1533 წელს მავერანაჰრის ხელისუფლებაში მოვიდა უზბეკი უბაიდულა-ხანი, რომელმაც დედაქალაქი გადაიტანა ბუხარაში. მას შემდეგ რაც დედაქალაქის სტატუსი დაკარგა, სამარყანდის მნიშვნელობა დაეცა. მაგრამ ულუღ ბეგის მედრესე ინარჩუნებდა ცენტრალური აზიის საუკეთესო სასწავლებლის სტატუსს. ბუხარის ხანის ნაცვლის იალანგტუშ ბაჰადურის მმართველობის დროს მოხდა რეგისტანის მოედნის ძირეული გადაკეთება, მედრესეს შენობა კაპიტალურად გაარემონტეს. სწორედ მისი გრანდიოზული ზომები გახდა ახალი მედრესეს მშენებლობის მიზეზი, რომელსაც შემდეგ ეწოდა შერდორის მედრესე. ფეოდალური ომებისა და სახალხო მღელვარების პერიოდში, რომელიც თან ახლდა აშთარხანიდების ბოლო მმართველის აბულფეიზ-ხანის პერიოდს, მედრესეს გარე ხედი მნიშვნელოვნად დაზიანდა. XVIII საუკუნის სამარყანდელი ისტორიკოსის აბუ თაჰირის ცნობით ბუხარის ხანის ნაცვალმა ბრძანა მედრესეს მეორე სართულის დანგრევა უსაფრთხოების მიზნით.