Οι νικητές του Κυπέλλου Ιντερτότο 2003 ήταν οι ΦΚ Σάλκε 04, Βιγιαρρεάλ ΚΦ και Περούτζια Κάλτσιο. Και οι 3 ομάδες προκρίθηκαν στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ 2003-04.