רכבת ישראל בע_מ . השירות לנוסע - חברת רכבת ישראל בע_מ מדוח של הממונה על הטיפול בתלונות שבמשרד התחבורה עולה כי רוב התשובות של הרכבת על התלונות שהועברו באמצעות משרד התחבורה היו תשובות כלליות ללא קביעת עמדה לגבי התלונה. הביקורת העלתה כי משרד התחבורה לא קיים מעקב אחר אופן טיפולה של הרכבת בתלונות ולא בדק אם תשובות הרכבת למתלוננים ניתנו לאח ר בדיקה מעמיקה שהיא עשתה. הביקורת העלתה כי הצוותים המשותפים למשרד התחבורה ולרכבת לא כונסו ולא פעלו במשך שלוש שנים - מההחלטה על הקמתם עד 2008 , ולכן לא קודם נושא שילוב הרכבת והתח"צ באוטובוסים בתקופה האמורה. רק בשנת 2009 ., במהלך הביקורת, החלו הצוותים לפעול מהאמור לעיל עולה כי השירות ברכבת מדימונה לבאר שבע אינו נוח ואינו כדאי כלכלית לנוסעים לעומת הנסיעה לשם באוטובוס. משרד האוצר הודיע בתשובתו למשרד מבקר המדינה מינואר 2010 כי "בעניין שינוי הסכם הסובסידיה - המלצת המבקר יושמה במלואה על ידי משרדי האוצר והתחבורה, וההסכם החדש נחתם לפני מספר ימים. הסכם זה בנוי באופן שונה לחלוטין מקודמו, והוא יוצר תמריצים משמעותיים לרכבת למשוך אליה נוסעים נוספים ע"י העלאת רמת השירות לנוסע. בנוסף כולל ההסכם החדש מנגנון התחשבנות בגין עמידה או אי עמידה במדדים שונים של רמת שירות, כגון דיוק, ביטולי נסיעות, איחורים חריגים, סקר שביעות רצון וכד'". הביקורת העלתה כי רוב הביטולים נבעו מתקלות בציוד הנייד, וחלקם נבעו מתקלות באיתות. לדעת משרד מבקר המדינה, על חברת הרכבת לעשות את כל הנדרש כדי למנוע ביטול של נסיעות רכבת עקב תקלות שבשליטתה ולדאוג לעדכון לוח הזמנים לפי הצורך. .הביקורת העלתה כי ברכבת ישראל לא היה נוהל לטיפול בתלונות ולא ברור לפי מה נקבעו זמן הטיפול בכל תלונה, דרך הטיפול, סמכויות המטפלים בתלונות ודרכי הדיווח על התלונות. עד מועד סיום הביקורת לא הסתיימה בחינת הדרכים לעדכון המידע ולא הוחל בהפצת מידע מעודכן לציבור על שינויים ברכבת. הרכבת לא דרשה כי בסקר ייבחנו התאמת לוח הזמנים של קווי האוטובוס ללוח הזמנים של הרכבות המגיעות לתחנה והביקוש לשירותי האוטובוסים. עד מועד סיום הביקורת לא קידם משרד התחבורה את ביצועה של החלטת הממשלה בדבר קביעת כללים וסמכויות פיקוח על הרכבת באמצעות שינוי חקיקה. עד מועד סיום הביקורת הועסק באגף הרגולציה רק עובד אחד, והתברר שהאגף אינו מבצע בקרה בנושא השירות לנוסע. 4. הביקורת העלתה כי משרד התחבורה לא קבע אמות מידה לרמת השירות ולטיב השירות לנוסעי הרכבת. בין השאר נמצא כי הרכבת הכינה את לוח הזמנים שלה והחליטה על שינויים בו על פי שיקוליה, וכי משרד התחבורה לא התערב באישור שינויים אלה. משרד התחבורה גם לא קבע לרכבת רמת שירות מסוימת, לרבות תדירות הרכבות בשעות השיא ובשעות השפל. לדוגמה: הנתונים מורים כי ניסוי הסטת הנוסעים משעות השיא לשעות השפל הצליח ואף השיא תועלת למשק, שכן החיסכון למשק עלה על עלות הפעלתו. מן הראוי אפוא שהרכבת ומשרד התחבורה יקדמו מהלכים שיאפשרו את הרחבת הסטת הנוסעים משעות השיא גם לקווים נוספים. . משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה כי ביטול הקווים ללא קביעת כללים לתדירות רכבות וללא בקרה של משרד התחבורה פוגע בשירות לנוסע. בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי הרכבת לא אספה מידע על תפוסת נוסעים בקרון ולא קבעה כללים בעניין לצורך שמירה על רמת שירות. נמצא כי עד מועד סיום הביקורת לא הוחל התעריף הדיפרנציאלי על קווים נוספים. . לדעת משרד מבקר המדינה על משרד התחבורה והרכבת לבחון דרכים לשיפור השירות לרבות בחינת הכדאיות הכלכלית של השקעות נוספות מול היתרונות הצפויים למשק המדינה מהרחבת מעגל המשתמשים ברכבת. בחינה כזו עשויה לסייע בקבלת החלטות בדבר הצעדים הדרושים לשיפור השירות. הביקורת העלתה כי משרד התחבורה לא פיקח על תפעול הרכבת ועל טיב השירות בה וזמינותו ולא ביצע בקרה תפעולית על פעילות הרכבת. משרד התחבורה גם לא דאג לקביעת סנקציות בגין אי -עמידה בר מה מסוימת של שירות לנוסע, כפי שעשה כל השנים בנוגע לתח"צ באוטובוסים.
בהסכם הסובסידיה שנחתם באוקטובר 2005 בין הממשלה לרכבת לא נקבע שיעור גידול מתוכנן במספר הנוסעים, וקבלת מלוא הסובסידיה לא הותנתה בעמידת הרכבת בגידול המתוכנן לשנים 2004 -2010 . נמצא גם כי הרכבת לא קבעה בתכנית העבודה השנתית שלה יעד של אחוז גידול כלשהו במספר הנוסעים.