בעונת 2001/02 רויטר חזר להרכב של דורטמונד, ועבר לשחק בתפקידים הגנתיים יותר, כשהוא משתף פעולה עם יורגן קולר, כריסטיאן וורנס, כריסטוף מצלדר וסבסטיאן קהל. בעונה זו, זכה רויטר באליפות השלישית שלו עם דורטמונד, בעונה צמודה במיוחד בבונדסליגה. רויטר ודורטמונד אף הגיעו באותה עונה לגמר גביע אופ""א, והפסידו בו לפיינורד בתוצאה 2–3, במשחק בו רויטר שימש קפטן. רויטר נשאר בדורטמונד שתי עונות נוספות, כאשר בעונת 2002/03 סיימה דורטמונד במקום השלישי, והודחה מליגת האלופות בתום שלב הבתים השני. בעונת 2003/04, שהייתה האחרונה של רויטר בקריירה, סיימה דורטמונד במקום השישי בבונדסליגה. בתום עונה זו, פרש רויטר מכדורגל בגיל 38, לאחר 20 שנים של כדורגל מקצועני, מתוכן 12 עונות בדורטמונד, בהן ערך 307 הופעות ליגה והבקיע 11 שערים. רויטר מדורג נכון לשנת 2016 במקום הרביעי בדירוג שיאני ההופעות של בורוסיה דורטמונד בכל הזמנים, לאחר מיכאל צורק, רומן ויידנפלר ודדה, ובמקום ה-11 בדירוג שיאני הבונדסליגה בכל הזמנים עם 502 הופעות.