1628 നവംബർ 28ൻ ഇംഗ്ലണ്ടിലെ ബെഡ്ഫോർഡിലായിരുന്നു ജനനം. ലോഹപ്പാത്രങ്ങൾ നിർമ്മിക്കുകയും കേടുപാട് നീക്കിക്കൊടുക്കുകയും ചെയ്തിരുന്ന തോമസ് ബന്യനായിരുന്നു പിതാവ്. അമ്മ എലിസബത്ത് ബെന്റ്ലിയും. കുടുംബം അത്ര സമ്പന്നമൊന്നുമല്ലാതിരുന്നതു കൊണ്ട് എഴുതാനും വായിക്കാനും പ്രാപ്തനാക്കിയ അടിസ്ഥാന വിദ്യാഭ്യാസമേ അദ്ദേഹത്തിന് സിദ്ധിച്ചുള്ളു. ബന്യന്റെ പതിനാറാമത്തെ വയസ്സിൽ, അമ്മ മരിച്ചു. അമ്മയുടെ മരണവും രണ്ടുമാസത്തിനു ശേഷം നടന്ന പിതാവിന്റെ പുനർ‌വിവാഹവും അദ്ദേഹത്തിനു വലിയ ആഘാതമായി. ഇംഗ്ലണ്ടിൽ ചാൾസ് ഒന്നാമന്റെ രാജപക്ഷവും അദ്ദേഹത്തെ എതിർക്കുന്നവരുടെ പാർലമെന്റ് പക്ഷവും തമ്മിലുള്ള ആഭ്യന്തരയുദ്ധം നടക്കുന്ന സമയമായിരുന്നു അത്. കുടുംബത്തോട് അകൽച്ചയിലായ ജോൺ, പാർലമെന്റ് പക്ഷത്തിന്റെ സൈന്യത്തിൽ ചേർന്നു. ആഭ്യന്തരയുദ്ധം സമാപിച്ച് പാർലമെന്റ് സൈന്യം പിരിച്ചുവിടപ്പെട്ടപ്പോൾ ബന്യൻ വീട്ടിലേക്കു മടങ്ങി.