רכבת ישראל בע_מ . הקמתו של קו הרכבת המהיר לירושלים .בביצוע העבודות בקו הרכבת המהיר לירושלים ועליה חדה באומדן העלויות לביצוען, חתמו החשכ"ל, סגן בכיר לחשכ"ל ומנכ"ל משרד התחבורה עם חברת הרכבת על הסכם פיתוח חדש, בהיקף של 29.553 מיליארד ש"ח במחירי יולי 2008 , כולל השלמת הקו. כךהתנהלה החברה לפחות למעלה משנתיים ללא תכנית פיתוח מעודכנת. רק באוגוסט 2008 , כשנתיים לאחר החלטת הממשלה לעדכן את תכנית הפיתוח, ורק לקראת תום תקופת הסכם הפיתוח ולאחר דחיות רבות . החברה העריכה באוגוסט 2008 כי פרויקט הקמת הקו המהיר לירושלים יושלם בסוף 2014, כלומר שש שנים לאחר המועד המתוכנן המקורי ( 2008 .) .הרכבת העריכה את עלות התשתית להקמת קטע הקו ממחלף ענבה לירושלים, שאורכו כ-31 ק"מ, באוגוסט 2008 ב- 6,795 מיליוני ש"ח בקירוב, במחירים נומינליים, שהם כ- 5,966 מיליוני ש"ח במחירי יולי 2003 , כלומר גידול של כ -88% לעומת האומדן המקורי. אין עלות זו כוללת את עלות רכישתו של הציוד הנדרש להפעלת הקו ואת עלותו של חשמול הקו. נמצא כי במכרז שבו נבחרה, באוגוסט 2007 , קבוצה א' לביצוע עבודות מנהור מורכבות, בהיקף של כ -1.8 מיליארד ש"ח היה יו"ר הוועדה הסמנכ"ל (מנהל חטיבה) בפועל דאז בחברה, אולם חבר נוסף היה עובד א', שכיהן באותה תקופה כמנהל אגף רכש והתקשרויות בפועל. . הקמת קו הרכבת המהיר לירושלים הוא פרויקט תשתית מן הגדולים המוקמים במדינה. כדי להשקיע את כספי המדינה ביעילות יש צורך בבדיקות כדאיות מקיפות. מאז קבלת החלטת הממשלה באוגוסט 2001 להקים את קו הרכבת המהיר לירושלים הושקעו מאות מיליוני ש"ח, אך חברת הרכבת השלימה רק חלק ממנו. בביקורת נמצא כי אומדני העלויות שהוצגו על ידי הרכבת, לפני קבלת ההחלטה היו נמוכים במיליארדי ש"ח מאומדני העלויות הנוכחיים. השלמת הקו שתוכננה ל - 2008 נדחתה במהלך השנים, ולפי הערכת הרכבת, במועד סיום הביקורת, יושלם הקו רק בשנת 2014 . העיכובים בהקמת הקו מוסיפים עלות לעלות הגבוהה ממילא הכרוכה בהשלמת הפרויקט. פרויקט הקמתו של קו הרכבת המהיר לירושלים הוא אחד הפרויקטים היקרים והמורכבים בתולדות ישראל. נוכח הליקויים שנמצאו מוטל על כל הגורמים המקצועיים לרבות בחברת הרכבת, במשרד האוצר ובמשרד התחבורה, לעשות את כל הנדרש לתיקון הליקויים, בכלל זה פיקוח ובקרה הולמים ולוודא שההחלטות וביצוען י תבססו על תכנון מפורט וקפדני כדי שיעלו על פסים תקינים. .הקו המהיר מתל אביב לירושלים תוכנן כדי להשיג מטרות בעלות חשיבות לאומית וציבורית, ובהן קיום תחבורה נוחה ומהירה וחלופה לתחבורה הציבורית הקיימת בין ירושלים למרכז המדינה. לא נמצאו במסמכי הרכבת אסמכתאות אילו בעלי מקצוע התחייבה "מוריה " להעסיק בפרויקט ובאילו עלויות. משרד מבקר המדינה העלה כי ההסכם נחתם אף שלא הוצג תחשיב מפורט (לרבות ההנחות והנתונים שהוא מבוסס עליהם). בהסכם לא עוגן סך התקציב הכולל ולא לוחות הזמנים. מההתכתבות בין חברת הרכבת, חברת "מוריה" ומנהל מינהלת הקו המהיר לירושלים הועלה, כי הרכבת לא קבעה את גבולות הסמכות והאחריות של הח ברות בתחומים חופפים. ממסמכי החברות עולה כי במשך כל תקופת ההתקשרות הן נחלקו בדעותיהן באשר לגבולות סמכותה ואחריותה של "מוריה ". משרד מבקר המדינה העיר לחברה, כי עליה להקפיד שבמכרזים בעלי עלות גבוהה, ובייחוד במכרז כגון זה, שהוערך במיליארד ש"ח ויותר, תאויש ועדת המכרזים כפי שנקבע בנוהל החברה. 3. אף שחברת הרכבת התחייבה בהסכם הפיתוח להודיע לממשלה מראש על כל סטייה מהותית מתכנית הפיתוח, היא לא עשתה כך: ביולי 2007 שלחו מנהל אגף תיאום ובקרה ומנהל אגף כלכלה דאז בחברה למשרד האוצר ולמ שרד התחבורה את אבני הדרך לביצוע הקו ואת תקציביהם. על פי המסמך, תקצבה החברה לחלק הכולל את המנהרות כמיליארד ש"ח בלבד.
לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח היקפו הנרחב וחשיבותו של המכרז היה על הנהלת החברה לדווח לדירקטוריון על תוצאות המכרז ועל האומדן לביצוע העבודות המעודכן במלואו.