בשנות התש""נ פרש הרב הלל זקס - מראשי הישיבה - עקב חילוקי דעות עם מנהל הישיבה, והקים את ""ישיבת כנסת הגדולה"" במודיעין עילית. הרב זקס המשיך לשמור על קשר עם תלמידים בישיבת חברון והמשיך למסור שם שיעורים כלליים פעם בשבוע. בהמשך פחת מספר השיעורים עד שפסק כמעט לגמרי.