Stalne promene u vlasti uzrokovale se česte pobune u vojsci na kraju 16. i početkom 17. veka. Smatra se da su te pobune bile uglavnom iz ekonomskih razloga, međutim često su motivi bili etničke prirode. U nekoliko navrata, vojska je čak upadala u pašine odaje, pljačkajući i ubijajući neistomišljenike. Vrhunac pobuna bilo je ubistvo Ibrahim-paše 1604. godine nakon čega sve do 1609. stanje u Egiptu bilo je gotovo na rubu anarhije. Naslednik Ibrahim-paše, Muhamed-paša (vladao 1607—1611) uspeo je uz pomoć beduina i dela lojalne vojske ugušiti pobunu. Pobednički je ušao u Kairo 5. februara 1610.