با وجود محبوبیت خانوادهٔ حسینی‌زنجانی در زنجان، بازگشت وی در مقام امام جمعه شهر با مخالفت برخی روحانیون سنت‌گرا همراه شد. همکاری زنجانی با دولت موقت مهدی بازرگان، فشارها را بیشتر کرد. سرانجام