დიდ დასახლებად იქცა სოფლების: ლომთაგორა-მარნეულის, ეკლესიის, ჭანდარ-სანდარისა და სარვანის გაერთიანების შედეგად. უძველესი დასახლებაა ლომთაგორა (წყაროებში პირველად იხსენიება XIII საუკუნეში), რითაც ბოლოვდებოდა მეგალითური (ციკლოპური) ციხეების მწკრივი მდინარე ალგეთის მარჯვენა მხარეს. იყო მნიშვნელოვანი ციხესიმაგრე და საგზაო კვანძი. XVII საუკუნეში ირანის შაჰმა აბას I-მა აქედან აყრილი მკვიდრი ქართული მოსახლეობის ნაცვლად ამ ადგილას ბორჩალუს თურქმანული ტომი დაასახლა, შემდგომში, დასახლებასაც ბორჩალო ეწოდა. 1947 წელს აღადგინეს ძველი ქართული სახელწოდება მარნეული. ქალაქად გამოცხადდა 1964 წელს.