מערכת הביטחון . פעילות מערכת הביטחון בתחום הגנת הסביבה משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל ולמשרד להגנת הסביבה כי עליהם להגיע להסכמה בעניין השימוש בכלי הפלילי נגד בעלי תפקידים בצה"ל, כפי שקבע היועץ המשפטי לממשלה בספטמבר 2016 . ככל שיעלה הצורך, יש לפנות שוב ליועץ המשפטי לממשלה כדי שיכריע בסוגיה. משרד מבקר המדינה מעיר לאמו"ן ולאג"ת על כך שבניגוד להנחיית מנכ"ל משהב"ט, הם לא הקימו צוות לגיבוש תוכנית עבודה משולבת חוצת תר"שים בתחום הגנת הסביבה, וממילא לא נדונה סוגיית מקורות תקציב למימושה. נוכח הפערים שעליהם הצביע מנכ"ל משהב"ט כאמור לעיל, על סמנכ"ל וראש אמו"ן ועל ראש אג"ת לוודא כי תושלם בהקדם תוכנית עבודה משולבת חוצת תר"ש בתחום זה. בביקורת עלה כי בשנים 2010 - 2015 אמנם מסר משהב"ט דיווחים עיתיים בנוגע לחיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב, אולם הוא לא חיבר את המחנות בתיאום עם מילת"ב. העברת האחריות לניהול תחום הגנת הסביבה ממינהל הגנת הסביבה באט"ל לענף תכנון תו"פ באג"ת אינה רק שינוי ארגוני אלא שינוי רחב בהרבה, שעלולות להיות לו השפעות על יכולות הטיפול של צה"ל בתחום הגנת הסביבה, על הבקרה והפיקוח של המטכ"ל על תחום זה ועל ממשקיו של צה"ל עם גופים אחרים בתחום זה. זאת בין היתר משום שהעברת התחום לאג"ת הבי אה לביטולו בפועל של מינהל הגנת הסביבה, וכן מאחר שליבת עיסוקו וסדר העדיפויות של ענף תכנון תו"פ אינם בתחום הגנת הסביבה אלא בתחום תכנון התשתיות בצה"ל, תחום הדורש עיסוק רחב. להלן פירוט: .עבודת המטה שביצע צה"ל לבחינת חלופות למיקום מינהל הגנת הסביבה בחנה נושאים כגון תפקידי המינהל , "מפת הזיקות" שלו לגורמי פנים ולגורמי חוץ ותהליכי עבודה מרכזיים, אולם לא צוין בה כי השינוי הארגוני והצמצום בכוח האדם, נדרשו עקב ירידה במספר המׅפגעים שאיתם צה"ל מתמודד או עקב שינויים במדיניות שקבע בתחום הגנת הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל שבפועל תהליך העברת האחריות לתחום הגנת הסביבה מאט"ל לאג"ת לווה בצמצום ניכר של כוח האדם המטפל בתחום זה במטכ"ל. נוכח זאת, נפגעה יכולתו של המטכ"ל לנהל את התחום ולספק לו מענה שלם כנדרש. בביקורת עלה שרק שתי סמכויות - זרוע האוויר והחלל וזרוע הים - פעלו להקמת מערך הכשרות עצמאי. שבע מתוך שמונה הסמכויות האחרות לא מימשו את הנחיית אג"ת, מכיוון שחסרו את הידע הנחוץ לכך. במצב דברים זה לא נעשות בסמכויות אלה ביקורות מטכ"ליות, ולא כל בעלי התפקידים בהן מוסמכים ומוכשרים לתפקידם (עוד בנושא זה ראו בהמשך). צה"ל הוא ג וף מרובה משימות, לרבות בתחום הגנת הסביבה. מאחר שתחום זה אינו מצוי בליבת העשייה של צה"ל נדרש פיקוח רציף ומתמיד על ניהולו, ובכלל זה על מימוש היעדים וביצוע המשימות הקשורים אליו. בהקמת המינהל קבע צה"ל גוף מטכ"לי שינהל את ביצוע הביקורות וההכשרות, וקבע את מהותן ואת תכולתן. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל שהמצב הנוכחי הוא חזרה של שנים לאחור, וכי עלול להיווצר חלל ריק בפיקוח ובבקרה של המטכ"ל על תחום הגנת הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר כי הגם שתוספת כוח האדם יש בה כדי להועיל, הרי שסיכום זה מפצל את תחום הטיפול ולא מאפשר ראייה כוללת של המטכ"ל בתחום הגנת הסביבה, מכיוון שכעת הטיפול בהיבטים מסוימים הוא באחריות של אג"ת ובהיבטים אחרים - באחריות של אט"ל. על סגן הרמטכ"ל לבחון אם פיצול האחריות והטיפול בתחום הגנת הסביבה בין אג"ת לאט"ל לא יביא לפגיעה בראייה הכוללת של המטכ"ל, לפגיעה ביכולתו להכווין ולפקח על פעולות בתחום הגנת הסביבה ולפגיעה ביכולתו לפקח ביעילות על פעולות להפחתת מפגעים סביבתיים שלהם אחראיות יחידות צה"ל. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי על פי תר"ש "צה"ל שומר סביבה", בשנים 2010 - 2020 צה"ל היה אמור להשקיע כ-725 מיליון ש"ח בתחום הגנת הסביבה, יותר מכפול מהסכום שציין בתגובתו. בהיעדר תוכנית עבודה רב-שנתית בת מימוש נותרו בעינם רבים מהפערים שעליהם הצביע צה"ל כבר בשנת 2010 . צה"ל מטפל הלכה למעשה רק בחלק מהמפגעים הסביבתיים ובראייה שנתית בלבד, ונפגעת יכולתו לקדם צעדים למניעת מפגעי סביבה. נוכח חשיבותו של תחום הגנת הסביבה, לא רק לצה"ל ולחייליו אלא לכלל המדינה, על סגן הרמטכ"ל להידרש לתוכנית עבודה בת מימוש לצה"ל בתחום זה ולעקוב אחר יישומה.
בביקורת עלה כי מינואר 2017 , עת עברה האחריות לידיו, לא פעל אג"ת לשימורו של הפורטן ולתחזוקתו, והפורטן אינו פעיל עוד.