Il laboras en la feldo di supramolekula kemio e nanoteknologio. Stoddart developis tre eficienta sintezi di mekanikale-interkuplita molekulala arkitekturi quala Boromeana ringi, katenani e rotaxani, uzante molekulala rikonoco e molekulala su-asemblo-procedi. Il demonstris ke ca topologii povas employesar kom molekulala swichili. Lua grupo mem aplikis ica strukturi en la fabriko di nanoelektronikala aparati e nanoelektromekanikala sistemi (NEMS).