Kajian arkeologi menunjukkan bahawa Jepun telah diduduki oleh manusia purba setidaknya 50,000 tahun yang lalu, pada zaman Paleolitik Akhir. Setelah melalui beberapa zaman air batu jutaan tahun lalu, Jepun beberapa kali terhubung dengan daratan Asia melalui jambatan darat (dengan Sakhalin di utara, dan mungkin sekali Kyushu di selatan), sehingga memungkinkan perpindahan manusia, haiwan, dan tumbuh-tumbuhan ke kepulauan Jepun dari kawasan yang kini merupakan wilayah Republik Rakyat China dan Korea. Zaman Paleolitik Jepun menghasilkan alat-alatan buatan batu-batan tergilap yang pertama di dunia, sekitar tahun 30000 SM.