मधुबनी के उत्तर में नेपाल, दक्षिण में दरभंगा, पुरब में सुपौल तथा पश्चिम में सीतामढी जिला है। कुल क्षेत्रफल ३५०१ वर्ग किलोमीटर है जो भूकंप क्षेत्र ५ में पडता है। नदियों का यहाँ जाल बिछा है जो बरसात के दिनों में हर साल लोगों के तबाही का कारण बनती है। वर्ष २००७ में आए भीषण बाढ में 331 पंचायत (110 पूर्ण रूप से तथा 221 आंशिक रुप से) तथा 836 गाँवों के 372599 परिवार बुरी तरह से प्रभावित हुए थे। समूचा जिला एक समतल एवं उपजाऊ क्षेत्र है। औसत सालाना १२७३ मिमी वर्षा का अधिकांश मॉनसून से प्राप्त होता है।