משרד ראש הממשלה . היבטים בניהול ארכיון המדינה .מהתרשים עולה שעל פי נתוני משרד רה"ם, 18.5 משרות בתקן כוח האדם של הארכיון, שהן קרוב לרבע המשרות שבו, לא היו מאוישות במאי 2015 :10.5 ממשרות העובדים ו -8 ממשרות הסטודנט. חלק ממשרות העובדים לא אוישו זה שנים, האחת לא אוישה מדצמבר 1975 , השנייה- משנת 1995 , השלישית- משנת 2007 , משרה וחצי נוספות לא אוישו מפברואר 2012. במשך שנים הועלו בדוחות מבקר המדינה ליקויים בנוגע לאופן שבו גופי הממשל השונים תיעדו את הרשומות הפיזיות והאלקטרוניות שברשותם, לצד חולשה של ממש באופן שבו פיקח הגנז על פעולתם של גופי הממשל. לדעת משרד מבקר המדינה, אף שתכנית אב אינה מחויבת להסדיר את כל תחומי עבודתו של הארכיון, הרי ש הנחת התשתית לפעולה סדורה של גופי הממשל לשמירת הרשומות שברשותם היא נדבך יסודי ביכולת לחולל בממשל שינוי מערכתי בתחום זה , ו על כן ראוי היה לכלול אף אותה בתכנית . ללא הטמעה של סדרי שימור בקרב מאות הגופים שבמסגרתם נוצרות הרשומות לא ניתן יהיה להוביל רפורמה כוללת ואפקטיבית. לפיכך נודעת חשיבות לכך שכל תכנית רפורמה שתיושם בנושא זה תאפשר להתמודד בין היתר עם סוגיות אלה: גיבוש תשתית נוהלית, קיום פעולות הדרכה והטמעה וקיום פיקוח אפקטיבי על גופי הממשל השונים. במשך השנים, בתקופות כהונתם של כמה גנזים, גדל היקף החומר הארכיוני שנדרשו גופי הממשל להפקיד בארכיון המדינה, אולם החומר לא הופקד בארכיון. בד בבד צמצם הארכיון בהדרגה את היקף הפיקוח שלו על האופן שבו שמרו גופי הממשל רשומות פיזיות ואלקטרוניות. לנוכח האמור לעיל גיבש גנז המדינה תכנית רפורמה בארכיון המדינה, וזו הובאה לאישור ראש הממשלה, כנדרש, ולאחר מכן גיבש תכנית רפורמה מורחבת והגישה לאישור מנכ"ל משרד רה"ם, כנדרש בהחלטת הממשלה. אין חולק על הצורך ברפורמה בארכיון, בין היתר כדי לייעל את טיפולו ברשומות אלקטרוניות. יש לתת את הדעת על הממצאים שפורטו בפרק זה בנוגע לאופן שבו גובשה הרפורמה ולבקרה שנדרשה על יישומה. תכנית האב השנייה, כמו תכנית האב הראשונה, לא אפשרה להתמודד עם כל תפקי די הארכיון על פי חוק הארכיונים ובכלל זה עם תפקידים מהותיים; ועדת היגוי שנועדה, על פי החלטת הממשלה, לעקוב אחר יישום הרפורמה לא פעלה כלל. הגנז כלל ברפורמה מרכיב מרכזי הנוגע לחשיפת חומר ארכיוני, אשר ספק אם יש לארכיון משאבים לצורך ביצועו. על הגנז לגבש הצעה לע דכון תכנית האב הרב -שנתית לארכיון, אשר תביא לידי ביטוי את כלל תפקידי הארכיון על פי הדין, ותגובש, בין היתר, בהתאם לתקציבים שהוקצו לו ולכוח האדם שעומד לרשותו. יש לוודא שהטלת תפקידים על הארכיון מעבר לדרישות חוק הארכיונים לא תבוצע על חשבון ביצוע התפקידים המוטלים עליו מכוח החוק. את ההצעה הזאת על הגנז להביא לפני משרד רה"ם, לצורך בחינה ואישור. על הגנז לנקוט את הפעולות הנדרשות כדי שוועדת ההיגוי תפקח על ביצוע התכנית המעודכנת, כנדרש בהחלטת הממשלה. נמצא כי עוד לפני שהסתיימה בדיק ת המשטרה העביר הגנז לעיתונאי 53 תיקי חקירה. מכאן שהגנז חשף תיקים של המשטרה בלי שהיא החליטה לחשפם, שלא כנדרש בתקנות העיון. באפריל 2015 פרסם העיתונאי כתבה בנושא וצוין בה כי נפתחו לעיון בארכיון המדינה 53 תיקים של יהודים שנחשדו בשיתוף פעולה עם הנאצים. בכתבה הובאו נתונים על מספר התיקים שנסגרו לפי עילת הסגירה, וכן הובאו שתי דוגמאות שבהן צוינו שמות החשודים בראשי תיבות, וכן צוין תפקידו של האחד ומקום פעולתו של השני. הגנז אף לא הביא לידיעת המשטרה כי בכוונתו לאפשר לעיתונאי לעיין בתיקי החקירה. נמצא כי החלטת הגנז בעניין זה התקבלה בלא שהתייעץ עם מנהל המחלקה ובלא שהביא את הדבר לידיעת עובדי המחלקה. נמצא כי בדברי ההסבר להצעת ההחלטה נאמר בקצרה שחלקים מתכנית האב כבר יושמו בהצלחה בשנה האחרונה, וזאת בעיקר בתחומים אלה: פרויקט סריקת מסמכים רחב היקף, אפיון והקמה של מערכת מחשוב מרכזית המותאמת למשימות וביצוע צעדים ראשונים בתחום ההנגשה. בדברי ההסבר לא הובא כל מידע ולא הוצגו נתונים המבהירים את ההצלחה כביכול ביישום תכנית האב. על סמך ההצעה הזאת אישרה הממשלה להרחיב את הרפורמה ולהקצות לה משאבים נוספים. הרפורמה בארכיון המדינה והשינוי הארגוני כרוכים כאמור זה בזה, והם משפיעים על רוב תחומי פעילותו של הארכיון, על עבודתם של רוב העובדים בו ולעתים אף על תנאי העסקתם. שינויים שכאלה ראוי לגבש גם בהתייעצויות מקצועיות עם מנהלים ועובדים בארגון, שעשויים לתרום להליכי הבחינה וההחלטה בנושא, ואמורים ליישם הלכה למעשה את הרפורמה. על פי ממצאי הביקורת, לא התקיימה התייעצות בנוגע לשינוי הארגוני עם רוב המנהלים והעובדים בארכיון המדינה, וכמה מהם העלו זאת לפני המשנה למנכ"ל משרד רה"ם. הפתרון שקבע המשנה למנכ"ל - מינוי צוות תומך לתהליך הרפורמה - יושם באיחור. על משרד רה"ם, בהיותו האחראי מהבחינה המינהלית לעבודת הארכיון, לוודא שהמחלוקות המקצועיות והאחרות שהתגלעו בין הגנז לחלק ממנהלי הארכיון ועובדיו לא יהיו תשתית רעועה ליישום הרפורמה ולביצוע השי נוי הארגוני וכן להמשך תפקודו של ארכיון המדינה. לדעת משרד מבקר המדינה, העובדה שמתחילת שנת 2014 לא נשמרות בארכיון חלק מהרשומות של משרדי הממשלה אינה עולה בקנה אחד עם הוראות חוק הארכיונים, וראוי היה לפעול למציאת פתרון הולם לבעיה. על גנז המדינה לפעול לריכוז חומר ארכיוני שיש לגנוז לצמיתות בארכיון המדינה ולנקוט את הפעולות הנדרשות לאחזורו, ובכלל זה לאתר מקומות אחסון מתאימים עד שתושלם הקמתו של מתקן הקבע.
באפריל 2013 העריך הגנז כי בשרתי המערכות הממוחשבות של משרדי הממשלה יש כמאה מיליון קבצים שלא הועברו לשימור בארכיון המדינה.