Q:

Автоматическое обновление cron

Есть три PHP-файла, в которых с разных источников парсятся JSON-данные.  Как при помощи cron запускать эти файлы в 4 часа утра? 

A:

Выполните в консоли команду crontab -e из под пользователя, под
которым должны запускаться файлы
Добавьте в открывшемся файле строку:  
0 4 * * *      /path-to-php    /full-path-to-php-file > /dev/null
2.1 Чтобы найти /path-to-php выполните в консоли whereis php и в выводе Вам нужно найти что-то вроде /usr/bin/php
Установите файлу /full-path-to-php-file права на исполнение командой
chmod +x /full-path-to-php-file
Перезагрузите крон

