از آن پس تا ۱۵۰ سال بعد قبایل مختلفی، از جمله جغتایی‌ها، بر آسیای مرکزی مسلط بودند تا اینکه تیمور در ۷۷۱ قمری دولت مستقل خود را در این منطقه بنا نهاد و از جمله تاجیکستان کنونی را به تصرف درآورد. دورهٔ تیموریان از دوره‌های رونق اقتصادی و مدنی ماوراءالنهر است. در این دوره عمارت‌های عظیم و فاخری بنا شد که مخصوصاً سمرقند شهرت جهانی خود را مدیون آن‌هاست. اما در تاجیکستان نیز آثار فراوانی از عهد تیموری برجای مانده‌است که از نظر تاریخ معماری دامنه‌اش تا دورهٔ شیبانیان کشیده می‌شود و عموماً تابع سبک معماری سمرقندی است؛ از آن جمله است: بارگاه امیر سید علی همدانی، پیشوای بزرگ تصوف در سدهٔ ۸ قمری در کولاب. از دیگر آثار کولاب، مقبرهٔ یارمحمد ولی در روستای بخارک و مسجد و مقبرهٔ شاه خاموش در لنگر کلان است. مسجد و مزار مولانا یعقوب چرخی در نزدیکی شهر دوشنبه، و مقبرهٔ منسوب به عبدالقادر گیلانی نیز بر رونق بازار تصوف در آن روزگار گواه است. مجموعهٔ موسوم به شیخ مصلح‌الدین دارای بناهایی از سده‌های ۶–۱۳ قمری و دیدنی‌ترین یادگار شهر خجند است. نمازگاه‌های نوگلیم و عبدالله خان در اسفره و مسجد کوک گنبد و مزار بابا طغا و مجتمع سرمزار در اوراتپه نیز از آثار سده‌های ۸–۱۰ق به شمار می‌آیدسده‌های۴–۷ قمری (۱۰–۱۳ میلادی)، عصر بالندگی معماری ماوراءالنهر است و تاجیکستان هم از آثار این دوره بی‌بهره نیست؛ بیشتر این آثار آرامگاه‌های پیشوایان دین و امیران است؛ از آن جمله است: آرامگاه خواجه مشهد، طلا حلاجی، خواجه سرباز، خواجه دُربد و آق مزار در شهر توز، مزار محمد بشارا در پنجکنت، مقبرهٔ خواجه نقشران در نزدیکی ریگر (تورسون‌زادهٔ کنونی)، مقبرهٔ امیر حمزه و مزار چارکوه در اسفره، و آرامگاه حضرت شاه در اوراتپه. برخی از این آثار حالتی نیمه‌ویران دارند. دو محراب از دهکده‌های اشت و اسکادر که در موزهٔ بهزاد شهر دوشنبه محفوظ است، از نمونه‌های عالی گچ‌بری روزگار سامانیان است. نامی‌ترین بنای دورهٔ سامانی، آرامگاه منسوب به نصر بن احمد در بخارا است که اگر چه از قلمرو تاجیکستان بیرون مانده، اما تاجیکان آن را از یادگارهای تاریخی خود می‌شمارند.دولت تیموریان در اوایل سدهٔ دهم قمری با حملهٔ ازبک‌های شیبانی از میان رفت. با چیرگی ازبکان در اوایل سدهٔ ۱۰ قمری (۱۶ میلادی) ترکیب قومی ماوراءالنهر به سرعت روبه دگرگونی نهاد که در نتیجه بعدها زمینه‌ساز ایجاد جمهوری‌های شوروی بر حسب تقسیمات زبانی گشت. در دورهٔ حکومت خانات شیبانی و هشترخانی در بخارا بسیاری از اراضی جمهوری ازبکستان کنونی به تصرف ایلات ازبک درآمد و زبان ترکی جغتایی در روستاهای فارسی زبان رو به پیشرفت نهاد. آن گروه از شهرنشینان و ده‌نشینان ایرانی‌نژاد که تغییر زبان داده بودند، «سارت» خوانده می‌شدند.در ۱۰۰۷ قمری ازبک‌های هشترخانی جای شیبانیان را گرفتند. در ۱۱۵۳ قمری نادرشاه بخارا را تصرف کرد و اشترخانیان تا ۱۱۶۰ قمری که نادرشاه کشته شد، خراجگزار ایران بودند. در ۱۱۵۳ قمری محمد رحیم بی، ابوالفیض خان اشترخانی را به قتل رساند و پایه‌گذار سلسلهٔ مَنْغیت در بخارا شد. بخش‌های مرکزی و جنوبی تاجیکستان کنونی جزئی از امارت بخارا و بخش‌های شمالی آن عمدتاً در تصرف امارت خوقند بود. امیرنشین بخارا در عهد منغیتیان حکومت نسبتاً متمرکزی بود. بخارای شرقی که تقریباً منطبق با نواحی جنوبی و مرکزی تاجیکستان کنونی است، بیگ‌نشین‌های نیمه‌مستقل قبادیان، حصار، درواز، قراتگین، بلجوان، قرغان‌تپه و کولاب را شامل می‌شد. اخذ مالیات سنگین به خصوص از توابع شرقی، شورش‌هایی را بر ضد امرای محلی دامن زد که مشهورترین آنها شورش «واسع» در۱۳۰۲ قمری (۱۸۸۵ میلادی) در کولاب و بلجوان به عنوان نمادی از ستم‌ستیزی و استقلال‌خواهی کوه‌نشینان تاجیک در کتاب‌های تاریخ تاجیکستان بازتاب یافته است. نام واسع را امروزه بر بخشی از ناحیهٔ کولاب نهاده‌اند و شورش او موضوع اپرای معروفی شده است.از سده‌های ۱۱–۱۳ قمری چند یادگار معماری در خاک تاجیکستان بر جای مانده است که از لحاظ سبک عموماً تابع سبک معماری بخارا و هم نمایانگر دورهٔ انحطاط معماری ماوراءالنهر است. در حصار مجموعه‌ای از بناهای تاریخی در «ممنوعگاه تاریخ و مدنیت قلعهٔ حصار» نگهداری می‌شود که دارای آثار فراوان از سدهٔ ۳ پیش از میلاد به بعد است. دروازهٔ قلعه، ارگ بخارا را به یاد می‌آورد که شاخص معماری سدهٔ ۱۲ قمری است. در نزدیکی قلعه دو مدرسه به نام‌های کهنه و نو، و کمی دورتر آرامگاه مخدوم اعظم و مسجد سنگین همه از آثار همین دوره است. مدرسهٔ میرعالم دادخواه در پنجکنت، مقبرهٔ خال‌بایقرا در خاور شهر دوشنبه، مزار ملااکرم در کولاب، مدرسه‌های میر رجب دادخواه و آییم و آرامگاه لنگر بالا در کان بادام، مسجد چارباغ در خجند، و مدرسه‌های نمازگاه و رستم‌بیک در اوراتپه از دیگر آثار قابل ذکر در تاجیکستان است