Năm 1956, trụ sở Bộ Tổng tham mưu dời về trại Trần Hưng Đạo (tức Camp Chanson trước kia). Các Quân khu được tổ chức lại thành 6 quân khu. Cũng trong năm này, Hải quân Việt Nam Cộng hòa bắt đầu tiếp nhận tàu chiến từ Hải quân Hoa Kỳ, gồm 31 chiến hạm với 193 chiến đỉnh, đến 1963 mới chấm dứt.