משרד ראש הממשלה . תכנית ההתנתקות - תקצוב התכנית ואומדן עלותה מהאמור לעיל עולה כי שלא כעמדה שהציג אגף התקציבים בתשובתו, עוד לפני שאושרו חוק היישום וחוק התקציב היה ידוע לוועדת ההיגוי כי ייתכן שיהיה על הממשלה להיערך למתן סוגים שונים של פתרונות דיור למתיישבים. אף שבהחלטת הממשלה מיוני 2004 נקבע כי "ועדת ההיגוי תדווח לקבינטעל פעולותיה ותעלה בפניו נושאים הטעונים החלטת דרג מדיני", לא נעשו ולא הוצגו לממשלה ולכנסת הערכות ואומדנים כלשהם באשר להיקפי ההוצאה שיידרשו למימון פתרונות אלה (ראו להלן). .לדעת משרד מבקר המדינה על אף אי -הוודאות שהייתה באשר לצורך ולהיקף המדויק של הפתרונות שיידרשו, היה ראוי להציג למקבלי ההחלטות תמונת מצב מלאה יותר כדי שתשמש אותם בעת הליכי הכנת חוק היישום וחוק התקציב וחקיקתם. נמצא כי מיד לאחר אישור חוק התקציב נדרשה הממשלה לקבל החלטות רבות שהצריכו תוספות תקציב ניכרות למימון ההוצאות בעבור פתרונות דיור למתיישבים. לדעת משרד מבקר המדינה מן הראוי היה כי משרדי הממשלה המטפלים ביישום פתרונות הדיור יציגו לפני אגף התקציבים וועדת המנכ"לים במפורט את עלות הפרויקטים. הדבר נדרש כדי לאפשר לאגף התקציבים לרכז את מרב הנתונים על העלות הצפויה של כל פתרונות הדיור ולהציג את התמונה המלאה למקבלי ההחלטות. לדעת משרד מבקר המדינה היה על הוועדה ועל הממונה על התקציבים לפעול ביתר שאת כדי לקבל את המידע האמור וזאת כדי שיוכלו להציג לוועדת השרים את מלוא המשמעויות התקציביות של הצעות ההחלטה. מהנתונים עולה כיעל אף היות ה של תכנית ההתנתקות מהלך יזום מראש שנעשה בהובלתה ובשליטתה של הממשלה, ההיבט התקציבי לא תפס מקום חשוב לצורך בחינת חלופות והפעלת שיקולי יעילות וחיסכון. זאת למרות שמדובר בתכנית שהיקפה הכספי הכולל נאמד במיליארדי ש"ח. בשנת 2005 חלו תמורות רבות בתקצוב התכנית ולעתים קרובות קיבלו הממשלה וועדת השרים החלטות בלא שהוצגו בהן תמונת המצב התקציבית המלאה והמקורות למימון יישומן. לדעת משרד מבקר המדינה היה על הממשלה בבואה לתכנן ולאשר תוכניות לצורך ביצוע ההתנתקות להעמיד לנגד עיניה גם את ההיבט התקציבי כחלק חשוב ממערכת השיקולים. זא ת במטרה להבטיח ביצוע יעיל של התכנית, ניהול פיקוח ובקרה נאותים על ביצועה; וכדי לאפשר הפקת לקחים לקראת תכנון פרויקטים עתידיים, בסדר גודל לאומי. מתברר כי אומדן ההוצאה הכוללת על ביצוע תכנית ההתנתקות, שנעשה בתחילת התהליך, לא כלל את אומדני תוספת ההוצאה הצפויה שתידרש על פתרונות הביניים למתיישבים. לפיכך עד אמצע שנת 2005 אומדן ההוצאה הכוללת של משרד האוצר לא שיקף את האומדן האמיתי של התכנית והמשרד נאלץ לשנות את הערכותיו ואומדניו תכופות. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שתהליך קבלת ההחלטות התקיים בתנאי אי-וודאות והתבסס בין היתר על אומדנים והערכות, ראוי היה שאומדן מפורט ומהימן של כל ההוצאות הצפויות במסגרת תכנית ההתנתקות יוצג לפני מקבלי ההחלטות בזמן אמתי. . לדעת משרד מבקר המדינה מן הראוי היה כי משרד האוצר יכין את תקציב תכנית ההתנתקות באופן שיאפשר בקרה על הביצוע של מרכיבים ופרויקטים עיקריים; הדבר נדרש כדי להבטיח ניהול יעיל ומבוקר של הפרויקטים ולאפשר עדכון בזמן אמת של תכניות העבודה ושל התקציבים השנתיים והרב-שנתיים. בבדיקת הליך קבלת ההחלטות של ועדת השרים לענייני התנתקות בתחום תקצוב תכנית ההתנתקות הועלו הממצאים האלה: (א) הצעות החל טה רבות שהוגשו לוועדה עסקו בנושאים נקודתיים ופרטניים. זאת בשעה שבנושאים אחרים, מהותיים ומרכזיים, לא התקבלו החלטות. לדוגמה, לא התקבלה החלטה בדבר הכנת תכנית כוללת למתן פתרונות דיור לטווח הקצר ולא נקבעה מסגרת תקציב כוללת למימון פתרונות הדיור, ומסגרת תקציב רב-שנתית להמשך. מרבית החלטותיה של ועדת השרים התקבלו כפתרונות נקודתיים לבעיות שהתעוררו בהתאם להתקדמות המגעים וחתימת ההסכמים עם קבוצות של מתיישבים. (ב) ועדת השרים לא הציגה מקורות למימון פרויקטים שעלותם מחייבת תוספת תקציב ניכרת, למרות החלטת הממשלה מאפריל 2005 כי על הוועדה לקבוע את מקורות התקציב למימון יישומן של החלטות הממשלה, לפי המלצת מנכ"ל משרד רה "מ והממונה על התקציבים. (ג) בנושאים רבים, כגון בעניין פתרונות הדיור ביד בנימין ובניצן, קיבלה הוועדה החלטות המחייבות תוספות תקציב, בלא שקיבלה דיווח על קצב ההוצאה לשם יישום החלטות קודמות באותו עניין ועל אומדן העלות הדרוש להשלמת הפרויקטים. (ד) חלק מהצעות ההחלטה שהוצגו לפני מקבלי ההחלטות הובאו לידיעת חברי הוועדה רק במועד הדיון בלא שניתנה להם שהות מספקת לבחון אותן. מבקר המדינה קבע כי יש לדחות מכל וכל את הטענה לפיה אין הממשלה וועדות השרים בגדר גופים מבוקרים. ממשלת ישראל וועדות השרים הינן גופים מבוקרים כאורגן הבכיר של הרשות המבצעת, הנתונה כולה לביקורת מבקר המדינה, לפי חוק יסוד: מבקר המדינה ולפי החוק. אין טעם לביקורת הרשות המבצעת ללא ביקורת על הדרג הבכיר ביותר שבה. זאת ועוד - אין זיקה בין האחריות בפני הכנסת וביקורת המדינה ואין השניים מוציאים זה את זה.
מאחר שחלק מההוצאה המיועד למימון התכנית "נספג" בתקציבי המשרדים ולא דווח למשרד האוצר, המשרד לא יכול לעמוד על הסכום המדויק שהוציא כל משרד על יישום התכנית ועל הסכום המדויק של ההוצאה הכוללת כדי לדווח על כך לממשלה ולציבור. לפיכך סביר שאומדן העלות והביצוע הכוללים של התכנית מוטים כלפי מטה ואינם משקפים את העלות האמיתית שלה.