משרד הביטחון . עדכון שיטות שכר עידוד במשרד הביטחון בביקורת עלה, כי במשך כשנתיים (משנת 2014) שילם משהב"ט ל-15 מעובדי מינהל מעבר צה"ל לנגב שכע"ד בשיעור של 20%, בהתבסס על הבנתו, כי בוועדת ההיגוי מיולי 2013 סוכם על שיעור זה, והן על בסיס ההחלטות שהתקבלו בישיבת מועצת ייצור מצומצמת שקיימו נציגי משהב"ט בספטמבר 2013. ,משרד מבקר המדינה מעיר כי המצב שבו מועצת הייצור קיבלה החלטה ללא אישורה של מנהלת היחידה לתגמול ותמרוץ, בניגוד לקבוע בתקנון מועצות ייצור משותפות בשירות המדינה וחרף מודעות חבריה למחלוקת שנתגלעה מולה בנושא זה, אינו תקין. כמו כן מעיר משרד מבקר המדינה למנהלת היחידה לתגמול ותמרוץ, כי הואיל והיא ונציגי משהב"ט לא הצליחו לפתור את המחלוקת ביניהם, היה עליה להביאה להכרעת הממונה על השכר. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח התנהלות בלתי תקינה זו ועל אף חלוף הזמן, מן הראוי כי הממונה על השכר יידרש לסוגיה ויבחן את הצורך בהתערבותו. עם זאת כאמור, בנהלים ובתקשי"ר נקבע כי שינוי באחד או יותר מהגורמים הבאים מצריכים בדיקת עדכניות של שיטות שכע"ד: שינוי ארגוני; שינוי בתכולה; בסוג; בעומס; בתנאים ובשיטות העבודה. ואכן, שינויים דוגמת אלה נעשו במשהב"ט, כפי שאף הציגו נציגי משהב"ט בדיון של הוועדה המרכזית מפברואר 2013 , עת ביקשו להחריג את המשרד מהמתווה המרכזי שאושר למשרדי הממשלה (עוד בנושא זה ראו בהמשך). משרד מבקר המדינה מעיר, כי על אף שנציגי משהב"ט פירטו כאמור שורה של סיבות המחייבות עדכון שיטות, על פי הנתונים המוצגים לעיל, בפועל לא עדכן משהב"ט משך תקופה ארוכה חלק ניכר משיטות שכע"ד שלו, והוא גם לא הגיש לוועדת ההיגוי את תוצאות בדיקות העדכניות של שיטות שכע"ד, וממילא הן לא אושרו על ידי מועצת הייצור המשרדית, כנדרש. משרד מבקר המדינה מעיר, כי החרגת משהב"ט בלבד יצרה אי-שוויון בין משרדי הממשלה נוכח העובדה כי ניתן היה לאשר החרגה דומה למשרדי ממשלה נוספים, בשל נימוקים דומים לאלה שהעלה משהב"ט. מן הראוי היה שהחרגה כזו, אם יש בה צורך, תתבסס על אמות מידה ברורות שתחולנה על כלל המשרדים על מנת לנהוג בשקיפות ובשוויוניות בין משרדי הממשלה. אשר לטענת הממונה על השכר דאז, מעיר משרד מבקר המדינה, כי לו היו מתפרסמות אמות המידה להחרגה, היא הייתה מאושרת רק למשרדי ממשלה שהיו עומדים בהן. בכך, ההחרגה הייתה עולה בקנה אחד עם עיקרון שוויון ההזדמנויות, ואף לא הייתה פוגעת בעיקרון השקיפות. זאת ועוד, קיים פער משמעותי ביותר בין מתן אישור לפריסת תכנית העבודה של משהב"ט לעדכון שיטות על פני שבע שנים לבין מתן אישור למשרדי ממשלה לדחיית סיום עדכון השיטות במספר חודשים בלבד. .2. לבקשת משרד מבקר המדינה ניתחה היחידה לתגמול ותמרוץ נתונים שמשהב"ט העביר לה, ומהם התברר, כי אם משהב"ט היה פועל בהתאם למתווה שאושר לשאר משרדי הממשלה, ובמשך חמש שנים החל משנת 2013 היה מעדכן כל שנה כ -50 שיטות שכע"ד, במהלך חמש שנות העדכון היה נחסך לתקציב הביטחון תשלום של כ- 313,000 שעות עבודה- כ-18 מיליון ש"ח (במחירי 2014 ). למעשה, נתון זה מבטא הערכה של תשלום "עודף" שישולם לעובדי משהב"ט בשל החרגתו מהמתווה שנקבע לכלל משרדי הממשלה.
. לדברי הממונה על השכר דאז, החתימה על המתווה לעדכון שיטות שכע"ד בתכנית ארבע -שנתית מהווה שינוי תרבותי ארגוני שאינו מתרחש בין ליל. משרד מבקר המדינה מעיר, כי על אף דברי הממונה על השכר דאז, נוכח ממצאי דוח זה ראוי שהגופים המופקדים על שכע"ד בשירות המדינה - נציגי הממשלה וההסתדרות בוועדה המרכזית והממונה על השכר - יפעלו יחדיו לאלתר, ויבחנו כיצד ניתן להתגבר על סוגיית האופי הפריטטי של ניהול שכע"ד בשירות המדינה, וכיצד להעלות את המחויבות של הנהלות משרדי הממשלה והיחידות להנדסת ייצור שלהן לפעול על פי המתווה שאושר, כדי להביא לכך ששכע"ד ישולם בעד תמורה הולמת הכוללת גידול ביע ילות ובפריון. כמו כן, כדי למנוע מצב שבו מחלוקות בין הגורמים מביאות לקיפאון בהליך עדכון שיטות שכע"ד, כפי שעלה בדוח זה בנוגע למשהב"ט, על כל הגופים המעורבים להקפיד לעשות שימוש במנגנון ליישוב מחלוקות שנקבע בתקשי"ר.