कृष्णाजी आठल्ये यांचे शालेय शिक्षण पाचव्या इयत्तेपर्यंत झाले. त्यांचे वडील एक व्युत्पन्‍न वैदिक पंडित असल्याने त्यांनी कृष्णाजींनी वैदिक वाङ्मयाच्या शास्त्रांचे सखोल ज्ञान दिले.