Eristatakse struktuur- ja regulaatorgeene. Kõikidel geenidel on ka regulatoorsed regioonid lisaks nendele regioonidele, mis kodeerivad valke või RNA-d. Põhiline regulatoorne regioon geenis on promootor. Promootoris on kindel positsioon, mille tunneb ära transkriptsioonimasin. Geenis võib olla rohkem kui üks promootor ja sel juhul saab tekkida palju erineva pikkusega RNA-sid, sõltuvalt sellest, kui kaugele nad pikenevad 5' otsas. Promootoris on kindel konsensusjärjestus, mis on kõige levinum järjestus selles positsioonis. Kuid on siiski geene, kellel esinevad „tugevamad“ promootorid, mis seovad transkriptsioonimasinat hästi, ning „nõrgad“ promootorid, mis seovad halvemini. Nõrgemate promootorite seondumisel esineb madalam transkriptsiooni sagedus, sest need promootorid initsieerivad transkriptsiooni madalama sagedusega. Teine regulatoorne regioon on võimendaja (enhancer), mis suudab kompenseerida nõrga promootori tööd. Eukarüootse promootori regioonid on palju keerulisemad ja raskemini identifitseeritavad kui prokarüoodi promootorid.