Tun daga shekarar 1341 (1962), lokacin Ayatullah Khamene'i yana zaune a Kum, ne gwagwarmayar Imam Khumaini ta fuskantar bakar siyasar adawa da Musulunci da mika wuya ga Amurka ta gwamnatin Shah ta fara, tun a wancan lokacin ne Ayatullah Khamene'i ya shiga fagen wannan gwagwarmayar. Cikin wadannan shekaru sha shida (na gwagwarmaya) ya fuskanci matsaloli da azabtarwa kala-kala, kora da tsarewa a gidajen yari, duk hakan kuwa ba su tsoratar da shi ba. A shekarar 1338 (1959) ne marigayi Imam Khumaini (r.a) a karon farko ya aike shi da sako zuwa ga Ayatullah Milani da sauran malaman lardin Khorasan kan yadda tsare-tsare da wa’azuzzukan malamai za su kasance a watan Muharram don tona asirin bakar siyasar gwamnatin Shah da kuma halin da kasar Iran take ciki bugu da kari kan yadda waki’ar birnin Kum ta kasance. Bayan ya isar da sakon, sai kuma ya wuce garin Berjan don isar da sakon da ci gaba da tona asirin bakar siyasar Shah da ta Amurka. Sakamakon ayyukan da yake gudanarwa, jami’an tsaron Shah sun kama shi da tare shi na tsawon dare guda a ranar 9 ga watan Muharram (12 ga watan Khordad 1342 = 2/6/1963). Washegari dai sun sake shi amma da sharadin ba zai sake wa’azi ba kuma zai ci gaba da zama karkashin sanya idon jami’an tsaron. Bayan waki’ar 15 ga watan Khordad (4/6/1963) jami’an tsaron sun sake kama shi a garin Berjan din da tura shi zuwa birnin Mashhad inda aka tsare shi a gidan yari cikin mafi mawuyacin yanayi da azabtarwa mai tsanani.