באוקטובר 1990 התמנה לנשיא אוניברסיטת בן-גוריון בנגב וכיהן בתפקיד 16 שנים. בעת קבלת תפקיד זה, אוניברסיטת בן-גוריון הייתה בגרעון כספי גדול ומספר הסטודנטים עמד על 5,700. תחת ניהולו מספר הסטודנטים באוניברסיטה גדל ל-17,000 ומצבה הכלכלי התייצב ונוהל ללא גירעון. במהלך שנים אלו הוקמו מכוני מחקר רבים באוניברסיטה ובהם ""המכון הלאומי לביוטכנולוגיה"" ו""המכון לננו-טכנולוגיה"", ""מכון צוקרברג לחקר המים"", ""מכון הֶקשרים לחקר הספרות והתרבות היהודית והישראלית"" ועוד. נבנו קמפוסים בהשקעה גדולה בבאר שבע, בשדה בוקר ובאילת. בנוסף הוקם הפארק לטכנולוגיות מתקדמות בסמוך לאוניברסיטה, הוקמה תחנת רכבת בתוך האוניברסיטה והובאו חברות גדולות לעבודת מחקר שיתופית במרכזי המחקר של האוניברסיטה.