public void calculateSharedKMers() throws IOException {
        fillHashMap(this.allKMersOne, this.pathToFile);
        reverseHashMap(allKMersOne);

//        System.out.println(this.allKMersOne.get("CAACGAATAAGATGGTC"));

//        fillHashMapWithoutFile(this.allKMersTwo);
//        reverseHashMap(this.allKMersTwo);

        List<String> storePairs = new ArrayList<String>();

//        Iterator iterator = this.allKMersTwo.entrySet().iterator();
//        while (iterator.hasNext()) {
//            Map.Entry pairs = (Map.Entry) iterator.next();
//            String compare = (String)pairs.getKey();
//            Object value = allKMersOne.get(compare);
//            if (value != null) {
//                for (Integer i : (List<Integer>)value) {
//                    String stringToStore = ("(" + i + ", " + pairs.getValue() + ")");
//                    if (!alreadyExists(storePairs, stringToStore)) {
//                        storePairs.add(stringToStore);
//                    }
//                }
//
//
//            }
//        }

        for (int i = 0; i < two.length() - k + 1; i++) {
            String find = two.substring(i, i + k);
            Object value = allKMersOne.get(find);
            if (value != null) {
                for (Integer j : (List<Integer>) value) {
                    String stringToStore = ("(" + j + ", " + i + ")");
                    if (!alreadyExists(storePairs, stringToStore)) {
                        storePairs.add(stringToStore);
                    }
                }
            }
        }

        for (String s : storePairs) {
            System.out.println(s);
        }
    }