کهن‌ترین آثار یافت‌شده در تاجیکستان مربوط به مغارهٔ شخته در پامیر شرقی است که متعلق به دورهٔ میان‌سنگیاند و نیز بقایای قدیم‌ترین خانه‌ها در جلگه‌های جنوبی تاجیکستان کشف شده است و متعلق به دورهٔ نوسنگی است. تعداد زیادی از زیستگاه‌های گروه‌های انسانی همراه با ابزارها و وسایل آن‌ها، مربوط به عصر برنز در قیراقوم کاوش شده‌است. آثار عصر آهن آغازین به ویژه در پامیر فراوان است و غالباً به قبایل کوچندهٔ سکایی منسوب است.در دورهٔ تاریخی، تا زمان ورود اسلام به تاجیکستان، قلمرو کنونی تاجیکستان در حیطهٔ قلمرو دولت‌های بلخ در جنوب و سغد در شمال بود که به وسیلهٔ رشته‌کوه‌هایی که امروزه ترکستان خوانده می‌شوند، از یکدیگر جدا می‌شدند. نخستین آگاهی‌های تاریخی از بلخ و سغد در سنگ‌نوشتهٔ داریوش بزرگ در بیستون بازتاب دارد که بر اساس این منبع، این دو سرزمین در آن روزگار در شمار ساتراپ‌های خراج‌گزار شاهنشاهی هخامنشی بوده‌اند. از این روزگار در قبادیان، واقع در کافرنهان سفلا، آثاری به دست آمده‌است؛ از جمله «قلعهٔ میر» در نزدیکی آبادی ناصر خسرو که مشتمل بر خانه‌ای گلین است. «خزانهٔ جیحون» نیز که در اواخر سدهٔ ۱۹ میلادی به دست گنج‌یابان، ظاهراً در «تخت سنگین» یافت شده است، حاوی اشیاء طلا و نقرهٔ سکایی متأثر از فرهنگ و هنر هخامنشی است.