Yn 1610 fodd bynnag, fe'i cipiwyd oddi yno i garchar. Cyn hynny byddai'n bleidiol i'r Offeiriaid 'Appellant', 1600-03, ond gwrthwynebodd y clerigwyr eraill a'r Jeswitiaid. Newidiodd ei syniadau am hynny yn ddiweddarach, ac yn ystod ei garchariad, ac ar y dydd y condemniwyd ef i farwolaeth, cafodd ymweliad gan y Tad Robert Jones, pennaeth y Jeswitiaid yn Lloegr. Y Tad Jones hwn a ysgrifennodd hanes ei ddienyddiad yn Llanllieni (Leominster), 27 Awst 1610, mewn Eidaleg.