משרד הביטחון . אזורי תעשייה שבניהול ישראלי באזור יהודה והשומרון – היבטים באכיפת החוק משרד מבקר המדינה מעיר, כי על משהב"ט להקפיד על קיום הוראות חוק חובת המכרזים, וכי מימון פרויקטים וסיוע כספי יינתנו רק לאחר שהוצגו כל האישורים וההיתרים הנדרשים על פי החוק. העברת תקציב ממשלתי שייעודו עבודות תשתית, המבוצעות שלא על פי ההיתר הנדרש בחוק ולא לפי חוק חובת המכרזים, מהווה הפרה של העיקרון שלפיו על רשויות המדינה להימנע מלתמוך בפעילות שאינה חוקית. משרד מבקר המדינה מעיר, כי בהתנהלותו זו בנוגע למפעלים באזור התעשייה "מסילה" פסח המנהא"ז על שתי הסעיפים: מחד גיסא לא ניפק היתרי עיסוק למפעלים באזור התעשייה "מסילה", ומאידך גיסא התיר את המשך פעילותם ללא היתרי עיסוק, ואף העניק להם היתרים להעסקת עובדים פלסטיניים. עוד מעיר משרד מבקר המדינה, כי פעילותם של מפעלים ללא היתרי עיסוק פוגמת בי כולתו של המנהא"ז לקיים פיקוח ובקרה על המפעלים. על המנהא"ז לאכוף את הוראות הצו בדבר איסור על עיסוק, ולקבוע את הקריטריונים שעל פיהם יונפקו היתרי העיסוק. באוגוסט 2011 :, כארבע שנים לאחר פסיקת בג"ץ, נותר המצב בעינו מקצת מהוראות החקיקה הישראלית בנוגע לדיני עבודה חלות רק על יחסי העבודה בין מעסיקים ישראליים לבין מועסקים ישראליים ורק בתחומי ההתיישבות הישראלית באיו"ש, ואינן חלות על יחסי העבודה בין ישראלים לבין פלסטינים. יצוין, כי מחוץ לתחומי ההתיישבות הישראלית באיו"ש לא הוחלו הוראות החקיקה הישראלית בנוגע לדיני עבודה על מעסיק ישראלי באיו"ש, ביחס לכלל עובדיו, ישראלים ופלסטינים כאחד 21 . משרד מבקר המדינה מעיר, כי למרות פסיקת בג"ץ בעניין "קו לעובד", שבה נקבע, כי האבחנה הקיימת בין עובד ישראלי לעובד פלסטיני המועסק באיו"ש היא, בנסיבותיה, פסולה, עבודת המטה הבין -משרדית בנושא בחינת הצורך בתיקון תחיקת הביטחון בנוגע לדיני עבודה נמצאת רק בתחילתה. עוד מעיר משרד מבקר המדינה על התמשכות הכנתה של חוות הדעת בנושא הנדון אצל יועמ"ש איו"ש. לדעת משרד מבקר המדינה, מפאת חשיבות הנושא, רגישותו והמשמעויות המדיניות והכלכליות הנלוות לו ונוכח פסיקת בג"ץ, ראוי, כי מתאם פעולות הממשלה בשטחים, ראש המנהא"ז, משרד התמ"ת ויועמ"ש איו"ש, יפעלו בהקדם עם משרד המשפטים לבחינת הצורך בתיקון תחיקת הביטחון בנוגע לדיני העבודה באיו"ש, ויביאו להכרעת הדרג המדיני את דרכי הפעולה האפשריות ליישום השינויים. בביקורת עלה, כי המנהא"ז ומשרד התמ"ת לא הקפידו על עריכת ביקורות שוטפות במפעלים שבאזורי התעשייה שבניהול ישראלי באיו"ש, כדי לאכוף את חובת תשלום שכר המינימום על מעסיקים ישראליים באיו"ש. להלן הפרטים: משרד מבקר המדינה מעיר, כי בעקבות העברת האחריות לאכיפת חובת תשלום שכר מינימום באיו"ש לפי הצו בדבר העסקת עובדים באיו"ש מיחידת הסמך לאגף האכיפה, היה על קמ"ט תעסוקה לפעול לתיקונו של כתב המינוי של מפקחי העבודה מאפריל 2006 , כאמור, ולהתאי מו לשינויים שחלו. . בביקורת עלה, כי המנהא"ז לא פעל לאכיפת הוראות הצו על מפעלים הפועלים באזורי תעשייה שבניהול ישראלי הפועלים ללא היתרי עיסוק, ולא קבע את הקריטריונים להנפקתם. עוד עלה בביקורת, כי החל מינואר 2008 כל המפעלים באזור התעשייה "מסילה" פועלים ללא היתרי עיסוק מהמנהא"ז, ולמרות זאת הנפיק להם המנהא "ז היתרי תעסוקה להעסקת מאות עובדים פלסטיניים, בניגוד לצו בדבר איסור על עיסוק, האוסר על ישראלי להעסיק עובדים ללא היתרי עיסוק.
. בביקורת עלה, כי מאפריל 2006 ועד יוני 2010 קיימה יחידת הסמך במשרד התמ"ת ביקורות שוטפות בנושא תשלום שכר מינימום רק בארבעה מתוך כ-20 אזורי תעשייה באיו"ש: ברקן, אריאל-מערב, מישור אדומים ו"מסילה". יחידת הסמך וקמ"ט תעסוקה לא קבעו נוהל שהסדיר את חלוקת העבודה ביניהם ואת דרכי העבודה בכל הקשור לפעילות האכיפה באיו"ש, המשותפת למפקחי העבודה של יחידת הסמך ולקמ"ט תעסוקה, לרבות העברת מידע ביניהם. עוד עלה, כי יחידת הסמך וקמ"ט תעסוקה לא פעלו לקביעת מדיניות אכיפה משותפת ולקביעת סדרי עדיפויות לעניין פיקוח ואכיפה על הוראות הצו.