private static void run(){

		Matrix standart = new Matrix(); //erzeuge standart Matrix

		String eingabe;
		String file = null;
		boolean run = true;
		String re = null; // re fuer restriktionsenzym


		while(run){
			eingabe = Frage("Was moechten sie tun ?");


			switch(eingabe){
			case "g":

				re = Frage("Geben sie die Schnittstelle des Restriktionsenzyms ein, Beispiel: 'AT|CG'. Ohne Anfuerhrungszeichen'\n" +
						"der vertikale Strich zeigt die tatsaechliche Schnittstelle an:");

				eingabe = "v";

				//break fehlt, damit das Program weiter zu case "v" laeuft !
			case "v":

				file = Frage("Geben sie den Namen oder Text der ersten Datei ein:");
				Profil dflt = new Profil(file, 4, re);

				file = Frage("Geben sie den Namen oder Text der zweiten Datei ein:");
				Profil dflt2 = new Profil(file, 4, re);

				Vergleich one = new Vergleich(dflt, dflt2);

				System.out.println("\nDie Aehnlichkeit der beiden Dateien betraegt: "  + Math.round(one.getAehnlichkeit()));

				standart.addVergleich(one);

				break;
			case "m":

				//zeige die Matrix:
				line(10);
				standart.zeigeMatrix();
				line(10);

				break;
			case "s":

				String link1 = Frage("Wie heisst die erste .tcs Datei?");
				String link2 = Frage("Wie heisst die zweite .tcs Datei?");

				link1 = pruefeEndung(link1);
				link2 = pruefeEndung(link2);

				//hole erzeugen vergleich und fuege ihn zur Matrix hinzu
				getSave dflt3;
				try {
					dflt3 = new getSave(link1, link2);
					
					standart.addVergleich(dflt3.returnSave());
				
				} catch (IOException e) {
					
					System.out.println("Mit der Datei ist ein Fehler aufgetreten, sie existiert nicht oder ist Fehlerhaft");
				}


				break;
			case "h":
				willkommen(); //hilftsnachricht

				break;				
			case"exit":
				run = false;
				System.out.println("\nDas Programm wird nun beendet.");
				System.exit(0);

				break;
			default:				

				System.err.println("Unbekannte Eingabe");
				break;
			}
		}
	}