יובל אינו מקבל את ההשקפה המקובלת במחקר, ולפיה היהדות היא ""דם האם"" של הנצרות. הוא רואה את שתי הדתות כ""דתות אחיות"" המתפתחות במקביל. הוא אף מעניק יתרון מסוים לנצרות, ששלבי התגבשותה הראשוניים קדמו להופעת ספרות המשנה והתלמוד. טענתו העקרונית היא שיהדות חז""ל היא תגובה להופעת הנצרות, והיווצרות הקורפוסים הקאנוניים של התורה שבעל פה –המשנה והתלמודים – עומדת בהקבלה (מאוחרת) לקאנוניזציה של הברית החדשה. מתוך נקודת מוצא זו הוא ניגש גם להבנת מערכות היחסים בין שתי הדתות בימי הביניים, כאשר נטייתו הקבועה היא לראות ביהודים גורם שמגיב ונגרר אחרי החידושים הדתיים של הנצרות, ולא להפך. לשיאה מגיעה תגובה זו בימי מסעי הצלב, כאשר בקרב יהודי אשכנז התעוררה תפיסה המבקשת לטפח את תודעת הקורבן העולה על המזבח באמצעות מעשי קידוש השם. בכך ביקשו היהודים ""לגרות"" את האל הנוקם ולזרז את גאולתם. שאיפות אלה לא נסתרו מעיני הנוצרים, והדבר גרם להגברת החיכוך בין שתי הדתות. אחד מן השיאים הללו הייתה הציפייה היהודית לגאולה בשנת 1240, הלוא היא שנת 5000 לבריאת העולם לפי המניין היהודי. תום המילניום היהודי עורר תקוות עצומות בקרב היהודים, ובהקבלה חששות גדולים בקרב הנוצרים. יובל בוחן כיצד פעלו מערכות הפוכות אלה של ציפיות משיחיות. ספר זה זיכה את המחבר בפרס ביאליק לחכמת ישראל בשנת 2002.