Dengan berakhirnya zaman air batu terakhir dan datangnya zaman yang lebih panas, kebudayaan Jomon muncul sekitar 11000 SM, yang bercirikan gaya hidup pemburu-pengumpul separa sedentari zaman Mesolitik hingga Neolitik dan pembuatan hasil tembikar terawal di dunia. Dipercayai bahawa penduduk Jomon merupakan nenek moyang suku Proto-Jepun dan suku Ainu masa kini.