בין אם בוחרת המשפחה לתרום את הדם או לשמרו עבור המשפחה, תהליך האיסוף זהה ואינו כרוך בסיכון כלשהו לאם או לתינוק. רק לאחר לידת התינוק וניתוקו מחבל הטבור ובדרך כלל עוד לפני לידת השליה יתחיל התהליך. לצורך איסוף הדם מנותק התינוק מחבל הטבור כ-15 שניות מן הלידה. הדם נאסף על ידי הצוות הרפואי העוסק בלידה, ומועבר לאחר מכן לנציגי בנק הדם הטבורי. מדיניות הצוות הרפואי היא כי איסוף הדם הטבורי נמצא בעדיפות נמוכה, כלומר אם קיים סיכון ליולדת או לתינוק, לא יבוצע איסוף הדם הטבורי.