המשרד להגנת הסביבה . מוכנות והיערכות להשפעות סביבתיות של קידוחי גז ונפט בים משרד מבקר המדינה העיר למשרד הג"ס כי לוח הזמנים להגשת התלמ"ת נקבע בהחלטת הממשלה, ועל משרד הג"ס היה לנקוט, עם כל הגורמים האחרים, את כל הצעדים הדרושים כדי לעמוד בו. אם סבר משרד הג"ס כי יש סיבות ראויות לדחיית לוח הזמנים בנושא, היה עליו לפנות לממשלה בעוד מועד, לפרט את הבעיות המונעות עמידה בלוח הזמנים שקבעה בנושא ולבקש שתעדכן את החלטתה בעניין זה, אך הדבר לא נעשה. לנוכח דחיית יישום ההחלטה במשך שנים כה רבות, לבקשה כזאת היה משנה חשיבות. על משרד הג"ס וממשלת ישראל לנקוט את כל הצעדים הנדרשים כדי להבטיח שעיכוב כה ממושך בקידום נושאים חשובים כאלה לא יישנה ולהבא יבוצעו החלטות ממשלה לפי לוח הזמנים שנקבע. משרד מבקר המדינה העיר למשרד הג"ס ולמשרד האוצר כי עליהם להסדיר בהקדם את נושא התקצוב של ביצוע התלמ"ת כדי לאפשר התארגנות ומוכנות לטיפול באירוע זיהום ים. 4. בביקורת עלה כי בעניין הרישיונות, שלא כמו בעניינם של שטרי החזקה, לא חל כל שיפור בתחום הסביבתי עד שנת 2012 . גם בשנים 2010 -2011 , לאחר שהתגלו מאגרי "תמר" ו"דלית", לא התנה משרד האנרגיה את מתן הרישיונות במילוי דרישות כלשהן בתחום הגנת הסביבה, אף שעוד בשנת 2002 ציין היועץ הבין-לאומי שיש צורך בכך. בתקופה זו נתן המשרד שמונה רישיונות. 5. סך הכול בשנים 2006 -2011 נתן משרד האנרגיה39 רישיונות ללא דרישות כלשהן בתחום הגנת הסביבה ו-2 .חזקות שכללו דרישות כאלה בסוף מרץ 2013 עדיין לא היו הנחיות מוסכמות ומאושרות המסדירות את מכלול ההיבטים הסביבתיים הכרוכים בפעילות (להלן - ההנחיות). משרד מבקר המדינה מעיר כי מנתוני משרד האנרגיה עולה שבדצמבר 2012 היו בתוקף 30 רישיונות שלא כללו דרישות כלשהן בתחום הגנת הסביבה וטרם החלו קידוחים מכוחם וכי להיעדרן של דרישות בתחום הגנת הסביבה בהרשאות שנתן משרד האנרגיה לחיפוש ולהפקה של נפט וגז בים במרוצת השנים עלולות להיות השפעות בעתיד. לדעת משרד מבקר המדינה, יש להמשיך ולכלול דרישות כאלה בהליכי אישור של בקשת עדכון תכנית עבודה ושל הארכת תוקפם של רישיונות קיימים וכן בהרשאות חדשות לכשיינתנו29 . משרד מבקר המדינה מציין לטובה את הפעולות החשובות שעשו משרדי האנרגיה והג"ס בשנת 2012 .לקידום האסדרה הסביבתית של הפעילות. אך אין די בכך להיעדרן של הנחיות מוסכמות ומאושרות משמעות מעשית ניכרת: הנחיות אלו אמורות לשמש תשתית להצבת דרישות מפורטות לחברות המבצעות את הפעילות ולתת ביטוי לסדרי עדיפויות לאומיים בהכרעות הנדרשות בין האינטרס של חיזוק עצמאותה האנרגטית והכלכלית של ישראל באמצעות עידוד פיתוח תעשיית גז ונפט מקומית (להלן - האינטרס האנרגטי) ובין האינטרס של השמירה על הסביבה בעת פיתוח תעשייה זו (להלן - האינטרס הסביבתי). יודגש כי בשנת 2012 החלו שני המשרדים בניסיונות להסדיר את חלוקת האחריות והסמכויות ביניהם, אולם בפועל פעלו משרדי האנרגיה והג"ס מול החברות בנושאים בעלי השפעות סביבתיות, לעתים ללא הסכמה בדבר דרך הפעולה הראויה. לדעת משרד מבקר המדינה, מתכונת פעילות זו, שבה אין חלוקת אחריות וסמכויות ברורה בין משרדי האנרגיה והג"ס, יש בה כדי ליצור בקרב החברות אי -ודאות רגולטורית בעניין החובות החלות עליהן ולמי מהמשרדים הן כפופות בכל נושא. היעדרה של ודאות רגולטורית עלול לאפשר לחברות שיקול דעת לגבי אופן הטיפול בהיבטים הסביבתיים של הפעילות, לפגוע ביכולת של כל אחד מהמשרדים לפעול להשגת מטרותיו, ולהגדיל את ההסתברות לתקלות.
הועלה כי ממועד זה ועד סוף שנת 2009 לא שינה משרד האנרגיה את המדיניות או את מתכונת הפעילות בנושא הסביבה; לא התקבלה החלטה לגבי הטיפול בהמלצותיו של היועץ הבין-לאומי בנושא זה, ומשרד האנרגיה לא כלל ברישיונות שנתן דרישות כלשהן בתחום הגנת הסביבה. בשנים הללו ניתנו 31 רישיונות ובוצעו 9 קידוחים בלי שנקבעו לגביהם דרישות כלשהן בתחום הגנת הסביבה.