משרד החינוך . חינוך מוכר שאינו רשמי משרד מבקר המדינה סבור שעם היוודע דבר הממצאים החמורים הללו של רשות הבריאות היה על המשרד להוציא צו סגירה לגן הילדים ולא להסתפק בביטול הרישיון למוסד. כאמור, מספר מוסדות החינוך הממוצע למשרת מפקח באגף היה 880 גני ילדים או 119 בתי ספר או100 מוסדות לחינוך מיוחד. אפשר להניח שבמצב כזה לא ביקר המפקח ארבע פעמים במוסדות החינוך במהלך שנת הלימודים כנדרש. מהאמור לעיל עולה כי בשל המחסור האמור במשרות פיקוח באגף, ביחס למפתח התקינה הנוגע למוסדות חינוך רשמיים, נבצר מהמפקחים לבקר במוסדות החינוך שבפיקוחם כנדרש, כתיבת חלק ניכר מחוות הדעת הוטלה על מדריכים, ובמקרה אחד נמצא שרמת הפיקוח בנוגע לטיולים של בית ספר הייתה חסרה. גם ממצאיה של ועדת בדיקה על ליקויים בפיקוח על מוסדות חינוך מוכש"ר לא הניעו את המשרד לערוך שינויים במערך הפיקוח של האגף על מוסדות אלה. לדעת משרד מבקר המדינה, הגבלת יכולתו של מפקח לעיין בתיקי רישוי, כפי שעולה מממצאי הביקורת וגם מתשובתה של מנהלת האגף, אינה סבירה. מן הראוי שמידע כאמור יהיה נגיש לכל המפקחים ושהמשרד יעודד אותם לעשות בו שימוש כדי לוודא שמוסדות החינוך פועלים בתנאים נאותים. לדעת משרד מבקר המדינה, משהתקשתה הלשכה המשפטית לקדם את הפיתרון לסוגייה כבדת משקל זו, היה עליה להציג את המשמעויות של העדר הפתרון לפני מנכ"ל המשרד, ובאמצעותו גם לפני ההנהלות של יחידות הממשלה הנוגעות בדבר, כדי להחיש את הטיפול. כדי שהמשרד יוכל לבחון בקשה להקמת מוסד חינוך חדש, גם בהיבטים של מידת הצורך בו ושל מצאי המוסדות הקיימים, עליו למפות את המוסדות הקיימים, גם לפי זרם החינוך שאליו הם משתייכים26 . ממסמכי המשרד עולה כי למרות הנחיצות במיפוי האמור, הוא לא בוצע עד למועד סיום הביקורת, ואין בי די המשרד כלי לבחינת הצורך בבית ספר חדש נוסף. מן הטבלה עולה שמספר המשרות החסרות באגף לשם פיקוח על גני ילדים - על פי מפתח התקינה - גדול פי 8 ממספר המשרות הקיימות; מספר המשרות החסרות לשם פיקוח על בתי ספר גדול פי 4 , ומספר המשרות החסרות לשם פיקוח על מוסדות לחינוך מיוחד גדול פי 3 . לדעת משרד מבקר המדינה, על הנהלת המשרד לקבוע מהו ההיקף הנדרש של תקני פיקוח על מוסדות החינוך המוכש"ר, ועל פיו לערוך שינויים במערך הפיקוח באגף. במידת הצורך עליה לפנות למשרד האוצר. .לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד להבטיח שמערך הפיקוח על מוסדות חינוך במגזר החרדי יוכל לקיים פעולות פיקוח לפי צורכי הפיקוח. מהאמור לעיל עולה כי כבר בשנת 2005 קבעה מנהלת האגף שאין לחדש את הרישיון להפעלת בית ספר ט', ובשנת 2006 חזרה וקבעה שבתום שנת הלימודים ייסגר המוסד. בשתי הפעמים שינתה מנהלת האגף את החלטתה לאחר שפנה אליה חבר כנסת. מהאמור לעיל עולה שבמשך שש שנים לא הסדירו המשרד ומשטרת ישראל את אופן הטיפול באכיפת צווי סגירה: היועמ"ש העלתה כבר ביוני 2001 את הנושא בפני המשטרה, אולם המשרדים דנו בעניין רק כעבור יותר משנתיים; המשרד לא הפנה את תלונותיו לגורם שנקבע בנוהל; המשטרה דרשה שנוסף על הליך העבודה שסוכם עמה, יגיש מפקח את התלונה ויצרף מסמכים שונים, אולם לא הפנתה דרישה זו למשרד. במדגם נמצאו חמישה גני ילדים השייכים לרשת גני אגו"י שבאשר להם הודיע למשרד מנהל אגף הרישוי של הרשת, מר דוד רוזנברג (להלן - מנהל הרישוי ברשת), שליקויים שמצאה רשות הבריאו ת תוקנו. בכל המקרים העלו ביקורות חוזרות של רשות הבריאות שהליקויים לא תוקנו. להלן דוגמאות: כבר במאי 2004 הסבה רשות הבריאות את תשומת לב האגף להודעות שווא של הבעלות על תיקון ליקויים. למרות זאת העניק המשרד רישיון להפעלת גן א' על סמך הודעת הבעלות כי תיקנה את הליקויים. במשך שנה המשיכה הבעלות להפעיל את הגן ברישיון, בלא שניתנה חוות דעת נוספת של רשות הבריאות ובלי שלאגף היה מידע מהימן על תיקון הליקויים. מכאן שהמשרד העניק רישיון להפעלת הגן - על פי החלטת האגף - בניגוד לאמור בחוק הפיקוח. האגף הסתמך על חוו ֹת דעתה הפדגוגיות של מפקחת א' בנוגע למאות גני ילדים שבפיקוחה, אולם הוא לא נתן להודעותיה משקל רב יותר משנתן לדיווחי הבעלות על תיקון הליקויים. זאת אף על פי שכאמור כבר במאי 2004 ידע האגף שדיווחים מסוימים של רשת גני אגו"י על תיקוני ליקויים אינם מהימנים. למרות הטענות על הימצאותן של תולעי עץ בגן לא התריע האגף בפני רשות הבריאות על כך, ולא וידא שהן הודברו. מהאמור לעיל עולה כי בשני מקרים שבהם העלתה מפקחת א' של האגף ליקויים תברואתיים חמורים בגני ילדים של רשת גני אגו"י ודיווחה עליהם למרכזת ג"י, לא פעלה המרכזת באופן מידי כנדרש: במקרה האחד העדיפה המרכזת לאמץ את גרסתו של מנהל הרישוי ברשת על פני גרסתה של מפקחת באגף, ורק משקיבלה חוות דעת שלילית של רשות הבריאות הודיעה לבעלות שהרישיון יבוטל; ובמקרה האחר הובא בפניה מידע שחייב נקיטת פעולות לאלתר, שכן עלה ממנו חשש ששלושה ילדים כבר נפגעו בגופם ממפגע שבגן. אמנם המרכזת דרשה מהרשת לתקן את הליקוי ואף איימה לסגור את הגן, אולם היא לא דיווחה על כך להנהלת האגף כדי שזו תחליט אם יש להוציא צו סגירה לגן, אף על פי שהבעלות לא הודיעה על תיקון הליקוי, והגן המשיך לפעול במשך כמה חודשים. הממצאים בדבר הבקשות לרישיון שהגישה רשת גני אגו"י מעלים חשש שמא דיווחיהם של מנהל הרישוי ברשת ושל רשת גני אגו"י למשרד היו לא אמינים ונועדו להשיג רישיונות גם בתנאי תברואה ירודים. בשני מקרים העבירה מפקחת באגף מידע חמור למרכזת ג"י, אולם המרכזת לא פעלה כראוי, בין השאר בכך שלא הפנתה את העניין לרשות הבריאות. גם כאשר הבעלות לא פעלה לתיקון ליקויים בשני גנים - לרבות ליקוי שהיה עלול לפגוע בבריאותם של ילדים - איפשר לה האגף להמשיך להפעילם. אכן, כשמדובר בסגירה של מוסד חינוך יש לשקול את הדבר בכובד ראש, אולם כאשר נמצאים במוסד ליקויים שלדעת המשרד או לדעת רשות הבריאות עלולים לסכן את הילד ים שבגן, יש לפעול בדחיפות ואף לנקוט צעדים חריפים לשינוי המצב. ממצאי הביקורת מעלים חשש שמא בחר האגף לעצום את עיניו נוכח דיווחים לא אמינים. כאשר למשרד אין כללים ברורים ומוסכמים באשר לטיפול בחוות הדעת של רשות הבריאות, יש חשש שמא הטיפול בבקשות השונות לא היה שיטתי ולא היה שוויוני, כפי שאירע בנוגע לעירייה א'. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לעגן בנוהל כתוב את הכללים שנקבעו כאמור בספטמבר 2007 , בתיאום עם משרד הבריאות, ולהבטיח כי פעולת האגף תיעשה לפי כללים אלה. מן האמור לעיל עולה כי המשרד העניק רישיון להפעלת בית הספר - על פי החלטת האגף - בניגוד לחוק הפיקוח. מהאמור לעיל עולה שהאגף לא נקט את כל הפעולות המתחייבות כדי להבטיח את בריאות הילדים. לדעת משרד מבקר המדינה, משהתקשה האגף לקבל חוות דעת מרשות הבריאות, היה באפשרותו להפנות את הטיפול בנושא להנהלת המשרד, כדי שזו תפנה להנהלת משרד הבריאות. אין בעיכוב של גורם זה או אחר במשרד הבריאות משום אישור למתן רישיון להפעלת מוסד חינוך בלי שהתקבלה חוות הדעת הנדרשת. לדעת משרד מבקר המדינה, אין זה סביר שבמשך שנת לימודים שלמה ילמדו תלמידים במכולות שלדעת רשות הבריאות אינן מתאימות לשמש כיתות לימוד. יוצא שמ"מ המפקח פיקח על בתי הספר של בעלות א' מטעמם של שני גורמים: המשרד והבעלות, ולכן היה חשש לניגוד עניינים בין עבודתו במשרד לעבודתו בבעלות. מ"מ המפקח נדרש, כמדר יך וכמפקח, גם לחוות את דעתו אם מבחינה פדגוגית אפשר להעניק רישיון להפעלתם של בתי ספר שהבעלות שלהם מעסיקה אותו ומשלמת לו שכר. לדעת משרד מבקר המדינה, דוגמה זו ממחישה את הצורך במיפוי מוסדות חינוך מוכש"ר, כדי שהמשרד יוכל לבחון בעצמו את מצאי בתי הספר הרלוונטיים, ולא ייאלץ להסתמך על חוות דעתה של הבעלות. יוצא שהנהלת המשרד לא קבעה מפתח תקינה של משרות פיקוח בחינוך מוכש"ר. מכיוון שכך, אי-אפשר לדעת מהו מספר התקנים שראוי להקצות לשם פיקוח על מוסדות חינוך מוכש"ר. לדעת משרד מבקר המדינה, חלוקת מוסדות החינוך המוכש"ר בין המפקחים לפי סוגי בעלויות, בלי להביא בחשבון את הפיזור הגאוגרפי, מקשה על המפקח לבצע את עבודתו כראוי, למשל לבקר במוסדות בתדירות הנדרשת. משרד מבקר המדינה מעיר שגם נוכח המידע על היותו של מ"מ המפקח עובד הוראה בבעלות היה על מנהלת האגף לברר לעומק עם הלשכה המשפטית אם יש חשש לניגוד עניינים בעבודתו. כאשר עובד מועסק בידי שני גורמים, ומטעם שניהם הוא אחראי על טיפול באותם מוסדות חינוך, יש חשש ממשי לניגוד עניינים ולפגיעה ניכרת ביכולתו של המשרד לפקח על אותם מוסדות. לדעת משרד מבקר המדינה, מ"מ המפקח היה צריך להימנע מהעסקה כפולה כאמור, ולכל הפחות היה עליו לדווח על כך באופן רשמי, מידי וברור ללשכה המשפטית במשרד; מנהלת האגף הייתה צריכה לברר עם מ"מ המפקח מהו תפקידו בבעלות עוד כשעבד באגף כמדריך בלבד, והיה עליה להימנע מלהעסיקו במשימות פיקוח כאלה ואחרות; מנהלת לשכת ההדרכה הייתה צריכה לבדוק היטב את השאלון ולברר מהו תפקידו של מ"מ המפקח בבעלות א'. בבדיקה כזאת לא היה מנוס מלהבחין בחשש לניגוד עניינים. יוצא שעובדי המשרד לא פעלו כנדרש, ולולא ועדת הבדיקה שגילתה זאת במקרה, היה מ"מ המפקח ממשיך לעבוד אגב חשש לניגוד עניינים. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שהמשרד יבדוק באופן שיטתי אם מפקחים ומדריכים אחרים באגף עובדים גם ברשתות חינוך או בבעלויות שעל מוסדותיהם הם אחראים. מהמידע שקיבל הסמנכ"ל עלתה תמונה של יחסי עבודה עכורים באגף. במקרים אחדים אגף משאבי אנוש, המצוי בתחום אחריותו של הסמנכ"ל, הציע לעובדים באגף לעבוד ביחידה אחרת במשרד. לא נמצא שהסמנכ"ל בירר את פשר התלונות עם עובדי האגף כדי לפעול להסדרת יחסי העבודה בו. בדיקה בלשכת המנכ"ל העלתה כי המנכ"ל לשעבר לא השיב על מכתבה של מנהלת האגף אף על פי שהיא העלתה בעיה עקרונית הזקוקה לפתרון מידי. מתשובה זו עולה שהמשרד נכון לתת למפקחים באגף גישה ישירה למאגרי מידע. לדעת משרד מבקר המדינה, על מנהלת האגף להבהיר זאת למפקחים ולעודד אותם לעשות שימוש במאגרים אלה. מהאמור לעיל עולה כי הנהלת המשרד לא קבעה מפתח תקינה לפיקוח על מוסדות חינוך מוכש"ר. המחסור בתקני פיקוח באגף, העולה מהשוואה למפתח התקינה המקובל בחינוך הרשמי, היה ידוע להנהלת המשרד זה זמן רב, אך היא לא עשתה די כדי לשנות זאת. משמעות הדבר היא שהפיקוח של המשרד על מוסדות חינוך שבתחום פיקוחו של האגף רופף. למשל, האגף אינו בקיא כנדרש בפעילות הפדגוגית של מוסדות אלה. נוסף על כך, האגף עצמו הגביל את יכולתם לפקח של המפקחים מטעמו. יוצא שבמשך יותר משנה ממשיכה מרכזת ג"י לעבוד, אף על פי שיש חשש לניגוד עניינים. יתר על כן, מתשובתה של היועמ"ש עולה שעדיין לא נקבע כיצד יוסר החשש האמור. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לפעול לאלתר כדי להסיר את החשש לניגוד עניינים. .כאמור, המחוקק קבע כי חלה על המדינה חובה לפקח על מוסדות חינוך מוכש"ר הנהלת המשרד לא קבעה מפתח תקינה לפיקוח על מוסדות חינוך מוכש"ר, ומספר התקנים שנתנה בידי האגף קטן מהמקובל לגבי מוסדות חינוך רשמי. גם את תקני הפיקוח שניתנו לאגף לא הצליח המשרד לאייש במלואם, ולכן אין במערך הפיקוח הקיים של האגף כדי לתת מענה נאות לצורכי הפיקוח על מוסדות חינוך מוכש"ר במגזר החרדי. יוצא שהמשרד ויתר, ביודעין, על קיום פיקוח ראוי על מוסדות חינוך מוכש"ר במגזר החרדי. לדעת משרד מבקר המדינה, אם לדעת המשטרה נדרשת עדות מפקח, עליה להסדיר זאת לאלתר עם המשרד, שכן הדבר לא נקבע במסמך ההבנות. משרד מבקר המדינה מעיר כי פתרון הביניים משמעותו הסדר מפלה על בסיס מגדר. עד ינואר 2008 לא התקיימו דיונים נוספים בעניין דרישות הסף, ומכאן שבאשר לשנת הלימודים התשס"ח אין הסדר דומה תקף. מהאמור לעיל עולה שהמשרד מתקשה ליישם את מדיניותו הבאה להגביל את פתיחתם של מוסדות חינוך שמספר התלמידים הקטן הלומדים בהם אינו מצדיק, מבחינה כלכלית ופדגוגית, את קיומם. לדעת משרד מבקר המדינה, משקבע המשרד את המדיני ות האמורה באמצעות הכללים המופיעים בנוהל הרישוי, עליו לאכוף כללים אלה באופן אחיד ושיטתי. עליו לבחון את האפשרויות העומדות בפניו ליישום מדיניותו ובין השאר לשקול, במידת הצורך, ליזום שינויי חקיקה מתאימים. הביקורת עסקה בעיקר בתקופה שמשנת 2004 ועד סוף שנת 2007 , שבחלקה כיהן מר שמואל אבואב כמנכ"ל המשרד. הנהלת המשרד, בראשות המנכ"ל לשעבר, נמנעה מלהתערב ביחסי העבודה באגף. לדעת משרד מבקר המדינה, על הנהלת המשרד בראשות המנכ"לית לברר לאלתר את נסיבות התלונות, לנקוט צעדים מתאימים ולפעול להסדרת יחסי העבודה באגף. נמצא כי עד למועד סיום הביקורת (ספטמבר 2007 )- שנה לאחר שניתן פסק הדין - לא הוסר החשש לניגוד עניינים. זאת אף על פי שבתקופה זו כבר עבד היועץ וכתב אישורי בטיחות עבור בעלויות שהגישו בקשות לרישיון. יתר על כן, יש בעלויות שבבעלותן כאמור גם גני ילדים וגם בתי ספר. מכאן שהצעת ההסדר לניגוד עניינים אינה מספקת, שכן המשרד בא בקשרים עם הבעלות ולא עם מוסדות החינוך. מהאמור לעיל עולה שהמ שרד לא עשה בקרה מספקת על שכר עובדי הבעלויות בטרם הכריז על מוסדות החינוך שלהן כמוכרים. גם כאשר הוגשה להנהלת המשרד תלונה על בעלות מסוימת, לא בדקו אותה הנוגעים בדבר. זאת אף על פי שיותר משנה קודם לכן קיבל המשרד דוח ביקורת מפורט ובו טענות על ליקויים בנושא שכר העובדים. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד להעמיק את הבקרה על תנאי שכרם של עובדים בבעלויות כדי לוודא שהם עומדים בכללים הנהוגים במוסדות חינוך רשמיים, כנדרש בתקנות מוסדות מוכרים. (א) בשלושה מקרים נמצא כי הממונה על הבטיחות באגף או ממונה בטיחות ארצי אישרו דוחות בטיחות שהיו בהם ליקויים בקדימות 1 , למשל "חוסר במעקה בטיחות ביציאה מהגן" ו"מתקן סל ישן שבור ומסוכן" בחצר הגן. בגן ילדים נוסף ציינו יועצי הבטיחות בשני דוחות בטיחות כי את חצר הגן חוצים "כבלי טלפון וחשמל", ולמרות זאת אישרו שני ממונים על הבטיחות באגף, בשתי תקופות שונות, את הדוחות. (ג) משרד מבקר המדינה בדק את דוחות הבטיחות שהגישו שמונה יועצי בטיחות. התברר כי שבעה יועצים העלו ליקויים, ולו ליקויים קלים, באחוז ניכר - מ- 60% ועד 100% - מדוחות הבטיחות שעשו. לעומת זאת, יועץ בטיחות אח ד, מנהל הרישוי ברשת גני אגו"י, לא העלה ליקויי בטיחות, אף לא קלים, בדוחות שהגיש עבור 17 מ-18 גני ילדים שעלו במדגם. עוד נמצא כי במסמך שהגיש בדצמבר 2003 מנהל הרישוי ברשת על מצב הבטיחות של גן ח' הוא לא ציין ליקויים, אולם כעבור כארבעה חודשים עשה המשרד מבדק בגן, ובדוח המבדק נרשמו 12 ליקויים, בהם ליקויים בקדימות1 ו-2 , למשל "אין מעקה בטיחות ביציאה מהגן לכיוון הכביש". מן האמור לעיל עולה שרשת גני אגו"י הגישה דוחות בטיחות אשר לא עמדו בכללים שנקבעו בנוהל הרישוי בנוגע למתקני משחק. .לדעת משרד מבקר המדינה, הממצאים מעלים חשש שלא רק בתחום הבריאות אלא גם בתחום הבטיחות היו דיווחיו של מנהל הרישוי ברשת ששימש כיועץ הבטיחות שלה לא אמינים, והוא לא התריע על ליקויי בטיחות כנדרש. התעלמות מליקויים כאלה מונעת סיכול מפגעים בטיחותיים, ועלולה לסכן חיי אדם. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך כי נוכח היעדר הממצאים בדוחות שקיבל ממנהל הרישוי ברשת, היה עליו לקיים בקרה בחלק מגני הילדים. הדבר נדרש בעיקר נוכח המידע שכבר קיבל המשרד בעבר בדבר אי -מהימנות הדיווחים של מנהל הרישוי ברשת. על המשרד לקיים מבדקים במוסדות החינוך של רשת גני אגו"י כדי לוודא שדוחות הבטיחות שהגישה משקפים נכונה את מצב הבטיחות במוסדות, ובמידת הצורך לנקוט סנקציות מתאימות. במדגם נמצאו 22 גני ילדים שבהם יועצי הבטיחות לא ציינו אם יש מתקני משחק בחצר או שציינו שאין בהם מתקנים בכלל, אולם ממסמכים אחרים עלה כי היו בגן מתקני משחק בחצר. למרות זאת אישרו הממונים על הבטיחות באגף, שכיהנו בתפקיד בתקופות שונות, את דוחות הבטיחות שהוכנו ל-22 הגנים. מנהל הרישוי ברשת לא ציין ב-15 ,דוחות בטיחות שנבדקו אם יש מתקני משחק בחצר וב-12 מהם הוא ציין שבדק אותם "חזותית". בכל המקרים לא היה אישור של מעבדה מוסמכת כנדרש. מן האמור לעיל עולה שהממונים על הבטיחות במשרד אישרו דוחות בטיחות שכתבו יועצי בטיחות מטעם הבעלויות גם במקרים שבהם היו ליקויים בקדימות 1 וגם כאשר הבעלות לא המציאה את כל אישורי החובה. זאת אף על פי שבחלק מהמקרים שנמצאו העידו הדוחות על כך שהמוסדות אינם בטיחותיים דיים כדי לאכלס ילדים. הממצאים האמורים בעניין רשת גני אגו"י מעלים חשש שמא לא רק בתחום הבריאות אלא גם בתחום הבטיחות דיווח מנהל הרישוי ברשת, ששימש כיועץ הבטיחות שלה, דיווחים לא אמינים, ולא התריע על ליקויי בטיחות כנדרש. המשרד עצמו העלה שהיו ליקויים בקדימות 1 ו-2 בגן שעליו דיווחה הרשת שאין בו ליקויים בכלל. נוסף על כך, דוחות בטיחות שבאופן שיטתי היו נטולי ליקויים לא משכו את תשומת הלב של הממונים על נושא הבטיחות במוסדות החינוך במשרד, וממילא לא נקט המשרד פעולה כלשהי נגד רשת גני אגו"י ונגד מנהל הרישוי שלה; אף שהדבר נדרש על מנת להבטיח שהליקויים יתוקנו באופן מידי ושיתקבלו דיווחים מהימנים המשקפים את המצב במוסדות הרשת, וכדי לוודא שבשום גן ילדים פעיל לא יהיו ליקויי בטיחות בקדימות 1 . התעלמות מליקויים כאלה מונעת סיכול מפגעים בטיחותיים, ועלולה לסכן חיי אדם. משרד מבקר המדינה מעיר כי כדי שהממונה על הבטיחות באגף יוכל לבחון ביעילות את דוחות הבטיחות מטעם הבעלויות, רצוי שגם בהם ידורגו הליקויים לפי קדימויות. מן הראוי שהמשרד ינחה את יועצי הבטיחות לעשות כן. .רק במאי 2007 הגדיר המשרד לראשונה כללים ברורים וכתובים לטיפול בכל הנוגע לחוות דעת פדגוגיות, לרבות התנאים להוצאת רישיון מותנה בחוות דעת כזו; נמצאו מקרים שבהם מוסד חינוך פעל במשך שנת לימודים אחת או יותר בלי שביקר בו נציג פיקוח וכתב חוות דעת; את רוב חוות הדעת שנבדקה בהן זהות הממלא אותן - 66% - .כתבו מדריכים ולא מפקחים לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לפעול ליישום נוהל הרישוי בנוגע לחוות דעת פדגוגיות, ובמידת הצורך לעדכן את הנוהל או ליזום שינוי חקיקה, כך שהאגף יוכל לעמוד בדרישות הקיימות. אף על פי שרישיונו האחרון של בית הספר פג באוגוסט 2006 , לא נמצא שהמשרד הוציא לו צו סגירה (בעניין צווי סגירה - ראו להלן), אף שבית הספר המשיך לפעול במבנה הישן לאחר שנמצאו בו ליקויים בקדימות 1 , ושניתנה לגביו חוות דעת שלילית של רשות הבריאות. בית ספר ז' פעל במשך שנים, לעתים בניגוד לצו סגירה שהוצא נגדו. מפעם לפעם התחייבה הבעלות בפני רשות הבריאות להעביר את המוסד למבנה אחר, אך בכל הפעמים לא קיימה את הבטחתה. רשות הבריאות נענתה לבקשתו של מנהל מרכז החינוך העצמאי - שהוא כאמור הבעלות של בית הספר - לתת בעניין בית הספר חוות דעת חיובית כדי לאפשר למשרד להעניק רישיון להפעלתו, אף על פי שבמשך שנים סברה שהמבנה אינו ראוי לשמש מוסד חינוך. ביוני 2005 חידש המשרד את הרישיון להפעלת המוסד ללא חוות דעת תקפה של רשות הבריאות. גם משפג תוקף הרישיון המשיכה הבעלות להפעיל את בית הספר באותו מבנה שפסלה רשות הבריאות לשימוש. יוצא שנושא הרישוי של בית ספר זה הובא שוב ושוב בפני האגף, לעתים גם בפני מנהלת האגף, הן בשל חוות דעת של רשות הבריאות, הן בשל המשך פעילותו של המוסד בניגוד לצו סגירה שהוצא נגדו, הן בשל ליקויי בטיחות חמורים והן בשל חווֹת דעת פדגוגיות על מיעוט תלמידות. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח מכלול הנסיבות האמורות לא היה מקום לחדש את הרישיון להפעלת בית הספר לשנת הלימודים התשס"ו, משום שהוא פעל בתנאים שלדעת רשו ת הבריאות ולדעת האגף אינם מתאימים למוסד חינוך. במקרים מורכבים כגון זה הנהלת המשרד היא שצריכה לקבל את ההחלטה בדבר מתן הרישיון וחידושו, ואל לה להותיר את קבלת ההחלטה בידי האגף לבדו. . לדעת משרד מבקר המדינה, הטיפול במוסדות חינוך מוכש"ר דורש שינויים ניכרים: על המשרד לאכוף את הכללים שהוא קבע בעניין המספר המזערי של תלמידים במוסד חינוך באופן אחיד ושיטתי; עליו לבחון את האפשרויות העומדות בפניו ליישום מדיניותו ובין השאר לשקול, במידת הצורך, ליזום שינויי חקיקה מתאימים; על הנהלת המשרד לחדד את הכללים הנוגעים לחוות הדעת הנדרשות לשם אישור בקשה לרישיון ולהבהירם לכל היחידות במשרד שעוסקות בנושא; על המשרד לקבוע מפתח תקינה של מפקחים באגף ולהבטיח שמערך הפיקוח על מוסדות חינוך אלה יוכל לקיים פעולות פיקוח לפי צורכי הפיקוח; עליו להעמיק את הבקרה על שכרם של עובדי בעלויות; עוד על המשרד לפעול לאלתר עם משטרת ישראל לקביעת הטיפול הנכון באכיפת צווי סגירה.
כ- 5,100 ממוסדות החינוך בארץ הם מוסדות שהחינוך שניתן בהם הוא חינוך מוכר שאינו רשמי. משרד החינוך נדרש להפעיל מער ך מינהלי שיעניק רישיונות למוסדות החינוך הללו, יקצה להם כספים ויפקח על עבודתם, כשם שהוא מפקח על שאר הזרמים שבמערכת החינוך. לפיקוח על מוסדות אלה יש חשיבות רבה, שכן גם לתלמידיהם יש זכות לקבל חינוך איכותי בתנאי לימוד נאותים, וגם לעובדי ההוראה שבהם יש זכות לעבוד בתנאים הולמים ותמורת שכר הוגן. את רוב המשימות הכרוכות בטיפול במוסדות החינוך המוכש"ר הטיל המשרד על האגף לחינוך מוכר שאינו רשמי. האגף נדרש לפקח על מוסדות חינוך מוכש"ר במגזר החרדי, אולם מספר תקני הפיקוח שנתנה בידיו הנהלת המשרד היה קטן מהמקובל לגבי מוסדות חי נוך רשמי, וגם תקנים אלה לא הצליח המשרד לאייש במלואם. וכך המדינה מממנת חלק נכבד מעלות הפעלתם של מוסדות חינוך במגזר החרדי, בלי שהבטיחה מתן מענה נאות לצורכי הפיקוח על מוסדות אלה ובלי שפעלה להבטיח את זכויותיהם של עובדי ההוראה. ההחלטה אם להעניק רישיון להפעלת מוסד חינוך חדש תלויה, בין השאר, במצאי המוסדות הקיימים. כאשר למשרד אין מיפוי של המוסדות, הוא מתקשה לדעת אם יש הצדקה לפתיחתו של מוסד חדש. על המשרד לרכז מידע על המוסדות הקיימים כדי שיהיה אפשר לבחון את הצורך במוסד חדש גם לפי מצאי המוסדות. הליך הרישוי הוא מורכב, ובמצב הקיים טווח שיקול הדעת של עובדי האגף בבואם להחליט אם לאשר מתן רישיון להפעלת מוסד הוא רחב. חלק מממצאי הביקורת על החלטות כאלה חמור מאוד, ולעתים מדובר במוסדות חינוך שפועלים בתנאים שמסכנים את שלומם של תלמידי בית הספר או של ילדי הגן. ממצאי הביקורת מעלים ח שש שמא בחר האגף לעצום את עיניו נוכח דיווחים לא אמינים. מן הממצאים עלתה גם תמונה של אגף הנתון בלחצים של בעלויות ובמערכת יחסים מורכבת עם רשת גני אגו"י. לדעת משרד מבקר המדינה, על הנהלת המשרד לברר את טיב הקשר שבין האגף ובין הרשת. הועלו מקרים של חשש לניגוד עניי נים אשר המשרד התקשה לנטרל. בשולי הדברים עלתה מערכת יחסי עבודה עכורים באגף, והנהלת המשרד נמנעה מלטפל בה.