מערכת הביטחון . פעילות מערכת הביטחון בתחום הגנת הסביבה משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל ולמשרד להגנת הסביבה כי עליהם להגיע להסכמה בעניין השימוש בכלי הפלילי נגד בעלי תפקידים בצה"ל, כפי שקבע היועץ המשפטי לממשלה בספטמבר 2016 . ככל שיעלה הצורך, יש לפנות שוב ליועץ המשפטי לממשלה כדי שיכריע בסוגיה. משרד מבקר המדינה מעיר לאמו"ן ולאג"ת על כך שבניגוד להנחיית מנכ"ל משהב"ט, הם לא הקימו צוות לגיבוש תוכנית עבודה משולבת חוצת תר"שים בתחום הגנת הסביבה, וממילא לא נדונה סוגיית מקורות תקציב למימושה. נוכח הפערים שעליהם הצביע מנכ"ל משהב"ט כאמור לעיל, על סמנכ"ל וראש אמו"ן ועל ראש אג"ת לוודא כי תושלם בהקדם תוכנית עבודה משולבת חוצת תר"ש בתחום זה. בביקורת עלה כי בשנים 2010 - 2015 אמנם מסר משהב"ט דיווחים עיתיים בנוגע לחיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב, אולם הוא לא חיבר את המחנות בתיאום עם מילת"ב. העברת האחריות לניהול תחום הגנת הסביבה ממינהל הגנת הסביבה באט"ל לענף תכנון תו"פ באג"ת אינה רק שינוי ארגוני אלא שינוי רחב בהרבה, שעלולות להיות לו השפעות על יכולות הטיפול של צה"ל בתחום הגנת הסביבה, על הבקרה והפיקוח של המטכ"ל על תחום זה ועל ממשקיו של צה"ל עם גופים אחרים בתחום זה. זאת בין היתר משום שהעברת התחום לאג"ת הבי אה לביטולו בפועל של מינהל הגנת הסביבה, וכן מאחר שליבת עיסוקו וסדר העדיפויות של ענף תכנון תו"פ אינם בתחום הגנת הסביבה אלא בתחום תכנון התשתיות בצה"ל, תחום הדורש עיסוק רחב. להלן פירוט: .עבודת המטה שביצע צה"ל לבחינת חלופות למיקום מינהל הגנת הסביבה בחנה נושאים כגון תפקידי המינהל , "מפת הזיקות" שלו לגורמי פנים ולגורמי חוץ ותהליכי עבודה מרכזיים, אולם לא צוין בה כי השינוי הארגוני והצמצום בכוח האדם, נדרשו עקב ירידה במספר המׅפגעים שאיתם צה"ל מתמודד או עקב שינויים במדיניות שקבע בתחום הגנת הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל שבפועל תהליך העברת האחריות לתחום הגנת הסביבה מאט"ל לאג"ת לווה בצמצום ניכר של כוח האדם המטפל בתחום זה במטכ"ל. נוכח זאת, נפגעה יכולתו של המטכ"ל לנהל את התחום ולספק לו מענה שלם כנדרש. בביקורת עלה שרק שתי סמכויות - זרוע האוויר והחלל וזרוע הים - פעלו להקמת מערך הכשרות עצמאי. שבע מתוך שמונה הסמכויות האחרות לא מימשו את הנחיית אג"ת, מכיוון שחסרו את הידע הנחוץ לכך. במצב דברים זה לא נעשות בסמכויות אלה ביקורות מטכ"ליות, ולא כל בעלי התפקידים בהן מוסמכים ומוכשרים לתפקידם (עוד בנושא זה ראו בהמשך). צה"ל הוא ג וף מרובה משימות, לרבות בתחום הגנת הסביבה. מאחר שתחום זה אינו מצוי בליבת העשייה של צה"ל נדרש פיקוח רציף ומתמיד על ניהולו, ובכלל זה על מימוש היעדים וביצוע המשימות הקשורים אליו. בהקמת המינהל קבע צה"ל גוף מטכ"לי שינהל את ביצוע הביקורות וההכשרות, וקבע את מהותן ואת תכולתן. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל שהמצב הנוכחי הוא חזרה של שנים לאחור, וכי עלול להיווצר חלל ריק בפיקוח ובבקרה של המטכ"ל על תחום הגנת הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר כי הגם שתוספת כוח האדם יש בה כדי להועיל, הרי שסיכום זה מפצל את תחום הטיפול ולא מאפשר ראייה כוללת של המטכ"ל בתחום הגנת הסביבה, מכיוון שכעת הטיפול בהיבטים מסוימים הוא באחריות של אג"ת ובהיבטים אחרים - באחריות של אט"ל. על סגן הרמטכ"ל לבחון אם פיצול האחריות והטיפול בתחום הגנת הסביבה בין אג"ת לאט"ל לא יביא לפגיעה בראייה הכוללת של המטכ"ל, לפגיעה ביכולתו להכווין ולפקח על פעולות בתחום הגנת הסביבה ולפגיעה ביכולתו לפקח ביעילות על פעולות להפחתת מפגעים סביבתיים שלהם אחראיות יחידות צה"ל. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי על פי תר"ש "צה"ל שומר סביבה", בשנים 2010 - 2020 צה"ל היה אמור להשקיע כ-725 מיליון ש"ח בתחום הגנת הסביבה, יותר מכפול מהסכום שציין בתגובתו. בהיעדר תוכנית עבודה רב-שנתית בת מימוש נותרו בעינם רבים מהפערים שעליהם הצביע צה"ל כבר בשנת 2010 . צה"ל מטפל הלכה למעשה רק בחלק מהמפגעים הסביבתיים ובראייה שנתית בלבד, ונפגעת יכולתו לקדם צעדים למניעת מפגעי סביבה. נוכח חשיבותו של תחום הגנת הסביבה, לא רק לצה"ל ולחייליו אלא לכלל המדינה, על סגן הרמטכ"ל להידרש לתוכנית עבודה בת מימוש לצה"ל בתחום זה ולעקוב אחר יישומה. בביקורת עלה כי מינואר 2017 , עת עברה האחריות לידיו, לא פעל אג"ת לשימורו של הפורטן ולתחזוקתו, והפורטן אינו פעיל עוד. פורטן מקצועי בצה"ל בתחום הגנת הסביבה שנגיש לכלל המשתמשים הוא כלי עבודה שאפשר להשתמש בו בכל רגע נתון ללא תלות בבעלי תפקידים אחרים; הוא משמש אוגדן מרוכז שמאפשר לימוד עצמי ושיתוף מידע בין בעלי תפקידים; ויש בו כדי לסייע לאג"ת, כגוף המרכז את הנושא ברמה המטכ"לית, בהסקת מסקנות שמבוססות על ראייה כוללת של התחום. זאת ועוד, פעילותו של פורטן מקצועי ייעודי בתחום הגנת הסביבה ממחישה ומדגישה לחיילי צה"ל ומפקדיו את החשיבות שמייחס צה"ל לנושא. . משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי הפסקת פעילות הפורטן פוגעת באיכות הטיפול בתחום הגנת הסביבה ובמודעות של החיילים והמפקדים לנושא זה. על צה"ל לסיים בהקד ם את בחינת הפתרונות האפשריים, ולהעלות ולתחזק פורטן מקצועי שנגיש לכלל המשתמשים. ,בביקורת עלה כי צה"ל אינו מפריד פסולת אריזות מזרם הפסולת הכללי אינו אוסף פסולת אריזות ואינו מפנה אותה כנדרש בחוק האריזות ובהק"א פסולת למחזור, למעט במחנות שבתחום שיפוטן של חמש רשויות מקומיות. בביקורת עלה כי הנחיית מנכ"ל משהב"ט לא מומשה ולא גובשה תוכנית עבודה משולבת חוצת תר"שים למשהב"ט ולצה"ל בתחום הגנת הסביבה. . בביקורת הועלתה תמונת מצב עגומה בכל הנוגע לשיתוף הפעולה בין משהב"ט לצה"ל בתחום הגנת הסביבה: אין שיתוף מידע סדור, לא מגובשת תמונת מצב משותפת, ולא קיימות יוזמות משותפות. כמו כן, אף שעל פי מנכ"ל משהב"ט, במחנות צה"ל קיימים פערים רבים בתחום זה, לא מימשו צה"ל ומשהב"ט את הנחייתו להכין תר"ש משולבת. נוסף על כך, הוועדה להגנת הסביבה במערכת הביטחון, שהייתה יכולה להיות כלי לעבודה משותפת ולצמצום סיכונים בתחום הגנת הסביבה, אינה מתכנסת כלל. על מנכ"ל משהב"ט ועל סגן הרמטכ"ל להביא לכך שהגורמים הרלוונטיים בצה"ל ובמשהב"ט ישלבו ידיים ויפעלו בתיאום ובשיתוף פעולה רציף, כדי לקדם את תחום הגנת הסביבה במערכת הביטחון. יוצא אפוא כי פסולת אריזות ממאות מחנות של צה"ל אינה ממוחזרת, ובכך נפגעת הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט ולצה"ל כי אף שעברו כשבע שנים מאז נחקק חוק האריזות, תהליך היישום שלו הסתכם בפיילוט אחד שלא צלח. על משהב"ט ועל צה"ל לסכם בהקדם את המתווה ליישום הוראות חוק האריזות, וכן על משהב"ט ליישב את המחלוקות הכספיות עם התאגיד. בביקורת עלה כי מערכת הביטחון אינה בוחנת את השפעותיהם של שינויים סביבתיים ארוכי טווח על הפעילות הביטחונית שלה, וממילא אינה נערכת לשינויים סביבתיים ארוכי טווח העשויים להשפיע על פעילותה. בביקורת עלה כי אף שעברו כשבע שנים מהמועד שנקבע לכך בחוק הפיקוח והאכיפה, טרם נקבע נוהל פיקוח ואכיפה המוסכם על צה"ל ועל המשרד להגנת הסביבה. לעובדה זו יש הש פעות ניכרות וחמורות על יכולתו של המשרד להגנת הסביבה לבצע פעולות פיקוח ואכיפה במחנות צה"ל. בביקורת עלה כי בפועל שיתוף הפעולה בין מערכת הביטחון ובין המשרד להגנת הסביבה ורשות המים הוא דל, נטול יוזמות משותפות ורצוף קשיים וחסמים, כמפורט להלן: בשנים 2010 - 2018 פעל משהב"ט לסירוגין להקים מתקן לסילוק תחמושת כדי לעמוד בהוראות חוק אוויר נקי ובדרישות המשרד להגנת הסביבה. עם זאת, המתקן לא הוקם ואף שעבר עשור מאז נחקק חוק אוויר נקי, צה"ל ממשיך לסלק תחמושת באותה דרך שבה עשה זאת לפני חקיקת החוק. משרד מבקר המדינה מעיר למנכ"ל משהב"ט כי להמשך המצב הקיים עלולות להיות השפעות על איכות האוויר במדינת ישראל. לכן על מנכ"ל משהב"ט ועל מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה להגיע להסכמה בעניין אופן סילוק התחמושת בצה"ל. אם לא תושג הסכמה כאמור, יש להביא את הנושא לפתחו של היועץ המשפטי לממשלה. משרד מבקר המדינה מעיר בחומרה לצה"ל ולמשרד להגנת הסביבה שלא מתקבל על הדעת שבמשך שבע שנים הם לא הצליחו להגיע להסכמות ולהכרעה במחלוקת ביניהם ולקבוע נוהל פיקוח ואכיפה. חוץ מאי-העמידה בהוראות החוק, דבר חמור כשלעצמו, המשמעות של היעדר נוהל מוסכם היא שהפיקוח והאכיפה בנוגע ליישום החוקים הסביבתיים במחנות צה"ל מתקיימים באופן חלקי, ועקב כך נפגע זה שנים האינטרס הציבורי. מצב דברים זה גם משקף את שיתוף הפעולה החלקי בין הגופים ואת היעדר השיח ביניהם, ולמרות ניסיונות של שרים, חברי כנסת ואף היועץ המשפטי לממשלה להתערב ולהביא לסיומה של המחלוקת, הצדדים מתבצרים בעמדותיהם. כאמור, בחוק הפי קוח והאכיפה נקבע שאם לא תהיה הסכמה בין השרים לגבי קביעת הנוהל, הוא ייקבע על ידי ראש הממשלה. משכך אם לא תושג בהקדם הסכמה, ראוי כי השר להגנת הסביבה ושר הביטחון יעלו את הסוגיה לפני ראש הממשלה כדי שיקבע נוהל כאמור, בהתאם לחובה המוטלת עליו על פי חוק הפיקוח והאכיפה, ולצורך יישום של מתווה פיקוח ואכיפה סביבתי אפקטיבי ויעיל במחנות צה"ל. מנתוני אגף התקציבים במשהב"ט עולה כי בשנים2010 - 2015 הוקצו רק 133 מיליון ש"ח לחיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב, אף שלפי החלטת הממשלה היו אמורים להיות מוקצים לכך 400 מיליון ש"ח- משהב"ט הקצה מתקציבו 112 מיליון ש"ח, אף שנדרש להקצות 250 מיליון ש"ח, והמשרד להגנת הסביבה הלווה למשהב"ט רק21 מיליון ש"ח, אף שנדרש להלוות 150 .מיליון ש"ח . זה שנים שלמשרד להגנת הסביבה ולרשות המים אין תמונת מצב מלאה ומפורטת של המפגעים הסביבתיים במחנות צה"ל. הם לא מקבלים ממערכת הביטחון נתונים ומסמכים שבאמצעותם היו יכולים לבנות תוכניות עבודה משותפות לטיפול במפגעים הרבים, לרבות מפגעי עבר שדורשים טיפול מיוחד, ויכו לתם לבצע ניטורים ומדידות במחנות צה"ל מוגבלת. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל ולמשהב"ט כי חשוב שצוות העבודה המשותף ("השולחן העגול"), שהוקם בעקבות הביקורת, יידרש לסוגיית אי-העברת מידע באופן שוטף בין שני הגופים ולשיתוף הפעולה החלקי ביניהם, מכיוון שהדבר גורם לכך שאין להם תמונת מצב מ שותפת של תחום הגנת הסביבה במערכת הביטחון. יצוין כי בכל מקרה "השולחן העגול" אינו תחליף לתיאום שוטף. תמונת מצב משותפת חיונית לא רק לצורך טיפול במפגעים סביבתיים קיימים, אלא גם לניהול סיכונים סביבתיים. פעילות משותפת לאיתור סיכונים סביבתיים מאפשרת הערכה של עוצמ ת הנזק האפשרי שלהם וקביעת סדרי עדיפויות לגבי הטיפול בהם, כדי להקטין את הסיכון להתרחשות אירוע סביבתי ולצמצם נזקים אפשריים. לכן, על מנכ"ל משהב"ט ועל סגן הרמטכ"ל לוודא כי קיום "השולחן העגול" יביא לשיתוף פעולה מלא בין אמו"ן לאג"ת, שיבוא לידי ביטוי בין היתר בבי צוע תהליכי ניטור ומיפוי סביבתיים משותפים לצורך בניית תמונת מצב משותפת, שעל בסיסה יהיה ניתן לקבוע בתוכנית עבודה סדרי עדיפויות לטיפול במפגעים סביבתיים במערכת הביטחון. זולת ישיבת הנהלת משהב"ט האמורה לא נמצאו סימוכין לכך שהתקיימה במשהב"ט או בצה"ל כל פעילות של ממש לזיהוי השפעותיהם הביטחוניות של שינויים סביבתיים ארוכי טווח, לרבות השפעות אפשריות על מוכנות צה"ל למלחמה ועל תשתיות ביטחוניות. . בביקורת עלה כי כל הניסיונות של משהב"ט מאז שנת2010 להחליף את שיטות הפיצוץ והשריפה בשיטה אחרת שאינה פוגעת בסביבה עלו בתוהו. להלן פירוט: בביקורת עלה כי חיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב על פי החלטת הממשלה בוצע באופן חלקי בלבד, כמפורט להלן: .משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל שמאחר שאופי פעילותו לא השתנה בשנים האחרונות וכך גם פוטנציאל הנזק או הנזק בפוע ל לסביבה עקב פעילותו - השינויים הארגוניים במטכ"ל, כפי שפורטו לעיל, שלהם יש השפעה על היקף הפעילויות בתחום הגנת הסביבה, עלולים להביא לפגיעה ביכולתו של צה"ל לטפל במפגעים הסביבתיים הנגרמים מפעילותו. בכך יחטא המטכ"ל למדיניות ולחזון שצה"ל עצמו הגדיר בתחום זה. על סגן הרמטכ"ל לבחון את הליקויים שהועלו בתחום הארגון, הבקרה והפיקוח של המטכ"ל, להפיק את הלקחים הנדרשים ולפעול לתיקון הנדרש. נמצא כי קיימים פערים רבים, חלקם ניכרים, בטיפולן של הסמכויות בתחום הגנת הסביבה. הדבר משפיע על יכולתן להתמודד עם המפגעים הסביבתיים שהן אחראיות להם. כך, במענה הארגוני, באופן ניהול התחום, בהקצאת המשאבים ובתיעדוף שנותנות הסמכויות לנושא בין פעילויותיהן השונות, להלן פירוט: בביקורת עלה כי במחצית הסמכויו ת ראשי המדורים שעליהם הוטל הטיפול בתחום הגנת הסביבה אינם פועלים לפי תוכנית ביקורות סדורה ובהתאם לקבוע בהוראת קבע אג"ת31 . עוד עלה שוועדות הגנת הסביבה בסמכויות, למעט זרוע הים וזרוע האוויר והחלל, אינן מתכנסות כלל, וממילא אינן דנות בתוצאות הביקורות. בביקורת עלה שמאז מיזוג אט"ל עם זרוע היבשה בשנת 2016 ועד מועד סיום הביקורת ביולי 2018 לא אויש תפקיד ראש מדור הגנת הסביבה בזרוע היבשה27. זה קרוב לשנתיים לא קיים גורם שמרכז ומנהל את הטיפול בתחום הגנת הסביבה בזרוע היבשה, ובשל כך היבטים סביבתיים בתכולות העבודה של זרוע היבשה ושל אט "ל אינם מטופלים. למעשה הוראת קבע אג"ת אינה ממומשת כיוון שבהיעדר ראש מדור, לא גובשו תוכניות עבודה, לא נעשה מעקב אחר עמידה במדדים כמותיים ואיכותיים בנושא הגנת הסביבה ואין הנחיה של הממונים והנאמנים ביחידות זרוע היבשה. זרוע היבשה היא אחת הסמכויות שליחידותיה יש השפעה ניכרת ביותר על הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי אי-מינוי ראש מדור הגנת הסביבה בזרוע היבשה כבר יותר משנתיים פוגע מאוד בטיפול של זרוע היבשה ושל אט"ל בתחום הגנת הסביבה, ולכן על צה"ל לאייש תפקיד זה מיידית. .משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל כי למרות חשיבות התפקיד של ראש מדור לטיפול בתחום הגנת הסביבה ולמרות הוראת קבע אג"ת הקובעת שתפקיד של ראש מדור יהיה בתקן מלא, בשל אי-הסדרת הנושא, ראשי המדורים להגנת הסביבה בסמכויות נאלצים לנקוט בפעולות שמהוות פתרונות ארעיים וחלקיים בלבד, שאין בהן כדי לתת מענה מלא לפערים, מהסיבות הבאות: ראשי המדורים בסמכויות מטפלים בתחום הסבי בתי בנוסף לתפקידיהם המרכזיים, הם אף לא הוכשרו לכך מקצועית, והזמינות של ראשי המדורים בענף תכנון תו"פ באג"ת היא נמוכה. על מפקדי הסמכויות הרלוונטיים לפעול בהתאם להוראת קבע אג"ת ולאייש ראש מדור הגנת הסביבה בתקן מלא בעל הכשרה מתאימה. .משרד מבקר ה מדינה מעיר למפקדי שבע הסמכויות הרלוונטיות כי בליקויים בניהול תחום הביקורות כאמור יש כדי לפגוע ביכולת הסמכויות לגבש תמונת מצב שעליה אמור להסתמך אג"ת בבואו לקבוע יעדים ומדדים בתחום הגנת הסביבה ברמה הכלל-צה"לית. נוסף על כך, חברי ועדות הגנת הסביבה אינם דנים בת וצאות הביקורות שמתבצעות או בהתקדמות הטיפול בליקויים שזוהו בביקורות קודמות, ועקב כך עלול להיפגע תהליך הטיפול בליקויים. . עיקרי הדברים המובאים בפרק זה ממחישים את הירידה בהיקף המענה של המטכ"ל בכל הנוגע לתחום הגנת הסביבה, החל מאי-מימוש תר"ש בנושא צה"ל שומר סביבה ועד לצמצום הבקרה הנעשית בתחום זה. התרשים שלהלן מסכם מגמה זו: בביקורת התברר כי ברוב הסמכויות יותר ממחצית הממונים והנאמנים לא הוכשרו לביצוע תפקידם32 . מכאן שחסרים להם ידע וכלים לטפל בתחום הגנת הסביבה ביחידותיהם. בין היתר כתוצאה מכך, תחום הגנת הסביבה בסמכויות אינו מטופל באופן מיטבי. על אג"ת ועל הסמכויות לפעול לצמצום הפערים בהכשרת הממונים והנאמנים. קיימים פערים ניכרים בנוגע למינוי ראשי המדורים, לניהול הביקורות ולהכשרת בעלי התפקידים. הסמכויות הן הגורם בעל המשקל הרב ביותר בצה"ל לעניין מפגעים סביבתיים - בפעילותן הן גורמות להם ובהיעדר טיפול בהם הן מביאות להחמרתם. יודגש כי חלק מר אשי המדורים בסמכויות מסרו לנציגי משרד מבקר המדינה שלדרג הבכיר בסמכויות אין קשב פיקודי לתחום הגנת הסביבה, וכי הוא אינו מעורב ואינו מבקש להתעדכן במשימות, ביעדים או בצרכים הרלוונטיים לתחום הגנת הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר למפקדי הסמכויות כי במצב דברים זה תחום הגנת הסביבה בסמכויות אינו מטופל על פי ההוראות והפקודות, וכי הקשב שהם מייחדים לתחום זה אינו מספק, ועקב כך גדלים הסיכונים לפגיעה בסביבה. על סגן הרמטכ"ל לוודא כי ראשי האגפים ומפקדי הזרועות והפיקודים ינקטו את הצעדים הנדרשים כדי לצמצם את הפערים בנוגע למינויים, לניהול ביקורות ולהכשרת בעלי תפקידים, ויפעלו לשפר את יכולתן של הסמכויות לטפל בתחום הגנת הסביבה. בביקורת עלה כי למרות הנאמר בהוראות ולמרות הצורך לקיים תיאום ושיתוף פעולה כדי לקדם את הטיפול בתחום הגנת הסביב ה במערכת הביטחון, שיתוף הפעולה בין צה"ל ובין משהב"ט הוא חלקי ולוקה בחסר33:, כמפורט להלן .קיימת הכרה בין -לאומית בחשיבות ההגנה על הסביבה, למען הבטחת בריאותם ואיכות חייהם של הדור הנוכחי ושל הדורות הבאים. למערכת הביטחון, ובכללה צה"ל, יש השפעה נרחבת על הסביבה בישראל, והיא אמורה לתת מענה הולם לצורכי ביטחון המדינה, בד בבד עם שמירה על משאבי הטבע והסביבה. מלבד זאת חשוב שמערכת הביטחון תקפיד לשמור על הסביבה כדי שלא להיחשף לתביעות אפשריות של גורמים אזרחיים, דבר שיש לו הן השפעה כספית והן השפעה על אמון הציבור במערכת הביטחון. הליקויים שצוינו בדוח זה מלמדים שקיימת פגיעה ממשית במימוש מדיניות מערכת הביטחון לצמצם את טביעת הרגל האקולוגית של צה"ל, לטפל במפגעים סביבתיים ולקיים פיקוח ובקרה בתחום הגנת הסביבה. דבר זה בא לידי ביטוי בין היתר בירידה בהיקף המענה של המטה הכללי בצה"ל בתחום הגנ ת הסביבה, בפערים בטיפול הסמכויות בצה"ל בתחום זה, בליקויים בשיתוף הפעולה בין צה"ל למשהב"ט, בליקויים בממשקי העבודה בין מערכת הביטחון למשרד להגנת הסביבה ובאי -עמידה בהחלטת הממשלה לחיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב. יש לציין לחיוב את פעילות מערכת הביטחון לשלב שיקול י הגנה על הסביבה בנוגע לבנייה חדשה, אולם אין בכך די כדי לממש את אחריותה העקרונית בתחום, כפי שקבעה היא עצמה. על מנכ"ל משהב"ט ועל סגן הרמטכ"ל להביא לכך שהגורמים הרלוונטיים בצה"ל ובמשהב"ט יפעלו בתיאום ובשיתוף פעולה רציף כדי לקדם את תחום הגנת הסביבה במערכת הביטחון וכדי לעמוד בהוראות החוק. כמו כן, כדי להשיג את התוצאות הרצויות על סגן הרמטכ"ל להגביר את הבקרה של המטה הכללי ולתקן את הליקויים שצוינו בדוח זה בעניין טיפולן של הסמכויות בצה"ל בתחום הגנת הסביבה. נוסף על כך, יש להגביר את שיתוף הפעולה של מערכת הביטחון עם גו רמי ממשלה רלוונטיים, ובייחוד עם המשרד להגנת הסביבה. משרד מבקר המדינה מעיר למשהב"ט ולצה"ל כי נוכח שינויים סביבתיים ארוכי טווח כגון שינויי אקלים, לא די בניהול שגרתי שעיקרו טיפול במפגעים סביבתיים שוטפים, התייעלות אנרגטית ומיפוי שטחים אקולוגיים. על מנכ"ל משהב"ט ועל סגן הרמטכ"ל להנחות את הגורמים הרלוונטיים במשהב"ט ובצה"ל לפעול בשיתוף עם כל הגורמים הנוגעים בדבר כדי להיערך לשינויים סביבתיים ארוכי טווח. כמו כן על מנכ"ל משהב"ט ועל סגן הרמטכ"ל לקיים תהליך לזיהוי השפעותיהם הביטחוניות של שינויים כאלה ולגבש תפיסה אס טרטגית בנושא שתבוא לידי ביטוי בתהליכי התכנון, לרבות בתר"ש העתידית לשנים 2021 - 2025. מטרתה של החלטת הממשלה הייתה להפסיק את הזיהום שגורמים השפכים ממחנות צה"ל, כדי לשמור על מקורות המים ועל הסביבה. ואולם הצפי הוא כי מלאכת חיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב תסתיים רק בשנת 2030 . העיכוב המתמשך בחיבור המחנות לתשתיות ביוב אינו עולה בקנה אחד עם החלטת הממשלה, מסכן מקורות מים וגורם למפגעים סביבתיים ותברואתיים. משרד מבקר המדינה מעיר לצה"ל ולמשהב"ט כי יש לגבש, בשיתוף מילת"ב והמשרד להגנת הסביבה, תוכנית רב-שנתית מעודכנת ותכליתית לצורך חיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב, במטרה לשים קץ למצב שבו הביוב בחלק ממחנות צה"ל גולש ומחלחל לתת -קרקע, דבר המסכן מקורות מים. מאחר שתוכנית חיבור המחנות היא תוכנית עתירת הון, על משהב"ט, המשרד להגנת הסביבה ורשות המים לפעול בשיתוף משרד האוצר להגדרת מקורות מימון ליישומה. יתר על כן, מכיוון שחיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב הוא פרויקט שיש לו השפעות לאומיות, ראוי כי שר הביטחון יגיש לממשלה הצעת החלטה שתעגן את התוכנית ואת מקורות המימון שלה. משרד מבקר המדינה מעיר למערכת הביטחון, למשרד להגנת הסביבה ולרשות המים ששיתוף הפעולה החלקי והשיח החסר ביניהם פוגעים בהשגת היעדים של כל אחד מהם וכן בהשגת היעדים המשותפים שלהם בתחום הגנת הסביבה. עוד מעיר משרד מבקר המדינה למשהב"ט ולצה"ל שבדחייתם את בקשות המשרד להגנת הסביבה ורשות המים לשיתוף פעולה נוצרים עיכובים - לעיתים של שנים רבות - בטיפול במפגעים, דבר הגורם להחמרת הנזק הנגרם מהם. בהתאם להחלטת הממשלה משנת 2010 בנוגע לחיבור מחנות צה"ל לתשתיות ביוב, על שר הביטחון ועל השר להגנת הסביבה להקים צוות משותף לעניין התמודדות מערכת הביטחון בתחום הגנת הסביבה. כמו כן, על אג"ת ועל אמו"ן לפעול לביסוס ממשקי עבודה ברמה השוטפת עם המשרד להגנת הסביבה ורשות המים, ובכלל זה העברת מידע לצורך גיבוש תמונת מצב ותוכניות עבודה משותפות, בכפוף לשיקולי אבטחת מידע. יודגש כי המשרד להגנת הסביבה ורשות המים הם מקור ידע מקצועי ולפיכך מערכת הביטחון יכולה להסתייע בהם וללמוד מהם. מטרת הפיילוט הייתה לקדם את יישוב המחלוקת בין צה"ל למשרד להגנת הסביבה בעניין נוהל פיקוח ו אכיפה ולקדם את קביעת הנוהל כנדרש בחוק. בספטמבר 2017 הסתיימה תקופת הפיילוט, כפי שהנחה היועץ המשפטי לממשלה. ואולם במועד סיום הביקורת, יולי 2018 , עדיין נותרה המחלוקת בעינה ולא נקבע נוהל המוסכם על צה"ל והמשרד להגנת הסביבה.
על פי נתוני מערכת הביטחון בשנים 2010 - 2015 חיבר משהב"ט42 מחנות לתשתיות ביוב. בביקורת עלה כי בניגוד להחלטת הממשלה חוברו רק כ-30% .מרשימת המחנות העדכנית שנדרש לחברם