המשרד להגנת הסביבה . הטיפול בפסולת בניין עוד עלה שרק ביולי 2005 העלה המשרד לפני ממ"י את הצורך לשווק, או להקצות לרשות מקומית ללא מכרז, עשרה אתרים שיוכלו לשמש להטמנה ומיחזור של פסולת בניין. רק בספטמבר 2006 "החלו המשרד וממי לדון בנושא בישיבות מעקב סדירות, אך בעקבות אלה שווק אתר הטמנה אחד בלבד - אתר שפיה ב'; רק ביולי 2007 פרסם ממ"י מכרז נוסף- לאתר טורעאן - ושיווקו בפועל ליזם מתוכנן רק לשנת 2008. משרד מבקר המדינה מציין כי מצוקת האתרים להטמנת פסולת הבניין והצורך בשיווק אתרים עלה בישיבות הנהלת ממ"י מאז שנת 2002 , אך עד מועד סיום הביקורת לא קודם שיווקם של אתרים, מעבר לאתר שפיה ב' ואתר טורעאן, אשר יתנו מענה לבעיה ויצמצמו את תופעת ההשלכה הבלתי מוסדרת של פסולת בניין. בפועל, בארבע השנים שחלפו מאז קבלת החלטת הממשלה בעניין, לא הוסדרו ולא הוקצו אתרים נוספים, מעבר לאלה, להטמנה ומיחזור פסולת. במועד סיום הביקורת, אוקטובר 2007 , טרם הנחה משרד הפנים את הרשויות להכין תכניות מקצועיות להסדרת הטיפול בפסולת הבניין הנוצרת או המצויה בשטחן, לא בעניין ההקמה וההפעלה של תחנות מעבר ולא בעניין מיחזור פסולת בניין. הוא גם טרם אישר, וממילא טרם הפיץ להן, חוק עזר לדוגמה, אף שהמשרד להגנת הסביבה הכין ביוזמתו טיוטת חוק והעבירה אליו כמה פעמים מאז פברואר 2005. לדעת משרד מבקר המדינה, התקציב להעסקת מפקחים היה ייעודי, והחלטת הממשלה קבעה מפורשות כי על המשרד לתגבר את המשטרה הירוקה ב -20 מפקחים, ולכן לא נהג המשרד כהלכה כאשר לא ניצל את התקציב למטרה לה הוא יועד. הבדיקה העלתה כי עד למועד סיום הביקורת, אוקטובר 2007 , לא בחן משרד המשפטים דרכים לקידום שפיטה מהירה נגד נאשמים בהשלכת פסולת. רק בתחילת 2007 , ארבע שנים לאחר החלטת הממשלה, יזם המשרד הקמת ועדה בין-משרדית "לפיתוח ושימוש בחומר ממוחזר מ פסולת בניין". החברים בוועדה הם נציגים ממשרדי ממשלה העוסקים בפיתוח תשתיות, וביניהם נציג משרד השיכון. הוועדה התכנסה לראשונה בפברואר 2007 .ועסקה בקביעת נהלים על פי התיעוד שבידי המשרד, רק 32% מהרשויות קבעו אתר מוסדר לסילוק פסולת והכריזו עליו כנדרש בחוק. בין הרשויות שלא עשו זאת נמצאות עיריות נהרייה, צפת, שפרעם, בית -שאן, ובת -ים, וכן המועצות האזוריות גולן, מרום הגליל, וגלבוע. יוער כי נתוני המשרד בעניין זה מעודכנים לשנת 2005 בלבד. מאחר שהמשרד ממונה על ביצוע החוק, מן הראוי שיעדכן באופן שוטף את הרשימה, ואף יבחן את הצורך לפרסמה ברבים. הממשלה קבעה כי התקציב נועד להעסקתם של 20 מפקחים, אך בכל שנה העביר המשרד את התקציב, באישור אגף התקציבים במשרד האוצר, לטובת תקנות תקציב אחרות שאינן קשורות לנושא פסולת בניין, ובהן העסקת עובדים בחודשי עבודה ושעות נוספות וכוננויות לעובדי המשרד. כתוצאה מכך לא קלט המשרד מפקחים ולא ביצע את הפיקוח והאכיפה כפי שנקבע בהחלטת הממשלה. בכך נפגע הפיקוח על עברייני השלכת פסולת בניין ברשות הרבים. רק בספטמבר 2007 , בעת ביצוע הביקורת, נחתם חוזה בין המשרד לרשות שמורות הטבע והגנים הלאומיים לקליטה באמצעותה של 11 מפקחים למטרה זו, לאחר שהושגה הסכמה בין משרד האוצר למשרד על קניית שירותי פיקוח מהרשות. בנובמבר 2006 פנה המשרד בכתב למשרד הביטחון בבקשה להוסיף לספר הכחול מפרט לשימוש בפסולת בניין ממוחזרת בעבודות של הנחת מצעי עפר לתשתיות. .עד מועד הביקו רת לא פרסמה חל"ד את המפרטים כמפרט מחייב. רק במהלך הביקורת, אוגוסט 2007 , החלה חל"ד לצרף מפרט המאפשר שימוש בפסולת בניין ממוחזרת בעבודות סלילה כמסמך מחייב במכרזים. מנתוני המשרד להגנת הסביבה עולה כי רק 36% מ-251 הרשויות המקומיות מתנות מתן היתר בנייה בהצגת חוזה התקשרות עם אתר סילוק פסולת מורשה, וכי רק 24% מהרשויות מתנות מתן תעודת גמר בהצגת אישור על קליטת הפסולת שנוצרה במהלך הבנייה. בין הרשויות שלא מתנות מתן היתר בנייה ולא מתנות קבלת תעודת גמר בטיפול נכון בפסולת בניין ניתן למנות את עיריות שפרעם, ובית- שאן, וכן את המועצות האזוריות גולן, ומרום הגליל. הנהלת ממ"י דנה פעם אחר פעם בדרכי השיווק של אותם אתרים - הדיונים בכמה מהם ארכו כמה שנים - בלא שהשיווק יצא לפועל. להלן דוגמאות:
הביקורת העלתה כי בשנים 2003 -2006 לא דנה הנהלת המשרד בקידום יישומה של החלטת הממשלה ולא קיימה מעקב עתי אחרי ביצועה.