Бидејќи фонемите се апстракции на говорните звуци, а не самите звуци, тие немаат директна фонетска транскрипција. Кога тие се транскрибираат без алофонска варијација, е употребена едноставна транскрипција, т.н. broad transcription.Како и да е, кога има комплементарни алофони на фонемата, при што алофонот е значаен, работите стануваат комплицирани.Често, ако има само еден алофон, едноставно е да се транскрибира. Сепак, може да има неколку алофони или лингвисти кои можеби преферираат поголема прецизност отколку што е дозволена. Во вакви случаи заедничката конвенција е да се користи ""elsewhere condition"" (друга состојба), која ќе одлучи кој алофон да застане на местото на фонемата. Овој ""друг"" алофон потсетува за условите кои се пропишани во фонетските правила. На пример, англискиот јазик, ги има и усните и оралните алофони на своите самогласки. Моделот е дека самогласките се носни само кога претходната назална согласка е во рамките на истиот слог, во други случаи е орална. Затоа од страна на конвенцијата ""друга состојба"" оралните алофони се сметаат за главни, а назалните самогласки во англискиот јазик се сметаат за алофони на оралните фонеми.