Credir bod enw modern Estonia yn tarddu o'r hanesydd Rhufeinig Tacitus, a ddisgrifiodd yn ei lyfr Germania bobl a alwyd yn Aestii. Yn gyffelyb, mae sagâu hynafol Sgandinafaidd yn cyfeirio at wlad o'r enw Eistland. Mewn ffynonellau Lladinaidd a ffynonellau cynnar eraill, galwyd y wlad yn Estia neu Hestia.