לאחר הכרזת העצמאות שבה הרכבת המצרית והמשיכה לצמוח. תחנת הרכבת המרכזית של קהיר עברה שיפוץ נרחב במחצית שנות ה-20 של המאה העשרים ובשנת 1927 נפתחה תחנת מיסר, תחנה ראשית חדשה באלכסנדריה. קווי הרכבת ללוקסור ולאסואן, אשר נהרסו במהומות, שוקמו ובשנת 1926 החל שירות של קרונות שינה על קו זה לטובת תעשיית התיירות שהחלה מתאוששת. בשנת 1929, על סף השפל הגדול, נעו על מסילות מצרים כ-650 קטרי קיטור, אשר גררו כ-1,700 קרונות נוסעים וכ-16,000 קרונות משא. בסוף שנות ה-20 החלה הרכבת המצרית להפעיל קרונועים בקווים הפרבריים בקהיר ובאלכסנדריה. תחילה היו הקרונועים מונעים במנוע קיטור, אולם החל משנת 1935 נרכשו קרונועים מונעים בדיזל מתוצרת Ganz. בשנת 1933, כאות הכרה להתפתחות רשת המסילות המצרית, נבחרה קהיר לארח את קונגרס הרכבת הבינלאומי ה-12, ולכבודו נפתח באותה שנה מוזיאון הרכבת המצרי בקהיר.