У 1959 годзе мэлькіцкі патрыярх Максім IV Саех і архібіскуп Падэрборну Лорэнц Егер накіравалі Папу ліст, у якім прапаноўвалі для падрыхтоўкі парадку дня Другога Ватыканскага Сабору па пытаньнях экумэнізму стварыць спэцыяльную раду або кангрэгацыю. Вызнаючы слушнасьць гэтай прапановы, Папа Ян XXIII сярод 12 камісіяў для падрыхтоўкі да Другога Ватыканскага Сабору 5 чэрвеня 1960 году заснаваў таксама і Сакратарыят па спрыяньні еднасьці хрысьціянаў. Яго першым старшынём стаў кардынал Аўгустын Бэа.