Oljeskifer (eller kukersite, særlig øst for Tallinn langs Finskebukta) og kalkstein, sammen med skogområdene som dekker 47 % av landet, spiller en viktig økonomisk rolle i Estland, som ellers har få naturressurser. Utvinning og brenning av skiferolje har etterlatt kilometerlange hauger av slagg og aske ved Kohtla-Järve der et varmekraftverk produserte så mye strøm (omkring 1980) at verket bidro til Leningrads strømforsyning. Omkring 1980 ble det brutt 30 millioner tonn oljeskifer årlig og reservene ble da anslått til å vare i 200 år med daværende utvinningstakt.Estland har over 1 400 innsjøer. De fleste er svært små, men den største, Peipus (Peipsi på estisk), er med 3 555 km² en av de største innsjøene i Europa. Den danner det meste av grensa mellom Estland og Russland.