משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . הרכבת הקלה בירושלים . התחבורהוהאוצר ו של עיריית ירוש לים כדי שידונו בהן ויחליטו אם לאשרן. משרד מבקר המדינה העיר לכל הגורמים המעורבים בפרויקט כי אף שלחברי המינהלה יש סמכות להחליט בנושאים הקשורים לחוזה, ראוי היה שהחלטות מהסוג האמור יובאו לפני הדרגים הגבוהים ביותר בגופים האמורים, תוך הצגת העלות והתועלת של כל אחת מאפשרויות הפעולה. במשרדי האוצר והתחבורה, האחראים לביצוע הפרויקט, לא נמצאו מסמכים המעידים שהם עשו הערכה מחודשת בכתב לגבי היבטים שונים של הפרויקט וחלופות לביצועו, לרבות לוח הזמנים לביצועו, מנקודת המבט של המשק. במיוחד היה מקום לבחון את הסובסידיה הממ שלתית הנדרשת להקמתו והפעלתו של הפרויקט, הניתנת באמצעות רשת הביטחון שנפרסה להבטחת הכנסותיו של הזכיין. נוכח העובדה שמדובר ב פרויקט עתיר הון ומורכב מהסוג הנדון, ונוכח דרישות הזכיין שהתבססו על החמרה במצב הביטחוני, היה על משרדי האוצר והתחבורה משרד מבקר המדינה העיר לגורמים האחראים לפרויקט מטעם המדינה , כי נוכח האפשרות, ולו גם הקלושה ביותר, שהמדינה תידרש להוציא סכומים גדולים מאוד למימוש התחייבויותיה כלפי הזכיין, עליהם לאמוד את העלויות של כל ההתחייבויות שקיבלה עליה המדינה בנוגע לביצועו, תוך בחינת תרחישים שונים וההסתברות שיתממשו. הערכת העלויות האלה תאפשר להציג למקבלי ההחלטות נתונים מהימנים בדבר עלות הפרויקט ולהיערך מהבחינה התקציבי ת לכל תרחיש. הביקורת העלתה שההחלט ה לאשר תוספת לחוזה שהתקבלה בשנת 2003 וההחלטה בדבר עדכון החוזה שהתקבלה בשנת 2004 עם הזכיין - החלטות שהיו להן השפעות משפטיות וכספיות על כל הפרויקט - לא הובאו לפני ההנהלות של משרדי .לבחון היטב עוד ב- 2003 ,את ההשפעה של המצב הביטחוני על ביצוע הפרויקט לרבות היכולת לעמוד בלוח הזמנים שנקבע לביצועו, ולקבל החלטות בדבר דרך הפעולה הרצויה. (2) כאמור, בחוזה המעודכן מספטמבר 2004 התחייבה הממשלה להשתתף בקרן לחידוש הציוד בתקופת הזיכיון, אם יהיה מספר הנוסעים ברכבת קטן ב- 20% לפחותממספרם על פי תחזית הביקוש. בישיב ה שקיימה ועדת הכספים של הכנסת בפברואר 2005 לצורך אישור העדכון, מסר סגן החשכ"ל שהסכום המרבי של השתתפות המדינה בקרן לחידוש הציוד יכול להגיע, כאמור, ל-157 מיליון ש"ח .בעשר שנים. עם זאת נמצא כי גם נתון זה לא הובא בדברי ההסבר להצעות התקציב של משרד התחבורה. משרד מבקר המדינה העיר למשרדי האוצר והתחבורה כי יש להציג לפני ועדת הכספים של הכנסת ובדברי ההסבר להצעות התקציב של משרד התחבורה אומדן של הסכומים שהמדינה תידרש לשלם אם יתממשו סיכונים שקיבלה עליה בחוזה. בלא הצגת אומדן כזה הצגת עלות ו של פרויקט הרכבת הקלה בירושלים לוקה בחסר15 . לנוכח הליקויים שהועלו לעיל בהשגת מימון על ידי הזכיין, בעבודות התכנון ובעבודות הביצוע של פרויקט הרכבת הקלה בירושלים, וההסתברות הגדולה לחריגות מתקציב המד ינה שנקבע להשתתפות בעלויות הזכיין בביצוע הפרויקט, על הגופים האחראים לפרויקט מטעם המדינה - משרד האוצר, משרד התחבורה ועיריית ירושלים - לבחון את הסיבות שהביאו לכך ולהפיק לקחים להמשך ביצוע ו ולביצוע פרויקטים דומים בעתיד. על המדינה לבחון גם את אופן טיפולה בחלק הפרויקט שהיא הייתה אחראית לביצועו, שהביא לחריגות גדולות מהתקציב המקורי שיועד לו.
לפי דוח ההתקדמות החודשי ליוני 2007 ,שהגיש הזכיין ליחידת המהנדס נדחה מועד סיום הפרויקט שנקבע בעת הסגירה הפיננסית ב-13 חודשים, כלומר עד אמצע 2010 - כארבע שנים לאחר המועד שנקבע בחוזה המקורי. במשרדי התחבורה והאוצר ו במינהלה לא נמצאו נתונים על גודל ההפסד שנגרם למשק בגין העיכובים בביצוע הפרויקט. משרד מבקר המדינה העלה שלפי נתוני בדיקת הכדאיות הכלכלית של הפרויקט18 , ההפסד שנגרם למשק מדחיית הקמת הרכבת הקלה בירושלים מוערך במאות מיליוני ש"ח לשנה. מהמתואר לעיל עולים קשיים רבים בהם נתקל הפרויקט מאז תחילת ביצועו: עיכובים בהגשת תכניות העבודה ופגמים באיכותן; פיגור בקבלת היתרי בנייה ואישורי בנייה; אי -עמידה בלוחות הזמנים לביצוע העבודות בשטח; ליקויים בבטיחות העבודה וליקויים בטיבה. ליקויים אלה מצביעים על התארגנות לקויה של הגורמים האחראים לביצוע הפרויקט.