Kui Vabadussõda oli võidetud, asus Salza uuesti Eesti Merejõudude Staabi ülemaks. Merejõudude Staabi ülem oli Salza 1920–1925, sellel ametikohal tõusis ta mereväekapteniks (1922). Juba 1923. aastast peale täitis Hermann Salza lühiajaliselt Merejõudude juhataja kohuseid, kuna Johannes Hermi (Merejõudude juhataja 1919–1925) tervis halvenes kiiresti.