സമാൻ ഷായെ പുറത്താക്കി, 1800-ആമാണ്ടിൽ മഹ്മൂദ് ഷാ, കാബൂളിൽ അധികാരത്തിലെത്തി. ഫത് ഖാന്റെ ശക്തമായ പിന്തുണയിൽ ഇദ്ദേഹം ഭരണം നടത്തിയെങ്കിലും മൂന്നു വർഷമേ ഈ ഭരണം നീണ്ടുള്ളൂ. തുടക്കത്തിൽ കന്ദഹാറിലും വടക്കൻ അഫ്ഗാനിസ്താനിലും ചില വിജയങ്ങൾ നേടാനും, സമാൻ ഷായുടെ സഹോദരൻ ഷാ ഷൂജയുടെ സേനയെ പലവട്ടം പരാജയപ്പെടുത്താൻ സാധിച്ചെങ്കിലും 1803 ജൂൺ മാസം, മഹ്മൂദിനെ തോൽപ്പിച്ച് ഷാ ഷൂജ അധികാരത്തി.