Fraser Stoddart naskis en Edinburgh, Skotia, ye la 24ma di mayo 1942. Il kreskis che la farmeyo Edgelaw ed asistis lokala vilajo-skolo en Carrington, Midlothian, e pose Melville College, Edinburgh. Il recevis grado Bachelor of Science en 1964 e plusa grado Doctor of Philosophy en 1967 del Universitato di Edinburgh, la lasta pro resercho pri naturala gumi en akacii sub Edmund Langley Hirst e D M W Anderson.