בשנת הלימודים תשע""ז פועלים בשוהם 4 בתי ספר יסודיים ממלכתיים (""אבן חן"", ""צוקים"", ""ניצנים"" ו""רבין"") ובית ספר יסודי ממלכתי דתי אחד (""אבני החושן""); בית ספר על-יסודי ממלכתי בשם ""יהלו""ם"", תיכון ""שוהם"", תיכון אזורי של המועצה האזורית חבל מודיעין ""נחשון"", אולפנה וישיבה ""שלהבת"". כן פועלים גן חובה וכיתות א' עד ו' במסלול קשת המשולב לדתיים ולחילוניים, וכן בית ספר דמוקרטי לילדים מגילאי גן עד כיתה ח'. רמת החינוך בשוהם גבוהה. אחוז הזכאים לבגרות בקרב תלמידי י""ב שניגשו וכן אחוז התלמידים שסיימו את הבחינות בשנת הלימודים תשס""ט היה הגבוה ביותר מבין כל היישובים בארץ. הישג זה חזר על עצמו גם בשנת 2013 כאשר משרד החינוך פרסם את שיעורי הזכאות לבחינות הבגרות ביישובים בישראל, כששהם בראשה עם 88% זכאים לתעודת בגרות ו-99% ניגשים לבחינות עצמן.