作为总统，肯尼迪审查了之前针对死刑政策的联邦决议案和军事决议案。爱荷华州州长哈罗德·休斯是一名死刑反对者，他以个人名义联系肯尼迪，请求他宽待维克多·费戈尔——一名曾经在爱荷华州法院被判处死刑的罪犯，但肯尼迪最终拒绝了这个请求，最后费戈尔于1963年3月15日被处以死刑。1962年2月12日，肯尼迪对一名被军事法庭判处死刑的海军士兵吉米·汉德森予以减刑，把死刑减为无期徒刑。這是美國憲法的深奧難解的事件。