1941 m. birželio 14 d. iš Meškuičių geležinkelio stoties buvo tremiami žmonės. 1941 m. liepos mėn. pradžioje Vokietijos okupacinės valdžios įsakymu nužudyti Meškuičių žydai. 1944 m. per karinius veiksmus miestelis nukentėjo. Dėl geležinkelį saugojusios TSRS kariuomenės ir stribų būrio Meškuičiuose ir apylinkėje Lietuvos partizanai aktyviai neveikė. 1940–1941 m. ir 1944–1953 m. TSRS valdžia ištrėmė 20 gyventojų. 1950–1994 m. Meškuičiai buvo apylinkės, 1949–1993 m. – „Raudonosios vėliavos“ kolūkio centras. 1956 m. įkurta biblioteka, pastatyti kultūros namai, lopšelis-darželis, palaikomojo gydymo ir slaugos ligoninė, ambulatorija, įkurtas automobilių servisas. Buvo rengiami gražiausios sodybos, puošniausio darželio konkursai, etnografinių valgių, siuvinių parodos. 1986 m. Saulės mūšio 750-ųjų metinių proga pasodintas Saulės ąžuolynas.