משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . תכנית נתיבי ישראל - פיתוח מערך הרכבות משרדי הפנים והתחבורה מסרו למשרד מבקר המדינה כי להערכתם תושלם התמ"א עד סוף שנת 2014 , כלומר פיגור של כשלוש שנים מהמועד שנקבע לסיומה על פי החלטת הממשלה וכשבע שנים לאחר החלטת המועצה הארצית לתכנון ולבנייה. .אחד הצעדים להגברת הפעילות הכלכלית ביישובי הפריפריה, פיתוחם, הגדלת אפשרויות התעסוקה בהם, העלאת רמת החיים של תושביהם וצמצום הפערים בין הפריפריה למרכז הארץ, הוא פיתוח התשתית התחבורתית בין הפריפריה למרכז. למטרה זו הוכנה "תכנית נתיבי ישראל" והוקצו לה 27.5 מיליארד ש"ח, לעשר שנים; חלק ניכר מכך הוקצה לפיתוח מערך הרכבות. בשנים האחרונות גדל במידה ניכרת מספר הנוסעים ברכבות, דבר שהצריך התארגנות בהתאם. הקמת מסילה רביעית במרכז הארץ, אמורה לאפשר הפעלת קווי רכב ת נוספים, למנוע היווצרות "צוואר בקבוק", ולהגביר את תדירות קווי הרכבת הפועלים כיום, אך הליכי הקמתה נמשכים שנים רבות. על משרד התחבורה לפעול בנחרצות לפתרון בעיה זו ללא דיחוי. בתכנית הגדירה הממשלה פרויקטים תחבורתיים שונים, חלקם לתכנון - כולל הכנת תכנית מתאר א רצית משולבת לתחבורה יבשתית, וחלקם לביצוע, והטילה את האחריות לקידומם על חברות ממשלתיות ועל משרדי הממשלה. אולם, למרות החשיבות האסטרטגית של התכנית כבר מסתמנת בחלק מהפרויקטים אי -עמידה בלוחות הזמנים. לכן על כל הגורמים העוסקים בכך, משרדי הממשלה והחברות הממשלתיות, לשנס מותניים ולהגביר את המאמצים לקידום התכנית, ולפעול להגדלת קיבולת הרכבות באיזור מרכז הארץ והשלמת הקמת והפעלת קווי רכבת חדשים מאיזורי הפריפריה למרכז הארץ. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה, כי עליו לדאוג לשמירת הידע וליצירת היכולות הטכניות בתוך המשרד כדי לחזק את הבקרה ולשמר אצלו את הידע שנצבר בעניין זה, באופן בלתי תלוי בחברת בקרה זו או אחרת. בייחוד בנוגע לפרויקטים תשתיתיים רחבי היקף ורב-שנתיים . במהלך הביקורת מסר מנהל מינהלת נתיבי ישראל למשרד מבקר המדינה, נוסח של נוהל הבטחת איכות משותף לחברת נתיבי ישראל ו חברת הרכבת, שהוכן כבר באוגוסט 2012 . הביקורת העלתה כי החברות לא אישרו את הנוהל. 3. באפריל 2012 הנחה משרד התחבורה את חברת נתיבי איילון וחברת נתי בי ישראל להיערך להעברת האחריות לתכנון המסילה הרביעית לחברת נתיבי ישראל. ואולם רק ב- 30.4.13 ,חתמו חברת נתיבי איילון וחברת נתיבי ישראל על הסכם בנושא, וזה נכנס לתוקף ב- 1.6.13 . משרד מבקר המדינה העיר למשרד התחבורה, כי היה עליו להתריע בפני הגורמים הרלוונטיים בעוד מועד על הבעיות שעשויות לנבוע מהעיכוב הרב בהשלמת התכנון של הקמת המסילה הרביעית . כמו כן היה על משרד התחבורה לפעול ליצירת תיאום בין החברות העוסקות בתכנון הקמת המסילה , כדי לקדם את הנושא. החלטת הממשלה כללה את הקמת מינהלת נתיבי ישראל (להלן-המינהלת) שתפקח על ביצוע התכנית. נמצא כי חברת נתיבי ישראל מדווחת למינהלת על התקדמות הפרויקט, על פי אבני דרך, לוחות הזמנים, חריגות צפויות, ביצוע התקציב ותחזיות ביצוע התקציב. הדיווח הוא באופן כללי, אך ללא פירוט שיעור ביצוע תקציבי מפורט של אבני הדרך. עד מועד סיום הביקורת, לא חתמו המדינה וחברת הרכבת על הסכם פיתוח חדש מעודכן, שיסדיר בין השאר, את אופן הכללתם של הפרויקטים הרכבתיים והשינויים שחלו בעקבות החלטת הממשלה, לגבי העברת האחריות להקמת מסילות ברזל מחברת הרכבת לחברת נתיבי ישראל, על מנת לעגן את ההתחייבויות של כל אחד מן הצדדים להוצאה מן הכוח אל הפועל של התכניות. הכנתתמ"א 42 חודשה רק בינואר 2011 . משרד התחבורה כתב בתשובתו ממרץ 2013 , כי ההפסקה הארוכה בעבודת ההכנה הסיגה את ההליך חודשים לאחור. התכנית לא הובאה לאישור במועד שקבעה הממשלה.
עד מועד סיום הביקו רת טרם אושרה הקצאת התדרים למערכת החדשה . על משרדי התחבורה והאוצר, אשר השקיעו מיליארדי ש"ח בפיתוח הרכבת, לפעול להפעלת מערכת בקרת האיתות החדשה בהקדם האפשרי, מאחר שהפעלתה תגביר את הבטיחות בתנועת הרכבות ותאפשר להגביר את תדירות הרכבות בפרק זמן מסוים בלי לצמצם קווים. מאחר שפתרון זה מוגבל ל פרק זמן מסוים, על כל הגופים האחראיים - משרד התחבורה, משרד האוצר וחברת הרכבת - לפעול ללא דיחוי גם להשלמת הקמתה של המסילה הרביעית, כדי להבטיח ניצול יעיל של רשת המסילות ושל קווי הרכבת, הן הקווים הקיימים והן הקווים המתוכננים.