ויינינגר נולד בווינה, בן שני להורים יהודים, לאופולד ואדלהייד. במשפחה היו שלושה בנים וארבע בנות. משפחתו של ויינינגר הושפעה מתהליך האמנציפציה וההתבוללות בחברה נוצרית הסובבת. האב לאופולד היה תחילה מתרגם שפות זרות בבנק ""אליאס"" בווינה, ואחר כך מצא פרנסתו כצורף זהב. באחרית ימיו זכה לראות הצלחה במקצועו. על ילדותו של אוטו לא ידוע כמעט דבר חוץ מכך שבגיל 14 חודשים היה דיבורו רהוט.