1906년(광무 9년) 귀국한 뒤 일본의 후원으로 특별히 채용되어 관리가 되었다. 그는 이토 히로부미와 하세가와 요시미치(長谷川好道) 등의 후원으로 이례적으로 출세하였다. 그는 주소지를 한성부 남서(南署) 죽동(竹洞) 62통 12호 1반으로 주소지를 옮기고 탁지부에 신고하였다. 당시 그가 신고한 주소지는 대한제국 관원이력에 등재되었다. 이후 1907년 그는 한성부 서서(西署) 서소문내 내천동(內泉洞)으로 주소지를 옮겼다가 다시 1910년 경성 서부 황화방(皇華坊) 서소문내계(西小門內契) 정동(貞洞) 11의 1번지로 다시 주소지를 옮겼다. 1906년 6월 그는 한때 '협잡으로 인해 면관되어 일시 경무청에 체포되었다'고 한다. 이때 선진위생정책에 해밝은 민원식을 눈여겨 본 내장원경 이명직 대감의 발탁으로 1906년(고종 9년) 7월 내부 서기(內部 書記)에 임명되었다가 같은 달 27일 탁지부 서무과 주사(度支部 庶務課 主事) 판임관7급(判任官七級)으로 승진했다. 8월 이토 히로부미(伊藤博文)의 후견으로 내부 위생과장에 발탁되고 9월 30일 군수로 전임된 이규삼(李圭三)의 후임으로 내부 참서관 주임관 4등으로 내정되었다.