中華民國外交部事發後向菲律賓抗議，透過駐菲律賓臺北經濟文化辦事處嘅代表王樂生會見菲律賓海巡署署長Rodolfo D. Isorena，要求查明真相同懲處射殺臺灣漁民嘅人。中華民國外交部話，臺灣籍漁船喺經濟海域內作業係合法行為，菲律賓方面已經違反《聯合國海洋法公約》「若一國嘅軍用船舶、政府船舶違反國際法對其他嘅船舶、飛機實施暴力或掠奪行為，唔構成海盜罪，但係要求該國負擔國際責任，以及依該國國內法對有關人員進行懲處。」等有關法條。另外，駐菲代表王樂生依《臺菲刑事司法互助協定》向菲律賓要求介入呢單案件嘅調查權利。馬英九對呢單案件表示「一定追究到底，絕不善罷干休！」。