Senovėje Čačapojaso apylinkėse gyvavo indėnų kultūra, XV a. užkariauta inkų. Dabartinis Čačapojaso miestas įkurtas 1538 m. ispanų konkistadoro Alonso de Alvarado. Iš to laikotarpio tebėra išlikusi Ginklų aikštė ir keletas skersgatvių. Miestas buvo planuojamas kaip rytinės Peru sostinė.