Οι διδασκαλίες του είχαν σαν αποτέλεσμα να γίνουν ταραχές στις 15 Φεβρουαρίου 1845, οι οποίες πήραν το όνομα Πυλαρινά, εξαιτίας των οποίων παύθηκε το 1846. Αν και είχαν γίνει και άλλες ταραχές στο πανεπιστήμιο, τα Πυλαρινά διέφεραν γιατί δεν αφορούσαν απλά διαμαρτυρία φοιτητών, αλλά αντιδράσεις στις ιδεολογικές, αλλά και στις πολιτικές επιλογές του Πυλαρινού. Σε αυτές τις αντιδράσεις δεν πήραν μέρος μόνο φοιτητές, αλλά και καθηγητές, καθώς και παράγοντες εκτός του πανεπιστημίου. Η εφημερίδα «Αιών», προσκείμενη στο Ρωσικό κόμμα και φιλική προς τον Πυλαρινό, έγραφε ότι τα μαθήματά του ερέθισαν «τα όργανα του ξενισμού», υπονοώντας τα στελέχη του αγγλικού κόμματος και εφημερίδες όπως η Αθηνά. Στις 15 Φεβρουαρίου φοιτητής κατά τη διάρκεια του μαθήματος έβρισε τον Πυλαρινό και ο αδελφός του Πυλαρινού που ήταν παρών διαπληκτίστηκε με αυτόν και τον χτύπησε. Το ζήτημα παραπέμφθηκε στη Σύγκλητο και ο Πρύτανης μετά από συζήτηση με τον Πυλαρινό όρισε αλλαγή των ωρών διδασκαλίας ώστε να γίνεται η διδασκαλία την ημέρα αντί για το βράδυ (ώστε να μειωθούν από το ακροατήριο όσοι δεν ήταν φοιτητές). Τρεις μήνες μετά το επεισόδιο, εφημερίδα αναφέρει για τις παραδόσεις του ότι «είναι σκανδαλώδεις, καθόσον υψώνει την Ρωσίαν και υβρίζει την Γαλλίαν και Αγγλίαν...». Στις αρχές του 1846, η Κυβέρνηση Κωλέττη τον παύει.