משרד הבריאות . הסדרים כלכליים בין קופות חולים לבתי חולים הכלליים והשפעתם על המבוטחים ,לדעת משרד מבקר המדינהמערכת ההנחות אי נה סבירה: היא מצביעה על העיוות במערכת המחירים של המשרד (קביעת מחירים ריאליים הייתה מצמצמת את ההנחות); משקפת את חוסר השכלול במערכת הבריאות, ואת הכוח שבצד הביקוש; גלומה בה תמיכה סמויה של המשרד בקופות החולים; ההנחות שניתנות בגין ההסכמים הגלובליים גבוהות מההנחות שהיו מתקבלות בשיטת תקרות הצריכה, כך שהדבר משול למעשה לביטול תקרות הצריכה; מגמת העלייה בהיקף ההנחות גוררת בעקבותיה גם עלייה בהיקף הסבסוד של המדינה לבתי החולים הממשלתיים; נוצרים מצבים בלתי סבירים כלכלית, כאשר בתי חולים שאינם מאוזנים תקציבית ואף גירעוניים, מעניקים הנחות בשיעורים גבוהים רק כדי לשמור על היקף פעילות גבוה של בית החולים, ובכך מגדילים את גירעונם. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי לבחון את מערכת ההנחות כחלק מבחינת שיטת תקרות הצריכה ובחינת מערכת ההתחשבנות בין הקופות לבתי החולים. ראוי שבחינה זו תתייחס בין היתר גם לנושא שיעורי ההנחות שיתנו המרכזים הרפואיים ועל היקפן. בביקורת הקודמת בשנת 2003 העלה משרדמבקר המדינה כי תקרות הצריכה וההסכמים הגלובליים, והיעדר הסכמים בין הצדדים, גרמו לכללית להסיט מבוטחים מבית חולים אחד למשנהו, ובכך פגעו במבוטחים הנזקקים לבתי חולים באזור מגוריהם. דבר זה גם עלול לפגוע בבתי החולים שהקופה לא מפנה אליהם חולים במידה מספקת, בעיקר בפריפריה, שכן רופאים המעוניינים בהתמחות מקצועית עלולים לעזוב בית חולים כזה ולעבור למרכז הארץ. הסטת חולים אף מקטינה את הכנסות בית החולים שממנו מוסטת הפעילות. במקרה כזה הנזק למשק נוכח מכלול החסרונות שתוארו לעיל, ובעיקר נוכח טענת המשרד שהשיטה הנוכחית משפיעה לרעה על איכות הטיפול הרפואי במאושפזים בבתי החולים, ראוי שמשרדי הבריאות והאוצר יבחנו מחדש את הנושא על כל היבטיו. הפיילוט בוצע בשנת 2004 .בשיבא, שהעביר את תוצאותיו למשרד המשרד קיים דיון בתוצאות הפיילוט, אולם לא קיבל החלטות אופרטיביות . משרד מבקר ה מדינה מעיר כי בשש השנים שחלפו ממועד הביקורת הקודמת אמנם נוספו כמאה פעולות נבחרות, אולם יחד עם זאת רוב הכנסות בתי החולים מחולים מאושפזים נובעות עדיין מימי אשפוז ולא מפעולות דיפרנציאליות. רבים במערכת הבריאות סבורים שהשיטה הראויה לתגמול בתי החולים היא הפעילות הדיפרנציאלית, ולכן ראוי לשקול להגביר את קצב הרחבת רשימת הפעולות האלה ואת תדירות עדכון מחיריהן. יש לציין כי במדינות מערביות יש אלפי פעולות שמתומחרות בשיטה זו. 1. מערך נתונים: למשרד אין מערך נתונים מלא על עלויות בתי החולים (ראו לעיל). אף שנתונים אלה מצויים בכמה בתי חולים, ובהם ממשלתיים, למשרד אין גישה ישירה אליהם, והוא תלוי בבתי החולים שמעבירים לו אותם. עד מועד סיום הביקורת, אוגוסט 2009 , לא הוקמה ועדת היגוי, לאהוכנה רשימה של שירותים רפואיים המהווים שירותי ליבה ולא נשכרה חברה חיצונית. המשרד גם לא עמד ביעדי החלטת הממשלה. עד מועד סיום הביקורת, אוגוסט2009 , לא הסתיימה הבדיקה וגם לא הוחלט על הורדה של מחירי שירותים אמבולטוריים נוספים. אף שהורדו מחירי שבעה שירותים, הקופות נדרשו להשיב לבתי החולים את הסכומים שנגרעו מהכנסותיהם. יוצא שמחירים לשירותים אמבולטוריים במחירון המשרד עדיין אינם מעודכנים, שקיימים פערים גדולים בינם ובין עלויותיהם, ושלקופות יש עדיין תמריץ להוציא פעולות מבתי החולים לקהילה, גם אם שיקולי רפואה נכונה (ובין השאר רצף טיפולי) ויעילות כלכלית מחייבים השארתן בבתי החולים. .במצב שאין בו רשות לתמחור ושמרבית המלצות הוועדה לתמחור אינן מיושמות (ראו להלן), ראוי שהסוגיה בכללותה תיבדק מחדש. בכירים במערכת הבריאות סבורים ששיטת ההסכמים הגלובליים אינה מתאימה למשק הישראלי שכן אין זו מערכת של קונים מרצון מול מוכרים מרצון (ראו גם להלן בפרק על מבנה מערכת הבריאות). לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שמשרדי הבריאות והאוצר יבחנו את כלל הסדרי ההתחשבנות בין הקופות לבתי החולים, בדגש על יצירת יחסי אמון בין השחקנים בשוק הבריאות, ובעיקר בין הקופות לבתי החולים, על חתימת הסכמים לטווח ארוך ככל האפשר, ועל צמצום אי -הוודאות. יש לשקול עיצוב "כללי משחק" חדשים. מתחייבת עבודת מטה שתתחשב בהמלצות הוועדות שפעלו בעבר בנדון ותבחן את החלופות. גם תידרש פעולה נחרצת של המשרד ושל משרד האוצר ליישום מסקנות והמלצות עבודת המטה שכבר נעשתה. יש לבחון נושאים אלה לא במסגרת חוק ההסדרים, שמטבע הדברים לא עומדת אחריו עבודת מטה ראויה.
יצוין כי בבית חולים כללי שאין בו מחלקות לפסיכיאטריה וגריאטריה הותאמו מחירי יום אשפוז לשתי מחלקות בלבד - מחלקה פנימית ומחלקת טיפול נמרץ. במחלקות האחרות נותר המחיר האחיד, אף שהעלויות בהן שונות מהתגמול שהן מקבלות.