Teen die tyd wat hy bereid was om 'n kompromis te maak, was die Tweede Vryheidsoorlog onvermydelik. Hoewel hy baie matig was in sy behandeling van die Jameson-invallers, wat hy vir verhoor aan Brittanje oorhandig het, en die Reformers, waarvan hy die vonnisse opgehef het tot boetes en verbanning, kon hy nie langer die posisie die hoof bied nie. In 1898 is hy met 'n groot meerderheid herkies. Die Tweede Vryheidsoorlog breek in Oktober 1899 uit.