משרד החקלאות ופיתוח הכפר . יחידת שירות ההדרכה והמקצוע במשרד החקלאות ופיתוח הכפר מהביקורת עולה כי אף ששה"ם מעסיק יותר ממאה עובדים לייצור ידע חקלאי ולהפצתו, ולמרות היקף הייעוץ וההדרכה שהוא מספק, אין בשה"ם נהלים תקפים המפרטים את העקרונות ושיטות הפעולה המסדירים את פעולותיהם בתחומים השונים, ובכלל זה מאפייני שירותי הייעוץ וההדרכה לחקלאים, היקף השירותים הללו ואופן סיפוקם, מאפייני השירות שניתנים ליחידות המשרד ותהליכי קבלת ההחלטות בשה"ם, כמפורט להלן: ההוראות הארגוניות והנהלים דרושים כדי להסדיר את עבודת שה"ם ולהנחיל למדריכים וליתר בעלי התפקידים בשה"ם ובמשרד החקלאות הנחיות לגבי פיתוח הידע החקלאי היישומי, אופן הקנייתו לחקלאים ויחסי הגומלין המיטביים בין שה"ם ליתר יחידות המשרד וגורמים נוספים. בנוסף, גיבוש הוראות ברורות יתרום לשקיפות ולהסדרה של הקצאת תשומות שה"ם בין החקלאים. לכן מוצע כי משרד החקלאות ושה"ם יקבעו נוהלי עבודה והנחיות מקצועיות ויקפידו על העמידה בהם כדי שהם יסייעו בביצוע המשימות של שה"ם ובהשגת יעדיו. ככלל שה"ם אינו אוסף נתונים על משתתפי הקורסים, הכנסים וימי העיון שמהם ניתן לדעת כמה הם חקלאים וכמה הם בעלי עניין אחרים, כגון עובדי חברות פרטיות בתחומי החקלאות. כמו כן, אין בידי שה"ם נתונים על מספר החקלאים שקיבלו הדרכה פרטנית (ראו להלן בפרק העוסק בפיקוח ובקרה על עבודת המדריכים). מהביקורת עולה כי אף ששה"ם מופקד על הדרכת החקלאים הפרוסים במרחקים גיאוגרפיים גדולים, ולמרות הזמינות של האמצעים הטכנולוגיים, לא יושמו שיטות לימוד דיגיטליות בהדרכת חקלאים. משרד מבקר המדינה ממליץ לשה"ם כי לאור יתרונות הלמידה הדיגיטלית בכלל, ויתרונות ההנגשה המקוונת של שירותי הייעוץ וההדרכה לחקלאים בפרט, ייבחן שילוב של הדרכה דיגיטלית בין שירותי ההדרכה השונים שהוא מציע. הדבר מקבל משנה תוקף לאור הפלטפורמה הדיגיטלית הממשלתית שהועמדה לאחרונה לרשות משרד החקלאות וזמינה עבורו ליישום שיטה זו. הביקורת העלתה כי במשך שנים ידע רב שנצבר מניסיון המדריכים לאורך שנות עבודתם בשה"ם לא תועד באופן מלא וסדור, ולא היה זמין לשימושם של מדריכים אחרים ושל חקלאים. , והגם שהקרן 2015 נמצא כי מאז ניתנה הנחיית שר החקלאות בפברואר הודיעה כי היא מחויבת לגיוס הכספים, משרד החקלאות לא חתם על הסכם עם הקרן ותהליך השיפוץ לא קודם. יצוין כי מאגר המידע הינו נכס לא-מוחשי בעל ערך כלכלי ומקצועי. בעלות של משרד החקלאות עליו תייתר את הצורך בהקמתו מחדש וניתן יהיה להסתפק בעדכונו בלבד, דבר שיוזיל את עלויות ההתקשרות העתידית שיעשה המשרד בתחום זה, ואף יאפשר למשרד לספק בעצמו מידע כאמור בתקופה שבין התקשרויות עם ספקים. למרות זאת, עד מועד סיום הביקורת טרם גיבש המשרד עמדה משפטית בעניין זכויותיו . 2019 על מאגר המידע שנבנה במימונו עד שנת ראוי כי משרד החקלאות יגבש בהקדם עמדה משפטית באשר לזכויותיו על המאגר ויפעל בהתאם להחלטה. עוד עליו לוודא שההסכם שייחתם עם ספק עתידי יסדיר באופן מפורש סוגיה זו. שינוי המבנה הארגוני וביטול תפקידי מנהלי התחומים והממ"רים מחייב את שה"ם לגבש תפיסת הפעלה עדכנית שתיתן מענה לצרכיו המקצועיים בעת יישום המבנה הארגוני החדש. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החקלאות שככל שימשיך להחזיק בשטחי המבנה וסביבתו, עליו לבצע תחזוקה ולנקוט פעולות שימנעו את הידרדרות מצבו. בחלוף יותר מעשור שבו היה מבנה ההדרכה מוזנח ולא מטופל, על משרד החקלאות, מינהל הדיור ורשות מקרקעי ישראל להשלים את הפעולות שיביאו להחזרתו לגורמים המוסמכים אשר יוכלו לעשות בו שימוש לקידום האינטרס הציבורי. עד להשלמת ההליך יש לטפל בכל המפגעים הקיימים כנדרש. בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי משרד החקלאות לא פרסם מכרז פומבי כנדרש לקבלת שירות של עיבוד שטחים חקלאיים ועריכת תצפיות שדה לצורכי מחקר. מכרז פומבי מאפשר למועמדים פוטנציאליים הזדמנות להגיש הצעותיהם טרם התקשרות עם חברה לקבלת שירותים. , רק 2018 עולה שמתוך המחקרים שבוצעו בשנת 1 מהנתונים בלוח כמחצית היו בתחום ייעודו של מו"פ שה"ם - השפעת השימוש במי קולחין באיכויות שונות על התוצרת החקלאית, וכמחציתם עסקו בעיקר בבחינת זנים חדשים ובהשבחת זנים קיימים. העמותה פועלת זה יותר מעשור לטובת פעילות חברתית וסיוע לדור המבוגרים של יוצאי אתיופיה בתוך שטחי המו"פ בהסכמתו, באישורו ובעידודו של משרד החקלאות. בנסיבות אלה מוצע כי משרד החקלאות יבחן אפשרות לשיתוף פעולה עם העמותה, שיעלה בקנה אחד עם מטרות הקצאת הקרקע לשימושו ולצרכיו כך שהפעילות תתבצע במסגרת הדין. כמו כן מומלץ כי המשרד יבחן אפשרות לקיום מיזמים חקלאיים חברתיים נוספים התואמים את מטרותיו.
על הסכמי ההתקשרות של משרד החקלאות עם ספקים נדרש לחתום הגורם המקצועי שהוסמך בשם המשרד להתחייבויות כגון אלה. נמצא כי ההסכמים האמורים נחתמו על ידי מנהלת המו"פ דאז, שלא נמנתה עם הגורמים המוסמכים לחתום עליהם, לבדה או בכלל, ולהתחייב בשם המשרד. מצב דברים זה עלול היה לערער את תוקפם המשפטי.