משרד החקלאות ופיתוח הכפר . תמיכות ומענקים לחקלאים מטרתו העיקרית של מסמך העקרונות הייתה צמצום מספר ההיתרים להעסקת עובדים זרים באמצעות עידוד החקלאים לרכישה של מכונות חקלאיות חוסכות כוח אדם ועידוד העסקת עובדים ישראלים. אף שעד מועד סיום הביקורת העבירו משרד האוצר ומשרד החקלאות יותר מ-100 מיליון ש"ח לחקלאים לטובת מטרות אלו- הם כשלו בהשגת יעדיו של מסמך העקרונות: המענקים ניתנו בעיקר לרכישת מכונות חקלאיות קיימות שספק רב אם יש בהם כדי להביא לחיסכון בכוח אדם, ובד בבד מצבת כוח האדם הזר בשנת 2011 לא זו בלבד שלא קוצצה אלא אף גדלה, ומספר העובדים הי שראלים גדל באופן זניח ובמידה פחותה בהרבה מהיעד. לנוכח הממצאים ובהתחשב בעובדה כי מימוש ההסכם טרם הסתיים והמדינה עתידה להעביר עוד מעל ל-100 ,מיליון ש"ח במסגרתו לחקלאים על משרד האוצר ומשרד החקלאות לבחון מחדש את ההסכם, את אופן יישומו ואת מידת התועלת שבו, תוך שימת דגש על המטרות העומדות בבסיסו ועל מדיניות הממשלה ועל החלטותיה בדבר הפחתת מכסת העובדים הזרים. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד האוצר ולמשרד החקלאות כי עניינו של הסכם המים היה העלאת תעריפי המים מחד ומתן תמיכה בביצוע השקעות לייעול מערכות המים מאידך. מתן פיצוי כספי בגין ייקור תעריפי המים לשנים 2005 -2006 אינו אלא "דלת מסתובבת" למתן כספים לחקלאים שממילא אינה מקדמת את מטרות ההסכם. . משרדמבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות כי דרך תפקודו הן מבחינת האופן שבו קבע את רשימת המכונות החקלאיות, הן מבחינת ההתחייבות למתן מענק לכל מי שהגיש בקשה שטרם אושרה והן בעצם ניצול תקציב 2011 כבר בשנת 2010 , הייתה לקויה, כפועל יוצא נתן המשרד מענקים לרכישת מכונות חדשות ששידרגו מכונות חקלאיות קיימות, בלי שקוצצה מכסת העובדים הזרים. מהאמור עולה כי לא זו בלבד שבענף החקלאות לא קוצץ כוח האדם הזר לשנת 2011 , אלא שהוא אף גדל, וכל זאת בשעה שהמדינה נתנה מענקים בסכום העולה על 100 מיליון ש"ח לשם חיסכון בכוח אדם. לפיכך נראה כי אין מתאם בין המטרה שלשמה ניתנו המענקים ובין הביצוע בפועל - שכן לא זו בלבד שלא פחתה מצבת כוח האדם הלא ישראלית אלא שזו אף גדלה. הביקורת העלתה כי בשנת 2010 אישר המשרד את העסקתם של 19 עובדים ישראלים בלבד; עד דצמבר 2011 , לאחר סיום הביקורת, הגישו 42 מעסיקים בקשות להעסקת161 עובדים ישראלים, אולם המשרד טרם דן בבקשותיהם וממילא הוא לא אישר אותם. כלומר הגם שהוקצו הכספים המתאימים לא הושג היעד שקבע המשרד, ומספר העובדים הישראלים לא גדל במידה מספקת. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות כי עליו לפעול ללא דיחוי ליישם את מסמך העקרונות ולבחון גם דרכים אחרות לעידוד העסקת עובדים ישראלים בענף החקלאות. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות כי החזר הכספים לחקלאים הוא בגדר תמיכה שאינה בבחינת "ההון העצמי" של החקלאים, ועל המענקים שהוא נותן לעמוד בקריטריונים הקבועים בחוק. נוסף על כך, משאסר החוק על תשלום כפל מענקים הוא אינו רשאי לעקוף איסור זה באמצעות הסכמים או הוראות פנימיות. נמצא כי אף שלא קוצצה מכסת העובדים הזרים משנת 2010 בהתאם למתווה שנקבע במסמך העקרונות, גם בשנת 2011 המשיכו משרד החקלאות ומשרד האוצר לתת מענקים בסכום כולל של 45 .מיליון ש"ח מסמך העקרונות, כמו החלטת הממשלה שאישרה את האמור בו, קשרו באופן ישיר וחד-ערכי בין קיצוץ מספר העובדים הזרים ובין מתן מענקים לחקלאים לשם רכישת מכונות חוסכות כוח אדם. לפיכך היה על משרד האוצר ומשרד החקלאות לעמוד על כך כי קשר זה יתקיים כלשונו, וכל עוד לא בוצע קיצוץ במכסת העובדים הזרים לא היה מקום שהמדינה תיתן מענקים כאמור. לוח הזמנים שקבע המשרד בראשונה להגשת הבקשות והתכניות לשיפוט לא היה סביר; הכנת תכניות כאל ה אורכת לפחות שבועות אחדים, ולא סביר שניתן להשלימה בפרק הזמן הקצר שקבע לכך המשרד. .מהנתונים עולה כי רובם המכריע של המענקים שנתן משרד החקלאות היו מענקים מינהליים ששיעורם היה למעלה מ -70% מכלל המענקים; מכאן שהמשרד יצר מסלול עיקרי למתן מענקים, שלא בהתאם להוראות החוק, ועקב כך המענקים על פי החוק על תנאיו והוראותיו הפכו למשניים. כאמור, מטרות החוק לעידוד השקעות הון בחקלאות הן, בין היתר, ניצול יעיל של תנאי הטבע, יכולת כלכלית, שימוש בידע הטכני ובניסיון המקצועי הגלומים במגזר החקלאי לתועלת משק המדינה. מכאן שצמצום בגורמי הייצור מקבל ביטוי במסגרת מטרות החוק, ועל כן היה ראוי לבדוק תחילה אם אפשר לתת מענקים על פי החוק, ואם ניתן מהבחינה המשפטית לפנות למסלול חלופי. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות ולמשרד האוצר כי אף שהם היו ערים לקושי המשפטי ולכך שספק אם הממשלה מוסמכת ליתן מענקים בדרך זו, הם המשיכו לנקוט בה בלא להסדיר את הסוגיה המשפטית.
הביקורת העלתה כי על פי תכנית הפיתוח שמפרסם משרד החקלאות מדי שנה בשנה, שיעור המענקים שנתן המשרד היה גדול מזה המוגבל בחוק, זאת בשל המענקים המינהליים שניתנו במסלול עוקף החוק שהוסיף על המענקים הקבועים בחוק: באזור פיתוח א' - תוספת בשיעור 5% מעלות ההשקעה, דהיינו מענק של 25% ', באזורי פיתוח ב - תוספת 10% - דהיינו מענק של20% - פי שניים מכפי שנקבע בחוק.