Çalışma modları için verilen isimler değişse de, WAF'lar temelde üç farklı şekilde kullanılmaktadır. NSS Labs'a göre, kullanım seçenekleri şeffaf köprü, şeffaf ters vekil sunucu ve ters vekil sunucudur. 'Şeffaf' HTTP trafiğinin doğrudan web uygulamasına gönderildiğini ifade etmektedir, bu yüzden WAF istemci ile sunucu arasında şeffaftır. Bu durum, WAF'ın ters vekil sunucu olarak çalıştığı ve istemci trafiğinin doğrudan WAF'a gönderildiği ters vekil sunucu kullanıma aykırıdır. WAF sonrasında filtrelenmiş trafiği ayrı bir şekilde web uygulamalarına göndermektedir. Bu IP maskeleme gibi ilave faydalar sağlayabilir, ancak performans gecikmesi gibi dezavantajlar da getirebilmektedir.