Fl-istaġun 2001-2002, ir-Rovers reġgħu kisbu r-4 post fil-klassifikazzjoni u sfortunament spiċċaw runners-up fit-Tazza tal-Indipendenza kif ukoll fil-BOV Super Cup. L-istaġun 2002-03, Żebbuġ Rovers irfinaw it-tielet fil-klassifika tal-kampjonat u ħarġu runners-up fil-Tazza Noel Vassallo wara li ġew eliminati minn Nadur Youngsters bil-penalis. Madankollu, fl-istaġun 2003-04, Żebbuġ rebħu l-istess tazza fuq l-istess Nadur Youngsters 3-0. Apparti mit-Tazza Noel Vassallo huma rebħu wkoll it-Tazza tal-Libertà wara li lagħbu kontra Nadur u rebħu bil-penali wara riżultat ugwali ta' 2-2. Fil-bidu tal-istaġun kien hemm il-kompetizzjoni tat-Tazza tal-Indipendenza u fir-rawnd preliminari sorprendentement Żebbuġ tilfu kontra Qala St. Joseph bl-iskor ta' 1-0. Għal din it-telfa Żebbuġ marru fuq u rebħa tat-tazzi msemmija li huma Tazza Noel Vassallo u t-Tazza tal-Libertà u wkoll il-ħolma qatt mistennija meta giet f'realtà wara li rebħu il-ogħla kampjonat Għawdxi. Għalhekk, Żebbuġ Rovers huma onorati bħala l-kampjuni Għawdxin Ġodda.