ב-15 בנובמבר 1984 מונה שויבלה לשר לעניינים מיוחדים, תפקיד של שר בממשל הפדרלי אשר אינו אחראי לתיק מסוים. בנוסף, מונה למשרת ראש לשכת הקאנצלר, הלמוט קוהל. בתפקיד זה הוא הופקד על ההכנות לביקור הממלכתי הרשמי הראשון של אריך הונקר, יו""ר מועצת המדינה של גרמניה המזרחית ומנהיג הרפובליקה הדמוקרטית הגרמנית, בשנת 1987. כתוצאה של חילופי גברי בקבינט של גרמניה המזרחית, התמנה שויבלה למשרת שר הפנים ב-21 באפריל 1989. בתפקידו זה הוא גם הוביל את המשא ומתן מטעמה של גרמניה המזרחית לאיחוד עם גרמניה המערבית ב-1990. שויבלה וגונתר קראוס, מזכיר הממשלה של גרמניה המזרחית, חתמו על אמנת האיחוד ב-31 באוגוסט 1990.