O crocodilo de auga salgada ten un fociño ancho comparado co da maioría dos crocodilos. Porén, o seu fociño é máis longo que o do Crocodylus palustris, e ten na base o dobre de anchura. Presenta menos placas acoirazadas no pescozo que outros crocodilos. Nesta espece, hai un par de cristas que van desde o ollo por todo o centro do fociño. As escamas son de forma oval e os escudos son menores comparados con outras especies ou máis comunmente están de todo ausentes. Ademais, hai un nítido espazo entre os escudos cervical e dorsal, e hai escudos triangulars pequenos entre as beiras posteriores dos escudos grandes dispostos transversalmente na coiraza dorsal. A relativa falta de escudos considérase unha característica útil para distinguirmos os crocodilos de auga salgada en catividade ou no tráfico de peles ilícito, e tamén nas poucas áreas no campo onde pode ser necesario distinguir a individuos desta especie subadultos ou máis novos doutros crocodilos. O corpo ancho dos crocodilos de auga salgada adultos contrasta co da maioría dos outros crocodilos delgados, o que levou a incorrectas interpretacións iniciais da especie pensando que era un tipo de aligátor. A cabeza é moi grande. O cranio máis grande cientificamente comprobado desta especie está no Muséum national d'Histoire naturelle de Francia e procedía de Cambodja, e tiña unha lonxitude de 76 cm (os cranios de femias que chegan a 45 cm son excepcionais), cunha anchura cranial máxima preto da base de 48 cm. A lonxitude total do corpo deste espécime estímase que era duns 7 m. Aínda que o crocodilo de auga salgada é en conxunto a especie de crocodiliano e de réptil máis grande viva, outros crocodilianos poden ter un cranio proporcionalmente máis longo (e ás veces en cifras absolutas), como o gavial (Gavialis gangeticus) e o falso gavial (Tomistoma schlegelii); nesta última especie medíronse cranios de 84%nbsp;cm (o maior cranio medido dun crocodiliano vivo), aínda que ambas as especies teñen cranios máis delgados e menos masivos e corpos moito menos masivos que os do crocodilo de auga salgada. Os dentes son tamén longos, e o máis longo é o cuarto dente dianteiro da mandíbula inferior, que chega a medir 9 cm de lonxitude. Se se separa a cabeza do corpo nun macho grande, esta pode pesar uns 200 kg, incluíndo os grandes músculos e tendóns da base do cranio que lle proporcionan ao animal unha enorme forza de trabada.