הנושא שהקדיש לו גרפונקל זמן רב יותר מנושאים אחרים הוא הטרנספורם של בקע ים המלח (מושג שהוא טבע). הוא חקר את ההיבטים הבסיסיים שלו: ההיסטוריה שלו, מבנהו הפנימי והיחס לתנועת הלוחות באזור שלנו. מדובר באחד המבנים הגאולוגיים החשובים בישראל – גבול בין לוחות שנוצר על ידי ביקוע צעיר של יבשות, ומהווה גם דוגמה לשברי תזוזה אופקית – אזורים גדולים של שבירה שתנועתם מקבילה. הוא רואה את השבר כנשלט על ידי תנועת אופקית עם קצת פתיחה ניצבת, שלאורכו ישנם שברים מסודרים בצורה מדורגת, מה שגורם ליצירת שורת אגנים עמוקים מאד דוגמת ים המלח ומפרץ אילת. להערכתו, הבקע נוצר לפני 18-17 מיליון שנים וקצב התנועה האופקית הנוכחית לאורכו הוא כ-5 מ""מ לשנה. המספר הזה חשוב מבחינה מעשית מכיוון שהוא משפיע על תכיפות רעידות האדמה באזור.