Manoma, kad iki paskutinio ledynmečio Aralas buvo kur kas gilesnis ir jungėsi su Kaspija. Kaspijos jūrai tolstant į vakarus ežerai atsiskyrė. Tai įvyko maždaug prieš 5 mln. metų. Šią nuomonę patvirtina fosilijų radiniai Karakumų dykumoje.