משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . פיקוח ובקרה על פעילותן של חברות תשתית בתחום התחבורה היבשתית אמנם בשנת 2015 החל משרד התחבורה לנקוט צעדים כדי להגביר את מעורבותו בתהליכ י תכנון הפרויקטים המבוצעים על ידי חברות התשתית, אולם מהאמור לעיל עולה כי עד אז לא הגדיר משרד התחבורה את הצורך ללוות תהליכים אלה. לפיכך חברות בקרת העל לא היו מעורבות כלל בתהליכי התכנון עצמם, אלא החלו את עבודתן רק בסיום שלב התכנון, וביצעו רק בדיקה בדיעבד של תוצרי התכנון. האגף לתכנון תחבורתי ליווה את תהליכי התכנון באופן חלקי בלבד, ובעיקר נתן מענה על צרכים ובעיות שהעלו חברות התשתית בשלב הדיונים במוסדות התכנון. הצעדים עליהם החליט משרד התחבורה עדיין לא מיושמים במלואם ואינם מקיפים את כל תהליכי התכנון. משרד מבקר המ דינה מעיר כי נוכח הליקויים שהועלו לעיל בתכנון הפרויקטים, על משרד התחבורה להטמיע במלואם את תהליכי הבקרה על שלבי התכנון השונים, ולהקפיד על כך שתכנון הפרויקטים יעמוד בסטנדרטים של איכות, אפקטיביות ויעילות. למעורבות משרד התחבורה בתכנון פרויקטים עשויה להיות חשיב ות רבה, בייחוד בשלב התכנון הראשוני. תשומות גורמי הבקרה עשויות להועיל בשלב זה - שהוא השלב המכריע בקביעת דמותו של הפרויקט - בין היתר באמצעות בדיקת החלופות המוצעות, בהצעת חלופות נוספות שלא הוצגו על ידי המתכננים ובהשוואה בין החלופות. חשוב לציין כי תהליכי תכנון לקויים לא זו בלבד שהם פוגעים בקידום הפרויקטים, אלא עלולים גם לחשוף את חברות התשתית לתביעות מצד קבלני הביצוע, ובסופו של דבר אף לחייב את המדינה להעביר לחברות התשתית תקציבים נוספים לצורך תוספות תשלום בגין התביעות. מהאמור לעיל עולה כי במהלך השנים התגלו ליקויים מהותיים בפעילות הכספית של חלק מחברות התשתית ובתהליכי ההתחשבנות בינן לבין משרד התחבורה. רק בשנת 2013 החל המשרד לבחון את תהליכי אישור התשלומים ולגבש נהלים ומתודולוגיות לחברות התשתית, לחברות הבקרה, ולמחלקות השונות בתוך המשרד העוסקות באישור התשלומים הללו. בשל העובדה שהנושא לא הוסדר במשך השנים, כל חברה מגישה למשרד התחבורה ולחברת הבקרה את החשבונות באופן שונה וברמת פירוט שונה. עד מועד סיום הביקורת רק חלק מהפעולות שהומלצו בטיוטת המתווה לטיפול בסיכוני המפתח יושמו. על משרד התחבורה להמשיך ולבצע שינויים בתהליכי העבודה כדי לטפל בסיכונים שהועלו בסקר הסיכונים. כן על המשרד לקדם לאלתר את הנוהל לבקרת חשבונות ולוודא את יישומו. 2. משרד התחבורה, מתוקף היותו המממן את החברות והגורם שמזמין את רוב העבודות, רשאי לתת לחברות הוראות שונות במסגרת התחומים שנקבעו בהסכמים ביניהם. אולם הביקורת העלתה כי בהסכמים לא צוין במפורש שעל החברות לקבל את ההנחיות וההוראות שהמשרד הוציא לגביהן ויוציא בעתיד. דבר זה עלול להטיל ספק ולעורר פרשנויות שונות לגבי עצם חיוב החברות לפעול לפי הוראות המשרד. לכן, על משרד התחבורה לשקול להוסיף לתקנונים של החברות או להסכמים עם החברות סעיף מפורש שיבהיר סוגיה זו. הביקורת העלתה כי משרד התחבורה לא הכין התייחסות סופית למכתבו הראשון של המשנה ליועמ"ש, וממילא לא שלח אותה כלל. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי נוכח חשיבות הדיון ותפקידו המרכזי בתחום, ובפרט בפיקוח ובקרה על חברות התשתית, היה עליו לגבש את עמדתו ולתת את התייחסותו הסופית בסוגיה. עד מועד סיום הביקורת, החשכ"ל, הממונה על התקציבים, מנהל רשות החברות ומנכ"לית משרד התחבורה לא הקימו את הצוות המשותף לגורמי הממשלה, כפי שנקבע בהחלטת הממשלה מ -2016. עלהגורמים הנוגעים בדבר לפעול בהקדם ליישום החלטת הממשלה ולהקמת הצוות לשם שיפור הבקרה על חברות התשתית. כמו כן, יש למנות גורם שיהיה אחראי לפעילות הצוות ולקבוע יעדים ברורים ולוחות זמנים קצרים להשלמת פעילותו.
מהמתואר לעיל עולה כי הגורמים האחראים לבקרה על החברות הממשלתיות בתחום תשתיות התחבורה ידעו במשך זמן רב על הפוטנציאל הגדול לסיכונים אפשריים במסגרת פעילותן של החברות, בין היתר פגיעה בטוהר המידות ושימוש לא ראוי בתקציבים המועברים מ המדינה. זאת על רקע הפער שבין הסמכויות הרחבות שניתנות לחברות התשתית להוצאות מתקציב המדינה ובין הקושי לבצע פיקוח ובקרה נאותים על יהן. אולם על אף המודעות למצב האמור לעיל ועל אף החלטת ממשלה שהתקבלה בנושא שיפור הבקרות על החברות הממשלתיות, לא פעלו גורמי הממשלה כנדרש כדי לשפר את מנגנוני הפיקוח והבקרה על חברות התשתית. פרשת נת"י משקפת ביתר שאת את הכשלים במודל הקיים של הבקרה על חברות התשתית , הן הפנימית והן החיצונית, ובעיקר בנוגע ל מקומם ולתפקודם של "שומרי הסף" בחברות, שאמורים לשמור על המינהל התקין וטוהר המידות. פרשה זו העלתה על סדר היום את הצורך בביצוע בדיקה מעמיקה של מנגנוני הבקרה על חברות התשתית כולן, במטרה לטייב את תהליכי הבקרה ולמנוע מקרים של מינהל לא תקין ופגיעה בטוהר המידות.