در حالی که موضع انگلستان در حمایت از استقلال بحرین با استقبال کشورهای عربی مواجه شده بود، دولت شوروی اعلان حاکمیت ایران بر بحرین را مورد تأیید رسمی قرار داد. در سال ۱۹۶۸ با تصمیم انگلیسی‌ها به خروج نیروهای خود از منطقه شرق سوئز و خلیج فارس بحث بر سر وضعیت بحرین دوباره به اوج رسید. پیشنهاد انگلیسی‌ها تشکیل فدراسیونی از قطر و بحرین و هفت امیرنشین حاشیه خلیج فارس بود که با مخالفت شدید ایران روبرو شد. در ۴ ژانویه ۱۹۶۹ شاه ایران در نشستی خبری در دهلی نو موضع معتدل‌تری اتخاذ کرده و از حق اهالی بومی برای تعیین سرنوشت خود از طریق یک همه‌پرسی سخن گفت؛ «... چنانچه مردم بحرین علاقه‌مند به الحاق به کشور من نباشند، ایران ادعای ارضی خود را نسبت به این جزیره پس خواهد گرفت…»، اما شیخ عیسی حاکم بحرین که می‌ترسید چنین رفراندومی باعث ایجاد دشمنی و تنش بین ایرانی‌ها و اعراب منطقه شود پیشنهاد شاه را رد کرده و پاسخ تهدیدآمیزی را از شاه دریافت کرد که در آن آمده بود ایران نه تنها استقلال بحرین را به رسمیت نمی‌شناسد بلکه در صورت عضویت آن در سازمان ملل از این سازمان خارج خواهد شد.پس از چندین ماه مذاکرات محرمانه ایران در ۹ مارس ۱۹۷۰ (اسفند ۱۳۴۹) با درخواست از دبیرکل سازمان ملل برای اعمال مساعی جمیله به منظور تشخیص خواست واقعی مردم بحرین پیشقدم شد. ایران اعلام کرده بود نظر نمایندگان سازمان ملل را در صورتی که با تأیید شورای امنیت سازمان ملل همراه باشد خواهد پذیرفت. بریتانیا نیز از پیشنهاد استقبال کرده و اوتانت دبیرکل سازمان ملل هیئتی را به ریاست ویتوریا گیچاردی را مأمور انجام این کار کرد. هیئت سازمان ملل ادعا کرد که پس از گفتگو با طیف گسترده‌ای از مقامات مذهبی و مدنی و مردم عادی اعلام کرد که تقریباً تمام مردم بحرین خواهان یک حکومت کاملاً مستقل هستند و اکثریت بزرگی از آن‌ها آن را یک کشور عربی می‌دانند. این تصمیم در شورای امنیت تأیید شده و بحرین استقلال خود را در ۱۴ اوت ۱۹۷۱ اعلام کرد و ایران نیز اولین کشوری بود که آن را به رسمیت شناخت.در بحرین، برای نظرخواهی از مردم برای استقلال به جای همه‌پرسی تنها به یک نظرسنجی بسنده شد.حسنین هیکل (محمد هیکل) می‌گوید: