Elokuvan jokaista puolta analysoitiin jatkuvasti ja juonikulkuja, vitsejä sekä hahmoja kirjoitettiin uusiksi. Vaikka useimpiin animaatioelokuviin ei budjettisyistä tehdä suuria muutoksia aktiivisen tuotannon aikana, The Simpsons Movien tekijät jatkoivat editointia vuoteen 2007. Jotkut muutoksista tehtiin niinkin myöhään kuin toukokuussa vain kaksi kuukautta ennen elokuvan ensi-iltaa. James L. Brooks huomautti, että ""70 % [yhden trailerin] jutuista perustui tilanteeseen kahdeksan viikkoa sitten, eivätkä ne ole enää mukana elokuvassa"". Groeningin mukaan materiaalia leikattiin kahden elokuvan tarpeisiin. Useita hahmoja luotiin, mutta leikattiin pois, koska ne eivät olleet tarpeeksi antoisia. Alun perin Marge sai profeetallisen näyn kirkossa. Kirjoittajat pitävät tätä liian synkkänä, ja isoisä Abe sai korvata Margen. Lisan ja Colinin ihastumisen osuutta muuteltiin tämän tästä. Colinin nimiä olivat aluksi Dexter ja Adrien, ja hänen ulkonäkönsä kävi läpi täydellisen muutoksen. Yksi idea oli kehitellä Milhousen ihastumista Lisaan, mutta kirjoittajat tajusivat, että ""yleisölle Milhousen pitkäaikainen ihastus Lisaan ei ollut niin tuttua kuin he olivat luulleet"". Takaa-ajo kohtaus, jossa Homer heittää liekehtiviä muumioita rekka-autosta, korvattiin ""tunteellisemmilla ja realistisemmilla"" kohtauksilla motellissa ja karnevaaleilla, jotka mahdollistivat tahdin vaihdoksen.