Kaudelle 2007–2008 HPK:n organisaatiossa tapahtui muutoksia, kun Risto Korpelan tilalle toimitusjohtajaksi nimettiin Kai Tervonen, ja menestysvalmentaja Jukka Jalosen paikan otti Matti Alatalo. Siinä missä HPK oli edellisinä kausina ollut yksi SM-liigan menestyneimmistä seuroista, nyt se floppasi pahasti, jääden vasta 12. sijalle. Kaudeksi 2008–2009 päävalmentaja vaihtuikin Jukka Rautakorpeen, joka valmensi HPK:n heti viidennelle sijalle. Kaudelle 2009–2010 Risto Korpela palasi HPK:n toimitusjohtajaksi. Samalla kaudella HPK saavutti menestyksekkäästi hopeaa, häviten finaalissa Turun Palloseuralle voitoin 1–4.