Alfonso terlahir di kota Toledo, Spanyol, pada tanggal 8 September 1515. Ia belajar sastra dan filosofi di Alcala dan kemudian belajar filosofi dan teologi di Universitas Sorbonne di Paris. Disana, lewat Diego Laynez, ia bertemu dengan Ignatius Loyola; bersama-sama dengan Diego Laynez, Peter Faber dan Fransiskus Xaverius ia terdaftar sebagai salah satu rekan pendamping gerakan Loyola (1534).