מרד ההוּטוּ הוכרע תוך ימים ספורים בראשית מאי. מרגע שהוכרע המרד החלה ההשמדה המאורגנת של האזרחים בני ההוטו בבורונדי. תחילה הורו למפקדי הצבא והמשטרה להרוג את כל הפקודים שלהם בני הוטו, ו-750 חיילים וכ-300 שוטרים נרצחו. הבאים ברשימה היו המורים והתלמידים בבתי הספר התיכוניים והמקצועיים. משאיות ורכבים צבאיים הגיעו לבתי הספר וחיילים ציוו על תלמידים ומורים בני ההוטו לעלות למשאיות, שהובילו אותם לבורות הריגה, לבתי כלא ולמתקנים צבאיים בהם הוצאו להורג. חברי תנועת הנוער (JRR) השתתפו גם הם בהוצאות להורג ובמעשי הטבח ושימשו ככוח איכותי לזיהוי הקורבנות. גם לבתי הספר היסודיים הגיעו חיילים, תחילה אספו את המורים בלבד ולאחר מכן גם את התלמידים. בחודש יוני דווח כי לא נותרו מורים בני הוטו בבתי הספר התיכוניים ובבתי הספר היסודיים נותרו רק 45% מהם. אלפי תלמידים נחטפו מבתי הספר התיכוניים ומהאוניברסיטאות והוצאו להורג. בעיר בוג'ומבורה לבדה, 4,000 תלמידים הועלו על משאיות והובלו לבורות הריגה. אלפי עובדי מדינה וכמרים בני הוּטוּ הוצאו להורג. ברדיו הממלכתי שודרה תעמולה מוסווית הקוראת להרג הוטו, ""לצוד את הפיתון שבדשא"". במקרים רבים הגיעו החיילים עם רשימות קורבנות שהוכנו מראש. בני טוּטסִי מתונים נרצחו גם הם. עד סוף אוגוסט דווח כי יותר מ-200,000 נרצחו ומאות אלפים נמלטו למדינות שכנות, וכי לא נותרו בבורונדי בני הוּטוּ מלומדים.