紹武二年，成功始領軍多進出閩、贛，與戰清兵，隆武帝甚器之。然其父芝龍掌全軍虎符，無意抗清，且令仙霞關守將武毅伯施福撤關兵歸福州，使清兵直入閩北。而後，降清大學士洪承疇因與芝龍同鄉，利誘之，芝龍降清，成功勸阻不成，乃率二十餘人往孔廟祭先師云：『昔為孺子，今為孤臣，向背去留，各行其是，僅謝儒衣，祈先師昭鑒』，乃出走金門。