משרד החינוך . החינוך החרדי והפיקוח עליו משרד מבקר המדינה מציין כי, על בסיס שיטה זו עלולה להתקבל תמונת מצב לא מדויקת של היקף לימודי היסוד בבתי ספר היסודיים החרדיים. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שמשרד החינוך יחדד בהנחיות ברורות ומחייבות כיצד על המחוז לבדוק את עמידת בתי הספר בתוכנית היסוד. במסגרת זו ראוי שגם תיקבע המתכונת לבדיקה התקציבית, שכן המתכונת הנהוגה אינה מתמרצת את בתי הספר לעמוד במחויבות כי תלמידי החינוך החרדי יזכו לקבל את מכסת השעות המינימלית בכל מקצוע ומקצוע שהמשרד מצא לנכון לקבוע שראוי שילמדו.  מהאמור לעיל עולה כי הדרישות הלימודיות של משרד החינוך מתלמיד , 2011 חרדי בבי"ס יסודי, כפי שבאה לידי ביטוי בחוזר מנכ"ל משנת נמוכות יותר מהדרישות הלימודיות מתלמידים בשאר המגזרים. שיטת הבדיקה של המפקחים הכוללים - שיטת האשכולות - אף מאפשרת לבתי הספר החרדיים היסודיים ללמד פחות ממה שנקבע בתוכנית היסוד. בנסיבות אלו, בוגרי מערכת החינוך היסודית החרדית רכשו ידע נרחב בתחומים מסוימים - לימודי קודש, אך יש להם חסר עמוק בתחומי ידע מהותיים אחרים. פער זה הוא מהסיבות להישגים הנמוכים של תלמידי החינוך החרדי במבחני המיצ"ב. משרד מבקר המדינה ממליץ למשרד החינוך לבחון את תוכנית היסוד מול המציאות המשתנה ולגבש עם 2011 למגזר החרדי שנקבעה בשנת המחוז כללים והנחיות ברורים ומדויקים הנוגעים לאופן הבדיקה של עמידת בתי הספר היסודיים החרדים בתוכנית היסוד. נוסף על כך, על משרד החינוך לשקול להנחות את המחוז לגבש נוהל ייעודי לעבודת המפקח הכולל, כדי להסדיר את תחום הפיקוח ואת הכללים המחייבים הנוגעים לחינוך החרדי, את המתכונת של עבודת הפיקוח ואת דרכי הדיווח למחוז. כמו כן, עליו לאסוף את נתוני הפיקוח, כדי לקבל תמונת מצב מהימנה של החינוך החרדי ולבנות תוכניות עבודה לשיפור. בפועל, אגף הבקרה ביצע ביקורת רק בכמחצית מבתי ספר השייכים ). בבתי הספר השייכים לבעלויות האחרות 27-לרשתות או לממ"ח (ב הוא לא ביצע בקרות כלל; הבקרות בבתי הספר של הרשתות היו מצומצמות בהיקפן לעומת הבקרות המבוצעות בבתי הספר של המגזרים מוסדות, לא נערכו 27-שאינם חרדיים. בעת הבקרות, שכאמור, בוצעו ב שיחות עם מורים ועם כוח עזר פדגוגי ומנהלי. שיחות אלה הן כלי מהותי לביצוע בקרה איכותית ומהימנה. נוסף על כך, נמצא כי בתי הספר החרדיים שנבדקו היו בתי ספר יסודיים לבנות (מלבד שלושה בתי ספר מעורבים לבנים ולבנות תחת אותו סמל מוסד) וכי אגף הבקרה לא בדק בתי ספר לבנים. ממסמכי אגף הבקרה עולה כי מנהלים בבתי ספר חרדיים השייכים לבעלויות השונות סירבו לשתף פעולה עם אגף הבקרה, ולכן לא בוצעה , שלח אגף 2019 בקרה בבתי ספר אלו. במהלך החודשים יוני ויולי הבקרה מכתבי התראה לבתי ספר אלו וציין בהם שאי שיתוף פעולה עם הליך הבקרה עלול לגרור נקיטת צעדים חמורים בידי משרד החינוך ובכללם שלילת רישיון ושלילת תקציבים. מאחר שיש ללמד אך ורק על פי חומרי לימוד שמשרד החינוך אישר, משרד מבקר המדינה ממליץ שמשרד החינוך יבחן את חומרי הלימוד שהרשתות יצרו. עולה כי היקפה של תוכנית היסוד בבתי הספר החרדיים המחויבים מתוכנית היסוד במקצועות שאינם לימודי קודש קטן 100% ללמד מההיקף המחויב בשאר הזרמים. מכאן, היקף שעות היסוד בבתי הספר מהתוכנית קטן אף 55% מהתוכנית או 75% החרדיים המחויבים ללמד רק יותר. פערים אלו מתקיימים לאורך כל שנות הלימוד (בדגש על הכיתות הגבוהות יותר), וכך נוצר פער מצטבר בין המגזרים בידע בתחומים שהמשרד קבע כי הם הכרחיים ומחויבים. לדעת משרד מבקר המדינה ראוי שמשרד החינוך יבחן מחדש את , מול 2011 תוכנית היסוד למגזר החרדי, שנקבעה בחוזר מנכ"ל בשנת המציאות המשתנה ופערי הידע בין המגזרים השונים. זאת, כדי שהיקף שעות הלימוד בתוכנית המחייבת במקצועות היסוד במגזר החרדי יהיה קרוב ככל האפשר להיקפן ביתר המגזרים.
הפיקוח של המינהל על הבעלויות: בביקורת עלה כי הפיקוח של המינהל על אופן השימוש של הבעלויות בחינוך החרדי בכספים ובתקציבים הניתנים להן מצומצם, כמפורט להלן: