משרד הביטחון . אירוע ההצפה בבת חפר - היבטים בהיערכות ובטיפול משרד מבקר המדינה מעיר למתפ"ש, כי אף שמהמסמכים עולה שבשנת 2008 עברה האחריות להסדרת פעולות הניקוז באיו"ש למנהא"ז, הרי שרק באוקטובר 2010 מינה המתאם את סגן רמ"א "כאחראי לביצוע עבודות הניקוז באיו"ש", ורק בשנת 2012 ,", בחלוף למעלה משנה, הקים המנהא"ז את "רשות ניקוז איו"ש ומכאן שמדובר בתהליך ממושך, שראוי היה לקצרו בהתחשב בבעי ות הניקוז הרבות באיו"ש. משרד מבקר המדינה מציין, כי מאחר ששר הביטחון הוא השר הממונה מטעם הממשלה על צה"ל (שבמסגרתו פועלת מינהלת מרחב התפר), ומשום שהמתפ"ש כפוף לשר הביטחון, הרי שמשרד הביטחון הוא הגורם המתאים ביותר לרכז את הטיפול בנושא זה, במשותף עם משרד החקלאות ורשות ניקוז ונחלים שרון. זאת כדי להבטיח טיפול מערכתי, משותף ומתואם, וככל שניתן בשיתוף פעולה עם הרשות הפלסטינית. כמו כן, על משרד הביטחון, בשיתוף הגופים המעורבים בבעיית הניקוי והניקוז של נחל שכם - המתפ"ש, המנהא"ז, מינהלת מרחב התפר, משרד החקלאות ורשות ניקוז ונחלים שרון - לשקול יחדיו דרכים חלופיות כיצד לטפל באירועים של גשמי זעף הנצפים להיות חריגים במיוחד; וכדי להורות, על פי הצורך, על ביצוע פעולות נוספות כדי למנוע הצפות כדו גמת ההצפה בבת חפר, וכל זאת כפי שגם הנחה מנכ"ל משרד הביטחון באוקטובר 2013 . על גופים אלה לדון במשולב בעניין הנדון כדי לגבש תכנית פעולה מערכתית רב -שנתית, משותפת ומגובת תקציב, אשר תבטיח טיפול הולם בבעיה של ניקוז נחלים בכל האזור כדי למנוע אירועים חריגים כדוגמת ההצפה בבת חפר. ככל שהדבר יתאפשר, כאמור, יש לפעול בנושא זה במשותף עם הרשות הפלסטינית. מאחר שמשרד הביטחון החליט בעבר שלא להחליף את החומה נגד ירי מול בת חפר בקטע תקני של גדר ההפרדה, ומאחר שאגן ההיקוות של נחל שכם צמוד לחומה זו, על משרד הביטחון ומינהלת מרחב התפ ר, האחראית לתחזוקת גדר ההפרדה, לבחון אם יש צורך בשדרוג החומה נגד ירי, והאם ניתן לטפל בבעיה באמצעות פתרונות הנדסיים חלופיים; וזאת, על פי הצורך, במשולב עם גורמים מקצועיים דוגמת רשות ניקוז ונחלים שרון. משרד מבקר המדינה מציין לחיוב, כי מתגובתו של מנכ"ל משרד הביטחון למשרד מבקר המדינה בעקבות הביקורת עולה, כי הוא הנחה לנקוט צעדים מעשיים לשם טיפול בבעיה והסדרת המצב, וכי מתגובת מינהלת מרחב התפר עולה, כי היא כבר נקטה צעדים בנושא זה באופן שימנע אירוע דומה בעתיד, כפי שהנחה מנכ"ל משרד הביטחון. .יש לראות באירוע ההצפה בבת חפר משל לבעיה רחבה יותר של ניקוז נחלים הזורמים מאיו"ש לישראל. ל כן על כל הגורמים המעורבים בנושא זה, משרד הביטחון, המתפ"ש, המנהא"ז, מינהלת מרחב התפר, משרד החקלאות ורשות הניקוז שרון, להפיק מאירוע ההצפה בבת חפר את כל הלקחים הראויים כדי ללמוד על הטיפול הדרוש בכל הנחלים הזורמים מאיו"ש לישראל. זאת, בפרט משום שהטיפול בעניין זה באיו"ש משפיע משמעותית על המתרחש בתוך ישראל, ועשוי למנוע או להפחית פגיעה אפשרית ביישובים הסמוכים לתוואי זרימת נחלים, ולפתור בעיות מתחום הגנת הסביבה.
בהתייחס לפעולות שביצעו הגופים המעורבים בנושא לאחר אירוע ההצפה, מעיר משרד מבקר המדינה כלהלן: מהאמור לעיל עולה, שמשרד הביטחון, המתפ"ש, המנהא"ז ומינהלת מרחב התפר, המטפלים בניקוז ובניקוי נחל שכם באיו"ש - לא קיימו שיתוף פעולה מספק עם משרד החקלאות ורשות הניקוז שרון המטפלים בנושא זה בישראל, שהיה בו כדי לתרום לפעילות מיטבית בנושא הניקוי והניקוז נחל שכם באיו"ש ובישראל. מצב זה עלול לגרום לכך שאירוע דוגמת ההצפה בבת חפר יחזור על עצמו והתוצאות עלולות להיות חמורות אף יותר. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד הביטחון וגורמי צה"ל באיו"ש וכן על משרד החקלאות ורשות הניקוז שרון לשתף פעולה לפתרון הבעיה, לרבות עם כל גוף אזרחי אחר המטפל בנושא הניקוי והניקוז של נחל שכם ובמשולב עם המועצה האזורית עמק חפר, וכל זאת כפי שגם הנחה מנכ"ל משרד הביטחון, כאמור. מן הראוי ששיתוף הפעולה יושתת על נהלים כתובים ומוסכמים ועל תכנית עבודה כוללת מוסכמת, בין היתר, בהתייחס לטיפול הנדרש במקרים חריגים וקיצונים כדוגמת אירוע ההצפה בבת חפר. כמו כן, על משרד החקלאות לבחון את טענתו של מנכ"ל רשות הניקוז שרון, כאמור, בעניין התמיכה שמעניק משרד החקלאות לרשות הניקוז שרון בפעילותה מול משרד הביטחון. משרד מבקר המדינה מציין לחיוב, כי מתגובתו של מנכ"ל משרד הביטחון למשרד מבקר המדינה בעקבות הביקורת עולה, כי הוא הנחה לנקוט צעדים מעשיים לשם טיפול בבעיה והסדרת המצב, וכי מתגובת מינהלת מרחב התפר עולה, כי היא כבר נקטה צעדים בנושא זה באופן שימנע אירוע דומה בעתיד, כפי שהנחה מנכ"ל משרד הביטחון.