משרד החקלאות ופיתוח הכפר . פיקוח על מוצרי מזון מן החי משרד מבקר המדינה מעיר כי הליקויים הניכרים שעלו בבדיקה שנעשתה במשחטה ביולי 2012 , מלמדים בין היתר שדרישות שהעלו השירותים הווטרינריים קודם לביצועה, לא מולאו. נוסף על כך, בירורים שעשו נציגי משרד מבקר המדינה בשנת 2013 עם הווטרינרית המפק חת מטעם השירותים הווטרינריים על המשחטה, העלו כי גם בשנה זו חרגה המשחטה מהמכסה לשחיטה שאושרה לה. המשחטה פעלה אפוא בניגוד לדרישה המקצועית של השירותים הווטרינריים. משרד מבקר המדינה מעיר כי מן הראוי היה שהשירותים הווטרינריים יוודאו שמשחטה ב' תקבל מהם אישור מראש, ולא בדיעבד, להגדלת מכסת השחיטה. על השירותים הווטרינריים לעקוב אחר עבודת המשחטה ולוודא כי היא פועלת על פי הכללים המחייבים. אם במעקב מתגלים ליקויים, יש לפעול לתיקונם לאלתר. מן האמור לעיל עולה שמשרד החקלאות סבר שהווטרינר אינו ממלא את תפקידו כראוי, דבר העלול לסכן את בריאות הציבור ולגרום לצער בעלי חיים, ועל כן החליט לבטל את ההסמכה של הווטרינר לפקח על המשחטה. לעומת זאת, ראתה העירייה, המשלמת את שכרו של הווטרינר, בביטול הסמכתו זו פעולה הגורמת לכאורה לפיטוריו, וטענה שאין למשרד החקלאות סמכות לעשות זאת. משרד החקלאות אמנם סתר טענה זו, אולם עם זאת הסכים לעשות לווטרינר שימוע, שבעקבותיו נתן לו הזדמנות נוספת לשמש בתפקיד המפקח על המשחטה. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שבמסגרת הפיקוח והאכיפה יש לעתים לקבל הכרעות כבדות משקל בדבר סגירת עסק או הפסקת העסקתו של וטרינר מפקח - יש לקבוע נוהל פיקוח ואכיפה שיגדיר את ההליכים הנדרשים לכך, כגון ביצוע ביקורת ראשונה; ביצוע ביקורת חוזרת; מתן התראת סגירה; ביצוע שימוע; וקבלת החלטות בנוגע לאכיפה. נוהל כזה גם יכול לסייע לקבוע את אמות המידה לקבלת ההחלטות השונות, ובעיקר למנוע דחייה או הימנעות מביצוע פעולות מחויבות. כמו כן, יש לקבוע לוחות זמני ם לתיקון על ידי המשחטות של הליקויים שעולים בביקורות שמבצעים השירותים הווטרינרים בהן. נוסף על כך, על הנהלת השירותים הווטרינריים להשלים בהקדם את הטיפול בטיוטת הנוהל, שגובש רק לאחרונה. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות כי הגם שמדובר בפחות מ-1% של ראשי בקר שהועברו לשחיטה ואין דיווח שנשחטו, מדובר במספר רב של ראשי בקר - כ- 1,400 , שמהם עלולה להתפתח מחלה מידבקת. כמו כן, על המשרד לבצע בקרה על ראשי הצאן ועל החזירים שמועברים לשחיטה. מהשתלשלות העניינים שתוארה לעיל עולה כי למרות הליקויים הבולטים שהתגלו במשחטה בביקורות שעשו בה השירותים הווטרינריים במשך השנים, לא נקטו השירותים הווטרינריים כלפיה פעולות אכיפה אפקטיביות. במקום לעשות כן החליטו השירותים הווטרינריים פעם אחר פעם לדחות את הסרת היתר ההפעלה של המשחטה, דבר שהיה מפסיק את פעילותה, והאריכו שוב ושוב את פרק הזמן שניתן להנהלתה לתקן את הליקויים. גם כאשר הודיעו השירותים הווטרינריים לבסוף, באוקטובר 2012 , להנהלת המשחטה כי הוחלט שלא להאריך את היתר ההפעלה שלה, לא בוצע הדבר אלא חצי שנה לאחר מכן. משרד מבקר המדינה מעיר לשירותים הווטרינריים כי בשל תקופות החסד החוזרות והנשנות שהעניקו למשחטה, היא הוסיפה למכור את תוצרתה לציבור, אף שפעלה בתנאים לקויים. משרד מבקר המדינה מעיר לשירותים הווטרינריים כי ביטול היתר ההפעלה של משחטה הוא כלי אכיפה שיש להפעילו כאשר יש צורך בכך. במקרה זה התריעו השירותים הווטרינריים על ליקוי ים בולטים שהתגלו במשחטה והזהירו את הנהלתה שיסירו את היתר ההפעלה שלה, אך דחו פעולה זו במשך שנים. בבירורים שנעשו במשרד החקלאות ובמשרד הבריאות הועלה כי למעט שתי בדיקות - האחת בשנת 2008 והאחרת בשנת 2012 (תוצאותיה פורסמו בשנת 2013 , ראו להל ן) - לא נעשו בישראל בדיקות לאיתור ולמדידת הרמה של דיאוקסינים במזון.
משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות כי ראוי לבחון אם קיימים טעמים מהותיים שבשלהם יש שוני בין הדרישות המקצועיות והתברואתיות המוטלות על המשחטות המייצאות לאלה המוטלות על המשחטות המקומיות. על פי מסקנותיה של בחינה זו, יש לבדוק אם יש צורך לעדכן את הדרישות החלות מכוח התקנות על המשחטות המקומיות.