משרד הבינוי והשיכון . הטיפול בפינוי כפר שלם משרד מבקר המדינה מציין כי על פי הדיווח בפרוטוקול המחיר שהוצע משקף ערך של 65,000 דולר לדירה; אלא שתחשיב שערך משרד מבקר המדינה מראה כי מדובר ב-35,000 דולר בלבד לדירה (לפי77 דירות). יתרה מכך, מחיר זה כולל כאמור תשלום בעד פיתוח, ואילו השומה אינה כוללת תשלום זה, ולפיכך בניכוי מרכיב זה יהיה הסכום כ-20,520 דולר בלבד לדירה, ובסך הכול כ - 1.58 מיליון דולר, שהם כ-68% .מהשומה עד סוף שנת 2008 לא סיכמו חלמיש, ממ"י והעירייה את גיבוש הקריטריונים החדשים, ולכן לא הוגשה למועצת מקרקעי ישראל הצעה לשינוי הקריטריונים. 1. הביקורת העלתה כי ההחלטות על ניהול פרויקט פינוי כפר שלם כמשק סגור התקבלו בלי שעשה ממ"י עבודת מטה שבחנה את כל ההשלכות של החלטה זו. כך למשל לא נבחנה הכדאיות הכלכלית של מתכונת זו, לא הוערכו ההכנסות, ההוצאות הצפויות ותזרים המזומנים משרד מבקר המדינה מדגיש שהאלימות המתלווה לפלישות, היא תופעה בלתי נסבלת; היא עלולה לערער את הביטחון של הציבור בגורמי השלטון ומחזקת את התחושה ש"כל דאלים גבר". על כן ראוי שהגורמים המוסמכים - חלמיש, העירייה וממ"י - עם גורמי אכיפת החוק - משטרת ישראל ופרקליטות המדינה - יכינו תכנית פעולה לטיפול לאלתר בפינוי של פולשים. . הצפויים, לא נבחנה שיטת שיווק הקרקע העדיפה, לא נקבע סדר קדימות מועדף לפינוי התושבים, לא נקבעו מקורות מימון לתקופות ביניים עד קבלת ההכנסות ולא הוכנה תכנית לביצוע הפינוי. גם מאוחר יותר, לאחר שהתברר לחלמיש שהפרויקט מצוי בגירעון (ראו להלן, בפרק "דיווח כספי וכלכלי על הפרויקט"), לא נעשו הפעולות האמורות. 2. הפעלת הפרויקט כמשק סגור גרמה לכך שממ"י וחלמיש פעלו בראש ובראשונה בהתאם לשיקולים כלכליים, בלא לתת את הדעת להיבט השיקום ש ל השכונה ובלי להתחשב בראייה החברתית ובהתפתחות האורבנית של האזור. בגלל מדיניות זו חלמיש העדיפה לקדם פינוי של שטחים הצפויים להניב את מרב ההכנסות, ונמנעה מלקדם פינוי של תושבים שמתגוררים בשטחים המיועדים לשטחי ציבור. סדר עדיפות זה פגע בפיתוח של שטחי ציבור ואף בתושבים. חלמיש וממ"י ניהלו את הפרויקט במתכונת משק סגור בלי שהייתה בידיהם תכנית מפורטת ומסודרת להפעלתו. למעשה במשך השנים ההכנסות משיווק הקרקע לא מימנו את מלוא ההוצאות לפינוי התושבים. ראוי היה שבטרם תתקבל החלטה על שיטת הניהול של הפרויקט וכן במהלכו תתבצע בדיקה אשר תבחן את כל ההיבטים וההשלכות של ההחלטה - צפי ההכנסות ו ההוצאות, תזרים המזומנים הצפוי, מספר .התושבים והמשפחות שיש לפנות, סדר העדיפות לפינוי התושבים היקף המימון הנדרש וכיוצא באלה. יש מקום שהגורמים המטפלים בפינוי כפר שלם - חלמיש, ממ"י ומשרד הבינוי והשיכון - ישובו וישקלו מהי הדרך המתאימה לניהולו התקציבי ולדרכי מימונו של הפרויקט. הביקורת העלתה, שממ"י אינו מטפל בפינוי המחזיקים בשטחים שבניהולו ושלא הועברו לחלמיש. ממ"י גם אינו מקיים פיקוח בקרקעות אלה, הדרוש למניעת פלישות. תנופת הפינוי של כפר שלם, שאפיינה את התקופה עד שנת 1996 , נעצרה בסוף שנה זו. ממ"י וחלמיש קיבלו את החלטותיהם בלי שנתנו את הדעת להשפעתם של העניינים האמורים ונמנעו במשך שנים מלנקוט פעולה מעשית אשר תעורר את תהליך הפינוי מחדש. בפועל, העיכוב בפינוי, שינוי הקריטריונים לזכאות לדמי פינוי ושחיקת דמי הפינוי גרמו התמרמרות בקרב תושבי כפר שלם ופגעו בנכונות שלהם להתפנות.
בביקורת עלה כי דוחותיה הכספיים של החברה אינם כוללים מידע זה, ועל כן אין הם משקפים את פעילותה של החברה לאורך השנים בפינוי כפר שלם. בפרט, הם אינם נותנים ביטוי לגירעון שנוצר במשך השנים בפרויקט. הפרויקט מאוזכר רק אשר לערך הקרקעות שנותרו בידי החברה, שנכון לסוף שנת 2007 היה כ-45.3 ,מיליון ש"ח. יתרה מכך הדוחות הכספיים של חלמיש מצביעים על כך שבשנים האחרונות היו