מטלות רוחב ומטלות בין-משרדיות . היבטים בהגנה על הפרטיות במאגרי מידע בביקורת נמצא כי על אף האמור בחוזר אבטחת מידע, מכלל כ - 1,500 מוסדות רפואיים117 הטעונים רישיון כ-150 בלבד קיבלו הסמכה לתקן118 (בעיקר בתי חולים וקופות חולים). שאר המוסדותהטעונים רישיון, ובהם בתי חולים גריאטריים, מרכזים למשתמשים בסמים ומרפאות שיניים, לא קיבלו הסמכה לתקן ומשרד הבריאות אינו אוכף עליהם חובה זאת. עוד העלתה הביקורת כי גם מרפאות רבות אחרות, שחוזר אבטחת מידע חל עליהן על אף שאינן טעונות רישיון ממשרד הבריאות, לא קיבלו הסמכה לתקן ומשרד הבריאות אינו אוכף עליהן חובה זאת. במועד סיום הביקורת המשרד אף אינו מחזיק ברשימת המוסדות המוסמכים לתקן - מוסדות טעוני רישיון ושאינם טעוני רישיון. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות , כי עליו למפות את המוסדות הטעונים רישיון שאינם מחזיקים ב הסמכה ל תקן ול הניעם להשגת ההסמכה הנדרשת. בהמשך עליו לבחון דרכים להניע גם מרפאות שאינן טעונות רישיון לעמוד בהוראות חוזר אבטחת מידע, לרבות עמידה בתקן. במסגרת זו עליו לבחון אם נכון לקבוע מדרג של דרישות אבטחת מידע למרפאות לפי גודלן ובהתאם ל אופי פעילותן. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך כי כל עוד לא הושלם הליך החקיקה ולא הוכרעה בחקיקה סוגיית חסיון המידע שאוספת ראמ"ה, נשקפת סכנה לזכות הפרטיות של תלמידים ובני משפחותיהם באיסוף המידע, שמירתו והשימוש שנעשה בו. בפעולת ראמ"ה על פי עקרונותיה של הצעת חוק מלפני שמונה שנים אין כדי לייתר את הצורך בחקיקה בתחום רגיש זה. על משרד החינוך לפעול לאלתר להסדרת פעולתה של ראמ"ה ולהגיש הצעת חוק מעודכנת להתייחסות הגופים הרלוונטיים ולהערות הציבור, בהתאם להחלטת הממשלה. עד ההסדרה בחוק יקבע משרד החינוך בכללים או בחוזר מנכ"ל הנחיות בקשר לפעולתה של ראמ"ה. פרויקט הסדרת מערך המידע, המתכלל פרטים רגישים מזהים כה רבים והמקשר בין כלל סוגי הנתונים במערכות הקיימות מצוי ברמת סיכון גבוהה יותר מרמת הסיכון של מערכות מפוזרות נוכח כמות התלמידים ורגישות המידע הנאסף , ולכן נדרשת בו רמה גבוהה יותר של אבטחת מידע. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך כי אם יתברר שהפרויקט מהווה "מאגר מידע חדש" על פי הגדרותיו של חוק הגנת הפרטיות, יהיה צורך לבחון אם מאגר המידע מקיים גם את הגדרת "מאגר -על", הטעון רמת הגנה גבוהה יותר, וכן ניהול ורישום מיוחדים. על צוות ההיגוי המנהל את הפרויקט לשקול לערב את הרשות להגנת הפרטיות ואת מחלקת ייעוץ וחקיקה בקידומו, על מנת שיוטמעו בו דרישות יסודיות מתחום אבטחת המידע והגנת הפרטיות של התלמידים, משפחותיהם ועובדי ההוראה. עד מועד סיום הביקורת לא נעשתה הבחנה כאמור. מחלקת ייעוץ וחקיקה נדרשת לפעול ל חלוקת העבודה בינה ובין הרשות, לצורך קידומם של הנושאים שבאחריות ן. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד המשפטים , כי על מנת לשמור על מעמדה של מדינת ישראל כמדינה המבטיח ה הגנה על מידע אישי ברמה העומדת בדרישות הדין האירופי, יש חשיבות רבה לקידום תיקון החוק הנוגע לסמכויות האכיפה של הרשם , בהמשך לתקנות אבטחת מידע שנכנסו לתוקפן. יש לתת את הדעת לכך שהחלטת ההלימה משנת 2011 ניתנה גם על סמך הצפי ליישום המלצותיו של צוות ההסדרה, עניין שעדיין מתקדם בעצלתיים. בביקורת נמצא כי על אף החשיבות שהרשות מייחסת למעורבותה בסוגיות הגנת הפרטיות במאגרי מידע העולות במגזר הציבורי, פעילותה בנושא חלקית בלבד. להלן הפרטים: על משרד הבריאות לבחון את אפשרות חסיונו של ביקור מסוים לבקשת מטופל גם בקופות החולים, וזאת בהתאם לקביעת מינהלת הפר ויקט לשיתוף מידע.
בהתאם לסיכום התקציבי עם משרד האוצר ממרץ 2018 , משרד הבריאות נדרש להגיע להסכמות עם המשרדים החתומים על הסיכום, ובכלל זה משרד המשפטים, בדבר המנגנון הנורמטיבי המתאים ליישום התוכנית שבהחלטת הממשלה עד סוף יולי 2018 , ועד סוף יולי2019 עליו לממש את ההסדר הנורמטיבי המוסכם.