המשרד לשירותי דת . שירותי קבורה ליהודים ומצוקת הקבורה בגוש דן הביקורת העלתה כי השאלון לא התייחס לנושאים מרכזיים שבתנאי הרישיון ובפעילות נדרשת של ח"ק כגון נתונים על גביית כספים מהציבור ומכירת קברים לאנשים בעודם בחיים, חשבון ייעודי נפרד לפיתוח בתי עלמין, מספר הנקברים על ידי הח"ק ושכר בכירים. הח"ק אף לא נדרשו להגיש הצהרה על עמידתן בתנאי הרישיון. העברת מסמכים למשרד הייתה התנאי היחיד לחידוש הרישיון. לח"ק שהמציאו את המסמכים הוענק רישיון קבורה לתקופה של שישה חודשים ללא בדיקה עניינית וחשבונאית. הרישיון חודש בתום ששה חודשים לתקופה נוספת בהליך זהה. הנפקת הרישיונות נעשתה על ידי המחלקה לקבורה וללא מעורבות של יחידות מקצועיות נוספות במשרד. בהתאם להנחיית מנכ"ל הרשות הארצית לא הונפקו לחברות קבורה ביישובים כפריים (מושבים וקיבוצים) רישיונות ולא חודשו רישיונות שניתנו להן בעבר, ב גלל קביעתו ש"יש להנפיק רישיון קבורה אחד עבור כל מתחמי הקבורה" בתחום השיפוט של מועצות דתיות אזוריות ומועצות אזוריות. לא נוהלה באותה עת רשימה מסודרת של חברות לענייני קבורה בעלות רישיון תקף. מהשתלשלות העניינים המתוארת ומהתשובות לעיל מתברר שיש מחלוקת לגבי ייעוד הכספים שאמורה ח"ק ת"א לקבל מהמדינה עבור החזרת הקרקע ברמא"ג. עמדת ח"ק ת"א ופורום ח"ק היא שמצוקת הקבורה ויישום הקבורה הרוויה אינן נחלת ח"ק ת"א לבדה, ולכן יש לנתק את הסדרת העניינים הכספיים הכרוכים בקרקעות רמא"ג מן הדיון. לעומת זאת, עמדת ממ"י היא שהסכומי ם שהוצעו לח"ק עבור השטח מעניקים לה פתרון מימוני להתחלת בניית מבנים לקבורה רוויה בבית העלמין ירקון. לדעת משרד מבקר המדינה, על הגורמים הנוגעים בדבר לפתור בהקדם את המחלוקת. המשרד לא הכין תכנית רב -שנתית להשתתפותו בתקציבי הפיתוח של בתי העלמין היהודיים, אלא תכניות שנתיות: .רק בינואר 2006 העביר המשרד לח"ק התחייבויות למימון עבודות פיתוח בבתי העלמין, דבר שגרם לניצול הנמוך של התקציב; בפועל אף אישר המשרד לח"ק לממש את ההתחייבויות התקציביות עד 31.12.07. למרות הקביעה במכתבו של מנכ"ל הרשות הארצית כי חלוקת תקציב הפיתוח תהיה כפופה לתעריפים הקבועים במ אגר המשולב, עבד נציג המחלקה לקבורה על פי מחירון שהוא הכין. נמצאו אי-התאמות בין אומדני עלויות הפיתוח שהוא קבע לאומדני עלויות על פי המאגר המשולב המעודכן לשנת 2005. אי-ההתאמות מתאפיינות בתמחור שונה לסעיפים קיימים במאגר המשולב, ובתמחור המשרד לסעיפים נוספים שאי נם קיימים במאגר המשולב. מן האמור לעיל עולה, כי רק בפברואר 2007 - כשלוש שנים לאחר הקמתו - ריכז הצוות הבין-משרדי את המלצותיו ומסקנותיו לגבי חלופות שונות למנגנון מימוני, תפעולי וארגוני לבית העלמין. רק במאי 2008 - כארבע שנים לאחר הקמתו - סיכמו הצוות הבין -משרדי ומשרד האוצר להביא הצעת החלטה בעניין לאישור ועדת השרים. לא נמצא כי המודל הכלכלי- תפעולי שהוסכם עליו הוצג בפני ועדת השרים. רק באוגוסט 2008 הסתיימה הכנת המכרזים לפיתוח של תשתיות-העל, וטרם אושרו לעבודות אלו כל היתרי הבנייה. במועד סיום הביקורת, ספטמבר 2008 ., טרם החלו עבודות הפיתוח להקמת בית העלמין לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לשקול לכלול כתנאי לתקצוב פיתוח בתי עלמין במועצות הדתיות וברשויות המקומיות את המעבר לשיטות קבורה רוויה בגלל מצוקת שטחי קבורה במקומות שונים ברחבי המדינה. החלת תנאים מסוג זה במסגרת השיקולים לחלוקת תקציב הפיתוח הייתה מאפשרת למשרד להשפיע באופן ישיר על פיתוח בתי העלמין בידי חברות הקבורה במועצות הדתיות וברשויות המקומיות.
ההתקשרות עם היועץ ההנדסי נעשתה רק לאחר שעברו כשבעה חודשים ממועד מתן ההתחייבויות התקציביות מול ח"ק. התברר כי היועץ ההנדסי היה מעורב בבדיקת ביצוע עבודות הפיתוח רק ב-23 מ-97 בתי העלמין (24% ) שנוהלו בידי ח"ק שתוקצבו במסגרת תקציב פיתוח בתי עלמין לשנת 2005 . נוסף על כך, התשלומים ששלמו למרבית חברות הקבורה בסיום עבודות הפיתוח בבתי העלמין, הועברו ללא בדיקה של יועץ הנדסי מוסמך.