എന്നാൾ ഈ മാറ്റം നൽകിയ സംതൃപ്തി അധികം കാലം നീണ്ടു നിന്നില്ല. കേവലം ഉപരിതലമാത്രസ്പർശിയായ ആ പരിവർ‍ത്തനം, തന്നെ കാപട്യം നിറഞ്ഞ ഒരു ഫരീസേയൻ ആക്കി മാറ്റിയതേയുള്ളു എന്നു അദ്ദേഹത്തിന് തോന്നി. നാലു വർഷം നീണ്ട കടുത്ത ആത്മീയസംഘർഷത്തിനൊടുവിൽ അദ്ദേഹം വിശ്വാസത്തിൽ വിട്ടുവീഴ്ചചെയ്യാത്തവർ (Non-Conformists) എന്നറിയപ്പെട്ടിരുന്ന കാൽ‌വിനിസ്റ്റ് വിഭാഗത്തിലേക്കു പരിവർത്തിതനായി. ഈ പരിവർത്തനത്തിന്റെ കഥ പറയുന്ന പാപികളിൽ പ്രധാനിക്ക് അളവില്ലാത്ത കൃപ (Grace Abounding to the Chief of Sinners) എന്ന ബന്യന്റെ പുസ്തകം ഏറെ പ്രസിദ്ധമാണ്.