משרד הבריאות . סוגיות בפיקוח על מזון - משרד הבריאות על אף ההסכמות עלה, כי המעבדות לבריאות הציבור אינן עומדות בדרישות של תקנות ההתגוננות האזרחית הנוגעות להן, והן אינן ממוגנות כנדרש, ולכן אם ייפגעו - לא יוכלו להעניק שירות ראוי. נוסף על כך התברר לדוגמה, שבמרחבים המוגנים במעבדה בתל אביב ובמקלט הקטן בבאר שבע אין די מקום להכיל את כל העובדים. בפועל לא הניבו פעולות אלו כל שינוי, ועד מועד סיום הביקורת בנובמבר 2015 לא השתנה המבנה הארגוני של מעבדות בריאות הציבור. מצד שני, המשרד גם לא החליט לבטל את תפיסתו בדבר הצורך באיחוד המעבדות. משרד מבקר המדינה העיר למשרד הבריאות שהותרת המצב על כנו מסוף שנת 2007 .משאירה את עתיד המעבדות לבריאות הציבור לוט בערפל תקצוב חסר : המעבדות לבריאות הציבור אינן מתוקצבות במסגרת תקציב .המדינה לפי הפעילות הצפויה, וכאשר יש פער בין התקציב הנדרש לזה .המוקצה, הוא מכוסה באמצעות הכנסות מביצוע בדיקות לגורמי חוץ. בביקורת .עלה, כי תקציב תפעול המעבדה לבריאות הציבור בתל אביב על פי התקציב .המתוכנן לשנים 2013 ו- 2014 היה צפוי להיות 6.6 מיליון ש"חבכל שנה . .בפועל הי ה תקציב התפעול גבוה יותר והסתכ ם בכ-11.9 מיליון ש"ח בשנת .2013 ובכ-16.7 מיליון ש"ח בשנת 2014 . זהו פער של יותר מחמישה מיליון .ש"ח ( 75% )וכ-עשרה מיליון ש"ח ( 150%) , ,בהתאמהמזה שנקבע בתקציב .המתוכנן, כשתוספת התקציב לא הגיעה מהכנסות המעבדה לבריאות הציבור .בתל אביב אלא מתקנה אחרת באותה תכנית - "הכנסה מבדיקות שירות .המזון". בשלוש מעבדות - בתל אביב, בחיפה ובבאר שבע - הונחו מכשירים במעברים ובמסדרונות. הצפיפות בבאר שבע ובתל אביב אינה מאפשרת עבודה יעילה, והיא גם עלולה להיות מפגע בטיחותי. הגישה החופשית למרתף המעבדה בשיבא היא סכנה בטיחותית. למשרד אין תכנית מעשית לשיפור המצב הפיזי של המעבדות שמלווה שתקציב. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לקבוע בדיקה תקופתית לבחינת תכנית הדיגום למוצרים המיובאים לפי רמת הסיכונים שבאותם המוצרים כדי לייעל ולפשט את תהליכי הבקרה. זאת כדי שההליך יהיה יעיל, אפקטיבי ומגובה בבדיקה מדעית רלוונטית שתוכיח שאכן מדובר בתהליך אופטימלי. בשל העובדה שהמשרד הוא המאסדר של בדיקות המזון והוא גם מפעיל את אחד הגופים הראשיים בתחום זה ללא הגדרה נורמטיבית ברורה תחת איזה "כובע" הוא פועל - מתעורר חשש לפגיעה בשיקול דעתו האובייקטיבי ולקבלת החלטות מוטות . הדבר אף עלול לאפשר התנהלות שונה במקרים דומים. משרד מבקר המדינה המליץ למשרד שישקול את השימוש באמצעי להפצת מידע שבו כל עדכון יישלח ישירות גם לגורמים הרלבנטיים כגון יבואנים, יצרני מזון ואיגודי מזון לפני המועד המחייב כדי שיוכלו להיערך בהתאם. בביקורת עלה, כי מחלקת המעבדות לא הסדירה את נוהלי תהליכי הבקרה על פעילות המעבדות. כמ ו כן נמצא שבמעבדות הממשלתיות לבריאות הציבור לא עשתה המחלקה בקרות, לעומת שמונה המעבדות הפרטיות שבהם עשתה המחלקה בקרה כל שלוש שנים, אך אף אחת מהן לא הייתה בקרת פתע65 . משרד מבקר המדינה מעיר למשרד שכדי להסדיר את פעילות המעבדות ולהבטיח את איכות פעילותן עליו לקבוע נוהל מתאים ולוודא שבקרות המחלקה למעבדות נעשות לפיו. לדעת משרד מבקר המדינה, התוצאות הסותרות שעלו בבדיקות של שתי מעבדות שבדקו את אותה דגימה ממחישות את הצורך לברר את הסיבה לסתירות שבהן ולקבוע מאפיינים שנדרשים לכל בדיקה, למשל - מהו סוג המצע שיש להשתמש בו. הסתירות האלה גם ממחישות את הצורך להסדיר בדיקות אימות שוטפות באופן שגרתי לצורך הבקרה על אמינות הבדיקות. למשל - באמצעות ביצוע בדיקות צולבות של כמה מעבדות לאותה דגימה.
בנושא כוח האדם של המעבדות לבריאות הציבור העלתה הביקורת את הבעיות האלה: המשרד לא קבע מפתח תקינה ולּו מזערי של כוח האדם שלהן; כמחצית מן העובדים הם עובדים ותיקים בני 55 ומעלה, אך המשרד לא הכין תכנית לקליטת כוח אדם חלופי לקראת פרישתם; עובדים בעלי השכלה גבוהה במיוחד מבצעים עבודות זוטרות. למשל: עובדת שעשתה פוסט -דוקטורט במכון וייצמן חותכת במעבדה דגימות מבשר עוף, ובמקרים אחרים מבצעים מנהלי מעבדות בעצמם בדיקות מעבדה רבות. המשרד גם לא הנחה לקיים חפיפה לקראת פרישת עובדים, ואף לא הקצה לכך תקציב. באחת המעבדות (חיפה) פרש לגמלאות כמעט דור שלם של עובדים בשנים האחרונות, ואולם העובדים שפרשו לא יכלו לבצע חפיפה עם העובדים החדשים כיוון שאלו עדיין לא גויסו, ובכך אבד ידע רב שעובדים מנוסים יכלו להנחיל לדור העובדים הבא. לכך יש לה וסיף שמכרזים לקליטת עובדים חדשים מתפרסמים לפחות כמה חודשים לאחר פרישת העובדים, והליך המכרז לקליטת עובד חדש נמשך זמן רב. לדוגמה: משרת עובדת מעבדה שהתפנתה בדצמבר 2012 בעקבות שיבוצה לתפקיד אחר עדיין לא אוישה כשלוש שנים לאחר מכן, בנובמבר 2015 .