У 1914 г. у сувязі з падзеямі I Сусветнай вайны Кваджалейн трапіў пад кантроль Японіі. Японскія прадпрымальнікі садзейнічалі пашырэнню какосавых плантацый і вывазу копры. У 1935 г. для патрэб тубыльцаў была адкрыта школа. Напярэдадні II Сусветнай вайны японскае ваеннае камандаванне прыняло рашэнне аб стварэнні на атоле буйной ваеннай базы. Яе будаўніцтва пачалося ў канцы 1930-ых гг., для чаго на Кваджалейн увозіліся рабочыя з Карэі і розных кутоў Мікранезіі. Мясцовыя жыхары былі прымусова выселены з вялікіх астравоў на меншыя па памерах. Рабочымі былі ўзведзены 2 аэрадромы, абарончыя дамбы і прычалы для марскіх суднаў. У 1941 г. на Кваджалейне знаходзіўся Шосты флот ваенна-марскіх сіл Японіі, які ўдзельнічаў у нападзе на Пёрл-Харбар. У 1943 г. ваенны гарнізон на Кваджалейне складаў прыкладна 8 000 чал., аднак многія з іх былі навабранцамі, не падрыхтаванымі да вядзення сур'ёзных баявых дзеянняў.