רכבת ישראל בע_מ . קו הרכבת המהיר לירושלים - הקמת קטע באזור הרי ירושלים במסמך המסכם צוין כי נ וכח העובדה שאין תכנון מפורט למנהרה הארוכה, לא הייתה אפשרות להשוות במדויק את העלויות ולוחות הזמנים של שתי החלופות. בדיון שהתקיים באוגוסט 2006 העריך הגוף המאשר כי לוחות הזמנים שציינה חברת הרכבת לא היו ריאליים, מפני שלא הביאו בחשבון את הזמן הדרוש להשלמת התכנון ולהשלמת התהליכים הסטטוטוריים. כמו כן הוא העיר לרכבת כי היא לא השלימה את התכנון בחלק מן הנושאים ולא פירטה במכרז עבודות נדרשות שעלולות לעכב את הפרויקט. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על הרכבת להקפיד על חתימת ההסכם רק לאחר קבלת כל האישורים הנדרשים. .בספטמבר 2000 אישרה המועצה הארצית במסגרת תכנית מתאר ארצית למסילות ברזל תוואי להקמת קו רכבת מהיר חדש שיחבר בין תל אביב לירושלים (תוואי A1 ), הכולל מנהרות ארוכות במיוחד. היא עשתה זאת בתיאום עם הגופים העוסקים בהגנה על הסביבה. הממשלה אישרה החלטה זו במרס 2001 . באוגוסט 2001 ,הוחלט להתחיל בהקמת הקו ובשנת 2003 הטילה הממשלה את ביצוע הפרויקט על חברת רכבת ישראל. הפרויקט תוכנן להסתיים בשנת 2008. ,בדוח הביקורת הקודם הצביע מבקר המדינה על ליקויים בתכנון הקו באומדני העלויות שלו ובלוח הזמנים להקמתו. הביקורת הנוכחית העלתה כי מינהל התכנון והגוף המאשר דרשו מהרכבת הכנת תכניות מפורטות, הכוללות, בין היתר, תסקיר השפעה על הסביבה. במהלך השנים לא עמדה הרכבת בדרישות מינהל התכנון במועדן. נוסף על כך בחינת החלופות להקמת הקו נעשתה בצורה לקויה. כל אלה גרמו לדחיית המועד המשוער של השלמת הפרויקט בשמונה שנים - לשנת 2016 . גם כיום טרם התקבלו כל האישורים הנדרשים להשלמת הפרויקט. דרך פעולה זו אינה תקינה. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח הכשלים שהועלו, על משרד התחבורה, משרד האוצר ורכבת ישראל לפעול כדי למנוע מקרים דומים בהקמת קווי רכבת בעתיד. כמו כן יש להקפיד כי פרויקטים יאושרו רק לאחר שהושלמו הליכי התכנון , נבחנו ההשפעות על הסביבה והתקבל אומדן תקציבי מבוסס על אחת כמה וכמה כשמדובר בפרויקט כה גדול ומורכב כגון זה. כאמור, ממסמכי החברה עולה כי צו התחלת עבודה צריך להינתן בתוך שנה ממועד ההסכם עם הקבוצה הקבלנית. ביוני 2009 , לאחר שולנת"ע החליטה לדחות את חלופת רט"ג ולפני שהמועצה הארצית דנה בהמלצה זו, הודיע סמנכ"ל תשתיות בחברת הרכבת לנציג המורשה של הקבוצה הקבלנית כי בכוונת החברה להוציא צו התחלת העבודה לביצוע הפרויקט ב- 1.11.09 . משרד מבקר המדינה העיר לחברה כי היה עליה להקפיד להודיע לקבוצה המב צעת על תחילת עבודות רק לאחר שהמועצה הארצית אישרה את התכניות. .על פי התכנון, יפונו מהמנהרות בקטע המערבי חומרי חפירה בהיקף גדול של כ -2.4 מיליון מ"ק, כאשר רק כמחציתם ניתנים למיחזור בפרויקט ומחוצה לו. לנושא זה השפעה על הסביבה באופן הפינוי וההטמנה ובאופן הובלת עודפי העפר, ולכן נדרשת לכך היערכות מתאימה. במהלך השנים בדקה חברת הרכבת, לבקשת הגוף המאשר, כמה חלופות לפינוי עודפי עפר ואף תכננה את אחת החלופות. גם הקבוצה הקבלנית שנבחרה הציעה חלופות בעניינן. עד מועד סיום הביקורת טרם אושר פתרון להטמנת עודפי העפר. .1. חברת הרכבת לא מילאה את דרישות הגוף המאשר במועדן: במאי 2007 הגישה לו החברה תכנית עבודה שלא כללה את כל הנושאים . שנדרשה להם ובהם הגשת תסקיר השפעה על הסביבה, סקירת דרכי התיאום הדרושות עם גופים אחרים ואיתור תהליכים קריטיים אשר עלולים לעכב את הכנת התמ"א. ביולי 2007 התריע יו"ר הגוף המאשר כי לא ניתן להעביר את התכניות להערות הוועדות המחוזיות והשגות הציבור. הרכבת לא כללה בלוחות הזמנים שהציעה באוקטובר 2007 את פרקי הזמן שנדרשו להתאמת מסמכי התמ"א להחלטות המועצה הארצית. יו"ר הגוף המאשר דאז העריך כי פרק הזמן שהוקצה בלוח הזמנים להערות של הוועדות המחוזיות ולהשגות הציבור לא היה ריאלי.
.רק ב - 23.8.09 סיכמו חברת הרכבת ורט"ג כי צוות משותף שלהן יפעל למציאת חלופה מיטבית להקמת הגשר מעל נחל יתלה וכי החלופה תקבל תוקף סטטוטור י. כן סוכם כי הצדדים יפעלו בשיתוף פעולה בכל הנוגע להקמת הקו המהיר בקטע נחל יתלה ויפעלו למזעור הנזקים לסביבה בתיאום עם כל הגורמים ובסיוע מינהל התכנון והגוף המאשר. משרד מבקר המדינה העיר לחברה כי כבר ביוני 2008 המליצו יועץ א ומנהל הפרויקט מטעם חברה א לנסות ליצור שיתוף פעולה בין הארגונים הירוקים, חברת הרכבת והקבוצה הקבלנית שנבחרה, אולם הרכבת דחתה את ההמלצה.