רשות שדות התעופה . ניצול המסלולים בנמל התעופה בן גוריון למרות הצורך בשינוי תבנית התפעול המועדפת, מסקירת פרוטוקולים של ישיבות מועצת רש"ת שהתקיימו בשנים 2015 -2010 עולה כי המועצה לא דנה בצורך ביצוע שינוי בתמ"א. משרד מבקר המדינה מעיר כי טיפול רש"ת בהתאמת תבנית התפעול המועדפת היה לקוי. במועד סיום הביקורת, מרץ 2016 , טרם נעשו השינויים הדרושים בתמ"א, והשימוש במסלול 21 והנחיתה מצפוןעדיין מוגבלים ואינם נותנים מענה לצרכים העכשוויים13. פרויקט השדרוג, שהושקעו בו כ-1 מיליארד ש"ח, מניב רק באופן חלקי את התועלות הצפויות. הביקורת העלתה כי למרות הצורך להתאים את תפעול המסלולים לתשתיות החדשות כדי לתת מענה לכמות הולכת וגדלה של נוסעים, רש"ת לא הגישה לרשויות התכנון בקשה לשינוי המגבלות הסביבתיות הקבועות בתמ"א 2/4. .הדרך שבה פעלה הנהלת רש"ת, בצורה של בקשת החרגה לפני הגשת בקשה לשינוי התמ"א, מנעה הסדרה שתתאים את תפעול המסלולים לפוטנציאל שלהם לאחר השדרוג. לדעת משרד מבקר המדינה, העיכוב בפניה לשימוש חורג מנע מהרשות למצוא פתרון מעשי לשימוש במסלולים המשודרגים עם סיום הקמתם. במהלך כל שנות פרויקט השדרוג, הנהלת רש"ת לא טיפלה כראוי בצד התעופתי של השדרוג ולא פעלה לביצוע שינוי סטטוטורי. ההחלטה על עיכוב הגשת הבקשה לשינוי התמ"א מונע את תפעול נתב"ג על פי תבנית התפעול הבטיחותית של V פתוח, שלא בהתאם לתכנון ולייעוד של ההשקעה שבוצעה, וכך נותר בעינו הקונפליקט הבטיחותי שמביא להקטנת הקיבולת של המסלולים. הביקורת העלתה כי כבר בסוף דצמבר 2013 ציין מנהל נתב"ג כי ללא שינוי סטטוטורי, הקונפליקט המובנה בין מטוסים נוחתים לממריאים ימשיך להתקיים, ולא יינתן פתרון לבעיות הבטיחות הקיימות בתבנית התפעול הקיים. משרד מבקר המדינה מעיר כי העיכוב בשינוי הסטטוטורי אינו מאפשר לרשות להשיג במלואו את אחד היעדים העיקריים של שדרוג המסלולים, קרי שיפור הבטיחות. .על מנת ליישם את המלצות ועדת לפידות, בעיקר מ הסיבות הבטיחותיות והתפעוליות - כדי ליצור הפרדה בין מסלולי ההמראה למסלולי הנחיתה של מטוסים, וכדי להגדיל את מספר תנועות בנתב"ג מ-24 ל-50 בשעה- החליטה הנהלת רש"ת לשדרג את המסלולים בנתב"ג. הביקורת העלתה כי הנהלת רש"ת לא פעלה לשינוי התמ"א והתאמתה לתכנית השדרוג לפני תחילת עבודות שדרוג המסלולים ולא במהלכן. רש"ת הגישה בקשה לשימוש חורג מהתמ"א רק ביולי 2013 , סמוך לגמר השדרוג, אך בקשתה נדחתה. עד מועד סיום הביקורת, כשנתיים לאחר סיום פרויקט השדרוג שהושקעו בו כ-1 מיליארד ש"ח, לאמנוצל המסלול החדש בהתאם לתכנון. מצב זה מותיר בעיות רעש ו את הקונפליקט הבטיחותי, מגביל מאוד את מספר התנועות לשעה ואף גורם לרשות ולמדינה אובדן הכנסות עקב דחיית טיסות לארץ וממנה. לדעת משרד מבקר המדינה, על רש"ת וכל הגורמים הרלוונטיים לפעול בהקדם לעדכון התמ"א כדי לשנות את המגבלות החלות על נתב"ג ולאפשר ניצול מ ירבי של המסלולים , תוך כדי שמירה על האיזון הראוי בין צורכי התעופה ובין צרכים אחרים , בעיקר בעניין הרעש. עדכון התמ"א עשוי לפתור את הקונפליקט הבטיחותי, להביא לפיזור שוויוני ככל האפשר של בעיית הרעש, ולהגדיל את הפעילות התעופתית בנתב"ג. זאת ועוד, על הממשלה לפעול לקידום תכנית ההקמה של השדה המשלים שייתן מענה לצרכים עתידיים של התעופה הבין-לאומית לישראל וממנה. למרות החלטת הממשלה משנת 1997 ,לפיה יש לקדם הקמת שדה משלים לנתב"ג כמקשה אחת עם אישור התמ"א, רק בתחילת שנת 2015 כ-18 שנה לאחר ההחלטה נקבע מקום לשדה משלים ברמת דוד. וזאת למרות החשיבות הרבה של שדה כזה הן מהבחינה הביטחונית, הן מבחינת קיבולת נתב"ג. משרד מבקר המדינה רואה חשיבות רבה בהחלטה זו, ובכך שהגורמים הרלוונטיים האמורים יירתמו לפעול לקידום מהיר של השינויים הנדרשים בתמ"א. כל זאת כדי למזער את הסיכונים הבטיחותיים, להביא לפיזור שוויוני ככל האפשר של בעיית הרעש, ולהגדיל את הפעילות התעופתית בנתב"ג. מבירור שערך משרד מבקר המדינה במשרד להגנת הסביבה ובמינהל התכנון עולה, כי עוצמת הרעש ממטוסים צבאיים סביב שדות תעופה צבאיים לא נמדדה. משכך, ובשל היעדר נתונים על עוצמת הרעש שהייתה בעת שבסיס חיל האוויר פעל בנתב"ג, אין אפשרות לערוך השוואה בין חשיפתם של יישובי האזור לרעש לפני סגירתו לבין חשיפתם לרעש לפי תבניות תפעול חדשות כדי לוודא שמצבם לא יורע. מהביקורת עולה כי חריגות ברעש מעל אזורי דרום תל-אביב ואור יהודה החלו כבר ב-2005 . אולם, אף על פי שהתופעה ידועה כבר יותר מעשר שנים, הרשות ורת"א לא פעלו במהלך השנים לשינוי פעילות התעופה כדי להקטין את הרעש העודף באזורים שבהם הייתה חריגה מתשריט הרעש. עולה אפוא, כי המגבלות על שימוש המסלולים פוגעות לא רק בפעילות האווירית של נתב"ג אלא גם עלולות לפגוע ביישום מדיניות הממשלה בדבר "שמים פתוחים", ובעקיפין בכלכלת המדינה. התפעול לפי תבנית התפעול המועדפת שנקבעה בתמ"א היא שיטה של מסלולים מצטלבים, והדבר יוצר קונפליקט בטיחותי.
דחיפות עבודות השדרוג וחששה של הרשות מפני גל תביעות על פי סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה גרמו לרשות להתחיל בביצוע עבודות השדרוג בספטמבר 2009 ולעכב את הטיפול בעדכון התמ"א שיאפשר ניצול מירבי של המסלולים המשודרגים עד לקבלת פסק דיון בעניין תביעות לפי סעיף 197 .