கெனிச்சி மிட்சுபா என்ற 11 வயது ஜப்பானிய சிறுவன் பள்ளிக்கல்வி கற்கிறான். அவனுக்கு ஹட்டோரி கன்சோ என்ற நிஞ்சா வீரச் சிறுவன் நண்பனாகிறான். ஹட்டோரியின் தம்பி சின்ஷோவும், அவர்களின் நாய் ஷிஷிமாரோவும் நிஞ்சா கலையை கற்றவர்கள். இவர்கள் மூவரும் கெனிச்சி வீட்டில் தங்கி கெனிச்சிக்கு உதவுவதாக ஒவ்வொரு தொடரும் அமையப்பெற்றிருக்கும். கெனிச்சி உடன்படிக்கும் தோழியான யுமிக்கோவை காதலிக்கிறான். கெமுமாக்கி என்ற சிறுவன் அப்பள்ளியில் சேர்கிறான். கெமுமாக்கி கோகா நிஞ்சா என்ற கலையை கற்றவன். ஒவ்வொரு முறையும் கெமுமாக்கி கெனிச்சிக்கு தொல்லை கொடுப்பதாகவும், ஹட்டோரி வந்து காப்பாற்றுவதாகவும் கதை அமையப்பெற்றிருக்கும். ஒவ்வொரு தொடரிலும் கெமுமாக்கியும், ஹட்டோரியும் புதுப்புது நிஞ்சா வித்தைகளை கையாளுவர். ஹட்டோரியின் காதலியான சுபாமியும் சில தொடர்களில் இடம்பெற்று, நிஞ்சா வித்தைகளை செய்வாள்.