משרד הבריאות . מתן שירותי הבריאות לתלמיד ועבודת המטה בדבר העברתם לביצוע בידי גוף חיצוני - משרד הבריאות יוצא שהמשרד לא ה כין את כלי הבקרה באופן שיאפשרו איסוף מידע ממוחשב על ליקויים שהועלו בבקרות, וכי ניתוח המידע שנעשה לא יכול היה להיות מדויק בשל ריבוי פרטי המידע. לדעת משרד מבקר המדינה, לא היה מקום להעביר את השירותים לגוף חיצוני בטרם יושלמו כל ההכנות, בייחוד בנושא כה חשוב כמו עדכון כלי הבקרה והכנת כלי בקרה נוספים. יוצא שגם ההיערכות החשובה בתחום כלי בקרה לא הייתה מספקת. אך איסוף ממוחשב לא נעשה, והדבר פגע ביכולתו ש ל המשרד להסיק מסקנות כוללות ומערכתיות באופן מדויק. .1. בקרות של המשרד על הביצו ע: על המשרד, כמיניסטריון וכרגולטור, לערוך בקרות על פעילות האגודה. אולם בדוח הסיכום נאמר שרבות מתכניות העבודה של האגודה לא התקבלו בלשכות הבריאות במועד שמאפשר תכנון של הבקרות, ולכן 197 מכלל917 הבקרות שתוכננו (21% .) לא בוצעו 2. ליקויים ברשומות בריאות של התלמ ידים : בדוח הסיכום נאמר שאחיות האגודה לא השתמשו בכרטיסי הבריאות שהונפקו לתלמידים עוד בטיפת חלב, ובהם יש לרשום את כל הפעולות הרפואיות שנעשות בבית הספר, אף שכרטיסים אלה מועברים לבתי הספר. לעומת זאת, לעתים קרובות פתחה האגודה רשומת בריאות חדשה משלה לכל פעילות, ולפיכך לתלמידים רבים יש "כרטיסי בריאות מפוצלים" במקום כרטיס בריאות אחד. . עולה כי הייתה ירידה בשיעור המחוסנים - שמשמעותה עשרות אלפי תלמידים שאינם מחוסנים. אף שהאגודה חולקת על נתוני המשרד בדבר שיעור המחוסנים, המשרד איתן בדעתו על נכונותם. מכל מקום, לדברי המשרד ולדברי יו"ר הוועדה המייעצת לחיסונים של המשרד, גם שיעור המחוסנים לפי טענת האגודה נמוך מן הנדרש. 2. המחלוקת עלתה גם בנוגע להיקפי הבדיקות הרפואיות שהאגודה עורכת לתלמידים (בדיקת רופא, בדיקת שמיעה, בדיקת ראייה ומעקב גדילה), ובדוח הסיכום נאמר שנתוני הביצוע של האגודה היו נמוכים מנתוני הביצוע של המשרד בשנים קודמות: כך לדוגמה: 45.8% בלבד מתלמידי שנתון אחד ו - 35.8% ,מתלמידי שנתון אחר נבדקו בידי רופא לעומת %65 ( מהתלמידים בשנת הלימודים תשס"ו 2006- 2005)46 . .האגודה טענה כי ביצעה יותר בדיקות משרד מבקר המדינה מעיר כי המחלוקת אינה יכולה להיוותר בעינה, שכן כרוכות בה שאלות בדבר בריאות התלמידים והציבור. לפיכך על משרד הבריאות לברר את טיב המחלוקת, ובעיקר לתת לעצמו, לממשלה ולכנסת מענה לשאלה אם שיעור המחוסנים והיקף הבדיקות הנעשות מספקים. יוצא שלמרות צמצום שהיית האחיות בבתי הספר, לא נערכו משרד החינוך, משרד הבריאות ומשרד האוצר, עוד קודם העברת השירותים לגוף חיצוני, למתן עזרה ראשונה לתלמידים. יצוין שעקב הדחיפות שבהסדרת מתן שירותי עזרה ראשונה, גם ההתקשרות של משרד החינוך עם מד"א נעשתה בלא מכרז, לאחר שהחשב הכללי אישר פטור ממכרז לתקופה של 16 חודשים, עד סוף 200844 . )(ב בדיעבד, רק לאחר תחילת ההתקשרות עם האגודה נאלצה המדינה לשלם עוד כ-20 מיליון ש"ח לשנה למד"א (ובסך הכול כ-26 מיליון ש"ח ל-16 חודשים), כדי שיספק את שירותי העזרה הראשונה. יצוין שהסוגיה של הצורך במתן שירותי עזרה ראשונה לא עלתה כלל במסגרת ההכנות של משרד הבריאות ומשרד האוצר להעברת שירותי הבריאות לתלמיד לביצוע בידי גוף חיצוני. מדובר בכשלים שנוצרו מאי קיומה של תכנית פעולה כללית ובחינה כוללת של המרכיבים בסל הבריאות ושל עלויותיהם. יוצא שבמשך השנים צומצמו התקציבים אשר הופנו לנושא בריאות התלמיד, ירד מספר האחיות לעומת הגידול הניכר במספר התלמידים ורמת השירותים ירדה מאוד. .מבדיקה שערך משרד מבקר המדינה התברר שלפני העברת השירותים לגוף חיצוני לא נערך בירור מקצועי על הנעשה בעולם - לא במשרד האוצר ולא במשרד הבריאות.
יוצא שלא נעשתה עבודת מטה ראויה ותהליך קבלת ההחלטות שביצעו משרד הבריאות ומשרד האוצר היה לקוי.