Datasets:

unum-cloud

/

ann-codesearch-4m

like 0

[ "def", "_get_minmax_edges", "(", "self", ",", "edge", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "edge", ",", "Line", ")", ":", "# For instance of line class need to loop over values", "depth_vals", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "node", ".", "depth", "for", "node", "in", "edge", ".", "points", "]", ")", "else", ":", "depth_vals", "=", "edge", "[", ":", ",", "2", "]", "temp_upper_depth", "=", "np", ".", "min", "(", "depth_vals", ")", "if", "not", "self", ".", "upper_depth", ":", "self", ".", "upper_depth", "=", "temp_upper_depth", "else", ":", "if", "temp_upper_depth", "<", "self", ".", "upper_depth", ":", "self", ".", "upper_depth", "=", "temp_upper_depth", "temp_lower_depth", "=", "np", ".", "max", "(", "depth_vals", ")", "if", "not", "self", ".", "lower_depth", ":", "self", ".", "lower_depth", "=", "temp_lower_depth", "else", ":", "if", "temp_lower_depth", ">", "self", ".", "lower_depth", ":", "self", ".", "lower_depth", "=", "temp_lower_depth" ]

[ "Updates", "the", "upper", "and", "lower", "depths", "based", "on", "the", "input", "edges" ]

[ "def", "create_oqhazardlib_source", "(", "self", ",", "tom", ",", "mesh_spacing", ",", "use_defaults", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "mfd", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Cannot write to hazardlib without MFD\"", ")", "return", "ComplexFaultSource", "(", "self", ".", "id", ",", "self", ".", "name", ",", "self", ".", "trt", ",", "self", ".", "mfd", ",", "mesh_spacing", ",", "conv", ".", "mag_scale_rel_to_hazardlib", "(", "self", ".", "mag_scale_rel", ",", "use_defaults", ")", ",", "conv", ".", "render_aspect_ratio", "(", "self", ".", "rupt_aspect_ratio", ",", "use_defaults", ")", ",", "tom", ",", "self", ".", "fault_edges", ",", "self", ".", "rake", ")" ]

[ "Creates", "an", "instance", "of", "the", "source", "model", "as", ":", "class", ":", "openquake", ".", "hazardlib", ".", "source", ".", "complex_fault", ".", "ComplexFaultSource" ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "# extracting dictionary of coefficients specific to required", "# intensity measure type.", "C", "=", "self", ".", "COEFFS", "[", "imt", "]", "mean", "=", "(", "self", ".", "_get_magnitude_term", "(", "C", ",", "rup", ".", "mag", ")", "+", "self", ".", "_get_distance_term", "(", "C", ",", "dists", ".", "rjb", ",", "rup", ".", "mag", ")", "+", "self", ".", "_get_site_term", "(", "C", ",", "sites", ".", "vs30", ")", ")", "# Units of GMPE are in terms of m/s (corrected in an Erratum)", "# Convert to g", "if", "imt", ".", "name", "in", "\"SA PGA\"", ":", "mean", "=", "np", ".", "log", "(", "np", ".", "exp", "(", "mean", ")", "/", "g", ")", "else", ":", "# For PGV convert from m/s to cm/s/s", "mean", "=", "np", ".", "log", "(", "np", ".", "exp", "(", "mean", ")", "*", "100.", ")", "# Get standard deviations", "stddevs", "=", "self", ".", "_get_stddevs", "(", "C", ",", "stddev_types", ",", "dists", ".", "rjb", ".", "shape", ")", "return", "mean", ",", "stddevs" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "_get_magnitude_term", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ")", ":", "if", "mag", ">=", "self", ".", "CONSTS", "[", "\"Mh\"", "]", ":", "return", "C", "[", "\"e1\"", "]", "+", "C", "[", "\"b3\"", "]", "*", "(", "mag", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "\"Mh\"", "]", ")", "else", ":", "return", "C", "[", "\"e1\"", "]", "+", "(", "C", "[", "\"b1\"", "]", "*", "(", "mag", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "\"Mh\"", "]", ")", ")", "+", "(", "C", "[", "\"b2\"", "]", "*", "(", "mag", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "\"Mh\"", "]", ")", "**", "2.", ")" ]

[ "Returns", "the", "magnitude", "scaling", "term", "-", "equation", "3" ]

[ "def", "_get_distance_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rjb", ",", "mag", ")", ":", "c_3", "=", "self", ".", "_get_anelastic_coeff", "(", "C", ")", "rval", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "rjb", "**", "2.", "+", "C", "[", "\"h\"", "]", "**", "2.", ")", "return", "(", "C", "[", "\"c1\"", "]", "+", "C", "[", "\"c2\"", "]", "*", "(", "mag", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "\"Mref\"", "]", ")", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "rval", "/", "self", ".", "CONSTS", "[", "\"Rref\"", "]", ")", "+", "c_3", "*", "(", "rval", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "\"Rref\"", "]", ")" ]

[ "Returns", "the", "general", "distance", "scaling", "term", "-", "equation", "2" ]

[ "def", "_get_site_term", "(", "self", ",", "C", ",", "vs30", ")", ":", "dg1", ",", "dg2", "=", "self", ".", "_get_regional_site_term", "(", "C", ")", "return", "(", "C", "[", "\"g1\"", "]", "+", "dg1", ")", "+", "(", "C", "[", "\"g2\"", "]", "+", "dg2", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "vs30", ")" ]

[ "Returns", "only", "a", "linear", "site", "amplification", "term" ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "stddev_types", ",", "num_sites", ")", ":", "assert", "all", "(", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ")", "stddevs", "=", "[", "np", ".", "zeros", "(", "num_sites", ")", "+", "C", "[", "'SigmaTot'", "]", "for", "_", "in", "stddev_types", "]", "return", "stddevs" ]

[ "Return", "standard", "deviations", "as", "defined", "in", "tables", "below" ]

[ "def", "_get_site_type_dummy_variables", "(", "self", ",", "sites", ")", ":", "ssa", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "sites", ".", "vs30", ")", ")", "ssb", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "sites", ".", "vs30", ")", ")", "ssd", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "sites", ".", "vs30", ")", ")", "# Class D; Vs30 < 180 m/s.", "idx", "=", "(", "sites", ".", "vs30", "<", "180.0", ")", "ssd", "[", "idx", "]", "=", "1.0", "# Class B; 360 m/s <= Vs30 <= 800 m/s.", "idx", "=", "(", "sites", ".", "vs30", ">=", "360.0", ")", "&", "(", "sites", ".", "vs30", "<", "800.0", ")", "ssb", "[", "idx", "]", "=", "1.0", "# Class A; Vs30 > 800 m/s.", "idx", "=", "(", "sites", ".", "vs30", ">=", "800.0", ")", "ssa", "[", "idx", "]", "=", "1.0", "for", "value", "in", "sites", ".", "vs30", ":", "if", "180", "<=", "value", "<", "360", ":", "raise", "Exception", "(", "'GMPE does not consider site class C (Vs30 = 180-360 m/s)'", ")", "return", "ssa", ",", "ssb", ",", "ssd" ]

[ "Get", "site", "type", "dummy", "variables", "which", "classified", "the", "sites", "into", "different", "site", "classes", "based", "on", "the", "shear", "wave", "velocity", "in", "the", "upper", "30", "m", "(", "Vs30", ")", "according", "to", "the", "EC8", "(", "CEN", "2003", ")", ":", "class", "A", ":", "Vs30", ">", "800", "m", "/", "s", "class", "B", ":", "Vs30", "=", "360", "-", "800", "m", "/", "s", "class", "C", "*", ":", "Vs30", "=", "180", "-", "360", "m", "/", "s", "class", "D", ":", "Vs30", "<", "180", "m", "/", "s", "*", "Not", "computed", "by", "this", "GMPE" ]

[ "def", "_compute_distance", "(", "self", ",", "rup", ",", "dists", ",", "C", ")", ":", "rval", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "repi", "**", "2", "+", "C", "[", "'h'", "]", "**", "2", ")", "return", "C", "[", "'c1'", "]", "*", "np", ".", "log10", "(", "rval", ")" ]

[ "Compute", "the", "distance", "function", "equation", "(", "5", ")", "." ]

[ "def", "_compute_distance", "(", "self", ",", "rup", ",", "dists", ",", "C", ")", ":", "mref", "=", "3.6", "rref", "=", "1.0", "rval", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rhypo", "**", "2", "+", "C", "[", "'h'", "]", "**", "2", ")", "return", "(", "C", "[", "'c1'", "]", "+", "C", "[", "'c2'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "mref", ")", ")", "*", "np", ".", "log10", "(", "rval", "/", "rref", ")", "+", "C", "[", "'c3'", "]", "*", "(", "rval", "-", "rref", ")" ]

[ "Compute", "the", "distance", "function", "equation", "(", "9", ")", ":" ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "assert", "all", "(", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ")", "# extract dictionaries of coefficients specific to required", "# intensity measure type", "C", "=", "self", ".", "COEFFS", "[", "imt", "]", "# Deltas for Tectonic Region Type and rake angles", "delta_R", ",", "delta_S", ",", "delta_V", ",", "delta_I", "=", "self", ".", "_get_deltas", "(", "rup", ".", "rake", ")", "mean", "=", "self", ".", "_compute_mean", "(", "C", ",", "rup", ".", "mag", ",", "dists", ".", "rrup", ",", "rup", ".", "hypo_depth", ",", "delta_R", ",", "delta_S", ",", "delta_V", ",", "delta_I", ",", "sites", ".", "vs30", ")", "stddevs", "=", "self", ".", "_get_stddevs", "(", "C", ",", "stddev_types", ",", "sites", ".", "vs30", ".", "size", ")", "return", "mean", ",", "stddevs" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "_compute_mean", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "rrup", ",", "hypo_depth", ",", "delta_R", ",", "delta_S", ",", "delta_V", ",", "delta_I", ",", "vs30", ")", ":", "# mean is calculated for all the 4 classes using the same equation.", "# For DowrickRhoades2005SSlab, the coefficients which don't appear in", "# Model 3 equationare assigned to zero", "mean", "=", "(", "C", "[", "'A1'", "]", "+", "(", "C", "[", "'A2'", "]", "+", "C", "[", "'A2R'", "]", "*", "delta_R", "+", "C", "[", "'A2V'", "]", "*", "delta_V", ")", "*", "mag", "+", "(", "C", "[", "'A3'", "]", "+", "C", "[", "'A3S'", "]", "*", "delta_S", "+", "C", "[", "'A3V'", "]", "*", "delta_V", ")", "*", "np", ".", "log10", "(", "np", ".", "power", "(", "(", "rrup", "**", "3", "+", "C", "[", "'d'", "]", "**", "3", ")", ",", "1.0", "/", "3.0", ")", ")", "+", "C", "[", "'A4'", "]", "*", "hypo_depth", "+", "C", "[", "'A5'", "]", "*", "delta_I", ")", "# Get S site class term", "S", "=", "self", ".", "_get_site_class", "(", "vs30", ",", "mean", ")", "# Add S amplification term to mean value", "mean", "=", "mean", "+", "S", "return", "mean" ]

[ "Compute", "MMI", "Intensity", "Value", "as", "per", "Equation", "in", "Table", "5", "and", "Table", "7", "pag", "198", "." ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "stddev_types", ",", "num_sites", ")", ":", "# interevent stddev", "sigma_inter", "=", "C", "[", "'tau'", "]", "+", "np", ".", "zeros", "(", "num_sites", ")", "# intraevent std", "sigma_intra", "=", "C", "[", "'sigma'", "]", "+", "np", ".", "zeros", "(", "num_sites", ")", "std", "=", "[", "]", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ":", "if", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "TOTAL", ":", "# equation in section 5.2 page 200", "std", "+=", "[", "np", ".", "sqrt", "(", "sigma_intra", "**", "2", "+", "sigma_inter", "**", "2", ")", "]", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTRA_EVENT", ":", "std", ".", "append", "(", "sigma_intra", ")", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTER_EVENT", ":", "std", ".", "append", "(", "sigma_inter", ")", "return", "std" ]

[ "Return", "total", "standard", "deviation", "as", "described", "in", "paragraph", "5", ".", "2", "pag", "200", "." ]

[ "def", "_get_site_class", "(", "self", ",", "vs30", ",", "mmi_mean", ")", ":", "if", "vs30", "[", "0", "]", "<", "180", ":", "c1", "=", "1.0", "c2", "=", "-", "0.25", "d", "=", "0.5", "elif", "vs30", "[", "0", "]", ">=", "180", "and", "vs30", "[", "0", "]", "<=", "360", ":", "c1", "=", "0.5", "c2", "=", "-", "0.125", "d", "=", "0.25", "elif", "vs30", "[", "0", "]", ">", "360", "and", "vs30", "[", "0", "]", "<=", "760", ":", "c1", "=", "0.", "c2", "=", "0.", "d", "=", "0.", "elif", "vs30", "[", "0", "]", ">", "760", "and", "vs30", "[", "0", "]", "<=", "1500", ":", "c1", "=", "-", "0.5", "c2", "=", "0.125", "d", "=", "-", "0.25", "elif", "vs30", "[", "0", "]", ">", "1500", ":", "c1", "=", "-", "1.0", "c2", "=", "0.25", "d", "=", "-", "0.5", "S", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "vs30", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "vs30", ".", "size", ")", ":", "if", "mmi_mean", "[", "i", "]", "<=", "7.0", ":", "S", "[", "i", "]", "+=", "c1", "elif", "mmi_mean", "[", "i", "]", ">", "7", "and", "mmi_mean", "[", "i", "]", "<", "9.5", ":", "S", "[", "i", "]", "+=", "c1", "-", "d", "*", "(", "mmi_mean", "[", "i", "]", "-", "7.0", ")", "else", ":", "S", "[", "i", "]", "+=", "c2", "return", "S" ]

[ "Return", "site", "class", "flag", "for", ":", "Class", "E", "-", "Very", "Soft", "Soil", "vs30", "<", "180", "Class", "D", "-", "Deep", "or", "Soft", "Soil", "vs30", ">", "=", "180", "and", "vs30", "<", "=", "360", "Class", "C", "-", "Shallow", "Soil", "vs30", ">", "360", "and", "vs30", "<", "=", "760", "Class", "B", "-", "Rock", "vs30", ">", "760", "and", "vs30", "<", "=", "1500", "Class", "A", "-", "Strong", "Rock", "vs30", ">", "=", "180", "and", "vs30", "<", "=", "360", "The", "S", "site", "class", "is", "equal", "to", "S", "=", "c1", "if", "MMI", "<", "=", "7", "S", "=", "c1", "-", "d", "*", "(", "MMI", "-", "7", ".", "0", ")", "if", "7<MMI<9", ".", "5", "S", "=", "c2", "if", "MMI", ">", "=", "9", ".", "5" ]

[ "def", "_get_deltas", "(", "self", ",", "rake", ")", ":", "# delta_R = 1 for reverse focal mechanism (45<rake<135)", "# and for interface events, 0 for all other events", "# delta_S = 1 for Strike-slip focal mechanisms (0<=rake<=45) or", "# (135<=rake<=180) or (-45<=rake<=0), 0 for all other events", "# delta_V = 1 for TVZ events, 0 for all other events", "# delta_I = 1 for interface events, 0 for all other events", "# All deltas = 0 for Model 3: Deep Region, pag 198", "delta_R", ",", "delta_S", "=", "0", ",", "0", "delta_V", ",", "delta_I", "=", "0", ",", "0", "if", "rake", ">", "45.0", "and", "rake", "<", "135.0", ":", "delta_R", "=", "1", "if", "(", "rake", ">=", "0.0", "and", "rake", "<=", "45.0", ")", "or", "(", "rake", ">=", "135", "and", "rake", "<=", "180.0", ")", "or", "(", "rake", ">=", "-", "180.0", "and", "rake", "<=", "-", "135.0", ")", "or", "(", "rake", ">=", "-", "45.0", "and", "rake", "<", "0.0", ")", ":", "delta_S", "=", "1", "return", "delta_R", ",", "delta_S", ",", "delta_V", ",", "delta_I" ]

[ "Return", "the", "value", "of", "deltas", "(", "delta_R", "delta_S", "delta_V", "delta_I", ")", "as", "defined", "in", "Table", "5", ":", "Model", "1", "pag", "198" ]

[ "def", "_get_deltas", "(", "self", ",", "rake", ")", ":", "# All deltas = 0 for DowrickRhoades2005SSlab Model 3: Deep Region,", "# pag 198", "delta_R", ",", "delta_S", "=", "0", ",", "0", "delta_V", ",", "delta_I", "=", "0", ",", "0", "return", "delta_R", ",", "delta_S", ",", "delta_V", ",", "delta_I" ]

[ "Return", "the", "value", "of", "deltas", "(", "delta_R", "delta_S", "delta_V", "delta_I", ")", "as", "defined", "in", "Table", "5", ":", "Model", "1", "pag", "198" ]

[ "def", "plot_assets", "(", "calc_id", "=", "-", "1", ",", "site_model", "=", "False", ")", ":", "# NB: matplotlib is imported inside since it is a costly import", "import", "matplotlib", ".", "pyplot", "as", "p", "from", "openquake", ".", "hmtk", ".", "plotting", ".", "patch", "import", "PolygonPatch", "dstore", "=", "util", ".", "read", "(", "calc_id", ")", "try", ":", "region", "=", "dstore", "[", "'oqparam'", "]", ".", "region", "except", "KeyError", ":", "region", "=", "None", "sitecol", "=", "dstore", "[", "'sitecol'", "]", "try", ":", "assetcol", "=", "dstore", "[", "'assetcol'", "]", ".", "value", "except", "AttributeError", ":", "assetcol", "=", "dstore", "[", "'assetcol'", "]", ".", "array", "fig", "=", "p", ".", "figure", "(", ")", "ax", "=", "fig", ".", "add_subplot", "(", "111", ")", "if", "region", ":", "pp", "=", "PolygonPatch", "(", "shapely", ".", "wkt", ".", "loads", "(", "region", ")", ",", "alpha", "=", "0.1", ")", "ax", ".", "add_patch", "(", "pp", ")", "ax", ".", "grid", "(", "True", ")", "if", "site_model", "and", "'site_model'", "in", "dstore", ":", "sm", "=", "dstore", "[", "'site_model'", "]", "sm_lons", ",", "sm_lats", "=", "sm", "[", "'lon'", "]", ",", "sm", "[", "'lat'", "]", "if", "len", "(", "sm_lons", ")", ">", "1", "and", "cross_idl", "(", "*", "sm_lons", ")", ":", "sm_lons", "%=", "360", "p", ".", "scatter", "(", "sm_lons", ",", "sm_lats", ",", "marker", "=", "'.'", ",", "color", "=", "'orange'", ")", "p", ".", "scatter", "(", "sitecol", ".", "complete", ".", "lons", ",", "sitecol", ".", "complete", ".", "lats", ",", "marker", "=", "'.'", ",", "color", "=", "'gray'", ")", "p", ".", "scatter", "(", "assetcol", "[", "'lon'", "]", ",", "assetcol", "[", "'lat'", "]", ",", "marker", "=", "'.'", ",", "color", "=", "'green'", ")", "p", ".", "scatter", "(", "sitecol", ".", "lons", ",", "sitecol", ".", "lats", ",", "marker", "=", "'+'", ",", "color", "=", "'black'", ")", "if", "'discarded'", "in", "dstore", ":", "disc", "=", "numpy", ".", "unique", "(", "dstore", "[", "'discarded'", "]", ".", "value", "[", "[", "'lon'", ",", "'lat'", "]", "]", ")", "p", ".", "scatter", "(", "disc", "[", "'lon'", "]", ",", "disc", "[", "'lat'", "]", ",", "marker", "=", "'x'", ",", "color", "=", "'red'", ")", "p", ".", "show", "(", ")" ]

[ "Plot", "the", "sites", "and", "the", "assets" ]

[ "def", "_get_adjustment", "(", "mag", ",", "year", ",", "mmin", ",", "completeness_year", ",", "t_f", ",", "mag_inc", "=", "0.1", ")", ":", "if", "len", "(", "completeness_year", ")", "==", "1", ":", "if", "(", "mag", ">=", "mmin", ")", "and", "(", "year", ">=", "completeness_year", "[", "0", "]", ")", ":", "# No adjustment needed - event weight == 1", "return", "1.0", "else", ":", "# Event should not be counted", "return", "False", "kval", "=", "int", "(", "(", "(", "mag", "-", "mmin", ")", "/", "mag_inc", ")", ")", "+", "1", "if", "(", "kval", ">=", "1", ")", "and", "(", "year", ">=", "completeness_year", "[", "kval", "-", "1", "]", ")", ":", "return", "t_f", "else", ":", "return", "False" ]

[ "If", "the", "magnitude", "is", "greater", "than", "the", "minimum", "in", "the", "completeness", "table", "and", "the", "year", "is", "greater", "than", "the", "corresponding", "completeness", "year", "then", "return", "the", "Weichert", "factor" ]

[ "def", "get_catalogue_bounding_polygon", "(", "catalogue", ")", ":", "upper_lon", "=", "np", ".", "max", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'longitude'", "]", ")", "upper_lat", "=", "np", ".", "max", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'latitude'", "]", ")", "lower_lon", "=", "np", ".", "min", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'longitude'", "]", ")", "lower_lat", "=", "np", ".", "min", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'latitude'", "]", ")", "return", "Polygon", "(", "[", "Point", "(", "lower_lon", ",", "upper_lat", ")", ",", "Point", "(", "upper_lon", ",", "upper_lat", ")", ",", "Point", "(", "upper_lon", ",", "lower_lat", ")", ",", "Point", "(", "lower_lon", ",", "lower_lat", ")", "]", ")" ]

[ "Returns", "a", "polygon", "containing", "the", "bounding", "box", "of", "the", "catalogue" ]

[ "def", "make_from_catalogue", "(", "cls", ",", "catalogue", ",", "spacing", ",", "dilate", ")", ":", "new", "=", "cls", "(", ")", "cat_bbox", "=", "get_catalogue_bounding_polygon", "(", "catalogue", ")", "if", "dilate", ">", "0", ":", "cat_bbox", "=", "cat_bbox", ".", "dilate", "(", "dilate", ")", "# Define Grid spacing", "new", ".", "update", "(", "{", "'xmin'", ":", "np", ".", "min", "(", "cat_bbox", ".", "lons", ")", ",", "'xmax'", ":", "np", ".", "max", "(", "cat_bbox", ".", "lons", ")", ",", "'xspc'", ":", "spacing", ",", "'ymin'", ":", "np", ".", "min", "(", "cat_bbox", ".", "lats", ")", ",", "'ymax'", ":", "np", ".", "max", "(", "cat_bbox", ".", "lats", ")", ",", "'yspc'", ":", "spacing", ",", "'zmin'", ":", "0.", ",", "'zmax'", ":", "np", ".", "max", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", ")", ",", "'zspc'", ":", "np", ".", "max", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", ")", "}", ")", "if", "new", "[", "'zmin'", "]", "==", "new", "[", "'zmax'", "]", "==", "new", "[", "'zspc'", "]", "==", "0", ":", "new", "[", "'zmax'", "]", "=", "new", "[", "'zspc'", "]", "=", "1", "return", "new" ]

[ "Defines", "the", "grid", "on", "the", "basis", "of", "the", "catalogue" ]

[ "def", "run_analysis", "(", "self", ",", "catalogue", ",", "config", ",", "completeness_table", "=", "None", ",", "smoothing_kernel", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "catalogue", "=", "catalogue", "if", "smoothing_kernel", ":", "self", ".", "kernel", "=", "smoothing_kernel", "else", ":", "self", ".", "kernel", "=", "IsotropicGaussian", "(", ")", "# If no grid limits are specified then take from catalogue", "if", "isinstance", "(", "self", ".", "grid_limits", ",", "list", ")", ":", "self", ".", "grid_limits", "=", "Grid", ".", "make_from_list", "(", "self", ".", "grid_limits", ")", "assert", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmax'", "]", ">=", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmin'", "]", "assert", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xspc'", "]", ">", "0.0", "assert", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymax'", "]", ">=", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymin'", "]", "assert", "self", ".", "grid_limits", "[", "'yspc'", "]", ">", "0.0", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "grid_limits", ",", "float", ")", ":", "self", ".", "grid_limits", "=", "Grid", ".", "make_from_catalogue", "(", "self", ".", "catalogue", ",", "self", ".", "grid_limits", ",", "config", "[", "'Length_Limit'", "]", "*", "config", "[", "'BandWidth'", "]", ")", "completeness_table", ",", "mag_inc", "=", "utils", ".", "get_even_magnitude_completeness", "(", "completeness_table", ",", "self", ".", "catalogue", ")", "end_year", "=", "self", ".", "catalogue", ".", "end_year", "# Get Weichert factor", "t_f", ",", "_", "=", "utils", ".", "get_weichert_factor", "(", "self", ".", "beta", ",", "completeness_table", "[", ":", ",", "1", "]", ",", "completeness_table", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "end_year", ")", "# Get the grid", "self", ".", "create_3D_grid", "(", "self", ".", "catalogue", ",", "completeness_table", ",", "t_f", ",", "mag_inc", ")", "if", "config", "[", "'increment'", "]", ":", "# Get Hermann adjustment factors", "fval", ",", "fival", "=", "utils", ".", "hermann_adjustment_factors", "(", "self", ".", "bval", ",", "completeness_table", "[", "0", ",", "1", "]", ",", "config", "[", "'increment'", "]", ")", "self", ".", "data", "[", ":", ",", "-", "1", "]", "=", "fval", "*", "fival", "*", "self", ".", "data", "[", ":", ",", "-", "1", "]", "# Apply smoothing", "smoothed_data", ",", "sum_data", ",", "sum_smooth", "=", "self", ".", "kernel", ".", "smooth_data", "(", "self", ".", "data", ",", "config", ",", "self", ".", "use_3d", ")", "print", "(", "'Smoothing Total Rate Comparison - '", "'Observed: %.6g, Smoothed: %.6g'", "%", "(", "sum_data", ",", "sum_smooth", ")", ")", "self", ".", "data", "=", "np", ".", "column_stack", "(", "[", "self", ".", "data", ",", "smoothed_data", "]", ")", "return", "self", ".", "data" ]

[ "Runs", "an", "analysis", "of", "smoothed", "seismicity", "in", "the", "manner", "originally", "implemented", "by", "Frankel", "(", "1995", ")" ]

[ "def", "create_2D_grid_simple", "(", "self", ",", "longitude", ",", "latitude", ",", "year", ",", "magnitude", ",", "completeness_table", ",", "t_f", "=", "1.", ",", "mag_inc", "=", "0.1", ")", ":", "assert", "mag_inc", ">", "0.", "xlim", "=", "np", ".", "ceil", "(", "(", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmax'", "]", "-", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmin'", "]", ")", "/", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xspc'", "]", ")", "ylim", "=", "np", ".", "ceil", "(", "(", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymax'", "]", "-", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymin'", "]", ")", "/", "self", ".", "grid_limits", "[", "'yspc'", "]", ")", "ncolx", "=", "int", "(", "xlim", ")", "ncoly", "=", "int", "(", "ylim", ")", "grid_count", "=", "np", ".", "zeros", "(", "ncolx", "*", "ncoly", ",", "dtype", "=", "float", ")", "for", "iloc", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "longitude", ")", ")", ":", "dlon", "=", "(", "longitude", "[", "iloc", "]", "-", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmin'", "]", ")", "/", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xspc'", "]", "if", "(", "dlon", "<", "0.", ")", "or", "(", "dlon", ">", "xlim", ")", ":", "# Earthquake outside longitude limits", "continue", "xcol", "=", "int", "(", "dlon", ")", "if", "xcol", "==", "ncolx", ":", "# If longitude is directly on upper grid line then retain", "xcol", "=", "ncolx", "-", "1", "dlat", "=", "fabs", "(", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymax'", "]", "-", "latitude", "[", "iloc", "]", ")", "/", "self", ".", "grid_limits", "[", "'yspc'", "]", "if", "(", "dlat", "<", "0.", ")", "or", "(", "dlat", ">", "ylim", ")", ":", "# Earthquake outside latitude limits", "continue", "ycol", "=", "int", "(", "dlat", ")", "# Correct for floating precision", "if", "ycol", "==", "ncoly", ":", "# If latitude is directly on upper grid line then retain", "ycol", "=", "ncoly", "-", "1", "kmarker", "=", "(", "ycol", "*", "int", "(", "xlim", ")", ")", "+", "xcol", "adjust", "=", "_get_adjustment", "(", "magnitude", "[", "iloc", "]", ",", "year", "[", "iloc", "]", ",", "completeness_table", "[", "0", ",", "1", "]", ",", "completeness_table", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "t_f", ",", "mag_inc", ")", "if", "adjust", ":", "grid_count", "[", "kmarker", "]", "=", "grid_count", "[", "kmarker", "]", "+", "adjust", "return", "grid_count" ]

[ "Generates", "the", "grid", "from", "the", "limits", "using", "an", "approach", "closer", "to", "that", "of", "Frankel", "(", "1995", ")" ]

[ "def", "create_3D_grid", "(", "self", ",", "catalogue", ",", "completeness_table", ",", "t_f", "=", "1.0", ",", "mag_inc", "=", "0.1", ")", ":", "x_bins", "=", "np", ".", "arange", "(", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmin'", "]", ",", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmax'", "]", ",", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xspc'", "]", ")", "if", "x_bins", "[", "-", "1", "]", "<", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xmax'", "]", ":", "x_bins", "=", "np", ".", "hstack", "(", "[", "x_bins", ",", "x_bins", "[", "-", "1", "]", "+", "self", ".", "grid_limits", "[", "'xspc'", "]", "]", ")", "y_bins", "=", "np", ".", "arange", "(", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymin'", "]", ",", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymax'", "]", ",", "self", ".", "grid_limits", "[", "'yspc'", "]", ")", "if", "y_bins", "[", "-", "1", "]", "<", "self", ".", "grid_limits", "[", "'ymax'", "]", ":", "y_bins", "=", "np", ".", "hstack", "(", "[", "y_bins", ",", "y_bins", "[", "-", "1", "]", "+", "self", ".", "grid_limits", "[", "'yspc'", "]", "]", ")", "z_bins", "=", "np", ".", "arange", "(", "self", ".", "grid_limits", "[", "'zmin'", "]", ",", "self", ".", "grid_limits", "[", "'zmax'", "]", "+", "self", ".", "grid_limits", "[", "'zspc'", "]", ",", "self", ".", "grid_limits", "[", "'zspc'", "]", ")", "if", "z_bins", "[", "-", "1", "]", "<", "self", ".", "grid_limits", "[", "'zmax'", "]", ":", "z_bins", "=", "np", ".", "hstack", "(", "[", "z_bins", ",", "z_bins", "[", "-", "1", "]", "+", "self", ".", "grid_limits", "[", "'zspc'", "]", "]", ")", "# Define centre points of grid cells", "gridx", ",", "gridy", "=", "np", ".", "meshgrid", "(", "(", "x_bins", "[", "1", ":", "]", "+", "x_bins", "[", ":", "-", "1", "]", ")", "/", "2.", ",", "(", "y_bins", "[", "1", ":", "]", "+", "y_bins", "[", ":", "-", "1", "]", ")", "/", "2.", ")", "n_x", ",", "n_y", "=", "np", ".", "shape", "(", "gridx", ")", "gridx", "=", "np", ".", "reshape", "(", "gridx", ",", "[", "n_x", "*", "n_y", ",", "1", "]", ")", "gridy", "=", "np", ".", "reshape", "(", "np", ".", "flipud", "(", "gridy", ")", ",", "[", "n_x", "*", "n_y", ",", "1", "]", ")", "# Only one depth range", "idx", "=", "np", ".", "logical_and", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", ">=", "z_bins", "[", "0", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", "<", "z_bins", "[", "1", "]", ")", "mid_depth", "=", "(", "z_bins", "[", "0", "]", "+", "z_bins", "[", "1", "]", ")", "/", "2.", "data_grid", "=", "np", ".", "column_stack", "(", "[", "gridx", ",", "gridy", ",", "mid_depth", "*", "np", ".", "ones", "(", "n_x", "*", "n_y", ",", "dtype", "=", "float", ")", ",", "self", ".", "create_2D_grid_simple", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'longitude'", "]", "[", "idx", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'latitude'", "]", "[", "idx", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'year'", "]", "[", "idx", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'magnitude'", "]", "[", "idx", "]", ",", "completeness_table", ",", "t_f", ",", "mag_inc", ")", "]", ")", "if", "len", "(", "z_bins", ")", "<", "3", ":", "# Only one depth range", "self", ".", "data", "=", "data_grid", "return", "# Multiple depth layers - append to grid", "for", "iloc", "in", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "z_bins", ")", "-", "1", ")", ":", "idx", "=", "np", ".", "logical_and", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", ">=", "z_bins", "[", "iloc", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", "<", "z_bins", "[", "iloc", "+", "1", "]", ")", "mid_depth", "=", "(", "z_bins", "[", "iloc", "]", "+", "z_bins", "[", "iloc", "+", "1", "]", ")", "/", "2.", "temp_grid", "=", "np", ".", "column_stack", "(", "[", "gridx", ",", "gridy", ",", "mid_depth", "*", "np", ".", "ones", "(", "n_x", "*", "n_y", ",", "dtype", "=", "float", ")", ",", "self", ".", "create_2D_grid_simple", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'longitude'", "]", "[", "idx", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'latitude'", "]", "[", "idx", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'year'", "]", "[", "idx", "]", ",", "catalogue", ".", "data", "[", "'magnitude'", "]", "[", "idx", "]", ",", "completeness_table", ",", "t_f", ",", "mag_inc", ")", "]", ")", "data_grid", "=", "np", ".", "vstack", "(", "[", "data_grid", ",", "temp_grid", "]", ")", "self", ".", "data", "=", "data_grid" ]

[ "Counts", "the", "earthquakes", "observed", "in", "a", "three", "dimensional", "grid" ]

[ "def", "write_to_csv", "(", "self", ",", "filename", ")", ":", "fid", "=", "open", "(", "filename", ",", "'wt'", ")", "# Create header list", "header_info", "=", "[", "'Longitude'", ",", "'Latitude'", ",", "'Depth'", ",", "'Observed Count'", ",", "'Smoothed Rate'", ",", "'b-value'", "]", "writer", "=", "csv", ".", "DictWriter", "(", "fid", ",", "fieldnames", "=", "header_info", ")", "headers", "=", "dict", "(", "(", "name0", ",", "name0", ")", "for", "name0", "in", "header_info", ")", "# Write to file", "writer", ".", "writerow", "(", "headers", ")", "for", "row", "in", "self", ".", "data", ":", "# institute crude compression by omitting points with no seismicity", "# and taking advantage of the %g format", "if", "row", "[", "4", "]", "==", "0", ":", "continue", "row_dict", "=", "{", "'Longitude'", ":", "'%g'", "%", "row", "[", "0", "]", ",", "'Latitude'", ":", "'%g'", "%", "row", "[", "1", "]", ",", "'Depth'", ":", "'%g'", "%", "row", "[", "2", "]", ",", "'Observed Count'", ":", "'%d'", "%", "row", "[", "3", "]", ",", "'Smoothed Rate'", ":", "'%.6g'", "%", "row", "[", "4", "]", ",", "'b-value'", ":", "'%g'", "%", "self", ".", "bval", "}", "writer", ".", "writerow", "(", "row_dict", ")", "fid", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Exports", "to", "simple", "csv" ]

[ "def", "_validate_hazard_metadata", "(", "md", ")", ":", "if", "(", "md", ".", "get", "(", "'statistics'", ")", "is", "not", "None", "and", "(", "md", ".", "get", "(", "'smlt_path'", ")", "is", "not", "None", "or", "md", ".", "get", "(", "'gsimlt_path'", ")", "is", "not", "None", ")", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Cannot specify both `statistics` and logic tree '", "'paths'", ")", "if", "md", ".", "get", "(", "'statistics'", ")", "is", "not", "None", ":", "# make sure only valid statistics types are specified", "if", "md", ".", "get", "(", "'statistics'", ")", "not", "in", "(", "'mean'", ",", "'max'", ",", "'quantile'", ",", "'std'", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`statistics` must be either `mean`, `max`, or '", "'`quantile`'", ")", "else", ":", "# must specify both logic tree paths", "if", "md", ".", "get", "(", "'smlt_path'", ")", "is", "None", "or", "md", ".", "get", "(", "'gsimlt_path'", ")", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Both logic tree paths are required for '", "'non-statistical results'", ")", "if", "md", ".", "get", "(", "'statistics'", ")", "==", "'quantile'", ":", "if", "md", ".", "get", "(", "'quantile_value'", ")", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'quantile stastics results require a quantile'", "' value to be specified'", ")", "if", "not", "md", ".", "get", "(", "'statistics'", ")", "==", "'quantile'", ":", "if", "md", ".", "get", "(", "'quantile_value'", ")", "is", "not", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Quantile value must be specified with '", "'quantile statistics'", ")", "if", "md", ".", "get", "(", "'imt'", ")", "==", "'SA'", ":", "if", "md", ".", "get", "(", "'sa_period'", ")", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`sa_period` is required for IMT == `SA`'", ")", "if", "md", ".", "get", "(", "'sa_damping'", ")", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`sa_damping` is required for IMT == `SA`'", ")" ]

[ "Validate", "metadata", "dict", "of", "attributes", "which", "are", "more", "or", "less", "the", "same", "for", "hazard", "curves", "hazard", "maps", "and", "disaggregation", "histograms", "." ]

[ "def", "_set_metadata", "(", "element", ",", "metadata", ",", "attr_map", ",", "transform", "=", "str", ")", ":", "for", "kw", ",", "attr", "in", "attr_map", ".", "items", "(", ")", ":", "value", "=", "metadata", ".", "get", "(", "kw", ")", "if", "value", "is", "not", "None", ":", "element", ".", "set", "(", "attr", ",", "transform", "(", "value", ")", ")" ]

[ "Set", "metadata", "attributes", "on", "a", "given", "element", "." ]

[ "def", "gen_gmfs", "(", "gmf_set", ")", ":", "for", "gmf", "in", "gmf_set", ":", "gmf_node", "=", "Node", "(", "'gmf'", ")", "gmf_node", "[", "'IMT'", "]", "=", "gmf", ".", "imt", "if", "gmf", ".", "imt", "==", "'SA'", ":", "gmf_node", "[", "'saPeriod'", "]", "=", "str", "(", "gmf", ".", "sa_period", ")", "gmf_node", "[", "'saDamping'", "]", "=", "str", "(", "gmf", ".", "sa_damping", ")", "gmf_node", "[", "'ruptureId'", "]", "=", "gmf", ".", "event_id", "sorted_nodes", "=", "sorted", "(", "gmf", ")", "gmf_node", ".", "nodes", "=", "(", "Node", "(", "'node'", ",", "dict", "(", "gmv", "=", "n", ".", "gmv", ",", "lon", "=", "n", ".", "location", ".", "x", ",", "lat", "=", "n", ".", "location", ".", "y", ")", ")", "for", "n", "in", "sorted_nodes", ")", "yield", "gmf_node" ]

[ "Generate", "GMF", "nodes", "from", "a", "gmf_set", ":", "param", "gmf_set", ":", "a", "sequence", "of", "GMF", "objects", "with", "attributes", "imt", "sa_period", "sa_damping", "event_id", "and", "containing", "a", "list", "of", "GMF", "nodes", "with", "attributes", "gmv", "and", "location", ".", "The", "nodes", "are", "sorted", "by", "lon", "/", "lat", "." ]

[ "def", "rupture_to_element", "(", "rup", ",", "parent", "=", "None", ")", ":", "if", "parent", "is", "None", ":", "parent", "=", "et", ".", "Element", "(", "'root'", ")", "rup_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "parent", ",", "rup", ".", "typology", ")", "elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "rup_elem", ",", "'stochasticEventSets'", ")", "n", "=", "0", "for", "ses", "in", "rup", ".", "events_by_ses", ":", "eids", "=", "rup", ".", "events_by_ses", "[", "ses", "]", "[", "'eid'", "]", "n", "+=", "len", "(", "eids", ")", "ses_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "elem", ",", "'SES'", ",", "id", "=", "ses", ")", "ses_elem", ".", "text", "=", "' '", ".", "join", "(", "str", "(", "eid", ")", "for", "eid", "in", "eids", ")", "rup_elem", ".", "set", "(", "'id'", ",", "rup", ".", "rupid", ")", "rup_elem", ".", "set", "(", "'multiplicity'", ",", "str", "(", "n", ")", ")", "sub_elems", "(", "rup_elem", ",", "rup", ",", "'magnitude'", ",", "'strike'", ",", "'dip'", ",", "'rake'", ")", "h", "=", "rup", ".", "hypocenter", "et", ".", "SubElement", "(", "rup_elem", ",", "'hypocenter'", ",", "dict", "(", "lon", "=", "h", ".", "x", ",", "lat", "=", "h", ".", "y", ",", "depth", "=", "h", ".", "z", ")", ")", "if", "rup", ".", "is_from_fault_source", ":", "# rup is from a simple or complex fault source", "# the rup geometry is represented by a mesh of 3D", "# points", "mesh_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "rup_elem", ",", "'mesh'", ")", "# we assume the mesh components (lons, lats, depths)", "# are of uniform shape", "for", "i", ",", "row", "in", "enumerate", "(", "rup", ".", "lons", ")", ":", "for", "j", ",", "col", "in", "enumerate", "(", "row", ")", ":", "node_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "mesh_elem", ",", "'node'", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'row'", ",", "str", "(", "i", ")", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'col'", ",", "str", "(", "j", ")", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'lon'", ",", "str", "(", "rup", ".", "lons", "[", "i", "]", "[", "j", "]", ")", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'lat'", ",", "str", "(", "rup", ".", "lats", "[", "i", "]", "[", "j", "]", ")", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'depth'", ",", "str", "(", "rup", ".", "depths", "[", "i", "]", "[", "j", "]", ")", ")", "# if we never entered the loop above, it's possible", "# that i and j will be undefined", "mesh_elem", ".", "set", "(", "'rows'", ",", "str", "(", "i", "+", "1", ")", ")", "mesh_elem", ".", "set", "(", "'cols'", ",", "str", "(", "j", "+", "1", ")", ")", "elif", "rup", ".", "is_gridded_surface", ":", "# the rup geometry is represented by a mesh of (1, N) points", "mesh_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "rup_elem", ",", "'mesh'", ")", "for", "j", ",", "_", "in", "enumerate", "(", "rup", ".", "lons", ")", ":", "node_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "mesh_elem", ",", "'node'", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'row'", ",", "'0'", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'col'", ",", "str", "(", "j", ")", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'lon'", ",", "str", "(", "rup", ".", "lons", "[", "j", "]", ")", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'lat'", ",", "str", "(", "rup", ".", "lats", "[", "j", "]", ")", ")", "node_elem", ".", "set", "(", "'depth'", ",", "str", "(", "rup", ".", "depths", "[", "j", "]", ")", ")", "else", ":", "# rupture is from a multi surface fault source", "if", "rup", ".", "is_multi_surface", ":", "# the arrays lons, lats and depths contain 4*N elements,", "# where N is the number of planar surfaces contained in the", "# multisurface; each planar surface if characterised by 4", "# vertices top_left, top_right, bottom_left, bottom_right", "assert", "len", "(", "rup", ".", "lons", ")", "%", "4", "==", "0", "assert", "len", "(", "rup", ".", "lons", ")", "==", "len", "(", "rup", ".", "lats", ")", "==", "len", "(", "rup", ".", "depths", ")", "for", "offset", "in", "range", "(", "len", "(", "rup", ".", "lons", ")", "//", "4", ")", ":", "# looping on the coordinates of the sub surfaces, one", "# planar surface at the time", "start", "=", "offset", "*", "4", "end", "=", "offset", "*", "4", "+", "4", "lons", "=", "rup", ".", "lons", "[", "start", ":", "end", "]", "# 4 lons of the current surface", "lats", "=", "rup", ".", "lats", "[", "start", ":", "end", "]", "# 4 lats of the current surface", "depths", "=", "rup", ".", "depths", "[", "start", ":", "end", "]", "# 4 depths", "ps_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "rup_elem", ",", "'planarSurface'", ")", "top_left", ",", "top_right", ",", "bottom_left", ",", "bottom_right", "=", "zip", "(", "lons", ",", "lats", ",", "depths", ")", "for", "el_name", ",", "corner", "in", "(", "(", "'topLeft'", ",", "top_left", ")", ",", "(", "'topRight'", ",", "top_right", ")", ",", "(", "'bottomLeft'", ",", "bottom_left", ")", ",", "(", "'bottomRight'", ",", "bottom_right", ")", ")", ":", "corner_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "ps_elem", ",", "el_name", ")", "corner_elem", ".", "set", "(", "'lon'", ",", "'%.7f'", "%", "corner", "[", "0", "]", ")", "corner_elem", ".", "set", "(", "'lat'", ",", "'%.7f'", "%", "corner", "[", "1", "]", ")", "corner_elem", ".", "set", "(", "'depth'", ",", "'%.7f'", "%", "corner", "[", "2", "]", ")", "else", ":", "# rupture is from a point or area source", "# the rupture geometry is represented by four 3D", "# corner points", "ps_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "rup_elem", ",", "'planarSurface'", ")", "# create the corner point elements, in the order of:", "# * top left", "# * top right", "# * bottom left", "# * bottom right", "for", "el_name", ",", "corner", "in", "(", "(", "'topLeft'", ",", "rup", ".", "top_left_corner", ")", ",", "(", "'topRight'", ",", "rup", ".", "top_right_corner", ")", ",", "(", "'bottomLeft'", ",", "rup", ".", "bottom_left_corner", ")", ",", "(", "'bottomRight'", ",", "rup", ".", "bottom_right_corner", ")", ")", ":", "corner_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "ps_elem", ",", "el_name", ")", "corner_elem", ".", "set", "(", "'lon'", ",", "'%.7f'", "%", "corner", "[", "0", "]", ")", "corner_elem", ".", "set", "(", "'lat'", ",", "'%.7f'", "%", "corner", "[", "1", "]", ")", "corner_elem", ".", "set", "(", "'depth'", ",", "'%.7f'", "%", "corner", "[", "2", "]", ")", "return", "parent" ]

[ "Convert", "a", "rupture", "object", "into", "an", "Element", "object", "." ]

[ "def", "serialize", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "with", "open", "(", "self", ".", "dest", ",", "'wb'", ")", "as", "fh", ":", "root", "=", "et", ".", "Element", "(", "'nrml'", ")", "self", ".", "add_hazard_curves", "(", "root", ",", "self", ".", "metadata", ",", "data", ")", "nrml", ".", "write", "(", "list", "(", "root", ")", ",", "fh", ")" ]

[ "Write", "a", "sequence", "of", "hazard", "curves", "to", "the", "specified", "file", "." ]

[ "def", "add_hazard_curves", "(", "self", ",", "root", ",", "metadata", ",", "data", ")", ":", "hazard_curves", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "root", ",", "'hazardCurves'", ")", "_set_metadata", "(", "hazard_curves", ",", "metadata", ",", "_ATTR_MAP", ")", "imls_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "hazard_curves", ",", "'IMLs'", ")", "imls_elem", ".", "text", "=", "' '", ".", "join", "(", "map", "(", "scientificformat", ",", "metadata", "[", "'imls'", "]", ")", ")", "gml_ns", "=", "nrml", ".", "SERIALIZE_NS_MAP", "[", "'gml'", "]", "for", "hc", "in", "data", ":", "hc_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "hazard_curves", ",", "'hazardCurve'", ")", "gml_point", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "hc_elem", ",", "'{%s}Point'", "%", "gml_ns", ")", "gml_pos", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "gml_point", ",", "'{%s}pos'", "%", "gml_ns", ")", "gml_pos", ".", "text", "=", "'%s %s'", "%", "(", "hc", ".", "location", ".", "x", ",", "hc", ".", "location", ".", "y", ")", "poes_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "hc_elem", ",", "'poEs'", ")", "poes_elem", ".", "text", "=", "' '", ".", "join", "(", "map", "(", "scientificformat", ",", "hc", ".", "poes", ")", ")" ]

[ "Add", "hazard", "curves", "stored", "into", "data", "as", "child", "of", "the", "root", "element", "with", "metadata", ".", "See", "the", "documentation", "of", "the", "method", "serialize", "and", "the", "constructor", "for", "a", "description", "of", "data", "and", "metadata", "respectively", "." ]

[ "def", "serialize", "(", "self", ",", "data", ",", "fmt", "=", "'%10.7E'", ")", ":", "gmf_set_nodes", "=", "[", "]", "for", "gmf_set", "in", "data", ":", "gmf_set_node", "=", "Node", "(", "'gmfSet'", ")", "if", "gmf_set", ".", "investigation_time", ":", "gmf_set_node", "[", "'investigationTime'", "]", "=", "str", "(", "gmf_set", ".", "investigation_time", ")", "gmf_set_node", "[", "'stochasticEventSetId'", "]", "=", "str", "(", "gmf_set", ".", "stochastic_event_set_id", ")", "gmf_set_node", ".", "nodes", "=", "gen_gmfs", "(", "gmf_set", ")", "gmf_set_nodes", ".", "append", "(", "gmf_set_node", ")", "gmf_container", "=", "Node", "(", "'gmfCollection'", ")", "gmf_container", "[", "SM_TREE_PATH", "]", "=", "self", ".", "sm_lt_path", "gmf_container", "[", "GSIM_TREE_PATH", "]", "=", "self", ".", "gsim_lt_path", "gmf_container", ".", "nodes", "=", "gmf_set_nodes", "with", "open", "(", "self", ".", "dest", ",", "'wb'", ")", "as", "dest", ":", "nrml", ".", "write", "(", "[", "gmf_container", "]", ",", "dest", ",", "fmt", ")" ]

[ "Serialize", "a", "collection", "of", "ground", "motion", "fields", "to", "XML", "." ]

[ "def", "serialize", "(", "self", ",", "data", ",", "investigation_time", ")", ":", "with", "open", "(", "self", ".", "dest", ",", "'wb'", ")", "as", "fh", ":", "root", "=", "et", ".", "Element", "(", "'nrml'", ")", "ses_container", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "root", ",", "'ruptureCollection'", ")", "ses_container", ".", "set", "(", "'investigationTime'", ",", "str", "(", "investigation_time", ")", ")", "for", "grp_id", "in", "sorted", "(", "data", ")", ":", "attrs", "=", "dict", "(", "id", "=", "grp_id", ",", "tectonicRegion", "=", "data", "[", "grp_id", "]", "[", "0", "]", ".", "tectonic_region_type", ")", "sg", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "ses_container", ",", "'ruptureGroup'", ",", "attrs", ")", "for", "rupture", "in", "data", "[", "grp_id", "]", ":", "rupture_to_element", "(", "rupture", ",", "sg", ")", "nrml", ".", "write", "(", "list", "(", "root", ")", ",", "fh", ")" ]

[ "Serialize", "a", "collection", "of", "stochastic", "event", "sets", "to", "XML", "." ]

[ "def", "serialize", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "with", "open", "(", "self", ".", "dest", ",", "'wb'", ")", "as", "fh", ":", "root", "=", "et", ".", "Element", "(", "'nrml'", ")", "hazard_map", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "root", ",", "'hazardMap'", ")", "_set_metadata", "(", "hazard_map", ",", "self", ".", "metadata", ",", "_ATTR_MAP", ")", "for", "lon", ",", "lat", ",", "iml", "in", "data", ":", "node", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "hazard_map", ",", "'node'", ")", "node", ".", "set", "(", "'lon'", ",", "str", "(", "lon", ")", ")", "node", ".", "set", "(", "'lat'", ",", "str", "(", "lat", ")", ")", "node", ".", "set", "(", "'iml'", ",", "str", "(", "iml", ")", ")", "nrml", ".", "write", "(", "list", "(", "root", ")", ",", "fh", ")" ]

[ "Serialize", "hazard", "map", "data", "to", "XML", "." ]

[ "def", "serialize", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "with", "open", "(", "self", ".", "dest", ",", "'wb'", ")", "as", "fh", ",", "floatformat", "(", "'%.6E'", ")", ":", "root", "=", "et", ".", "Element", "(", "'nrml'", ")", "diss_matrices", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "root", ",", "'disaggMatrices'", ")", "_set_metadata", "(", "diss_matrices", ",", "self", ".", "metadata", ",", "_ATTR_MAP", ")", "transform", "=", "lambda", "val", ":", "', '", ".", "join", "(", "map", "(", "scientificformat", ",", "val", ")", ")", "_set_metadata", "(", "diss_matrices", ",", "self", ".", "metadata", ",", "self", ".", "BIN_EDGE_ATTR_MAP", ",", "transform", "=", "transform", ")", "for", "result", "in", "data", ":", "diss_matrix", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "diss_matrices", ",", "'disaggMatrix'", ")", "# Check that we have bin edges defined for each dimension label", "# (mag, dist, lon, lat, eps, TRT)", "for", "label", "in", "result", ".", "dim_labels", ":", "bin_edge_attr", "=", "self", ".", "DIM_LABEL_TO_BIN_EDGE_MAP", ".", "get", "(", "label", ")", "assert", "self", ".", "metadata", ".", "get", "(", "bin_edge_attr", ")", "is", "not", "None", ",", "(", "\"Writer is missing '%s' metadata\"", "%", "bin_edge_attr", ")", "result_type", "=", "','", ".", "join", "(", "result", ".", "dim_labels", ")", "diss_matrix", ".", "set", "(", "'type'", ",", "result_type", ")", "dims", "=", "','", ".", "join", "(", "str", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "result", ".", "matrix", ".", "shape", ")", "diss_matrix", ".", "set", "(", "'dims'", ",", "dims", ")", "diss_matrix", ".", "set", "(", "'poE'", ",", "scientificformat", "(", "result", ".", "poe", ")", ")", "diss_matrix", ".", "set", "(", "'iml'", ",", "scientificformat", "(", "result", ".", "iml", ")", ")", "for", "idxs", ",", "value", "in", "numpy", ".", "ndenumerate", "(", "result", ".", "matrix", ")", ":", "prob", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "diss_matrix", ",", "'prob'", ")", "index", "=", "','", ".", "join", "(", "[", "str", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "idxs", "]", ")", "prob", ".", "set", "(", "'index'", ",", "index", ")", "prob", ".", "set", "(", "'value'", ",", "scientificformat", "(", "value", ")", ")", "nrml", ".", "write", "(", "list", "(", "root", ")", ",", "fh", ")" ]

[ ":", "param", "data", ":" ]

[ "def", "serialize", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "gml_ns", "=", "nrml", ".", "SERIALIZE_NS_MAP", "[", "'gml'", "]", "with", "open", "(", "self", ".", "dest", ",", "'wb'", ")", "as", "fh", ":", "root", "=", "et", ".", "Element", "(", "'nrml'", ")", "uh_spectra", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "root", ",", "'uniformHazardSpectra'", ")", "_set_metadata", "(", "uh_spectra", ",", "self", ".", "metadata", ",", "_ATTR_MAP", ")", "periods_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "uh_spectra", ",", "'periods'", ")", "periods_elem", ".", "text", "=", "' '", ".", "join", "(", "[", "str", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "self", ".", "metadata", "[", "'periods'", "]", "]", ")", "for", "uhs", "in", "data", ":", "uhs_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "uh_spectra", ",", "'uhs'", ")", "gml_point", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "uhs_elem", ",", "'{%s}Point'", "%", "gml_ns", ")", "gml_pos", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "gml_point", ",", "'{%s}pos'", "%", "gml_ns", ")", "gml_pos", ".", "text", "=", "'%s %s'", "%", "(", "uhs", ".", "location", ".", "x", ",", "uhs", ".", "location", ".", "y", ")", "imls_elem", "=", "et", ".", "SubElement", "(", "uhs_elem", ",", "'IMLs'", ")", "imls_elem", ".", "text", "=", "' '", ".", "join", "(", "[", "'%10.7E'", "%", "x", "for", "x", "in", "uhs", ".", "imls", "]", ")", "nrml", ".", "write", "(", "list", "(", "root", ")", ",", "fh", ")" ]

[ "Write", "a", "sequence", "of", "uniform", "hazard", "spectra", "to", "the", "specified", "file", "." ]

[ "def", "plot_cumulative_moment", "(", "year", ",", "mag", ",", "figure_size", "=", "(", "8", ",", "6", ")", ",", "filename", "=", "None", ",", "filetype", "=", "'png'", ",", "dpi", "=", "300", ",", "ax", "=", "None", ")", ":", "# Calculate seismic moment", "m_o", "=", "10.", "**", "(", "9.05", "+", "1.5", "*", "mag", ")", "year_range", "=", "np", ".", "arange", "(", "np", ".", "min", "(", "year", ")", ",", "np", ".", "max", "(", "year", ")", "+", "1", ",", "1", ")", "nyr", "=", "np", ".", "int", "(", "np", ".", "shape", "(", "year_range", ")", "[", "0", "]", ")", "morate", "=", "np", ".", "zeros", "(", "nyr", ",", "dtype", "=", "float", ")", "# Get moment release per year", "for", "loc", ",", "tyr", "in", "enumerate", "(", "year_range", ")", ":", "idx", "=", "np", ".", "abs", "(", "year", "-", "tyr", ")", "<", "1E-5", "if", "np", ".", "sum", "(", "idx", ")", ">", "0", ":", "# Some moment release in that year", "morate", "[", "loc", "]", "=", "np", ".", "sum", "(", "m_o", "[", "idx", "]", ")", "ave_morate", "=", "np", ".", "sum", "(", "morate", ")", "/", "float", "(", "nyr", ")", "# Average moment rate vector", "exp_morate", "=", "np", ".", "cumsum", "(", "ave_morate", "*", "np", ".", "ones", "(", "nyr", ")", ")", "if", "ax", "is", "None", ":", "fig", ",", "ax", "=", "plt", ".", "subplots", "(", "figsize", "=", "figure_size", ")", "else", ":", "fig", "=", "ax", ".", "get_figure", "(", ")", "ax", ".", "step", "(", "year_range", ",", "np", ".", "cumsum", "(", "morate", ")", ",", "'b-'", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "ax", ".", "plot", "(", "year_range", ",", "exp_morate", ",", "'r-'", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "# Get offsets", "upper_morate", "=", "exp_morate", "+", "(", "np", ".", "max", "(", "np", ".", "cumsum", "(", "morate", ")", "-", "exp_morate", ")", ")", "lower_morate", "=", "exp_morate", "+", "(", "np", ".", "min", "(", "np", ".", "cumsum", "(", "morate", ")", "-", "exp_morate", ")", ")", "ax", ".", "plot", "(", "year_range", ",", "upper_morate", ",", "'r--'", ",", "linewidth", "=", "1", ")", "ax", ".", "plot", "(", "year_range", ",", "lower_morate", ",", "'r--'", ",", "linewidth", "=", "1", ")", "ax", ".", "axis", "(", "[", "np", ".", "min", "(", "year", ")", ",", "np", ".", "max", "(", "year", ")", ",", "0.0", ",", "np", ".", "sum", "(", "morate", ")", "]", ")", "_save_image", "(", "fig", ",", "filename", ",", "filetype", ",", "dpi", ")" ]

[ "Calculation", "of", "Mmax", "using", "aCumulative", "Moment", "approach", "adapted", "from", "the", "cumulative", "strain", "energy", "method", "of", "Makropoulos", "&", "Burton", "(", "1983", ")", ":", "param", "year", ":", "Year", "of", "Earthquake", ":", "type", "year", ":", "numpy", ".", "ndarray", ":", "param", "mag", ":", "Magnitude", "of", "Earthquake", ":", "type", "mag", ":", "numpy", ".", "ndarray", ":", "keyword", "iplot", ":", "Include", "cumulative", "moment", "plot", ":", "type", "iplot", ":", "Boolean", ":", "return", "mmax", ":", "Returns", "Maximum", "Magnitude", ":", "rtype", "mmax", ":", "Float" ]

[ "def", "check_config", "(", "config", ",", "data", ")", ":", "essential_keys", "=", "[", "'input_mmin'", ",", "'b-value'", ",", "'sigma-b'", "]", "for", "key", "in", "essential_keys", ":", "if", "not", "key", "in", "config", ".", "keys", "(", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'For KijkoSellevolBayes the key %s needs to '", "'be set in the configuation'", "%", "key", ")", "if", "'tolerance'", "not", "in", "config", ".", "keys", "(", ")", "or", "not", "config", "[", "'tolerance'", "]", ":", "config", "[", "'tolerance'", "]", "=", "1E-5", "if", "not", "config", ".", "get", "(", "'maximum_iterations'", ",", "False", ")", ":", "config", "[", "'maximum_iterations'", "]", "=", "1000", "if", "config", "[", "'input_mmin'", "]", "<", "np", ".", "min", "(", "data", "[", "'magnitude'", "]", ")", ":", "config", "[", "'input_mmin'", "]", "=", "np", ".", "min", "(", "data", "[", "'magnitude'", "]", ")", "if", "fabs", "(", "config", "[", "'sigma-b'", "]", "<", "1E-15", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Sigma-b must be greater than zero!'", ")", "return", "config" ]

[ "Check", "config", "file", "inputs" ]

[ "def", "_compute_mean", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "rjb", ")", ":", "# line 1686 in hazgridXnga2.f", "ffc", "=", "self", ".", "_compute_finite_fault_correction", "(", "mag", ")", "d", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "rjb", "**", "2", "+", "(", "C", "[", "'c7'", "]", "**", "2", ")", "*", "(", "ffc", "**", "2", ")", ")", "# lines 1663, 1694-1696 in hazgridXnga2.f", "mean", "=", "(", "C", "[", "'c1'", "]", "+", "C", "[", "'c2'", "]", "*", "(", "mag", "-", "6.", ")", "+", "C", "[", "'c3'", "]", "*", "(", "(", "mag", "-", "6.", ")", "**", "2", ")", "-", "C", "[", "'c4'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "d", ")", "-", "C", "[", "'c6'", "]", "*", "d", ")", "factor", "=", "np", ".", "log", "(", "rjb", "/", "100.", ")", "idx", "=", "factor", ">", "0", "mean", "[", "idx", "]", "-=", "(", "C", "[", "'c5'", "]", "-", "C", "[", "'c4'", "]", ")", "*", "factor", "[", "idx", "]", "return", "mean" ]

[ "Compute", "ground", "motion", "mean", "value", "." ]

[ "def", "_compute_finite_fault_correction", "(", "self", ",", "mag", ")", ":", "mw_j96", "=", "mblg_to_mw_johnston_96", "(", "mag", ")", "mw_ab87", "=", "mblg_to_mw_atkinson_boore_87", "(", "mag", ")", "t1", "=", "np", ".", "exp", "(", "-", "1.25", "+", "0.227", "*", "mw_j96", ")", "t2", "=", "np", ".", "exp", "(", "-", "1.25", "+", "0.227", "*", "mw_ab87", ")", "return", "np", ".", "sqrt", "(", "t1", "*", "t2", ")" ]

[ "Compute", "finite", "fault", "correction", "term", "as", "geometric", "mean", "of", "correction", "terms", "obtained", "from", "Mw", "values", "calculated", "with", "Johnston", "1996", "and", "Atkinson", "and", "Boore", "1987", "conversion", "equations", "." ]

[ "def", "get_vulnerability_functions_04", "(", "fname", ")", ":", "categories", "=", "dict", "(", "assetCategory", "=", "set", "(", ")", ",", "lossCategory", "=", "set", "(", ")", ",", "vulnerabilitySetID", "=", "set", "(", ")", ")", "imts", "=", "set", "(", ")", "taxonomies", "=", "set", "(", ")", "vf_dict", "=", "{", "}", "# imt, taxonomy -> vulnerability function", "for", "vset", "in", "nrml", ".", "read", "(", "fname", ")", ".", "vulnerabilityModel", ":", "categories", "[", "'assetCategory'", "]", ".", "add", "(", "vset", "[", "'assetCategory'", "]", ")", "categories", "[", "'lossCategory'", "]", ".", "add", "(", "vset", "[", "'lossCategory'", "]", ")", "categories", "[", "'vulnerabilitySetID'", "]", ".", "add", "(", "vset", "[", "'vulnerabilitySetID'", "]", ")", "IML", "=", "vset", ".", "IML", "imt_str", "=", "IML", "[", "'IMT'", "]", "imls", "=", "~", "IML", "imts", ".", "add", "(", "imt_str", ")", "for", "vfun", "in", "vset", ".", "getnodes", "(", "'discreteVulnerability'", ")", ":", "taxonomy", "=", "vfun", "[", "'vulnerabilityFunctionID'", "]", "if", "taxonomy", "in", "taxonomies", ":", "raise", "InvalidFile", "(", "'Duplicated vulnerabilityFunctionID: %s: %s, line %d'", "%", "(", "taxonomy", ",", "fname", ",", "vfun", ".", "lineno", ")", ")", "taxonomies", ".", "add", "(", "taxonomy", ")", "with", "context", "(", "fname", ",", "vfun", ")", ":", "loss_ratios", "=", "~", "vfun", ".", "lossRatio", "coefficients", "=", "~", "vfun", ".", "coefficientsVariation", "if", "len", "(", "loss_ratios", ")", "!=", "len", "(", "imls", ")", ":", "raise", "InvalidFile", "(", "'There are %d loss ratios, but %d imls: %s, line %d'", "%", "(", "len", "(", "loss_ratios", ")", ",", "len", "(", "imls", ")", ",", "fname", ",", "vfun", ".", "lossRatio", ".", "lineno", ")", ")", "if", "len", "(", "coefficients", ")", "!=", "len", "(", "imls", ")", ":", "raise", "InvalidFile", "(", "'There are %d coefficients, but %d imls: %s, line %d'", "%", "(", "len", "(", "coefficients", ")", ",", "len", "(", "imls", ")", ",", "fname", ",", "vfun", ".", "coefficientsVariation", ".", "lineno", ")", ")", "with", "context", "(", "fname", ",", "vfun", ")", ":", "vf_dict", "[", "imt_str", ",", "taxonomy", "]", "=", "scientific", ".", "VulnerabilityFunction", "(", "taxonomy", ",", "imt_str", ",", "imls", ",", "loss_ratios", ",", "coefficients", ",", "vfun", "[", "'probabilisticDistribution'", "]", ")", "categories", "[", "'id'", "]", "=", "'_'", ".", "join", "(", "sorted", "(", "categories", "[", "'vulnerabilitySetID'", "]", ")", ")", "del", "categories", "[", "'vulnerabilitySetID'", "]", "return", "vf_dict", ",", "categories" ]

[ "Parse", "the", "vulnerability", "model", "in", "NRML", "0", ".", "4", "format", "." ]

[ "def", "upgrade_file", "(", "path", ",", "multipoint", ")", ":", "node0", "=", "nrml", ".", "read", "(", "path", ",", "chatty", "=", "False", ")", "[", "0", "]", "shutil", ".", "copy", "(", "path", ",", "path", "+", "'.bak'", ")", "# make a backup of the original file", "tag", "=", "striptag", "(", "node0", ".", "tag", ")", "gml", "=", "True", "if", "tag", "==", "'vulnerabilityModel'", ":", "vf_dict", ",", "cat_dict", "=", "get_vulnerability_functions_04", "(", "path", ")", "# below I am converting into a NRML 0.5 vulnerabilityModel", "node0", "=", "Node", "(", "'vulnerabilityModel'", ",", "cat_dict", ",", "nodes", "=", "[", "obj_to_node", "(", "val", ")", "for", "val", "in", "vf_dict", ".", "values", "(", ")", "]", ")", "gml", "=", "False", "elif", "tag", "==", "'fragilityModel'", ":", "node0", "=", "read_nrml", ".", "convert_fragility_model_04", "(", "nrml", ".", "read", "(", "path", ")", "[", "0", "]", ",", "path", ")", "gml", "=", "False", "elif", "tag", "==", "'sourceModel'", ":", "node0", "=", "nrml", ".", "read", "(", "path", ")", "[", "0", "]", "dic", "=", "groupby", "(", "node0", ".", "nodes", ",", "operator", ".", "itemgetter", "(", "'tectonicRegion'", ")", ")", "node0", ".", "nodes", "=", "[", "Node", "(", "'sourceGroup'", ",", "dict", "(", "tectonicRegion", "=", "trt", ",", "name", "=", "\"group %s\"", "%", "i", ")", ",", "nodes", "=", "srcs", ")", "for", "i", ",", "(", "trt", ",", "srcs", ")", "in", "enumerate", "(", "dic", ".", "items", "(", ")", ",", "1", ")", "]", "if", "multipoint", ":", "sourceconverter", ".", "update_source_model", "(", "node0", ",", "path", "+", "'.bak'", ")", "with", "open", "(", "path", ",", "'wb'", ")", "as", "f", ":", "nrml", ".", "write", "(", "[", "node0", "]", ",", "f", ",", "gml", "=", "gml", ")" ]

[ "Upgrade", "to", "the", "latest", "NRML", "version" ]

[ "def", "upgrade_nrml", "(", "directory", ",", "dry_run", ",", "multipoint", ")", ":", "for", "cwd", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "directory", ")", ":", "for", "f", "in", "files", ":", "path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "cwd", ",", "f", ")", "if", "f", ".", "endswith", "(", "'.xml'", ")", ":", "ip", "=", "iterparse", "(", "path", ",", "events", "=", "(", "'start'", ",", ")", ")", "next", "(", "ip", ")", "# read node zero", "try", ":", "fulltag", "=", "next", "(", "ip", ")", "[", "1", "]", ".", "tag", "# tag of the first node", "xmlns", ",", "tag", "=", "fulltag", ".", "split", "(", "'}'", ")", "except", "Exception", ":", "# not a NRML file", "xmlns", ",", "tag", "=", "''", ",", "''", "if", "xmlns", "[", "1", ":", "]", "==", "NRML05", ":", "# already upgraded", "if", "'sourceModel'", "in", "tag", "and", "multipoint", ":", "print", "(", "'upgrading to multiPointSources'", ",", "path", ")", "node0", "=", "nrml", ".", "read", "(", "path", ")", "[", "0", "]", "sourceconverter", ".", "update_source_model", "(", "node0", ",", "path", ")", "with", "open", "(", "path", ",", "'wb'", ")", "as", "f", ":", "nrml", ".", "write", "(", "[", "node0", "]", ",", "f", ",", "gml", "=", "True", ")", "elif", "'nrml/0.4'", "in", "xmlns", "and", "(", "'vulnerability'", "in", "tag", "or", "'fragility'", "in", "tag", "or", "'sourceModel'", "in", "tag", ")", ":", "if", "not", "dry_run", ":", "print", "(", "'Upgrading'", ",", "path", ")", "try", ":", "upgrade_file", "(", "path", ",", "multipoint", ")", "except", "Exception", "as", "exc", ":", "raise", "print", "(", "exc", ")", "else", ":", "print", "(", "'Not upgrading'", ",", "path", ")" ]

[ "Upgrade", "all", "the", "NRML", "files", "contained", "in", "the", "given", "directory", "to", "the", "latest", "NRML", "version", ".", "Works", "by", "walking", "all", "subdirectories", ".", "WARNING", ":", "there", "is", "no", "downgrade!" ]

[ "def", "_compute_term_3", "(", "self", ",", "C", ",", "rrup", ",", "mag", ")", ":", "return", "(", "C", "[", "'a3'", "]", "*", "np", ".", "log10", "(", "rrup", "+", "C", "[", "'a4'", "]", "*", "np", ".", "power", "(", "10", ",", "C", "[", "'a5'", "]", "*", "mag", ")", ")", ")" ]

[ "This", "computes", "the", "third", "term", "in", "equation", "2", "page", "2", "." ]

[ "def", "mag_scale_rel_to_hazardlib", "(", "mag_scale_rel", ",", "use_default", "=", "False", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "mag_scale_rel", ",", "BaseMSR", ")", ":", "return", "mag_scale_rel", "elif", "isinstance", "(", "mag_scale_rel", ",", "str", ")", ":", "if", "not", "mag_scale_rel", "in", "SCALE_RELS", ".", "keys", "(", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Magnitude scaling relation %s not supported!'", "%", "mag_scale_rel", ")", "else", ":", "return", "SCALE_RELS", "[", "mag_scale_rel", "]", "(", ")", "else", ":", "if", "use_default", ":", "# Returns the Wells and Coppersmith string", "return", "WC1994", "(", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Magnitude Scaling Relation Not Defined!'", ")" ]

[ "Returns", "the", "magnitude", "scaling", "relation", "in", "a", "format", "readable", "by", "openquake", ".", "hazardlib" ]

[ "def", "npd_to_pmf", "(", "nodal_plane_dist", ",", "use_default", "=", "False", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "nodal_plane_dist", ",", "PMF", ")", ":", "# Aready in PMF format - return", "return", "nodal_plane_dist", "else", ":", "if", "use_default", ":", "return", "PMF", "(", "[", "(", "1.0", ",", "NodalPlane", "(", "0.0", ",", "90.0", ",", "0.0", ")", ")", "]", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Nodal Plane distribution not defined'", ")" ]

[ "Returns", "the", "nodal", "plane", "distribution", "as", "an", "instance", "of", "the", "PMF", "class" ]

[ "def", "hdd_to_pmf", "(", "hypo_depth_dist", ",", "use_default", "=", "False", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "hypo_depth_dist", ",", "PMF", ")", ":", "# Is already instance of PMF", "return", "hypo_depth_dist", "else", ":", "if", "use_default", ":", "# Default value of 10 km accepted", "return", "PMF", "(", "[", "(", "1.0", ",", "10.0", ")", "]", ")", "else", ":", "# Out of options - raise error!", "raise", "ValueError", "(", "'Hypocentral depth distribution not defined!'", ")" ]

[ "Returns", "the", "hypocentral", "depth", "distribtuion", "as", "an", "instance", "of", "the", ":", "class", ":", "openquake", ".", "hazardlib", ".", "pmf", "." ]

[ "def", "simple_trace_to_wkt_linestring", "(", "trace", ")", ":", "trace_str", "=", "\"\"", "for", "point", "in", "trace", ":", "trace_str", "+=", "' %s %s,'", "%", "(", "point", ".", "longitude", ",", "point", ".", "latitude", ")", "trace_str", "=", "trace_str", ".", "lstrip", "(", "' '", ")", "return", "'LINESTRING ('", "+", "trace_str", ".", "rstrip", "(", "','", ")", "+", "')'" ]

[ "Coverts", "a", "simple", "fault", "trace", "to", "well", "-", "known", "text", "format" ]

[ "def", "simple_edge_to_wkt_linestring", "(", "edge", ")", ":", "trace_str", "=", "\"\"", "for", "point", "in", "edge", ":", "trace_str", "+=", "' %s %s %s,'", "%", "(", "point", ".", "longitude", ",", "point", ".", "latitude", ",", "point", ".", "depth", ")", "trace_str", "=", "trace_str", ".", "lstrip", "(", "' '", ")", "return", "'LINESTRING ('", "+", "trace_str", ".", "rstrip", "(", "','", ")", "+", "')'" ]

[ "Coverts", "a", "simple", "fault", "trace", "to", "well", "-", "known", "text", "format" ]

[ "def", "checksum", "(", "thing", ")", ":", "try", ":", "job_id", "=", "int", "(", "thing", ")", "job_file", "=", "None", "except", "ValueError", ":", "job_id", "=", "None", "job_file", "=", "thing", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "job_file", ")", ":", "sys", ".", "exit", "(", "'%s does not correspond to an existing file'", "%", "job_file", ")", "if", "job_id", ":", "dstore", "=", "util", ".", "read", "(", "job_id", ")", "checksum", "=", "dstore", "[", "'/'", "]", ".", "attrs", "[", "'checksum32'", "]", "elif", "job_file", ".", "endswith", "(", "'.xml'", ")", ":", "# assume it is a smlt file", "inputs", "=", "{", "'source_model_logic_tree'", ":", "job_file", "}", "checksum", "=", "readinput", ".", "get_checksum32", "(", "mock", ".", "Mock", "(", "inputs", "=", "inputs", ")", ")", "else", ":", "oq", "=", "readinput", ".", "get_oqparam", "(", "job_file", ")", "checksum", "=", "readinput", ".", "get_checksum32", "(", "oq", ")", "print", "(", "checksum", ")" ]

[ "Get", "the", "checksum", "of", "a", "calculation", "from", "the", "calculation", "ID", "(", "if", "already", "done", ")", "or", "from", "the", "job", ".", "ini", "/", "job", ".", "zip", "file", "(", "if", "not", "done", "yet", ")", ".", "If", "thing", "is", "a", "source", "model", "logic", "tree", "file", "get", "the", "checksum", "of", "the", "model", "by", "ignoring", "the", "job", ".", "ini", "the", "gmpe", "logic", "tree", "file", "and", "possibly", "other", "files", "." ]

[ "def", "run_job", "(", "job_ini", ",", "log_level", "=", "'info'", ",", "log_file", "=", "None", ",", "exports", "=", "''", ",", "username", "=", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "job_id", "=", "logs", ".", "init", "(", "'job'", ",", "getattr", "(", "logging", ",", "log_level", ".", "upper", "(", ")", ")", ")", "with", "logs", ".", "handle", "(", "job_id", ",", "log_level", ",", "log_file", ")", ":", "job_ini", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "job_ini", ")", "oqparam", "=", "eng", ".", "job_from_file", "(", "job_ini", ",", "job_id", ",", "username", ",", "*", "*", "kw", ")", "kw", "[", "'username'", "]", "=", "username", "eng", ".", "run_calc", "(", "job_id", ",", "oqparam", ",", "exports", ",", "*", "*", "kw", ")", "for", "line", "in", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'list_outputs'", ",", "job_id", ",", "False", ")", ":", "safeprint", "(", "line", ")", "return", "job_id" ]

[ "Run", "a", "job", "using", "the", "specified", "config", "file", "and", "other", "options", "." ]

[ "def", "run_tile", "(", "job_ini", ",", "sites_slice", ")", ":", "return", "run_job", "(", "job_ini", ",", "sites_slice", "=", "(", "sites_slice", ".", "start", ",", "sites_slice", ".", "stop", ")", ")" ]

[ "Used", "in", "tiling", "calculations" ]

[ "def", "del_calculation", "(", "job_id", ",", "confirmed", "=", "False", ")", ":", "if", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_job'", ",", "job_id", ")", "is", "None", ":", "print", "(", "'There is no job %d'", "%", "job_id", ")", "return", "if", "confirmed", "or", "confirm", "(", "'Are you sure you want to (abort and) delete this calculation and '", "'all associated outputs?\\nThis action cannot be undone. (y/n): '", ")", ":", "try", ":", "abort", "(", "job_id", ")", "resp", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'del_calc'", ",", "job_id", ",", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", ")", "except", "RuntimeError", "as", "err", ":", "safeprint", "(", "err", ")", "else", ":", "if", "'success'", "in", "resp", ":", "print", "(", "'Removed %d'", "%", "job_id", ")", "else", ":", "print", "(", "resp", "[", "'error'", "]", ")" ]

[ "Delete", "a", "calculation", "and", "all", "associated", "outputs", "." ]

[ "def", "smart_run", "(", "job_ini", ",", "oqparam", ",", "log_level", ",", "log_file", ",", "exports", ",", "reuse_hazard", ")", ":", "haz_checksum", "=", "readinput", ".", "get_checksum32", "(", "oqparam", ",", "hazard", "=", "True", ")", "# retrieve an old calculation with the right checksum, if any", "job", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_job_from_checksum'", ",", "haz_checksum", ")", "reuse", "=", "reuse_hazard", "and", "job", "and", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "job", ".", "ds_calc_dir", "+", "'.hdf5'", ")", "# recompute the hazard and store the checksum", "ebr", "=", "(", "oqparam", ".", "calculation_mode", "==", "'event_based_risk'", "and", "'gmfs'", "not", "in", "oqparam", ".", "inputs", ")", "if", "ebr", ":", "kw", "=", "dict", "(", "calculation_mode", "=", "'event_based'", ")", "if", "(", "oqparam", ".", "sites", "or", "'sites'", "in", "oqparam", ".", "inputs", "or", "'site_model'", "in", "oqparam", ".", "inputs", ")", ":", "# remove exposure from the hazard", "kw", "[", "'exposure_file'", "]", "=", "''", "else", ":", "kw", "=", "{", "}", "if", "not", "reuse", ":", "hc_id", "=", "run_job", "(", "job_ini", ",", "log_level", ",", "log_file", ",", "exports", ",", "*", "*", "kw", ")", "if", "job", "is", "None", ":", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'add_checksum'", ",", "hc_id", ",", "haz_checksum", ")", "elif", "not", "reuse_hazard", "or", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "job", ".", "ds_calc_dir", "+", "'.hdf5'", ")", ":", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'update_job_checksum'", ",", "hc_id", ",", "haz_checksum", ")", "if", "ebr", ":", "run_job", "(", "job_ini", ",", "log_level", ",", "log_file", ",", "exports", ",", "hazard_calculation_id", "=", "hc_id", ")", "else", ":", "hc_id", "=", "job", ".", "id", "logging", ".", "info", "(", "'Reusing job #%d'", ",", "job", ".", "id", ")", "run_job", "(", "job_ini", ",", "log_level", ",", "log_file", ",", "exports", ",", "hazard_calculation_id", "=", "hc_id", ")" ]

[ "Run", "calculations", "by", "storing", "their", "hazard", "checksum", "and", "reusing", "previous", "calculations", "if", "requested", "." ]

[ "def", "engine", "(", "log_file", ",", "no_distribute", ",", "yes", ",", "config_file", ",", "make_html_report", ",", "upgrade_db", ",", "db_version", ",", "what_if_I_upgrade", ",", "run", ",", "list_hazard_calculations", ",", "list_risk_calculations", ",", "delete_calculation", ",", "delete_uncompleted_calculations", ",", "hazard_calculation_id", ",", "list_outputs", ",", "show_log", ",", "export_output", ",", "export_outputs", ",", "exports", "=", "''", ",", "log_level", "=", "'info'", ",", "reuse_hazard", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "run", ":", "# configure a basic logging", "logs", ".", "init", "(", ")", "if", "config_file", ":", "config", ".", "read", "(", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "config_file", ")", ")", ",", "soft_mem_limit", "=", "int", ",", "hard_mem_limit", "=", "int", ",", "port", "=", "int", ",", "multi_user", "=", "valid", ".", "boolean", ",", "multi_node", "=", "valid", ".", "boolean", ")", "if", "no_distribute", ":", "os", ".", "environ", "[", "'OQ_DISTRIBUTE'", "]", "=", "'no'", "# check if the datadir exists", "datadir", "=", "datastore", ".", "get_datadir", "(", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "datadir", ")", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "datadir", ")", "dbserver", ".", "ensure_on", "(", ")", "# check if we are talking to the right server", "err", "=", "dbserver", ".", "check_foreign", "(", ")", "if", "err", ":", "sys", ".", "exit", "(", "err", ")", "if", "upgrade_db", ":", "msg", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'what_if_I_upgrade'", ",", "'read_scripts'", ")", "if", "msg", ".", "startswith", "(", "'Your database is already updated'", ")", ":", "pass", "elif", "yes", "or", "confirm", "(", "'Proceed? (y/n) '", ")", ":", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'upgrade_db'", ")", "sys", ".", "exit", "(", "0", ")", "if", "db_version", ":", "safeprint", "(", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'db_version'", ")", ")", "sys", ".", "exit", "(", "0", ")", "if", "what_if_I_upgrade", ":", "safeprint", "(", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'what_if_I_upgrade'", ",", "'extract_upgrade_scripts'", ")", ")", "sys", ".", "exit", "(", "0", ")", "# check if the db is outdated", "outdated", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'check_outdated'", ")", "if", "outdated", ":", "sys", ".", "exit", "(", "outdated", ")", "# hazard or hazard+risk", "if", "hazard_calculation_id", "==", "-", "1", ":", "# get the latest calculation of the current user", "hc_id", "=", "get_job_id", "(", "hazard_calculation_id", ",", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", ")", "elif", "hazard_calculation_id", ":", "# make it possible to use calculations made by another user", "hc_id", "=", "get_job_id", "(", "hazard_calculation_id", ")", "else", ":", "hc_id", "=", "None", "if", "run", ":", "log_file", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "log_file", ")", "if", "log_file", "is", "not", "None", "else", "None", "job_inis", "=", "[", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "f", ")", "for", "f", "in", "run", "]", "if", "len", "(", "job_inis", ")", "==", "1", "and", "not", "hc_id", ":", "# init logs before calling get_oqparam", "logs", ".", "init", "(", "'nojob'", ",", "getattr", "(", "logging", ",", "log_level", ".", "upper", "(", ")", ")", ")", "# not using logs.handle that logs on the db", "oq", "=", "readinput", ".", "get_oqparam", "(", "job_inis", "[", "0", "]", ")", "smart_run", "(", "job_inis", "[", "0", "]", ",", "oq", ",", "log_level", ",", "log_file", ",", "exports", ",", "reuse_hazard", ")", "return", "for", "i", ",", "job_ini", "in", "enumerate", "(", "job_inis", ")", ":", "open", "(", "job_ini", ",", "'rb'", ")", ".", "read", "(", ")", "# IOError if the file does not exist", "job_id", "=", "run_job", "(", "job_ini", ",", "log_level", ",", "log_file", ",", "exports", ",", "hazard_calculation_id", "=", "hc_id", ")", "if", "not", "hc_id", ":", "# use the first calculation as base for the others", "hc_id", "=", "job_id", "# hazard", "elif", "list_hazard_calculations", ":", "for", "line", "in", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'list_calculations'", ",", "'hazard'", ",", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", ")", ":", "safeprint", "(", "line", ")", "elif", "delete_calculation", "is", "not", "None", ":", "del_calculation", "(", "delete_calculation", ",", "yes", ")", "# risk", "elif", "list_risk_calculations", ":", "for", "line", "in", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'list_calculations'", ",", "'risk'", ",", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", ")", ":", "safeprint", "(", "line", ")", "# export", "elif", "make_html_report", ":", "safeprint", "(", "'Written %s'", "%", "make_report", "(", "make_html_report", ")", ")", "sys", ".", "exit", "(", "0", ")", "elif", "list_outputs", "is", "not", "None", ":", "hc_id", "=", "get_job_id", "(", "list_outputs", ")", "for", "line", "in", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'list_outputs'", ",", "hc_id", ")", ":", "safeprint", "(", "line", ")", "elif", "show_log", "is", "not", "None", ":", "hc_id", "=", "get_job_id", "(", "show_log", ")", "for", "line", "in", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_log'", ",", "hc_id", ")", ":", "safeprint", "(", "line", ")", "elif", "export_output", "is", "not", "None", ":", "output_id", ",", "target_dir", "=", "export_output", "dskey", ",", "calc_id", ",", "datadir", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_output'", ",", "int", "(", "output_id", ")", ")", "for", "line", "in", "core", ".", "export_output", "(", "dskey", ",", "calc_id", ",", "datadir", ",", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "target_dir", ")", ",", "exports", "or", "'csv,xml'", ")", ":", "safeprint", "(", "line", ")", "elif", "export_outputs", "is", "not", "None", ":", "job_id", ",", "target_dir", "=", "export_outputs", "hc_id", "=", "get_job_id", "(", "job_id", ")", "for", "line", "in", "core", ".", "export_outputs", "(", "hc_id", ",", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "target_dir", ")", ",", "exports", "or", "'csv,xml'", ")", ":", "safeprint", "(", "line", ")", "elif", "delete_uncompleted_calculations", ":", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'delete_uncompleted_calculations'", ",", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", ")", "else", ":", "engine", ".", "parentparser", ".", "prog", "=", "'oq engine'", "engine", ".", "parentparser", ".", "print_usage", "(", ")" ]

[ "Run", "a", "calculation", "using", "the", "traditional", "command", "line", "API" ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "# extract dictionaries of coefficients specific to required", "# intensity measure type and for PGA", "C", "=", "self", ".", "COEFFS", "[", "imt", "]", "C_PGA", "=", "self", ".", "COEFFS", "[", "PGA", "(", ")", "]", "# compute median pga on rock (vs30=1100), needed for site response", "# term calculation", "# For spectral accelerations at periods between 0.0 and 0.25 s, Sa (T)", "# cannot be less than PGA on soil, therefore if the IMT is in this", "# period range it is necessary to calculate PGA on soil", "if", "imt", ".", "name", "==", "'SA'", "and", "imt", ".", "period", ">", "0.0", "and", "imt", ".", "period", "<", "0.25", ":", "get_pga_site", "=", "True", "else", ":", "get_pga_site", "=", "False", "pga1100", ",", "pga_site", "=", "self", ".", "_compute_imt1100", "(", "C_PGA", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "get_pga_site", ")", "# Get the median ground motion", "mean", "=", "(", "self", ".", "_compute_magnitude_term", "(", "C", ",", "rup", ".", "mag", ")", "+", "self", ".", "_compute_distance_term", "(", "C", ",", "rup", ",", "dists", ")", "+", "self", ".", "_compute_style_of_faulting_term", "(", "C", ",", "rup", ")", "+", "self", ".", "_compute_hanging_wall_term", "(", "C", ",", "rup", ",", "dists", ")", "+", "self", ".", "_compute_shallow_site_response", "(", "C", ",", "sites", ",", "pga1100", ")", "+", "self", ".", "_compute_basin_response_term", "(", "C", ",", "sites", ".", "z2pt5", ")", ")", "# If it is necessary to ensure that Sa(T) >= PGA (see previous comment)", "if", "get_pga_site", ":", "idx", "=", "mean", "<", "np", ".", "log", "(", "pga_site", ")", "mean", "[", "idx", "]", "=", "np", ".", "log", "(", "pga_site", "[", "idx", "]", ")", "stddevs", "=", "self", ".", "_get_stddevs", "(", "C", ",", "sites", ",", "pga1100", ",", "C_PGA", "[", "'s_lny'", "]", ",", "stddev_types", ")", "return", "mean", ",", "stddevs" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "_compute_imt1100", "(", "self", ",", "C", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "get_pga_site", "=", "False", ")", ":", "# Calculates simple site response term assuming all sites 1100 m/s", "fsite", "=", "(", "C", "[", "'c10'", "]", "+", "(", "C", "[", "'k2'", "]", "*", "C", "[", "'n'", "]", ")", ")", "*", "log", "(", "1100.", "/", "C", "[", "'k1'", "]", ")", "# Calculates the PGA on rock", "pga1100", "=", "np", ".", "exp", "(", "self", ".", "_compute_magnitude_term", "(", "C", ",", "rup", ".", "mag", ")", "+", "self", ".", "_compute_distance_term", "(", "C", ",", "rup", ",", "dists", ")", "+", "self", ".", "_compute_style_of_faulting_term", "(", "C", ",", "rup", ")", "+", "self", ".", "_compute_hanging_wall_term", "(", "C", ",", "rup", ",", "dists", ")", "+", "self", ".", "_compute_basin_response_term", "(", "C", ",", "sites", ".", "z2pt5", ")", "+", "fsite", ")", "# If PGA at the site is needed then remove factor for rock and", "# re-calculate on correct site condition", "if", "get_pga_site", ":", "pga_site", "=", "np", ".", "exp", "(", "np", ".", "log", "(", "pga1100", ")", "-", "fsite", ")", "fsite", "=", "self", ".", "_compute_shallow_site_response", "(", "C", ",", "sites", ",", "pga1100", ")", "pga_site", "=", "np", ".", "exp", "(", "np", ".", "log", "(", "pga_site", ")", "+", "fsite", ")", "else", ":", "pga_site", "=", "None", "return", "pga1100", ",", "pga_site" ]

[ "Computes", "the", "PGA", "on", "reference", "(", "Vs30", "=", "1100", "m", "/", "s", ")", "rock", "." ]

[ "def", "_compute_magnitude_term", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ")", ":", "fmag", "=", "C", "[", "'c0'", "]", "+", "C", "[", "'c1'", "]", "*", "mag", "if", "mag", "<=", "5.5", ":", "return", "fmag", "elif", "mag", ">", "6.5", ":", "return", "fmag", "+", "(", "C", "[", "'c2'", "]", "*", "(", "mag", "-", "5.5", ")", ")", "+", "(", "C", "[", "'c3'", "]", "*", "(", "mag", "-", "6.5", ")", ")", "else", ":", "return", "fmag", "+", "(", "C", "[", "'c2'", "]", "*", "(", "mag", "-", "5.5", ")", ")" ]

[ "Returns", "the", "magnitude", "scaling", "factor", "(", "equation", "(", "2", ")", "page", "144", ")" ]

[ "def", "_compute_distance_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rup", ",", "dists", ")", ":", "return", "(", "C", "[", "'c4'", "]", "+", "C", "[", "'c5'", "]", "*", "rup", ".", "mag", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rrup", "**", "2.", "+", "C", "[", "'c6'", "]", "**", "2.", ")", ")" ]

[ "Returns", "the", "distance", "scaling", "factor", "(", "equation", "(", "3", ")", "page", "145", ")" ]

[ "def", "_compute_style_of_faulting_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rup", ")", ":", "frv", ",", "fnm", "=", "self", ".", "_get_fault_type_dummy_variables", "(", "rup", ".", "rake", ")", "if", "frv", ">", "0.", ":", "# Top of rupture depth term only applies to reverse faults", "if", "rup", ".", "ztor", "<", "1.", ":", "ffltz", "=", "rup", ".", "ztor", "else", ":", "ffltz", "=", "1.", "else", ":", "ffltz", "=", "0.", "return", "(", "C", "[", "'c7'", "]", "*", "frv", "*", "ffltz", ")", "+", "(", "C", "[", "'c8'", "]", "*", "fnm", ")" ]

[ "Returns", "the", "style", "of", "faulting", "factor", "depending", "on", "the", "mechanism", "(", "rake", ")", "and", "top", "of", "rupture", "depth", "(", "equations", "(", "4", ")", "and", "(", "5", ")", "pages", "145", "-", "146", ")" ]

[ "def", "_compute_hanging_wall_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rup", ",", "dists", ")", ":", "return", "(", "C", "[", "'c9'", "]", "*", "self", ".", "_get_hanging_wall_distance_term", "(", "dists", ",", "rup", ".", "ztor", ")", "*", "self", ".", "_get_hanging_wall_magnitude_term", "(", "rup", ".", "mag", ")", "*", "self", ".", "_get_hanging_wall_depth_term", "(", "rup", ".", "ztor", ")", "*", "self", ".", "_get_hanging_wall_dip_term", "(", "rup", ".", "dip", ")", ")" ]

[ "Returns", "the", "hanging", "wall", "scaling", "term", "the", "product", "of", "the", "scaling", "coefficient", "and", "four", "separate", "scaling", "terms", "for", "distance", "magnitude", "rupture", "depth", "and", "dip", "(", "equations", "6", "-", "10", "page", "146", ")", ".", "Individual", "scaling", "terms", "defined", "in", "separate", "functions" ]

[ "def", "_get_hanging_wall_distance_term", "(", "self", ",", "dists", ",", "ztor", ")", ":", "fhngr", "=", "np", ".", "ones_like", "(", "dists", ".", "rjb", ",", "dtype", "=", "float", ")", "idx", "=", "dists", ".", "rjb", ">", "0.", "if", "ztor", "<", "1.", ":", "temp_rjb", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rjb", "[", "idx", "]", "**", "2.", "+", "1.", ")", "r_max", "=", "np", ".", "max", "(", "np", ".", "column_stack", "(", "[", "dists", ".", "rrup", "[", "idx", "]", ",", "temp_rjb", "]", ")", ",", "axis", "=", "1", ")", "fhngr", "[", "idx", "]", "=", "(", "r_max", "-", "dists", ".", "rjb", "[", "idx", "]", ")", "/", "r_max", "else", ":", "fhngr", "[", "idx", "]", "=", "(", "dists", ".", "rrup", "[", "idx", "]", "-", "dists", ".", "rjb", "[", "idx", "]", ")", "/", "dists", ".", "rrup", "[", "idx", "]", "return", "fhngr" ]

[ "Returns", "the", "hanging", "wall", "distance", "scaling", "term", "(", "equation", "7", "page", "146", ")" ]

[ "def", "_compute_shallow_site_response", "(", "self", ",", "C", ",", "sites", ",", "pga1100", ")", ":", "stiff_factor", "=", "C", "[", "'c10'", "]", "+", "(", "C", "[", "'k2'", "]", "*", "C", "[", "'n'", "]", ")", "# Initially default all sites to intermediate rock value", "fsite", "=", "stiff_factor", "*", "np", ".", "log", "(", "sites", ".", "vs30", "/", "C", "[", "'k1'", "]", ")", "# Check for soft soil sites", "idx", "=", "sites", ".", "vs30", "<", "C", "[", "'k1'", "]", "if", "np", ".", "any", "(", "idx", ")", ":", "pga_scale", "=", "np", ".", "log", "(", "pga1100", "[", "idx", "]", "+", "(", "C", "[", "'c'", "]", "*", "(", "(", "sites", ".", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "C", "[", "'k1'", "]", ")", "**", "C", "[", "'n'", "]", ")", ")", ")", "-", "np", ".", "log", "(", "pga1100", "[", "idx", "]", "+", "C", "[", "'c'", "]", ")", "fsite", "[", "idx", "]", "=", "C", "[", "'c10'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "sites", ".", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "C", "[", "'k1'", "]", ")", "+", "(", "C", "[", "'k2'", "]", "*", "pga_scale", ")", "# Any very hard rock sites are rendered to the constant amplification", "# factor", "idx", "=", "sites", ".", "vs30", ">=", "1100.", "if", "np", ".", "any", "(", "idx", ")", ":", "fsite", "[", "idx", "]", "=", "stiff_factor", "*", "log", "(", "1100.", "/", "C", "[", "'k1'", "]", ")", "return", "fsite" ]

[ "Returns", "the", "shallow", "site", "response", "term", "(", "equation", "11", "page", "146", ")" ]

[ "def", "_compute_basin_response_term", "(", "self", ",", "C", ",", "z2pt5", ")", ":", "fsed", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "z2pt5", ",", "dtype", "=", "float", ")", "idx", "=", "z2pt5", "<", "1.0", "if", "np", ".", "any", "(", "idx", ")", ":", "fsed", "[", "idx", "]", "=", "C", "[", "'c11'", "]", "*", "(", "z2pt5", "[", "idx", "]", "-", "1.0", ")", "idx", "=", "z2pt5", ">", "3.0", "if", "np", ".", "any", "(", "idx", ")", ":", "fsed", "[", "idx", "]", "=", "(", "C", "[", "'c12'", "]", "*", "C", "[", "'k3'", "]", "*", "exp", "(", "-", "0.75", ")", ")", "*", "(", "1.0", "-", "np", ".", "exp", "(", "-", "0.25", "*", "(", "z2pt5", "[", "idx", "]", "-", "3.0", ")", ")", ")", "return", "fsed" ]

[ "Returns", "the", "basin", "response", "term", "(", "equation", "12", "page", "146", ")" ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "sites", ",", "pga1100", ",", "sigma_pga", ",", "stddev_types", ")", ":", "std_intra", "=", "self", ".", "_compute_intra_event_std", "(", "C", ",", "sites", ".", "vs30", ",", "pga1100", ",", "sigma_pga", ")", "std_inter", "=", "C", "[", "'t_lny'", "]", "*", "np", ".", "ones_like", "(", "sites", ".", "vs30", ")", "stddevs", "=", "[", "]", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ":", "assert", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "if", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "TOTAL", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "self", ".", "_get_total_sigma", "(", "C", ",", "std_intra", ",", "std_inter", ")", ")", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTRA_EVENT", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "std_intra", ")", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTER_EVENT", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "std_inter", ")", "return", "stddevs" ]

[ "Returns", "the", "standard", "deviations", "as", "described", "in", "the", "ALEATORY", "UNCERTAINTY", "MODEL", "section", "of", "the", "paper", ".", "Equations", "13", "to", "19", "pages", "147", "to", "151" ]

[ "def", "_compute_intra_event_std", "(", "self", ",", "C", ",", "vs30", ",", "pga1100", ",", "sigma_pga", ")", ":", "# Get intra-event standard deviation at the base of the site profile", "sig_lnyb", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "C", "[", "'s_lny'", "]", "**", "2.", "-", "C", "[", "'s_lnAF'", "]", "**", "2.", ")", "sig_lnab", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "sigma_pga", "**", "2.", "-", "C", "[", "'s_lnAF'", "]", "**", "2.", ")", "# Get linearised relationship between f_site and ln PGA", "alpha", "=", "self", ".", "_compute_intra_event_alpha", "(", "C", ",", "vs30", ",", "pga1100", ")", "return", "np", ".", "sqrt", "(", "(", "sig_lnyb", "**", "2.", ")", "+", "(", "C", "[", "'s_lnAF'", "]", "**", "2.", ")", "+", "(", "(", "alpha", "**", "2.", ")", "*", "(", "sig_lnab", "**", "2.", ")", ")", "+", "(", "2.0", "*", "alpha", "*", "C", "[", "'rho'", "]", "*", "sig_lnyb", "*", "sig_lnab", ")", ")" ]

[ "Returns", "the", "intra", "-", "event", "standard", "deviation", "at", "the", "site", "as", "defined", "in", "equation", "15", "page", "147" ]

[ "def", "_compute_intra_event_alpha", "(", "self", ",", "C", ",", "vs30", ",", "pga1100", ")", ":", "alpha", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "vs30", ",", "dtype", "=", "float", ")", "idx", "=", "vs30", "<", "C", "[", "'k1'", "]", "if", "np", ".", "any", "(", "idx", ")", ":", "temp1", "=", "(", "pga1100", "[", "idx", "]", "+", "C", "[", "'c'", "]", "*", "(", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "C", "[", "'k1'", "]", ")", "**", "C", "[", "'n'", "]", ")", "**", "-", "1.", "temp1", "=", "temp1", "-", "(", "(", "pga1100", "[", "idx", "]", "+", "C", "[", "'c'", "]", ")", "**", "-", "1.", ")", "alpha", "[", "idx", "]", "=", "C", "[", "'k2'", "]", "*", "pga1100", "[", "idx", "]", "*", "temp1", "return", "alpha" ]

[ "Returns", "the", "linearised", "functional", "relationship", "between", "fsite", "and", "pga1100", "determined", "from", "the", "partial", "derivative", "defined", "on", "equation", "17", "on", "page", "148" ]

[ "def", "_get_total_sigma", "(", "self", ",", "C", ",", "std_intra", ",", "std_inter", ")", ":", "return", "np", ".", "sqrt", "(", "std_intra", "**", "2.", "+", "std_inter", "**", "2.", "+", "C", "[", "'c_lny'", "]", "**", "2.", ")" ]

[ "Returns", "the", "total", "sigma", "term", "for", "the", "arbitrary", "horizontal", "component", "of", "ground", "motion", "defined", "by", "equation", "18", "page", "150" ]

[ "def", "generate_event_set", "(", "ucerf", ",", "background_sids", ",", "src_filter", ",", "ses_idx", ",", "seed", ")", ":", "serial", "=", "seed", "+", "ses_idx", "*", "TWO16", "# get rates from file", "with", "h5py", ".", "File", "(", "ucerf", ".", "source_file", ",", "'r'", ")", "as", "hdf5", ":", "occurrences", "=", "ucerf", ".", "tom", ".", "sample_number_of_occurrences", "(", "ucerf", ".", "rate", ",", "seed", ")", "indices", ",", "=", "numpy", ".", "where", "(", "occurrences", ")", "logging", ".", "debug", "(", "'Considering \"%s\", %d ruptures'", ",", "ucerf", ".", "source_id", ",", "len", "(", "indices", ")", ")", "# get ruptures from the indices", "ruptures", "=", "[", "]", "rupture_occ", "=", "[", "]", "for", "iloc", ",", "n_occ", "in", "zip", "(", "indices", ",", "occurrences", "[", "indices", "]", ")", ":", "ucerf_rup", "=", "ucerf", ".", "get_ucerf_rupture", "(", "iloc", ",", "src_filter", ")", "if", "ucerf_rup", ":", "ucerf_rup", ".", "serial", "=", "serial", "serial", "+=", "1", "ruptures", ".", "append", "(", "ucerf_rup", ")", "rupture_occ", ".", "append", "(", "n_occ", ")", "# sample background sources", "background_ruptures", ",", "background_n_occ", "=", "sample_background_model", "(", "hdf5", ",", "ucerf", ".", "idx_set", "[", "\"grid_key\"", "]", ",", "ucerf", ".", "tom", ",", "seed", ",", "background_sids", ",", "ucerf", ".", "min_mag", ",", "ucerf", ".", "npd", ",", "ucerf", ".", "hdd", ",", "ucerf", ".", "usd", ",", "ucerf", ".", "lsd", ",", "ucerf", ".", "msr", ",", "ucerf", ".", "aspect", ",", "ucerf", ".", "tectonic_region_type", ")", "for", "i", ",", "brup", "in", "enumerate", "(", "background_ruptures", ")", ":", "brup", ".", "serial", "=", "serial", "serial", "+=", "1", "ruptures", ".", "append", "(", "brup", ")", "rupture_occ", ".", "extend", "(", "background_n_occ", ")", "assert", "len", "(", "ruptures", ")", "<", "TWO16", ",", "len", "(", "ruptures", ")", "# < 2^16 ruptures per SES", "return", "ruptures", ",", "rupture_occ" ]

[ "Generates", "the", "event", "set", "corresponding", "to", "a", "particular", "branch" ]

[ "def", "sample_background_model", "(", "hdf5", ",", "branch_key", ",", "tom", ",", "seed", ",", "filter_idx", ",", "min_mag", ",", "npd", ",", "hdd", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "msr", "=", "WC1994", "(", ")", ",", "aspect", "=", "1.5", ",", "trt", "=", "DEFAULT_TRT", ")", ":", "bg_magnitudes", "=", "hdf5", "[", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "\"Grid\"", ",", "branch_key", ",", "\"Magnitude\"", "]", ")", "]", ".", "value", "# Select magnitudes above the minimum magnitudes", "mag_idx", "=", "bg_magnitudes", ">=", "min_mag", "mags", "=", "bg_magnitudes", "[", "mag_idx", "]", "rates", "=", "hdf5", "[", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "\"Grid\"", ",", "branch_key", ",", "\"RateArray\"", "]", ")", "]", "[", "filter_idx", ",", ":", "]", "rates", "=", "rates", "[", ":", ",", "mag_idx", "]", "valid_locs", "=", "hdf5", "[", "\"Grid/Locations\"", "]", "[", "filter_idx", ",", ":", "]", "# Sample remaining rates", "sampler", "=", "tom", ".", "sample_number_of_occurrences", "(", "rates", ",", "seed", ")", "background_ruptures", "=", "[", "]", "background_n_occ", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "mag", "in", "enumerate", "(", "mags", ")", ":", "rate_idx", "=", "numpy", ".", "where", "(", "sampler", "[", ":", ",", "i", "]", ")", "[", "0", "]", "rate_cnt", "=", "sampler", "[", "rate_idx", ",", "i", "]", "occurrence", "=", "rates", "[", "rate_idx", ",", "i", "]", "locations", "=", "valid_locs", "[", "rate_idx", ",", ":", "]", "ruptures", "=", "generate_background_ruptures", "(", "tom", ",", "locations", ",", "occurrence", ",", "mag", ",", "npd", ",", "hdd", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "msr", ",", "aspect", ",", "trt", ")", "background_ruptures", ".", "extend", "(", "ruptures", ")", "background_n_occ", ".", "extend", "(", "rate_cnt", ".", "tolist", "(", ")", ")", "return", "background_ruptures", ",", "background_n_occ" ]

[ "Generates", "a", "rupture", "set", "from", "a", "sample", "of", "the", "background", "model" ]

[ "def", "build_ruptures", "(", "sources", ",", "src_filter", ",", "param", ",", "monitor", ")", ":", "[", "src", "]", "=", "sources", "res", "=", "AccumDict", "(", ")", "res", ".", "calc_times", "=", "[", "]", "sampl_mon", "=", "monitor", "(", "'sampling ruptures'", ",", "measuremem", "=", "True", ")", "res", ".", "trt", "=", "DEFAULT_TRT", "background_sids", "=", "src", ".", "get_background_sids", "(", "src_filter", ")", "sitecol", "=", "src_filter", ".", "sitecol", "samples", "=", "getattr", "(", "src", ",", "'samples'", ",", "1", ")", "n_occ", "=", "AccumDict", "(", "accum", "=", "0", ")", "t0", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "with", "sampl_mon", ":", "for", "sam_idx", "in", "range", "(", "samples", ")", ":", "for", "ses_idx", ",", "ses_seed", "in", "param", "[", "'ses_seeds'", "]", ":", "seed", "=", "sam_idx", "*", "TWO16", "+", "ses_seed", "rups", ",", "occs", "=", "generate_event_set", "(", "src", ",", "background_sids", ",", "src_filter", ",", "ses_idx", ",", "seed", ")", "for", "rup", ",", "occ", "in", "zip", "(", "rups", ",", "occs", ")", ":", "n_occ", "[", "rup", "]", "+=", "occ", "tot_occ", "=", "sum", "(", "n_occ", ".", "values", "(", ")", ")", "dic", "=", "{", "'eff_ruptures'", ":", "{", "src", ".", "src_group_id", ":", "src", ".", "num_ruptures", "}", "}", "eb_ruptures", "=", "[", "EBRupture", "(", "rup", ",", "src", ".", "id", ",", "src", ".", "src_group_id", ",", "n", ",", "samples", ")", "for", "rup", ",", "n", "in", "n_occ", ".", "items", "(", ")", "]", "dic", "[", "'rup_array'", "]", "=", "stochastic", ".", "get_rup_array", "(", "eb_ruptures", ",", "src_filter", ")", "dt", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "-", "t0", "dic", "[", "'calc_times'", "]", "=", "{", "src", ".", "id", ":", "numpy", ".", "array", "(", "[", "tot_occ", ",", "len", "(", "sitecol", ")", ",", "dt", "]", ",", "F32", ")", "}", "return", "dic" ]

[ ":", "param", "sources", ":", "a", "list", "with", "a", "single", "UCERF", "source", ":", "param", "param", ":", "extra", "parameters", ":", "param", "monitor", ":", "a", "Monitor", "instance", ":", "returns", ":", "an", "AccumDict", "grp_id", "-", ">", "EBRuptures" ]

[ "def", "get_median_area", "(", "self", ",", "mag", ",", "rake", ")", ":", "assert", "rake", "is", "None", "or", "-", "180", "<=", "rake", "<=", "180", "if", "rake", "is", "None", ":", "# their \"All\" case", "return", "10.0", "**", "(", "-", "3.49", "+", "0.91", "*", "mag", ")", "elif", "(", "-", "45", "<=", "rake", "<=", "45", ")", "or", "(", "rake", ">=", "135", ")", "or", "(", "rake", "<=", "-", "135", ")", ":", "# strike slip", "return", "10.0", "**", "(", "-", "3.42", "+", "0.90", "*", "mag", ")", "elif", "rake", ">", "0", ":", "# thrust/reverse", "return", "10.0", "**", "(", "-", "3.99", "+", "0.98", "*", "mag", ")", "else", ":", "# normal", "return", "10.0", "**", "(", "-", "2.87", "+", "0.82", "*", "mag", ")" ]

[ "The", "values", "are", "a", "function", "of", "both", "magnitude", "and", "rake", "." ]

[ "def", "get_std_dev_area", "(", "self", ",", "mag", ",", "rake", ")", ":", "assert", "rake", "is", "None", "or", "-", "180", "<=", "rake", "<=", "180", "if", "rake", "is", "None", ":", "# their \"All\" case", "return", "0.24", "elif", "(", "-", "45", "<=", "rake", "<=", "45", ")", "or", "(", "rake", ">=", "135", ")", "or", "(", "rake", "<=", "-", "135", ")", ":", "# strike slip", "return", "0.22", "elif", "rake", ">", "0", ":", "# thrust/reverse", "return", "0.26", "else", ":", "# normal", "return", "0.22" ]

[ "Standard", "deviation", "for", "WC1994", ".", "Magnitude", "is", "ignored", "." ]

[ "def", "get_std_dev_mag", "(", "self", ",", "rake", ")", ":", "assert", "rake", "is", "None", "or", "-", "180", "<=", "rake", "<=", "180", "if", "rake", "is", "None", ":", "# their \"All\" case", "return", "0.24", "elif", "(", "-", "45", "<=", "rake", "<=", "45", ")", "or", "(", "rake", ">=", "135", ")", "or", "(", "rake", "<=", "-", "135", ")", ":", "# strike slip", "return", "0.23", "elif", "rake", ">", "0", ":", "# thrust/reverse", "return", "0.25", "else", ":", "# normal", "return", "0.25" ]

[ "Standard", "deviation", "on", "the", "magnitude", "for", "the", "WC1994", "area", "relation", "." ]

[ "def", "get_median_mag", "(", "self", ",", "area", ",", "rake", ")", ":", "assert", "rake", "is", "None", "or", "-", "180", "<=", "rake", "<=", "180", "if", "rake", "is", "None", ":", "# their \"All\" case", "return", "4.07", "+", "0.98", "*", "log10", "(", "area", ")", "elif", "(", "-", "45", "<=", "rake", "<=", "45", ")", "or", "(", "rake", ">", "135", ")", "or", "(", "rake", "<", "-", "135", ")", ":", "# strike slip", "return", "3.98", "+", "1.02", "*", "log10", "(", "area", ")", "elif", "rake", ">", "0", ":", "# thrust/reverse", "return", "4.33", "+", "0.90", "*", "log10", "(", "area", ")", "else", ":", "# normal", "return", "3.93", "+", "1.02", "*", "log10", "(", "area", ")" ]

[ "Return", "magnitude", "(", "Mw", ")", "given", "the", "area", "and", "rake", "." ]

[ "def", "set_parameters", "(", "self", ")", ":", "for", "key", "in", "dir", "(", "self", ")", ":", "if", "key", ".", "startswith", "(", "'REQUIRES_'", ")", ":", "setattr", "(", "self", ",", "key", ",", "getattr", "(", "self", ".", "gmpe", ",", "key", ")", ")", "if", "key", ".", "startswith", "(", "'DEFINED_'", ")", ":", "if", "not", "key", ".", "endswith", "(", "'FOR_INTENSITY_MEASURE_TYPES'", ")", ":", "setattr", "(", "self", ",", "key", ",", "getattr", "(", "self", ".", "gmpe", ",", "key", ")", ")" ]

[ "Combines", "the", "parameters", "of", "the", "GMPE", "provided", "at", "the", "construction", "level", "with", "the", "ones", "assigned", "to", "the", "average", "GMPE", "." ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stds_types", ")", ":", "mean_list", "=", "[", "]", "stddvs_list", "=", "[", "]", "# Loop over averaging periods", "for", "period", "in", "self", ".", "avg_periods", ":", "imt_local", "=", "SA", "(", "float", "(", "period", ")", ")", "# compute mean and standard deviation", "mean", ",", "stddvs", "=", "self", ".", "gmpe", ".", "get_mean_and_stddevs", "(", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt_local", ",", "stds_types", ")", "mean_list", ".", "append", "(", "mean", ")", "stddvs_list", ".", "append", "(", "stddvs", "[", "0", "]", ")", "# Support only for total!", "mean_avgsa", "=", "0.", "stddvs_avgsa", "=", "0.", "for", "i1", "in", "range", "(", "self", ".", "tnum", ")", ":", "mean_avgsa", "+=", "mean_list", "[", "i1", "]", "for", "i2", "in", "range", "(", "self", ".", "tnum", ")", ":", "rho", "=", "self", ".", "corr_func", ".", "get_correlation", "(", "self", ".", "avg_periods", "[", "i1", "]", ",", "self", ".", "avg_periods", "[", "i2", "]", ")", "stddvs_avgsa", "+=", "rho", "*", "stddvs_list", "[", "i1", "]", "*", "stddvs_list", "[", "i2", "]", "mean_avgsa", "/=", "self", ".", "tnum", "stddvs_avgsa", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "stddvs_avgsa", ")", "/", "self", ".", "tnum", "return", "mean_avgsa", ",", "[", "stddvs_avgsa", "]" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "get_correlation", "(", "self", ",", "t1", ",", "t2", ")", ":", "t_min", "=", "min", "(", "t1", ",", "t2", ")", "t_max", "=", "max", "(", "t1", ",", "t2", ")", "c1", "=", "1.0", "c1", "-=", "np", ".", "cos", "(", "np", ".", "pi", "/", "2.0", "-", "np", ".", "log", "(", "t_max", "/", "max", "(", "t_min", ",", "0.109", ")", ")", "*", "0.366", ")", "if", "t_max", "<", "0.2", ":", "c2", "=", "0.105", "*", "(", "1.0", "-", "1.0", "/", "(", "1.0", "+", "np", ".", "exp", "(", "100.0", "*", "t_max", "-", "5.0", ")", ")", ")", "c2", "=", "1.0", "-", "c2", "*", "(", "t_max", "-", "t_min", ")", "/", "(", "t_max", "-", "0.0099", ")", "else", ":", "c2", "=", "0", "if", "t_max", "<", "0.109", ":", "c3", "=", "c2", "else", ":", "c3", "=", "c1", "c4", "=", "c1", "c4", "+=", "0.5", "*", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "c3", ")", "-", "c3", ")", "*", "(", "1.0", "+", "np", ".", "cos", "(", "np", ".", "pi", "*", "t_min", "/", "0.109", ")", ")", "if", "t_max", "<=", "0.109", ":", "rho", "=", "c2", "elif", "t_min", ">", "0.109", ":", "rho", "=", "c1", "elif", "t_max", "<", "0.2", ":", "rho", "=", "min", "(", "c2", ",", "c4", ")", "else", ":", "rho", "=", "c4", "return", "rho" ]

[ "Computes", "the", "correlation", "coefficient", "for", "the", "specified", "periods", "." ]

[ "def", "get_correlation", "(", "self", ",", "t1", ",", "t2", ")", ":", "if", "t1", "not", "in", "act", ".", "periods", ":", "raise", "ValueError", "(", "'t1 not a valid period'", ")", "if", "t2", "not", "in", "act", ".", "periods", ":", "raise", "ValueError", "(", "'t2 not a valid period'", ")", "return", "act", ".", "coeff_table", "[", "act", ".", "periods", ".", "index", "(", "t1", ")", "]", "[", "act", ".", "periods", ".", "index", "(", "t2", ")", "]" ]

[ "Computes", "the", "correlation", "coefficient", "for", "the", "specified", "periods", "." ]

[ "def", "surface_to_array", "(", "surface", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "surface", ",", "'surfaces'", ")", ":", "# multiplanar surfaces", "n", "=", "len", "(", "surface", ".", "surfaces", ")", "arr", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "n", ",", "4", ")", ",", "F32", ")", "for", "i", ",", "surf", "in", "enumerate", "(", "surface", ".", "surfaces", ")", ":", "arr", "[", ":", ",", "i", "]", "=", "surf", ".", "mesh", ".", "array", "return", "arr", "mesh", "=", "surface", ".", "mesh", "if", "len", "(", "mesh", ".", "lons", ".", "shape", ")", "==", "1", ":", "# 1D mesh", "shp", "=", "(", "3", ",", "1", ")", "+", "mesh", ".", "lons", ".", "shape", "else", ":", "# 2D mesh", "shp", "=", "(", "3", ",", ")", "+", "mesh", ".", "lons", ".", "shape", "return", "mesh", ".", "array", ".", "reshape", "(", "shp", ")" ]

[ ":", "param", "surface", ":", "a", "Surface", "object", ":", "returns", ":", "a", "3D", "array", "of", "shape", "(", "3", "N", "M", ")" ]

[ "def", "from_coords", "(", "cls", ",", "coords", ",", "sort", "=", "True", ")", ":", "coords", "=", "list", "(", "coords", ")", "if", "sort", ":", "coords", ".", "sort", "(", ")", "if", "len", "(", "coords", "[", "0", "]", ")", "==", "2", ":", "# 2D coordinates", "lons", ",", "lats", "=", "zip", "(", "*", "coords", ")", "depths", "=", "None", "else", ":", "# 3D coordinates", "lons", ",", "lats", ",", "depths", "=", "zip", "(", "*", "coords", ")", "depths", "=", "numpy", ".", "array", "(", "depths", ")", "return", "cls", "(", "numpy", ".", "array", "(", "lons", ")", ",", "numpy", ".", "array", "(", "lats", ")", ",", "depths", ")" ]

[ "Create", "a", "mesh", "object", "from", "a", "list", "of", "3D", "coordinates", "(", "by", "sorting", "them", ")" ]

[ "def", "from_points_list", "(", "cls", ",", "points", ")", ":", "lons", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "len", "(", "points", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", "lats", "=", "lons", ".", "copy", "(", ")", "depths", "=", "lons", ".", "copy", "(", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "points", ")", ")", ":", "lons", "[", "i", "]", "=", "points", "[", "i", "]", ".", "longitude", "lats", "[", "i", "]", "=", "points", "[", "i", "]", ".", "latitude", "depths", "[", "i", "]", "=", "points", "[", "i", "]", ".", "depth", "if", "not", "depths", ".", "any", "(", ")", ":", "# all points have zero depth, no need to waste memory", "depths", "=", "None", "return", "cls", "(", "lons", ",", "lats", ",", "depths", ")" ]

[ "Create", "a", "mesh", "object", "from", "a", "collection", "of", "points", "." ]

[ "def", "xyz", "(", "self", ")", ":", "return", "geo_utils", ".", "spherical_to_cartesian", "(", "self", ".", "lons", ".", "flat", ",", "self", ".", "lats", ".", "flat", ",", "self", ".", "depths", ".", "flat", ")" ]

[ ":", "returns", ":", "an", "array", "of", "shape", "(", "N", "3", ")", "with", "the", "cartesian", "coordinates" ]

[ "def", "get_min_distance", "(", "self", ",", "mesh", ")", ":", "return", "cdist", "(", "self", ".", "xyz", ",", "mesh", ".", "xyz", ")", ".", "min", "(", "axis", "=", "0", ")" ]

[ "Compute", "and", "return", "the", "minimum", "distance", "from", "the", "mesh", "to", "each", "point", "in", "another", "mesh", "." ]

[ "def", "get_closest_points", "(", "self", ",", "mesh", ")", ":", "min_idx", "=", "cdist", "(", "self", ".", "xyz", ",", "mesh", ".", "xyz", ")", ".", "argmin", "(", "axis", "=", "0", ")", "# lose shape", "if", "hasattr", "(", "mesh", ",", "'shape'", ")", ":", "min_idx", "=", "min_idx", ".", "reshape", "(", "mesh", ".", "shape", ")", "lons", "=", "self", ".", "lons", ".", "take", "(", "min_idx", ")", "lats", "=", "self", ".", "lats", ".", "take", "(", "min_idx", ")", "deps", "=", "self", ".", "depths", ".", "take", "(", "min_idx", ")", "return", "Mesh", "(", "lons", ",", "lats", ",", "deps", ")" ]

[ "Find", "closest", "point", "of", "this", "mesh", "for", "each", "point", "in", "the", "other", "mesh" ]

[ "def", "get_distance_matrix", "(", "self", ")", ":", "assert", "self", ".", "lons", ".", "ndim", "==", "1", "distances", "=", "geodetic", ".", "geodetic_distance", "(", "self", ".", "lons", ".", "reshape", "(", "self", ".", "lons", ".", "shape", "+", "(", "1", ",", ")", ")", ",", "self", ".", "lats", ".", "reshape", "(", "self", ".", "lats", ".", "shape", "+", "(", "1", ",", ")", ")", ",", "self", ".", "lons", ",", "self", ".", "lats", ")", "return", "numpy", ".", "matrix", "(", "distances", ",", "copy", "=", "False", ")" ]

[ "Compute", "and", "return", "distances", "between", "each", "pairs", "of", "points", "in", "the", "mesh", "." ]

[ "def", "_get_proj_convex_hull", "(", "self", ")", ":", "# create a projection centered in the center of points collection", "proj", "=", "geo_utils", ".", "OrthographicProjection", "(", "*", "geo_utils", ".", "get_spherical_bounding_box", "(", "self", ".", "lons", ",", "self", ".", "lats", ")", ")", "# project all the points and create a shapely multipoint object.", "# need to copy an array because otherwise shapely misinterprets it", "coords", "=", "numpy", ".", "transpose", "(", "proj", "(", "self", ".", "lons", ".", "flat", ",", "self", ".", "lats", ".", "flat", ")", ")", ".", "copy", "(", ")", "multipoint", "=", "shapely", ".", "geometry", ".", "MultiPoint", "(", "coords", ")", "# create a 2d polygon from a convex hull around that multipoint", "return", "proj", ",", "multipoint", ".", "convex_hull" ]

[ "Create", "a", "projection", "centered", "in", "the", "center", "of", "this", "mesh", "and", "define", "a", "convex", "polygon", "in", "that", "projection", "enveloping", "all", "the", "points", "of", "the", "mesh", "." ]

[ "def", "get_joyner_boore_distance", "(", "self", ",", "mesh", ")", ":", "# we perform a hybrid calculation (geodetic mesh-to-mesh distance", "# and distance on the projection plane for close points). first,", "# we find the closest geodetic distance for each point of target", "# mesh to this one. in general that distance is greater than", "# the exact distance to enclosing polygon of this mesh and it", "# depends on mesh spacing. but the difference can be neglected", "# if calculated geodetic distance is over some threshold.", "# get the highest slice from the 3D mesh", "distances", "=", "geodetic", ".", "min_geodetic_distance", "(", "(", "self", ".", "lons", ",", "self", ".", "lats", ")", ",", "(", "mesh", ".", "lons", ",", "mesh", ".", "lats", ")", ")", "# here we find the points for which calculated mesh-to-mesh", "# distance is below a threshold. this threshold is arbitrary:", "# lower values increase the maximum possible error, higher", "# values reduce the efficiency of that filtering. the maximum", "# error is equal to the maximum difference between a distance", "# from site to two adjacent points of the mesh and distance", "# from site to the line connecting them. thus the error is", "# a function of distance threshold and mesh spacing. the error", "# is maximum when the site lies on a perpendicular to the line", "# connecting points of the mesh and that passes the middle", "# point between them. the error then can be calculated as", "# ``err = trsh - d = trsh - \\sqrt(trsh^2 - (ms/2)^2)``, where", "# ``trsh`` and ``d`` are distance to mesh points (the one", "# we found on the previous step) and distance to the line", "# connecting them (the actual distance) and ``ms`` is mesh", "# spacing. the threshold of 40 km gives maximum error of 314", "# meters for meshes with spacing of 10 km and 5.36 km for", "# meshes with spacing of 40 km. if mesh spacing is over", "# ``(trsh / \\sqrt(2)) * 2`` then points lying in the middle", "# of mesh cells (that is inside the polygon) will be filtered", "# out by the threshold and have positive distance instead of 0.", "# so for threshold of 40 km mesh spacing should not be more", "# than 56 km (typical values are 5 to 10 km).", "idxs", "=", "(", "distances", "<", "40", ")", ".", "nonzero", "(", ")", "[", "0", "]", "# indices on the first dimension", "if", "not", "len", "(", "idxs", ")", ":", "# no point is close enough, return distances as they are", "return", "distances", "# for all the points that are closer than the threshold we need", "# to recalculate the distance and set it to zero, if point falls", "# inside the enclosing polygon of the mesh. for doing that we", "# project both this mesh and the points of the second mesh--selected", "# by distance threshold--to the same Cartesian space, define", "# minimum shapely polygon enclosing the mesh and calculate point", "# to polygon distance, which gives the most accurate value", "# of distance in km (and that value is zero for points inside", "# the polygon).", "proj", ",", "polygon", "=", "self", ".", "_get_proj_enclosing_polygon", "(", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "polygon", ",", "shapely", ".", "geometry", ".", "Polygon", ")", ":", "# either line or point is our enclosing polygon. draw", "# a square with side of 10 m around in order to have", "# a proper polygon instead.", "polygon", "=", "polygon", ".", "buffer", "(", "self", ".", "DIST_TOLERANCE", ",", "1", ")", "mesh_xx", ",", "mesh_yy", "=", "proj", "(", "mesh", ".", "lons", "[", "idxs", "]", ",", "mesh", ".", "lats", "[", "idxs", "]", ")", "# replace geodetic distance values for points-closer-than-the-threshold", "# by more accurate point-to-polygon distance values.", "distances", "[", "idxs", "]", "=", "geo_utils", ".", "point_to_polygon_distance", "(", "polygon", ",", "mesh_xx", ",", "mesh_yy", ")", "return", "distances" ]

[ "Compute", "and", "return", "Joyner", "-", "Boore", "distance", "to", "each", "point", "of", "mesh", ".", "Point", "s", "depth", "is", "ignored", "." ]

[ "def", "_get_proj_enclosing_polygon", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "lons", ".", "size", "<", "4", ":", "# the mesh doesn't contain even a single cell", "return", "self", ".", "_get_proj_convex_hull", "(", ")", "proj", "=", "geo_utils", ".", "OrthographicProjection", "(", "*", "geo_utils", ".", "get_spherical_bounding_box", "(", "self", ".", "lons", ",", "self", ".", "lats", ")", ")", "if", "len", "(", "self", ".", "lons", ".", "shape", ")", "==", "1", ":", "# 1D mesh", "lons", "=", "self", ".", "lons", ".", "reshape", "(", "len", "(", "self", ".", "lons", ")", ",", "1", ")", "lats", "=", "self", ".", "lats", ".", "reshape", "(", "len", "(", "self", ".", "lats", ")", ",", "1", ")", "else", ":", "# 2D mesh", "lons", "=", "self", ".", "lons", ".", "T", "lats", "=", "self", ".", "lats", ".", "T", "mesh2d", "=", "numpy", ".", "array", "(", "proj", "(", "lons", ",", "lats", ")", ")", ".", "T", "lines", "=", "iter", "(", "mesh2d", ")", "# we iterate over horizontal stripes, keeping the \"previous\"", "# line of points. we keep it reversed, such that together", "# with the current line they define the sequence of points", "# around the stripe.", "prev_line", "=", "next", "(", "lines", ")", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "polygons", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "line", "in", "enumerate", "(", "lines", ")", ":", "coords", "=", "numpy", ".", "concatenate", "(", "(", "prev_line", ",", "line", ",", "prev_line", "[", "0", ":", "1", "]", ")", ")", "# create the shapely polygon object from the stripe", "# coordinates and simplify it (remove redundant points,", "# if there are any lying on the straight line).", "stripe", "=", "shapely", ".", "geometry", ".", "LineString", "(", "coords", ")", ".", "simplify", "(", "self", ".", "DIST_TOLERANCE", ")", ".", "buffer", "(", "self", ".", "DIST_TOLERANCE", ",", "2", ")", "polygons", ".", "append", "(", "shapely", ".", "geometry", ".", "Polygon", "(", "stripe", ".", "exterior", ")", ")", "prev_line", "=", "line", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "try", ":", "# create a final polygon as the union of all the stripe ones", "polygon", "=", "shapely", ".", "ops", ".", "cascaded_union", "(", "polygons", ")", ".", "simplify", "(", "self", ".", "DIST_TOLERANCE", ")", "except", "ValueError", ":", "# NOTE(larsbutler): In some rare cases, we've observed ValueErrors", "# (\"No Shapely geometry can be created from null value\") with very", "# specific sets of polygons such that there are two unique", "# and many duplicates of one.", "# This bug is very difficult to reproduce consistently (except on", "# specific platforms) so the work around here is to remove the", "# duplicate polygons. In fact, we only observed this error on our", "# CI/build machine. None of our dev environments or production", "# machines has encountered this error, at least consistently. >:(", "polygons", "=", "[", "shapely", ".", "wkt", ".", "loads", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "list", "(", "set", "(", "p", ".", "wkt", "for", "p", "in", "polygons", ")", ")", "]", "polygon", "=", "shapely", ".", "ops", ".", "cascaded_union", "(", "polygons", ")", ".", "simplify", "(", "self", ".", "DIST_TOLERANCE", ")", "return", "proj", ",", "polygon" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "Mesh", ".", "_get_proj_enclosing_polygon", "." ]

[ "def", "get_convex_hull", "(", "self", ")", ":", "proj", ",", "polygon2d", "=", "self", ".", "_get_proj_convex_hull", "(", ")", "# if mesh had only one point, the convex hull is a point. if there", "# were two, it is a line string. we need to return a convex polygon", "# object, so extend that area-less geometries by some arbitrarily", "# small distance.", "if", "isinstance", "(", "polygon2d", ",", "(", "shapely", ".", "geometry", ".", "LineString", ",", "shapely", ".", "geometry", ".", "Point", ")", ")", ":", "polygon2d", "=", "polygon2d", ".", "buffer", "(", "self", ".", "DIST_TOLERANCE", ",", "1", ")", "# avoid circular imports", "from", "openquake", ".", "hazardlib", ".", "geo", ".", "polygon", "import", "Polygon", "return", "Polygon", ".", "_from_2d", "(", "polygon2d", ",", "proj", ")" ]

[ "Get", "a", "convex", "polygon", "object", "that", "contains", "projections", "of", "all", "the", "points", "of", "the", "mesh", "." ]

[ "def", "from_points_list", "(", "cls", ",", "points", ")", ":", "assert", "points", "is", "not", "None", "and", "len", "(", "points", ")", ">", "0", "and", "len", "(", "points", "[", "0", "]", ")", ">", "0", ",", "'list of at least one non-empty list of points is required'", "lons", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "points", ")", ",", "len", "(", "points", "[", "0", "]", ")", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", "lats", "=", "lons", ".", "copy", "(", ")", "depths", "=", "lons", ".", "copy", "(", ")", "num_cols", "=", "len", "(", "points", "[", "0", "]", ")", "for", "i", ",", "row", "in", "enumerate", "(", "points", ")", ":", "assert", "len", "(", "row", ")", "==", "num_cols", ",", "'lists of points are not of uniform length'", "for", "j", ",", "point", "in", "enumerate", "(", "row", ")", ":", "lons", "[", "i", ",", "j", "]", "=", "point", ".", "longitude", "lats", "[", "i", ",", "j", "]", "=", "point", ".", "latitude", "depths", "[", "i", ",", "j", "]", "=", "point", ".", "depth", "if", "not", "depths", ".", "any", "(", ")", ":", "depths", "=", "None", "return", "cls", "(", "lons", ",", "lats", ",", "depths", ")" ]

[ "Create", "a", "rectangular", "mesh", "object", "from", "a", "list", "of", "lists", "of", "points", ".", "Lists", "in", "a", "list", "are", "supposed", "to", "have", "the", "same", "length", "." ]

[ "def", "get_middle_point", "(", "self", ")", ":", "num_rows", ",", "num_cols", "=", "self", ".", "lons", ".", "shape", "mid_row", "=", "num_rows", "//", "2", "depth", "=", "0", "if", "num_rows", "&", "1", "==", "1", ":", "# there are odd number of rows", "mid_col", "=", "num_cols", "//", "2", "if", "num_cols", "&", "1", "==", "1", ":", "# odd number of columns, we can easily take", "# the middle point", "depth", "=", "self", ".", "depths", "[", "mid_row", ",", "mid_col", "]", "return", "Point", "(", "self", ".", "lons", "[", "mid_row", ",", "mid_col", "]", ",", "self", ".", "lats", "[", "mid_row", ",", "mid_col", "]", ",", "depth", ")", "else", ":", "# even number of columns, need to take two middle", "# points on the middle row", "lon1", ",", "lon2", "=", "self", ".", "lons", "[", "mid_row", ",", "mid_col", "-", "1", ":", "mid_col", "+", "1", "]", "lat1", ",", "lat2", "=", "self", ".", "lats", "[", "mid_row", ",", "mid_col", "-", "1", ":", "mid_col", "+", "1", "]", "depth1", "=", "self", ".", "depths", "[", "mid_row", ",", "mid_col", "-", "1", "]", "depth2", "=", "self", ".", "depths", "[", "mid_row", ",", "mid_col", "]", "else", ":", "# there are even number of rows. take the row just above", "# and the one just below the middle and find middle point", "# of each", "submesh1", "=", "self", "[", "mid_row", "-", "1", ":", "mid_row", "]", "submesh2", "=", "self", "[", "mid_row", ":", "mid_row", "+", "1", "]", "p1", ",", "p2", "=", "submesh1", ".", "get_middle_point", "(", ")", ",", "submesh2", ".", "get_middle_point", "(", ")", "lon1", ",", "lat1", ",", "depth1", "=", "p1", ".", "longitude", ",", "p1", ".", "latitude", ",", "p1", ".", "depth", "lon2", ",", "lat2", ",", "depth2", "=", "p2", ".", "longitude", ",", "p2", ".", "latitude", ",", "p2", ".", "depth", "# we need to find the middle between two points", "depth", "=", "(", "depth1", "+", "depth2", ")", "/", "2.0", "lon", ",", "lat", "=", "geo_utils", ".", "get_middle_point", "(", "lon1", ",", "lat1", ",", "lon2", ",", "lat2", ")", "return", "Point", "(", "lon", ",", "lat", ",", "depth", ")" ]

[ "Return", "the", "middle", "point", "of", "the", "mesh", "." ]

[ "def", "get_mean_inclination_and_azimuth", "(", "self", ")", ":", "assert", "1", "not", "in", "self", ".", "lons", ".", "shape", ",", "(", "\"inclination and azimuth are only defined for mesh of more than \"", "\"one row and more than one column of points\"", ")", "assert", "(", "(", "self", ".", "depths", "[", "1", ":", "]", "-", "self", ".", "depths", "[", ":", "-", "1", "]", ")", ">=", "0", ")", ".", "all", "(", ")", ",", "(", "\"get_mean_inclination_and_azimuth() requires next mesh row \"", "\"to be not shallower than the previous one\"", ")", "points", ",", "along_azimuth", ",", "updip", ",", "diag", "=", "self", ".", "triangulate", "(", ")", "# define planes that are perpendicular to each point's vector", "# as normals to those planes", "earth_surface_tangent_normal", "=", "geo_utils", ".", "normalized", "(", "points", ")", "# calculating triangles' area and normals for top-left triangles", "e1", "=", "along_azimuth", "[", ":", "-", "1", "]", "e2", "=", "updip", "[", ":", ",", ":", "-", "1", "]", "tl_area", "=", "geo_utils", ".", "triangle_area", "(", "e1", ",", "e2", ",", "diag", ")", "tl_normal", "=", "geo_utils", ".", "normalized", "(", "numpy", ".", "cross", "(", "e1", ",", "e2", ")", ")", "# ... and bottom-right triangles", "e1", "=", "along_azimuth", "[", "1", ":", "]", "e2", "=", "updip", "[", ":", ",", "1", ":", "]", "br_area", "=", "geo_utils", ".", "triangle_area", "(", "e1", ",", "e2", ",", "diag", ")", "br_normal", "=", "geo_utils", ".", "normalized", "(", "numpy", ".", "cross", "(", "e1", ",", "e2", ")", ")", "if", "(", "self", ".", "depths", "==", "0", ")", ".", "all", "(", ")", ":", "# mesh is on earth surface, inclination is zero", "inclination", "=", "0", "else", ":", "# inclination calculation", "# top-left triangles", "en", "=", "earth_surface_tangent_normal", "[", ":", "-", "1", ",", ":", "-", "1", "]", "# cosine of inclination of the triangle is scalar product", "# of vector normal to triangle plane and (normalized) vector", "# pointing to top left corner of a triangle from earth center", "incl_cos", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "en", "*", "tl_normal", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ".", "clip", "(", "-", "1.0", ",", "1.0", ")", "# we calculate average angle using mean of circular quantities", "# formula: define 2d vector for each triangle where length", "# of the vector corresponds to triangle's weight (we use triangle", "# area) and angle is equal to inclination angle. then we calculate", "# the angle of vector sum of all those vectors and that angle", "# is the weighted average.", "xx", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "tl_area", "*", "incl_cos", ")", "# express sine via cosine using Pythagorean trigonometric identity,", "# this is a bit faster than sin(arccos(incl_cos))", "yy", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "tl_area", "*", "sqrt", "(", "1", "-", "incl_cos", "*", "incl_cos", ")", ")", "# bottom-right triangles", "en", "=", "earth_surface_tangent_normal", "[", "1", ":", ",", "1", ":", "]", "# we need to clip scalar product values because in some cases", "# they might exceed range where arccos is defined ([-1, 1])", "# because of floating point imprecision", "incl_cos", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "en", "*", "br_normal", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ".", "clip", "(", "-", "1.0", ",", "1.0", ")", "# weighted angle vectors are calculated independently for top-left", "# and bottom-right triangles of each cell in a mesh. here we", "# combine both and finally get the weighted mean angle", "xx", "+=", "numpy", ".", "sum", "(", "br_area", "*", "incl_cos", ")", "yy", "+=", "numpy", ".", "sum", "(", "br_area", "*", "sqrt", "(", "1", "-", "incl_cos", "*", "incl_cos", ")", ")", "inclination", "=", "numpy", ".", "degrees", "(", "numpy", ".", "arctan2", "(", "yy", ",", "xx", ")", ")", "# azimuth calculation is done similar to one for inclination. we also", "# do separate calculations for top-left and bottom-right triangles", "# and also combine results using mean of circular quantities approach", "# unit vector along z axis", "z_unit", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "0.0", ",", "0.0", ",", "1.0", "]", ")", "# unit vectors pointing west from each point of the mesh, they define", "# planes that contain meridian of respective point", "norms_west", "=", "geo_utils", ".", "normalized", "(", "numpy", ".", "cross", "(", "points", "+", "z_unit", ",", "points", ")", ")", "# unit vectors parallel to planes defined by previous ones. they are", "# directed from each point to a point lying on z axis on the same", "# distance from earth center", "norms_north", "=", "geo_utils", ".", "normalized", "(", "numpy", ".", "cross", "(", "points", ",", "norms_west", ")", ")", "# need to normalize triangles' azimuthal edges because we will project", "# them on other normals and thus calculate an angle in between", "along_azimuth", "=", "geo_utils", ".", "normalized", "(", "along_azimuth", ")", "# process top-left triangles", "# here we identify the sign of direction of the triangles' azimuthal", "# edges: is edge pointing west or east? for finding that we project", "# those edges to vectors directing to west by calculating scalar", "# product and get the sign of resulting value: if it is negative", "# than the resulting azimuth should be negative as top edge is pointing", "# west.", "sign", "=", "numpy", ".", "sign", "(", "numpy", ".", "sign", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "along_azimuth", "[", ":", "-", "1", "]", "*", "norms_west", "[", ":", "-", "1", ",", ":", "-", "1", "]", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "# we run numpy.sign(numpy.sign(...) + 0.1) to make resulting values", "# be only either -1 or 1 with zero values (when edge is pointing", "# strictly north or south) expressed as 1 (which means \"don't", "# change the sign\")", "+", "0.1", ")", "# the length of projection of azimuthal edge on norms_north is cosine", "# of edge's azimuth", "az_cos", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "along_azimuth", "[", ":", "-", "1", "]", "*", "norms_north", "[", ":", "-", "1", ",", ":", "-", "1", "]", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "# use the same approach for finding the weighted mean", "# as for inclination (see above)", "xx", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "tl_area", "*", "az_cos", ")", "# the only difference is that azimuth is defined in a range", "# [0, 360), so we need to have two reference planes and change", "# sign of projection on one normal to sign of projection to another one", "yy", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "tl_area", "*", "sqrt", "(", "1", "-", "az_cos", "*", "az_cos", ")", "*", "sign", ")", "# bottom-right triangles", "sign", "=", "numpy", ".", "sign", "(", "numpy", ".", "sign", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "along_azimuth", "[", "1", ":", "]", "*", "norms_west", "[", "1", ":", ",", "1", ":", "]", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "+", "0.1", ")", "az_cos", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "along_azimuth", "[", "1", ":", "]", "*", "norms_north", "[", "1", ":", ",", "1", ":", "]", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "xx", "+=", "numpy", ".", "sum", "(", "br_area", "*", "az_cos", ")", "yy", "+=", "numpy", ".", "sum", "(", "br_area", "*", "sqrt", "(", "1", "-", "az_cos", "*", "az_cos", ")", "*", "sign", ")", "azimuth", "=", "numpy", ".", "degrees", "(", "numpy", ".", "arctan2", "(", "yy", ",", "xx", ")", ")", "if", "azimuth", "<", "0", ":", "azimuth", "+=", "360", "if", "inclination", ">", "90", ":", "# average inclination is over 90 degree, that means that we need", "# to reverse azimuthal direction in order for inclination to be", "# in range [0, 90]", "inclination", "=", "180", "-", "inclination", "azimuth", "=", "(", "azimuth", "+", "180", ")", "%", "360", "return", "inclination", ",", "azimuth" ]

[ "Calculate", "weighted", "average", "inclination", "and", "azimuth", "of", "the", "mesh", "surface", "." ]

[ "def", "get_cell_dimensions", "(", "self", ")", ":", "points", ",", "along_azimuth", ",", "updip", ",", "diag", "=", "self", ".", "triangulate", "(", ")", "top", "=", "along_azimuth", "[", ":", "-", "1", "]", "left", "=", "updip", "[", ":", ",", ":", "-", "1", "]", "tl_area", "=", "geo_utils", ".", "triangle_area", "(", "top", ",", "left", ",", "diag", ")", "top_length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "top", "*", "top", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "left_length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "left", "*", "left", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "bottom", "=", "along_azimuth", "[", "1", ":", "]", "right", "=", "updip", "[", ":", ",", "1", ":", "]", "br_area", "=", "geo_utils", ".", "triangle_area", "(", "bottom", ",", "right", ",", "diag", ")", "bottom_length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "bottom", "*", "bottom", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "right_length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "right", "*", "right", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "cell_area", "=", "tl_area", "+", "br_area", "tl_center", "=", "(", "points", "[", ":", "-", "1", ",", ":", "-", "1", "]", "+", "points", "[", ":", "-", "1", ",", "1", ":", "]", "+", "points", "[", "1", ":", ",", ":", "-", "1", "]", ")", "/", "3", "br_center", "=", "(", "points", "[", ":", "-", "1", ",", "1", ":", "]", "+", "points", "[", "1", ":", ",", ":", "-", "1", "]", "+", "points", "[", "1", ":", ",", "1", ":", "]", ")", "/", "3", "cell_center", "=", "(", "(", "tl_center", "*", "tl_area", ".", "reshape", "(", "tl_area", ".", "shape", "+", "(", "1", ",", ")", ")", "+", "br_center", "*", "br_area", ".", "reshape", "(", "br_area", ".", "shape", "+", "(", "1", ",", ")", ")", ")", "/", "cell_area", ".", "reshape", "(", "cell_area", ".", "shape", "+", "(", "1", ",", ")", ")", ")", "cell_length", "=", "(", "(", "top_length", "*", "tl_area", "+", "bottom_length", "*", "br_area", ")", "/", "cell_area", ")", "cell_width", "=", "(", "(", "left_length", "*", "tl_area", "+", "right_length", "*", "br_area", ")", "/", "cell_area", ")", "return", "cell_center", ",", "cell_length", ",", "cell_width", ",", "cell_area" ]

[ "Calculate", "centroid", "width", "length", "and", "area", "of", "each", "mesh", "cell", "." ]

[ "def", "triangulate", "(", "self", ")", ":", "points", "=", "geo_utils", ".", "spherical_to_cartesian", "(", "self", ".", "lons", ",", "self", ".", "lats", ",", "self", ".", "depths", ")", "# triangulate the mesh by defining vectors of triangles edges:", "# →", "along_azimuth", "=", "points", "[", ":", ",", "1", ":", "]", "-", "points", "[", ":", ",", ":", "-", "1", "]", "# ↑", "updip", "=", "points", "[", ":", "-", "1", "]", "-", "points", "[", "1", ":", "]", "# ↗", "diag", "=", "points", "[", ":", "-", "1", ",", "1", ":", "]", "-", "points", "[", "1", ":", ",", ":", "-", "1", "]", "return", "points", ",", "along_azimuth", ",", "updip", ",", "diag" ]

[ "Convert", "mesh", "points", "to", "vectors", "in", "Cartesian", "space", "." ]

[ "def", "get_mean_width", "(", "self", ")", ":", "assert", "1", "not", "in", "self", ".", "lons", ".", "shape", ",", "(", "\"mean width is only defined for mesh of more than \"", "\"one row and more than one column of points\"", ")", "_", ",", "cell_length", ",", "cell_width", ",", "cell_area", "=", "self", ".", "get_cell_dimensions", "(", ")", "# compute widths along each mesh column", "widths", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "cell_width", ",", "axis", "=", "0", ")", "# compute (weighted) mean cell length along each mesh column", "column_areas", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "cell_area", ",", "axis", "=", "0", ")", "mean_cell_lengths", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "cell_length", "*", "cell_area", ",", "axis", "=", "0", ")", "/", "column_areas", "# compute and return weighted mean", "return", "numpy", ".", "sum", "(", "widths", "*", "mean_cell_lengths", ")", "/", "numpy", ".", "sum", "(", "mean_cell_lengths", ")" ]

[ "Calculate", "and", "return", "(", "weighted", ")", "mean", "width", "(", "km", ")", "of", "a", "mesh", "surface", "." ]

[ "def", "smooth_data", "(", "self", ",", "data", ",", "config", ",", "is_3d", "=", "False", ")", ":", "max_dist", "=", "config", "[", "'Length_Limit'", "]", "*", "config", "[", "'BandWidth'", "]", "smoothed_value", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "data", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", "for", "iloc", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "data", ")", ")", ":", "dist_val", "=", "haversine", "(", "data", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "data", "[", ":", ",", "1", "]", ",", "data", "[", "iloc", ",", "0", "]", ",", "data", "[", "iloc", ",", "1", "]", ")", "if", "is_3d", ":", "dist_val", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "dist_val", ".", "flatten", "(", ")", "**", "2.0", "+", "(", "data", "[", ":", ",", "2", "]", "-", "data", "[", "iloc", ",", "2", "]", ")", "**", "2.0", ")", "id0", "=", "np", ".", "where", "(", "dist_val", "<=", "max_dist", ")", "[", "0", "]", "w_val", "=", "(", "np", ".", "exp", "(", "-", "(", "dist_val", "[", "id0", "]", "**", "2.0", ")", "/", "(", "config", "[", "'BandWidth'", "]", "**", "2.", ")", ")", ")", ".", "flatten", "(", ")", "smoothed_value", "[", "iloc", "]", "=", "np", ".", "sum", "(", "w_val", "*", "data", "[", "id0", ",", "3", "]", ")", "/", "np", ".", "sum", "(", "w_val", ")", "return", "smoothed_value", ",", "np", ".", "sum", "(", "data", "[", ":", ",", "-", "1", "]", ")", ",", "np", ".", "sum", "(", "smoothed_value", ")" ]

[ "Applies", "the", "smoothing", "kernel", "to", "the", "data" ]

[ "def", "_get_magnitude_term", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ")", ":", "dmag", "=", "mag", "-", "8.0", "return", "C", "[", "\"c0\"", "]", "+", "C", "[", "\"c3\"", "]", "*", "dmag", "+", "C", "[", "\"c4\"", "]", "*", "(", "dmag", "**", "2.", ")" ]

[ "Returns", "the", "magnitude", "scaling", "term", "provided", "in", "Equation", "(", "5", ")" ]

[ "def", "_get_distance_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rrup", ",", "mag", ")", ":", "r_adj", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "rrup", "**", "2.0", "+", "(", "mag", "**", "2.0", "-", "3.1", "*", "mag", "-", "14.55", ")", "**", "2.", ")", "return", "C", "[", "\"c1\"", "]", "*", "np", ".", "log10", "(", "r_adj", ")", "+", "C", "[", "\"c2\"", "]", "*", "r_adj" ]

[ "Returns", "the", "distance", "scaling", "given", "in", "Equation", "(", "4", ")", "page", "1569", "with", "distance", "adjusted", "by", "the", "magnitude", "-", "dependent", "depth", "scaling", "factor", "given", "in", "Equation", "(", "6", ")" ]

[ "def", "purge_one", "(", "calc_id", ",", "user", ")", ":", "filename", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "datadir", ",", "'calc_%s.hdf5'", "%", "calc_id", ")", "err", "=", "dbcmd", "(", "'del_calc'", ",", "calc_id", ",", "user", ")", "if", "err", ":", "print", "(", "err", ")", "elif", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "filename", ")", ":", "# not removed yet", "os", ".", "remove", "(", "filename", ")", "print", "(", "'Removed %s'", "%", "filename", ")" ]

[ "Remove", "one", "calculation", "ID", "from", "the", "database", "and", "remove", "its", "datastore" ]

[ "def", "purge_all", "(", "user", "=", "None", ",", "fast", "=", "False", ")", ":", "user", "=", "user", "or", "getpass", ".", "getuser", "(", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "datadir", ")", ":", "if", "fast", ":", "shutil", ".", "rmtree", "(", "datadir", ")", "print", "(", "'Removed %s'", "%", "datadir", ")", "else", ":", "for", "fname", "in", "os", ".", "listdir", "(", "datadir", ")", ":", "mo", "=", "re", ".", "match", "(", "'calc_(\\d+)\\.hdf5'", ",", "fname", ")", "if", "mo", "is", "not", "None", ":", "calc_id", "=", "int", "(", "mo", ".", "group", "(", "1", ")", ")", "purge_one", "(", "calc_id", ",", "user", ")" ]

[ "Remove", "all", "calculations", "of", "the", "given", "user" ]