משרד החינוך . ‏ניהול עצמי בבתי ספר יסודיים על משרד החינוך לפעול במשותף עם הרשויות ומרכז השלטון המקומי ולהגדיר באופן פורמלי את מרחב הפעולה ומידת המעורבות הרצויה של הרשות במסגרת הניהול העצמי, בהיותה רשות חינוך מקומית ואחרא ית למתן חינוך חובה; זאת בכפוף לשמירת מעמד המשרד כקובע את התכנים הפדגוגיים ואת יעדי החינוך במישור הארצי, ובכללם יעדי הניהול העצמי ומתן אוטונומיה לבתיה"ס שבתחום הרשות. ראוי שהמשרד ישקול את הצעת מרכז השלטון המקומי לכונן ועדת היגוי עליונה בשיתופו, שתדון ביחסי הגומלין ובתחומי האחריות כפי שעלו בדוח זה. בכלל זה על המשרד להסדיר את מארג הסמכויות - ובפרט בתחום הפדגוגי - של הרשות המקומית, מנהלי בתיה"ס והמפקחים הכוללים. מהאמור לעיל עולה כי בעקבות יישום המעבר לניהול עצמי בבתיה"ס היסודיים חל שינוי ברמת המעורבות של הרשויות המקומית בנעשה בבתיה"ס וביכולתן להתערב ולהשפיע גם על נושאים ניהוליים, תפעוליים ופדגוגיים; זאת במקביל לצמצום מעורבות המשרד בכל אחד מההיבטים האלה. אין להתעלם מיתרונותיה של מעורבות הרשות המקומית בתחום החינוך, ואולם מעורבות יתר אינה עולה בקנה אחד עם מטרות הניהול העצמי. אין היא משקפת את חלוקת התפקידים שבין המשרד (האחראי לפדגוגיה) לבין הרשות (האחראית למינהל) ואין היא מתיישבת עם כוונת המשרד, במסגרת הניהול העצמי, להעביר ממנו ומהרשות המקומית לבתיה"ס סמכויות, משאבים ואחריות, כדי ליצור את התנאים המיטביים לניהולם. מאחר שמרבית הרשויות המקומיות אינן מקצות באופן דיפרנציאלי את תקציבי סל התלמיד לבתיה"ס שבתחום שיפוטן, עולה ספק אם ההסדר הקיים, המשאיר נושא זה לשיקול הדעת של הרשות, נותן מענה מספק לצרכים הייחודיים של כל בית ספר. הימנעות משרד החינוך מאכיפת הנהלים וההסדרים בעניין הניהול העצמי החלים על הרשויות המקומיות מרחיבה את מעורבותן של הרשויות גם להיבטים חינוכיים -פדגוגיים המיושמים בבתיה"ס, היבטים שלפי תפיסת הניהול העצמי אמורים להיות נתונים בידי מנהלי בתיה"ס. .עיריית קריית אתא קבעה סל תלמיד אחיד לב תיה"ס היסודיים לשנה"ל התשע"ו (589 ( ש"ח) והתשע"ז584 ש"ח), למרות השונות הרבה בנתונים בין בתי"ס אלה - בין היתר בשטחם הבנוי (הנע בין כ - 1,800 לכ- 4,600 מ"ר), בגיל מבניהם (בין60 שנים ל-12 שנים) ובמספר תלמידיהם (בין180 בביה"ס הקטן ל-530 בגדול); עיריית נצרת קבעה בשנה"ל התשע"ו ל-13 בתיה"ס היסודיים שבאחריותה סל תלמיד דיפרנציאלי לפי מספר תלמידיהם83, אך לא על פי פרמטרים נוספים שקיים בהם שוני רב בין בתיה"ס, דוגמת שטחי מגרש ביה"ס (בין 2 דונם ל -12 דונם), השטח הבנוי (בין 1,800 ל- 7,000 מ"ר) וגיל המבנה (בין48 שנים ל-6 שנים); גם עיריית שפרעם (בשנות הלימוד התשע"ו והתשע"ז) והמועצה המקומית עספייא (בשנה"ל התשע"ז) קבעו סל תלמיד אחיד לכל בתיה"ס היסודיים בתחומן למרות השוני הרב ביניהם מבחינת השטח הבנוי84, מספר התלמידים85 וגיל ביה"ס ומצבו הפיזי86. משהמשרד תומך בקביעת סלים דיפרנציאליים ברשויות המקומיות שבניהול עצמי, ובשים לב לכך שהוא האחראי לקביעת גובה הסל המינימלי - מצופה ממנו ליזום, בשיתוף מרכז השלטון המקומי, מהלך לקביעת סל דיפרנציאלי שיתבסס על קריטריוני ם מתאימים. ,מצופה מהרשויות שבהן הבדלים ניכרים בין בתיה"ס במספר התלמידים וסל התלמיד שלהן אינו דיפרנציאלי, לבחון את השלכות מדיניות זו, ובהתאם לתוצאות הבחינה לעדכן את שיטת הקצאת סל התלמיד לבתיה"ס. על משרד החינוך לשקול לעדכן את הקריטריונים לקביעת סל התלמיד, כך שגודל ביה"ס יהיה שיקול נוסף בהחלטה על קביעת גובה מרכיבי הסל לכל בי"ס ברשות. .מהתרשים עולה כי בשנים שנבדקו, יותר ממחצית הרשויות המקומיות בניהול עצמי שבהן יותר מבי"ס אחד לא קבעו סל תלמיד דיפרנציאלי82 .
נמצא כי עד מועד סיום הביקורת, אף שחלפו שש שנים ממועד כניסת בתיה"ס לניהול עצמי, משרד החינוך לא פרסם הנחיות לבקרה ולאישור של הדוחות. בפועל חלק מבתיה"ס מגישים דוחות כספיים שלא במתכונת שנקבעה, והנתונים שהם מוסרים למאגר המידע של המשרד אינם מבוקרים.