अनुपचारित बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर लगभग हर बार प्राणघातक होता है। इसके विपरीत वायरस जनित मस्तिष्क ज्वर शायद ही कभी प्राणघातक होता हो। उपचार के साथ, बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर से मृत्युदर (मृत्यु का जोखिम), व्यक्ति की उम्र और अंतर्निहित कारकों पर निर्भर करती है। नवजातों में से 20–30% बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर के कारण मर सकते हैं। यह जोखिम बड़े बच्चों में काफी कम होता है, जिनमें मृत्यु दर लगभग 2% है लेकिन वयस्कों में बढ़ कर यह लगभग 19–37% तक हो जाता है।मृत्यु का जोखिम उम्र के अलावा भिन्न-भिन्न अन्य कारकों द्वारा भी तय होता है जैसे कि पैथोजन और सेरेब्रोस्पाइनल तरल से पैथोजन को मुक्त करने में लगा समय, सामान्यीकृत बीमारी की गंभीरता, चेतना का घटा स्तर या CSF में श्वेत रक्त कोशिकाओं की असमान्य रूप से कम संख्या। एच. फ्लुएंजा और ग्रुप बी स्टेप्टोकॉकि, कॉलिफॉर्म्स और एस. न्यूमोनिया द्वारा हुये मामलों की तुलना में मैनिन्गोकॉकि द्वारा हुये मस्तिष्क ज्वर में रोग निदान बेहतर होता है। वयस्कों में, मैनिन्गोकॉकल मस्तिष्क ज्वर में न्यूमोकॉकल रोग की तुलना में मुत्यु दर कम (3–7%) होती है।