天啟三年，以東林黨人趙南星考京官績效。南星性耿直，在職有非違者多加廢黜。尋加南星吏部尚書。時司禮監魏忠賢擅權，南星嘗直犯其言，由是嫌隙乃生。東林勢既盛，高攀龍、楊漣、左光鬥在等在朝，群小切齒而欲除之。天啟四年，東林黨楊漣上魏閹二十四大罪狀疏，忠賢震怒。趙南星請休，詔不許。尋奏南星十大罪，復奏其東林顧憲成、孫丕揚諸人，并貶抑之。天啟五年，閹黨興汪文言獄，七月，執楊漣、左光斗、魏大中下錦衣衛鎮撫司，俱用全刑，腦為釘鎖所貫，死狀慘異。冬十二月，作東林黨人榜，海行天下。南星亦被誣陷，賴親故相濟，得出戍代州。子清衡戍莊浪、外孫王鐘龐戍永昌。自是，東林君子在朝者咸遭罷職，顧憲成等歸籍講學。閹黨於朝堂之上，勢極盛。