लघु अवधि के एंटीबायोटिक प्रॉफिलेक्सिस रोकथाम की एक अन्य विधि है, विशेष रूप से मैनिन्गोकॉकल मस्तिष्क ज्वर के लिये। मैनिन्गोकॉकल मस्तिष्क ज्वर के मामलो में एंटीबायोटिक्स (उदाहरण के लिये रिफैम्पिसिन, सिप्रोफ्लॉक्सासिन या सेफ्ट्रियाक्सोन) के साथ नजदीकी संपर्क का रोग प्रतिरोधी उपचार स्थितियों के साथ उनके संपर्क का जोखिम कम कर सकते हैं लेकिन भविष्य में होने वाले संक्रमण जोखिमों से नहीं बचा सकते। उपयोग किये जाने के बाद रिफैम्पिसिन के प्रति प्रतिरोध देखा गया है, जिसके कारण कुछ लोग दूसरे एजेंटों की अनुशंसा करने पर विचार करते हैं। जबकि एंटीबायोटिक्स को आधारी खोपड़ी फ्रैक्चर के कारण मस्तिष्क ज्वर से पीड़ितों में इसकी रोकथाम के प्रयासों के लिये एंटीबायोटिक्स अक्सर उपयोग किया जाता है लेकिन इसके लाभप्रद या हानिकारक होने को निर्धारित करने के अपर्याप्त साक्ष्य मिले हैं। यह उन पर लागू होता है जिनमें CSF लीक होता या नहीं होता है।