משרד האנרגייה . ארגון ומינהל במכוני המחקר שבאחריות משרד התשתיות הלאומיות, האנרגיה והמים - ממצאי מעקב משרד מבקר המדינה מעיר כי השרים והמנכ"לים בשנים 2015-2013 לא דאגו שמנהלי מינהל המחקר באותן שנים, כמו גם הסמנכ"ל למינהל, יעבירו לנציב שירות המדינה את המידע והדיווח שביקש מהם. זאת ועוד, הנציב לא הקפיד לבחון את התהליך ואת נאותות ההסדר שקבע ויעילותו - הסדר שנמשך גם במועד סיום הביקורת. משרד מבקר המדינה מעיר כי העובדה שהשרים והמנכ"לים בשנים 2015-2013 לא דנו במהלך אותן שנים בכדאיות ובהצדקה שבקיום מטה מינהל המחקר, לנוכח המימוש החלקי של החלטת הממשלה והקטנת היקפי פעילותו של המינהל לעומת המתוכנן, אינה ראויה מהיבט היעילות והמועילות. משרד מבקר המדינה מעיר כי לפחות במשך שנה ממועד החלטתה על ההקפאה ועד חקיקת חוק התפזרות הכנסת התשע עשרה לא החליטה המנכ"לית באופן סופי אם יש להמשיך בקידומה ובמימושה של החלטת הממשלה או לשנותה, ולהמליץ על כך לשר; הגם שבמועד החלטתה להקפיא את ההליכים היו גורמי הממשלה הרלוונטיים בשלבים מתקדמים של התהליך למימוש החלטת הממשלה. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד האנרגיה כי היעדר קבלת החלטה עד מועד סיום הביקורת בעניין מימושה של החלטת הממשלה או שינויה, גרם במשך שבע שנים לחוסר ודאות בדבר מדרג הסמכות ותחומי האחריות בין המינהל למכוני המחקר. היעדר הכרעה עניינית בנושא זה פגעה בשנים אלו גם במימוש תכניות העבודה של המכונים 15 ובמעמדם, כמו גם בתחושת היציבות התעסוקתית של עובדיהם. מציאות שבה החלטת ממשלה שרירה וקיימת במשך שנים אך אינה ממומשת היא מציאות שאין להשלים עמה. זאת ועוד, על השר לפעול לארגון מחודש ויעיל של מכוני המחקר וזאת לאחר שיקיים דיון לצורך קביעת החלופה המועדפת. .בפברואר 2009 החליטה הממשלה על הקמת ו של מינהל המחקר כיחידת סמך במשרד האנרגיה על יסוד המכון הגאולוגי שפעל עד אז כיחידת סמך במשרד האנרגיה. בהחלטה נקבע כי המינהל יאחד את הפעילויות העיקריות של שלושה מכוני מחקר הפועלים במסגרת המשרד - המכון הגאולוגי, חיא"ל ואגף הסיסמולוגיה וצוות המחקר הגאופיזי שבמג"י. המשרד מימש באופן חלקי את החלטת הממשלה בהקימו את מינהל המחקר הכולל את פעילותו של המכון הגאולוגי בלבד. במשך שבע שנים, עד מועד סיום הביקורת, לא השלים המשרד את תהליך הארגון המחודש של המכונים, והתנהלות זו של מטה המינהל הקשתה עליהם בפעילותם. אי-קבלת הכרעה בעניין מימוש החלטת הממשלה ביטולה או שינויה , בחלוף שבע שנים מהמועד שבו ניתנה, גרם לחוסר ודאות בדבר מדרג הסמכות והאחריות בין המינהל למכוני המחקר, ופגעה גם במימוש תכניות העבודה של שלושת המכונים ובמעמדם. למרות הערותיו של משרד מבקר המדינה בדוח הקודם למכוני המחקר, בדבר סדרי ניהול ובקרה לקויים, נמצא כי המכון ה גאולוגי וחיא"ל טרם תיקנו את הליקויים הנוגעים לריכוז מלוא העלויות, לרבות עלויות שכר העבודה של החוקרי ם העוסקים בכל אחת מעבודות המחקר . על חיא"ל ו על המכון הגאולוגי, האמורים לשמש תשתית למינהל המחקר, להשלים את תיקון הליקויים בתחום זה במטרה להגביר את הפיקוח וה בקרה באופן שיאפשר להציג נתונים שלמים על עלויותיה של כל אחת מעבודות המחקר שלהם. על השר לפעול לתיקון ליקויים שצוינו בדוח זה ולפתרון בעיות שנוצרו בעקבות החלטת הממשלה.
משרד מבקר המדינה מעיר להנהלת המכון ה גאולוגי ולהנהלת חיא"ל כי למרות הליקויים שהועלו בדוח הקודם, גם בביקורת זו אין הן רושמות את מלוא עלויותיה של כל אחת מעבודות המחקר, הן אלו הממומנות מקרנות המחקר הן אלו המוזמנות וממומנות מתקציבים ממשלתיים או מגורמים אחרים. כמו כן, אין ביכולתן לדעת אם ההכנסות מעבודות מחקר מוזמנות מ כסות את עלויותיהן או אם עבודת המחקר במימון מזמיני חוץ וזרים מסובסדות מתקציבי המדינה. משרד מבקר המדינה מעיר למנהלי המכון ה גאולוגי כי פיתחו את המודול הייחודי לניהול פרויקטים של המכון הגאולוגי שלא בהתאמה לאפיוני מערכת מרכב"ה, שנועדה בין היתר ליצור אחידות ולהו ביל להתייעלות במגזר הציבורי. משרד מבקר המדינה מעיר לחיא"ל כי למרות הזמן שחלף מהדוח הקודם היא טרם השכילה להסדיר את זכויותיה בשטחי הנדל"ן , והיא לא עמדה על זכויותיה ולא אכפה את החוזים לגביית התמלוגים המגיעים לה.