एम्पेरिकल चिकित्सा को व्यक्ति की उम्र, सिर की चोट के पहले संक्रमण के होने, व्यक्ति के न्यूरोसर्जरी प्राप्त करने और सेरेब्रल शंट के उपस्थित होने या न होने के आधार पर चुना जा सकता है। युवा बच्चों और 50 साल से अधिक की उम्र वालों में, साथ ही प्रतिरोधक क्षमता की कमी वालों में लिस्टेरिया मोनोकाइटोजीन्स' कवर करने के लिये एम्पिसलीन अनुशंसित की जाती है। एक बार जब ग्राम स्टेन परिणाम उपलब्ध हो जायें और विस्तृत प्रकार के बैक्टीरिया संबंधी कारण ज्ञात हो जायें तो पैथोजन के अनुमानित समूह का सामना करने वालों को दिया जाने वाले एंटीबायोटिक को बदला जा सकता है। कल्चर के परिणाम, उपलब्ध होने में अधिक समय (24–48 घंटे) लेते हैं। एक बार जब परिणाम मिल जाये तो एम्पेरिक चिकित्सा को विशिष्ट एंटीबायोटिक चिकित्सा से प्रतिस्थापित किया जा सकता है जो कि विशिष्ट कारण संबंधी जीवों और एंटीबायोटिक्स के प्रति इनकी संवेदनशीलता पर लक्षित होती है। किसी एंटीबायोटिक को मस्तिष्क ज्वर के लिये प्रभावी होने के लिये, उसे न सिर्फ पैथोजेनिक बैक्टीरियम के विरुद्ध प्रभावी होना चाहिये लेकिन साथ ही उसे मस्तिष्क आवरण में पर्याप्त मात्रा में पहुंचना चाहिये; कुछ एंटीबायोटिक्स की भेदन क्षमता अपर्याप्त होती है और इसलिये उनका मस्तिष्क ज्वर में कम उपयोग होता है। मस्तिष्क ज्वर में उपयोग किये जाने वाले अधिकतर एंटीबायोटिक्स को चिकित्सीय परीक्षणों में मस्तिष्क ज्वर से पीड़ित लोगों पर प्रत्यक्ष रूप से परीक्षण नहीं किया गया है। बल्कि अधिकतर प्रासंगिक ज्ञान प्रयोगशाला अध्ययनों में खरगोशों पर अर्जित किया गया है। ट्यूबरक्यूलस मस्तिष्क ज्वर को एंटीबायोटिक्स द्वारा लंबे उपचार की जरूरत पड़ती है। जबकि फेफड़ों के ट्यूबरकलोसिस का आम तौर पर 6 माह तक उपचार किया जाता है वहीं ट्यूबरक्यूलस मस्तिष्क ज्वर से पीड़ित लोगों को एक साल या अधिक समय तक उपचार की जरूरत पड़ती है।