2012. gada 28. aprīlī El Barādeī nodibināja Konstitūcijas partiju. 24. novembrī šī partija kopā ar citām sekulārām partijām izveidoja Nacionālo Glābšanas fronti, koalīciju pret Musulmaņu brālības atbalstīto un demokrātiski ievēlēto prezidentu Mohamedu Morsī. Musulmaņu brālības ietekme pastiprinājās, Morsī atteicās veidot koalīcijas valdību. 2013. gadā 3. jūlijā valstī notika militārais apvērsums un Morsī tika gāzts. El Barādeī atbalstīja militāristu plānu, domājot, ka tādējādi būs iespējams īstenot politiskās pārmaiņas Ēģiptē. 14. jūlijā viņš kļuva par viceprezidentu (pagaidu amatā), atbildīgu par starptautiskajiem sakariem. Bet 14. augustā, kad Drošības spēki nežēlīgi apspieda pret Morsī gāšanu protestējošos musulmaņus, nogalinot simtiem iedzīvotāju, El Barādeī atteicās no viceprezidenta amata, protestējot pret militārā režīma metodēm. Par šo lēmumu El Barādeī tika izvirzīta apsūdzība tiesā par ""uzticības nodevību"". Pēc šiem notikumiem El Barādeī atstāja Ēģipti un atgriezās Eiropā.