Thàinig na Muslamaich à Afraga a Tuath ann an 711. Chuir iad còig linn seachad ann an Jaén. 'S e baile mòr cudromach a bh' ann Jaén fo na Muslamaich agus thogadh iad lùchairtean, tùir, mùirean, mosgaichean agus taighean-ionnlaid. 'S e prìomh-bhaile na Rìoghachd Dijaryan a bh'anns a' bhaile an dèidh do Rìgh Abdelazib ga cheannsachadh anns an 10mh linn. Thug na Almoravidich làmh an uachdair anns an 1091 agus chaill e gu na h-Almohadaich ann an 1148. Thug am baile cliù airson deagh àiteachais agus coilltearachd rè linntean nan Muslamach agus bha e ainmeil cuideachd airson às-mhalairt stuthan ann am fiodh agus brat-ùrlair, gan reiceadh air feadh Al-Andalus (Spàinn nan Arabach) agus thall thairis ann an Afraga a Tuath. Ann an 1212 bhuannaich na Crìostaidh Blàr Navas de Tolosa agus le sin fhuair iad smachd air an Guadalquivir. Beagan bhliadhna an dèidh sin, ann an 1246 cheannsaich Rìgh Fernando III am baile, tro aonta leis an Rìgh Muhammad Alhamar. Dh'fheuch na h-Arabaich Nasridich, à Granada, ris a' bhaile a thoirt a-mach às na Crìostaidh ann an 1300, ach b' urrainn dhuibh sin a dhèanamh. Thog na Crìostaidh caistealan air feadh na sgìre, is am baile fo bhuaidh na Spàinne a-chaoidh, gus an latha an-diugh. Chuireadh ainm a’ bhaile air an roinn nuair a chaidh a stèidheachadh ann an 1833.