משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . הכנה וביצוע של התקציב להשגת מטרות המשרד - משרד התחבורה והבטיחות בדרכים שינויים ניכרים בתקציב ההרשאה להתחייב הם למעשה בבחינת שינוי בסדרי העדיפויות שאושרו בחוק התקציב השנתי. הם עלולים להעיד על ליקויים בשיטת התקצוב, על תכנון לקוי של פעולות המשרד וחברות התשתית או על היערכות לא מספקת לקראת ביצוע הפעולות על ידי חברות התשתית. לדעת משרד מבקר המדינה, דוגמאות אלה ממחישות כמה חשוב שמשרדי האוצר והתחבורה יבדקו את תהליכי התכנון והתקצוב. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה ולאג"ת כי אמור להיות קשר הדוק בין תהליכי התכנון והתקצוב, וכי התקצוב צריך להתבצע בהתאם לתכנון הפעולות של המשרדים, תוך התחשבות במגבלות התקציב הכללי. אם אכן המידע על התכנון אינו מוטמע בשיטת התקצוב בפועל, אזי יש לראות זאת בחומרה. סך הפער בין הביצוע לבין תקציב המאושר תחום פעילות התקנות עם הפערים הגדולים ביותר* דוגמה זו ממחישה גם את היעדר האחידות בדברי ההסבר שמוגשים לכנסת בצירוף להצעת תקציב המדינה, וכן את המחסור בפירוט לגבי פרויקטים רבים, ובהם פרויקטים גדולים. משרד מבקר המדינה מעיר לאג"ת ולמשרד התחבורה כי הוספת סכומי תקציב גדולים של הרשאה להתחייב בסוף השנה מחייבת את גופי הביצוע לחתום בזמן קצר על הסכמים עם ספקים על מנת לנצל את תוספות התקציב, ולכן עלולה לפגוע ביעילות של ניצול התקציב. אי הקצאת תקציבים בשלב מוקדם יותר במהלך השנה אף מסכלת ביצוע פעולות מתוכננות של גופי הביצוע. כפי שהודגם לעיל, פעמיים הוקצו תקציבי הרשאה להתחייב גדולים בסוף שנת התקציב, וה ם לא נוצלו. נוסף על כך, אי -הקצאת תקציב בעוד מועד גורמת לחריגות מהתקציב במהלך השנה, וכאמור יש בכך משום עבירה מינהלית לכל הפחות. 5. מבדיקת תהליך תקצוב תחום הפיתוח של משרד התחבורה עולה כי לאג"ת אין נהלים ומתודולוגיה ברורים בכל הנוגע לתהליך התקצוב של הפרויקטים, בפרט תקצוב ההרשאה להתחייב. למשל, לעתים תוקצבה הרשאה להתחייב מראש עבור כל הפרויקט, ולעומת זאת בפרויקטים אחרים ההרשאה להתחייב תוקצבה בכמה שלבים. יש לעגן בנהלים גם את רמת הפירוט של דברי ההסבר הנלווים להצעת התקציב, בין היתר של תקציב ההרשאה להתחייב. לצד הרצון להבטיח גמישות בנוגע להרשאה להתחייב, בהיותה מאופיינת בהתמודדות עם תנאי חוסר ודאות ונסיבות משתנות, חשוב למנוע דרכים עוקפות הליכי אישור תקציבי המבוססים על תכנון, פיקוח , בקרה ושקיפות כלפי הכנסת וועדותיה וכלפי הציבור. משרד מבקר המדינה מעיר כי הצורך להפעיל את מנגנון ועדת החריגים באופן תדיר ולתקופות ארוכות עד לאישור התקציב השנתי, מטיל אחריות על הוועדה לאשר התחייבויות והוצאות כספיות בהיקפים גדולים לפני אישור חוק התקציב בכנסת. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח המצב הקיים, על הממשלה בכלל ומשרד האוצר בפרט להידרש לסוגיה זו ולשקול חלופות או תוספות למנגנון הקיים. משרד מבקר המדינה מעיר כי חוסר הדיוק ברישום ההתחייבויות ואי- רישום פריסת המזומנים בגינן ידועים לכל הגורמים הנוגעים בדבר זה שנים. על אגף החשכ"ל ליזום מהלך לטיוב הרישום של ההתחייבויות של משרד התחבורה ושל כלל משרדי הממשלה, באופן שהוא ישקף נכונה את המציאות. הדבר מקבל משנה חשיבות לנוכח יישום מנגנון ה"נומרטור" והיקף ההתחייבויות העצום של משרד התחבורה. בכל אחת מהשנים 2013 ו-2014 תקנות נוהלו בחריגה מתקציב ההרשאה להתחייב, לעתים בסכומים גדולים מאוד, דבר שהוא כאמור בגדר עבירה מינהלית. בחלק מהמקרים התקיימה חריגה גם ברמת התכנית, ולכן מדובר אף בחריגה מחוק התקציב השנתי. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על חשב משרד התחבורה דאז להתריע על החריגות האמורות ולמנוע אותן. .משרד התחבורה אינו יכול לתת התחייבויות כנגד תקציב הרשום בתקנות רזרבה, אלא רק כנגד תקציב הרשום בתקנות ייעודיות, ואכן - בתקנות הרזרבה לא רשומות התחייבויות. לכן העברת עודפים בתקנות רזרבה אינה מתיישבת עם מדיניותו של משרד האוצר להעביר בעיקר עודפים מחויבים. לדעת משרד מבקר המדינה, לנוכח חשיבותם הרבה והיקפם הגדול של תחומי אחריותו של האגף לתכנון תחבורתי, על הנהלת משרד התחבורה לבחון אם נכון שהאגף לתכנון תחבורתי ימשיך להיות כפוף לרשות הארצית לתח "צ, לנוכח העובדה שאינו אחראי רק לתחבורה הציבורית אלא גם למערכות אחרות בתחום התחבורה. כמו כן על הנהלת המשרד ליישם את תכנית העבודה המוזכרת בנוגע לאיוש האגף. מהמתואר לעיל עולה כי משנת 1998 , מועד אישורה שלתכנית האב הקודמת ועד שנת 2008 , מועד הכנת תכנית האב הארצית לתחבורה יבשתית, לא חלה התקדמות ממשית ב טיפול של משרד התחבורה ב כשלים בתחבורה בארץ , שהעיקרי בהם הוא הפיגור בפיתוח התח"צ והשימוש המועט בשירותיה. עקב כך פחת שיעור הנוסעים באוטובוסים יחסית לכלל האוכלוסייה וגדל היקף השימוש ברכב פרטי. יוצאי דופן בעניין זה היו פיתוח מואץ של הרכבות הכבדות, שהביא להגדלת מספר הנוסעים בהן, והקמת הרכבת הקלה בירושלים. כמו כן גם לאחר פרסום תכנית האב הארצית משנת 2008 לא הוכנו תכניות אופרט יביות מפורטות ליישום ההמלצות, שבמסגרתן ייקבעו סדרי העדיפויות, לוח הזמנים לביצוען והגוף האחראי לכל תחום. משרד מבקר המדינה מעיר כי סכומי תקציב בהיקף כה גדול הוקצו בלא שבוצעה עבודת מטה מסודרת שבמסגרתה נבדקו כדאיות הפרויקטים למשק והשימושים האלטרנטיביים למשאבים הכספיים ולמשאבי הקרקע שנדרשו לביצוע הפרויקטים. ראוי שהחלטות מדיניות של הממשלה ושריה, גם אלה שלא מתבססות על שיקולים כלכליים, יתקבלו רק לאחר שכלל המידע על השפעותיהן ותוצאותיהן האפשריות, לרבות בתחום הכלכלי, יהיה מונח לפני מקבלי ההחלטות. נמצא כי אף שמשרד התחבורה נקט צעדים ליישום חלקים מהתכנית האסטרטגית לפיתוח תח"צ, הוא לא הכין תכנית כוללת, אופרטיבית ומפורטת ליישומה. לדעת משרד מבקר המדינה, לנוכח חומרת מסקנותיה של התכנית והתוצאות האפשריות של אי-ביצוע הצעדים הדרושים, נדרש משרד התחבורה לפעול נחרצות למניעת התדרדרות נוספת במצב התחבורה במדינה, ובפרט התחבורה הציבורית, ואף לשפרה. .מהתכניות ומממצאי הביקורת עולה כי במשך השנים משרד התחבורה לא יישם כלל את המלצות הדוחות, או יישם אותן בהיקף חלקי ובקצב אטי. אמנם הממשלה הגדילה את תקציבי פיתוח התחבורה, החלה בהקמה של מערכות תחבורה ציבורית עתירות נוסעים במטרופולינים, הקימה קווי רכבת חדשים ויזמה מהלכי מדיניות חשובים, אך ישראל עדיין נמצאת בפיגור ניכר אחרי המדינות המפותחות, הן בתחום התשתיות ומערכות התחבורה והן באמצעי המדיניות המשלימים. בין היתר עקב כך השימוש בתח"צ לא התפתח כנדרש. לעומת זאת, הלך וגבר השימוש בכלי רכב פרטיים, על כל העלויות והנזקים הכרוכים בכך , ובכלל זה עומס התנועה בכבישים, זיהום האוויר, הרעש והפגיעה בבטיחות. לדעת משרד מבקר המדינה, יישום המדיניות הנבחרת חיוני ביותר לפיתוח המדינה ולרווחת התושבים, הן בטווח הקצר והן בטווח הארוך. לכן על משרד התחבורה לנקוט ללא דיחוי צעדים ממשיים לפתרון הבעיות בתחום זה. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את העיכובים בהכנת התכנית. לדעתו לנוכח חשיבותה של תכנית מתאר ארצית מאושרת לקידום זמינותן של תשתיות התחבורה במדינה ולהבטחת היתכנות מימושן בבוא העת, על משרד התחבורה ומינהל התכנון לסיים בהקדם את הכנת התכנית ולהגיש אותה לאישור הממשלה. מכאן עולה שבמשך כשלוש שנים פעלה חברת הרכבת ללא תכנית פיתוח מעודכנת מאושרת - במשך כשנה וחצי לא הייתה לה תכנית מאושרת, ובמשך שנה וחצי נוספות פעלה על פי תכנית זמנית. משרד מבקר המדינה מעיר לחברה כי הדבר אינו תקין והיה עלול לפגוע בפעילותה. זאת, הן בגלל היקף התכניות שלה והן בגלל היעדר ודאות לגבי אישורן. הביקורת העלתה כי בסוף שנת 2015 משרד התחבורה קבע מתכונת אחידה לכל חברות התשתית לצורך הגשת תזרימים מזומנים. על משרד התחבורה לשקול לקבוע מתכונת גם להגשת תכניות העבודה לסוגיהן, כולל תכניות החומש, לצורך ייעול של תכנון הפעולות והתקציב על פיהן ולצורך מעקב אחר יישום התכניות. לדעת משרד מבקר המדינה, לנוכח ההמלצות החוזרות ונשנות עוד משנת 1996 להקמת רשויות תחבורה מטרופוליניות, וכל עוד החלטת הממשלה משנת 2011 עומדת בעינה , על הגורמים המטפלים בנושא למצוא דרכים להסרת החסמים המונעים את הקמת רשויות התחבורה המטרופוליניות. בכלל זה יש לקדם את הסדרת חלוקת התפקידים, הסמכויות ותחומי האחריות של הרשויות המקומיות השונות לצורך שיפור שירותי התח"צ בתחום שיפוטן. משרד מבקר המדינה מעיר כי אין בתשובתו של אג"ת כדי להסביר את אי-הדיוקים הרבים שנמצאו במסגרת ניתוח נתוני התקציב. לאי -דיוק בתקצוב ההוצאה השפעות מרחיקות לכת על יכולתה של הממשלה להוציא לפועל את פעולותיה. תקצוב בחסר בתחומי פעילות מסוימים עלול לעכב ביצוע של פרויקט ים והעברת תשלומים לספקים. הדבר מחייב את אג"ת למצוא מקורות מימון מתחומי פעילות אחרים ולהעביר מהם תקציבים לתחום הנדון. מאידך, תקצוב ביתר משמעו אי-ניצול יעיל של התקציב, מכיוון שהוא תוקצב עבור פעולות שלא בוצעו בסופו של דבר, ויכול היה לשמש לביצוע פעולות אחרות. גם במקרים של תקצוב ביתר אג"ת מבצע העברות תקציב במהלך השנה מפעולות שבהן צפוי תת-ביצוע לפעולות שחסר תקציב לביצוען. יש לציין שככל שההעברות הללו מתבצעות במועד מאוחר יותר במהלך שנת התקציב, קטן הסיכוי לנצלן ביעילות. אי -דיוקים גדולים בתקצוב מגדילים את מספר השינוי ים בתקציב וגורמים, כפי שהוצג לעיל, לביצוע שינויים בסך מיליארדי ש"ח בכל שנה. יש לציין כי השינויים שמבצע מינהל התשתיות בשיטות העבודה שלו ושל חברות התשתית החל משנת 2015 אמורים להביא לשיפור ברמת הדיוק של הקצאת התקציבים ולהתאמה טובה יותר בין הביצוע לתקציב. משרד מבקר המדינה מעיר כי שיטת פעולה זו למעשה מרוקנת מתוכן את תהליך הכנת תקציב ההרשאה להתחייב, שאמור להתבצע בהתאם לצפי של הפרויקטים שיצאו לפועל באותה שנה. על משרד התחבורה וחברות התשתית לפעול לתכנון נכון יותר של הפעולות ולהפחתת החריגות בתקציב ובלוחות הזמנים של הפרויקטים. על אג"ת לשפר את תהליכי תקצוב ההרשאה להתחייב בתקנות הייעודיות, ולדאוג שהתקציבים יוקצו בין תחומי הפעילות והפרויקטים השונים בהתאם לתכניות של משרד התחבורה ושל חברות התשתית ובאופן שיביא לניצול מיטבי של התקציב. כפי שהוסבר לעיל, חברות התשתית ממילא א ינן יכולות להשתמש בתקציב ההרשאה להתחייב, גם אם הוא הוקצה בתקנה הייעודית, ללא קבלת התחייבות מטעם הגוף המוסמך - שנציגי אג"ת חברים בו - וזאת לאחר ששוכנע כי הפרויקט אכן מוכן לביצוע. לעומת זאת, תקצוב מרבית ההרשאה להתחייב בתקנ ות רזרבה פוגעת פגיעה של ממש בשקיפות התקציב ובבקרה על ניצולו למטרות שלשמן הוא יועד, מה גם שזו אינה מטרתם של סעיפי הרזרבה. זאת ועוד, אף שלטענת אג"ת התקצוב באמצעות תקנות הרזרבה מסייע לו לתקצב את הפעולות באופן מדויק יותר, הרי שלעתים בסוף השנה נותרים סכומי תקציב גדולים שהוקצו לתקנות ייעודיות לפרויקטים אך לא נוצלו. הדבר מלמד על חוסר דיוק רב בתקצוב גם בשיטת העבודה הנוכחית (ראו להלן פירוט לגבי ביצוע תקציב ההרשאה להתחייב). . היקף הסלים המיועדים לפרויקטיםבמוקדי סיכון, לתחזוקת כבישים בין - עירוניים ולתכנון וקידום של זמינות פרויקטים נקבע בתכנית החומש של נת"י והוקצה עבורם תקציב. לעומת זאת, לא הוצגה למשרד מבקר המדינה מתודולוגיה מסודרת בנוגע לאופן קביעת היקף התקציב עבור הסלים בתקציב הפיתוח של פרויקטים עירוניים או בתקציב הפיתוח של חברות שאין להן תכנית חומש, כדוגמת חברת כביש חוצה ישראל. נציגי משרד התחבורה ציינו לפני משרד מבקר המדינה כי לרוב היקף התקציבים הללו נקבע באמצעות משא ומתן בין משרד התחבורה לבין אג"ת, על בסיס הצרכים שמזהה משרד התחבורה, אולם היקף הצרכים אינו הפרמטר היחיד שלפיו נקבע היקף התקציבים. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה ומשרד האוצר לבחון את שתי שיטות העבודה - הסכם שנתי או הסכם רב-שנתי - ולהקצות את תקציבי ההרשאה להתחייב בהתאם לשיטה שתאפשר להשתמש בתקציבים המוקצים באופן היעיל והחסכוני ביותר, בכפוף לדין. לדעת משרד מבקר המדינה על משרד התחבורה לבחון את הגורמים לתופעה ולוודא שהרצון לנצל את התקציב לקראת סוף השנה אינו גורם לכך שהתקציב ינוצל באופן חפוז ולא יעיל ואינו פוגע בתהליכי הבקרה. משרד מבקר המדינה מעיר כי ההוצאה על התמיכות רובה ככולה היא הוצאה שוטפת במהותה ואינה השקעה בפיתוח. הכללתה בסעיף המיועד לתקציב פיתוח מעוותת את הנתונים בדבר החלוקה בין התקציב הרגיל לבין תקציב הפיתוח וחשבון ההון. לא הוצגה למשרד מבקר המדינה כל הנחיה בכתב בנושא זה. לדעת משרד מבקר המדינה חשוב לעגן הנחיות אלה בנוהל מסודר בהקדם, על מנת למנוע מצב שבו חברות התשתית ישלמו לקבלנים תוספות תשלום ויחרגו מהמסגרות שאותן סיכמו בהסכמים עם קבלנים ללא אישור מראש של משרד התחבורה. סך הפער בין .הביצוע לבין תקציב .המאושר תחום פעילות התקנות עם הפערים .הגדולים ביותר* . משרד מבקר המדינה מעיר לאג"ת כי עליו להימנע מהגשת דברי הסבר לא מסודרים שאינם מאפשרים לעקוב בנפרד אחר סוגי השינויים השונים. כמו כן עליו לקדם בהקדם את השיפורים הנדרשים בכל הנוגע לשינויים תקציביים על מנת להגביר את השקיפות כלפי ועדת הכספים ולאפשר לה למלא כיאות את תפקידה לפקח על השינויים התקציבים ולקבוע אם לאשרם. הדבר יגביר גם את השקיפות כלפי הציבור, ויאפשר מעקב אחר מידת ניצול התקציב ואחר אופן השגת המטרות שלשמן מוקצים סכומים מהתקציב. בביקורת הנוכחית נמצא כי רישום ההתחייבויות במערכות הכספיות עדיין אינו מדויק, ובפרט - לא תמיד נרשמת פריסת המזומנים בגינן בהתאם להסכמים שנחתמו עם הספקים. זאת אף שלאחר ביצוע הביקורת הקודמת הוטמעה מערכת מרכב"ה, שהייתה אמורה, בין היתר, לאפשר טיפול בבעיה זו. על כן, נתוני ההתחייבויות אינם משקפים כיאות את צורכי המזומנים הצפויים בעתיד, והדבר מקשה את הניהול היעיל של המזומנים , את קבלת ההחלטות בנוגע לתקצוב ובנוגע להעברת עודפי תקציב ההוצאה בין שנות תקציב . רישום לא מהימן של ההתחייבויות גם עלול לעוות את תמונת המצב של התחייבויות הממשלה. .ממקרים אלה ומתשובת אג"ת אפשר ללמוד כי אף שמדיניות משרד האוצר היא להעביר משנה לשנה בעיקר עודפים מחויבים משום שהתשלום בגינם צפוי להתבצע בשנה העוקבת, בפועל במקרים רבים סכומי העודפים המועברים אינם מדויקים ולא בהכרח משרת ים את הצרכים של שמירה על רצף הפעילויות של משרד התחבורה ותשלום בעד פעילויות שיש כנגדן התחייבויות. שיעורי הביצוע הנמוכים של תקציב ההרשאה להתחייב מעידים על תכנון לקוי של הפעולות, על היערכות לא מספקת לביצוען או על תקצוב לא נכון. כמו כן הם מעידים שמשרד התחבורה וחברות התשתית לא הצליחו ליישם את תכניותיהם. פערים כה גדולים בין התקציב לבין הביצוע מלמדים שגם מנגנון שינויי התקציב לא סייע, בסופו של דבר, לשפר את מידת ניצולם של התקציבים המוקצים לפיתוח התחבורה. משרד מבקר המדינה מעיר כי תקצוב ההרשאה להתחייב בתקנות הרזרבה, בשילוב עם המבנה הנוכחי של סעיף תקציב הפיתוח של משרד התחבורה, אינם עולים בקנה אחד עם סעיף 3 בחוק היסוד, הקובע כי הצעת חוק התקציב ת היה מפורטת וכי התקציב יביא את הוצאות הממשלה הצפויות והמתוכננות. הדבר מאפשר להגיש לאישור הכנסת תקציב ללא תכנון מספק של תכניות המשרד לשנת התקציב, ובאופן שעוקף הליכי עבודה מושכלים לאישור התקציב. יש בכך כדי להגביר את הפגיעה בשקיפות כלפי הכנסת וכלפי הציבור לעניין התקציב, היות שאף אם יבקש חבר כנסת או גורם בציבור לבחון את התקציב ברמה מפורטת של תקנות אחרי אישור חוק התקציב השנתי בכנסת, הוא לא יוכל ללמוד על פירוט הפרויקטים המתוכננים שעבורם מתוקצבת ההרשאה להתחייב ואף לא על הסכום המיועד לכל פרויקט. גם בעת העברת תקציב ההרשאה מתקנות הרזרבה לתקנות הייעודיות יש חוסר שקיפות כלפי הכנסת, מאחר שמדובר בהעברות תקציב בין תקנות רזרבה באותה תכנית תקציב שאינן מחייבות את אישור ועדת הכספים ואף לא מדווחות לה. זאת אף שלעתים מדובר בהעברות תקציב של מיליארדי ש"ח43 . כל התופעות שצוינו לעיל מעידות על ליקויים חמורים בתכנון התקציב ובביצועו, ועל כך שהקצאת התקציב המקורי אינה משקפת כלל את הפעולות הצפויות בתחום. יתר על כן, בדברי ההסבר להצעות התקציב בשנים אלה לא הובא כל הסבר לגבי ההבדלים בתקצוב בין השנים ולגבי הפערים הגדולים בין נתוני הביצוע לנתוני התקציב. אג"ת לא השיב על שאלות משרד מבקר המדינה בעניין זה. במועד סיום הביקורת עדיין לא גובש נוסח סופי של נוהל זה, ובפועל - אף שכלל לא נדרש נוהל חדש כדי שאג"ת ירחיב את דברי ההסבר כאמור - דברי ההסבר המוגשים לוועדת הכספים בצירוף לבקשות לשינויים עדיין לא הורחבו ואינם כוללים את כל הנתונים הרלוונטיים לקבלת החלטה, לרבות התקציב המקורי שאושר בפריטי התקציב הכלולים בבקשה והשינויים שחלו בו במשך השנה. עוד מצא משרד מבקר המדינה כי לעתים נכללים באותה פנייה תקציבית סוגים שונים של העברות תקציב, באופן שאינו מאפשר לעקוב אחר ההעברות בין פריטי התקציב השונים, ובלי שמפורטים בדברי ההסבר כל השינויים והטעמים לביצועם. יש לציין כי לעתים פנייה תקציבית אחת כוללת עשרות ואף מאות שינויים בתקנות. כאמור, נתוני ההתחייבויות הרשומים במערכות הכספיות אינם מדויקים ובמקרים רבים לא נרשמת פריסת המזומנים הדרושה בג ינן. מכיוון שבתקציב הפיתוח מרבית הפעולות הן רב -שנתיות, הרי שהדבר יוצר חוסר דיוק לגבי סכומי המזומן שיש בגינן התחייבות לשנה הקרובה ולגבי היקף העודפים הנדרש להעברה משנה לשנה. לדעת משרד מבקר המדינה על משרד התחבורה ומשרד האוצר לגבש מדיניות אופרטיבית סדורה לטווח הארוך כדי להפחית את עומס התנועה בכבישים, ולפעול למימושה באופן עקבי. כמו כן עליהם לדאוג שיתקיימו איזון וקוהרנטיות בין הצעדים שנוקטת הממשלה להסדרת ענף הרכב, מדיניות המיסוי של כלי הרכב והדלק, ובין הצעדים ליצירת תמריצים לצמצום השימוש בכלי רכב פרטיים. כדי לאפשר את השגת המטרה המוצהרת - הגברת השימוש בתח "צ - על משרד התחבורה להמשיך לשפר את היעילות ורמת השירות של התחבורה הציבורית. משרד מבקר המדינה מעיר כי היה על משרד התחבורה לדאוג במשך השנים לשימור שוטף ומסודר של הידע והנתונים הנצברים, כדי שיעמוד לרשותו מידע רב יותר בנוגע לפרויקטים מהעבר - שייתכן כי חלקם עדיין נמשכים - לצורכי מעקב ולפיקוח עליהם וכדי שיוכל להפיק מהם לקחים שישמשו אותו בעתיד. לדעת משרד מבקר המדינה, משיקולי שקיפות ובהירות של התקציב ודברי ההסבר הנלווים לו, ראוי שאג"ת ישפר את מבנה דברי ההסבר באופן שהם יהיו נוחים יותר להבנה וכן ראוי שהוא יכלול בהם נתונים מפורטים יותר בעניין הפרויקטים, לפחות בעניין העיקריים שבהם. משרד מבקר המדינה כבר העיר בעבר שהצגה חלקית של מידע בדברי ההסבר פוגעת בשקיפות התקציב, עלולה לפגוע ביכולתם של מקבלי ההחלטות לקבל את ההחלטה המיטבית בעת אישור התקציב ומקשה על הציבור לעמוד על סדרי העדיפות הלאומיים בהקצאת תקציב המדינה35. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את השינויים בתהליכי העבודה שיוזם מינהל תשתיות. עם זאת, במצב הקיים המינהל הוא גורם מרכזי בהכנת תכנית העבודה של המשרד וחברות התשתית. מחד גיסא הוא ממליץ על תקצוב הפרויקטים ותפקידו לוודא שהחברות יעמדו במסגרת התקציב שלהם. מאידך הוא אמון על קידום הפרויקטים ואישור תשלומים עבורם ותוספות תקציב בגין שינויים בהם. עירוב תפקידים זה מ עורר חשש שהפרדת הסמכויות נפגעת ומערכת האיזונים והבלמים של הפיקוח והבקרה התקציבית על הפרויקט עלולה להתערער . לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה ליצור הפרדה ברורה בין הגורמים האמונים על הקצאת התקציב וביצוע בקרה תקציבית לבין הגורמים האמונים על קידום הפרויקטים ועל ביצוע התשלומים עבורם. זאת כדי לשמור על כללי מינהל תקין.
אמנם סעיף פיתוח התחבורה מחולק בהתאם לחוק לסעיפים, לתחומי פעולה ולתכניות, אך משרד מבקר המדינה מעיר כי אופן החלוקה הנוכחי של פריטי תקציב פיתוח התחבורה אינו משקף באופן ברור די הצורך את חלוקת התקציב ואת תכנון הפעולות לשנה הקרובה, ואינו מאפשר שקיפות מספקת כלפי הכנסת והציבור. כפי שניתן לראות בלוח 2 , סעיף זה מחולק כיום לשני תחומי פעולה בלבד המיועדים לפיתוח תשתיות (תח"צ וכבישים), וכל אחד מהם מחולק לשתי תכניות בלבד. כל אחת מהתכניות מייצגת תחום פעילות שלם של המשרד, הכולל עשרות פרויקטים ופעילויות, והתקציב עבור כל תכנית מסתכם במיליארדי ש"ח. הפירוט של הפרויקטים השונים מוצג ברמת התקנות רק לאחר שהכנסת מאשרת את התקציב, ולעתים קרובות תקנה אחת מייצגת פרויקטים רבים שאינם מפורטים כלל. בכך נפגעת היכולת של הכנסת להיות מעורבת יותר בתהליך הקצאת תקציב הפיתוח של משרד התחבורה, היות שבבואה לאשר את התקציב לא עומד לרשותה מידע מפורט על הפרויקטים המתוכננים שעבורם מוקצה התקציב ובכלל זה הסכום המבוקש עבור כל פרויקט. זאת ועוד, חלוקה זו מאפשרת למשרד האוצר ולמשרד התחבורה לבצע שינויי תקציב בסכומים גדולים מאוד, לעתים של מיליארדי ש"ח, בלי להביאם לאישור ועדת הכספים או אף לידיעתה. בכך נפגע גם הפיקוח של הכנסת על שינויים המתבצעים בתקציב במשך השנה. משרד מבקר המדינה מדגיש כי חשוב להקפיד שנתוני התקציב ישקפו בבירור את אופן חלוקת התקציב ואת ההחלטות המתקבלות בעניין זה. על משרדי התחבורה והאוצר לדאוג לכך שהשינויים הנעשים במבנה התקציב לא יפגעו בעיקרון זה. על משרד האוצר לפתח בהקדם האפשרי את הכלים המוזכרים לניהול התקציב על ידי משרדי הממשלה וכן לקבוע כללי דיווח מתאימים - הן לכנסת והן לציבור - שיאפשרו להציג את הוצאות הממשלה באופן פומבי בשקיפות וברמת פירוט גבוהה.