Bonner Countys totale areal er 4 972 km² hvorav 471 km² er vann. I 2005 hadde fylket 40 908 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Sandpoint som også er fylkets største by. Fylket ble grunnlagt i 1907 og har fått sitt navn etter ferjeoperatør Edwin L. Bonner.