משרד האוצר . היבטים בפעילות החברה רותם תעשיות בע_מ לדעת משרד מבקר המדינה, כיוון שלקמ"ג אין כל תרומה לעסקה עם משרד החקלאות פרט להיותה צד פורמלי בה, אזי העמלה מהווה מעין "דמי תיווך", כדי לקיים עסקה ללא מכרז. משרד מבקר המדינה רואה זאת בחומרה. נוכח זאת העיר משרד מבקר המדינה, כי על קמ"ג להפסיק את ההתקשרות המלאכותית עם משרד החקלאות, ועל משרד החקלאות לפרסם מכרז לניהול מחסן החירום לאלתר. משרד מבקר המדינה מעיר, כי על רותם להקפיד על הליכי חתימת הס כמים ותיוקם, כדי למנוע ספק בדבר קיומם ובדבר מועד תקפותם. בביקורת עלה, כי בפני דירקטוריון רותם לא הוצגה תמונת השיפור בביצועים העסקיים של חטיבת ציוד הבטיחות במלואה. המשמעויות הכרוכות באי-עדכון סכום המוניטין והשפעתו על ערך הפעילות המעודכן לשנת 2007 לא הוסברו לדירקטוריון באופן שהיה מאפשר קבלת החלטה מיטבית. כמו כ ן, על אף שהעסקה מהותית והנושא עלה בישיבת הדירקטוריון, לא נמצא שהדירקטוריון דרש לקבל את תמונת המצב המלאה. משרד מבקר המדינה מעיר, כי שינוי מהותי בתנאי העסקה מחייב הצגה מפורטת בדירקטוריון. משלא נעשה כך עולה החשש, כי החלטת הדירקטוריון בעניין התקבלה בלי שהיה לו מידע מספיק להסתמך עליו; עוד יוער, כי בעסקה מהותית מעין זו ראוי היה, כי הדירקטוריון יעמוד על כך שיובאו לידיעתו הפרטים המלאים בעניין העסקה, כדי שאלו יאפשרו לו לקבל, כאמור, החלטה מיטבית. על אף פנייתו של מבקר הפנים למנכ"ל רותם, על פי ההסכם הראשון היו זכאים הרוכשים לקבל לידיהם את רווחי שנת 2006 של החטיבה לציוד בטיחות, וזאת אף על פי שהעסקה נחתמה בפברואר 2007 , ואף על פי שהרוכשים לא שילמו כל מקדמה בגין הרכישה. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח העובדה שמבקר הפנים פנה למנכ"ל רותם והציג לו את הנתונים, ראוי היה כי מנכ"ל רותם יציגם לדירקטוריון, כך שחברי הדירקטוריון יוכלו לתת דעתם למועד התשלום בגין רכישת חטיבת ציוד הבטיחות ואף לשקול במשותף את שינוי ה חוזה, כדי למנוע אפשרות למתן הטבה חריגה לרוכשים. על פי חוק חובת המכרזים, התקשרות בין משרד החקלאות לבין רותם בטיחות, לו נעשתה ביניהם, הייתה מחייבת קיומו של מכרז. פעולותיהן של קמ"ג, רותם ומשרד החקלאות יצרו מצב שיש בו לכאורה משום עקיפה של חוק חובת המכרזים. משרד מבקר המדינה מעיר, כי על רותם היה לבצע הערכת שווי לחטיבה לפני מועד המכירה וככל הניתן בסמוך לו, כדי להבטיח כי העסקה נעשית בערך הראוי; משלא נעשה כך בזמן אמת, לא הופרך הספק כי רותם קיבלה תמורה לא הולמת בגין מכירת החטיבה לציוד בטיחות. משרד מבקר המדינה מעיר, כי היה ראוי לנסח את החלטת הדירקטוריון בבהירות, ולהדגיש את שמות הדירקטורים שהתנגדו להחלטה. מהביקורת עולה, כי שעה שביצועיה העסקיים של חטיבת ציוד הבטיחות עלו במאות אחוזים, ערך המוניטין הנמכר שלה ירד. משרד מבקר המדינה מעיר, כי קיים חשש שרותם מכרה את המוניטין של החטיבה לציוד בטיחות במחיר חסר. כאמור, עד סוף 2006 .לא נחתם חוזה המכירה של החטיבה לציוד בטיחות במזכר ההבנות לא נקבע תאריך לתשלום לרותם בגין המכירה, דבר שיצר מצב של זכאות של הרוכשים לרווחי שנת 2006 של החטיבה ללא כל התחייבות שלהם לתשלום בעבורם. משרד מבקר המדינה מעיר, כי לא נמצאה כל עילה לזכאות רותם בטיחות להנחה בארנונה. באין עילה חוקית למתן הנחה או פטור מתשלום ארנונה, על רותם לפעול לגביית ארנונה מרותם בטיחות כמקובל בפארק רותם. מהביקורת ע ולה, כי ההתקשרות של קמ"ג עם משרד החקלאות, וההתקשרות של רותם עם קמ"ג בעניין המרכז לשעת חירום היו לכאורה מלאכותיות, ובסופו של דבר נעשו לתועלתה של רותם בטיחות: לקמ"ג ולרותם אין כל תרומה תפעולית לפעילות זו, ובפועל ההתקשרות היא בין רותם בטיחות לבין משרד החקלאות, כאשר קמ"ג מהווה "צינור" להעברת כספים. משרד מבקר המדינה מעיר, כי היה על מנכ"ל רותם ועל הדירקטוריון לדרוש כי תיעשה הערכת שווי לעסקה שנחתמה עם משרד החקלאות, ולדרוש גם בגינה את הערך הראוי, דבר שלא נעשה, ובכך נגרם לרותם נזק כלכלי נוסף.
מתגובת רותם עולה, כי הוצאות ההפעלה של מפעל הכימיה הועמסו הן על מרכזי הרווח שהופעלו בו, והן על מרכז רווח נוסף, שייצג את יכולתו של המפעל, בתכונותיו הקיימות, לייצר הכנסות ורווחים נוספים. משמע, רותם הייתה מודעת לכך שהפוטנציאל העסקי הטמון במפעל הכימיה עולה על צרכיה ולכך שאי-מימוש הפוטנציאל יגרום להפסדים ברותם, נוכח הוצאות אחזקה מיותרות. משרד מבקר המדינה מעיר, כי רותם לא הציגה בפני הדירקטוריון את מלוא הנתונים והמשמעויות הנובעות מהם בכל הנוגע לעלויות הכרוכות באחזקת מפעל הכימיה ובפוטנציאל העסקי הטמון בו.