Košljoribe imaju zatvoreni krvotok s jednostavnim srcem, u kojem su po jedne pretkomora i jedna komor, smještene blizu škrga. Srce potiskuje vensku krv u škrge koje se sastoje od škržnih listića, finih kožnih nabora i resica, koje su prokrvljene vrlo velikim brojem kapilara neposredno ispod površine. Svojom velikom površinom, škrge iz vode preuzimaju otopljeni kisik i prenose ga ga dalje u krvotok. Stupanj efikasnosti škrga je vrlo visok, jer preuzimaju do 70% raspoloživog kisika. To vjerojatno počiva na nasuprotnom strujanju vode kroz škrge, kao i visokom afinitetu ribljeg hemoglobina prema kisiku. Škržne otvore zatvaraju rožnati škržni poklopci. Međutim, ovaj vid snabdijevanja riba kisikom nije jedini. Neke od košljoriba imaju i drugačije ili dodatne načine disanja. One koje žive, manje ili više, amfibijski, kao primjerice, one iz roda Periopthalmus mogu preuzeti kisik iz zraka, preko kože. Neke vrste imaju razvijenu i sposobnost disanja ždrijelom. Gutaju zrak, a zatim, u vrlo dobro prokrvljenom ždrijelu, dolazi do izmjene gasova. Neke ribe (podred labirintnjača (Anabantoidei) preuzimaju kisik i iz zraka, koristeći izrasline u području glave. Ribe kod kojih je riblji mjehur još povezan sa ždrijelom (kao kod Lepisosteidae), za disanje koriste i mjehur. Kod predstavnika porodice Polypteridae i reda Dipnoi (dvodihalice) ždrijelne izrasline su razvile funkciju pluća.