Pēc Latvijas neatkarības atgūšanas atgriezās Latvijā un uzsāka darbu Aizsardzības spēku Jūras spēku pārvaldē. 1993. gadā Ingus Vizulis atgriezās aktīvajā militārajā dienestā un turpināja dienestu Jūras spēku pārvaldes virsnieka, vēlāk vecākā virsnieka amatā. 1995. gadā tika iecelts Jūras spēku Centrālā rajona komandiera amatā, vadot Jūras spēku uzdevumu izpildi Rīgas jūras līcī, kā arī no Krievijas Federācijas bruņotajiem spēkiem pārņemtās Daugavgrīvas bāzes uzraudzību un apsaimniekošanu. 1999. gadā viņš turpināja dienestu Jūras spēku štābā sākotnēji Operatīvās daļas priekšnieka amatā, vēlāk – štāba priekšnieka amatā.