רפאל מערכות לחימה מתקדמות בע_מ . היבטים בהגנת הסביבה ברפאל מערכות לחימה מתקדמות בע_מ נוכח החריגות בערכי הנחושת בבוצה משך שנים רבות, נוכח העמדות השונות של רפאל ושל המשרד להגנת הסביבה בדבר תפקוד מתקן קדם הטיפול והחשש לזיהום מהקולחים המומטרים, ונוכח הודעת רפאל שלעיל על המתקן המשודרג, מעיר משרד מבקר המדינה, כי מן הראוי שהמשרד להגנת הסביבה יעקוב אחר פעילות רפאל בנושא. משרד מבקר המדינה מעיר, כי נוכח השימוש של רפאל לאורך שנים בחומרים מזהמים ונוכח סגירת קידוחי המים במכון דוד בראשית שנות ה -90 והימצאות זיהומים בהם, ראוי היה שרשות המים והמשרד להגנת הסביבה יפעלו בנחישות כבר עם הקמתה של רפאל כחברה ממשלתית בשנת 2002 כדי ללמוד על פוטנציאל הזיהומים שבפעילותה, לרבות באמצעות סקר היסטורי, סקר קרקע במכון דוד וסקר מי תהום, ככל שיידרש. כאמור לעיל, על בסיס ממצאי הסקר ההיסטורי אמורים להתבצע סקר קרקע וסקר מי תהום, שנועדו, בין היתר, לזהות קיומם של חומרים מזהמים בקרקע ובמי תהום, ולבדוק את כמויותיהם, את ריכוזיהם ואת היקפם. הדרישות של המשרד להגנת הסביבה ושל רשות המים מרפאל לבצע סקר היסטורי ניתנו רק בשנת 2010 , שנים רבות לאחר גילוי הזיהומים במי התהום. ביולי 2013 הכינהרפאל , לפי דרישת רשות המים, תכנית לחקירת מי התהום והקרקע, המבוססת על ממצאי הסקר ההיסטורי מספטמבר 2012 . נכון לדצמבר 2013 , רשות המים והמשרד להגנת הסביבה טרם אישרו את התכנית. לפיכך, רפאל טרם החלה בביצוע של סקר קרקע במכון דוד וסקר מי תהום 29 , שיאששו או שישללו את קיום מכלול הזיהומים בקרקע ובמי התהום, היקפם וכמותם, ויהוו צעד משמעותי להכנת תכנית לניקוים, ככל שיידרש. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח ממצאי הסקר משנת 2001 שלעיל, נוכח ממצאי רפאל, כפי שריכזה מאנשיה וממסמכיה בדיעבד בסקר ההיסטורי מ - 2012 , שהצביעו לכל הפחות על פוטנציאל זיהום רחב במגוון חומרים מסוכנים, ואף נוכח האמור בהתייחסותה דלעיל של רפאל, היה מצופה מרפאל שתיזום את הפעילויות הנדרשות לבדיקת פוטנציאל הזיהומים ולקביעה, במידת הצורך, של תכנית סדורה לטיפול בהם, והכול בתיאום עם הגופים הממלכתיים האחראים לנושא ובאישורם. זאת גם בהיעדר פעילות אכיפה מספקת לאורך שנים על ידיהם. משרד מבקר המדינה מעיר, כי שפכים תעשייתיים כוללים תשטיפים, כפי שהוגדר ברישיון העסק של רפאל שניתן לפי חוק רישוי עסקים, וכי מהאמור במסמכי רפאל, כגון תיק המפעל של מכון דוד מיוני 2002 , עולה, כי היא עצמה התייחסה לפעילות הנוגעת לסילוק חנ"ם כפעילות של סילוק שפכים. ממצאי הסקר ההיסטורי שהכינה רפאל מעידים, בין היתר, על פוטנציאל לזיהומים מסוגים שונים בקרקע במכון דוד ובמי תהום בכ-160 אתרים נקודתיים. לגבי כ-60 אתרים נקודתיים בשטח המכון נכתב בסקר, כיפוטנציאל זיהום גבוה (זיהום ודאי) "מתבסס על ממצאי דיגום קרקע ו/או מי תהום, ממצאים ויזואליים, עדויות/תיעוד תהליכים במכון שבסופם חומ"ס ]חומרים מסוכנים[ הגיעו באופן ודאי לקרקע ו/או מי תהום בשפך ו/או דרך תשתיות ביוב וניקוז לאורך תקופת פעילות ממושכת וכן אירועי דליפה/שפיכה נקודתיים ידועים". יודגש, כי כל אלו אמורים להיחקר במהלך מימוש התכנית לחקירת הקרקע ומי התהום.
משרד מבקר המדינה העלה, כי סקר השפכים , אשר הגישה רפאל למשרד הבריאות ביוני 2005 , לא כלל את פעילות סילוק השפכים הכוללים חנ"ם, שקיימה רפאל במשך שנים בעשרות מתקנים שבמכון דוד, בין היתר, באמצעות בורות ספיגה, תוך החדרתם לקרקע ולמי תהום (בעניין ההחדרה ראו בהמשך). משרד מבקר המדינה מעיר, כי בכך מסרה רפאל למשרד הבריאות נתונים לא מלאים על סילוק השפכים במכון דוד, על אף שמדובר במידע חשוב ומהותי. זאת ועוד, רפאל כתבה בסקר השפכים, כי כל השפכים של מכון דוד מתנקזים למט"ש. משרד מבקר המדינה מעיר, כי עובדה זו שמסרה רפאל למשרד הבריאות אינה נכונה. דהיינו רפאל דיווחה למשרד הבריאות דיווח לא נכון.