חברת נמלי ישראל - פיתוח ונכסים בע_מ . פיתוח נמלי הים נמצא כי במועד סיום הביקורת עדיין לא הכינו הנהלת החברה והדירקטוריון שלה מסמכים סופיים המפרטים את מדיניות ייעוד הרווחים של החברה, והדירקטוריון לא הגיש לרשות החברות את הצעתו לייעוד רווחי החברה. רשות החברות אישרה את דוחותיה הכספיים השנתיים של חנ"י אף שלא אישרה את מדיניותה בנושא ייעוד הרווחים ואף שלא ניתן לחברה פטור רשמי מתשלום דיבידנד. משרד מבקר המדינה מעיר כי חנ"י בנתה את השער כתשתית משותפת, והעברתו באופן המתואר לעיל לידי חברת נמל אשדוד מנוגדת לעקרונות הרפורמה בנמלים ולהחלטת הממשלה בדבר חיזוק מודל ה- Land Lord , שלפיו תשתיות משותפות ב נמלים אינן ניתנות למפעיל מסוים, אלא אמורות לעמוד לרשות כלל המפעילים. משרד מבקר המדינה העיר ב - 9.10.11 ,לחנ"י, לחברת נמל אשדוד למשרד התחבורה ולמשרד האוצר על הליקוי שבהפעלת הש ער ללא פרסום כתב הוראות מטעם השרים המורה על ההעברה. משרד מבקר המדינה העיר לרשות החברות באוגוסט 2011 כי לא נמצאו מסמכים המבססים את התיקון בדוחותיהן הכספיים של חברת נמל אשדוד וחברת נמל חיפה לשנים 2005 -2009 שבוצע ללא שום תיאום עם חנ"י, וזאת אף שאחד העקרונות שביקשה לקיים היה שמירה על אחידות הצגת הנכסים בדוחות הכספיים של חברות הנמל ושל חנ"י (עיקרון שנשמר עד אז). יתר על כן, אין בידי חנ"י ובידי רשות החברות מסמכים המסבירים את שינוי עמדתה של רשות החברות מיולי 2011 , ולפיו חנ"י תציג בדוחותיה הכספיים לשנים 2009 ו- 2010 את הענקת הזכויות בנכסים המחוברים כחכירה מימונית, ואילו חברות הנמל יציגו את אותם הנכסים בתור חכירה תפעולית; זאת אף שיש בכך הפרת האחידות של האופן שבו הוצגו הנתונים בשנים 2005 -2008 . בעקבות הביקורת הוציאה חנ"י את הדוחות הכספיים לשנת 2009 באוגוסט 2011 . בסוף נובמבר 2011 החברה עדיין לא סיימה לערוך את דוחותיה הכספיים לשנת 2010 .. על חנ"י להגיש דוחות אלה ללא דיחוי . משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה, לרשות החברות ולחנ"י על הליקוי שבאישור העברת הנכס ללא תמורה וללא מכרז כנדרש על פי חוק. דיני המכרזים נועדו, בין היתר, ליצור שוויון הזדמנויות בין גופים במשק לרכישת זכויות בנכסי המדינה והגופ ים הפועלים מטעמה ולהפיק מעסקאות כאלו תועלת רבה ככל האפשר לקופה הציבורית. הענקת פטור רטרואקטיבי ממכרז להעברת זכויות בנכסים יקרי ערך, חלקם לפחות "ללא תמורה", אינה מתיישבת עם העקרונות העומדים בבסיס דיני המכרזים כאמור. 4 ;). יש מחלוקות בין חנ"י ובין גופים שונים, רובם ממשלתיים (ראו להלן 5 . על פי הערכות של חנ"י, אגירת האבן לבניית שובר הגלים תארך כשנתיים וחצי, ויש להכין מלאי אבן לפני תחילת הבנייה. חנ"י טרם החלה באגירתו; 6 . להקמת נמל חדש באשדוד יש צורך בהקמת נמל עבודה 13 (שעל פי ההערכות תיארך שנתיים), אך בהיעדר החלטה לגבי מיקום הנמל הראשון, עדיין לא החלה חנ"י בהקמת נמל העבודה. 7 . חנ"י עדיין לא קיבלה אישור לפרסם מכרז ליזם שיפעיל את הנמל. עובדה זו מעכבת חלק מעבודות התכנון - אלה מהן התלויות בשיטות העבודה של המפעיל העתידי. על פי הערכות של חנ"י, גם אם יוחל מיד בקידום מואץ של הפרויקט, הנמל הראשון שיוקם לא יהיה מוכן לתפעול לפני שנת 2018 , כלומר שלוש שנים לפחות לאחר המועד שנקבע בהחלטת הממשלה משנת 2007 . מצב זה עלול לפגוע ברמת השירות בנמלים ובכלכלת ה מדינה עקב חוסר קיבולת מספקת בנמלים. .נמצא כי הוועדה הבין -משרדית התכנסה שבע פעמים בלבד: שלוש פעמים בשנת 2007 , פעם אחת בשנת 2008 ושלוש פעמים בשנת 2009 . כלומר, זה כשנתיים לא התכנסה הוועדה כלל. כמו כן לא נמצאו במשרד התחבורה שלושה פרוטוקולים מדיוני הוועדה בשנת 2009 . ועדת המשנה שהוקמה לצורך טיפול בסוגיית יחסי העבודה - הסוגיה העיקרית המעכבת את מימוש תכניות הפיתוח - לא התכנסה כלל. הוועדה לא ביצעה אפוא את המוטל עליה בעניין ריכוז עבודת המטה וליווי התכניות הסטטוטוריות לצורך קידום פיתוח הנמלים.
. משרד מבקר המדינה העיר למשרד האוצר ולמשרד התחבורה באוקטובר 2011 כי עבודת מטה זו צריכה הייתה להיעשות כתשומה להחלטת הממשלה, וכי על הממשלה, ובייחוד על משרד האוצר ומשרד התחבורה, לבחון לעומקן את טענות כל הצדדים הנוגעים בדבר לגבי חיוניות הקמת הנמלים החדשים ולקבל החלטות שיקדמו את הקמתם במועד הנדרש או לשנות את החלטת הממשלה משנת 2007 ולהביא להפסקת הפרויקט או לדחייתו.