צבא ההגנה לישראל . ההיערכות לפגיעה במתקני חומרים מסוכנים באירועי לחימה הועלה כי במועד סיום הביקורת טרם השלימה רח"ל את עדכונם של איום ותרחיש הייחוס המצרפי לזירה האזרחית, בין היתר מכיוון שטרם אושר איום ייחוס צה"לי עדכני לעורף , שעליו רח"ל נשענת בעדכון של איום הייחוס המצרפי בהיבטים ביטחוניים ושל תרחיש הייחוס המצרפי לזירה האזרחית. על צה"ל להשלים את כתיבת איום הייחוס הצה"לי לעורף, ולאחר מכן על רח"ל לעדכן את איום הייחוס המצרפי ואת תרחיש הייחוס המצרפי ולהביאם לאישור הקבינט מדיני- ביטחוני, ובכך תתאפשר היערכותם של הגופים השונים. במועד סיום הביקורת טרם סיים המשרד להג"ס את השלב השני של סקר הסיכונים המצרפי למפרץ חיפה, שכאמור עוסק בין היתר בתרחיש מלחמתי. בשל חשיבות סקר הסיכונים המצרפי לפעילות הגופים בשעת חירום מומלץ כי המשרד להג"ס ישלים סקר זה בכל הנוגע לתרחיש מלחמתי, בשים לב למשך הזמן הצפוי עד למימוש החלטת הממשלה. על מנת לבחון השפעת תגובת שרשרת בתרחיש מלחמה מומלץ כי יישום הנחיות המיגון של פקע"ר ייבחנו במסגרת הכנת סקר הסיכונים המצרפי לתרחיש מלחמה במפרץ חיפה, שעליו אמון המשרד להג"ס. על צה"ל לקדם את גיבושם של איום ייחוס עדכני לעורף ותרחיש ייחוס עדכני לעורף המגדירים סדר י עדיפויות, יעדים ואילוצים ברמה המטכ"לית . זאת כדי לאפשר לצה"ל ולפקע"ר לקבוע את סדרי העדיפות בבניין הכוח, לשם היערכות לאיומים על העורף. נוכח האיום המתעצם בתחום הרחפנים, ההתפתחות המהירה בתחום זה והאפשרות שהאויב יחזיק ברחפנים בעלי יכולות מתקדמות הכוללות אפשרות פגיעה גם במתקנים רגישים המכילים חומ"ס, מומלץ לפקע"ר לבחון מפעם לפעם את המידע על איום הרחפנים ואת המשמעות הנגזרת מאיום זה לגבי מפעלי חומ"ס באזורי הארץ השונים ובפרט של אלו המוגדרים על ידי פקע"ר כמחזיקי חומ״ס מסכני אוכלוסייה ואלו המוגדרים כבעלי פוטנציאל סיכון לאוכלוסייה. זאת כדי לקבוע את המיגון המתאים להם, ובכך לצמצם את הסיכון של אירוע חומ"ס עקב פגיעה ישירה של חימוש שהוטל מרחפן. משרד מבקר המדינה מציין כי נוכח ריבוי תקיפות הסייבר המתרחשות בזירה העולמית, ונוכח התגברות תקיפות הסייבר נגד תשתיות ומתקנים אסטרטגיים בישראל, ובכלל זה ניסיונות תקיפה של מתקנים המחזיקים חומ"ס, על אג"ת להשלים את פעילותו בנושא הגדרת איום הייחוס בנושא הסייבר ואת הנגזר ממנו בנוגע לאירועי חומ"ס, כדי לשפר את היערכותם של מפעלי החומ"ס נגד איום זה. בביקורת עלה, כי למעט תרחיש ייחוס שמערך הסייבר הלאומי מכין לגופי תשתיות מדינה קריטיות אחת לשנה (כפי שמסר למשרד מבקר המדינה), מערך הסייבר הלאומי והמשרד להג"ס לא הכינו תרחיש ייחוס לאיום הסייבר לגבי מפעלים המחזיקים חומ"ס ושאינם גופי תשתיות מדינה קריטיות. נוכח הסיכונים והאיומים הנשקפים מאירוע חומ"ס, על המשרד להג"ס לפעול להשלמת הקמתה של מחו"ל תוך קביעת אבני דרך ולוח זמנים להשלמת ההקמה, ולבחון את שילובה של כב"ה במערכת זו. הבדיקה העלתה כי יש הבדלים זניחים בין הנתונים הקיימים במאגרי המידע של המשרד להג"ס לאלו הקיימים במאגרי המידע של פקע"ר לגבי 39 מחזיקי חומ"ס63 , וכי הבדלים אלו אינם משפיעים על הצורך במיגון של המתקנים. משרד מבקר המדינה מציין לחיוב את תוצאות השוואת בדיקת המאגרים. בביקורת עלה כי היעדר שיתוף אוטומטי ומקוון במידע בין המשרד להג"ס לפקע"ר בנוגע להחזקת חומ"ס עלול למנוע עדכון של פקע"ר בזמן אמת בשינויים בנתונים המעודכנים הנוגעים לסוג החומ"ס ולכמותם. נוכח החשיבות הרבה שבהעברת המידע בין הגופים בנוגע לטיפול בהיתרי הרעלים, וכדי למנוע פערים במיגון מפעלי החומ"ס, מומלץ למשרד להג"ס ולפקע"ר לשלב באופן מקוון את מערכות המידע הממוחשבות שלהם, ובכך להשיג את מימוש היעד שעלה בתוכנית האב להתגוננות אזרחית של פיקוד העורף. הדבר יסייע גם לקיצור זמנים ולייעול ניכר של קיום חובת הדיווח על ידי מחזיקי החומ"ס לפקע"ר. משרד מבקר המדינה מציין כי נתונים אודות כשירות הגדודים במתאר של הצלה באירוע חומ"ס לפי כל מרכיבי הכשירות נדרשים כדי לקבוע את היקף האימון והתרגול של הכוחות לשם שמירה על כשירותם המבצעית. מומלץ כי פקע"ר ינתח את כשירות הגדודים למתאר של הצלה מאירוע חומ"ס לפי כל מרכיבי הכשירות, ויוודא כי גדודי החילוץ מבצעים אימונים ותרגולות על פי מרכיבים אלו לרבות אימון לפינוי נפגעים עם מיגון כדי לשפר את יכולת עמידת הגדודים במשימתם. ממכלול הדברים עולים פערים במוכנות כב"ה למתן מענה מיידי ומספק לארועי חומ"ס, ובפרט בחירום ובהלימה לתרחישי הייחוס. מומלץ כי כב"ה בשיתוף המשרד לבט"פ תבחן את כלל היערכותה כך שהיא תוכל לתת מענה באירועי חומ"ס בדגש על אירועים בעת לחימה.
בביקורת עלה כי בשנת 2018 81% ממחזיקי החומ"ס (2,986 מתוך 3,686 ) מילאו אחר חובת הדיווח לפקע"ר, וכי בשנת 0192 ירד שיעור המדווחים ל-%7568 . משמעות הדבר היא שרבע ממחזיקי החומ"ס לא מילאו אחר החובה ולא דיווחו לפקע"ר על מלאי החומ"ס שברשותם, ועקב כך לפקע"ר עלול להיות מידע חסר בנוגע לחומ"ס שבמתקנים והאפשרות שהם יסכנו אוכלוסייה ויש לתת לגביהם הנחיות מיגון בשעת חירום מלחמתית. יצוין כי שישה ממפעלי החומ"ס שלא דיווחו לפקע"ר הם מסכני אוכלוסייה ממוגנים הממוקמים באזורים שונים בארץ.