2009年1月21日，民主進步黨第13屆第五次中執會正式通過由賴代表參選2009年台南市長選舉。俄而逢大臺南市縣合併，改制為直轄市一案通過，於民主進步黨「臺南市長黨內民意調查」順利出線，確定代表該黨出征2010年改制後大臺南市長選舉，賴清德旋即宣布投入第一屆臺南直轄市長黨內初選。