Q:

simple. JSONArray para json. JSONArray

Estou com um problema.  
No mesmo código, meio que preciso utilizar tanto o simple. JSONArray quanto o  json. JSONArray.  Não tenho como importar os dois, então estou tentando utilizar o simple. 
Acontece que, quando faço um request, a resposta é um json que o java diz ser simple, então não consigo usar o outro.  
No trecho do codigo que estou tendo problemas, estou a ler um arquivo.  Ele volta como um Object, que preciso transformar em json.  segue o trecho:
JSONParser parser = new JSONParser();
JSONArray queues = (JSONArray) parser.parse(new FileReader("file.json"))

Aparece o seguinte erro (na primeira linha do treco acima):
java.lang. ClassCastException: org.json.simple. JSONArray cannot be cast to org.json. JSONArray

Se uso o simple, da problema em outra parte do codigo. Estou usando mvc, então fica complicado criar um novo arquivo só pra fazer um método... 

A:

Você consegue importar e usar os dois sim.  Basta importar normalmente e, na hora de usar no código, passar a referência completa, incluindo o caminho do pacote.  Algo como:
org.json.simple. JSONArray json = new org.json.simple. JSONArray();

Se, em outro local do código, você precise usar a outra classe JSONArray, basta da mesma forma passar a referência completa.  Por exemplo:
org.json. JSONArray json2 = new org.json. JSONArray();

Quanto ao seu código atual, não há nada a fazer.  O erro de casting é bem claro.