לאחר שה-CDU הובסה בבחירות הפדרליות של 1998, הפך שויבלה ליושב ראש המפלגה. הוא ויתר על משרה זאת ב-2000, עם התעוררות הסקנדל של התרומות למפלגה (השערורייה מתייחסת לגילוי של צורות בלתי חוקיות של מימון מפלגות של ה-CDU במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20, שכללו קבלת תרומות נסתרות, אי גילוי תרומות במזומן, ניהול חשבונות בנק סודיים והעברות בנקאיות לא חוקיות אל ומבנקים זרים ובכלל זה קבלת תרומה במזומן בסכום של מעל 100,000 מארק גרמני שנתרמו על ידי סוחר הנשק והלוביסט קרלהיינץ שרייבר ב-1994). ממשיכתו בתפקיד הייתה אנגלה מרקל.