Od 1968 postavljen je za profesora filozofije na Karlovom univerzitetu u Pragu, tad je postao i član Centralnog komiteta Češke komunističke partije. Karel Kosik imao je čvrste veze sa krugom zagrebačkih filozofa praxisovaca, on je također bio član Uredničkog savjeta časopisa Praxis. , također je posjećivao je Korčulansku ljetnu školu. Tokom Praškog proljeća od 1968, Kosik je postao vodeći glas demokratskog socijalizma (uz Ivana Svitka, i druge istaknute češke marksističke humaniste). Njegov politički angažman doveo je do Kosika do gubitka posla na univerzitetu 1970, i izbacivanja iz partije, nakon što je kratko razdoblje češke demokratizacije završilo. Kosik je 1972 i uhapšen, te ponovno dugo odsjedio u istražnom zatvoru u Pragu, s druge strane stan mu je temeljito pretresen uz oduzimanje knjiga i bilježaka. Tako je Kosik ostao nezaposlen sve do 1990, tad se vratio na velika vrata u javni intelektualni život, kao jedan od rijetkih intelektualaca iz srednje Evrope, koji je ostao vjeran svojim ljevičarskim idealima (što je tada bilo potpuno suprotno od tadašnje mode povratka buržuaskim vrijednostima u novorođenim mladim demokracijama bivšeg ortodoksno ljevičarskog istoka).