Hún kann að hafa verið óskilgetin dóttir Ptólemajosar 9. Önnur kenning er að hún hafi verið dóttir Ptólemajosar 10. og Bereníku 3. Hún giftist Ptólemajosi 12. árið 79 f.Kr. en nafn hennar tók að hverfa úr heimildum um það leyti sem Kleópatra 7. fæddist, eða um 69 f.Kr. Hins vegar er minnst á Kleópötru Trýfaínu löngu síðar, eða 58 og 57 f.Kr., sem ríkjandi drottningu við hlið Bereníke 4. Sumir telja þessa Kleópötru hafa verið dóttur hinnar og því Kleópötru 6. meðan aðrir telja að um sömu konu sé að ræða. Það kemur heim og saman við frásögn Strabons sem segir að Ptólemajos 12. hafi átt þrjár dætur, sem væru þá Bereníke 4., Kleópatra 7. og Arsinóe 4.