آیت‌الله زنجانی با این‌که در بحث فلسفه متأثر از علامهٔ طباطبایی بود، اما نقدهایی را هم بر مباحث ایشان وارد می‌دانست. وی نسبت به تفسیر سورهٔ توحید در المیزان نقدهایی داشت. به طور کلی ایشان در مباحث فلسفی، حتی در مباحث ملاصدرا متوقف نبود و بحث‌هایی را دربارهٔ آن‌ها مطرح می‌کرد. زنجانی فلسفه را امری اندیشه‌ای می‌دانست که تقلید در آن روا نیست؛ بنابراین طرح مباحث فلسفی به شیوهٔ تقلیدی را نقض غرض می‌پنداشت.