Hannikaisen vanhemmat olivat seminaarin lehtori Pekka Juhani Hannikainen ja laulunopettaja Laura Alfhild ”Alli” Nikander. Hän pääsi ylioppilaaksi 1907 ja valmistui filosofian kandidaatiksi ja maisteriksi 1914. Hannikainen toimi Tietosanakirjan toimittajana vuosina 1910–1918 ja hän teki myös tutkimusmatkoja Vienan Karjalaan 1908 ja 1909 sekä Lappiin, Ruijaan ja Jäämerelle 1913.