原来，海军正为罗伯特·菲茨罗伊船长寻求一个伙伴，来开展对南美洲海岸的考察。亨斯洛认为，达尔文就是他们要寻找的人，他不仅是个年轻绅士，而且也具备基本的博物学素养。8月30日，这件事传到了罗伯特·达尔文医生的耳中，他表示坚决拒绝，几个姐妹也支持父亲。31日，沮丧的达尔文投奔了乔赛亚舅舅，结果得到了他们全家的支持。次日早晨他们给达尔文医生送去了回信，信里说博物学“非常适合牧师”，而且也是“见识世界”的机会。这一回，达尔文医生被说服了。查尔斯匆忙奔赴剑桥，然而菲茨罗伊却告知他那个位置已给了一个朋友，当他去不了时达尔文便是第一人选。失望的达尔文于9月5日去了伦敦，在海军部大楼会见了菲茨罗伊，后者告诉他航行要持续近3年，和航行中可能遇到的困难。查尔斯就在海军部附近住下，附近闲逛，9月11日在菲茨罗伊的带领下去看了他们的船。菲茨罗伊指导达尔文置办必须的物品，一方面劝他节约，另一方面又告诉他必须花60英镑购买枪械。达尔文一开始不愿意，但后来还是购买了背枪、手枪、望远镜和指南针。他回剑桥辞别了亨斯洛教授，亨斯洛送给他洪堡的《个人手札》，并推荐达尔文带上查尔斯·莱尔的《地质学原理》。9月底的时候他回到什鲁斯伯里，得知希尔牧师毁约，抛弃了范妮。在芒特庄园短暂歇脚后，他于10月2日回到伦敦，和风景画家奥古斯塔斯·厄尔呆在一块儿，他将为此次航行提供绘画记录。