משרד החינוך . הוראת השואה והנחלת לקחיה במערכת החינוך 2. משרד מבקר המדינה העלה כי המשר ד נוהג להפנות תלמידים ומורים לפעילויות חינוכיות במכונים בלי בקרה על הפעילויות שעליהן הוא ממליץ. המשרד העביר למעשה חלק ניכר מהעיסוק בנושא מבתי הספר למכונים והפך אותם ל"סוכנויות משנה" שלו להוראת השואה מבלי שבדק אם הם מוכשרים וראויים לכך. אין חולק שיש להם תפקיד חשוב בהקניית ערכים לבאים בשעריהם ובהעשרתם, אך אין הם אמורים להיות תחליף ללימודים בכיתה אלא תוספת להם. בנסיבות אלה יגלגלו מורים שלא הוכשרו ללמד את נושא השואה את האחריות להוראתה לפתחי המכונים. במגזר הערבי בחלק מהשנים אפילו לא נכלל הנושא בבחינות. העובדה שתחום לימוד מסוים אינו מופיע בבחינת הבגרות משפיע על מידת ההשקעה של המורים ושל התלמידים כאחד באותו תחום לימוד. לכן אפשר להסיק שהנהלת המשרד מייחסת להוראת השואה במגזר הערבי חשיבות פחותה מהחשיבות שהיא מייחסת להוראת הנושא במגזר הממלכתי ובמגזר הממ"ד. על המשרד מוטלת החובה להביא לכך שנושא השואה ישתקף באופן קבוע בבחינות הבגרות. התעלמות מהוראת השואה במגזר הערבי מונעת למידה של הנושא, הכרת האחר ושיח ערכי בדיאלוג שבין האוכלוסייה הערבית החיה בישראל לבין האוכלוסייה היהודית. לדעת משרד מבקר המדינה, על מינהל חברה ונוער לבחון אם ניתן להרחיב את פעילותו לכל המגזרים. משרד מבקר המדינה העלה שהמשרד לא בדק את תכניות הלימוד של "יד ושם " ושל המכונים השונים. בין המשרד והמכונים לא מתקיימים שיח ומשוב בנוגע לחומרי הלימוד שמפיקים המכונים. אמנם, כפי שתואר לעיל, המשרד מנסה "לשווק" את חומרי הלמידה של המכונים, אולם ללא בקרה, תיאום והכוונה. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לבדוק את חומרי הלמידה שמפיקים המכונים ולסווגם, לבחון אילו מתאימים למורים ולתלמידים ולהפנותם לחומרים אלה. .בשנת 2006 הכין המפקח נתונים על פעילות המכונים - סמינרים, השתלמויות וימי עיון לתלמידים, למורים ולמדריכים - בשנה"ל התשס"ו ( 2005 -2006 ). תוצאות סיווג הפעילויות באותה שנה על פי סיכומי הדוחות שהגישו המכונים למינהל חברה ונוע ר, לעומת שעות התקן שקיבלו מן המשרד, מלמדות שלא תמיד נשמרים איזון והתאמה בין מספר שעות התקן שהקצה להם המשרד לבין מספר השעות שהם מקדישים לפעילות. לדוגמה, ב"בית לוחמי הגטאות" התקיימו בשנה"ל התשס"ו רק 11% משעות הפעילות של כל המכונים, אך המשרד הקציב לו 23% ממספר השעות שהקצה למכונים. ארבעה מכונים ("מורשת", "בית טרזין", "שם עולם" ו"אייבשיץ") אינם מקבלים כלל תמיכה אך שעות הפעילות שלהם היו כ-18% .משעות הפעילות של כל המכונים במצב הקיים חוזרי המנכ"ל אינם אפוא כלי מכוון ומסייע בהוראת השואה ובהנחלתה. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לפעול לקירוב מורים ותלמידים מהמגזר הערבי לערכות לימוד במכונים הנוגעים בדבר ולהגדיל את לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד להחיל על מורים להיסטוריה בכל המגזרים חובת השתלמות בנושא. . .למרות זאת המשרד לא בדק אם ההנחיות שבחוזרי המנכ"ל מתבצעות לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד להקפיד על ביצוע הנחייתו בעניין ביקור כל תלמיד ב"יד ושם ". הבדיקה העלתה שהמשרד לא בדק אם בתי הספר מיישמים את ההנחיות הללו ולא וידא שציון המועדים ילווה בתכנית שתטמיע את חשיבותם ואת הקשרם ההיסטורי. על המשרד לפרסם הוראות קבע לגבי התנהלות מערכת החינוך ביום הזיכרון לשואה ולגבורה בציון אירועים מיוחדים מתקופת השואה. .מספר בתי הספר שנוטלים חלק בפעילותם. על המשרד להנחות את המכונים הנזכרים להכין חומרים המתאימים למגזר הערבי. דבריו של מנהל האגף מלמדים על החשיבות בהכרת הנושא ובהפקת לקחים הומניסטיים כנגד גזענות, אפליה, שנאת האחר ודה -הומניזציה. על המשרד מוטלת הח ובה לשתף נציגים מהמגזר הערבי בדיונים ובוועדות העוסקות בנושא. עליו להתאים ולעדכן את תכניות הלימוד למגזר הערבי בהתאם לתפיסות עדכניות בנושא הוראת השואה.
עד מועד סיום הביקורת, אוקטובר 2009 , לא השלים המשרד את טיפולו בהתקשרות עם המכונים שנמשך יותר מחמש שנים. עליו ליישם לאלתר תבחינים שוויוניים לחלוקת התמיכה במכונים כדי לבטל את העיוות בתמיכה בהם.