משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . הכנה וביצוע של התקציב להשגת מטרות המשרד - משרד התחבורה והבטיחות בדרכים שינויים ניכרים בתקציב ההרשאה להתחייב הם למעשה בבחינת שינוי בסדרי העדיפויות שאושרו בחוק התקציב השנתי. הם עלולים להעיד על ליקויים בשיטת התקצוב, על תכנון לקוי של פעולות המשרד וחברות התשתית או על היערכות לא מספקת לקראת ביצוע הפעולות על ידי חברות התשתית. לדעת משרד מבקר המדינה, דוגמאות אלה ממחישות כמה חשוב שמשרדי האוצר והתחבורה יבדקו את תהליכי התכנון והתקצוב. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה ולאג"ת כי אמור להיות קשר הדוק בין תהליכי התכנון והתקצוב, וכי התקצוב צריך להתבצע בהתאם לתכנון הפעולות של המשרדים, תוך התחשבות במגבלות התקציב הכללי. אם אכן המידע על התכנון אינו מוטמע בשיטת התקצוב בפועל, אזי יש לראות זאת בחומרה. סך הפער בין הביצוע לבין תקציב המאושר תחום פעילות התקנות עם הפערים הגדולים ביותר* דוגמה זו ממחישה גם את היעדר האחידות בדברי ההסבר שמוגשים לכנסת בצירוף להצעת תקציב המדינה, וכן את המחסור בפירוט לגבי פרויקטים רבים, ובהם פרויקטים גדולים. משרד מבקר המדינה מעיר לאג"ת ולמשרד התחבורה כי הוספת סכומי תקציב גדולים של הרשאה להתחייב בסוף השנה מחייבת את גופי הביצוע לחתום בזמן קצר על הסכמים עם ספקים על מנת לנצל את תוספות התקציב, ולכן עלולה לפגוע ביעילות של ניצול התקציב. אי הקצאת תקציבים בשלב מוקדם יותר במהלך השנה אף מסכלת ביצוע פעולות מתוכננות של גופי הביצוע. כפי שהודגם לעיל, פעמיים הוקצו תקציבי הרשאה להתחייב גדולים בסוף שנת התקציב, וה ם לא נוצלו. נוסף על כך, אי -הקצאת תקציב בעוד מועד גורמת לחריגות מהתקציב במהלך השנה, וכאמור יש בכך משום עבירה מינהלית לכל הפחות. 5. מבדיקת תהליך תקצוב תחום הפיתוח של משרד התחבורה עולה כי לאג"ת אין נהלים ומתודולוגיה ברורים בכל הנוגע לתהליך התקצוב של הפרויקטים, בפרט תקצוב ההרשאה להתחייב. למשל, לעתים תוקצבה הרשאה להתחייב מראש עבור כל הפרויקט, ולעומת זאת בפרויקטים אחרים ההרשאה להתחייב תוקצבה בכמה שלבים. יש לעגן בנהלים גם את רמת הפירוט של דברי ההסבר הנלווים להצעת התקציב, בין היתר של תקציב ההרשאה להתחייב. לצד הרצון להבטיח גמישות בנוגע להרשאה להתחייב, בהיותה מאופיינת בהתמודדות עם תנאי חוסר ודאות ונסיבות משתנות, חשוב למנוע דרכים עוקפות הליכי אישור תקציבי המבוססים על תכנון, פיקוח , בקרה ושקיפות כלפי הכנסת וועדותיה וכלפי הציבור. משרד מבקר המדינה מעיר כי הצורך להפעיל את מנגנון ועדת החריגים באופן תדיר ולתקופות ארוכות עד לאישור התקציב השנתי, מטיל אחריות על הוועדה לאשר התחייבויות והוצאות כספיות בהיקפים גדולים לפני אישור חוק התקציב בכנסת. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח המצב הקיים, על הממשלה בכלל ומשרד האוצר בפרט להידרש לסוגיה זו ולשקול חלופות או תוספות למנגנון הקיים. משרד מבקר המדינה מעיר כי חוסר הדיוק ברישום ההתחייבויות ואי- רישום פריסת המזומנים בגינן ידועים לכל הגורמים הנוגעים בדבר זה שנים. על אגף החשכ"ל ליזום מהלך לטיוב הרישום של ההתחייבויות של משרד התחבורה ושל כלל משרדי הממשלה, באופן שהוא ישקף נכונה את המציאות. הדבר מקבל משנה חשיבות לנוכח יישום מנגנון ה"נומרטור" והיקף ההתחייבויות העצום של משרד התחבורה. בכל אחת מהשנים 2013 ו-2014 תקנות נוהלו בחריגה מתקציב ההרשאה להתחייב, לעתים בסכומים גדולים מאוד, דבר שהוא כאמור בגדר עבירה מינהלית. בחלק מהמקרים התקיימה חריגה גם ברמת התכנית, ולכן מדובר אף בחריגה מחוק התקציב השנתי. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על חשב משרד התחבורה דאז להתריע על החריגות האמורות ולמנוע אותן. .משרד התחבורה אינו יכול לתת התחייבויות כנגד תקציב הרשום בתקנות רזרבה, אלא רק כנגד תקציב הרשום בתקנות ייעודיות, ואכן - בתקנות הרזרבה לא רשומות התחייבויות. לכן העברת עודפים בתקנות רזרבה אינה מתיישבת עם מדיניותו של משרד האוצר להעביר בעיקר עודפים מחויבים. לדעת משרד מבקר המדינה, לנוכח חשיבותם הרבה והיקפם הגדול של תחומי אחריותו של האגף לתכנון תחבורתי, על הנהלת משרד התחבורה לבחון אם נכון שהאגף לתכנון תחבורתי ימשיך להיות כפוף לרשות הארצית לתח "צ, לנוכח העובדה שאינו אחראי רק לתחבורה הציבורית אלא גם למערכות אחרות בתחום התחבורה. כמו כן על הנהלת המשרד ליישם את תכנית העבודה המוזכרת בנוגע לאיוש האגף.
מהמתואר לעיל עולה כי משנת 1998 , מועד אישורה שלתכנית האב הקודמת ועד שנת 2008 , מועד הכנת תכנית האב הארצית לתחבורה יבשתית, לא חלה התקדמות ממשית ב טיפול של משרד התחבורה ב כשלים בתחבורה בארץ , שהעיקרי בהם הוא הפיגור בפיתוח התח"צ והשימוש המועט בשירותיה. עקב כך פחת שיעור הנוסעים באוטובוסים יחסית לכלל האוכלוסייה וגדל היקף השימוש ברכב פרטי. יוצאי דופן בעניין זה היו פיתוח מואץ של הרכבות הכבדות, שהביא להגדלת מספר הנוסעים בהן, והקמת הרכבת הקלה בירושלים. כמו כן גם לאחר פרסום תכנית האב הארצית משנת 2008 לא הוכנו תכניות אופרט יביות מפורטות ליישום ההמלצות, שבמסגרתן ייקבעו סדרי העדיפויות, לוח הזמנים לביצוען והגוף האחראי לכל תחום.