لما وصلت الحمله الفرنساويه بقيادة نابليون بونابرت و غلبت الاتراك و المصرليه اتقرب يعقوب من الفرنساويه و بقى دليل ليهم بيوريهم السكك و الطرق و بيمدهم بالتموين و بينقل جواباتهم و بيساعدهم فى نقل المجروحين و المقاتيل بعد المعارك. بقى مساعد للجنرال ديزييه فى حملته فى الصعيد و قدر الفرنساويه انهم يسيطروا على الصعيد لغاية اسوان و بقت اسيوط مركز لقواتهم فى الصعيد. بعد مااتغلب الفرنساويه فى معركة ابو قير البحريه هرب نابليون على فرنسا و ساب مكانه الجنرال كليبر ، و وقت ما كان كليبر بيحارب الاتراك فى معركة عين شمس كان يعقوب بيحارب مؤيديهم فى المدينه. يعقوب هد مبانى جنب الحاره اللى كان ساكن فيها ورا الجامع الاحمر فى حى الأزبكيه و بنى قلعه سماها قلعة يعقوب و حوطها بسور كبير و ابراج فيهم طاقات للمدافع و البنادق و حط على البوابه حراس ماسكين بنادق على طريقة العسكر الفرنساوى . اطلال القلعه دى فضلت موجوده لغاية ما زالها الخديوى اسماعيل مع مبانى تانيه فى الازبكيه لبنا دار الاوبرا الخديويه. و الظاهر إن علاقة يعقوب بالكنيسه القبطيه و البطريرك ماكانتش كويسه حيث انه اتجوز ست اجنبيه بره الكنيسه ، و بيتقال فى قصه جايز مبالغ فيها انه مره دخل الكنيسه و هو راكب حصانه و رافع سيفه و طلب من البطريرك انه يناوله السر المقدس من غير ما ينزل من على الحصان بحجة انه راجل عسكرى لازم فى كل لحظه يكون على اتم استعداد. على أى حل، كمكافئه لجهود يعقوب فى خدمة الفرنساويه سمحوله بتكوين فرقه عسكريه بتتكون من 2000 عسكرى قبطى دربهم الفرنساويه و كانوا غالبيتهم بشرتهم سمره اكمنهم كانوا من الصعيد ، العساكر الاقباط دول حلقوا دقونهم و لبسوا هدوم تشبه هدوم العسكر الفرنساوى بس كانوا بيلبسوا برانيط عليها فرو خرفان لونها اسود و صفها الجبرتى بإنها كانت "" فى غاية البشاعه "" . و عين كليبر المعلم يعقوب كوماندو برتبة كولونيل فى مايو 1800 و بعدين رقاه مينو لرتبة جنرال ( سارى عسكر ) فى مارس 1801. بعد ما عمل الفرنساويه و الاتراك معاهدة 27 يونيه 1801 اللى بيها استلم الاتراك القاهره خرج الفرنساويه من مصر و خرج معاهم الجنرال يعقوب و عيلته و حرسه الخصوصى و اصحاب ليه بس فيه عساكر هربوا منه و استخبوا اكمنهم ما كانوش عايزين يسيبوا مصر و اتجمع ستاتهم و اهاليهم و راحوا لبليار الكوماندو الفرنساوى و قعدوا يعيطوا و يولولوا و يقولوا انهم ناس غلابه و ان العساكر صنايعيه و حرفيين عندهم عيال و مش عايزين يروحوا فرنسا مع يعقوب فوعدهم الكوماندو بإنه حايقول للجنرال يعقوب انه مايجبرش حد على الخروج معاه من مصر .