Η AJL διευθύνεται από το Συμβούλιο (Council), το οποίο είναι υπεύθυνο για την ορθή λειτουργία της ένωσης και απαρτίζεται από την Εκτελεστική Επιτροπή (Executive Board), τους Προέδρους όλων των Επιτροπών (Chairpersons of all Committees), τους Συντάκτες του Περιοδικού και του Ενημερωτικό Φυλλαδίου της AJL (Editors of «Judaica Librarianship» and the «AJL Newsletter»), τον Υπεύθυνο της Ιστοσελίδας (Webmaster) και τον Συντονιστή της Διαδικτυακής Λίστας Συζητήσεων «Hasafran» (Coordinator of Hasafran). Η Εκτελεστική Επιτροπή διαχειρίζεται τις εσωτερικές υποθέσεις της ένωσης. Επιπλέον, η AJL διαθέτει το Τμήμα Ερευνητικών Βιβλιοθηκών, Αρχείων και Ειδικών Συλλογών - RAS (Research Libraries, Archives, and Special Collections) και το Τμήμα για Σχολεία, Συναγωγές και Κέντρα - SSC (Schools, Synagogues, and Centers).