独立行政法人国立病院機構別府医療センター（どくりつぎょうせいほうじんこくりつびょういんきこうべっぷいりょうセンター）は、大分県別府市に所在する独立行政法人国立病院機構運営の病院である。旧国立別府病院。政策医療分野におけるがん、精神疾患、成育医療、免疫異常、骨・運動器疾患の専門医療施設である。地域医療支援病院の承認、エイズ治療拠点病院の指定を受ける。看護学校を併設する。大分県に3つある国立病院機構の病院のうちの一つである。