רשות מקרקעי ישראל . סדרי העבודה של שר הבינוי והשיכון ורשות מקרקעי ישראל מהאמור לעיל עולה כי שכונת אחיסמך הוסבה כולה למגורים לאוכלוסייההדתית - חרדית. שינוי תב"ע בפרויקט אחי סמך כדי ל התאימו לאוכלוסייה הדתית-חרדית החל כבר באוקטובר 2007 ,, לפני כניסת השר לתפקידו ביזמת חברה פרטית, שרכשה כמחצית מיחידות הדיור שתוכננו בפרויקט. לשם כך היו אמורים העירייה או היזם לפעול לשינוי התב"ע בשטחים שרכש היזם, אך בפועל היה זה משרד השיכון, שקידם את תכנית הצל, לכל הפרויקט. בהתערבותו של משרד השיכון יש כדי ליצור מראית עין של מתן עדיפות לאוכלוסייה מסוימת. מהאמור לעיל עולה כי חברהב' עשתה שימוש חורג בקרקע שהרשות החכירה לה, ובנתה אולם שמחות במקום מפעל לייצור צינורות. הרשות, למרות בקשת החברה, לא הסכי מה להתפשר עמה, ביטל ה את הסכם החכירה והגיש ה נגדה תביעה שהתקבלה בבית המשפט. משרד מבקר המדינה מעיר לשר לשעבר, כי מפעל התעשייה בטבריה הוא דוגמה למקרה שבו הוא החליט להתערב, פנה לרשות והעלה את הנושא פעמים רבות בפגישות העבודה עם מנהל הרשות, ולעומתו מקרה דומה שבו החליט השר שלא להתערב. זאת ועוד, השר לשעבר ציין בתשובתו כי החליט שלא להתערב בשל פסק הדין הברור שהתקבל בעניין. משרד מבקר המדינה מציין, כי גם במקרים אחרים שפורטו לעיל, ניתן פסק דין של בית המשפט, אך הדבר לא מנע מהשר מלהתערב בהם. לדעת משרד מבקר המדינה, בפעילות מסוג זה של השר יש כדי ליצור, למצער, מראית עין של העדפת מקרה אחד על פני אחר. מהאמור לעיל עולה, כי לאחר פגישות העבודה עם השר בעניין מתחם נחלים, שינה מנהל הרשות את עמדתו, והפך ממתנגד לתכנית העירייה לתומך בה . יועץ השר קיים פגישה עם גורמים בעיריית פתח תקווה וסיכם עמם כי תקודם התכנית לניוד זכויות בנייה ממתחם נחלים למתחם "זקן השומרים". לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שבמקרים שבהם השר או גורם מטעמו מקיים פגישות מקצועיות בעניינים נקודתיים הנוגעים לפעילות של הרשות, יוודא שישותפו בהן גם הגורמים המקצועיים ברשות. למרות זאת נמצא, כי ביולי 2010 , חודש לאחר שמנהל הרשות ס ירב להיענות לבקשת ראש העיר ייה, התקיים דיון בלשכת השר בנושא מתחם נחלים, ובו דנו בבקשת העירייה לנייד זכויות בנייה ממתחם זה לאזורים אחרים בעיר. על פי סיכום הדיון, אם תקבל הרשות פיצוי בגין הפחתת מספר יחידות הדיור בתכנית, ה יא תקבל את תכנית העירייה לנייד זכויות ממתחם נחלים למתחמים אחרים. בינואר 2011 פנו שוב בעלי חברה א' לשר, ובעקבות פנייתם נמצאו התכתבויות בין יועץ השר למנהל מחוז הצפון בנוגע לפשרה, ולפיה יפרסם המחוז מכרז פומבי חדש על הקרקע כולל המבנה. כמו כן נמצא, כי בחודשים ינואר -אוגוסט 2011 הנושא עלה פעמים רבות בפגישות עבודה שהתקי ימו בין שר השיכון למנהל הרשות. גם במקרים אלה לא נמצאו סיכומי פגישות, וגם לא נמצאו סימוכין להחלטה של הרשות על שיווק הקרקע במכרז פומבי, ולסיבות שהניעו את הרשות לנסות ל הגיע לפשרה עם החברה. כאמור, בעלי חברה א' פעלו בניגוד להסכם החכירה שהרשות חתמה עמם, ובניגוד להצהרתו המפורשת של מנכ"ל החברה, ובנו אולם אירועים למטרות מסחר במקום מפעל תעשייתי. גם מבקר המדינה, בדוח שפרסם בינואר 2010 , הצביע על ליקויים רבים בפעילות הוועדה המקומית לתכנון ובניה במתן היתרי בנייה לחברה, כמו גם בפעילות הרשות למניעת בניית מבנה מסחרי. למרות זאת נמצא, כי לאחר פניית בעלי החברה לשר, ולאחר שהשר ולשכתו העלו שוב ושוב את הסוגיה לפני מנהל הרשות - משכה הרשות את התביעה למתן צו מניעה נגד בעלי החברה מבית המשפט, והחלה במהלך של ניסיון להגיע עמם לפשרה. לצורך השוואה וכדי להמחיש את ההתערבות הבלתי ראויה של שר השיכון לשעבר במקרה האמור לעיל, יתואר להלן מקרה דומה בטבריה, שבו מיצ תה הרשות את סמכותה. בסופו של דבר בוצע הפינויעל ידי ההוצאה לפועל בינואר 2012 , בהתאם לצו בית המשפט. לדעת משרד מבקר המדינה, התנהגות השר, בנסיבות המתוארות לעיל, חרגה מגדרי ההתערבות של שר השיכון בענייני הרשות, עד כדי חשש להתערבות לא ראויה בעבודתה השוטפת של הרשות.
מהאמור לעיל עולה, כי לאחר שלשכת שר השיכון החלה לעסוק בנושא בית הכנסת בירושלים, קיבלה הנהלת הרשות החלטה הסותרת החלטת מועצה קיימת , בלא שנמצאו הנימוקים לכך.