不過，2016年9月14日莫蘭蒂颱風來襲，時任台南市長的賴清德宣布僅下午停班停課。此情形致全市24人受傷，其中一名民眾13點多下班返家時，遇上強風大雨，行經健康三路機車被吹倒，多處擦傷，抱著路樹擋風40分鐘，直到救護車前來救援。晚間一名機車騎士經南門路、建業街口時，因狂風暴雨沒注意電線遭吹落，被電線勒住脖子摔倒在地，當場吐血。次日，民眾在公共政策網路參與平台提案：由中央規定，颱風假統一放整天，不放半天。同月26日梅姬颱風來襲時賴清德再次決定只放半天假，共有6人受傷。28日，上述「禁放半天假」提案達五千人連署門檻，中央相關權責機關行政院人事行政總處回應表示，相關規則不改，但後續放假以全天為原則。