Datasets:

antolin

/

tlc_interduplication

like 0

[ "public", "void", "exportTree", "(", "Tree", "tree", ")", "{", "Map", "<", "String", ",", "Integer", ">", "idMap", "=", "writeNexusHeader", "(", "tree", ")", ";", "out", ".", "println", "(", "\"\\t\\t;\"", ")", ";", "writeNexusTree", "(", "tree", ",", "treePrefix", "+", "1", ",", "true", ",", "idMap", ")", ";", "out", ".", "println", "(", "\"End;\"", ")", ";", "}" ]

[ "ArchivedDesktopComponent", "addDesktopComponent", "(", "final", "org", ".", "simbrain", ".", "workspace", ".", "gui", ".", "GuiComponent", "<", "?", ">", "dc", ")", "{", "return", "desktopComponent", "=", "new", "ArchivedDesktopComponent", "(", "this", ",", "dc", ")", ";", "}" ]

[ "private", "void", "extendColourMap", "(", "int", "highest", ")", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "m_colorList", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "<", "highest", ";", "i", "++", ")", "{", "Color", "pc", "=", "m_DefaultColors", "[", "i", "%", "10", "]", ";", "int", "ija", "=", "i", "/", "10", ";", "ija", "*=", "2", ";", "for", "(", "int", "j", "=", "0", ";", "j", "<", "ija", ";", "j", "++", ")", "{", "pc", "=", "pc", ".", "brighter", "(", ")", ";", "}", "m_colorList", ".", "add", "(", "pc", ")", ";", "}", "}" ]

[ "protected", "void", "processResult", "(", "final", "Operation", "operation", ",", "final", "Object", "result", ",", "final", "Command", "commandObj", ")", "throws", "BaseCollectionException", "{", "Processor", "_processor", "=", "null", ";", "_processor", "=", "operation", ".", "getProcessor", "(", ")", ";", "if", "(", "null", "!=", "_processor", ")", "{", "List", "<", "Object", ">", "argsList", "=", "new", "ArrayList", "<", "Object", ">", "(", ")", ";", "argsList", ".", "add", "(", "Util", ".", "normalizedReadArgs", "(", "_keyMap", ",", "commandObj", ".", "retreiveArguments", "(", ")", ")", ")", ";", "argsList", ".", "add", "(", "commandObj", ".", "getCommandIndex", "(", ")", ")", ";", "_processor", ".", "setPrerequisiteObjects", "(", "argsList", ")", ";", "_processor", ".", "processResult", "(", "operation", ",", "result", ",", "_keyMap", ")", ";", "}", "else", "{", "_LOGGER", ".", "debug", "(", "\"No Processors found to execute. \"", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "Enumeration", "enumurateQueue", "(", ")", "{", "Vector", "elements", "=", "new", "Vector", "(", ")", ";", "synchronized", "(", "LOCK", ")", "{", "Enumeration", "e", "=", "pending", ".", "elements", "(", ")", ";", "while", "(", "e", ".", "hasMoreElements", "(", ")", ")", "{", "elements", ".", "addElement", "(", "e", ".", "nextElement", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "return", "elements", ".", "elements", "(", ")", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "hasPrevious", "(", ")", "{", "return", "iterator", ".", "hasPrevious", "(", ")", ";", "}" ]

[ "private", "void", "captionPut", "(", "int", "value", ",", "String", "text", ")", "{", "captionMap", ".", "put", "(", "new", "Integer", "(", "value", ")", ",", "text", ")", ";", "}" ]

[ "public", "void", "sortLocations", "(", ")", "{", "if", "(", "l_locations", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "return", ";", "Collections", ".", "sort", "(", "l_locations", ")", ";", "PBLocation", "fst", "=", "l_locations", ".", "get", "(", "0", ")", ",", "loc", ";", "if", "(", "!", "fst", ".", "isType", "(", "StringConst", ".", "EMPTY", ")", ")", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "1", ";", "i", "<", "l_locations", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "++", ")", "{", "loc", "=", "l_locations", ".", "get", "(", "i", ")", ";", "if", "(", "loc", ".", "isType", "(", "StringConst", ".", "EMPTY", ")", ")", "{", "loc", ".", "setType", "(", "fst", ".", "getType", "(", ")", ")", ";", "break", ";", "}", "}", "fst", ".", "setType", "(", "StringConst", ".", "EMPTY", ")", ";", "}", "}" ]

[ "private", "void", "persistVolumeNativeID", "(", "DbClient", "dbClient", ",", "URI", "volumeId", ",", "String", "nativeID", ",", "Calendar", "creationTime", ")", "throws", "IOException", "{", "Volume", "volume", "=", "dbClient", ".", "queryObject", "(", "Volume", ".", "class", ",", "volumeId", ")", ";", "volume", ".", "setCreationTime", "(", "creationTime", ")", ";", "volume", ".", "setNativeId", "(", "nativeID", ")", ";", "volume", ".", "setNativeGuid", "(", "NativeGUIDGenerator", ".", "generateNativeGuid", "(", "dbClient", ",", "volume", ")", ")", ";", "dbClient", ".", "updateObject", "(", "volume", ")", ";", "}" ]

[ "public", "Whitelist", "(", ")", "{", "this", ".", "patterns", "=", "Collections", ".", "emptyList", "(", ")", ";", "this", ".", "statusCode", "=", "-", "1", ";", "this", ".", "enabled", "=", "false", ";", "}" ]

[ "protected", "Node", "conditionalExprPromotion", "(", "Node", "node", ",", "TypeMirror", "destType", ")", "{", "TypeMirror", "nodeType", "=", "node", ".", "getType", "(", ")", ";", "if", "(", "types", ".", "isSameType", "(", "nodeType", ",", "destType", ")", ")", "{", "return", "node", ";", "}", "if", "(", "TypesUtils", ".", "isPrimitive", "(", "nodeType", ")", "&&", "TypesUtils", ".", "isBoxedPrimitive", "(", "destType", ")", ")", "{", "return", "box", "(", "node", ")", ";", "}", "boolean", "isBoxedPrimitive", "=", "TypesUtils", ".", "isBoxedPrimitive", "(", "nodeType", ")", ";", "TypeMirror", "unboxedNodeType", "=", "isBoxedPrimitive", "?", "types", ".", "unboxedType", "(", "nodeType", ")", ":", "nodeType", ";", "TypeMirror", "unboxedDestType", "=", "TypesUtils", ".", "isBoxedPrimitive", "(", "destType", ")", "?", "types", ".", "unboxedType", "(", "destType", ")", ":", "destType", ";", "if", "(", "TypesUtils", ".", "isNumeric", "(", "unboxedNodeType", ")", "&&", "TypesUtils", ".", "isNumeric", "(", "unboxedDestType", ")", ")", "{", "if", "(", "unboxedNodeType", ".", "getKind", "(", ")", "==", "TypeKind", ".", "BYTE", "&&", "destType", ".", "getKind", "(", ")", "==", "TypeKind", ".", "SHORT", ")", "{", "if", "(", "isBoxedPrimitive", ")", "{", "node", "=", "unbox", "(", "node", ")", ";", "}", "return", "widen", "(", "node", ",", "destType", ")", ";", "}", "TypeKind", "destKind", "=", "destType", ".", "getKind", "(", ")", ";", "if", "(", "destKind", "==", "TypeKind", ".", "BYTE", "||", "destKind", "==", "TypeKind", ".", "CHAR", "||", "destKind", "==", "TypeKind", ".", "SHORT", ")", "{", "if", "(", "isBoxedPrimitive", ")", "{", "return", "unbox", "(", "node", ")", ";", "}", "else", "if", "(", "nodeType", ".", "getKind", "(", ")", "==", "TypeKind", ".", "INT", ")", "{", "return", "narrow", "(", "node", ",", "destType", ")", ";", "}", "}", "return", "binaryNumericPromotion", "(", "node", ",", "destType", ")", ";", "}", "if", "(", "TypesUtils", ".", "isPrimitive", "(", "nodeType", ")", "&&", "(", "destType", ".", "getKind", "(", ")", "==", "TypeKind", ".", "DECLARED", "||", "destType", ".", "getKind", "(", ")", "==", "TypeKind", ".", "UNION", "||", "destType", ".", "getKind", "(", ")", "==", "TypeKind", ".", "INTERSECTION", ")", ")", "{", "return", "box", "(", "node", ")", ";", "}", "return", "node", ";", "}" ]

[ "public", "void", "removeConnection", "(", "Connection", "conn", ")", "{", "int", "removalIndex", "=", "findConnection", "(", "conn", ")", ";", "if", "(", "removalIndex", "!=", "-", "1", ")", "{", "mConnections", ".", "remove", "(", "removalIndex", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "AttrSet", "read", "(", "java", ".", "security", ".", "Principal", "principal", ",", "Guid", "guid", ",", "String", "attrNames", "[", "]", ")", "throws", "UMSException", "{", "String", "id", "=", "guid", ".", "getDn", "(", ")", ";", "ConnectionEntryReader", "entryReader", ";", "SearchRequest", "request", "=", "LDAPRequests", ".", "newSearchRequest", "(", "id", ",", "SearchScope", ".", "BASE_OBJECT", ",", "\"(objectclass=*)\"", ",", "attrNames", ")", ";", "entryReader", "=", "readLDAPEntry", "(", "principal", ",", "request", ")", ";", "if", "(", "entryReader", "==", "null", ")", "{", "throw", "new", "AccessRightsException", "(", "id", ")", ";", "}", "Collection", "<", "Attribute", ">", "attrs", "=", "new", "ArrayList", "<", ">", "(", ")", ";", "try", "(", "ConnectionEntryReader", "reader", "=", "entryReader", ")", "{", "while", "(", "reader", ".", "hasNext", "(", ")", ")", "{", "if", "(", "reader", ".", "isReference", "(", ")", ")", "{", "reader", ".", "readReference", "(", ")", ";", "}", "SearchResultEntry", "entry", "=", "entryReader", ".", "readEntry", "(", ")", ";", "for", "(", "Attribute", "attr", ":", "entry", ".", "getAllAttributes", "(", ")", ")", "{", "attrs", ".", "add", "(", "attr", ")", ";", "}", "}", "if", "(", "attrs", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "throw", "new", "EntryNotFoundException", "(", "i18n", ".", "getString", "(", "IUMSConstants", ".", "ENTRY_NOT_FOUND", ",", "new", "String", "[", "]", "{", "id", "}", ")", ")", ";", "}", "return", "new", "AttrSet", "(", "attrs", ")", ";", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "throw", "new", "UMSException", "(", "i18n", ".", "getString", "(", "IUMSConstants", ".", "UNABLE_TO_READ_ENTRY", ",", "new", "String", "[", "]", "{", "id", "}", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "protected", "int", "selectOperator", "(", ")", "{", "lastUpdate", "++", ";", "if", "(", "(", "lastUpdate", ">=", "UPDATE_WINDOW", ")", "||", "(", "probabilities", "==", "null", ")", ")", "{", "lastUpdate", "=", "0", ";", "probabilities", "=", "getOperatorProbabilities", "(", ")", ";", "}", "double", "rand", "=", "PRNG", ".", "nextDouble", "(", ")", ";", "double", "sum", "=", "0.0", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "operators", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "++", ")", "{", "sum", "+=", "probabilities", "[", "i", "]", ";", "if", "(", "sum", ">", "rand", ")", "{", "return", "i", ";", "}", "}", "throw", "new", "IllegalStateException", "(", ")", ";", "}" ]

[ "private", "Function", "<", "String", ",", "TagState", ">", "newTagRetriever", "(", "TaggingClient", "client", ")", "{", "return", "null", ";", "}" ]

[ "public", "static", "Map", "<", "String", ",", "List", "<", "DataFileFooter", ">", ">", "createDataFileFooterMappingForSegments", "(", "List", "<", "TableBlockInfo", ">", "tableBlockInfoList", ")", "throws", "IndexBuilderException", "{", "Map", "<", "String", ",", "List", "<", "DataFileFooter", ">", ">", "segmentBlockInfoMapping", "=", "new", "HashMap", "<", ">", "(", ")", ";", "for", "(", "TableBlockInfo", "blockInfo", ":", "tableBlockInfoList", ")", "{", "List", "<", "DataFileFooter", ">", "eachSegmentBlocks", "=", "new", "ArrayList", "<", ">", "(", ")", ";", "String", "segId", "=", "blockInfo", ".", "getSegmentId", "(", ")", ";", "DataFileFooter", "dataFileMatadata", "=", "null", ";", "List", "<", "DataFileFooter", ">", "metadataList", "=", "segmentBlockInfoMapping", ".", "get", "(", "segId", ")", ";", "try", "{", "dataFileMatadata", "=", "CarbonUtil", ".", "readMetadatFile", "(", "blockInfo", ".", "getFilePath", "(", ")", ",", "blockInfo", ".", "getBlockOffset", "(", ")", ",", "blockInfo", ".", "getBlockLength", "(", ")", ")", ";", "}", "catch", "(", "CarbonUtilException", "e", ")", "{", "throw", "new", "IndexBuilderException", "(", "e", ")", ";", "}", "if", "(", "null", "==", "metadataList", ")", "{", "eachSegmentBlocks", ".", "add", "(", "dataFileMatadata", ")", ";", "segmentBlockInfoMapping", ".", "put", "(", "segId", ",", "eachSegmentBlocks", ")", ";", "}", "else", "{", "metadataList", ".", "add", "(", "dataFileMatadata", ")", ";", "}", "}", "return", "segmentBlockInfoMapping", ";", "}" ]

[ "public", "T", "add", "(", "T", "e", ")", "{", "T", "oldE", "=", "null", ";", "while", "(", "!", "buffer", ".", "offerLast", "(", "e", ")", ")", "{", "oldE", "=", "buffer", ".", "poll", "(", ")", ";", "}", "return", "oldE", ";", "}" ]

[ "static", "ArrayList", "<", "String", ">", "loadImage", "(", "File", "file", ")", "throws", "FileNotFoundException", ",", "RuntimeException", "{", "if", "(", "file", "==", "null", ")", "return", "null", ";", "Scanner", "sc", ";", "sc", "=", "new", "Scanner", "(", "file", ")", ";", "ArrayList", "<", "String", ">", "rows", "=", "new", "ArrayList", "<", "String", ">", "(", ")", ";", "String", "s", "=", "sc", ".", "nextLine", "(", ")", ";", "int", "len", "=", "s", ".", "length", "(", ")", ";", "int", "idx", "=", "1", ";", "rows", ".", "add", "(", "s", ")", ";", "while", "(", "sc", ".", "hasNext", "(", ")", ")", "{", "idx", "++", ";", "s", "=", "sc", ".", "nextLine", "(", ")", ";", "if", "(", "s", ".", "length", "(", ")", "!=", "len", ")", "{", "sc", ".", "close", "(", ")", ";", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "\"Line \"", "+", "idx", "+", "\" only has \"", "+", "s", ".", "length", "(", ")", "+", "\" characters (should have \"", "+", "len", "+", "\")\"", ")", ";", "}", "rows", ".", "add", "(", "s", ")", ";", "}", "sc", ".", "close", "(", ")", ";", "return", "rows", ";", "}" ]

[ "public", "static", "String", "cutpointsToString", "(", "double", "[", "]", "cutPoints", ",", "boolean", "[", "]", "cutAndLeft", ")", "{", "StringBuffer", "text", "=", "new", "StringBuffer", "(", "\"\"", ")", ";", "if", "(", "cutPoints", "==", "null", ")", "{", "text", ".", "append", "(", "\"\\n# no cutpoints found - attribute \\n\"", ")", ";", "}", "else", "{", "text", ".", "append", "(", "\"\\n#* \"", "+", "cutPoints", ".", "length", "+", "\" cutpoint(s) -\\n\"", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "cutPoints", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "text", ".", "append", "(", "\"# \"", "+", "cutPoints", "[", "i", "]", "+", "\" \"", ")", ";", "text", ".", "append", "(", "\"\"", "+", "cutAndLeft", "[", "i", "]", "+", "\"\\n\"", ")", ";", "}", "text", ".", "append", "(", "\"# end\\n\"", ")", ";", "}", "return", "text", ".", "toString", "(", ")", ";", "}" ]

[ "private", "static", "int", "capacity", "(", "int", "expectedMaxSize", ")", "{", "return", "(", "expectedMaxSize", ">", "MAXIMUM_CAPACITY", "/", "3", ")", "?", "MAXIMUM_CAPACITY", ":", "(", "expectedMaxSize", "<=", "2", "*", "MINIMUM_CAPACITY", "/", "3", ")", "?", "MINIMUM_CAPACITY", ":", "Integer", ".", "highestOneBit", "(", "expectedMaxSize", "+", "(", "expectedMaxSize", "<<", "1", ")", ")", ";", "}" ]

[ "private", "void", "resizeNameColumn", "(", "int", "diff", ",", "boolean", "resizeStatisticPanels", ")", "{", "if", "(", "diff", "!=", "0", ")", "{", "if", "(", "nameDim", "==", "null", ")", "{", "nameDim", "=", "new", "Dimension", "(", "DIMENSION_HEADER_ATTRIBUTE_NAME", ".", "width", "+", "diff", ",", "DIMENSION_HEADER_ATTRIBUTE_NAME", ".", "height", ")", ";", "}", "else", "{", "int", "newWidth", "=", "nameDim", ".", "width", "+", "diff", ";", "int", "minWidth", "=", "RESIZE_MARGIN_SHRINK", ";", "int", "maxWidth", "=", "columnHeaderPanel", ".", "getWidth", "(", ")", "-", "(", "DIMENSION_HEADER_MISSINGS", ".", "width", "+", "DIMENSION_HEADER_TYPE", ".", "width", "+", "DIMENSION_SEARCH_FIELD", ".", "width", "+", "RESIZE_MARGIN_ENLARGE", ")", ";", "if", "(", "newWidth", ">", "maxWidth", ")", "{", "newWidth", "=", "maxWidth", ";", "}", "if", "(", "newWidth", "<", "minWidth", ")", "{", "newWidth", "=", "minWidth", ";", "}", "nameDim", "=", "new", "Dimension", "(", "newWidth", ",", "nameDim", ".", "height", ")", ";", "}", "sortingLabelAttName", ".", "setMinimumSize", "(", "nameDim", ")", ";", "sortingLabelAttName", ".", "setPreferredSize", "(", "nameDim", ")", ";", "columnHeaderPanel", ".", "revalidate", "(", ")", ";", "columnHeaderPanel", ".", "repaint", "(", ")", ";", "}", "if", "(", "resizeStatisticPanels", ")", "{", "revalidateAttributePanels", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "void", "copyCheckpointsFromInstallationDirectory", "(", "String", "destinationCheckpointsFilename", ")", "throws", "IOException", "{", "if", "(", "destinationCheckpointsFilename", "==", "null", ")", "{", "return", ";", "}", "File", "destinationCheckpoints", "=", "new", "File", "(", "destinationCheckpointsFilename", ")", ";", "if", "(", "!", "destinationCheckpoints", ".", "exists", "(", ")", ")", "{", "File", "directory", "=", "new", "File", "(", "\".\"", ")", ";", "String", "currentWorkingDirectory", "=", "directory", ".", "getCanonicalPath", "(", ")", ";", "String", "filePrefix", "=", "MultiBitService", ".", "getFilePrefix", "(", ")", ";", "String", "checkpointsFilename", "=", "filePrefix", "+", "MultiBitService", ".", "CHECKPOINTS_SUFFIX", ";", "String", "sourceCheckpointsFilename", "=", "currentWorkingDirectory", "+", "File", ".", "separator", "+", "checkpointsFilename", ";", "File", "sourceBlockcheckpoints", "=", "new", "File", "(", "sourceCheckpointsFilename", ")", ";", "if", "(", "sourceBlockcheckpoints", ".", "exists", "(", ")", "&&", "!", "destinationCheckpointsFilename", ".", "equals", "(", "sourceCheckpointsFilename", ")", ")", "{", "log", ".", "info", "(", "\"Copying checkpoints from '\"", "+", "sourceCheckpointsFilename", "+", "\"' to '\"", "+", "destinationCheckpointsFilename", "+", "\"'\"", ")", ";", "copyFile", "(", "sourceBlockcheckpoints", ",", "destinationCheckpoints", ")", ";", "long", "sourceLength", "=", "sourceBlockcheckpoints", ".", "length", "(", ")", ";", "long", "destinationLength", "=", "destinationCheckpoints", ".", "length", "(", ")", ";", "if", "(", "sourceLength", "!=", "destinationLength", ")", "{", "String", "errorText", "=", "\"Checkpoints were not copied to user's application data directory correctly.\\nThe source checkpoints '\"", "+", "sourceCheckpointsFilename", "+", "\"' is of length \"", "+", "sourceLength", "+", "\"\\nbut the destination checkpoints '\"", "+", "destinationCheckpointsFilename", "+", "\"' is of length \"", "+", "destinationLength", ";", "log", ".", "error", "(", "errorText", ")", ";", "throw", "new", "FileHandlerException", "(", "errorText", ")", ";", "}", "}", "}", "}" ]

[ "public", "static", "boolean", "isValidBedGraphLine", "(", "String", "line", ")", "{", "String", "[", "]", "bdg", "=", "line", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", ";", "if", "(", "bdg", ".", "length", "<", "4", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "try", "{", "Integer", ".", "parseInt", "(", "bdg", "[", "1", "]", ")", ";", "Integer", ".", "parseInt", "(", "bdg", "[", "2", "]", ")", ";", "}", "catch", "(", "NumberFormatException", "e", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "return", "true", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "checkArguments", "(", "List", "arguments", ")", "{", "boolean", "validArgs", "=", "true", ";", "if", "(", "arguments", "!=", "null", "&&", "arguments", ".", "size", "(", ")", ">", "0", ")", "{", "String", "specifiedArgs", "=", "formatArgs", "(", "arguments", ")", ";", "Debug", ".", "log", "(", "\"MigrateHandler: invalid argument(s) specified - \"", "+", "specifiedArgs", ")", ";", "printConsoleMessage", "(", "LOC_HR_MSG_INVALID_OPTION", ",", "new", "Object", "[", "]", "{", "specifiedArgs", "}", ")", ";", "validArgs", "=", "false", ";", "}", "return", "validArgs", ";", "}" ]

[ "public", "static", "final", "void", "initZK", "(", "ZooKeeper", "zkc", ",", "String", "selfBrokerUrl", ")", "{", "try", "{", "LocalZooKeeperConnectionService", ".", "checkAndCreatePersistNode", "(", "zkc", ",", "OWNER_INFO_ROOT", ")", ";", "cleanupNamespaceNodes", "(", "zkc", ",", "OWNER_INFO_ROOT", ",", "selfBrokerUrl", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "LOG", ".", "error", "(", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ",", "e", ")", ";", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "E", "peekForward", "(", ")", "{", "int", "nextPos", "=", "(", "pos", "+", "1", ")", "%", "size", ";", "if", "(", "nextPos", ">=", "data", ".", "size", "(", ")", "||", "pos", "==", "end", ")", "{", "return", "null", ";", "}", "return", "data", ".", "get", "(", "nextPos", ")", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "isCellEditable", "(", "EventObject", "e", ")", "{", "if", "(", "e", "instanceof", "MouseEvent", ")", "{", "for", "(", "int", "counter", "=", "getColumnCount", "(", ")", "-", "1", ";", "counter", ">=", "0", ";", "counter", "--", ")", "{", "if", "(", "getColumnClass", "(", "counter", ")", "==", "TreeTableModel", ".", "class", ")", "{", "MouseEvent", "me", "=", "(", "MouseEvent", ")", "e", ";", "MouseEvent", "newME", "=", "new", "MouseEvent", "(", "tree", ",", "me", ".", "getID", "(", ")", ",", "me", ".", "getWhen", "(", ")", ",", "me", ".", "getModifiers", "(", ")", ",", "me", ".", "getX", "(", ")", "-", "getCellRect", "(", "0", ",", "counter", ",", "true", ")", ".", "x", ",", "me", ".", "getY", "(", ")", ",", "me", ".", "getClickCount", "(", ")", ",", "me", ".", "isPopupTrigger", "(", ")", ")", ";", "tree", ".", "dispatchEvent", "(", "newME", ")", ";", "break", ";", "}", "}", "}", "return", "false", ";", "}" ]

[ "protected", "static", "boolean", "isValidClassname", "(", "String", "classname", ")", "{", "return", "(", "classname", ".", "indexOf", "(", "\"$\"", ")", "==", "-", "1", ")", ";", "}" ]

[ "public", "static", "InternalDistributedMember", "readEssentialData", "(", "DataInput", "in", ")", "throws", "IOException", ",", "ClassNotFoundException", "{", "final", "InternalDistributedMember", "mbr", "=", "new", "InternalDistributedMember", "(", ")", ";", "mbr", ".", "_readEssentialData", "(", "in", ")", ";", "return", "mbr", ";", "}" ]

[ "private", "boolean", "eval", "(", "final", "int", "value", ",", "final", "int", "threshold", ")", "{", "LOGGER", ".", "debug", "(", "\"eval: \"", "+", "value", "+", "\", \"", "+", "threshold", ")", ";", "if", "(", "threshold", "<", "0", ")", "{", "LOGGER", ".", "debug", "(", "value", "<", "Math", ".", "abs", "(", "threshold", ")", ")", ";", "return", "value", "<", "Math", ".", "abs", "(", "threshold", ")", ";", "}", "else", "{", "LOGGER", ".", "debug", "(", "value", ">=", "Math", ".", "abs", "(", "threshold", ")", ")", ";", "return", "value", ">=", "threshold", ";", "}", "}" ]

[ "public", "static", "String", "hex", "(", "float", "f", ")", "{", "return", "Integer", ".", "toHexString", "(", "Float", ".", "floatToIntBits", "(", "f", ")", ")", ";", "}" ]

[ "public", "void", "testCompositeAttributeCanBeNull", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "HtmlPage", "page", "=", "getPage", "(", "\"/faces/composite/defaultAttributeValueExpression_1986.xhtml\"", ")", ";", "assertElementAttributeEquals", "(", "page", ",", "\"WithValueNull:Input\"", ",", "\"value\"", ",", "\"\"", ")", ";", "assertElementAttributeEquals", "(", "page", ",", "\"WithValueEmpty:Input\"", ",", "\"value\"", ",", "\"\"", ")", ";", "}" ]

[ "static", "void", "importMap", "(", "InputStream", "is", ",", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "m", ")", "throws", "IOException", ",", "InvalidPreferencesFormatException", "{", "try", "{", "Document", "doc", "=", "loadPrefsDoc", "(", "is", ")", ";", "Element", "xmlMap", "=", "doc", ".", "getDocumentElement", "(", ")", ";", "String", "mapVersion", "=", "xmlMap", ".", "getAttribute", "(", "\"MAP_XML_VERSION\"", ")", ";", "if", "(", "mapVersion", ".", "compareTo", "(", "MAP_XML_VERSION", ")", ">", "0", ")", "throw", "new", "InvalidPreferencesFormatException", "(", "\"Preferences map file format version \"", "+", "mapVersion", "+", "\" is not supported. This java installation can read\"", "+", "\" versions \"", "+", "MAP_XML_VERSION", "+", "\" or older. You may need\"", "+", "\" to install a newer version of JDK.\"", ")", ";", "NodeList", "entries", "=", "xmlMap", ".", "getChildNodes", "(", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ",", "numEntries", "=", "entries", ".", "getLength", "(", ")", ";", "i", "<", "numEntries", ";", "i", "++", ")", "{", "Element", "entry", "=", "(", "Element", ")", "entries", ".", "item", "(", "i", ")", ";", "m", ".", "put", "(", "entry", ".", "getAttribute", "(", "\"key\"", ")", ",", "entry", ".", "getAttribute", "(", "\"value\"", ")", ")", ";", "}", "}", "catch", "(", "SAXException", "e", ")", "{", "throw", "new", "InvalidPreferencesFormatException", "(", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "@", "Deprecated", "protected", "void", "wait", "(", "int", "duration", ",", "Runnable", "callBack", ")", "{", "executor", ".", "schedule", "(", "callBack", ",", "duration", ",", "TimeUnit", ".", "MILLISECONDS", ")", ";", "}" ]

[ "public", "synchronized", "void", "removeOFChannelHandler", "(", "OFChannelHandler", "h", ")", "{", "connectedChannelHandlers", ".", "remove", "(", "h", ")", ";", "}" ]

[ "public", "void", "clearPieSegments", "(", ")", "{", "mPieSegmentList", ".", "clear", "(", ")", ";", "}" ]

[ "public", "void", "clearCache", "(", ")", "{", "clearMemoryCache", "(", ")", ";", "clearDiskCache", "(", ")", ";", "}" ]

[ "@", "SuppressWarnings", "(", "\"deprecation\"", ")", "protected", "boolean", "isFastClockTimeGE", "(", "int", "hr", ",", "int", "min", ")", "{", "Date", "now", "=", "fastClock", ".", "getTime", "(", ")", ";", "nowHours", "=", "now", ".", "getHours", "(", ")", ";", "nowMinutes", "=", "now", ".", "getMinutes", "(", ")", ";", "if", "(", "(", "(", "nowHours", "*", "60", ")", "+", "nowMinutes", ")", ">=", "(", "(", "hr", "*", "60", ")", "+", "min", ")", ")", "{", "return", "true", ";", "}", "return", "false", ";", "}" ]

[ "public", "void", "removeRenamingCallback", "(", "OneSheeldRenamingCallback", "renamingCallback", ")", "{", "if", "(", "renamingCallback", "!=", "null", "&&", "renamingCallbacks", ".", "contains", "(", "renamingCallback", ")", ")", "renamingCallbacks", ".", "remove", "(", "renamingCallback", ")", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "fillIfLive", "(", "long", "timeout", ")", "throws", "IOException", "{", "StreamImpl", "source", "=", "_source", ";", "byte", "[", "]", "readBuffer", "=", "_readBuffer", ";", "if", "(", "readBuffer", "==", "null", "||", "source", "==", "null", ")", "{", "_readOffset", "=", "0", ";", "_readLength", "=", "0", ";", "return", "false", ";", "}", "if", "(", "_readOffset", ">", "0", ")", "{", "System", ".", "arraycopy", "(", "readBuffer", ",", "_readOffset", ",", "readBuffer", ",", "0", ",", "_readLength", "-", "_readOffset", ")", ";", "_readLength", "-=", "_readOffset", ";", "_readOffset", "=", "0", ";", "}", "if", "(", "_readLength", "==", "readBuffer", ".", "length", ")", "return", "true", ";", "int", "readLength", "=", "source", ".", "readTimeout", "(", "_readBuffer", ",", "_readLength", ",", "_readBuffer", ".", "length", "-", "_readLength", ",", "timeout", ")", ";", "if", "(", "readLength", ">=", "0", ")", "{", "_readLength", "+=", "readLength", ";", "_position", "+=", "readLength", ";", "if", "(", "_isEnableReadTime", ")", "_readTime", "=", "CurrentTime", ".", "currentTime", "(", ")", ";", "return", "true", ";", "}", "else", "if", "(", "readLength", "==", "READ_TIMEOUT", ")", "{", "return", "true", ";", "}", "else", "{", "return", "false", ";", "}", "}" ]

[ "public", "ThreadData", "(", "String", "threadName", ",", "String", "threadState", ",", "long", "cpuTimeInNanoSeconds", ")", "{", "this", ".", "threadName", "=", "threadName", ";", "this", ".", "threadState", "=", "threadState", ";", "this", ".", "cpuTimeInNanoSeconds", "=", "cpuTimeInNanoSeconds", ";", "}" ]

[ "private", "List", "<", "int", "[", "]", ">", "prepareExpectedData", "(", ")", "{", "List", "<", "int", "[", "]", ">", "indexList", "=", "new", "ArrayList", "<", ">", "(", "2", ")", ";", "int", "[", "]", "sortIndex", "=", "{", "0", ",", "3", ",", "2", ",", "4", ",", "1", "}", ";", "int", "[", "]", "sortIndexInverted", "=", "{", "0", ",", "2", ",", "4", ",", "1", ",", "2", "}", ";", "indexList", ".", "add", "(", "0", ",", "sortIndex", ")", ";", "indexList", ".", "add", "(", "1", ",", "sortIndexInverted", ")", ";", "return", "indexList", ";", "}" ]

[ "protected", "JFreeChart", "createChart", "(", "CategoryDataset", "dataset", ",", "String", "title", ",", "MUOM", "uom", ")", "{", "JFreeChart", "chart", "=", "ChartFactory", ".", "createBarChart3D", "(", "title", ",", "\" \"", ",", "\" \"", ",", "dataset", ",", "PlotOrientation", ".", "VERTICAL", ",", "true", ",", "true", ",", "false", ")", ";", "if", "(", "uom", "==", "null", "||", "uom", ".", "isHour", "(", ")", ")", "{", "chart", "=", "ChartFactory", ".", "createBarChart3D", "(", "title", ",", "Msg", ".", "translate", "(", "Env", ".", "getCtx", "(", ")", ",", "\"Days\"", ")", ",", "Msg", ".", "translate", "(", "Env", ".", "getCtx", "(", ")", ",", "\"Hours\"", ")", ",", "dataset", ",", "PlotOrientation", ".", "VERTICAL", ",", "true", ",", "true", ",", "false", ")", ";", "}", "else", "{", "chart", "=", "ChartFactory", ".", "createBarChart3D", "(", "title", ",", "Msg", ".", "translate", "(", "Env", ".", "getCtx", "(", ")", ",", "\"Days\"", ")", ",", "Msg", ".", "translate", "(", "Env", ".", "getCtx", "(", ")", ",", "\"Kilo\"", ")", ",", "dataset", ",", "PlotOrientation", ".", "VERTICAL", ",", "true", ",", "true", ",", "false", ")", ";", "}", "return", "chart", ";", "}" ]

[ "private", "ValueGraphVertex", "findOrCreateVertex", "(", "Register", "r", ")", "{", "ValueGraphVertex", "v", "=", "getVertex", "(", "r", ")", ";", "if", "(", "v", "==", "null", ")", "{", "v", "=", "new", "ValueGraphVertex", "(", "r", ")", ";", "v", ".", "setLabel", "(", "r", ",", "0", ")", ";", "graph", ".", "addGraphNode", "(", "v", ")", ";", "nameMap", ".", "put", "(", "r", ",", "v", ")", ";", "}", "return", "v", ";", "}" ]

[ "public", "RadiusGraphElementAccessor", "(", ")", "{", "this", "(", "Math", ".", "sqrt", "(", "Double", ".", "MAX_VALUE", "-", "1000", ")", ")", ";", "}" ]

[ "public", "void", "removeLatestUpdate", "(", "Password", "password", ")", "throws", "PageException", "{", "_removeUpdate", "(", "password", ",", "true", ")", ";", "}" ]

[ "public", "void", "notifyQueryRunning", "(", "final", "BoundEntity", "song", ")", "{", "synchronized", "(", "mRunningQueries", ")", "{", "mRunningQueries", ".", "add", "(", "song", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "void", "testBooleanOptions", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "DatabaseMetaData", "dbmd", "=", "con", ".", "getMetaData", "(", ")", ";", "assertTrue", "(", "\"locatorsUpdateCopy\"", ",", "dbmd", ".", "locatorsUpdateCopy", "(", ")", ")", ";", "assertTrue", "(", "\"supportsGetGeneratedKeys\"", ",", "dbmd", ".", "supportsGetGeneratedKeys", "(", ")", ")", ";", "assertTrue", "(", "\"supportsMultipleOpenResults\"", ",", "dbmd", ".", "supportsMultipleOpenResults", "(", ")", ")", ";", "assertTrue", "(", "\"supportsNamedParameters\"", ",", "dbmd", ".", "supportsNamedParameters", "(", ")", ")", ";", "assertFalse", "(", "\"supportsResultSetHoldability\"", ",", "dbmd", ".", "supportsResultSetHoldability", "(", "ResultSet", ".", "HOLD_CURSORS_OVER_COMMIT", ")", ")", ";", "assertFalse", "(", "\"supportsResultSetHoldability\"", ",", "dbmd", ".", "supportsResultSetHoldability", "(", "ResultSet", ".", "CLOSE_CURSORS_AT_COMMIT", ")", ")", ";", "assertTrue", "(", "\"supportsSavepoints\"", ",", "dbmd", ".", "supportsSavepoints", "(", ")", ")", ";", "assertTrue", "(", "\"supportsStatementPooling\"", ",", "dbmd", ".", "supportsStatementPooling", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "private", "static", "Properties", "createProperties1", "(", ")", "{", "Properties", "props", "=", "new", "Properties", "(", ")", ";", "props", ".", "setProperty", "(", "MCAST_PORT", ",", "\"0\"", ")", ";", "props", ".", "setProperty", "(", "LOCATORS", ",", "\"\"", ")", ";", "return", "props", ";", "}" ]

[ "public", "void", "connected", "(", ")", "{", "final", "String", "methodName", "=", "\"connected\"", ";", "log", ".", "fine", "(", "CLASS_NAME", ",", "methodName", ",", "\"631\"", ")", ";", "this", ".", "connected", "=", "true", ";", "pingSender", ".", "start", "(", ")", ";", "}" ]

[ "protected", "final", "boolean", "tryAcquire", "(", "int", "acquires", ")", "{", "final", "Thread", "current", "=", "Thread", ".", "currentThread", "(", ")", ";", "int", "c", "=", "getState", "(", ")", ";", "if", "(", "c", "==", "0", ")", "{", "if", "(", "!", "hasQueuedPredecessors", "(", ")", "&&", "compareAndSetState", "(", "0", ",", "acquires", ")", ")", "{", "setExclusiveOwnerThread", "(", "current", ")", ";", "return", "true", ";", "}", "}", "else", "if", "(", "current", "==", "getExclusiveOwnerThread", "(", ")", ")", "{", "int", "nextc", "=", "c", "+", "acquires", ";", "if", "(", "nextc", "<", "0", ")", "throw", "new", "Error", "(", "\"Maximum lock count exceeded\"", ")", ";", "setState", "(", "nextc", ")", ";", "return", "true", ";", "}", "return", "false", ";", "}" ]

[ "private", "void", "dispatchOnThirdPartyRegistrationFailed", "(", ")", "{", "synchronized", "(", "this", ")", "{", "for", "(", "ThirdPartyRegistrationListener", "listener", ":", "mThirdPartyRegistrationListeners", ")", "{", "try", "{", "listener", ".", "onThirdPartyRegistrationFailed", "(", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "Log", ".", "e", "(", "LOG_TAG", ",", "\"onSessionsRegistrationFailed \"", "+", "e", ".", "getLocalizedMessage", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "mThirdPartyRegistrationListeners", ".", "clear", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "void", "removeCOSTemplates", "(", ")", "throws", "UMSException", "{", "ArrayList", "aList", "=", "(", "ArrayList", ")", "getCOSTemplates", "(", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "aList", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "++", ")", "{", "COSTemplate", "cosTemplate", "=", "(", "COSTemplate", ")", "aList", ".", "get", "(", "i", ")", ";", "cosTemplate", ".", "remove", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "private", "void", "writeObject", "(", "java", ".", "io", ".", "ObjectOutputStream", "s", ")", "throws", "java", ".", "io", ".", "IOException", "{", "s", ".", "defaultWriteObject", "(", ")", ";", "for", "(", "Node", "<", "K", ",", "V", ">", "n", "=", "findFirst", "(", ")", ";", "n", "!=", "null", ";", "n", "=", "n", ".", "next", ")", "{", "V", "v", "=", "n", ".", "getValidValue", "(", ")", ";", "if", "(", "v", "!=", "null", ")", "{", "s", ".", "writeObject", "(", "n", ".", "key", ")", ";", "s", ".", "writeObject", "(", "v", ")", ";", "}", "}", "s", ".", "writeObject", "(", "null", ")", ";", "}" ]

[ "private", "void", "collectReferences", "(", "final", "IOperandTreeNode", "node", ",", "final", "Set", "<", "IAddress", ">", "references", ")", "{", "for", "(", "final", "IReference", "reference", ":", "node", ".", "getReferences", "(", ")", ")", "{", "if", "(", "ReferenceType", ".", "isCodeReference", "(", "reference", ".", "getType", "(", ")", ")", ")", "{", "references", ".", "add", "(", "reference", ".", "getTarget", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "for", "(", "final", "IOperandTreeNode", "child", ":", "node", ".", "getChildren", "(", ")", ")", "{", "collectReferences", "(", "child", ",", "references", ")", ";", "}", "}" ]

[ "private", "ApplyDeletesResult", "closeSegmentStates", "(", "IndexWriter", ".", "ReaderPool", "pool", ",", "SegmentState", "[", "]", "segStates", ",", "boolean", "success", ",", "long", "gen", ")", "throws", "IOException", "{", "int", "numReaders", "=", "segStates", ".", "length", ";", "Throwable", "firstExc", "=", "null", ";", "List", "<", "SegmentCommitInfo", ">", "allDeleted", "=", "null", ";", "long", "totDelCount", "=", "0", ";", "for", "(", "int", "j", "=", "0", ";", "j", "<", "numReaders", ";", "j", "++", ")", "{", "SegmentState", "segState", "=", "segStates", "[", "j", "]", ";", "if", "(", "success", ")", "{", "totDelCount", "+=", "segState", ".", "rld", ".", "getPendingDeleteCount", "(", ")", "-", "segState", ".", "startDelCount", ";", "segState", ".", "reader", ".", "getSegmentInfo", "(", ")", ".", "setBufferedDeletesGen", "(", "gen", ")", ";", "int", "fullDelCount", "=", "segState", ".", "rld", ".", "info", ".", "getDelCount", "(", ")", "+", "segState", ".", "rld", ".", "getPendingDeleteCount", "(", ")", ";", "assert", "fullDelCount", "<=", "segState", ".", "rld", ".", "info", ".", "info", ".", "maxDoc", "(", ")", ";", "if", "(", "fullDelCount", "==", "segState", ".", "rld", ".", "info", ".", "info", ".", "maxDoc", "(", ")", ")", "{", "if", "(", "allDeleted", "==", "null", ")", "{", "allDeleted", "=", "new", "ArrayList", "<", ">", "(", ")", ";", "}", "allDeleted", ".", "add", "(", "segState", ".", "reader", ".", "getSegmentInfo", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "try", "{", "segStates", "[", "j", "]", ".", "finish", "(", "pool", ")", ";", "}", "catch", "(", "Throwable", "th", ")", "{", "if", "(", "firstExc", "!=", "null", ")", "{", "firstExc", "=", "th", ";", "}", "}", "}", "if", "(", "success", ")", "{", "IOUtils", ".", "reThrow", "(", "firstExc", ")", ";", "}", "if", "(", "infoStream", ".", "isEnabled", "(", "\"BD\"", ")", ")", "{", "infoStream", ".", "message", "(", "\"BD\"", ",", "\"applyDeletes: \"", "+", "totDelCount", "+", "\" new deleted documents\"", ")", ";", "}", "return", "new", "ApplyDeletesResult", "(", "totDelCount", ">", "0", ",", "gen", ",", "allDeleted", ")", ";", "}" ]

[ "@", "Override", "public", "double", "[", "]", "[", "]", "rankedAttributes", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "if", "(", "m_rankedAtts", "==", "null", "||", "m_rankedSoFar", "==", "-", "1", ")", "{", "throw", "new", "Exception", "(", "\"Search must be performed before attributes \"", "+", "\"can be ranked.\"", ")", ";", "}", "m_doRank", "=", "true", ";", "search", "(", "m_ASEval", ",", "null", ")", ";", "double", "[", "]", "[", "]", "final_rank", "=", "new", "double", "[", "m_rankedSoFar", "]", "[", "2", "]", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "m_rankedSoFar", ";", "i", "++", ")", "{", "final_rank", "[", "i", "]", "[", "0", "]", "=", "m_rankedAtts", "[", "i", "]", "[", "0", "]", ";", "final_rank", "[", "i", "]", "[", "1", "]", "=", "m_rankedAtts", "[", "i", "]", "[", "1", "]", ";", "}", "resetOptions", "(", ")", ";", "m_doneRanking", "=", "true", ";", "if", "(", "m_numToSelect", ">", "final_rank", ".", "length", ")", "{", "throw", "new", "Exception", "(", "\"More attributes requested than exist in the data\"", ")", ";", "}", "if", "(", "m_numToSelect", "<=", "0", ")", "{", "if", "(", "m_threshold", "==", "-", "Double", ".", "MAX_VALUE", ")", "{", "m_calculatedNumToSelect", "=", "final_rank", ".", "length", ";", "}", "else", "{", "determineNumToSelectFromThreshold", "(", "final_rank", ")", ";", "}", "}", "return", "final_rank", ";", "}" ]

[ "private", "void", "handleYarnContainerChange", "(", "String", "containerCountAsString", ")", "throws", "IOException", ",", "YarnException", "{", "String", "applicationId", "=", "yarnUtil", ".", "getRunningAppId", "(", "jobName", ",", "jobID", ")", ";", "int", "containerCount", "=", "Integer", ".", "valueOf", "(", "containerCountAsString", ")", ";", "int", "currentNumTask", "=", "getCurrentNumTasks", "(", ")", ";", "int", "currentNumContainers", "=", "getCurrentNumContainers", "(", ")", ";", "if", "(", "containerCount", "==", "currentNumContainers", ")", "{", "log", ".", "error", "(", "\"The new number of containers is equal to the current number of containers, skipping this message\"", ")", ";", "return", ";", "}", "if", "(", "containerCount", "<=", "0", ")", "{", "log", ".", "error", "(", "\"The number of containers cannot be zero or less, skipping this message\"", ")", ";", "return", ";", "}", "if", "(", "containerCount", ">", "currentNumTask", ")", "{", "log", ".", "error", "(", "\"The number of containers cannot be more than the number of task, skipping this message\"", ")", ";", "return", ";", "}", "log", ".", "info", "(", "\"Killing the current job\"", ")", ";", "yarnUtil", ".", "killApplication", "(", "applicationId", ")", ";", "coordinatorServerURL", "=", "null", ";", "try", "{", "String", "state", "=", "yarnUtil", ".", "getApplicationState", "(", "applicationId", ")", ";", "Thread", ".", "sleep", "(", "1000", ")", ";", "int", "countSleep", "=", "1", ";", "while", "(", "!", "state", ".", "equals", "(", "\"KILLED\"", ")", ")", "{", "state", "=", "yarnUtil", ".", "getApplicationState", "(", "applicationId", ")", ";", "log", ".", "info", "(", "\"Job kill signal sent, but job not killed yet for \"", "+", "applicationId", "+", "\". Sleeping for another 1000ms\"", ")", ";", "Thread", ".", "sleep", "(", "1000", ")", ";", "countSleep", "++", ";", "if", "(", "countSleep", ">", "10", ")", "{", "throw", "new", "IllegalStateException", "(", "\"Job has not been killed after 10 attempts.\"", ")", ";", "}", "}", "}", "catch", "(", "InterruptedException", "e", ")", "{", "e", ".", "printStackTrace", "(", ")", ";", "}", "log", ".", "info", "(", "\"Killed the current job successfully\"", ")", ";", "log", ".", "info", "(", "\"Staring the job again\"", ")", ";", "skipUnreadMessages", "(", ")", ";", "JobRunner", "jobRunner", "=", "new", "JobRunner", "(", "config", ")", ";", "jobRunner", ".", "run", "(", "false", ")", ";", "}" ]

[ "public", "static", "boolean", "compareCellValue", "(", "Double", "v1", ",", "Double", "v2", ",", "double", "t", ",", "boolean", "ignoreNaN", ")", "{", "if", "(", "v1", "==", "null", ")", "v1", "=", "0.0", ";", "if", "(", "v2", "==", "null", ")", "v2", "=", "0.0", ";", "if", "(", "ignoreNaN", "&&", "(", "v1", ".", "isNaN", "(", ")", "||", "v1", ".", "isInfinite", "(", ")", "||", "v2", ".", "isNaN", "(", ")", "||", "v2", ".", "isInfinite", "(", ")", ")", ")", "return", "true", ";", "if", "(", "v1", ".", "equals", "(", "v2", ")", ")", "return", "true", ";", "return", "Math", ".", "abs", "(", "v1", "-", "v2", ")", "<=", "t", ";", "}" ]

[ "public", "static", "int", "ping", "(", "String", "url", ")", "throws", "Exception", "{", "URL", "u", "=", "new", "URL", "(", "url", ")", ";", "HttpURLConnection", "c", "=", "(", "HttpURLConnection", ")", "u", ".", "openConnection", "(", ")", ";", "c", ".", "connect", "(", ")", ";", "int", "code", "=", "c", ".", "getResponseCode", "(", ")", ";", "log", ".", "debug", "(", "\"ping=\"", "+", "url", "+", "\", response.code=\"", "+", "code", ")", ";", "c", ".", "disconnect", "(", ")", ";", "return", "code", ";", "}" ]

[ "public", "static", "int", "secondaryIdentityHash", "(", "Object", "key", ")", "{", "return", "secondaryHash", "(", "System", ".", "identityHashCode", "(", "key", ")", ")", ";", "}" ]

[ "public", "Config", "loadInstalledCodenvyConfig", "(", "InstallType", "installType", ")", "throws", "IOException", "{", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "properties", "=", "loadInstalledCodenvyProperties", "(", "installType", ")", ";", "return", "new", "Config", "(", "properties", ")", ";", "}" ]

[ "public", "GeoDistanceSortBuilder", "point", "(", "double", "lat", ",", "double", "lon", ")", "{", "points", ".", "add", "(", "new", "GeoPoint", "(", "lat", ",", "lon", ")", ")", ";", "return", "this", ";", "}" ]

[ "protected", "int", "indexFirstOf", "(", "final", "String", "s", ",", "final", "String", "delims", ",", "int", "offset", ")", "{", "if", "(", "s", "==", "null", "||", "s", ".", "length", "(", ")", "==", "0", ")", "{", "return", "-", "1", ";", "}", "if", "(", "delims", "==", "null", "||", "delims", ".", "length", "(", ")", "==", "0", ")", "{", "return", "-", "1", ";", "}", "if", "(", "offset", "<", "0", ")", "{", "offset", "=", "0", ";", "}", "else", "if", "(", "offset", ">", "s", ".", "length", "(", ")", ")", "{", "return", "-", "1", ";", "}", "int", "min", "=", "s", ".", "length", "(", ")", ";", "final", "char", "[", "]", "delim", "=", "delims", ".", "toCharArray", "(", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "delim", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "final", "int", "at", "=", "s", ".", "indexOf", "(", "delim", "[", "i", "]", ",", "offset", ")", ";", "if", "(", "at", ">=", "0", "&&", "at", "<", "min", ")", "{", "min", "=", "at", ";", "}", "}", "return", "(", "min", "==", "s", ".", "length", "(", ")", ")", "?", "-", "1", ":", "min", ";", "}" ]

[ "public", "NamedColor", "(", "String", "[", "]", "namesArray", ",", "int", "r", ",", "int", "g", ",", "int", "b", ")", "{", "super", "(", "r", ",", "g", ",", "b", ")", ";", "names", "=", "new", "HashSet", "<", ">", "(", ")", ";", "names", ".", "addAll", "(", "Arrays", ".", "asList", "(", "namesArray", ")", ")", ";", "namesLowercase", "=", "new", "HashSet", "<", ">", "(", ")", ";", "for", "(", "String", "thisName", ":", "namesArray", ")", "{", "namesLowercase", ".", "add", "(", "thisName", ".", "toLowerCase", "(", ")", ")", ";", "}", "if", "(", "namesArray", ".", "length", "==", "0", ")", "{", "name", "=", "\"\"", ";", "}", "else", "{", "name", "=", "namesArray", "[", "0", "]", ";", "}", "}" ]

[ "public", "void", "showContent", "(", ")", "{", "switchState", "(", "CONTENT", ",", "null", ",", "null", ",", "null", ",", "null", ",", "null", ",", "Collections", ".", "<", "Integer", ">", "emptyList", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "public", "static", "boolean", "isValidTemplate", "(", "String", "template", ")", "{", "template", "=", "template", ".", "trim", "(", ")", ";", "if", "(", "template", ".", "indexOf", "(", "'{'", ")", "==", "-", "1", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "String", "s", "=", "template", ".", "trim", "(", ")", ";", "if", "(", "s", ".", "lastIndexOf", "(", "'}'", ")", "!=", "s", ".", "length", "(", ")", "-", "1", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "if", "(", "getMethodSignature", "(", "template", ")", "==", "null", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "if", "(", "getMethodBody", "(", "template", ")", "==", "null", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "return", "true", ";", "}" ]

[ "private", "double", "[", "]", "prune", "(", "Tree", "tree", ",", "NodeRef", "node", ",", "ColourChangeMatrix", "mm", ")", "{", "double", "[", "]", "p", "=", "new", "double", "[", "colourCount", "]", ";", "if", "(", "tree", ".", "isExternal", "(", "node", ")", ")", "{", "p", "[", "getColour", "(", "node", ")", "]", "=", "1.0", ";", "}", "else", "{", "NodeRef", "leftChild", "=", "tree", ".", "getChild", "(", "node", ",", "0", ")", ";", "NodeRef", "rightChild", "=", "tree", ".", "getChild", "(", "node", ",", "1", ")", ";", "double", "[", "]", "left", "=", "prune", "(", "tree", ",", "leftChild", ",", "mm", ")", ";", "double", "[", "]", "right", "=", "prune", "(", "tree", ",", "rightChild", ",", "mm", ")", ";", "double", "nodeHeight", "=", "tree", ".", "getNodeHeight", "(", "node", ")", ";", "double", "leftTime", "=", "nodeHeight", "-", "tree", ".", "getNodeHeight", "(", "tree", ".", "getChild", "(", "node", ",", "0", ")", ")", ";", "double", "rightTime", "=", "nodeHeight", "-", "tree", ".", "getNodeHeight", "(", "tree", ".", "getChild", "(", "node", ",", "1", ")", ")", ";", "double", "maxp", "=", "0.0", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "colourCount", ";", "i", "++", ")", "{", "double", "leftSum", "=", "0.0", ";", "double", "rightSum", "=", "0.0", ";", "for", "(", "int", "j", "=", "0", ";", "j", "<", "colourCount", ";", "j", "++", ")", "{", "leftSum", "+=", "mm", ".", "forwardTimeEvolution", "(", "i", ",", "j", ",", "leftTime", ")", "*", "left", "[", "j", "]", ";", "rightSum", "+=", "mm", ".", "forwardTimeEvolution", "(", "i", ",", "j", ",", "rightTime", ")", "*", "right", "[", "j", "]", ";", "}", "p", "[", "i", "]", "=", "leftSum", "*", "rightSum", ";", "if", "(", "p", "[", "i", "]", ">", "maxp", ")", "{", "maxp", "=", "p", "[", "i", "]", ";", "}", "}", "if", "(", "maxp", "<", "1.0e-100", ")", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "colourCount", ";", "i", "++", ")", "{", "p", "[", "i", "]", "*=", "1.0e+100", ";", "}", "logNodePartialsRescaling", "-=", "Math", ".", "log", "(", "1.0e+100", ")", ";", "}", "}", "nodePartials", "[", "node", ".", "getNumber", "(", ")", "]", "=", "p", ";", "if", "(", "debugNodePartials", ")", "{", "prettyPrint", "(", "\"Node \"", "+", "node", ".", "getNumber", "(", ")", "+", "\" prune=\"", ",", "p", ")", ";", "}", "return", "p", ";", "}" ]

[ "private", "void", "awaitOperationsAvailable", "(", ")", "throws", "InterruptedException", "{", "flushLock", ".", "lock", "(", ")", ";", "try", "{", "do", "{", "if", "(", "writeCache", ".", "sizex", "(", ")", "<=", "cacheMaxSize", "||", "cacheMaxSize", "==", "0", ")", "{", "if", "(", "cacheFlushFreq", ">", "0", ")", "canFlush", ".", "await", "(", "cacheFlushFreq", ",", "TimeUnit", ".", "MILLISECONDS", ")", ";", "else", "canFlush", ".", "await", "(", ")", ";", "}", "}", "while", "(", "writeCache", ".", "sizex", "(", ")", "==", "0", "&&", "!", "stopping", ".", "get", "(", ")", ")", ";", "}", "finally", "{", "flushLock", ".", "unlock", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "static", "String", "sortCommonTokens", "(", "String", "column", ")", "{", "StringBuilder", "order", "=", "new", "StringBuilder", "(", ")", ";", "order", ".", "append", "(", "\" (CASE \"", ")", ";", "for", "(", "String", "token", ":", "commonTokens", ")", "{", "order", ".", "append", "(", "\" WHEN \"", "+", "column", "+", "\" LIKE '\"", "+", "token", "+", "\" %'\"", "+", "\" THEN SUBSTR(\"", "+", "column", "+", "\",\"", "+", "String", ".", "valueOf", "(", "token", ".", "length", "(", ")", "+", "2", ")", "+", "\")\"", "+", "\" || ', \"", "+", "token", "+", "\"' \"", ")", ";", "}", "order", ".", "append", "(", "\" ELSE \"", "+", "column", "+", "\" END) \"", ")", ";", "return", "order", ".", "toString", "(", ")", ";", "}" ]

[ "static", "boolean", "isFulfilling", "(", "int", "m", ")", "{", "return", "(", "m", "&", "FULFILLING", ")", "!=", "0", ";", "}" ]

[ "public", "String", "toString", "(", ")", "{", "StringBuffer", "buf", "=", "new", "StringBuffer", "(", ")", ";", "if", "(", "_isBoot", "||", "(", "_dataChars", "[", "0", "]", "==", "SprogMessage", ".", "STX", ")", ")", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "_nDataChars", ";", "i", "++", ")", "{", "buf", ".", "append", "(", "\"<\"", ")", ";", "buf", ".", "append", "(", "_dataChars", "[", "i", "]", ")", ";", "buf", ".", "append", "(", "\">\"", ")", ";", "}", "}", "else", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "_nDataChars", ";", "i", "++", ")", "{", "buf", ".", "append", "(", "(", "char", ")", "_dataChars", "[", "i", "]", ")", ";", "}", "}", "return", "buf", ".", "toString", "(", ")", ";", "}" ]

[ "public", "static", "boolean", "isNativeCodeLoaded", "(", ")", "{", "return", "NativeCodeLoader", ".", "isNativeCodeLoaded", "(", ")", ";", "}" ]

[ "abstract", "void", "replay", "(", ")", ";" ]

[ "private", "boolean", "readyToConnect", "(", ")", "{", "long", "now", "=", "System", ".", "currentTimeMillis", "(", ")", ";", "long", "lastExchangeMillis", "=", "mStore", ".", "getLong", "(", "LAST_EXCHANGE_TIME_KEY", ",", "-", "1", ")", ";", "boolean", "timeSinceLastOK", ";", "if", "(", "lastExchangeMillis", "==", "-", "1", ")", "{", "timeSinceLastOK", "=", "true", ";", "}", "else", "if", "(", "now", "-", "lastExchangeMillis", "<", "TIME_BETWEEN_EXCHANGES_MILLIS", ")", "{", "timeSinceLastOK", "=", "false", ";", "}", "else", "{", "timeSinceLastOK", "=", "true", ";", "}", "if", "(", "!", "USE_MINIMAL_LOGGING", ")", "{", "log", ".", "info", "(", "\"Ready to connect? \"", "+", "(", "timeSinceLastOK", "&&", "(", "getConnecting", "(", ")", "==", "null", ")", ")", ")", ";", "log", ".", "info", "(", "\"Connecting: \"", "+", "getConnecting", "(", ")", ")", ";", "log", ".", "info", "(", "\"timeSinceLastOK: \"", "+", "timeSinceLastOK", ")", ";", "}", "return", "timeSinceLastOK", "&&", "(", "getConnecting", "(", ")", "==", "null", ")", ";", "}" ]

[ "public", "static", "void", "putDouble", "(", "long", "addr", ",", "double", "val", ")", "{", "if", "(", "UNALIGNED", ")", "UNSAFE", ".", "putDouble", "(", "addr", ",", "val", ")", ";", "else", "putLongByByte", "(", "addr", ",", "Double", ".", "doubleToLongBits", "(", "val", ")", ",", "BIG_ENDIAN", ")", ";", "}" ]

[ "public", "DsnLayerStructure", "(", "Collection", "<", "DsnLayer", ">", "p_layer_list", ")", "{", "arr", "=", "new", "DsnLayer", "[", "p_layer_list", ".", "size", "(", ")", "]", ";", "Iterator", "<", "DsnLayer", ">", "it", "=", "p_layer_list", ".", "iterator", "(", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "arr", ".", "length", ";", "++", "i", ")", "{", "arr", "[", "i", "]", "=", "it", ".", "next", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "double", "[", "]", "incomingInstanceToVectorFieldVals", "(", "double", "[", "]", "incoming", ")", "throws", "Exception", "{", "double", "[", "]", "newInst", "=", "new", "double", "[", "m_vectorFields", ".", "size", "(", ")", "]", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "m_vectorFields", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "++", ")", "{", "FieldRef", "fr", "=", "m_vectorFields", ".", "get", "(", "i", ")", ";", "newInst", "[", "i", "]", "=", "fr", ".", "getResult", "(", "incoming", ")", ";", "}", "return", "newInst", ";", "}" ]

[ "private", "static", "void", "logNodeProperties", "(", "org", ".", "osgi", ".", "service", ".", "prefs", ".", "Preferences", "node", ")", "{", "if", "(", "node", "==", "null", ")", "{", "return", ";", "}", "try", "{", "LOG", ".", "info", "(", "node", ".", "name", "(", ")", "+", "\" properties: \"", ")", ";", "logProperties", "(", "node", ")", ";", "String", "[", "]", "childrenNames", "=", "node", ".", "childrenNames", "(", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "childrenNames", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "logNodeProperties", "(", "node", ".", "node", "(", "childrenNames", "[", "i", "]", ")", ")", ";", "}", "}", "catch", "(", "Exception", "t", ")", "{", "LOG", ".", "error", "(", "\"Error while logging preferences.\"", ",", "t", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "static", "<", "T", "extends", "DataObject", ">", "T", "findInCollection", "(", "Collection", "<", "T", ">", "col", ",", "T", "obj", ")", "{", "if", "(", "col", "!=", "null", "&&", "obj", "!=", "null", ")", "{", "return", "findInCollection", "(", "col", ",", "obj", ".", "getId", "(", ")", ")", ";", "}", "return", "null", ";", "}" ]

[ "public", "CodeViewer", "(", ")", "{", "setHighlightColor", "(", "DEFAULT_HIGHLIGHT_COLOR", ")", ";", "initActions", "(", ")", ";", "setLayout", "(", "new", "BorderLayout", "(", ")", ")", ";", "codeHighlightBar", "=", "createCodeHighlightBar", "(", ")", ";", "codeHighlightBar", ".", "setVisible", "(", "false", ")", ";", "add", "(", "codeHighlightBar", ",", "BorderLayout", ".", "NORTH", ")", ";", "codePanel", "=", "createCodePanel", "(", ")", ";", "add", "(", "codePanel", ",", "BorderLayout", ".", "CENTER", ")", ";", "applyDefaults", "(", ")", ";", "}" ]

[ "@", "Override", "public", "boolean", "equals", "(", "Object", "obj", ")", "{", "if", "(", "this", "==", "obj", ")", "return", "true", ";", "if", "(", "obj", "==", "null", ")", "return", "false", ";", "if", "(", "getClass", "(", ")", "!=", "obj", ".", "getClass", "(", ")", ")", "return", "false", ";", "IfdStructure", "other", "=", "(", "IfdStructure", ")", "obj", ";", "if", "(", "count", "!=", "other", ".", "count", ")", "return", "false", ";", "if", "(", "offsetValue", "!=", "other", ".", "offsetValue", ")", "return", "false", ";", "if", "(", "tag", "!=", "other", ".", "tag", ")", "return", "false", ";", "if", "(", "type", "!=", "other", ".", "type", ")", "return", "false", ";", "return", "true", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "isAbsoluteURI", "(", ")", "{", "return", "(", "_scheme", "!=", "null", ")", ";", "}" ]

[ "public", "synchronized", "boolean", "isConsumer", "(", "ImageConsumer", "ic", ")", "{", "return", "ics", ".", "contains", "(", "ic", ")", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "isMandatory", "(", ")", "{", "return", "flags", ".", "contains", "(", "DiagnosticFlag", ".", "MANDATORY", ")", ";", "}" ]

[ "public", "<", "T", "extends", "Number", ">", "double", "[", "]", "next", "(", "Collection", "<", "T", ">", "values", ",", "int", "numForecasts", ")", "{", "if", "(", "values", ".", "size", "(", ")", "<", "period", "*", "2", ")", "{", "throw", "new", "AggregationExecutionException", "(", "\"Holt-Winters aggregation requires at least (2 * period == 2 * \"", "+", "period", "+", "\" == \"", "+", "(", "2", "*", "period", ")", "+", "\") data-points to function. Only [\"", "+", "values", ".", "size", "(", ")", "+", "\"] were provided.\"", ")", ";", "}", "double", "s", "=", "0", ";", "double", "last_s", ";", "double", "b", "=", "0", ";", "double", "last_b", "=", "0", ";", "double", "[", "]", "seasonal", "=", "new", "double", "[", "values", ".", "size", "(", ")", "]", ";", "int", "counter", "=", "0", ";", "double", "[", "]", "vs", "=", "new", "double", "[", "values", ".", "size", "(", ")", "]", ";", "for", "(", "T", "v", ":", "values", ")", "{", "vs", "[", "counter", "]", "=", "v", ".", "doubleValue", "(", ")", "+", "padding", ";", "counter", "+=", "1", ";", "}", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "period", ";", "i", "++", ")", "{", "s", "+=", "vs", "[", "i", "]", ";", "b", "+=", "(", "vs", "[", "i", "+", "period", "]", "-", "vs", "[", "i", "]", ")", "/", "period", ";", "}", "s", "/=", "(", "double", ")", "period", ";", "b", "/=", "(", "double", ")", "period", ";", "last_s", "=", "s", ";", "if", "(", "Double", ".", "compare", "(", "s", ",", "0.0", ")", "==", "0", "||", "Double", ".", "compare", "(", "s", ",", "-", "0.0", ")", "==", "0", ")", "{", "Arrays", ".", "fill", "(", "seasonal", ",", "0.0", ")", ";", "}", "else", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "period", ";", "i", "++", ")", "{", "seasonal", "[", "i", "]", "=", "vs", "[", "i", "]", "/", "s", ";", "}", "}", "for", "(", "int", "i", "=", "period", ";", "i", "<", "vs", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "if", "(", "seasonalityType", ".", "equals", "(", "SeasonalityType", ".", "MULTIPLICATIVE", ")", ")", "{", "s", "=", "alpha", "*", "(", "vs", "[", "i", "]", "/", "seasonal", "[", "i", "-", "period", "]", ")", "+", "(", "1.0d", "-", "alpha", ")", "*", "(", "last_s", "+", "last_b", ")", ";", "}", "else", "{", "s", "=", "alpha", "*", "(", "vs", "[", "i", "]", "-", "seasonal", "[", "i", "-", "period", "]", ")", "+", "(", "1.0d", "-", "alpha", ")", "*", "(", "last_s", "+", "last_b", ")", ";", "}", "b", "=", "beta", "*", "(", "s", "-", "last_s", ")", "+", "(", "1", "-", "beta", ")", "*", "last_b", ";", "if", "(", "seasonalityType", ".", "equals", "(", "SeasonalityType", ".", "MULTIPLICATIVE", ")", ")", "{", "seasonal", "[", "i", "]", "=", "gamma", "*", "(", "vs", "[", "i", "]", "/", "(", "last_s", "+", "last_b", ")", ")", "+", "(", "1", "-", "gamma", ")", "*", "seasonal", "[", "i", "-", "period", "]", ";", "}", "else", "{", "seasonal", "[", "i", "]", "=", "gamma", "*", "(", "vs", "[", "i", "]", "-", "(", "last_s", "-", "last_b", ")", ")", "+", "(", "1", "-", "gamma", ")", "*", "seasonal", "[", "i", "-", "period", "]", ";", "}", "last_s", "=", "s", ";", "last_b", "=", "b", ";", "}", "double", "[", "]", "forecastValues", "=", "new", "double", "[", "numForecasts", "]", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "1", ";", "i", "<=", "numForecasts", ";", "i", "++", ")", "{", "int", "idx", "=", "values", ".", "size", "(", ")", "-", "period", "+", "(", "(", "i", "-", "1", ")", "%", "period", ")", ";", "if", "(", "seasonalityType", ".", "equals", "(", "SeasonalityType", ".", "MULTIPLICATIVE", ")", ")", "{", "forecastValues", "[", "i", "-", "1", "]", "=", "(", "s", "+", "(", "i", "*", "b", ")", ")", "*", "seasonal", "[", "idx", "]", ";", "}", "else", "{", "forecastValues", "[", "i", "-", "1", "]", "=", "s", "+", "(", "i", "*", "b", ")", "+", "seasonal", "[", "idx", "]", ";", "}", "}", "return", "forecastValues", ";", "}" ]

[ "public", "static", "AlarmCacheObject", "createTestAlarm1", "(", ")", "{", "AlarmCacheObject", "alarm1", "=", "new", "AlarmCacheObject", "(", ")", ";", "alarm1", ".", "setId", "(", "Long", ".", "valueOf", "(", "1", ")", ")", ";", "alarm1", ".", "setFaultFamily", "(", "\"fault family\"", ")", ";", "alarm1", ".", "setFaultMember", "(", "\"fault member\"", ")", ";", "alarm1", ".", "setFaultCode", "(", "0", ")", ";", "AlarmCondition", "condition", "=", "AlarmCondition", ".", "fromConfigXML", "(", "\"<AlarmCondition class=\\\"cern.c2mon.server.common.alarm.ValueAlarmCondition\\\">\"", "+", "\"<alarm-value type=\\\"String\\\">DOWN</alarm-value></AlarmCondition>\"", ")", ";", "alarm1", ".", "setCondition", "(", "condition", ")", ";", "alarm1", ".", "setInfo", "(", "\"alarm info\"", ")", ";", "alarm1", ".", "setState", "(", "AlarmCondition", ".", "TERMINATE", ")", ";", "alarm1", ".", "setTimestamp", "(", "new", "Timestamp", "(", "System", ".", "currentTimeMillis", "(", ")", "-", "2000", ")", ")", ";", "alarm1", ".", "setDataTagId", "(", "100003L", ")", ";", "return", "alarm1", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "justSerialized", "(", ")", "{", "return", "serialized", ".", "getAndSet", "(", "false", ")", ";", "}" ]

[ "public", "Object", "read", "(", "String", "xml", ")", "throws", "Exception", "{", "return", "fromXML", "(", "m_Document", ".", "read", "(", "xml", ")", ")", ";", "}" ]

[ "protected", "T", "newInstance", "(", "final", "Class", "<", "?", "extends", "T", ">", "cls", ",", "final", "IIndexManager", "indexManager", ",", "final", "NT", "nt", ",", "final", "Properties", "properties", ")", "{", "if", "(", "cls", "==", "null", ")", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", ")", ";", "if", "(", "indexManager", "==", "null", ")", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", ")", ";", "if", "(", "nt", "==", "null", ")", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", ")", ";", "if", "(", "properties", "==", "null", ")", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", ")", ";", "final", "Constructor", "<", "?", "extends", "T", ">", "ctor", ";", "try", "{", "ctor", "=", "cls", ".", "getConstructor", "(", "new", "Class", "[", "]", "{", "IIndexManager", ".", "class", ",", "String", ".", "class", ",", "Long", ".", "class", ",", "Properties", ".", "class", "}", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "\"No appropriate ctor?: cls=\"", "+", "cls", ".", "getName", "(", ")", "+", "\" : \"", "+", "e", ",", "e", ")", ";", "}", "final", "T", "r", ";", "try", "{", "r", "=", "ctor", ".", "newInstance", "(", "new", "Object", "[", "]", "{", "indexManager", ",", "nt", ".", "getName", "(", ")", ",", "nt", ".", "getTimestamp", "(", ")", ",", "properties", "}", ")", ";", "r", ".", "init", "(", ")", ";", "if", "(", "INFO", ")", "{", "log", ".", "info", "(", "\"new instance: \"", "+", "r", ")", ";", "}", "return", "r", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "ex", ")", "{", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "\"Could not instantiate relation: \"", "+", "ex", ",", "ex", ")", ";", "}", "}" ]

[ "public", "Builder", "(", ")", "{", "}" ]

[ "protected", "MapTile", "findCovering", "(", "int", "zoom", ",", "long", "i", ",", "long", "j", ")", "{", "while", "(", "zoom", ">", "0", ")", "{", "zoom", "--", ";", "i", "=", "i", "/", "2", ";", "j", "=", "j", "/", "2", ";", "MapTile", "candidate", "=", "findTile", "(", "zoom", ",", "i", ",", "j", ")", ";", "if", "(", "(", "candidate", "!=", "null", ")", "&&", "(", "!", "candidate", ".", "loading", "(", ")", ")", ")", "{", "return", "candidate", ";", "}", "}", "return", "null", ";", "}" ]

[ "@", "Override", "public", "String", "format", "(", "Object", "obj", ")", "throws", "IllegalArgumentException", "{", "return", "format", "(", "obj", ",", "new", "StringBuffer", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "public", "boolean", "isEmpty", "(", ")", "{", "return", "(", "(", "values", "==", "null", ")", "||", "(", "values", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", ")", ";", "}" ]

[ "private", "static", "String", "[", "]", "processObjectClasses", "(", "final", "String", "objectClass", ")", "{", "String", "[", "]", "objectClasses", "=", "null", ";", "if", "(", "objectClass", "!=", "null", ")", "{", "objectClasses", "=", "objectClass", ".", "split", "(", "\",\"", ")", ";", "}", "if", "(", "objectClasses", "!=", "null", ")", "{", "String", "objClass", "=", "null", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "objectClasses", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "objClass", "=", "objectClasses", "[", "i", "]", ";", "if", "(", "objClass", "!=", "null", ")", "{", "objectClasses", "[", "i", "]", "=", "objClass", ".", "trim", "(", ")", ";", "}", "}", "}", "return", "objectClasses", ";", "}" ]

[ "public", "static", "String", "[", "]", "filterLightColors", "(", "String", "[", "]", "aPalette", ",", "int", "aThreshold", ")", "{", "List", "<", "String", ">", "filtered", "=", "new", "ArrayList", "<", "String", ">", "(", ")", ";", "for", "(", "String", "color", ":", "aPalette", ")", "{", "if", "(", "!", "isTooLight", "(", "color", ",", "aThreshold", ")", ")", "{", "filtered", ".", "add", "(", "color", ")", ";", "}", "}", "return", "(", "String", "[", "]", ")", "filtered", ".", "toArray", "(", "new", "String", "[", "filtered", ".", "size", "(", ")", "]", ")", ";", "}" ]

[ "synchronized", "int", "lookup", "(", "final", "Object", "tx", ",", "final", "boolean", "insert", ")", "{", "if", "(", "tx", "==", "null", ")", "{", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", "\"transaction object is null\"", ")", ";", "}", "Integer", "index", "=", "(", "Integer", ")", "mapping", ".", "get", "(", "tx", ")", ";", "if", "(", "index", "==", "null", ")", "{", "if", "(", "insert", ")", "{", "final", "int", "capacity", "=", "capacity", "(", ")", ";", "final", "int", "nvertices", "=", "mapping", ".", "size", "(", ")", ";", "if", "(", "nvertices", "==", "capacity", ")", "{", "throw", "new", "MultiprogrammingCapacityExceededException", "(", "\"capacity=\"", "+", "capacity", "+", "\", nvertices=\"", "+", "nvertices", ")", ";", "}", "index", "=", "(", "Integer", ")", "indices", ".", "remove", "(", "0", ")", ";", "mapping", ".", "put", "(", "tx", ",", "index", ")", ";", "final", "int", "ndx", "=", "index", ".", "intValue", "(", ")", ";", "if", "(", "transactions", "[", "ndx", "]", "!=", "null", ")", "{", "throw", "new", "AssertionError", "(", ")", ";", "}", "transactions", "[", "ndx", "]", "=", "tx", ";", "}", "else", "{", "return", "-", "1", ";", "}", "}", "return", "index", ".", "intValue", "(", ")", ";", "}" ]

[ "public", "int", "readLEInt", "(", ")", "throws", "IOException", "{", "int", "byte1", ",", "byte2", ",", "byte3", ",", "byte4", ";", "synchronized", "(", "this", ")", "{", "byte1", "=", "in", ".", "read", "(", ")", ";", "byte2", "=", "in", ".", "read", "(", ")", ";", "byte3", "=", "in", ".", "read", "(", ")", ";", "byte4", "=", "in", ".", "read", "(", ")", ";", "}", "if", "(", "byte4", "==", "-", "1", ")", "{", "throw", "new", "EOFException", "(", ")", ";", "}", "return", "(", "byte4", "<<", "24", ")", "+", "(", "byte3", "<<", "16", ")", "+", "(", "byte2", "<<", "8", ")", "+", "byte1", ";", "}" ]

[ "protected", "AbstractSimplex", "(", "final", "double", "[", "]", "steps", ")", "{", "if", "(", "steps", "==", "null", ")", "{", "throw", "new", "NullArgumentException", "(", ")", ";", "}", "if", "(", "steps", ".", "length", "==", "0", ")", "{", "throw", "new", "MathIllegalArgumentException", "(", "LocalizedCoreFormats", ".", "ZERO_NOT_ALLOWED", ")", ";", "}", "dimension", "=", "steps", ".", "length", ";", "startConfiguration", "=", "new", "double", "[", "dimension", "]", "[", "dimension", "]", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "dimension", ";", "i", "++", ")", "{", "final", "double", "[", "]", "vertexI", "=", "startConfiguration", "[", "i", "]", ";", "for", "(", "int", "j", "=", "0", ";", "j", "<", "i", "+", "1", ";", "j", "++", ")", "{", "if", "(", "steps", "[", "j", "]", "==", "0", ")", "{", "throw", "new", "MathIllegalArgumentException", "(", "LocalizedOptimFormats", ".", "EQUAL_VERTICES_IN_SIMPLEX", ")", ";", "}", "System", ".", "arraycopy", "(", "steps", ",", "0", ",", "vertexI", ",", "0", ",", "j", "+", "1", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "public", "void", "initializeAtomsForDP", "(", "List", "<", "Datum", ">", "data", ",", "String", "filename", ",", "Random", "random", ")", "{", "omega", "=", "new", "ArrayList", "<", ">", "(", "K", ")", ";", "dof", "=", "new", "double", "[", "K", "]", ";", "beta", "=", "new", "double", "[", "K", "]", ";", "if", "(", "filename", "!=", "null", ")", "{", "try", "{", "loc", "=", "BatchMixtureModel", ".", "initializeClustersFromFile", "(", "filename", ",", "K", ")", ";", "log", ".", "debug", "(", "\"loc : {}\"", ",", "loc", ")", ";", "if", "(", "loc", ".", "size", "(", ")", "<", "K", ")", "{", "loc", "=", "BatchMixtureModel", ".", "gonzalezInitializeMixtureCenters", "(", "loc", ",", "data", ",", "K", ",", "random", ")", ";", "}", "}", "catch", "(", "FileNotFoundException", "e", ")", "{", "log", ".", "debug", "(", "\"failed to initialized from file\"", ")", ";", "e", ".", "printStackTrace", "(", ")", ";", "loc", "=", "BatchMixtureModel", ".", "gonzalezInitializeMixtureCenters", "(", "data", ",", "K", ",", "random", ")", ";", "}", "}", "else", "{", "loc", "=", "BatchMixtureModel", ".", "gonzalezInitializeMixtureCenters", "(", "data", ",", "K", ",", "random", ")", ";", "}", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "K", ";", "i", "++", ")", "{", "beta", "[", "i", "]", "=", "1", ";", "dof", "[", "i", "]", "=", "baseNu", ";", "omega", ".", "add", "(", "0", ",", "AlgebraUtils", ".", "invertMatrix", "(", "baseOmegaInverse", ")", ")", ";", "}", "}" ]