בשנת 2000 הכריזה הרכבת המצרית על תוכנית שאפתנית למודרניזציה של רשת הרכבות במצרים. בין השאר תוכננו קו רכבות מהיר בין אלכסנדריה לאסואן, לרכבות במהירות 300 קמ""ש (תוכנית שבוטלה באוגוסט 2002), חידוש הציוד הנייד, בניית קו תחתית שלישי בקהיר, ועוד. ב-2001 נבנה מחדש גשר פירדאן, הנחשב כגשר המסתובב עשוי הפלדה הגדול ביותר בעולם. בשנת 2005 הפעילה הרכבת הלאומית של מצרים 5,063 ק""מ של מסילות רכבת ברוחב תקני (1,435 מ""מ), הסיעה 800 מיליון נוסעים וכמות הסחורות המשונעות עמדה על כ-12 מיליון טון.