הרשות הממשלתית למים ולביוב . זיהומי מים בין מדינת ישראל לשטחי יהודה, שומרון ורצועת עזה - המשרד להגנת הסביבה - מטלה בין משרדית . הביקורת העלתה כי מאז הפרסומים בתקשורת שבעקבותיהם התוודע משרד התשתיות לנושא, פעל משרד התשתיות, ובראשו השר יובל שטייניץ, לטובת אישור העברת חשמל למט"ש בעזה. ואולם, פעולות אלה נעשו באיחור של שלוש שנים, שבמהלכן ניתן היה לקדם חיבור של המתקן לחשמל ולזרז את הפעלתו. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התשתיות כי עליו להפיק לקחים ממקרה זה כדי לוודא שבעתיד יקבל המשרד את כל המידע הרלוונטי בנושאים הנוגעים לתשתיות אנרגיה או מים בישראל. .משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המים, למנהא"ז, למשרד להג"ס ולמשרד החקלאות כי עליהם לפעול לפתרון בעיית העקר משני צדי הקו הירוק, ולא להסתפק בטיפול בצד הישראלי בלבד. טיפול בצד אחד בלבד אינו נותן מענה לזיהום מי תהום ולנזקים סביבתיים ביו"ש, ומעלה במ ידה רבה את עלויות הטיפול בישראל. במסגרת טיפול כולל בבעיית העקר, שבו יהיו שותפים כל הגורמים הממשלתיים הרלוונטיים, מומלץ לבחון פתרונות בשיתוף הצד הפלסטיני, הבנק הגרמני וגורמים בינלאומיים נוספים, ואף לשקול הסתייעות בארגוני חברה אזרחית, עידוד יזמּות פרטית ומעורבות גורמים מקומיים. עד שיימצא פתרון כולל, על המנהא"ז לפעול לצמצום הבעיה באמצעות אימוץ פתרונות זמניים על בסיס ניסיון העבר ואגב היוועצות בגורמי המקצוע, מרשות המים ומרט"ג. כמו כן עליו לקדם פעולות הסברה לתושבים. מוצע כי מתפ"ש ורשות המים יעלו נושא זה לדיון בו ועדת המים המשותפת לכשתתכנס או בוועדת משנה שלה לצורך תיאום הטיפול בנושא115 . .חיבור קולחי המט"ש לצינור שיעביר את המים להשקיה חקלאית הוא פתרון מיטבי, המאפשר הן את הפסקת זרימת הקולחים בנחל והן שימוש חוזר במים לגידולים החקלאיים. מכאן עולה כי אף על פי שבמשרד החוץ יש בעלי תפקידים המתמחים בעבודה מול גורמים בינלאומיים, גורמים מקצועיים אלה הורחקו מעיסוק בזירה הפלסטינית, ומשכך הם אינם שותפים פעילים בקידום פרויקטים ברש"פ מול גורמים בינלאומיים. הביקורת העלתה כי אף שנושא המים והאנרגיה ברש"פ נמצא על סדר יומם של כנסי התורמות, הנציגות הישראלית לכנסים אלה בראשות משרד החוץ לא ניצלה מפגשים אלה המתקיימים פעמיים בשנה לקידום פרויקטים בתחום מניעת זיהומי מים משטחי יו"ש ורצועת עזה. .הביקורת העלתה כי אף על פי שפועל במשרד להג"ס אגף יחסים בינלאומיים, ככלל המשרד אינו עוסק בנושאים של מפגעי סביבה מיו"ש ומרצועת עזה מול גורמים בינלאומיים. . בישראל נוקטים מעת לעת הגורמים הממשלתיים האחראים- רשות המים, המשרד להג"ס ומשרד החקלאות - פעולות מסוימות שנועדו להתמודד עם בעיית העקר, כמו תמיכה כספית לתאגידי מים וביוב ולמועצות אזוריות לפינוי שפכים מבתי בד109 ופרסום הנחיות לחקלאים לפיזור העקר110 .לעומת זאת, גורמים אלה והמנהא"ז אינם מטפלים כלל בבעיית העקר ביו"ש, אף שהזיהומים במקומות הללו גורמים נזקים למי תהום, לנחלים ולמט"שים גם בשטחי מדינת ישראל. בעקבות היעדר טיפול ביו"ש נדרשו השקעות כספיות כבדות בצד הישראלי בפתרונות חלקיים שלא האריכו ימים. .לאור העובדה שבמקרה זה ישראל קיבלה על עצמה לטפל בשפכי הרש"פ ואף עומדת לבנות לשם כך תשתיות ארוכות טווח, בקזזה מכספי המסים של הרש"פ את עלויות הקמת התשתית והתפעול, נראה שתכנון משותף ומתואם של התשתיות, בישראל וביו"ש, היה משיג תוצאה טובה יותר לשני הצדדים. על רשות המים ועל המנהא"ז לפעול במטרה שהטיפול בשפכים הפלסטיניים ייעשה בתחומי יו"ש. כן עליהם לשפר את מנגנוני שיתוף הפעולה והתיאום שלהם ב תחומי התשתיות להגנת הסביבה עם הגורמים הבינלאומיים והפלסטיניים, החל בשלבים המוקדמים ביותר של תכנון התשתיות, ולפעול לפתרונות מתואמים, שישרתו את האינטרסים הכלכליים, הסביבתיים והבריאותיים של שני הצדדים. משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את פעולות רשות המים לקידום פתרונות מיטביים לטיפול בשפכים חוצי גבולות במסגרת צוותים בין -משרדיים. על צוותים אלה לבחון היטב את מידת הצורך לקבע פתרונות ארוכי טווח לשפכים הפלסטיניים בשטחי מדינת ישראל וכן לבחון דרכים לקדם שימוש של פלסטינים במי קולחים. .על משרד ראש הממשלה לוודא כי החלטת הדרג המדיני מדצמבר 2015 בנושא הגדלת כמויות האנרגיה לרצועת עזה תיושם בהקדם, ובכלל זה יושלמו כל הליכי התכנון של הקווים הנוספים שאושרו וכל הפעולות שביצוען תלוי במדינת ישראל. הועלה כי בדצמבר 2015 החליט הדרג המדיני לקבל את המלצת מתפ "ש ולהגדיל את אספקת האנרגיה לרצועת עזה, לרבות בטווח המידי - תוספת של 26 מגה ואט בקו זמני נוסף, ובטווח הבינוני- תכנון חיבור קו 161 , שיוסיף לרצועת עזה 100 מגה ואט ויאפשר חיבור תשתיות קיימות ועתידיות לשם טיפול בשפכים והתפלת מים. ואולם עד אוקטובר 2016 לא קידם משרד הביטחון את יישום ההחלטה. .על המנהא"ז, על מתפ "ש ועל רשות המים לבחון במשותף מול כלל הגורמים האמורים, דרכי פעולה אפשריות לקידום מהיר של פרויקט ניצול מי הקולחים של מט"ש אל-בירה, לרבות באמצעות ועדת המים המשותפת או ועדת משנה שלה. משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את מאמציו של קמ "ט סביבה להפסיק את הזרמת הכרום לנחל חברון שמבצעים מפעלי העורות הפלסטיניים, בין היתר, באמצעות הידברות עמם. עם זאת, נמצא כי מ-2007 ,, במשך כתשע שנים אוסר קמ"ט סביבה את השימוש בחומר הדו -שימושי חומצה גופרתית בתעשיית העורות בחברון, לצורך הפעלת מתקן למיחזור כרום שהקימה USAID במטרה להפסיק את הזרמתו לנחל. איסור זה הוטל בלי שהקמ"ט קיים הליך היוועצות מסודר בנושא עם כלל הגורמים הרלוונטיים, כמו גורמי ביטחון, כלכלה וארב"ל, שב"כ, מנהא"ז ומתפ"ש. . משרד מבקר המדינה מדגיש לפני כל הגורמים האמורים את חשיבות שיתוף הפעולה ביניהם, שמטרתו להביא למיצוי הפוטנציאל הטמון בשיתוף הקהילה הבינלאומית במימון פרויקטים בתחום תשתיות המים והשפכים באזור יו"ש ורצועת עזה. .הביקורת העלתה כי זה עשרות שנים מוזרמים מי הביוב הגולמי של שפכי מזרח ירושלים ושל ארבע ערים פלסטיניות אל תוך אפיק נחל קדרון, ללא שום טיפול. מדובר בהזרמה לנחל, מדי יום ביומו, של שפכים לא מטופלים של כ-150,000 ישראלים ופלסטינים המתגוררים במרחב ירושלים, בית לחם ובית סאחור בכמות של כ-17 מלמ"ש93. כ-%85 מהשפכים מגיעים מהעיר ירושלים וזורמים מרחק קצר בתוך שטחי ישראל, ולאחר מכן נכנסים לשטחי יו"ש וזורמים לאורך האפיק לכוון ים המלח. זרימת השפכים בנחל היא מפגע תברואתי וסביבתי חמור ביותר, מהווה מטרד קשה לתושבי האזור, מזהמת את אקוות ההר המזרחית ואת חלקו הצפוני של ים המלח ומסכנת את אוכלוסיות החי והצומח באזור אגן הנחל94 .עובדה זו ידועה זה שנים לכל הגופים הממשלתיים הנוגעים בדבר. .על פי חוקים אלה, הזרמת שפכי ירושלים לנחל קדרון היא עבירה על החוק הישראלי. מאחר שהשפכים מגיעים גם לשטחי יו"ש, עולה גם חשש מהפרת הדין הבינלאומי המחייב כאמור את המחזיק שטח בתפיסה לוחמתית לשמור על נכסי השטח הנתפס, לשקמו, להימנע מפגיעה בו ולאפשר לאוכלוסייה המקומית ליהנות ממנו95. .המשרד להג"ס - לא עשה די להפסקת הזרמת השפכים לנחל, לא פעל לקידום פתרונות מול מתפ"ש, גורם מפתח בנושא זה, ולא העלה את הנושא, על חומרתו ומשמעויותיו, לדיון ולקבלת החלטות בממשלה. עיריית ירושלים - העובדה שהשפכים זורמים מתחומה הופכת אותה לגורם המזהם מהבחינו ת הפורמלית והחוקית. העירייה לא פעלה די למציאת פתרונות, בין היתר ברמה הממשלתית, ואף לא מצאה לנכון לדון בנושא במועצת העיר בשנים האחרונות102. הגיחון, רשות המים והמשרד להג"ס וכן עיריית ירושלים, הוועדה המחוזית ומתפ"ש, לא הצליחו לגבש פתרון מוסכם ובר ביצוע לבעיה ב משך מעל עשרים שנה. למרות מורכבות הבעיה וההיבטים המדיניים השזורים בה, גורמים אלה, ביחד ולחוד, לא מצאו לנכון להביא נושא זה לדיון ולהכרעה של הממשלה. רק ב-2016 , בעקבות עתירה לבג"ץ, הציגה רשות המים את הנושא בפני משרד ראש הממשלה. משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את פעולותיו של המתאם מ-2015 למציאת פתרון מוסכם בנושא מול הרש"פ. עם זאת, אף שרוב רובו של הזיהום נמצא בשטחי יו"ש, מתפ"ש והמנהא"ז לא עשו די כדי למצוא פתרונות לבעיה זו בשנים עברו, לרבות במסגרת ועדת המים המשותפת. על מתפ"ש ועל רשות המים להמשיך בהובלת פתרון מוסכם עם הרש"פ, או כל הסדר אחר, לטיפול בשפכים המוזרמים לקדרון עד קבלת אישור סופי לביצוע הפרויקט, בתוך זמן סביר שמתפ"ש תקצה לכך, ושלא יעלה על כמה חודשים. אם לא יושג פתרון כזה בתוך זמן סביר, כאמור, על מתפ"ש לדווח על כך למשרד ראש הממשלה. על משרד ראש הממשלה במקרה זה להוביל ללא דיחוי לקבלת החלטה מושכלת לגבי החלופה המיטבית לפתרון בנסיבות העניין, בהתייעצות עם כל הגורמים הרלוונטיים, ולגבש תכנית ליישומה במהירות האפשרית. במידת הצורך, על משרד ראש הממשלה להביא את הנושא לדיון בממשלה. בד בבד, וללא קשר לחלופה שתיושם בסופו של דבר, על משרד האוצר, על הגיחון ועל רשות המים לקבוע ללא דיחוי את אופן מימון הפרויקט שחברת הגיחון מעריכה אותה ב-400 .מיליון ש"ח, כדי למנוע שיהוי נוסף בביצועו משרד מבקר המדינה מעיר למשרד להג"ס כי עליו להגביר את מעורבותו ואת פעילותו מול גורמים אזוריים ובינלאומיים, בנושא מפגעים סביבתיים חוצי גבולות בכלל ובתחום המים בפרט, כדי לעודד יזמּות פרטית, הקמת פרויקטים והעברת ידע בין ישראל לפלסטינים לטיפול במפגעים סביבתיים בשני צדי הקו הירוק. .הביקורת העלתה כי גם המשרד להג"ס לא הגדיר לעצמו מדיניות לניהול סביבתי בין ישראל ליו"ש ולרצועת עזה. הנהלת המשרד לא דנה בניהול הסביבתי הרצוי בהתחשב, בין היתר, באיומים הסביבתיים העיקריים, בתנאי השטח, במצב הגאו-פוליטי ובהסכמים בין ישראל לרש"פ ולירדן. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד להג"ס כי ראוי שייזום תהליך לגיבוש מדיניות כוללת בנושא זיהומי מים החוצים את הקו הירוק, והטומנים בחובם סיכונים סביבתיים ובריאותיים ממשיים לתושבי ישראל, והם בעלי היבטים חשובים נוספים גם לשיתוף פעולה אזורי עתידי; על הנהלת המשרד להג"ס ליזום דיון מקיף ומעמיק בממשלה בנושא מדיניות סביבתית חוצת גבולות בכלל ובנושא זיהומי מים בין ישראל לשטחי יו"ש ורצועת עזה בפרט, כדי שזו תגבש מדיניות מתואמת לכלל משרדי הממשלה העוסקים בנושא ותקבע את הגורם הממשלתי שיוביל את הטיפול בו. בהתאם לכך, על המשרד להג"ס, בהתייעצות עם מתפ"ש ועם המנהא "ז, לגבש את מדיניותו בנושא זה, ובכלל זה דרכי העבודה מול משרדי הממשלה האחרים, מול גורמי הביטחון ומול הגורמים הבינלאומיים. מהאמור עולה כי אף על פי שבעיית העקר ביו"ש חמורהיותר מבישראל לנוכח מספרם הכפול כמעט של בתי הבד ביו"ש בהשוואה לישראל, ולנוכח הנזקים הכבדים שמסב העקר למי התהום המשותפים, לנחלים ולמט"שים בישראל - לא פעלו המשרד להג"ס, רשות המים והגורמים במנהא"ז האחראים על איכות הסביבה, המים והחקלאות ביו"ש למציאת פתרונות מתואמים לבעיה זו. . ,מהאמור לעיל עולה כי פעולתם של הגורמים הממשלתיים בתחום הייזום התיאום והאישור של פרויקטים במימון גורמים בינלאומיים לוקה בחולשה ממשית, ברמת מעורבות נמוכה, בהיעדר תיאום ושיתוף פעולה בין הגורמים הממשלתיים, ומעל הכול - ניכר חוסר בגורם אחד שינהל ויתכלל נושא זה. בעקבות זאת מתעכבים, או שאינם מתבצעים כלל, פרויקטים למניעת זיהומי מים בין ישראל לבין שטחי יו"ש ורצועת עזה. משרד מבקר המדינה ממליץ כי מתפ"ש, המשרד לשת"פ אזורי, המשרד להג"ס ומשרד החוץ יבחנו במשותף נושא זה, וימליצו על גורם אחד שיוביל אותו כאמור. כפי שעולה מדוח סיכום פעילות קמ"ט סביבה ל -2015 ומדגימת בוצה ממפעל עורות שנלקחה על ידי יחידת הקמ"ט במאי 2016126 , בעיית הזרמת עודפי כרום ומלח ממפעלי העורות לנחל חברון לא נפתרה גם ב-2016 . .הביקורת העלתה כי בין נתוני רשות המים לבין נתוני רט"ג התגלו פערים עצומים ולא סבירים. לדוגמה, לפי רשות המים כ-21 מלמ"ש משפכי יישובים פלסטיניים מטופלים במט"שים בישראל לעומת כ-4 "מלמש לפי דוח ניטור נחלים, 2016 (פער של כ-500% ); לפי רשות המים, כ-34 "מלמש מסולקים לבורות ספיגה או לנחלים ללא טיפול, לעומת כ -57 לפידוח ניטור נחלים, 2016 (פערשל כ-170%.) משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המים, לרט"ג ולמשרד להג"ס כי עליהם לפעול בצוותא כדי לבחון ול תקן את נתוני כמויות הטיפול בשפכים הפלסטיניים באופן שיתקבל בסיס נתונים אמין אחד. פערים כה גדולים בין נתוני הגופים האמורים אינם סבירים ויכולים להשפיע מהותית על ההחלטות שמקבלים הגופים השונים המתבססים על הנתונים בתחום זה55 . כמו כן, על רשות המים לבדוק ביסודיות את תחשיבי כמויות השפכים המטופלות במט"שים ולבצע בקרה שוטפת בנושא כדי לוודא את מהימנותם; כמו כן עליה לבחון בהקדם את האפשרות להתקנת מדי מים כדי שאלה יספקו נתונים מדויקים ככל האפשר בדבר כמויות השפכים הפלסטיניים המטופלים בישראל וישמשו גם בסיס אמין לגביית התשלום עבור כך. משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את ערנות הגיחון לממצאי הביקורת ואת הבדיקה החוזרת של נתוניה. עתה עליה להשלים את הבדיקה באופן יסודי ולתקן את הנדרש. .הביקורת העלתה כי ביו"ש כ-74 מט"שים ישראליים פעילים וכ-20 מט"שים אינם פעילים57. בגלל היעדר חיבור של חלק מהיישובים הישראליים למערכות טיפול בשפכים ובגלל אי -תקינות של חלק מהמט"שים שהוקמו, מוזרמים שפכים של חלק מהיישובים הישראליים לנחלים ולסביבה. להלן העיקריים שבהם: שפכי קריית ארבע זורמים לנחל חברון; שפכי אלקנה זורמים ליובלי נחל רבה; שפכי קדומים זורמים אל ואדי אבו ג'מוס; שפכי עפרה זורמים לוואדי אל-עין; חלק מקולחי אריאל ז ורמים ליובלי נחל שילה ; קולחי כוכב יעקב ופסגות ז ורמים לנחל מכמש ; קולחי חשמונאים מסולקים למדרון הסמוך ליישוב; קולחי טלמון זורמים ליובל של ואדי ג'ב נציר; עודפי קולחי גוש עציון זורמים לנחל צופית58. משרד מבקר המדינה מעיר לרשויות המקומיות הישראליות ביו"ש המפורטות להלן, ששפכיהן אינם מטופלים או מטופלים חלקית, כי נוסף על פעילות המילת"ב, הן נדרשות לפעול במרץ לחיבורן המלא למתקנים לטיפול בשפכים ולהשבת קולחים. הרשויות הרלוונטיות הן אלה: המועצות המקומיות של קריית ארבע, אלקנה, קדומים, עיריית אריאל והמועצות האזוריות מטה בנימין וגוש עציון. הביקורת העלתה כי אף על פי שבעיית השפכים הלא מטופלים ביישובים הפלסטיניים שבשליטה מלאה של ישראל (שטחי C ) חמורה בהרבה מהבעיה ביישובים הישראליים, בשל אילוצים שונים כמו פיזור הכפרים הפלסטיניים וחוסר שיתוף פעולה בין ישראל לפלסטינים, אין בנמצא תכנית לטיפול בשפכי היישובים הפלסטיניים. על רשות המים, כגורם המקצועי, ועל מתפ"ש כבעלת השליטה בשטח, לפעול ככל הניתן מול הרש"פ למציאת פתרונות מוסכמים לטיפול בשפכים גם ליישובים הפלסטיניים בשטח C , בצד קידום פתרונות בשטחי הרש"פ כדי לספק מענה אזורי נרחב ככל האפשר לבעיה זו. מהאמור לעיל עולה כי רובם הגדול של מחנות צה"ל ביו"ש טרם חובר למערכת ביוב וטיפול בשפכים תקינה, והם ממשיכים להזרים במשך שנים שפכים לסביבה. בכך הם יוצרים מפגע סביבתי חמור המזהם את מי התהום. מעבר לכך אף עולה כי פעולתה של מערכת הביטחון לטיפול בנושא אינה נשענת על תכנית ביצוע רב-שנתית סדורה הכוללת לוחות זמנים ליישומה. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל ולמשרד הביטחון כי אין זה ראוי שצה"ל, הריבון בשטח, והגורם האחראי להגנת הסביבה ולאכיפת החוקים הסביבתיים, ובכלל זאת בנושא זיהום מים, יהיה הוא מזהם בעצמו. על משרד הביטחון להכין לאלתר תכנית רב -שנתית הכוללת לוחות זמנים מפורטים ותקציב לחיבור כלל מחנות צה"ל לבי וב ולמתקני טיפול בשפכים כבר בשנים הקרובות. משרד מבקר המדינה מעיר לגופים שלהלן כי בלי קשר לשאלה המדינית של השליטה בשטחי יו"ש, כל עוד קיימת שליטה ישראלית על חלקים נרחבים מהשטח, על המשרד להג"ס, על המנהא"ז ועל יועמ"ש יו"ש להגדיר בהקדם יעדים רב -שנתיים ברורים ולוחות זמנים להחלת החקיקה הסביבתית הישראלית הרלוונטית ביו"ש ולעמוד ביעדים אלה, תוך כדי שימת דגש על הרחבת כלי האכיפה, הן על ההתיישבות הישראלית והן על יתר שטחי C . כל זאת בהתחשב בחובות החלות על מדינת ישראל על פי הדין הבינלאומי ועל פי הסכמי הביניים עם הרש"פ. הביקורת העלתה כי מאוגוסט2010 ועד מועד סיום הביקורת לא התכנסה ועדת המים המשותפת כדי לאשר פרויקטים בתחום המים והשפכים ביו"ש. לאישור ועדת המים המשותפת ולתפקודה התקין יש לעתים חשיבות מכרעת לגבי החלטת מדינות תורמות, ארגונים בינלאומיים וגורמים פלסטיניים אם ליזום פרויקטים ביו"ש ולהשקיע בהם בתחום המים והשפכים. מנתוני רשות המים מנובמבר 2015 עולה כי24 (כ-69% ) מתוך35 הפרויקטים הפלסטיניים בתחום הטיפול בשפכים ובהשבת קולחים שהוגשו לוועדת המים המשותפת בשנים האחרונות - חלקם לפני 2010 - לא אושרו על ידה, בחלקם או במלואם, בפרוטוקול חתום בידי שני הצדדים 68 כנדרש על פי הסכמי הביניים; חלקם מתעכבים בשל כך וחלקם קודמו ואף הושלמו למרות היעדרו של אישור. הביקורת העלתה כי בשעה שפרויקטים ישראליים בתחומי המים והשפכים לא עוכבו עקב שיתוק ועדת המים המשותפת כאמור, עשרות פרויקטים שביקשו הפלסטינים בתחומים אלה טרם אושרו; זאת למעט פרויקטים בודדים בתחום הטיפול בשפכים שרשות המים קבעה כי נידונו בעבר על ידי הצדדים, ולכן אושרו. נמצא כי במשך יותר מחמש שנים לא בחנו רשות המים ומתפ"ש אפשרות להפעיל מנגנון יישוב סכסוכים באשר הוא, לפי ההסכם האמור או מנגנון אחר, כדי לפתור את המחלוקות בוועדת המים המשותפת וכדי להוציאה מן המבוי הסתום שאליו נקלעה. מתפ"ש, שהיא הסמכות העליונה בנושאי ם אזרחיים ביו"ש, לא פעלה עד אוגוסט 2016 לגשר בין הצדדים בנושא זה, כפי שעשתה בנושאים אחרים, ונמנעה מלהיכנס לעובי הקורה של המחלוקת. .על מתפ"ש לנקוט את כל הפעולות הנדרשות כדי לאפשר את הפעלת המט"ש הצפוני בעזה בשנת 2017 , ובכלל זה לזרז את ההליכים לתכנון ובניית קו החשמל הייעודי למט"ש בסיוע כל הגורמים הרלוונטיים, לרבות חח"י, המשרד להג"ס, משרד האוצר, משרד הבריאות, משרד החוץ וועדות התכנון והבנייה140. משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את תמיכתו של המשרד לשת"פ אזורי בפרויקט זה, המשלב הן תרומה למניעת זיהומי מים והן היבטי שיתוף פעולה אזורי - ישראלי, פלסטיני וירדני. עם זאת, המשרד לא עשה די כדי לרתום את הגורמים הממשלתיים, ובראשם המנהא"ז, במטרה למצוא דרכים להתמודדות נאותה עם המכשולים לצורך קידומו ומימושו של הפרויקט. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד לשת"פ אזורי ולמנהא"ז כי עליהם לשתף פעולה באופן שוטף באיתור פרויקטים מסוג זה ובהסרת החסמים ממימושם, ככל הניתן. .נמצא כי ממשלת ישראל לא גיבשה עד כה מדיניות לניהול סביבתי חוצה גבולות בכלל ולניהול זיהומי מים מסוג זה בפרט89 , ואף לא דנה בנושא זה בשנים האחרונות. בכך התעלמה מהשלכותיו הרחבות של הנושא, בין היתר על עתודות המים של ישראל, על בריאות הציבור ואף על ההיבט המדיני- ביטחוני. עוד הועלה כי בסדרת נושאים, למרות מאמצים מצד דרגי הביצוע בגופים הממשלתיים להביא לפתרון אי-הסכמות ולהסרת מפגעים סביבתיים, היעדר טיפול וקבלת החלטות ברמה הממשלתית, וכן היעדר גורם ממשלתי אחד המופקד על נושא זה ותכלולו מול כלל הגורמים המטפלים - מנעו או עיכבו מציאת פתרונות אגב פגיעה מתמשכת בסביבה, בבריאות הציבור ובאינטרס הציבורי. . קושי זה עובר כחוט השני בין בעיות במגוון נושאים שפתרונן מבושש לבוא לעתים במשך עשרות שנים, כמו: שפכי אזור ירושלים המוזרמים לקדרון, זיהום נחל אלכסנדר, זיהום נחל חברון, קולחי אל-בירה ושפכי רצועת עזה המוזרמים לים ולנחלים, כפי שיפורט להלן. .הביקורת העלתה כי פניית רשות החשמל הפלסטינית לחח"י מאפריל 2013 בבקשה לספק חשמל למט"ש הצפוני בעזה - לא הובאה לידיעת משרד התשתיות, שלדבריו התוודע לה לראשונה רק בעקבות הפרסומים האמורים בתקשורת במרץ 2016 . מבירור במשרד להג"ס לא נמצאו עדויות לכך שהמשרד להג"ס העביר פנייה זו למשרד החוץ או לגורם כלשהו במתפ "ש, מלבד העברתו לרשות המים ולמשרד הבריאות, כאמור. .הביקורת העלתה כי מט"ש יד חנה נבנה כפתרון זמני לחמש שנים לטיפול בשפכי יישובים פלסטיניים ביו"ש, ונועד לקלוט בהדרגה 9,500 מ"ק שפכים לכל היותר ביממה. באוקטובר 2016 מוזרמת למתקן כמות גדולה בהרבה, הגדלה בהדרגה, ומגיעה לעתים לכ-19,000 מ"ק ביממה, וכוללת בתוכה שפכים תעשייתיים וחומרים מסוכנים המקשים מאוד את פעולת הטיפול. מצב זה מביא לכך שהמתקן אינו עומד בעומס השפכים המוזרמים אליו, וכך נגרמים מפגעי תברואה וסביבה קשים לתושבי האזור. מסקירת הטיפול בנושא זיהום נחל קדרון משפכי ירושלים עולה תמונה עגומה של מחדל ממשלתי ועירוני חמור ומתמשך, תוך כדי הפרה בוטה של חוקים ישראליים וחשש מהפרת דינים בינלאומיים. למרות היות קדרון הנחל המזוהם ביותר שחוצה בין מדינת ישראל ליו"ש, כשמקור הזיהום ברובו המכריע בירושלים, ולמרות ההיבטים הגאופוליטיים והבינלאומיים הכרוכים בנושא והגורמים הרבים המעורבים בו, לאורך השנים לא טופל הנושא על ידי אף לא גורם ממשלתי בכיר אחד כמו שר או משרד ראש הממשלה. הגיחון - האחראית על פי חוק על הטיפול בשפכי ירושלים – לא הצליחה במהלך השנים לקדם פתרון לשפכים אלה בטווח זמן סביר, וכך נוצרה הפרה מתמשכת של חובתה החוקית להקים מערכת ביוב לכל שפכי ירושלים. עם זאת, בשנים 2016-2015 ביצעה הגיחון עבודה להערכת החלופות השונות לפתרון בעיית שפכי נחל קדרון כדי לקדם קבלת החלטות על ידי הגורמים הממשלתיים, ועל כך יש לציין אותה לחיוב. רשות המים - שהייתה שותפה פעילה בגיבוש הפתרון שאושר סטטוטורית בוועדות התכנון (החלופה המשולבת), חזרה בה כעבור שנים מספר מפתרון זה וטענה כי החלופה שאושרה גרועה ויקרה. בכך היא תרמה לבזבוז זמן יקר וכספי ציבור רבים על תהליך התכנון של חלופה זו, תוך שהיא גם לא עשתה די במהלך השנים כדי לקדם חלופות עדיפות מבחינתה מול רשות המים הפלסטינית בוועדת המים המשותפת בסיוע המתאם והממשלה. ב -2015 סייעה רשות המים בגיבוש חלופה, הנתפסת כיום כמיטבית על ידי כל הגורמים בהנחה שיהיה תיאום עם הרש"פ, והמכונה חלופת רשות המים.
נוכח הסכנות הבריאותיות לתושבי הרצועה ולאזרחי ישראל ממשבר המים ההולך ומחמיר בעזה, על מתפ"ש ועל משרד הבריאות לשתף פעולה בביצוע הערכת הסיכונים בנושא זה. משרד מבקר המדינה מעיר למתפ"ש כי במסגרת שיקוליה לאישור הקמת תשתיות ברצועת עזה, עליה לתת משקל ראוי גם לסכנות הסביבתיות והבריאותיות שבזיהומי מים בין רצועת עזה וישראל. לצורך כך עליה לאסוף נתונים ומידע בנושא זה ולהתייעץ עם הגורמים המקצועיים, כמו המשרד להג"ס, רשות המים ומשרד הבריאות.