Παρόλο που η Microsoft τα παρουσίασε ως την πιο ασφαλής έκδοση των Windows, τα Windows 2000 έγιναν μεγάλος στόχος για ιούς υψηλού προφίλ, όπως τα Code Red και Nimda. Για δέκα χρόνια μετά την κυκλοφορία του, τα Windows 2000 εξακολουθούσαν και δεχόταν patches για ευπάθειες ασφαλείας μέχρι το τέλος της υποστήριξης τους στις 13 Ιουλίου του 2010, παρόλο που άφησαν δύο θέματα ασφάλειας στο TCP/IP, τα οποία ανακαλύφτηκαν το 2009, χωρίς patches, υποστηρίζοντας ότι θα χρειαζόταν πολλή προσπάθεια για την διόρθωση. Αυτό το πρόβλημα δεν διορθώθηκε στα Windows XP. Η Microsoft προτίμησε την ενεργοποίηση του τείχους προστασίας.