משרד הפנים . פרויקט תעודת זהות חכמה משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הפנים כי הערכת המשרד, עוד בטרם הוחלט על החלת החוק בהדרגה, הייתה שהחלפת 5 מיליון תעודות זהות תימשך כחמש שנים. נוכח החלת החוק בהדרגתיות במסגרת תקופת מבחן של שנתיים עד ארבע שנים, שבהן יינתנו תעודות זהות חכמות רק למי שיביע את הסכמתו לתת אמצעי זיהוי ביומטריים, יש חשש שגם בתום חמש השנים לא יונפקו 5 מיליון רכיבי פרסונליזציה וכי השנה הנוספת, המספקת "רשת ביטחון" של 500,000 רכיבי פרסונליזציה, לא תכסה על הפער שייווצר. כך יקבל הספק תשלום גם עבור רכיבים שלא יסופקו. משרד מבקר המדינה מעיר כי השימוש במצלמות כיום לצילום זרים המגיעים לישראל אינו עולה בקנה אחד עם המטרה שלשמה אישר המשרד את הוצאת הכספים כאמור. בדצמבר 2008 חתמו נציגי המשרד על הסכם עם הספק לייצור תעודות זהות חכמות, וזאת קודם שהוסדרו בחקיקה ראשית שינויי החקיקה הדרושים, וכך נוצר מצב שבו יש סיכון שלפחות חלק מן ההשקעה בפרויקט עלול לרדת לטמיון. כאמור, על פי הנחיית היועץ המשפטי לממשלה מספטמבר 2004 אין לפרסם מכרז בנסיבות בהן הוראות מהותיות במכרז מתבססות על הצעת חקיקה שטרם אושרה בכנסת. בהתקשרו עם הספק בטרם הושלמו הליכי החקיקה פעל המשרד שלא ברוח הוראות היועץ המשפטי לממשלה. על ההסכם חתם חשב המשרד, שהוא הזרוע הארוכה של החשב הכללי, ובתוקף הוראות התכ"ם נמנה עם חברי ועדת המכרזים ומשמש "שומר סף" המבטיח שהתקשרויות המשרד יהיו תקינות. אולם חשב המשרד חתם על ההסכם עם הספק בלי שהושלמה החקיקה הדרושה לפרויקט, ובכך לא מילא את תפקידו כשומר סף. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הפנים כי הוא הוציא מיליוני שקלים מקופת המדינה עבור רכישת תוצרים ושירותים, אך כבר כמה שנים אינו משתמש בהם לתכלית שלשמה אושרה ההוצאה. פעולות אלה מנוגדות לכללי מינהל תקין, מבזבזות משאבי המדינה וגובלות ברשלנות. .תצלום ממוחשב בתעודות הזהות. הצעה זו הוגשה לכנסת בסוף שנת 2006 ואושרה כאמור בקריאה ראשונה בינואר 2007 . .המשרד יזם את פרויקט ההנפקה של תעודת הזהות החכמה בשילוב שבב אלקטרוני ותצלום ממוחשב כבר בשנת 2001 . יזמה זאת חייבה היערכות ממושכת - ייזום תיקוני חקיקה ובחירת ספק, הקמת קו ייצור ופתרונות טכנולוגיים מתאימים שייושמו גם בלשכות מינהל האוכלוסין - כדי שיהיה אפשר להנפיק את תעודת הזהות החכמה לפי המפרט ולפי תורת ההפעלה שגיבש המשרד. עם הסרת ההצעה לחוק מרשם האוכלוסין (תיקון מס' 10 ) נבלם המהלך, הפעם ביזמת המשרד, ונעצר קידומו של הפרויקט. לדעת משרד מבקר המדינה היה על המשרד לב חון את הסיכונים ואת ההשלכות של העיכוב בהנפקת תעודת הזהות החכמה. בנובמבר 2007 'כבר עמדה הצעת חוק מרשם האוכלוסין (תיקון מס10 ) בהכנה לקריאה שנייה ולקריאה שלישית, וקידומה היה מאפשר להתחיל בהנפקת תעודות הזהות החכמות. אך החלטת המשרד לכלול בתעודת הזהות החכמה אמצעי זיהוי ביומטריים חייבה כאמור שינויי חקיקה נוספים. עולה כי עד ששינה המשרד את עמדתו באמצע שנת 2007 והחליט לשלב אמצעי זיהוי ביומטריים בתעודת הזהות החכמה, כבר הקדיש לנושא יותר מעשור. המשרד התקשה לקדם את החלפת תעודת הזהות הישנה בחדשה, אם משום הליקויים שנמצאו בהליכי המכרז הראשון ואם משום שלא קידם בעוד מועד תיקונים בחקיקה שנדרשו כדי לאפשר את המכרז .השני. כשכבר עמד המשרד לסיים את מהלך החקיקה שנועד לאפשר לו לחתום כדין על הסכם עם הספק, התקבלו במשרד החלטות שלפיהן ייכללו בתעודת הזהות החכמה אמצעי זיהוי ביומטריים, החלטות שמשמעותן שינוי מדיניותו בעניין הנפקת תעודת הזהות החכמה. יישום ההחלטות כרוך בעיכוב נוסף עקב הצורך בייזום תיקונים בחקיקה ראשית, בגיבוש תורת הפעלה חדשה ובאישורה וכן בהתאמת התשתיות ותהליכי ההנפקה. מן האמור עולה שעד יוני 2007 סברו הגורמים הבכירים במשרד שיש להתקדם בהליכי המכרז השני כדי להתחיל בהנפקת תעודת הזהות החכמה ובד בבד לבחון שילוב עתידי של אמצעי זיהוי ביומטריים בה. כל זאת בלי לעכב את מהלך המכרז לייצור תעודת זהות חכמה ואת מימושו. עוד עולה כי בשנים האמורות סבר המשרד כי בתעודת הזהות יש לשלב צילום ממוחשב ולא טביעות אצבעות, וכי הטמעת החידושים הביומטריים בתעודות הזהות ובדרכונים תיעשה בהדרגה. נוכח עמדתו זו יזם המשרד כאמור את הצעת חוק מרשם האוכלוסין (תיקון מס' 10 ), שעניינה שילוב משרד מבקר המדינה העיר כי משרד הפנים מחזיק בתפקידים אזרחיים במהותם שנקבעו בסדרת חוקים, וכי תורת ההפעלה צריכה להיגזר ממדיניות המשרד, שאמורים לקבוע קברניטיו. היה אפשר לצפות שאת עבודת המטה לגיבוש תורת ההפעלה יובילו גורמים במשרד המעורים בפעולותיו וביעדיו ואחראים למימושם ושהמשרד לא יטיל זאת על גוף חיצוני שתפקידיו העיקריים נוגעים לעניינים ביטחוניים.
משרד מבקר המדינה חוזר ומעיר כי תורת ההפעלה כשמה כן היא, תורה שנועדה להגדיר את הפעולות שמשרד הפנים נדרש לעשות לשם הנפקת תעודת זהות חכמה, ובכללן קביעת תהליכי ההנפקה, תהליכי תפעול הלשכות ועוד. לדעת משרד מבקר המדינה היות שתעודת הזהות היא מסמך אזרחי, היה אפשר לצפות כי את עבודת המטה לגיבוש תורת ההפעלה יובילו הגורמים המוסמכים במשרד ולא גוף חיצוני.