משרד הכלכלה והתעשייה . היבטים בפעילותם של גופים ציבוריים זעירים .יוצא אפוא שלמרות החשיבות שהחברה מייחסת לשינוי אופן ההתאגדות שלה לחל"צ, החברה טרם ביצעה כמה פעולות מינהליות שרשם החברות דרש ממנה לבצע לפני יותר משלוש שנים לצורך רישומה כחל"צ. משרד מבקר המדינה מעיר כי על משרד הכלכלה בשיתוף משרד האוצר ורשות החברות47 לדאוג שימונו דירקטורים מטעם המדינה למועצת המנהלים של חברת אות המוצר. על הדירקטורים מטעם המדינה לפעול לסייע לחברה להרחיב את פעולותיה ולבחון מחדש את מטרות החברה והפעולות הנחוצות להשיג מטרות אלו. יוצא אפוא כי החברה קיימת קרוב ליובל שנים, והיא הצליחה רק במקצת במיתוג הסמל "אות המוצר הירושלמי" כסימן של מוצר אמנותי בעל ערך המייצג את העיר ירושלים. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הכלכלה שהמשך קיומו של המכון כגוף התורם לקידום ענף היין מחייב קבלת החלטה אסטרטגית על התחומים שהמכון צריך להשקי ע בהם את משאביו ובניית תכנית להרחבת מקורות המימון שלו ותכנית עבודה. אחרת נראה כי לא יהיה מנוס אלא לפעול לקיום החלטת הממשלה לפירוק המכון, או לפחות לניתוק כל קשר בינו לבין הממשלה ומוסדותיה. הביקורת העלתה כי בעשור האחרון מכון הקרמיקה מעסיק רק כמחצית ממספר החוקרים הנדרש לקבלת הסיוע - שבעה חוקרים במקום 15 כאמור. למרות אי-מילוי תנאי זה המשיך משרד הכלכלה, ולאחר השינוי הארגוני גם הרשות לחדשנות, לממן מחקרים במכון הקרמיקה בתקופה זו33 . התמיכה הכספית של משרד הכלכלה - מעל מיליון ש"ח לשנה - מהווה חלק ניכר מההכנסות של המכון בשנים אלו. יוצא אפוא, שהמכון הצליח לממן את חובותיו בחלקם מהשכרת שטחי הבניין לגוף אחר ולא מפעילותו השוטפת, שנותרה גירעונית. הקטנת השטח העומד לרשות המכון עלולה להקשות על הרחבה עתידית של פעילותו ומטילה צל על הישרדותו בטווח הארוך. משרד מבקר המדינה מעיר כי על לרשות לחדשנות להפסיק לממן את פעילות מכון הקרמיקה אם הוא אינו עומד בתנאי מסלול הסיוע למכוני מחקר. על הרשות לבחון את הגרמים למחזור שנתי נמוך למכון. .הביקורת העלתה שבכל המחקרים שמבצע המכון הוא דורש מהתעשייה השתתפות ברף התחתון של 10% . לדברי המכון, הסיבה לכך היא שמספר המחקרים שמציעה התעשייה למכון הוא מ צומצם, ומאחר שמחקרים אלו מהווים את רוב הכנסתו של המכון, הוא מעוניין להציג למפעל את המחיר הנמוך ביותר לביצוע המחקר ולקבל את יתרת עלות המחקר מהרשות לחדשנות, ובכך לעודד מפעלים להציע מחקרים. משרד מבקר המדינה מעיר שעל הרשות לחדשנות לבחון את תנאי המימון במסלול זה ולהבהיר מתי יש לדרוש השתתפות של מזמין העבודה בסכום העולה על 10% מעלות המחקר כדי למנוע מצב זה שבו השתתפות התעשייה בתכניות מחקר היא תמיד ברף המינימלי. משרד מבקר המדינה מעיר כי היות שתפקיד הרשות לחדשנות הוא לקדם את המחקר ואת התעשייה, על הרשות לחדשנות לבחון דרכים לאפשר ואף לעודד העברת ידע במסלול הסיוע למכוני מחקר לגורמים נוספים כדי לסייע לפיתוח ענף הקרמיקה והסיליקטים, בין היתר כדי ליצור מקור הכנסה נוסף למימון פעילות המכון. הביקורת העלתה שמכון הקרמיקה לא מינה מבקר פנים, ובתקופה שנבדקה ( 2016-2011 .) לא נעשתה בו ביקורת פנים
בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי בשנים 2016-2013 לא פעל מכון היין להרחיב את מקורות ההכנסה שלו, אף על פי שהפסיק לבדוק עמידה בתקן של משקאות משכרים מיובאים והייתה לו תלות מלאה בהכנסות מבדיקות אלה. תלות זו הקשתה על המכון לבצע פעולות נוספות לטובת הענף בשנים אלו מחוסר תקציב. מהאמור לעיל עולה ששנים רבות המכון כמעט אינו יוזם פעולות לקידום ענף היין במישרין, אלא מתרכז בביצוע בדיקות עמידה בתקן, בלי לנסות לגייס מקורות הכנסה נוספים . למכון אין תכנית עבודה מסודרת המיועדת לקידום ענף היין, הוא אינו פועל לקידום תרבות היין בישראל ואינו מבצע מחקרים להשבחת היין. מכאן שהמכון אינו ממלא את המטרות שלשמן הוא הוקם, ומתוך כך הערך המוסף שהוא מביא לענף היין הוא נמוך.