נתיבי הגז הטבעי לישראל בע_מ . התקשרות להקמת המקטע הצפוני - חברת נתיבי הגז הטבעי לישראל בע_מ לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח השוני הרב בין עלות העבודות בשלב ג' ובין עלותן בשלבים הקודמים היה על חברי ועדת המכרזים, שהם כאמור חברי ההנהלה הבכירה של החברה, לדרוש כי לקראת דיוני הוועדה באוגוסט ובאוקטובר 2007 יקבלו לידיהם מסמך שיכלול הצעות חלופיות לביצוע העבודות וכן ניתוח מפורט של השינויים בתנאי השוק ובמרכיבי העלות, ניתוח מפורט של העלות הכספית הכרוכה בניהול מכרז חדש לעומת העלות של מימוש האופציה וכן מידע בנוגע להשלכות שיהיו לבחירה בקיום מכרז חדש על לוחות הזמנים לביצוע העבודה לעומת הבחירה במימוש האופציה. מסמך כזה אמור היה לשמש לוועדת המכרזים ולדירקטוריון בסיס להחלטתם בדבר הגורם שיבצע את עבודת ההקמה בשלב ג'15 . .קודמים, וכ-11.7 מיליון ש"ח שנבעו מהשינוי בשיטת ההצמדה בהשוואה לשלב ב'. אולם מנכ"ל החברה דאז וסמנכ"ל ההקמה דאז לא הציגו לפני מקבלי ההחלטות - לא בישיבת ועדת המכרזים באוקטובר 2007 , לא בישיבת הדירקטוריון בנובמבר אותה שנה ואף לא במסמך ההסבר מינואר 2008 - את ההיקף הכספי בסך18.7 מיליון ש"ח של התוספות והשינויים שנדרשו בשלב ג' ולא נדרשו בשלבים הקודמים. בדרך הצגת הנתונים האמורה לא היה בידי ועדת המכרזים והדירקטוריון מידע באשר למלוא ההיקף הכספי של העבודות שנוספו לשלב ג', כנדרש על פי סדרי מינהל תקין. ,לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח פרק הזמן שעבר ממועד פרסום המכרז פברואר 2005 , עד למועד ההחלטה של ועדת המכרזים על ניהול משא ומתן עם השותפות למימוש האופציה, אוגוסט 2007 , היה על החברה לבחון את האפשרות של ביצוע הליך עדכני של קבלת הצעות. משרד מבקר המדינה מעיר כי לא נמסרו מסמכים התומכים בטענתו של המנכ"ל דאז, או המצביע ים על כך שגורמי המקצוע בחברה השוו בין האפשרויות השונות ובחנו את השלכותיהן. הביקורת העלתה שמ -180 מיליון ש"ח, שהם העלות הכוללת של ההתקשרות לביצוע שלב ג', כ -57 מיליון ש"ח - שהם כ -32% מכלל ההתקשרות - נבעו מתוספות ומשינויים שלא נדרשו בשלבים הקודמי ם. סכום זה כלל כ-27 מיליון ש"ח שנדרשו לתוספות שנבעו מאופי העבודות בצפון, כ-18.7 מיליון ש"ח- עבודות שנדרשו בשלב ג' ולא נדרשו בשלבים 6. בתקנות חובת המכרזים, התשנ"ג - 1993 , נקבע בסעיף 3(27 ) כי הכלולה בחוזה שנכרת ]אופציה[ "התקשרות למימוש זכות ברירה בעקבות מכרז" אינה טעונה מכרז. בתקנות לא נקבעו אמות המידה שעל ועדת מכרזים לשקול בבואה לאשר או שלא לאשר מימוש אופציה. לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד האוצר והמשפטים לשקול לפעול לתיקון תקנות חובת המכרזים באופן שימנע הישנות המקרה דנן. בחברה אין מסמכים כגון הצעות מחיר של השותפות וסיכומי דיונים המתעדים את הליכי ניהול המשא ומתן האמור. לדעת משרד מבקר המדינה על החברה להקפיד שהליכי ניהול המשא ומתן יתועדו במלואם, זאת כדי שההליך יהיה שקוף וכדי שלִרְשות מקבלי ההחלטות בחברה יעמוד מלוא המידע הדרוש, הן לצורך קבלת החלטות והן לצורך פיקוח ובקרה. יוצא אפוא כי בשל השינויים בשיטת ההצמדה בשלב ג' נדרשה החברה להוסיף לתוספת למחירי הבסיס של שלב זה, בהשוואה לתוספת העלות למחירי הבסיס של שלב ב', עוד תוספת עלות - של כ-11.7 .מיליון ש"ח משרד מבקר המדינה מעיר לחברה כי גם אם לדעתה הייתה סבירות עסקית וכלכלית בקביעת מנגנון הצמדות רלוונטי יותר, היה עליה לקראת קבלת ההחלטה על מימוש האופציה לבדוק גם את השפעת שינוי מנגנון ההצמדה על ההיקף הכספי של הפרויקט מול מחירי השוק העדכניים של העבודות הכלולות בפרויקט.
לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח היקפה הכספי של העבודה האמורה, נוכח עצם זה שהיא לא נכללה בשלבים הקודמים ובשל היותה בעלת מאפיינים שונים ונפרדת מהעבודות האחרות של הנחת הצנרת, היה על החברה לקיים מכרז או לבקש מכמה קבלנים הצעות מחיר חלופיות לביצועה ולהציגן בוועדת המכרזים. החברה הודיעה למשרד מבקר המדינה כי היא מקבלת את הערתו "שהיה צריך לקבל הצעות חלופיות מסודרות ולהציגן בועדת המכרזים".