2011. gada 27. janvārī El Barādeī atgriezās Ēģiptē, kur divas dienas iepriekš bija sākušies masu protesti pret prezidentu Hosnī Mubāraku un valdību, kas izvērtās par Ēģiptes revolūciju. El Barādeī paziņoja, ka viņš ir gatavs uzņemties pārejas valdības vadību, ja tāda būs tautas griba. Starp Ēģiptes opozīcijas grupām jau kopš 2009. gada El Barādeī tika minēts kā viens no iespējamiem līderiem. Neilgi pēc revolūcijas sākuma, 2011. gada 10. martā, tika ziņots, ka El Barādeī kandidēs prezidenta vēlēšanās. Bet, kad laika gaitā atklājās, ka militārais režīms, kas ieguva varu pēc Hosnī Mubāraka gāšanas, neveicina demokrātijas nostiprināšanos, tad protestējot pret to, 2012. gada 14. janvārī El Barādeī atsauca savu kandidatūru.