משרד הכלכלה והתעשייה . סיוע ממשלתי למחקר ופיתוח תעשייתי הביקורת העלתה כי ועדת המחקר וועדת הערר לא מנהלות פרוטוקול המתעד את הנימוקים והשיקולים ש להן בבואן לאשר תכניות מו"פ או לדחותן, בניגוד למתחייב מסדרי מינהל תקין. משרד מבקר המדינה מעיר כי, על המדען הראשי להקפיד על תיעוד עיקרי הדברים העולים מהדיון בוועדת המחקר. כמו כן יש מקום לשקול את שמירת המס מכים המתעדים את דיוני החלטות הוועדה במערכת הממוחשבת. .לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התמ"ת להציב יעדים ברורים ומדידים למסלולי הסיוע, לקבוע לוחות זמנים לבדיקת יעילותם ולעגן את לוחות הזמנים כחלק מהוראות מנכ"ל אשר מלוות כל תכנית. על המדען הראשי, באמצעות היחידה לניהול ידע, להגדיר קריטריונים לאיסוף נתונים שיסייעו בעתיד לנתח את תרומתם של מסלולי הסיוע. . לדעת משרד מבקר המדינה, על המדען הראשי למצוא את הדרך להביא לפני חברי ועדת המחקר תמונה רחבה ככל האפשר על כלל תכניות מו"פ שהתקבלו באותה שנה לקבלת סיוע, ואשר טרם נדונו ואושרו. זאת, כדי שהוועדה תוכל להבטיח סיוע לתכניות המתאימות ביותר ולא רק לאלה שהוגשו לדיון באותה ישיבה. על המדען הראשי לשקול קביעת ציון סף לקבלת סיוע. משרד מבקר המדינה מעיר כי אכן קיים קושי לבדוק מספר רב של תכניות מו"פ בו זמנית. עם זאת בחינת תכניות מו"פ על פי מנות קטנות בצירוף חוסר ודאות לגבי היקף התקציב הסופי מגדילים את האפשרות לאישור תכניות מו"פ בעלות ציון נמוך בסוף שנה על חשבון תכניות עם ציון גבוה יותר שנדחות במהלך השנה. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי התשובה של המדען הראשי לגבי המשקל הנמוך יחסית שמייחסת ועדת המחקר לציון שנותנים הבודקים המקצועיים, ממחישה ביתר שאת את הצורך בניהול פרוטו קולים ותיעוד עיקרי הדברים העולים מהדיונים בוועדת המחקר. המדען הראשי לא קבע קריטריונים ברורים להצלחת מסלולי סיוע, או מדדים ליעילות ולאפקטיביות שלהם. הוא אף לא קבע יעדים שעל כל מסלול סיוע להשיג. למסלולי הסיוע שמנהל המדען הראשי אין גוף מלווה שאוסף עליהם נתונים, בודק ומנתח בצור ה שיטתית את התקדמותם ותרומתם לענפי התעשייה. לדעת משרד מבקר המדינה, כדי לעודד ניצול האפשרויות הגלומות בהסכמים אלה על המדען הראשי לבחון את הסיבות לאי-הגשת בקשות סיוע במסגרת חלק מההסכמים הבילטראליים ולהציע פתרונות, בעיקר עבור מדינות שיחסיהן עם ישראל אינם מושפעים משינויים פוליטיים. נמצא כי החברות בקו העימות קיבלו את הסיוע המוגדל גם עבור ההוצאות על השירותים שסיפקו קבלני משנה אשר אינם נמצאים באזורי קו העימות. בדיקה אקראית של 26 חברות מתוך 166 חברות שקיבלו תוספת סיוע של 25% בשנים 2004 עד 2011 העלתה כי פחות מ-10% מקבלני המשנה שהועסקו בתכניות מו"פ של אותן חברות היו ממוקמים בקו העימות. לדעת משרד מבקר המדינה, על המדען הראשי לפתח תהליך אמין להזנת הנתונים והדיווחים הנדרשים לצורך פיקוח יעיל על מסלולי הסיוע. בהיעדר נתונים אמינים, קיים קושי לנתח את ההשפעה של תכנית מו"פ על התעסוקה ועל מחזור המכירות בחברות ולקבוע אם חוק המו"פ מצליח להשיג את מטרותיו באמצעות מסלולי הסיוע. לדעת משרד מבקר המדינה, יש חשיבות רבה לבצע ביקורות ביניים יסודיות במגוון של חברות המקבלות סיוע מהמדען הראשי על מנת להגביר את הפיקוח ו הניהול של תכניות המו"פ על פי הכללים שקבע המדען הראשי. ביקורות אלו עשויות לשפר את כושר ההרתעה של המדען הראשי ולתרום להגברת הציות לכלליו. נוכח שיעור ביקורות הביניים הקטן בשנים האחרונות, על המדען הראשי לקבוע את מאפייני החברות שיש לבצע בהן ביקורות ביניים, מספר הביקורות שיש לבצע בכל שנה ולוחות זמנים לביצוען.
לדעת משרד מבקר המדינה, על מנת שניתן יהיה להפיק תועלת מרבית מהשתתפות ישראל כחברה מן המניין בארגון, על משרד התמ"ת בשיתוף עם השותפים המתקצבים את השתתפות ישראל בארגון לבנות תשתית ארגונית ומאגר מידע מקיף ומעודכן שיסייעו לנציגות הישראלית, בדומה לפעילות משרד התמ"ת במסגרות אחרות, כדוגמת ISERD54 .ומתימו"פ