Itsenäisyypuolue boikotoi vuosien 1999 ja 2004 europarlamenttivaaleja. Marraskuussa 2008 puolue piti Tampereella ylimääräisen puoluekokouksen, jossa se päätti osallistua kesän 2009 eurovaaleihin. Osa puolueesta vastusti päätöstä ja vaati sen perumista uudessa ylimääräisessä kokouksessa. Puoluejohdon mielestä aloitteen takana ei kuitenkaan ollut vaadittua 10 prosenttia jäsenistöstä. Selkkauksen seurauksena puolueesta erkani nivalalaisen Erkki Surakan johtama ryhmä, joka järjestäytyi syksyllä 2009 nimellä Suomalainen Puolue ja pyrki puoluerekisteriin. Uuden puolueen varapuheenjohtajaksi nousi Itsenäisyyspuolueessa aiemmin vastaavaa tehtävää hoitanut Jaakko Jukkola. Suomalaiseen Puolueeseen siirtyivät myös IPU:n entinen puoluesihteeri Risto Kangas sekä taloudenhoitaja Mikko Lahtiluoma.