11 ஆம் நூற்றாண்டில் ஃபயப் வரலாறு செங்கிஸ்கானின் மங்கோலியப் படையெடுப்பினால் மீண்டும் மாறியது. அவர் வட பகுதியில் இருந்து நகர்ந்து வந்தபோது, மேமனா உட்பட்ட நகரங்கள் அழிக்கப்பட்டன, மக்கள் படுகொலை செய்யப்பட்டனர், தானியங்கள், வயல்கள், கால்நடைகள் போன்றவை கொள்ளையிடப்பட்டன அல்லது தீக்கிரையாயின. மேலும் பழங்கால நீர்ப்பாசன அமைப்புகள் அழிக்கப்பட்டன. செங்கிஸ் கானின் வம்சாவளிகளின் கட்டுப்பாட்டுக்குள் ஆமூ தாரியா ஆற்றின் வடக்கே புகாரா அல்லது சமர்கண்ட் ஆகியவற்றை மாற்றுத் தலைநகரங்களாகக் கொண்டு ஆட்சி உருவானது. அவர்கள் மேலதிகாரிகளிடம் மியன்மாவிலும் மற்ற இடங்களிலும் உள்ளூர் பழங்குடித் தலைவர்களின் சுயாட்சிக்கு அனுமதித்தனர். இந்த மரபுகள் 19 ஆம் நூற்றாண்டின் இறுதி வரை நீடித்தன.