public void SmithWaterman()
	{
		int x,y;
		matrix[0][0]=0;
		//System.out.println(matrix.length + ":" +  matrix[1].length);

		for(x=1;x<matrix[0].length;x++)
		{
			matrix[0][x]= Math.max(matrix[0][x-1] +effort[0], 0);
		}
		for(y=1;y<matrix.length;y++)
		{
			matrix[y][0]= Math.max(matrix[y-1][0] +effort[1], 0);
		}	
		//Berechnung des inneren
		for(y=1;y<matrix.length;y++)
		{
			for(x=1;x<matrix[y].length;x++)
			{
				matrix[y][x]= calc(y,x);
				//Berechne Wert für stelle matrix[y][x]);
			}
		}			
	}