達爾文的家族比較傾向不遵從當時英國國教會，他的祖父、父親及兄弟均為自由思想家。在此背景下，小時候的達爾文依然信奉聖經，甚至之後在劍橋大學修讀神學成為牧師。此時他相信一套以自然界構成的奧妙而論證神必定存在的《目的論的證明》。後來，達爾文在小獵犬號之旅中認識到世界很多不同物種，這些物種的特徵與習性，是《目的論的證明》無法解釋的。例如有一種胡蜂麻痺毛蟲並在其體內產卵，卵變成寄生蟲並殺死宿主的行為，认为这抵觸了《目的論的證明》中「自然界是神善意的彰顯」的教義。雖然如此，達爾文仍然會引述聖經作為道德權威，卻批判一些舊約中的歷史陳述。