משרד החקלאות ופיתוח הכפר . תמיכות הממשלה בענף החקלאות והשפעתן על מחירי התוצרת החקלאית מהתרשים עולה כי בשנים2014 עד2016 היה השיעורהממוצע של התמיכות מעוותות הסחר והייצור מכלל התמיכות בחקלאים בישראל - 91% . שיעור זה גבוה במידה ניכרת משיעורי התמיכות מעוותות הסחר והייצור במדינות ה- OECD ובאיחוד האירופי באותן שנים, שהיו 51% ו-27% .בהתאמה הביקורת העלתה כי בשני מקרים כללו נוהלי התמיכה של שתי יחידות במשרד את אותו נושא תמיכה: הנושא "תמיכה במפעלי עיבוד תוצרת חקלאית" הופיע במינהלת ההשקעות וגם באגף לתכנון ופיתוח הכפר71 ; הנושא "תמיכה לרכש מיכון חקלאי" הופיע במינהלת ההשקעות וגם באגף לשימור קרקע72. במצב שבו אין בידי המשרד בסיס מידע אחוד לטיפול בתמיכות, עלולות יחידות שונות במשרד להעניק תמיכות כפולות לאותו גוף ולאותה מטרה. אף שלגבי שני המקרים האמורים לא נמצא כי ניתנה תמיכה כפולה, על משרד החקלאות לוודא שנוהלי התמיכה השונים במשרד לא יעסקו באותם נושאי תמיכה. עוד עלה כי מינהלת ההשקעות, הממונה על מחצית מנוהלי התמיכה במשרד, לא דיווחה על נתוני התמיכות במודול תמיכות במרכב"ה, כנדרש בהוראות תכ"ם, אף שהיא מעניקה אלפי מענקים בשנה בסכומים של מאות מיליוני ש"ח (בשנת 2016 נתנה מינהלת ההשקעות 2,700 מענקים בסכום כולל של345 .)מיליון ש"ח יוצא אפוא שאף שמשרד החקלאות מעניק 54 סוגי תמיכות לגופים אחרים בסכום של מאות מיליוני ש"ח בשנה, לא היה בידיו בסיס נתונים שבו מרוכז המידע על כל התמיכות שהוא נותן ועל אופן מימושן. לפיכך, אין לגורמים המפקחים במשרד תמונה מלאה של נתוני התמיכות. הד בר פוגע בשקיפות, ביכולת לאגור נתונים ולנתח אותם וביכולת לבצע בקרות ולאתר כפילויות בתמיכות. מהתרשים עולה כי משנת 2014 עד ספטמבר2017 היה המחיר המקומי של ביצים (למגדל) יקר בכ-18% בממוצע ממחיר היבוא שלהן47 . זאת על אף שהממשלה מפקחת על מחיר הביצה. פער זה במחיר מבטא את חוסר היעילות בענף. עוד נכתב במסמך התכנית כי משנת 2007 נעשו ניסיונות לבצע רפורמה כוללת בענף ההטלה, אך הם לא נשאו פרי. .משרד מבקר המדי נה מעיר כי נוכח העולה ממסמכי משרדי החקלאות והאוצר בנוגע לחוסר היעילות שמעודד תכנון הייצור בענף ההטלה וההשפעות שיש לכך על מחיר הביצים לצרכן, על משרדי האוצר והחקלאות לבחון את השינויים הנדרשים במדיניות התמיכות בענף זה ולפעול ליישומם. יודגש כי הרפורמה בענף ההטלה נחוצה הן לצורך התייעלות הענף והפחתת המחירים לצרכן והן מטעמים הנוגעים לבריאות הציבור, לרווחת בעלי החיים ולאיכות הסביבה. הביקורת העלתה כי אף שהקושי בניה ול של התמיכות היה ידוע למשרד החקלאות עוד משנת 2014 , עד מועד סיום הביקורת, שלוש שנים לאחר מכן, לא יישם המשרד פתרון ממוחשב לריכוז התמיכות, לייעול הליך מתן התמיכות ולבקרה עליו. משרד מבקר המדינה מעיר כי מאחר שמשרד החקלאות מטפל מדי שנה בשנה באלפי בקשות לתמיכה בהיקפים כספיים גדולים מאוד, עליו להשלים בהקדם את פעולתו לפתרון ממוחשב לניהול מרכזי של התמיכות. הדבר ייעל את הלי ך מתן התמיכות, יגביר את השקיפות של ההליך וישפר את הבקרה עליו, ובכלל זה יאפשר לאתר כפל תמיכות, וכן יאפשר לאגור נתונים ולנתחם. פתרון כזה גם יאפשר למקבלי התמיכה - חקלאים ורשויות מקומיות - להפיק מידע על כל סוגי התמיכות ועל מצב הטיפול בבקשות התמיכה. על כך יוער כי על פי פסק הדין האמור, נקודת המוצא היא עדיפות לפעולה באמצעות מערך המיסוי הכללי, וכי לעיתים יש תכליות שמצדיקות שימוש בתמיכות בעלות אופי רגרסיבי. מהתרשים עולה כי על פי מסמך הייעוץ לרפורמה, תמהיל התמיכות בשנים 2013 עד2015 בממוצע, היה מורכב מ-65% תמיכות עקיפות (2.6 מיליארד ש"ח בשנה), ומ-35% ( תמיכות תקציביות1.4 מיליארד ש"ח בשנה). תמהיל זה שונה באופן מהותי מתמהיל התמיכות המוצע - 85% ( תמיכות תקציביות3.4 מיליארד ש"ח) ו-15% בלבד תמיכות עקיפות (0.6 .)מיליארד ש"ח במועד סיום הביקורת נמצא כי כל אחת מיחידות המשרד ניהלה את הליך מתן התמיכות במערכת מידע ייעודית ונפרדת וכי כמה מהתמיכות אף נוהלו שלא באמצעות מערכת מידע, אלא באמצעות גיליונות אלקטרוניים. זאת על אף ממצאי חברה א' משנת 2015 בעניין השונות הרבה באופני הטיפול ובמערכות התומכות בכל סוג תמיכה והמלצתה לאחד כמה שיותר סוגי תמיכות במערכת מידע אחת מרכזית.
מהלוח עולה כי בשנים 2014 עד2016 היו המענקים המינהליים 88%-83% .מההוצאה של מינהלת ההשקעות על מענקים אף שבשנת 2012 העיר משרד מבקר המדינה למשרד החקלאות על שיצר מסלול עיקרי למתן מענקים שלא בהתאם להוראות החוק ובכך הפך את המענקים על פי החוק למשניים, ליקוי זה לא תוקן. זאת ועוד, אף שבשנת 2013 פרסם המשנה ליועץ המשפטי לממשלה (כלכלי-פיסקלי) חוות דעת ולפיה קביעת מסלולים מינהליים מכוח סמכותה השיורית של הממשלה ראוי שתישמר למקרים מוגבלים בהיקפם, בשנים 2014 עד2016 נתנה מינהלת ההשקעות מענקים בעיקר במסלול המינהלי, והשימוש במסלול זה אף הורחב - מ-70% מהתקציב בשנים2009 עד2011 ל-88% בשנת2016 .