Праз год храм быў перададзены ва ўладаньне лютэранаў, а ўнівэрсытэт быў зачынены. Аднак ужо ў 1537, у часе дацкай Рэфармацыі, ён стаў цэнтрам лютэранскай думкі. У 1539 року былі прызначаныя першыя супэрінтэндэнты (пазьней біскупы) Даніі. З 1568 дэкан Сабору Нашай Дзевы стаў фактычным кіраўніком нацыянальнай царквы.