У 1999 годзе БАТЭ захапіў лідарства з першых тураў і, так і не аддаўшы яго нікому, упершыню ў сваёй гісторыі стаў чэмпіёнам Рэспублікі Беларусь. 1999 год таксама стаў для клуба дэбютным у еўракубках. За БАТЭ тады выступалі пазнейшыя лідары зборнай Беларусі Аляксандр Глеб, Віталь Кутузаў, а таксама будучы галоўны трэнер Віктар Ганчарэнка.