Pouco máis tarde atopouse enleado nunha grave confrontación co patriarca de Aquileia Calisto, apoiado polo rei Liutprando. O patriarca protestou contra o feito de que o bispo de Zuglio, Fidencio, mudase a sede da súa diocese a Cividale; a decisión foi ratificada tamén polo sucesor de Fidencio, Amador. Calisto, titular da cátedra de Aquileia, vivía en Cormons a causa da excesiva vulnerabilidade da sede patriarcal aos ataques dos bizantinos e valorou inconveniente que outro bispo se asentase na capital ducal. Desterrou, xa que logo, a Amador e estableceuse na súa residencia en Cividale. Pemón non aceptou a resolución patriarcal e procedeu contra Calisto, mandándoo á cadea baixo dure condicións no castelo de Pozio. Na controversia intervén daquela o rei Liutprando, que se situou contra o duque e o privou do título, confiándollo ao máis vello dos fillos de Pemón, Rachis. Intención de Liutprando era a eliminación de Pemón, pero desistiu pola insistencia de Rachis.