משרד האוצר . יישום החלטת הממשלה בנושא קציר המלח - אגף החשב הכללי הביקורת העלתה כי אף שמדובר בפרויקט נרחב ו מורכב של פיתוח תשתיות הכולל כמה שלבים וצפוי להימשך כמה שנים, לא נקבעו בהחלטת הממשלה מינואר 2012 או בתכנית המחייבת את מי"ה, שהייתה אמורה להיגזר מההחלטה, אבני דרך ולוחות זמנים להשגתן, מלבד מתן תוקף על ידי הממשלה לתכנית לביצוע הפרויקט (לרבות הקמת תחנת השאיבה של מי"ה) ותאריך היעד לכך. לדעת משרד מבקר המדינה, קביעת אבני דרך כאמור - כגון רכישה של ציוד חיוני לקציר (כגון דוברות ומחפרים) והכנסתו לפעולה והקמת מתקנים חיוניים לפרויקט (כגון מסוע) - הייתה מסייעת להעריך את מידת ההתקדמות ביישום הפרויקט ומאפשרת לבצע מעקב יעיל בענין זה. עוד הועלה כי התאריך האחרון למתן תוקף לתכנית לביצוע הפרויקט שנקבע בהחלטת הממשלה - 30.6.13 - לא היהמקובל על חל"י והוות"ל. בתשובתו למשרד מבקר המדינה מנובמבר 2015 טען החשכ"ל כי המועד האמור "הוסכם בדיון משותף עם גורמי המקצוע בוות"ל לרבות חברת חל"י ועל דעתם". ואולם מתשובתה של חל"י למשרד מבקר המדינה ומהמסמכים שמסרה עולה כי היא העריכה עוד בשנת 2011 ששלבי התכנון והאישור הסטטוטורי של קציר המלח יימשכו כשלוש שנים. גם הוות"ל מסרה למשרד מבקר המדינה כי המועד שנקבע אינו מעשי; לדברי הוות"ל, היא ביקשה לדחותו, אך בקשתה לא נענ תה. מכאן עולה שנציגי החשכ"ל, שהגישו לממשלה את הצעת ההחלטה בנושא קציר המלח וחתמו בשמה על ההסכם עם מי"ה, קבעו לוח זמנים שהיה קיים ספק רב אם ניתן לעמוד בו. יצוין כי בסוף דצמבר 2015 עדיין לא נתנה הממשלה תוקף לתכנית לביצוע הפרויקט, אף שעברו כשנתיים וחצי מהמועד שנקבע לכך (ראו להלן). לדעת משרד מבקר המדינה, הטענה כי היעד של הסכם הקציר הוא קיבוע גובה המפלס האמור בלבד אינה עולה בקנה אחד עם החלטת הממשלה מינואר 2012 . יעד ההסכם הוא כאמוריישום פתרון קבע לעליית המפלס, בשל הנזקים שעלייה כזאת עלולה לגרום. פתרון הקבע שעליו החליטה הממשלה ושנקבע בהסכם הקציר הוא קציר מלח מלא, כהגדרתו בנספח להחלטת הממשלה , ועמידה ביעד המפלס המבוקש לאורך שנים. השגת המפלס המבוקש בתאריך מסוים בלבד, באמצעות ביצוע קציר חלקי, או אפילו באמצעות הקטנת התפוקה של מי"ה לפרק זמן קצר, אינה יכולה אפוא להיחשב פתרון קבע לבעיה, ונקיטת דרכי פעולה כאלה תהיה למעשה חזרה לדפוס הפעולה הדחייני של מתן פתרון זמני לבעיה, שכאמור היה קיים יותר מ-40 ,שנהובג"ץ מתח עליו ביקורת בהחלטתו . הועלה כי הגורמים הממשלתיים שהיו מעורבים בגיבוש הסכם הקציר (החשכ "ל, אג"ת, משרד התיירות וחל"י) לא הקפידו על כך שייקבעו בו אבני דרך ולוחות זמנים לביצוען, וכי ההסכם שנחתם אינו מפורט יותר מהחלטת הממשלה ומנוסח באופן כמעט זהה לה. כמו כן, בהסכם נקבע כי אם לאחר 1.1.17 יעלה המפלס בבְּרֵכה בתקופה מסוימת על 15.1 + מ', לא תשלם המדינה למי"ה את החלק היחסי של ההוצאות השוטפות הקשורות לפרויקט בגין תקופה זו. ואולם למעט קביעה זו לא נכללו בהסכם סעיפים הקובעים כי ישולמו למדינה בין היתר ריבית פיגורים או קנסות במקרה של אי-ביצוע הפרויקט, אי-ביצוע שלבים בו או דחייתו, וכן פיצויים על נזקים שעלולים להיגרם כתוצאה מעיכוב בביצוע הפרויקט.
משרד מבקר המדינה מעיר לחשכ"ל כי הטלת האחריות להשגת מטרתו העיקרית של הפרויקט על מי"ה לא ייתרה את הצורך בקביעת אבני דרך, שהיו מאפשרות מעקב יעיל אחר התקדמות הפרויקט; הדברים אמורים בייחוד לגבי הפעולות שביצוען אינו תלוי באישור הוות"ל. לגבי הפעולות התלויות באישור הוות"ל, היה מקום לקבוע אבני דרך לביצוען בהתחשב במועד שבו יינתן אישור כאמור. כמו כן, מעיר משרד מבקר המדינה לחשכ"ל, לאג"ת, למשרד התיירות ולחל"י כי היה מקום לקבוע בהסכם הקציר מנגנון עיצומים של פיצויים מוסכמים ולא להסתמך רק על עיצום שניתן להטיל מכוח חוק התכנון והבנייה, שכן גם אם יוחלט להטיל עיצום כזה, לא יהיה בכך כדי לתת מענה בעוד מועד לדחיית הפרויקט או לביצוע חלקי שלו.