七年，丁父憂。尋詔出辦浙江軍務。石達開出走江寧，太平軍勢衰。國藩遣國荃擊賊于景德，江西列城次第復。賊入杭州。十年三月，李秀成下蘇，常，江南諸軍潰，朝廷從胡林翼議，加國藩兵部尚書，兩江總督。付江南諸軍事于國藩。時江浙官紳求援屢至，朝廷亦疊下詔于國藩令救江南，國藩竟渡江至祁門（徽州轄），未數日，賊復陷徽州，甯國。是年冬，為賊軍所困。消息絕，令不能至，諸將有憂懼色，請退守，而國藩以無故退兵，兵家所忌，不允。久之，自將大軍次休寧，天大雨，國藩乃草遺書，誓死守休寧。適左宗棠大破賊于樂平，國藩乃得東向，次年八月，國荃克安慶，捷報聞于庭上，加國藩太子少保，并節度蘇皖贛浙四省諸軍事。國藩固辭，卒不允。少頃，國藩從國荃言，直搗江寧以圖蘇杭，國藩以江寧事付國荃，浙江付左宗棠，江蘇付李鴻章。