Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-pep8-full

like 1

[ "def", "to_html", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "super", "(", "LineBreak", ",", "self", ")", ".", "__init__", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "'<br%s/>\\n'", "%", "self", ".", "html_attributes", "(", ")" ]

[ "def", "fetch", "(", "self", ",", "request", ":", "Union", "[", "\"HTTPRequest\"", ",", "str", "]", ",", "*", "*", "kwargs", ":", "Any", ")", "->", "\"HTTPResponse\"", ":", "response", "=", "self", ".", "_io_loop", ".", "run_sync", "(", "functools", ".", "partial", "(", "self", ".", "_async_client", ".", "fetch", ",", "request", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ")", "return", "response" ]

[ "def", "upload_feature_value_file", "(", "self", ",", "mapobject_type_name", ",", "plate_name", ",", "well_name", ",", "well_pos_y", ",", "well_pos_x", ",", "tpoint", ",", "filename", ",", "index_col", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "'upload feature value file \"%s\"'", ",", "filename", ")", "if", "not", "filename", ".", "lower", "(", ")", ".", "endswith", "(", "'csv'", ")", ":", "raise", "IOError", "(", "'Filename must have \"csv\" extension.'", ")", "filename", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "os", ".", "path", ".", "expandvars", "(", "filename", ")", ")", "data", "=", "pd", ".", "read_csv", "(", "filename", ",", "index_col", "=", "index_col", ")", "self", ".", "_upload_feature_values", "(", "mapobject_type_name", ",", "plate_name", ",", "well_name", ",", "well_pos_y", ",", "well_pos_x", ",", "tpoint", ",", "data", ")" ]

[ "def", "parse_http_scheme", "(", "uri", ")", ":", "regex", "=", "re", ".", "compile", "(", "r'^(?:http)s?://'", ",", "flags", "=", "re", ".", "IGNORECASE", ")", "match", "=", "regex", ".", "match", "(", "uri", ")", "return", "match", ".", "group", "(", "0", ")", "if", "match", "else", "'http://'" ]

[ "def", "set_default_unit", "(", "self", ",", "twig", "=", "None", ",", "unit", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "twig", "is", "not", "None", "and", "unit", "is", "None", ":", "# then try to support value as the first argument if no matches with twigs", "if", "isinstance", "(", "unit", ",", "u", ".", "Unit", ")", "or", "not", "isinstance", "(", "twig", ",", "str", ")", ":", "unit", "=", "twig", "twig", "=", "None", "elif", "not", "len", "(", "self", ".", "filter", "(", "twig", "=", "twig", ",", "check_default", "=", "check_default", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ")", ":", "unit", "=", "twig", "twig", "=", "None", "return", "self", ".", "get_parameter", "(", "twig", "=", "twig", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ".", "set_default_unit", "(", "unit", ")" ]

[ "def", "to_tex", "(", "self", ",", "text_size", "=", "'large'", ",", "table_width", "=", "5", ",", "clear_pages", "=", "False", ")", ":", "# If rendered, find the length of the longest '6 x 75kg'-type string", "max_ex_scheme", "=", "0", "if", "self", ".", "_rendered", ":", "for", "(", "week", ",", "day", ",", "dynamic_ex", ")", "in", "self", ".", "_yield_week_day_dynamic", "(", ")", ":", "lengths", "=", "[", "len", "(", "s", ")", "for", "s", "in", "self", ".", "_rendered", "[", "week", "]", "[", "day", "]", "[", "dynamic_ex", "]", "[", "'strings'", "]", "]", "max_ex_scheme", "=", "max", "(", "max_ex_scheme", ",", "max", "(", "lengths", ")", ")", "env", "=", "self", ".", "jinja2_environment", "template", "=", "env", ".", "get_template", "(", "self", ".", "TEMPLATE_NAMES", "[", "'tex'", "]", ")", "return", "template", ".", "render", "(", "program", "=", "self", ",", "text_size", "=", "text_size", ",", "table_width", "=", "table_width", ",", "clear_pages", "=", "clear_pages", ")" ]

[ "def", "addDataModels", "(", "self", ",", "mods", ")", ":", "# Load all the universal properties", "for", "_", ",", "mdef", "in", "mods", ":", "for", "univname", ",", "_", ",", "_", "in", "mdef", ".", "get", "(", "'univs'", ",", "(", ")", ")", ":", "self", ".", "addUnivName", "(", "univname", ")", "# Load all the forms", "for", "_", ",", "mdef", "in", "mods", ":", "for", "formname", ",", "formopts", ",", "propdefs", "in", "mdef", ".", "get", "(", "'forms'", ",", "(", ")", ")", ":", "self", ".", "formnames", ".", "add", "(", "formname", ")", "self", ".", "propnames", ".", "add", "(", "formname", ")", "for", "univname", "in", "self", ".", "univnames", ":", "full", "=", "f'{formname}{univname}'", "self", ".", "propnames", ".", "add", "(", "full", ")", "for", "propname", ",", "_", ",", "_", "in", "propdefs", ":", "full", "=", "f'{formname}:{propname}'", "self", ".", "propnames", ".", "add", "(", "full", ")" ]

[ "def", "find_ask", "(", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "current_app", ",", "'ask'", ")", ":", "return", "getattr", "(", "current_app", ",", "'ask'", ")", "else", ":", "if", "hasattr", "(", "current_app", ",", "'blueprints'", ")", ":", "blueprints", "=", "getattr", "(", "current_app", ",", "'blueprints'", ")", "for", "blueprint_name", "in", "blueprints", ":", "if", "hasattr", "(", "blueprints", "[", "blueprint_name", "]", ",", "'ask'", ")", ":", "return", "getattr", "(", "blueprints", "[", "blueprint_name", "]", ",", "'ask'", ")" ]

[ "def", "_classify_load_constant", "(", "self", ",", "regs_init", ",", "regs_fini", ",", "mem_fini", ",", "written_regs", ",", "read_regs", ")", ":", "matches", "=", "[", "]", "# Check for \"dst_reg <- constant\" pattern.", "for", "dst_reg", ",", "dst_val", "in", "regs_fini", ".", "items", "(", ")", ":", "# Make sure the *dst* register was written.", "if", "dst_reg", "not", "in", "written_regs", ":", "continue", "# Check restrictions...", "if", "dst_val", "==", "regs_init", "[", "dst_reg", "]", ":", "continue", "dst_val_ir", "=", "ReilImmediateOperand", "(", "dst_val", ",", "self", ".", "_arch_regs_size", "[", "dst_reg", "]", ")", "dst_reg_ir", "=", "ReilRegisterOperand", "(", "dst_reg", ",", "self", ".", "_arch_regs_size", "[", "dst_reg", "]", ")", "matches", ".", "append", "(", "{", "\"src\"", ":", "[", "dst_val_ir", "]", ",", "\"dst\"", ":", "[", "dst_reg_ir", "]", "}", ")", "return", "matches" ]

[ "def", "_read_json", "(", "self", ",", "path", ",", "name", ")", ":", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "path", ",", "name", ")", ",", "'r'", ")", "as", "fil", ":", "output", "=", "json", ".", "load", "(", "fil", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Read contents of {}\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "return", "output" ]

[ "def", "spawn_containers", "(", "addrs", ",", "env_cls", "=", "Environment", ",", "env_params", "=", "None", ",", "mgr_cls", "=", "EnvManager", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "pool", "=", "multiprocessing", ".", "Pool", "(", "len", "(", "addrs", ")", ")", "kwargs", "[", "'env_cls'", "]", "=", "env_cls", "kwargs", "[", "'mgr_cls'", "]", "=", "mgr_cls", "r", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "addr", "in", "enumerate", "(", "addrs", ")", ":", "if", "env_params", "is", "not", "None", ":", "k", "=", "env_params", "[", "i", "]", "k", "[", "'env_cls'", "]", "=", "env_cls", "k", "[", "'mgr_cls'", "]", "=", "mgr_cls", "# Copy kwargs so that we can apply different address to different", "# containers.", "else", ":", "k", "=", "kwargs", ".", "copy", "(", ")", "k", "[", "'addr'", "]", "=", "addr", "ret", "=", "pool", ".", "apply_async", "(", "spawn_container", ",", "args", "=", "args", ",", "kwds", "=", "k", ",", "error_callback", "=", "logger", ".", "warning", ")", "r", ".", "append", "(", "ret", ")", "return", "pool", ",", "r" ]

[ "def", "process_text", "(", "text", ",", "save_xml_name", "=", "'trips_output.xml'", ",", "save_xml_pretty", "=", "True", ",", "offline", "=", "False", ",", "service_endpoint", "=", "'drum'", ")", ":", "if", "not", "offline", ":", "html", "=", "client", ".", "send_query", "(", "text", ",", "service_endpoint", ")", "xml", "=", "client", ".", "get_xml", "(", "html", ")", "else", ":", "if", "offline_reading", ":", "try", ":", "dr", "=", "DrumReader", "(", ")", "if", "dr", "is", "None", ":", "raise", "Exception", "(", "'DrumReader could not be instantiated.'", ")", "except", "BaseException", "as", "e", ":", "logger", ".", "error", "(", "e", ")", "logger", ".", "error", "(", "'Make sure drum/bin/trips-drum is running in'", "' a separate process'", ")", "return", "None", "try", ":", "dr", ".", "read_text", "(", "text", ")", "dr", ".", "start", "(", ")", "except", "SystemExit", ":", "pass", "xml", "=", "dr", ".", "extractions", "[", "0", "]", "else", ":", "logger", ".", "error", "(", "'Offline reading with TRIPS/DRUM not available.'", ")", "logger", ".", "error", "(", "'Error message was: %s'", "%", "offline_err", ")", "msg", "=", "\"\"\"\n To install DRUM locally, follow instructions at\n https://github.com/wdebeaum/drum.\n Next, install the pykqml package either from pip or from\n https://github.com/bgyori/pykqml.\n Once installed, run drum/bin/trips-drum in a separate process.\n \"\"\"", "logger", ".", "error", "(", "msg", ")", "return", "None", "if", "save_xml_name", ":", "client", ".", "save_xml", "(", "xml", ",", "save_xml_name", ",", "save_xml_pretty", ")", "return", "process_xml", "(", "xml", ")" ]

[ "def", "set_file", "(", "path", ",", "saltenv", "=", "'base'", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "'__env__'", "in", "kwargs", ":", "# \"env\" is not supported; Use \"saltenv\".", "kwargs", ".", "pop", "(", "'__env__'", ")", "path", "=", "__salt__", "[", "'cp.cache_file'", "]", "(", "path", ",", "saltenv", ")", "if", "path", ":", "_set_file", "(", "path", ")", "return", "True", "return", "False" ]

[ "def", "savepysyn", "(", "self", ",", "wave", ",", "flux", ",", "fname", ",", "units", "=", "None", ")", ":", "if", "units", "is", "None", ":", "ytype", "=", "'throughput'", "units", "=", "' '", "else", ":", "ytype", "=", "'flux'", "col1", "=", "pyfits", ".", "Column", "(", "name", "=", "'wavelength'", ",", "format", "=", "'D'", ",", "array", "=", "wave", ")", "col2", "=", "pyfits", ".", "Column", "(", "name", "=", "ytype", ",", "format", "=", "'D'", ",", "array", "=", "flux", ")", "tbhdu", "=", "pyfits", ".", "BinTableHDU", ".", "from_columns", "(", "pyfits", ".", "ColDefs", "(", "[", "col1", ",", "col2", "]", ")", ")", "tbhdu", ".", "header", ".", "update", "(", "'tunit1'", ",", "'angstrom'", ")", "tbhdu", ".", "header", ".", "update", "(", "'tunit2'", ",", "units", ")", "tbhdu", ".", "writeto", "(", "fname", ".", "replace", "(", "'.fits'", ",", "'_pysyn.fits'", ")", ")" ]

[ "def", "__global_logging_exception_handler", "(", "exc_type", ",", "exc_value", ",", "exc_traceback", ")", ":", "if", "exc_type", ".", "__name__", "==", "\"KeyboardInterrupt\"", ":", "# Do not log the exception or display the traceback on Keyboard Interrupt", "# Stop the logging queue listener thread", "if", "is_mp_logging_listener_configured", "(", ")", ":", "shutdown_multiprocessing_logging_listener", "(", ")", "else", ":", "# Log the exception", "logging", ".", "getLogger", "(", "__name__", ")", ".", "error", "(", "'An un-handled exception was caught by salt\\'s global exception '", "'handler:\\n%s: %s\\n%s'", ",", "exc_type", ".", "__name__", ",", "exc_value", ",", "''", ".", "join", "(", "traceback", ".", "format_exception", "(", "exc_type", ",", "exc_value", ",", "exc_traceback", ")", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "# Call the original sys.excepthook", "sys", ".", "__excepthook__", "(", "exc_type", ",", "exc_value", ",", "exc_traceback", ")" ]

[ "def", "array_to_hdf5", "(", "a", ",", "parent", ",", "name", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "import", "h5py", "h5f", "=", "None", "if", "isinstance", "(", "parent", ",", "str", ")", ":", "h5f", "=", "h5py", ".", "File", "(", "parent", ",", "mode", "=", "'a'", ")", "parent", "=", "h5f", "try", ":", "kwargs", ".", "setdefault", "(", "'chunks'", ",", "True", ")", "# auto-chunking", "kwargs", ".", "setdefault", "(", "'dtype'", ",", "a", ".", "dtype", ")", "kwargs", ".", "setdefault", "(", "'compression'", ",", "'gzip'", ")", "h5d", "=", "parent", ".", "require_dataset", "(", "name", ",", "shape", "=", "a", ".", "shape", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "h5d", "[", "...", "]", "=", "a", "return", "h5d", "finally", ":", "if", "h5f", "is", "not", "None", ":", "h5f", ".", "close", "(", ")" ]

[ "def", "_get_metadata_for_region", "(", "region_code", ")", ":", "country_calling_code", "=", "country_code_for_region", "(", "region_code", ")", "main_country", "=", "region_code_for_country_code", "(", "country_calling_code", ")", "# Set to a default instance of the metadata. This allows us to", "# function with an incorrect region code, even if formatting only", "# works for numbers specified with \"+\".", "return", "PhoneMetadata", ".", "metadata_for_region", "(", "main_country", ",", "_EMPTY_METADATA", ")" ]

[ "def", "_fix_pooling", "(", "self", ",", "op_name", ",", "inputs", ",", "new_attr", ")", ":", "pool_type", "=", "'avg'", "if", "op_name", "==", "'AveragePool'", "else", "'max'", "stride", "=", "new_attr", ".", "get", "(", "'strides'", ")", "kernel", "=", "new_attr", ".", "get", "(", "'kernel_shape'", ")", "padding", "=", "new_attr", ".", "get", "(", "'pads'", ")", "pad_width", "=", "(", "0", ",", "0", ",", "0", ",", "0", ")", "+", "_pad_sequence_fix", "(", "padding", ",", "len", "(", "kernel", ")", ")", "new_pad_op", "=", "mx", ".", "sym", ".", "pad", "(", "inputs", "[", "0", "]", ",", "mode", "=", "'constant'", ",", "pad_width", "=", "pad_width", ")", "new_pooling_op", "=", "mx", ".", "sym", ".", "Pooling", "(", "new_pad_op", ",", "pool_type", "=", "pool_type", ",", "stride", "=", "stride", ",", "kernel", "=", "kernel", ")", "return", "new_pooling_op" ]

[ "def", "get_archive_part_value", "(", "self", ",", "part", ")", ":", "parts_dict", "=", "{", "'year'", ":", "'%Y'", ",", "'month'", ":", "self", ".", "month_format", ",", "'week'", ":", "self", ".", "week_format", ",", "'day'", ":", "'%d'", "}", "if", "self", ".", "today", "is", "None", ":", "today", "=", "timezone", ".", "now", "(", ")", "if", "timezone", ".", "is_aware", "(", "today", ")", ":", "today", "=", "timezone", ".", "localtime", "(", "today", ")", "self", ".", "today", "=", "today", "return", "self", ".", "today", ".", "strftime", "(", "parts_dict", "[", "part", "]", ")" ]

[ "def", "_compute_hamming_matrix", "(", "N", ")", ":", "possible_states", "=", "np", ".", "array", "(", "list", "(", "utils", ".", "all_states", "(", "(", "N", ")", ")", ")", ")", "return", "cdist", "(", "possible_states", ",", "possible_states", ",", "'hamming'", ")", "*", "N" ]

[ "def", "_set_link_fault_signaling", "(", "self", ",", "v", ",", "load", "=", "False", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "v", ",", "\"_utype\"", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "_utype", "(", "v", ")", "try", ":", "t", "=", "YANGDynClass", "(", "v", ",", "base", "=", "link_fault_signaling", ".", "link_fault_signaling", ",", "is_container", "=", "'container'", ",", "presence", "=", "False", ",", "yang_name", "=", "\"link-fault-signaling\"", ",", "rest_name", "=", "\"link-fault-signaling\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "extmethods", "=", "self", ".", "_extmethods", ",", "register_paths", "=", "True", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'info'", ":", "u'Configure a link-fault-signaling'", ",", "u'callpoint'", ":", "u'Lfs'", ",", "u'cli-compact-syntax'", ":", "None", ",", "u'cli-sequence-commands'", ":", "None", ",", "u'cli-incomplete-command'", ":", "None", ",", "u'cli-full-no'", ":", "None", "}", "}", ",", "namespace", "=", "'urn:brocade.com:mgmt:brocade-lfs'", ",", "defining_module", "=", "'brocade-lfs'", ",", "yang_type", "=", "'container'", ",", "is_config", "=", "True", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "ValueError", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "{", "'error-string'", ":", "\"\"\"link_fault_signaling must be of a type compatible with container\"\"\"", ",", "'defined-type'", ":", "\"container\"", ",", "'generated-type'", ":", "\"\"\"YANGDynClass(base=link_fault_signaling.link_fault_signaling, is_container='container', presence=False, yang_name=\"link-fault-signaling\", rest_name=\"link-fault-signaling\", parent=self, path_helper=self._path_helper, extmethods=self._extmethods, register_paths=True, extensions={u'tailf-common': {u'info': u'Configure a link-fault-signaling', u'callpoint': u'Lfs', u'cli-compact-syntax': None, u'cli-sequence-commands': None, u'cli-incomplete-command': None, u'cli-full-no': None}}, namespace='urn:brocade.com:mgmt:brocade-lfs', defining_module='brocade-lfs', yang_type='container', is_config=True)\"\"\"", ",", "}", ")", "self", ".", "__link_fault_signaling", "=", "t", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'_set'", ")", ":", "self", ".", "_set", "(", ")" ]

[ "def", "modelAdoptNextOrphan", "(", "self", ",", "jobId", ",", "maxUpdateInterval", ")", ":", "@", "g_retrySQL", "def", "findCandidateModelWithRetries", "(", ")", ":", "modelID", "=", "None", "with", "ConnectionFactory", ".", "get", "(", ")", "as", "conn", ":", "# TODO: may need a table index on job_id/status for speed", "query", "=", "'SELECT model_id FROM %s '", "' WHERE status=%%s '", "' AND job_id=%%s '", "' AND TIMESTAMPDIFF(SECOND, '", "' _eng_last_update_time, '", "' UTC_TIMESTAMP()) > %%s '", "' LIMIT 1 '", "%", "(", "self", ".", "modelsTableName", ",", ")", "sqlParams", "=", "[", "self", ".", "STATUS_RUNNING", ",", "jobId", ",", "maxUpdateInterval", "]", "numRows", "=", "conn", ".", "cursor", ".", "execute", "(", "query", ",", "sqlParams", ")", "rows", "=", "conn", ".", "cursor", ".", "fetchall", "(", ")", "assert", "numRows", "<=", "1", ",", "\"Unexpected numRows: %r\"", "%", "numRows", "if", "numRows", "==", "1", ":", "(", "modelID", ",", ")", "=", "rows", "[", "0", "]", "return", "modelID", "@", "g_retrySQL", "def", "adoptModelWithRetries", "(", "modelID", ")", ":", "adopted", "=", "False", "with", "ConnectionFactory", ".", "get", "(", ")", "as", "conn", ":", "query", "=", "'UPDATE %s SET _eng_worker_conn_id=%%s, '", "' _eng_last_update_time=UTC_TIMESTAMP() '", "' WHERE model_id=%%s '", "' AND status=%%s'", "' AND TIMESTAMPDIFF(SECOND, '", "' _eng_last_update_time, '", "' UTC_TIMESTAMP()) > %%s '", "' LIMIT 1 '", "%", "(", "self", ".", "modelsTableName", ",", ")", "sqlParams", "=", "[", "self", ".", "_connectionID", ",", "modelID", ",", "self", ".", "STATUS_RUNNING", ",", "maxUpdateInterval", "]", "numRowsAffected", "=", "conn", ".", "cursor", ".", "execute", "(", "query", ",", "sqlParams", ")", "assert", "numRowsAffected", "<=", "1", ",", "'Unexpected numRowsAffected=%r'", "%", "(", "numRowsAffected", ",", ")", "if", "numRowsAffected", "==", "1", ":", "adopted", "=", "True", "else", ":", "# Discern between transient failure during update and someone else", "# claiming this model", "(", "status", ",", "connectionID", ")", "=", "self", ".", "_getOneMatchingRowNoRetries", "(", "self", ".", "_models", ",", "conn", ",", "{", "'model_id'", ":", "modelID", "}", ",", "[", "'status'", ",", "'_eng_worker_conn_id'", "]", ")", "adopted", "=", "(", "status", "==", "self", ".", "STATUS_RUNNING", "and", "connectionID", "==", "self", ".", "_connectionID", ")", "return", "adopted", "adoptedModelID", "=", "None", "while", "True", ":", "modelID", "=", "findCandidateModelWithRetries", "(", ")", "if", "modelID", "is", "None", ":", "break", "if", "adoptModelWithRetries", "(", "modelID", ")", ":", "adoptedModelID", "=", "modelID", "break", "return", "adoptedModelID" ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "client", "=", "None", ")", ":", "client", "=", "self", ".", "_require_client", "(", "client", ")", "data", "=", "{", "\"name\"", ":", "self", ".", "name", ",", "\"labels\"", ":", "self", ".", "labels", ",", "\"parent\"", ":", "self", ".", "parent", "}", "resp", "=", "client", ".", "_connection", ".", "api_request", "(", "method", "=", "\"PUT\"", ",", "path", "=", "self", ".", "path", ",", "data", "=", "data", ")", "self", ".", "set_properties_from_api_repr", "(", "resp", ")" ]

[ "def", "unlock", "(", "self", ",", "time", "=", "3", ")", ":", "command", "=", "const", ".", "CMD_UNLOCK", "command_string", "=", "pack", "(", "\"I\"", ",", "int", "(", "time", ")", "*", "10", ")", "cmd_response", "=", "self", ".", "__send_command", "(", "command", ",", "command_string", ")", "if", "cmd_response", ".", "get", "(", "'status'", ")", ":", "return", "True", "else", ":", "raise", "ZKErrorResponse", "(", "\"Can't open door\"", ")" ]

[ "def", "rename_key", "(", "d", ":", "Dict", "[", "str", ",", "Any", "]", ",", "old", ":", "str", ",", "new", ":", "str", ")", "->", "None", ":", "d", "[", "new", "]", "=", "d", ".", "pop", "(", "old", ")" ]

[ "def", "config", "(", "host", ",", "seq", ",", "option", ",", "value", ")", ":", "at", "(", "host", ",", "'CONFIG'", ",", "seq", ",", "[", "str", "(", "option", ")", ",", "str", "(", "value", ")", "]", ")" ]

[ "def", "_trj_backup_trajectory", "(", "self", ",", "traj", ",", "backup_filename", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "_logger", ".", "info", "(", "'Storing backup of %s.'", "%", "traj", ".", "v_name", ")", "mypath", ",", "_", "=", "os", ".", "path", ".", "split", "(", "self", ".", "_filename", ")", "if", "backup_filename", "is", "None", ":", "backup_filename", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'%s'", "%", "mypath", ",", "'backup_%s.hdf5'", "%", "traj", ".", "v_name", ")", "backup_hdf5file", "=", "pt", ".", "open_file", "(", "filename", "=", "backup_filename", ",", "mode", "=", "'a'", ",", "title", "=", "backup_filename", ")", "if", "'/'", "+", "self", ".", "_trajectory_name", "in", "backup_hdf5file", ":", "raise", "ValueError", "(", "'I cannot backup `%s` into file `%s`, there is already a '", "'trajectory with that name.'", "%", "(", "traj", ".", "v_name", ",", "backup_filename", ")", ")", "backup_root", "=", "backup_hdf5file", ".", "root", "self", ".", "_trajectory_group", ".", "_f_copy", "(", "newparent", "=", "backup_root", ",", "recursive", "=", "True", ")", "backup_hdf5file", ".", "flush", "(", ")", "backup_hdf5file", ".", "close", "(", ")", "self", ".", "_logger", ".", "info", "(", "'Finished backup of %s.'", "%", "traj", ".", "v_name", ")" ]

[ "def", "_lerp", "(", "x", ",", "x0", ",", "x1", ",", "y0", ",", "y1", ")", ":", "return", "y0", "+", "(", "x", "-", "x0", ")", "*", "float", "(", "y1", "-", "y0", ")", "/", "(", "x1", "-", "x0", ")" ]

[ "def", "_validate_compose_list", "(", "destination_file", ",", "file_list", ",", "files_metadata", "=", "None", ",", "number_of_files", "=", "32", ")", ":", "common", ".", "validate_file_path", "(", "destination_file", ")", "bucket", "=", "destination_file", "[", "0", ":", "(", "destination_file", ".", "index", "(", "'/'", ",", "1", ")", "+", "1", ")", "]", "try", ":", "if", "isinstance", "(", "file_list", ",", "types", ".", "StringTypes", ")", ":", "raise", "TypeError", "list_len", "=", "len", "(", "file_list", ")", "except", "TypeError", ":", "raise", "TypeError", "(", "'file_list must be a list'", ")", "if", "list_len", ">", "number_of_files", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Compose attempted to create composite with too many'", "'(%i) components; limit is (%i).'", "%", "(", "list_len", ",", "number_of_files", ")", ")", "if", "list_len", "<=", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Compose operation requires at'", "' least one component; 0 provided.'", ")", "if", "files_metadata", "is", "None", ":", "files_metadata", "=", "[", "]", "elif", "len", "(", "files_metadata", ")", ">", "list_len", ":", "raise", "ValueError", "(", "'files_metadata contains more entries(%i)'", "' than file_list(%i)'", "%", "(", "len", "(", "files_metadata", ")", ",", "list_len", ")", ")", "list_of_files", "=", "[", "]", "for", "source_file", ",", "meta_data", "in", "itertools", ".", "izip_longest", "(", "file_list", ",", "files_metadata", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "source_file", ",", "str", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Each item of file_list must be a string'", ")", "if", "source_file", ".", "startswith", "(", "'/'", ")", ":", "logging", ".", "warn", "(", "'Detected a \"/\" at the start of the file, '", "'Unless the file name contains a \"/\" it '", "' may cause files to be misread'", ")", "if", "source_file", ".", "startswith", "(", "bucket", ")", ":", "logging", ".", "warn", "(", "'Detected bucket name at the start of the file, '", "'must not specify the bucket when listing file_names.'", "' May cause files to be misread'", ")", "common", ".", "validate_file_path", "(", "bucket", "+", "source_file", ")", "list_entry", "=", "{", "}", "if", "meta_data", "is", "not", "None", ":", "list_entry", ".", "update", "(", "meta_data", ")", "list_entry", "[", "'Name'", "]", "=", "source_file", "list_of_files", ".", "append", "(", "list_entry", ")", "return", "list_of_files", ",", "bucket" ]

[ "def", "pretty_print", "(", "source", ",", "dest", ")", ":", "parser", "=", "etree", ".", "XMLParser", "(", "remove_blank_text", "=", "True", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "source", ",", "str", ")", ":", "source", "=", "str", "(", "source", ")", "tree", "=", "etree", ".", "parse", "(", "source", ",", "parser", ")", "docinfo", "=", "tree", ".", "docinfo", "with", "open", "(", "dest", ",", "'wb'", ")", "as", "fp", ":", "fp", ".", "write", "(", "etree", ".", "tostring", "(", "tree", ",", "pretty_print", "=", "True", ",", "encoding", "=", "docinfo", ".", "encoding", ",", "standalone", "=", "docinfo", ".", "standalone", ")", ")" ]

[ "def", "delete", "(", "self", ",", "uuid", ")", ":", "# type: (UUID) -> None", "dest", "=", "self", ".", "abs_path", "(", "uuid", ")", "if", "not", "dest", ".", "exists", "(", ")", ":", "raise", "KeyError", "(", "\"No file can be found for this uuid\"", ",", "uuid", ")", "dest", ".", "unlink", "(", ")" ]

[ "def", "delete_repository_from_recycle_bin", "(", "self", ",", "project", ",", "repository_id", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "project", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'project'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'project'", ",", "project", ",", "'str'", ")", "if", "repository_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'repositoryId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'repository_id'", ",", "repository_id", ",", "'str'", ")", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'DELETE'", ",", "location_id", "=", "'a663da97-81db-4eb3-8b83-287670f63073'", ",", "version", "=", "'5.1-preview.1'", ",", "route_values", "=", "route_values", ")" ]

[ "def", "_check_connectivity", "(", "self", ",", "err", ")", ":", "try", ":", "import", "requests", "requests", ".", "get", "(", "self", ".", "uptime_ssl", ")", "except", ":", "from", "requests", "import", "Request", "request_object", "=", "Request", "(", "method", "=", "'GET'", ",", "url", "=", "self", ".", "uptime_ssl", ")", "request_details", "=", "self", ".", "handle_requests", "(", "request_object", ")", "self", ".", "printer", "(", "'ERROR.'", ")", "raise", "ConnectionError", "(", "request_details", "[", "'error'", "]", ")", "self", ".", "printer", "(", "'ERROR.'", ")", "raise", "err" ]

[ "def", "jstimestamp", "(", "dte", ")", ":", "days", "=", "date", "(", "dte", ".", "year", ",", "dte", ".", "month", ",", "1", ")", ".", "toordinal", "(", ")", "-", "_EPOCH_ORD", "+", "dte", ".", "day", "-", "1", "hours", "=", "days", "*", "24", "if", "isinstance", "(", "dte", ",", "datetime", ")", ":", "hours", "+=", "dte", ".", "hour", "minutes", "=", "hours", "*", "60", "+", "dte", ".", "minute", "seconds", "=", "minutes", "*", "60", "+", "dte", ".", "second", "return", "1000", "*", "seconds", "+", "int", "(", "0.001", "*", "dte", ".", "microsecond", ")", "else", ":", "return", "3600000", "*", "hours" ]

[ "def", "create_group", "(", "self", ",", "group", ")", ":", "data", "=", "json", ".", "dumps", "(", "self", ".", "_create_group_dict", "(", "group", ")", ")", "response", "=", "self", ".", "_perform_request", "(", "url", "=", "'/um/groups'", ",", "method", "=", "'POST'", ",", "data", "=", "data", ")", "return", "response" ]

[ "def", "get_link", "(", "href", ",", "value", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "href", ":", "return", "\"\"", "anchor_value", "=", "value", "and", "value", "or", "href", "attr", "=", "render_html_attributes", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "'<a href=\"{}\" {}>{}</a>'", ".", "format", "(", "href", ",", "attr", ",", "anchor_value", ")" ]

[ "def", "_get_tokens_for_line_func", "(", "self", ",", "cli", ",", "document", ")", ":", "# Cache using `document.text`.", "def", "get_tokens_for_line", "(", ")", ":", "return", "self", ".", "lexer", ".", "lex_document", "(", "cli", ",", "document", ")", "return", "self", ".", "_token_cache", ".", "get", "(", "document", ".", "text", ",", "get_tokens_for_line", ")" ]

[ "def", "latex", "(", "self", ")", ":", "s", "=", "(", "'{authors}, \\\\textit{{{title}}}, {journal}, {volissue}, '", "'{pages}, ({date}). {doi}, {scopus_url}.'", ")", "if", "len", "(", "self", ".", "authors", ")", ">", "1", ":", "authors", "=", "', '", ".", "join", "(", "[", "str", "(", "a", ".", "given_name", ")", "+", "' '", "+", "str", "(", "a", ".", "surname", ")", "for", "a", "in", "self", ".", "authors", "[", "0", ":", "-", "1", "]", "]", ")", "authors", "+=", "(", "' and '", "+", "str", "(", "self", ".", "authors", "[", "-", "1", "]", ".", "given_name", ")", "+", "' '", "+", "str", "(", "self", ".", "authors", "[", "-", "1", "]", ".", "surname", ")", ")", "else", ":", "a", "=", "self", ".", "authors", "[", "0", "]", "authors", "=", "str", "(", "a", ".", "given_name", ")", "+", "' '", "+", "str", "(", "a", ".", "surname", ")", "title", "=", "self", ".", "title", "journal", "=", "self", ".", "publicationName", "volume", "=", "self", ".", "volume", "issue", "=", "self", ".", "issueIdentifier", "if", "volume", "and", "issue", ":", "volissue", "=", "'\\\\textbf{{{0}({1})}}'", ".", "format", "(", "volume", ",", "issue", ")", "elif", "volume", ":", "volissue", "=", "'\\\\textbf{{0}}'", ".", "format", "(", "volume", ")", "else", ":", "volissue", "=", "'no volume'", "date", "=", "self", ".", "coverDate", "if", "self", ".", "pageRange", ":", "pages", "=", "'p. {0}'", ".", "format", "(", "self", ".", "pageRange", ")", "elif", "self", ".", "startingPage", ":", "pages", "=", "'p. {self.startingPage}'", ".", "format", "(", "self", ")", "elif", "self", ".", "article_number", ":", "pages", "=", "'Art. No. {self.article_number}, '", ".", "format", "(", "self", ")", "else", ":", "pages", "=", "'(no pages found)'", "doi", "=", "'\\\\href{{https://doi.org/{0}}}{{doi:{0}}}'", ".", "format", "(", "self", ".", "doi", ")", "scopus_url", "=", "'\\\\href{{{0}}}{{scopus:{1}}}'", ".", "format", "(", "self", ".", "scopus_url", ",", "self", ".", "eid", ")", "return", "s", ".", "format", "(", "*", "*", "locals", "(", ")", ")" ]

[ "def", "total_seconds", "(", "offset", ")", ":", "seconds", "=", "offset", ".", "days", "*", "24", "*", "60", "*", "60", "+", "offset", ".", "seconds", "microseconds", "=", "seconds", "*", "10", "**", "6", "+", "offset", ".", "microseconds", "return", "microseconds", "/", "(", "10", "**", "6", "*", "1.0", ")" ]

[ "def", "set_xlabels", "(", "self", ",", "label", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "label", "is", "None", ":", "label", "=", "label_from_attrs", "(", "self", ".", "data", "[", "self", ".", "_x_var", "]", ")", "for", "ax", "in", "self", ".", "_bottom_axes", ":", "ax", ".", "set_xlabel", "(", "label", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "self" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "request", ",", "bot_id", ",", "id", ",", "format", "=", "None", ")", ":", "return", "super", "(", "SourceStateList", ",", "self", ")", ".", "get", "(", "request", ",", "bot_id", ",", "id", ",", "format", ")" ]

[ "def", "handleException", "(", "exception", ")", ":", "serverException", "=", "exception", "if", "not", "isinstance", "(", "exception", ",", "exceptions", ".", "BaseServerException", ")", ":", "with", "app", ".", "test_request_context", "(", ")", ":", "app", ".", "log_exception", "(", "exception", ")", "serverException", "=", "exceptions", ".", "getServerError", "(", "exception", ")", "error", "=", "serverException", ".", "toProtocolElement", "(", ")", "# If the exception is being viewed by a web browser, we can render a nicer", "# view.", "if", "flask", ".", "request", "and", "'Accept'", "in", "flask", ".", "request", ".", "headers", "and", "flask", ".", "request", ".", "headers", "[", "'Accept'", "]", ".", "find", "(", "'text/html'", ")", "!=", "-", "1", ":", "message", "=", "\"<h1>Error {}</h1><pre>{}</pre>\"", ".", "format", "(", "serverException", ".", "httpStatus", ",", "protocol", ".", "toJson", "(", "error", ")", ")", "if", "serverException", ".", "httpStatus", "==", "401", "or", "serverException", ".", "httpStatus", "==", "403", ":", "message", "+=", "\"Please try <a href=\\\"/login\\\">logging in</a>.\"", "return", "message", "else", ":", "responseStr", "=", "protocol", ".", "toJson", "(", "error", ")", "return", "getFlaskResponse", "(", "responseStr", ",", "serverException", ".", "httpStatus", ")" ]

[ "def", "simxReadProximitySensor", "(", "clientID", ",", "sensorHandle", ",", "operationMode", ")", ":", "detectionState", "=", "ct", ".", "c_ubyte", "(", ")", "detectedObjectHandle", "=", "ct", ".", "c_int", "(", ")", "detectedPoint", "=", "(", "ct", ".", "c_float", "*", "3", ")", "(", ")", "detectedSurfaceNormalVector", "=", "(", "ct", ".", "c_float", "*", "3", ")", "(", ")", "ret", "=", "c_ReadProximitySensor", "(", "clientID", ",", "sensorHandle", ",", "ct", ".", "byref", "(", "detectionState", ")", ",", "detectedPoint", ",", "ct", ".", "byref", "(", "detectedObjectHandle", ")", ",", "detectedSurfaceNormalVector", ",", "operationMode", ")", "arr1", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "3", ")", ":", "arr1", ".", "append", "(", "detectedPoint", "[", "i", "]", ")", "arr2", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "3", ")", ":", "arr2", ".", "append", "(", "detectedSurfaceNormalVector", "[", "i", "]", ")", "return", "ret", ",", "bool", "(", "detectionState", ".", "value", "!=", "0", ")", ",", "arr1", ",", "detectedObjectHandle", ".", "value", ",", "arr2" ]

[ "def", "replace_grist", "(", "features", ",", "new_grist", ")", ":", "assert", "is_iterable_typed", "(", "features", ",", "basestring", ")", "or", "isinstance", "(", "features", ",", "basestring", ")", "assert", "isinstance", "(", "new_grist", ",", "basestring", ")", "# this function is used a lot in the build phase and the original implementation", "# was extremely slow; thus some of the weird-looking optimizations for this function.", "single_item", "=", "False", "if", "isinstance", "(", "features", ",", "str", ")", ":", "features", "=", "[", "features", "]", "single_item", "=", "True", "result", "=", "[", "]", "for", "feature", "in", "features", ":", "# '<feature>value' -> ('<feature', '>', 'value')", "# 'something' -> ('something', '', '')", "# '<toolset>msvc/<feature>value' -> ('<toolset', '>', 'msvc/<feature>value')", "grist", ",", "split", ",", "value", "=", "feature", ".", "partition", "(", "'>'", ")", "# if a partition didn't occur, then grist is just 'something'", "# set the value to be the grist", "if", "not", "value", "and", "not", "split", ":", "value", "=", "grist", "result", ".", "append", "(", "new_grist", "+", "value", ")", "if", "single_item", ":", "return", "result", "[", "0", "]", "return", "result" ]

[ "def", "setRoute", "(", "self", ",", "vehID", ",", "edgeList", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "edgeList", ",", "str", ")", ":", "edgeList", "=", "[", "edgeList", "]", "self", ".", "_connection", ".", "_beginMessage", "(", "tc", ".", "CMD_SET_VEHICLE_VARIABLE", ",", "tc", ".", "VAR_ROUTE", ",", "vehID", ",", "1", "+", "4", "+", "sum", "(", "map", "(", "len", ",", "edgeList", ")", ")", "+", "4", "*", "len", "(", "edgeList", ")", ")", "self", ".", "_connection", ".", "_packStringList", "(", "edgeList", ")", "self", ".", "_connection", ".", "_sendExact", "(", ")" ]

[ "def", "mknod", "(", "name", ",", "ntype", ",", "major", "=", "0", ",", "minor", "=", "0", ",", "user", "=", "None", ",", "group", "=", "None", ",", "mode", "=", "'0600'", ")", ":", "ret", "=", "False", "makedirs_", "(", "name", ",", "user", ",", "group", ")", "if", "ntype", "==", "'c'", ":", "ret", "=", "mknod_chrdev", "(", "name", ",", "major", ",", "minor", ",", "user", ",", "group", ",", "mode", ")", "elif", "ntype", "==", "'b'", ":", "ret", "=", "mknod_blkdev", "(", "name", ",", "major", ",", "minor", ",", "user", ",", "group", ",", "mode", ")", "elif", "ntype", "==", "'p'", ":", "ret", "=", "mknod_fifo", "(", "name", ",", "user", ",", "group", ",", "mode", ")", "else", ":", "raise", "SaltInvocationError", "(", "'Node type unavailable: \\'{0}\\'. Available node types are '", "'character (\\'c\\'), block (\\'b\\'), and pipe (\\'p\\').'", ".", "format", "(", "ntype", ")", ")", "return", "ret" ]

[ "def", "copy_snapshot", "(", "kwargs", "=", "None", ",", "call", "=", "None", ")", ":", "if", "call", "!=", "'function'", ":", "log", ".", "error", "(", "'The copy_snapshot function must be called with -f or --function.'", ")", "return", "False", "if", "'source_region'", "not", "in", "kwargs", ":", "log", ".", "error", "(", "'A source_region must be specified to copy a snapshot.'", ")", "return", "False", "if", "'source_snapshot_id'", "not", "in", "kwargs", ":", "log", ".", "error", "(", "'A source_snapshot_id must be specified to copy a snapshot.'", ")", "return", "False", "if", "'description'", "not", "in", "kwargs", ":", "kwargs", "[", "'description'", "]", "=", "''", "params", "=", "{", "'Action'", ":", "'CopySnapshot'", "}", "if", "'source_region'", "in", "kwargs", ":", "params", "[", "'SourceRegion'", "]", "=", "kwargs", "[", "'source_region'", "]", "if", "'source_snapshot_id'", "in", "kwargs", ":", "params", "[", "'SourceSnapshotId'", "]", "=", "kwargs", "[", "'source_snapshot_id'", "]", "if", "'description'", "in", "kwargs", ":", "params", "[", "'Description'", "]", "=", "kwargs", "[", "'description'", "]", "log", ".", "debug", "(", "params", ")", "data", "=", "aws", ".", "query", "(", "params", ",", "return_url", "=", "True", ",", "location", "=", "get_location", "(", ")", ",", "provider", "=", "get_provider", "(", ")", ",", "opts", "=", "__opts__", ",", "sigver", "=", "'4'", ")", "return", "data" ]

[ "def", "tensor_components_to_use", "(", "mrr", ",", "mtt", ",", "mpp", ",", "mrt", ",", "mrp", ",", "mtp", ")", ":", "return", "np", ".", "array", "(", "[", "[", "mrr", ",", "mrt", ",", "mrp", "]", ",", "[", "mrt", ",", "mtt", ",", "mtp", "]", ",", "[", "mrp", ",", "mtp", ",", "mpp", "]", "]", ")" ]

[ "def", "primers", "(", "self", ",", "tm", "=", "60", ")", ":", "self", ".", "primers", "=", "coral", ".", "design", ".", "primers", "(", "self", ".", "template", ",", "tm", "=", "tm", ")", "return", "self", ".", "primers" ]

[ "def", "_doCascadeFetch", "(", "obj", ")", ":", "obj", ".", "validateModel", "(", ")", "if", "not", "obj", ".", "foreignFields", ":", "return", "# NOTE: Currently this fetches using one transaction per object. Implementation for actual resolution is in", "# IndexedRedisModel.__getattribute__ ", "for", "foreignField", "in", "obj", ".", "foreignFields", ":", "subObjsData", "=", "object", ".", "__getattribute__", "(", "obj", ",", "foreignField", ")", "if", "not", "subObjsData", ":", "setattr", "(", "obj", ",", "str", "(", "foreignField", ")", ",", "irNull", ")", "continue", "subObjs", "=", "subObjsData", ".", "getObjs", "(", ")", "for", "subObj", "in", "subObjs", ":", "if", "isIndexedRedisModel", "(", "subObj", ")", ":", "IndexedRedisQuery", ".", "_doCascadeFetch", "(", "subObj", ")" ]

[ "def", "_check_log_scale", "(", "base", ",", "sides", ",", "scales", ",", "coord", ")", ":", "def", "is_log", "(", "trans", ")", ":", "return", "(", "trans", ".", "__class__", ".", "__name__", ".", "startswith", "(", "'log'", ")", "and", "hasattr", "(", "trans", ",", "'base'", ")", ")", "base_x", ",", "base_y", "=", "base", ",", "base", "x_is_log", "=", "is_log", "(", "scales", ".", "x", ".", "trans", ")", "y_is_log", "=", "is_log", "(", "scales", ".", "y", ".", "trans", ")", "if", "isinstance", "(", "coord", ",", "coord_flip", ")", ":", "x_is_log", ",", "y_is_log", "=", "y_is_log", ",", "x_is_log", "if", "'t'", "in", "sides", "or", "'b'", "in", "sides", ":", "if", "base_x", "is", "None", ":", "base_x", "=", "scales", ".", "x", ".", "trans", ".", "base", "if", "not", "x_is_log", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"annotation_logticks for x-axis which does not have \"", "\"a log scale. The logticks may not make sense.\"", ",", "PlotnineWarning", ")", "elif", "x_is_log", "and", "base_x", "!=", "scales", ".", "x", ".", "trans", ".", "base", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"The x-axis is log transformed in base {} ,\"", "\"but the annotation_logticks are computed in base {}\"", "\"\"", ".", "format", "(", "base_x", ",", "scales", ".", "x", ".", "trans", ".", "base", ")", ",", "PlotnineWarning", ")", "if", "'l'", "in", "sides", "or", "'r'", "in", "sides", ":", "if", "base_y", "is", "None", ":", "base_y", "=", "scales", ".", "y", ".", "trans", ".", "base", "if", "not", "y_is_log", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"annotation_logticks for y-axis which does not have \"", "\"a log scale. The logticks may not make sense.\"", ",", "PlotnineWarning", ")", "elif", "y_is_log", "and", "base_y", "!=", "scales", ".", "x", ".", "trans", ".", "base", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"The y-axis is log transformed in base {} ,\"", "\"but the annotation_logticks are computed in base {}\"", "\"\"", ".", "format", "(", "base_y", ",", "scales", ".", "x", ".", "trans", ".", "base", ")", ",", "PlotnineWarning", ")", "return", "base_x", ",", "base_y" ]

[ "def", "load_from_tar_or_patch", "(", "tar", ",", "image_filename", ",", "patch_images", ")", ":", "patched", "=", "True", "image_bytes", "=", "patch_images", ".", "get", "(", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "image_filename", ")", ",", "None", ")", "if", "image_bytes", "is", "None", ":", "patched", "=", "False", "try", ":", "image_bytes", "=", "tar", ".", "extractfile", "(", "image_filename", ")", ".", "read", "(", ")", "numpy", ".", "array", "(", "Image", ".", "open", "(", "io", ".", "BytesIO", "(", "image_bytes", ")", ")", ")", "except", "(", "IOError", ",", "OSError", ")", ":", "with", "gzip", ".", "GzipFile", "(", "fileobj", "=", "tar", ".", "extractfile", "(", "image_filename", ")", ")", "as", "gz", ":", "image_bytes", "=", "gz", ".", "read", "(", ")", "numpy", ".", "array", "(", "Image", ".", "open", "(", "io", ".", "BytesIO", "(", "image_bytes", ")", ")", ")", "return", "image_bytes", ",", "patched" ]

[ "def", "visit", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "node", ",", "Placeholder", ")", ":", "return", "self", ".", "placeholders", "[", "node", ".", "id", "]", "else", ":", "return", "super", "(", "PlaceholderReplace", ",", "self", ")", ".", "visit", "(", "node", ")" ]

[ "def", "_resolve_children", "(", "self", ",", "ldap_user", ",", "groups", ")", ":", "for", "child", "in", "self", ".", "children", ":", "if", "isinstance", "(", "child", ",", "LDAPGroupQuery", ")", ":", "yield", "child", ".", "resolve", "(", "ldap_user", ",", "groups", ")", "else", ":", "yield", "groups", ".", "is_member_of", "(", "child", ")" ]

[ "def", "get_dataset", "(", "self", ",", "key", ",", "info", ")", ":", "angles", "=", "self", ".", "_get_coarse_dataset", "(", "key", ",", "info", ")", "if", "angles", "is", "None", ":", "return", "# Fill gaps at edges of swath", "darr", "=", "DataArray", "(", "angles", ",", "dims", "=", "[", "'y'", ",", "'x'", "]", ")", "darr", "=", "darr", ".", "bfill", "(", "'x'", ")", "darr", "=", "darr", ".", "ffill", "(", "'x'", ")", "angles", "=", "darr", ".", "data", "res", "=", "self", ".", "interpolate_angles", "(", "angles", ",", "key", ".", "resolution", ")", "proj", "=", "DataArray", "(", "res", ",", "dims", "=", "[", "'y'", ",", "'x'", "]", ")", "proj", ".", "attrs", "=", "info", ".", "copy", "(", ")", "proj", ".", "attrs", "[", "'units'", "]", "=", "'degrees'", "proj", ".", "attrs", "[", "'platform_name'", "]", "=", "self", ".", "platform_name", "return", "proj" ]

[ "def", "_get_credentials_from_settings", "(", "self", ")", ":", "remember_me", "=", "CONF", ".", "get", "(", "'main'", ",", "'report_error/remember_me'", ")", "remember_token", "=", "CONF", ".", "get", "(", "'main'", ",", "'report_error/remember_token'", ")", "username", "=", "CONF", ".", "get", "(", "'main'", ",", "'report_error/username'", ",", "''", ")", "if", "not", "remember_me", ":", "username", "=", "''", "return", "username", ",", "remember_me", ",", "remember_token" ]

[ "def", "get_grading_standards_for_course", "(", "self", ",", "course_id", ")", ":", "url", "=", "COURSES_API", ".", "format", "(", "course_id", ")", "+", "\"/grading_standards\"", "standards", "=", "[", "]", "for", "data", "in", "self", ".", "_get_resource", "(", "url", ")", ":", "standards", ".", "append", "(", "GradingStandard", "(", "data", "=", "data", ")", ")", "return", "standards" ]

[ "def", "update", "(", "self", ")", ":", "# Init new stats", "stats", "=", "self", ".", "get_init_value", "(", ")", "# IRQ plugin only available on GNU/Linux", "if", "not", "LINUX", ":", "return", "self", ".", "stats", "if", "self", ".", "input_method", "==", "'local'", ":", "# Grab the stats", "stats", "=", "self", ".", "irq", ".", "get", "(", ")", "elif", "self", ".", "input_method", "==", "'snmp'", ":", "# not available", "pass", "# Get the TOP 5 (by rate/s)", "stats", "=", "sorted", "(", "stats", ",", "key", "=", "operator", ".", "itemgetter", "(", "'irq_rate'", ")", ",", "reverse", "=", "True", ")", "[", ":", "5", "]", "# Update the stats", "self", ".", "stats", "=", "stats", "return", "self", ".", "stats" ]

[ "def", "estimate_achievable_tmid_precision", "(", "snr", ",", "t_ingress_min", "=", "10", ",", "t_duration_hr", "=", "2.14", ")", ":", "t_ingress", "=", "t_ingress_min", "*", "u", ".", "minute", "t_duration", "=", "t_duration_hr", "*", "u", ".", "hour", "theta", "=", "t_ingress", "/", "t_duration", "sigma_tc", "=", "(", "1", "/", "snr", "*", "t_duration", "*", "np", ".", "sqrt", "(", "theta", "/", "2", ")", ")", "LOGINFO", "(", "'assuming t_ingress = {:.1f}'", ".", "format", "(", "t_ingress", ")", ")", "LOGINFO", "(", "'assuming t_duration = {:.1f}'", ".", "format", "(", "t_duration", ")", ")", "LOGINFO", "(", "'measured SNR={:.2f}\\n\\t'", ".", "format", "(", "snr", ")", "+", "'-->theoretical sigma_tc = {:.2e} = {:.2e} = {:.2e}'", ".", "format", "(", "sigma_tc", ".", "to", "(", "u", ".", "minute", ")", ",", "sigma_tc", ".", "to", "(", "u", ".", "hour", ")", ",", "sigma_tc", ".", "to", "(", "u", ".", "day", ")", ")", ")", "return", "sigma_tc", ".", "to", "(", "u", ".", "day", ")", ".", "value" ]

[ "def", "step", "(", "self", ",", "action", ")", ":", "total_reward", "=", "0.0", "done", "=", "None", "for", "i", "in", "range", "(", "self", ".", "_skip", ")", ":", "obs", ",", "reward", ",", "done", ",", "info", "=", "self", ".", "env", ".", "step", "(", "action", ")", "if", "i", "==", "self", ".", "_skip", "-", "2", ":", "self", ".", "_obs_buffer", "[", "0", "]", "=", "obs", "if", "i", "==", "self", ".", "_skip", "-", "1", ":", "self", ".", "_obs_buffer", "[", "1", "]", "=", "obs", "total_reward", "+=", "reward", "if", "done", ":", "break", "# Note that the observation on the done=True frame doesn't matter.", "max_frame", "=", "self", ".", "_obs_buffer", ".", "max", "(", "axis", "=", "0", ")", "return", "max_frame", ",", "total_reward", ",", "done", ",", "info" ]

[ "def", "context", "(", "root", ",", "project", "=", "\"\"", ")", ":", "environment", "=", "os", ".", "environ", ".", "copy", "(", ")", "environment", ".", "update", "(", "{", "\"BE_PROJECT\"", ":", "project", ",", "\"BE_PROJECTROOT\"", ":", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "project", ")", ".", "replace", "(", "\"\\\\\"", ",", "\"/\"", ")", "if", "project", "else", "\"\"", ")", ",", "\"BE_PROJECTSROOT\"", ":", "root", ",", "\"BE_ALIASDIR\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_CWD\"", ":", "root", ",", "\"BE_CD\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_ROOT\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_TOPICS\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_DEVELOPMENTDIR\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_ACTIVE\"", ":", "\"1\"", ",", "\"BE_USER\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_SCRIPT\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_PYTHON\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_ENTER\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_TEMPDIR\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_PRESETSDIR\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_GITHUB_API_TOKEN\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_ENVIRONMENT\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_BINDING\"", ":", "\"\"", ",", "\"BE_TABCOMPLETION\"", ":", "\"\"", "}", ")", "return", "environment" ]

[ "def", "render", "(", "self", ",", "doc", ",", "context", "=", "None", ",", "math_option", "=", "False", ",", "img_path", "=", "''", ",", "css_path", "=", "CSS_PATH", ")", ":", "# If the thread is already running wait for it to finish before", "# starting it again.", "if", "self", ".", "wait", "(", ")", ":", "self", ".", "doc", "=", "doc", "self", ".", "context", "=", "context", "self", ".", "math_option", "=", "math_option", "self", ".", "img_path", "=", "img_path", "self", ".", "css_path", "=", "css_path", "# This causes run() to be executed in separate thread", "self", ".", "start", "(", ")" ]

[ "def", "list_security_groups", "(", "self", ",", "retrieve_all", "=", "True", ",", "*", "*", "_params", ")", ":", "return", "self", ".", "list", "(", "'security_groups'", ",", "self", ".", "security_groups_path", ",", "retrieve_all", ",", "*", "*", "_params", ")" ]

[ "def", "_to_dict", "(", "objects", ")", ":", "try", ":", "if", "isinstance", "(", "objects", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "objects", "=", "salt", ".", "utils", ".", "json", ".", "loads", "(", "objects", ")", "except", "ValueError", "as", "err", ":", "log", ".", "error", "(", "\"Could not parse objects: %s\"", ",", "err", ")", "raise", "err", "return", "objects" ]

[ "def", "insert", "(", "self", ",", "song", ")", ":", "if", "song", "in", "self", ".", "_songs", ":", "return", "if", "self", ".", "_current_song", "is", "None", ":", "self", ".", "_songs", ".", "append", "(", "song", ")", "else", ":", "index", "=", "self", ".", "_songs", ".", "index", "(", "self", ".", "_current_song", ")", "self", ".", "_songs", ".", "insert", "(", "index", "+", "1", ",", "song", ")" ]

[ "def", "stop", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "stop_flag", ".", "value", "=", "True", "with", "self", ".", "lock", ":", "(", "Control", "(", ")", ".", "text", "(", "C", "(", "' '", ",", "style", "=", "'reset_all'", ")", ")", ".", "pos_restore", "(", ")", ".", "move_column", "(", "1", ")", ".", "erase_line", "(", ")", ".", "write", "(", "self", ".", "file", ")", ")" ]

[ "def", "getReadGroupSet", "(", "self", ",", "id_", ")", ":", "compoundId", "=", "datamodel", ".", "ReadGroupSetCompoundId", ".", "parse", "(", "id_", ")", "dataset", "=", "self", ".", "getDataset", "(", "compoundId", ".", "dataset_id", ")", "return", "dataset", ".", "getReadGroupSet", "(", "id_", ")" ]

[ "def", "__main", "(", "draft", ",", "directory", ",", "project_name", ",", "project_version", ",", "project_date", ",", "answer_yes", ")", ":", "directory", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "directory", ")", "config", "=", "load_config", "(", "directory", ")", "to_err", "=", "draft", "click", ".", "echo", "(", "\"Loading template...\"", ",", "err", "=", "to_err", ")", "if", "config", "[", "\"template\"", "]", "is", "None", ":", "template", "=", "pkg_resources", ".", "resource_string", "(", "__name__", ",", "\"templates/template.rst\"", ")", ".", "decode", "(", "\"utf8\"", ")", "else", ":", "with", "open", "(", "config", "[", "\"template\"", "]", ",", "\"rb\"", ")", "as", "tmpl", ":", "template", "=", "tmpl", ".", "read", "(", ")", ".", "decode", "(", "\"utf8\"", ")", "click", ".", "echo", "(", "\"Finding news fragments...\"", ",", "err", "=", "to_err", ")", "definitions", "=", "config", "[", "\"types\"", "]", "if", "config", ".", "get", "(", "\"directory\"", ")", ":", "base_directory", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "config", "[", "\"directory\"", "]", ")", "fragment_directory", "=", "None", "else", ":", "base_directory", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directory", ",", "config", "[", "\"package_dir\"", "]", ",", "config", "[", "\"package\"", "]", ")", ")", "fragment_directory", "=", "\"newsfragments\"", "fragments", ",", "fragment_filenames", "=", "find_fragments", "(", "base_directory", ",", "config", "[", "\"sections\"", "]", ",", "fragment_directory", ",", "definitions", ")", "click", ".", "echo", "(", "\"Rendering news fragments...\"", ",", "err", "=", "to_err", ")", "fragments", "=", "split_fragments", "(", "fragments", ",", "definitions", ")", "rendered", "=", "render_fragments", "(", "# The 0th underline is used for the top line", "template", ",", "config", "[", "\"issue_format\"", "]", ",", "fragments", ",", "definitions", ",", "config", "[", "\"underlines\"", "]", "[", "1", ":", "]", ",", "config", "[", "\"wrap\"", "]", ",", ")", "if", "project_version", "is", "None", ":", "project_version", "=", "get_version", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directory", ",", "config", "[", "\"package_dir\"", "]", ")", ",", "config", "[", "\"package\"", "]", ")", "if", "project_name", "is", "None", ":", "package", "=", "config", ".", "get", "(", "\"package\"", ")", "if", "package", ":", "project_name", "=", "get_project_name", "(", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directory", ",", "config", "[", "\"package_dir\"", "]", ")", ")", ",", "package", ")", "else", ":", "# Can't determine a project_name, but maybe it is not needed.", "project_name", "=", "\"\"", "if", "project_date", "is", "None", ":", "project_date", "=", "_get_date", "(", ")", "top_line", "=", "config", "[", "\"title_format\"", "]", ".", "format", "(", "name", "=", "project_name", ",", "version", "=", "project_version", ",", "project_date", "=", "project_date", ")", "top_line", "+=", "u\"\\n\"", "+", "(", "config", "[", "\"underlines\"", "]", "[", "0", "]", "*", "len", "(", "top_line", ")", ")", "+", "u\"\\n\"", "if", "draft", ":", "click", ".", "echo", "(", "\"Draft only -- nothing has been written.\\n\"", "\"What is seen below is what would be written.\\n\"", ",", "err", "=", "to_err", ",", ")", "click", ".", "echo", "(", "\"%s\\n%s\"", "%", "(", "top_line", ",", "rendered", ")", ")", "else", ":", "click", ".", "echo", "(", "\"Writing to newsfile...\"", ",", "err", "=", "to_err", ")", "start_line", "=", "config", "[", "\"start_line\"", "]", "append_to_newsfile", "(", "directory", ",", "config", "[", "\"filename\"", "]", ",", "start_line", ",", "top_line", ",", "rendered", ")", "click", ".", "echo", "(", "\"Staging newsfile...\"", ",", "err", "=", "to_err", ")", "stage_newsfile", "(", "directory", ",", "config", "[", "\"filename\"", "]", ")", "click", ".", "echo", "(", "\"Removing news fragments...\"", ",", "err", "=", "to_err", ")", "remove_files", "(", "fragment_filenames", ",", "answer_yes", ")", "click", ".", "echo", "(", "\"Done!\"", ",", "err", "=", "to_err", ")" ]

[ "def", "_make_info", "(", "self", ",", "name", ",", "stat_result", ",", "namespaces", ")", ":", "info", "=", "{", "'basic'", ":", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'is_dir'", ":", "stat", ".", "S_ISDIR", "(", "stat_result", ".", "st_mode", ")", "}", "}", "if", "'details'", "in", "namespaces", ":", "info", "[", "'details'", "]", "=", "self", ".", "_make_details_from_stat", "(", "stat_result", ")", "if", "'stat'", "in", "namespaces", ":", "info", "[", "'stat'", "]", "=", "{", "k", ":", "getattr", "(", "stat_result", ",", "k", ")", "for", "k", "in", "dir", "(", "stat_result", ")", "if", "k", ".", "startswith", "(", "'st_'", ")", "}", "if", "'access'", "in", "namespaces", ":", "info", "[", "'access'", "]", "=", "self", ".", "_make_access_from_stat", "(", "stat_result", ")", "return", "Info", "(", "info", ")" ]

[ "def", "render_source", "(", "self", ")", ":", "return", "SOURCE_TABLE_HTML", "%", "u'\\n'", ".", "join", "(", "line", ".", "render", "(", ")", "for", "line", "in", "self", ".", "get_annotated_lines", "(", ")", ")" ]

[ "def", "avail_locations", "(", "call", "=", "None", ")", ":", "if", "call", "==", "'action'", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'The avail_locations function must be called with '", "'-f or --function, or with the --list-locations option'", ")", "ret", "=", "{", "}", "conn", "=", "get_conn", "(", ")", "response", "=", "conn", ".", "getCreateObjectOptions", "(", ")", "#return response", "for", "datacenter", "in", "response", "[", "'datacenters'", "]", ":", "#return data center", "ret", "[", "datacenter", "[", "'template'", "]", "[", "'datacenter'", "]", "[", "'name'", "]", "]", "=", "{", "'name'", ":", "datacenter", "[", "'template'", "]", "[", "'datacenter'", "]", "[", "'name'", "]", ",", "}", "return", "ret" ]

[ "def", "stop_timer", "(", "self", ",", "timer_id", ")", ":", "self", ".", "_logger", ".", "debug", "(", "'Stop timer {} in stm {}'.", "f", "ormat(", "t", "imer_id,", " ", "elf.", "i", "d)", ")", "", "self", ".", "_driver", ".", "_stop_timer", "(", "timer_id", ",", "self", ")" ]

[ "def", "send_media_group", "(", "self", ",", "chat_id", ",", "media", ",", "disable_notification", "=", "None", ",", "reply_to_message_id", "=", "None", ")", ":", "assert_type_or_raise", "(", "chat_id", ",", "(", "int", ",", "unicode_type", ")", ",", "parameter_name", "=", "\"chat_id\"", ")", "from", ".", "api_types", ".", "sendable", ".", "input_media", "import", "InputMediaPhoto", ",", "InputMediaVideo", "files", "=", "{", "}", "new_media", "=", "[", "]", "assert_type_or_raise", "(", "media", ",", "list", ",", "parameter_name", "=", "\"media\"", ")", "for", "i", ",", "medium", "in", "enumerate", "(", "media", ")", ":", "assert_type_or_raise", "(", "medium", ",", "InputMediaPhoto", ",", "InputMediaVideo", ",", "parameter_name", "=", "\"media[{i}]\"", ".", "format", "(", "i", "=", "i", ")", ")", "assert", "isinstance", "(", "medium", ",", "(", "InputMediaPhoto", ",", "InputMediaVideo", ")", ")", "new_medium", ",", "file", "=", "medium", ".", "get_request_data", "(", "'pytgbot{i}'", ".", "format", "(", "i", "=", "i", ")", ",", "full_data", "=", "True", ")", "logger", ".", "debug", "(", "'InputMedia {} found.'", ".", "format", "(", "new_medium", ")", ")", "new_media", ".", "append", "(", "new_medium", ")", "if", "file", ":", "files", ".", "update", "(", "file", ")", "# end if", "# end for", "new_media", "=", "json", ".", "dumps", "(", "new_media", ")", "assert_type_or_raise", "(", "disable_notification", ",", "None", ",", "bool", ",", "parameter_name", "=", "\"disable_notification\"", ")", "assert_type_or_raise", "(", "reply_to_message_id", ",", "None", ",", "int", ",", "parameter_name", "=", "\"reply_to_message_id\"", ")", "result", "=", "self", ".", "do", "(", "\"sendMediaGroup\"", ",", "chat_id", "=", "chat_id", ",", "media", "=", "new_media", ",", "files", "=", "files", ",", "disable_notification", "=", "disable_notification", ",", "reply_to_message_id", "=", "reply_to_message_id", ",", ")", "if", "self", ".", "return_python_objects", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"Trying to parse {data}\"", ".", "format", "(", "data", "=", "repr", "(", "result", ")", ")", ")", "# no valid parsing so far", "if", "not", "isinstance", "(", "result", ",", "list", ")", ":", "raise", "TgApiParseException", "(", "\"Could not parse result als list.\"", ")", "# See debug log for details!", "# end if", "from", ".", "api_types", ".", "receivable", ".", "updates", "import", "Message", "return", "[", "Message", ".", "from_array", "(", "msg", ")", "for", "msg", "in", "result", "]", "# parse them all as Message.", "raise", "TgApiParseException", "(", "\"Could not parse result.\"", ")", "# See debug log for details!", "# end if return_python_objects", "return", "result" ]

[ "def", "register", "(", "linter", ")", ":", "# add all of the checkers", "register_checkers", "(", "linter", ")", "# register any checking fiddlers", "try", ":", "from", "pylint_django", ".", "augmentations", "import", "apply_augmentations", "apply_augmentations", "(", "linter", ")", "except", "ImportError", ":", "# probably trying to execute pylint_django when Django isn't installed", "# in this case the django-not-installed checker will kick-in", "pass", "if", "not", "compat", ".", "LOAD_CONFIGURATION_SUPPORTED", ":", "load_configuration", "(", "linter", ")" ]

[ "def", "resolve_blobs", "(", "self", ",", "iter_blobs", ")", ":", "for", "blob", "in", "iter_blobs", ":", "stage_null_key", "=", "(", "blob", ".", "path", ",", "0", ")", "if", "stage_null_key", "in", "self", ".", "entries", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Path %r already exists at stage 0\"", "%", "blob", ".", "path", ")", "# END assert blob is not stage 0 already", "# delete all possible stages", "for", "stage", "in", "(", "1", ",", "2", ",", "3", ")", ":", "try", ":", "del", "(", "self", ".", "entries", "[", "(", "blob", ".", "path", ",", "stage", ")", "]", ")", "except", "KeyError", ":", "pass", "# END ignore key errors", "# END for each possible stage", "self", ".", "entries", "[", "stage_null_key", "]", "=", "IndexEntry", ".", "from_blob", "(", "blob", ")", "# END for each blob", "return", "self" ]

[ "def", "read_mm_uic2", "(", "fd", ",", "byte_order", ",", "dtype", ",", "count", ")", ":", "result", "=", "{", "'number_planes'", ":", "count", "}", "values", "=", "numpy", ".", "fromfile", "(", "fd", ",", "byte_order", "+", "'I'", ",", "6", "*", "count", ")", "result", "[", "'z_distance'", "]", "=", "values", "[", "0", ":", ":", "6", "]", "//", "values", "[", "1", ":", ":", "6", "]", "#result['date_created'] = tuple(values[2::6])", "#result['time_created'] = tuple(values[3::6])", "#result['date_modified'] = tuple(values[4::6])", "#result['time_modified'] = tuple(values[5::6])", "return", "result" ]

[ "def", "mission_start_date_as_string", "(", "self", ")", "->", "str", ":", "return", "self", ".", "_start_date_as_string", "(", "self", ".", "day", ",", "self", ".", "month", ",", "self", ".", "year", ")" ]

[ "def", "infer_typing_namedtuple_class", "(", "class_node", ",", "context", "=", "None", ")", ":", "# Check if it has the corresponding bases", "annassigns_fields", "=", "[", "annassign", ".", "target", ".", "name", "for", "annassign", "in", "class_node", ".", "body", "if", "isinstance", "(", "annassign", ",", "nodes", ".", "AnnAssign", ")", "]", "code", "=", "dedent", "(", "\"\"\"\n from collections import namedtuple\n namedtuple({typename!r}, {fields!r})\n \"\"\"", ")", ".", "format", "(", "typename", "=", "class_node", ".", "name", ",", "fields", "=", "\",\"", ".", "join", "(", "annassigns_fields", ")", ")", "node", "=", "extract_node", "(", "code", ")", "generated_class_node", "=", "next", "(", "infer_named_tuple", "(", "node", ",", "context", ")", ")", "for", "method", "in", "class_node", ".", "mymethods", "(", ")", ":", "generated_class_node", ".", "locals", "[", "method", ".", "name", "]", "=", "[", "method", "]", "return", "iter", "(", "(", "generated_class_node", ",", ")", ")" ]

[ "def", "find_atoms_near_atom", "(", "self", ",", "source_atom", ",", "search_radius", ",", "atom_hit_cache", "=", "set", "(", ")", ",", "atom_names_to_include", "=", "set", "(", ")", ",", "atom_names_to_exclude", "=", "set", "(", ")", ",", "restrict_to_CA", "=", "False", ")", ":", "if", "len", "(", "atom_names_to_include", ")", ">", "0", "and", "len", "(", "atom_names_to_exclude", ")", ">", "0", ":", "raise", "Exception", "(", "'Error: either one of the set of atoms types to include or the set of atom types to exclude can be set but not both.'", ")", "atom_names_to_exclude", "=", "set", "(", "atom_names_to_exclude", ")", "if", "atom_names_to_include", ":", "atom_names_to_exclude", "=", "set", "(", "self", ".", "atom_name_to_group", ".", "keys", "(", ")", ")", ".", "difference", "(", "atom_names_to_include", ")", "radius", "=", "float", "(", "search_radius", ")", "+", "self", ".", "buffer", "# add buffer to account for edge cases in searching", "bin_size", "=", "self", ".", "bin_size", "atom_bins", "=", "self", ".", "atom_bins", "if", "source_atom", ":", "bin_radius", "=", "int", "(", "math", ".", "ceil", "(", "radius", "/", "bin_size", ")", ")", "# search this many bins in all directions", "xrange", "=", "range", "(", "max", "(", "0", ",", "source_atom", ".", "bin", ".", "x", "-", "bin_radius", ")", ",", "min", "(", "self", ".", "atom_bin_dimensions", "[", "0", "]", ",", "source_atom", ".", "bin", ".", "x", "+", "bin_radius", ")", "+", "1", ")", "yrange", "=", "range", "(", "max", "(", "0", ",", "source_atom", ".", "bin", ".", "y", "-", "bin_radius", ")", ",", "min", "(", "self", ".", "atom_bin_dimensions", "[", "1", "]", ",", "source_atom", ".", "bin", ".", "y", "+", "bin_radius", ")", "+", "1", ")", "zrange", "=", "range", "(", "max", "(", "0", ",", "source_atom", ".", "bin", ".", "z", "-", "bin_radius", ")", ",", "min", "(", "self", ".", "atom_bin_dimensions", "[", "2", "]", ",", "source_atom", ".", "bin", ".", "z", "+", "bin_radius", ")", "+", "1", ")", "for", "x", "in", "xrange", ":", "for", "y", "in", "yrange", ":", "for", "z", "in", "zrange", ":", "for", "atom", "in", "atom_bins", "[", "x", "]", "[", "y", "]", "[", "z", "]", ":", "if", "atom", "not", "in", "atom_hit_cache", ":", "if", "restrict_to_CA", ":", "if", "atom", ".", "name", "==", "'CA'", "and", "(", "source_atom", "-", "atom", "<=", "search_radius", ")", ":", "atom_hit_cache", ".", "add", "(", "atom", ")", "else", ":", "if", "(", "source_atom", "-", "atom", "<=", "search_radius", ")", "and", "(", "atom", ".", "name", "not", "in", "atom_names_to_exclude", ")", ":", "atom_hit_cache", ".", "add", "(", "atom", ")", "return", "atom_hit_cache" ]

[ "def", "add", "(", "event", ",", "reactors", ",", "saltenv", "=", "'base'", ",", "test", "=", "None", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "reactors", ",", "string_types", ")", ":", "reactors", "=", "[", "reactors", "]", "sevent", "=", "salt", ".", "utils", ".", "event", ".", "get_event", "(", "'master'", ",", "__opts__", "[", "'sock_dir'", "]", ",", "__opts__", "[", "'transport'", "]", ",", "opts", "=", "__opts__", ",", "listen", "=", "True", ")", "master_key", "=", "salt", ".", "utils", ".", "master", ".", "get_master_key", "(", "'root'", ",", "__opts__", ")", "__jid_event__", ".", "fire_event", "(", "{", "'event'", ":", "event", ",", "'reactors'", ":", "reactors", ",", "'key'", ":", "master_key", "}", ",", "'salt/reactors/manage/add'", ")", "res", "=", "sevent", ".", "get_event", "(", "wait", "=", "30", ",", "tag", "=", "'salt/reactors/manage/add-complete'", ")", "return", "res", "[", "'result'", "]" ]

[ "def", "_run", "(", "self", ",", "thread_n", ")", ":", "try", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"{0!r}: entering thread #{1}\"", ".", "format", "(", "self", ",", "thread_n", ")", ")", "resolver", "=", "self", ".", "_make_resolver", "(", ")", "while", "True", ":", "request", "=", "self", ".", "queue", ".", "get", "(", ")", "if", "request", "is", "None", ":", "break", "method", ",", "args", "=", "request", "logger", ".", "debug", "(", "\" calling {0!r}.{1}{2!r}\"", ".", "format", "(", "resolver", ",", "method", ",", "args", ")", ")", "getattr", "(", "resolver", ",", "method", ")", "(", "*", "args", ")", "# pylint: disable=W0142", "self", ".", "queue", ".", "task_done", "(", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"{0!r}: leaving thread #{1}\"", ".", "format", "(", "self", ",", "thread_n", ")", ")", "finally", ":", "self", ".", "threads", ".", "remove", "(", "threading", ".", "currentThread", "(", ")", ")" ]

[ "def", "get_primitive_structure", "(", "self", ",", "tolerance", "=", "0.25", ",", "use_site_props", "=", "False", ",", "constrain_latt", "=", "None", ")", ":", "if", "constrain_latt", "is", "None", ":", "constrain_latt", "=", "[", "]", "def", "site_label", "(", "site", ")", ":", "if", "not", "use_site_props", ":", "return", "site", ".", "species_string", "else", ":", "d", "=", "[", "site", ".", "species_string", "]", "for", "k", "in", "sorted", "(", "site", ".", "properties", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "d", ".", "append", "(", "k", "+", "\"=\"", "+", "str", "(", "site", ".", "properties", "[", "k", "]", ")", ")", "return", "\", \"", ".", "join", "(", "d", ")", "# group sites by species string", "sites", "=", "sorted", "(", "self", ".", "_sites", ",", "key", "=", "site_label", ")", "grouped_sites", "=", "[", "list", "(", "a", "[", "1", "]", ")", "for", "a", "in", "itertools", ".", "groupby", "(", "sites", ",", "key", "=", "site_label", ")", "]", "grouped_fcoords", "=", "[", "np", ".", "array", "(", "[", "s", ".", "frac_coords", "for", "s", "in", "g", "]", ")", "for", "g", "in", "grouped_sites", "]", "# min_vecs are approximate periodicities of the cell. The exact", "# periodicities from the supercell matrices are checked against these", "# first", "min_fcoords", "=", "min", "(", "grouped_fcoords", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "len", "(", "x", ")", ")", "min_vecs", "=", "min_fcoords", "-", "min_fcoords", "[", "0", "]", "# fractional tolerance in the supercell", "super_ftol", "=", "np", ".", "divide", "(", "tolerance", ",", "self", ".", "lattice", ".", "abc", ")", "super_ftol_2", "=", "super_ftol", "*", "2", "def", "pbc_coord_intersection", "(", "fc1", ",", "fc2", ",", "tol", ")", ":", "\"\"\"\n Returns the fractional coords in fc1 that have coordinates\n within tolerance to some coordinate in fc2\n \"\"\"", "d", "=", "fc1", "[", ":", ",", "None", ",", ":", "]", "-", "fc2", "[", "None", ",", ":", ",", ":", "]", "d", "-=", "np", ".", "round", "(", "d", ")", "np", ".", "abs", "(", "d", ",", "d", ")", "return", "fc1", "[", "np", ".", "any", "(", "np", ".", "all", "(", "d", "<", "tol", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "]", "# here we reduce the number of min_vecs by enforcing that every", "# vector in min_vecs approximately maps each site onto a similar site.", "# The subsequent processing is O(fu^3 * min_vecs) = O(n^4) if we do no", "# reduction.", "# This reduction is O(n^3) so usually is an improvement. Using double", "# the tolerance because both vectors are approximate", "for", "g", "in", "sorted", "(", "grouped_fcoords", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "len", "(", "x", ")", ")", ":", "for", "f", "in", "g", ":", "min_vecs", "=", "pbc_coord_intersection", "(", "min_vecs", ",", "g", "-", "f", ",", "super_ftol_2", ")", "def", "get_hnf", "(", "fu", ")", ":", "\"\"\"\n Returns all possible distinct supercell matrices given a\n number of formula units in the supercell. Batches the matrices\n by the values in the diagonal (for less numpy overhead).\n Computational complexity is O(n^3), and difficult to improve.\n Might be able to do something smart with checking combinations of a\n and b first, though unlikely to reduce to O(n^2).\n \"\"\"", "def", "factors", "(", "n", ")", ":", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "n", "+", "1", ")", ":", "if", "n", "%", "i", "==", "0", ":", "yield", "i", "for", "det", "in", "factors", "(", "fu", ")", ":", "if", "det", "==", "1", ":", "continue", "for", "a", "in", "factors", "(", "det", ")", ":", "for", "e", "in", "factors", "(", "det", "//", "a", ")", ":", "g", "=", "det", "//", "a", "//", "e", "yield", "det", ",", "np", ".", "array", "(", "[", "[", "[", "a", ",", "b", ",", "c", "]", ",", "[", "0", ",", "e", ",", "f", "]", ",", "[", "0", ",", "0", ",", "g", "]", "]", "for", "b", ",", "c", ",", "f", "in", "itertools", ".", "product", "(", "range", "(", "a", ")", ",", "range", "(", "a", ")", ",", "range", "(", "e", ")", ")", "]", ")", "# we cant let sites match to their neighbors in the supercell", "grouped_non_nbrs", "=", "[", "]", "for", "gfcoords", "in", "grouped_fcoords", ":", "fdist", "=", "gfcoords", "[", "None", ",", ":", ",", ":", "]", "-", "gfcoords", "[", ":", ",", "None", ",", ":", "]", "fdist", "-=", "np", ".", "round", "(", "fdist", ")", "np", ".", "abs", "(", "fdist", ",", "fdist", ")", "non_nbrs", "=", "np", ".", "any", "(", "fdist", ">", "2", "*", "super_ftol", "[", "None", ",", "None", ",", ":", "]", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "# since we want sites to match to themselves", "np", ".", "fill_diagonal", "(", "non_nbrs", ",", "True", ")", "grouped_non_nbrs", ".", "append", "(", "non_nbrs", ")", "num_fu", "=", "functools", ".", "reduce", "(", "gcd", ",", "map", "(", "len", ",", "grouped_sites", ")", ")", "for", "size", ",", "ms", "in", "get_hnf", "(", "num_fu", ")", ":", "inv_ms", "=", "np", ".", "linalg", ".", "inv", "(", "ms", ")", "# find sets of lattice vectors that are are present in min_vecs", "dist", "=", "inv_ms", "[", ":", ",", ":", ",", "None", ",", ":", "]", "-", "min_vecs", "[", "None", ",", "None", ",", ":", ",", ":", "]", "dist", "-=", "np", ".", "round", "(", "dist", ")", "np", ".", "abs", "(", "dist", ",", "dist", ")", "is_close", "=", "np", ".", "all", "(", "dist", "<", "super_ftol", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "any_close", "=", "np", ".", "any", "(", "is_close", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "inds", "=", "np", ".", "all", "(", "any_close", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "for", "inv_m", ",", "m", "in", "zip", "(", "inv_ms", "[", "inds", "]", ",", "ms", "[", "inds", "]", ")", ":", "new_m", "=", "np", ".", "dot", "(", "inv_m", ",", "self", ".", "lattice", ".", "matrix", ")", "ftol", "=", "np", ".", "divide", "(", "tolerance", ",", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "sum", "(", "new_m", "**", "2", ",", "axis", "=", "1", ")", ")", ")", "valid", "=", "True", "new_coords", "=", "[", "]", "new_sp", "=", "[", "]", "new_props", "=", "collections", ".", "defaultdict", "(", "list", ")", "for", "gsites", ",", "gfcoords", ",", "non_nbrs", "in", "zip", "(", "grouped_sites", ",", "grouped_fcoords", ",", "grouped_non_nbrs", ")", ":", "all_frac", "=", "np", ".", "dot", "(", "gfcoords", ",", "m", ")", "# calculate grouping of equivalent sites, represented by", "# adjacency matrix", "fdist", "=", "all_frac", "[", "None", ",", ":", ",", ":", "]", "-", "all_frac", "[", ":", ",", "None", ",", ":", "]", "fdist", "=", "np", ".", "abs", "(", "fdist", "-", "np", ".", "round", "(", "fdist", ")", ")", "close_in_prim", "=", "np", ".", "all", "(", "fdist", "<", "ftol", "[", "None", ",", "None", ",", ":", "]", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "groups", "=", "np", ".", "logical_and", "(", "close_in_prim", ",", "non_nbrs", ")", "# check that groups are correct", "if", "not", "np", ".", "all", "(", "np", ".", "sum", "(", "groups", ",", "axis", "=", "0", ")", "==", "size", ")", ":", "valid", "=", "False", "break", "# check that groups are all cliques", "for", "g", "in", "groups", ":", "if", "not", "np", ".", "all", "(", "groups", "[", "g", "]", "[", ":", ",", "g", "]", ")", ":", "valid", "=", "False", "break", "if", "not", "valid", ":", "break", "# add the new sites, averaging positions", "added", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "gsites", ")", ")", "new_fcoords", "=", "all_frac", "%", "1", "for", "i", ",", "group", "in", "enumerate", "(", "groups", ")", ":", "if", "not", "added", "[", "i", "]", ":", "added", "[", "group", "]", "=", "True", "inds", "=", "np", ".", "where", "(", "group", ")", "[", "0", "]", "coords", "=", "new_fcoords", "[", "inds", "[", "0", "]", "]", "for", "n", ",", "j", "in", "enumerate", "(", "inds", "[", "1", ":", "]", ")", ":", "offset", "=", "new_fcoords", "[", "j", "]", "-", "coords", "coords", "+=", "(", "offset", "-", "np", ".", "round", "(", "offset", ")", ")", "/", "(", "n", "+", "2", ")", "new_sp", ".", "append", "(", "gsites", "[", "inds", "[", "0", "]", "]", ".", "species", ")", "for", "k", "in", "gsites", "[", "inds", "[", "0", "]", "]", ".", "properties", ":", "new_props", "[", "k", "]", ".", "append", "(", "gsites", "[", "inds", "[", "0", "]", "]", ".", "properties", "[", "k", "]", ")", "new_coords", ".", "append", "(", "coords", ")", "if", "valid", ":", "inv_m", "=", "np", ".", "linalg", ".", "inv", "(", "m", ")", "new_l", "=", "Lattice", "(", "np", ".", "dot", "(", "inv_m", ",", "self", ".", "lattice", ".", "matrix", ")", ")", "s", "=", "Structure", "(", "new_l", ",", "new_sp", ",", "new_coords", ",", "site_properties", "=", "new_props", ",", "coords_are_cartesian", "=", "False", ")", "# Default behavior", "p", "=", "s", ".", "get_primitive_structure", "(", "tolerance", "=", "tolerance", ",", "use_site_props", "=", "use_site_props", ",", "constrain_latt", "=", "constrain_latt", ")", ".", "get_reduced_structure", "(", ")", "if", "not", "constrain_latt", ":", "return", "p", "# Only return primitive structures that", "# satisfy the restriction condition", "p_latt", ",", "s_latt", "=", "p", ".", "lattice", ",", "self", ".", "lattice", "if", "type", "(", "constrain_latt", ")", ".", "__name__", "==", "\"list\"", ":", "if", "all", "(", "[", "getattr", "(", "p_latt", ",", "p", ")", "==", "getattr", "(", "s_latt", ",", "p", ")", "for", "p", "in", "constrain_latt", "]", ")", ":", "return", "p", "elif", "type", "(", "constrain_latt", ")", ".", "__name__", "==", "\"dict\"", ":", "if", "all", "(", "[", "getattr", "(", "p_latt", ",", "p", ")", "==", "constrain_latt", "[", "p", "]", "for", "p", "in", "constrain_latt", ".", "keys", "(", ")", "]", ")", ":", "return", "p", "return", "self", ".", "copy", "(", ")" ]

[ "def", "run", "(", "self", ")", ":", "normalized", "=", "os", ".", "path", ".", "normpath", "(", "self", ".", "path", ")", "+", "(", "\"/\"", "if", "self", ".", "path", ".", "endswith", "(", "\"/\"", ")", "else", "\"\"", ")", "if", "self", ".", "path", "!=", "normalized", ":", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "\"Please use full path '%s'\"", "%", "(", "normalized", ",", ")", ")", "return", "-", "1", "self", ".", "butterStore", "=", "ButterStore", ".", "ButterStore", "(", "None", ",", "self", ".", "path", ",", "self", ".", "mode", ",", "dryrun", "=", "False", ")", "# self.butterStore.ignoreExtraVolumes = True", "self", ".", "toObj", "=", "_Arg2Obj", "(", "self", ".", "butterStore", ")", "self", ".", "toDict", "=", "_Obj2Dict", "(", ")", "self", ".", "running", "=", "True", "with", "self", ".", "butterStore", ":", "with", "self", ":", "while", "self", ".", "running", ":", "self", ".", "_processCommand", "(", ")", "return", "0" ]

[ "def", "_uninstall", "(", "action", "=", "'remove'", ",", "name", "=", "None", ",", "pkgs", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "try", ":", "pkg_params", "=", "__salt__", "[", "'pkg_resource.parse_targets'", "]", "(", "name", ",", "pkgs", ")", "[", "0", "]", "except", "MinionError", "as", "exc", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "exc", ")", "old", "=", "list_pkgs", "(", ")", "targets", "=", "[", "x", "for", "x", "in", "pkg_params", "if", "x", "in", "old", "]", "if", "not", "targets", ":", "return", "{", "}", "remove_arg", "=", "'-Rsc'", "if", "action", "==", "'purge'", "else", "'-R'", "cmd", "=", "[", "]", "if", "salt", ".", "utils", ".", "systemd", ".", "has_scope", "(", "__context__", ")", "and", "__salt__", "[", "'config.get'", "]", "(", "'systemd.scope'", ",", "True", ")", ":", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "'systemd-run'", ",", "'--scope'", "]", ")", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "'pacman'", ",", "remove_arg", ",", "'--noprogressbar'", ",", "'--noconfirm'", "]", ")", "cmd", ".", "extend", "(", "targets", ")", "if", "'root'", "in", "kwargs", ":", "cmd", ".", "extend", "(", "(", "'-r'", ",", "kwargs", "[", "'root'", "]", ")", ")", "out", "=", "__salt__", "[", "'cmd.run_all'", "]", "(", "cmd", ",", "output_loglevel", "=", "'trace'", ",", "python_shell", "=", "False", ")", "if", "out", "[", "'retcode'", "]", "!=", "0", "and", "out", "[", "'stderr'", "]", ":", "errors", "=", "[", "out", "[", "'stderr'", "]", "]", "else", ":", "errors", "=", "[", "]", "__context__", ".", "pop", "(", "'pkg.list_pkgs'", ",", "None", ")", "new", "=", "list_pkgs", "(", ")", "ret", "=", "salt", ".", "utils", ".", "data", ".", "compare_dicts", "(", "old", ",", "new", ")", "if", "errors", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Problem encountered removing package(s)'", ",", "info", "=", "{", "'errors'", ":", "errors", ",", "'changes'", ":", "ret", "}", ")", "return", "ret" ]

[ "def", "getFullPathToSnapshot", "(", "self", ",", "n", ")", ":", "return", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "snapDir", ",", "str", "(", "n", ")", ")" ]

[ "def", "ufo_create_background_layer_for_all_glyphs", "(", "ufo_font", ")", ":", "# type: (defcon.Font) -> None", "if", "\"public.background\"", "in", "ufo_font", ".", "layers", ":", "background", "=", "ufo_font", ".", "layers", "[", "\"public.background\"", "]", "else", ":", "background", "=", "ufo_font", ".", "newLayer", "(", "\"public.background\"", ")", "for", "glyph", "in", "ufo_font", ":", "if", "glyph", ".", "name", "not", "in", "background", ":", "background", ".", "newGlyph", "(", "glyph", ".", "name", ")" ]

[ "def", "_setup_tls_files", "(", "self", ",", "files", ")", ":", "for", "file_type", "in", "TLSFileType", ":", "if", "file_type", ".", "value", "in", "files", ":", "file_path", "=", "files", "[", "file_type", ".", "value", "]", "setattr", "(", "self", ",", "file_type", ".", "value", ",", "TLSFile", "(", "file_path", ",", "file_type", "=", "file_type", ")", ")" ]

[ "def", "_finish_transaction_with_retry", "(", "self", ",", "command_name", ",", "explict_retry", ")", ":", "# This can be refactored with MongoClient._retry_with_session.", "try", ":", "return", "self", ".", "_finish_transaction", "(", "command_name", ",", "explict_retry", ")", "except", "ServerSelectionTimeoutError", ":", "raise", "except", "ConnectionFailure", "as", "exc", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "_finish_transaction", "(", "command_name", ",", "True", ")", "except", "ServerSelectionTimeoutError", ":", "# Raise the original error so the application can infer that", "# an attempt was made.", "raise", "exc", "except", "OperationFailure", "as", "exc", ":", "if", "exc", ".", "code", "not", "in", "_RETRYABLE_ERROR_CODES", ":", "raise", "try", ":", "return", "self", ".", "_finish_transaction", "(", "command_name", ",", "True", ")", "except", "ServerSelectionTimeoutError", ":", "# Raise the original error so the application can infer that", "# an attempt was made.", "raise", "exc" ]

[ "def", "_find_next", "(", "server", ")", ":", "from", "datetime", "import", "datetime", "#Re-load the database in case we have multiple instances of the script", "#running in memory.", "_load_db", "(", ")", "result", "=", "None", "visited", "=", "[", "]", "if", "\"status\"", "in", "db", ":", "for", "reponame", ",", "status", "in", "db", "[", "\"status\"", "]", ".", "items", "(", ")", ":", "vms", "(", "\"Checking cron status for {}: {}\"", ".", "format", "(", "reponame", ",", "status", ")", ")", "start", "=", "None", "if", "\"started\"", "not", "in", "status", "else", "status", "[", "\"started\"", "]", "end", "=", "None", "if", "\"end\"", "not", "in", "status", "else", "status", "[", "\"end\"", "]", "running", "=", "start", "is", "not", "None", "and", "end", "is", "not", "None", "and", "start", ">", "end", "add", "=", "False", "if", "not", "running", "and", "end", "is", "not", "None", ":", "#Check the last time it was run and see if enough time has", "#elapsed.", "elapsed", "=", "(", "datetime", ".", "now", "(", ")", "-", "end", ")", ".", "seconds", "/", "60", "add", "=", "elapsed", ">", "server", ".", "cron", ".", "settings", "[", "reponame", "]", ".", "frequency", "if", "not", "add", ":", "vms", "(", "\"'{}' skipped because the interval hasn't \"", ".", "format", "(", "reponame", ")", "+", "\"elapsed ({} vs. {})\"", ".", "format", "(", "elapsed", ",", "server", ".", "cron", ".", "settings", "[", "reponame", "]", ".", "frequency", ")", ")", "elif", "end", "is", "None", ":", "add", "=", "True", "if", "add", ":", "result", "=", "reponame", "break", "visited", ".", "append", "(", "reponame", ")", "else", ":", "db", "[", "\"status\"", "]", "=", "{", "}", "if", "result", "is", "None", ":", "#We still need to check the newly installed repos. ", "for", "reponame", ",", "repo", "in", "server", ".", "repositories", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "reponame", "not", "in", "visited", ":", "#These are newly installed repos that have never run before.", "vms", "(", "\"Added '{}' as new repo for cron execution.\"", ".", "format", "(", "reponame", ")", ")", "result", "=", "reponame", "break", "return", "result" ]

[ "def", "clean", "(", "args", ")", ":", "p", "=", "OptionParser", "(", "clean", ".", "__doc__", ")", "p", ".", "add_option", "(", "\"--fancy\"", ",", "default", "=", "False", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "help", "=", "\"Pretty print the sequence [default: %default]\"", ")", "p", ".", "add_option", "(", "\"--canonical\"", ",", "default", "=", "False", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "help", "=", "\"Use only acgtnACGTN [default: %default]\"", ")", "p", ".", "set_outfile", "(", ")", "opts", ",", "args", "=", "p", ".", "parse_args", "(", "args", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "!=", "1", ":", "sys", ".", "exit", "(", "not", "p", ".", "print_help", "(", ")", ")", "fastafile", ",", "=", "args", "fw", "=", "must_open", "(", "opts", ".", "outfile", ",", "\"w\"", ")", "if", "opts", ".", "fancy", ":", "for", "header", ",", "seq", "in", "iter_clean_fasta", "(", "fastafile", ")", ":", "print", "(", "\">\"", "+", "header", ",", "file", "=", "fw", ")", "fancyprint", "(", "fw", ",", "seq", ")", "return", "0", "iterator", "=", "iter_canonical_fasta", "if", "opts", ".", "canonical", "else", "iter_clean_fasta", "for", "header", ",", "seq", "in", "iterator", "(", "fastafile", ")", ":", "seq", "=", "Seq", "(", "seq", ")", "s", "=", "SeqRecord", "(", "seq", ",", "id", "=", "header", ",", "description", "=", "\"\"", ")", "SeqIO", ".", "write", "(", "[", "s", "]", ",", "fw", ",", "\"fasta\"", ")" ]

[ "async", "def", "spawn_n", "(", "self", ",", "agent_cls", ",", "n", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "rets", "=", "[", "]", "for", "_", "in", "range", "(", "n", ")", ":", "ret", "=", "await", "self", ".", "spawn", "(", "agent_cls", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "rets", ".", "append", "(", "ret", ")", "return", "rets" ]

[ "def", "from_dict", "(", "d", ")", ":", "query_params_match", "=", "d", ".", "get", "(", "'@query_params_match'", ")", "query_person_match", "=", "d", ".", "get", "(", "'@query_person_match'", ")", "valid_since", "=", "d", ".", "get", "(", "'@valid_since'", ")", "if", "valid_since", ":", "valid_since", "=", "str_to_datetime", "(", "valid_since", ")", "source", "=", "Source", ".", "from_dict", "(", "d", ".", "get", "(", "'source'", ",", "{", "}", ")", ")", "fields", "=", "Record", ".", "fields_from_dict", "(", "d", ")", "return", "Record", "(", "source", "=", "source", ",", "fields", "=", "fields", ",", "query_params_match", "=", "query_params_match", ",", "query_person_match", "=", "query_person_match", ",", "valid_since", "=", "valid_since", ")" ]

[ "def", "run", "(", "path", ",", "code", "=", "None", ",", "params", "=", "None", ",", "*", "*", "meta", ")", ":", "args", "=", "[", "path", ",", "'--follow-imports=skip'", ",", "'--show-column-numbers'", "]", "stdout", ",", "stderr", ",", "status", "=", "api", ".", "run", "(", "args", ")", "messages", "=", "[", "]", "for", "line", "in", "stdout", ".", "split", "(", "'\\n'", ")", ":", "line", ".", "strip", "(", ")", "if", "not", "line", ":", "continue", "message", "=", "_MyPyMessage", "(", "line", ")", "if", "message", ".", "valid", ":", "if", "message", ".", "message_type", "==", "'note'", ":", "if", "messages", "[", "-", "1", "]", ".", "line_num", "==", "message", ".", "line_num", ":", "messages", "[", "-", "1", "]", ".", "add_note", "(", "message", ".", "text", ")", "else", ":", "messages", ".", "append", "(", "message", ")", "return", "[", "m", ".", "to_result", "(", ")", "for", "m", "in", "messages", "]" ]

[ "async", "def", "shutdown", "(", "self", ",", "force", "=", "False", ",", "connmark", "=", "-", "1", ")", ":", "if", "connmark", "is", "None", ":", "connmark", "=", "self", ".", "connmark", "self", ".", "scheduler", ".", "emergesend", "(", "ConnectionControlEvent", "(", "self", ",", "ConnectionControlEvent", ".", "SHUTDOWN", ",", "force", ",", "connmark", ")", ")" ]

[ "def", "batch", "(", "args", ")", ":", "from", "jcvi", ".", "apps", ".", "grid", "import", "MakeManager", "p", "=", "OptionParser", "(", "batch", ".", "__doc__", ")", "opts", ",", "args", "=", "p", ".", "parse_args", "(", "args", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "<", "2", ":", "sys", ".", "exit", "(", "not", "p", ".", "print_help", "(", ")", ")", "cdsfile", "=", "args", "[", "0", "]", "anchors", "=", "args", "[", "1", ":", "]", "workdirs", "=", "[", "\".\"", ".", "join", "(", "op", ".", "basename", "(", "x", ")", ".", "split", "(", "\".\"", ")", "[", ":", "2", "]", ")", "for", "x", "in", "anchors", "]", "for", "wd", "in", "workdirs", ":", "mkdir", "(", "wd", ")", "mm", "=", "MakeManager", "(", ")", "for", "wd", ",", "ac", "in", "zip", "(", "workdirs", ",", "anchors", ")", ":", "pairscdsfile", "=", "wd", "+", "\".cds.fasta\"", "cmd", "=", "\"python -m jcvi.apps.ks prepare {} {} -o {}\"", ".", "format", "(", "ac", ",", "cdsfile", ",", "pairscdsfile", ")", "mm", ".", "add", "(", "(", "ac", ",", "cdsfile", ")", ",", "pairscdsfile", ",", "cmd", ")", "ksfile", "=", "wd", "+", "\".ks\"", "cmd", "=", "\"python -m jcvi.apps.ks calc {} -o {} --workdir {}\"", ".", "format", "(", "pairscdsfile", ",", "ksfile", ",", "wd", ")", "mm", ".", "add", "(", "pairscdsfile", ",", "ksfile", ",", "cmd", ")", "mm", ".", "write", "(", ")" ]

[ "def", "_set_igmps_static_group", "(", "self", ",", "v", ",", "load", "=", "False", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "v", ",", "\"_utype\"", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "_utype", "(", "v", ")", "try", ":", "t", "=", "YANGDynClass", "(", "v", ",", "base", "=", "YANGListType", "(", "\"igmps_mcast_address igmps_interface igmps_if_type igmps_value\"", ",", "igmps_static_group", ".", "igmps_static_group", ",", "yang_name", "=", "\"igmps_static-group\"", ",", "rest_name", "=", "\"static-group\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "is_container", "=", "'list'", ",", "user_ordered", "=", "False", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "yang_keys", "=", "'igmps-mcast-address igmps-interface igmps-if-type igmps-value'", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'callpoint'", ":", "u'BDIgmpsSg'", ",", "u'cli-suppress-mode'", ":", "None", ",", "u'alt-name'", ":", "u'static-group'", ",", "u'info'", ":", "u'Static Group to be Joined'", ",", "u'cli-suppress-list-no'", ":", "None", "}", "}", ")", ",", "is_container", "=", "'list'", ",", "yang_name", "=", "\"igmps_static-group\"", ",", "rest_name", "=", "\"static-group\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "extmethods", "=", "self", ".", "_extmethods", ",", "register_paths", "=", "True", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'callpoint'", ":", "u'BDIgmpsSg'", ",", "u'cli-suppress-mode'", ":", "None", ",", "u'alt-name'", ":", "u'static-group'", ",", "u'info'", ":", "u'Static Group to be Joined'", ",", "u'cli-suppress-list-no'", ":", "None", "}", "}", ",", "namespace", "=", "'urn:brocade.com:mgmt:brocade-igmp-snooping'", ",", "defining_module", "=", "'brocade-igmp-snooping'", ",", "yang_type", "=", "'list'", ",", "is_config", "=", "True", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "ValueError", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "{", "'error-string'", ":", "\"\"\"igmps_static_group must be of a type compatible with list\"\"\"", ",", "'defined-type'", ":", "\"list\"", ",", "'generated-type'", ":", "\"\"\"YANGDynClass(base=YANGListType(\"igmps_mcast_address igmps_interface igmps_if_type igmps_value\",igmps_static_group.igmps_static_group, yang_name=\"igmps_static-group\", rest_name=\"static-group\", parent=self, is_container='list', user_ordered=False, path_helper=self._path_helper, yang_keys='igmps-mcast-address igmps-interface igmps-if-type igmps-value', extensions={u'tailf-common': {u'callpoint': u'BDIgmpsSg', u'cli-suppress-mode': None, u'alt-name': u'static-group', u'info': u'Static Group to be Joined', u'cli-suppress-list-no': None}}), is_container='list', yang_name=\"igmps_static-group\", rest_name=\"static-group\", parent=self, path_helper=self._path_helper, extmethods=self._extmethods, register_paths=True, extensions={u'tailf-common': {u'callpoint': u'BDIgmpsSg', u'cli-suppress-mode': None, u'alt-name': u'static-group', u'info': u'Static Group to be Joined', u'cli-suppress-list-no': None}}, namespace='urn:brocade.com:mgmt:brocade-igmp-snooping', defining_module='brocade-igmp-snooping', yang_type='list', is_config=True)\"\"\"", ",", "}", ")", "self", ".", "__igmps_static_group", "=", "t", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'_set'", ")", ":", "self", ".", "_set", "(", ")" ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "value", "=", "None", ")", ":", "# Update self.value", "if", "value", "is", "None", ":", "value", "=", "self", ".", "_current_value", "+", "1", "self", ".", "_current_value", "=", "value", "# Choose the appropriate environment", "if", "self", ".", "_ipython_widget", ":", "try", ":", "self", ".", "_update_ipython_widget", "(", "value", ")", "except", "RuntimeError", ":", "pass", "else", ":", "self", ".", "_update_console", "(", "value", ")" ]

[ "def", "expand_curlys", "(", "s", ")", ":", "from", "functools", "import", "reduce", "curleys", "=", "list", "(", "re", ".", "finditer", "(", "r\"{[^{}]*}\"", ",", "s", ")", ")", "return", "reduce", "(", "_replace_curly", ",", "reversed", "(", "curleys", ")", ",", "[", "s", "]", ")" ]

[ "def", "id", "(", "self", ",", "opts_id", ")", ":", "old_id", "=", "self", ".", "_id", "self", ".", "_id", "=", "opts_id", "if", "old_id", "is", "not", "None", ":", "cleanup_custom_options", "(", "old_id", ")", "if", "opts_id", "is", "not", "None", "and", "opts_id", "!=", "old_id", ":", "if", "opts_id", "not", "in", "Store", ".", "_weakrefs", ":", "Store", ".", "_weakrefs", "[", "opts_id", "]", "=", "[", "]", "ref", "=", "weakref", ".", "ref", "(", "self", ",", "partial", "(", "cleanup_custom_options", ",", "opts_id", ")", ")", "Store", ".", "_weakrefs", "[", "opts_id", "]", ".", "append", "(", "ref", ")" ]

[ "def", "create_multi_weather", "(", "df", ",", "rename_dc", ")", ":", "weather_list", "=", "[", "]", "# Create a pandas.DataFrame with the time series of the weather data set", "# for each data set and append them to a list.", "for", "gid", "in", "df", ".", "gid", ".", "unique", "(", ")", ":", "gid_df", "=", "df", "[", "df", ".", "gid", "==", "gid", "]", "obj", "=", "create_single_weather", "(", "gid_df", ",", "rename_dc", ")", "weather_list", ".", "append", "(", "obj", ")", "return", "weather_list" ]