הרשות הממשלתית למים ולביוב . זיהומי מים בין מדינת ישראל לשטחי יהודה, שומרון ורצועת עזה - המשרד להגנת הסביבה - מטלה בין משרדית . הביקורת העלתה כי מאז הפרסומים בתקשורת שבעקבותיהם התוודע משרד התשתיות לנושא, פעל משרד התשתיות, ובראשו השר יובל שטייניץ, לטובת אישור העברת חשמל למט"ש בעזה. ואולם, פעולות אלה נעשו באיחור של שלוש שנים, שבמהלכן ניתן היה לקדם חיבור של המתקן לחשמל ולזרז את הפעלתו. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התשתיות כי עליו להפיק לקחים ממקרה זה כדי לוודא שבעתיד יקבל המשרד את כל המידע הרלוונטי בנושאים הנוגעים לתשתיות אנרגיה או מים בישראל. .משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המים, למנהא"ז, למשרד להג"ס ולמשרד החקלאות כי עליהם לפעול לפתרון בעיית העקר משני צדי הקו הירוק, ולא להסתפק בטיפול בצד הישראלי בלבד. טיפול בצד אחד בלבד אינו נותן מענה לזיהום מי תהום ולנזקים סביבתיים ביו"ש, ומעלה במ ידה רבה את עלויות הטיפול בישראל. במסגרת טיפול כולל בבעיית העקר, שבו יהיו שותפים כל הגורמים הממשלתיים הרלוונטיים, מומלץ לבחון פתרונות בשיתוף הצד הפלסטיני, הבנק הגרמני וגורמים בינלאומיים נוספים, ואף לשקול הסתייעות בארגוני חברה אזרחית, עידוד יזמּות פרטית ומעורבות גורמים מקומיים. עד שיימצא פתרון כולל, על המנהא"ז לפעול לצמצום הבעיה באמצעות אימוץ פתרונות זמניים על בסיס ניסיון העבר ואגב היוועצות בגורמי המקצוע, מרשות המים ומרט"ג. כמו כן עליו לקדם פעולות הסברה לתושבים. מוצע כי מתפ"ש ורשות המים יעלו נושא זה לדיון בו ועדת המים המשותפת לכשתתכנס או בוועדת משנה שלה לצורך תיאום הטיפול בנושא115 . .חיבור קולחי המט"ש לצינור שיעביר את המים להשקיה חקלאית הוא פתרון מיטבי, המאפשר הן את הפסקת זרימת הקולחים בנחל והן שימוש חוזר במים לגידולים החקלאיים. מכאן עולה כי אף על פי שבמשרד החוץ יש בעלי תפקידים המתמחים בעבודה מול גורמים בינלאומיים, גורמים מקצועיים אלה הורחקו מעיסוק בזירה הפלסטינית, ומשכך הם אינם שותפים פעילים בקידום פרויקטים ברש"פ מול גורמים בינלאומיים. הביקורת העלתה כי אף שנושא המים והאנרגיה ברש"פ נמצא על סדר יומם של כנסי התורמות, הנציגות הישראלית לכנסים אלה בראשות משרד החוץ לא ניצלה מפגשים אלה המתקיימים פעמיים בשנה לקידום פרויקטים בתחום מניעת זיהומי מים משטחי יו"ש ורצועת עזה. .הביקורת העלתה כי אף על פי שפועל במשרד להג"ס אגף יחסים בינלאומיים, ככלל המשרד אינו עוסק בנושאים של מפגעי סביבה מיו"ש ומרצועת עזה מול גורמים בינלאומיים. . בישראל נוקטים מעת לעת הגורמים הממשלתיים האחראים- רשות המים, המשרד להג"ס ומשרד החקלאות - פעולות מסוימות שנועדו להתמודד עם בעיית העקר, כמו תמיכה כספית לתאגידי מים וביוב ולמועצות אזוריות לפינוי שפכים מבתי בד109 ופרסום הנחיות לחקלאים לפיזור העקר110 .לעומת זאת, גורמים אלה והמנהא"ז אינם מטפלים כלל בבעיית העקר ביו"ש, אף שהזיהומים במקומות הללו גורמים נזקים למי תהום, לנחלים ולמט"שים גם בשטחי מדינת ישראל. בעקבות היעדר טיפול ביו"ש נדרשו השקעות כספיות כבדות בצד הישראלי בפתרונות חלקיים שלא האריכו ימים. .לאור העובדה שבמקרה זה ישראל קיבלה על עצמה לטפל בשפכי הרש"פ ואף עומדת לבנות לשם כך תשתיות ארוכות טווח, בקזזה מכספי המסים של הרש"פ את עלויות הקמת התשתית והתפעול, נראה שתכנון משותף ומתואם של התשתיות, בישראל וביו"ש, היה משיג תוצאה טובה יותר לשני הצדדים. על רשות המים ועל המנהא"ז לפעול במטרה שהטיפול בשפכים הפלסטיניים ייעשה בתחומי יו"ש. כן עליהם לשפר את מנגנוני שיתוף הפעולה והתיאום שלהם ב תחומי התשתיות להגנת הסביבה עם הגורמים הבינלאומיים והפלסטיניים, החל בשלבים המוקדמים ביותר של תכנון התשתיות, ולפעול לפתרונות מתואמים, שישרתו את האינטרסים הכלכליים, הסביבתיים והבריאותיים של שני הצדדים. משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את פעולות רשות המים לקידום פתרונות מיטביים לטיפול בשפכים חוצי גבולות במסגרת צוותים בין -משרדיים. על צוותים אלה לבחון היטב את מידת הצורך לקבע פתרונות ארוכי טווח לשפכים הפלסטיניים בשטחי מדינת ישראל וכן לבחון דרכים לקדם שימוש של פלסטינים במי קולחים. .על משרד ראש הממשלה לוודא כי החלטת הדרג המדיני מדצמבר 2015 בנושא הגדלת כמויות האנרגיה לרצועת עזה תיושם בהקדם, ובכלל זה יושלמו כל הליכי התכנון של הקווים הנוספים שאושרו וכל הפעולות שביצוען תלוי במדינת ישראל. הועלה כי בדצמבר 2015 החליט הדרג המדיני לקבל את המלצת מתפ "ש ולהגדיל את אספקת האנרגיה לרצועת עזה, לרבות בטווח המידי - תוספת של 26 מגה ואט בקו זמני נוסף, ובטווח הבינוני- תכנון חיבור קו 161 , שיוסיף לרצועת עזה 100 מגה ואט ויאפשר חיבור תשתיות קיימות ועתידיות לשם טיפול בשפכים והתפלת מים. ואולם עד אוקטובר 2016 לא קידם משרד הביטחון את יישום ההחלטה. .על המנהא"ז, על מתפ "ש ועל רשות המים לבחון במשותף מול כלל הגורמים האמורים, דרכי פעולה אפשריות לקידום מהיר של פרויקט ניצול מי הקולחים של מט"ש אל-בירה, לרבות באמצעות ועדת המים המשותפת או ועדת משנה שלה. משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את מאמציו של קמ "ט סביבה להפסיק את הזרמת הכרום לנחל חברון שמבצעים מפעלי העורות הפלסטיניים, בין היתר, באמצעות הידברות עמם. עם זאת, נמצא כי מ-2007 ,, במשך כתשע שנים אוסר קמ"ט סביבה את השימוש בחומר הדו -שימושי חומצה גופרתית בתעשיית העורות בחברון, לצורך הפעלת מתקן למיחזור כרום שהקימה USAID במטרה להפסיק את הזרמתו לנחל. איסור זה הוטל בלי שהקמ"ט קיים הליך היוועצות מסודר בנושא עם כלל הגורמים הרלוונטיים, כמו גורמי ביטחון, כלכלה וארב"ל, שב"כ, מנהא"ז ומתפ"ש. . משרד מבקר המדינה מדגיש לפני כל הגורמים האמורים את חשיבות שיתוף הפעולה ביניהם, שמטרתו להביא למיצוי הפוטנציאל הטמון בשיתוף הקהילה הבינלאומית במימון פרויקטים בתחום תשתיות המים והשפכים באזור יו"ש ורצועת עזה. .הביקורת העלתה כי זה עשרות שנים מוזרמים מי הביוב הגולמי של שפכי מזרח ירושלים ושל ארבע ערים פלסטיניות אל תוך אפיק נחל קדרון, ללא שום טיפול. מדובר בהזרמה לנחל, מדי יום ביומו, של שפכים לא מטופלים של כ-150,000 ישראלים ופלסטינים המתגוררים במרחב ירושלים, בית לחם ובית סאחור בכמות של כ-17 מלמ"ש93. כ-%85 מהשפכים מגיעים מהעיר ירושלים וזורמים מרחק קצר בתוך שטחי ישראל, ולאחר מכן נכנסים לשטחי יו"ש וזורמים לאורך האפיק לכוון ים המלח. זרימת השפכים בנחל היא מפגע תברואתי וסביבתי חמור ביותר, מהווה מטרד קשה לתושבי האזור, מזהמת את אקוות ההר המזרחית ואת חלקו הצפוני של ים המלח ומסכנת את אוכלוסיות החי והצומח באזור אגן הנחל94 .עובדה זו ידועה זה שנים לכל הגופים הממשלתיים הנוגעים בדבר.
.על פי חוקים אלה, הזרמת שפכי ירושלים לנחל קדרון היא עבירה על החוק הישראלי. מאחר שהשפכים מגיעים גם לשטחי יו"ש, עולה גם חשש מהפרת הדין הבינלאומי המחייב כאמור את המחזיק שטח בתפיסה לוחמתית לשמור על נכסי השטח הנתפס, לשקמו, להימנע מפגיעה בו ולאפשר לאוכלוסייה המקומית ליהנות ממנו95.