Datasets:

kejian

/

codesearchnet-py-linelen40-rebalanced200k-v1

like 0

[ "def", "sparse", "(", "numRows", ",", "numCols", ",", "colPtrs", ",", "rowIndices", ",", "values", ")", ":", "return", "SparseMatrix", "(", "numRows", ",", "numCols", ",", "colPtrs", ",", "rowIndices", ",", "values", ")" ]

[ "def", "_handle_message", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "if", "data", ".", "type", "==", "MSG_SERVER_SETTINGS", ":", "_LOGGER", ".", "info", "(", "data", ".", "payload", ")", "elif", "data", ".", "type", "==", "MSG_SAMPLE_FORMAT", ":", "_LOGGER", ".", "info", "(", "data", ".", "payload", ")", "self", ".", "_connected", "=", "True", "elif", "data", ".", "type", "==", "MSG_TIME", ":", "if", "not", "self", ".", "_buffered", ":", "_LOGGER", ".", "info", "(", "'Buffering'", ")", "elif", "data", ".", "type", "==", "MSG_HEADER", ":", "# Push to app source and start playing.", "_LOGGER", ".", "info", "(", "data", ".", "payload", ".", "codec", ".", "decode", "(", "'ascii'", ")", ")", "self", ".", "_source", ".", "push", "(", "data", ".", "payload", ".", "header", ")", "self", ".", "_source", ".", "play", "(", ")", "elif", "data", ".", "type", "==", "MSG_WIRE_CHUNK", ":", "# Add chunks to play queue.", "self", ".", "_buffer", ".", "put", "(", "data", ".", "payload", ".", "chunk", ")", "if", "self", ".", "_buffer", ".", "qsize", "(", ")", ">", "BUFFER_SIZE", ":", "self", ".", "_buffered", "=", "True", "if", "self", ".", "_buffer", ".", "empty", "(", ")", ":", "self", ".", "_buffered", "=", "False" ]

[ "def", "delete_relay", "(", "self", ",", "relayid", ",", "data", ")", ":", "return", "self", ".", "api_call", "(", "ENDPOINTS", "[", "'relays'", "]", "[", "'delete'", "]", ",", "dict", "(", "relayid", "=", "relayid", ")", ",", "body", "=", "data", ")" ]

[ "def", "open", "(", "self", ",", "session", ",", "resource_name", ",", "access_mode", "=", "constants", ".", "AccessModes", ".", "no_lock", ",", "open_timeout", "=", "constants", ".", "VI_TMO_IMMEDIATE", ")", ":", "raise", "NotImplementedError" ]

[ "def", "set_prompt", "(", "self", ",", "prompt", "=", "None", ")", ":", "if", "prompt", "is", "None", ":", "self", ".", "manual_prompt_re", "=", "prompt", "else", ":", "self", ".", "manual_prompt_re", "=", "to_regexs", "(", "prompt", ")" ]

[ "def", "aggregate", "(", "self", ",", "q", "=", "None", ",", "scroll_size", "=", "SEARCH_LIMIT", ",", "reset_query", "=", "True", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "scroll_field", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "\"scroll_field\"", ",", "self", ".", "scroll_field", ")", "# If q not specified, use internal, helper-built query", "if", "q", "is", "None", ":", "res", "=", "self", ".", "_aggregate", "(", "scroll_field", "=", "scroll_field", ",", "scroll_size", "=", "scroll_size", ")", "if", "reset_query", ":", "self", ".", "reset_query", "(", ")", "return", "res", "# Otherwise, run an independent query as SearchHelper.search() does.", "else", ":", "return", "self", ".", "__class__", "(", "index", "=", "self", ".", "index", ",", "q", "=", "q", ",", "advanced", "=", "True", ",", "search_client", "=", "self", ".", "_SearchHelper__search_client", ")", ".", "aggregate", "(", "scroll_size", "=", "scroll_size", ",", "reset_query", "=", "reset_query", ")" ]

[ "def", "parseRest", "(", "self", ",", "response", ")", ":", "body", "=", "json", ".", "loads", "(", "response", ")", "try", ":", "error", "=", "body", "[", "'error'", "]", "[", "'description'", "]", "code", "=", "body", "[", "'error'", "]", "[", "'code'", "]", "except", "Exception", ":", "return", "body", "[", "'data'", "]", "else", ":", "raise", "ClickatellError", "(", "error", ",", "code", ")" ]

[ "def", "_header_resized", "(", "self", ",", "row", ",", "old_height", ",", "new_height", ")", ":", "self", ".", "table_header", ".", "setRowHeight", "(", "row", ",", "new_height", ")", "self", ".", "_update_layout", "(", ")" ]

[ "def", "flushInput", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "buf", "=", "''", "saved_timeout", "=", "self", ".", "timeout", "self", ".", "timeout", "=", "0.5", "self", ".", "_recv", "(", ")", "self", ".", "timeout", "=", "saved_timeout", "self", ".", "buf", "=", "''", "self", ".", "debug", "(", "\"flushInput\"", ")" ]

[ "def", "poll_integration_information_for_waiting_integration_alerts", "(", ")", ":", "if", "not", "polling_integration_alerts", ":", "return", "logger", ".", "debug", "(", "\"Polling information for waiting integration alerts\"", ")", "for", "integration_alert", "in", "polling_integration_alerts", ":", "configured_integration", "=", "integration_alert", ".", "configured_integration", "integration", "=", "configured_integration", ".", "integration", "polling_duration", "=", "integration", ".", "polling_duration", "if", "get_current_datetime_utc", "(", ")", "-", "integration_alert", ".", "send_time", ">", "polling_duration", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"Polling duration expired for integration alert %s\"", ",", "integration_alert", ")", "integration_alert", ".", "status", "=", "IntegrationAlertStatuses", ".", "ERROR_POLLING", ".", "name", "else", ":", "integration_alert", ".", "status", "=", "IntegrationAlertStatuses", ".", "IN_POLLING", ".", "name", "poll_integration_alert_data", "(", "integration_alert", ")" ]

[ "def", "serialize_link", "(", "ctx", ",", "document", ",", "elem", ",", "root", ")", ":", "_a", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "root", ",", "'a'", ")", "for", "el", "in", "elem", ".", "elements", ":", "_ser", "=", "ctx", ".", "get_serializer", "(", "el", ")", "if", "_ser", ":", "_td", "=", "_ser", "(", "ctx", ",", "document", ",", "el", ",", "_a", ")", "else", ":", "if", "isinstance", "(", "el", ",", "doc", ".", "Text", ")", ":", "children", "=", "list", "(", "_a", ")", "if", "len", "(", "children", ")", "==", "0", ":", "_text", "=", "_a", ".", "text", "or", "u''", "_a", ".", "text", "=", "u'{}{}'", ".", "format", "(", "_text", ",", "el", ".", "value", "(", ")", ")", "else", ":", "_text", "=", "children", "[", "-", "1", "]", ".", "tail", "or", "u''", "children", "[", "-", "1", "]", ".", "tail", "=", "u'{}{}'", ".", "format", "(", "_text", ",", "el", ".", "value", "(", ")", ")", "if", "elem", ".", "rid", "in", "document", ".", "relationships", "[", "ctx", ".", "options", "[", "'relationship'", "]", "]", ":", "_a", ".", "set", "(", "'href'", ",", "document", ".", "relationships", "[", "ctx", ".", "options", "[", "'relationship'", "]", "]", "[", "elem", ".", "rid", "]", ".", "get", "(", "'target'", ",", "''", ")", ")", "fire_hooks", "(", "ctx", ",", "document", ",", "elem", ",", "_a", ",", "ctx", ".", "get_hook", "(", "'a'", ")", ")", "return", "root" ]

[ "def", "combine_initial_dims", "(", "tensor", ":", "torch", ".", "Tensor", ")", "->", "torch", ".", "Tensor", ":", "if", "tensor", ".", "dim", "(", ")", "<=", "2", ":", "return", "tensor", "else", ":", "return", "tensor", ".", "view", "(", "-", "1", ",", "tensor", ".", "size", "(", "-", "1", ")", ")" ]

[ "def", "error_state", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "buildstate", ".", "state", ".", "lasttime", "=", "time", "(", ")", "self", ".", "buildstate", ".", "commit", "(", ")", "return", "self", ".", "buildstate", ".", "state", ".", "error" ]

[ "def", "connect", "(", "self", ",", "source", ",", "target", ",", "witnesses", ")", ":", "# print(\"Adding Edge: \"+source+\":\"+target)", "if", "self", ".", "graph", ".", "has_edge", "(", "source", ",", "target", ")", ":", "self", ".", "graph", "[", "source", "]", "[", "target", "]", "[", "\"label\"", "]", "+=", "\", \"", "+", "str", "(", "witnesses", ")", "else", ":", "self", ".", "graph", ".", "add_edge", "(", "source", ",", "target", ",", "label", "=", "witnesses", ")" ]

[ "def", "index", "(", "self", ")", ":", "config_list", "=", "self", ".", "config", "layout", "=", "self", ".", "layout", "for", "(", "dirpath", ",", "dirnames", ",", "filenames", ")", "in", "os", ".", "walk", "(", "self", ".", "path", ")", ":", "# If layout configuration file exists, delete it", "layout_file", "=", "self", ".", "layout", ".", "config_filename", "if", "layout_file", "in", "filenames", ":", "filenames", ".", "remove", "(", "layout_file", ")", "for", "f", "in", "filenames", ":", "abs_fn", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "path", ",", "f", ")", "# Skip files that fail validation, unless forcibly indexing", "if", "not", "self", ".", "force_index", "and", "not", "layout", ".", "_validate_file", "(", "abs_fn", ")", ":", "continue", "bf", "=", "BIDSFile", "(", "abs_fn", ",", "self", ")", "# Extract entity values", "match_vals", "=", "{", "}", "for", "e", "in", "self", ".", "available_entities", ".", "values", "(", ")", ":", "m", "=", "e", ".", "match_file", "(", "bf", ")", "if", "m", "is", "None", "and", "e", ".", "mandatory", ":", "break", "if", "m", "is", "not", "None", ":", "match_vals", "[", "e", ".", "name", "]", "=", "(", "e", ",", "m", ")", "# Create Entity <=> BIDSFile mappings", "if", "match_vals", ":", "for", "name", ",", "(", "ent", ",", "val", ")", "in", "match_vals", ".", "items", "(", ")", ":", "bf", ".", "entities", "[", "name", "]", "=", "val", "ent", ".", "add_file", "(", "bf", ".", "path", ",", "val", ")", "self", ".", "files", ".", "append", "(", "bf", ")", "# Also add to the Layout's master list", "self", ".", "layout", ".", "files", "[", "bf", ".", "path", "]", "=", "bf", "root_node", "=", "self", "if", "self", ".", "root", "is", "None", "else", "self", ".", "root", "for", "d", "in", "dirnames", ":", "d", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "dirpath", ",", "d", ")", "# Derivative directories must always be added separately and", "# passed as their own root, so terminate if passed.", "if", "d", ".", "startswith", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "layout", ".", "root", ",", "'derivatives'", ")", ")", ":", "continue", "# Skip directories that fail validation, unless force_index", "# is defined, in which case we have to keep scanning, in the", "# event that a file somewhere below the current level matches.", "# Unfortunately we probably can't do much better than this", "# without a lot of additional work, because the elements of", "# .force_index can be SRE_Patterns that match files below in", "# unpredictable ways.", "if", "check_path_matches_patterns", "(", "d", ",", "self", ".", "layout", ".", "force_index", ")", ":", "self", ".", "force_index", "=", "True", "else", ":", "valid_dir", "=", "layout", ".", "_validate_dir", "(", "d", ")", "# Note the difference between self.force_index and", "# self.layout.force_index.", "if", "not", "valid_dir", "and", "not", "self", ".", "layout", ".", "force_index", ":", "continue", "child_class", "=", "self", ".", "_get_child_class", "(", "d", ")", "# TODO: filter the config files based on include/exclude rules", "child", "=", "child_class", "(", "d", ",", "config_list", ",", "root_node", ",", "self", ",", "force_index", "=", "self", ".", "force_index", ")", "if", "self", ".", "force_index", "or", "valid_dir", ":", "self", ".", "children", ".", "append", "(", "child", ")", "# prevent subdirectory traversal", "break" ]

[ "def", "dump_private_keys_or_addrs_chooser", "(", "wallet_obj", ")", ":", "if", "wallet_obj", ".", "private_key", ":", "puts", "(", "'Which private keys and addresses do you want?'", ")", "else", ":", "puts", "(", "'Which addresses do you want?'", ")", "with", "indent", "(", "2", ")", ":", "puts", "(", "colored", ".", "cyan", "(", "'1: Active - have funds to spend'", ")", ")", "puts", "(", "colored", ".", "cyan", "(", "'2: Spent - no funds to spend (because they have been spent)'", ")", ")", "puts", "(", "colored", ".", "cyan", "(", "'3: Unused - no funds to spend (because the address has never been used)'", ")", ")", "puts", "(", "colored", ".", "cyan", "(", "'0: All (works offline) - regardless of whether they have funds to spend (super advanced users only)'", ")", ")", "puts", "(", "colored", ".", "cyan", "(", "'\\nb: Go Back\\n'", ")", ")", "choice", "=", "choice_prompt", "(", "user_prompt", "=", "DEFAULT_PROMPT", ",", "acceptable_responses", "=", "[", "0", ",", "1", ",", "2", ",", "3", "]", ",", "default_input", "=", "'1'", ",", "show_default", "=", "True", ",", "quit_ok", "=", "True", ",", ")", "if", "choice", "is", "False", ":", "return", "if", "choice", "==", "'1'", ":", "return", "dump_selected_keys_or_addrs", "(", "wallet_obj", "=", "wallet_obj", ",", "zero_balance", "=", "False", ",", "used", "=", "True", ")", "elif", "choice", "==", "'2'", ":", "return", "dump_selected_keys_or_addrs", "(", "wallet_obj", "=", "wallet_obj", ",", "zero_balance", "=", "True", ",", "used", "=", "True", ")", "elif", "choice", "==", "'3'", ":", "return", "dump_selected_keys_or_addrs", "(", "wallet_obj", "=", "wallet_obj", ",", "zero_balance", "=", "None", ",", "used", "=", "False", ")", "elif", "choice", "==", "'0'", ":", "return", "dump_all_keys_or_addrs", "(", "wallet_obj", "=", "wallet_obj", ")" ]

[ "def", "_push", "(", "self", ")", ":", "push_cmds", "=", "self", ".", "vcs", ".", "push_commands", "(", ")", "if", "not", "push_cmds", ":", "return", "if", "utils", ".", "ask", "(", "\"OK to push commits to the server?\"", ")", ":", "for", "push_cmd", "in", "push_cmds", ":", "output", "=", "utils", ".", "system", "(", "push_cmd", ")", "logger", ".", "info", "(", "output", ")" ]

[ "def", "principal_direction_extent", "(", "points", ")", ":", "# center the points around 0.0", "points", "=", "np", ".", "copy", "(", "points", ")", "points", "-=", "np", ".", "mean", "(", "points", ",", "axis", "=", "0", ")", "# principal components", "_", ",", "eigv", "=", "pca", "(", "points", ")", "extent", "=", "np", ".", "zeros", "(", "3", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "eigv", ".", "shape", "[", "1", "]", ")", ":", "# orthogonal projection onto the direction of the v component", "scalar_projs", "=", "np", ".", "sort", "(", "np", ".", "array", "(", "[", "np", ".", "dot", "(", "p", ",", "eigv", "[", ":", ",", "i", "]", ")", "for", "p", "in", "points", "]", ")", ")", "extent", "[", "i", "]", "=", "scalar_projs", "[", "-", "1", "]", "if", "scalar_projs", "[", "0", "]", "<", "0.", ":", "extent", "-=", "scalar_projs", "[", "0", "]", "return", "extent" ]

[ "def", "delete", "(", "self", ")", ":", "del_query", "=", "self", ".", "_clone", "(", ")", "# The delete is actually 2 queries - one to find related objects,", "# and one to delete. Make sure that the discovery of related", "# objects is performed on the same database as the deletion.", "del_query", ".", "_clear_ordering", "(", ")", "get_es_connection", "(", "self", ".", "es_url", ",", "self", ".", "es_kwargs", ")", ".", "delete_by_query", "(", "self", ".", "index", ",", "self", ".", "type", ",", "self", ".", "_build_query", "(", ")", ")", "# Clear the result cache, in case this QuerySet gets reused.", "self", ".", "_result_cache", "=", "None" ]

[ "def", "_repr", "(", "obj", ")", ":", "vals", "=", "\", \"", ".", "join", "(", "\"{}={!r}\"", ".", "format", "(", "name", ",", "getattr", "(", "obj", ",", "name", ")", ")", "for", "name", "in", "obj", ".", "_attribs", ")", "if", "vals", ":", "t", "=", "\"{}(name={}, {})\"", ".", "format", "(", "obj", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "obj", ".", "name", ",", "vals", ")", "else", ":", "t", "=", "\"{}(name={})\"", ".", "format", "(", "obj", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "obj", ".", "name", ")", "return", "t" ]

[ "def", "get_user_profiles", "(", "self", ",", "prefix", ")", ":", "filepath", "=", "\"{}{}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "base_path", ",", "prefix", ")", "return", "UserProfiles", "(", "filepath", ",", "prefix", ")" ]

[ "def", "configure", "(", "self", ",", "component", ",", "all_dependencies", ")", ":", "r", "=", "{", "}", "builddir", "=", "self", ".", "buildroot", "# only dependencies which are actually valid can contribute to the", "# config data (which includes the versions of all dependencies in its", "# build info) if the dependencies aren't available we can't tell what", "# version they are. Anything missing here should always be a test", "# dependency that isn't going to be used, otherwise the yotta build", "# command will fail before we get here", "available_dependencies", "=", "OrderedDict", "(", "(", "k", ",", "v", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "all_dependencies", ".", "items", "(", ")", "if", "v", ")", "self", ".", "set_toplevel_definitions", "=", "''", "if", "self", ".", "build_info_include_file", "is", "None", ":", "self", ".", "build_info_include_file", ",", "build_info_definitions", "=", "self", ".", "getBuildInfo", "(", "component", ".", "path", ",", "builddir", ")", "self", ".", "set_toplevel_definitions", "+=", "build_info_definitions", "if", "self", ".", "config_include_file", "is", "None", ":", "self", ".", "config_include_file", ",", "config_definitions", ",", "self", ".", "config_json_file", "=", "self", ".", "_getConfigData", "(", "available_dependencies", ",", "component", ",", "builddir", ",", "self", ".", "build_info_include_file", ")", "self", ".", "set_toplevel_definitions", "+=", "config_definitions", "self", ".", "configured", "=", "True", "return", "{", "'merged_config_include'", ":", "self", ".", "config_include_file", ",", "'merged_config_json'", ":", "self", ".", "config_json_file", ",", "'build_info_include'", ":", "self", ".", "build_info_include_file", "}" ]

[ "def", "rename", "(", "self", ",", "fnames", "=", "None", ")", ":", "if", "fnames", "is", "None", ":", "fnames", "=", "self", ".", "get_selected_filenames", "(", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "fnames", ",", "(", "tuple", ",", "list", ")", ")", ":", "fnames", "=", "[", "fnames", "]", "for", "fname", "in", "fnames", ":", "self", ".", "rename_file", "(", "fname", ")" ]

[ "def", "merge", "(", "self", ",", "other", ",", "merge_body", "=", "True", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "other", ",", "MujocoXML", ")", ":", "raise", "XMLError", "(", "\"{} is not a MujocoXML instance.\"", ".", "format", "(", "type", "(", "other", ")", ")", ")", "if", "merge_body", ":", "for", "body", "in", "other", ".", "worldbody", ":", "self", ".", "worldbody", ".", "append", "(", "body", ")", "self", ".", "merge_asset", "(", "other", ")", "for", "one_actuator", "in", "other", ".", "actuator", ":", "self", ".", "actuator", ".", "append", "(", "one_actuator", ")", "for", "one_equality", "in", "other", ".", "equality", ":", "self", ".", "equality", ".", "append", "(", "one_equality", ")", "for", "one_contact", "in", "other", ".", "contact", ":", "self", ".", "contact", ".", "append", "(", "one_contact", ")", "for", "one_default", "in", "other", ".", "default", ":", "self", ".", "default", ".", "append", "(", "one_default", ")" ]

[ "def", "_check_directory_win", "(", "name", ",", "win_owner", "=", "None", ",", "win_perms", "=", "None", ",", "win_deny_perms", "=", "None", ",", "win_inheritance", "=", "None", ",", "win_perms_reset", "=", "None", ")", ":", "changes", "=", "{", "}", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "name", ")", ":", "changes", "=", "{", "name", ":", "{", "'directory'", ":", "'new'", "}", "}", "else", ":", "# Check owner by SID", "if", "win_owner", "is", "not", "None", ":", "current_owner", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "get_owner", "(", "name", ")", "current_owner_sid", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_functions", ".", "get_sid_from_name", "(", "current_owner", ")", "expected_owner_sid", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_functions", ".", "get_sid_from_name", "(", "win_owner", ")", "if", "not", "current_owner_sid", "==", "expected_owner_sid", ":", "changes", "[", "'owner'", "]", "=", "win_owner", "# Check perms", "perms", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "get_permissions", "(", "name", ")", "# Verify Permissions", "if", "win_perms", "is", "not", "None", ":", "for", "user", "in", "win_perms", ":", "# Check that user exists:", "try", ":", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "get_name", "(", "user", ")", "except", "CommandExecutionError", ":", "continue", "grant_perms", "=", "[", "]", "# Check for permissions", "if", "isinstance", "(", "win_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "if", "not", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "has_permission", "(", "name", ",", "user", ",", "win_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ")", ":", "grant_perms", "=", "win_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", "else", ":", "for", "perm", "in", "win_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ":", "if", "not", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "has_permission", "(", "name", ",", "user", ",", "perm", ",", "exact", "=", "False", ")", ":", "grant_perms", ".", "append", "(", "win_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ")", "if", "grant_perms", ":", "if", "'grant_perms'", "not", "in", "changes", ":", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", "=", "{", "}", "if", "user", "not", "in", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", ":", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", "[", "user", "]", "=", "{", "}", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", "=", "grant_perms", "# Check Applies to", "if", "'applies_to'", "not", "in", "win_perms", "[", "user", "]", ":", "applies_to", "=", "'this_folder_subfolders_files'", "else", ":", "applies_to", "=", "win_perms", "[", "user", "]", "[", "'applies_to'", "]", "if", "user", "in", "perms", ":", "user", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "get_name", "(", "user", ")", "# Get the proper applies_to text", "at_flag", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "flags", "(", ")", ".", "ace_prop", "[", "'file'", "]", "[", "applies_to", "]", "applies_to_text", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "flags", "(", ")", ".", "ace_prop", "[", "'file'", "]", "[", "at_flag", "]", "if", "'grant'", "in", "perms", "[", "user", "]", ":", "if", "not", "perms", "[", "user", "]", "[", "'grant'", "]", "[", "'applies to'", "]", "==", "applies_to_text", ":", "if", "'grant_perms'", "not", "in", "changes", ":", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", "=", "{", "}", "if", "user", "not", "in", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", ":", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", "[", "user", "]", "=", "{", "}", "changes", "[", "'grant_perms'", "]", "[", "user", "]", "[", "'applies_to'", "]", "=", "applies_to", "# Verify Deny Permissions", "if", "win_deny_perms", "is", "not", "None", ":", "for", "user", "in", "win_deny_perms", ":", "# Check that user exists:", "try", ":", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "get_name", "(", "user", ")", "except", "CommandExecutionError", ":", "continue", "deny_perms", "=", "[", "]", "# Check for permissions", "if", "isinstance", "(", "win_deny_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "if", "not", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "has_permission", "(", "name", ",", "user", ",", "win_deny_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ",", "'deny'", ")", ":", "deny_perms", "=", "win_deny_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", "else", ":", "for", "perm", "in", "win_deny_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ":", "if", "not", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "has_permission", "(", "name", ",", "user", ",", "perm", ",", "'deny'", ",", "exact", "=", "False", ")", ":", "deny_perms", ".", "append", "(", "win_deny_perms", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", ")", "if", "deny_perms", ":", "if", "'deny_perms'", "not", "in", "changes", ":", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", "=", "{", "}", "if", "user", "not", "in", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", ":", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", "[", "user", "]", "=", "{", "}", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", "[", "user", "]", "[", "'perms'", "]", "=", "deny_perms", "# Check Applies to", "if", "'applies_to'", "not", "in", "win_deny_perms", "[", "user", "]", ":", "applies_to", "=", "'this_folder_subfolders_files'", "else", ":", "applies_to", "=", "win_deny_perms", "[", "user", "]", "[", "'applies_to'", "]", "if", "user", "in", "perms", ":", "user", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "get_name", "(", "user", ")", "# Get the proper applies_to text", "at_flag", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "flags", "(", ")", ".", "ace_prop", "[", "'file'", "]", "[", "applies_to", "]", "applies_to_text", "=", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "flags", "(", ")", ".", "ace_prop", "[", "'file'", "]", "[", "at_flag", "]", "if", "'deny'", "in", "perms", "[", "user", "]", ":", "if", "not", "perms", "[", "user", "]", "[", "'deny'", "]", "[", "'applies to'", "]", "==", "applies_to_text", ":", "if", "'deny_perms'", "not", "in", "changes", ":", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", "=", "{", "}", "if", "user", "not", "in", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", ":", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", "[", "user", "]", "=", "{", "}", "changes", "[", "'deny_perms'", "]", "[", "user", "]", "[", "'applies_to'", "]", "=", "applies_to", "# Check inheritance", "if", "win_inheritance", "is", "not", "None", ":", "if", "not", "win_inheritance", "==", "salt", ".", "utils", ".", "win_dacl", ".", "get_inheritance", "(", "name", ")", ":", "changes", "[", "'inheritance'", "]", "=", "win_inheritance", "# Check reset", "if", "win_perms_reset", ":", "for", "user_name", "in", "perms", ":", "if", "user_name", "not", "in", "win_perms", ":", "if", "'grant'", "in", "perms", "[", "user_name", "]", "and", "not", "perms", "[", "user_name", "]", "[", "'grant'", "]", "[", "'inherited'", "]", ":", "if", "'remove_perms'", "not", "in", "changes", ":", "changes", "[", "'remove_perms'", "]", "=", "{", "}", "changes", "[", "'remove_perms'", "]", ".", "update", "(", "{", "user_name", ":", "perms", "[", "user_name", "]", "}", ")", "if", "user_name", "not", "in", "win_deny_perms", ":", "if", "'deny'", "in", "perms", "[", "user_name", "]", "and", "not", "perms", "[", "user_name", "]", "[", "'deny'", "]", "[", "'inherited'", "]", ":", "if", "'remove_perms'", "not", "in", "changes", ":", "changes", "[", "'remove_perms'", "]", "=", "{", "}", "changes", "[", "'remove_perms'", "]", ".", "update", "(", "{", "user_name", ":", "perms", "[", "user_name", "]", "}", ")", "if", "changes", ":", "return", "None", ",", "'The directory \"{0}\" will be changed'", ".", "format", "(", "name", ")", ",", "changes", "return", "True", ",", "'The directory {0} is in the correct state'", ".", "format", "(", "name", ")", ",", "changes" ]

[ "def", "getopt", "(", "self", ",", "p", ",", "default", "=", "None", ")", ":", "for", "k", ",", "v", "in", "self", ".", "pairs", ":", "if", "k", "==", "p", ":", "return", "v", "return", "default" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "uri", ",", "logon_required", "=", "True", ")", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "_urihandler", ".", "get", "(", "self", ".", "_hmc", ",", "uri", ",", "logon_required", ")", "except", "HTTPError", "as", "exc", ":", "raise", "zhmcclient", ".", "HTTPError", "(", "exc", ".", "response", "(", ")", ")", "except", "ConnectionError", "as", "exc", ":", "raise", "zhmcclient", ".", "ConnectionError", "(", "exc", ".", "message", ",", "None", ")" ]

[ "def", "mimeData", "(", "self", ",", "items", ")", ":", "func", "=", "self", ".", "dataCollector", "(", ")", "if", "(", "func", ")", ":", "return", "func", "(", "self", ",", "items", ")", "return", "super", "(", "XTableWidget", ",", "self", ")", ".", "mimeData", "(", "items", ")" ]

[ "def", "_sf2", "(", "args", ")", ":", "# an easier to debug traceback when multiprocessing", "# thanks to https://stackoverflow.com/a/16618842/1710603", "try", ":", "return", "sigma_filter", "(", "*", "args", ")", "except", ":", "import", "traceback", "raise", "Exception", "(", "\"\"", ".", "join", "(", "traceback", ".", "format_exception", "(", "*", "sys", ".", "exc_info", "(", ")", ")", ")", ")" ]

[ "def", "add_commit", "(", "self", ",", "commit", ")", ":", "sha1", "=", "commit", ".", "hex", "if", "sha1", "in", "self", ".", "_commits", ":", "return", "self", ".", "_commits", "[", "sha1", "]", "title", ",", "separator", ",", "body", "=", "commit", ".", "message", ".", "partition", "(", "\"\\n\"", ")", "commit", "=", "{", "'explored'", ":", "False", ",", "'sha1'", ":", "sha1", ",", "'name'", ":", "GitUtils", ".", "abbreviate_sha1", "(", "sha1", ")", ",", "'describe'", ":", "GitUtils", ".", "describe", "(", "sha1", ")", ",", "'refs'", ":", "GitUtils", ".", "refs_to", "(", "sha1", ",", "self", ".", "repo", "(", ")", ")", ",", "'author_name'", ":", "commit", ".", "author", ".", "name", ",", "'author_mail'", ":", "commit", ".", "author", ".", "email", ",", "'author_time'", ":", "commit", ".", "author", ".", "time", ",", "'author_offset'", ":", "commit", ".", "author", ".", "offset", ",", "'committer_name'", ":", "commit", ".", "committer", ".", "name", ",", "'committer_mail'", ":", "commit", ".", "committer", ".", "email", ",", "'committer_time'", ":", "commit", ".", "committer", ".", "time", ",", "'committer_offset'", ":", "commit", ".", "committer", ".", "offset", ",", "# 'message': commit.message,", "'title'", ":", "title", ",", "'separator'", ":", "separator", ",", "'body'", ":", "body", ".", "lstrip", "(", "\"\\n\"", ")", ",", "}", "self", ".", "_json", "[", "'commits'", "]", ".", "append", "(", "commit", ")", "self", ".", "_commits", "[", "sha1", "]", "=", "len", "(", "self", ".", "_json", "[", "'commits'", "]", ")", "-", "1", "return", "self", ".", "_commits", "[", "sha1", "]" ]

[ "def", "get_wd_search_results", "(", "search_string", "=", "''", ",", "mediawiki_api_url", "=", "'https://www.wikidata.org/w/api.php'", ",", "user_agent", "=", "config", "[", "'USER_AGENT_DEFAULT'", "]", ",", "max_results", "=", "500", ",", "language", "=", "'en'", ")", ":", "params", "=", "{", "'action'", ":", "'wbsearchentities'", ",", "'language'", ":", "language", ",", "'search'", ":", "search_string", ",", "'format'", ":", "'json'", ",", "'limit'", ":", "50", "}", "headers", "=", "{", "'User-Agent'", ":", "user_agent", "}", "cont_count", "=", "1", "id_list", "=", "[", "]", "id_labels", "=", "[", "]", "while", "cont_count", ">", "0", ":", "params", ".", "update", "(", "{", "'continue'", ":", "0", "if", "cont_count", "==", "1", "else", "cont_count", "}", ")", "reply", "=", "requests", ".", "get", "(", "mediawiki_api_url", ",", "params", "=", "params", ",", "headers", "=", "headers", ")", "reply", ".", "raise_for_status", "(", ")", "search_results", "=", "reply", ".", "json", "(", ")", "if", "search_results", "[", "'success'", "]", "!=", "1", ":", "raise", "WDSearchError", "(", "'WD search failed'", ")", "else", ":", "for", "i", "in", "search_results", "[", "'search'", "]", ":", "id_list", ".", "append", "(", "i", "[", "'id'", "]", ")", "id_labels", ".", "append", "(", "i", "[", "'label'", "]", ")", "if", "'search-continue'", "not", "in", "search_results", ":", "cont_count", "=", "0", "else", ":", "cont_count", "=", "search_results", "[", "'search-continue'", "]", "if", "cont_count", ">", "max_results", ":", "break", "return", "id_list" ]

[ "def", "_consume", "(", "self", ")", ":", "while", "True", ":", "try", ":", "task", ",", "args", ",", "kwargs", "=", "self", ".", "queue", ".", "get", "(", "True", ")", "task", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "finally", ":", "self", ".", "queue", ".", "task_done", "(", ")" ]

[ "def", "ip_interface", "(", "address", ")", ":", "try", ":", "return", "IPv4Interface", "(", "address", ")", "except", "(", "AddressValueError", ",", "NetmaskValueError", ")", ":", "pass", "try", ":", "return", "IPv6Interface", "(", "address", ")", "except", "(", "AddressValueError", ",", "NetmaskValueError", ")", ":", "pass", "raise", "ValueError", "(", "'%r does not appear to be an IPv4 or IPv6 interface'", "%", "address", ")" ]

[ "def", "emg_process", "(", "emg", ",", "sampling_rate", "=", "1000", ",", "emg_names", "=", "None", ",", "envelope_freqs", "=", "[", "10", ",", "400", "]", ",", "envelope_lfreq", "=", "4", ",", "activation_treshold", "=", "\"default\"", ",", "activation_n_above", "=", "0.25", ",", "activation_n_below", "=", "1", ")", ":", "if", "emg_names", "is", "None", ":", "if", "isinstance", "(", "emg", ",", "pd", ".", "DataFrame", ")", ":", "emg_names", "=", "emg", ".", "columns", ".", "values", "emg", "=", "np", ".", "array", "(", "emg", ")", "if", "len", "(", "np", ".", "shape", "(", "emg", ")", ")", "==", "1", ":", "emg", "=", "np", ".", "array", "(", "pd", ".", "DataFrame", "(", "emg", ")", ")", "if", "emg_names", "is", "None", ":", "if", "np", ".", "shape", "(", "emg", ")", "[", "1", "]", ">", "1", ":", "emg_names", "=", "[", "]", "for", "index", "in", "range", "(", "np", ".", "shape", "(", "emg", ")", "[", "1", "]", ")", ":", "emg_names", ".", "append", "(", "\"EMG_\"", "+", "str", "(", "index", ")", ")", "else", ":", "emg_names", "=", "[", "\"EMG\"", "]", "processed_emg", "=", "{", "\"df\"", ":", "pd", ".", "DataFrame", "(", ")", "}", "for", "index", ",", "emg_chan", "in", "enumerate", "(", "emg", ".", "T", ")", ":", "# Store Raw signal", "processed_emg", "[", "\"df\"", "]", "[", "emg_names", "[", "index", "]", "+", "\"_Raw\"", "]", "=", "emg_chan", "# Compute several features using biosppy", "biosppy_emg", "=", "dict", "(", "biosppy", ".", "emg", ".", "emg", "(", "emg_chan", ",", "sampling_rate", "=", "sampling_rate", ",", "show", "=", "False", ")", ")", "# Store EMG pulse onsets", "pulse_onsets", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "np", ".", "nan", "]", "*", "len", "(", "emg", ")", ")", "if", "len", "(", "biosppy_emg", "[", "'onsets'", "]", ")", ">", "0", ":", "pulse_onsets", "[", "biosppy_emg", "[", "'onsets'", "]", "]", "=", "1", "processed_emg", "[", "\"df\"", "]", "[", "emg_names", "[", "index", "]", "+", "\"_Pulse_Onsets\"", "]", "=", "pulse_onsets", "processed_emg", "[", "\"df\"", "]", "[", "emg_names", "[", "index", "]", "+", "\"_Filtered\"", "]", "=", "biosppy_emg", "[", "\"filtered\"", "]", "processed_emg", "[", "emg_names", "[", "index", "]", "]", "=", "{", "}", "processed_emg", "[", "emg_names", "[", "index", "]", "]", "[", "\"EMG_Pulse_Onsets\"", "]", "=", "biosppy_emg", "[", "'onsets'", "]", "# Envelope", "envelope", "=", "emg_linear_envelope", "(", "biosppy_emg", "[", "\"filtered\"", "]", ",", "sampling_rate", "=", "sampling_rate", ",", "freqs", "=", "envelope_freqs", ",", "lfreq", "=", "envelope_lfreq", ")", "processed_emg", "[", "\"df\"", "]", "[", "emg_names", "[", "index", "]", "+", "\"_Envelope\"", "]", "=", "envelope", "# Activation", "if", "activation_treshold", "==", "\"default\"", ":", "activation_treshold", "=", "1", "*", "np", ".", "std", "(", "envelope", ")", "processed_emg", "[", "\"df\"", "]", "[", "emg_names", "[", "index", "]", "+", "\"_Activation\"", "]", "=", "emg_find_activation", "(", "envelope", ",", "sampling_rate", "=", "sampling_rate", ",", "threshold", "=", "1", "*", "np", ".", "std", "(", "envelope", ")", ",", "n_above", "=", "activation_n_above", ",", "n_below", "=", "activation_n_below", ")", "return", "(", "processed_emg", ")" ]

[ "def", "_adaptive", "(", "self", ",", "gamma", "=", "1.0", ",", "relative_tolerance", "=", "1.0e-8", ",", "maximum_iterations", "=", "1000", ",", "verbose", "=", "True", ",", "print_warning", "=", "True", ")", ":", "if", "verbose", ":", "print", "(", "\"Determining dimensionless free energies by Newton-Raphson iteration.\"", ")", "# keep track of Newton-Raphson and self-consistent iterations", "nr_iter", "=", "0", "sci_iter", "=", "0", "N_k", "=", "self", ".", "N_k", "[", "self", ".", "states_with_samples", "]", "K", "=", "len", "(", "N_k", ")", "f_k_sci", "=", "np", ".", "zeros", "(", "[", "K", "]", ",", "dtype", "=", "np", ".", "float64", ")", "f_k_new", "=", "np", ".", "zeros", "(", "[", "K", "]", ",", "dtype", "=", "np", ".", "float64", ")", "# Perform Newton-Raphson iterations (with sci computed on the way)", "for", "iteration", "in", "range", "(", "0", ",", "maximum_iterations", ")", ":", "# Store for new estimate of dimensionless relative free energies.", "f_k", "=", "self", ".", "f_k", "[", "self", ".", "states_with_samples", "]", ".", "copy", "(", ")", "# compute weights for gradients: the denominators and free energies are from the previous", "# iteration in most cases.", "(", "W_nk", ",", "f_k_sci", ")", "=", "self", ".", "_computeWeights", "(", "recalc_denom", "=", "(", "iteration", "==", "0", ")", ",", "return_f_k", "=", "True", ")", "# Compute gradient and Hessian of last (K-1) states.", "#", "# gradient (defined by Eq. C6 of [1])", "# g_i(theta) = N_i - \\sum_n N_i W_ni", "#", "# Hessian (defined by Eq. C9 of [1])", "# H_ii(theta) = - \\sum_n N_i W_ni (1 - N_i W_ni)", "# H_ij(theta) = \\sum_n N_i W_ni N_j W_nj", "#", "\"\"\"\n g = np.matrix(np.zeros([K-1,1], dtype=np.float64)) # gradient\n H = np.matrix(np.zeros([K-1,K-1], dtype=np.float64)) # Hessian\n for i in range(1,K):\n g[i-1] = N_k[i] - N_k[i] * W_nk[:,i].sum()\n H[i-1,i-1] = - (N_k[i] * W_nk[:,i] * (1.0 - N_k[i] * W_nk[:,i])).sum() \n for j in range(1,i):\n H[i-1,j-1] = (N_k[i] * W_nk[:,i] * N_k[j] * W_nk[:,j]).sum()\n H[j-1,i-1] = H[i-1,j-1]\n\n # Update the free energy estimate (Eq. C11 of [1]).\n Hinvg = linalg.lstsq(H,g)[0] #\n # Hinvg = linalg.solve(H,g) # This might be faster if we can guarantee full rank.\n for k in range(0,K-1):\n f_k_new[k+1] = f_k[k+1] - gamma*Hinvg[k]\n\n \"\"\"", "g", "=", "N_k", "-", "N_k", "*", "W_nk", ".", "sum", "(", "axis", "=", "0", ")", "NW", "=", "N_k", "*", "W_nk", "H", "=", "np", ".", "dot", "(", "NW", ".", "T", ",", "NW", ")", "H", "+=", "(", "g", ".", "T", "-", "N_k", ")", "*", "np", ".", "eye", "(", "K", ")", "# Update the free energy estimate (Eq. C11 of [1]).", "# will always have lower rank the way it is set up", "Hinvg", "=", "linalg", ".", "lstsq", "(", "H", ",", "g", ")", "[", "0", "]", "Hinvg", "-=", "Hinvg", "[", "0", "]", "f_k_new", "=", "f_k", "-", "gamma", "*", "Hinvg", "# self-consistent iteration gradient norm and saved log sums.", "g_sci", "=", "self", ".", "_gradientF", "(", "f_k_sci", ")", "gnorm_sci", "=", "np", ".", "dot", "(", "g_sci", ",", "g_sci", ")", "# save this so we can switch it back in if g_sci is lower.", "log_weight_denom", "=", "self", ".", "log_weight_denom", ".", "copy", "(", ")", "# newton raphson gradient norm and saved log sums.", "g_nr", "=", "self", ".", "_gradientF", "(", "f_k_new", ")", "gnorm_nr", "=", "np", ".", "dot", "(", "g_nr", ",", "g_nr", ")", "# we could save the gradient, too, but it's not too expensive to", "# compute since we are doing the Hessian anyway.", "if", "verbose", ":", "print", "(", "\"self consistent iteration gradient norm is %10.5g, Newton-Raphson gradient norm is %10.5g\"", "%", "(", "gnorm_sci", ",", "gnorm_nr", ")", ")", "# decide which directon to go depending on size of gradient norm", "if", "(", "gnorm_sci", "<", "gnorm_nr", "or", "sci_iter", "<", "2", ")", ":", "sci_iter", "+=", "1", "self", ".", "log_weight_denom", "=", "log_weight_denom", ".", "copy", "(", ")", "if", "verbose", ":", "if", "sci_iter", "<", "2", ":", "print", "(", "\"Choosing self-consistent iteration on iteration %d\"", "%", "iteration", ")", "else", ":", "print", "(", "\"Choosing self-consistent iteration for lower gradient on iteration %d\"", "%", "iteration", ")", "f_k_new", "=", "f_k_sci", ".", "copy", "(", ")", "else", ":", "nr_iter", "+=", "1", "if", "verbose", ":", "print", "(", "\"Newton-Raphson used on iteration %d\"", "%", "iteration", ")", "# get rid of big matrices that are not used.", "del", "(", "log_weight_denom", ",", "NW", ",", "W_nk", ")", "# have to set the free energies back in self, since the gradient", "# routine changes them.", "self", ".", "f_k", "[", "self", ".", "states_with_samples", "]", "=", "f_k", "if", "(", "self", ".", "_amIdoneIterating", "(", "f_k_new", ",", "relative_tolerance", ",", "iteration", ",", "maximum_iterations", ",", "print_warning", ",", "verbose", ")", ")", ":", "if", "verbose", ":", "print", "(", "'Of %d iterations, %d were Newton-Raphson iterations and %d were self-consistent iterations'", "%", "(", "iteration", "+", "1", ",", "nr_iter", ",", "sci_iter", ")", ")", "break", "return" ]

[ "def", "_set_main_widget", "(", "self", ",", "widget", ",", "redraw", ")", ":", "self", ".", "set_body", "(", "widget", ")", "self", ".", "reload_footer", "(", ")", "if", "redraw", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"redraw main widget\"", ")", "self", ".", "refresh", "(", ")" ]

[ "def", "add_docker_file_to_tarfile", "(", "self", ",", "docker_file", ",", "tar", ")", ":", "with", "hp", ".", "a_temp_file", "(", ")", "as", "dockerfile", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"Context: ./Dockerfile\"", ")", "dockerfile", ".", "write", "(", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "docker_file", ".", "docker_lines", ")", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "dockerfile", ".", "seek", "(", "0", ")", "tar", ".", "add", "(", "dockerfile", ".", "name", ",", "arcname", "=", "\"./Dockerfile\"", ")" ]

[ "def", "is_header", "(", "self", ",", "elem", ",", "font_size", ",", "node", ",", "style", "=", "None", ")", ":", "# This logic has been disabled for now. Mark this as header if it has", "# been marked during the parsing or mark.", "# if hasattr(elem, 'possible_header'):", "# if elem.possible_header: ", "# return True", "# if not style:", "# return False", "if", "hasattr", "(", "style", ",", "'style_id'", ")", ":", "fnt_size", "=", "_get_font_size", "(", "self", ".", "doc", ",", "style", ")", "from", ".", "importer", "import", "calculate_weight", "weight", "=", "calculate_weight", "(", "self", ".", "doc", ",", "elem", ")", "if", "weight", ">", "50", ":", "return", "False", "if", "fnt_size", "in", "self", ".", "doc", ".", "possible_headers_style", ":", "return", "True", "return", "font_size", "in", "self", ".", "doc", ".", "possible_headers", "else", ":", "list_of_sizes", "=", "{", "}", "for", "el", "in", "elem", ".", "elements", ":", "try", ":", "fs", "=", "get_style_fontsize", "(", "el", ")", "weight", "=", "len", "(", "el", ".", "value", "(", ")", ")", "if", "el", ".", "value", "(", ")", "else", "0", "list_of_sizes", "[", "fs", "]", "=", "list_of_sizes", ".", "setdefault", "(", "fs", ",", "0", ")", "+", "weight", "except", ":", "pass", "sorted_list_of_sizes", "=", "list", "(", "collections", ".", "OrderedDict", "(", "sorted", "(", "six", ".", "iteritems", "(", "list_of_sizes", ")", ",", "key", "=", "lambda", "t", ":", "t", "[", "0", "]", ")", ")", ")", "font_size_to_check", "=", "font_size", "if", "len", "(", "sorted_list_of_sizes", ")", ">", "0", ":", "if", "sorted_list_of_sizes", "[", "0", "]", "!=", "font_size", ":", "return", "sorted_list_of_sizes", "[", "0", "]", "in", "self", ".", "doc", ".", "possible_headers", "return", "font_size", "in", "self", ".", "doc", ".", "possible_headers" ]

[ "def", "Nu_horizontal_cylinder", "(", "Pr", ",", "Gr", ",", "Method", "=", "None", ",", "AvailableMethods", "=", "False", ")", ":", "def", "list_methods", "(", ")", ":", "methods", "=", "[", "]", "for", "key", ",", "values", "in", "horizontal_cylinder_correlations", ".", "items", "(", ")", ":", "methods", ".", "append", "(", "key", ")", "if", "'Morgan'", "in", "methods", ":", "methods", ".", "remove", "(", "'Morgan'", ")", "methods", ".", "insert", "(", "0", ",", "'Morgan'", ")", "return", "methods", "if", "AvailableMethods", ":", "return", "list_methods", "(", ")", "if", "not", "Method", ":", "Method", "=", "list_methods", "(", ")", "[", "0", "]", "if", "Method", "in", "horizontal_cylinder_correlations", ":", "return", "horizontal_cylinder_correlations", "[", "Method", "]", "(", "Pr", "=", "Pr", ",", "Gr", "=", "Gr", ")", "else", ":", "raise", "Exception", "(", "\"Correlation name not recognized; see the \"", "\"documentation for the available options.\"", ")" ]

[ "def", "observableFractionCDF", "(", "self", ",", "mask", ",", "distance_modulus", ",", "mass_min", "=", "0.1", ")", ":", "method", "=", "'step'", "mass_init", ",", "mass_pdf", ",", "mass_act", ",", "mag_1", ",", "mag_2", "=", "self", ".", "sample", "(", "mass_min", "=", "mass_min", ",", "full_data_range", "=", "False", ")", "mag_1", "=", "mag_1", "+", "distance_modulus", "mag_2", "=", "mag_2", "+", "distance_modulus", "mask_1", ",", "mask_2", "=", "mask", ".", "mask_roi_unique", ".", "T", "mag_err_1", "=", "mask", ".", "photo_err_1", "(", "mask_1", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "-", "mag_1", ")", "mag_err_2", "=", "mask", ".", "photo_err_2", "(", "mask_2", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "-", "mag_2", ")", "# \"upper\" bound set by maglim", "delta_hi_1", "=", "(", "mask_1", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "-", "mag_1", ")", "/", "mag_err_1", "delta_hi_2", "=", "(", "mask_2", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "-", "mag_2", ")", "/", "mag_err_2", "# \"lower\" bound set by bins_mag (maglim shouldn't be 0)", "delta_lo_1", "=", "(", "mask", ".", "roi", ".", "bins_mag", "[", "0", "]", "-", "mag_1", ")", "/", "mag_err_1", "delta_lo_2", "=", "(", "mask", ".", "roi", ".", "bins_mag", "[", "0", "]", "-", "mag_2", ")", "/", "mag_err_2", "cdf_1", "=", "norm_cdf", "(", "delta_hi_1", ")", "-", "norm_cdf", "(", "delta_lo_1", ")", "cdf_2", "=", "norm_cdf", "(", "delta_hi_2", ")", "-", "norm_cdf", "(", "delta_lo_2", ")", "cdf", "=", "cdf_1", "*", "cdf_2", "if", "method", "is", "None", "or", "method", "==", "'none'", ":", "comp_cdf", "=", "cdf", "elif", "self", ".", "band_1_detection", "==", "True", ":", "comp", "=", "mask", ".", "mask_1", ".", "completeness", "(", "mag_1", ",", "method", "=", "method", ")", "comp_cdf", "=", "comp", "*", "cdf", "elif", "self", ".", "band_1_detection", "==", "False", ":", "comp", "=", "mask", ".", "mask_2", ".", "completeness", "(", "mag_2", ",", "method", "=", "method", ")", "comp_cdf", "=", "comp", "*", "cdf", "else", ":", "comp_1", "=", "mask", ".", "mask_1", ".", "completeness", "(", "mag_1", ",", "method", "=", "method", ")", "comp_2", "=", "mask", ".", "mask_2", ".", "completeness", "(", "mag_2", ",", "method", "=", "method", ")", "comp_cdf", "=", "comp_1", "*", "comp_2", "*", "cdf", "observable_fraction", "=", "(", "mass_pdf", "[", "np", ".", "newaxis", "]", "*", "comp_cdf", ")", ".", "sum", "(", "axis", "=", "-", "1", ")", "return", "observable_fraction", "[", "mask", ".", "mask_roi_digi", "[", "mask", ".", "roi", ".", "pixel_interior_cut", "]", "]" ]

[ "def", "random_string", "(", "length", "=", "8", ",", "charset", "=", "None", ")", ":", "if", "length", "<", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Length must be > 0'", ")", "if", "not", "charset", ":", "charset", "=", "string", ".", "letters", "+", "string", ".", "digits", "return", "''", ".", "join", "(", "random", ".", "choice", "(", "charset", ")", "for", "unused", "in", "xrange", "(", "length", ")", ")" ]

[ "def", "find", "(", "name", ",", "app", "=", "None", ",", "components", "=", "None", ",", "raw", "=", "False", ")", ":", "if", "components", "is", "None", ":", "if", "app", "is", "None", ":", "from", "flask", "import", "current_app", "as", "app", "components", "=", "app", ".", "config", ".", "get", "(", "'COMPONENTS'", ",", "[", "]", ")", "items", "=", "[", "]", "for", "key", "in", "components", ":", "# Attempt to import the component and access the specified name", "# as an attribute.", "module", "=", "import_module", "(", "key", ")", "item", "=", "getattr", "(", "module", ",", "name", ",", "None", ")", "if", "item", "is", "None", ":", "# Attempt to import a module or package in the component", "# with the specified name.", "try", ":", "item", "=", "import_module", "(", "'.'", ".", "join", "(", "(", "key", ",", "name", ")", ")", ")", "except", "ImportError", ":", "# Assume this component has nothing under the specified name.", "continue", "if", "not", "raw", ":", "if", "isinstance", "(", "item", ",", "types", ".", "ModuleType", ")", ":", "all_", "=", "getattr", "(", "item", ",", "'__all__'", ",", "None", ")", "if", "all_", ":", "item", "=", "{", "n", ":", "getattr", "(", "item", ",", "n", ")", "for", "n", "in", "all_", "}", "else", ":", "item", "=", "vars", "(", "item", ")", "items", ".", "append", "(", "item", ")", "return", "items" ]

[ "def", "select_fds", "(", "read_fds", ",", "timeout", ",", "selector", "=", "AutoSelector", ")", ":", "# Map to ensure that we return the objects that were passed in originally.", "# Whether they are a fd integer or an object that has a fileno().", "# (The 'poll' implementation for instance, returns always integers.)", "fd_map", "=", "dict", "(", "(", "fd_to_int", "(", "fd", ")", ",", "fd", ")", "for", "fd", "in", "read_fds", ")", "# Wait, using selector.", "sel", "=", "selector", "(", ")", "try", ":", "for", "fd", "in", "read_fds", ":", "sel", ".", "register", "(", "fd", ")", "result", "=", "sel", ".", "select", "(", "timeout", ")", "if", "result", "is", "not", "None", ":", "return", "[", "fd_map", "[", "fd_to_int", "(", "fd", ")", "]", "for", "fd", "in", "result", "]", "finally", ":", "sel", ".", "close", "(", ")" ]

[ "def", "display_reports", "(", "self", ",", "layout", ")", ":", "self", ".", "section", "=", "0", "if", "hasattr", "(", "layout", ",", "\"report_id\"", ")", ":", "layout", ".", "children", "[", "0", "]", ".", "children", "[", "0", "]", ".", "data", "+=", "\" (%s)\"", "%", "layout", ".", "report_id", "self", ".", "_display", "(", "layout", ")" ]

[ "def", "write_xml", "(", "self", ",", "root", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "extended", ":", "try", ":", "source_element", "=", "utils", ".", "create_xml_element", "(", "root", ",", "'source'", ",", "dict", "(", "name", "=", "self", "[", "'Source_Name'", "]", ",", "type", "=", "'PointSource'", ")", ")", "except", "TypeError", "as", "msg", ":", "print", "(", "self", "[", "'Source_Name'", "]", ",", "self", ")", "raise", "TypeError", "(", "msg", ")", "spat_el", "=", "ElementTree", ".", "SubElement", "(", "source_element", ",", "'spatialModel'", ")", "spat_el", ".", "set", "(", "'type'", ",", "'SkyDirFunction'", ")", "elif", "self", "[", "'SpatialType'", "]", "==", "'SpatialMap'", ":", "source_element", "=", "utils", ".", "create_xml_element", "(", "root", ",", "'source'", ",", "dict", "(", "name", "=", "self", "[", "'Source_Name'", "]", ",", "type", "=", "'DiffuseSource'", ")", ")", "filename", "=", "utils", ".", "path_to_xmlpath", "(", "self", "[", "'Spatial_Filename'", "]", ")", "spat_el", "=", "utils", ".", "create_xml_element", "(", "source_element", ",", "'spatialModel'", ",", "dict", "(", "map_based_integral", "=", "'True'", ",", "type", "=", "'SpatialMap'", ",", "file", "=", "filename", ")", ")", "else", ":", "source_element", "=", "utils", ".", "create_xml_element", "(", "root", ",", "'source'", ",", "dict", "(", "name", "=", "self", "[", "'Source_Name'", "]", ",", "type", "=", "'DiffuseSource'", ")", ")", "spat_el", "=", "utils", ".", "create_xml_element", "(", "source_element", ",", "'spatialModel'", ",", "dict", "(", "type", "=", "self", "[", "'SpatialType'", "]", ")", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "self", ".", "spatial_pars", ".", "items", "(", ")", ":", "utils", ".", "create_xml_element", "(", "spat_el", ",", "'parameter'", ",", "v", ")", "el", "=", "ElementTree", ".", "SubElement", "(", "source_element", ",", "'spectrum'", ")", "stype", "=", "self", "[", "'SpectrumType'", "]", ".", "strip", "(", ")", "el", ".", "set", "(", "'type'", ",", "stype", ")", "if", "self", "[", "'Spectrum_Filename'", "]", "is", "not", "None", ":", "filename", "=", "utils", ".", "path_to_xmlpath", "(", "self", "[", "'Spectrum_Filename'", "]", ")", "el", ".", "set", "(", "'file'", ",", "filename", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "self", ".", "spectral_pars", ".", "items", "(", ")", ":", "utils", ".", "create_xml_element", "(", "el", ",", "'parameter'", ",", "v", ")" ]

[ "def", "adjust_response", "(", "self", ",", "response", ")", ":", "try", ":", "c1", "=", "self", ".", "_replace", "(", "response", ".", "content", ",", "self", ".", "header_placeholder", ",", "self", ".", "embedded_holder", ".", "css", ")", "response", ".", "content", "=", "self", ".", "_replace", "(", "c1", ",", "self", ".", "footer_placeholder", ",", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "[", "self", ".", "embedded_holder", ".", "config", ",", "self", ".", "embedded_holder", ".", "scripts", "]", ")", ")", "except", "AttributeError", ":", "# Catch the \"FileResponse instance has no `content` attribute\" error when serving media files in the Django development server.", "pass", "return", "response" ]

[ "def", "_surfdens", "(", "self", ",", "R", ",", "z", ",", "phi", "=", "0.", ",", "t", "=", "0.", ")", ":", "return", "nu", ".", "exp", "(", "-", "self", ".", "_alpha", "*", "R", ")" ]

[ "def", "as_required_fields", "(", "self", ",", "fields", "=", "[", "]", ")", ":", "fields", "=", "self", ".", "filter_fields", "(", "fields", ")", "for", "f", "in", "fields", ":", "f", "=", "self", ".", "fields", "[", "f", ".", "name", "]", "f", ".", "required", "=", "True" ]

[ "def", "getPixels", "(", "self", ")", ":", "array", "=", "self", ".", "toArray", "(", ")", "(", "width", ",", "height", ",", "depth", ")", "=", "array", ".", "size", "for", "x", "in", "range", "(", "width", ")", ":", "for", "y", "in", "range", "(", "height", ")", ":", "yield", "Pixel", "(", "array", ",", "x", ",", "y", ")" ]

[ "def", "resolve_job_ref", "(", "jbor", ",", "job_outputs", "=", "{", "}", ",", "should_resolve", "=", "True", ")", ":", "ref_job_id", "=", "get_job_from_jbor", "(", "jbor", ")", "ref_job_field", "=", "get_field_from_jbor", "(", "jbor", ")", "ref_job_index", "=", "get_index_from_jbor", "(", "jbor", ")", "def", "resolve_from_hash", "(", "output_hash", ")", ":", "if", "ref_job_index", "is", "None", ":", "return", "output_hash", "[", "ref_job_field", "]", "else", ":", "return", "output_hash", "[", "ref_job_field", "]", "[", "ref_job_index", "]", "if", "is_localjob_id", "(", "ref_job_id", ")", ":", "if", "job_outputs", ".", "get", "(", "ref_job_id", ")", "is", "None", ":", "if", "should_resolve", ":", "raise", "Exception", "(", "'Job '", "+", "ref_job_id", "+", "' not found in local finished jobs'", ")", "else", ":", "return", "jbor", "if", "ref_job_field", "not", "in", "job_outputs", "[", "ref_job_id", "]", ":", "raise", "Exception", "(", "'Cannot resolve a JBOR with job ID '", "+", "ref_job_id", "+", "' because field \"'", "+", "ref_job_field", "+", "'\" was not found in its output'", ")", "return", "resolve_from_hash", "(", "job_outputs", "[", "ref_job_id", "]", ")", "else", ":", "dxjob", "=", "dxpy", ".", "DXJob", "(", "ref_job_id", ")", "try", ":", "dxjob", ".", "wait_on_done", "(", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "raise", "Exception", "(", "'Could not wait for '", "+", "ref_job_id", "+", "' to finish: '", "+", "str", "(", "e", ")", ")", "job_desc", "=", "dxjob", ".", "describe", "(", ")", "if", "ref_job_field", "not", "in", "job_desc", "[", "'output'", "]", ":", "raise", "Exception", "(", "'Cannot resolve a JBOR with job ID '", "+", "ref_job_id", "+", "' because field \"'", "+", "ref_job_field", "+", "'\" was not found in its output'", ")", "return", "resolve_from_hash", "(", "job_desc", "[", "'output'", "]", ")" ]

[ "def", "reset_tasks", "(", "self", ",", "request", ",", "context", ")", ":", "_log_request", "(", "request", ",", "context", ")", "self", ".", "listener", ".", "memory", ".", "clear_tasks", "(", ")", "return", "clearly_pb2", ".", "Empty", "(", ")" ]

[ "def", "flexifunction_directory_encode", "(", "self", ",", "target_system", ",", "target_component", ",", "directory_type", ",", "start_index", ",", "count", ",", "directory_data", ")", ":", "return", "MAVLink_flexifunction_directory_message", "(", "target_system", ",", "target_component", ",", "directory_type", ",", "start_index", ",", "count", ",", "directory_data", ")" ]

[ "def", "_get_index", "(", "self", ")", ":", "glyph", "=", "self", ".", "glyph", "if", "glyph", "is", "None", ":", "return", "None", "return", "glyph", ".", "anchors", ".", "index", "(", "self", ")" ]

[ "def", "download_metadata_tar", "(", "self", ",", "download_dir", ")", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "download_dir", ")", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "download_dir", ")", "res", "=", "dxpy", ".", "find_one_data_object", "(", "project", "=", "self", ".", "dx_project_id", ",", "folder", "=", "self", ".", "DX_RAW_DATA_FOLDER", ",", "name", "=", "\"*metadata.tar\"", ",", "name_mode", "=", "\"glob\"", ")", "#res will be something like {u'project': u'project-BzqVkxj08kVZbPXk54X0P2JY', u'id': u'file-BzqVkg800Fb0z4437GXJfGY6'}", "#dxpy.find_one_data_object() raises a dxpy.exceptions.DXSearchError() if nothing is found.", "dx_file", "=", "dxpy", ".", "DXFile", "(", "dxid", "=", "res", "[", "\"id\"", "]", ",", "project", "=", "res", "[", "\"project\"", "]", ")", "download_file_name", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "download_dir", ",", "dx_file", ".", "name", ")", "msg", "=", "\"{filename} to {download_dir}.\"", ".", "format", "(", "filename", "=", "dx_file", ".", "name", ",", "download_dir", "=", "download_dir", ")", "debug_logger", ".", "debug", "(", "\"Downloading \"", "+", "msg", ")", "dxpy", ".", "bindings", ".", "dxfile_functions", ".", "download_dxfile", "(", "dxid", "=", "dx_file", ",", "filename", "=", "download_file_name", ")", "success_logger", ".", "info", "(", "\"Downloaded \"", "+", "msg", ")", "return", "download_file_name" ]

[ "def", "rebuild", "(", "self", ")", ":", "movi", "=", "self", ".", "riff", ".", "find", "(", "'LIST'", ",", "'movi'", ")", "movi", ".", "chunks", "=", "self", ".", "combine_streams", "(", ")", "self", ".", "rebuild_index", "(", ")" ]

[ "def", "check_partition_status", "(", "method", ",", "uri", ",", "partition", ",", "valid_statuses", "=", "None", ",", "invalid_statuses", "=", "None", ")", ":", "status", "=", "partition", ".", "properties", ".", "get", "(", "'status'", ",", "None", ")", "if", "status", "is", "None", ":", "# Do nothing if no status is set on the faked partition", "return", "if", "valid_statuses", "and", "status", "not", "in", "valid_statuses", "or", "invalid_statuses", "and", "status", "in", "invalid_statuses", ":", "if", "uri", ".", "startswith", "(", "partition", ".", "uri", ")", ":", "# The uri targets the partition (either is the partition uri or", "# some multiplicity under the partition uri)", "raise", "ConflictError", "(", "method", ",", "uri", ",", "reason", "=", "1", ",", "message", "=", "\"The operation cannot be performed \"", "\"because the targeted partition {} has a \"", "\"status that is not valid for the operation: \"", "\"{}\"", ".", "format", "(", "partition", ".", "name", ",", "status", ")", ")", "else", ":", "# The uri targets a resource hosted by the partition", "raise", "ConflictError", "(", "method", ",", "uri", ",", "reason", "=", "1", ",", "# Note: 6 not used for partitions", "message", "=", "\"The operation cannot be performed \"", "\"because partition {} hosting the targeted \"", "\"resource has a status that is not valid for \"", "\"the operation: {}\"", ".", "format", "(", "partition", ".", "name", ",", "status", ")", ")" ]

[ "def", "on_train_begin", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# Set self.best, method inherited from \"TrackerCallback\" by \"SaveModelCallback\"", "super", "(", ")", ".", "on_train_begin", "(", ")", "# Ensure we don't call \"watch\" multiple times", "if", "not", "WandbCallback", ".", "watch_called", ":", "WandbCallback", ".", "watch_called", "=", "True", "# Logs model topology and optionally gradients and weights", "wandb", ".", "watch", "(", "self", ".", "learn", ".", "model", ",", "log", "=", "self", ".", "log", ")" ]

[ "def", "teardown_callsite", "(", "self", ",", "state", ",", "return_val", "=", "None", ",", "arg_types", "=", "None", ",", "force_callee_cleanup", "=", "False", ")", ":", "if", "return_val", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "set_return_val", "(", "state", ",", "return_val", ")", "ret_addr", "=", "self", ".", "return_addr", ".", "get_value", "(", "state", ")", "if", "state", ".", "arch", ".", "sp_offset", "is", "not", "None", ":", "if", "force_callee_cleanup", "or", "self", ".", "CALLEE_CLEANUP", ":", "if", "arg_types", "is", "not", "None", ":", "session", "=", "self", ".", "arg_session", "state", ".", "regs", ".", "sp", "+=", "self", ".", "stack_space", "(", "[", "session", ".", "next_arg", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "arg_types", "]", ")", "elif", "self", ".", "args", "is", "not", "None", ":", "state", ".", "regs", ".", "sp", "+=", "self", ".", "stack_space", "(", "self", ".", "args", ")", "else", ":", "l", ".", "warning", "(", "\"Can't perform callee cleanup when I have no idea how many arguments there are! Assuming 0\"", ")", "state", ".", "regs", ".", "sp", "+=", "self", ".", "STACKARG_SP_DIFF", "else", ":", "state", ".", "regs", ".", "sp", "+=", "self", ".", "STACKARG_SP_DIFF", "return", "ret_addr" ]

[ "def", "write_src", "(", "hdf5_out", ",", "gctoo_object", ",", "out_file_name", ")", ":", "if", "gctoo_object", ".", "src", "==", "None", ":", "hdf5_out", ".", "attrs", "[", "src_attr", "]", "=", "out_file_name", "else", ":", "hdf5_out", ".", "attrs", "[", "src_attr", "]", "=", "gctoo_object", ".", "src" ]

[ "def", "can_create_repository_with_record_types", "(", "self", ",", "repository_record_types", ")", ":", "# Implemented from template for", "# osid.resource.BinAdminSession.can_create_bin_with_record_types", "# NOTE: It is expected that real authentication hints will be", "# handled in a service adapter above the pay grade of this impl.", "if", "self", ".", "_catalog_session", "is", "not", "None", ":", "return", "self", ".", "_catalog_session", ".", "can_create_catalog_with_record_types", "(", "catalog_record_types", "=", "repository_record_types", ")", "return", "True" ]

[ "def", "compose_machine_filename", "(", "self", ",", "name", ",", "group", ",", "create_flags", ",", "base_folder", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "name", ",", "basestring", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"name can only be an instance of type basestring\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "group", ",", "basestring", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"group can only be an instance of type basestring\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "create_flags", ",", "basestring", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"create_flags can only be an instance of type basestring\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "base_folder", ",", "basestring", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"base_folder can only be an instance of type basestring\"", ")", "file_p", "=", "self", ".", "_call", "(", "\"composeMachineFilename\"", ",", "in_p", "=", "[", "name", ",", "group", ",", "create_flags", ",", "base_folder", "]", ")", "return", "file_p" ]

[ "def", "handle_run_exception", "(", "self", ",", "pipeline_key", ",", "pipeline_func", ",", "e", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "e", ",", "Retry", ")", ":", "retry_message", "=", "str", "(", "e", ")", "logging", ".", "warning", "(", "'User forced retry for pipeline ID \"%s\" of %r: %s'", ",", "pipeline_key", ".", "name", "(", ")", ",", "pipeline_func", ",", "retry_message", ")", "self", ".", "transition_retry", "(", "pipeline_key", ",", "retry_message", ")", "elif", "isinstance", "(", "e", ",", "Abort", ")", ":", "abort_message", "=", "str", "(", "e", ")", "logging", ".", "warning", "(", "'User forced abort for pipeline ID \"%s\" of %r: %s'", ",", "pipeline_key", ".", "name", "(", ")", ",", "pipeline_func", ",", "abort_message", ")", "pipeline_func", ".", "abort", "(", "abort_message", ")", "else", ":", "retry_message", "=", "'%s: %s'", "%", "(", "e", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "str", "(", "e", ")", ")", "logging", ".", "exception", "(", "'Generator %r#%s raised exception. %s'", ",", "pipeline_func", ",", "pipeline_key", ".", "name", "(", ")", ",", "retry_message", ")", "self", ".", "transition_retry", "(", "pipeline_key", ",", "retry_message", ")", "return", "pipeline_func", ".", "task_retry" ]

[ "def", "rollforward", "(", "self", ",", "dt", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "onOffset", "(", "dt", ")", ":", "if", "self", ".", "n", ">=", "0", ":", "return", "self", ".", "_next_opening_time", "(", "dt", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_prev_opening_time", "(", "dt", ")", "return", "dt" ]

[ "def", "_safe_read", "(", "self", ",", "amt", ")", ":", "s", "=", "[", "]", "while", "amt", ">", "0", ":", "chunk", "=", "self", ".", "fp", ".", "read", "(", "min", "(", "amt", ",", "MAXAMOUNT", ")", ")", "if", "not", "chunk", ":", "raise", "IncompleteRead", "(", "bytes", "(", "b''", ")", ".", "join", "(", "s", ")", ",", "amt", ")", "s", ".", "append", "(", "chunk", ")", "amt", "-=", "len", "(", "chunk", ")", "return", "bytes", "(", "b\"\"", ")", ".", "join", "(", "s", ")" ]

[ "def", "decompile", "(", "ast", ",", "indentation", "=", "4", ",", "line_length", "=", "100", ",", "starting_indentation", "=", "0", ")", ":", "decompiler", "=", "Decompiler", "(", "indentation", "=", "indentation", ",", "line_length", "=", "line_length", ",", "starting_indentation", "=", "starting_indentation", ",", ")", "return", "decompiler", ".", "run", "(", "ast", ")" ]

[ "def", "compute", "(", "self", ",", "gsim", ",", "num_events", ",", "seed", "=", "None", ")", ":", "try", ":", "# read the seed from self.rupture.serial", "seed", "=", "seed", "or", "self", ".", "rupture", ".", "serial", "except", "AttributeError", ":", "pass", "if", "seed", "is", "not", "None", ":", "numpy", ".", "random", ".", "seed", "(", "seed", ")", "result", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "self", ".", "imts", ")", ",", "len", "(", "self", ".", "sids", ")", ",", "num_events", ")", ",", "F32", ")", "sig", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "self", ".", "imts", ")", ",", "num_events", ")", ",", "F32", ")", "eps", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "self", ".", "imts", ")", ",", "num_events", ")", ",", "F32", ")", "for", "imti", ",", "imt", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "imts", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "gsim", ",", "MultiGMPE", ")", ":", "gs", "=", "gsim", "[", "str", "(", "imt", ")", "]", "# MultiGMPE", "else", ":", "gs", "=", "gsim", "# regular GMPE", "try", ":", "result", "[", "imti", "]", ",", "sig", "[", "imti", "]", ",", "eps", "[", "imti", "]", "=", "self", ".", "_compute", "(", "None", ",", "gs", ",", "num_events", ",", "imt", ")", "except", "Exception", "as", "exc", ":", "raise", "exc", ".", "__class__", "(", "'%s for %s, %s, srcidx=%s'", "%", "(", "exc", ",", "gs", ",", "imt", ",", "self", ".", "srcidx", ")", ")", ".", "with_traceback", "(", "exc", ".", "__traceback__", ")", "return", "result", ",", "sig", ",", "eps" ]

[ "def", "get_jids", "(", ")", ":", "ret", "=", "{", "}", "for", "jid", ",", "job", ",", "_", ",", "_", "in", "_walk_through", "(", "_job_dir", "(", ")", ")", ":", "ret", "[", "jid", "]", "=", "salt", ".", "utils", ".", "jid", ".", "format_jid_instance", "(", "jid", ",", "job", ")", "if", "__opts__", ".", "get", "(", "'job_cache_store_endtime'", ")", ":", "endtime", "=", "get_endtime", "(", "jid", ")", "if", "endtime", ":", "ret", "[", "jid", "]", "[", "'EndTime'", "]", "=", "endtime", "return", "ret" ]

[ "def", "ncontains", "(", "self", ",", "column", ",", "value", ")", ":", "df", "=", "self", ".", "df", "[", "self", ".", "df", "[", "column", "]", ".", "str", ".", "contains", "(", "value", ")", "==", "False", "]", "if", "df", "is", "None", ":", "self", ".", "err", "(", "\"Can not select contained data\"", ")", "return", "self", ".", "df", "=", "df" ]

[ "def", "get_port_for_handle", "(", "handle", ",", "state", ")", ":", "from", "rafcon", ".", "gui", ".", "mygaphas", ".", "items", ".", "state", "import", "StateView", "if", "isinstance", "(", "state", ",", "StateView", ")", ":", "if", "state", ".", "income", ".", "handle", "==", "handle", ":", "return", "state", ".", "income", "else", ":", "for", "outcome", "in", "state", ".", "outcomes", ":", "if", "outcome", ".", "handle", "==", "handle", ":", "return", "outcome", "for", "input", "in", "state", ".", "inputs", ":", "if", "input", ".", "handle", "==", "handle", ":", "return", "input", "for", "output", "in", "state", ".", "outputs", ":", "if", "output", ".", "handle", "==", "handle", ":", "return", "output", "for", "scoped", "in", "state", ".", "scoped_variables", ":", "if", "scoped", ".", "handle", "==", "handle", ":", "return", "scoped" ]

[ "def", "_create_osf_project", "(", "dlgr_id", ",", "description", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "description", ":", "description", "=", "\"Experiment {} registered by Dallinger.\"", ".", "format", "(", "dlgr_id", ")", "r", "=", "requests", ".", "post", "(", "\"{}/nodes/\"", ".", "format", "(", "root", ")", ",", "data", "=", "{", "\"type\"", ":", "\"nodes\"", ",", "\"category\"", ":", "\"project\"", ",", "\"title\"", ":", "\"Experiment dlgr-{}\"", ".", "format", "(", "dlgr_id", "[", "0", ":", "8", "]", ")", ",", "\"description\"", ":", "description", ",", "}", ",", "headers", "=", "{", "\"Authorization\"", ":", "\"Bearer {}\"", ".", "format", "(", "config", ".", "get", "(", "\"osf_access_token\"", ")", ")", "}", ",", ")", "r", ".", "raise_for_status", "(", ")", "osf_id", "=", "r", ".", "json", "(", ")", "[", "\"data\"", "]", "[", "\"id\"", "]", "logger", ".", "info", "(", "\"Project registered on OSF at http://osf.io/{}\"", ".", "format", "(", "osf_id", ")", ")", "return", "osf_id" ]

[ "def", "get_server_info", "(", "self", ",", "anonymous", "=", "True", ")", ":", "if", "anonymous", "==", "True", ":", "logger", ".", "debug", "(", "'Getting server info via Anonymous BIND on server %s'", "%", "self", ".", "target_server", ".", "get_host", "(", ")", ")", "server", "=", "Server", "(", "self", ".", "target_server", ".", "get_host", "(", ")", ",", "use_ssl", "=", "self", ".", "target_server", ".", "is_ssl", "(", ")", ",", "get_info", "=", "ALL", ")", "conn", "=", "Connection", "(", "server", ",", "auto_bind", "=", "True", ")", "logger", ".", "debug", "(", "'Got server info'", ")", "else", ":", "logger", ".", "debug", "(", "'Getting server info via credentials supplied on server %s'", "%", "self", ".", "target_server", ".", "get_host", "(", ")", ")", "server", "=", "Server", "(", "self", ".", "target_server", ".", "get_host", "(", ")", ",", "use_ssl", "=", "self", ".", "target_server", ".", "is_ssl", "(", ")", ",", "get_info", "=", "ALL", ")", "if", "self", ".", "use_sspi", "==", "True", ":", "conn", "=", "self", ".", "monkeypatch", "(", ")", "else", ":", "conn", "=", "Connection", "(", "self", ".", "_srv", ",", "user", "=", "self", ".", "login_credential", ".", "get_msuser", "(", ")", ",", "password", "=", "self", ".", "login_credential", ".", "get_password", "(", ")", ",", "authentication", "=", "self", ".", "login_credential", ".", "get_authmethod", "(", ")", ")", "logger", ".", "debug", "(", "'Performing BIND to server %s'", "%", "self", ".", "target_server", ".", "get_host", "(", ")", ")", "if", "not", "self", ".", "_con", ".", "bind", "(", ")", ":", "if", "'description'", "in", "self", ".", "_con", ".", "result", ":", "raise", "Exception", "(", "'Failed to bind to server! Reason: %s'", "%", "conn", ".", "result", "[", "'description'", "]", ")", "raise", "Exception", "(", "'Failed to bind to server! Reason: %s'", "%", "conn", ".", "result", ")", "logger", ".", "debug", "(", "'Connected to server!'", ")", "return", "server", ".", "info" ]

[ "def", "remove_value", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "ns", "=", "self", ".", "_get_reference_namespace", "(", "name", ")", "ns", ".", "pop", "(", "name", ")" ]

[ "def", "get_default", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "def", "retrieve_param", "(", "i", ")", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "__getattribute__", "(", "i", ")", "except", "AttributeError", ":", "if", "i", "==", "\"device\"", ":", "return", "self", ".", "default_device", "else", ":", "return", "self", ".", "__getattribute__", "(", "i", ".", "upper", "(", ")", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "==", "0", ":", "if", "len", "(", "kwargs", ")", "==", "1", "and", "kwargs", "[", "list", "(", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ")", "[", "0", "]", "]", "is", "not", "None", ":", "return", "kwargs", "[", "list", "(", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ")", "[", "0", "]", "]", "elif", "len", "(", "kwargs", ")", "==", "1", ":", "return", "retrieve_param", "(", "list", "(", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ")", "[", "0", "]", ")", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"As dict is unordered, it is impossible to give\"", "\"the parameters in the correct order.\"", ")", "else", ":", "out", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "args", ":", "if", "i", "[", "1", "]", "is", "None", ":", "out", ".", "append", "(", "retrieve_param", "(", "i", "[", "0", "]", ")", ")", "else", ":", "out", ".", "append", "(", "i", "[", "1", "]", ")", "return", "out" ]

[ "def", "add_clause", "(", "self", ",", "clause", ",", "soft", "=", "False", ")", ":", "# first, map external literals to internal literals", "# introduce new variables if necessary", "cl", "=", "list", "(", "map", "(", "lambda", "l", ":", "self", ".", "_map_extlit", "(", "l", ")", ",", "clause", ")", ")", "if", "not", "soft", ":", "# the clause is hard, and so we simply add it to the SAT oracle", "self", ".", "oracle", ".", "add_clause", "(", "cl", ")", "else", ":", "self", ".", "soft", ".", "append", "(", "cl", ")", "# soft clauses should be augmented with a selector", "sel", "=", "cl", "[", "0", "]", "if", "len", "(", "cl", ")", ">", "1", "or", "cl", "[", "0", "]", "<", "0", ":", "self", ".", "topv", "+=", "1", "sel", "=", "self", ".", "topv", "self", ".", "oracle", ".", "add_clause", "(", "cl", "+", "[", "-", "sel", "]", ")", "self", ".", "sels", ".", "append", "(", "sel", ")" ]

[ "def", "prepend_model", "(", "self", ",", "value", ",", "model", ")", ":", "if", "'.'", "not", "in", "value", ":", "direction", "=", "''", "if", "value", ".", "startswith", "(", "'-'", ")", ":", "value", "=", "value", "[", "1", ":", "]", "direction", "=", "'-'", "value", "=", "'%s%s.%s'", "%", "(", "direction", ",", "model", ",", "value", ")", "return", "value" ]

[ "def", "rundata", "(", "self", ",", "strjson", ")", ":", "d", "=", "json", ".", "loads", "(", "strjson", ")", "return", "self", ".", "api", ".", "data", ".", "post", "(", "d", ")" ]

[ "def", "ParseOptions", "(", "cls", ",", "options", ",", "configuration_object", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "configuration_object", ",", "tools", ".", "CLITool", ")", ":", "raise", "errors", ".", "BadConfigObject", "(", "'Configuration object is not an instance of CLITool'", ")", "filter_file", "=", "cls", ".", "_ParseStringOption", "(", "options", ",", "'file_filter'", ")", "# Search the data location for the filter file.", "if", "filter_file", "and", "not", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "filter_file", ")", ":", "data_location", "=", "getattr", "(", "configuration_object", ",", "'_data_location'", ",", "None", ")", "if", "data_location", ":", "filter_file_basename", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "filter_file", ")", "filter_file_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "data_location", ",", "filter_file_basename", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "filter_file_path", ")", ":", "filter_file", "=", "filter_file_path", "if", "filter_file", "and", "not", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "filter_file", ")", ":", "raise", "errors", ".", "BadConfigOption", "(", "'No such collection filter file: {0:s}.'", ".", "format", "(", "filter_file", ")", ")", "setattr", "(", "configuration_object", ",", "'_filter_file'", ",", "filter_file", ")" ]

[ "def", "gdcsreporter", "(", "self", ",", "analysistype", "=", "'GDCS'", ")", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Creating {} report'", ".", "format", "(", "analysistype", ")", ")", "# Initialise list to store all the GDCS genes, and genera in the analysis", "gdcs", "=", "list", "(", ")", "genera", "=", "list", "(", ")", "for", "sample", "in", "self", ".", "runmetadata", ".", "samples", ":", "if", "sample", ".", "general", ".", "bestassemblyfile", "!=", "'NA'", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "targetpath", ")", ":", "# Update the fai dict with all the genes in the analysis, rather than just those with baited hits", "self", ".", "gdcs_fai", "(", "sample", ")", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "createreport", "=", "True", "# Determine which genera are present in the analysis", "if", "sample", ".", "general", ".", "closestrefseqgenus", "not", "in", "genera", ":", "genera", ".", "append", "(", "sample", ".", "general", ".", "closestrefseqgenus", ")", "try", ":", "# Add all the GDCS genes to the list", "for", "gene", "in", "sorted", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "faidict", ")", ":", "if", "gene", "not", "in", "gdcs", ":", "gdcs", ".", "append", "(", "gene", ")", "except", "AttributeError", ":", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "createreport", "=", "False", "else", ":", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "createreport", "=", "False", "else", ":", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "createreport", "=", "False", "sample", ".", "general", ".", "incomplete", "=", "True", "header", "=", "'Strain,Genus,Matches,MeanCoverage,Pass/Fail,{},\\n'", ".", "format", "(", "','", ".", "join", "(", "gdcs", ")", ")", "data", "=", "str", "(", ")", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "reportpath", ",", "'{}.csv'", ".", "format", "(", "analysistype", ")", ")", ",", "'w'", ")", "as", "report", ":", "# Sort the samples in the report based on the closest refseq genus e.g. all samples with the same genus", "# will be grouped together in the report", "for", "genus", "in", "genera", ":", "for", "sample", "in", "self", ".", "runmetadata", ".", "samples", ":", "if", "sample", ".", "general", ".", "closestrefseqgenus", "==", "genus", ":", "if", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "createreport", ":", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "totaldepth", "=", "list", "(", ")", "# Add the sample to the report if it matches the current genus", "# if genus == sample.general.closestrefseqgenus:", "data", "+=", "'{},{},'", ".", "format", "(", "sample", ".", "name", ",", "genus", ")", "# Initialise a variable to store the number of GDCS genes were matched", "count", "=", "0", "# As I want the count to be in the report before all the gene results, this string will", "# store the specific sample information, and will be added to data once count is known", "specific", "=", "str", "(", ")", "for", "gene", "in", "gdcs", ":", "# As there are different genes present in the GDCS databases for each organism of", "# interest, genes that did not match because they're absent in the specific database are", "# indicated using an X", "if", "gene", "not", "in", "[", "result", "for", "result", "in", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "faidict", "]", ":", "specific", "+=", "'X,'", "else", ":", "try", ":", "# Report the necessary information for each gene result", "identity", "=", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "results", "[", "gene", "]", "specific", "+=", "'{}% ({} +/- {}),'", ".", "format", "(", "identity", ",", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "avgdepth", "[", "gene", "]", ",", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "standarddev", "[", "gene", "]", ")", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "totaldepth", ".", "append", "(", "float", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "avgdepth", "[", "gene", "]", ")", ")", "count", "+=", "1", "# If the gene was missing from the results attribute, add a - to the cell", "except", "(", "KeyError", ",", "AttributeError", ")", ":", "sample", ".", "general", ".", "incomplete", "=", "True", "specific", "+=", "'-,'", "# Calculate the mean depth of the genes and the standard deviation", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "mean", "=", "numpy", ".", "mean", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "totaldepth", ")", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "stddev", "=", "numpy", ".", "std", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "totaldepth", ")", "# Determine whether the sample pass the necessary quality criteria:", "# Pass, all GDCS, mean coverage greater than 20X coverage;", "# ?: Indeterminate value;", "# -: Fail value", "# Allow one missing GDCS to still be considered a pass", "if", "count", ">=", "len", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "faidict", ")", "-", "1", ":", "if", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "mean", ">", "20", ":", "quality", "=", "'+'", "else", ":", "quality", "=", "'?'", "sample", ".", "general", ".", "incomplete", "=", "True", "else", ":", "quality", "=", "'-'", "sample", ".", "general", ".", "incomplete", "=", "True", "# Add the count, mean depth with standard deviation, the pass/fail determination,", "# and the total number of GDCS genes as well as the results", "data", "+=", "'{hits}/{total},{mean} +/- {std},{fail},{gdcs}\\n'", ".", "format", "(", "hits", "=", "str", "(", "count", ")", ",", "total", "=", "len", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "faidict", ")", ",", "mean", "=", "'{:.2f}'", ".", "format", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "mean", ")", ",", "std", "=", "'{:.2f}'", ".", "format", "(", "sample", "[", "analysistype", "]", ".", "stddev", ")", ",", "fail", "=", "quality", ",", "gdcs", "=", "specific", ")", "# # Any samples with a best assembly of 'NA' are considered incomplete.", "# else:", "# data += '{},{},,,-\\n'.format(sample.name, sample.general.closestrefseqgenus)", "# sample.general.incomplete = True", "elif", "sample", ".", "general", ".", "closestrefseqgenus", "==", "'NA'", ":", "data", "+=", "'{}\\n'", ".", "format", "(", "sample", ".", "name", ")", "sample", ".", "general", ".", "incomplete", "=", "True", "# Write the header and data to file", "report", ".", "write", "(", "header", ")", "report", ".", "write", "(", "data", ")" ]

[ "def", "list", "(", "self", ",", "count", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# response = self.get(count=count, **kwargs)", "# return self._load_list(response)", "return", "list", "(", "self", ".", "iter", "(", "count", "=", "count", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ")" ]

[ "def", "policy_assignments", "(", "self", ")", ":", "api_version", "=", "self", ".", "_get_api_version", "(", "'policy_assignments'", ")", "if", "api_version", "==", "'2015-10-01-preview'", ":", "from", ".", "v2015_10_01_preview", ".", "operations", "import", "PolicyAssignmentsOperations", "as", "OperationClass", "elif", "api_version", "==", "'2016-04-01'", ":", "from", ".", "v2016_04_01", ".", "operations", "import", "PolicyAssignmentsOperations", "as", "OperationClass", "elif", "api_version", "==", "'2016-12-01'", ":", "from", ".", "v2016_12_01", ".", "operations", "import", "PolicyAssignmentsOperations", "as", "OperationClass", "elif", "api_version", "==", "'2017-06-01-preview'", ":", "from", ".", "v2017_06_01_preview", ".", "operations", "import", "PolicyAssignmentsOperations", "as", "OperationClass", "elif", "api_version", "==", "'2018-03-01'", ":", "from", ".", "v2018_03_01", ".", "operations", "import", "PolicyAssignmentsOperations", "as", "OperationClass", "elif", "api_version", "==", "'2018-05-01'", ":", "from", ".", "v2018_05_01", ".", "operations", "import", "PolicyAssignmentsOperations", "as", "OperationClass", "else", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"APIVersion {} is not available\"", ".", "format", "(", "api_version", ")", ")", "return", "OperationClass", "(", "self", ".", "_client", ",", "self", ".", "config", ",", "Serializer", "(", "self", ".", "_models_dict", "(", "api_version", ")", ")", ",", "Deserializer", "(", "self", ".", "_models_dict", "(", "api_version", ")", ")", ")" ]

[ "def", "visit_complex_value", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "if", "node", ".", "value", ".", "startswith", "(", "ComplexValue", ".", "EXACT_VALUE_TOKEN", ")", ":", "value", "=", "node", ".", "value", ".", "strip", "(", "ComplexValue", ".", "EXACT_VALUE_TOKEN", ")", "return", "ExactMatchValue", "(", "value", ")", "elif", "node", ".", "value", ".", "startswith", "(", "ComplexValue", ".", "PARTIAL_VALUE_TOKEN", ")", ":", "value", "=", "node", ".", "value", ".", "strip", "(", "ComplexValue", ".", "PARTIAL_VALUE_TOKEN", ")", "return", "PartialMatchValue", "(", "value", ",", "True", "if", "ast", ".", "GenericValue", ".", "WILDCARD_TOKEN", "in", "value", "else", "False", ")", "elif", "node", ".", "value", ".", "startswith", "(", "ComplexValue", ".", "REGEX_VALUE_TOKEN", ")", ":", "return", "RegexValue", "(", "node", ".", "value", ".", "strip", "(", "ComplexValue", ".", "REGEX_VALUE_TOKEN", ")", ")", "else", ":", "# Covering the case where ComplexValue supports more than ExactMatch, PartialMatch and Regex values.", "msg", "=", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", "+", "': Unrecognized complex value'", "try", ":", "msg", "+=", "' lookahead token: \"'", "+", "node", ".", "value", "[", "0", "]", "+", "'\"'", "except", "IndexError", ":", "msg", "+=", "': \\\"'", "+", "repr", "(", "node", ".", "value", ")", "+", "'\"'", "msg", "+=", "'.\\nUsing simple value instead: \"'", "+", "node", ".", "value", "+", "'\".'", "logger", ".", "warn", "(", "msg", ")", "return", "ast", ".", "Value", "(", "node", ".", "value", ")" ]

[ "def", "get_blacklist_entries", "(", "self", ")", ":", "get_blacklist_entries_endpoint", "=", "Template", "(", "\"${rest_root}/blacklist/${public_key}/\"", ")", "url", "=", "get_blacklist_entries_endpoint", ".", "substitute", "(", "rest_root", "=", "self", ".", "_rest_root", ",", "public_key", "=", "self", ".", "_public_key", ")", "response", "=", "self", ".", "__get_request", "(", "url", ")", "return", "response", "[", "\"list\"", "]", "[", "\"entry\"", "]" ]

[ "def", "dump", "(", "self", ",", "include_address", "=", "True", ",", "include_id", "=", "True", ")", "->", "str", ":", "d", "=", "{", "'crypto'", ":", "self", ".", "keystore", "[", "'crypto'", "]", ",", "'version'", ":", "self", ".", "keystore", "[", "'version'", "]", ",", "}", "if", "include_address", "and", "self", ".", "address", "is", "not", "None", ":", "d", "[", "'address'", "]", "=", "remove_0x_prefix", "(", "encode_hex", "(", "self", ".", "address", ")", ")", "if", "include_id", "and", "self", ".", "uuid", "is", "not", "None", ":", "d", "[", "'id'", "]", "=", "self", ".", "uuid", "return", "json", ".", "dumps", "(", "d", ")" ]

[ "def", "connection_lost", "(", "self", ",", "exc", ":", "Optional", "[", "Exception", "]", ")", "->", "None", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"%s - event = connection_lost(%s)\"", ",", "self", ".", "side", ",", "exc", ")", "self", ".", "state", "=", "State", ".", "CLOSED", "logger", ".", "debug", "(", "\"%s - state = CLOSED\"", ",", "self", ".", "side", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ",", "\"close_code\"", ")", ":", "self", ".", "close_code", "=", "1006", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ",", "\"close_reason\"", ")", ":", "self", ".", "close_reason", "=", "\"\"", "logger", ".", "debug", "(", "\"%s x code = %d, reason = %s\"", ",", "self", ".", "side", ",", "self", ".", "close_code", ",", "self", ".", "close_reason", "or", "\"[no reason]\"", ",", ")", "self", ".", "abort_keepalive_pings", "(", ")", "# If self.connection_lost_waiter isn't pending, that's a bug, because:", "# - it's set only here in connection_lost() which is called only once;", "# - it must never be canceled.", "self", ".", "connection_lost_waiter", ".", "set_result", "(", "None", ")", "super", "(", ")", ".", "connection_lost", "(", "exc", ")" ]

[ "def", "list_gen", "(", "self", ",", "keyword", "=", "None", ",", "arg", "=", "None", ")", ":", "if", "keyword", ":", "keyword", "=", "keyword", ".", "upper", "(", ")", "if", "keyword", "is", "None", "or", "keyword", "==", "\"ACTIVE\"", ":", "return", "self", ".", "list_active_gen", "(", "arg", ")", "if", "keyword", "==", "\"ACTIVE.TIMES\"", ":", "return", "self", ".", "list_active_times_gen", "(", ")", "if", "keyword", "==", "\"DISTRIB.PATS\"", ":", "return", "self", ".", "list_distrib_pats_gen", "(", ")", "if", "keyword", "==", "\"HEADERS\"", ":", "return", "self", ".", "list_headers_gen", "(", "arg", ")", "if", "keyword", "==", "\"NEWSGROUPS\"", ":", "return", "self", ".", "list_newsgroups_gen", "(", "arg", ")", "if", "keyword", "==", "\"OVERVIEW.FMT\"", ":", "return", "self", ".", "list_overview_fmt_gen", "(", ")", "if", "keyword", "==", "\"EXTENSIONS\"", ":", "return", "self", ".", "list_extensions_gen", "(", ")", "raise", "NotImplementedError", "(", ")" ]

[ "def", "sub_base_uri", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "_base_uri", "and", "self", ".", "_base_uri", ".", "split", "(", "'://'", ")", "[", "-", "1", "]", ".", "split", "(", "'.'", ")", "[", "0", "]", "or", "self", ".", "_base_uri" ]

[ "def", "clean_sources", "(", "self", ")", ":", "for", "src", "in", "self", ".", "dataset", ".", "sources", ":", "src", ".", "st_id", "=", "None", "src", ".", "t_id", "=", "None", "self", ".", "dataset", ".", "sources", "[", ":", "]", "=", "[", "]", "self", ".", "dataset", ".", "source_tables", "[", ":", "]", "=", "[", "]", "self", ".", "dataset", ".", "st_sequence_id", "=", "1" ]

[ "def", "disconnect", "(", "filename", "=", "None", ")", ":", "global", "_CONNECTED", "if", "filename", "is", "not", "None", ":", "try", ":", "with", "open", "(", "filename", ",", "'r'", ")", "as", "f", ":", "_load_from_string", "(", "f", ".", "read", "(", ")", ")", "except", "FileNotFoundError", ":", "raise", "USGSException", "(", "\"\"\"The cache file '{0}' was not found, and I cannot disconnect without one. If you have not been given a cache.json file, then you can create a new one:\n >>> from earthquakes import earthquakes\n >>> earthquakes.connect()\n >>> earthquakes._start_editing()\n ...\n >>> earthquakes.get_report()\n ...\n >>> earthquakes._save_cache('{0}')\"\"\"", ".", "format", "(", "filename", ")", ")", "for", "key", "in", "_CACHE", ".", "keys", "(", ")", ":", "_CACHE_COUNTER", "[", "key", "]", "=", "0", "_CONNECTED", "=", "False" ]

[ "def", "within_polygon", "(", "self", ",", "polygon", ",", "distance", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "distance", ":", "# If a distance is specified then dilate the polyon by distance", "zone_polygon", "=", "polygon", ".", "dilate", "(", "distance", ")", "else", ":", "zone_polygon", "=", "polygon", "# Make valid all events inside depth range", "upper_depth", ",", "lower_depth", "=", "_check_depth_limits", "(", "kwargs", ")", "valid_depth", "=", "np", ".", "logical_and", "(", "self", ".", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", ">=", "upper_depth", ",", "self", ".", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", "<", "lower_depth", ")", "# Events outside polygon returned to invalid assignment", "catalogue_mesh", "=", "Mesh", "(", "self", ".", "catalogue", ".", "data", "[", "'longitude'", "]", ",", "self", ".", "catalogue", ".", "data", "[", "'latitude'", "]", ",", "self", ".", "catalogue", ".", "data", "[", "'depth'", "]", ")", "valid_id", "=", "np", ".", "logical_and", "(", "valid_depth", ",", "zone_polygon", ".", "intersects", "(", "catalogue_mesh", ")", ")", "return", "self", ".", "select_catalogue", "(", "valid_id", ")" ]

[ "def", "_get_connection_state", "(", "self", ",", "conn_or_int_id", ")", ":", "key", "=", "conn_or_int_id", "if", "isinstance", "(", "key", ",", "str", ")", ":", "table", "=", "self", ".", "_int_connections", "elif", "isinstance", "(", "key", ",", "int", ")", ":", "table", "=", "self", ".", "_connections", "else", ":", "raise", "ArgumentError", "(", "\"You must supply either an int connection id or a string internal id to _get_connection_state\"", ",", "id", "=", "key", ")", "if", "key", "not", "in", "table", ":", "return", "self", ".", "Disconnected", "data", "=", "table", "[", "key", "]", "return", "data", "[", "'state'", "]" ]

[ "def", "get_branch", "(", "self", ",", "repository_id", ",", "name", ",", "project", "=", "None", ",", "base_version_descriptor", "=", "None", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "project", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'project'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'project'", ",", "project", ",", "'str'", ")", "if", "repository_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'repositoryId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'repository_id'", ",", "repository_id", ",", "'str'", ")", "query_parameters", "=", "{", "}", "if", "name", "is", "not", "None", ":", "query_parameters", "[", "'name'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "query", "(", "'name'", ",", "name", ",", "'str'", ")", "if", "base_version_descriptor", "is", "not", "None", ":", "if", "base_version_descriptor", ".", "version_type", "is", "not", "None", ":", "query_parameters", "[", "'baseVersionDescriptor.versionType'", "]", "=", "base_version_descriptor", ".", "version_type", "if", "base_version_descriptor", ".", "version", "is", "not", "None", ":", "query_parameters", "[", "'baseVersionDescriptor.version'", "]", "=", "base_version_descriptor", ".", "version", "if", "base_version_descriptor", ".", "version_options", "is", "not", "None", ":", "query_parameters", "[", "'baseVersionDescriptor.versionOptions'", "]", "=", "base_version_descriptor", ".", "version_options", "response", "=", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'GET'", ",", "location_id", "=", "'d5b216de-d8d5-4d32-ae76-51df755b16d3'", ",", "version", "=", "'5.0'", ",", "route_values", "=", "route_values", ",", "query_parameters", "=", "query_parameters", ")", "return", "self", ".", "_deserialize", "(", "'GitBranchStats'", ",", "response", ")" ]

[ "def", "__perform_rest_call", "(", "self", ",", "requestURL", ",", "params", "=", "None", ",", "headers", "=", "None", ",", "restType", "=", "'GET'", ",", "body", "=", "None", ")", ":", "auth", ",", "headers", "=", "self", ".", "__prepare_gprest_call", "(", "requestURL", ",", "params", "=", "params", ",", "headers", "=", "headers", ",", "restType", "=", "restType", ",", "body", "=", "body", ")", "if", "restType", "==", "'GET'", ":", "r", "=", "requests", ".", "get", "(", "requestURL", ",", "auth", "=", "auth", ",", "headers", "=", "headers", ",", "params", "=", "params", ")", "elif", "restType", "==", "'PUT'", ":", "r", "=", "requests", ".", "put", "(", "requestURL", ",", "data", "=", "body", ",", "auth", "=", "auth", ",", "headers", "=", "headers", ",", "params", "=", "params", ")", "elif", "restType", "==", "'POST'", ":", "r", "=", "requests", ".", "post", "(", "requestURL", ",", "data", "=", "body", ",", "auth", "=", "auth", ",", "headers", "=", "headers", ",", "params", "=", "params", ")", "elif", "restType", "==", "'DELETE'", ":", "r", "=", "requests", ".", "delete", "(", "requestURL", ",", "auth", "=", "auth", ",", "headers", "=", "headers", ",", "params", "=", "params", ")", "resp", "=", "self", ".", "__process_gprest_response", "(", "r", ",", "restType", "=", "restType", ")", "return", "resp" ]

[ "def", "pad", "(", "self", ",", "val", ")", ":", "padding", "=", "len", "(", "int_to_bytes", "(", "self", ".", "_prime", ")", ")", "padded", "=", "int_to_bytes", "(", "val", ")", ".", "rjust", "(", "padding", ",", "b'\\x00'", ")", "return", "padded" ]

[ "def", "get_statistics_by_account", "(", "self", ",", "account_id", ",", "term_id", ")", ":", "url", "=", "(", "\"/api/v1/accounts/sis_account_id:%s/analytics/\"", "\"terms/sis_term_id:%s/statistics.json\"", ")", "%", "(", "account_id", ",", "term_id", ")", "return", "self", ".", "_get_resource", "(", "url", ")" ]

[ "def", "MatrixSolve", "(", "a", ",", "rhs", ",", "adj", ")", ":", "return", "np", ".", "linalg", ".", "solve", "(", "a", "if", "not", "adj", "else", "_adjoint", "(", "a", ")", ",", "rhs", ")", "," ]

[ "def", "create", "(", "cls", ",", "jar", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "jar", ",", "cls", ")", ":", "return", "jar", "return", "cls", "(", "org", "=", "jar", ".", "org", ",", "name", "=", "jar", ".", "name", ",", "rev", "=", "jar", ".", "rev", ",", "classifier", "=", "jar", ".", "classifier", ",", "ext", "=", "jar", ".", "ext", ")" ]