O crocodilo de auga salgada está extinguido en gran parte da súa antiga área nas Filipinas e actualmente só quedan poboacións nunhas poucs localidades diseminadas. Na illa de Mindanao a especie está presente no pantano Ligawasan e vías acuáticas adxacentes no suroeste da illa e tamén no Santuario de Vida Silvestre do pantano de Agusan na pare oriental da illa, onde en setembro de 2011 se capturou un crocodilo de auga salgada de 6,17 m, o máis grande medido, despois de que matara dúas persoas. Esta especie tamén se encontra en mangleirais da illa de Languyan da provincia de Tawi-Tawi ao sueste de Mindanao e nos mangleirais do concello de Del Carmen na illa Siargao de Mindanao. Na illa de Luzón a especie vive en tres áreas do noroeste: o río Blos do barangay (~distrito) Reina Mercedes, os mangleirais de Divilacan do barangay Dimasalansan e o estuario do río Palanan do barangay Culasi. Na illa de Palawán a especie subsiste só na parte sur e en anos recentes houbo ataques a humanos na área do río Tuba preto de Bataraza na costa sueste e en preto de Rizal na costa sueste. A especie tamén está presente nas illas do estreito de Balabac entre a illa de Palawán e o estado de Sabah na parte malaia de Borneo. O status da especie no lago Naujan da illa de Mindoro non está claro; detectáronse brillos de ollo de crocodio na auga que se cree que son individuos desta especie, pero non se sabe se queda unha poboación viable.