שלושה חודשים לאחר היבחרו נרצח הנשיא על ידי קצינים בני טוּטסִי. הרצח היה לטריגר למאורעות דמים נוספות, אלפי איכרים בני הוטו החלו להתמרד בבני הטוּטסִי שהיוו האליטה של המדינה ועדיין שלטו בה. הטוטסי וההוטו הרגו זה בזה בפורענות איומה, יותר מ-100,000 אזרחים נהרגו באותה שנה ויותר מחצי מיליון נמלטו למדינות שכנות. מלחמת האזרחים הרצחנית הזו הייתה גורם מכריע להתפרצותו של רצח העם ברואנדה באפריל 1994 בו רצחו בני הוטו קרוב למיליון בני טוּטסִי בשלושה חודשים. המלחמה נמשכה לאורך שנים רבות אך ככל שנמשכה פחתו מעשי הטבח כנגד אוכלוסייה אזרחית. כ-300,000 בני אדם נהרגו במלחמת האזרחים עד ראשית שנות ה-2000.