ストーリー構成は原典に沿っているが、「14.PHASE-15+ それぞれの孤独」で第1話・第2話を回想しているシーンでは、第1部「虚空の戦場」でのコールドオープン（ラスティの出撃シーン）やメビウスゼロとシグーの交戦シーン（リニアガン斬りをしない決着描写）を、「38.PHASE-40 暁の宇宙へ」のエンディングフィルムには、第2部「遥かなる暁」のものを採用したりしている。また、「36.PHASE-38 決意の砲火」からムウが搭乗するようになったストライクが全篇新規カットによるマルチプルアサルトストライカーを装備したパーフェクトストライクへと改定されたり、シホ・ハーネンフースが「39.PHASE-41 ゆれる世界」におけるカーペンタリア基地でのクルーゼ隊談話シーンに新規カットで描き足されており、初登場のタイミングが改定されたりもしている。