משרד הביטחון . ניהול תוכניות המחקר והפיתוח במערכת הביטחון על אף זאת עלה בביקורת כי שום גורם במפא"ת, בדגש על מחלקת תוכ"ן - האחראית לנושא ההוראות, אינו מרכז את נושא הנהלים בגוף; כי אין במפא"ת מערכת מרוכזת, סדורה ומקיפה של נהלים; וכי יש תחומים בפעילותו שלא הוסדרו בנהליו הפנימיים. בביקורת נמצא כי חלק ניכר מההוראות הנוגעות למפא"ת ולתחומי המחקר והפיתוח במעהב"ט היו לאורך שנים לא מעודכנות, וכי עדיין יש הוראות לא מעודכנות בנושאים מהותיים. זאת, על אף השינויים שחלו במשך השנים בתחומים אלה במפא"ת, בצה"ל ובתעשיות הביטחוניות. נוסף על כך, בפעילות מפא"ת, לרבות ממשקי עבודתו עם גופי צה"ל ונושאים נוספים שהובאו בדוח ביקורת זה, יש תחומים שעדיין לא הוסדרו בהוראות משהב"ט (על כך ראו גם בפרק "קשרי הגומלין בתחום המו"פ בין מפא"ת לצה"ל"). יצוין כי במהלך הביקורת פעלו מפא"ת וגית"ם לסיים את עדכונן של הוראות מסוימות, אשר היו מיושנות מאוד. משרד מבקר המדינה מעיר למפא"ת כי תחומי פעילותו, ובייחוד תחום המו"פ, הם מורכבים ודינמיים, וכי דבר זה מחייב בחינה עיתית סדורה של דפוסי הפעילות, התאמתם לצרכים וע דכון ההוראות בהתאם. המצב הקיים במשך שנים - שבו מפא"ת פועל ופעל שלא על פי תשתית נורמטיבית מלאה ועדכנית - הוא לקוי, מנוגד לכללי מינהל תקין, ויש בו כדי לפגוע בתקינות תהליכי עבודתו ובבקרה עליהם. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את העובדה שמפא"ת מכיר בצורך בשיפור הניהול, התיעוד ושימור המידע והידע בתחום המו"פ. על ראש מפא"ת לוודא כי יושלמו כל התהליכים הנדרשים למימוש יעדים אלה. משרד מבקר המדינה מעיר לסגן הרמטכ"ל ולאג"ת כי במצב שתואר לעיל, שבו צה"ל אינו מכווין הלכה למעשה את פעילות מפא"ת בתחום המו"פ לטווחי הזמן הבינוני והארוך, אין ודאות כי נעשה שימוש מיטבי במשאבי התקציב וכוח האדם המופנה לתחום זה, ויש במצב הדברים הנוכחי כדי לפגוע בהישגי המו"פ, ומתוך כך - גם במיצוי פוטנציאל ההתעצמות של צה"ל. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי מימוש עקרון השילוביות ועקרון הרב-זרועיות בבניין הכוח מחייב יתר מעורבות והשפעה של המטכ"ל על תהליכי בניין הכוח בצה"ל, לרבות בתחום המו"פ. משרד מבקר המדינה מעיר לסגן הרמטכ"ל כי במקביל לעבודות ולתהליכים האמורים שמקדם צה"ל, ראוי שסגן הרמטכ"ל יורה על קיום עבודת מטה שתובא לאישורו, שמטרתה - לאפיין ולקבוע מנגנונים סדירים, הנדרשים בגופי צה"ל ובמטכ"ל, אשר יאפשרו את הכוונת מפא"ת בכל הנוגע לצורכי בניין הכוח של צה"ל גם בטווחים הבינוני והארוך. בהקשר זה, ובהתחשב בקשרים הבלתי-אמצעיים שמקיים מפא"ת עם גופי צה"ל, עליו לקבוע מיהו הגורם במטכ"ל שיישא באחריות לראייה הכוללת ולחיבור כלל -מערכתי בין הצרכים המבצעיים של צה"ל ובין תוכניות המו"פ שמקדם מפא"ת. כמו כן, על צה"ל למסד את תהליכי העבודה עם מפא"ת בנושאים אלה, לרבות אופן העברת המיד ע, קבלת היזון חוזר וליבון נושאים שבמחלוקת, אם יהיו. על אף האמור לעיל, בביקורת עלה כי מפא"ת ואג"ת אינם מרכזים נתונים ואינם מקיימים כל מעקב אחר קידום תוצרי המו"פ המרכזי לפיתוח אמל"ח בצה"ל, כמפורט להלן: משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט, כי מאחר וייעוד המו"פ ותכליתו הם לאפשר פיתוח אמל"ח מתקדם לצה"ל - על תוכניות המו"פ המרכזי להיבחן בעיקר אל מול ייעוד זה, בייחוד בכל הנוגע לתוכניות שהגיעו לכדי קדם-פיתוח. נוכח הדינמיקה המאפיינת את תוכניות המו"פ ומשכי הזמן של מימושן, סביר כי תוצאות המדידה של האפקטיביות יתעדכנו לאורך השנים. אשר למרחב החלופות ש על המו"פ המרכזי להציע ל גורמים העוסקים בבניין הכוח בצה"ל, החלטה בעניין זה צריכה להיקבע בתיאום בין מפא"ת לצה"ל, על משמעויותיה מבחינת משאבי תקציב וזמן . כך גם תוכניות מו"פ המיועדות לתת מענה לאיומים הצפויים צריכות להיעשות בתיאום עם צה"ל ובהתייחס להערכותיו ולעדכוניו אודות איומים אלה והצורך המבצעי לתת להם מענה; תחומים הנמצאים בתחום אחריותו. אולם נמצא כי הצגת תוכניות המו"פ לאג"ת במסגרת אישור תוכנית העבודה השנתית היא חלקית, כללית וחסר בה מידע חיוני. בין היתר מפא"ת אינו מציג נתונים על היקפי תקציב בכל אחד מהתחומים ואינו מציג פילוחים לפי פרמטרים שונים, דוגמת פתרונות טכנולוגיים שייועדו לזרוע מסוימת לעומת אלה הרב-זרועיים. עוד נמצא כי אג"ת אינו בוחן את התאמתן של תוכניות המו"פ לצורכי צה"ל, אינו דורש בצורה יזומה ממפא"ת נתונים, פילוחים וניתוחים הנוגעים לתוכניות המו"פ, וניזון למעשה רק מהמידע שמפא"ת מציג לו. משרד מבקר המדינה מעיר למפא"ת ולאג"ת כי נוכח התרומה האפשרית של מעורבות גופי צה"ל בתקצוב תוכניות מו"פ כמתואר לעיל, עליהם לבחון את היתרונות הטמונים בנושא ולקבוע כללים ליישומו מתוך שאיפה לרתום את הגופים ליתר מעורבות בתוכניות של מפא"ת וליצור אצלם מחויבות רבה יותר לקידומן של תוכניות אלה לפרויקטי פיתוח מלא. עוד מעיר משרד מבקר המדינה, כי גם קיומו של נתח מתקציב המו"פ המרכזי הנתון להחלטת גופי צה"ל יכול לשמש אמצעי להגברת שיתוף הפעולה בין מפא"ת ובין צה"ל בתחום המו"פ, אשר עשוי לתרום להכוונת ההשקעה ולשיפור הישגי המו"פ, ועל כן ראוי שייבחן על ידם. יצוין בהקשר זה כי בהתייחסותה של ועדת ברודט לתקציב המו"פ, היא המליצה על הגדרת "סל תקציב ייעודי לשימושו של הרמטכ"ל, שישמש לחיזוק נושאים בין-זרועיים אסטרטגיים" . בביקורת עלה כי נוכח חולשה של צה"ל בכל הנוגע להערכת הצרכים המבצעיים וכיווני בניין הכוח בטווח הארוך, כעולה ממסמכיו, הוא אינו פועל באופן מספק למיקוד של מפא"ת בטווח זמן זה. בין היתר נמצא כי צה"ל אינו מעביר למפא"ת בצורה שיטתית וממוסדת את דגשיו בנוגע לצרכיו העתידיים, וממילא אין הוא פועל מולו לקבלת היזון חוזר לגבי פעולות המו"פ שלהערכת מפא"ת ניתן לבצע כדי לתת מענה אפשרי על אותם הצרכים. בהיעדר אלה, הפעילות שמבצע מפא"ת בתחום המו"פ נעשית בעיקר על דעתו; מצב שיש בו כדי לפגום באפקטיביות של פעילותו בשל האפשרות שיפותחו טכנולוגיות שאינן דרושות לצה"ל או שלא יפותחו טכנולוגיות בתחומים שדרושים לו, כמפורט להלן: למרות זאת עלה בביקורת כי אין בידי מפא"ת מערכות מידע מתקדמות לניהול כלל פעילותו - תוכניות מו"פ ופרויקטי פיתוח מלא. משרד מבקר המדינה מעיר למפא"ת כי ממצאי הביקורת מדגישים את הצורך לאפיין ולפתח מערכת, אשר תתמוך בכל פעילויות המו"פ והפיתוח המלא אותן הוא מנהל, תוך בחינת היכולת לשיתוף כלל גורמי המו"פ במעהב"ט במידע שירוכז במערכת זו, במגבלות המתחייבות, לשם יצירת אינטגרציה בנושאים ובתחומים השונים של המחקר והפיתוח הביטחוני. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי נוסף על השינויים האלה, הנוגעים רק בעקיפין לתחום המו"פ, ועל מנת להבטיח שמאמצי המו"פ שיוזם מפא"ת יהיו יעילים ומועילים יותר לצה"ל - על המטכ"ל לחזק את יכולתו להשפיע מהותית על תוכנית העבודה של מפא"ת בתחום המו" פ, באמצעות הרחבת היכרותו עם תחום זה, הגברת המעורבות בו והעמקת הבקרה שהוא מקיים עליו, תוך שימוש בכלים ובפרמטרים שייקבעו לצורך זה. דווקא בשל העובדה שמפא"ת מנהל בכל שנה מאות רבות של תוכניות מו"פ נדרש כאמור לבחון את האמצעים והתכנים של הבקרה שעל אג"ת לבצע, זאת כדי לכוון את מאמצי המו"פ לצורכי צה"ל בטווחי הזמן הקצר, הבינוני והארוך. בפועל, מפא"ת אינו שומר בשיטתיות מידע בנוגע לתהל יכי פיתוח שהופסקו או נכשלו; ואף לא מידע בנוגע לתוכניות מו"פ שצלחו מהבחינה הטכנולוגית אך צה"ל החליט שלא לפתח על בסיסן אמל"ח, לרבות הסיבות לכך. בהיעדר מערכת מידע כאמור, אין באפשרות מפא"ת לוודא כי מתקיים שימוש מיטבי ויעיל במשאבי המו"פ, וגם אין ביכולתו לקיים תהליך שיטתי וסדור של הפקת לקחים לצורכי לימוד, ניתוח מגמות והסקת מסקנות מפעילות שנעשתה בעבר, לצורך שיפור וייעול תהליכי תכנון עתידיים. הידע הטכנולוגי שנצבר בתהליך פעילותו של מפא"ת הוא אחד הנכסים העיקריים שברשותו. שימורו של נכס זה, עדכונו השוטף ונגישותו מאפשרים לארגון למנוע מצבים של בזבוז משאבים בשל אובדן ידע וביצוע פעילות כפולה כתוצאה מכך, ויש בהם כדי לאפשר קידום פעילויות על בסיס יכולות שפותחו בעבר, תוך שיתוף פעולה בין כלל הגורמים הנוגעים בדבר. הזיכרון הארגוני ושימור הידע בתחום המו"פ מקבלים משנה חשיבות נוכח המשאבים הרבים המושקעים בתחום זה במשך שנים. משרד מבקר המדינה מעיר למפא"ת כי במצב הנוכחי, שבו מרבית הידע אשר נצבר בתוכניות המו"פ נמצא בידי בעלי התפקידים השונים, בעודם משמשים בתפקידיהם, ובידי התעשיות המפתחות, יש כדי לפגוע בזיכרון הארגוני ולהביא לאובדן ידע שנצבר ביחידות השונות בעמל ובהשקעה רבים, ויש בכך כדי לגרום לחוסר יעילות בפעילות המו"פ של מפא"ת. אשר על כן, נוכח מגוון הפעילויות שנעשות במעהב"ט בתחום המחקר והפיתוח ונוכח ריבוי הנושאים והגופים הנוגעים לתחום זה - על משהב"ט וצה"ל לבחון דרכים שיאפשרו ראייה מערכתית של כלל הפעילות בתחום. זאת כדי לייעל את מאמצי המחקר והפיתוח ולהביא לתפוקות מבצעיות מרביות. כמו כן הדבר יאפשר להציג לשר הביטחון, למנכ"ל משהב"ט ולרמטכ"ל תמונה מלאה ומפורטת של תוכנית הפיתוח הביטחוני הכוללת, כדי שיקבלו החלטות בתחום זה על סמך ראייה רחבה ושלמה. בתהליך עדכון פקודת הארגון של מפא"ת והוראות משהב"ט הנוגעות לעניין, על צה"ל ומשהב"ט להתבסס על מלוא המידע הרלוונטי, כולל ממצאי ביקורת זו (על כך ראו גם בהמשך). כמו כן, עליהם לתת את הדעת לגיבוש המשגה בהירה ואחידה של כל הפעילויות הנעשות במעהב"ט בתחום המחקר והפיתוח. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט כי במסגרת פועלו של מפא"ת כגוף המ קדם את תוכניות המו"פ המרכזי, בעיקר מול התעשיות הביטחוניות, וכמי שהוטל עליו להכווין את פעילות המו"פ של התעשייה הביטחונית לפי צורכי מעהב"ט ולסייע ליצוא הביטחוני ולקידום יכולת הפיתוח בארץ (על כך ראו גם בהמשך) - עליו להכיר ככל הניתן את פעילויותיהן של התעשיות הביטחוניות בתחום המו"פ. לשם כך, עליו לרכז נתונים לגבי תחומי פעילותן בנושאי המו"פ השונים, בהתאם למידע שהן יציגו לפניו, לצורך ניתוח והצגת מלוא המידע לפני המטכ"ל ולפני הנהלת משהב"ט. זאת כדי שלנגד עיני מקבלי ההחלטות בצה"ל ובמשהב"ט תעמוד תמונה שלמה ככל הניתן של המחקר והפיתוח הביטחוני. נוכח האמור לעיל ובהתחשב בהשפעה הרבה שיש להשקעה של גופי צה"ל במחקר ובפיתוח, לרבות במסגרת תוכניות פיתוח מלא, על תהליכי ההתעצמות שלהם בטווח הקצר והארוך, וכן ועל מנת לאפשר קבלת תמונת מחקר ופיתוח כוללת בכל אחד מהגופים ובכלל מעהב"ט - על המטכ"ל ועל הגורמים הנו געים בדבר בגופי צה"ל לבחון קידומם של אמצעים שיאפשרו ריכוז מידע זה. זאת, בין היתר, לשם מימוש תפקידו של מפא"ת כגורם המטה לריכוז, לתיאום ולהצגת תוכנית הפיתוח הביטחוני הכוללת. בכלל אמצעים אלה יש מקום לבחון את הצורך בקיומו של גורם שיהיה אחראי לריכוז נתוני המו"פ במטכ"ל ובזרועות. בביקורת עלה כי לא היה בידי מחלקת תוכ"ן או גורם אחר במפא"ת ריכוז נתונים על סכומי ההשתתפות של כלל הגופים במעהב"ט ומחוצה לה בתוכניות המו"פ, וממילא לא היה בידיהם ריכוז נתונים על היקף פעילויות המו"פ שמפא"ת מקדם בפועל בכל שנה. משרד מבקר המדינה מעיר למפא"ת כי בהיעדר נת ונים לגבי כלל התקציבים העומדים לרשותו לצורך מימוש תוכניות המו"פ יש כדי לפגום בתהליכי הניהול והבקרה של תחום המו"פ במעהב"ט על ידי כלל הגורמים הנוגעים בדבר. במצב הקיים לא מוצגת תמונה שלמה של פעילות המו"פ במעהב"ט להנהלת משהב"ט ולמטכ"ל, בבואם לקבל החלטות בתחום המו"פ, ובכלל זה לגבי היקף תקציב המו"פ המרכזי (בנושא זה ראו בהמשך). אשר על כן, על מפא"ת לקבוע בהקדם את האמצעים שיאפשרו הפקת מידע זמין וקיום מעקב שוטף אחר כלל מקורות התקציב המשמשים אותו למימוש תוכניות המו"פ של מעהב"ט. זאת, כדי לשפר את התכנון והניהול של מקורות אלה ולהגביר את רמת הבקרה על אופן מימושם. ניהולו של תחום המחקר והפיתוח הביטחוני, שהוא עתיר תק ציבים ופעילויות, מחייב ראייה מערכתית, רחבה וכוללת. משימה זו הוטלה בהוראות משהב"ט על מפא"ת כגורם המטה האחראי לריכוז ולתיאום של כלל פעילות מעהב"ט בתחום זה. לשם מימוש אחריותו, על מפא"ת לחזק את השליטה והבקרה שלו על כלל נתוני המ חקר והפיתוח הביטחוני. מנגנוני התיאום בין מפא"ת לגורמי המו"פ השונים במעהב"ט ומחוצה לה, שאליהם התייחס משהב"ט בתגובתו, אינם מהווים תחליף לגיבושה של תוכנית הפיתוח הביטחוני הכוללת. תוכנית כאמור נחוצה לצורך ניהול טוב יותר של תחום המחקר והפיתוח במעהב"ט - הן למפא"ת כאחראי על תחום זה במעהב"ט והן ל הנהלת משהב"ט ולמטכ"ל כגורמי ם בעלי הסמכות והאחריות על פעילותו של מפא"ת. תוכנית זו עשויה לשפר את השקיפות בכל הנוגע לפעילויות המחקר והפיתוח במפא"ת ובגופי צה"ל; להביא לניצול מיטבי של תוצרי הפיתוח על ידי זרימה מבוקרת של מידע בין יחידות מעהב"ט, ולהביא לניהול יעי ל יותר של משאבי התקציב. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט כי הימנעותו של מפא"ת מריכוז כלל נתוני המחקר והפיתוח במעהב"ט, מריכוז נתוני המו"פ העצמי שמציגות לו התעשיות הביטחוניות, ומהצגתם לראשי מעהב"ט נוסף על הצגת תוכנית המו"פ המרכזי - יתכן שהיה בה כדי לפגוע במידת היעילות והמועילות של ביצוע משימותיו. יתרה מכך, גם את הפעילויות אשר להן אחראי מפא"ת - המו"פ המרכזי לרבות השתתפות גופים חיצוניים בו, המו"פ במינהלות, המו"פ בהסכמי GTG , המו"פ המוכוון ופרוייקטי פיתוח מלא - מפא"ת לא ריכז לכדי תמונה כוללת ובהירה, וממילא גם לא הציגן כך: חלקם לא הוצגו כלל וחלקם הוצגו בנפרד ובמנותק אלה מאלה. לא זו אף זו, גם הצגתה של תוכנית המו"פ המרכזי למטכ"ל ולהנהלת משהב"ט נעשתה שלא בהתאם לחתכים הנדרשים בהוראה שעניינה "תוכנית הפיתוח הביטחוני הכוללת" או לחתכים אחרים שיאפשרו בהירות בהבנת נדבכי המו"פ השונים (על כך ראו גם בהמשך). עוד מעיר משרד מבקר המדינה למשהב"ט כי ריכוז נתונים ודיווח אינם עומדים בסתירה ליוזמה ולחופש פעולה. בהיעדר ריכוז מידע בנוגע לכלל היקפי המחקר והפיתוח בגופי מעהב"ט ובנוגע לסוגיו, לרבות השקעותיהם של גופי צה"ל במו"פ, אין למפא"ת היכולת להעריך עד כמה יתרום ריכוז נתונים אלה לייעול תחום זה. אשר לתשומות הנדרשות לריכוז הנתונים האמורים - מדובר בנתונים הקיימים בגופים השונים אשר יש לאסוף ולרכז. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב פעילות זו, ומדגיש כי במסגרת פיתוחן של מערכות המידע האמורות יש לתת מענה לצורך ברישומם של כל מקורות התקציב המשמשים למימוש תוכניות המו"פ במעהב"ט. בביקורת עלה כי קיימים פערים ניכרים בנתונים של כלל המו"פ והפיתוח המלא במעהב"ט שדווחו על ידי הגורמים השונים במשהב"ט לאורך השנים. כמפורט להלן: משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט כי אי -ביצוע מדידה אחידה ומתואמת של הוצאות כלל המו"פ והפיתוח המלא במעהב"ט ודיווח על נתונים שונים משמעותית לאורך שנים בדוחות הכספיים וללמ"ס יצרו מצב לקוי מיסודו, וייתכן שהביאו לידי הטעייתם של הגורמים הנסמכים על נתונים אלה. על את"ק, אכ"ס, גית"ם ומפא"ת לתאם ביניהם את אופן החישוב של כלל הוצאות המו"פ והפיתוח המלא במעהב"ט על מרכיביהן ואת ר ישומן, ולוודא כי הוצאות אלה יוצגו באופן בהיר, אחיד ושלם לגורמים במעהב"ט ומחוצה לה. יודגש כי רישום מלא ומתואם של נתוני כלל המו"פ והפיתוח המלא במעהב"ט גם יניח את התשתית הנדרשת למפא"ת לשם הצגת תוכנית הפיתוח הביטחוני הכוללת לפני הרמטכ"ל ומנכ"ל משהב"ט. בפועל, פקודת הארגון של מפא"ת, המסדירה את ייעודו, את תפקידיו ואת המבנה הארגוני שלו, לא עודכנה זה כעשור. זאת, על אף שינויים שחלו במשימותיו ובמבנה של המינהלות והמחלקות השונות בו, ועל אף העובדה שב -2012 פרסם משהב"ט הוראת ארגון מעודכנת למפא"ת בתיאום עם אג"ת. משרד מבקר המדינה מעיר לאג"ת כי המצב שלפיו מפא"ת פועל זה שנים שלא במסגרת פקודת ארגון מעודכנת אינו תקין. זאת, כיוון שיש בו כדי לפגוע בתהליכי העבודה שבאחריותו ובממשק עבודתו מול גופי צה"ל. יתרה מכך - קיומן של הוראת ארגון ופקודת ארגון שאינן מתואמות עלול להביא למצבים של אי -ודאות וחוסר הבנה לגבי משימותיו של מפא"ת ולגבי גבולות אחריותו וסמכותו, ועלול אף להפוך את מסמכי הארגון האלה לריקים מתוכן ובלתי רלוונטיים. אשר על כן, על אג"ת, בתיאום עם מפא"ת, להשלים עבודת מטה לעדכון פקודת הארגון של מפא"ת, לרבות ייעודו, תפקידיו, עקרונות תפיסת הפעלתו, כפיפותו ומבנהו הארגוני. זאת, גם בהתאם לממצאי הביקורת והמלצותיה. משרד מבקר המדינה מעיר לאג"ת כי על אף חשיבותו של תחום המו"פ המרכזי לבניין כוחו של צה"ל, אין הוא מקיים בקרה יזומה ואפקטיבית על פעילות מפא"ת בתחום זה. כתוצאה מכך בין היתר, מפא"ת הוא שקובע בפועל את סדר העדיפויות בתחום המו"פ, ללא מעורבות והכוונה מיטביות של המטכ"ל בהיבטים המבצעיים, דבר שיש בו כדי להביא לחוסר יעילות בתהליכי בניין הכוח של צה"ל. נוכח האמור לעיל, על אג"ת לקיים עבודת מטה לבחינת תהליכי אישור תוכניות המו"פ המרכזי והבקרה על מימושן, מתוך מטרה לשפר את התאמת התוכניות לצרכים המבצעיים של צה"ל בטווחי הזמן הקצר והארוך ולאילוצים בתחום המשאבים. יובהר בהקשר זה, כי בשל העובדה שמפא"ת מנהל בכל שנה מאות תוכניות מו"פ, נדרשת בחינה של תוכני הבקרה שעל אג"ת לבצע, כדי למקד את מאמצי המו"פ בנושאים שהם ליבת העניין של צה"ל. בהמשך לכך, על אג"ת ומפא"ת לגבש במשותף מסגרת נורמטיבית למיסוד קשרי הגומלין ביניהם, ובכלל זה את אופן התכנון, ההצגה והאישור של תוכניות העבודה בתחום המו"פ לגורמי אג"ת, כדי שיוכלו לבחון אותן בהתאם לסדר העדיפויות הכולל של בניין הכוח ולהשפיע על תכולתן בטרם יוצגו לסגן הרמטכ"ל והרמטכ"ל (על כך ראו גם בפרק "הסדרה נורמטיבית של תחום המחקר והפיתוח במעהב"ט"). כמו כן במסגרת זו על אג"ת לגבש, בתיאום עם מפא"ת, את אופי הבקרה שהוא יקיים על מימוש תוכניות המו"פ. . משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט, כי למפא"ת אכן קיים מרחב פעולה במסגרת הסמכויות שניתנו לו, אך מרחב זה אינו יכול להיות בלתי מוגבל, ו נכון לתחום אותו בכללים ועקרונות המתואמים עם צה"ל ומוסכמים על יו. בכל הנוגע להשפעתה של פעילות המו"פ במפא"ת על קביעת סדרי עדיפויות ב צמצום פערים מבצעיים, על גיבוש תפיסות הפעלה ועל בניין הכוח - הדבר חייב להיעשות בתיאום מראש עם צה"ל ובהתאם לצרכיו. כמו כן, בין אם מדובר בהשקעה במו"פ לטווח ארוך ובין אם מדובר בהשקעה במו"פ לטווח זמן קצר יותר - על מפא"ת לתאם את תוכניותיו עם צה"ל, זאת תוך הסתייעות במנגנון לליבון אי-הסכמות ויישובן במידת הצורך. מכל מקום, בכל הנוגע לטכנולוגיות הנמצאות ברמת בשלות גבוהה, לקראת הגעה לקדמי -פיתוח נדרש כי יתקיים תיאום הדוק מול צה"ל. זאת כדי לצמצם למינימום את הפערים בין כיווני ההשקעה במו"פ לבין הצרכים המבצעיים. .בביקורת לא נמצא כי בגופים הרלוונטיים, ובעיקר במפא"ת ובאג"ת, קיימים נתונים מרוכזים וזמינים בנוגע לסכומי ההשתתפות של גופי צה"ל בתוכניות המו"פ במשך השנים, להצלחתן של תוכניות אלו מהבחינה הטכנולוגית, ולקידומן לפרויקטי פיתוח מלא. למותר לציין כי מפא"ת ואג"ת לא ביצעו בחינה של היתרונות הנובעים מהשתתפות גופי צה"ל במימון תוכניות מו"פ, לא הסיקו מסקנות בעניין ולא קבעו כל מדיניות בנושא, על אף הפוטנציאל הטמון בו למיקוד ההשקעה ולהתייעלות. בפועל, לא נקבעו בהוראות משהב"ט ובפקודות צה"ל כללים בנוגע להשתתפות גופי צה"ל במימון של ת וכניות מו"פ במפא"ת, ובכלל זה הנסיבות שמחייבות השתתפות כזו ושיעורה. משרד מבקר המדינה מעיר למפא"ת, לגית"ם ולאג"ת כי בהיותו של מפא"ת גוף משותף למשהב"ט ולצה"ל, עליהם לקיים בהקדם עבודת מטה מתואמת לגיבוש התשתית הנורמטיבית לפעילותו, ובה יתאמו ביניהם את ההוראות והפקודות בנושאים הנוגעים לתחום המחקר והפיתוח במעהב"ט, לרבות הממשק ביניהם בתחום זה. קביעת ייעוד המו"פ המרכזי במעהב"ט היא מהותית וחיונית ביותר לתיעול מאמציהם של הגורמים הרלוונטיים לתחום זה, לתכנון תוכניות העבודה השנתיות והרב-שנתיות, ולהערכת הישגי המו"פ. בהתאם לייעו ד המו"פ המרכזי ניתן היה לקבוע למפא"ת יעדים כמותיים וקונקרטיים, אשר ישמשו כקווים מנחים לפעילותו, ובהתאמה - לתוכניותיו ולאופן הקצאת המשאבים למימושן; וכן אמצעי לקיום מעקב ובקרה. עם זאת, נוכח תחומי הפעילות הרבים והמגוונים של מפא"ת, נמצא בביקורת כי קיימת במעהב"ט ומחוצה לה אי-בהירות בכל הנוגע להגדרת המשימות שמפא"ת נדרש למלא במסגרת המו"פ המרכזי, כמו גם בנוגע לסדרי העדיפויות שעליו לקבוע למימוש המשימות השונות; ובכלל זה - אלה שנועדו לתת מענה ישיר על צורכי צה"ל בטווח הארוך והקצר לעומת אלה הנוגעים לתחומי פעילות אחרים. אשר על כן, על הרמטכ"ל ומנכ"ל משהב"ט לפעול בתיאום ביניהם לקביעת הייעוד, המטרות והיעדים שהמו"פ המרכזי אמור לממש, ואת אופן מימושם באמצעות כוח האדם והתקציב שיועמד לתכלית זו; ולהציגם לאישור שר הביטחון. במסגרת זו ראוי כי יוחלט, בין היתר, אם תקציב המו"פ המרכזי צריך לשמש גם אמצעי להשגת מטרות כלכליות וחברתיות לאומיות, או ששאר האמצעים העומדים לרשות משהב"ט והתעשיות הביטחוניות לתכליות אלו מספיקים.
אולם בביקורת עלה כי על אף המספר הרב של תוכניות המו"פ ומורכבותן - האמצעים הקיימים במפא"ת לניהולן אינם יעילים, אינם מהימנים ואינם מספקים. להלן כמה דוגמאות: