Manninen liittyi 18. tammikuuta 1919 Viron vapaaehtoiseen apuretkikuntaan ja toimi aluksi Pohjan Poikain rykmentin II pataljoonan adjutanttina sekä 6. helmikuuta 1919 alkaen edellä mainitun pataljoonan 6. komppanian päällikkönä. Tehtävän hän kumminkin luovutti jo 11. helmikuuta 1919 jääkärivänrikki Johan Sainiolle. Hän otti osaa Viron vapaussodan taisteluihin Valkissa ja Marienburgissa. Hän erosi Viron armeijasta 10. maaliskuuta 1919 keltataudin heikentämänä. Virosta palattuaan hän omistautui niin sanotulle ""jätkäelämälle"" lapin kairoilla, mikä innoitti häntä myöhemmin tarttumaan kynään.