רשות המיסים בישראל . החלטות מיסוי מקדמיות הועלה כי רשות המסים לא גיבשה מדיניות אחידה בשאלה אם כספים שאדם מוציא מחברת הארנק שבבעלותו לצורך רכישת דירת מגורים יסווגו כדיבידנד. הרשות לא פרסמה חוזר המבהיר, לעובדי הרשות, לנישומים ולמייצגים, את מדיניותה במכלול היבטי המס הנוגעים לעסקות מקרקעין בין אדם לבין חברה שבשליטתו (מס הכנסה, מע"ם ומיסוי מקרקעין). על הרשות ליזום מיפוי שנתי, באמצעות שע"ם, של כל העסקות שבמסגרתן מוכר אדם את דירת מגוריו לחברה שבשליטתו, כדי לאתר עסקות שבהן נופח השווי לצורך הימנעות מתשלום מס על משיכת כספים מהחברה. מן הראוי לעגן חובת דיווח, בהצהרת הון, על נכסי נדל"ן שנרכשו על ידי חברת ארנק בבעלות הנישום. הביקורת העלתה כי היבטי מיסוי מקרקעין לא נידונו בשלוש החלטות המיסוי האמורות לעיל, אשר התקבלו בשנים 2014-2008 . החלטות אלולא הועברו לידיעת מיסוי מקרקעין . הביקורת העלתה היעדר תיאום בין אגפי המיסוי במקרים שבהם סוגיית המס העומדת במוקד הבקשה למתן החלטת מיסוי רלוונטית לכמה מערכי מס. הביקורת העלתה כי עד מאי 2016 הוכפפה יחידת מחירי העברה לסמנכ"ל שומה וביקורת, ולא נכללה בחטיבה המקצועית, אף על פי שמדובר ביחידת מטה מקצועית שאמורה לפעול במסגרת החטיבה המקצועית . גם המערכת הממוחשבת של החלטות מיסוי ברשות לא נפתחה לשימוש עובדי יחידת מחירי העברה, ועדיין אינן נכללות בה החלטות מיסוי בתחום זה. בקשתה של החברה הרב-לאומית התקבלה, ונקבע כי "בכפוף לעובדות המפורטות לעיל החברה הזרה תיחשב כמי שאין לה מוסד קבע בישראל בשל פעילותו של היחיד ובשל כך בלבד". כלומר, בהחלטה 36/08 נקבע כי פעילות היחיד מביתו אינה מקימה למיזם הזר מוסד קבע בישראל, ואילו בהחלטה 253/12 נקבע כאמור להפך. על הרשות לקבוע בנוהל פנימי, כי טרם גיבוש החלטה בכל בקשה, על מקבלי ההחלטה הרשות לבחון החלטות קודמות שפורסמו בנושאים דומים. במקרים בהם ההחלטה החדשה מהווה שינוי עמדה עקרונית בסוגייה, על הרשות לציין במפורש כי החלטה זו היא עמדת הרשות מכאן ואילך בסוגייה הנדונה ומבטלת את עמדתה בסוגייה הנדונה לגבי החלטות המיסוי הקודמות (בפירוט מספרן הסידורי של ההחלטות הקודמות). הביקורת העלתה כי חברה ה' גבתה מלקוחותיה את מלוא סכום העסקה כולל סכום המע" ם לגבי כלל השוברים, ובלי שהוציאה באו תה עת חשבונית מס, אלא רק לאחר מימוש השובר. עם זאת, היא לא העבירה לרשות את סכומי המע"ם שגבתה בגין שוברים שלא מומשו. התנהלותה זו עמדה בניגוד להחלטות המיסוי שקבעו כי על החברה חלה חובת תשלום מע"ם על שוברים שלא מומשו. .הביקורת העלתה כי בחינת יישומן של החלטות המס אינה כלולה בתכניות העבודה של כלל מערכי המס של הרשות (מס הכנסה, מע"ם ומיסוי מקרקעין), ולפיכך הרשות ממילא אינה בוחנת יישום החלטות אלה. ברשות גם אין הנחיה לבדוק, בשלב ניתוב התיקים, את הציות להחלטות מיסוי. בתכניות העבודה של מס הכנסה החל בשנת 2011 (לגבי דוחות שנת2008 )ואילך נכללו בתכנית העבודה רק תיקים שבהם הוגשו בקשות למתן החלטה מקדמית, אך לא התקבלו לגביהן החלטות מיסוי בהסכם: (1) תיקי נישומים שבהם הוגשו בקשות להחלטות מקדמיות אשר נדחו ; (2) תיקי נישומיםשבהם הוגשו בקשות להחלטות מקדמיות אשר משכו את הבקשה או שקיבלו החלטה לא בהסכמה40; (3) תיקי נישומיםשבהם הוגשו בקשות להחלטות מקדמיות אשר הועברו לפקיד השומה ללא החלטה. ללא בדיקות אלו, ולו מדגמיות, עולה החשש לאובדן מס משמעותי ולאפליית מס בין נישומים. .הביקורת העלתה כי במחלקת אופציות לעובדים, הכוללת רק מנהל ועובד, חלק ניכר מהחלטות המיסוי מתקבלות על ידי מנהל המחלקה, בהליך שהוא מבצע מתחילתו ועד סופו. כך לדוגמה, בשנים 2015-2010 ניתנו 52 החלטות מיסוי בתחום "הארכת מועד הפקיעה לאופציות" ו-10 החלטות בתחום "האצת מועדי ההבשלה לאופציות", כולן בידי מנהל המחלקה. מצב עניינים זה נגרם בשל אי-איוש תקנים בחטיבה המקצועית (ראו להלן ). הביקורת העלתה כי יש סוגיות שהתקבלו לגביהן החלטות מיסוי לא אחידות ולעתים אף סותרות זו את זו. להלן דוגמה: החלטת מיסוי 253/12 מסתמכת באופן כללי על הוראות סעיף 5 לאמנת המס בין ישראל לבין ארצות הברית (להלן - אמנת המס). החלטת המיסוי אינה מציינת איזה מבין הסעיפים המנויים בסעיף 5 לאמנת המסשימש הבסיס להחלטה. כלומר, אין זה ברור כיצד סווגה פעילותה של העובדת הישראלית - האם כמשרד או כסניף או כסוכן תלוי של החברה הזרה35 . בשל העומס הרב המוטל על החטיבה המקצועית ובשל הצורך בהשקעת משאבים, יש מקום שהרשות תבחן את האפשרות ליזום התקנת תקנות לתשלום אגרה בגין בקשות למתן החלטות מיסוי. זאת בשים לב להמלצת הוועדה לבחינת מתן החלטות מיסוי ולצורך במציאת איזון ראוי בין הרצון לצמצם את העומס הרב לבין הרצון שלא להגביל פניות לרשות. בנוסף, כדי לצמצם את זמן הטיפול בבקשות, על הרשות לשקול הנהגת תעריף מופחת למגישים את הבקשות והמסמכים הנלווים, באמצעות האינטרנט. על הרשות לוודא את שמירת המסמכים הרלוונטיים לקבלת החלטת המיסוי, ובין היתר, לשקול לקבוע בנוהל אילו מסמכים אמורים להישמר בתיק החלטת המיסוי אשר יישמר במערכת הממוחשבת. תיק כזה יכול לכלול, בין השאר, את המסמכים האלה: הטיוטות שאישרו מנהלי המחלקות; הטיוטות שעליהן העירו היועצים המשפטיים; העתק הדוא"ל שהועבר למשרד האזורי. .על הגורמים הרלוונטיים, לרבות הרשות, משרד המשפטים ומשרד האוצר, לשקול לקדם חקיקה מתאימה כדי להגביר את השקיפות בעניין סיווג טובין לצרכי מכס ומס קניה, בצד שמירה על סודיות המידע והגנת הפרטיות. קיומו של מאגר מידע כזה, עשוי להקל על הליכי היבוא, ולצמצם את מספר הפניות לרשות בעניינים אלו. זאת גם בשים לב לאופי פעילות היבוא, פעילות התלויה בין השאר בלוחות זמנים המוכתבים על ידי הספקים בחו"ל, כך שלא בהכרח ניתן לקבל החלטת מיסוי בענייני סיווג טרם ביצוע עסקת היבוא. על הרשות לקבוע בנוהל כללים שלפיהם תסווג בקשה כ פנייה/אישור או כהחלטת מיסוי ולהגדיר את אופן הטיפול בבקשה, בין היתר, רישומה במערכת הממוחשבת , כך ש תהיינה זמינות לצפייה הן לעובדי החטיבה המקצועית ברשות והן לעובדי המשרדים האזוריים הרלוונטיים (המטפלים בתיקי הנישומים שלגביהם הוגשו אותן הבקשות). אופן פעולה זה אמור לתרום לניהול בקרה מקצועית על אופן הטיפול בבקשות אלו וליצור אחידות בתשובות שמעניקים המשרדים השונים באותן סוגיות מס. כמו כן מאפשר הדבר להפיק באופן שוטף דוחות ניהוליים, שמהם ניתן ללמוד כמה פניות פתוחות יש בכל מחלקה בנקודת זמן מסוימת; כמה פניות משויכות לכל עובד; מהו זמן הטיפול הממוצע לכל עובד ולכל מחלקה; ועוד. על הרשות לעגן בנוהל חובת היוועצות עם פרקליטות המדינה במקרים שבהם החלטת המיסוי רלוונטית להליך התלוי ועומד בבתי המשפט. כמו כן , על הרשות לבחון אפשרות לספק מידע על החלטות המיסוי גם לעובדי פרקליטות המדינה המייצגים את הרשות בבתי המשפט. מידע כזה עשוי לשמש בידי הפרקליטים כתשומה וכמאגר ידע נרחב על מדיניות הרשות והפרשנות המשפטית המקובלת ברשות בעניינים העשויים להיות רלוונטיים לדיונים בבתי המשפט. משרד מבקר המדינה מעיר כי אישור זה מעלה תמיהות: הקמת חברת הארנק נעשתה אך ורק לשם הפחתת גובה המס15 ועקיפת הסדר הפשרה שנחתם חודש לפני הגשת הבקשה לאותו אישור. בבקשה לאישור לא הצביעה הנישומה על שום שיקול מסחרי, המצדיק את הקמת חברת הארנק. פיקוח מתאים על הליכי האישור שניתן כהחלטה מקדמית היה מונע את אישורו. יתירה מזאת, כך ניתנה לנישומה האפשרות לנכות הוצאות, במסגרת החברה, כנגד הכנסה שלא יוצרה בפועל על ידי החברה, אלא היא הכנסת תגמולים המתקבלת כהכנסה פאסיבית, כפונקצייה של מכירות של חברות בינלאומיות, בלי שום קשר לפעילותה של אותה חברת ארנק. במצב עניינים זה נגרמה גם אפליית מס כלפי המדענים האחרים אשר חתמו על אותו הסכם פשרה ומשלמים על התגמולים, בהתאם לאותו הסכם, מס בשיעור של 40%. הביקורת העלתה כי האישור, אשר התייחס להכנסות בהיקף מצטבר של מאות מיליוני שקלים, ניתן כאישור קבע, ללא שום הנמקה למתן הפטור ממס על הכנסות מתמלוגים. באישור עצמו אין אזכור למעורבות הלשכה המשפטית של הרשות בסוגיה האמורה. מהאמור עולה כי המלצות הדוח הקודם לא יושמו, וכי המלצות אלה עדיין תקפות. על הרשות ליישם את המלצות הדוח הקודם ולפרסם הנחיות בעניין מיסוי התמלוגים מפיתוחים מסחריים, לכלל האוניברסיטאות ומוסדות המחקר העוסקים במחקר יישומי. כך תיקבע חבות המס החלה על הכנסות הנובעות מיישומים מסחריים של פיתוחים מדעיים בכל רחבי הארץ, הנאמדים במאות מיליוני שקלים מדי שנה. משרד מבקר המדינה מעיר כי אין לדעת כמה אישורים שנבדקו הם הלכה למעשה החלטות מיסוי לכל דבר ועניין, המחייבות טיפול ככאלו. על הרשות לשקול לקבוע קריטריונים למקרים שבהם יוקצב מראש תוקף החלטת המיסוי. כך ניתן יהיה לתקן במידת הצורך החלטות מיסוי שנתנו בעבר. כמו כן על הרשות לקבוע כי עם פקיעת תוקפה של החלטת מיסוי שזמנה נקצב מראש, על הנישום יהיה לתת לכך גילוי בדוחות הכספיים המצורפים לדוחות המס השנתיים שלו. משרד מבקר המדינה מעיר כי מן הראוי להימנע ממתן פטור בלתי מוגבל בזמן, לפעילות שלא הוכח מראש כי אינה פעילות עסקית. בנוסף, האישור משמש דוגמה להחלטת מיסוי מקדמית הפוטרת ממס תמלוגים, מראש, ולא בדיעבד כפי שנעשה בהסכמי שומה. סעיף 9(2) לפקודה אינו פוטר ממס פעילות עסקית של "מוסד ציבורי". כאמור לעיל, האישור הוא לקוני ואינו כולל הנמקות מקצועיות כלשהן, ואף לא אחד מאנשי הלשכה המשפטית מכותב לאישור זה. מה גם שהכנסה זו מתמלוגים ממוסה בחלקה: חלקם של המדענים מחויב במס, ואילו חברת "ידע" שהיא חברת בת בשליטה מלאה של המכון - פטורה ממס לפי האישור שנתן ב-2004 .סגן הנציב הביקורת העלתה כי ברשות החלו בהכנת חוזר כזה רק בשנת 2016 . כך, מאז מיסוד מנגנון החלטות המיסוי, שנכנס לתוקף בשנת 2006, ועד מועד סיום הביקורת, לא פורסם חוזר המפרט את אופן פעולת הרשות בנושא מתן החלטות מיסוי בהתאם להמלצות הוועדה. הביקורת העלתה כי רשות המסים מפרסמת באתר האינטרנט הרשמי שלה, פחות מ-60 מבין כ-1,000 החלטות מיסויהניתנות מדי שנה. הביקורת העלתה כי ככלל המסמכים הללו אינם נשמרים. הרשות אינה דואגת לשמר "תיק החלטת מיסוי" שבו יישמרו כל המסמכים הרלוונטיים להחלטה, ואין מנגנון לתיעוד שיבסס את ההחלטה בתיקייה הפיזית או במערכת הממוחשבת. קיים חשש שהיעדר תיעוד נובע מכך שחלק מההתייעצויות נעשות בעל פה (למשל, עם הייעוץ המשפטי) ולא בכתב. .שם המחלקה סך החלטות .מיסוי בהסכם סך אישורי .לקוח שיעור החלטות .שנמצאו להן .אישורי לקוח .לתיעוד תהליך קבלת החלטה ויישומה על ידי הנישום, נודעת חשיבות רבה לפי כללי המינהל התקין, גם לצורכי בקרה וביקורת. על הרשות לשקול אם לדרוש מכל נישום המבקש לקבל החלטת מיסוי בעניינו לדווח, לאחר קבלת החלטת המיסוי, מדי שנה, בדוחותיו הכספיים המבוקרים על ידי רואה חשבון המוגשים לרשות כחלק מהצרופות לדוח המס השנתי33 , כי הוא פעל בהתאם לאמור באותה החלטה או בניגוד לה. על הרשות לעגן בנוהל פנימי כי תגובת הנישום ותגובות כל הצדדים הנוספים המעורבים בהחלטת המיסוי, יתועדו במלואן במערכת הממוחשבת. .על הרשות לפרסם החלטות מיסוי מקדמיות על פי קריטריונים שייקבעו ויפורסמו לציבור. זאת תוך שמירה על סודיות מסחרית והגנת הפרטיות במקרים המתאימים. פרסום נרחב של החלטות המיסוי עשוי להגביר את אמון הציבור ברשות, לתרום להבהרת פרשנות הרשות לחוקי המס וליצור מדיניות אחידה. כמו כן פרסום כזה יקל על הנישומים את התנהלותם, ואולי אף יפחית את הצורך שלהם לפנות בבקשות משלהם למתן החלטות מיסוי. פרסום החלטות המיסוי יוכל לתרום גם ליצירת שיח מקצועי בתוך הרשות ואל מול המייצגים בנושאים הנידונים ולהגברת המודעות לשינוי מדיניות של הרשות במקום שבו החלטת מיסוי חדשה סותרת החלטת מיסוי קודמת. משרד מבקר המדינה מעיר לרשות כי אי -השלמת מערכת "מייצג לשעה" במשך כחמש שנים מאז אישור המלצות הוועדה להפקת לקחים על ידי מנהל הרשות - אינה תקינה. היה על הרשות לתת את הדעת לסיכונים באופן תפעולה הנוכחי של המערכת שהתבטאו גם בפרשת רשות המסים. על הרשות להשמיש את המערכת בכל משרדיה ולהנחות את עובדי הרשות להזין בה את כל נתוני הייצוג. על הרשות לפעול לאלתר לקביעת דרכים להקלת העומס המוטל על החטיבה המקצועית ולזירוז הוצאת הוראות מקצועיות ופרסומן על ידי החטיבה המקצועית. משרד מבקר המדינה מעיר כי ממצאים אלו מעניקים משנה תוקף לחשיבות בעיגון נוהל למתן החלטות מיסוי ובכלל זה הקפדה על עקרון העקביות במתן ההחלטות. על הרשות להקפיד שהוצאה חוזרת של החלטת מיסוי באותו נושא לאותו מבקש תיעשה רק במקרים שבהם יש לכך הצדקה. כמו כן, על הרש ות לוודא כי טיפולה בהחלטות מיסוי בנושאי מע"ם ומיסוי מקרקעין ייעשה רק בטרם ביצוע העסקות כקבוע בחוק. על הרשות לבחון האם ראוי ליזום שינוי בחקיקה כך שתוטל אחריות פלילית על הנישום ו/או המייצג בנוגע לנאותות המצג העובדתי המופיע בבקשה למתן החלטת מיסוי. זאת בדומה להסדר הקבוע בעניין נישומים ומייצגים על דוחות שנתיים למס ודוחות כספיים. .מהנתונים עולה כי 32 מתוך77 תקני החטיבההחדשים שאושרו בתקינה של עובדים מקצועיים טרם אוישו42 ,על אף הגידול המתמיד במשימות החטיבה בכלל ובמספר החלטות מיסוי הניתנות מדי שנה - בפרט. כמו כן אושרו לחטיבה 15 תקנים של עובדי מינהלה, ומתוכם אוישו רק חמישה תקנים ושני עובדי מינהלה נוספים שעובדים בחטיבה מחוץ לתקן. על הרשות לבחון את עדכון תקנון החטיבה המקצועית ולפעול לאיוש התקנים החסרים. הדבר נחוץ במיוחד לנוכח העובדה שלדברי החטיבה היא נתונה בעומס רב הפוגע במילוי תפקידיה. הביקורת העלתה כי הרשות לא יזמה תיקון חקיקה כאמור , וממילא לא הגדירה קריטריונים למתן החלטות מקדמיות בדבר סיווג טובין, קביעת ערכם של טובין וכדומה. .לנוכח מגבלת המשאבים של הרשות ולנוכח הבדיקה המצומצמת ממילא של דיווחי נישומים, מן הראוי כי הרשות תכלול בתכנית העבודה שלה באופן קבוע מדגם מתיקי המס שלגביהם ניתנו החלטות מיסוי בהסכם, שהן רובן המוחלט של החלטות המיסוי. כך גם תיווצר הרתעה מסוימת בקרב הנישומים מיצירת מצגים חסרים לא מלאים בבקשות למתן החלטות מיסוי, או מביצוע פעולות המנוגדות להסכם. הביקורת העלתה כי פרט למנהלי המחלקות, ההרשאות לגישה למערכת החלטות המיסוי נתונות רק לעובדי החטיבה המקצועית ולהחלטות שבהן טיפלו באופן אישי30 .עובדי משרדי השומה, מע"ם ומיסוי מקרקעין אינם מורשים לגשת למערכת זו. כמו כן במשרדי מע"ם ובמשרדי מיסוי מקרקעין אין מאגר מידע שממנו יכולים הרכז או המפקח לקבל מידע, ולו מינימלי, על קיום של החלטת מיסוי או על אישור שהעניקה לנישומים שבתחום אחריותו החטיבה המקצועית. מן הדברים הללו עולה כי המגמה הקיימת כיום להרבות בתיקונים לחוקי המס בבחינת "טלאי על טלאי" מקשה על הנישומים, מאפשרת יצירת "פרצות מס", אגב פגיעה בערך השוויוניות ומגבירה את אי-הוודאות בתחום המס. פישוט דיני המס ועדכונם נדרשים, בין היתר, גם למען צמצום הצורך במתן החלטות מיסוי מקדמיות. לפיכך ראוי לבחון את הצורך בריענון ובעדכון מערכת המס הישראלית לעומקה, בשים לב לשינוי העולמי ברוח כללֵי ה-BEPS . תשובתו של המפקח, אשר לא נומקה, הוגדרה כמתן מענה לפנייה מהבנק, ולא כהחלטת מיסוי. מתוקף כך, התשובה לא נשלחה לשום גורם רלוונטי ברשות ונשלחה רק למייצג. לפיכך אין אסמכתות להתייעצויות עם גורמים משפטיים ומקצועיים ברשות טרם מתן האישור. הביקורת העלתה כי ההחלטות בדבר סיווג טובין הניתנות על ידי אגף המכס ברשות המסים ליבואנים אינן מפורסמות, ו כל החלטה נשלחת רק ליבואן שהגיש את הבקשה לקבלת החלטה בעניינו. משרד מבקר המדינה מעיר כי מן הראוי לשקול כי בדומה לתיקון 21521 לפקודה גם במקריםשבהם שכר הטרחה של המייצג בגין טיפולו ב"החלטת המיסוי" או ב"פנייה/אישור" עולה על רף שייקבע, או מותנה בקבלת האישור לבקשה, יינתן על כך גילוי בעת הגשת הבקשה למחלקה המקצועית. משרד מבקר המדינה מעיר כי הנחת הרשות שלפיה "העובדות והמבוקש נדרשים בגילוי מפורש", ולכן אין משמעות רבה לגילוי על הקשר בין שכר הטרחה של המייצג לבין הצלחת ההליך להגשת החלטת מיסוי מקדמית - אינה נכונה בהכרח. הסיבה לכך היא שהרשות רשאית לבקש נתונים רק על מה שהוצג לה בבקשה למתן החלטת המיסוי, ומצג זה נערך מטבע הדברים על פי האינטרסים של הנישום, והוא אינו כולל בהכרח את הרקע העובדתי המלא. כך לדוגמה, בדוח הביקורת לעיל ולהלן מפורטות כמה בקשות שבעת הגשתן כלל לא הוצגו כ"בקשות למתן החלטת מיסוי" אלא כבקשות למתן "אישורים" אשר נכתבות בקצרה וללא פירוט רב, וממילא אינן אמורות להיבדק לעומק כמו בקשות למתן החלטות מיסוי מקדמיות. משרד מבקר המדינה בדק מדגמית 22 מתוך אותן 175 בקשות שנמשכו במחלקת מיזוגים ופיצולים, במערכת הממוחשבת. בבדיקה זו לא נמצאו ראיות המתעדות את ה בקשה מצד נישום למשיכת הבקשה ולהנמקות למשיכת הבקשה. כדי למנוע טענות הסתמכות והשתק, יש מקום שבמקרים המתאימים ייקצב מראש תוקפן של החלטות המיסוי, כפי שהודגם לעיל בפרק קודם העוסק באי-קציבה בזמן של החלטת מיסוי. ללא הצהרה כזו, לא ניתן בידי הרשות האפשרות לשקול את מתן הרולינג במקרים בהם מדובר בנישום שרמת הציות שלו לחוקי המס מוגדרת כבעייתית. .שם המחלקה שנים שנבדקו ממוצע החלטות .מיסוי שהתקבלו .בשנים אלו מספר ימים .ממוצע .עד מתן .החלטת המיסוי על הרשות לפעול לקיצור לוחות הזמנים למתן מענה לבקשות להחלטת מיסוי, כך שזמן ההמתנה ל החלטה לא יסכן, ו במקרים מסוימים אף יסכל, את ההזדמנות לעסקה העומדת במוקד ההחלטה. .בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי מערכת החלטות מיסוי אינה כוללת "נתיב ביקורת", שיכול להסביר מהי הסיבה לשיהוי במתן ההחלטה לבקשת המיסוי. כך לא מתועד במערכת אם הנישום המציא את כל המסמכים המבססים במועד; מהו זמן הטיפול של עובד המחלקה המקצועית, של מנהל התחום בחטיבה המקצועית; של מנהל החטיבה המקצועית; של נציג הלשכה המשפטית; של נציג המשרד האזורי; ולעתים של רשות שלטונית אשר נדרש אישור מטעמה לביצוע, העומדת במוקד החלטת המיסוי. נתונים אלה יסייעו לנתח, בראייה מערכתית, מהם "צווארי הבקבוק" בהליכי מתן החלטת המיסוי בכל מחלקה ומחלקה. על הרשות להסדיר ולתחום בזמן את זמני הטיפול בבקשות להחלטות מיסוי, ובכך לשפר את השירות שניתן לנישומים ולצמצם את חוסר הוודאות בהמתנה להחלטת המיסוי. הסדרת זמני הטיפול תועיל גם לעניין משיכת בקשות טרם החלטת המיסוי. על הרשות להזדרז ולפרסם חוזר המפרט את כללי הטיפול בבקשות להחלטות מיסוי, ובכלל זה לבחון מקרים שבהם לא יידונו החלטות מיסוי, כגון כאשר מגיש הבקשה לא הגיש דוחות מס לגבי כמה שנות מס. זאת בהתאם להמלצות הוועדה אשר אומצו במלואן על ידי מנהל הרשות. על הרשות לפעול להעברת החלטות מיסוי בתחומים הרלוונטיים למסלול הירוק בהתאם ליעדים שהגדירה בתכנית העבודה שלה, ובכך לייעל את הטיפול בבקשות הרבות להחלטות מ יסוי המגיעות לפִתחה, לקצר זמנים ולשפר את השירות לציבור. בעניין זה מעיר משרד מבקר המדינה כי אין זה ברור מהו הטעם להחלטת מיסוי אשר מאשרת את המובן מאליו: כל פעילות של "מוסד ציבורי" במסגרת מטרותיו הציבוריות - פטורה ממס. כמו כן, אין זה ברור מדוע טופלה החלטה זו שלא על ידי נציג מחלקת מלכ"רים בחטיבה המקצועית, אלא על ידי מנהלת תחום תקינה חשבונאית, תחום שאינו נוגע לבקשה להחלטת מיסוי. במקרים שבהם מספק החוק תשובה ברורה, על הרשות להפנות את המבקש להוראות הדין ולא לדון בבקשות מעין אלו באמצעות מוסד החלטות המיסוי. כך תימנע הכבדה מיותרת על החטיבה המקצועית, הפועלת ממילא בתקן חסר ואחראית על תחומים נוספים , וכן יצומצם הטיפול בבקשות המגיעות לפתחה. .מוסד החלטות המיסוי המקדמיות (פרה -רולינג) עוגן בחקיקה כבר בשנת 2005, אולם מאזלא פעלה הרשות לשם יצירת איזונים ובלמים, אשר יבטיחו כי מוסד זה יפעל תחת עקרונות של הגינות, שקיפות ויעילות. הביקורת העלתה גם ליקויים הפוגעים בכללי המינהל התקין: היעדר תיעוד של הליכי בדיקת בקשות למתן החלטות מיסוי לאורך כל שרשרת הבדיקה; החלטות מיסוי שבהן לא ניתנה הנמקה מקצועית; היעדר תיעוד של אישורי הנישומים על החלטות מיסוי שניתנו בהסכם; ועוד. טרם הוסדר חוזר הקובע נהלים המחייבים הן את הרשות והן את הנישום; טרם הובהר מהי הגדר המפרידה בין "החלטת מיסוי" לבין פנייה אחרת של נישום בעניינו; טרם נקבעה אחריות הנישום למצג העובדתי שהציג בהחלטת המיסוי; אין תיעוד של תהליך קבלת ההחלטות בתיקי החלטות המיסוי; ועוד. ייעול מוסד החלטות המיסוי יאפשר מתן מענה מהיר לנישומים וישפר את השירות הניתן להם, באמצעות גיבוש פרשנות אחידה. החלטות המיסוי יוצרות ברשות "מאגר ידע" אשר עשוי לשמש בסיס לכתיבת הנחיות מינהליות ולייזום תיקוני חקיקה נדרשים. לאור העומס הרב המוטל על הרשות בכלל ועל החטיבה המקצועית בפרט, כאשר היא נדרשת, נוסף על מכלול תפקידיה האחרים, גם להכריע בכ-2,000 החלטותמיסוי ו/או אישורים מדי שנה. נדרשת חשיבה מעמיקה כיצד ליצור כלים משלימים אשר יפחיתו את מספרן הרב של בקשות למתן החלטות. המגמה הקיימת כיום להרבות בתיקונים לחוקי המס בבחינת "טלאי על טלאי" מקשה על הנישומים, מאפשרת יצירת "פרצות מס", אגב פגיעה בערך השוויוניות ומגבירה את אי-הוודאות בתחום המס. פישוט דיני המס ועדכונם נדרשים, בין היתר, גם למען הפחתת הצורך במתן החלטות מיסוי מקדמיות. נוכח כל זאת, ראוי לבחון את הצורך בריענון ובעדכון מערכת המס הישראלית לעומקה.
הביקורת העלתה כי הנהלים הנוגעים לפרשנות משפטית מתפרסמים בחוזרים שוטפים (הנכללים באתר רשות המסים), ומאוגדים בקובצי הפרשנות הרשמיים של רשות המסים (הקרויים "חבק"). אולם קבצים אלו אינם מתפרסמים באתר האינטרנט של הרשות ואינם מעודכנים באופן שוטף. מן הראוי לפרסם את קובץ הפרשנות הרשמי של רשות המסים ולעדכנו באופן שוטף. פרסום כזה עשוי להפחית את אי-הוודאות בתוצאת המס של עסקות מסוימות, וכך גם לתרום ליעילות ולחיסכון הן בעלויות המנגנון של רשות המסים והן בעלויות הנובעות מציות הנישומים. "מאגר ידע" של החלטות המיסוי עשוי להוות בסיס ל כתיבת הנחיות מנהליות וליזום תיקוני חקיקה נדרשים.