Денешното село Ајватовци потекнува од крајот на XVIII век. Како што е случај со повеќето околни села, тоа најверојатно било уништено и опустело по Карпошевото востание и Австриско-турската војна во 1689 година, а по неколку века пак се обновило. Основач на Ајватовци кон крајот на XVIII век бил некој Давин, од кого потекнува селскиот род Давиновци. По нив се доселил родот Пешеви, а последен се доселил родот Тасеви. Во првата половина на XIX век Ајватовци станало чифлик на Мемет-бег од Скопје.