משרד החקלאות ופיתוח הכפר . ניהול ענף הדיג מהפרטים שהובאו לעיל התברר שהשו"ט הנפיקו למפעלים אישורי ייצוא אף שידעו שהם אינם עומדים בדרישות של האיחוד האירופי. משרד מבקר המדינה העיר למשרד החקלאות שהדבר אינו תקין וגם עלול בסופו של דבר לגרום נזק כלכלי ותדמיתי למדינת ישראל. כאמור, הפיקוח על איכות הדגים הוא תפקידם של השו"ט. הם אמורים לוודא את הטמעתם ואכיפתם של נהלים והוראות בכל הקשור לשחיטה ולמיון של הדגים לשיווק מקומי ולייצוא ובכל הקשור לעיבודם לייצוא תוך הקפדה על כשירותו הבריאותית של דג שמיוצר ומעובד למאכל אדם; השירותים הווטרינריים אחראי ם גם למניעת הפצתן של מחלות דגים. למרות זאת עד שנת 2009 השו"טלא עסקו בפיקוח על גידול דגי מאכל. הם לא אישרו את החוות לגידול דגים לשוק המקומי ולייצוא כמקומות ראויים לגידול דגים ולא פיקחו עליהן. טריות הדגים אינה נבדקת במעבדה לטיב דגים ומוצריהם בשו"ט. גם שאריות כימיות בדגים שנידוגו בימים אינ ן נבדקות. סקר שנתי המבוסס על דגימה לקויה אינו מאפשר להציג תמונה אמיתית של איכות הדגים ששווקו למאכל באותה שנה. לדעת משרד מבקר המדינה, על השו"ט לדאוג להכנת סקר השאריות לפי התכנית כדי שיהיה אפשר לפעול על בסיס תשתית נתונים מהימנה ולתת לציבור מידע מבוסס על איכות הדגים שצרך. לפי דרישות מדינות האיחוד האירופי, בדיקות טריות הן תנאי לייצוא דגים אליהן. מאחר שהשו"ט לא פיקחו על איכות הדגים, הם לא שלחו למעבדה במשך כל שנות קיומה דגים מתוצרת הארץ. לדעת משרד מבקר המדינה, ההצעה ראויה לבחינה בפורום מקצועי מתאים, כגון הוועדה לאכלוס הכינרת . משרד מבקר המדינה העיר לאגף הדיג שאכיפה לא מלאה של איסור הדיג בבטיחה בתקופת הרבייה של אמנון הגליל פגעה אולי אף היא בהתרבותו בכינרת. .לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד החקלאות ליישם צעדים נחוצים לאישוש הדגה בים התיכון. בישיבה שהתקיימה באוגוסט 2006 ,שבה דנו נציגי משרד החקלאות ונציגי רט"ג בנזקים שגורמות הציפורים לברכות המדגה, נאמר כי רט"ג ממשיכה במדיניות של דחיפת הקורמורנים לכינרת. אגף הדיג לא התנגד לכך ולא התנה זאת בבדיקת השפעתה על הדגה בכינרת, אף שידע במשך שנים רבות שהקורמורנים ניזונים בחורף בעיקר מדגי אמנון. עד תום הביקורת טרם אישרה ועדת הכלכלה את תיקון תקנות הדיג. השבתת הדיג בכינרת לא יצאה לפועל בשל מחלוקת על סכום התמיכה שיינתן לדייגים ועל הקריטריונים לזכאות לה, והדיג בכינרת נמשך עד סוף 2010 .ללא הגבלה כלשהי יחד עם התכנית להשבתת הדיג בכינרת תוכנן גם טיפול מערכתי בדיג בכינרת הכולל הגברת הפיקוח והאכיפה, ניטור ומחקר, גירוש קורמורנים ועוד. בשנת 2010 ההשבתה לא יצאה מן הכוח אל הפועל, והתעכב גם הטיפול המערכתי בדיג. מן הראוי שאגף הדיג יפעל לקדם את הטיפול בנושאים אלה גם ללא קשר להשבתת הדיג. ,סקרי דגהובמסגרתם הפלגות ללב ים, הן פעולות שגרתיות שיש לתכנן ולבצע בקביעות. לדעת משרד מבקר המדינה, תפקידו של מנהל אגף הדיג להסדיר את התקציב לסקרי דגה בסעיף קבוע בראשית כל שנת תקציב כדי שיהיה אפשר לקיים את תכנית העבודה, לאחר שאושרה, בלי שמנהל תחום דיג ימי יצטרך לקבל את אישורו של מנהל אגף הדיג על כל הזמנה. משרד החקלאות לא התייחס בתשובתו לנושא. מנהל אגף הדיג הודיע בתשובתו למשרד מבקר המדינה מינואר 2011 כי "בשלוש השנים האחרונות" חל "שיפור עצום" באיסוף המידע בעקבות גיוס של סוקר דגה חדש בתקן קבוע והעסקת סטודנט. משרד מבקר המדינה הודיע למנהל האגף כי השיפור באיסוף הנתונים עדיין לא היה משביע רצון כיוון שבתשעת החודשים הראשונים של שנת 2008 לא נאספו כלל נתונים, וגם מספר הפלגות הסקר בשנים2008 עד 2010 .לא היה מספיק לדעת משרד מבקר המדינה, צריך לקיים שיתוף פעולה ומשוב בין מנהל תחום דיג ימי, שאחראי לאיסוף המידע מהשטח, לבין מחלקת הפיקוח. לדעת משרד מבקר המדינה, לפני שינוי מדיניות האכלוס של דגיגי הקיפון בכינרת מן הראוי לבצע בדיקת ניסיון לגבי עמידות הדגיגים ממכוני רבייה במימיה כדי לבחון מהי החלופה המשתלמת ביותר. יש לקחת בחשבון את העלות המשוערת של דגיגים כאלה לעומת עלותם של דגיגים מהים. אספקת דגיגי קיפון צפלוס ממכון רבייה במשקל שניים עד חמישה גרם בחודשים אפריל-יוני 2010 מחירה כ-90-70 אגורות לדגיג (תלוי בכמות המוזמנת), בעוד שמחירו של דגיג קיפון צפלוס מהים היה 30 אגורות בלבד. מנהל אגף הדיג הודיע למשרד מבקר המדינה בינואר 2011 שהוועדה לאכלוס הכינרת אימצה את ההמלצה. המסקנות מהנתונים שהובאו לעיל הן כי הזמן המוקדש ל"פיקוח נטו" קצר יחסית. מספר הפקחים אינו מאפשר פיקוח יעיל בכינרת, אף לא בים התיכון. בדוח המסכם את פעילות האגף לשנת 200727 נאמר מפורשות שאגף הדיג אינו מצליח לממש את היעד המרכזי שלו - שימור משאבי הדגה, ואחד הגורמים להידלדלות החמורה שחלה בה, שצוין בדוח, הוא אי-פיקוח ואי-אכיפה. הנתונים מלמדים שמספר עובדי מחלקת הפיקוח אכן מצומצם, וגם אמצעיה דלים, אך גם ניצול המשאבים המועטים הללו לא היה יעיל: הפיקוח לא התקיים במשך כל שעות היממה, ובסופי שבוע היה מצומצם. בהשקעה כספית קטנה יחסית ניתן היה להפעיל סירה נוספת. התוצאה היא שריכוז מאמץ בזי רה אחת פוגע מיד בזירה האחרת - כך היה בתקופת סגירת הבטיחה ( 23.3.10 -21.5.10 ). כאשר העבירו את סירת הגומי הקלה לכינרת נותר אגף הדיג ללא כל אמצעי פיקוח בחופי הים התיכון. המפקחים על חוות הגידול לדגי נוי אינם השו"ט, כפי שצריך להיות לפי פקודת מחלות בעלי חיים, אלא אגף הדיג. בפקודת מחלות בעלי חיים אין חלוקה בין דגי מאכל לדגי נוי, ולכן הפיקוח על כך צריך להיות באחריות השו"ט. .דלדול הדגה הוא תופעה גלובלית שהגורמים לה דומים כמעט בכל מקום בעולם, ובראשם דֵיג יתר. באגן המזרחי של הים התיכון המצב גרוע יותר מן המצב במערבו. שלל הדיג ירד בעשור האחרון בישראל ביותר מ-80%, והדגים המסחריים קרובים לסכנת הכחדה. ניהול דיג בר-קיימא אמור להשיג את המטרות האלה: מצד אחד - שמירה על הדגה כמשאב לאומי מתחדש משנה לשנה. מצד אחר - ניצולו בצורה מיטבית כך שאזרחי המדינה יוכלו ליהנות מדגים טריים שמקורם בים התיכון, בכינרת ובמפרץ אילת. הבדיקה העלתה שניהול הדיג בכינרת ובים התיכון היה לקוי. הדגה בכינרת היא מרכיב חשוב במארג המזון והיא תו רמת לאיזון האקולוגי ולאיכות המים באגם. הדגה התמעטה שם בעשור הראשון של שנות האלפיים והגיעה לשפל חסר תקדים בשנת 2008 . התברר שבכינרת דגו במשך כל העשור הראשון של שנות האלפיים ברשתות שמידת העין שלהן היא בלתי-חוקית - קטנה מהמותר. מנהל אגף הדיג קיבל בשנת 2004 החלטה להתיר את השימוש ברשתות בעלות עין מתוחה של 72 מ"מבניגוד לתקנות אף שלא הייתה לו סמכות לעשות כן, ומשרד החקלאות נתן לדייגים מענקים לרכישתן. ניהולו של אגף הדיג בעניין זה, סגירה לא מיטבית של הבטיחה בכינרת בשנים 2009 ו-2010 בתקופת הקינון וההטלה של אמנון הגליל ואי-טיפול בבעיית הקורמורנים הניזונים מהדגה בכינרת תרמו לדלדולה. עד סוף שנת 2010 לא יושמה החלטת הממשלה להשבית את הדיג בכינרת לשנתיים מאפריל 2010, והדיג בכינרת נמשך. בעת סיום הביקורת היה העניין תלוי ועומד בבית המשפט העליון בשבתו כבית משפט גבוה לצדק. גם הטיפול המערכתי בדיג בכינרת התעכב. במקביל להליך המשפטי ראוי שאגף הדיג יפעל לקדם את הטיפול בנושאים המערכתיים. אגף הדיג לא ניצל ביעילות את המשאבים שעמדו לרשותו כדי לקיום פיקוח יעיל ולא סיפק פתרון הולם לעבריינות הדיג, שתרמה להידלדלות מתמשכת של הדגים. לרשות מחלקת הפיקוח עומד כוח אדם מצומצם, וכתוצאה מכך אין ביכולתה למלא כהלכה את כל המוטל עליה. יש לטפל לאלתר וביסודיות בפיקוח ובאכיפה, ולצורך כך יש להעמיד לרשותה של מחלקת הפיקוח משאבים ואמצעים מספיקים ולהכין תכנית פעולה מסודרת. הפיקוח על איכות הדגים הוא תפקידו של השירותים הווטרינריים . למרות זאת עד שנת 2009 לא עסקוהשו"ט כלל בפיקוח על גידול דגי מאכל. הם לא אישרו את החוות לגידול דגים כמקומות ראויים לגידול דגים ולא פיקחו עליהן. כדי להסדיר את הפיקוח הווטרינרי על גידול דגי מאכל המיועדים לצריכה מקומית ולייצוא יש להבטיח כי שר החקלאות ופיתוח הכפר יתקין תקנות בנושא, ביניהן תקנה בעניין תקן אחיד לשוק המקומי ולייצוא , כדי שהציבור הישראלי יקבל מוצר שאיכותו זהה למוצר המיוצא. יש לדאוג לכך שעובדי הפיקוח בשו"ט יוכלו לאפשר את יישום החוק ואכיפתו, ומנגנון האכיפה יהיה יעיל.
העיון בנתונים מורה שכל המחקרים שיועדו להם כספים היו בענף חקלאות המים. קרן המדען הראשי לא מימנה בעשור זה שום מחקר בענף הדיג הימי.