הנהלת בתי המשפט . היבטים בהפעלת בתי המשפט לעניינים מקומיים - הנהלת בתי המשפט משרד מבקר המדינה העלה, כי מנהלת מדור (גבייה ושירות) בבמ"ש עמ"ק ירושלים כפופה מינהלית לממונה על בית המשפט22 . ממצא דומה עלה גם בבית המשפט עמ"ק בתל אביב ולפיו המזכיר הראשי הוא "המנהל הישיר של משרה זו"23 . ממצאים אלהמדגישים עוד יותר את הפגיעה בעקרון הפרדת הרשויות. נמצא, כי חלוקת התפקידים בין מנהל המחוז למנהל התחום בכל הקשור לאחריות המקצועית כלפי במ"ש עמ"ק אינה ברורה וממצה: תחומי האחריות הרבים המתוארים בתיאור התפקיד של מנהל התחום אינם משתקפים בנוהל ממשקי עבודה, וחלק מהתפקידים מיוחסים בנוהל ממשקי עבודה דווקא לתחום האחריות של מנהל המחוז. יוצא אפוא, שקיים חשש לאי-בהירות בחלוקת האחריות ביניהם (ראו לעיל). לדעת משרד מבקר המדינה , ככל שהב"ה מ בקשת ל קיים הפרדה ולמנות גורמים שונים בתוכה שיהיו אחראים ליישום אחריותה המקצועית - עליה לתת לכך ביטוי בנוהל ממשקי עבודה או במסמך מוסדר אחר, ולפרט בהם את חלוקת התפקידים ביניהם, את תחומי האחריות שלהם ואת סמכויותיהם. על המסמך להיות גלוי ונגיש לכל המזכירים ועובדי במ"ש עמ"ק. תכניות עבודה שנתיות : נמצא, כי הב"ה אינה עורכת תכניות עבודה שנתיות מובנות המקיפות את הנושאים שבתחומי האחריות המקצועית שלה בנוגע לבמ"ש עמ"ק. יצוין , כי מנהל התחום לשעבר ערך בשנים 2012 -2009 סיכומי פעילות שנתיים של עבודתו, והיא כללה גם את במ"ש עמ"ק. לדעת משרד מבקר המדינה, טוב שהב"ה החלה בהכנת תכנית עבודה שנתית לבמ"ש עמ"ק. ואולם, בשים לב לעובדה שחוק בתי המשפט לא הבחין בין במ"ש עמ"ק ובין בתי משפט שלום אחרים, על הב"ה להקפיד שתכניות העבודה השנתיות יקיפו את כלל תחומי אחריותה המקצועית. ראוי שהתכנית תכלול היבטים מקצועיים כגון פעולות הדרכה לאותה שנה, השלבים המתוכננים ליישום הטמעת נט המשפט באותה שנה, תכנון ביקורים של מנהל התחום בבמ"ש עמ"ק, תכנון בקרה יזומה ורציפה, פיקוח אקטיבי הכולל אמצעי אכיפה אפקטיביים, תכנון פגישות עבודה לרבות אלו של מנהל מחוז עם מזכירים, ושל מנהל התחום עם צוות העבודה בנושא עמ"ק. מן התשובות לשאלונים עולה, כי חלק ממזכירי בתי משפט עמ"ק נוהגים להתייעץ בנושאים מקצועיים עם גורמים שאינם מנהל התחום או מנהל המחוז כנדרש בנוהל ממשקי עבודה, וביניהם גם גורמים בייעוץ המשפטי של הרשות המקומית או גורמים בתביעה העירונית, שהם בעלי דין בהליכים בבמ"ש עמ"ק. וזאת - בניגוד לנדרש בנוהל ממשקי עבודה ולעקרון הפרדת הרשויות. לדעת משרד מבקר המדינה, על מזכירויות בתי משפט עמ"ק לפעול בהתאם להוראות של נוהל ממשקי עבודה. משרד מבקר המדינה מעיר למזכירויות במ"ש עמ"ק, כי מעמדה של התביעה בבתי המשפט הוא מעמד של בעל דין, ופנייה בשאלות מקצועיות ליועצים המשפטיים ברשויות המקומיות או לתובעים העירוניים13 עלולה להעמיד את העובדים במצב של ניגוד עניינים, ואינה עולה בקנה אחד עם ההנ חיות של נוהל ממשקי עבודה . על הב"ה לשוב ולהדגיש לפני מזכירויות בתי משפט עמ"ק את חשיבות ה של השמירה על עקרון הפרדת הרשויות. .מן הטבלה עולה שמנובמבר 2012 - אוגוסט 2015 לא ארגנה הב"ה קורסים והשתלמויות לעובדי בתי משפט עמ"ק (ההדרכה בשנת 2015 אורגנה ביזמת מזכירות במ"ש עמ"ק תל אביב ויועדה רק לעובדי בתי המשפט עמ"ק שבמחוז תל אביב). יוצא אפוא שמספר ההדרכות וההכשרות שקיימה הב"ה לעובדי מזכירויות במ"ש עמ"ק היה מצומצם. יצוין לשם השוואה, כי עובדי המדורים הפליליים בבתי המשפט משתתפים בימי עיון והכשרות כל שנה.
הביקורת העלתה כי בפועל, הב"ה ממשיכה לגבות מהרשויות המקומיות תשלומים בעבור שפיטה המחושבים לפי מספר ימי השיפוט המוקצים לכל במ"ש עמ"ק. יוער כי נוצר מצב ובו כשנתגלעו חילוקי דעות בין הב"ה ובין הרשו ת המקומית בנוגע לחיוב על ימי שיפוט, הם גלשו גם לשאלת התמורה הראויה בעבורם. במצב דברים זה עלול להיפגע עקרון עצמאות הרשות השופטת.