רכבת ישראל בע"מ . הובלת מטענים ברכבת להקמת המסילה המזרחית חשיבות רבה להתפתחות תחום הובלת מטענים ברכבת, כפי שצוין בכל תוכניות האב להובלת מטענים שעסקו בנושא. השלמת המסילה עשויה לתרום רבות גם להגדלת מספר הנוסעים ברכבת. למרות זאת העבודות לבינוי המסילה החלו רק כ-13 .שנים לאחר קבלת ההחלטה על הקמתה השלמת הקמת המסילה המזרחית, על ידי חברת הרכבת וחברת נתיבי ישראל תגדיל את היכולת להגדיל את הובלת המטענים ברכבת. תהליכי התכנון וההקמה של המסילה המזרחית, נמשכים שנים רבות ומעכבים את היכולת להגדיל את הובלת המטענים ברכבת. משרד מבקר המדינה ממליץ לחברת הרכבת ולחברת נתיבי ישראל להאיץ את השלמתה של הקמת המסילה המזרחית. בחינת ויישום ההמלצות של תוכנית האב עשוי לסייע להגדלת היקף הובלת המטענים ברכבת ולהקטנת ההשפעות השליליות של הובלת מטענים במשאיות. על כן, ממליץ משרד מבקר המדינה למשרד התחבורה לסיים בהקדם את הכנתן של התוכניות ליישום המלצות תוכנית האב, שהוא עצמו הכין בשיתוף פעולה עם האגפים השונים במשרדו. קיימת חשיבות בפריסת תשתית רכבתית ומסילות וחיבור אזורי תעשייה ומפעלים לרשת המסילות והגדלת מספר השלוחות. מספר השלוחות בפועל קטן לעומת שנים קודמות - שלוחות קיימות נסגרו והקמתן של שלוחות חדשות עדיין לא אושרה, למרות כדאיותן הכלכלית. השתת חלק מעלות ההקמה על המפעלים פוגעת בכדאיותם להוביל מטענים ברכבת. נוכח התועלת הכלכלית הצפויה למשק מהגדלת תשתית השלוחות, ממליץ משרד מבקר המדינה למשרד התחבורה ולמשרד האוצר לפע ול לאישור השלוחות ולהקמתן וכן לבחון מודל מתמרץ למימון הקמתן. מתיאור התהליכים עולה כי כבר ב-2009 החלה הרכבת לבחון חלופות למסוף המטענים וב-2010 הוגשהבקשה לאישור חלופה ולתכנון סטטוטורי של מסוף המטענים בחדרה צפון במקום מסוף חדרה מערב. עד מועד סיום הביקורת, כתשע שנים לאחר הגשת הבקשה, טרם אושר התכנון. מהאמור לעיל עולה כי חברת הרכבת לא עמדה בדרישות של מינהל התכנון ולא הכינה תסקיר השפעה על הסביבה כנדרש על ידי מינהל התכנון ותקנות התכנון והבנייה (תסקירי השפעה על הסביבה) תשס"ג-2003 ., ולא הציגה חלופות למסוף מטעניםנוכח חוסר היכולת לקדם את התוכנית בוועדה המחוז ית, ביקשה חברת הרכבת בפברואר 2019 מהוועדה המחוזית להעביר את הטיפול בתוכנית ובמסופים נוספים לוות"ל. מלוח 15 עולה כי מאז2014 עלה מספר השימוטים של רכבות משא במתחמי הרכבת: מ- 7 אירועי שימוט ב -2014 ל-13 אירועים ב -2018. ב -2019 (עד18 לדצמבר) היו חמישה אירועי שימוט. מספר השימוטים ביחס לתנועת המטענים גדל מ -6 שימוטים למיליארד טונה-ק"מ ב -2014 ל-10 שימוטים למיליארד טונה ק"מ ב-2018 (תרשים20.) ביטול מקדם ההפחתה של הסובסידיה משפר את רווחיות חברת הרכבת, אך עדיין יש לה הפסדים של עשרות מיליוני ש"ח במגזר המטענים. הצעדים שננקטו לתמרוץ החברה להגדלת היקף ההובלה הם ראויים, אולם צעדים אלה אינם מספיקים. נדרשים צעדים נוספים לפיתוח תשתית מסילתית -קידום פיתוח המסילה המזרחית והוספת שלוחות ומסופים -התייעלות משמעותיים של חברת נוסף על צעדי הרכבת בשיתוף עם משרד האוצר וארגוני העובדים לצמצום העלויות במגזר המטענים. זאת כדי שחברת הרכבת תגדיל את היקף הובלת המטענים לטובת המשק כולו ותעבור לפעילות רווחית נאותה. זאת ועוד, הסובסידיה המשולמת למגזר המטענים צריכה לשקף את התועלת שצומחת למשק מהובלת מטענים ברכבת ואין היא מיועדת למימון חוסר יעילות של חברת הרכבת בהובלת מטענים. לכן גם מנגנון ההצמדה של הסובסידיה צריך להיות קשור לתועלת המשקית ולא לעלויות. ראוי כי משרד האוצר ומשרד התחבורה וחברת הרכבת יבחנו הערות אלה במסגרת היערכותם לחתימ ה על הסכם חדש עם חברת הרכבת בתום תקופת הסכם הפיתוח וההפעלה ב-2020.
בינואר 2018 , בדיון בדירקטוריון חברת הבת, העריך מנכ"ל חברת הבת כי בשנת2018 יגיע היקף ההובלה השנתי לכ-9.7 מיליון טונות. חברת הבת לא עמדה ביעד זה ובפועל שינעה ב-2018 רק8.5 .מיליון טונות