#NEWLINE# def _guessAlteration( self , value , genetic_profile_id , genetic_profiles , threshold = 2 ) : #NEWLINE# #INDENT# alteration_type = [ x [ 'genetic_alteration_type' ] for x in genetic_profiles if ( x [ 'genetic_profile_id' ] == genetic_profile_id ) ] [ 0 ] #NEWLINE# if ( alteration_type == 'COPY_NUMBER_ALTERATION' ) : #NEWLINE# #INDENT# if ( ( value == '0' ) or ( value == '-1' ) or ( x == '1' ) ) : #NEWLINE# #INDENT# return False #NEWLINE# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# if ( value == 'NaN' ) : #NEWLINE# #INDENT# return False #NEWLINE# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# return True #NEWLINE# #UNINDENT# #UNINDENT# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# if ( alteration_type == 'MRNA_EXPRESSION' ) : #NEWLINE# #INDENT# if re . search ( '[^0-9\\.\\-]' , value ) : #NEWLINE# #INDENT# return False #NEWLINE# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# if re . search ( '[0-9]+\\.[0-9]+' , value ) : #NEWLINE# #INDENT# value = float ( value ) #NEWLINE# if ( abs ( value ) > threshold ) : #NEWLINE# #INDENT# return True #NEWLINE# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# return False #NEWLINE# #UNINDENT# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# if ( value == '0' ) : #NEWLINE# #INDENT# return False #NEWLINE# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# return True #NEWLINE# #UNINDENT# #UNINDENT# #UNINDENT# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# if ( alteration_type == 'METHYLATION' ) : #NEWLINE# #INDENT# return False #NEWLINE# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# if ( ( alteration_type == 'MUTATION' ) or ( alteration_type == 'MUTATION_EXTENDED' ) ) : #NEWLINE# #INDENT# if ( value == 'NaN' ) : #NEWLINE# #INDENT# return False #NEWLINE# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# return True #NEWLINE# #UNINDENT# #UNINDENT# else : #NEWLINE# #INDENT# return False