רשות המיסים בישראל . הטבות המס הניתנות מכוח החוק לעידוד השקעות הון, התשי_ט-1959 לדעת משרד מבקר המדינה, בשל היקפן הניכר של הטבות המס, העלייה החדה בהיקף זה, אי-הוודאות שבאומדנים וחוסר מגבלה על ניצול ההטבות, על המשר דים האחראים, מתוקף אחריותם ליישום החוק30 , לפעול ליצירת מנגנון שיאפשר בקרה על עלות יישומו של מסלול הטבות המס למשק המדינה. לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח הסרת החסמים התקציביים והביורוקרטיים במסלול הטבות המס ונוכח ממצאי המשרדים האחראים, אין להסתפק בתיקון החוק בעקבות המלצות ועדת שני, ועל משרדים אלה ליצור מנגנון מעקב ובקרה אשר יבחן באופן שוטף את מתן הטבות המס ויסייע בהקצאתן לחברות, כדי להביא להשגת יעדי החוק. משרד מבקר המדינה מציין כי החברות המנצלות את הטבות המס הן חברות מגוונות אשר שוקלות שיקולים שונים בבחירת מקום מפעליהן, ושיקול המס הוא חשוב אך לא בלבדי. חוסר היכולת של משרד האוצר לקבוע אם צמצום ההטבות או ביטולן יביאו לגידול בהכנסות ממסים, אין פירושו שאפשר וצריך לתת הטבות ללא מגבלה על היקפן וללא בקרה מספקת על ניצולן. הבחינה שמבצעת הממשלה בנוגע לצמצום הטבות המס אל מול חלופות מיסוי אחרות נועדה להגדלת הכנסות המדינה בלבד. אין נעשית בחינה מול דרכים חלופיות להשגת מטרות החוק. כאשר הממשלה נותנת הטבות מס לפיתוח והקמה של מפעלים, היא מצפה להשיג מטרות ולהפיק ממתן ההטבות תועלת למשק. לכן עליה לבצע הערכה שיטתית של עלות מסלול הטבות המס ולבחון את תרומתו להשגת מטרות החוק לעומת עלות יישומו ואת יעילותו לעומת זו של חלופות אחרות. מתן הטבות בהיקף בלתי מוגבל, ללא בחינת העלות אל מול התועלת וללא בחינת חלופות אחרות הוא התנהלות לא כלכלית הפוגעת באינטרס הציבורי. לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שמשרד האוצר יבחן לשנות את מדיניותו בדבר פרסום מידע בנוגע לחברות הנהנות מהטבות המס ולסכום ההטבות הניתנות. על משרד האוצר לקבוע את נקודת האיזון בין השקיפות הנדרשת ובין השמירה על חובת הסודיות החלה על רשות המסים, בהתחשב בתועלות ובנזקים האפשריים. משרד האוצר ומשרד התמ"ת הע לו כי מטרות החוק אינן מושגות במלואן, וכי חברות גדולות מנצלות הטבות מס בסכומים של מיליארדי שקלים ואילו המס המתקבל מהן מועט מאוד. היעדר גורם העוקב באופן שיטתי אחר האפקטיביות של הטבות המס, היעדר מנגנון בקרה הבוחן תחום זה באופן שוטף והיעדר מנגנון בקרה על עלות יישום מסלול הטבות המס תרמו ליצירת מצב זה. .תיקון 60 לחוק נועד ביןהיתר להקל על חברות המעוניינות לקבל מענקים והטבות מס, באמצעות צמצום ההליכים הביורוקרטיים הכרוכים בכך. לשם כך בוטל הצורך באישור המקדמי על כל תנאיו, ובוטלה המגבלה התקציבית במסלול הטבות המס. עם זאת, הסרת החסמים התקציביים והביורוקרטיים לא לוותה במנגנון מעקב ובקרה. ממצאי המשרדים האחראים מצביעים על ניצול הטבות המס בסך מיליארדי שקלים בידי חברות אחדות, וזאת ללא דרישות מיוחדות מאותן החברות וללא בחינה אם מתן ההטבות אכן מגשים את מטרות החוק. על המשרדים האחראים להגדיר יעדים בני מדידה להשגת מטרות החוק וליצור מנגנון אשר יאפשר מעקב ובקרה אחר השגת מטרות אלה. כמו כן, על המשרדים האחראים ליצור מנגנון שיאפשר בקרה על עלות יישום החוק למשק. נמצאו ליקויים בעבודת המטה שביצעה רשות המסים לקראת חקיקת חוק הרווחים הכלואים. זאת ועוד, הביקורת העלתה כי הצגת הנושא לפני ועדת הכספים של הכנסת לקתה בחוסר בהירות ובחוסר דיוק, וכי נתונים חשובים לא הוצגו. על רשות המסים להקפיד לבצע עבודת מטה שלמה על מנת למנוע את הישנות הליקויים שהועלו בדוח זה. משרד מבקר המדינה מעיר כי קודם קבלת ההחלטה על הכללת החברות בהוראת השעה, היה על רשות המסים להציג למשנה ליועמ"ש הערכה של סך הרווחים הכלואים ששימשו לרכישת חברות כאמור. וכן היה עליה להציג את תוחלת המס מהוצאת שומות בתיקים נדונים או בסוגיות פתוחות, שאפשר שתסתכם במיליארדי ש"ח, לעומת סכום המס שיתקבל אם ינצלו החברות את ההנחה הקבועה בהוראת השעה. עוד מעיר משרד מבקר המדינה כי רשות המסים לא הציגה למש נה ליועמ"ש שומות ומסמכים המצביעים על הפרשנות האחרת שנקטה, וכן על אי -הבהירות שהייתה לדבריה בעניין הפקעת הפטור בשל רכישת חברות בנות. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על רשות המסים, אף שלא התבקשה לכך, לתמוך טענתה זו במסמכים המתאימים.
משרד מבקר המדינה מעיר לרשות המסים כי נוכח אי-הבהירות שנוצרה והפניות האמורות היה עליה לפעול להשגת מידע מפורט ומדויק בנוגע לרווחים הכלואים, ולהכין על פיו הערכה של סכום הרווחים הכלואים שהשאירו החברות ברשותן ושל השימוש שנעשה בהם, וכן הערכה של מספר החברות שהוציאו מרשותן את כספי הרווחים הכלואים ושל סכום הכסף שהוצא - ולהציג את כל אלה לפני מקבלי ההחלטות.