משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . היערכות משרד התחבורה למתן שירותי תובלה למשק האזרחי והיערכות צה_ל לגיוס כלי רכב בשעת חירום מהמסמכים עלה, כי בעקבות דוח מבקר המדינה דלעיל ודוח החברה, פנה באוקטובר 2002 ראש מל"ח דאז, מר ארנון בן עמי , לראש אט"ל דאז, אלוף אודי אדם, במכתב שהעתק ממנו נשלח גם לשר הביטחון ולסגנו ולרמטכ"ל ולסגנו, ובו הוא הלין, בין היתר, על חלוקת כלי רכב בין צה"ל והמשק האזרחי שלא בראייה אחידה ואינטגרטיבית, ועל התמשכות מצב שבו לא ניתנים פתרונות לתובלה יבשתית במשק האזרחי, דבר ה"מעמיד בספק את מוכנות המערכת האזרחית למלא את משימותיה". בביקורת עלה, כי אף שחלפו כשבע שנים מאז המכתב האמור, לא חלו שינויים מהותיים בסדרי חלוקת אמצעי התובלה בין צה"ל לבין המשק האזרחי ולא צומצמו החוסרים, שעליהם הצביע דוח החברה. יתרה מזו, שעה שצה"ל נערך להקצאה ולפריסה מרחבית של כלי רכב וכלי הצמ"ה הדרושים לו (בכלל זה משאיות, לפי מלוא התקנים של יחידותיו בשעת חירום), ובמאגר כלי הרכב של צה"ל מצאי משאיות אף מעבר לצרכיו (בסוגיה זו ראו בהמשך), לא נמצא שמטה מל"ח ארצי והרשות לתובלה פעלו מול הדרגים הגבוהים בצה"ל ומול שר הביטחון כדי להביא לשינוי יסודי במצב. בביקורת עלה, שאף על פי שמשרדי ההובלה הם מפעלים חיוניים של הרשות לתובלה, האמורים לבצע את חלק הארי של שירותי ההובלה במשק בשעת חירום, הרי שבניגוד למצוין בחוברת, הרשות לתובלה לא בחנה ולא קבעה את מספר המשאיות שעל כל משרד הובלה ל הפעיל, כפועל יוצא מנתוני הביקושים החזויים שיופנו אליו בשעת חירום. במצב זה, נפגעת יכולתה של הרשות לתובלה לרכז את הצרכים ולטפל מול גורמי צה"ל בהשלמת חוסרים בכלי רכב. יתר על כן, בהיעדר קביעה כזאת, לא ניתן להעריך את היקף החוסרים ואת מוכנותם של משרדי ההובלה לשעת חירום. מן הראוי, שהרשות לתובלה תקבע את מספר כלי הרכב הדרושים למשרדי ההובלה, כך שיוכלו להבטיח את המענה לביקושים החזויים לשירותי התובלה שעליהם לספק בשעת חירום. משרד מבקר המדינה חוזר על ה מלצתו משנת 2000 , ולפיה קיים צורך בדיון מחודש בנושא חלוקת המשאבים בין צה"ל לבין המשק האזרחי. מתוקף אחריותו הכוללת של שר הביטחון לטיפול בעורף במצבי חירום, ראוי שסוגיה זו תידון ברח"ל, כדי שזו תבחן, בשיתוף עם צה"ל ועם הרשות לתובלה, את סדרי העבודה הקיימים ואת הצעדים הדרושים כדי להביא למיצוי מיטבי של פוטנציאל כלי הרכב במשק. לאחר שנציגי משרד מבקר המדינה הציגו לרח"ט כוננות והפעלה במל"ח את חילוקי הדעות בקשר למשמעות הנתונים, הוא ציין, כי דוח הכוננות החודשי הועבר גם לידיעת מנכ"ל משרד התחבורה, ולא הייתה הסתייגות מצד גורמי משרד התחבורה בנוגע לאופן הצגת הנתונים בדוח. בעקבות הביקורת, שונתה מתכונתו של דוח הכוננות, אולם בלא שניתן פתרון לחילוקי הדעות. זאת ועו ד, במועד סיום הביקורת החלק בדוח הכוננות המתייחס למערך התובלה היבשתית בשעת חירום אינו כולל מידע על נתוני הביקוש ועל המצאי של המשאיות והתומכים, ואינו מפרט את החלוקה בין כלי רכב המיועדים לרשות לתובלה לבין אלה המיועדים לרשויות ייעודיות.
.משרד מבקר המדינה מעיר, כי התייחסויותיהם של מטה מל"ח ארצי ושל משרד התחבורה אינן עולות בקנה אחד עם הסברים ומסמכים שהתקבלו במהלך הביקורת. עוד מעיר משרד מבקר המדינה, כי מצב בו אין תמימות דעים בנוגע למשמעות הנתונים, עלול לגרום לתכנון של הספקת שירותי תובלה אשר לא יהיה ישים בשעת מבחן ואף לכשלים בהספקת שירותי תובלה. נוכח כל האמור לעיל וכדי שניתן יהיה לעמוד על ההיערכות הכוללת של שירותי התובלה האזרחית בשעת חירום ועל תמונת המוכנות לאשורה, יש מקום שרח"ל תבחן עם הגורמים המעורבים את הנתונים ואת משמעותם, לרבות את מספר הסבבים ביממה שמשאיות יכולות לבצע בשעת חירום, ובעקבות כך ייקבע מספר המשאיות הדרושות בשעת חירום לרשות לתובלה.