वायरस जनित मस्तिष्क ज्वर के लिये आमतौर पर केवल सहायक चिकित्सा की आवश्यकता होती है; मस्तिष्क ज्वर के लिये जिम्मेदार अधिकतर वायरस विशिष्ट उपचार के अनुगामी नहीं होते हैं। वायरस जनित मस्तिष्क ज्वर, बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर से अधिक सौम्य मार्ग पर चलता है। हरपीस सिम्प्लेक्स वायरस और वैरिसेला ज़ोस्टर वायरस, एसीक्लोवर जैसी वायरस रोधी दवाओं के प्रति प्रतिक्रिया दे सकते हैं, लेकिन ऐसे चिकित्सीय परीक्षण नहीं हुये हैं जो इस बात को विशिष्ट रूप से संबोधित करते हों कि क्या यह उपचार प्रभावी है। वायरस जनित मस्तिष्क ज्वर के सौम्य मामलों का तरल, पूर्ण आराम और एन्लजेसिक जैसे पारंपरिक उपायों द्वारा घर पर उपचार किया जा सकता है।