Па заканчэньні Сабору камісія працягнула сваю дзейнасьць. 3 студзеня 1966 году Папа Павал VI зацьвердзіў Сакратарыят па спрыяньні еднасьці хрысьціянаў як сталую дыкастэрыю ў Рымскай курыі. Апостальскай канстытуцыяй «Pastor Bonus» ад 28 чэрвеня 1988 году Папа Рымскі Ян Павал II узьняў гэтую камісію ў ранг Папскай Рады.