משרד החינוך . הבקרה על התמיכה במוסדות לימוד תורניים_ הועלה כי ועדת התמיכות האגפית הודיעה לרשם העמותות על החלטות שקיבלה בעקבות ממצאי ביקורות עומק בלבד, ואולם, למעט מקרים מעטים, לא הודיעה על החלטות שקיבלה בעקבות ממצאים שהועלו בביקורות השטח. במצב זה לא היה באפשרות רשם העמותות לפעול באחת מהדרכים שבסמכותו כדי להבטיח את פעילותן התקינה של העמותות. נמצא כי עד למועד סיום הביקורת לא יידע האגף את המוסדות בדבר הכללים לפריסת הקיזוז וגם לא הודיע לעמותות על האפשרות לפרוס חובות - ובכך נהג בחוסר שקיפות. מאחר שאין מישק עדכון אוטומטי בין מערכת ניהול המלגות ובין מערכת תלמו"ד, השינויים המעודכנים בתלמו"ד אינם מתעדכנים במערכת ניהול המלגות. ואכן, בבדיקה השנתית שמבצעת מחלקת מלגת לימודים מול נתוני מערכת תלמו"ד, נמצא כי קיימים אברכים שעזבו את הישיבות אך המשיכו לקבל מלגת לימודים, מכיוון שהם לא דיווחו על כך למחלקה. יצוין כי מחלקת הישיבות באגף אינה מדווחת בכל דרך אחרת ליחידת מלגת לימודים על אברכים שעזבו את הלימודים או על אברכים שהאגף הפסיק להכיר בהם כתלמידים. למשל, בבדיקה שעשה האגף באפריל 2014 נמצא כי178 אברכים הפסיקו את לימודיהם בשנת 2013, .אך המשיכו לקבל מלגותתשלומי היתר ששולמו להם עבור שנה זו הסתכמו ב- 877,000 .ש"ח בתיקון למבחני התמיכה נקבע כי התמיכה מטעם משרד החינוך מותנית באי-זימונו של התלמיד לשירות צבאי. לעתים צה"ל מזמן תלמיד להתייצב למבדקים או להתגייס, אולם התלמיד אינו מתייצב, ועקב כך אינו עומד בתנאים הנדרשים כדי לקבל דחיית שירות52 . במקרים אלה, בשל אי-העברת המידע מצה"ל לאגף, המוסד ממשיך לקבל תמיכה בעבור אותו תלמיד; נמצא כי האגף, ובכלל זה חשבות האגף והלשכה המשפטית שלו, לא טיפלו באופן סדור ו שוטף ב גביית החובות הלכה למעשה, ובהם חובות שנוצרו עקב כספים ששולמו ביתר, למעט ביצוע הפחתה מתמיכה שוטפת ומתמיכה עתידית, כמפורט להלן: הביקורת הנוכחית העלתה כי תופעת כפל התמיכות עדיין נמשכת, כי החלטת הממשלה, שצוינה לעייל, לא יושמה, וכי ההבטחה לתיקון הליקויים שהועלו בעקבות ביקורת קודמת משנת 1998 לא קוימה- לא הוקמה מערכת ממוחשבת לבקרה כוללת על תלמידים שנתמכים על ידי משרדי ממשלה. על מטה התמיכות בחשכ"ל, משרד החינוך ומשרד הרווחה לפעול ליישום החלטת הממשלה ולקדם הקמת מערכת בקרה למניעת כפל תמיכות. ואולם בבדיקה עלה כי יו"ר ועדת התמיכות האגפית של משרד החינוך ויו"ר ועדת התמיכות של משרד הרווחה לא תיאמו ביניהם את מתן התמיכות למוסדות שתומכים בהם יחידות אחרות במשרד הרווחה (למעט מוסדות שתומכת בהם המחלקה למוסדות ציבור), כנדרש בנוהל. במצב זה נמנעה מהם האפשרות לבחינת כפל תמיכה בין האגף לבין כלל יחידות משרד הרווחה. משרד מבקר המדינה מעיר לחשכ"ל שהוא בעצמו קבע הן בנוהל שר האוצר והן בהוראת התכ"ם את היעד הכמותי הנדרש בביצוע ביקורות העומק על המוסדות הנתמכים, ולא הכפיף זאת לשיקולים אחרים. זאת ועוד, לא נמצאו מסמכים שלפיהם קבע מטה התמיכות בחשכ"ל יעד אחר עבור השנים 2013 -2011 , כנדרש בנוהל ובהוראת התכ"ם. הביקורת שהאגף מבצע בישיבות לגבי התלמידים שקיבלו דחיית שירות מצה"ל אינה מבוססת על מידע מעודכן המצוי בידי צה"ל, אלא על דיווחי הישיבות; רשימות התלמידים שלא נכחו בשתי ביקורות רצופות כדי ללמוד מהן על מספר התלמידים שעל פי רשימותיו, בהתאם לדיווח המוסדות, הם דח ויי שירות. בדרך פעולתו זו ויתר למעשה צה"ל על האפשרות לנקוט את הצעדים הנדרשים לאתר ולאמת דיווחים של תלמידים דחויי שירות שלא רשומים במוסדות תורניים נתמכים ובשל כך אינם זכאים לדחיית שירות, ול זמנם לשירות צבאי. לאי-העברת מידע מצה"ל לאגף ומהאגף לצה"ל עלולות להיו ת תוצאות כבדות משקל: משרד מבקר המדינה מציין כי נוהל שר האוצר הוא המסמך המחייב את הגורמים המעורבים בנושא התמיכות, ועליהם לפעול על פיו. בגיבוש נוהל שר האוצר מעורבים גם שומרי סף ממשרדים אחרים, ולפיכך חוות דעתה של היועצת המשפטית של האגף או הסתייגויותיה בעניין זה אינן יכולות לשנות את הקבוע בנוהל, כל עוד לא הוסכם על שינוי כאמור על ידי כל הנוגעים בדבר או שונה הנוהל במפורש. נמצא כי אף על פי שהאגף יכול לפעול לקיזוז כספי התמיכות שמגיעים למוסד מיחידות אחרות במשרד החינוך או ממשרדי ממשלה אחרים, הוא אינו עושה כן ואף אינו מפעיל אמצעי גבייה אחר, מלבד הפחתה מתמיכה שוטפ ת או עתידית. בכך האגף אינו ממלא את חובתו לאכוף את גביית החובות. הועלה כי במשך שנים לא טיפלה חשבות האגף כראוי בכספים שלא הושבו תקופה ארוכה: לא נשלחו מכתבי התראה למי שלא השיב כספים. היעדרו של טיפול שוטף בחיובים ישנים שעל המוסדות להשיב מעלה את הסבירות להגדרתם ככספ ים אבודים. חשבות האגף גם לא פנתה לוועדה העליונה בחשכ"ל לצורך מחיקת החיובים במקרים בהם האגף לא נקט במשך מספר שנים פעולות לגביית הכספים. נוכח היקף הכספים שעל המוסדות להשיב, העומדים כאמור על כ-25 מיליון ש"ח, משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את אי -הטיפול של חשבות האגף בגבייתם במשך שנים. על חשבות האגף לקבוע תכנית לגביית הכספים שיש להשיב ולפעול למשלוח מכתבי התראה. יוער כי על אף פניות חוזרות ונשנות של משרד מבקר המדינה, לא התייחס צה"ל באופן ענייני לממצאי הביקורת ולא מסר את תגובתו בנוגע לרשימות התלמידים שהועברו לו. משרד מבקר המדינה מציין כי על משרד הכלכלה לבדוק אם התלמידים שנמצאו רשומים ללימודים במוסד תורני בעודם לומדים במקביל בקורסים מטעם האגף להכשרה מקצועית, קיבלו מימון לימודים גם ממשרד הכלכלה, כדי למנוע כפל תמיכה.
הועלה שמיוני 2010 לא יזמה יחידת הבטחת הכנסה באגף הצלבת נתונים נוספת עם נתוני המוסד לביטוח לאומי, לבדיקת קיומם של מקרים דומים.