芝加哥大学的前身是由美国浸信会建立的老芝加哥大学。该校在1886年由于财政问题而倒闭。1890年，在石油大王約翰·戴維森·洛克斐勒的慷慨捐助后，该校在20世纪初成為世界級的一流私立大學。这次捐款也被洛克菲勒本人称为“最明智的一次投资”。1891年7月1日，威廉·哈珀成为该校首任校长。1892年10月1日，芝加哥大学正式开课。芝加哥大学最初建立的学院有：商学院（1898年），法学院（1902年）和东方研究所等。