מערכת הביטחון . היבטים בפעילות המשטרה הצבאית החוקרת משרד מבקר המדינה מעיר למפקדי בסיסי מצ"ח כי בהיעדר פיקוח ובקרה מספקים על פעילות המודיעין בבסיסיהם, הם אינם יכולים להבטיח כי תפוקות המודיעין בבסיסים עונות על הנדרש. על אף העיסוק השוטף, רמת הקשב הגבוהה והפעולות שעשתה מִפקדת מצ"ח לגשר על הפערים בתחום המודיעין, הנושא עדיין לא בא על פתרונו. אי לכך על מפקד מצ"ח לפעול לשיפור הפיקוח והבקרה בבסיסי מצ"ח על פעולת המודיעין. בד בבד עליו לבחון את אפקטיביות הפעולות שנעשו לצורך קידום מערך המודיעין ולהציג את מסקנותיו לקמצ"ר ולראש אכ"א. נוכח חשיבותו של מערך זה והצורך לשמר את רמתו המקצועית, על הקמצ"ר ועל ראש אכ"א לבחון את צורכי מערך המודיעין של מצ"ח ואת מסקנותיו של מפקד מצ"ח בנושא, ובהתאם לבחינה זו, לפעול על מנת לוודא כי מערך המודיעין במצ"ח מקצועי ויעיל. . ביצוע חקירות כלכליות אפקטיביות על ידי מצ"ח הכרחי לצה"ל לצורך שמירה על המשאבים החומריים החשובים והרבים שברשותו. בביקורת עלה כי מאז השינוי הארגוני שנעשה במצ"ח, שבו קוצצו תקני היאח"ה והיא הוכפפה ליחידת שח"ק, חלה ירידה מהותית במספר תיקי חקירות ההונאה שטופלו ביחידה וחקירות ההונאה היזומות צומצמו בתקופת הביקורת עד כדי אי-ביצוען. כמו כן, לא בוצעו במצ"ח הכשרות מקצועיות ייעודיות לחוקרים ולאנשי המודיעין בתחום חקירות ההונאה, והמענה המודיעיני בתחום ההונאה לוקה בחסר. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי במצב דברים זה היאח"ה מתקשה לעמוד במשימותיה. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי מצב זה עלול לפגוע הן ביכולת האכיפה של עבירות הונאה בצה"ל והן בהרתעת עבריינים פוטנציאליים מביצוען. מאחר שרכזי המודיעין במצ"ח הם במקרים רבים חיילים בשירות חובה, נדרשים תהליכי חפיפה סדורים ופיקוח הדוק על פעילותם, על מנת לוודא כי היא מבוצעת במקצועיות ותוך עמידה בהנחיות. בביקורת עלו ליקויים בתהליכי החניכה של רכזי המודיעין ובפיקוח ובבקרה של המפקדים עליהם. להלן הפרטים: חניכה מקצועית וחפיפה הן תנאי הכרחי לכניסה מוצלחת לתפקיד רכז מודיעין, בעיקר נוכח העובדה כי רכזי המודיעין הם לרוב חיילים בשירות חובה, ללא ניסיון מקצ ועי רלוונטי קודם. משרד מבקר המדינה מעיר למפקדי בסיסי מצ"ח כי אי-יישומה של הנחיית מפקד מצ"ח בנושא חניכת רכזי מודיעין פוגע במקצועיותם ובתוצריהם. כמו כן משרד מבקר המדינה מעיר למפקד מצ"ח על כך שלא וידא שהנחיותיו מיושמות. בביקורת נמצא כי לא היה מתאם בין האינדיקציות הפתוחות במתח"ם לבין האינדיקציות הפתוחות במערכת עמי"ת. להלן הפרטים: על אף החשיבות שמייחסת מפקדת מצ"ח לנושא, בביקורת עלה כי איסוף המידע בנושא נשק ואמל"ח אינו עומד בהישג הנדרש על פי התבחינים שקבעה מצ"ח, וכי בסיסי מצ"ח לא עמדו ביעד של איסוף אפקטיבי ביחידות שבהן קיימים מצבורי נשק ואמל"ח. תקנות המרשם הפלילי פורסמו ב - 7.2.86 ונקבע בהן כי "תחילתן של תקנות אלה חמישה עשר ימים מיום פרסומן ותקפן לשנה מיום תחילתן". בביקורת נמצא כי תוקפן של תקנות אלו לא הוארך מאז. מכאן, שהדיווח על הרשעות בבתי דין צבאיים מתבצע על פי תקנות שאינן בתוקף. בביקורת עלו מקרים שבהם לא הייתה הקפדה על הזנת פרטים מלאים ליומני החקירות במתח"ם כנדרש בהנחיית מפקד מצ"ח. להלן הפרטים: הזנת נתונים לצורך קיום מסד נתונים חשובה לצורך שמירת הזיכרון הארגוני, תיעוד תהליכים וביצוע פיקוח ובקרה על התהליך בכללותו. משרד מבקר המדינה מעיר למפקד מצ"ח כי על אף ממצאי בקרת עח"ם ההנחיות בנושא אינן מקוימות במלואן וכי עליו לפעול כדי שהוראותיו בנושא זה ימולאו כנדרש. ממסמכי מצ"ח עלה כי טיפול חוקרי מצ"ח בזירות עבירה בוצע לעיתים בחוסר מקצועיות, וכי הציוד המוקצה להם לשם כך היה במצב תחזוקתי ירוד, כמפורט להלן: .משרד מבקר המדינה מעיר למצ"ח כי הסתמכות על משטרת ישראל בנושא תיע וד זירות עבירה אינה מבטלת את חובתם של חוקרי מצ"ח לעמוד באמות המידה המקצועיות שנקבעו בהנחיות מפקד מצ"ח. זאת, לשם שימור היכולות המקצועיות בקרב חוקרי היחידה לטפל בזירות עבירה. על מפקד מצ"ח להמשיך ליזום פעולות לצמצום הפער המקצועי בנושא ולוודא את יישומן.
. טיפול בזירות עבירה וטיפול במוצגים הם פעולות המשמשות אבני יסוד של החקירה הפלילית, וככאלה עליהן להתבצע בדייקנות, במקצועיות ובאופן סדור על פי ההנחיות המקצועיות. מלבד הפעולות הללו, הזנה מלאה של נתונים ליומן החקירות במתח"ם נדרשת לצורך קיום מסד נתונים המשקף את ת מונת המצב הכוללת והשלמה. בבקרות פנימיות שבוצעו ביחידה עלו ליקויים בתחומים אלה.