Mnoge vrste letećih lisica su ugrožene i do danas istrebljenje, a posebno na Pacifiku, gdje je veliki broj vrsta izumro kao rezultat prekomjerne berbe za ljudsku ishranu. Tamo se meso letećih smatra delikatesom, što je dovelo do velikog obima komercijalne trgovine. Ljudska potrošnja mesa letećih lisica u Guam je, pretpostavlja se, dovela do povećanja učestalosti neurodegenerativnih bolesti. U 1989., sve vrste roda Pteropus su smješteni na Dodatak II u CITES i najmanje sedam na Dodatak I, koji ograničava međunarodnu trgovinu. Podvrsta P. hypomelanus maris sa Maldiva se smatra ugroženom zbog ograničene rasprostranjenosti i pretjeranog uništavanja. Trgovine voća šišmišima je nezakonita ali neadekvatno ograničena. Lokalni poljoprivrednici mogu također napadaju šišmiše, jer se hrane na njihovim plantažama, a u nekim kulturama, vjeruje se da njihovo meso liječi astme. Neljudske predatori uključuju ptice grabljivice, zmije i druge sisare.