על פי דוחות משרד האוצר המצרי, פועלת בעשור האחרון הרכבת תוך הפסד תפעולי קבוע הנובע בעיקר בשל העובדה שהובלת מטענים, הנחשבת כרווחית יותר מהובלת נוסעים, תופסת רק עשרה אחוז מנפח התעבורה הכולל. בינתיים, תופסת הובלת הנוסעים, ובתוכה כרטיסים מסובסדים עבור אזרחים בעלי הכנסה נמוכה, את תשעים האחוזים הנותרים. הבעיות הפנימיות במצרים שהחלו ב-2011 תרמו גם הן לקשיים בתוכניות לשדרוג מערך הרכבות. באוגוסט 2013 נסגרה הרכבת למשך יותר מחודש בהוראת משרד הפנים המצרי מסיבות ביטחוניות, שהסבה לרכבת הפסדים כבדים נוספים. על אף תוכניות שונות שהחלו כבר ב-2006 להפרטת חלקים מהמערכת, לשיפור הרווחיות התפעולית, מערכת האיתות והטכנולוגיה ובטיחות הנסיעה בתמיכת הבנק העולמי וממשלת איטליה, לא השתנה המצב בצורה משמעותית. בינואר 2013 חתם משרד התחבורה המצרי על הסכם לרכישת 221 קרונות נוסעים חדשים עם אופציה לרכישת 336 קרונות נוספים, והכריז על תוכנית נוספת במסגרתה יינתן תקציב שיתמקד בתחזוקת קטרים ובחלקי חילוף. בנוסף, כלל תקציב מצרים לשנים 2012–2013 תוכניות לתיקון ולשדרוג מסילות ומפגשי כביש-מסילה, רכישת חלקי חילוף ויישום מערכת בטיחות יעילה יותר.