У дачыненьні ўнутранай клясыфікацыі ўсе мовы, што абагульняюцца пад тэрмінам памірскія мовы, упэўнена разьмяркоўваюцца па чатырох галінах: шугнана-язгулямскай (шугнанская, язгулямская, сарыкольская мовы; у расейскамоўных крыніцах таксама вядомая як шугнана-рушанская), мунджанска-ідгаскай (мунджанская мова, мова ідга), сангліцка-ішкашымскай (ішкашымская мовы ды сангліцкая, якая часам лічыцца дыялектам ішкашымскай) і ваханскай (ваханская мова). Існуе таксама падзел памірскіх моваў на паўночныя й паўднёвыя, згодна зь якім разьмяркоўваюцца чатыры згаданыя галіны.