משרד החקלאות ופיתוח הכפר . ניהול ענף הדיג מהפרטים שהובאו לעיל התברר שהשו"ט הנפיקו למפעלים אישורי ייצוא אף שידעו שהם אינם עומדים בדרישות של האיחוד האירופי. משרד מבקר המדינה העיר למשרד החקלאות שהדבר אינו תקין וגם עלול בסופו של דבר לגרום נזק כלכלי ותדמיתי למדינת ישראל. כאמור, הפיקוח על איכות הדגים הוא תפקידם של השו"ט. הם אמורים לוודא את הטמעתם ואכיפתם של נהלים והוראות בכל הקשור לשחיטה ולמיון של הדגים לשיווק מקומי ולייצוא ובכל הקשור לעיבודם לייצוא תוך הקפדה על כשירותו הבריאותית של דג שמיוצר ומעובד למאכל אדם; השירותים הווטרינריים אחראי ם גם למניעת הפצתן של מחלות דגים. למרות זאת עד שנת 2009 השו"טלא עסקו בפיקוח על גידול דגי מאכל. הם לא אישרו את החוות לגידול דגים לשוק המקומי ולייצוא כמקומות ראויים לגידול דגים ולא פיקחו עליהן. טריות הדגים אינה נבדקת במעבדה לטיב דגים ומוצריהם בשו"ט. גם שאריות כימיות בדגים שנידוגו בימים אינ ן נבדקות. סקר שנתי המבוסס על דגימה לקויה אינו מאפשר להציג תמונה אמיתית של איכות הדגים ששווקו למאכל באותה שנה. לדעת משרד מבקר המדינה, על השו"ט לדאוג להכנת סקר השאריות לפי התכנית כדי שיהיה אפשר לפעול על בסיס תשתית נתונים מהימנה ולתת לציבור מידע מבוסס על איכות הדגים שצרך. לפי דרישות מדינות האיחוד האירופי, בדיקות טריות הן תנאי לייצוא דגים אליהן. מאחר שהשו"ט לא פיקחו על איכות הדגים, הם לא שלחו למעבדה במשך כל שנות קיומה דגים מתוצרת הארץ. לדעת משרד מבקר המדינה, ההצעה ראויה לבחינה בפורום מקצועי מתאים, כגון הוועדה לאכלוס הכינרת . משרד מבקר המדינה העיר לאגף הדיג שאכיפה לא מלאה של איסור הדיג בבטיחה בתקופת הרבייה של אמנון הגליל פגעה אולי אף היא בהתרבותו בכינרת. .לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד החקלאות ליישם צעדים נחוצים לאישוש הדגה בים התיכון. בישיבה שהתקיימה באוגוסט 2006 ,שבה דנו נציגי משרד החקלאות ונציגי רט"ג בנזקים שגורמות הציפורים לברכות המדגה, נאמר כי רט"ג ממשיכה במדיניות של דחיפת הקורמורנים לכינרת. אגף הדיג לא התנגד לכך ולא התנה זאת בבדיקת השפעתה על הדגה בכינרת, אף שידע במשך שנים רבות שהקורמורנים ניזונים בחורף בעיקר מדגי אמנון. עד תום הביקורת טרם אישרה ועדת הכלכלה את תיקון תקנות הדיג. השבתת הדיג בכינרת לא יצאה לפועל בשל מחלוקת על סכום התמיכה שיינתן לדייגים ועל הקריטריונים לזכאות לה, והדיג בכינרת נמשך עד סוף 2010 .ללא הגבלה כלשהי יחד עם התכנית להשבתת הדיג בכינרת תוכנן גם טיפול מערכתי בדיג בכינרת הכולל הגברת הפיקוח והאכיפה, ניטור ומחקר, גירוש קורמורנים ועוד. בשנת 2010 ההשבתה לא יצאה מן הכוח אל הפועל, והתעכב גם הטיפול המערכתי בדיג. מן הראוי שאגף הדיג יפעל לקדם את הטיפול בנושאים אלה גם ללא קשר להשבתת הדיג. ,סקרי דגהובמסגרתם הפלגות ללב ים, הן פעולות שגרתיות שיש לתכנן ולבצע בקביעות. לדעת משרד מבקר המדינה, תפקידו של מנהל אגף הדיג להסדיר את התקציב לסקרי דגה בסעיף קבוע בראשית כל שנת תקציב כדי שיהיה אפשר לקיים את תכנית העבודה, לאחר שאושרה, בלי שמנהל תחום דיג ימי יצטרך לקבל את אישורו של מנהל אגף הדיג על כל הזמנה. משרד החקלאות לא התייחס בתשובתו לנושא. מנהל אגף הדיג הודיע בתשובתו למשרד מבקר המדינה מינואר 2011 כי "בשלוש השנים האחרונות" חל "שיפור עצום" באיסוף המידע בעקבות גיוס של סוקר דגה חדש בתקן קבוע והעסקת סטודנט. משרד מבקר המדינה הודיע למנהל האגף כי השיפור באיסוף הנתונים עדיין לא היה משביע רצון כיוון שבתשעת החודשים הראשונים של שנת 2008 לא נאספו כלל נתונים, וגם מספר הפלגות הסקר בשנים2008 עד 2010 .לא היה מספיק לדעת משרד מבקר המדינה, צריך לקיים שיתוף פעולה ומשוב בין מנהל תחום דיג ימי, שאחראי לאיסוף המידע מהשטח, לבין מחלקת הפיקוח.
לדעת משרד מבקר המדינה, לפני שינוי מדיניות האכלוס של דגיגי הקיפון בכינרת מן הראוי לבצע בדיקת ניסיון לגבי עמידות הדגיגים ממכוני רבייה במימיה כדי לבחון מהי החלופה המשתלמת ביותר. יש לקחת בחשבון את העלות המשוערת של דגיגים כאלה לעומת עלותם של דגיגים מהים. אספקת דגיגי קיפון צפלוס ממכון רבייה במשקל שניים עד חמישה גרם בחודשים אפריל-יוני 2010 מחירה כ-90-70 אגורות לדגיג (תלוי בכמות המוזמנת), בעוד שמחירו של דגיג קיפון צפלוס מהים היה 30 אגורות בלבד. מנהל אגף הדיג הודיע למשרד מבקר המדינה בינואר 2011 שהוועדה לאכלוס הכינרת אימצה את ההמלצה.