Kroos u rikthye në formë për fillimin e sezonit 2013–14 dhe, më 4 tetor 2013, shënoi golin e parë të sezonit në barazimin 1–1 kundër ish skuadrës së tij Bayer Leverkusen në Bundesligë. Më 21 dhjetor 2013, ai luajti si titullar me Bayernin në finalen e FIFA Kupës së Botës për Klube me skuadrën që mposhti 2–0 Raja Casablancën.