Istorinės aplinkybės lėmė savitą Kauno apskrities archyvo vietą Lietuvos archyvų sistemoje. 1843 m. įkūrus Kauno guberniją, Kaune įsikūrė didžiąją dabartinės Lietuvos teritorijos dalį administravusios Rusijos imperijos įstaigos. Atkūrus Lietuvos valstybingumą, dėl sudėtingų politinių aplinkybių Kaunas tapo laikinąja Lietuvos sostine, tad čia kūrėsi centrinės valstybės įstaigos. 1921 m. spalio 19 d. švietimo ministras K. Bizauskas pasirašė įsakymą, kuriuo prie Švietimo ministerijos įsteigtas Centralinis valstybės archyvas. Dar 1921 m. pradžioje Valstybės archeologijos komisijos rūpesčiu Lietuvoje likusiems bei iš Rusijos grąžinamiems archyvams kaupti buvo paskirtos patalpos Kauno 7-ajame forte. Pagal architekto V. Dubeneckio projektą šios patalpos buvo suremontuotos ir pritaikytos saugoti dokumentams. Per du savo veiklos Kaune dešimtmečius Centralinis valstybės archyvas kaupė ir tvarkė daugiausia XIX–XX a. pradžioje Lietuvos teritorijoje veikusių įstaigų dokumentus.