O incompleto rexistro fósil fai que sexa difícil trazar con exactitude a emerxencia da especie. O seu xenoma foi totalmente secuenciado en 2007. A evidencia fósil máis antiga da especie data de hai entre 4,0 e 4,5 millóns de anos e non se coñecen subespecies. Os científicos estiman que C. porosus é unha antiga especie que puido diverxer hai de 12 a 6 millóns de anos. As investigacións xenéticas indicaron tal como se esperaba que o crocodilo de auga salgada está relacionado de maneira relativamente próxima con outras especies vivas de crocodilos asiáticos, aínda que existe algunhas ambigüidade sobre a cal ensamblaxe podería pertencer baseándose nos resultados xenéticos variables obtidos. Outras especies de fociños relativamente anchos como o crocodilo das marismas ou indio (C. palustris) e o crocodilo siamés (C. siamensis) parecen ser os candidatos máis probables a ser os que teñen a relación máis próxima con el entre as especies vivas.