מטלות רוחב . פעולות הממשלה להבטחת האיכות והבטיחות בענף הבנייה עוד עלה כי מספר התיקים שנבדקו עד אוגוסט 2014 במסגרת הניסוי היה כ-100 ,בלבדאף שלפי היעד שנקבע היה צריך לבדוק עד מועד זה כ-130 תיקים27 .יצוין כי שום תיק לא היה של פרויקט בנייה שנבדק במשך כל שלבי הליך הרישוי. .לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שאגף הבנייה יקיים כנסי הסברה לוועדות המקומיות שנבחרו להשתלב בניסוי, שבהם תובהר חשיבותו לייעול תהליכי הבנייה ולהבטחת איכותה, והחשיבות של השתתפותן בו כמייצגות של כלל הוועדות. הסברה כזאת יכולה לרכך את התנגדותן של הוועדות המקומיות להשתתף בניסוי ולהניע אותן לדווח על חסמים המונעים מהן להשתתף בו. ראוי שאגף הבנייה ישלב בהסברה גם את מרכז השלטון המקומי. מהלך כזה עשוי להבהיר לוועדות המקומיות את החשיבות שבבחינת תהליך הרישוי באמצעות מכוני הבקרה, תהליך שמנהל אגף הבנייה הגדיר "מהלך מכונן בעל השפעה על עתיד הרישוי והבנייה במדינת ישראל". משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הפנים כי הכשל בעמידה ביעדים הנוגעים לפיתוח המערכת והצורך באפיונה מחדש לאחר שעברו כארבע שנים מבחירת אגף ממשל זמין לספק שלה, הם תוצאה של דרך פעולה בלתי תקינה בהתקשרות לפיתוח המערכת - שנעשתה ללא אפיון המערכת על ידי מנתח מערכות שיגדיר את תכולת הפיתוח, ללא קביעת לוח זמנים מסודר ואבני דרך, ללא קיום מכרז לבחירת הספק המתאים במחיר המיטבי וללא כריתת חוזה שבו ייקבעו חובות הצדדים. גם מינהלת קוד הבנייה של משרד הבינוי ביקשה לאמץ את לוח הזמנים שנקבע בהחלטה 1169. מינהלת קוד הבנייה קבעה באוקטובר 2007 כי הצוותים המקצועיים יסיימו את הכנת קוד הבנייה ואת פרסומו עד נובמבר 2009 - כלומר לאחר 25 חודשי עבודה בסך הכול. לעומת זאת קבעה ועדת ההיגוי לקוד הבנייה באוקטובר 2007 כי צוותי העבודה המקצועיים העוסקים בהכנת קוד הבנייה יעבדו כשנתיים וחצי - דהיינו העבודה תסתיים באפריל 2010 ולא בסוף שנת 2009, כפי שנקבע בהחלטת הממשלה. בפועל לא עמד משרד הבינוי בלוחות הזמנים שקבע. לדוגמה, מינהלת קוד הבנייה של משרד הבינוי העריכה שפרק הזמן הנדרש להתקשרות עם מומחים רב-תחומיים לליווי הפרויקט הוא חודשיים, אולם בפועל נמשך הליך גיוסם של המומחים כ-15 .חודשים ואולם מממצאי הביקורת עולה כי לפרויקט לא יוחד מקום מרכזי בסדר היום של המנכ"לים של משרדי הממשלה שעליהם הוטל להוציאו א ל הפועל . יצוין כי המנכ"לים המשיכו לנקוט דרך פעולה זו גם כאשר אירעו אסונות נוספים, מלבד אסון ורסאי, בעקבות כשלים בתכנון של מבנים ובבנייתם , וגם כאשר התבררו החריגות הניכרות מלוחות הזמנים שנקבעו בהחלטות הממשלה ליישום המלצות ועדת זילר ומלוחות הזמנים שקבעו המינהלות וועדות ההיגוי המשרדיות. הדבר בא לידי ביטוי, בין היתר , בהיעדר דיונים תקופתיים של הנהלות משרדי הממשלה בפרויקט וכמו כן בסדרי מעקב לקויים אחר החלטות הממשלה הנוגעות ליישום ההמלצות . לדוגמה, מהמסמכים שנמסרו למשרד מבקר המדינה עלה שהמנכ"לים של משרד הפנים, משרד הבינוי, משרד הכלכלה ומשרד ראש הממשלה בשנים 2014 -2007 לאביצעו מעקב רציף ושיטתי אחר ביצוע החלטות הממשלה הנוגעות ליישום דוח ועדת זילר, ולא עמדו על החריגות הניכרות מלוחות הזמנים שנקבעו בהחלטות אלה. בבדיקה הועלה כי מזכיר הממשלה לא ביצע את פעולות הפיקוח האמורות בכל הנוגע יישום החלטה 1169 , אשרעוסקת בהיערכות הארגונית והתקציבית ליישום דוח ועדת זילר. אי-ביצוע החלטות שקיבלה הממשלה והיעדר מעקב אחר ביצוע ן הם כשל של המשרדים הנוגעים בדבר, של מזכיר הממשלה ושל הממשלה כולה, הנושאת באחריות הכוללת להחלטות שהיא מקבלת.
משרד מבקר המדינה מעיר כי לא נעשה מעקב רציף ושיטתי אחר ביצוע כלל המשימות שהוטלו על משרדי הממשלה בהחלטות 964 ו- 1169 , כפי שמחייב תקנון הממשלה. כמו כן, הדיווחים שמציין מזכיר הממשלה אינם נוגעים להיערכות הארגונית והתקציבית הכוללת ליישום דוח ועדת זילר, על פי החלטת הממשלה.