Σχετικά με την εσωτερική συστηματική των Εμβιοπτέρων αποδεικνύεται πολύ δύσκολη η κατάταξη σε οικογένειες. Η ομοιότητα μορφολογικών και ανατομικών χαρακτηριστικών, η οποία συνήθως αντικατοπτρίζει τις φυλογενετικές σχέσεις, πρέπει να εξετάζεται πολύ προσεκτικά. Εφόσον όλα τα είδη παρουσιάζουν τον ίδιο τρόπο ζωής, τα είδη μοιάζουν πολύ μεταξύ τους και οι ομοιότητες μπορεί να είναι αποτέλεσμα ομολογίας ή αναλογίας.