Hanggang sa ngayon, nananatiling mahiwaga ang kasaysayan ng Kabisayaan bago dumating ang mga Kastila. Maraming mga alamat at mga kuwento tungkol sa kasaysayan ng Kabisayaan subalit maraming hindi sang-ayon kung may katotohanan ang mga ito. Ang mga sinaunang mga tao sa rehiyon ng Kabisayaan ay mga Austronesyo at Negrito na dumayo sa kapuluan tinatayang 6,000 hanggang 30,000 taon ang nakalilipas. Ang mga unang nanirahan ay mga tribong animista. Noong ika-12 dantaon, ang mga mamamayan ng dating emperyo ng Srivijaya, Majapahit at Brunei, na pinamunuan ni Datu Puti at ang kanyang mga katribo, ay naglakbay at nanirahan sa pulo ng Panay at sa mga pulong nakapalibot dito. Noong ika-14 na dantaon, Ang mga mangangalakal na Arabe at ang kanilang mga tagasunod ay nangahas na dinayo ang mga karagatan sa Timog Silangang Asya, at hinikayat ang mga tribong pangkat sa Islam.