המשרד להגנת הסביבה . טיפול המדינה בשיקום נחלים - המשרד להגנת הסביבה המצב בבאקה -ג'ת מדגים את הבעייתיות של המדיניות הזאת: העירייה השיבה בנובמבר 2010 למשרד מבקר המדינה בעניין תרומתה לזיהום נחל חדרה כי המדינה השקיעה בהקמת מט"ש אשר פועל מינואר 2010 רק בכ-20% מכושר הייצור שלו, מאחר שתשתיות הביוב הקיימות בעיר מחוברות רק לכ -30% מהבתים, ורוב הביוב הגולמי מוחדר דרך בורות סופגים לאקווה ולערוצי הנחלים ואינו עובר תהליך של טיהור והשבה לשימוש חקלאי. אמנם כבר בראשית שנת 2007 החליטה מועצת העירייה להצטרף לתאגיד אזורי למים וביוב , אך למרות פניות חוזרות ונשנות לתאגיד מים אזורי סמוך ועל אף פניות למשרדי הפנים, התשתיות, האוצר והגנת הסביבה - טרם נמצא תאגיד אזורי שאליו תוכל העירייה להצטרף. אי לכך בשנים האחרונות העירייה אינה מקבלת מרשות המים מענקים והלוואות להקמת תשתית ביוב. .לדעת משרד מבקר המדינה, סביר שאי -קיומה הרציף של מינהלת נחל חדרה והשינויים הרבים בהרכבה הם אחד הגורמים לאי -קידום שיקום הנחל. מן המתואר לעיל עולה כי מינהלת הנחלים הארצית, אשר נועדה להיות גורם מתאם ומנחה בשיקום הנחלים, לא עשתה זאת כראוי שכן היא התכנסה בשנים האחרונות בתדירות נמוכה וסיכומיה היו בגדר המלצות בלבד. לדעת משרד מבקר המדינה, ההצעה לשינוי חוק הניקוז היא הזדמנות להשגת יעדים נוספים ויש למנף אותה: על המשרדים הנוגעים בדבר לשקול שינויים בהצעה שיזמו משרדי החקלאות והאוצר שתוצאתם תהיה התאמה גדולה יותר בין חוק הניקוז, הפקודות לשימור קרקע וחוק הנחלים. לחילופין, יש לשקול יוזמה לאינטגרציה של חוקים ופקודות אלה ליצירת חוק חדש על פי התפיסה האגנית. לדעת משרד מבקר המדינה, החזון של השבת מי המקור לנחלים והפסקת השאיבה כליל יכול להתממש, אם בכלל, בעתיד הרחוק, לאחר שכמות המים המותפלים תאפשר מילוי ושיקום של האקוות, שפיעה מחודשת במעיינות והפסקת שאיבת חלק ממי המקור. אשר על כן יש לתכנן את יעדי השיקום ההידרולוגי לכל נחל בנפרד בד בבד עם בחינה כוללת של צורכי משק המים. בעניין זה יכול להיות למינהלת הנחלים הארצית או לרשות אגנית תפקיד חשוב. משרד מבקר המדינה העיר למשרד כי אם לדעתו החלטת הממשלה לא הייתה בת-ביצוע - היה עליו ליזום את שינויה. משרד מבקר המדינה מעיר, כי גם אם תגדל הגבייה מהרשויות המקומיות לטובת מפעלי ניקוז, אין בכך כדי להבטיח כי החלק שיופנ ה לשיקום נחלים, אשר הצעת השינוי של חוק הניקוז במתכונתה הנוכחית כאמור מתעלמת ממנו - יגדל גם הוא. התברר כי המשרד עדיין לא התקין תקנות בנוגע לאיכות מי ברכות הדגים המותרים להשבה לנחלים כדוגמת התקנות שהתקין בנוגע לתוצרי המט"שים המותרים בהזרמה לנחלים. יצוין כי כבר בשנת 2001 עסק המשרד בסוגיה זו, אך טרם חל שינוי בתקנות. המשרד גם לא הנחה את מגדלי הדגים, עד להתקנת תקנות בעניין, לנקוט אמצעים כגון אלה שהוצעו במחקר למגדלי הדגים באזור נחל חרוד50 : סחרור מים מרבי בין 2. על פי "תכנית לאומית לשיקו ם נחלים" שפרסם המשרד בנובמבר 2008 , נדרשת השקעה נוספת של כשני מיליארד ש"ח להשלמת שיקום ראוי של נחלי ישראל. בשנים 1998 -2010 השקיע המשרד בעניין זה כתשעה מלש"ח בממוצע מדי שנה. בהנחה שקצב ההשקעה בשיקום נחלים בידי המשרד ייוותר כשהיה ושיעור השתתפותם של גורמים אחרים (כגון קק"ל) לא יפחת - יידרשו עוד כמאה שנים על מנת לסיים את שיקום הנחלים בישראל. יוצא אפוא, שגם לאחר הקמת רשות המים והביוב במתכונתה החדשה נותרה חל וקת הסמכויות בתחום המים בכלל ובתחום הנחלים בפרט מבוזרת בגופים רבים. הועלה כי השרים להגנת הסביבה הטילו על רשויות הניקוז הכפופות לשר החקלאות תפקיד סביבתי מובהק - שיקום נחלים - דרך קבע, בטרם נבדק לאורך זמן תפקודן הסביבתי של רשויות אלה ומבלי שנבדק אם יש או אין הצדקה לעשות זאת, כפי שנקבע בחוק הנחלים. השרים גם לא הסדירו בחקיקה את האופן שבו מתיישבים שני התפקידים יחדיו כאשר כל אחד מהתפקידים נעשה בכפיפות לשר אחר. צו ההסמכה של רשויות הניקוז היה ניסיון לשלב את פעולות הניקוז עם הפעולות לשימור הנחל בגוף אחד המחויב לפ עול על פי שני תפקידים אשר לא תמיד עולים בקנה אחד, אולם המשרד לא פעל לפתרון הבעיות הכרוכות בכך טרם אישור צווי הטלת התפקידים בשנים 2010- 200323 . הטלת תפקידי רשות נחל על רשויות הניקוז לא הייתה אפוא חלופה מלאה להקמת רשות נחל. 4. המשרד כמעט אינו יוזם פרויקטים בתחום שיקום הנחלים, אלא רשויות הניקוז עושות זאת לפי שיקוליהן וסדרי העדיפויות שלהן. אחד הביטויים לכך הוא שיטת התקצוב של הפרויקטים: המשרד פונה ב"קול קורא"24 לרשויות הניקוז, לשתי רשויות הנחל ולרשות הטבע והגנים להציע לו פרויקטים לשיקום נחלים אשר במימונם ישתתף לאחר שישפוט אותם על פי מדדים שקבע לעצמו. משרד מבקר המדינה העיר למ שרד כי מדיניות זו לא פורסמה במסמך המדיניות שלו משנת 2004 או בתכנית הלאומית לשיקום נחלים מ- 2008 , והיא אינה עולה בקנה אחד עם החלטות של מינהלת הנחלים הארצית משנות התשעים (למשל בעניין מתן קדימות לשיקום נחל חדרה ונחל שורק). לדעת משרד מבקר המדינה, אם מדובר במדינ יות הנוכחית של המשרד - יש מקום לפרסם אותה ולהביא בחשבון, בין היתר, את התועלות הכלכליות שחישב המשרד בתכנית הלאומית מ - 2008 , בה נמצא למשל כי התועלת הכספית משיקום נחל שורק היא שנייה במעלה רק לתועלת שתצמח משיקום נחל הירקון. לא נמצאה במשרד להגנת הסביבה עדות לעבודת מטה בעניין הפקת לקחים ובעניין ההתמודדות עם השאלות אם מוצדק אם לאו להטיל על כל רשויות הניקוז תפקידים של רשויות נחל, ואם לאחר שלוש שנות ניסיון ( 2005 -2008 ) היה מקום להאריך את הצו דרך קבע לכל שש רשויות הניקוז או לחלקן בלבד; לא נמצאה עדות לעבודת מטה לבחינת האפשרות להטיל על רשויות הניקוז תפקידים נוספים משבעת תפק ידי רשות נחל; כמו כן לא נמצאה עדות לעבודת מטה בעניין מינוי שני גופים ניהוליים נוספים לשיקום הנחלים הירקון והקישון: נוסף על רשויות הנחל הקיימות במורד - המשרד הטיל תפקידי רשות נחל על רשויות הניקוז שבמעלה נחלים אלה אף שנקודת המוצא וסדרי העדיפויות של כל גוף - שונים. נמצא כי לא כל מפעלי הניקוז הובאו לאישור אגף מים ונחלים במשרד להגנת הסביבה, ובמקרים רבים רשויות הניקוז לא העבירו תכניות של מפעלי ניקו ז שיזמו לאישור הוועדות המחוזיות. כמו כן היו מקרים שרשויות הניקוז הקימו את מפעלי הניקוז בד בבד עם הגשת תכניותיהם לאישור הוועדות המחוזיות. בנסיבות אלה לא יכלו הוועדות המחוזיות לבחון את ההשלכות הסביבתיות של מפעלי הניקוז, כמתחייב מהוראות תכנית המתאר הארצית לנח לים ולניקוז. לדוגמה, רשויות הניקוז שורק - לכיש וירדן דרומי ביצעו ב - 2007 פרויקטים של ניקוז שאושרו בידי הוועדות ההנדסיות של משרד החקלאות, אך לא בידי הוועדות המחוזיות לתכנון ולבנייה של ירושלים והצפון, בהתאמה. לדעת משרד מבקר המדינה, במקרים כאלה על הוועדות ההנדסיות במשרד החקלאות להימנ ע מלדון בתכניות ולהודיע לרשויות הניקוז כי עליהן לפנות לוועדות המקומיות לתכנון ובנייה לקבלת היתרי בנייה כדין. מאחר שהכוונה התכנונית, כפי שנקבעה בתכניות השלדיות עצמן ובתשובת המשרד, היא להכין בעתיד תכניות-אב ותכניות מתאר לאותם נחלים, וכיוון שאיסוף מידע הוא חלק בלתי-נפרד מן התכנון והבסיס לו, הרי שלא הושגו חיסכון כספי או קיצור זמן בהזמנת תכניות שלדיות שטחיות, וקיים חשש כי רשות הניקוז תממש אותן ללא בסיס מידע ראוי, כפי שתואר לעיל. .כאמור לעיל, המבנה הארגוני לטיפול בשיקום הנחלים, הנגזר מהחוקים הקיימים, מאופיי ן בפיצול סמכויות ותפקידים בין משרדי ממשלה רבים. כמו כן בטיפול הנוכחי בנחלים - ניתן דגש רב יותר לשיקולי הניקוז שבאחריות רשויות הניקוז הכפופות לשר החקלאות, והם גוברים על פי רוב על שיקולים סביבתיים אשר עליהם מופקד המשרד. בשנים האחרונות התגבשו הצעות לשינויי חק יקה שיכולה להיות להן השפעה ניכרת על הטיפול בשיקום הנחלים והן מתוארות להלן. מתשובות רשות המים והמשרד עולה כי המשרד אינו שותף מלא לניסוח החוק המתוקן: המשרד הסביר למשרד מבקר המדינה בנובמבר 2010 כי פנה למשרד החקלאות בבקשה להיות מעורב בגיבוש החקיקה החדשה כדי שיוטמעו בה היבטים סביבתיים, אך ישיבת מנכ"לים (משני המשרדים) בנושא, עד למועד תשובתו, טרם התקיימה. משרד מבקר המדינה העיר למשרד החקלאות כי בהיעדר עבודת מטה שנעשית בשיתוף כל בעלי העניין בנושא, ספק אם ההצעות של האגף לשימור קרקע וניקוז במשרד החקלאות מתאימות למכלול התפקידים והסמכויות של רשויות הניקוז. לדעת משרד מבקר המדינה, הצעת משרדי החקלאות והאוצר לצמצם את מספר רשו יות הניקוז מאחת עד שמונה לכל היותר וההתייחסות של משרד החקלאות רק לנגר ולניקוז אינה עולה בקנה אחד עם הגישה האגנית שייחס משרד החקלאות להצעתו, כעולה מתשובתו למשרד מבקר המדינה. .5. המשרד מצדו מחייב חוק אגן - "חוק אגן סביבתי ישרת נאמנה ויאפשר ניהול אינטגרטיבי נכון של האגן כשהסביבה נמצאת במרכז העשייה האגנית ושאר הנושאים כגון ניקוז מתלווים ומשתלבים בתוכה" 39 - אולם הוא לא קידם הצעת חוק בעניין זה, ובה בעת משרד החקלאות מקדם את שינוי חוק הניקוז במתווה אשר, כאמור, ספק אם יתרום לשיקום הנחלים. משרד מבקר המדינה העיר למשרד כי לאיגום מידע ולהפצתו אין צורך באישור של משרד האוצר. משרד מבקר המדינה העיר לרשות הניקוז כי מתשובתה ומצרופותיה עולה כי הסדרת הנחל בקטע הגן הלאומי נעשתה כפעולה דחופה, אולם על פי הנחיות בכתב ולא על פי תכנית כללית להסדרה ותכנית מפורטת לביצוע וללא מעורבות של אדריכל נוף ושל אקולוג. בנסיבות אלה היה על רשות הניקוז, שהוטלו עליה תפקידים של רשות נחל, לפעול בתיאום הדוק יותר עם רשות הטבע והגנים על פי מחויבותה לשמירת מתנות הטבע. .חדרה עשויה להמחיש את הצורך בראייה אגנית כפתרון ארגוני החיוני לשיקום של נחל באמצעות טיפול באינטרסים הרבים תחת קורת גג אחת. עקב תקלות שנובעות מבעיות תחזוקה בצנרת הולכת השפכים, בתחנות שאיבה ובמט"שים בכל הארץ ומחמת מחסור בנפח מאגרים - מוזרמים שפכים וקולחים לנחלים. אירועי ם כאלה במחוזות ירושלים והמרכז הם הרבים ביותר. על פי נתוני רשות המים והביוב ורשות הטבע והגנים, העיר המזהמת ביותר את הסביבה היא ירושלים, המזרימה כ -10 מלמ"ק של שפכים גולמיים לנחל קדרון. שכיחות גורמי הזיהום הקבועים במגזר הערבי גבוהה: נחל אלכסנדר סובל בחלקו העליון מזיהומים שמקורם במט"ש טירה ומחלק מהביוב הגולמי ומן הקולחים מאיכות נמוכה מטייבה ומקלנסווה; מקצת שפכי היישוב באקה-ג'ת זורמים לנחל חדרה; גם שפכי יישובים בוואדי ערה, אשר טרם חוברו למט"ש עירון שבבנייה, מזהמים את נחל חדרה; תקלות ואי -חיבור בתים לביוב בג'יסר -א-זרקא גורמים לזיהום במורד נחל תנינים. לדעת משרד מבקר המדינה, הגם שמדובר בנחלים קטנים - מן הראוי היה להכין את תכניות-האב החדשות על פי המודל של תכניות -האב הראשונות (ירקון, קישון, שורק, ירדן), ולו בפירוט מופחת, ההולם כל נחל בנפרד. על המשרד היה לחייב למצער את הכנת הפרקים העוסקים במצאי ובשיקום האקולוגי וההידרולוגי ובתחזוקה בכל תכנית, כפי שקבע בעצמו במסמך המדיניות שלו. לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שרשות המים והמשרד ישקלו להשית - במסגרת תנאי צווי ההרשאה - על מבקש הצו העתיד לזהם את הסביבה תשלום בשיעור שהולם את היקף הזיהום. לדעת משרד מבקר המדינה, אם רשות המים סבורה כי לוח הזמנים שנקבע בתקנות אינו ישים - עליה לפעול לשינויו. על פי חוק המים, אם נוכח מנהל רשות המים לדעת כי מים זוהמו, הוא רשאי להורות בצו כי המזהם יעשה את כל הנדרש להפסקת הזיהום. אם המזהם אינו ממלא את הוראות הצו, רשאי מנהל רשות המים לעשות את כל שפורט בצו, ומי שנצטווה ולא מילא אחר הוראות הצו יהיה חייב בתשלום ההוצאות הכרוכות בכך. לפי חוק זה ולפי חוק הפרשנות, דין אדם כדין המדינה או דין תאגיד. אשר על כן, מאחר שהבעיה הסביבתית הנוצרת מזיהום מי התהום והנחלים היא ברמה לאומית, ויש לה השלכות על בריאות הציבור ועל משק המים, והואיל וחלק מהרשויות המקומיות אשר אחראיות להסדרת העניין 43 כשלו בכך - מן הראוי שרשות המים ומשרד הפנים יבדקו את הנזק הסביבתי -חברתי -בריאותי שנגרם מאי- הקמת מפעלי ביוב עד הקמת התאגידים ברשויות המקומיות לעומת הנזק שנגרם מאי-הקמת התאגידים. משרד מבקר המדינה העיר למשרד כי תשובה זו אינה עולה בקנה אחד עם ממצאי הביקורת: במרבית המקרים רשויות הניקוז פועלות בנחלים דרך קבע והן היוזמות פרויקטים, ואילו מינהלות הנחל המקומיות לעתים קיימות ולעתים לא, ואף על פי כן נעשות פעולות של פיתוח ותחזוקה בידי רשויות הניקוז. יצוין כי ועדת החקירה הממלכתית המליצה לשקול את איחוד מנגנוני האכיפה של רשות המים ושל המשרד להגנת הסביבה. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שמדובר בתכניות לשיקום נחלים ולא בתכניות להסדרה ניקוזית, תשובת רשות הניקוז ממחישה את בעיית סדרי העדיפויות של רשויות ניקוז ואת בעיית זיקתן הארגונית. על פי הערכת רשות המים, בשנת 2013 יתאימו כ-353 מ-410 מלמ"ק של הקולחים (כ-86% ) לדרישות התקנות החדשות. עם זאת, רשות המים הסבירה בתשובתה למשרד מבקר המדינה כי התקנות קבעו לוחות זמנים מצומצמים ביותר לשדרוג הקולחים: הדבר מחייב היערכות ארגונית מבחינה הנדסית, סטטוטורית ותקציבית, ויידר ש לכך זמן ארוך יותר ממה שנקבע בתקנות. בשנים 2005 -2008 היה מיעוט קטן מהפרויקטים שתקצב המשרד פרויקטים מובהקים של שיקום אקולוגי (שמטרתם הוגדרה בידי המשרד, . בין היתר, השבת צמחיית הגדות והמגוון הביולוגי, השבת פיתולי הנחל ושמירת המופע הטבעי שלו), ואילו מרבית הפרויקטים שתוקצבו היו של פיתוח גדות הנחלים באמצעות שבילי אופניים ופארקים. לעומת זאת, הפרויקטים שיוזמת רשות הטבע והגנים בנחלים שקטעים בהם הם שמורות טבע או גנים לאומיים נושאים אופי של שיקום אקולוגי. מנכ"ל המשרד דאז הוסיף כי השר להגנת הסביבה סבור שיש לקדם שינוי חקיקה וגם מנסה לעשות זאת כך שרשויות הניקוז יהיו באחריות המשרד להגנת הסביבה כיוון שפעולותיהן ברובן "מתאימות יותר לפעולות המשרד להגנת הסביבה". כאמור לעיל, תוקפו של צ ו הטלת התפקידים מנובמבר 2005 על שש רשויות ניקוז נקבע לשלוש שנות ניסיון. בתיקון הצו בדצמבר 2008 נמחקה הגבלת הזמן. נמצא כי לפני הסרתה לא בחן המשרד אם יש מקום לדרוש משש רשויות הניקוז להכין סקר אקולוגי של הנחלים שבאחריותן כבסיס למסמך רגישות סביבתית ולאמנה בנוג ע לתחזוקת הנחלים כדי להבטיח את שילוב השיקולים הסביבתיים בהקמת מפעלי ניקוז. הנושא נדון בכמה הזדמנויות בין המשרד לבין רשות הטבע והגנים אך לא קרם עור וגידים. משרד מבקר המדינה העיר למשרד כי רשות ניקוז חוף כרמל עושה זאת כעשור ללא עזרתו של המשרד ולפני שהטיל תפקידים של רשות נחל על רשות ניקוז כלשהי. אשר על כן, על המשרד היה לבחון אם בידי רשויות הניקוז מצויים הידע והמשאבים לממן את תחזוקת הנחלים בטרם הטלת התפקידים דרך קבע. . מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה דאז הסביר במכתבו מיולי 2010 למשרד מבקר המדינה כי הולכת וגוברת הפנמת ההיבט הסביבתי ברשויות הניקוז; מדובר במהלך ארוך טווח שניתן לראות את תוצאותיו לאחר שנים רבות ולא בתוך שנים אחדות. עוד הסביר כי אין המצב דומה בכל רשויות הניקוז, ובאחדות התהליך עדיין בחיתוליו "ואנו עדים לעתים לפעילויות בעייתיות שאינן עולות בקנה אחד עם התפיסות הסביבתיות הנדרשות". בתשובה נוספת של המשרד מיוני 2011 הוא הסביר כי בכוונתו להפעיל סנקציות נגד רשויות ניקוז שיסטו מהנחיותיו המקצועיות. מהממצאים עלה כי לא תמיד פעלה רשות הניקוז בראייה סביבתית ועל פי המתחייב מדברי ההסבר של השר בצו הטלת התפקידים של רשות נחל, ולהלן שלוש דוגמאות מני רבות: משרד מבקר המדינה העיר למשרד להגנת הסביבה כי המעבר מהסדרת הניקוז והתחזוקה על פי גישה ההנדסית להסדרה על פי התפיסה האקולוגית בשטחים פתוחים, אשר אומצה במסמך המדיניות של המשרד, איטי. רשויות הניקוז פועלות במקרים רבים על פי הגישה ההנדסית, בין השאר, בגין כפיפותן המינהלית המוזכרת לעיל ובגין העובדה שהן מעסיקות מהנדסי מים לתכנון מפעלי הניקוז, ולא מעסיקות אקולוגים דרך קבע, וכן בשל העובדה שבמקרים רבים הן אינן מכינות סקר אקולוגי לפני תכנון של מפעל ניקוז ותחזוקה. כמו כן, במקרים רבים מהנדסי הניקוז עומדים בראש צוותי התכנון ולא אדריכלי הנוף28. משרד מבקר המדינה העיר לר שות הניקוז כי הפתרון שאותו נקטה יצר חיץ בין מי הנחל לבין הגדה ובתי הגידול שהיו בה, והוא פוגע בחלחול המים, מונע התפתחות בעלי חיים וצמחייה שהייתה בנחל ויוצר למעשה שטח סטרילי נטול חיים. יתר על כן - פתרון כזה מאיץ את זרימת המים בנחל שורק ועלול לגרום לנחיצות מפעלי ניקוז נוספים. לדעת משרד מבקר המדינה, במקרה של הטיית מי נחל ללא אישור של מנהל רשות המים על רשות הניקוז ליידע אותו על כך בהקדם; על פי חוק הניקוז, אם יראה צורך בכך, הוא רשאי לצוות על מי שעשה את הפעולה להשיב את המצב לקדמותו או לעשות זאת בעצמו ולחייב בתשלום את מי שהִטה את המים. אי -נקיטת פעולות אלה משמעותן העדפת צורכי החקלאים על פני צורכי הנחל ומבקריו. מהמקובץ עולה כי הפתרונות ההנדסיים ופעולות התחזוקה שאותם נקטה רשות הניקוז נחל שורק נתנו פתרונות מקומיים למניעת נזקי שיטפונות וסחף של גדות הנחל, אך היו משוללי ראייה סביבתית ושיקולים של פיתוח בר -קיימא ואף תרמו להרס של בתי גידול קיימים. לאור כדאיות השיקום של נחל זה והפוטנציאל החזוי של המבקרים בו, שצוין לעיל, ספק אם הסדרתו מנקודת מבט הנדסית בלבד תורמת למשיכת מבקרים. המקרה של רשות הניקוז שורק -לכיש ממחיש את חשיבות הבדיקה המוקדמת כבסיס להטלת התפקידים של רשויות נחל דרך קבע על שש רשויות ניקוז שפעלו בתקופת ניסיון של שלוש שנים, דבר שהמשרד לא עשה. 3. אף ששיקום הנחלים הוא אחד הנושאים היחידים שבהם יש למשרד תפקיד יזמי, הוא כמעט אינו יוזם תכנון מתארי של רצועות הנחלים לקביעת שימושי הקרקע המותרים והאסורים בהן; הוא מניח לרשויות הניקוז ליזום את עיקר הפרויקטים לשיקום על פי שיקוליהן וסדרי העדיפויות שלהן; הוא כמעט אינו יוזם פעולות של צבירת ידע, הכשרה והתמקצעות של רשויות הניקוז בתחום הסביבתי; הוא כמעט אינו יוזם מהלכים לעידוד הסדרה אקולוגית של נחלים במקום הסדרה הנדסית - הפוגעת בבתי הגידול; המשרד לא התמודד עם סוגיית המימון והניהול של התחזוקה בקטעי נחל ששוקמו, ובהעדר תחזוקה נאותה הוצאות שהוצאו עלולות לרדת לטמיון. 4. המשרד להגנת הסביבה אשר, בהתאם לחוק הנחלים, הסמיך את רשויות הניקוז, הכפופות לשר החקלאות, לשמש גם כרשויות נחל המופקדות על שיקום הנחלים, בחר למעשה בגופים שזמינות הפעלתם הייתה מיידית, אך לא תמיד שיקוליהם היו סביבתיים. המשרד לא הטיל את מלוא תפקידי רשות נחל על רשויות הניקוז בדרך שתבטיח איזון הולם בין שני התפקידים. המשרד לא בדק אם יש הצדקה שלא להטיל את תפקיד רשות הנחל על כל רשויות הניקוז וכמעט לא הקים רשויות נחל, שיכלו אולי למלא את התפקיד הסביבתי בצורה טובה יותר. המשרד לא פעל על בסיס עבודת מטה ולא השווה, למשל, את הישגי רשויות הנחל להישגי רשויות הניקוז כבסיס להחלטותיו. בהקמת שתי רשויות נחל בלבד ובהסמכת רשויות ניקוז כרשויות נחל בצורה חלקית מימש המשרד את כוונת חוק הנחלים רק בחלקה. עם זאת, בשנים האחרונות מסתמן שינוי בגישתן של רשויות הניקוז להיבטים הסביבתיים של שיקום הנחלים, ועל המשרד להחיש את התמורה. 5. הממצאים מלמדים כי המשרד לא קידם את מדיניות ו שלו בנושא: שיקום הנחלים משמעותו בראש ובראשונה שיקום המים והשבת בתי הגידול, אולם המשרד מעדיף לקדם פרויקטים שתוצאותיהם נראות בציבור מיד - טיפוח גדות הנחלים באמצעות פארקים ושבילי אופניים. בעניין זה אמנם חלו תמורה חשובה ושינוי תודעתי בקרב הציבור וראשי הרשויות, אולם כל עוד מוזרמים שפכים או בוצה למי הנחלים - השיקום רחוק מהשלמתו. 6. למשרד אין תכניות רב -שנתיות, סדרי עדיפויות, אבני דרך ומדדים לבדיקת הצלחת העמידה ביעדי השיקום. אם בשנות התשעים של המאה העשרים פעל המשרד במרץ בנושא שבנדון ועודד הכנת תכניות -אב מעמיקות, גייס מומחים מהאקדמיה וקיים פגישות סדירות של מינהלת הנחלים הארצית - בשנים האחרונות קטנה בהרבה עצימות פעילותו. 7. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לשקול ליזום שינויי חקיקה אשר יתאימו את ההיערכות הארגונית לטיפול מיטבי בנחלים לגישה האגנית; לפעול לאיתור פתרון לבעיית הניהול והמימון של תחזוקת הנחלים; לקבוע מדדים להצלחת השיקום; ליצור איזון ראוי בין השיקום הנופי של הגדות לבין שיקום המים ובתי הגידול בנחלים; לשקול שינוי במעמד של מינהלת הנחלים הארצית כדי לתַקף את החלטותיה ולהגדיל את השפעתה. .1. בעשרים השנים האחרונות גברה ההכרה בחומרת מצבם של הנחלים בישראל, מחד גיסא, ובפוטנציאל הטמון בהם כשטחים פתוחים איכותיים, מאידך גיסא. המשרד להגנת הסביבה פעל לקדם את שיקום הנחלים ונחל הצלחות ניכרות בשיפור איכות מי נחל הקישון ונחל הירקון ובפיתוח גדות נחל אלכסנדר. אולם לא ניתן להצביע על נחל כלשהו אשר שוקם במלואו לכל אורכו. מממצאי דוח זה עולה כי בקצב ההשקעות שהיה בעת הביקורת יידרשו עוד כ-100 .שנים להשלמת שיקום הנחלים 2. החוקים הקיימים קובעים את המבנה הארגוני לטיפול בנחלים. בעולם מקובלת הגישה האגנית שעיקרה - בחינה כוללת של מקורות המים באגן היקוות אחד ואיזון אינטרסים בין המשתמשים באמצעות פעילות אינטגרטיבית של המשרדים הנוגעים בדבר. בישראל הטיפול בנחלים מאופיין בפיצול בין גורמים רבים ובאי -איזון: המשרד להגנת הסביבה מופקד על שיקום הנחלים, אולם שיקום המים, הפעולה החשובה ביותר, הוא בסמכות רשות המים והביוב, וביצוע העבודות הוא בידי רשויות הניקוז הכפופות לשר החקלאות. המשרד לא התייחס ליזמת חקיקה של משרד החקלאות לחיזוק כפיפותן של רשויות הניקוז למשרד החקלאות במחיר פגיעה אפשרית בשיקום הנחלים.
המשרד הסביר בתשובתו מנובמבר 2010 כי בהי ותו מאסדר (רגולטור) הוא אינו יוזם תכניות מתאר משום שזה תפקידו של מנהל התכנון במשרד הפנים. מנגד, במסגרת "קול קורא" לשיקום נחלים שהוא מפרסם, ניתן בקלות יחסית לקבל מימון לתכנון סטטוטורי של אגני נחלים. לדעת משרד מבקר המדינה, ייזום תכנון הוא מעשה מובהק של אסדרה , ולכן על המשרד לעסוק בכך. עליו ליזום תכנון מתארי של רצועות נחלים, למצער במקומות שבהם קיים חשש מיידי של בינוי בתחום פשט ההצפה, ולא להמתין לכך שרשויות הניקוז ייזמו זאת ויבקשו את עזרתו במימון.