بعد ثورة 25 يناير اتعرض الدكتور الطيب لمضايقات اتسببت فى انه يقدم استقالته للمجلس العسكري مرتين لكن طلبه اترفض. فى 22 مارس 2011 منع موظفين الازهر الدكتور احمد الطيب من دخول مكتبه فى المشيخه و طالبوا برحيله هو و كل المستشارين اللى اتعينوا فى عهده و فضل واقف فتره على الباب مش قادر يدخل فزعل و راح على مقر القوات المسلحه و قدم استقالته لكن رفضت من المجلس العسكري.