Quy Nhơn có cảng Quy Nhơn, cảng Thị Nại, Cảng Đống Đa và Cảng nước sâu Nhơn Hội. Hệ thống Cảng Quy Nhơn là hệ thống cảng lớn nhất của vùng Duyên Hải Nam Trung Bộ, Tây Nguyên. Cảng Quy Nhơn đã được thủ tướng chính phủ công nhận là cảng loại 1 và đang trên đà phát triển mạnh mẽ với vị trí luôn nằm trong top 3 lượng hàng hóa lưu thông qua Cảng, chỉ đứng sau Cảng Sài Gòn và Cảng Hải Phòng. Năm 2013 tổng lượng hàng qua hệ thống cảng Quy Nhơn là 12.294.354 tấn(Cao nhất khu vực Miền Trung. Dự kiến đến năm 2020 tổng sản lượng hàng hóa qua hệ thống Cảng Quy Nhơn là 20 - 25 triệu tấn.