משרד הבריאות . סוגיות בתקציב מערכת הבריאות_ סמנכ"ל כספים במרכזים הרפואיים הכלליים -ממשלתיים : הועלה כי ברוב המרכזים הרפואיים הכלליים-ממשלתיים לא מונה סמנכ"ל כספים האחראי לכלל הפעילות הכספית במרכז הרפואי. בבית החולים יש גזבר הכפוף למנהל האדמ יניסטרטיבי, והוא אינו חבר הנהלה; בתאגיד הבריאות יש מנהל כספים, בדרך כלל בדרגת סמנכ"ל. בכך אין ראייה כוללת של המרכז הרפואי. האוצר בשיתוף עם משרדי הממשלה כאשר אחד הגורמים גורם לעי כוב בטיפול בפנייה. בביקורת נמצא כי כאשר הכנסת מאשרת את התקציב השנתי, משרדי הבריאות והאוצר לא מצרפים להצעת התקציב מידע הנוגע לכל ההתחייבויות והתוספות שאושרו בשנים שעברו, בתקציבים חד פעמיים, ושהן עדיין תקפות. מדובר בנוהג אופייני לכלל תקציב המדינה ולא רק למערכת הבריאות. בביקורת הנוכחית עלה שבשנת 2011 העביר משרד האוצר לוועדת הכספים את פניית סוף השנה של משרד הבריאות רק ב- 26.12.11 ובשנת 2012 - ב- 25.12.12 . הפנייה שנעשתה בסוף שנת 2011 והפנייה שנעשתה בסוף שנת 2012 כוללות שינויים ב-94 וב-53 .תכניות בהתאמה, שחלקן מסתכם בעשרות מיליוני שקלים בביקורת עלה עוד כי משרד הבריאות ומשרד האוצר מעכבים את הגשת הבקשות לשינויי תקציבי עד למחצית השנייה של השנה, גם כשהצורך בשינויים אלה היה ידוע זמן רב קודם לכן. בשנת 2011 , למשל, הגיש אגף התקציבים במשרד האוצר לוועדת הכספים פנייה אחת בלבד לאישור שינויים בתקציב בתי החולים. הפנייה הוגשה ימים ספורים לפני תום השנה, ב- 26.12.11 , וועדת הכספים אישרה אותה למחרת היום. בשנת 2012 אישרה ועדת הכספים שלוש פניות לשינויים בתקציב בתי החולים. את הפנייה הראשונה הגיש אג"ת במשרד האוצ ר רק ביולי 2012 ,אף שבתי החולים אינם פועלים לכל אורך השנה לפי התקציב שאושר להם בספר התקציב (ראו להלן בפרק "תקציב בתי החולים הכלליים -ממשלתיים"). שתי הפניות האחרות הו גשו לאג"ת במשרד האוצר רק בספטמבר ובדצמבר 2012 . הועלה כי משרד הבריאות מתכנן את יעדי ההכנסות, הקניות והשכר של כל אחד מבתי החולים באו פן היסטורי, על בסיס היעדים של השנה הקודמת. משרד הבריאות לא עורך בדיקה פרטנית ומקיפה של צורכי בית החולים בהתאם לאפיונו - למשל יש בתי חולים שבהם פעילות כירורגית רבה, לאחרים פעילות רבה של השתלות איברים וכו'120 . המאפיינים השונים של בית החולים יוצרים שוני בהיקף ההוצאות הנדרשות בכל אחד מהם, דבר המשפיע על תקציבם (בעניין התאמת הפעילות של בתי חולים לתקציב שנקבע להם ראו להלן בפרק "תקציב בתי החולים הכלליים-ממשלתיים - אי-התאמה בין האמור בספר התקציב, בין אישור משרד הבריאות ובין התנהלות בתי החולים"). לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שמשרד הבריאות יאפיין את הצרכים והיכולות של כל אחד מבתי החולים ואת התקציב הנדרש לכולם עוד לפני חתימת הסכם בריאות-אוצר. על משרד הבריאות לבחון, לפחות אחת לתקופה, האם חל שינוי במאפיינים שהוא קבע. בדיקה כזו תאפשר להעריך את היעילות והמועילות של בתי החולים121.. מהאמור יוצא שתקצוב בתי החולים נעשה באופן שאינו תקין ,לדעת משרד מבקר המדינה ראוי שאג"ת במשרד האוצר ינהג בהתאם להחלטת הממשלה ויאפשר למשרדי הממשלה גמישות רבה ככל הניתן בכל הנוגע לשינויים פנימיים בתק ציביהם, בכפוף לשמירה על מסגרות התקציב ולעמידה בכללים שנקבעו בעניין האמור. במקביל על המשרדים להמשיך לפעול לצמצום התקנות, כפי שהחליטה הממשלה בעקבות המלצת ועדת המשילות. מן הראוי שאג"ת במשרד האוצר יפעל להטמעת מערכת תכנון תקציב בהקדם האפשרי. על משרד האוצר לפעו ל למציאת דרכי מימון להחלטות הממשלה, שיבטאו את שינוי סדרי העדיפויות של הממשלה ושיצמצמו ככל הניתן את "הקיצוצים הרוחביים" ואת הפגיעה בתכניות העבודה של המשרד.
מהביקורת עלה כי עד יולי 2014 לא הפיץ משרד הבריאות נהלים להפעלת השר"פ, שימנעו פגיעה בשירות הרפואי במערכת הציבורית. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד הבריאות כי עליו להאיץ את הפעולות לגיבוש הנהלים שבהם יינתנו הוראות והנחיות הן באשר להיבטים הרפואיים של הפעלת השר"פ והן באשר להיבטים הכלכליים והכמותיים אשר להם השפעה על איתנות בתי החולים המפעילים שר"פ. כמו כן על משרד הבריאות למסד ולהפעיל מערך בקרה ופיקוח על יישומם של נהלים אלה במוסדות שבהם פועל שר"פ.