משרד החינוך . שירותי חינוך ורווחה הנתונים על הנשירה הגבוהה מתכנית מיכאל חרגו מהסיכום משנת 2002 . בישיבת הנהלה של אגף שחר שהתקיימה באוקטובר 2006 , עלו טענות על שיעור הנשירה הגבוה מהתכנית ומנהל האגף סיכם והשיב ש"ניתן לבדוק ביולי 2003, בדיון בוועדת החינוך והתרבות של הכנסת בעניין תכנית מיכאל, מסרה מנהלת גף הערכה ומדידה, שהערכת התכנית שהחלה בשנת 2001 לא הסתיימה. מתברר שאף לא גורם אחד במשרד דרש להשלים את הערכת התכנית . רק עם חידוש הפעלת תכנית מיכאל במשרד בשנת 2006 , העלתה ועדת הרכישות שהמחקר האמור משנת 2001 הופסק. הוועדה דרשה שהמחקר יושלם כדי לקבל ממצאים מובהקים המעידים על התרומה החיובית של הפרויקט לתלמידים; אולם היא חזרה בה מדרישתה נוכח הסברו של מנהל אגף שחר שאין טעם .להמשיך במחקר משנת 2001 . יוצא אפוא שהמשרד המשיך את מימון התכנית ללא שעשה מחקר הערכה מטעמו. על אף שמדובר בניסוי שערכה המפקחת בקבוצה של 61 ,תלמידים בלבד שכאמור אינו מדגם מייצג ושלא ניתן להסיק ממנו מסקנות על הישגי התכנית, מנהל האגף הסתייע בו וטען שתוצאות הניסוי מלמדות על תרומת התכנית לחיסכון ויעילות בתקציב המשרד. ביוני 2008 הוא כתב למנכ"לית המשרד, כי מהניסוי "עולה בבירור כי תלמיד המשתתף בתכנית מיכא"ל חוסך השקעה משמעותית בתקציב משרד החינוך בשל העדר נחיצות השתתפותו בתכניות טיפוח מתמשכות". אמירות אלה לא לוו בנתונים מספריים וכמותיים. הניסוי הוצג גם בפני ועדת הרכישות אך היא לא יזמה בדיקה לאימות מסקנותיו. המשרד לא השלים מעולם מחקר הערכה עצמאי כדי לבדוק האם תכנית מיכאל משיגה את יעדיה. הוא גם לא ריכז נתונים שמהם היה ניתן לעקוב אחר התפתחות התכנית והשפעתה. נתוני האגף על הצלחת התכנית התבססו בעיקר על מחקרים שנערכו ביזמת ספק התכנית. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד להפריד באופן מוחלט בין האינטרסים שלו . כרוכש שירותים מחברה פרטית לבין האינטרסים של חברת מיכאל המספקת שירותים אלה למשרד. על המשרד לערוך מחקר עצמאי ולבדוק האם תכנית מיכאל משיגה את יעדיו. משרד מבקר המדינה מעיר, שתיאור התפקיד של נציבות שירות המדינה שפורט לעיל ציין במפורש שהתפקיד כולל ריכוז, הכנה וטיפול במסגרת התקציבית של האגף, ולא רק של מחלקות בודדות. זאת ועוד, ההגדרה משנת 2000 היא חלוקה פנימית שעשה האגף אך היא לא הובאה לאישור הנציבות. בכל מקרה, עובדת החוץ עוסקת בפעילות השוטפת של האגף. אם מנהל האגף נזקק לעזרה במשימות ייחודיות עליו להעסיק עובד משרד בתקן ולא עובד של חברה חיצונית. משרד מבקר המדינה העלה שההתעלמות ממעמדה כעובדת חיצונית הייתה מוחלטת עד כדי כך שבפברואר 2008 ,, בישיבה של הנהלת האגף שהתקיימה בהשתתפות עובדת החוץ, הציעה מנהלת מחלקה באגף שעובדת החוץ תהיה יו"ר של ועדת השתלמויות. מנהל האגף לא התריע בפני הנוכחים בישיבה שהיא אינה יכולה לשמש בתפקיד זה, מאחר שהתפקיד אינו בגדר סיוע אלא כרוך בקבלת החלטות ובקשרי עבודה עם יחידות נוספות במשרד, והתפקיד שה וצע הוא בניגוד לאמור בנוהל העסקת עובדים בעבודה בלתי צמיתה בשירות המדינה. הנהלת המשרד לא התמידה בדרישתה להפסיק את עבודתה של עובדת החוץ, ובין השנים 2004 -2008 המשיכה עובדת החוץ לעבוד באגף במעמד של עובדת חברת כוח אדם. הנהלת המשרד גם לא פעלה בהתאם למכתבה של המנכ"לית מינואר 2002 , לא נקטה אמצעים להפסקת מצב בלתי חוקי זה, והסמנכ"ל לא עמד על כך שעבודתה תופסק. י וצא אפוא, שהנהלת המשרד, כולל החשבות ולשכת היועץ המשפטי, התעלמו מהוראות התקשי"ר ומהחלטות קודמות של הנהלת המשרד. .של ניגוד עניינים בין עבודתו של מנהל הגף כאחראי על נושאי תרבות ובין עיסוקו כאמן יוצר, הדבר לא הובא לידיעת המנכ"לית. התקנות קובעות, ש"היה לחבר ועדת המכרזים, לקרובו, או לתאגיד שהוא בעל עניין בו, עניין אישי בנושא הנדון בוועדה, לא ישתתף בדיון, ובמקומו ימונה חבר אחר לאותו נושא". מנהל הגף, שהיה יוזם המופע, אחד ממלחיני המופע והשתתף בשירה, ודאי שהיה בעל עניין אישי לכל הקשור במופע. השתתפותו כיו"ר הוועדה לקידום פרויקטים שאישרה את ההתקשרות עמדה אפוא בניגוד לתקנות.
הביקורת העלתה, שהטיפול במרבית סעיפי התקציב של האגף וכן הטיפול במכרזים ובחוזים הקשורים לפעילות האגף נעשה בפועל בידי עובדת חברה קבלנית (להלן - עובדת חוץ), שהועסקה באגף שחר מאז שנת 1996 והמשיכה להיות מועסקת בו במועד סיום הביקורת בספטמבר 2008 . העסקתה נעשתה באמצעות חברות כוח אדם שהתחלפו מעת לעת, והיא כיהנה בתפקיד של תקציבנית האגף. בתפקידיה היא הייתה בקשרי עבודה שוטפים עם מינהל התקציבים, הכספים והחשבות, עבדה מול ועדת הרכישות של המשרד, ועסקה בהכנת מכרזים וחוזים, בין היתר גם בהכנת החוזה של הקבלן שדרכו היא הועסקה. יוצא אפוא, שאת המטלות שאמורה לבצע עובדת האגף המועסקת בו על פי תקן, מבצעת למעשה עובדת של חברת כוח אדם. עוד העלתה הביקורת, שהמשרד הקצה לעובדת החוץ מחשב שמעת לעת הוחלף ושודרג לצורך עבודתה, קוד משתמש לעבודה במערכת התקציב וכתובת דואר אלקטרוני של המשרד להתכתבות עם גורמים בתוך המשרד ומחוצה לו. לכל אלה נדרשה נוכחותה במשרד והיא ישבה באופן קבוע באגף, בחדר הספרייה. כמו כן היא השתתפה בהשתלמות ממושכת מטעם המשרד ללימוד התוכנה "מרכב"ה" שנכנסה לשימוש במשרד במהלך 2008.