משרד הביטחון . שינויים ארגוניים במשרד הביטחון בביקורת עלה, כי על אף שמשך שנים רבות הצטברו באגף אב"ם ניסיון וידע מקצועיים בבחינה סדורה של שינויים ארגוניים, הוא לא לקח חלק בתהליכי פיתוח וגיבוש השינויים הארגוניים במבנה משהב"ט. משרד מבקר המדינה מעיר, כי היות שמדובר בעבודת ייעוץ, שהייתה צריכה להציע כיוונים ומגמות לביצועם של שינויים ארגוניים ושבגינה שילם משהב"ט, חשוב היה שלכל הפחות תוצרי הייעוץ יימסרו בכתב. משרד מבקר המדינה מעיר, כי משהב"ט לא קיים בחינה ארגונית סדורה, שתוצריה מסקנות והמלצות בנוגע למבנה הארגוני הרצוי, לתהליכי העבודה ולאיכות השירות הנדרשים מאגפי משהב"ט ויחידותיו, וכיצד השינויים הארגוניים אמורים לשפר את המענה הניתן לגופי משהב"ט וצה"ל. לפיכך, החלטות שהתקבלו לא התבססו על עבודת מטה מקיפה המציגה את המשמעויות הכוללות של השינויים. עוד מעיר משרד מבקר המדינה, כי משהב"ט לא קבע לשינויים הארגוניים יעדים, אבני דרך ומדדים לבקרה ולבחינת תוצאותיהם - לא בהיבטים איכותיים של שיפור תהליכי עבודה ושירות, שהשינוי אמור להוביל, ולא בהיבטים כמותיים של חיסכון עקב שינויים במבנה הארגון ובתקינה. משרד מבקר המדינה מעיר, כי לצורך ביצוע שינויים ארגוניים מקיפים בארגון, חשוב לפעול על פי העקרונות המקצועיים המקובלים, כפי שתוארו בהרחבה לעיל, וכי עקרונות אלה הם אבן יסוד לכל תהליך של שינויים בארגון. לפיכך , עבודת המטה שהתקיימה במשהב"ט, והתבססה בעיקר על שיחות חתך, על סיעורי מוחות, ועל הערכות סובייקטיביות, הייתה חלקית. .בסביבה החיצונית ובסביבה הפנימית של משרדי ממשלה מתרחשים באופן תדיר שינויים. כדי למנוע היווצרות של פערים ביכולת הביצוע של המשרדים, שעלולים לפגוע בתפקודם, הם נדרשים מפעם לפעם להתאים את תהליכי העבודה שלהם ואף את מבניהם הארגוניים לשינויים אלו. משהב"ט הוא משרד ממשלתי גדול ומורכב, ובין היתר, אחראי על תקציב הביטחון, שהוא הנתח הגדול בתקציב המדינה. נוכח זאת, חובה כי שינויים ארגוניים בו יהיו מלווים בעבודת מטה יסודית ומקיפה, שבמהלכה, בין היתר, ייבחנו וינותחו ההזדמנויות והיתרונות מול הסיכונים והחסרונות העלולים לנבוע מהמהלכים המתוכננים, ובהתאם לכך יתקבלו החלטות ויינקטו הצעדים הנדרשים. בדוח זה נמצא, כי עבודת המטה שקדמה לביצועם של השינויים הארגוניים במשהב"ט לקתה בחסר. המנכ"ל והגורמים הרלוונטיים במשהב"ט לא קיימו בחינה ארגונית סדורה לפי עקרונות מקצועיים מקובלים, המציגה, בין היתר, אבחון וניתוח של הפערים בתפקוד וביכולות הביצוע של אגפי משהב"ט ויחידותיו שבהם בוצעו השינויים, והשפעות מערכתיות אפשריות של השינויים המתוכננים באותם אגפים ויחידות על מערכת הביטחון. נוסף על כך, נש"ם לא קיימה בחינה יסודית של הצעות משהב"ט לשינויים הארגוניים שהוצגו בפניה, וממילא לא בדקה את השפעתם על סדרי העבודה במשהב"ט. משרד מבקר המדינה מעיר, כי בהיעדר כל אלה, אופן ביצוע השינויים הארגוניים היה לקוי. עם זאת, משרד מבקר המדינה מציין לחיוב את התייחסות משהב"ט לממצאי הביקורת, ולפיה סיכם מנכ"ל משהב"ט, אלוף (מיל') דן הראל, כי במסגרת סדנת מנ הלים שמשהב"ט עומד לקיים לבחינת הייעוד והתפקידים של משהב"ט, דרכי התנהלותו ויעדיו, תיבחן גם סוגיית ה"איזונים והבלמים" וסוגיות נוספות שצוינו בדוח הביקורת. עוד הנחה, שעד ינואר 2014 תיכתב הוראה משרדית "הנוגעת ללקונות בתהליכי השינוי" הארגוני, שעליהן הצביע דוח ביקורת זה. משרד מבקר המדינה מעיר, כי אופן אישור השינויים הארגוניים על ידי הנש"ם, כפי שתואר לעיל, הוא לקוי; ועל נציב שירות המדינה לפעול לפרסומן בהקדם של ההנחיות האמורות, ובכך לחזק את היכולת של נש"ם לקיים בקרה רחבה על שינויים ארגוניים שיוזמים משרדי ממשלה. משרד מבקר המדינה מעיר, כי דיונים בנוגע לשינויים ארגוניים מהותיים במשרד מרכזי כמשהב"ט, ראוי שיהיו מסוכמים ומתועדים. זאת, בין היתר, כדי לשמר זיכרון ארגוני בהקשר לשינויים הנעשים במשרדי הממשלה השונים. משרד מבקר המדינה מעיר, כי חרף קיומן של דעות שונות בעניין מהותי זה, מהמסמכים שבהם הוצג האיחוד של אגף אב"ם עם אמ"א עולה, כי הנושא העקרוני של "איזונים ובלמים" כלל לא נדון, וממילא לא נכלל במסגרת השיקולים של הנהלת משהב"ט.
בביקורת עלה, כי עבודת המטה שקדמה לביטול אגף היועכ"ל לקתה בחסר: לא קדם לדיון עם המנכ"ל ניתוח ארגוני הכולל, בין היתר, בחינת קיומם של פערים ביכולות הביצוע של אגף היועכ"ל לעומת ייעודו ותפקידיו כפי שצוינו לעיל; של כשלים ומגבלות במצב הקיים; השפעות ומשמעויות מערכתיות של השינוי; ניתוח יתרונות, חסרונות וסיכונים לשינויים בתפקידים ובמבנה של כוח האדם של האגף; מסקנות והמלצות. נוסף על כך, כלל לא נבחנה חלופה להמשך קיומו ופעולתו של אגף היועכ"ל כאגף עצמאי, תוך שיפור תפקודו וחיזוק יכולותיו, אם אלו נדרשו, כדי לתת מענה לצרכים.