צבא ההגנה לישראל . ההיערכות לפגיעה במתקני חומרים מסוכנים באירועי לחימה הועלה כי במועד סיום הביקורת טרם השלימה רח"ל את עדכונם של איום ותרחיש הייחוס המצרפי לזירה האזרחית, בין היתר מכיוון שטרם אושר איום ייחוס צה"לי עדכני לעורף , שעליו רח"ל נשענת בעדכון של איום הייחוס המצרפי בהיבטים ביטחוניים ושל תרחיש הייחוס המצרפי לזירה האזרחית. על צה"ל להשלים את כתיבת איום הייחוס הצה"לי לעורף, ולאחר מכן על רח"ל לעדכן את איום הייחוס המצרפי ואת תרחיש הייחוס המצרפי ולהביאם לאישור הקבינט מדיני- ביטחוני, ובכך תתאפשר היערכותם של הגופים השונים. במועד סיום הביקורת טרם סיים המשרד להג"ס את השלב השני של סקר הסיכונים המצרפי למפרץ חיפה, שכאמור עוסק בין היתר בתרחיש מלחמתי. בשל חשיבות סקר הסיכונים המצרפי לפעילות הגופים בשעת חירום מומלץ כי המשרד להג"ס ישלים סקר זה בכל הנוגע לתרחיש מלחמתי, בשים לב למשך הזמן הצפוי עד למימוש החלטת הממשלה. על מנת לבחון השפעת תגובת שרשרת בתרחיש מלחמה מומלץ כי יישום הנחיות המיגון של פקע"ר ייבחנו במסגרת הכנת סקר הסיכונים המצרפי לתרחיש מלחמה במפרץ חיפה, שעליו אמון המשרד להג"ס. על צה"ל לקדם את גיבושם של איום ייחוס עדכני לעורף ותרחיש ייחוס עדכני לעורף המגדירים סדר י עדיפויות, יעדים ואילוצים ברמה המטכ"לית . זאת כדי לאפשר לצה"ל ולפקע"ר לקבוע את סדרי העדיפות בבניין הכוח, לשם היערכות לאיומים על העורף. נוכח האיום המתעצם בתחום הרחפנים, ההתפתחות המהירה בתחום זה והאפשרות שהאויב יחזיק ברחפנים בעלי יכולות מתקדמות הכוללות אפשרות פגיעה גם במתקנים רגישים המכילים חומ"ס, מומלץ לפקע"ר לבחון מפעם לפעם את המידע על איום הרחפנים ואת המשמעות הנגזרת מאיום זה לגבי מפעלי חומ"ס באזורי הארץ השונים ובפרט של אלו המוגדרים על ידי פקע"ר כמחזיקי חומ״ס מסכני אוכלוסייה ואלו המוגדרים כבעלי פוטנציאל סיכון לאוכלוסייה. זאת כדי לקבוע את המיגון המתאים להם, ובכך לצמצם את הסיכון של אירוע חומ"ס עקב פגיעה ישירה של חימוש שהוטל מרחפן. משרד מבקר המדינה מציין כי נוכח ריבוי תקיפות הסייבר המתרחשות בזירה העולמית, ונוכח התגברות תקיפות הסייבר נגד תשתיות ומתקנים אסטרטגיים בישראל, ובכלל זה ניסיונות תקיפה של מתקנים המחזיקים חומ"ס, על אג"ת להשלים את פעילותו בנושא הגדרת איום הייחוס בנושא הסייבר ואת הנגזר ממנו בנוגע לאירועי חומ"ס, כדי לשפר את היערכותם של מפעלי החומ"ס נגד איום זה. בביקורת עלה, כי למעט תרחיש ייחוס שמערך הסייבר הלאומי מכין לגופי תשתיות מדינה קריטיות אחת לשנה (כפי שמסר למשרד מבקר המדינה), מערך הסייבר הלאומי והמשרד להג"ס לא הכינו תרחיש ייחוס לאיום הסייבר לגבי מפעלים המחזיקים חומ"ס ושאינם גופי תשתיות מדינה קריטיות. נוכח הסיכונים והאיומים הנשקפים מאירוע חומ"ס, על המשרד להג"ס לפעול להשלמת הקמתה של מחו"ל תוך קביעת אבני דרך ולוח זמנים להשלמת ההקמה, ולבחון את שילובה של כב"ה במערכת זו. הבדיקה העלתה כי יש הבדלים זניחים בין הנתונים הקיימים במאגרי המידע של המשרד להג"ס לאלו הקיימים במאגרי המידע של פקע"ר לגבי 39 מחזיקי חומ"ס63 , וכי הבדלים אלו אינם משפיעים על הצורך במיגון של המתקנים. משרד מבקר המדינה מציין לחיוב את תוצאות השוואת בדיקת המאגרים. בביקורת עלה כי היעדר שיתוף אוטומטי ומקוון במידע בין המשרד להג"ס לפקע"ר בנוגע להחזקת חומ"ס עלול למנוע עדכון של פקע"ר בזמן אמת בשינויים בנתונים המעודכנים הנוגעים לסוג החומ"ס ולכמותם. נוכח החשיבות הרבה שבהעברת המידע בין הגופים בנוגע לטיפול בהיתרי הרעלים, וכדי למנוע פערים במיגון מפעלי החומ"ס, מומלץ למשרד להג"ס ולפקע"ר לשלב באופן מקוון את מערכות המידע הממוחשבות שלהם, ובכך להשיג את מימוש היעד שעלה בתוכנית האב להתגוננות אזרחית של פיקוד העורף. הדבר יסייע גם לקיצור זמנים ולייעול ניכר של קיום חובת הדיווח על ידי מחזיקי החומ"ס לפקע"ר. משרד מבקר המדינה מציין כי נתונים אודות כשירות הגדודים במתאר של הצלה באירוע חומ"ס לפי כל מרכיבי הכשירות נדרשים כדי לקבוע את היקף האימון והתרגול של הכוחות לשם שמירה על כשירותם המבצעית. מומלץ כי פקע"ר ינתח את כשירות הגדודים למתאר של הצלה מאירוע חומ"ס לפי כל מרכיבי הכשירות, ויוודא כי גדודי החילוץ מבצעים אימונים ותרגולות על פי מרכיבים אלו לרבות אימון לפינוי נפגעים עם מיגון כדי לשפר את יכולת עמידת הגדודים במשימתם. ממכלול הדברים עולים פערים במוכנות כב"ה למתן מענה מיידי ומספק לארועי חומ"ס, ובפרט בחירום ובהלימה לתרחישי הייחוס. מומלץ כי כב"ה בשיתוף המשרד לבט"פ תבחן את כלל היערכותה כך שהיא תוכל לתת מענה באירועי חומ"ס בדגש על אירועים בעת לחימה. בביקורת עלה כי בשנת 2018 81% ממחזיקי החומ"ס (2,986 מתוך 3,686 ) מילאו אחר חובת הדיווח לפקע"ר, וכי בשנת 0192 ירד שיעור המדווחים ל-%7568 . משמעות הדבר היא שרבע ממחזיקי החומ"ס לא מילאו אחר החובה ולא דיווחו לפקע"ר על מלאי החומ"ס שברשותם, ועקב כך לפקע"ר עלול להיות מידע חסר בנוגע לחומ"ס שבמתקנים והאפשרות שהם יסכנו אוכלוסייה ויש לתת לגביהם הנחיות מיגון בשעת חירום מלחמתית. יצוין כי שישה ממפעלי החומ"ס שלא דיווחו לפקע"ר הם מסכני אוכלוסייה ממוגנים הממוקמים באזורים שונים בארץ. מומלץ כי המשרד להג"ס יבחן את שיתוף המידע המקוון בנושא החומ"ס עם כב"ה ועם גופי חירום רלוונטיים נוספים, כדי לטייב את עבודתה של כב"ה במתן המענה לאירוע חומ"ס. הטיפול של המשרד להג"ס בהקמת מחו"ל נמשך כ-14 שנים ממועד פרסום דוח שפיר בשנת 2007 אשר אומץ על ידי המשרד להג"ס ובעת סיום הביקורת, טרם הושלמה הקמת המערכת, וטרם נקבע לוח זמנים לסיום הקמתה. נמצא כי בשנים 2020-2015 הגיש פקע"ר למשרד להג"ס עשר בקשות לשימוע למתקני חומ"ס שמוקמו באזורים שונים בארץ, מתוכם במועד סיום הביקורת נותרו שתי בקשות לביצוע שימוע. פקע"ר נושא באחריות להצבת דרישות מיגון למתקני החומ"ס ולפיקוח על מילוין, והוא נדרש לסיוע של המשרד להג"ס לביצוע פעולות אכיפה אפק טיביות. מומלץ כי פקע"ר יפעל מול המשרד להג"ס לקידום הטיפול בבקשותיו לאכיפה וכי המשרד להג"ס יסייע לפקע"ר בפעולות האכיפה הנדרשות בלוחות זמנים אפקטיביים. בביקורת עלה כי התמיכה של המשרד להג"ס בפעילות פקע"ר כגורם מקצועי שישתף אתו פעולה בעת לחימה לוקה בחסר, דבר העלול לפגוע ביכולת של פקע"ר לבצע ביקורות במפעלי חומ"ס בזמן לחימה. להלן הפרטים: על המשרד להג"ס להקפיד על יישום הנהלים ומילוי התחייבויותיו כלפי פקע"ר, כדי לטייב עמידת המפעלים בהנחיית פקע"ר ולמניעת נזקי נפש ורכוש. על המשרד להג"ס להקפיד לדווח לפקע"ר באמצעות ממוני החומ"ס המחוזיים בנוגע לכל הבקשות של המפעלים לשינוי סוג החומ"ס או לתוספות בכמותם ולהקפיד, כפי שנקבע בנוהלי העבודה שבין משרד להג"ס לבין פקע"ר, שלא לנפק היתר רעלים ללא התייחסות פקע"ר. עוד מומלץ כי המשרד להג"ס ופקע"ר יבחנו את הצורך בעדכון פקע"ר במקרים בהם המשרד להג"ס לא קיבל הנחיות פקע"ר לשם יידועו. משרד מבקר המדינה מציין כי בתרחיש מלחמתי שבו יש אפשרות שיהיו כמה אירועי חומ"ס חמורים בו-זמנית בד בבד עם הפרות סדר רב -זירתיות היכולות להימשך ימים רבים בשטחים שלמשטרה יש אחריות לביטחון הפנים בהם, עלול להיווצר מצב שבו באירועי חומ"ס הכוחות של המשטרה לא יהיו זמינים לחילוץ בלוח הזמנים הנדרש בפק"לי האופציות של פקע"ר. משרד מבקר המדינה מציין שהמשרד להג"ס החל בהטמעת התנאים בהיתרי הרעלים שיאפשרו אכיפה של דרישות פקע"ר במצב מיוחד בעורף כלפי מחזיקי חומ"ס. מומלץ כי המשרד להג"ס ישלים הטמעת עמידה בדרישות פקע"ר בהיתרי הרעלים וכי פקע"ר והמשרד להג"ס ייבחנו את הצורך באסדרת סמכות האכיפה של פקע"ר בפרט בחירום. נמצא כי במועד סיום הביקורת הושלמו דרישות פקע"ר למיגון בשלושה מתקני חומ"ס, ובשני מתקנים הופחתו מלאי החומ"ס המוחזקים בהם. אשר לעוד מתקן, מחזיק החומ"ס בו טרם השלים את כל הנחיות המיגון שניתנו לו בשנת 2014. עד מועד סיום הביקורת לא השלים מערך הסייבר את תיאום האסדרה בין משרדי הממשלה השונים, ולא נקבע המשרד המוביל בנוגע למתן הנחיות להגנה מפני איומי סייבר למפעלים המחזיקים חומ"ס. עקב כך עלול להתקיים כפל אסדרתי בנוגע למפעלים ומתקנים המחזיקים בחומ"ס, דבר העלול להאריך את משך הטיפול של מחזיקי החומ"ס במתן מענה להנחיות של משרדי הממשלה השונים. בשל פוטנציאל הנזק הנשקף מאירועי חומ"ס העלולים להיגרם גם מתקיפות סייבר, ונוכח ריבוי ההנחיות למפעלים הנובע מכפל האסדרה, מומלץ שמערך הסייבר ישלים את הטיפול בצמצום הכפל האסדרתי הקיים במשרדי הממשלה הנוגעים לתחום החומ"ס וייקבע מאסדר מוביל בכל הנוגע לאיומי הסייבר, אשר אליו יותאמו ההנחיות של שאר המאסדרים. זאת כדי לאפשר למפעלים להיערך בצורה יעילה כנגד איום הסייבר.
בשנת 2018 הכין מערך הסייבר תזכיר חוק "הגנת הסייבר ומערך הסייבר הלאומי, התשע"ח 2018 ", והוא הופץ ביוני 2018 להתייחסותם של משרדי הממשלה, לרבות המשרד להג"ס וכן להתייחסות הציבור. נכון למועד סיום הביקורת, התקבלו הערות ממשרדי הממשלה השונים לתזכיר החוק, אך טרם הושלמה הכנת טיוטת החוק והיא טרם הועלתה לדיון בוועדת שרים לענייני חקיקה.