賴清德與國民黨主席吳敦義關係良好，上任閣揆後即拜會吳敦義。賴清德與馬英九關係也不差。賴清德接受《鏡週刊》專訪時提到他擔任台南市長時取消小型工程款和議員對槓，馬英九為此事送他「堅百忍以圖成」6個字勉勵。賴清德表示：「馬英九能當到台北市長、總統一定有他過人之處，令人肯定與支持的地方，不因為不同政黨就否定。」