הרשות הממשלתית למים ולביוב . סוגיות בניהול תאגידי מים משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות ולמי חדרה כי עליהם לקבוע מנגנון ודרכי פעולה לטיפול במפגעים המצויים באזורי המגן בפרק זמן קצר יותר, לשם הבטחת איכותם של מי השתייה המופקים מהקידוחים. משרד מבקר המדינה מעיר למי הרצליה כי לא הציג תחשיבים ומסמכים התומכים בטענותיו שלפיהן הקמת מתקן הטיוב אינה כדאית כלכלית ואינה אפשרית פיזית, וכי היה עליו להכין תחשיבים כאמור כדי שישמשו בסיס מתועד לעמדתו ולהחלטתו. משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המים כי מאחר שהיא אישרה, כחלק ממדיניותה, את הקמת מתקן הטיוב לשם שימור מי הקידוח, היא אינה יכולה להותיר את ההחלטה לגבי הקמת המתקן לשיקול דעתו הבלעדי של תאגיד המים. עוד מעיר משרד מבקר המדינה לרשות המים כי עליה לבחון דרכי פעולה נוס פות לשימור יכולת ההפקה של מים מקידוחים שאינן תלויות בלעדית בהחלטתם של תאגידי המים. משרד מבקר המדינה מעיר למי חדרה כי שיהוי של כשלוש שנים וחצי בהסטה של קו הביוב מאזור המגן של הקידוח מנוגד לכללי מינהל תקין. עוד העיר משרד מבקר המדינה למי חדרה על שסיפק מים מהקידוחים במשך שמונה שנים ללא רישיון עסק בניגוד לחוק, ועל שסיפק מים מקידוח המשטרה בלי שקיבל ממשרד הבריאות אישור להפעלת קידוח זה. על מי חדרה למלא את כל דרישות משרד הבריאות בעניין הפעלת הקידוח ולקבל את אישורו להפעלה. משרד מבקר המדינה העיר גם לעיריית חדרה כי היה עליה לנקוט צעדים למניעת הפעלתם של קידוחי המים ללא רישיון עסק , כנדרש בחוק , כדי להבטיח את איכותם של מי הקידוחים ובריאות הציבור. בשל החשיבות של הפקת מי שתייה מקידוחים, על רשות המים, האחראית לאסדרת משק המים, ובכלל זה לשימור יכולת ההפקה מקידוחי מים, לעקוב אחר הקמת מתקני טיוב, ובכלל זה לבדוק מהן הסיבות לאי-הקמת מתקני טיוב שהיא עצמה אישרה להקים. בהיעדר טיוב מי קידוחים שנפסלו אי -אפשר להפיק מהקידוחים מי שתייה ובכך להגדיל את היצע מי השתייה ממקורות מים טבעיים ואת יכולת אספקת המים ממקורות אלו במצבי חירום. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את הודעת רשות המים כי תבצע מעקב סדור יותר אחר הקמת מתקני הטיוב, וכי היא מכירה בצורך בקיום עוד מנגנונים שיבטיחו את שימור יכולת הפקת מי שתייה מקידוחים שהמפיק אינו מעוניין בהפעלתם. המשמעות היא שהקמתם של המתקנים לא תהיה תלויה בהחלטתם של התאגידים בלבד. בביקורת נמצא כי למרות התוצאות החריגות באיכות מי הגלם בבאר ברנדיס, לא הכין מי חדרה עם סיום ביצוע הסקר התברואי חקירתי דוח בכתב, כנדרש בהנחיות מאוגוסט 2009 . עוד נמצא כי משרד הבריאות לאעמד על קבלת דוח כאמור על מנת שיוכל להפיק לקחים ולקבוע הנחיות בהתאם ולשם פיקוח ובקרה. משרד מבקר המדינה מעיר לתאגיד כי גם לשיטתו הועסק קבלן י' ממרץ 2016 ועד סוף ינואר 2017 בלא הסכם מתאים ובלא שיקוים מכרז לבחירתו; אשר לקבלן ג', גם הוא הועסק מינואר 2016 ועדמאי 2017 בלא מכרז ובלא הסכם כאמור. משרד מבקר המדינה העיר למנכ"ל הקודם ולמנכ"ל הנוכחי כי בין התאגיד ובין קבלן ד' אין למעשה הסכם התקשרות בכתב, וכי העסקת הקבלן בלי לקיים מכרז לבחירתו ובלי שייחתם עמו הסכם להעס קתו היא בניגוד לחוק חובת המכרזים ולתקנות חובת המכרזים ואינה עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין. משרד מבקר המדינה מעיר לתאגיד כי תוקפו של ההסכם בין עיריית נצרת עילית לקבלן ד' היה עד 1.1.00 , עם אפשרות להארכה של חמש שנים בכל פעם. התאגיד הוקם בשנת 2009 , וממילא היה עליו להאריך את תוקף ההסכם ולהסב אותו, והיה עליו לעשות זאת באמצעות קיום הליך מכרזי כחוק. משרד מבקר המדינה העיר לתאגיד הרי נצרת כי עליו לשתף פעולה עם תאגיד מי נעם, השותף במכוני הטיהור , לשם קיום מכרז לבחירת קבלן שיפעילם. משרד מבקר המדינה העיר למנכ"ל מי הגליל כי העסקת קבלן כ' וקבלן ל' בלא הסכם תקף מנוגדת לחוק חובת המכרזים ולתקנות חובת המכרזים ואינה עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את המשך העסקתם של קבלנים אלה ללא הסכם תקף וללא אישור ועדת המכרזים של התאגיד, בייחוד נוכח ההיקף הכספי הגדול של ההתקשרויות ומשך הזמן שבו לא עוגנו ההתקשרויות בהסכם מתאים. משרד מבקר המדינה העיר למי הגליל כי היה עליו לחתום על הסכם בכתב עם הקבלנים האמורים לפני הארכת ההתקשרות עמם. זאת ועוד, הארכת תקופת ההתקשרות בלא אישור ועדת המכרזים ומסירת העבודות לפני אישור כאמור הן בבחינת הצבת עובדה מוגמרת לפני הוועדה ומרוקנת מתוכן את סמכותה לבחון את ההתקשרויות לפני אישורן. משרד מבקר המדינה מעיר למי הגליל כי מאחר שלא ביצע אומדן של עלות שיפוץ המושכר השני ושל עלות הפיצוי למשכירה לפני החתימה על הסכם השכירות השני, הוא לא יכול לדעת מראש כי ביטול ההסכם עם המשכירה יביא לחיסכון. היה על התאגיד לבצע אומדן של עלות השיפוץ לפני החתימה על הסכמי השכירות - הראשון והשני - כדי שיוכל לקבל החלטה מושכלת לגבי שכירת הנכסים. נוסף על כך, היה על התאגיד לחתום על הסכם השכירות השני רק לאחר שהגיע להסכם על ביטול ההסכם הראשון, כדי להימנע ממצב שבו הוא יחויב בדמי שכירות בגין שני הנכסים. מבקר המדינה העיר למי הגליל כי נוכח היקפן של התקשרויות, היה עליו לפרסם מכרז פומבי בטרם ביצוע ן, וכי ביצוע ההתקשרויות עם הקבלן באמצעות פנייה לקבלת הצעות מחיר מנוגד לחוק חובת המכרזים ולתקנות חובת המכרזים ואינו עולה בקנה אחד עם עקרון השוויון.
משרד מבקר המדינה מעיר לעין אפק כי לא קיבל את אישור הממונה על התאגידים להתקשרות עם קבלן ה', כנדרש בהסכם בין התאגיד לעיריית ראש העין ממאי 2009 .יתרה מכך, תוקפו של ההסכם בין קבלן ה' לעירייה פג כבר באוגוסט 2011 ,ולכן היה על התאגיד לחתום עם הקבלן על הסכם חדש סמוך למועד זה. עוד יוער כי אף שהמתכננים נכללים במאגר המתכננים , עין אפק אינו יכול להעסיקם בלא הסכם ולהסתפק בהזמנת עבודה, שכן נוהלי התאגיד קובעים במפורש גם לגבי התקשרות עם מתכננים כי יש לחתום על הסכם התקשרות עמם, ואין להסתפק בהזמנת עבודה. משרד מבקר המדינה מעיר למנכ"ל הקודם ולמנכ"ל הנוכחי של עין אפק כי העסקת קבלן ה' והמתכננים בלא שייחתם עמם הסכם העסקה היא בניגוד לנוהלי התאגיד ואינה עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את המשך העסקתו של קבלן ה' באופן זה, על אף הערותיו של הממונה על התאגידים בעניין.