End of training

README.md

@@ -3,9 +3,10 @@ library_name: transformers
 license: apache-2.0
 base_model: michiyasunaga/BioLinkBERT-base
 tags:
+- token-classification
 - generated_from_trainer
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-- drugtemist-en-9-ner
+- Rodrigo1771/drugtemist-en-9-ner
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 - recall
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       name: Token Classification
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 ---
 
 <!-- This model card has been generated automatically according to the information the Trainer had access to. You
@@ -43,12 +44,12 @@ should probably proofread and complete it, then remove this comment. -->
 
 # output
 
-This model is a fine-tuned version of [michiyasunaga/BioLinkBERT-base](https://huggingface.co/michiyasunaga/BioLinkBERT-base) on the drugtemist-en-9-ner dataset.
+This model is a fine-tuned version of [michiyasunaga/BioLinkBERT-base](https://huggingface.co/michiyasunaga/BioLinkBERT-base) on the Rodrigo1771/drugtemist-en-9-ner dataset.
 It achieves the following results on the evaluation set:
-- Loss: 0.0067
-- Precision: 0.9247
-- Recall: 0.9385
-- F1: 0.9315
+- Loss: 0.0061
+- Precision: 0.9233
+- Recall: 0.9422
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 - Accuracy: 0.9987
 
 ## Model description

all_results.json

@@ -1,26 +1,26 @@
 {
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-    "train_runtime": 1116.727,
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eval_results.json

@@ -1,12 +1,12 @@
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predict_results.json

@@ -1,10 +1,10 @@
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predictions.txt

@@ -440,7 +440,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O
@@ -512,7 +512,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O
+O O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -538,7 +538,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O B-FARMACO O B-FARMACO O O O O O O B-FARMACO O O I-FARMACO O
+O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O B-FARMACO O B-FARMACO O O O O O O B-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -562,7 +562,7 @@ O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O
@@ -811,7 +811,7 @@ O O O O O O O
 O O O O O O
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 O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
+O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O
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@@ -870,7 +870,7 @@ O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O B-FARMACO O B-FARMACO O O B-FARMACO O O O O
+O O O O B-FARMACO O B-FARMACO O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O
@@ -976,7 +976,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O
-O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -987,7 +987,7 @@ O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O
 O O O O O O
-O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O I-FARMACO I-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O
+O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O B-FARMACO B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -1062,7 +1062,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -1083,7 +1083,7 @@ O O O O
 O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
-O O O B-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O O O
+O O O B-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O
@@ -1106,7 +1106,7 @@ O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O
 O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -1399,7 +1399,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O
-O O O O
+B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O
 O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O
@@ -1639,7 +1639,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -1822,7 +1822,7 @@ B-FARMACO O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O I-FARMACO O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
@@ -2353,7 +2353,7 @@ O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O
-O O O B-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O B-FARMACO O O B-FARMACO O O O O O B-FARMACO O O O O O
+O O O B-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O B-FARMACO O O B-FARMACO O O O O O B-FARMACO O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O
@@ -2448,7 +2448,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O B-FARMACO O O O O B-FARMACO O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O B-FARMACO O
@@ -2488,7 +2488,7 @@ O O O O O O O O
 O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O I-FARMACO O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
@@ -2566,7 +2566,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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-O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O
+O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O B-FARMACO O O I-FARMACO B-FARMACO O O O O O O O O O O
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-B-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O
+B-FARMACO O O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O
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-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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tb/events.out.tfevents.1725532380.6cb9bed92fd1.24616.1

@@ -0,0 +1,3 @@
+version https://git-lfs.github.com/spec/v1
+oid sha256:dda95c259f49909472acdf9628bcbca79e506b90deb9a010ed3e9d619e763329
+size 560

train.log

@@ -1293,3 +1293,51 @@ Training completed. Do not forget to share your model on huggingface.co/models =
 {'eval_loss': 0.006659862585365772, 'eval_precision': 0.9247015610651974, 'eval_recall': 0.9384902143522833, 'eval_f1': 0.9315448658649399, 'eval_accuracy': 0.9986813830826333, 'eval_runtime': 13.5886, 'eval_samples_per_second': 511.164, 'eval_steps_per_second': 63.951, 'epoch': 10.0}
 {'train_runtime': 1053.0572, 'train_samples_per_second': 265.579, 'train_steps_per_second': 4.15, 'train_loss': 0.0028891007963661743, 'epoch': 10.0}
 
+***** train metrics *****
+  epoch                    =       10.0
+  total_flos               = 10385610GF
+  train_loss               =     0.0029
+  train_runtime            = 0:17:33.05
+  train_samples            =      27967
+  train_samples_per_second =    265.579
+  train_steps_per_second   =       4.15
+09/05/2024 10:32:46 - INFO - __main__ -   *** Evaluate ***
+[INFO|trainer.py:811] 2024-09-05 10:32:46,595 >> The following columns in the evaluation set don't have a corresponding argument in `BertForTokenClassification.forward` and have been ignored: tokens, ner_tags, id. If tokens, ner_tags, id are not expected by `BertForTokenClassification.forward`,  you can safely ignore this message.
+[INFO|trainer.py:3819] 2024-09-05 10:32:46,598 >> 
+***** Running Evaluation *****
+[INFO|trainer.py:3821] 2024-09-05 10:32:46,598 >>   Num examples = 6946
+[INFO|trainer.py:3824] 2024-09-05 10:32:46,598 >>   Batch size = 8
+
  0%|          | 0/869 [00:00<?, ?it/s]
  1%|          | 10/869 [00:00<00:08, 96.95it/s]
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 10%|█         | 90/869 [00:00<00:08, 92.53it/s]
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 99%|█████████▉| 862/869 [00:09<00:00, 90.16it/s]
+***** eval metrics *****
+  epoch                   =       10.0
+  eval_accuracy           =     0.9987
+  eval_f1                 =     0.9327
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+  eval_runtime            = 0:00:13.41
+  eval_samples            =       6946
+  eval_samples_per_second =    517.966
+  eval_steps_per_second   =     64.802
+09/05/2024 10:33:00 - INFO - __main__ -   *** Predict ***
+[INFO|trainer.py:811] 2024-09-05 10:33:00,014 >> The following columns in the test set don't have a corresponding argument in `BertForTokenClassification.forward` and have been ignored: tokens, ner_tags, id. If tokens, ner_tags, id are not expected by `BertForTokenClassification.forward`,  you can safely ignore this message.
+[INFO|trainer.py:3819] 2024-09-05 10:33:00,017 >> 
+***** Running Prediction *****
+[INFO|trainer.py:3821] 2024-09-05 10:33:00,017 >>   Num examples = 14715
+[INFO|trainer.py:3824] 2024-09-05 10:33:00,017 >>   Batch size = 8
+
  0%|          | 0/1840 [00:00<?, ?it/s]
  1%|          | 11/1840 [00:00<00:18, 100.71it/s]
  1%|          | 22/1840 [00:00<00:20, 89.91it/s] 
  2%|▏         | 32/1840 [00:00<00:19, 92.76it/s]
  2%|▏         | 42/1840 [00:00<00:19, 91.85it/s]
  3%|▎         | 52/1840 [00:00<00:19, 92.03it/s]
  3%|▎         | 62/1840 [00:00<00:19, 89.34it/s]
  4%|▍         | 72/1840 [00:00<00:19, 89.83it/s]
  4%|▍         | 82/1840 [00:00<00:19, 91.56it/s]
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+[INFO|trainer.py:3503] 2024-09-05 10:33:26,958 >> Saving model checkpoint to /content/dissertation/scripts/ner/output
+[INFO|configuration_utils.py:472] 2024-09-05 10:33:26,960 >> Configuration saved in /content/dissertation/scripts/ner/output/config.json
+[INFO|modeling_utils.py:2799] 2024-09-05 10:33:28,289 >> Model weights saved in /content/dissertation/scripts/ner/output/model.safetensors
+[INFO|tokenization_utils_base.py:2684] 2024-09-05 10:33:28,291 >> tokenizer config file saved in /content/dissertation/scripts/ner/output/tokenizer_config.json
+[INFO|tokenization_utils_base.py:2693] 2024-09-05 10:33:28,291 >> Special tokens file saved in /content/dissertation/scripts/ner/output/special_tokens_map.json
+***** predict metrics *****
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+

train_results.json

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trainer_state.json

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