成化三年二月召至京，命以故官入閣。輅疏辭，帝曰：「先帝已知卿枉，其勿辭。」首陳勤學、納諫、儲將、防邊、省冗官、設社倉、崇先聖號、廣造士法凡八事。帝嘉納之。其言納諫也，請召復元年以後建言被斥者。於是羅倫、孔公恂等悉復官。成化四年，彗星見，給事中董旻、御史胡深等劾不職大臣，並及輅。御史林誠詆輅曾與易儲，不宜用，帝不聽。輅因求罷。帝怒，命廷鞫諸言者，欲加重譴。輅曰：「臣嘗請優容言者，今論臣反責之，如公論何？」帝悅，旻等各予杖復職。尋進兵部尚書。久之，進戶部。《宋元通鑒綱目》成，改兼文淵閣大學士。皇太子立，加太子少保，進吏部尚書。十三年進謹身殿大學士。