Am Ende dieser Ära tauchten wieder (wie in der DOS-Ära) die komplexesten Viren auf, die es bis zu dieser Zeit gab. Beispiele sind Win32.MetaPHOR oder Win32.ZMist, die sehr stark metamorph sind und nicht von Antivirenprogrammen aller Hersteller vollständig entdeckt werden können. Diese Viren wurden von Mitgliedern der Virenschreibergruppe 29A geschrieben, die die Techniken Polymorphismus und Metamorphismus in den vorangegangenen Jahren signifikant weiterentwickelt haben. Neue Nischen: ab 2002