في عام 1967 أنهى برجوليو دراسته اللاهوتية، وسيم كاهنًا في 13 ديسمبر 1969، من قبل رئيس الأساقفة خوسيه كاستيانو. في العام نفسه، وبعد فترة وجيزة من رسامته كاهنًا تعرّض البابا لوعكة صحية حادة دفعت إلى استئصال إحدى رئتيه بعد نزاع دام ثلاثة أيام ""بين الحياة والموت"" كما قال في وقت لاحق. أصبح البابا أستاذًا في اللاهوت، ودرّس في كلية الفلسفة واللاهوت في جامعة سان ميغل في مدينة بيونس آيرس، بداية كمحاضر مبتدئ ومن ثمّ كأستاذ في اللاهوت؛ وكان قد أقام المحطة الأخيرة للتدريب الروحي للرهبان الجدد حسب قواعد الرهبنة اليسوعية في إسبانيا، ومكث فيها حتى اختياره رئيسًا إقليميًا للرهبنة اليسوعية في الأرجنتين.