Geeni modernne definitsioon kõlab järgmiselt – Geen on genoomi järjestuse ümberpaigutatav regioon, mis on päritav. Geenis on regulatoorsed regioonid, transkribeeritud järjestused ja palju muid funktsionaalsete järjestuste regioone. Geenid eksisteerivad struktuurilt ja tihti ka funktsioonilt erinevate alleelide kujul. Ühe geeni erinevaid variante nimetatakse alleelideks. Kõnekeelne termin „geen“ (juuksevärvi geen, hea geen) viitab tavaliselt alleelile. Tegelikult on geen nukleiinhapete järjestus (DNA või teatud viiruste puhul RNA) ja alleel on üks variant sellest geenist. Inimestel on olemas mingi teatud geeni järjestus, kuid kindlatel inimestel on selle geeni spetsiifiline alleel ehk selle geeni järjestuse üks variantidest. Geenid kodeerivad valke, mis avalduvad teatud identifitseeritavate järjestuste põhjal, kuid päritav on siiski geen ise, mitte see konkreetne järjestus.