הרשות הממשלתית למים ולביוב . השבת קולחים - הרשות הממשלתית למים ולביוב אף שלפי חוק המים31 מנהל רשות המים רשאי להורות למקורות להשמיש בהקדם את קו המים ירקון מזרחי כמובל קולחים ליישובים בדרום כדי לאפשר את זירוז ביצועו של קו ההולכה ולספק קולחים לאזורי ביקוש, לא פעלו מנהלי רשות המים כדי לעשות כן תוך שיתוף פעולה בין מקורות ובין יזמים פרטיים. החלטת הממשלה ממאי 2005 (ראו לעיל) בנושא שיפור איכות הקולחים לרמת טיהור שלישונית באמצעות שדרוג מט"שים לא השיגה את יעדה. ממסמכי משרד הבריאות עולה כי משנת 2005 עד שנת 2007 גדלה כמות המים המושבים שאיכותם גבוהה מאוד בכ-1% .בלבד לדעת משרד מבקר המדינה, יש מקום ששלושת הגופים - רשות המים, משרד הבריאות ומה"ס - ישתפו פעולה ויתאמו את פעילויותיהם בנושא הפיקוח על ההשקיה בקולחים ועל איכות הקולחים כדי למנוע כפילויות ובזבוז משאבים. יצוין שהוועדה ההנדסית אינה בודקת את התכנית המפורטת של מאגר הקולחים. הפיקוח על הקמת המאגר, על התפעול ועל התחזוקה שלו מבוצע בידי מפקח מטעם היזם ונתון לאחריותו, ולפיכך לא מתקיים פיקוח בלתי תלוי מטעם רשות המים על הקמת המאגר. משרד מבקר המדינה מעיר כי עניין שיתוף הפעולה בפרויקט בין יזם ב' לבין חברת מקורות סוכם עוד בדצמבר 2002. אי -שילובו של מפעל ההשבה של יזם ב' בקו ההולכה ירקון מזרחי של מקורות לשם הובלת קולחים ליישובים בדרום והקמה של קו צנרת בידי יזם ב' במקביל לקו ההולכה של מקורות גרמו לכפילות ולבזבוז של משאבים שהמדינה מקצה באמצעות מענקי סיוע. בעשור האחרון משק המים סובל ממשבר שהולך ומחמיר. משרד מבקר המדינה העיר כבר בדוח קודם 32 שעסק במשק המים על החשיבות של השבת קולחים. יחסית לחלופות אחרות מדובר בחלופה זולה, זמינה ורציפה המאפשרת להגדיל את היצע המים ולמנוע את זיהום הסביבה. .שרשות המים תפרסם לעתים קרובות יותר סקרים העוסקים במצב הקולחים ובזיהומים כדי להגבי ר את מודעותם של מקבלי ההחלטות לבעיות המחייבות טיפול ולאפשר להם לפעול ביתר יעילות להשגת מטרותיהם. ב"דוח ניטור נחל הבשור ונחל באר שבע"40 לשנים 2006- 2005 שפרסמה רשות המים בשיתוף יחידת הניטור הסביבתי ברט"ג צוין, בין היתר, שצריך לבצע פעולות אכיפה על מנת להפסיק את הזרמת השפכים לנחל. הביקורת העלתה שגם בדוחות משנים קודמות היו אותם ממצאים ואותן המלצות. מכאן שלא נעשות פעולות אכיפה לתיקון המצב, והמפגע התמשך שנים ללא טיפול. משרד מבקר המדינה מעיר כי על גורמי האכיפה במה"ס וברשות המים לפעול ללא דיחוי ליישום ההמלצות שהובאו בדוחות, על מנת למנוע את זיהום הנחלים והסביבה. מבירורים של נציגי משרד מבקר המדינה עם מנהל אגף מים ונחלים במה"ס במאי 2008 עולה כי המה"ס לא קבע את התנאים למתן רישיון עסק למאגרי קולחים. .באוגוסט 2008 , שמונה שנים לאחר שהחליטה הממשלה למנות ועדה שתמליץ על תקן איכות חדש של קולחים כדי לאפשר השקיה ללא מגבלות בקולחים ובכך לשחרר מים שפירים לצרכים אחרים החיוניים למשק, עדיין לא הביאו הגורמים האחראים לכך - משרד התשתיות, רשות המים, משרד החקלאות, הבריאות, הגנת הסביבה, הפנים והאוצר - לאישור ועדת הכלכלה של הכנסת א ת טיוטת התקנות בנושא שיפור איכות הקולחים. גורמים אלה שהופקדו על הטיפול בנושא זה אחראים למחדל האמור. .לכן השימוש בחלופה זו היה צריך לעמוד בראש סדר העדיפויות בכל התכניות להגדלת היצע המים. יתר על כן, נמצא שגם כאשר הממשלה החליטה לתת ליזמים מענק תשתית (עד 100% ) מעלות הקמת תשתיות ההולכה של הקולחים, לא נפתרה הבעיה ועדיין זורמות לנחלים ולים כמויות גדולות של קולחים. לפיכך על משרד התשתיות הלאומיות, על רשות המים ועל משרד האוצר להפיק לקחים על מנת להבטיח את קידום הקמתן של מערכות להולכת הקולחים. משרד מבקר המדינה מעיר לרשות כי התכנית של רשות המים להקמת שדרה ראשית של קולחים ירקון-בנימינה - שכבר בשנת 2003 עמד משרד מבקר המדינה על נחיצותה וחשיבותה, ושיישומה היה אמור להסתיים בשנת 2005 לפי המתוכנן, מתבצעת בעצלתיים ואין בה התקדמות ממשית. מהאמור לעיל עולה כי במועד סיום הביקורת, אוגוסט 2008 , עדיין לא הוכנו הנחיות סופיות לאישור השקיה בחלקות א', וכי באותו מועד עדיין לא יושמה החלטת הממשלה ממאי 2005.
סקר השפכים הארצי האחרון של רשות המים פורסם, כאמור, בשנת 2005 והוא מתייחס לשנת 2004 . שינויים רבים התרחשו מאז ועד מועד סיום הביקורת באוגוסט 2008 . לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי