צבא ההגנה לישראל . היבטים בפעילות ארגון נכי צה_ל וסוגיות בעניין נכי צה_ל בביקורת עלה, כי נוהלי הארגון העוסק ים בהתקשרויות עם ספקים לצורך רכש סחורות או שירותים, אינ ם מתייחסים לפרק הזמן המרבי שבו ניתן להתקשר עם ספק שירותים או ספק סחורה בהתאם לסוגי ההתקשרויות, להיקפן ו למשכן. משרד מבקר המדינה מעיר, כי ראוי ש הארגון ישקול אם לכלול בנהליו הנחיה לקביעת אמות מידה והמשקל היחסי של כל אמת מידה, שישמשו את חברי הוועדות בעת שהם בוחנים את הצעות המחיר לצורך הבחירה בספקים. קביע ה כזו עשויה לסייע לארגון לקיים בחינה הגונה ושוויונית בין ההצעות. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד האוצר, האחראי להבטחת שימוש חסכוני ויעיל בקופה הציבורית, לקבוע ללא דיחוי נוסף הנחיות כתובות בנושא זה, לפרסמן ולדאוג לאכיפתן. מן הראוי, שהנחיות משרד האוצר בנושא זה תיקבענה לאחר בחינה של מכלול התנאים והסייגים הנדרשים למתן תשלום ההטבות, ושל תהליכי הפיקוח והבקרה על כך הן בשירות המדינה והן בגופים ציבוריים אחרים נוספים, וביניהם גופים מתוקצבים. נכון למועד סיום הביקורת, אוגוסט 2013 , לא נמצא, כי הבחינה בנושא הנדון הסתיימה, וכי משרד האוצר פרסם חוות דעת בעניין החזר הוצאות רכב לעובדי מדינה שהם נכים זכאים. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד האוצר כלהלן: היעדר הנחיות ברורות בנושא זה והתשלומים הכפולים לנכים זכאים מקופת המדינה בגין הוצאות רכב או מתן רכב צמוד, הן מצד משרדי ממשלה וגופים מתוקצבים (כמעסיקים) והן מצד אגף השיקום (כגורם משקם) - הם לקויים מיסודם. מצב זה גורם להוצאות כספיות מיותרות וכפולות לאוצר המדינה. הדברים מקבלים משנה חומרה בהתחשב בכך שהמצב האמור ידוע למשרד האוצר זה שש שנים, בלי שנקט פעולה ממשית כדי לתקנו. בביקורת עלה, כי הארגון מנהל פרוטוקולים של ישיבות הוועידה הארצית, אך אינו מציין בהם את רשימת הנוכחים. משרד מבקר המדינה מעיר, כי מן הראוי ש הארגון יציין בפרוטוקול את שמות הנוכחים אשר החוק מחייב את השתתפותם בישיבה, כ דוגמת רואה החשבון של הארגון. בנוסף לכך, ראוי גם שהארגון יצרף לפרוטוקול את רשימת חברי הוועידה הארצית הנוכחים בישיבות, ובכך יציג בפני חברי העמותה מידע אודות פעילותם ואופן מילוי תפקידם של חברי הוועידה הארצית המכהנים בתפקידם כנציגים של חברי העמותה שבחרו בהם. בחלק מהסעיפים בתכניות העבודה של הארגון בשנים 2011 ו- 2012 אכן צוין, כי ביצועם מותנה בתקציב, אך שלושת ה פרויקטים האמורים, שהופיעו בתכניות העבודה של הארגון בשנים 2011 ו- 2012 , נכללו שוב בתכנית העבודה לשנת 2013 .מאחר שלא נמצא להם מקור תקציבי משרד מבקר המדינה מעיר, כי תכנית עבודה שנתית אמורה לשמש כלי ניהולי מרכזי המסייע לארגון להתוות את פעילויותיו על פי המטרות והיעדים לטווח הקצר ולטווח הארוך , והיא אמורה להיות מגובה בתקציבים אשר נדרשים למימושה. קביעת משימות בתכנית העבודה ללא הקצאת תקציב לביצועם, עלולה לגרום לביצוע חסר של תכנית העבודה ולדחיית ביצועם של פרויקטים משנה לשנה, ללא השלמתם. מתשובת הארגון עולה, כי הגודל המינימלי ההכרחי של כל בית לוחם אמור לשמש 1,500 בתי אב. משרד מבקר המדינה מציין אפוא, כי בית הלוחם בבאר שבע נבנה בהיקף הגדול מהגודל המינימלי ההכרחי. בנוסף לכך, בית הלוחם בבאר שבע נבנה בהיקף הגדול משמעותית מזה שתוכנן בשנת 1999 . גם במסמכי הארגון אין תיעוד לצפי שמספר חברי הארגון יגדל לכ- 3,000 ,בתי אב, כפי שנטען בתשובת הארגון כאמור. בביקורת עלה, כי הארגון לא בחן האם יש צורך להגדיל את מספר מרכזי הפעילות של הנכים בפריפריה ואת המשמעויות הנובעות מכך, ולא גיבש תכנית רב-שנתית , שבה נקבעו יעדים למספר החברים שישתתפו בכל אחד מהמרכזים שאיתם התקשר הארגון. כל זאת כדי לשפר את נגישותם של מרכזי הפעילות לציבור גדול יותר של חברי הארגון בכל רחבי הארץ. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח המטרה המבורכת שקבע הארגון להנגשת הפעילויות בתחום השיקום לחברי הארגון המתגוררים בפריפריה, על הארגון לבחון אם יש צורך להגדיל את מספר מרכזי הפעילות של הנכים בפריפריה ו את המשמעויות של נושא זה באמצעות תכנית רב -שנתית. תכנית כזו אמורה לכלול נתונים בנוגע למספר החברים הצפוי בכל מרכז פעילות שאיתו מתקשר הארגון.
משרד מבקר המדינה מעיר, כי באוגוסט 2013 רק 1,118 בתי אב של חברי הארגון היו רשומים כחברים בבית הלוחם בבאר שבע, ועוד כ-600 בתי אב שאינם חברי ארגון. כלומר, מספר בתי אב של חברי הארגון הנהנים משירותי בית הלוחם בבאר שבע נמוך אף מהתחזית שנצפתה בבדי קת ההיתכנות שערכה חברת הייעוץ, כאמור.