משרד הבריאות . מעמדו המעורב של משרד הבריאות כמאסדר וכבעלים של בתי חולים ממשלתיים לא פנה משרד הבריאות לוועדת המחירים 2013 הביקורת העלתה שמאז על מנת לעדכן את מחירי הצנתורים. עם זאת, לנוכח הפער הקיים בין 2013 המחירון לבין המחיר בפועל, החליטה ועדת המחירים בשנים להפחית את מחיר הצנתורים עבור השנים הללו. את ההפחתה 2014-ו בתי החולים וקופות החולים, ישלימו גיבוש של הצעה משותפת למנגנון התמחור של טיפולי הרדיותרפיה. רצוי גם שהם יסכמו מראש על לוח זמנים לסיום המהלך וישקלו לקבוע גורמים חיצוניים מוסכמים בעניין זה, שיסייעו בתהליך, אם לא יצלח הדבר בידם. במקביל, מומלץ כי חטיבת המרכזים הרפואיים הממשלתיים תיזום ותקדם תוכנית לבחינה סדורה של כלל תעריפי השירותים הרפואיים של בתי החולים הממשלתיים ושוועדת המחירים תשוב ותתכנס באופן שוטף, ובמנותק מהמחלוקת בסוגיית תמחור הרדיותרפיה. הכלליים. ואולם, מומלץ שמשרד הבריאות יקבע מתכונת אחידה לדיווח מקוון, נלווה לדוח הכספי של בתי החולים, על מנת לאפשר ניתוחי יעילות והשוואות קבועים בין בתי החולים הכלליים. ראוי שמשרד הבריאות יבחן מתכונת דרישות אחידה, לפי סיווג בתי החולים לאשכולות ובהתאם למאפיינים של כל אשכול (גודל בית החולים, מיקומו וכו'), לרבות בכל הנוגע לצורך בהתייעלות. בהתאם, עליו להנחות את חטיבת המרכזים הרפואיים הממשלתיים לפעול מול בתי החולים הממשלתיים. ראוי גם שמשרד הבריאות ישקול קביעה של תנאים להקצאת תקציבי הסיוע הן לבתי החולים הממשלתיים והן לעצמאיים - ציבוריים. באופן שיתמרץ אותם להתייעלות. יש לציין לחיוב את הניתוח שביצע האגף לפיקוח על מערך האשפוז במשרד הבריאות לשם השוואת מדדים פיננסיים של כלל בתי החולים מן המצב המתואר לעיל עולה שמשרד הבריאות אינו מקדם הליכים לעדכון מחירים בגין פעולות ושירותים רפואיים שונים ואינו מביא את כפי שהמשרד ציין באתר שלו, אחד מתפקידי החטיבה הוא הפרדה בין תפקידיו הרגולטוריים של המשרד לבין התפקידים הנוגעים לניהול ולפיקוח על המרכזים הרפואיים; משכך, ראוי שהמשרד יחדד את המשמעות של יעד זה וינחה את החטיבה לנקוט פעולות לשם הגשמת היעדים שנקבעו לה בכל הנוגע לדואליות הקיימת בתפקידי המשרד ובהתחשב בהמלצות של הוועדות הציבוריות השונות. כמו כן, מומלץ כי משרד הבריאות יקיים בחינה סדורה, מידי תקופה, בדבר עמידת החטיבה ביעד זה. משרד מבקר המדינה מציין כי בהינתן שהמחלוקת בין משרדי הבריאות והאוצר בעינה עומדת ראוי שבהתאם לפסיקת בג"ץ הם יפעלו לגיבוש מנגנון הכרעה ביניהם, זאת, בין אם בהבאת הסוגיה לפתחה של הממשלה, ובין אם בכל דרך אחרת. נעשו כמעט בכל שנה כמה עשרות 2015 - 2000 מן הנתונים עולה כי בשנים ; ואולם 46עדכונים של קודים בתעריף, ולעיתים אף למעלה ממאה עדכונים עדכונים בלבד בשנה. 10 נעשו בממוצע 2018 - 2016 בשנים מכאן שהורדת מחיר יום האשפוז כפי שהמליצה ועדת המחירים הייתה פוגעת בתזרים המזומנים של בתי החולים הממשלתיים. לעומת זאת קופות החולים צפויות היו ליהנות מהורדת המחיר. סוגיית עדכון מחיר יום האשפוז והשלכותיה על תזרים המזומנים 2015 של בתי החולים הממשלתיים ושל הקופות, ובפרט ביחס לשנים , מדגישה את המחלוקת בין עמדת משרד האוצר לבין עמדת 2016 - משרד הבריאות. מחלוקת זו נדונה גם בבג"ץ, שקבע כי על משרדי הבריאות והאוצר להפעיל את שיקול הדעת המסור לרשותם, לשם קביעת מנגנון לעדכון מדד יוקר הבריאות. חרף תיקון חלקי של מנגנון עדכון המחירים בעקבות פסיקת בג"ץ, נותרה השחיקה בעינה והיא משליכה באופן שלילי על המצב הפיננסי של קופות החולים. ההחלטות שהתקבלו הינן בסמכות שר הבריאות ונומקו על ידיו, אך עם זאת נוכח ההשפעה האפשרית שיש למתח המובנה שבו נמצא משרד הבריאות, כמי שנושא בכפל כובעים, על קבלת ההחלטות שלו ממליץ משרד מבקר המדינה, שלפני קבלת החלטות בעניין מדד מחירי יום האשפוז, כמו גם החלטות אחרות שיש להן השלכות פיננסיות על בתי החולים וקופות החולים, משרד הבריאות יבחן ביסודיות את מכלול השיקולים, ובפרט הפיננסיים. .אין זה סוד שמערכת הבריאות בישראל נמצאת במצוקה תקציבית קשה קופות החולים מתנהלות בשנים האחרונות בנסיבות קבועות של מצוקה תקציבית המחייבת פעם אחר פעם פעולות לצמצום הגירעון - בין המזרימים להן תקציבים ובין שבאמצעות 43שבאמצעות הסכמי ייצוב כיסוי גירעונותיהן ממקורות עצמיים. הפער הקיים בין מדד מחיר יום אשפוז למדד יוקר הבריאות הוא אחד מן התורמים לגירעונות אלה. הנסיבות המתוארות לעיל מחייבות אפוא את משרדי הבריאות והאוצר לאתר דרכים לגיבוש מנגנון לקבלת החלטות מיטביות. כמו כן, על משרד הבריאות לבחון דרכים לשיפור מדיניותו באופן כללי, בהתחשב במתח המובנה שלו כמאסדר וכבעלים בעת ובעונה אחת, וכן לבחון את השלכותיה האפשריות של סוגיה זו על מערכת הבריאות בכלל. משרד מבקר המדינה מציין כי על הוועדה להתכנס במתכונת סדורה ועתית על מנת להידרש לתמחור הקודים בהיקף הנדרש בכדי להימנע מעיכובים בעדכון של פעולות רפואיות.
בביקורת עלה כי אין תיעוד לכך שטרם קבלת ההחלטה מאוגוסט , נעשתה עבודת הכנה אשר בחנה את הצורך בתפיסה חדשה - כזו 2015 המצדיקה את ביטול הרשות ומנמקת את הקמת החטיבה. עוד עלה כי הצעת ההחלטה הוגשה בלי שצורפו לה דברי הסבר. במצב שבו החלטת ממשלה חדשה מבטלת החלטת ממשלה קודמת שהתקבלה רק שנה קודם, ושנבעה מאימוץ מסקנותיה של ועדה ממשלתית מקצועית, נכון היה לצרף להצעת ההחלטה דברי הסבר, כפי שנקבע בתקנון עבודת הממשלה.