הרשות הממשלתית למים ולביוב . הקמה וחיבור של מתקנים להתפלת מי ים מקורות משלמת לחפ"ק עבור חכירת שטח המאגר ממנה פי 7.7 (במונחים דולריים) מהשמאות שהוכנה עבורה. מקורות לא הביאה בחשבון את עלויות פינוי הפסולת משטח המאגר קודם שביצעה את ההתקשרות ולצורך השוואה בין חלופות של אתרים למיקום המאגר. משרד מבקר המדינה מעיר כי לנוכח פער כה גדול בין שתי הערכות השמאים מן הראוי לקבל את חוות הדעת של השמאי הממשלתי. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי השטח הדרוש למאגר היה כ-70 דונם, אך מקורות חכרה שטח של 103 דונם, ולכן תשלם 1.9 מיליון דולר יותר במצטבר ב-25 .שנים עבור השטח הנוסף שהוגדר לטיפול נופי משרד מבקר המדינה מעיר כי מאחר שאומדן העלויות של הפרויקט הוצמד לפי הסכם העלויות משנת 2007 למדד הפיתוח, הפרשי ההצמדה בין עליית מדד הפיתוח שעלה בכ-30% לבין עליית המחירים של כמחצית מהתשומות לפי המדד לצרכן שעלה בכ -8% .הותירו למקורות עודפים לפיכך מן הראוי שרשות המים תבחן מחדש את שיטת חישוב העלויות כך שישקפו באופן מדויק יותר את הוצאותיה של מקורות. אופן קביעת מחיר המים המותפלים במתקן באשדוד בידי ועדת המכרזים בסוף שנת 2009 , אחרי שמקורות ייזום כבר סיימה את הליך המכרז לבחירת קבלן להקמת המתקן, הביא למחלוקת ממושכת בין ועדת המכרזים לבין מקורות ייזום על מחיר המים. אי-ההסכמה על מחיר המים עיכבה במשך שנה ושמונה חודשים נוספים את יישום החלטת הממשלה להקים את המתקן. רשות המים ומשרד התשתיות, שהם הגופים המקצועיים בתחום משק המים, קבעו כי שורר מצב חירום במשק המים וכי הדרך המהירה ביותר לקבל כמות מים מותפלים נוספים היא באמצעות הקמת מתקן התפלה באשדוד על ידי מקורות ייזום. רק בפברואר 2011 לאחר שמקורות ייזום הורידה כמה פעמים את מחיר המים שיופקו מהמתקן באשדוד, החל להסתמן פתרון המגשר על הפער בין ועדת המכרזים לבין מקורות ייזום. רק באוגוסט 2011 אישרה ועדת המכרזים את ההסכם להקמת המתקן בין הממשלה לבין מקורות ייזום. משרד מבקר המדינה סבור כי משרד האוצר, משרד התשתיות ורשות המים לא עשו די כדי להוציא מן הכוח אל הפועל את החלטות הממשלה וכדי להבטיח שתותפל כמות המים שנקבעה להתמודדות עם המחסור במים בהקדם האפשרי. בהקדם האפשרי. אי-הקמת המתקן באשדוד במשך כעשר שנים מלמדים על עומק בעיית משילות של הממשלה הפוגעת באינטרס הציבורי. משרד מבקר המדינה מעיר כי ועדת המכרזים ויתרה לכל היזמים על השתתפות המדינה בחסכון בעתיד של היזמים בעקבות שינוי רכיב האנרגיה במחירי המים המותפלים בהליך ההרחבות וכן אפשרה ליזמים הגנה מפני הריבית המשתנה למשך חמש שנים. ויתור זה נכלל גם במתקן ההתפלה בחדרה אף שהוועדה כאמור לא השיגה עבור כמות המים הנוספת מחיר במתקן זה נמוך יותר ממחיר המים המקורי. הביקורת הנוכחית העלתה כי מבין ארבעת המתקנים הקטנים שתכננו להקים בשיטת BOO, בתפוקה שנתית של 30 מלמ"ק כל אחד, הוקם בשנת 2007 מתקן אחד בלבד בתפוקה של30 .מלמ"ק בפלמחים . ,ההסכם שחתמה הממשלה להקמת מתקן ההתפלה בשומרת בוטל כאמור, בינואר 2007 . למרות זאת עד שנת 2009 לא קידמה רשות המים את התכנית להקמת המתקן בגליל המערבי. במועד סיום הביקורת נבדקו עדיין חלופות למיקומו ומועד הפעלתו נדחה משנת 2013 לשנת 2015.
המחיר שקבעה ועדת המכרזים לכמות המים המותפלים הנוספת שתתקבל מהרחבת המתקן בחדרה, שהיה באותה עת בשלבי הקמה, היה כמעט זהה למחיר המים 27 .שנקבע במכרז המקורי להקמת אותו מתקן הוועדה לא השיגה עבור כמות המים הנוספת מחיר נמוך יותר ממחיר המים במתקן המקורי, כמו שקבעה במתקנים באשקלון ובפלמחים. כמו כן חישבה ועדת המכרזים את מחיר המים שיותפלו במתקן אשדוד, בין היתר, בהתחשב בהבדל בין גודל המתקנים, 150 מלמ"ק בשורק לעומת 100 מלמ"ק באשדוד. משמעותו של ההבדל היא כאמור שעלות הייצור נמוכה יותר ככל שתפוקת המתקן גדולה יותר.