Mehdi Bej Frashëri vdiq në shtëpinë e tij në Romë në 25 maj të vitit 1963 kur ishte 91 vjeç dhe në varrimin e tij, ku fjalën e rastit e mbajti Dhimitër Berati, morën pjesë shumë personalitete politike të diasporës shqiptare në Europë e Amerikë, si dhe disa përfaqësues të trupit diplomatik të akredituar në Itali.