Prvé proti nemu vznesené obvinenia majú svoj pôvod v roky trvajúcich klebetách a predsudkoch. Ich pôvodcovia sú anonymní, až na Aristofana, ktorý vo svojej hre Oblaky stvárnil Sokrata ako predstaviteľa ateizmu a vedeckej sofistiky. Sokrates na to odpovedá, že nemá nič dočinenia so špekuláciami prírodnej filozofie a vyzve prítomných, aby vystúpili, ak ho niekedy počuli hovoriť inak. Nemôže byť taktiež považovaný za sofistu, pretože títo sú múdri (alebo si to prinajmenšom o sebe myslia) a vysoko platení. Tvrdí, že on je chudobný a že nevie nič o ľudských a politických cnostiach.