В 1997 году Сергей поступает на химический факультет МГУ им.Н.П.Огарева. В это время А.Н.Наумкин переехал в Саранск. Сергей Кирдяпкин под руководством своего тренера продолжал заниматься бегом. Но со временем он понял, что здесь больших достижений у него не будет, и решил перейти на спортивную ходьбу. Год тренировался у супругов Начаркиных, в 2001 году его тренером становится В.М.Чегин.