Najveća kontroverza zbila se 1993., kada su tadašnji svjetski prvak Kasparov i izazivač Nigel Short (koji se kvalificirao kroz FIDE sistem) prešli u novi savez Professional Chess Association (PCA) i pod njegovim okriljem odigrali meč za prvaka svjeta. To je prouzročilo 13-godišnji razdor u svjetskoj tituli. Tokom razdora FIDE je neko vrijeme (1998-2004) organizirala svoja prvenstva kao pojedinačne knock-out turnire s igrama uz brže satove, opet kontroverznom promjenom. Još jedna kontroverza je bilo održavanje FIDE Svjetskog prvanstva 2004. u Libiji. Od 2002. do 2005. FIDE nije organizirala partije za ""Praški dogovor"" iz 2002. za ujedinjenje svjetske titule, sve dok naposljetku svjetska titula nij ponovo ujedinjena 2006. Kramnik-Topalov partijom.