Από εκείνη την εποχή ξεκινά και η αντιπαλότητα των φίλων του Απόλλωνα με αυτούς του συμπολίτη Πανιωνίου, για το ποια ομάδα έχει τα αθλητικά πρωτεία στη Σμύρνη. Η διαμάχη όμως είχε και κοινωνικές προεκτάσεις, αφού ο Απόλλων υποστηριζόταν κυρίως από τα λαϊκά στρώματα, εν αντιθέσει με τον Πανιώνιο που ήταν η αγαπημένη ομάδα των μεγαλοαστών. Παρά την αντιπαλότητα, οι αθλητές του συμμετείχαν συχνά στους Πανιώνιους Αγώνες κατακτώντας αρκετές πρωτιές.