Ustjugovs første individuelle sesong i verdenscupen var 2012/13-sesongen. Han debuterte 19. januar 2013 i La Clusaz med en 61.-plass på 15 km fellesstart, og var dagen etterpå med på det russiske stafettlaget som tok en 6.-plass. To uker senere tok han seg til sprintfinalen under prøve-OL i Sotsji, der han endte på en 4.-plass.I mellomtiden hadde Ustjugov tatt to gullmedaljer under U23-VM på ski 2013 i Liberec.