ЭМШУИС нь бүрэлдэхүүний 7 сургууль (АУС, Био-АС, НЭМС, УАС, ЭЗС, НАСС, ЭМТС), хөдөө орон нутаг дахь салбар 3 сургууль (Дархан уул, Дорноговь, Говь-Алтай), 2 газар (Сургалтын бодлого зохицуулалтын газар, Санхүү эдийн засгийн газар), 9 алба (Захиргаа, хяналт шинжилгээ үнэлгээний алба, Оюутны нэгдсэн алба, Докторантур, магистрантурын алба, Хангамж үйлчилгээний алба, Мэдээлэл технологийн алба, Мэргэжил дээшлүүлэх институт, Гадаад харилцааны алба, Шинжлэх Ухаан технологийн төв, Инноваци технологи дамжуулах алба, Анагаах ухааны төв номын сан), Их сургуулийн нэгдсэн эмнэлэг, сувилал, НАСС-ийн эмнэлэг, “Эрхэс” сувилал, “Баянчандмань” сувилал, Оюутны I, II, III байр, “Эрхэс” хэвлэх үйлдвэр, Оюутны цайны газар гэсэн бүтэцтэй ажиллаж байна.