רכבת ישראל בע_מ_ . התארגנות לחשמול קווי הרכבת משרד מבקר המדינה מעיר כי לפני החלטת הממשלה משנת 2010 לא בחנו משרדי התחבורה והאוצר את היערכותה של חברת הרכבת לקראת ביצוע הפרויקט ואת יכולותיה לבצעו, בייחוד לנוכח הכשלים בקידום פרויקט החשמול בפעם הראשונה. כאמור, בעת שנדחה ביצוע פרויקט החשמול נקבע כי יש להמשיך בקידומה של התכנית הסטטוטורית. למרות זאת, חברת הרכבת לא קידמה את מילוי התנאי שקבעה הוות"ל לקבלת אישור הוולחו"ף לתכנית, וכשלוש שנים חלפו רק בספטמבר 2012 הכינה חברת הרכבת את התכנית האמורה, וגם אז היא עדיין לא הייתה סופית. תכנית כוללת ומפורטת הוכנה רק באוקטובר 2013 , שלוש שנים וחצי לאחר החלטת הממשלה, אך לא נכלל בה התקציב לפרויקט החשמול משום שהנושא עדיין היה בשלב של דיונים מול משרדי התחבורה והאוצר. הביקורת העלתה כי במשך שנים לא הקימה חברת הרכבת מינהלת לפרויקט, וגם כשכבר הוקמה התנהלה תחלופה תכופה בתפקיד מנהל המינהלת והתפקידים הבכירים לא אוישו במלואם. מאז הקמתה לא הכינה המינהלת תכנית עבודה ולא קבעה נהלים המסדירים את העבודה בתוך הארגון ומול גופים חיצוניים. בהיעדר מינהלת ייעודי ת פעילה חסרה חברת הרכבת גוף שיתכלל את פעילותן של החטיבות השונות, וכל אחת מהן פעלה כישות נפרדת ללא ראייה אינטגרטיבית אחת. מהאמור לעיל עולה כי מקבלי ההחלטות הטילו על חברת הרכבת לנהל פרויקט מורכב ומסובך בלי שבחנו את מסוגלותה לעמוד במשימה. משהוטל על החברה ניהולו של הפרויקט, היא לא נערכה כראוי ולא הצליחה לקדמו כנדרש. לדעת משרד מבקר המדינה, עקב חשיבותו של הפרויקט לחברת הרכבת ולמשק, על מנכ"ל החברה ועל דירקטוריון החברה להעניק למינהלת החשמול סמכויות ביצוע, להציב לה יעדים ברורים, לפקח על יישומם ולוודא שהפרויקט מתקדם כנדרש. בין הדיון הראשון בוולחו"ף בנובמבר 2007 ובין הדיון השני באוקטובר 2010 . בפברואר 2012 )אושרה התכנית בוולחו"ף (ראו להלן. ערכו בחינה מקיפה של מבנה חברת הרכבת ושל הכשלים וסיבותיהם ולא קיימו תהליך הפקת לקחים. הוות"ל הוקמה כדי לתת קדימות לתכניות ל תשתיות לאומיות ולהגביר את מעורבות הממשלה בתכניות אלה באמצעות הקמת מוסד תכנון מתמחה ומתן מעמד מוביל לתכניות בהיררכיה התכנונית בלוחות זמנים מקוצרים. לצורך מילוי תפקידיה הוקנו לוות"ל כל סמכויותיה ותפקידיה של המועצה הארצית בענייני תכנון ובנייה הנוגעים לתשתיות לאומיות. משרד מבקר המדינה מעיר כי כבר בשנת 2007 אישרה הוות"ל את העברת התכנית להערותיהן של הוועדות המחוזיות ולהשגות הציבור, אך בפועל פורסם דבר אישורה של התכנית בעיתונות רק באפריל 2012. אף שהוות"ל כבר אישרה בפעם הראש ונה, באוקטובר 2007 , להעביר את התכנית להערותיהן של הוועדות המחוזיות ולהשגות הציבור, נכון למועד סיום הביקורת, כשש שנים מהאישור הראשון וכשלוש שנים מיום החלטת הממשלה, עדיין לא אושרה התכנית באופן סופי. עד מועד סיום הביקורת, שבע שנים לאחר חקיקת החוק, לא התקין המשרד להגנת הסביבה תקנות שעניינן רמת החשיפה המרבית המותרת לקרינה ממקור קרינה.
.פרויקט החשמול הוא אחד הפרויקטים התשתיתיים הגדולים ביותר בארץ. חשמול מערך המסילות הארצי הוא הפרויקט הגדול ביותר של חברת הרכבת ומהחשובים שהיא מקדמת. פרויקט החשמול נחשב פרויקט הדגל של הנהלת חברת הרכבת הן בשל השינוי היסודי בשיטות העבודה של הארגון הן בשל היקפו הכלכלי והטכנולוגי. סיום הפיתוח והטמעת המערכת החשמלית אמורים להביא לידי שינוי בדפוסי העבודה בחברה וליעל את תהליכיה. בפרויקט זה נמצאו ליקויים רבים, בייחוד בתכנון, באומדני העלויות ובלוחות הזמנים לביצועו. בסוף 2008 נדחה ביצועו של הפרויקט וחודש בתחילת 2010 , דבר שהביא לידי פיגור גדול בלוחות הזמנים. אומדני העלויות שהציגה חברת הרכבת, לפני קבלת החלטת הממשלה בשנת 2010 , היו נמוכים מאוד לעומת אומדני העלויות הנוכחיים. נכון למועד סיום הביקורת הפרויקט רחוק מלהגיע לידי סיום, והתכנית הסטטוטורית אף לא אושרה באופן סופי בוות"ל. על חברת הרכבת לקיים בחינה יסודית של היערכותה לקידום הפרויקט כדי לבצע אותו בלוחות הזמנים, בתקציבים ובסטנדרטים הנדרשים. ע ל משרדי התחבורה והאוצר מוטלת האחריות להפיק לקחים, להגביר את הפיקוח והבקרה על החברה ולנקוט את הצעדים הנדרשים כדי למנוע פיגורים נוספים בלוחות הזמנים וחריגה מעלויות הפרויקט במהלך ביצועו.