משרד החינוך . ענייני מנהל ושכר ברשתות גני ילדים במגזר החרדי מהמתואר לעיל עולה כי משנת 2001 מינה המשרד ארבע פעמים רואה חשבון לבדיקה ברשת, וניכר דמיון רב בין הממצאים שהעלו הבודקים השונים. באותן שנים היו משרדי החינוך והאוצר ערים לגירעונות הכבדים של הרשת ולסיבות העיקריות להיווצרותם. למרות זאת בחר המשרד למנות שוב ושוב רואי חשבון חיצוניים שיבדקו את הסיבות לגירעון ויציעו צעדים להתייעלות הרשת, במקום לנסות ולהתמודד עם הבעיה, וכל אותה העת הלך ותפח הגירעון המצטבר של הרשת. משרד החינוך השקיע משאבים ניכרים בבדיקת רואי חשבון למטרות בקרה והמלצה על צעדים להתייעלות, אולם לא פעל מתוך מחויבות לאימוץ המסקנות ולהוצאתן אל הפועל. נמצא כי את המחיר על שנים רבות של ניהול לא תקין של הרשת ועל פיקוח ובקרה לא מספקים של המשרד ישלמו עובדים (בעיקר עובדות) .בלתי מיוצגים, אשר מצדם מילאו במהלך השנים את התפקידים שהוטלו עליהם. משר ד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך ולמשרד האוצר כי ראוי שיימצא פתרון שימזער את הפגיעה בזכויות השונות של העובדים. במשך השנים שבהן בדק משרד החינוך את מצבה הכספי של הרשת, היא המשיכה לצבור גירעונות כבדים. המשרד מקצה לרשת חלק נכבד מתקציבה, ויש בידו כלים לפעול לאלתר לשיפור המצב, אולם במשך שנים הוא לא השתמש בכלי העיקרי שברשותו - התשלומים לרשת, כדי לאלץ אותה לנקוט פע ולות ממשיות לצמצום הגירעון. הרשת המשיכה לפעול כרצונה, בעיקר באמצעות פגיעה בתנאי השכר של עובדיה ולא באמצעות יישום פעולות שעליהן המליצו המשרד ורואי החשבון, והמשרד - שהוא המממן העיקרי של פעילותה - לא פעל נחרצות בעניין. משרד האוצר מכיר היטב את הבעיה, אך נתן את ידו למינוי בודק נוסף לרשת ביוני 2008. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שמשרדי החינוך והאוצר יודעים היטב את הסיבות לגירעונות של הרשת, מינוי בודקים הוא בבחינת סחבת ובזבוז כספי ציבור. היה על משרדי החינוך והאוצר לקבוע לוח זמנים ליישום ההמלצות של הבודקים, לעקוב אחר ביצוען ולהתנות העברה של תקציבים ממשלתיים ביישום פעולות אשר יש בהן כדי להביא להבראת הרשת. הדוחות הכספיים של הרשת המעידים על מצבה הכספי הועברו באופן שוטף לרשם העמותות, ובשל עמדת המשרד קיבלה הרשת אישורים על ניהול תקין. אלה אפשרו למשרד להמשיך ולהעביר לרשת כספים באופן סדיר. באמצעות כספים אלה המשיכה הרשת לפעול, והמשיכה גם לצבור חובות נוספים. אלה תוצאות הבדיקה: גננת אחת השתכרה 75% מן השכר הנדרש; תשע מהגננות שנתוניהן נבדקו השתכרו 82%-85% ;מן השכר הנדרש 17 השתכרו 86%-90% ;מן השכר הנדרש17 השתכרו 91%-95% מן השכר הנדרש; וגננת אחת השתכרה 98% .מן השכר הנדרש )(א נמצא כי בשנים 2000 -2007 לא שילמה הרשת לעובדיה דמי הבראה וקצובת ביגוד. יוצא אפוא שבמשך כשבע שנים פעלה הנהלת הרשת שלא לפי צו ההרחבה, אף שהמשרד הקצה לה את הכספים הנדרשים לשם תשלום דמי הבראה וקצובת ביגוד. לדעת משרד מבקר המדינה, מעשיה של הנהלת הרשת הם בגדר הפרה בוטה של זכויות העובדים והתנהגות לא ראויה של מעביד הניזון מכספי ציבור ונותן שירות לציבור. כמו כן הרשת עשתה שימוש בכספי ציבור שלא על פי הייעוד שנקבע לגבי אותם כספים. מהאמור לעיל עולה שכדי לקצץ בהוצאותיה ולהקטין את הגירעון, קיצצה הרשת בשכר עובדיה באופן שריר ותי וחד -צדדי, בחלק מהמקרים תוך התעלמות מדיני העבודה ומזכויות העובדים: היא קיצצה את שכרם, הפסיקה לשלם להם דמי הבראה וקצובת ביגוד והתנתה את המשך ההסבר של בית יעקב אינו עולה בקנה אחד עם הנתונים על שכר הגננות, שכן נמצא שכמה גננות חדשות קיבלו תשלום בשיעור גדול לעומת זה שקיבלו גננות ותיקות מהן.
לדעת משרד מבקר המדינה, אם בית יעקב מעוניינת לפתוח גני ילדים עבור קבוצות שונות בציבור החרדי, וכפועל יוצא היא מפעילה גנים גירעוניים, עליה לממן את הפעלתם מכספים שתגייס ממקורות אחרים.