משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . שימוש בכרטיס רב-קו בתחבורה הציבורית משרד מבקר המדינה רואה בברכה יישום פתרונות לשיפו ר השירות לנוסע, בהם האפשרות לתשלום ולתיקוף במכונות תיקוף שאינן ליד הנהג. עם זאת, על פי שיטת חישוב הסובסידיה, המבוססת בין השאר על נתוני הנסיעות כפי שנרשמו במכונות התיקוף, אי -תיקוף מפחית את הפדיון שמועבר למדינה מביצוע הנסיעות. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התח בורה כי עליו לבדוק אם התמריצים הקיימים למפעילי התח"ץ הם כלכליים מספיק כדי שיפעלו למניעת אי-תיקוף כרטיסי הרב -קו במערכות פתוחות, ובמידת הצורך עליו לשקול הוספת מנגנוני בקרה. .נמצא כי נתונים לחישוב הרכיבים השונים של הסובסידיה, כגון נסועה, תיקופים ועמלות, מנוהלים במערכות מחשוב שונות, וקיים קושי להפיק דוחות משולבים לקבלת מידע. משרד מבקר המדינה מעיר כי מאגר המידע ומערך המחשוב חשופים גם לתקיפות ולתקלות מחשוב. ככל שעולה חשי בותם של מרכז השירות ושל מאגרי המידע בתפעול ובבקרה על התח"ץ וההתחשבנות, כן עולה הצורך בהתארגנות לשעת חירום ( DRP ), ובכלל זה הקמת אתר חלופי למקרה של כשל באתר הראשי, של תקלה טכנית או של פגיעה פיזית באתר - כל זאת כדי להבטיח את שמירת המידע באופן שוטף ואת המשכיות התפעול מול הנוסעים, מול מפעילי התחבורה הציבורית ומול גופים אחרים בעת הפסקת השירות באתר הראשי. על משרד התחבורה לפעול בדחיפות להשלמת הסדרי גיבוי למערך הקיים ולכלול נושא זה בהתארגנות למכרז העתידי. משרד מבקר המדינה מעיר כי על משרד התחבורה להקפיד שההסדרי ם לתשלום עבור הנסיעות יהיו זהים אצל כל מפעילי התח"ץ. נמצא כי למרות הפחתה זו של הבקרה לא פעל משרד התחבורה לשנות את סמכויות הפקחים באוטובוסים, ולא הוקנו למפעילי האוטובוסים סמכויות מתאימות. מפעילי האוטובוסים נדרשים רק לפרסם באוטובוס אזהרה לנוסעים כי נסיעה ללא כרטיס מתאים או ללא תיקוף היא עבירה פלילית. אם הפקח נתקל באירוע חריג, כגון אם הנוסע מסרב להזדהות, על הפקח לדווח מיד למפעיל התח"ץ, ובמידת הצורך למשטרת ישראל. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי בעקבות הרחבת השימוש במערכות פתוחות עליו לבחון יוזמת חקיקה מתאימה להסדרת סמכויות אכיפה של מפעילי התח"ץ כלפי נוסעים שלא שילמו את דמי הנסיעה או לא תיקפו את כרטיס הרב-קו או נסעו ללא כרטיס מתאים. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי עליו לפעול בהקדם להפעלת המערכת שתסייע למשרד התחבורה בהפקת דוחות משולבים לקבלת מידע, כדי להרחיב את האפשרויות לניתוח נתונים ולהפקת מידע שיסייע להעלות את מספר המשתמשים בתח"ץ. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי עליו לפעול ליישום אפשרות זו אצל כל המפעילים. במשרד התחבורה אין עובדים בעלי ידע ובקיאות במערכת ובבקרה עליה, והמשרד לא פעל לשמירת הידע ולהכשרת עובדיו במערכת. כך נוצרה תלות רבה של משרד התחבורה ביועצת. אם תיפסק ההתקשרות מצד אחד הצדדים, הרשות עלולה להישאר ללא ידע ויכולת להמשיך בפיתוח המערכת ובבקרה עליה. הביקורת העלתה כי בהסכם שחתם משרד התחבורה עם בנק הדואר ב-2010 לא התחייב בנק הדואר לשרידות ולגיבוי של מרכז השירות ומערך הרב -קו, ולא ]אתר גיבוי חם[ ואף צוין במפורש כי "לא יוחזק אתר חירוםתהיה שרידות מקומית באמצעות 'גיבוי קר'". משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי אין גיבוי חירום למרכז השירות ולמערך הרב-קו, אלא רק הסדרי גיבוי תקופתיים של הנתונים והמידע. לפיכך היה על הרשות לציין זאת במפורש בבקשת הפטור ממכרז. משרד מבקר המדינה מעיר כי על משרד התחבורה להסדיר בהקדם עם משרד הביטחון, עם משטרת ישראל ועם שירות בתי הסוהר כללים לתיקוף נסיעותיהם של אנשי כוחות הביטחון שיסייעו בצמצום העומס בתחנות תח"ץ ובשיפור השירות לנוסעים. הסדרת איסוף המידע על הנסיעות באמצעים ממוחשבים, כפי שציינו משרד הביטחון ומשטרת ישראל בתשובותיהן, יש בה כדי לסייע בקבלת מידע על היקף הנסיעות (בכפוף למגבלות אבטחת המידע ולמגבלות נדרשות אחרות), והיא תאפשר, בין השאר, התחשבנות בין הגופים האלה לבין מפעילי התח"ץ ומשרד התחבורה על בסיס מספר הנסיעות.
רק בעקבות תלונות יהם של נוסעים לוועדת ערר על חיובים מוגדלים ברק"ל (להלן - ועדת הערר) התברר כי ההנחיה האמורה של משרד התחבורה לזכיין הרק"ל לא התיישבה עם הוראות צו הפיקוח בדבר מחירי נסיעה למשך 90 דקות ממועד התיקוף הראשון, ולעתים נוסעים שהשתמשו בכרטיס נייר נאלצו לשלם חיוב מוגדל אף שלא היה לכך בסיס בצו.