Көкшетау қаласында тамақ және жеңіл өнеркәсіп, машина жасау, металл өңдеу, химия өндірісі, металл емес бұйымдар өндіру, картон мен қағаз өндіру кәсіпорындары, жылу, электр энергиясын, газ және су тарату мекемелері бар. Көкшетау қаласындағы ірі өнеркәсіп кәсіпорындары: алтын өндіретін “Васильков алтын” бірлескен кәсіпорны, оттектік тыныс алу аппараты, салмақ өлшеу техникасы, су шығынын есептеуіш аспабы, авиация техникасы агрегаттары мен тораптарын жасайтын “Тыныс” акционерлік қоғамы, әуе-ғарыш техникасындағы тіршілікті қамтамасыз ету жүйесіне арналған агрегаттарды өндіретін “Наука-Восток” акционерлік қоғамы. Қалада ауыл-шаруашылық шикізаттарын өңдейтін кәсіпорындар желісі жақсы дамыған. Мысалы, ет комбинаты, май өнімдерін шығару зауыты, астық қабылдау пункті, сусындар шығаратын, жеңіл өнеркәсіп (тігін және тоқыма өнімдері) кәсіпорындары және фарфор бұйымдарын шығаратын зауыт жұмыс істейді. Қалада 4,5 мың шағын кәсіпорын бар. Шағын бизнес 19,5 мың адамды жұмыспен қамтыған (2001 ж.).