ഭാരതപ്പുഴയുടെ പ്രധാനശാഖ ഉത്ഭവിക്കുന്നത് പശ്ചിമഘട്ടത്തിലെ ആനമലയിൽ നിന്നാണ് (തമിഴ്‌നാട് സംസ്ഥാനത്തിൽ) പടിഞ്ഞാറോട്ടൊഴുകുന്ന പുഴ പാലക്കാട്, തൃശ്ശൂർ, മലപ്പുറം ജില്ലകളിൽ കൂടി ഒഴുകുന്നു. പല കൈവഴികളും നിളയിൽ ഇതിനിടക്ക് ചേരുന്നു. 40 കിലോമീറ്ററോളം ദൂരത്തിൽ പൊള്ളാച്ചി വരെ പുഴ വടക്കോട്ടാണ് ഒഴുകുന്നത്. പറളിയിൽ കണ്ണാ‍ടിപ്പുഴയും കൽ‌പ്പാത്തിപ്പുഴയും ഭാരതപ്പുഴയിൽ ചേരുന്നു. അവിടെനിന്ന് പൊന്നാനിയിൽ ചെന്ന് ലക്ഷദ്വീപ് ക്കടലിൽ പതിക്കുന്നതുവരെ ഭാരതപ്പുഴ പടിഞ്ഞാറോട്ടൊഴുകുന്നു.