מיעוט מבין יהודי סלובקיה הצליחו לברוח אל הפרטיזנים ביערות, והשתתפו באופן פעיל במחתרות השחרור הסלובקיות, וחלקם אף קיפדו את חייהם בלחימה על עצמאות מלאה לסלובקיה. היחידה הפרטיזנית הראשונה בהרי ויהורלאט (Vihorlat) במזרח סלובקיה נוסדה במרץ 1942, מנתה 25 חברים ובתוכם 18 יהודים. על פי הערכות שונות בחודש ספטמבר 1944 היו על אדמת סלובקיה כ-16,000 חברי מחתרות, מתוכם כ-1,600 יהודים. בקרבות המרד הסלובקי הלאומי נפלו 269 לוחמים יהודים (כ-17% מכלל הנופלים). 166 יהודים קיבלו אותו הצטיינות מממשלת צ'כוסלובקיה על לחימתם בשורות הפרטיזנים.