משרד הבריאות . סוגיות בניהול המרכז הרפואי הכללי-ממשלתי הלל יפה ובניהול מרכזים רפואיים כלליים-ממשלתיים אחרים על נש"ם להודיע להנהלת הלל יפה אם היא מתירה להעסיק את הרופא הבכיר והמתמחה קרוב משפחתו, ובאילו תנאים. על הנהלת הלל יפה להשלים לאלתר את הפעולות למניעת ניגוד עניינים לגבי כל קרובי המשפחה במרכז הרפואי. כמו כן, על ההנהלה לוודא כי גם קשרי משפחה חדשים שנוצרים בין עובדים יטופלו במועד בהתאם להוראות התקשי"ר ונש"ם. ראוי שהמשרד, שהוא הגורם המאסדר של מערכת הבריאות והאחראי לקיום תשתית מתאימה למתן טיפול רפואי, יהיה מעורב בקביעת סדרי העדיפויות לבינוי ופיתוח במערכת הבריאות. במסגרת מעורבות זו על המשרד, ובכלל זה החטיבה למרכזים רפואיים ממשלתיים בו, לבדוק את החלטת הלל יפה להקצות תקציב לבניית משרדי מטה חדשים, בו בזמן שפרויקטים אחרים של הלל יפה הקשורים לרפואה, להצטיידות, להקמת מחלקות ולשיפור תנאי האשפוז של החולים זקוקים לתקציב אף הם, ולפעול בעניין זה בהתאם לתוצאות בדיקתו. מדוחות הממונה על השכר לא ניתן אפוא ללמוד על ה שכר המלא של הרופאים במערכת הבריאות ; אין אף דוח שמצי ג שכר משולב ומלא של רופאים שמתקבל מכמה מעסיקים במערכת הציבורית - בתי החולים, התאגידים וקופות החולים. לגבי עובדי בתי החולים הממשלתיים, אין אפילו מידע על סך הכנסתם מהמרכז הרפואי הממשלתי - מבית החולים ומהתאגיד. מבקר המדינה העיר על כך כבר בשנת 2009 בדוח קודם וציין: "יוצא שלמשרד הבריאות ולמשרד האוצר אין ראייה כוללת של שכר הרופאים במשק. הדבר עלול לפגום בקבלת החלטות בנוגע לצעדי המדיניות שהם רוצים לנקוט"78. בנובמבר2008 , במסגרת תשובתו לאותו דוח, כתב הממונה על השכר למשרד מבקר המדינה כי יבחן את ההצעה לפרסם מידע בדבר השכר הכולל של הרופאים, אולם עד למועד סיום הביקורת הנוכחית הוא לא פרסם מידע כזה. עוד יצוין כי פרסום ההצעה של חברת הבנייה בקרב עובדי בית החולים אף אינו מתיישב עם הוראת תכ"ם 15.3.1 בנושא "פרסומת מסחרית חסות ממשלתית והשתתפות משרדי ממשלה בכנסים", שבה נקבע כי משרד (או יחידת סמך) יהיה רשאי להשתתף בפעילות פרסומת מסחרית , רק לאחר שהגיש בקשה לוועדה המשרדית או הבין-משרדית. משרד מבקר המדינה מציין לחיוב את העובדה ש ככלל, הנהלת הלל יפה פועלת באופן שוטף להסדרת האישורים לעבודה פרטית ולפרקטיקה פרטית. על ההנהלה להמשיך ולהקפ יד על קיום הליכים תקינים לגבי עיסוק של רופאים בעבודה נוספת, לבחון מדי פעם בפעם אם יש רופאים שעוסקים בעבודה פרטית או בפרקטיקה פרטית וטרם הסדירו את האישור הנדרש ולפעול להסדרתו של האישור. יש לראות בחומרה את העובדה שמשרד הבריאות טרם גיבש תכנית רב - שנתית לבינוי ופיתוח במרכזים הרפואיים הכלליים-ממשלתיים, זאת אף שמבקר המדינה חזר והעיר על כך בדוחות קודמים. כדי להבטיח טיפול רפואי ראוי, על המשרד, בשיתוף המרכזים הרפואיים, להכין תכנית כזאת, שבה מפורטים צורכי הבינוי והפיתוח של בתי החולים והעלויות הכרוכות בכך, וכן לקבוע סדרי עדיפויות לגבי הבינוי והשיפוץ ביחידות. בהכנת התכנית יש להביא בחשבון את כלל מקורות תקציבי הפיתוח ולתת את הדעת על הצרכים העתידיים הצפויים ועל ההתפתחויות הטכנולוגיות. על משרד הבריאות להציג את התכנית לפני משרד האוצר, שר האוצר ואף הממשלה כולה, כדי להגיע להסכמה עליה, על מקורות המימון לביצועה ועל לוח הזמנים ליישומה. משרד מבקר המדינה מעיר למשרדי הבריאות, המשפטים והאוצר כי עבר כעשור מאז הוחל בגיבוש נוהל התרומות למערכת הבריאות, וכי מדובר בשיהוי ממושך ביותר בגיבושו של הנוהל. על המשרדים האמורים להשלים לאלתר את גיבושו של הנוהל, שכן היעדרו פותח פתח לפעולות בלתי תקינות, אם בתום לב ואם בשל כוונות לא ענייניות. מימון נסיעות רופאים לכנסים בחו"ל באמצעות חברות תרופות או חברות לציוד רפואי עשוי לפתוח פתח לניצול לא תקין של ההיתר שניתן לחברות אלה לממן נסיעות רופאים לכנסים מקצועיים. קיים חשש שרופא ייסע לכנס מקצועי בחו"ל במימון חברה כאמור, ומאוחר יותר יפעל לקידום רכש התרופות או הציוד הרפואי בבית החולים מאותה החברה, משיקולים שאינם רפואיים בלבד. נהלים מסוד רים בעניין תרומות הניתנות לגופים ממשלתיים בכלל ולבתי החולים בפרט יסייעו להבטיח כי קבלת התרומות אינה גורמת להטיה שאינה עניינית בפעילותם של גופים אלה, ואולי אף לפגיעה בטוהר המידות. יש לראות בחומרה את השיהוי הממושך של משרדי הבריאות, המשפטים והאוצר בקביעת נוהל בעניין חשוב זה. רק במרץ2015 חתם הרופא המומחה על ההסדר, וביוני2016 חתם עליו אחד המתמחים. במועד סיום הביקורת, שלוש שנים לאחר הוראת נש"ם לחתום על ההסדר, עדיין לא חתמו עליו שאר קרובי המשפחה, וממילא הוא לא נמסר לנש"ם לדיון חוזר. הנהלת הלל יפה מסרה למשרד מבקר המדינה כי הרופא הבכיר ואחד המתמחים סירבו לחתום על ההסדר. למרות האמור לא פנתה הנהלת הלל יפה לנש"ם לקבלת הנחיותיה והמשיכה להעסיק אותם ואת שאר קרובי המשפחה האמורים בלי שנקבע לגביהם ההסדר הנדרש. .בשל האופן שבו מוצגים הדוחות נוצרת תמונה מעוותת של שיאני השכר במערכת הבריאות: אין שקיפות מלאה בנוגע לשכרם של כל הרופאים והעובדים האחרים במערכת הבריאות, ובייחוד בנוגע לשכר של אלו שלכאורה היו אמורים להיכלל בדוחות הממונה על השכר אך לא נכללים בהם. לעומת זאת, שכרם של רופאים המועסקים בשירותי בריאות כללית נחשב שכר שהתקבל ממקור אחד, ולכן אם הוא גבוה מהשכר הקובע ייכללו רופאים אלה בדוח שיאני השכר.
בביקורת עלה שלמשרד עדיין אין תכנית אב רב-שנתית לבינוי ופיתוח של המרכזים הרפואיים הכלליים -ממשלתיים , וכי הוא עדיין אינו שותף לגיבוש התכניות לבינוי ופיתוח של המרכזים הרפואיים . בשל כך חלקו בקביעת סדרי העדיפויות לפיתוח מערכת הבריאות, כגורם-על שביכולתו לראות את צורכי הפיתוח בהיבט מערכתי-לאומי, קטן מאוד . יצוין כי בשנת 2005 הכין המשרד "תחזית תכנון מערך האשפוז הכללי" עד לשנת 2025 , שנגעה להוספת מיטות אשפוז. ואולם בתכנית לא הייתה התייחסות לצורך לתכנן את התשתיות והבינוי שיידרשו למרכזים הרפואיים.