המשרד להגנת הסביבה . ניקיון רשות הרבים - איסוף מכלי משקה לדעת משרד מבקר המדינה, שיקוליו העסקיים של התאגיד אינם מעניינו של המשרד להגנת הסביבה: חוק הפיקדון קובע לתאגיד יעדים לאיסוף המכלים, והיה על המשרד לעמוד על מילוים. לפני קבלת החלטה על סטייה מכללים יש לבדוק בעבודת מטה אם הסטייה נחוצה, ובדיקה כזאת נדרשת בייחוד אם הסטייה עלולה לפגוע ברווחת הציבור17 . לפיכך היה על המשרד להיענות לבקשות התאגיד להפחתת יעדי האיסוף שנקבעו בחוק הפיקדון רק לאחר שבדק לעומק את העניין ונוכח שהיו אירועים שאינם תלויים בתאגיד שמנעו ממנו לעמוד בשיעורים אלה. אולם, הביקורת העלתה כי המשרד לא עשה בדיקה כאמור. ראוי לציין כי שיעורי האיסוף המופחתים שאישר המשרד בשנים 2002 -2005 היו נמוכים מ-65% - .יעד האיסוף שהוא עצמו הכיר בו כנקודת האיזון של התאגיד עוד יצוין כי מימוש האפשרות לגבות דמי טיפול מהיצרנים והיבואנים היה מעמיד אמצעים כספיים נוספים לרשות התאגיד ומאפשר להעלות את נקודת האיזון שלו. לפיכך ראוי היה שקודם להפחתתם של שיעורי האיסוף ישתמש המשרד להגנת הסביבה באפשרות זו ויעמוד על כך שהתאגיד יפנה אל הגופים שהוא מספק להם שירות ויבקש מהם דמי טיפול. .חישוב שעשה משרד מבקר המדינה העלה כי אילו הקפיד המשרד להגנת הסביבה שהתאגיד יעמוד ביעד האיסוף שנקבע בכל שנה, היה על המשרד להשית על התאגיד בשנים 2002 -2006 קנס בסכום כולל של כ -275 .מיליון ש"ח עקב ההפחתות בשיעורי האיסוף הוקטן כפל הפיקדון בכ-216.5 מיליון ש"ח, וזהו למעשה שווי ההטבה שניתנה לתאגיד עקב הסכמת המשרד להפחית את שיעורי האיסוף. במועד סיום הביקורת, אוגוסט 2007 - כחמש שנים וחצי מסוף שנת2001 - טרם יושבה המחלוקת בין שני המשרדים האמורים, וטרם נגבה הסכום האמור או חלק ממנו. ראוי כי משרדים אלה יבואו בדברים כדי להביא לסיומה של המחלוקת. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על המשרד להגנת הסביבה לבדוק כבר לפני שנים את הסוגיה המשפטית שהעלה התאגיד. אולם הביקורת העלתה כי רק ביוני 2006 - לאחר שהתאגיד כבר שילם כפל פיקדון בעד השנים2002 ,2004 ו-2005 , החל המשרד בבדיקת העניין. במועד סיום הביקורת טרם הושלמה הבדיקה. על המשרד להגנת הסביבה למצות את הזכויות שמקנה לו החוק ולדרוש מהתאגיד לשלם לו את כל הסכומים שהוא זכאי להם על פי דין. . יוצא אפוא שדווקא היצרנים והיבואנים, האחראים לשיווקם של מאות מיליוני מכלי משקה בשנה וראוי היה שישתתפו בהוצאות הכרוכות באיסופם, אינם נדרשים להשתתף בהוצאות אלה, ועיקר הנטל מוטל על המשווקים והצרכנים. אישור המשרד להפחית את יעדי האיסוף משמעותו, בין היתר, העברת חלק נוסף מהנטל של ניקיון הסביבה לציבור הצרכנים. אחד מסוגי המכלים שיש לסמן הוא בקבוקי בירה העשויים מזכוכית. הביקורת העלתה כי יצרנים ויבואנים של בקבוקים אלה, המּוכ ר ים למשרד, אינם מסמנים את הבקבוקים; וכי המשרד לא הפעיל את סמכותו לחייב אותם לפעול לפי חוק הפיקדון - הוא לא דרש מהם לסמן את הבקבוקים, וגם לא עמד על כך שישלמו לקרן לשמירת הניקיון פי שישה מדמי הפיקדון. כך ויתר המשרד על הכנסות שהוא היה אמור לקבל לפי החוק, העשויות להסתכם במיליוני שקלים. .מכאן שהשתתפות הציבור הרחב בהחזרת המכלים הריקים מועטה. בנסיבות אלה מוחמצת אחת המטרות החשובות של חוק הפיקדון - שיתוף הציבור בהגנה על הסביבה: זאת מאחר שהציבור הרחב, שעל פי החוק אמור להיות הגורם המרכזי בהחזרת מכלי המשקה ולקבל תמורתם את דמי הפיקדון, מחזיר רק חלק קטן מהמכלים. משרד מבקר המדינה העיר למשרד להגנת הסביבה על שלא פעל די להסרת הקשיים שניצבו לפני מי שביקשו להשיב מכלים ריקים, וציין שכבר לפני שנים היה עליו לפעול להגברת המעורבות של הציבור בהחזרת המכלים.
על המשרד להגנת הסביבה לפעול לשיפור התנאים להשבת מכלי משקה ריקים כדי להקל על הציבור את השבת המכלים. כמו כן עליו לנהוג על פי עקרון "המזהם משלם" גם כלפי היבואנים והיצרנים של מכלי המשקה ולחייב גם אותם לשאת בעלויות הכרוכות בטיפול בנזק שהם גורמים לסביבה. הואיל והמשרד הגיע לידי מסקנה שיש צורך לתקן את חוק הפיקדון על מכלי משקה, התשנ"ט-1999 , בנוגע לכמה סוגיות חשובות ואף החל בהליך לתיקון החוק, ראוי שהוא יפעל במלוא המרץ להשלמת ההליך.