M.Cəfərquliyev 2003-cü ildən ""Qanun"" elmi-hüquq jurnalının baş redaktorunun elmi işlər üzrə müavini, 2013-cü ildən isə həmin jurnalın baş redaktorudur. ""Elmin inkişafı üzrə Milli Strategiyanın və Dövlət Proqramının icrası"" ilə əlaqədar Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası nəzdində hüquqşünas-alimlərdən ibarət yaradılmış işçi qrupunun üzvüdür. Respublikanın hüquq elmləri üzrə ixtisaslaşdırılmış dissertasiya müdafiə şurasının üzvü kimi 30 ildən artıq fəaliyyət göstərmiş, 2013-cü ildən isə Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiyasının Komissiyasının hüquq üzrə komissiyanın eksperti, hüquq üzrə Respublika Elmi Koordinasiya Şurasının üzvüdür. 2015-ci ildən Beynəlxalq Kriminalistlər və Kriminoloqlar İttifaqının üzvü seçilmişdir.