Nosaukumu „Ganimēds” deva tieši Simons Mariuss 1614. gadā pēc sengrieķu mitoloģiskas personas vārda, taču ilgu laiku tas netika lietots. Galilejs četrus atklātos pavadoņus nosauca par „Mediči planētām” un deva tiem kārtas numurus. Ganimēds skaitījās kā „trešais Jupitera pavadonis”. Tikai 20. gs. vidū nosaukums „Ganimēds” guva vispārēju atzīšanu.