משרד החינוך . מקצועות הלימוד בבתי הספר על משרד החינוך לגבש רשימת מקצועות לימוד מלאה, מעודכנת ומאושרת לגבי כל אחת מחטיבות הגיל בבתי הספר. יש להקפיד ולעדכן רשימה זו באורח שוטף. מבדיקת משרד מבקר המדינה עולה כי רשימת אגף הבחינות, הכוללת את 157 מקצועות הלימוד לבגרות, שהעביר המ שרד איננה מעודכנת. למשל, נמצא שרשימה זו כוללת 14 שפות שכבר בשנת 2004 ביטל המשרד את בחינות הבגרות בהן; גם המקצוע "הוראה והדרכה" שהמשרד ביטל בעבר מופיע ברשימה; המקצועות "תכנון הנדסי של מבנים" ו"אדריכלות" שהמשרד איחד למקצוע אחד מופיעים כשני מקצועות; המקצוע "ס ינית" שהחל משנת הלימודים התשע"א ניתן להיבחן בו לבגרות אינו נכלל ברשימה. נמצא כי אין בידי המשרד הוראות וכללים לקיום הליך הבדיקה, האישור והטיפול להוספת מקצוע לימוד למערכת החינוך ולגריעת מקצוע. לדעת משרד מבקר המדינה לאיושם ולהפעלתם של הגופים המייעצים האמורים עשויה להיות תרומה ממשית לחיזוק הפעילות המקצועית שמקיים המשרד בתחום הפדגוגי בכלל, ולהליכים המתקיימים בקשר להוספה ולגריעה של מקצועות לימוד בפרט. משרד מבקר המדינה לא מצא כי המזה"פ הייתה שותפה בתהליך קבלת ההחלטה להוספת השפה הסינית כמקצוע בחירה לבגרות. יצוין כי באותה עת תפקיד יו"ר המזה"פ לא היה מאויש. הצורך בקיום הליך בחינה תוך היוועצות עם כל הגורמים המקצועיים הרלוונטיים מקבל משנה תוקף נוכח מדיניות המשרד לצמצום מספר מקצועות הבחירה בחטיבה העליונה. .נושא מערך מקצועות הלימוד במערכת החינוך נמצא בליבת העבודה של משרד החינוך, והטיפול בו מחייב התמודדות מורכבת הן במישור הפדגוגי והן במישור הארגוני-מינהלי. על משרד החינוך לשפר את הליכי הטיפול, הבחינה והאישור שהוא מקיים בנושא זה בהתאם לממצאיו של דוח זה. על המשרד לגבש את רשימת המקצועות המלאה והעדכנית של כלל מקצועות הלימוד במע רכת החינוך לפי קבוצות גיל, ולהקפיד לנהל את המידע בנושא זה באופן שוטף. כמו כן עליו לקבוע נוהל אשר יפרט את הליכי הבחינה, האישור והיישום בנוגע להוספת מקצוע למערכת החינוך. ראוי כי המזכירות הפדגוגית במשרד החינוך תפעל באמצעות גופים מייעצים אשר ניתן להקימם על פי הוראות התקנות. כמו כן עליה להיות שותפה מרכזית בהליכים המתקיימים בנושא הוספה וגריעה של מקצועות לימוד. על המשרד לגבש תכנית מפורטת אשר תביא להשגת היעד שקבע בעניין צמצום מספר מקצועות הלימוד. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך כי יש מקום לבחון אם התפישה החינוכית האמורה מתיישבת עם היעד שהציב המשרד בדבר צמצום מקצועות הבחירה בחטיבה העליונה ב-25% . משרד מבקר המדינה מעיר למזה"פ, כי ראוי שתקיים בחינה באשר לסוגיות שהעלה יו"ר המזה"פ דאז ותעביר את מסקנותיה בנושא זה לשר ולמנכ"ל. במועד סיום הביקורת באוגוסט 2011 לא עמד המשרד ביעד שהציב לעצמו של צמצום מספר מקצועות הבחירה לבגרות ב-25%. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד, שדרישות הסף לתפקיד מפמ"ר הן, בין היתר, תואר אקדמי שני במקצוע המפוקח. מכאן שהטלת התפקיד על מפמ"ר ערבית עומדת בניגוד לדרישות התפקיד של המפמ"ר ומכאן שאין במשרד סמכות מקצועית הולמת לשתי שפות אלה. . משרד מבקר המדינה לא מצא כי המזה"פ הייתה שותפה בתהליך שבמסגרתו החליט המשרד להוסיף את נושא הלימוד "חינוך פיננסי" למערכת החינוך. בשנת 2009 נוסף מקצוע בחירה לבגרות - סינית; השפה האיטלקית חזרה להיות מקצוע בחירה לבגרות; נוסף נושא לימוד - חינוך פיננסי; תכנית ההעשרה "מורשת ותרבות ישראל" הוסבה למקצוע. מהממצאים עולה כי ההחלטות של הנהלת המשרד על עצם הוספת המקצועות הללו לא לוו כנדרש בהתייעצויות עם הדרגים המקצועיים במזכירות הפדגוגית.
נמצא כי במשרד לא היו, בעת עריכת הביקורת, רשימות מלאות ומעודכנות של כל מקצועות הלימוד הנלמדים בחינוך היסודי, בחטיבת הביניים ובחטיבה העליונה. במצב זה חסרה למשרד תשתית מידע מסודרת ועדכנית האמורה לשמש בסיס לטיפול, למעקב ולקבלת החלטות בנושא זה.