המשרד לשירותי דת . סוגיות הנוגעות לשנת השמיטה התשס_ח לדעת משרד מבקר המדינה, דרך קבלת ההחלטות בנושא התקציב ושיעור ניצולו מעידים שקביעת התקציב לא התבססה על הצרכים הממשיים, והדבר עלול לגרום להוצאות מופרזות מכאן ולמחסור מכאן. מהאמור עולה כי התוצרת שגודלה בפיקוח אוצר בית דין של הרה"ר ובמימון תקציב השמיטה נמכרה בשוק החופשי ולא רק למי שצורך תוצרת למהדרין (ראו להלן בפרק "תמיכה בחקלאים שתוצרתם משווקת באמצעות אוצר בית דין"). לדעת משרד מבקר המדינה היה על הרה"ר להיוועץ מבעוד מועד במחלקת הייעוץ והחקיקה האזרחית במשרד המשפטים ובנציבות שירות המדינה בנוגע לבחירת יו"ר ועדת שמיטה שיהיה בעל סמכות לאשר ביצוע עסקה במקרקעין. אף על פי שהגורמים הרשמיים ברה"ר הם שקבעו את ההנחיה בדבר הקמת אוצר בית דין, הקמתו והפעלתו לא נדונו, לא אושרו ולא תוקצבו בידי הממשלה או במסגרת רשמית אחרת. החלטת הרה"ר להפעיל לראשונה אוצר בית דין מטעמה מבטאת מדיניות של צמצום השימוש בהיתר מכירה, שאינה מתיישבת עם מדיניותה של הרה"ר לדורותיה. לדעת משרד מבקר המדינה בהתחשב בכך שאוצרות בית דין פרטיים כבר פועלים ואף ממלאים לכאורה את צורכי האוכלוסייה שמקפידה לצרוך תוצרת למהדרין; ובהתחשב בכך שהחקלאים והצרכנים הסתמכו על מדיניות היתר המכירה שהייתה מקובלת ממועד הקמת המדינה, היה על הרה"ר, שהיא גוף ממלכתי הפועל בתחום הדתי והרוחני והאחראי בין היתר לפיקוח ולמתן שירותי הדת היהודיים, לבחון על פי כללי מינהל תקין אם מהיבטים מינהליים ועל פי שיקולים כלכליים נחוץ להקים אוצר בית דין שכזה. יצוין כי אף שהרה"ר החליטה לשנות את מדיניותה בדבר צמצום היתר המכירה לפני שתקבל את ההחלטה בעניין התקציב לשנת שמיטה, שינוי זה לא הובא לפני הממשלה על אף חשיבותו וממילא לא נדון ולא קיבל ביטוי בדברי ההסבר להצעת ההחלטה של הממשלה. לדעת משרד מבקר המדינה, לקראת הדיון על התקציב היה מקום להביא לידיעת הממשלה את דבר השינוי האמור ואת השפעותיו ותוצאותיו. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שהמועד שבו חלה שנת שמיטה ידוע מראש, היה על הרה"ר להיערך מבעוד מועד לטיפול בכל הכרוך בה ולקבוע נהלים ולוחות זמנים לצורך כך, ובכלל זה היה עליה לדון באופן הביצוע של פרויקט השמיטה ולקבל החלטות בנושא. אילו החליטה הרה"ר להתקשר עם חברה פרטית שתטפל עבורה בפרויקט, היה עליה לקבוע מראש לפי אילו קריטריונים תיבחר החברה ולהגדיר את אופן ביצוע הפרויקט, כדי שהיא תוכל להיערך לפרסום מכרז לבחירת החברה, כמתחייב מחוק חובת המכרזים. 2. .החברה מינתה את הרב זאב וייטמן לראש צוות העובדים בפרויקט כאמור, כבר קודם לכן החליטה הרה"ר למנות את הרב וייטמן ליו"ר ועדת השמיטה, ובמצב הדברים האמור הוא נדרש לשמש הגורם המנחה והמפקח בכל הנוגע לפרויקט השמיטה מהבחינה ההלכתית והמינהלתית גם יחד. לדעת משרד מבקר המדינה יש חשש שאיחוד תפקיד יו"ר ועדת שמיטה עם תפקיד רב מנחה עלול לפגוע בפיקוח ובבקרה המינהל תית, וראוי לשקול ביצוע הפרדה בין התפקידים האמורים כל אימת שיוחלט שגוף פרטי יבצע את פרויקט השמיטה, באופן שהפיקוח המינהלתי על עבודתו של הגוף הפרטי יישאר בידי הרה"ר. לדעת משרד מבקר המדינה, בנסיבות אלה אין לדעת על מה התבססה ההחלטה על היקף התקציב לנושא השמיטה, שכאמור גדול פי ארבעה מהסכום שהועמד לשנת השמיטה הקודמת, ואי -אפשר לוודא שהיה באפשרותה של הממשלה לקבל את ההחלטה המקצועית והמיטבית בנושא זה. לדעת משרד מבקר המדינה, על הרבנות הראשית להיערך לשנת השמיטה בפרק הזמן שבין שנות השמיטה, וב כלל זה עליה להכין את התשתית לשנת השמיטה ולגבש פתרונות לסוגיות הלכתיות. סביר להניח שאם הרה"ר תיערך כראוי לשנת השמיטה יהיה אפשר לשלב בתפקידי המחלקה למצוות התלויות בארץ את הטיפול בנושא השמיטה, בין השאר כדי שיהיה אפשר לנצל את הידע והניסיון של עובדי המחלקה ולהשתמש במאגרי המידע המשמשים את המחלקה. הדבר יאפשר לצמצם את עלויות ביצוע הפרויקט בעתיד. כאמור לעיל, במרס 2008 אימצה הכנסת גישה דומה וחוקקה את חוק ועדת שמיטה ממלכתית , התשס"ח - 2008 , וקבעה כי תפקידה של הוועדה הוא לסייע בהיערכות מדינת ישראל לקראת שנת שמיטה.
מאחר שהמבחנים פורסמו רק כשלושה חודשים לאחר תחילת שנת השמיטה, החל המשרד לשירותי דת לעשות ביקורת על נוכחות התלמידים רק בפברואר 2008 , כחמישה חודשים לאחר תחילת שנת השמיטה. בשל כך נאלצה ועדת התמיכות לאשר למוסדות הלימוד תמיכה בדיעבד לשנת 2007 ובלבד שהם הציגו דוחות כספיים ומאזנים לשנת 2007 והוכיחו, בין היתר, שהם קיימו פעילות בשנת 2007 ועמדו בתנאים האחרים המפורטים בנוהל.