1940 m. Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, keitėsi Kaune veikusio archyvo veiklos pobūdis, statusas ir pavadinimas. 1940 m. rugpjūčio mėnesį pavadintas Lietuvos TSR centriniu valstybiniu archyvu, o 1941 m. kovo 13 d. – Lietuvos TSR centrinio valstybinio archyvo Kauno filialu, archyvas pradėjo kaupti ir tvarkyti likviduotų nepriklausomos Lietuvos Respublikos, o pokario metais – ir vokiečių bei sovietų okupacijos laikotarpiu veikusių įstaigų dokumentus. Palaipsniui pirmaisiais sovietų okupacijos ir pokario metais šiame archyve sukauptus centrinių nepriklausomos Lietuvos Respublikos įstaigų bei visuomeninių organizacijų dokumentus perėmė Lietuvos SSR centrinis valstybės archyvas.