Veoma je nezahvalno govoriti o nivou oklopne zaštite jer je sastav i ponekad debljina oklopa vojna tajna. Što se tiče nivoa oklopne zaštite T-90, prema tvrdnji proizvođača je mnogo veća nego kod prethodnika T-72 i T-80. T-90 ima vrlo nisku siluetu od 2225 mm što samo po sebi predstavlja težak cilj pogotovo ako je meta u pokretu. Na sredini vozila se nalazi zaobljena niska kupola koja je pored klasičnog oklopa „naoružana“ sa dodatnim ERA oklopom oznake Kontakt-5 koji predstavlja drugu generaciju reaktivnog oklopa. Pored prednje i bočnih strana kupole ERA oklop je postavljen po gornjoj površini kupole da smanji mogućnost proboja od tzv. top-attack municije koje se danas na savremenom ratištu sve više koristi. Što se tiče oklopnog tijela (korpusa), reaktivni oklop je postavljen na prednjoj ploči vozača kao i na bočnim panelima na prednjem dijelu iznad oslonih točkova. Težina dodatnog ERA oklopa je 3 tone, a samo povećanje oklopne zaštite za APFSDS municiju je 250mm homogenog čelika a za HEAT municiju čak 600mm. Ove vrste zaštita se još i zove pasivna oklopna zaštita. Zadnjih godina je sve više u upotrebi tzv. aktivna zaštita. Aktivna zaštita ima zadatak da izvrši ometanje nadolazećeg projektila i naziva se još SOFT KILL zaštita. Pored te zaštite postoji i vrsta aktivne zaštite koja ima zadatak da presretne i uništi nadolazeći projektil i taj vid zaštite se još zove HARD KILL zaštita. Shtora-1 predstavlja soft kill zaštitu i ona se sastoji od IC ometača, laserskog upozoravajućeg modula koji ima 4 senzora postavljenih na samoj kupoli. Sa obje strane kupole se nalaze lanseri dimnih granata (ukupno 12) oznake 3D17 koje po potrebi mogu da služe za stvaranje dimne ili aerosolne zaštite. IC ometač ima ulogu da ometa projektile koji se navode u IC spektru. Laserski upozoravajući modul ima namjenu da upozori posadu da su osvijetljeni laserom i da izvrši ometanje laserske zrake. Lansiranje dimnih ili aerosolnih granata može da izvrši sama automatika ili komandir i nišandžija.