משרד ראש הממשלה . פרויקט הקמת מבנה חדש למשרד ראש הממשלה ומעונו משרד מבקר המדינה מציין כי תשובות כלל הגורמים מעלות תפיסות וטענות שונות בדבר האחריות לבדיקת השינויים התכנוניים בסביבת הפרויקט. הדבר מחדד את הצורך להפיק לקחים מהפרויקט ולוודא כי ניהול הפרויקט יבוצע באופן מתואם ושיטתי, תוך הגדרה ברורה של תפקידי הגורמים השונים בפרויקט, עדכון שוטף של כלל הגורמים המעורבים, וקביעת פלטפורמה אחידה לדיווח על עדכונים ושינויים בפרויקט וסביבתו. כמו כן, ראוי כי כל גורם מקצועי שמעורב בפרויקט יהיה אחראי בתחומו, בהתאם לסמכויותיו על פי דין ולתפקידים שהוטלו עליו בקשר לפרויקט, להתעדכן בכל המידע שנחוץ לו למילוי תפקידו, לרבות מתן תשומת לב לאינדיקציות בנוגע לשינויים המשפיעים על תחום אחריותו. עולה אפוא כי השיהוי של כשלוש שנים בבדיקת הבינוי העתידי בסביבת הפרויקט גרם לבזבוז זמן יקר, שבמהלכו אפשר היה לקדם את תכנונו והקמתו של הפרויקט במקום המקורי או במקום חלופי. בפרויקטים מורכבים, ובייחוד בפרויקטים שביצועם ממושך, כפרויקט אלמוג, מנהלי הפרויקט נדרשים לוודא כי מתבצע תהליך יעיל של זיהוי סיכונים ומעקב אחר התפתחויות הקשורות בהם. יש לוודא כי התהליך מתבצע באופן עיתי, וכי הסיכונים מנוהלים באופן עקבי ויזום במשך כל תקופת ניהול הפרויקט. זאת משום שייתכן כי סיכונים חדשים ייווצרו ויתממשו עם חלוף הזמן. כמו כן, דרוש ניהול תקשורת יעיל בין חברי צוות הפרויקט, ויש לוודא כי מידע רלוונטי בנושא התפתחות סיכונים מועבר לכל הגורמים המעורבים בנושא באופן שיטתי, מוסדר ומובן, תוך התחשבות בסוגי המומחיות השונים של כל אחד מהם. מוצע כי השב"כ יפיק לקחים מהאמור: מוצע להקים מנגנון שיבטיח כי תתבצע בדיקה סדורה ועיתית של כל ההיבטים התכנוניים הנדרשים הנוגעים לאבטחת ראש הממשלה במתקני הקבע הקיימים שלו ובמתקנים עתידיים. זאת באמצעות בקשה משר הביטחון להגדירם כ"מתקן בטחוני" המוחזק בידי "שלוחה אחרת של מערכת הביטחון", באמצעות פנייה יזומה ועיתית למינהלת הפרויקט או לחטיבת הנכסים או בדרך אחרת שתיקבע. המלצה זו, ראוי שתיבחן גם בנוגע למתקנים הנוספים שבאחריות השב"כ. כמו כן, יש לוודא כי חוות הדעת המקצועיות שמגיש השב"כ מבוססות על נתונים בדוקים ועדכניים, ובמידת הצורך ממשיכות להתעדכן גם במהלך הפרויקט שבמסגרתו הוגשו. משרד מבקר המדינה מציין כי מעקב אחר שינויים תכנוניים בכלל המתקנים שבאחריות השב"כ יכול לסייע במניעת תקלות אפשריות, בדומה לתקלה שאירעה בפרויקט אלמוג. מוצע כי השב"כ ייבחן הסדרים שיבטיחו כי הוא יהיה מעודכן במידע הרלוונטי למתקנים שבאחריותו, לרבות בדרך של קבלת המידע מגורם חיצוני. בהתייחס לתשובת אגף החשכ"ל, לפיה חטיבת הנכסים באגף מקיימת תהליך סדור של העברת מידע בפרויקטים שבניהולה, מוצע כי חטיבת הנכסים תפיק מפרויקט זה לקחים הרלוונטיים לפרויקטים מורכבים וייחודיים, אשר בדומה לפרויקט זה משלבים שותפים רבים ותחומים מקצועיים שונים. בין היתר, יש לוודא כי בפרויקטים שתהליך הקמתם מתמשך, מתקיים מנגנון לעדכון ולבדיקה חוזרת של הנתונים שעליהם מתבססת עבודת המטה של הפרויקט ולהתאמת תמונת המצב המקצועית לשינויי הנסיבות בשטח. היחידה לאבטחת אישים בשב"כ, רא"ם בשב"כ ואגף הביטחון במשרד רה"ם היו שותפים בצוות הפרויקט, היו מחויבים למפות את האיומים האפשריים על הפרויקט והופקדו על הכנת פרוגרמת הביטחון שלו. גורמים אלה גיבשו את עמדתם בנושא בלא שהתבצעה בדיקה עדכנית של איומים אפשריים עקב הגישו פרוגרמת ביטחון שלא 2018 בינוי עתידי בסביבת הפרויקט, ובינואר הביאה בחשבון את תוכנית הכניסה לעיר ואת תוואי הרכבת הקלה באזור הפרויקט. ראוי היה לבצע בדיקה כזאת, בשל הצורך הברור בגיבוש עמדה ביטחונית-מקצועית על בסיס מידע תכנוני עדכני; לנוכח העובדה שהבדיקה ; ולנוכח העובדה כי בעת גיבוש 2007 המקיפה האחרונה בנושא בוצעה בשנת העמדה בנושא היו בידי השב"כ ואגף הביטחון במשרד רה"ם אינדיקציות, ולו חלקיות, לכך שחלו שינויים תכנוניים מהותיים בסביבת הפרויקט. סגן ראש המל"ל דאז ומנהל חטיבת הנכסים באגף החשכ"ל הממונה על המינהלת - האמורים לתאם את עבודת הגורמים השונים המעורבים בפרויקט - לא וידאו כי המידע התכנוני הרלוונטי בדבר שינויי תוכניות הבינוי, אשר היה בידי המתכננים ובידי המינהלת, יובא באופן סדור, מלא ועקבי לידיעתם של השב"כ ואגף הביטחון במשרד רה"ם. ובמשך 2015 עקב כך, החל ממועד קבלת החלטתו של הקבינט בסוף שנת כשלוש שנים, התבססה עבודת המטה של צוות הפרויקט על עמדה . תמונת המצב 2007 מקצועית-ביטחונית הרלוונטית למצב התכנוני בשנת העדכנית והמלאה של שינויי תוכניות הבינוי התבררה לבסוף רק באוגוסט , והדבר הוביל להקפאת הפרויקט, כפי שיפורט להלן.2018 נמצא, כי אף שהשב"כ הכין את מסמך הדרישות יותר מחמש שנים לאחר גיבוש גרסתה הקודמת של פרוגרמת הפרויקט, הוא לא בחן בשלב זה את התאמת הפרוגרמה לאיום העדכני, וסגן ראש המל"ל דאז, כמנהל הפרויקט, אף לא הנחה את השב"כ לבצע בחינה כאמור. עקב כך התמקד מסמך הדרישות שהכין השב"כ בהיקף השטחים שמבקש השב"כ כי יוקצו לפעילותו בתוך מבנה הפרויקט.
, כשנה לאחר גיבוש פרוגרמת הפרויקט, החל השב"כ לבחון 2017 בינואר , כשנה וחצי לאחר גיבוש 2017 את תפיסת המיגון של הפרויקט. ביולי פרוגרמת הפרויקט, התבקש השב"כ על ידי סגן ראש המל"ל להשלים , בעקבות 2017 הכנת מסמך בנושא תפיסת מיגון עדכנית. באוגוסט בקשה זו, הגיש השב"כ לצוות הפרויקט מסמך הכולל עדכון דרישות.