Sistem perkeretaapian nang Jawa Timur telah dibangun sejak era kolonialisme Hindia-Belanda. Jalur kereta api nang Jawa Timur terdiri atas jalur utara (Surabaya Pasar Turi-Semarang-Jakarta), jalur tengah (Surabaya Gubeng-Yogyakarta-Jakarta), jalur lingkar selatan (Surabaya Gubeng-Malang-Blitar-Kertosono-Surabaya), lan jalur timur (Surabaya Gubeng-Jember-Banyuwangi). Jawa Timur uga terdapat sistem transportasi kereta komuter dengan rute Surabaya-Sidoarjo-Porong, Surabaya-Lamongan, Surabaya-Mojokerto, Madiun-Kertosono, lan Malang-Kepanjen.