นายบราวน์เริ่มเป็นที่รู้จักทั่วไปเมื่อเขานำกลุ่มอาสาสมัครกลุ่มเล็กจำนวนหนึ่งเข้าร่วมต่อสู้ในวิกฤตการณ์แคนซัสนองเลือด เขาแตกต่างไปจากชาวเหนืออื่นๆ ซึ่งในขณะนั้นเพียงแค่ต่อต้าน กลุ่มนิยมการมีทาสอย่างสงบ นายบราวน์เรียกร้องให้ใช้ความรุนแรง เพื่อตอบโต้กลุ่มนิยมการมีทาสในทางใต้ของอเมริกา และเนื่องจากความไม่พอใจต่อแนวทางสันติของกลุ่มสนับสนุนการเลิกทาสในขณะนั้น มีคนได้ยินเขาประกาศว่า ""คนพวกนี้ดีแต่พูด สิ่งที่เราต้องคือการกระทำจริงๆ - ทำจริงๆ!"" และที่แคนซัสนี้เอง นายบราวน์และพวกได้ฆ่ากลุ่มชาวใต้ที่นิยมการมีทาส ที่เป็นที่รู้จักกันในชื่อ การสังหารหมู่พอตตาวาโทมี่ ในเดือน พฤษภาคม 2399 เพื่อตอบโต้การโจมตีโรงแรมและหนังสือพิมพ์ของพวกนิยมการมีทาสที่ เมือง ลอว์เรนซ์ ซึ่งเป็นเมืองศูนย์กลางอุดมการณ์เลิกทาสในขณะนั้น และต่อมาในปี 2402 นายบราวน์ได้นำพวกเข้าบุกคลังแสง ที่ฮาร์เปอร์ เฟอรรี่ รัฐ เวอร์จิเนีย ที่เป็นที่รู้จักกันในปัจจุบันว่าคือ เวสต์เวอร์จิเนีย (West Virginia) นั่นเอง ในการโจมตีครั้งนี้ เขาได้ยึดอาวุธของรัฐบาล คน 7 คนซึ่งรวมถึงคนดำที่เป็นไท 1 คนด้วย เสียชีวิต และมีผู้บาดเจ็บอย่างน้อย ๆ 10 คน อย่างไรก็ตาม การบุกโจมตีครั้งนี้ประสบความล้มเหลว ภายในเวลา 36 ชั่วโมง คนของนายบราวน์ได้หลบหนี ถูกฆ่า หรือถูกจับโดยชาวไร่ท้องถิ่น ทหารอาสา และนาวิกโยธินสหรัฐ ภายใต้การนำของพันเอก (ยศในขณะนั้น) โรเบิร์ต อี. ลี ผู้ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นแม่ทัพของฝ่ายสมาพันธรัฐอเมริกา (ฝ่ายใต้) สุดท้ายนายบราวน์โดนจับโดยเจ้าหน้าที่ของรัฐ ถูกนำไปขึ้นศาลในข้อหากบฏต่อรัฐเวอร์จิเนีย และได้รับโทษแขวนคอที่เมือง ชาร์ลสทาวน์ รัฐเวอร์จิเนีย ซึ่งเหตุการณ์นี้ถือเป็นตัวเร่งที่สำคัญที่ทำให้เกิดสงครามกลางเมืองใน 16 เดือนถัดมา