משרד החינוך . חינוך מוכר שאינו רשמי משרד מבקר המדינה סבור שעם היוודע דבר הממצאים החמורים הללו של רשות הבריאות היה על המשרד להוציא צו סגירה לגן הילדים ולא להסתפק בביטול הרישיון למוסד. כאמור, מספר מוסדות החינוך הממוצע למשרת מפקח באגף היה 880 גני ילדים או 119 בתי ספר או100 מוסדות לחינוך מיוחד. אפשר להניח שבמצב כזה לא ביקר המפקח ארבע פעמים במוסדות החינוך במהלך שנת הלימודים כנדרש. מהאמור לעיל עולה כי בשל המחסור האמור במשרות פיקוח באגף, ביחס למפתח התקינה הנוגע למוסדות חינוך רשמיים, נבצר מהמפקחים לבקר במוסדות החינוך שבפיקוחם כנדרש, כתיבת חלק ניכר מחוות הדעת הוטלה על מדריכים, ובמקרה אחד נמצא שרמת הפיקוח בנוגע לטיולים של בית ספר הייתה חסרה. גם ממצאיה של ועדת בדיקה על ליקויים בפיקוח על מוסדות חינוך מוכש"ר לא הניעו את המשרד לערוך שינויים במערך הפיקוח של האגף על מוסדות אלה. לדעת משרד מבקר המדינה, הגבלת יכולתו של מפקח לעיין בתיקי רישוי, כפי שעולה מממצאי הביקורת וגם מתשובתה של מנהלת האגף, אינה סבירה. מן הראוי שמידע כאמור יהיה נגיש לכל המפקחים ושהמשרד יעודד אותם לעשות בו שימוש כדי לוודא שמוסדות החינוך פועלים בתנאים נאותים. לדעת משרד מבקר המדינה, משהתקשתה הלשכה המשפטית לקדם את הפיתרון לסוגייה כבדת משקל זו, היה עליה להציג את המשמעויות של העדר הפתרון לפני מנכ"ל המשרד, ובאמצעותו גם לפני ההנהלות של יחידות הממשלה הנוגעות בדבר, כדי להחיש את הטיפול. כדי שהמשרד יוכל לבחון בקשה להקמת מוסד חינוך חדש, גם בהיבטים של מידת הצורך בו ושל מצאי המוסדות הקיימים, עליו למפות את המוסדות הקיימים, גם לפי זרם החינוך שאליו הם משתייכים26 . ממסמכי המשרד עולה כי למרות הנחיצות במיפוי האמור, הוא לא בוצע עד למועד סיום הביקורת, ואין בי די המשרד כלי לבחינת הצורך בבית ספר חדש נוסף. מן הטבלה עולה שמספר המשרות החסרות באגף לשם פיקוח על גני ילדים - על פי מפתח התקינה - גדול פי 8 ממספר המשרות הקיימות; מספר המשרות החסרות לשם פיקוח על בתי ספר גדול פי 4 , ומספר המשרות החסרות לשם פיקוח על מוסדות לחינוך מיוחד גדול פי 3 . לדעת משרד מבקר המדינה, על הנהלת המשרד לקבוע מהו ההיקף הנדרש של תקני פיקוח על מוסדות החינוך המוכש"ר, ועל פיו לערוך שינויים במערך הפיקוח באגף. במידת הצורך עליה לפנות למשרד האוצר. .לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד להבטיח שמערך הפיקוח על מוסדות חינוך במגזר החרדי יוכל לקיים פעולות פיקוח לפי צורכי הפיקוח. מהאמור לעיל עולה כי כבר בשנת 2005 קבעה מנהלת האגף שאין לחדש את הרישיון להפעלת בית ספר ט', ובשנת 2006 חזרה וקבעה שבתום שנת הלימודים ייסגר המוסד. בשתי הפעמים שינתה מנהלת האגף את החלטתה לאחר שפנה אליה חבר כנסת. מהאמור לעיל עולה שבמשך שש שנים לא הסדירו המשרד ומשטרת ישראל את אופן הטיפול באכיפת צווי סגירה: היועמ"ש העלתה כבר ביוני 2001 את הנושא בפני המשטרה, אולם המשרדים דנו בעניין רק כעבור יותר משנתיים; המשרד לא הפנה את תלונותיו לגורם שנקבע בנוהל; המשטרה דרשה שנוסף על הליך העבודה שסוכם עמה, יגיש מפקח את התלונה ויצרף מסמכים שונים, אולם לא הפנתה דרישה זו למשרד. במדגם נמצאו חמישה גני ילדים השייכים לרשת גני אגו"י שבאשר להם הודיע למשרד מנהל אגף הרישוי של הרשת, מר דוד רוזנברג (להלן - מנהל הרישוי ברשת), שליקויים שמצאה רשות הבריאו ת תוקנו. בכל המקרים העלו ביקורות חוזרות של רשות הבריאות שהליקויים לא תוקנו. להלן דוגמאות: כבר במאי 2004 הסבה רשות הבריאות את תשומת לב האגף להודעות שווא של הבעלות על תיקון ליקויים. למרות זאת העניק המשרד רישיון להפעלת גן א' על סמך הודעת הבעלות כי תיקנה את הליקויים. במשך שנה המשיכה הבעלות להפעיל את הגן ברישיון, בלא שניתנה חוות דעת נוספת של רשות הבריאות ובלי שלאגף היה מידע מהימן על תיקון הליקויים. מכאן שהמשרד העניק רישיון להפעלת הגן - על פי החלטת האגף - בניגוד לאמור בחוק הפיקוח.
האגף הסתמך על חוו ֹת דעתה הפדגוגיות של מפקחת א' בנוגע למאות גני ילדים שבפיקוחה, אולם הוא לא נתן להודעותיה משקל רב יותר משנתן לדיווחי הבעלות על תיקון הליקויים. זאת אף על פי שכאמור כבר במאי 2004 ידע האגף שדיווחים מסוימים של רשת גני אגו"י על תיקוני ליקויים אינם מהימנים. למרות הטענות על הימצאותן של תולעי עץ בגן לא התריע האגף בפני רשות הבריאות על כך, ולא וידא שהן הודברו.