Στη Βαυαρία ο ποταμός ρέει προς τα βόρεια και διασχίζει τις πόλεις Ρόσενχαιμ, Βάσσερμπουργκ και Βαλντκράιμπουργκ. Μετά στρέφεται ανατολικά, διασχίζει τις πόλεις Μούλντοφ και Νέουτινγκ και δέχεται τα νερά δύο παραποτάμων του, του Αλτς και του Σάλτσαχ. Στην πόλη Πάσσαου ο Ινν τελικά εκβάλλει στο Δούναβη (όπως και ο ποταμός Ιλτς). O Ινν είναι ο μόνος ποταμός που έχει τις πηγές του στην Ελβετία και καταλήγει στη Μαύρη Θάλασσα (μέσω του Δούναβη).