המשרד להגנת הסביבה . טיפול המדינה בשיקום נחלים - המשרד להגנת הסביבה המצב בבאקה -ג'ת מדגים את הבעייתיות של המדיניות הזאת: העירייה השיבה בנובמבר 2010 למשרד מבקר המדינה בעניין תרומתה לזיהום נחל חדרה כי המדינה השקיעה בהקמת מט"ש אשר פועל מינואר 2010 רק בכ-20% מכושר הייצור שלו, מאחר שתשתיות הביוב הקיימות בעיר מחוברות רק לכ -30% מהבתים, ורוב הביוב הגולמי מוחדר דרך בורות סופגים לאקווה ולערוצי הנחלים ואינו עובר תהליך של טיהור והשבה לשימוש חקלאי. אמנם כבר בראשית שנת 2007 החליטה מועצת העירייה להצטרף לתאגיד אזורי למים וביוב , אך למרות פניות חוזרות ונשנות לתאגיד מים אזורי סמוך ועל אף פניות למשרדי הפנים, התשתיות, האוצר והגנת הסביבה - טרם נמצא תאגיד אזורי שאליו תוכל העירייה להצטרף. אי לכך בשנים האחרונות העירייה אינה מקבלת מרשות המים מענקים והלוואות להקמת תשתית ביוב. .לדעת משרד מבקר המדינה, סביר שאי -קיומה הרציף של מינהלת נחל חדרה והשינויים הרבים בהרכבה הם אחד הגורמים לאי -קידום שיקום הנחל. מן המתואר לעיל עולה כי מינהלת הנחלים הארצית, אשר נועדה להיות גורם מתאם ומנחה בשיקום הנחלים, לא עשתה זאת כראוי שכן היא התכנסה בשנים האחרונות בתדירות נמוכה וסיכומיה היו בגדר המלצות בלבד. לדעת משרד מבקר המדינה, ההצעה לשינוי חוק הניקוז היא הזדמנות להשגת יעדים נוספים ויש למנף אותה: על המשרדים הנוגעים בדבר לשקול שינויים בהצעה שיזמו משרדי החקלאות והאוצר שתוצאתם תהיה התאמה גדולה יותר בין חוק הניקוז, הפקודות לשימור קרקע וחוק הנחלים. לחילופין, יש לשקול יוזמה לאינטגרציה של חוקים ופקודות אלה ליצירת חוק חדש על פי התפיסה האגנית. לדעת משרד מבקר המדינה, החזון של השבת מי המקור לנחלים והפסקת השאיבה כליל יכול להתממש, אם בכלל, בעתיד הרחוק, לאחר שכמות המים המותפלים תאפשר מילוי ושיקום של האקוות, שפיעה מחודשת במעיינות והפסקת שאיבת חלק ממי המקור. אשר על כן יש לתכנן את יעדי השיקום ההידרולוגי לכל נחל בנפרד בד בבד עם בחינה כוללת של צורכי משק המים. בעניין זה יכול להיות למינהלת הנחלים הארצית או לרשות אגנית תפקיד חשוב. משרד מבקר המדינה העיר למשרד כי אם לדעתו החלטת הממשלה לא הייתה בת-ביצוע - היה עליו ליזום את שינויה. משרד מבקר המדינה מעיר, כי גם אם תגדל הגבייה מהרשויות המקומיות לטובת מפעלי ניקוז, אין בכך כדי להבטיח כי החלק שיופנ ה לשיקום נחלים, אשר הצעת השינוי של חוק הניקוז במתכונתה הנוכחית כאמור מתעלמת ממנו - יגדל גם הוא. התברר כי המשרד עדיין לא התקין תקנות בנוגע לאיכות מי ברכות הדגים המותרים להשבה לנחלים כדוגמת התקנות שהתקין בנוגע לתוצרי המט"שים המותרים בהזרמה לנחלים. יצוין כי כבר בשנת 2001 עסק המשרד בסוגיה זו, אך טרם חל שינוי בתקנות. המשרד גם לא הנחה את מגדלי הדגים, עד להתקנת תקנות בעניין, לנקוט אמצעים כגון אלה שהוצעו במחקר למגדלי הדגים באזור נחל חרוד50 : סחרור מים מרבי בין 2. על פי "תכנית לאומית לשיקו ם נחלים" שפרסם המשרד בנובמבר 2008 , נדרשת השקעה נוספת של כשני מיליארד ש"ח להשלמת שיקום ראוי של נחלי ישראל. בשנים 1998 -2010 השקיע המשרד בעניין זה כתשעה מלש"ח בממוצע מדי שנה. בהנחה שקצב ההשקעה בשיקום נחלים בידי המשרד ייוותר כשהיה ושיעור השתתפותם של גורמים אחרים (כגון קק"ל) לא יפחת - יידרשו עוד כמאה שנים על מנת לסיים את שיקום הנחלים בישראל. יוצא אפוא, שגם לאחר הקמת רשות המים והביוב במתכונתה החדשה נותרה חל וקת הסמכויות בתחום המים בכלל ובתחום הנחלים בפרט מבוזרת בגופים רבים. הועלה כי השרים להגנת הסביבה הטילו על רשויות הניקוז הכפופות לשר החקלאות תפקיד סביבתי מובהק - שיקום נחלים - דרך קבע, בטרם נבדק לאורך זמן תפקודן הסביבתי של רשויות אלה ומבלי שנבדק אם יש או אין הצדקה לעשות זאת, כפי שנקבע בחוק הנחלים. השרים גם לא הסדירו בחקיקה את האופן שבו מתיישבים שני התפקידים יחדיו כאשר כל אחד מהתפקידים נעשה בכפיפות לשר אחר.
צו ההסמכה של רשויות הניקוז היה ניסיון לשלב את פעולות הניקוז עם הפעולות לשימור הנחל בגוף אחד המחויב לפ עול על פי שני תפקידים אשר לא תמיד עולים בקנה אחד, אולם המשרד לא פעל לפתרון הבעיות הכרוכות בכך טרם אישור צווי הטלת התפקידים בשנים 2010- 200323 .