משרד הביטחון . התחייבויות משרד הביטחון בנושאים הקשורים לשיקום נכים ולמשפחות שכולות מהמתואר לעיל עולה, שכשמונה שנים מאז הביקורת הראשונה שהתייחסה לצורך בהפרדה בין גוף דורש לגוף רוכש באגף השיקום, ובניגוד להודעתו של ראש אגף השיקום מאוקטובר 2004 בוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, הפרדה זו עדיין חלקית בלבד. הנושא אף לא הוצג על ידי הגורמים הרלוונטיים למנכ"ל המשרד כדי שיסייע בהשלמת התהליך. משרד מבקר המדינה מעיר, שיש לראות בחומרה ליקוי מתמשך זה, וכי על הגורמים הרלוונטיים במשרד לפעול לפתרון סוגיה זו בהקדם. .משפחות והנצחה טרם סיים את הטיפול בכחמישית מההמלצות. בשני האגפים הטיפול בחלק מההמלצות נמצא עדיין בשלבים ראשונים בלבד וישנן אף המלצות שטרם התחיל יישומן. זאת, על אף הדיווח של נציגי המשרד בפני הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת מאוקטובר 2004 , כי למעלה מ - 90% מההמלצות מיושמות ועל אף התחייבויותיהם לסיים את יישום ההמלצות עד תום אותה שנה. משרד מבקר המדינה מעיר, שלהמלצות שיישומן טרם הסתיים או שלא טופלו כלל חשיבות רבה בפעילותם של שני האגפים. על כן ראוי שהמשרד, ובמידת הצורך בשיתוף גורמים רלוונטיים כמו משרד האוצר ונציבות שירות המדינה, יפעל ליישום מהיר של ההמלצות במטרה להביא לשיפור הטיפול בנכים ובמשפחות השכולות. כמו כן, ראוי להביא לאישור מנכ"ל המשרד את ההמלצות שנמצאו כלא ישימות. דוח שנתי 55 א הצביע על כך, שבניגוד להוראה האמורה ועל אף הביקורת שבדוח שנתי 51,א בדיקת החשבוניות על ידי אגף השיקום המשיכה להיות מדגמית. ביקורת המעקב העלתה, כי אין באגף שיקום נכים תהליך אחיד לבדיקת חשבוניות. מחד, בניגוד להוראת המשרד האמורה, בחלק מהנושאים החשבוניות המתייחסות להפניות שאינן מופקות באמצעות מערכת "שיקום 2000 " אינן נבדקות על ידי אגף שיקום נכים אלא על ידי אכ"ס בלבד. חשבוניות אלה מתייחסות לתחו מים .הבאים: שירותי חונכות; מלווים לנכים; אבחון, הדרכה והכשרה מקצועית; טיפול שיקומי; טיפולים קוגניטיביים; שירותי הקראה לנכים עיוורים; מפעל תעסוקתי; טיפול בנכים במסגרת פנימייה; וטיפולים פסיכולוגיים. תהליכי הבקרה בארגון, ובהם בקרה על תשלומים לספקים, הם חיוניים והכרחיים. אולם, במצב שבו, לטענת גורמים באגף שיקום נכים, קיים מחסור בכוח אדם לביצוע בקרה, יש לייעל את תהליך הבקרה על חשבוניות ולהפנות את משאבי כוח האדם לבקרת חשבוניות באותם נושאים שהמערכת הממוחשבת אינה מבקרת. .,לסיכום דוחות מבקר המדינה מהשנים 2000 ו- 2004 הצביעו על ליקויים מהותיים בפעילות אגף השיקום. גם דוח ורדי הצביע על הצורך בביצוע שינויים בפעילות האגף. בשל ערכיות הנושא ורגישותו אף הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת נדרשה לו מספר פעמים. דוח המעקב הנוכחי העלה, כי על אף התחייבויות גורמי המשרד במהלך השנים בוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, עדיין נותרו ללא מענה מספק או כלל ללא מענה חלק מהליקויים. זאת עקב התמשכות תהליך תיקון הליקויים. יצוין, שמעבר להשלכות על איכות השירות שאגף שיקום נכים ואגף משפחות והנצחה מעניקים לזכאים, יש לדבר השלכה הן על התקינות המינהלית של חלק מפעולות המשרד והן על עיגונן בנורמות על פי דין. משרד מבקר המדינה מעיר, כי על המשרד, בשיתוף הגורמים הרלוונטיים, לסיים ללא דיחוי את תיקון הליקויים במטרה להביא לשיפור הטיפול בנכים ובמשפחות השכולות ולהביא לאישור מנכ"ל המשרד את המלצות דוח ורדי שנמצאו כלא ישימות. מעבר לכך, עליהם להפיק את הלקחים הנדרשים, כדי למנוע הישנ ות מצבים בהם תיקון ליקויים נמשך על פני כשמונה שנים; וכן למנוע מצב שבו דיווחי אגף שיקום נכים בוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת אינם משקפים נאמנה את המצב לאשורו. מהאמור לעיל עולה, שמרבית ההסדרים הוסדרו בחקיקה או בוטלו. עם זאת, נותרו מספר הסדרים, שהמשרד טרם נדרש להם. הסדרים אלה מעלים סוגיות ערכיות ואף עלולים ליצור אפליה והם בעלי משקל תקציבי לא מבוטל. משרד מבקר המדינה ציין, כי ראוי שהמשרד יגבש עמדתו ביחס להסדרים אלה.
.בדוח שנתי 55 א צוין, כי משך שנים קבעו שרי הביטחון הטבות רחבות במסגרת הסדרים שונים (לפי אופי השירות הצבאי או לפי סוג הפגיעה) לסוגי אוכלוסיות שלא נכנסו בשערי הזכאות של חוקי השיקום (להלן - הסדרים). כך, הרחיבו למעשה שרי הביטחון את אוכלוסיית הזכאים וקבעו את זכאותם של סוגי אוכלוסיות אלה להטבות, אף שאינן זכאיות להן על פי חוקי השיקום. י צוין, כי בשונה מוועדת למ"ד, העוסקת במתן הטבות באופן פרטני, הסדרים אלה נועדו לקבוצות אוכלוסייה.