يعتبر السعيد من أشد المعارضين لجماعة الإخوان المسلمين وله العديد من المؤلفات النقدية لحركات الإسلام السياسي، زى ""حسن البنا: متى؟.. كيف؟.. لماذا؟"" و""ضد التأسلم"". ويعتقد السعيد أن جماعة الإخوان كانت سببا في خروج اليسار المصري من العملية السياسية نتيجة لما يعتبره قيامها بخلط الدين بالسياسية. وأثناء فترة توليه رئاسة حزب التجمع، تعرض السعيد للانتقاد من قبل مجموعة من أعضاء الحزب، من بينهم عبد الغفار شكر، لما وصفوه من تحول مسار الحزب علي يده من أكبر حزب معارض في مصر أيام الرئيس أنور السادات، إلى حزب صغير مهادن لنظام الرئيس حسني مبارك ومعاد لجماعة الإخوان المسلمين. وهو ما دفع عدد من المعترضين على الانشقاق وتأسيس حزب التحالف الشعبي الاشتراكي بعد ثورة 25 يناير 2011.