משרד החקלאות ופיתוח הכפר . הניהול והפיקוח של משרד החקלאות ופיתוח הכפר בתחום יבוא מקנה, מספוא ומניעת מחלות טופסי ביקורת שמולאו לגבי אוניות 48 משרד מבקר המדינה בחן 180- (מתוך כ 2019 עד אמצע שנת 2018 שהגיעו ארצה מתחילת שנת טפסים לגבי כלל האוניות שהגיעו לארץ בתקופה זו), שבהם פורטו ליקויים שנמצאו באוניות שבהן הובל מקנה. מטפסים אלה עולה כי לעיתים היבואנים לא מיישמים כנדרש את ההנחיות והנהלים של משרד מהטפסים עולה כי תחזוקת האוניות כדי סכנות ממשיות לבעלי החיים, וכי תנאי המחיה של בעלי החיים החקלאות. עוד עולה מטפסים אלה כי תחזוקת האוניות ירודה, עד 44%-באוניות ירודים. לדוגמה, מכ מהטפסים צוין 42% -לקויה, וכי בעלי החיים מלוכלכים בהפרשות; בכ מהטפסים תוארו ריח אמוניה כי הרפד באוניות רטוב ולא הוחלף בתדירות הנדרשת, וכי האבוסים 33%-והשקתות ריקים מאוכל ושתייה; בכ מהטפסים צוין כי החום והלחות באוניות גבוהים בשל חריף בשל ההפרשות של בעלי החיים הגורם לצריבה בעיניים וצפיפות 29%-בתאים; בכ מהטפסים נרשם כי הופעל כוח כלפי 4%-בעיות במערכות האוורור; ובכ הבהמות ולעיתים נעשה שימוש בשוקרים חשמליים. לא כל העובדים תיעדו את 2019 עם זאת, הועלה כי עד סוף דצמבר תוצאות ערכי האמוניה שמדדו המכשירים. לכן מנהל יחידת יבוא-יצוא מאחר שלאגף הפיקוח אין נציגים בנמל אשר יכולים לבדוק את המספוא, לדגום אותו ולבצע בדיקה לאימות ההתאמה בין הניירת לבין משלוח בפועל, נשלחו בקשות השחרור לעובדי האגף במטה משרד החקלאות. עובדים אלה חתמו על אישור השחרור בלי שיכלו לבדוק את תכולת המשלוחים. לא היה בכך כדי לאפשר את הפיקוח על בטיחות המזון כנדרש, ופעילותם הלא אפקטיבית של עובדי אגף הפיקוח אף גרמה לבזבוז משאבי כוח אדם. מהנתונים המפורטים בלוח עולה כי כאשר מגיעים לנמל מוצרי מזון לבעלי חיים שמקורם מן החי, נציגי השו"ט בנמלים בודקים את המוצרים עצמם, והם נדגמים כדי לוודא שהם אינם נגועים בסלמונלה . אך כאשר מגיע מספוא, נציגי השו"ט בנמל חיפה 87או בחיידקים אחרים בודקים רק את הטפסים הנלווים למשלוח. המוצרים עצמם לא נדגמים, הלימה בדרישות הפיקוח על מזון המיוצר בישראל ועל מזון המיובא מחו"ל ראוי שהפיקוח יבוצע על ידי גורם אחד. , זמן רב לאחר שפורסמו החוק 2019 לפי הנתונים המעודכנים לאוגוסט וטיוטות התקנות לשם קבלת הערות הציבור, תהליך כתיבת התקנות טרם הושלם ורוב התקנות טרם אושרו. משרד מבקר המדינה עסק במשך השנים, במסגרת דוחות שפרסם, בנושא אי-התקנת תקנות במשרדי . התקנות נדרשות לשם יישום הוראות החוק, כפי שגם נקבע 75הממשלה בחוק עצמו, אולם הוראות המחוקק בדבר התקנת תקנות לא יושמו, ואף נמתחה על כך ביקורת בדוחות משרד מבקר המדינה. לנוכח זאת, על משרד החקלאות לזרז את השלמת הליך הכנת התקנות ואישורן. בניגוד למכלול הפעולות שמבצעים הווטרינרים של יחידת יבוא-יצוא בנמלים לבדיקת מזון לבעלי חיים שמקורו מן החי, עלה כי כאשר מגיע לנמל מספוא הוא לא נבדק בבדיקה ויזואלית ולא ניטלות דגימות ממנו לצורך בדיקת מעבדה. אף שבחוק הפיקוח ובצו הפיקוח נקבע כי הסמכויות שהיו בידי יחידת הגנ"ץ יועברו לשו"ט, ובכללן הסמכות לבדיקות המספוא קודם לשחרורו בנמלים, לא נטלו השו"ט לידם את ביצוע הדיגום בנמלים למספוא ולא היו מעורבים בשחרור המספוא. יתרה מזו, אף שלפי התיקון לצו היבוא שחרור המספוא מהנמל מחייב קבלת אישור הן מהשו"ט 2016 משנת רק הגנ"ץ נתנה אישורים 2018 - 2013 והן מהגנ"ץ, הרי שבפועל בשנים לשחרור המספוא, וזאת בלי שהמספוא נבדק בהיבט הווטרינרי ובלי שנלקחו דגימות אשר השו"ט אחראים ליטול.
שיתוף נציגי חברות פרטיות - שיש להן ידע מקצועי רלוונטי - בדיונים מקצועיים של המשרד נועד להעשיר את המידע שבידי המשרד ולהציג לו נתונים שלא היו בידיו קודם לכן. אם יחליט מנהל השו"ט לשתף בדיוני המשרד נציגי חברות פרטיות בעלות אינטרסים כלכליים, ראוי כי הוא ינהג בזהירות יתרה בכל הנוגע למתן משקל לעמדת החברות הפרטיות במסגרת תהליך קבלת ההחלטות, ובייחוד בנושאים שעשויה להיות להם השפעה כלכלית על החברות הפרטיות. זאת כדי למנוע חשש לניגוד עניינים, ולו למראית עין, בקבלת ההחלטות.