1995年，政府邀請地下鐵路公司同埋九廣鐵路公司提交計劃書，兩者都有提交。當中地鐵方案嘅優勢係客運段可以同嗰時起緊嘅機場鐵路嘅東涌綫整合，令列車可以直接來往新界西北及香港島。而九鐵方案嘅優勢，就係客運段可以配合九鐵經營嘅九廣輕鐵（家下輕鐵）作為接駁交通工具，加上喺貨運鐵路經營方面上已經有唔少經驗。