משרד הבריאות . מערך החיסונים לילדים, מבוגרים וצוותים רפואיים לחיסוני המבוגרים לא קיימת תשתית מסודרת. מבוגר שרוצה לקבל את החיסונים שעליהם המליץ המשרד, צריך לפנות ביזמתו לקופה שבה הוא מבוטח או למרפאות החיסונים של לשכות הבריאות. יוצא שמגיל 2199 אין למעשה מערך חיסונים תומך במדינה, למעט עבור צוותים רפואיים במקומות עבודתם (ראו להלן). ילדים שאינם מחוסנים חשופים לסכנת הידבקות במחלות ועלולים להדביק בהן את חבריהם ואת בני משפחו תיהם, ואלה עלולים להדביק בהן אחרים - והדבר עלול לגרום לפריצתה של מגפה. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד הבריאות להמשיך לבחון את המחסומים הארגוניים המקשים את מתן החיסונים ולפעול להסרתם, על מנת להעלות את שיעור המחוסנים ככל שניתן. כדי להשיג מטרה זו על משרד הבריאות גם להגביר במידת האפשר את הגמישות בנוגע למתן החיסונים, ולהגביר את השקיפות על ידי מסירת מידע מלא ועדכני לציבור בעניין זה ולפעול בשיתוף פעולה עם ציבור המתחסנים, קופות החולים והאיגודים המקצועיים הרלוונטיים. נוסף על כך, יש מקום שמשרד הבריאות יבחן את האפשרות לשינוי תבנית הפעולה הקיימת באופן שיצמצם את ריכוזיות משרד הבריאות בכלל הפעולות הנעשות בתחום החיסונים ואף יבחן את שינוי הרכב הוועדה המייעצת, תוך מתן אפשרות לנציגים מקרב הציבור להיות שותפים, במידה זו אחרת, בהליכי קבלת ההחלטות, כדי שלא יהיה בה רוב לעובדי מערכת הבריאות הממשלתית; כל אלו יסייעו בהגברת אמון הציבור בנוגע לחיסונים ול העלאת שיעור ההיענות לחיסון הן ברגיעה והן בעתות חירום (כולל בהתפרצויות). בעקבות הערת משרד מבקר המדינה שינה המשרד את כוונתו, ובאוקטובר 2013 פרסם המשרדדף מידע להורים, שבו הובהר כי החיסון שמיועד להינתן לתלמידות של שני השנתונים בשנת הלימודים התשע"ד, אינו מגן מפני יבלות באיברי המין. עם זאת, משרד מבקר המדינה מעיר כי דף המידע לא פירט להורים מהן היבלות באיברי המין שמפניהן מגן החיסון גרדסיל, את השכיחות הגבוהה של המחלה, מה הסיכונים הכרוכים בה, אופן הקבלה של החיסון גרדסיל ועלות החיסון, ולפיכך לא היה להורים מידע מלא וזמין בעניין זה. משרד מבקר המדינה גם מציין כי תלמידת כיתה ח בשנת הלימודים התשע"ד המעוניינת לקבל את החיסון גרדסיל נאלצת לרכשו בבית מרקחת בתשלום מלא, ולא במחיר מוזל באמצעות תכניות השב"ן של קופות החולים93. משרד מבקר המדינה מעיר כי על פי חוק זכויות החולה, התשנ"ו- 1996 , היה על משרד הבריאות ליידע את הורי התלמידות בדבר תכונותיו של החיסון סרווריקס, בייחוד בהקשר לכך שאינו מספק הגנה מפני יבלות באיברי המין, וכן בדבר החלופה, כדי שההורים יחליטו אם לחסן את בנותיהם בחיסון שהמדינה מממנת או בחיסון שעליו המליצה ועדת הסל, המקנה גם הגנה מפני יבלות באיברי המין. מהאמור לעיל עולה שעקב פתיחת המשרד בהליכי הרכש של החיסון נגד נגיף הפפילומה עוד לפני שא ושר החיסון בוועדת הסל, ניתן לשני שנתונים של בנות חיסון שונה מהחיסון שעליו המליצה ועדת הסל, שאינו מגן מפני יבלות באיברי המין (מחלה שכיחה, מידבקת ולעיתים מסוכנת). על המשרד לקבוע מהו השילוב הנכון מבחינת לוחות זמנים ותהליכים בין פעילות ועדת הסל ובין פעילות הרכש של המשרד. עיריית תל אביב -יפו : עד ינואר 2014 חוסנו בעיריית תל אביב -יפו כשליש מעובדי הבריאות. להערכת העיריי ה, היא תסיים את חיסון כלל עובדי הבריאות בה במרץ 2014. עיריית ירושלים : בינואר 2014 טרם סיימה עיריית ירושלים את חיסוני העובדים. ועדת הסל מוסיפה לסל הבריאות טכנולוגיות חדשות, וחיסון חדש מוגדר טכנולוגיה כזאת. משרד מבקר המדינה מעיר, כי על מנת למנוע הישנות מקרים בהם המשרד מבצע מכרז לרכש חיסון עוד לפני שהתקבלה החלטה של ועדת הסל בנוגע לאותו חיסון, עליו לקבוע מהו השילוב הנכון מבחינת לוחות זמנים ותהליכים, בין פעילות ועדת הסל ובין פעילות הרכש של המשרד. לדעת משרד מבקר המדינה, על הגורמים הרלוונטיים במשרד הבריאות לבחון כיאות אם עובדים במערכת הבריאות שאינם מתחסנים נגד שפעת עלולים לסכן את מטופליהם ואת חבריהם לעבודה. אם יתברר שכך הוא - על המשרד למצוא את הדרכים להגביל את מתן הטיפול בידי עובדים אלה. בעת סיום הביקורת, ספטמבר 2013 , היו הנתונים שלהמשרד בדבר שיעור הילדים שחוסנו בתחנות טיפת החלב, מעודכנים לשנת 2010 ונגעו לילדים שנולדו בשנת 2008 . לפי נתונים אלה, נע שיעור הילדים שחוסנו בין %90 ל-%9746 . אף שמדובר בשיעור גבוה יחסית, נתונים אלה מלמדים שעשרות אלפים מהילדים בישראל לא חוסנו בחלק מהחיסונים או לא חוסנו כלל.
יצוין שבאוכלוסיות מסוימות שיעור הילדים שחוסנו הוא נמוך, ולכן חשופים ילדים אלה לסכנה גדולה יותר ללקות במחלות. לדוגמה, בכמה תחנות המשרתות את המגזר החרדי בירושלים שיעור הילדים שחוסנו נמוך ב - 15% לעומת השיעור הממוצע בכלל התחנות במערב העיר 47; גם בק רב האוכלוסייה הבדואית בנגב שיעור הילדים המחוסנים נמוך לעומת הממוצע הארצי. עוד יש לציין כי למשרד הבריאות אין מידע על שיעור הילדים שקיבלו את החיסון נגד פנוימוקוקוס, שנוסף לחיסוני השגרה בשנת 2009 , ואת החיסון נגד נגיף הרוטה, שנוסף לחיסוני השגרה בשנת 2010 .