משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . ארגון מחדש בתחבורה הציבורית במטרופולין תל-אביב משרד מבקר המדינה מעיר כי היה על משרד התחבורה להסדיר בהסכם מחייב את נושאי העבודות המועברים למנהל תח"צ בנת"א, את תחומי האחריות של נת"א בנושאים שמועברים אל מנהל תח"צ ולקבוע את תקופת הפעילות של נת"א בתחום זה. מבדיקת ההתנהלות לפני הארגון מחדש ובמהלכו בכל הנוגע לנושאי התח"צ ברמת גן עולה כי תיקוני הקווים לאחר הפעימה השנייה נעשו לאחר משא ומתן בין עיריית רמת גן למשרד התחבורה ולאחר שהעירייה הפעילה לחץ על משרד התחבורה. ואולם עד מועד סיום הביקורת לא נמצא פתרון לחלק מהבעיות שהעלתה העיריה לפני משרד התחבורה. מהביקורת עולה כי משרד התחבורה הוציא בפועל סה"כ כ -25 מיליון ש"ח על הסברה לביצוע הארגון מחדש כולל הפעלת דיילי ההסברה. ההסברה התגלתה לא אפקטיבית כבר בימיה הראשונים, ואכן הופסקה בהוראתו של מנכ"ל משרד התחבורה, כאמור. יוצא אפוא שמינהל תח"צ החל את הקשר עם הקהילה רק לקראת יישום תכנית הארגון מחדש, דהיינו הקשר היה מצומצם ונוצר מאוחר מדי. משרד מבקר המדינה ציין כי במבחן התוצאה של שיתוף הציבור בביצוע תכנית הארגון מחדש בתח"צ עלה כי השיתוף לא היה מספק, הואיל ועם יישום התכנית היה צורך לבצע שינויים רבים, והארגון מחדש גרם להתמרמרות בציבור. משרד התחבורה לא נימק את החלטתו שלא להשתמש במיניבוסים בשכונות ברמת- גן. זאת אף שהדבר נדרש לפי התכנית, ומתן השירות לאותן שכונות באמצעות אוטובוסים גדולים אינו עולה בקנה אחד עם הרעיון הבסיסי של מודל התכנית ועם עבודת תכנון הארגון מחדש. . 'מן האמור עולה כי ההתקשרות למסירת עבודת ניהול הפרויקט לחברת ייעוץ א ביוני 2010 נעשתה שלא בהתאם להוראות תקנות חובת המכרזים. נת"א התייחסה להתקשרות כאל התקשרות המשך, אף שמדובר בהתקשרות מסוג אחר, ולפיכך לא התקיימו הנסיבות הנדרשות להתקשרות המשך, דהיינו שמירה על אחידות מטעמי חיסכון ויעילות. קודם ההתקשרות עם היועץ לניהול הפרויקט ביוני 2010 לא פנתה נת"א אל מציעים פוטנציאליים לקבלת הצעות, היא לא עשתה השוואה עם מציעים אחרים ולא בדקה את התאמתה של חברת הייעוץ לעבודה הנדרשת. יתר על כן, במרץ 2011 , בעת אישור הארכת ההתקשרות והגדלת היקפה הכספי בפעם השנייה, נת"א הייתה ערה לכך שמדובר בהתקשרות שונה מההתקשרות הראשונה, ולמרות זאת היא הסתמכה על אישורה של ועדת המכרזים להמשך ההתקשרות על פי פטור בגין התקשרות המשך. הביקורת העלתה כי בתוספת להסכם הסובסידיה מנובמבר 2012 שנחתמה לאחר ביצוע הפעימה השנייה, הוסכם כי חברת דן תרכוש רק כמחצית ממספר האוטובוסים כפי שננדרש על פי התכנית - ואילו בתוספת להסכם הסובסידיה עם אגד ממרץ 2012 .לא כלל משרד התחבורה רכישה של אוטובוסים נוספים כלל במשרד התחבורה לא נמצאו מסמכים המבהירים מדוע שונתה הדרישה לרכישת המיניבוסים. בביקורת לא נמצאו מסמכים המעידים כי משרד התחבורה בדק ביסודיות את העלות לעומת התועלת בכל שלב משלבי הפרויקט, משלב התכנון ועד ביצוע הפעימות, ואת העלויות השוטפות והעתידיות של תוספת התשומות וההצטיידות הנדרשת באוטובוסים. עד מועד סיום הביקורת נובמבר 2012 , לא הקים משרד התחבורה רשות לתחבורה ציבורית ארצית וממילא לא הקים רשות מטרופולינית, אף שהחליט שתוקם רשות כזאת עד סוף 2010 . רשות מעין זו הייתה עשויה לשפר את התיאום בין הגורמים המעורבים ולמנוע חלק מהליקויים בתהליכי הארגון מחדש במטרופולין תל אביב; ליקויים שנבעו מהיעדרו של גוף בעל סמכויות-על שבידיו הכלים והידע הדרושים. מהביקורת עולה כי משרד התחבורה לא דרש שסוגי השירות יסומנו בצבעים שונים על גבי האוטובוסים, אף שלפי התכנית הדב ר נדרש כדי להקל על ציבור הנוסעים את זיהוי סוגי השירות. מהביקורת עולה כי רק בנובמבר 2010 נחתם הסכם עם תאגיד ממשלתי לביצוע השלב הראשון של הקמת מרכז שירות כרטוס חכם, ובינואר 2012 חתם משרד התחבורה על אישור להמשך השלב הראשון של הפרויקט ועל הרחבה להוראות ההסכם עם תאגיד ממשלתי לקליטת נתוני הכרטיסים החכמים של כל המפעילים של קווי השירות במטרופולין תל אביב. עוד העלתה הביקורת כי משרד התחבורה החל בביצוע הארגון מחדש בלי לדאוג להפעלת מערכת הסליקה קודם ליישום הארגון מחדש.
נמצא כי הסכם בנוגע לארגון מחדש נחתם עם המפעילים בדיעבד, יותר משנה וחצי לאחר שהחל ביצוע הארגון מחדש. במרץ 2012 נחתם ההסכם עם אגד, ורק בתחילת נובמבר 2012 .נחתם תיקון להסכם הסובסידיה עם חברת דן