משרד הבריאות . תאגידי בריאות ליד בתי החולים הכלליים הממשלתיים העסקת האחיות של תאגיד הבריאות ובית החולים באופן משולב בסבב משמרות אינה תואמת את הנאמר בטיוטת הנוהל של המשרד. ,במלוניות ליולדות מתקיים עירוב של רפואה ציבורית עם רפואה פרטית ולכן יש לפעול במשנה זהירות בקביעת הכללים. אף על פי שחלפו כמה שנים מאז הוקמו המלוניות ליולדות בשיבא ובליס שבסוראסקי, המשרד טרם גיבש נוהל מחייב. בתי החולים מעוניינים להפעיל מלוניות ליולדות בתחומם. על משרד הבריאות ומשרד האוצר לבחון שוב את הסוגיות העולות מתפעול מלוניות יולדות בסמוך למחלקת יולדות בבתי החולים, ולגבש נוהל שיותאם למעמדן המשפטי של המלוניות, הן הפרטיות והן המוחזקות על ידי תאגידי הבריאות, הן אלה שכבר מופעלות והן אלה שיופעלו בעתיד. מן הראוי כי במרכזים הרפואיים שתפוסת מחלקות היולדות בהם עולה על תקן המיטות הקיים יעודכנו התקנים, יורחבו המחלקות וישופרו תנאי האשפוז. זאת ייעשה כדי לאפשר ליולדות להתאשפז בתנאים ראויים וכדי להימנע מצפיפות יתר במחלקות, דבר שעלול לגרום ליולדות להעדיף שהות במלונית על פני שהות במחלקה. לדעת משרד מבקר המדינה הפעלת מחלקת היולדות בתנאי אשפוז וצפיפות סבירים, כפי שיקבע המשרד, צריכה להיות תנאי להפעלת מלוניות ליולדות. גם במועד סיום הביקורת הנוכחית, ספטמבר 2008 , לא היה מבקר פנימי אף לא באחד מבתי החולים. לעומת זאת, לתאגיד הבריאות יש כאמור גוף ביקורת (ועדת ביקורת או מבקר פנים או שניהם). משרד מבקר המדינה מעיר כי שכר זה גבוה מהשכר ששולם לעובד עבור מילוי שני תפקידים, הן כמנהל תחום כלכלה בבית החולים והן כמנהל התאגיד. יש לציין כי מדובר בתאגיד שהיקפו הכספי השנתי הוא כ -20 מיליון ש"ח, והוא מהווה כ -%4 מהיקף הפעילות של בית החולים שלידו105 . .הבקרה על שכר העובדים בתאגידי הבריאות אינה מלאה ואינה יעילה ראוי שהיא תיעשה בידי הממונה על השכר, והוא יכלול את שכר העובדים בתאגידים בדוח שהוא מפרסם על השכר בגופים הציבוריים. כן ראוי שייקבעו כללים לשכר מרבי ולתנאי העסקה למנהלי תאגידי הבריאות, הן לבעלי תפקידים בכירים במרכזים הרפואיים שעובדים בבתי החולים ובתאגידי הבריאות והן לאלה שעובדים בתאגידים בלבד. יוצא שהעסקת רופאים בשירות המדינה במרפאות הקופה מטעם תאגידי הבריאות בשעות הבוקר נוגדת את תקנות התאגידים. בהתייחס לממצאי הביקורת ציינו מנהלי מרכזים רפואיים כי עבודת הרופאים בקופות מיועדת בין השאר למשוך את מבוטחיהן לבתי החולים שהם מועסקים בהם, וזאת כדי להגדיל בהם את ההכנסות. משרד מבקר המדינה מעיר כי רופא בית החולים המועסק בתקן ובמחלקה מסוימת, שמקבל שכר מאוצר המדינה בעבור מתן שירותים לכלל החולים הפונים בשעות העבודה הנהוגות במרכז רפואי, עובד בשעות אלה בקופה ומטפל בחולים של קופת חולים מסוימת. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד כי ברוב בתי החולים שנבדקו יש רק דרך אחת לברר מידע זה, והיא - לפנות באופן ישיר לכל אחת מהמחלקות המנתחות המבצעות את אותו ניתוח. אלא שלא תמיד החולה יודע להגדיר בדיוק את סוג הניתוח שהוא נזקק לו או לאיזו מחלקה לפנות, ורופאי קופות החולים אינם מבררים זאת עבור החולים. פרסום התורים יאפשר לקופות החולים, לרופאי קופות החולים ולחולים לקבל מידע זמין ולהשוות את זמני ההמתנה בבתי החולים השונים. מבדיקת משרד מבקר המדינה עולה כי יש ניתוחים שלדעת מומחים ההמתנה להם עלולה לגרום לנזק בריאותי לחולים, כפי שפורט לעיל. על כן מן הר אוי שהמשרד יפעל לצמצום זמני ההמתנה תוך הגדרת אמות מידה למשך זמן ההמתנה המרבי לכל סוג של ניתוח מתוכנן באופן שלא ייתן הכשר להארכתם של זמני המתנה, ויתמרץ את קיצורם. משרד מבקר המדינה מעיר כי ראוי לקדם את הבדיקה בנ ושא, בייחוד נוכח העובדה שכבר העיר על כך בשנת 200372 . החברה לא מסרה לתאגיד הבריאות דיווח על פעולותיה בקשר למחקרים, ובכך נפגעה השקיפות הראויה. בינואר 2005 כתב מנהל שיבא למנכ"ל המשרד, פרופ' ישראלי, על החברה ועל פעילותה בנושא מחקרים ובנושא פעולות ייעוץ בחו"ל. משרד מבקר המדינה מעיר כי החברה היא זרוע ביצועית של המרכז הרפואי שהוא גוף ממשלתי ועושה שימוש במשאבי המדינה ובידע של המדינה. מן הראוי היה שהמשרד, שהוא הבעלים של המרכז הרפואי וגם רגולטור של מערכת הבריאות כולה, יבחן את תקינות אופן ההתאגדות של החברה, כולל השאלה אם ראוי שחוג הידידים של שיבא יהיה בעל שליטה בחברה זו. נמצא שהמשרד לא עשה זאת. ראוי שהמשרד והנהלת שיבא יעמדו על כך שהזיקה בין שיבא ובין החברה תמצא ביטוי גם במסמכי התאגוד של החברה. יוצא שבשיבא פרופ' רוטשטיין אחראי לפרופ' נוי בעניין המחקרים, ואילו בחברה פרופ' רוטשטיין (כמנכ"ל החברה) נתון לפיקוחו של פרופ' נוי (כיו"ר הדירקטוריון). בנוגע לכלל פעילות חברת תה"ש מחקרים בע"מ צריך פרופ' רוטשטיין, כמנהל המרכז הרפואי המשולב שיבא, לקבל דיווחים מפרופ' נוי ומעצמו במסגרת תפקידו כמנכ"ל החברה. כל זאת ללא חובות דיווח למשרד.
לאחר שהתקבלה החלטת הממשלה משנת 2007 הוקם צוות בראשות המשנה ליועץ המשפטי לממשלה (כלכלי -פיסקאלי) לשעבר, עו"ד גב' דוידה לחמן-מסר. עד מרס 2008 קיים הצוות שתי פגישות. בפגישות הללו דנו חברי הצוות במודל הרצוי לתאגוד בתי החולים, אולם הם מסרו לנציגי משרד מבקר המדינה באפריל וביולי 2008 כי בדיונים עלו חילוקי דעות בין נציגי משרד הבריאות לנציגי משרד האוצר בדבר הזהות הרצויה של הבעלים של בתי החולים לאחר שיתואגדו: נציגי משרד האוצר היו בדעה שקופת חולים כלשהי היא שצריכה להחזיק בבתי החולים, ואילו נציגי משרד הבריאות התנגדו לכך ותמכו בהקמת חברה ממשלתית, כפי שהמליצו כאמור הוועדות שדנו בנושא. מאז לא קוימו דיונים נוספים בצוות. יצוין כי לא נמצאו שום מסמכים המתעדים את הנאמר בדיונים שקוימו. חוק ההסדרים לשנת 2009 מאוגוסט 2008 אינו כולל פרק בנוגע לתאגוד בתי החולים הכלליים.