30. novembril 1939 vabastas Vabariigi Valitsus Hermann Salza Eesti kodakondusest. 1939. aastal lahkus Hermann Salza Eestist Saksamaale. Saksamaal anti talle samuti kontradmirali auaste, aga tegelikku sõjaväeteenistusse ta Kriegsmarinesse ei läinud. Kui II maailmasõda hakkas lõppema, jäi Hermann Salza punaarmee okupeeritud alale, sest ta ei tahtnud oma haiget ema maha jätta. Ta vahistati 1945. aasta aprillis ja viidi NSV Liitu, kus ta ka suri 1946. aastal.