סמית עלה בדרגה והתמנה למפקד שייטת בדרגת גנרל. עם מסעו של נפוליאון למצרים וארץ ישראל נצטווה סמית להפליג לחופי הארץ ולעזור לטורקים להדוף את הצבא הצרפתי. כשהתקרב נפוליאון לעכו מינה סמית את דה פיליפו למפקד אניה וציווה עליו לנחות בעכו עם חייליו כדי לעזור למושל העיר אחמד אל ג'זאר.