Datasets:

chintagunta85

/

pv_dataset

like 0

[ "Following", "the", "incubation", ",", "the", "cells", "were", "washed", "three", "times", "with", "ice", "-", "cold", "PBS", ",", "and", "cell", "-", "associated", "radioactivity", "was", "determined", "by", "a", "gamma", "counter", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Specific", "internalized", "125I", "-", "IGF", "-", "II", "was", "calculated", "by", "subtracting", "the", "count", "of", "samples", "with", "excessive", "unlabeled", "IGF", "-", "II", "from", "that", "without", "unlabeled", "IGF", "-", "II", ",", "and", "normalized", "to", "protein", "contents", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Beta", "-", "glucuronidase", "binding", "assay" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Binding", "of", "beta", "-", "glucuronidase", "was", "assayed", "as", "described", "previously", "[", "34", ",", "35", "]", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Briefly", ",", "cells", "were", "permeabilized", "with", "0", ".", "25", "%", "saponin", "in", "50", "mM", "Hepes", "(", "pH", "7", ".", "0", ")", ",", "150", "mM", "NaCl", ",", "5", "mM", "beta", "-", "glycerophosphate", ",", "0", ".", "5", "%", "human", "serum", "albumin", ",", "and", "10", "mM", "mannose", "-", "6", "-", "phosphate", "(", "M6P", ")", "for", "30", "minutes", "on", "ice", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "cells", "were", "washed", "three", "times", "with", "ice", "-", "cold", "PBS", "containing", "0", ".", "05", "%", "saponin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "They", "were", "incubated", "with", "20", ",", "000", "units", "/", "ml", "beta", "-", "glucuronidase", "from", "bovine", "liver", "(", "Sigma", ")", "in", "50", "mM", "Hepes", "(", "pH", "7", ".", "5", ")", "containing", "150", "mM", "NaCl", ",", "5", "mM", "beta", "-", "glycerophosphate", ",", "0", ".", "5", "%", "human", "serum", "albumin", ",", "0", ".", "5", "%", "saponin", "with", "or", "without", "10", "mM", "M6P", "overnight", "on", "ice", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Cells", "were", "washed", "five", "times", "with", "ice", "-", "cold", "PBS", "containing", "0", ".", "05", "%", "saponin", "and", "sonicated", "in", "100", "mM", "sodium", "acetate", "(", "pH", "4", ".", "6", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "protein", "concentration", "of", "solubilized", "cell", "extract", "was", "measured", "and", "enzyme", "activity", "was", "assayed", "as", "follows", ":", "for", "each", "reaction", "50", "ul", "cell", "extract", "were", "added", "to", "500", "ul", "of", "100", "mM", "sodium", "acetate", "(", "pH", "4", ".", "0", ")", "containing", "1", "mM", "paranitrophenyl", "(", "PNP", ")", "-", "beta", "-", "glucuronide", "(", "Sigma", ")", "as", "substrate", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "After", "an", "incubation", "period", "of", "3", "hours", "at", "37", "degrees", "C", ",", "500", "ul", "1", "M", "Na2CO3", "were", "added", "to", "each", "reaction", "and", "the", "absorbance", "was", "measured", "at", "400", "nm", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Experimental", "values", "were", "compared", "to", "a", "standard", "curve", "that", "was", "constructed", "using", "1", "-", "100", "nM", "solutions", "of", "PNP", "(", "Sigma", ")", "in", "500", "ul", "100", "mM", "sodium", "acetate", "and", "500", "u1", "1", "M", "Na2CO3", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Specific", "activity", "was", "calculated", "as", "nM", "of", "PNP", "produced", "/", "hour", "/", "mg", "of", "protein", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Beta", "-", "glucuronidase", "endocytosis", "assay" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Beta", "-", "glucuronidase", "endocytosis", "assay", "was", "carried", "out", "as", "described", "previously", "[", "36", "]", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Briefly", ",", "confluent", "cell", "cultures", "were", "washed", "twice", "with", "pre", "-", "warmed", "serum", "-", "free", "DMEM", "followed", "by", "incubation", "with", "DMEM", "containing", "5", "mg", "/", "ml", "human", "serum", "albumin", "and", "10", "mM", "M6P", "for", "20", "minutes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Following", "incubation", "cells", "were", "washed", "3", "times", "with", "pre", "-", "warmed", "DMEM", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Cells", "were", "then", "incubated", "in", "DMEM", "containing", "5", "mg", "/", "ml", "human", "serum", "albumin", "alone", "or", "4000", "units", "beta", "-", "glucuronidase", "with", "or", "without", "10", "mM", "M6P", "for", "2", "hours", "at", "37", "degrees", "C", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Following", "the", "incubation", ",", "the", "cells", "were", "washed", "5", "times", "with", "ice", "-", "cold", "PBS", "and", "subjected", "to", "enzyme", "activity", "assay", "as", "described", "above", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Cell", "proliferation", "assay", "(", "MTT", "assay", "and", "cell", "counts", ")" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Cardiac", "myocytes", "were", "grown", "in", "culture", "plates", "(", "tissue", "culture", "grade", ",", "12", "wells", ",", "flat", "bottom", ")", "in", "a", "final", "volume", "of", "1", "ml", "serum", "-", "containing", "culture", "medium", "per", "well", ",", "in", "a", "humidified", "atmosphere", "(", "37", "degrees", "C", "and", "5", "%", "C02", ")", "for", "3", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "After", "infection", "with", "Ad", "-", "GFP", "/", "IGF2R", "-", "Rz", "or", "Ad", "-", "GFP", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "or", "without", "50", "ng", "/", "ml", "IGF", "-", "II", "for", "4", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Following", "supplementation", "with", "IGF", "-", "II", ",", "100", "mu", "l", "MTT", "labeling", "reagent", "(", "Roche", ")", "were", "added", "to", "each", "well", "and", "cells", "were", "incubated", "for", "4", "hours", ",", "followed", "by", "addition", "of", "1", "ml", "solubilization", "solution", "into", "each", "well", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "plate", "was", "placed", "in", "an", "incubator", "at", "37", "degrees", "C", "overnight", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Spectrophotometrical", "absorbency", "of", "the", "samples", "was", "measured", "using", "an", "UV", "-", "visible", "Recording", "Spectrophotometer", "with", "wavelength", "of", "550", "-", "690", "nm", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "addition", ",", "the", "total", "number", "of", "viable", "cells", "in", "each", "treatment", "was", "counted", "by", "trypan", "blue", "exclusion", "method", "using", "a", "hemocytometer", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Induction", "and", "analysis", "of", "cell", "apoptosis" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Cells", "were", "infected", "with", "Ad", "-", "GFP", "or", "Ad", "-", "GFP", "/", "IGF2R", "-", "Rz", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Seventy", "-", "two", "hours", "post", "infection", ",", "cells", "were", "treated", "with", "TNF", "(", "0", ".", "1", "ng", "/", "ml", ")", "for", "24", "hrs", "or", "subjected", "to", "hypoxia", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "For", "induction", "of", "apoptosis", "by", "hypoxia", ",", "cell", "culture", "medium", "was", "changed", "to", "serum", "-", "free", "F", "-", "10", "saturated", "with", "95", "%", "N2", "/", "5", "%", "CO2", "and", "cells", "were", "placed", "in", "a", "37", "degrees", "C", "airtight", "box", "saturated", "with", "95", "%", "N2", "/", "5", "%", "CO2", "for", "24", "hrs", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "For", "normoxic", "controls", ",", "culture", "medium", "was", "changed", "to", "F", "-", "10", "/", "5", "%", "F", "BS", "/", "10", "%", "HS", "and", "cells", "were", "placed", "in", "a", "37", "degrees", "C", "/", "5", "%", "CO2", "incubator", "for", "24", "hrs", "before", "analysis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Apoptotic", "cells", "were", "identified", "by", "Hoechst", "staining", "using", "the", "Vybrant", "(", "TM", ")", "Apoptosis", "Kit", "#", "5", "(", "Molecular", "Probes", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "protocol", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "addition", ",", "after", "infection", "with", "Ad", "-", "GFP", "or", "Ad", "-", "GFP", "/", "IGF2R", "-", "Rz", "and", "challenge", "with", "either", "TNF", "or", "hypoxia", ",", "cell", "viability", "was", "assessed", "using", "the", "MTT", "assay", "Kit", "(", "Roche", "Molecular", "Biochemicals", ")", "and", "cell", "apoptosis", "was", "determined", "using", "the", "Cell", "Death", "Detection", "ELISA", "Kit", "assay", "(", "Roche", "Molecular", "Biochemicals", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "protocol", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Statistical", "analysis" ]

[ 0, 0 ]

[ "Students", "'", "t", "-", "test", "was", "used", "to", "evaluate", "the", "difference", "between", "two", "values", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Each", "experiment", "was", "repeated", "at", "least", "three", "times", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Statistical", "significance", "was", "accepted", "at", "the", "level", "of", "p", "<", "0", ".", "05", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "List", "of", "abbreviations", "used" ]

[ 0, 0, 0, 0 ]

[ "Ad", "-", "GFP", ",", "adenovirus", "carrying", "GFP", "gene", ";", "Ad", "-", "GFP", "/", "IGF2R", "-", "Rz", ",", "adenovirus", "carrying", "both", "the", "ribozyme", "against", "M6P", "/", "IGF2R", "and", "the", "GFP", "gene", ";", "GFP", ",", "green", "fluorescent", "protein", ";", "IGF", "-", "II", ",", "insulin", "-", "like", "growth", "factor", "II", ";", "M6P", "/", "IGF2R", ",", "mannose", "6", "-", "phosphate", "/", "insulin", "-", "like", "growth", "factor", "II", "receptor", ";", "Rz", ",", "ribozyme", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Authors", "'", "contributions" ]

[ 0, 0, 0 ]

[ "ZC", "carried", "out", "construction", "of", "the", "ribozyme", ",", "production", "of", "the", "viruses", ",", "cellular", "experiments", ",", "biochemical", "assays", "and", "data", "analysis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "YG", "carried", "out", "the", "RPA", "assay", "and", "participated", "in", "the", "molecular", "biological", "studies", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "JXK", "conceived", "of", "the", "study", ",", "participated", "in", "its", "design", "and", "coordination", ",", "and", "drafted", "the", "manuscript", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "SledgeHMMER", ":", "a", "web", "server", "for", "batch", "searching", "the", "Pfam", "database" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Abstract" ]

[ 0 ]

[ "The", "SledgeHMMER", "web", "server", "is", "intended", "for", "genome", "-", "scale", "searching", "of", "the", "Pfam", "database", "without", "having", "to", "install", "this", "database", "and", "the", "HMMER", "software", "locally", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "server", "implements", "a", "parallelized", "version", "of", "hmmpfam", ",", "the", "program", "used", "for", "searching", "the", "Pfam", "HMM", "database", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Pfam", "search", "results", "have", "been", "calculated", "for", "the", "entire", "Swiss", "-", "Prot", "and", "TrEmbl", "database", "sequences", "(", "~", "1", ".", "2", "million", ")", "on", "256", "processors", "of", "IA64", "-", "based", "teragrid", "machines", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "Pfam", "database", "can", "be", "searched", "in", "local", ",", "glocal", "or", "merged", "mode", ",", "using", "either", "gathering", "or", "E", "-", "value", "thresholds", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Query", "sequences", "are", "first", "matched", "against", "the", "pre", "-", "calculated", "entries", "to", "retrieve", "results", ",", "and", "those", "without", "matches", "are", "processed", "through", "a", "new", "search", "process", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Results", "are", "emailed", "in", "a", "space", "-", "delimited", "tabular", "format", "upon", "completion", "of", "the", "search", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "While", "most", "other", "Pfam", "-", "searching", "web", "servers", "set", "a", "limit", "of", "one", "sequence", "per", "query", ",", "this", "server", "processes", "batch", "sequences", "with", "no", "limit", "on", "the", "number", "of", "input", "sequences", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "web", "server", "and", "downloadable", "data", "are", "accessible", "from", "http", ":", "/", "/", "SledgeHmmer", ".", "sdsc", ".", "edu", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "INTRODUCTION" ]

[ 0 ]

[ "Searching", "for", "conserved", "domains", "has", "become", "an", "integral", "part", "of", "several", "bioinformatics", "data", "analysis", "pipelines", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "Pfam", "protein", "families", "database", "[", "(", "1", ")", ";", "http", ":", "/", "/", "pfam", ".", "wustl", ".", "edu", "]", "contains", "the", "single", "largest", "public", "collection", "of", "conserved", "functional", "domains", "and", "hence", "is", "integrated", "into", "many", "bioinformatics", "resources", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "current", "version", "(", "release", "12", ")", "of", "the", "Pfam", "-", "A", "database", "contains", "7316", "HMM", "domains", ",", "making", "it", "an", "indispensable", "resource", "for", "protein", "functional", "annotation", "(", "2", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "However", ",", "the", "size", "of", "the", "Pfam", "database", "is", "quite", "large", "(", "~", "600", "MB", ")", "and", "genome", "-", "scale", "searching", "of", "protein", "sequences", "against", "this", "database", "is", "a", "highly", "compute", "-", "intensive", "task", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Hence", ",", "with", "the", "exception", "of", "the", "Sanger", "Center", "web", "server", "(", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "sanger", ".", "ac", ".", "uk", "/", "Software", "/", "Pfam", ")", ",", "all", "other", "Pfam", "-", "searching", "servers", "permit", "submission", "of", "only", "one", "protein", "sequence", "at", "a", "time", "(", "http", ":", "/", "/", "pfam", ".", "wustl", ".", "edu", ",", "http", ":", "/", "/", "pfam", ".", "jouy", ".", "inra", ".", "fr", ",", "http", ":", "/", "/", "pfam", ".", "cgb", ".", "ki", ".", "se", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Currently", ",", "the", "Sanger", "Center", "web", "server", "limits", "batch", "submission", "to", "1000", "sequences", "at", "a", "time", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Other", "than", "this", ",", "for", "batch", "searching", ",", "users", "are", "required", "to", "install", "the", "Pfam", "database", "and", "the", "HMMER", "software", "[", "(", "3", ")", ";", "http", ":", "/", "/", "hmmer", ".", "wustl", ".", "edu", ")", "locally", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Given", "the", "size", "and", "dynamic", "nature", "of", "this", "database", "(", "14", "updates", "in", "the", "last", "two", "years", ")", ",", "it", "is", "not", "convenient", "to", "maintain", "the", "latest", "versions", "of", "these", "tools", "locally", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Moreover", ",", "the", "hmmpfam", "program", "used", "for", "searching", "the", "Pfam", "database", "is", "very", "slow", "and", "memory", "intensive", "(", "on", "Solaris", "machines", ",", "the", "processing", "speed", "is", "about", "10", "sequences", "per", "1", "h", "of", "CPU", "time", ")", ",", "making", "this", "process", "a", "bottleneck", "in", "several", "data", "analysis", "pipelines", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Web", "servers", "that", "enable", "batch", "searching", "of", "the", "Pfam", "database", "are", "extremely", "beneficial", "to", "the", "user", "community", ",", "especially", "to", "those", "without", "local", "access", "to", "high", "-", "end", "computational", "power", ",", "memory", "and", "disk", "space", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "this", "end", "we", "have", "developed", "a", "parallelized", "version", ",", "as", "well", "as", "an", "optimized", "single", "-", "processor", "version", ",", "of", "hmmpfam", "from", "release", "2", ".", "3", ".", "2", "of", "the", "HMMER", "software", ",", "as", "described", "in", "the", "next", "section", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Using", "these", "programs", ",", "we", "present", "the", "SledgeHMMER", "web", "server", "(", "http", ":", "/", "/", "SledgeHmmer", ".", "sdsc", ".", "edu", ")", ",", "which", "is", "capable", "of", "batch", "searching", "a", "large", "number", "of", "protein", "sequences", "concurrently", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "DESIGN", "AND", "IMPLEMENTATION" ]

[ 0, 0, 0 ]

[ "The", "current", "web", "service", "is", "mainly", "intended", "for", "genome", "-", "scale", "searching", "of", "the", "Pfam", "-", "A", "database", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Searches", "are", "possible", "for", "different", "Pfam", "-", "searching", "modes", "such", "as", "local", ",", "glocal", "and", "merged", ",", "using", "either", "gathering", "or", "E", "-", "value", "thresholds", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "expedite", "the", "response", "time", ",", "we", "developed", "a", "database", "containing", "pre", "-", "calculated", "Pfam", "search", "results", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Query", "sequences", "are", "matched", "against", "the", "pre", "-", "calculated", "entries", "using", "hexadecimal", "hashing", "methods", "from", "the", "MD5", "Perl", "module", ",", "and", "those", "without", "matches", "are", "separated", "out", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Results", "for", "matching", "sequences", "are", "retrieved", "from", "the", "pre", "-", "calculated", "database", "while", ",", "for", "other", "sequences", ",", "a", "new", "search", "process", "is", "initiated", "using", "our", "improved", "hmmpfam", "program", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Results", "are", "emailed", "in", "a", "space", "-", "delimited", "tabular", "format", "upon", "completion", "of", "the", "search", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Parallelizing", "the", "hmmpfam", "algorithm" ]

[ 0, 0, 0, 0 ]

[ "Computing", "batch", "searches", "against", "the", "Pfam", "database", "is", "a", "two", "-", "dimensional", "(", "2D", ")", "problem", ",", "i", ".", "e", ".", "searching", "N", "query", "sequences", "against", "M", "Pfam", "HMMs", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Thus", ",", "this", "problem", "can", "be", "parallelized", "across", "any", "dimension", "or", "across", "both", "dimensions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "A", "minor", "disadvantage", "of", "parallelizing", "across", "the", "M", "dimension", "is", "that", "a", "global", "gather", "needs", "to", "be", "performed", "at", "the", "end", "of", "the", "computation", "to", "identify", "the", "best", "matched", "HMM", "models", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Along", "the", "N", "dimension", "the", "computation", "is", "completely", "independent", ",", "however", ";", "due", "to", "the", "variation", "in", "the", "query", "sequence", "lengths", ",", "the", "traditional", "message", "passing", "interface", "(", "MPI", ")", "technique", "of", "splitting", "the", "file", "into", "equal", "numbers", "of", "sequences", "may", "result", "in", "load", "imbalance", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Hence", ",", "the", "best", "way", "to", "parallelize", "code", "along", "the", "N", "dimension", "is", "to", "stripmine", "the", "query", "sequences", "as", "the", "processors", "finish", "working", "on", "their", "previous", "ones", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "can", "be", "achieved", "using", "an", "MPI", "technique", "in", "which", "one", "processor", "reads", "the", "query", "sequence", "file", "and", "sends", "the", "sequences", "to", "all", "others", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Here", ",", "we", "have", "parallelized", "the", "HMMER", "code", "along", "the", "N", "dimension", "(", "query", "sequences", ")", "using", "a", "Unix", "-", "based", "file", "-", "locking", "technique", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "implementation", "requires", "all", "the", "processors", ",", "nodes", "and", "computers", "working", "on", "a", "single", "problem", "to", "have", "access", "to", "a", "file", "system", "that", "honors", "Unix", "file", "locking", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "So", "far", ",", "we", "have", "tested", "the", "implementation", "on", "AIX", ",", "Linux", ",", "NFS", "and", "GPFS", "file", "systems", "and", "found", "our", "program", "to", "work", "correctly", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "advantages", "of", "parallelizing", "with", "file", "locking", "are", "that", "(", "i", ")", "new", "processes", "can", "join", "or", "leave", "the", "process", "pool", "in", "the", "middle", "of", "computing", ";", "(", "ii", ")", "almost", "perfect", "load", "balancing", "can", "be", "achieved", ";", "(", "iii", ")", "processors", "with", "different", "clock", "speeds", "running", "different", "operating", "systems", "can", "be", "part", "of", "the", "same", "pool", ";", "and", "(", "iv", ")", "systems", "do", "not", "need", "to", "have", "MPI", "or", "parallel", "virtual", "machine", "(", "PVM", ")", "installed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Since", "the", "parallelized", "subroutines", "are", "written", "in", "a", "separate", "file", "as", "function", "calls", ",", "very", "little", "change", "is", "needed", "to", "the", "original", "HMMER", "code", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "parallel", "routines", "are", "generic", "and", ",", "hence", ",", "can", "be", "used", "to", "parallelize", "other", "programs", "with", "similar", "computational", "requirements", ",", "such", "as", "the", "BLAST", "suite", "of", "programs", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "A", "brief", "description", "of", "the", "parallel", "function", "calls", "is", "provided", "below", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "All", "the", "processes", "joining", "the", "work", "pool", "will", "call" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "first", "process", "that", "calls", "this", "subroutine", "will", "create", "the", "lockFile", "and", "write", "the", "starting", "index", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "is", "the", "index", "from", "which", "sequence", "stripmining", "happens", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "rest", "of", "the", "processes", "open", "the", "file", "stream", "to", "the", "lockFile", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Then", ",", "inside", "the", "main", "work", "loop", ",", "every", "process", "calls" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "resulting", "in", "every", "process", "getting", "a", "unique", "next", "available", "job", "(", "index", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Each", "process", "computes", "the", "homology", "search", "for", "the", "sequence", "index", "matching", "the", "unique", "index", "obtained", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "steps", "are", "iterated", "until", "no", "more", "sequences", "are", "left", "in", "the", "query", "sequence", "file", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Outside", "the", "work", "loop", "at", "the", "end", ",", "all", "the", "processes", "call" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "which", "will", "close", "the", "lockFile", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "user", "has", "to", "ensure", "a", "unique", "lockFile", "for", "each", "new", "query", "sequence", "file", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "If", "for", "some", "reason", "the", "work", "pool", "is", "stopped", "in", "the", "middle", "of", "a", "query", "sequence", "file", ",", "it", "can", "continue", "from", "the", "same", "point", "by", "using", "the", "same", "lockFile", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "this", "version", "of", "the", "hmmpfam", "program", ",", "all", "processes", "write", "search", "results", "to", "a", "single", "output", "file", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "minimize", "synchronization", "overheads", ",", "each", "process", "writes", "the", "output", "into", "a", "temporary", "buffer", "and", "writes", "once", "per", "sequence", "into", "the", "output", "file", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]