1999 m. pabaigoje buvo vėlgi perrašytas PHP3 varikliukas (pavadinimu Zend Engine) ir išleista nauja versija PHP4. Skirtumai tarp šių versijų yra tikrai dideli, kartu su pagrindiniu PHP branduoliu atsirado daugybė išplėtimų ir jie vis dar nenustojami tobulinti ir rašyti (Išplėtimų pvz.: gd, xslt, sockets, imap, daugelių DB support ir t. t.).