כביש חוצה ישראל בע_מ . תפעול ובקרה של פרויקטים בשיתוף המגזר הפרטי - חברת כביש חוצה ישראל בע_מ הביקורת העלתה כי אף על פי שהרשות הממונה, משרד התחבורה ואגף החשב הכללי דנים בהרחבת החניון זה יותר משנתיים, הם טרם הכריעו בסוגיות הקריטיות. לדעת משרד מבקר המדינה, עקב תפוסתו הכמעט מלאה של החניון וחיוניותו לציבור המשתמשים, ראוי שהגורמים הנוגעים בדבר יגיעו בהקדם להסכמה בעניינן של כל המחלוקות כדי להחיש את ביצוע הפרויקט. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שההידברות של נציגי המדינה עם הזכיין וההתנהלות מולו יהיו מתואמות, מגובשות ואחידות. לכן על החברה, אגף החשב הכללי ומשרד התחבורה לגבש דפוסי פעולה ודרכי התדיינות מוסכמים, כדי שכל הגורמים המעורבים בכך יהיו מעודכנים בכל העובדות וההתפתחויות, כל אחד בתחום אחריותו. הביקורת העלתה כי עקב הביקוש הרב לשימוש בכביש 6 , שאף הולך וגובר בהתמדה, יש בו עומסי תנועה בשעות מסוימות, וזאת על אף ההרחבות שבוצעו בו. עוד העלתה הביקורת כי המשתמש בכביש בשעות העומס נדרש לשלם את מלוא האגרה על אף ההאטה שחלה במהירות הנסיעה בשעות אלה. יצוין כי בהסכם הזיכיון לא נקבעה מהירות מינימלית לשירות ולא נקבע מנגנון המפצה את המשתמש, בהנחה או בהחזר סכום האגרה, עקב האטה ניכרת במהירות הנסיעה, הנובעת מעומסי תנועה או מסגירת נתיב עקב תאונת דרכים. לדעת משרד מבקר המדינה ראוי כי, משרד התחבורה ואגף החשב הכללי ישמרו על זכות ה של המדינה לערוך בדיקה עתית על ידי הרשות הממונה עבור המדינה, וזאת כדי לשמור על העיקרון הקבוע בתקנות לפיו הזכיין אינו צריך להרוויח או להפסיד מאכיפת הגבייה. היעדר מדידה חשבונאי ת מוסכמת גרם בשנים שבהן פועל כביש 6 למחלוקות, להתדיינויות ולשימועים ממושכים שדחו את ההפחתה של הפיצוי והחזר ההוצאות, גרמו לצבירת עודפי גבייה על חשבון הציבור, ולהגעה לפשרות בשיעורי ההפחתה של הפיצוי והחזר ההוצאות (ראו להלן בטבלה), ולהקצאת משאבים ניהוליים וכספיים רבים לטיפול בעניין. משרד מבקר המדינה מעיר לחברה כי על פי כללי מינהל תקין, ראוי שהיא תכין דוח תקופתי מרוכז במסגרת כלי הבקרה שהיא מפעילה, כדי שתהיה בידה תמונה מלאה על רמת השירות שנותן הזכיין, לשם הפקת לקחים מאופן תפקודו וככלי להפעלת בקרות על הזכיין. לדעת משרד מבקר המדינה הסכמי פשרה, תיקונים ותוספות להסכם הזיכיון המקורי מעידים לכאורה על הכנה לקויה של המכרז, בעיקר בהיבטים תכנוניים וסטטוטוריים . עקב האמור לעיל עוכב ביצוע הפרויקט ו נגרם נזק כלכלי למשק המדינה. כמו כן, שינויים אלה בתנאיו הבסיסיים של ה מכרז המקורי שפורסם אינם עולים בקנה אחד עם חוק חובת המכרזים ועם מטרותיו. לדעת משרד מבקר המדינה על משרדי התחבורה האוצר להפיק לקחים מפרויקט זה ולפעול לפרסום מכרזים אשר יתבססו על מידע מלא, לאחר ביצוע הבדיקות הנדרשות באופן מעמיק, בעיקר כשמדובר בפרויקטים מורכבים וחדשנים. הביקורת העלתה כי ב מועד סיום הביקורת, ארבע שנים וחצי לאחר שניתנה תשובתו האמורה של משרד התחבורה , טרם פעלה המדינה להפעלת הקו הנוסף לשדרות רוטשילד. משרד מבקר המדינה מעיר כי כאמור נציגי אגב החשב הכללי בראשות סגן בכיר לחשבת הכללית ליוו את כל שלבי המשא ומתן עם הזכיין, פעלו בשיתוף החברה לגיבוש הפשרה וקיבלו עדכונים שוטפים לגבי הסטטוס של המשא ומתן. לנוכח זאת, "אי -הבנה" בדבר הגורם המוסמך לקביעת עמדת המדינה שתוצג במשא ומתן היא בבחינת פגיעה בסדרי בקרה ומינהל תקינים. לדעת משרד מבקר המדינה, כדי למנוע הישנות מקרים דומים בעתיד, כאשר מדובר בנושאים הדורשים את אישור נציגי הממשלה, ראוי שהגורם, שלו ניתנת מטעם המדינה ההרשאה לשאת ולתת עם גורם פרטי בעניינן של סוגיות כספיות מהותיות, יקבע מראש - בשיתוף החשבת הכללית או כל גורם בכיר אחר המוסמך לכך - את ה קווים המנחים ואת רמת הגמישות המותרת לו בניהול משא ומתן, אבני דרך לדיווח שוטף במהלך המשא, בין היתר על פתרונות חלופיים ושל תוצאותיהם האפשריות, וקבלת אישור של בעל הסמכות להמשך ניהול המשא ומתן. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה, אגף החשב הכללי והחברה להפיק לקחים מהליקויים שהועלו ולשפר את אופן תפקודם בכל הנוגע לייזום, לתכנון ולהקמה של פרויקטים עתידיים שיבצע המגזר הפרטי וכן בנוגע לבקרה עליהם. זאת לנוכח הסיכון הגלום בפרויקטים אלו, עלויותיהם וחשיבותם מהבחינה הלאומית והציבורית. לדעת משרד מבקר המדינה עולה מהאמור כי היעדר תיאום בין הרשות הממונה, נת"י ומשרד התחבורה, לא איפשרה מסירת קטע הכביש ל נת"י במועד, וגרמה לגלישה מעבר למועד המסירה המתוכנן בינואר 2013 . מסירה מבעוד מועד וללא שהיות, כפי שמתחייב מאחריותה כרשות ממונה, ה ייתה מונעת בזבוז של כספי ציבור.
הביקורת העלתה כי משרד התחבורה פרסם מכרז לבחירת מפעיל להפעלת קווי האוטובוס, בלא תיאום מראש עם הרשות הממונה ועם אגף החשב הכללי. בעקבות כך קווי האוטובוס שנוספו בפברואר 2015 החלו לפעול במתחם זמני שלא הוכשר במלואו, ואף חלוקת האחריות והסמכויות בין המפעיל ובין הזכיין טרם סוכמה בכתב ובאופן המחייב את הצדדים.