משרד הבריאות . המערך של תחנות טיפת חלב משרד מבקר המדינה מעיר שעל המשרד להחזיק בידיו מידע על כל התחנות שהוא מפעיל וכן על התחנות העירוניות והתחנות שמפעילות הקופות, כדי שתהיה בידיו תמונת מצב בנוגע למצבן הפיזי של כלל התחנות בארץ. על כל מפעילי התחנות לוודא שהתחנות הזקוקות לשיפוץ ישופצו, כדי שהשירות יינתן בתנאים ראויים49 . האפשרות שניתנה לרשויות המקומיות להחליט בעצמן אילו מבני ציבור ייבנו בתחומי שיפוטן בכספים שמקצה להן מפעל הפיס, גרמה לעתים להימנעותן של רשויות מקומיות לבנות תחנות בשכונות חדשות שמתגוררים בהן ילדים רבים (כגון גני יער בלוד, וכן שכונות בטירת הכרמל ובחיפה). עקב כך תושביהן של שכונות אלה נאלצים לנסוע או ללכת ברגל לתחנות אחרות בעיר. לדברי ראש השירות, בניית תחנות חדשות תלויה ברצון של הרשות המקומית ולמשרד הבריאות "אין גמישות בהחלטה היכן לבנות". משרד מבקר המדינה מעיר שמן הראוי לתת את הדעת לעניין זה. על משרד הבריאות לפעול על מנת שיובהר לכל הקופות אילו פעולות נדרשות מהן לפני סגירת תחנת טיפת חלב. זאת, על מנת שהקופות יעמדו בהוראות החוק הרלוונטיות וימלאו ויקיימו את חובת השקיפות המוטלת עליהן כלפי הגוף המאסדר בתחום ובעיקר כלפי המבוטחים שלהן, שייאלצו להיערך לקראת סגירת התחנה. על המשרד לבחון את המשך הפעולות להקמת מאגר נתונים ארצי בנושא החיסונים, ועד להשלמתו לנקוט בצעדים הנדרשים להגביר את מידת העברת המידע בין הגופים ככל הניתן, גם בנוגע לבדיקות הסינון. כל זאת, תוך מתן הדעת להיבטים הנוגעים להגנת פרטיותם של אזרחי המדינה ותושביה. ואולם בביקורת עלה שבכמה יישובים ביהודה ושומרון שבהם הכללית היא הקופה היחידה שמפעילה תחנות טיפת חלב, היא אינה נותנת שירותים למבוטחי קופות אחרות באותו ישוב, על אף חובתה לעשות כן. לדוגמה, ביישוב עפרה, ש בשטח שיפוטה של המועצה האזורית מטה בנימין, קיימת תחנת טיפת חלב של הכללית בלבד. מבוטחי הקופות האחרות בישוב עפרה הזקוקים לשירותי טיפת חלב נאלצים אפוא לנסוע ליישובים אחרים כדי לקבלם, כגון לחלמיש, או לפסגת זאב בירושלים שנמצאים במרחק של כ-20 דקות נסיעה. גם ביישובים אלון מורה ופסגות קיימת תחנת טיפת חלב של הכללית בלבד, שאינה נותנת שירותים למבוטחי קופות אחרות62. משרד מבקרהמדינה מעיר שעיכוב או אי -ביצוע של פעולות מניעה שונות, כגון בדיקות סינון, עלול לגרום לילדים מסוימים נזק בלתי הפיך. עוד עלה כי ישנן פעילויות נוספות - כגון חיסוני נוסעים לחו"ל וחיסונים נגד כלבת - שלא מבוצעת בתחנות אלא בלשכות הבריאות. פעילויות אלה נעשות בידי אחיות שבמקור יועדו לעבוד בתחנות, אולם בפועל הן מבצעות פעילויות אלה בלשכות הבריאות. יוצא שיש פחות אחיות בתחנות בגלל פעילות שאינה קשורה לרפואה המונעת הנוגעת לילדים. העומס המוטל על האחיות בתחנות הממשלתיות ובתחנות העירוניות עלול לגרום, ולעתים אכן גורם להפרת נוהלי המשרד ולפגיעה בשירות שתחנות טיפת החלב נותנות לציבור. על המשרד לתת מענה לנושא זה26. הביקורת העלתה כי בתחנות שפועלות במגזר החרדי בירושלים, בני ברק, בית שמש ואלעד יש כ -20 משרות שאינן מאויש ות. בשל כך יש עומס עבודה על האחיות המועסקות בתחנות אלה, דבר הגורם בין היתר להמתנה ארוכה לקבלת חיסונים ולביצוע בדיקות סינון. ואולם מתשובתו של המשנה לממונה על השכר למשרד מבקר המדינה מנובמבר 2013 עלה שעדאותו חודש משרד הבריאות טרם מסר לו את הנתונים המשלימים הנדרשים להמשך הטיפול בנושא - ועקב כך הקושי לגייס אחיות לעבוד במגזר החרדי בעינו עומד. על משרד הבריאות ומשרד האוצר לקדם את היוזמה בה החלו, ולהביא למימושה של תכנית לעידודן של אחיות לעבוד במגזר החרדי בהקדם האפשרי. שעות הפעילות של תחנות שאינן מתאימות לצרכים של הקהל המקבל מהן שירותים הן אפוא חסם לקבלת השירותים. מפאת החשיבות של ביצוע בדיקות הסינון ושל מתן החיסונים במועד, ועל מנת לאפשר לכל ההורים ולכל הילדים לקבל את השירות המגיע להם על פי חוק, יש לוודא שתחנות טיפת החלב יהיו פתוחות בשעות המתאימות להורים.
ראש השירות ציין במכתבו שתוספת המשימות המוטלות על האחיות גורמת להן לבדוק תינוקות רק חודש לאחר הלידה ואף יותר מכך, במקום לבדוק אותם לא יותר משבועיים לאחר הלידה 24 , כפי שדורשות הוראות המשרד; להקצות זמן קצר לטיפול בנשים הרות ובילדים, ועקב כך לבצע פעולות באופן חלקי ולא על פי הנהלים; לאי-ביצוע פעולות נדרשות, כגון בדיקות סינון, הכוללות בדיקת ראייה, בדיקת תקשורת, בדיקת התפתחות, מדידת גובה ומשקל ובדיקת רופא; ולבטל ביקורי בית, שהתחנות רואות בהם נדבך מרכזי בשירות שהן נותנות 25 . ראש השירות הדגיש שהקשיים הנגרמים עקב תוספת המשימות באים לידי ביטוי בעיקר במקומות שיש בהם ילודה גבוהה, כגון יישובי המגזר הערבי ויישובים שבהם מתגוררת אוכלוסייה חרדית (צפון הארץ, אלעד, ירושלים ובית שמש).