משרד ראש הממשלה . שיקום בית העלמין היהודי בהר הזיתים, פיתוחו ואבטחתו משרד מבקר המדינה העלה כי ההנחיות בנוהל מסדירות רק את הפעולות לאבטחה של מתיישבים ומתחמי מגורים יהודיים במזרח ירושלים ולשמירה עליהם, שכאמור מתבצעות משנת 1997 , וכן את ליווי המבקרים בבית העלמין; אולם הן אינן מסדירות את הפעולות שיחידת האבטחה אמורה לעשות בבית העלמין ובהר הזיתים בהתאם לתכנית הביטחון. למרות מעשי הוונדליזם והפעילות הפלילית בבית העלמין לא התרכזה הרל"י לפני הכול בהסדרת השמירה השוטפת בבית העלמין, אלא פעלה לקידום התכנון והיישום של תכנית הביטחון הכוללת לאזור רכס הר הזיתים ובכלל ז ה לבית העלמין. עקב העיכוב ביישום תכנית זו, במועד סיום הביקורת טרם הוסדרו השמירה על בית העלמין ואבטחתו. . מהטבלה עולה כי משום שביצוע תכניות השיקום, הפיתוח והתחזוקה בבית העלמין בהר הזיתים התעכב, שיעור ניצול התקציב לשנים 2006 - 2008 היה נמוך - 1.3% , 21.1% ו- 18.5% בהתאמה. כמו כן עולה כי מהתקציב הכולל המצטבר, שעד מרס 2009 הסתכם בכ -49.5 מיליון ש"ח, בוצעו 10.7% בלבד. יש לציין כי יישומן של התכניות בבית העלמין בהר הזיתים התעכב אף שוועדת המנכ"לים והרל"י הגדירו אותן כ"עבודות דחופות" שאושרו לביצוע כבר ביוני 2006 . משרד מבקר המדינה העלה כי במועד סיום הביקורת עד יין לא הוכנה תכנית עבודה רב-שנתית מפורטת למרכז המידע ולא נקבעו לוחות זמנים ואבני דרך להקמת המבנה, לגיבוש התכנים ולהצגתם לציבור. כמו כן הרל"י טרם הסדירה את קבלת המידע הנוגע לנפטרים הטמונים בבית העלמין אשר נמצא בידי חברות קדישא. לדעת משרד מבקר המדינה, התכנית שהציגה הרל"י אינה תכנית עבודה רב-שנתית מפורטת: לא פורטו בה לוחות הזמנים להשלמת שיקום הקברים, והרל"י לא קבעה אילו גורמים אמורים לעשות את עבודות השיקום. כמו כן התכנית אינה עוסקת בסוגיית שיקום הקברים שחוללו בפעולות ונדליזם בחלקות שהוגדרו כבלתי-מיועדות לשיקום. מהמסמכים לא עולה שוועדת המנכ"לים אישרה את התכנית שהכינה הרל"י. לדעת משרד מבקר המדינה, למרות האילוצים שהציג משרד רה "מ ומורכבות המשימה, בחלוף כארבע שנים מהחלטת הממשלה סביר להניח כי ועדת המנכ"לים תדאג להכנתן של תכניות מפורטות לשיקום ולפיתוח של בית העלמין. נמצא כי ועדת המכרזים לא ציינה בפרוטוקולים על מה התבססו החלטותיה ומה היו הנימוקים לקבלתן. לדעת משרד מבקר המדינה, מטעם זה לא ניתן לדעת אם ההתקשרויות הללו מקיימות את תנאי התקנות המסדירות מתן פטור ממכרז להתקשרות בין תאגיד ממשלתי לחברה ממשלתית וסדרי מינהל תקין. עוד התברר כי הרל"י לא חתמה עם פמ"י על הסכם המחייב את הצדדים. בנסיבות אלה העבודות נמסרו לפמ"י בלי שפורטו עניינים מהותיים כגון עבודות התכנון הנדרשות ותנאי התשלום. נוסף על כך, הרל"י לא התנתה את התקשרויותיה של פמ"י עם צדדים אחרים בציות לתקנות חובת המכרזים. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על מנכ"ל פמ"י להבהיר לחברי הדירקטוריון כי במועד הדיון לא הייתה בידו חוות דעת משפטית כתובה. חוק חובת המכרזים והתקנות שהותקנו על פיו וסדרי מינהל תקין מחייבים לתעד את הליך בחירת היועצים באופן שישקף את ההחלטות שהתקבלו. ועדת המכרזים של פמ"י לא ניהלה פרוטוקולים שיכולים להעיד על תהליך קבלת ההחלטות בנוגע להתקשרויות עם היועץ לניהול ולפיקוח. לכן אי - אפשר לדעת אם ההתקשרויות ללא מכרז אושרו בהתאם לתקנות חובת המכרזים בעניין בעל מקצוע מומחה שפורטו לעיל, ואם לפני ההתקשרויות עם היועצים בכל אחד מהתחומים בדקה פמ"י כמה הצעות כדי להבטיח שהשיגה את ההצעה הטובה ביותר. בהיעדר מסמכים כאמור גם לא ניתן לדעת אם פמ"י פעלה לפי הנהלים למסירת עבודות ולהפעלת יועצים שקבע הדירקטוריון שלה. על פמ"י להקפיד על שקיפו ת בתהליכי קבלת ההחלטות שלה ולהקפיד לרשום פרוטוקולים מפורטים בישיבותיה, כנדרש לפי סדרי מינהל תקין.
פמ"י קיבלה שירותים מיועץ הביטחון משנת 2006 בלי שהדבר נדון ואושר בוועדת המכרזים שלה ומבלי שחתמה עמו באותה עת הסכם המסדיר את תנאי ההתקשרות ואת אופן מתן השירותים האמורים. החוזה בין פמ"י ליועץ הביטחון נחתם רק באוקטובר 2008, כשלוש שנים לאחר שהחל היועץ במתן שירותים במסגרת תכנית הביטחון בהר הזיתים ובבית העלמין.