賴清德生於臺北縣萬里鄉（今新北市萬里區），在北海岸成長，父親賴朝金是萬里、瑞芳山區煤礦工人，兩歲時，父親遭逢煤礦災變驟然辭世，母親賴童好一人冒險四處打鐵工，獨立拉拔賴家六個孩子成人。其先後畢業於臺北縣（今新北市）萬里國小、萬里國中、臺北市建國高中、臺灣大學復健醫學系學士、成功大學學士後醫學系、美國哈佛大學公共衛生學院碩士。