המשרד לשירותי דת . היבטים בפעילות אגף הזהות היהודית במשרד לשירותי דת המתעניינים הפוטנציאלי, מומלץ לכלול באתר האגף מידע על הפעילויות שהוא מממן, על ייעודן ועל מיקומן ברחבי הארץ ועל דרכי ההתקשרות עם הגופים המפעילים את התוכניות, והכול לטובת הציבור. נוכח שיעור הניצול הנמוך של תקציב האגף, והגם שניכרת מגמת עליה בניצול התקציב, מומלץ שהמשרד והאגף יבחנו את התכנון התקציבי של פעילויות האגף וכן את החסמים העומדים בפני מימוש מלוא התקציב. נמצא כי האגף לא קבע קריטריונים לבחינת התאמת הפעילויות שהוא ממנן לתכלית החלטת הממשלה, דבר שגם יאפשר לשקף את אופן ביצוע פעילותו ולפעול מתוך ראיה מערכתית כוללת. באתר המרשתת של המשרד יש דף המפרט את הפעילויות שבמימון האגף. אולם, אין בפרסום זה הפניות לעמותות המפעילות אותן, מועדיהן, המיקום שלהן, עלויות למשתתף וכדומה. מבקר המדינה רואה בחיוב את הפרסום של כלל הפעילויות באתר המשרד. עם זאת, לצורך הפצה רחבה של דבר פעילויות האגף לציבור עוד נמצא כי האגף אינו מרכז נתונים מפורטים על הפעילויות שמקיימת כל עמותה, ולכן לא ניתן לנתח אותן ולעמוד על מהותן: במה הן מתמקדות; כמה אנשים משתתפים בכל פעילות; האם קיימות כפילויות של הפעילויות לאותה אוכלוסייה - בין שבין עמותות ובין שבפעילויות של אותה עמותה; האם יש תחומים שאינם מקבלים ביטוי ומנגד תחומים שמבוצעים ביתר. מוצע כי בנוסף לפעולות ליווי הפרויקטים ופיקוח עליהם שמקיים המשרד יקבעו מדדים שיאפשרו ניתוח של הפעילויות שיזם האגף ותיבחן עמידתו במטרות שקבעה הממשלה בהחלטתה. עוד מוצע כי האגף יקבע קריטריונים לבחירת פעילויותיו, ויכלול אותם בתוכנית העבודה שלו שיאשר המשרד. האגף אומנם דורש מהארגונים המפעילים את הפרויקטים לבצע פעולות של הערכה ומדידה כמותיים אך בהיעדר קביעת יעדי תוצאה ספציפיים שיבחנו את איכות הפעילות של כל פרויקט, הערכת מידת השגת מטרות הפעילות אינה מיטבית. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את עריכת המחקר החלוץ של מדידה והערכה של פרויקט בתחום הזהות היהודית. ראוי כי מהלך זה יניב מסקנות שיביאו לשיפור איכות הפעילויות שמפעיל האגף. יש מקום שהאגף יבחן את ההמלצות בעקבות הפיילוט ויקבע מתכונת לביצוע מדידה והערכה לכלל הפרויקטים שהוא מפעיל. בכלל זה מומלץ כי האגף יקבע גם יעדים איכותניים למידת המועילות של הפעילויות ולתרומתן לחיזוק הזהות היהודית, ויבחן את העמידה שלהן ביעדים. נוסף על כך, ראוי לשקול שילוב של משובים מטעם הציבור שיאפשרו לאגף להעריך את מידת שביעות הרצון של המשתתפים בפעילויותיו. ראוי שהאגף יקפיד לאשר מראש שילוב של קבלני המשנה בהתקשרויותיו עם העמותות, כפי שנקבע בהסכמי ההתקשרות עמן. מומלץ שיהיה בידי האגף מסד נתונים על קבלני המשנה שיכלול פירוט של הפעילויות שהם מבצעים ופרטי האוכלוסיות הנהנות מפרויקטים אלה. 11-כפל תשלום של האגף עבור פעילויות במימונו: בביקורת נמצא כי ב ש"ח לשתי עמותות שונות 28,000 מקרים שילם האגף סכום כולל של באותו 2018 עבור אותה פעילות שהתקיימה בחודשים יולי עד אוגוסט מקום ובאותה השעה. יש לראות בחיוב את הפעולות הנקודתיות שנקט האגף בהקשר למקרה האמור. מומלץ שהאגף יסדיר תהליך בדיקה שיטתי שימנע תשלום לשתי עמותות שונות עבור אותה פעילות. אמנם האגף ביצע פעולות לתיאום מול משרד החינוך לצורך מניעת מימון מקביל ואולם התיאום לא כלל בדיקה בכל הנוגע לביצוע באמצעות קבלני משנה. מומלץ כי האגף יגבש מנגנון לתיאום מול משרדים אחרים שיסדיר את הפיקוח והבקרה על אופן הבדיקה מול משרדים אחרים. ראוי שמנגנון זה יכלול התייחסות לאפשרות שהפעולות מבוצעות באמצעות קבלני כדי להבטיח ביצוע, פיקוח ובקרה, על המשרד לשירותי דת לשקול ליישם את הוראות נוהל שר האוצר בדבר פיקוח ובקרה על תמיכות במוסדות ציבור ועל מיזמים המבוצעים בדרך של התקשרות חוזית. על המשרד לשירותי דת לשקול להקצות לפחות חצי אחוז מהתקציב המיועד להתקשרויות בתחום הזהות היהודית לטובת ביצוע פיקוח ובקרה איכותניים וכמותיים.
בביקורת עלה כי עם כניסתו הסדר למניעת ניגוד עניינים למנהל האגף: המשרד לא ביקש ממנהל האגף למלא שאלון לאיתור 2014 לתפקיד בשנת ניגוד עניינים אף שהוא נמצא בתפקיד הכרוך בהפעלת שיקול דעת הגם שהוא לא נכלל בשלוש הדרגות המחייבות; מנהל האגף לא דיווח על הזיקה האפשרית הקיימת בגין עיסוקיו בעבר ולא הוכן עבורו הסדר למניעת ניגוד עניינים.