Ata 1830 foi parte do sultanato de Ndzuwenie, que tamén controlaba a illa veciña de Anjouan. En 1830, emigrantes de Madagascar dirixidos por Ramanetaka, que despois cambiou o seu nome a Abderemane, chegaron á illa e estableceron o sultanato de Mwali. En 1886 Francia estableceu un protectorado na illa. Ata 1889 Mwali tiña o seu propio residente francés, pero a illa foi anexada á residencia de Anjouan. O sultanato foi abolido en 1909 cando os franceses anexionaron a illa.