การพัฒนา โดยเฉพาะอย่างยิ่งการดื้อยาปฏิชีวนะ เกิดจากยาที่มีเป้าหมายต่อโปรตีนแบคทีเรียที่จำเพาะ ด้วยเหตุที่ยาจำเพาะเกินไป การกลายพันธุ์ใด ๆ ในโปรตีนเหล่านี้จะขัดขวางหรือลบล้างฤทธิ์ทำลายของยา ส่งผลให้เกิดการดื้อยาปฏิชีวนะ ไม่เพียงแบคทีเรียสามารถเปลี่ยนแปลงเอนไซม์อันเป็นเป้าหมายของยาปฏิชีวนะเท่านั้น แต่แบคทีเรียยังใช้เอนไซม์ดัดแปลงยาปฏิชีวนะจนทำให้หมดฤทธิ์ไปเองได้ด้วย ตัวอย่างจุลชีพก่อโรคที่เปลี่ยนแปลงเป้าหมาย เช่น Staphylococcus aureus, Enterococcus ที่ดื้อแวนโคมัยซิน และ Streptococcus ที่ดื้อมาโครไลด์ และตัวอย่างจุลชีพที่ดัดแปลงยาปฏิชีวนะ เช่น Pseudomonas aeruginosa และ Acinetobacter baumannii ที่ดื้ออะมิโนไกลโคไซด์