2000年3月18日，民進黨陳水扁、呂秀蓮，當選第十任正副總統，係華人共和史上，首次政黨和平更替，喺中港臺以至海內外都引起唔少關注。而由於民進黨嘅臺獨色彩，外界更加關注陳水扁上臺後，會唔會深化臺獨。2001年，廈門同金馬實施小三通，係兩岸自1949年以嚟，第一次小規模正式通商、通航和通郵；2001年，喺中共默許下，又以「臺澎金馬個別關稅領域」名義加入世界貿易組織。