12. dynastian aikaan auringonjumala Ra-Horakhtyä alettiin kuvata pelkistettynä auringonkehränä. Ennen Amenhotep III:n hallituskautta Aton pysyi kuitenkin melko merkityksettömänä Heliopoliin paikallisjumalana. Akhenatenin noustua valtaan hän kielsi kaikkien muiden jumalten palvelemisen ja nosti Atonin ylimmäksi jumalaksi. Akhenatenin uskonto saattoi kuitenkin olla monolatrinen ennemmin kuin monoteistinen, sillä mikään lähde ei osoita hänen pitäneen Atonia ainoana jumalana. Muutokset kohtasivat suurta vastustusta ja siellä, missä vanhojen jumalten kannatus oli vahvaa, Atonia palvottiinkin korkeintaan nimellisesti. Erityisesti Amonin pappien hallussa ollut Theba vastusti Atoniin siirtymistä. Osittain tästä syystä Akhenaten rakennutti pääkaupungikseen Akhetatenin, ”Atonin horisontin”, josta tuli myös Atonin kulttikeskus.