נת_ע - נתיבי תחבורה עירוניים להסעת המונים בע_מ . היערכות להקמת הרכבת הקלה במטרופולין תל-אביב משרד מבקר המדינה מעיר, כי לא זו בלבד שלוח הזמנים לסיום הקמת הקו האדום נדחה בשלוש או חמש שנים, הרי שנוכח השונות בין נת"ע לחברת הבקרה לגבי מועד סיום הפרויקט לא ניתן לדעת לאיזה לוח זמנים מדויק לצפות, דבר שיש לו השלכות על עלויות הפרויקט וכדאיותו, על העלויות למשק ועל מערך התחבורה הציבורית במטרופולין תל אביב. נמצא כי רק לאחר כמעט שנתיים ממועד החלטת הממשלה מ- 2010 , הציגה נת"ע לראשונה אומדן תקציב המבוסס ברובו על תכנון מפורט. לדעת משרד מבקר המדינה, על מנכ"ל משרד התחבורה לפעול בהקדם להכנת התכנית כנדרש בהחלטת הממשלה מ - 2011 ולהביאה לאישור ועדת השרים. על תכנית כזאת לבחון את יכולתם והיערכותם של גופי הביצוע שיהיו מופקדים על קידום הפרויקטים , ועליה לכלול המלצות לגבי השינויים ו ההתאמות הנדרשים באותם הגופים . זאת על מנת לאפשר לגופים הנוגעים בדבר, ובכלל זה לנת"ע, להיערך בהתאם ולהתכונן כיאות למילוי משימותיהם בביצוע הפרויקטים, לעמידה בתקציבים העומדים לרשותם ולפריסתם במהלך שנות ביצוע הפרויקטים. מהאמור לעיל עולה כי לא נכללו באומדן העדכני של נת"ע מנובמבר 2012 (כ- 14,383 מיליון ש"ח) עלויות רלוונטיות נוספות, וכי הוא מוטה כלפי מטה לעומת האומדן שהציגה חברת הבקרה באוקטובר 2012 (כ- 17.33 .)מיליארד ש"ח הביקורת העלתה כי חרף הגידול הניכר באומדן התקציב וחרף הפיגור הצפוי בלוח הזמנים, לא הובאו עניינים אלה לאישור מחדש של הממשלה. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרדי התחבורה והאוצר להגיש לאישור הממשלה, כמי שאחראית לקביעת סדרי העדיפויות של תקציב המדינה, את השינויים והעדכונים באומדן התקציב ובלוח הזמנים לביצוע הפרויקט. הממצאים בדוח הנוכחי מעידים כי משרדי האוצר והתחבורה לא הפיקו לקחים מדוח מבקר המדינה הקודם, ולא שיפרו את דרכי הטיפול והניהול של תכניות פיתוח, כפי שעולה מפרויקט הקמת הקו האדום של הרכבת הקלה במטרופולין תל אביב. התברר שעד אפריל 2013 , למעלה משנה מהמועד שנקבע לסיום הכנת תכנית העבודה, היא טרם הוכנה, וממילא לא הובאה לאישור ועדת השרים. הועלה כי עד למועד סיום הביקורת בינואר 2013 , טרם נחתם הסכם בין נת"ע לבין משרדי האוצר והתחבורה, על אף החלטת הממשלה מ- 2010 . למעשה, מאז הקמתה של חברת נת"ע בשנת 1997 , במשך יותר מ -15 שנים, היא פועלת ללא הסכם מסגרת עם המדינה - הסכם שאמור להסדיר את מכלול היחסים וההתחייבויות בין הצדדים. הביקורת העלתה כי בהיעדר הסכם, נוצרו חילוקי דעות בין נת"ע לבין נציגי המדינה וגורמי פיקוח ובקרה חיצוניים מטעמה בכל הקשור לשיתוף פעולה ולקבלת נתוני תקציב, לוחות זמנים ומסמכים נוספים עדכניים בפרק זמן סביר. משרד מבקר המדינה מעיר כי על משרדי התחבורה והאוצר וחברת נת"ע לחתום על ההסכם ללא דיחוי נוסף, על מנת להבטיח ניהול תקין של החברה, של הפרויקט ושל כספי המדינה. הביקורת העלתה כי במסמכים הנלווים שהוצגו לממשלה לאישור תקציב פרויקט הקו האדום, לא נמסר פירוט לגבי התקציב הראשוני ולא נמסר על איזה בסיס נתונים הוא נשען. הביקורת העלתה גם כי באותה ישיבת ממשלה לא הוצגו עלויות ההקמה הנלוות המיוחסות לקו האדום. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על משרד האוצר, משרד התחבורה ונת"ע להציג לממשלה את העלויות הנלוות ההכרחיות להקמת הקו האדום. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח הגידול באומדן התקציב של הפרויקט, השינויים בלוח הזמנים ושינויים אחרים שנעשו בפרויקט, על נת"ע ועל משרדי התחבורה והאוצר לפעול בהקדם לגיבוש הסכמים מעודכנים עם כל הרשויות המקומיות שבתחומן עובר הקו האדום, שיסדירו את ההיבט הכספי ואת העברת זכות השימוש במקרקעין. ז את על מנת למנוע עיכובים בביצוע הפרויקט ולמנוע התייקרויו ת נוספות.
.במועד סיום הביקורת, ינואר 2013 , היו בנת"ע שבעה נהלים תקפים בנושאים הקשורים למחשוב, אבטחת מידע ואישור חשבון ספק. החברה לא קבעה נהלים בתחומי פעולה אחרים חשובים ומשמעותיים, ובהם כספים, רכש, גיוס כוח אדם, גיוס בכירים ונסיעות לחו"ל. החברה גם לא קבעה נהלים בתחומי הליבה של עיסוקה, ובהם ביצוע פרויקט הקו האדום, תכנון ותחבורה.