Module Expr Str Import alias Import alias Import alias ImportFrom alias ClassDef bases AttributeLoad NameLoad attr body FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Str keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Num keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Num keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list FunctionDef arguments args NameParam defaults body Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Assign NameStore Call AttributeLoad NameLoad attr Str Expr Call AttributeLoad AttributeLoad AttributeLoad NameLoad attr attr attr Call NameLoad keyword NameLoad keyword Str keyword Num keyword NameLoad keyword NameLoad Expr Call AttributeLoad NameLoad attr Call AttributeLoad NameLoad attr Str decorator_list decorator_list If CompareEq NameLoad Str body Expr Call AttributeLoad NameLoad attr
N/A N/A 
Tests for fastqutils trim
 N/A unittest N/A StringIO N/A ngsutils.fastq.trim ngsutils.fastq FASTQ TrimTest N/A N/A unittest TestCase N/A testTrim5 N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
ACGTaaccggttccttggaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar - note offset
aACGTtgtgatagctacgact
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@baz
AGCTtgtagatgatagataga
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_5 ACGT min_len 10 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @foo
aaccggttccttggaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar - note offset
tgtgatagctacgact
+
;;;;;;;;;;;;;;;;
@baz
AGCTtgtagatgatagataga
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A testTrim3 N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
aaccggttccttggaaACGT
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar - note offset
tgtgatagctacgactACGTa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@baz
tgtagatgatagatagaAGCT
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_3 ACGT min_len 10 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @foo
aaccggttccttggaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar - note offset
tgtgatagctacgact
+
;;;;;;;;;;;;;;;;
@baz
tgtagatgatagatagaAGCT
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A testTrim53 N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
TTGCaaccggttccttggaaACGT
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar - note offset
aaTTGCtgtgatagctacgactACGTa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@baz
TAGCtgtagatgatagatagaAGCT
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_5 TTGC linker_3 ACGT min_len 10 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @foo
aaccggttccttggaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar - note offset
tgtgatagctacgact
+
;;;;;;;;;;;;;;;;
@baz
TAGCtgtagatgatagatagaAGCT
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A testTrimMinLen N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
TTGCaaccggttccttggaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
TTGCtgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_5 TTGC min_len 20 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @bar
tgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A testTrimMinOffset N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
aaaaaTTGCaaccggttccttggaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
TTGCtgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_5 TTGC min_len 20 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @foo
aaaaaTTGCaaccggttccttggaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
tgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A testTrimPctIdentity N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
TTGCCaaccggttccttagaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
TTGGCtgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_5 TTGGC min_len 10 pct_identity 1.0 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @foo
TTGCCaaccggttccttagaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
tgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A testTrimPctIdentity0_8 N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
TTGCCaaccggttccttagaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
TTGGCtgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_5 TTGGC min_len 10 pct_identity 0.75 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @foo
aaccggttccttagaa
+
;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
tgtgatagctacgactaaaacc
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A testTrimCS N/A N/A self N/A N/A N/A fq N/A N/A StringIO StringIO @foo
T012301231231013101112231
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
T012301231231013101112111
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A out N/A N/A StringIO StringIO N/A N/A N/A N/A N/A ngsutils fastq trim fastq_trim N/A FASTQ fileobj fq linker_3 112231 min_len 10 quiet True out out N/A N/A N/A self assertEqual N/A N/A out getvalue @foo
T012301231231013101
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
@bar
T012301231231013101112111
+
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 N/A N/A N/A N/A __name__ __main__ N/A N/A N/A N/A unittest main