Πρώτο έμβλημα του συλλόγου, από το 1894, ήταν οι τρεις δρομείς. Για το ποδοσφαιρικό τμήμα υιοθετήθηκε με την ίδρυσή του το 1910 ο αγκυλωτός σταυρός, πανάρχαιο σύμβολο το οποίο όμως θα αφαιρεθεί πριν ακόμη το Β' Παγκόσμιο πόλεμο, δεδομένης της ήδη αρνητικής του ταύτισης με τον εθνικοσοσιαλισμό και τον Αδόλφο Χίτλερ. Τα πρώτα μεταπολεμικά χρόνια, οι φανέλες της ομάδας έφεραν τα αρχικά ΓΣΑ (Γυμναστικός Σύλλογος Απόλλων), ενώ αργότερα καθιερώθηκε το σημερινό έμβλημα με την προτομή του αρχαίου ελληνικού θεού Απόλλωνα, εμπνευσμένο από άγαλμά του ως αρχηγού των μυθικών Μουσών (μουσηγέτη).