רכבת ישראל בע_מ . תחזוקה ברכבת משרד מבקר המדינה מעיר למשרד התחבורה כי תשובות ברוח זו התקבלו במשך השנים. למשל, באוקטובר 2004 הודיע מנכ"ל משרד התחבורה דאז למשרד מבקר המדינה כי ההיערכות המתאימה בעניין הרישוי, התקינה, הבקרה, הפיקוח ושינויי החקיקה תסתיים עד סוף שנת 2005 ,. כמו כןבנובמבר 200911 הודיע משרד התחבורהכי הכין בשנת 2008 טיוטה לחוק התעבורה המסילתית. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את העובדה שמשרד התחבורה טרם השלים את יישומה של החלטת הממשלה, אף שעברו כ -13 שנים מאז התקבלה ההחלטה, ואף שמבקר המדינה חזר והעיר על היעדר אסדרה מלאה לגבי פעילות החברה ועל הצורך לתקן ליקוי מהותי זה. ל דעת משרד מבקר המדינה, על משרד התחבורה להשלים בדחיפות את חקיקת החוק ואת התקנת התקנות שיסדירו את פעילותה של חברת הרכבת. הביקורת העלתה שמשרד התחבורה טרם השלים את האסדרה הכוללת של פעילות חברת הרכבת, לרבות בנושאי בטיחות, הפעלה וניהול, אף שהממשלה חייבה אותו בכך בהחלטתה משנת 2002 , ואף שמבקר המדינה הצביע על הצורך באסדרה כזאת בדוחות קודמים. הביקורת העלתה כי חברת הרכבת שוב סירבה לשתף פעולה ולא מסרה את פירוט התהליכים שדרש משרד התחבורה. לדעת משרד מבקר המדינה, מחלוקות אלה מחזקות את הצורך הדחוף שמשרד התחבורה ישלים את החקיקה והאסדרה הכוללת על פעילות הרכבת. אסדרה כזאת, צריכה ליצור ודאות ביחסי הרכבת והמאסדר, וממילא תשלול מהחברה את היכולת להעלות טענות מטענות שונות. עד להשלמת החקיקה, על חברת הרכבת למלא אחר הנחיות אגף רכבות ולהשקיע את מאמציה ומשאביה בפעילותה, תוך שיתוף פעולה עם ומול המאסדר. הביקורת העלתה כי עד סוף ינואר 2015 לאיושמו מסקנות הוועדה וחברת הרכבת לא התקינה מערכת גלאים כז את ולא קידמה פ רויקטים חלופיים להבטחת הבטיחות. לדעת משרד מבקר המדינה, לקראת הארכת החוזה עם חברה א' על משרדי התחבורה והאוצר לבחון, בשיתוף חברת הרכבת, את כדאיות המשך ההפעלה של קו הרכבת הנוכחי לירושלים, שכאמור מחייב שימוש בקרונועים, וכן לבחון את השפעותיה של ההחלטה שתתקבל על המשך השימוש בקרונועים ועל תחזוקתם. משרד מבקר המדינה העלה כי במרץ 2014 , לאחר שהתברר שקיימות בעיות בתחזוקת הקרונועים, ציין מנכ"ל חברת הרכבת בדיון שהתקיים בדירקטוריון החברה כי קיימת בעיה של חוסר ידע וחוסר התמחות של עובדי חברה א'. ממסמכי חברת הרכבת עולה כי היא אפשרה לבצע תחזוקה באמצעות עובדים ללא ניסיון וללא הכשרה מעשית. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על חברת הרכבת להקפיד כי העובדים שתעסיק חברה א' יהיו בעלי ניסיון והכשרה מעשית מתאימה בתחזוקת הציוד, כפי שנדרש בהסכם שחתמה חברת הרכבת עם חברה א'. .מהלוח עולה כי בחודשים מרץ -אפריל 2014 חל גידול במספר התקלות, ביטולי הנסיעות ודקות האיחור, לעומת החודשיים שקדמו להם. ממסמכים שמסרה חברת הרכבת למשרד מבקר המדינה עולה כי ההוצאות המשתנות בגין הפעלת הקו הגיעו בשנת 2012 לכ-102 מיליון ש"ח, ואילו ההכנסות מהפעלת הקו הסתכמו באותה שנה בכ - 300,000 .ש"ח בלבד לדעת משרד מבקר המדינה, על משרדי התחבורה והאוצר לבחון, בשיתוף חברת הרכבת, את דרך המשך הפעלת הקווים שהנוסעים בהם מעטים, ולהביא בחשבון בעניין זה, נוסף על השיקולים הכלכליים, גם שיקולים חברתיים, ובהם הצורך בחיבור הפריפריה למרכז. ממסמכים שבדק משרד מבקר המדינה ומהדוח הטכני שהכינה חברה ג', עולה כי חברת הרכבת לא השלימה במועד את השיפוץ הכולל של המנועים. חברת הרכבת העריכה כי ב- 75% מהמנועים לא בוצעו בדקים מקיפים ו שיפוץ כולל אחרי כל 600,000 .ק"מ, כנדרש לעומת זאת, עולה מהלוח כי חלה ירידה ניכרת בשנים אלה במרחק הממוצע בין תקלות בקרונועים, דבר המעלה ספק לגבי איכות התחזוקה שלהם. מספר הקרונועים הזמינים פחת, עד שבדצמבר 2014 היו ימים שבהם לא היו די קרונועים להפעלה יעילה של הקו (כולל עתודה של קרונועים שיופעלו במקרה של תקלה בקרונועים אחרים): ב- 17.12.14 היו רק11 קרונועים זמינים, וב- 22.12.14 - 21.12.14 היו רק 12 קרונועים זמינים. בסוף דצמבר 2014 דיווח מנכ"ל חברת הרכבת לדירקטוריון כי החברה אינה מפעילה זמנית את הקו לירושלים. הועלה כי חברת הרכבת לא כללה בהסכם שחתמה עם חברה א' דרישות בתחום הבטחת האיכות, אלא קבעה כי דרישות כאלה יגובשו בתקופת ההתארגנות. ואולם בפועל לא גיבשה חברת הרכבת דרישות כאלה ולא בחנה את הליכי הבטחת האיכות של חברה א'. הביקורת העלתה כי בפועל תקופת ההתקשרות של חברת הרכבת עם ח ברת ייעוץ ב' ארוכה יותר מפרק זמן זה, ולכן המס עשוי לחול על הרכבת.
ואולם מאחר שהקנס המצטבר לשנת 2014 כבר הגיע באותו זמן לתקרת המוסכמת לשנה - 5 מיליון ש"ח בלבד- לא היה באפשרות חברת הרכבת לקנוס את חברה א' בגין התקלות המרובות בחודשים האחרונים של השנה.