המועצה להשכלה גבוהה . המכינות הקדם-אקדמיות - הוועדה לתכנון ותקצוב (ות_ת) נמצא כי למל"ג ולוועדת התכנון והתקצוב אין תשתית ידע שתאפשר להן להיערך לקראת יישום הרפורמה: הן לא קבעו קווים מנחים להפעלת מערך המכינות; אין להן נתונים מעודכנים באשר למספר הלומדים במכינות, מאפייניהם האישיים, איכות ההוראה, מספר הכיתות וגודלן על פי פיזורן הגאוגרפי; הן לא קבעו תחזית באשר לצרכים העתידיים הנוגעים ללימודים הקדם-אקדמיים, ובכלל זה לא באו בדברים עם המוסדות להשכלה גבוהה על מנת לשמוע את עמדתם וצורכיהם; הן לא מיפו את הרכב הסגל במכינות הקיימות ולא גיבשו תכנית שתביא לעמידה בהמלצת הוועדות באשר להשכלת הסגל; הן לא גיבשו חלופות לפריסת המכינות; ואף לא הכינו כלים להתמודדות במשא ומתן מולן באשר להחלטות שיתקבלו. משרד מבקר המדינה מעיר לאגף לחינוך מבוגרים על שלא קבע מועדים להגשת הדוחות, וכי הגשת הדוחות המסכמים במועדים כה מאוחרים פוגעת ביכולת הבקרה והפיקוח של המשרד אחר התפוקות של המכינות, ומקשה על הפקת לקחים, שעשויים להביא להתייעלות ו לאפקטיביות רבה יותר של המכינות בשנים הבאות. משרד מבקר המדינה מצא כי אף שהאגף לחינוך מבוגרים ּוועדת ההיגוי היו מודעים לליקויים בפעילותן של אותן מכינות, מבחינת אי-עמידתן בנהלים העוסקים במספר הלומדים, הם לא הסירו את הפיקוח ממכינות אלו, והמשיכו לאשר את פעילותן מבלי לנקוט צעדים לסגירתן. נמצא כי ועדות אלה לא הוקמו, וממילא טרם החלו לעבוד ולגבש את דרכי פעולתן לקראת יישום הרפורמה. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד החינוך לפעול למציאת פתרון שיאפשר העברת הנתונים ישירות מאגף הבחינות למערכת הפיקוח של האגף לחינוך מבוגרים, ולחלופין לקדם פתרון המבוסס על הסתייעות גוף מקצועי אחר דוגמת הלמ"ס. פתרון כזה יאפשר ניתוח התפוקות של הפעלת המכינות - מהו שיעור מסיימי מסלולי הבגרות במכינות ומהם הישגיהם בבחינות. על יסוד זאת ובהתאם למדדי הצלחה שיופקו, ניתן יהיה להחליט מה נדרש לשנות על מנת לשפר את ביצועי המערכת ולנהל ולמצות טוב יותר את המשאבים שהוקצו. נמצא כי רק בדצמבר 2011 , כתשעה חודשים לאחר החלטת הממשלה וכארבעה חודשים לאחר המועד האחרון לגיבוש מערך ההפעלה הראשון, התכנס לראשונה צוות התיאום, ועד יוני 2013 התכנס פעמיים נוספות בלבד. ואולם, במפגשים אלו הצוות לא גיבש את מערך ההפעלה, האופן שבו יוטמע והשפעותיו הצפויות, וכן לא קבע תכנית עבודה ולא הגדיר את המשימות הנדרשות, יעדי הביניים ולוח הזמנים להשגתם. צוו ת התיאום גם לא הגיע להסכמות בנושא איגום המשאבים, כנדרש לקידום יישומה של הרפורמה. משרד מבקר המדינה מעיר לאגף לחינוך מבוגרים כי בעצם הדבר שאינו מקיים את נהליו בנוגע למספר התלמידים במכינות הוא חוטא לתפקידו כמאסדר של מערך המכינות, האמור להבטיח שהן יפעלו במסגרת של כדאיות כלכלית. על האגף לחינוך מבוגרים לעקוב אחר עמידתן של המכינות בתנאים שהוא עצמו קבע ולאכוף את כלליו. אף ראוי שהמשרד יבחן את פעילות המכינות בראייה מערכתית כלל-ארצית על מנת לשקול דרכים להתייעלותן, אם מבחינת איחודן של מכינות קטנות ואם מבחינת תכניות הלימוד. המיזוג של מכינות קטנות עשוי להיות חיוני, שאם לא כן הן עלולות להיקלע לסיכוני יציבות ולסגירה, שיפגעו בסופו של דבר בתלמידים. בהיעדר תכנון להפעלת המכינות נוצרו עיוותים מבחינת פיזורן הגאוגרפי. כך למשל, עשר מהמכינות פועלות בירושלים, ואילו בין נתניה לגליל המערבי אין ולו מכינה אחת שבה ניתן ללמוד לקראת קבלה או שיפור של תעודת הבגרות. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך כי פיזור לקוי של המכינות מצמצם את האפשרויות העומדות לפני חלק מהמעוניינים להירשם למכינה, פוגע ברמת השירות שמקבלים התלמידים, הנאלצים ללמוד במקום שאינו סמוך למקום מגוריהם, דבר שעלול להגביר את הנטל הכלכלי שהם נושאים בו. לדעת משרד מבקר המדינה, מדובר בהיערכות לקויה ביותר של המל"ג-ות"ת לקראת רפורמה שעליה ידוע כבר שנים. התחלת יישום הרפורמה ללא היערכות מוקדמת צפויה להאריך עוד את הוצאתה לפועל, גם אם יגושרו כל הפערים בין הצדדים. על המל"ג מוטלת החובה לקדם את הרפורמה, ובמידת הצורך עליה לבקש משר החינוך ל בוא בדברים עם שר הביטחון ואף לשוב ולהעלות נושא זה לפני הממשלה.
הביקורת העלתה ליקויים בהיערכות המל"ג לקראת העברת תחום המכינות לאחריותה. בין השאר, היא לא נקטה פעולות שהיה בי דה לבצען ללא תלות בשותפיה האחרים - הקרן לחיילים משוחררים ומשרד החינוך. להלן מספר דוגמאות: