משרד התחבורה והבטיחות בדרכים . הסדרת הפעילות בענף המוניות והפיקוח עליה משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי עליו לשפר במידה ניכרת את מערך הבקרה על מפעילי המוניות המיוחדות, על מ נת לשפר את איכות השירות לציבור. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי על משרד התחבורה ליזום חקיקה ראשית אשר תסדיר את סמכויות החקירה שלו. כמו כן, מן הראוי שמשרד התחבורה ייזום שינוי חקיקה שיאפשר אכיפה מינהלית על מפעילי המוניות המיוחדות. משרד מבקר המדינה מעיר כי תשובה זו של משרד התחבורה מלמדת ביתר שאת על הצורך להסדיר בהקדם את הפעילות בענף המוניות, כדי להבטיח שהיא מתבצעת על פי החוק. משרד מבקר המדינה מעיר כי משרד התחבורה אינו אוכף כראוי את העמידה בתנאי הרישיון להפעלת קו שירות, וכי המפקח אינו משתמש בסמכותו לשלול רישיון זה - ובשל כל אלה תאגידי מוניות אשר אינם עומדים בתנאי הרישיון ממשיכים להפעיל מוניות בקווי שירות. אי-אכיפת העמידה בתנאי הרישיון לנסיעת שירות מאפשרת קיום תחבורה ציבורית "פירטית", אשר גורמ ת למשק בזבוז רב, משום שהיא מתחרה בתחבורה הציבורית המסובסדת . לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה לשקול לנקוט צעדים נגד מפרי החוק, עד כדי ביטול הרישיון שלהם לנסיעת שירות, על פי חומרת ההפרה של הרישיון. לדעת משרד מבקר המדינה, לא תקין שמשרד התחבורה ישלים עם הפרות חוזרות ונשנות של תנאי הרישיון. משרד מבקר המדינה מוסיף כי תשובתו של משרד התחבורה מלמדת ביתר שאת על הצורך בקידום רפורמה בענף המוניות ובהסדרה מחדש של הפעילות בו בהקדם. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי הערבות נועדה להבטיח כי הנהג ותאגיד מוניות השירות יקיימו את תנאי הרישיון להפעלת קו שירות. חילוט הערבות בלי לדרוש ערבות חדשה עלול ליצור מצב שבו בעלי רישיון להפעלת קו שירות ולהפעלת מונית שירות ממשיכים לפעול עד למועד חידוש הרישיון, בלי שיש בידי משרד התחבורה בטוחה לקיום התחייבויותיהם. על משרד התחבורה לקבוע הסדר שלם יותר לגבי הפקדת ערבות חדשה במקום הערבות שחולטה, כתנאי להמשך ההחזקה ברישיון. משרד מבקר המדינה העלה כי מיולי 2012 ועדמאי 2013 לא טיפל משרד התחבורה כלל בתלונות שעניינן המוניות המיוחדות, אלא הפנה אותן למשטרת ישראל. משרד מבקר המדינה העלה שעד למועד סיום הביקורת, דצמבר 2014 , לא הכין משרד התחבורה תכנית כוללת לבחינת הסדרי התחבורה הציבורית ולבחינת נושא הרי שיונות להפעלת קווי השירות, לפי מכלול הצרכים התחבורתיים. זאת, על אף השינויים שחלו בהסדרי התנועה, אף שתוקפם של הרישיונות האמורים צפוי לפוג בסוף שנת 2015 , ואף שכאמור, לדעת סגנית היועצת המשפטית של משרד התחבורה, יש קושי לבצע בחוק תיקון נוסף. משרד מבקר המדינה מצא כי בשנים האחרונות תאגידי מוניות רבים חורגים באופן קבוע מהמסלולים של קווי השירות שנקבעו להן ברישיון ההפעלה (ראו פירוט ל הלן). עקב כך עלה נפח הפעילות של מוניות השירות באזורים מסוימים, והן הפכו להיות תחרותי ות לתחבורה הציבורית במקום להיות משלימות לה. כפועל יוצא, הדבר עשוי להשפיע על גובה הסובסידיות שהמדינה משלמת למפעילי התחבורה הציבורית האחרים. משרד מבקר המדינהמעיר למשרד התחבורה על שלא מימש את האפשרות לדרוש מחברת הבקרה להעסיק אחראי עיבוד נתונים. אחראי כזה היה מבצע ניתוחים סטטיסטיים של ממצאי הבקרה, ובכך מקל את ניתוח המידע על המשרד. נוסף על כך, לא עמד משרד התחבורה על מילוי דרישתו מחברת הבקרה להעסיק צוות בקרה מלא, ואף הורה לה להפחית את מספר העובדים בצוות. עמידת המשרד על קיום מלא של ההסכם הייתה מאפשרת לו לנתח את מלוא המידע הזורם אליו ולהפיק את הלקחים הנדרשים לשיפור שירותי התחבורה הציבורית. לדעת משרד מבקר המדינה , מן הראוי כי משרד התחבורה יקיים הליך תחרותי בנוגע לזכות להפעלת מוניות בקווי השירות במתכונת החדשה, כדי שיישמר עקרון השוויון, וכדי שיתאפשר לכל המעוניין בכך לקבל רישיון הפעלה. משרד מבקר המדינה העלה כי עד מאי 2013 , עת הוחל בביצוע בקרה על מוניות השירות באמצעות חברת בקרה חיצונית (ראו להלן), לא ביצע משרד התחבורה עד תאריך זה בדיקות בדבר עמידתם של מפעילי מוניות השירות בתנאי הרישיון, לא רשם להם דוחות ולא גבה מהם קנסות. עקב כך נפגעו בין היתר השירות לאזרח ויעילות הפעלתו של מערך התחבורה הציבורית. הועלה כי בתקופת ביצוע הביקורת פעלו מטעם חברת הבקרה שלושה בקרים בלבד ולא שישה, כפי שנקבע בהסכם ובתכניות העבודה.
משרד מבקר המדינה העלה כי משרד התחבורה לא עמד על כך שחברת הבקרה תבצע ביקורת נקודתית לגבי מוניות שפועלות שלא במסגרת תאגיד מורשה, וכי כאשר חברת הבקרה מאתרת מוניות כאלה, היא רושמת את פרטיהן בלבד (ראו להלן).