Μέχρι το 1953 στα Μεταξάτα υπήρχαν έξι εκκλησίες που ανήκαν ως επί το πλείστον στις μεγάλες οικογένειες του χωριού. Από αυτές σήμερα λειτουργούν τρεις: ο Ι.Ν. Αγίας Παρασκευής, ο Ι.Ν. Παναγίας και ο Ι.Ν. Αγίου Νικολάου. Η εκκλησία του Αγίου Νικολάου Μεταξάτων αποτέλεσε τον 17ο αι. την έδρα της Επισκοπής Κεφαλληνίας και Ζακύνθου, γι' αυτό και σήμερα είναι γνωστή στους κατοίκους ως ""Επισκοπή"". Στον ίδιο χώρο λειτούργησε το πρώτο Τυπογραφείο της Ελλάδας όταν το μετέφερε από την Αγγλία στα Μεταξάτα ο Αρχιεπίσκοπος Κεφαλληνίας, Ζακύνθου και Ιθάκης (1628-1645) Νικόδημος Μεταξάς. Τα ερείπια του πρώτου Τυπογραφείου σώζονται μέχρι σήμερα στον προαύλιο χώρο του ναού.