משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . ארגון מחדש של התחבורה הציבורית בירושלים במתן הבלעדיות לזכיין בחוזה שנחתם עוד ב - 2002 לא התחשבו במידה מספקת בשמירה על טובת משתמשי התח"צ, דבר שהגביל את תכנון קווי האוטובוסים בעיר. המשרד לא קבע כמטרת-על את שיפור השירות לנוסעים על ידי פיתוח חלופות של מגוון אמצעי תח"צ לנוחותם ולרווחתם של הנוסעים ולא בחן את התועלת הממשית לציבור לעומת הנזק העלול להיגרם לו בהיעדר חלופות נוספות. משרד מבקר המדינה מעיר כי עם הצטברות הנתונים על התפוסה ברק"ל, שהגיעה לקראת אמצע 2013 לקיבולת כמעט מלאה, לאנותרה למדינה ברירה אלא להרחיב את השירות באוטובוסים, שתפעולם גמיש יותר מתפעול הרק"ל. על הצוות ועל משרד התחבורה לנתח את המצב הקיים ולמצוא דרכים לשפר את השירות לנוסעים במגבלות הקיימות (ובהן חוזה הזיכיון והעומסים הגדולים במרכז העיר)10. מהביקורת עולה כי המשרד לא דאג לעגן בחוזה או בתוספות לחוזה שנחתמו עם הזכיין במשך השנים אפשרות לשינוי סעיפי אי-התחרות והפעלת הקווים המזינים והמקבילים כאשר הביקוש גבוה מהצפוי. משרד מבקר המדינה מעיר כי המשרד ביטל את החיבור הישיר באוטובוסים מדרום-מערב העיר ליעדים מרכזיים בעיר. כמו כן נמצא כי עד לסיום הביקורת לא יושמה התכנית לקווים מזינים בצפון ירושלים. המשרד לא קבע מראש מועדים לביצוע הפעימות, וגם לא את פרק הזמן לסיום הארגון מחדש של כל מערך קווי התח"צ בעיר. בהיעדר מועדים מתוכננים לסיום הארגון מחדש של מערך התח"צ, חסר בידי המשרד כלי ניהולי לקידום המיזם ואמצעי מהותי לביקורת אחר העמידה במימוש הפעימות, הן למבצעים והן לציבור הנוסעים בתח"צ בירושלים. לפני תחילת היישום של הארגון מחדש היה על המארגנים להכין תכנית לבדיקת מוכנות לביצוע. כיוון שתכנון הארגון מחדש של התח "צ היה קשור קשר הדוק בהפעלת הרק"ל, על המתכננים היה להכין בין היתר תכ נית להפעלת מערך האוטובוסים בעיר בהתאם לתדירויות שירות שונות של הרק"ל, ולהיערך גם לאפשרות של השבתת הרק"ל. המשרד לא נערך אפוא קודם להפעלת הרק"ל להתאמת מערך האוטובוסים בעיר למקרה שהרק"ל לא תעמוד ברמת השירות הנדרשת על פי ה חוזה. זאת ועוד, מהמסמך מנובמבר 2011 עולה כי ניתן היה להפעיל תחילה את ה רק"ל תוך שינויים קלים בתח"צ , באופן שלא יפגע במערך הקווים הישן ולא יסב בלבול וקושי למשתמשי התח"צ. הביקורת העלתה כי משרד התחבורהלא קיים בקרה תקציבית כוללת ומסודרת אחר סעיפי תקציב מוגדרים במיזם הארגון מחדש של התח"צ בירושלים. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי עד למועד סיום הביקורת לא עמד המשרד בתכנית להפעלת מערך הקווים העורקיים המהירים כמתוכנן, ולא קבע קדימויות לביצוע, מועדים לאבני דרך ותקציב כולל לתכנית. הוספת סעיף בהסכם עם אגד משנת 2005 לפיתוח קווי HGB היא בניגוד להסכם התחרות משנת 2000 .לפיו קווי שירות חדשים יוצאו למכרז ההחלטה על דחיית מכרז לתכנון קווי BRT ,ולהפעלתם לא לוותה בהליך סדור מנומק ומתועד. זאת אף שקווי BRT תוכנן להיות עמודהתווך המרכזי בתכנית הארגון מחדש בתח"צ בירושלים. הימנעות מהפעלת קווים אלה מהווה סטייה מאחד היעדים המרכזיים של הארגון מחדש של התח"צ בירושלים. משרד מבקר המדינה מעיר כי גם בתשובתו לביקורת לא הציג משרד התחבורה את תקציב המיזם, את נתוני עלויותיו בפועל או את פעולות הבקרה על תקציב הארגון מחדש. נמצא כי משרד התחבורה לא קבע יחידה או אדם שירכז את כל המידע בנושא הארגון מחדש וישמש מתאם -על בין כל הגופים המעורבים בו. מהביקורת עולה כי המשטרה אינה מפעילה אכיפה מספקת בנת"צים ברחבי העיר, וכלי רכב פרטיים מעכבים את התנועה של האוטובוסים במסלולים שיועדו לתח"צ. בפועל אגד מפעיל רק 109 אוטובוסים משודרגים בעלי ארבע דלתות- מתוך 150 האוטובוסים שבתכנון - וחלקם משמשים גם קווים אחרים שאינם מוגדרים מהירים. הביקורת העלתה כי לא נקבעה מסגרת תקציב כוללת למיזם הארגון מחדש של התח"צ בירושלים , שכוללת את תקציב התכנון, היישום, התשלום למפעיל וההוצאות הצפויות עד סיום המיזם. המשרד תקצב אפוא את המיזם מדי שנה ושנה מחדש, בהתאם למשימות ולתכנית העבודה השנתית, ולא לפי מסגרת תקציב רב -שנתית כוללת. בביקורת נמצא כי קווי האוטובוס שתוכננו כקווים מזינים מכיכר ספרא לכותל יוצאים ליעדם מהתחנה המרכזית דרך רחובות מרכז העיר - בניגוד לתכנית המקורית להפחית עומס של קווי אוטובוס במרכז העיר ולהפנות נוסעים לרק"ל. עד מועד סיום הביקורת לא קודם הפתרון כפי שהובטח על ידי המשרד לציבור הסוחרים בשוק, וגם לא יושם פתרון חלופי. אף על פי כן, עד מועד סיום הביקורת, דצמבר 2013, לא דאגו משרד התחבורה והעירייה לתת עדיפות כזו לאוטובוסים. הביקורת העלתה כי משרד התחבורה אינו מפעיל את הקווים המהירים בהתאם לתכנון: תדירותם בחלק מהמקרים נמוכה (רק שלוש או ארבע נסיעות בשעה), עליית נוסעים אינה מתאפשרת מארבע הדלתות, בכניסה אין מכונות תיקוף, חלקם אינו נוסע במת"צ או בנת"צ ואין להם עדי פות ברמזורים, הם אינם מופעלים באוטובוסים רבי-קיבולת. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח הליקויים שנמצאו, קביעת מנהל או גורם-על אחראי למיזם כולו - לרבות לעניין הפיקוח על התקציב ועל השינויים במערך עד מועד סיום הביקורת התקציב לשדרוג מנת"י לא אושר בידי משרד התחבורה, ובניגוד לתכנון מנת"י לא שודרג. אי-השדרוג פוגע בתפעול המיטבי של קווי האוטובוס והרק"ל בעיר ובמשתמשי התח"צ. הביקורת העלתה כי הסטת קווי התחבורה הציבורית לרחובות שטראוס ואגריפס יצרה פקק תנועה בלת י-פוסק ברחובות אלה , ובכך החמיצה כמה מהמטרות העיקריות של הקמת הרק"ל ושל הארגון מחדש בתח"צ - הורדת רמת זיהום האוויר במרכז העיר, צמצום הפקקים והוצאת האוטובוסים ממרכז העיר (ראה לעיל מפת תנועת קווי אגד במרכז ירושלים). התברר כי בתכנון מפת הקווים לא הייתה התחשבות מספקת בניתוק הגיאוגרפי של פסגת זאב ונווה יעקב ממרכז העיר, וכי ביטול קווי אוטובוס ישירים מצפון העיר למרכז העיר עלול ליצור תלות מוחלטת של התושבים ברק"ל ופגיעה קשה ברמת השירות לנוסעים. התכנון לבטל את הקווים המובילים מצפון -מזרח ירושלים לרחבי העיר ולהותיר קווים מזינים בלבד בהתאם ל הסכם עם זכיין הרק"ל , עלול להביא לפגיעה במשתמשי התח"צ ולהחמצת המטרה שהייתה אמורה להיות נר לרגלי המתכננים - לשפר את השירות לנוסעים בתח"צ. משרד מבקר המדינה מעיר כי אף על פי כן לא בוצעה בינואר 2014 "הפעימה הצפונית" בצפון מזרח ירושלים.
לדעת משרד מבקר המדינה, יישום הפעימה הצפונית על פי התכנון יקטין מחד את תשלומי המדינה לזכי ין כתוצאה מהגידול במספר הנוסעים , אך מאידך יביא לידי ביטול קווי האוטובוס לעיר ויותיר בידי תושבי שכונות צפון-מזרח העיר רק את הברירה של קו הרק"ל. תלות זו עלולה לגרום עומסים ברק''ל, במיוחד בשעות השיא ולפגוע בשירות לנוסעים. בדיון בראשות מנכ"ל משרד התחבורה שהתקי ים במרץ 2014 ציין סגן החשכ"ל כי "התמריצים הכלולים במסגרת החוזה אינם מקבלים ביטוי בגלל ". ]תוספת לחוזה המאפשרת הפעלת הרק"ל שלא על פי תנאי החוזה[ האדנדום באותו דיון סוכם כי הפעימה הצפונית תבוצע באוגוסט 2014.