Datasets:

kejian

/

csn-pep8-linelevel-200k

like 0

[ "def", "is_valid_mpls_label", "(", "label", ")", ":", "if", "(", "not", "isinstance", "(", "label", ",", "numbers", ".", "Integral", ")", "or", "(", "4", "<=", "label", "<=", "15", ")", "or", "(", "label", "<", "0", "or", "label", ">", "2", "**", "20", ")", ")", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ 0.03225806451612903, 0.037037037037037035, 0, 0.15384615384615385, 0.09090909090909091, 0.03389830508474576, 0.03773584905660377, 0.03389830508474576, 0.037037037037037035, 0.06896551724137931, 0.2857142857142857, 0.06, 0.06060606060606061, 0.06818181818181818, 0.1, 0, 0.13333333333333333 ]

[ "def", "create_dscp_marking_rule", "(", "self", ",", "policy", ",", "body", "=", "None", ")", ":", "return", "self", ".", "post", "(", "self", ".", "qos_dscp_marking_rules_path", "%", "policy", ",", "body", "=", "body", ")" ]

[ 0.018518518518518517, 0.043478260869565216, 0.04477611940298507, 0.14285714285714285 ]

[ "def", "md_jdbc_virtual_table", "(", "key", ",", "node", ")", ":", "name", "=", "node", ".", "find", "(", "\"name\"", ")", "sql", "=", "node", ".", "find", "(", "\"sql\"", ")", "escapeSql", "=", "node", ".", "find", "(", "\"escapeSql\"", ")", "escapeSql", "=", "escapeSql", ".", "text", "if", "escapeSql", "is", "not", "None", "else", "None", "keyColumn", "=", "node", ".", "find", "(", "\"keyColumn\"", ")", "keyColumn", "=", "keyColumn", ".", "text", "if", "keyColumn", "is", "not", "None", "else", "None", "n_g", "=", "node", ".", "find", "(", "\"geometry\"", ")", "geometry", "=", "JDBCVirtualTableGeometry", "(", "n_g", ".", "find", "(", "\"name\"", ")", ",", "n_g", ".", "find", "(", "\"type\"", ")", ",", "n_g", ".", "find", "(", "\"srid\"", ")", ")", "parameters", "=", "[", "]", "for", "n_p", "in", "node", ".", "findall", "(", "\"parameter\"", ")", ":", "p_name", "=", "n_p", ".", "find", "(", "\"name\"", ")", "p_defaultValue", "=", "n_p", ".", "find", "(", "\"defaultValue\"", ")", "p_defaultValue", "=", "p_defaultValue", ".", "text", "if", "p_defaultValue", "is", "not", "None", "else", "None", "p_regexpValidator", "=", "n_p", ".", "find", "(", "\"regexpValidator\"", ")", "p_regexpValidator", "=", "p_regexpValidator", ".", "text", "if", "p_regexpValidator", "is", "not", "None", "else", "None", "parameters", ".", "append", "(", "JDBCVirtualTableParam", "(", "p_name", ",", "p_defaultValue", ",", "p_regexpValidator", ")", ")", "return", "JDBCVirtualTable", "(", "name", ",", "sql", ",", "escapeSql", ",", "geometry", ",", "keyColumn", ",", "parameters", ")" ]

[ 0.02702702702702703, 0.031746031746031744, 0.07142857142857142, 0.07692307692307693, 0.05263157894736842, 0.03076923076923077, 0.05263157894736842, 0.03076923076923077, 0.06451612903225806, 0.03225806451612903, 0.10526315789473684, 0.04878048780487805, 0.06060606060606061, 0.04081632653061224, 0.03571428571428571, 0.03636363636363636, 0.03225806451612903, 0.03296703296703297, 0, 0.036585365853658534 ]

[ "def", "abspath", "(", "self", ",", "path", ",", "project", "=", "None", ",", "root", "=", "None", ")", ":", "if", "root", "is", "None", ":", "root", "=", "self", ".", "config", ".", "projects", "[", "project", "or", "self", ".", "projectname", "]", "[", "'root'", "]", "return", "osp", ".", "join", "(", "root", ",", "path", ")" ]

[ 0.02040816326530612, 0.03225806451612903, 0, 0.02564102564102564, 0.02857142857142857, 0.11764705882352941, 0, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0.11764705882352941, 0.030303030303030304, 0.1, 0.07792207792207792, 0.125, 0.11764705882352941, 0.034482758620689655, 0, 0.13333333333333333, 0.13333333333333333, 0.18181818181818182, 0.038461538461538464, 0.08333333333333333, 0.02631578947368421, 0.05714285714285714 ]

[ "def", "setup", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "blocks", "=", "self", ".", "config", "[", "'block_comments'", "]", "self", ".", "lines", "=", "self", ".", "config", "[", "'line_comments'", "]", "self", ".", "group_comments", "=", "self", ".", "config", "[", "'group_comments'", "]", "self", ".", "prefix", "=", "self", ".", "config", "[", "'prefix'", "]", "self", ".", "generic_mode", "=", "self", ".", "config", "[", "'generic_mode'", "]", "self", ".", "strings", "=", "self", ".", "config", "[", "'strings'", "]", "self", ".", "trigraphs", "=", "self", ".", "config", "[", "'trigraphs'", "]", "self", ".", "decode_escapes", "=", "self", ".", "config", "[", "'decode_escapes'", "]", "self", ".", "charset_size", "=", "self", ".", "config", "[", "'charset_size'", "]", "self", ".", "wide_charset_size", "=", "self", ".", "config", "[", "'wide_charset_size'", "]", "self", ".", "exec_charset", "=", "self", ".", "get_encoding_name", "(", "self", ".", "config", "[", "'exec_charset'", "]", ")", "self", ".", "wide_exec_charset", "=", "self", ".", "get_encoding_name", "(", "self", ".", "config", "[", "'wide_exec_charset'", "]", ")", "self", ".", "string_types", ",", "self", ".", "wild_string_types", "=", "self", ".", "eval_string_type", "(", "self", ".", "config", "[", "'string_types'", "]", ")", "if", "not", "self", ".", "generic_mode", ":", "self", ".", "pattern", "=", "RE_CPP" ]

[ 0.0625, 0.1, 0, 0.0392156862745098, 0.04081632653061224, 0.03389830508474576, 0.046511627906976744, 0.03636363636363636, 0.044444444444444446, 0.04081632653061224, 0.03389830508474576, 0.03636363636363636, 0.03076923076923077, 0.02531645569620253, 0.033707865168539325, 0.029411764705882353, 0.06060606060606061, 0.06060606060606061 ]

[ "def", "density_2d", "(", "self", ",", "x", ",", "y", ",", "Rs", ",", "rho0", ",", "r_core", ",", "center_x", "=", "0", ",", "center_y", "=", "0", ")", ":", "x_", "=", "x", "-", "center_x", "y_", "=", "y", "-", "center_y", "R", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "x_", "**", "2", "+", "y_", "**", "2", ")", "b", "=", "r_core", "*", "Rs", "**", "-", "1", "x", "=", "R", "*", "Rs", "**", "-", "1", "Fx", "=", "self", ".", "_F", "(", "x", ",", "b", ")", "return", "2", "*", "rho0", "*", "Rs", "*", "Fx" ]

[ 0.014492753623188406, 0.18181818181818182, 0.046153846153846156, 0, 0.08333333333333333, 0.08823529411764706, 0.0967741935483871, 0.13043478260869565, 0.05970149253731343, 0.12, 0.1, 0.14814814814814814, 0.05263157894736842, 0.18181818181818182, 0.08, 0.08, 0.05263157894736842, 0.06896551724137931, 0.08333333333333333, 0.07692307692307693, 0, 0.06060606060606061 ]

[ "def", "get_track_by_mbid", "(", "self", ",", "mbid", ")", ":", "params", "=", "{", "\"mbid\"", ":", "mbid", "}", "doc", "=", "_Request", "(", "self", ",", "\"track.getInfo\"", ",", "params", ")", ".", "execute", "(", "True", ")", "return", "Track", "(", "_extract", "(", "doc", ",", "\"name\"", ",", "1", ")", ",", "_extract", "(", "doc", ",", "\"name\"", ")", ",", "self", ")" ]

[ 0.029411764705882353, 0.038461538461538464, 0, 0.06451612903225806, 0, 0.029850746268656716, 0, 0.02666666666666667 ]

[ "def", "groups", "(", "self", ")", "->", "typing", ".", "Iterator", "[", "'Group'", "]", ":", "for", "group_category", "in", "Mission", ".", "valid_group_categories", ":", "if", "group_category", "in", "self", ".", "_section_this_country", ".", "keys", "(", ")", ":", "for", "group_index", "in", "self", ".", "_section_this_country", "[", "group_category", "]", "[", "'group'", "]", ":", "if", "group_index", "not", "in", "self", ".", "__groups", "[", "group_category", "]", ":", "self", ".", "__groups", "[", "group_category", "]", "[", "group_index", "]", "=", "Group", "(", "self", ".", "d", ",", "self", ".", "l10n", ",", "self", ".", "coa_color", ",", "self", ".", "country_index", ",", "group_category", ",", "group_index", ")", "yield", "self", ".", "__groups", "[", "group_category", "]", "[", "group_index", "]" ]

[ 0.022222222222222223, 0.18181818181818182, 0.03571428571428571, 0.18181818181818182, 0.03278688524590164, 0.029850746268656716, 0.034482758620689655, 0.027777777777777776, 0.03669724770642202, 0.03636363636363636, 0.05747126436781609, 0.029411764705882353 ]

[ "def", "load_config", "(", "settings", ")", ":", "config", "=", "ConfigParser", "(", ")", "section", "=", "'pgdocgen'", "try", ":", "config", ".", "read", "(", "settings", "[", "'configfile'", "]", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "'Failed to read config: '", "+", "str", "(", "e", ")", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "for", "option", "in", "config", ".", "options", "(", "section", ")", ":", "settings", "[", "option", "]", "=", "config", ".", "get", "(", "section", ",", "option", ")", "return", "settings" ]

[ 0.038461538461538464, 0.05128205128205128, 0.07407407407407407, 0.08333333333333333, 0.25, 0.046511627906976744, 0.07692307692307693, 0.03333333333333333, 0.10526315789473684, 0.047619047619047616, 0.037037037037037035, 0.10526315789473684 ]

[ "def", "angle2xyz", "(", "azi", ",", "zen", ")", ":", "azi", "=", "xu", ".", "deg2rad", "(", "azi", ")", "zen", "=", "xu", ".", "deg2rad", "(", "zen", ")", "x", "=", "xu", ".", "sin", "(", "zen", ")", "*", "xu", ".", "sin", "(", "azi", ")", "y", "=", "xu", ".", "sin", "(", "zen", ")", "*", "xu", ".", "cos", "(", "azi", ")", "z", "=", "xu", ".", "cos", "(", "zen", ")", "return", "x", ",", "y", ",", "z" ]

[ 0.041666666666666664, 0.04, 0.08, 0.08, 0.06060606060606061, 0.06060606060606061, 0.10526315789473684, 0.1111111111111111 ]

[ "def", "get_level", "(", "self", ",", "level", "=", "2", ")", ":", "if", "level", "==", "1", ":", "for", "child", "in", "self", ".", "children", ".", "values", "(", ")", ":", "yield", "child", "else", ":", "for", "child", "in", "self", ".", "children", ".", "values", "(", ")", ":", "for", "node", "in", "child", ".", "get_level", "(", "level", "-", "1", ")", ":", "yield", "node" ]

[ 0.034482758620689655, 0.03389830508474576, 0.09090909090909091, 0.05, 0.15384615384615385, 0.041666666666666664, 0.046875 ]

[ "def", "to_file", "(", "self", ",", "destination", ",", "format", "=", "'csv'", ",", "csv_delimiter", "=", "','", ",", "csv_header", "=", "True", ")", ":", "f", "=", "codecs", ".", "open", "(", "destination", ",", "'w'", ",", "'utf-8'", ")", "fieldnames", "=", "[", "]", "for", "column", "in", "self", ".", "schema", ":", "fieldnames", ".", "append", "(", "column", ".", "name", ")", "if", "sys", ".", "version_info", "[", "0", "]", "==", "2", ":", "csv_delimiter", "=", "csv_delimiter", ".", "encode", "(", "'unicode_escape'", ")", "writer", "=", "csv", ".", "DictWriter", "(", "f", ",", "fieldnames", "=", "fieldnames", ",", "delimiter", "=", "csv_delimiter", ")", "if", "csv_header", ":", "writer", ".", "writeheader", "(", ")", "for", "row", "in", "self", ":", "writer", ".", "writerow", "(", "row", ")", "f", ".", "close", "(", ")" ]

[ 0.024691358024691357, 0.037037037037037035, 0, 0.2222222222222222, 0.04285714285714286, 0.056179775280898875, 0.04938271604938271, 0.04395604395604396, 0.18181818181818182, 0.06976744186046512, 0.2857142857142857, 0.043478260869565216, 0.10526315789473684, 0.06666666666666667, 0.08333333333333333, 0.0625, 0.05, 0.02564102564102564, 0.1111111111111111, 0.11538461538461539, 0.1, 0.11538461538461539, 0.15384615384615385 ]

[ "def", "cell", "(", "self", ",", "w", ",", "h", "=", "0", ",", "txt", "=", "''", ",", "border", "=", "0", ",", "ln", "=", "0", ",", "align", "=", "''", ",", "fill", "=", "0", ",", "link", "=", "''", ")", ":", "txt", "=", "self", ".", "normalize_text", "(", "txt", ")", "k", "=", "self", ".", "k", "if", "(", "self", ".", "y", "+", "h", ">", "self", ".", "page_break_trigger", "and", "not", "self", ".", "in_footer", "and", "self", ".", "accept_page_break", "(", ")", ")", ":", "#Automatic page break", "x", "=", "self", ".", "x", "ws", "=", "self", ".", "ws", "if", "(", "ws", ">", "0", ")", ":", "self", ".", "ws", "=", "0", "self", ".", "_out", "(", "'0 Tw'", ")", "self", ".", "add_page", "(", "self", ".", "cur_orientation", ")", "self", ".", "x", "=", "x", "if", "(", "ws", ">", "0", ")", ":", "self", ".", "ws", "=", "ws", "self", ".", "_out", "(", "sprintf", "(", "'%.3f Tw'", ",", "ws", "*", "k", ")", ")", "if", "(", "w", "==", "0", ")", ":", "w", "=", "self", ".", "w", "-", "self", ".", "r_margin", "-", "self", ".", "x", "s", "=", "''", "if", "(", "fill", "==", "1", "or", "border", "==", "1", ")", ":", "if", "(", "fill", "==", "1", ")", ":", "if", "border", "==", "1", ":", "op", "=", "'B'", "else", ":", "op", "=", "'f'", "else", ":", "op", "=", "'S'", "s", "=", "sprintf", "(", "'%.2f %.2f %.2f %.2f re %s '", ",", "self", ".", "x", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "self", ".", "y", ")", "*", "k", ",", "w", "*", "k", ",", "-", "h", "*", "k", ",", "op", ")", "if", "(", "isinstance", "(", "border", ",", "basestring", ")", ")", ":", "x", "=", "self", ".", "x", "y", "=", "self", ".", "y", "if", "(", "'L'", "in", "border", ")", ":", "s", "+=", "sprintf", "(", "'%.2f %.2f m %.2f %.2f l S '", ",", "x", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "y", ")", "*", "k", ",", "x", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "(", "y", "+", "h", ")", ")", "*", "k", ")", "if", "(", "'T'", "in", "border", ")", ":", "s", "+=", "sprintf", "(", "'%.2f %.2f m %.2f %.2f l S '", ",", "x", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "y", ")", "*", "k", ",", "(", "x", "+", "w", ")", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "y", ")", "*", "k", ")", "if", "(", "'R'", "in", "border", ")", ":", "s", "+=", "sprintf", "(", "'%.2f %.2f m %.2f %.2f l S '", ",", "(", "x", "+", "w", ")", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "y", ")", "*", "k", ",", "(", "x", "+", "w", ")", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "(", "y", "+", "h", ")", ")", "*", "k", ")", "if", "(", "'B'", "in", "border", ")", ":", "s", "+=", "sprintf", "(", "'%.2f %.2f m %.2f %.2f l S '", ",", "x", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "(", "y", "+", "h", ")", ")", "*", "k", ",", "(", "x", "+", "w", ")", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "(", "y", "+", "h", ")", ")", "*", "k", ")", "if", "(", "txt", "!=", "''", ")", ":", "if", "(", "align", "==", "'R'", ")", ":", "dx", "=", "w", "-", "self", ".", "c_margin", "-", "self", ".", "get_string_width", "(", "txt", ")", "elif", "(", "align", "==", "'C'", ")", ":", "dx", "=", "(", "w", "-", "self", ".", "get_string_width", "(", "txt", ")", ")", "/", "2.0", "else", ":", "dx", "=", "self", ".", "c_margin", "if", "(", "self", ".", "color_flag", ")", ":", "s", "+=", "'q '", "+", "self", ".", "text_color", "+", "' '", "# If multibyte, Tw has no effect - do word spacing using an adjustment before each space", "if", "(", "self", ".", "ws", "and", "self", ".", "unifontsubset", ")", ":", "for", "uni", "in", "UTF8StringToArray", "(", "txt", ")", ":", "self", ".", "current_font", "[", "'subset'", "]", ".", "append", "(", "uni", ")", "space", "=", "self", ".", "_escape", "(", "UTF8ToUTF16BE", "(", "' '", ",", "False", ")", ")", "s", "+=", "sprintf", "(", "'BT 0 Tw %.2F %.2F Td ['", ",", "(", "self", ".", "x", "+", "dx", ")", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "(", "self", ".", "y", "+", "0.5", "*", "h", "+", "0.3", "*", "self", ".", "font_size", ")", ")", "*", "k", ")", "t", "=", "txt", ".", "split", "(", "' '", ")", "numt", "=", "len", "(", "t", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "numt", ")", ":", "tx", "=", "t", "[", "i", "]", "tx", "=", "'('", "+", "self", ".", "_escape", "(", "UTF8ToUTF16BE", "(", "tx", ",", "False", ")", ")", "+", "')'", "s", "+=", "sprintf", "(", "'%s '", ",", "tx", ")", "if", "(", "(", "i", "+", "1", ")", "<", "numt", ")", ":", "adj", "=", "-", "(", "self", ".", "ws", "*", "self", ".", "k", ")", "*", "1000", "/", "self", ".", "font_size_pt", "s", "+=", "sprintf", "(", "'%d(%s) '", ",", "adj", ",", "space", ")", "s", "+=", "'] TJ'", "s", "+=", "' ET'", "else", ":", "if", "(", "self", ".", "unifontsubset", ")", ":", "txt2", "=", "self", ".", "_escape", "(", "UTF8ToUTF16BE", "(", "txt", ",", "False", ")", ")", "for", "uni", "in", "UTF8StringToArray", "(", "txt", ")", ":", "self", ".", "current_font", "[", "'subset'", "]", ".", "append", "(", "uni", ")", "else", ":", "txt2", "=", "self", ".", "_escape", "(", "txt", ")", "s", "+=", "sprintf", "(", "'BT %.2f %.2f Td (%s) Tj ET'", ",", "(", "self", ".", "x", "+", "dx", ")", "*", "k", ",", "(", "self", ".", "h", "-", "(", "self", ".", "y", "+", ".5", "*", "h", "+", ".3", "*", "self", ".", "font_size", ")", ")", "*", "k", ",", "txt2", ")", "if", "(", "self", ".", "underline", ")", ":", "s", "+=", "' '", "+", "self", ".", "_dounderline", "(", "self", ".", "x", "+", "dx", ",", "self", ".", "y", "+", ".5", "*", "h", "+", ".3", "*", "self", ".", "font_size", ",", "txt", ")", "if", "(", "self", ".", "color_flag", ")", ":", "s", "+=", "' Q'", "if", "(", "link", ")", ":", "self", ".", "link", "(", "self", ".", "x", "+", "dx", ",", "self", ".", "y", "+", ".5", "*", "h", "-", ".5", "*", "self", ".", "font_size", ",", "self", ".", "get_string_width", "(", "txt", ")", ",", "self", ".", "font_size", ",", "link", ")", "if", "(", "s", ")", ":", "self", ".", "_out", "(", "s", ")", "self", ".", "lasth", "=", "h", "if", "(", "ln", ">", "0", ")", ":", "#Go to next line", "self", ".", "y", "+=", "h", "if", "(", "ln", "==", "1", ")", ":", "self", ".", "x", "=", "self", ".", "l_margin", "else", ":", "self", ".", "x", "+=", "w" ]

[ 0.11940298507462686, 0.08695652173913043, 0.05263157894736842, 0.1875, 0.041237113402061855, 0.09090909090909091, 0.15, 0.13636363636363635, 0.14285714285714285, 0.12, 0.06060606060606061, 0.0425531914893617, 0.15, 0.14285714285714285, 0.11538461538461539, 0.06, 0.17647058823529413, 0.07317073170731707, 0.25, 0.12121212121212122, 0.125, 0.10344827586206896, 0.11538461538461539, 0.09523809523809523, 0.11538461538461539, 0.11764705882352941, 0.13636363636363635, 0.1, 0.07142857142857142, 0.15, 0.15, 0.06666666666666667, 0.0851063829787234, 0.06666666666666667, 0.0851063829787234, 0.06666666666666667, 0.0784313725490196, 0.06666666666666667, 0.0784313725490196, 0.15, 0.1111111111111111, 0.04918032786885246, 0.10344827586206896, 0.05660377358490566, 0.11764705882352941, 0.09375, 0.0625, 0.06976744186046512, 0, 0.03, 0.041666666666666664, 0.04, 0.03389830508474576, 0.031746031746031744, 0.047619047619047616, 0.058823529411764705, 0.06896551724137931, 0.05405405405405406, 0.06896551724137931, 0.02666666666666667, 0.06818181818181818, 0.08333333333333333, 0.02631578947368421, 0.03389830508474576, 0.07407407407407407, 0.07692307692307693, 0.11764705882352941, 0.05, 0.030303030303030304, 0.037037037037037035, 0.031746031746031744, 0.09523809523809523, 0.045454545454545456, 0.05, 0, 0.06451612903225806, 0.07058823529411765, 0.0625, 0.13043478260869565, 0.09523809523809523, 0.061946902654867256, 0.14285714285714285, 0.08333333333333333, 0.15, 0.17647058823529413, 0.10714285714285714, 0.14285714285714285, 0.13636363636363635, 0.08333333333333333, 0.15384615384615385, 0.14285714285714285 ]

[ "def", "three_hours_forecast", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "name", ",", "str", ")", ",", "\"Value must be a string\"", "encoded_name", "=", "name", "params", "=", "{", "'q'", ":", "encoded_name", ",", "'lang'", ":", "self", ".", "_language", "}", "uri", "=", "http_client", ".", "HttpClient", ".", "to_url", "(", "THREE_HOURS_FORECAST_URL", ",", "self", ".", "_API_key", ",", "self", ".", "_subscription_type", ",", "self", ".", "_use_ssl", ")", "_", ",", "json_data", "=", "self", ".", "_wapi", ".", "cacheable_get_json", "(", "uri", ",", "params", "=", "params", ")", "forecast", "=", "self", ".", "_parsers", "[", "'forecast'", "]", ".", "parse_JSON", "(", "json_data", ")", "if", "forecast", "is", "not", "None", ":", "forecast", ".", "set_interval", "(", "\"3h\"", ")", "return", "forecaster", ".", "Forecaster", "(", "forecast", ")", "else", ":", "return", "None" ]

[ 0.02702702702702703, 0.18181818181818182, 0.02631578947368421, 0.07142857142857142, 0.05128205128205128, 0.05263157894736842, 0.0392156862745098, 0, 0.06976744186046512, 0.08823529411764706, 0.07792207792207792, 0.041666666666666664, 0.05128205128205128, 0.05, 0.10526315789473684, 0.18181818181818182, 0.03225806451612903, 0.07407407407407407, 0.03333333333333333, 0.043478260869565216, 0.034482758620689655, 0.029411764705882353, 0.05172413793103448, 0.027777777777777776, 0.030303030303030304, 0.0625, 0.05128205128205128, 0.04, 0.15384615384615385, 0.08695652173913043 ]

[ "def", "push", "(", "self", ",", "message", ")", ":", "if", "self", ".", "_ignore_event", "(", "message", ")", ":", "return", "None", ",", "None", "args", "=", "self", ".", "_parse_message", "(", "message", ")", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "\"Searching for command using chunks: %s\"", ",", "args", ")", "cmd", ",", "msg_args", "=", "self", ".", "_find_longest_prefix_command", "(", "args", ")", "if", "cmd", "is", "not", "None", ":", "if", "message", ".", "user", "is", "None", ":", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "\"Discarded message with no originating user: %s\"", ",", "message", ")", "return", "None", ",", "None", "sender", "=", "message", ".", "user", ".", "username", "if", "message", ".", "channel", "is", "not", "None", ":", "sender", "=", "\"#%s/%s\"", "%", "(", "message", ".", "channel", ".", "name", ",", "sender", ")", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "\"Received from %s: %s, args %s\"", ",", "sender", ",", "cmd", ",", "msg_args", ")", "f", "=", "self", ".", "_get_command", "(", "cmd", ",", "message", ".", "user", ")", "if", "f", ":", "if", "self", ".", "_is_channel_ignored", "(", "f", ",", "message", ".", "channel", ")", ":", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "\"Channel %s is ignored, discarding command %s\"", ",", "message", ".", "channel", ",", "cmd", ")", "return", "'_ignored_'", ",", "\"\"", "return", "cmd", ",", "f", ".", "execute", "(", "message", ",", "msg_args", ")", "return", "'_unauthorized_'", ",", "\"Sorry, you are not authorized to run %s\"", "%", "cmd", "return", "None", ",", "None" ]

[ 0.041666666666666664, 0.18181818181818182, 0.034482758620689655, 0.18181818181818182, 0.05128205128205128, 0.06896551724137931, 0.046511627906976744, 0.02857142857142857, 0.031746031746031744, 0.07407407407407407, 0.05555555555555555, 0.033707865168539325, 0.06060606060606061, 0.047619047619047616, 0.046511627906976744, 0.030303030303030304, 0.037037037037037035, 0.038461538461538464, 0.11764705882352941, 0.03125, 0.02912621359223301, 0.047619047619047616, 0.03571428571428571, 0.03571428571428571, 0.08 ]

[ "def", "_compute_separations", "(", "inner", ",", "outer", ",", "angles", ")", ":", "return", "[", "np", ".", "array", "(", "[", "[", "a", ",", "inner", "]", ",", "[", "a", ",", "outer", "]", "]", ")", "for", "a", "in", "angles", "]" ]

[ 0.02127659574468085, 0.02666666666666667, 0, 0.18181818181818182, 0.029850746268656716 ]

[ "def", "_box_points", "(", "values", ",", "mode", "=", "'extremes'", ")", ":", "def", "median", "(", "seq", ")", ":", "n", "=", "len", "(", "seq", ")", "if", "n", "%", "2", "==", "0", ":", "# seq has an even length", "return", "(", "seq", "[", "n", "//", "2", "]", "+", "seq", "[", "n", "//", "2", "-", "1", "]", ")", "/", "2", "else", ":", "# seq has an odd length", "return", "seq", "[", "n", "//", "2", "]", "def", "mean", "(", "seq", ")", ":", "return", "sum", "(", "seq", ")", "/", "len", "(", "seq", ")", "def", "stdev", "(", "seq", ")", ":", "m", "=", "mean", "(", "seq", ")", "l", "=", "len", "(", "seq", ")", "v", "=", "sum", "(", "(", "n", "-", "m", ")", "**", "2", "for", "n", "in", "seq", ")", "/", "(", "l", "-", "1", ")", "# variance", "return", "v", "**", "0.5", "# sqrt", "def", "pstdev", "(", "seq", ")", ":", "m", "=", "mean", "(", "seq", ")", "l", "=", "len", "(", "seq", ")", "v", "=", "sum", "(", "(", "n", "-", "m", ")", "**", "2", "for", "n", "in", "seq", ")", "/", "l", "# variance", "return", "v", "**", "0.5", "# sqrt", "outliers", "=", "[", "]", "# sort the copy in case the originals must stay in original order", "s", "=", "sorted", "(", "[", "x", "for", "x", "in", "values", "if", "x", "is", "not", "None", "]", ")", "n", "=", "len", "(", "s", ")", "if", "not", "n", ":", "return", "(", "0", ",", "0", ",", "0", ",", "0", ",", "0", ",", "0", ",", "0", ")", ",", "[", "]", "elif", "n", "==", "1", ":", "return", "(", "s", "[", "0", "]", ",", "s", "[", "0", "]", ",", "s", "[", "0", "]", ",", "s", "[", "0", "]", ",", "s", "[", "0", "]", ",", "s", "[", "0", "]", ",", "s", "[", "0", "]", ")", ",", "[", "]", "else", ":", "q2", "=", "median", "(", "s", ")", "# See 'Method 3' in http://en.wikipedia.org/wiki/Quartile", "if", "n", "%", "2", "==", "0", ":", "# even", "q1", "=", "median", "(", "s", "[", ":", "n", "//", "2", "]", ")", "q3", "=", "median", "(", "s", "[", "n", "//", "2", ":", "]", ")", "else", ":", "# odd", "if", "n", "==", "1", ":", "# special case", "q1", "=", "s", "[", "0", "]", "q3", "=", "s", "[", "0", "]", "elif", "n", "%", "4", "==", "1", ":", "# n is of form 4n + 1 where n >= 1", "m", "=", "(", "n", "-", "1", ")", "//", "4", "q1", "=", "0.25", "*", "s", "[", "m", "-", "1", "]", "+", "0.75", "*", "s", "[", "m", "]", "q3", "=", "0.75", "*", "s", "[", "3", "*", "m", "]", "+", "0.25", "*", "s", "[", "3", "*", "m", "+", "1", "]", "else", ":", "# n is of form 4n + 3 where n >= 1", "m", "=", "(", "n", "-", "3", ")", "//", "4", "q1", "=", "0.75", "*", "s", "[", "m", "]", "+", "0.25", "*", "s", "[", "m", "+", "1", "]", "q3", "=", "0.25", "*", "s", "[", "3", "*", "m", "+", "1", "]", "+", "0.75", "*", "s", "[", "3", "*", "m", "+", "2", "]", "iqr", "=", "q3", "-", "q1", "min_s", "=", "s", "[", "0", "]", "max_s", "=", "s", "[", "-", "1", "]", "if", "mode", "==", "'extremes'", ":", "q0", "=", "min_s", "q4", "=", "max_s", "elif", "mode", "==", "'tukey'", ":", "# the lowest datum still within 1.5 IQR of the lower quartile,", "# and the highest datum still within 1.5 IQR of the upper", "# quartile [Tukey box plot, Wikipedia ]", "b0", "=", "bisect_left", "(", "s", ",", "q1", "-", "1.5", "*", "iqr", ")", "b4", "=", "bisect_right", "(", "s", ",", "q3", "+", "1.5", "*", "iqr", ")", "q0", "=", "s", "[", "b0", "]", "q4", "=", "s", "[", "b4", "-", "1", "]", "outliers", "=", "s", "[", ":", "b0", "]", "+", "s", "[", "b4", ":", "]", "elif", "mode", "==", "'stdev'", ":", "# one standard deviation above and below the mean of the data", "sd", "=", "stdev", "(", "s", ")", "b0", "=", "bisect_left", "(", "s", ",", "q2", "-", "sd", ")", "b4", "=", "bisect_right", "(", "s", ",", "q2", "+", "sd", ")", "q0", "=", "s", "[", "b0", "]", "q4", "=", "s", "[", "b4", "-", "1", "]", "outliers", "=", "s", "[", ":", "b0", "]", "+", "s", "[", "b4", ":", "]", "elif", "mode", "==", "'pstdev'", ":", "# one population standard deviation above and below", "# the mean of the data", "sdp", "=", "pstdev", "(", "s", ")", "b0", "=", "bisect_left", "(", "s", ",", "q2", "-", "sdp", ")", "b4", "=", "bisect_right", "(", "s", ",", "q2", "+", "sdp", ")", "q0", "=", "s", "[", "b0", "]", "q4", "=", "s", "[", "b4", "-", "1", "]", "outliers", "=", "s", "[", ":", "b0", "]", "+", "s", "[", "b4", ":", "]", "elif", "mode", "==", "'1.5IQR'", ":", "# 1.5IQR mode", "q0", "=", "q1", "-", "1.5", "*", "iqr", "q4", "=", "q3", "+", "1.5", "*", "iqr", "return", "(", "min_s", ",", "q0", ",", "q1", ",", "q2", ",", "q3", ",", "q4", ",", "max_s", ")", ",", "outliers" ]

[ 0.024390243902439025, 0.18181818181818182, 0.041666666666666664, 0.03389830508474576, 0.038461538461538464, 0.05555555555555555, 0.029411764705882353, 0.03333333333333333, 0.058823529411764705, 0.027777777777777776, 0.02857142857142857, 0.06451612903225806, 0.027777777777777776, 0.029411764705882353, 0.06060606060606061, 0.027777777777777776, 0.02857142857142857, 0, 0.038461538461538464, 0, 0.05263157894736842, 0.03508771929824561, 0.043478260869565216, 0.18181818181818182, 0, 0.08333333333333333, 0.08333333333333333, 0.038461538461538464, 0.034482758620689655, 0.047619047619047616, 0.058823529411764705, 0, 0.09090909090909091, 0.05263157894736842, 0, 0.08695652173913043, 0.08, 0.125, 0.030303030303030304, 0.06060606060606061, 0, 0.08333333333333333, 0.08, 0.125, 0.03333333333333333, 0.06060606060606061, 0, 0.09523809523809523, 0.0273972602739726, 0.03571428571428571, 0.1111111111111111, 0.11764705882352941, 0.045454545454545456, 0.1, 0.03076923076923077, 0.15384615384615385, 0.07692307692307693, 0.028985507246376812, 0.058823529411764705, 0.05128205128205128, 0.05128205128205128, 0.08333333333333333, 0.047619047619047616, 0.06896551724137931, 0.06896551724137931, 0.029411764705882353, 0.05555555555555555, 0.037037037037037035, 0.03225806451612903, 0.03508771929824561, 0.05555555555555555, 0.037037037037037035, 0.030303030303030304, 0, 0.08, 0.08333333333333333, 0.08, 0.058823529411764705, 0.07692307692307693, 0.07692307692307693, 0.06060606060606061, 0.02564102564102564, 0.0273972602739726, 0.03636363636363636, 0.0392156862745098, 0.038461538461538464, 0.07692307692307693, 0.06666666666666667, 0.047619047619047616, 0.06060606060606061, 0.025974025974025976, 0.06896551724137931, 0.045454545454545456, 0.044444444444444446, 0.07692307692307693, 0.06666666666666667, 0.047619047619047616, 0.058823529411764705, 0.029850746268656716, 0.05263157894736842, 0.06451612903225806, 0.044444444444444446, 0.043478260869565216, 0.07692307692307693, 0.06666666666666667, 0.047619047619047616, 0.058823529411764705, 0.06896551724137931, 0.05714285714285714, 0.05714285714285714, 0.031746031746031744 ]

[ "def", "_validate_xtext", "(", "xtext", ")", ":", "non_printables", "=", "_non_printable_finder", "(", "xtext", ")", "if", "non_printables", ":", "xtext", ".", "defects", ".", "append", "(", "errors", ".", "NonPrintableDefect", "(", "non_printables", ")", ")", "if", "utils", ".", "_has_surrogates", "(", "xtext", ")", ":", "xtext", ".", "defects", ".", "append", "(", "errors", ".", "UndecodableBytesDefect", "(", "\"Non-ASCII characters found in header token\"", ")", ")" ]

[ 0.037037037037037035, 0.02702702702702703, 0, 0.04081632653061224, 0.09090909090909091, 0.028169014084507043, 0.05555555555555555, 0.05084745762711865, 0.05172413793103448 ]

[ "def", "qscan", "(", "self", ",", "cursor", "=", "0", ",", "count", "=", "None", ",", "busyloop", "=", "None", ",", "minlen", "=", "None", ",", "maxlen", "=", "None", ",", "importrate", "=", "None", ")", ":", "command", "=", "[", "\"QSCAN\"", ",", "cursor", "]", "if", "count", ":", "command", "+=", "[", "\"COUNT\"", ",", "count", "]", "if", "busyloop", ":", "command", "+=", "[", "\"BUSYLOOP\"", "]", "if", "minlen", ":", "command", "+=", "[", "\"MINLEN\"", ",", "minlen", "]", "if", "maxlen", ":", "command", "+=", "[", "\"MAXLEN\"", ",", "maxlen", "]", "if", "importrate", ":", "command", "+=", "[", "\"IMPORTRATE\"", ",", "importrate", "]", "return", "self", ".", "execute_command", "(", "*", "command", ")" ]

[ 0.03076923076923077, 0.13636363636363635, 0.18181818181818182, 0.034482758620689655, 0, 0.04285714285714286, 0.04054054054054054, 0.038461538461538464, 0.038461538461538464, 0.04225352112676056, 0.0392156862745098, 0.18181818181818182, 0.05714285714285714, 0.11764705882352941, 0.05128205128205128, 0.1, 0.05714285714285714, 0.1111111111111111, 0.04878048780487805, 0.1111111111111111, 0.04878048780487805, 0.09090909090909091, 0.04081632653061224, 0, 0.044444444444444446 ]

[ "def", "_atomicModification", "(", "func", ")", ":", "def", "wrapper", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "self", "=", "args", "[", "0", "]", "with", "self", ".", "_qpart", ":", "func", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "wrapper" ]

[ 0.03333333333333333, 0.1, 0.04878048780487805, 0.18181818181818182, 0.05405405405405406, 0.07692307692307693, 0.06896551724137931, 0.05405405405405406, 0.09090909090909091 ]

[ "def", "_setint", "(", "self", ",", "int_", ",", "length", "=", "None", ")", ":", "# If no length given, and we've previously been given a length, use it.", "if", "length", "is", "None", "and", "hasattr", "(", "self", ",", "'len'", ")", "and", "self", ".", "len", "!=", "0", ":", "length", "=", "self", ".", "len", "if", "length", "is", "None", "or", "length", "==", "0", ":", "raise", "CreationError", "(", "\"A non-zero length must be specified with an int initialiser.\"", ")", "if", "int_", ">=", "(", "1", "<<", "(", "length", "-", "1", ")", ")", "or", "int_", "<", "-", "(", "1", "<<", "(", "length", "-", "1", ")", ")", ":", "raise", "CreationError", "(", "\"{0} is too large a signed integer for a bitstring of length {1}. \"", "\"The allowed range is [{2}, {3}].\"", ",", "int_", ",", "length", ",", "-", "(", "1", "<<", "(", "length", "-", "1", ")", ")", ",", "(", "1", "<<", "(", "length", "-", "1", ")", ")", "-", "1", ")", "if", "int_", ">=", "0", ":", "self", ".", "_setuint", "(", "int_", ",", "length", ")", "return", "# TODO: We should decide whether to just use the _setuint, or to do the bit flipping,", "# based upon which will be quicker. If the -ive number is less than half the maximum", "# possible then it's probably quicker to do the bit flipping...", "# Do the 2's complement thing. Add one, set to minus number, then flip bits.", "int_", "+=", "1", "self", ".", "_setuint", "(", "-", "int_", ",", "length", ")", "self", ".", "_invert_all", "(", ")" ]

[ 0.02702702702702703, 0.02702702702702703, 0.02531645569620253, 0.028985507246376812, 0.06896551724137931, 0.04878048780487805, 0.031578947368421054, 0.02857142857142857, 0.04040404040404041, 0.02912621359223301, 0.05357142857142857, 0.09523809523809523, 0.05128205128205128, 0.1111111111111111, 0.03225806451612903, 0.03260869565217391, 0.028169014084507043, 0, 0.03571428571428571, 0.11764705882352941, 0.05555555555555555, 0.07692307692307693 ]

[ "def", "reverse", "(", "self", ",", "query", ",", "exactly_one", "=", "True", ",", "timeout", "=", "DEFAULT_SENTINEL", ",", "language", "=", "None", ",", ")", ":", "position", "=", "self", ".", "_coerce_point_to_string", "(", "query", ")", "params", "=", "self", ".", "_reverse_params", "(", "position", ")", "if", "language", ":", "params", "[", "'language'", "]", "=", "language", "quoted_position", "=", "quote", "(", "position", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "url", "=", "\"?\"", ".", "join", "(", "(", "self", ".", "api_reverse", "%", "dict", "(", "position", "=", "quoted_position", ")", ",", "urlencode", "(", "params", ")", ")", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"%s.reverse: %s\"", ",", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "url", ")", "return", "self", ".", "_parse_reverse_json", "(", "self", ".", "_call_geocoder", "(", "url", ",", "timeout", "=", "timeout", ")", ",", "exactly_one", ")" ]

[ 0.16666666666666666, 0.11764705882352941, 0.1111111111111111, 0.10344827586206896, 0.08108108108108109, 0.11538461538461539, 0.5, 0.18181818181818182, 0.045454545454545456, 0, 0.04285714285714286, 0.044444444444444446, 0.10256410256410256, 0.0547945205479452, 0, 0.04, 0.09090909090909091, 0, 0.0379746835443038, 0.08, 0.02702702702702703, 0.028985507246376812, 0, 0.04225352112676056, 0.03333333333333333, 0.028985507246376812, 0.05084745762711865, 0.0392156862745098, 0, 0.08333333333333333, 0, 0.0875, 0.11764705882352941, 0.18181818181818182, 0.037037037037037035, 0.0425531914893617, 0, 0.1, 0.04878048780487805, 0, 0.03508771929824561, 0.04054054054054054, 0.06976744186046512, 0.029411764705882353, 0, 0.075, 0.030303030303030304, 0.3333333333333333 ]

[ "def", "finalize", "(", "self", ",", "result", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "settings_path", ":", "# short circuit if no settings file can be found", "return", "from", "django", ".", "test", ".", "utils", "import", "teardown_test_environment", "from", "django", ".", "db", "import", "connection", "from", "django", ".", "conf", "import", "settings", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'beforeDestroyTestDb'", ",", "settings", ",", "connection", ")", "try", ":", "connection", ".", "creation", ".", "destroy_test_db", "(", "self", ".", "old_db", ",", "verbosity", "=", "self", ".", "verbosity", ",", ")", "except", "Exception", ":", "# If we can't tear down the test DB, don't worry about it.", "pass", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'afterDestroyTestDb'", ",", "settings", ",", "connection", ")", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'beforeTeardownTestEnv'", ",", "settings", ",", "teardown_test_environment", ")", "teardown_test_environment", "(", ")", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'afterTeardownTestEnv'", ",", "settings", ")" ]

[ 0.03125, 0.18181818181818182, 0.04081632653061224, 0.18181818181818182, 0.058823529411764705, 0.03333333333333333, 0.1111111111111111, 0, 0.031746031746031744, 0.05, 0.05, 0, 0.025974025974025976, 0.16666666666666666, 0.0625, 0.07142857142857142, 0.07317073170731707, 0.23076923076923078, 0.08, 0.02857142857142857, 0.125, 0.02631578947368421, 0, 0.09090909090909091, 0.0410958904109589, 0.05714285714285714, 0.030303030303030304 ]

[ "def", "uninstall", "(", "cls", ",", "args", ")", ":", "mgr", "=", "NAppsManager", "(", ")", "for", "napp", "in", "args", "[", "'<napp>'", "]", ":", "mgr", ".", "set_napp", "(", "*", "napp", ")", "LOG", ".", "info", "(", "'NApp %s:'", ",", "mgr", ".", "napp_id", ")", "if", "mgr", ".", "is_installed", "(", ")", ":", "if", "mgr", ".", "is_enabled", "(", ")", ":", "cls", ".", "disable_napp", "(", "mgr", ")", "LOG", ".", "info", "(", "' Uninstalling...'", ")", "mgr", ".", "uninstall", "(", ")", "LOG", ".", "info", "(", "' Uninstalled.'", ")", "else", ":", "LOG", ".", "error", "(", "\" NApp isn't installed.\"", ")" ]

[ 0.04, 0.05263157894736842, 0, 0.02631578947368421, 0.09523809523809523, 0.18181818181818182, 0.07142857142857142, 0.05714285714285714, 0.06451612903225806, 0.044444444444444446, 0.058823529411764705, 0.05555555555555555, 0.04878048780487805, 0.044444444444444446, 0.06451612903225806, 0.047619047619047616, 0.11764705882352941, 0.038461538461538464 ]

[ "def", "peek_pointers_in_data", "(", "self", ",", "data", ",", "peekSize", "=", "16", ",", "peekStep", "=", "1", ")", ":", "result", "=", "dict", "(", ")", "ptrSize", "=", "win32", ".", "sizeof", "(", "win32", ".", "LPVOID", ")", "if", "ptrSize", "==", "4", ":", "ptrFmt", "=", "'<L'", "else", ":", "ptrFmt", "=", "'<Q'", "if", "len", "(", "data", ")", ">", "0", ":", "for", "i", "in", "compat", ".", "xrange", "(", "0", ",", "len", "(", "data", ")", ",", "peekStep", ")", ":", "packed", "=", "data", "[", "i", ":", "i", "+", "ptrSize", "]", "if", "len", "(", "packed", ")", "==", "ptrSize", ":", "address", "=", "struct", ".", "unpack", "(", "ptrFmt", ",", "packed", ")", "[", "0", "]", "## if not address & (~0xFFFF): continue", "peek_data", "=", "self", ".", "peek", "(", "address", ",", "peekSize", ")", "if", "peek_data", ":", "result", "[", "i", "]", "=", "peek_data", "return", "result" ]

[ 0.07462686567164178, 0.18181818181818182, 0.0273972602739726, 0.05263157894736842, 0, 0.09523809523809523, 0, 0.08333333333333333, 0.05660377358490566, 0, 0.07142857142857142, 0.0273972602739726, 0, 0.07142857142857142, 0.04081632653061224, 0.029850746268656716, 0.034482758620689655, 0.044444444444444446, 0, 0.13157894736842105, 0.02631578947368421, 0.18181818181818182, 0.08695652173913043, 0.045454545454545456, 0.08333333333333333, 0.08, 0.15384615384615385, 0.08, 0.08, 0.03389830508474576, 0.058823529411764705, 0.047619047619047616, 0.045454545454545456, 0.034482758620689655, 0.04838709677419355, 0.06060606060606061, 0.044444444444444446, 0.09523809523809523 ]

[ "def", "_train_and_eval_dataset_v1", "(", "problem_name", ",", "data_dir", ")", ":", "problem", "=", "problems", ".", "problem", "(", "problem_name", ")", "train_dataset", "=", "problem", ".", "dataset", "(", "tf", ".", "estimator", ".", "ModeKeys", ".", "TRAIN", ",", "data_dir", ")", "train_dataset", "=", "train_dataset", ".", "map", "(", "_select_features", ")", "eval_dataset", "=", "problem", ".", "dataset", "(", "tf", ".", "estimator", ".", "ModeKeys", ".", "EVAL", ",", "data_dir", ")", "eval_dataset", "=", "eval_dataset", ".", "map", "(", "_select_features", ")", "supervised_keys", "=", "(", "[", "\"inputs\"", "]", ",", "[", "\"targets\"", "]", ")", "hparams", "=", "problem", ".", "get_hparams", "(", ")", "# We take a few training examples to guess the shapes.", "input_shapes", ",", "target_shapes", "=", "[", "]", ",", "[", "]", "for", "example", "in", "train_dataset", ".", "take", "(", "3", ")", ":", "input_shapes", ".", "append", "(", "example", "[", "\"inputs\"", "]", ".", "shape", ".", "as_list", "(", ")", ")", "target_shapes", ".", "append", "(", "example", "[", "\"targets\"", "]", ".", "shape", ".", "as_list", "(", ")", ")", "input_vocab_size", "=", "hparams", ".", "vocab_size", "[", "\"inputs\"", "]", "target_vocab_size", "=", "hparams", ".", "vocab_size", "[", "\"targets\"", "]", "input_info", "=", "_make_info", "(", "input_shapes", ",", "input_vocab_size", ")", "target_info", "=", "_make_info", "(", "target_shapes", ",", "target_vocab_size", ")", "info", "=", "{", "\"inputs\"", ":", "input_info", ",", "\"targets\"", ":", "target_info", "}", "return", "train_dataset", ",", "eval_dataset", ",", "info", ",", "supervised_keys" ]

[ 0.01818181818181818, 0.0379746835443038, 0.07142857142857142, 0.041666666666666664, 0.05660377358490566, 0.04285714285714286, 0.058823529411764705, 0.06666666666666667, 0.09090909090909091, 0.05357142857142857, 0.07894736842105263, 0.07692307692307693, 0.034482758620689655, 0.03333333333333333, 0.061224489795918366, 0.058823529411764705, 0.05263157894736842, 0.05, 0.05454545454545454, 0.05084745762711865 ]

[ "def", "add_body", "(", "self", ",", "body", ")", ":", "body", ".", "system", "=", "self", "self", ".", "bodies", ".", "append", "(", "body", ")", "self", ".", "unfrozen", "=", "np", ".", "concatenate", "(", "(", "self", ".", "unfrozen", "[", ":", "-", "2", "]", ",", "np", ".", "zeros", "(", "7", ",", "dtype", "=", "bool", ")", ",", "self", ".", "unfrozen", "[", "-", "2", ":", "]", ")", ")" ]

[ 0.04, 0.18181818181818182, 0.08571428571428572, 0.07317073170731707, 0, 0.15, 0.16216216216216217, 0, 0.18181818181818182, 0.07692307692307693, 0.0625, 0.075, 0.02666666666666667, 0.3 ]

[ "def", "gemset_present", "(", "name", ",", "ruby", "=", "'default'", ",", "user", "=", "None", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'result'", ":", "None", ",", "'comment'", ":", "''", ",", "'changes'", ":", "{", "}", "}", "ret", "=", "_check_rvm", "(", "ret", ",", "user", ")", "if", "ret", "[", "'result'", "]", "is", "False", ":", "return", "ret", "if", "'@'", "in", "name", ":", "ruby", ",", "name", "=", "name", ".", "split", "(", "'@'", ")", "ret", "=", "_check_ruby", "(", "ret", ",", "ruby", ")", "if", "not", "ret", "[", "'result'", "]", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Requested ruby implementation was not found.'", "return", "ret", "if", "name", "in", "__salt__", "[", "'rvm.gemset_list'", "]", "(", "ruby", ",", "runas", "=", "user", ")", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Gemset already exists.'", "else", ":", "if", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Set to install gemset {0}'", ".", "format", "(", "name", ")", "return", "ret", "if", "__salt__", "[", "'rvm.gemset_create'", "]", "(", "ruby", ",", "name", ",", "runas", "=", "user", ")", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Gemset successfully created.'", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "name", "]", "=", "'created'", "else", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Gemset could not be created.'", "return", "ret" ]

[ 0.019230769230769232, 0.2857142857142857, 0.05263157894736842, 0, 0.25, 0.06451612903225806, 0, 0.11764705882352941, 0.041666666666666664, 0, 0.14285714285714285, 0.06451612903225806, 0, 0.09375, 0.2857142857142857, 0.02857142857142857, 0, 0.06451612903225806, 0.06666666666666667, 0.1111111111111111, 0, 0.10526315789473684, 0.05555555555555555, 0.05555555555555555, 0.06896551724137931, 0.06060606060606061, 0.02666666666666667, 0.09090909090909091, 0, 0.03278688524590164, 0.07142857142857142, 0.04081632653061224, 0.2222222222222222, 0.07142857142857142, 0.0625, 0.028985507246376812, 0.09090909090909091, 0.03076923076923077, 0.0625, 0.03389830508474576, 0.045454545454545456, 0.15384615384615385, 0.06060606060606061, 0.03389830508474576, 0, 0.14285714285714285 ]

[ "def", "new", "(", "cls", ",", "seed", ":", "Optional", "[", "bytes", "]", ")", "->", "'SignKey'", ":", "logger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "__name__", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"SignKey::new: >>>\"", ")", "c_instance", "=", "c_void_p", "(", ")", "do_call", "(", "cls", ".", "new_handler", ",", "seed", ",", "len", "(", "seed", ")", "if", "seed", "is", "not", "None", "else", "0", ",", "byref", "(", "c_instance", ")", ")", "res", "=", "cls", "(", "c_instance", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"SignKey::new: <<< res: %r\"", ",", "res", ")", "return", "res" ]

[ 0.02040816326530612, 0.18181818181818182, 0.05714285714285714, 0.08108108108108109, 0.10344827586206896, 0.18181818181818182, 0.045454545454545456, 0.04878048780487805, 0, 0.06451612903225806, 0.031578947368421054, 0, 0.06896551724137931, 0, 0.037037037037037035, 0.1111111111111111 ]

[ "def", "ajAssims", "(", "self", ")", ":", "for", "lin", "in", "lignesFichier", "(", "self", ".", "path", "(", "\"assimilations.la\"", ")", ")", ":", "ass1", ",", "ass2", "=", "tuple", "(", "lin", ".", "split", "(", "':'", ")", ")", "self", ".", "lemmatiseur", ".", "_assims", "[", "ass1", "]", "=", "ass2", "self", ".", "lemmatiseur", ".", "_assimsq", "[", "atone", "(", "ass1", ")", "]", "=", "atone", "(", "ass2", ")" ]

[ 0.05263157894736842, 0.03, 0.18181818181818182, 0.03125, 0.043478260869565216, 0.04081632653061224, 0.03125 ]

[ "def", "do_POST", "(", "self", ")", ":", "# Doesn't do anything with posted data", "# print \"uri: \", self.client_address, self.path", "self", ".", "do_initial_operations", "(", ")", "payload", "=", "self", ".", "coap_uri", ".", "get_payload", "(", ")", "if", "payload", "is", "None", ":", "logger", ".", "error", "(", "\"BAD POST REQUEST\"", ")", "self", ".", "send_error", "(", "BAD_REQUEST", ")", "return", "coap_response", "=", "self", ".", "client", ".", "post", "(", "self", ".", "coap_uri", ".", "path", ",", "payload", ")", "self", ".", "client", ".", "stop", "(", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Server response: %s\"", ",", "coap_response", ".", "pretty_print", "(", ")", ")", "self", ".", "set_http_response", "(", "coap_response", ")" ]

[ 0.05555555555555555, 0.18181818181818182, 0.06666666666666667, 0.18181818181818182, 0.043478260869565216, 0.03636363636363636, 0.05555555555555555, 0.044444444444444446, 0.07407407407407407, 0.045454545454545456, 0.05, 0.1111111111111111, 0.028985507246376812, 0.07692307692307693, 0.027777777777777776, 0.044444444444444446 ]

[ "def", "write_posterior", "(", "self", ",", "filename", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "f", "=", "h5py", ".", "File", "(", "filename", ",", "'w'", ")", "# Preserve top-level metadata", "for", "key", "in", "self", ".", "attrs", ":", "f", ".", "attrs", "[", "key", "]", "=", "self", ".", "attrs", "[", "key", "]", "f", ".", "attrs", "[", "'filetype'", "]", "=", "PosteriorFile", ".", "name", "s", "=", "f", ".", "create_group", "(", "'samples'", ")", "fields", "=", "self", "[", "self", ".", "samples_group", "]", ".", "keys", "(", ")", "# Copy and squash fields into one dimensional arrays", "for", "field_name", "in", "fields", ":", "fvalue", "=", "self", "[", "self", ".", "samples_group", "]", "[", "field_name", "]", "[", ":", "]", "thin", "=", "fvalue", "[", ":", ",", "self", ".", "thin_start", ":", "self", ".", "thin_end", ":", "self", ".", "thin_interval", "]", "s", "[", "field_name", "]", "=", "thin", ".", "flatten", "(", ")" ]

[ 0.021739130434782608, 0.05555555555555555, 0, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0.13636363636363635, 0.04, 0.18181818181818182, 0.05555555555555555, 0, 0.05405405405405406, 0.06666666666666667, 0.047619047619047616, 0, 0.041666666666666664, 0.05405405405405406, 0.041666666666666664, 0, 0.03333333333333333, 0.06060606060606061, 0.03333333333333333, 0.03896103896103896, 0.047619047619047616 ]

[ "def", "returnLendingHistory", "(", "self", ",", "start", "=", "0", ",", "end", "=", "2", "**", "32", "-", "1", ",", "limit", "=", "None", ")", ":", "return", "self", ".", "_private", "(", "'returnLendingHistory'", ",", "start", "=", "start", ",", "end", "=", "end", ",", "limit", "=", "limit", ")" ]

[ 0.015384615384615385, 0.02631578947368421, 0.02564102564102564, 0.04838709677419355, 0.04054054054054054, 0.12195121951219512 ]

[ "def", "_ls_print_summary", "(", "all_trainings", ":", "List", "[", "Tuple", "[", "str", ",", "dict", ",", "TrainingTrace", "]", "]", ")", "->", "None", ":", "counts_by_name", "=", "defaultdict", "(", "int", ")", "counts_by_classes", "=", "defaultdict", "(", "int", ")", "for", "_", ",", "config", ",", "_", "in", "all_trainings", ":", "counts_by_name", "[", "get_model_name", "(", "config", ")", "]", "+=", "1", "counts_by_classes", "[", "get_classes", "(", "config", ")", "]", "+=", "1", "print_boxed", "(", "'summary'", ")", "print", "(", ")", "counts_table", "=", "[", "[", "name", ",", "count", "]", "for", "name", ",", "count", "in", "counts_by_name", ".", "items", "(", ")", "]", "print", "(", "tabulate", "(", "counts_table", ",", "headers", "=", "[", "'model.name'", ",", "'count'", "]", ",", "tablefmt", "=", "'grid'", ")", ")", "print", "(", ")", "counts_table", "=", "[", "[", "classes", "[", "0", "]", ",", "classes", "[", "1", "]", ",", "count", "]", "for", "classes", ",", "count", "in", "counts_by_classes", ".", "items", "(", ")", "]", "print", "(", "tabulate", "(", "counts_table", ",", "headers", "=", "[", "'model.class'", ",", "'dataset.class'", ",", "'count'", "]", ",", "tablefmt", "=", "'grid'", ")", ")", "print", "(", ")" ]

[ 0.023809523809523808, 0.2857142857142857, 0.07142857142857142, 0.028169014084507043, 0.0625, 0.03571428571428571, 0, 0.05555555555555555, 0.2857142857142857, 0.05405405405405406, 0.05, 0.05263157894736842, 0.0392156862745098, 0.0392156862745098, 0, 0.07692307692307693, 0.18181818181818182, 0, 0.02631578947368421, 0.03614457831325301, 0.18181818181818182, 0, 0.03, 0.0297029702970297, 0.18181818181818182 ]

[ "def", "to_localized_time", "(", "self", ",", "date", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "date", "=", "api", ".", "to_date", "(", "date", ",", "default", "=", "None", ")", "if", "date", "is", "None", ":", "return", "\"\"", "# default options", "options", "=", "{", "\"long_format\"", ":", "True", ",", "\"time_only\"", ":", "False", ",", "\"context\"", ":", "self", ".", "context", ",", "\"request\"", ":", "self", ".", "request", ",", "\"domain\"", ":", "\"senaite.core\"", ",", "}", "options", ".", "update", "(", "kw", ")", "return", "ulocalized_time", "(", "date", ",", "*", "*", "options", ")" ]

[ 0.025, 0.03278688524590164, 0.18181818181818182, 0.043478260869565216, 0.08333333333333333, 0.09523809523809523, 0.08, 0.15789473684210525, 0.0625, 0.06451612903225806, 0.05555555555555555, 0.05555555555555555, 0.05405405405405406, 0.3333333333333333, 0.07692307692307693, 0.0425531914893617 ]

[ "def", "update_checklist", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "checklist_json", "=", "self", ".", "fetch_json", "(", "uri_path", "=", "self", ".", "base_uri", ",", "http_method", "=", "'PUT'", ",", "query_params", "=", "{", "'name'", ":", "name", "}", ")", "return", "self", ".", "create_checklist", "(", "checklist_json", ")" ]

[ 0.030303030303030304, 0.18181818181818182, 0.028985507246376812, 0.18181818181818182, 0.07317073170731707, 0.08571428571428572, 0.1, 0.07692307692307693, 0.3333333333333333, 0, 0.038461538461538464 ]

[ "def", "load_all", "(", "cls", ",", "vr", ",", "params", "=", "None", ")", ":", "ob_docs", "=", "vr", ".", "query", "(", "cls", ".", "base", ",", "params", ")", "return", "[", "cls", "(", "vr", ",", "ob", ")", "for", "ob", "in", "ob_docs", "]" ]

[ 0.02857142857142857, 0.18181818181818182, 0.044444444444444446, 0.18181818181818182, 0.045454545454545456, 0.043478260869565216 ]

[ "def", "_from_dict", "(", "cls", ",", "_dict", ")", ":", "args", "=", "{", "}", "if", "'folders'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'folders'", "]", "=", "[", "SourceOptionsFolder", ".", "_from_dict", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "(", "_dict", ".", "get", "(", "'folders'", ")", ")", "]", "if", "'objects'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'objects'", "]", "=", "[", "SourceOptionsObject", ".", "_from_dict", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "(", "_dict", ".", "get", "(", "'objects'", ")", ")", "]", "if", "'site_collections'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'site_collections'", "]", "=", "[", "SourceOptionsSiteColl", ".", "_from_dict", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "(", "_dict", ".", "get", "(", "'site_collections'", ")", ")", "]", "if", "'urls'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'urls'", "]", "=", "[", "SourceOptionsWebCrawl", ".", "_from_dict", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "(", "_dict", ".", "get", "(", "'urls'", ")", ")", "]", "if", "'buckets'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'buckets'", "]", "=", "[", "SourceOptionsBuckets", ".", "_from_dict", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "(", "_dict", ".", "get", "(", "'buckets'", ")", ")", "]", "if", "'crawl_all_buckets'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'crawl_all_buckets'", "]", "=", "_dict", ".", "get", "(", "'crawl_all_buckets'", ")", "return", "cls", "(", "*", "*", "args", ")" ]

[ 0.037037037037037035, 0.028169014084507043, 0.11764705882352941, 0.06666666666666667, 0.0967741935483871, 0.04081632653061224, 0.0425531914893617, 0.23076923076923078, 0.06666666666666667, 0.0967741935483871, 0.04081632653061224, 0.0425531914893617, 0.23076923076923078, 0.05128205128205128, 0.075, 0.0392156862745098, 0.03571428571428571, 0.23076923076923078, 0.07407407407407407, 0.10714285714285714, 0.0375, 0.23076923076923078, 0.06666666666666667, 0.0967741935483871, 0.04, 0.0425531914893617, 0.23076923076923078, 0.05, 0.02857142857142857, 0.07692307692307693 ]

[ "def", "recognize_speech", "(", "self", ",", "config", ",", "audio", ",", "retry", "=", "None", ",", "timeout", "=", "None", ")", ":", "client", "=", "self", ".", "get_conn", "(", ")", "response", "=", "client", ".", "recognize", "(", "config", "=", "config", ",", "audio", "=", "audio", ",", "retry", "=", "retry", ",", "timeout", "=", "timeout", ")", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "\"Recognised speech: %s\"", "%", "response", ")", "return", "response" ]

[ 0.014705882352941176, 0.18181818181818182, 0.06666666666666667, 0, 0.042105263157894736, 0.0425531914893617, 0.039473684210526314, 0.061224489795918366, 0.04285714285714286, 0.04054054054054054, 0.043010752688172046, 0.04878048780487805, 0.0625, 0.038834951456310676, 0.03260869565217391, 0.10714285714285714, 0.18181818181818182, 0.0625, 0.03225806451612903, 0.03508771929824561, 0.08695652173913043 ]

[ "def", "relaxNGValidatePushElement", "(", "self", ",", "doc", ",", "elem", ")", ":", "if", "doc", "is", "None", ":", "doc__o", "=", "None", "else", ":", "doc__o", "=", "doc", ".", "_o", "if", "elem", "is", "None", ":", "elem__o", "=", "None", "else", ":", "elem__o", "=", "elem", ".", "_o", "ret", "=", "libxml2mod", ".", "xmlRelaxNGValidatePushElement", "(", "self", ".", "_o", ",", "doc__o", ",", "elem__o", ")", "return", "ret" ]

[ 0.020833333333333332, 0.027777777777777776, 0.08108108108108109, 0.10344827586206896, 0.07692307692307693, 0.0967741935483871, 0.0375, 0.1111111111111111 ]

[ "def", "get_hardware_source_by_id", "(", "self", ",", "hardware_source_id", ":", "str", ",", "version", ":", "str", ")", ":", "actual_version", "=", "\"1.0.0\"", "if", "Utility", ".", "compare_versions", "(", "version", ",", "actual_version", ")", ">", "0", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"Hardware API requested version %s is greater than %s.\"", "%", "(", "version", ",", "actual_version", ")", ")", "hardware_source", "=", "HardwareSourceModule", ".", "HardwareSourceManager", "(", ")", ".", "get_hardware_source_for_hardware_source_id", "(", "hardware_source_id", ")", "return", "HardwareSource", "(", "hardware_source", ")", "if", "hardware_source", "else", "None" ]

[ 0.013333333333333334, 0.03488372093023256, 0, 0.10344827586206896, 0, 0.08695652173913043, 0.18181818181818182, 0.0625, 0.03076923076923077, 0.02459016393442623, 0.022556390977443608, 0.02666666666666667 ]

[ "def", "render", "(", "self", ",", "display", ")", ":", "# to handle changing objects / callable", "if", "self", ".", "text", "!=", "self", ".", "_last_text", ":", "self", ".", "_render", "(", ")", "display", ".", "blit", "(", "self", ".", "_surface", ",", "(", "self", ".", "topleft", ",", "self", ".", "size", ")", ")" ]

[ 0.038461538461538464, 0.05263157894736842, 0.0425531914893617, 0.05, 0.07692307692307693, 0, 0.03225806451612903 ]

[ "def", "save_token", "(", "self", ",", "access_token", ")", ":", "self", ".", "write", "(", "access_token", ".", "token", ",", "access_token", ".", "__dict__", ")", "unique_token_key", "=", "self", ".", "_unique_token_key", "(", "access_token", ".", "client_id", ",", "access_token", ".", "grant_type", ",", "access_token", ".", "user_id", ")", "self", ".", "write", "(", "unique_token_key", ",", "access_token", ".", "__dict__", ")", "if", "access_token", ".", "refresh_token", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "write", "(", "access_token", ".", "refresh_token", ",", "access_token", ".", "__dict__", ")" ]

[ 0.02857142857142857, 0.18181818181818182, 0.03278688524590164, 0, 0.11764705882352941, 0, 0.18181818181818182, 0.03278688524590164, 0, 0.0410958904109589, 0.04054054054054054, 0.056338028169014086, 0.03389830508474576, 0, 0.04, 0.0273972602739726 ]

[ "def", "load_trajectory", "(", "self", ",", "trajectory", ")", ":", "try", ":", "self", ".", "universe", ".", "load_new", "(", "trajectory", ")", "except", "IOError", ",", "ValueError", ":", "print", "\"Check you trajectory file \"", "+", "trajectory", "+", "\"- it might be missing or misspelled.\"" ]

[ 0.05405405405405406, 0.18181818181818182, 0.0375, 0.0375, 0.05555555555555555, 0.1111111111111111, 0.02531645569620253, 0.028985507246376812, 0.10526315789473684, 0.02564102564102564, 0.044444444444444446, 0.18181818181818182, 0, 0.16666666666666666, 0.043478260869565216, 0.05714285714285714, 0.04040404040404041 ]

[ "async", "def", "_loadNodeValu", "(", "self", ",", "full", ",", "valu", ")", ":", "node", "=", "self", ".", "root", "for", "path", "in", "iterpath", "(", "full", ")", ":", "name", "=", "path", "[", "-", "1", "]", "step", "=", "node", ".", "kids", ".", "get", "(", "name", ")", "if", "step", "is", "None", ":", "step", "=", "await", "self", ".", "_initNodePath", "(", "node", ",", "path", ",", "None", ")", "node", "=", "step", "node", ".", "valu", "=", "valu", "return", "node" ]

[ 0.023809523809523808, 0.18181818181818182, 0.0425531914893617, 0.05, 0.18181818181818182, 0.08333333333333333, 0.05714285714285714, 0, 0.07407407407407407, 0, 0.05263157894736842, 0.07142857142857142, 0.03076923076923077, 0, 0.08695652173913043, 0, 0.08333333333333333, 0.10526315789473684 ]

[ "def", "setHint", "(", "self", ",", "text", ")", ":", "texts", "=", "nativestring", "(", "text", ")", ".", "split", "(", "' '", ")", "for", "i", ",", "text", "in", "enumerate", "(", "texts", ")", ":", "editor", "=", "self", ".", "editorAt", "(", "i", ")", "if", "not", "editor", ":", "break", "editor", ".", "setHint", "(", "text", ")" ]

[ 0.04, 0.08333333333333333, 0.013157894736842105, 0.027777777777777776, 0.1111111111111111, 0.09090909090909091, 0.08333333333333333, 0.021739130434782608, 0.1111111111111111, 0.07317073170731707, 0.02631578947368421, 0.1111111111111111, 0.045454545454545456, 0.07692307692307693, 0.0625 ]

[ "def", "_on_group_stream_changed", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "self", ".", "_groups", ".", "get", "(", "data", ".", "get", "(", "'id'", ")", ")", ".", "update_stream", "(", "data", ")" ]

[ 0.024390243902439025, 0.04878048780487805, 0.03333333333333333 ]

[ "def", "is_equal", "(", "self", ",", "other", ")", ":", "print", "type", "(", "self", ".", "prototype", ")", ",", "type", "(", "other", ".", "prototype", ")", "if", "not", "self", ".", "prototype", ".", "is_equal", "(", "other", ".", "prototype", ")", ":", "print", "\"Different prototypes\"", "return", "False", "if", "self", ".", "exclude", "!=", "other", ".", "exclude", ":", "print", "\"Different excludes\"", "return", "False", "if", "self", ".", "include", "!=", "other", ".", "include", ":", "print", "\"Different includes\"", "return", "False", "return", "True" ]

[ 0.038461538461538464, 0.18181818181818182, 0.05555555555555555, 0.1, 0.08163265306122448, 0, 0.05263157894736842, 0.06896551724137931, 0.18181818181818182, 0.03508771929824561, 0.03571428571428571, 0.05, 0.08333333333333333, 0.04878048780487805, 0.05263157894736842, 0.08333333333333333, 0.04878048780487805, 0.05263157894736842, 0.08333333333333333, 0.10526315789473684 ]

[ "def", "calc_reward_fn", "(", "self", ")", ":", "model", "=", "copy", ".", "copy", "(", "self", ".", "model", ")", "model", ".", "train", "(", "self", ".", "dataset", ")", "# reward function: Importance-Weighted-Accuracy (IW-ACC) (tau, f)", "reward", "=", "0.", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "self", ".", "queried_hist_", ")", ")", ":", "reward", "+=", "self", ".", "W", "[", "i", "]", "*", "(", "model", ".", "predict", "(", "self", ".", "dataset", ".", "data", "[", "self", ".", "queried_hist_", "[", "i", "]", "]", "[", "0", "]", ".", "reshape", "(", "1", ",", "-", "1", ")", ")", "[", "0", "]", "==", "self", ".", "dataset", ".", "data", "[", "self", ".", "queried_hist_", "[", "i", "]", "]", "[", "1", "]", ")", "reward", "/=", "(", "self", ".", "dataset", ".", "len_labeled", "(", ")", "+", "self", ".", "dataset", ".", "len_unlabeled", "(", ")", ")", "reward", "/=", "self", ".", "T", "return", "reward" ]

[ 0.04, 0.05, 0.05405405405405406, 0.06060606060606061, 0, 0.0273972602739726, 0.10526315789473684, 0.041666666666666664, 0.08571428571428572, 0.1, 0.07894736842105263, 0.046875, 0.1111111111111111, 0.03389830508474576, 0.23076923076923078, 0.025974025974025976, 0.08333333333333333, 0.09523809523809523 ]

[ "def", "add_node", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "nodes", "=", "[", "n", "for", "n", "in", "self", ".", "nodes", "(", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "n", ",", "Source", ")", "]", "num_agents", "=", "len", "(", "nodes", ")", "curr_generation", "=", "int", "(", "(", "num_agents", "-", "1", ")", "/", "float", "(", "self", ".", "generation_size", ")", ")", "node", ".", "generation", "=", "curr_generation", "if", "curr_generation", "==", "0", ":", "if", "self", ".", "initial_source", ":", "source", "=", "min", "(", "self", ".", "nodes", "(", "type", "=", "Source", ")", ",", "key", "=", "attrgetter", "(", "'creation_time'", ")", ")", "source", ".", "connect", "(", "whom", "=", "node", ")", "source", ".", "transmit", "(", "to_whom", "=", "node", ")", "else", ":", "prev_agents", "=", "Node", ".", "query", ".", "filter_by", "(", "failed", "=", "False", ",", "network_id", "=", "self", ".", "id", ",", "generation", "=", "(", "curr_generation", "-", "1", ")", ")", ".", "all", "(", ")", "prev_fits", "=", "[", "p", ".", "fitness", "for", "p", "in", "prev_agents", "]", "prev_probs", "=", "[", "(", "f", "/", "(", "1.0", "*", "sum", "(", "prev_fits", ")", ")", ")", "for", "f", "in", "prev_fits", "]", "rnd", "=", "random", ".", "random", "(", ")", "temp", "=", "0.0", "for", "i", ",", "probability", "in", "enumerate", "(", "prev_probs", ")", ":", "temp", "+=", "probability", "if", "temp", ">", "rnd", ":", "parent", "=", "prev_agents", "[", "i", "]", "break", "parent", ".", "connect", "(", "whom", "=", "node", ")", "parent", ".", "transmit", "(", "to_whom", "=", "node", ")" ]

[ 0.04, 0.02666666666666667, 0.02857142857142857, 0.06451612903225806, 0.025974025974025976, 0.04878048780487805, 0, 0.0625, 0.05714285714285714, 0.10344827586206896, 0.045454545454545456, 0.07692307692307693, 0.04878048780487805, 0.044444444444444446, 0.15384615384615385, 0.05405405405405406, 0.075, 0.08695652173913043, 0.08196721311475409, 0.09090909090909091, 0.03571428571428571, 0.02702702702702703, 0, 0.06060606060606061, 0.09090909090909091, 0.03571428571428571, 0.05714285714285714, 0.06666666666666667, 0.046511627906976744, 0.08, 0, 0.05405405405405406, 0.04878048780487805 ]

[ "def", "_remove_elements", "(", "self", ",", "elts_to_remove", ")", ":", "for", "e", "in", "elts_to_remove", ":", "# Get the element parent", "parent", "=", "e", ".", "getparent", "(", ")", "# lxml also remove the element tail, preserve it", "if", "e", ".", "tail", "and", "e", ".", "tail", ".", "strip", "(", ")", ":", "parent_text", "=", "parent", ".", "text", "or", "''", "parent", ".", "text", "=", "parent_text", "+", "e", ".", "tail", "# Remove the element", "e", ".", "getparent", "(", ")", ".", "remove", "(", "e", ")" ]

[ 0.023255813953488372, 0.18181818181818182, 0.03773584905660377, 0.18181818181818182, 0.0625, 0, 0.05555555555555555, 0.058823529411764705, 0, 0.03333333333333333, 0.04878048780487805, 0.0425531914893617, 0.04, 0, 0.0625, 0.05714285714285714 ]

[ "def", "signature_matches", "(", "func", ",", "args", "=", "(", ")", ",", "kwargs", "=", "{", "}", ")", ":", "try", ":", "sig", "=", "inspect", ".", "signature", "(", "func", ")", "sig", ".", "bind", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "except", "TypeError", ":", "return", "False", "else", ":", "return", "True" ]

[ 0.020833333333333332, 0.2857142857142857, 0.03278688524590164, 0.2857142857142857, 0.25, 0.05405405405405406, 0.06060606060606061, 0.09523809523809523, 0.1, 0.2222222222222222, 0.10526315789473684 ]

[ "def", "init_ui", "(", "state", ")", ":", "app", "=", "state", ".", "app", "init_common", "(", "app", ")", "# Register blueprint for templates", "app", ".", "register_blueprint", "(", "blueprint", ",", "url_prefix", "=", "app", ".", "config", "[", "'USERPROFILES_PROFILE_URL'", "]", ")" ]

[ 0.05263157894736842, 0.04081632653061224, 0.10526315789473684, 0.1, 0, 0.05263157894736842, 0.1111111111111111, 0.057971014492753624 ]

[ "def", "cond_remove_some", "(", "ol", ",", "*", "some", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "cond_func", "=", "kwargs", "[", "'cond_func'", "]", "if", "(", "'cond_func_args'", "in", "kwargs", ")", ":", "cond_func_args", "=", "kwargs", "[", "'cond_func_args'", "]", "else", ":", "cond_func_args", "=", "[", "]", "if", "(", "'mode'", "in", "kwargs", ")", ":", "mode", "=", "kwargs", "[", "\"mode\"", "]", "else", ":", "mode", "=", "\"new\"", "seqs", "=", "list", "(", "some", ")", "rslt", "=", "cond_remove_seqs", "(", "ol", ",", "seqs", ",", "cond_func", "=", "cond_func", ",", "cond_func_args", "=", "cond_func_args", ")", "return", "(", "rslt", ")" ]

[ 0.075, 0.2857142857142857, 0.06060606060606061, 0.2692307692307692, 0.14285714285714285, 0.25, 0.10714285714285714, 0.045454545454545456, 0.08333333333333333, 0.25, 0.07792207792207792, 0.2, 0.18181818181818182, 0.14285714285714285, 0.13333333333333333, 0.16666666666666666, 0.2692307692307692, 0.14285714285714285, 0.0851063829787234, 0.2, 0.16666666666666666, 0.14285714285714285, 0.125, 0.2857142857142857, 0.05714285714285714, 0.05714285714285714, 0.04081632653061224, 0.2222222222222222, 0.07407407407407407, 0.08, 0.06896551724137931, 0.2222222222222222, 0.1, 0.09523809523809523, 0.06976744186046512, 0.125 ]

[ "def", "decrement", "(", "self", ",", "key", ",", "value", "=", "1", ")", ":", "return", "self", ".", "_redis", ".", "decr", "(", "self", ".", "_prefix", "+", "key", ",", "value", ")" ]

[ 0.029411764705882353, 0.18181818181818182, 0.038461538461538464, 0, 0.09090909090909091, 0.13636363636363635, 0, 0.07317073170731707, 0.125, 0, 0.1111111111111111, 0.18181818181818182, 0.034482758620689655 ]

[ "def", "extract_key_values", "(", "array_value", ",", "separators", "=", "(", "';'", ",", "','", ",", "':'", ")", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "items_sep", ",", "fields_sep", ",", "keys_sep", "=", "separators", "return", "items_sep", ".", "join", "(", "fields_sep", ".", "join", "(", "keys_sep", ".", "join", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "sorted", "(", "it", ".", "items", "(", ")", ")", ")", "for", "it", "in", "array_value", ")" ]

[ 0.013513513513513514, 0.03571428571428571, 0.2857142857142857, 0.041666666666666664, 0.04597701149425287, 0.08333333333333333 ]

[ "async", "def", "_process_polling_updates", "(", "self", ",", "updates", ",", "fast", ":", "typing", ".", "Optional", "[", "bool", "]", "=", "True", ")", ":", "need_to_call", "=", "[", "]", "for", "responses", "in", "itertools", ".", "chain", ".", "from_iterable", "(", "await", "self", ".", "process_updates", "(", "updates", ",", "fast", ")", ")", ":", "for", "response", "in", "responses", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "response", ",", "BaseResponse", ")", ":", "continue", "need_to_call", ".", "append", "(", "response", ".", "execute_response", "(", "self", ".", "bot", ")", ")", "if", "need_to_call", ":", "try", ":", "asyncio", ".", "gather", "(", "*", "need_to_call", ")", "except", "TelegramAPIError", ":", "log", ".", "exception", "(", "'Cause exception while processing updates.'", ")" ]

[ 0.023255813953488372, 0.18181818181818182, 0.0392156862745098, 0, 0.075, 0.15, 0.18181818181818182, 0.08, 0.030612244897959183, 0.05263157894736842, 0.034482758620689655, 0.07142857142857142, 0.027777777777777776, 0.08333333333333333, 0.125, 0.044444444444444446, 0.05555555555555555, 0.02702702702702703 ]

[ "def", "_process_qtls_genomic_location", "(", "self", ",", "raw", ",", "txid", ",", "build_id", ",", "build_label", ",", "common_name", ",", "limit", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "test_mode", ":", "graph", "=", "self", ".", "testgraph", "else", ":", "graph", "=", "self", ".", "graph", "model", "=", "Model", "(", "graph", ")", "line_counter", "=", "0", "geno", "=", "Genotype", "(", "graph", ")", "# assume that chrs get added to the genome elsewhere", "taxon_curie", "=", "'NCBITaxon:'", "+", "txid", "eco_id", "=", "self", ".", "globaltt", "[", "'quantitative trait analysis evidence'", "]", "LOG", ".", "info", "(", "\"Processing QTL locations for %s from %s\"", ",", "taxon_curie", ",", "raw", ")", "with", "gzip", ".", "open", "(", "raw", ",", "'rt'", ",", "encoding", "=", "'ISO-8859-1'", ")", "as", "tsvfile", ":", "reader", "=", "csv", ".", "reader", "(", "tsvfile", ",", "delimiter", "=", "\"\\t\"", ")", "for", "row", "in", "reader", ":", "line_counter", "+=", "1", "if", "re", ".", "match", "(", "r'^#'", ",", "' '", ".", "join", "(", "row", ")", ")", ":", "continue", "(", "chromosome", ",", "qtl_source", ",", "qtl_type", ",", "start_bp", ",", "stop_bp", ",", "frame", ",", "strand", ",", "score", ",", "attr", ")", "=", "row", "example", "=", "'''\nChr.Z Animal QTLdb Production_QTL 33954873 34023581...\nQTL_ID=2242;Name=\"Spleen percentage\";Abbrev=\"SPLP\";PUBMED_ID=17012160;trait_ID=2234;\ntrait=\"Spleen percentage\";breed=\"leghorn\";\"FlankMarkers=ADL0022\";VTO_name=\"spleen mass\";\nMO_name=\"spleen weight to body weight ratio\";Map_Type=\"Linkage\";Model=\"Mendelian\";\nTest_Base=\"Chromosome-wise\";Significance=\"Significant\";P-value=\"<0.05\";F-Stat=\"5.52\";\nVariance=\"2.94\";Dominance_Effect=\"-0.002\";Additive_Effect=\"0.01\n '''", "str", "(", "example", ")", "# make dictionary of attributes", "# keys are:", "# QTL_ID,Name,Abbrev,PUBMED_ID,trait_ID,trait,FlankMarkers,", "# VTO_name,Map_Type,Significance,P-value,Model,", "# Test_Base,Variance, Bayes-value,PTO_name,gene_IDsrc,peak_cM,", "# CMO_name,gene_ID,F-Stat,LOD-score,Additive_Effect,", "# Dominance_Effect,Likelihood_Ratio,LS-means,Breed,", "# trait (duplicate with Name),Variance,Bayes-value,", "# F-Stat,LOD-score,Additive_Effect,Dominance_Effect,", "# Likelihood_Ratio,LS-means", "# deal with poorly formed attributes", "if", "re", ".", "search", "(", "r'\"FlankMarkers\";'", ",", "attr", ")", ":", "attr", "=", "re", ".", "sub", "(", "r'FlankMarkers;'", ",", "''", ",", "attr", ")", "attr_items", "=", "re", ".", "sub", "(", "r'\"'", ",", "''", ",", "attr", ")", ".", "split", "(", "\";\"", ")", "bad_attrs", "=", "set", "(", ")", "for", "attributes", "in", "attr_items", ":", "if", "not", "re", ".", "search", "(", "r'='", ",", "attributes", ")", ":", "# remove this attribute from the list", "bad_attrs", ".", "add", "(", "attributes", ")", "attr_set", "=", "set", "(", "attr_items", ")", "-", "bad_attrs", "attribute_dict", "=", "dict", "(", "item", ".", "split", "(", "\"=\"", ")", "for", "item", "in", "attr_set", ")", "qtl_num", "=", "attribute_dict", ".", "get", "(", "'QTL_ID'", ")", "if", "self", ".", "test_mode", "and", "int", "(", "qtl_num", ")", "not", "in", "self", ".", "test_ids", ":", "continue", "# make association between QTL and trait based on taxon", "qtl_id", "=", "common_name", "+", "'QTL:'", "+", "str", "(", "qtl_num", ")", "model", ".", "addIndividualToGraph", "(", "qtl_id", ",", "None", ",", "self", ".", "globaltt", "[", "'QTL'", "]", ")", "geno", ".", "addTaxon", "(", "taxon_curie", ",", "qtl_id", ")", "#", "trait_id", "=", "'AQTLTrait:'", "+", "attribute_dict", ".", "get", "(", "'trait_ID'", ")", "# if pub is in attributes, add it to the association", "pub_id", "=", "None", "if", "'PUBMED_ID'", "in", "attribute_dict", ".", "keys", "(", ")", ":", "pub_id", "=", "attribute_dict", ".", "get", "(", "'PUBMED_ID'", ")", "if", "re", ".", "match", "(", "r'ISU.*'", ",", "pub_id", ")", ":", "pub_id", "=", "'AQTLPub:'", "+", "pub_id", ".", "strip", "(", ")", "reference", "=", "Reference", "(", "graph", ",", "pub_id", ")", "else", ":", "pub_id", "=", "'PMID:'", "+", "pub_id", ".", "strip", "(", ")", "reference", "=", "Reference", "(", "graph", ",", "pub_id", ",", "self", ".", "globaltt", "[", "'journal article'", "]", ")", "reference", ".", "addRefToGraph", "(", ")", "# Add QTL to graph", "assoc", "=", "G2PAssoc", "(", "graph", ",", "self", ".", "name", ",", "qtl_id", ",", "trait_id", ",", "self", ".", "globaltt", "[", "'is marker for'", "]", ")", "assoc", ".", "add_evidence", "(", "eco_id", ")", "assoc", ".", "add_source", "(", "pub_id", ")", "if", "'P-value'", "in", "attribute_dict", ".", "keys", "(", ")", ":", "scr", "=", "re", ".", "sub", "(", "r'<'", ",", "''", ",", "attribute_dict", ".", "get", "(", "'P-value'", ")", ")", "if", "','", "in", "scr", ":", "scr", "=", "re", ".", "sub", "(", "r','", ",", "'.'", ",", "scr", ")", "if", "scr", ".", "isnumeric", "(", ")", ":", "score", "=", "float", "(", "scr", ")", "assoc", ".", "set_score", "(", "score", ")", "assoc", ".", "add_association_to_graph", "(", ")", "# TODO make association to breed", "# (which means making QTL feature in Breed background)", "# get location of QTL", "chromosome", "=", "re", ".", "sub", "(", "r'Chr\\.'", ",", "''", ",", "chromosome", ")", "chrom_id", "=", "makeChromID", "(", "chromosome", ",", "taxon_curie", ",", "'CHR'", ")", "chrom_in_build_id", "=", "makeChromID", "(", "chromosome", ",", "build_id", ",", "'MONARCH'", ")", "geno", ".", "addChromosomeInstance", "(", "chromosome", ",", "build_id", ",", "build_label", ",", "chrom_id", ")", "qtl_feature", "=", "Feature", "(", "graph", ",", "qtl_id", ",", "None", ",", "self", ".", "globaltt", "[", "'QTL'", "]", ")", "if", "start_bp", "==", "''", ":", "start_bp", "=", "None", "qtl_feature", ".", "addFeatureStartLocation", "(", "start_bp", ",", "chrom_in_build_id", ",", "strand", ",", "[", "self", ".", "globaltt", "[", "'FuzzyPosition'", "]", "]", ")", "if", "stop_bp", "==", "''", ":", "stop_bp", "=", "None", "qtl_feature", ".", "addFeatureEndLocation", "(", "stop_bp", ",", "chrom_in_build_id", ",", "strand", ",", "[", "self", ".", "globaltt", "[", "'FuzzyPosition'", "]", "]", ")", "qtl_feature", ".", "addTaxonToFeature", "(", "taxon_curie", ")", "qtl_feature", ".", "addFeatureToGraph", "(", ")", "if", "not", "self", ".", "test_mode", "and", "limit", "is", "not", "None", "and", "line_counter", ">", "limit", ":", "break", "# LOG.warning(\"Bad attribute flags in this file\") # what does this even mean??", "LOG", ".", "info", "(", "\"Done with QTL genomic mappings for %s\"", ",", "taxon_curie", ")", "return" ]

[ 0.05714285714285714, 0.05194805194805195, 0.18181818181818182, 0.10526315789473684, 0, 0.08333333333333333, 0, 0.14285714285714285, 0.1875, 0.18181818181818182, 0.07692307692307693, 0.058823529411764705, 0.15384615384615385, 0.06666666666666667, 0.07142857142857142, 0.08333333333333333, 0.06666666666666667, 0.03333333333333333, 0, 0.04878048780487805, 0.02857142857142857, 0.025974025974025976, 0.029411764705882353, 0.03571428571428571, 0.06666666666666667, 0.06060606060606061, 0.04, 0.07142857142857142, 0, 0.047619047619047616, 0.17142857142857143, 0.10344827586206896, 0.015384615384615385, 0.19047619047619047, 0.13636363636363635, 0.12195121951219512, 0.15294117647058825, 0.12698412698412698, 0.10526315789473684, 0.07142857142857142, 0.0425531914893617, 0.07407407407407407, 0.02666666666666667, 0.031746031746031744, 0.02564102564102564, 0.029411764705882353, 0.029850746268656716, 0.029850746268656716, 0.029411764705882353, 0.046511627906976744, 0, 0.038461538461538464, 0.03636363636363636, 0.03278688524590164, 0.03225806451612903, 0.06060606060606061, 0.044444444444444446, 0.03636363636363636, 0.03278688524590164, 0.04081632653061224, 0, 0.037037037037037035, 0.02666666666666667, 0, 0.037037037037037035, 0.027777777777777776, 0.07142857142857142, 0.028169014084507043, 0, 0.03333333333333333, 0.02564102564102564, 0.04, 0, 0.11764705882352941, 0.027777777777777776, 0, 0.029411764705882353, 0.06896551724137931, 0.03571428571428571, 0.03333333333333333, 0.04, 0.03333333333333333, 0.03333333333333333, 0.08, 0.03508771929824561, 0.06521739130434782, 0.039473684210526314, 0.044444444444444446, 0, 0.058823529411764705, 0.09090909090909091, 0.03636363636363636, 0.058823529411764705, 0.047619047619047616, 0.05, 0.037037037037037035, 0.0273972602739726, 0.058823529411764705, 0.038461538461538464, 0.05128205128205128, 0.047619047619047616, 0.043478260869565216, 0, 0.041666666666666664, 0.041666666666666664, 0.02857142857142857, 0, 0.05405405405405406, 0.03278688524590164, 0.02857142857142857, 0, 0.0375, 0.06976744186046512, 0.046875, 0.0375, 0.058823529411764705, 0.05714285714285714, 0.057692307692307696, 0.03571428571428571, 0.05660377358490566, 0.06060606060606061, 0.058823529411764705, 0.06, 0.03636363636363636, 0.05660377358490566, 0.034482758620689655, 0.0425531914893617, 0, 0.03529411764705882, 0.08, 0, 0.034482758620689655, 0.02857142857142857, 0.14285714285714285 ]

[ "def", "UploadOperations", "(", "self", ",", "operations", ",", "is_last", "=", "False", ")", ":", "if", "self", ".", "_is_last", ":", "raise", "googleads", ".", "errors", ".", "AdWordsBatchJobServiceInvalidOperationError", "(", "'Can\\'t add new operations to a completed incremental upload.'", ")", "# Build the request", "req", "=", "self", ".", "_request_builder", ".", "BuildUploadRequest", "(", "self", ".", "_upload_url", ",", "operations", ",", "current_content_length", "=", "self", ".", "_current_content_length", ",", "is_last", "=", "is_last", ")", "# Make the request, ignoring the urllib2.HTTPError raised due to HTTP status", "# code 308 (for resumable uploads).", "try", ":", "_batch_job_logger", ".", "debug", "(", "'Outgoing request: %s %s %s'", ",", "req", ".", "get_full_url", "(", ")", ",", "req", ".", "headers", ",", "req", ".", "data", ")", "self", ".", "_url_opener", ".", "open", "(", "req", ")", "if", "_batch_job_logger", ".", "isEnabledFor", "(", "logging", ".", "INFO", ")", ":", "_batch_job_logger", ".", "info", "(", "'Request summary: %s'", ",", "self", ".", "_ExtractRequestSummaryFields", "(", "req", ")", ")", "except", "urllib2", ".", "HTTPError", "as", "e", ":", "if", "e", ".", "code", "!=", "308", ":", "if", "_batch_job_logger", ".", "isEnabledFor", "(", "logging", ".", "WARNING", ")", ":", "_batch_job_logger", ".", "warning", "(", "'Request summary: %s'", ",", "self", ".", "_ExtractRequestSummaryFields", "(", "req", ",", "error", "=", "e", ")", ")", "raise", "# Update upload status.", "self", ".", "_current_content_length", "+=", "len", "(", "req", ".", "data", ")", "self", ".", "_is_last", "=", "is_last" ]

[ 0.018518518518518517, 0.02857142857142857, 0, 0.02702702702702703, 0.02857142857142857, 0.0625, 0, 0.2222222222222222, 0.0410958904109589, 0.0425531914893617, 0.03896103896103896, 0.06451612903225806, 0.2857142857142857, 0.09523809523809523, 0.0547945205479452, 0.0547945205479452, 0.08695652173913043, 0.058823529411764705, 0.05405405405405406, 0.06493506493506493, 0.0375, 0.05128205128205128, 0.25, 0.06779661016949153, 0.05555555555555555, 0, 0.09375, 0, 0.05555555555555555, 0.05660377358490566, 0.05714285714285714, 0.058823529411764705, 0.13043478260869565, 0.03389830508474576, 0.1111111111111111, 0.08333333333333333, 0.06451612903225806, 0.15384615384615385, 0.07407407407407407, 0.04081632653061224, 0.07407407407407407 ]

[ "def", "calculate_trip_shape_breakpoints", "(", "conn", ")", ":", "from", "gtfspy", "import", "shapes", "cur", "=", "conn", ".", "cursor", "(", ")", "breakpoints_cache", "=", "{", "}", "# Counters for problems - don't print every problem.", "count_bad_shape_ordering", "=", "0", "count_bad_shape_fit", "=", "0", "count_no_shape_fit", "=", "0", "trip_Is", "=", "[", "x", "[", "0", "]", "for", "x", "in", "cur", ".", "execute", "(", "'SELECT DISTINCT trip_I FROM stop_times'", ")", ".", "fetchall", "(", ")", "]", "for", "trip_I", "in", "trip_Is", ":", "# Get the shape points", "row", "=", "cur", ".", "execute", "(", "'''SELECT shape_id\n FROM trips WHERE trip_I=?'''", ",", "(", "trip_I", ",", ")", ")", ".", "fetchone", "(", ")", "if", "row", "is", "None", ":", "continue", "shape_id", "=", "row", "[", "0", "]", "if", "shape_id", "is", "None", "or", "shape_id", "==", "''", ":", "continue", "# Get the stop points", "cur", ".", "execute", "(", "'''SELECT seq, lat, lon, stop_id\n FROM stop_times LEFT JOIN stops USING (stop_I)\n WHERE trip_I=?\n ORDER BY seq'''", ",", "(", "trip_I", ",", ")", ")", "#print '%20s, %s'%(run_code, datetime.fromtimestamp(run_sch_starttime))", "stop_points", "=", "[", "dict", "(", "seq", "=", "row", "[", "0", "]", ",", "lat", "=", "row", "[", "1", "]", ",", "lon", "=", "row", "[", "2", "]", ",", "stop_I", "=", "row", "[", "3", "]", ")", "for", "row", "in", "cur", "if", "row", "[", "1", "]", "and", "row", "[", "2", "]", "]", "# Calculate a cache key for this sequence.", "# If both shape_id, and all stop_Is are same, then we can re-use existing breakpoints:", "cache_key", "=", "(", "shape_id", ",", "tuple", "(", "x", "[", "'stop_I'", "]", "for", "x", "in", "stop_points", ")", ")", "if", "cache_key", "in", "breakpoints_cache", ":", "breakpoints", "=", "breakpoints_cache", "[", "cache_key", "]", "else", ":", "# Must re-calculate breakpoints:", "shape_points", "=", "shapes", ".", "get_shape_points", "(", "cur", ",", "shape_id", ")", "breakpoints", ",", "badness", "=", "shapes", ".", "find_segments", "(", "stop_points", ",", "shape_points", ")", "if", "breakpoints", "!=", "sorted", "(", "breakpoints", ")", ":", "# route_name, route_id, route_I, trip_id, trip_I = \\", "# cur.execute('''SELECT name, route_id, route_I, trip_id, trip_I", "# FROM trips LEFT JOIN routes USING (route_I)", "# WHERE trip_I=? LIMIT 1''', (trip_I,)).fetchone()", "# print \"Ignoring: Route with bad shape ordering:\", route_name, route_id, route_I, trip_id, trip_I", "count_bad_shape_ordering", "+=", "1", "# select * from stop_times where trip_I=NNNN order by shape_break;", "breakpoints_cache", "[", "cache_key", "]", "=", "None", "continue", "# Do not set shape_break for this trip.", "# Add it to cache", "breakpoints_cache", "[", "cache_key", "]", "=", "breakpoints", "if", "badness", ">", "30", "*", "len", "(", "breakpoints", ")", ":", "#print \"bad shape fit: %s (%s, %s, %s)\" % (badness, trip_I, shape_id, len(breakpoints))", "count_bad_shape_fit", "+=", "1", "if", "breakpoints", "is", "None", ":", "continue", "if", "len", "(", "breakpoints", ")", "==", "0", ":", "# No valid route could be identified.", "#print \"Ignoring: No shape identified for trip_I=%s, shape_id=%s\" % (trip_I, shape_id)", "count_no_shape_fit", "+=", "1", "continue", "# breakpoints is the corresponding points for each stop", "assert", "len", "(", "breakpoints", ")", "==", "len", "(", "stop_points", ")", "cur", ".", "executemany", "(", "'UPDATE stop_times SET shape_break=? '", "'WHERE trip_I=? AND seq=? '", ",", "(", "(", "int", "(", "bkpt", ")", ",", "int", "(", "trip_I", ")", ",", "int", "(", "stpt", "[", "'seq'", "]", ")", ")", "for", "bkpt", ",", "stpt", "in", "zip", "(", "breakpoints", ",", "stop_points", ")", ")", ")", "if", "count_bad_shape_fit", ">", "0", ":", "print", "(", "\" Shape trip breakpoints: %s bad fits\"", "%", "count_bad_shape_fit", ")", "if", "count_bad_shape_ordering", ">", "0", ":", "print", "(", "\" Shape trip breakpoints: %s bad shape orderings\"", "%", "count_bad_shape_ordering", ")", "if", "count_no_shape_fit", ">", "0", ":", "print", "(", "\" Shape trip breakpoints: %s no shape fits\"", "%", "count_no_shape_fit", ")", "conn", ".", "commit", "(", ")" ]

[ 0.023255813953488372, 0.02857142857142857, 0, 0.13636363636363635, 0.06896551724137931, 0, 0.08695652173913043, 0.07692307692307693, 0, 0.03571428571428571, 0.0625, 0.07407407407407407, 0.07692307692307693, 0, 0.10714285714285714, 0.0625, 0.07692307692307693, 0.06666666666666667, 0.06818181818181818, 0.07058823529411765, 0.08695652173913043, 0.1, 0.08, 0.043478260869565216, 0.1, 0, 0.06896551724137931, 0.057692307692307696, 0.057971014492753624, 0.10810810810810811, 0.10256410256410256, 0.1, 0.0379746835443038, 0.07692307692307693, 0.07692307692307693, 0.07692307692307693, 0.09523809523809523, 0.06779661016949153, 0.04, 0.031914893617021274, 0.028169014084507043, 0.047619047619047616, 0.037037037037037035, 0.15384615384615385, 0.045454545454545456, 0, 0.03076923076923077, 0.058823529411764705, 0.03076923076923077, 0.04, 0.029411764705882353, 0.03614457831325301, 0.025974025974025976, 0.036585365853658534, 0.02631578947368421, 0.044444444444444446, 0.036585365853658534, 0.0392156862745098, 0.03076923076923077, 0.06896551724137931, 0.037037037037037035, 0, 0.0425531914893617, 0.038834951456310676, 0.05, 0, 0.06451612903225806, 0.1, 0, 0.06060606060606061, 0.04, 0.04081632653061224, 0.05714285714285714, 0.1, 0, 0.031746031746031744, 0.0392156862745098, 0.04838709677419355, 0.038461538461538464, 0.04477611940298507, 0.05405405405405406, 0.06451612903225806, 0.02666666666666667, 0.05555555555555555, 0.03296703296703297, 0.06666666666666667, 0.02531645569620253, 0.11764705882352941 ]

[ "def", "record", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# Make 2 objects both referencing the same iterator", "args", "=", "[", "iter", "(", "args", ")", "]", "*", "2", "# Zip generates list entries by calling `next` on each iterator it", "# receives. In this case the two iterators are the same object, so the", "# call to next on args[0] will also advance args[1], resulting in zip", "# returning (a,b) (c,d) (e,f) rather than (a,a) (b,b) (c,c) etc.", "positionals", "=", "zip", "(", "*", "args", ")", "for", "name", ",", "value", "in", "chain", "(", "positionals", ",", "kwargs", ".", "items", "(", ")", ")", ":", "self", ".", "_recorded_vars", "[", "name", "]", "=", "value" ]

[ 0.029411764705882353, 0.045454545454545456, 0, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0.125, 0.046511627906976744, 0, 0.15384615384615385, 0.15384615384615385, 0.02531645569620253, 0.05263157894736842, 0.1282051282051282, 0.18181818181818182, 0.03389830508474576, 0.06451612903225806, 0, 0.02702702702702703, 0.02531645569620253, 0.025974025974025976, 0.027777777777777776, 0.0625, 0.03225806451612903, 0.044444444444444446 ]

[ "def", "__recv_cb", "(", "self", ",", "msg", ")", ":", "try", ":", "self", ".", "__msg_callback", "(", "msg", ")", "except", ":", "logger", ".", "exception", "(", "\"AmqpLink.__recv_cb exception calling msg_callback\"", ")", "finally", ":", "# only works if all messages handled in series", "self", ".", "__last_id", "=", "msg", ".", "delivery_tag", "self", ".", "__unacked", "+=", "1" ]

[ 0.04, 0.034482758620689655, 0.18181818181818182, 0.16666666666666666, 0.05555555555555555, 0.2, 0.037037037037037035, 0.125, 0.034482758620689655, 0.044444444444444446, 0.06451612903225806 ]

[ "def", "_eat_name_line", "(", "self", ",", "line", ")", ":", "if", "line", "[", "0", "]", "not", "in", "\"#=\"", ":", "parts", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "country_values", "=", "line", "[", "30", ":", "-", "1", "]", "name", "=", "map_name", "(", "parts", "[", "1", "]", ")", "if", "not", "self", ".", "case_sensitive", ":", "name", "=", "name", ".", "lower", "(", ")", "if", "parts", "[", "0", "]", "==", "\"M\"", ":", "self", ".", "_set", "(", "name", ",", "u\"male\"", ",", "country_values", ")", "elif", "parts", "[", "0", "]", "==", "\"1M\"", "or", "parts", "[", "0", "]", "==", "\"?M\"", ":", "self", ".", "_set", "(", "name", ",", "u\"mostly_male\"", ",", "country_values", ")", "elif", "parts", "[", "0", "]", "==", "\"F\"", ":", "self", ".", "_set", "(", "name", ",", "u\"female\"", ",", "country_values", ")", "elif", "parts", "[", "0", "]", "==", "\"1F\"", "or", "parts", "[", "0", "]", "==", "\"?F\"", ":", "self", ".", "_set", "(", "name", ",", "u\"mostly_female\"", ",", "country_values", ")", "elif", "parts", "[", "0", "]", "==", "\"?\"", ":", "self", ".", "_set", "(", "name", ",", "self", ".", "unknown_value", ",", "country_values", ")", "else", ":", "raise", "\"Not sure what to do with a sex of %s\"", "%", "parts", "[", "0", "]" ]

[ 0.03225806451612903, 0.047619047619047616, 0.06451612903225806, 0.0625, 0.05, 0.05405405405405406, 0.05128205128205128, 0.05714285714285714, 0, 0.06451612903225806, 0.03571428571428571, 0.037037037037037035, 0.031746031746031744, 0.06060606060606061, 0.034482758620689655, 0.037037037037037035, 0.03076923076923077, 0.06060606060606061, 0.029850746268656716, 0.11764705882352941, 0.028169014084507043 ]

[ "def", "getmessage", "(", "self", ")", "->", "str", ":", "image", "=", "{", "}", "for", "key", ",", "default", "in", "vars", "(", "self", ".", "__class__", ")", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "not", "key", ".", "startswith", "(", "'_'", ")", "and", "key", "!=", "''", "and", "(", "not", "key", "in", "vars", "(", "QueueMessage", ")", ".", "items", "(", ")", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "default", ",", "datetime", ".", "date", ")", ":", "image", "[", "key", "]", "=", "safe_cast", "(", "getattr", "(", "self", ",", "key", ",", "default", ")", ",", "str", ",", "dformat", "=", "self", ".", "_dateformat", ")", "if", "isinstance", "(", "default", ",", "datetime", ".", "datetime", ")", ":", "image", "[", "key", "]", "=", "safe_cast", "(", "getattr", "(", "self", ",", "key", ",", "default", ")", ",", "str", ",", "dformat", "=", "self", ".", "_datetimeformat", ")", "else", ":", "image", "[", "key", "]", "=", "getattr", "(", "self", ",", "key", ",", "default", ")", "return", "str", "(", "image", ")" ]

[ 0.03571428571428571, 0.04411764705882353, 0.1111111111111111, 0.03508771929824561, 0.04477611940298507, 0.037037037037037035, 0.029411764705882353, 0.034482758620689655, 0.02830188679245283, 0.09523809523809523, 0.03333333333333333, 0.08 ]

[ "def", "filter", "(", "filter", ",", "data", ",", "sensitive", "=", "True", ",", "regexp", "=", "False", ")", ":", "def", "match_value", "(", "pattern", ",", "text", ")", ":", "\"\"\" Match value against data (simple or regexp) \"\"\"", "if", "regexp", ":", "return", "re", ".", "match", "(", "\"^{0}$\"", ".", "format", "(", "pattern", ")", ",", "text", ")", "else", ":", "return", "pattern", "==", "text", "def", "check_value", "(", "dimension", ",", "value", ")", ":", "\"\"\" Check whether the value matches data \"\"\"", "# E.g. value = 'A, B' or value = \"C\" or value = \"-D\"", "# If there are multiple values, at least one must match", "for", "atom", "in", "re", ".", "split", "(", "\"\\s*,\\s*\"", ",", "value", ")", ":", "# Handle negative values (check the whole data for non-presence)", "if", "atom", ".", "startswith", "(", "\"-\"", ")", ":", "atom", "=", "atom", "[", "1", ":", "]", "# Check each value for given dimension", "for", "dato", "in", "data", "[", "dimension", "]", ":", "if", "match_value", "(", "atom", ",", "dato", ")", ":", "break", "# Pattern not found ---> good", "else", ":", "return", "True", "# Handle positive values (return True upon first successful match)", "else", ":", "# Check each value for given dimension", "for", "dato", "in", "data", "[", "dimension", "]", ":", "if", "match_value", "(", "atom", ",", "dato", ")", ":", "# Pattern found ---> good", "return", "True", "# No value matched the data", "return", "False", "def", "check_dimension", "(", "dimension", ",", "values", ")", ":", "\"\"\" Check whether all values for given dimension match data \"\"\"", "# E.g. dimension = 'tag', values = ['A, B', 'C', '-D']", "# Raise exception upon unknown dimension", "if", "dimension", "not", "in", "data", ":", "raise", "FilterError", "(", "\"Invalid filter '{0}'\"", ".", "format", "(", "dimension", ")", ")", "# Every value must match at least one value for data", "return", "all", "(", "[", "check_value", "(", "dimension", ",", "value", ")", "for", "value", "in", "values", "]", ")", "def", "check_clause", "(", "clause", ")", ":", "\"\"\" Split into literals and check whether all match \"\"\"", "# E.g. clause = 'tag: A, B & tag: C & tag: -D'", "# Split into individual literals by dimension", "literals", "=", "dict", "(", ")", "for", "literal", "in", "re", ".", "split", "(", "\"\\s*&\\s*\"", ",", "clause", ")", ":", "# E.g. literal = 'tag: A, B'", "# Make sure the literal matches dimension:value format", "matched", "=", "re", ".", "match", "(", "\"^(.*)\\s*:\\s*(.*)$\"", ",", "literal", ")", "if", "not", "matched", ":", "raise", "FilterError", "(", "\"Invalid filter '{0}'\"", ".", "format", "(", "literal", ")", ")", "dimension", ",", "value", "=", "matched", ".", "groups", "(", ")", "values", "=", "[", "value", "]", "# Append the literal value(s) to corresponding dimension list", "literals", ".", "setdefault", "(", "dimension", ",", "[", "]", ")", ".", "extend", "(", "values", ")", "# For each dimension all literals must match given data", "return", "all", "(", "[", "check_dimension", "(", "dimension", ",", "values", ")", "for", "dimension", ",", "values", "in", "literals", ".", "items", "(", ")", "]", ")", "# Default to True if no filter given, bail out if weird data given", "if", "filter", "is", "None", "or", "filter", "==", "\"\"", ":", "return", "True", "if", "not", "isinstance", "(", "data", ",", "dict", ")", ":", "raise", "FilterError", "(", "\"Invalid data type '{0}'\"", ".", "format", "(", "type", "(", "data", ")", ")", ")", "# Make sure that data dictionary contains lists of strings", "data", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "data", ")", "try", ":", "# pragma: no cover", "for", "key", "in", "data", ":", "if", "isinstance", "(", "data", "[", "key", "]", ",", "list", ")", ":", "data", "[", "key", "]", "=", "[", "unicode", "(", "item", ")", "for", "item", "in", "data", "[", "key", "]", "]", "else", ":", "data", "[", "key", "]", "=", "[", "unicode", "(", "data", "[", "key", "]", ")", "]", "except", "NameError", ":", "# pragma: no cover", "for", "key", "in", "data", ":", "if", "isinstance", "(", "data", "[", "key", "]", ",", "list", ")", ":", "data", "[", "key", "]", "=", "[", "str", "(", "item", ")", "for", "item", "in", "data", "[", "key", "]", "]", "else", ":", "data", "[", "key", "]", "=", "[", "str", "(", "data", "[", "key", "]", ")", "]", "# Turn all data into lowercase if sensitivity is off", "if", "not", "sensitive", ":", "filter", "=", "filter", ".", "lower", "(", ")", "lowered", "=", "dict", "(", ")", "for", "key", ",", "values", "in", "data", ".", "items", "(", ")", ":", "lowered", "[", "key", ".", "lower", "(", ")", "]", "=", "[", "value", ".", "lower", "(", ")", "for", "value", "in", "values", "]", "data", "=", "lowered", "# At least one clause must be true", "return", "any", "(", "[", "check_clause", "(", "clause", ")", "for", "clause", "in", "re", ".", "split", "(", "\"\\s*\\|\\s*\"", ",", "filter", ")", "]", ")" ]

[ 0.01818181818181818, 0.2857142857142857, 0.028985507246376812, 0, 0.028985507246376812, 0.028985507246376812, 0.043478260869565216, 0, 0.045454545454545456, 0.037037037037037035, 0, 0.027777777777777776, 0.07142857142857142, 0, 0.08, 0, 0.02857142857142857, 0.04225352112676056, 0, 0.03125, 0, 0.03076923076923077, 0.02857142857142857, 0.02857142857142857, 0.028169014084507043, 0.028169014084507043, 0.2857142857142857, 0, 0.05714285714285714, 0.03389830508474576, 0.1111111111111111, 0.034482758620689655, 0.15384615384615385, 0.058823529411764705, 0, 0.05263157894736842, 0.038461538461538464, 0.03333333333333333, 0.031746031746031744, 0.0851063829787234, 0.02631578947368421, 0.05555555555555555, 0.06451612903225806, 0.037037037037037035, 0.045454545454545456, 0.0425531914893617, 0.06896551724137931, 0.044444444444444446, 0.09523809523809523, 0.06451612903225806, 0.02564102564102564, 0.11764705882352941, 0.037037037037037035, 0.045454545454545456, 0.0425531914893617, 0.04081632653061224, 0.05714285714285714, 0.05714285714285714, 0.1, 0, 0.046511627906976744, 0.028169014084507043, 0.03225806451612903, 0.041666666666666664, 0.06060606060606061, 0.028169014084507043, 0.03333333333333333, 0.028169014084507043, 0, 0.06896551724137931, 0.031746031746031744, 0.037037037037037035, 0.03773584905660377, 0.08, 0.0784313725490196, 0.05, 0.030303030303030304, 0.06666666666666667, 0.07407407407407407, 0.0273972602739726, 0.0425531914893617, 0.07142857142857142, 0.0273972602739726, 0.03278688524590164, 0.031746031746031744, 0.05555555555555555, 0.05454545454545454, 0, 0.02857142857142857, 0.06, 0.058823529411764705, 0.028169014084507043, 0, 0.03225806451612903, 0.06666666666666667, 0.1111111111111111, 0.08333333333333333, 0.046511627906976744, 0.03076923076923077, 0.11764705882352941, 0.041666666666666664, 0.075, 0.08333333333333333, 0.046511627906976744, 0.03278688524590164, 0.11764705882352941, 0.045454545454545456, 0.03571428571428571, 0.09523809523809523, 0.06451612903225806, 0.08333333333333333, 0.05, 0.02857142857142857, 0.09090909090909091, 0, 0.05263157894736842, 0.08333333333333333, 0.10714285714285714 ]

[ "def", "cmpname", "(", "name1", ",", "name2", ")", ":", "if", "name1", "is", "None", "and", "name2", "is", "None", ":", "return", "0", "if", "name1", "is", "None", ":", "return", "-", "1", "if", "name2", "is", "None", ":", "return", "1", "lower_name1", "=", "name1", ".", "lower", "(", ")", "lower_name2", "=", "name2", ".", "lower", "(", ")", "if", "lower_name1", "==", "lower_name2", ":", "return", "0", "return", "-", "1", "if", "lower_name1", "<", "lower_name2", "else", "1" ]

[ 0.038461538461538464, 0.2857142857142857, 0.038461538461538464, 0, 0.0392156862745098, 0, 0.0379746835443038, 0.10526315789473684, 0, 0.028985507246376812, 0.10526315789473684, 0, 0.05405405405405406, 0.05405405405405406, 0.06666666666666667, 0.2857142857142857, 0.05128205128205128, 0.125, 0.09523809523809523, 0.11764705882352941, 0.09523809523809523, 0.125, 0.06451612903225806, 0.06451612903225806, 0.058823529411764705, 0.125, 0.04081632653061224 ]

[ "def", "get", "(", "remote_path", ",", "local_path", "=", "''", ",", "recursive", "=", "False", ",", "preserve_times", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "scp_client", "=", "_prepare_connection", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "get_kwargs", "=", "{", "'recursive'", ":", "recursive", ",", "'preserve_times'", ":", "preserve_times", "}", "if", "local_path", ":", "get_kwargs", "[", "'local_path'", "]", "=", "local_path", "return", "scp_client", ".", "get", "(", "remote_path", ",", "*", "*", "get_kwargs", ")" ]

[ 0.1, 0.13636363636363635, 0.125, 0.10344827586206896, 0.16666666666666666, 0.2857142857142857, 0.02666666666666667, 0.18181818181818182, 0, 0.13333333333333333, 0.0375, 0.02666666666666667, 0, 0.125, 0.0392156862745098, 0, 0.10344827586206896, 0.038461538461538464, 0, 0.16666666666666666, 0.047619047619047616, 0, 0.1875, 0.05263157894736842, 0, 0.16666666666666666, 0.029850746268656716, 0, 0.16666666666666666, 0.0273972602739726, 0.06, 0, 0.14285714285714285, 0.04878048780487805, 0, 0.25, 0.034482758620689655, 0, 0.125, 0.05194805194805195, 0.0425531914893617, 0, 0.18181818181818182, 0.06557377049180328, 0, 0.11538461538461539, 0.043478260869565216, 0, 0.125, 0.05, 0, 0.12, 0.046875, 0, 0.1111111111111111, 0.04054054054054054, 0.10714285714285714, 0, 0.1111111111111111, 0.0547945205479452, 0.1111111111111111, 0, 0.125, 0.05714285714285714, 0.11764705882352941, 0, 0.1, 0.05172413793103448, 0, 0.125, 0, 0.125, 0, 0.07865168539325842, 0.2857142857142857, 0.043478260869565216, 0.16666666666666666, 0.06451612903225806, 0.05, 0.6, 0.1111111111111111, 0.044444444444444446, 0.038461538461538464 ]

[ "def", "get_record", "(", "self", ",", "msg_id", ")", ":", "r", "=", "self", ".", "_records", ".", "find_one", "(", "{", "'msg_id'", ":", "msg_id", "}", ")", "if", "not", "r", ":", "# r will be '' if nothing is found", "raise", "KeyError", "(", "msg_id", ")", "return", "r" ]

[ 0.034482758620689655, 0.038461538461538464, 0.037037037037037035, 0.11764705882352941, 0.043478260869565216, 0.058823529411764705, 0.125 ]

[ "def", "get_mysql_credentials", "(", "cfg_file", ")", ":", "try", ":", "parser", "=", "ConfigParser", ".", "ConfigParser", "(", ")", "cfg_fp", "=", "open", "(", "cfg_file", ")", "parser", ".", "readfp", "(", "cfg_fp", ")", "cfg_fp", ".", "close", "(", ")", "except", "ConfigParser", ".", "NoOptionError", ":", "cfg_fp", ".", "close", "(", ")", "print", "(", "'Failed to find mysql connections credentials.'", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "except", "IOError", ":", "print", "(", "'ERROR: Cannot open %s.'", ",", "cfg_file", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "value", "=", "parser", ".", "get", "(", "'dfa_mysql'", ",", "'connection'", ")", "try", ":", "# Find location of pattern in connection parameter as shown below:", "# http://username:password@host/databasename?characterset=encoding'", "sobj", "=", "re", ".", "search", "(", "r\"(://).*(@).*(/).*(\\?)\"", ",", "value", ")", "# The list parameter contains:", "# indices[0], is the index of '://'", "# indices[1], is the index of '@'", "# indices[2], is the index of '/'", "# indices[3], is the index of '?'", "indices", "=", "[", "sobj", ".", "start", "(", "1", ")", ",", "sobj", ".", "start", "(", "2", ")", ",", "sobj", ".", "start", "(", "3", ")", ",", "sobj", ".", "start", "(", "4", ")", "]", "# Get the credentials", "cred", "=", "value", "[", "indices", "[", "0", "]", "+", "3", ":", "indices", "[", "1", "]", "]", ".", "split", "(", "':'", ")", "# Get the host name", "host", "=", "value", "[", "indices", "[", "1", "]", "+", "1", ":", "indices", "[", "2", "]", "]", "# Get the database name", "db_name", "=", "value", "[", "indices", "[", "2", "]", "+", "1", ":", "indices", "[", "3", "]", "]", "# Get the character encoding", "charset", "=", "value", "[", "indices", "[", "3", "]", "+", "1", ":", "]", ".", "split", "(", "'='", ")", "[", "1", "]", "return", "cred", "[", "0", "]", ",", "cred", "[", "1", "]", ",", "host", ",", "db_name", ",", "charset", "except", "(", "ValueError", ",", "IndexError", ",", "AttributeError", ")", ":", "print", "(", "'Failed to find mysql connections credentials.'", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")" ]

[ 0.027777777777777776, 0.02631578947368421, 0, 0.25, 0.045454545454545456, 0.06451612903225806, 0.06896551724137931, 0.09090909090909091, 0.05263157894736842, 0.09090909090909091, 0.03225806451612903, 0.10526315789473684, 0.10526315789473684, 0.04081632653061224, 0.10526315789473684, 0, 0.04081632653061224, 0, 0.25, 0.02702702702702703, 0.02666666666666667, 0.03508771929824561, 0, 0.05263157894736842, 0.046511627906976744, 0.04878048780487805, 0.04878048780487805, 0.04878048780487805, 0.02564102564102564, 0, 0.06896551724137931, 0.034482758620689655, 0, 0.07407407407407407, 0.0425531914893617, 0, 0.06451612903225806, 0.04, 0, 0.05555555555555555, 0.037037037037037035, 0, 0.03636363636363636, 0.038461538461538464, 0.03225806451612903, 0.10526315789473684 ]

[ "def", "_next_header_line", "(", "self", ")", ":", "eol", "=", "self", ".", "EOL_TOKEN", "eol_length", "=", "len", "(", "eol", ")", "start", "=", "0", "end", "=", "self", ".", "_buffer", ".", "find", "(", "eol", ")", "# if start == end, found empty header - stop iterating", "while", "start", "!=", "end", ":", "# end of line was found", "if", "end", "!=", "-", "1", ":", "yield", "self", ".", "_buffer", "[", "start", ":", "end", "]", "start", "=", "end", "+", "eol_length", "# end of line was not found - request more buffer data", "else", ":", "yield", "None", "# find next end of line", "end", "=", "self", ".", "_buffer", ".", "find", "(", "eol", ",", "start", ")", "# trim buffer", "del", "self", ".", "_buffer", "[", ":", "end", "+", "eol_length", "]" ]

[ 0.03571428571428571, 0.18181818181818182, 0.057971014492753624, 0.041666666666666664, 0.030303030303030304, 0.044444444444444446, 0, 0.028985507246376812, 0.06896551724137931, 0.18181818181818182, 0.07142857142857142, 0.06896551724137931, 0.11764705882352941, 0.05555555555555555, 0, 0.03225806451612903, 0.07407407407407407, 0, 0.05714285714285714, 0.08, 0.044444444444444446, 0.05, 0.030303030303030304, 0.11764705882352941, 0.07692307692307693, 0, 0.05714285714285714, 0.0425531914893617, 0, 0.09523809523809523, 0.046511627906976744 ]

[ "def", "depth", "(", "args", ")", ":", "p", "=", "OptionParser", "(", "depth", ".", "__doc__", ")", "p", ".", "set_outfile", "(", ")", "opts", ",", "args", "=", "p", ".", "parse_args", "(", "args", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "!=", "2", ":", "sys", ".", "exit", "(", "not", "p", ".", "print_help", "(", ")", ")", "readsbed", ",", "featsbed", "=", "args", "fp", "=", "open", "(", "featsbed", ")", "nargs", "=", "len", "(", "fp", ".", "readline", "(", ")", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", ")", "keepcols", "=", "\",\"", ".", "join", "(", "str", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "range", "(", "1", ",", "nargs", "+", "1", ")", ")", "cmd", "=", "\"coverageBed -a {0} -b {1} -d\"", ".", "format", "(", "readsbed", ",", "featsbed", ")", "cmd", "+=", "\" | groupBy -g {0} -c {1} -o mean\"", ".", "format", "(", "keepcols", ",", "nargs", "+", "2", ")", "sh", "(", "cmd", ",", "outfile", "=", "opts", ".", "outfile", ")" ]

[ 0.0625, 0.2857142857142857, 0.05263157894736842, 0, 0.03571428571428571, 0.2857142857142857, 0.05714285714285714, 0.10526315789473684, 0.05714285714285714, 0, 0.09090909090909091, 0.05555555555555555, 0, 0.06896551724137931, 0.08695652173913043, 0.047619047619047616, 0.03333333333333333, 0.029850746268656716, 0.0273972602739726, 0.06060606060606061 ]

[ "def", "gen_ca_cert", "(", "filename", ",", "dirname", ",", "days", ",", "silent", "=", "False", ")", ":", "keyfile", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "dirname", ",", "'{}.key'", ".", "format", "(", "filename", ")", ")", "ca_crt", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "dirname", ",", "'{}.crt'", ".", "format", "(", "filename", ")", ")", "gen_private_key", "(", "keyfile", ",", "silent", ")", "gen_self_signed_cert", "(", "ca_crt", ",", "keyfile", ",", "days", ",", "silent", ")" ]

[ 0.01818181818181818, 0.2857142857142857, 0.0425531914893617, 0.05660377358490566, 0.07317073170731707, 0.057692307692307696, 0.06666666666666667, 0.2857142857142857, 0.03225806451612903, 0.03278688524590164, 0.05555555555555555, 0.03636363636363636 ]

[ "def", "fix_e224", "(", "self", ",", "result", ")", ":", "target", "=", "self", ".", "source", "[", "result", "[", "'line'", "]", "-", "1", "]", "offset", "=", "result", "[", "'column'", "]", "-", "1", "fixed", "=", "target", "[", ":", "offset", "]", "+", "target", "[", "offset", ":", "]", ".", "replace", "(", "'\\t'", ",", "' '", ")", "self", ".", "source", "[", "result", "[", "'line'", "]", "-", "1", "]", "=", "fixed" ]

[ 0.037037037037037035, 0.03389830508474576, 0.041666666666666664, 0.05405405405405406, 0.029411764705882353, 0.0425531914893617 ]

[ "def", "area4info", "(", ")", ":", "# Info variables:", "name", "=", "\"area4\"", "author", "=", "\"https://github.com/RDIL\"", "author_email", "=", "rdillib", ".", "get_email", "(", ")", "description", "=", "\"Dividers in Python, the easy way!\"", "return", "\"{0}: {1}\\n{2}: {3}\\n{4}: {5}\\n{6}: {7}\"", ".", "format", "(", "\"Name:\"", ",", "name", ",", "\"Author:\"", ",", "author", ",", "\"Author Email:\"", ",", "author_email", ",", "\"Description:\"", ",", "description", ")" ]

[ 0.0625, 0.2857142857142857, 0.05555555555555555, 0, 0.12, 0.2, 0.2857142857142857, 0.09523809523809523, 0.1111111111111111, 0.05263157894736842, 0.05263157894736842, 0.03773584905660377, 0.05084745762711865, 0.09090909090909091, 0.07692307692307693, 0.05263157894736842, 0.05714285714285714, 0.6 ]

[ "def", "_build", "(", "lhs", ",", "rhs", ")", ":", "_check_under_condition", "(", ")", "final_predicate", ",", "pred_set", "=", "_current_select", "(", ")", "_check_and_add_pred_set", "(", "lhs", ",", "pred_set", ")", "_predicate_map", ".", "setdefault", "(", "lhs", ",", "[", "]", ")", ".", "append", "(", "(", "final_predicate", ",", "rhs", ")", ")" ]

[ 0.047619047619047616, 0.02857142857142857, 0.07142857142857142, 0.04081632653061224, 0.047619047619047616, 0.028985507246376812 ]

[ "def", "_set_config", "(", "c", ")", ":", "gl_attribs", "=", "[", "glcanvas", ".", "WX_GL_RGBA", ",", "glcanvas", ".", "WX_GL_DEPTH_SIZE", ",", "c", "[", "'depth_size'", "]", ",", "glcanvas", ".", "WX_GL_STENCIL_SIZE", ",", "c", "[", "'stencil_size'", "]", ",", "glcanvas", ".", "WX_GL_MIN_RED", ",", "c", "[", "'red_size'", "]", ",", "glcanvas", ".", "WX_GL_MIN_GREEN", ",", "c", "[", "'green_size'", "]", ",", "glcanvas", ".", "WX_GL_MIN_BLUE", ",", "c", "[", "'blue_size'", "]", ",", "glcanvas", ".", "WX_GL_MIN_ALPHA", ",", "c", "[", "'alpha_size'", "]", "]", "gl_attribs", "+=", "[", "glcanvas", ".", "WX_GL_DOUBLEBUFFER", "]", "if", "c", "[", "'double_buffer'", "]", "else", "[", "]", "gl_attribs", "+=", "[", "glcanvas", ".", "WX_GL_STEREO", "]", "if", "c", "[", "'stereo'", "]", "else", "[", "]", "return", "gl_attribs" ]

[ 0.05263157894736842, 0.06666666666666667, 0.07894736842105263, 0.04918032786885246, 0.046153846153846156, 0.05357142857142857, 0.05, 0.05172413793103448, 0.06666666666666667, 0.025974025974025976, 0.03125, 0.09523809523809523 ]

[ "def", "_get_cfg_node", "(", "cfg", ",", "state", ")", ":", "call_stack_suffix", "=", "state", ".", "callstack", ".", "stack_suffix", "(", "cfg", ".", "context_sensitivity_level", ")", "is_syscall", "=", "state", ".", "history", ".", "jumpkind", "is", "not", "None", "and", "state", ".", "history", ".", "jumpkind", ".", "startswith", "(", "'Ijk_Sys'", ")", "block_id", "=", "cfg", ".", "_generate_block_id", "(", "call_stack_suffix", ",", "state", ".", "addr", ",", "is_syscall", ")", "return", "cfg", ".", "get_node", "(", "block_id", ")" ]

[ 0.03333333333333333, 0.18181818181818182, 0.025974025974025976, 0, 0.04, 0.045454545454545456, 0.043478260869565216, 0.0967741935483871, 0.18181818181818182, 0, 0.034482758620689655, 0.028846153846153848, 0, 0.03571428571428571, 0, 0.05405405405405406 ]

[ "def", "_resample_nnresample2", "(", "s", ",", "up", ",", "down", ",", "beta", "=", "5.0", ",", "L", "=", "16001", ",", "axis", "=", "0", ")", ":", "# type: (np.ndarray, float, float, float, int, int) -> np.ndarray", "# check if a resampling filter with the chosen parameters already exists", "params", "=", "(", "up", ",", "down", ",", "beta", ",", "L", ")", "if", "params", "in", "_precomputed_filters", ".", "keys", "(", ")", ":", "# if so, use it.", "filt", "=", "_precomputed_filters", "[", "params", "]", "else", ":", "# if not, generate filter, store it, use it", "filt", "=", "_nnresample_compute_filt", "(", "up", ",", "down", ",", "beta", ",", "L", ")", "_precomputed_filters", "[", "params", "]", "=", "filt", "return", "sig", ".", "resample_poly", "(", "s", ",", "up", ",", "down", ",", "window", "=", "np", ".", "array", "(", "filt", ")", ",", "axis", "=", "axis", ")" ]

[ 0.015151515151515152, 0.028985507246376812, 0.2857142857142857, 0.058823529411764705, 0, 0.0392156862745098, 0.5, 0.14285714285714285, 0.14285714285714285, 0.16666666666666666, 0.06060606060606061, 0.25, 0.06666666666666667, 0.21428571428571427, 0.0625, 0.1875, 0.029850746268656716, 0.037037037037037035, 0.2727272727272727, 0.028169014084507043, 0.0425531914893617, 0.125, 0.05357142857142857, 0.25, 0.18181818181818182, 0.18181818181818182, 0.13043478260869565, 0.07142857142857142, 0.25, 0.2222222222222222, 0.2222222222222222, 0.03125, 0.03225806451612903, 0.03278688524590164, 0.13333333333333333, 0.21428571428571427, 0.02631578947368421, 0.0625, 0.044444444444444446, 0.08333333333333333, 0.046511627906976744, 0.2222222222222222, 0.0392156862745098, 0.034482758620689655, 0.046511627906976744, 0.02666666666666667 ]

[ "def", "on_window_losefocus", "(", "self", ",", "window", ",", "event", ")", ":", "if", "not", "HidePrevention", "(", "self", ".", "window", ")", ".", "may_hide", "(", ")", ":", "return", "value", "=", "self", ".", "settings", ".", "general", ".", "get_boolean", "(", "'window-losefocus'", ")", "visible", "=", "window", ".", "get_property", "(", "'visible'", ")", "self", ".", "losefocus_time", "=", "get_server_time", "(", "self", ".", "window", ")", "if", "visible", "and", "value", ":", "log", ".", "info", "(", "\"Hiding on focus lose\"", ")", "self", ".", "hide", "(", ")" ]

[ 0.022222222222222223, 0.029411764705882353, 0.038461538461538464, 0.18181818181818182, 0.037037037037037035, 0.1111111111111111, 0, 0.028985507246376812, 0.041666666666666664, 0.034482758620689655, 0.06896551724137931, 0.045454545454545456, 0.08695652173913043 ]

[ "def", "get_content", "(", "self", ",", "obj", ")", ":", "serializer", "=", "ContentSerializer", "(", "instance", "=", "obj", ".", "contentitem_set", ".", "all", "(", ")", ",", "many", "=", "True", ",", "context", "=", "self", ".", "context", ",", ")", "return", "serializer", ".", "data" ]

[ 0.037037037037037035, 0.18181818181818182, 0.044444444444444446, 0.09375, 0.0625, 0.18181818181818182, 0.07692307692307693, 0.06382978723404255, 0.13636363636363635, 0.09090909090909091, 0.3333333333333333, 0.06666666666666667 ]

[ "def", "interpolate_data", "(", "self", ",", "propname", ")", ":", "mro", "=", "self", ".", "_mro", "(", ")", "if", "'GenericNetwork'", "in", "mro", ":", "net", "=", "self", "Ts", "=", "net", ".", "throats", "(", ")", "Ps", "=", "net", ".", "pores", "(", ")", "label", "=", "'all'", "elif", "(", "'GenericPhase'", "in", "mro", ")", "or", "(", "'GenericAlgorithm'", "in", "mro", ")", ":", "net", "=", "self", ".", "project", ".", "network", "Ts", "=", "net", ".", "throats", "(", ")", "Ps", "=", "net", ".", "pores", "(", ")", "label", "=", "'all'", "elif", "(", "'GenericGeometry'", "in", "mro", ")", "or", "(", "'GenericPhysics'", "in", "mro", ")", ":", "net", "=", "self", ".", "project", ".", "network", "Ts", "=", "net", ".", "throats", "(", "self", ".", "name", ")", "Ps", "=", "net", ".", "pores", "(", "self", ".", "name", ")", "label", "=", "self", ".", "name", "if", "propname", ".", "startswith", "(", "'throat'", ")", ":", "# Upcast data to full network size", "temp", "=", "sp", ".", "ones", "(", "(", "net", ".", "Nt", ",", ")", ")", "*", "sp", ".", "nan", "temp", "[", "Ts", "]", "=", "self", "[", "propname", "]", "data", "=", "temp", "temp", "=", "sp", ".", "ones", "(", "(", "net", ".", "Np", ",", ")", ")", "*", "sp", ".", "nan", "for", "pore", "in", "Ps", ":", "neighborTs", "=", "net", ".", "find_neighbor_throats", "(", "pore", ")", "neighborTs", "=", "net", ".", "filter_by_label", "(", "throats", "=", "neighborTs", ",", "labels", "=", "label", ")", "temp", "[", "pore", "]", "=", "sp", ".", "mean", "(", "data", "[", "neighborTs", "]", ")", "values", "=", "temp", "[", "Ps", "]", "elif", "propname", ".", "startswith", "(", "'pore'", ")", ":", "# Upcast data to full network size", "data", "=", "sp", ".", "ones", "(", "(", "net", ".", "Np", ",", ")", ")", "*", "sp", ".", "nan", "data", "[", "Ps", "]", "=", "self", "[", "propname", "]", "Ps12", "=", "net", "[", "'throat.conns'", "]", "[", "Ts", "]", "values", "=", "sp", ".", "mean", "(", "data", "[", "Ps12", "]", ",", "axis", "=", "1", ")", "return", "values" ]

[ 0.02702702702702703, 0.16666666666666666, 0.057971014492753624, 0.10526315789473684, 0, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0.08333333333333333, 0.03125, 0, 0.13333333333333333, 0.13333333333333333, 0.06451612903225806, 0, 0.15384615384615385, 0.15384615384615385, 0.02702702702702703, 0.041666666666666664, 0, 0.125, 0.125, 0.09375, 0.06, 0.075, 0.06666666666666667, 0.08, 0, 0.18181818181818182, 0.08, 0.05714285714285714, 0.09090909090909091, 0.06666666666666667, 0.07142857142857142, 0.08, 0.029411764705882353, 0.05263157894736842, 0.06666666666666667, 0.07142857142857142, 0.08, 0.028985507246376812, 0.05263157894736842, 0.05128205128205128, 0.05405405405405406, 0.06896551724137931, 0.04878048780487805, 0.043478260869565216, 0.045454545454545456, 0.05405405405405406, 0.08695652173913043, 0.045454545454545456, 0.07407407407407407, 0.03333333333333333, 0.04411764705882353, 0.08064516129032258, 0.037037037037037035, 0.06896551724137931, 0.04878048780487805, 0.043478260869565216, 0.044444444444444446, 0.05405405405405406, 0.047619047619047616, 0.041666666666666664, 0.09523809523809523 ]

[ "def", "flux_components", "(", "self", ",", "kwargs_light", ",", "n_grid", "=", "400", ",", "delta_grid", "=", "0.01", ",", "deltaPix", "=", "0.05", ",", "type", "=", "\"lens\"", ")", ":", "flux_list", "=", "[", "]", "R_h_list", "=", "[", "]", "x_grid", ",", "y_grid", "=", "util", ".", "make_grid", "(", "numPix", "=", "n_grid", ",", "deltapix", "=", "delta_grid", ")", "kwargs_copy", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "kwargs_light", ")", "for", "k", ",", "kwargs", "in", "enumerate", "(", "kwargs_light", ")", ":", "if", "'center_x'", "in", "kwargs_copy", "[", "k", "]", ":", "kwargs_copy", "[", "k", "]", "[", "'center_x'", "]", "=", "0", "kwargs_copy", "[", "k", "]", "[", "'center_y'", "]", "=", "0", "if", "type", "==", "'lens'", ":", "light", "=", "self", ".", "LensLightModel", ".", "surface_brightness", "(", "x_grid", ",", "y_grid", ",", "kwargs_copy", ",", "k", "=", "k", ")", "elif", "type", "==", "'source'", ":", "light", "=", "self", ".", "SourceModel", ".", "surface_brightness", "(", "x_grid", ",", "y_grid", ",", "kwargs_copy", ",", "k", "=", "k", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"type %s not supported!\"", "%", "type", ")", "flux", "=", "np", ".", "sum", "(", "light", ")", "*", "delta_grid", "**", "2", "/", "deltaPix", "**", "2", "R_h", "=", "analysis_util", ".", "half_light_radius", "(", "light", ",", "x_grid", ",", "y_grid", ")", "flux_list", ".", "append", "(", "flux", ")", "R_h_list", ".", "append", "(", "R_h", ")", "return", "flux_list", ",", "R_h_list" ]

[ 0.020618556701030927, 0.18181818181818182, 0.03225806451612903, 0, 0.10714285714285714, 0.13636363636363635, 0.11538461538461539, 0.1875, 0.18181818181818182, 0.09090909090909091, 0.09523809523809523, 0.02666666666666667, 0.04081632653061224, 0.04081632653061224, 0.045454545454545456, 0.043478260869565216, 0.043478260869565216, 0.06666666666666667, 0.03125, 0.058823529411764705, 0.03225806451612903, 0.11764705882352941, 0.03076923076923077, 0.03333333333333333, 0.027777777777777776, 0.058823529411764705, 0.0625, 0.058823529411764705 ]

[ "def", "request_check_all", "(", "self", ",", "wait_time", "=", "5", ")", ":", "with", "self", ".", "_lock", ":", "self", ".", "_request_check_all", "(", ")", "self", ".", "_condition", ".", "wait", "(", "wait_time", ")" ]

[ 0.024390243902439025, 0.02666666666666667, 0.08333333333333333, 0.05405405405405406, 0.046511627906976744 ]

[ "def", "get_databits", "(", ")", ":", "databits", "=", "[", "]", "s", "=", "pyserial", ".", "Serial", "(", ")", "for", "name", ",", "value", "in", "s", ".", "getSupportedByteSizes", "(", ")", ":", "databits", ".", "append", "(", "(", "value", ",", "name", ",", ")", ")", "return", "tuple", "(", "databits", ")" ]

[ 0.05263157894736842, 0.2857142857142857, 0.03076923076923077, 0.2857142857142857, 0.11764705882352941, 0.08, 0.04081632653061224, 0.05128205128205128, 0.07692307692307693 ]

[ "def", "add_formatted_field", "(", "cls", ",", "field", ",", "format_string", ",", "title", "=", "''", ")", ":", "global", "klass_count", "klass_count", "+=", "1", "fn_name", "=", "'dyn_fn_%d'", "%", "klass_count", "cls", ".", "list_display", ".", "append", "(", "fn_name", ")", "if", "not", "title", ":", "title", "=", "field", ".", "capitalize", "(", ")", "# python scoping is a bit weird with default values, if it isn't", "# referenced the inner function won't see it, so assign it for use", "_format_string", "=", "format_string", "def", "_ref", "(", "self", ",", "obj", ")", ":", "return", "_format_string", "%", "getattr", "(", "obj", ",", "field", ")", "_ref", ".", "short_description", "=", "title", "_ref", ".", "allow_tags", "=", "True", "_ref", ".", "admin_order_field", "=", "field", "setattr", "(", "cls", ",", "fn_name", ",", "_ref", ")" ]

[ 0.01639344262295082, 0.02702702702702703, 0.07317073170731707, 0, 0.14285714285714285, 0.045454545454545456, 0, 0.10344827586206896, 0.039473684210526314, 0.04, 0.04411764705882353, 0, 0.14285714285714285, 0.02631578947368421, 0.05172413793103448, 0.18181818181818182, 0.07692307692307693, 0.08333333333333333, 0.046511627906976744, 0.05, 0, 0.09523809523809523, 0.05263157894736842, 0, 0.027777777777777776, 0.02702702702702703, 0.05263157894736842, 0, 0.07142857142857142, 0.03636363636363636, 0.05263157894736842, 0.06666666666666667, 0.05263157894736842, 0, 0.05714285714285714 ]

[ "def", "fit", "(", "self", ",", "data", "=", "'obsData'", ",", "model_config", "=", "'ModelConfig'", ",", "param_const", "=", "None", ",", "param_values", "=", "None", ",", "param_ranges", "=", "None", ",", "poi_const", "=", "False", ",", "poi_value", "=", "None", ",", "poi_range", "=", "None", ",", "extended", "=", "False", ",", "num_cpu", "=", "1", ",", "process_strategy", "=", "0", ",", "offset", "=", "False", ",", "print_level", "=", "None", ",", "return_nll", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "model_config", ",", "string_types", ")", ":", "model_config", "=", "self", ".", "obj", "(", "model_config", ",", "cls", "=", "ROOT", ".", "RooStats", ".", "ModelConfig", ")", "if", "isinstance", "(", "data", ",", "string_types", ")", ":", "data", "=", "self", ".", "data", "(", "data", ")", "pdf", "=", "model_config", ".", "GetPdf", "(", ")", "pois", "=", "model_config", ".", "GetParametersOfInterest", "(", ")", "if", "pois", ".", "getSize", "(", ")", ">", "0", ":", "poi", "=", "pois", ".", "first", "(", ")", "poi", ".", "setConstant", "(", "poi_const", ")", "if", "poi_value", "is", "not", "None", ":", "poi", ".", "setVal", "(", "poi_value", ")", "if", "poi_range", "is", "not", "None", ":", "poi", ".", "setRange", "(", "*", "poi_range", ")", "if", "param_const", "is", "not", "None", ":", "for", "param_name", ",", "const", "in", "param_const", ".", "items", "(", ")", ":", "var", "=", "self", ".", "var", "(", "param_name", ")", "var", ".", "setConstant", "(", "const", ")", "if", "param_values", "is", "not", "None", ":", "for", "param_name", ",", "param_value", "in", "param_values", ".", "items", "(", ")", ":", "var", "=", "self", ".", "var", "(", "param_name", ")", "var", ".", "setVal", "(", "param_value", ")", "if", "param_ranges", "is", "not", "None", ":", "for", "param_name", ",", "param_range", "in", "param_ranges", ".", "items", "(", ")", ":", "var", "=", "self", ".", "var", "(", "param_name", ")", "var", ".", "setRange", "(", "*", "param_range", ")", "if", "print_level", "<", "0", ":", "msg_service", "=", "ROOT", ".", "RooMsgService", ".", "instance", "(", ")", "msg_level", "=", "msg_service", ".", "globalKillBelow", "(", ")", "msg_service", ".", "setGlobalKillBelow", "(", "ROOT", ".", "RooFit", ".", "FATAL", ")", "args", "=", "[", "ROOT", ".", "RooFit", ".", "Constrain", "(", "model_config", ".", "GetNuisanceParameters", "(", ")", ")", ",", "ROOT", ".", "RooFit", ".", "GlobalObservables", "(", "model_config", ".", "GetGlobalObservables", "(", ")", ")", "]", "if", "extended", ":", "args", ".", "append", "(", "ROOT", ".", "RooFit", ".", "Extended", "(", "True", ")", ")", "if", "offset", ":", "args", ".", "append", "(", "ROOT", ".", "RooFit", ".", "Offset", "(", "True", ")", ")", "if", "num_cpu", "!=", "1", ":", "if", "num_cpu", "==", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"num_cpu must be non-zero\"", ")", "if", "num_cpu", "<", "0", ":", "num_cpu", "=", "NCPU", "args", ".", "append", "(", "ROOT", ".", "RooFit", ".", "NumCPU", "(", "num_cpu", ",", "process_strategy", ")", ")", "func", "=", "pdf", ".", "createNLL", "(", "data", ",", "*", "args", ")", "if", "print_level", "<", "0", ":", "msg_service", ".", "setGlobalKillBelow", "(", "msg_level", ")", "result", "=", "minimize", "(", "func", ",", "print_level", "=", "print_level", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "return_nll", ":", "return", "result", ",", "func", "return", "result" ]

[ 0.15384615384615385, 0.1111111111111111, 0.07692307692307693, 0.10344827586206896, 0.1, 0.1, 0.10714285714285714, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0.13636363636363635, 0.0967741935483871, 0.12, 0.10344827586206896, 0.10344827586206896, 0.13636363636363635, 0.18181818181818182, 0.05, 0, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0, 0.09375, 0.08, 0, 0.06451612903225806, 0.034482758620689655, 0, 0.05333333333333334, 0.03278688524590164, 0.06060606060606061, 0, 0.0784313725490196, 0.03225806451612903, 0.045454545454545456, 0, 0.07692307692307693, 0.038461538461538464, 0, 0.07692307692307693, 0.02702702702702703, 0, 0.08, 0.04225352112676056, 0, 0.08, 0.03636363636363636, 0, 0.08, 0.027777777777777776, 0, 0.08163265306122448, 0.04411764705882353, 0, 0.09302325581395349, 0.03225806451612903, 0.0425531914893617, 0.044444444444444446, 0, 0.07692307692307693, 0.04838709677419355, 0, 0.05333333333333334, 0.025974025974025976, 0.0273972602739726, 0, 0.045454545454545456, 0.02531645569620253, 0.02631578947368421, 0.02857142857142857, 0.05263157894736842, 0.025974025974025976, 0.027777777777777776, 0.02857142857142857, 0.025974025974025976, 0.027777777777777776, 0.038461538461538464, 0, 0.043478260869565216, 0.028169014084507043, 0.044444444444444446, 0, 0.0851063829787234, 0.05194805194805195, 0.043478260869565216, 0.025974025974025976, 0, 0.08, 0.03333333333333333, 0.02702702702702703, 0.028169014084507043, 0, 0.0784313725490196, 0.0273972602739726, 0.09090909090909091, 0, 0.0967741935483871, 0.02666666666666667, 0, 0.13333333333333333, 0.13333333333333333, 0, 0.10344827586206896, 0.07407407407407407, 0, 0.12, 0.028985507246376812, 0, 0.125, 0.125, 0, 0.125, 0, 0.18181818181818182, 0.04, 0.08333333333333333, 0.06666666666666667, 0.047619047619047616, 0.058823529411764705, 0.05714285714285714, 0, 0.03773584905660377, 0.06666666666666667, 0.06666666666666667, 0.05263157894736842, 0.05405405405405406, 0.05405405405405406, 0.05405405405405406, 0.05, 0, 0.05714285714285714, 0.03508771929824561, 0.047619047619047616, 0.05263157894736842, 0.05555555555555555, 0.03125, 0.047619047619047616, 0.05128205128205128, 0.05555555555555555, 0.03125, 0.047619047619047616, 0.047619047619047616, 0, 0.07407407407407407, 0.03636363636363636, 0.03773584905660377, 0.03278688524590164, 0, 0.1875, 0.027777777777777776, 0.0379746835443038, 0.1, 0.0392156862745098, 0.1111111111111111, 0.04081632653061224, 0.08333333333333333, 0.07142857142857142, 0.03333333333333333, 0.07407407407407407, 0.06666666666666667, 0.02857142857142857, 0, 0.04878048780487805, 0, 0.07407407407407407, 0.03773584905660377, 0, 0.030303030303030304, 0, 0.09090909090909091, 0.06451612903225806, 0.09523809523809523 ]

[ "def", "as_dates", "(", "self", ")", ":", "new_start", "=", "self", ".", "start", ".", "date", "(", ")", "if", "self", ".", "start", "and", "isinstance", "(", "self", ".", "start", ",", "datetime", ".", "datetime", ")", "else", "self", ".", "start", "new_end", "=", "self", ".", "end", ".", "date", "(", ")", "if", "self", ".", "end", "and", "isinstance", "(", "self", ".", "end", ",", "datetime", ".", "datetime", ")", "else", "self", ".", "end", "return", "DateRange", "(", "new_start", ",", "new_end", ",", "CLOSED_CLOSED", ")" ]

[ 0.05263157894736842, 0.18181818181818182, 0.030303030303030304, 0.18181818181818182, 0.02654867256637168, 0.02912621359223301, 0.03389830508474576 ]

[ "def", "write_badge", "(", "self", ",", "file_path", ",", "overwrite", "=", "False", ")", ":", "# Validate path (part 1)", "if", "file_path", ".", "endswith", "(", "'/'", ")", ":", "raise", "Exception", "(", "'File location may not be a directory.'", ")", "# Get absolute filepath", "path", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "file_path", ")", "if", "not", "path", ".", "lower", "(", ")", ".", "endswith", "(", "'.svg'", ")", ":", "path", "+=", "'.svg'", "# Validate path (part 2)", "if", "not", "overwrite", "and", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "path", ")", ":", "raise", "Exception", "(", "'File \"{}\" already exists.'", ".", "format", "(", "path", ")", ")", "with", "open", "(", "path", ",", "mode", "=", "'w'", ")", "as", "file_handle", ":", "file_handle", ".", "write", "(", "self", ".", "badge_svg_text", ")" ]

[ 0.02, 0.058823529411764705, 0, 0.0625, 0.05714285714285714, 0.029411764705882353, 0, 0.06451612903225806, 0.04878048780487805, 0.044444444444444446, 0.07692307692307693, 0, 0.0625, 0.04, 0.028985507246376812, 0, 0.04081632653061224, 0.04 ]

[ "def", "run_async", "(", "stream_spec", ",", "cmd", "=", "'ffmpeg'", ",", "pipe_stdin", "=", "False", ",", "pipe_stdout", "=", "False", ",", "pipe_stderr", "=", "False", ",", "quiet", "=", "False", ",", "overwrite_output", "=", "False", ")", ":", "args", "=", "compile", "(", "stream_spec", ",", "cmd", ",", "overwrite_output", "=", "overwrite_output", ")", "stdin_stream", "=", "subprocess", ".", "PIPE", "if", "pipe_stdin", "else", "None", "stdout_stream", "=", "subprocess", ".", "PIPE", "if", "pipe_stdout", "or", "quiet", "else", "None", "stderr_stream", "=", "subprocess", ".", "PIPE", "if", "pipe_stderr", "or", "quiet", "else", "None", "return", "subprocess", ".", "Popen", "(", "args", ",", "stdin", "=", "stdin_stream", ",", "stdout", "=", "stdout_stream", ",", "stderr", "=", "stderr_stream", ")" ]

[ 0.14285714285714285, 0.07777777777777778, 0.1111111111111111, 0.03125, 0, 0.2222222222222222, 0.058823529411764705, 0.10638297872340426, 0.05714285714285714, 0.10416666666666667, 0.03125, 0.05084745762711865, 0.0967741935483871, 0.06060606060606061, 0.1282051282051282, 0, 0.16666666666666666, 0.04411764705882353, 0, 0.15384615384615385, 0.1, 0, 0.13043478260869565, 0.09090909090909091, 0.03, 0.03571428571428571, 0.05714285714285714, 0.046511627906976744, 0.23076923076923078, 0.04081632653061224, 0, 0.09375, 0, 0.13043478260869565, 0.09090909090909091, 0.05714285714285714, 0.04411764705882353, 0.03225806451612903, 0.23076923076923078, 0.045454545454545456, 0, 0.06, 0, 0.125, 0.09090909090909091, 0.05714285714285714, 0.029411764705882353, 0.045454545454545456, 0.23076923076923078, 0, 0.125, 0.09090909090909091, 0.03, 0.03571428571428571, 0.05714285714285714, 0.046511627906976744, 0.23076923076923078, 0, 0.08695652173913043, 0.029850746268656716, 0.0625, 0.08, 0.10714285714285714, 0.09090909090909091, 0.0392156862745098, 0.041666666666666664, 0.17647058823529413, 0.047619047619047616, 0.08108108108108109, 0.08, 0.05405405405405406, 0.06666666666666667, 0.17647058823529413, 0, 0.058823529411764705, 0.07407407407407407, 0.07407407407407407, 0, 0.06741573033707865, 0.2857142857142857, 0.028169014084507043, 0.034482758620689655, 0.028985507246376812, 0.028985507246376812, 0.10714285714285714, 0.07792207792207792 ]

[ "def", "prompt_cfg", "(", "self", ",", "msg", ",", "sec", ",", "name", ",", "ispass", "=", "False", ")", ":", "shutit_global", ".", "shutit_global_object", ".", "yield_to_draw", "(", ")", "cfgstr", "=", "'[%s]/%s'", "%", "(", "sec", ",", "name", ")", "config_parser", "=", "self", ".", "config_parser", "usercfg", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "host", "[", "'shutit_path'", "]", ",", "'config'", ")", "self", ".", "log", "(", "'\\nPROMPTING FOR CONFIG: %s'", "%", "(", "cfgstr", ",", ")", ",", "transient", "=", "True", ",", "level", "=", "logging", ".", "INFO", ")", "self", ".", "log", "(", "'\\n'", "+", "msg", "+", "'\\n'", ",", "transient", "=", "True", ",", "level", "=", "logging", ".", "INFO", ")", "if", "not", "shutit_global", ".", "shutit_global_object", ".", "determine_interactive", "(", ")", ":", "self", ".", "fail", "(", "'ShutIt is not in a terminal so cannot prompt for values.'", ",", "throw_exception", "=", "False", ")", "# pragma: no cover", "if", "config_parser", ".", "has_option", "(", "sec", ",", "name", ")", ":", "whereset", "=", "config_parser", ".", "whereset", "(", "sec", ",", "name", ")", "if", "usercfg", "==", "whereset", ":", "self", ".", "fail", "(", "cfgstr", "+", "' has already been set in the user config, edit '", "+", "usercfg", "+", "' directly to change it'", ",", "throw_exception", "=", "False", ")", "# pragma: no cover", "for", "subcp", ",", "filename", ",", "_", "in", "reversed", "(", "config_parser", ".", "layers", ")", ":", "# Is the config file loaded after the user config file?", "if", "filename", "==", "whereset", ":", "self", ".", "fail", "(", "cfgstr", "+", "' is being set in '", "+", "filename", "+", "', unable to override on a user config level'", ",", "throw_exception", "=", "False", ")", "# pragma: no cover", "elif", "filename", "==", "usercfg", ":", "break", "else", ":", "# The item is not currently set so we're fine to do so", "pass", "if", "ispass", ":", "val", "=", "getpass", ".", "getpass", "(", "'>> '", ")", "else", ":", "val", "=", "shutit_util", ".", "util_raw_input", "(", "prompt", "=", "'>> '", ")", "is_excluded", "=", "(", "config_parser", ".", "has_option", "(", "'save_exclude'", ",", "sec", ")", "and", "name", "in", "config_parser", ".", "get", "(", "'save_exclude'", ",", "sec", ")", ".", "split", "(", ")", ")", "# TODO: ideally we would remember the prompted config item for this invocation of shutit", "if", "not", "is_excluded", ":", "usercp", "=", "[", "subcp", "for", "subcp", ",", "filename", ",", "_", "in", "config_parser", ".", "layers", "if", "filename", "==", "usercfg", "]", "[", "0", "]", "if", "shutit_util", ".", "util_raw_input", "(", "prompt", "=", "shutit_util", ".", "colorise", "(", "'32'", ",", "'Do you want to save this to your user settings? y/n: '", ")", ",", "default", "=", "'y'", ")", "==", "'y'", ":", "sec_toset", ",", "name_toset", ",", "val_toset", "=", "sec", ",", "name", ",", "val", "else", ":", "# Never save it", "if", "config_parser", ".", "has_option", "(", "'save_exclude'", ",", "sec", ")", ":", "excluded", "=", "config_parser", ".", "get", "(", "'save_exclude'", ",", "sec", ")", ".", "split", "(", ")", "else", ":", "excluded", "=", "[", "]", "excluded", ".", "append", "(", "name", ")", "excluded", "=", "' '", ".", "join", "(", "excluded", ")", "sec_toset", ",", "name_toset", ",", "val_toset", "=", "'save_exclude'", ",", "sec", ",", "excluded", "if", "not", "usercp", ".", "has_section", "(", "sec_toset", ")", ":", "usercp", ".", "add_section", "(", "sec_toset", ")", "usercp", ".", "set", "(", "sec_toset", ",", "name_toset", ",", "val_toset", ")", "usercp", ".", "write", "(", "open", "(", "usercfg", ",", "'w'", ")", ")", "config_parser", ".", "reload", "(", ")", "return", "val" ]

[ 0.0196078431372549, 0.04285714285714286, 0.06, 0, 0.06818181818181818, 0.06666666666666667, 0.08823529411764706, 0.05084745762711865, 0.15625, 0, 0.13043478260869565, 0.13043478260869565, 0.13043478260869565, 0.125, 0, 0.075, 0.17647058823529413, 0.6, 0.057692307692307696, 0.0975609756097561, 0.08333333333333333, 0.06060606060606061, 0, 0.06976744186046512, 0.07936507936507936, 0, 0.04411764705882353, 0.043859649122807015, 0, 0.07317073170731707, 0.06382978723404255, 0.11538461538461539, 0.03289473684210526, 0.05, 0.05084745762711865, 0.10714285714285714, 0.034482758620689655, 0.10344827586206896, 0.3, 0.42857142857142855, 0.05263157894736842, 0.42857142857142855, 0.25, 0.0967741935483871, 0.42857142857142855, 0.061224489795918366, 0.23529411764705882, 0.057692307692307696, 0.05263157894736842, 1.3333333333333333, 0.044444444444444446, 0.14285714285714285, 0.3076923076923077, 0.05357142857142857, 0.11538461538461539, 0.5714285714285714, 0.034722222222222224, 0.05660377358490566, 0.375, 0.15789473684210525, 0.05660377358490566, 0.04838709677419355, 0.3333333333333333, 0.16666666666666666, 0.12, 0.09090909090909091, 0.04411764705882353, 0.075, 0.09090909090909091, 0.06382978723404255, 0.08571428571428572, 0.12, 0.25 ]

[ "def", "post_async", "(", "self", ",", "path", ",", "params", "=", "None", ")", ":", "request", "=", "Post", "(", "self", ".", "_get_next_id", "(", ")", ",", "path", ",", "params", ")", "request", ".", "set_callback", "(", "self", ".", "_q", ".", "put", ")", "future", "=", "self", ".", "_dispatch_request", "(", "request", ")", "return", "future" ]

[ 0.025, 0.03389830508474576, 0, 0.15384615384615385, 0.06818181818181818, 0.06, 0, 0.125, 0.043478260869565216, 0.18181818181818182, 0.03508771929824561, 0.04878048780487805, 0.041666666666666664, 0.09523809523809523 ]

[ "def", "calc_gs_kappa", "(", "b", ",", "ne", ",", "delta", ",", "sinth", ",", "nu", ")", ":", "s", "=", "nu", "/", "calc_nu_b", "(", "b", ")", "return", "(", "ne", "/", "b", "*", "1.4e-9", "*", "10", "**", "(", "-", "0.22", "*", "delta", ")", "*", "sinth", "**", "(", "-", "0.09", "+", "0.72", "*", "delta", ")", "*", "s", "**", "(", "-", "1.30", "-", "0.98", "*", "delta", ")", ")" ]

[ 0.023255813953488372, 0.03125, 0, 0.04, 0.04081632653061224, 0, 0.4, 0.07894736842105263, 0.3333333333333333, 0.046511627906976744, 0.2222222222222222, 0.046511627906976744, 0.1, 0.2222222222222222, 0.04597701149425287, 0.06060606060606061, 0.3333333333333333, 0.03896103896103896, 0.08333333333333333, 0, 0.05405405405405406, 0, 0.02564102564102564, 0.09090909090909091, 0, 0.2857142857142857, 0.08, 0.15, 0.1, 0.06060606060606061, 0.046511627906976744, 0.07894736842105263 ]

[ "def", "_parse_cme_segment", "(", "self", ",", "fptr", ")", ":", "offset", "=", "fptr", ".", "tell", "(", ")", "-", "2", "read_buffer", "=", "fptr", ".", "read", "(", "4", ")", "data", "=", "struct", ".", "unpack", "(", "'>HH'", ",", "read_buffer", ")", "length", "=", "data", "[", "0", "]", "rcme", "=", "data", "[", "1", "]", "ccme", "=", "fptr", ".", "read", "(", "length", "-", "4", ")", "return", "CMEsegment", "(", "rcme", ",", "ccme", ",", "length", ",", "offset", ")" ]

[ 0.02857142857142857, 0.05, 0, 0.1111111111111111, 0.1111111111111111, 0.15789473684210525, 0.06896551724137931, 0, 0.13333333333333333, 0.13333333333333333, 0.1111111111111111, 0.05555555555555555, 0.18181818181818182, 0.0625, 0, 0.058823529411764705, 0.041666666666666664, 0.08333333333333333, 0.09090909090909091, 0.05555555555555555, 0, 0.03773584905660377 ]

[ "def", "populateWidget", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "elementComboBox", ".", "setItems", "(", "self", ".", "state", ".", "_elements", ",", "self", ".", "state", ".", "element", ")", "self", ".", "chargeComboBox", ".", "setItems", "(", "self", ".", "state", ".", "_charges", ",", "self", ".", "state", ".", "charge", ")", "self", ".", "symmetryComboBox", ".", "setItems", "(", "self", ".", "state", ".", "_symmetries", ",", "self", ".", "state", ".", "symmetry", ")", "self", ".", "experimentComboBox", ".", "setItems", "(", "self", ".", "state", ".", "_experiments", ",", "self", ".", "state", ".", "experiment", ")", "self", ".", "edgeComboBox", ".", "setItems", "(", "self", ".", "state", ".", "_edges", ",", "self", ".", "state", ".", "edge", ")", "self", ".", "temperatureLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "temperature", ")", "self", ".", "magneticFieldLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "magneticField", ")", "self", ".", "axesTabWidget", ".", "setTabText", "(", "0", ",", "str", "(", "self", ".", "state", ".", "xLabel", ")", ")", "self", ".", "xMinLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "xMin", ")", "self", ".", "xMaxLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "xMax", ")", "self", ".", "xNPointsLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "xNPoints", ")", "self", ".", "xLorentzianLineEdit", ".", "setList", "(", "self", ".", "state", ".", "xLorentzian", ")", "self", ".", "xGaussianLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "xGaussian", ")", "self", ".", "k1LineEdit", ".", "setVector", "(", "self", ".", "state", ".", "k1", ")", "self", ".", "eps11LineEdit", ".", "setVector", "(", "self", ".", "state", ".", "eps11", ")", "self", ".", "eps12LineEdit", ".", "setVector", "(", "self", ".", "state", ".", "eps12", ")", "if", "self", ".", "state", ".", "experiment", "in", "[", "'RIXS'", ",", "]", ":", "if", "self", ".", "axesTabWidget", ".", "count", "(", ")", "==", "1", ":", "tab", "=", "self", ".", "axesTabWidget", ".", "findChild", "(", "QWidget", ",", "'yTab'", ")", "self", ".", "axesTabWidget", ".", "addTab", "(", "tab", ",", "tab", ".", "objectName", "(", ")", ")", "self", ".", "axesTabWidget", ".", "setTabText", "(", "1", ",", "self", ".", "state", ".", "yLabel", ")", "self", ".", "yMinLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "yMin", ")", "self", ".", "yMaxLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "yMax", ")", "self", ".", "yNPointsLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "yNPoints", ")", "self", ".", "yLorentzianLineEdit", ".", "setList", "(", "self", ".", "state", ".", "yLorentzian", ")", "self", ".", "yGaussianLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "yGaussian", ")", "self", ".", "k2LineEdit", ".", "setVector", "(", "self", ".", "state", ".", "k2", ")", "self", ".", "eps21LineEdit", ".", "setVector", "(", "self", ".", "state", ".", "eps21", ")", "self", ".", "eps22LineEdit", ".", "setVector", "(", "self", ".", "state", ".", "eps22", ")", "text", "=", "self", ".", "eps11Label", ".", "text", "(", ")", "text", "=", "re", ".", "sub", "(", "'>[vσ]',", " ", ">σ', ", "t", "xt)", "", "self", ".", "eps11Label", ".", "setText", "(", "text", ")", "text", "=", "self", ".", "eps12Label", ".", "text", "(", ")", "text", "=", "re", ".", "sub", "(", "'>[hπ]',", " ", ">π', ", "t", "xt)", "", "self", ".", "eps12Label", ".", "setText", "(", "text", ")", "else", ":", "self", ".", "axesTabWidget", ".", "removeTab", "(", "1", ")", "text", "=", "self", ".", "eps11Label", ".", "text", "(", ")", "text", "=", "re", ".", "sub", "(", "'>[vσ]',", " ", ">v',", " ", "ext)", "", "self", ".", "eps11Label", ".", "setText", "(", "text", ")", "text", "=", "self", ".", "eps12Label", ".", "text", "(", ")", "text", "=", "re", ".", "sub", "(", "'>[hπ]',", " ", ">h',", " ", "ext)", "", "self", ".", "eps12Label", ".", "setText", "(", "text", ")", "# Create the spectra selection model.", "self", ".", "spectraModel", "=", "SpectraModel", "(", "parent", "=", "self", ")", "self", ".", "spectraModel", ".", "setModelData", "(", "self", ".", "state", ".", "spectra", ".", "toCalculate", ",", "self", ".", "state", ".", "spectra", ".", "toCalculateChecked", ")", "self", ".", "spectraModel", ".", "checkStateChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "updateSpectraCheckState", ")", "self", ".", "spectraListView", ".", "setModel", "(", "self", ".", "spectraModel", ")", "self", ".", "spectraListView", ".", "selectionModel", "(", ")", ".", "setCurrentIndex", "(", "self", ".", "spectraModel", ".", "index", "(", "0", ",", "0", ")", ",", "QItemSelectionModel", ".", "Select", ")", "self", ".", "fkLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "fk", ")", "self", ".", "gkLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "gk", ")", "self", ".", "zetaLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "zeta", ")", "# Create the Hamiltonian model.", "self", ".", "hamiltonianModel", "=", "HamiltonianModel", "(", "parent", "=", "self", ")", "self", ".", "hamiltonianModel", ".", "setModelData", "(", "self", ".", "state", ".", "hamiltonianData", ")", "self", ".", "hamiltonianModel", ".", "setNodesCheckState", "(", "self", ".", "state", ".", "hamiltonianState", ")", "if", "self", ".", "syncParametersCheckBox", ".", "isChecked", "(", ")", ":", "self", ".", "hamiltonianModel", ".", "setSyncState", "(", "True", ")", "else", ":", "self", ".", "hamiltonianModel", ".", "setSyncState", "(", "False", ")", "self", ".", "hamiltonianModel", ".", "dataChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "updateHamiltonianData", ")", "self", ".", "hamiltonianModel", ".", "itemCheckStateChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "updateHamiltonianNodeCheckState", ")", "# Assign the Hamiltonian model to the Hamiltonian terms view.", "self", ".", "hamiltonianTermsView", ".", "setModel", "(", "self", ".", "hamiltonianModel", ")", "self", ".", "hamiltonianTermsView", ".", "selectionModel", "(", ")", ".", "setCurrentIndex", "(", "self", ".", "hamiltonianModel", ".", "index", "(", "0", ",", "0", ")", ",", "QItemSelectionModel", ".", "Select", ")", "self", ".", "hamiltonianTermsView", ".", "selectionModel", "(", ")", ".", "selectionChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "selectedHamiltonianTermChanged", ")", "# Assign the Hamiltonian model to the Hamiltonian parameters view.", "self", ".", "hamiltonianParametersView", ".", "setModel", "(", "self", ".", "hamiltonianModel", ")", "self", ".", "hamiltonianParametersView", ".", "expandAll", "(", ")", "self", ".", "hamiltonianParametersView", ".", "resizeAllColumnsToContents", "(", ")", "self", ".", "hamiltonianParametersView", ".", "setColumnWidth", "(", "0", ",", "130", ")", "self", ".", "hamiltonianParametersView", ".", "setRootIndex", "(", "self", ".", "hamiltonianTermsView", ".", "currentIndex", "(", ")", ")", "self", ".", "nPsisLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "nPsis", ")", "self", ".", "nPsisAutoCheckBox", ".", "setChecked", "(", "self", ".", "state", ".", "nPsisAuto", ")", "self", ".", "nConfigurationsLineEdit", ".", "setValue", "(", "self", ".", "state", ".", "nConfigurations", ")", "self", ".", "nConfigurationsLineEdit", ".", "setEnabled", "(", "False", ")", "name", "=", "'{}-Ligands Hybridization'", ".", "format", "(", "self", ".", "state", ".", "block", ")", "for", "termName", "in", "self", ".", "state", ".", "hamiltonianData", ":", "if", "name", "in", "termName", ":", "termState", "=", "self", ".", "state", ".", "hamiltonianState", "[", "termName", "]", "if", "termState", "==", "0", ":", "continue", "else", ":", "self", ".", "nConfigurationsLineEdit", ".", "setEnabled", "(", "True", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ",", "'resultsModel'", ")", ":", "# Create the results model.", "self", ".", "resultsModel", "=", "ResultsModel", "(", "parent", "=", "self", ")", "self", ".", "resultsModel", ".", "itemNameChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "updateCalculationName", ")", "self", ".", "resultsModel", ".", "itemCheckStateChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "updatePlotWidget", ")", "self", ".", "resultsModel", ".", "dataChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "updatePlotWidget", ")", "self", ".", "resultsModel", ".", "dataChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "updateResultsView", ")", "# Assign the results model to the results view.", "self", ".", "resultsView", ".", "setModel", "(", "self", ".", "resultsModel", ")", "self", ".", "resultsView", ".", "selectionModel", "(", ")", ".", "selectionChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "selectedResultsChanged", ")", "self", ".", "resultsView", ".", "resizeColumnsToContents", "(", ")", "self", ".", "resultsView", ".", "horizontalHeader", "(", ")", ".", "setSectionsMovable", "(", "False", ")", "self", ".", "resultsView", ".", "horizontalHeader", "(", ")", ".", "setSectionsClickable", "(", "False", ")", "if", "sys", ".", "platform", "==", "'darwin'", ":", "self", ".", "resultsView", ".", "horizontalHeader", "(", ")", ".", "setMaximumHeight", "(", "17", ")", "# Add a context menu to the view.", "self", ".", "resultsView", ".", "setContextMenuPolicy", "(", "Qt", ".", "CustomContextMenu", ")", "self", ".", "resultsView", ".", "customContextMenuRequested", "[", "QPoint", "]", ".", "connect", "(", "self", ".", "showResultsContextMenu", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ",", "'resultDetailsDialog'", ")", ":", "self", ".", "resultDetailsDialog", "=", "QuantyResultDetailsDialog", "(", "parent", "=", "self", ")", "self", ".", "updateMainWindowTitle", "(", "self", ".", "state", ".", "baseName", ")" ]

[ 0.04, 0.18181818181818182, 0.034482758620689655, 0.028169014084507043, 0.06060606060606061, 0, 0.029850746268656716, 0.02666666666666667, 0.04054054054054054, 0.031746031746031744, 0.18181818181818182, 0.02531645569620253, 0.02631578947368421, 0.07692307692307693, 0.05357142857142857, 0.07317073170731707, 0.05084745762711865, 0.02857142857142857, 0, 0.03076923076923077, 0.028985507246376812, 0, 0.03125, 0.0392156862745098, 0.0392156862745098, 0.03389830508474576, 0.03125, 0.03278688524590164, 0, 0.041666666666666664, 0.037037037037037035, 0.037037037037037035, 0, 0.0425531914893617, 0.0425531914893617, 0.029850746268656716, 0.03125, 0.029850746268656716, 0.03636363636363636, 0.03636363636363636, 0.031746031746031744, 0.029411764705882353, 0.03076923076923077, 0.038461538461538464, 0.034482758620689655, 0.034482758620689655, 0.04878048780487805, 0.043478260869565216, 0.04878048780487805, 0.04878048780487805, 0.043478260869565216, 0.04878048780487805, 0.15384615384615385, 0.046511627906976744, 0.04878048780487805, 0.043478260869565216, 0.04878048780487805, 0.04878048780487805, 0.043478260869565216, 0.04878048780487805, 0, 0.044444444444444446, 0.03773584905660377, 0.07692307692307693, 0.046511627906976744, 0.06, 0.057692307692307696, 0.07317073170731707, 0.03571428571428571, 0.04838709677419355, 0.04285714285714286, 0, 0.0425531914893617, 0.0425531914893617, 0.0392156862745098, 0, 0.05128205128205128, 0.03278688524590164, 0.02857142857142857, 0.025974025974025976, 0.0392156862745098, 0.038461538461538464, 0.15384615384615385, 0.03773584905660377, 0.025974025974025976, 0.05, 0.061224489795918366, 0, 0.028985507246376812, 0.03076923076923077, 0.04477611940298507, 0.04054054054054054, 0.039473684210526314, 0.0625, 0, 0.02702702702702703, 0.02857142857142857, 0.04, 0.029850746268656716, 0.03278688524590164, 0.057692307692307696, 0.05660377358490566, 0, 0.03773584905660377, 0.031746031746031744, 0.0273972602739726, 0, 0.037037037037037035, 0.030303030303030304, 0.0392156862745098, 0.0625, 0.03076923076923077, 0.058823529411764705, 0.07142857142857142, 0.09523809523809523, 0.03076923076923077, 0, 0.044444444444444446, 0.05128205128205128, 0.03508771929824561, 0.05555555555555555, 0.06976744186046512, 0.05, 0.07894736842105263, 0.027777777777777776, 0.0273972602739726, 0, 0.03389830508474576, 0.03571428571428571, 0.04225352112676056, 0.06818181818181818, 0.037037037037037035, 0.0273972602739726, 0.02666666666666667, 0.05, 0.027777777777777776, 0, 0.044444444444444446, 0.028169014084507043, 0.041666666666666664, 0.06818181818181818, 0, 0.038461538461538464, 0.025974025974025976, 0, 0.03636363636363636 ]

[ "def", "load_stream", "(", "self", ",", "key", ",", "binary", "=", "False", ")", ":", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "uri", ",", "key", ")", ",", "'rb'", "if", "binary", "else", "'r'", ")", "as", "f", ":", "yield", "f" ]

[ 0.024390243902439025, 0.18181818181818182, 0.06521739130434782, 0.046875, 0.1875, 0.18181818181818182, 0.025974025974025976, 0.10526315789473684 ]

[ "def", "install", "(", "trg_queue", ",", "is_down", "=", "False", ",", "is_triggered", "=", "False", ",", "user", "=", "None", ",", "group", "=", "None", ",", "mode", "=", "None", ",", "item_user", "=", "None", ",", "item_group", "=", "None", ",", "item_mode", "=", "None", ",", "hosts", "=", "None", ",", "is_host_triggered", "=", "False", ")", ":", "mode", ",", "user", ",", "group", ",", "item_user", ",", "item_group", ",", "item_mode", "=", "_def_mode", "(", "mode", ",", "user", ",", "group", ",", "item_user", ",", "item_group", ",", "item_mode", ")", "if", "hosts", "and", "not", "hasattr", "(", "hosts", ",", "'__iter__'", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Hosts must be an interable'", ")", "# validate here, so that we don't throw an odd exception on the tmp name", "trg_queue", "=", "fsq_path", ".", "valid_name", "(", "trg_queue", ")", "# uid_gid makes calls to the pw db and|or gr db, in addition to", "# potentially stat'ing, as such, we want to avoid calling it unless we", "# absoultely have to", "uid", ",", "gid", "=", "uid_gid", "(", "user", ",", "group", ")", "tmp_full", ",", "tmp_queue", "=", "_tmp_trg", "(", "trg_queue", ",", "_c", ".", "FSQ_ROOT", ")", "try", ":", "# open once to cut down on stat/open for chown/chmod combo", "fd", "=", "os", ".", "open", "(", "tmp_full", ",", "os", ".", "O_RDONLY", ")", "try", ":", "# always fchmod here as mkdtemp is different than normal mkdir", "os", ".", "fchmod", "(", "fd", ",", "mode", ")", "if", "-", "1", "!=", "uid", "or", "-", "1", "!=", "gid", ":", "os", ".", "fchown", "(", "fd", ",", "uid", ",", "gid", ")", "finally", ":", "os", ".", "close", "(", "fd", ")", "# bless our queue with its children", "_instdir", "(", "fsq_path", ".", "tmp", "(", "tmp_queue", ")", ",", "mode", ",", "uid", ",", "gid", ")", "_instdir", "(", "fsq_path", ".", "queue", "(", "tmp_queue", ")", ",", "mode", ",", "uid", ",", "gid", ")", "_instdir", "(", "fsq_path", ".", "done", "(", "tmp_queue", ")", ",", "mode", ",", "uid", ",", "gid", ")", "_instdir", "(", "fsq_path", ".", "fail", "(", "tmp_queue", ")", ",", "mode", ",", "uid", ",", "gid", ")", "# down via configure.down if necessary", "if", "is_down", ":", "down", "(", "tmp_queue", ",", "user", "=", "item_user", ",", "group", "=", "item_group", ",", "mode", "=", "item_mode", ")", "if", "is_triggered", "or", "_c", ".", "FSQ_USE_TRIGGER", ":", "trigger", "(", "tmp_queue", ",", "user", "=", "item_user", ",", "group", "=", "item_group", ",", "mode", "=", "item_mode", ")", "# atomic commit -- by rename", "os", ".", "rename", "(", "tmp_full", ",", "fsq_path", ".", "base", "(", "trg_queue", ")", ")", "except", "(", "OSError", ",", "IOError", ",", ")", ",", "e", ":", "shutil", ".", "rmtree", "(", "tmp_full", ")", "if", "e", ".", "errno", "==", "errno", ".", "ENOTEMPTY", ":", "raise", "FSQInstallError", "(", "e", ".", "errno", ",", "u'queue exists: {0}'", ".", "format", "(", "trg_queue", ")", ")", "if", "isinstance", "(", "e", ",", "FSQError", ")", ":", "raise", "e", "raise", "FSQInstallError", "(", "e", ".", "errno", ",", "wrap_io_os_err", "(", "e", ")", ")", "if", "hosts", ":", "install_host", "(", "trg_queue", ",", "*", "hosts", ",", "is_down", "=", "is_down", ",", "user", "=", "user", ",", "group", "=", "group", ",", "mode", "=", "mode", ",", "item_user", "=", "item_user", ",", "item_group", "=", "item_group", ",", "item_mode", "=", "item_mode", ")", "if", "is_host_triggered", ":", "host_trigger", "(", "trg_queue", ",", "user", "=", "user", ",", "group", "=", "group", ",", "mode", "=", "mode", ")" ]

[ 0.029411764705882353, 0.08955223880597014, 0.09230769230769231, 0.05555555555555555, 0.034482758620689655, 0.02857142857142857, 0.041666666666666664, 0.03773584905660377, 0.02631578947368421, 0.043478260869565216, 0.029850746268656716, 0.02702702702702703, 0.08333333333333333, 0.05714285714285714, 0.034482758620689655, 0.25, 0.030303030303030304, 0.046511627906976744, 0.16666666666666666, 0.02702702702702703, 0.06451612903225806, 0.05263157894736842, 0.05128205128205128, 0.125, 0.08333333333333333, 0, 0.046511627906976744, 0.03508771929824561, 0.03389830508474576, 0.034482758620689655, 0.034482758620689655, 0, 0.043478260869565216, 0.10526315789473684, 0.025974025974025976, 0.043478260869565216, 0.046875, 0.11428571428571428, 0, 0.05555555555555555, 0.03773584905660377, 0.05714285714285714, 0.06451612903225806, 0.05263157894736842, 0.04225352112676056, 0.08888888888888889, 0.05714285714285714, 0.10526315789473684, 0.03508771929824561, 0, 0.15384615384615385, 0.04477611940298507, 0.09230769230769231, 0.09375, 0.08, 0.046153846153846156 ]

[ "def", "restart", "(", "ctx", ",", "job_name", ",", "data", ",", "open_notebook", ",", "env", ",", "message", ",", "gpu", ",", "cpu", ",", "gpup", ",", "cpup", ",", "command", ")", ":", "# Error early if more than one --env is passed. Then get the first/only", "# --env out of the list so all other operations work normally (they don't", "# expect an iterable). For details on this approach, see the comment above", "# the --env click option", "if", "len", "(", "env", ")", ">", "1", ":", "floyd_logger", ".", "error", "(", "\"You passed more than one environment: {}. Please specify a single environment.\"", ".", "format", "(", "env", ")", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "env", "=", "env", "[", "0", "]", "parameters", "=", "{", "}", "expt_client", "=", "ExperimentClient", "(", ")", "try", ":", "job", "=", "expt_client", ".", "get", "(", "normalize_job_name", "(", "job_name", ")", ")", "except", "FloydException", ":", "job", "=", "expt_client", ".", "get", "(", "job_name", ")", "if", "gpu", ":", "instance_type", "=", "G1_INSTANCE_TYPE", "elif", "cpu", ":", "instance_type", "=", "C1_INSTANCE_TYPE", "else", ":", "instance_type", "=", "job", ".", "instance_type", "if", "instance_type", "is", "not", "None", ":", "parameters", "[", "'instance_type'", "]", "=", "instance_type", "else", ":", "instance_type", "=", "job", ".", "instance_type", "if", "env", "is", "not", "None", ":", "arch", "=", "INSTANCE_ARCH_MAP", "[", "instance_type", "]", "if", "not", "validate_env", "(", "env", ",", "arch", ")", ":", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "parameters", "[", "'env'", "]", "=", "env", "success", ",", "data_ids", ",", "show_data_info", "=", "process_data_ids", "(", "data", ")", "if", "not", "success", ":", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "if", "data_ids", ":", "parameters", "[", "'data_ids'", "]", "=", "data_ids", "if", "message", ":", "parameters", "[", "'description'", "]", "=", "message", "if", "command", ":", "parameters", "[", "'command'", "]", "=", "' '", ".", "join", "(", "command", ")", "floyd_logger", ".", "info", "(", "'Restarting job %s...'", ",", "job_name", ")", "new_job_info", "=", "expt_client", ".", "restart", "(", "job", ".", "id", ",", "parameters", "=", "parameters", ")", "if", "not", "new_job_info", ":", "floyd_logger", ".", "error", "(", "\"Failed to restart job\"", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "show_new_job_info", "(", "expt_client", ",", "new_job_info", "[", "'name'", "]", ",", "new_job_info", ",", "job", ".", "mode", ",", "open_notebook", ",", "show_data_info", ")" ]

[ 0.021505376344086023, 0.2857142857142857, 0.05, 0.2857142857142857, 0.02666666666666667, 0.025974025974025976, 0.02564102564102564, 0.07142857142857142, 0.1, 0.1111111111111111, 0.028846153846153848, 0.3333333333333333, 0.10526315789473684, 0.125, 0, 0.10526315789473684, 0, 0.05555555555555555, 0, 0.25, 0.03389830508474576, 0.07692307692307693, 0.05128205128205128, 0, 0.18181818181818182, 0.05, 0.15384615384615385, 0.05, 0.2222222222222222, 0.04878048780487805, 0, 0.06060606060606061, 0.0392156862745098, 0.2222222222222222, 0.04878048780487805, 0, 0.08695652173913043, 0.0425531914893617, 0.05128205128205128, 0.08695652173913043, 0.06451612903225806, 0, 0.03225806451612903, 0.10526315789473684, 0.10526315789473684, 0.125, 0.04878048780487805, 0, 0.13333333333333333, 0.046511627906976744, 0, 0.13333333333333333, 0.04081632653061224, 0, 0.03636363636363636, 0, 0.028985507246376812, 0.08333333333333333, 0.0392156862745098, 0.10526315789473684, 0, 0.02702702702702703 ]

[ "def", "list_pkgs", "(", "versions_as_list", "=", "False", ",", "removed", "=", "False", ",", "purge_desired", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# pylint: disable=W0613", "versions_as_list", "=", "salt", ".", "utils", ".", "data", ".", "is_true", "(", "versions_as_list", ")", "removed", "=", "salt", ".", "utils", ".", "data", ".", "is_true", "(", "removed", ")", "purge_desired", "=", "salt", ".", "utils", ".", "data", ".", "is_true", "(", "purge_desired", ")", "if", "'pkg.list_pkgs'", "in", "__context__", ":", "if", "removed", ":", "ret", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "__context__", "[", "'pkg.list_pkgs'", "]", "[", "'removed'", "]", ")", "else", ":", "ret", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "__context__", "[", "'pkg.list_pkgs'", "]", "[", "'purge_desired'", "]", ")", "if", "not", "purge_desired", ":", "ret", ".", "update", "(", "__context__", "[", "'pkg.list_pkgs'", "]", "[", "'installed'", "]", ")", "if", "not", "versions_as_list", ":", "__salt__", "[", "'pkg_resource.stringify'", "]", "(", "ret", ")", "return", "ret", "ret", "=", "{", "'installed'", ":", "{", "}", ",", "'removed'", ":", "{", "}", ",", "'purge_desired'", ":", "{", "}", "}", "cmd", "=", "[", "'dpkg-query'", ",", "'--showformat'", ",", "'${Status} ${Package} ${Version} ${Architecture}\\n'", ",", "'-W'", "]", "out", "=", "__salt__", "[", "'cmd.run_stdout'", "]", "(", "cmd", ",", "output_loglevel", "=", "'trace'", ",", "python_shell", "=", "False", ")", "# Typical lines of output:", "# install ok installed zsh 4.3.17-1ubuntu1 amd64", "# deinstall ok config-files mc 3:4.8.1-2ubuntu1 amd64", "for", "line", "in", "out", ".", "splitlines", "(", ")", ":", "cols", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "try", ":", "linetype", ",", "status", ",", "name", ",", "version_num", ",", "arch", "=", "[", "cols", "[", "x", "]", "for", "x", "in", "(", "0", ",", "2", ",", "3", ",", "4", ",", "5", ")", "]", "except", "(", "ValueError", ",", "IndexError", ")", ":", "continue", "if", "__grains__", ".", "get", "(", "'cpuarch'", ",", "''", ")", "==", "'x86_64'", ":", "osarch", "=", "__grains__", ".", "get", "(", "'osarch'", ",", "''", ")", "if", "arch", "!=", "'all'", "and", "osarch", "==", "'amd64'", "and", "osarch", "!=", "arch", ":", "name", "+=", "':{0}'", ".", "format", "(", "arch", ")", "if", "cols", ":", "if", "(", "'install'", "in", "linetype", "or", "'hold'", "in", "linetype", ")", "and", "'installed'", "in", "status", ":", "__salt__", "[", "'pkg_resource.add_pkg'", "]", "(", "ret", "[", "'installed'", "]", ",", "name", ",", "version_num", ")", "elif", "'deinstall'", "in", "linetype", ":", "__salt__", "[", "'pkg_resource.add_pkg'", "]", "(", "ret", "[", "'removed'", "]", ",", "name", ",", "version_num", ")", "elif", "'purge'", "in", "linetype", "and", "status", "==", "'installed'", ":", "__salt__", "[", "'pkg_resource.add_pkg'", "]", "(", "ret", "[", "'purge_desired'", "]", ",", "name", ",", "version_num", ")", "for", "pkglist_type", "in", "(", "'installed'", ",", "'removed'", ",", "'purge_desired'", ")", ":", "__salt__", "[", "'pkg_resource.sort_pkglist'", "]", "(", "ret", "[", "pkglist_type", "]", ")", "__context__", "[", "'pkg.list_pkgs'", "]", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "ret", ")", "if", "removed", ":", "ret", "=", "ret", "[", "'removed'", "]", "else", ":", "ret", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "__context__", "[", "'pkg.list_pkgs'", "]", "[", "'purge_desired'", "]", ")", "if", "not", "purge_desired", ":", "ret", ".", "update", "(", "__context__", "[", "'pkg.list_pkgs'", "]", "[", "'installed'", "]", ")", "if", "not", "versions_as_list", ":", "__salt__", "[", "'pkg_resource.stringify'", "]", "(", "ret", ")", "return", "ret" ]

[ 0.05405405405405406, 0.14285714285714285, 0.11764705882352941, 0.08163265306122448, 0.2857142857142857, 0.05660377358490566, 0, 0.05128205128205128, 0, 0.18181818181818182, 0.06944444444444445, 0.09090909090909091, 0, 0.11764705882352941, 0.039473684210526314, 0.0273972602739726, 0.02666666666666667, 0.07407407407407407, 0, 0.08333333333333333, 0, 0.02564102564102564, 0.09523809523809523, 0, 0, 0.125, 0, 0.125, 0, 0.06666666666666667, 0.057692307692307696, 0.2857142857142857, 0.03125, 0.043478260869565216, 0.034482758620689655, 0, 0.05263157894736842, 0.10526315789473684, 0.027777777777777776, 0.15384615384615385, 0.02564102564102564, 0.06060606060606061, 0.028985507246376812, 0.0625, 0.0392156862745098, 0.1111111111111111, 0, 0.031746031746031744, 0.075, 0.057971014492753624, 0, 0.08108108108108109, 0.125, 0.08333333333333333, 0.12903225806451613, 0.06666666666666667, 0.038461538461538464, 0.03508771929824561, 0.06060606060606061, 0.07407407407407407, 0.16666666666666666, 0.03508771929824561, 0.04, 0.05, 0.1, 0.03773584905660377, 0.04081632653061224, 0.02857142857142857, 0.046511627906976744, 0.125, 0.030303030303030304, 0.047619047619047616, 0.045454545454545456, 0.05555555555555555, 0.06557377049180328, 0.04878048780487805, 0.046875, 0.05555555555555555, 0.06557377049180328, 0.031746031746031744, 0.04285714285714286, 0.05555555555555555, 0.06557377049180328, 0, 0.030303030303030304, 0.03125, 0, 0.03773584905660377, 0, 0.13333333333333333, 0.07142857142857142, 0.2222222222222222, 0.02702702702702703, 0.06896551724137931, 0.03076923076923077, 0.07142857142857142, 0.0425531914893617, 0.14285714285714285 ]

[ "def", "load_orthologs", "(", "fo", ":", "IO", ",", "metadata", ":", "dict", ")", ":", "version", "=", "metadata", "[", "\"metadata\"", "]", "[", "\"version\"", "]", "# LOAD ORTHOLOGS INTO ArangoDB", "with", "timy", ".", "Timer", "(", "\"Load Orthologs\"", ")", "as", "timer", ":", "arango_client", "=", "arangodb", ".", "get_client", "(", ")", "belns_db", "=", "arangodb", ".", "get_belns_handle", "(", "arango_client", ")", "arangodb", ".", "batch_load_docs", "(", "belns_db", ",", "orthologs_iterator", "(", "fo", ",", "version", ")", ",", "on_duplicate", "=", "\"update\"", ")", "log", ".", "info", "(", "\"Load orthologs\"", ",", "elapsed", "=", "timer", ".", "elapsed", ",", "source", "=", "metadata", "[", "\"metadata\"", "]", "[", "\"source\"", "]", ",", ")", "# Clean up old entries", "remove_old_ortholog_edges", "=", "f\"\"\"\n FOR edge in ortholog_edges\n FILTER edge.source == \"{metadata[\"metadata\"][\"source\"]}\"\n FILTER edge.version != \"{version}\"\n REMOVE edge IN ortholog_edges\n \"\"\"", "remove_old_ortholog_nodes", "=", "f\"\"\"\n FOR node in ortholog_nodes\n FILTER node.source == \"{metadata[\"metadata\"][\"source\"]}\"\n FILTER node.version != \"{version}\"\n REMOVE node IN ortholog_nodes\n \"\"\"", "arangodb", ".", "aql_query", "(", "belns_db", ",", "remove_old_ortholog_edges", ")", "arangodb", ".", "aql_query", "(", "belns_db", ",", "remove_old_ortholog_nodes", ")", "# Add metadata to resource metadata collection", "metadata", "[", "\"_key\"", "]", "=", "f\"Orthologs_{metadata['metadata']['source']}\"", "try", ":", "belns_db", ".", "collection", "(", "arangodb", ".", "belns_metadata_name", ")", ".", "insert", "(", "metadata", ")", "except", "ArangoError", "as", "ae", ":", "belns_db", ".", "collection", "(", "arangodb", ".", "belns_metadata_name", ")", ".", "replace", "(", "metadata", ")" ]

[ 0.023255813953488372, 0.05714285714285714, 0, 0.2222222222222222, 0.05405405405405406, 0.03333333333333333, 0.2857142857142857, 0, 0.044444444444444446, 0, 0.058823529411764705, 0.0425531914893617, 0.044444444444444446, 0.03389830508474576, 0.09090909090909091, 0.039473684210526314, 0.3333333333333333, 0, 0.17647058823529413, 0.06896551724137931, 0.08823529411764706, 0.06, 0.3333333333333333, 0, 0.06666666666666667, 0.075, 0.05263157894736842, 0.027777777777777776, 0.04, 0.044444444444444446, 0.18181818181818182, 0.075, 0.05263157894736842, 0.027777777777777776, 0.04, 0.044444444444444446, 0.18181818181818182, 0.031746031746031744, 0.031746031746031744, 0, 0.04, 0.029411764705882353, 0.25, 0.02702702702702703, 0.06896551724137931, 0.02666666666666667 ]

[ "def", "get_authorization", "(", "self", ",", "id", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "id", ",", "(", "int", ",", "long", ")", ")", ",", "id", "headers", ",", "data", "=", "self", ".", "_requester", ".", "requestJsonAndCheck", "(", "\"GET\"", ",", "\"/authorizations/\"", "+", "str", "(", "id", ")", ")", "return", "github", ".", "Authorization", ".", "Authorization", "(", "self", ".", "_requester", ",", "headers", ",", "data", ",", "completed", "=", "True", ")" ]

[ 0.03125, 0.18181818181818182, 0.13580246913580246, 0.11538461538461539, 0.11864406779661017, 0.18181818181818182, 0.043478260869565216, 0.05, 0.1111111111111111, 0.05, 0.3333333333333333, 0.030927835051546393 ]