המשרד לשירותי דת . הפיקוח על כשרות המזון משרד מבקר המדינה העיר לרב שלוש כי עליו לדרוש מבתי העסק מקבלי תעודת ההכשר להפסיק את מתן התרומות לעמותה שהוא עומד בראשה בכדי לא להיקלע לניגוד עניינים. מובן שאין מניעה שבתי עסק אלה ימשיכו לתרום למוסדות תורה אחרים שאין לרב שלוש זיקה כלפיהם. לחילופין, על הרב שלוש לוותר על תפקידו כיו"ר העמותה. בעקבות הערות הביקורת הודיע הרב שלוש כי הוא התפטר מתפקידו כיו"ר וחבר בעמותה. משרד מבקר המדינה בדק את הבקרה של מחלקת הנהלת החשבונות על פנקסי הקבלות שנמסרו למזכירי המחלקות והתברר כי היא לא קיימה כמעט בקרה על כך אף שהם האסמכתה לתשלום האגרות. לדעת משרד מבקר המדינה, שיטת הרישום של פנקסי הקבלות ארכאית, והמצב שבו מזכירי המחלקות מקבלים לידיהם את התשלום, מפקידים את הכסף ומקיימים בעצמם את הבקרה אינו תקין. .(א) משרד מבקר המדינה העלה, כי בשתי מחלקות הכשרות בירושלים חסרים מסמכים רבים מהשנים 2003 -2007 . לעומת זאת, ברה"ר ובפרקליטות מחוז ירושלים אותרו העתקי מסמכים הנוגעים לענייני הכשרות במועצה הדתית בירושלים, ואלו היו אמורים להימצא בתיקים ובמחשבים של המועצה הדתית, אך הם לא היו שם. העדרם של מסמכים רבים במחלקות הכשרות בחיפה ובירושלים מעורר חשש כי המסמכים הוצאו שלא כדין מהתיקים. לדעת משרד מבקר המדינה, חובתן של המועצות הדתיות לשמור על חומר ארכיוני, כפי שנקבע בחוק, ולפעול להשבתם של מסמכים שנלקחו. . במקרה זה היה על המועצה הדתית לתקן את הטעות מיד לאחר שנודעה ולהחליף את תעודות ההכשר או לחילופין לפרסם הבהרה על כך לבתי העסק כדי שלא להטעות את קהל צרכני המוצרים הכשרים שהיה עלול לחשוב כי החל מ- 15.6.07 ועד להחלפת התעודות לא הייתה להם תעודת הכשר בתוקף. 2. הביקורת בחיפה העלתה, כי במקרים רבים תעודות הכשר לא הופצו לבתי ה עסק במועדים האמורים, וכתוצאה מכך הם פעלו ללא תעודות תקפות, אף ששילמו את האגרה והעסיקו משגיח כשרות. משרד מבקר המדינה בדק בחודשים מאי -יוני 2007 בדיקה מדגמית תעודות הכשר שהיו בתוקף במחצית השנייה של שנת התשס"ז (אפריל - ספטמבר 2007 ) ב-57 בתי עסק בחיפה (ביניהם מפעלים, בתי מלון, בתי אוכל קטנים, אולמות אירועים, מאפיות ואטליזים). לשישה בתי עסק לא הייתה תעודת הכשר תקפה למעלה מחודש לאחר תחילת המחצית השנייה של השנה. מדובר בבתי עסק ששילמו אגרת כשרות שנתית ואף המשיכו לשלם את שכר המשגיח. נו סף על כך, נמצא כי כשבוע לאחר תחילת תוקף תעודות המחצית השנייה טרם חולקו כ-150 תעודות מבין כ- 350. לדעת משרד מבקר המדינה על הרה"ר לפעול לפתרון הבעיה המתוארת כך שמחד גיסא, מפעלים מחוץ לירושלים יוכלו לשווק את תוצרתם גם בירושלים, ומאידך גיסא, מוצריהם יהיו ברמת כשרות שמתאימה לדרישות הכשרות המקובלות על הרה"ר. 2. בביקורת במועצה הדתית חיפה נמצא, כי כמה מפעלים או בתי עסק מחוץ לתחומי העיר קיבלו תעודות הכשר מהמועצה הדתית חיפה או מרב העיר, הרב שלוש, במקום מהמועצה הדתית שבתחומה הם פועלים. להלן הפירוט. כאמור, חוק הרה"ר אינו מכפיף אליה את הרבנים המקומיים. כתוצאה מכך יש רבנים שלא פועלים על פי הוראותיה. התברר כי בשל העובדה ששֹוררים הבדלים בין הרבנים המקומיים בדרישות הכשרות, יש רבנים שאינם סומכים על תעודת הכשר של רבנות מקומית אחרת.
מהטבלה עולה שבשנת 2005 התרומות של בתי העסק היו 58 אחוזים מסכום התרומות הכולל שמעל 1,000 ש"ח; בשנת 2006 - 31 ,אחוזים ובשנת 2007 - 34 .אחוזים. שיעורים אלה בולטים הסכומים הגדולים ביותר ניתנו מבית עסק א' שבעליו אינו מזוהה עם המגזר הדתי. מתעורר איפה החשש שיש קשר בין מתן התרומות לבין תעודת ההכשר. יש טעם לפגם בכך שהרב שלוש חתם על תעודות הכשר לבתי העסק שתרמו לעמותה שהוא היה היו"ר שלה סכומים ניכרים. מן האמור לעיל עולה חשש חמור לניגוד עניינים. במהלך מתן תעודות הכשר מוצבות, נוסף על דרישות הלכתי ות "טהורות", גם דרישות שנובעות מנהלים כמו מספר המשגיחים ושעות עבודתם, שלהן משמעויות כלכליות לבתי העסק שמשלמים את שכר המשגיח. קיים חשש שבית עסק התורם לעמותה סכומים ניכרים מצפה שיָקֵלו בדרישות ממנו לעומת הדרישות מבתי עסק שאינם תורמים לעמותה, ותיווצר תחושה כי בתי העסק תורמים לעמותה בגלל תפקידו של הרב במתן תעודות ההכשר והשפעתו על כך.