linnaeus · Datasets at Hugging Face

id stringlengths 1 5	tokens sequence	ner_tags sequence
200	[ "Following", "treatment", "with", "either", "RNase", "or", ">", "150", "mM", "NaCl", ",", "Scp160p", "remained", "as", "an", "apparent", "~", "450", "kDa", "species", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
201	[ "Considering", "that", "purified", "Scp160p", "alone", "also", "migrates", "at", "this", "size", ",", "we", "conclude", "that", "this", "apparent", "complex", "may", "consist", "only", "of", "Scp160p", ",", "although", "the", "presence", "of", "other", "small", "components", "cannot", "be", "ruled", "out", "at", "this", "time", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
202	[ "Furthermore", ",", "by", "utilizing", "yeast", "co", "-", "expressing", "two", "distinct", "epitope", "-", "tagged", "versions", "of", "Scp160p", ",", "we", "have", "ruled", "out", "the", "possibility", "of", "self", "-", "association", "of", "Scp160p", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
203	[ "Although", "both", "tagged", "proteins", "appear", "functional", ",", "it", "remains", "a", "formal", "possibility", "that", "the", "tags", "somehow", "prevented", "formation", "of", "FLAG", "-", "HA", "hetero", "-", "complexes", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
204	[ "Nonetheless", ",", "it", "seems", "most", "likely", "that", "native", "Scp160p", "monomers", "may", "simply", "migrate", "aberrantly", "under", "native", "conditions", "due", "to", "an", "unusual", "shape", "or", "some", "other", "physical", "property", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
205	[ "In", "conclusion", "we", "have", "shown", "convincing", "evidence", "that", "Scp160p", "exists", "in", "yeast", "cytoplasmic", "extracts", "primarily", "associated", "with", "polyribosomes", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
206	[ "We", "have", "purified", "Scp160p", "following", "disruption", "of", "polyribosomes", "with", "EDTA", ",", "and", "identified", "two", "associated", "proteins", ":", "Pab1p", "and", "Bfr1p", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
207	[ "The", "presence", "of", "Pab1p", "suggests", "that", "Scp160p", "associates", "with", "polyribosomes", "as", "a", "component", "of", "an", "mRNP", ",", "demonstrating", "Scp160p", "to", "be", "the", "first", "S", ".", "cerevisiae", "multiple", "-", "KH", "domain", "protein", "characterized", "to", "function", "in", "this", "way", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
208	[ "HP1", "modulates", "the", "transcription", "of", "cell", "-", "cycle", "regulators", "in", "Drosophila", "melanogaster" ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2 ]
209	[ "Abstract" ]	[ 0 ]
210	[ "Heterochromatin", "protein", "1", "(", "HP1", ")", "was", "originally", "described", "as", "a", "non", "-", "histone", "chromosomal", "protein", "and", "is", "required", "for", "transcriptional", "gene", "silencing", "and", "the", "formation", "of", "heterochromatin", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
211	[ "Although", "it", "is", "localized", "primarily", "at", "pericentric", "heterochromatin", ",", "a", "scattered", "distribution", "over", "a", "large", "number", "of", "euchromatic", "loci", "is", "also", "evident", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
212	[ "Here", ",", "we", "provide", "evidence", "that", "Drosophila", "HP1", "is", "essential", "for", "the", "maintenance", "of", "active", "transcription", "of", "euchromatic", "genes", "functionally", "involved", "in", "cell", "-", "cycle", "progression", ",", "including", "those", "required", "for", "DNA", "replication", "and", "mitosis", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
213	[ "Depletion", "of", "HP1", "in", "proliferating", "embryonic", "cells", "caused", "aberrant", "progression", "of", "the", "cell", "cycle", "at", "S", "phase", "and", "G2", "/", "M", "phase", ",", "linked", "to", "aberrant", "chromosome", "segregation", ",", "cytokinesis", ",", "and", "an", "increase", "in", "apoptosis", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
214	[ "The", "chromosomal", "distribution", "of", "Aurora", "B", ",", "and", "the", "level", "of", "phosphorylation", "of", "histone", "H3", "serine", "10", "were", "also", "altered", "in", "the", "absence", "of", "HP1", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
215	[ "Using", "chromatin", "immunoprecipitation", "analysis", ",", "we", "further", "demonstrate", "that", "the", "promoters", "of", "a", "number", "of", "cell", "-", "cycle", "regulator", "genes", "are", "bound", "to", "HP1", ",", "supporting", "a", "direct", "role", "for", "HP1", "in", "their", "active", "transcription", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
216	[ "Overall", ",", "our", "data", "suggest", "that", "HP1", "is", "essential", "for", "the", "maintenance", "of", "cell", "-", "cycle", "progression", "and", "the", "transcription", "of", "cell", "-", "cycle", "regulatory", "genes", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
217	[ "The", "results", "also", "support", "the", "view", "that", "HP1", "is", "a", "positive", "regulator", "of", "transcription", "in", "euchromatin", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
218	[ "INTRODUCTION" ]	[ 0 ]
219	[ "Chromatin", "in", "higher", "eukaryotes", "is", "subdivided", "into", "different", "functional", "compartments", "termed", "heterochromatin", "and", "euchromatin", "(", "1", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
220	[ "Heterochromatin", "differs", "from", "euchromatin", "in", "its", "DNA", "composition", ",", "replication", "timing", ",", "condensation", "throughout", "the", "cell", "cycle", ",", "and", "its", "ability", "to", "silence", "euchromatic", "genes", "placed", "adjacent", "to", "or", "within", "its", "territory", ",", "often", "described", "as", "position", "-", "effect", "-", "variegation", "(", "PEV", ")", "(", "2", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
221	[ "Heterochromatin", "protein", "1", "(", "HP1", ")", "was", "the", "first", "protein", "identified", "in", "Drosophila", "melanogaster", "as", "a", "heterochromatin", "-", "associated", "protein", "(", "3", ")", ";", "the", "corresponding", "gene", "has", "been", "cloned", "from", "a", "number", "of", "organisms", "and", "is", "highly", "conserved", "from", "yeast", "to", "human", "(", "4", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]
222	[ "Polytene", "chromosome", "staining", "showed", "that", ",", "in", "Drosophila", ",", "HP1", "is", "distributed", "mainly", "in", "pericentric", "heterochromatin", ",", "telomeric", "heterochromatin", ",", "the", "banded", "small", "fourth", "chromosome", "(", "5", "-", "8", ")", ",", "as", "well", "as", "~", "200", "individual", "loci", "scattered", "throughout", "the", "euchromatic", "chromosomal", "arms", "(", "5", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
223	[ "The", "gene", "encoding", "HP1", "in", "D", ".", "melanogaster", ",", "Su", "(", "var", ")", "2", "-", "5", ",", "was", "isolated", "as", "a", "suppressor", "of", "PEV", "(", "9", "-", "11", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
224	[ "The", "protein", "contains", "a", "highly", "conserved", "motif", ",", "the", "chromo", "(", "chromatin", "organization", "modifier", ")", "domain", ",", "similar", "to", "Polycomb", "(", "Pc", ")", ",", "a", "repressor", "of", "homeotic", "genes", "(", "12", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
225	[ "The", "association", "between", "HP1", "and", "pericentric", "heterochromatin", "is", "believed", "to", "occur", "via", "the", "chromo", "domain", "of", "HP1", "and", "the", "N", "-", "terminal", "tail", "of", "histone", "H3", "methylated", "at", "lysine", "9", "(", "13", ",", "14", ")", ",", "generated", "by", "histone", "methyltransferase", "-", "Su", "(", "var", ")", "3", "-", "9", ",", "a", "partner", "of", "HP1", "in", "pericentric", "heterochromatin", "(", "15", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
226	[ "The", "C", "-", "terminal", "chromo", "'", "shadow", "'", "domain", "of", "HP1", "interacts", "with", "other", "silencing", "complexes", "to", "suppress", "local", "transcriptional", "activity", "(", "15", "-", "18", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
227	[ "However", ",", "studies", "of", "HP1", "chromosomal", "distribution", "also", "showed", "that", "HP1", "does", "not", "always", "co", "-", "localize", "with", "lysine", "9", "methylated", "histone", "H3", "or", "Su", "(", "var", ")", "3", "-", "9", ",", "especially", "in", "euchromatic", "regions", "(", "19", "-", "21", ")", ";", "in", "some", "cases", ",", "HP1", "is", "found", "directly", "bound", "to", "DNA", "(", "22", ",", "23", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
228	[ "All", "these", "features", "argue", "for", "distinct", "roles", "for", "HP1", "in", "chromatin", "and", "in", "epigenetic", "gene", "regulation", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
229	[ "HP1", "is", "believed", "to", "be", "an", "essential", "structural", "protein", "protecting", "the", "integrity", "of", "chromosomes", "during", "cell", "division", "(", "8", ",", "24", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
230	[ "Swi6", ",", "the", "homolog", "of", "HP1", "in", "fission", "yeast", ",", "is", "dispensable", "for", "survival", ",", "but", "its", "deletion", "results", "in", "lagging", "chromosomes", "during", "anaphase", ",", "and", "a", "high", "rate", "of", "chromosome", "loss", "(", "25", ",", "26", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
231	[ "Mutations", "of", "HP1", "in", "D", ".", "melanogaster", "result", "in", "late", "larval", "lethality", ",", "chromosome", "breakages", "/", "loss", ",", "telomere", "fusion", "and", "a", "high", "frequency", "of", "cells", "with", "abnormal", "anaphase", "(", "8", ",", "27", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
232	[ "Null", "alleles", "of", "the", "HP1", "functional", "partner", "in", "mice", "(", "SUVAR39", ")", "also", "showed", "various", "chromosomal", "defects", "(", "28", ")", ",", "supporting", "a", "conserved", "role", "for", "heterochromatin", "proteins", "in", "the", "regulation", "of", "chromosome", "dynamics", "during", "cell", "-", "cycle", "progression", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
233	[ "However", ",", "the", "mechanism", "(", "s", ")", "involved", "remains", "to", "be", "understood", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
234	[ "In", "this", "study", ",", "we", "utilized", "Drosophila", "embryonic", "Kc", "cells", "and", "an", "RNA", "interference", "(", "RNAi", ")", "-", "based", "approach", "to", "demonstrate", "that", "HP1", "plays", "an", "important", "role", "at", "S", "phase", "and", "G2", "/", "M", "phases", "during", "the", "cell", "cycle", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
235	[ "We", "further", "show", "that", "nearly", "one", "-", "third", "of", "known", "/", "predicted", "cell", "-", "cycle", "regulators", "require", "HP1", "to", "maintain", "their", "active", "transcription", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
236	[ "These", "genes", "include", "MCMs", ",", "Orc4", ",", "CDC45L", ",", "INCENP", ",", "Aurora", "B", ",", "CAF1", ",", "Bub1", ",", "Bub3", "and", "a", "few", "other", "cell", "-", "cycle", "regulators", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
237	[ "ChIP", "analysis", "suggests", "that", "HP1", "plays", "a", "direct", "role", "in", "their", "transcription", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
238	[ "Therefore", ",", "the", "results", "of", "this", "study", "provide", "an", "alternative", "explanation", "for", "the", "specific", "role", "of", "HP1", "in", "the", "regulation", "of", "chromatin", "dynamics", "and", "in", "cell", "-", "cycle", "progression", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
239	[ "MATERIALS", "AND", "METHODS" ]	[ 0, 0, 0 ]
240	[ "RNAi", "in", "Kc", "cells" ]	[ 0, 0, 0, 0 ]
241	[ "Drosophila", "Kc", "cells", "were", "routinely", "cultured", "at", "25", "degrees", "C", "in", "Schneider", "Drosophila", "medium", "(", "GIBCO", ")", "supplemented", "with", "10", "%", "fetal", "calf", "serum", ",", "160", "mu", "g", "/", "ml", "penicillin", ",", "250", "mu", "g", "/", "ml", "streptomycin", ",", "and", "4", "mM", "l", "-", "glutamine", "." ]	[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
242	[ "Double", "-", "stranded", "RNA", "(", "dsRNA", ")", "of", "HP1", "was", "generated", "by", "incubation", "of", "single", "-", "stranded", "RNA", "in", "annealing", "buffer", "(", "100", "mM", "potassium", "acetate", ",", "30", "mM", "HEPES", "-", "KOH", ",", "pH", "7", ".", "4", ",", "2", "mM", "magnesium", "acetate", ")", "for", "3", "min", "at", "95", "degrees", "C", "and", "then", "placed", "in", "a", "beaker", "with", "water", "at", "75", "degrees", "C", "and", "allowed", "to", "cool", "slowly", "to", "room", "temperature", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
243	[ "The", "detailed", "procedure", "of", "RNAi", "was", "carried", "out", "according", "to", "the", "established", "protocols", "(", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
244	[ "Briefly", ",", "Kc", "cells", "were", "seeded", "in", "a", "six", "-", "well", "dish", "using", "serum", "-", "free", "medium", "at", "1", "x", "106", "cells", "/", "ml", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
245	[ "HP1", "dsRNA", "(", "5", "mu", "g", "/", "ml", ")", "was", "added", "to", "the", "cultured", "Kc", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
246	[ "After", "60", "min", "at", "room", "temperature", ",", "2", "ml", "of", "medium", "containing", "10", "%", "serum", "was", "added", "to", "each", "well", "and", "the", "plates", "transferred", "to", "25", "degrees", "C", "for", "up", "to", "8", "days", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
247	[ "Western", "blotting", "and", "RT", "-", "PCR", "were", "carried", "out", "using", "the", "extract", "/", "total", "RNA", "isolated", "from", "control", "and", "dsRNA", "-", "treated", "cells", "on", "days", "2", ",", "6", "and", "8", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
248	[ "Cell", "-", "cycle", "and", "apoptosis", "analysis" ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
249	[ "The", "procedure", "for", "flow", "cytometric", "analysis", "of", "Kc", "cells", "followed", "that", "in", "the", "manual", "provided", "with", "the", "BrdU", "flow", "kit", "(", "BD", "PharMingen", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
250	[ "The", "cells", "were", "fed", "with", "BrdU", "for", "4", "h", ",", "then", "scraped", "and", "collected", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
251	[ "Fluorescence", "was", "measured", "using", "a", "FACSCalibur", "(", "Becton", "Dickinson", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
252	[ "Data", "collection", "and", "analysis", "were", "performed", "using", "CellQuest", "software", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
253	[ "Electrophoresis", "and", "immunoblotting" ]	[ 0, 0, 0 ]
254	[ "Cell", "extracts", "(", "15", "mu", "g", ")", "were", "fractionated", "by", "10", "%", "SDS", "-", "PAGE", ",", "then", "transferred", "to", "Hybond", "-", "P", "PVDF", "membranes", "(", "Amersham", ")", "and", "probed", "with", "primary", "antibodies", "(", "CIA9", ")", ",", "and", "secondary", "antibodies", "(", "anti", "-", "rabbit", "or", "anti", "-", "mouse", "horseradish", "peroxidase", "-", "conjugated", "IgG", ")", ",", "obtained", "from", "Jackson", "Immunoresearch", "Laboratories", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
255	[ "Enhanced", "chemiluminescence", "reagents", "(", "Amersham", "Pharmacia", "Biotech", ")", "were", "used", "for", "signal", "detection", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
256	[ "For", "the", "analysis", "of", "H3", "ser10", "phosphorylation", ",", "we", "used", "whole", "-", "cell", "extracts", "from", "700", "000", "Kc", "cells", "(", "control", "and", "RNAi", "at", "day", "8", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
257	[ "Western", "blotting", "was", "performed", "using", "polyclonal", "antibodies", "against", "ser10", "-", "phosphorylated", "histone", "H3", "at", "a", "dilution", "of", "1", ":", "1000", "(", "Upstate", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
258	[ "Kc", "control", "cells", "arrested", "in", "mitosis", "by", "incubation", "in", "25", "micro", "M", "colchicine", "(", "Sigma", ")", "for", "24", "h", "were", "also", "analyzed", "for", "comparison", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
259	[ "Immunofluorescence" ]	[ 0 ]
260	[ "Kc", "cells", "were", "seeded", "onto", "polylysine", "slides", ",", "fixed", "with", "4", "%", "formaldehyde", "for", "15", "min", "and", "permeabilized", "with", "0", ".", "5", "%", "Triton", "X", "-", "100", "for", "5", "min", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
261	[ "The", "incubation", "with", "primary", "antibodies", "was", "carried", "out", "in", "blocking", "solution", "for", "1", "h", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
262	[ "For", "staining", "of", "mitotic", "cells", ",", "the", "cells", "were", "permeabilized", "using", "PBST", "(", "PBS", "containing", "0", ".", "3", "%", "Triton", "X", "-", "100", ")", "and", "stained", "with", "polyclonal", "antibody", "against", "Drosophila", "Aurora", "B", "at", "1", ":", "200", "dilution", "and", "monoclonal", "mouse", "at", "anti", "-", "beta", "-", "tubulin", "1", ":", "300", "dilution", "(", "Chemicon", "International", ")", "as", "primary", "antibodies", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
263	[ "Secondary", "antibodies", "were", "anti", "-", "rabbit", "coupled", "with", "Alexa", "488", "(", "1", ":", "500", ")", "and", "anti", "-", "mouse", "coupled", "to", "Alexa", "546", "(", "1", ":", "500", ")", "(", "Molecular", "Probes", ",", "Eugene", ",", "Oregon", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
264	[ "Images", "were", "acquired", "using", "a", "confocal", "LSM510", "META", "microscope", "(", "Zeiss", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
265	[ "Stacks", "of", "images", "were", "analyzed", "using", "the", "IMARIS", "4", ".", "0", "program", "(", "Media", "cybernetics", ",", "Carlsbad", ",", "CA", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
266	[ "Antibodies" ]	[ 0 ]
267	[ "Affinity", "-", "purified", "polyclonal", "antibodies", "of", "HP1", "(", "rabbit", "#", "192", "and", "#", "187", ",", "5", "mu", "g", ")", "and", "5", "mu", "g", "of", "polyclonal", "anti", "-", "HA", "antibodies", "(", "Sigma", ")", "were", "used", "in", "each", "ChIP", "reaction", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
268	[ "The", "specificity", "of", "the", "HP1", "polyclonal", "antibodies", "was", "determined", "using", "various", "approaches", ",", "including", "western", "blotting", "assay", ",", "immunofluorescence", "staining", "and", "immunoprecipitation", "to", "pull", "down", "HP1", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
269	[ "The", "monoclonal", "antibody", "HP1", "-", "CIA9", "(", "5", ")", "was", "used", "at", "a", "dilution", "of", "1", ":", "20", "in", "immunoblotting", "assays", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
270	[ "Microarray", "analysis", "and", "RT", "-", "PCR" ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
271	[ "Total", "RNA", "was", "isolated", "from", "control", "and", "HP1", "-", "depleted", "Kc", "cells", "at", "day", "8", "using", "an", "RNeasy", "kit", "(", "Qiagen", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
272	[ "RNA", "labeling", "and", "microarray", "data", "analysis", "followed", "the", "standard", "protocol", "from", "Affymetrix", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
273	[ "We", "used", "ANOVA", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "to", "assess", "the", "expression", "confidence", "for", "each", "gene", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
274	[ "For", "RT", "-", "PCR", "analysis", ",", "poly", "(", "A", ")", "+", "mRNA", "was", "purified", "with", "the", "Oligotex", "Direct", "mRNA", "kit", "(", "Qiagen", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
275	[ "The", "purified", "poly", "(", "A", ")", "+", "RNA", "was", "reverse", "transcribed", "using", "the", "Thermoscript", "kit", "(", "Invitrogen", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
276	[ "The", "cDNA", "was", "then", "used", "for", "PCR", "amplification", "for", "35", "cycles", "with", "gene", "-", "specific", "primers", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
277	[ "PCR", "products", "were", "scanned", "after", "electrophoretic", "separation", "with", "a", "Typhoon", "Scanner", ",", "quantified", "using", "ImageQuant", "software", "(", "Amersham", "Biosciences", ")", "and", "normalized", "for", "amplification", "of", "the", "Actin5c", "transcript", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
278	[ "The", "sequence", "of", "primers", "used", "for", "RT", "-", "PCR", "and", "ChIP", "analysis", "are", "provided", "in", "the", "Supplementary", "Material", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
279	[ "ChIP" ]	[ 0 ]
280	[ "ChIP", "was", "performed", "according", "to", "Orlando", "et", "al", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
281	[ "(", "29", ")", "and", "the", "protocol", "provided", "by", "Upstate", "(", ")", "with", "some", "modifications", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
282	[ "In", "brief", ",", "1", "-", "2", "x", "108", "Kc", "cells", "were", "prepared", "and", "fixed", "in", "1", "%", "formaldehyde", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
283	[ "Nuclei", "were", "isolated", "according", "to", "a", "standard", "procedure", "in", "Current", "Protocols", "(", ")", ",", "then", "resuspended", "in", "1", ".", "7", "ml", "of", "lysis", "buffer", "(", "50", "mM", "Tris", ",", "pH", "8", ".", "0", ",", "10", "mM", "EDTA", ",", "1", "%", "SDS", "and", "protease", "inhibitors", ")", "and", "sonicated", "using", "a", "Branson", "sonifier", "250", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
284	[ "Chromatin", "fractions", "in", "the", "size", "range", "0", ".", "2", "-", "0", ".", "8", "kb", "were", "used", "to", "perform", "immunoprecipitation", "experiments", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
285	[ "We", "used", "5", "mu", "g", "affinity", "-", "purified", "polyclonal", "antibodies", "(", "#", "192", "and", "#", "182", "for", "HP1", ";", "HA", "antibody", "for", "control", ")", "and", "1", "ml", "of", "salmon", "sperm", "DNA", "/", "protein", "-", "A", "-", "agarose", "(", "Upstate", ")", "pre", "-", "cleared", "chromatin", "lysate", "in", "each", "reaction", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
286	[ "The", "mixture", "was", "then", "rotated", "at", "4", "degrees", "C", "overnight", "and", "the", "recovered", "beads", "were", "washed", "twice", "with", "1", "ml", "of", "Low", "salt", "buffer", "(", "Upstate", ")", ",", "once", "with", "High", "salt", "buffer", "(", "Upstate", ")", ",", "once", "with", "LiCl", "buffer", "(", "Upstate", ")", "and", "twice", "with", "TE", "at", "4", "degrees", "C", "for", "8", "min", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
287	[ "ChIP", "DNA", "was", "extracted", "according", "to", "the", "standard", "procedures", "(", "29", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
288	[ "RESULTS" ]	[ 0 ]
289	[ "Depletion", "of", "HP1", "in", "Drosophila", "Kc", "cells" ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 ]
290	[ "Various", "chromosomal", "defects", "in", "the", "cell", "cycle", "have", "been", "observed", "in", "embryos", "or", "larval", "tissues", "of", "Drosophila", "HP1", "mutants", "(", "8", ",", "27", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
291	[ "However", ",", "the", "presence", "of", "maternally", "loaded", "HP1", "in", "embryos", "and", "the", "lethality", "of", "HP1", "mutants", "at", "late", "larval", "stages", "have", "so", "far", "precluded", "a", "systematic", "study", "of", "the", "role", "of", "HP1", "in", "cell", "-", "cycle", "regulation", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
292	[ "Therefore", ",", "we", "used", "Drosophila", "Kc", "cells", ",", "a", "cell", "line", "derived", "from", "Drosophila", "embryos", ",", "as", "a", "model", "system", "to", "address", "this", "problem", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
293	[ "HP1", "transcripts", "were", "depleted", "using", "an", "RNAi", "-", "based", "approach", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
294	[ "The", "reduction", "in", "HP1", "expression", "was", "measured", "both", "by", "RT", "-", "PCR", "and", "by", "western", "blotting", "analysis", "(", "Figure", "1A", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
295	[ "A", "significant", "reduction", "in", "the", "HP1", "expression", "was", "already", "evident", "after", "2", "days", "treatment", "with", "HP1", "dsRNA", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
296	[ "Cells", "at", "day", "8", "showed", "a", "reduction", "in", "HP1", "of", "~", "90", "%", "(", "Figure", "1A", ")", "and", "were", "therefore", "used", "in", "all", "subsequent", "experiments", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
297	[ "Cell", "-", "cycle", "progression", "at", "S", "and", "G2", "/", "M", "phase", "is", "altered", "in", "the", "absence", "of", "HP1" ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
298	[ "The", "impact", "of", "HP1", "loss", "on", "the", "cell", "cycle", "of", "Kc", "cells", "was", "determined", "using", "cell", "-", "cycle", "profile", "analysis", "of", "HP1", "-", "depleted", "and", "control", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
299	[ "The", "percentage", "of", "cells", "in", "S", "phase", "was", "determined", "by", "BrdU", "incorporation", ",", "and", "total", "DNA", "content", "by", "7", "-", "amino", "-", "actinomycin", "(", "7", "-", "AAD", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

200

[ "Following", "treatment", "with", "either", "RNase", "or", ">", "150", "mM", "NaCl", ",", "Scp160p", "remained", "as", "an", "apparent", "~", "450", "kDa", "species", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

201

[ "Considering", "that", "purified", "Scp160p", "alone", "also", "migrates", "at", "this", "size", ",", "we", "conclude", "that", "this", "apparent", "complex", "may", "consist", "only", "of", "Scp160p", ",", "although", "the", "presence", "of", "other", "small", "components", "cannot", "be", "ruled", "out", "at", "this", "time", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

202

[ "Furthermore", ",", "by", "utilizing", "yeast", "co", "-", "expressing", "two", "distinct", "epitope", "-", "tagged", "versions", "of", "Scp160p", ",", "we", "have", "ruled", "out", "the", "possibility", "of", "self", "-", "association", "of", "Scp160p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

203

[ "Although", "both", "tagged", "proteins", "appear", "functional", ",", "it", "remains", "a", "formal", "possibility", "that", "the", "tags", "somehow", "prevented", "formation", "of", "FLAG", "-", "HA", "hetero", "-", "complexes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

204

[ "Nonetheless", ",", "it", "seems", "most", "likely", "that", "native", "Scp160p", "monomers", "may", "simply", "migrate", "aberrantly", "under", "native", "conditions", "due", "to", "an", "unusual", "shape", "or", "some", "other", "physical", "property", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

205

[ "In", "conclusion", "we", "have", "shown", "convincing", "evidence", "that", "Scp160p", "exists", "in", "yeast", "cytoplasmic", "extracts", "primarily", "associated", "with", "polyribosomes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

206

[ "We", "have", "purified", "Scp160p", "following", "disruption", "of", "polyribosomes", "with", "EDTA", ",", "and", "identified", "two", "associated", "proteins", ":", "Pab1p", "and", "Bfr1p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

207

[ "The", "presence", "of", "Pab1p", "suggests", "that", "Scp160p", "associates", "with", "polyribosomes", "as", "a", "component", "of", "an", "mRNP", ",", "demonstrating", "Scp160p", "to", "be", "the", "first", "S", ".", "cerevisiae", "multiple", "-", "KH", "domain", "protein", "characterized", "to", "function", "in", "this", "way", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

208

[ "HP1", "modulates", "the", "transcription", "of", "cell", "-", "cycle", "regulators", "in", "Drosophila", "melanogaster" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2 ]

209

[ "Abstract" ]

[ 0 ]

210

[ "Heterochromatin", "protein", "1", "(", "HP1", ")", "was", "originally", "described", "as", "a", "non", "-", "histone", "chromosomal", "protein", "and", "is", "required", "for", "transcriptional", "gene", "silencing", "and", "the", "formation", "of", "heterochromatin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

211

[ "Although", "it", "is", "localized", "primarily", "at", "pericentric", "heterochromatin", ",", "a", "scattered", "distribution", "over", "a", "large", "number", "of", "euchromatic", "loci", "is", "also", "evident", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

212

[ "Here", ",", "we", "provide", "evidence", "that", "Drosophila", "HP1", "is", "essential", "for", "the", "maintenance", "of", "active", "transcription", "of", "euchromatic", "genes", "functionally", "involved", "in", "cell", "-", "cycle", "progression", ",", "including", "those", "required", "for", "DNA", "replication", "and", "mitosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

213

[ "Depletion", "of", "HP1", "in", "proliferating", "embryonic", "cells", "caused", "aberrant", "progression", "of", "the", "cell", "cycle", "at", "S", "phase", "and", "G2", "/", "M", "phase", ",", "linked", "to", "aberrant", "chromosome", "segregation", ",", "cytokinesis", ",", "and", "an", "increase", "in", "apoptosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

214

[ "The", "chromosomal", "distribution", "of", "Aurora", "B", ",", "and", "the", "level", "of", "phosphorylation", "of", "histone", "H3", "serine", "10", "were", "also", "altered", "in", "the", "absence", "of", "HP1", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

215

[ "Using", "chromatin", "immunoprecipitation", "analysis", ",", "we", "further", "demonstrate", "that", "the", "promoters", "of", "a", "number", "of", "cell", "-", "cycle", "regulator", "genes", "are", "bound", "to", "HP1", ",", "supporting", "a", "direct", "role", "for", "HP1", "in", "their", "active", "transcription", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

216

[ "Overall", ",", "our", "data", "suggest", "that", "HP1", "is", "essential", "for", "the", "maintenance", "of", "cell", "-", "cycle", "progression", "and", "the", "transcription", "of", "cell", "-", "cycle", "regulatory", "genes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

217

[ "The", "results", "also", "support", "the", "view", "that", "HP1", "is", "a", "positive", "regulator", "of", "transcription", "in", "euchromatin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

218

[ "INTRODUCTION" ]

[ 0 ]

219

[ "Chromatin", "in", "higher", "eukaryotes", "is", "subdivided", "into", "different", "functional", "compartments", "termed", "heterochromatin", "and", "euchromatin", "(", "1", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

220

[ "Heterochromatin", "differs", "from", "euchromatin", "in", "its", "DNA", "composition", ",", "replication", "timing", ",", "condensation", "throughout", "the", "cell", "cycle", ",", "and", "its", "ability", "to", "silence", "euchromatic", "genes", "placed", "adjacent", "to", "or", "within", "its", "territory", ",", "often", "described", "as", "position", "-", "effect", "-", "variegation", "(", "PEV", ")", "(", "2", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

221

[ "Heterochromatin", "protein", "1", "(", "HP1", ")", "was", "the", "first", "protein", "identified", "in", "Drosophila", "melanogaster", "as", "a", "heterochromatin", "-", "associated", "protein", "(", "3", ")", ";", "the", "corresponding", "gene", "has", "been", "cloned", "from", "a", "number", "of", "organisms", "and", "is", "highly", "conserved", "from", "yeast", "to", "human", "(", "4", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

222

[ "Polytene", "chromosome", "staining", "showed", "that", ",", "in", "Drosophila", ",", "HP1", "is", "distributed", "mainly", "in", "pericentric", "heterochromatin", ",", "telomeric", "heterochromatin", ",", "the", "banded", "small", "fourth", "chromosome", "(", "5", "-", "8", ")", ",", "as", "well", "as", "~", "200", "individual", "loci", "scattered", "throughout", "the", "euchromatic", "chromosomal", "arms", "(", "5", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

223

[ "The", "gene", "encoding", "HP1", "in", "D", ".", "melanogaster", ",", "Su", "(", "var", ")", "2", "-", "5", ",", "was", "isolated", "as", "a", "suppressor", "of", "PEV", "(", "9", "-", "11", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

224

[ "The", "protein", "contains", "a", "highly", "conserved", "motif", ",", "the", "chromo", "(", "chromatin", "organization", "modifier", ")", "domain", ",", "similar", "to", "Polycomb", "(", "Pc", ")", ",", "a", "repressor", "of", "homeotic", "genes", "(", "12", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

225

[ "The", "association", "between", "HP1", "and", "pericentric", "heterochromatin", "is", "believed", "to", "occur", "via", "the", "chromo", "domain", "of", "HP1", "and", "the", "N", "-", "terminal", "tail", "of", "histone", "H3", "methylated", "at", "lysine", "9", "(", "13", ",", "14", ")", ",", "generated", "by", "histone", "methyltransferase", "-", "Su", "(", "var", ")", "3", "-", "9", ",", "a", "partner", "of", "HP1", "in", "pericentric", "heterochromatin", "(", "15", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

226

[ "The", "C", "-", "terminal", "chromo", "'", "shadow", "'", "domain", "of", "HP1", "interacts", "with", "other", "silencing", "complexes", "to", "suppress", "local", "transcriptional", "activity", "(", "15", "-", "18", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

227

[ "However", ",", "studies", "of", "HP1", "chromosomal", "distribution", "also", "showed", "that", "HP1", "does", "not", "always", "co", "-", "localize", "with", "lysine", "9", "methylated", "histone", "H3", "or", "Su", "(", "var", ")", "3", "-", "9", ",", "especially", "in", "euchromatic", "regions", "(", "19", "-", "21", ")", ";", "in", "some", "cases", ",", "HP1", "is", "found", "directly", "bound", "to", "DNA", "(", "22", ",", "23", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

228

[ "All", "these", "features", "argue", "for", "distinct", "roles", "for", "HP1", "in", "chromatin", "and", "in", "epigenetic", "gene", "regulation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

229

[ "HP1", "is", "believed", "to", "be", "an", "essential", "structural", "protein", "protecting", "the", "integrity", "of", "chromosomes", "during", "cell", "division", "(", "8", ",", "24", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

230

[ "Swi6", ",", "the", "homolog", "of", "HP1", "in", "fission", "yeast", ",", "is", "dispensable", "for", "survival", ",", "but", "its", "deletion", "results", "in", "lagging", "chromosomes", "during", "anaphase", ",", "and", "a", "high", "rate", "of", "chromosome", "loss", "(", "25", ",", "26", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

231

[ "Mutations", "of", "HP1", "in", "D", ".", "melanogaster", "result", "in", "late", "larval", "lethality", ",", "chromosome", "breakages", "/", "loss", ",", "telomere", "fusion", "and", "a", "high", "frequency", "of", "cells", "with", "abnormal", "anaphase", "(", "8", ",", "27", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

232

[ "Null", "alleles", "of", "the", "HP1", "functional", "partner", "in", "mice", "(", "SUVAR39", ")", "also", "showed", "various", "chromosomal", "defects", "(", "28", ")", ",", "supporting", "a", "conserved", "role", "for", "heterochromatin", "proteins", "in", "the", "regulation", "of", "chromosome", "dynamics", "during", "cell", "-", "cycle", "progression", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

233

[ "However", ",", "the", "mechanism", "(", "s", ")", "involved", "remains", "to", "be", "understood", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

234

[ "In", "this", "study", ",", "we", "utilized", "Drosophila", "embryonic", "Kc", "cells", "and", "an", "RNA", "interference", "(", "RNAi", ")", "-", "based", "approach", "to", "demonstrate", "that", "HP1", "plays", "an", "important", "role", "at", "S", "phase", "and", "G2", "/", "M", "phases", "during", "the", "cell", "cycle", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

235

[ "We", "further", "show", "that", "nearly", "one", "-", "third", "of", "known", "/", "predicted", "cell", "-", "cycle", "regulators", "require", "HP1", "to", "maintain", "their", "active", "transcription", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

236

[ "These", "genes", "include", "MCMs", ",", "Orc4", ",", "CDC45L", ",", "INCENP", ",", "Aurora", "B", ",", "CAF1", ",", "Bub1", ",", "Bub3", "and", "a", "few", "other", "cell", "-", "cycle", "regulators", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

237

[ "ChIP", "analysis", "suggests", "that", "HP1", "plays", "a", "direct", "role", "in", "their", "transcription", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

238

[ "Therefore", ",", "the", "results", "of", "this", "study", "provide", "an", "alternative", "explanation", "for", "the", "specific", "role", "of", "HP1", "in", "the", "regulation", "of", "chromatin", "dynamics", "and", "in", "cell", "-", "cycle", "progression", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

239

[ "MATERIALS", "AND", "METHODS" ]

[ 0, 0, 0 ]

240

[ "RNAi", "in", "Kc", "cells" ]

[ 0, 0, 0, 0 ]

241

[ "Drosophila", "Kc", "cells", "were", "routinely", "cultured", "at", "25", "degrees", "C", "in", "Schneider", "Drosophila", "medium", "(", "GIBCO", ")", "supplemented", "with", "10", "%", "fetal", "calf", "serum", ",", "160", "mu", "g", "/", "ml", "penicillin", ",", "250", "mu", "g", "/", "ml", "streptomycin", ",", "and", "4", "mM", "l", "-", "glutamine", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

242

[ "Double", "-", "stranded", "RNA", "(", "dsRNA", ")", "of", "HP1", "was", "generated", "by", "incubation", "of", "single", "-", "stranded", "RNA", "in", "annealing", "buffer", "(", "100", "mM", "potassium", "acetate", ",", "30", "mM", "HEPES", "-", "KOH", ",", "pH", "7", ".", "4", ",", "2", "mM", "magnesium", "acetate", ")", "for", "3", "min", "at", "95", "degrees", "C", "and", "then", "placed", "in", "a", "beaker", "with", "water", "at", "75", "degrees", "C", "and", "allowed", "to", "cool", "slowly", "to", "room", "temperature", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

243

[ "The", "detailed", "procedure", "of", "RNAi", "was", "carried", "out", "according", "to", "the", "established", "protocols", "(", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

244

[ "Briefly", ",", "Kc", "cells", "were", "seeded", "in", "a", "six", "-", "well", "dish", "using", "serum", "-", "free", "medium", "at", "1", "x", "106", "cells", "/", "ml", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

245

[ "HP1", "dsRNA", "(", "5", "mu", "g", "/", "ml", ")", "was", "added", "to", "the", "cultured", "Kc", "cells", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

246

[ "After", "60", "min", "at", "room", "temperature", ",", "2", "ml", "of", "medium", "containing", "10", "%", "serum", "was", "added", "to", "each", "well", "and", "the", "plates", "transferred", "to", "25", "degrees", "C", "for", "up", "to", "8", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

247

[ "Western", "blotting", "and", "RT", "-", "PCR", "were", "carried", "out", "using", "the", "extract", "/", "total", "RNA", "isolated", "from", "control", "and", "dsRNA", "-", "treated", "cells", "on", "days", "2", ",", "6", "and", "8", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

248

[ "Cell", "-", "cycle", "and", "apoptosis", "analysis" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

249

[ "The", "procedure", "for", "flow", "cytometric", "analysis", "of", "Kc", "cells", "followed", "that", "in", "the", "manual", "provided", "with", "the", "BrdU", "flow", "kit", "(", "BD", "PharMingen", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

250

[ "The", "cells", "were", "fed", "with", "BrdU", "for", "4", "h", ",", "then", "scraped", "and", "collected", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

251

[ "Fluorescence", "was", "measured", "using", "a", "FACSCalibur", "(", "Becton", "Dickinson", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

252

[ "Data", "collection", "and", "analysis", "were", "performed", "using", "CellQuest", "software", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

253

[ "Electrophoresis", "and", "immunoblotting" ]

[ 0, 0, 0 ]

254

[ "Cell", "extracts", "(", "15", "mu", "g", ")", "were", "fractionated", "by", "10", "%", "SDS", "-", "PAGE", ",", "then", "transferred", "to", "Hybond", "-", "P", "PVDF", "membranes", "(", "Amersham", ")", "and", "probed", "with", "primary", "antibodies", "(", "CIA9", ")", ",", "and", "secondary", "antibodies", "(", "anti", "-", "rabbit", "or", "anti", "-", "mouse", "horseradish", "peroxidase", "-", "conjugated", "IgG", ")", ",", "obtained", "from", "Jackson", "Immunoresearch", "Laboratories", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

255

[ "Enhanced", "chemiluminescence", "reagents", "(", "Amersham", "Pharmacia", "Biotech", ")", "were", "used", "for", "signal", "detection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

256

[ "For", "the", "analysis", "of", "H3", "ser10", "phosphorylation", ",", "we", "used", "whole", "-", "cell", "extracts", "from", "700", "000", "Kc", "cells", "(", "control", "and", "RNAi", "at", "day", "8", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

257

[ "Western", "blotting", "was", "performed", "using", "polyclonal", "antibodies", "against", "ser10", "-", "phosphorylated", "histone", "H3", "at", "a", "dilution", "of", "1", ":", "1000", "(", "Upstate", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

258

[ "Kc", "control", "cells", "arrested", "in", "mitosis", "by", "incubation", "in", "25", "micro", "M", "colchicine", "(", "Sigma", ")", "for", "24", "h", "were", "also", "analyzed", "for", "comparison", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

259

[ "Immunofluorescence" ]

[ 0 ]

260

[ "Kc", "cells", "were", "seeded", "onto", "polylysine", "slides", ",", "fixed", "with", "4", "%", "formaldehyde", "for", "15", "min", "and", "permeabilized", "with", "0", ".", "5", "%", "Triton", "X", "-", "100", "for", "5", "min", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

261

[ "The", "incubation", "with", "primary", "antibodies", "was", "carried", "out", "in", "blocking", "solution", "for", "1", "h", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

262

[ "For", "staining", "of", "mitotic", "cells", ",", "the", "cells", "were", "permeabilized", "using", "PBST", "(", "PBS", "containing", "0", ".", "3", "%", "Triton", "X", "-", "100", ")", "and", "stained", "with", "polyclonal", "antibody", "against", "Drosophila", "Aurora", "B", "at", "1", ":", "200", "dilution", "and", "monoclonal", "mouse", "at", "anti", "-", "beta", "-", "tubulin", "1", ":", "300", "dilution", "(", "Chemicon", "International", ")", "as", "primary", "antibodies", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

263

[ "Secondary", "antibodies", "were", "anti", "-", "rabbit", "coupled", "with", "Alexa", "488", "(", "1", ":", "500", ")", "and", "anti", "-", "mouse", "coupled", "to", "Alexa", "546", "(", "1", ":", "500", ")", "(", "Molecular", "Probes", ",", "Eugene", ",", "Oregon", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

264

[ "Images", "were", "acquired", "using", "a", "confocal", "LSM510", "META", "microscope", "(", "Zeiss", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

265

[ "Stacks", "of", "images", "were", "analyzed", "using", "the", "IMARIS", "4", ".", "0", "program", "(", "Media", "cybernetics", ",", "Carlsbad", ",", "CA", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

266

[ "Antibodies" ]

[ 0 ]

267

[ "Affinity", "-", "purified", "polyclonal", "antibodies", "of", "HP1", "(", "rabbit", "#", "192", "and", "#", "187", ",", "5", "mu", "g", ")", "and", "5", "mu", "g", "of", "polyclonal", "anti", "-", "HA", "antibodies", "(", "Sigma", ")", "were", "used", "in", "each", "ChIP", "reaction", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

268

[ "The", "specificity", "of", "the", "HP1", "polyclonal", "antibodies", "was", "determined", "using", "various", "approaches", ",", "including", "western", "blotting", "assay", ",", "immunofluorescence", "staining", "and", "immunoprecipitation", "to", "pull", "down", "HP1", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

269

[ "The", "monoclonal", "antibody", "HP1", "-", "CIA9", "(", "5", ")", "was", "used", "at", "a", "dilution", "of", "1", ":", "20", "in", "immunoblotting", "assays", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

270

[ "Microarray", "analysis", "and", "RT", "-", "PCR" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

271

[ "Total", "RNA", "was", "isolated", "from", "control", "and", "HP1", "-", "depleted", "Kc", "cells", "at", "day", "8", "using", "an", "RNeasy", "kit", "(", "Qiagen", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

272

[ "RNA", "labeling", "and", "microarray", "data", "analysis", "followed", "the", "standard", "protocol", "from", "Affymetrix", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

273

[ "We", "used", "ANOVA", "(", "P", "<", "0", ".", "001", ")", "to", "assess", "the", "expression", "confidence", "for", "each", "gene", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

274

[ "For", "RT", "-", "PCR", "analysis", ",", "poly", "(", "A", ")", "+", "mRNA", "was", "purified", "with", "the", "Oligotex", "Direct", "mRNA", "kit", "(", "Qiagen", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

275

[ "The", "purified", "poly", "(", "A", ")", "+", "RNA", "was", "reverse", "transcribed", "using", "the", "Thermoscript", "kit", "(", "Invitrogen", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

276

[ "The", "cDNA", "was", "then", "used", "for", "PCR", "amplification", "for", "35", "cycles", "with", "gene", "-", "specific", "primers", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

277

[ "PCR", "products", "were", "scanned", "after", "electrophoretic", "separation", "with", "a", "Typhoon", "Scanner", ",", "quantified", "using", "ImageQuant", "software", "(", "Amersham", "Biosciences", ")", "and", "normalized", "for", "amplification", "of", "the", "Actin5c", "transcript", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

278

[ "The", "sequence", "of", "primers", "used", "for", "RT", "-", "PCR", "and", "ChIP", "analysis", "are", "provided", "in", "the", "Supplementary", "Material", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

279

[ "ChIP" ]

[ 0 ]

280

[ "ChIP", "was", "performed", "according", "to", "Orlando", "et", "al", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

281

[ "(", "29", ")", "and", "the", "protocol", "provided", "by", "Upstate", "(", ")", "with", "some", "modifications", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

282

[ "In", "brief", ",", "1", "-", "2", "x", "108", "Kc", "cells", "were", "prepared", "and", "fixed", "in", "1", "%", "formaldehyde", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

283

[ "Nuclei", "were", "isolated", "according", "to", "a", "standard", "procedure", "in", "Current", "Protocols", "(", ")", ",", "then", "resuspended", "in", "1", ".", "7", "ml", "of", "lysis", "buffer", "(", "50", "mM", "Tris", ",", "pH", "8", ".", "0", ",", "10", "mM", "EDTA", ",", "1", "%", "SDS", "and", "protease", "inhibitors", ")", "and", "sonicated", "using", "a", "Branson", "sonifier", "250", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

284

[ "Chromatin", "fractions", "in", "the", "size", "range", "0", ".", "2", "-", "0", ".", "8", "kb", "were", "used", "to", "perform", "immunoprecipitation", "experiments", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

285

[ "We", "used", "5", "mu", "g", "affinity", "-", "purified", "polyclonal", "antibodies", "(", "#", "192", "and", "#", "182", "for", "HP1", ";", "HA", "antibody", "for", "control", ")", "and", "1", "ml", "of", "salmon", "sperm", "DNA", "/", "protein", "-", "A", "-", "agarose", "(", "Upstate", ")", "pre", "-", "cleared", "chromatin", "lysate", "in", "each", "reaction", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

286

[ "The", "mixture", "was", "then", "rotated", "at", "4", "degrees", "C", "overnight", "and", "the", "recovered", "beads", "were", "washed", "twice", "with", "1", "ml", "of", "Low", "salt", "buffer", "(", "Upstate", ")", ",", "once", "with", "High", "salt", "buffer", "(", "Upstate", ")", ",", "once", "with", "LiCl", "buffer", "(", "Upstate", ")", "and", "twice", "with", "TE", "at", "4", "degrees", "C", "for", "8", "min", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

287

[ "ChIP", "DNA", "was", "extracted", "according", "to", "the", "standard", "procedures", "(", "29", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

288

[ "RESULTS" ]

[ 0 ]

289

[ "Depletion", "of", "HP1", "in", "Drosophila", "Kc", "cells" ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 ]

290

[ "Various", "chromosomal", "defects", "in", "the", "cell", "cycle", "have", "been", "observed", "in", "embryos", "or", "larval", "tissues", "of", "Drosophila", "HP1", "mutants", "(", "8", ",", "27", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

291

[ "However", ",", "the", "presence", "of", "maternally", "loaded", "HP1", "in", "embryos", "and", "the", "lethality", "of", "HP1", "mutants", "at", "late", "larval", "stages", "have", "so", "far", "precluded", "a", "systematic", "study", "of", "the", "role", "of", "HP1", "in", "cell", "-", "cycle", "regulation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

292

[ "Therefore", ",", "we", "used", "Drosophila", "Kc", "cells", ",", "a", "cell", "line", "derived", "from", "Drosophila", "embryos", ",", "as", "a", "model", "system", "to", "address", "this", "problem", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

293

[ "HP1", "transcripts", "were", "depleted", "using", "an", "RNAi", "-", "based", "approach", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

294

[ "The", "reduction", "in", "HP1", "expression", "was", "measured", "both", "by", "RT", "-", "PCR", "and", "by", "western", "blotting", "analysis", "(", "Figure", "1A", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

295

[ "A", "significant", "reduction", "in", "the", "HP1", "expression", "was", "already", "evident", "after", "2", "days", "treatment", "with", "HP1", "dsRNA", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

296

[ "Cells", "at", "day", "8", "showed", "a", "reduction", "in", "HP1", "of", "~", "90", "%", "(", "Figure", "1A", ")", "and", "were", "therefore", "used", "in", "all", "subsequent", "experiments", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

297

[ "Cell", "-", "cycle", "progression", "at", "S", "and", "G2", "/", "M", "phase", "is", "altered", "in", "the", "absence", "of", "HP1" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

298

[ "The", "impact", "of", "HP1", "loss", "on", "the", "cell", "cycle", "of", "Kc", "cells", "was", "determined", "using", "cell", "-", "cycle", "profile", "analysis", "of", "HP1", "-", "depleted", "and", "control", "cells", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

299

[ "The", "percentage", "of", "cells", "in", "S", "phase", "was", "determined", "by", "BrdU", "incorporation", ",", "and", "total", "DNA", "content", "by", "7", "-", "amino", "-", "actinomycin", "(", "7", "-", "AAD", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]