משרד החקלאות ופיתוח הכפר . הטיפול במחלות בקר וצאן משרד מבקר המדינה מעיר ל משרד הח קלאות כי תשובתו כשלעצמה חושפת ליקוי בפעולות השו"ט שכן עולה ממנה כי כאשר האחריות לשני החיסונים הייתה מוטלת על הלשכות הווטרינריות האזוריות ובעת שביצוע שני החיסונים היה בגדר חובה, שיעור הכיסוי החיסוני של עדרי הצאן בארץ היה חלקי מאד - כשני שלישים מן הצאן לא חוסן. .משרד מבקר המדינה מעיר להנהלת השו"ט כי מאחר שהיא אחראית לטיפול במקרי התפרצויות של מחלות, מן הראוי שתבחן דרכים לאכוף על הווטרינריים הפרטיים לדווח לשו"ט על חיסונים שביצעו; עוד יש לבחון כיצד ניתן להבטיח שלא ייווצר קושי עתידי לטפל במקרים של התפשטות המחלות, עקב המידע החלקי שבידי השו"ט בעניין זה. .במועד סיום הביקורת, תחילת ספטמבר 2017 , עדיין לא הושלמו כל הנהלים הרלוונטיים: עדיין לא הותקן נוהל בנוגע לתנאי הייצור הנאותים של תרכיבים. עלה, כי ממרץ 2015 ועד למועד סיום הביקורת- ספטמבר 2017 - לא קבעו השו"ט דרכי ניטור חלופיות שיסייעו להם לחשוף בקר נגוע בברוצלוזיס ברפתות ולמנוע את התפרצות המחלה. השו"ט לא עקבו אחר הפלות של בקר ברפתות ולא ביקשו מהמגדלים דיווח על הפלות - אף שאלה כאמור יכולות לשמש סימן לקיומה של המחלה. בספטמבר 2017 התקיים דיון בהשתתפות עובדי השו"ט העוסקים בבריאות הצאן ובראשם מנהל יחידת השו"ט בשדה ("פורום צאן"). בדיון עלה כי המידע שבידי השו"ט בעניין החיסונים שבוצעו נגד אבעבועות צאן ודבר צאן לוקה בחסר כיוון שהווטרינרים הפרטיים לא הקפידו למסור לשו"ט דיווחים על כך. מן האמור לעיל עולה כי לאחר הפרטת החיסונים נגד אבעבועות צאן ודבר צאן וביטול החובה לחסן נגד מחלות אלה נוצרה בעיה: השו"ט תלויים בדיווחים של וטרינרים פרטיים על עדרים שחיסנו; הווטרינרים הפרטיים אינם ממלאים באופן מלא את חובת הדיווח שהטילו עליהם השו"ט; כתוצאה מכך לשו"ט חסר מידע בנוגע להתחסנות העדרים, ואם תפרוץ מחלה חוסר המידע עלול לפגוע ביכולתם לטפל בכך. נמצא כי חברה שמייצרת תרכיבים וטרינריים ביצעה בקיץ 2017 ניסוי שדה בשלושה משקים בארץ, לבדיקת השפעתו של תרכיב מסוים על בעלי חיים. הניסוי בוצע מבלי שהשו"ט נתנו אישור לכך; בטרם הגישה החברה לשו"ט את כל המסמכים שנדרשו בתיק התרכיב, מבלי שהשו"ט בדקו אצווה של התרכיב ובלא שהחברה הגישה לשו"ט את פרוטוקול הניסוי לבדיקה. לשו"ט נועד על ביצוע הניסוי רק לאחר שהסתיים. ביצוע ניסוי שדה בתרכיב לפני שהושלמו בהצלחה שלבי הבדיקה המוקדמים אינו רק מנוגד לנוהל, אלא גם עלול לסכן את בעלי החיים שהתרכיב ניתן להם ובכך גם לפגוע בפרנסת החקלאים המגדלים אותם. על משרד החקלאות לפעול בנמרצות כדי שפעולותיו אלה יבשילו לכדי נוהל בר תוקף ולדאוג ליישומו. נוהל כזה יוכל לשמש לו לצורך ניטור ומניעה של התפרצות מחלת הברוצלוזיס בבקר. .משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות כי הדיון שאת סיכומו צירף לתשובתו היה בשנת 2015 בעוד שמבקר הפנים הגיש את דוח הביקורת שלו בשנת 2016 . עוד מעיר משרד מבקר המדינה למשרד החקלאות, כי דיונים עם גורמים במשרד ומחוץ לו בנושא תרכיבים שנעשו במהלך העבודה השוטפת, ושמבקר הפנים ממילא לא הוזמן אליהם, אינם מייתרים את החובה המוטלת על הנהלת המשרד לייחד ישיבה לצורך דיון קונקרטי בממצאי הביקורת הפנימית שנכתבו בדוח על המערך לרישום תרכיבים, זאת בנוכחות מבקר הפנים ובנוכחות נציגים רלוונטיים של השו"ט. על הנהלת המשרד לקיים לאלתר דיון בממצאי דוח מבקר הפנים ולפעול לתיקון ליקויים עליהם הצביע, ככל שלא תוקנו עדיין. לפי מסמכי המשרד שיעור עדרי הצאן בנגב שחוסנו נגד ברוצלוזיס היה בשנת 2014 כ-30% בלבד- ומכאן שכ-70% מן העדרים לא היו מחוסנים נגד המחלה.
עולה אפוא כי לא זו בלבד שהשו"ט לא אכפו על המגדלים את חובת החיסון נגד ברוצלוזיס, גם לא היה מעקב או פיקוח כדי לדעת אם המגדלים מחסנים את הצאן, והחיסון ניתן רק לעדרים של מגדלים שפנו ביוזמתם לשו"ט. כאשר התגלו ראשי צאן נגועים בברוצלוזיס השו"ט לא פעלו באופן עקבי כדי להבטיח שהעדרים נקיים מן המחלה. יוצא אפוא, כי התנהלות השו"ט לא היה בה די כדי למזער את שיעורי התחלואה בקרב העדרים בנגב. לפי נתונים שאספו השו"ט ודגימות שביצעו בשנים 2014 ו-2015 הם מצאו כי שיעורי התחלואה במחלה בעדרי הצאן בנגב הם 15% עד20% . לדברי מנהל השו"ט בשדה, אלה הם שיעורים גבוהים. יתרה מזו, מנהל השו"ט בשדה ציין לפני נציגי משרד מבקר המדינה כי שיעור התחלואה בשנת 2016 היה אף גבוה יותר: מנתונים שמסר למשרד מבקר המדינה עולה כי בשנת 2016 היו26% .מעדרי הצאן בנגב נגועים במחלה