കണാരന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ നടന്ന നാദാപുരത്തെ മക്കൾ സമരവും നരിപ്പററയിലെ വീനീത കോട്ടായിയുടെ സമരവും വിവാദമുയർത്തിയിരുന്നു. 1994ൽ ആരംഭിച്ച മക്കൾ സമരത്തിൽ വിവിധ കേസുകളിൽ പ്രതിയായിരുന്നു അദ്ദേഹം.