משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . הפיקוח על הפעלת הרכבת הקלה בירושלים_ לפי תרשומת השימוע, בהוראות שהוצאו בעקבות תיקון הפקודה לא הובהרו סוגי הדיווח ואופן הדיווח שהזכיין נדרש להגיש למנהל; חלוקת התפקידים בין המנהל למינהלה; ושיתוף הפעולה בעניין העברת המידע ביניהם. כל אחד מהעובדים שמּונה בתורו למנהל כיהן בעת כהונתו גם כיו"ר המינהלה. תפקידו של המנהל על פי הפקודה הוא לאכוף את הוראותיה על בעל היתר, ואילו המינהלה היא האחראית לפיקוח על ההוצאה לפועל של החוזה על ידי הזכיין. למעשה, המינהלה היא המפקחת פיקוח שוטף על פעילות הזכ יין באמצעות המהנדס, כמתואר לעיל. הביקורת העלתה כי משרד התחבורה והמינהלה לא קבעו כללים המגדירים בבירור את חלוקת התפקידים בין המנהל לפי הפקודה ובין המינהלה לפי החוזה ואת דרכי שיתוף הפעולה ביניהם. לדעת משרד מבקר המדינה, נושא זה הוא בעל חשיבות רבה, ועל המדינה לשקול לכלול אותו בחוזים עם זכיינים על פרויקטים דומים בעתיד. כאמור, נציג בכיר של אגף החשכ"ל הוא חבר במינהלה שהוקמה על פי החוזה ואשר אמורה ל הוציא לפועל את החוזה עם הזכיין. מהמתואר לעיל עולה שמאז שלבי ההקמה ועד להפעלה של הרכבת הקלה היו שינויים בפרויקט, עיכובים בביצועו וסכסוכים רבים בין הצדדים. אגף החשכ"ל היה גורם מרכזי בקידום הפרויקט ו פעל ל פתרון הבעיות שהתגלעו במסגרת הקמתו והפעלתו . כבר בדוח 60 ב בנושא ייזומן ומימושן של תכניות פיתוח בתחום התשתיות העיר משרד מבקר המדינה כי אגף החשכ"ל אמור לשמש שומר הסף העיקרי של הוצאות הממשלה מאחר ששר האוצר הסמיך אותו לפקח על ביצוע התקציב. במצב הקיים - שבו אגף החשכ"ל הוא גורם מרכזי המקדם את הפרויקט - מתעורר חשש שהפרדת הסמכויות תיפגע, וכי לא תישמר מערכת האיזונים והבלמים במסגרת ה פיקוח והבקרה התקציבית על הפרויקט. לדעת משרד מבקר המדינה, על ההנהלות של משרד התחבורה, של משרד האוצר ושל עיריית ירושלים לבחון את המצב הקיים, להגדיר בבירור את תחומי האחריות של כל אחד מהם ולהגדיר עבור כל אחד מהגופים הציבוריים המעורבים בפרויקט את סמכויותיו ואת חובותיו. כמו כן, על המדינה לבחון את המקרים שבהם נציגי אגף החשכ"ל משתתפים בגופים המקבלים החלטות במסגרת ביצוע פרויקטים מטעם המדינה, ולעמוד על הפרדת הסמכויות של החשכ"ל בפרויקטים לבין תפקידו כשומר סף בנוגע לביצוע תקציב המדינה וכאחראי לנכסי המדינה. המייצג את המשתמשים בתחבורה זו. סדרי עבודה משותפים ורציפים מאפשרים מתן שירות ברמה המיטבית. לדעת משרד מבקר המדינה, המחלוקות הבלתי פוסקות והעברת נושאים רבים לבוררות מעידות על ניהול בסיסי לקוי של כל מערכת ההסכמים של המינהלה עם הזכיין ועל מערכת יחסים לקויה ביניהם, דבר המצריך תיקון ללא דיחוי. זאת ועוד, הצדדים הסיטו את המחלוקות המקצועיות אל הליך משפטי מתווך - הליך הבוררות - ויישבו אותן באמצעות הכרעה משפטית. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על המדינה להפריד בין המחלוקות המשפטיות למחלוקות המקצועיות ; ובתחומים שאינם משפטיים, מן הראוי היה למצות הליך מקצועי מקדים ליישוב המחלוקות עם הזכיין. הביקורת העלתה כי הצדדים לא מינו מומחה בלתי תלוי בשלבים הראשונים של הפרויקט, כפי שנקבע בחוזה, אלא הבוררים הם שמינו מומחה להמליץ לפניהם. מכאן שעבודתו הייתה חלק מהליך הבוררות, אף שהייתה אמורה להיות שלב מקדים לו. הצדדים לא נעזרו אפוא במומחה מקצועי או במנגנון אחר ליישוב הסכסוכים הרבים, שהתגלעו ביניהם כבר בשלביו הראשונים של הפרויקט. למשרד מבקר המדינה לא הוגשו מסמכים המלמדים על אופן קבלת ההחלטה שלא להיזקק למומחה בלתי תלוי, על השיקולים שנשקלו ועל החלופות שנבדקו. לדעת משרד מבקר המדינה, בשלבי ו הראשונים של הפרויקט היה על הצדדים למצות את הליכי ההידברות הישירה טרם הפנייה להליך הבוררות ולנסות ליישב את המחלוקות באופן מובנה ב אמצעות מומחים מקצועיים (הנדסיים וכלכליים). תיתכן הפרדה בין החלטה מקצועית-הנדסית לבין הכרעה משפטית, והכפפת חוות הדעת המקצועית להליך הבוררות, לפחות באשר לחלק מהמחלוקות, אינה מתחייבת. במערכות התחבורה הציבוריות נהוג שיתוף פעולה יומיומי בין הגוף המפעיל את אמצעי התחבורה לבין הגוף המלווה והמפקח עליו, שהוא גם הביקורת העלתה כי בחוזה ובתכניות הפרטניות לא הוגדרו בבירור מדדים לרמת השירות בתחומים מסוימים, למשל מדדים לתקינות מכונות הכרטוס והתיקוף, להגדרה של "תקלה", להגדרה של איחור קל או ניכר ולאופן מדידת הטמפרטורה בקרונות. קביעת מדדים ברורים נועדה גם לפיקוח על עמידת הזכיין ברמת השירות שנקבעה וגם להטלת סנקציות עליו אם אינו עומד בה. עד מועד סיום הביקורת לא לובנו המחלוקות בין הצדדים ולא נקבעו מדדים ברורים, דבר שגרם לקשיים בקביעת רמת השירות.
משרד מבקר המדינה מעיר למשרדי התחבורה והאוצר כי מהתוספות האמורות לחוזה עולה שהמדינה הסכימה שהזכיין יפעיל את הרכבת הקלה אף שלכאורה לא כל הדרישות שבחוזה הושלמו. המינהלה התעתדה לפעול לפי התוספות לחוזה רק למשך תקופות קצרות - בתחילה שלושה חודשים ולאחר מכן חודש - אך למעשה תקופות אלה הוארכו לסירוגין. מהמתואר לעיל עולה כי רק כשנתיים וחצי לאחר תחילת הפעלתה המסחרית של הרכבת הקלה על פי הסדרים זמניים, תוספות לחוזה ותשלום של מאות מיליוני ש"ח (ראו להלן בפרק "תשלומים לזכיין") החליטה המדינה כי בשלו התנאים להפעלת הרכבת הקלה על פי חוזה הזיכיון. לדעת משרד מבקר המדינה, על המדינה לבחון את האופן שבו פעלה מול הזכיין. המדינה הייתה צריכה לאזן בין רצונה לקדם את הפרויקט ולספק את צורכיהם של תושבי העיר והמבקרים בה ובין חובתה לעשות את כל הנדרש כדי שהחוזה ייושם במלואו ובתוך פרק זמן סביר . זאת ועוד, קו הרכבת שמפעיל הזכיין הוא הקו הראשון במערכת הקווים של הרכבת הקלה. לדעת משרד מבקר המדינה, לקראת הקמתם והפעלתם של מיזמים דומים בתחום התחבורה הציבורית , על המדינה להפיק את הלקחים מן הקשיים שהתעוררו במסגרת התקשרות זו.