Os crocodilos de auga salgada aparéanse na estación das chuvias, cando os niveis da auga están máis altos. En Australia, o macho e a femia realizan un cortexo en setembro ou outubro, e a femia pon os ovos entre novembro e marzo. É posible que o aumento de temperaturas da estación húmida provoque o comportamento reprodutor nesta especie. Aínda que os crocodilianos aniñan cada ano, hai casos rexistrados de femias que aniñan un ano si e outro non e outros nos que a femia intenta producir dúas camadas nunha soa estación húmida. A femia selecciona o sitio de nidación, e ambos os pais defenden o territorio de nidación, o cal normalmente é un tramo de ribeira nun río mareal ou áreas de auga doce, especialmente pantanos. Os niños a miúdo están en lugares sorprendentemente expostos, como no barro con pouca ou ningunha vexetación arredor e así con protección limitada do sol e o vento. O niño é unha morea de barro e vexetación, xeralmente mide 175 cm de longo e 53 cm de alto, cunha entrada media de 160 cm de diámetro. Algúns niños apareceron en hábitats improbables, como entullos rochosos ou campos de herba baixa húmidos. O crocodilo femia xeralmente arrastra unha capa de follas e outros residuos arredor da entrada do niño e esta cuberta vexetal segundo se informou produce unha ""abraiante"" cantidade de calor para a incubación dos ovos. A femia pon normalmente de 40 a 60 ovos, pero algunhas postas chegan a 90. Os ovos miden como media 8 por 5&nnbsp;cm e pesan 113 g en Australia e 121 g na India. Son relativamente pequenos comparados co tamaño da femia que pesa cinco veces máis que o crocodilo de auga doce australiano, pero pon ovos que só son un 20% maiores e un 40% máis pesados que o desa especie de tamaño menor. O peso medio dunha cría recentemente eclosionada en Australia é de 69,4 g. Aínda que a femia vixía o niño durante de 80 a 98 días (en casos extremos desde 75 a 106 días), a perda de ovos é xeralmente alta debido a inundacións e ocasionalmente á predación. Como en todos os crocodilianos, o sexo das crías está determinado pola temperatura de incubación. A 28–30 °C todas as crías serán femias, a 30–32 °C o 86% serán machos, e a 33º ou máis son predominantemente femias (84%). En Australia, os Varanus giganteus comen habitualmente ovos de crocodilo de auga doce australiano (comendo ata o 95% das postas que descobre), pero é relativaemtne improbable que coman ovos de crocodilo de auga salgada debido á vixilancia da impoñente nai, e só se estima que perden un 25% dos ovos por causa destes varanos (menos da metade que os que perden os crocodilos do Nilo por causa do varano monitor en África). A maioría das perdas de ovos do crocodilo de auga salgada ocorren debido a que o burato do niño queda asolagado.