המועצה להשכלה גבוהה . תכנון ופיקוח אקדמי של מל_ג ות_ת על המוסדות להשכלה גבוהה_ משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את פעולותיהם של המוסדות לתיקון הליקויים שצוינו בדוח הערכת האיכות. ואולם משרד מבקר המדינה מעיר כי המל"ג קיימה מעקב אחר תיקון הליקויים רק כשמונה שנים לאחר קבלת הדוח. על פי לוח הזמנים שקבעה המל"ג, הסבב השני של בדיקות האיכות בתחום המשפטים היה אמור להתבצע בשנים 2013 -2012 . ואולם עד מועד סיום הביקורת הוא לא התבצע. נמצא כי אף שבידי המל"ג לא הייתה חוות דעת מאושרת של הוועדה לבדיקת האיכות בתחום המשפטים, היא אישרה בשנים 2012 -2010 לשני מוסדות שאינם מתוקצבים לפתוח תכניות חדשות במשפטים. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שהמל"ג תאשר פתיחת תכניות חדשות במשפטים רק לאחר שיהיה בידיה מלוא המידע בנוגע לאיכותן. כמו כן, על המל"ג לפעול להחשת הקמתה של תשתית המידע הנדרשת. לדעת משרד מבקר המדינה, המלצות ה וועדות להערכת איכות הלימודים הן המלצות מקצועיות המבטיחות שמירה על איכות ההשכלה הגבוהה, ולכן הן ראויות ליישום במוסדות המתוקצבים ובמוסדות שאינם מתוקצבים. למרות זאת אישרה המל"ג למוסדות שאינם מתוקצבים לפתוח תכניות לתואר ראשון ושני בכלכלה. לעומת זאת, לא אישרה המל"ג למוסדות מתוקצבים לפתוח תכניות כאלה בטענה שעל פי הוועדה להערכת איכות הלימודים בכלכלה, מצבו של תחום הכלכלה במערכת ההשכלה בישראל חמור ביותר בעיקר עקב מחסור במשאב האנושי- היינו סגל. בדיקה שנעשתה לגבי סגל המרצים לכלכלה במוסדות שאינם מתוקצבים העלתה כי רובם של מרצים אלה נמנו בעבר עם אנשי הסגל במוסדות המתוקצבים, אולם עברו ללמד במוסדות שאינם מתוקצבים בשל יכולתם של מוסדות אלה לשלם להם שכר .גבוה יותרמצב דברים זה פוגע במוסדות המתוקצבים, הטוענים כי זוהי תחרות לא הוגנת. לדעת משרד מבקר המדינה, על המל"ג לבחון את כל המקצועות שיש בהם מצוקת סגל ולהביא זאת במניין שיקוליו כשיקול משמעותי בעת קבלת ההחלטה אם לאשר תכניות לימודים חדשות במקצועות אלה. בשנת 2009 , לאחר הקמת ועדת פיינרו בשנת 2007 בהשתתפות נציגי המל"ג ולאחר פרסום דוח משרד הבריאות משנת 2008 , אישרה המל"ג למכללה מתוקצבת לפתוח תכנית לימודים לתואר ראשון בפיזיותרפיה, דבר שהביא לתוספת של כ-50 תלמידים לשנה. ביולי 2012 , לאחר שהוגשו המלצות הוועדה, אישרה המל"ג למוסד מתוקצב אחר לפתוח תכנית לימודים לתואר ראשון בפיזיותרפיה למגזר החרדי, ועקב כך שוב גדל מספר הבוגרים שלא הובטח להם מקום להכשרה מעשית. בנובמבר 2012 אישרההמל"ג למוסד נוסף שאינו מתוקצב (להלן - המוסד הנוסף) לפתוח תכנית לימודים לתואר ראשון בפיזיותרפיה, שילמדו בה 50 תלמידים בשנה. באוקטובר 2013 הקפיאההמל"ג את האישור, בטענה שהמצג של המוסד הנוסף בעניין מקומות ההכשרה המעשית היה מצג שווא. ואולם עלה שבינתיים נוספו ללימודי הפיזיותרפיה עוד 50 תלמידים, ומספר הסטודנטים שלמדו תחום זה הגיע לכ-400 (לא כולל הסטודנטים מירדן). ביוני 2014 מינתההמל"ג ועדת מומחים לבדיקת תכנית מתוקנת של המוסד הנוסף לתואר ראשון בפיזיותרפיה. לדעת משרד מבקר המדינה, אם מצאה המל"ג כ י קיים צורך מהותי בפיזיותרפיסטים במגזר החרדי, היה עליה לבחון את המענה לכך בראייה כוללת: להתנות את האישור לפתיחת תכנית לימודים למגזר זה בהצגת תכנית להכשרה מעשית של הסטודנטים החדשים ו כן לצמצם בהדרגה את מספר התלמידים החדשים בתכניות הלימודים הקיימות. דבר שהיא לא עשתה. הועלה כי על אף ההשפעות שיש למחסור כאמור על החברה בישראל, לא המריצה המל"ג את המוסדות המתוקצבים לפתוח תכניות לימודים בתחומים אלה ולהכשיר פסיכולוגים למגזר הערבי. .המל"ג קבעה כי פתיחת תכניות לימודים חדשות מותנית בין היתר בהמלצות הוועדות להערכת איכות הלימודים לעשות כן. ואולם הועלה כי המל"ג אישרה פתיחת תכניות לימודים למוסדות שאינם מתוקצבים אף שלעיתים היה הדבר בניגוד להמלצות הוועדות האמורות. להלן דוגמאות בעניין זה: לדעת משרד מבקר המדינה, שאלת התאמתו של מסלול דו-חוגי ללימודים לתואר מלא רלוונטית לגבי כל המוסדות, ולכן ראוי שהמל"ג תנהג בעניין זה מנהג שווה הן לגבי המוסדות המתוקצבים והן לגבי המוסדות שאינם מתוקצבים. יוצא אפוא כי אף שהותר למל "ג בשנים האחרונות להחיל שיקולים של תכנון לאומי לגבי פתיחת תכניות לימודים במוסדות שאינם מתוקצבים , היא לא עשתה כן, גם כאשר פתיחת התכניות הייתה כרוכה בשימוש במשאבים ציבוריים מוגבלים . לדעת משרד מבקר המדינה, בנסיבות בהן יש בפתיחת תכנית לימודים נוספת או חדשה השלכה משמעותית על שימוש במקורות ובמשאבים ציבוריים מוגבלים, על המל"ג לתת לשיקולים אלה משקל ראוי גם ב יחס לבקשות של מוסדות שאינם מתוקצבים. .על פי ישראל 2028 ,לא נקבעה מדיניות לאומית ברורה בנוגע למוסדות שאינם מתוקצבים ולשלוחות הזרות במערכת ההשכלה הגבוהה. ועדת המשילות ציינה ב- 22.5.14 כי במצב כיום מסתמן חוסר תיאום בין המערכת המתוקצבת ובין המערכת שאינה מתוקצבת, וכי נוכח המורכבות של נושא זה והצורך הדוחק להסדירו, יהיה נכון להעביר את הטיפול והדיון העקרוני בעניין לוועדה נפרדת.
נמצא כי עד מועד סיום הביקורת עשתה המל"ג ביק ורות בנוגע לשניים מבין 14 תחומים ייחודיים בלבד. יצוין כי תחומים אלו לא נכללו בתכנית הבדיקה ממאי 2010 .יתר על כן, הביקורת העלתה כי המל"ג לא הכינה נוהל חדש לביצוע ביקורת בתחומים הייחודיים.