У 1479 року з школы, што дзейнічала пры царкве, быў утвораны Капэнгагенскі ўнівэрсытэт. Дзякуючы запрошаным з Кёльну прафэсарам ён стаў правадыром перадавых ідэяў і мысьлярства, аднак каталікі намагаліся захаваць яго як цэнтар каталіцкага супраціву Рэфармацыі. Каралеўскае рашэньне надаць храм у супольнае выкарыстаньне каталікоў і лютэранаў разьюшыла месьцічаў, і 27 сьнежня 1530 року натоўп уварваўся ў катэдру, дзе разьбіў усе статуі ды паламаў хоры. Былі разрабаваныя і разьбітыя 17 пазалочаных алтароў, рэліквіі, зьнішчаныя царкоўнае адзеньне ды іншае начыньне. З назвы царквы была выкінутая нават згадка «Сьвятой Марыі», пакінутая проста назва «Царква нашай Дзевы» («Vor Frue Kirke»).