Justiniani rregulloi sasinë e kishave dhe manastireve, i ndaloi ato të shisnin prona për fitim dhe qe i zemëruar nga numri i priftërinjve dhe peshkopëve që nuk ishin të mësuar sa duhet në liturgji. Përpjekjet e tij për të përmirësuar klerin sekular, ose atë që merrej me çështjet e kishës në botë, qenë në kohën më të përshtatshme. Njerëzit më të aftë nevojiteshin, duke ditur që në shumicën e qyteteve romako-lindore gjatë shekullit të 6-të, detyrat civile dhe perandorake gradualisht iu transferuan peshkopit apo patriarkut. Këta të fundit mblidhnin taksat, vendosnin drejtësinë, jepnin bamirësi, organizonin tregtinë, negocionin me barbarët, madje grumbullonin edhe ushtarët. Në fillim të shekullit të 7-të, qyteti bizantin tipik, në pamje të jashtme, ngjante me një fortesë; nga brenda, ishte thelbësisht një komunitet fetar nën udhëheqjen klerike. Po kështu, Justiniani nuk harroi as klerin manastiror, ose ata që ishin tërhequr nga kjo botë. I bazuar në rregullat e shkrimeve të një prej Baballarëve të Kishës, Shën Basilit të Çezaresë, ashtu si edhe akteve të këshilleve të kishave në shekujt e 4-të dhe 5-të, ai vendosi rregull në formën e jetës në manastir në mënyrën më të detajuar të mundshme, saqë edhe kodi i shekullit të 9-të nga Teodor Studiti vetëm sa zhvillon themelet e vendosura nga Justiniani.