गुप्त साम्राज्यको पतन पछि पटनाको भविष्य एकदम अनिश्चित रहयो। १२ औं सताब्दीमा बख्तियार खिलजीले बिहारमा आफ्नो अधिपत्य जमाए र धेरै आध्यात्मिक प्रतिष्ठानहरूलाई ध्वस्त गरे। पटना देशको सांस्कृतिक र राजनैतिक रहेन।