Vanhemmissa E360:ssa on 358 cm³ R4-moottori, jota käytettiin myös mallin edeltäjässä Mazda B360:ssa. Myöhemmissä malleissa moottori vaihtui tehokkaamaan, vesijäähdytteiseen V2-moottoriin, joka oli yhden kuutiosenttimetrin suurempi iskutilavuudeltaan.