Prema konceptu prostorne organizacije džamija Sinan-bega Boljanića u Čajniču pripada jednoprostornim, potkupolnim džamijama sa otvorenim sofama natkrivenim sa tri male kupole ispred kojih je vanjski trijem sa kamenom munarom. Objekat džamije predstavlja masivnu kubusnu građevinu. Dimenzije stranica objekta, mjerene izvana, iznose oko 13,55 m. Visina objekta do tjemena kupole iznosi 17,20 m, a munare, zajedno sa alemom, oko 40,0 m. Odlikuje se sa dva elementa arhitektonskog rješenja karakterističnog za ovaj dio Balkana. Jedan element je osmougaoni tambur glavne kupole ojačan na uglovima pilastrima. Drugi je karakteristično istaknuta srednja kupolica trijema sa povišenim postoljem, zajedno sa dekorativnim kupolicama-tornjićima nad uglovima osnovnog kubusa. Ove karakteristike, zajedno sa starim motivima klesane dekoracije, upućuju na reprezentativna rješenja istanbulske arhitekture Sinanovog doba.