כשהגיע לגיל 80 ביקש מהנהלת הישיבה להחליט, בטרם יעזוב את תפקיד ראש הישיבה, מי יהיו ראשי הישיבה הבאים. הוקמה ועדה שבחרה את הרב יעקב מדן והרב ברוך גיגי. הללו שימשו עמו יחדיו בשנתיים האחרונות לכהונתו. בסוף שנת תשס""ח פרש הרב עמיטל מראשות הישיבה, לאחר הידרדרות במצבו הבריאותי. לאחר פרישתו צורף הרב משה ליכטנשטיין, בנו של הרב אהרן ליכטנשטיין, כראש ישיבה רביעי. הרב עמיטל שימש גם כנשיא בית המדרש ""תאיר"".