Stalo sa to v marci roku 415. Nič netušiaca Hypátia sa vracala domov a bola neočakávane prepadnutá oddielom vzbúrencov. Útočníci nemali dôvod tvrdiť, že na tento útok dal príkaz sám Kyrill. Krutí hrdlorezi násilne vytiahli Hypátiu z povozu a dovliekli do kostola. Krásnu ženu vyzliekli donaha, nenávistne dobili jej telo, nosiace v sebe všetko najlepšie, čo sa ešte uchránilo zo slávnej antiky, a vydali strašnej poprave: ostrými mušľami a črepinami roztrhali na kúsky jej telo, jej ostatky vyniesli z chrámu, porozhadzovali po meste, alebo spálili. Táto strašná udalosť otriasla všetkými. Aj Kyrill bol zarmútený touto udalosťou, lebo taká odplata sa vymykala zo všetkých kresťanských aj ľudských noriem. Hypátia bola obeťou náboženského fanatizmu a okolností.