1809年11月17日，达尔文在圣嘉德圣公会教堂受了洗礼。当时英国与法国仍处于战争状态，罗伯特私底下虽然是个自由思想者，但也不敢过于张扬。星期日的时候，苏珊娜会按照家庭传统带孩子去一神教小教堂做礼拜，她还同镇里的宗教领袖请乔治·凯斯来此布道，凯斯在当地建立了一所私立学校。查尔斯最早在家中接受教育，由姐姐卡罗琳管教。他常常与小他15个月的妹妹凯瑟琳争宠，希望受到关注，而卡罗琳往往是严厉的。独自一人时他常常流连于父亲的图书馆，热衷于观察周围的动植物，有时也去河边垂钓。8岁生日后不久，苏珊娜送他去凯斯所办的学校上学，学校里的许多同学都比他大。他常常编故事，比如说自己能够改变花朵的颜色。7月，苏珊娜的肿瘤发展到无法收拾的地步，查尔斯却不被获准去看她，直到7月15日她离开人世。