जल यातायात पटना शहर १६८० किलोमीटर लामो इलाहाबाद-हल्दिए राष्ट्रिय जलमार्ग संख्या-१मा अवस्थित छ। गंगा नदीको प्रयोग नागरिक यातायातको लागि हालसम्म गरिन्थ्यो तर यसको माथी पुल बनेको कारण यसको महत्व अब भारवहनको लागि सीमित भएर रहेको छ। देशको एकमात्र राष्ट्रिय अन्तर्देशीय नौकायन संस्थान पटनाको गायघाटमा स्थित छ।