З 1 лістапада 1998 г., па ўступленні ў сілу Пратакола № 11, першыя два з гэтых органаў былі заменены адзіным, стаў дзеючым Еўрапейскі суд па Правах Чалавека. Яго месцазнаходжанне - Палац Правоў Чалавека ў Страсбургу (Францыя), дзе знаходзіцца і сам Савет Еўропы. Згодна з першапачатковай сістэмай ўсе скаргі, пададзеныя індывідуальнымі заяўнікамі або дзяржавамі-ўдзельніцамі Канвенцыі, станавіліся прадметам папярэдняга разгляду Еўрапейскай камісіі па Правах Чалавека. Яна разглядала пытанне аб іх прымальнасці і пры станоўчым вырашэнні перадавала справы ў Еўрапейскі суд па Правах Чалавека для прыняцця канчатковага, які мае абавязковую сілу рашэння. Калі справа не перадавалася ў Суд, яно вырашалася Камітэтам міністраў.