TTA asutati 16. septembril 1992, õppetöö algas 1. veebruaril 1993. TTA asutaja ja emeriitrektor on Eenok Haamer. 2013. aastani tegutses TTA omaette rakendusliku erakõrgkoolina. 2013. aasta 1. juulil liitus TTA EELK Usuteaduse Instituudiga ning kannab nime EELK Usuteaduse Instituudi Tartu Teoloogia Akadeemia. EELK UI TTA juhataja on Siimon Haamer.