משרד הבריאות . תרומות לבתי חולים וקשריהם עם אגודות הידידים יש לציין כי חשבות משרד הבריאות מפרסמת מדי שנה דוח ניתוח פיננסי לבתי החולים הכל ליים הממשלתיים ולתאגידי הבריאות שלידם, אולם נתונים הקשורים לפעילות ישירה של אגודות הידידים אינם כלולים בדוח זה. בדוח החשבות מוזכר סעיף כללי: "הכנסות מתרומות כולל סכומים שהוגבלו לפעילות". סכומים אלה כוללים רק ]מנכסים נטו[ ששוחררו מנ"נ את הסכומים שאגודות היד ידים העבירו לתאגידי הבריאות או לבתי החולים. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שבידי המשרד יהיו נתונים על היקף התרומות שמקבלים המרכזים הרפואיים. נתונים אלה נדרשים לצורך תכנון הקצאת המשאבים הכוללת לפעילות המרכזים הרפואיים במרכז הארץ ובפריפריה. ראוי שגם בידי המשרד יהיו הדוחות הכספיים של אגודות הידידים שהן מגישות לרשם העמותות, ובהם מפורטים היקפי התרומות. בבדיקה נמצא כי מנהלי בתי החולים לא מסרו למשרד את הנתונים המבוקשים, פרט לבית חולים ד' אשר מסר ריכוז של תרומות מאושפזים בשנת 2004 . קבלת תרומות מחולים היא תופעה נפוצה. ראוי להסדי ר בנהלים ובהנחיות את סוגיות התרומות מחולים, לרבות תרומות ממטופלים בטיפול ממושך. המשרד גם טרם ערך ביקורת בנידון, אף שהצהיר על כוונתו לעשות זאת כבר בשנת 2004 . לדעת משרד מבקר המדינה, חשוב לערוך בהקדם ביקורת בנושא על כל היבטיו. לא נמצא שהמשנה למנכ"ל המשרד, או מי מטעמו, דנו עם הלשכה לאתיקה בהר"י בנושא אשפוז או טיפול ממושך. המשרד גם לא פרסם נוהל למתן תרומות ממטופלים בטיפול ממושך, אף שהוא גיבש את הטיוטה עוד ביוני 2005. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד הבריאות, משרד האוצר ומשרד המשפטים לבחון בהקדם את הסוגיה על מגוון היבטיה ולגבש עמדה שתעלה בקנה אחד עם האילוצים התקציביי ם, עם ההתנהלות הקיימת בפועל במערכת הבריאות ועם הערותיו של המשנה ליועץ המשפטי לממשלה (ייעוץ). לאחר גיבוש העמדה ראוי לעגנה בנוהל ולהפיצה לכלל המרכזים הרפואיים ולמערכת הבריאות כולה. משרד מבקר המדינה בדק בדלפקי השחרור וסמוך להם במחלקות הכירורגיות בבית חולים ד ' ובבית חולים א ', ולא מצא כי הוצבו בהם מעטפות עם מכתבי פנייה לחולים המשתחררים. בבדיקת משרד מבקר המדינה בשנת 2008 עלה כי בשנים 2005 -2008 עסקה חברה ב' בייעוץ ובהדרכה להקמת מרכז רפואי קליני בגינֵאה המשוונית שבאפריקה (להלן - גינֵאה). עבור פעילות ההדרכה של אנשי צוות רפואי מגינֵאה ומדרום אמריקה שילמה חברה ב' לתאגיד הבריאות מיליוני ש"ח30. פעילות זו נעשתה בלי שמנהל המרכז הרפואי, פרופ' זאב רוטשטיין, הסדיר מול המשרד ומול שאר משרדי הממשלה סוגיות רבות, כמו: אופן ההתקשרות, תנאיה, הגורם המתקשר והעברת תשלומים לבית החולים בגין העברת ידע. מנהל שיבא גם לא ביקש את אישור משרד הבריאות, משרד האוצר או משרד החוץ לפעילות רבת שנים זו בח ו"ל. יתר על כן, גם כאשר משרד הבריאות ידע שהפרויקט בעיצומו, הוא לא דרש משיבא פרטים מלאים כדי לבחנם, ובכלל זה היבטים של זכויות ואינטרסים מקצועיים וכלכליים של המדינה, היבטים של יחסי החוץ של המדינה ואף סיכונים ביטחוניים לפעולת גוף ממשלתי במדינות אפריקה31. . במאי 2010 דיווח מנהל שיבא למשרד מבקר המדינה כי לאור הנחיות המשרד המרכז הרפואי אינו מעניק עוד שירותי ייעוץ בחו"ל. במסגרת הסדרת היחסים בין המשרד בתי החולים ואגודות הידידים יש להתייחס לעניין השתתפות עובדי בתי החולים בוועדות המכרזים של אגודות הידידים. כל האמור מחזק את הצורך בהימצאות מידע במשרד הבריאות על פעילות אגודות הידידים ואת הצורך להסדיר את פעילותן בהסכמים בינן לבין בתי החולים שבצדם הן פועלות. משרד מבקר המדינה העלה כי אין הסכמים בין אגודות הידידים לבין בתי החולים הממשלתיים, וזאת בניגוד לנעשה בבתי החולים של הכללית שבהם קיים הסכם מפורט בין הנהלת בית החולים ואגודת הידידים שעל ידו. עוד עולה, כי למשרד אין מידע על הנעשה באגודות הידידים (ראו להלן). יוצא שהנהלת אגודת הידידים גיבשה נוהל בעקבות מקרים שבהם הוצאו כספים בצורה חריגה שאינה מתאימה לגוף ציבורי.
בדיקת ההתקשרות עם חברה א' העלתה כי לא קוימו ההליכים הדרושים כדי להבטיח שיירכש הציוד הנחוץ ביותר והמתאים ביותר למשרד וכי הופרו הוראות תכ"ם הנוגעות לרכישת ציוד ו לסדרי מינהל תקין. מהשתלשלות העניינים עלה גם חשש כי ההחלטה על ההתקשרות נבעה לא משיקולים ענייניים בלבד אלא , בין השאר ואולי אף בעיקר, מהרצון לרכוש את הציוד מאותה חברה. עוד עלה חשש שמא ההחלטות לרכוש את המכשירים לא התקבלו משיקולים ענייניים לנוכח העובדה שיו"ר הדירקטוריון של חברה א' היה פעיל במפלגה שגם שר הבריאות דאז היה חבר בה.