بعد انتخاب البابا، رحب رجال الدين المسلمين في الأرجنتين بخبر انتخابه، وقالوا في بيان أنه ""أظهر نفسه دائمًا كصديق للمجتمع الإسلامي""، وأنه شخص يقف موقف ""الداعم للحوار"". كان البابا خلال رئاسته أساقفة بيونس آيرس قد زار مسجد ومدرسة إسلامية في المدينة، ودعا إلى تعزيز العلاقة بين الكنيسة الكاثوليكية والإسلام. سومر النوفري، وهو الأمين العام للمركز الإسلامي في الأرجنتين قال بأن الإجراءات التي اتخذها البابا في الماضي جعل من خبر انتخابه سبب ""فرح في المجتمع الإسلامي في الأرجنتين، وتوقع تعزيز الحوار بين الأديان""؛ وقال أيضًا أنه خلال عقد من الزمان ساهم البابا مساهمة فعالة في الحوار بين المسيحيين والمسلمين، وأنه ""ترك تأثيرًا كبيرًا في تاريخ العلاقات بين الأديان الموحدة"". في حين دعت منظمة التعاون الإسلامي ""لتحسين العلاقات"" مع الإسلام، وقال أمينها العام أكمل الدين إحسان أوغلو أنه يجب استثمار المناسبة ""لاستعادة الصداقة الحميمية بين الديانتين السماويتين"". في حين أرسل أحمد الطيب شيخ الجامع الأزهر، تهانيه للبابا الجديد، وكان الأزهر قد قطع علاقاته مع الكرسي الرسولي في أعقاب حبرية بندكت السادس عشر؛ إعادة العلاقات وجدت ""دليل انفتاح في المستقبل"". أيضًا ففي لقاءه الأول مع سفراء نحو 180 دولة حول العالم، قال البابا أنه سيهتم ""بشكل خاص، بالحوار مع المسلمين""، ورحب بحضور الكثير من القادة المدنيين والدينيين قداس تصيبه، وخلافًا للقانون الكنسي والتقليد قام البابا خلال استذكار غسل المسيح أرجل تلاميذه، قام البابا بالغسل حسب التقليد لاثني عشر شخصًا اثنان منهم مسلمين.