משרד ראש הממשלה . ניהול רשומות אלקטרוניות ושימורן במשרדי ממשלה נמצא, כי למרות השינויים הטכנולוגיים המפליגים שחלו משנות השמונים של המאה העשרים בסביבת העבודה הממשלתית, לא עדכנה הנציבות את הוראותיה למשרדי הממשלה ולא קבעה כללים לניהול רשומות אלקטרוניות ואף לא אימצה כללים המתאימים לפעילות משרדי הממשלה שקבעו בעניין זה גורמים אחרים. לדעת משרד מבקר המדינה, היה על הנציבות לקבוע כללים לגבי רשומות אלקטרוניות לרבות לגבי ההתכתבות בדואר האלקטרוני, שימור התכתובת ותיוקה (בעניין השימוש בדואר אלקטרוני ראו להלן). הביקורת הנוכחית העלתה, כי עד שנת 2007 לא היה לגנזך מנהל מערכות מידע. לכן חסר הגנזך את היכולת המקצועית להיערך להדרכת משרדי הממשלה בכל הנוגע לניהול הרשומות האלקטרוניות וכן את היכולת המקצועית להיערך להכנת תשתית טכנולוגית בגנזך לקליטת רשומות אלקטרוניות מהמשרדים. משרד מבקר המדינה מעיר כי תקצוב שלב ההקמה הראשון אינו ערובה להצטרפות משרדי הממשלה לפרויקט. מן הראוי שבטרם ישקיע משרד האוצר כספים נוספים בהקמת המערכת, יבחן את נכונותם של משרדי הממשלה לאמץ אותה ויקבל התחייבות לעשות כן מהנהלות המשרדים המעוניינות בה. לדעת משרד מבקר המדינה, מאחר שעיקר העבודה נעשית באמצעות מערכות ממוחשבות, יש להגדיר מנהל רשומות כאחראי לרשומות אלקטרוניות. הגדרה של אחראי שמנהל רק רשומות פיזיות מנציחה את המצב בעבר. עולה חשש שאם תתקבל המלצה לפיה יוגדר תפקיד של ממונה על ניהול רשומות שאינו מנהל רשומות אלקטרוניות, ייבחרו או יקודמו לתפקיד זה עובדים שאינם יכולים להתמודד עם דרישותיו הטכנולוגיות ויקובע המצב הקיים במשרדי ממשלה רבים של העדר ניהול מקצועי של הרשומות האלקטרוניות. משרד מבקר המדינה מעיר שאין הצדקה לסחבת רבת שנים בטיפול הנציבות בנושא; בין שתחליט לאשר את המלצות הוועדה השנייה ובין שלא, עליה להחליט בתוך זמן קצר על שיטה מתאימה ולנקוט צעדים להפעילה. הואיל ורוב הרשומות הנוצרות כיום על ידי העובדים במשרדי הממשלה הן אלקטרוניות, ראוי שהאחראים לרשומות יוכשרו לתפקידם או שמלכתחילה יידרשו להגיע אחרי הכשרה מתאימה לתפקיד. הצבת עובדים חסרי ידע מקצועי די הצורך היא מחדל שעלול לפגוע בעבודה השוטפת של המשרדים ולגרום לאבדן מידע בעל ערך מקצועי והיסטורי. על גופי המטה בממשלה ועל הנהלות המשרדים לוודא שלתפקידי האחראים לרשומות ימונו עובדים בעלי יכולת מקצועית מתאימה ומעמד הולם בהיררכיה של המשרד, כדי שיוכלו להדריך את עובדי המשרד ומנהליו. המערכת הממוחשבת של הגנזך: הביקורת העלתה כי המערכת טעונה שדרוג, שכן היא אינה מאפשרת לקלוט רשומות אלקטרוניות רבות ולארגן אותן באופן שיאפשר לעיין בהן בעתיד ולאחזר את המידע האגור בהן. המערכת אינה מסוגלת לקלוט את כל הרשומות האלקטרוניות שמשרדי הממשלה צריכים להפקיד בגנזך. מסמך האפיון הנדרש על פי נוהל מפת"ח הוא רכיב חיוני בכל פרויקט מחשוב - הוא מושתת על אפיון תהליכי העבודה של הלקוחות שאליהם מכוונת מערכת המחשוב ועל התייחסות ל דרכים לייעל את תהליכי עבודתם. מסמך האפיון הוא בסיס להחלטה אם לקיים מכרז לבחירת ספק שייתן את הפתרונות הנדרשים והוא מגדיר את הדרישות במכרז. באגף החשכ"ל נעשות פעולות לקראת קיום מכרז בנוגע לפרויקט סע"ר בלי שקודם לכך הוכן מסמך אפיון, כנדרש בנוהל מפת"ח.
משעה שנכתב מסמך הייזום לפרויקט סע"ר ב- 2005 , נאסף ידע בניהול רשומות אלקטרוניות אצל הגנזך, ויש לבחון אפוא כיצד ניתן להשתמש בו בתהליך התכנון של המערכת הממוחשבת. מן הראוי לשלב בתכנון הפרויקט את הסמנכ"לים לענייני מינהל, שהם הגורמים הבכירים המופקדים על העבודה המינהלית במשרדי הממשלה, ולא להותיר אותו בידי המנמ"רים, שתפקידם לתת פתרונות טכנולוגיים. עוד יש לקבוע גורם מרכזי ברמה הממשלתית, כמו מנכ"ל משרד ראש הממשלה, שיפקח על התקדמותו של הפרויקט וייצור מחויבות של משרדי הממשלה להטמעתו.