משרד המשפטים . מערך התביעה המשטרתית - שיוכו הארגוני ועצמאותו אולם בדיון נוסף בראשות המפכ"ל דאז שהתקיים בנובמבר 2016, בנושא מערך התביעות המשטרתי , נדונה כאמור הכפפת תובעי הרישוי לחטיבת התביעות אך לא נדונה כפיפות ה של תובעת הגנת הסביבה. הימנעות מפרסום נהלים ודרכי עבודה באופן נגיש ונוח לציבור אינה מתיישבת עם ה שקיפות המתבקשת מגורם תביעתי בעל סמכויות אכיפה והעמדה לדין. על מינהל התביעות לפרסם מידע על נהליו כדי להגביר את השקיפות השלטונית שהיא אבן יסוד בכל שיטת ממשל דמוקרטית, ובעיקר כאשר מדובר בגוף האמון על 90% מכתבי האישום המוגשים במדינת ישראל. יוער כי ההיבט הפיזי, ובעיקר העבודה של גורמי חקירה וגורמי התביעה באותו מתקן משטרתי, עשוי לפגוע ביכולת להבטיח הפרדה בין שני המערכים ולשמור על עצמאותה של עבודת התביעה. . משרד מבקר המדינה מעיר למשרד המשפטים כי ראוי שהפרקליטות תבחן מדי פעם בפעם אם מטרת ההנחיה שהופצה במחוזות אכן מושגת, ואם היקף תיקי תקיפת השוטר שהועברו לטיפולו של מינהל התביעות אכן מצטמצם. חרף העובדה שהמחוקק קבע שעל הפרקליטות לדווח לוועדת החוקה בהתאם לקבוע בחסד"פ לא הגישה הפרקליטות דיווח לוועדה לשנת 2017 . עדמועד סיום הביקורת, הדיווח האחרון שהגישה הפרקליטות לוועדה התייחס לנתוני שנת 2016 . שאלת הטיפול בתיקים של עבירות נגד שוטרים נוגעת לחשיבות האובייקטיביות של התביעה המשטרתית ו לאתגר העומד בפני התובעים המשטרתיים במילוי תפקידם כלובשי מדים במסגרת המשטרה. משכך , ההחלטות המתקבלות בדבר העברת תיקים מהפרקליטות לתביעה המשטרתית ראוי שישקפו גישה שלפיה ככלל , הפרקליטות תטפל בתיקי תקיפת שוטר ותקיפת שוטר בנסיבות מחמירות; זו גם התפיסה שעמדה ביסוד תיקון 62. רצונה של הפרקליטות להוריד מכתפיה את עומס הטיפול בתיקי תקיפת שוטר, אינו יכול להיות כשלעצמו נימוק להעברת הנטל לתביעה המשטרתית. הנתונים שהובאו בפרק זה מלמדים שיותר מ-50% מהתיקים מטופלים בידי התביעה המשטרתית. לפיכך, נדרש שהפרקליטות תוודא שהעברת הטיפול בתיקים אלו לתביעה המשטרתית תיעשה בצמצום, במידתיות ועל פי כוונת המחוקק. .איחוד התביעה המשטרתית עם הפרקליטות עוגן בהחלטת ממשלה ובמסקנות של כמה ועדות ציבוריות וצוותי עבודה במשרדי הממשלה כתכנית פעולה ארוכת טווח. חרף החלטת הממשלה ובשים לב להתנגדות היועץ המשפטי לממשלה והפרקליטות לאיחוד, נזנחה תוכנית זו עד שהיא כבר אינה עולה לסדר היום הציבורי, ואין בנמצא תוכנית עבודה עתידית בנוגע לאופן יישומה. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד המשפטים כי מהותו של הנושא, מסקנות הוועדות הציבוריות והגורמים המקצועיים שבחנו אותו לאורך השנים והחלטת הממשלה, שעדיין תקפה כל עוד לא החליטה הממשלה אחרת , אינן מאפשרות הסרת הנושא מסדר היום הציבורי, והן מחייבות לכל הפחות כניסה לנתיב של בחינה בלתי תלויה שתוצאותיה יובאו להכרעת הממשלה. בפועל, התביעה המשטרתית והפרקליטות פנו לאפיק חלופי של הסדרת חלוקת העבודה ביניהן, באמצעות הנחיה מקצועית ובקרה של הפרקליטות, תוך זניחת רעיון האיחוד. במצב הקיים המשטרה נדרשת להשלים את השינויים פנים-ארגוניים בנוגע לכפיפותו של מערך התביעה המשטרתית, הפרקליטות נדרשת להגביר את הפיקוח על מערך התביעות במשטרה ועליהן יחד להסדיר את קשרי העבודה בנהלי עבודה ממוסדים שמקיימים גם מימד של פיקוח. בשנת 2016 הגיש מינהל התביעות כ - 32,000 כתבי אישום ומספר דומה של כתבי אישום הוגש בשנת 2017 .יותר מ-40% מכתבי האישום מוגשים כשלצידם בקשה למעצר עד תום ההליכים. היקפי עבודת מינהל התביעות מלמדים על היותו גורם מרכזי במערכת התביעה הכללית בישראל, ומכאן החשיבות הנודעת לשמירה על עצמאותו.
תוכנית מפנ"ה מדדה את כל תחנות המשטרה ואת היחידות הארציות, ולא את עבודת התובעים המשטרתיים, אך עלה חשש שה תוכנית ויעדי המשטרה השפיעו כבר אז על עבודת התביעה בעיקר בכל הנוגע למספר המעצרים עד תום ההליכים והגשת כתבי האישום.