Wie beschrieben sind Boot-Loader solche Programme, die vor dem Betriebssystem ausgeführt werden und deshalb für Viren sehr interessant: Bootviren können in das Betriebssystem, das nach ihnen geladen wird, eingreifen und dieses manipulieren oder komplett umgehen. Dadurch können sie sich beispielsweise auf Bootsektoren eingelegter Disketten verbreiten.