Vuonna 2004 hän sai tiedonjulkistamisen valtionpalkinnon. Turun yliopiston humanistinen tiedekunta antoi Salmivallin johtamalle KiVa-kouluhankkeelle Vuoden humanistiteko 2008 -kunniamaininnan (2/2009). Suomen Psykologiliitto valitsi Salmivallin vuoden psykologiksi 2009. Tunnustus myönnettiin koulukiusaamisen tutkimisesta ja sen ehkäisyyn liittyvien toimintamallien kehittelystä. Salmivallia pidetään arvostetuimpana suomalaisena koulukiusaamisen asiantuntijana. Salmivalli on saanut myös useita tunnustuksia kansainvälisesti, muun muassa European Award for Crime Prevention -palkinnon (2009), Child Act of the Year -tunnustuksen (2010) ja Peace Education Award -palkinnon (2011). Professori Salmivallille myönnettiin 100 000 euron suuruinen Suomen tiedepalkinto vuonna 2017.