ცეოლითები ბუნებაში წარმოიქმნება სხვადასხვანაირი გეოქიმიური პროცესების განვითარებისას, რომელიც ძირითადად ტემპერარატურისა და წნევის დაბალი პარამეტრებით ხასიათდება. მათი წარმოშობა ხდება ზედაპირზე ან ზედაპირთან ახლოს ქანების წარმოშობის პირველ ეტაპზე ჰიდროთერმული ქმედების დაბალ ტემპერატურულ რეჟიმში. როგორც წესი, ვულკანურ ქანებში წარმოიქმნებიან მცირე ზომის კრისტალები, რომლებიც ჩვეულებრივ გამოიყენებიან მეცნიერული კვლევისათვის.ცეოლითების უზარმაზარი მასებით მოფენილია ოკეანის ფსკერები. ასე მაგალითად, წყნარი ოკეანის ფსკერის ზედა შრეები უპირატესად მოფენილია კლინოპტილოლიტით, ხოლო ინდოეთის ოკეანის ფსკერი თანაბრადაა დაფარული კლინოპტილოლიტითა და ფილიფსიტით.