בקיץ 1992 חזר רויטר לבונדסליגה וחתם בבורוסיה דורטמונד. בעונתו הראשונה בקבוצה, 1992/93, סיים רויטר עם דורטמונד במקום הרביעי בבונדסליגה, והגיע עם הקבוצה לגמר גביע אופ""א, בו הובסה דורטמונד במפגש כפול על ידי קבוצתו הקודמת של רויטר יובנטוס בתוצאה המצטברת 1–6. בעונת 1993/94 סיימו רויטר ודורטמונד שוב במקום הרביעי בבונדסליגה. בעונת 1994/95 רויטר היה חלק מזכייה של בורוסיה דורטמונד באליפות הבונדסליגה, מרחק נקודה אחת מהסגנית ורדר ברמן, כאשר הוא הבקיע ארבעה שערים, שהיו שערי הליגה הראשונים שלו בדורטמונד, ושיתף פעולה בקישור עם מיכאל צורק, אנדראס מולר, שטפן פרוינד, קנוט ריינהארדט ולארס ריקן. לאחר עונה זו, זכה רויטר בסופר קאפ הגרמני, לאחר ניצחון 0–1 על בורוסיה מנשנגלאדבך. בעונת 1995/96 זכה רויטר עם דורטמונד באליפות שנייה ברצף, במרחק של שש נקודות מהסגנית באיירן מינכן, והבקיע שישה שערי ליגה באותה עונה. בליגת האלופות הודחו דורטמונד ורויטר ברבע הגמר על ידי אייאקס אמסטרדם. בתום עונה זו, זכה רויטר בפעם השנייה ברצף בסופר קאפ הגרמני, לאחר ניצחון בפנדלים על קייזרסלאוטרן.