משרד הבריאות . ההתקשרויות עם האגודה למען שירותי בריאות הציבור לדעת משרד מבקר המדינה, אכן רצוי שהמשרד י יהנה מ מחירים מופחתים עקב הקלות במס שמלכ"ר נהנה מהן בגלל הגדרתו מלכ"ר ולא עוסק, אולם בתנאי שהנאה זאת מושגת בתנאי תחרות הוגנים, החוזרים ונבחנים מ פעם לפעם על ידי מכרז, שגופים שונים - מלכ"רים וגופים עסקיים - משתתפים בו בתנאי תחרות סבירים. אולם לא מן הנמנע שיש השפעה כלשהי, ולו עקיפה, לתפקידו כמזכיר האגודה על העסקתה בשני המקומות, והיה עליו להסדיר זאת מראש. משרד מבקר המדינה מעיר שאת עבודת המטה ראוי היה לעשות קודם להחלטה על מתן פטור ממכרז. מכל מקום, את עבודת המטה שמדובר עליה יש לסכם עוד לפני תום שלוש שנות ההתקשרות שסוכמו עם האגודה כדי שיהיה אפשר לקיים דיון ראוי בעניין המשך מתן שירותי הבריאות המסוימים באמצעות מכרז. משרד מבקר המדינה מעיר שגם אם עתיד היה להיכנס לתוקף חוק שעשוי להסדיר העסקה של עובדים במסגרת זו או אחרת, היה על המשרד לערוך מכרזים מוגבלים בזמן, שאחריהם אפשר לבצע את הוראות החוק החדש, והוא לא עשה כך במשך שנים רבות. .משרדי ממשלה וגופים ממלכתיים נוספים - המוסד לביטוח לאומי, משרד התמ"ת ומשרד החינוך 21 נתנו אף הם מעין בלעדיות לאגודה לספק שירותי כוח אדם ושירותים וללא מכרז. .אף שמדובר בהתקשרות רבת שנים (מ - 1999 באחד התחומים), למוסד לביטוח לאומי אין הסכם עם האגודה המסדיר את כללי ההתקשרות ביניהם בשני תחומים אלה23 . אולם אף שמ - 1993 יש חובה לעשות מכרזים, ההסכם הוארך במשך השנים בפטורים ממכרז שאישרה ועדת המכ רזים העליונה של המוסד לביטוח לאומי. יוצא שעד סיום הביקורת באוגוסט 2008 , לאחר כעשר שנים, נעשו שני מכרזים בלבד 18 , ובהתקשרויות הנוספות עם האגודה במשך שנים פנה המשרד לחשב הכללי במשרד האוצר, ובאמצעותו ובאישורו קיבל פטור ממכרז חוזר ונשנה מנימוקים של "התקשרויות המשך" ו"ספק יחיד". אולם מן הבדיקה שעשה משרד מבקר המדינה עלה כי למשרד התמ"ת לא היה הסכם עם האגודה ומן הראוי היה שיעגן בהסכם את ההתקשרות עם האגודה מיד עם העברת הסמכויות משירות התעסוקה אליו. עקב פעילותה רבת-השנים של האגודה בתחום שירותי הבריאות בפטור ממכרז נוצר בפועל מצב שמרב כוח האדם הרפואי והפָּרָּה -רפואי הפנוי התרכז בידיה, וכך אף התעצם כוחה התפעולי -עסקי כספק מעין בלעדי של שירותים אלה, ובשל כך אף חוזרת ונשנית טענת משרדי הממשלה כי מדובר בספק יחיד, וחוזר חלילה. משרד מבקר המדינה מדגיש את העיקרון המשפטי והכלכלי שבחוק חובת המכרזים - שניהול השוק ראוי שייעשה בשקיפות ובאמצעות תחרות שהיא ההליך הכלכלי והמשפטי הראוי, ואם יש כשל שוק, יש לבחון כיצד הוא אירע וכיצד אפשר וראו י למנוע אותו בעתיד. מלבד זה, יוער שאשר למשרד הבריאות - היה אפשר, בנוגע לכמה מהתחומים לפחות, אף לשקול התקשרות עם קופות החולים, כלומר לשקול לשלב פעולות אלה כחלק מהשירותים שהן נותנות מכוח חוק ביטוח בריאות ממלכתי או כהרחבה לאותו חוק או לשקול להתקשר עם השלטון ה מקומי כנותני שירותים. .משרד מבקר המדינה ניתח את הנסיבות שהוליכו את האגודה למעמד של ספק יחיד ובלא שהתפתח שוק תחרותי, לשם הפקת לקחים וכדי להימנע בעתיד ממצב זה. .עיקרי הליקויים כמו שעלה הן מדוח הביקורת אשר הגיש רואה החשבון בנובמבר 2005 והן ממסמכי משרד האוצר התייח סו לכספים שקיבלה האגודה מהמשרד עבור החלק שאינו מבוטח בקרן פנסיה ובגין הפרשה לפיצויי פיטורין שהסתכמו במיליוני ש"ח; לכספים שקיבלה האגודה מהמשרד בגין ההפרשה העודפת לפיצויי פיטורין שלא הופקדו בקרן נפרדת כיעודה לפיצויים, "דבר המהווה חוסר ביטחון לעובדים לקבלת הפיצויים בעת הצורך"; הכספים האלה שימשו להוצאות השוטפות של העמותה. סך הסכום לדעת החשב הכללי הסתכם בכ -38 ;מיליון ש"ח מלבד זה, הייתה גביית יתר של האגודה בגין התקורה שסוכמה בשני המכרזים האמורים - רואה החשבון העריך כי הסכום של גביית היתר אשר לאחד המכרזים היה מילי ון ש"ח לתקופה של שלוש שנים ועוד מיליוני ש"ח לשנים האחרות.
משרד מבקר המדינה הפנה את תשומת לבה של רשות המסים למהות עיסוקיה של האגודה - אם היא בגדר מלכ"ר או שהיא בגדר עוסק החייב במע"מ, שכן עיקר עיסוקה הוא אספקת כוח אדם ומתן שירותים בתחום הבריאות, ולכאורה אלו פעולות עסקיות החייבות במע"מ.