משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . פיקוח ובקרה על פעילותן של חברות תשתית בתחום התחבורה היבשתית אמנם בשנת 2015 החל משרד התחבורה לנקוט צעדים כדי להגביר את מעורבותו בתהליכ י תכנון הפרויקטים המבוצעים על ידי חברות התשתית, אולם מהאמור לעיל עולה כי עד אז לא הגדיר משרד התחבורה את הצורך ללוות תהליכים אלה. לפיכך חברות בקרת העל לא היו מעורבות כלל בתהליכי התכנון עצמם, אלא החלו את עבודתן רק בסיום שלב התכנון, וביצעו רק בדיקה בדיעבד של תוצרי התכנון. האגף לתכנון תחבורתי ליווה את תהליכי התכנון באופן חלקי בלבד, ובעיקר נתן מענה על צרכים ובעיות שהעלו חברות התשתית בשלב הדיונים במוסדות התכנון. הצעדים עליהם החליט משרד התחבורה עדיין לא מיושמים במלואם ואינם מקיפים את כל תהליכי התכנון. משרד מבקר המ דינה מעיר כי נוכח הליקויים שהועלו לעיל בתכנון הפרויקטים, על משרד התחבורה להטמיע במלואם את תהליכי הבקרה על שלבי התכנון השונים, ולהקפיד על כך שתכנון הפרויקטים יעמוד בסטנדרטים של איכות, אפקטיביות ויעילות. למעורבות משרד התחבורה בתכנון פרויקטים עשויה להיות חשיב ות רבה, בייחוד בשלב התכנון הראשוני. תשומות גורמי הבקרה עשויות להועיל בשלב זה - שהוא השלב המכריע בקביעת דמותו של הפרויקט - בין היתר באמצעות בדיקת החלופות המוצעות, בהצעת חלופות נוספות שלא הוצגו על ידי המתכננים ובהשוואה בין החלופות. חשוב לציין כי תהליכי תכנון לקויים לא זו בלבד שהם פוגעים בקידום הפרויקטים, אלא עלולים גם לחשוף את חברות התשתית לתביעות מצד קבלני הביצוע, ובסופו של דבר אף לחייב את המדינה להעביר לחברות התשתית תקציבים נוספים לצורך תוספות תשלום בגין התביעות. מהאמור לעיל עולה כי במהלך השנים התגלו ליקויים מהותיים בפעילות הכספית של חלק מחברות התשתית ובתהליכי ההתחשבנות בינן לבין משרד התחבורה. רק בשנת 2013 החל המשרד לבחון את תהליכי אישור התשלומים ולגבש נהלים ומתודולוגיות לחברות התשתית, לחברות הבקרה, ולמחלקות השונות בתוך המשרד העוסקות באישור התשלומים הללו. בשל העובדה שהנושא לא הוסדר במשך השנים, כל חברה מגישה למשרד התחבורה ולחברת הבקרה את החשבונות באופן שונה וברמת פירוט שונה. עד מועד סיום הביקורת רק חלק מהפעולות שהומלצו בטיוטת המתווה לטיפול בסיכוני המפתח יושמו. על משרד התחבורה להמשיך ולבצע שינויים בתהליכי העבודה כדי לטפל בסיכונים שהועלו בסקר הסיכונים. כן על המשרד לקדם לאלתר את הנוהל לבקרת חשבונות ולוודא את יישומו. 2. משרד התחבורה, מתוקף היותו המממן את החברות והגורם שמזמין את רוב העבודות, רשאי לתת לחברות הוראות שונות במסגרת התחומים שנקבעו בהסכמים ביניהם. אולם הביקורת העלתה כי בהסכמים לא צוין במפורש שעל החברות לקבל את ההנחיות וההוראות שהמשרד הוציא לגביהן ויוציא בעתיד. דבר זה עלול להטיל ספק ולעורר פרשנויות שונות לגבי עצם חיוב החברות לפעול לפי הוראות המשרד. לכן, על משרד התחבורה לשקול להוסיף לתקנונים של החברות או להסכמים עם החברות סעיף מפורש שיבהיר סוגיה זו. הביקורת העלתה כי משרד התחבורה לא הכין התייחסות סופית למכתבו הראשון של המשנה ליועמ"ש, וממילא לא שלח אותה כלל. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי נוכח חשיבות הדיון ותפקידו המרכזי בתחום, ובפרט בפיקוח ובקרה על חברות התשתית, היה עליו לגבש את עמדתו ולתת את התייחסותו הסופית בסוגיה. עד מועד סיום הביקורת, החשכ"ל, הממונה על התקציבים, מנהל רשות החברות ומנכ"לית משרד התחבורה לא הקימו את הצוות המשותף לגורמי הממשלה, כפי שנקבע בהחלטת הממשלה מ -2016. עלהגורמים הנוגעים בדבר לפעול בהקדם ליישום החלטת הממשלה ולהקמת הצוות לשם שיפור הבקרה על חברות התשתית. כמו כן, יש למנות גורם שיהיה אחראי לפעילות הצוות ולקבוע יעדים ברורים ולוחות זמנים קצרים להשלמת פעילותו. מהמתואר לעיל עולה כי הגורמים האחראים לבקרה על החברות הממשלתיות בתחום תשתיות התחבורה ידעו במשך זמן רב על הפוטנציאל הגדול לסיכונים אפשריים במסגרת פעילותן של החברות, בין היתר פגיעה בטוהר המידות ושימוש לא ראוי בתקציבים המועברים מ המדינה. זאת על רקע הפער שבין הסמכויות הרחבות שניתנות לחברות התשתית להוצאות מתקציב המדינה ובין הקושי לבצע פיקוח ובקרה נאותים על יהן. אולם על אף המודעות למצב האמור לעיל ועל אף החלטת ממשלה שהתקבלה בנושא שיפור הבקרות על החברות הממשלתיות, לא פעלו גורמי הממשלה כנדרש כדי לשפר את מנגנוני הפיקוח והבקרה על חברות התשתית. פרשת נת"י משקפת ביתר שאת את הכשלים במודל הקיים של הבקרה על חברות התשתית , הן הפנימית והן החיצונית, ובעיקר בנוגע ל מקומם ולתפקודם של "שומרי הסף" בחברות, שאמורים לשמור על המינהל התקין וטוהר המידות. פרשה זו העלתה על סדר היום את הצורך בביצוע בדיקה מעמיקה של מנגנוני הבקרה על חברות התשתית כולן, במטרה לטייב את תהליכי הבקרה ולמנוע מקרים של מינהל לא תקין ופגיעה בטוהר המידות. מנתוני הלוח עולה כי במרבית התקופה שנבדקה לעיל כיהנו מעט דירקטורים מטעם המדינה, ובחברות מסוימות בחלק מהזמן מספר הדירקטורים היה אף נמוך מהמספר המזערי שנקבע, דבר העלול לפגוע בתפקוד החברות33 ,. למשל ככל שמספר הדירקטורים יגדל, כך הניסיון והמומחיות שלהם יהיו מגוונים יותר והדבר ישתקף בעבודת ועדות הדירקטוריון השונות. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה ולאגף החשכ"ל כי עליהם להסדיר את האחריות לנושא ולפעול בהקדם לחתימת הסכמים עם החברות שעדיין לא נחתמו עמן הסכמים. משרד מבקר המדינה מעיר לרשות החברות כי נוכח חשיבות הנושא ודחיפותו, עליה להחיש את פעולותיה לקידום הבחינה האמורה, כדי שתוכל לבצע הערכה מושכלת לגבי תפקוד הדירקטוריונים של החברות הממשלתיות, ומידת תרומתם בפועל לתפקודן התקין של החברות וכדי שתוכל להפיק את הלקחים המתחייבים. מהאמור לעיל עולה כי חלק מהדירקטוריונים של חברות התשתית פעלו באיוש חלקי ביחס למקסימום האפשרי שנקבע, ולעתים מספר הדירקטורים היה אף קטן מהמספר המזערי של דירקטורים שנקבע לדירקטוריון החברה ; בחלק מהדירקטוריונים לא מונה יו"ר קבוע במשך תקופה ממושכת. מההתכתבויות בין גורמי הממשלה ומדוח ביקורת קודם על חברת נתיבי איילון עולה כי חלק מהדירקטוריונים לא קיימו דיונים מעמיקים בנוגע לפעולות הליבה של החברה, וכי היה תיאום רופף בינם לבין מערך הבקרה בחברה. עולה חשש כי מצבים כמתואר לעיל עלולים לפגום בתפקודו של הדירקטוריון כגורם מפקח יעיל ואפקטיבי. לנוכח תפקידו המרכזי של הדירקטוריון בחברות הממשלתיות, מן הראוי שהשרים יפעלו למינוי דירקטורים מתאימים באופן סדיר כדי למצות את המיטב מפוטנציאל התרומה של הדירקטוריון, בין היתר כדי לשפר את תפקוד החברות, להבטיח פיקוח נאות על פעילותן ולמנוע פגיעה באינטרס הציבורי. כן עליהם לוודא שהדירקטוריונים ידונו במרכיבים המהותיים של פעילות החברות, ושכל המידע הדרוש לקיום דיונים אפקטיביים יהיה גלוי לפניהם. אירוע זה הוא דוגמה לכשל של מנגנוני הבקרה, בייחוד נוכח סכומי הכסף הגדולים שהיו מעורבים ונוכח התמשכותו במשך כשלוש שנים, והוא מחזק את הצורך בהגברת הפיקוח והבקרה, בייחוד בנושא התשלומים. משרד מבקר המדינה מדגיש כי על משרד התחבורה, חשבות המשרד, חברות הבקרה וחברות התשתית להמשיך ולפתח מנגנונים שימנעו הישנותם של מקרים דומים למקרים שהובאו לעיל. גם הביקורת הנוכחית העלתה כי לא אחת כשלים בתהליכי התכנון גורמים לבעיות בשלב הביצוע. הדבר מתבטא לעתים תכופות בצורך לשנות את תכולת הפרויקטים, וכתוצאה מכך הביצוע בפועל שונה מכתב הכמויות המקורי. דבר זה מעלה את הצורך לא שר שינויים בפרויקטים ולשלם תוספות תשלום לקבלנים, ואף מהווה פעמים רבות עילה לקבלנים להגיש תביעות נגד החברה הממשלתית. להלן דוגמאות שממחישות זאת: משרד מבקר המדינה מעיר כי ביצוע שינויים בתכולת פרויקט בשלב הביצוע מייקר במרבית המקרים את עלויותיו. על חברות התשתית להקפיד על כך שתהליך התכנון יהיה איכותי ויסודי במטרה להקטין את אי -הוודאות בפרויקטים ובכך להקטין ככל האפשר את השינויים בתכולת הפרויקטים ובכתבי הכמויות בשלב הביצוע, ולבצע את הפרויקטים ביעילות המרבית, תוך חיסכון בעלויות. משרד מבקר המדינה מעיר כי למרות הליקויים שעליהם הצביע, הליקויים שעליהם הצביעה חברת בקרת העל והתרעותיה של החשכ"לית, בפועל לא גובשה תכנית הבראה בתחומי הביצוע עבור נת"י, לא נערך דיון מעמיק בעניין ואף הועברו לאחריות נת"י פרויקטים שהיו אמורים להיות מבוצעים על ידי חברות תשתית אחרות. משרד מבקר המדינה מעיר כי על משרד התחבורה ורשות החברות לתת דעתם לרגישות המיוחדת שנלווית לתפקידם של מנהלי פרויקטים בחברות ולהעסקתם ולקבוע כללים למניעת ניגודי עניינים של מנהלי הפרויקטים, וכן לגבש מנגנונים לשיפור הפיקוח והבקרה על עבודתם ומנגנונים לשימור הידע הנצבר אצל מנהלי הפרויקטים בחברות התשתית. מכאן שאף על פי שחלק ניכר מעלויות ההקמה והתפעול של פרויקטים בשיתוף המגזר הפרטי ממומ ן מתקציב משרד התחבורה, מרבית תהליכי הבקרה שמפעיל משרד התחבורה אינם מופעלים על פרויקטים אלה. על פי נוהלי משרד התחבורה תהליכי הבקרה אמורים לסייע גם בשיפור איכות הביצוע של הפרויקטים. זאת, נוסף על אחריות חברות התשתית לקיים מנגנוני בקרה והבטחת איכות. בפועל טיוטת נוהל בקרות והנחיות משרד התחב ורה לחברות הבקרה שמות את הדגש בשלב ביצוע הפרויקטים על מעקב אחר עמידה בתקציב ובלוח הזמנים של הפרויקטים (על ידי חברות בקרת העל) ועל בדיקת דרישות תשלום (על ידי חברות בקרת ביצוע תשלומים), אך חסרות תוכן ממשי בנושא הבקרה על איכות הפרויקטים. בעקבות זאת, גם בדוחות הבקרה של חלק מחברות בקרת העל נושא הבקרה על איכות הפרויקטים תופס מקום מצומצם יחסית או שכלל אינו מטופל. מהדוגמאות שלעיל ניתן לראות שלמרות פעילות חברות הבקרה, קיימים כשלים רבים בניהול הפרויקטים, שמתבטאים בסופו של דבר בחריגות מתקציב, בעיכובים ניכרים בלוחות הזמנים ובלי קויים באיכות הפרויקטים. לעתים, כאשר מסתמן עיכוב בלוח הזמנים, נאלצות החברות לבצע שינויים משמעותיים בתכנון המקורי על מנת לעמוד בלוחות הזמנים. שינויים אלה עלולים לגבות מחיר במונחי תקציב. על משרד התחבורה לבצע עבודת מטה כדי לבחון את סוגי הכשלים ואופיים ולפעול למניעתם, בין היתר לקבוע נהלים כדי למנוע התקשרות חוזרת עם ספקים שבעבר התגלו כשלים בעבודתם, כגון על ידי מנגנון הערכת ספקים. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה ומשרד האוצר לבחון את התקלות שאירעו ואת הטענות השונות ולוודא שההסכמים עם חברות התשתית ישקפו את תפיסת הבקרה שלהם ואת שיטות הבקרה שברצונם להחיל על חברות התשתית. משרד מבקר המדינה מעיר כי בכך שמוצגים סך שינויי התקציב בכל פרויקט, ללא פירוט נוסף של סך ההפחתות וסך התוספות בסעיפים השונים, מתקבלת תמונה לא מלא ה של השינויים בפרויקט, ומשרד התחבורה מאבד היבטים חשובים בבקרה על הפרויקטים ותשומות לצורך הפקת לקחים ושיפור תהליכים. על משרד התחבורה ואגף החשכ"ל לדאוג שיוצגו לפניהם השינויים המהותיים בפרויקטים בבהירות ושיהיה פירוט נפרד לגבי הפחתות ותוספות. משרד מבקר המדינה מעיר כי מעבר לשיפור תהליכים בתוך חברות התשתית, על משרד התחבורה להסדיר את תהליכי הדיווח והאישור של תוספות תשלום לקבלנים. .בביקורת נמצא כי רק חלק מחברות התשתית משתמשות במערכות שבאמצעותן בוחנת חברת הבקרה באופן ממוחשב ובלתי אמצעי מסמכים הקשורים לפרויקטים. ללא גישה ישירה למערכות המידע ולמסמכים של חברת התשתית, חברת הבקרה תלויה בשיתוף פעולה מצד חברת התשתית. הביקורת העלתה כי הדיונים בצוות המשנה בנושא זה לא תועדו בפרוטוקול. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה ולאגף החשכ"ל כי עליהם לקיים בנושא זה דיון יסודי ומתועד. עליהם לדאוג לכל הפחות לכך שבמקרים שבהם הבקרה מפוצלת, חברות הבקרה ישתפו זו את זו במידע על הפרויקטים ועל התנהלות חברת התשתית, ואף יקיימו דיונים משותפים. המהלכים האחרונים של אגף החשכ"ל ושל משרד התחבורה מעידים על כך שקיים צורך להעמיק את הבקרות על הפרויקטים המבוצעים בשיתוף המגזר הפרטי. משרד מבקר המדינה מעיר כי על אגף החשכ"ל ומשרד התחבורה לבחון לעומק את הבקרות הקיימות בפרויקטים בשיתוף המגזר הפרטי ולוודא שמתבצעת בקרה מלאה על הפרויקטים, הן בשלב ההקמה והן בשלב התפעול. . משרד מבקר המדינה מעיר כי התרחשותם של מקרים אלה במשך כשלוש שנים מעידה כי קיימים נקודות תורפה וכשלים של ממש בהליך אישור דרישות התשלום, הן בתהליכי הבקרה בנת"י עצמה, הן בשיטות העבודה של חברת הבקרה והן בתהליכי הבקרה והאישור במינהל התשתיות ובחשבות של משרד התחבורה. בין היתר ניתן להצביע על הבעיות שלהלן: נת"י הגישה את דרישות התשלום בקובצי Excel ועדכנה אותם באופן ידני; נת"י הגישה חלק מדרישות התשלום לחברת הבקרה עוד בטרם הושלמו הליכי האישור הנדרשים בתוך החברה; חברת הבקרה בודקת את דרישות התשלום של נת"י באופן מדגמי ואין מספיק מנגנונים המונעים מצבים של הגשת דרישות תשלום כפולות או תשלומים לא סבירים; למשרד התחבורה אין מספיק כלים שיאפשרו לו לאתר תשלומים לא סבירים והעברות כספים שגויות; מערכות המידע של משרד התחבורה לא מאפשרות לקשר ולהשוות בין הסכומים שהומלצו לתשלום על ידי חברות הבקרה, התשלומים שמשרד התחבורה העביר לחברות התשתית, והתשלומים שחברת התשתית שילמה לספקיה. מהדוגמאות לעיל עולה כי יש מקרים שבהם החלטות מהותיות בפרויקטים מתקבלות בלי שמתקיים דיון ממצה בהערות של חברות הבקרה ובהנחיות של נציגי הממשלה הנגזרות מהערות אלה, ובדוגמה הראשונה שהוצגה לעיל - אף טרם הגשת דוח על ידי חברת הבקרה. משרד מבקר המדינה מעיר למשרדי התחבורה והאוצר כי מאחר שחברת הבקרה היא הגורם המקצועי היחידי שבודק את הפרויקטים מטעמם, עליהם לעמוד על כך שייערכו דיונים ממצים בהערות חברות הבקרה. היעדר מינויים קבועים של בעלי משרה המתפקדים גם כ"שומרי סף" פוגע מהותית בפיקוח ובבקרה הפנימית בחברות ומעלה חשש ל תקינות התפקוד של החברות עצמן. ראוי שהרשות, משרד האוצר ומשרד התחבורה ישקלו את הצעת הפרקליטות להגדיר תפקידים חשובים מסוימים כ"תפקידי ליבה" שלא יוצאו למיקור חוץ, ואף לשקול לקבוע תנאי סף מזעריים למילוים. בביקורת נמצא כי מאחר שלא הוקם צוות משותף של גורמי הממשלה לשיפור הבקרה על חברות התשתית כפי שנקבע בהחלטת ממשלה, גם שאלת כפיפותם של "שומרי הסף" לא נידונה לעומק והדיון לא מוצה. משרד מבקר המדינה מעיר כי בשל חשיבות הנושא, על משרדי התחבורה והאוצר, רשות החברות והיועץ המשפטי לממשלה לקיים דיון סדור בשאלת מינוים של "שומרי הסף", כפיפותם והבטחת תפקודם המקצועי, ולנקוט את הצעדים הנדרשים, ככל שיימצא שיש בכך צורך. . מהאמור לעיל עולה שקיימים כשלים בתפקודם של מנגנוני הממשל התאגידי בחברות התשתית או בחלקן. כמו כן קיימים ליקויים במינוי דירקטורים והועלו ספקות בדבר מקצועיותם ותפקו דם של חלק מהם. עד כה לא גיבשו גורמי הממשלה עמדה נחרצת בנושא אופן המינוי לתפקידים הנחשבים "שומרי סף" ובשאלת כפיפותם של בעלי תפקידים אלה להנהלות החברות, וכפועל יוצא מכך מידת עצמאותם. הליקויים הרבים העולים פעם אחר פעם בנושא החשוב והמרכזי של ניהול מכרזים והתקשרויות מעידים שלא תמיד עולה בידי "שומרי הסף" בחברות הממשלתיות למנוע התנהלות לא תקינה ופגיעה בטוהר המידות, ושהדירקטוריונים לעתים אינם מעורבים מספיק בנושא. על רשות החברות, משרד האוצר ומשרד התחבורה לשקול בכובד ראש את הדרכים שבהן יוכלו הדירקטוריונים, "שומרי הסף", ההנהלות וועדות המכרזים והחריגים למלא את תפקידם באופן הטוב ביותר ולסייע בשמירה על מינהל תקין ועל כספי הציבור. הליקויים שהועלו בפרק זה מצביעים על החשיבות והחיוניות בהקמת הצוות המשותף לגורמי הממשלה לאלתר. על הצוות לבחון את הליקויים שהועלו ולגבש פעולות מחייבות לתיקונם. על פי המתואר לעיל, במשך השנים עלו ליקויים רבים וחמורים בכל הנוגע להליכי ביצוע התקשרויות ולדרכי עבודתן של ועדות המכרזים וועדות החריגים במרבית חברות התשתית52 . התופעות שנחשפו בנת"י והליקויים שהועלו בחברות נוספות מצביעים על הפרה של חוק חובת המכרזים ותקנותיו ופוגעים קשות במינהל התקין, בעקרון השוויון, ובאמון הציבור בחברות הממשלתיות ובממשלה בכלל. מנגנון "שומרי הסף" בנת"י לא סייע במידה מספקת בזמן אמת לסכל את שיטות העבודה שתוארו לעיל, והן נחשפו ונחקרו רק לאחר זמן ממושך. חשוב לציין ש גם מנגנוני הבקרה הקיימים של משרד התחבורה ומשרד האוצר לא נתנו מענה מספק בעניין זה. כל אלה מצביעים על הצורך לבחון מחדש ובאופן מעמיק, אך בתקופת זמן קצרה, את מנגנוני הפיקוח והבקרה על נושא ניהול המכרזים וההתקשרויות בחברות התשתיות ולבחון דרכ ים לחיזוקם של המנגנונים הללו. כך למשל, ראוי לבחון את היתכנותן של הצעות שעלו בנושא זה, כגון הסדרת פעילותה ודרכי עבודתה של ועדת החריגים בתקנות חובת המכרזים; ייסוד מנגנון דיווח לחשכ"ל על אישור חריגים מהותיים; ביצוע בקרות תקופתיות על ידי גורמי מקצוע על החלטות ועדות החריגים של חברות התשתית; בחינה תקופתית של הרכב ועדות המכרזים וועדות החריגים; מינוי כמה יושבי ראש כשירים לוועדת החריגים בכל חברה, כשכל התכנסות של הוועדה תהיה עם יוש ב ראש אחר ולא ידוע מראש ועוד. תחום המכרזים וההתקשרויות בחברות התשתית הוא תחום רגיש שמעורבים בו סכומי כסף גדולים, והוא טומן בחובו פוטנציאל למינהל לא תקין ואף לפגיעה בטוהר המידות. הגורמים הממשלתיים שמים דגש על הצורך לשמור על עצמאות החברות בכלל ובניהול המכרזים בפרט. אולם מהאמור לעיל עולה ספק שמא מנגנוני הבקרה הנוכחיים אינם נותנים מענה מספק לסיכונים בעניין זה. על הגורמים האחראים להתנהלות חברות התשתית ללמוד את הכשלים שהועלו בתחום של מכרזים והתקשרויות בחברות הממשלתיות ולפעול למיגורן של תופעות שנחשפו ואשר פוגעות קשות במינהל התקין, בעקרון השוויון, ובאמון הציבור בחברות הממשלתיות ואף בממשלה. כמו כן, עליהם לפעול כדי להגביר את האפקטיביות של הבקרות בחברות - הן הפנימיות והן החיצוניות. על מנת להתגבר על כשלים אלה, על ג ורמי הממשלה השונים לפעול בשיתוף פעולה ותיאום מירבי, ולבחון לעומק את ההצעות השונות שהועלו לפתרון הליקויים הרבים בנושא ניהול הרכש וההתקשרויות. על כן זהו אחד הנושאים העיקריים העומדים לפתחו של הצוות המשותף לגורמי הממשלה שהקמתו מתחייבת מהחלטת הממשלה מ-2016. משרד מבקר המדינה מעיר כי הסכמי פשרה מהווים פתח למינהל לא תקין. משרדי האוצר והתחבורה ורשות החברות לא קבעו ת הליך סד ור לניהול פשרות המבוצעות על ידי חברות התשתית ולבקרה עליהן, כמו למשל פרסום הנחיות ונהלים לחברות התשתית לגבי אופן ניהול הליכי פשרה עם ספקים; קביעת קריטריונים למקרים ש בהם ניתן לנהל הליך במטרה להגיע לפשרה ומקרים שלא ; הגורמים ש רשאים לנהל הליך זה ; ואופן ה בקרה והדיווח על ההליכים ותוצאותיהם. נוכח ההיקפים הכספיים הגבוהים של הסכמי הפשרה - שתמורתם משולמת מתקציב המדינה - והרגישות של הנושא מבחינת מינהל תקין בחברות, על גורמי הממשלה ליישם את החלטת הממשלה מ-2016 , ולגבש נהלים על בסיס החלטה זו. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה על שטרם נתן את דעתו לסוגיית תפקידיו של מינהל התשתיות. לדעת משרד מבקר המדינה, ההפרדה בין התפקידים השונים חשובה כדי למנוע מצב שבו קידום הפרויקטים והשלמתם יבואו על חשבון עמידה בתקציב, חיסכון ואיכות הפרויקטים. עוד הועלה בביקורת כי בשנים האחרונות מועסקים במינהל התשתיות שני מהנדסים בלבד (מנהל אגף תשתיות בין -עירוניות ומנהל אגף תשתית ופיתוח עירוני), ויתר עובדי המינהל הם רובם ככולם כלכלנים. כן נמצא כי שני המהנדסים עוסקים בעיקר באישור דרישות התשלום של חברות התשתית, ואינם מעורבים מספיק בקבלת ההחלטות במינהל בכל הנוגע לאישור פרויקטים ובקרה על ניה ולם. כך לדוגמה, בחלק מהמקרים הם אינם משתתפים בדיונים רבעוניים שמקיימים נציגי מינהל התשתיות ואגף החשכ"ל עם נציגי חברות התשתית וחברות הבקרה. בדיונים אלה נידונים, בין היתר, הנושאים הללו: התקדמות הפרויקטים לעומת התכניות, חסמים המעכבים את הפרויקטים, סיכונים אפשריים וסוגיות שהועלו בדוחות הבקרה. היעדרם של אנשי ההנדסה מטעם משרד התחבורה בדיונים פוגם במקצועיות ובבקרה של המשרד וגורם להסתמכות רבה על חברות הבקרה. למנכ"ל של חברה יש תפקיד מרכזי ביותר בהתוויית דרך התנהלות תקינה בחברה. על כל המעורבים בתהליכי מינוי מנכ"לים לחברות הממשלתיות ובפיקוח על תפקודם של המנכ"לים לוודא שהליכי המינוי מבטיחים בחירה של מנכ"לים מקצועיים וראויים, באמצעות הליכי מינוי נאותים ושקופים. כמו כן על הבקרות הפנימיות והחיצוניות לתת תשומת לב מיוחדת לנושא ולהתריע בזמן אמת על כשלים בתפקוד מנכ"לים. תפקידיו של מינהל התשתיות בכל הנוגע לאישור פרויקטים, הוצאתם לפועל ובקרה על ניהולם הם מתפקידי הליבה המרכזיים של משרד התחבורה. לכן, על משרד התחבורה לדאוג שבמינהל התשתיות יימצא צוות מקצועי ומיומן בעל ידע הנדסי רלוונטי, שיוכל להתמודד עם האתגרים הניצבים לפני המינהל, ובכך תקטן התלות של המשרד בחברות הבקרה, בהתאם להערות מבקר המדינה בדוחות הקודמים. במרץ 2017 עדיין לא גובש נוסח סופי לנוהל בקרות והגרסה האחרונה היא מינואר 2016 .. משרד מבקר המדינה מצא גם שהנוהל עדיין אינו מיושם במלואו
חברות התשתית של משרד התחבורה פעילות זה עשרות שנים (בתצורה של חברות ממשלתיות או בתצורות אחרות) בהקמת פרויקטים תחבורתיים הממומנים מתקציב המדינה. במהלך השנים הצביעו דוחות של משרד מבקר המדינה על ליקויים ניכרים במגוון היבטים בתהליכי הבקרה החיצוניים והפנימיים, על ניהול לקוי של פרויקטים ועל ליקויים בניהול מכרזים והתקשרויות. למרות זאת, מהביקורת עולה כי עד שנת 2014 לא נעשתה במשרד התחבורה חשיבה כוללת ומסודרת לגבי תהליכי הפיקוח והבקרה על תפקודן של חברות התשתית ועל תהליכי התכנון והביצוע של הפרויקטים שהן מקימות. בכלל זה לא נעשתה הסדרה מספקת ולא נקבעה מתכונת אחידה לפעילותן, לא היו נהלים וכלי בקרה מספקים ולא גובשו שיטות עבודה שיתמכו בתהליכי עבודה תקינים ויעילים בחברות ובשקיפות של פעילותן כלפי הגורמים המוסמכים מטעם המדינה. במועד סיום הביקורת חלק מהנהלים היו עדיין בתהליך של גיבוש, בחלק מהנושאים היו חסרים נהלים, וכלי הבקרה ושיטות העבודה החדשים עדיין לא הוטמעו באופן מלא. על משרד התחבורה לפעול לסיום גיבוש הנהלים ולהשלמת תהליכי ההטמעה שלהם בהקדם.