Melilla var ein fønikisk og seinare punisk busetnad kalla Rusadir. Seinare vart han ein del av den romerske provinsen Mauretania Tingitana. Gjennom dei neste hundreåra var høyrte han til vandalane, Austromarriket og vestgotarar. Melilla var ein del av Kongedømet Fez då Juan Alonso Pérez de Guzmán, kjend som Guzmán el Bueno, den tredje hertugen Medina Sidonia erobra han i 1497. Eit par år tidlegare (1492) hadde Castilla fått kontroll over Kongedømet Granada, den siste resten av Al-Andalus.