Sinundan ng Imperyong Inca ang dalawang naglalakihang imperyo sa Andes: ang Tiwanaku (mga 300-1100 AD), na nakabatay sa Ilog Titicaca at ang Wari o Huari (mga 600-1100 AD) na nakasentro malapit sa kasalukuyang lungsod ng Ayacucho. Tinirhan ng Wari ang lugar ng Cuzco ng mahigit-kumulang 400 taon. Nang ganito, marami sa mga katangian ng Imperyong Inca ay nagmula sa naunang mga multi-etniko at malalawak na kalinangan ng Andes.