Nakon što susreće Agrio, Neuquén nema prirodnih jezera koja bi mogla regulirati njen tok, što rezultira oštrim podizanjem razineod vrijeme odmrzavanja i kišnih razdoblja. Odvodni kanal prema jezeru Pellegrini u pokrajini Río Negro izgrađen je zbog naglih promjene u protoku, kao i kompleksa hidrolektrana Cerros Colorados.