O nome oficial do río débese ao seu descubridor europeo, Rodrigo de Bastidas, que con seus homes e barcos arribou a desembocadura das súas augas o 1 de abril de 1501, día no que se conmemora a María Magdalena. Bastidas, como outros exploradores hispanos, impúxolle ao lugar descuberto a denominación do santo do día. O nome completo foi ""Río Grande de la Magdalena"".