Käsikirjoituksen kirjoittaminen alkoi vuonna 2003 samassa pienessä bungalowissa, jossa Groening keksi Simpsonit vuonna 1987. Kirjoittajat viettivät kuusi kuukautta keskustellen juonesta ja jokainen heistä teki luonnosmaisia ehdotuksia. Juonta pidettiin salassa ennen elokuvan ensi-iltaa. Brooks kertoi, että vierailevien journalistien oli pitänyt allekirjoittaa paperi, jossa he lupaavat pitää elokuvan juonen salassa. Jean ehdotti, että perhe pelastaisi manaatteja – idean pohjalta luotiin vuoden 2005 jakso ""Pelastakaa manaatit"". Esillä oli myös Truman Show -elokuvan kaltainen juonisuunnitelma, jossa hahmot huomaavat, että heidän elämänsä onkin TV-show’ta. Groening hylkäsi ajatuksen, sillä hänen mielestään Simpsonit ""eivät koskaan saisi tulla tietoisiksi siitä, että he ovat julkkiksia"". Groening luki kaupungista, joka yritti päästä eroon sian ulosteesta juomavedessään, ja tämä antoi alkusysäyksen elokuvan juonelle. Päätös antaa Flandersille tärkeä rooli tehtiin jo aikaisessa vaiheessa, kun Jean halusi Bartin ihmettelevän, millaista hänen elämänsä olisi, jos Flanders olisi hänen isänsä. Päätettyään lopulta juonen peruskulusta kirjoittajat jakoivat sen seitsemään osaan. Jean, Scully, Reiss, Swartzwelder, Vitti, Mirkin ja Meyer kirjoittivat kukin 25 sivua, ja ryhmä tapasi kuukautta myöhemmin yhdistääkseen seitsemän osaa yhdeksi ""erittäin raa’aksi versioksi"". Elokuvan käsikirjoitus oli kirjoitettu samalla tavalla kuin TV-sarjan: kirjoittajat istuivat pöydän ympärillä, heittelivät ideoita ja yrittivät saada toisensa nauramaan. Käsikirjoitus tehtiin yli sataan kertaan. Groening kuvasi haluaan tehdä elokuvasta dramaattisesti TV-sarjan jaksoa vahvemman: hän halusi ""antaa jotain ennennäkemätöntä"".