БНМАУ-ын Засгийн газраас тогтоосны дагуу өндөр мэргэжилтэй боловсон хүчин бэлтгэх, үндэсний шинжлэх ухааны чадавхийг дээшлүүлэн, улс орны ирээдүйн хөгжилд дээд сургуулиудын оролцоог нэмэгдүүлэх явдал нэн чухал болж байгааг харгалзан их, дээд сургуулиудыг цаашид сургалт, эрдэм шинжилгээний байгууллага болгох зорилгоор Анагаах ухааны дээд сургуулийг 1991 онд Анагаах ухааны их сургууль, 2003 онд Эрүүл мэндийн шинжлэх ухааны их сургууль болгон өргөжүүлэн зохион байгуулсан.