سید روح‌الله خمینی در دی‌ماه سال ۱۳۵۷ اقدام به تأسیس شورای انقلاب کرد که موسوی اردبیلی یکی از اعضای آن بود. وی عضویت خود در این شورا را تا انحلال آن در سال ۱۳۵۹ حفظ کرد. در ۳۰ بهمن ۱۳۵۷ وی به همراه برخی از همفکران خود جامعه روحانیت مبارز اقدام به تأسیس حزب جمهوری اسلامی نمودند.