משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . פרויקט הנתיב המהיר – כביש אגרה לדעת משרד מבקר המדינה, אם החליט משרד התחבורה להסתכן סיכון מידתי ומחושב היה עליו להכין, במסגרת תהליך ניהול הסיכונים בפרויקט, מסמך מפורט ומאושר על ידי הגורמים המוסמכים לכך המציין את מידת הסיכון, את ההסתברות שסיכון זה יתממש ואת העלות שהמשרד צפוי לשאת בה אם אכן יתממש הסיכון, אולם לא נמצא מסמך כאמור שהכין המשרד. יוצא אפוא כי מתכנני פרויקט הנתיב המהיר ידעו כבר בפברואר 2002 , כשנתיים לפני שפורסם המכרז המוקדם להקמת הנתיב המהיר, כי תכניות הרכבת אינן עולות בקנה אחד עם ה תכניות להקמת הנתיב המהיר, וכי בקטעים מסוימים בכביש מס' 1 יש חפיפה בעייתית בין תוואי מסילת הרכבת ובין הכביש המתוכנן לנתיב המהיר. למרות זאת תכנון הנתיב המהיר נמשך בלא שהוסדר הנושא. מן האמור לעיל עולה כי בעת שהוחל בגיבוש הפרויקט להקמת הנתיב המהיר בשנת 2002 כל הגורמים שקידמו את המכרז, ובהם מת כנני הפרויקט, משרד האוצר ומשרד התחבורה, היו ערים לכך שכביש מס' 1 , שהוקם כ-40 ,שנה לפני כן, חופף בחלקו לתחום רצועת מסילת הרכבת וכי הפעלת הנתיב המהיר בתוואי זה, עלולה לפגוע בפיתוח תוואי עתידי של מסילת רכבת בין צפון הארץ לדרומה שתעבור דרך תל אביב. אף על פי כן, אותם גורמים, ובהם משרד האוצר ומשרד התחבורה, פעלו להקמת הנתיב בלי שניסו למצוא פתרון יסודי לבעיה. במקום זאת הם התחייבו להוציא סכומים גדולים להעתקת חלק מהנתיב המהיר בעת שיוחלט להקים את המסילה הרביעית, בלא שציינו את מקור התקציב שיידרש למימון העתקתו. .בביקורת נמצאו ליקויים בהקמתו של פרויקט הנתיב המהיר כדוגמת היעדר תכנון מוקדם של הפרויקט ואי-תיאום בין כל הגורמים המשתתפים בהקמתו. זאת ועוד, בעת שהוחל בגיבוש הפרויקט להקמת הנתיב המהיר הייתה המדינה ערה לכך שכביש מס' 1 , שהוקם כ-40 שנה לפני כן, חופף בחלקו לתחום רצועת מסילת הרכבת, והדבר עלול לפגוע בפיתוח תוואי עתידי של מסילת הרכבת הרביעית. אף על פי כן לא פעלה המדינה לפתרון יסודי של הבעיה אלא התחייבה להוציא סכומים גדולים להעתקת חלק מהנתיב המהיר בעת שתוקם מסילת הרכבת האמורה. לדעת משרד מבקר המדינה על משרדי התחבורה והאוצר להפיק לקחים מהליקויים האמורים שהעלתה הביקורת בנוגע לאופן הקמת הפרויקט, כדי למנוע את הישנותם אם יוחלט על פרויקטים דומים בעתיד. כמו כן, עליהם לבחון דרכים לתיקון המצב נוכח הצרת כביש מס' 1 לכלל הציבור ונוכח הצורך לפנות את הנתיב שעליו מיועדת להיסלל המסילה הרביעית. כביש מספר אחד הוא ציר תנועה מרכזי במדינה והכניסה ממנו לתל אביב נדרשת לשימוש כלל הציבור במ שך כל שעות היממה. השימוש בנתיב המהיר דורש עלות כספית לא מבוטלת מאזרחים פרטיים המעוניינים להשתמש בו, בעוד החלופה של שימוש בתחבורה ציבורית אינה בשיאה. יש מקום לתת על כך את הדעת בעת שיישקלו פרויקטים דומים בעתיד. . אף שהעבודות להקמת נתיב מהיר לירושלים היו כלולות בהסכם, במועד סיום הביקורת באוגוסט 2011 , לא הוחל בהקמת הנתיב המהיר לירושלים. 5. יעדי ההסעות : במתחם "חנה וסע" ניתנים שירותי הסעות בשני קווים בלבד: קו סובב הקריה בתל אביב וקו למתחם הבורסה ברמת גן. אין במתחם "חנה וסע" מערכת הסעה לנוסעים שצריכים להגיע למקומות מרכזיים אחרים בתל אביב כגון התחנה המרכזית, והדבר מצמצם את מספר הנוסעים שכדאי להם להחנות במתחם "חנה וסע" ולנסוע בנתיב המהיר באמצעות ההסעות. סדרי מינהל תקינים מחייבים כי קבלת החלטות הכרוכות בניהול סיכונים חייבת להיות מלווה במסמך מפורט שבו יצוינו הסיכונים שנלקחו והעלות של כל סיכון. לא נמצא שכך נעשה. יתר על כן, כאשר יוחלט על הקמת המסילה הרביעית תידר ש עלות כספי ת משמעותית נוספת להוצאות הפרויקט כתוצאה מן הליקויים בתהליך קבלת ההחלטות שתוארו לעיל.
יוצא אפוא כי משרד האוצר ומשרד התחבורה ביצעו מכרז לסלילת הנתיב המהיר בלי שחלקים מכביש מס' 1 הנמצאים בשטח הפרויקט הוסדרו מהבחינה התכנונית והסטטוטורית. הדבר גרם להפסקת העבודות ולסכסוך בין הזכיין ובין המדינה, וכתוצאה מכך להגדלת רשת הביטחון לזכיין מעבר למתוכנן. כמו כן על פי החוזה, הקמת הפרויקט הייתה אמורה להסתיים עד הרבעון הראשון של שנת 2010 , אולם בפועל הפרויקט החל לפעול רק כשנה לאחר מכן, בינואר 2011.