משרד החינוך . מערכת לתקצוב המכינות הקדם-אקדמיות ולבקרה עליהן משרד החינוך בחר להפעיל את המערכת עוד בטרם פותחו הממשקים בין המערכת הקודמת למערכת החדשה ובינה לבין מערכות מחשוב אחרות. במצב זה לא יכלו המכינות להעביר את הנתונים והדיווחים הנדרשים מהן לצורך קביעת זכאות תלמידיהן למלגות לימודים ומלגות קיום בלי להידרש להקלדה כפולה. מהמתואר לעיל עולה כי נמצאו כשלים בפיתוח הממשקים בין המערכת הישנה למערכת החדשה כפי שנקבעו במכרז. המערכת החדשה הופעלה עוד לפני שפותחו ממשקים שהוגדרו במכרז כממשקי חובה ב מערכת הבסיסית, ולכן המכינות נדרשו לממן בעצמן ובעלות ניכרת את המשך הפעלת המערכת הקודמת לפרק זמן של ארבעה חודשים. גם לאחר פרק הזמן האמור, לאחר שהתברר כי פיתוח הממשקים טרם הושלם, החליט משרד החינוך להתחיל בהפעלת המערכת החדשה, ולכן נאלצו המכינות להקצות זמן, כוח אדם ותקציב לצורך הקלדה כפולה של נתונים והכנת קובצי אקסל לצורך דיווח למשרד החינוך ולקרן. במועד סיום הביקורת, יותר משנה לאחר הפעלת המערכת החדשה, ואף שהועברו הודעות ועדכונים על כך שפיתוח הממשקים עומד להסתיים, טרם הושלם פיתוחם של כמה מהממשקים, ולא נקבע מועד להשלמתם, אף שהייתה זו אחת הדרישות בתכולת המכרז. .עולה אפוא כי אף שבמכרז נקבע שיעמדו בפני המכינות שתי חלופות - להשתמש ישירות במערכת החדשה או להשתמש במערכות אחרות ולהפעיל ממשקים בינן לבין המערכת החדשה - הרי שמ"מ מנהל האגף החליטה שלא לפתח ממשקים עם מערכות אחרות ושכל המכינות יחויבו להשתמש ישירות במערכת החדשה. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך כי ביצוע שו"שים בעלות כספית ניכרת בהיקף של כ -37% מסך התשלומים ששולמו לספק בעד פיתוח המערכת ובהיקף שעות גדול פי שלושה מהיקף השעות שהוקצו במכרז לביצוע שו"שים, יש בו כדי להעי ד שהאפיון של המערכת לקה בחסר. עניין זה הוא תוצאה, בין היתר, של אי -שיתופם של כלל מומחי היישום באפיון המערכת. יוצא אפוא כי משרד החינוך וות"ת אינם מתבססים על נתוני המערכת החדשה לצורך תשלום שכר הלימוד למכינות אלא על דוח תשלומים שמפיקה מינהלת הפרויקט ידנית, שאינו כולל פירוט של רשימת התלמידים שבגינם נדרש התשלום. זאת ועוד, המצב שב ו מינהלת הפרויקט מפיקה את חשבוניות שכר הלימוד של המכינות ובד בבד גם עורכת בקרה על הנתונים אינו תקין. לדעת משרד מבקר המדינה, העובדה שקובצי דרישות התשלום למשרד החינוך ולוות"ת אינם מופקים באופן ממוחשב על בסיס נתוני התלמידים במערכת אלא באופן ידני מלמדת שיש בה ליקוי של ממש, שכן היא נועדה לשמש נדבך מרכזי בתחום התקצוב והבקרה. יתר על כן, דרך עבודה זו פותחת פתח לטעויות בחישוב. במצב זה משרד החינוך וות"ת אינם עושים שימוש מועיל במערכת החדשה במטרה לממש בקרה מיטבית על פעולות המכינות. עולה אפוא כי המכינות נדרשות להעביר דיווחים חודשיים בדבר נוכחות ונשירה של תלמידים לגורמים המממנים - הקרן, משרד החינוך וות"ת (באמצעות מינהלת הפרויקט) - בפקס או בדוא"ל, ולא באמצעות המערכת החדשה, אף שנתונים ודוחות אלה הם בגדר מידע יסודי לצורך בקרה, ומצופה היה כי העברתו תיעשה באמצעות המערכת. עולה אפוא כי למרות הודעות חוזרות ונשנות ממשרד החינוך שניתנו מחודש אפריל ואילך בדבר היכולת לשלוח נתונים באמצעות ממשקים אל המערכת החדשה וממנה, ולמרות עדכונים דומים שנמסרו למנכ"ל משרד החינוך דאז בנושא זה, לרבות הדיווח של מנהלת מינהל התקשוב מספטמבר 2011 , הרי שבאוקטובר 2011 נאמר לוועדת המכרזים מפורשות שפיתוח הממשקים טרם הושלם ושיש לאשר התקשרות עם חברה א ' כדי למנוע עיכוב של מלגות לימודים ומלגות קיום לתלמידי המכינות. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך שההחלטה לעצור את פיתוח השלב השני של המערכת החדשה, מערכת שהיא נדבך מרכזי בתפעול המינהלי של המכינות ושלהפעלתה יש השפעות כלכליות ניכרות, היא החלטה יסודית וחשובה. משום כך היה מקום כי החלטה כזו תושתת על תהליך בחינה נאות שיכלול דיון מערכתי עם כלל הגורמים הרלוונטיים (משרד הביטחון, ות"ת ונציגי מנ הלי המכינות); ניתוח של ההשפעות הכלכליות, המשפטיות והמינהליות של עצירת הפיתוח על ידי הגורמים המקצועיים במשרד החינוך; הבאת סיכום הדברים לאישור מנכ"ל משרד החינוך, שהחלטה זו נוגדת את החלטתו הקודמת; ולבסוף תיעוד ההחלטה בצירוף הנימוקים שהובילו לקבלתה.
נמצא שלא הוקמה ועדת היגוי לפרויקט, והובלתו נותרה בידי משרד החינוך בלי שהגורמים האחרים שיש להם זיקה למערכת - הקרן, ות"ת ונציגות מנהלי המכינות - היו שותפים לפיתוח המערכת ולליבון הקשיים והבעיות שעלו בעניינה, כפי שיפורט להלן. לדעת משרד מבקר המדינה היה מקום להקים ועדת היגוי שתכלול את נציגי המשתמשים: נציג הקרן, נציג ות"ת ונציגּות של המכינות; שיתוף זה דרוש במיוחד נוכח הכוונה להעביר את המערכת ממשרד החינוך לגורם אחר.