המשרד להגנת הסביבה . הטיפול בחומרים מסוכנים - המשרד להגנת הסביבה - ממצאי מעקב משרד מבקר המדינה מציין כי על המשרד להגנת הסביבה לפעול מול משרד התחבורה כדי שניתן יהיה לשלב את דרישותיו בהיתר הרעלים. ממסמכי פיקוד העורף עולה כי עד יולי 2012 מוגנו מרבית המפעלים שהוא הגדיר מסכני אוכלוסייה. עם זאת, מ-151 מחזיקי חומ"ס המסכנים את האוכלוסייה נותרו 33 .שלא מיגנו את מתקניהם לפי דרישותיו של פיקוד העורף לדעת משרד מבקר המדינה נוכח רגישותו המיוחדת של הנושא, נוכח הדין ודברים רב השנים בין הנוגעים בדבר ולאור העובדה שהמשרד המשמש מנחה מקצועי לאומי בתחום החומרים המסוכנים, מכיר במסקנות המקצועיות של ועדת שפיר שאינן עולות בקנה אחד עם עמדתו של פיקוד העורף - מוצע להעלות את הנושא להכרעת הממשלה. משרד מבקר המדינה מעיר לפיקוד העורף כי מאחר ש -33 המתקנים הבלתי ממוגנים הוגדרו על ידו כמסכני אוכלוסייה הרי שעליו להאיץ את פעולותיו להשלמת שלבי התכנון והביצוע למיגון מתקנים אלו. מהאמור לעיל עולה כי ביוני 2012 טרם הובאה לממשלה הצעת החלטה בדבר הוספת גופים שיוחל עליהם החוק להסדרת הביטחון. הצעת ההחלטה שהכין המשרד לביטחון הפנים בשנת 2006 בנושא ופעולות בחינה נוספות שנעשו בשנים 2008 עד 2010 לא הובילו לקידום המהלך של החלת החוק על גופים נוספים כמתבקש. בנוגע לעבודת המטה שהחל לקיים מנכ"ל המשרד לביטחון הפנים בחודשים האחרונים, משרד מבקר המדינה מעיר, כי לא ברור בשלב זה, מה יהיו תוצריה והאם תוביל למתן מענה ממשי וכולל לנושא. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד לביטחון הפנים כי אי -מתן הנחיות לאבטחת מתקנים של חומרים מסוכנים עלול להעמיד את הציבור בסכנה, ויש לראות את אי- מיצוי הטיפול בתחום זה בחומרה רבה. במעקב נמצא שלאחר קבלת המלצות ועדת שפיר הוסיפו פיקוד העורף והמשרד לנקוט בעמדות שונות בעניין זה: פיקוד העורף נערך לתרחיש של פגיעה בקרבת המתקנים, ואילו המשרד להגנת הסביבה סבר בכל הקשור למתקנים רגישים מסוימים כי יש להיער ך לתרחיש של פגיעה ישירה בהם, על פי המלצות ועדת שפיר. בנוגע ל מיגון העילי של צינור האמוניה בקטעים שבקרבת אוכלוסייה, בהיתר רעלים שנתן המשרד לשנת 2011 הוא דרש לסיים את המיגון לא יאוחר מאוגוסט 2011 , ואילו בהיתר רעלים לשנת 2012 דרש לסיימו לא יאוחר מאוגוסט 2012 . במעקב עלה כי דרישות המיגון שהציב המשרד להגנת הסביבה בהיתר ה רעלים האמור לשנת 2012 לא יושמו, וחברה א' לא החלה בפעולות הדרושות למיגון מכל האמוניה והצינור. התניית מתן ההיתר כאמור משפרת במידה ניכרת את יכולת האכיפה של דרישות פיקוד העורף והרשות הארצית לכבאות והצלה. עם זאת, המשרד לא התנה את מתן היתר הרעלים בעמידה בדרישות הגורמים הנוספים הכלול ים בהחלטת הממשלה ובכלל זה מינהל הדלק והגז ומשרד התחבורה. במעקב עלה כאמור כי דרישות המיגון שהציב המשרד להגנת הסביבה בהיתר הרעלים לשנת 2012 לא יושמו. משרד מבקר המדינה מעיר כי לא נמצאה הערכת סיכונים מערכתית של המשרד להגנת הסביבה לכלל תרחישי הייחוס הנוגעים למכל האמוניה. לאור העובדה שהמשרד להגנת הסביבה משמש מנחה מקצועי לאומי בתחום החומרים המסוכנים חוזר משרד מבקר המדינה על הצעתו להעלות את הנושא להכרעת הממשלה (ראו לעיל בפרק העוסק בהנחה העומדת ביסוד דרישות המיגון של מתקני חומ"ס רגישים). חברת נמלי ישראל פיתוח נכסים בע"מ (להלן- חברת הנמלים) וחברת נמל חיפה בע"מ (להלן - חברת נמל חיפה) שבאו בנעלי הרשות13 , אמנם האריכו את תוקף ההסכם האמור לעיל עד דצמבר 2009 , אך כאמור על פי ההסכם המקורי מכל האמוניה היה אמור לעבור לבעלות הרשות ב- 2007 , והדבר לא נעשה. גם לא נמצא שחברה א' שוכרת את השטח שהוקצה לה על פי חוזה כלשהו. חברת הנמלים וחברת נמל חיפה מאפשרות אפוא לחברה א' להפעיל מתקנים שאמורים להיות בבעלותן וברשותן אף ללא חוזה שכירות.
הרעלים של המשרד להגנת הסביבה על פי חוק החומרים המסוכנים, התשנ"ג - 1993 . עם זאת, ליקויים מרכזיים וכבדי משקל שעליהם הצביע משרד מבקר המדינה בדוחותיו הקודמים לא תוקנו. על המשרד להגנת הסביבה, בתפקידו כמנחה המקצועי הלאומי, לקבוע בתיאום עם שאר הגורמים הנוגעים בדבר תכניות עבודה מפורטות ובהן לוח זמנים בנושאי הטיפול והמניעה של אירועי חומרים מסוכנים כמתבקש מהחלטת הממשלה ממאי 2008 .בנושא זה על המשרד לביטחון הפנים להסדיר ללא דיחוי נוסף את הכללת מתקני חומ"ס המוגדרים כמסוכנים ביותר במניין הגופים שיוחל עליהם החוק להסדרת הביטחון בגופים ציבוריים, התשנ"ח- 1998. נוכח הסכנה הפוטנציאלית הטמונה במפעלי החומרים המסוכנים בכלל ומכל האמוניה בפרט וחילוקי הדעות בין הגורמים הנוגעים בדבר, נדרש לקדם בדחיפות את סוגיית המיגון שלהם ולהעלותה בפני הממשלה.