Rijeka izvire na sjeverozapadu pokrajine, na nadmorskoj visini od 2.300 metara, u u nju uviru brojni potoci kroz doline donjih Anda, dok napreduje dijagonalno u smjeru jugoistoka. Među tih potocima, neke od njih potječu od pražnjenja malih jezera kao što su su Trocomán, Reni Leuvü, Agrio i Nahueve. Dalje, njeni glavni pritoci su rijeke Varvarco i Agrio, koje doprinose gotovo trećinu toka Neuquéna. Duž svog toka rijeka prima neke sedimente iz vulkana Copahue i Domuyo koji utječu na jasnoću inače čiste vode.