Jawa Timur memiliki sejumlah pelabuhan penyeberangan, nang antaranya Ujung-Kamal (menghubungkan Surabaya dengan Pulau Madura) lan Pelabuhan Ketapang (menghubungan Banyuwangi dengan Gilimanuk, Bali), Pelabuhan Kalianget (menghubungkan Madura dengan kepulauan), serta Pelabuhan Jangkar nang Situbondo.