1640-cı ilin martında yenidən Anadolu başqazısı və 1641-ci ilin avqustunda Rumeli başqazısı təyin olundu. 1644-cü ilin may ayında təqaüdə çıxarıldı. Ancaq təqaüdə çıxdığı illərdə baş verən bir hadisə Əhməd Əfəndini şeyxülislamlığa qədər yüksəltdi. Belə ki, hansısa məclisdə Anadolu başqazısının ondan daha yuxarı başda oturmağına əsəbləşən Əhməd Əfəndi əvvəlcə sədrəzəm Sultanzadə Mehmed Paşaya 70 kisə qızıl, Silahdar Yusif Paşaya isə 30 kisə rüşvət verərək şeyxülislam olmağı istəmiş, nəhayət 16 yanvar 1646 tarixində şeyxülislamlığa gətirilmişdir. Ancaq bu vəzifədə çox qalmamış, 1 il 3 ay sonra - 25 aprel 1647-ci ildə vəfat etmişdir.