מטלות רוחב . הטיפול במבקשי מקלט מדיני בישראל לנוכח האמור לעיל עולה כי בתחילת שנת 2006 , עם התגברות ההסתננות לישראל של מבקשי מקלט אזרחי סודן ממצרים, הציע היועמ"ש מתווה להתמודדות אתה. רק ביולי 2007 החלה הממשלה לטפל בסוגיה. עקב התמשכותו של הטיפול בסוגיה, רבים מהאזרחים הסודניים שהסתננו הוחזקו במעצר ללא הגבלת זמן וללא זכות להשתחרר בערבות; אחרים, בייחוד הנשים והילדים שבקרבם, שוחררו בלי שהובטחו להם תנאי מחיה בסיסיים, ונוסף על כך נגרם נזק לתדמיתה של ישראל .חודרים של צה"ל. עוד יוער כי "מתקן אירוח" המאפשר להחזיק קטינים עם אמהותיהם אף הוא בעל מאפיינים של מתקן כליאה, וכי אינו מיועד להחזקה ממושכת של מאות אנשים, בהם משפחות שפוצלו, נשים וילדים. מן הראוי שמשרד הפנים והמשרד לבט"פ, בשיתוף משרד ראש הממשלה וגופים נוספים, ימצאו דרך להעביר את האזרחים הסודניים לחלופות משמורת בישראל או מחוצה לה עד שיתגבש פתרון סופי בעניינם. .הביטחון לסוגיה, לא הביאו אותה לדיון בממשלה ולא גיבשו תכנית להתמודדות עמה. כתוצאה מכך לא טופלו סוגיות מרכזיות הנוגעות למניעת הסתננות אזרחים סודניים והחזרתם למצרים, כמפורט להלן: לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שמדובר בסוגיה אנושית רגישה, משהונחה הבעיה לפתחו של היועמ"ש ראוי היה שיחזור ויתריע לפני הדרג המדיני עלה כי על אף הנחייתו של ראש הממשלה לא גיבשו המשרדים הנוגעים בדבר - משרד הפנים, המשרד לבט"פ ומשרד הביטחון - תכנית פעולה לטיפול במכלול ההיבטים הנוגעים לאזרחים הסודניים השוהים בישראל ואף לא נקבעו דרכי הפעולה והמנגנונים ליישום ההנחיה להעברת הטיפול בהם לפי חוק הכניסה לישראל. צה"ל המשיך לטפל באזרחים הסודניים לפי החוק למניעת הסתננות, והם הוחזקו במשמורת לפי ההסדרים הקבועים בחוק או שוחררו בלא שניתן מענה לצורכי מחייתם הבסיסיים. בשל אי -היערכותם של הגופים האמורים גיבש ראש הממשלה ביולי 2007 תכנית חירום להיערכות לטיפול באזרחים הסודניים שהסתננו לישראל ממצרים ( ראו להלן בפרק על מתווה ראש הממשלה). באוגוסט 2007 ,החלו הגופים הנוגעים בדבר לטפל באזרחים הסודניים לפי חוק הכניסה לישראל כמפורט להלן: .מאחר שהיא נמנעה לתת למבקשי מקלט השוהים בתחומה טיפול הומניטרי הולם ולא עשתה די לסייע בפתרון בעייתם של הפליטים הסודניים. על כל המשרדים הנוגעים בדבר לפעול בנחרצות ליישום תכניתו של ראש הממשלה. אם יתברר שמרכיבים מהותיים בתכנית הפעולה של ראש הממשלה אינם ישימים או מעוררים קשיים אחר ים, על הדרגים המקצועיים להביא זאת בהקדם לידיעת הדרג הממשלתי. מניעת כניסתם של אזרחי סודן דרך הגבול ממצר ים, באמצעים פיזיים או דיפלומטיים, והחזרתם למצרים בסמוך לתפיסתם היו המרכיבים העיקריים בהצעה לטיפול בהסתננות לישראל שהציע היועמ"ש לראש הממשלה ולשרים הנוגעים בדבר בתחילת שנת 2006 . ראש הממשלה והשרים הנוגעים בדבר לא דנו בהצעה ולא גיבשו תכנית למימושה. זאת ועוד, כאשר התברר, חודשים מעטים לאחר שגובשה ההצעה, כי הפעילות הדיפלומטית עם מצרים לא נשאה פרי, כי מצרים לא משתפת פעולה עם ישראל בעניין זה וכי צה"ל לא מצליח למנוע את ההסתננות היה על משרד הביטחון, צה"ל ומשרד החוץ לחזור ולדון בנושא, לגבש דרכים חלופיות לטיפול באזרחים הסודניים שהסתננו לישראל ולהציגן לפני ראש הממשלה. נוסף על כך היה על גופים אלה להדגיש, בעוד מועד, לפני ראש הממשלה ולפני הממשלה שיש צורך הן בהיערכות דחופה לטיפול הומניטרי הולם באזרחים הסודניים בעת שהותם בישראל והן במציאת מקלט עבורם במדינה אחרת. הביקורת העלתה כי ראש הממשלה, שר הביטחון דאז ושרת החוץ, לפניהם התריע היועמ"ש בנוגע לתופעת ההסתננות של האזרחים הסודניים, לא דנו בהצעה או בדרכים חלופיות להתמודדות עם התופעה. גורמים אלה אף לא העלו את הנושא לדיון בממשלה כדי לגבש תכנית למניעת הסתננות האזרחים הסודנים והחזרתם למצרים. בסוף שנת 2006 ,חזר היועמ"ש והתריע לפני ראש הממשלה ושר הביטחון דאז מר עמיר פרץ, כי לא גובשה מדיניות לטיפול מערכתי בהסתננות האזרחים הסודניים לישראל מגבול מצרי ם וכי עקב כך עלולה בעיית ההסתננות להחמיר באופן שיקשה לפתרה. גם בעקבות התרעה זו לא נדרשו ראש הממשלה ושר הועלה שלא כל הזכאים לאשרה לפי הנוהל קיבלו אותה - מבדיקה שעשה משרד מבקר המדינה בעניינן של 30 בקשות שנדונו בהליך רגיל בוועדה המייעצת עלה כי רק אחד מ -28 מבקשי מקלט 21 שהיו זכאים לאשרה קיבל אשרה שהייתה תקפה במשך כל תקופת ההמתנה להחלטה בעניינו. עוד העלתה הבדיקה האמורה כי רק שמונה מ -28 מבקשי המקלט האמורים, פנו ללשכות מינהל האוכלוסין וקיבלו אשרות שהיו תקפות במשך חלק מתקופת ההמתנה בלבד; וכי תשעה מבקשי מקלט אחרים לא פנו ללשכות מינהל האוכלוסין ולא ניתנה להם אשרה כלל במשך כ ל תקופת ההמתנה; פרטיהם של יתר מבקשי המקלט לא אותרו במערכת הממוחשבת של משרד הפנים. יוצא אפוא כי רק חלק מהזכאים לאשרה קיבלו אותה. זאת כיוון שרבים ממבקשי המקלט לא פנו למינהל האוכלוסין לצורך הסדרת מעמדם. עקב כך חלק ניכר ממבקשי המקלט הממתינים להחלטה בעניינם אינו מקבל אשרה בתקופת הביניים, אף שהוא זכאי לקבלה. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שמשרד הפנים, האחראי על הסדרת המעמד בישראל, לא יסתפק בהענקת אשרה רק למבקשי מקלט שפנו אליו, שהם רק חלק מהזכאים לה, אלא ייבחן, עם כל הגופים הנוגעים בדבר לרבות נציבות הפליטים, דרך שתאפשר לכל הזכאים לאשרה בתקופת ההמתנה להחלטה בעניינם לממש את הזכויות שהוקנו להם. הביקורת העלתה שעקב מחלוקת בין גופי מערכת הביטחון בנוגע לחזקת המסוכנות של כלל האזרחים הסודניים לא יושמה הנחיית היועמ"ש ונפגעו זכויותיהם, כמפורט להלן:
הועלה שמשנת 2002 , מועד כניסתו לתוקף של נוהל מבקשי מקלט, עד מועד סיום הביקורת לא בחן משרד הפנים את האפשרות להעניק מעמד של קבע למי שישראל הכירה בהם כפליטים ולא נקבע מסלול הדרגתי לייצוב מעמדם, אף שמפעם לפעם עלה נושא זה בדיוני הוועדה המייעצת והוכר הצורך בקביעת הליך מסודר בנושא. לדעת משרד מבקר המדינה אף שאמנת הפליטים אינה מחייבת מדינות להעניק רישיון ישיבת קבע לפליטים השוהים בתחומה, ראוי שמשרד הפנים יבחן בחינה מעמיקה את סוגיית קביעתו של מסלול הדרגתי שבסופו יינתן מעמד של תושבי קבע למבקשי מקלט שהוכרו כפליטים ושוהים בישראל תקופה ארוכה, ובכך יפיג את אי-הוודאות באשר למצבם, וכן ראוי שישקול חלופות נוספות לפתרון בעיה זו.