משרד החינוך . מינהל תקשוב ומערכות מידע במשרד החינוך .העובדים החיצוניים, על הנהלת המשרד ונציבות שירות המדינה לבחון דרך יעילה לניהול פרויקטים של מחשוב במינהל, ובכלל זה את מתכונת ההעסקה של העובדים החיצוניים. יצוין כי טענתה של מנהלת המינהל אינה עומדת במבחן המציאות, בין היתר נוכח עלויות ההעסקה הגבוהות של העובדים החיצוניים, משך הזמן שבו הם מועסקים במינהל, והעובדה שהחובות המשפטיות הקשורות לתפקיד וחלות על עובדי מדינה אינן חלות עליהם. כמו כן הידע המקצועי האמור להיות מרוכז בידי המינהל מצוי בידי העובדים החיצוניים, דבר שלכאורה עשוי להפוך את המינהל ל"לקוח שבוי", ומחייב הסדרה דחופה של סוגיית חלוקת התפקידים בין עובדי מדינה ועובדים חיצוניים ותקנון ליבה ניהולית של עובדים ביחידות המחשוב במשרדי הממשלה. מן הראוי שמשרד האוצר ונציבות שירות המדינה יסיימו את עבודת המטה בנושא, וכי ייקבעו ויאוישו התקנים הנדרשים להסדרת הנושא. .לדעת משרד מבקר המדינה, הרשאות גישה חריגות אלה נוגדות את אחד העקרונות הבסיסיים של בקרה פנימית נאותה, שהוא הפרדת סמכויות. היעדר הפרדה כזאת פותח פתח לגישה לא מבוקרת לנתונים ואפשרות לבצע בהם שינויים שלא בדרך המקובלת לגבי יתר המשתמשים, ולכן אין לתת לאנשי פיתוח הרשאות גישה לסביבת הייצור. משרד מבקר המדינה מעיר, כי מתן הרשאות למנהלי מערכות מידע לעבוד בסביבת הייצור חמור יותר, כי בהיעדר יומני פעילות לכל המערכות הקריטיות, שכאמור לעיל טרם מופו, לא ניתן לעקוב אחר הפעולות שמבצעים מנהלי המערכות. יצוין כי אף שההתקשרות עם הספקים והתשלום להם בוצעו על ידי חברה א', שעליה לא חל חוק חובת המכרזים, התשנ"ב - 1992 , חוק זה חל על המשרד. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לנקוט משנה זהירות במקום שבו הסכם עלול לפתוח פתח לכך שרכישות בסכומים משמעותיים כל כך המתבצעות עבורו ייעשו שלא לפי חוק חובת המכרזים. לדעת משרד מבקר המדינה, המינהל אינו עושה די לצמצום מספר העובדים ברמות השכר האמורות לעיל, ומצב זה עדיין נמשך. מן הראוי הביקורת העלתה שיומני פעילות מופקים רק ממערכת הבגרויות, ולא מיתר היישומים, לרבות המנב"ס. משמעות הדבר שהמינהל לא עוקב באופן שוטף אחר פעולות חריגות ועל שימוש לרעה במערכת המחשוב. עוד העלתה הביקורת שאין נהלים בנושא. לדעת משרד מבקר המדינה, יש לקבוע נהלים לגבי משך שמירת היומנים, תדירות הבדיקות והדיווח על תוצאותיהן, והאחראים לנושא. על המשרד לאמץ נוהל בנושא זה, הכולל דיווח עדכני, ולהקפיד על בדיקת יומני הפעילות באורח קבוע ועל העברת דיווח על תוצאות הבדיקה לדרג מוסמך. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כ י נוכח הנתונים הרגישים שבמערכת המחשוב יש לבדוק בשיטתיות ובאופן מושכל את הגישה אליה, את שליפות המידע מתוכה, ואת השינויים הנעשים בנתונים. בקרה פנימית נאותה צריכה לכלול פיקוח על הפעולות וכן דיווח עדכני על אירועים חריגים. אימוץ כללי בקרה הוא התשתית הארגונית שא מורה לעסוק בגילוי מוקדם של כשלי אבטחה ולטפל בבעיות שהיא חושפת. הביקורת העלתה שטרם הושלם פיתוח התכנה שמודדת את תפוקות הספק לפי אמות המידה שנקבעו בהסכם, ולכן כבר יותר משנתיים וחצי משלם המשרד לספק בכל רבעון, באישור חשב המשרד, 90% מהחשבונית שהספק מגיש בהתאם להיקף החוזה השנתי. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה מצב זה, שבו מתקיים מכרז ונחתם עם ספק הסכם, שבו המינהל מתחייב לשלם לספק לפי תפוקות, כשאין בידו אפשרות למדוד אותן, וכתוצאה מכך התשלום נעשה לפי הערכה, אשר אין הסבר על מה היא מבוססת מכיוון שהמשא ומתן עם הספק לא תועד.
לפי החלטת המנכ"לית דאז, הכינה ביוני 2005 מנהלת המינהל רשימה של פעולות המועמדות למיקור חוץ, ובהן "פיתוח המנב"ס החדש - יישום .Web שניתן להפעיל מרחוק". אולם עד מועד סיום הביקורת, ספטמבר 2009 ., לא פותח יישום זה 2. :מערכת מנבסון מערכת מנבסון היא כלי פדגוגי לשימוש המורה המותקנת בחדר המור ים או במחשב האישי של המורה, ומיועדת לסייע למורה בניהול הערכותיו לתלמידים. המורה מקבל ממזכירות בית הספר "קובצי מורה" (המכילים את נתוני התלמידים), ובאמצעותם הוא יכול לנהל במחשב שבביתו את אירועי ההערכה והמשמעת שלהם. במערכת יש גם פונקציות של חישוב ציון ביניים וחישוב ציון סופי לשימוש המורה. ביוני 2009 השתמשו במערכת מנבסון רק כ-37% מבתי הספר, וכל היתר השתמשו בתכנות חלופיות שנחשבו בעיניהם ידידותיות יותר. הביקורת העלתה שהמינהל לא בחן את הגורמים להיקף הנמוך של השימוש במנבסון, וכי הוא לא ביצע סקר שביעות רצון של המשתמשים במערכת.