Como a maioría dos crocodilos, os de auga salgada non son moi esixentes coa comida, e facilmente poden variar a súa selección de presas segundo a dispoñibilidade, nin son tampouco voraces, xa que poden sobrevivir con relativamente pouca comida durante un prolongado período. Debido ao seu tamaño e distribución, capturan a maior variedade de presas de todos os crocodilianos existentes. A dieta das crías, xuvenís e subadultos foi máis estudada que a dos completamente adultos, en gran parte pola agresividade, territorialidade e gran tamaño dos adultos, que fai difícil que os biólogos os manexen sen correr riscos significativos, tanto para os humanos coma para os propios crocodilos; o principal método utilizado para capturar adultos é un longo pau con grandes ganchos como os utilizados para a captura de tiburóns, que inmobiliza as mandíbulas do animal pero que pode causarlles dano nos fociños e non é seguro que permita capturar crocodilos que pasan de 4 m. Aínda que estudos feitos no século XX catalogaron rigorosamente os contidos estomacais de adultos ""sacrificados"" do crocodilo do Nilo en África, fixéronse poucos estudos sobre os crocodilos de auga salgada a pesar da gran cantidade deles que foron matados para obter as súas peles durante ese período. Por tanto, a dieta coñecida dos adultos moitas veces está baseada só en testemuños visuais fiables. As crías só poden comer pequenos animais, como pequenos peixes, ras, insectos e pequenos invertebrados acuáticos. Ademais destas presas, os xuvenís comen tamén diversos peixes de auga doce e salgada, anfibios, crustáceos, moluscos, como grandes gasterópodos e cefalópodos, aves, mamíferos de tamaño pequeno ou medio e outros réptiles, como serpes e lagartos. Cando os crocodilos medran ata máis de 1,2 m, a importancia na súa alimentación dos pequenos invertebrados vaise facendo menor en favor de pequenos vertebrados como peixes e pequenos mamíferos e aves. Canto máis medra o animal, maior é a variedade da súa dieta, pero durante toda a súa vida seguen comendo tamén presas relativamente pequenas.