Ganimēdam ir samērā spēcīgs magnētiskais lauks. Ir aprēķināti divi pavadoņa magnētiskā lauka veidošanās modeļi: pamatojoties uz izkausēta kodola esamību vai arī balstoties uz elektrovadošu sāls šķīdumu zem ledus segas. 2015. gadā NASA paziņoja, ka izmantojot Habla kosmisko teleskopu gūti papildus pierādījumi šķidra sālsūdens okeāna esamībai zem ledus segas. Tiek lēsts, ka okeāns atrodas zem apmēram 150 km biezas ledus segas un ir apmēram 100 km dziļš.