داستان Just Cause 3 شش سال بعد از اتفاقات Just Cause 2 اتفاق می‌افتد. مانند قبل ریکو شخصیت اصلی بازی بوده ولی کمی سنش بالاتر رفته و باید با ژنرال Di Ravello بجنگد. در واقع این ژنرال قصد دارد تا کل دنیا را تسخیر کند. او در حال کشیدن نقشه برای رسیدن به هدف خود است که ناگهان ریکو ظاهر شده و سعی در متوقف کردن اهداف او دارد. ریکو در این بازی با دوستان دوران کودکی خود و دانشمندی به نام دینا ملاقات می‌کند و با همکاری هم و یک گروه شورشی سعی در سرنگونی ژنرال دارند. آنها در ابتدا قصد دارند تا پایتخت مدیچی را آزاد کنند و بعد مکانی به نام Vis Electra که نیروگاه برق است را از بین ببرند. ژنرال که از موفقیت آنها در انجام نقشه و شورش ریکو بسیار خشمگین می‌شود، به مامورانش دستور می‌دهد تا Costa del Porto را نیز نابود سازند. ریکو و دوستانش متوجه می‌شوند که باید جلوی ژنرال را برای استفاده از مادهٔ منفجره برای تسخیر جهان را بگیرند. بعد از اتفاقاتی که برای جلوگیری از نقشه‌های شیطانی این ژنرال انجام می‌گیرد، در نهایت جنگی بین شورشیان و ارتش ژنرال صورت می‌پذیرد و ستاد مرکزی فرماندهی او به طور کلی نابود می‌شود.