फफूंद जनित मस्तिष्क ज्वर के लिये बहुत सारे जोखिम कारक हैं जिनमें इम्युनोसप्रेसेन्ट (जैसे अंग प्रत्यारोपण के बाद) का उपयोग, HIV/AIDS और उम्र बढ़ने के साथ प्रतिरक्षा की हानि शामिल है। यह सामान्य प्रतिरक्षा तंत्र वाले लोगों में असमान्य है लेकिन यह दवा संदूषण के कारण होता है।लक्षण आम तौर पर धीरे-धीरे उभरते हैं, जिसमें निदान के पहले सरदर्द और बुखार कम से कम कुछ सप्ताह तक बना रहता है। सबसे आम फफूंद जनित मस्तिष्क ज्वर क्रिप्टोकॉकल मस्तिष्क ज्वर है जो क्रिप्टोकॉकस नियोफॉर्मान्स के कारण होता है। अफ्रीका में क्रिप्टोकॉकल मस्तिष्क ज्वर सबसे आम मस्तिष्क ज्वर कारक है और यह अफ्रीका में एड्स संबंधी मौतों का 20–25% तक कारण होता है। दूसरे आम फफूंद कारक एजेंटों में हिस्टोप्लास्मा कैप्स्यूलेटम, कॉक्सिडिओआइड इमिटस, ब्लास्टोमाइसेस डरमेटिटिडिस और कैन्डिडा जातियां शामिल है।