يقود التنظيم ""الخليفة"" أبوبكر البغدادي مع مجلس الشورى، وهو من أهم المؤسسات التابعة للتنظيم، وعلى الرغم من التطورات التي شهدها المجلس منذ إمارة الزرقاوي مرورًا بأبي عمر البغدادي وصولاً إلى الزعيم الحالي أبي بكر البغدادي، إلا أن مؤسسة الشورى كانت حاضرة دومًا.. يوجد للبغدادي نائبين، أبو مسلم التركماني للعراق وأبو علي الأنباري لسوريا، و12 حاكمًا محليًا في كل من العراق وسوريا. يوجد للتنظيم العديد من الهيئات؛ مثل هيئة المالية وهيئة القيادة وهيئة الأمور العسكرية وهيئة الأمور القانونية وهيئة مساعدة وهيئة الأمن وهيئة الإعلام وغيرها. ويتمتع الإعلام بأهمية كبيرة داخل هيكلية تنظيم داعش، وهو من أكثر التنظيمات الإرهابية اهتمامًا بشبكة الإنترنت والمسألة الإعلامية؛ فقد أدرك منذ فترة مبكرة من تأسيسه الأهمية الاستثنائية للوسائط الاتصالية في إيصال رسالته السياسية ونشر أيديولوجيته السلفية الجهادية، فأصبح مفهوم ""الجهاد الإلكتروني"" أحد الأركان الرئيسية ومن أحد أبرز المؤسسات التابعة لها مؤسسة القرقان وفي تقرير لصحيفة الصندي تايمز ان خمسة شباب برتغاليين عن انتاج التنظيم لافلام الاعدام التي يتم انتاجها . يتبنى التنظيم أيضًا فكرة بيت المال، حيث يعد تنظيم داعش الأغنى في تاريخ الحركات الإرهابية الإسلامية، وقد تفوق على تنظيم القاعدة المركزي والفروع الإقليمية للقاعدة، فتمكن منذ عهد الزرقاوي من بناء شبكات تمويل ممتدة فترة مبكرة