ഓക്സ്‌ഫഡിൽ മനഃശാസ്ത്രജ്ഞനായിരുന്ന, സ്ക്കോട്ടിഷ് പ്രഭുകുടുംബത്തിൽപ്പെട്ട ജോൺ സ്ക്കോട്ട് ഹാൽഡേനിന്റെയും (John Scott Haldane) ലൂയിസ കാതലീൻ ഹാൽഡേനിന്റെയും (Louisa Kathleen Haldane) പുത്രനായാണു് ജോൺ പിറക്കുന്നതു്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ പിതാവു് ശാസ്ത്രജ്ഞനും തത്ത്വചിന്തകനും പുരോഗമനവാദിയുമായിരുന്നു. മാതാവാകട്ടെ രാഷ്ട്രീയമായി യാഥാസ്ഥിതികയും.