צבא ההגנה לישראל . היבטים בנושא החינוך בצה_ל .לפעילות החינוכית הנעשית בצה"ל חשיבות רבה נוכח תפקידיו של צה"ל בהגנת העם והמדינה, נוכח מיקומו וחשיבותו של צה"ל בחברה הישראלית, ונוכח היותו של צה"ל ארגון הירארכי שמשרתים בו מפקדים וחיילים צעירים המצויים בשלב שבו מתגבשת ומתעצבת השקפת עולמם כבני אדם וכאזרחים. האתגר הניצב בפני צה"ל מורכב במיוחד בכל הקשור בטיפול בסוגיות חינוכיות הנוגעות לתחום הזהות הלאומית, וזאת נוכח מאפייניה המגוונים של החברה הישראלית והעמדות השונות הרווחות בה, וכן נוכח הצורך לקיים את הפעילות החינוכית בצד הצורך לבצע את המטרה המרכזית המוטלת על צה"ל - להגן על עצמאותה של המדינה ועל ביטחון תושביה ואזרחיה. בפועל המשיכו להישמע גם לאחר פרסום מסמך ההסדרה טענות של חיל החינוך על חריגות מסמכות של הרבנות הצבאית ועל אופי הפעילות החינוכית שהיא מקיימת בתחום התודעה היהודית, ולפיהן לא תמיד תואמת פעילות זו את העקרונות הנמנים ב"רוח צה"ל וב"ייעוד וייחוד" ואת האתיקה של ההסברה בצבא. הממצאים העולים בפרק זה מצביעים על פער בין המוטל על מפקדים בצה"ל בתחום הפיקודי-חינוכי, ובמיוחד בנושאים המצריכים קיום של שיח פתוח בינם לבין פקודיהם, לבין כשירות המפקדים למלא תפקידיהם אלה. אמנם, חיל החינוך מקיים הכשרות לא מעטות בתחומי התוכן החינוכיים, ובכלל זה במסגרת מחצבי"ם, במסגרת המכללות הצבא יות ובהכשרות השונות לתפקידי פיקוד שונים, עם זאת, מסקנות המחקרים שערך חיל החינוך, והממצאים הנוספים שפורטו, מצביעים על פערים בכשירותם של מפקדים למלא את תפקידיהם בתחום החינוכי, ועל כך שאין די בכלים שמציע חיל החינוך בתחום זה. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח חשיבו ת הנושא, מן הראוי כי תמונת המצב, שתגובש בשיתוף עם הפיקוד הבכיר בצה"ל (מפקדי הפיקודים המרחביים, הזרועות והחילות) תנותח במלואה על ידי חיל החינוך, תוצג ותידון בפני ראש אכ"א ובפני הרמטכ"ל, ובעקבות כך תגובש תכנית מטכ"לית, אשר תגדיר את רמת הכשירות הנדרשת ממפקדים בתחום החינוך ותקבע את הדרך והכלים למימושה. .בביקורת נמצא, כי ההתקשרויות עם המכונים בתחום הזהות הישראלית- יהודית נעשו ללא שהיו ביד י מקח"ר אמות -מידה כתובות לבחירת מכון לצורך העברת תכנים בצה"ל. כך למשל, בסיכום לביקור שנערך בינואר 2010 כתבו נציגי המדור את התרשמותם, כי שבת החינוך לוקה בחסר בהצגת הרבדים המגוונים והנרחבים שיש לשבת להציע; ובסיכום הביקור שהתקיים בשבת חינוך של מכון עיר דוד בנובמבר 2010 כתבו נציגי המדור, כי המטר ה של חיזוק זיקת המפקד למושג השבת תוך בירור אישי לגבי משמעות השבת לא הושגה; וכי "שבת החינוך של 'עיר דוד' לא עוסקת בשאלת השבת שלי או הזהות האישית/היחידתית ולא נותנת למפקד כלים על מנת לעסוק בנושא זה ולהתמודד עם יצירתה של שבת איכותית ונעימה אצלו ביחידה"; וכי "לא ברור עד כמה שבת החינוך היא חבילה קשיחה שלא ניתנת לשינוי ומתי בכל זאת ניתן להכניס בה שיפורים ושינויים בהתאם ליחידה". בנוסף לכך, המדור לא קיים ביקורים בשבתות החינוך במכון במהלך שנת 2011 . אשר למכון בינה33 - במהלך כל תקופת פעילותו לא רוכזו במדור זהות ישראלית -יהודית דיווחים חודשיים של המכון. יצוין, כי מכון בינה הודיע למשרד מבקר המדינה, כי יקפיד על שליחת הדוחות הנדרשים במועדם. כמו כן נמצאו ליקויים באופן שבו תיעדו סגלי חינוך במדור זהות ישראלית- יהודית במקח"ר דיווחים מסגלי חינוך מהשטח: לעתים נעדרו מן הדיווחים פרטים מזהים חשובים, דבר שאינו מאפשר בקרה ראויה והפקת לקחים, משום שבסיס הנתונים אינו מלא ומדויק, ועלול לגרום לטעויות: לעתים המשובים לא נשאו את שמות המכונים ואת תאריכי הפעילויות שנעשו בהם, ואשר אליהם התייחס המשוב, או שנשאו תאריכים אחרים.
משרד מבקר המדינה מעיר, כי לא ניתן להסתפק בתהליך הנוכחי המתקיים במקח"ר לשם שילוב מכון בפעילות החינוכית בצה"ל, אלא על מקח"ר להגדיר בכתב את אמות המידה לבחירת מכון לצורך העברת תכנים בצה"ל. קביעת אמות מידה כתובות ת תרום רבות לשקיפות הנדרשת הן מהותית והן לצורך נראות הדברים.