O emerxentismo ontolóxico contempla o problema desde a perspectiva das propiedades intrínsecas do sistema, independente da súa relación epistémica cun suxeito. Segundo esta concepción, o mundo físico está constituído por estruturas físicas, simples ou compostas, pero estas últimas non son sempre meros agregados das simples. Os distintos niveis organizativos teñen unha autonomía tanto esencial como causal que requirirá tanto conceptos como leis distintas.