เมื่อกำแพงเบอร์ลินพังทลายลง มีนักสิทธิมนุษยชนเดินขบวนประท้วงมายังอาคารของ KGB ในเบอร์ลิน ปูตินได้เผาทำลายเอกสารของ KGB และยื่นขอคำสั่งเร่งด่วนไปยังผู้บังคับบัญชาในกรุงมอสโก ซึ่งเขาก็ได้กล่าวถึงเหตุการณ์ในตอนนั้นว่า ""มอสโกได้แต่เงียบ"" เมื่อรัฐบาลเยอรมนีตะวันออกล่มสลาย ปูตินก็ถูกเรียกตัวกลับไปอยู่ที่เลนินกราดในสหภาพโซเวียต ที่ซึ่งในปี 1991 เขาได้คั่วตำแหน่งในภาควิชากิจการต่างประเทศของมหาวิทยาลัยเลนินกราด ตามบันทึกของรองอธิการบดี ยูรี มอลคานอฟ ด้วยตำแหน่งใหม่นี้ ปูติดคอยจับตามองเหล่านักศึกษาที่มีแววเพื่อเฟ้นหาคนเข้าสังกัด และในช่วงนี้เองที่เขาได้พบกับ อนาโตลี ซ็อบจัก ซึ่งเป็นอดีตอาจารย์ของเขาอีกครั้งซึ่งกำลังดำรงตำแหน่งนายกเทศมนตรีเลนินกราด