Εν τω μεταξύ ακολούθησε το μοναχικό σχήμα με το όνομα Θεοδόσιος, αργότερα όμως αποσχηματίστηκε. Όταν επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη εκφώνησε λόγο με την ευκαιρία της ενθρόνισης του νέου Πατριάρχη, στον οποίο όμως εξέφρασε αιρετικές θέσεις με αποτέλεσμα να καταδιωχθεί από το πλήθος και να καταλήξει στο σπίτι του άρχοντα Δημητρίου Ιουλιανού. Το 1640 επανεντάχθηκε στον κλήρο και χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Ναυπάκτου αλλά καθαιρέθηκε γρήγορα με αποτέλεσμα να αποσυρθεί στην Αθήνα, στην οποία συνέχισε να διδάσκει μέχρι το θάνατό του το 1645.