In diesen Jahren wurden Viren zunehmend komplexer konstruiert, um sich besser weiterverbreiten zu können und gegen die Entdeckung durch Antivirenprogramme geschützt zu sein. Am Anfang des Jahres 1991 verbreitet sich der erste polymorphe Virus, der Tequilavirus. Wenig später, 1992, veröffentlichte ein Virenschreiber namens Dark Avenger den ersten polymorphen Programmgenerator, MTE. Damit konnten sich auch einfachste Viren leicht vor einer Erkennung schützen. Einige der damaligen Hersteller von Antiviren-Software konnten dieses Problem nicht lösen und stoppten die Entwicklung ihres Programms.