סמוך למלחמת לבנון הראשונה בתשמ""ב 1982, הוא טען שיש לעיתים עימות בין ערך קדושת חיי האדם לבין ערך קדושת הארץ, ובעימות זה יש להעדיף את קדושת חיי האדם. מאז נהג הרב עמיטל להביע עמדות בעד מסירת שטחים תמורת שלום; דעות שהציבו אותו בעמדת מיעוט בציבור הדתי. בשנת 1988 היה ממייסדי תנועת מימד, שאת רשימתה לכנסת הוביל, אך היא לא עברה את אחוז החסימה. בנובמבר 1995, לאחר רצח רבין, התמנה עמיטל לשר ללא תיק בממשלתו של שמעון פרס, מתוך מטרה לגשר על המתיחות שנוצרה בין דתיים לחילוניים. בדצמבר 1995, מונה לחבר בוועדת שרים לבחינת ההשלכות המשפטיות והאחרות של פסיקת בג""ץ בנושא הגיור; בינואר 1996 מונה על ידי הממשלה ליושב ראש ועדת היגוי עליונה ליחסי ישראל והתפוצות.