Q:

Как в bash преобразовать миллисекунды в секунды с округлением до второго знака? 

Есть число в миллисекундах.  Например 564.  Нужно получить кол-во секунд округленных до второго знака, то есть 0.56?  Использовать баш или пакеты, которые стоят по умолчанию в centos/debian.  bc например не годится.  Арифметических действий потом с числом производится не будет, так что достаточно получить строку на выходе

A:

С использованием bash'евских арифмитических операций $(( )):
n=5645
echo $(( $n/1000 )).$(( ($n % 1000)/10 ))

Вывод:
5.64

Последовательность вычислений:

Выделяем полные секунды
Выделяем миллисекунды из неполной секунды и оставляем только 2 знака
Склеиваем в строку полученные результаты через знак .  

UPD:
Если нужно избавится в полученном результате от одиночного нуля после запятой, то делается это так: res=${res%.0}

A:

Команда, которая подходит требованию:
awk '{printf "%.2f", $1 / 1000}' <<< 564

В данном случае мы используем интерпретатор awk, передаем в него значение миллисекунд. 
В самой конструкции это значение будет подставляться вместо $1
Для перевода миллисекунд в секунды мы делим значение миллисекунд на 1000, часть после запятой $1 / 1000, при этом полученное значение на печать выводим при помощи printf с использование параметра "%.2f", который выводит 2 цифры после запятой с округлением к ближайшему целому. 
В данном примере если у нас значение миллисекунд будет более 1 секунды скажем 564564, то данная команда вернет результат: 564.56

