เนื่องจากมิดทาวน์ทาวเวอร์เป็นอาคารอเนกประสงค์ แต่ละชั้นจึงใช้ประโยชน์แตกต่างกัน ชั้น 4 ทั้งชั้นแบ่งเป็นห้องประชุมหลายห้อง ชั้น 5 เป็นที่ตั้งของ Tokyo Midtown Design Hub ซึ่งเป็นห้องแสดงผลงานและพื้นที่จัดนิทรรศการ ประชุมร่วมมือ และอภิปรายของนักออกแบบ ชั้น 6 เป็นที่ตั้งของศูนย์การแพทย์โตเกียวมิดทาวน์ ซึ่งเป็นสถานประกอบการแพทย์แห่งแรกในญี่ปุ่นที่ร่วมมือกับมหาวิทยาลัยจอนส์ฮอปกินส์ ชั้น 7-44 จัดไว้เป็นพื้นที่สำนักงานธุรกิจและเป็นที่ตั้งสำนักงานของบริษัทต่างๆ เช่น Yahoo! Japan และ Cisco Systems สิ่งที่แตกต่างจากอาคารระฟ้าแห่งอื่นในย่านเดียวกันอย่างเช่น Roppongi Hills Mori Tower คือ ชั้นบนสุดของมิดทาวน์ทาวเวอร์ คือชั้น 54 ไม่ได้เป็นจุดชมทิวทัศน์สำหรับนักท่องเที่ยว แต่ใช้เป็นสำนักงานและฝ่ายซ่อมบำรุงของอาคาร