רשות המיסים בישראל . פעילות בית המכס בנמל התעופה בן גוריון למניעת הברחות בבדיקת משרד מבקר המדינה הועלה כי: (א) היס "ם פועלת ללא הכנה מודיעינית, ופעולותיה הן בעיקרן אקראיות (לגבי מצב יחידת המודיעין בנתב"ג, ראו בהמשך); משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המסים כי עליה להסדיר באופן מידי את משך הטיפול בבקשות למסירת מידע. כמו כן, מומלץ לשקול להקים צוותי חקירה משותפים לרשות המסים ולמשטרת ישראל, לשם הגברת השיתוף במידע. משרד מבקר המדינה מעיר, שבמרבית המקרים מחלקת החקירות של רשות המסים אינה מטפלת בעברות מס שמגלים עובדי היס "ם בנתב"ג, מכיוון שמדובר בעבירות שסכומי המס נמוכים (על פי נוהלי רשות המסים, יחידות החקירות מטפלות במקרי העלמות מס בסכומים גבוהים). נוסף על כך, ספק אם יהיה יעיל להפסיק באמצעיתו מהלך של חקירה ולהעבירו לגורם אחר. על כן יש חשיבות למציאת פתרון הולם לבעיית מקום ביצוע החקירות. נמצא כי יחידת המודיעין בבית המכס נתב"ג הזינה את מערכת המידע של מינהל המכס בתשעה פרטי ידיעות בלבד. זאת לעומת 25 עד45 הזנות שביצעו יחידות המודיעין בבתי המכס האחרים. לדעת משרד מבקר המדינה, על יחידת המודיעין בבית המכס נתב"ג לשפר ולייעל את עבודתה: עליה להשיג ולהפיץ מידע שיביא למיקוד הבודקים בעת ביצוע הבדיקות, וכן לבדוק אם נעשה במידע שימוש ובאיזה אופן, כדי שיהיה אפשר להפיק לקחים שיסייעו לייעל את תפקוד היחידה. על רשות המסים לתקן בדחיפות את הליקויים שצוינו לעיל. לשם כך עליה לרתום לעזרתה את הגורמים הנוגעים בדבר, ובכלל זה משטרת ישראל וחברת דואר ישראל. .בדיקת משרד מבקר המדינה בבית המכס נתב"ג העלתה כמה ליקויים בפעילותן של היס"ם ויחידת המודיעין בו. נוסף על כך הועלה כי לעתים תנאי העבודה של יחידת הבודקים בבית המכס אינם מאפשרים להם לבצע בדיקות כנדרש. יש על כן לשפר את מערכת הגילוי של הברחות טובין וסמים בבית המכס. על רשות המסים לבחון אם היעדים שנקבעו בהחלטת הממשלה בנוגע להקמת יחידה למניעת הברחות סמים הושגו במלואם. כמו כן, על רשות המסים לדאוג לתנאים מתאימים בבית המכס נתב"ג לביצוע חקירות; לשיפור ההכשרה של עובדיה; לקיצור משך הטיפול בבקשות המשטרה לקבלת מידע; ולשיפור ניכר של עבודת יחידת המודיעין בבית המכס. נוסף על אלה, משרד מבקר המדינה ממליץ לנקוט פעולות אכיפה נגד מי שהשתמשו בקטינים להברחות טובין בכמויות מסחריות, וכשנדרש גם נגד הקטינים עצמם - כדי למנוע תמריץ לשימוש בקטינים להברחות. לדעת משרד מבקר המדינה, כדי ליצור הרתעה יש לפעול בראש ובראשונה נגד מי שמנצל קטינים להברחות. בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי עד יוני 2012 נמסרו לחברי ועדת התפיסות של בית המכס נתב"ג פרטי האירועים שבהם היה עליהם לדון רק בעת התכנסותה של הוועדה. חברי הוועדה לא יכלו אפוא ללמוד את פרטי המקרים לעומקם ולהשוותם למקרים שאירעו בעבר - כדי לקבל החלטה מיטבית. דברים אלה אמורים בייחוד לגבי חבר הוועדה שהוא יועץ המשפטי ברשות המסים, מכיוון שעליו גם לבחון אם החקירה נעשתה כנדרש. בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי בית המכס נתב "ג אינו מוסר מידע על הברחות למס הכנסה, אף שהדבר יכול לתרום להרחבת רשימת הנישומים ולחייבם במס. זאת אף שבמקרים מסוימים היו היקפי ההברחות גבוהים, עד כדי פתיחה בחקירה. משרד מבקר המדינה מעיר כי על רשות המסים לבדוק בקפידה את התלונות לגבי היעלמם של טובין במקרים שלגביהם נטען כי לא הוחזרו לבעליהם. כמו כן, על רשות המסים לפעול למחשוב טופס התפיסה בנתב"ג, כדי לאפשר בקרה טובה יותר על עבודת הבודקים ועל התפיסות שנעשו. משרד מבקר המדינה מעיר כי על רשות המסים לפעול להימצאותם של כל האמצעים הנדרשים לביצוע בדיקות למניעת הברחות בטרקלין העסקים. משרד מבקר המדינה, שב ומעיר לרשות המסים להסדיר את פעילות היס"ם ובכלל זה גם היחידה בנתב"ג, כדי לתת מענה הולם להברחות הסמים, לאלתר.
הביקורת העלתה כי לעובדי היס "ם בבית המכס נתב "ג יש רק סמכות תשאול וחקירת חשודים, אך אין להם סמכות והכשרה לשמש חוקרים ולבצע חקירות מקיפות. למרות זאת עובדי היס"ם מבצעים לעתים חקירות רחבות היקף.