משרד הבריאות . הפסקות היריון יזומות - משרד הבריאות טופסי הוועדות ("בקשה לאישור הפסקת היריון") מסורבלים לעבודה שכן הם גדולים ולא נוחים; לטופס שלושה העתקים, ובדרך כלל לא ניתן לקרוא את הכתוב בדף התחתון; כיוון שהטופס ממולא ידנית, במקרים רבים הוא אינו קריא; אין מספיק מקום לפרט את הסיבה הרפואית להפסקת ההיריון; לא כל המוסדות מקפידים על מילוי כל שדות הטופס כראוי. במהלך הביקורת קיבל מבקר המדינה מידע על ביצוע שתי הפסקות היריון לא חוקיות במוסדות שאינם מורשים לכך, ושבעקבותיהן הגיעו נשים עם סיבוך רפואי לבית חולים העמק של שירותי בריאות כללית בעפולה. באחד המקרים, במרץ 2015 , הגיעה אישה לבית החולים לאחר שרופא במרפאה לא מורש ית ביצע לאישה הפסקת היריון שלא הושלמה - המידע לא הועבר למשרד הבריאות52 . כאמור, ההנחיות לא מתייחסות לחובות המוטלות על בית חולים שאליו הגיעו מטופלות עם סיבוך שמקורו בהפסקת היריון שבוצעה במוסד שאינו מורשה לכך או במרפאה שלא בהתאם להנחיות המשרד, וממילא לא מנחות אותו לדווח על כך למשרד הבריאות. כיוון שכך, בית החולים שאליו הגיעו הנשים עם הסיבוכים לא דיווח על כך למשרד הבריאות. כך נמנעה ממשרד הבריאות האפשרות לפעול נגד המרפאות הלא מורשות. לדעת מבקר המדינה, ראוי היה שבית החולים יעביר את המידע למשרד הבריאות אף בהיעדר הנחיה מפורשת לכך. וזאת, כדי שמשרד הבריאות ישקול כיצד לפעול. ואולם, בביקורת עלה שהמשרד לא הנחה את המוסדות למסור לפונות לוועדות מידע בנושא שימוש באמצעי מניעה. בפועל, ברוב המוסדות אחד מחברי הוועדה מסביר לפונה לוועדה על חשיבות השימוש באמצעי מניעה, אך בחלק מהמוסדות לא ניתן הסבר על אמצעי מניעה - לדוגמה, בשלושה מוסדות פרטיים. לדעת משרד מבקר המדינה, כחלק מהצורך לשמור על בריאות האישה, חיוני ביותר שמשרד הבריאות ינחה את המוסדות המקיימים ועדות להעביר לנשים הפונות אליהם לצורך הפסקת היריון את מלוא המידע בנוגע לתכנון המשפחה ולחשיבות השימוש באמצעים למניעת היריון לא מתוכנן, וכן להפנות אותן לרופאי הנשים בקהילה. לפימידע שמסרה הלמ"ס לנציגי מבקר המדינה, היו מקרים שבהם הדיווח של .המוסדות למשרד הבריאות היה שגוי. נמצאו אי דיוקים במספר הפניות .לוועדות, במספר האישורים שנתנו הוועדות ובמספר הביצועים בפועל, וכן .נמצאו טעויות בציון מועדי התכנסות הוועדות. .משרד מבקר המדינה מעיר בחומרה למשרד הבריאות, שאין זה סביר שדיווח על פרוצדורות רפואיות נעשה בצורה כה מסורבלת, שלא רק גורמת לטעויות, אלא גם לא מאפשרת למשרד למלא את תפקידו כמאסדר. נתונים חסרים ולא מדויקים עלולים לגרום לניתוח שגוי של המידע, להסקת מסקנות שגויות ולקבלת החלטות לא מבוססות, הן בנוגע לסיבות להפסקת ההיריון והן בנוגע למאפייני אוכלוסיית הנשים המבצעות את התהליך. על משרד הבריאות לקדם דיווח על הפסקות היריון באמצעות מערכת ממחושבת שתבטיח בקרה של הנתונים המדווחים ואמינותם. הדבר יאפשר לו ליצור מסד נתונים מעודכן וזמין שיהווה תשתית לקבלת תמונת מצב מעודכנת, הן של פרטי הפונות לוועדה והן של מכלול הפניות לוועדות. בחינת הנושא ראוי שתיעשה תוך מתן הדעת להיבטים הנוגעים להגנת פרטיותן של הנשים, ותוך יישום ההנחיות בחוזר המנכ"ל בנושא: הגנה על מידע במערכות ממוחשבות במערכת הבריאות מפברואר 201557 . היריון בלתי מתוכנן אצל בני נוער צעירים הוא על-פי רוב אירוע טראומטי שעלול להוביל לנזקים נפשיים ובריאותיים. חשוב על כן שהמערכת כולה תתגייס לצמצום התופעה. משרד מבקר המדינה מסב את תשומת לבם של משרד הבריאות ומשרד החינוך לכך שקיים חוסר ידע, לפחות בקרב חלק מבני הנוער, בנוגע לחינוך מיני ולשימוש באמצעים למניעת היריון. ראוי שמשרדים אלו יזהו את הסיבות לחוסר הידע ויפעלו להכנת תכנית להשלמת פערי הידע אצל בני הנוער (ראו גם להלן). כמו כן, על משרד הבריאות לשקול לקיים הדרכות פרטניות לנערות שנכנסו להיריון לא מתוכנן, ובמיוחד לנערות שאין זה הריונן הראשון, ובמקרה הצורך אף להפנותן לסיוע של גורמי המקצוע בקהילה - רופא המשפחה או המחלקה העירונית לשירותים חברתיים.
לדעת משרד מבקר המדינה, יש מקום שמשרד הבריאות יבחן את האפשרות להגדיר בנהליו טיפול בסיבוך שמקורו בהפסקת היריון שבוצעה במוסד אחר בניגוד לדין כמקרה מיוחד החייב בדיווח. כמו כן, מוצע כי משרד הבריאות יבחן דרכים לקבלת נתונים על היקפי הפסקות היריון לא חוקיות, זאת, כדי להבטיח שהפסקות היריון ייעשו על פי מיטב הידע הרפואי והמקצועי, בתהליך מבוקר ומפוקח ובמוסד המורשה לכך. מבקר המדינה כבר העיר בדוח קודם53 , שראוי שהמשרד יבחן דרכים לקבלת נתונים על היקפי הטיפולים המתבצעים בבתי החולים הציבוריים עקב סיבוכים שמקורם בטיפולים או בניתוחים שנעשו בבתי חולים פרטיים.