เดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2552 หลังจากที่โครงการบีอาร์ทีทั้งหมดของ กทม. ได้หยุดชะงักไประหว่างการตรวจสอบความโปร่งใสจากกรมสอบสวนคดีพิเศษในทุกกระบวนการที่อาจมีการฮั้วประมูลเกิดขึ้น ต่อมากรมสอบสวนคดีพิเศษได้สรุปผลการตรวจสอบการจัดซื้อรถบีอาร์ทีว่าเข้าข่ายความผิดฐานฮั้วประมูล โดยบริษัทที่เข้าเสนอราคามีชื่อร่วมกันในบริษัทที่ 3 ทางกรมฯ จึงส่งสำนวนให้คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) ดำเนินการชี้มูลความผิดต่อไป แต่ไม่กระทบกับการดำเนินโครงการอีกต่อไป เนื่องจากทาง กทม. ได้เตรียมลงนามในสัญญาว่าจ้างบริษัท กรุงเทพธนาคม จำกัด รัฐวิสาหกิจของ กทม. ให้เข้าบริหารโครงการและจัดหารถแทนแล้ว ส่วนแนวโน้มการยกเลิกสัญญาการจัดซื้อรถกับผู้ชนะการประมูลเพื่อความโปร่งใสนั้น แม้ กทม. อาจจะถูกฟ้องศาลเรียกค่าเสียหาย แต่เนื่องจากได้ดำเนินการตรวจสอบตามระเบียบพัสดุอย่างเคร่งครัดแล้วว่าบริษัทที่เข้ายื่นประมูลไม่มีผลประโยชน์ร่วมกัน และการที่มีชื่อร่วมในบริษัทที่ 3 เป็นเรื่องยากที่ กทม. จะตรวจสอบได้ ทาง สจส. จึงยืนยันว่ากรณีความผิดนี้ไม่เกี่ยวข้องกับ กทม. อีกต่อไป แต่หาก ป.ป.ช. ระบุในภายหลังว่าไม่มีความผิด กทม. อาจให้บริษัท เบสท์รินฯ ผลิตรถสำหรับเส้นทางบีอาร์ทีสายหมอชิต-ศูนย์ราชการแจ้งวัฒนะแทน โดยเป็นเส้นทางที่ กทม. กำลังเร่งรัดให้มีการก่อสร้างเช่นกันในระหว่างที่โครงการสายช่องนนทรีหยุดชะงักไป แต่รัฐบาลยังไม่ได้อนุมัติเส้นทาง