המשרד לשירותי דת . מינוי הרכבי מועצות דתיות ובחירת רבני עיר .התערבותו של עוזר השר בעבודת ועדות הבחירות לרבני עיר לא זו בלבד שהיא מנוגדת לכללים הנוגעים לעובדים המועסקים במשרות אמון, אלא היא עלולה לפתוח פתח להתנהגות בלתי הולמת של עובדי ציבור הפועלים לטובת עניינים פוליטיים ולא לטובת הציבור, ולפיכך יש לעקור אותה מן השורש. על השר לשירותי דת לוודא כי עוזריו ויועציו האישיים לא יתערבו בעבודת הוועדה, לרבות במשימות המוטלות על מרכז הוועדה. ביצוע שלבים מרכזיים בהליך בחירת רב עיר בידי יועץ השר או עובדי לשכת השר , במקום חברי הוועדה, ובכלל זה מרכז הוועדה, פוגע בשקיפות ההליך, אינו ממצה את היכולות המקצועיות ואת הניסיון בטיפול מינהלי בהליך שהצטברו במשרד ועלול לפגוע ביעילותו. יתר על כן, התערבותו של יועץ השר בהליכי בחירת רב עיר מעביר מסר על הימצאות שיקולים לא עניינים, ובכללם שיקולים פוליטיים המשפיעים על הליך הבחירה, וזאת מעצם מינויו של יועץ השר במשרת אמון האמון על טיפול בעניינים פוליטיים. בהקשר של הזהירות שראוי לשלטון המרכזי לנהוג בהליך בחירה של רב עיר, ראוי להביא מדברי כב' השופט יצחק עמית, בעתירה שנדונה לא כבר ושעניינה הליך בחירת רב העיר לטבריה40: "בחירת רב עיר היא עניין בעל אופי מקומי, אשר תלוי באופייה של הרבנות המקומית ותושביה ... בהקשר זה גובר "עקרון האוטונומיה", שיש בו להסיג את מעורבותו של השלטון המרכזי ... תופעה זו של התערבות פוליטית מצד גורמי השלטון המרכזי אינה ראויה ... התערבות שר כזה או אחר או ניסיון להשפיע על ה ליך בחירת רב עיר יש בה כדי להכתים את טוהר הבחירות, והדבר גם עומד בניגוד למושכלות היסוד של המשפט המינהלי". היות והשר נושא באחריות כוללת לנעשה במשרדו, לרבות בלשכתו , ראוי שהשר ינחה את יועצו באופן ברור וחד -משמעי מהם גבולות גזרתו, לרבות היעדר סמכויות לביצוע או למתן הנחיות לדרג המקצועי במשרדו, או לוועדות לבחירת רב עיר41. .זאת ועוד, משרד מבקר המדינה מציין כי העבודה המינהלית של ליווי ועדות הבחירות לבחירת רבני ערים מתנהלת זה שנים ביחידת מנהל תחום נישואין ורבנים, לרבות בדיקה והכנה של טבלאות ספירת המתפללים בבתי הכנסת לצורך הרכבת האסיפה הבוחרת. מדובר בהליכי בחירות שבהם משולבים מאבקים פוליטיים ויעידו על כך העתירות לבג"ץ לפני ואחרי ביצוע מערכות הבחירות שנערכו בשנתיים האחרונות בכל הרשויות המקומיות (לוד, בית שמש, טבריה, בת ים, מבשרת ציון). בהתאם יש להקפיד על הפרדה ברורה בין המטלות שהדרג הפוליטי בלשכת השר יכול לבצע ובין מטלות של הדרג המקצועי במשרד. הבדיקה העלתה כי לשכת השר דוד אזולאי לא פעלה בהתאם להנחיית המשנה ליועץ המשפטי לממש לה: היא לא ערכה מיפוי של היישובים שבהם לא מכהן רב עיר ובכלל זה שלבי הטיפול, לא הכינה תכנית עבודה לבחירת רבני עיר ולא הנחתה את מחלקת רבנים לערוך מיפוי של היישובים שבהם אין רב עיר או תכנית עבודה; השר לא פרסם עם כניסתו לתפקיד הודעה ברשומות על הצורך לבחור רבני עיר בכל היישובים שבהם אין רב עיר; הודעות השר בנוגע לצורך לבחור רב עיר פורסמו רק בנוגע למחצית היישובים שבהם לא מכהן רב עיר, ולעתים באיחור של חודשים או שנים מהמועד שבו התפנתה הכהונה. רק ביוני 2017 , במהלך הביקורת, החל השר לפרסם ברשומות, בהתאם להנחיות היועץ המשפטי, גם הודעות בדבר הצורך לבחור רב עיר ביישובים שבהם מכהנים רבני עיר העומדים לפרוש מתפקידם43. עלה כי שלושה ממונים מכהנים כממונים על כמה מועצות דתיות וכי היקף המשרה הכולל של כל אחד מהם גדול מהמותר על פי חוזר מנכ"ל וממה שקבע הממונה על השכר באוצר, וכי אין הוא מתיישב עם היקף השכר שאמור להיות משולם להם בגין מספר התושבים שהם משרתים. להלן הפירוט: בדיקת משרד מבקר המדינה במחלקת רבנים העלתה כי לא ברור על מה התבססה טענת יועץ השר בנוגע לעומס מיוחד על המחלקה שמנע את קיום הפגישה. משרד מבקר המדינה מעיר ליועץ השר, מר דוד עמר, כי הוועדה לבחירת רב עיר היא ועדה עצמאית בראשות שופט או דיין, האמורה לפעול בהתאם לשיקול דעתה העצמאי, ותיאום פעילותה נעשה באמצעות מרכז הוועדה - מנהל מחלקת רבנים במשרד. לפיכך היה עליו להימנע מלהתערב בסדרי עבודתה המקצועית של הוועדה לבחירת רב עיר.
משרד מבקר המדינה חוזר ומציין כי משהוקמה ועדה בראשות שופט או דיין, אל ליועץ שר, שהוא מינוי במשרת אמון, להתערב בעבודתה ולקבוע את סדרי עבודתה. ראש העיר פנה ליו"ר הוועדה, שהוא גם הממונה על סדרי עבודתה, ומעורבות יועץ השר בסדרי עבודת הוועדה היא אסורה ומנוגדת להוראות התקשי"ר.