در دسامبر ۱۹۹۲ نیروهای وفادار به حکومت جدید و شبه‌نظامیان کولابی ـ حصاری، دوشنبه را تصرف کردند و صدها تن از شبه‌نظامیان هوادار گروه‌های اسلامی و دموکراتیک را کشتند و در پایتخت و جنوب کشور به‌ویژه نسبت به مردم غَرم (از پایگاه‌های اصلی نیروهای اسلامی و دموکراتیک) و بدخشان، قساوت زیادی به خرج دادند. در همین ماه به درخواست امامعلی رحمانف نیروهای ارتش روسیه و ازبکستان وارد تاجیکستان شدند و در سرکوب نیروهای مخالف به حکومت تاجیکستان کمک کردند. تا مارس ۱۹۹۳ حکومت اختیار بخش اعظم کشور و از جمله غرم را به دست گرفت. در نتیجهٔ این درگیری‌ها حدود پنجاه هزار تن کشته شدند؛ هرچند که برخی، شمار کشتگان جنگ داخلی را تا صد هزار تن برآورد کرده‌اند. شمار زیادی از روس‌ها و غیربومیان، تاجیکستان را ترک کردند و در داخل کشور حدود هشتصد هزار تن جابجا شدند که این بزرگترین جابجایی جمعیت در آسیای مرکزی از زمان اشتراکی کردن اراضی در دههٔ ۱۹۳۰ بود. ضمناً چند شهر و شمار زیادی روستا و کشتزار و کارخانه به‌کلی تخریب شد.در دسامبر ۱۹۹۲ و ژانویهٔ ۱۹۹۳، حدود شصت هزار تن در پی حملات کولابی‌ها به افغانستان گریختند، از جمله قاضی اکبر تورجان‌زاده بالاترین مقام مذهبی تاجیکستان که حکومت، او را به تلاش برای برقراری دولتی اسلامی متهم کرده بود. در فوریهٔ ۱۹۹۳ فتح‌اللّه شریف‌زاده به جای وی مفتی تاجیکستان شد که او نیز در ژانویهٔ ۱۹۹۶ به دست افراد ناشناسی کشته شد.