იოანე კანტაკუზენი დაიბადა კონსტანტინოპოლში 1292 წელს. ის იყო მიხეილ კანტაკუზენის, მორეის მმართველის, ვაჟი. დედის, თეოდორა ანგელინა პალეოლოგოსის ხაზით ის წარმოადგენდა ბიზანტიის მმართველი დინასტიის შთამომავალს. მას თავისი ცოლი ეირენე ასანინაც აკავშირებდა იმპერიულ დინასტიასთან, რომელიც ნაწილობრივ როგორც პალეოლოგოსების, ასევე კომნენოსებისა და დუკების დინასტიათა შთამომავალიც იყო. იოანე იმპერატორ ანდრონიკე III-ს ახლო მეგობარი და ერთ-ერთი ძირითადი მხარდამჭერი იყო ბაბუამისის, ანდრონიკე II-ს წინააღმდეგ ჭიდილში. როდესაც 1328 წელს ანდრონიკე III-მ იმპერატორის თანამდებობა დაიკავა, მან იოანეს მიანდო უზენაესი საქმეთა მმართველის თანამდებობა.