बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर में, बैक्टीरिया दो मुख्य मार्गों से मस्तिष्क आवरण तक पहुंचता है: रक्त प्रवाह द्वारा या मस्तिष्क आवरण के साथ नेसल कैविटी या त्वचा के सीधे संपर्क द्वारा। अधिकतर मामलों में मस्तिष्क ज्वर रक्त प्रवाह के माध्यम से नेसल कैविटी जैसी श्लेष्म सतहों पर जीवित रहने वाले जीवों के माध्यम से आक्रमण करता है। यह अक्सर वायरस द्वारा होने वाले संक्रमणों के बाद होता है जो श्लेष्म सतह द्वारा प्रदान किये जाने वाली बाधा को तोड़ देता है। एक बार जब बैक्टीरिया रक्त प्रवाह में शामिल हो जाते हैं, सबअर्कनॉएड स्पेस में उन स्थानों में दाखिल हो जाते हैं जहां रक्त–मस्तिष्क बाधा कमजोर होती है—जैसे कोरॉएड प्लेक्सेस। मस्तिष्क ज्वर 25% नवजातों में ग्रुप बी स्टेप्टोकॉकि के कारण रक्त प्रवाह संक्रमणों से होता है; यह रूप वयस्कों में कम आम है। मस्तिष्क मेरु द्रव्य का प्रत्यक्ष संदूषण, निबाह करने वाली युक्तियों, खोपड़ी के फ्रैक्चर या नैसोफैरीनक्स के संक्रमण या उस नेसल साइनस से जो सबअर्कनॉएड स्पेस (ऊपर देखिये) के साथ मार्ग का निर्माण करती है, से उभर सकता है; कभी कभार, ड्यूरा मेटर के जन्मजात दोषों को भी देखा जा सकता है।