താജിക്, ഖ്വിസിൽബാഷ് വിഭാഗക്കാരെ കൂടുതലായി ഭരണത്തിലും സൈന്യത്തിലും ഉൾപ്പെടുത്തിയതു മൂലം, പ്രജകളായ പഷ്തൂണുകൾ തിമൂറിൽ നിന്ന് അകലുകയും സാമ്രാജ്യത്തിൽ പലയിടത്തും കലാപങ്ങൾ പൊട്ടിപ്പുറപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ കാലത്ത് പഞ്ചാബും വടക്കൻ അഫ്ഗാനിസ്താനും ദുറാനി സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ ആധിപത്യത്തിൽ നിന്നും വേർപെട്ടു. 1793 മേയ് 20-ന് കാബൂളിൽ വച്ച് തിമൂർ മരണമടഞ്ഞു. ശത്രുക്കൾ ഇദ്ദേഹത്തിന് വിഷം നൽകി വധിച്ചതാണെന്നും പറയപ്പെടുന്നു.