Skipun Hannesar í stöðu lektors í stjórnmálafræði í félagsvísindadeild Háskóla Íslands sumarið 1988 vakti hörð viðbrögð, því að deildin hafði mælt með öðrum manni. Hafði dómnefnd á vegum deildarinnar komist að þeirri niðurstöðu, að Hannes væri aðeins hæfur að hluta í stöðu lektors í stjórnmálafræði. Birgir Ísleifur Gunnarsson menntamálaráðherra og flokksfélagi Hannesar leitaði hins vegar til tveggja erlendra kennara hans, sem báðir töldu hann hæfan í stöðuna. Meðumsækjendur Hannesar kærðu þessa gerð til umboðsmanns Alþingis, sem komst að þeirri niðurstöðu að ekkert hefði verið athugavert við hana.