משרד הבריאות . ניהול הקניין הרוחני במערכת הבריאות הממשלתית לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שחלק נכבד מהנושאים שהיה צורך בהסדרתם נגעו לקניין הרוחני במערכת הבריאות, ראוי היה לשקול לכלול בין חבריה, ולא רק בוועדת המשנה, נציג של מערכת הבריאות הממשלתית. בהיעדר נציג כאמור הוועדה לא נתנה ביטוי הולם לעמדתה של מערכת הבריאות הממשלתית, ונפגעה יכולתה להביא להסדרת הנושא. חרף הזמן הרב שחלף מאז הביעה הר"י את התנגדותה להמלצות הוועדה - שנת 2006 - עד מועד סיום הביקורת (נובמבר 2009 ) לא הושג שיתוף פעולה בין משרד האוצר ובין הר"י בנושא. .המרכזים הרפואיים הממשלתיים הם מקור של תוצרי ידע בעלי פוטנציאל כלכלי וטכנולוגי רב. להסדרת זכויות המדינה על תוצרים אלה ולמסחורם חשיבות רבה, שכן הם משמשים בסיס לקידום ופיתוח של המצוינות בתחומי המחקר והפיתוח בארץ, לצמיחה, להגברת התעסוקה, למשיכת השקעות זרות למדינה ולהגדלת הכנסותיה. עוד לפני תחילת שנות ה - 2000 החלה המדינה בניסיונות להסדרה של זכויותיה וליישום המסחרי של תוצרי הידע. ועדות וצוותי עבודה דנו בהסדרת ההגנה על תוצרי הידע של בתי החולים הממשלתיים ושל תאגידי הבריאות, והתקבלו הח לטות בדרגים שונים, לרבות החלטת ממשלה מאוגוסט 2005 , אולם פעילות זו לא נשאה פרי והנושא לא הוסדר. הגורם העיקרי לאי-הסדרת נושא הקניין הרוחני הוא מחלוקת בין משרד האוצר למשרד הבריאות שנמשכת כבר כעשור, בין היתר לגבי מודל חלוקת התמלוגים והליך המסחור. עקב זאת נגרמ ים למדינה נזקים כספיים ניכרים שקשה לאמוד אותם. היעדר הסדרה גם עלול לגרום ל"בריחת מוחות" ולזליגת ידע מהמערכת הממשלתית, שפירושן נזק מתמשך נוסף למדינה, שאינו בר תיקון, הן מהבחינה הכספית והן מבחינת ההון האנושי. אין זה סביר ואין זה ראוי - ניהולית וכלכלית - שנושא הקניין הרוחני לא הוסדר במשך שנים רבות. בעולם ואף בארץ כבר קיימות שיטות לתגמול עובדי מחקר בגין תוצרי הידע שפיתחו, הנהוגות בגופים כגון המוסדות להשכלה גבוהה ומרכזים רפואיים אחדים, וראוי לבחון את האפשרות ליישמן במערכת הבריאות הממשלתית. אשר על כן, על הממשלה בכלל ועל משרדי האוצר והבריאות בפרט לפעול להסדרת הנושא בהקדם. סכום התביעה שהגישה המדינה במקרה האחד והסכום שקיבלה במקרה האחר מלמדים על הפוטנציאל הכספי הגבוה הטמון בקניין הרוחני, שהעיכוב בהסדרתו יש בו לגרום למדינה הפסד כספי ניכר שקשה לאמוד את שיעורו. משרד מבקר המדינה מעיר כי הנהלת המרכז הרפואי פעלה ללא קבלת אישורים ממשרדי האוצר והבריאות בנושא. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על משרד הבריאות לוודא שהמרכז הרפואי שיבא פועל על פי הוראותיו. .יו"ר הוועדה סיכם כי מנכ"לית משרד המדע והטכנולוגיה תפעל להכנת הצעה להחלטה שת ובא לוועדת השרים, בדבר הקמת צוות שיגבש המלצות בנושא האמור. אולם בסופו של דבר לא הוכנה הצעת החלטה; לדברי המנכ"לית דאז ההצעה לא הוכנה משום שסמוך לאותו מועד מינה החשכ"ל את ועדת ההיגוי והטיל עליה לעסוק בהסדרת תחום הקניין הרוחני. נמצא כי עד מועד סיום הביקורת, יותר מארבע שנים מאז התקבלה ההחלטה בעניין הקניין הרוחני במערכת הבריאות הממשלתי ת, היא לא יושמה - שרי האוצר ושרי הבריאות לא התקינו תקנות כנדרש, ונציב שירות המדינה לא התאים את הוראות התקשי"ר לאמור בהחלטה. לא נמצאו אסמכתאות להקמת צוות בראשות מנכ"ל משרד הבריאות לאיסוף מידע כאמור. גם מזכירות הממשלה לא עקבה אחר ביצוע ההחלטה - למעט פניה חד- פעמית לשר הבריאות ולשר האוצר שנתיים לאחר קבלת ההחלטה.
כאמור, במרכזי המחקר האוניברסיטאיים ובאחדים ממרכזי המחקר הממשלתיים-ציבוריים בארץ נקבעו הסדרים להגנה על הקניין הרוחני ולמסחור תוצרי הידע, ואו לם הביקורת העלתה כי בכל הנוגע למערכת הבריאות הממשלתית, במועד סיום הביקורת (נובמבר 2009) לא הביאה הממשלה להסדרת הנושא; זאת, על אף פעילותם של ועדות שרים, ועדות וצוותים משרדיים ובין -משרדיים והחלטה שקיבלה הממשלה בנושא, כמפורט להלן.