משרד הפנים . היבטים בתפקוד משרד הפנים כמאסדר של השלטון המקומי נמצא כי במחוזות שנבדקו כמעט שאין משתמשים באופן שוטף ושיטתי בדוח המדדים, כדי להעריך את מצבן הכספי של הרשויות. בדרך כלל מתמקדת הבדיקה במחוזות בפער שבין התכנון לביצוע כפי שהוא משתקף בדוחות הכספיים. גם במטה המשרד אין גורם המופקד על ניתוח מצבן הכספי של הרשויות בהתאם למדדים האמורים. משרד מבקר המדינה העיר למשרד הפנים, כי העיכובים בהשלמת הביקורת על הדוחות הכספיים אינם עולים בקנה אחד עם הוראות התקנות בעניין זה, ועם ההנחיות שהוא עצמו פרסם. על משרד הפנים לפעול לקיצור לוחות הזמנים להשלמת הד וחות המבוקרים, כדי להשיג את המטרות של הפיקוח והבקרה - שהליכי קבלת ההחלטות יתבססו על מידע אמין ועדכני. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי היה לבקש מחברת הייעוץ להכין דוח כתוב המסכם את הליך הבחינה, את הממצאים ואת ההמלצות, משום שהמידע במצגת הוא מידע חלקי, ואינו כולל הסברים משלימים שניתנו בעל פה למספר מצומצם של אנשים שנכחו במהלך הצגתה. כתוצאה מכך נפגע שימור הידע בארגון. מאז הגישו ועדת ברנע וועדת אמרני את המלצותיהן, לפני למעלה מעשור, ההמלצות לא יושמו. הרשויות המקומיות ממשיכות לדווח במתכונת הקודמת שנמצאו בה ליקויים. שיטה זו עלולה לגרום לקבלת החלטות מוטעות, מאחר שהיא אינה מאפשרת לתת לגורמים המוסמכים דין וחשבון מלא, בהיר ומהימן על מצבן הכספי של הרשויות. לפיכך עלול הדבר לפגוע בעקרון הנשיאה באחריות של הגורמים המופקדים על ניהול הכספים והנכסים ובעקרון השקיפות לציבור - החיוניים למינהל ציבורי תקין. משרד מבקר המדינה העיר למשרד הפנים על תפקודו הלקוי שהתאפיין בסחבת ממושכת ובמחדל ביישום השינוי שנמצא חיוני לתהליכי קבלת החלטות תקינים ולשקיפות בענייני הכספים והנכסים של הרשויות המקומיות. משרד מב קר המדינה מציין, כי ביזור חלקי של הסמכויות למחוז עשוי לייעל רק את העסקאות שיטופלו במחוז, אך בהליך אישורן של שאר העסקאות עדיין יישארו הליקויים שמצאה החברה בהליך הקיים - ריבוי גורמים המטפלים בתיק, כפילות בהליך הבדיקה ומשוב שניתן לרשות המקומית מכמה גורמים. ,על משרד הפנים להדק את הפיקוח בנוגע לאישור עסקאות המקרקעין כדי שימולאו הוראות החוק בעניין זה. יש מקום לשקול את שילובה של בדיקת הנושא בתכנית העבודה של אגף הביקורת, ולרענן את ההנחיות לרשויות המקומיות. מהאמור לעיל עולה שהליקויים שהצביע עליהם דוח מבקר המדינה בעבר - לא תוקנו. משרד מבקר המדינה העיר למשרד הפנים, כי ראוי לבחון את הליקויים הארגוניים והמינהליים המביאים לידי כך שתהליכי אישור התקציב מתמשכים זמן רב וחלקם אינו ממוצה, כדי להפכם ליעילים ומועילים. על משרד הפנים לבחון אפשרות לפשט את תהליך אישור התקציב, ולנקוט פעולות נגד רשויות שאינן פועלות על פי הנחיות הממונים בנוגע לתקציביהן. .מכאן שחלק ניכר מהרשויות המקומיות (למעלה ממחציתן), לא הגיש למשרד הפנים בקשות לאישור פעולות במקרקעין זה שלוש שנים; אמנם, ייתכן כי חלק מהרשויות האלה לא ביצעו כל פעולות במקרקעין, ואולם המשרד אינו נוהג לברר את הסוגיה. משרד מבקר המדינה ממליץ למשרד הפנים לבחון את האפשרות לשפר את תהליך אישור הבקשה של עסקאות מקרקעין באמצעות מחשובו, כלומר - מתן אפשרות להגשה מקוונת של טפסים ומסמכים. כך יוכלו הרשויות לקבל משוב מהיר אם הגישו את הבקשה באופן תקין, או לתקן את הנדרש במהירות. הדבר עשוי ליעל גם את הטיפול בבקשה, משום שכך יוכלו כל הגורמים העוסקים בנושא במשרד הפנים לראות את הבקשה בשלמותה בו-זמנית.
מכל האמור לעיל עולה, כי גם הליכי התכנון של היישוב וגם ההליכים לשינוי תחום השיפוט (שלעתים כרוכים אלה באלה) נמשכים שנים רבות ואינם מושלמים, והנימוקים לעיכובים אינם תמיד ברורים; משנת 2005 ועד ינואר 2012 חלפו כשבע שנים, ובכל זאת לא נפתרה סוגיית המחסור בשטחים ביישוב. כתוצאה מכך מתעורר חשש כי פיתוחו של היישוב אינו נעשה בהתאם לצרכיו. בשל העובדה שליישובים רבים אין תכניות מתאר תקפות, ולעתים חלים עיכובים בהכנתן, על משרד הפנ ים לגבש מדיניות בנוגע לדרך הפעולה הראויה לקביעת תחומי שיפוט בתנאים כאלה, וכן לקבוע כללים בנוגע לזיקה שבין תכנון מתארי לקביעת תחומי השיפוט.