מטלות רוחב ומטלות בין-משרדיות . הבאת ילדים לישראל שלא על ידי הוריהם הביקורת העלתה כי אף שתכנית המגמות היא תכנית של משרד החינוך ומתקיימת במוסדות חינוך רשמיים, המשרד אינו מעורב בתכנית הלימודים שלה, והיא מבוססת על תכניות הלימוד של ברזיל וצרפת, ולא על זו הישראלית; הלימודים אינם מתקיימים בעברית, ותעודות הבגרות שמקבלים מסיימי תכנית המגמות הן תעודות בגרות של המדינות הזרות ובשפתן. הועלה כי תכניות המגמות עברו מעליית הנוער של הסוכנות למינהל ללא החלטת ממשלה וללא מעורבות שר החינוך. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד החינוך לבחון גם הוא את כל התכניות שהוא מתקצב שבמסגרתן מובאים לארץ בני נוער ללא הוריהם, לרבות את תוכני הלימוד והתאמתם לתכנים הנלמדים בישראל, את סדרי המיון והקבלה לתכניות ואת ליווין והפיקוח עליהן, ובכלל זה את מידת השגת המטרות שהוגדרו להן. משרד מבקר המדינה מעיר כי התנהלות משרד הרווחה הייתה מנוגדת להחלטת הממשלה מ-1992 , שקבעה כי ילדים שיגיעו לישראל ייקלטו במסגרת נעל"ה על ידי האגודה, שהייתה אז זרוע שהפעיל משרד החינוך לקליטת נוער בפנימיות. נמצא כי עמותות המנהלות מוסדות חינוך מביאות ילדים לישראל בלי שתיבדק זכאותם מבעוד מועד על ידי נתיב. משרד מבקר המדינה מעיר כי הבאת ילדים מחבר המדינות ללא קבלת אישור מנתיב על זכאותם על פי חוק השבות מבעוד מועד, ובטרם הגיעו לישראל, נוגדת את הכללים בעניין. נמצא כי תלמיד שהובא לפנימייה מפוקחת בישראל על ידי עמותה כאמור אינו רשום ברישומי התלמידים במינהל, ולכן המינהל אינו יודע את מספרם הכולל של התלמידים שלומדים בפנימיות שבפיקוחו. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך, כמפקח על הפנימיות, כי עליו לדעת כמה תלמידים לומדים בפנימיות שבפיקוחו ומי הם. על המדינה לאתרם ולפקח על הטיפול בהם. הביקורת מצאה כי קיימות עמותות המביאות לפנימיות בישראל ילדים ללא הוריהם בלא לתאם עם משרד החינוך. יובהר כי משרד החינוך משלם שכר לימוד עבור התלמידים האמורים כפי שהוא משלם עבור כל ילד השוהה במדינת ישראל. משהתחייבה המדינה לפעול בהתאם להסכם לשיתוף פעולה עם ממשלות זרות בתחום החינוך, ומשידע משרד החינוך על הימצאותם של ילדים ללא הוריהם במסגרות חינוכיות בארץ מעצם העברת הכספים בגינם, היה על המשרד לדאוג לקיים את התחייבויות המדינה בנושא. משרד מבקר המדינה מעיר כי נכון היה שמשרד הרווחה יעקוב אחר התנהלותה הכספית של העמותה באמצעות דרישה להגשת דוחות כספיים, ובפרט נוכח אי- הסדרים בהתנהלותה כפי שעלה בבדיקת רשם העמותות, ונוכח הישנות המקרים של אי-עמידתה בכללי הניהול התקין. כפועל יוצא מכך היה על משרד הרווחה לבחון את התקשרותו עם העמותה. נמצא כי מועמדים שנפסלו במיוני נעל"ה משיקולים מקצועיים כגון בעיות נפשיות קשות, סכנה אפשרית לקבוצה וסיכויים קלושים להסתגלות, הובאו לישראל על ידי העמותות. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה הבאת ילדים שנפסלו במבחני המיון בניגוד להחלטת הממשלה הקובעת כי הבאת ילדים ללא הוריהם לישראל תיעשה באמצעות תכנית נעל"ה, ובניגוד לכללי המיון החלים על התכנית. במשרד הרווחה לא נמצאו מסמכים המעידים שדרש מהעמותה לבטח את הילדים השוהים בה בביטוח רפואי, או המעידים שיש לילדים ביטוח רפואי כלשהו והם זוכים לטיפול הרפואי שהם זקוקים לו. נמצא כי עד מאי2010 לא חידש משרד הרווחה את ההסכם כנדרש, וזאת אף ששהו בפנימייה ילדים מטעמו ואף שהמשיך להתנהל מול העמותה כרגיל פרט לאי-העברת כספים (ראו להלן). משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הרווחה שילדי צ'רנוביל מובאים לארץ במשך שנים בלא שפעל לעצור תופעה זו או למצער להתנות את הסיוע במימון הפרויקט בקבלת הסכמתו מראש, לפני הבאת הילדים לישראל. יש לראות בחומרה את התנהלות המשרד בכך שא פשר את הבאת הילדים, הכרוכה בעזיבת מדינתם, ביתם וחיק הוריהם ומשפחתם - הגם שאלה נעשו בהסכמת ההורים ולעתים אף בהתאם לרצונם ובחירתם; ושאפשר לעמותה לקבל חניכים שלא הופנו אליה על ידיו או על ידי מי שהוא אישר כגורם מפנה, בלי שהחניכים עמדו בכללי המיון, האבחון וההשמה הנהוגים במשרד, ובלי שטובתם והשלכות המעבר שלהם לישראל נבחנו כלל בידי גורם מקצועי בלתי תלוי בעמותה. ההקפדה על טובת הילדים ובדיקת התאמתם לקליטה במסגרת זו בישראל היו הכרחיות גם נוכח העובדה שהמשרד מממן את הפנימייה. הביקורת העלתה כי משרד הרווחה לא וידא שהעמותה העבירה לנתיב את שמות ילדי צ'רנוביל לבחינת זכאותם על פי חוק השבות כדרוש, לא לפני הבאתם לישראל ואף לא לאחריה. משרד מבקר מדינה מעיר כי על משרד הרווחה היה להתריע לפני הגורמים הרלוונטיים כדוגמת רשות ההגירה, משרד החוץ ומשרד החינוך שהעמותה מביאה ילדים בלא שגורם כלשהו מטעם המדינה שותף להחלטותיה. בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי ב"מצבת הילדים" כלולים בגירים שגילם מעל 20 שנה, וכי12 מה-42 .הם בעלי אזרחות ישראלית משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הרווחה על שא פשר החזקת ילדים בפנימייה שקיבלה את מימונו, ללא כל פיקוח על מצבת הילדים בה. על המשרד לתת דעתו על שהות הקטינים לצד בגירים בפנימייה שבפיקוחו.
הביקורת העלתה כי משרד הרווחה ידע שבפנימייה שוהים ילדים נוספים על אלה שהעמותה דיווחה עליהם. למשל, מנהל השירות לילד ולנוער של המשרד דאז כתב בדצמבר 1997 ללשכת היועץ המשפטי של המוסד לביטוח לאומי: "הריני לאשר כי בפנימיית חב"ד (צ'רנוביל) בכפר חב"ד שוהים כיום 110 ...ילדים בממוצע ועדת ההחלטה האזורית... אישרה סידורם של 45 ילדים מתחת לגיל12 אשר אושרו להם מכסות". במאי 2004 :סיכם המפקח הארצי דאז ביקור בפנימייה וכתב "לדברי ההנהלה קרוב ל-2000 חניכים הגיעו לפרויקט. חשוב שנקבל דווחי מעקב או דוחות אחרים שקיימים בהנהלת הפנימייה לגבי קבוצות אלו או חלקם לפחות". נמצא כי אף שמשרד הרווחה אישר לעמותה מימון עבור 71 ילדים השוהים בפנימייה, הוא לא פיקח על שהותם של הילדים הנוספים שהעמותה הביאה לישראל ולא דרש ממנה לעמוד בהתחייבותה על פי ההסכם ולדווח על כל שינוי במצבת החניכים בפנימייה.