斯大林对东正教的迫害使得它作为一个社会机构在1930年代几乎被消灭:1917年時東正教有5萬4千個教區，1939年時還保有宗教活動的教區僅剩數百個，很多教堂被毁，数以万计的教士、僧侣和修女被迫害或处决。大清洗中就有超过十万人被枪决。在二战中宗教作为一种爱国组织得到一定的复兴，数以千计的教区又重新兴办，直到赫鲁晓夫时期又迎来新一轮的压制。俄国东正教会对苏联政府和斯大林的承认使得它与外国东正教会决裂。