public boolean isTransition(String ref, String alt) {
		if (ref.equals("A") && alt.equals("G")) return true;
		if (ref.equals("G") && alt.equals("A")) return true;
		if (ref.equals("C") && alt.equals("T")) return true;
		if (ref.equals("T") && alt.equals("C")) return true;
		return false;
	}