משרד הבריאות . המרכז הרפואי הדסה - היבטים בניהול ובהסכם ההבראה, ופיקוח המדינה על בתי חולים ציבוריים בביקורת עלה שהסדר זה לא הופסק במסגרת הסכם ההבראה, דבר שמשמעותו הוצאות שכר מוגדלות, כמפורט להלן: נוכח אי-העמידה ביעדים שנקבעו בהסכם ההבראה בנוגע להכנסות משר"פ, על ועדת השלושה לבדוק ולנתח את הסיבות לכך, ועל בסיס תוצאות הניתוח עליה לבחון האם יש לעדכן את תחזית הכנסות בית החולים משר"פ לשנת 2016 והלאה ולקבוע מה הן הפעולות שיש לנקוט על מנת לעמוד הן ביעדים שנקבעו לתקבולים מהשר"פ והן ביעדי התקציב שנקבעו בהסכם ההבראה. משרד מבקר המדינה מעיר להנהלת הדסה כי היא לא עמדה בלוח הזמנים שנקבע לה לסיום תמחור ההליכים הרפואיים המבוצעים בבית החולים וכי עליה לסיימם בדחיפות, משום שאם לא תעשה כן היא עלולה להעמיק את הגירעון הכספי שלה הנובע מפעילויות שר"פ גירעוניות. בהתאם לתוצאות שיתקבלו עליה לקבוע את מדיניותה בנוגע למאפיינים הכלכליים של ניתוחים שתאפשר לבצע במסגרת השר"פ, וזאת מתוך הנחה שאין לתת שר"פ במתכונת שתסב לבית החולים הפסד כלכלי, שמשמעו בהכרח גירעון שיושת על הפעילות הציבורית של בית החולים. המרכז הרפואי הדסה הוא גוף בעל מאפיינים ציבוריים, שייעודו אספקת שירותי בריאות לציבור הרחב. על כן עליו לנהוג על פי עקרונות היסוד החלים על גופים כאלו, ובהם עקרון היסוד שעלי ו מושתת ביטוח הבריאות הממלכתי: שוויון בנגישות הטיפול רפואי. בפועל, הנהלת הדסה אפשרה לרופאים לנצל את עבודתם במרכז רפואי ציבורי על מנת לבצע ניתוחי שר"פ, לעתים כמעט במלוא היקף עבודתם כמנתחים, וכמעט שלא לנתח חולים במסגרת ציבורית בבית החולים; לאחרים היא אפשרה זאת בהיקף שעולה על מחצית מפעולת ם כמנתחים. ביצוע ניתוחים כמעט רק במסגרת השר"פ פוגע בעקרון השוויון . אי-הגבלת השר"פ למעשה מעודדת את הרופאים להעדיף את הרפואה הפרטית הרווחית על חשבון הרפואה הציבורית. הפעלת השר"פ בכלל, ובשעות הבוקר בפרט, נעשית באמצעות משאבי כוח אדם, ציוד ותשתיות עבור רפואה פרטית בתשלום על חשבון הרפואה הציבורית, ותוך דחיקת מי שאין ידו משגת לקבל שירותים רפואיים בבחירה ובמועד המוקדם הרצוי. על פי מחקר של מכון ברוקדייל מ - 2006 בנושא שר"פ בבתי חולים בירושלים יש גם חשש לביצוע ניתוחים פשוטים על ידי רופאים מומחים בכירים שזמנם יקר. המחקר הצביע על כך שרק 10% מניתוחי השר"פ הם בדרגת המורכבות הגבוהה ביותר40 . אחד הגורמים לבעיות הניהוליות בהדסה הוא הפעלת השר"פ בהיקף רחב ולא מבוקר בשעות הבוקר. חרף היעדים שנקבעו בהסכם ההבראה, לא הצליחה הדסה להתמודד באופן הראוי עם הצורך לצמצם את שיעור השר"פ בשעות הבוקר, והוא נשאר גבוה באופן חריג. משרד מבקר המדינה מדגיש לפני הדסה ומשרד הבריאות כי ניתוחי שר"פ אמורים להתקיים בשעות הבוקר במקרים חריגים בלבד, ובתנאי שהדבר נעשה משיקולים רפואיים. משמרות שעות הבוקר כוללות משאבי כוח אדם ומשאבי תשתית המוקצים לשירות לציבור כו לו; הסטתם לטובת שר"פ, כלומר עבור קבוצת אוכלוסייה בעלת יכולת כלכלית גבוהה יותר, היא למעשה הפליה פסולה. על הנהלת הדסה לפעול במרץ ובנחישות לצמצום ניכר של ניתוחי השר"פ בשעות הבוקר. התמונה שמתקבלת על הנעשה בהדסה מבחינת הסכמי שכר טעונה תהליך שורשי של תיקון והתייעלות שצריכה להוביל הנהלת הדסה. הדסה התחייבה לנקוט מכלול של פעולות שאמורות להביאה להבראה, ובתמורה לכך תקבל סיוע תקציבי גדול מהמדינה; מצופה ממנה שתפעל בנחישות על מנת ליישם את התחייבויותי ה. על הממונה על השכר במשרד האוצר לפעול מעתה ואילך על מנת ליצור גבולות, לקבוע כללים ולטפל בהסכמי השכר, בהתאם להוראות הדין, כך שישולם לעובדים שכר הוגן וראוי, אך שאינו עלול להשיב את הדסה אל עברי פי פחת. על הנהלת הדסה, משרד הבריאות ומשרד האוצר לנהל עם העובדים משא ומת ן שיביא לעדכון הסכמי העבודה, במטרה שתנאי העבודה והשכר יהיו כמקובל במערכת הבריאות הציבורית.
במחצית הראשונה של שנת 2012 ;התחילו מחלקות לעבור מהבניין הישן למגדל אולם עד מועד סיום הביקורת, אוגוסט 2015 ,עברו רק 11 מ-21 היחידות המיועדות לעבור. על פי נתוני הדסה, עד סוף ינואר 2016 צפויות לעבור ארבע מחלקות נוספות, ולמעבר שש המחלקות הנותרות עדיין אין תאריך יעד. הואיל והמעבר נעשה בהדרגה, שני הבניינים מופעלים בעת ובעונה אחת, אם כי באופן חלקי.