Dalam hal-ehwal dalam negeri, Truman menghadapi cabaran demi cabaran: penukaran semula ekonomi yang kacau-bilau dan yang ditandai oleh kekurangan-kekurangan yang amat teruk, mogok-mogok yang sering berlaku, serta pelulusan Akta Taft-Hartley yang tidak mengendahkan vetonya. Selepas mengalahkan semua ramalan ketika memenangi pemilihan semula jawatan presiden pada tahun 1948, Truman tidak berjaya mencapai sebarang pelulusan untuk hampir kesemua rancangan Tawaran Adil. Beliau mempergunakan perintah presiden untuk memulakan desegregasi angkatan tentera Amerika Syarikat dan melancarkan sebuah sistem pemeriksaan kesetiaan untuk memecat beribu-ribu pesimpati komunis dari perkhidmatan awam. Bagaimanapun, beliau mengalami serangan yang berterusan bagi kebanyakan tempoh kepresidenannya kerana dikatakan ""terlalu lembut terhadap Komunisme."" Lagi satu masalah politik dalam negeri ketika itu ialah tanggapan bahawa ahli-ahli pentadbirannya terlibat dalam rasuah: beratus-ratus orang yang dilantiknya terpaksa meletakkan jawatan, akibat skandal-skandal kewangan yang berturut-turut.