מדיניות החוץ שהנהיג קירשנר דגלה בחיזוק הקשר עם מדינות אמריקה הלטינית, ובמיוחד עם מדינות מרקוסור, על חשבון הקשרים עם ארצות הברית. בין היתר, התנגד, לצד עמיתו הברזילאי לואיס אינסיו דה סילבה, לעמדה האמריקאית לגבי הקמת אזור הסחר החופשי של האמריקות (FTAA).