רשות המיסים בישראל . מיסוי מוסדות ציבוריים ומוסדות ללא כוונת רווח לדעת משרד מבקר המדינה - שיעור הביצוע הנוכחי של ביקורת ניכויים אינו אפקטיבי לצורך איתור אלכ"רים שאינם מדווחים על העסקת עובדים או על "הוצאות עודפות". כמו כן מן הר אוי שהרשות תכלול בביקורות הניכויים של אלכ"רים מספר רב יותר של גופים גדולים (כגון קופות חולים, רשויות מקומיות, בתי חולים, אוניברסיטאות). זאת כדי לוודא כי ההוצאות של מוסדות הציבור שביניהם אכן משמשות את המטרות הציבוריות המעוגנות במסמכי היסוד של המוסד ובהתחייב ויות שלו לרשות. מן הראוי להדגיש כי כל החוליות שקיבלו לטיפולן את תיקי האלכ"רים לא יוחדו לטיפול זה, והתיקים צורפו לטיפולן מעבר למצבת התיקים הרגילה של נישומים אחרים שבאחריותן. לפיכך הוזנח הטיפול השומתי באלכ"רים בחוליות אלו. לדעת משרד מבקר המדינה על הרשות לשלב את תיקי האלכ"רים בתכנית העבודה של אגף השומה והביקו רת בהיקף הראוי למשקלו של מגזר האלכ"רים בתוצר הלאומי, ולהכשיר כח אדם לטיפול בתיקים אלה. מתוך 13,914 אלכ"רים שהגישו את דוחותיהם לשנת המס 2008 רק 7,798 דיווחו על העסקת עובדים. מנתונים אלה ניתן ללמוד כי כ-44% ,מהאלכ"רים מתנהלים לכאורה ללא העסקה של מנהלים, אנשי מינהל אנשי תחזוקה וכו'. מאלו שהגישו דוחות ניכויים לשנת 2007 רק כ- 3,200 אלכ"רים דיווחו על העסקתם של יותר מעשרה עובדים. נתונים אלו מעלים את החשש כי ישנם אלכ"רים שמדווחים באופן חלקי או שאינם מדווחים כלל על העסקת עובדים, כדי להימנע מתשלומי החובה החלים על הוצאות שכר - מס הכנסה, מס שכר, ביטוח לאומי והפרשות סוציאליות. לדעת משרד מבקר המדינה, על הרשות לכלול בתכנית העבודה, ביצוע ביקורות שטח באלכ"רים המדווחים כי אינם מעסיקים עובדים, ובמקרה של איתור ליקויים בדי ווח, לאכוף את תשלומי הניכויים הרלוונטיים -קרן, ריבית, קנסות, ומקדמות בשל הוצאות עודפות. לדעת משרד מבקר המדינה על הרשות לבחון לעומק את תכנוני המס אצל אלכ"רים ולהשתמש בכלים הממוחשבים העומדים לרשותה, כדי למנוע ניצול לרעה של חוקי המס וההקלות הניתנות להם. מהנתונים לעיל עולה כי שיעורי הביקורת השומתית במוסדות ציבור הזכאים לאישור תרומות הם זניחים, יוצא איפוא, שהרשות נסמכת בעיקר על דיווחי מוסדות אלו, ולא על בדיקות עצמאיות הנעשות על ידה במוסד עצמו. לדעת משרד מבקר המדינה, על הרשות לשקול את הצורך בהידוק הפיקוח על הגופים שהוענק להם אישור התרומ ות, ובשילובם של גופים אלו בתכניות העבודה של אגף השומה והביקורת בכל מישורי המיסוי: מס הכנסה, ניכויים ומע"ם. על רשות המסים לשקול ליזום הכנסת תיקון בהוראות הפקודה, ולפיה תופקד הסמכות לתת אישור לעניין תרומות למוסד ציבורי בידי מנהל הרשות: הן לגבי אישור לראשונה לעניין סעיף 46 , והן לעניין ביטול אישורים אלו למוסד ציבורי שאינו מקיים את חובתו להגיש דוחות. זאת בדומה לסמכות המנהל בנוגע למוסד ציבורי שנקבע לגביו כי ספריו אינם קבילים. .חשיבותו הגדלה והולכת של המגזר השלישי בפסיפס הכלכלי והחברתי של מדינת ישראל הביאה בעשורים האחרונים לגידול ניכר במשקלו במשק ובתוצר הלאומי. גידול זה התבטא במספר הארגונים הפעילים, בהיקף התעסוקה שהם מספקים ובמחזורי ההכנסות שלהם. הטיפול במגזר השלישי צריך להבטיח הקצאה יעילה של תקציבי הממשלה לתמיכה בו, ומתן הטבות מס אך ורק לגופים המיישמים הלכה למעשה את תפקידיו של המגזר ואת המטרות הציבוריות שנקבעו בפקודה. רשות המסים צריכה לתרום את חלקה למארג הפיקוח והבקרה על המגזר השלישי, כדי למנוע את האפשרויות לניצול לרעה של הפטורים וההקלות במס הניתנות למגזר זה, המתבטאות בשימוש במוסדות ציבור כמקלטי מס ולמתן הטבות למקורבים. דוח הביקורת מצביע על תפישה של רשות המסים שלפיה נמוך פוטנציאל תשואת המס של אלכ"רים מזה של חברות רגילות. בשל היערכות לקויה של הרשות נדחק הטיפול השומתי באלכ"רים לתחתית סדר העדיפויות. ממצאי הביקורת מעלים כשלים בבקרה על אלכ"רים: העברת תפקידי ביצוע ליחידת הייעוץ במטה הרשות; אי -יישום רוב המלצותיה של ועדה מקצועית; העברת רוב תיקי האלכ"רים למשרדים ללא גיבוש תכנית עבודה לבדיקת תיקים אלו; בדיקה שומתית של תיקים מועטים בלבד של אלכ"רים; היעדר אכיפה כלפי אלכ"רים שלא הגישו את דוחותיהם; הסתמכות על בסיס נתונים חסר ולא מעודכן, אי-איסוף מידע מודיעיני ואי - מיצוי חקירות שהתנהלו כנגד אלכ"רים ועוד. על הרשות, בשיתוף עם משרד האוצר ומינהל הכנסות המדינה, לתקן ליקויים אלה ולבנות תכנית עבודה רב -שנתית להתאמת יעדי הביצוע של השומות לאלכ"רים להמלצות דוח הוועדה בנושא זה. זאת - תוך הגדרת התשומות הנדרשות לכך ובהם הקצאת עובדים וייזום הדרכות. לדעת משרד מבקר המדינה - על הרשות לבדוק את הליקויים שהתג לו בניהול החקירות ולפעול למניעת הישנותם בחקירות דומות. מן הראוי שהרשות תשלים את בדיקתם של היבטי המס בפרשות אלה ותפעל כפי שייתחייב מממצאי בדיקתה.
לדעת משרד מבקר המדינה על הרשות לשקול לטייב את מאגרי הנתונים על פעילות האלכ"רים כך שישמשו כלי יעיל לניתוח, פיקוח, מעקב ובקרה על פעילויותיהם, ויאפשרו איתור מהיר של אלכ"רים שבהם קיים פוטנציאל גבוה לחיוב במס. מאגר נתונים שלם, אמין וזמין יש בו כדי לסייע בבחירה מושכלת של תיקים לתכנית העבודה ועשוי להעמיק את גביית המס. כמו כן על הרשות לשקול להחיל את חובת הדיווח המקוון על אלכ"רים גם על הכנסותיהם החייבות במע"ם, בדומה לעוסקים. כך ניתן יהיה לא תר עסקאות מעין אלו, להכניס מדגם מהן לתכנית העבודה של אגף מע"ם (ובמקרה של פעילות עסקית - גם לתכנית העבודה של אגף מס הכנסה) ולבדוק גם עסקאות של אלכ"רים עם צדדים קשורים.