Hệ thống hang đào của chuột nhảy hai chân khá phức tạp. Các hang đào đều có nhiều loại ""phòng"" riêng biệt với công năng riêng cho mỗi phòng, tỉ như phòng ngủ, phòng sinh hoạt và nơi dự trữ thức ăn. Phòng rộng hay hẹp tùy vào số cá thể trong hang cũng như số lượng thức ăn. Chuột nhảy hai chân cũng có thể sống theo từng bầy với số hang đào của mỗi bầy dao động từ 6 đến vài trăm cái. Hang đào đóng vai trò quan trọng trong đời sống của chuột nhảy hai chân vì chúng cung cấp một nơi nơi trú ẩn an toàn trước điều kiện hoang mạc không mấy dễ chịu. Nhằm duy trì nhiệt độ và độ ẩm thích hợp trong hang, vào ban ngày các cửa hang đều được bịt kín bằng đất. Khi nhiệt độ bên ngoài quá cao, chuột nhảy hai chân ở lì trong cái hang mát mẻ, dễ chịu suốt cả ngày và chỉ rời hang vào ban đêm. Nhằm duy trì độ ẩm cao, khi ngủ chuột nhảy hai chân che phủ mũi của chúng bằng bộ lông để tích trữ hơi nước sản sinh ra trong quá trình hô hấp. Hang đảo của chuột nhảy hai chân Merriam tỏ ra đơn giản hơn và nông hơn so với chuột nhảy hai chân đuôi cờ. Chuột nhảy hai chân đuôi cờ, trái với đồng hương Merriam, cũng thực hiện hành vi giao phối trong hang.