شهر سان‌فرانسیسکو در نوک شمالی شبه‌جزیره سان‌فرانسیسکو و در کنار خلیج سان‌فرانسیسکو قرار دارد. چندین جزیره درون خلیج و جزایر فارالون نیز که در ۲۷ مایلی ساحل در اقیانوس آرام قرار دارند بخشی از محدوده شهری سانفرانسیسکو بشمار می‌آیند.