משרד הביטחון . ניהול תוכניות המחקר והפיתוח במערכת הביטחון על אף זאת עלה בביקורת כי שום גורם במפא"ת, בדגש על מחלקת תוכ"ן - האחראית לנושא ההוראות, אינו מרכז את נושא הנהלים בגוף; כי אין במפא"ת מערכת מרוכזת, סדורה ומקיפה של נהלים; וכי יש תחומים בפעילותו שלא הוסדרו בנהליו הפנימיים. בביקורת נמצא כי חלק ניכר מההוראות הנוגעות למפא"ת ולתחומי המחקר והפיתוח במעהב"ט היו לאורך שנים לא מעודכנות, וכי עדיין יש הוראות לא מעודכנות בנושאים מהותיים. זאת, על אף השינויים שחלו במשך השנים בתחומים אלה במפא"ת, בצה"ל ובתעשיות הביטחוניות. נוסף על כך, בפעילות מפא"ת, לרבות ממשקי עבודתו עם גופי צה"ל ונושאים נוספים שהובאו בדוח ביקורת זה, יש תחומים שעדיין לא הוסדרו בהוראות משהב"ט (על כך ראו גם בפרק "קשרי הגומלין בתחום המו"פ בין מפא"ת לצה"ל"). יצוין כי במהלך הביקורת פעלו מפא"ת וגית"ם לסיים את עדכונן של הוראות מסוימות, אשר היו מיושנות מאוד. משרד מבקר המדינה מעיר למפא"ת כי תחומי פעילותו, ובייחוד תחום המו"פ, הם מורכבים ודינמיים, וכי דבר זה מחייב בחינה עיתית סדורה של דפוסי הפעילות, התאמתם לצרכים וע דכון ההוראות בהתאם. המצב הקיים במשך שנים - שבו מפא"ת פועל ופעל שלא על פי תשתית נורמטיבית מלאה ועדכנית - הוא לקוי, מנוגד לכללי מינהל תקין, ויש בו כדי לפגוע בתקינות תהליכי עבודתו ובבקרה עליהם. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את העובדה שמפא"ת מכיר בצורך בשיפור הניהול, התיעוד ושימור המידע והידע בתחום המו"פ. על ראש מפא"ת לוודא כי יושלמו כל התהליכים הנדרשים למימוש יעדים אלה. משרד מבקר המדינה מעיר לסגן הרמטכ"ל ולאג"ת כי במצב שתואר לעיל, שבו צה"ל אינו מכווין הלכה למעשה את פעילות מפא"ת בתחום המו"פ לטווחי הזמן הבינוני והארוך, אין ודאות כי נעשה שימוש מיטבי במשאבי התקציב וכוח האדם המופנה לתחום זה, ויש במצב הדברים הנוכחי כדי לפגוע בהישגי המו"פ, ומתוך כך - גם במיצוי פוטנציאל ההתעצמות של צה"ל. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי מימוש עקרון השילוביות ועקרון הרב-זרועיות בבניין הכוח מחייב יתר מעורבות והשפעה של המטכ"ל על תהליכי בניין הכוח בצה"ל, לרבות בתחום המו"פ. משרד מבקר המדינה מעיר לסגן הרמטכ"ל כי במקביל לעבודות ולתהליכים האמורים שמקדם צה"ל, ראוי שסגן הרמטכ"ל יורה על קיום עבודת מטה שתובא לאישורו, שמטרתה - לאפיין ולקבוע מנגנונים סדירים, הנדרשים בגופי צה"ל ובמטכ"ל, אשר יאפשרו את הכוונת מפא"ת בכל הנוגע לצורכי בניין הכוח של צה"ל גם בטווחים הבינוני והארוך. בהקשר זה, ובהתחשב בקשרים הבלתי-אמצעיים שמקיים מפא"ת עם גופי צה"ל, עליו לקבוע מיהו הגורם במטכ"ל שיישא באחריות לראייה הכוללת ולחיבור כלל -מערכתי בין הצרכים המבצעיים של צה"ל ובין תוכניות המו"פ שמקדם מפא"ת. כמו כן, על צה"ל למסד את תהליכי העבודה עם מפא"ת בנושאים אלה, לרבות אופן העברת המיד ע, קבלת היזון חוזר וליבון נושאים שבמחלוקת, אם יהיו. על אף האמור לעיל, בביקורת עלה כי מפא"ת ואג"ת אינם מרכזים נתונים ואינם מקיימים כל מעקב אחר קידום תוצרי המו"פ המרכזי לפיתוח אמל"ח בצה"ל, כמפורט להלן: משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט, כי מאחר וייעוד המו"פ ותכליתו הם לאפשר פיתוח אמל"ח מתקדם לצה"ל - על תוכניות המו"פ המרכזי להיבחן בעיקר אל מול ייעוד זה, בייחוד בכל הנוגע לתוכניות שהגיעו לכדי קדם-פיתוח. נוכח הדינמיקה המאפיינת את תוכניות המו"פ ומשכי הזמן של מימושן, סביר כי תוצאות המדידה של האפקטיביות יתעדכנו לאורך השנים. אשר למרחב החלופות ש על המו"פ המרכזי להציע ל גורמים העוסקים בבניין הכוח בצה"ל, החלטה בעניין זה צריכה להיקבע בתיאום בין מפא"ת לצה"ל, על משמעויותיה מבחינת משאבי תקציב וזמן . כך גם תוכניות מו"פ המיועדות לתת מענה לאיומים הצפויים צריכות להיעשות בתיאום עם צה"ל ובהתייחס להערכותיו ולעדכוניו אודות איומים אלה והצורך המבצעי לתת להם מענה; תחומים הנמצאים בתחום אחריותו.
אולם נמצא כי הצגת תוכניות המו"פ לאג"ת במסגרת אישור תוכנית העבודה השנתית היא חלקית, כללית וחסר בה מידע חיוני. בין היתר מפא"ת אינו מציג נתונים על היקפי תקציב בכל אחד מהתחומים ואינו מציג פילוחים לפי פרמטרים שונים, דוגמת פתרונות טכנולוגיים שייועדו לזרוע מסוימת לעומת אלה הרב-זרועיים. עוד נמצא כי אג"ת אינו בוחן את התאמתן של תוכניות המו"פ לצורכי צה"ל, אינו דורש בצורה יזומה ממפא"ת נתונים, פילוחים וניתוחים הנוגעים לתוכניות המו"פ, וניזון למעשה רק מהמידע שמפא"ת מציג לו.