Maraming mga lokal na paraan ng pagsamba ang nagpatuloy sa imperyo, karamihan sa mga ito ay tungkol sa mga lokal na banal na mga Huaca, ngunit hinimok ng pamunuan ng Inca ang pagsamba kay Inti - ang kanilang diyos ng araw - at ipinataw ang kapangyarihan nito sa ibang mga kulto tulad ng sa Pachamama. Itinuring ng mga Inca ang kanilang hari, ang Sapa Inca, bilang ang ""anak ng araw.