משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . השירות לנוסע באוטובוס לדעת משרד מבקר המדינה, לאחר שראש אגף בקרה ופיקוח נכלל בצוות המשנה לניקוד ההצעות של המתמודדים השונים במכרז; ונוכח העובדה שהוא נכלל ברשימת הממליצים על החברה לבקרה ושמכתב המלצה של הממונה עליו נכלל במסמכי המכרז, רצוי היה שיימנע מהשתתפות בצוות המשנה ועל המשרד היה למנות עובד מקצועי אחר תחתיו. לדעת משרד מבקר המדינה, במקרים של הפרטה או מיקור חוץ של סמכויות שלטוניות או סמכויות בעלות אופי דומה המבוצעות מטעם משרדי ממשלה, לרבות מנגנוני ניהול בקרה ופיקוח, יש מקום במקרים הראויים לעגן בחוזה עם החברות הפרטיות גם אפשרות להחיל עליהן את הביקורת של משרד מבקר המדינה5 . מדוחות חברת הבקרה וממסמכים נוספים של משרד התחבורה עולים הליקויים הבאים: לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה לפעול להשוואת נספחי הפיצויים שכן נספחי פיצויים שאינם אחידים, גוררים גביית קנסות רק מחלק מהמפעילים בגין אותה חריגה, יוצרים אי שוויון ביניהם, ומקשים על אכיפת הדרישות. נמצא כי משרד התחבורה לא כלל בדיקה זו ברשימת הבדיקות שמבצעת החברה לבקרה, אף כי מדובר בנושא חיוני. . לדעת משרד מבקר המדינה על משרד התחבורה להבטיח שימור והעברת הידע שנמצא ברשות החברה לייעוץ כלכלי, באופן שוטף, שהרי כל אימת שתתחלף חברה לניהול הרפורמה או שיתחלפו חלק מעובדיה, עלולים להיווצר חללי ידע גדולים שיש למלאם מחדש בהשקעה ניכרת. נמצא כי כאשר לא היה בידי נהגי המפעילים אישור קצין בטיחות או שהנהגים סרבו להציג מסמכים תקפים בבקרה הגלויה באוטובוס כגון רישיון נהיגה, רישיון רכב, ביטוח ואישור קצין בטיחות, משרד התחבורה לא דרש לוודא קיומם ולהציגם תוך חמישה ימים כנדרש. לדעת הביקורת על משרד התחבורה להוסיף בקרה זאת לרשימת הבקרות שעל החברה לבקרה לבצע. הליקויים דלעיל אינם עולים בקנה אחד עם תקנות התעבורה, עם החוזים שנחתמו בין משרד התחבורה לבין המפעילים ועם הוראות שונות של המשרד. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה להעמיק את האכיפה בתחומים המהותיים הקשורים לשירות לנוסע, לרבות: נהיגה מסוכנת, חובת דיווח של המפ עילים, עמידה בלוחות זמנים ואדיבות נהגים. על משרד התחבורה לאתר את התחומים בהם אין הנחיות בכלל, כגון נוהלי חירום, או שההנחיות הקיימות אינן מספקות ולדאוג לקביעת הנחיות מחייבות בתחומים אלו, הן למפעילים השונים והן לחברה לבקרה. יש לציין, כי המפעיל דורג במקום 12 מתוך18 מפעילים, כי רמת השירות שהמפעיל סיפק לאשכולות אחרים היתה ירודה ונבעה בעיקר מהעברת תשומות מאשכול אחד לטובת מישנהו. עד מועד סיום הביקורת לא הקים משרד התחבורה מרכז מידע ארצי, ואין באפשרות ציבור הנוסעים לקבל מידע המרכז במקום אחד את כל הפרטים על קווי האוטובוסים של המפעילים השונים. משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה שהצעדים האמורים לעיל היו צריכים להינקט לפני שינוי ההנחיה להגבלת מספר הנוסעים בעמידה. משרד התחבורה הוסיף בתשובתו כי אם פעילויות אלה של המשרד לא יביאו לשיפור, המשרד ישקול שינוי ההנחיה והגדלת המספר המותר של הנוסעים המוסעים בעמידה. התברר כי אף שלאגף התנועה באגד יש מידע על יציאת אוטובוסים מהתחנות ועל תנועתם לאורך הקו (ממערכת נצר ומדווחי נוכחות נהגים), אין הוא משווה אותו ללוח הזמנים המתוכנן. אגד גם אינו מפיק דוחות מעקב תקופתיים אחר עמידה בלוח הזמנים וחריגות ממנו (כגון: איחורים, הקדמות ואי ביצוע נסיעות). לדעת משרד מבקר המדינה על אגד לקיים בירור בכל מקרה של חריגה ניכרת מהמתוכנן ולנהל בקרה נאותה בעניין זה ולהפיק ממנו לקחים. .מהביקורת עולה כי באוטובוסים של אגד אין כל מידע לנוסע על מסלול הנסיעה, או על התחנה הקרובה. לדעת משרד מבקר המדינה על משרד התחבורה להדק את הפיקוח על הטיפול בתלונות הציבור במשרד התחבורה עצמו ובקרב המפעילים השונים. נמצא כי המערכת האוטומטית לספירת הנוסעים שהייתה מותקנת באוטובוסים יצאה מכלל שימוש לפני כחמש שנים, ואגד עדיין לא התקינה במקומה מערכת חדשה. מנתוני משרד התחבורה עולה כי בפועל לא בוצעו 23,000 נסיעות לעומת הנדרש ברישיונות הקווים באותם 12 שבועות מייצגים בשנת 2007 וסה"כ לא בוצעו באותה שנה 98,090 .נסיעות עד מועד סיום הביקורת לא הופעל כרטיס חכם באגד וכתוצאה מאי - הפעלתו אין אפשרות לנוסע באוטובוסים של כמה מפעילים לי הנות מהורדת המחירים שמומשה עם הפעלת הרפורמה, וכל עלייה לאוטובוס הופכת מטרד כתוצאה מתשלום נפרד בגין כל קטע נסיעה.
מהביקורת עולה כי במהלך שנת 2006 היה הדיווח של אגד למשרד התחבורה חסר. בשנת 2007 הוא השתפר, אך עדיין אינו מלא כפי שנדרש על ידי משרד התחבורה. גם מהביקורת של החברה לבקרה על שלושה אשכולות קווים של אגד לשנים 2006 -2007 עולה כי הדיווחים היו חלקיים בלבד.