2015年6月18日，台南地檢署證實賴清德，因為有人在議員賴美惠議長賄選案提告，檢察官分他字案瞭解，被被列為選他案被告，待發現有犯罪跡象，才會轉列偵字案偵辦。當年1月12日，台南市長賴清德以南市議長李全教涉賄為由，拒絕接受議會質詢，如今傳出先前賴清德力挺的民進黨議長候選人賴美惠，也陷入賄選疑雲。美麗島電子報副董事長吳子嘉昨天指出，去年議長選前，賴美惠曾交付50萬給黨內一位新營區議員，結果疑因金額太少，當場遭對方退回。