سنة 673 امر الخليفه معاويه بن ابى سفيان انه يتعاد بنايته بالكامل من تانى و كان اول مره يتعمل له 4 مدنات فى اركان الجامع الاربعه و زود مساحة الجامع الكليه للضعف. الخليفه عبد العزيز بن مروان هده و عاد بنايته بالكامل مره تانيه سنة 698 و فى سنة 837 اتعاد بنايته على ايد العباسيين و ضاعفو مساحته. بعد ما اتحرقت مدينة الفسطاط على ايد الصليبيين ، صلاح الدين الايوبى عمل له ترميم شامل سنة 1172.الجامع دخل فى دورات هدم و اعادة بنا و ترك فى الاخر و اتدهورت حالته خالص لحد زمن وصول نابوليون بونابارت لمصر سنة 1798.