肯尼迪的天主教徒身份一直被认为是能否公正履行总统职务的一大疑问。就这一问题，肯尼迪于1960年9月12日，在德克萨斯州休斯敦对一群新教牧师进行的一次公开演说中作出了明确答复：“我不是天主教的总统候选人，我是民主党的候选人，只是恰好还是个天主教徒。在公共事务上我不是代表我的教派——教派也不代表我。”（I am not Catholic candidate for President. I am the Democratic Party's candidate for President who happen also to be a Catholic. I do not speak for my Church on public matters—and the Church does not speak for me.）在这次演说中，他还强调，相比于宗教信仰，1960年的大选中还有很多更加关键的问题。因为战争、饥饿、愚昧和绝望是没有宗教界限的，并且恳求用宗教的宽容心服务于国家的安康。这次演说暂时抑制住了围绕宗教问题的喧嚣声。