Haukijärven vedenlaatua on tutkittu vähän. Vedenväri on erittäin ruskeaa ja vesi on hyvin hapanta. Vuonna 1985 sen väriluku oli 180 mg Pt/l ja veden happamuustaso eli pH-arvo oli 5,1, joka on jo haitallista useimmille kalalajeille. Järven puskurikyky happamoitumista vastaan ei enää oluut jäljellä, joten järvi oli todennäköisesti happamoitunut. Veden ravintopitoisuudet olivat koholla. Fosforipitoisuus mitattiin tuolloin 28 mikrogrammaa litrassa vettä (µg/l). Sen perusteella vesi oli lievästi rehevöityneen järven tasoa. Järven virkistysarvo oli vuonna 1985 välttävä.