משרד החינוך . תשלומי הורים במערכת החינוך ממסמכים שונים עולה כי המשנה למנכ"ל קיבל מן המפקחים הסברים על ממצאי הבדיקות שעשו בשני בתי ספר שחרגו בלבד. לא נמצא כי ננקטו פעולות כלפי מנהלי בתי ספר שחרגו לנוכח ממצאי הבקרה על תשלומי הורים. מן האמור לעיל עולה כי יש בתי ספר אשר מזינים את דרישות התשלום למערכת אפיק באופן סלקטיבי, ומכאן שגם בנוגע לחלק מבתי הספר המזינים את נתוניהם למערכת אין למשרד מידע מלא על דרישות התשלום שלהם מההורים. עקב שימוש חלקי של בתי ספר במערכת אפיק, לעתים עד כדי התעלמות ממנה - פעמים רבות בידיעת גורמי הפיקוח במחוזות - נשמט הבסיס מיעילותו ומאמינותו של כלי הבקרה המרכזי של המשרד ונפגעת יכולתו להסיק ממנו מסקנות. עצם קיומה של מערכת אפיק יוצר מצג של פיקוח ובקרה ממוחשבים על כל בתי הספר בארץ, אך בפועל היא אינה משקפת את תמונת המצב האמיתית. לדעת משרד מבקר המדינה, על המשרד לשקול להורות לבתי הספר לצרף לבקשה לאישור התשלומים המבוקשים גם את החוזרים שבכוונתם לשלוח להורים וכן להורות למחוזות לבדוק אותם קודם לאישורם. הבעיות העקרוניות שהועלו לפני הנהלת המשרד בנוגע לפעילותן של עמותות ההורים מחייבות איסוף וריכוז של נתונים על העמותות הפעילות ועל מעורבותן בגביית תשלומי הורים, אך כל אלה לא נעשו. על הנהלת המשרד לגבש דרכים לריכוז מידע על עמותות ההורים ולוודא שהמידע ירוכז בפועל. הממצאים שהובאו לעיל מלמדים שבבית ספר רשמי נעשו פעולות בניגוד לחוק לימוד חובה ובניגוד להוראות המשרד. הפעולות האמורות נעשו בידיעת הממונה על מנח"י, המשמש גם משנה למנכ"ל המשרד. גם הממצאים הללו מלמדים על פעולות שנעשו שלא על פי הוראות חוק לימוד חובה והוראות המשרד. הממונה על מנח"י קיבל תלונה בנושא זה עוד בשנת 2006 , והיה עליו לנקוט במקרה זה פעולות נחרצות לתיקון המצב, למשל להפסיק את גביית התשלומים מההורים בידי העמותה ולוודא שבית הספר לא יחרוג עוד מהסכומים שהתיר המשרד לגבות. אולם פעולות כאלה לא נעשו. . המידע שהיה בידי הנהלת מנח"י עוד בשנת 2005 על פעילות עמ ותות ההורים לצד בתי הספר בירושלים, והבעייתיות הכרוכה בה, ועל גבייה חריגה של תשלומי הורים, ומידע נוסף שהועבר אליה אחרי כן בדבר פעולות של עמותות הפועלות לצד שלושת בתי הספר האמורים, חייבו את הממונה על מנח"י לנקוט פעולות לתיקונם של הליקויים הידועים בנושא זה לאלתר. הפעולות נדרשו הן בנוגע לשלושת בתי הספר האמורים והן בנוגע לכלל בתי הספר בירושלים, זאת מעבר לפעולות שנקט הממונה על מנח"י על פי תשובתו. ממצאי הביקורת מבטאים אזלת יד של מנח"י בכל הנוגע לאכיפת ההוראות בנושא, שכן בפועל לא נעשו פעולות אפקטיביות בתחום זה. ניסוח חוזר תכנית תורנית, המתיר גבייה מההורים עבור תכנית תורנית, מעורפל ולא מפורט, ואינו מאפשר למפקחים, למנהלי בתי הספר ולהורים להשוות את הסכומים הנגבים לסכומים שהתיר המשרד לגבות. ממצאי הביקורת העלו כי התחום אינו מוסדר כיאות וכי יש קושי ממשי לפקח עליו. על המשרד לפרסם את המחיר המרבי לשעת תכנית תורנית. עליו גם לקבוע תמחור מפורט של השירותים הנוספים שמותר לגבות עבורם כספים, למשל מספר שבתות העיון המרבי שאפשר לקיים והמחיר המרבי לקיום שבת עיון אחת. . לדעת משרד מבקר המדינה, על משרד החינוך לבצע בדיקה בעניין הדרישות שהוא הציב לבתי הספר בנושא הטיולים, ובכלל זה ניתוח העלויות המוערכות למול הסכומים המרביים המותרים לגבייה על פי הוראות המשרד. תכליתה של בדיקה זו היא להבטיח כי העלות המוערכת של יישום דרישות המשרד בתחום זה תהיה תואמת לסכומים המרביים שמתיר המשרד לגבות.
. כדי לברר אם קיומן של עמותות הורים לצד בתי ספר, על הקשיים האמורים הכרוכים בפעילותן, הוא מצב שכיח ביקש משרד מבקר המדינה לקבל ממשרד החינוך נתונים על מספר בתי הספר שלצדם פועלות עמותות הורים. התברר כי למשרד אין נתונים כאלה: בקרת התשלומים שמפעיל המינהל הפדגוגי אינה כוללת איסוף נתונים מבתי הספר על פעילות עמותות ההורים; במערכת אפיק לא נדרש מנהל בית הספר לציין אם פועלת לצד בית הספר עמותת הורים; וגם לאחראים לתשלומי הורים במחוזות השונים, אשר רואיינו על ידי נציגי משרד מבקר המדינה, לא היו נתונים כוללים על בתי הספר שלצדם פועלות עמותות הורים.