自公元6世纪大和国征服本州及九州的大部分地区后，天皇的权力达到顶峰。但天皇作为日本实际统治者的时间并不长。从10世纪开始，日本经历了摄关政治、源平相争，政權被權貴門閥把持；有些天皇甚至負氣禪讓，自稱上皇，在江湖之中實施院政；或者剃髮出家，自稱法皇，在伽藍之中掌控大權。12世紀以後，日本進入數世紀的武家政權（軍事政權）時代，政府被幕府將軍或者僭稱公卿的武家階層掌控，包括了平氏政權、镰仓幕府、室町幕府、織豐政權與江户幕府。天皇的政治權力及存在作用被架空長達千年。