Mae afon Indus yn tarddu yn Nhibet; mae'n cychwyn yn nghyflif afonydd Sengge a Gar sy'n llifo o gadwynau Nganglong Kangri a Gangdise Shan yn y wlad honno. Mae hi'n llifo i'r gogledd-orllewin trwy Ladakh-Baltistan i afon Gilgit, ychydig i'r de o'r Karakoram. Yma mae afonydd llai Shyok, Shigar a Gilgit yn cludo dŵr o rewlifau'r mynyddoedd mawr i'r afon. Ger Nanga Parbat mae'n rhedeg trwy yddfau cul tua 4500 – 5200 m (15,000-17,000 troedfedd) i fyny. Mae'n cylchu'n araf i'r de, ac yn dod allan o'r bryniau rhwng Peshawar a Rawalpindi yn ngogledd Pacistan.