משרד הבריאות . היבטים במערכת הרפואה הפרטית-מדיניות, אסדרה וכלי פיקוח מהאמור לעיל עולה, כי נוצרת ריכוזיות יתר של מערכת הבריאות. לכל קופות החולים יש עניין להפנות מבוטחים לצריכת שירו תים במסגרת תכניות השב"ן שלהן, כאמור, ולשלוש קופות - כללית, מכבי ומאוחדת - יש עניין מיוחד בכך בגלל בעלותן על בתי חולים פרטיים. במועד סיום הביקורת נמצא כי משרד הבריאות עדיין לא ביצע שום בדיקה ובקרה שיטתית בנושא שעות הנו כחות של הרופאים בבתי החולים הממשלתיים והממשלתיים-עירוניים. ואולם למרות הפרסומים על עזיבת רופאים את בתי החולים הממשלתיים, ממשלתיים-עירוניים ושל הכללית בשעות העבודה המקובלות, ועל אף האמור במכתבו של מנ הל המרכז הרפואי הממשלתי אסף הרופא, לא פעל משרד הבריאות לבירור היקף התופעה האמורה. .המשרד וחלק ממנהלי בתי החולים התעלמו מתופעה זו ולא פעלו לחייב את הרופאים להימצא בבית החולים בכל שעות העבודה המקובלות, ובכך הביעו הסכמה שבשתיקה לתופעה. משרד מבקר המדינה מעיר כי מדידה והשוואה זו היא בעייתית: לא כל קבלה של חולה למחלקה כירורגית של בית חולים כללי ממשלתי, או של הכללית או ציבורי מעידה כי בפועל בוצע ניתוח; לעתים נעשה טיפול רפואי שמרני. לעומת זאת, קבלת חולים למחלקה כירורגית בבית חולים פרטי מעידה על שהתבצע ניתוח אלקטיבי (מתוכנן). לפי חישובים שעשה משרד מבקר המדינה, על יסוד נתונים מחטיב ת בתי החולים בכללית (שלה שמונה בתי חולים ציבוריים כלליים), רק כ -50% מהמתקבלים למחלקות הכירורגיות בבתי החולים הציבוריים עוברים ניתוח, נוסף על אלה המנותחים במתכונת של אשפוז יום. לפיכך עולה מאומדן זה כי סך פעילות הניתוחים בבתי החולים הפרטיים בישראל עשוי להסתכ ם בכ-%26 מכלל הפעילות הכירורגית בישראל61 . אולם, משרד מבקר המדינה מעיר כי בחינת הפעילות בבתי החולים הפרטיים בלבד העלתה כי חל בה גידול מתמשך, מכ - 108,700 קבלת חולים בשנת 2005 לכ- 132,650 קבלת חולים בשנת 2010 , כלומר גידול של כ-22% בתוך חמש שנים. לעומת זאת, באותן שנים גדל שיעור קבלת החולים ושיעור הניתוחים באשפוז יום בבתי החולים הכלליים הממשלתיים, ממשלתיים-עירוני ים או של הכללית או הציבוריים האחרים בכ-%1463. בשל האמור לעיל, עולה כי צריך לבחון מחדש את שיעור הניתוחים בבתי החולים הפרטיים בהשוואה לניתוחים בבתי החולים הציבוריים כדי לקבל תמונה אמינה על היקפם, וחשוב לא פחות מכך - על המגמות המסתמנות מהם ועל השפעותיהן מהבחינה הכלכלית, הרפואית והלאומית כדי ליצור כלים ניהוליים עבור הגורמים האמונים על אסדרתו של תחום זה ולאפשר להם לקבל החלטות בנושא, נדרש מהם לבדוק, ללמוד ולנתח את הנתונים ביסודיות ובכובד ראש. משרד מבקר המדינה מעיר כי לכאורה נוצרת, סתירה בין מדיניות הכללית, שלפיה אין מדיניות להקשות על המבוטחים כדי שיבחרו בניתוח באופן פרטי, לבין התמריץ הכלכלי של מחוזות הקופות להפנות מבוטחים לצרוך שירותים באמצעות השב"ן. . מנתוני אגף שוק ההון, הביטוח והחיסכון במשרד האוצר עולה כי בשנים 2003 -2011 חל גידול ניכר בדמי הביטוח בגין ביטוחי בריאות (כמעט ושולש סך הפרמיות של דמי הביטוח האמורים), ובשנת 2011 הם הסתכמו בכ-6.4 מיליארד ש"ח122. הבדיקה העלתה כי יש תופעה שבה חברות הביטוח המסחריות מעודדות את העמיתים שלהם, שפונים להפעיל את פוליסת ביטוח הבריאות הפרטית שלהם, להפעיל את השב"ן בקופות החולים ואף נותנות להם גמול כספי כדי להימנע מלהפעיל את פוליסת הביטוח הפרטי. במקרה זה היתרון לחברת הביטוח ברור - הקטנת מימון ההוצאה הרפואית שלה, שאותה מממנים גורמים אחרים - קופת החולים באמצעות השב"ן שבו חבר העמית; היתרון למבוטח הוא התמורה כספית שהוא מקבל מחברת הביטוח. קיימת גם תופעה בה רופאים מנתחים מבקשים מהחולים שלהם להפעיל פוליסה בחברת ביטוח גם כאשר הם חברים בשב"ן, שכן התמורה הכספית לרופא עבור אותה פרוצדורה המשולמת לו מחברת הביטוח גבוהה מאשר מהשב"ן. אמנם המפקח על הביטוח פעל, אולם תופעת כפל הביטוח עדיין נמשכת ומתעצמת כאמור. משרד מבקר המדינה מעיר כי בעבודת המטה ראוי היה להביא בחשבון כי באין זוכה במכרז, הקמת בית החולים כממשלתי הייתה מאפשרת לתת תמהיל מיטות שיאפשר למלא באופן טוב יותר את הצרכים הלאומיים, משמע פחות מיטות כירורגיות ויותר מיטות שבמחסור לא ומי, כאמור. הבחירה באופציה של מפעיל שאינו ממשלתי סביר שתביא לכך שהמפעיל הפרטי יסדיר את תמהיל המיטות בבית החולים באופן שישיא לו את התמורה הכספית הגבוהה ביותר. תמהיל כזה מוטה בדרך כלל לטובת יותר מיטות כירורגיות ופחות מיטות לפנימיות, טיפול נמרץ ופגיות, שהן כיום מיטות במחסור לאומי, כאמור.
לדבריהם, מחצית מהחינוך הרפואי מתבצע על יד מיטת החולה. ובשעה שמנהלי מחלקות ורופאים בכירים אחרים במחלקה עוזבים את בתי החולים, נפגעת ההוראה הקלינית משום שהתקופה שבה שוהה הסטודנט בכל מחלקה מוגבלת. כמו כן, דקן של אחת הפקולטות לרפואה ציין לפני משרד מבקר המדינה כי כאשר רופאים בכירים עוזבים את המחלקה בטרם עת ומצמצמים את היקף המשרה, הדבר משפיע על "האווירה בה מחנכים את רופאי העתיד והמסרים החינוכיים המוקנים להם".