משרד הבריאות . מחשוב מערך החיסונים בישראל ביצוע בדיקות עומסים למערכת, כפי שדורש נוהל מפת"ח, היה אמור לחשוף את הבעיות הקיימות במערכת בעת עבודה בעומס מלא. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות כי חיבור מחשבה בריאה לרשת מרכזית אחת, שימוש בכרטיס חכם, חיבור לשרתים מרוחקים והפעלת תכנה משוכתבת (מוסבת) - כל אלה מצריכים, לפי נוהל מפת "ח, ביצוע בדיקות ובהן בדיקות בעומס מלא. פעולות אלה כאמור לא בוצעו. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לבדוק בהקדם את תפקודה של המערכת בעומס ולנקוט צעדים מידיים לתפעולה המיטבי ולתיקון הבעיות שהעלו המשתמשים בה. משרד מבקר המדינה מעיר כי לא ברור מדוע הכין המשרד אפיון למערכת חדשה (נחליאלי) אם הייתה בידיו מערכת קיימת ומוכנה להפעלה שאפשרה את יישום החוק. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות על הפיגור הניכר בהקמת מאגר המידע הארצי בנוגע לחיסונים, שפיתוחו החל כבר בספטמבר 2010 . אף שחוק הביטוח הלאומי, שתוקן עוד בשנת 2009 , קבע מועד מאוחר להחלת סעיפים 68)(ד-68 )(יא- עד מרץ 2013 , גם במועד זה לא הסתיימה הקמת מאגר המידע הארצי בנוגע לחיסונים. אי -הקמת מאגר המידע לא אִפשרה למשרד הבריאות ולמוסד לביטוח לאומי לקיים אחר הוראות החוק, שכאמור היו בתוקף עד יולי 2013 . יצוין כי על פי נוהל מפת"ח גם בפרויקטים שאינם בגדר פיתוח מערכת חדשה אלא שדרוג של מוצר קיים, יש להכין תכנית עבודה ולבצע שלבים שונים במחזור החיים של כל פרויקט מחשוב ובהם: ייזום; אפיון -על; אפיון מפורט; עיצוב ובנייה; ובדיקות מערכת. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח מורכבות הפרויקט והתקלות שתוארו לעיל, על המשרד לפעול מכאן ואילך לצורך פיתוח המערכת החדשה לפי נוהל מפת"ח. כמו כן, על המשרד לוודא כי המערכת החדשה שתפותח תענה על דרישות המשתמשים ועל דרישות ההנהלה שלו, וכי יתוקנו בה הליקויים שהועלו בשתי המערכות הקיימות. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות כי קיומו של מסמך מאושר שבו מפורט תקציב הפעולות הכרוכות בביצועו של הפרויקט, וכן קיומו של מסמך ביצוע תקציבי מפורט ומעודכן, הם תנאים יסודיים לניהול סדור ותקין של כל פרויקט מחשוב. יש להקפיד על קיומם של מסמכים אלו גם כאשר הפרויקט מקודם במקטעים של שנות תקציב, וכן להניח, לגבי כל שנה, מסמך תכנון תקציבי מפורט ומסמך ביצוע תקציבי המתעדכן במהלך השנה למול מסמך התקציב שאושר. על אגף המחשוב לקבוע סדרי עבודה, אשר יבטיחו כי הניהול התקציבי של כל פרויקט ייעשה על פי מסמכי תקציב מפורטים שאישרה ועדת ההיגוי. כמו כן על ועדת ההיגוי ועל אגף המחשוב לעקוב אחר כלל ההוצאות הנוגעות לביצועו של הפרויקט בהתאם לתקציב שאושר לכל שנה ולפרויקט בכללותו. המשרד לא מסר תיעוד המצביע על כך שבמהלך השנים שבהן בוצעו הפרויקטים נערך פיקוח שוטף ושיטתי אחר העמידה בלוחות הזמנים, ככל שנקבעו בפרויקטים השונים (ראו להלן בעניין הקמת מאגר החיסונים נחליאלי). משרד מבקר המדינה מעיר כי בהיעדר מעקב מפורט, שוטף ושיטתי אחר לוחות הזמנים שומט המשרד כלי בקרה בסיסי וחיוני לניהול מיטבי של הפרויקטים. לדעת משרד מבקר המדינה היות שמערכת מחשבה בריאה פותחה במטרה לשרת את כל תחנות טיפת החלב שבהפעלתו, היה על המשרד להכין תכנית סדורה להמשך פריסת המערכת ולגבותה בהקצאה תקציבית הולמת, בתיאום עם משרד האוצר; זאת כדי למנוע בהמשך אילוצים תקציביים שלא יאפשרו את פריסת המערכת באופן מלא. יוצא אפוא שאין בידי משרד הבריאות מסמכי הייזום והאפיון של מערכות המחשוב שפיתח בתחום החיסונים, שלפי נוהל מפת "ח יש לנהלם ולשמרם בספריית הפרויקט. לדעת משרד מבקר המדינה, אין לקבל מצב שבו שמירתם ותיעודם של מסמכי יסוד בפרויקטי מחשוב תלו יים בנושא משרה מסוים בארגון. תיעוד זה משמש מסמך ארגוני יסודי וחשוב, ולכן יש להבטיח כי ניתן יהיה להשתמש בו בעת הצורך. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות כי עליו לבצע בדק בית בדבר סדרי הניהול של הפרויקטים בתחום המחשוב. על ועדת ההיגוי לקיים לגבי כל פרויקט הליכי בחינה, שבסופם יאושרו מסמכי תקציב מפורטים הנוגעים ל פרויקט; אבני הדרך; לוח הזמנים לביצועו; ותפוקותיו. כמו כן יש להבטיח בכל הפרויקטים ניהול תקין של מסמכי יסוד, כנדרש בנוהל מפת"ח. נוסף על כך יש לקיים מעקב ובקרה אחר ביצוע הפרויקטים, להפיק דוחות ביצוע מפורטים ולמסור אותם גם לוועדת ההיגוי.
יצוין כי מאז הקמת מערכת מחשבה בריאה, בסוף שנות השמונים של המאה העשרים, ועד שנת 2006 , לא הסתיימה פריסתה בכל תחנות טיפת החלב של המשרד. למשרד מבקר המדינה לא הומצאו מסמכים המלמדים על השיקולים שבגללם לא נפרסה והוטמעה מערכת מחשבה בריאה בכל תחנות טיפת החלב שמפעיל המשרד.