Stofnerfðafræði (einnig nefnd hóperfðafræði) fjallar um þróun stofns í erfðafræði og hvernig erfðavísar og arfgerðir dreifast um stofninn, sökum náttúruvals, genaflökts, stökkbreytinga og genastreymis. Enska heitið á stofnerfðafræði er population genetics.