משרד הביטחון . העתקת יחידות אגף המודיעין ואגף התקשוב לנגב בביקורת עלה כי לאחר שוועדת ההיגוי דנה בנושא בנובמבר 2008 היא לא התכנסה שנית, ולמותר לציין כי עקב כך לא סוכמה התכנית הכוללת האמורה. כמו כן, מנכ"ל משהב"ט לא העביר דיווחים לשר האוצר ולשר הביטחון, בניגוד להחלטת הממשלה משנת 2008. משרד מבקר המדינה העיר כי החלטת הממש לה בדבר הקמת ועדת היגוי, שאחד מתפקידיה הוא לבחון פעולות הנדרשות להשלמת הליך לדעת משרד מבקר המדינה מאחר שמדובר בפרויקט בעל חשיבות לאומית, לנוכח העובדה כי במועד סיום הביקורת, יותר מארבע שנים וחצי לאחר שהתקבלה החלטת הממשלה משנת 2005 טרם סוכמה המסגרת התקציבית, ולנוכח הנחיית ראש הממשלה בישיבת הממשלה מיולי 2009 " לפתור את סוגיית העלויות" (ההדגשה אינה במקור), חשוב שמשרד ראש הממשלה ייזום פעולות להסרת החסמים בנושא. למעורבות משרד ראש הממשלה בנושא נודעת משנה חשיבות לנוכח התייחסות מנכ"ל משרד ראש הממשלה מאוגוסט 2010 " לממצאי הביקורת ולפיההסכומים הנקובים היום שהינם גבוהים משמעותית מהסכומים שהיו מוכרים בעבר העלו סימני שאלה רבים סביב המהלך ואופן הוצאתו אל הפועל". .העתקת היחידות בהקדם האפשרי, אינה ממומשת. עקב כך שום גורם מטעם הממשלה לא תיאם את הנושא ולא בחן את הפעולות הנדרשות לביצוע הפרויקט. אף שלהעתקת יחידות אמ"ן ואגף התק שוב לנגב חשיבות רבה הן מבחינת העצמת יכולותיו של צה"ל והן במישור הלאומי, הרי שמאז נכנס לתפקידו שר הביטחון, מר אהוד ברק, ביוני 2007 ועד מועד סיום הביקורת, לא נמצאו סימוכין לכך שהתקיים דיון ייעודי בהשתתפותו ובהשתתפות ראשי מערכת הביטחון בנושא העתקת היחידות על היבטיו המרכזיים20 . אשר למחלוקת שהתגלעה בשנת 2008 בין מערכת הביטחון למשרד האוצר בנוגע למקורות המימון של הפרויקט (בנושא זה ראו בהמשך), לא נמצא שראשי מערכת הביטחון ביקשו להעלותה לדיון בראשות שר הביטחון. .משרד מבקר המדינה מעיר כי נוכח העובדה שמדובר בפרויקט לו חשיבות לאומית אשר משרד האוצר מכיר בחשיבותו הרבה מהבחינה הכלכלית, ונוכח העובדה שבמועד סיום הביקורת, למעלה מארבע שנים וחצי לאחר קבלת החלטת הממשלה משנת 2005 , טרם סוכמו מקורות המימון והמסגרת התקציבית, נדרש להעלות את הנושא לדיון ייעודי בראשות שר האוצר. לדבר משנה חשיבות נוכח סימני השאלה הרבים הנוגעים למהלך ולאופן הוצאתו לפועל (ראו גם בהמשך). .מבקר המדינה מדגיש כי נוכח חשיבות הפרויקט וערכו הלאומי נדרשת מעורבותם האישית של שר הביטחון ושל שר האוצר בקידומו ובגיבוש פתרון דחוף למחלוקת בנוגע לאופן מימונו. אם לא תושג הסכמה ביניהם עליהם להביא את המחלוקת להכרעתו של ראש הממשלה בהקדם האפשרי. . לשמור על הרציפות התפקודית של היחידות שאמורות לעבור לנגב, והן בשל עלות המשך פעילותן של המינהלות הייעודיות שהוקמו בצה"ל להעתקת היחידות. המשך מצב זה עלול להוביל, בין הית ר, לצורך בהשקעות הכרחיות נוספות בתשתיות, וככל שמועד העתקת היחידות יידחה, היקף ההשקעות שירדו לטמיון עלול לגדול ואף להעמיד בספק את הכדאיות של העתקת היחידות לנגב.
.על פי החלטת הממשלה משנת 2005 העתקת יחידות אמ"ן ואגף התקשוב לנגב היא מהלך מרכזי, מניע ומחולל שינוי במסגרת התכנית הלאומית האסטרטגית לפיתוח הנגב. כמו כן, לדברי סגן הרמטכ"ל דאז, אלוף ד ן הראל, בהעתקת היחידות יש כדי להעצים את היכולות המבצעיות של צה"ל ולתת מענה לצרכים מבצעיים חדשים הנוגעים, בין היתר, לאיום הגובר על העורף הצבאי ולניסיונו ת האויב לשבש את יכולת הפעולה הרציפה של צה"ל. מדובר בפרויקט מהגדולים והמורכבים ביותר של המדינה בכלל ושל מערכת הביטחון בפרט. מדוח זה עולה כי הגם שאין עוררין על חשיבותו הלאומית של הפרויקט אשר מחייב ריכוז מאמצים לביצועו, הרי שהגורמים הבכירים במערכת הביטחון, במשרד האוצר ובמשרד ראש הממשלה, ובראשם מנכ"לי משהב"ט, הממונים על התקציבים במשרד האוצר ומנכ"לי משרד ראש הממשלה, שכיהנו מאז שנת 2008 ., לא פעלו די להסרת החסמים לקידומו עקב כך, במועד סיום הביקורת, אף שחלפו למעלה מארבע שנים וחצי מהחלטת הממשלה משנת 2005 , עדיין לא יושבה המחלוקת העקרונית בין משרד האוצר למערכת הביטחון בנוגע למקורות המימון של הפרויקט ולא סוכמה מסגרתו התקצ יבית. יתרה מזו, המחלוקת עדיין לא הובאה לדיון לפני שר הביטחון ולפני שר האוצר כדי שיכריעו בנושא. הדבר מעכב את ביצוע הפרויקט ואינו מאפשר לעמוד בלוחות הזמנים שנקבעו, מעלה סימני שאלה רבים לגבי המהלך כולו ואף מעמיד בספק את עצם ביצועו, ועל ידי כך עלול להביא לאבדן התועלות הלאומיות המצופות ממנו הן בהעצמת היכולות המבצעיות של צה"ל והן בהיבטים אזרחיים הנוגעים לצמיחה כלכלית ולשינוי חברתי בנגב. על מערכת הביטחון ומשרד האוצר לשים קץ לאי-הוודאות בנוגע לעיתוי העתקת היחידות ואף בנוגע לעצם ביצועה, שיש בה כדי לגרום נזק כבד לצה"ל. זאת, מאחר שכוח אדם איכותי בצה"ל עלול לעזוב בהיעדר מידע ברור על אופק שירותם הצבאי של המשרתים ביחידות, על עתידם ועל עתיד משפחותיהם בנגב, וכתוצאה מהיעדר השקעה במיגון מתקנים שהעתקתם מתוכננת. יתרה מכך, יש לקבל החלטות בנושאים שנותרו במחלוקת על מנת למנוע המשך המצב הנוכחי הגורם לבזבוז עשרות מיליוני שקלים, הן בעקבות השקעות הכרחיות בתשתיות קיימות כדי