كانت مرحلة رئاسته لأبرشية بيونس آيرس، إصلاحية وهامة، فاستحدث البابا عددًا من المضافات والمباني الكنسية والمكاتب الإدارية والإرشادية، وعرف بكونه ""رجل منفتح، يتقبل كل الآراء، ويدعم الحوار، ويسعى لتحقيق العدالة الاجتماعية"". زاد البابا من حضور الكنيسة في المشهد العام، وزاد من مساهمات الكهنة والرهبان والراهبات في العمل المدني، وأطلق تصريحات تؤيد زواج رجال الدين، ووصف الكهنة الذين يرفضون عماد الأطفال المولودين من غير الزواج «بالمنافقين»؛ مساهمًا بشكل قوي في حركة التبشير الإنجيلية، وفي الحوار المسكوني ولاهوت التحرير، وكان من طالبي دعوى تقديس الشهداء اليسوعين في السلفادور عام 2005. ومنذ تلك المرحلة كان البابا يحتفل برتبة خميس الأسرار، حيث تشمل الرتبة استذكار غسل المسيح لأرجل تلاميذه، في السجون أو المستشفيات أو دور رعاية الفقراء أو سواها من ميادين العمل الاجتماعي، وهي العادة التي حافظ عليها بعد انتخابه بابا، حين زار سجنًا للأحداث وغسل أقدام 12 سجينًا أعمارهم بين 14 - 21 سنة بينهم فتاتان، وهو حدث هو الأول من نوعه، إذ لم يمارس أي بابا من قبل غسل أقدام النساء، أو غير كاثوليك في إطار هذا الطقس، إذ إنّ اثنين من المسلمين منهم إحدى الفتيات كانوا من ضمن الاحتفال. خلال كونه أسقفًا أيضًا، أظهر البابا اهتمامًا واضحًا بطقوس الكنائس الشرقية ""فاهمًا ليتورجيتها بشكل جيد""، وعرف عن صداقته للجالية اللبنانية.