既得新命，瑪竇思北向。尋王忠銘北調，示可攜瑪竇等北往。廿六年，瑪竇並郭居靜隨忠銘北上，秋抵京師。時日寇朝鮮，瑪竇等以外國人，不得久居，盤纏又盡，住一月而返。明年春抵南京。太素仍為引見，瑪竇在南京，結交葉向高、李贄、徐光啟等，皆求西洋技術者，而光啟終受洗入教。瑪竇與大報恩寺僧雪浪論辯，雪浪不敵。又建石鼓路天主教堂，使南京為佈教要地。