Fan 'e iere tweintichste iuw ôf groeide de Gryksk-Otterdokse Tsjerke fan Aleksandrië behalven troch emigraasje ek troch sindingswurk ûnder de lânseigen befolking fan Afrika. Dat spile fral yn 'e Eastafrikaanske koloanjes Uganda, Britsk East-Afrika en Tanganjika. Mei't de Gryksk-Otterdokse Tsjerke minder mei de Westerske kultuer ferbûn wie en sels (op Syprus) ek mei Westersk kolonialisme te krijen hie, stie dy folle kritysker foar de blanke oerhearsking fan Afrika oer as de Roomsk-Katolike Tsjerke en protestantske denominaasjes. Yn Britsk East-Afrika, it lettere Kenia, waard de Gryksk-Otterdokse Tsjerke fan gefolgen yn 'e tiid fan 'e Mau-Mau-opstân, yn 'e 1950-er jierren, troch de Britten slim ferfolge. Geastliken waarden ynternearre yn konsintraasjekampen en tsjerken en skoallen waarden fan oerheidswegen sletten. Inkeld de katedraal, yn Nairoby, bleau iepen, en dat allinnich om't de tsjerklike gemeente dêre fierhinne út etnyske Griken bestie. Yn 1959 die aartsbiskop Makarios III, de lettere earste presidint fan it ûnôfhinklike Syprus, op 'e weromreis nei syn heitelân nei't er troch de Britten fjouwer jier lang yn ballingskip holden wie op 'e Seysjellen, Nairoby oan en stiek yn 'e katedraal in anty-koloniale preek ôf. Dit barren late ta in freonskip tusken Makarios en de lieder fan 'e Keniaanske ûnôfhinklikheidsbeweging, Jomo Kenyatta, en ta in ynformele bân dy't noch altyd bestiet tusken de Gryksk-Otterdokse Tsjerke yn Kenia en de Tsjerke fan Syprus.