پامیری‌ها عمدتاً پیرو شاخه نزاری مذهب اسماعیلی و پیرو آقاخان هستند. بنیاد آقاخان مهمترین سازمان مردم‌نهاد در کوهستان بدخشان است. همچنین اقلیتی از پامیری‌ها پیرو مذهب سنی اند.