Po uvedení do služby sa Jamato stala vlajkovou loďou admirála Isoroku Jamamota. Spolu s bojovými loďami Mutsu, Nagato, lietadlovou loďou Hosho, krížnikom Sendai, deviatimi torpédoborcami a štyrmi podpornými loďami vyplávala na cestu k Midway v júni 1942. Ako podporná skupina bojových lodí mala podporiť inváziu na atole Midway. Bohužiaľ (pre Japonsko) sa bitka o Midway skončila neúspechom a Jamato nevystrelila jediný náboj. Od 29. augusta 1942 do 8. mája 1943 strávila všetok čas v okolí súostrovia Truk.