רשות המיסים בישראל . פיקוח רשות המסים על יצוא טובין דרך הים לדעת משרד מבקר המדינה, על ראש מינהל המכס לקדם את גיבושה של רשימת ליקויים המתאימה לתחום היצוא. גיבושה של רשימת ליקויים כזאת יאפשר למערכת לניהול סיכונים לאתר ביעילות דפוסים של סיכונים. תהליך ניתוח הסיכונים ביצוא אינו מתבסס על נתוני רשימון היצוא, אלא על נתוני תעודת האחסנה; תעודת האחסנה מועברת על ידי הי צואן, באמצעות סוכן המכס, לרשות הנמלים, רשות הנמלים מעבירה אותה לבית המכס, וזה מזין את הנתונים שבה למערכת לניהול סיכונים. יש לציין כי תעודת האחסנה מיועדת בעיקרה לצורכי הנמל ומכילה מידע לוגיסטי המיועד ל עבודת ה נמל. עוד הועלה כי רק בשלב מאוחר יותר מכין סוכן המ כס את שליפת היצוא ומוסר אותה לבית המכס. מצב זה מאפשר שחרור של טובין ליצוא ללא בדיקה, אף שלעתים מתברר לאחר הגשת רשימון היצוא שהיה צריך לבדוק את הטובין. הסתמכות על בדיקת תעודת האחסנה בתהליך ניתוח הסיכונים מעלה חשש להיווצרות הליקויים האלה: לדעת משרד מבקר המדינה, על ראש מינהל המכס לבחון שינוי של תהליך העבודה ביצוא, שבמסגרתו תתבסס המערכת לניהול סיכונים על נתוני רשימון הייצוא או לכל הפחות על נתוני שליפת הייצוא. כמו כן, על מינהל המכס לשכלל את המערכת הממוחשבת, כדי שתתריע כאשר המידע הנדרש לא מולא. נוסף על כך, על רשות המסים לקבוע, בשיתוף היצואנים וסוכני המכס, מהו המידע הדרוש לה לצורך בחינת היצוא ולביצוע הבדיקות של המערכת לניהול סיכונים. המערכת הממוחשבת לניהול סחר החוץ של מדינת ישראל, שבאמצעותה פועל מינהל המכס, היא מערכת שאינה מתואמת עם המערכת הממוחשבת של רשות המסים (שמנוהלת באמצעות שע"ם - שירות עיבודים ממוחשבים). כל זאת, אף שבמערכת של רשות המסים יש מידע נוסף על היצואנים בכל הנוגע לתשלומי מס הכנסה, תשלומי מע"ם, ניכויים, מיסוי מקרקעין, גבייה וכן מידע כללי נוסף. במצב זה, אם יש יצואן שחשוד (או שנחשד בעבר) בביצוע של עב ירות מסים שאינן בתחום המכס, לא יהיה המידע בעניין זה גלוי לבית המכס, והמערכת לניהול סיכונים לא תוכל להביא אותו בחשבון בעת ניתוח הסיכונים. לדעת משרד מבקר המדינה, על ראש מינהל מכס לקדם הקמה של מסד נתונים ממוחשב, בדומה לזה הקיים בתחום היבוא, שבעזרתו יוכל המכס לעמוד על מאפיינים של יצואנים ושל נותני השירות שלהם, דוגמת סוכני מכס. נוסף על כך, יש לפעול לכך שכל המידע הרלוונטי לניתוח סיכונים לגבי יצואנים המצוי במערכת הממוחשבת של רשות המסים יהיה זמין גם למכס ויוזן למערכת לניהול סיכונים. לדעת משרד מבקר המדינה, על ראש מינהל המכס לקדם פיתוח של מחולל דוחות גם בתחום היצוא, אשר ישלים את עבודת המערכת לניהול סיכונים. שימוש במחולל דוחות ביחידות היצוא יְיַעל את הבדיקות שנעשות ויאפשר לכל יחידה ולכל בית מכס לנתח את נתוני היצוא על פי צרכיה הייחודיים. על הנהלת רשות המסים לפעול לכך שבית המכס יוכל למלא את ייעודו - אכיפה מיטבית של ההוראות, הכללים ודיני היצוא. לשם כך על מנהל רשות המסים לפעול לאיוש המשרות שנקבעו בתקן יחידות היצוא בעובדים מקצועיים ובעלי הכשרה מתאימה ולהתאים את רמת והיקף הפעילות של בית המכס לתקן שקבעה הרשות עצמה.
הועלה כי ממועד האימוץ של דוח הצוות (ינואר 2013 ) ועד מועד סיום הביקורת (נובמבר 2015 ) לא פעל מנהל רשות המסים ליישום המלצות הדוח בנושא היצוא. עקב כך רשימוני היצוא של היצואנים שפועלים לפי חוק העידוד אינם מועברים ליחידות היצוא שבבתי המכס, וממילא לא נבדקים משלוחי היצוא של יצואנים אלה (בעיקר לשווקים הגדולים). בהיעדר בדיקה של משלוחי היצוא האמורים לא ידוע אם היצואנים שנהנים מההטבות שנקבעו בחוק העידוד אכן עמדו בתנאים לקבלתן, ואם ייצאו את כמות הטובין הנדרשת. על מנהל רשות המסים להנחות את משרדי השומה לפעול לפי המלצות הצוות - להעביר לידי יחידות היצוא שבבתי המכס את רשימת היצואנים שפועלים על חוק העידוד, ובמקרה הצורך לבדוק את המטענים שהם מייצאים, כדי לוודא שהכמות שהם מצהירים עליה היא הכמות המיוצאת בפועל (בעניין זה ראו גם בהמשך).