Клімат субэкватарыяльны пасатны. Сярэдняя сутачная тэмпература вагаецца ад +25,3 °C да +30,27 °C. Сярэднегадавая колькасць ападкаў — каля 2540 мм. Аднак каля 75% ападкаў прыпадае на вільготны сезон, які цягнецца з сярэдзіны мая да сярэдзіны лістапада. Са снежня да мая адносна суха і ветрана. Кожныя 4 - 7 гадоў Кваджалейн трапляе ў зону дзеяння трапічных цыклонаў, што суправаджаюцца штармамі і ўраганамі.