נושאים מערכתיים . היבטי ממשל תאגידי בחמישה תאגידים ציבוריים על הרט"ג לפעול לאיושה של ועדת הביקורת ולשקול שדירקטור חיצוני ישמש יו"ר ועדת הביקורת. ללא תקציב מאושר לקראת תחילת שנים 2017- ו2016 פעילות רט"ג בשנים אלה אינו מצב רצוי. הממשלה אישרה את תקציב הרט"ג לשנים אלה באיחור רב, מה שהקשה עליה לנהל את הפעילות הכספית ולממש את תוכניותיה. על משרד האוצר בשיתוף המשרד להגנת הסביבה לבחון את תהליך אישור התקציב של הרט"ג ולפעול להשלמת כלל הליכי האישור (לרבות אישור הממשלה) לפני תחילת השנה התקציבית. ושל 2017-18 רט"ג מסרה בתשובתה כי "מדובר בתקציב דו שנתי של השנים "2015-16 השנים משרד מבקר המדינה ממליץ לדירקטוריון הרט"ג לשקול את הצורך בבדיקת מערך הבקרה הפנימית, כנדרש בתקנות בדבר אפקטיביות הבקרה הפנימית, ולבקש מבעלי התפקידים המוסמכים לכך (יו"ר, מנכ"ל ומנהל הכספים) לחתום על ההצהרות בנושא. . מומלץ כי2016 משרד מבקר המדינה מציין לחיוב את הכנת הסקר בשנת הרט"ג תפעל לעדכון סקר הסיכונים וכי הדירקטוריון יערוך באופן עיתי דיון בנושא ויעקוב אחר הטיפול בסוגיות שעלו בסקר. על הטוטו לפעול בהקדם לקידום הכנתו של הסדר ניגוד עניינים בין עובדי הטוטו לספקים. על השרים וכלל הגורמים הממליצים לפעול למינוי נציגים מטעמם לדירקטוריון הרט"ג, לשם השלמת איושו ועל מנת שיוכל לפעול בהרכב מרבי. בעת השלמת האיוש והמינויים מומלץ להקפיד על ייצוג הולם לנשים ולמגזרים השונים בחברה הישראלית, בהתאם לדרישות החוק. עוד מומלץ לבחון את האפשרות למיסוד נוהל לקוורום לקיום ישיבות ולקבלת החלטות בדירקטוריון. משרד מבקר המדינה מציין כי לא מן הנמנע שהיעדרות נציגים חיצוניים מישיבות הדירקטוריון קשורה לעובדה שחברי 249ונציגים מהאקדמיה הדירקטוריון אינם מקבלים גמול והחזר הוצאות. אפשר שמתן גמול והחזר הוצאות ישמשו תמריץ להשתתפותם הרציפה של דירקטורים אלה בישיבות ויסייעו לשר להגנת הסביבה לגייס נציגים נוספים לדירקטוריון שאינם עובדי מדינה או רשויות מקומיות לטובת פעילות יעילה של רט"ג. מומלץ כי המשרד להגנת הסביבה ישלים את הסדרת התגמול לנציגים חיצוניים לשם עידוד השתתפותם בישיבות הדירקטוריון. מומלץ כי מד"א תשלים בחינה והסדרה של נושא הפרדת הסמכויות בין הוועד הפועל והנהלת מד"א והמנכ"ל בראשה. נמצא כי במועד סיום הביקורת בנושא, כחצי שנה לאחר מועד תחילת פירעון ההלוואה, מכון וינגייט עדיין לא התחיל לפרוע את ההלוואה והטוטו לא דרש ממנו לפרועה. לאחר פניית משרד מבקר המדינה לטוטו, הוא פתח בהליכים לפירעון ההלוואה. הטוטו אינו מעביר תמיכות עוד באמצעות קרן מתקנים שכן 2019 יצוין כי מינואר רווחיו מועברים למשרד התרבות והספורט המקצה כספים אלו בהתאם לנהליו. על משרד התרבות והספורט לפעול להחזר ההלוואה על ידי המכון, בסיוע הטוטו ככל שיידרש. המועצה להסדר ההימורים בספורט מוסמכת לארגן ולערוך הימורים על תוצאות של משחקים ותחרויות בספורט, והכנסותיה מסייעות לתמוך בענף הספורט בישראל. לנוכח חשיבות הפעילות הענפה של הטוטו וגודל מחזורו, חשוב מאוד למנות את כל חברי המועצה בהתאם לקבוע בחוק להסדר ההימורים בספורט, כדי שהמועצה תוכל למלא את תפקידיה ביעילות ובמועילות . דוח זה מפרט חולשות שקיימות במערכת הבקרה הפנימית של הטוטו, ומומלץ כי הטוטו ישקול ליישם נורמות לשיפור הבקרה הפנימית, ).404 וסוקס302 בדומה לנורמות החלות על החברות הממשלתיות (סוקס על משרד הבריאות והשר את להשלים הטיפול במינוי נשיא האגודה כחוק ולהעביר את המלצת השר לנשיא המדינה כדי לאשר את המינוי לתפקיד נשיא האגודה. , ועדת 2019 ועד מועד סיום הביקורת, בדצמבר 2018 נמצא כי בשנת ההשקעות לא התכנסה ולא קיבלה דיווח על ביצועי מנהלי הכספים. נמצא כי במועד סיום הביקורת, כשלוש שנים לאחר תיקון חוק התקנים, הוועד הפועל של המכון עדיין לא עדכן את תקנון המכון בהתאם לתיקון . על המכון להשלים את תיקון 30-חוק התקנים, ומספר החברים בו מסתכם ב תקנונו ולאשרו בהתאם לחוק המעודכן. נמצא כי אישור המינוי של המועמד לא הועבר לדיון של הוועדה לבדיקת . באותה שנה הועלו טענות ולפיהן המועמד לתפקיד 2018 מינויים בשנת המנכ"ל אינו כשיר לתפקיד, בשל חקירה פלילית אשר התנהלה נגדו. עקב כך התקיים דין ודברים בין משרד המשפטים ובין המכון בניסיון להחליט אם יש להביא לפני הוועדה לבדיקת מינויים את המידע על החקירה הפלילית, ושמא יש להמתין עד שתתקבל החלטת הפרקליטות בתיק החקירה בעניינו. בשנת כתב משרד המשפטים חמישה מכתבים למכון ועמד על כך שיגישו 2018 לוועדה את סוגיית מועמדותו. למרות האמור לעיל, הוועד הפועל של המכון סירב להסדיר את המינוי מול הוועדה, בהתאם לעמדת היועץ המשפטי של הסכים הוועד הפועל לבקשת משרד המשפטים והעביר 2019 המכון. בינואר דנה 2019 את סוגיית מועמדותו לדיון בוועדה לבדיקת מינויים. בינואר הוועדה בבקשה לאישור המינוי של עובד א' והחליטה לפסול את מועמדותו בשל אי-הסבירות של מינויו לנוכח החשדות נגדו. כתוצאה מכך המינוי הקבוע למנכ"ל המכהן התעכב תקופה ארוכה. חילוקי דעות אלו מחדדים הצורך בהסדרת מעמדו של התאגיד הציבורי בכלל ושל המכון בפרט כלפי משרד המשפטים, תוך יצירת מנגנון לפתרון במקרים , במסגרת שינויים ארגוניים במכון, הוכפף אגף המינהל 2019 רק בנובמבר במשך 2019 ועד נובמבר2016 למנהלת אגף משאבי אנוש. יוצא כי מדצמבר כשלוש שנים, לא היה במכון מנהל אגף מינהל קבוע ובתקופת הביניים מילא את התפקיד עובד במשרת אמון, בלא שנקבעו הוראות בנושא.
החליט הוועד הפועל להכין תוכנית אסטרטגית כוללת למכון. 2014 בשנת במועד סיום הביקורת, יותר מחמש שנים לאחר קבלת ההחלטה האמורה, עדיין לא הוכנה התוכנית הרב-שנתית. לתוכנית נודעת משנה חשיבות אם מתבצעים שינויים ניכרים בסביבה העסקית של המכון, ובהם שינויי חקיקה, פתיחת שוק "בדיקות יבוא" לתחרות וכן הכנה ויישום של תוכנית פרישה נרחבת לעובדי המכון.