scripts/nextflow_config.conf

process {
    withName: 'DEEPTOOLS_COMPUTEMATRIX' {
        ext.args = [
            'reference-point',
            '--referencePoint TSS',
            '-b 1000',
            '-a 500',
            '--binSize 10',
            '--missingDataAsZero',
            '--skipZeros',
            '--smartLabels'
        ].join(' ').trim()
    }

    withName: 'MACS3_CALLPEAK' {
        ext.args   = [
            '--keep-dup 1',
            '--format BAM',
            '--nomodel',
            '--shift -15',
            '--extsize 30',
            '--call-summits',
            '--cutoff-analysis',
            params.narrow_peak          ? '' : "--broad --broad-cutoff ${params.broad_cutoff}",
            params.save_macs_pileup     ? '--bdg --SPMR' : '',
            params.macs_fdr             ? "--qvalue ${params.macs_fdr}" : '',
            params.aligner == "chromap" ? "--format BAM" : ''
        ].join(' ').trim()
  }
}