Në sezonin 2007–08, në moshën 17 vjeçare, Kroos u ngjit në skuadrën e parë të Bayernit. Ai bëri një fillim befasues në karrierën e tij në Bundesligë, duke debutuar me Bayernin më 26 shtator 2007 në fitoren 5–0 kundër Energie Cottbus; ai assistoi dy golat e Miroslav Kloses gjatë 18 minutave të tij si zëvëndësues. Gjatë kohës së debutimit të tij, Kroos u bë lojtari më i ri që kishte përfaqsuar Bayernin në një ndeshje profesioniste në moshën 17 vjeçare, tetë mujore dhe dy ditore; një rekord i cili u thye nga David Alaba në vitin 2010.