Paljud prokarüootide geenid on organiseeritud operonidesse. Operoni võib kuuluda ka grupp geene, mille produktidel on sarnased funktsioonid või mis on transkribeeritud ühe üksusena. Samal ajal aga transkribeeritakse eukarüootide geenid ükshaaval. Eukarüootide geenid on enamasti katkendliku struktuuriga: kodeerivate nukleotiidijärjestuste (eksonite) vahel on mittekodeerivad järjestused (intronid); geeni pidevus mRNA-s on tagatud pre-mRNA töötlusega tuumas. Introneid transkribeeritakse, aga neid pole kunagi võimalik transleerida valguks, sest enne translatsiooni nad lõigatakse välja ehk toimub intronite splaissimine. Splaissimine toimub harva ka prokatüootides.