נתיבי ישראל - החברה הלאומית לתשתיות תחבורה בע_מ . סגירת יחידת הסמך מע_ץ והקמת מעצ - החברה הלאומית לדרכים בישראל הביקורת העלתה כי מר ויז'ינצר לא דיווח על ההגבלה הזאת לוועדת הביקורת של הדירקטוריון בישיבה האמורה. יתרה מזו, מבקר הפנים החל לעבוד בחברה כשמונה חודשים לאחר שסיים לתת ש רותי הנהלת חשבונות לחברה וממילא לא הוטלה הגבלה כזו לאחר כניסתו לתפקיד. לאחר סיום דוח הביקורת הסביר המבקר הפנימי למשרד מבקר המדינה, כי ביוזמתו נמנע מלעשות ביקורת בחטיבת הכספים במשך תשעה חודשים מתחילת עבודתו בחברה. משרד מבקר המדינה העיר לרשות החברות הממשלתיות ולנציבות שירות המדינה כי במגמת ההפרטה הנוכחית במשק, על רשות החברות ועל נציבות שירות המדינה לקבוע מערכת נהלים מיוחדת שתתאים לנסיבות המתקיימות בתקופות הביניים שבהן פועלות חברות בהקמה. רשות החברות ציינה בתשובתה למשרד מבקר המדינה כי היא פועלת לשינוי תקנון החברה בהתאם. גם סגן החשכ"ל ציין בתשובתו למשרד מבקר המדינה כי בימים אלה מגובש נוסח תקנון בהתאם. לדעת משרד מבקר המדינה, קביעת התקציב התפעולי של החברה כאחוז מתוך ההוצאה בפועל אינו מהווה תמריץ להתייעלות, מכיוון שככל שתגדל ההוצאה יגדל עמה גם התקציב השוטף. על כן מן הראוי לבחון אפשרות לקבוע למימון התקציב השוטף מנגנון שיכלול בתוכו תמריץ ממשי להתייעלות ולחסכון. 3. הביקורת העלתה כי המסמכים שהועברו ממע"ץ לחברה לא קובצו ע"י מע "ץ ולא אורגנו כפי שנדרש. לפני העברתם ממע"ץ הם לא נרשמו על ידה, לא קוטלגו ולא סודרו; אסיפתם והעברתם נעשתה באופן לא שיטתי ומאורגן. חלק מההסכמים והחשבונות ששולמו לקבלנים וליועצים לא הועבר כלל לחברה. עובדי החברה השלימו את המידע החסר במסמכים ע"י חיוב דורשי תשלום להציג הוכחה ואסמכתאות על ביצוע העבודה בעבר. עד ספטמבר 2006 , מועד סיום הביקורת, כשנתיים אחרי חתימת הסכם המימון והפעילות, הסכם המקרקעין עדיין לא נחתם והצדדים נמצאים עדיין במשא ומתן. סגן החשכ"ל והחברה הודיעו בתשובתם למשרד מבקר המדינה כי רוב המחלוקות נפתרו וההסכם צפוי להיחתם עד סוף ינואר 2007. . הביקורת העלתה, כי בין משרד התחבורה ובין החברה לא היה הסכם הקובע למי ידווחו שעות העבודה המושקעות, ולא מהי שיטת תשלום המשכורות, אף לא נקבע מי מממן את המשכורות כאשר העובד עובד בשני הגופים. לא נמצא פירוט של חלוקת שעות העבודה בין החברה למע"ץ, ואין התחשבנות בין החברה ובין משרד התחבורה בגין העבודה שהושקעה בחברה החדשה. לדעת משרד מבקר המדינה, סדרי מינהל תקינים מחייבים שתיערך התחשבנות בין משרד התחבורה לחברה בגין המשכורות ששילמה מע"ץ תמורת עבודה שבוצעה עבור החברה. מהנתונים עולה כי בפועל עברו לחברה 41 .עובדים פחות מאשר נקבע בהסכם במקומם גייסה החברה עובדים חדשים, ובמקביל נאלצה המדינה לשלם גמלה בגין פרישה מוקדמת ופיצויי פיטורין מוגדלים ליותר פורשים. הביקורת העלתה כי גם למועד סיום הביקורת ואחר השלמת המהלך על סגירת מע"ץ אין במשרד האוצר ובמשרד התחבורה נתונים מדויקים על עלות הפרישה של העובדים של יחידת הסמך. לפי הערכות של אגף הממונה על השכר והסכמי העבודה במשרד האוצר שנמסרו למשרד מבקר המדינה, עלות הפרישה הסתכמה בכ-120 מליון ש"ח, מתוכה80 מליון ש"ח עלות הפיצויים ומענקים חד-פעמיים, ו-40 מליון ש"ח העלות האקטוארית של הגדלת שיעור הקצבה לפורשים במסלול הגמלאות. לא הובהר אם סכום זה כולל את הגדלת תקציב שיא כוח האדם לצורך קליטת 46 עובדים במשרדי הממשלה אשר הגדיל את הוצאות הממשלה. (ראו להלן). הביקורת העלתה כי לפני החתימה על ההסכם לא הובאו לפני הממשלה או לפני שרי האוצר והתחבורה הפרטים העיקריים של ההסכם כולל אומדני עלות הפרישה, כפי שסדרי מינהל תקינים מחייבים.
מהאמור לעיל עולה כי בגלל אי הכנה מראש של תוכנית לשיבוץ עובדי יחידת הסמך במשרדי הממשלה, נמשך הטיפול כשנה וכ-46 עובדים שהו בביתם בחוסר ודאות וקיבלו משכורת ללא עבודה. יצוין כי בסופו של דבר שובצו עובדים אלה במשרדי ממשלה על ידי הוספת תקנים, דבר שהגדיל את עלות ההסכם, ולא ברור שהיתה לו הצדקה פרטנית לגבי כל אחד מן העובדים.