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1
+ Residue conformations -------------------------------------------
2
+ R3 : A C3p_endo anti
3
+ R4 : U C3p_endo anti
4
+ R5 : G C3p_endo anti
5
+ R6 : A C2p_exo syn
6
+ R7 : G C3p_endo anti
7
+ R8 : G C3p_endo anti
8
+ R9 : A C3p_endo anti
9
+ R10 : U C2p_endo anti
10
+ R11 : U C2p_endo anti
11
+ R12 : A C2p_endo anti
12
+ R13 : C C3p_endo anti
13
+ R14 : C C3p_endo anti
14
+ R15 : C C3p_endo anti
15
+ R16 : A C3p_endo anti
16
+ R17 : U C3p_endo anti
17
+ R18 : G C4p_exo anti
18
+ S3 : A C3p_endo anti
19
+ S4 : U C3p_endo anti
20
+ S5 : G C3p_endo anti
21
+ S6 : A C2p_exo syn
22
+ S7 : G C3p_endo anti
23
+ S8 : G C3p_endo anti
24
+ S9 : A C3p_endo anti
25
+ S10 : U C2p_endo anti
26
+ S11 : U C2p_endo anti
27
+ S12 : A C2p_endo anti
28
+ S13 : C C3p_endo anti
29
+ S14 : C C3p_endo anti
30
+ S15 : C C3p_endo anti
31
+ S16 : A C3p_endo anti
32
+ A1 : ALA
33
+ A2 : SER
34
+ A3 : ASN
35
+ A4 : PHE
36
+ A5 : THR
37
+ A6 : GLN
38
+ A7 : PHE
39
+ A8 : VAL
40
+ A9 : LEU
41
+ A10 : VAL
42
+ A11 : ASP
43
+ A12 : ASN
44
+ A13 : GLY
45
+ A14 : GLY
46
+ A15 : THR
47
+ A16 : GLY
48
+ A17 : ASP
49
+ A18 : VAL
50
+ A19 : THR
51
+ A20 : VAL
52
+ A21 : ALA
53
+ A22 : PRO
54
+ A23 : SER
55
+ A24 : ASN
56
+ A25 : PHE
57
+ A26 : ALA
58
+ A27 : ASN
59
+ A28 : GLY
60
+ A29 : VAL
61
+ A30 : ALA
62
+ A31 : GLU
63
+ A32 : TRP
64
+ A33 : ILE
65
+ A34 : SER
66
+ A35 : SER
67
+ A36 : ASN
68
+ A37 : SER
69
+ A38 : ARG
70
+ A39 : SER
71
+ A40 : GLN
72
+ A41 : ALA
73
+ A42 : TYR
74
+ A43 : LYS
75
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76
+ A45 : ALA
77
+ A46 : CYS
78
+ A47 : SER
79
+ A48 : VAL
80
+ A49 : ARG
81
+ A50 : GLN
82
+ A51 : SER
83
+ A52 : SER
84
+ A53 : ALA
85
+ A54 : GLN
86
+ A55 : ASN
87
+ A56 : ARG
88
+ A57 : LYS
89
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90
+ A59 : THR
91
+ A60 : ILE
92
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+ A62 : VAL
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97
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98
+ A67 : VAL
99
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108
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109
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110
+ A79 : VAL
111
+ A80 : ALA
112
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115
+ A84 : SER
116
+ A85 : TYR
117
+ A86 : LEU
118
+ A87 : ASN
119
+ A88 : MET
120
+ A89 : GLU
121
+ A90 : LEU
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+ A100 : ASP
132
+ A101 : CYS
133
+ A102 : GLU
134
+ A103 : LEU
135
+ A104 : ILE
136
+ A105 : VAL
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139
+ A108 : MET
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143
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145
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147
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148
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149
+ A118 : ILE
150
+ A119 : PRO
151
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152
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153
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154
+ A123 : ALA
155
+ A124 : ALA
156
+ A125 : ASN
157
+ A126 : SER
158
+ A127 : GLY
159
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160
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162
+ B2 : SER
163
+ B3 : ASN
164
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165
+ B5 : THR
166
+ B6 : GLN
167
+ B7 : PHE
168
+ B8 : VAL
169
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170
+ B10 : VAL
171
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172
+ B12 : ASN
173
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176
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177
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178
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179
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180
+ B20 : VAL
181
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182
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183
+ B23 : SER
184
+ B24 : ASN
185
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187
+ B27 : ASN
188
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193
+ B33 : ILE
194
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195
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196
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197
+ B37 : SER
198
+ B38 : ARG
199
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200
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201
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202
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203
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204
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205
+ B45 : ALA
206
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207
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208
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+ B49 : ARG
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211
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+ B61 : LYS
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+ B66 : LYS
227
+ B67 : VAL
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+ B70 : GLN
231
+ B71 : THR
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+ B73 : GLY
234
+ B74 : GLY
235
+ B75 : VAL
236
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237
+ B77 : LEU
238
+ B78 : PRO
239
+ B79 : VAL
240
+ B80 : ALA
241
+ B81 : ALA
242
+ B82 : TRP
243
+ B83 : ARG
244
+ B84 : SER
245
+ B85 : TYR
246
+ B86 : LEU
247
+ B87 : ASN
248
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249
+ B89 : GLU
250
+ B90 : LEU
251
+ B91 : THR
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253
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254
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255
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256
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257
+ B97 : THR
258
+ B98 : ASN
259
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260
+ B100 : ASP
261
+ B101 : CYS
262
+ B102 : GLU
263
+ B103 : LEU
264
+ B104 : ILE
265
+ B105 : VAL
266
+ B106 : LYS
267
+ B107 : ALA
268
+ B108 : MET
269
+ B109 : GLN
270
+ B110 : GLY
271
+ B111 : LEU
272
+ B112 : LEU
273
+ B113 : LYS
274
+ B114 : ASP
275
+ B115 : GLY
276
+ B116 : ASN
277
+ B117 : PRO
278
+ B118 : ILE
279
+ B119 : PRO
280
+ B120 : SER
281
+ B121 : ALA
282
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283
+ B123 : ALA
284
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285
+ B125 : ASN
286
+ B126 : SER
287
+ B127 : GLY
288
+ B128 : ILE
289
+ B129 : TYR
290
+ C1 : ALA
291
+ C2 : SER
292
+ C3 : ASN
293
+ C4 : PHE
294
+ C5 : THR
295
+ C6 : GLN
296
+ C7 : PHE
297
+ C8 : VAL
298
+ C9 : LEU
299
+ C10 : VAL
300
+ C11 : ASP
301
+ C12 : ASN
302
+ C13 : GLY
303
+ C14 : GLY
304
+ C15 : THR
305
+ C16 : GLY
306
+ C17 : ASP
307
+ C18 : VAL
308
+ C19 : THR
309
+ C20 : VAL
310
+ C21 : ALA
311
+ C22 : PRO
312
+ C23 : SER
313
+ C24 : ASN
314
+ C25 : PHE
315
+ C26 : ALA
316
+ C27 : ASN
317
+ C28 : GLY
318
+ C29 : VAL
319
+ C30 : ALA
320
+ C31 : GLU
321
+ C32 : TRP
322
+ C33 : ILE
323
+ C34 : SER
324
+ C35 : SER
325
+ C36 : ASN
326
+ C37 : SER
327
+ C38 : ARG
328
+ C39 : SER
329
+ C40 : GLN
330
+ C41 : ALA
331
+ C42 : TYR
332
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333
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334
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335
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341
+ C52 : SER
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344
+ C55 : ASN
345
+ C56 : ARG
346
+ C57 : LYS
347
+ C58 : TYR
348
+ C59 : THR
349
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350
+ C61 : LYS
351
+ C62 : VAL
352
+ C63 : GLU
353
+ C64 : VAL
354
+ C65 : PRO
355
+ C66 : LYS
356
+ C67 : VAL
357
+ C68 : ALA
358
+ C69 : THR
359
+ C70 : GLN
360
+ C71 : THR
361
+ C72 : VAL
362
+ C73 : GLY
363
+ C74 : GLY
364
+ C75 : VAL
365
+ C76 : GLU
366
+ C77 : LEU
367
+ C78 : PRO
368
+ C79 : VAL
369
+ C80 : ALA
370
+ C81 : ALA
371
+ C82 : TRP
372
+ C83 : ARG
373
+ C84 : SER
374
+ C85 : TYR
375
+ C86 : LEU
376
+ C87 : ASN
377
+ C88 : MET
378
+ C89 : GLU
379
+ C90 : LEU
380
+ C91 : THR
381
+ C92 : ILE
382
+ C93 : PRO
383
+ C94 : ILE
384
+ C95 : PHE
385
+ C96 : ALA
386
+ C97 : THR
387
+ C98 : ASN
388
+ C99 : SER
389
+ C100 : ASP
390
+ C101 : CYS
391
+ C102 : GLU
392
+ C103 : LEU
393
+ C104 : ILE
394
+ C105 : VAL
395
+ C106 : LYS
396
+ C107 : ALA
397
+ C108 : MET
398
+ C109 : GLN
399
+ C110 : GLY
400
+ C111 : LEU
401
+ C112 : LEU
402
+ C113 : LYS
403
+ C114 : ASP
404
+ C115 : GLY
405
+ C116 : ASN
406
+ C117 : PRO
407
+ C118 : ILE
408
+ C119 : PRO
409
+ C120 : SER
410
+ C121 : ALA
411
+ C122 : ILE
412
+ C123 : ALA
413
+ C124 : ALA
414
+ C125 : ASN
415
+ C126 : SER
416
+ C127 : GLY
417
+ C128 : ILE
418
+ C129 : TYR
419
+ R214 : HOH
420
+ R2059 : HOH
421
+ S166 : HOH
422
+ S169 : HOH
423
+ A130 : HOH
424
+ A131 : HOH
425
+ A132 : HOH
426
+ A133 : HOH
427
+ A134 : HOH
428
+ A135 : HOH
429
+ A136 : HOH
430
+ A137 : HOH
431
+ A138 : HOH
432
+ A139 : HOH
433
+ A140 : HOH
434
+ A141 : HOH
435
+ A142 : HOH
436
+ A143 : HOH
437
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438
+ A145 : HOH
439
+ A146 : HOH
440
+ A147 : HOH
441
+ A148 : HOH
442
+ A149 : HOH
443
+ A150 : HOH
444
+ A151 : HOH
445
+ A152 : HOH
446
+ A153 : HOH
447
+ A154 : HOH
448
+ A155 : HOH
449
+ A156 : HOH
450
+ A157 : HOH
451
+ A158 : HOH
452
+ A159 : HOH
453
+ A160 : HOH
454
+ A161 : HOH
455
+ A162 : HOH
456
+ A163 : HOH
457
+ A164 : HOH
458
+ A165 : HOH
459
+ A166 : HOH
460
+ A167 : HOH
461
+ A168 : HOH
462
+ A169 : HOH
463
+ A170 : HOH
464
+ A171 : HOH
465
+ A172 : HOH
466
+ A173 : HOH
467
+ A174 : HOH
468
+ A175 : HOH
469
+ A176 : HOH
470
+ A177 : HOH
471
+ A178 : HOH
472
+ A179 : HOH
473
+ A180 : HOH
474
+ A181 : HOH
475
+ A182 : HOH
476
+ A183 : HOH
477
+ A184 : HOH
478
+ A185 : HOH
479
+ A186 : HOH
480
+ A187 : HOH
481
+ A188 : HOH
482
+ A189 : HOH
483
+ A190 : HOH
484
+ A191 : HOH
485
+ A192 : HOH
486
+ A193 : HOH
487
+ A194 : HOH
488
+ A195 : HOH
489
+ A196 : HOH
490
+ A197 : HOH
491
+ A198 : HOH
492
+ A199 : HOH
493
+ A200 : HOH
494
+ A201 : HOH
495
+ B130 : HOH
496
+ B131 : HOH
497
+ B132 : HOH
498
+ B133 : HOH
499
+ B134 : HOH
500
+ B135 : HOH
501
+ B136 : HOH
502
+ B137 : HOH
503
+ B138 : HOH
504
+ B139 : HOH
505
+ B140 : HOH
506
+ B141 : HOH
507
+ B142 : HOH
508
+ B143 : HOH
509
+ B144 : HOH
510
+ B145 : HOH
511
+ B146 : HOH
512
+ B147 : HOH
513
+ B148 : HOH
514
+ B149 : HOH
515
+ B150 : HOH
516
+ B151 : HOH
517
+ B152 : HOH
518
+ B153 : HOH
519
+ B154 : HOH
520
+ B155 : HOH
521
+ B156 : HOH
522
+ B157 : HOH
523
+ B158 : HOH
524
+ B159 : HOH
525
+ B160 : HOH
526
+ B161 : HOH
527
+ B162 : HOH
528
+ B163 : HOH
529
+ B164 : HOH
530
+ B165 : HOH
531
+ B166 : HOH
532
+ B167 : HOH
533
+ B168 : HOH
534
+ B169 : HOH
535
+ B170 : HOH
536
+ B171 : HOH
537
+ B172 : HOH
538
+ B173 : HOH
539
+ B174 : HOH
540
+ B175 : HOH
541
+ B176 : HOH
542
+ B177 : HOH
543
+ B178 : HOH
544
+ B179 : HOH
545
+ B180 : HOH
546
+ B181 : HOH
547
+ B182 : HOH
548
+ B183 : HOH
549
+ B184 : HOH
550
+ B185 : HOH
551
+ B186 : HOH
552
+ B187 : HOH
553
+ B188 : HOH
554
+ B189 : HOH
555
+ B190 : HOH
556
+ B191 : HOH
557
+ B192 : HOH
558
+ B193 : HOH
559
+ B194 : HOH
560
+ B195 : HOH
561
+ B196 : HOH
562
+ C130 : HOH
563
+ C131 : HOH
564
+ C132 : HOH
565
+ C133 : HOH
566
+ C134 : HOH
567
+ C135 : HOH
568
+ C136 : HOH
569
+ C137 : HOH
570
+ C138 : HOH
571
+ C139 : HOH
572
+ C140 : HOH
573
+ C141 : HOH
574
+ C142 : HOH
575
+ C143 : HOH
576
+ C144 : HOH
577
+ C145 : HOH
578
+ C146 : HOH
579
+ C147 : HOH
580
+ C148 : HOH
581
+ C149 : HOH
582
+ C150 : HOH
583
+ C151 : HOH
584
+ C152 : HOH
585
+ C153 : HOH
586
+ C154 : HOH
587
+ C155 : HOH
588
+ C156 : HOH
589
+ C157 : HOH
590
+ C158 : HOH
591
+ C159 : HOH
592
+ C160 : HOH
593
+ C161 : HOH
594
+ C162 : HOH
595
+ C163 : HOH
596
+ C164 : HOH
597
+ C165 : HOH
598
+ C166 : HOH
599
+ C167 : HOH
600
+ C168 : HOH
601
+ C169 : HOH
602
+ C170 : HOH
603
+ C171 : HOH
604
+ C172 : HOH
605
+ C173 : HOH
606
+ C174 : HOH
607
+ C175 : HOH
608
+ C176 : HOH
609
+ C177 : HOH
610
+ C178 : HOH
611
+ C179 : HOH
612
+ C180 : HOH
613
+ C181 : HOH
614
+ C182 : HOH
615
+ C183 : HOH
616
+ C184 : HOH
617
+ C185 : HOH
618
+ C186 : HOH
619
+ C187 : HOH
620
+ C188 : HOH
621
+ C189 : HOH
622
+ C190 : HOH
623
+ C191 : HOH
624
+ C192 : HOH
625
+ C193 : HOH
626
+ C194 : HOH
627
+ C195 : HOH
628
+ C196 : HOH
629
+ C197 : HOH
630
+ C198 : HOH
631
+ C199 : HOH
632
+ C200 : HOH
633
+ Adjacent stackings ----------------------------------------------
634
+ R3-R4 : adjacent_5p upward
635
+ R4-R5 : adjacent_5p upward
636
+ R7-R8 : adjacent_5p upward
637
+ R8-R9 : adjacent_5p upward
638
+ R15-R16 : adjacent_5p upward
639
+ R16-R17 : adjacent_5p upward
640
+ S3-S4 : adjacent_5p upward
641
+ S4-S5 : adjacent_5p upward
642
+ S7-S8 : adjacent_5p upward
643
+ S8-S9 : adjacent_5p upward
644
+ S13-S14 : adjacent_5p upward
645
+ Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
646
+ R3-R18 : outward
647
+ R5-R7 : upward
648
+ R5-R16 : outward
649
+ R9-R11 : upward
650
+ S5-S7 : upward
651
+ S5-S16 : outward
652
+ S7-S15 : outward
653
+ S9-S11 : upward
654
+ S9-S13 : outward
655
+ Number of stackings = 20
656
+ Number of adjacent stackings = 11
657
+ Number of non adjacent stackings = 9
658
+ Base-pairs ------------------------------------------------------
659
+ R3-R17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
660
+ R4-R16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
661
+ R5-R15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
+ R7-R14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
+ R8-R13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
664
+ S4-S16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
665
+ S5-S15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
666
+ S7-S14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
+ S8-S13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX