1986 онд ректорын ажлаа хүлээлгэж өгснийхөө дараа Германы Франкфурт хот руу явж, тэндээ Гэгээн Жоржийн Философи, Шашин судлалын сургуульд судалгааны ажил хийжээ. 1992 онд Есүит нийгэмлэгийн удирдлагуудын зүгээс Берголиогийн үзэл бодол, шашин судлалын арга барил нь тэдэнтэй зөрчилдөж байна гэж үзэж, түүнийг Есүит нийгэмлэгийн байранд амьдрахыг нь хоригложээ. Үүнээс хойш Ромын Папын сэнтийд залрах хүртлээ тэр нийгэмлэгээсээ хол хөндий байдалд амьдрах болсон байна.