मुगल बादशाह अकबरको सेना १५७४ ईसवीमा अफगान सरगना दाउद खानको दबाउन पटना आए। अकबरलाई राज्य सचिव एवं आइने-अकबरीको लेखक अबुल फजलले यस ठाउँको कागज, पत्थर तथा शीशाको सम्पन्न औद्धोगिक केन्द्रको रूपमा वर्णित गरेको छन। पटना राइसको नामले यूरोपमा प्रसिद्ध, पटनामा उमारिएको विभिन्न किसिमको उच्चस्तरको चामल उल्लेख गरेका छन्। मुगल बादशाह औरंगजेवले आफ्नो प्रिय नाती मुहम्मद अजीमको अनुरोधमा १७०४ मा, सहरको नाम अजीमाबाद गरे, तर यस कालखंडमा नामको अतिरिक्त पटनामा केही विशेष बदलाव आएन।अजीम त्यस समय पटनाको सूबेदार थियो। मुगल साम्राज्यको पतनसँग नै पटना बंगालको नबाबहरूको शासनको अधीनमा गयो जसले यस क्षेत्रमा ठूलो मात्रामा कर लगाए तर यसलाई वाणिज्यिक केन्द्र बनिरहन छूट दीए। १७ औं शताब्दीमा पटना अन्तर्राष्ट्रिय व्यापारको केन्द्र बन्यो। अंग्रेजहरूले १६२०मा रेशम तथा छिटको व्यापारको लागि यहाँ फैक्ट्री खोले। चाँडै नै यो सल्ट पीटर (पोटेशियम नाइट्रेट)को व्यापारको केन्द्र बन्यो जसको कारण फ्रेंच र डचहरूसँग तेज प्रतिस्पर्धा भयो। बक्सरको निर्णायक युद्ध पछि नगर इस्ट इंडिया कम्पनीको अधीन गयो र वाणिज्यको केन्द्र बनिरह्यो।