1964. gadā El Barādeī uzsāka diplomāta karjeru Ēģiptes Ārlietu ministrijā, strādāja Ēģiptes pastāvīgajā pārstāvniecībā ANO. No 1974. līdz 1978. gadam bija ārlietu ministra asistents. 1980. gadā sāka strādāt ANO Apmācību un pētījumu institūtā.