נחל פרס הוא אחד מהנחלים היכולים להוות את גבולו הדרומי של מדבר יהודה אל מול גבולו הצפוני של הנגב. הנחל מתחתר בחלקו הדרומי של מישור עמיעז, ויש הסוברים כי בשל כך הנחל מסמן את גבולו הדרומי של מדבר יהודה, אחרים יטענו כי נחל חימר הוא דווקא הגבול הדרומי של מדבר יהודה.