Datasets:

linnaeus

like 1

[ "Procedure", "used", "was", "that", "of", "Neuhoff", "(", "24", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Briefly", ",", "a", "one", "liter", "stock", "of", "staining", "solution", "was", "prepared", "containing", "1", "g", "Coomassie", "brilliant", "blue", "G", "-", "250", "(", "Sigma", ")", ",", "100", "g", "ammonium", "sulfate", "(", "Sigma", ")", ",", "and", "11", ".", "76", "ml", "85", "%", "phosphoric", "acid", "(", "Fisher", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Following", "SDS", "-", "PAGE", ",", "gels", "were", "fixed", "in", "40", "%", "methanol", ",", "10", "%", "acetic", "acid", "for", "10", "min", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Gels", "were", "then", "rinsed", "several", "times", "in", "water", ",", "then", "stained", "using", "40", "ml", "of", "the", "stock", "staining", "solution", "mixed", "with", "10", "ml", "methanol", ",", "for", "2", "h", "at", "room", "temperature", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Stain", "was", "then", "poured", "off", ",", "and", "residual", "stain", "was", "removed", "by", "rinsing", "in", "water", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "By", "performing", "a", "standard", "analysis", "using", "bovine", "serum", "albumin", ",", "the", "stain", "was", "able", "to", "detect", "~", "15", "ng", "total", "protein", "per", "lane", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Pichia", "expression", "system" ]

[ 0, 0, 0 ]

[ "An", "N", "-", "terminally", "HIS6", "/", "FLAG", "-", "tagged", "allele", "of", "the", "SCP160", "coding", "sequence", "was", "blunt", "-", "end", "sub", "-", "cloned", "into", "the", "BamHI", "/", "SnaBI", "sites", "of", "the", "Pichia", "expression", "vector", "pPIC3", ".", "5K", "(", "Invitrogen", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "construct", "was", "then", "linearized", "using", "SalI", "and", "integrated", "into", "the", "genome", "of", "the", "Pichia", "strain", "GS115", "(", "Invitrogen", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "High", "expression", "transformants", "were", "selected", "initially", "on", "histidine", "-", "deficient", "medium", "followed", "by", "selection", "on", "increasing", "concentrations", "of", "G418", "(", "US", "Biological", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Crude", "lysates", "of", "the", "resultant", "transformants", "were", "then", "confirmed", "by", "western", "blot", "analysis", "with", "the", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "M2", ",", "and", "the", "best", "expressing", "strain", "was", "cultured", "in", "a", "fermenter", ",", "harvested", ",", "and", "lysed", "by", "agitation", "with", "glass", "beads", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "purify", "Scp160p", ",", "2", "ml", "of", "crude", "lysate", "was", "first", "diluted", "to", "10", "ml", "with", "25", "mM", "Tris", ",", "pH", "7", ".", "5", ",", "1", "M", "NaCl", ",", "then", "twice", "passed", "over", "a", "1", "ml", "alpha", "-", "FLAG", "affinity", "column", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "column", "was", "then", "washed", "with", "75", "ml", "of", "25", "mM", "Tris", ",", "pH", "7", ".", "5", ",", "1", "M", "NaCl", ",", "and", "then", "eluted", "with", "184", "micro", "g", "/", "ml", "FLAG", "peptide", "prepared", "in", "the", "same", "buffer", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "RESULTS" ]

[ 0 ]

[ "Expression", "of", "tagged", "Scp160p", "in", "yeast" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1 ]

[ "An", "N", "-", "terminal", "FLAG", "-", "tagged", "form", "of", "Scp160p", "was", "created", "to", "facilitate", "detection", "of", "the", "protein", "in", "cells", "and", "extracts", "(", "Fig", ".", "1A", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "probe", "functionality", "of", "this", "fusion", "protein", ",", "we", "used", "two", "-", "step", "gene", "replacement", "(", "18", ")", "to", "substitute", "the", "modified", "allele", "into", "the", "SCP160", "locus", "of", "haploid", "yeast", ",", "and", "then", "tested", "the", "morphological", "phenotype", "of", "the", "resultant", "cells", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "All", "strains", "were", "confirmed", "by", "PCR", "analysis", "of", "the", "SCP160", "locus", "with", "appropriate", "primers", "(", "Materials", "and", "Methods", ")", ",", "and", "expression", "of", "the", "tagged", "protein", "was", "confirmed", "by", "western", "blot", "analysis", "with", "the", "appropriate", "antibody", "(", "M2", "alpha", "FLAG", ")", "(", "Fig", ".", "1B", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "all", "cases", ",", "yeast", "expressing", "tagged", "Scp160p", "in", "place", "of", "the", "native", "protein", "appeared", "indistinguishable", "from", "the", "corresponding", "wild", "-", "type", "strains", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "a", "negative", "control", ",", "we", "also", "deleted", "almost", "the", "entire", "SCP160", "coding", "region", "from", "the", "genomes", "of", "these", "yeast", "strains", "(", "Fig", ".", "1A", ")", ",", "and", "confirmed", "the", "expected", "mutant", "phenotype", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Scp160p", "associates", "with", "polyribosomes" ]

[ 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "test", "the", "hypothesis", "that", "Scp160p", "associates", "with", "polyribosomes", "we", "used", "sucrose", "gradient", "ultracentrifugation", "to", "size", "-", "fractionate", "subcellular", "components", "of", "lysates", "prepared", "from", "yeast", "expressing", "the", "N", "-", "terminal", "FLAG", "-", "tagged", "Scp160p", "protein", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Western", "blot", "analyses", "of", "gradient", "fractions", "with", "an", "alpha", "-", "FLAG", "antibody", "(", "M2", ",", "Boehringer", "Mannheim", ")", ",", "revealed", "a", "160", "kDa", "band", "that", "was", "most", "abundant", "in", "the", "denser", "fractions", ",", "consistent", "with", "the", "location", "of", "polyribosomes", "(", ">", "80S", ")", "(", "Fig", ".", "2A", ",", "solid", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "A", "convenient", "internal", "control", "for", "these", "gradients", "was", "provided", "by", "an", "unknown", "endogenous", "yeast", "cross", "-", "reacting", "protein", "at", "~", "100", "kDa", ",", "that", "exemplified", "the", "migration", "pattern", "of", "a", "free", "protein", ",", "appearing", "only", "in", "the", "upper", "fractions", "of", "the", "gradient", "(", "Fig", ".", "2A", ",", "open", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "determine", "whether", "the", "migration", "pattern", "of", "Scp160p", "in", "these", "sucrose", "gradients", "truly", "reflected", "association", "with", "yeast", "polyribosomes", ",", "lysates", "were", "pre", "-", "treated", "with", "either", "30", "mM", "EDTA", "or", "50", "U", "/", "ml", "RNase", "One", "(", "Promega", ")", "immediately", "prior", "to", "sucrose", "gradient", "fractionation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "EDTA", "chelates", "Mg2", "+", "cations", ",", "resulting", "in", "the", "dissociation", "of", "the", "small", "and", "large", "ribosomal", "subunits", ",", "reflected", "in", "gradient", "profiles", "(", "OD254", ")", "by", "the", "disappearance", "of", "80S", "monosomes", "and", "polyribosomes", "along", "with", "a", "marked", "increase", "in", "the", "abundance", "of", "free", "ribosomal", "subunits", "(", "Fig", ".", "2B", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Under", "these", "conditions", ",", "the", "greatest", "intensity", "of", "FLAG", "-", "Scp160p", "signal", "was", "seen", "only", "in", "the", "upper", "-", "most", "fractions", "of", "the", "gradient", "(", "Fig", ".", "2B", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Alternatively", ",", "pre", "-", "treatment", "of", "lysates", "with", "RNase", ",", "which", "results", "in", "inter", "-", "ribosomal", "severing", "of", "translating", "messages", ",", "gave", "rise", "to", "a", "large", "pool", "of", "single", "80S", "ribosomes", "(", "Fig", ".", "2C", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Again", ",", "FLAG", "-", "Scp160p", "was", "shifted", "to", "the", "uppermost", "fractions", "of", "these", "gradients", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Although", "some", "of", "the", "Scp160p", "signal", "was", "detected", "in", "fractions", "larger", "than", "40S", ",", "the", "migration", "pattern", "of", "the", "100", "kDa", "cross", "-", "reacting", "protein", "in", "these", "experiments", "indicated", "that", "RNase", "treatment", "caused", "an", "apparent", "diffusion", "of", "material", "in", "the", "upper", "portion", "of", "the", "gradient", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Characterization", "of", "Scp160p", "-", "containing", "complexes", "following", "EDTA", "and", "RNase", "treatment" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Gel", "-", "filtration", "chromatography", "was", "used", "to", "determine", "the", "apparent", "molecular", "weight", "of", "Scp160p", "following", "its", "release", "from", "polyribosomes", "by", "both", "EDTA", "and", "RNase", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Lysates", "were", "prepared", "as", "described", "above", "for", "sucrose", "gradient", "analysis", ",", "but", "were", "instead", "size", "fractionated", "over", "a", "Sephacryl", "S", "-", "300", "Hi", "-", "Prep", "column", ",", "with", "an", "inclusion", "cut", "-", "off", "of", "1300", "kDa", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "expected", ",", "Scp160p", "from", "untreated", "lysates", "eluted", "in", "the", "void", "volume", ",", "confirming", "its", "association", "with", "large", "complexes", ",", "ostensibly", "polyribosomes", "(", "Fig", ".", "3A", ",", "solid", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "EDTA", "treated", "lysates", ",", "all", "Scp160p", "signal", "was", "still", "detected", "in", "the", "void", "volume", ",", "indicating", "it", "remained", "in", "a", "complex", "of", ">", "1300", "kDa", "(", "Fig", ".", "3B", ",", "solid", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "contrast", ",", "limited", "RNase", "treatment", "(", "10", "min", ")", "resulted", "in", "the", "appearance", "of", "an", "Scp160p", "-", "containing", "species", "of", "~", "450", "kDa", ",", "in", "addition", "to", "a", "fraction", "still", "visible", "in", "the", "void", "(", "Fig", ".", "3C", ",", "solid", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "More", "extensive", "RNase", "treatment", "(", "30", "min", ")", "led", "to", "complete", "conversion", "to", "the", "450", "kDa", "species", "(", "Fig", ".", "3D", ",", "solid", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Sequential", "treatment", ",", "first", "with", "RNase", ",", "then", "with", "EDTA", ",", "also", "resulted", "in", "a", "450", "kDa", "species", "(", "data", "not", "shown", ")", ",", "suggesting", "that", "all", "components", "of", "this", "apparent", "450", "kDa", "complex", "were", "also", "present", "following", "EDTA", "treatment", "alone", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "before", ",", "the", "100", "kDa", ",", "endogenous", "alpha", "-", "FLAG", "cross", "-", "reacting", "protein", "(", "Fig", ".", "3", ",", "open", "arrows", ")", "served", "as", "a", "convenient", "internal", "control", ",", "eluting", "from", "the", "column", "at", "a", "volume", "consistent", "with", "its", "expected", "monomeric", "size", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "characterize", "further", "the", "stability", "of", "the", "large", "(", "apparent", "molecular", "weight", ">", "1300", "kDa", ")", ",", "EDTA", "-", "resistant", "complex", ",", "lysates", "were", "treated", "with", "increasing", "concentrations", "of", "NaCl", "prior", "to", "size", "fractionation", "(", "Fig", ".", "3", ",", "panels", "E", ",", "F", "and", "G", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "shown", "in", "Figure", "3E", ",", "at", "75", "mM", "NaCl", ",", "the", "large", "complex", "remained", "intact", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "However", ",", "at", "a", "NaCl", "concentration", "of", "150", "mM", ",", "the", "Scp160p", "complex", "was", "partially", "reduced", "to", "450", "kDa", ",", "with", "some", "signal", "still", "remaining", "in", "the", "void", "(", "Fig", ".", "3F", ",", "solid", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Following", "treatment", "with", "1", "M", "NaCl", ",", "Scp160p", "was", "only", "visible", "as", "the", "450", "kDa", "species", "(", "Fig", ".", "3G", ",", "solid", "arrow", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "fact", "that", "RNase", "treatment", "and", "high", "salt", "both", "generated", "Scp160p", "species", "of", "similar", "apparent", "molecular", "weight", "suggests", "that", "these", "high", "salt", "concentrations", "resulted", "in", "the", "disassociation", "of", "RNA", ",", "and", "perhaps", "other", "components", ",", "from", "Scp160p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Pab1p", "and", "Bfr1p", "are", "present", "in", "EDTA", "-", "resistant", "Scp160p", "-", "containing", "complexes" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "determine", "if", "the", ">", "1300", "kDa", "Scp160p", "-", "containing", "complexes", "remaining", "after", "EDTA", "treatment", "were", "mRNPs", ",", "we", "assayed", "for", "the", "presence", "of", "the", "yeast", "poly", "(", "A", ")", "binding", "protein", ",", "Pab1p", ",", "following", "alpha", "-", "FLAG", "affinity", "purification", "as", "illustrated", "in", "Figure", "4", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Pab1p", "is", "an", "abundant", "and", "well", "-", "characterized", "component", "of", "mRNP", "complexes", "in", "yeast", ",", "as", "well", "as", "higher", "eukaryotes", "(", "14", ",", "15", ",", "25", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "seen", "in", "Figure", "5A", "and", "B", ",", "Pab1p", "did", "co", "-", "purify", "with", "FLAG", "-", "Scp160p", ";", "moreover", ",", "treatment", "with", "RNase", "immediately", "prior", "to", "FLAG", "-", "purification", "completely", "abolished", "this", "interaction", "(", "Fig", ".", "5C", ")", ",", "indicating", "an", "RNA", "-", "dependant", "association", "between", "these", "two", "proteins", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "also", "probed", "the", "isolated", "complexes", "for", "the", "presence", "of", "another", "abundant", "mRNP", "-", "component", "protein", ",", "Pub1p", "(", "23", ",", "26", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Pub1p", ",", "as", "opposed", "to", "Pab1p", ",", "is", "not", "reported", "to", "associate", "with", "polyribosomes", ",", "and", "is", "hypothesized", "to", "bind", "a", "pool", "of", "non", "-", "translatable", "mRNAs", "(", "23", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "predicted", ",", "Pub1p", "did", "not", "co", "-", "purify", "with", "Scp160p", "(", "Fig", ".", "5D", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "absence", "of", "Pub1p", "in", "Scp160p", "-", "containing", "complexes", "served", "as", "a", "negative", "control", ",", "demonstrating", "that", "abundant", "RNA", "-", "binding", "proteins", "did", "not", "co", "-", "purify", "non", "-", "specifically", "by", "this", "protocol", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "addition", ",", "we", "performed", "mock", "purifications", "using", "lysates", "from", "yeast", "expressing", "the", "wild", "-", "type", "allele", "of", "SCP160", "without", "the", "FLAG", "epitope", "(", "Fig", ".", "5F", ")", ",", "or", "with", "an", "unrelated", "FLAG", "-", "tagged", "protein", ",", "human", "galactose", "1", "-", "phosphate", "uridylyltransferase", "(", "GALT", ")", "(", "Fig", ".", "5G", ",", "lower", "panel", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "neither", "case", "did", "Pab1p", "bind", "and", "elute", "from", "the", "FLAG", "affinity", "column", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Finally", ",", "no", "bands", "were", "visible", "by", "colloidal", "G250", "Coomassie", "staining", "of", "samples", "from", "the", "mock", "(", "wild", "-", "type", ")", "preparations", "(", "Fig", ".", "5E", ")", ",", "further", "demonstrating", "the", "specificity", "of", "this", "procedure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "By", "colloidal", "G250", "Coomassie", "staining", "(", "Materials", "and", "Methods", ")", "of", "the", "FLAG", "-", "purified", "complex", ",", "we", "observed", "in", "addition", "to", "Scp160p", ",", "two", "major", "bands", ",", "at", "~", "70", "kDa", "and", "~", "55", "kDa", ",", "which", "ostensibly", "represent", "co", "-", "purifying", "proteins", "(", "Fig", ".", "5A", ",", "bottom", "panel", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Western", "blot", "analysis", "suggested", "that", "the", "~", "70", "kDa", "species", "is", "Pab1p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "identify", "the", "55", "kDa", "protein", ",", "that", "band", "was", "excised", "from", "the", "gel", ",", "and", "sent", "to", "the", "Keck", "microchemical", "facility", "at", "Yale", "University", "for", "analysis", "by", "in", "gel", "tryptic", "digestion", ",", "followed", "by", "MALDI", "-", "mass", "spectrometry", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "results", "of", "these", "analyses", "clearly", "identified", "the", "unknown", "protein", "as", "Bfr1p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "confirm", "this", "result", ",", "an", "N", "-", "terminal", "HA", "tag", "was", "engineered", "onto", "the", "genomic", "BFR1", "locus", "in", "strains", "expressing", "FLAG", "-", "tagged", "or", "wild", "-", "type", "Scp160p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Scp160p", "complexes", "were", "then", "isolated", "from", "both", "of", "these", "strains", "using", "the", "protocol", "described", "above", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "seen", "in", "Figure", "6", ",", "an", "HA", "-", "tagged", "protein", "of", "~", "55", "kDa", "(", "center", "panel", ")", "appears", "in", "alpha", "-", "FLAG", "column", "elutions", "only", "when", "FLAG", "-", "Scp160p", "is", "also", "present", "(", "top", "panel", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "No", "signal", "is", "visible", "in", "mock", "purifications", "of", "extracts", "where", "Scp160p", "is", "not", "FLAG", "-", "tagged", "(", "bottom", "panel", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Monomeric", "Scp160p", "migrates", "as", "a", "~", "450", "kDa", "protein", "under", "native", "conditions" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "a", "first", "step", "to", "characterize", "the", "post", "RNase", "/", "NaCl", "450", "kDa", "Scp160p", "species", "we", "compared", "it", "with", "Scp160p", "over", "-", "expressed", "and", "purified", "from", "an", "exogenous", "host", ",", "the", "yeast", "Pichia", "pastoris", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0 ]

[ "The", "purified", "N", "-", "terminal", "FLAG", "/", "hexahistidine", "-", "tagged", "Scp160p", "was", "run", "over", "an", "S300", "gel", "filtration", "column", ";", "2", "ml", "fractions", "were", "collected", "and", "analyzed", "by", "alpha", "-", "FLAG", "western", "blot", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "seen", "in", "Figure", "7A", ",", "purified", "Scp160p", "eluted", "at", "a", "volume", "consistent", "with", "a", ">", "443", "kDa", "protein", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "confirm", "that", "no", "other", "proteins", "were", "associated", "with", "the", "purified", "Scp160p", ",", "12", "micro", "l", "of", "the", "protein", "was", "run", "on", "SDS", "-", "PAGE", "and", "subjected", "to", "colloidal", "G250", "Coomassie", "staining", "before", "loading", "on", "the", "S", "-", "300", "column", "(", "Fig", ".", "7B", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "shown", ",", "no", "bands", "other", "than", "Scp160p", "were", "visible", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Several", "KH", "-", "domain", "proteins", ",", "including", "Sam68", "and", "FMRP", ",", "have", "been", "reported", "to", "form", "homodimers", "in", "vivo", "(", "27", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Therefore", ",", "we", "explored", "the", "possibility", "that", "the", "~", "450", "kDa", "Scp160p", "species", "might", "contain", "two", "or", "more", "copies", "of", "Scp160p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "test", "this", "hypothesis", ",", "yeast", "expressing", "FLAG", "-", "Scp160p", "were", "transfected", "with", "a", "centromeric", "plasmid", ",", "YCplac22", "-", "HA", "-", "Scp160p", ",", "encoding", "a", "distinct", ",", "HA", "-", "tagged", "allele", "of", "the", "protein", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "functionality", "of", "this", "tagged", "protein", "had", "previously", "been", "demonstrated", "by", "polyribosome", "association", "as", "well", "as", "complementation", "of", "the", "null", "morphological", "phenotype", "in", "cells", "expressing", "only", "HA", "-", "Scp160p", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "As", "seen", "in", "Figure", "7C", ",", "when", "yeast", "co", "-", "expressing", "the", "two", "alleles", "were", "lysed", "and", "the", "FLAG", "-", "tagged", "protein", "was", "isolated", "as", "described", "above", ",", "no", "HA", "-", "Scp160p", "co", "-", "purified", "with", "the", "FLAG", "-", "Scp160p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "data", "strongly", "suggest", "that", "Scp160p", "does", "not", "form", "homo", "-", "dimers", "or", "higher", "-", "order", "multimers", "in", "vivo", ",", "and", "that", "the", "~", "450", "kDa", "species", "of", "Scp160p", "observed", "is", "simply", "the", "monomeric", "protein", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "DISCUSSION" ]

[ 0 ]

[ "The", "data", "presented", "here", "demonstrate", "two", "main", "points", "regarding", "the", "biochemical", "associations", "and", "function", "of", "Scp160p", "in", "yeast", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ "First", ",", "the", "sucrose", "gradient", "fractionation", "data", "clearly", "demonstrate", "that", "Scp160p", "exists", "primarily", "associated", "with", "large", "complexes", ",", "likely", "to", "be", "polyribosomes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "our", "knowledge", ",", "this", "is", "the", "first", "time", "a", "vigilin", "family", "member", "has", "been", "shown", "to", "associate", "with", "polyribosomes", "in", "this", "manner", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Interestingly", ",", "Weber", "and", "colleagues", "did", "not", "observe", "sucrose", "gradient", "fractionation", "data", "consistent", "with", "polyribosome", "association", "of", "Scp160p", "(", "5", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "authors", "hypothesized", "that", "Scp160p", "associates", "only", "with", "membrane", "-", "bound", "polyribosomes", ",", "and", "that", "Scp160p", "is", "not", "found", "complexed", "with", "cytosolic", "polyribosomes", "(", "5", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Our", "data", "do", "not", "support", "this", "hypothesis", ",", "since", "unlike", "Weber", "and", "colleagues", ",", "we", "were", "able", "to", "detect", "significant", "amounts", "of", "Scp160p", "associated", "with", "polyribosomes", "without", "using", "detergents", "during", "preparation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "There", "are", "several", "possible", "explanations", "for", "this", "discrepancy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "First", ",", "the", "lysate", "buffer", "utilized", "by", "that", "group", "contained", "100", "mM", "NaCl", ",", "whereas", "our", "buffer", "contained", "50", "mM", "KCl", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Our", "data", "shown", "in", "Figure", "3", "suggest", "that", "100", "mM", "NaCl", "may", "have", "caused", "an", "instability", "in", "the", "Scp160p", "-", "RNA", "interaction", ",", "leading", "to", "release", "from", "polyribosomes", "during", "their", "procedure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Secondly", ",", "Weber", "'", "s", "lysate", "buffer", "reportedly", "contained", "heparin", "to", "inhibit", "ribonucleases", ";", "a", "number", "of", "reports", "(", "28", ",", "29", ")", "suggest", "that", "heparin", "can", "disrupt", "RNA", "-", "protein", "interactions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Although", "we", "have", "not", "in", "the", "past", "included", "heparin", "in", "any", "of", "our", "experiments", ",", "we", "have", "observed", "disruption", "of", "the", "polyribosome", "association", "in", "buffer", "containing", "residual", "diethylpyrocarbonate", ",", "another", "inhibitor", "of", "ribonucleases", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Second", ",", "our", "data", "provide", "compelling", "evidence", "that", "Scp160p", "is", "released", "from", "polyribosomes", "as", "a", "component", "of", "an", "mRNP", "complex", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Since", "Scp160p", "does", "not", "remain", "associated", "with", "either", "single", "ribosomes", "or", "ribosomal", "subunits", "following", "treatment", "with", "EDTA", "or", "RNase", ",", "it", "seems", "unlikely", "that", "Scp160p", "is", "a", "constitutive", "component", "of", "the", "translational", "machinery", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Partial", "purification", "of", "the", "EDTA", "-", "resistant", "Scp160p", "complexes", "allowed", "us", "to", "demonstrate", "the", "presence", "of", "Pab1p", "but", "not", "Pub1p", "in", "these", "preparations", ",", "which", "is", "consistent", "with", "the", "idea", "that", "Scp160p", "associates", "with", "polyribosomes", "as", "a", "component", "of", "mRNP", "complexes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Previously", ",", "Scp160p", "had", "been", "shown", "to", "bind", "ribohomopolymers", "and", "rRNA", "in", "vitro", ",", "although", "the", "in", "vivo", "nucleic", "acid", "targets", "of", "Scp160p", "were", "unknown", "(", "5", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "presence", "of", "Pab1p", "in", "RNase", "-", "sensitive", "Scp160p", "complexes", "indicates", "that", "Scp160p", "is", "primarily", "bound", "to", "polyadenylated", "RNAs", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Whether", "or", "not", "Scp160p", "binds", "only", "specific", "sets", "of", "mRNAs", "will", "be", "the", "subject", "of", "future", "studies", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "addition", "to", "Scp160p", "and", "Pab1p", ",", "we", "have", "identified", "a", "third", "component", "of", "the", "complex", ",", "the", "protein", "Bfr1p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "gene", ",", "BFR1", ",", "was", "originally", "identified", "in", "a", "screen", "for", "high", "-", "copy", "suppressors", "of", "Brefeldin", "-", "A", "induced", "lethality", ",", "suggesting", "a", "role", "in", "the", "secretory", "pathway", "(", "16", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Interestingly", ",", "however", ",", "bfr1", "null", "mutants", "do", "not", "demonstrate", "any", "defects", "in", "the", "secretory", "pathway", ",", "but", "rather", "display", "similar", "phenotypes", "to", "scp160", "null", "mutants", ",", "most", "notably", "increased", "ploidy", "and", "increased", "cell", "size", "(", "16", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "It", "is", "therefore", "unclear", "whether", "Bfr1p", "is", "capable", "of", "functioning", "in", "both", "RNA", "metabolism", "and", "secretion", "directly", ",", "or", "if", "the", "Scp160p", "-", "Bfr1p", "complex", "regulates", "the", "expression", "of", "one", "or", "more", "secretory", "genes", "at", "the", "post", "-", "transcriptional", "level", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Additionally", ",", "two", "-", "hybrid", "analysis", "indicated", "an", "interaction", "of", "Bfr1p", "with", "the", "protein", "Bbp1p", ",", "a", "component", "of", "the", "mitotic", "spindle", "apparatus", "(", "30", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "While", "Bbp1p", "is", "an", "essential", "gene", ",", "overexpression", "leads", "to", "a", "phenotype", "similar", "to", "both", "bfr1", "and", "scp160", "null", "strains", "(", "30", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Future", "work", "will", "address", "the", "functional", "relationship", "between", "Scp160p", "and", "Bfr1p", "including", "the", "possibility", "that", "these", "proteins", "represent", "a", "regulatory", "mechanism", "connecting", "the", "translational", "machinery", "with", "cell", "division", "and", "/", "or", "the", "secretory", "pathway", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]