משרד ראש הממשלה . רכש מטוס ייעודי להטסת ראשי המדינה נמצא כי מעורבותה של חטיבה טכנולוגית בשב"כ החלה לאחר השלב המכרזי - בתחילת 2017 . מאחר שתחום זה הוא תחום חדש, מתפתח ומורכב, היה על משרד רה"ם, המל"ל והשב"כ לערב כבר מהשלבים המוקדמים בפרויקט את החטיבה, שכן כך ניתן היה למפות מוקדם יותר את הפערים שנוגעים לאיומי הסייבר, דבר שהיה מאפשר לגבש להם מענה מיטבי בשלבים מוקדמים. משרד מבקר המדינה ממליץ כי חטיבה טכנולוגית בשב"כ תשולב בפרויקטים ביטחוניים- לאומיים דוגמת המטוס הייעודי להטסת ראשי המדינה משלביהם הראשונים. זאת לצורך גיבוש הגנה מיטבית והצגת תמונת מצב עדכנית ונכונה בתחום ההגנה מפני איומי סייבר למקבלי ההחלטות, וכדי שניתן יהיה להיערך מבעוד מועד לטיפול בפערים בתחום זה. משרד מבקר המדינה מציין כי הוספת השינויים האמורים במסגרת הבלוק השני לאחר שסוכם בלוק השינויים הראשון אף שאת חלקם ניתן היה לשלב כבר במהלך גיבוש הבלוק הראשון, הביאה לחוסר יעילות, שהיה כרוך בין היתר בתכנון מחדש ובתהליכי משא ומתן, ולעיכוב נוסף בלוח הזמנים. קביעת הגוף שעליו תוטל האחריות הביטחונית לתהליך הביטחוני המסוים ואפיונו באופן שלם ויסודי הם שלבים מקדמיים נדרשים לצורך מימושו המלא. בביקורת עלה כי קביעתו של מלמ"ב כאחראי על כך למרות חוסר מומחיותו בנושא הביא ו לכך שהגופים הביטחוניים בפרויקט - השב"כ, אגף הביטחון במשרד רה"ם ומלמ"ב - לא פעלו לקביעת תהליך העבודה הנדרש להיבט הביטחוני האמור ולא אפיינו אותו לפני פרסום המכרז ואף לא במהלך השלב המכרזי. יצוין כי העברת האחריות לאגף הביטחון במשרד רה"ם בוצעה לאחר סיום השלב המכרזי. משרד מבקר המדינה מציין כי האפיון החסר של התהליך למימוש ההיבט הביטחוני המסוים בשלב המכרזי והגדרתו רק במהלך הפרויקט עלול היה לפגוע בעידוד תחרות בין החברות שהשתתפו בו בנוגע להיבטים ביטחוניים משמעותיים הנדרשים למטוס. נכון לינואר 2021 ,), בהתחשב בהערכות ובאומדנים המוזכרים לעיל (לפני משא ומתן מסתמן כי עלות הפרויקט תהיה גבוהה בכ-7.7 מיליון ש"ח מהתקציב שאישרה הממשלה (כ- 1.3% מגובה התקציב המאושר) וכן קיים פוטנציאל לעלות נוספת עקב תביעתה האמורה של תע"א. משרד מבקר המדינה מציין כי בפרויקטים לאומיים שעלותם מאות מיליוני ש"ח, ובייחוד בפרויקטים ראשוניים ומורכבים, על משרד רה"ם להקפיד על קיום עבודת מטה בשיתוף הגורמים המקצועיים הרלוונטיים לצורך קיומם של תהליכי קבלת החלטות סדורים ואפיון של דרישות הנותנות מענה לצרכים קיימים, תוך בחינת החלופות האפשריות. בפרויקטים שמובאים לאישור צוות שרים ובהם המל"ל אחראי לריכוז עבודת המטה, עליו לוודא כי מתבצעת עבודת מטה סדורה של תהליך קבלת החלטות כאמור לעיל. לקביעת הבעלות על המטוס והגורם שיטיס אותו יש משמעויות רבות בהיבטים ארגוניים, משפטיים ותקציביים. בביקורת עלה כי לפני המלצת המזכיר הצבאי לרה"ם במאי 2012 בנוגע להטסת המטוס על ידי חה"א ולפני הקביעה ב-RFI משנת2012 כיהמטוס יהיה בבעלות המדינה, יישא רישוי אזרחי ויוטס על ידי טייסי חה"א, משרד רה"ם לא ביצע בחינה של החלופות האפשריות, לרבות יתרונותיהן וחסרונותיהן, השפעותיהן ועלותן. יתר על כן, גם לאחר שרת"א והפרקליטות הצבאית העלו את המשמעויות הנובעות משילוב של בעלות מדינתית-אזרחית והפעלה צבאית כאמור, משרד רה"ם והמל"ל תיקפו את הקביעה שלפיה המטוס יהיה בבעלות המדינה והפעלתו תהיה צבאית, וזאת בלי שנמצא שבוצעה בחינה כאמור. משרד מבקר המדינה מציין כי לא נמצא שבמסגרת הדיונים והעבודות שבוצעו לאחר קביעת הבעלות וההפעלה של המטוס בוצעה בחינה של החלופות האפשריות להטסת המטוס ולבעלות עליו.
.כמתואר בתרשים 4 , צוות משהב"ט לא הציג לוועדת גולדברג את הערכת העלויות כולל מע"ם50 ואת עלות ההשקעה הראשונית הנדרשת אם המטוס יופעל על ידי חה"א (6.5 מיליון דולר) ולא הדגיש בפניה עובדות אלה. משכך, מבין הרכיבים המוצגים בתרשים לעיל, לא נכללו בדוח הוועדה השוני לעניין המע"ם והעובדה שהעלות על פי צוות משהב"ט ועל פי צוות משרד האוצר לא כללו את העלויות הנובעות מקליטת המטוס בחה"א; יצוין כי השוני בעניין עלויות של מערכת הגנה נכלל בדוח הוועדה. כמו כן, המל"ל, אשר השווה בין שתי העבודות - של צוות משרד האוצר ושל צוות משהב"ט - והציג לוועדה את ממצאי ההשוואה בין שתי העבודות, לא הדגיש בפני הוועדה כי הערכת העלויות על פי שני הצוותים לא הייתה על בסיס השוואתי בהיבט של המע"ם, ולא הבהיר לה אם מחיר היעד שקבע (50 מיליון דולר) כולל מע"ם או שאינו כולל מע"ם, ואם כולל את עלות ההשקעה הראשונית הנדרשת אם המטוס יופעל על ידי חה"א. יצוין כי אם מביאים בחשבון את הנתונים האמורים וכן עלויות של מערכת הגנה, העלות על פי צוות משרד האוצר אמורה הייתה להסתכם בכ-5951 מיליון דולר, והעלות על פי צוות משהב"ט אמורה הייתה להסתכם בכ-9852 .מיליון דולר