Transportasi udara di kota Tarakan melalui Bandar Udara Internasional Juwata, yang melayani penerbangan dari maskapai penerbangan Domestik maupun International. Rute Domestik meliputi antara lain dari Tarakan langsung menuju kota : Balikpapan, Surabaya, Jakarta, Tanjung Selor, Nunukan, Berau, Malinau, Long Bawan, Long Apung. Maskapai penerbangan yang melayani antara lain : Lion Air, Batavia Air, Sriwijaya Air, Garuda indonesia,Kalstar, Susi Air, Batik Air, MAF. Sedangkan rute International, baru saja diresmikan pada awal tahun 2012 dengan rute Tarakan - Tawau (Malaysia) pulang pergi dengan dilayani maskapai penerbangan MASWings dari Malaysia.