يعتبر البابا مدافعًا عن تعليم الكنيسة الكاثوليكية الاجتماعية بخصوص المثلية الجنسية: ""إنّ الله خلق الإنسان، رجلاً وإمرأة، وأعدهما جسديًا الواحد للآخر، في نظام قائم على العلاقة المتبادلة، يثمر في وهب الحياة للأولاد، لهذا السبب لا توافق الكنيسة على الممارسات المثلية، لكنّ المسيحيين مدينون لجميع البشر، بالاحترام والمحبة، بغض النظر عن توجههم الجنسي، لأنّ جميع البشر هم موضع اهتمام الله ومحبته"". رغم ذلك، فقد مرر البرلمان الأرجنتيني، قانونًا يسمح بزواج المثليين وتبني الأطفال، وهو ما اعتبره برجوليو ""خطأ إنثربولوجي"" وأحد أشكال ""التمييز المبكر ضد الأطفال"".