רשות המיסים בישראל . פיקוח רשות המיסים על המעברים היבשתיים בביקורת התברר שמדובר בתופעה שיטתית של מבריחים המנסים להעביר את הטבק ומוצריו בכל דרך שהיא לתחומי ישראל ומנצלים את אוזלת ידה של מערכת האכיפה הרופפת לביצוע הברחות חוזרות ונשנות, כאשר המקרה הגרוע ביותר מבחינתם הוא תשלום קנס, שלאחריו הם חוזרים לפעול. בעניין זה יש לציין כי עקב המיסוי הגבוה על טבק ומוצריו רווחי המבריחים גבוהים במיוחד. כך, על פי הערכת רשות המיסים, אובדן מס , רק באזור ברטעה וריחן, 2017 קנייה ומע"ם בשל הברחות הטבק בשנת מיליון ש"ח. על סכום זה יש להוסיף את אובדן מס ההכנסה.790-נאמד ב משרד מבקר המדינה ממליץ לרשות המיסים ולצה"ל להסדיר נוהל עבודה ביניהם שיקבע באופן ברור מתי ואיך לקיים את בדיקות הרכב והטובין המועברים במעברים הצפוניים. משרד מבקר המדינה ממליץ לרשות המיסים לבחון את היקף כתבי האישום, כדי לוודא שמתנהלת אכיפה אקטיבית לנוכח היקף התופעה. בבדיקת משרד מבקר המדינה התברר כי המינהל האזרחי הוסיף על המעברים הרשמיים שנקבעו בצו האלוף להעברת סחורות, מעברים נוספים שדרכם ניתן להעביר טובין מתחומי ישראל לרשות הפלסטינית, כמו: מעבר המנהרות, מעבר ביתר ומעבר בחורים (חיזמה). יש לראות בחיוב את הגדלת המעברים לטובת הגדלת הסחר וטיוב השירות. עם זאת תוספת המעברים חייבה שגם בהם תהיה נוכחות של בודקי מכס לצורך בדיקת הטובין. הועלה כי רשות המיסים לא הגדילה בהתאם את מצבת כוח האדם במנר"מים, שגם כך הייתה במצוקת כוח אדם, וכך נותרו פחות בודקים פנויים לביצוע התצפיות או לעריכת בדיקות שוטפות. בהיעדר נוכחות של בודקי רשות המיסים בשטח יכולים גורמים עברייניים לנצל את המצב ולבצע הברחות של טובין בהיקף נרחב. כמו כן יש למצב זה השלכות ביטחוניות שכן הגורמים העברייניים עלולים גם להעביר טובין האסורים להעברה לתחומי הרשות הפלסטינית מסיבות ביטחוניות. משרד מבקר המדינה העלה כי לשלושה נישומים היה תיק סגור במס הכנסה אף על פי שהם נתפסו בפעילות עסקית, וכי המידע על כך לא הועבר מיחידת המעברים אל אגף מס הכנסה, אף שמדובר בהעברה פנימית בתוך רשות המיסים. עוד נמצא בבדיקת משרד מבקר המדינה בהעברת 2018- ו2017 כי לאחד הנישומים שנתפס חמש פעמים בשנים טובין ללא תיעוד, בסכום של מאות אלפי ש"ח, קיימת יתרה להחזר במס .2018 ש"ח, נכון לנובמבר40,477 הכנסה של משרד מבקר המדינה מעיר כי על רשות המיסים לאכוף גביית מס אמת, ובמיוחד ממי שכבר נתפס כמה פעמים בהעברת טובין באופן שיטתי ללא תיעוד כחוק. על כן על רשות המיסים ליצור תיאום בין המנר"מים לבין תחנות המע"ם ומשרדי מס ההכנסה, ולהביא לכך שכל מידע שיש בו כדי ללמד על הכנסתו של העוסק או הנישום יטופל ותוטל בגינו השומה המתאימה, כגון: פסילת ספרים וקביעת שומה חדשה. משרד מבקר המדינה ממליץ לרשות המיסים לנוכח המתואר לעיל לבחון מינוי מרכז תפיסות כחלק מהתקינה, שיעבור הכשרה מתאימה ויוכל לרכז את כל התפיסות של ניסיונות ההברחה או של עבירות המכס האחרות ואת המשך הטיפול בעבריינים והרתעתם. משרד מבקר המדינה רואה בחיוב את התגובה ומציין בפני רשות המיסים כי עליה להגיע ככל הניתן לנתוני אמת בכל הקשור להתחשבנות עם הרשות הפלסטינית. כמו כן, מומלץ כי רשות המיסים תבחן חיוב מלכ"רים בדיווח שנתי המבוצע על ידם לרשויות המס לפרט נתונים על אודות רכישת טובין מעוסקים בתחומי הרשות הפלסטינית לצורך שיווקם בשטחי מדינת ישראל, ובדרך זו תוכל המדינה להתחשבן בגין סכומים אלו למול הרשות. בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי בבית המכס נהר הירדן אין חלוקה למסלולים אדום וירוק לנוסעים, כך שלמעשה יש רק מסלול אדום, ועל כן מחויב כל נוסע העובר במעבר להצהיר על טובין שברשותו המחייבים מסירת הצהרה. אם הנוסע לא הצהיר או שהצהיר הצהרה חלקית על טובין חייבי מס שנתפסו ברשותו, רשאי פקיד המכס להטיל עליו סנקציות שונות, כמו חילוט וכופר. מכיוון שיש קושי אובייקטיבי לבדוק את כל הנוסעים העוברים במעבר, האכיפה נעשית רק כלפי מי שנבדק ונתפס, דבר הפוגע בהרתעה מפני ביצוע הברחות. משרד מבקר המדינה ממליץ לרשות המיסים לשקול לפתוח בבית המכס מסלול אדום ומסלול ירוק כמקובל בכל בית מכס. בביקורת נמצא כי לעיתים, הן עקב הזמן הקצר המוקצה לתגובה והן מהסיבה שסכום הטובין שהפרו לכאורה את זכות הקניין הרוחני אינו גבוה, מייצג בעל הזכות לקניין הרוחני מוותר על הגשת התובענה לבית המשפט. במקרה כזה בית המכס משחרר את הטובין ליבואן, וזה מצדו יכול למכור אותם לציבור תוך הפרה לכאורה של זכות הקניין הרוחני. כך נוצר מצב שבו יבואן המפר זכויות יוצרים יכול למכור את המוצר שאינו מקורי לציבור, וזה רוכש אותו מתוך אמונה שמדובר במוצר מקורי. ה זו, הפוגעת בציבור הצרכנים, ראוי שתבוא לידי פתרון, ועל כן מומלץ ָנּלקו לרשות המיסים לבחון את האפשרות לפעול לתיקונה כך שלא ייווצר מצב שבו בתי המכס ישחררו ליבואנים טובין הכרוכים בהפרת זכויות יוצרים ויאפשרו למכור בישראל מוצרים מזויפים אלו תוך הפרת זכויות יוצרים.
בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי במהלך התקופה לא פעלה רשות המיסים להוסיף כוח אדם ותפקידים במבנה הארגוני של מעבר אלנבי באופן