משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . רשות הספנות והנמלים באוגוסט 2011 , מועד סיום הביקורת, טרם יושם ההסכם שבין חנ"י לרספ"ן להפעלת סמכויות מנהלי הנמלים בנמלי אשדוד וחיפה. הפעלת סמכויות בתחום של ניתוב אניות בנמלים ושל תצפיתנים, ופקוח על הכנסת משאיות לנמל ואחריות על הביטחון המרחבי לא היו בידי מנהלי הנמלים. התברר, כי הפעלת סמכויות אלה נעשית ע"י חברות הנמל שלא לפי להחלטת הממשלה מאוגוסט 2008. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי מן הראוי לשקול את היתרונות במצב בו חקירות של תאונות ובטיחות יהיו נפרדות מהרגולציה של הספנות ויבוצעו על ידי גוף עצמאי ובלתי תלוי. לכן, יש מקום לבחון את האפשרות ליישומו של מודל דוגמת NTSB בהתאמות הנדרשות לישראל, ואת יכולתו להביא לידי שיפור הבטיחות בתחום התחבורה בכלל ובתחום הספנות בפרט. עוד העלתה הביקורת כי משרד התחבורה ומשרד האוצר קבעו במסגרת הרפורמה בתעריפים נורמה מינימאלית של התייעלות בשיעור של 1% לשנה. היועץ מטעם צוות התעריפים המ ליץ במסגרת עבודת הייעוץ שהכין לקבוע מקדם התייעלות של 2.5% לשנה בתעריפים. עוד העלתה הביקורת, שמשרדי התחבורה והאוצר לא קבעו רמת שירות מסויימת לשיפור השירות בנמלים אף שהם צוינו כחלק ממטרות הרפורמה בתעריפים24 . בביקורת עלה כי משנת 1999 לא ביצעההמועצה הארצית בחינה נוספת של תכנית הפיתוח למעגנות אף שתמ"א 1317 מבוסס על תחזית ביקוש משנות ה-70 של המאה העשרים. במעגנות לחופי הים התיכון מדרום לתל אביב ועד צפון הארץ יש מחסור במקומות עגינה לכלי שיט קטנים. הביקורת העלתה כי במעגנות יש בעיה לא רק לגבי כלי שיט העוגנים בהן לצורך מגורים או מחסנים אשר תופסים מקומות עגינה של כלי שיט, אלא גם לגבי כלי שיט העוגנים ללא אישורי שיט או שאין להם יכולת לשוט. עוד הועלה כי למרות האיסור על דיג או על פרישת רשת דייגים במימי המעגנה, אין אכיפה של ההוראות בנושא. הביקורת העלתה כי אין מסמכים ברספ"ן המלמדים שמאפריל 2009 היא פעלה לקידום הצעת החוק ולהתאמתו למודל "לנד -לורד", כפי שנקבע בהחלטת הממשלה. במועד סיום הביקורת, אוגוסט 2011 , האחריות לניהול התחום הימי בנמלים, התעבורה הימית ותפעולה, לרבות תצפיתנים, נתבים וניהול הביטחון המרחבי בהם, נותרו בידי חברות הנמל. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שהחוקרים ממונים לרוב מהאגף לפיקוח ובקרה ברספ"ן, אגף שיש לו סמכויות נוספות בתחום הפיקוח והבקרה על אוניות ונמלים, לעתים עלול הדבר להעמיד אותם במצב של ניגוד עניינים, כיוון שלא אחת מנהל אגף פיקוח ובקרה ועובדיו חוקרים אירועים שבהם עלולים להיות מעורבים עובדים של רספ"ן ולפעמים אף עובדי האגף עצמו. נמצא כי בצו הפיקוח לא הוגבל סכום ה השבה שישולם לבעלי מטענים, ומנגנון ההשבה יצר גירעון גדול יותר מ-23 .מיליון ש"ח בהכנסות חנ"י חנ"י מימנה את הגירעון שנוצר בעקבות מנגנון ההשבה בסכום של 60 ( מיליון ש"ח80 מיליון ש"ח לשנה), סכום גדול פי3.5 מזה שנקבע בין אגף התקציבים במשרד האוצר ובין איגודי המשתמשים בהובלה הימית. הביקורת העלתה כי רספ"ן לא יזמה השוואה בין תעריפי הנמל השונים ובין התעריפים בנמלים בעולם. לדעת משרד מבקר המדינה, מכיוון שעל פי החוק בין היתר תפקידה של רספ"ן הוא פיתוח ענף השיט, והיא אף אחראית לפיתוח הנמלים במדינת ישראל, עליה אפוא לקבל החלטות בדבר המעגנות שיש לפתח לפי צורכי המשק ובכלל זה בדבר פיתוח מעגן שביט. במועד סיום ביקורת המדינה לא הסתיימו הליכי הטיפול הנדרשים באמנות, בנספחים ובפרוטוקולים של אמנות בין -לאומיות שהמדינות החברות ב- IMO .חתמו עליהם לפני שנים רבות . לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה ועל משרדי הממשלה השונים הנוגעים בדבר לפעול בנחרצות לקידום ההליכים הנדרשים לקליטה בדין הישראלי של האמנות הבין -לאומיות בתחום הספנות כדי שמדינת ישראל תעמוד בשורה אחת עם המדינות המתוקנות והמתקדמות בנושאים אלה. 5. בשנת 2009 עשתה European maritime safety agency (להלן- EMSA ) הסוכנות האירופאית לבטיחות ימית ביקורת שתכליתה לבדוק אם מערכת ההכשרה הימית של מדינת י שראל עומדת באמות המידה של הקהילה האירופית. ארגון EMSA העיר למדינת ישראל שחלקים מאמנת STCW , .הקובעת נורמות להכשרת ימאים, אינם מעוגנים בחקיקה הישראלית בביקורת התברר כי לא גובשו כללים להנפקת תעודות רפואיות חדשות במתכונת הנדרשת באמנת STCW , ורספ"ן לא הצליחה לגייס רופא לצורך הנפקת תעודות רפואיות חדשות לימאים.
משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה כי במועד סיום הביקורת, אוגוסט 2011 , לא הותאמה מערכת המחשוב לדרישות, ואי אפשר לאמת תעודות באופן מקוון.