מערכת הביטחון . היבטים בפעילות המשטרה הצבאית החוקרת משרד מבקר המדינה מעיר למפקדי בסיסי מצ"ח כי בהיעדר פיקוח ובקרה מספקים על פעילות המודיעין בבסיסיהם, הם אינם יכולים להבטיח כי תפוקות המודיעין בבסיסים עונות על הנדרש. על אף העיסוק השוטף, רמת הקשב הגבוהה והפעולות שעשתה מִפקדת מצ"ח לגשר על הפערים בתחום המודיעין, הנושא עדיין לא בא על פתרונו. אי לכך על מפקד מצ"ח לפעול לשיפור הפיקוח והבקרה בבסיסי מצ"ח על פעולת המודיעין. בד בבד עליו לבחון את אפקטיביות הפעולות שנעשו לצורך קידום מערך המודיעין ולהציג את מסקנותיו לקמצ"ר ולראש אכ"א. נוכח חשיבותו של מערך זה והצורך לשמר את רמתו המקצועית, על הקמצ"ר ועל ראש אכ"א לבחון את צורכי מערך המודיעין של מצ"ח ואת מסקנותיו של מפקד מצ"ח בנושא, ובהתאם לבחינה זו, לפעול על מנת לוודא כי מערך המודיעין במצ"ח מקצועי ויעיל. . ביצוע חקירות כלכליות אפקטיביות על ידי מצ"ח הכרחי לצה"ל לצורך שמירה על המשאבים החומריים החשובים והרבים שברשותו. בביקורת עלה כי מאז השינוי הארגוני שנעשה במצ"ח, שבו קוצצו תקני היאח"ה והיא הוכפפה ליחידת שח"ק, חלה ירידה מהותית במספר תיקי חקירות ההונאה שטופלו ביחידה וחקירות ההונאה היזומות צומצמו בתקופת הביקורת עד כדי אי-ביצוען. כמו כן, לא בוצעו במצ"ח הכשרות מקצועיות ייעודיות לחוקרים ולאנשי המודיעין בתחום חקירות ההונאה, והמענה המודיעיני בתחום ההונאה לוקה בחסר. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי במצב דברים זה היאח"ה מתקשה לעמוד במשימותיה. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי מצב זה עלול לפגוע הן ביכולת האכיפה של עבירות הונאה בצה"ל והן בהרתעת עבריינים פוטנציאליים מביצוען. מאחר שרכזי המודיעין במצ"ח הם במקרים רבים חיילים בשירות חובה, נדרשים תהליכי חפיפה סדורים ופיקוח הדוק על פעילותם, על מנת לוודא כי היא מבוצעת במקצועיות ותוך עמידה בהנחיות. בביקורת עלו ליקויים בתהליכי החניכה של רכזי המודיעין ובפיקוח ובבקרה של המפקדים עליהם. להלן הפרטים: חניכה מקצועית וחפיפה הן תנאי הכרחי לכניסה מוצלחת לתפקיד רכז מודיעין, בעיקר נוכח העובדה כי רכזי המודיעין הם לרוב חיילים בשירות חובה, ללא ניסיון מקצ ועי רלוונטי קודם. משרד מבקר המדינה מעיר למפקדי בסיסי מצ"ח כי אי-יישומה של הנחיית מפקד מצ"ח בנושא חניכת רכזי מודיעין פוגע במקצועיותם ובתוצריהם. כמו כן משרד מבקר המדינה מעיר למפקד מצ"ח על כך שלא וידא שהנחיותיו מיושמות. בביקורת נמצא כי לא היה מתאם בין האינדיקציות הפתוחות במתח"ם לבין האינדיקציות הפתוחות במערכת עמי"ת. להלן הפרטים: על אף החשיבות שמייחסת מפקדת מצ"ח לנושא, בביקורת עלה כי איסוף המידע בנושא נשק ואמל"ח אינו עומד בהישג הנדרש על פי התבחינים שקבעה מצ"ח, וכי בסיסי מצ"ח לא עמדו ביעד של איסוף אפקטיבי ביחידות שבהן קיימים מצבורי נשק ואמל"ח. תקנות המרשם הפלילי פורסמו ב - 7.2.86 ונקבע בהן כי "תחילתן של תקנות אלה חמישה עשר ימים מיום פרסומן ותקפן לשנה מיום תחילתן". בביקורת נמצא כי תוקפן של תקנות אלו לא הוארך מאז. מכאן, שהדיווח על הרשעות בבתי דין צבאיים מתבצע על פי תקנות שאינן בתוקף. בביקורת עלו מקרים שבהם לא הייתה הקפדה על הזנת פרטים מלאים ליומני החקירות במתח"ם כנדרש בהנחיית מפקד מצ"ח. להלן הפרטים: הזנת נתונים לצורך קיום מסד נתונים חשובה לצורך שמירת הזיכרון הארגוני, תיעוד תהליכים וביצוע פיקוח ובקרה על התהליך בכללותו. משרד מבקר המדינה מעיר למפקד מצ"ח כי על אף ממצאי בקרת עח"ם ההנחיות בנושא אינן מקוימות במלואן וכי עליו לפעול כדי שהוראותיו בנושא זה ימולאו כנדרש. ממסמכי מצ"ח עלה כי טיפול חוקרי מצ"ח בזירות עבירה בוצע לעיתים בחוסר מקצועיות, וכי הציוד המוקצה להם לשם כך היה במצב תחזוקתי ירוד, כמפורט להלן: .משרד מבקר המדינה מעיר למצ"ח כי הסתמכות על משטרת ישראל בנושא תיע וד זירות עבירה אינה מבטלת את חובתם של חוקרי מצ"ח לעמוד באמות המידה המקצועיות שנקבעו בהנחיות מפקד מצ"ח. זאת, לשם שימור היכולות המקצועיות בקרב חוקרי היחידה לטפל בזירות עבירה. על מפקד מצ"ח להמשיך ליזום פעולות לצמצום הפער המקצועי בנושא ולוודא את יישומן. . טיפול בזירות עבירה וטיפול במוצגים הם פעולות המשמשות אבני יסוד של החקירה הפלילית, וככאלה עליהן להתבצע בדייקנות, במקצועיות ובאופן סדור על פי ההנחיות המקצועיות. מלבד הפעולות הללו, הזנה מלאה של נתונים ליומן החקירות במתח"ם נדרשת לצורך קיום מסד נתונים המשקף את ת מונת המצב הכוללת והשלמה. בבקרות פנימיות שבוצעו ביחידה עלו ליקויים בתחומים אלה. על מפקד מצ"ח לקדם את עבודת המטה בנושא איחוד נוהלי העבודה המקצועיים וההנחיות של היחידה ועל בסיסו ליצור קובץ אחוד ונגיש כדי שחוקרי מצ"ח יוכלו להתעדכן במידע מקצועי אמין וזמין כל העת. .משרד מבקר המדינה מעיר למפקד מצ" ח כי על אף הפיקוח המתקיים ביחידה, אין הקפדה מלאה ומספקת על קיום הנהלים וההוראות על ידי חוקרי מצ"ח, בדגש על טיפול במוצגים ובזירות עבירה. פיקוח הדוק נועד להבטיח קיום חקירות מקצועיות ואיכותיות. דבר זה הוא בעל חשיבות עליונה למילוי ייעודה של מצ"ח, שהיא גוף חקירתי שמטרתו להגיע לחקר האמת ולהציג ראיות שיאפשרו העמדה לדין. על מפקד מצ"ח לוודא שהלקחים מהבקרות הפנימיות שנעשו ביחידה מוטמעים. .מצ"ח מתבססת בחקירותיה גם על שירותים שמספקים לה גורמים חיצוניים. בביקורת נמצא כי לעיתים חקירות מצ"ח מתעכבות בשל עיכובים בקבלת אותם שירותים, כמפורט להלן: 1. בביקורת עלה כי צה"ל טרם הסדיר תקן לבודק נשק בעל כישורים מתאימים במעבדת הנשק במז"פ למרות הצורך בהימצאות בודק כזה מטעם מצ"ח. יצוין, כי החיילת המוצבת במעבדה הוצבה בה ללא תקן. .קציני מצ"ח ציינו לפני צוות הביקורת מקרים שבהם בעלי תפקידים ביחידות שבהן בוצעו חקירות מצ"ח פעלו על מנת להצר את צעדיהם של חוקרי מצ"ח ופגמו בחקירות. בביקורת וממסמכי מצ"ח עלה כי בסיסי מצ"ח לא עמדו ביעדי האיסוף המודיעיני שנקבעו ביחידה בנושא נשק ואמל"ח, דוגמת גניבות אמל"ח, בכל הנוגע לכמות האיסוף ולאיכותו. גניבות נשק ואמל"ח הוא נושא הליבה המרכזי של מודיעין מצ"ח. על מצ"ח להמשיך ולחתור לעמידה ביעדי האיסוף המודיעיני בנושא זה, תוך קידום הקמת יחידה משותפת למצ"ח ולמשטרת ישראל שתעסוק בנושא זה. זאת על מנת לשפר את תמונת המודיעין בנושא גניבת נשק ואמל"ח מצה"ל וממילא להביא לשיפור האכיפה. בביקורת עלו פערים במקצועיותם של מערכי המודיעין בבסיסים בהפעלת מקורות, בעמידה בהנחיות המקצועיות ובאיכות הידיעות המופקות על ידם. חששם של חוקרי מצ"ח מפגיעה אישית עקב חקירת קצינים בכירים עלול להביא לפגיעה באובייקטיביות החקירה ובאפקטיביות שלה ואף לפגיעה בעקרון היעדר משוא פנים. . מצ"ח היא יחידה צבאית הכפופה במדרג הסמכויות לראש אכ"א. מפקד מצ"ח מתמנה על ידי הרמטכ"ל בדיון שיבוצים, והיחידה נתמכת ותלויה בגורמים צבאיים אחרים דוגמת אט"ל לצורך קבלת משאבים. גורמים בצה"ל עלולים אפוא לנצל לרעה את השפעתם בהליכי הקידום והמינוי של קציני מצ"ח או את סמכויותיהם בתחום הקצאת המשאבים ליחידה, כדי לנסות להשפיע על פעילות מצ"ח בשל ביצוע חקירות ואף במהלכן. בשל מיקומה הארגוני של מצ"ח, בשל מנגנוני המינוי של קציניה וקידומם ובשל אופן הקצאת המשאבים שהיא מקבלת קיים סיכון שגורמים בצה"ל ינסו להשפיע באופן שלילי על פעילות מצ"ח ועל יכולותיה למלא את ייעודה. מצב זה עלול להביא לכך שבמקרים מסוימים, חוקרי היחידה יפעלו תחת מורא פיקודי או ארגוני. בכך עלולים להיפגע עקרון אי-תלותה של מצ"ח ויתר העקרונות המבטיחים קיום של חקירה אפקטיבית. קציני מצ"ח אף ציינו לפני צוות הביקורת מקרים שבהם בעלי תפקידים ביחידות שבהן בוצעו חקירות מצ"ח פעלו על מנת להצר את צעדיהם של חוקרי מצ"ח ופגמו בחקירות והביעו חשש כי להשתתפותם בחקירות רגישות, לרבות חקירות של קצינים בכירים, עלולה להיות השפעה שלילית על קידומם. בביקורת עלה כי במערכת מתרחשות תקלות חוזרות ונשנות, בהן מחיקת ידיעות ואובדן נתונים; פליטה מהמערכת תוך כדי שימוש; חוסר אמינות באחזור נתונים; תקלות בהזנת נתונים; תקלות בצפייה בקבצים ומסמכים מצורפים; נעילת רשומות; כשלים בהרשאות, וחוסר סנכרון עם מערכות אכ"א. בשל ריבוי התקלות המערכת אינה מהווה מסד נתונים אמין. . תכלית מערך המודיעין של מצ"ח היא לספק נתונים המרכיבים תמונת מודיעין מלאה וכוללת. תמונה זו צריכה לאפשר תכנון וביצוע של פעולות שיבטיחו את יכולת היחידה לשמש גוף חקירות מקצועי ואפקטיבי בצה"ל. גוף אכיפה שחסר את היכולת המודיעינית הנדרשת מוגבל בפעילותו וביעילותו. בביקורת נמצא כי הפעלת מערך המודיעין, לרבות פעילות החניכה והפיקוח, לוקה בחסר. כפי שעלה מדוחות הבקרה הפנימיים של מצ"ח, איסוף המודיעין במצ"ח אינו ממוקד דיו בנושא גניבות נשק ואמל"ח. בביקורת נמצא כי בשל מיקומה הארגוני של מצ"ח, בשל מנגנוני מינוי קציניה וקידומם ובשל אופן הקצאת משאביה קיים סיכון שגורמים בצה"ל ינסו להשפיע באופן שלילי על פעילות מצ"ח ועל יכולותיה למלא את ייעודה, ובכך עלולים להיפגע עקרון אי -תלותה של מצ"ח ויתר העקרונות המבטיחים קיום של חקירה מקצועית ואפקטיבית. להלן הפרטים: נודעת חשיבות רבה להעמדת מערכת מידע אמינה לרשות מצ"ח בהקדם האפשרי. משכך, על משטרת ישראל לבחון האם ניתן, בכפוף להוראות הדין הרלוונטיות, להנגיש סביבת עבודה מתואמת במערכות המחשב שלה למצ"ח כדי לשפר את איכות החקירות של היחידה ולהביא את הסוגיה לידי פתרון לתועלת שני הגופים. על ראש אכ"א - בשיתוף הגורמים הרלוונטיים בצה"ל ובמשטרת ישראל - להביא לידי מיצוי את כלל האפשרויות לגיבוש פתרון, על מנת להבטיח כי לרשות מצ"ח תעמוד מערכת מידע ייעודית אמינה לצורך ניהול מערך החקירות והמודיעין. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את פעולתה המהירה של מצ"ח לתיקון הליקוי בתחום שיש לו השפעות ניכרות על זכויות הפרט. ממסמכי מצ"ח עולה כי היחידה אינה ממצה את יכולתו של מערך הבילוש, כמפורט להלן: ניכר אומנם כי מִפקדת מצ"ח, בהובלת מפקד מצ"ח, משקיעה מאמצים רבים על מנת לגשר על פערי התקינה והמקצועיות ביאח"ה. אולם בד בבד עם ביצוע הפעולות שפורטו בתגובת צה"ל, על מפקד מצ"ח לקבוע ליאח"ה יעדים בתחום ההונאה שיהיה עליה להשיג הן בפן החקירתי והן בפן המודיעיני, ובהתאם לכך לבחון מה הם המשאבים הנדרשים ליאח"ה לצורך כך, דוגמת היקף כוח האדם והכשרתו. זאת, על מנת שחקירות ההונאה ביאח"ה יהיו אפקטיביות ושיהיה ביכולתה לפעול גם באופן יזום למניעת עבירות הונאה בצה"ל. במסגרת זו יש להמשיך ולבחון דרכים לשיפור המקצועיות של חוקרי היאח"ה ושל מערך המודיעין שלה, לרבות תוך שיתוף פעולה עם גורמי אכיפה דוגמת משטרת ישראל. על ראש אכ"א ועל הקמצ"ר לוודא עם מפקד מצ"ח כי יש בידי היאח"ה הכלים הדרושים למילוי ייעודה כיחידה האמונה על טיפול בעבירות הונאה, בעבירות כלכליות ובעבירות מחשב בצה"ל. מטעמים אלו מיקומה הארגוני של מצ"ח כיחידה צבאית יוצר מרקם עדין הנובע מייעודה של מצ"ח כגוף חקירות עצמאי ובלתי תלוי החוקר את צה"ל - קצינים וחיילים מחד גיסא, ובין כפיפותה למדרג הצבאי הפיקודי מאידך גיסא. על מנת שמצ"ח תוכל לקיים חקירה אפקטיבית כנדרש, חייבים להתקיים העקרונות שצוינו בדוח השני של ועדת טירקל - עצמאות החקירה שבליבה הבטחת אי-תלותה של מצ"ח בגורמים אחרים, היעדר משוא פנים, אפקטיביות ויסודיות ומהירות. על מקמצ"ר, בשיתוף יבד"ץ ומשטרת ישראל, להשלים את מלאכת "יישור הקו" ולוודא כי כל ההרשעות שניתנו בבתי הדין הצבאיים נרשמו במרשם הפלילי. נוסף על כך, על מצ"ח להכין נוהל שיסדיר את קיומם של הליכי בקרה על תהליך ההזנה של נתונים במרשם הפלילי, על מנת למנוע קיומם של פערים דומים בעתיד. לפי הנחיית האינדיקציות, תהליך הרישום של אינדיקציות מצ"ח במתח"ם ובמערכות אכ"א (עמי"ת) אמור להביא לרישום נתונים זהים בשתי המערכות. למרות זאת, נמצאו פערים גדולים בין תמונת האינדיקציות בשתי המערכות. פערים אלה נבעו מכך שהליך סגירת האינדיקציות הוא הליך המשותף לכמה גורמים שאינם מתואמים ביניהם ושמערכות המידע שלהם אינן מסונכרנות. לקיומה של אינדיקציה פתוחה שלא בצדק עלולה להיות השפעה ניכרת על זכויות הפרט, דוגמת עיכוב קידום, מניעת לימודים ומניעת חתימה לשירות קבע. כמו כן, אינדיקציות שאינן מופיעות ברישומים כיאות עלולות להביא לכך שמגבלות שנדרש היה להטיל בעטיין על חיילים לא הוטלו או לא יוטלו. משרד מבקר המדינה מעיר למפקד מצ"ח - שהמעקב אחר עדכון אינדיקציות מצ"ח הוא באחריותו - על שלא ביצע מעקב כנדרש ולא וידא כי הרישום מעודכן במערכות. .משרד מבקר המדינה מעיר לאג"ת ולאכ"א שעל אף החשיבות בהסדרת התקן של בודק נשק במעבדת הנשק במז"פ, ועל אף פעולתה של מצ"ח בנושא, עד מועד סיום הביקורת לא הסדיר צה"ל את התקן האמור ומשרת בודק המעבדה מאוישת ללא תקן. יודגש כי אי -הסדרת התקן הביאה לקושי באיוש התפקיד ולעיכוב בבדיקה או לאי -בדיקה של מוצגי נשק, והדבר הביא לידי פגיעה בעבודת מצ"ח. משכך על אג"ת ועל א כ"א להסדיר בדחיפות ובאופן קבוע את נושא מתן השירות של מעבדת הנשק של משטרת ישראל למצ"ח. בביקורת נמצא כי במשטרת ישראל הנתונים מחברות התקשורת מתקבלים ישירות למערכות המידע של המשטרה, ואילו במצ"ח הנתונים אינם מתקבלים ישירות למערכות המידע שלה, אלא בדרכים אחרות . מפקד יחידת שח"ק מסר לצוות הביקורת כי ניתוח נתוני התקשורת מבוצע במצ"ח באמצעות מחשב " Stand alone ", משום שמערכת המחשוב של מצ"ח אינה מאפשרת לקלוט את המידע. יוצא אפוא כי בשונה ממשטרת ישראל, המקבלת נתוני תקשורת הנוגעים לחקירות שבטיפולה באופן מקוון למערכות המידע שלה בתוך שעות עד ימים ספורים, במצ"ח נתונים אלה אינם מוזנים למערכות המידע שלה באופן מקוון ואינם מסונכרנים עימן, ותהליך קבלתם נמשך לעיתים ימים רבים. תהליך זה של קבלת נתוני התקשורת במצ"ח וניתוחם הוא אפוא תהליך מסורבל, איטי ועלול לגרום לעיכובים בחקירות. .חקירת מקרי מוות של חיילי צה"ל היא חקירה רגישה ובעלת חשיבות רבה הן לצה"ל והן למשפחות השכולות. חוות הדעת הרפואית -משפטית של המרכז לרפואה משפטית חיונית לקביעת סיבת המוות ומועדו וכוללת נתונים נוספים הנדרשים לחקירה, ולכן עיכובים בהעברת חוות הדעת למצ"ח עלולים לפגוע בחקירת מקרי המוות. על אכ"א להשלים את בחינת האפשרות להסדיר תקן צבאי לרופא משפטי במרכז לרפואה משפטית, ועל המרכז לסיים את בחינת האפשרות למנות רפרנט מטעמו שיסייע לקדם את תיקי החקירה של צה"ל. בד בבד עם פעולות אלה, על צה"ל ועל המרכז לרפואה משפטית לבחון במשותף את פרק הזמן הריאלי והמוסכם למתן חוות דעת רפואית-משפטית על ידי המרכז ולהסדיר זאת בנהלים. .על מפקד מצ"ח לוודא כי הצעדים שננקטו לעיל לטובת קיצור תהליך קבלת נתוני תקשורת, אכן מיושמים. אם תהליך קבלת נתוני התקשורת לא יתקצר הלכה למעשה, על קמצ"ר ועל ראש אכ"א לבחון את הדרכים העומדות להם, בכפוף למגבלות החוק, לקידום פתרון טכנולוגי שייעל את העברת המידע מחברות התקשורת למצ"ח. משרד מבקר המדינה בדק את נתוני מצ"ח בעניין קבלת חוות דעת מהמרכז לרפואה משפטית. מהנתונים עולה כי בשנת 2017 העביר המרכז לרפואה משפטית 26 :חוות דעת12 מהן (כ-46% ) ניתנו בתוך60 ;יום5 מהן (כ -19% ) ניתנו בפרק זמן שב ין 60 יום ל -90 יום; ו -9 מהן (כ -35% ) ניתנו בפרק זמן ארוך יותר15 . . בביקורת עלה כי בין צה"ל לבין המרכז לרפואה משפטית קיימת אי-הסכמה לגבי משך הזמן הנדרש להכנת חוות דעת רפואית -משפטית. ב-54% מהמקרים שנבדקו בשנת 2017 המרכז לא עמד בלוחות הזמנים להעברת חוות דעת כזו על פי נוהל הפעילות, והדבר הביא להתמשכות של ממש בחקירות. להלן הפרטים: .מהתרשים עולה כי בשנת 2017 חלה ירידה מהותית במספר תיקי ההונאה שטופלו במצ"ח וביאח"ה ביחס לממוצע התיקים שטופלו בשנים 2010 - 2016 (ירידה של כ-30% במצ"ח ושל כ-67% .)ביאח"ה 2. בביקורת עלה עוד כי בתקופות מסוימות לא הוצב במעבדת הנשק בודק מעבדה מטעם מצ"ח, וכי בשל כך בדיקת מוצגים שנשלחו על ידי היחידה באותן תקופות התעכבה או לא בוצעה כלל. משרד מבקר המדינה בחן את הסיבות לירידה המהותית במספר תיקי ההונאה שטופלו במצ"ח וביאח"ה בשנת 2017 וכן את יכולת היאח"ה למלא את ייעודה - חקירת עבירות הונאה, עבירות כלכליות ועבירות מחשב. להלן הממצאים: החלטת מצ"ח לצמצם את החקירות היזומות בנושאי הונאה הביאה לכך שבפועל, כפי שעלה בביקורת, היאח"ה אינה מבצעת חקירות יזומות בתחום זה. משרד מבקר המדינה מעיר למצ"ח כי אי-ביצוען של חקירות יזומות על ידי היחידה מגביל את פעילותה לפעילות תוצאתית בלבד ומביא לצמצום היקף כ לל חקירותיה בתחום ההונאה, ומשכך היא אינה יכולה לכסות את "כלל תזרימי התקציבים הגבוהים" בצה"ל, מה שאינו תואם את ייעודה של היאח"ה על פי תפיסתה המבצעית. בהנחיית מפקד מצ"ח נקבע כי חקירות הונאה דורשות ידע מקצועי ייחודי. אף על פי כן, בביקורת עלה כי מתחילת 2017 ועד מועד סיום הביקורת לא התקיימה במצ"ח הכשרה מקצועית ייעודית בתחום חקירות ההונאה. .מצ"ח היא יחידה בעלת מאפיינים מקצועיים ייחודיים ששואבת את סמכויותיה מחוק השיפוט הצבאי, התשט"ו-1955. בביקורת עלו, בין היתר, ליקויים בתחומי העיסוק המרכזיים של מצ"ח - החקירות, המודיעין, הבילוש וכן ליקויים בתפקוד מערכות המידע. בחלק מן המקרים נמצא כי הנחיות מפקד מצ"ח לא קוימו כנדרש וכי לא התבצעו תהליכי פיקוח ובקרה באופן מספק. ניכר בביקורת כי מפקדת מצ"ח, בהובלתו של מפקד מצ"ח, עושה מאמצים לפתור את הליקויים, לרבות באמצעות תהליכי בקרה המתקיימים באופן שוטף ביחידה תוך הצבת יעדים וחתירה לשיפור. אולם האחריות לתיקון חלק מהליקויים אינה רק בסמכותו של מפקד מצ"ח ומוטלת גם על קמצ"ר, ראש אכ"א וגורמים נוספים במטה הכללי. הליקויים שעלו בתחום החקירות, בדגש על הקושי של יאח"ה לעמוד במשימותיה; הליקויים ביכולת המקצועית של מערך המודיעין; ליקו יים הנובעים משיתוף הפעולה של מצ"ח עם גורמים חיצוניים; וכן הליקויים בתפקוד מערכת המידע במצ"ח הם מהותיים ונדרשים פיקוח ובקרה של קמצ"ר ושל ראש אכ"א על הטיפול בהם. הגם שתוקנו בחלקם, הליקויים מחייבים המשך טיפול. זאת, על מנת להבטיח שלא ייפגע תפקודה של מצ"ח והיא תוכל לממש את ייעודה. מיקומה הארגוני של מצ"ח כיחידה צבאית יוצר מרקם עדין הנובע מייעודה של מצ"ח כגוף חקירות עצמאי ובלתי תלוי החוקר את הצבא מחד גיסא, וכפיפותה למדרג הצבאי הפיקודי מאידך גיסא. על מנת שמצ"ח תוכל לקיים חקירה אפקטיבית כנדרש, חייבים להתקיים העקרונות שצוינו בדוח השני של ועדת טירקל - עצמאות החקירה, היעדר משוא פנים, אפקטיביות ויסודיות ומהירות. על מנכ"ל משרד הביטחון, בשיתוף סגן הרמטכ"ל, להנחות על ביצוע עבודת מטה מקיפה, בשיתוף גורמים צבאיים וחוץ - צבאיים רלוונטיים, כדי לבחון כיצד ניתן להבטיח את קיומם של עקרונות החקירה שבהם צריכה מצ"ח לעמוד על מנת למלא את ייעודה באופן המיטבי, בין היתר באמצעות צמצום תלותה בקבלת אמצעים מגורמים שונים בצה"ל. בשל היבטים הקשורים לאי-התלות הנדרשת ממצ"ח ובשל רגישות הנושא, יש להביא את מסקנות עבודת המטה שתתבצע לעיונו ואישורו של שר הביטחון. על מנכ"ל משרד הביטחון, בשיתוף סגן הרמטכ"ל, להנחות על ביצוע עבודת מטה מקיפה, בשיתוף גורמים צבאיים וחוץ-צבאיים רלוונטיים, כדי לבחון כיצד ניתן להבטיח את קיומם של עקרונות החקירה המקצועית שבהם צריכה מצ"ח לעמוד כדי למלא את ייעודה ו תפקידיה באופן המיטבי, בין היתר באמצעות צמצום תלותה ככל שניתן. זאת, לרבות באמצעות גידור משאבי מצ"ח והקצאתם באופן נפרד מיחידות צה"ל האחרות, חידוד הנחיות וקביעת הסדרים למניעת ניגוד עניינים ופתרונות ארגוניים נוספים שימנעו, ככל שניתן, השפעות זרות על פעילותה. בשל רגישות פעילותה של מצ"ח ובשל היבטים הקשורים לאי-התלות הנדרשת ממנה, יש להביא את מסקנות עבודת המטה שתתבצע לעיונו ולאישורו של שר הביטחון. משרד מבקר המדינה מעיר למקמצ"ר כי תהליך ההזנה של צווי הביצוע לא היה שלם, וכי נמצאו מקרים שבהם הרשעות של חיילים בבתי הדין הצבאיים לא נרשמו כלל במרשם הפלילי, כיוון שהיו חסרים פרטים באותם צווים. נוסף על כך, משרד מבקר המדינה מעיר ליבד"ץ כי אי-הקפדה על פרטי רישום בצווי ביצוע פגמה ברישומם כנדרש במרשם הפלילי. מערך הבילוש נועד לסייע למצ"ח למלא את ייעודה. משרד מבקר המדינה מעיר למפקד מצ"ח כי מערך הבילוש ביחידה והמשאבים המושקעים בו אינם מנוצלים באופן יעיל. על אף שהדבר עלה עוד בשנת 2016 הנושא לא בא על פתרונו. על מצ"ח לבחון לאלתר את אופן הפעלתם של הבלשים ביחידה ובכך להביא למיצויים כראוי לשם סיוע מבצעי לגורמי החקירות וכדי שיסייע להשגת יעדי היחידה. .בשל השימוש הרב באמצעים דיגיטליים בעבודת החקירות והמודיעין (כגון צילומים, הקלטות, מחקרי תקשורת וכו') ובשל הצורך בקישוריות בין מערכות המחשוב של מצ"ח לבין מערכות אחרות בצה"ל ומחוצה לו, מסד נתונים דיגיטלי אמין הוא הכרחי לעבודת המודיעין והחקירות. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי התבססות מצ"ח על תיקים פיזיים אינה עונה על הצרכים של גוף חקירות ומודיעין בעת הזאת.
בביקורת עלה כי במקמצ"ר וכן במצ"ח לא קיים נוהל המסדיר את הליך הזנת הנתונים למרשם הפלילי.