W 2001 rokù warcô sã do karna Brett Gurewitz a karno, pò zakòńczéniém kòntraktu z Atlantic Records, warcô sã do Epitaph Records, jaczé ùrosło w midzëczasu do nôwòkszi punk-rockòwi wëdowizne. W skłôdzé pòkôza sã téż jesz jednô zmiana, Bobby Schayer przez swòjã chòrobã krziża nié mòże ju wicy grac na perkùsëji ë jegò plac zajimô Brooks Wackerman, chtëren je trzëmôny za jednegò z nôlepszich pùnkòwich pekùsjowników - grôł ju w Suicidal Tendencies ë The Vandals ë pòchôdô z falimilëji mùzyków, jegò bracëna Chad grôł ju na pekùsëji z Frankã Zappą. Takno wëchôdô w 2002 rokù albùm The Process Of Belief (Epitaph Records, 2002) z melodicznym ë chùtczim punk-rockã - w sztélu nawiąziwô do rëchliszégò Stranger Than Fiction. Nôslédnô plata, The Empire Strikes First (Epitaph Records, 2004), je kòntinuacëją tipicznégò sztélu grë Bad Religion z nôlepszich czasów, tekstama pòrósziwô pòliticzne témë sparłączoné z wòjną w Irakù.