משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . הרפורמה בנמלי הים נמצא כי עד לאחר מועד סיום הביקורת, ינואר 2009 , טרם יושמה החלטת הממשלה בדבר חיזוק מודל הלנדלורד. 2. בדוח שלה ציינה הוועדה הציבורית בראשות עו"ד יהודה טוניק12 , בין היתר, כי מודל הלנדלורד, שעליו התבססה הרפורמה שנועד ה ליצור הפרדה בין הבעלות לתפעול השוטף , לא יושם דיו , דבר אשר גורם לתופעות בלתי ראויות, המחייבות השלמה מהירה של הליך הרפורמה. 3. גם הבנק העולמי13 .ביקר את הרפורמה שנעשתה בנמלים בישראל בין היתר קבע הבנק כי בשל המבנה הניהולי החדש שיצרה הרפורמה נעשה כל אחד מהנמלים מונופול אזורי, וכאשר יתחילו לפעול בהם משרד מבקר המדינה העלה כי בששת החודשים שחלפו ממועד חקיקתו של החוק עד מועד כניסתו לתוקף מנהלי רשות הנמלים לא פעלו להכנת דוחות כספיים מבוקרים למועד הפסקת פעילותה של רשות הנמלים - 16.2.05 . לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח החשיבות הרבה שיש להכנת דוחות כספיים מבוקרים במועד, משרד התחבורה, משרד האוצר ורשות החברות היו צריכים לקבוע את יתרות הפתיחה מהר ככל האפשר ואף לשקול להורות למנהלי חברת הפיתוח והנכסים, ששימשו גם מנהלי רשות הנמלים, להגיש להם דוחות כספיים של רשות הנמלים מבוקרים וחתומים על ידם. הביקורת העלתה כי לרספ"ן אין מידע השוואתי על מדדי השירות המקובלים בנמלי העולם, ובכלל זה בנמלי אגן הים התיכון, אף על פי שמידע כזה נוגע לתחרות של נמלי ישראל בנמלים אחרים בכל הקשור לטיפול במטענים שבשטעון20 . ממילא רספ"ן אינה מפרסמת דוחות כאלה לציבור בכלל וללקוחות הנמלים בפרט. משרד מבקר המדינה העלה כי תמורת ההטבות וההתחייבות שנתנו לעובדים בהסכמים שנחתמו אתם ברפורמה, ובכלל זה בהסכמי רשת הביטחון, הם לא התחייבו לעמוד ביעדים כלשהם, כגון התייעלות הנמלים, שיפור השירות בהם, הגברת התפוקה וכיו"ב. על כן מוטלת בספק התועלת שב -1.2 מיליארד ש"ח, שעל פי אומדן של חברת הפיתוח והנכסים, נתנו לעובדים, תמורת מימוש הרפורמה וההתחייבות לשמור על האיתנות הפיננסית של חברות הנמל. נמצא כי עד מועד סיום הביקורת בס פטמבר 2008 , טרם הקימו ודאגו לאישורן של קופות גמל מרכזיות לקצבה בכל אחת מן החברות האמורות, ואת הכספים המיועדים לתשלומי הפנסיה כל אחת מהן מנהלת בחשבון נאמנות. משרד מבקר המדינה מעיר כי רשות החברות, משרד האוצר, משרד התחבורה, חברת הפיתוח והנכסים וחברות הנמל לא פעלו בנחרצות מאז שנת 2005 ,להקמתן של קופות הגמל לקצבה, כמתחייב על פי החוק הצווים וההסכמים. מן הראוי שהגורמים ש לעיל ישלימו את הקמתן ללא דיחוי. כאמור, לפי חוק החברות היה על חברות הנמל וחברת הפיתוח לערוך את הדוחות הכספיים בתוך שישה חודשים מתום השנה המדווחת. נמצא כי חברת הפיתוח והנכסים טרם הגישה דוחות כספיים מבוקרים לשנים 2005 -2007 ; חברת נמל חיפה בע"מ הגישה דוחות כספיים לשנים 2005 - .2007 רק באוגוסט 2008; חברת נמל אשדודבע"מ הגישה דוחות כספיים מבוקרים לשנת 2005 רק בסוף אוגוסט 2007, ורק בתחילת אפריל 2008 היא הגישה את הדוחות לשנת 2006 . באוגוסט 2008 , שמונה חודשים לאחר תום שנת הדיווח, הגישה חברת נמל אשדוד את דוחותיה הכספיים לשנת 2007; חברת נמל אילת בע"מ הגישה דוחות כספיים מבוקרים לשנים 2005 ו- 2006 רק במאי וביולי 2008 , בהתאמה, ואת הדוחות לשנת 2007 הגישה באוגוסט 2008. 3. התברר כי חברת הפיתוח והנכסים וחברות הנמל חלוקות בעניין יתרות הסגירה של רשות הנמלים ל - 16.2.05 , וכדי להכריע בעניין התקיימו דיונים בנושא יתרות הפתיחה אצל מנכ"ל משרד התחבורה. אולם, רק בינואר 2007 .הכריע מנכ"ל משרד התחבורה בנושא בדיונים שערך משרד מבקר המדינה במרס 2008 עם רשות החברות הממשלתיות ובאותו החודש גם עם חברת הפיתוח והנכסים עלה, שעם פירוקה של רשות הנמלים סמכותם של בעלי התפקידים בה פקעה, וכי המדינה לא נערכה מבעוד מועד לטפל בדוחות הכספיים של רשות הנמלים ליום פירוקה, בד בבד עם הליך חקיקת החוק. לדעת משרד מבקר המדינה היה על משרד האוצר ומשרד התחבורה לבחון את הצורך להכין הצעת תיקון חקיקה או לפעול בדרך אחרת כדי שיהיה אפשר לקבוע במפורש מיהם המוסמכים לחתום על הדוחות הכספיים של רשות הנמלים ליום התחילה. . שתושתת על יסודות כלכליים ועל העלות הריאלית של השירותים הניתנים בנמלים. זאת כדי שתוכל לשמש תמריץ להעלאת רמת השירות בנמלים ולהפחתת הכוח המונופוליסטי של חברות הנמל.
כאמור לא הוקמו ואושרו קופות גמל מרכזיות לקצבה ובפועל חברת הפיתוח והנכסים וחברות הנמל אינן מנהלות את הכספים המיועדים לתשלומי פנסיה בקופת גמל לקצבה אלא בחשבונות נאמנות. זאת ועוד, חלף גם המועד - 30.9.06 - שבו היה רשאי המנהל, כהגדרתו בפקודת מס הכנסה, לפטור את החברות שלעיל ממס המוטל על הכנסה מהכספים המיועדים להפקדה בקופת גמל מרכזית לקצבה.