המשרד לפיתוח הפריפריה, הנגב והגליל . פעילות המשרד לפיתוח הנגב והגליל .המשרד אשר הוקם בינואר 2005 , נועד לפעול בתחום שבו לא פעל בעבר משרד ממשלתי אחר - לפתח את הנגב ואת הגליל. ההתייחסות אל המשרד הייתה כאל משרד בעל אופי זמני. כתוצאה מכך, פעל המשרד באופן שונה מהמקובל במשרדי ממשלה אחרים, שכן לא הוקמו בו מנגנוני ההקצאה והבקרה המצויים במשרדי ממשלה. כך, במידה רבה נוצרו הליקויים הנוגעים להתנהלותו של המשרד, שעיקרם בא לביטוי בהקצאה לפרוי קטים שלא בדרך המחייבת משרדי ממשלה, ובבקרה לא נאותה על ענייני התקציב. נוכח העובדה, שהמשרד פועל כבר כארבע שנים, עליו לפעול לפי נורמות וכללים החלים על כל משרדי הממשלה האחרים ובהתאם להוראות חוק יסודות התקציב וחוק חובת המכרזים: על המשרד לקבוע אמות מידה מפורטות לחלוקת משאבים ציבוריים, שיהיו גלויות לציבור תוך תיעוד תהליך קבלת ההחלטות ; לפעול על פי הוראות החוק בנוגע לתמיכות במוסדות ציבור ובגופים אחרים; על החשב הכללי ועל המשרד להידרש לכך כי המשרד צריך כלים שיאפשרו לו לקבל החלטות, לנהל, ולבקר את השימוש בתקציב בזמן אמת. ממצאי הביקורת של משרד מבקר המדינה מצביעים על כך שחלה תפנית מהותית בגישה בפועל של הממשלה לפיתוח הנגב. מתכנית רב-שנתית בסוף שנת 2005 , לתקופה של עשר שנים, שבה יעדים ממוקדים, בסכום של 17 מיליארד ש"ח; לתכנית חד -שנתית בהיקף של 400 מיליון ש"ח לשנת 2007 ; ובשנת 2008 בלי תכנית ממשלתית, וסכום של כ -139 .מיליון ש"ח ההקצאה המקורית לפיתוח הנגב התבססה על עבודה מעמיקה שהוכנה לגבי צורכי הנגב. ההפחתה המשמעותית בהקצאת המשאבים לפיתוח הנגב לא לוותה בהתווית דרכי פעולה אסטרטגיות ממשיות. מכאן שהעדיפות שניתנה לפיתוח הנגב פחתה משמעותית. לדעת משרד מבקר המדינה, על הממשלה לשקול להכין תכניות מפורטות, מקיפות ורב - שנתיות, על מנת לתת לנגב ולגליל את העדיפות שהיא החליטה עליה ולהביא למימוש המטרות שלשמן הוקם המשרד. לדעת משרד מבקר המדינה, על החשב הכללי, על חשב משרד ראש הממשלה ועל המשרד לנקוט את הפעולות הדרושות כך שהמשרד יתנהל בעזרת כלי חשבות ובקרה המתאימים לאופי פעילותו ולמאפייניו, כדי שיהיה בידיו מידע מעודכן בזמן אמת על התקציב, על ההתחייבויות שנתן ועל השימושים בתקציב; ולצורך קבלת החלטות, ניהול ובקרה על ביצוע התקציב. לדעת משרד מבקר המדינה, גם בתקופת הקמתו של המשרד, כאשר הוא פעל להגשמת ייעודו במקביל להתארגנותו, היה ראוי כי כל העברת כספים תהיה מלווה בתהליך קבלת החלטות מסודר ומתועד, ובכלל זה, העברת כספים למשרדים ממשלתיים אחרים לצורך תמיכה בפרויקטים בתחום פעילותו של אותו משרד. עתה משעברו כארבע שנים מאז הקמת המשרד, מן הראוי שיפעל על פי דפוסי עבודה של משרד ממשלתי, גם בעניין חלוקת כספים לתמיכות במוסדות ציבור לפי הוראות החוק. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לגבש תכניות פרטניות לפיתוח הנגב והגליל, כהחלטת ממשלה, תוך שיתוף משרדי ממשלה רלוונטים, ומתן פרסום לתכנית. הביקורת העלתה, כי במשרד לא התקיים תהליך קבלת החלטות מסודר לגבי הקצאת הסכומים לפרויקטים שעמדו באמות המידה הכלליות ; כך לא ניתן לעמוד על השיקולים להקצאה מסויימת מבין כלל הבקשות למימון פרויקטים.
משרד מבקר המדינה מעיר, כי גם אם ניתנה הסכמת נציגי החשב הכללי ואגף התקציבים להעברת סיוע על ידי המשרד באמצעות משרדים אחרים, הרי לא היה מקום להקצאה מראש לגופים מסוימים בלי להסתמך על אמות מידה גלויות, שקופות, אובייקטיביות ושיוויוניות. בנוסף לכך, בהתייחס להעברה באמצעות משרד השיכון, העוב דה שהתמיכה בסך מיליון ש"ח יועדה מראש על ידי המשרד לעמותה מסוימת, מצביעה על כך שמשרד השיכון שימש כמתווך בלבד להעברת הכספים לעמותה האמורה. זאת ועוד, למשרד השיכון אין מנגנון של מתן תמיכות ולכן הוא חסר את הסדרי הבקרה על הקצאת כספי תמיכות המובנים במשרדים בהם פועלת ועדת תמיכות.