ऐसा लगता है कि महामारी मस्तिष्क ज्वर तुलनात्मक रूप से एक नया तथ्य है। पहला प्रमुख प्रकोप जो दर्ज किया गया था वह 1805 में जेनेवा में था। यूरोप तथा यूनाइटेड स्टेट्स में इसके तुरंत बाद कई अन्य महामारियां बतायी गयीं और अफ्रीका में किसी महामारी की पहली रिपोर्ट 1840 में जारी हुयी। अफ्रीकी महामारी 20वीं शताब्दी में अधिक आम हो गयी, जिसमें 1905-08 में नाइजीरिया और घाना में फैली महामारी से शुरुआत हुयी।