Dabā ir sastopami seši hafnija izotopi: 180Hf (35,08% no kopējā hafnija daudzuma), 178Hf (27,28%), 177Hf (18,60%), 179Hf (13,62%), 176Hf (5,26%) un nestabilais 174Hf (0,16%). Mākslīgi ir iegūti vēl 31 radioizotops, kuru masas skaitlis ir no 153 līdz 189.