Si del Pilar ay unang nag-aral kay Maestro de la san jose at pagkatapos ay nagpatuloy sa paaralan ng mananagalong na si Pedro Serrano Laktaw. Nag-aral siya sa Ateneo Municipal de Manila noong 1880 at tumira sa bahay ng kanyang tiyo na si Deodato Arellano kung saan sinasabing itinatag ang Katipunan. Sa murang isipan ni del Pilar natimo ang mapanganib na mensahero ng mga propagandista. Noong Marso 1896, nagtapos siya sa Ateneo sa kursong Bachiller en Artes, binalak niyang magturo subalit sumiklab ang apoy.