מטלות רוחב ומטלות בין-משרדיות . הביקורת הפנימית במגזר הציבורי 3. עוד נמצא כי ברבע מהתאגידים שנבדקו שימשו בתפקיד הממונה על המבקר הפנימי: מועצת התאגיד, ועדת הביקורת או יו"ר ועדת הביקורת - גופים ובעלי תפקידים שאינם מוסמכים לכך על פי חוק הביקורת הפנימית. 3. נמצא גם כי בכ-21% מהתאגידים שנבדקו אישר המנכ"ל את תכנית העבודה של המבקר הפנימי, בלי שהמועצה או ועדת הביקורת יבחנו אותה. הדבר עלול ליצור תלות יתר של המבקר הפנימי במנכ"ל ולפגוע ביכולת המועצה וועדת הביקורת לפקח על עבודת הביקורת הפנימית. כך למשל הקצתה חברת הכפר ה ירוק ע"ש לוי אשכול בע"מ (להלן - חברת הכפר הירוק) למבקר הפנימי בשנים 2009 -2010 80 שעות עבודה בשנה - כלומר כ-4% משרה, אבל לא ציינה דבר זה בדוחות הדירקטוריון שלה כנדרש. נמצא כי רשות החברות לא בדקה אם השעות שהוקצו למבקר הפנימי מאפשרות לו לבצע את תפקידו כנדרש ואם עבודתו היא אפקטיבית67 . יוצא אפוא כי רשות החברות לא הפיקה תועלת מהמידע שקיבלה מהחברות הממשלתיות על הביקורת הפנימית בהן. משרד מבקר המדינה מדגיש כי על רשות החברות להשתמש בדיווחי החברות כדי לשפר את תפקודן. נמצא כי נציגי רשות החברות לא נכחו בכ -%75 מדיוני ועדות הביקורת האלה71 . יצוין כי תכניות העבודה של המבקר הפנימי בחברת אתרים בחוף תל -אביב - חברה לפיתוח אתרי תיירות בת"א -יפו בע"מ (להלן - חברת אתרים) ובחברת המכון הגיאופיסי לישראל (להלן - חברת המכון הגיאופיסי) שבדיונים על אישורן לא נכחו נציגי הרשות, היו תכניות שעסקו רק במקצת הסיכונים המשמעותיים הניצבים לפני החברה72 . מן האמור עולה כי רשות החברות לא הקפידה על נוכחות נציגיה בדיוני ועדות הביקורת בחברות הממשלתיות, כפי שקבעה בנוהל שפורסם בנובמבר 2010 , ובכך שמטה מידיה את אחד האמצעים רבי הערך שיש בידיה לפיקוח על הביקורת הפנימית בהן. נמצא כי רשות החברות לא וידאה שאמנם קיבלה את כל הנתונים שביקשה מהחברות ולא השתמשה בנתונים שקיבלה לבחינת מערכי הביקורת הפנימית של החברות, כדי למלא את תפקידה לפקח על פעילותן ולאתר בהן ליקויים מערכתיים הדורשים את התערבותה. .מהדוגמאות לעיל עולה כי בחברות ממשלתיות הדומות זו לזו בתחומי פעילותן ובסיווגן קיים הבדל במשאבים המוקצים לביקורת הפנימית בהן ביחס להיקף פעילותן. הבדל זה מעלה את השאלה אם המשאבים המוקצים לביקורת הפנימית בחברה אמנם מתאימים לצרכיה. לדעת משרד מבקר המדינה, על שר המשפטים להתקין בהקדם תקנות לחוק הביקורת הפנימית שיבהירו בין השאר מה הם התקנים המקצועיים המחייבים את המבקרים הפנימיים בגופים הציבוריים, ובכלל זה תקנות לתקנים המקצועיים שראוי שיחולו על המבקרים הפנימיים במשרדי הממשלה. . נוכח הימנעותם של המבקרים הפנימיים מביצוע הערכת סיכונים ונוכח הימנעותם מבדיקת נושאים הנתונים לאחריותם של המנכ"ל וש ל הסמנכ"ל למינהל ולמשאבי אנוש 83 , ספק אם בתכניות העבודה של מרביתם נכללו הסיכונים העיקריים שעמם התמודדו משרדי הממשלה. 1. נמצא שבכ -83% מהתאגידים שנבדקו לא דנה המועצה בשנים 2006 -2009 במעמדו הא רגוני של המבקר הפנימי, וממילא לא נבחנה סוגיית זהותו של הממונה עליו. מן הראוי שהוועד הפועל של מד"א יקבע בנוהל, כאמור לעיל, את הממונה על המבקר הפנימי בתאגיד. נמצא שתכניות העבודה של המבקרת הפנימית בשירות התעסוקה לשנים 2009 -2010 היו נתונות לאישורו של המנכ"ל, בלי שהמועצה תהיה מעורבת בכך. ואולם נמצא כי הדרגה לפי תקן שקבעה הנציב ות למבקרים הפנימיים במשרדי הממשלה, נמוכה מדרגת סמנכ"ל. זאת ועוד, דרגתם של המבקרים הפנימיים נמוכה מדרגתם של שומרי הסף במשרדי הממשלה, וכן מדרגתם של רבים מהמנהלים הבכירים במשרדים. ביטוי לכך הוא שכרם החודשי הממוצע ברוטו של שומרי הסף במשרדי הממשלה, שהיה בשנת 2010 .גבוה עד פי שלושה משכרם של המבקרים הפנימיים מצד אחד יש בצעד זה כדי להרחיב את מעגל המתמודדים על משרות המבקרים הפנימיים, אבל מצד אחר יש בכך משום הנמכה של מעמד המבקר הפנימי. אף ספק אם צעד זה עולה בקנה אחד עם מדיניותה של הנציבות שלפיה יש להגדיל את שיעור האקדמאים במשרדי הממשלה. . לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי כי משרד המשפטים יפעל לשינוי הוראת החוק בדבר ועדת החריגים. כיום, כאשר הנגישות להשכלה גבוהה רבה יותר מאשר לפני 20 שנה, בעת שנחקק החוק, ספק אם יש מקום לאפשר למועמד שאינו בעל תואר אקדמי להתמודד על תפקיד בכיר זה. מתשובות המבקרים הפנימיי ם לשאלון ששלח אליהם משרד מבקר המדינה עולה כי לכ-21% מהמבקרים הפנימיים בתאגידים הציבוריים לא ניתנה גישה לכל המסמכים שנדרשו להם לביצוע הביקורת בתאגיד, או שלא ניתנה להם גישה לכל המידע הממוחשב הנדרש. להלן דוגמה: מכאן שמנכ"ל שירות התעסוקה דאז לא מסר למבקרת הפנימית מידע ומסמכים שביקשה ושהיו דרושים לה לדעתה לביצוע תפקידה, ובכך פעל בניגוד לחוק הביקורת הפנימית. משרד מבקר המדינה מעיר כי הסמכות הנתונה למבקר הפנימי לפי חוק הביקורת ה פנימית לקבל מסמכים ומידע שלדעתו דרושים לו לביצוע תפקידו אינה יכולה להיות מותנית באישור הממונה לקבלתם, באישורו לביצוע הבדיקה שלשמה הם נדרשים או בעמדתו לגבי נחיצותם והדחיפות שבקבלתם, זאת נוכח הצורך להעניק למבקר הפנימי כלים מיטביים למילוי תפקידו ונוכח החשש לנ יגוד עניינים הכרוך באישור תכנית העבודה של המבקר על ידי הממונה. מחובתו של כל עובד בארגון למסור למבקר הפנימי מידע או מסמכים בכפוף למגבלה לגבי מידע החסוי על פי דין, כמפורט בחוק. כל פרשנות אחרת של הוראת החוק תרוקן אותה מתוכן ותחטא לתכליתה - מתן עצמאות למבקר הפ נימי והעמדת מלוא האמצעים הדרושים לו לביצוע תפקידו כנדרש. .1. משרדי הממשלה : נמצא שיותר משליש מהמנכ"לים של משרדי הממשלה שנבדקו לא דנו בכל דוחות הביקורת הפנימית, אלא רק באלה שנראו להם חשובים. המנכ"לים הזניחו אפוא נושאים אשר הם עצמם ראו בהם בתחילת שנת העבודה נושאים חשובים, אישרו את הכללתם בתכנית העבודה של המבקר הפנימי והקצו משאבים לבדיקתם. נמצא שבחלק מהתאגידים הציבוריים שנבדקו היה המנכ"ל, ולא המועצה וועדת הביקורת, הגורם העיקרי המעורב במינויו של המבקר הפנימי. בכך עלולה להיווצר תלות יתר של המבקר הפנימי במנכ"ל שעליו לבקר. להלן דוגמה: לדעת משרד מבקר המדינה, ההבדלים בין גישתה של המבקרת הפנימית ובין גישתו של המנכ"ל דאז ממחישים את הצורך במעורבותן של המועצה וועדת הביקורת בעבודת המבקר הפנימי. המועצה הייתה יכולה לבחון את איכות הביקורת הפנימית בתאגיד ולקבוע דרכים לשיפורה, כדי להבטיח את האפקטיביות שלה ולמנוע את המחלוקות בין המבקרת הפנימית ובין המנכ"ל, מחלוקות שהתגלעו בין היתר על רקע כפיפותה של המבקרת למנכ"ל. על מועצת שירות התעסוקה לוודא כי הביקורת הפנימית עומדת בתקנים המקצועיים המקובלים, ולשם כך עליה לבחון, בשיתוף מנכ"ל שירות התעסוקה, את הרכב יחידת הביקורת הפנימית בתאגיד ואת עבודתה. כמו כן עליה לפעול לביצוע השינויים הנדרשים לביצוע ביקורת פנימית ראויה. מן האמור לעיל עולים ליקויים ניכרים בכל הנוגע למועצת שירות התעסוקה ולתפקודה. בנסיבות אלה הועצם תפקידו של המנכ"ל בקביעת נושאי הביקורת הפנימית, נוצרה תלות רבה מדי של המבקרת הפנימית בו, וממילא לא התקיימה בשירות התעסוקה ביקורת פנימית אפקטיבית. נמצא שבשנים 2007 -2010 לא קיימה מועצת המוסד ועדת ביקורת ולא נעזרה בביקורת הפנימית לפיקוח על המוסד. לדעת משרד מבקר המדינה, הרכבה של המועצה וזהותו של העומד בראשה, גם אם מדובר באיש פוליטי, אינם צריכים להיות מחסום בפני הקמתה של ועדת ביקורת שתורכב מנציגי הגופים השונים החברים במועצה, כשם שהם אינם מחסום בפני הקמת ועדות אחרות מטעם המועצה. הביקורת הפנימית היא כלי רב ערך למילוי תפקידי המועצה, ועל המועצה, באמצעות ועדת הביקורת שלה, להיעזר בו במילוי חובתה. לדעת משרד מבקר המדינה, אף שלא נקבעה לכך החובה בחוק, ראוי כי מועצה של תאגיד ציבורי שאינה מקיימת ועדת ביקורת תקיים ועדה כזאת ותתאים אותה למאפיינים הייחודיים של התאגיד, כדי שתוכל להסתייע בה בעבודת הביקורת הפנימית. נמצא כי מליאת מועצת הצמחים לא הסדירה את עבודתה של ועדת הביקורת, ובכלל זה לא קבעה את תפקידיה וסמכויותיה. .בכל משרדי הממשלה שנבדקו קיימות ועדות למעקב אחר תיקון הליקויים בראשותו של המנכ"ל, ונמצא שהן דנו בדוחות מבקר המדינה. ואולם נמצא שבשליש מהמשרדים לא דנו הוועדות בדוחות הביקורת הפנימית, כלומר שליש מהמנכ"לים של משרדי הממשלה שנבדקו לא דאגו כי הוועדה למעקב אחר תיקון הליקויים תדון בדוחות הביקורת הפנימית כנדרש. בהיעדר מעורבותם של המנכ "לים בתיקון הליקויים, עלולה אפקטיביות עבודתו של המבקר הפנימי להיפגע. לדעת משרד מבקר המדינה, כדי לקיים מעקב אפקטיבי אחר תיקון הליקויים שעלו בדוחות הביקורת הפנימית, על הדירקטוריון של כל חברה לחייב את היחידה המבוקרת לדווח על תיקון הליקויים הנתונים לאחריותה. .על מנכ"ל מד"א לפעול לפי הוראות החוק ולדון בדוחות הביקורת בתוך 45 יום ממועד הגשתם. מעקב אחר יישום המלצותיו של המבקר הפנימי אינו תחליף לדיון ההנהלה ולקבלת החלטות הנוגעות לת יקון הליקויים שעלו בביקורת. נוסף על כך, על הדיון ההנהלה להיות בראשותו של המנכ"ל, מאחר שיש החלטות הצריכות להתקבל עקב דוחות הביקורת שרק להנהלה ולמנכ"ל הסמכות לקבלן, כמו ההחלטה ליישם את המלצותיו של המבקר הפנימי הנוגעות ליחידה מסוימת הכפופה למנכ"ל גם ביחידה אח רת הכפופה לו. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי לא נמצא שבמד"א קיים דפוס עבודה מסודר ופרטני לשם פיקוח על יישום המלצותיו של המבקר הפנימי כנטען, וכי מד"א לא מסר מסמכים בעניין התומכים בטענתו. לדעת משרד מבקר המדינה, על מנכ"ל המשרד הממשלתי המטיל על המבקר הפנימי למלא את תפקיד הממונה על תלונות הציבור או תפקידי קישור עם משרד מבקר המדינה, לתת את הדעת על הקצאת המשאבים הנדרשים לכך, כדי שמילוי תפקידו העיקרי של המבקר הפנימי במשרד - ביצוע הביקורת הפנימית - לא ייפגע. מהאמור לעיל עולה כי בשלושה מששת התאגידים הציבוריים שנבדקו לא מילאו ההנהלות והמנכ"לים אחר דרישות החוק בעניין הדיון בדוחות הביקורת הפנימית - חלקם כלל לא דנו בדוחות, חלקם דנו רק בחלק מהם, וברוב המקרים נעשה הדבר במועד שחרג מהמועד הקבוע בחוק הביקורת הפנימית. עוד עולה כי בכל התאגידים שנבדקו ושבהם יש ועדת ביקורת, לא וידאה הוועדה כי ההנהלה או המנכ"ל אמנם דנו בכל דוחות הביקורת הפנימית. לדעת משרד מבקר המדינה, אף שלהבדל בהקצאת המשאבים העולה מדוגמאות אלה יכולות להיות גם סיבות אחרות, ניתוח זה מראה כי על רשות החברות לבצע עבודת מטה רוחבית ולבחון בה את היקף המשאבים שהחברות הממשלתיות מקצות לביקורת הפנימית בהן, על פי המאפיינים של כל א חת מהחברות. כך יהיו בידי נציגי הרשות בוועדות הביקורת נקודות ייחוס ( Benchmarks ) הנוגעות להיקף המשאבים המוקצים למבקר הפנימי, לפי סיווגן של החברות או לפי כל מאפיין אחר שייקבע. רצוי אף שהרשות תשקול לקבוע כללים או קווים מנחים מומלצים בנוגע להיקף המזערי של המשאב ים שעל החברות הממשלתיות להקצות למבקר הפנימי. לדעת משרד מבקר המדינה, יש לבדוק בהקדם האפשרי את דרך התמודדותו של התאגיד עם סיכונים אשר המבקר הפנימי ראה בהם סיכונים משמעותיים (בייחוד סיכונים שהמבקר הגדיר גבוהים או גבוהים מאוד). משרד מבקר המדינה מדגיש כי על מליאת רשות הטבע והגנים לקבוע את המניין המזערי לקבלת ההחלטות בוועדת הביקורת שלה או להסמיך את ועדת הביקורת להחליט בעניין, ואל לה להסתמך על הנוהג הקיים ברשות. כמו כן נמצא כי הנוהג האמור לא תמיד קוים, למשל בנוגע לשני דיונים של ועדת הביקורת שהתקיימו ב - 2010 , שההחלטות שהתקבלו בהם לא הועברו לאישורה של מליאת הרשות, אף שנכחו בהם שני חברים בלבד. בעניין טענת מד"א כי מעמדה של ועדת הביקורת הוא מעמד של ועדה ממליצה ולא של ועדה מחליטה, ולכן היא יכולה להציג את המלצותיה, אף שהתקבלו במניין משתתפים חסר, מבקר המדינה מדגיש כי פרשנות זו מרוקנת מתוכן את משמעות ההוראה המצריכה מניין חוקי לקיום דיונים ולקבלת החלטות, ומלבד זה חוטאת לרעיון המונח בבסיס קיומה של הוועדה - קיום דיון רב -משתתפים שבו עולות דעות מגוונות ומוצגים שיקולים שונים, ובסופו מתקבלות החלטות מושכלות. מן הראוי אפוא כי בהיעדר קביעה של המניין המזערי הדרוש לקיום דיונים ולקבלת החלטות בחוק המקים של מד"א, על מועצת התאגיד לקבוע מניין זה על פי האמור לעיל. נמצא כי בכ-40% מהתאגידים שנבדקו ושפעלו בהם ועדות ביקורת, לא נקבע נוהל עבודה פנימי המסדיר את עבודתן. מן הראוי שהמועצה של כל תאגיד תקבע נוהל אשר יסדיר את עבודתה של ועדת הביקורת בו. עולה אפוא שבחלק ניכר מהתאגידים שנבדקו התכנסו ועדות הביקורת לדיון בתדירות נמוכה המעוררת ספק בדבר יכולתן לבצע את עבודתן כראוי. על המועצה בכל תאגיד ציבורי לקבוע כי חובה על ועדת הביקורת להתכנס לדיון על פי הצורך, ולכל הפחות פע ם ברבעון, ועל ועדות הביקורת להקפיד על כך. יוצא אפוא שבשל ליקויים במינוי הדירקטורים בידי השרים נפגע ביצועה של הביקורת הפנימית. למינוי הדירקטורים בחברות הממשלתיות ולתפקודם וכן לקיומו של המניין הדרוש לדיון בדירקטוריון ובוועדותיו יש השפעה רבה לא רק על תפקודה של הביקורת הפנימית הנבדקת בדוח זה, אלא גם על תחומי פעילות רחבים אחרים של החברות הממשלתיות. על רשות החברות מוטל אפוא לבחון סוגיות אלה ולהסדירן כראוי, בין השאר כדי שתימנע פגיעה בקיום הביקורת הפנימית בחברות הממשלתיות. נמצא שבמשך כשנה וחצי - מאוגוסט 2009 עד פברואר 2011 - לא היה בחברת שפיה מבקר פנימי, ולמעשה לא נעשתה בה ביקורת פנימית במשך כשנתיים וחצי - מינואר 2009 עד מאי 2011 , אף שהדבר מנוגד לחוק הביקורת הפנימית. . לדעת משרד מבקר המדינה, רצוי שהמבקרים הפנימיים במגזר הציבורי יבססו את תכניות העבודה שלהם על הסיכונים שאותרו בסקר הסיכונים או בהערכת הסיכונים, זאת על מנת לשפר את יכולת ההתמודדות של הארגונים במגזר הציבורי עם הסיכונים הניצבים לפניהם. כמו כן, על שר המשפטים לקב וע בתקנות הנוגעות לתקנים המקצועיים המחייבים את המבקרים הפנימיים כי על תכנית העבודה של המבקרים להיות מבוססת על סקר סיכונים או על הערכת סיכונים. מן הראוי אפוא שהמבקר הפנימי יכין תכנית עבודה שתיכלל בה בדיקת אופן התמודדותה של החברה עם מרבית הנושאים המבוססים על הסיכונים המשמעותיים שאותרו בסקר הסיכונים או בהערכת הסיכונים. על בדיקתם של נושאים אל ה להיעשות בתוך שלוש שנים ממועד ביצוע הסקר שבו הועלו, ועל החברה להקצות לכך משאבים בהתאם. כמו כן, מן הראוי שוועדת הביקורת והדירקטוריון יבחנו קודם שיאשרו את תכניות העבודה של המבקר הפנימי אם יש בהן מענה הולם בפרק זמן סביר לצורכי החברה ולסיכונים הניצבים לפניה. מכאן שוועדת הביקורת והדירקטוריון במכון הגיאופיסי אישרו את תכנית העבודה שהציע המבקר הפנימי לשנת 2011 , אף שנכללה בה בדיקתם של נושאים מעטים בלבד המבוססים על הסיכונים המשמעותיים העומדים לפני החברה. נמצא שבכ -92% מן החברות שנבדקו ביססו המבקרים הפנימיים את תכניות העבודה שלהם על סקר הסיכונים שביצעה החברה או על הערכת הסיכונים שביצעו הם עצמם. נמצא שבכ-42% מהתאגידים שנבדקו לא היה נוהל ביקורת פנימית, וכי בכ-36% מהתאגידים שבהם היה נוהל ביקורת פנימית, הוא לא יושם במלואו. לעומת זאת, נמצא שבמד"א הנהלת התאגיד - שהיא יעד עיקרי לביקורתו של המבקר הפנימי - היא שקבעה את נוהלי הביקורת הפנימית בו, ולא הוועד הפועל כנדרש. מן האמור לעיל עולה כי קיימים תאגידים שבהם מעורבות המועצה או ועדת הביקורת מטעמה בעבודת הביקורת הפנימית אינה מספקת, ועל כן קיימת תלות יתר של המבקר הפנימי במנכ"ל התאגיד; תלות זו עלולה לפגוע בעצמאותו של המבקר הפנימי ובאפקטיביות של עבודתו. לדעת משרד מבקר המדינה, על המועצה של כל תאגיד להיות מעורבת בעבודת הביקורת הפנימית באופן ישיר או באמצעות ועדת הביקורת, כדי למלא את חובתה לפקח על התאגיד ולהבטיח את מידת העצמאות הדרושה למבקר הפנימי לביצוע תפקידו. מן האמור לעיל עולה שוועדת הביקורת לא דנה כנדרש בדוחות הביקורת הפנימית שהוגשו לה בשנת 2010. נמצא כי במועצת הצמחים לא קבעה מליאת המועצה את המניין המזערי הדרוש לקיום דיונים ולקבלת החלטות; במד"א קבעה המועצה את המניין הדרוש, אולם ועדת הביקורת קיימה די ונים גם בלי מניין זה 48 ; וברשות הטבע והגנים קיימה ועדת הביקורת דיונים וקיבלה החלטות, בלי שמליאת הרשות תקבע מהו המניין המזערי הדרוש לכך, ובלי שיהיה לכך מניין ראוי49 . מנכ"ל שירות התעסוקה דאז, שהיה הממונה על יחידת הביקורת הפנימית בשירות, ובכלל זה על הקצאת המשאבים לה, לא הקצה למבקרת הפנימית את המשאבים הנחוצים למילוי תפקידה כמוגדר בחוק הביקורת הפנימית, ובכלל זה את האפשרות להקצות למבקרת הפנימית תקציב למיקור חוץ. נוסף על כך, הטיל עליה המנכ"ל לברר תלונות שהופנו לשירות, דבר שהצריך אותה להפנות לכך משאבים רבים על חשבון ביצוע עבודת הביקורת. בכל אותה העת, ולמרות הקיצוץ שנעשה בכוח האדם ביחידת הביקורת, לא דנה מועצת שירות התעסוקה בסוגיית כוח האדם ביחידת הביקורת ולא בחנה את האפשרות להקצות למבקרת הפנימית תקציב למיקור חוץ במקום תקן עובד הביקורת שלא אויש. אולם מתשובות המנכ"לים של התאגידים לשאלונים עולה כי ב -50% מהתאגידים שנבדקו היו המנכ"לים מעורבים מעורבות של ממש בקביעת שכרו של המבקר הפנימי. מהאמור לעיל עולה כי חלק מהחברות הממשלתיות לא הגישו לרשות החברות דיווחים מפורטים כפי שדרשה לגבי הביקורת הפנימית הנעשית בהן, דיווחים שהיו עשויים לסייע לרשות לבחון את האפקטיביות של ביקורת זו. עוד נמצא כי רשות החברות ל א העירה לחברות אלה ולא דרשה מהן להשלים את דיווחיהן. מן האמור לעיל עולה כי קיומה, מעמדה וסמכויותיה של ועדת הביקורת בתאגיד ומוסד המבקר הפנימי בו, שהם כלי בקרה חשובים ביותר, לא הוסדרו, וספק אם הם פועלים ותורמים לפיקוח כראוי. פגם זה הוא מהותי ביותר, וחובה לתקנו ולהסדירו בהקדם. סוגי ות רבות בעניין הביקורת הפנימית בתאגידים הציבוריים אינן מוסדרות בחקיקה, ועל מועצות התאגידים היה אפוא להסדירן, אולם אלה לא הסדירו אותן ולא פיקחו עליהן כראוי. נמצאו תאגידים שבהם לא פעלה המועצה כראוי בכל הנוגע לקיום ועדת ביקורת ולמעורבות בעבודת הביקורת הפנימית או בנוגע לשימוש בביקורת לפיקוח על פעילות התאגיד ועל הנהלתו. בחלק מהתאגידים לא הייתה ועדת ביקורת, ובאחרים לא מילאה ועדת הביקורת את תפקידיה, ובכך יש פגיעה באפקטיביות של הביקורת הפנימית בתאגיד וביכולתה של המועצה לפקח עליו. כאמור בדוחות קודמים של מבקר המדינה, על משרד המשפטים להמשיך ולקדם את גיבוש חוק התאגידים הציבוריים. כל עוד הנושא אינו מוסדר בחקיקה, מן הראוי שהמועצה של כל תאגיד תקבע בנוהל, על פי האמור בדוח זה, את סמכויותיה, את תפקידיה ואת סדרי עבודתה של ועדת הביקורת ותקפיד על יישומו. מתשובות המבקרים הפנימיים לשאלונים בחברות הממשלתיות שנבדקו עולה שבניגוד לחוזר הרשות לניהול סיכונים, לא נכללה ב-60% מתכניות העבודה של המבקרים הפנימיים לשנת 2010 וב-44% מתכניות העבודה שלהם לשנת 2011 .בדיקה של מערך ניהול הסיכונים בחברה גם ועדת זילר התייחסה בשנת 2006 להשפעה שיש לממונה על המבקר הפנימי וציינה שהממונה עשוי לעשות כל מאמץ להסיט את הביקורת ממנו והלאה, וכי חילוקי הדעות בינו ובין המבקר הפנימי עשויים להתמקד בקביעת נושאי הביקורת ולעתים בדרך עבודתו של המבקר הפנימי. הוועדה אף המליצה כי המבקר הפנימי יכין את תכנית העבודה בהתייעצות עם הממונה עליו ובשיתופו, אולם לא יידרש אישורו, ואם לא תושג הסכמה ביניהם, תגבר דעתו של המבקר הפנימי. בשנים 2003 -2009 ביצע המבקר הפנימי של משרד החקלאות בממוצע רק כשליש מתכנית העבודה שאישר מנכ"ל המשרד בתחילת כל שנה. במקום להתמקד בביצוע תכ ניות העבודה, שעיקרן ביקורות על מערכי המשרד, עסק המבקר בעיקר בנושאים שוטפים, כמו בירור תלונות הציבור והעובדים.
לדעת משרד מבקר המדינה, חילוקי הדעות בין מנכ"ל משרד החקלאות ובין המבקר הפנימי ממחישים את הבעייתיות בתלותו של המבקר הפנימי במשרד הממשלתי בממונה עליו, הנתון לביקורתו על פי החוק, ומדגישים את הצורך במעורבות של גורם ממשלתי חוץ-משרדי ביישוב חילוקי דעות מעין אלה.