No 1995. gada 3. februāra līdz 1995. gada 21. decembrim bijis Latvijas Veselības aizsardzības valsts ministrs Māra Gaiļa valdībā. 1995. gadā iestājies savienībā ""Latvijas Ceļš"", bijis 6. Saeimas un 7. Saeimas deputāts (bija ""Latvijas Ceļa"" 7. Saeimas vēlēšanu kampaņas vadītājs, bet pats netika ievēlēts un otro reizi Saeimā nokļuva, ieņemot Anatolija Gorbunova vietu, kad tas kļuva par ministru Viļa Krištopana valdībā). 7. Saeimā bija Finanšu ministrijas parlamentārais sekretārs. Kandidējis arī 8. Saeimas vēlēšanās, tomēr ""Latvijas Ceļš"" tajās nepārvarēja 5% barjeru un P. Apinis netika ievēlēts.