Noong Ikalawang Digmaang Pandaigdig, itinuloy nang minimal ang gawain sa pagtutuos. Pagkatapos ng digmaan, ang Tanggapan ng Pangkalahatang Pagtutuos ay muling itinatag at naging kasalukuyang Komisyon sa Audit sa ilalim ng 1973 Saligang-batas. Kasabay sa pagkatatag, ang Pangkalahatang Tagatuos ay napalitan ng sama-samang pamamahala ng Tagapangulo at dalawang Komisyonado.