הרשות הממשלתית למים ולביוב . היבטים במניעת זיהום של מקורות המים - הרשות הממשלתית למים ולביוב לדעת משרד מבקר המדינה, הקביעה לגבי כמות המים המותפלים הנרכשת אינה אמורה להיות רק מענה תוצאתי לתרחיש תפעולי הידרולוגי מומלץ, וראוי שתיעשה לאחר בחינה של החלופות בין רכישת מים מותפלים לבין הפקה של מים מהמאגרים הטבעיים ובהתחשב בצורך לשקמם ולקחת בחשבון את מלוא העלויות והתועלות הכרוכות ברכישת מים מותפלים או בצמצום הכמות הנרכשת. .משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המים כי עליה לקבוע בהקדם את סדרי העדיפות ולוחות הזמנים לביצוע הפעולות הנדרשות לדעתה לשיקום האוגר הטבעי בראייה בת-קיימה. ללא קביעת סדרי עדיפויות ולוחות זמנים לביצוע, אין כל וודאות כי המלצות הדוח אכן ייושמו. נמצא כי עד מועד סיום הביקורת הנוכחית, ינואר 2015 , טרם הוקם מאגר מידע על קולחים ושפכים שישמש בסיס נתונים מרכזי עבור כל המאסדרים הרלוונטיים: משרד הבריאות, המשרד להגנ"ס ורשות המים . לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שרשות המים תעשה בדיקה יסודית של כדאיות המשך שאיבת היתר ממאגרי המים הטבעיים לעומת המשך רכישת המים המותפלים ושילובם במערכת המים הארצית; בהתחשב בין היתר, בתועלות הכלכליות הנובעות מכך לצורכי שיקום האוגרים על פי עקרונות של פיתוח בר - קיימה, כמתחייב מהחלטות הממשלה. נראה כי יש צורך לבחון את האיזון הנכון בין היקף ההפקה של מים מהמאגרים הטבעיים לבין היקף הרכישה של מים מותפלים, זאת במטרה להבטיח קיום מאגרי מים לאוכלוסייה בטווח ארוך ממגוון מקורות. מסקר הקולחים עולה כי איכות הקולחים שמשתמשים בהם להשקיה חקלאית ללא מגבלות אינה עומדת לעתים בדרישות התוספת הראשונה בתקנות איכות קולחים בכל הנוגע לריכוזים ולערכים של כלוריד 68, חנקן כללי 69, נתרן 70 , צריכת חמצן ביולוגי71 ומוצקים מרחפים72. ריכוזים גבוהים שלחומרים אלה פוגעים בגידולים וגורמים לתחלואת צמחים ובחילחולם למי התהום הם אף עלולים לפגוע בבריאות הציבור. משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המים כי תפעול האקוויפרים, שבחלקים מהם מפלסי המים נמצאים מעט מעל הקווים האדומים ואף מתחת להם, אינו עולה בקנה אחד עם העקרונות לפיתוח בר -קיימה כאמור בהחלטת הממשלה מ - 2003 , עם המלצות ועדת ביין שעיקריהן אומצו בהחלטת הממשלה מאוקטובר 2010 , ועם העקרונות לניהול מים שקבעה הממשלה באותה החלטה. כמו כן, תפעול האקוויפרים ב אזור הקווים האדומים אינו עולה בקנה אחד עם המלצות השירות ההידרולוגי, שקבע כבר באוקטובר 2007 כי התפעול המיטבי והרצוי של האקוויפרים הוא סביב הקווים הירוקים. משרד מבקר המדינה העלה כי עד מועד סיום הביקורת לא קבעה רשות המים סדרי עדיפויות ולוחות זמנים ליישום המלצות הדוח לשיקום האוגר. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד הבריאות, המשרד להגנ"ס ורשות המים לפעול בשיתוף פעולה ולזרז את תהליך הקמתה של המערכת לקבלת מידע על נתוני איכות קולחים ממט"שים, כדי שלכל המאסדרים תהיה גישה למידע הנדרש לצורך קבלת החלטות. הקמת מערכת כזאת אף תהיה נדבך חשוב לפיקוח ואכיפה של שלושת המאסדרים על עמידה של המט"שים באיכות קולחים, כמתחייב לפי תקנות איכות קולחים ולקידום שיתוף הפעולה ביניהם. משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המים כי עליה להקפיד לדרוש מיצרנים וממפעילים דיווחים חודשיים ושנתיים כמפורט בתקנות איכות קולחים, ולרכז אצלה את הנתונים לצורך אכיפה וקבלת החלטות. לדעת משרד מבקר המדינה, על רשות המים להשלים את תכנית אב למשק הקולחים, אשר הטיפול בה התחיל כבר בשנת 2006 . זאת, במיוחד נוכח העובדה ששימוש במי קולחים להשקיה חקלאית נמצא במגמת עלייה עם השנים, ולפי נתוני רשות המים, כמויות הקולחים המושבות יגיעו בשנת 2020 לכ-570 .מלמ"ק משרד מבקר המדינ ה מעיר לרשות המים ולמשרד להגנ"ס כי למרות שבשנים האחרונות השתפר שיתוף פעולה ביניהם, עליהם לפעול בהקדם על מנת לעגן ולהסדיר את חלוקת הסמכויות ביניהם כנדרש, אם בדרך של חקיקה או בדרך של החלטת ממשלה.
לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח הסכנות הטמונות מזיהום מי תהום מדלק ומתוצרי לוואי שלו, ובהם פסילת כמות מים גדולה של מי תהום וסכנות בריאותיות לציבור, ונוכח נפחי האחסון הגדולים של דלק הקיימים במדינת ישראל, יש חשיבות רבה להשלמת חקיקת המשנה למניעת זיהום מים מחוות מכלי דלק. בפועל, הליכים אלה נמשכים כבר כ -13 שנים. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד להגנ"ס כי עליו לפעול נמרצות וללא דיחוי להשלמת התקנתן של תקנות חוות מכלים.