Sisianas rašytiniuose šaltiniuose minimas nuo VIII a. pr. m. e. kaip Sisakanas arba Siuni. Turkų valdymo metais vadintas Karakilisu (azer. Qarakilsə), nuo 1935 m. iki 1940 m. – Sisavanu. Miesto statusas suteiktas 1974 m.