چند نفر وی و نمایندهٔ رهبر در استان را هنگام وضوگرفتن در حیاط خانه‌اش به رگبار بستند. آسیبی به کسی نرسید؛ اما زنجانی با وجود حمایت‌های امام‌خمینی مجبور به ترک شهر و مهاجرت دوباره به مشهد شد. بعدها آیت‌الله زنجانی ترورکنندگان خود را بخشید و آن‌ها آزاد شدند. این ترور از طرف عناصر وابسته به روحانیون مخالف با مهندس مهدی بازرگان سازمان‌دهی شده بود. شخص ترورکنندهٔ ایشان اقدام به شکستن قفل کمد ابوالفضل نوری (از فرماندهان شهید در جنگ ایران و عراق) در سپاه و برداشتن سلاح سازمانی بدون اجازهٔ او کرده بود که این حرکت غیرقانونی ناخواسته شائبه ترور تیمی را در اذهان متبلور کرد. ابوالفضل نوری از دانشجویان متفکر و آگاه زمان خود بود و علاقه‌مند به شخصیت آیت‌الله طباطبایی و مرتضی مطهری و آیت‌الله زنجانی بود.تروریست با اعمال نفوذ برخی نهادها با دسته‌گل از زندان آزاد شد و بعدها به مدیرکلی صدا و سیمای زنجان رسید.سید محمد حسینی زنجانی ماجرای ترور پدرش را چنین نقل می‌کند: