1987an Agrupación Deportiva Ardoy sortu zen, oraingo taldearen aurrekari zuzena. 1993an onartu ziren Club Deportivo Ardoi-ren estatutuak baina Elkarte bezala 2003an izan zen kontsideratua. 2007an Hirugarren Mailara igo zen eta hiru denboraldi egin zituen bertan. 2014an Nafarroako Preferentea irabazi zuen eta ordutik Hirugarren Mailan dabil.