Setubalo estis fondita de la fenicoj, ĉirkaŭ la jaro 1000 a.K. Ĝi estis dediĉita al la dio Baal, la ĉefa dio de tiu gento. Kiel la najbaraj fenicaj urboj Lisbono kaj Alcácer do Sal, la urbanaro produktis salon, salajn fiŝojn kaj ĉevalojn por eksportado kaj manĝaĵojn por la ŝiparo kiu komercis stanon kun Kornvalo. Poste Setubalo estis romiana urbo ligata al la industrio de la fiŝkaptado kaj eksportado; ĉirkaŭ la 6-a jarcento ĝi estis abandonita ĉu pro manko de sekureco ĉu pro problemoj pro sablinvado. La nova urbo estus en la mala flanko de la estuaro. Poste ĝi kompreneble estis araba urbo ĝis la konkero de la kristanoj en la 12-a jarcento, sed fine de tiu jarcento la araboj rekonkeris kaj detruis ĝin. Komence de la 13-a jarcento la kristanoj konkeris la kastelojn de Setúbal kaj de Palmela, kio sekurigis la regionon de tiam en la manoj de la Ordeno de Santiago.