רשות המיסים בישראל . ביקורת על ניהול פנקסים - רשות המיסים בישראל לדעת משרד מבקר המדינה, על יחידת המטה ברשות להנחות את משרדי השומה בגיבוש תכניות העבודה ולעקוב אחר יישומן. לדעת משרד מבקר המדינה, על הרשות לפעול לקיום השימועים סמוך ככל האפשר להגשת ההשגות ולקבל החלטה בפרק זמן קצר. משרד מבקר המדינה ציין לפני הרשות כי פעילות מיוחדת זו חשובה, אך הוסיף כי מדובר ב פעילות מצומצמת ואין בה משום פתרון או תחליף לתכנון ו לביצוע של ביקורות באופן שוטף על ידי היחידות לניהול פ נקסים (ראו להלן בפרק "כוח אדם"). בשנים האחרונות , בשל שינויים במבנה הרשות ובתפיסה התפעולית , חלה ירידה הדרגתית ומתמשכת במספר העובדים ביחידות לניהול פנקסים, וחלקם הועסקו גם בתפקידים אחרים. במשרדי השומה חולון , תל אביב 4 ואילתאין יחיד ה לניהול פנקסים, ובמשרד השומה בפתח תקווה מועסקים עובד אחד וממונה. במידה רבה מצב זה הביא לירידה ניכרת במספר הביקורות : בשנת 2011 נעשו כ - 30,000 ביקורות לעומת כ- 100,000 ביקורות שנעשו ב- 1995 (ירידה של כ- 70% .) זאת למרות העלייה במספר החייבים בניהול פנקסי חשבונות: בשנת 1995 היו כ- 294,000 עצמאים וכ- 65,000 חברות חייבים בניהול פנקסי חשבונות לעומת כ- 450,000 עצמאים וכ- 190,000 .חברות במועד הביקורת בתשובתה ציינה הרשות כי אכן בשנים האחרונות חלה ירידה הדרגתית ומתמשכת במספרי עובדי היחידות לניהול פנקסים. עם זאת, בשנת 2012 גויס כוח אדם נוסף ליחידות אלה. הרשות ציינה כי "בתקופה הקרובה יוקם צוות פנימי אשר ינתח את מתווה פעילותן של היחידות לניהול פנקסים, האפקטיביות של פעילותן ותפיסת הפעלתן וזאת תוך מציאת האיזון הנדרש בין פעילות זו ובין יכולות הטיפול של עובדי השומה בממצאי הביקורות ותוך יצירת תמהיל נכון לעבודת השומה בין שלל העילות לכניסת התיקים לביקורת שומה". לדעת משרד מבקר המדינה, על רשות המסים לנקוט את הצעדים הנדרשים כדי לאפשר למשרד השומה אילת לעמוד במשימות המוטלות עליו ולגבות מכל העסקים את המסים המתחייבים לפי החוק. בבדיקה שנעשתה במשרדי השומה אשקלון ורמלה נמצא כי בעת הזנת נתוני השומה למחשב לא הטילה הרשות סנקציות על 40 מ-49 נישומים (כ- 82%) בשל פנקסים בלתי קבילים. לדעת משרד מבקר המדינה, על הרשות לבחון פתרונות בכפוף להוראות הדין כדי להגביר את פעילותה באזורים ובענפים הפועלים בעיקר בסופי שבוע. נמצא כי היחידות לניהול פנקסים לא נהגו להעביר מיד למדור הגבייה רשימות של נישומים כאמור לעיל. עקב כך במקרים רבים נדחתה הגדלת המקדמות לזמן רב, לעתים עד חלוף שנת המס במלואה, ובמקרים אחרים המקדמות לא הוגדלו כלל. מנתוני הרשות עולה כי ב-41 מתוך679 מקריםשבהם נתפסו נישומים באי -רישום תקבול בשנת 2008 ודיווחו לאחר מכן על הכנסה חייבת, המפקח ים שבדקו את הדוחות השנתיים של הנישומים לא תיקנו את סיווג ההכנסה כדי שהמס יחושב לפי השיעורים המוגדלים ; זאת בניגוד להוראות החוק ותוך גרימת אבדן הכנסות למדינה. בבדיקה שנע שתה במשרדי השומה באשקלון וברמלה עלה כי במשרד השומה רמלה לא הטילו כלל קנסות מינהליים, ואילו במשרד השומה אשקלון לא הטילו קנסות מינהליים על כל הנישומים שנתפסו באי-ניהול פנקסים.
.נמצא כי מערך התכנון והבקרה לגבי ניהול הפנקסים אינו מיטביעל יחידת המטה ברשות לעקוב אחר עבודת היחידות לניהול פנקסי חשבונות. על הרשות לשפר את תעדוף התיקים לביקורת ניהול פנקסי חשבונות; על הרשות להגביר את פעילות היחידות באזורים ובענפים שבהם נעשית פעילות בסופי שבוע; על הרשות להנחות את יחידות השומה להקפיד להפעיל את ההחמרות שנקבעו לגבי נישומים שנמצאו אצלם ליקויים, ובעיקר כאלה שפנקסיהם נקבעו בלתי קבילים. על שני האגפים ברשות - אגף מס הכנסה ואגף המכס ומע" ם - לשתף פעולה לתפעול מערך היחידות לניהול פנקסי חשבונות ולתכנון פעילותן; על הרשות ושע" ם מוטלת החובה לפתח ולשפר את המערכת הממוחשבת המשמשת ל ניהול ביקורות על פנקסי חשבונות, בהתבסס על נוהל מפת"ח .