1937年（昭和12年）1月から病に倒れたホフマンの代わりとして学長代理を執務していたが、同年6月1日にホフマンが死去したため、同年7月20日、第2代上智大学学長に就任する。夏期休暇中であったため、就任式は新学期が開始された9月23日に行われた。1940年（昭和15年）7月22日に第2次近衛内閣が組閣されると基本国策要綱が閣議決定され、日本は新体制となり、太平洋戦争への突入は必至という状勢になった。同年9月初旬、これらの世情を考慮し、ホイヴェルスは上智大学総長を辞任する意向を示し、同年11月7日には後任の土橋八千太が総長に就任した。