צבא ההגנה לישראל . הספקת שירותי רפואה לחיילים על ידי צה_ל ומשרד הביטחון .ממכלול נתוני משר"פ ומקרפ"ר דלעיל יוצא אפוא, כי כ- 50% מהחיילים המופנים לרופאים מומחים אינם מגיעים לקבלת הטיפול: או שאינם קובעים תור, או שקובעים תור אך אינם מתייצבים לטיפול שנקבע. בביקורת עלה, כי אין בידי מקרפ"ר את הכלים הנחוצים כדי לנתח את הסיבות לאי- התייצבותם של החיילים לקבלת טיפול מרופאים מומחים. בהיעדר מידע נחוץ בנושא זה, הגורמים הרלוונטיים במקרפ"ר אינם יכולים למקד משאבים ומאמצים לטיפול בסוגיה. עוד עלה בביקורת, כי קרפ"ר לא פרסם כל הוראה בדבר אי -התייצבות חיילים לטיפול במרפאות מומחים, כפי שעשה כאמור בתחום רפואת השיניים, וממילא מקרפ"ר ומשר"פ אינם נוקטים כל אמצעים כלפי חיילים שלא התייצבו במרפאות המומחים במועדים שנקבעו להם. משרד מבקר המדינה מעיר, כי סיכום רמ"ח ארגון דלעיל לא הביא לשינוי ביכולת מקרפ"ר לקבוע על פי דעתה המקצועית את התקנים של כוח האדם הרפואי בגופי צה"ל. כתוצאה מהשינויים הארגוניים האמורים נוצר מצב, שבו משנת 1999 אין באפשרות מקרפ"ר לקבוע את תקני כוח האדם הרפואי בכלל צה"ל על פי תפישתה המקצועית. עד מועד סיום הביקורת, דצמבר 2007 , נקבעה תקינת כוח האדם הרפואי על ידי גופי צה"ל, לעתים אף ללא תיאום עם מקרפ"ר, אלא מתוך שיקולים פנימיים שלהם. בביקורת עלה, שכתוצאה מהשינויים הארגוניים דלע יל אכן צומצמה יכולת מקרפ"ר להשפיע על תקינת כוח האדם הרפואי בכלל צה"ל. כך לדוגמה, בשנת אשר למערכות המידע הצבאיות מעיר משרד מבקר המדינה, כי בהיעדר מאגר מידע שיכיל את כלל הנתונים הנוגעים להפניית החיילים לקבלת טיפול מרופאים מומחים בצה"ל, אין באפשרות משר"פ להציג תמונה כוללת ומהימנה של הפניית החיילים למרפאות מומחים צה"ליות ושל הביקורים בהן. בהיעדר מאגר כזה, ונוכח חוסר היכולת לצמצם את הפער המהותי הקיים כתוצאה מהנתק בין מערכות המחשוב הצה"ליות לאלה האזרחיות, לא ניתן להסיק מסקנות בנוגע לצעדי התייעלות וחיסכון אפשריים בכל הקשור לארגון מערך השירותים של רפואת המומחים ולאיכותם. על כן, לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שצה"ל יפעל לבניית מאגר מידע כאמור, ויבחן דרכים לשיפור יכולתו לקבל נתונים ממערכות המחשוב האזרחיות. בהקשר זה עלה בביקורת, כי מקרפ"ר אינה מקיימת מערכת מעקב ובקרה כלל - צה"לית אחר המלצות להענקת פטורים והקלות על ידי רופאים מומחים. במצב זה לא ניתן לדעת, בין היתר, את שיעור ההמלצות לפטורים ולהקלות ששונו על ידי קציני רפואה פעילה, לזהות ולנתח את הסיבות לכך. משרד מבקר המדינה בדק את אופן יישום הוראות קרפ"ר דלעיל במרפאת השיניים בבסיס מטכ"ל בקריה בתל אביב (להלן - מרפאת השיניים). בבדיקה עלה, כי אף ששיעור החיילים שאינם מתייצבים לטיפול מגיע לכ -%20 בממוצע37 , צוות המרפאה אינו מנהל רישום לגבי הרוב המוחלט של המקרים וכלל אינו עוסק בנושא. מעבר לכך עלה בביקורת, כי מקרפ"ר אינה אוגרת מידע אודות הסיבות שבגינן החיילים לא התייצבו לטיפול. בהיעדר מידע בנושא, אין באפשרותה לזהות באיזו מידה נובעת .2007 ביצע ח"א48 שינויי תקינה בכוח האדם הרפואי28 ללא תיאום מוקדם עם מקרפ"ר, זרוע היבשה ביצעה 22 שינויים ואט"ל 21 ,. יצוין, כי בחלק מהמקרים נוסף לחוסר התיאום עם מקרפ"ר טרם ביצוע השינויים, הם נעשו בסופו של דבר למרות התנגדותה. לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שבנושא הספקת שירותי רפואה לחיילי צה"ל יאמצו כלל הגורמים, ובהם משרד הבריאות, ראייה לאומית רחבה, ויגבשו "הסכם שילוב" הפועל לטובת כלל הגורמים הנוגעים - מערכת הביטחון, בתי החולים הממשלתיים וספקי שירותי בריאות אחרים במשק.
משרד מבקר המדינה מעיר, כי לאי-קביעת תורים לרו פאים מומחים ולאי-התייצבות החיילים לתורים שנקבעו במרפאות המומחים (הצבאיות והאזרחיות כאחד) יש מספר השלכות, וביניהן: פגיעה אפשרית בבריאותם של החיילים וחוסר יעילות ושיבושים בעבודת המרפאות. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח תופעות אלה, ראוי שמקרפ"ר ומשר"פ יפעלו לזהות , לבודד ולמקד את הסיבות לכך. כמו כן, ראוי, שמשר"פ יממש בהקדם את קביעת קרפ"ר האמורה, ונוכח בחינת הנתונים דלעיל, יפעל לצמצום התופעות של אי-קביעת תורים ושל אי -התייצבות לטיפול, במטרה למזער ככל האפשר את האפשרות של פגיעה בבריאות החיילים, לשפר את השירות הרפואי, לייעל את פעילותן של מרפאות המומחים ולחסוך בעלויות.