बीमारी के प्रारंभिक चरण में अतिरिक्त समस्याएं हो सकती हैं। इनके लिए विशेष उपचार की आवश्यकता हो सकती है, तथा कभी-कभी ये गंभीर बीमारी का संकेत अथवा बदतर रोगों का पूर्वानुमान हो सकती हैं। यह संक्रमण सेप्सिस को ट्रिगर कर सकता है, जो कि घटते हुए रक्तचाप का एक सिस्टमिक इन्फ्लैमैटरी रेस्पोंस सिंड्रोम है, तीव्र ह्रदय गति, उच्च या असामान्य रूप से कम तापमान, तथा उच्च श्वांसदर. विशिष्टतः परन्तु मेनिन्गोकोकल मेनिन्जाइटिस में अनिवार्यतः नहीं, रक्तचाप अति निम्न हो सकता है; इसके कारण अन्य अंगों को रक्त की आपूर्ति अपर्याप्त रूप से हो सकती है। डेसिमिनेटेद इंट्रावास्कुलर कॉगुलेशन, जो कि रक्त के थक्के बनने का अत्यधिक सक्रियण हैं, अंगों के लिए रक्त के बहाव में बाधा डाल कर विरोधाभासी रूप से रक्तस्राव के खतरे को बढ़ा देता है। मेनिन्गोकोकल व्याधि में हाथ-पैरों का गैंगरीन हो सकता है। गंभीर मेनिन्गोकोकल तथा न्यूमोकोकल संक्रमण के परिणामस्वरूप एड्रीनल ग्रंथियों में हैमरेज (रक्तस्राव) हो सकता है, जिसके कारण वाटरहाउस-फ्रेडरिक्सन सिंड्रोम हो सकता है जो कि अधिकांशतः घातक होता है।