ในประเทศญี่ปุ่น คินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนาลงตีพิมพ์เป็นตอน ๆ ในนิตยสาร โชเน็นแม็กกาซีน ของสำนักพิมพ์โคดันฉะ ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2535 และตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายจนถึงตอนนี้เป็นจำนวน 52 เล่ม แบ่งเป็นฉบับ ""ไฟล์"" 27 เล่ม 19 คดี ฉบับ ""เคส"" 10 เล่ม 7 คดี ฉบับ ""ชุดแฟ้มคดีพิศวง"" 6 เล่ม 17 คดี ฉบับ ""ชุดสารวัตรอาเคจิ"" 2 เล่ม 7 คดี และฉบับ ""ชุดไฟล์ฉบับใหม่"" 14 เล่ม 8 คดี ""ชุดคดีฉลองครบรอบ 20 ปี"" 5 เล่ม 3 คดี และฉบับล่าสุด ""อาร์"" ซึ่งในขณะนี้ 10 เล่ม 8 คดี สำหรับประเทศไทยผู้ได้รับลิขสิทธิ์ในการตีพิมพ์คือสำนักพิมพ์วิบูลย์กิจ เริ่มแรกตีพิมพ์เป็นรายสัปดาห์ในนิตยสาร KC WEEKLY ภายหลังเปลี่ยนเป็นรายสะดวก ตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายแล้ว 75 เล่ม และปัจจุบันสามารถหาอ่านแบบหนังสืออิเล็กทรอนิกส์ (อีบุ๊ค) อย่างถูกกฎหมายผ่านเว็บไซต์ของวิบูลย์กิจ ทั้งแบบรวมเล่ม และตอนรายสัปดาห์