خاندەمىرنىڭ تولۇق ئىسمى غىياسىددىن ئىبنى ھۇمامۇددىن مۇھەممەد ئىبنى خوجا جەلالۇددىن مۇھەممەد ئىبنى خوجا بۇرھانىددىن خاندەمىر دەپ ئاتىلىدۇ. ئاتا تەرەپتىن شىرازلىق سەييىدلەرنىڭ ئەۋلاتلىرىدىن بولغان خاندەمىر ئانا تەرەپتىن شۇ دەۋردىكى دۆلەت ئادىمى ۋە مەشھۇر تارىخچى مىرخاندنىڭ نەۋرىسى ئىدى، يەنى ئانىسى سەمەرقەندنىڭ ھۆكۈمدارى سۇلتان مەھمۇد مىرزىنىڭ ۋەزىرلىرىدىن بىرى بولغان مىرخاندنىڭ قىزى ئىدى. خاندەمىر 1475-يىلى ھېراتتا تۇغۇلغان. ئۇ چوڭ دادىسى مىرخاندنىڭ يېنىدا ۋە ئەلىشىر نەۋائىنىڭ ئالاھىدە ھېمايىسى ئاستىدا تەربىيىلىنىپ، ھۈسەيىن بايقارا بىلەن ئەلىشىر نەۋائى دەۋرىنىڭ ياش ئەدىپ ۋە ئالىملىرىدىن بىرىگە ئايلانغان. چوڭ دادىسى مىرخاند تىمۇرىيلار تارىخى بىلەن دۇنيا تارىخىنى ئەلىشىر نەۋائىنىڭ كۇتۇپخانىسىدا ۋە ئۇنىڭ نازارىتى ئاستىدا يازغىنىدەك، ياش خاندەمىرمۇ مۇشۇ كۇتۇپخانىدا ئۈگىنىش ۋە تەتقىقات بىلەن شۇغۇللانغان. كېيىن ئۇ ھۈسەيىن بايقارانىڭ تەخت ۋارىسى بولغان ئوغلى بەدى ئەل – زامان مىرزىنىڭ قول ئاستىدا خىزمەت قىلغان. 1502-يىلى بۇ مىرزا ئۆزبەكلەرگە قارشى قەنداھار ۋالىسى شاھبەك ئارغۇن بىلەن ئىتتىپاق تۈزۈش ئۈچۈن خاندەمىرنى ئۇنىڭ ئوردىسىغا ئەلچى قىلىپ ئەۋەتىشنى قارار قىلغان. لېكىن خاندەمىر قەنداھارغا بارغىچە ئۆزبەكلەر ھېراتنى مۇھاسىرىگە ئېلىپ بولغانلىقى ئۈچۈن، ھېرات ئاھالىسى ئۇنى شۇ ۋاقىتتا شەھەر ئامانلىقىنى قوغداشقا مەسئۇل بولغان جىيەنى ئوسمان بىلەن بىرلىكتە ئۆزبەك خانى شەيبانىخاننىڭ قارارگاھىغا سۆھبەتكە ئەۋەتكەن. ئۆزبەكلەر دەۋرىدە خاندەمىر يەنىلا ھېراتتا ياشىغان. بۇ شەھەر 1510-يىلى سەفاۋىيلار قوشۇنى تەرىپىدىن ئىشغال قىلىنغاندا، خاندەمىر ئۇلارغا يېقىنلىشىشقا تىرىشقان. لېكىن بۇنىڭ ئانچە ئۈنىمى بولمىغانلىقى ئۈچۈن، ئۇ سىياسەتتىن قول ئۈزۈپ، ھېراتنىڭ شەرقىدىكى گارجىستان شەھرىنىڭ پەشت يېزىسىغا قايتىپ كېلىپ، بۇ يەردە تەنھا ياشىغان ۋە ئەلىشىر نەۋائى دەۋرىدە يازغان ئەسەرلىرىنى تولۇقلاش بىلەن مەشغۇل بولغان.