2013年5月9日，監查院公布調查報告稱，台南市政府浮編收入預算，增加舉債空間六十二億元，並通過台南市政府糾正案，並要求議處財主單位的失職人員。。但台南市政府隨即在晚間發出聲明，對於監查院糾正深感委曲、力圖拒絕接受此一調查案，只因市長賴清德曾經在2012年12月25日就職滿兩週年時，談到2013年市府總預算為零舉債，並引為政績。。