El departamento se encuentra abrazado por tres ríos, siendo el principal del departamento el Rio Cuareim que ejerce de limite con Brasil al norte, el Rio Uruguay al oeste, que lo separa de la Argentina, y finalmente el Rio Arapey Chico al sur, que lo separa del departamento de Salto. Enclavado entre dichos ríos se encuentran innumerables arroyos y cañadas.