50000계의 지상 운용에 덧붙여 도쿄 메트로 유라쿠초 선과 후쿠토신 선 전구간, 도쿄 급행 전철 도요코 선·요코하마 고속철도 미나토미라이 선 전구간으로도 직결 운행된다. 도쿄 급행 전철 도요코 선·요코하마 고속철도 미나토미라이 선에서는 각정 이외의 종별로 운용된다. 기본적으로 9000계·9050계와 운용 구분은 없다.