משרד הביטחון . הטיפול במשק ערכות המגן כנגד חומרי לחימה כימיים כעולה מן הדוח, החל מתחילת שנות התשעים עוסקת מערכת הביטחון בניסיון לפתח ברדס פסיבי באמצעות מפתח אחד בלבד, ללא הצלחה עד כה. עניין זה עלה כבר בעבר בדוח מבקר המדינה שבו נקבע, כי "מדיניות זו אינה מאפשרת מתן הזדמנויות למפתחים שונים, וספק אם תוצאתה מיטבית"16. משרד מבקר המדינה מעיר בביקורת הנוכחית, כ פי שהעיר בביקורת שפורסמה בדוח שנתי 51 א, כי נוכח העובדה שבמשך שנים כה רבות שבהן עסקה בפיתוח ערכת המגן חברה אחת בלבד, ובהתחשב בכך שבמשך שנים אלה לא עלה בידיה להביא את ערכת המגן ללא מפוח למצב של כשירות, ראוי היה לבחון האם יש .2008. ב רבעון האחרון של 2007 הודיע משהב"ט לחברת האיסוף, כי בכוונתו להפסיק את האיסוף עקב היעדר תקציב להמשך האיסוף. יצוין, כי אי -איסוף כל ערכות המגן מהתושבים עלול להגדיל משמעותית את התקציב שיידרש להשלמת ההצטיידות בערכות מגן לאוכלוסייה, שכן לא ניתן יהיה לשקם ערכות מגן שלא תיאספנה, ויעלה הצורך לרכוש תחתן ערכות חדשות, שעלות רכישתן גבוהה יותר מעלות השיקום של ערכות המגן הקיימות. על פי חישובי משרד מבקר המדינה, אי-איסוף של כ -2 מיליון ערכות מגן עלול לייקר את ההצטיידות בערכות מגן לאוכלוסייה בכ-145 מיליון ש"ח לפחות11. משרד מבקר המדינה מעיר, כי מאחר שהחלטת הקבינט המדיני -ביטחוני הייתה לאסוף את כל ערכות המגן מהאוכלוסייה, היה על משהב"ט ומשרד האוצר להקצות לנושא זה מלכתחילה את התקציב הדרוש. מכל מקום, מאחר שכבר בתחילת האיסוף היה ברור, כי התקציב שנקבע אינו מספיק, ראוי היה כבר אז לעדכנו כנדרש. זאת ועוד, מאחר שמשרד האוצר תקצב מלכתחילה את נושא האיסוף בתקציב שיאפשר איסוף של 65% בלבד מערכות המגן, הרי שהודעת משהב"ט לחברות המתחרות במסמך הבקשה להצעות מחיר ממרס 2006 , כי בכוונתו לאסוף את כל ערכות המגן מהאוכלוסייה ( 100% ), לא נתמכה בתקציב מראש לצורך ביצועה. בנוסף לכך, משרד מבקר המדינה מדגיש, כי המשמעות של אי-איסוף כל ערכות המגן מהתושבים היא הוצאה כספית גבוהה יותר עבור רכש ערכות מגן חדשות. כאמור, נקבע במכרז, כי איסוף ערכות המגן על ידי חברת האיסוף יתבצע בתוך פרק זמן של 18 חודשים. בהתאם לכך, אמור היה האיסוף להסתיים באמצע שנת משרד מבקר המדינה מציין, כי התפיסה שאין להישאר בחדר האטום מעבר לשעה וכי ייערך פינוי משטח המזוהם, אינה עונה על אחד התרחישים, שלפיו הלחימה בחזית תלווה בספיגת אש אינטנסיבית ברחבי המדינה על פי המודל של מלחמת לבנון השנייה, שכן במצב כזה עלול להיו וצר קושי לפנות תושבים מהאזור המזוהם, והם יידרשו לשהייה ממושכת בחדר האטום. לשם כך נועדה מערכת אוורור וסינון מרכזית. אשר על כן, לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שנושא פרק הזמן הנדרש לפינוי של תושבים באירוע של התקפת חל"ך יילקח בחשבון במסגרת עבודת המטה המתבצעת, כאמור, בנושא זה. באפריל 2008 הודיע משהב"ט למשרד מבקר המדינה, כי מבוצעת עבודת מטה לבחינת הרחבת היקף מוסדות הציבור שבהם יותקנו מערכות אוורור וסינון. משרד מבקר המדינה מעיר, כי הצטיידות במפוחים אינה עולה בקנה אחד עם ההחלטה על פיתוח ברדס ללא מפוח. אשר לדברי המהנדסת הראשית מעיר משרד מבקר המדינה, שערכת "אבן ספיר" נועדה להיות ערכה ללא מפוח, ואשר על כן, אי-ביצוע רכישה של מפוחים אין לראותו כחיסכון.
משרד מבקר המדינה מעיר, כי במלחמת לבנון השנייה היה זמן ההתראה לעורף לפני מלחמה נמוך משמעותית ממה שנקבע בהנחות היסוד של הוועדה השנייה. למרות זאת, לא שונו במשך כשנתיים הנחות היסוד ב דבר זמן ההתראה שיהיה למערכת הביטחון לפני מלחמה, שעליהן התבססה תפיסת ההתגוננות מפני חל"ך של מערכת הביטחון. כיוון שמדובר בנושא שיש לו נגיעה לחיי התושבים, מן הראוי שמשהב"ט יבחן את הסיבות לפרק הזמן הארוך שנדרש לו לבצע את השינויים הנדרשים בתפיסה זו, ובמידת הצורך יפיק לקחים.