Sed la monumento, riĉa kaj luksega, estis detruita de la egipta sultano Bibars, en la dua duono de la 13-a jarcento. Nur en 1620, la Gardisto de Sankta Tero, fransciskana Tomaso el Novara, sukcesis havigi al si, el la turka registaro, la permeson reokupi la restaĵon de la baziliko; kaj nur en 1620 estis koncedite establi preĝejon sur la groto de la Anunciacio, kiun estos pliampleksigita en 1871: Tiu ĉi estis malkonstruita por krei lokon por la nuna baziliko. Malkonstruante la antaŭan oni trafis la perimetron de la romanika baziliko: sur tiu ĉi bazo oni planis kaj realigis la nunan sanktejon.