Datasets:

unum-cloud

/

ann-codesearch-4m

like 0

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "stddev_types", ",", "num_sites", ",", "mag_conversion_sigma", ")", ":", "assert", "all", "(", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ")", "sigma", "=", "np", ".", "zeros", "(", "num_sites", ")", "+", "C", "[", "'sigma'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "10", ")", "sigma", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "sigma", "**", "2", "+", "(", "C", "[", "'a'", "]", "**", "2", ")", "*", "(", "mag_conversion_sigma", "**", "2", ")", ")", "stddevs", "=", "[", "sigma", "for", "_", "in", "stddev_types", "]", "return", "stddevs" ]

[ "Return", "total", "standard", "deviation", "." ]

[ "def", "_get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ",", "mag_conversion_sigma", "=", "0.0", ")", ":", "# extract dictionaries of coefficients specific to required", "# intensity measure type", "C", "=", "self", ".", "COEFFS", "[", "imt", "]", "# clip distance at 4 km, minimum distance for which the equation is", "# valid (see section 2.2.4, page 201). This also avoids singularity", "# in the equation", "rhypo", "=", "dists", ".", "rhypo", "rhypo", "[", "rhypo", "<", "4.", "]", "=", "4.", "mean", "=", "C", "[", "'a'", "]", "*", "rup", ".", "mag", "+", "C", "[", "'b'", "]", "*", "rhypo", "-", "np", ".", "log10", "(", "rhypo", ")", "mean", "[", "sites", ".", "vs30", ">=", "800", "]", "+=", "C", "[", "'c1'", "]", "mean", "[", "sites", ".", "vs30", "<", "800", "]", "+=", "C", "[", "'c2'", "]", "# convert from log10 to ln, and from cm/s2 to g", "mean", "=", "mean", "*", "np", ".", "log", "(", "10", ")", "-", "2", "*", "np", ".", "log", "(", "10", ")", "-", "np", ".", "log", "(", "g", ")", "stddevs", "=", "self", ".", "_get_stddevs", "(", "C", ",", "stddev_types", ",", "rhypo", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "mag_conversion_sigma", "=", "mag_conversion_sigma", ")", "return", "mean", ",", "stddevs" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "# get original values", "hslab", "=", "50", "# See info in GMPEt_Inslab_med.dat", "rjb", ",", "rrup", "=", "utils", ".", "get_equivalent_distance_inslab", "(", "rup", ".", "mag", ",", "dists", ".", "repi", ",", "hslab", ")", "dists", ".", "rjb", "=", "rjb", "dists", ".", "rrup", "=", "rrup", "mean", ",", "stddevs", "=", "super", "(", ")", ".", "get_mean_and_stddevs", "(", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", "cff", "=", "self", ".", "SITE_COEFFS", "[", "imt", "]", "mean_adj", "=", "np", ".", "log", "(", "np", ".", "exp", "(", "mean", ")", "*", "10", "**", "cff", "[", "'mf'", "]", ")", "stddevs", "=", "[", "np", ".", "ones", "(", "len", "(", "dists", ".", "rrup", ")", ")", "*", "get_sigma", "(", "imt", ")", "]", "return", "mean_adj", ",", "stddevs" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "get_src_ids", "(", "sources", ")", ":", "src_ids", "=", "[", "]", "for", "src", "in", "sources", ":", "long_src_id", "=", "src", ".", "source_id", "try", ":", "src_id", ",", "ext", "=", "long_src_id", ".", "rsplit", "(", "':'", ",", "1", ")", "except", "ValueError", ":", "src_id", "=", "long_src_id", "src_ids", ".", "append", "(", "src_id", ")", "return", "' '", ".", "join", "(", "set", "(", "src_ids", ")", ")" ]

[ ":", "returns", ":", "a", "string", "with", "the", "source", "IDs", "of", "the", "given", "sources", "stripping", "the", "extension", "after", "the", "colon", "if", "any" ]

[ "def", "get_extreme_poe", "(", "array", ",", "imtls", ")", ":", "return", "max", "(", "array", "[", "imtls", "(", "imt", ")", ".", "stop", "-", "1", "]", ".", "max", "(", ")", "for", "imt", "in", "imtls", ")" ]

[ ":", "param", "array", ":", "array", "of", "shape", "(", "L", "G", ")", "with", "L", "=", "num_levels", "G", "=", "num_gsims", ":", "param", "imtls", ":", "DictArray", "imt", "-", ">", "levels", ":", "returns", ":", "the", "maximum", "PoE", "corresponding", "to", "the", "maximum", "level", "for", "IMTs", "and", "GSIMs" ]

[ "def", "classical_split_filter", "(", "srcs", ",", "srcfilter", ",", "gsims", ",", "params", ",", "monitor", ")", ":", "# first check if we are sampling the sources", "ss", "=", "int", "(", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "'OQ_SAMPLE_SOURCES'", ",", "0", ")", ")", "if", "ss", ":", "splits", ",", "stime", "=", "split_sources", "(", "srcs", ")", "srcs", "=", "readinput", ".", "random_filtered_sources", "(", "splits", ",", "srcfilter", ",", "ss", ")", "yield", "classical", "(", "srcs", ",", "srcfilter", ",", "gsims", ",", "params", ",", "monitor", ")", "return", "sources", "=", "[", "]", "with", "monitor", "(", "\"filtering/splitting sources\"", ")", ":", "for", "src", ",", "_sites", "in", "srcfilter", "(", "srcs", ")", ":", "if", "src", ".", "num_ruptures", ">=", "params", "[", "'maxweight'", "]", ":", "splits", ",", "stime", "=", "split_sources", "(", "[", "src", "]", ")", "sources", ".", "extend", "(", "srcfilter", ".", "filter", "(", "splits", ")", ")", "else", ":", "sources", ".", "append", "(", "src", ")", "blocks", "=", "list", "(", "block_splitter", "(", "sources", ",", "params", "[", "'maxweight'", "]", ",", "operator", ".", "attrgetter", "(", "'num_ruptures'", ")", ")", ")", "if", "blocks", ":", "# yield the first blocks (if any) and compute the last block in core", "# NB: the last block is usually the smallest one", "for", "block", "in", "blocks", "[", ":", "-", "1", "]", ":", "yield", "classical", ",", "block", ",", "srcfilter", ",", "gsims", ",", "params", "yield", "classical", "(", "blocks", "[", "-", "1", "]", ",", "srcfilter", ",", "gsims", ",", "params", ",", "monitor", ")" ]

[ "Split", "the", "given", "sources", "filter", "the", "subsources", "and", "the", "compute", "the", "PoEs", ".", "Yield", "back", "subtasks", "if", "the", "split", "sources", "contain", "more", "than", "maxweight", "ruptures", "." ]

[ "def", "build_hazard_stats", "(", "pgetter", ",", "N", ",", "hstats", ",", "individual_curves", ",", "monitor", ")", ":", "with", "monitor", "(", "'combine pmaps'", ")", ":", "pgetter", ".", "init", "(", ")", "# if not already initialized", "try", ":", "pmaps", "=", "pgetter", ".", "get_pmaps", "(", ")", "except", "IndexError", ":", "# no data", "return", "{", "}", "if", "sum", "(", "len", "(", "pmap", ")", "for", "pmap", "in", "pmaps", ")", "==", "0", ":", "# no data", "return", "{", "}", "R", "=", "len", "(", "pmaps", ")", "imtls", ",", "poes", ",", "weights", "=", "pgetter", ".", "imtls", ",", "pgetter", ".", "poes", ",", "pgetter", ".", "weights", "pmap_by_kind", "=", "{", "}", "hmaps_stats", "=", "[", "]", "hcurves_stats", "=", "[", "]", "with", "monitor", "(", "'compute stats'", ")", ":", "for", "statname", ",", "stat", "in", "hstats", ".", "items", "(", ")", ":", "pmap", "=", "compute_pmap_stats", "(", "pmaps", ",", "[", "stat", "]", ",", "weights", ",", "imtls", ")", "hcurves_stats", ".", "append", "(", "pmap", ")", "if", "pgetter", ".", "poes", ":", "hmaps_stats", ".", "append", "(", "calc", ".", "make_hmap", "(", "pmap", ",", "pgetter", ".", "imtls", ",", "pgetter", ".", "poes", ")", ")", "if", "statname", "==", "'mean'", "and", "R", ">", "1", "and", "N", "<=", "FEWSITES", ":", "pmap_by_kind", "[", "'rlz_by_sid'", "]", "=", "rlz", "=", "{", "}", "for", "sid", ",", "pcurve", "in", "pmap", ".", "items", "(", ")", ":", "rlz", "[", "sid", "]", "=", "util", ".", "closest_to_ref", "(", "[", "pm", ".", "setdefault", "(", "sid", ",", "0", ")", ".", "array", "for", "pm", "in", "pmaps", "]", ",", "pcurve", ".", "array", ")", "[", "'rlz'", "]", "if", "hcurves_stats", ":", "pmap_by_kind", "[", "'hcurves-stats'", "]", "=", "hcurves_stats", "if", "hmaps_stats", ":", "pmap_by_kind", "[", "'hmaps-stats'", "]", "=", "hmaps_stats", "if", "R", ">", "1", "and", "individual_curves", "or", "not", "hstats", ":", "pmap_by_kind", "[", "'hcurves-rlzs'", "]", "=", "pmaps", "if", "pgetter", ".", "poes", ":", "with", "monitor", "(", "'build individual hmaps'", ")", ":", "pmap_by_kind", "[", "'hmaps-rlzs'", "]", "=", "[", "calc", ".", "make_hmap", "(", "pmap", ",", "imtls", ",", "poes", ")", "for", "pmap", "in", "pmaps", "]", "return", "pmap_by_kind" ]

[ ":", "param", "pgetter", ":", "an", ":", "class", ":", "openquake", ".", "commonlib", ".", "getters", ".", "PmapGetter", ":", "param", "N", ":", "the", "total", "number", "of", "sites", ":", "param", "hstats", ":", "a", "list", "of", "pairs", "(", "statname", "statfunc", ")", ":", "param", "individual_curves", ":", "if", "True", "also", "build", "the", "individual", "curves", ":", "param", "monitor", ":", "instance", "of", "Monitor", ":", "returns", ":", "a", "dictionary", "kind", "-", ">", "ProbabilityMap" ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "sites", ".", "vs30", "=", "700", "*", "np", ".", "ones", "(", "len", "(", "sites", ".", "vs30", ")", ")", "mean", ",", "stddevs", "=", "super", "(", ")", ".", "get_mean_and_stddevs", "(", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", "C", "=", "CauzziFaccioli2008SWISS01", ".", "COEFFS", "tau_ss", "=", "'tau'", "log_phi_ss", "=", "np", ".", "log", "(", "10", ")", "mean", ",", "stddevs", "=", "_apply_adjustments", "(", "C", ",", "self", ".", "COEFFS_FS_ROCK", "[", "imt", "]", ",", "tau_ss", ",", "mean", ",", "stddevs", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ".", "rhypo", ",", "imt", ",", "stddev_types", ",", "log_phi_ss", ")", "return", "mean", ",", "np", ".", "log", "(", "10", "**", "np", ".", "array", "(", "stddevs", ")", ")" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "_get_rupture_dimensions", "(", "src", ",", "mag", ",", "nodal_plane", ")", ":", "area", "=", "src", ".", "magnitude_scaling_relationship", ".", "get_median_area", "(", "mag", ",", "nodal_plane", ".", "rake", ")", "rup_length", "=", "math", ".", "sqrt", "(", "area", "*", "src", ".", "rupture_aspect_ratio", ")", "rup_width", "=", "area", "/", "rup_length", "seismogenic_layer_width", "=", "(", "src", ".", "lower_seismogenic_depth", "-", "src", ".", "upper_seismogenic_depth", ")", "max_width", "=", "(", "seismogenic_layer_width", "/", "math", ".", "sin", "(", "math", ".", "radians", "(", "nodal_plane", ".", "dip", ")", ")", ")", "if", "rup_width", ">", "max_width", ":", "rup_width", "=", "max_width", "rup_length", "=", "area", "/", "rup_width", "return", "rup_length", ",", "rup_width" ]

[ "Calculate", "and", "return", "the", "rupture", "length", "and", "width", "for", "given", "magnitude", "mag", "and", "nodal", "plane", "." ]

[ "def", "tensor_components_to_use", "(", "mrr", ",", "mtt", ",", "mpp", ",", "mrt", ",", "mrp", ",", "mtp", ")", ":", "return", "np", ".", "array", "(", "[", "[", "mrr", ",", "mrt", ",", "mrp", "]", ",", "[", "mrt", ",", "mtt", ",", "mtp", "]", ",", "[", "mrp", ",", "mtp", ",", "mpp", "]", "]", ")" ]

[ "Converts", "components", "to", "Up", "South", "East", "definition", "::" ]

[ "def", "get_azimuth_plunge", "(", "vect", ",", "degrees", "=", "True", ")", ":", "if", "vect", "[", "0", "]", ">", "0", ":", "vect", "=", "-", "1.", "*", "np", ".", "copy", "(", "vect", ")", "vect_hor", "=", "sqrt", "(", "vect", "[", "1", "]", "**", "2.", "+", "vect", "[", "2", "]", "**", "2.", ")", "plunge", "=", "atan2", "(", "-", "vect", "[", "0", "]", ",", "vect_hor", ")", "azimuth", "=", "atan2", "(", "vect", "[", "2", "]", ",", "-", "vect", "[", "1", "]", ")", "if", "degrees", ":", "icr", "=", "180.", "/", "pi", "return", "icr", "*", "azimuth", "%", "360.", ",", "icr", "*", "plunge", "else", ":", "return", "azimuth", "%", "(", "2.", "*", "pi", ")", ",", "plunge" ]

[ "For", "a", "given", "vector", "in", "USE", "format", "retrieve", "the", "azimuth", "and", "plunge" ]

[ "def", "use_to_ned", "(", "tensor", ")", ":", "return", "np", ".", "array", "(", "ROT_NED_USE", ".", "T", "*", "np", ".", "matrix", "(", "tensor", ")", "*", "ROT_NED_USE", ")" ]

[ "Converts", "a", "tensor", "in", "USE", "coordinate", "sytem", "to", "NED" ]

[ "def", "ned_to_use", "(", "tensor", ")", ":", "return", "np", ".", "array", "(", "ROT_NED_USE", "*", "np", ".", "matrix", "(", "tensor", ")", "*", "ROT_NED_USE", ".", "T", ")" ]

[ "Converts", "a", "tensor", "in", "NED", "coordinate", "sytem", "to", "USE" ]

[ "def", "tensor_to_6component", "(", "tensor", ",", "frame", "=", "'USE'", ")", ":", "if", "'NED'", "in", "frame", ":", "tensor", "=", "ned_to_use", "(", "tensor", ")", "return", "[", "tensor", "[", "0", ",", "0", "]", ",", "tensor", "[", "1", ",", "1", "]", ",", "tensor", "[", "2", ",", "2", "]", ",", "tensor", "[", "0", ",", "1", "]", ",", "tensor", "[", "0", ",", "2", "]", ",", "tensor", "[", "1", ",", "2", "]", "]" ]

[ "Returns", "a", "tensor", "to", "six", "component", "vector", "[", "Mrr", "Mtt", "Mpp", "Mrt", "Mrp", "Mtp", "]" ]

[ "def", "normalise_tensor", "(", "tensor", ")", ":", "tensor_norm", "=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "tensor", ")", "return", "tensor", "/", "tensor_norm", ",", "tensor_norm" ]

[ "Normalise", "the", "tensor", "by", "dividing", "it", "by", "its", "norm", "defined", "such", "that", "np", ".", "sqrt", "(", "X", ":", "X", ")" ]

[ "def", "eigendecompose", "(", "tensor", ",", "normalise", "=", "False", ")", ":", "if", "normalise", ":", "tensor", ",", "tensor_norm", "=", "normalise_tensor", "(", "tensor", ")", "else", ":", "tensor_norm", "=", "1.", "eigvals", ",", "eigvects", "=", "np", ".", "linalg", ".", "eigh", "(", "tensor", ",", "UPLO", "=", "'U'", ")", "isrt", "=", "np", ".", "argsort", "(", "eigvals", ")", "eigenvalues", "=", "eigvals", "[", "isrt", "]", "*", "tensor_norm", "eigenvectors", "=", "eigvects", "[", ":", ",", "isrt", "]", "return", "eigenvalues", ",", "eigenvectors" ]

[ "Performs", "and", "eigendecomposition", "of", "the", "tensor", "and", "orders", "into", "descending", "eigenvalues" ]

[ "def", "matrix_to_euler", "(", "rotmat", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "rotmat", ",", "np", ".", "matrixlib", ".", "defmatrix", ".", "matrix", ")", ":", "# As this calculation relies on np.matrix algebra - convert array to", "# matrix", "rotmat", "=", "np", ".", "matrix", "(", "rotmat", ")", "def", "cvec", "(", "x", ",", "y", ",", "z", ")", ":", "return", "np", ".", "matrix", "(", "[", "[", "x", ",", "y", ",", "z", "]", "]", ")", ".", "T", "ex", "=", "cvec", "(", "1.", ",", "0.", ",", "0.", ")", "ez", "=", "cvec", "(", "0.", ",", "0.", ",", "1.", ")", "exs", "=", "rotmat", ".", "T", "*", "ex", "ezs", "=", "rotmat", ".", "T", "*", "ez", "enodes", "=", "np", ".", "cross", "(", "ez", ".", "T", ",", "ezs", ".", "T", ")", ".", "T", "if", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "enodes", ")", "<", "1e-10", ":", "enodes", "=", "exs", "enodess", "=", "rotmat", "*", "enodes", "cos_alpha", "=", "float", "(", "(", "ez", ".", "T", "*", "ezs", ")", ")", "if", "cos_alpha", ">", "1.", ":", "cos_alpha", "=", "1.", "if", "cos_alpha", "<", "-", "1.", ":", "cos_alpha", "=", "-", "1.", "alpha", "=", "acos", "(", "cos_alpha", ")", "beta", "=", "np", ".", "mod", "(", "atan2", "(", "enodes", "[", "1", ",", "0", "]", ",", "enodes", "[", "0", ",", "0", "]", ")", ",", "pi", "*", "2.", ")", "gamma", "=", "np", ".", "mod", "(", "-", "atan2", "(", "enodess", "[", "1", ",", "0", "]", ",", "enodess", "[", "0", ",", "0", "]", ")", ",", "pi", "*", "2.", ")", "return", "unique_euler", "(", "alpha", ",", "beta", ",", "gamma", ")" ]

[ "Inverse", "of", "euler_to_matrix", "()", "." ]

[ "def", "unique_euler", "(", "alpha", ",", "beta", ",", "gamma", ")", ":", "alpha", "=", "np", ".", "mod", "(", "alpha", ",", "2.0", "*", "pi", ")", "if", "0.5", "*", "pi", "<", "alpha", "and", "alpha", "<=", "pi", ":", "alpha", "=", "pi", "-", "alpha", "beta", "=", "beta", "+", "pi", "gamma", "=", "2.0", "*", "pi", "-", "gamma", "elif", "pi", "<", "alpha", "and", "alpha", "<=", "1.5", "*", "pi", ":", "alpha", "=", "alpha", "-", "pi", "gamma", "=", "pi", "-", "gamma", "elif", "1.5", "*", "pi", "<", "alpha", "and", "alpha", "<=", "2.0", "*", "pi", ":", "alpha", "=", "2.0", "*", "pi", "-", "alpha", "beta", "=", "beta", "+", "pi", "gamma", "=", "pi", "+", "gamma", "alpha", "=", "np", ".", "mod", "(", "alpha", ",", "2.0", "*", "pi", ")", "beta", "=", "np", ".", "mod", "(", "beta", ",", "2.0", "*", "pi", ")", "gamma", "=", "np", ".", "mod", "(", "gamma", "+", "pi", ",", "2.0", "*", "pi", ")", "-", "pi", "# If dip is exactly 90 degrees, one is still", "# free to choose between looking at the plane from either side.", "# Choose to look at such that beta is in the range [0,180)", "# This should prevent some problems, when dip is close to 90 degrees:", "if", "fabs", "(", "alpha", "-", "0.5", "*", "pi", ")", "<", "1e-10", ":", "alpha", "=", "0.5", "*", "pi", "if", "fabs", "(", "beta", "-", "pi", ")", "<", "1e-10", ":", "beta", "=", "pi", "if", "fabs", "(", "beta", "-", "2.", "*", "pi", ")", "<", "1e-10", ":", "beta", "=", "0.", "if", "fabs", "(", "beta", ")", "<", "1e-10", ":", "beta", "=", "0.", "if", "alpha", "==", "0.5", "*", "pi", "and", "beta", ">=", "pi", ":", "gamma", "=", "-", "gamma", "beta", "=", "np", ".", "mod", "(", "beta", "-", "pi", ",", "2.0", "*", "pi", ")", "gamma", "=", "np", ".", "mod", "(", "gamma", "+", "pi", ",", "2.0", "*", "pi", ")", "-", "pi", "assert", "0.", "<=", "beta", "<", "pi", "assert", "-", "pi", "<=", "gamma", "<", "pi", "if", "alpha", "<", "1e-7", ":", "beta", "=", "np", ".", "mod", "(", "beta", "+", "gamma", ",", "2.0", "*", "pi", ")", "gamma", "=", "0.", "return", "(", "alpha", ",", "beta", ",", "gamma", ")" ]

[ "Uniquify", "euler", "angle", "triplet", ".", "Put", "euler", "angles", "into", "ranges", "compatible", "with", "(", "dip", "strike", "-", "rake", ")", "in", "seismology", ":", "alpha", "(", "dip", ")", ":", "[", "0", "pi", "/", "2", "]", "beta", "(", "strike", ")", ":", "[", "0", "2", "*", "pi", ")", "gamma", "(", "-", "rake", ")", ":", "[", "-", "pi", "pi", ")", "If", "alpha", "is", "near", "to", "zero", "beta", "is", "replaced", "by", "beta", "+", "gamma", "and", "gamma", "is", "set", "to", "zero", "to", "prevent", "that", "additional", "ambiguity", "." ]

[ "def", "moment_magnitude_scalar", "(", "moment", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "moment", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "return", "(", "2.", "/", "3.", ")", "*", "(", "np", ".", "log10", "(", "moment", ")", "-", "9.05", ")", "else", ":", "return", "(", "2.", "/", "3.", ")", "*", "(", "log10", "(", "moment", ")", "-", "9.05", ")" ]

[ "Uses", "Hanks", "&", "Kanamori", "formula", "for", "calculating", "moment", "magnitude", "from", "a", "scalar", "moment", "(", "Nm", ")" ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "# extracting dictionary of coefficients specific to required", "# intensity measure type.", "C", "=", "self", ".", "COEFFS", "[", "imt", "]", "C_SR", "=", "self", ".", "COEFFS_SOIL_RESPONSE", "[", "imt", "]", "# compute PGA on rock conditions - needed to compute non-linear", "# site amplification term", "pga4nl", "=", "self", ".", "_get_pga_on_rock", "(", "rup", ",", "dists", ",", "C", ")", "# equation 1, pag 106, without sigma term, that is only the first 3", "# terms. The third term (site amplification) is computed as given in", "# equation (6), that is the sum of a linear term - equation (7) - and", "# a non-linear one - equations (8a) to (8c).", "# Mref, Rref values are given in the caption to table 6, pag 119.", "if", "imt", "==", "PGA", "(", ")", ":", "# avoid recomputing PGA on rock, just add site terms", "mean", "=", "np", ".", "log", "(", "pga4nl", ")", "+", "self", ".", "_get_site_amplification_linear", "(", "sites", ".", "vs30", ",", "C_SR", ")", "+", "self", ".", "_get_site_amplification_non_linear", "(", "sites", ".", "vs30", ",", "pga4nl", ",", "C_SR", ")", "else", ":", "mean", "=", "self", ".", "_compute_magnitude_scaling", "(", "rup", ",", "C", ")", "+", "self", ".", "_compute_distance_scaling", "(", "rup", ",", "dists", ",", "C", ")", "+", "self", ".", "_get_site_amplification_linear", "(", "sites", ".", "vs30", ",", "C_SR", ")", "+", "self", ".", "_get_site_amplification_non_linear", "(", "sites", ".", "vs30", ",", "pga4nl", ",", "C_SR", ")", "stddevs", "=", "self", ".", "_get_stddevs", "(", "C", ",", "stddev_types", ",", "num_sites", "=", "len", "(", "sites", ".", "vs30", ")", ")", "return", "mean", ",", "stddevs" ]

[ "See", ":", "meth", ":", "superclass", "method", "<", ".", "base", ".", "GroundShakingIntensityModel", ".", "get_mean_and_stddevs", ">", "for", "spec", "of", "input", "and", "result", "values", "." ]

[ "def", "_compute_distance_scaling", "(", "self", ",", "rup", ",", "dists", ",", "C", ")", ":", "Mref", "=", "4.5", "Rref", "=", "1.0", "R", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rjb", "**", "2", "+", "C", "[", "'h'", "]", "**", "2", ")", "return", "(", "C", "[", "'c1'", "]", "+", "C", "[", "'c2'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "Mref", ")", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "R", "/", "Rref", ")", "+", "C", "[", "'c3'", "]", "*", "(", "R", "-", "Rref", ")" ]

[ "Compute", "distance", "-", "scaling", "term", "equations", "(", "3", ")", "and", "(", "4", ")", "pag", "107", "." ]

[ "def", "_compute_magnitude_scaling", "(", "self", ",", "rup", ",", "C", ")", ":", "U", ",", "SS", ",", "NS", ",", "RS", "=", "self", ".", "_get_fault_type_dummy_variables", "(", "rup", ")", "if", "rup", ".", "mag", "<=", "C", "[", "'Mh'", "]", ":", "return", "C", "[", "'e1'", "]", "*", "U", "+", "C", "[", "'e2'", "]", "*", "SS", "+", "C", "[", "'e3'", "]", "*", "NS", "+", "C", "[", "'e4'", "]", "*", "RS", "+", "C", "[", "'e5'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'Mh'", "]", ")", "+", "C", "[", "'e6'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'Mh'", "]", ")", "**", "2", "else", ":", "return", "C", "[", "'e1'", "]", "*", "U", "+", "C", "[", "'e2'", "]", "*", "SS", "+", "C", "[", "'e3'", "]", "*", "NS", "+", "C", "[", "'e4'", "]", "*", "RS", "+", "C", "[", "'e7'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'Mh'", "]", ")" ]

[ "Compute", "magnitude", "-", "scaling", "term", "equations", "(", "5a", ")", "and", "(", "5b", ")", "pag", "107", "." ]

[ "def", "_get_pga_on_rock", "(", "self", ",", "rup", ",", "dists", ",", "_C", ")", ":", "# Median PGA in g for Vref = 760.0, without site amplification,", "# that is equation (1) pag 106, without the third and fourth terms", "# Mref and Rref values are given in the caption to table 6, pag 119", "# Note that in the original paper, the caption reads:", "# \"Distance-scaling coefficients (Mref=4.5 and Rref=1.0 km for all", "# periods, except Rref=5.0 km for pga4nl)\". However this is a mistake", "# as reported in http://www.daveboore.com/pubs_online.php:", "# ERRATUM: 27 August 2008. Tom Blake pointed out that the caption to", "# Table 6 should read \"Distance-scaling coefficients (Mref=4.5 and", "# Rref=1.0 km for all periods)\".", "C_pga", "=", "self", ".", "COEFFS", "[", "PGA", "(", ")", "]", "pga4nl", "=", "np", ".", "exp", "(", "self", ".", "_compute_magnitude_scaling", "(", "rup", ",", "C_pga", ")", "+", "self", ".", "_compute_distance_scaling", "(", "rup", ",", "dists", ",", "C_pga", ")", ")", "return", "pga4nl" ]

[ "Compute", "and", "return", "PGA", "on", "rock", "conditions", "(", "that", "is", "vs30", "=", "760", ".", "0", "m", "/", "s", ")", ".", "This", "is", "needed", "to", "compute", "non", "-", "linear", "site", "amplification", "term" ]

[ "def", "_get_site_amplification_non_linear", "(", "self", ",", "vs30", ",", "pga4nl", ",", "C", ")", ":", "# non linear slope", "bnl", "=", "self", ".", "_compute_non_linear_slope", "(", "vs30", ",", "C", ")", "# compute the actual non-linear term", "return", "self", ".", "_compute_non_linear_term", "(", "pga4nl", ",", "bnl", ")" ]

[ "Compute", "site", "amplification", "non", "-", "linear", "term", "equations", "(", "8a", ")", "to", "(", "13d", ")", "pag", "108", "-", "109", "." ]

[ "def", "_compute_non_linear_slope", "(", "self", ",", "vs30", ",", "C", ")", ":", "V1", "=", "180.0", "V2", "=", "300.0", "Vref", "=", "760.0", "# equation (13d), values are zero for vs30 >= Vref = 760.0", "bnl", "=", "np", ".", "zeros", "(", "vs30", ".", "shape", ")", "# equation (13a)", "idx", "=", "vs30", "<=", "V1", "bnl", "[", "idx", "]", "=", "C", "[", "'b1'", "]", "# equation (13b)", "idx", "=", "np", ".", "where", "(", "(", "vs30", ">", "V1", ")", "&", "(", "vs30", "<=", "V2", ")", ")", "bnl", "[", "idx", "]", "=", "(", "C", "[", "'b1'", "]", "-", "C", "[", "'b2'", "]", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "V2", ")", "/", "np", ".", "log", "(", "V1", "/", "V2", ")", "+", "C", "[", "'b2'", "]", "# equation (13c)", "idx", "=", "np", ".", "where", "(", "(", "vs30", ">", "V2", ")", "&", "(", "vs30", "<", "Vref", ")", ")", "bnl", "[", "idx", "]", "=", "C", "[", "'b2'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "Vref", ")", "/", "np", ".", "log", "(", "V2", "/", "Vref", ")", "return", "bnl" ]

[ "Compute", "non", "-", "linear", "slope", "factor", "equations", "(", "13a", ")", "to", "(", "13d", ")", "pag", "108", "-", "109", "." ]

[ "def", "_compute_non_linear_term", "(", "self", ",", "pga4nl", ",", "bnl", ")", ":", "fnl", "=", "np", ".", "zeros", "(", "pga4nl", ".", "shape", ")", "a1", "=", "0.03", "a2", "=", "0.09", "pga_low", "=", "0.06", "# equation (8a)", "idx", "=", "pga4nl", "<=", "a1", "fnl", "[", "idx", "]", "=", "bnl", "[", "idx", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "pga_low", "/", "0.1", ")", "# equation (8b)", "idx", "=", "np", ".", "where", "(", "(", "pga4nl", ">", "a1", ")", "&", "(", "pga4nl", "<=", "a2", ")", ")", "delta_x", "=", "np", ".", "log", "(", "a2", "/", "a1", ")", "delta_y", "=", "bnl", "[", "idx", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "a2", "/", "pga_low", ")", "c", "=", "(", "3", "*", "delta_y", "-", "bnl", "[", "idx", "]", "*", "delta_x", ")", "/", "delta_x", "**", "2", "d", "=", "-", "(", "2", "*", "delta_y", "-", "bnl", "[", "idx", "]", "*", "delta_x", ")", "/", "delta_x", "**", "3", "fnl", "[", "idx", "]", "=", "bnl", "[", "idx", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "pga_low", "/", "0.1", ")", "+", "c", "*", "(", "np", ".", "log", "(", "pga4nl", "[", "idx", "]", "/", "a1", ")", "**", "2", ")", "+", "d", "*", "(", "np", ".", "log", "(", "pga4nl", "[", "idx", "]", "/", "a1", ")", "**", "3", ")", "# equation (8c)", "idx", "=", "pga4nl", ">", "a2", "fnl", "[", "idx", "]", "=", "np", ".", "squeeze", "(", "bnl", "[", "idx", "]", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "pga4nl", "[", "idx", "]", "/", "0.1", ")", "return", "fnl" ]

[ "Compute", "non", "-", "linear", "term", "equation", "(", "8a", ")", "to", "(", "8c", ")", "pag", "108", "." ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "mean", ",", "stddevs", "=", "super", "(", ")", ".", "get_mean_and_stddevs", "(", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", "# Defining frequency", "if", "imt", "==", "PGA", "(", ")", ":", "freq", "=", "50.0", "elif", "imt", "==", "PGV", "(", ")", ":", "freq", "=", "2.0", "else", ":", "freq", "=", "1.", "/", "imt", ".", "period", "# Equation 3 of Atkinson (2010)", "x1", "=", "np", ".", "min", "(", "[", "-", "0.18", "+", "0.17", "*", "np", ".", "log10", "(", "freq", ")", ",", "0", "]", ")", "# Equation 4 a-b-c of Atkinson (2010)", "if", "rup", ".", "hypo_depth", "<", "20.0", ":", "x0", "=", "np", ".", "max", "(", "[", "0.217", "-", "0.321", "*", "np", ".", "log10", "(", "freq", ")", ",", "0", "]", ")", "elif", "rup", ".", "hypo_depth", ">", "35.0", ":", "x0", "=", "np", ".", "min", "(", "[", "0.263", "+", "0.0924", "*", "np", ".", "log10", "(", "freq", ")", ",", "0.35", "]", ")", "else", ":", "x0", "=", "0.2", "# Limiting calculation distance to 1km", "# (as suggested by C. Bruce Worden)", "rjb", "=", "[", "d", "if", "d", ">", "1", "else", "1", "for", "d", "in", "dists", ".", "rjb", "]", "# Equation 2 and 5 of Atkinson (2010)", "mean", "+=", "(", "x0", "+", "x1", "*", "np", ".", "log10", "(", "rjb", ")", ")", "/", "np", ".", "log10", "(", "np", ".", "e", ")", "return", "mean", ",", "stddevs" ]

[ "Using", "a", "frequency", "dependent", "correction", "for", "the", "mean", "ground", "motion", ".", "Standard", "deviation", "is", "fixed", "." ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "stddev_types", ",", "num_sites", ")", ":", "assert", "all", "(", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ")", "# Using a frequency independent value of sigma as recommended", "# in the caption of Table 2 of Atkinson (2010)", "stddevs", "=", "[", "0.26", "/", "np", ".", "log10", "(", "np", ".", "e", ")", "+", "np", ".", "zeros", "(", "num_sites", ")", "]", "return", "stddevs" ]

[ "Return", "total", "standard", "deviation", "." ]

[ "def", "accept_path", "(", "path", ",", "ref_path", ")", ":", "if", "len", "(", "path", ")", "!=", "len", "(", "ref_path", ")", ":", "return", "False", "for", "a", ",", "b", "in", "zip", "(", "path", ",", "ref_path", ")", ":", "if", "a", "!=", "'@'", "and", "a", "!=", "b", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ ":", "param", "path", ":", "a", "logic", "tree", "path", "(", "list", "or", "tuple", "of", "strings", ")", ":", "param", "ref_path", ":", "reference", "logic", "tree", "path", ":", "returns", ":", "True", "if", "path", "is", "consistent", "with", "ref_path", "False", "otherwise" ]

[ "def", "get_rlzs_assoc", "(", "cinfo", ",", "sm_lt_path", "=", "None", ",", "trts", "=", "None", ")", ":", "assoc", "=", "RlzsAssoc", "(", "cinfo", ")", "offset", "=", "0", "trtset", "=", "set", "(", "cinfo", ".", "gsim_lt", ".", "values", ")", "for", "smodel", "in", "cinfo", ".", "source_models", ":", "# discard source models with non-acceptable lt_path", "if", "sm_lt_path", "and", "not", "accept_path", "(", "smodel", ".", "path", ",", "sm_lt_path", ")", ":", "continue", "# collect the effective tectonic region types and ruptures", "trts_", "=", "set", "(", ")", "for", "sg", "in", "smodel", ".", "src_groups", ":", "if", "sg", ".", "eff_ruptures", ":", "if", "(", "trts", "and", "sg", ".", "trt", "in", "trts", ")", "or", "not", "trts", ":", "trts_", ".", "add", "(", "sg", ".", "trt", ")", "# recompute the GSIM logic tree if needed", "if", "trts_", "!=", "{", "'*'", "}", "and", "trtset", "!=", "trts_", ":", "before", "=", "cinfo", ".", "gsim_lt", ".", "get_num_paths", "(", ")", "gsim_lt", "=", "cinfo", ".", "gsim_lt", ".", "reduce", "(", "trts_", ")", "after", "=", "gsim_lt", ".", "get_num_paths", "(", ")", "if", "sm_lt_path", "and", "before", ">", "after", ":", "# print the warning only when saving the logic tree,", "# i.e. when called with sm_lt_path in store_rlz_info", "logging", ".", "warning", "(", "'Reducing the logic tree of %s from %d to %d '", "'realizations'", ",", "smodel", ".", "name", ",", "before", ",", "after", ")", "gsim_rlzs", "=", "list", "(", "gsim_lt", ")", "all_trts", "=", "list", "(", "gsim_lt", ".", "values", ")", "else", ":", "gsim_rlzs", "=", "list", "(", "cinfo", ".", "gsim_lt", ")", "all_trts", "=", "list", "(", "cinfo", ".", "gsim_lt", ".", "values", ")", "rlzs", "=", "cinfo", ".", "_get_rlzs", "(", "smodel", ",", "gsim_rlzs", ",", "cinfo", ".", "seed", "+", "offset", ")", "assoc", ".", "_add_realizations", "(", "offset", ",", "smodel", ",", "all_trts", ",", "rlzs", ")", "offset", "+=", "len", "(", "rlzs", ")", "if", "assoc", ".", "realizations", ":", "assoc", ".", "_init", "(", ")", "return", "assoc" ]

[ ":", "param", "cinfo", ":", "a", ":", "class", ":", "openquake", ".", "commonlib", ".", "source", ".", "CompositionInfo", ":", "param", "sm_lt_path", ":", "logic", "tree", "path", "tuple", "used", "to", "select", "a", "source", "model", ":", "param", "trts", ":", "tectonic", "region", "types", "to", "accept" ]

[ "def", "get_rlzs_by_gsim", "(", "self", ",", "trt_or_grp_id", ",", "sm_id", "=", "None", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "trt_or_grp_id", ",", "(", "int", ",", "U16", ",", "U32", ")", ")", ":", "# grp_id", "trt", "=", "self", ".", "csm_info", ".", "trt_by_grp", "[", "trt_or_grp_id", "]", "sm_id", "=", "self", ".", "csm_info", ".", "get_sm_by_grp", "(", ")", "[", "trt_or_grp_id", "]", "else", ":", "# assume TRT string", "trt", "=", "trt_or_grp_id", "acc", "=", "collections", ".", "defaultdict", "(", "list", ")", "if", "sm_id", "is", "None", ":", "# full dictionary", "for", "rlz", ",", "gsim_by_trt", "in", "zip", "(", "self", ".", "realizations", ",", "self", ".", "gsim_by_trt", ")", ":", "acc", "[", "gsim_by_trt", "[", "trt", "]", "]", ".", "append", "(", "rlz", ".", "ordinal", ")", "else", ":", "# dictionary for the selected source model", "for", "rlz", "in", "self", ".", "rlzs_by_smodel", "[", "sm_id", "]", ":", "gsim_by_trt", "=", "self", ".", "gsim_by_trt", "[", "rlz", ".", "ordinal", "]", "try", ":", "# if there is a single TRT", "[", "gsim", "]", "=", "gsim_by_trt", ".", "values", "(", ")", "except", "ValueError", ":", "# there is more than 1 TRT", "gsim", "=", "gsim_by_trt", "[", "trt", "]", "acc", "[", "gsim", "]", ".", "append", "(", "rlz", ".", "ordinal", ")", "return", "{", "gsim", ":", "numpy", ".", "array", "(", "acc", "[", "gsim", "]", ",", "dtype", "=", "U16", ")", "for", "gsim", "in", "sorted", "(", "acc", ")", "}" ]

[ ":", "param", "trt_or_grp_id", ":", "a", "tectonic", "region", "type", "or", "a", "source", "group", "ID", ":", "param", "sm_id", ":", "source", "model", "ordinal", "(", "or", "None", ")", ":", "returns", ":", "a", "dictionary", "gsim", "-", ">", "rlzs" ]

[ "def", "by_grp", "(", "self", ")", ":", "dic", "=", "{", "}", "# grp -> [(gsim_idx, rlzis), ...]", "for", "sm", "in", "self", ".", "csm_info", ".", "source_models", ":", "for", "sg", "in", "sm", ".", "src_groups", ":", "if", "not", "sg", ".", "eff_ruptures", ":", "continue", "rlzs_by_gsim", "=", "self", ".", "get_rlzs_by_gsim", "(", "sg", ".", "trt", ",", "sm", ".", "ordinal", ")", "if", "not", "rlzs_by_gsim", ":", "continue", "dic", "[", "'grp-%02d'", "%", "sg", ".", "id", "]", "=", "numpy", ".", "array", "(", "list", "(", "rlzs_by_gsim", ".", "values", "(", ")", ")", ")", "return", "dic" ]

[ ":", "returns", ":", "a", "dictionary", "grp", "-", ">", "rlzis" ]

[ "def", "_init", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "num_samples", ":", "assert", "len", "(", "self", ".", "realizations", ")", "==", "self", ".", "num_samples", ",", "(", "len", "(", "self", ".", "realizations", ")", ",", "self", ".", "num_samples", ")", "for", "rlz", "in", "self", ".", "realizations", ":", "for", "k", "in", "rlz", ".", "weight", ".", "dic", ":", "rlz", ".", "weight", ".", "dic", "[", "k", "]", "=", "1.", "/", "self", ".", "num_samples", "else", ":", "tot_weight", "=", "sum", "(", "rlz", ".", "weight", "for", "rlz", "in", "self", ".", "realizations", ")", "if", "not", "tot_weight", ".", "is_one", "(", ")", ":", "# this may happen for rounding errors or because of the", "# logic tree reduction; we ensure the sum of the weights is 1", "for", "rlz", "in", "self", ".", "realizations", ":", "rlz", ".", "weight", "=", "rlz", ".", "weight", "/", "tot_weight" ]

[ "Finalize", "the", "initialization", "of", "the", "RlzsAssoc", "object", "by", "setting", "the", "(", "reduced", ")", "weights", "of", "the", "realizations", "." ]

[ "def", "combine_pmaps", "(", "self", ",", "pmap_by_grp", ")", ":", "grp", "=", "list", "(", "pmap_by_grp", ")", "[", "0", "]", "# pmap_by_grp must be non-empty", "num_levels", "=", "pmap_by_grp", "[", "grp", "]", ".", "shape_y", "pmaps", "=", "[", "probability_map", ".", "ProbabilityMap", "(", "num_levels", ",", "1", ")", "for", "_", "in", "self", ".", "realizations", "]", "array", "=", "self", ".", "by_grp", "(", ")", "for", "grp", "in", "pmap_by_grp", ":", "for", "gsim_idx", ",", "rlzis", "in", "enumerate", "(", "array", "[", "grp", "]", ")", ":", "pmap", "=", "pmap_by_grp", "[", "grp", "]", ".", "extract", "(", "gsim_idx", ")", "for", "rlzi", "in", "rlzis", ":", "pmaps", "[", "rlzi", "]", "|=", "pmap", "return", "pmaps" ]

[ ":", "param", "pmap_by_grp", ":", "dictionary", "group", "string", "-", ">", "probability", "map", ":", "returns", ":", "a", "list", "of", "probability", "maps", "one", "per", "realization" ]

[ "def", "get_rlz", "(", "self", ",", "rlzstr", ")", ":", "mo", "=", "re", ".", "match", "(", "r'rlz-(\\d+)'", ",", "rlzstr", ")", "if", "not", "mo", ":", "return", "return", "self", ".", "realizations", "[", "int", "(", "mo", ".", "group", "(", "1", ")", ")", "]" ]

[ "r", "Get", "a", "Realization", "instance", "for", "a", "string", "of", "the", "form", "rlz", "-", "\\", "d", "+" ]

[ "def", "export", "(", "datastore_key", ",", "calc_id", "=", "-", "1", ",", "exports", "=", "'csv'", ",", "export_dir", "=", "'.'", ")", ":", "dstore", "=", "util", ".", "read", "(", "calc_id", ")", "parent_id", "=", "dstore", "[", "'oqparam'", "]", ".", "hazard_calculation_id", "if", "parent_id", ":", "dstore", ".", "parent", "=", "util", ".", "read", "(", "parent_id", ")", "dstore", ".", "export_dir", "=", "export_dir", "with", "performance", ".", "Monitor", "(", "'export'", ",", "measuremem", "=", "True", ")", "as", "mon", ":", "for", "fmt", "in", "exports", ".", "split", "(", "','", ")", ":", "fnames", "=", "export_", "(", "(", "datastore_key", ",", "fmt", ")", ",", "dstore", ")", "nbytes", "=", "sum", "(", "os", ".", "path", ".", "getsize", "(", "f", ")", "for", "f", "in", "fnames", ")", "print", "(", "'Exported %s in %s'", "%", "(", "general", ".", "humansize", "(", "nbytes", ")", ",", "fnames", ")", ")", "if", "mon", ".", "duration", ">", "1", ":", "print", "(", "mon", ")", "dstore", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Export", "an", "output", "from", "the", "datastore", "." ]

[ "def", "convert_UCERFSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "dirname", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "self", ".", "fname", ")", "# where the source_model_file is", "source_file", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "dirname", ",", "node", "[", "\"filename\"", "]", ")", "if", "\"startDate\"", "in", "node", ".", "attrib", "and", "\"investigationTime\"", "in", "node", ".", "attrib", ":", "# Is a time-dependent model - even if rates were originally", "# poissonian", "# Verify that the source time span is the same as the TOM time span", "inv_time", "=", "float", "(", "node", "[", "\"investigationTime\"", "]", ")", "if", "inv_time", "!=", "self", ".", "investigation_time", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Source investigation time (%s) is not \"", "\"equal to configuration investigation time \"", "\"(%s)\"", "%", "(", "inv_time", ",", "self", ".", "investigation_time", ")", ")", "start_date", "=", "datetime", ".", "strptime", "(", "node", "[", "\"startDate\"", "]", ",", "\"%d/%m/%Y\"", ")", "else", ":", "start_date", "=", "None", "return", "UCERFSource", "(", "source_file", ",", "self", ".", "investigation_time", ",", "start_date", ",", "float", "(", "node", "[", "\"minMag\"", "]", ")", ",", "npd", "=", "self", ".", "convert_npdist", "(", "node", ")", ",", "hdd", "=", "self", ".", "convert_hpdist", "(", "node", ")", ",", "aspect", "=", "~", "node", ".", "ruptAspectRatio", ",", "upper_seismogenic_depth", "=", "~", "node", ".", "pointGeometry", ".", "upperSeismoDepth", ",", "lower_seismogenic_depth", "=", "~", "node", ".", "pointGeometry", ".", "lowerSeismoDepth", ",", "msr", "=", "valid", ".", "SCALEREL", "[", "~", "node", ".", "magScaleRel", "]", "(", ")", ",", "mesh_spacing", "=", "self", ".", "rupture_mesh_spacing", ",", "trt", "=", "node", "[", "\"tectonicRegion\"", "]", ")" ]

[ "Converts", "the", "Ucerf", "Source", "node", "into", "an", "SES", "Control", "object" ]

[ "def", "build_idx_set", "(", "branch_id", ",", "start_date", ")", ":", "code_set", "=", "branch_id", ".", "split", "(", "\"/\"", ")", "code_set", ".", "insert", "(", "3", ",", "\"Rates\"", ")", "idx_set", "=", "{", "\"sec\"", ":", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "code_set", "[", "0", "]", ",", "code_set", "[", "1", "]", ",", "\"Sections\"", "]", ")", ",", "\"mag\"", ":", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "code_set", "[", "0", "]", ",", "code_set", "[", "1", "]", ",", "code_set", "[", "2", "]", ",", "\"Magnitude\"", "]", ")", "}", "idx_set", "[", "\"rate\"", "]", "=", "\"/\"", ".", "join", "(", "code_set", ")", "idx_set", "[", "\"rake\"", "]", "=", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "code_set", "[", "0", "]", ",", "code_set", "[", "1", "]", ",", "\"Rake\"", "]", ")", "idx_set", "[", "\"msr\"", "]", "=", "\"-\"", ".", "join", "(", "code_set", "[", ":", "3", "]", ")", "idx_set", "[", "\"geol\"", "]", "=", "code_set", "[", "0", "]", "if", "start_date", ":", "# time-dependent source", "idx_set", "[", "\"grid_key\"", "]", "=", "\"_\"", ".", "join", "(", "branch_id", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\"_\"", ")", ".", "split", "(", "\"_\"", ")", "[", ":", "-", "1", "]", ")", "else", ":", "# time-independent source", "idx_set", "[", "\"grid_key\"", "]", "=", "branch_id", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\"_\"", ")", "idx_set", "[", "\"total_key\"", "]", "=", "branch_id", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\"|\"", ")", "return", "idx_set" ]

[ "Builds", "a", "dictionary", "of", "keys", "based", "on", "the", "branch", "code" ]

[ "def", "get_rupture_dimensions", "(", "mag", ",", "nodal_plane", ",", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ")", ":", "area", "=", "msr", ".", "get_median_area", "(", "mag", ",", "nodal_plane", ".", "rake", ")", "rup_length", "=", "math", ".", "sqrt", "(", "area", "*", "rupture_aspect_ratio", ")", "rup_width", "=", "area", "/", "rup_length", "seismogenic_layer_width", "=", "(", "lower_seismogenic_depth", "-", "upper_seismogenic_depth", ")", "max_width", "=", "(", "seismogenic_layer_width", "/", "math", ".", "sin", "(", "math", ".", "radians", "(", "nodal_plane", ".", "dip", ")", ")", ")", "if", "rup_width", ">", "max_width", ":", "rup_width", "=", "max_width", "rup_length", "=", "area", "/", "rup_width", "return", "rup_length", ",", "rup_width" ]

[ "Calculate", "and", "return", "the", "rupture", "length", "and", "width", "for", "given", "magnitude", "mag", "and", "nodal", "plane", "." ]

[ "def", "get_rupture_surface", "(", "mag", ",", "nodal_plane", ",", "hypocenter", ",", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "mesh_spacing", "=", "1.0", ")", ":", "assert", "(", "upper_seismogenic_depth", "<=", "hypocenter", ".", "depth", "and", "lower_seismogenic_depth", ">=", "hypocenter", ".", "depth", ")", "rdip", "=", "math", ".", "radians", "(", "nodal_plane", ".", "dip", ")", "# precalculated azimuth values for horizontal-only and vertical-only", "# moves from one point to another on the plane defined by strike", "# and dip:", "azimuth_right", "=", "nodal_plane", ".", "strike", "azimuth_down", "=", "(", "azimuth_right", "+", "90", ")", "%", "360", "azimuth_left", "=", "(", "azimuth_down", "+", "90", ")", "%", "360", "azimuth_up", "=", "(", "azimuth_left", "+", "90", ")", "%", "360", "rup_length", ",", "rup_width", "=", "get_rupture_dimensions", "(", "mag", ",", "nodal_plane", ",", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ")", "# calculate the height of the rupture being projected", "# on the vertical plane:", "rup_proj_height", "=", "rup_width", "*", "math", ".", "sin", "(", "rdip", ")", "# and it's width being projected on the horizontal one:", "rup_proj_width", "=", "rup_width", "*", "math", ".", "cos", "(", "rdip", ")", "# half height of the vertical component of rupture width", "# is the vertical distance between the rupture geometrical", "# center and it's upper and lower borders:", "hheight", "=", "rup_proj_height", "/", "2", "# calculate how much shallower the upper border of the rupture", "# is than the upper seismogenic depth:", "vshift", "=", "upper_seismogenic_depth", "-", "hypocenter", ".", "depth", "+", "hheight", "# if it is shallower (vshift > 0) than we need to move the rupture", "# by that value vertically.", "if", "vshift", "<", "0", ":", "# the top edge is below upper seismogenic depth. now we need", "# to check that we do not cross the lower border.", "vshift", "=", "lower_seismogenic_depth", "-", "hypocenter", ".", "depth", "-", "hheight", "if", "vshift", ">", "0", ":", "# the bottom edge of the rupture is above the lower sesmogenic", "# depth. that means that we don't need to move the rupture", "# as it fits inside seismogenic layer.", "vshift", "=", "0", "# if vshift < 0 than we need to move the rupture up by that value.", "# now we need to find the position of rupture's geometrical center.", "# in any case the hypocenter point must lie on the surface, however", "# the rupture center might be off (below or above) along the dip.", "rupture_center", "=", "hypocenter", "if", "vshift", "!=", "0", ":", "# we need to move the rupture center to make the rupture fit", "# inside the seismogenic layer.", "hshift", "=", "abs", "(", "vshift", "/", "math", ".", "tan", "(", "rdip", ")", ")", "rupture_center", "=", "rupture_center", ".", "point_at", "(", "horizontal_distance", "=", "hshift", ",", "vertical_increment", "=", "vshift", ",", "azimuth", "=", "(", "azimuth_up", "if", "vshift", "<", "0", "else", "azimuth_down", ")", ")", "# from the rupture center we can now compute the coordinates of the", "# four coorners by moving along the diagonals of the plane. This seems", "# to be better then moving along the perimeter, because in this case", "# errors are accumulated that induce distorsions in the shape with", "# consequent raise of exceptions when creating PlanarSurface objects", "# theta is the angle between the diagonal of the surface projection", "# and the line passing through the rupture center and parallel to the", "# top and bottom edges. Theta is zero for vertical ruptures (because", "# rup_proj_width is zero)", "theta", "=", "math", ".", "degrees", "(", "math", ".", "atan", "(", "(", "rup_proj_width", "/", "2.", ")", "/", "(", "rup_length", "/", "2.", ")", ")", ")", "hor_dist", "=", "math", ".", "sqrt", "(", "(", "rup_length", "/", "2.", ")", "**", "2", "+", "(", "rup_proj_width", "/", "2.", ")", "**", "2", ")", "left_top", "=", "rupture_center", ".", "point_at", "(", "horizontal_distance", "=", "hor_dist", ",", "vertical_increment", "=", "-", "rup_proj_height", "/", "2", ",", "azimuth", "=", "(", "nodal_plane", ".", "strike", "+", "180", "+", "theta", ")", "%", "360", ")", "right_top", "=", "rupture_center", ".", "point_at", "(", "horizontal_distance", "=", "hor_dist", ",", "vertical_increment", "=", "-", "rup_proj_height", "/", "2", ",", "azimuth", "=", "(", "nodal_plane", ".", "strike", "-", "theta", ")", "%", "360", ")", "left_bottom", "=", "rupture_center", ".", "point_at", "(", "horizontal_distance", "=", "hor_dist", ",", "vertical_increment", "=", "rup_proj_height", "/", "2", ",", "azimuth", "=", "(", "nodal_plane", ".", "strike", "+", "180", "-", "theta", ")", "%", "360", ")", "right_bottom", "=", "rupture_center", ".", "point_at", "(", "horizontal_distance", "=", "hor_dist", ",", "vertical_increment", "=", "rup_proj_height", "/", "2", ",", "azimuth", "=", "(", "nodal_plane", ".", "strike", "+", "theta", ")", "%", "360", ")", "return", "PlanarSurface", "(", "nodal_plane", ".", "strike", ",", "nodal_plane", ".", "dip", ",", "left_top", ",", "right_top", ",", "right_bottom", ",", "left_bottom", ")" ]

[ "Create", "and", "return", "rupture", "surface", "object", "with", "given", "properties", "." ]

[ "def", "generate_background_ruptures", "(", "tom", ",", "locations", ",", "occurrence", ",", "mag", ",", "npd", ",", "hdd", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "msr", "=", "WC1994", "(", ")", ",", "aspect", "=", "1.5", ",", "trt", "=", "DEFAULT_TRT", ")", ":", "ruptures", "=", "[", "]", "n_vals", "=", "len", "(", "locations", ")", "depths", "=", "hdd", ".", "sample_pairs", "(", "n_vals", ")", "nodal_planes", "=", "npd", ".", "sample_pairs", "(", "n_vals", ")", "for", "i", ",", "(", "x", ",", "y", ")", "in", "enumerate", "(", "locations", ")", ":", "hypocentre", "=", "Point", "(", "x", ",", "y", ",", "depths", "[", "i", "]", "[", "1", "]", ")", "surface", "=", "get_rupture_surface", "(", "mag", ",", "nodal_planes", "[", "i", "]", "[", "1", "]", ",", "hypocentre", ",", "msr", ",", "aspect", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ")", "rupture_probability", "=", "(", "occurrence", "[", "i", "]", "*", "nodal_planes", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "*", "depths", "[", "i", "]", "[", "0", "]", ")", "ruptures", ".", "append", "(", "ParametricProbabilisticRupture", "(", "mag", ",", "nodal_planes", "[", "i", "]", "[", "1", "]", ".", "rake", ",", "trt", ",", "hypocentre", ",", "surface", ",", "rupture_probability", ",", "tom", ")", ")", "return", "ruptures" ]

[ ":", "param", "tom", ":", "Temporal", "occurrence", "model", "as", "instance", "of", ":", "class", ":", "openquake", ".", "hazardlib", ".", "tom", ".", "TOM", ":", "param", "numpy", ".", "ndarray", "locations", ":", "Array", "of", "locations", "[", "Longitude", "Latitude", "]", "of", "the", "point", "sources", ":", "param", "numpy", ".", "ndarray", "occurrence", ":", "Annual", "rates", "of", "occurrence", ":", "param", "float", "mag", ":", "Magnitude", ":", "param", "npd", ":", "Nodal", "plane", "distribution", "as", "instance", "of", ":", "class", ":", "openquake", ".", "hazardlib", ".", "pmf", ".", "PMF", ":", "param", "hdd", ":", "Hypocentral", "depth", "distribution", "as", "instance", "of", ":", "class", ":", "openquake", ".", "hazardlib", ".", "pmf", ".", "PMF", ":", "param", "float", "upper_seismogenic_depth", ":", "Upper", "seismogenic", "depth", "(", "km", ")", ":", "param", "float", "lower_seismogenic_depth", ":", "Lower", "seismogenic", "depth", "(", "km", ")", ":", "param", "msr", ":", "Magnitude", "scaling", "relation", ":", "param", "float", "aspect", ":", "Aspect", "ratio", ":", "param", "str", "trt", ":", "Tectonic", "region", "type", ":", "returns", ":", "List", "of", "ruptures" ]

[ "def", "get_indices", "(", "self", ",", "src", ",", "ridx", ",", "mag", ")", ":", "centroids", "=", "src", ".", "get_centroids", "(", "ridx", ")", "mindistance", "=", "min_geodetic_distance", "(", "(", "centroids", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "centroids", "[", ":", ",", "1", "]", ")", ",", "self", ".", "sitecol", ".", "xyz", ")", "idist", "=", "self", ".", "integration_distance", "(", "DEFAULT_TRT", ",", "mag", ")", "indices", ",", "=", "(", "mindistance", "<=", "idist", ")", ".", "nonzero", "(", ")", "return", "indices" ]

[ ":", "param", "src", ":", "an", "UCERF", "source", ":", "param", "ridx", ":", "a", "set", "of", "rupture", "indices", ":", "param", "mag", ":", "magnitude", "to", "use", "to", "compute", "the", "integration", "distance", ":", "returns", ":", "array", "with", "the", "IDs", "of", "the", "sites", "close", "to", "the", "ruptures" ]

[ "def", "new", "(", "self", ",", "grp_id", ",", "branch_id", ")", ":", "new", "=", "copy", ".", "copy", "(", "self", ")", "new", ".", "orig", "=", "new", "new", ".", "src_group_id", "=", "grp_id", "new", ".", "source_id", "=", "branch_id", "new", ".", "idx_set", "=", "build_idx_set", "(", "branch_id", ",", "self", ".", "start_date", ")", "with", "h5py", ".", "File", "(", "self", ".", "source_file", ",", "\"r\"", ")", "as", "hdf5", ":", "new", ".", "start", "=", "0", "new", ".", "stop", "=", "len", "(", "hdf5", "[", "new", ".", "idx_set", "[", "\"mag\"", "]", "]", ")", "return", "new" ]

[ ":", "param", "grp_id", ":", "ordinal", "of", "the", "source", "group", ":", "param", "branch_name", ":", "name", "of", "the", "UCERF", "branch", ":", "param", "branch_id", ":", "string", "associated", "to", "the", "branch", ":", "returns", ":", "a", "new", "UCERFSource", "associated", "to", "the", "branch_id" ]

[ "def", "get_ridx", "(", "self", ",", "iloc", ")", ":", "with", "h5py", ".", "File", "(", "self", ".", "source_file", ",", "\"r\"", ")", "as", "hdf5", ":", "return", "hdf5", "[", "self", ".", "idx_set", "[", "\"geol\"", "]", "+", "\"/RuptureIndex\"", "]", "[", "iloc", "]" ]

[ "List", "of", "rupture", "indices", "for", "the", "given", "iloc" ]

[ "def", "get_centroids", "(", "self", ",", "ridx", ")", ":", "centroids", "=", "[", "]", "with", "h5py", ".", "File", "(", "self", ".", "source_file", ",", "\"r\"", ")", "as", "hdf5", ":", "for", "idx", "in", "ridx", ":", "trace", "=", "\"{:s}/{:s}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "idx_set", "[", "\"sec\"", "]", ",", "str", "(", "idx", ")", ")", "centroids", ".", "append", "(", "hdf5", "[", "trace", "+", "\"/Centroids\"", "]", ".", "value", ")", "return", "numpy", ".", "concatenate", "(", "centroids", ")" ]

[ ":", "returns", ":", "array", "of", "centroids", "for", "the", "given", "rupture", "index" ]

[ "def", "gen_trace_planes", "(", "self", ",", "ridx", ")", ":", "with", "h5py", ".", "File", "(", "self", ".", "source_file", ",", "\"r\"", ")", "as", "hdf5", ":", "for", "idx", "in", "ridx", ":", "trace", "=", "\"{:s}/{:s}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "idx_set", "[", "\"sec\"", "]", ",", "str", "(", "idx", ")", ")", "plane", "=", "hdf5", "[", "trace", "+", "\"/RupturePlanes\"", "]", "[", ":", "]", ".", "astype", "(", "\"float64\"", ")", "yield", "trace", ",", "plane" ]

[ ":", "yields", ":", "trace", "and", "rupture", "planes", "for", "the", "given", "rupture", "index" ]

[ "def", "get_background_sids", "(", "self", ",", "src_filter", ")", ":", "branch_key", "=", "self", ".", "idx_set", "[", "\"grid_key\"", "]", "idist", "=", "src_filter", ".", "integration_distance", "(", "DEFAULT_TRT", ")", "with", "h5py", ".", "File", "(", "self", ".", "source_file", ",", "'r'", ")", "as", "hdf5", ":", "bg_locations", "=", "hdf5", "[", "\"Grid/Locations\"", "]", ".", "value", "distances", "=", "min_geodetic_distance", "(", "src_filter", ".", "sitecol", ".", "xyz", ",", "(", "bg_locations", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "bg_locations", "[", ":", ",", "1", "]", ")", ")", "# Add buffer equal to half of length of median area from Mmax", "mmax_areas", "=", "self", ".", "msr", ".", "get_median_area", "(", "hdf5", "[", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "\"Grid\"", ",", "branch_key", ",", "\"MMax\"", "]", ")", "]", ".", "value", ",", "0.0", ")", "# for instance hdf5['Grid/FM0_0_MEANFS_MEANMSR/MMax']", "mmax_lengths", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "mmax_areas", "/", "self", ".", "aspect", ")", "ok", "=", "distances", "<=", "(", "0.5", "*", "mmax_lengths", "+", "idist", ")", "# get list of indices from array of booleans", "return", "numpy", ".", "where", "(", "ok", ")", "[", "0", "]", ".", "tolist", "(", ")" ]

[ "We", "can", "apply", "the", "filtering", "of", "the", "background", "sites", "as", "a", "pre", "-", "processing", "step", "-", "this", "is", "done", "here", "rather", "than", "in", "the", "sampling", "of", "the", "ruptures", "themselves" ]

[ "def", "get_ucerf_rupture", "(", "self", ",", "iloc", ",", "src_filter", ")", ":", "trt", "=", "self", ".", "tectonic_region_type", "ridx", "=", "self", ".", "get_ridx", "(", "iloc", ")", "mag", "=", "self", ".", "orig", ".", "mags", "[", "iloc", "]", "surface_set", "=", "[", "]", "indices", "=", "src_filter", ".", "get_indices", "(", "self", ",", "ridx", ",", "mag", ")", "if", "len", "(", "indices", ")", "==", "0", ":", "return", "None", "for", "trace", ",", "plane", "in", "self", ".", "gen_trace_planes", "(", "ridx", ")", ":", "# build simple fault surface", "for", "jloc", "in", "range", "(", "0", ",", "plane", ".", "shape", "[", "2", "]", ")", ":", "top_left", "=", "Point", "(", "plane", "[", "0", ",", "0", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "0", ",", "1", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "0", ",", "2", ",", "jloc", "]", ")", "top_right", "=", "Point", "(", "plane", "[", "1", ",", "0", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "1", ",", "1", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "1", ",", "2", ",", "jloc", "]", ")", "bottom_right", "=", "Point", "(", "plane", "[", "2", ",", "0", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "2", ",", "1", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "2", ",", "2", ",", "jloc", "]", ")", "bottom_left", "=", "Point", "(", "plane", "[", "3", ",", "0", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "3", ",", "1", ",", "jloc", "]", ",", "plane", "[", "3", ",", "2", ",", "jloc", "]", ")", "try", ":", "surface_set", ".", "append", "(", "ImperfectPlanarSurface", ".", "from_corner_points", "(", "top_left", ",", "top_right", ",", "bottom_right", ",", "bottom_left", ")", ")", "except", "ValueError", "as", "err", ":", "raise", "ValueError", "(", "err", ",", "trace", ",", "top_left", ",", "top_right", ",", "bottom_right", ",", "bottom_left", ")", "rupture", "=", "ParametricProbabilisticRupture", "(", "mag", ",", "self", ".", "orig", ".", "rake", "[", "iloc", "]", ",", "trt", ",", "surface_set", "[", "len", "(", "surface_set", ")", "//", "2", "]", ".", "get_middle_point", "(", ")", ",", "MultiSurface", "(", "surface_set", ")", ",", "self", ".", "orig", ".", "rate", "[", "iloc", "]", ",", "self", ".", "tom", ")", "return", "rupture" ]

[ ":", "param", "iloc", ":", "Location", "of", "the", "rupture", "plane", "in", "the", "hdf5", "file", ":", "param", "src_filter", ":", "Sites", "for", "consideration", "and", "maximum", "distance" ]

[ "def", "iter_ruptures", "(", "self", ")", ":", "assert", "self", ".", "orig", ",", "'%s is not fully initialized'", "%", "self", "for", "ridx", "in", "range", "(", "self", ".", "start", ",", "self", ".", "stop", ")", ":", "if", "self", ".", "orig", ".", "rate", "[", "ridx", "]", ":", "# ruptures may have have zero rate", "rup", "=", "self", ".", "get_ucerf_rupture", "(", "ridx", ",", "self", ".", "src_filter", ")", "if", "rup", ":", "yield", "rup" ]

[ "Yield", "ruptures", "for", "the", "current", "set", "of", "indices" ]

[ "def", "get_background_sources", "(", "self", ",", "src_filter", ",", "sample_factor", "=", "None", ")", ":", "background_sids", "=", "self", ".", "get_background_sids", "(", "src_filter", ")", "if", "sample_factor", "is", "not", "None", ":", "# hack for use in the mosaic", "background_sids", "=", "random_filter", "(", "background_sids", ",", "sample_factor", ",", "seed", "=", "42", ")", "with", "h5py", ".", "File", "(", "self", ".", "source_file", ",", "\"r\"", ")", "as", "hdf5", ":", "grid_loc", "=", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "\"Grid\"", ",", "self", ".", "idx_set", "[", "\"grid_key\"", "]", "]", ")", "# for instance Grid/FM0_0_MEANFS_MEANMSR_MeanRates", "mags", "=", "hdf5", "[", "grid_loc", "+", "\"/Magnitude\"", "]", ".", "value", "mmax", "=", "hdf5", "[", "grid_loc", "+", "\"/MMax\"", "]", "[", "background_sids", "]", "rates", "=", "hdf5", "[", "grid_loc", "+", "\"/RateArray\"", "]", "[", "background_sids", ",", ":", "]", "locations", "=", "hdf5", "[", "\"Grid/Locations\"", "]", "[", "background_sids", ",", ":", "]", "sources", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "bg_idx", "in", "enumerate", "(", "background_sids", ")", ":", "src_id", "=", "\"_\"", ".", "join", "(", "[", "self", ".", "idx_set", "[", "\"grid_key\"", "]", ",", "str", "(", "bg_idx", ")", "]", ")", "src_name", "=", "\"|\"", ".", "join", "(", "[", "self", ".", "idx_set", "[", "\"total_key\"", "]", ",", "str", "(", "bg_idx", ")", "]", ")", "mag_idx", "=", "(", "self", ".", "min_mag", "<=", "mags", ")", "&", "(", "mags", "<", "mmax", "[", "i", "]", ")", "src_mags", "=", "mags", "[", "mag_idx", "]", "src_mfd", "=", "EvenlyDiscretizedMFD", "(", "src_mags", "[", "0", "]", ",", "src_mags", "[", "1", "]", "-", "src_mags", "[", "0", "]", ",", "rates", "[", "i", ",", "mag_idx", "]", ".", "tolist", "(", ")", ")", "ps", "=", "PointSource", "(", "src_id", ",", "src_name", ",", "self", ".", "tectonic_region_type", ",", "src_mfd", ",", "self", ".", "mesh_spacing", ",", "self", ".", "msr", ",", "self", ".", "aspect", ",", "self", ".", "tom", ",", "self", ".", "usd", ",", "self", ".", "lsd", ",", "Point", "(", "locations", "[", "i", ",", "0", "]", ",", "locations", "[", "i", ",", "1", "]", ")", ",", "self", ".", "npd", ",", "self", ".", "hdd", ")", "ps", ".", "id", "=", "self", ".", "id", "ps", ".", "src_group_id", "=", "self", ".", "src_group_id", "ps", ".", "num_ruptures", "=", "ps", ".", "count_ruptures", "(", ")", "sources", ".", "append", "(", "ps", ")", "return", "sources" ]

[ "Turn", "the", "background", "model", "of", "a", "given", "branch", "into", "a", "set", "of", "point", "sources" ]

[ "def", "split", "(", "src", ",", "chunksize", "=", "MINWEIGHT", ")", ":", "for", "i", ",", "block", "in", "enumerate", "(", "block_splitter", "(", "src", ".", "iter_ruptures", "(", ")", ",", "chunksize", ",", "key", "=", "operator", ".", "attrgetter", "(", "'mag'", ")", ")", ")", ":", "rup", "=", "block", "[", "0", "]", "source_id", "=", "'%s:%d'", "%", "(", "src", ".", "source_id", ",", "i", ")", "amfd", "=", "mfd", ".", "ArbitraryMFD", "(", "[", "rup", ".", "mag", "]", ",", "[", "rup", ".", "mag_occ_rate", "]", ")", "rcs", "=", "RuptureCollectionSource", "(", "source_id", ",", "src", ".", "name", ",", "src", ".", "tectonic_region_type", ",", "amfd", ",", "block", ")", "yield", "rcs" ]

[ "Split", "a", "complex", "fault", "source", "in", "chunks" ]

[ "def", "get_bounding_box", "(", "self", ",", "maxdist", ")", ":", "locations", "=", "[", "rup", ".", "hypocenter", "for", "rup", "in", "self", ".", "ruptures", "]", "return", "get_bounding_box", "(", "locations", ",", "maxdist", ")" ]

[ "Bounding", "box", "containing", "all", "the", "hypocenters", "enlarged", "by", "the", "maximum", "distance" ]

[ "def", "show_attrs", "(", "key", ",", "calc_id", "=", "-", "1", ")", ":", "ds", "=", "util", ".", "read", "(", "calc_id", ")", "try", ":", "attrs", "=", "h5py", ".", "File", ".", "__getitem__", "(", "ds", ".", "hdf5", ",", "key", ")", ".", "attrs", "except", "KeyError", ":", "print", "(", "'%r is not in %s'", "%", "(", "key", ",", "ds", ")", ")", "else", ":", "if", "len", "(", "attrs", ")", "==", "0", ":", "print", "(", "'%s has no attributes'", "%", "key", ")", "for", "name", ",", "value", "in", "attrs", ".", "items", "(", ")", ":", "print", "(", "name", ",", "value", ")", "finally", ":", "ds", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Show", "the", "attributes", "of", "a", "HDF5", "dataset", "in", "the", "datastore", "." ]

[ "def", "compare_mean_curves", "(", "calc_ref", ",", "calc", ",", "nsigma", "=", "3", ")", ":", "dstore_ref", "=", "datastore", ".", "read", "(", "calc_ref", ")", "dstore", "=", "datastore", ".", "read", "(", "calc", ")", "imtls", "=", "dstore_ref", "[", "'oqparam'", "]", ".", "imtls", "if", "dstore", "[", "'oqparam'", "]", ".", "imtls", "!=", "imtls", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'The IMTs and levels are different between '", "'calculation %d and %d'", "%", "(", "calc_ref", ",", "calc", ")", ")", "sitecol_ref", "=", "dstore_ref", "[", "'sitecol'", "]", "sitecol", "=", "dstore", "[", "'sitecol'", "]", "site_id_ref", "=", "{", "(", "lon", ",", "lat", ")", ":", "sid", "for", "sid", ",", "lon", ",", "lat", "in", "zip", "(", "sitecol_ref", ".", "sids", ",", "sitecol_ref", ".", "lons", ",", "sitecol_ref", ".", "lats", ")", "}", "site_id", "=", "{", "(", "lon", ",", "lat", ")", ":", "sid", "for", "sid", ",", "lon", ",", "lat", "in", "zip", "(", "sitecol", ".", "sids", ",", "sitecol", ".", "lons", ",", "sitecol", ".", "lats", ")", "}", "common", "=", "set", "(", "site_id_ref", ")", "&", "set", "(", "site_id", ")", "if", "not", "common", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'There are no common sites between calculation '", "'%d and %d'", "%", "(", "calc_ref", ",", "calc", ")", ")", "pmap_ref", "=", "PmapGetter", "(", "dstore_ref", ",", "sids", "=", "[", "site_id_ref", "[", "lonlat", "]", "for", "lonlat", "in", "common", "]", ")", ".", "get_mean", "(", ")", "pmap", "=", "PmapGetter", "(", "dstore", ",", "sids", "=", "[", "site_id", "[", "lonlat", "]", "for", "lonlat", "in", "common", "]", ")", ".", "get_mean", "(", ")", "for", "lonlat", "in", "common", ":", "mean", ",", "std", "=", "pmap", "[", "site_id", "[", "lonlat", "]", "]", ".", "array", ".", "T", "# shape (2, N)", "mean_ref", ",", "std_ref", "=", "pmap_ref", "[", "site_id_ref", "[", "lonlat", "]", "]", ".", "array", ".", "T", "err", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "std", "**", "2", "+", "std_ref", "**", "2", ")", "for", "imt", "in", "imtls", ":", "sl", "=", "imtls", "(", "imt", ")", "ok", "=", "(", "numpy", ".", "abs", "(", "mean", "[", "sl", "]", "-", "mean_ref", "[", "sl", "]", ")", "<", "nsigma", "*", "err", "[", "sl", "]", ")", ".", "all", "(", ")", "if", "not", "ok", ":", "md", "=", "(", "numpy", ".", "abs", "(", "mean", "[", "sl", "]", "-", "mean_ref", "[", "sl", "]", ")", ")", ".", "max", "(", ")", "plt", ".", "title", "(", "'point=%s, imt=%s, maxdiff=%.2e'", "%", "(", "lonlat", ",", "imt", ",", "md", ")", ")", "plt", ".", "loglog", "(", "imtls", "[", "imt", "]", ",", "mean_ref", "[", "sl", "]", "+", "std_ref", "[", "sl", "]", ",", "label", "=", "str", "(", "calc_ref", ")", ",", "color", "=", "'black'", ")", "plt", ".", "loglog", "(", "imtls", "[", "imt", "]", ",", "mean_ref", "[", "sl", "]", "-", "std_ref", "[", "sl", "]", ",", "color", "=", "'black'", ")", "plt", ".", "loglog", "(", "imtls", "[", "imt", "]", ",", "mean", "[", "sl", "]", "+", "std", "[", "sl", "]", ",", "label", "=", "str", "(", "calc", ")", ",", "color", "=", "'red'", ")", "plt", ".", "loglog", "(", "imtls", "[", "imt", "]", ",", "mean", "[", "sl", "]", "-", "std", "[", "sl", "]", ",", "color", "=", "'red'", ")", "plt", ".", "legend", "(", ")", "plt", ".", "show", "(", ")" ]

[ "Compare", "the", "hazard", "curves", "coming", "from", "two", "different", "calculations", "." ]

[ "def", "_get_mean", "(", "self", ",", "sites", ",", "C", ",", "ln_y_ref", ",", "exp1", ",", "exp2", ")", ":", "# we do not support estimating of basin depth and instead", "# rely on it being available (since we require it).", "# centered_z1pt0", "centered_z1pt0", "=", "self", ".", "_get_centered_z1pt0", "(", "sites", ")", "# we consider random variables being zero since we want", "# to find the exact mean value.", "eta", "=", "epsilon", "=", "0.", "ln_y", "=", "(", "# first line of eq. 12", "ln_y_ref", "+", "eta", "# second line", "+", "C", "[", "'phi1'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "sites", ".", "vs30", "/", "1130", ")", ".", "clip", "(", "-", "np", ".", "inf", ",", "0", ")", "# third line", "+", "C", "[", "'phi2'", "]", "*", "(", "exp1", "-", "exp2", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "(", "np", ".", "exp", "(", "ln_y_ref", ")", "*", "np", ".", "exp", "(", "eta", ")", "+", "C", "[", "'phi4'", "]", ")", "/", "C", "[", "'phi4'", "]", ")", "# fourth line", "+", "C", "[", "'phi5'", "]", "*", "(", "1.0", "-", "np", ".", "exp", "(", "-", "1.", "*", "centered_z1pt0", "/", "C", "[", "'phi6'", "]", ")", ")", "# fifth line", "+", "epsilon", ")", "return", "ln_y" ]

[ "Add", "site", "effects", "to", "an", "intensity", "." ]

[ "def", "_get_ln_y_ref", "(", "self", ",", "rup", ",", "dists", ",", "C", ")", ":", "# reverse faulting flag", "Frv", "=", "1.", "if", "30", "<=", "rup", ".", "rake", "<=", "150", "else", "0.", "# normal faulting flag", "Fnm", "=", "1.", "if", "-", "120", "<=", "rup", ".", "rake", "<=", "-", "60", "else", "0.", "# hanging wall flag", "Fhw", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "idx", "=", "np", ".", "nonzero", "(", "dists", ".", "rx", ">=", "0.", ")", "Fhw", "[", "idx", "]", "=", "1.", "# a part in eq. 11", "mag_test1", "=", "np", ".", "cosh", "(", "2.", "*", "max", "(", "rup", ".", "mag", "-", "4.5", ",", "0", ")", ")", "# centered DPP", "centered_dpp", "=", "self", ".", "_get_centered_cdpp", "(", "dists", ")", "# centered_ztor", "centered_ztor", "=", "self", ".", "_get_centered_ztor", "(", "rup", ",", "Frv", ")", "#", "dist_taper", "=", "np", ".", "fmax", "(", "1", "-", "(", "np", ".", "fmax", "(", "dists", ".", "rrup", "-", "40", ",", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ")", ")", "/", "30.", ")", ",", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ")", ")", "dist_taper", "=", "dist_taper", ".", "astype", "(", "np", ".", "float64", ")", "ln_y_ref", "=", "(", "# first part of eq. 11", "C", "[", "'c1'", "]", "+", "(", "C", "[", "'c1a'", "]", "+", "C", "[", "'c1c'", "]", "/", "mag_test1", ")", "*", "Frv", "+", "(", "C", "[", "'c1b'", "]", "+", "C", "[", "'c1d'", "]", "/", "mag_test1", ")", "*", "Fnm", "+", "(", "C", "[", "'c7'", "]", "+", "C", "[", "'c7b'", "]", "/", "mag_test1", ")", "*", "centered_ztor", "+", "(", "C", "[", "'c11'", "]", "+", "C", "[", "'c11b'", "]", "/", "mag_test1", ")", "*", "np", ".", "cos", "(", "math", ".", "radians", "(", "rup", ".", "dip", ")", ")", "**", "2", "# second part", "+", "C", "[", "'c2'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "6", ")", "+", "(", "(", "C", "[", "'c2'", "]", "-", "C", "[", "'c3'", "]", ")", "/", "C", "[", "'cn'", "]", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "1", "+", "np", ".", "exp", "(", "C", "[", "'cn'", "]", "*", "(", "C", "[", "'cm'", "]", "-", "rup", ".", "mag", ")", ")", ")", "# third part", "+", "C", "[", "'c4'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "dists", ".", "rrup", "+", "C", "[", "'c5'", "]", "*", "np", ".", "cosh", "(", "C", "[", "'c6'", "]", "*", "max", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'chm'", "]", ",", "0", ")", ")", ")", "+", "(", "C", "[", "'c4a'", "]", "-", "C", "[", "'c4'", "]", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rrup", "**", "2", "+", "C", "[", "'crb'", "]", "**", "2", ")", ")", "# forth part", "+", "(", "C", "[", "'cg1'", "]", "+", "C", "[", "'cg2'", "]", "/", "(", "np", ".", "cosh", "(", "max", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'cg3'", "]", ",", "0", ")", ")", ")", ")", "*", "dists", ".", "rrup", "# fifth part", "+", "C", "[", "'c8'", "]", "*", "dist_taper", "*", "min", "(", "max", "(", "rup", ".", "mag", "-", "5.5", ",", "0", ")", "/", "0.8", ",", "1.0", ")", "*", "np", ".", "exp", "(", "-", "1", "*", "C", "[", "'c8a'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'c8b'", "]", ")", "**", "2", ")", "*", "centered_dpp", "# sixth part", "+", "C", "[", "'c9'", "]", "*", "Fhw", "*", "np", ".", "cos", "(", "math", ".", "radians", "(", "rup", ".", "dip", ")", ")", "*", "(", "C", "[", "'c9a'", "]", "+", "(", "1", "-", "C", "[", "'c9a'", "]", ")", "*", "np", ".", "tanh", "(", "dists", ".", "rx", "/", "C", "[", "'c9b'", "]", ")", ")", "*", "(", "1", "-", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rjb", "**", "2", "+", "rup", ".", "ztor", "**", "2", ")", "/", "(", "dists", ".", "rrup", "+", "1.0", ")", ")", ")", "return", "ln_y_ref" ]

[ "Get", "an", "intensity", "on", "a", "reference", "soil", "." ]

[ "def", "_get_centered_z1pt0", "(", "self", ",", "sites", ")", ":", "#: California and non-Japan regions", "mean_z1pt0", "=", "(", "-", "7.15", "/", "4.", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "(", "(", "sites", ".", "vs30", ")", "**", "4.", "+", "570.94", "**", "4.", ")", "/", "(", "1360", "**", "4.", "+", "570.94", "**", "4.", ")", ")", "centered_z1pt0", "=", "sites", ".", "z1pt0", "-", "np", ".", "exp", "(", "mean_z1pt0", ")", "return", "centered_z1pt0" ]

[ "Get", "z1pt0", "centered", "on", "the", "Vs30", "-", "dependent", "avarage", "z1pt0", "(", "m", ")", "California", "and", "non", "-", "Japan", "regions" ]

[ "def", "_get_centered_ztor", "(", "self", ",", "rup", ",", "Frv", ")", ":", "if", "Frv", "==", "1", ":", "mean_ztor", "=", "max", "(", "2.704", "-", "1.226", "*", "max", "(", "rup", ".", "mag", "-", "5.849", ",", "0.0", ")", ",", "0.", ")", "**", "2", "centered_ztor", "=", "rup", ".", "ztor", "-", "mean_ztor", "else", ":", "mean_ztor", "=", "max", "(", "2.673", "-", "1.136", "*", "max", "(", "rup", ".", "mag", "-", "4.970", ",", "0.0", ")", ",", "0.", ")", "**", "2", "centered_ztor", "=", "rup", ".", "ztor", "-", "mean_ztor", "return", "centered_ztor" ]

[ "Get", "ztor", "centered", "on", "the", "M", "-", "dependent", "avarage", "ztor", "(", "km", ")", "by", "different", "fault", "types", "." ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "C", ",", "stddev_types", ",", "ln_y_ref", ",", "exp1", ",", "exp2", ")", ":", "ret", "=", "[", "]", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ":", "assert", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "if", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "TOTAL", ":", "# eq. 13", "ret", ".", "append", "(", "0.65", "*", "np", ".", "ones_like", "(", "sites", ".", "vs30", ")", ")", "return", "ret" ]

[ "Returns", "the", "standard", "deviation", "which", "is", "fixed", "at", "0", ".", "65", "for", "every", "site" ]

[ "def", "fine_graining", "(", "points", ",", "steps", ")", ":", "if", "steps", "<", "2", ":", "return", "points", "ls", "=", "numpy", ".", "concatenate", "(", "[", "numpy", ".", "linspace", "(", "x", ",", "y", ",", "num", "=", "steps", "+", "1", ")", "[", ":", "-", "1", "]", "for", "x", ",", "y", "in", "pairwise", "(", "points", ")", "]", ")", "return", "numpy", ".", "concatenate", "(", "[", "ls", ",", "[", "points", "[", "-", "1", "]", "]", "]", ")" ]

[ ":", "param", "points", ":", "a", "list", "of", "floats", ":", "param", "int", "steps", ":", "expansion", "steps", "(", ">", "=", "2", ")" ]

[ "def", "build_imls", "(", "ff", ",", "continuous_fragility_discretization", ",", "steps_per_interval", "=", "0", ")", ":", "if", "ff", ".", "format", "==", "'discrete'", ":", "imls", "=", "ff", ".", "imls", "if", "ff", ".", "nodamage", "and", "ff", ".", "nodamage", "<", "imls", "[", "0", "]", ":", "imls", "=", "[", "ff", ".", "nodamage", "]", "+", "imls", "if", "steps_per_interval", ">", "1", ":", "gen_imls", "=", "fine_graining", "(", "imls", ",", "steps_per_interval", ")", "else", ":", "gen_imls", "=", "imls", "else", ":", "# continuous", "gen_imls", "=", "numpy", ".", "linspace", "(", "ff", ".", "minIML", ",", "ff", ".", "maxIML", ",", "continuous_fragility_discretization", ")", "return", "gen_imls" ]

[ "Build", "intensity", "measure", "levels", "from", "a", "fragility", "function", ".", "If", "the", "function", "is", "continuous", "they", "are", "produced", "simply", "as", "a", "linear", "space", "between", "minIML", "and", "maxIML", ".", "If", "the", "function", "is", "discrete", "they", "are", "generated", "with", "a", "complex", "logic", "depending", "on", "the", "noDamageLimit", "and", "the", "parameter", "steps", "per", "interval", "." ]

[ "def", "make_epsilons", "(", "matrix", ",", "seed", ",", "correlation", ")", ":", "if", "seed", "is", "not", "None", ":", "numpy", ".", "random", ".", "seed", "(", "seed", ")", "asset_count", "=", "len", "(", "matrix", ")", "samples", "=", "len", "(", "matrix", "[", "0", "]", ")", "if", "not", "correlation", ":", "# avoid building the covariance matrix", "return", "numpy", ".", "random", ".", "normal", "(", "size", "=", "(", "samples", ",", "asset_count", ")", ")", ".", "transpose", "(", ")", "means_vector", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "asset_count", ")", "covariance_matrix", "=", "(", "numpy", ".", "ones", "(", "(", "asset_count", ",", "asset_count", ")", ")", "*", "correlation", "+", "numpy", ".", "diag", "(", "numpy", ".", "ones", "(", "asset_count", ")", ")", "*", "(", "1", "-", "correlation", ")", ")", "return", "numpy", ".", "random", ".", "multivariate_normal", "(", "means_vector", ",", "covariance_matrix", ",", "samples", ")", ".", "transpose", "(", ")" ]

[ "Given", "a", "matrix", "N", "*", "R", "returns", "a", "matrix", "of", "the", "same", "shape", "N", "*", "R", "obtained", "by", "applying", "the", "multivariate_normal", "distribution", "to", "N", "points", "and", "R", "samples", "by", "starting", "from", "the", "given", "seed", "and", "correlation", "." ]

[ "def", "scenario_damage", "(", "fragility_functions", ",", "gmvs", ")", ":", "lst", "=", "[", "numpy", ".", "ones_like", "(", "gmvs", ")", "]", "for", "f", ",", "ff", "in", "enumerate", "(", "fragility_functions", ")", ":", "# D - 1 functions", "lst", ".", "append", "(", "ff", "(", "gmvs", ")", ")", "lst", ".", "append", "(", "numpy", ".", "zeros_like", "(", "gmvs", ")", ")", "# convert a (D + 1, E) array into a (D, E) array", "arr", "=", "pairwise_diff", "(", "numpy", ".", "array", "(", "lst", ")", ")", "arr", "[", "arr", "<", "1E-7", "]", "=", "0", "# sanity check", "return", "arr" ]

[ ":", "param", "fragility_functions", ":", "a", "list", "of", "D", "-", "1", "fragility", "functions", ":", "param", "gmvs", ":", "an", "array", "of", "E", "ground", "motion", "values", ":", "returns", ":", "an", "array", "of", "(", "D", "E", ")", "damage", "fractions" ]

[ "def", "annual_frequency_of_exceedence", "(", "poe", ",", "t_haz", ")", ":", "with", "warnings", ".", "catch_warnings", "(", ")", ":", "warnings", ".", "simplefilter", "(", "\"ignore\"", ")", "# avoid RuntimeWarning: divide by zero encountered in log", "return", "-", "numpy", ".", "log", "(", "1.", "-", "poe", ")", "/", "t_haz" ]

[ ":", "param", "poe", ":", "array", "of", "probabilities", "of", "exceedence", ":", "param", "t_haz", ":", "hazard", "investigation", "time", ":", "returns", ":", "array", "of", "frequencies", "(", "with", "+", "inf", "values", "where", "poe", "=", "1", ")" ]

[ "def", "classical_damage", "(", "fragility_functions", ",", "hazard_imls", ",", "hazard_poes", ",", "investigation_time", ",", "risk_investigation_time", ")", ":", "spi", "=", "fragility_functions", ".", "steps_per_interval", "if", "spi", "and", "spi", ">", "1", ":", "# interpolate", "imls", "=", "numpy", ".", "array", "(", "fragility_functions", ".", "interp_imls", ")", "min_val", ",", "max_val", "=", "hazard_imls", "[", "0", "]", ",", "hazard_imls", "[", "-", "1", "]", "assert", "min_val", ">", "0", ",", "hazard_imls", "# sanity check", "numpy", ".", "putmask", "(", "imls", ",", "imls", "<", "min_val", ",", "min_val", ")", "numpy", ".", "putmask", "(", "imls", ",", "imls", ">", "max_val", ",", "max_val", ")", "poes", "=", "interpolate", ".", "interp1d", "(", "hazard_imls", ",", "hazard_poes", ")", "(", "imls", ")", "else", ":", "imls", "=", "(", "hazard_imls", "if", "fragility_functions", ".", "format", "==", "'continuous'", "else", "fragility_functions", ".", "imls", ")", "poes", "=", "numpy", ".", "array", "(", "hazard_poes", ")", "afe", "=", "annual_frequency_of_exceedence", "(", "poes", ",", "investigation_time", ")", "annual_frequency_of_occurrence", "=", "pairwise_diff", "(", "pairwise_mean", "(", "[", "afe", "[", "0", "]", "]", "+", "list", "(", "afe", ")", "+", "[", "afe", "[", "-", "1", "]", "]", ")", ")", "poes_per_damage_state", "=", "[", "]", "for", "ff", "in", "fragility_functions", ":", "frequency_of_exceedence_per_damage_state", "=", "numpy", ".", "dot", "(", "annual_frequency_of_occurrence", ",", "list", "(", "map", "(", "ff", ",", "imls", ")", ")", ")", "poe_per_damage_state", "=", "1.", "-", "numpy", ".", "exp", "(", "-", "frequency_of_exceedence_per_damage_state", "*", "risk_investigation_time", ")", "poes_per_damage_state", ".", "append", "(", "poe_per_damage_state", ")", "poos", "=", "pairwise_diff", "(", "[", "1", "]", "+", "poes_per_damage_state", "+", "[", "0", "]", ")", "return", "poos" ]

[ ":", "param", "fragility_functions", ":", "a", "list", "of", "fragility", "functions", "for", "each", "damage", "state", ":", "param", "hazard_imls", ":", "Intensity", "Measure", "Levels", ":", "param", "hazard_poes", ":", "hazard", "curve", ":", "param", "investigation_time", ":", "hazard", "investigation", "time", ":", "param", "risk_investigation_time", ":", "risk", "investigation", "time", ":", "returns", ":", "an", "array", "of", "M", "probabilities", "of", "occurrence", "where", "M", "is", "the", "numbers", "of", "damage", "states", "." ]

[ "def", "classical", "(", "vulnerability_function", ",", "hazard_imls", ",", "hazard_poes", ",", "loss_ratios", ")", ":", "assert", "len", "(", "hazard_imls", ")", "==", "len", "(", "hazard_poes", ")", ",", "(", "len", "(", "hazard_imls", ")", ",", "len", "(", "hazard_poes", ")", ")", "vf", "=", "vulnerability_function", "imls", "=", "vf", ".", "mean_imls", "(", ")", "lrem", "=", "vf", ".", "loss_ratio_exceedance_matrix", "(", "loss_ratios", ")", "# saturate imls to hazard imls", "min_val", ",", "max_val", "=", "hazard_imls", "[", "0", "]", ",", "hazard_imls", "[", "-", "1", "]", "numpy", ".", "putmask", "(", "imls", ",", "imls", "<", "min_val", ",", "min_val", ")", "numpy", ".", "putmask", "(", "imls", ",", "imls", ">", "max_val", ",", "max_val", ")", "# interpolate the hazard curve", "poes", "=", "interpolate", ".", "interp1d", "(", "hazard_imls", ",", "hazard_poes", ")", "(", "imls", ")", "# compute the poos", "pos", "=", "pairwise_diff", "(", "poes", ")", "lrem_po", "=", "numpy", ".", "empty", "(", "lrem", ".", "shape", ")", "for", "idx", ",", "po", "in", "enumerate", "(", "pos", ")", ":", "lrem_po", "[", ":", ",", "idx", "]", "=", "lrem", "[", ":", ",", "idx", "]", "*", "po", "# column * po", "return", "numpy", ".", "array", "(", "[", "loss_ratios", ",", "lrem_po", ".", "sum", "(", "axis", "=", "1", ")", "]", ")" ]

[ ":", "param", "vulnerability_function", ":", "an", "instance", "of", ":", "py", ":", "class", ":", "openquake", ".", "risklib", ".", "scientific", ".", "VulnerabilityFunction", "representing", "the", "vulnerability", "function", "used", "to", "compute", "the", "curve", ".", ":", "param", "hazard_imls", ":", "the", "hazard", "intensity", "measure", "type", "and", "levels", ":", "type", "hazard_poes", ":", "the", "hazard", "curve", ":", "param", "loss_ratios", ":", "a", "tuple", "of", "C", "loss", "ratios", ":", "returns", ":", "an", "array", "of", "shape", "(", "2", "C", ")" ]

[ "def", "conditional_loss_ratio", "(", "loss_ratios", ",", "poes", ",", "probability", ")", ":", "assert", "len", "(", "loss_ratios", ")", ">=", "3", ",", "loss_ratios", "rpoes", "=", "poes", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "if", "probability", ">", "poes", "[", "0", "]", ":", "# max poes", "return", "0.0", "elif", "probability", "<", "poes", "[", "-", "1", "]", ":", "# min PoE", "return", "loss_ratios", "[", "-", "1", "]", "if", "probability", "in", "poes", ":", "return", "max", "(", "[", "loss", "for", "i", ",", "loss", "in", "enumerate", "(", "loss_ratios", ")", "if", "probability", "==", "poes", "[", "i", "]", "]", ")", "else", ":", "interval_index", "=", "bisect", ".", "bisect_right", "(", "rpoes", ",", "probability", ")", "if", "interval_index", "==", "len", "(", "poes", ")", ":", "# poes are all nan", "return", "float", "(", "'nan'", ")", "elif", "interval_index", "==", "1", ":", "# boundary case", "x1", ",", "x2", "=", "poes", "[", "-", "2", ":", "]", "y1", ",", "y2", "=", "loss_ratios", "[", "-", "2", ":", "]", "else", ":", "x1", ",", "x2", "=", "poes", "[", "-", "interval_index", "-", "1", ":", "-", "interval_index", "+", "1", "]", "y1", ",", "y2", "=", "loss_ratios", "[", "-", "interval_index", "-", "1", ":", "-", "interval_index", "+", "1", "]", "return", "(", "y2", "-", "y1", ")", "/", "(", "x2", "-", "x1", ")", "*", "(", "probability", "-", "x1", ")", "+", "y1" ]

[ "Return", "the", "loss", "ratio", "corresponding", "to", "the", "given", "PoE", "(", "Probability", "of", "Exceendance", ")", ".", "We", "can", "have", "four", "cases", ":" ]

[ "def", "insured_losses", "(", "losses", ",", "deductible", ",", "insured_limit", ")", ":", "return", "numpy", ".", "piecewise", "(", "losses", ",", "[", "losses", "<", "deductible", ",", "losses", ">", "insured_limit", "]", ",", "[", "0", ",", "insured_limit", "-", "deductible", ",", "lambda", "x", ":", "x", "-", "deductible", "]", ")" ]

[ ":", "param", "losses", ":", "an", "array", "of", "ground", "-", "up", "loss", "ratios", ":", "param", "float", "deductible", ":", "the", "deductible", "limit", "in", "fraction", "form", ":", "param", "float", "insured_limit", ":", "the", "insured", "limit", "in", "fraction", "form" ]

[ "def", "insured_loss_curve", "(", "curve", ",", "deductible", ",", "insured_limit", ")", ":", "losses", ",", "poes", "=", "curve", "[", ":", ",", "curve", "[", "0", "]", "<=", "insured_limit", "]", "limit_poe", "=", "interpolate", ".", "interp1d", "(", "*", "curve", ",", "bounds_error", "=", "False", ",", "fill_value", "=", "1", ")", "(", "deductible", ")", "return", "numpy", ".", "array", "(", "[", "losses", ",", "numpy", ".", "piecewise", "(", "poes", ",", "[", "poes", ">", "limit_poe", "]", ",", "[", "limit_poe", ",", "lambda", "x", ":", "x", "]", ")", "]", ")" ]

[ "Compute", "an", "insured", "loss", "ratio", "curve", "given", "a", "loss", "ratio", "curve" ]

[ "def", "bcr", "(", "eal_original", ",", "eal_retrofitted", ",", "interest_rate", ",", "asset_life_expectancy", ",", "asset_value", ",", "retrofitting_cost", ")", ":", "return", "(", "(", "eal_original", "-", "eal_retrofitted", ")", "*", "asset_value", "*", "(", "1", "-", "numpy", ".", "exp", "(", "-", "interest_rate", "*", "asset_life_expectancy", ")", ")", "/", "(", "interest_rate", "*", "retrofitting_cost", ")", ")" ]

[ "Compute", "the", "Benefit", "-", "Cost", "Ratio", "." ]

[ "def", "pairwise_mean", "(", "values", ")", ":", "return", "numpy", ".", "array", "(", "[", "numpy", ".", "mean", "(", "pair", ")", "for", "pair", "in", "pairwise", "(", "values", ")", "]", ")" ]

[ "Averages", "between", "a", "value", "and", "the", "next", "value", "in", "a", "sequence" ]

[ "def", "pairwise_diff", "(", "values", ")", ":", "return", "numpy", ".", "array", "(", "[", "x", "-", "y", "for", "x", ",", "y", "in", "pairwise", "(", "values", ")", "]", ")" ]

[ "Differences", "between", "a", "value", "and", "the", "next", "value", "in", "a", "sequence" ]

[ "def", "mean_std", "(", "fractions", ")", ":", "n", "=", "fractions", ".", "shape", "[", "0", "]", "if", "n", "==", "1", ":", "# avoid warnings when computing the stddev", "return", "fractions", "[", "0", "]", ",", "numpy", ".", "ones_like", "(", "fractions", "[", "0", "]", ")", "*", "numpy", ".", "nan", "return", "numpy", ".", "mean", "(", "fractions", ",", "axis", "=", "0", ")", ",", "numpy", ".", "std", "(", "fractions", ",", "axis", "=", "0", ",", "ddof", "=", "1", ")" ]

[ "Given", "an", "N", "x", "M", "matrix", "returns", "mean", "and", "std", "computed", "on", "the", "rows", "i", ".", "e", ".", "two", "M", "-", "dimensional", "vectors", "." ]

[ "def", "loss_maps", "(", "curves", ",", "conditional_loss_poes", ")", ":", "loss_maps_dt", "=", "numpy", ".", "dtype", "(", "[", "(", "'poe-%s'", "%", "poe", ",", "F32", ")", "for", "poe", "in", "conditional_loss_poes", "]", ")", "loss_maps", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "curves", ".", "shape", ",", "loss_maps_dt", ")", "for", "idx", ",", "curve", "in", "numpy", ".", "ndenumerate", "(", "curves", ")", ":", "for", "poe", "in", "conditional_loss_poes", ":", "loss_maps", "[", "'poe-%s'", "%", "poe", "]", "[", "idx", "]", "=", "conditional_loss_ratio", "(", "curve", "[", "'losses'", "]", ",", "curve", "[", "'poes'", "]", ",", "poe", ")", "return", "loss_maps" ]

[ ":", "param", "curves", ":", "an", "array", "of", "loss", "curves", ":", "param", "conditional_loss_poes", ":", "a", "list", "of", "conditional", "loss", "poes", ":", "returns", ":", "a", "composite", "array", "of", "loss", "maps", "with", "the", "same", "shape" ]

[ "def", "broadcast", "(", "func", ",", "composite_array", ",", "*", "args", ")", ":", "dic", "=", "{", "}", "dtypes", "=", "[", "]", "for", "name", "in", "composite_array", ".", "dtype", ".", "names", ":", "dic", "[", "name", "]", "=", "func", "(", "composite_array", "[", "name", "]", ",", "*", "args", ")", "dtypes", ".", "append", "(", "(", "name", ",", "dic", "[", "name", "]", ".", "dtype", ")", ")", "res", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "dic", "[", "name", "]", ".", "shape", ",", "numpy", ".", "dtype", "(", "dtypes", ")", ")", "for", "name", "in", "dic", ":", "res", "[", "name", "]", "=", "dic", "[", "name", "]", "return", "res" ]

[ "Broadcast", "an", "array", "function", "over", "a", "composite", "array" ]

[ "def", "average_loss", "(", "lc", ")", ":", "losses", ",", "poes", "=", "(", "lc", "[", "'loss'", "]", ",", "lc", "[", "'poe'", "]", ")", "if", "lc", ".", "dtype", ".", "names", "else", "lc", "return", "-", "pairwise_diff", "(", "losses", ")", "@", "pairwise_mean", "(", "poes", ")" ]

[ "Given", "a", "loss", "curve", "array", "with", "poe", "and", "loss", "fields", "computes", "the", "average", "loss", "on", "a", "period", "of", "time", "." ]

[ "def", "normalize_curves_eb", "(", "curves", ")", ":", "# we assume non-decreasing losses, so losses[-1] is the maximum loss", "non_zero_curves", "=", "[", "(", "losses", ",", "poes", ")", "for", "losses", ",", "poes", "in", "curves", "if", "losses", "[", "-", "1", "]", ">", "0", "]", "if", "not", "non_zero_curves", ":", "# no damage. all zero curves", "return", "curves", "[", "0", "]", "[", "0", "]", ",", "numpy", ".", "array", "(", "[", "poes", "for", "_losses", ",", "poes", "in", "curves", "]", ")", "else", ":", "# standard case", "max_losses", "=", "[", "losses", "[", "-", "1", "]", "for", "losses", ",", "_poes", "in", "non_zero_curves", "]", "reference_curve", "=", "non_zero_curves", "[", "numpy", ".", "argmax", "(", "max_losses", ")", "]", "loss_ratios", "=", "reference_curve", "[", "0", "]", "curves_poes", "=", "[", "interpolate", ".", "interp1d", "(", "losses", ",", "poes", ",", "bounds_error", "=", "False", ",", "fill_value", "=", "0", ")", "(", "loss_ratios", ")", "for", "losses", ",", "poes", "in", "curves", "]", "# fix degenerated case with flat curve", "for", "cp", "in", "curves_poes", ":", "if", "numpy", ".", "isnan", "(", "cp", "[", "0", "]", ")", ":", "cp", "[", "0", "]", "=", "0", "return", "loss_ratios", ",", "numpy", ".", "array", "(", "curves_poes", ")" ]

[ "A", "more", "sophisticated", "version", "of", "normalize_curves", "used", "in", "the", "event", "based", "calculator", "." ]

[ "def", "build_loss_curve_dt", "(", "curve_resolution", ",", "insured_losses", "=", "False", ")", ":", "lc_list", "=", "[", "]", "for", "lt", "in", "sorted", "(", "curve_resolution", ")", ":", "C", "=", "curve_resolution", "[", "lt", "]", "pairs", "=", "[", "(", "'losses'", ",", "(", "F32", ",", "C", ")", ")", ",", "(", "'poes'", ",", "(", "F32", ",", "C", ")", ")", "]", "lc_dt", "=", "numpy", ".", "dtype", "(", "pairs", ")", "lc_list", ".", "append", "(", "(", "str", "(", "lt", ")", ",", "lc_dt", ")", ")", "if", "insured_losses", ":", "for", "lt", "in", "sorted", "(", "curve_resolution", ")", ":", "C", "=", "curve_resolution", "[", "lt", "]", "pairs", "=", "[", "(", "'losses'", ",", "(", "F32", ",", "C", ")", ")", ",", "(", "'poes'", ",", "(", "F32", ",", "C", ")", ")", "]", "lc_dt", "=", "numpy", ".", "dtype", "(", "pairs", ")", "lc_list", ".", "append", "(", "(", "str", "(", "lt", ")", "+", "'_ins'", ",", "lc_dt", ")", ")", "loss_curve_dt", "=", "numpy", ".", "dtype", "(", "lc_list", ")", "if", "lc_list", "else", "None", "return", "loss_curve_dt" ]

[ ":", "param", "curve_resolution", ":", "dictionary", "loss_type", "-", ">", "curve_resolution", ":", "param", "insured_losses", ":", "configuration", "parameter", ":", "returns", ":", "loss_curve_dt" ]

[ "def", "return_periods", "(", "eff_time", ",", "num_losses", ")", ":", "assert", "eff_time", ">=", "2", ",", "'eff_time too small: %s'", "%", "eff_time", "assert", "num_losses", ">=", "2", ",", "'num_losses too small: %s'", "%", "num_losses", "min_time", "=", "eff_time", "/", "num_losses", "period", "=", "1", "periods", "=", "[", "]", "loop", "=", "True", "while", "loop", ":", "for", "val", "in", "[", "1", ",", "2", ",", "5", "]", ":", "time", "=", "period", "*", "val", "if", "time", ">=", "min_time", ":", "if", "time", ">", "eff_time", ":", "loop", "=", "False", "break", "periods", ".", "append", "(", "time", ")", "period", "*=", "10", "return", "U32", "(", "periods", ")" ]

[ ":", "param", "eff_time", ":", "ses_per_logic_tree_path", "*", "investigation_time", ":", "param", "num_losses", ":", "used", "to", "determine", "the", "minimum", "period", ":", "returns", ":", "an", "array", "of", "32", "bit", "periods" ]

[ "def", "losses_by_period", "(", "losses", ",", "return_periods", ",", "num_events", "=", "None", ",", "eff_time", "=", "None", ")", ":", "if", "len", "(", "losses", ")", "==", "0", ":", "# zero-curve", "return", "numpy", ".", "zeros", "(", "len", "(", "return_periods", ")", ")", "if", "num_events", "is", "None", ":", "num_events", "=", "len", "(", "losses", ")", "elif", "num_events", "<", "len", "(", "losses", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'There are not enough events (%d) to compute the loss curve '", "'from %d losses'", "%", "(", "num_events", ",", "len", "(", "losses", ")", ")", ")", "if", "eff_time", "is", "None", ":", "eff_time", "=", "return_periods", "[", "-", "1", "]", "losses", "=", "numpy", ".", "sort", "(", "losses", ")", "num_zeros", "=", "num_events", "-", "len", "(", "losses", ")", "if", "num_zeros", ":", "losses", "=", "numpy", ".", "concatenate", "(", "[", "numpy", ".", "zeros", "(", "num_zeros", ",", "losses", ".", "dtype", ")", ",", "losses", "]", ")", "periods", "=", "eff_time", "/", "numpy", ".", "arange", "(", "num_events", ",", "0.", ",", "-", "1", ")", "rperiods", "=", "[", "rp", "if", "periods", "[", "0", "]", "<=", "rp", "<=", "periods", "[", "-", "1", "]", "else", "numpy", ".", "nan", "for", "rp", "in", "return_periods", "]", "curve", "=", "numpy", ".", "interp", "(", "numpy", ".", "log", "(", "rperiods", ")", ",", "numpy", ".", "log", "(", "periods", ")", ",", "losses", ")", "return", "curve" ]

[ ":", "param", "losses", ":", "array", "of", "simulated", "losses", ":", "param", "return_periods", ":", "return", "periods", "of", "interest", ":", "param", "num_events", ":", "the", "number", "of", "events", "(", ">", "=", "to", "the", "number", "of", "losses", ")", ":", "param", "eff_time", ":", "investigation_time", "*", "ses_per_logic_tree_path", ":", "returns", ":", "interpolated", "losses", "for", "the", "return", "periods", "possibly", "with", "NaN" ]

[ "def", "interpolate", "(", "self", ",", "gmvs", ")", ":", "# gmvs are clipped to max(iml)", "gmvs_curve", "=", "numpy", ".", "piecewise", "(", "gmvs", ",", "[", "gmvs", ">", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", "]", ",", "[", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", ",", "lambda", "x", ":", "x", "]", ")", "idxs", "=", "gmvs_curve", ">=", "self", ".", "imls", "[", "0", "]", "# indices over the minimum", "gmvs_curve", "=", "gmvs_curve", "[", "idxs", "]", "return", "self", ".", "_mlr_i1d", "(", "gmvs_curve", ")", ",", "self", ".", "_cov_for", "(", "gmvs_curve", ")", ",", "idxs" ]

[ ":", "param", "gmvs", ":", "array", "of", "intensity", "measure", "levels", ":", "returns", ":", "(", "interpolated", "loss", "ratios", "interpolated", "covs", "indices", ">", "min", ")" ]

[ "def", "sample", "(", "self", ",", "means", ",", "covs", ",", "idxs", ",", "epsilons", "=", "None", ")", ":", "if", "epsilons", "is", "None", ":", "return", "means", "self", ".", "set_distribution", "(", "epsilons", ")", "res", "=", "self", ".", "distribution", ".", "sample", "(", "means", ",", "covs", ",", "means", "*", "covs", ",", "idxs", ")", "return", "res" ]

[ "Sample", "the", "epsilons", "and", "apply", "the", "corrections", "to", "the", "means", ".", "This", "method", "is", "called", "only", "if", "there", "are", "nonzero", "covs", "." ]

[ "def", "strictly_increasing", "(", "self", ")", ":", "imls", ",", "mlrs", ",", "covs", "=", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", "previous_mlr", "=", "None", "for", "i", ",", "mlr", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "mean_loss_ratios", ")", ":", "if", "previous_mlr", "==", "mlr", ":", "continue", "else", ":", "mlrs", ".", "append", "(", "mlr", ")", "imls", ".", "append", "(", "self", ".", "imls", "[", "i", "]", ")", "covs", ".", "append", "(", "self", ".", "covs", "[", "i", "]", ")", "previous_mlr", "=", "mlr", "return", "self", ".", "__class__", "(", "self", ".", "id", ",", "self", ".", "imt", ",", "imls", ",", "mlrs", ",", "covs", ",", "self", ".", "distribution_name", ")" ]

[ ":", "returns", ":", "a", "new", "vulnerability", "function", "that", "is", "strictly", "increasing", ".", "It", "is", "built", "by", "removing", "piece", "of", "the", "function", "where", "the", "mean", "loss", "ratio", "is", "constant", "." ]

[ "def", "mean_loss_ratios_with_steps", "(", "self", ",", "steps", ")", ":", "loss_ratios", "=", "self", ".", "mean_loss_ratios", "if", "min", "(", "loss_ratios", ")", ">", "0.0", ":", "# prepend with a zero", "loss_ratios", "=", "numpy", ".", "concatenate", "(", "[", "[", "0.0", "]", ",", "loss_ratios", "]", ")", "if", "max", "(", "loss_ratios", ")", "<", "1.0", ":", "# append a 1.0", "loss_ratios", "=", "numpy", ".", "concatenate", "(", "[", "loss_ratios", ",", "[", "1.0", "]", "]", ")", "return", "fine_graining", "(", "loss_ratios", ",", "steps", ")" ]

[ "Split", "the", "mean", "loss", "ratios", "producing", "a", "new", "set", "of", "loss", "ratios", ".", "The", "new", "set", "of", "loss", "ratios", "always", "includes", "0", ".", "0", "and", "1", ".", "0" ]

[ "def", "_cov_for", "(", "self", ",", "imls", ")", ":", "return", "self", ".", "_covs_i1d", "(", "numpy", ".", "piecewise", "(", "imls", ",", "[", "imls", ">", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", ",", "imls", "<", "self", ".", "imls", "[", "0", "]", "]", ",", "[", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", ",", "self", ".", "imls", "[", "0", "]", ",", "lambda", "x", ":", "x", "]", ")", ")" ]

[ "Clip", "imls", "to", "the", "range", "associated", "with", "the", "support", "of", "the", "vulnerability", "function", "and", "returns", "the", "corresponding", "covariance", "values", "by", "linear", "interpolation", ".", "For", "instance", "if", "the", "range", "is", "[", "0", ".", "005", "0", ".", "0269", "]", "and", "the", "imls", "are", "[", "0", ".", "0049", "0", ".", "006", "0", ".", "027", "]", "the", "clipped", "imls", "are", "[", "0", ".", "005", "0", ".", "006", "0", ".", "0269", "]", "." ]

[ "def", "loss_ratio_exceedance_matrix", "(", "self", ",", "loss_ratios", ")", ":", "# LREM has number of rows equal to the number of loss ratios", "# and number of columns equal to the number of imls", "lrem", "=", "numpy", ".", "empty", "(", "(", "len", "(", "loss_ratios", ")", ",", "len", "(", "self", ".", "imls", ")", ")", ")", "for", "row", ",", "loss_ratio", "in", "enumerate", "(", "loss_ratios", ")", ":", "for", "col", ",", "(", "mean_loss_ratio", ",", "stddev", ")", "in", "enumerate", "(", "zip", "(", "self", ".", "mean_loss_ratios", ",", "self", ".", "stddevs", ")", ")", ":", "lrem", "[", "row", ",", "col", "]", "=", "self", ".", "distribution", ".", "survival", "(", "loss_ratio", ",", "mean_loss_ratio", ",", "stddev", ")", "return", "lrem" ]

[ "Compute", "the", "LREM", "(", "Loss", "Ratio", "Exceedance", "Matrix", ")", "." ]

[ "def", "mean_imls", "(", "self", ")", ":", "return", "numpy", ".", "array", "(", "[", "max", "(", "0", ",", "self", ".", "imls", "[", "0", "]", "-", "(", "self", ".", "imls", "[", "1", "]", "-", "self", ".", "imls", "[", "0", "]", ")", "/", "2.", ")", "]", "+", "[", "numpy", ".", "mean", "(", "pair", ")", "for", "pair", "in", "pairwise", "(", "self", ".", "imls", ")", "]", "+", "[", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", "+", "(", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", "-", "self", ".", "imls", "[", "-", "2", "]", ")", "/", "2.", "]", ")" ]

[ "Compute", "the", "mean", "IMLs", "(", "Intensity", "Measure", "Level", ")", "for", "the", "given", "vulnerability", "function", "." ]

[ "def", "interpolate", "(", "self", ",", "gmvs", ")", ":", "# gmvs are clipped to max(iml)", "gmvs_curve", "=", "numpy", ".", "piecewise", "(", "gmvs", ",", "[", "gmvs", ">", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", "]", ",", "[", "self", ".", "imls", "[", "-", "1", "]", ",", "lambda", "x", ":", "x", "]", ")", "idxs", "=", "gmvs_curve", ">=", "self", ".", "imls", "[", "0", "]", "# indices over the minimum", "gmvs_curve", "=", "gmvs_curve", "[", "idxs", "]", "return", "self", ".", "_probs_i1d", "(", "gmvs_curve", ")", ",", "numpy", ".", "zeros_like", "(", "gmvs_curve", ")", ",", "idxs" ]

[ ":", "param", "gmvs", ":", "array", "of", "intensity", "measure", "levels", ":", "returns", ":", "(", "interpolated", "probabilities", "zeros", "indices", ">", "min", ")" ]

[ "def", "sample", "(", "self", ",", "probs", ",", "_covs", ",", "idxs", ",", "epsilons", ")", ":", "self", ".", "set_distribution", "(", "epsilons", ")", "return", "self", ".", "distribution", ".", "sample", "(", "self", ".", "loss_ratios", ",", "probs", ")" ]

[ "Sample", "the", ".", "loss_ratios", "with", "the", "given", "probabilities", "." ]

[ "def", "build", "(", "self", ",", "limit_states", ",", "discretization", ",", "steps_per_interval", ")", ":", "new", "=", "copy", ".", "copy", "(", "self", ")", "add_zero", "=", "(", "self", ".", "format", "==", "'discrete'", "and", "self", ".", "nodamage", "and", "self", ".", "nodamage", "<=", "self", ".", "imls", "[", "0", "]", ")", "new", ".", "imls", "=", "build_imls", "(", "new", ",", "discretization", ")", "if", "steps_per_interval", ">", "1", ":", "new", ".", "interp_imls", "=", "build_imls", "(", "# passed to classical_damage", "new", ",", "discretization", ",", "steps_per_interval", ")", "for", "i", ",", "ls", "in", "enumerate", "(", "limit_states", ")", ":", "data", "=", "self", ".", "array", "[", "i", "]", "if", "self", ".", "format", "==", "'discrete'", ":", "if", "add_zero", ":", "new", ".", "append", "(", "FragilityFunctionDiscrete", "(", "ls", ",", "[", "self", ".", "nodamage", "]", "+", "self", ".", "imls", ",", "numpy", ".", "concatenate", "(", "[", "[", "0.", "]", ",", "data", "]", ")", ",", "self", ".", "nodamage", ")", ")", "else", ":", "new", ".", "append", "(", "FragilityFunctionDiscrete", "(", "ls", ",", "self", ".", "imls", ",", "data", ",", "self", ".", "nodamage", ")", ")", "else", ":", "# continuous", "new", ".", "append", "(", "FragilityFunctionContinuous", "(", "ls", ",", "data", "[", "'mean'", "]", ",", "data", "[", "'stddev'", "]", ")", ")", "return", "new" ]

[ ":", "param", "limit_states", ":", "a", "sequence", "of", "limit", "states", ":", "param", "discretization", ":", "continouos", "fragility", "discretization", "parameter", ":", "param", "steps_per_interval", ":", "steps_per_interval", "parameter", ":", "returns", ":", "a", "populated", "FragilityFunctionList", "instance" ]

[ "def", "build", "(", "self", ",", "continuous_fragility_discretization", ",", "steps_per_interval", ")", ":", "newfm", "=", "copy", ".", "copy", "(", "self", ")", "for", "key", ",", "ffl", "in", "self", ".", "items", "(", ")", ":", "newfm", "[", "key", "]", "=", "ffl", ".", "build", "(", "self", ".", "limitStates", ",", "continuous_fragility_discretization", ",", "steps_per_interval", ")", "return", "newfm" ]

[ "Return", "a", "new", "FragilityModel", "instance", "in", "which", "the", "values", "have", "been", "replaced", "with", "FragilityFunctionList", "instances", "." ]

[ "def", "pair", "(", "self", ",", "array", ",", "stats", ")", ":", "if", "len", "(", "self", ".", "weights", ")", ">", "1", "and", "stats", ":", "statnames", ",", "statfuncs", "=", "zip", "(", "*", "stats", ")", "array_stats", "=", "compute_stats2", "(", "array", ",", "statfuncs", ",", "self", ".", "weights", ")", "else", ":", "array_stats", "=", "None", "return", "array", ",", "array_stats" ]

[ ":", "return", "(", "array", "array_stats", ")", "if", "stats", "else", "(", "array", "None", ")" ]

[ "def", "build", "(", "self", ",", "losses_by_event", ",", "stats", "=", "(", ")", ")", ":", "P", ",", "R", "=", "len", "(", "self", ".", "return_periods", ")", ",", "len", "(", "self", ".", "weights", ")", "L", "=", "len", "(", "self", ".", "loss_dt", ".", "names", ")", "array", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "P", ",", "R", ",", "L", ")", ",", "F32", ")", "for", "r", "in", "losses_by_event", ":", "num_events", "=", "self", ".", "num_events", "[", "r", "]", "losses", "=", "losses_by_event", "[", "r", "]", "for", "l", ",", "lt", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "loss_dt", ".", "names", ")", ":", "ls", "=", "losses", "[", ":", ",", "l", "]", ".", "flatten", "(", ")", "# flatten only in ucerf", "# NB: do not use squeeze or the gmf_ebrisk tests will break", "lbp", "=", "losses_by_period", "(", "ls", ",", "self", ".", "return_periods", ",", "num_events", ",", "self", ".", "eff_time", ")", "array", "[", ":", ",", "r", ",", "l", "]", "=", "lbp", "return", "self", ".", "pair", "(", "array", ",", "stats", ")" ]

[ ":", "param", "losses_by_event", ":", "the", "aggregate", "loss", "table", "with", "shape", "R", "-", ">", "(", "E", "L", ")", ":", "param", "stats", ":", "list", "of", "pairs", "[", "(", "statname", "statfunc", ")", "...", "]", ":", "returns", ":", "two", "arrays", "with", "shape", "(", "P", "R", "L", ")", "and", "(", "P", "S", "L", ")" ]

[ "def", "build_pair", "(", "self", ",", "losses", ",", "stats", ")", ":", "P", ",", "R", "=", "len", "(", "self", ".", "return_periods", ")", ",", "len", "(", "self", ".", "weights", ")", "assert", "len", "(", "losses", ")", "==", "R", ",", "len", "(", "losses", ")", "array", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "P", ",", "R", ")", ",", "F32", ")", "for", "r", ",", "ls", "in", "enumerate", "(", "losses", ")", ":", "ne", "=", "self", ".", "num_events", ".", "get", "(", "r", ",", "0", ")", "if", "ne", ":", "array", "[", ":", ",", "r", "]", "=", "losses_by_period", "(", "ls", ",", "self", ".", "return_periods", ",", "ne", ",", "self", ".", "eff_time", ")", "return", "self", ".", "pair", "(", "array", ",", "stats", ")" ]

[ ":", "param", "losses", ":", "a", "list", "of", "lists", "with", "R", "elements", ":", "returns", ":", "two", "arrays", "of", "shape", "(", "P", "R", ")", "and", "(", "P", "S", ")", "respectively" ]

[ "def", "build_maps", "(", "self", ",", "losses", ",", "clp", ",", "stats", "=", "(", ")", ")", ":", "shp", "=", "losses", ".", "shape", "[", ":", "2", "]", "+", "(", "len", "(", "clp", ")", ",", "len", "(", "losses", ".", "dtype", ")", ")", "# (A, R, C, LI)", "array", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "shp", ",", "F32", ")", "for", "lti", ",", "lt", "in", "enumerate", "(", "losses", ".", "dtype", ".", "names", ")", ":", "for", "a", ",", "losses_", "in", "enumerate", "(", "losses", "[", "lt", "]", ")", ":", "for", "r", ",", "ls", "in", "enumerate", "(", "losses_", ")", ":", "for", "c", ",", "poe", "in", "enumerate", "(", "clp", ")", ":", "clratio", "=", "conditional_loss_ratio", "(", "ls", ",", "self", ".", "poes", ",", "poe", ")", "array", "[", "a", ",", "r", ",", "c", ",", "lti", "]", "=", "clratio", "return", "self", ".", "pair", "(", "array", ",", "stats", ")" ]

[ ":", "param", "losses", ":", "an", "array", "of", "shape", "(", "A", "R", "P", ")", ":", "param", "clp", ":", "a", "list", "of", "C", "conditional", "loss", "poes", ":", "param", "stats", ":", "list", "of", "pairs", "[", "(", "statname", "statfunc", ")", "...", "]", ":", "returns", ":", "an", "array", "of", "loss_maps", "of", "shape", "(", "A", "R", "C", "LI", ")" ]

[ "def", "build_loss_maps", "(", "self", ",", "losses", ",", "clp", ",", "stats", "=", "(", ")", ")", ":", "array", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "clp", ")", ",", "len", "(", "losses", ")", ")", ",", "F32", ")", "for", "r", ",", "ls", "in", "enumerate", "(", "losses", ")", ":", "if", "len", "(", "ls", ")", "<", "2", ":", "continue", "for", "c", ",", "poe", "in", "enumerate", "(", "clp", ")", ":", "array", "[", "c", ",", "r", "]", "=", "conditional_loss_ratio", "(", "ls", ",", "self", ".", "poes", ",", "poe", ")", "return", "self", ".", "pair", "(", "array", ",", "stats", ")" ]

[ ":", "param", "losses", ":", "an", "array", "of", "shape", "R", "E", ":", "param", "clp", ":", "a", "list", "of", "C", "conditional", "loss", "poes", ":", "param", "stats", ":", "list", "of", "pairs", "[", "(", "statname", "statfunc", ")", "...", "]", ":", "returns", ":", "two", "arrays", "of", "shape", "(", "C", "R", ")", "and", "(", "C", "S", ")" ]

[ "def", "store_rlzs_by_grp", "(", "dstore", ")", ":", "lst", "=", "[", "]", "assoc", "=", "dstore", "[", "'csm_info'", "]", ".", "get_rlzs_assoc", "(", ")", "for", "grp", ",", "arr", "in", "assoc", ".", "by_grp", "(", ")", ".", "items", "(", ")", ":", "for", "gsim_id", ",", "rlzs", "in", "enumerate", "(", "arr", ")", ":", "lst", ".", "append", "(", "(", "int", "(", "grp", "[", "4", ":", "]", ")", ",", "gsim_id", ",", "rlzs", ")", ")", "dstore", "[", "'csm_info/rlzs_by_grp'", "]", "=", "numpy", ".", "array", "(", "lst", ",", "rlzs_by_grp_dt", ")" ]

[ "Save", "in", "the", "datastore", "a", "composite", "array", "with", "fields", "(", "grp_id", "gsim_id", "rlzs", ")" ]

[ "def", "compute_gmfs", "(", "rupgetter", ",", "srcfilter", ",", "param", ",", "monitor", ")", ":", "getter", "=", "GmfGetter", "(", "rupgetter", ",", "srcfilter", ",", "param", "[", "'oqparam'", "]", ")", "with", "monitor", "(", "'getting ruptures'", ")", ":", "getter", ".", "init", "(", ")", "return", "getter", ".", "compute_gmfs_curves", "(", "monitor", ")" ]

[ "Compute", "GMFs", "and", "optionally", "hazard", "curves" ]

[ "def", "combine_mean_curves", "(", "calc_big", ",", "calc_small", ")", ":", "dstore_big", "=", "datastore", ".", "read", "(", "calc_big", ")", "dstore_small", "=", "datastore", ".", "read", "(", "calc_small", ")", "sitecol_big", "=", "dstore_big", "[", "'sitecol'", "]", "sitecol_small", "=", "dstore_small", "[", "'sitecol'", "]", "site_id_big", "=", "{", "(", "lon", ",", "lat", ")", ":", "sid", "for", "sid", ",", "lon", ",", "lat", "in", "zip", "(", "sitecol_big", ".", "sids", ",", "sitecol_big", ".", "lons", ",", "sitecol_big", ".", "lats", ")", "}", "site_id_small", "=", "{", "(", "lon", ",", "lat", ")", ":", "sid", "for", "sid", ",", "lon", ",", "lat", "in", "zip", "(", "sitecol_small", ".", "sids", ",", "sitecol_small", ".", "lons", ",", "sitecol_small", ".", "lats", ")", "}", "common", "=", "set", "(", "site_id_big", ")", "&", "set", "(", "site_id_small", ")", "if", "not", "common", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'There are no common sites between calculation '", "'%d and %d'", "%", "(", "calc_big", ",", "calc_small", ")", ")", "sids_small", "=", "[", "site_id_small", "[", "lonlat", "]", "for", "lonlat", "in", "common", "]", "pmap_big", "=", "PmapGetter", "(", "dstore_big", ")", ".", "get_mean", "(", ")", "# USA", "pmap_small", "=", "PmapGetter", "(", "dstore_big", ",", "sids", "=", "sids_small", ")", ".", "get_mean", "(", ")", "# Cal", "for", "lonlat", "in", "common", ":", "pmap_big", "[", "site_id_big", "[", "lonlat", "]", "]", "|=", "pmap_small", ".", "get", "(", "site_id_small", "[", "lonlat", "]", ",", "0", ")", "out", "=", "'combine_%d_%d.hdf5'", "%", "(", "calc_big", ",", "calc_small", ")", "with", "hdf5", ".", "File", "(", "out", ",", "'w'", ")", "as", "h5", ":", "h5", "[", "'hcurves/mean'", "]", "=", "pmap_big", "h5", "[", "'oqparam'", "]", "=", "dstore_big", "[", "'oqparam'", "]", "h5", "[", "'sitecol'", "]", "=", "dstore_big", "[", "'sitecol'", "]", "print", "(", "'Generated %s'", "%", "out", ")" ]

[ "Combine", "the", "hazard", "curves", "coming", "from", "two", "different", "calculations", ".", "The", "result", "will", "be", "the", "hazard", "curves", "of", "calc_big", "updated", "on", "the", "sites", "in", "common", "with", "calc_small", "with", "the", "PoEs", "of", "calc_small", ".", "For", "instance", ":", "calc_big", "=", "USA", "calc_small", "=", "California" ]

[ "def", "create_geometry", "(", "self", ",", "input_geometry", ",", "mesh_spacing", "=", "1.0", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "input_geometry", ",", "list", ")", "or", "len", "(", "input_geometry", ")", "<", "2", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Complex fault geometry incorrectly defined'", ")", "self", ".", "fault_edges", "=", "[", "]", "for", "edge", "in", "input_geometry", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "edge", ",", "Line", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "edge", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unrecognised or unsupported geometry '", "'definition'", ")", "else", ":", "self", ".", "fault_edges", ".", "append", "(", "Line", "(", "[", "Point", "(", "row", "[", "0", "]", ",", "row", "[", "1", "]", ",", "row", "[", "2", "]", ")", "for", "row", "in", "edge", "]", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "fault_edges", ".", "append", "(", "edge", ")", "# Updates the upper and lower sesmogenic depths to reflect geometry", "self", ".", "_get_minmax_edges", "(", "edge", ")", "# Build fault surface", "self", ".", "geometry", "=", "ComplexFaultSurface", ".", "from_fault_data", "(", "self", ".", "fault_edges", ",", "mesh_spacing", ")", "# Get a mean dip", "self", ".", "dip", "=", "self", ".", "geometry", ".", "get_dip", "(", ")" ]

[ "If", "geometry", "is", "defined", "as", "a", "numpy", "array", "then", "create", "instance", "of", "nhlib", ".", "geo", ".", "line", ".", "Line", "class", "otherwise", "if", "already", "instance", "of", "class", "accept", "class" ]