Mange av Indias elver har sin opprinnelse i Himalaya. De to hovedvannsystemene her er Indus og Ganges-Brahmaputra-Meghna-systemet. Indus begynner i Tibet og går igjennom India før den når Pakistan og flyter ut i Arabiahavet nær Karachi. Viktige bielver på indisk side er Sutlej, Beas, Ravi, Chenab og Jhelum. Ganges' kilder er i elvene Bhagirathi og Alaknanda, mens viktige bielver er Yamuna, Ramganga, Ghaghra, Gandak, Kosi, Mahananda og Sone. Ganges går igjennom delstatene Uttarakhand, Uttar Pradesh, Bihar og Vest-Bengal før den går sammen med Padma, Jamuna, Brahmaputra m.fl. i Bangladesh og renner ut i Bengalbukta.Deccan-regionen er også opphav til mange indiske elver, og de fleste av disse renne østover og ut i Bengalbukta. Elver med opphav i Deccan og utløp i øst omfatter Godavari, Krishna, Cauvery og Mahanadi, mens Narmada og Tapti er de viktigste av de som når havet på vestkysten.En rekke av Indias vassdrag er utbygget. De største indiske damanleggene og kraftverkene omfatter Tehri-demningen, Subansiri-demningen, Koyna-demningen, Srisailam-demningen og Nathpa Jhakri vannkraftstasjon. India hadde totalt 4 300 demninger i 2003, som utgjorde 9 % av alle verdens demninger. Det er særlig elvene i sør som er regulert, og omstridte anlegg omfatter Tehri-demningen og Tipaimukh-demningen.I forhold til størrelsen har India relativt få og små innsjøer. Av de innsjøer som finnes er mange i Himalaya, og disse omfatter blant annet Dal, Wular, Nainital og Tso moriri. Av innsjøene lenger sør i landet kan nevnes Pulicat, Kolleru, Chilika, Lonar og Sambhar.