Q:

Comment utiliser « que »

Malheureusement, nous travaillons sur tout le cercle ou ne pouvons tout simplement pas l'habitude de dire que nous allons travailler que sur une partie de celui-ci.  

« Que » est il nécessaire dans cette phrase ? 

A:

The first part is confusing (you used the wrong verb or you forgot to add one, we can't tell), but the last part is pretty understandable to me. 
In this case, que means only. 
I modified your sentence to translate it, without changing the part you asked about :

Nous disons que nous allons travailler que sur une partie de celui-ci [du cercle]. 
We're saying that we will work only on a part of it. 
We're saying that we will just work on a part of it. 

That's what I think the last part of the sentence means.