נושאים מערכתיים . היבטים ביישום התוכנית הלאומית למניעת התאבדויות - פעולות משרדי הממשלה ולא הציעה פתרונות לבעיות חוזרות במצב זה. יתרה מכך, צירוף רשויות מקומיות לתוכנית הלאומית הוא פלטפורמה מובנית לשיתופי פעולה בין המשרדים השותפים בתוכנית על שלל השירותים שהם מספקים ברשויות - ההיקף המצומצם של צירוף רשויות מקומיות משפיע אף הוא על היכולת להבטיח רצף טיפולי לאוכלוסיות השונות. בנסיבות אלה, קיים סיכוי רב שאדם שאותר על ידי גורם אחד כבעל סיכון לאובדנות לא יקבל את הטיפול שלו הוא זקוק, בשל חוסר ברצף טיפולי בין הגורמים. להלן דוגמה שעלתה בביקורת למצב סיכון הנובע מחוסר ברצף טיפולי: ראוי שמשרד החינוך ומשרד הבריאות יציגו בפני הפורומים הבין- משרדיים - הצוות הבין-משרדי והמועצה הלאומית, את העמדות של מנהלי השפ"ח, שהם הגורם המקצועי המנהל את תהליך האבחון, האיתור והטיפול בבני נוער המצויים בסיכון אובדני. עמדות אלו מבטאות קושי ממשי של השפ"ח לתת מענה ממשי לאוכלוסייה הרגישה של התלמידים בסיכון. הגדלת מעורבות השפ"ח במניעת התאבדויות היא בין ההישגים הבולטים של התוכנית הלאומית במתן מענה לאוכלוסיית התלמידים שבסיכון אובדני. על המשרדים השותפים לתוכנית, לצד משרד החינוך, משרד הבריאות ומשרד הרווחה, לאפשר את יישום נוהל השפ"ח בתוכנית למניעת אובדנות לשם הבטחת הרצף הטיפולי בתלמידים שבסיכון אובדני. כמו כן עליהם לנתח את החסמים המונעים את הסדרת השלבים לקיום רצף טיפולי שנוטלים בו חלק גם גורמי בריאות הנפש וגם העובדים הסוציאליים. פתרון אפשרי הוא בדומה לזה שנקט מחוז חיפה - הקמה של פורומים מקצועיים אשר יאחדו את כלל הגורמים ,עלה שיישום המלצותיהן של ועדות הבדיקה היה חלקי; כך, בין היתר לא הוסדר נוהל בין משרד הרווחה למשרד החינוך ולא הוסדר נוהל פנים-משרדי שמחבר בין שפ"י לבין מינהל חברה ונוער. מומלץ כי משרד הבריאות יקיים הליך הפקת לקחים עם המשרדים השותפים שבמסגרתו יבחן את מתכונת יישום התוכנית הלאומית למניעת התאבדויות וככל שנדרש יפנה לממשלה בנושא. עד אז, על משרד הבריאות, כמי שאחראי מטעם הממשלה על הובלה וניהול של תוכנית זו ושל מגוון תוכניות לאומיות מערכתיות נוספות, להקפיד על שימוש במנגנוני שיתוף הפעולה, על הסדרת עבודת המטה ועל ניהולה עם כלל המשרדים השותפים ועל פי סדרי העדיפויות הבאים לידי ביטוי בתוכנית הלאומית. מומלץ שמשרד הבריאות והמשרדים האחרים ינתחו את הנתונים על ההתאבדויות בקרב אוכלוסיות שונות, ובהן בני מיעוטים, חרדים ואוכלוסיות ייחודיות אחרות שלגביהן נדרש להגביר את המודעות לתופעה ולנקוט פעולות למניעתה. עלה שמרבית ההמלצות של הוועדה לטיוב מידע וסטטיסטיקה לא נדונו בפורומים האופרטיביים וממילא לא יושמו, ובכלל זה ההמלצה לדיווח מקוון על הודעות פטירה; על כן לא היה בהן כדי להביא לטיוב ודיוק תהליך איסוף המידע והדיווח עליו. האחריות לכך מוטלת גם על גופים נוספים - חלקם במערכת הבריאות ואחרים מחוצה לה, למשל המשטרה, שלא נרתמו זה מכבר למהלך שיזמו אגף המידע של משרד הבריאות והמועצה הלאומית. יש לציין לחיוב את מאמצי המועצה הלאומית והמלב"ם לקדם את תהליך טיוב המידע ושיפור מהימנות הנתונים עם גורמים בתוך משרד הבריאות ומחוצה לו. אולם גם בנושא זה היוזמות לא הביאו למידת השיפור הנדרש בתהליך טיוב המידע בדבר אירועי האובדנות על כל היבטיו: אמינותו ומידת עדכניותו. תיאור הדברים שלעיל מצביע על הצורך שכלל הגורמים ישתפו פעולה כדי להביא לטיוב המידע ולעדכון נתוני האובדנות; ראוי שלשם כך הם יסתייעו ביוזמות המלב"ם ובהמלצות הוועדה ויפתחו ממשקים מקוונים בין הגורמים השונים. המצויות עדין בשלבים שונים של היערכות והפעלת התוכנית - על משרד הבריאות לערוך בקרה על יישומה בכל רשות ולוודא שמגמה זאת היא תולדה חיובית של הפעלתה ומהם התנאים ההופכים את מרכיביה לאפקטיביים בכל אחת מהרשויות כהפקת לקחים להמשך תהליך ההטמעה. בה בעת ממחישים הנתונים את דחיפות הטמעת התוכנית בכלל הרשויות ובאלה ששיעור מקרי ההתאבדויות ו/או ניסיונות להתאבדויות גבוהה, במיוחד.
משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את יוזמת משרד הבריאות לקבוע תוכנית עבודה להפעלת התוכנית ברשויות שבהן שיעור ההתאבדות הוא הגבוה ביותר. עם זאת, הביקורת העלתה כי המשרד קבע את זהות הרשויות המקומיות שייכללו בתוכנית ללא היוועצות, וממילא ללא אישור של המשרדים השותפים, ובלי שקיבל את הסכמת הצוות הבין- משרדי. עוד עלה כי הספק פועל לפי הנחיות משרד הבריאות והוא מדווח לוועדה שהוא הקים, שחבריה הם נציגיו בלבד.