Doe't de ekspedysje wer by Fort Mandan lâns kaam, namen Charbonneau en Sacajawea dêr ôfskie fan 'e Amerikanen, wêrnei't se noch trije jier yn itselde Hidatsa-doarp libben. William Clark hie ûnder de reis in swak krigen foar de poppe Jean-Baptiste, dy't er fan ""Pomp"" of ""Pompy"" neamde, en hy trune der yn brieven by Charbonneau op oan om it jonkje nei him ta te stjoeren sadat er op syn kosten ûnderwiis genietsje kinne soe. Yn 1809 gie Charbonneau dêr einlings op yn, en sakke er mei it jonkje en Sacajawea de rivier de Missoury ôf nei Sint-Louis, dêr't Clark wenne. Dy liet de jonge op eigen kosten ynskriuwe op 'e Akademy fan Sint-Louis, in foaroansteand ynternaat.