רשות המיסים בישראל . החלטות מיסוי מקדמיות הועלה כי רשות המסים לא גיבשה מדיניות אחידה בשאלה אם כספים שאדם מוציא מחברת הארנק שבבעלותו לצורך רכישת דירת מגורים יסווגו כדיבידנד. הרשות לא פרסמה חוזר המבהיר, לעובדי הרשות, לנישומים ולמייצגים, את מדיניותה במכלול היבטי המס הנוגעים לעסקות מקרקעין בין אדם לבין חברה שבשליטתו (מס הכנסה, מע"ם ומיסוי מקרקעין). על הרשות ליזום מיפוי שנתי, באמצעות שע"ם, של כל העסקות שבמסגרתן מוכר אדם את דירת מגוריו לחברה שבשליטתו, כדי לאתר עסקות שבהן נופח השווי לצורך הימנעות מתשלום מס על משיכת כספים מהחברה. מן הראוי לעגן חובת דיווח, בהצהרת הון, על נכסי נדל"ן שנרכשו על ידי חברת ארנק בבעלות הנישום. הביקורת העלתה כי היבטי מיסוי מקרקעין לא נידונו בשלוש החלטות המיסוי האמורות לעיל, אשר התקבלו בשנים 2014-2008 . החלטות אלולא הועברו לידיעת מיסוי מקרקעין . הביקורת העלתה היעדר תיאום בין אגפי המיסוי במקרים שבהם סוגיית המס העומדת במוקד הבקשה למתן החלטת מיסוי רלוונטית לכמה מערכי מס. הביקורת העלתה כי עד מאי 2016 הוכפפה יחידת מחירי העברה לסמנכ"ל שומה וביקורת, ולא נכללה בחטיבה המקצועית, אף על פי שמדובר ביחידת מטה מקצועית שאמורה לפעול במסגרת החטיבה המקצועית . גם המערכת הממוחשבת של החלטות מיסוי ברשות לא נפתחה לשימוש עובדי יחידת מחירי העברה, ועדיין אינן נכללות בה החלטות מיסוי בתחום זה. בקשתה של החברה הרב-לאומית התקבלה, ונקבע כי "בכפוף לעובדות המפורטות לעיל החברה הזרה תיחשב כמי שאין לה מוסד קבע בישראל בשל פעילותו של היחיד ובשל כך בלבד". כלומר, בהחלטה 36/08 נקבע כי פעילות היחיד מביתו אינה מקימה למיזם הזר מוסד קבע בישראל, ואילו בהחלטה 253/12 נקבע כאמור להפך. על הרשות לקבוע בנוהל פנימי, כי טרם גיבוש החלטה בכל בקשה, על מקבלי ההחלטה הרשות לבחון החלטות קודמות שפורסמו בנושאים דומים. במקרים בהם ההחלטה החדשה מהווה שינוי עמדה עקרונית בסוגייה, על הרשות לציין במפורש כי החלטה זו היא עמדת הרשות מכאן ואילך בסוגייה הנדונה ומבטלת את עמדתה בסוגייה הנדונה לגבי החלטות המיסוי הקודמות (בפירוט מספרן הסידורי של ההחלטות הקודמות). הביקורת העלתה כי חברה ה' גבתה מלקוחותיה את מלוא סכום העסקה כולל סכום המע" ם לגבי כלל השוברים, ובלי שהוציאה באו תה עת חשבונית מס, אלא רק לאחר מימוש השובר. עם זאת, היא לא העבירה לרשות את סכומי המע"ם שגבתה בגין שוברים שלא מומשו. התנהלותה זו עמדה בניגוד להחלטות המיסוי שקבעו כי על החברה חלה חובת תשלום מע"ם על שוברים שלא מומשו. .הביקורת העלתה כי בחינת יישומן של החלטות המס אינה כלולה בתכניות העבודה של כלל מערכי המס של הרשות (מס הכנסה, מע"ם ומיסוי מקרקעין), ולפיכך הרשות ממילא אינה בוחנת יישום החלטות אלה. ברשות גם אין הנחיה לבדוק, בשלב ניתוב התיקים, את הציות להחלטות מיסוי. בתכניות העבודה של מס הכנסה החל בשנת 2011 (לגבי דוחות שנת2008 )ואילך נכללו בתכנית העבודה רק תיקים שבהם הוגשו בקשות למתן החלטה מקדמית, אך לא התקבלו לגביהן החלטות מיסוי בהסכם: (1) תיקי נישומים שבהם הוגשו בקשות להחלטות מקדמיות אשר נדחו ; (2) תיקי נישומיםשבהם הוגשו בקשות להחלטות מקדמיות אשר משכו את הבקשה או שקיבלו החלטה לא בהסכמה40; (3) תיקי נישומיםשבהם הוגשו בקשות להחלטות מקדמיות אשר הועברו לפקיד השומה ללא החלטה. ללא בדיקות אלו, ולו מדגמיות, עולה החשש לאובדן מס משמעותי ולאפליית מס בין נישומים. .הביקורת העלתה כי במחלקת אופציות לעובדים, הכוללת רק מנהל ועובד, חלק ניכר מהחלטות המיסוי מתקבלות על ידי מנהל המחלקה, בהליך שהוא מבצע מתחילתו ועד סופו. כך לדוגמה, בשנים 2015-2010 ניתנו 52 החלטות מיסוי בתחום "הארכת מועד הפקיעה לאופציות" ו-10 החלטות בתחום "האצת מועדי ההבשלה לאופציות", כולן בידי מנהל המחלקה. מצב עניינים זה נגרם בשל אי-איוש תקנים בחטיבה המקצועית (ראו להלן ).
הביקורת העלתה כי יש סוגיות שהתקבלו לגביהן החלטות מיסוי לא אחידות ולעתים אף סותרות זו את זו. להלן דוגמה: