מערכת הביטחון . פעילות בתי המשפט הצבאיים באזור יהודה והשומרון משרד מבקר המדינה מעיר ליבמ"ש כי נוכח הקשיים התפעוליים במערכת המחשוב של ועדות העררים, בין היתר בשל סיווגה הביטחוני, עליה ליזום פעולות לשיפורה של המערכת בתיאום עם אגף התקשוב. בביקורת עלה כי בנובמבר 2017 הנחה מח"ט מנשה כי המאבטחים באולמות ביהמ"ש הצבאיים לא יישאו נשק, אלא יהיו מצוידים באלה ובשוקר חשמלי, מכיוון שעצם נשיאת נשק באולם ביהמ"ש "עלול לעודד לפיגוע". מאותו מועד ממלאים חיילי המשטרה הצבאית את ההנחיה הזו, אולם פקודת האבטחה לא תוקנה בהתאם. בביקורת עלה כי ברשות המאבטחים ב"בולם" רשימה של עורכי דין פלסטינים המוכרים לבית המשפט הצבאי בשל הופעתם בו בתדירות גבוהה. נמצא כי עורכי דין המופיעים ברשימה זו אינם עוברים בידוק מלא בהגיעם ל"בולם" אלא בדיקה של מגנומטר בלבד, זאת בניגוד לפקודת האבטחה. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי ראוי שחטמ"ר מנשה יעדכן את הפקודה בנושא זה. בביקורת עלה כי בניגוד לאמור ב פקודת האבטחה, בדיקת הנכנסים בשער הסנגורים נעשית על ידי חייל אבטחה שאינו נמנה עם חיילי המשטרה הצבאית, המוצב במגדל תצפית הסמוך לשער הסניגורים, וכי הוא אינו מבצע את הבדיקות הנדרשות על פי פקודת האבטחה. ביולי 2017 יתרת חשבון הפיקדונות שמנהל המנהא"ז הסתכמה ב כ-56 .מיליון ש"ח בביקורת עלה כי בשל היעדר ממשק בין שתי המערכות האמורות לעיל אירעו מקרים שבהם נפגעו זכויות של נחקרים ונאשמים לאחר שחשבות מנהא"ז לא קיימה את החלטות בתי המשפט בדבר השבת סכומי הפיקדון במועד שבו נקב בית המשפט. עוד עלה כי השבת הכספים בוצעה רק לאחר עיכוב ניכר שלווה לע יתים בהתראות נוספות שנתן בית המשפט לחשבות מנהא"ז36 . משרד מבקר המדינה מציין בחיוב את ההחלטה על שדרוג מתחם הכניסה של פלסטינים למחנה סאלם. עם זאת, משהחליט רמ"א על שדרוג עמדת הבידוק הביטחוני בכניסה למחנה סאלם, ראוי להשלים את עבודת השדרוג בהקדם, כך שתיעשה גם ההפרדה הנדרשת בנקודת הבידוק. על מפקד פקמ"ז ומח"ט מנשה לוודא שהפעו לות המתוכננות לצורך שיפור התשתיות בכניסה למחנה סאלם יבוצעו בהקדם. בביקורת עלה כי בניגוד לאמור בפקודת האבטחה, מאפריל 2017 עד פברואר 2018 הקצתה המשטרה הצבאית למחנה סאלם רק שישה לוחמים, שלושה מהם לאולמות הדיונים (במקום ארבעה), וכתוצאה מכך חל עיכוב בפתיחת דיונים משפטיים בכל פעם שנדרש לפתוח אולם דיונים רביעי. משרד מבקר המדינה מעיר לאגף התקשוב וליבמ"ש כי הגדרת תחזוקתה של מערכת מגן צדק כתחזוקת שבר במשך שבע שנים מנעה את ביצועם של חלק מהשינויים והשיפורים הנדרשים בה, ובכך נפגעה יעילותה. נוכח חשיבותה של מערכת מגן צדק לפעילותם של בתי המשפט ונוכח הנחת העבודה שהמערכת עתידה לשמש את לקוחותיה לפחות עד דצמבר 2019 , עלאגף התקשוב ויבמ"ש לנתח את הסיכונים הקיימים בהמשך הפעלתה במצב של תחזוקת שבר לאורך זמן כה רב, ובהתאם לכך להגדיר את תצורת התחזוקה ורמת השירות הנדרשות ולפעול ליישומן. .יצוין כי עד מועד סיום הביקורת לא הוסדרו מעמדו ותחומי אחריותו של המפקח על המקרקעין באיו"ש. משרד מבקר המדינה העיר ליועמ"ש איו"ש כי מתוקף תפקידו כגורם האמון על מתן ייעוץ משפטי לרמ"א היה עליו לפעול בהקדם להשלמת הבדיקה שעליה הנחה בג"ץ לפני זמן רב. .בביקורת עלה כי למנהא"ז אין נוהל המחייב דיווח לנגידת ועדות העררים במקרים שבהם רמ"א דוחה את החלטה של ועדת עררים, וכי גם לא נערך רישום בנושא. משרד מבקר המדינה מעיר למפקד פקמ"ז ולמח"ט מנשה כי במועד סיום הביקורת פקודת האבטחה של מחנה סאלם קוימה באופן חלקי, וכי חלק מהוראות הפקודה לא תאמו את המציאות המבצעית בפועל. מצב דברים זה אינו עומד בסטנדרטים הנהוגים בצה"ל בכל הקשור לקיום פקודות ופוגע בהתנהלות התקינה של הגורמים הפועלים במחנה סאלם, ואף עלול להביא לסיכון שלומם של באי בית המשפט ולפגוע בהתנהלות השוטפת של בית המשפט. על מפקד פקמ"ז ומח"ט מנשה לוודא את קיום הוראות פקודות האבטחה, או להתאימן למציאות המבצעית הנוהגת בפועל. .במועד סיום הביקורת היו בתי המשפט באיו"ש בנויים באופן שאינו תואם את מעמדם בהיבטי הנראות והמכובדות, הנגישות לאנשים עם מוגבלות בניידות והשמירה על הפרדה בין השופטים ובין באי בתי המשפט. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי נוכח הליקויים שעלו, החשיפה הבין-לאומית והתקשורתית של בתי המשפט באיו"ש, וכדי למנוע פגיעה אפשרית בתדמית של צה"ל ומדינת ישראל ובמעמדם בעיני האוכלוסייה המקומית ובעיני גורמים בין -לאומיים - על צה"ל לבחון בהקדם את כל הדרכים לשיפור במצב הבינוי והתחזוקה השוטפת בבתי המשפט הצבאיים באיו"ש. יצוין כי עד מועד סיום הביקורת טרם הסתיים פיתוחו של הממשק המקוון באמצעות אתר במרשתת כאמור ולא נקבעו לוחות זמנים לסיום עבודת הפיתוח. בביקורת עלה כי מערכת מגן צדק עתידה לשמש את לקוחותיה לפחות עד דצמבר 2019 . עם זאתמשנת 2013 מוגדרת תחזוקתה של מערכת מגן צדק כ תחזוקת שבר , וי ש לכך השפעה על תמיכת המערכת בפעילותה של יבמ"ש, כמפורט להלן: משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל, כי רק בחלוף למעלה משש שנים מהנחיית בג"ץ ובעקבות הביקורת הוכנה לראשונה חוות דעת כתובה בנושא על ידי יועמ"ש איו"ש. נוכח החשש לניגוד העניינים שקיים בדרך פעילותו של רמ"א ביחס להחלטות ועדת העררים עליה הצביע בג"ץ ונוכח עמדת צה"ל לפיה יש להותיר את המצב על כנו באשר למעמדה של הוועדה, מן הראוי כי במקרה בו רמ"א מחליט שלא לקבל את החלטת ועדת העררים בשל שיקולים שונים ונוספים הוא יעביר את הח לטתו לשיקול דעת נוסף ולאישור של הפצ"ר.
בביקורת עלה כי עד מרץ 2018 ,פעלו בתי המשפט באיו"ש ללא קוד אתי כדוגמת כללי האתיקה, ובכלל זה כללים המסדירים את הקשר המותר בין השופטים ובין התביעה.