XVII a. pradžioje nauja grėsmė nogajams buvo iš rytų atėję klajokliai kalmukai. 1628−1630 m. jie užpuolė Didžiąją Nogajų ordą ir užgrobė jos teritorijas. 1634 m. didieji nogajai buvo arba išžudyti, priversti migruoti į vakarus, kur jie susijungė su mažaisiais nogajais, arba į rytus, kur susimaišė su kazachais.