משרד החינוך . המאבק בתופעת הבריונות ואירועי האלימות במוסדות החינוך .ואת תוצאותיה. הנהלת המשרד לא דנה בתכנית ובאפשרות להחילה על כל מוסדות החינוך. הביקורת העלתה שהתכנית הוחלה בלי שהיה בידי המינהל ניטור או מיפוי של האלימות ביישובים שנבחרו, והרשויות אף לא נדרשו להכין מיפוי כזה. המינהל לא נערך להחלת התכנית, לא הכין שאלון מיפוי יישובי ושאלון מיפוי בית -ספרי, ואף לא השתמש בשאלון האח"מ לצורך זה. כתוצאה מכך, לא היה אפשר לעשות מעקב שיטתי אחר שינויים בתופעות של אלימות ביישובים השונים ולא היו למינהל כלים לדעת באיזו מידה הצליחו היישובים שהשתתפו בתכנית להוריד את רמת האלימות. .יתר על כן, אין במינהל חברה ונוער ובאגף הכספים של המשרד פירוט של הכספים שהשקיע המשרד בפועל בתכנית. הרחבת התכנית ליישובים נוספים נעשתה בלי שנבדקה יעילותה, ובלי שבמשרד היו נתונים כספיים ונתונים אחרים המלמדים אם יישומה היה מוצלח. למשרד הגיעו פניות ותלונות של מורים, מנהלים ובתי ספר שטענו כי הליך הערר בוועדת שימוע, הקבוע בסעיפים 6 ו-7 לחוק זכויות התלמיד, פוגע בכללי הצדק הטבעי, בזכויות אנשי הצוות החינוכי, בזכויות של תלמידים נפגעי בריונות ואלימות ושל הוריהם, ובכושר ההרתעה של בית הספר כלפי תלמי דיו. ואולם המשרד לא קיים דיון בנושא זה, ולא בחן את האפשרות לתקן את תקנות ההרחקה ואת הנהלים שנקבעו בעקבותיהם בחוזר סג/2.)(א המשרד לא קבע תכנית לפיתוח יחידות לימוד במכללות להכשרת מורים, המקנות מיומנויות להתמודדות עם בעיית הבריונות והאלימות. הנושא לא נכלל במסגרת חובות הלימוד לשם קבלת תעודת הוראה. המשרד גם לא הכין תכנית שתאפשר לכל מנהל ומחנך לעבור השתלמויות בנושא האמור. מן הממצאים עולה, שהמשרד אינו מחייב לימודים בתחום ההתמודדות עם בעיות התנהגות של תלמידים, אינו מכשיר מורים להתמודד עם תופעת הבריונות ואירועי האלימות, ואינו מפקח על הכשרת מורים ועל השתלמויות בנושא. בסקרים הא רציים שעשו בנבנישתי ועמיתיו בשנת הלימודים התשנ"ט ( 1998 - 1999 ( ) והתשס"ה 2004 -2005 ) נמצא כי רוב המנהלים אינם סבורים שעבודת המפקחים מסייעת להם בעבודתם בתחום מניעת האלימות. גם מחקרם של גומפל וזוהר משנת 2002 מאשש את הממצא, שהמדיניות שנקבעה בחוזרי מנכ"ל בקשר לטיפול באלימות מינית איננה מיושמת בבתי הספר. על פי גומפל וזוהר, רק 26.6% מהמורים שמעו על פרסום חוזר מנכ"ל בנושא, ורק 13% מהמורים שמעו עליו בבית הספר. זאת ועוד, אף על פי שהיועצות החינוכיות בבתי הספר יודעות על החוזר האמור המורה להן כיצד לפעול בתוקף תפקידן, הן אי נן בקיאות בסעיפיו ובפרטי ההליכים שעליהן לנקוט כשנודע להן על פגיעה מינית בתלמיד או בתלמידה. הביקורת העלתה, שעד היום אין לשפ"י נתונים המלמדים באיזו מידה יודעים בבתי הספר את הנהלים והוראות חוזרי מנכ"ל. המשרד לא הקים מנגנון לאכיפת נוהלי ההתמודדות עם תופעת הבריונות והאלימות במוסדות החינוך, ואילו המפקחים במחוזות, שעליהם מוטלת האחריות לכך, אינם ממלאים כראוי את תפקידיהם בתחום זה. בדיונים שהתקיי מו במשרד על הסטנדרטים הועלה, שמסמך הסטנדרטים חסר רכיבים רבים ובהם: פירוט של דרכי הביצוע; סטנדרט לאמצעי הפעולה; הבטחה של המשרד לספק הדרכה מקצועית, ייעוץ, שעות הוראה ייעודיות או כל משאב אחר; מדדים ברורים ומוסכמים להצלחה או לכישלון בתי הספר; חלוקה בין ערכים מוחלטים ואחידים לכלל המערכת לבין ערכים המותאמים לכל מוסד בנפרד; קביעה של מנגנוני הערכה, בקרה ופיקוח על תהליך הביצוע בכל מוסד; סטנדרטים של תיעוד, שקיפות, סמכויות המורה ומעמדו, התנהגות התלמיד וחובותיו כלפי אנשי הצוות החינוכי ושל חובות ההורים כלפי בית הספר והמורים. מן הראוי שהמשרד ישלים את מסמך הסטנדרטים, כך שיכלול את הרכיבים החסרים כאמור. הבדיקה העלתה, שחרף נתוני המחקרים שבידי המשרד, לא הופצו תכניות למניעת בריונות ואלימות לכל גני הילדים במערכת החינוך.
בין נציגי המשרד לנציגי המשטרה בינואר 2006 עלו כמה בעיות ביישום המודל בחינוך העל יסודי: השוטרים הקהילתיים אינם מגיעים לבתי הספר באופן שוטף;