Mirağa Cəfərquliyev 1969-cu ildən SSRİ DİN Akademiyasında pedaqoji fəaliyyətlə məşğul olmuşdur. O, 1993-2000 illərdə Naxçıvan Universitetinin hüquq fakültəsinin kafedrasının professoru və müdiri, 2001-2007 illərdə Bakı Biznes Universitetinin İqtisadiyyat və hüquq fakültəsinin hüquq kafedrasının professoru vəzifəsində çalışmışdır. 15 yanvar 2007-ci ildən 1 dekabr 2016-ci ilə qədər AMEA-nın Fəlsəfə və Hüquq İnstitutunun Cinayət hüququ və cinayət prosesi şöbəsinin baş elmi işçisi vəzifəsində işləmişdir. Dekabr 2016-cı ildən hal-hazıra qədər AMEA-nın Hüquq və İnsan Haqları İnstitutunun Cinayət hüququ və cinayət prosesi şöbəsinin baş elmi işçisi vəzifəsində çalışır. Alimin rəhbərliyi ilə 1 nəfər hüquq elmləri doktoru, 14 nəfər hüquq elmləri üzrə fəlsəfə doktoru, 25 nəfər magistrant müdafiə etmişdir.