ארגון נכי צה"ל . היבטים בפעילות ארגון נכי צה"ל בביקורת עלה כי לפני הקמתו של בית הלוחם באשדוד הארגון הכין אומדן של עלות מחזור חיים לבית. אומדן זה נערך על בסיס ממוצע של עלויות תחזוקה של בתי לוחם אחרים שנבנו באזורים גיאוגרפיים אחרים ובזמנים אחרים, ולא על בסיס תחשיב עדכני ופרטני המותאם לבית לוחם הממוקם ליד הים. נוסף על כך האומדן שערך הארגון לעלות מחזור החיים נעשה רק לעשר השנים הראשונות להפעלתו של בית הלוחם באשדוד. משרד מבקר המדינה מעיר לארגון כי עליו להפיק לקחים מהנתונים העומדים לרשותו ולפעול להגדלת מספר חברי הארגון שיירשמו לבית הלוחם מתוך כלל חברי הארגון במחוז בטרם יחל להפעיל את בית הלוחם באשדוד. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט ולוועדת התמיכות כי היה עליהם לפעול לעדכונה של הוראת התמיכות מייד לאחר חתימת שר הביטחון על מבחני התמיכה החדשים, אולם פעולה זו לא נ עשתה, והדבר הוא בניגוד לכללי מינהל תקין. על משהב"ט לתקן את הוראת התמיכות ולהתאימה למבחני התמיכה החדשים שאישר שר הביטחון. בביקורת עלה כי המבחנים לחלוקת כספי תמיכות למוסדות ציבור המפורטים בהוראת משהב"ט אינם זהים למבחני התמיכה החדשים שלפיהם פועל משהב"ט המהווה פגיעה בכללי מינהל תקין. משרד מבקר המדינה מעיר לארגון כי השימוש שעושה הארגון בבית קיי שלא על פי הסכם החכירה בינו לבין רמ"י מהווה הפרה יסודית של ההסכם. על הארגון לחדול משימוש של בית ק יי המנוגד להסכם או לפעול לתיקון ההסכם. משרד מבקר המדינה מעיר לרמ"י כי עליו לבחון את הממצאים ואת השפעותיהם על התקשרותו עם הארגון. משרד מבקר המדינה מציין כי ראוי שבנוסף לבקרה שמקיימת הנהלת הארגון על כל אחת מיחידותיו באמצעות תקציביהן, שבהם מוצגים גם הסכומים המועברים אל היחידות מקרן נכי צה"ל, תכין הנהלת הארגון גם תקציב מאוחד לכלל יחידותיו, מכיוון שהתקציב המאוחד יאפשר קבלת תמונה מלאה יותר ובקרה נוספת על פעילות כלל הארגון. משרד מבקר המדינה מעיר לארגון כי לפי מטרות קרן האחזקות נדרש מקור מימון עצמאי המיועד למימון פעילותם של בתי הלוחם בכל עת. נוכח הגידול הניכר בהיקף התמיכה של קרן נכי צה"ל בתקציבי בתי הלוחם מחד גיסא והקיטון בהיקף נכסיה של קרן האחזקות מאידך גיסא, ראוי היה כי הנהלת הארגון תבחן את היקפה הכספי של קרן האחזקות ותעדכנו בהתאם לתוצאות הבחינה. משרד מבקר המדינה מעיר לארגון כי נוכח העובדה שהארגון מממן את הפעילות השוטפת שלו ומבצע את מרבית הפרויקטים שלו בהתבסס על גיוס תרומות ותמיכות כספיות שהשגתן כרוכה בחוסר ודאות, ומאחר ש אי- קבלתן של חלק מהתרומות ומהתמיכות האלו עלולה לערער את הבסיס התקציבי של הארגון לאורך זמן , על הארגון לבחון את עדכונה של התר"ש מדי שנה בשנה. בביקורת הנוכחית עלה כי בדצמבר 2015 לא עדכן הארגון את התר"ש לשנים 2016 - 2020 . עוד עלה בביקורת הנוכחית כי בפברואר 2017 עדכן הארגון את התר"ש לשנים 2017 - 2021, וכי באותו החודש דיווח מנכ"ל הארגון לחברי הוועד הארצי כי התר"ש עודכנה, ואולם עד מועד סיום הביקורת לא אושרה התר"ש בוועדת הכספים ובוועד הארצי. משרד מבקר המדינה מעיר לארגון כי תר"ש נועדה לשמש כלי ניהול מרכזי המסייע לארגון לתכנן את פעילויותיו על פי המטרות והיעדים לטווח הקצר ולטווח הארוך, וכן נועדה לשמש בסיס לתוכנית העבודה השנתית שלו. נוכח כל האמור לעיל, היה על הארגון לעדכן מדי שנה בשנה את התר"ש בהתאם להחלטת ועדת הכספים. משלא עשה כך בשנת 2015 בנוגעלתר"ש לשנים 2016 - 2020 , ראוי היה כי הוא יקבל את אישורם של ועדת הכספים ושל הוועד הארצי לאי-עדכון התר"ש לשנים 2016 - 2020 זאת ועוד, משהכין הארגון תר"ש מעודכנת לשנים2017 - 2021 היה עליו לאשרה בוועדת הכספים ובוועד הארצי.
בביקורת המעקב עלה כי ביולי 2016 רק1,157 בתי אבשל חברי הארגון היו רשומים כחברים בבית הלוחם בבאר שבע18. כן היו רשומים כחברים 726 ,בתי אב שאינם חברי ארגון. כלומרכשש שנים לאחר פתיחתו פעל בית הלוחם בבאר שבע בשיעור ניצול של כ-39% מפוטנציאל הקליטה שלו, ובצירוף מספרם של אלה שאינם חברי הארגון שיעור הניצול שלו עולה לכ-63% . בהשוואה לאוגוסט2013 , מספר בתי אב של חברי הארגון הרשומים כחברים בבית הלוחם בבאר שבע גדל ב-39 .בתי אב בלבד מספרם של בתי אב שאינם חברי הארגון גדל לעומ ת זאת ב-126 . עקב כך הצטמצם היחס בין מספר בתי האב של חברי הארגון לבין כלל בתי האב בבית הלוחם בבאר שבע מכ -65% באוגוסט2013 לכ-61% ביולי2016. כלומר כ-39% .מבתי האב בבית הלוחם בבאר שבע לא היו חברי הארגון