Kapilarna elektroforeza obuhvata grupu separacionih tehnika, koje omogućavaju separaciju mnogih vrsta analita bazirano na njihovoj pokretljivošću u elektromagnetnom polju. U svojoj najjednostavnijoj formi, kapilarna zonska elektroforeza - nabijeni kapilarni sistem sastavljen od silika-gela napunjen puferom, uronjen u rezervoar s puferom koji je spojen na izvor jake struje. Nakon unošenja male količine uzorka u kapilaru, uključuje se izvor struje i obrazuje električno polje koje uzrokuje pojavu elektroosmotskog toka. Ta pojava uzrokuje da se cijeli uzorak kreće pored detektora ka katodi. Ionski analiti se kreću ka svojoj pripadajućoj elektrodi, tako da se promatrani uzorak razdvaja na bazi svojih različitih polarnosti i različitog odnosa mase i naboja.. Drugi principi kod ove hromatografske tehnike su izoelektrično fokusiranje koje je bazirano na separaciji zbog razlika u izoelektričnim tačkama analita, te elektroforeza preko gela, gdje se molekule prosijavaju kroz matricu gela te tako razdvajaju zbog različite veličine. Međutim, separacija neutralnih spojeva zahtjeva sisteme kojima se dodaje dodatna faza.