Huolimatta jatkuvasta Itō Hirobumin ja Ōkuman välisestä vihamielisyydestä Itō nimitti Ōkuman ulkoasiainministeriksi 1888. Ōkuman tehtävänä oli hoitaa neuvottelut länsimaiden kanssa epätasa-arvoisten sopimusten muuttamiseksi. Ōkuman neuvottelema sopimus nähtiin yleisesti länsimaita kohtaan sovittelevana ja se aiheutti huomattavaa väittelyä. Eräs nationalistisen Genyōsha-seuran järjesti Ōkumaa kohtaan vuonna 1889 pommiattentaatin, jossa Ōkuma menetti oikean jalkansa. Hän vetäytyi hyökkäyksen jälkeen väliaikaisesti eläkkeelle ja jätti politiikan.