Kui algas Eesti Vabadussõda (1918–1920) astus Salza esialgu Kaitseliitu. 3.–27. jaanuaril teenis Salza miiniristlejal Lennuk nooremtüürimehena. Lennuki peal tegi Salza kaasa Tsitre, Kunda, Loksa jm dessantides. 29. jaanuarist määras Eesti Merejõudude juhataja Salza Eesti merejõudude staabi ülemaks. 18. juulil astus Loodearmeesse, kus ta oli kuni selle lagunemiseni. Vabadussõjas osaledes autasustati teda Vabadusristi I liigi 3. järguga.