भारत में कॉफ़ी के पौधों में पाया जाने वाला आम रोग है इन पर कवक का विकास. यह कवक हेमिलिया वास्ताट्रिक्स कहलाती है, यह अंत: पादपी कवक है जो पत्ती के भीतर विकसित होती है, इसके उन्मूलन के लिए किसी प्रभावी उपचार की खोज नहीं हुई है। दुसरे प्रकार के रोग को कॉफ़ी रोट कहा जाता है, जिसने वर्षा के मौसम में, विशेष रूप से कर्नाटक में इसकी फसल को गंभीर नुकसान पहुंचाया है। इस रोट या रस्ट को पेलीकुलारिया कोले-रोटा नाम दिया गया है, जिसमें एक जिलेटिन की चिकनी परत के जम जाने के कारण पत्तियां काले रंग की दिखने लगती हैं।