Leikmenn liðsins létu þetta ekki á sig fá og komu sterkir til baka sumarið 2002 og sigruðu deildina aftur, eftir að hafa verið í öðru sæti að loknum 17 umferðum, en Fylkir missteig sig í lokaumferðinni gegn ÍA og komst KR upp fyrir þá með sigri á Þór, sem að féll það ár. Fylkismenn þurftu aftur að sætta sig við það að missa af Íslandsmeistaratitlinum í síðustu umferð. Ekki lét knattspyrnudeild Knattspyrnufélags Reykjavíkur þetta nægja og sigraði liðið deildina í 24. skipti árið 2003. Á árunum sem fylgdu stóð meistaraflokkur karla ekki undir væntingum og lenti í 6. sæti 2004 og 2005. Liðið lenti þó í öðru sæti í bikar og deild árið 2006 og var tilefni til að vona það besta fyrir tímabilið 2007. En liðið lenti í 8. sæti eftir að hafa setið lengi vel í neðsta sæti deildarinnar. Tímabilið 2007 var mikil vonbrigði fyrir alla KR-inga. Teitur Þórðarson var rekinn á miðju tímabili og við tók Logi Ólafsson. Honum tókst að bjarga liðinu fyrir horn, en þó ekki fyrr en í lokaumferðinni. Miklar hrókeringar urðu í leikmannahópi KR fyrir tímabilið 2008, en 11 leikmenn fóru frá félaginu, margir hverjir á síðasta spretti ferilsins, og 6 nýir leikmenn fengnir.