O crocodilo de auga salgada a miúdo é cazado pola súa carne e ovos, e a súa pel é a máis valiosa comercialmente de todos os crocodilianos. A caza non regulada durante o século XX causou un drástico declive da especie en toda a súa área, e as poboacións do norte de Australia reducíranse nun 95% en 1971. Os anos entre 1940 e 1970 foron os do auxe da caza non regulada e puido causar rexionalmente un dano irreparable ás pobaocións de crocodilo de auga salgada. A especie actualmente disfruta dunha completa protección legal en todos os estados e trritorios de Australia onde se encontra: Australia Occidental (desde 1970), Territorio do Norte (desde 1971) e Queensland (desde 1974). A caza ilegal aínda persiste nalgunhas áreas, xa que a protección nalgúns países non está a ser efectiva, e o comercio é con frecuencia difícil de monitorizar e controlar na súa vasta área. Porén, moitas áreas non se recuperaron; algúns exames de poboacións mostraron que aínda que hai crocodilos novos, menos do 10% dos espécimes examinados son de tamaño adulto e non hai machos especialmente grandes, como ocorre en Sri Lanka ou a República de Palau. Isto indica unha posible continuación da súa persecución alí e explotación e unha poboación reprodutora non recuperada. En poboacións máis equilibradas, como as do Parque Nacional de Bhitarkanika ou as de Sabah, Malaisia, o 28% e 24,2% dos espécimes observados tiñan tamaño adulto de máis de 3 m.