רשות הטבע והגנים . היבטים בפעילות הרשות לשמירת הטבע והגנים הלאומיים מהאמור עולה כי עד אוקטובר 2013 לא מילאה רט"ג כראוי את אחד מתפקידיה על פי חוק גנים ושמורות, דהיינו להכין תיק אתר לכל גן לאומי ולכל שמורת טבע. לדעת משרד מבקר המדינה, עליה לנקוט בהקדם את הצעדים הנדרשים להשלמתם של תיקי אתר חסרים ולטיפול בליקויים שנמצאו בתיקי אתר קיימים. פעולות אלה הן חלק בלתי נפרד ממילוי תפקידיה על פי חוק, הכוללים ניטור ותיעוד של ערכי הטבע ושל המורשת בגנים ובשמורות. על מליאת הרשות לעקוב אחר התקדמות הנושא ולוודא את השלמתו בהקדם. הועלה כי המליאה לא פעלה על פי נוהל המליאה האמור משנת 2002 . עוד הועלה כי הנוהל לא הומצא לחברי המליאה בעת מינוים, וגם לא הובאו לידיעתם הוראות כלשהן הנוגעות לסדרי עבודתה של המליאה; למשל, נוכחות בישיבות, מניין חוקי לישיבות, העלאת נושאים לדיון המליאה, הגשת חומר רקע לדיון ומצבים של ניגוד עניינים. לדעת משרד מבקר המדינה, בהתחשב בכך שהחוק מורה למליאה לקבוע לעצמה את סדרי עבודתה אך אינו מפרט סדרים אלה, היה עליה לפעול לפי נוהל המליאה האמור או לקבוע לעצמה בהקדם סדרי עבודה אחרים ולהביאם לידיעת חברי המליאה בעת מינוים, כדי לייעל ולשפר את עבודתה. יצוין כי רט"ג מורכבת משש חטיבות שאף לא אחת מהן עוסקת באופן בלעדי בנושא המורשת. הועלה כי הטיפול בנושא זה נעשה בו-זמנית בידי שתי חטיבות שונות: בחטיבת תו"פ, באמצעות אגף ארכיאולוגיה ואגף שימור ופיתוח, ובחטיבת קהל וקהילה האחראית לנושאי שיווק, קליטת מבקרים, חינוך והסברה. לדעת משרד מבקר המדינה, טיפול מבוזר של רט"ג בנושא חשוב ומרכזי כזה בין אגפים וחטיבות עלול לפגוע ביעילות טיפולה ובמועילותו בנושא. הועלה כי מהדיון האמור ועד אוקטובר 2013 לא קיימה המליאה דיון, וגם לא התקבלה כל החלטה בעניין המלצתה של ועדת ה מורשת להקים חטיבה לטיפול בנושאי ארכיאולוגיה ושימור אתרי מורשת ברט"ג. לדעת משרד מבקר המדינה, קיומה של ועדת מורשת הוא צעד ראשון לקראת קידום הטיפול בנושאי המורשת בידי רט"ג, ומן הראוי שהוועדה תמשיך להתכנס ולקדם את הנושא. משרד מבקר המדינה מעי ר כי מאחר שגיבוש מסמך חזון הרשות נמשך זמן רב, התליית יישום המלצות ועדת המורשת בגיבוש מסמך זה מעכבת את יישום ההמלצות. מן הראוי שמנכ"ל הרשות יחיש את פעולותיו לגיבוש מסמך החזון ובד בבד תקיים מליאת הרשות דיון בהמלצתה של ועדת המורשת להקים חטיבה לטיפול בנושאי מורשת לנוכח החזון המתגבש. רט"ג לא קיבלה מענה לאף לא אחת מהפניות האמורות. עם זאת, משנת 2008 לא עשתה די למציאת פתרון כולל לנושא דרישת השיפוי ולא חזרה ופנתה לגורמים המוסמכים האמורים, והמצב נותר כשהיה. גם היועמ"ש לא פעל לפתרון הבעיה שהונחה לפתחו. הוא לא קיים דיון בנוכחות הצדדים הנוגעים בדב ר, ולא ניתנו הנחיות מפורשות למוסדות התכנון כיצד להתמודד עם נושא זה. כאמור, הביקורת הנוכחית העלתה כי מאז הדוח הקודם ועד אוקטובר 2013 לא חל כל שינוי בנושא השיפוי. מוסדות התכנון ממשיכים לדרוש מרט"ג לחתום על כתבי שיפוי או להוציא שטחים פרטיים משטחי שמורות טבע מתוכננות, ללא קריטריונים אחידים, ורט"ג ממשיכה לעמוד בסירובה להתחייב לשיפוי. בעטייה של התנהלות מוסדות התכנון ושל רט"ג מתעכב תהליך אישורן של כמה תכניות לגנים ולשמורות. לעתים אף נגרעים שטחים ניכרים משטחי הגנים והשמורות המתוכננים, תוך כדי פגיעה בערכי הטבע המצויים בהם, רק כדי לאפשר את אישור התכניות. למרות המלצתו של מבקר המדינה בדוח הקודם לא פעלו משרדי הפנים והמשפטים להסדרת הנושא. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרדי הפנים והמשפטים לפעול בהקדם לפתרון הבעיה המתמשכת, בין היתר באמצעות קביעת קריטריונים לדר ישת השיפוי ולאופן יישומה. לצורך כך, מן הראוי שישקלו גם את הצורך להגן ולשמר שטחים טבעיים למען הציבור כולו, בשים לב למטרות רט"ג ותפקידיה, מול הצורך להגן על זכותם של בעלי מקרקעין פרטיים לפיצוי במקרה של ירידת ערך עקב הכרזה על שטחיהם כגנים לאומיים או כשמורות טבע.
הועלה כי ממרץ 2011 עד אוקטובר 2013 (כ-30 חודשים) לא מינו השרים להג"ס יו"ר למליאה. לישיבות שקיימה המליאה בתקופה האמורה, בסיומה של כל ישיבה בחרו חברי המליאה מקרבם ממלא מקום ליו"ר בישיבה הבאה. בינואר 2012 דיווח המבקר הפנימי למליאה כי המחצית השנייה של 2011 התאפיינהבכך שרט"ג פעלה ללא מנכ"ל וללא יו"ר מליאה, "דבר שהקשה על פעילות סדירה של הרשות. המצב הגיע עד כדי כך שהרשות ביקשה שהמבקר, כנציג המליאה, יאשר את הדוחות הכספיים של הרשות לשנת 2010 , כי לא היה כל גוף אחר שהיה יכול לאשר דוחות אלה".