Vigfús var sonur Gísla Hákonarsonar lögmanns í Bræðratungu og Margrétar Jónsdóttur konu hans. Hann fór ungur utan til náms, fyrst við Kaupmannahafnarháskóla og stundaði síðan nám við hollenskan háskóla. Hann kom heim tvítugur að aldri, var þá talinn með lærðustu mönnum og var þegar gerður að skólameistara á Hólum. Þar var hann tvo vetur (1628-1630) en síðan aðra tvo vetur skólameistari Skálholtsskóla. Ekki var hann vinsæll hjá skólasveinum, sem þótti hann gera of miklar námskröfur, og í Skálholti hættu einhverjir námi og komu ekki aftur fyrr en hann var farinn frá skólanum. Hann varð sýslumaður 1632 og bjó á Stórólfshvoli.