Den skotske reformasjonen ble innledet i 1560 og ledet av kalvinisten John Knox, og i løpet av 1600-tallet og 1700-tallet opprettholdt den skotske kirken sin teologi og holdt tett kontroll over befolkningens moral. Kirken hadde betydelig innflytelse over den kulturelle utviklingen i Skottland i moderne tid. Andre protestantiske kirkesamfunn i Skottland er Den frie kirke i Skottland (Free Church of Scotland), en utbrytergruppe fra Kirken i Skottland som preker en mer konservativ utgave av kalvinismen, og Den skotske episkopale kirke (Scottish Episcopal Church), som er å betrakte som en del av det anglikanske kirkesamfunnet. Metodistene er en liten kirkegruppe i Skottland og det er også Kongregasjonalistkirken, et kirkesamfunn som den berømte skotten David Livingstone var et medlem av.