המועצה להשכלה גבוהה . התקצוב וההפעלה של מעונות סטודנטים - הוועדה לתכנון ותקצוב (ות_ת) יוצא אם כן כי סדר העדיפות שקבעה הוות"ת לא בא לידי ביטוי בסדר הקמת המעונות, מאחר שהוות"ת לא ביססה אותו על תכנית סדורה. לדעת משרד מבקר המדינה, על הוות"ת להכין תכנית כוללת למערך המעונות בראייה כלל -ארצית, ולקבוע את אמות המידה לנחיצות הקמתם ותקצובם לפי צרכים ומאפיינים של המוסדות6 . משרד מבקר המדינה מעיר לאוניברסיטה העברית כי העובדה ששיעורי התפוסה המחויבים על פי ההסכם עם ועדת הקרנות לא השתנו ביחס להסכם עם היזם, מעלה חשש שהאוניברסיטה לא תצליח לעמוד בהם ותיאלץ לשאת בהפרשי ההכנסות. משרד מבקר המדינה מעיר לוות"ת כי לפי ממצאי בדיקתו לעתים חל שינוי של מאות שקלים בגובה שכר הדירה לשותף בחדר, בין שלב ההצעות לבין המחיר בפועל. למשל, המכללה האקדמית תל אביב-יפו הצהירה בשלב בחינת ההצעות על ידי הוות"ת כי שכר הדירה לשותף בחדר יהיה 1,250 ש"ח ובסטודיו 1,650 ש"ח, אולם בפוע ל שכר הדירה לשותף בחדר הוא 1,550 - 1,350 ש"ח ובסטודיו 2,100 -1,776 ש"ח; אוניברסיטת בר -אילן הצהירה בשלב בחינת ההצעות כי שכר דירה לשותף בחדר יהיה 1,500 -1,325 ,ש"ח אולם בפועל הוא 1,750 -1,520 ש"ח; ואוניברסיטת בן -גוריון בנגב הצהירה בשלב בחינת ההצעות כי שכר הדירה יהיה 1,000- 1,350 ש"ח, ולאחר בחינה מחודשת במאי 2015 ציינה כי יעמוד על 1,500 -1,200 .ש"ח נמצא שאמנם רמ"י קבעה למוסדות תעריף שכר דירה מרבי, אולם המוסדות קבעו תעריף גבוה הרבה יותר ממנו. אף על פי כן רמ"י לא נקטה צעדים כנגד אותם מוסדות, כפי שיפורט בדוגמאות להלן. עוד עלה כי אף שבאפריל 2012 החליטה הנהלת רמ"י לקבוע תעריף שכר דירה מרבי בכל הסכם, היא לא נהגה כך בהסכמיה עם שניים מהמוסדות: המכללה האקדמית כנרת ומכללת רופין. בזאת מנעה אפשרות לפקח על שכר הדירה שיקבעו. משרד מבקר המדינה מעיר למוסדות על שקבעו שכר דירה גבוה מזה שאישרה רמ"י בלי לקבל את אישורה לכך. כמו כן משרד מבקר המדינה מעיר לרמ"י על ש לא אכפ ה את התעריף שקבעה; בעקבות זאת שכר הדירה שמשלמים הסטודנטים אינו מביא לידי ביטוי את תקציבי הסיוע ו את ההטבות בנוגע לקרקע. לדעת משרד מבקר המדינה, אין זה ראוי כי הפעלת מעונות סטודנטים, שאחת מתכליותיה המרכזיות היא הנגשת הלימודים עבור אוכלוסיות שמתקשות לשאת בעלויות, תניב רווחים לאוניברסיטה באמצעות ועדת הקרנות שלה. משרד מבקר המדינה מעיר להנהלת אוניברסיטת תל אביב כי בהתעלמה ממקום מגורי הסטודנט היא עש ויה שלא להגשים את תכלית המעונות - הנגשה של המוסדות האקדמיים לזקוקים להם. עוד מעיר משרד מבקר המדינה לאוניברסיטה כי בתהליך הגרלת המעונות עליה לשקול גם את מצבו הסוציו -אקונומי של הסטודנט. יו"ר ועדת החינוך של ה כנסת שותף לדעה זו, ובישיבה במרץ 2012 ציין כי לא ייתכן שמצב סוציו -אקונומי איננו חלק מהקריטריונים לקבלת זכאות למעונות. דעה דומה הביעה הוות"ת בדיון בצורכי תושבי הפריפריה ב ספטמבר 2012 , שצוין בו כי נבצר מ צעירים בפריפריה ללמוד בערים הגדולות בגלל העלויות, ולכן יש חשיבות לזמינות המעונות בעיר. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שהנהלת האוניברסיטה תשקול לבסס את אכלוס כל המעונות שבתחומה גם על קריטריונים המתעדפים שיקולים סוציו-אקונומיים. יש טעם לפגם בכך שהמעונות החדשים נפתחים לכול בהגרלה שוויונית, ללא העדפה לאף קבוצת אוכלוסייה, ואילו המעונות הישנים מיועדים למי שמתגורר הרחק מהאוניברסיטה שבעיר תל אביב יפו.
הביקורת העלתה כי למרות החלטת מועצת מקרקעי ישראל מאוגוסט 2011 , הנהלת רמ"ילא קבעה מנגנוני פיקוח, בקרה או סנקציות וממילא לא התייעצה לשם כך עם המל"ג או עם הוות"ת, כנדרש מהחלטתה. בהמשך לכך, באפריל 2012 החליטה הנהלת רמ"י כי מוסד שתוקצה לו קרקע לבניית מעונות ידווח לרמ"י ול וות"ת ע ל אופן ביצוע המכרז , על ניהול המעונות ו על מחירי השכירות.