צבא ההגנה לישראל . מרכיבי ביטחון ביישובי העימות בפיקודים המרחביים בביקורת עלה כי אף שז"י נושאת באחריות הכוללת לבניין הכוח בתחום הגנת היישובים, צה"ל לא הועיד לה תפקיד בתכנון מרכיבי הביטחון ביישובים בפקודת המטכ"ל להגמ"ר שמסדירה את אחריות הגופי ם המעורבים בתחום הגנת היישובים. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי ההוראה המבצעית צריכה להיגזר מתוך פקודת המטכ"ל להגמ"ר, שמטרתה להגדיר את תחומי האחריות והסמכות של כל אחד מהגופים הרלוונטיים בצה"ל בנושא מרכיבי הביטחון ואת האופן שבו הם מממשים תחומים אלה. על כן על אמ"ץ האחראי לגיבוש התפיסה המבצעית הכוללת להגנה על היישובים, ליזום עדכון של פקודת המטכ"ל להגמ"ר מול אגף התכנון בצה"ל (להלן - אג"ת)17 האחראי לכתיבת פקודות צה"ל ועדכונן. בהתאם לעדכון זה על אמ"ץ להשלים בהקדם את עדכון ההוראה המבצעית הנוגעת להגנת היישובים. משרד מבקר המדינה מעיר לפקע"ר כי הקצאת משאבים לתחזוקה, גם אם חלקית, של מרכיבי הביטחון הקיימים ביישובים בסיווג "תפר" ללא הקצאת משאבים לשיקומם במקרה של בלאי ולהקמתם במקרה של התרחבות היישוב, יש בה משום סתירה פנימית שכן אי-הקצאת תקציב לשיקום והקמה של מרכיבי ביטחון ביישובים בסיווג "תפר" מעידה כביכול על היעדר צורך ממשי לראיית פקע"ר במרכיבי ביטחון ביישובים אלו. מנגד, הקצאת משאבים לתחזוקת מרכיבי הביטחון הקיימים, במיוחד נוכח מגבלת המשאבים להשקעה במרכיבי ביטחון מעידה על כך שפקע"ר רואה בכל זאת צורך בקיומם של מרכיבי ביטחון ביישובים אלה. נוכח זאת ראוי שפקע"ר ופקמ"ז ישלימו את בדיקת האיומים על היישובים בסיווג "תפר" ויסכמו את הרכב מרכיבי הביטחון הנדרשים עבורם. בהתאם לכך, על פקע"ר לעדכן את נהליו בנוגע למימון מרכיבי הביטחון ביישובים אלו. בביקורת עלה כי בתכנית העבודה לשנת 2017 הוקצו למטרת ריענון מרכיבי ביטחון ושיקומם 6 מיליון ש"חבלבד, שהם רק כ-17% מהסכום הנדרש על פי תכנית פקע"ר מ-2012 וכ-13% מהסכום הנדרש על פי הערכות פקע"ר העדכניות. בתכנית העבודה נקבע כי היקף התקציב אינו מאפשר "יכולת אמיתית להשלים את ההגנה על היישובים המאוימים". מהאמור לעיל עולה כי נכון למועד סיום הביקורת חסרים מרכיבי ביטחון ביישובים מסווגים רבים בכל הגזרות. אי-מימושה של תכנית פקע"ר מ-2012 בד בבד עם היווצרות צרכים חדשים הביאו לכך שהפערים במרכיבי הביטחון התעצמו. על צה"ל ומשהב"ט, כל אחד בתחומו ובתיאום ביניהם, לגבש בדחיפות תכנית לצמצום הפערים במרכיבי הביטחון. בביקורת עלה כי על אף קביעת השר לשעבר והמלצת מבקר המדינה המשיכו פקע"ר והיחידה להתיישבות לפעול בנפרד בנוגע להקצאת מרכיבי ביטחון בסיסיים על פי סדרי עדיפויות שונים. להלן פירוט: משרד מבקר המדינה מעיר למנכ"ל משהב"ט כי על פי המ"ב 40.36 , על ועדת ההקצאות לאשר את ההקצאות הכספיות של היחידה להתיישבות בנושא מרכיבי ביטחון. הקצאות אלו הן בבחינת התשתית לתכנית העבודה של היחידה להתיישבות. על כן, אישור תכנית העבודה של היחידה להתיישבות על ידי מנכ"ל המשרד לפני שוועדת ההקצאות מאשרת את הסעיפים הטעונים את אישורה, עלול לפגוע בשיקול דעתה של הוועדה, שכן היא עלולה להתייחס אל סעיפים אלה כאל עובדה מוגמרת. כמו כן, תיאום עם פקע"ר וגופי המשרד הרלוונטיים אינו מהווה תחליף לאישור ועדת ההקצאות. נוכח זאת, ראוי שמנכ"ל משהב"ט יאשר את תכנית העבודה של היחידה להתיישבות רק לאחר שוועדת ההקצאות תמליץ על אישורם של הסעיפים הרלוונטיים. משרד מבקר המדינה מעיר כי המחסור במכשירי הקשר פוגע ביכולת הפיקוד והשליטה של הגופים המעורבים בהגנת היישובים. פגיעה זו עלולה להיות קריטית לחיי אדם באירועי חדירה ליישובים המסתיימים לעתים תוך דקות ספורות, כפי שקרה בקריית ארבע . נמצא כי נכון ל מועד סיום הביקורת ב כל מכשירי ה"ברק הכתום" שסופקו ליישובים לא נצרבו תדרי משטרת ישראל, ולכן הם אינם יכולים לשמש לתקשורת עם גורמי המשטרה. .3. בביקורת עלהכי בהיעדר מכשירי "ברק כתום ", נוהגים פקמ"ז ופד"ם לחלק ליישובים מכשירי קשר צבאיים סטנדרטיים (מכשירים בתדר גבוה מאוד - תג"ם) לצורך תקשורת בין הרבש"ץ והמחלקות להגנת היישוב לבין צה"ל . זאת בלי שגופים אלה קבעו נהלים לחלוקת מכשירי הקשר הצבאיים או שעשו בקרה על החלוקה. כמו כן, הם אינם מדווחים לפקע"ר על אופן חלוקת המכשירים. עקב כך, לפקע"ר אין מידע מלא בדבר יכולת התקשורת של היישובים עם כוחות צה"ל. .משרד מבקר המדינה מעיר לשר הביטחון, למנכ"ל משרדו וליחידה להתיישבות כי פעילות היחידה להתיישבות לעתים אינה עולה בקנה אחד עם הוראת משהב"ט המגדיר ה את כללי עבודתה. על שר הביטחון ומנכ"ל משרדו להנחות על סיום עבודת המטה לתיקוף המ"ב 40.36 ולהקפיד שכל מרכיבי פעילות היחידה להתיישבות יהיו מעוגנים בהוראת המשרד באופן שיתאים לייעודה ולתפקידיה . בביקורת נמצא כי על אף האמור לעיל, ועל אף האמור בדוח מבקר המדינה משנת 2005 נושא הכפיפות הכפולה של הרבש"צים עדיין מקשה עליהם במילוי תפקידם, ולעתים יש התנגשות בין הצרכים והדרישות של המעסיק של הרבש"ץ (היישוב או המועצה האזורית) לבין אלה של צה"ל. .בביקורת עלה כי ניהול רשימת המצאי ורשימת הפערים של מרכיבי ביטחון בסיסיים לוקה בחסר, ובכך נפגעת באופן מהותי היכולת לקיים בקרה על הימצאות מרכיבי הביטחון הנדרשים. משרד מבקר המדינה מעיר לפקע"ר כי היעדרה של תמונת מצב בנוגע ליכו לת התקשורת ביישובים עלול לפגוע ביכולתו להקצות ביעילות את מכשירי הקשר המצויים בידיו . משכך, כל עוד קיים מחסור במכשירי ה"ברק כתום" ובמכשירי קשר לתקשורת פנימית , עליו לקבוע סדר עדיפויות לחלוקת המכשירים ולמצוא פתרון להבטחת תקשורת רציפה של כוחות צה"ל עם היישובים, שבלעדיה עלולות להיפגע היכולות המבצעיות של גורמי ההגנה ביישובים אלה. משרד מבקר המדינה מעיר למנכ"ל משהב"ט וליחידה להתיישבות כי כל עוד לא עודכנה המ"ב 40.36 ., יש לפעול על פיה משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט כי היעדר פרוטוקולים של ישיבות ועדת ההקצאות מנוגד להמ"ב 40.36 ולעקרון השקיפות הנדרש במינהל הציבורי, שעל פיו פרוטוקול מלא מאפשר פיקוח ובקרה על החלטות הוועדה ועל פעילותה. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט כי בניגוד לתשובתו, הסעיף האמור בהמ"ב 40.36 מתייחס לאופן מימוש ההחלטה להקצאה כספית, ולא לאופן קבלתה של ההחלטה שאמורה לקבל ועדת ההקצאות. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי היעדר חלק מתחנות הממסר פוגע ביכולת השימוש במכשירי ה"ברק הכתום", וכתוצאה מכך נפגעת התקשורת בין כוחות צה"ל לכוחות ההגנה ביישובים, דבר שעלול לעכב את תגובת הכוחות בעת אירוע חדירה ליישוב. נוכח החשיבות הרבה שיש למערכת הקשר בהתמודדו ת עם חדירות ליישובים, על צה"ל בשיתוף משהב"ט לפתור בעיה זו בהקדם. בביקורת עלה כי המחסור במכשירי "ברק כתום" בצה"ל פוגע בתקשורת בין יחידות צה"ל לגורמי ההגנה ביישובים. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט ולצה"ל כי אי-הסדרת אופן העסקתם של הרבש"צים ממשיך להעמיד אותם לעתים במצבים שבהם הנחיות המעסיק (היישוב או המועצה האזורית) אינן מתואמות עם הנחיות המפקד הצבאי. עבודת המטה שמבצע משהב"ט בימים אלו בנושא מודל ההעסקה של הרבש"צים, אינה פותרת את נושא הכפיפות הכפולה. על משהב"ט וצה"ל לבחון כיצד ניתן לצמצם משמעותית את אי-ההתאמות בין ההנחיות שהמעסיקים נותנים לרבש"צים לבין ההנחיות שצה"ל נותן להם, באופן שפעילות הרבש"צים תותאם ככל האפשר להנחיות המבצעיות המקצועיות. משרד מבקר המדינה חוזר ו מעיר ליחידה להתיישבות כי העברת כספים ישירות לפקע"ר או באמצעות הסכם "מאושרת ג'" היא פעולה טכנית תקציבית והיא אינה מייתרת את הצורך בעדכון ועדת ההקצאות בדוח מפורט על פי הוראת משהב"ט. בביקורת עלה כי בתכנית העבודה של היחידה להתיישבות לשנת 2016 היאמימנה הקמת מרכיבי ביטחון בסיסי ים בסכום העולה על 300,000 ש"חללא אישור ועדת ההקצאות ובניגוד לתנאים המפורטים בהמ"ב 40.36. .בביקורת עלה כי תכנית העבודה של היחידה להתיישבות לשנת 2017 , שגובשה בהתאם להנחיות שר הביטחון , אינה תואמת את הצרכים המבצעיים שהגדיר אמ"ץ היות והיא מקצה כמחצית מסך התקציב ליישובי פצ"ן, הנמצאים במקום החמישי בסדר העדיפויות המבצעי שקבע אמ"ץ לפקע"ר. לעומת זאת, רק כ-9% מסך תקציב היחידה להתיישבות מוקצים ליישובי איו"ש, הנמצאים בראש סדר העדיפויות שקבע אמ"ץ. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט ולפקע"ר כי אמנם אין באפשרות היחידה להתיישבות לבצע הקמה של מרכיבי ביטחון ללא אישור פקע"ר, אך קיים הבדל בין סדר העדיפויות שקבע שר הביטחון ליחידה להתיישבות להשקעה במרכיבי ביטחון לבין סדר ה עדיפויות המבצעי שקבע אמ"ץ למטרה זו. הקצאת מרכיבי הביטחון, כפי שבאה לידי ביטוי בתכנית העבודה של היחידה להתיישבות לשנת 2017 , אינה תואמת את סדר העדיפויות המבצעי שקבע צה"ל, ומביאה לכך שהמשאבים המוגבלים ממילא אינם מופנים ליישובים שנזקקים להם ביותר. עוד מעיר משרד מבקר המדינה למשהב"ט כי על פי הוראותיו ופקודות צה"ל, גם היחידה להתיישבות וגם פקע"ר עוסקים בהקצאת תקציבים ובגיבוש סדרי עדיפויות למימוש מרכיבי ביטחון. אולם נוכח היותם של מרכיבי הביטחון אמצעי מבצעי המיועד להגנת יישובים, ונוכח אחריותו הכוללת של צה"ל להגנת היישובים, על שר הביטחון ומנכ"ל משרדו להטיל על צה"ל לקבוע סדר עדיפויות אחיד לעבודת שני הגופים בהקצאת מרכיבי ביטחון, כל גוף בתחום אחריותו. על היחידה להתיישבות לאמץ סדר עדיפויות זה, לפעול על פיו, ולהסדיר זאת בנהליה. יוצא אפוא כי למרות הוראת שר הביטחון מינואר 2016 לשקלל את עלות התחזוקה בכל אישור תקציבי של מרכיבי ביטחון, היחידה להתיישבות לא עשתה זאת בתכנית העבודה שלה לשנת 2017. יוצא אפוא כי היחידה להתיישבות משקיעה את עיקר תקציבה במרכיבי ביטחון בסיסיים, וזאת בניגוד לע יקרון שנקבע בהמ"ב 40.36 שעל פיו עיסוקה של היחידה להתיישבות יהיה בדגש על מרכיבי ביטחון חריגים. למעשה היחידה להתיישבות היא הגורם המרכזי שמשקיע בשיקום והתעצמות של מרכיבי ביטחון בסיסיים, וזאת כאמור שלא על פי סדר העדיפויות המבצעי שקובע צה"ל. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט כי המ"ב 40.36 אינה מבחינה באופן ברור בין תפקידי פקע"ר לבין תפקידי היחידה להתיישבות. כתוצאה מכך, שני הגופים עוסקים באותו הנושא על פי סדרי עדיפויות שונים, ויש בכך כדי לפגוע בטיפול המיטבי הנדרש להגנת היישובים. נוכח זאת, במסגרת עבודת המטה לעדכון המ"ב 40.36 המתבצעת בימים אלועל משהב"ט להגדיר מחדש את פעילותו של כל אחד מהגופים בתחום מרכיבי הביטחון כדי להגיע ליעילות מרבית בהקצאת המשאבים למרכיבי ביטחון בהתאם ליתרונו היחסי של כל אחד מהם. בביקורת עלה כי היחידה להתיישבות אינה עוסקת במימון תחזוקתם של מרכיבי הביטחון שהיא מקימה או משקמת. עוד עלה כי בהחלטת היחידה להתיישבות להשקיע ברכ ישה והקמה של מרכיבי ביטחון משלימים וחריגים אין היא מתחשבת בעלויות "מחזור החיים" של המרכיבים ובכלל זה עלות התחזוקה שלהם, כמתחייב מהמ"ב 40.064. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט וליחידה להתיישבות כי בכך שהיחידה להתיישבות מממנת הקמה של מרכיבי ביטחון ללא התחשבות בעלויות "מחזור חיים" ובכלל זה עלויות התחזוקה, היא אינה ממלאת אחר הוראת המשרד 40.064 ואחר הנחיית שר הביטחון לשעבר, דבר המהווה פגיעה בכללי מינהל תקין. להתנהלות זו יש גם השפעה ארוכת טווח על תקציב פקע"ר, הנושא בעלויות התחזוקה של אותם מרכיבים, שכן הגדלת החלק התקציבי שפקע"ר נאלץ להשקיע בהוצאות תחזוקה מביאה לידי צמצום התקציב הזמין עבורו להקמת מרכיבי ביטחון נוספים. למעשה, ברבות השנים הפכה היחידה להתיישבות לגורם העיקרי שעוסק בהקמה של מרכיבי ביטחון בסיסיים, ואילו פקע"ר, שאמור להיות הגוף המקצועי בתחום זה, הפך לגורם שעוסק בעיקר בתחזוקת מרכיבי הביטחון, אשר חלקם הוקמו על ידי היחידה להתיישבות שלא על פי סדר העדיפויות המבצעי שקבע צה"ל. משרד מבקר המדינה מעיר למנכ"ל משהב"ט כי הקמת מרכיבי ביטחון ללא התייחסות לעלויות התחזוקה שלהם עלולה ליצור פערים עתידיים בכשירותם. נוכח ההשפעה הניכרת שיש לעלות התחזוקה של מרכיבי הביטחון על כלל תקציב מרכיבי הביטחון, על מנכ"ל משהב"ט לוודא במהלך איש ור תכנית העבודה של היחידה להתיישבות כי קיימים המשאבים הנדרשים למימון עלויות התחזוקה של מרכיביה. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט כי הנוהל החדש וריכוז תמונת מצב של סך ההשקעות המבוצעות על ידי כלל הגופים במרכיבי ביטחון אינם פותרים את ההב דל בין סדר העדיפויות שקובע שר הביטחון ליחידה להתיישבות להשקעה במרכיבי ביטחון לבין סדר העדיפויות המבצעי שקובע אמ"ץ למטרה זו. . במועד סיום הביקורת נאמדה עלות השלמת הפערים במרכיבי ביטחון במאות מיליוני שקלים. נוכח העובדה שצה"ל מופקד על הגנת היישובים, ראוי שהוא יקבע את סדר העדיפויות להקצאת מרכיבי הביטחון המשמשים נדבך ביכולת ו המבצעית להגנת היישובים. על צה"ל ומשהב"ט, כל אחד בתחומו ובתיאום ביניהם, לגבש בדחיפות תכנית לצמצום הפערים במרכיבי הביטחון בהתאם לסדרי העדיפויות המבצעי שקובע צה"ל, אשר יתייחסו לכלל ההיבטים הנדרשים, לרבות ההיבטים המבצעיים והתקציביים, ולהביאן לאישור הרמטכ"ל ושר הביטחון. על הרמטכ"ל ושר הביטחון להקצות משאבים בהתאם לתכניות שיאשרו כדי לאפשר את מימושן. בביקורת עלה כי ב-35 מהן היה מחסור בציוד הנדרש, ובכלל זאת במחלקות להגנת היישוב ביישובים בסיווג "קדמי". כך למשל לחמש מחלקות לא היו כלל אפודים וקסדות ולארבע מחלקות נוספות לא היו אפודים או קסדות. משרד מבקר המדינה מעיר כי על פקע"ר וז"י, כל אחד בתחומו, להשלים בהקדם את הציוד החסר למחלקות להגנת היישוב לפי פקודת התקינה מיוני 2017 , נוכח תרומתן המכרעת של מחלקות הגנת היישוב לשמירה על ביטחון היישובים שאף הוכחה באירועי אמת. .כ-900,000 תושבים מתגוררים ב -407 יישובי עימות השוכנים בסמוך לגבולות הבין-לאומיים של ישראל ובאיו"ש. במאמץ ההגנה על יישובים אלו מפני חדירת מחבלים, עוסקים גורמים שונים בהקמה ובתחזוקה של מרכיבי ביטחון, שתכליתם לסייע בהגנת היישוב ולהציל חיים, והדבר כרוך בעלויות כספיות גבוהות. הביקורת העלתה כי זה שנים רבות שיישובי העימות לא מקבלים את מלוא מרכיבי הביטחון שהם זכאים להם על פי סיווגם, והיקף המשאבים שמושקע בשיקום מרכיבי ביטחון ובתחזוקתם קטן מהנדרש על פי הצורך המבצעי. כל התכניות שגובשו לשם פתרון בעיה זו, ובכלל זה התכנית האחרונה שאותה אישר בשנת 2014 )שר הביטחון דאז, מר משה (בוגי יעלון, לא מומשו עקב היעדר הקצאת משאבים מתאימה. מאחר שאושרה תכנית בלא שהוקצו מלוא המש אבים למימושה, יש בכך מענה חלקי בלבד להגנה שמתכננים משהב"ט ופקע"ר לתת ליישובים המסווגים. בעיה זו בולטת בעיקר ביישובי איו"ש. מבקר המדינה המליץ כבר באפריל 2012 לקבוע גורם מתכלל שיהיה אחראי לקבוע את סדר העדיפויות למימוש כלל תקציב מרכיבי הביטחון. במועד השלמת הביקורת לא היה גורם אחד המתכלל את הקצאת מרכיבי ביטחון בראיה לאומית אחידה, ופקע"ר והיחידה להתיישבות המשיכו לעסוק במקביל באותו הנושא ולהשקיע בכך משאבים ניכרים. היחידה להתיישבות, אשר עיקר ה תקציב להקמת מרכיבי ביטחון נמצא בידה, הקצתה את תקציבה על פי סדר עדיפויות שונה מזה שקבע צה"ל, האמון על הגנת היישובים, ולא בהתאם לצרכים הביטחוניים שנקבעו על בסיס האיומים. עקב כך, המשאבים שהושקעו במרכיבי ביטחון, אשר אין בהם ממילא כדי לספק את כל הצרכים הביטחוניים, לא הופנו ליישובים שנזקקים להם ביותר, על פי סדר העדיפויות המבצעי. נוכח המשאבים המוגבלים והיעדר היכולת לתת הגנה מלאה מפני כל האיומים, יש חשיבות יתרה להקצאה יעילה של המשאבים. על כן ראוי ששר הביטחון יקבע שסדר העדיפויות המבצעי שקובע צה"ל ינחה הן את פקע"ר והן את היחידה להתיישבות בגיבוש תכניות העבודה שלהן. על שני הגופים, כל אח ד בתחומו ובתיאום ביניהם, לפעול לגיבוש תכנית לצמצום הפערים במרכיבי ביטחון באמצעות הקצאה מיטבית של המשאבים הקיימים ובכפוף לצורך הביטחוני, תוך ניהול מושכל וקפדני ובהתאמה ליכולות התקציביות הקיימות. נוכח חשיבותם של מרכיבי הביטחון בשמירה על ביטחונם של התושבים ביישובי העימות, על שר הביטחון והרמטכ"ל לוודא את תיקון הליקויים שעלו בדוח זה. בביקורת עלו מקרים שבהם חלק מכוחות צה"ל בגזרות השונות לא הגדירו נהלים ופקודות המסדירים את קשרי העבודה בינם ובין הרבש"צים, וגם במקרים רבים שהגדירו נהלים ופקודות כאמור, כוחות צה"ל אינם מקיימים אותם. על צה"ל לוודא שלכל כוחות צה"ל העוסקים בהגנת היישובים קיימים נהלים ופקודות בתחום זה, ולאכוף אותם. .עוד מעיר משרד מבקר המדינה ליחידה להתיישבות כי על פי תשובתה כבר במהלך 2016 התברר לה כי הפרויקט לא ייצא לפועל ולכן היה עליה לעדכן את סיכום פעילותה לשנת 2016 בכל הנוגע לפרויקט זה. משלא עשתה כן, הצגת הדברים לפני מנכ"ל משהב"ט הייתה לא מעודכנת וחסרו בה נתונים רלוונטיים. . משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי כברבדוח מבקר המדינה בנושא השריפה בכרמל מיוני 2012 העיר המבקר כי "כדי לנהל אירועי חירום באופן המיטבי, חיוני כי כלל הגופים המטפלים באירוע יוכלו לקיים קשר ביניהם באמצעות מערכת משותפת של תקשורת ושליטה". נוכח זאת, על פקע"ר בשיתוף הפקמ"רים להשלים בהקדם את ההיערכות הנדרשת בתחום הקשר, לגבש תכנית להשלמת תחנות הממסר החסרות בהתאם לסדר העדיפויות המבצעי, ולוודא כי לכל היישובים יש אמצעי תקשורת בין כוחות ההגנה הנמצאים ביישוב ובין כוחות צה"ל הנמצאים מחוץ לו, אשר אינם תלויים במערכת הקשר האזרחית ומאפשרים תקשורת רציפה. משרד מבקר המדינה מעיר לפקע"ר כי בסיס מידע אמין ומעודכן בדבר מרכיבי ביטחון הוא תנאי בסיסי לשם גיבוש רשימת צרכים, קביעת סדר עדיפויות לטיפול יעיל במרכיבי ביטחון ולתכנון וניהול של התקציב. כפי שעלה בביקורת, לפקע"ר אין מידע מלא על כלל הפערים במרכיבי הביטחון ביישובים ועל עלות השלמתם. על פקע"ר לשפר את הניהול והבקרה שלו על מצאי מרכיבי הביטחון ביישובים ועל מצב כשירותם, וזאת כדי להבטיח שיהיה בידיו בסיס מידע אמין ומעודכן אודותיהם, דבר שיאפשר לו להקצות את משאביו ביעילות. משרד מבקר המדינה מעיר ליחידה להתיישבות כי יש להקפיד על הצגת פרויקטים לפני ועדת ההקצאות שנועדה לבחינת הצורך באותם פרויקטים לפי רמת חשיבותם, לצורך אישורם וקביעתם בתכנית העבודה עוד בטרם הוצאתם לפועל. אחרת, ועדת ההקצאות משמשת חותמת גומי בלבד.
בביקורת עלה כי פקע"ר לא עדכן את נוהל סיווג היישובים מאז שנת 2011 . אי לכך הנוהל אינו מעודכן בהתאם להגדרות סיווג היישובים שבתכנית פקע"ר מ-2012 ושאותן אישרשר הביטחון ואשר על פיהן פועל כיום פקע"ר.