Me Werder Bremen, Mertesacker fitoi një titull të DFB-Pokal dhe ishte finalist në 2008–09 UEFA Cup. Me qetësinë por lojën e tij efektive, ai e vendosi veten e tij si qëndër-mbrojtësi titullar te Gjermania. Përpara se të luante te kombëtarja e parë, ai ka luajtur në nivelet U–20 dhe Gjermania U–21. Në shtator 2004, Jürgen Klinsmann, në ato kohë trajneri i Gjermanisë, e thirri Mertesackerin për një ndeshje kundër Iranit më 9 tetor 2004.