ശിവതത്ത്വത്തെപ്പറ്റി ജിജ്ഞാസുക്കളായ മുനിമാർക്ക് മാർക്കണ്ഡേയമുനി ഉപദേശിക്കുന്നതാണ് ദക്ഷിണാമൂർത്ത്യുപനിഷത്ത്. യാതൊന്നുകൊണ്ടാണോ ദക്ഷിണാമുഖൻ എന്നു പേരുള്ള ശിവൻ ദൃഷ്ടിഗോചരനായി ഭവിക്കുന്നത് അതാണ് പരമരഹസ്യമായ ശിവതത്ത്വജ്ഞാനം എന്ന മുഖവുരയോടെയാണ് മാർക്കണ്ഡേയമുനിയുടെ ഉപദേശം. ദക്ഷിണാമൂർത്തിയെ ധ്യാനിക്കുന്നതിനു ചൊല്ലേണ്ട അനേകം മന്ത്രങ്ങളും അവയുടെ ഋഷി, ഛന്ദസ്സ്, ദേവത എന്നിവയും ഓരോ മന്ത്രത്തോടൊപ്പം ചൊല്ലേണ്ട ധ്യാനവും ഈ ഉപനിഷത്തിൽ വർണിക്കുന്നുണ്ട്. ധ്യാനങ്ങളിൽ ദക്ഷിണാമൂർത്തിയുടെ സ്വരൂപവർണനയാണ് പ്രധാനം. ഉദാഹരണമായി, 'വിഷ്ണു ഋഷിഃ, അനുഷ്ടുപ് ഛന്ദഃ, ദക്ഷിണാമുഖോ ദേവതാ എന്ന അനുസ്മരണത്തോടെ ചൊല്ലുന്ന മന്ത്രമാണ് ഓം നമോ ഭഗവതേതുഭ്യം വടമൂലവാസിനേ പ്രജ്ഞാമേധാദി സിദ്ധിദായിനേ, മായിനേനമഃ വാഗീശായ മഹാജ്ഞാനസ്വാഹാ എന്നത്. ഈ മന്ത്രത്തോടൊപ്പം ചൊല്ലുന്നതും ദക്ഷിണാമൂർത്തിയുടെ സ്വരൂപവർണനയുള്ളതുമായ ധ്യാനമിതാണ്: