הטכניון מכון טכנולוגי לישראל . פרויקט שיפוץ בניין הפקולטה לכימיה בטכניון - הטכניון, מכון טכנולוגי לישראל חיפה עוד העלה משרד מבקר המדינה כי אף שמנהל הפרויקט החל את עבודתו בנובמבר 2006 , הטכניון חתם עמו על החוזה רק במרץ 2007 (לאחר שכבר ביצע עבודות וקיבל תשלום בגינן). מהאמור לעיל עולה שאב"ת חתם עם מנהל הפרויקט על חוזה שאינו מתאים לעבודה שביצע ולא קבע תנאי התקשרות מחייבים המגדירים את הזכויות והחובות של שני הצדדים להתקשרות, בדרך שתב יא להשגת מלוא יעדי הפרויקט על פי התנאים המוסכמים. גם אגף הכספים, שקיבל את החוזה, לא דרש מאב"ת לחתום עם מנהל הפרויקט על חוזה מתאים. לדעת משרד מבקר המדינה, הדבר אפשר לכל צד בחוזה לפעול על פי פרשנותו, ופתח פתח לחילוקי דעות ולקושי לפקח על התקדמות הפרויקט. אב"ת שילם אפוא למנהל הפרויקט כ- 170,000 ש"ח עבור תכנון עבודות, פיקוח עליהן והכנת פרוגרמה בלי שעבודות אלה הוסדרו בחוזה ואף בטרם הוגשה הצעת מחיר כוללת עבור ניהול התכנון והפיקוח על הפרויקט. משרד מבקר המדינה מעיר לטכניון, ובמיוחד לאב"ת ולאגף הכספים, כי מדובר בפתח להתנהלות לא מבוקרת, בהיעדר שליטה ומעקב על הוצאות הפרויקט, ובחוסר תכנון כולל. ראוי היה שאב"ת ידרוש ממנהל הפרויקט להגיש הצעת מחיר כוללת לניהול כל שלבי הפרויקט - ניהול התכנון, ניהול הביצוע והפיקוח - וממנה ייגזר השכר לכל שלב. משרד מבקר המדינה מעיר להנהלת הטכניון כי אף שחלפו כשש שנים מאז שהופץ נוהל עדכון הנהלים, ואף שחלפו כארבע שנים ממועד הגשת הדוח הראשון והנחיית ועדת הביקורת, היא טרם השלימה את כתיבת הנהלים החדשים הנדרשים והטמעתם. מדובר בשיהוי בלתי סביר, אשר עלול לגרום לניהול כושל של פרויקטי בינוי נוספים בטכניון. על הטכניון למפות את נהליו, לאתר את אלה הדורשים עדכון ולקבוע לוח זמנים להשלמת העדכון. משרד מבקר המדינה מעיר לטכניון, כי בהיעדר חוזה כללי עם המתכננים או המפקחים, חסרו להתקשרות עמם הגדרות בסיסיות, ולכן היא נותרה פתוחה לפרשנויות ומחלוקות. משרד מבקר המדינה מעיר, כי בתשלום הסכומים הנוספים בלי שהיקף העבודה השתנה, פעל הטכניון בניגוד לעקרונות של חוזה פאושלי. משרד מבקר המדינה מעיר לטכניון כי פעל בניגוד לחוזים שעליהם חתם עם המתכננים, בכך שלא ניכה משכרם את עבודות התכנון שלא ביצעו. משרד מבקר המדינה מעיר לאב"ת כי על אף המלצת יחידת הביקורת הפנימית, חוות הדעת של היועץ החיצוני והמלצת ועדת הביקורת, הוא ממשיך להשתמש בשיטה הפאושלית לתשלום שכר מנהלי הפרויקטים עבור שלב התכנון. לדעת משרד מבקר המדינה, יש לראות בחיוב את הפעולות שנקטו הנהלת הטכניון וועדת הביקורת ביישום המלצות הביקורת הפנימית, ובכלל זה הטמעת שינויים במערך הבינוי, החשבונאות וההתקשרויות. עם זאת, ראוי שהם ישלימו את בחינת תהליכי העבודה של גורמי הפיקוח והבקרה בפרויקטי בינוי, ויוודאו הטמעת נהלים חדשים. כמו כן, עליהם לבחון את האפקטיביות של השינויים ואת השפעתם על ההתנהלות החשבונאית והתקציבית בפרויקטי בינוי בטכניון. משרד מבקר המדינה מעיר לוועדת הביקורת על שהעבירה את סמכות הבדיקה והטיפול בממצאי טיוטת הדוח השלישי למנהל אב"ת החדש, אשר תפקוד אגפו היה ממושאי הביקורת, בטרם גובשה הטיוטה לכדי דוח סופי. בכך, לא מימשה את עצמאותה ואי-תלותה בהנהלת הטכניון.
לדעת משרד מבקר המדינה, מנהל אב"ת והעובד במחלקת התמחיר הקלו ראש בחובתם לבקר את תהליך ההתקשרות, את הצעות המחיר ואת התשלומים. הם לא חתמו על חוזים מתאימים עם בעלי המקצוע החיצוניים, לא דרשו הצעות מחיר מסודרות ולא בדקו באופן יסודי את הצעות המחיר שקיבלו. הם אישרו את הצעות המחיר, כפי שדרשו בעלי המקצוע. מנהל אב"ת ועובד מחלקת התמחיר אף אישרו הצעות מחיר שגויות וחתמו על הצעות מחיר שלא לפי נוהל זכו יות החתימה. מדובר בהליך בלתי תקין שמעלה חשש כי שימשו "חותמת גומי" לבעלי המקצוע החיצוניים. משרד מבקר המדינה מעיר לאב"ת על ניהול בלתי תקין של מערך החשבונאות שבתחום אחריותו בפרויקט, ניהול לקוי של הזמנות ומסמכים מחייבים כגון חוזים, היעדר עקביות, ריבוי הזמנות של עבודה מאותו סוג, שינוי סכומים ללא הסבר, אי- שמירה על רצף, אי-דיוקים ואי -עדכון של הזמנות העבודה בהתאם להיקף העבודה בפועל. בשל כל אלה לא התאפשר מעקב אחר השימוש בתקציב ותשלום שכר טרחת מנהל הפרויקט, המתכננים ובעלי המקצוע וגבר החשש לטעויות. משרד מבקר המדינה מעיר גם לאגף הכספים, כי כשל בעבודת הבקרה והפיקוח על ההתנהלות החשבונאית בפרויקט ולא עמד על קיומם של חוזי העסקה מלאים; אישר הזמנות עבודה ואף שילם מכוחן אף שלא תאמו להצעות המחיר או לחוזי ההתקשרות. כמו כן הוא פעל בחוסר מקצועיות כאשר לא בדק את המסמכים לעומקם ואי שר מסמכים וחישובים שגויים, וכן אישר מסמכים תקציביים וחשבונאיים אף שנחתמו בחריגה מנוהל זכויות חתימה. בכך הכשיר את פעולותיהם הלא תקינות של אב"ת, ואפשר תשלומי יתר לבעלי המקצוע.