שנקר הנדסה. עיצוב. אמנות. (חל_צ) . היבטים בפעילות שנקר לא נמצא כל מסמך המעיד שבהחלטתו לאפשר ליועץ המשפטי לפעול לצורך גיוס התרומה מהקרן והסכמתו לתשלום עמלה בגין הצלחה, שיתף הנשיא בעלי תפקידים אחרים בשנקר, או למצער יידע אותם. נוכח ניסוח מכתב ההתחייבות שנעדר מכותבים נוספים והמותיר עמימות באשר לגורם העתיד ליהנות מדמי העמלה (הנשיא כתב: "הגורמים המטפלים בבקשתנו") ונוכח תגובות הנשיא 30 והיועץ המשפטי למשרד מבקר המדינה שמהן עלה כי הנשיא ידע שמדובר ביועץ המשפטי (הדבר הוכחש על ידי הנשיא בשלב מאוחר יותר - בפברואר 2010 ,) המסקנה המתבקשת היא שהעסקה, בשלב זה לפחות, התגבשה בין הנשיא ליועץ המשפטי בלבד. ממסמכי שנקר עולה כי באפריל 2002 , לאחר קבלת התרומה, חתמו יו"ר הוועד המנהל דאז והנשיא על המחאה עבור עמלה בסך כ- 650,000 ש"ח שניתנה ליועץ המשפטי. בספח ההמחאה צוין: "דמי טיפול ועמלה בקשר עם תרומת 'הקרן'". לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שמדובר היה בתשלום עמלה בסכום ניכר ליועץ המשפטי של המוסד, היה על יו"ר הוועד דאז שלא להסתפק בבדיקות ובבירורים שערך, אלא ליזום דיון בנושא בוועד המנהל לפני ביצוע התשלום. משרד מבקר המדינה מעיר כי כאמור הסבריהם של הנשיא ושל שנקר אינם נתמכים בכתב. יתרה מזו, יו"ר הוועד המנהל דאז, שלטענתם תשלום העמלה נקבע בשיתוף עמו, הודיע כאמור למשרד מבקר המדינה כי נודע לו לראשונה על ההתחייבות לשלם את העמלה ליועץ המשפטי רק כאשר נדרש לחתום על ההמחאה. הביקורת העלתה כי נשיא שנקר לא עדכן בכתובים את הוועד המנהל ואת חבר הנאמנים של שנקר בדבר פניות מל"ג לנשיאי המכללות ובכללם אליו בכל הנוגע למשך כהונתם ובדבר התארגנותם נגד הוראת מל"ג. כמו כן לא דיווח הנשיא על הפניות האמורות למבקר הפנים, שבדק באותה תקופה את נושא משך כהונתו ואת קיום הנחיות מל"ג בנושא. . משרד מבקר המדינה מעיר כי אי-העברת מידע מהותי שלנשיא יש בו עניין אישי - משך תקופת כהונתו - למוסדות המנהלים של שנקר ולמבקר הפנים, אינה עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין וגם לא עם חובות הנשיא כלפי המוסדות המנהלים של בית הספר. למידע זה הייתה משמעות מיוחדת נוכח העובדה שבתקופה שבה התקבלו פניות מל"ג דנו כאמור מוסדות שנקר בהארכת כהונת הנשיא. משרד מבקר המדינה מעיר לנשיא כי היה עליו, כעומד בראש המוסד, לנהוג בשקיפות כלפי מוסדות שנקר ולהביא לפניהם במועד את המידע שהיה בידיו. גם אם לדעתו המידע אינו מוחלט או אינו סופי או זמני וגם אם הוא עומד בניגוד להשקפותיו, אין הדבר יכול להיות שיקול לעצם הצורך להציג את המידע. על אחת כמה וכמה, יש לנהוג בשקיפות כאשר מדובר במידע שיש בו משום נגיעה אישית בנשיא עצמו. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי ראוי היה שהוועד המנהל של שנקר יעמוד על משמעות אי -העברת המידע על ידי הנשיא הן בהיבט הענייני - הודעות מל"ג והצורך ליישמן, והן בהיבט של תקינות סדרי המינהל - חובתו של הנשיא לנהוג בשקיפות. על הוועד המנהל של שנקר להסיק את המסקנות ולקיים בקרה ופיקוח הדוקים יותר על ניהול בית הספר ועל הנהלתו וכן על הטיפול בהנחיות מל"ג. לא נמצאו אסמכתאות המעידות כי חבר הוועד המנהל קיבל ממל"ג מענה על תלונתו, וכי מל"ג נקטה פעולות כלשהן בעקבותיה. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי כי פניות עקרוניות ומהותיות שמל"ג מעבירה לנשיאי מכללות יועברו גם לוועד המנהל שלהן. בכך יובטח שמידע מהותי יהיה בידי המוסדות המנהלים של המכללות במועד הנכון. . עודף המידע שיש בה. לכן קיומה אינו מייתר את הצורך ברישום נאות של הפרוטוקול. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר ששנקר ממלא תפקיד ציבורי וחלק ניכר מתקציבו מקורו בתקציב המדינה, ראוי שיפעל לפי אמות מידה הנדרשות מגופים ציבוריים וינהג לפי כללי מינהל תקין גם לעניין ניהול פרוטוקולים. הצורך בשמירת סודיות אינו פוטר את שנקר מחובה זו; עליו להפעיל מנגנונים שימנעו פגיעה בסודיות של הפרוטוקולים, וזאת בלי לוותר על תיעוד ראוי של הדיונים. על מוסדות שנקר לנקוט בהקדם את כל הצעדים הדרושים על מנת להבטיח רישום נאות של פרוטוקולים של ישיבות חבר הנאמנים והוועד המנהל ושל ישיבות מהותיות אחרות המתקיימות בשנקר. כמו כן עליו לקבוע נוהל מתאים לשמירת הקלטות של דיוניו.
הביקורת העלתה כי בשנקר אין נהלים בנושאי העסקת קרובי משפחה, התקשרויות עסקיות בין בעלי תפקידים, עובדים, ספקים ונותני שירותים ודיווח על זיקות אלה. בתקנון האקדמי צוין רק כי "במקרה שקיים קשר משפחתי בין דיקן לבין ראש מחלקה באותה פקולטה, יהא ראש מחלקה כפוף לנשיא".