Det renner også mange elver gjennom landet, de lengste av Estlands elver er Võhandu (162 km), Pärnu (144 km) og Põltsamaa (135 km). Estland har også mange myrområder, våtemarker og marskland særlig i den vestlige delen av fastlandet mot Østersjøen omkring Haapsalu. Kystlinjen er 3 794 km lang med mange bukter, sund og viker. Tallet på øyer og holmer er estimert til omtrent 1 500, og de to største er Saaremaa og Hiiumaa, som begge er egne fylker.