רכבת ישראל בע_מ . הובלת מטענים ברכבת לדעת משרד מבקר המדינה, לפני הפעלת חברת הבת, על משרד התחבורה, הרכבת ומשרד האוצר לבחון את החלופות השונות להפעלת חברת הבת תוך בחינת השלכותיה של כל חלופה על התחרות בענף ובהתייעצות עם רשות ההגבלים העסקיים. ההחלטה צריכה ליצור איזון בין האינטרסים של הרכבת, חברת הבת והאינטרסים של כלל המשק. התלות של הנמל היבשתי במסילה המזרחית והתועלות שניתן ל הפיק ממנו מחייבות בדיקת היתכנות ותכנון מקביל של שני הפרויקטים. לדעת משרד מבקר המדינה, אם אכן קיימת כדאיות כלכלית לפרויקט, על משרד התחבורה לפעול לקבלת החלטה בנושא, ולבחון דרכים לטיפול במכשולים הקיימים. משרד מבקר המדינה מעיר כי יישום תכנית המתאר הארצית היה אטי: עברו כמעט ארבע שנים מאז אישרה אותה המועצה הארצית לתכנון ולבנייה ועד תחילת הטיפול בה באופן אינטנסיבי יותר בידי משרד הפנים ומשרד התחבורה. הביקורת העלתה כי רשות החברות הממשלתיות לא דיווחה לממשלה, כפי שהיה ראוי לעשות, על אי-מימוש החלטת הממשלה ועל הסיבות לכך. לדעת משרד מבקר המדינה, הקמת שלוחות למפעילים ואתרים חיונית למשק ועשויה לעודד הובלת מטענים ברכבת ולתרום לירידת הנסועה של משאיות בכבישים. על הרכבת, משרד התחבורה ומשרד האוצר לגבש מדיניות ואמות מידה ברורות ולבנות תכנית מפורטת להקמת מסועים ושלוחות של הרכבת למפעלים. לדעת משרד מבקר המדינה, על הרכבת לבחון דרכים כדי לוודא שההנחה שהיא נותנת לחברות השירות תגיע ללקוחות הסופיים. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח הדחיפות בהובלת חומרי החציבה מהדרום למרכז הארץ וההתמשכות הכרוכה בהוצאה לפועל של התכנית, על כל הגורמים המעורבים, בעיקר משרד התחבורה ומשרד הפנים, לקדם ביתר שאת את הנושא. לדעת משרד מבקר המדינה, על המעורבים בפרויקט המסילה המזרחית, בעיקר משרד התחבורה, משרד האוצר ומשרד הפנים, לבדוק את החלופות הקיימות ואת הכדאיות הכלכלית והישימות של כל אחת מהן לטווח קצר ולטווח ארוך. כאשר תיבחר החלופה המועדפת, על כל הגורמים שלעיל לפעול ביתר שאת כדי לקדם את ביצועה. הפרטת חברת הבת והשימוש הבלעדי להובלת המטענים במסילות הרכבת, בציוד הנלווה ובשירותים שהיא תקבל מהרכבת, עלולים להקנות לחברת הבת כוח בלתי סביר מול מתחריה. לכן לפני מכירת מניות חברת הבת, על משרד האוצר ומשרד התחבורה לבחון ביסודיות עם רשות ההגבלים העסקיים את השלכות ההפרטה, החיוביות והשליליות, על התחרות בענף ועל התועלת המשקית המקרו-כלכלית. הביקורת העלתה כי בדברי ההסבר להצעת המחליטים שה וגשה מטעם מ שרד האוצר ו משרד התחבורה במרץ 2012 לממשלהלא הובא מידע על המשמעויות הכלכליות והביצועיות של ההחלטה , ההשלכות האפשריות על תחומים אחרים, החלופות להצעה, הזיקה בין ההצעה ובין יעדי הממשלה והיבטים ביצועיים. לרכבת אין מידע לגבי המחירים שגובות חברות השירות מהלקוחות ואם ההנחות שהיא העניקה לחברות השירות הועברו במלואן או לפחות בשיעורים משמעותיים ללקוח הסופי. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה, האחראי לרכבות ולנמלים, לפעול לקידום שיתוף הפעולה בין הצדדים, במטרה להגביר את היקף הובלת המטענים ברכבת מנמל חיפה ואליו. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה, הרכבת ונמל אשדוד למצוא פתרון על מנת לאפשר הובלת מטענים ברכבת גם בשעות הלילה. עידוד הובלת מטענים בלילה הוא כשלעצמו חיובי, לכן לדעת משרד מבקר המדינה ראוי שהמעורבים בנושא יבדקו איך לעודד הובלת מטענים בלילה גם באמצעות הרכבת. לדעת משרד מבקר המדינה, היעדר תכנון לטווח הארוך, שמתבטא בהיעדר חיבור בין המסילות ובהיעדר שטחי עריכה בנמל, עלול לפגוע בקידום הובלת המטענים הן בנמל והן ברכבת.
לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שההחלטה למסור את תפעול המסוף החדש לזכיין התקבלה בשנת 2007, היה על הרכבת, משרד התחבורה, חנ"י ונמל אשדוד לשקול אותה מחדש ולהביא בחשבון את כל ההשלכות שיהיו להחלטה שתתקבל בעניין זה. כל זאת בהתייעצות עם רשות ההגבלים העסקיים. הדבר מקבל משנה תוקף נוכח ה שינויים הרבים המתוכננים בתשתיות ובמאפייני העבודה בעקבות הקמת הנמלים החדשים ובגלל החשש לפגיעה בתחרות. כמו כן, יש לוודא כי הפעלת המסוף באמצעות גורם פרטי לא תאפשר הסטת מטענים למשאיות במקום להובילם ברכבת, כדי להבטיח את השגת היעדים הלאומיים של הפחתת העומס בכבישים ומניעת הפגיעה באיכות הסביבה.