Yr afon fwyaf ar yr ynys yw Afon Shannon, sy'n 259 km (161 millir) o hyd, gydag aber sy'n 113 km (70 milltir) arall o hyd. Mae'n llifo i Fôr Iwerydd ychydig i'r de o ddinas Limerick. Ceir hefyd nifer o lynnoedd sylweddol o faint; Lough Neagh yn y gogledd yw'r mwyaf; Loch Coiribe yn y gorllewin yw'r ail o ran maint, a llyn mwyaf Gweriniaeth Iwerddon. Trydydd llyn Iwerddon o ran maint yw Loch Deirgeirt (Lough Derg) ar Afon Shannon.