Nuo seno čia stovėjo gyvenvietė, kuri, pasak legendų, buvo įkurta Tamerlano (Timūro), todėl vadinosi Temir Chan Šura (Темир-Хан-Шура). 1832 m. čia įkurta tokio pat pavadinimo rusų tvirtovė. 1866 m. tapo miestu ir Dagestano srities centru. Vystyta įvairi pramonė, amatai, veikė 2 cerkvės, katalikų, armėnų bažnyčios, 2 sinagogos, 2 mečetės. Temir Chan Šura 1918 m. tapo trumpai gyvavusios Šiaurės Kaukazo kalnų respublikos sostine. 1920 m. kraštą užėmė bolševikai, o 1922 m. miestas pavadintas Buinaksku kumykų komunisto Ulubijaus Buinakskio garbei.