משרד הבריאות . סוגיות בתקציב מערכת הבריאות_ סמנכ"ל כספים במרכזים הרפואיים הכלליים -ממשלתיים : הועלה כי ברוב המרכזים הרפואיים הכלליים-ממשלתיים לא מונה סמנכ"ל כספים האחראי לכלל הפעילות הכספית במרכז הרפואי. בבית החולים יש גזבר הכפוף למנהל האדמ יניסטרטיבי, והוא אינו חבר הנהלה; בתאגיד הבריאות יש מנהל כספים, בדרך כלל בדרגת סמנכ"ל. בכך אין ראייה כוללת של המרכז הרפואי. האוצר בשיתוף עם משרדי הממשלה כאשר אחד הגורמים גורם לעי כוב בטיפול בפנייה. בביקורת נמצא כי כאשר הכנסת מאשרת את התקציב השנתי, משרדי הבריאות והאוצר לא מצרפים להצעת התקציב מידע הנוגע לכל ההתחייבויות והתוספות שאושרו בשנים שעברו, בתקציבים חד פעמיים, ושהן עדיין תקפות. מדובר בנוהג אופייני לכלל תקציב המדינה ולא רק למערכת הבריאות. בביקורת הנוכחית עלה שבשנת 2011 העביר משרד האוצר לוועדת הכספים את פניית סוף השנה של משרד הבריאות רק ב- 26.12.11 ובשנת 2012 - ב- 25.12.12 . הפנייה שנעשתה בסוף שנת 2011 והפנייה שנעשתה בסוף שנת 2012 כוללות שינויים ב-94 וב-53 .תכניות בהתאמה, שחלקן מסתכם בעשרות מיליוני שקלים בביקורת עלה עוד כי משרד הבריאות ומשרד האוצר מעכבים את הגשת הבקשות לשינויי תקציבי עד למחצית השנייה של השנה, גם כשהצורך בשינויים אלה היה ידוע זמן רב קודם לכן. בשנת 2011 , למשל, הגיש אגף התקציבים במשרד האוצר לוועדת הכספים פנייה אחת בלבד לאישור שינויים בתקציב בתי החולים. הפנייה הוגשה ימים ספורים לפני תום השנה, ב- 26.12.11 , וועדת הכספים אישרה אותה למחרת היום. בשנת 2012 אישרה ועדת הכספים שלוש פניות לשינויים בתקציב בתי החולים. את הפנייה הראשונה הגיש אג"ת במשרד האוצ ר רק ביולי 2012 ,אף שבתי החולים אינם פועלים לכל אורך השנה לפי התקציב שאושר להם בספר התקציב (ראו להלן בפרק "תקציב בתי החולים הכלליים -ממשלתיים"). שתי הפניות האחרות הו גשו לאג"ת במשרד האוצר רק בספטמבר ובדצמבר 2012 . הועלה כי משרד הבריאות מתכנן את יעדי ההכנסות, הקניות והשכר של כל אחד מבתי החולים באו פן היסטורי, על בסיס היעדים של השנה הקודמת. משרד הבריאות לא עורך בדיקה פרטנית ומקיפה של צורכי בית החולים בהתאם לאפיונו - למשל יש בתי חולים שבהם פעילות כירורגית רבה, לאחרים פעילות רבה של השתלות איברים וכו'120 . המאפיינים השונים של בית החולים יוצרים שוני בהיקף ההוצאות הנדרשות בכל אחד מהם, דבר המשפיע על תקציבם (בעניין התאמת הפעילות של בתי חולים לתקציב שנקבע להם ראו להלן בפרק "תקציב בתי החולים הכלליים-ממשלתיים - אי-התאמה בין האמור בספר התקציב, בין אישור משרד הבריאות ובין התנהלות בתי החולים"). לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שמשרד הבריאות יאפיין את הצרכים והיכולות של כל אחד מבתי החולים ואת התקציב הנדרש לכולם עוד לפני חתימת הסכם בריאות-אוצר. על משרד הבריאות לבחון, לפחות אחת לתקופה, האם חל שינוי במאפיינים שהוא קבע. בדיקה כזו תאפשר להעריך את היעילות והמועילות של בתי החולים121.. מהאמור יוצא שתקצוב בתי החולים נעשה באופן שאינו תקין ,לדעת משרד מבקר המדינה ראוי שאג"ת במשרד האוצר ינהג בהתאם להחלטת הממשלה ויאפשר למשרדי הממשלה גמישות רבה ככל הניתן בכל הנוגע לשינויים פנימיים בתק ציביהם, בכפוף לשמירה על מסגרות התקציב ולעמידה בכללים שנקבעו בעניין האמור. במקביל על המשרדים להמשיך לפעול לצמצום התקנות, כפי שהחליטה הממשלה בעקבות המלצת ועדת המשילות. מן הראוי שאג"ת במשרד האוצר יפעל להטמעת מערכת תכנון תקציב בהקדם האפשרי. על משרד האוצר לפעו ל למציאת דרכי מימון להחלטות הממשלה, שיבטאו את שינוי סדרי העדיפויות של הממשלה ושיצמצמו ככל הניתן את "הקיצוצים הרוחביים" ואת הפגיעה בתכניות העבודה של המשרד. מהביקורת עלה כי עד יולי 2014 לא הפיץ משרד הבריאות נהלים להפעלת השר"פ, שימנעו פגיעה בשירות הרפואי במערכת הציבורית. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות כי עליו להאיץ את הפעולות לגיבוש הנהלים שבהם יינתנו הוראות והנחיות הן באשר להיבטים הרפואיים של הפעלת השר"פ והן באשר להיבטים הכלכליים והכמותיים אשר להם השפעה על איתנות בתי החולים המפעילים שר"פ. כמו כן על משרד הבריאות למסד ולהפעיל מערך בקרה ופיקוח על יישומם של נהלים אלה במוסדות שבהם פועל שר"פ. החל משנת 2003 ישנה עלייה עקבית בגירעון המצטבר של המרכז הרפואי, שהגיע בסוף שנת 2012 לכ- 67% .מהמחזור תקציב בתי החולים הכלליים-ממשלתיים , הנקבע בתחילת השנה, נמוך מאוד ביחס לזה המתעדכן במהלך השנה. מדובר בדפוס הידוע לבתי החולים, למשרד הבריאות ולמשרד האוצר - התקציב המקורי שנקבע אינו מ שקף את פעילות בתי החולים ולכן במהלך השנה נדרשים משרד האוצר ו משרד הבריאות להתאים ולעדכן את התקציב. מדובר בשיטה לא ראויה, הגורמת לאי -שקט, לחוסר ודאות, לאי יכולת לעבוד באופן מושכל, לחיים ב"תרבות של מצוקה" והמונעת תכנון רב-שנתי, התייעלות ועבודה שיטתית ונכונה, משום שהגורמים במערכת עסוקים בפתרון בעיות הצפויות להתעורר "מחר בבוקר". על מנת לאפשר למרכזים הרפואיים עצמאות כלכלית, על משרד הבריאות, משרד האוצר והרשות החדשה, בשיתוף בתי החולים, לערוך שידוד מערכות בנוגע לתקציב בתי החולים: יש לתקצב אותם כבר בתחילת השנה באופן שמתאים לפעילות שהממשלה דורשת מהם, וזאת כדי לאפשר להם לפעול בוודאות תקציבית. יש להתאים את תכניות העבודה של בתי החולים לתקציב שנקבע בתחילת השנה. אם יש צורך בשינויים תקציביים, יש לעשותם מיד, ברגע שנודע עליהם, ולא ימים ספורים לפני סוף השנה. יש לקחת בחשבון את מורכבות המערכת ולפעול כך שאם תינתן תוספת משאבים לצד אחד, כדוגמת קופות החולים לא יבוא הדבר על חשבון הצד האחר, כדוגמת בתי החולים. כך למשל מתן הנחות לקופות החולים מגדיל את גירעונות בתי החולים; עלייה במחיר יום אשפוז גורמת לגידול בגירעונות הקופות. על משרד הבריאות להורות לרשות למרכזים רפואיים ממשלתיים לקבוע יעדים בנוגע לדרכי הממשל התאגידי במרכזים הרפואיים שבאחריותה, להנחותה כיצד לקדם יעדים אלה ולעקוב אחר השגתם. סבסוד שנתי בסך 633 מיליון ש "ח, כאשר כבר מנתוני ביצוע התקציב של בתי החולים עד ספטמבר 2013 היה גירעון של 760 מיליון ש "ח. אג"ת שבמשרד האוצר צפה שהסובסידיה השנתית תהיה 720 מיליון ש"ח. הועלה כי גם בשנת 2014 נקלעו בתי החולים הכלליים-ממשלתיים למשבר תקציבי. בחודש יוני בשנה זו העריכו בתי החולים כי כבר בספטמבר הם יסיימו את תקציבם התפעולי, ולכן לא יוכלו לבצע הזמנות רכש ושירותים. המנהלים האדמיניסטרטיביים של בתי החולים התריעו בפני שרת הבריאות גב ' יעל גרמן ובפני מנכ"ל משרד הבריאות פרופ' ארנון אפק, כי תקציבם נשחק מאוד בשנים האחרונות וכי הוא אינו עונה על הצרכים הבסיסיים של בתי החולים. לאחר סיום הביקורת, באוקטובר 2014 , פנו מנהלי הכספים של בתי החולים הכלליים - ממשלתיים להנהלות משרדי הבריאות והאוצר והתריעו על גירעון צפוי של מעל 1 מיליארד ש"ח ועל גירעונות בתקציב הקניות שלהם הנובעים מטיפולים מצילי חיים. ההוצאות של כלל בתי החולים בסוף השנה גבוהות כאמור מהתקציב שאישרה להם המדינה, ולכן נדרשת המדינה לסבסד בקביעות את בתי החולים בסכום גבוה מהסכום שהקצתה לכך מראש. כיוון שבבתי החולים יודעים שבסופו של דבר הם יקבלו סבסוד גבוה מהמתוכנן, הם ממשיכים לפעול על פי התכנון המקורי שלהם ללא גיבוי תקציבי מאושר. הסבסוד בפועל בסוף כל שנה נקבע כאילוץ, מתוך עובדות בשטח ולא מתוך ראייה כוללת ותכנון תקציבי נאות. עקב התנהלות זו נכשלים משרדי הבריאות והאוצר בקביעת תקציב שמתאים לדרישות מבתי החולים ובאכיפת התקציב שמאושר לבתי החולים במסגרת אישור תקציב המדינה , והדבר אף גורם לחוסר הצלחה של משרד הבריאות בניהול הפיקוח על הגופים שבאחריותו - תפקידו כרגולטור. מן הראוי שאג"ת במשרד האוצר יקפיד לשקף, ככל האפשר, בדברי ההסבר של כל בקשה לשינוי תקציבי המוגשת לוועדת הכספיים את המידע הרלוונטי הנחוץ למקבלי החלטות, כדי ליצור בסיס לקבלת החלטות מושכלות. ,משרד הבריאות לא קבע יעד שנתי ויעד סופי לצמצום מספר התקנות בתקציבו ולכן לא ניתן להעריך האם הירידה היא מספקת. על משרדי האוצר והבריאות לבחון מהי מידת הפירוט הרצויה לתקנות של תקציב הבריאות ולרמת הפרדתן של התקנות, על פי ייעודן. כמו כן עליהם לבטל את התקנות הכפולות, ש יוצרות בלבול אצל הקורא ו על כן פוגעות בשקיפות. עליהם להביא בחשבון את המלצות ועדת המשילות בדבר הצורך לייעל את מבנה התקציב, בין השאר באמצעות צמצום מספר התקנות שבו. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את אי יישום הערותיו משנת 2005 , כי ראוי שאג"ת במשרד האוצר ינהג בהתאם להחלטת הממשלה ויאפשר למשרדי הממשלה גמישות רבה ככל הניתן ביחס לשינויים הפנימיים בתקציביהם, בכפוף לשמירה על מסגרות התקציב ולעמידה בכללים שנקבעו בסוגיות הרלוונטיות. במקביל, על המשרדים להמשיך לפעול לצמצום התקנות, כפי שהחליטה הממשלה בעקבות המלצת ועדת המשילות. ראוי שמשרד האוצר ישקול לפתח מערכת ממוחשבת, אם באמצעות מערכת מרכב"ה ואם בדרך אחרת, שתיתן מענה לסוגיית תכנון התקציב ולמעקב אחר השינויים בו ושתגביל את זמנו של כל גורם. במסגרת זו ראוי לבחון פיתוח אפשרות שתצביע בכל רגע נתון על הסטטוס של הפנייה - ממתינה לאישור באג"ת במשרד הבריאות; בחשבות משרד הבריאות; אצל רפרנט בריאות באג"ת ב משרד האוצר וכו'. הדבר יאפשר לכל גורם במערכת לעקוב אחר מיקום הפנייה במערך האישורים. מן הראוי גם לשקול שהמערכת תתריע בפני הגורמים שיקבע משרד לדעת משרד מבקר המדינה, היות שדברי ההסבר הנלווים להצעת התקציב הם המבהירים למקבלי ההחלטות היבטים שקשורים לתקציב המדינה, ראוי שהסברים אלו יתייחסו לכל הפעילויות המרכזיות של המרכזים הרפואיים, לרבות הפעילויות של תאגידי הבריאות שליד בתי החולים. הבאת פרטים על תאגידי הבריאות בדברי ההסבר בספר התקציב תביא לכך שחברי הכנסת יהיו מודעים גם לפעילות התאגידים בעת הצבעתם על תקציב המדינה. במסגרת הגברת השקיפות יש לשקול גם פרסום של הדוחות הכספיים של תאגידי הבריאות ושל בתי החולים, כל אחד בנפרד, וכן במאוחד במסגרת הדוח הפיננסי שמפרסמת חשבות משרד הבריאות. בביקורת עלה כי לעתים משרד האוצר מציין בדברי ההסבר לפניות המוגשות לוועדת הכספים לגבי שינויים בתקציב משרד הבריאות דווקא את השינויים המתוקצבים ב סכומים הנמוכים יותר כ"עיקריים", ואילו את השינויים בסכומים הגבוהים יותר הוא אינו מגדיר כך; כמו כן, דברי ההסבר שהוא צירף לפניות התקציביות לא פירטו מידע רלוונטי למהות הבקשה שבפנייה ואת הנימוקים לה. מכך נובעת המסקנה שתקציב המדינה אינו משקף את ה הוצאה האמתית עבור השכר במרכזים הרפואיים הכלליים -ממשלתיים. יוצא שתקציב ההוצאה המותנית בהכנסה מבדיקות מזון בתקציב "שירותי הבריאות לציבור", כפי שמפורט בתקנות הן מצ ד ההוצאות והן מצד ההכנסות, אינו משקף את המציאות הצפויה, וכי עודף ההכנסות מופנה למטרה אחרת, שאינה מתוקצבת. תקציב תקנת 'השלמת הכנסות לבתי חולים' בספר התקציב אמור לשקף את היקף הסבסוד שהמדינה נותנת לכלל בתי החולים הכלליים-ממשלתיים. התקציב שאושר בתקנה זו הסתכם ב -552 מיליון ש"ח בתחילת שנת 2011 . לאחר שנעשו פניות תקציביות במהלך השנה, הוא הסתכם ב-765 מיליון ש"ח; תוספת של210 מיליון ש"ח, 38% יותר מהתקציב שאושר במסגרת אישור התקציב הממשלתי. בתחילת שנת 2012 תקציב התקנה היה552 מיליון ש"ח, ולאחר פניות תקציביות שנעשו במהלך השנה הוא גדל ל - 865.5 מיליון ש"ח - תוספת של 313.5 ,מיליון ש"ח 57% .יותר מהתקציב שאושר במסגרת התקציב הממשלתי גם בשנת 2013 המשיכו משרד האוצר, משרד הבריאות ובתי החולים לפעול לפי שלושה אומדנים שונים, והדבר בא לידי ביטוי בהיקף הסבסוד הנדרש. להלן הפרטים: באוקטובר 2013 ביקש אג"ת במשרד הבריאות מאג"ת שבמשרד האוצר שיפור זה , הכולל את החלטת הממשלה מאוקטובר 2014 , איןבו כדי לצמצם פערים של מיליארדי שקלים שכבר נגרמו בתקצוב הקופות. משרד מבקר המדינה מעיר כי שינויים אלו אינם מכסים על גירעונות העבר של קופות החולים וכי על משרדי הבריאות והאוצר לבחון, לאחר תקופת זמן שיקבעו, אם השינויים השיגו את מטרתם והפסיקו את מגמת הגידול בגירעונות קופות החולים, כך שהשירות לציבור לא ייפגע. עדכון ראוי של תקציב הקופות צריך לאזן בין הצורך בהתייעלות המערכת ובין הצורך בהתנהלות כלכלית מושכלת ומתוכננת של הקופות, בלי לפגוע ביכולתן לעמוד בחובתן לספק שירותי בריאות הולמים למבוטחים. הבסיס החוקי למתן המקדמות: הביקורת העלתה כי המקדמות שמעניקה המדינה לקופות ניתנות בלי שהדבר הוסדר בהוראות מתאימות. מדובר למעשה בהלוואה שנתית קבועה שמשרד הבריאות ומשרד האוצר נותנים לקופות החולים. לדעת משרד מבקר המדינה, היות שמדובר במקדמות הניתנות לקופות מזה כמה שנים ברצף ונוכח החשיבות בשקיפות של העלות המיועדת להשלמת סל הבריאות, על משרדי הבריאות והאוצר להסדיר את תשלומי המקדמות בתקנות או בהוראות מתאימות, כגון במסגרת תקצוב הקופות בתקנה "יעודה לתמיכה בקופות", אשר כבר קיימת בתקציב, או בכל דרך אחרת. .מהלוח עולה כי בין השנים 2012 -2010 העביר משרד הבריאות לקופות החולים מקדמות בסכום שנתי ממוצע של קרוב למיליארד ש"ח, המהווה כ - 7.5% מהסכום הממוצע הכולל, שמשרד הבריאות העביר לקופות להשלמת עלות סל הבריאות. משרד מבקר המדינה מעיר למשרדי הבריאות והאוצר שלמקדמות המועברות במסגרת השלמת עלות סל הבריאות, העומדות לרשות הקופות לצורך שיפור תזרים המזומנים שלהן, לא ניתן גילוי נאות בתקציב משרד הבריאות. חיזוק לטענה בדבר הגידול הבלתי מבוקר במקדמות המועברות לקופות ובדבר מידת חיוניותן לתזרים המזומנים שלהן ניתן לראות בהתנגדות של מנכ"ל משרד הבריאות ושל הקופות להודעתו של חשב משרד הבריאות לקופות החולים מאוקטובר 2012 , שלפיה סכום של390 מיליון ש"ח מתוך תשלומי היתר שניתנו להן באמצעות העברת המקדמות, יקוזז מהתשלומים השוטפים של סל הבריאות. למרות ההתנגדות, לא שונתה החלטת חשב המשרד והקיזוז התבצע, דבר שאכן הביא לפגיעה בתזרים המזומנים של הקופות באותה שנה. כתוצאה מכך נוצרה שחיקה מתמשכת בהכנסות קופות החולים שמקורן בחוק, אשר סביר שהשפיעה ישירות על מצבן הכספי. על משרדי הבריאות והאוצר לדון בשאלה האם שיטה זו של מקדמות היא שיטה יעילה ונכונה, ואם כן להסדיר את עצם מתן המקדמות, את המתכונת לקביעת גובהן ואת התנאים לקבלתן. יש גם לתת לכך ביטוי שקוף בתקציב המדינה. .מלוח 2 עולהכי סכומי ה סיוע הכספי שתלויים באיזון תקציבי הולכים וגדלים מדי שנה בשנה. משנת 2008 עד שנת 2013 חל גידול של יותר מ- 300% בסיוע הכספי לקופות החולים. ככל שחולפות השנים מתבססות הקופות יותר ויותר על תקציב הסיוע הממשלתי. מועד החתימה של הסכמי ייצוב : הביקורת העלתה כי משרדי הבריאות והאוצר וקופות החולים חותמים על הסכמי הייצוב רטרואקטיבית, לאחר תחילת התקופה שאליה מתייחס ההסכם. על כן לא זו בלבד שהם מקצרים את התקופה המוסכמת, שבמהלכה היה על הקופה לעמוד ביעדים שנקבעו לה, אלא שגם היעדים עצמם נקבעים על בסיס התפוקות של הקופות בפועל ולא על בסיס תכנון מושכל, שיובי ל להתייעלות ולשיפור. להלן פירוט: הסכמי הייצוב לשנים 2010 -2008 נחתמו עם הכללית, עם מכבי ועם מאוחדת רק בנובמבר 2008 ועם לאומית ביולי 2010 (שנתייםוחצי לאחר תחילת תקופת ההסכם); הסכמי הייצוב לשנים 2013 -2011 נחתמו עם כללית ולאומית רק בדצמבר 2012 (שנתייםלאחר תחילת תקופת ההסכם ושנה לפני סיומו), עם מכבי - באפריל 2013 (שמונה חודשים לפני סיום ההסכם) ועם מאוחדת - רק בדצמבר 2013 ;עד חודש דצמבר 2014 טרם נחתמו הסכמי הייצוב עםמכבי ולאומית לשנים 2016 -2014 . תוספת מיטות ניכרת מעבר לרישיון בתי החולים : בכל בתי החולים משמשות לאשפוז מיטות בכמות שהיא מעבר לרישיון ההפעלה. גם תוספת המיטות והשירותים נעשית ללא כל תכנון לאומי, והיא בבחינת קביעת עובדות בשטח. תוספת זו ממומנת ממכירת שירותים לקופות חולים ומחריפה על כן את הגירעון שלהן. כמו כן תוספת של מיטות ושירותים ללא תכנון מגבירה את המחסור במשאב כוח האדם הרפואי והסיעודי. "הבדיקה העלתה כי התקנה "העברה למימון פעילות כללישימשה במהלך שנת 2011 להעברת תקציב לכיסוי גירעונות בתי החולים; התקנה "העברת הכנסות מאשפוז למימון תביעות רשלנות רפואית" בסעיף בתי החולים שימשה בחלקה למימון תביעות רשלנות רפואית של לשכות הבריאות במשרד הבריאות; התקנות "העברה להעסקת מתמחים" ו"העברה למחשוב ועיבוד" בס עיף בתי החולים הועברו במלואן לתקציב משרד הבריאות. על משרדי הבריאות והאוצר לבחון אם יש תקנות נוספות שמתוקצבות בחוסר ושגם אליהן מעבירים משרדי הבריאות והאוצר באופן קבוע תקציב נוסף במהלך השנה. אם ימצאו שקיימות תקנות כאלה, יש לתקצבן מראש בהתאם לצרכים. בביקורת עלה כי אף שהתקציבים של תאגידי הבריאות מהווים נתח משמעותי ( 22% ) מתוך תקציבי המרכזים הרפואיים, דברי ההסבר הנלווים לספר התקציב המוגש לאישור הכנסת והממשלה לא כוללים התייח סות אליהם. משמעות הדבר היא שיותר מחמישית מתקציבי המרכזים הרפואיים הכלליים-ממשלתיים מתנהלת מבלי שתובא לידיעת הכנסת87 . הצגה חלקית כזו פוגעת בשקיפות התקציב ועלולה לפגוע ביכולת של מקבלי ההחלטות להגיע להחלטה מיטבית בעת אישור התקציב. הדבר גם מגביל מאוד את יכולתו של הציבור לעמוד על סדרי העדיפות הלאומיים בהקצאת תקציב המדינה. בהיעדר פירוט, לפחות חלק מפעילות בתי החולים האמורים נעשית בלא שקיפות ציבורית. כך, אף שהכנסת היא המאשרת את שיא כוח האדם של כלל בתי החולים, המרכזים הרפואיים יכולים לעקוף את החלטות הכנסת, ולהעסיק בא מצעות התאגידים הרפואיים כוח אדם נוסף, בהיקפים משמעותיים ביותר, כפי שאכן הם עושים. בעבר כבר העיר מבקר המדינה כי יש חשש שבמסגרת התאגידים מבוצעות פעולות שבהן שיעור הרווח גבוה יותר, ואילו תחת בית החולים מבוצעות הפעולות הרווחיות פחות או אף הגירעוניות. משרד מבקר המדינה מעיר לכללית כי הסטת החולים סוקרה בהרחבה באמצעי התקשורת ואף הצריכה את התערבות משרד הבריאות. כיום אין תכנון לאומי לגבי חלוקת הפעילות הרפואית בין בתי החולים ובין הקהילה, ולכן אי-אפשר לקבוע תקציב יעיל למערכת הבריאות. אין מניעה כי פעולות שאפשר לעשותן בקהילה ייעשו גם במסגרת בית החולים ולהיפך, אולם לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שהמשרד יערוך עבודת מטה שתקבע כיצד על מערכת הבריאות בישראל להיראות בטווח הארוך. במסגרת עבודת המטה על המשרד לבחון את היקף התשתיות הקיים לעומת היקף התשתיות הנדרש. יש לבחון את האמור גם בהקשר של מיקום הפעילויות, בהתחשב ברצף הטיפולי143 בחולים144. כמו כן יש לבחון את הסדרי ההתחשבנות בין קופות החולים ובין בתי החולים לשם השגת יעילות בהקצאת המשאבים ובחלוקתם ביניהם . על המשרד להתחשב במסקנות ועדת גרמן, להוביל מהלך שיתיר חסמים ולנהל מדיניות רפואית ותקציבית בהתאם למסקנות עבודת המטה. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד האוצר לפעול למציאת דרכי מימון לפעולות שנקבעו בהחלטות הממשלה, אשר יבטאו את שינוי סדרי העדיפויות של הממשלה ויצמצמו ככל הניתן את הפגיעה בתכניות העבודה של המשרד. על מנת לעמוד בהמלצות ועדת המשילות, על משרד האוצר לקבוע בכל משרד ומשרד לוח זמנים שנתי לצמצום מספר התקנות כך שבסופו של דבר יושג היעד שקבעה ועדת המשילות, אשר לפיו יעמוד מספר כלל התקנות על 1,700 . תהליך זה יביא לשיפור תהליכי העבודה, יאפשר בקרה ומעקב יעילים יותר עליהם ויצמצם את עודף הביורוקרטיה. עודף של תקנות יוצר מצב של עומס עבודה, עוד ף ביורוקרטיה ופירוט יתר הן במשרד הבריאות והן במשרד האוצר. עם זאת, צמצום במספר התקנות יחייב שימוש באמצעי חלופי למעקב אחריהן, כדי למנוע מהמשרד העברת כספים בין נושאים שונים בניגוד למדיניות הממשלתית. כך למשל ישנה האפשרות שהמשרד ידווח על פעולותיו לחשב שלו, שהוא נציג משרד האוצר103. הועלה כי תהליך הקמת התשתיות אינו מתואם, והוא נעשה בין היתר משיקולי עלות נקודתיים של גוף זה או אחר, וללא בדיקה של צורכי הבריאות הלאו מיים. אמנם חלק מהכפילות בתשתיות היא בלתי נמנעת, משום שבתי החולים מחויבים לקיים שירותים מסוימים לטובת המאושפזים, וגם המבטחים מעוניינים לקיים שירותים נגישים וזמינים בקהילה. אולם נוצר כפל תשתיות שמוביל לאי -ניצול מלוא הפוטנציאל של התשתיות הקיימות. כשיטה יש לתקצב את בתי החולים כראוי כבר בתחילת השנה כדי ליצור ודאות תקציבית.
סבסוד בתי החולים : הביקורת העלתה כי יש הפרשים של עשרות מיליוני שקלים בנתוני הסבסוד של בתי החולים הכלליים -ממשלתיים על פי כל אחד מהתקציבים (בתקציב המדינה, בתכנית העבודה התקציבית שקבע משרד הבריאות ובסבסוד בפועל). הפרשים אלה נובעים מפערים משמעותיים בין תכנית העבודה התקציבית שעל פיה פועלים בתי החולים הכלליים-ממשלתיים, לבין התקציב כפי שהוא מופיע בספרי תקציב המדינה ובינו לבין התקציב שמשרד הבריאות קבע לבתי החולים לאחר אישור התקציב.