Turusse ei jäänud laev siiski kauaks. 22. augustil määras Berliini priisikohus laeva Saksamaa üldisse kasutusse. Osad laeva sõjaeelsed Pärnu Laeva A/S osanikud olid Saksamaale ümber asunud baltisakslased, kes said firma Schmidt, Witte & Co kaudu uuesti laeva omanikeks 19. septembrist. Laev kanti registeisse Danzigis. Omanikelt rekvireeriti laev nüüd omakorda Saksa mereväe poolt ja anti varem sõjasaagiks saanud 5. kiirpaadiflotillile saatelaevaks (baaslaevaks). 7. aprillil 1942 anti Estonia üle 7. Kiirpaadiflotillile Swinemündes. 1943. aastal oli laev samas ujuvkasarmuks I mereväe õhutõrjekoolile ja allveelaevarelvastuse lühikursustele. 1. jaanuaril 1945 anti Estonia toimingute kinnitamiseks ilmselt vahepeal reorganiseeritud Schmidt, Witte & Co-le uuesti üle ja võeti samas uuesti mereväe kasutusse I mereväe õhutõrjekoolile. Veebruarist viidi laev üle Kiel-i IV õhutõrjekooli ujuvkasarmuks. Estonia sai liitlaste poolt Kielile tehtud õhurünnakutes tõsiselt vigastada.