משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . פיקוח על מכוני הרישוי ועל המוסכים עד מועד סיום הביקורת (ספטמבר 2010 ) לא החליט המשרד בדבר הקמת מכון רישוי בתל אביב, וכך נפגעת רמת השירות לבעלי רכב בעיר, כאמור במכתבו של הסמנכ"ל הבכיר לתנועה. לדעת משרד מבקר המדינה, בטרם החליט משרד התחבורה להקים את מכון הרישוי באזור זה היה עליו להתחשב בשיקולים של נגישות, של בטיחות ושל נוחות ללקוחות. .מהשוואה זו עולה כי בשנים האחרונות ירד מספר כלי הרכב שתקינותם נבדקה על ידי המשרד, הן מספרם המוחלט והן ביחס למספר כלי הרכב במדינה. אף שמספרם המוחלט של כלי הרכב עלה מכ -2 מיליון בשנת 2003 לכ-2.4 מיליון בשנת 2009 - עלייה של22% , ירד מספר הבדיקות מ- 40,089 בשנת 2003 (כ- 2.02% מכלי הרכב) ל- 36,286 בדיקות בשנת 2009 ( 1.43% מכלי הרכב). ירידה זו בהיקף הבדיקות משמעותה ירידה ברמת הפיקוח של המשרד על תקינות כלי הרכב הנעים על הכבישים. יוצא אפוא כי המשרד לא הקפיד שתיעשה הפרדה כדי להשיג את התכלית של מניעת ניגוד עניינים, והועלו מקרים שבהם בפועל יש בעלות צולבת על מכון רישוי ועל מוסך, לעתים באמצעות החזקת מניות בתאגיד אחד, ולעתים - בשניים. מכאן שהמשרד הטיל על צוות של שני מפקחים לאכוף את החוק על500 .המוסכים הבלתי מורשים בכל הארץ 2. על פי נתו ני המשרד ביולי 2010 , מחלקת האכיפה טרם נקטה צעדים משפטיים נגד 171 מוסכים בלתי מורשים שמפקחי המחוזות קבעו כי פעלו ללא רישיון. נגד 287 מוסכים התנהלו הליכים משפטיים, חלקם- חמש שנים ויותר. התמשכות הטיפול במוסכים הבלתי מורשים עלולה לפגוע בהרתעה מפני תופעה זו. שלושה מכוני רישוי שהמשרד תכנן להקימם ופרסם מכרזים לשם כך (שני מכונים - במכרז שהתפרסם בשנת 2004 , ואחד- בשנת 2006 ) לא הוקמו בסופו של דבר. בתכנית להקמת מכוני רישוי עד 2020 לא נכללו שלושת המכונים הנ"ל, אף שהמשרד הגיע למסקנה כי מכוני רישוי אכן דרושים במקומות אלו. משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה כי החלטה על מתן הרשאה מתוך התעלמות מן התנאי המאפשר את ביטולה במקרה שקיים רישום פלילי עלולה לפתוח פתח לעבריינים לקבל כתב הרשאה לביצוע תפקיד שלטוני מובהק. מממצאי הביקורת הנוכחית עולה שגם בשנת 2010 - 14 שנים לאחר קבלת המלצותיה של ועדת המנכ"לים - עדיין לא עמד המשרד ביעד שקבעה הוועדה. 2. מחלקת הניידות העבירה את ממצאיה- על ליקויים במכוני רישוי או על כלי רכב שקיבלו אישורי תקינות ממכונים אף שלא היו תקינים לטיפולם של מפ קחי המחוזות כדי שימצו את הדין עם מכונים אלו. הביקורת העלתה כי לא התנהל מעקב במשרד על טיפול המפקחים. יוצא אפוא שהמשרד לא פיקח על המוסכים בתדירות שקבע הוא עצמו. משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה כי על המחלקה לבנות תכנית עבודה שתעמוד ביעדי המחלקה ולוודא כי היא תיושם. משרד מבקר המדינה העלה כי למרות אישורו של אגף משאבי אנוש, בימי שישי לא קיים המשרד ביקורות, ועד אמצע 2010 הועסק רק עובד לא - יהודי אחד (מהצפון) בימי שבת, ואף זאת רק פעם בחודש. משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה, כי נוכח חשיבות הפיקוח והאכיפה בתחום זה ומאחר שיש חשש לניצול לרעה של מיעוט הפיקו ח והאכיפה בימי שישי ושבת, מן הראוי שהמשרד יעלה את תדירות הביקורות בענף גם בימים אלו. הביקורת העלתה כי עד מועד סיום הביקורת בספטמבר 2010 , תקופה של שנתיים וחצי, לא דנו סמנכ"ל בכיר לתנועה מר עוזי יצחקי ובכירי אגף הרכב שקיבלו את פניית מנהלת המחלקה בייעוץ המשפטי בבעיה שהועלתה בפסק הדין ובפניית עוזר הפרקליט והיועצת המשפטית. משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה כי עליו לבחון בהקדם את מדיניותו בנושא החידוש הקבוע של כתב ההרשאה נוכח האמור בפנייתה של היועצת המשפטית. זאת ועוד, לכתב ההרשאה יש ערך כלכלי, ועלול להיעשות בו שימוש לא ראוי. משרד מבקר המדינה מעיר עוד, כי מסוגיה זו עולים גם היבטים של העברת סמכויות שלטוניות לגופים שלא אושרו לכך כדין, ועל המשרד ליתן דעתו גם על כך. הביקורת העלתה כי לא היה למשרד נוהל המגדיר אילו טיפולים ברכב הנעשים במוסך הם בגדר "רכב בטיפול המוסך". למעשה תפקדו מוסכי הרישוי כמכוני רישוי לכל דבר, אך משרד התחבורה ראה בהם מוסכי רישוי, גופים הראויי ם לביקורת קלה, וכך קבע תדירות ביקורת נמוכה בהם: פעם בחודשיים לעומת תדירות של פעמיים בחודש במכוני הרישוי. משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה כי ראוי שהוא יגדיר בבהירות, לאילו כלי רכב מותר להיבחן מבחן רישוי שנתי במוסכי הרישוי.
לדעת משרד מבקר המדינה, אין בהצבת שלט כדי לפתור את סוגיית ניגוד העניינים. על משרד התחבורה לבחון דרכים לנטרל את ניגוד העניינים שנוצר בין האינטרסים הפרטיים של מכוני הרישוי ובין תפקידם לפעול על פי סמכויות שלטוניות שהאציל להם משרד התחבורה כדי להבטיח את תקינות כלי הרכב.