1994 жылдан бастап кафедрада А.А.Жданов атындағы ЛМУ-нің «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау» кафедрасының түлегі, физика-математика ғылымдарының докторы, профессор А.Е. Дүйсембаев жұмыс істеп келеді. Кафедрада В.М.Глушков атындағы (Киев қаласы, Украина) Кибернетика институтының аспиранты физика-математика ғылымдарының кандидаты А.К.Сарбасова жұмыс істейді. Өз кезегінде кафедраның мүшелері болып физика-математика ғылымдарының докторы Т.Ж.Мазақов және қазіргі кезде Қазақстан Республикасының Президент Әкімшілігінде жұмыс жасап отырған А.А.Жданов атындағы ЛМУ-нің түлегі, физика-математика ғылымдарының кандидаты, доцент Е.К.Мамытбеков жұмыс жасаған. 1997 жылы, яғни «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау» және «Математикалық кибернетика» кафедраларының бірігуінен кейін кафедра «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау және математикалық кибернетика» деп аталды. Ал, кафедра меңгерушісі болып конкурс бойынша физика-математика ғылымдарының докторы, доцент Т.Н.Бияров таңдап алынды. Еңбек нарығында туындаған сұраныстарға сәйкес кафедрада «Бизнестегі ақпараттық жүйелер» деп аталатын жаңа мамандық ашылды. 2001 жылдың қараша айында «ЭЕМ-ді математикалық жабдықтау және математикалық кибернетика» кафедрасы «Математикалық кибернетика және ақпараттық жүйелер» және «Информатика» кафедрасы болып екіге бөлінді. 2002 жылдың қазанынан бастап математикалық кибернетика және ақпараттық жүйелер кафедрасының меңгерушісі физика-математика ғылымдарының докторы, профессор Н.Т.Данаев болды, ал 2003 жылдың сәуір айының аяғынан бастап кафедраны техника ғылымдарының докторы, профессор У.А.Төкеев басқарды. Сол кезден бастап математикалық кибернетика және ақпараттық жүйелер кафедрасы «Ақпараттық жүйелер» кафедрасы болып өзгертілді. 2011 жылдың 14 сəуірінен бастап кафедра меңгеруші қызметін техника ғылымдарының докторы, профессор Мұтанов Ғалымқайыр Мұтанұлы атқарады.