משרד החוץ . המרכז לשיתוף פעולה וסיוע בין-לאומי (מש_ב) – ממצאי מעקב הביקורת העלתה כי מש"ב לא הכין תכנית עבודה כוללת לשנת 2011 .פרט לרשימת קורסי ההדרכה בארץ ובחו"ל לאותה שנה משרד מבקר המדינה מעיר כי בעת הכנת תכנית העבודה הכוללת של האגף ראוי לכלול בה הנחיות בנושא פעולות תכנון, מעקב ובקרה שיסייעו לבחון את היעילות והאפקטיביות של הפעילות על פי מאפייניה. . משרד מבקר המדינה מעיר כי פעילות מש"ב המתבצעת שלא במסגרת תכנית עבודה כוללת שגובשה על בסיס הליכי תכנון תקציביים עלולה לפגוע בתכנון וביישום המיטבי של הפעילויות ומימונן, ובכלל זה היא עלולה לגרום לצורך לבצע התאמות תקציביות במהלך שנת העבודה עצמה. ככלל אין מקום לנהל בדרך זו פעילויות אשר ניתנות לתכנון מראש. מהביקורת עולה כי הגם שיחידות מש"ב מתייעצות עם יחידת ההערכה באופן שוטף לגבי נושאים שונים כגון שינוי תוכני קורסים ובחירת נושאים חדשים, הרי שמשנת 2006 יחידת ההערכה לא שותפה בישיבות התכנון שקיימה יחידת ההדרכה בכל תחילת שנת עבודה לגיבוש של תכנית ההדרכה השנתית. משרד מבקר המדינה מעיר כי יש להקפיד על שיתוף של יחידת ההערכה בתהליך התכנון וההבניה של תכנית ההדרכה השנתית בהתאם להוראות התקנון ולשם ייעול ההדרכה. . הביקורת העלתה כי בסוףשנת 2010 ,קיים מנכ"ל המשרד מר רפאל ברק בשיתוף גורמים שונים במשרד, דיונים בנושא המודל של סוכנות הסיוע, אולם במועד סיום הביקורת, ספטמבר 2011 טרם התקבלה החלטה בנושא זה. כמו כן הועלה כי אף שטרם סוכמו ההמלצות לשדרוג מש"ב, מציג מש"ב את עצמו, בין היתר בדוח השנתי שלו ובאתר האינטרנט שלו, כ"סוכנות הסיוע הלאומית של ישראל". בביקורת נמצא כי המשרד מקדם, באופן בלתי תלוי בשינוי המבני המוצע במש"ב, הליך חתימה על הסכם התקשרות ארוך מועד עם חברת האיגוד (ראו להלן) בלא שנדונו ההשפעות של התקשרות זו על השינוי המבני המוצע במש"ב ובלי שנבחן אם היא תואמת את יעדיו ומאפייניו של השינוי העתידי. לדעת משרד מבקר המדינה הדבר אינו עולה בקנה אחד עם העובדה שבמסגרת הדיונים לשדרוג מש"ב לסוכנות סיוע החוץ עתידות להתקבל החלטות בנוגע למבנה הארגוני של הסוכנות, לרבות המבנה המשפטי הרצוי שלה והבנייתו מחדש של מש"ב בתוך המבנה המשרדי ההיררכי, בכלל זה כיחידה הנסמכת למשרד. הדעת נותנת כי לנושאים אלה ואחרים עשויה להיות השפעה על מערכת יחסי הגומלין בין מש"ב לחברת האיגוד. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח חשיבות הנושא, נוכח השינויים המתחוללים לאחרונה בתחום סיוע החוץ ונוכח הסכם ההתקשרות ארוך הטווח המתגבש עם חברת האיגוד, על הנהלת המשרד לחדש בהקדם את תהליך בחינת המודל המבני הראוי של פעילות מש"ב ואת השפעותיו על ההתקשרות עם חברת האיגוד. משרד מבקר המדינה מעיר כי ראוי שהמשרד יבחן את התוצאות המעשיות הנגזרות ממגמת הירידה בפעילות מש"ב והשלכותיהן על יישום מדיניותו בתחום סיוע החוץ. הביקורת העלתה כי התקשרותו של מש"ב עם מרכזי ההדרכה שבבעלות פרטית התבצעה במשך השנים בלא שננקטו הפעולות המתחייבות מחוק חובת המכרזים, התשנ"ב - 1992 , ומתקנות חובת המכרזים, התשנ"ג - 1993 ., לביצוע מכרז או לקבלת פטור ממנו . נמצא כי למרות החלטה זו, בין נובמבר 2009 למאי 2011 הובאה לאישור הוועדה בקשה אחת בלבד להתקשרות פטורה ממכרז עם מרכז הדרכה. בעקבות כך פנה אגף כספים במשרד במאי 2011 לאגף מש"ב וציין כי החל ב- 1.9.11 לא יאושרו התקשרויות עם מרכזי הדרכה ללא אישור ועדת המכרזים. רק ביולי 2011 , במהלך הביקורת, כשנה וחצי לאחר מועד ההחלטה, התקיימה במשרד פגישת עבודה בנושא המכרזים למרכזי ההדרכה בהשתתפות נציגים ממש"ב ויועץ לענייני מכרזים מטעם משרד האוצר.
ביקורת המעקב העלתה כי לנוכח האמור בביקורת הקודמת דחה דירקטוריון חברת האיגוד בישיבתו בדצמבר 2005 את האמור במזכר ההבנות והחליט כי החברה תפעל להסדרת נושא העברת הכספים למשרד מכספי הקרנות המיועדות. חברת האיגוד דרשה מחשב המשרד לדאוג להחזר יתרת חובו של מש"ב לחברה, בשל דחיית מזכר ההבנות.