Como en todas as especies de crocodilos, a femia mostra un salientable nivel de coidados maternais para un réptil. Escava os niños despois da incubación en resposta ás chamadas de ""píos"" que realizan as crías listas para saír, e incluso axuda con delicadeza coa súa boca a que os ovos eclosionen. A femia leva as crías á auga na súa boca e permanece xunta as crías durante varios meses. Malia a súa dilixencia, as perdas de bebés crocodilos son altas debido a diversos depredadores e a crocodilos non emparentados da súa propia especie. Só aproximadamente o 1% das crías sobreviven ata adultos. Para os estándares dos crocodilianos, as crías do crocodilo de auga salgada son excepcionalmente agresivas entre si e a miúdo loitan entre elas case inmediatemtne despois de seren transportadas á auga pola súa nai. Os xoves empezan a dispersarse pasados uns 8 meses, e comezan a mostrar un comportamento territorial arredor dos 2,5 anos de idade. Son os máis territoriais dos crocodilos existentes e, debido á súa agresividade conespecífica, desde o estadio inmaduro disperso en adiante, nunca se ven en concentracións ou grupos soltos como a maioría dos outros crocodilos. Porén, incluso as femias non chegan á madurez sexual completa ata pasados 10 anos. Os crocodilos de auga salgada que sobreviven ata adultos poden acadar unha duración da vida moi longa, estimada en 70 anos, e crese que algúns individuos posiblemente exceden os 100 anos, aínda que non se verificaron idades tan extremas en ningún crocodiliano. Aínda que os adultos teñen poucos depredadores, os bebés desta especie poden ser presas dos varanos monitor (só ocasionalmente polos Varanus giganteus australianos ou o Varanus salvator asiáticos), peixes predadores (especialmente o barramundi -Lates calcarifer-), porcos bravos, ratas, varias aves acuáticas e rapaces (por exemplo, as aguias Haliaeetus leucogaster ou mesmo as cegoñas Ephippiorhynchus asiaticus), pitóns, grandes crocodilos e moitos outros predadores. Os porcos e as vacas, cando se encontran en gran número, ocasionalmente tamén poden pisar inadvertidamente os ovos e niños e degradan o hábitat. Os xuvenís poden tamén ser presa de tigres e leopardos (Panthera pardus) en certas partes de Asia, aínda que os encontros con estes predadores son raros e os felinos xeralmente evitan as áreas con crocodilos de auga salgada.