직접 실용성이 없는 분야에서는 아직 충분한 연구가 진행되지 않은 부분이 많은 분야이기도 하다. 분류에 관해서는 지금도 신종가 자꾸 추가되고 있다. 특히 미세 균류라고하는 작은 자실체를 만드는 자낭 균류 등 매년 점점 신종이 나온다. 또한 균류는 야외에서 발견이 어렵고, 발견 방법이 개발되면 새로운 분류군이 산과 같이 표시될 수 있다. 예를 들어 수생 불완전균은 1942년에 처음 발견되어 현재는 하나의 분야로 성장하고 있다. 한편, 분류 체계 자체의 검토도 진행되고 있다. 균류는 구조가 간단한 것이 많아, 외부 형태에 의존하는 분류는 충분한 증거를 얻을 수 없는 경우도 많다. 현재는 생화학, 분자 유전학 등의 정보를 사용할 수 있으므로, 그것들을 이용한 재검토가 이루어지고 있다.