טרנספורם ים המלח הוא חלק ממערכת בקעים וגבולות לוחות צעירים גאולוגית באזורנו. גרפונקל חקר גם מרכיבים אחרים של המערכת הזאת. בזמן שישראל שלטה בסיני חקר גרפונקל את בקע מפרץ סואץ וקבע את עקרונות ההיסטוריה והמבנה שלו, שנשלט – בניגוד לטרנספורם ים המלח – על ידי פתיחה ניצבת. בפרט, הוא הראה שהמבנה השתנה משמעותית לפני 17-16 מיליון שנים: לפני זה השבירה הייתה מפוזרת בצורה אחידה לכל הרוחב, ואחר-כך התרכזה בחלק המרכזי שהיום מכוסה במים. הוא גם חקר את מבנה קרקעית ים סוף, חקר בפירוט את תנועת הלוחות הצעירים באזור עד אתיופיה ואת יחסה למבנה ולתולדות מערכת הבקעים האזורית.