משרד האנרגייה . מכוני המחקר שבאחריות משרד התשתיות הלאומיות לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שמג"י מופקדת על סקרים ומחקרים בתחום הגאופיזי ובתחום הסייסמולוגי, ובין השאר מופקדת גם על הגדרת הסכנות שברעידות האדמה בישראל 27 , היעדר פעילות של הוועדה המקצועית הפנימית שלה פוגעת ביישום מטרותיה של מג"י. .ולמכון כי בשל אי-ההתאמה בין הנתונים - אפילו מדובר בהפרשים נמוכים - מוטלת בספק המהימנות של הנתונים שעליהם מבוססים הדוחות הכספיים של המכון ושל המשרד. בסוף יוני 2008 הודיע סגן מנהל המכון למשרד מבקר המדינה כי בעקבות הביקורת נשמרות האסמכתאות מדיוני המנהל עם החוקרים, ובכלל זה החלטות המנהל. הוצאות שכר במכון הגיאולוגי: בביקורת נמצאו אי -התאמות בין נתוני המרכב"ה (בסעיפים של השתלמויות החוקרים ויציאותיהם לשבתון, שעות נוספות וכוננויות) שהתקבלו מסגן מנהל המכון לבין נתוני יחידת השכר במשרד, בנוגע לשנים 2005 -2007 . שיעור ההפרשים בין הנתונים מגיע עד לכ -15% . למכון ולחשבות המשרד אין מסמכים המבהירים את אי-ההתאמות האלה. משרד מבקר המדינה העיר למשרד משרד מבקר המדינה העיר לאת"ק ולמשר ד כי הם השתהו כתשעה חודשים עד שחתמו על ההסכמות בסוף אוקטובר 2008 . בשל ההשתהות הזו הגדילה הממשלה את השקעותיה בחברות, לשם מתן עזרה פיננסית דחופה ולא לשם השגת מטרות מקצועיות מוגדרות על פי צורכי המדינה, כבעבר. .הביקורת העלתה כי בפועל לא הגישו משרד התשתיות הלאומיות ומשרד האוצר הצעת החלטה לממשלה בעניין הפעלת המכון המאוחד עד ינואר 2008. הביקורת העלתה כי ועדת הבטיחות והגהות לא התכנסה משנת 2005 עד מועד סיום הביקורת אלא פעם אחת. לפיכך לא מילאה הוועדה את תפקידה באותן שנים כנדרש בנוהלי החברה. משרד מבקר המדינה העלה כי ממאי 2005 עד יולי 2008 הגיש המבקר הפנימי של מג"י לוועדת הביקורת כ -30 דוחות ביקורת, אולם עד מועד סיום הביקורת הוועדה לא דנה בהם16 , וכמו כן לא דנה עם המבקר הפנימי .ועם המנכ"ל בפעולות שנקטה מג"י לתיקון הליקויים. יצוין שחוץ מכמה דוחות של המבקר הפנימ י בעניין פרויקטים בחו"ל לא דנה גם מליאת הדירקטוריון של מג"י בממצאי אותם דוחות ובפעולות שהמליץ המבקר הפנימי לעשות כדי לתקן את הליקויים. מדוח שהגיש המבקר הפנימי של מג"י לוועדת הביקורת של הדירקטוריון בנובמבר 2007 ומבדיקות שעשה משרד מבקר המדינה באוגוסט 2008 עולה כי אין במג"י מסמכים המעידים שכל החומרים והחלפים שהוצגו כהוצאה שוטפת בשנים 2006 ו- 2007 , אכן נצרכו באותן שנים. עוד העלה משרד מבקר המדינה כי במחסני 20 מג"י מצויים פריטי ציוד וחלפים שהחברה אינה מחזיקה בעניינם רישום כגון פירוט מועד כניסתם למחסנים אלה, תיעוד למשיכתם מהמחסנים ומעקב אחר השימוש בהם. את חלקם גם אי -אפשר לזהות זיהוי פרטני, ולכאורה הם נרכשו לפני השנה השוטפת. משרד מבקר המדינה העלה כי אין בין מג"י ובין המשרד הסכם, זיכרון דברים או מסמך חתום אחר המפרט את הציוד שמג"י מחזיקה בנאמנות, את משך הזמן שהיא רשאית להחזיק בו ואת שוויו. הממונה על ביקורת חשבויות במשרד הודיעה למשרד מבקר ה מדינה בנובמבר 2008 כי למשרד אין נהלים מסודרים הדנים במסירה ובהחזקה של ציוד ממשלתי המוחזק בנאמנות, או בפיקוח ובבקרה עליו. 2. עוד העלתה הביקורת כי למשרד אין ספר נכסים משלו בעניין ציוד המוחזק בנאמנות שהועבר למג"י ולחיא"ל ונתון בבעלות מלאה או חלקית של המדינה. המשרד הודיע בתשובתו כי יש לו ספר נכסים בעניין ציוד המוחזק בנאמנות, שהופק ממערכת נכסים ופחת של מג"י. משרד מבקר המדינה העיר לו כי הדוח על הציוד שמג"י מחזיקה בנאמנות אינו מפרט את מקומם הפיזי של חלק מהנכסים, ובשל כך אי-אפשר לזהותם. ספירות מצאי : הביקורת העלתה כי בשנים 2005-2007 לא התקיימו ספירות מצאי במכון. לפיכך אין המכון יכול לעקוב אחר המצאי שברשותו ולבקר אותו, וכמו כן אינו יכול לאמת את הנתונים שבדוחות הכספיים; עוד העלתה הביקורת כי מג"י לא עשתה ספירת מצאי משנת 2000 ,לפחות וכי המשרד לא דרש ממנה לעשות ספירת מצאי לציוד שהיא מחזיקה בנאמנות בשנים 2005 -2007 . לדעת משרד מבקר המדינה, בגלל קושי זה מהימנותם של הנתונים שהציגה חיא"ל על הציוד מוטלת בספק, לפחות בדוחותיה הכספיים לשנת 2006.
מתחילת 2005 עד מועד סיום הביקורת קיימה ועדת הפסילה של מג"י שישה דיונים, ובארבעה מהם דנה, בין היתר, בפסילה של ציוד המוחזק בנאמנות. שלושה מהדיונים התקיימו לאחר אפריל 2007 . הביקורת העלתה כי בשנים 2005 ו- 2006 לא הזמין יו"ר ועדת הפסילה של מג"י נציגים של חשב המשרד להשתתף בדיוני הוועדה בעניין פסילת ציוד המוחזק בנאמנות. במרס 2007 וביוני 2008 העבירה מג"י עותק של הזימונים לחשב המשרד, אך החשב או נציגו לא השתתפו בדיונים אלה. עוד העלתה הביקורת כי משנת 2005 עדמועד סיום הביקורת, ההחלטות של ועדת הפסילה בעניין ציוד המוחזק בנאמנות לא אושרו בידי חשב המשרד או נציגו, למעט ההחלטות שהתקבלו בדיון שהתקיים ביוני 2007 .