민원식은 경기도 양평 출신이다. 생일은 7월 12일이며 그의 정확한 출생년대는 전하지 않아 1886년생 설, 1887년생 설, 1885년생 설 등이 있다. 나중에 평안북도 선천으로 본적지를 옮겼으며, 일설에는 선천이 그의 고향이라는 설도 있다. 그는 고려 인종 때의 문신 문경공 민영모(閔令謨)의 후손이었다. 그러나 한때 그의 집안이 '비천한 가문이었다'는 설이 돌기도 했다. 한때 그가 고아로 알려졌지만 그의 생부 민영준(閔泳駿) 이나, 양아버지 민영억(閔泳億, 민영우로 개명)은 1910년대 무렵까지도 생존해 있었다. 그의 생가는 민영모의 손자인 민적균의 후손으로, 생부 민영준은 민적균의 22대손이며, 고려 말 공조전서를 지낸 민세영의 16대손이었다. 양아버지 민영우는 민영모의 다른 손자인 한림학사 민인균의 후손으로, 인현왕후의 친정아버지 민유중의 7대손이자 민진원의 6대손, 민형수의 4대손이었으며, 입양된 양아버지 쪽으로는 민정중, 민진후, 민진장 등이 각각 종7대조와 종6대조가 된다. 친형제로는 민윤식이 있었다.