Nykyinen kaupunki muodostettiin 1. huhtikuuta 1889 kahden kaupungin, Hakatan ja Fukuokan, yhdistyessä. Historiallisesti Hakata oli satama- ja kauppakaupunki ja oli siten kytköksissä paikalliseen kulttuuriin. Vielä nykyäänkin Hakatan alue on kaupungin tärkeimpiä kaupallisia alueita. Toisaalta Fukuoka oli samuraiden koti, ja sen nimeä oli käytetty ensimmäisen Chikuzenin daimion, Kuroda Nagamasan, nimettyä sen syntymäpaikkansa mukaan. Nykyisin Fukuokan puolella sijaitsee tärkein kauppa-alue Tenjin.