צבא ההגנה לישראל . מרכיבי ביטחון ביישובי העימות בפיקודים המרחביים בביקורת עלה כי אף שז"י נושאת באחריות הכוללת לבניין הכוח בתחום הגנת היישובים, צה"ל לא הועיד לה תפקיד בתכנון מרכיבי הביטחון ביישובים בפקודת המטכ"ל להגמ"ר שמסדירה את אחריות הגופי ם המעורבים בתחום הגנת היישובים. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי ההוראה המבצעית צריכה להיגזר מתוך פקודת המטכ"ל להגמ"ר, שמטרתה להגדיר את תחומי האחריות והסמכות של כל אחד מהגופים הרלוונטיים בצה"ל בנושא מרכיבי הביטחון ואת האופן שבו הם מממשים תחומים אלה. על כן על אמ"ץ האחראי לגיבוש התפיסה המבצעית הכוללת להגנה על היישובים, ליזום עדכון של פקודת המטכ"ל להגמ"ר מול אגף התכנון בצה"ל (להלן - אג"ת)17 האחראי לכתיבת פקודות צה"ל ועדכונן. בהתאם לעדכון זה על אמ"ץ להשלים בהקדם את עדכון ההוראה המבצעית הנוגעת להגנת היישובים. משרד מבקר המדינה מעיר לפקע"ר כי הקצאת משאבים לתחזוקה, גם אם חלקית, של מרכיבי הביטחון הקיימים ביישובים בסיווג "תפר" ללא הקצאת משאבים לשיקומם במקרה של בלאי ולהקמתם במקרה של התרחבות היישוב, יש בה משום סתירה פנימית שכן אי-הקצאת תקציב לשיקום והקמה של מרכיבי ביטחון ביישובים בסיווג "תפר" מעידה כביכול על היעדר צורך ממשי לראיית פקע"ר במרכיבי ביטחון ביישובים אלו. מנגד, הקצאת משאבים לתחזוקת מרכיבי הביטחון הקיימים, במיוחד נוכח מגבלת המשאבים להשקעה במרכיבי ביטחון מעידה על כך שפקע"ר רואה בכל זאת צורך בקיומם של מרכיבי ביטחון ביישובים אלה. נוכח זאת ראוי שפקע"ר ופקמ"ז ישלימו את בדיקת האיומים על היישובים בסיווג "תפר" ויסכמו את הרכב מרכיבי הביטחון הנדרשים עבורם. בהתאם לכך, על פקע"ר לעדכן את נהליו בנוגע למימון מרכיבי הביטחון ביישובים אלו. בביקורת עלה כי בתכנית העבודה לשנת 2017 הוקצו למטרת ריענון מרכיבי ביטחון ושיקומם 6 מיליון ש"חבלבד, שהם רק כ-17% מהסכום הנדרש על פי תכנית פקע"ר מ-2012 וכ-13% מהסכום הנדרש על פי הערכות פקע"ר העדכניות. בתכנית העבודה נקבע כי היקף התקציב אינו מאפשר "יכולת אמיתית להשלים את ההגנה על היישובים המאוימים". מהאמור לעיל עולה כי נכון למועד סיום הביקורת חסרים מרכיבי ביטחון ביישובים מסווגים רבים בכל הגזרות. אי-מימושה של תכנית פקע"ר מ-2012 בד בבד עם היווצרות צרכים חדשים הביאו לכך שהפערים במרכיבי הביטחון התעצמו. על צה"ל ומשהב"ט, כל אחד בתחומו ובתיאום ביניהם, לגבש בדחיפות תכנית לצמצום הפערים במרכיבי הביטחון. בביקורת עלה כי על אף קביעת השר לשעבר והמלצת מבקר המדינה המשיכו פקע"ר והיחידה להתיישבות לפעול בנפרד בנוגע להקצאת מרכיבי ביטחון בסיסיים על פי סדרי עדיפויות שונים. להלן פירוט: משרד מבקר המדינה מעיר למנכ"ל משהב"ט כי על פי המ"ב 40.36 , על ועדת ההקצאות לאשר את ההקצאות הכספיות של היחידה להתיישבות בנושא מרכיבי ביטחון. הקצאות אלו הן בבחינת התשתית לתכנית העבודה של היחידה להתיישבות. על כן, אישור תכנית העבודה של היחידה להתיישבות על ידי מנכ"ל המשרד לפני שוועדת ההקצאות מאשרת את הסעיפים הטעונים את אישורה, עלול לפגוע בשיקול דעתה של הוועדה, שכן היא עלולה להתייחס אל סעיפים אלה כאל עובדה מוגמרת. כמו כן, תיאום עם פקע"ר וגופי המשרד הרלוונטיים אינו מהווה תחליף לאישור ועדת ההקצאות. נוכח זאת, ראוי שמנכ"ל משהב"ט יאשר את תכנית העבודה של היחידה להתיישבות רק לאחר שוועדת ההקצאות תמליץ על אישורם של הסעיפים הרלוונטיים. משרד מבקר המדינה מעיר כי המחסור במכשירי הקשר פוגע ביכולת הפיקוד והשליטה של הגופים המעורבים בהגנת היישובים. פגיעה זו עלולה להיות קריטית לחיי אדם באירועי חדירה ליישובים המסתיימים לעתים תוך דקות ספורות, כפי שקרה בקריית ארבע .
נמצא כי נכון ל מועד סיום הביקורת ב כל מכשירי ה"ברק הכתום" שסופקו ליישובים לא נצרבו תדרי משטרת ישראל, ולכן הם אינם יכולים לשמש לתקשורת עם גורמי המשטרה.