המשרד לביטחון הפנים . העברת הטיפול בבתי המעצר ממשטרת ישראל לשירות בתי הסוהר החלטת השר חייבה את המשטרה ושב"ס להיערכות מחודשת בנושא ולתיאום ביניהם. הטיפול בעצורים כולל היבטים רבים: היבטים מינהליים, שעיקרם הליכי קליטת עצורים המובאים לשב"ס בידי המשטרה; היבטים רפואיים כגון קליטת עצורים חולים או קליטת עצורים פגועי נפש; והיבטים מודיעיניים, ובהם העברת עצורים בין מתקני כליאה בגין סכסוכי עצורים. היבטים אלו חייבו הכנת הסכם מתכלל, שיסדיר את הנושאים הבעייתיים, ושממנו אפשר יהיה לגזור נוהלי עבודה מפורטים. משרד מבקר המדינה העלה כי במשך שש שנים, מאז החלטת השר להעביר את מערך הכליאה והליווי של משטרת ישראל לידי השב"ס והתחלת יישומה של ההחלטה, לא חתמו המשטרה ושב"ס על הסכם מתכלל, המסדיר זאת. בפועל לא נחתם הסכם כזה בין שני הגופים, ותחת זאת כל מחוז במשטרה חתם עם גורמי שב"ס הפועלים בתחומו על הסכם שהסדיר את העברת המערך ברמה המחוזית בלבד. במהלך השנים הללו נעשו ניסיונות לגבש הסכם מתכלל, אולם הם לא צלחו, הוכנו כמה טיוטות בידי המשרד לבט"פ, המשטרה ושב"ס, אולם אף אחת מהן לא הבשילה לכדי הסכם חתום ומחייב. המחלוקות בעניין זה נמשכות מאז החלה העברת האחריות אל שב"ס בשלהי שנת 2007 ., אולם המשטרה ושב"ס לא יישבו אותן נמצא כי המשטרה ושב "ס חלוקים כבר כמה שנים בנוגע לפרשנות של יישום שני הסבבים. לפי גרסת השב"ס, סבב הבוקר מפזר עצורים בין בתי המשפט ותחנות המשטרה, וסבב הערב אוסף את העצורים ומחזירם למתקני הכליאה. לפי גרסת המשטרה כל סבב צריך לכלול גם פיזור וגם איסוף עצורים. חילוקי דעות נוספים התעוררו עקב סירוב שב"ס להביא או להחזיר עצורים ליחידות שאין בהן תאי שהייה15 , דבר שבעטיו שוטרים נאלצו לבצע ליוויים אלו. משרד מבקר המדינה מעיר שמנתוני המשטרה עולה כי המטרה שעמדה ביסוד החלטתו של השר לבט"פ, העברה של העיסוק במשמורת עצורים מהמשטרה, לא הושגה במלואה: המשטרה המשיכה לבצע - באמצעות שוטרים בניידות סיור - כ- 20,000 ליוויים בשנה. כמו כן המשיכה המשטרה להלין במתקניה כ- 23,000 .עצורים בשנה במשך השנים החלו רק ביישום חלקי של השימוש באמצעים חלופיים שישמשו את גורמי אכיפת החוק כחלופה למעצרים. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לבט"פ, בשיתוף יתר הגורמים השותפים בשרשרת אכיפת החוק, לבחון את המקרים שבהם נדרש להרחיב את השימוש באמצעים האמורים. שימוש מושכל באמצעים אלה יסייע להתמודד עם עומס הכליאה ולצמצם את השימוש במעצר ככלי לצורכי חקירה במקרים שבהם הוא אינו נדרש. למרות ההבהרות שהוכנסו להסכם 2014 בנושא ההיבטים הרפואיים בקליטת עצורים עדיין נותרו קשיים בחלוקת האחריות בין השב"ס למשטרה בנושא זה. המחלוקות הרבות בנושא חייבו הכנת נהלים מפורטים המסדירים את כל ההיבטים הרפואיים - בהתייחסות לסוגי החבלות, המחלות והתרופות - תוך חלוקה ברורה של האחריות לנושאים אלה בין המשטרה לשב"ס, אולם נהלים כאלה לא הוכנו. המשטרה ושב"ס נדרשים להכין את הנהלים האמורים כד י למנוע את הבעיות שעלו כתוצאה מאי-הבהירות בתחום זה. נמצא כי תלונות רבות הגיעו למשל"ט בנושא ויסות 17 העצורים, לרבות לגבי בתי מעצר שלא קלטו עצורים מהטריטוריה שלהם עקב מגבלת מקום או בגלל סכסוכים בין כנופיות ובין עצורים. הסכם 2014 נועד למנוע הישנות מצבים שבהם נאלצו היחידות המשטרתיות לבצע ליוויים בין בתי מעצר בשב"ס, וגם מקרים שבהם נאלצו השוטרים לחזור בבוקר כדי לקחת את העצורים לבית המשפט. מצבים אלה החמירו אפילו יותר נוכח הסירוב של יחידת נחשון לקלוט עצורים כבר בבתי המשפט, וזאת בשל החשש שבית המעצר לא יסכים לקלוט עצורים אלה. ויסות העצורים הוא נושא המחלוקת העיקרי בין שני הגופים וללא פתרון מוסכם לבעיה זו יימשכו חילוקי הדעות בין הגופים, הפערים ביניהם יעמיקו, יחסיהם יחמירו, עבודתם תיפגע ותביא לפגיעה בעצורים. המשרד לבט"פ נדרש לעגן בכתב, בחתימת שני הצדדים הסדר מפורט המסדיר את מכלול ההיבטים של סוגיה זו, כדי שהמשרד יוכל לעקוב אחרי תהליכי גיבוש ההסכם, לוודא שבסופו של יום אכן יושג פתרון ישים ומוסכם בין הגופים ולעקוב אחרי יישומו. המשטרה לא אספה במהלך השנים נתונים על מספר הפעמים שבהם נעשה שימוש בסמכותו של קצין משטרה כדי לשחרר עצור בתחנה. בידי המשטרה אין נתונים המלמדים אם היא עשתה שימוש מיטבי בהליך זה, והיא אף לא בחנה מה השיעור של שחרורים אלה מתוך כלל המעצרים שבהם אפשר היה לשחרר את העצורים בתחנות המשטרה, ובכך להימנע מפגיעה מיותרת בחירותם וכן להקל על עבודתם של בתי המשפט ושב"ס.
לעתיםהפעולות ש נוקט שב"ס לשיפור תנאי החזקת העצורים אינן מיטיבות עמם. לדוגמה , שב"ס מנסה לעמוד בתקנים מינימליים של החזקת עצורים, ולשם כך הוא משפץ את מתקניו, דבר הגורם לצמצום יכולתו לקלוט עצורים. במצב זה קטֵן מספר מקומות הכליאה, ומשטרת ישראל נדרשת להעביר עצורים למתקני כליאה מחוץ למחוזות. פתרון זה, הגורם לבזבוז משאבים ולריבוי ליוויים, מוביל לכך שחלק מן היחידות במשטרה מבכרות ל וותר על ניוד העצורים אל מחוץ למחוזותיהם ומחליטות על שחרור העצור או על כליאתו במתקני משטרת ישראל.