משרד הכלכלה והתעשייה . מרכז ההשקעות .לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שבחינת עמידתן של החברות בתכניות שאושרו להן לא תתבסס על ביצוען בעת קבלת בקשות עתידיות של חברות אלה. לדעת משרד מבקר המדינה, על מרכז ההשקעות לשפר את הבקרה על עמידת החברות בתנאי כתב האישור בתקופת ביצוע ההשקעה; כך יוכל לקבל את ההחלטה על ביטול כתב האישור ועל החזר כספי המענק קודם שהחברה תגיע לחדלות פירעון. לצורך כך ראוי כי בהליך קבלת ההחלטות של מינהלת מרכז ההשקעות בכל הנוגע לחברות שאינן עומדות בתנאי כתב האישור תתקיים התייעצות מקצועית עם חשב משרד התמ"ת. כמו כן, על חשבות משרד התמ"ת ועל מרכז ההשקעות לפעול לקידום הגבייה מחברות שלא השיבו את כספי המענק כנדרש. כן ראוי לשקול את האפשרות שכספים שיתקבלו במסגרת הליכי גבייה מחברות אלה ישמשו שוב את מרכז ההשקעות למתן הטבות למשקיעים. לדעת משרד מבקר המדינה על מרכז ההשקעות בשיתוף משרד האוצר לגבש לאלתר מדיניות ונוהלי עבודה בנושא שיובאו בהם בחשבון גם שיקולים של תכנון השקעות לטווח ארוך. אף על פי שמשרד מבקר המדינה קבע כי יש לעגן אישור תכניות השקעה גדולות בנוהל מוסדר, לא פעל מרכז ההשקעות לקביעת נוהלי עבודה ומדיניות מוגדרת בעניין השקעות ענק במסלול המענקים. הדבר עלול לפגוע בעקרון השוויון ובתהליך קבלת ההחלטות מסוג זה. מהתשובות הסותרות של משרד החקלאות ושל הלשכה המשפטית של משרד התמ"ת עולה כי נושא זה עודנו "נופל בין הכסאות", ותשובותיהם מדגישות את הצורך להקים פורום משותף של מינהלות ההשקעה. .שיתוף הפעולה בין המינהלות וישקלו דרכים לתיאום עמדות בסוגיות המתעוררות מפעם לפעם שיש להן קשר לשלושתן, לסיוע בהתגברות על כשלים וחסמים בפעולתן ולהגדרת תחומי הפעילות של כל מינהלה. אף שיחידת הביקורת הפנימית העירה על כך שהשעבוד הצף אינו בטוחה מספקת, ואף שנוהלי מרכז ההשקעות הסדירו את האפשרות לדרוש ערבות כתנאי לאישור תכנית השקעה במצבים מסוימים, מרכז ההשקעות מסתפק בבטוחה אשר כמעט אינה אפקטיבית ולרוב אינה גורם משמעותי ביכולתו לגבות את החובות מחברות שאינן עומדות בתנאי כתב האישור שניתן להן. לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שוועדה המוקמת לבחינת מנגנון ההטבות הניתנות במסגרת החוק תבחן את מכלול ההיבטים הנוגעים ליישום החוק כדי שלא יהיה צורך בהקמת ועדה נוספת זמן קצר לאחר מכן כפי שאירע כמה פעמים בשנים האחרונות. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח ממצאי מחקרים, מסקנות ועדות קודמות ומסקנות ועדת שני, ראוי כי הממשלה תמנף את פעילותה של הוועדה ותשתמש בהמלצותיה לש ם גיבוש כלי סיוע אפקטיביים יותר לפיתוח התעשייה באזורי הפיתוח, לרבות קביעת היקף המשאבים שיוקצו ליישום כלי הסיוע ואופן חלוקתם. במסגרת זו ראוי כי הממשלה תבחן באופן מקיף ויסודי את הכלים האפשריים לצמצום פערים חברתיים וצמיחה כלכלית של אזורי הפריפריה. על מינהלת מרכז ההשקעות למלא את כל התפקידים המוטלים עליה מכוח החוק ולהיות גורם מרכזי ומקשר אפקטיבי בין המשקיעים לגורמי השלטון הנוגעים לביצוע ההשקעה המתוכננת. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד האוצר ועל משרד התמ"ת לוודא שהחלטות הממשלה יעלו בקנה אחד עם האמנות הבין-לאומיות שעליהן חתמה מדינת ישראל. בית המשפט העליון21 עמד על חשיבות קציבת הכהונה של נושאי משרות ציבוריות. למרות זאת לא קצבה הממשלה את כהונתו של נציג הציבור במינהלת מרכז ההשקעות. אף כי לכהונתו של נציג הציבור מלאו בינואר 2011 שלוש שנים ואין כל מניעה כי ימשיך בתפקידו, ראוי כי מינויו יהיה קצוב לפרק זמן מוגדר מראש. עוד ראוי שתיקבע מטרת צירופו ויוגדרו תפקידיו וזאת בשל היותו הגורם המייצג את הציבור במינהלה. יוצא אפוא שבמשך השנים לא הוקמה המועצה. תחת זאת העדיפה הממשלה לבחון את החוק ואת הדרכים להגשמת מטרותיו באמצעות ועדות וגופים חלופיים שהוקמו חדשות לבקרים.
לדעת מ שרד מבקר המדינה, על מרכז ההשקעות, כגוף הנותן שירותים לציבור היזמים והמשקיעים בישראל ומחוצה לה, להבהיר את הוראות החוק, ולהקפיד על עדכון שוטף של המדריך לחוק ועל פרסום מידע מקיף באתר האינטרנט של המרכז על מנת לאפשר ליזמים המעוניינים בכך להגיש למרכז ההשקעות את בקשותיהם בעצמם, מבלי צורך להיעזר במתווכים23.