Τον Σεπτέμβριο του 1937, έχοντας απομείνει μόνο τέσσερεις ιεράρχες στη Σύνοδο των Γ.Ο.Χ, παρατηρείται η πρώτη ρήξη μεταξύ των Γ.Ο.Χ. με εκφραστή τον επίσκοπο Βρεσθένης Ματθαίο Καρπαθάκη, ο οποίος αποκήρυξε τον μετριοπαθή πρώην Φλωρίνης Χρυσόστομο και σχημάτισε δική του ομάδα μαζί με τον Κυκλάδων Γερμανό, επειδή ο Χρυσόστομος δεν δεχόταν ότι η Εκκλησία της Ελλάδος μετά την αποδοχή του νέου ημερολογίου ήταν σχισματική, αλλά απλά «υπόδικη» και έπρεπε να κριθεί το ζήτημα από πανορθόδοξη Σύνοδο. Σημείο τριβής ήταν η αναγνώριση των μυστηρίων που τελούσε η κάθε Εκκλησία από την άλλη. Έτσι οι Γ.Ο.Χ. διασπάστηκαν σε «ματθαιικούς» και «φλωρινικούς». Μετά τον θάνατο του Δημητριάδος Γερμανού το 1941, Αρχιεπίσκοπος των Γ.Ο.Χ. (όχι Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος) ανέλαβε ο μόνος εναπομείνας επίσκοπος, ο πρώην Φλωρίνης Χρυσόστομος Καβουρίδης. Το 1944, ο Μεγαρίδος Χριστόφορος και ο Διαυλείας Πολύκαρπος επανήλθαν στη Σύνοδο του πρώην Φλωρίνης Χρυσοστόμου.