Marte de 1249, Setúbal ricevis propran leĝaron kiel memstara urbo de la Ordeno de Santiago, kiu estis ĝis tiam feŭdisma posedanto de la regiono, kaj nome de Sinjoro Moŝto Paio Peres Correia, Estro de la Ordeno de Santiago, kaj de Gonçalo Peres, komandoro de Mértola. Ekde la 14-a jarcento ĝi estis unu el la plej gravaj portugalaj havenoj kune kun Lisbono, Porto kaj Faro.