משרד האנרגייה . שינוי מבני במשק החשמל על פי הדוחות הכספיים של חח"י ל- 31.12.08 הסתכם שווי נכסיה בכ-74 מיליארדש"ח. כאמור, במועד סיום הביקורת עדיין לא חולקו הנכסים בין החברות שאמורות לקום ולא נקבעו כללים לאופן חלוקתם של נכסים שישמשו יותר מחברה אחת. .בהיבט הני הולי ויבצע בקרה בנושא. גוף זה אמור להיות אחראי, בין היתר, להכנת תכניות עבודה מפורטות לצוותים המקצועיים, לקביעת אבני דרך ליישומן, לתיאום בין הגופים השונים המשתתפים בביצוע השינוי המבני ולפיקוח על ביצועו. הקמת תחנות כוח לייצור חשמל כרוכה בהשקעות בהיקף כספי של מיליארדי ש"ח ובנטילת סיכונים פיננסיים מצד היזם והגורמים המממנים. לדעת משרד מבקר המדינה, משנוכח משרד התשתיות שמכסת ייצור החשמל של יצרני החשמל הפרטיים זניחה (כ- 3.5% בשנת 2009 ) לעומת היעד של 20% שקבעה הממשלה בשנת 2002 , היה עליו להקדים ולפעול ליצירת תנאים לשילוב יצרנים פרטיים בתחום זה כדי לשפר מראש את הסיכויים לעמוד ביעד הנדרש. לדעת משרד מבקר המדינה, על הגורמים הממשלתיים ורשות החשמל לבדוק כיצד ישפיע השינוי המבני במשק החשמל על תעריפי החשמל ומהי התקופה המיטבית לפריסת עלות התוספות לעובדים בתעריף החשמל באופן שהתייקרותו תהיה מזערית ובתום תקופה זו הוא יוזל. במועד סיום הביקורת עדיין לא קבעו הגורמים הממשלתיים, משרד התשתיות, משרד האוצר ורשות החברות הסדר לטיפול בהתחייבויות חח"י לאחר ביצוע השינוי המבני. לדעת משרד מבקר המדינה אי -השגת ההסדר יעכב את ביצוע השינוי המבני במשק החשמל, שכן פיצול פעילות הייצור והחלוקה לכמה חברות יחייב העברת נכסים לחברות אלו. לדעת משרד מבקר המדינה, על הגורמים הממשלתיים למנות גוף, כגון המינהלה שכבר הומלץ להקימה במסמך המדיניות מ - 2007 , ולהגדיר את יחסי הכפיפות - ובכלל זה הכפיפות בענייני הדיווח והבקרה - בין כל הגופים המשתתפים בביצוע השינוי המבני במשק החשמל. מדובר בשינוי גדול ומורכב שמחייב טיפול שיטתי, לרבות שיתוף פעולה ותיאום בין גורמים רבים, כדי להוציא את הרפורמה מן הכוח אל הפועל. לשם ביצוע השינוי האמור נדרשים אינטגרציה של ידע טכני, תכנון לוחות זמנים, שימוש במשאבים וטיפול בנושאי מימון. במועד סיום הביקורת טרם הוקמה מינהלה כאמור. לגופים רבים, ובהם משרדי האוצר והתשתיות, רשות החברות, רשות החשמל וחח"י, יש עניין בביצוע השינוי המבני במשק החשמל. אמנם הגורמים הממשלתיים מינו צוותים לטיפול בנושאים שונים הכרוכים בשינוי, כגון פיצול פעילות הייצור בחח"י בין כמה חברות ייצור, אך לא נקבע איזה גוף יטפל בביצוע השינוי המבני מלבד ההערכה של היועץ החיצוני אין בידי הגורמים הממשלתיים אומדן של עלויות ביצוע השינוי המבני. בהתחשב בכך שבחח"י עבדו בשנת 2009 כ- 10,000 עובדים קבועים, היקף התשלומים לעובדים במסגרת ביצוע שינוי מבני הוא ניכר. לדעת משרד מבקר המדינה על הגורמים הממשלתיים להכין אומדן מעודכן של עלות ביצוע השינוי המבני, שיכלול את כל רכיבי העלות הכרוכים בו, תחשיב בנושא התייעלותו של המשק בעקבות השינוי המבני ותחשיב בנושא הנזק שנגרם למשק בשל אי -ביצוע השינוי המבני. כמו כן על הגורמים השונים לקבוע אילו יעדים מבקשת הממשלה להשיג, מהי התמורה עבור התשלומים שישולמו לצורך ביצוע השינוי המבני וכיצד היא תבדוק אם הושגו יעדים אלה לפני שתבצע את השינוי המבני. ההחלטות בדבר מספר חברות הייצור, בדבר מספר יחידות הייצור שתכלול כל חברת ייצור ובדבר מספר חברות החלוקה ואופן פריסתן הן אבני דרך חשובות בביצוע השינוי המבני במשק החשמל. מן הראוי שהגורמים הממשלתיים: משרד התשתיות, משרד האוצר ורשות החברות יבצעו עבודת מטה משותפת בנושא, ובמסגרתה בין היתר הם ינמקו מדוע החלופה שהם ממליצים לבחור היא החלופה המיטבית מבחינת המשק. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי כי תהליך קבלת ההחלטות בנושא מספר החברות והרכבן יביא בחשבון את התועלת שהמשק צפו י להפיק מבחירת אותה חלופה, וכי ההחלטה בנושא לא תתקבל באמצעות משא ומתן. במועד סיום הביקורת עדיין לא קבעה רשות החשמל הסדרים למימון עלות הקמתן של החברות באמצעות תעריף החשמל, והגורמים הממשלתיים, משרד התשתיות, משרד האוצר ורשות החברות עדיין לא החליטו מהם "מקורות המימון הנוספים".
במועד סיום הביקורת עדיין לא הגיש צוות ההקמה לשרים המלצות בעניין חברת תחנות ייצור לפי החלטת הממשלה מיוני 2008 , החברות החדשות טרם החלו לפעול וחח"י עדיין מבצעת את פעילות ניהול המערכת.