Chuột nhảy hai chân có họ hàng gần gũi với các loài chuột nhảy hai chân nhỏ, thuộc chi Chuột nhảy hai chân nhỏ (Microdipodops). Cả hai chi này đều là thành viên của Phân họ Chuột nhảy hai chân (Dipodomyinae).