У 1996 годзе ініцыятыўная група вырашыла адрадзіць клуб. Прэзідэнтам футбольнага клуба БАТЭ быў абраны Анатоль Капскі, галоўным трэнерам стаў Юрый Пунтус. За два першых гады сваёй новай гісторыі клуб выйграў першынства Другой лігі і, фінішаваўшы другім у Першай, выйшаў у Вышэйшую лігу, дзе ў 1998 годзе адразу заваяваў срэбныя медалі.