Hannes gagnrýndi óspart Jón Ólafsson athafnamann, á meðan Jón átti og rak Stöð tvö, þar á meðal í fyrirlestri á ensku á norrænni blaðamannaráðstefnu 1999. Árið 2004 höfðaði Jón meiðyrðamál gegn Hannesi úti í Bretlandi vegna þessara ummæla, sem Hannes hafði sett á heimasíðu sína þar sem Jón var opinberlega vændur um að hafa efnast á glæpastarfsemi s.s. fíkniefnasölu. Að ráði dómsmálaráðuneytisins og lögfræðings Háskólans sinnti Hannes ekki þessu máli. Féll þess vegna í því útivistardómur sumarið 2005 þar sem Hannes var dæmdur til að greiða Jóni 100 þúsund pund (um 12 milljónir ísl. kr.) í bætur og málskostnað. Hannes áfrýjaði þessum dómi til yfirréttar, The Royal High Court of Justice, í Lundúnum, sem úrskurðaði 8. desember 2006, að dómurinn skyldi vera ógildur, þar sem Hannesi hefði ekki verið stefnt eftir íslenskum reglum, eins og skylt hefði verið.