המועצה להשכלה גבוהה . תכניות לימודים מיוחדות באוניברסיטאות משרד מבקר המדינה העלה כי בניגוד להנחיות מל"ג, להוראותיה האמורות מנובמבר 2004 ולהוראות ההנהלה של האוניברסיטה, לא ביקשה האוניברסיטה את אישורה של מל"ג לפתיחת התכנית למהנדסים. משרד מבקר המדינה מעיר לאוניברסיטה כי עליה להתאים את נהליה בנושא זה לכללים שקבעה ות"ת. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי כי ות"ת תקבע בכלליה דרישה ולפיה האישורים שניתנים לחברי הסגל יוגבלו בזמן, וכי גם פרק הזמן שייקבע יותנה בכך שלא יחולו כל שינויים בתנאי ההעסקה שלהם (שעות הוראה, תפקידים נוספים). לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שהגדרת "העסקה נוספת" בנוהל העסקה נוספת באוניברסיטה מתייחסת ל"העסקה של חבר סגל - המועסק באוניברסיטה במשרה שלמה - בעבודה אקדמית נוספת, באוניברסיטה" (ההדגשה אינה במקור), הרי שהיה על האוניברסיטה להחיל נוהל זה על חברי סגל המלמדים בת כניות הלימודים החוץ - תקציביות, שכן הן מתבצעות באוניברסיטה, מיועדות לסטודנטים שנרשמו לאוניברסיטה ומופעלות על ידה. על פי נוהל זה היה על האוניברסיטה לדרוש מחברי הסגל לבקש אישור להעסקה זאת, לוודא שהעסקתם הנוספת בתכניות הלימודים החוץ -תקציביות אינה פוגעת בעבודתם הרגילה באוניברסיטה ולהקפיד על כך שישולם להם השכר המקובל במוסדות להשכלה גבוהה, ללא קשר למבנה התקציבי של התכנית. כמו כן, החלת הוראות שונות על חברי סגל אקדמי המלמדים בתכניות הלימודים החוץ -תקציביות, על פי הפקולטה שבה הם מועסקים, אינה סבירה, ועלולה אף ליצור אצל חברי הסגל האקדמי חוסר בהירות ביחס לצורך לבקש אישור על העסקתם הנוספת באוניברסיטה. . הביקורת העלתה כי מל"ג וות"ת לא פיקחו עלהאוניברסיטאות בעניין זה ולא נקטו צעדים כלשהם כדי לוודא שהם מבצעים את ההנחיה האמורה. עוד עלה כי על אף הנחיית מל"ג דלעיל, לא שינתה האוניברסיטה את תקנון הסנט שלה ולא התאימה אותו לדרישות הקבלה ללימודי תואר שני שקבעה מל"ג. בביקורת אף עלה כי ראשי תכניות הלימודים החוץ- תקציביות במחלקה למינהל עסקים באוניברסיטה פנו כמה פעמים לוועדה לתואר שני של האוניברסיטה בבקשה שתאשר קבלת מועמדים לתכניות אלה אף שהם חסרי תואר ראשון. נמצא כי הוועדה בדרך כלל אישרה את הבקשות בניגוד להנחיות מל"ג והתנתה את קבלת המועמדים האלה רק בלימוד של כמה קורסי השלמה. משרד מבקר המדינה מעיר לאוניברסיטה כי למל"ג סמכות על פי דין בתחומים האמורים וכי על האוניברסיטה לציית להנחיותיה, שהיו ידועות לה בלי קשר למתכונת שבה פורסמו. משרד מבקר המדינה מעיר גם למל"ג כי עליה לעשות כל הנחוץ כדי שהנחיותיה יפורסמו כהלכה ולא ניתן יהיה, ולו בדוחק, להטיל בהן ספק, וכן לבחון את אופן פעילותם של כל המוסדות להשכלה גבוהה, ובהם אוניברסיטת בר-אילן, ואת התאמת פעילותם להנחיות אלה. 2 . משרד מבקר המדינה מצא כי סף הקבלה שקבעה האוניברסיטה עבור מועמדים לכמה תכניות ייעודיות ותכניות חוץ -תקציביות היה נמוך מסף הקבלה שקבעה עבור מועמדים לתכניות הרגילות וזאת בלי לקבל לכך אישור ממל"ג ומוות"ת. להלן דוגמאות: . משרד מבקר המדינה העלה כי האוניברסיטה קבעה לתכניות מיוחדות ספי קבלה נמוכים מספי הקבלה לתכניות הלימודים הרגילות ואף נמוכים מספי הקבלה שקבעה מל"ג בנושא זה בלי שקיבלה אישור מראש ממל"ג לעשות זאת, כנדרש. לא נמצא שהדבר נעשה כדי לקדם אוכלוסיות חלשות מהבחינה הכלכלית-חברתית ולא נמצאה כל אסמכתה המצביעה על כך שבאוניברסיטה התקיים דיון יסודי בעניין זה. להלן הפרטים: משרד מבקר המדינה מעיר לאוניברסיטה כי כמוסד להשכלה גבוהה היא מחויבת לפעול על פי חוק זכויות הסטודנט ועל פי חוק מל"ג והכללים, ההוראות וההנחיות שנקבעו כדין על ידי מל"ג, והיא אינה יכולה להנהיג תנאי קבלה מיוחדים ללא אישורה של מל"ג. כמו כן, על הגורמים המוסמכים באוניברסיטה (הסנט ו/או הוועדה המרכזת) לבחון את תנאי הקבלה המקלים הנהוגים בתכניות המיוחדות ולבחון אם הם עולים בקנה אחד עם הוראות חוק זכויות הסטודנט, ומכל מקום יש לקבל את אישור מל"ג לכך.
נמצא כי לא נחתם בין האוניברסיטה לבין צה"ל או משרד הביטחון הסכם המעגן את חובותיהם וזכויותיהם ש ל כל אחד מהצדדים בהתקשרות להפעלת תכנית חוץ-תקציבית מסוימת ובכלל זה בדבר התמורה שתקבל האוניברסיטה בגין הפעלת התכנית והתנאים המפורטים לקבלת תמורה זאת. עוד נמצא כי בהיעדר הסכם מפורט כאמור התגלעו בשנת 2010 חילוקי דעות בין הצדדים בנוגע לדרישת האוניברסיטה לקבל מצה"ל או ממשרד הביטחון מיליון ש"ח המגיעים לה לטענתה בגין שנות הלימודים התשס"ח-התש"ע. במועד סיום הביקורת טרם יושבו חילוקי הדעות כאמור.