U decembru 1793 je uhapšen i zatvoren u Parizu, a zatim pušten 1794. Razlog hapšenja je njegova knjiga Doba Razuma u kojoj se objašnjava Deizam, promoviše razložno rasuđivanje, slobodno mišljenje i zalaže protiv institucionalizovane religije, posebno hrišćanske doktrine. U Ameriku se vratio 1802. Umro je 8. juna 1809 u Njujorku. Samo šest ljudi je prisustvovalo njegovoj sahrani jer je bio izopšten zbog njegovog omalovažavanja hrišćanstva .