המשרד להגנת הסביבה . בנייה ירוקה - המשרד להגנת הסביבה לא נמצא כי מכון התקנים בחן את המשתמע מכך שהעמותה בדקה את המבנה של חברה שהיא עמיתה עסקית שלה. מכון התקנים אף לא קבע מנגנון בקרה בנושא ולא פעל לכך שבודק מטעם העמותה לא יוכל להיות מעורב במתן תו ירוק לחברה המשלמת לעמותה אלפי שקלים בשנה. הדברים אמורים גם בהשתתפותם של חברי עמותה אחרים בדיוני מינהלת התו הירוק, שבמסגרתם אושר מתן תו ירוק למשרדי החברה. במדינת ישראל המצב שונה: במועד סיום הביקורת, כחמש שנים לאחר אישור התקן, נבנו רק שישה מבנים בעלי תו ירוק בשטח כולל של 70,000 מ"ר- שלושה מבנים אושרו בשנים 2007 - 2008 והשלושה האחרים- בשנת 2010 . אף שתקן הבנייה הירוקה מתייחס גם לבנייני מגורים- עיקר השטח המבונה במדינת ישראל - במועד סיום הביקורת לא היה בישראל מבנה מגורים אחד בעל תו ירוק. אמנם מכון התקנים הסדיר את סוגיית שימור הידע בתחום הבנייה הירוקה בהסכם שנחתם עם העמותה, אך לא הקפיד על מימושו. לנוכח העובדה שבמועד סיום הביקורת פעילות המכון בתחום ההכשרה וההסמכה של "מְלַווה בנייה ירוקה" היא ייחודית ואין שנייה לה, יש לכך משנה תוקף. .פרויקטים של עמית עסקי של העמותה או משמש כחבר במינהלת התו הירוק המאשרת את הפרויקטים. במקרים אלו קיים חשש לניגוד עניינים. התו ירוק ניתן במקרה זה שלא לפי הנחיות התקן, משום שלפ יו אין להעניק תו כזה לחלק מבניין. משרד מבקר המדינה לא קיבל הסבר מניח את הדעת למתן התו על סמך ממצאי בדיקה ואישור חפוזים, בייחוד לנוכח העובדה שמדובר בבניין שתוכנן ונבנה כיחידה אחת ומערכותיו משותפות. משרד מבקר המדינה מצא כי נוסף על תפקידיו אלו הוא גם חבר מרכזי בעמותה, ולכן הוא נמצא במצב של ניגוד עניינים בין תפקידו הרשמי במכון ובמינהלת תו ירוק לבין עיסוקו בתחום הבנייה הירוקה במסגרת העמותה. לא נמצא כי הוא דיווח בכתב למכון התקנים על חברותו בעמותה כדי שהמכון יוכל לבחון, בין השאר באמצעות יועציו המשפטיים, את סוגיית ניגוד העניינים האמורה. עוד נמצא כי המכון לא דרש ממרכז איכות הסביבה לדווח בכתב על ניגוד העניינים שלו והסתפק בדיווח בעל-פה. המכון אף לא קבע הסדר למניעת ניגוד העניינים שלו. מכל האמור עולה כי ב מועד סיום הביקורת טרם ניצלה הממשלה את מעמדה כצרכן בולט בשוק הבנייה כדי להטמיע בו סטנדרדים חדשים של בנייה ירוקה. .הטמעת מדיניות סביבתית, בפרט בתחום הבנייה הירוקה, מותנית בהחלת מדיניות ממשלתית בין-משרדית אחידה בתחום ובשיתוף פעולה בין משרדי הממשלה הנוגעים בדבר. השינוי הנדרש בתחום הבנייה הירוקה בישראל מתמהמה; במועד סיום הביקורת היו במדינה רק שישה מבנים ירוקים, ואף לא אחד מהם הוא מבנה מגורים, אף שכבר בשנת 2003 הכירה הממשלה בחשיבות הבנייה הירוקה וכבר בספטמבר 2005 .אושר תקן הבנייה הירוקה חברים מרכזיים אחדים בעמותה מתפרנסים, בין השאר, ממתן שירותי ייעוץ על בנייה ירוקה לחב רות מסחריות. לכן יש לנקוט זהירות מרבית טרם חשיפת פרטים על אודות פעילות עסקית ושיווקית של גוף אחר שלא בידיעתו. יוצא אפוא כי מאחר ומרכז איכות הסביבה ויו"ר העמותה לא עדכנו את חברי מינהלת התו הירוק בנסיבות שצוינו לעיל; לא מן הנמנע כי לו הובא לידיעת המינהלה כל המידע, היא הייתה מקבלת החלטה שונה. לדעת משרד מבקר המדינה, בנסיבות אלה היה על השניים לדווח על טיב יחסיהם עם אדריכל ב' ולפסול את עצמם מלדון בעניין שבו היה מעורב. בתשובת משרד החינוך מאוגוסט 2010 נאמר כי בנובמבר 2009 - לאחר שעודכן בדיוני הרוויזיה בכל הנוגע למוסדות חינוך - הוא פנה למכון התקנים בבקשה כי נציגיו יזומנו לדיונים אלו ואף מינה אדריכל ומהנדס מטעמו לצורך כך. משרד הח ינוך ציין כי הוא משתף פעולה עם כל הגורמים אשר יש להם זיקה לבנייה ירוקה של מוסדות חינוך. במועד סיום הביקורת אכן השתתף האדריכל מטעם משרד החינוך בדיוני הרוויזיה בכל הנוגע למוסדות חינוך.
בהתאם לכך, הגדירה הממשלה בהחלטתה בספטמבר 2008 את הבנייה הירוקה כ"בנייה מודעת אנרגיה", ונקבע כי שר השיכון יידרש לגבש הנחיות בתחום זה. החלטת הממשלה, המתבססת על עבודת ועדת המנכ"לים מתמקדת רק בהיבט האנרגטי של המבנה ואינה מביאה בחשבון אלמנטים אחרים הקשורים לבנייה ירוקה שמוצגים בתקן הבנייה הירוקה כגון מחזור פסולת ביתית ופסולת בניין. מבקר המדינה כבר ציין בדוחות קודמים את הנזק שעלול להיגרם בגין אי-טיפול בפסולת מסוגים אלה 44.