משרד החקלאות ופיתוח הכפר . ועדה ציבורית לבחינת הפיקוח על מחירי החלב ומוצריו מהצעת ההחלטה ומדברי ההסבר לה עולה כי לכאורה אושרה "טיוטת דוח הועדה", והוועדה אף גיבשה ואישרה מסמך מרכז, ולא היא, ההמלצות המפורטות במסמך המרכז כמו גם "טיוטת דוח הועדה" לא אושרו על ידי מליאת הוועדה. הנוסח של אגף התקציבים עלול אפוא להטעות. (ב) כאמור, בהצעת ההחלטה שהובאה לממשלה המליץ אגף התקציבים כי הפיקוח יחול על ארבעה מוצרים: שלושה מהם נכללו ב"טיוט ת דוח הועדה" והמוצר הרביעי נכלל בהמלצות חברה ב' שכאמור לא נדונו ולא נכללו ב"טיוטת דוח הועדה". אגף התקציבים לא כלל בהצעת ההחלטה את המלצת חברה ב' להשאיר בפיקוח 10 מוצרים שבהם קיים "חשש סביר לפגיעה ברווחה ולהקצאה לא תחרותית במצב ללא פיקוח". נמצא כי משרד האוצר (אגף התקציבים) העסיק את חברה א' במתן שירותי ייעוץ לוועדה, ללא כל הליך של מכרז. למרות עמדת משרד החקלאות המשיכה חברה א' לתת שירותים לוועדה. בכך פעל אגף התקציבים בניגוד לתקנות הקובעות כי גם בהתקשרות עם בעל מקצוע מומחה יש לבדוק מספר הצעות הבאות בחשבון ובהתעלמות מעמדת משרד החקלאות שהעתק ממנה הועבר לאגף. התנהלות זו היא בניגוד לכללי מנהל תקין. גם אגף החשב הכללי (להלן - החשכ"ל) בתגובתו למשרד מבקר המדינה ב-12 ביוני 2006 , הודה כי "אכן מדובר בהתקשרות שלא נעשתה בהתאם להוראות חוק חובת המכרזים והוראות החשכ"ל". לדעת משרד מבקר המדינה, ועדת המכרזים עצמה כשלה, משום שלא הבחינה בניגוד העניינים של יו"ר הוועדה. אגף התקציבים לא כלל בדברי ההסבראת המלצתה המלאה של חברה ב' ולא ציין מה עמדת הדרג המקצועי שבמשרד האוצר בנוגע לה. גם בהצעת ההחלטה וגם בדברי ההסבר לה לא צוין כי הניתוח הכלכלי שעשתה חברה ב' עבור הוועדה לא נדון בה ואף לא נכלל ב"מסמך המרכז את עבודת הועדה". לדעת משרד מבקר המדינה, בהצעת ההחלטה ובדברי ההסבר היה משרד האוצר צריך לציין את כל העובדות לרבות את העובדה שהמלצות חברה ב' לא נדונו בוועדה. . בתשלום, משום שזה מעמיד אותו במצב של ניגוד עניינים. יו"ר הוועדה אמור לפקח על משך עבודת נותן השירותים ועל טיבה. כמו כן הוא אמור לשקול באופן ביקורתי ובלתי תלוי את ההמלצות המקצועיות של נותני השירותים בטרם יחליט לקבלן או לדחותן. כבעלים של חברה א' האינטרס שלו הפוך לגמרי. לדעת מ שרד מבקר המדינה גם אם ועדה ציבורית היא ועדה מייעצת, ועל בסיס מסקנותיה והמלצותיה גורמים אחרים אמורים לקבל החלטות, דיוניה צריכים להיות מתועדים בפרוטוקול. פרוטוקול כזה ראוי שיכלול, למצער, את מועד הדיון, שמות המשתתפים בו והנעדרים ממנו, עיקרי הדעות השונות שהושמ עו בדיונים וההחלטות או ההמלצות שנתקבלו. יש מקום שהפרוטוקולים הללו יהיו לנגד עיני מקבלי ההחלטות. לדעת משרד מבקר המדינה, אם המלצות הוועדה צפויות להגיע לדיון בממשלה, חשוב מאוד שהשרים יוכלו לדעת כיצד ועל יסוד איזה מידע נתקבלו ה המלצות שנתקבלו, כדי שיוכלו להפעיל את שיקול דעתם העצמאי ולהחליט אם לאמץ את ההמלצות או לדחותן. הגשת טיוטת דוח הוועדה לממשלה אינה באה במקום רישום פרוטוקולים מדיוני הוועדה. עניין זה מקבל משנה חשיבות בגלל התפזרות הוועדה בעקבות התפטרותו של נציג משרד החקלאות בה והגשת טיוטה של הדוח על ידי .יו"ר הוועדה ולא דו"ח רשמי. אילו כתבה הוועדה פרוטוקולים מסודרים , היה אפשר לבחון אם המלצותיה משקפות את דיוניה. .בקביעת התעריפים שעל פיהם שולם שכר לחברה ובתשלומים ששולמו לה פעל אגף התקציבים ואגף החשכ"ל בניגוד לסדרי מינהל תקינים. מסמך שהכין יו"ר הוועדה כ"טיוטת דוח הועדה" הוגש על ידי יו"ר הוועדה לשרים, אף שהוועדה לא אישרה אותו. אגף התקציבים עשה בו שימוש, ובהסתמך עליו הוגשה לממשלה הצעת החלטה על שינוי משטר הפיקוח על המחירים בענף החלב. נוסח הצעת ההחלטה שהובאה לממשלה ודברי ההסבר שצורפו לה, היה בהם כדי להטעות. מדרך פעולתו של אגף התקציבים נראה כי לכאורה הוא סימן את המטרה, הסרת הפיקוח על מחירי החלב ומוצריו, מראש. בדצמבר 2003 מינו שר האוצר דאז, מר בנימין נתניהו, ושר החקלאות דאז, מר ישראל כץ, ועדה ציבורית לבחינת הפיקוח על מחירי החלב ומוצריו לצרכן, אך הרכב הוועדה היה שונה מזה שקבעה הממשלה. אגף התקצי בים שבמשרד האוצר העסיק חברה שבבעלות יו"ר הוועדה, במתן שירותי ייעוץ לוועדה ללא כל הליך של מכרז ואישר לה להעסיק בתשלום לצורך עבודתה את יו"ר הוועדה. במצב דברים זה היה יו"ר הוועדה שרוי בניגוד עניינים מובהק בגלל תפקידו בוועדה, מצד אחד, ובשל תפקידו כיועץ לה, מן הצד האחר.
הבדיקה העלתה, שהתעריף לשעה שאותו דרשה חברה א' ואישר סגן החשכ"ל היה תעריף אחיד, הגבוה מהתעריף המרבי שקבע החשכ"ל, למרות שכאמור, ברוב השעות עבדו מרכז הוועדה וכלכלן, ובהתאם לבדיקת מבקר המדינה, כלכלן אינו זכאי לתשלום לפי התעריף הגבוה ביותר, שלפיו חושב תשלום יתר. התנהלותו של סגן החשב הכללי באישור תשלום עפ"י תעריף החורג מתעריף החשכ"ל ללא עריכת כל בקרה ראויה, הביאה כאמור לתשלום יתר של למעלה מ - 114,000 .ש"ח