1983 – 1986 жылдары Алматы архитектуралық құрылыс институтында, ҚазМУ-да оқытушы, 1990 жылдан Ш.Уәлиханов атындағы Тарих және этнология институтында жетекші ғылыми қызметкер, ғылыми ақпарат бөлімінің меңгерушісі қызметтерін атқарып келеді. Ғылыми еңбектерінің негізгі бағыты – қазақ диаспорасы тарихының қазіргі заманғы мәселелері, этникалық саясат, Қазақстан мен Орта Азияның Қазан төңкерісіне дейінгі тарихын зерттеу. Гүлнар Малбағарқызы Меңдіқұлова Қазақстан мен шет елдерде жарық көрген 70-ке жуық ғылыми еңбектің авторы. АҚШ ун-ттерінде, Оксфорд университетінде, Стамбұл, Анкара университеттерінде, Польша мен Канаданың жоғары оқу орындарында лекциялар оқыған. Ғылыми-зерттеу жұмыстарын табысты атқарғаны үшін бірнеше халықаралық сыйлыққа (1994 жылы – АҚШ, 1996 жылы – АҚШ, Польша, 1999 жылы – Ұлыбритания) ие болды.