משרד הבריאות . פעילות המעבדות הרפואיות במערכת האשפוז ובקהילה - משרד הבריאות לדעת משרד מבקר המדינה, לנוכח החשיבות שיש להכרה של גוף בלתי תלוי ביכולות מקצועיות של מעבדה, לאור המחקרים שמראים כי גם הסמכה של מעבדה רפואית משפרת את יעילותה ואמינותה של פעילותה תוך חיסכון בהוצאות, נוכח תדירות הבקרה הנמוכה של המשרד על המעבדות (כל כשלוש שנים 32 ) ונוכח הנחיית מנכ"ל משרד הבריאות משנת 2013, על משרד הבריאות - בשיתוף מנהלי כל בתי החולים הממשלתיים, של הכללית והציבוריים האחרים ומנהלי קופות החולים - לגבש תכנית שלמה ומדורגת כך שכל המעבדות הרפואיות יהיו מותעדות ובהמשך גם מוסמכות, וייקבע לכך לוח זמנים ותקציב נדרש. בביקורת עלה שבניגוד לאמור בנוהל, בתי החולים אינם מקיימים מבחני מיומנות לכל הבדיקות שהם עושים; כמה מבתי החולים מקיימים מבחני אמינות רק ל- 85% עד 90% .מהבדיקות שהם עושים כאשר לא ידוע אם למעבדות הרפואיות שאליהן נשלחות הבדיקות יש הסמכה או הכרה, כלומר אם הן כשירות לבצע את הבדיקות, אי -אפשר לדעת מה איכות התוצאות המתקבלות ויש חשש שלעתים עלולות להתקבל תוצאות שגויות העלולות לסכן את המטופלים. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד הבריאות למפות את אותן בדיקות שנדרש לפענחן בחו"ל ולקבוע את רשימת המעבדות המורשות בביצוע הבדיקות. במקרים שבהן הקופות מממנות בדיקות ב מעבדות בחו"ל עליהן לוודא שמדובר במעבדה מוכרת במדינה שבה היא פועלת. הביקורת העלתה שבשנים האחרונות פנה מנכ"ל משרד הבריאות רק פעם אחת - בשנת 2014 - למועצה למעבדות רפואיות בבקשה שת דון בנושא כלשהו בתחום המעבדות, והוא אף לא מצא לנכון לקיים דיונים תקופתיים הנוגעים למעבדות ולפעילות המועצה למעבדות רפואיות. אשר על כן לא מילאה המועצה את תפקידה כגוף מקצועי המייעץ למנכ"ל המשרד אלא ביצעה תפקידים אחרים שהוטלו עליה לפי תקנות המעבדות. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שמשרד הבריאות ייעזר במועצה למעבדות רפואיות בגיבוש תורה סדורה לתחום המעבדות הרפואיות ויטיל עליה לבחון סוגיות מערכתיות ומקצועיות, כגון בחינת תהליכי העבודה של המעבדות , קביעת זמנים מרביים לדיווח על תוצאות הבדיקות, קביעת רשימות לבדיקות המעבדה הרפואית הנדרשות בכל בית חולים, קביעת הבדיקות שחריגה בתוצאותיהן מעידה על מצב של סכנת חיים ומחייבת מעורבות רפואית מידית, גיבוש תהליכים להטמעת יחידות מדידה זהות למעבדות, קביעת המלצות לנושא שימוש מושכל בבדיקות מעבדה ועוד. לדעת משרד מבקר המדינה, כדי לשפר את איכות השירות שמספקות המעבדות הרפואיות ואת יעילותו, על משרד הבריאות לגבש תכנית כוללת של מדדי איכות הנוגעים לכל אחד משלבי הבדיקות עבור כלל המעבדות הרפואיות. בין היתר עליו לקבוע מדד שהוא רף לפסילות לשלבים השונים בתהליכי הבדיקות. עליו גם לבחון את תהליכי העבודה במעבדות הרפואיות על שלביהם השונים, לאתר את המקורות לפסילה ולהציע לבתי החולים וקופות החולים דרכים לשיפור תהליכי עבודה במעבדות הרפואיות. על המשרד לוודא כי בתי החולים והקופות מטמיעים את תהליכי העבודה שיומלצו ולפעול לתמרוץ המעבדות ששיפרו את איכות בדיקותיהן. תכנית כזו תאפשר למשרד להשוות בין ביצועי המעבדות הן לצורך שיפור והן לצורך יידוע הציבור. עלה כי המשרד לא גיבש הוראות לתכנון מעבדות רפואיות כדי להבטיח תנאי עבודה נאותים ולשמור על בטיחות העובדים בדומה לסטנדרטים שהוא קבע בפרוגרמה להקמת מעבדות לאומיות לבריאות הציבור. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי כי משרד הבריאות, כמאסדר (רגולטור) של מערכת הבריאות, יקבע תקן לציוד מעבדתי מתאים לכל בית חולים. תקן כזה יכלול את פירוט הציוד, התפוקות הנדרשות, גיל מרבי לציוד, כמו גם תקן מזערי לכוח האדם שיפעיל את מערך המעבדות הרפואיות באופן נאות. נוכח היקפי הרכש הגדולים, העלויות הגבוהות של ציוד, מכשור מתקדם והריאגנטים, ועל מנת לייעל ולמקסם את המשאבים, ראוי שמשרד הבריאות יוביל עבודת מטה עם בתי החולים על מנת לבחון את השיטות הק יימות לרכש ו את היתרונות והחסרונות של כל אחת ואחת מהן. במסגרת עבודת המטה ראוי להתייחס, בין השאר, ליתרון הגודל, שכן מאחר שחלק ניכר מהרכש הוא של חומרים וציוד הנדרש למרבית המעבדות, הרי שרכש בהיקפים גדולים עשוי להוזיל את עלותם. זאת ועוד, אחידות הציוד והמכשור עשויה לפשט את תהליכי העבודה וכן להביא לאחידות ביחידות המדידה; כן יש להביא בחשבון את החיסכון במנגנוני הרכש אם הם יהיו משותפים; מנגד יש להביא בחשבון את הצרכים הייחודיים של כל מעבדה ומעבדה, תהליכי התפעול הייחודיים לכל אחד מבתי החולים ואת העובדה שככלל הם מתנהלים באופן עצמאי, על כן שיתופם בהליך הוא חיוני ביותר.
מצבת הרופאים הפתולוגיים במכונים לפתולוגיה היא על פי הנוסחה שנקבעה בהסכם עבודה קיבוצי משנת 1976 . מאז, למרות עלייה בהיקף הפעילות ועלייה במורכבות האבחון ולמרות מצוקת כוח האדם במכונים, לא בחן משרד הבריאות האם הנוסחה שנקבעה בעבר עדיין מתאימה היום.