משרד החקלאות ופיתוח הכפר . התמודדות משרד החקלאות עם התפרצות מחלת _שפעת העופות_ משרד מבקר המדינה מציין כי יש להשלים בהקדם את מיפוי כל הלולים, בכלל זה הלולים באזורים העירוניים. יש גם לעשות מבצע מיוחד לאיתור ולמיפוי של כל הלולים במגזר הערבי, שיש בו לא מעט לולים אבל אין לגביהם מידע מדויק. משרד מבקר המדינה מדגיש כי הטיפול האיטי בפינוי הלולים, בניקויים ובחיטויים מקשה על התמודדות יעילה עם המגיפה ועל הדברתה, והדבר עלול להיות מסוכן בייחוד אם המגיפה תפרוץ בעתיד בכמה מוקדים. יש מקום שמשרד החקלאות והיועץ המשפטי לממשלה יבדקו יחד אם אפשר לאצול לשירותים הווטרינריים את הסמכות האמורה, בשעת חירום בלבד, באמצעות חקיקה מהירה והפעלת צווי חירום. . משרד מבקר המדינה מדגיש כי לו היו השירותים הווטרינריים מקבלים מהמשחטות בכל יום נתונים שוטפים על שיעורי הפסילה מסיבות ווטר ינריות, ייתכן שהיו מבצעים בלהקה בעוד מועד בדיקות לאיתור המגיפה. לכן ראוי שהשירותים הווטרינריים יאמצו לאלתר את ההמלצה. בסוף יוני 2006 טרם הושלם עדכון הנהלים ועד סוף נובמבראותה שנה טרם בוצע תרגיל מחוזי במחוז הגליל. משרד החקלאות הודיע כי עדכון הנהלים הסתיים בספטמבר 2006 , אולם טרם הוכן עותק להפצה. עוד הודיע המשרד כי בספטמבר 2006 .בוצע תרגיל טקטי במחוז העמקים של משרד החקלאות את התרגיל במחוז העמקים יזם מנהל המחוז, ומטרתו הייתה לתרגל את פעילות המחוז כדי להיערך להתפרצות נוספת של שפעת העופות. בעת שבוצע התרגיל התעוררו כמה בעיות אשר על פי סיכום של מנהל מחוז העמקים מאוקטובר 2006 הן בעיקר: מחסור בציוד מיגון וכן צורך להקים מחסן מחוזי שיכלול את הציוד הדרוש לשעת חירום, לרבות מזון לעובדים שיטפלו במיגור המגיפה; הצורך להתאים את הטיפול במגזר הערבי לצרכיו הייחודיים של המגזר והצורך להכין .1. לשם הכנת עתודה מקצועית לטיפול בהתפרצות המגיפה נדרשת היערכות לקראת כמה אפשרויות: המגיפה עשויה לפרוץ במוקד אחד, בכמה מוקדים או במוקדים רבים בה בעת. לפי אופן התפרצותה של המגיפה במדינות שנדבקו במגיפה בשנים עברו, אפשר ללמוד כי מרבית ההתפרצויות הן רב -מוקדיות. בהולנד פרצה המגיפה בפברואר 2003 ב-20 מוקדים; בדרום קוריאה היא פרצה בדצמבר 2003 ב-17 מוקדים; ובקנדה היא פרצה בפברואר 2004 והתפשטה ל -42 .מוקדים לעומת זאת, בישראל, השירותים הווטרינריים הכינו עתודה מקצועית לטיפול בהתפרצות חד-מוקדית של המגיפה, אך התפרצות המגיפה במרס 2006 הייתה רב- מוקדית. מכאן שהשירותים הווטרינריים לא היו ערים דיים להתרעות בעניין המגיפה שהתקבלו מרחבי העולם. אף שהת קבלו מרחבי העולם התרעות על המגיפה, ואף שכשנתיים לפני פרוץ המגיפה החלו משרדי הממשלה להיערך להתמודדות עימה, בעת התפרצותה לא היו .השירותים הווטרינריים ערוכים מבחינה לוגיסטית לטיפול בהתפרצות רב-מוקדית של המגיפה. למשל, הם לא הכינו די צוותים כדי לטפל בבעיה. לאחר שפרץ הגל הראשון של המגיפה בארבעה יישובים עמדו לרשות השירותים הווטרינריים רק עשרה מפקחים. יש לציין שמנהל השירותים הווטרינריים ידע בעוד מועד שמן הראוי להיערך להתפרצות רב-מוקדית של המגיפה - בפברואר 2006 ,זמן קצר לפני התפרצות המגיפה, הודיע לו "רופא וטרינר ראשי למחלות עופות" במכתב שכתב לו כי אין די במספר העובדים העומדים לרשותו כדי לטפל בהתפרצות רב-מוקדית, ולפיכך "אם ההתפרצות תאובחן ביותר ממוקד אחד, לא תהיה אפשרות לבצע את המטלות במתכונת הנוכחית במהירות וביעילות". יוצא אפוא כי המתת העופות נעשתה שלא לפי הנהלים שקבעו השירותים הווטרינריים, שכן הייתה חריגה מלוח הזמנים שנקבע בנהלים. זאת ועוד, שיטת ההמתה שקבעו השירותים הווטרינריים לא הייתה יעילה.
אף ששיטות ההמתה והכילוי הן סוגיות רבות חשיבות ויש לטפל בהן בדחיפות, עד מועד התפרצות המגיפה לא הסתיימה הבדיקה של "צוות המשימות" בעניינן. עד מועד סיום הביקורת לא נקבע כי שיטת ההמתה והכילוי במתקני השריפה היא השיטה היעילה ביותר, בעיקר בגלל העלות הגבוהה של המתקנים, אולם, לא נמצא כי היא נבחנה מול החלופות הרלוונטיות, בשקיפות תוך השוואה בין העלות לתועלת בין לטווח קצר ובין לטווח ארוך.