Kepala Daerah propinsi Jawa Timur adalah gubernur, sing dibantu oleh seorang wakil gubernur. Jabatan Gubernur Jawa Timur secara resmi saat iki adalah Soekarwo, sing terpilih dalam Pilkada Jatim sing berlangsung dalam dua putaran. Ia menggantikan Setia Purwaka sing ditunjuk Menteri Dalam Negeri sebagai Penjabat Sementara Gubernur Jawa Timur setalah Gubernur Imam Utomo mengakhiri masa jabatannya pada 29 September 2008. Pemilihan Kepala Daerah lan Wakil Kepala Daerah (Pilkada Langsung) untuk pertama kalinya diselenggarakan pada tahun 2008. Pemerintah propinsi Jawa Timur terdiri atas Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, 22 Dinas Daerah, 16 Badan, 3 Kantor, serta 5 Badan Rumah Sakit. Sementara dalam koordinasi wilayah, dibentuk 4 Badan Koordinasi Wilayah (Bakorwil): Bakorwil I Madiun, Bakorwil II Bojonegoro, Bakorwil III Malang, lan Bakorwil IV Pamekasan.