משרד החקלאות ופיתוח הכפר . היבטים בפעולת היחידה לפיקוח על הצומח והחי כאמור על היחידה מוטלת האחריות למנוע הברחת מוצרים מן החי וכל טובין אשר יבואם מוסדר לפי הפקודה לשם הגנה על בריאות הציבור ולמניעת הפצת מחלות בע"ח. אחריות זאת כוללת מניעת זליגת בשר מיובא המיועד לרש"פ אל השווקים בישראל. בשר אשר אינו עומד בתנאים הווטרינריים החלים על בשר המיובא לישראל, אינו כשר ולא ניתן לדעת מה תאריך תפוגת השימוש בו. בפועל במשך עשר שנים לא התקיים פיקוח על יבוא בשר לרש"פ. לדעת משרד מבקר המדינה, ההחלטה על הפסקת ליווי הבשר לרש"פ על ידי היחידה והשו"ט בד בבד עם אי קיום כל הוראות הנוהל שמטרתן להבטיח כי בשר המיועד לרש"פ לא יזלוג לישראל, היא מחדל שיש לו השפעות חמורות על בריאות הציבור ועל רגשות שומרי הכשרות בארץ. אף שנושא הפיקוח על הבשר הוא משמעותי מנהל היחידה והנהלתה לא הביאו נושא זה לידיעת השר או מנכ"ל המשרד. . לדעת משרד מבקר המדינה, מענה לאחר זמן כה רב, בנושא אישי ובמיוחד שמדובר במנהל היחידה, אינו תקין18 . משרד מבקר המדינה העיר למשרד כי עליו לפעול לחלוקת העבודה בין היחידה ליחידת האכיפה של מועצת הלול למניעת פעילות כפולה בענף ובכך לאפשר הפניית עובדי היחידה לביצוע משימות אחרות. למשימה זו הקצתה היחידה כאמור שני מפקחים, על חשבון ביצוע הפיקוח בדרכים על הובלת בע"ח. משימה זו מבוצעת גם על ידי פקחי אגף הדיג. נמצא כי המשרד לא בחן את השאלה אם ביצוע המשימה מצדיק את צמצום הפיקוח בדרכים על הובלת בע"ח. מהאמור לעיל עולה כי בפועל נוספו ליחידה מטלות רבות בהחלטות אד- הוק. יצוין כי המטלות האמורות לעיל אינן נכללות בתכנית העבודה של היחידה, אולם היחידה מקדישה לביצוען זמן רב ומשאבים גדולים. משרד מבקר המדינה העיר למשרד כי כיון שעובדי היחידה, בעלי סמכויות פיקוח, אכיפה חקירה ומעצר עוסקים בתפקידים רגישים ועל מנת להבטיח כי פעולתם תהיה חפה מכל עניין אישי ראוי להחיל את הנחיית היועץ המשפטי לממשלה על עובדי היחידה כולה, לרבות אלו שהתקבלו אליה לפני שנת 2006, ולדרוש מעובדיה לדווח על עיסוקיהם השונים - שלהם ושל מקורביהם העלולים להעמיד אותם בחשש לניגוד עניינים. הדיווח יכול שיעשה באמצעות שאלון לאיתור חשש לניגוד עניינים. מילויו יחשוף את כל המידע על העובד שעלול להביאו להימצא במצב של ניגוד עניינים וכך ניתן יהיה לנטרל את החשש להמצאות במצב של ניגוד עניינים. עוד העיר משרד מבקר המדינה כי הנוהג של היחידה לפיו היא החתימה את עובדיה על מסמך שהוא למעשה מעין תצהיר שבו העובד מתחייב לדווח אם בעתיד הוא יקלע למצב של ניגוד עניינים אינה מספקת. מילוי השאלון יאפשר להנהלת היחידה והלשכה המשפטית של המשרד להפעיל שיקול דעת, על בסיס מידע מלא האם נדרש לבצע הסדר למניעת ניגוד עניינים. נמצא כי מנהלי המרחבים לא תמיד הביאו בחשבון את מקום המגורים של העובדים בעת שיבוצם לעבודה ועקב כך היו מפקחים שביצעו ביקורות במקום מגוריהם. כך למשל אחד המפקחים מהמגזר הבדואי ביקש שלא ישבצו אותו לפעילות במגזר זה, שכן במקרים מסוימים הבדואים אינם מקבלים את תפקידו בהבנה, והדבר מקשה עליו את ביצוע עבודתו. אף על פי כן בקשתו לא נענתה. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לתת משקל מיוחד לכך שמפקח יימנע ככל האפשר מלבצע את עבודתו במקום מגוריו, על מנת להגדיל את האפקטיביות שלו בביצוע תפקידו ולהפחית את האפשרות הקיימת ליצירת מצבים של ניגוד עניינים. הנתונים שהובאו מצביעים על כך שקיים גרעין קשיח של מבריחים, אשר העונש המוטל עליו אינו מהוה עבורו עונש מרתיע ועל כן הוא שב וחוזר על ניסיונות ההברחה. העובדה שבודדים בלבד משלמים את הקנס המינהלי המוטל עליהם והעובדה כי התהליכים המשפטיים נמשכים זמן רב למדי מעלות חשש שלמנגנון הענישה המתואר לעיל יש כוח הרתעה נמוך בהשוואה לרווח הנובע מפעילותם העבריינית. לדעת משרד מבקר המדינה, הדרך להתמודד עם תופעת ההברחות היא להגדיל את כושר ההרתעה ולהקטין את הכדאיות בביצוע העברות. לצורך כך על הייעוץ המשפטי לפעול להגדלת היקף התיקים המטופלים, ועל רשות האכיפה להקפיד לגבות את הקנסות המוטלים על עוברי העברות. זאת ועוד, מאחר שהפיתוי הכלכלי הטמון בעברות אלו גדול, מן הראוי שהמשרד יבחן כיצד ניתן לצמצם את התמריץ הכלכלי לביצוע ההברחות. בין היתר, ניתן לשקול הצעת שינויים בחקיקה כך שהקנסות יהיו גבוהים יותר, ויושתו בגין עברות נוספות. למשימה הוקצו בדצמבר 2009 עשרים מפקחים למשך חודש ימים, וזאת על חשבון פיקוח ממונע לאורך קו התפר, היענות לקריאות מהמעברים בעת תפיסה של תוצרת מוברחת, פיקוח על הובלת בע"ח, שחיטה שחורה, בתי מטבחיים ומופעי סוסים, מניעת צער בע"ח, ומניעת הברחות של תכשירים וטרינריים ושל חומרי ריבוי צמחי.
החלטתו זו של מנכ"ל המשרד לא יושמה בכל הנוגע לעובדי היחידה. עובדי היחידה לא דיווחו לסמנכ"לית למינהל על פעילותם החקלאית ועל היקפה.