Noorhaidi Hasan lahir di Amuntai, Kalimantan Selatan pada tanggal 7 Desember 1971. Sidin dapat galar Bachelor of Arts (B.A.) dalam bidang hukum Islam dari Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga (UIN Sunan Kalijaga), Yogyakarta pada tahun 1994. Sedangkan gelar Master of Arts (M.A.) ia dapatkan dari Universitas Leiden, Belanda, pada tahun 1999.