כתוצאה מעבודתו כפסיכיאטר הגיע פרנצי למסקנה שדיווחיהם של מטופליו על התעללות מינית שחוו בהיותם ילדים, הם אמיתיים, לאחר אימות הדיווחים הללו עם מטופלים אחרים במשפחה. זו הייתה סיבה עיקרית למחלוקת שהתגלעה בסופו של דבר בינו לבין זיגמונד פרויד.