Sababu nyingine ni ya kibiolojia, kwa sababu Wazungu walileta magonjwa yasiyojulikana kwa wenyeji wa Amerika. Kuna makadirio ya kwamba magonjwa hayo yaliua mamilioni ya Waindio na hivyo kudhoofisha upinzani wao dhidi ya wavamizi Wazungu waliokuwa wachache kwa miaka mingi.